БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ
BIOTECHNOLOGICAL PRODUCTION OF ω-FUNCTIONALISED CARBOXYLIC ACIDS AND ESTERS THEREOF

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ НАСТОЯЩЕЕ ИЗОБРЕТЕНИЕ
Настоящее изобретение относится к биотехнологическому способу получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот. В частности, в способе может применяться алкан в качестве исходного материала и генетически модифицированная клетка для превращения алкана в соответствующий сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты.
ПРЕДПОСЫЛКИ СОЗДАНИЯ ИЗОБРЕТЕНИЯ
ω-функционализированные карбоновые кислоты и соответствующие сложные эфиры, в том числе аминокарбоновые кислоты и их соответствующие лактамы, такие как ω-аминолауриновая кислота, ω-аминоундекановая кислота, лауролактам и т.п., представляют собой важные мономеры для получения высококачественных полиамидов. Некоторые из существующих химических технологий, которые применялись для получения этих мономеров из нефтехимического или возобновляемого сырья включают:
i) получение ω-аминолауриновой кислоты из сложного метилового эфира лауриновой кислоты, фракции биодизеля, получаемого из пальмоядрового или кокосового масла;
ii) получение ω-аминоундекановой кислоты из рицинолеиновой кислоты, получаемой из касторового масла;
iii) получение лауролактама из бутадиена.
Хотя все эти три способа получения остаются конкурентноспособными, их конкурентоспособность в указанном местоположении и моменте времени зависит от ряда факторов, в том числе стоимости сырьевых материалов и затрат энергии на выполнение способов.
Из уровня техники известны несколько биотехнологических средств для получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров. Например, генетически модифицированные клетки, которые способны производить ω-функционализированные карбоновые кислоты из карбоновой кислоты, применяемой в качестве субстрата, были описаны ранее по меньшей мере в WO2009077461 и EP2322598. Схожая процедура с применением клеток Candida описана в WO2011008232, где в клетках блокирован путь β-окисления, и ω-функционализированные карбоновые кислоты получали из жирной кислоты, применяемой в качестве субстрата. Эти способы обладают недостатком применения жирных кислот в качестве исходного материала. Это обусловлено тем, что применяемые жирные кислоты и их производные большей частью получают исключительно из масел или жиров растительного и животного происхождения. Жиры животного происхождения в качестве сырьевых материалов все еще обладают слабой приемлемостью для клиентов, а масла растительного происхождения, которые содержат жирные кислоты с короткой и средней длины цепью, либо сложно получать, либо их получают только в тропических районах (что является результатом уничтожения дождевых лесов). Кроме того, конкретные сырьевые материалы из масел или жиров растительного и животного происхождения обладают специфическими, но определенными профилями жирных кислот, что приводит к сопряженному получению.
2
В WO2013024114 раскрыт способ получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров из простых источников углерода, таких как глюкоза, сахароза, арабиноза, ксилоза, лактоза, фруктоза, мальтоза, меласса, крахмал, целлюлоза и гемицеллюлоза, но также глицерин или очень простые органические молекулы, такие как CO, CO или синтез-газ. Эти простые сахара, особенно глюкоза, обычно требуют бóльших затрат при получении. Способ получения ω-функционализированных карбоновых кислот и/или их сложных эфиров из простых источников углерода также может считаться сложным, поскольку клетки, применяемые в этом способе, вначале должны подвергаться генетической модификации для увеличения получения карбоновых кислот из этих простых источников углерода. Это, таким образом, повышает затраты на получение.
Следовательно, в области техники существует потребность в способе получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот из другого источника сырьевого материала, который обеспечил бы эффективное и продуктивное получение.
ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Настоящее изобретение пытается решить вышеупомянутые проблемы путем обеспечения по меньшей мере одной генетически модифицированной клетки микроорганизма, которая способна продуцировать по меньшей мере один сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана. Сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может быть выбран из группы, включающей сложные эфиры ω-гидрокси-, ω-оксо-, ω-карбокси- и ω-аминокарбоновых кислот. Применение этих генетически модифицированных клеток в способе получения сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот может добавлять гибкость в получение этих соединений путем обеспечения возможности применения более доступного альтернативного нефтехимического сырьевого материала для их получения. Также применение цельноклеточных биокатализаторов, способных объединять все средства для превращения алканов в сложные эфиры жирных кислот и их соответствующие ω-функционализированные производные в пределах их, делает процесс превращения более простым, так как в превращении задействовано лишь небольшое число стадий процесса. Также устраняется зависимость от жирных кислот и простых источников углерода в качестве углеродного субстрата.
Согласно первому аспекту настоящего изобретения предусмотрена клетка микроорганизма для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана, где в клетке предусмотрена генетическая модификация для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
(i) фермента E1, способного к превращению алкана в соответствующий 1-алканол;
(ii) фермента E2, способного к превращению 1-алканола из (i) в соответствующий 1-алканаль;
(iii) фермента E3, способного к превращению 1-алканаля из (ii) в соответствующую алкановую кислоту;
(iv) фермента E4, способного к превращению алкановой кислоты из (iii) в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты; и
(v) фермента E5, способного к превращению сложного эфира алкановой кислоты из (iv) в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.
2
Клетка микроорганизма согласно любому из аспектов настоящего изобретения относится к клетке, у которой отсутствует ранее существующая/предшествующая модификация для повышения образования карбоновой кислоты или сложного карбоксилатного эфира из по меньшей мере одного простого источника углерода. Подразумевается, что термин «простой источник углерода» означает источники углерода, в которых в углеродном скелете по меньшей мере одна связь C-C была разрушена. В частности, простые источники углерода могут представлять собой по меньшей мере один углевод, такой как, например, глюкоза, сахароза, арабиноза, ксилоза, лактоза, фруктоза, мальтоза, меласса, крахмал, целлюлоза и гемицеллюлоза, источники углерода также могут включать глицерин или очень простые органические молекулы, такие как CO, CO или синтез-газ. Более конкретно, клетка микроорганизма согласно любому из аспектов настоящего изобретения может не быть подвергнута генетической модификации для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов:
20
- Eацил-ACP-тиоэстеразы под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,
21
- Eацил-КоА-тиоэстеразы под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,
22
- E ацил-КоА:ACP-трансацилазы,
23
- Eполикетидсинтазы, которая катализирует реакцию, задействованную в синтезе карбоновых кислот и сложных карбоксилатных эфиров, и
24
- Eсинтазы гексановой кислоты.
В одном примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую модификацию для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
(vi) фермента E6, способного к превращению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты; и
(vii) фермента E7, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты.
В другом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую модификацию для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа
(vi) фермента E6, способного к превращению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты;
(vii) фермента E13, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, и
(viii) фермента E14, способного к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты из (vi) в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты.
Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения можно применять для получения сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из всех алканов с высоким выходом продукта за один проход в единицу времени, высоким выходом углерода и высокой концентрацией в культуральном супернатанте. В результате этих преимуществ облегчается эффективная обработка.
1
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
Выражение «дикого типа», применяемое в данном документе в отношении клетки или микроорганизма, может обозначать клетку со структурой генома, которая имеет форму, встречающуюся в естественных условиях в дикой природе. Выражение можно применять, как к цельной клетке, так и к индивидуальным генам. Термин «дикого типа» также может включать клетки, которые были генетически модифицированы в других аспектах (т.е. c точки зрения одного или более генов), но не в отношении генов, представляющих интерес. Следовательно, термин «дикого типа» не включает такие клетки, в которых генные последовательности специфических генов, представляющих интерес, были изменены по меньшей мере частично человеком с применением рекомбинантных способов. Таким образом, клетка дикого типа согласно любому из аспектов настоящего изобретения относится к клетке, которая не содержит генетической мутации применительно к геному целиком и/или конкретному гену. Следовательно, в одном примере клетка дикого типа применительно к ферменту Eможет означать клетку, которая характеризуется естественной/неизмененной экспрессией фермента E в клетке. Клетку дикого типа применительно к ферменту E, E,E, E, E, E, E, E, E, E, E, E, E, E и т. д. можно интерпретировать так же, и она может относиться к клетке, которая характеризуется естественной/неизмененной экспрессией фермента E, E,E, E, E, E, E, E, E, E, E, E, E, E и т.д., соответственно, в клетке.
Любые ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, могут представлять собой выделенный фермент. В частности, ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, можно применять в активном состоянии и в присутствии всех кофакторов, субстратов, вспомогательных и/или активирующих полипептидов или факторов, необходимых для их активности. Применяемый в данном документе термин «выделенный» означает, что фермент, представляющий интерес, является обогащенным по сравнению с клеткой, в которой он встречается в естественных условиях. Фермент может быть обогащен с соответствии с результатами электрофореза в полиакриламидном геле с добавлением SDS и/или анализов активности. Например, фермент, представляющий интерес, может составлять более 5, 10, 20, 50, 75, 80, 85, 90, 95 или 99 процентов от всех полипептидов, которые присутствуют в препарате, исходя из визуального контроля полиакриламидного геля после окрашивания красителем Кумасси синий.
Фермент, применяемый согласно любого из аспектов настоящего изобретения, может быть рекомбинантным. Применяемый в настоящем документе термин «рекомбинантный» относится к молекуле или продукту, кодируемому с помощью такой молекулы, в частности, полипептиду или нуклеиновой кислоте, которые, как таковые, не встречаются в естественных условиях, но являются результатом генной инженерии, или относится к клетке, которая содержит рекомбинантную молекулу. Например, молекула нуклеиновой кислоты является рекомбинантной, если она содержит промотор, функционально связанный с последовательностью, кодирующей каталитически активный полипептид, и промотор был сконструирован так, чтобы каталитически активный полипептид подвергался сверхэкспрессии относительно уровня полипептида в соответствующей клетке дикого типа, которая содержит исходную неизмененную молекулу нуклеиновой кислоты.
Специалист в данной области сможет применить любой способ, известный из уровня техники, для генетической модификации клетки или микроорганизма. Согласно любому из аспектов настоящего изобретения генетически модифицированная клетка может быть генетически модифицирована таким образом, что за определенный интервал времени, в пределах 2 часов, в частности, в пределах 8 часов или 24 часов, она образует по меньшей мере в несколько раз, предпочтительно по меньшей мере в 10 раз, по меньшей мере в 100 раз, по меньшей мере в 1000 раз или по меньшей мере в 10000 раз больше сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, чем клетка дикого типа. Увеличение образования продукта можно определить, например, путем культивирования клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения и клетки дикого типа, каждой по-отдельности, в одинаковых условиях (одинаковая плотность клеток, одинаковая питательная среда, одинаковые условия культивирования) в течение определенного интервала времени в подходящей питательной среде и затем определения количества целевого продукта (сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты) в питательной среде.
Генетически модифицированная клетка или микроорганизм может генетически отличаться от клетки или микроорганизма дикого типа. Генетическое отличие между генетически модифицированным микроорганизмом согласно любому из аспектов настоящего изобретения и микроорганизмом дикого типа может состоять в присутствии полного гена, аминокислоты, нуклеотида и т.д. в генетически модифицированном микроорганизме, которые могут отсутствовать в микроорганизме дикого типа. В одном примере генетически модифицированный микроорганизм согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать ферменты, которые обеспечивают возможность микроорганизму продуцировать большее количество 1-алканолов, 1-алканалов, алкановых кислот, сложных эфиров алкановых кислот, сложных эфиров омега-гидроксиалкановых кислот и т.д. по сравнению с клетками дикого типа. Микроорганизм дикого типа в сравнении с генетически модифицированным микроорганизмом по настоящему изобретению не обладает активностью, или у него отсутствует выявляемая активность ферментов, которые обеспечивают возможность генетически модифицированного микроорганизма производить 1-алканолы, 1-алканали, алкановые кислоты, сложные эфиры алкановых кислот, сложные эфиры омега-гидроксиалкановых кислот и т.д. Применяемый в данном документе термин «генетически модифицированный микроорганизм» может применяться взаимозаменяемо с термином «генетически модифицированная клетка». Генетическую модификацию согласно любому из аспектов настоящего изобретения проводят в клетке микроорганизма.
Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения являются генетически трансформированными согласно любому из способов, известных из уровня техники. В частности, клетки могут быть получены согласно способу, раскрытому в WO2013024114.
Применяемое в данном документе выражение «генетически модифицированная клетка характеризуется повышенной активностью, в сравнении с клеткой дикого типа, у ферментов» относится к активности соответствующего фермента, которая повышена по меньшей мере в 2 раза, в частности по меньшей мере в 10 раз, более конкретно по меньшей мере в 100 раз, еще более конкретно по меньшей мере в 1000 раз и даже более конкретно по меньшей мере в 10000 раз.
Применяемое в данном документе выражение «повышенная активность фермента» следует понимать как повышенную внутриклеточную активность. В принципе, повышение ферментативной активности может достигаться путем увеличения числа копий генной последовательности или генных последовательностей, которые кодируют фермент, применения сильного промотора или использования гена или аллеля, которые кодируют соответствующий фермент с повышенной активностью, изменения гена в соответствии с частотой использования кодонов, повышения периода полужизни мРНК или фермента различными способами, модификации регуляции экспрессии гена и необязательно путем комбинирования этих средств. Генетически модифицированные клетки, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, получают, например, путем трансформации, трансдукции, конъюгации или комбинирования этих способов с использованием вектора, который содержит требуемый ген, аллель этого гена или его части, и вектора, который делает экспрессию данного гена возможной. В частности, гетерологичная экспрессия достигается путем интеграции гена или аллелей в хромосому клетки или с помощью внехромосомно реплицирующегося вектора.
x
В том же контексте выражение «сниженная активность фермента E», используемое со ссылкой на любой из аспектов настоящего изобретения, можно понимать как означающее активность, сниженную по меньшей мере в 0,5 раза, в частности, по меньшей мере в 0,1 раза, более конкретно по меньшей мере в 0,01 раза, еще более конкретно по меньшей мере в 0,001 раза и наиболее конкретно по меньшей мере в 0,0001 раза. Выражение «сниженная активность» также подразумевает отсутствие выявляемой активности («нулевая активность»). Снижение активности определенного фермента можно осуществлять, например, путем селективной мутации или при помощи других средств снижения активности определенного фермента, известных специалисту в данной области. В частности, специалист в данной области найдет инструкции по модификации и снижению экспрессии белка и сопутствующему понижению ферментативной активности путем нарушения специфичных генов, например, по меньшей мере в Dubeau et al. 2009. Singh & Röhm. 2008., Lee et al., 2009 и т.п. Снижение ферментативной активности в клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения может достигаться путем модификации гена, содержащего одну из последовательностей нуклеиновых кислот, где модификация выбрана из группы, содержащей, включающей вставку чужеродной ДНК в ген, делецию по меньшей мере частей гена, точковые мутации в генной последовательности, РНК-интерференцию (siRNA), антисмысловую РНК или модификацию (вставку, делецию или точковые мутации) регуляторных последовательностей, таких как, например, промоторы и терминаторы, или сайтов связывания рибосом, которые фланкируют данный ген.
В связи с этим чужеродную ДНК следует понимать как подразумевающую любую последовательность ДНК, которая является «чужеродной» для гена (а не для организма), т.e. в связи с этим эндогенные последовательности ДНК могут также выступать в роли «чужеродной ДНК». В связи с этим особенно предпочтительно, чтобы нарушение гена осуществляли путем вставки гена селективного маркера, таким образом, чужеродная ДНК представляет собой ген селективного маркера, при этом вставку предпочтительно осуществляют путем гомологичной рекомбинации в генном локусе.
Экспрессию ферментов и генов, упомянутых выше и всех упоминаемых ниже, можно определять с помощью 1- и 2-мерного разделения белков в геле с последующей оптической идентификацией концентрации белка в геле с помощью подходящего программного обеспечения для оценки.
Если повышение ферментативной активности основано исключительно на повышении экспрессии соответствующего гена, то количественную оценку повышения ферментативной активности можно проводить просто путем сравнения результатов 1- и/или 2-мерного разделения белков в геле у клетки дикого типа и генетически модифицированной клетки. Общепринятым способом для получения гелей с белками бактерий и для идентификации белков является процедура, описанная Hermann et al. (Electrophoresis, 22: 1712-23 (2001). Концентрацию белка также можно анализировать с помощью вестерн-блот-гибридизации с антителом, специфичным в отношении белка, подлежащего определению (Sambrook et al., Molecular Cloning: a laboratory manual, 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. USA, 1989), с последующей оптической оценкой с применением подходящего программного обеспечения для определения концентрации (Lohaus and Meyer (1989) Biospektrum, 5: 32-39; Lottspeich (1999), Angewandte Chemie 111: 2630-2647). Данный способ можно выбрать всегда, когда продукты реакции, которая катализируется ферментативной активностью, подлежащей определению, могут быстро метаболизироваться в микроорганизме или же активность у дикого типа сама по себе является слишком низкой, чтобы существовала возможность удовлетворительного определения ферментативной активности, подлежащей определению, на основе образования продукта.
