СПОСОБЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ КОМПОЗИЦИЙ, КОТОРЫЕ ИЗМЕНЯЮТ ЭКСПРЕССИЮ ГЕНА/БЕЛКА ДИКОГО ТИПА В РАСТИТЕЛЬНОЙ КЛЕТКЕ

1. Способ идентификации соединений, которые избирательно изменяют экспрессию генов дикого типа клетки растения, при этом способ включает:
(a) сравнение
(i) первого профиля экспрессии из клетки или ткани растения, введенной в контакт с первым исследуемым соединением,
(ii) дополнительного профиля экспрессии из клетки или ткани того же самого растения, введенной в контакт с дополнительным исследуемым соединением, и
(iii) профиля экспрессии с комбинированными соединениями из клетки или ткани того же самого растения, введенной в контакт с первым исследуемым соединением и дополнительным исследуемым соединением,
при этом каждую клетку или ткань растения вводили в контакт в течение времени, достаточного для создания альтерации экспрессии по меньшей мере одного гена или генного продукта в клетках или тканях растений; и при этом каждый профиль экспрессии содержит уровень или паттерн экспрессии по меньшей мере одного гена или генного продукта клетки или ткани растения; и
(b) идентификацию значительной, неожиданной альтерации уровня или паттерна экспрессии между генами или генными продуктами профиля с комбинированными соединениями и суммарных альтераций первого профиля и дополнительного профиля.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий стадии:
(c) введения в контакт растительной клетки или ткани одного и того же растения с одним из:
(i) первого исследуемого соединения;
(ii) дополнительного исследуемого соединения; или
(iii) комбинации первого исследуемого соединения и дополнительного исследуемого соединения; и
(d) создания
(i) первого профиля экспрессии из клетки или ткани растения, введенной в контакт с (с)(i);
(ii) дополнительного профиля экспрессии из клетки или ткани растения, введенной в контакт с (c)(ii); и
(iii) профиля экспрессии с комбинированными соединениями из клетки или ткани растения (c)(iii).
3. Способ по п.1, в котором альтерация экспрессии генов или генных продуктов введенной в контакт клетки растения в профиле с комбинированными соединениями и суммарные альтерации первого профиля и дополнительного профиля коррелируют с выбранным воздействием на растительную клетку, вызванным соединениями в комбинации.
4. Способ по п.1, в котором профиль экспрессии генов или генного продукта дикого типа клетки или ткани того же самого растения, которое не вводят в контакт либо с первым, либо с дополнительным исследуемым соединением, вычитают из каждого профиля перед стадией сравнения.
5. Способ по п.1, в котором альтерация профиля экспрессии выражается как среднее или усредненное значение, численное среднее значение или диапазон численных средних значений, численная схема, графическая схема или профиль экспрессии.
6. Способ по п.1, в котором указанную альтерацию выбирают из группы, состоящей из:
(i) повышающей регуляции одного и того же выбранного гена или генного продукта в профиле с комбинированными соединениями в сравнении с суммарной экспрессией одного и того же гена или генного продукта в первом профиле и дополнительном профиле; и
(ii) понижающей регуляции одного и того же выбранного гена или генного продукта в профиле с комбинированными соединениями в сравнении с суммарной экспрессией одного и того же гена или генного продукта в первом профиле и дополнительном профиле; и
(iii) изменения идентичности или экспрессии одного или более выбранных генов или генных продуктов в профиле с комбинированными соединениями, причем данный выбранный ген или генный продукт был неизмененным в профиле, полученном из суммарных альтераций первого профиля и дополнительного профиля.
7. Способ по п.1, в котором первое соединение оказывает известное воздействие на растение, и в котором дополнительное соединение оказывает неизвестное воздействие на растение.
8. Способ по п.1, в котором первым соединением является 1-метилциклопропен.
9. Способ по п.1, в котором каждый профиль экспрессии содержит подмножество генов или генных продуктов, закодированных полным геномом растения.
10. Способ по п.1, в котором генным продуктом является белок растения.
11. Способ по п.1, дополнительно включающий идентификацию соответствующего изменения метаболита растения в результате альтерации генного продукта.
12. Способ по п.1, в котором комбинация соединений обладает синергетическим эффектом, который представляет собой более большую альтерацию паттернов или уровней экспрессии генов или генного продукта растения в профиле с комбинированными соединениями, чем альтерация, возникающая за счет суммарных альтераций паттернов или уровней первого и дополнительного профилей экспрессии.
13. Способ по п.1, в котором комбинация соединений обладает антагонистическим эффектом, который представляет собой уменьшение величины альтерации паттерна или уровня экспрессии генов или генных продуктов в профиле с комбинированными соединениями, чем величина альтерации, полученная в паттерне или уровне экспрессии суммарных альтераций первого и дополнительного профилей.
14. Способ по п.12, в котором альтерацией паттерна или уровней экспрессии в комбинированном профиле экспрессии является по меньшей мере 2-кратная альтерация экспрессии генов или генных продуктов, формирующих паттерн суммарных альтераций первого и дополнительного профилей.
