৩৯১ সালে রোমান সাম্রাজ্যের অভ্যন্তরে থিওডোসিয়াস প্রথম পৌত্তলিকদের নিপীড়ন এবং অ-খ্রিস্টান উপাসনা নিষিদ্ধ করার আদেশের পরে এডফু মন্দিরটি একটি ধমীর্য় স্মৃতিস্তম্ভ হিসাবে অব্যবহিত হয়ে পড়ে।