В частности,
1
a
b
- фермент E может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) и AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3;
2
a
b
c
d
- фермент E может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E), AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (E) под EC 1.1.3.20 и алкогольдегидрогеназы (E);
3
a
b
e
c
di
dii
c
di
dii
- фермент Eвыбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3, альдегиддегидрогеназы (E), бифункциональные алкогольоксидазы (E) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (E) и бифункциональные алкогольдегидрогеназы (E) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, где E, E и E способны окислять 1-алканол через 1-алканаль непосредственно в соответствующую алкановую кислоту;
4
f
g
- фермент Eможет быть выбран из группы, включающей синтазы воска-сложного эфира (E) и алкоголь-O-ацилтрансферазы (E);
5
a
b
- фермент E может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) и AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3;
6
a
b
c
d
- фермент E может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E), AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (E) и алкогольдегидрогеназы (E);
7
h
- фермент E может представлять собой ω-трансаминазу (E).
1,
2,
3
5
1
b
2
c
3
5
b
1
a
2
c
3
e
5
1,
2,
3
5
1,
2,
3
5
1,
2,
3
5
a
b
1,
2,
3
5
a
a
1,
2,
3
5
1,
2,
3
5
b
b
1,
2,
3
5
В одном примере каждый из ферментов EEE и E может представлять собой различный фермент, который может быть способен осуществлять свою активность. Например, E может представлять собой AlkB-алкангидроксилазы (E), E может представлять собой алкогольоксидазу (E), E может представлять собой бифункциональную AlkJ-алкогольдегидрогеназу, а E может представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E). В другом примере E может представлять собой P450-алкангидроксилазу (E), E может представлять собой алкогольдегидрогеназу (E), E может представлять собой альдегиддегидрогеназу (E), а E может представлять собой P450-алкангидроксилазу. В частности, любая комбинация ферментов из EEE и E может применяться для осуществления их специфических функций. В дополнительном примере EEE и E могут представлять собой один и тот же фермент. В этом примере EEE и E могут быть выбраны из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) и AlkB-алкангидроксилазы (E). В одном примере EEE и E могут представлять собой P450-алкангидроксилазы (E). В этом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется повышенной экспрессией относительно клетки дикого типа P450-алкангидроксилаз (E), что соответствует функции ферментов EEE и E. В другом примере EEE и E могут представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E). В этом примере клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется повышенной экспрессией относительно клетки дикого типа AlkB-алкангидроксилазы (E), что соответствует функции ферментов EEE и E.
a
h
Ферменты E - E могут содержать полипептидную последовательность, в которой до 60%, предпочтительно до 25%, конкретно до 15%, в частности до 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 или 1% аминокислотных остатков модифицированы по сравнению с приведенными ниже эталонными последовательностями (номера доступа) за счет делеции, вставки, замены или их комбинации, и которая все еще обладает по меньшей мере 50%, предпочтительно 65%, особенно предпочтительно 80%, в частности более чем 90% активностью белка с соответствующей приведенной ниже эталонной последовательностью, где подразумевается, что 100% активность эталонного белка означает повышение активности клеток, применяемых в качестве биокатализатора, т.е. количество вещества, превращаемого за единицу времени, исходя из применяемого количества клеток (единицы на грамм сухого вещества клеток [Ед/г CDW]), в сравнении с активностью биокатализатора в отсутствие эталонного белка.
Специалистам в данной области известны модификации аминокислотных остатков указанной полипептидной последовательности, которые не приводят к значительным модификациям свойств и функции указанного полипептида. Таким образом, например, многие аминокислоты зачастую без проблем можно заменять друг на друга; примерами таких подходящих аминокислотных замен являются: Ala на Ser; Arg на Lys; Asn на Gln или His; Asp на Glu; Cys на Ser; Gln на Asn; Glu на Asp; Gly на Pro; His на Asn или Gln; Ile на Leu или Val; Leu на Met или Val; Lys на Arg, или Gln, или Glu; Met на Leu или Ile; Phe на Met, или Leu, или Tyr; Ser на Thr; Thr на Ser; Trp на Tyr; Tyr на Trp или Phe; Val на Ile или Leu. Также известно, что модификации, в частности, по N- или C-концу полипептида, в форме, например, аминокислотных вставок или делеций, зачастую не оказывают значительного влияния на функцию полипептида.
Номера доступа, излагаемые в связи с настоящим изобретением, упоминаемые по всему настоящему описанию, соответствуют записям в базе данных NCBI ProteinBank на дату 26.07.2011; как правило, номер версии записи обозначен в данном документе с помощью «цифры», например «.1».
Все упомянутые процентные содержания (%) представляют собой, если не указано иное, массовый процент.
Согласно любому из аспектов настоящего изобретения клетка микроорганизма может быть выбрана из видов бактерий из группы, включающей Abiotrophia, Acaryochloris, Accumulibacter, Acetivibrio, Acetobacter, Acetohalobium, Acetonema, Achromobacter, Acidaminococcus, Acidimicrobium, Acidiphilium, Acidithiobacillus, Acidobacterium, Acidothermus, Acidovorax, Acinetobacter, Actinobacillus, Actinomyces, Actinosynnema, Aerococcus, Aeromicrobium, Aeromonas, Afipia, Aggregatibacter, Agrobacterium, Ahrensia, Akkermansia, Alcanivorax, Alicycliphilus, Alicyclobacillus, Aliivibrio, Alkalilimnicola, Alkaliphilus, Allochromatium, Alteromonadales, Alteromonas, Aminobacterium, Aminomonas, Ammonifex, Amycolatopsis, Amycolicicoccus, Anabaena, Anaerobaculum, Anaerococcus, Anaerofustis, Anaerolinea, Anaeromyxobacter, Anaerostipes, Anaerotruncus, Anaplasma, Anoxybacillus, Aquifex, Arcanobacterium, Arcobacter, Aromatoleum, Arthrobacter, Arthrospira, Asticcacaulis, Atopobium, Aurantimonas, Azoarcus, Azorhizobium, Azospirillum, Azotobacter, Bacillus, Bartonella, Basfia, Baumannia, Bdellovibrio, Beggiatoa, Beijerinckia, Bermanella, Beutenbergia, Bifidobacterium, Bilophila, Blastopirellula, Blautia, Blochmannia, Bordetella, Borrelia, Brachybacterium, Brachyspira, Bradyrhizobium, Brevibacillus, Brevibacterium, Brevundimonas, Brucella, Buchnera, Bulleidia, Burkholderia, Butyrivibrio, Caldalkalibacillus, Caldanaerobacter, Caldicellulosiruptor, Calditerrivibrio, Caminibacter, Campylobacter, Carboxydibrachium, Carboxydothermus, Cardiobacterium, Carnobacterium, Carsonella, Catenibacterium, Catenulispora, Catonella, Caulobacter, Cellulomonas, Cellvibrio, Centipeda, Chelativorans, Chloroflexus, Chromobacterium, Chromohalobacter, Chthoniobacter, Citreicella, Citrobacter, Citromicrobium, Clavibacter, Cloacamonas, Clostridium, Collinsella, Colwellia, Comamonas, Conexibacter, Congregibacter, Coprobacillus, Coprococcus, Coprothermobacter, Coraliomargarita, Coriobacterium, corrodens, Corynebacterium, Coxiella, Crocosphaera, Cronobacter, Cryptobacterium, Cupriavidus, Cyanobium, Cyanothece, Cylindrospermopsis, Dechloromonas, Deferribacter, Dehalococcoides, Dehalogenimonas, Deinococcus, Delftia, Denitrovibrio, Dermacoccus, Desmospora, Desulfarculus, Desulphateibacillum, Desulfitobacterium, Desulfobacca, Desulfobacterium, Desulfobulbus, Desulfococcus, Desulfohalobium, Desulfomicrobium, Desulfonatronospira, Desulforudis, Desulfotalea, Desulfotomaculum, Desulfovibrio, Desulfurispirillum, Desulfurobacterium, Desulfuromonas, Dethiobacter, Dethiosulfovibrio, Dialister, Dichelobacter, Dickeya, Dictyoglomus, Dietzia, Dinoroseobacter, Dorea, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elusimicrobium, Endoriftia, Enhydrobacter, Enterobacter, Enterococcus, Epulopiscium, Erwinia, Erysipelothrix, Erythrobacter, Escherichia, Ethanoligenens, Eubacterium, Eubacterium, Exiguobacterium, Faecalibacterium, Ferrimonas, Fervidobacterium, Fibrobacter, Finegoldia, Flexistipes, Francisella, Frankia, Fructobacillus, Fulvimarina, Fusobacterium, Gallibacterium, Gallionella, Gardnerella, Gemella, Gemmata, Gemmatimonas, Geobacillus, Geobacter, Geodermatophilus, Glaciecola, Gloeobacter, Glossina, Gluconacetobacter, Gordonia, Granulibacter, Granulicatella, Grimontia, Haemophilus, Hahella, Halanaerobiumns, Haliangium, Halomonas, Halorhodospira, Halothermothrix, Halothiobacillus, Hamiltonella, Helicobacter, Heliobacterium, Herbaspirillum, Herminiimonas, Herpetosiphon, Hippea, Hirschia, Histophilus, Hodgkinia, Hoeflea, Holdemania, Hydrogenivirga, Hydrogenobaculum, Hylemonella, Hyphomicrobium, Hyphomonas, Idiomarina, Ilyobacter, Intrasporangium, Isoptericola, Isosphaera, Janibacter, Janthinobacterium, Jonesia, Jonquetella, Kangiella, Ketogulonicigenium, Kineococcus, Kingella, Klebsiella, Kocuria, Koribacter, Kosmotoga, Kribbella, Ktedonobacter, Kytococcus, Labrenzia, Lactobacillus, Lactococcus, Laribacter, Lautropia, Lawsonia, Legionella, Leifsonia, Lentisphaera, Leptolyngbya, Leptospira, Leptothrix, Leptotrichia, Leuconostoc, Liberibacter, Limnobacter, Listeria, Loktanella, Lutiella, Lyngbya, Lysinibacillus, Macrococcus, Magnetococcus, Magnetospirillum, Mahella, Mannheimia, Maricaulis, Marinithermus, Marinobacter, Marinomonas, Mariprofundus, Maritimibacter, Marvinbryantia, Megasphaera, Meiothermus, Melissococcus, Mesorhizobium, Methylacidiphilum, Methylibium, Methylobacillus, Methylobacter, Methylobacterium, Methylococcus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methylophaga, Methylophilales, Methylosinus, Methyloversatilis, Methylovorus, Microbacterium, Micrococcus, Microcoleus, Microcystis, Microlunatus, Micromonospora, Mitsuokella, Mobiluncus, Moorella, Moraxella, Moritella, Mycobacterium, Myxococcus, Nakamurella, Natranaerobius, Neisseria, Neorickettsia, Neptuniibacter, Nitratifractor, Nitratiruptor, Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrosomonas, Nitrosospira, Nitrospira, Nocardia, Nocardioides, Nocardiopsis, Nodularia, Nostoc, Novosphingobium, Oceanibulbus, Oceanicaulis, Oceanicola, Oceanithermus, Oceanobacillus, Ochrobactrum, Octadecabacter, Odyssella, Oligotropha, Olsenella, Opitutus, Oribacterium, Orientia, Ornithinibacillus, Oscillatoria, Oscillochloris, Oxalobacter, Paenibacillus, Pantoea, Paracoccus, Parascardovia, Parasutterella, Parvibaculum, Parvimonas, Parvularcula, Pasteurella, Pasteuria, Pectobacterium, Pediococcus, Pedosphaera, Pelagibaca, Pelagibacter, Pelobacter, Pelotomaculum, Peptoniphilus, Peptostreptococcus, Persephonella, Petrotoga, Phaeobacter, Phascolarctobacterium, Phenylobacterium, Photobacterium, Pirellula, Planctomyces, Planococcus, Plesiocystis, Polaromonas, Polaromonas, Polymorphum, Polynucleobacter, Poribacteria, Prochlorococcus, Propionibacterium, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudoflavonifractor, Pseudomonas, Pseudonocardia, Pseudoramibacter, Pseudovibrio, Pseudoxanthomonas, Psychrobacter, Psychromonas, Puniceispirillum, Pusillimonas, Pyramidobacter, Rahnella, Ralstonia, Raphidiopsis, Regiella, Reinekea, Renibacterium, Rhizobium, Rhodobacter, Rhodococcus, Rhodoferax, Rhodomicrobium, Rhodopirellula, Rhodopseudomonas, Rhodospirillum, Rickettsia, Rickettsiella, Riesia, Roseburia, Roseibium, Roseiflexus, Roseobacter, Roseomonas, Roseovarius, Rothia, Rubrivivax, Rubrobacter, Ruegeria, Ruminococcus, Ruthia, Saccharomonospora, Saccharophagus, Saccharopolyspora, Sagittula, Salinispora, Salmonella, Sanguibacte, Scardovia, Sebaldella, Segniliparus, Selenomonas, Serratia, Shewanella, Shigella, Shuttleworthia, Sideroxydans, Silicibacter, Simonsiella, Sinorhizobium, Slackia, Sodalis, Solibacter, Solobacterium, Sorangium, Sphaerobacter, Sphingobium, Sphingomonas, Sphingopyxis, Spirochaeta, Sporosarcina, Stackebrandtia, Staphylococcus, Starkeya, Stenotrophomonas, Stigmatella, Streptobacillus, Streptococcus, Streptomyces, Streptosporangium, Subdoligranulum, subvibrioides, Succinatimonas, Sulfitobacter, Sulfobacillus, Sulfuricurvum, Sulfurihydrogenibium, Sulfurimonas, Sulfurospirillum, Sulfurovum, Sutterella, Symbiobacterium, Synechocystis, Syntrophobacter, Syntrophobotulus, Syntrophomonas, Syntrophothermus, Syntrophus, taiwanensis, Taylorella, Teredinibacter, Terriglobus, Thalassiobium, Thauera, Thermaerobacter, Thermanaerovibrio, Thermincola, Thermoanaerobacter, Thermoanaerobacterium, Thermobaculum, Thermobifida, Thermobispora, Thermocrinis, Thermodesulphateator, Thermodesulfobacterium, Thermodesulfobium, Thermodesulfovibrio, Thermomicrobium, Thermomonospora, Thermosediminibacter, Thermosinus, Thermosipho, Thermosynechococcus, Thermotoga, Thermovibrio, Thermus, Thioalkalimicrobium, Thioalkalivibrio, Thiobacillus, Thiomicrospira, Thiomonas, Tolumonas, Treponema, tribocorum, Trichodesmium, Tropheryma, Truepera, Tsukamurella, Turicibacter, Variovorax, Veillonella, Verminephrobacter, Verrucomicrobium, Verrucosispora, Vesicomyosocius, Vibrio, Vibrionales, Victivallis, Weissella, Wigglesworthia, Wolbachia, Wolinella, Xanthobacter, Xanthomonas, Xenorhabdus, Xylanimonas, Xylella, Yersinia, Zinderia и Zymomonas.
В частности, клетка микроорганизма может происходить из E. coli, Pseudomonas sp., Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida, Pseudomonas stutzeri, Acinetobacter sp., Burkholderia sp., Burkholderia thailandensis, Cyanobakterien, Klebsiella sp., Klebsiella oxytoca, Salmonella sp., Rhizobium sp. и Rhizobium meliloti, Bacillus sp., Bacillus subtilis, Clostridium sp., Corynebacterium sp., Corynebacterium glutamicum, Brevibacterium sp., Chlorella sp. и Nostoc sp. Более конкретно, клетка микроорганизма может происходить из E. coli.
n
2n+2
Алканы представляют собой насыщенные углеводороды, которые имеют различное применение в зависимости от количества атомов углерода и от структуры алкана (т.е. разветвленный, линейный, циклический и т.д.). Алканы (строго говоря, всегда ациклические соединения или соединения с открытой цепью) имеют общую химическую формулу CH. Алкан, применяемый согласно любому из аспектов настоящего изобретения, может содержать по меньшей мере 6 атомов C.
В частности, алкан, применяемый согласно любому из аспектов настоящего изобретения, может содержать 6-22, 6-20, 6-18, 6-17, 6-16, 6-15, 6-14, 6-13, 6-12, 6-11, 6-10, 8-20, 8-19, 8-18, 8-16, 8-15, 8-12, 8-10 атомов углерода (включительно). Алканы могут быть выбраны из группы, включающей гексан, гептан, октан, нонан, декан, ундекан, додекан, тридекан, тетрадекан, пентадекан, гексадекан и икозан. В частности, применяемый алкан может представлять собой декан, ундекан или додекан.
