議案名稱：函，為修正「自由貿易港區貨物通關管理辦法」，請查照案。
提案單位/提案委員：財政部
提案來源：政府提案
議案類別：行政命令(層級)
屆：第8屆
會議：第8屆第4會期第12次會議
提案日期：2013-11-29
字號：院總第454號政府提案第9521號之7
議案狀態：審查完畢(逾審查期限)
議案流程：
會期: 08-04-12
院會/委員會: 院會
狀態: 排入院會 (交財政委員會)
日期: 2013-11-29
2013-12-03
會期: 08-04-12
院會/委員會: 院會
狀態: 交付審查
日期: 2013-11-29
2013-12-03
狀態: 委員會發文
日期: 2015-01-30
關連議案：
對照表：
law_name: 自由貿易港區貨物通關管理辦法修正條文對照表
立法種類: 修正條文
title: 自由貿易港區貨物通關管理辦法修正條文對照表
rows: 現行: 第一條　本辦法依自由貿易港區設置管理條例（以下簡稱本條例）第十七條第六項規定訂定之。
說明: 本條未修正。
修正: 第一條　本辦法依自由貿易港區設置管理條例（以下簡稱本條例）第十七條第六項規定訂定之。
現行: 第二條　本辦法所稱港區貨棧，指自由港區管理機關設立或經其核准設立，具有與港區門哨單位電腦連線之設備，及可供自由港區事業貨物存儲、進出區貨物查驗、拆裝盤（櫃）之場所。
說明: 配合自由貿易港區設置管理條例（以下簡稱本條例）第二條規定及本辦法名稱，將「自由港區」修正為「自由貿易港區」，俾法規用語一致。
修正: 第二條　本辦法所稱港區貨棧，指自由貿易港區（以下簡稱自由港區）管理機關設立或經其核准設立，具有與港區門哨單位電腦連線之設備，及可供自由港區事業貨物存儲、進出區貨物查驗、拆裝盤（櫃）之場所。
現行: 第三條　自由港區事業應設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理貨物通關、帳務處理及貨物控管等有關作業。
說明: 本條未修正。
修正: 第三條　自由港區事業應設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理貨物通關、帳務處理及貨物控管等有關作業。
現行: 第四條　自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：

一、進儲國外貨物之通報。

二、輸往國外貨物之通報。

三、輸往其他自由港區貨物之通報。

四、輸往課稅區、保稅區貨物之通關。

五、進儲課稅區、保稅區貨物之通關。

六、區內交易貨物之通報。

七、修理、測試、檢驗、展覽及委託加工之處理。

八、進儲本條例第十五條限制物（貨）品之通報。

九、本條例第十六條第一項各款所定物（貨）品輸往國外之通報。

十、貨物及自用機器設備之帳務處理。

十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。

十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。

十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。

十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理。

十五、門禁之管控。

十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。

十七、封條加封及核銷作業。

十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報。

十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。

二十、看樣、取樣及公證作業。

二十一、空貨櫃進出之檢查。

二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。

二十三、違規、違章、異常案件之報告。

二十四、其他經自由貿易港區管理機關或海關規定應遵行事項。
說明: 一、為明確區分進儲或運往自由港區貨物流向，第一款至第五款酌作文字修正，以資明確。

二、第七款增列自由港區事業受託辦理修理、測試、檢驗、加工之處理為自主管理事項。

三、第八款所規範係指本條例第十五條第一項規定之物（貨）品，酌作文字修正。

四、第九款所規範係指本條例第十六條第一項規定之物（貨）品，酌作文字修正。

五、第二十四款配合第二條修正，酌作文字修正。

六、第六款、第十款至第二十三款未修正。
修正: 第四條　自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：

