ПРАЙМЕРЫ И ЗОНДЫ ДЛЯ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

1. Набор олигонуклеотидов для амплификации фрагмента области М. tuberculosis, выбранной из группы, состоящей из гена rpoB, гена gyrA, гена gyrB, промотора inhA, гена rrs, промотора eis, гена embB, гена katG, гена dosR, гена IS6110, гена IS1081, содержащий пару из прямого и обратного праймеров, специфичных по отношению к указанному фрагменту, причем каждый праймер обладает последовательностью, которая по существу идентична последовательности олигонуклеотида, выбранного из олигонуклеотидов, перечисленных в Таблицах 1А и 1В.
2. Олигонуклеотид по п. 1, отличающийся тем, что его последовательность идентична указанной последовательности олигонуклеотида, выбранного из олигонуклеотидов, перечисленных в Таблицах 1А и 1В.
3. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая последовательность, которая по существу идентична последовательности, выбранной из последовательностей, перечисленных в Таблице 2.
4. Нуклеиновая кислота по п. 3, содержащая последовательность, выбранную из последовательностей, перечисленных в Таблице 2.
5. Нуклеиновая кислота по п. 3 или 4, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота является меченой.
6. Нуклеиновая кислота по п. 5, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота мечена флуорофором и гасителем по своим двум концам, соответственно.
7. Нуклеиновая кислота по п. 6, отличающаяся тем, что указанный флуорофор представляет собой флуоресцеин, цианин 5 или TexasRed или TAMRA.
8. Нуклеиновая кислота по п. 6, отличающаяся тем, что указанный гаситель представляет собой BHQ1, BHQ2 или DABCYL.
9. Набор, содержащий набор олигонуклеотидов или нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8.
10. Набор по п. 9, дополнительно содержащий ДНК-полимеразу, нуклеотиды для удлинения последовательности и буфер.
11. Способ обнаружения лекарственной устойчивости у М. tuberculosis, включающий
амплификацию первой нуклеотидной последовательности-мишени с использованием первой пары праймеров и получением первого ампликона, причем указанная первая пара праймеров специфична по отношению к фрагменту области, выбранной из группы, состоящей из гена rpoB, гена gyrA, гена gyrB, промотора inhA, гена rrs, промотора eis, гена embB и гена katG, и каждый праймер обладает последовательностью, которая по существу идентична последовательности олигонуклеотида, выбранного из олигонуклеотидов, перечисленных в Таблицах 1А и 1В, и
обнаружение мутации в указанном первом ампликоне,
причем наличие мутации указывает на лекарственную устойчивость.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанный этап обнаружения осуществляют посредством секвенирования.
13. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанный этап обнаружения осуществляют посредством способа, включающего
приведение в контакт указанного первого ампликона с первым зондом, специфичным по отношению к указанной мутации в условиях, благоприятствующих гибридизации, с образованием гибрида зонд-мишень;
выполнение анализа температуры плавления (Tm) с целью определения тестового значения Tm для указанного гибрида зонд-мишень; и
сравнение указанного тестового значения Tm с заранее определенным значением Tm, при этом тестовое значение Tm, отличающееся от заранее определенного значения Tm, указывает на наличие мутации.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что указанное тестовое значение Tm, которое ниже, чем указанное заранее определенное значение Tm, указывает на наличие мутации.
15. Способ по любому из пп. 11-14, дополнительно включающий амплификацию второй нуклеотидной последовательности-мишени с использованием второй пары праймеров и с получением второго ампликона, причем указанная вторая пара праймеров специфична по отношению к фрагменту второй области, выбранной из группы, состоящей из гена rpoB, гена gyrA, гена gyrB, промотора inhA, гена rrs, промотора eis, гена embB и гена katG.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что указанная первая область представляет собой ген rrs или промотор eis.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанная первая область представляет собой ген rrs.
18. Способ по п. 17, отличающийся тем, что указанная вторая область представляет собой промотор eis.
19. Способ по пп. 16, отличающийся тем, что указанная мутация представляет собой мутацию A1401G или С1402Т в гене rrs.
20. Способ по п. 17, отличающийся тем, что указанная мутация находится в пределах области промотора eis, на исследование которой направлены праймеры, используемые для амплификации области промотора eis.
21. Способ по любому из пп. 11-20, отличающийся тем, что указанная устойчивость представляет собой устойчивость к лекарственному средству, выбранному из группы, состоящей из изониазида, рифампицина, лекарственных средств класса фторхинолонов, амикацина, канамицина, капреомицина и этамбутола.
22. Способ по любому из пп. 11-21, отличающийся тем, что указанная пара праймеров представляет собой пару праймеров, выбранную из праймеров, перечисленных в Таблицах 1А и 1В.
23. Способ по любому из пп. 13-22, отличающийся тем, что указанный зонд содержит последовательность, по существу или полностью идентичную последовательности, выбранной из последовательностей, перечисленных в Таблице 2.
24. Способ обнаружения присутствия М. tuberculosis в тестовом образце, включающий
приведение в контакт указанного тестового образца с первой парой праймеров в условиях, благоприятствующих реакции амплификации, с целью получения первого ампликона, и
обнаружение присутствия указанного ампликона, что позволяет обнаружить присутствие Mycobacterium tuberculosis в указанном тестовом образце,
причем указанная первая пара праймеров представляет собой набор олигонуклеотидов для амплификации фрагмента области М. tuberculosis, выбранной из группы, состоящей из гена gyrB, промотора inhA, промотора eis, гена embB, гена katG, гена dosR, гена IS6110, гена IS1081, и
при этом каждый праймер указанной первой пары праймеров обладает последовательностью, которая по существу идентична последовательности олигонуклеотида, выбранного из олигонуклеотидов, перечисленных в Таблице 1В.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанная пара праймеров представляет собой пару праймеров, выбранную из праймеров, перечисленных в Таблице 1В.
26. Способ по любому из пп. 24-25, дополнительно включающий
приведение в контакт указанного тестового образца со второй парой праймеров в условиях, благоприятствующих реакции амплификации, с целью получения второго ампликона, и
обнаружение присутствия указанного второго ампликона,
причем присутствие как указанного первого, так и указанного второго ампликона указывает на присутствие Mycobacterium tuberculosis в указанном тестовом образце.
27. Способ обнаружения присутствия М. tuberculosis в тестовом образце, включающий
приведение в контакт указанного тестового образца с первым зондом-молекулярным маяком в условиях, благоприятствующих реакции гибридизации, с целью получения гибрида зонд-мишень, и
обнаружение присутствия указанного гибрида зонд-мишень, что позволяет обнаружить присутствие Mycobacterium tuberculosis в указанном тестовом образце,
причем указанный первый зонд-молекулярный маяк содержит последовательность, которая по существу идентична последовательности, выбранной из последовательностей, перечисленных в Таблице 2.
28. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный первый зонд-молекулярный маяк выбран из группы, состоящей из SEQ ID No. 67-69.