1
Фермент E
1
1
a
b
a
Фермент Eможет быть способен к превращению по меньшей мере одного алкана в соответствующий 1-алканол. В частности, Eможет представлять собой по меньшей мере одну P450-алкангидроксилазу (E) под EC 1.14.15.1 или AlkB-алкангидроксилазу (E) под EC 1.14.15.3. P450-алкангидроксилаза (E) является компонентом реакционной системы, содержащей
- два ферментативных компонента: цитохром P450-алкангидроксилазу и NAD(P)H-цитохром P450-оксидоредуктазу под EC 1.6.2.4, или
- три ферментативных компонента: цитохром P450-алкангидроксилазу типа CYP153, ферредоксин NAD(P)+ редуктазы под EC 1.18.1.2 или EC 1.18.1.3 и ферредоксин.
1b
AlkB-алкангидроксилаза (E) является компонентом реакционной системы, содержащей
- AlkB-алкангидроксилазы под EC 1.14.15.3, которые являются компонентом реакционной системы, содержащей три ферментативных компонента: AlkB-алкангидроксилазу под EC 1.14.15.3, AlkT-рубредоксин-NAD(P)+ редуктазу под EC 1.18.1.1 или под EC 1.18.1.4 и рубредоксин AlkG.
1
b
1
1
1
В частности, Eможет представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E), также известную как алканмонооксигеназа. Более конкретно, E может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с алканмонооксигеназой из Pseudomonas putida GPo1, кодируемой alkBGT. Даже более конкретно, Eможет характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1. Более конкретно, Eможет содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1.
a
Фермент E
1
a
В частности, фермент E может представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (E), выбранных из группы, включающей
AAO73954.1, AAO73953.1, XP_002546279.1, AAA34353.2, P30607.1, XP_002421627.1, XP_718670.1, CAA39366.1, XP_001527524.1, AAO73955.1, AAO73956.1, XP_002546278.1, EEQ43157.1, XP_718669.1, AAA34354.1, P10615.3, XP_002421628.1, 226487, P16141.3, CAA39367.1, Q9Y757.2, XP_001485567.1, AAO73958.1, XP_001383506.2, XP_460111.2, AAO73959.1, Q12586.1, XP_460112.2, AAO73960.1, Q12589.1, AAO73961.1, XP_460110.2, EEQ43763.1, XP_710174.1, EDK41572.2, XP_001482650.1, CAA75058.1, XP_002548818.1, Q12588.1, XP_002422222.1, XP_001383636.2, XP_001525381.1, XP_002548823.1, P30610.1, AAO73952.1, XP_002548428.1, CAA36197.1, XP_002421126.1, AAA34320.1, P16496.3, P30608.1, P24458.1, XP_717999.1, XP_001383817.1, Q9Y758.1, XP_001482092.1, XP_001383710.2, P30609.1, AAB24479.1, XP_457792.1, XP_001524144.1, XP_457727.2, XP_001525578.1, XP_002616743.1, XP_002614836.1, XP_001525577.1, AAO73957.1, Q12585.1, XP_001386440.2, XP_002616857.1, XP_001483276.1, XP_500402.1, EDK39907.2, XP_500560.1, XP_001211376.1, XP_002560027.1, XP_504857.1, XP_500855.1, XP_504406.1, BAA31433.1, XP_500856.1, XP_501148.1, XP_746567.1, XP_001262425.1, XP_001274843.1, XP_002840588.1, XP_002377641.1, XP_001825995.1, XP_001400739.1, XP_718066.1, CAA35593.1, XP_664735.1, XP_002150795.1, XP_500097.1, XP_002483325.1, XP_504311.1, XP_500273.1, XP_002548817.1, EDP54484.1, XP_755288.1, XP_001260447.1, EFY97851.1, ACD75398.1, ADK36660.1, XP_001213081.1, XP_002377989.1, XP_001826299.1, XP_001554811.1, XP_501667.1, XP_002148942.1, ADK36662.1, XP_002565827.1, P30611.1, XP_001267871.1, XP_002372373.1, EFY84686.1, P43083.1, XP_001263094.1, XP_002148355.1, XP_002568429.1, XP_001817314.1, Q12587.1, XP_001396435.1, XP_001938589.1, XP_001388497.2, XP_663661.1, XP_003295335.1, XP_002152088.1, XP_001212071.1, Q12573.1, XP_002379858.1, XP_001821592.1, XP_002844341.1, XP_001394678.1, ACD75400.1, BAK03594.1, XP_003170343.1, XP_001265480.1, XP_002550661.1, EDP55514.1, XP_001528842.1, XP_749919.1, XP_001593058.1, P30612.1, EGC48494.1, EEH04429.1, XP_001585586.1, XP_003236182.1, XP_001400199.1, EEQ46951.1, XP_721410.1, EGP87864.1, XP_002380808.1, XP_001792771.1, XP_001208515.1, XP_001216161.1, XP_003071804.1, EFW16963.1, XP_002542118.1, XP_001936677.1, EGD95268.1, XP_003015678.1, XP_501748.1, XP_003169562.1, EFY96492.1, XP_682653.1, XP_002421356.1, CAK43439.1, EFY93677.1, XP_747767.1, XP_001244958.1, XP_003019635.1, XP_002847463.1, EGP83273.1, EGR52487.1, XP_002622526.1, XP_002563618.1, CBX99718.1, XP_001552081.1, XP_003066638.1, XP_003176049.1, ACD75402.1, BAA05145.1, XP_002482834.1, XP_001257501.1, XP_001934574.1, XP_001269972.1, XP_001587438.1, XP_001215856.1, XP_002149824.1, XP_001550556.1, XP_003011982.1, XP_001827121.1, XP_003233566.1, XP_003022481.1, EGR47044.1, EFQ34695.1, XP_003170005.1, BAG09241.1, XP_002796370.1, XP_003019300.1, XP_002563873.1, CAK40654.1, EEH19741.1, XP_003012518.1, EGD95716.1, XP_003239409.1, BAJ04363.1, XP_001537012.1, BAE66393.1, EGP85214.1, XP_002487227.1, AAV66104.1, EGE07669.1, XP_362943.2, XP_003016806.1, EFQ27388.1, XP_002384360.1, XP_002836323.1, XP_001274959.1, EFZ03093.1, XP_661521.1, XP_002849803.1, XP_001589398.1, AAR99474.1, XP_003189427.1, XP_001823699.1, XP_364111.1, XP_001262753.1, EFY86805.1, XP_001390153.2, XP_002384738.1, XP_001941811.1, XP_001220831.1, XP_003296981.1, XP_002480829.1, BAD83681.1, XP_001827526.2, XP_369556.1, CAK38224.1, EFQ26532.1, XP_002562328.1, XP_001904540.1, EGO52476.1, XP_002382002.1, XP_001225874.1, XP_958030.2, XP_002540883.1, XP_001908957.1, XP_001559255.1, XP_364102.1, EDP48064.1, XP_365075.1, XP_381460.1, CBX95930.1, XP_003054099.1, XP_361347.2, XP_002846867.1, XP_001214985.1, EFQ35175.1, XP_002479062.1, XP_001908613.1, XP_003345380.1, EGR50567.1, XP_002479350.1, XP_001394417.2, XP_001394159.2, XP_002146776.1, EGP86783.1, EFX02953.1, CAK45889.1, XP_003006887.1, XP_002541427.1, XP_750735.1, XP_001257962.1, EGO51720.1, XP_003005336.1, EGP83197.1, XP_002149832.1, XP_003052680.1, XP_365851.1, XP_001799910.1, XP_003347175.1, XP_002565258.1, EGR48918.1, EGR52524.1, XP_964653.2, XP_002147083.1, XP_002843935.1, EEH19393.1, CAC10088.1, EEH47609.1, EEQ92528.1, XP_001246560.1, XP_002626168.1, XP_003024880.1, XP_003169255.1, XP_003013780.1, XP_003235691.1, XP_746816.1, EGD98483.1, XP_001389925.2, XP_002842817.1, XP_002797278.1, ADK36666.1, XP_003305469.1, XP_001548471.1, XP_001806478.1, EFQ34989.1, XP_001552987.1, CAC24473.1, XP_002541530.1, EEQ89262.1, XP_001247332.1, XP_003066043.1, EDP47672.1, XP_002628451.1, XP_001910644.1, EGR44510.1, EFQ36733.1, XP_003052472.1, XP_001393445.2, XP_001522438.1, EGO04179.1, XP_001397944.2, CAK49049.1, EFQ30109.1, XP_001585052.1, EGO30123.1, XP_388496.1, XP_003173913.1, CBF76609.1, XP_003028593.1, EGO04180.1, CAK46976.1, XP_370476.1, XP_002145942.1, XP_003004457.1, ADK36663.1, XP_003040708.1, XP_003351473.1, EFY84692.1, XP_748328.2, XP_003190325.1, XP_002378813.1, EGR46513.1, XP_003033448.1, XP_002145326.1, XP_662462.1, XP_747469.1, XP_001935085.1, EGR45892.1, EGO01601.1, EGP89995.1, XP_001222615.1, XP_001224356.1, EGN93507.1, XP_001934479.1, BAK09464.1, EGO30124.1, XP_001267956.1, ADK36661.1, EFY97845.1, XP_001834501.1, EGO03790.1, XP_001884320.1, XP_003028899.1, AAP79879.1, EFY84206.1, BAK09467.1, XP_003030469.1, XP_001412594.1, XP_001834508.1, XP_001839436.2, XP_002583529.1, XP_001886288.1, XP_002843371.1, XP_001587730.1, BAK09418.1, BAK09442.1, EGO28830.1, EGE03365.1, EFZ01428.1, EGO03065.1, XP_001558890.1, XP_002487181.1, EGO29652.1, AAX49400.1, EFY92529.1, XP_002380252.1, XP_001884460.1, BAK09387.1, XP_001839366.2, XP_003031835.1, EFY99978.1, AAL67906.1, BAG09240.1, XP_002381768.1, XP_001800031.1, XP_001825073.2, BAE63940.1, XP_003028894.1, AAL67905.1, XP_002910303.1, EGO22856.1, XP_003028896.1, XP_681680.1, XP_002486603.1, XP_001838945.2, EGR50064.1, XP_001884349.1, XP_001883816.1, CAK37996.1, CAO91865.1, XP_003031227.1, XP_001258702.1, XP_001586739.1, XP_001560806.1, CBF69707.1, ADN43682.1, XP_001593179.1, XP_001886909.1, XP_001934479.1, XP_001587730.1, XP_001886909.1, XP_001831709.2, XP_001392650.1, XP_366716.2, CAL69594.1, XP_001269140.1, XP_002566307.1, XP_001555473.1, XP_663925.1, XP_001598033.1, XP_001835239.2, EGN97256.1, XP_001554305.1, NP_182075.1, XP_001560475.1, EFQ32286.1, XP_001216788.1, XP_002483975.1, AAC31835.1, NP_850427.1, XP_002143660.1, XP_003327130.1, BAJ78287.1, XP_002880182.1, ACB59278.1, EFQ36688.1, BAJ78285.1, BAJ78286.1, XP_001798699.1, EEH44101.1, BAJ78288.1, BAJ78284.1, EGG02425.1, EGG03011.1, AAA34334.1, NP_001189747.1, EGG02601.1, XP_002978645.1, EGG11203.1, XP_762610.1, XP_762620.1, XP_001545581.1, CAB44684.1, CAN80536.1, AAN05337.1, NP_001049423.1, XP_001791898.1, NP_001031814.1, XP_002279531.1, ABK94777.1, AAZ39646.1, XP_002880183.1, ABC68403.1, XP_002839066.1, EGG03014.1, XP_002320074.1, NP_001182854.1, CBI38795.3, XP_002310605.1, NP_196442.2, XP_002270594.1, ABZ80830.1, XP_002275905.1, CBI38796.3, XP_002476978.1, CAB93726.1, EGG03624.1, EGG06527.1, NP_197710.1, XP_001768338.1, XP_002270673.1, BAJ86572.1, XP_002275806.1, CBI38797.3, XP_002320072.1, CAN60189.1, XP_002986290.1, XP_002465888.1, CAN80040.1, XP_002336104.1, XP_002988354.1, XP_002264277.1, EGD72898.1, XP_002866853.1, EAY95236.1, XP_002979701.1, XP_002988762.1, XP_002304502.1, XP_002873349.1, XP_003192947.1, CAN63571.1, NP_001053615.1, NP_176558.1, EGC49561.1, EGG09027.1, XP_002314581.1, XP_002446966.1, XP_002320802.1, ABC59095.1, XP_003323121.1, XP_002974639.1, XP_002395587.1, XP_002866852.1, XP_002319770.1, NP_001146262.1, NP_001169224.1, AAM65207.1, XP_002529058.1, XP_002886391.1, XP_002320071.1, XP_002446967.1, XP_757870.1, EAY95147.1, XP_002899664.1, EEH05830.1, XP_002874114.1, ADO24345.1, BAJ88802.1, BAA05146.1, XP_002963351.1, EAY88475.1, NP_195658.3, XP_002976944.1, ABC59093.1, XP_002275114.1, XP_003328407.1, CAN75428.1, BAJ86471.1, XP_002981144.1, XP_002277006.1, EAZ26110.1, ACN41008.1, XP_002899542.1, XP_001781614.1, EAY76187.1, BAK06758.1, XP_002511745.1, XP_002982626.1, XP_002963763.1, NP_001065111.1, ABF93892.1, XP_002314117.1, BAK06287.1, XP_001745327.1, NP_001047674.1, XP_002878665.1, XP_002974847.1, NP_179899.1, CAN80156.1, NP_001053543.1, ABC59094.1, XP_002328165.1, XP_002270628.1, XP_002275115.1, XP_002980688.1, XP_002465039.1, AAL91155.1, NP_195910.1, XP_002509820.1, NP_200694.1, CAA62082.1, AAL75903.1, XP_002468241.1, XP_002883546.1, XP_002862636.1, XP_002312905.1, EAY79269.1, AAM12494.1, XP_002875027.1, XP_758010.1, XP_002509524.1, AAP54707.2, XP_002869292.1, NP_001143079.1, ACF82946.1, XP_002270497.1, XP_002979685.1, XP_002465041.1, XP_002533544.1, AAG17470.1, XP_002985393.1, NP_191946.1, XP_002525608.1, AAZ39642.1, XP_002270428.1, XP_002529227.1, CBI24485.3, XP_001763206.1, EGG02922.1, XP_002974848.1, NP_001141467.1, CBI27149.3, NP_001130907.1, XP_002982474.1, NP_001048917.1, XP_002465889.1, ABZ80831.1, XP_002464461.1, EAY88476.1, BAJ90714.1, XP_002893825.1, ACN28568.1, XP_002452782.1, XP_002280004.1, XP_001764611.1, NP_001183394.1, BAJ89570.1, CBI24484.3, BAJ88840.1, ACG38359.1, CAN77648.1, BAJ91452.1, NP_001141345.1, XP_002282185.1, XP_002980994.1, XP_002299820.1, BAJ87982.1, BAJ91842.1, XP_003325270.1, XP_001760399.1, CBI34058.3, ADG34845.1, XP_002523775.1, EEH21852.1, Q50EK3.1, BAK06748.1, XP_002963764.1, ACN34158.1, XP_001764503.1, XP_002311750.1, XP_001782495.1, XP_002988642.1, XP_002465625.1, XP_002892051.1, XP_002279649.1, NP_171666.1, ABK28430.1, BAC42067.1, AED99869.1, NP_174713.1, XP_001781706.1, ABG66204.1, XP_002964775.1, NP_001064901.2, XP_002961706.1, XP_002519477.1, XP_001559854.1, CBH32594.1, BAB92258.1, XP_002264897.1, AAL59025.1, XP_002862576.1, ACL53124.1, XP_002521476.1, NP_200045.1, BAJ89814.1, CBI38794.3, XP_776769.1, NP_001141372.1, EEC74485.1, EAY76557.1, XP_002318861.1, NP_001172660.1, XP_002880978.1, AAO00706.1, BAK07606.1, XP_002979336.1, BAC42841.1, BAF46296.1, XP_002306380.1, XP_002865907.1, ACG34921.1, XP_002876375.1, NP_001056685.1, XP_002264292.1, XP_002893443.1, NP_001066096.1, EEE53477.1, CBH32607.1, EAY94753.1, NP_001130939.1, NP_182121.1, XP_002437749.1, NP_191222.1, XP_002865881.1, XP_569708.1, XP_002279670.1, BAJ94774.1, ABF93894.1, BAD94