БИОМАРКЕРЫ ДЛЯ ТЕРАПИИ РАКА

1. Способ лечения рака у нуждающегося в этом субъекта, предусматривающий:
(a) определение количества копий гена MYC или сайта локализации гена MYC на хромосоме в образце раковой ткани от субъекта; и
(b) введение субъекту монобромида YM155 [1-(2-метоксиэтил)-2-метил-4,9-диоксо-3-(пиразин-2-илметил)-4,9-дигидро-1H-нафто[2,3-d]имидазолия бромида] или его аналога или производного, если количество копий гена MYC в раковой ткани увеличено относительно эталонного количества копий гена MYC, или если сайт локализации гена MYC на хромосоме в раковой ткани перемещен относительно эталонного сайта локализации гена MYC на хромосоме,
за счет чего осуществляется лечение рака у нуждающегося в этом субъекта.
2. Способ по п. 1, предусматривающий введение субъекту химиотерапевтического средства, за исключением (или отличного от) монобромида YM155, если количество копий гена MYC в раковой ткани существенно не увеличено относительно эталонного количества копий гена MYC, или если сайт локализации гена MYC на хромосоме в раковой ткани не перемещен относительно эталонного сайта локализации гена MYC на хромосоме.
3. Способ прогнозирования терапевтического ответа на монобромид YM155 [1-(2-метоксиэтил)-2-метил-4,9-диоксо-3-(пиразин-2-илметил)-4,9-дигидро-1H-нафто[2,3-d]имидазолия бромид] или его аналог или производное у субъекта с раком, предусматривающий
(a) определение количества копий гена MYC или сайта локализации гена MYC на хромосоме в образце раковой ткани от субъекта; и
(b) (i) характеристику субъекта как демонстрирующего ответ на терапию монобромидом YM155, если количество копий гена MYC в раковой ткани увеличено относительно эталонного количества копий гена MYC, или если сайт локализации гена MYC на хромосоме в раковой ткани перемещен относительно эталонного сайта локализации гена MYC на хромосоме; или
(ii) характеристику субъекта как не демонстрирующего ответ на терапию монобромидом YM155, если количество копий гена MYC в раковой ткани существенно не увеличено относительно эталонного количества копий гена MYC, или если сайт локализации гена MYC на хромосоме в раковой ткани не перемещен относительно эталонного сайта локализации гена MYC на хромосоме,
за счет чего осуществляется прогнозирование терапевтического ответа на монобромид YM155 у субъекта с раком.
4. Способ по п. 3, предусматривающий введение субъекту монобромида YM155, если субъект охарактеризован как демонстрирующий ответ на терапию монобромидом YM155.
5. Способ по п. 3, предусматривающий введение субъекту химиотерапевтического средства, за исключением монобромида YM155, если субъект охарактеризован как не демонстрирующий ответ на терапию монобромидом YM155.
6. Способ по любому из пп. 1-5, где количество копий гена MYC в раковой ткани увеличено в приблизительно или по меньшей мере приблизительно 1,5, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 раз относительно эталонного количества копий гена MYC.
7. Способ по любому из пп. 1-6, предусматривающий определение количества копий гена MYC в раковой ткани посредством матричной сравнительной геномной гибридизации (aCGH), матричного анализа однонуклеотидного полиморфизма (SNP), секвенирования с определением вариации количества копий генов (CNV) или мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA).
8. Способ по любому из пп. 1-7, предусматривающий определение сайта локализации гена MYC на хромосоме в раковой ткани с помощью гибридизации in situ (ISH), флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), секвенирования нового поколения (NGS) или сравнительной геномной гибридизации (CGH).
9. Способ по любому из пп. 1-8, предусматривающий получение данных об эталонном количестве копий гена MYC из базы данных или определение эталонного количества копий гена MYC с использованием нераковой ткани из контроля, необязательно посредством aCGH, матричного анализа SNP, секвенирования CNV или MLPA.