一、自國外進儲貨物之通報。

二、貨物輸往國外之通報。

三、貨物輸往其他自由港區之通報。

四、貨物輸往課稅區、保稅區之通關。

五、自課稅區、保稅區進儲貨物之通關。

六、區內交易貨物之通報。

七、修理、測試、檢驗、加工、展覽、委託及受委託修理、測試、檢驗、加工之處理。

八、進儲本條例第十五條第一項規定物（貨）品之通報。

九、本條例第十六條第一項規定物（貨）品輸往國外之通報。

十、貨物及自用機器設備之帳務處理。

十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。

十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。

十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。

十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理。

十五、門禁之管控。

十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。

十七、封條加封及核銷作業。

十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報。

十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。

二十、看樣、取樣及公證作業。

二十一、空貨櫃進出之檢查。

二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。

二十三、違規、違章、異常案件之報告。

二十四、其他經自由港區管理機關或海關規定應遵行事項。
現行: 第五條　依本條例第十七條第一項規定，向海關辦理通報程序如下：

一、國外貨物進儲自由港區事業時，自由港區事業應向海關傳輸報單通報，經海關以電腦回應紀錄有案，憑以進儲。

二、自由港區事業貨物輸往國外時，由貨物輸出人於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報出口，經海關電腦回應紀錄有案，憑以裝船（機）出口。

三、自由港區事業貨物運往其他自由港區時，由自由港區事業於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報轉運，經海關電腦回應紀錄有案，憑以出進區。

前項第二款貨物符合下列情形之一者，得免進儲港區貨棧：

一、進出口貨物查驗準則第三十條所定之貨物。

二、進出口貨物查驗準則第九條所定廠商之貨物，且該廠商具備與自由港區管理機關貨（櫃）物動態資料連線之電腦設備、海關核可之倉儲及查驗貨物所需設施。

三、自由港區事業貨物售予國際航線船舶供作燃料（油）或專用物料（含船舶日用品）。
說明: 本條未修正。
修正: 第五條　依本條例第十七條第一項規定，向海關辦理通報程序如下：

一、國外貨物進儲自由港區事業時，自由港區事業應向海關傳輸報單通報，經海關以電腦回應紀錄有案，憑以進儲。

二、自由港區事業貨物輸往國外時，由貨物輸出人於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報出口，經海關電腦回應紀錄有案，憑以裝船（機）出口。

三、自由港區事業貨物運往其他自由港區時，由自由港區事業於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報轉運，經海關電腦回應紀錄有案，憑以出進區。

前項第二款貨物符合下列情形之一者，得免進儲港區貨棧：

一、進出口貨物查驗準則第三十條所定之貨物。

二、進出口貨物查驗準則第九條所定廠商之貨物，且該廠商具備與自由港區管理機關貨（櫃）物動態資料連線之電腦設備、海關核可之倉儲及查驗貨物所需設施。

三、自由港區事業貨物售予國際航線船舶供作燃料（油）或專用物料（含船舶日用品）。
現行: 第六條　依本條例第十七條第二項規定，向海關辦理通關程序如下：

一、自由港區事業貨物輸往課稅區或保稅區，於進儲港區貨棧後，由納稅　義務人向海關傳輸報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，憑以出區，並依國外貨物進口及進儲保稅區相關規定辦理。

二、課稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人將貨物運入港區貨棧後，向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業。但貨物輸出人不辦理沖退稅，且貨物符合相關輸出規定者，逕憑發票或載貨單運入自由港區事業；課稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。

三、保稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業；保稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
說明: 本條未修正。
修正: 第六條　依本條例第十七條第二項規定，向海關辦理通關程序如下：

一、自由港區事業貨物輸往課稅區或保稅區，於進儲港區貨棧後，由納稅　義務人向海關傳輸報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，憑以出區，並依國外貨物進口及進儲保稅區相關規定辦理。

二、課稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人將貨物運入港區貨棧後，向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業。但貨物輸出人不辦理沖退稅，且貨物符合相關輸出規定者，逕憑發票或載貨單運入自由港區事業；課稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。

三、保稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業；保稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
現行: 第七條　依本條例第十七條第三項規定，自由港區事業貨物區內交易，由自由港區事業傳輸報單向海關通報。
說明: 本條未修正。
修正: 第七條　依本條例第十七條第三項規定，自由港區事業貨物區內交易，由自由港區事業傳輸報單向海關通報。
說明: 一、本條新增。