304.1, ACG33785.1, NP_194944.1, NP_180337.1, AAB63277.1, BAJ85246.1, XP_002456654.1, ACN27732.1, XP_002445325.1, EER40289.1, XP_001838184.2, BAJ85532.1, XP_002866555.1, EAY88477.1, ACG47870.1, XP_002310074.1, XP_002457224.1, EAZ25521.1, BAJ87689.1, NP_001044838.1, XP_002521004.1, XP_002882043.1, XP_002527038.1, XP_002318721.1, XP_002979339.1, NP_176086.1, XP_001560028.1, ABC59092.1, ABF93891.1, ACR38435.1, EAY78983.1, NP_179782.1, CCA21696.1, XP_002334340.1, EFX88387.1, NP_001044554.1, XP_002321857.1, NP_173862.1, NP_195660.1, XP_001554079.1, EAZ13864.1, EEC67630.1, EAY76183.1, AAP54710.2, NP_001065112.2, ACD10924.1, XP_001559275.1, EEC67338.1, XP_002273811.1, ADJ68242.1, NP_001065698.1, CAN66874.1, CAB41474.1, XP_002868908.1, XP_002904660.1, CAR47816.1, NP_189243.1, EAY98229.1, XP_002448320.1, O81117.2, XP_002458797.1, XP_002277129.1, BAJ88829.1, CAN67559.1, BAK08034.1, XP_002894062.1, XP_002894891.1, XP_002279981.1, ABR16451.1, NP_201150.1, AAM60854.1, XP_002521002.1, XP_002521474.1, XP_002875311.1, NP_195661.1, AAP79889.1, NP_175193.1, P98188.1, BAK08270.1, CBI21357.3, XP_002870817.1, XP_002904451.1, ABA95812.1, XP_002998647.1, NP_001066166.2, XP_002894690.1, EFY92064.1, XP_002278009.1, XP_002336002.1, CCA16508.1, XP_002868909.1, EAZ31703.1, C96517, EAY86526.1, XP_002307954.1, XP_002904638.1, XP_002266883.1, XP_002439880.1, XP_002892730.1, ADI52567.1, EGI61791.1, XP_002511196.1, EGG04372.1, XP_002511875.1, ACE75189.1, NP_001055681.1, XP_001589816.1, NP_001170655.1, XP_002300789.1, XP_001934479.1, XP_001587730.1, XP_001554079.1, XP_001559275.1, XP_002868908.1, XP_002998647.1, EFY92064.1, XP_002605799.1, BAC43393.1, ABK28457.1, AAL54887.1, BAC43161.1, XP_002333384.1, ZP_03631129.1, AAL84318.1, BAJ99856.1, XP_002593704.1, YP_001965159.1, XP_002454121.1, EFX88390.1, ABR16969.1, NP_177109.3, XP_002441724.1, NP_001166017.1, BAB92256.1, ACE75340.1, AAZ39645.1, XP_002312417.1, XP_002887239.1, NP_001172609.1, NP_001065766.1, XP_002515053.1, AAL54885.1, ABR16897.1, XP_002878579.1, NP_001140775.1, XP_003275955.1, ZP_08045694.1, BAJ94069.1, XP_001654558.1, XP_002436562.1, EAY88702.1, BAK03685.1, XP_003327629.1, XP_002322606.1, EEH42702.1, XP_002037976.1, NP_172774.1, XP_002282477.1, EFX88388.1, XP_002522465.1, EFZ21470.1, AAO41955.1, AAL54886.1, XP_002450277.1, XP_002862559.1, XP_002335046.1, XP_003328408.1, ACE75187.1, XP_001849294.1, XP_002444132.1, XP_002894061.1, EFN77015.1, EGI69992.1, CBI17962.3, AAL54884.1, XP_002998650.1, XP_002105150.1, XP_002877615.1, EFZ22412.1, XP_002439815.1, XP_002300790.1, CBI40391.3, AEI59774.1, XP_002801151.1, XP_003325267.1, XP_001554577.1, EAY79865.1, XP_002465796.1, XP_002931035.1, ABA91371.1, ACE75338.1, XP_001592850.1, XP_001362981.1, XP_002271246.1, EGB11905.1, NP_176713.1, CBJ27248.1, NP_566155.1, EFX87732.1, EEC71661.1, ACG29046.1, NP_001130576.1, XP_001843663.1, ABK25134.1, EGI65081.1, XP_002722841.1, AAL67908.2, AAO15579.1, YP_122047.1, EFA04617.1, YP_001522424.1, ACB87383.1, NP_001027517.1, EEE52725.1, XP_002078257.1, XP_002722842.1, ZP_05128707.1, XP_003208874.1, AAK31592.1, ABA95747.2, NP_001181472.1, NP_001075572.1, XP_001108915.1, XP_001520882.1, XP_002063219.1, EFZ22408.1, AAL57721.1, EFW47740.1, AAQ20834.1, CAN74644.1, XP_002722849.1, BAC30028.1, CAN75729.1, XP_002115603.1, AAN72309.1, EEC68823.1, CAM18519.1, EAZ13863.1, XP_002906159.1, NP_001003947.1, ZP_01858832.1, XP_002882162.1, XP_002089195.1, XP_002892729.1, CAN68037.1, NP_001130648.1, NP_001166016.1, NP_172773.4, ADJ68241.1, EGI62551.1, EFN63658.1, XP_002300103.1, XP_001658673.1, XP_001367719.1, NP_775146.1, XP_001375048.1, AAH21377.1, NP_727589.1, XP_002271847.1, XP_001809620.1, XP_002897528.1, NP_190421.1, XP_002282468.1, XP_536868.2, EEE58297.1, XP_001992105.1, EAY82190.1, ADD20161.1, XP_001363065.1, EAU77129.3, EAY72807.1, EGG03077.1, NP_001181489.1, NP_001177869.1, XP_001966135.1, BAA99522.1, BAK07250.1, XP_002133118.1, NP_001042228.1, AAL57720.1, XP_002897529.1, AAA35712.1, YP_002275016.1, NP_000770.2, XP_002721578.1, XP_321208.4, AAM09532.1, EFN61085.1, BAK06179.1, EFX88389.1, YP_001602608.1, XP_513140.3, NP_001182438.1, AAD31068.1, NP_001093242.1, XP_001367758.2, EFZ18984.1, YP_691921.1, CAH59968.1, AAS80270.1, CAH59967.1, ACQ99381.2, YP_003810988.1, YP_957888.1, CBW44755.1, ZP_05042596.1, ZP_01913735.1, ZP_05043097.1, ADQ00145.1, YP_004494060.1, ZP_08206912.1, BAE78452.1, NP_114222.1, ACZ56357.1, YP_640381.1, ZP_04384919.1, ZP_08025219.1, ZP_07715822.1, ZP_06847816.1, YP_001702784.1, AEK27137.1, ZP_07716433.1, ZP_08199554.1, YP_004495520.1, YP_345718.1, ZP_08022914.1, YP_001851443.1, BAG50428.1, YP_001135848.1, BAF95905.1, YP_345695.1, ACP39691.1, ACP39664.1, ACP39635.1, ACP39633.1, ACP39710.1, ACP39698.1, ACP39711.1, BAE47475.1, BAE47474.1, ABW76858.1, ACO50699.1, ACP39643.1, ACP39639.1, ACP39708.1, ACM68663.1, ACP39642.1, ACP39684.1, ACP39636.1, ZP_05095005.1, ACP39652.1, BAE47473.1, ACM68664.1, ACP39646.1, ACP39680.1, ACP39692.1, ACP39675.1, ACP39632.1, ZP_05129284.1, ACP39706.1, ACP39695.1, ACM68665.1, ACP39654.1, ACP39665.1, ACP39649.1, BAE47472.1, ACM68668.1, ACP39676.1, ACP39648.1, ACP39647.1, ZP_01102434.1, ACM68666.1, ACP39641.1, ACM68669.1, ZP_01625037.1, ACP39690.1, ACP39696.1, ACP39697.1, ACP39707.1, ACP39682.1, ACP39650.1, ACP39638.1, ZP_05126641.1, CAH04396.1, ACP39658.1, ZP_01102687.1, ACJ06772.1, YP_001413041.1, YP_552058.1, ADE05601.1, ADI19685.1, BAE47479.1, ZP_01626700.1, ZP_01618279.1, CAH61448.1, YP_001411305.1, YP_003591161.1, ZP_01615522.1, ACM68667.1, ACP39651.1, ZP_05095535.1, ZP_01618489.1, NP_418882.1, ADI19983.1, ACP39677.1, BAE47476.1, ACP39655.1, ACP39656.1, ADI19696.1, BAE47477.1, YP_001413399.1, YP_459878.1, BAE47480.1, BAE47481.1, ACP39653.1, BAE47478.1, YP_001681656.1, ZP_01618281.1, ZP_01627262.1, YP_001413057.1, YP_760740.1, YP_001242466.1, YP_001203574.1, CAH61454.1, YP_002129656.1, YP_001672075.1, ACP39709.1, YP_001990805.1, NP_946959.1, YP_001203575.1, YP_783213.1, YP_003059227.1, YP_004110202.1, ACP39645.1, YP_487538.1, CAH61451.1, YP_570816.1, YP_534107.1, YP_001413223.1, YP_001242465.1, YP_557448.1, ZP_08631162.1, NP_773883.1, ZP_00997728.1, ACP39683.1, NP_768493.1, NP_773882.1, ZP_08271781.1, CAH61449.1, YP_003883668.1, YP_003332953.1, YP_004535688.1, YP_495502.1, YP_459378.1, ZP_08700267.1, ZP_01863452.1, ZP_06860085.1, BAE47487.1, YP_617903.1, ZP_08207422.1, BAE47486.1, ZP_01041003.1, BAE47484.1, ACR78197.1, CAH61456.1, ZP_01858113.1, ACP39681.1, BAE47485.1, ACP39673.1, BAE47483.1, ACP39669.1, BAE47482.1, ACP39674.1, ACP39704.1, ACP39703.1, YP_497095.1, ACP39672.1, ACP39702.1, ACP39670.1, ACP39666.1, YP_458852.1, ACP39687.1, ACP39688.1, ACP39634.1, ACP39686.1, ACP39660.1, ACP39700.1, YP_001411309.1, ZP_01465241.1, ACP39701.1, ACP39679.1, ACP39657.1, ACP39694.1, ACP39659.1, ACP39671.1, ACP39693.1 и YP_003342921.1.
b
Фермент E
1
1b
В другом примере фермент E может представлять собой по меньшей мере одну AlkB-алкангидроксилазу (E), выбранную из группы, включающей
YP_001185946.1, Q9WWW6.1, YP_957898.1, YP_957728.1, YP_694427.1, BAC98365.1, ZP_00957064.1, CAC86944.1, YP_001672212.1, CAB59525.1, ACH99213.1, ACH99215.1, ACH99216.1, AAK56792.1, ACH99229.1, ACS91348.1, AAP41820.1, ZP_05128075.1, CAM58121.1, CAM58085.1, ACQ44675.1, ACZ62808.1, ZP_01738706.1, ZP_01916228.1, ZP_01225325.1, YP_001023605.1, ACJ22747.1, ACT91140.1, AAT91722.2, CBA27418.1, YP_001889129.1, EGC97932.1, ACT91201.1, ZP_05083049.1, YP_554098.1, ZP_01900149.1, ADG26619.1, ADG26657.1, ADG26640.1, ZP_06838771.1, ADG26649.1, ADG26651.1, ZP_02374120.1, YP_368326.1, ZP_02380481.1, ADG26643.1, ADG26628.1, YP_442346.1, ADG26620.1, ADG26647.1, ZP_07673680.1, ADG26638.1, YP_002232139.1, YP_001118743.1, ZP_01764629.1, YP_108945.1, YP_334185.1, ZP_04897834.1, ZP_02889567.1, YP_620386.1, YP_002897546.1, ZP_02166109.1, ZP_02904755.1, ADG26639.1, YP_001892637.1, ADG26642.1, ZP_04939380.1, ZP_02464124.1, YP_102417.1, CAC36356.1, ACJ22727.1, YP_001764240.1, YP_002765609.1, YP_001945311.1, ZP_03586616.1, ACJ22665.1, ZP_03574223.1, CAC37038.1, ZP_02456517.1, YP_001807560.1, YP_002779449.1, AAK97454.1, YP_002912304.1, ACR55689.1, YP_003397515.1, YP_004361423.1, YP_772734.1, ACJ65014.1, ACT31523.1, ACJ22750.1, ZP_07375042.1, YP_002776786.1, ACB11552.1, ZP_02363472.1, ADG26653.1, ZP_04383196.1, ZP_02356342.1, ACJ22751.1, YP_952571.1, ACU43494.1, YP_001135977.1, YP_002764193.1, YP_003855036.1, YP_004078475.1, AAK97448.1, ZP_04388098.1, ACX30747.1, ADG26632.1, ACJ22719.1, ADO21492.1, ZP_05061580.1, ADR72654.1, ACZ65961.1, ACX30755.1, YP_001849604.1, AAV64895.1, YP_004495037.1, YP_702497.1, YP_001069662.1, ZP_06850622.1, BAF34299.1, CAB51024.2, YP_004008018.1, YP_003768535.1, ACJ65013.1, ZP_07282765.1, YP_886209.1, ACJ22725.1, ZP_08155372.1, YP_004493362.1, ZP_05228000.1, ZP_07717360.1, BAD67020.1, YP_004524245.1, ZP_07715778.1, NP_217769.1, ACS91349.1, YP_960105.1, ZP_07014137.1, YP_004746682.1, ZP_08022271.1, ACN62569.1, ADQ37951.1, YP_003647687.1, YP_003837040.1, ADG26600.1, YP_002768905.1, ZP_08553310.1, ADG26597.1, ACJ22749.1, ADG26598.1, YP_001704327.1, ZP_04385381.1, ZP_04751264.1, ADG26609.1, ADG26610.1, ZP_06417258.1, ADG26607.1, ADP98338.1, YP_003275257.1, YP_004084103.1, ADG26630.1, ADG26625.1, ADG26605.1, ADG26599.1, ZP_05218167.1, ADQ37950.1, YP_921354.1, ADG26645.1, ADG26612.1, YP_004493370.1, YP_638501.1, YP_003809668.1, NP_962298.1, ZP_04750514.1, ADG26608.1, ADT82701.1, ACJ06773.1, YP_120833.1, ADG26618.1, ADG26602.1, ADG26623.1, ZP_04383566.1, ZP_08122407.1, YP_004077166.1, ZP_05041651.1, ZP_04608296.1, ABU93351.2, YP_003658078.1, ADQ37949.1, ADG26652.1, YP_002765850.1, AAK97447.1, CAD24434.1, CAC40954.1, ACT91203.1, YP_120829.1, ZP_07282558.1, YP_003298195.1, YP_001851790.1, ZP_05827357.1, ADG26633.1, CAB51020.1, YP_953908.1, ZP_07990416.1, YP_119532.1, ZP_08442348.1, ZP_08276444.1, ZP_04661203.1, ABO12068.2, YP_001846325.1, ADQ37952.1, ZP_08198697.1, ZP_00996652.1, YP_001707231.1, ZP_08433663.1, ZP_08205256.1, YP_003732372.1, YP_906529.1, ACT91204.1, YP_001506534.1, YP_001713880.1, YP_883357.1, YP_004525252.1, ADG26604.1, YP_001134633.1, ZP_08195602.1, ZP_06690500.1, ZP_05826167.1, ADY81595.1, ZP_06056754.1, AAK31348.1, YP_251715.1, ZP_08461977.1, ZP_05847237.1, YP_712218.1, YP_001084670.1, ZP_04387164.1, YP_260041.1, YP_002873097.1, ADG26614.1, AAK97446.1, YP_001280943.1, ZP_04386125.1, AAC36353.2, CCA29159.1, CAD10804.1, CCA29151.1, CAC40953.1, CCA29161.1, ABA55770.1, AAS93604.4, CCA29173.1, CCA29155.1, CCA29156.1, ABA55772.1, CCA29154.1, ABA55793.1, CCA29162.1, CCA29170.1, ZP_03824539.1, CCA29166.1, CCA29136.1, ZP_06065934.1, ABB54493.1, CCA29169.1, YP_003112137.1, CCA29127.1, CCA29148.1, CCA29160.1, ZP_06057458.1, ABA55773.1, YP_004016090.1, CCA29139.1, YP_480358.1, ABA55787.1, CCA29150.1, CCA29130.1, ZP_07775830.1, ABA55779.1, CCA29132.1, YP_003732938.1, BAB33284.1, CCA29149.1, CCA29145.1, ABA55783.1, CCA29137.1, CCA29129.1, CCA29158.1, CCA29176.1, CCA29142.1, CCA29144.1, BAB33287.1, CCA29133.1, CCA29140.1, CCA29135.1, ZP_06066074.1, ZP_03823182.1, CCA29171.1, CCA29152.1, CCA29131.1, ABA55780.1, CCA29163.1, CCA29143.1, CCA29153.1, YP_001580600.1, CCA29134.1, CCA29138.1, YP_046098.1, ZP_06072466.1, ZP_05361594.1, ACU43504.1, CCA29147.1, CCA29146.1, ZP_06061712.1, ACT91185.1, ACT91147.1, ACT91178.1, ACT91167.1, ACT91181.1, ACT91188.1, ZP_06069784.1, ACT91205.1, ZP_06725872.1, ACT91171.1, CCA29128.1, ABY56787.1, ADE05602.1, ACU43474.1, ACJ22718.1, ABB90688.1, ACU43519.1, ABB96093.1, ACU43485.1, ACU43493.1, ABW76857.1, ACT91163.1, ACJ22673.1, ZP_06188150.1, ACT91242.1, ACT91225.1, ACT91211.1, ACU43479.1, ACU43491.1, ACU43522.1, ACU43486.1, ACT91221.1, ACJ22662.1, ACU43506.1, ACU43487.1, ACT91259.1, AAA97866.1, ACU43502.1, YP_001252544.1, ABB96084.1, ACU43520