10. Способ по любому из пп. 1-9, предусматривающий получение данных об эталонном сайте локализации гена MYC на хромосоме из базы данных или определение эталонного сайта локализации гена MYC на хромосоме с использованием нераковой ткани из контроля, необязательно посредством ISH, FISH, NGS или CGH.
11. Способ по любому из пп. 1-10, предусматривающий получение образца раковой ткани от субъекта.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где образец раковой ткани представляет собой хирургический образец, образец, полученный посредством биопсии, образец плеврального выпота или образец асцитической жидкости, полученный от субъекта, необязательно выбранный из одного или более из ткани легкого, крови, ткани молочной железы, желудочно-кишечного тракта (желудка, толстой кишки, прямой кишки), яичника, поджелудочной железы, печени, мочевого пузыря, шейки матки, нервной ткани, ткани матки, слюнной железы, почки, предстательной железы, щитовидной железы или мышечной ткани.
13. Способ по любому из пп. 1-12, где субъект представляет собой субъекта-человека.
14. Способ по любому из пп. 1-13, где рак выбран из одного или более из карциномы, саркомы, такой как рабдомиосаркома, например, альвеолярная рабдомиосаркома (включая саркому, происходящую из костей, сухожилий, хряща, мышцы, жировой клетчатки, фиброзной ткани, ткани кровеносных сосудов, жировой ткани и/или соединительной ткани), нейробластомы, медуллобластомы, астроцитомы, мультиформной глиобластомы, ретинобластомы, миеломы, лейкоза, лимфомы (включая лимфому Ходжкина и неходжкинскую лимфому), аденосквамозной карциномы, карциносаркомы, смешанной мезодермальной опухоли, тератокарциномы, рака легкого (включая немелкоклеточный рак легкого, мелкоклеточный рак легкого, аденокарциному и плоскоклеточный рак легкого), рака молочной железы (включая метастатический рак молочной железы), рака желудочно-кишечного тракта, рака желудка, колоректального рака, рака толстой кишки, рака прямой кишки, рака яичника, рака поджелудочной железы, рака печени, рака мочевого пузыря, рака шейки матки, глиобластомы, карциномы матки, карциномы слюнной железы, почечного рака или рака почки (например, опухоли Вильмса), рака предстательной железы, рака щитовидной железы и рака головы и шеи.
15. Способ по любому из пп. 1-14, где ген MYC выбран из MYCC и MYCN.
16. Способ по п. 15, где ген MYC представляет собой MYCC, и рак выбран из рака легкого и различных типов гемобластоза, необязательно из лейкозов и лимфом.
17. Способ по п. 15, где ген MYC представляет собой MYCN, и рак выбран из нейробластомы, мелкоклеточного рака легкого, рака предстательной железы, альвеолярной рабдомиосаркомы, медуллобластомы, мультиформной глиобластомы, ретинобластомы и рака молочной железы.
18. Применение диагностического набора для определения терапевтического ответа на терапию монобромидом YM155 [1-(2-метоксиэтил)-2-метил-4,9-диоксо-3-(пиразин-2-илметил)-4,9-дигидро-1H-нафто[2,3-d]имидазолия бромидом], или его аналогом или производным у субъекта с раком, содержащего средства для определения количества копий гена MYC или сайта локализации гена MYC на хромосоме в образце ткани от субъекта, включающем раковую ткань и нераковую ткань.
19. Применение по п. 18, где средства для определения количества копий гена MYC включают реагенты для проведения в отношении гена MYC человека диагностического анализа, выбранного из одного или более из матричной сравнительной геномной гибридизации (aCGH), матричного анализа однонуклеотидного полиморфизма (SNP), секвенирования с определением вариации количества копий генов (CNV) и мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA).
20. Применение по п. 18 или 19, где средства для определения сайта локализации гена MYC на хромосоме включают реагенты для проведения в отношении гена MYC человека диагностического анализа, выбранного из одного или более из гибридизации in situ (ISH), флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), секвенирования нового поколения (NGS) и сравнительной геномной гибридизации (CGH).