二、本條例第二十一條第四項及第二十四條第四項，新增籌設期間進口自用機器設備免稅及籌設期間自國外、保稅區或課稅區、運入自用機器設備得申請減徵、免徵或退還關稅，爰增訂本條籌設期間得憑管理機關核准文件，向海關申請臨時監管編號，並依相關規定辦理通報（關）手續之規定，以資遵循。
修正: 第八條　申請經營自由港區事業取得籌設許可者，其籌設期間如須進儲自用機器、設備，應憑自由港區管理機關核准文件，向海關申請核發臨時監管編號，並分別依第五條、第六條規定向海關辦理通報（關）手續，且應登錄帳表，記載其名稱、規格、型號、數量等資料，供海關查核。
現行: 第八條　自由港區事業向海關申請將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工者，應符合下列條件之一：
一、從事加工、製造之自由港區事業得因製程垂直、橫向整合，或彌補產能不足時之需求申請委託港區外廠商加工。
二、從事物流之自由港區事業，得申請委託區外保稅區或課稅區廠商作重整或簡單加工。但以貨物經重整或簡單加工後，仍能辨識其原狀者為限。
三、從事物流之自由港區事業，其委託加工對國家經濟有重大影響，經主管機關專案核准者，得委託區外廠商作實質轉型加工。
自由港區事業為第一項申請，應填具委託加工申請書，並檢附相關文件，向所在地海關辦理。
經核准辦理委託課稅區或保稅區加工之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回，應依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。

受託加工之課稅區或保稅區廠商須以辦妥工廠登記之工廠為限，且其生產製造項目應與受委託項目相符。對於該受託加工貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。

委託加工貨物以管制貨品以外之貨品為限。課稅區廠商受託加工所添加之進口原料，除其屬本條例第二十六條第二項各款所列者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅；保稅區廠商受託加工所添加之保稅原料，得申請除帳。
說明: 一、條次變更。

二、查本條例第二十五條第一項有關委託加工之申請核准係海關權責，且未區分不同港區事業業別，本條文第一項各款有關業別之不同規定及第三款由主管機關專案核准實質轉型之委託加工規定，與母法規範不符，爰刪除第一項各款。另為求明確，增訂第一項委外加工應檢附之審查文件，包含委外運出運回核銷帳務系統之操作說明，該帳務系統需符合海關查核及控管免稅貨物流向之需求。又為利委託加工案件之審查，明定海關得視需要會同相關機關成立審查小組辦理審查作業。

三、第二項刪除。配合第一項已明定委託加工申請應檢附之文件。

四、現行第三項至第五項分別移列為第二項至第四項。

五、增訂第五項。鑑於自由經濟示範區第二階段之委外加工案件係由管理機關核准，為利自由經濟示範區第一階段與第二階段之加工審核作業銜接，爰增訂海關得將第一項委託加工申請案件之受理、審查及核准事項，委託自由港區管理機關辦理；另為利委外加工之審查，所在地海關得參與審查小組，而管理機關應將審查結果及相關文件函知所在地海關，俾便海關對免稅貨物之追蹤控管及帳務查核。
修正: 第九條　自由港區事業將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工，應檢具委託加工申請書、合約書、受託廠商工廠登記證、加工說明或圖說、單位用料清表及委外運出運回核銷帳務系統之操作說明，向所在地海關申請核准，經核准者，免提供稅款擔保。海關得視需要會同相關機關成立審查小組辦理審查。

經核准辦理委託課稅區或保稅區加工之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回，應依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。

受託加工之課稅區或保稅區廠商須以辦妥工廠登記之工廠為限，且其生產製造項目應與受委託項目相符。對於該受託加工貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。

委託加工貨物以管制貨品以外之貨品為限。課稅區廠商受託加工所添加之進口原料，除其屬本條例第二十六條第二項各款所列者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅；保稅區廠商受託加工所添加之保稅原料，得申請除帳。

第一項委託加工受理申請及審查核准事項，海關得委託自由港區管理機關辦理，管理機關應將其審查結果及相關文件函知海關。
現行: 第九條　自由港區事業得填具出區修理、檢驗、測試申請書，並檢附相關文件，向所在地海關申請將免稅貨物輸往課稅區或保稅區修理、檢驗、測試。但機器設備急需修理，得於出區之翌日起二日內，向海關補辦申請。