.1, ACJ22668.1, ACU43503.1, ACT91230.1, ABA55777.1, ACT91231.1, ZP_01748311.1, ACJ22724.1, ACU43475.1, ACU43511.1, ACU43490.1, ZP_08330953.1, ACU43484.1, CBX01596.1, ACT91168.1, YP_096989.1, ACT91215.1, YP_125370.1, ACT91233.1, ACU43478.1, ADE05603.1, ACJ22715.1, ACU43512.1, ACT91196.1, ACJ22692.1, ACU43510.1, ACU43521.1, ACT91174.1, ACT91213.1, ACT91142.1, ACT91206.1, ACT91216.1, ACT91182.1, ACT91255.1, ACT91246.1, ACT91217.1, ACT91155.1, ACT91240.1, ACT91207.1, ACU43495.1, YP_128249.1, ACT91160.1, YP_004052990.1, ACT91226.1, ACU43507.1, ABO61855.1, ACT91214.1, ACT91220.1, YP_001188237.1, ACJ22689.1, ZP_01689499.1, YP_004379711.1, ACJ22748.1, ABB90683.1, ACT91223.1, ACT91235.1, ABO61786.1, ACU43508.1, ACU43492.1, ACT91219.1, ACT91244.1, ABO61856.1, ACT91239.1, ACU43473.1, ABO61850.1, ACT91262.1, ACT91261.1, ACT91224.1, ACU43499.1, ACU43488.1, ADO21767.1, YP_004654946.1, ADO21777.1, ABB96089.1, ABO61852.1, ABO61847.1, ACT91222.1, ADO21764.1, ACU43477.1, ADO21773.1, ABO61787.1, ABB96080.1, ABO61857.1, ACT91228.1, ABB96070.1, ADO21744.1, ACT91245.1, CAG17608.1, ADO21747.1, YP_001349162.1, ABK63807.1, ZP_06879583.1, NP_250216.1, ACT91234.1, ZP_01364874.1, ABO61789.1, ADO21772.1, ACU43516.1, ACU43505.1, ACU43501.1, ACT91236.1, ZP_07792758.1, ACZ64723.1, ADO21743.1, ADO21759.1, ACZ64752.1, ADO21755.1, ACD75517.1, YP_790621.1, ACB11551.1, ADO21748.1, NP_251264.1, ZP_01365940.1, ADO21762.1, ADO21739.1, ACU43496.1, ABO61854.1, ZP_06878434.1, ACU43489.1, ACU43483.1, ADO21746.1, ACT91237.1, ZP_01895378.1, ACT91164.1, ADO21736.1, ACJ22711.1, ACZ64754.1, ZP_05042146.1, ADO21688.1, ADO21648.1, YP_001348003.1, ADP98656.1, ADO21737.1, ADO21760.1, ADO21754.1, ADO21740.1, ACZ64758.1, ACU43497.1, ZP_01912185.1, ABB96111.1, ACU43482.1, ACB11549.1, ADO21775.1, CCA29157.1, ADO21681.1, ADO21668.1, ADO21656.1, ACU43517.1, ACT91165.1, ACJ22695.1, ACJ22688.1, ABB96071.1, ADO21763.1, ACT91241.1, ADO21735.1, ACB11550.1, ADO21778.1, ACT91172.1, ADO21765.1, ABB96087.1, CBJ30233.1, ACJ22752.1, ABB96105.1, ACB15251.1, ACJ22694.1, ACZ64741.1, ACZ64706.1, ABB96108.1, ACT91191.1, ABB96101.1, ABB90691.1, ACZ64745.1, YP_691842.1, ABB96075.1, ABB90682.1, ABB90690.1, ADO21676.1, ADO21679.1, ABO61768.1, YP_435857.1, ACJ22722.1, ACT91238.1, ACZ64725.1, CAC14062.1, ADO21682.1, ACZ64771.1, ACZ64718.1, ACZ64724.1, ADO21670.1, ADO21667.1, CAC37048.1, ACZ64708.1, ABB96092.1, ACJ22687.1, ACZ64703.1, ADO21690.1, ABB92364.1, ACB11547.1, ACZ64720.1, ADO21655.1, ACZ64717.1, ADO21680.1, ACZ64757.1, ACZ64733.1, ACT91144.1, ACU43481.1, ACT91179.1, ZP_02181409.1, ACZ64704.1, ABB96073.1, ACJ22675.1, ACZ64721.1, ABB96090.1, ACJ22729.1, ACU43515.1, ZP_01307000.1, ABB90685.1, YP_003862088.1, ACZ64715.1, ACZ64710.1, ACJ22735.1, ABB90687.1, ADO21661.1, ADO21674.1, ACT91177.1, ABB54492.1, ABB96076.1, ABB92365.1, ACT91194.1, ADO21689.1, ACJ22691.1, ABB90681.1, ADO21649.1, ADO21671.1, ACZ64728.1, ABB96095.1, CAC40945.1, ADO21652.1, ADO21665.1, ADE08461.1, ADO21678.1, ACZ64705.1, ACJ22690.1, ADO21675.1, ADO21685.1, ABB96072.1, ACJ22736.1, ACB11540.1, ABB96091.1, ACI04540.1, ACT91251.1, ACT91146.1, ACT91166.1, ACT91156.1, ADO21752.1, ADO21673.1, ADO21725.1, ABB96104.1, ABB90694.1, ABB90696.1, ACT91173.1, ADO21647.1, ZP_03700804.1, ACT91232.1, ADO21694.1, CAC40949.1, ABB92361.1, ACT91195.1, ACI04538.1, ADO21691.1, ACJ22685.1, ADO21653.1, ABS12461.1, ACZ64736.1, ACZ64772.1, ABB90680.1, ADO21659.1, ACZ64774.1, ADO21684.1, ADO21729.1, ADO21650.1, ADO21733.1, ACZ64755.1, ACZ64751.1, ABA55775.1, ADO21738.1, CCA29174.1, ADO21669.1, ACZ64744.1, ADO21654.1, ADO21768.1, ABB96106.1, CCA29168.1, ACT91176.1, ACB11555.1, ABB90695.1, ADO21660.1, ACJ22666.1, ACZ64778.1, ADO21766.1, ADO21677.1, ZP_02161687.1, CCA29165.1, ADO21745.1, ACB11548.1, ABB90689.1, ABB96107.1, AAT46052.1, ADO21718.1, ADO21722.1, ABB96088.1, EFW40271.1, ADO21686.1, ABB96103.1, ACU43500.1, ACB11536.1, ABB92360.1, CCA29167.1, ACT91199.1, ACZ64770.1, ACJ22716.1, ABA55786.1, ACZ64737.1, ABB96083.1, ACJ22676.1, ACZ64735.1, ACT91212.1, ACJ22765.1, CAJ01371.1, CAC17734.1, ABD36389.1, ACB11537.1, CAC08515.1, ACZ64714.1, ACU43513.1, ABB96082.1, ADN21387.1, ADO21711.1, ABD36392.1, ABR10770.1, CAC37049.1, ABB96098.1, ABB90692.1, ACB11535.1, ACZ64768.1, ACJ22756.1, ABB96094.1, ABA55791.1, ABB96078.1, ACT91141.1, ACZ64779.1, ACZ64750.1, CAJ01370.1, ACZ64753.1, ACU43480.1, ABA55794.1, ABB96085.1, ABB96110.1, YP_004448035.1, ACZ64709.1, ABB96102.1, ACZ64773.1, CCA29175.1, ACZ64749.1, ACZ64756.1, ACZ64781.1, ABO61777.1, ACZ64759.1, ACZ64764.1, ACZ64740.1, ACT91249.1, ZP_03702922.1, ACB11545.1, ACZ64775.1, ACZ64769.1, ACT91145.1, ACZ64742.1, ACT91254.1, ACZ64762.1, ACZ64716.1, ACZ64777.1, ADM26559.1, ABB96096.1, ACZ64780.1, ZP_01201250.1, CAH55829.1, ZP_01052921.1, ABB96077.1, ADO21658.1, ACT91161.1, ABB90684.1, ACR56750.1, ABB90697.1, ACZ64746.1, ABB92367.1, ACT91139.1, ACZ64763.1, ACT91200.1, ABO61773.1, ABB96081.1, ACZ64748.1, ACZ64782.1, ACU43498.1, ADO21651.1, ABB90679.1, BAG06233.1, ACZ64747.1, ABB96086.1, ACZ64761.1, ABB92370.1, ABO61774.1, ACT91175.1, ABB90686.1, ACB11546.1, ZP_01740604.1, ABO61785.1, YP_001531377.1, XP_001434539.1, ABA55767.1, ABO21865.1, ABF55636.1, ABA55751.1, ABB90698.1, ADD12311.1, ACZ64765.1, ABB92366.1, ABB92368.1, ACI04539.1, XP_001023288.1, ACZ64783.1, ADO21692.1, ZP_01753800.1, ACZ64760.1, ACZ64700.1, ZP_01055480.1, ACZ64767.1, ACZ64701.1, ABA55745.1, ABA55752.1, ACZ64766.1, YP_614640.1, ABA55759.1, ADO21723.1, BAG06232.1, ZP_01002389.1, ABB90693.1, ACT91264.1, ABB92358.1, BAF99026.1, ABR10769.1, ZP_00959618.1, AEA08580.1, ADD22986.1, CAB51023.1, CAC40958.1, ADO21709.1, CAB51025.1, ACI15226.1, ACJ22680.1, ZP_05741459.1, ACT91248.1, ABU48567.1, ABO61792.1, ACJ22754.1, EFN53276.1, AAL87644.1, ACT91209.1, ZP_02147281.1, ACU43518.1, ACZ64776.1, ACB11543.1, ACT91151.1, ACJ22764.1, ACT91159.1, ABA18186.1, AEA08579.1, ADO21770.1, ABF55634.1, CAA27179.1, ABA55741.1, ADO21705.1, ZP_01754375.1, ACB11541.1, ACR56751.1, ACT91250.1, ADO21769.1, ADO21753.1, ABB96097.1, ACT91208.1, ABO21867.1, ADO21757.1, ACB11554.1, ABA55749.1, CAC40951.1, ADO21719.1, ABB96074.1, ZP_00954267.1, ZP_05786269.1, AEH76912.1, ABA55742.1, ABA55748.1, BAG06236.1, ADO21732.1, ABA55750.1, ABA55768.1, ACT31522.1, ZP_05090796.1, ACZ64739.1, YP_915886.1, ADO21731.1, CAC40948.1, XP_001032273.1, AEH76911.1, ABA55743.1, ABO61769.1, ABA55755.1, ZP_05122263.1, ADO21756.1, ABA55744.1, ABA55746.1, ZP_01901011.1, ZP_02150761.1, ADO21742.1, ACR56752.1, ABA55747.1, ABF55637.1, ABA55740.1, ABA55760.1, ZP_00948812.1, ABA55804.1, ADO21771.1, ZP_05342453.1, ABF55638.1, YP_508336.1, ABB92357.1, ZP_01049702.1, ABU48546.1, ABU48555.1, ABA55764.1, ABO21866.1, ZP_05079274.1, ZP_01880441.1, ACZ64738.1, ZP_05842058.1, ACT91218.1, ABA55769.1, ABA55739.1, ABA55803.1, ACT91247.1, ABA55782.1, ACZ17539.1, ABB92359.1, ACH69966.1, ZP_01035050.1, ACZ17537.1, ABA55774.1, ACZ64729.1, ACZ17538.1, ZP_01751972.1, ACZ64731.1, ACZ64702.1, AAR13803.1, AEJ28400.1, ZP_05099213.1, CAB51021.1, ACZ17531.1, AEH76914.1, ZP_05051648.1, ACZ64726.1, ACZ17540.1, ACZ64727.1, ZP_02152773.1, ACT91253.1, ACZ17536.1, XP_001423873.1, ACZ17534.1, YP_168645.1, ACZ17520.1, ABY56786.1, ACB11539.1, ZP_01157350.1, AEH76910.1, ABY56784.1, AAY85982.1, ACT91257.1, ACB11544.1, ACZ17532.1, ZP_01746661.1, ABA55771.1, BAG06235.1, EGR32049.1, YP_001166282.1, ABO61799.1, ABA55757.1, AEH76915.1, ACO59264.1, ABO26125.1, AEA08577.1, ACT91265.1, ABY56785.1, ACZ17528.1, ABO61798.1, ADO21749.1, ACT91263.1, ACT91252.1, ACZ64722.1, ABO61771.1, ACZ17526.1, ABO26123.1, ADO21714.1, ZP_01000906.1, ABO61796.1, ADC29534.1, ACB15250.1, ACD47155.1, ACZ17525.1, ACB11553.1, ABD36391.1, AEH76913.1, ACZ17523.1, ABO61781.1, ACZ17524.1, ZP_01914093.1, ACB11538.1, ZP_01015838.1, ACJ22693.1, ACB15252.1, CAC86945.1, ACO59265.1, ABO61791.1, ACZ17521.1, ABO26124.1, ACZ64732.1, ACU43514.1, ACT91256.1, ACM63043.1, ACS75820.1, ZP_08666479.1, CAH03133.1, BAG06234.1, AEH76916.1, ABO61790.1, ABE72965.1, ACZ64711.1, ACB11542.1, AAY26148.1, ABA55776.1, ACZ17522.1, ACZ64734.1, AEA08578.1, ACZ17530.1, ZP_04062748.1, ACJ22755.1, NP_969039.1, AAY26149.1, ACJ22761.1, ABU48543.1, ZP_08414255.1, AAT91720.1, ZP_01444283.1, ABA55796.1, ABU48542.1, YP_001042010.1, YP_001234392.1, YP_351510.1, ACZ64730.1, ZP_08634611.1, ACZ17529.1, ACJ22667.1, AAT91719.1, YP_004283531.1, ABO61801.1, ACZ17519.1, ABO15266.1, CAB51040.1, ACZ64707.1, ACJ22766.1, ABO26121.1, ZP_01878984.1, CAB51039.1, ABA55795.1, ABO15269.1, ABO15247.1, ACJ22763.1, ABO15251.1, ACZ17527.1, ABO15270.1, ACJ22769.1, ADE06670.1, ZP_05780387.1, ABO61770.1, ACT91258.1, ABO15258.1, ABO15257.1, ABU48545.1, CAC86946.1, ABO15267.1, ZP_01741446.1, ABU48544.1, YP_002296646.1, AEH76917.1, ADC29550.1, YP_002527219.1, ABK88246.1, ADN21388.1, ACT91210.1, ZP_05064795.1, ABJ16487.1, XP_002675644.1, ABJ16489.1, ADA71089.1, ADA71088.1, AAT46053.1, ZP_01744806.1, ZP_01037964.1, ZP_00955262.1, ABJ16493.1, YP_001840157.1, ZP_00964204.1, ABB40596.1, ACB15249.1, ADD82963.1, YP_004499590.1, ZP_01011524.1, ACJ22758.1, ZP_01748906.1, ACV30052.1, ZP_06191942.1, YP_001188029.1, ACD63080.1, YP_166583.1, AAV41375.1, ZP_00998265.1, ACJ22757.1, ABB13506.2, ABI13999.1, ABI14004.1, ABB13509.1, YP_371980.1, ZP_01755711.1, ZP_05065835.1, ZP_00959368.1, XP_001020063.1, ABJ16481.1, ABI14006.1, ZP_05101918.1, ZP_01913733.1, ABI14001.1, ABM92270.1, ABI14003.1, CAH03132.1, YP_973211.1, ABA55797.1, YP_003578527.1, ABJ16483.1, ABJ16482.1, CBY78068.1, ACT91260.1, YP_509155.1, ABB13508.1, ABJ16485.1, ABO61779.1, ABI14005.1, ACM63042.1, ADC29543.1, ZP_02153440.1, YP_709335.1, ABI13998.1, ABI14002.1, AAB70825.1, ACX30751.1, ABI14000.1, YP_003617173.1, ZP_01155421.1, ACX30752.1, NP_542887.1, ADC29546.1, AAC38359.1, ADC29541.1, XP_001020064.1, ZP_01442436.1, ZP_05103090.1, ADC29544.1, ABO61809.1, AAY89939.1, ACH99235.1, CAH55830.1, ABO26095.1, YP_004011670.1, ABO26084.1, ADA71083.1, ABO26087.1, ABO61806.1, ADC29531.1, ABO26109.1, ACJ22753.1, ABO26089.1, ABO26093.1, ABO26092.1, ABO61827.1, ABO26105.1, ABO26112.1, AAT91721.1, ABO26120.1, ABO26090.1, ABO26088.1, ABO61811.1, ABO61783.1, CAH55827.1, ACH99232.1, ABO61828.1, ADC29530.1, ACH99234.1, AAQ88276.1, CAH55823.1, ABO26103.1, ACH99233.1, ABO61836.1, ABO26094.1, ABO61840.1, YP_004534277.1, ZP_05845010.1, ABO61821.1, ACH99231.1, AAV68403.1, ABO61839.1, CAH56098.1, ABO26085.1, ABO61826.1, ABO61822.1, ABO26110.1, ABO61810.1, ABO61844.1, ABO61825.1, ABO26099.1, ACJ22767.1, ABO26102.1, YP_004535707.1, ACJ22762.1, ABO26097.1, BAC65444.1, ABO61829.1, YP_114083.1, CAH55828.1, ABO26106.1, YP_552229.1, NP_049190.1, ABO26116.1, CAH56107.1, CAM32407.1, ABO26101.1, ABO61841.1, ABM79805.1, ZP_05075249.1, AAC27438.2, YP_003754872.1, ADC29532.1, ADA71139.1, ADA71107.1, ADA71095.1, YP_001268217.1, ADA71126.1, ADA71094.1, CAH56108.1, ADC29533.1, ADA71085.1, ZP_05054453.1, ADA71097.1, ADA71086.1, ADA71114.1, ADC29548.1, ADA71101.1, ADC29547.1, ADA71138.1, ADC29542.1, ADA71098.1, ADA71128.1, ADA71105.1, ADA71093.1, ADA71135.1, ADA71100.1, YP_557479.1, ADA71113.1, ADA71091.1, ADC29537.1, ADA71084.1, ADA71090.1, CAH56094.1, XP_002945767.1, ADA71137.1, ADA71103.1, ADA71118.1, ADA71133.1, ADA71102.1, ADC29536.1, CAH56100.1, CAH56101.1, ACI15225.1, ACI15225.1, ABO26091.1, CAH55826.1, CAH55824.1, ZP_08484419.1, ADA71111.1, ACJ22759.1, CAH55825.1, CAH56106.1, CAH56099.1, CAC40957.1, ZP_05075037.1, CAH56102.1, ZP_06846296.1, ABJ16491.1, ZP_05067177.1, XP_001698107.1, BAH10789.1, BAH10791.1, BAH10793.1, BAH10788.1, ABJ16490.1, BAH10800.1, BAH10790.1, BAH10792.1, ZP_05075214.1, BAH10799.1, BAH10795.1, BAH10787.1, BAH10798.1, BAH10794.1, BAH10801.1, BAH10796.1, BAH10797.1, BAH10802.1, CAH56095.1, CAH56096.1, ADC29538.1, ABX76425.1, ZP_06727686.1, ZP_07774883.1 и YP_001615042.1.
