الوضع الإداري الدقيق للكنيسة جوة الكنيسة الأرثوذكسية الشرقية غامض: فبالنسبة للبعض وبما فيهم الكنيسة نفسها تعتبر الكنيسة المستقلة وبالنسبة للباقيين تعتبر كنيسة مستقلة تحت سلطة لكنيسة الأرثوذكسية اليونانية.