ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ СПОСОБЫ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПРОГНОЗА НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЛЕГКОГО

1. Способ прогнозирования исхода заболевания у пациента, подвергаемого лечению от рака легкого, где способ включает стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента;
b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце;
c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, тем самым определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце; и
d) исходя из присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце, идентификации пациента, как имеющего увеличенный риск плохого исхода заболевания по сравнению с исходным показателем исхода заболевания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где присутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли прогнозирует плохой исход заболевания.
2. Способ по п.1, где плохой исход заболевания представляет собой по меньшей мере одно из сниженного общего времени выживания по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, и более короткого периода времени до рецидива по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
3. Способ прогнозирования исхода лечения у пациента, подвергаемого лечению от рака легкого, причем способ включает стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента;
b) определения присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, изменение числа копий которой ассоциировано с плохим исходом заболевания; и
c) исходя из присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, определения того, имеет ли пациент повышенный риск сниженного общего времени выживания или более короткого периода времени до рецидива по сравнению с общим временем выживания у пациентов, не имеющих увеличения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
4. Способ по любому из пп.1-3, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
5. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
6. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C19orf12; C19orf12; циклин E1; PLEKHF1; POP4; и ZNF536 [Маркер 1].
7. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ATP-аза ATP4A; CHST8, DMKN FAR1,2,3; FXYD1,3,5,7; GAPDHS; GPI; GPR42; GRAMD1A; HAMP; HPN; KCTD15 KIAA0355; KRTDAP; LGI4; LSM14A; LSR; MAG; PDCD2L; SAE2 SUMO1; SBSN; SCN1B; TMEM147,162; USF2; WTIP; и ZNF181,30,302,599,792 [Маркер 2].
8. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARMC7 (содержащий armadillo-повторы 7); ATP-синтаза ATP5H (H+-транспортирующий митохондриальный F0-комплекс, субъединица d); CASKIN2 (взаимодействующий с CASK белок 2); CD300A (молекула CD300a); CD300C (молекула CD300c); CD300E (молекула CD300e); CD300LB (представитель b подобного молекуле CD300 семейства); CD300LF (представитель f подобного молекуле CD300 семейства); CDR2L (подобный связанному с мозжечковой дегенерацией белку 2); DNAI2 (динеин, аксонемальный, промежуточная цепь 2); (представитель 6 доменного семейства десатуразы жирных кислот FADS6); FDXR (ферредоксинредуктаза); GALK1 (галактокиназа 1); GGA3 (ассоциированный с аппаратом Gольджи, содержащий ear гамма-адаптина, связывающий ARF белок): GPR142 (сопряженный с G-белком рецептор 142); GPRC5C (сопряженный с G-белком рецептор, семейство C, группа 5, представитель C); GRB2 (связанный с рецептором фактора роста белок 2); GRIN2C (рецептор глутамата, ионотропный, N-метил-D-аспартат 2C); H3F3B (H3-гистон, семейство 3B (H3.3B)); HN1 (гематологический и неврологический экспрессируемый 1 ICT1-незрелый транскрипт 1 карциномы толстого кишечника); ITGB4 (интегрин, бета 4); KCTD2 (содержащий домен тетрамеризации калиевого канала 2); KIAA0195; KIF19 (представитель семейства кинезинов 19); LLGL2 (летальный гомолог 2 гигантских личинок (Drosophila)); LOC388419 (подобный галектин-3-связывающему белку); MIF4GD (содержащий домен MIF4G); MRPS7 (митохондриальный рибосомальный белок S7); NAT9 (N-ацетилтрансфераза 9); NT5C (5',3'-нуклеотидаза, цитозольная); NUP85 (нуклеопорин 85 кДа); OTOP2 (отопетрин 2); OTOP3 (отопетрин 3); RAB37 (RAB37, представитель семейства онкогенов RAS); RECQL5 (подобный RecQ-белку 5); RPL38, рибосомальный белок L38; SAP30BP (связывающий SAP30 белок); SLC16A5 (представитель 6 семейства 16 переносчиков растворенных веществ (транспортер монокарбоновых кислот 6)); SLC25A19 (представитель 19 семейства 25 переносчиков растворенных веществ (митохондриальный переносчик пирофосфата тиамина)); SLC9A3R1 (регулятор 1 представителя 3 семейства 9 переносчиков растворенных веществ (обменник натрий/водород)); SUMO2 (SMT3-супрессор гомолога 2 mif two 3 (S.cerevisiae)); TMEM104 (трансмембранный белок 104); TTYH2 (гомолог tweety 2 (Drosophila)); UNK (гомолог unkempt (Drosophila)); и USH1G (синдром Ушера 1G (аутосомно-рецессивный)) [Маркер 3].
9. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: COL19A1 (коллаген, тип XIX, альфа 1), и COL9A1 (коллаген, тип IX, альфа 1) [Маркер 4].
10. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ADIPOR2 (рецептор адипонектина 2); B4GALNT3 (бета-1,4-N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 3); CACNA2D4 (кальциевый канал, потенциал-зависимый, субъединица 4 альфа 2/дельта); CCDC77 (содержащий двухспиральный домен 77); ERC1 (представитель 1 семейства ELKS/RAB6-взаимодействующий/CAST); FBXL14 (белок 14 с F-боксом и лейцин-богатыми повторами); HSN2 (наследственная сенсорная невропатия, тип II); IQSEC3 (мотив IQ и домен Sec7 3); JARID1A (jumonji, AT-богатый взаимодействующий домен 1A); LRTM2 (лейцин-богатые повторы и трансмембранные домены 2); NINJ2 (ninjurin 2); RAD52 (гомолог RAD52 (S.cerevisiae)); SLC6A12 (представитель 12 семейства 6 переносчиков растворенных веществ (переносчик нейротрансмиттеров, бетаина/GABA)); SLC6A13 (представитель 13 семейства 6 переносчиков растворенных веществ (переносчик нейротрансмиттеров, GABA)); WNK1 (WNK киназа 1 лизин-дефицитного белка); и WNT5B (представитель 5B семейства участка встраивания MMTV типа wingless) [Маркер 5].
11. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARL2 (подобный фактору ADP-рибозилирования 2); ATG2A ATG2 (гомолог A связанный с аутофагией 2 (S.cerevisiae)); BATF2 (основной фактор транскрипции лейциновой молнии, ATF-подобный 2; CAPN1 кальпаин 1, (mu/I) большая субъединица); CDC42BPG (связывающая CDC42 протеинкиназа гамма (DMPK-подобная)); CDCA5 (ассоциированный с циклом деления клеток 5); EHD1 (содержащий EH-домен 1); FAU (вирус саркомы мышей Финкеля-Биски-Рейли (FBR-MuSV), повсеместно экспрессируемый); GPHA2 (гликопротеин гормон альфа 2); MAP4K2 (активируемая митогеном протеинкиназа 2); MEN1 (множественная эндокринная неоплазия I); MRPL49 (митохондриальный рибосомальный белок L49); NAALADL1 (подобный N-ацетилированной альфа-связанной кислой дипептидазе 1); POLA2 (полимераза, (ДНК-направленная), альфа-2 (субъединица массой 70 кДа)); PPP2R5B (протеинфосфатаза 2, регуляторная субъединица B', бета-изоформа); SAC3D1 SAC3 (содержащий 1 домен); SLC22A20 (представитель 20 семейства 22 переносчиков растворенных веществ); SNX15 (сортирующий нексин 15); SPDYC (гомолог speedy C (Drosophila)); SYVN1 (сновиальный ингибитор апоптоза 1, синовиолин); TM7SF2 (представитель 2 7-трансмембранного суперсемейства); ZFPL1 (подобный белку цинковых пальцев 1); ZNHIT2 (HIT типа 2 с цинковыми пальцами); (hsa-mir-192); и (hsa-mir-194-2) [Маркер 6].
12. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BIRC8 (бакуловирусный содержащий IAP-повторы 8); BRSK1 (BR серин/треониновая киназа 1); CACNG6,7,8, (кальциевый канал, потенциалзависимая гамма-субъединица 6,7,8); CCDC106 (содержащий двухспиральный домен 106); CDC42EP5 CDC42 (эффекторный белок (связывающей Rho GTP-азу) 5); CNOT3 CCR4-NOT (транскрипционный комплекс, субъединица 3); COX6B2 (полипептид 2 субъединицы VIb оксидазы цитохрома c (яичко)); DPRX (родственный дивергентно-парному гомеобокс); EPN1 (эпсин 1); EPS8L1 (EPS8-подобный 1); FCAR (рецептор для Fc-фрагмента IgA); FIZ1 (FLT3-взаимодействующий цинковый палец 1); GALP (галанин-подобный пептид GP6, гликопротеин VI (тромбоциты)); HSPBP1 (hsp70-взаимодействующий белок); IL11 (интерлейкин 11); ISOC2 (содержащий домен изохоризматазы 2); KIR2DL1, KIR2DL4, KIR2DS4 KIR3DL1, KIR3DL3, KIR3DX1 (иммуноглобулин-подобный рецептор киллерных клеток); LAIR1,2 (ассоциированный с лейкоцитами иммуноглобулин-подобный рецептор 1,2); LENG1,4,8,9 (представитель 1,4,8,9 рецепторного кластера лейкоцитов (LRC)); LILRA2,3,4 (представитель 2,3,4 подсемейства A (с TM-доменом) иммуноглобулин-подобных рецепторов); LILRB1,2,3,4,5 (представитель 1,2,3,4,5 подсемейства B (с TM- и ITIM-доменами) иммуноглобулин-подобных рецепторов лейкоцитов); MYADM (миелоид-ассоциированный маркер дифференцировки); NAT14 (N-ацетилтрансфераза 14); NCR1 (запускающий естественную цитотоксичность рецептор 1); NDUFA3 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1, альфа-субкомплекс, 3, 9 кДа); NLRP2,4,5,7,8,9,11,12,13 (содержащий домен пирина семейства NLR 2,4,5,7,8,9,11,12,13); OSCAR (ассоциированный с остеокластами иммуноглобулин-подобный рецептор); PEG3 (отцовский экспрессируемый 3); PPP1R12C (регуляторная (ингибиторная) субъединица 12C протеинфосфатазы 1); PPP2R1A (регуляторная субъединица A протеинфосфатазы 2 (ранее 2A), альфа-изоформа); PRKCG (протеинкиназа C, гамма); PRPF31 (PRP31, гомолог 31 процессирующего пре-мРНК фактора (S.cerevisiae)); PTPRH (протеинтирозинфосфатаза H рецепторного типа); RDH13 (ретинолдегидрогеназа 13 (полностью транс/9-цис)); RPL28 (рибосомальный белок L28); RPS9 (рибосомальный белок S9); SAPS1 (представитель 1 доменного семейства SAPS); SUV420H2 (гомолог 2 супрессора мозаичности 4-20 (Drosophila)); SYT5 (синаптотагмин V); TFPT (партнер по слиянию TCF3 (E2A) (при детском лейкозе)); TMC4 (подобный трансмембранному каналу 4); TMEM190 (трансмембранный белок 190); TMEM86B (трансмембранный белок 86B); TNNI3 (тропонин I типа 3 (сердечный)); TNNT1 (тропонин T типа 1 (скелетный, медленный)); TSEN34 (гомолог эндонуклеазы 34 сплайсинга тРНК (S.cerevisiae)); TTYH1 (гомолог 1 tweety (Drosophila)); U2AF2 (вспомогательный фактор 2 малой ядерной РНК); UBE2S (убиквитин-конъюгирующий фермент E2S); VN1R2 (сошниково-носовой 1 рецептор 2); VN1R4 (сошниково-носовой 1 рецептор 4); VSTM1 (содержащий V-набор и трансмембранный домен 1); ZNF28,160,320,321,331,347,350,415,432,444,468,470 (белок цинковых пальцев 28,160,320,321,331,347,350,415,432,444,468,470); и микроРНК, включая hsa-mir-643, hsa-mir-512-1, hsa-mir-512-2, hsa-mir-498, hsa-mir-520e, hsa-mir-515-1, hsa-mir-519e, hsa-mir-520f, hsa-mir-515-2, hsa-mir-519c, hsa-mir-520a, hsa-mir-526b, hsa-mir-519b, hsa-mir-525, hsa-mir-523, hsa-mir-518f, hsa-mir-520b, hsa-mir-518b, hsa-mir-526a-1, hsa-mir-520c, hsa-mir-518c, hsa-mir-524, hsa-mir-517a, hsa-mir-519d, hsa-mir-521-2, hsa-mir-520d, hsa-mir-517b, hsa-mir-520g, hsa-mir-516-3, hsa-mir-526a-2, hsa-mir-518e, hsa-mir-518a-1, hsa-mir-518d, hsa-mir-516-4, hsa-mir-518a-2, hsa-mir-517c, hsa-mir-520h, hsa-mir-521-1, hsa-mir-522, hsa-mir-519a-1, hsa-mir-527, hsa-mir-516-1, hsa-mir-516-2, hsa-mir-519a-2, hsa-mir-371, hsa-mir-372, hsa-mir-373, hsa-mir-516a-1, hsa-mir-516a-2, hsa-mir-516b-1, hsa-mir-516b-2, hsa-mir-517a-1, hsa-mir-517a-2, hsa-mir-520c-1 и hsa-mir-520c-2 [Маркер 7].
13. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C6orf64 (хромосома 6, открытая рамка считывания 64); DNAH8 (аксонемальный динеин, тяжелая цепь 8); GLP1R (рецептор глюкагон-подобного пептида 1); KCNK16 (представитель 16 подсемейства K калиевых каналов); KCNK17 (представитель 17 подсемейства K калиевых каналов); KCNK5 (представитель 5 подсемейства K калиевых каналов); и KIF6 (представитель 6 семейства кинезинов) [Маркер 8].
14. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BANF1 (барьер для фактора аутоинтеграции 1); CATSPER1 (катионный канал, ассоциированный со спермой, 1); CCDC85B (содержащий двухспиральный домен 85B); CDC42EP2CDC42 (эффекторный белок (связывающий Rho GTP-азу) 2); CFL1 (кофилин 1 (немышечный)); CST6 (цистатин E/M); CTSW (катепсин W); DPF2 D4 (семейство 2 цинковых и двойных PHD пальцев); DRAP1 (DR1-ассоциированный белок 1 (негативный кофактор 2 альфа)); EFEMP2 (EGF-содержащий фибулин-подобный белок внеклеточного матрикса 2); EHBP1L1 (подобный 1 связывающему EH-домен белку 1); FAM89B (представитель B семейства со сходством последовательностей 89); FIBP (внутриклеточный связывающий фибробластный фактор роста (кислотный) белок); FOSL1 (FOS-подобный антиген 1); FRMD8 (содержащий FERM-домен 8); GAL3ST3 (галактоза-3-O-сульфотрансфераза 3); HTATIP (взаимодействующий с Tat ВИЧ-1 белок, 60 кДа); KCNK7 (представитель 7 подсемейства K калиевых каналов); LTBP3 (латентный связывающий трансформирующий фактор роста-бета белок 3); MAP3K11 (митоген-активируемая протеинкиназа 11); MGC11102 (гипотетический белок MGC11102); MUS81 MUS81 (гомолог эндонуклеазы (S.cerevisiae)); OVOL1 (ovo-подобный 1 (Drosophila)); PACS1 (кислотный кластерный сортирующий белок 1 фосфофурина); PCNXL3 (pecanex-подобный 3 (Drosophila)); POLA2 (полимераза (ДНК-направленная) альфа-2 (субъединица 70 кДа)); RELA (гомолог A вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel, энхансер гена ядерного фактора полипептида легкой цепи каппа в B-клетках 3, p65 (птичий)); RNASEH2C (субъединица C рибонуклеазы H2); SART1 (антиген плоскоклеточной карциномы, распознаваемый T-клетками); SCYL1 (SCY1-подобный 1 (S.cerevisiae)); SF3B2 (фактор сплайсинга 3b, субъединица 2, 145 кДа); SIPA1 (индуцируемый сигналом ассоциированный с пролиферацией ген 1); SLC25A45 (представитель 45 семейства 25 переносчиков растворенных веществ); SSSCA1 (аутоантиген 1 синдрома Шегрена/склеродермии); TIGD3 (происходящий из мобильного элемента tigger 3); и TSGA10IP (специфический к яичку 10, взаимодействующий белок) [Маркер 9].
15. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: AHNAK (нуклеопротеин AHNAK); ASRGL1 (аспарагиназа-подобный 1); B3GAT3 (бета-1,3-глюкуронилтрансфераза 3 (глюкуронозилтрансфераза I)); BAD (BCL2-антагонист клеточной гибели); BEST1 (бестрофин 1); BSCL2 (врожденная липодистрофия Берардинелли-Сейпа 2 (сейпин)); CCDC88B (содержащий двухспиральный домен 88B); CHRM1 (холинэргический рецептор, мускариновый 1); COX8A (субъединица 8A оксидазы цитохрома c (повсеместная)); DKFZP564J0863 (белок DKFZP564J0863); DKFZP566E164 (белок DKFZP566E164); DNAJC4 (представитель 4 подсемейства C гомобелка DnaJ (Hsp40)); EEF1G (эукариотический трансляционный фактор элонгации 1 гамма); EML3 (подобный ассоциированному с микротрубочками иглокожих белку 3); ESRRA (эстроген-родственный рецептор альфа); FADS2,3 (десатураза жирных кислот 2,3); FKBP2 (связывающий FK506 белок 2, 13 кДа); FLRT1 (фибронектиновый лейцин-богатый трансмембранный белок 1); FTH1 (ферритин, тяжелый полипептид 1); GANAB (глюкозидаза-альфа; нейтральный AB); GNG3 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G-белок), гамма 3); GPR137 (сопряженный с G-белком рецептор 137); HRASLS2,3,5 (HRAS-подобный супрессор 2,3,5); INCENP (антигены внутреннего центромерного белка 135/155 кДа); INTS5 (субъединица комплекса интеграции 5); KCNK4 (представитель 4 подсемейства K калиевых каналов); LGALS12 (лектин, галактозид-связывающий, растворимый, 12 (галектин 12)); MACROD1 (содержащий MACRO-домен 1); MARK2, (MAP/регулирующая аффинность микротрубочек киназа 2); MGC3196 (гипотетический белок MGC3196); MTA2 (представитель 2 ассоциированного с метастазами 1 семейства); NAT11 (N-ацетилтрансфераза 11); NRXN2 (неурексин 2); NUDT22 (мотив типа nudix (нуклеозиддифосфат-связанная группа X) 22); NXF1 (ядерный фактор экспорта РНК 1); OTUB1 (домен OTU, убиквитин-альдегид-связывающий 1); PLCB3 (фосфолипаза C, бета 3 (фосфатидилинозитол-специфическая)); POLR2G (полипептид G полимеразы (РНК) II (ДНК-направленной)); PPP1R14B (протеинфосфатаза 1, регуляторная (ингибиторная) субъединица 14B); PRDX5 (пероксиредоксин 5); PYGM (фосфорилаза гликогена, мышечная (синдром McArdle, болезнь накопления гликогена типа V)); RAB3IL1 (подобный взаимодействующему с RAB3A белку (rabin3) 1); RARRES3 (респондер на рецептор ретиноевой кислоты (тазаротен-индуцируемый) 3); RASGRP2 (RAS высвобождающий гуанил белок 2 (кальций и DAG-регулируемый)); RCOR2 REST (корепрессор 2); ROM1 (ретинальный белок 1 мембраны наружного сегмента); RPS6KA4 (полипептид 4 рибосомальной киназы белка S6, 90 кДа); RTN3 (ретикулон 3); SCGB1A1, 1D1, 1D2, 1D4, 2A1, 2A1 (секретоглобин, семейство фактора сплайсинга 1 SF1); SLC22A10 11, 12, 6, 8, 9 (семейство 22 переносчиков растворенных веществ (органический анионный/катионный транспортер), SLC3A2, представитель 2 семейства 3 переносчиков растворенных веществ (активаторы транспорта двухосновных и нейтральных аминокислот)); STIP1 (стресс-индуцируемый фосфопротеин 1 (Hsp70/Hsp90-организующий белок)); STX5 (синтаксин 5); TAF6L (TAF6-подобная РНК-полимераза II, p300/CBP-ассоциированный фактор (PCAF), 65 кДа); TRPT1 (тРНК-фосфотрансфераза 1); TTC9C (домен тетратрикопептидного повтора 9C); TUT1 (концевая уридилилтрансфераза 1, U6, мяРНК-специфический URP2 UNC-112-родственный белок 2); UST6 (предполагаемый UST1-подобный органический анионный транспортер); VEGFB (сосудисто-эндотелиальный фактор роста B); WDR74 (домен WD-повторов 74); и ZBTB3 (содержащий цинковые пальцы и домен BTB 3) [Маркер 10].
16. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: AKAP1 (якорный белок 1 A-киназы (PRKA)); ANKFN1 (содержащий анкириновые повторы и фибронектиновый домен 1 типа III); C17orf67 (открытая рамка считывания 67 хромосомы 17); COIL (коилин); DGKE (диацилглицеринкиназа эпсилон, 64 кДа); MSI2 (гомолог musashi 2 (Drosophila)); NOG (noggin); SCPEP1 (серинкарбоксипептидаза 1); и TRIM25 (содержащий тройственный мотив 25) [Маркер 11].
17. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: hsa-mir-10a; hsa-mir-196a-1; ABI3 (представитель 3 семейства генов ABI); ATP5G1 (ATP-синтаза, H+-транспортирующий митохондриальный комплекс F0, субъединица C1 (субъединица 9)); B4GALNT2 (бета-1,4-N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 2); CALCOCO2 (кальций-связывающий и двухспиральный домен 2); CBX1 (гомолог 1 хромобокса (HP1-бета гомолог Drosophila)); GIP (желудочный ингибиторный полипептид); GNGT2 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G-белок), полипептид 2 с активностью гамма-трансдукции); HOXB1,2,3,4,5,6,7,8,9,13 (гомеобокс B1,2,3,4,5,6,7,8,9,13); IGF2BP1 (связывающий мРНК инсулиноподобного фактора роста 2 белок 1); NFE2L1 (подобный ядерному фактору (эритроидного происхождения 2) 1); NGFR (рецептор фактора роста нервов (суперсемейство TNFR, представитель 16)); PHB (фосфатаза прохибитина PHOSPHO1, сиротская 1); PRAC (малый ядерный белок PRAC); SKAP1 (ассоциированный с src-киназой фосфобелок 1); SNF8 (гомолог субъединицы комплекса ESCRT-II SNF8 (S.cerevisiae)); SNX11 (сортирующий нексин 11); TTLL6 (представитель 6 семейства подобной тубулин-тирозину лигазы); UBE2Z (убиквитин-конъюгирующий фермент E2Z); и ZNF652 (белок цинковых пальцев 652) [Маркер 12].
18. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ACVR2A (рецептор активина A типа IIA); C2orf25 (открытая рамка считывания 25 хромосомы 2); EPC2 (энхансер гомолога 2 polycomb (Drosophila)); KIF5C (представитель 5C семейства кинезинов); LOC130576 (гипотетический белок LOC130576); LYPD6 (содержащий LY6/PLAUR 6); MBD5 (связывающий метил-CpG доменный белок 5); ORC4L (комплекс распознавания ориджина, подобный субъединице 4 (дрожжи)); и RND3 (GTP-аза 3 семейства Rho) [Маркер 13].
19. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие hsa-mir-588; AKAP7 (якорный белок 7 A-киназы (PRKA)); ALDH8A1 (представитель A1 семейства альдегиддегидрогеназы 8); ARG1 (аргиназа печени); ARHGAP18 (активирующий GTP-азу Rho белок 18); CTGF (фактор роста соединительной ткани); ECHDC1 (содержащий домен гидратазы еноил-кофермента A 1); ENPP1,3 (эктонуклеотидная пирофосфатаза/фосфодиэстераза 1,3); EPB41L2 (подобный 2 группе мембранных белков эритроцитов 4,1); EYA4 (гомолог 4 отсутствия глаз (Drosophila)); HDDC2 (содержащий HD-домен 2); HEY2 (мотив 2, родственный heiry/enhancer-of-split с YRPW); HINT3 (нуклеотид-связывающий белок 3 гистидиновой триады); KIAA1913, KIAA1913; LAMA2 (ламинин, альфа-2 (меросин, врожденная мышечная дистрофия)); MED23 (субъединица медиаторного комплекса 23); MOXD1 (монооксигеназа, DBH-подобная 1); MYB (гомолог вирусного онкогена миелобластоза v-myb (птичий)); NCOA7 (коактиватор ядерного рецептора 7); NKAIN2 (Na+/K+-транспортирующий взаимодействующий с ATP-азой 2); OR2A4 (представитель 4 подсемейства A семейства 2 обонятельных рецепторов); PTPRK (протеинтирозинфосфатаза, рецепторный тип, K); RNF146 (белок кольцевых пальцев 146); RNF217 (белок кольцевых пальцев 217); RPS12 (рибосомальный белок S12); SAMD3 (содержащий домен альфа-мотива стерильности 3); SGK (регулируемая сывороткой/глюкокортикоидами киназа); SLC2A12 (представитель 12 семейства 2 переносчиков растворенных веществ (облегченный транспортер глюкозы)); STX7 (синтаксин 7); TAAR1,2,5,6,8,9 (ассоциированный с остаточным амином рецептор 1,2,5,6,8,9); TBPL1 (TBP-подобный 1); TCF21 (фактор транскрипции 21); TPD52L1 (подобный опухолевому белку D52 1); TRDN (триадин); TRMT11 (гомолог тРНК-метилтрансферазы 11 (S.cerevisiae)); и VNN1,2,3 (ванин 1,2,3) [Маркер 14].
20. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: CLDN23 (клаудин 23); DEFA5 (дефензин альфа 5, специфический для клеток Панета); DEFB103B (дефензин бета 103B); DEFB104A (дефензин бета 104A); DEFB104B (дефензин бета 104B); DEFB105B (дефензин бета 105B); DEFB106A (дефензин бета 106A); DEFB106B (дефензин бета 106B); DEFB107A (дефензин бета 107A); DEFB107B (дефензин бета 107B); DEFB4 (дефензин бета 4); MFHAS1 (амплифицированная последовательность 1 злокачественной фиброзной гистиоцитомы); PRAGMIN (гомолог pragma крысы Rnd2); SPAG11A (ассоциированный со спермой антиген 11A); и SPAG11B (ассоциированный со спермой антигена 11B) [Маркер 15].
21. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BAZ2B (бромодомен, соседний с доменом цинковых пальцев 2B); CD302 (молекула CD302); ITGB6 (интегрин бета 6); LY75 (лимфоцитарный антиген 75); MARCH7 (ассоциированный с мембраной кольцевой палец (C3HC4) 7); PLA2R1 (рецептор 1 фосфолипазы A2, 180 кДа); и RBMS1 (РНК-связывающий мотив, одноцепочечный взаимодействующий белок 1) [Маркер 16].
22. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ABI2 (взаимодействующая с abl молекула 2); ALS2 (боковой амиотрофический склероз 2 (ювенильный)); ALS2CR2, 4, 7, 8, 11, 12, 13 (хромосомная область бокового амиотрофического склероза 2 (ювенильного), кандидат 2, 4, 7, 8, 11, 12, 13); AOX1 (альдегидоксидаза 1); BMPR2 (рецептор морфогенетического белка кости, тип II (серин/треониновая киназа)); BZW1 (основные домены 1 лейциновой молнии и W2); CASP10 (каспаза 10, апоптоз-связанная цистеинпептидаза); CASP8 (каспаза 8, апоптоз-связанная цистеинпептидаза); CFLAR (CASP8 и FADD-подобный регулятор апоптоза); CLK1 (CDC-подобная киназа 1); CYP20A1 (цитохром P450, семейство 20, подсемейство A, полипептид 1); FAM126B (представитель B семейства со сходством последовательностей 126); FZD7 (гомолог frizzled 7 (Drosophila) ICA1L, подобный аутоантигену островковых клеток 1,69 кДа); KCTD18 (содержащий домен тетрамеризации калиевых каналов 18); LOC26010 (трансактивируемый вирусной ДНК-полимеразой белок 6); MPP4 (мембранный белок, пальмитоилированный 4 (представитель 4 подсемейства MAGUK p55)); NBEAL1 (neurobeachin-подобный 1); NDUFB3 (субкомплекс 3 NADH-дегидрогеназы (убихинон) 1 бета, 12 кДа); NIF3L1 (подобный 1 взаимодействующему с NIF3 NGG1 фактору 3 (S. pombe)); NOP5/NOP58 (ядерный белок NOP5/NOP58); ORC2L (подобный комплексу распознавания ориджина, субъединице 2 (дрожжи)); PPIL3 (подобный пептидилпролилизомеразе (циклофилин) 3); RAPH1 (домены 1 ассоциации с Ras (RalGDS/AF-6) и гомологии плекстрина); SGOL2 (shugoshin-подобный 2 (S. pombe)); SUMO1 (гомолог 1 супрессора SMT3 mif two 3 (S.cerevisiae)); TRAK2 (белок транспорта, связывающий кинезин 2); и WDR12 (домен повтора WD 12) [Маркер 17].
23. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BRPF3 (содержащий бромодомен и пальцы PHD 3); DKFZp779B1540 (гипотетический белок DKFZp779B1540); ETV7 (ген варианта ets 7 (онкоген TEL2)); KCTD20 (содержащий домен тетрамеризации калиевых каналов 20); PNPLA1 (содержащий домен 1 пататин-подобный фосфолипазы); PXT1 (пероксисомальный специфический для яичка 1); SFRS3 (фактор сплайсинга, аргинин/серин-богатый 3); и STK38 (серин/треониновая киназа 38) [Маркер 18].
24. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ADAM23 (домен металлопептидазы ADAM 23); CPO (карбоксипептидаза O); DYTN (дистротелин); EEF1B2 (эукариотический трансляционный фактор элонгации 1 бета 2); FASTKD2 (домены киназы FAST 2); FLJ20309 (гипотетический белок FLJ20309); GPR1 (сопряженный с G-белком рецептор 1); KLF7 (Kruppel-подобный фактор 7 (повсеместный)); MDH1B (малатдегидрогеназа 1B, NAD (растворимый)); NDUFS1 (дегидрогеназа NADH (убихинон) Fe-S белок 1, 75 кДа (кофермент NADH Q-редуктаза)); NRP2 (нейропилин 2); PARD3B (гомолог B дефектный по разделению 3 par-3 (C. elegans)); ZDBF2 (цинковый палец, содержащий DBF-тип 2); и hCG_1657980 (hCG1657980) [Маркер 19].
25. Способ по п.4, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие hsa-mir-197; AHCYL1 (подобный S-аденозилгомоцистеингидролазе 1); ALX3 (aristaless-подобный гомеобокс 3); AMIGO1 (молекула адгезии с Ig-подобным доменом 1); AMPD2 (аденозинмонофосфатдезаминаза 2 (изоформа L)); ATXN7L2 (подобный 2 атаксину 7); CELSR2 (кадгерин, семикратно трансмембранный рецептор 2 G-типа EGF LAG (гомолог flamingo, Drosophila)); CSF1 (колониестимулирующий фактор 1 (макрофаг)); CYB561D1 (содержащий 1 домен цитохрома b-561); EPS8L3 (EPS8-подобный 3); FAM40A (представитель A семейства со сходством последовательностей 40); GNAI3 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G белок), полипептид 3 с альфа-ингибирующей активностью); GNAT2 (гуаниновый нуклеотид связывающий белок (G белок), полипептид 2 с альфа-трансдуцирующей активностью); GPR61 (сопряженный с G белком рецептор 61); GSTM1,M2,M3,M4,M5 (глутатион S-трансфераза M1, M2 (мышцы), M3 (головной мозг), M4, M5); HBXIP (взаимодействующий с вирусом x гепатита B белок); KCNA2,3,4,10 (представитель 2,3,4,10 подсемейства shaker-родственных калиевых потенциал-зависимых каналов); KIAA1324 (KIAA1324); MYBPHL (подобный миозин-связывающему белку H); PROK1 (прокинтицин 1); PSMA5 (субъединица протеасомы (просома, макропаин), альфа-типа, 5); PSRC1 (пролин/серин-богатая двойная спираль 1); RBM15 (белок РНК-связывающего белка 15); SARS (серил-тРНК-синтетаза); SLC16A4 (представитель 4 семейства 16 переносчиков растворенных веществ (транспортер 5 монокарбоновых кислот)); SLC6A17 (представитель 17 семейства 6 переносчиков растворенных веществ); SORT1 (сортилин 1); SYPL2 (синаптофизин-подобный 2); и UBL4B (убиквитин-подобный 4B) [Маркер 20].
26. Способ по любому из пп.1-3, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
27. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
28. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ADAMTS6 (металлопептидаза ADAM 6 с мотивом тромбоспондина типа 1); CD180 (молекула CD180); CENPK (белок центромеры K); ERBB2IP (взаимодействующий с erbb2 белок); FLJ13611 (гипотетический белок FLJ13611); HTR1A (рецептор 1A 5-гидрокситриптамина (серотонин)); MAST4 (представитель 4 семейства ассоциированных с микротрубочками серин/треониновых киназ); NLN (нейролизин (семейство металлопептидазы M3)); P18SRP (белок P18SRP); PIK3R1 (фосфоинозитид-3-киназа, регуляторная субъединица 1 (p85-альфа)); PPWD1 (содержащий домен пептидилпролилизомеразы и WD-повтор 1); RGS7BP (регулятор связывающего белка передачи сигнала G-белком 7); RNF180 (белок кольцевого пальца 180); SDCCAG10 (антиген 10 серологически определенного рака толстого кишечника); SFRS12 (фактор сплайсинга, аргинин/серин-богатый 12); SGTB (содержащий малые глутамин-богатые тетратрикопептидные повторы (TPR) бета 0); и TRIM23 (содержащий тройной мотив 23) [Маркер делеции 1].
29. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARL15 (подобный фактору ADP-рибозилирования 15); HSPB3 (белок 3 теплового шока 27 кДа) и hsa-miR-581 [Маркер делеции 2].
30. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: FLJ20184 (гипотетический белок FLJ20184); GSTCD (глутатион S-трансфераза, содержащая C-концевой домен); INTS12 (субъединица комплекса интеграции 12); KIAA1546 (KIAA1546); MGC16169 (гипотетический белок MGC16169); NPNT (нефронектин); и PPA2 (пирофосфатаза (неорганическая) 2) [Маркер делеции 3].
31. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ITFG1 (содержащий FG-GAP-повтор интегрина альфа 1) и PHKB (киназа фосфорилазы бета) [Маркер делеции 4].
32. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую ISL1 (гомеобокс ISL LIM) [Маркер делеции 5].
33. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ARSK (представитель K семейства арилсульфатазы); CAST (кальпастатин); ELL2 (фактор элонгации, РНК-полимераза II, 2); FAM81B (представитель B семейства со сходством последовательностей 81); GLRX (глутаредоксин (тиолтрансфераза)); GPR150 (сопряженный с G-белком рецептор 150); KIAA0372 (KIAA0372); MCTP1 (трансмембранный 1 со множественными доменами C2); PCSK1 (пробелок конвертаза субтилизин/кексин типа 1); RFESD (содержащий домен Rieske (Fe-S)); RHOBTB3 (Rho-родственный содержащий домен BTB 3); SPATA9 (ассоциированный со сперматогенезом 9); и hsa-miR-583 [Маркер делеции 6].
34. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C9orf19 (открытая рамка считывания 19 хромосомы 9); CCIN (калицин); CLTA (клатрин, легкая цепь (Lca)); GNE (глюкозамин (UDP-N-ацетил)-2-эпимераза/N-ацетилманнозаминкиназа); MELK (материнская эмбриональная киназа лейциновой молнии); PAX5 (парный бокс 5); RECK (индуцирующий реверсию цистеин-богатый белок с мотивами kazal); и RNF38 (белок кольцевых пальцев 38) [Маркер делеции 7].
35. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ARSK (представитель K семейства арилсульфатазы); CAST (кальпастатин); ELL2 (фактор элонгации, РНК-полимераза II, 2); FAM81B (представитель B семейства со сходством последовательностей 81); GLRX (глутаредоксин (тиолтрансфераза)); GPR150 (сопряженный с G-белком рецептор 150); KIAA0372 (KIAA0372); MCTP1 (множественные домены C2, трансмембранный 1); PCSK1 (пробелок конвертаза субтилизин/кексин типа 1); RFESD (содержащий домен Rieske (Fe-S)); RHOBTB3 (Rho-родственный содержащий домен BTB 3); SPATA9 (ассоциированный со сперматогенезом 9) [Маркер делеции 8].
36. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C14orf166 (открытая рамка считывания 166 хромосомы 14); DDHD1 (содержащий DDHD домен 1); ERO1L (ERO1-подобный (S.cerevisiae)); FRMD6 (содержащий домен FERM 6); GNG2 (связывающий гуаниновый нуклеотид белок (G-белок), гамма 2); GNPNAT1 (глюкозамин-фосфат N-ацетилтрансфераза 1); GPR137C (сопряженный с G белком рецептор 137C); NID2 (нидоген 2 (остеонидоген)); PLEKHC1 (представитель 1 содержащего домен гомологии плекстрина семейства C (с доменом FERM)); PSMC6 (субъединица 26S протеасомы (просома, макропаин), ATP-аза 6); PTGDR (рецептор простагландина D2 (DP)); PTGER2 (рецептор 2 простагландина E (подтип EP2), 53 кДа); STYX (взаимодействующий с серин/треонин/тирозином белок); TXNDC16 (содержащий домен тиоредоксина 16) [Маркер делеции 9].
37. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ACTN1 (актинин, альфа 1); AKAP5 (якорный белок 5 киназы A (PRKA)); ARG2 (аргиназа, тип II); ATP6V1D (ATP-аза H+-транспортирующая лизосомальная, 34 кДа, V1, субъединица D); C14orf50 (открытая рамка считывания 50 хромосомы 14); C14orf54 (открытая рамка считывания 54 хромосомы 14); C14orf83 (открытая рамка считывания 83 хромосомы 14); CHURC1 (содержащий домен churchill 1); EIF2S1 (эукариотический трансляционный фактор инициации 2, субъединица 1 альфа, 35 кДа); ESR2 (рецептор эстрогенов 2 (ER-бета)); FLJ39779 (белок FLJ39779); FNTB (фарнезилтрансфераза, бокс CAAX, бета); FUT8 (фукозилтрансфераза 8 (альфа-(1,6)-фукозилтрансфераза)); GPHB5 (гликопротеиновый гормон бета 5); GPHN (гефирин); GPX2 (глутатионпероксидаза 2 (желудочно-кишечная)); HSPA2 (белок 2 теплового шока, 70 кДа); KCNH5 (представитель 5 подсемейства H калиевых потенциал-зависимых каналов (eag-родственного)); MAX MYC (ассоциированный фактор X); MPP5 (мембранный белок, пальмитоилированный 5 (представитель 5 подсемейства MAGUK p55)); MTHFD1 (метилентетрагидрофолатдегидрогеназа (NADP+-зависимая) 1, метенилтетрагидрофолатциклогидролаза, формилтетрагидрофолатсинтетаза); PIGH (биосинтез гликанового якоря фосфатидилинозитола, класс H); PLEK2 (плекстрин 2); PLEKHG3 (представитель 3 содержащий домен гомологии плекстрина, семейство G (с доменом RhoGef)); PLEKHH1 (представитель 1 содержащий домен гомологии плекстрина, семейство H (с доменом MyTH4)); PPP2R5E (эпсилон-изоформа протеинфосфатазы 2, регуляторная субъединица B'); RAB15 (RAB15, представитель семейства онкогенов RAS); RAD51L1 (RAD51-подобный 1 (S.cerevisiae)); RDH11 (ретинолдегидрогеназа 11 (полностью транс/9-цис/11-цис)); RDH12 (ретинолдегидрогеназа 12 (полностью транс/9-цис/11-цис)); RHOJ (представитель J семейства гомологичных генов ras); SGPP1 (фосфатаза 1 сфингозин-1-фосфата); SPTB (спектрин бета, эритроцитарный (включает сфероцитоз, клинический тип I)); SYNE2 (содержащий спектриновые повторы, ядерной оболочки 2); SYT16 (синаптотагмин XVI); VTI1B (везикулярный транспорт через взаимодействие с гомологом 1B t-SNAREs (дрожжи)); WDR22 (домен 22 WD-повторов); WDR89 (домен 89 WD-повторов); ZBTB1 (содержащий цинковый палец и домен BTB 1); ZBTB25 (содержащий цинковый палец и домен BTB 25); ZFP36L1 (подобный белку цинкового пальца 36, C3H-типа 1); ZFYVE26 (цинковый палец, содержащий домен FYVE 26); и hsa-miR-625 [Маркер делеции 10].
38. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 9, 28,1 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую LINGO2 (содержащий лейцин-богатый повтор и Ig-домен 2) [Маркер делеции 11].
39. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую KCTD8 (содержащий домен тетрамеризации калиевых каналов 8) [Маркер делеции 12].
40. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: DIMT1L DIM1 (подобный диметиладенозинтрансферазе 1 (S.cerevisiae)); FLJ37543 (гипотетический белок FLJ37543); IPO11 (импортин 11); ISCA1L (подобный гомологу сборки кластера железо-сера (S.cerevisiae)); и KIF2A (представитель 2A тяжелой цепи кинезина) [Маркер делеции 13].
41. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ADPRH (ADP-рибозиларгинингидролаза); B4GALT4 (UDP-Gal:betaGlcNAc бета 1,4-галактозилтрансфераза, полипептид 4); C3orf1 (открытая рамка считывания 1 хромосомы 3); C3orf15 (открытая рамка считывания 15 хромосомы 3); C3orf30 (открытая рамка считывания 30 хромосомы 3); CD80 (молекула CD80); CDGAP (активирующий Cdc42 GTP-азу белок); COX17 (гомолог сборки оксидазы цитохрома c COX17 (S.cerevisiae)); GSK3B (киназа гликогенсинтазы 3 бета); IGSF11 (представитель 110 суперсемейства иммуноглобулинов); KTELC1 (содержащий KTEL (Lys-Tyr-Glu-Leu) 1); NR1I2 (представитель 2 подсемейства 1 ядерных рецепторов, группа I); PLA1A (представитель A фосфолипазы A1); POPDC2 (содержащий домен popeye 2); TMEM39A (трансмембранный белок 39A); и UPK1B (уроплакин 1B) [Маркер делеции 14].
42. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ATP10D (ATP-аза, класса V, тип 10D); CNGA1 (управляемый циклическими нуклеотидами канал альфа 1); COMMD8 (содержащий домен COMM 8); CORIN (корин, сериновая пептидаза); COX7B2 (субъединица VIIb2 оксидазы цитохрома c); GABRA4 (рецептор гамма-аминомасляной кислоты (GABA) A, альфа 4); GABRB1 (рецептор гамма-аминомасляной кислоты (GABA) A, бета 1); NFXL1 (ядерный фактор транскрипции, подобный связывающему X-бокс 1); NPAL1 (содержащий NIPA-подобный домен 1); TEC (протеинтирозинкиназа tec); и TXK (тирозинкиназа TXK) [Маркер делеции 15].
43. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую FBXO33 (белок F-бокса 33) [Маркер делеции 16].
44. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: GNPDA2 (глюкозамин-6-фосфатдезаминаза 2); GUF1 (GUF1, гомолог GTP-азы (S.cerevisiae)); и YIPF7 (представитель 7 семейства доменов Yip1) [Маркер делеции 17].
45. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие IKZF2 (цинковый палец семейства IKAROS 2 (Helios)); и SPAG16 (ассоциированный со спермой антиген 16) [Маркер делеции 18].
46. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: C14orf106 (открытая рамка считывания 106 хромосомы 14); C14orf155 (открытая рамка считывания 155 хромосомы 14); C14orf28 (открытая рамка считывания 28 хромосомы 14); FANCM (анемия Фанкони, группа комплементации M); FKBP3 (связывающий FK506 белок 3, 25 кДа); KIAA0423 (KIAA0423); KLHL28 (kelch-подобный 28 (Drosophila)); MDGA2 (содержащий домен MAM гликозилфосфатидилинозитольный якорь 2); PRPF39 (гомолог фактора процессинга пре-мРНК PRP39 (S.cerevisiae)); и RPL10L (подобный рибосомальному белку L10) [Маркер делеции 19].
47. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н. и включает нуклеотидную последовательность, кодирующую FOXG1 (бокс forkhead G1) [Маркер делеции 20].
48. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие EPHA6 (рецептор EPH A6) [Маркер делеции 21].
49. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ACTR10 (гомолог актин-родственного белка 10 (S.cerevisiae)); ARID4A (AT-богатый взаимодействующий домен 4A (RBP1-подобный)); C14orf100 (открытая рамка считывания 100 хромосомы 14); C14orf101 (открытая рамка считывания 101 хромосомы 14); C14orf105 (открытая рамка считывания 105 хромосомы 14); C14orf108 (открытая рамка считывания 108 хромосомы 14); C14orf135 (открытая рамка считывания 135 хромосомы 14); C14orf149 (открытая рамка считывания 149 хромосомы 14); C14orf37 (открытая рамка считывания 37 хромосомы 14); C14orf39 (открытая рамка считывания 39 хромосомы 14); DAAM1 (ассоциированный с dishevelled активатор морфогенеза 1); DACT1 (гомолог 1 dapper, антагонист бета-катенина (Xenopus laevis)); DHRS7 (представитель 7 дегидрогеназа/редуктаза (семейство SDR)); EXOC5 (компонент 5 комплекса exocyst); GPR135 (сопряженный с G-белком рецептор 135); KIAA0586 (KIAA0586); NAT12 (N-ацетилтрансфераза 12); OTX2 (гомеобокс orthodenticle 2); PELI2 (гомолог pellino 2 (Drosophila)); PPM1A (протеинфосфатаза 1A (ранее 2C), магний-зависимая, альфа-изоформа); PSMA3 (субъединица протеасомы (просома, макропаин), альфа-тип, 3); RTN1 (ретикулон 1); SLC35F4 (представитель F4 семейства 35 переносчиков растворенных веществ); TIMM9 (гомолог транслоказы внутренней митохондриальной мембраны 9 (дрожжи)); и UNQ9438 (TIMM) [Маркер делеции 22].
50. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ABHD12B (содержащая домен абгидролазы 12B); ARF6 (фактор ADP-рибозилирования 6); ATP5S (субъединица s ATP-синтазы, H+-транспортирующего, митохондриального комплекса F0 (фактор B)); C14orf104 (открытая рамка считывания 104 хромосомы 14); C14orf138 (открытая рамка считывания 138 хромосомы 14); CDKL1 (подобный циклин-зависимой киназе 1 (CDC2-родственная киназа)); FRMD6 (содержащая домен FERM 6); KLHDC1 (содержащая домен kelch 1); KLHDC2 (содержащая домен kelch 2); L2HGDH (L-2-гидроксиглутаратдегидрогеназа); LOC196913 (гипотетический белок LOC196913); LOC283551 (гипотетический белок LOC283551); MAP4K5 (митоген-активируемая протеинкиназа 5); MGAT2 (маннозил-(альфа-1,6-)-гликопротеин бета-1,2-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза); NIN (нинеин (взаимодействующий с GSK3B белок)); POLE2 (полимераза (ДНК-направленная), эпсилон 2 (субъединица p59)); PPIL5 (подобный пептидилпролилизомеразе (циклофилин) 5); PYGL (фосфорилаза, гликоген, печень (болезнь Hers, болезнь накопления гликогена типа VI)); RPL36AL (подобный рибосомальному белку L36a); и RPS29 (рибосомальный белок S29) [Маркер делеции 23].
51. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: BMP3 (морфогенетический белок кости 3 (остеогенный)); C4orf22 (открытая рамка считывания 22 хромосомы 4); FGF5 (фибробластный фактор роста 5); PRKG2 (протеинкиназа, cGMP-зависимая, тип II); и RASGEF1B (представитель 1B семейства доменов RasGEF) [Маркер делеции 24].
52. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие ACF (фактор комплементации apobec-1); ASAH2B (N-ацилсфингозинамидогидролаза (нелизосомальная церамидаза) 2B); CSTF2T (фактор стимуляции расщепления, 3' пре-РНК, субъединица 2, 64 кДа, вариант tau); DKK1 (гомолог dickkopf 1 (Xenopus laevis)); MBL2 (манноза-связывающий лектин (белок C) 2, растворимый (опсоничекий дефект)); PRKG1 (протеинкиназа, cGMP-зависимая, тип I); SGMS1 (сфингомиелинсинтаза 1); и hsa-miR-605 [Маркер делеции 25].
53. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие: ANKRD55 (домен анкириновых повторов 55); C5orf29 (открытая рамка считывания 29 хромосомы 5); C5orf35 (открытая рамка считывания 35 хромосомы 5); DKFZp686D0972 (сходный с кДНК гена RIKEN 4732495G21); GPBP1 (GC-богатый связывающий промотор белок 1); IL31RA (рецептор A интерлейкина 31); IL6ST (передатчик сигнала интерлейкина 6 (gp130, рецептор онкостатина M)); MAP3K1 (митоген-активируемая протеинкиназа 1); MIER3 (представитель 3 семейства индукции раннего ответа мезодермы 1); PDE4D (фосфодиэстераза 4D, cAMP-специфическая (гомолог dunce фосфодиэстеразы E3, Drosophila)); PLK2 (polo-подобная киназа 2 (Drosophila)); и RAB3C RAB3C (представитель семейства онкогенов RAS) [Маркер делеции 26].
54. Способ по п.26, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н. и включает нуклеотидные последовательности, кодирующие CCNB1 (циклин B1) и SLC30A5 (представитель 5 семейства 30 переносчиков растворенных веществ (цинковый транспортер)) [Маркер делеции 27].
55. Способ по п.1, где тестируемый образец содержит образец ткани.
56. Способ по п.55, где образец ткани включает образец крови, опухолевую ткань и предположительно опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец тонкоигольного пунктата, образец легочного смыва, образец плеврального выпота, свежезамороженный образец ткани, погруженный в парафин образец ткани или экстракт или обработанный образец, полученный из любого из указанных выше образцов.
57. Способ по п.55, где образец ткани включает образец ткани легкого или образец периферической крови, содержащий циркулирующие опухолевые клетки.
58. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят путем гибридизации in situ.
59. Способ по п.58, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является флуоресцентно меченным.
60. Способ по п.58, где гибридизацию in situ проводят с помощью по меньшей мере двух зондов на основе нуклеиновой кислоты.
61. Способ по п.58, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе пептидно-нуклеиновой кислоты.
62. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят путем полимеразной цепной реакции.
63. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят анализом способом секвенирования нуклеиновых кислот.
64. Способ по п.1, где стадию определения (b) проводят анализом микрочипов для исследования нуклеиновых кислот.
65. Способ по п.1, где рак легкого представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
66. Способ по п.1, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из плоскоклеточной карциномы, крупноклеточной карциномы и аденокарциномы.
67. Способ по п.1, где пациента лечат химиотерапией, лучевой терапией, хирургическим вмешательством или любой их комбинацией.