經核准辦理委託課稅區或保稅區修理、檢驗、測試之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回之作業程序，依前條第三項規定辦理。

受託修理、檢驗、測試之課稅區或保稅區廠商營業項目應與受委託項目相符。對於該受託貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。

免稅貨物經核准輸往課稅區或保稅區辦理委託修理後，再運回港區事業者，其免稅貨物包括待維修之本體及供其修理所需之零、組件。
說明: 一、條次變更。

二、增訂第一項委外修理、檢驗、測試應檢附之審查文件，包含委外運出運回核銷帳務系統之操作說明，該帳務系統需符合海關查核及控管免稅貨物流向之需求，其餘酌作文字修正。

三、第二項之貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回之作業程序，依前第八條第三項規定辦理，惟該條第三項又規定依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，爰修正為依第六條規定辦理，以資明確。

四、第三項、第四項未修正。
修正: 第十條　自由港區事業將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託修理、檢驗、測試，應先填具申請書、合約書、公司統一編號、修理檢測說明或圖說、單位用料清表及運出運回核銷帳務系統之操作說明，向所在地海關辦理。但機器設備急需出區修理者，得於出區之翌日起二日內，向海關補辦申請。

經核准辦理委託課稅區或保稅區修理、檢驗、測試之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回之作業程序，依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。

受託修理、檢驗、測試之課稅區或保稅區廠商營業項目應與受委託項目相符。對於該受託貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。

免稅貨物經核准輸往課稅區或保稅區辦理委託修理後，再運回港區事業者，其免稅貨物包括待維修之本體及供其修理所需之零、組件。
說明: 一、本條新增。

二、自由港區事業除委託區外廠商辦理加工、修理、檢驗、測試作業外，實務上尚有受課稅區、保稅區或自由港區廠商委託代加工、修理、檢驗、測試，爰明定自由港區事業辦理受託業務之申請程序、輸入及運回自由港區之通關作業程序、受託業務規範及運回課稅區時所添加之未稅原料課徵進口稅費與保稅區除帳等規定，以資遵循。
修正: 第十一條　自由港區事業得經所在地海關核准受理課稅區、保稅區或自由港區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試業務。

前項貨物運入及運回，應依第六條及第七條規定辦理通關（報）手續或按月彙報，並登錄相關帳表。

辦理第一項業務之自由港區事業，其受理委託之項目應與營業項目相符，辦理加工者另須辦妥工廠登記。但辦理簡單加工者，免辦工廠登記。

受理課稅區廠商委託辦理第一項業務之自由港區事業，其添加未稅原料之貨物運回課稅區時，應依本條例第二十三條第一項規定課徵稅費。

受理保稅區或自由港區廠商委託辦理第一項業務之自由港區事業，其添加未稅原料之貨物運出前，應編製單位用料清表送海關備查，憑以核銷除帳。
現行: 第十條　自由港區事業得填具出區展覽申請書，並檢附相關文件，向所在地海關申請將免稅貨物輸往課稅區展覽。

前項將免稅貨物輸往課稅區展覽之案件，得免提供擔保，但其貨物輸往課稅區及由課稅區運回時，應依第六條規定辦理通關手續，並登錄相關帳表。
說明: 一、條次變更。

二、本條例第二十五條第四項已規定自由港區事業將免稅貨物申請輸往課稅區展覽者，得準用同條第一項得免提供稅款擔保，為免重複規範，爰修正第二項規定。
修正: 第十二條　自由港區事業得填具出區展覽申請書，並檢附相關文件，向所在地海關申請將免稅貨物輸往課稅區展覽。

前項將免稅貨物輸往課稅區展覽之案件，其貨物輸往課稅區及由課稅區運回時，應依第六條規定辦理通關手續，並登錄相關帳表。
現行: 第十一條　自由港區事業得向海關申請貨物輸往保稅區、課稅區或自保稅區、課稅區輸入貨物其通關以按月彙報方式辦理。但貨物輸往保稅區，或自保稅區輸入，須該自由港區事業及保稅區廠商具有按月彙報資格者始得辦理；輸往課稅區按月彙報以符合下列條件之一者為限：