2
Фермент E
2
2
a
b
c
d
2
a
b
c
di
dii
Фермент Eможет быть способен к превращению 1-алканола в соответствующий 1-алканаль. В частности, Eможет представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (E) под EC 1.14.15.3, AlkB-алкангидроксилаз (E) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидаз (E) под EC 1.1.3.20 или алкогольдегидрогеназ (E) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2. Более конкретно, E может быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазу (E), AlkB-алкангидроксилазу (E), алкогольоксидазу (E) под EC 1.1.3.20, AlkJ-алкогольдегидрогеназу (E) и алкогольдегидрогеназу (E) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.
2
b
2
2
2
В частности, Eможет представлять собой AlkB-алкангидроксилазу (E), также известную как алканмонооксигеназа. Более конкретно, E может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с алканмонооксигеназой из Pseudomonas putida GPo1, кодируемой alkBGT. Еще более конкретно, Eможет характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1. Более конкретно, Eможет содержать полипепетид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом YP_001185946.1.
c
Фермент E
c
Алкогольоксидаза (E) может быть выбрана из группы, включающей
AAS46878.1, ACX81419.1, AAS46879.1, CAB75353.1, AAS46880.1, XP_712350.1, XP_002422236.1, XP_712386.1, EEQ43775.1, XP_001525361.1, XP_001386087.1, XP_459506.2, CAB75351.1, CAB75352.1, XP_001385255.2, EDK39369.2, XP_001484086.1, XP_002618046.1, XP_002548766.1, XP_002548765.1, XP_003041566.1, XP_003328562.1, XP_001214264.1, XP_001904377.1, XP_658227.1, XP_001591990.1, XP_753079.1, XP_002569337.1, XP_001268562.1, XP_003348911.1, EGP90120.1, XP_001389382.1, EER37923.1, XP_001264046.1, EGO58212.1, XP_001554225.1, XP_003298648.1, XP_959005.1, XP_002841296.1, XP_001940486.1, EGR52262.1, EEQ89581.1, EGD99881.1, EFQ33355.1, XP_001821106.1, XP_002622231.1, EGG03784.1, EGC44059.1, XP_003018036.1, XP_003011696.1, EFY90752.1, XP_001227812.1, XP_758170.1, XP_001243546.1, XP_002479333.1, XP_003344707.1, EFW14100.1, XP_003071927.1, XP_003171263.1, XP_003051757.1, XP_002147053.1, EEH19591.1, EEH50473.1, XP_001792978.1, XP_387094.1, EFY98644.1, XP_002788971.1, XP_002842592.1, EFX04185.1, XP_003231449.1, XP_001729067.1, CBX94189.1, XP_001413535.1, ACF22878.1, B5WWZ9.1, XP_002994642.1, XP_002269629.1, XP_002519938.1, XP_002982582.1, NP_001047464.1, EEC73620.1, XP_002981110.1, XP_002960521.1, NP_566729.1, XP_001541970.1, XP_002967201.1, BAK00483.1, XP_002182547.1, BAK02336.1, XP_002454190.1, XP_002328753.1, XP_002867943.1, XP_002285334.1, CAC87643.1, CAN71289.1, XP_002454188.1, AAL31049.1, XP_002464494.1, AAL31021.1, YP_117187.1, XP_002543430.1, CAA18625.1, XP_002883430.1, NP_193673.2, XP_002529832.1, XP_001753124.1, NP_001142399.1, ACN27562.1, XP_002464495.1, ACR36691.1, BAJ86655.1, B5WWZ8.1, NP_001148058.1, ABR17814.1, EAY78905.1, NP_194586.1, AAM63097.1, AAK64154.1, NP_001064839.2, XP_002869492.1, XP_002314488.1, AAL31024.1, ZP_06967355.1, AAP54248.2, XP_002311685.1, ACF87929.1, YP_907078.1, EGE07035.1, YP_001849908.1, XP_002464496.1, EEC67160.1, AAL31027.1, XP_001761391.1, XP_002961172.1, XP_002528823.1, XP_002966834.1, NP_001176205.1, XP_001763007.1, XP_002272123.1, XP_002889487.1, XP_003003157.1, NP_285451.1, EGG23219.1, NP_171895.2, YP_003395677.1, Q9ZWB9.1, ACF88407.1, ZP_06413771.1, EEE51131.1, YP_003835264.1, YP_003397164.1, YP_004081922.1, XP_003294587.1, EEE51130.1, YP_003647529.1, YP_003647985.1, CBI29206.3, XP_629786.1, ZP_07964664.1, EEE57396.1, EEH09589.1, YP_003265796.1, YP_001840752.1, ZP_08620775.1, ACR36076.1, ZP_05043749.1, YP_980677.1, ZP_05043728.1, YP_692894.1, NP_710223.1, EEC67159.1, AAP03110.1, EFA85697.1, YP_691805.1, YP_551012.1, YP_001174466.1, YP_002796294.1, YP_004716331.1, YP_001019547.1, YP_585737.1, AEA86007.1, YP_960830.1, YP_004743970.1, ZP_03431349.1, ZP_06448642.1, ZP_07430351.1, NP_215006.2, ZP_03535393.1, ZP_06801690.1, YP_001849132.1, NP_854165.1, ZP_03427234.1, CBJ27378.1, NP_334920.1, ZP_08571383.1, YP_728161.1, ZP_01896040.1, ZP_03530923.1, YP_551306.1, YP_003167456.1, YP_606070.1, ZP_06850167.1, ADP99095.1, YP_907986.1, ZP_04924166.1, ZP_08139923.1, YP_001270300.1, YP_521830.1, YP_003147410.1, YP_002007173.1, ADR62464.1, YP_004382294.1, NP_747223.1, YP_004687462.1, NP_902159.1, ZP_04936784.1, YP_003914667.1, ZP_01306356.1, ZP_04750553.1, YP_002875279.1, YP_004704374.1, YP_001671392.1, NP_249055.1, ZP_06876360.1, YP_001345853.1, YP_002437969.1, YP_004356853.1, YP_351075.1, CBI23676.3, YP_001189668.1, YP_001528881.1, YP_001613612.1, YP_001747218.1, YP_003393002.1, YP_001365074.1, ZP_07778129.1, ZP_07392715.1, YP_001553329.1, YP_262925.1, YP_751961.1, YP_564183.1, YP_003811876.1, YP_002356821.1, YP_001051828.1, YP_001837525.1, NP_716513.1, ZP_01915079.1, ZP_02156621.1, YP_001184631.1, YP_001475595.1, ZP_05042393.1, YP_962228.1, YP_001612275.1, ADV55625.1, YP_001675797.1, YP_003555260.1, ZP_01075039.1, YP_003812822.1, YP_001503351.1, EFN52938.1, YP_001759063.1, ZP_06503577.1, YP_871025.1, ZP_08564919.1, YP_002310162.1, YP_732875.1, YP_001092722.1, YP_739324.1, XP_002333995.1, NP_085596.1, YP_928870.1, EGD05748.1, NP_443993.1, ZP_08138057.1, ZP_05041587.1, ZP_07011380.1, YP_001612684.1, ZP_07669342.1, ZP_06508361.1, ZP_03423639.1, YP_923293.1, ZP_05061865.1, ZP_08181496.1, YP_559605.1, ZP_06841320.1, ZP_01620712.1, YP_001896340.1, ZP_03276650.1, YP_004303194.1, ZP_08180715.1, ZP_06382740.1, ZP_01034555.1, YP_004604560.1, YP_001020142.1, YP_935375.1, ZP_01546137.1, ZP_07661079.1, YP_001860640.1, ZP_06052841.1, ZP_01881170.1, ZP_05781455.1, YP_932732.1, ZP_08119300.1, YP_004715268.1, ZP_03697402.1, YP_004126957.1, ZP_06703136.1, NP_642445.1, ZP_08273900.1, YP_004524313.1, ZP_01902993.1, YP_001900094.1, AEA84888.1, YP_004690289.1, NP_714358.1, YP_682471.1, YP_003239.1, YP_997465.1, YP_003452130.1, ZP_01739153.1, YP_004219483.1, YP_001761298.1, ZP_01438251.1, CBI37146.3, ZP_04748383.1, YP_004362245.1, ZP_05912795.1, YP_003390234.1, YP_003122799.1, CCB77579.1, EGB06416.1, ZP_08389346.1, YP_191496.1, ZP_05224727.1, ZP_01125614.1, YP_466287.1, YP_001368620.1, YP_001380256.1, YP_002361951.1, YP_002756103.1, YP_001801399.1, ZP_06847140.1, YP_003200069.1, YP_001940247.1, YP_001584322.1, ZP_04679227.1, YP_002493674.1, YP_002135530.1, YP_004290424.1, YP_001772011.1, ZP_08189046.1, ZP_03423640.1, YP_001834251.1, ZP_01041752.1, YP_001533410.1, YP_269751.1, YP_002432994.1, YP_003694653.1, CAD47896.1, NP_769359.1, YP_004239460.1, YP_004605221.1, YP_001961214.1, YP_001837513.1, YP_004335962.1, YP_004358600.1, ZP_05050026.1, YP_003202983.1, BAD03777.1, ZP_02165013.1, NP_774131.1, YP_432169.1, ZP_05000547.1, YP_001261233.1, XP_002593969.1, XP_002603265.1, YP_003342435.1, ZP_01253183.1, EGO36831.1, YP_001866737.1, YP_001523879.1, YP_133594.1, YP_003768990.1, YP_001237820.1, YP_003133224.1, ZP_01896771.1, ZP_01865125.1, NP_960319.1, YP_826958.1, YP_003326608.1, YP_002219515.1, NP_217926.1, ZP_07441899.2, YP_001208178.1, ADM42038.1, YP_002433510.1, ZP_08274313.1, EGO38668.1, ZP_03393221.1, NP_356358.1, ZP_06055780.1, YP_001684562.1, ZP_08528157.1, BAD03162.1, YP_001800712.1, ACL37106.1, YP_883489.1, ZP_01075202.1, NP_969446.1, ZP_01129577.1, YP_001530285.1, ZP_04746501.1, YP_001341980.1, YP_905003.1, ZP_05218299.1 и ZP_08665577.1.
c
В частности, алкогольоксидаза (E) может быть выбрана из группы, включающей AAS46878.1, ACX81419.1, AAS46879.1, CAB75353.1, AAS46880.1, XP_712350.1, XP_002422236.1, XP_712386.1, EEQ43775.1, CAB75351.1, CAB75352.1, XP_002548766.1 и XP_002548765.1.
