МОЛЕКУЛЯРНЫЙ ТЕСТ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЙ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ВИЧ ТРОПИЗМА

1. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение молекулярной массы продукта амплификации и
сравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипов ВИЧ.
2. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
образование исследуемого образца;
подготовку реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4; и
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение состава оснований в продукте амплификации и
сравнение состава оснований в продукте амплификации с расчетными или измеренными вариантами состава оснований целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипов ВИЧ.
3. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что идентификация целевой последовательности не включает секвенирование продукта амплификации.
4. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что масс-спектрометрия представляет собой ионную циклотронную резонансную масс-спектрометрию с Фурье-преобразованием (FT-ICR-MS), времяпролетную резонансную масс-спектрометрию (TOF-MS) или времяпролетную спектроскопию с ионизацией электронапылением.
5. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что указанный праймерный набор включает по меньшей мере один нуклеотидный аналог.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный аналог выбирают из группы, состоящей из инозина, уридина, 2,6-диаминопурина, пропина С и пропина Т.
7. Способ по п.1 или 2, отличающийся тем, что в продукт амплификации включают метку, модифицирующую молекулярную массу.
8. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
образование исследуемого образца;
подготовку реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение молекулярной массы продукта амплификации и
сравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипа ВИЧ.
9. Способ идентификации подтипа ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10;
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для создания продукта амплификации;
определение состава оснований в продукте амплификации и
сравнение состава оснований в продукте амплификации с расчетными или измеренными вариантами состава оснований целевых последовательностей в базе данных для идентификации подтипа ВИЧ.
10. Способ по п.8 или 9, отличающийся тем, что идентификация целевой последовательности не включает секвенирование продукта амплификации.
11. Способ по п.8 или 9, отличающийся тем, что масс-спектрометрия представляет собой ионную циклотронную резонансную масс-спектрометрию с Фурье-преобразованием (FT-ICR-MS), времяпролетную масс-спектрометрию (TOF-MS) или времяпролетную спектроскопию с ионизацией электронапылением.
12. Способ по п.8 или 9, отличающийся тем, что указанный праймерный набор включает по меньшей мере один нуклеотидный аналог.
13. Способ по п.12, отличающийся тем, что указанный нуклеотидный аналог выбирают из группы, состоящей из инозина, уридина, 2,6-диаминопурина, пропина С и пропина Т.
14. Способ по п.9, отличающийся тем, что в продукт амплификациивключают метку, модифицирующую молекулярную массу.
15. Набор, включающий набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12; и
реагенты для проведения амплификации.
16. Набор по п.15, дополнительно включающий средство для доступа в базу данных, включающую расчетные или определенные составы оснований или молекулярные массы целевых последовательностей в базе данных с целью идентификации подтипа ВИЧ.
17. Набор, включающий набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10;
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12; и
реагенты для амплификации.
18. Набор по п. 17, дополнительно включающий средство для доступа в базу данных, включающую расчетные или определенные составы оснований или молекулярные массы целевых последовательностей в базе данных с целью идентификации подтипа ВИЧ.
19. Способ идентификации по меньшей мере двух подтипов ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей:
набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для получения продукта амплификации;
определение молекулярной массы продукта амплификации и
сравнение молекулярной массы продукта амплификации с расчетными или измеренными значениями молекулярных масс целевых последовательностей в базе данных для идентификации по меньшей мере двух подтипов ВИЧ.
20. Способ идентификации по меньшей мере двух подтипов ВИЧ в исследуемом образце, включающий:
получение исследуемого образца;
образование реакционной смеси, включающей набор пар праймеров, выбранный из группы, состоящей из набора A, B, C, D, E и F, где:
набор А включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 1, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 2;
набор B включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 3, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 4;
набор C включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 5, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 6;
набор D включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 7, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 8;
набор E включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 9, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 10; и
набор F включает прямой праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся по меньшей мере 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 11, и обратный праймер, включающий последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере с 80% идентичностью по последовательности с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQIDNO: 12;
помещение смеси в условия амплификации для получения продукта амплификации;
определение состава оснований в продукте амплификации и
сравнение состава оснований в продукте амплификации с расчетными или измеренными вариантами состава оснований целевых последовательностей в базе данных для определения по меньшей мере двух подтипов ВИЧ.
21. Способ по п.19 или 20, отличающийся тем, что по меньшей мере два подтипа включают CCR5-связывающий подтип и CXCR4-связвающий подтип.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что CXCR4-связывающий подтип составляет по меньшей мере 1% от общего содержания ВИЧ в исследуемом образце.
23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что CXCR4-связывающий подтип составляет по меньшей мере 5% от общего содержания ВИЧ в исследуемом образце.
24. Способ по п. 22, отличающийся тем, что CXCR4-связывающий подтип составляет по меньшей мере 10% от общего содержания ВИЧ в исследуемом образце.