15. Способ по п.1, в котором выбранной альтерацией профиля экспрессии генов или генного продукта является такой паттерн экспрессии генов или генного продукта, который является обычным для растения в состоянии, выбранном из повышенной чувствительности к этилену, пониженной чувствительности к этилену, усиленного созревания, повышенной устойчивости к стрессу, жаре, плотности популяции или засоленности, пониженной устойчивости к стрессу, жаре, плотности популяции или засоленности, повышенной устойчивости к возбудителям заболеваний, пониженной устойчивости к возбудителям заболеваний, усиленному цветению, повышенной азотной эффективности, повышенной гербицидной устойчивости, повышенной фотосинтетической активности и повышенной урожайности.
16. Способ по п.1, в котором дополнительное соединение содержит два или более дополнительных соединений.
17. Способ по п.1, в котором растительную клетку получают из растения, выбранного из группы, состоящей из риса, кукурузы, пшеницы, ячменя, сорго, проса, проса прутьевидного, мисканта, злаковых, овса, томата, картофеля, банана, плода киви, авокадо, дыни, манго, тростника, сахарной свеклы, табака, папайи, персика, клубники, малины, ежевики, черники, салата-латук, капусты, цветной капусты, лука, брокколи, брюссельской капусты, хлопка, канолы, винограда, сои, рапса, спаржи, бобов, моркови, огурцов, баклажана, дынь, окры, пастернака, арахиса, перца, ананаса, крупноплодной тыквы, батата, риса, канталупа, гороха, тыквы, подсолнечника, шпината, яблок, вишен, клюквы, грейпфрута, лимонов, лаймов, нектаринов, апельсинов, персиков, груш, танжело, мандаринов, лилии, гвоздики, хризантемы, петунии, розы, герани, фиалки, гладиолусов, орхидеи, сирени, яблони лесной, амбрового дерева, клена, пуансеттии, робинии, ясеня, тополя, липы и арабидопсиса.
18. Способ идентификации синергетических соединений, которые избирательно изменяют экспрессию генов дикого типа клетки растения, при этом способ включает:
(a) сравнение
(i) первого профиля экспрессии из клетки или ткани растения, введенной в контакт с первым исследуемым соединением;
(ii) дополнительного профиля экспрессии из клетки или ткани того же самого растения, введенной в контакт с дополнительным исследуемым соединением; и
(iii) комбинированного профиля экспрессии из клетки или ткани того же самого растения, введенной в контакт с первым исследуемым соединением и дополнительным исследуемым соединением,
при этом каждую клетку или ткань растения вводили в контакт в течение времени, достаточного для создания альтерации экспрессии по меньшей мере одного гена или генного продукта в клетках или тканях растений; и при этом каждый профиль экспрессии содержит уровень или паттерн экспрессии по меньшей мере одного гена или генного продукта клетки или ткани растения; и
(b) идентификацию значительной, неожиданной альтерации уровня или паттерна экспрессии между генами или генными продуктами профиля с комбинированными соединениями (a)(iii) и комбинации первого профиля (a)(i) и дополнительного профиля (a)(ii).
19. Способ по любому из пп.1-18, в котором сравнение проводят с помощью компьютерного процессора или инструмента с компьютерным программным управлением, которые генерируют цифровые или графические данные.
20. Способ по п.1, в котором каждое из первого и второго соединений имеет неизвестное воздействие на растение.
21. Способ по п.18, в котором первым исследуемым соединением является 1-метилциклопропен.
22. Способ идентификации соединений, которые избирательно изменяют экспрессию генов дикого типа клетки растения, при этом способ включает:
(a) сравнение
(i) первого профиля экспрессии из клетки или ткани растения, введенной в контакт с первым исследуемым соединением, которое имеет неизвестное воздействие на клетку растения,
(ii) дополнительного профиля экспрессии из клетки или ткани того же самого растения, введенной в контакт с дополнительным исследуемым соединением, которое имеет неизвестное воздействие на клетку растения, и
(iii) комбинированного профиля экспрессии из клетки или ткани того же самого растения, введенной в контакт с первым исследуемым соединением и дополнительным исследуемым соединением,
при этом каждую клетку или ткань растения вводили в контакт в течение времени, достаточного для создания альтерации экспрессии по меньшей мере одного гена или генного продукта в клетках или тканях растений; и при этом каждый профиль экспрессии содержит уровень или паттерн экспрессии по меньшей мере одного гена или генного продукта клетки или ткани растения; и
(b) идентификацию значительной, неожиданной альтерации уровня или паттерна экспрессии между генами или генными продуктами профиля с комбинированными соединениями и суммарными альтерациями первого профиля и дополнительного профиля.
23. Способ по п.22, в котором клетку растения получают из растения, выбранного из группы, состоящей из кукурузы, сои, пшеницы, рапса, риса, сахарной свеклы, хлопка, овса, ячменя, сорго, табака и арабидопсиса.