di
Фермент E
di
В частности, AlkJ-алкогольдегидрогеназа (E) может быть выбрана из группы, включающей
Q00593.1, Q9WWW2.1, ZP_00957061.1, YP_957894.1, CAC38030.1, YP_694430.1, YP_957725.1, YP_001672216.1, YP_552061.1, YP_130410.1, ZP_06155535.1, ZP_01222730.1, YP_691907.1, YP_002297804.1, YP_004283522.1, YP_001234383.1, YP_004435031.1, ZP_05110316.1, ZP_05042898.1, YP_004466324.1, ZP_08553549.1, YP_004125220.1, ADI22536.1, ADI18461.1, YP_003810975.1, YP_662346.1, YP_004427557.1, YP_692606.1, ZP_05043291.1, YP_440752.1, ZP_02386160.1, ZP_04763547.1, ZP_02361232.1, YP_003376674.1, ZP_02354055.1, ZP_05085930.1, ADQ00130.1, YP_003643016.1, ZP_05040520.1, YP_691922.1, AAX23098.1, BAD07371.1, NP_104379.1, YP_002551960.1, YP_003908558.1, YP_987903.1, ZP_05785860.1, YP_004145612.1, YP_004140926.1, CAZ88300.1, ZP_05041901.1, YP_533645.1, ZP_01754259.1, CBA31223.1, YP_587542.1, YP_106852.1, ZP_08402506.1, ZP_05055020.1, ZP_02400829.1, YP_104747.1, ZP_02409412.1, YP_001057269.1, YP_004229837.1, YP_294429.1, YP_001028112.1, ZP_02479747.1, YP_002874799.1, ZP_03541051.1, YP_003606536.1, ZP_02887167.1, YP_001795572.1, YP_487451.1, ACZ62814.1, YP_560809.1, ZP_02167462.1, YP_004482869.1, YP_001581248.1, ZP_07374066.1, YP_001203981.1, ZP_06840259.1, ZP_01915145.1, NP_774525.1, ZP_03561080.1, YP_001208258.1, YP_001897374.1, YP_001413909.1, YP_366469.1, YP_521854.1, YP_004490642.1, YP_003280349.1, ZP_03588744.1, YP_001562229.1, YP_001120981.1, ZP_03574970.1, YP_004234225.1, ZP_02377531.1, ZP_02149954.1, YP_001237360.1, ZP_03266156.1, YP_782821.1, YP_004754039.1, BAB61732.1, ZP_07046388.1, ZP_02145452.1, BAF45123.1, YP_002129953.1, YP_003812439.1, ZP_01055291.1, BAF45124.1, EGH71399.1, ZP_05060389.1, ZP_05090872.1, BAF45126.1, BAB07804.1, ZP_06053464.1, YP_001238278.1, ZP_04944469.1, YP_001171160.1, YP_002984373.1, YP_002237649.1, ZP_08276443.1, BAF98451.1, ZP_05124197.1, YP_568640.1, ZP_05785341.1, NP_769037.1, YP_370657.1, YP_775005.1, ZP_02911119.1, YP_165460.1, ZP_02891796.1, YP_622328.1, ZP_07675057.1, YP_001901188.1, YP_003592183.1, ZP_02361040.1, NP_518244.1, YP_001809673.1, NP_947032.1, YP_001766369.1, YP_002255997.1, ZP_04940241.1, YP_004012032.1, YP_841049.1, YP_002983249.1, YP_003643276.1, YP_003855487.1, YP_003778137.1, ZP_02361104.1, CBA30511.1, ZP_05781295.1, YP_756865.1, ZP_02461782.1, YP_002007988.1, YP_004110133.1, YP_002229680.1, ZP_02386040.1, YP_004684069.1, YP_373268.1, YP_440614.1, NP_421441.1, YP_264896.1, YP_004362617.1, ZP_06053847.1, YP_366538.1, YP_003812285.1, YP_004154520.1, ZP_01901081.1, ZP_02372179.1, ZP_02453559.1, ADP98564.1, YP_003747084.1, ZP_02487888.1, ZP_01768075.1, ZP_02400664.1, YP_106680.1, YP_724753.1, YP_002907583.1, YP_004482470.1, YP_167582.1, YP_270109.1, YP_004362333.1, ZP_02504034.1, YP_003189363.1, YP_973212.1, ZP_00952746.1, YP_459665.1, YP_777218.1, YP_581107.1, ZP_01878091.1, ZP_01057973.1, YP_002913124.1, ZP_01035570.1, YP_001777560.1, YP_552627.1, ZP_02890876.1, YP_587146.1, YP_004141814.1, YP_001685369.1, ZP_05343380.1, NP_886000.1, ZP_04942359.1, ZP_01913732.1, ZP_08244266.1, YP_002233254.1, ZP_01816670.1, YP_837233.1, ZP_07478008.1, ZP_01985205.1, ZP_07473972.1, ZP_01067090.1, ZP_01867788.1, ZP_01754024.1, EGM19144.1, ZP_07741283.1, ZP_06876839.1, YP_002395287.1, ZP_07795498.1, NP_102692.1, NP_252789.1, YP_004451100.1, ZP_01305514.1, YP_002438481.1, ZP_04930310.1, YP_001810189.1, YP_104187.1, ZP_01367534.1, YP_001346382.1, ZP_01878466.1, YP_789017.1, YP_001115422.1, ZP_05067451.1, ZP_05842072.1, YP_001682976.1, YP_761348.1, YP_004611600.1, YP_004188241.1, NP_419761.1, EFV85163.1, YP_684227.1, ZP_06177455.1, NP_935088.1, YP_004614491.1, ZP_08697916.1, YP_004689366.1, ZP_05052326.1, YP_267420.1, YP_728575.1, YP_001759584.1, YP_557446.1, ZP_06844897.1, ZP_06079799.1, YP_003771143.1, ZP_05094472.1, YP_511622.1, ACF98205.1, YP_582314.1, ZP_07660450.1, YP_004065269.1, YP_003979606.1, YP_002520401.1, YP_003579281.1, ZP_01749397.1, ZP_03265018.1, ZP_07283393.1, YP_001532150.1, YP_298941.1, ZP_06688181.1, ZP_01611660.1, ZP_02367747.1, EGP42870.1, ZP_00993245.1, ABY65992.1, YP_354800.1, ZP_01747277.1, YP_561728.1, ZP_02190947.1, YP_605824.1, YP_001991873.1, ZP_00955792.1, YP_003594401.1, YP_004156101.1, YP_001472858.1, YP_001746950.1, ZP_08410042.1, ZP_01116604.1, ADP99912.1, ZP_01692203.1, YP_001328534.1, YP_999236.1, YP_002278452.1, ZP_01306234.1, YP_002871776.1, ZP_02369920.1, ZP_01896942.1, YP_002289724.1, AEG07584.1, YP_999005.1, YP_003552461.1, YP_270668.1, ZP_06862917.1, YP_001811327.1, YP_001166036.1, ABW06653.1, ZP_01548976.1, ZP_07774606.1, ZP_05888080.1, YP_003301477.1, YP_341748.1, ZP_05100248.1, YP_918038.1, YP_001500869.1, YP_004305296.1, YP_003342584.1, NP_947961.1, ZP_05124765.1, ZP_01904700.1, YP_003696207.1, YP_004156699.1, YP_001241858.1, NP_104253.1, YP_676241.1, ZP_01736903.1, ZP_00960121.1, NP_436019.1, YP_002945716.1, YP_259594.1, EFV86615.1, AAY87334.1, NP_900970.1, AEG07409.1, YP_349087.1, YP_004141055.1, YP_001169476.1, YP_001566960.1, YP_260472.1, ZP_07028078.1, YP_004610468.1, YP_003066461.1, YP_961096.1, ZP_08666573.1, ZP_02187363.1, YP_001631518.1, ZP_08141293.1, YP_001666324.1, NP_387083.1, YP_001526184.1, YP_165213.1, YP_003694923.1, YP_004433897.1, YP_001265431.1, ZP_05068964.1, YP_002313077.1, ZP_02372305.1, YP_004486039.1, YP_341901.1, YP_001862312.1, YP_004681983.1, YP_617373.1, EFV86570.1, YP_001673285.1, BAK39604.1, YP_001669327.1, YP_004353150.1, YP_001888124.1, ZP_08645365.1, YP_003410784.1, YP_841363.1, EGP44033.1, YP_001633470.1, EGP42855.1, ZP_01115125.1, ADR57794.1, YP_784649.1, YP_373898.1, Q47944.1, YP_001117950.1, ZP_02380339.1, ZP_03697092.1, YP_003187112.1, YP_004065439.1, NP_742226.1, YP_002429878.1, YP_003556403.1, AEH81535.1, YP_001887935.1, YP_554605.1, ZP_07333059.1, YP_001991668.1, YP_003694210.1, YP_222680.1, YP_002232672.1, YP_001763402.1, YP_001806802.1, YP_662156.1, ZP_05153429.1, ZP_01893457.1, ZP_04595387.1, ADP99389.1, ZP_02890074.1, YP_001313582.1, NP_387401.1, ZP_01863693.1, YP_750630.1, ZP_04939997.1, YP_268077.1, ZP_05169265.1, NP_888994.1, ZP_08408421.1, YP_001155137.1, NP_699017.1, YP_002008190.1, YP_004493716.1, YP_266277.1, YP_004654190.1, YP_943422.1, ZP_05162503.1, ZP_02905080.1, ZP_02905080.1, ZP_03784461.1, YP_001601784.1, YP_002233786.1, YP_622842.1, YP_002822679.1, ZP_04944312.1, ZP_05179897.1, YP_004483124.1, YP_003390414.1, YP_771968.1, YP_001628465.1, YP_004311599.1, ZP_01037150.1, ZP_01611812.1, ZP_03575238.1, YP_002278603.1, YP_001593845.1, EGD01613.1, YP_297574.1, YP_367509.1, YP_998315.1, ZP_08664883.1, ZP_05114787.1, ZP_05450190.1, YP_298028.1, ZP_01034678.1, YP_002827796.1, YP_372762.1, YP_004466723.1, ZP_01012072.1, YP_320380.1, ZP_01075202.1, YP_001312358.1, YP_681895.1, ZP_07718189.1, EGP55868.1, YP_003750799.1, YP_002984725.1, YP_002543360.1, ZP_01040714.1, ZP_04717111.1, YP_002422932.1, YP_003506115.1, ZP_01444019.1, ZP_03587285.1, YP_771439.1, YP_001947593.1, YP_001049712.1, YP_003979888.1, YP_001553786.1, YP_003980878.1, YP_001578274.1, YP_472442.1, YP_778292.1, EGE56670.1, YP_002779312.1, YP_432169.1, YP_560963.1, YP_001265285.1, YP_002822699.1, YP_002278091.1, ZP_08632361.1, YP_002229178.1, ZP_06840392.1, ZP_05069105.1, ZP_00998644.1, YP_004487901.1, YP_680905.1, YP_728088.1, YP_001985833.1, YP_002007099.1, ZP_05066777.1, ZP_01551182.1, YP_002973332.1, ZP_04681414.1, ZP_07675148.1, AEH83964.1, YP_004692042.1, CBJ36337.1, EGP48473.1, ZP_03585612.1, YP_001369428.1, YP_001897527.1, AEG08472.1, YP_001166065.1, NP_437018.1, NP_294689.1, YP_002541437.1, YP_004692953.1, NP_107484.1, YP_995681.1, YP_765267.1, YP_166223.1, ZP_01740635.1, YP_001234127.1, ZP_02186681.1, YP_004140839.1, YP_001584499.1, ADI17244.1, ZP_08698744.1, YP_001022991.1, EFV84582.1, ZP_01743515.1, YP_001816113.1, YP_004688050.1, YP_001342912.1, ZP_01125614.1, EGD05029.1, ZP_03569823.1, ZP_05089337.1, YP_001901091.1, NP_886663.1, ZP_07718907.1, YP_004687387.1, NP_521464.1, ZP_06688394.1, ZP_08099738.1, ZP_02885452.1, YP_003744085.1, YP_001328823.1, ZP_02488044.1, ZP_01015005.1, YP_002983153.1, ZP_06898725.1, ZP_05886707.1, ZP_08101209.1, ZP_03319462.1, YP_003134969.1, YP_001188857.1, YP_004557767.1, YP_004675666.1, YP_004358728.1, YP_002252541.1, YP_684009.1, ZP_05085667.1, ZP_02144674.1, YP_004127560.1, ZP_01901604.1, YP_004280074.1, AEG67402.1, YP_001416516.1, ZP_01054720.1, ZP_08197897.1, NP_107235.1, YP_002909966.1, ZP_01545876.1, ZP_02147729.1, ZP_00946537.1, ZP_01903844.1, ZP_05085589.1, ACV84069.1, YP_367172.1, ZP_02165272.1, YP_701696.1, ZP_04935724.1, ZP_02191362.1, ZP_01740154.1, ZP_07662819.1, NP_103908.1, YP_003159313.1, YP_003197010.1, ZP_02152342.1, YP_001907189.1, YP_004387414.1, YP_001413869.1, ZP_01916549.1, ZP_03264661.1, AAY82840.1, YP_003277969.1, YP_767433.1, ZP_01226234.1, EGE55950.1, NP_882474.1, ZP_04680938.1, YP_004417965.1, ZP_01367142.1, EGM13684.1, YP_001262083.1, ZP_01881606.1, ZP_01002680.1, YP_003606679.1, YP_001868359.1, ZP_01446736.1, YP_004141411.1, YP_002438878.1, YP_002500414.1, EGP55675.1, ZP_08405873.1, YP_002975318.1, YP_002823637.1, ZP_02188786.1, YP_004617386.1, ABL61001.1, YP_004190679.1, YP_004418710.1, YP_001264994.1, NP_252399.1, ACA21517.1, YP_002541208.1, YP_001369943.1, YP_789454.1, YP_004688060.1, YP_611623.1, ZP_07795086.1, ZP_04929943.1, YP_004444316.1, ZP_01866687.1, ZP_05973466.1, YP_004353327.1, ZP_05780591.1, ZP_05784784.1, NP_936564.1, ZP_05739211.1, ZP_05113045.1, ZP_06689273.1, ZP_06972168.1, ZP_01616404.1, ZP_07659253.1, ZP_05117914.1, YP_585662.1, YP_004230016.1, NP_763554.1, NP_744101.1, ZP_02465308.1, ACN56476.1, YP_004689565.1, YP_001600608.1, ZP_06792595.1, YP_001258553.1, ZP_05165722.1, ZP_03785098.1, YP_002276744.1, YP_002524856.1, ADP98420.1, YP_001669248.1, ZP_04764988.1, ZP_08528163.1, ZP_08529409.1, ZP_05944625.1, YP_676267.1, CBA26630.1, YP_001592413.1, YP_003486465.1, ZP_02187562.1, ZP_03702891.1, YP_760283.1, ZP_05450850.1, YP_004533595.1, ZP_02153313.1, YP_001859265.1, YP_001524099.1, ZP_06126913.1, ZP_07374926.1, ZP_05050787.1, ZP_01035411.1, Q8YFY2.2, YP_002280903.1, EGM21512.1, YP_004603010.1, ZP_05088581.1, YP_004302488.1, YP_004141219.1, NP_697569.1, YP_003908705.1, YP_915505.1, YP_001789228.1, YP_001042739.1, YP_133405.1, ZP_05180516.1, ZP_05174702.1, ZP_01438051.1, ZP_04590345.1, ZP_08411937.1, NP_356519.2, ZP_00964019.1, ZP_00998343.1, ZP_05181994.1, YP_004107969.1, ZP_02168070.1, ZP_01750865.1, YP_574504.1, YP_004579902.1, YP_104440.1, ZP_05452167.1, ZP_05342702.1, YP_001862883.1, YP_004538242.1, ZP_07471513.1, ZP_05169558.1, ZP_00956995.1, ZP_05096699.1, YP_004610916.1, ZP_01218118.1, AAU95210.1, ZP_02405087.1, ZP_04890639.1, YP_352237.1, ZP_02413594.1, ZP_07474023.1, NP_541317.1, YP_001993222.1, ZP_08199001.1, YP_471839.1, ZP_02492080.1, ZP_04901176.1, ZP_06915396.1, ZP_07474845.1, ZP_07477743.1, YP_004152647.1, YP_004755056.1, ZP_05086419.1, YP_004577547.1, ACD99850.1, YP_980426.1, ZP_05457072.1, ZP_05936041.1, NP_700124.1, ADT85599.1, YP_110012.1, ZP_05076113.1, YP_001068288.1, ZP_02457871.1, ZP_01014169.1, EGE60620.1, YP_001346810.1, YP_003408795.1, YP_003769675.1, YP_001257876.1, EGH93583.1, ZP_01442222.1, YP_331617.1, ZP_05636703.1, YP_001594896.1, YP_002822967.1, YP_118823.1, ZP_01878717.1, ZP_07375284.1, YP_001371250.1, ZP_07658682.1, YP_002898825.1, ZP_01547199.1, YP_223070.1, ZP_05161482.1, ZP_04679742.1, YP_002778618.1, ZP_01626756.1, ZP_05101564.1, YP_002947374.1, NP_385053.1, YP_001328117.1, YP_004493948.1, YP_003339515.1, YP_004699488.1, ZP_05101969.1, YP_485352.1, ZP_01746033.1, ZP_06712293.1, ZP_01158125.1, ZP_01058616.1, ZP_05739755.1, NP_949067.1, ZP_02364657.1, YP_570690.1, YP_001208663.1, ZP_02357557.1, ZP_04751682.1, YP_001326253.1, YP_487666.1, ZP_05167919.1, ADI18237.1, YP_002825245.1, ZP_02144858.1, ZP_02188790.1, ZP_06794586.1, YP_001809828.1, YP_997974.1, YP_001476791.1, ZP_08635286.1, YP_676287.1, ZP_07308228.1, ZP_04596242.1, YP_001622726.1, NP_699590.1, ZP_01446884.1, YP_001168504.1, ZP_01616388.1, ZP_05117189.1, ZP_05876432.1, ADT64694.1, ZP_01754911.1, ZP_05880498.1, ZP_02360829.1, ZP_06052433.1, ZP_08663540.1, YP_003768966.1, ZP_02165422.1, ZP_00960985.1, ZP_07026655.1, YP_001753039.1, YP_371288.1, YP_002974725.1, YP_776880.1, ZP_05784963.1, ZP_05124380.1, YP_459030.1, ZP_05090690.1, ZP_05064893.1, ZP_02367982.1, ZP_01890564.1, NP_541848.1, ZP_00960263.1, ZP_02961617.1, YP_001242097.1 и ZP_05838258.1.
di
В частности Eможет быть выбран из группы, включающей Q00593.1, Q9WWW2.1, ZP_00957061.1, YP_957894.1, CAC38030.1, YP_694430.1, YP_957725.1 и YP_001672216.1.
dii
Фермент E
dii
Алкогольдегидрогеназа (E) может быть выбрана из группы, включающей AdhE, AdhP, YjgB, YqhD, GldA, EutG, YiaY, AdhE, AdhP, YhhX, YahK, HdhA, HisD, SerA, Tdh, Ugd, Udg, Gmd, YefA, YbiC, YdfG, YeaU, TtuC, YeiQ, YgbJ, YgcU, YgcT, YgcV, YggP, YgjR, YliI, YqiB, YzzH, LdhA, GapA, Epd, Dld, GatD, Gcd, GlpA, GlpB, GlpC, GlpD, GpsA и YphC из бактерий, в частности из E. coli.