21. Применение по любому из пп. 18-20, предусматривающее эталонное значение количества копий гена MYC, полученное из базы данных или определенное с использованием нераковой ткани из контроля.
22. Применение по любому из пп. 18-20, предусматривающее эталонный сайт локализации гена MYC на хромосоме, данные о котором получены из базы данных, или определенный с использованием нераковой ткани из контроля.
23. Применение по любому из пп. 18-22, где рак выбран из одного или более из карциномы, саркомы, такой как рабдомиосаркома, например, альвеолярная рабдомиосаркома (включая саркому, происходящую из костей, сухожилий, хряща, мышцы, жировой клетчатки, фиброзной ткани, ткани кровеносных сосудов, жировой ткани и/или соединительной ткани), нейробластомы, медуллобластомы, астроцитомы, мультиформной глиобластомы, ретинобластомы, миеломы, лейкоза, лимфомы (включая лимфому Ходжкина и неходжкинскую лимфому), аденосквамозной карциномы, карциносаркомы, смешанной мезодермальной опухоли, тератокарциномы, рака легкого (включая немелкоклеточный рак легкого, мелкоклеточный рак легкого, аденокарциному и плоскоклеточный рак легкого), рака молочной железы (включая метастатический рак молочной железы), рака желудочно-кишечного тракта, рака желудка, колоректального рака, рака толстой кишки, рака прямой кишки, рака яичника, рака поджелудочной железы, рака печени, рака мочевого пузыря, рака шейки матки, глиобластомы, карциномы матки, карциномы слюнной железы, почечного рака или рака почки (например, опухоли Вильмса), рака предстательной железы, рака щитовидной железы и рака головы и шеи.
24. Применение по любому из пп. 18-23, где ген MYC выбран из MYCC и MYCN.
25. Применение по п. 24, где ген MYC представляет собой MYCC, и рак выбран из видов рака легкого и видов гемобластоза, необязательно из видов лейкоза и видов лимфомы.
26. Применение по п. 24, где ген MYC представляет собой MYCN, и рак выбран из нейробластомы, мелкоклеточного рака легкого, рака предстательной железы, альвеолярной рабдомиосаркомы, медуллобластомы, мультиформной глиобластомы, ретинобластомы и рака молочной железы.
27. Набор для лечения пациента, содержащий:
(a) средства для определения количества копий гена MYC или определения сайта локализации гена MYC на хромосоме в образце ткани от субъекта, включающем раковую ткань и нераковую ткань; и
(b) монобромид YM155 [1-(2-метоксиэтил)-2-метил-4,9-диоксо-3-(пиразин-2-илметил)-4,9-дигидро-1H-нафто[2,3-d]имидазолия бромид], или его аналог или производное.
28. Набор для лечения пациента по п. 27, где средства для определения количества копий гена MYC включают реагенты для проведения в отношении гена MYC человека диагностического анализа, выбранного из одного или более из матричной сравнительной геномной гибридизации (aCGH), матричного анализа однонуклеотидного полиморфизма (SNP), секвенирования с определением вариации количества копий генов (CNV) и мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA).
29. Набор для лечения пациента по п. 27 или 28, где средства для определения сайта локализации гена MYC на хромосоме включают реагенты для проведения в отношении гена MYC человека диагностического анализа, выбранного из одного или более из гибридизации in situ (ISH), флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), секвенирования нового поколения (NGS) и сравнительной геномной гибридизации (CGH).
30. Набор для лечения пациента по любому из пп. 27-29, предусматривающий эталонное значение количества копий гена MYC, полученное из базы данных или определенное с использованием нераковой ткани из контроля.
31. Набор для лечения пациента по любому из пп. 27-30, предусматривающий эталонный сайт локализации гена MYC на хромосоме, данные о котором получены из базы данных, или определенный с использованием нераковой ткани из контроля.
32. Набор для лечения пациента по любому из пп. 27-31, где ген MYC выбран из MYCC и MYCN.