68. Способ выбора лечения для пациента, страдающего раком легкого, где способ включает стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента, где лечение химиотерапевтическим средством является по меньшей мере одним вариантом лечения для пациента;
b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце;
c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, тем самым определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце; и
d) определения режима лечения химиотерапией, исходя из сравнения на стадии c).
69. Способ по п.68, где определение режима лечения на основе сравнения на стадии c) включает выбор химиотерапевтического средства и определение частоты химиотерапевтического лечения, когда присутствует изменение числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
70. Способ по п.68, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
71. Способ по п.70, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
72. Способ по п.68, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
73. Способ по п.72, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
74. Способ по п.68, где тестируемый образец включает образец ткани.
75. Способ по п.74, где образец ткани включает образец крови, опухолевую ткань и предположительно опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец тонкоигольного пунктата, образец легочного смыва, образец плеврального выпота, свежезамороженный образец ткани, погруженный в парафин образец ткани или экстракт или обработанный образец, полученный из любого из них.
76. Способ по п.74, где образец ткани включает образец ткани легкого или образец периферической крови, содержащий циркулирующие опухолевые клетки.
77. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят способом гибридизации in situ.
78. Способ по п.77, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является флуоресцентно меченным.
79. Способ по п.77, где гибридизацию in situ проводят по меньшей мере с двумя зондами на основе нуклеиновой кислоты.
80. Способ по п.77, где гибридизацию in situ проводят с зондом на основе пептидно-нуклеиновой кислоты.
81. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят полимеразной цепной реакцией.
82. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят анализом способом секвенирования нуклеиновых кислот.
83. Способ по п.68, где стадию определения (b) проводят анализом микрочипов для исследования нуклеиновых кислот.
84. Способ по п.68, где рак легкого представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
85. Способ по п.68, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из плоскоклеточной карциномы, крупноклеточной карциномы и аденокарциномы.
86. Способ по п.68, где пациента лечат лучевой терапией или хирургическим вмешательством, или любой их комбинацией.
87. Способ классификации пациента как имеющего рак легкого, который является резистентным к лечению, включающий стадии:
a) предоставления тестируемого образца от пациента;
b) определения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли;
c) сравнения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли в тестируемом образце с исходным числом копий, равным двум, для маркера исхода злокачественной опухоли, определяя присутствие или отсутствие изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли у пациента; и
d) классификацию пациента как имеющего рак легкого, который является устойчивым к лечению, исходя из присутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли.
88. Способ по п.87, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
89. Способ по п.88, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
90. Способ по п.87, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
91. Способ по п.90, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4-83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.
92. Способ по п.87, где тестируемый образец включает образец ткани.
93. Способ по п.92, где образец ткани включает образец крови, опухолевую ткань и предположительно опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец тонкоигольного пунктата, образец легочного смыва, образец плеврального выпота, свежезамороженный образец ткани, погруженный в парафин образец ткани или экстракт или обработанный образец, полученный из любого образца периферической крови.
94. Способ по п.92, где образец ткани включает образец ткани легкого или образец периферической крови, содержащий циркулирующие опухолевые клетки.
95. Способ по п.86, где стадию определения (b) проводят способом гибридизации in situ.
96. Способ по п.94, где гибридизацию in situ проводят с помощью зонда на основе нуклеиновой кислоты, который является флуоресцентно меченным.
97. Способ по п.94, где гибридизацию in situ проводят по меньшей мере с двумя зондами на основе нуклеиновой кислоты.
98. Способ по п.94, где in situ гибридизацию проводят с помощью зонда на основе пептидно-нуклеиновой кислоты.
99. Способ по п.87, где стадию определения (b) проводят полимеразной цепной реакцией.
100. Способ по п.87, где стадию определения (b) проводят анализом способом секвенирования нуклеиновых кислот.
101. Способ по п.87, где стадию определения (b) проводят анализом микрочипов для исследования нуклеиновых кислот.
102. Способ по п.87, где рак легкого представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
103. Способ по п.87, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из плоскоклеточной карциномы, крупноклеточной карциномы и аденокарциномы.
104. Способ по п.87, где пациента лечат химиотерапией, лучевой терапией, хирургическим вмешательством или любой их комбинацией.
105. Набор, содержащий:
a) реагенты для определения присутствия или отсутствия изменения числа копий маркера исхода злокачественной опухоли; и
b) инструкции по проведению теста.
106. Набор по п.105, где реагенты для определения присутствия или отсутствия увеличения числа копий включают меченные поддающейся детекции меткой полинуклеотиды, которые гибридизуются по меньшей мере с частью маркера исхода злокачественной опухоли.
107. Набор по п.105, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, амплификация которой приводит к увеличению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где увеличение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
108. Набор по п.106, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 19, 34,7 м.п.н.-35,6 м.п.н.; Chr 19, 38,9-40,7 м.п.н.; Chr 17, 69,2-71,3 м.п.н.; Chr 6, 70,8-71,1 м.п.н.; Chr 12, 93,7 т.п.н.-1,9 м.п.н.; Chr 11, 64,3-64,8 м.п.н.; Chr 19, 57,0-62,2 м.п.н.; Chr 6, 39,1-39,9 м.п.н.; Chr 11, 64,8-65,7 м.п.н.; Chr 11, 61,4-64,3 м.п.н.; Chr 17, 51,5-53,2 м.п.н.; Chr 17, 43,5-44,9 м.п.н.; Chr 2, 147,6-151,1 м.п.н.; Chr 6, 123,7-135,6 м.п.н.; Chr 8, 6,9-8,8 м.п.н.; Chr 2, 159,9-161,4 м.п.н.; Chr 2, 200,9-204,2 м.п.н.; Chr 6, 36,3-36,7 м.п.н.; Chr 2, 205,9-208,1 м.п.н.; и Chr 1, 109,5-111,1 м.п.н.
109. Набор по п.105, где маркер исхода злокачественной опухоли представляет собой область хромосомной ДНК, делеция которой приводит к снижению числа копий маркера исхода злокачественной опухоли, где снижение числа копий ассоциировано с плохим исходом заболевания.
110. Набор по п.108, где маркер исхода злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из Chr 5, 62,9-67,8 м.п.н.; Chr 5, 53,3-53,8 м.п.н.; Chr 4, 105,8-107,2 м.п.н.; Chr 16, 45,8-46,3 м.п.н.; Chr 5, 50,7-52,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 9, 36,1-37,0 м.п.н.; Chr 5, 94,2-96,1 м.п.н.; Chr 14, 51,1-52,8 м.п.н.; Chr 14, 61,5-68,6 м.п.н.; Chr 9, 28,1 м.п.н.; Chr 4, 43,7-44,2 м.п.н.; Chr 5, 60,8-62,9 м.п.н.; Chr 3, 120,0-121,1 м.п.н.; Chr 4, 46,2-48,0 м.п.н.; Chr 14, 38,9-40,0 м.п.н.; Chr 4, 44,2-44,6 м.п.н.; Chr 2, 213,7-214,3 м.п.н.; Chr 14, 43,9-46,6 м.п.н.; Chr 14, 27,6-28,6 м.п.н.; Chr 3, 98,0-98,3 м.п.н.; Chr 14, 55,2-60,0 м.п.н.; Chr 14, 48,7-51,1 м.п.н.; Chr 4, 81,4 83,2 м.п.н.; Chr 10, 51,9-54,2 м.п.н.; Chr 5, 55,2-58,6 м.п.н.; и Chr 5, 67,8-68,5 м.п.н.