一、自由港區事業實際從事加工製造業務。

二、從事物流之自由港區事業，貨物輸往其進儲時之貨主或輸往加工製造廠商。
自由港區事業貨物輸往課稅區經海關核准按月彙報者，應向海關提供相當保證金或擔保，於擔保額度內准予提貨出區。但出區供修理、測試、檢驗、委託加工之用者，不在此限。

經核准辦理按月彙報之自由港區事業於貨物入出區前，應填具申請書向海關申請按月彙報貨物入出區，經核准者，自由港區事業憑海關核准通知、相關文件辦理貨物入出區並登帳。於次月十五日前彙總填具報單及檢附入出區相關運送單、裝箱單及交易憑證或相關文件等向海關辦理通關手續，並以最後一批貨物入出區日期視同出進口日期。

下列貨物不得辦理按月彙報：

一、本條例第十五條規定之物（貨）品。

二、應依輸出入規定辦理之物（貨）品。

三、汽（機）車。但第八條第一項第三款專案委託加工運回之汽（機）車，不在此限。

四、實施關稅配額之貨物。
五、採取特別防衛措施之貨物。

六、輸往課稅區之應課貨物稅之貨物。

七、輸往課稅區展覽之物（貨）品。

八、其他經海關公告不適宜彙報之貨物。

按月彙報通關案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第二項規定論處。
說明: 一、條次變更。

二、為配合修正條文第九條已刪除依業別訂定不同委外加工條件，第一項第一款及第二款依業別規定輸往課稅區之委託案件須符合一定資格條件始可辦理按月彙報之規定，宜一併刪除，爰修正第一項規定。

三、第二項增列自由港區事業受課稅區廠商委託代加工、修理、檢驗、測試運回有添加未稅原料案件，並向應向海關提供相當保證金或擔保，始可辦理出區之按月彙報之作業。

四、第四項第一款酌作文字修正，另第三款配合第九條已整併委外加工樣態，酌作文字修正。

五、第三項、第五項未修正。
修正: 第十三條　自由港區事業得向海關申請將貨物輸往保稅區、課稅區或自保稅區、課稅區輸入貨物，其通關以按月彙報方式辦理。但貨物輸往保稅區，或自保稅區輸入，須該自由港區事業及保稅區廠商具有按月彙報資格者始得辦理。
自由港區事業貨物輸往課稅區或受理課稅區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試有添加未稅原料案件經海關核准按月彙報者，應向海關提供相當保證金或擔保，於擔保額度內准予提貨出區。但出區供修理、測試、檢驗、委託加工之用者，不在此限。

經核准辦理按月彙報之自由港區事業於貨物入出區前，應填具申請書向海關申請按月彙報貨物入出區，經核准者，自由港區事業憑海關核准通知、相關文件辦理貨物入出區並登帳。於次月十五日前彙總填具報單及檢附入出區相關運送單、裝箱單及交易憑證或相關文件等向海關辦理通關手續，並以最後一批貨物入出區日期視同出進口日期。

下列貨物不得辦理按月彙報：

一、本條例第十五條第一項規定之物（貨）品。

二、應依輸出入規定辦理之物（貨）品。

三、汽（機）車。但依第九條核准委託加工運回之汽（機）車，不在此限。

四、實施關稅配額之貨物。

五、採取特別防衛措施之貨物。

六、輸往課稅區之應課貨物稅之貨物。

七、輸往課稅區展覽之物（貨）品。

八、其他經海關公告不適宜彙報之貨物。

按月彙報通關案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第二項規定論處。
現行: 第十二條　自由港區事業依第五條第一項第三款規定運往其他自由港區貨物或依第七條規定區內交易貨物之通報案件，除本條例第十五條規定之物（貨）品外，得向海關申請以按月彙報方式辦理。

經核准辦理按月彙報之自由港區事業貨物於出入區（廠）之作業程序及辦理通報手續，依第十一條第三項之規定辦理，並以最後一批貨物出入區（廠）日期視同出進口日期。

按月彙報通報案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第一項規定論處。
說明: 一、條次變更。

二、第一項酌作文字修正；餘未修正。
修正: 第十四條　自由港區事業依第五條第一項第三款規定運往其他自由港區貨物或依第七條規定區內交易貨物之通報案件，除本條例第十五條第一項規定之物（貨）品外，得向海關申請以按月彙報方式辦理。

