اگرچه، مخالفان به دلایل مختلفی از محصولات تغییر یافته جنیتیکی به نوبه خود اعتراض کرده اند، ازجمله نگرانی های زیست محیطی، اینکه آیا غذای تولید شده از محصولات تراجنسی مصون است، آیا محصولات تراجنسی برای رفع نیازهای غذایی جهان مورد نیاز است یا خیر، و نگرانی های اقتصادی ناشی از این واقعیت که این ارگانیزم ها در معرض خطر به قانون مالیکیت فکری قرار دارند.