經核准辦理按月彙報之自由港區事業貨物於出入區（廠）之作業程序及辦理通報手續，依第十一條第三項之規定辦理，並以最後一批貨物出入區（廠）日期視同出進口日期。

按月彙報通報案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第一項規定論處。
現行: 第十三條　自由港區事業有下列情事，應向海關申報補稅：

一、依本條例第十八條第二項規定，自行發現存儲貨物遭竊者。

二、依本條例第二十條第二項規定，自行盤存發現存儲貨物少於帳面結存數者。

三、依本條例第二十五條第一項及第四項規定，運往課稅區修理、測試、檢驗、委託加工、展覽之免稅貨物，自核准後六個月內未運回自由港　區者。

四、依本條例第二十五條第三項核准展延，未於展延期限屆滿前運回自由　港區者。

五、依本條例第三十條規定，將運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者。

前項第三款所定六個月期間，自貨物通關放行日之翌日起算。但以按月彙報方式出區者，自貨物出區日之翌日起算。
說明: 條次變更，內容未修正。
修正: 第十五條　自由港區事業有下列情事，應向海關申報補稅：

一、依本條例第十八條第二項規定，自行發現存儲貨物遭竊者。

二、依本條例第二十條第二項規定，自行盤存發現存儲貨物少於帳面結存數者。

三、依本條例第二十五條第一項及第四項規定，運往課稅區修理、測試、檢驗、委託加工、展覽之免稅貨物，自核准後六個月內未運回自由港　區者。

四、依本條例第二十五條第三項核准展延，未於展延期限屆滿前運回自由　港區者。

五、依本條例第三十條規定，將運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者。

前項第三款所定六個月期間，自貨物通關放行日之翌日起算。但以按月彙報方式出區者，自貨物出區日之翌日起算。
現行: 第十四條　依本條例第二十三條第一項、第二十七條規定，自由港區事業輸往國內課稅區或保稅區之貨物，應按出區形態歸列應屬稅則號別、輸入規定，並依相關規定徵免進口稅費；其稅則號別、稅率、輸入規定之適用日期以報關日期為準。

本條例第二十三條第一項但書所稱之附加價值，指區內事業輸往課稅區貨物之完稅價格，扣除所使用之進口未稅、國產保稅及國產已退稅原料、物料及半製品價格之餘額。

自由港區事業之貨物輸往課稅區時，關稅之課徵，依下列原則辦理：

一、經加工、製造之產品輸往課稅區，按本條例第二十三條第一項但書規定依運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。但未依規定檢具相關證明文件供海關查核產品區內附加價值者，按運出港區時形態之完稅價格扣除百分之三十後課徵。

二、經重整或簡單加工之貨物輸往課稅區，按運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。

三、自國外輸入之貨物以原形態輸往課稅區，其完稅價格之核估，依關稅法及其相關規定辦理。
說明: 條次變更，內容未修正。
修正: 第十六條　依本條例第二十三條第一項、第二十七條規定，自由港區事業輸往國內課稅區或保稅區之貨物，應按出區形態歸列應屬稅則號別、輸入規定，並依相關規定徵免進口稅費；其稅則號別、稅率、輸入規定之適用日期以報關日期為準。

本條例第二十三條第一項但書所稱之附加價值，指區內事業輸往課稅區貨物之完稅價格，扣除所使用之進口未稅、國產保稅及國產已退稅原料、物料及半製品價格之餘額。

自由港區事業之貨物輸往課稅區時，關稅之課徵，依下列原則辦理：

一、經加工、製造之產品輸往課稅區，按本條例第二十三條第一項但書規定依運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。但未依規定檢具相關證明文件供海關查核產品區內附加價值者，按運出港區時形態之完稅價格扣除百分之三十後課徵。

二、經重整或簡單加工之貨物輸往課稅區，按運出港區時形態之完稅價，扣除區內附加價值後課徵。

三、自國外輸入之貨物以原形態輸往課稅區，其完稅價格之核估，依關稅法及其相關規定辦理。