3
Фермент E
3
3
a
b
c
di
dii
e
Фермент Eможет быть способен к превращению по меньшей мере одного 1-алканаля в соответствующую алкановую кислоту. В частности, Eможет быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3, бифункциональные алкогольоксидазы (E) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (E) или бифункциональные алкогольдегидрогеназы (E) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, способные к окислению 1-алканола через 1-алканаль непосредственно в соответствующую алкановую кислоту, и альдегиддегидрогеназы (E).
e
Фермент E
e
Фермент E, альдегиддегидрогеназа, может быть способен к катализу превращения:
ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) = ω-карбоксиалкановая кислота (сложный эфир).
e
Чтобы катализировать вышеуказанную реакцию, E может представлять собой альдегиддегидрогеназу под EC 1.2.1.3, EC 1.2.1.4 или EC 1.2.1.5, оксидазы жирных спиртов под EC 1.1.3.20, AlkJ-алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.99.- и алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.
e
В одном примере E может быть способен к специфическому катализу следующей реакции:
+
+
ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) + NAD(P) = ω-карбоксиалкановая кислота (сложный эфир) + NAD(P)H + H.
e
В этом случае фермент Eможет представлять собой альдегиддегидрогеназу под EC 1.2.1.3, EC 1.2.1.4 или EC 1.2.1.5 и может быть выбран из группы, включающей Prr, Usg, MhpF, AstD, GdhA, FrmA, Feab, Asd, Sad, PuuE, GabT, YgaW, BetB, PutA, PuuC, FeaB, AldA, Prr, EutA, GabD, AldB, TynA и YneI из бактерий, в частности, из E. coli.
e
В другом примере фермент Eможет быть способен к катализу следующей реакции:
2
2
2
ω-оксоалкановая кислота (сложный эфир) + O = -карбоксиалкановая кислота (сложный эфир) + HO.
e
c
В этом случае Eможет представлять собой оксидазы жирных спиртов под EC 1.1.3.20 и может быть выбран из перечня, предусмотренного для фермента E выше.
e
di
В другом примере E может представлять собой по меньшей мере одну из AlkJ-алкогольдегидрогеназ под EC 1.1.99 и может быть выбран из перечня, предусмотренного выше для E.
e
dii
В дополнительном примере E может представлять собой алкогольдегидрогеназы под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, выбранные из перечня, предусмотренного для фермента E.
4
Фермент E
4
4
f
g
Фермент Eможет быть способен к превращению по меньшей мере одной алкановой кислоты в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты. В частности, Eможет представлять собой по меньшей мере одну из синтаз воска-сложного эфира, также известных как алкоголь-O-ацилтрансфераза (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75) (E) или алкоголь-O-ацетилтрансфераза (E) (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75 или EC 2.3.1.84).
4
f
4
4
4
4
В одном примере Eможет представлять собой по меньшей мере одну из синтаз воска-сложного эфира (E). Более конкретно, E может характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с ADP1 Acinetobacter calcoaceticus или O-ацетилтрансферазой из Hahella chejuensis. Еще более конкретно, Eможет характеризоваться по меньшей мере 50% идентичностью последовательности с полипептидом YP_045555.1, WP_011398768.1 или NP_808414.2. Более конкретно, Eможет содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности с полипептидом, выбранным из группы, включающей полипептид YP_045555.1, WP_011398768.1 и NP_808414.2. В одном примере Eможет содержать полипептид, который характеризуется по меньшей мере 50, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 94, 95, 98 или 100% идентичностью последовательности под SEQ ID NO:2.
f
Фермент E
f
В частности, фермент Eможет быть выбран из группы, включающей
WP_011398768.1, NP_808414.2, NP_001178653.1, XP_003272721.1, XP_002720111.1, NP_001002254.1, XP_529027.1, XP_002831804.1, BAC28882.1, XP_549056.2, XP_002918053.1, XP_001085075.1, XP_002763005.1, XP_002700092.1, XP_599558.4, EDL95940.1, XP_001496780.1, CAD89267.1, EFB28125.1, YP_004747160.1, YP_004746900.1, YP_004746665.1, YP_004746558.1, YP_004746531.1, YP_004746530.1, YP_004745948.1, YP_004745222.1, YP_004744358.1, YP_004743710.1, YP_002492297.1, AEK40846.1, YP_001847685.1, YP_001712672.1, YP_001706290.1, YP_004724737.1, YP_004723134.1, AEJ51098.1, AEJ48174.1, AEJ47480.1, YP_004392630.1, YP_004099725.1, YP_003912033.1, YP_003652731.1, YP_003301387.1, YP_003298139.1, YP_001509672.1, YP_001505948.1, YP_001432486.1, YP_001432432.1, YP_924893.1, YP_923981.1, YP_922869.1, YP_922597.1, YP_922419.1, ZP_08629145.1, ZP_08628906.1, YP_001380027.1, YP_001280731.1, YP_001280730.1, YP_888966.1, YP_890540.1, YP_888236.1, YP_888223.1, YP_888574.1, YP_884705.1, YP_889488.1, YP_886248.1, YP_882534.1, YP_881069.1, YP_881444.1, YP_883472.1, YP_879642.1, YP_884073.1, YP_880917.1, YP_882201.1, YP_879422.1, YP_707862.1, YP_707847.1, YP_707633.1, YP_707572.1, YP_707571.1, YP_706785.1, YP_706267.1, YP_705586.1, YP_705294.1, YP_702929.1, YP_701572.1, YP_700576.1, YP_700081.1, YP_700033.1, YP_700018.1, YP_700017.1, YP_699999.1, CCB78299.1, CCB78283.1, CCB72233.1, YP_004663601.1, YP_004525283.1, YP_004524901.1, YP_004524237.1, YP_004524223.1, YP_004523752.1, YP_004522677.1, YP_004521797.1, YP_004521441.1, YP_004020500.1, YP_004014348.1, EGO40684.1, EGO38684.1, EGO38655.1, EGO37244.1, EGO36970.1, EGO36701.1, YP_003951335.1, YP_003812176.1, YP_003811992.1, YP_003810691.1, YP_003810418.1, YP_003809501.1, ZP_08574204.1, CCA19760.1, XP_002900672.1, ZP_06414567.1, ZP_06413635.1, ZP_06411773.1, ZP_06411772.1, ZP_06271823.1, ZP_05620754.1, ZP_05360001.1, ZP_04752019.1, ZP_04751943.1, ZP_04750965.1, ZP_04750465.1, ZP_04750453.1, ZP_04750228.1, ZP_04750091.1, ZP_04749363.1, ZP_04749348.1, ZP_04749293.1, ZP_04749287.1, ZP_04749022.1, ZP_04748677.1, ZP_04747379.1, ZP_04747377.1, ZP_04747348.1, ZP_04747282.1, ZP_04747159.1, ZP_04747093.1, ZP_04746958.1, ZP_04717323.1, ZP_04684258.1, ZP_04386203.1, ZP_04385082.1, ZP_04384030.1, ZP_04384029.1, ZP_03534755.1, ZP_01115502.1, ZP_01102322.1, YP_004583872.1, YP_004583323.1, YP_004573656.1, YP_004571392.1, YP_003513699.1, ZP_08553011.1, ZP_08552672.1, YP_003467054.1, YP_003572597.1, YP_579515.1, YP_001136465.1, YP_001136231.1, YP_001135959.1, YP_001135349.1, YP_001133828.1, YP_001133806.1, YP_001133693.1, YP_001133270.1, YP_001132329.1, YP_001131721.1, YP_001131631.1, YP_001073715.1, YP_001073143.1, YP_001072388.1, YP_001072036.1, YP_001071893.1, YP_001071814.1, YP_001071689.1, YP_001070856.1, YP_001069682.1, YP_001069164.1, YP_001068496.1, YP_939377.1, YP_642242.1, YP_641664.1, YP_641419.1, YP_640919.1, YP_640783.1, YP_640704.1, YP_640572.1, YP_640571.1, YP_640494.1, YP_639709.1, YP_639198.1, YP_638523.1, YP_638030.1, YP_637968.1, YP_637380.1, YP_446603.1, NP_001185377.1, NP_200151.2, NP_568547.1, NP_197641.1, NP_200150.1, NP_197139.1, NP_190490.1, NP_190488.1, NP_177356.1, YP_004495408.1, YP_004495023.1, YP_004494197.1, YP_004494168.1, YP_004493973.1, YP_004493936.1, YP_004493628.1, YP_004493589.1, YP_004493509.1, YP_004493477.1, YP_004493462.1, YP_004492352.1, YP_004492155.1, YP_004492039.1, YP_004491716.1, YP_004491715.1, YP_004491501.1, YP_003375642.1, YP_003411203.1, YP_003410436.1, YP_003395271.1, YP_003395089.1, YP_003393635.1, YP_003384208.1, YP_003379551.1, ZP_04388235.1, YP_002134168.1, ZP_01900421.1, ZP_01900085.1, ZP_01899829.1, ZP_01898741.1, BAK05274.1, BAJ93623.1, BAJ97841.1, BAK08349.1, BAJ93204.1, BAJ92722.1, BAK06983.1, BAJ86545.1, BAK02325.1, BAJ85619.1, BAJ84892.1, ZP_05218281.1, ZP_05218149.1, ZP_05217310.1, ZP_05216978.1, ZP_05216447.1, ZP_05216446.1, ZP_05216025.1, ZP_05214687.1, ZP_08476543.1, ZP_04749239.1, YP_823060.1, ADP99639.1, ADP98951.1, ADP98855.1, ADP98710.1, ADP96265.1, ZP_08461736.1, ZP_08461735.1, ZP_07608690.1, YP_045555.1, YP_872243.1, YP_004009106.1, YP_004008736.1, YP_004008003.1, YP_004007600.1, YP_004006799.1, YP_004006436.1, YP_004006072.1, YP_004005008.1, YP_003486913.1, NP_301898.1, ZP_08434757.1, YP_004079491.1, YP_004078785.1, YP_004077880.1, YP_004076486.1, YP_004076464.1, YP_004076350.1, YP_004075391.1, YP_004074864.1, ZP_01103855.1, YP_465274.1, ZP_08403393.1, ZP_08402717.1, ZP_08402716.1, YP_004427559.1, YP_001277083.1, YP_001276783.1, YP_524767.1, YP_522739.1, YP_521788.1, YP_004335162.1, YP_004333708.1, YP_004332973.1, YP_004332349.1, YP_004157731.1, YP_004224204.1, YP_003275673.1, YP_003275371.1, YP_003274979.1, YP_003274924.1, YP_003274705.1, YP_956544.1, YP_955502.1, YP_955007.1, YP_954887.1, YP_954886.1, YP_954859.1, YP_954399.1, YP_953715.1, YP_953073.1, YP_952592.1, YP_951909.1, YP_951298.1, YP_951083.1, ZP_08287899.1, ZP_08272356.1, ZP_08270967.1, CCA60099.1, CCA56737.1, YP_983728.1, YP_550833.1, YP_549124.1, YP_121795.1, YP_120815.1, YP_118589.1, YP_117783.1, YP_117375.1, YP_003646883.1, YP_003646055.1, YP_003645661.1, EGE49469.1, ZP_08234310.1, CBZ53121.1, YP_004010866.1, EGE24961.1, EGE18726.1, EGE15701.1, EGE12950.1, EGE10026.1, EGB03968.1, ZP_08206563.1, ZP_08205089.1, ZP_08204958.1, ZP_08204416.1, ZP_08203326.1, YP_714381.1, YP_713817.1, YP_694462.1, YP_693524.1, YP_003341775.1, YP_003339587.1, ZP_08197177.1, ADW01905.1, YP_004242683.1, ZP_07484742.2, ZP_07441979.2, ZP_07441978.2, ZP_07437333.2, ZP_06960424.1, ZP_06801236.1, ZP_06799517.1, ZP_05769718.1, ZP_05768326.1, ZP_05767970.1, ZP_05766272.1, ZP_05763839.1, YP_003204265.1, YP_003203570.1, YP_003200768.1, YP_003134884.1, YP_003134608.1, ZP_05140320.1, NP_001140997.1, EEE64643.1, EEE55448.1, EEE32548.1, ZP_03534756.1, ZP_03533653.1, ZP_03531929.1, EEC71274.1, EAY98969.1, EAY75974.1, EAY75973.1, ADZ24988.1, ZP_08157247.1, ZP_08156660.1, ZP_08156249.1, ZP_08153292.1, ZP_08152876.1, ZP_08152662.1, YP_002946672.1, YP_960669.1, YP_960629.1, YP_960328.1, YP_958134.1, YP_957462.1, YP_001022272.1, ZP_08123690.1, ZP_08120547.1, ZP_08119498.1, EGB29195.1, EGB27143.1, YP_003770089.1, YP_003769971.1, YP_003764703.1, YP_003764513.1, YP_003103950.1, YP_003168536.1, YP_003168331.1, YP_003166844.1, CAJ88696.1, NP_769520.1, YP_001141853.1, YP_001108534.1, YP_001106516.1, YP_907824.1, YP_907344.1, YP_906945.1, YP_906856.1, YP_906855.1, YP_906831.1, YP_906494.1, YP_906243.1, YP_905962.1, YP_905765.1, YP_905343.1, YP_905239.1, YP_325796.1, YP_130413.1, NP_625255.1, NP_624462.1, NP_338129.1, NP_338004.1, NP_337859.1, NP_337740.1, NP_337694.1, NP_336266.1, NP_335919.1, NP_335351.1, NP_334638.1, NP_218257.1, NP_218251.1, NP_217997.1, NP_217888.1, NP_217751.1, NP_217750.1, NP_217646.1, NP_217604.1, NP_217603.1, NP_217000.1, NP_216801.1, NP_216276.1, NP_215941.1, NP_215410.1, NP_214735.1, ZP_04661667.1, EFW44815.1, EFW44455.1, ZP_08024634.1, ZP_08024620.1, ZP_08023777.1, ZP_08023597.1, YP_002784032.1, YP_002783585.1, YP_002782904.1, YP_002782647.1, YP_002780099.1, YP_002779887.1, YP_002778497.1, YP_002777657.1, YP_002777402.1, ZP_07966321.1, ZP_07944768.1, CBI21867.3, CBI40547.3, CBI40544.3, CBI40540.3, CBI40536.3, CBI40534.3, CBI40533.3, CBI32385.3, ZP_05765756.1, ZP_05765643.1, ZP_05765597.1, ZP_05765596.1, YP_001705267.1, YP_001704692.1, YP_001704281.1, YP_001702654.1, YP_001701260.1, ZP_05770434.1, ZP_05766274.1, ZP_05762133.1, ZP_05762130.1, ZP_01101223.1, YP_481580.1, YP_979623.1, YP_979196.1, ZP_07414300.2, ZP_03537340.1, ZP_03537339.1, ZP_03536772.1, ZP_03536404.1, ZP_03433478.1, ZP_03430367.1, ZP_03430260.1, ZP_03429345.1, ZP_03428583.1, ZP_03426905.1, ZP_03426458.1, ZP_03426456.1, ZP_03426455.1, ZP_03425014.1, ZP_03424082.1, ZP_03421649.1, ZP_03419291.1, ZP_03418394.1, ZP_03417976.1, ZP_03414875.1, ZP_06952098.1, ZP_05528769.1, ZP_05527907.1, ZP_05227984.1, ZP_05227897.1, ZP_05227653.1, ZP_05227585.1, ZP_05227420.1, ZP_05227202.1, ZP_05226387.1, ZP_05226386.1, ZP_05225355.1, ZP_05225200.1, ZP_05223431.1, ZP_05223402.1, ZP_04697793.1, ZP_02550609.1, ZP_02548969.1, EEE25493.1, ABO13188.2, ZP_07205208.1, YP_589436.1, BAJ33896.1, ZP_07718107.1, ZP_07717513.1, ZP_07717390.1, ZP_07716424.1, ZP_04384387.1, ZP_07376578.1, ZP_06871097.1, ZP_06852444.1, ZP_06852442.1, ZP_06852283.1, ZP_06852150.1, ZP_06852032.1, ZP_06850980.1, ZP_06850766.1, ZP_06850644.1, ZP_06849846.1, ZP_06849446.1, ZP_06849265.1, ZP_06848894.1, ZP_06848550.1, ZP_06847321.1, ZP_06847245.1, ZP_06728640.1, ZP_06155537.1, ZP_03822106.1, ZP_03822105.1, ZP_03264909.1, ZP_01915979.1, ZP_01914209.1, ZP_01909198.1, ZP_01895985.1, ZP_01893763.1, ZP_01893601.1, ZP_01893547.1, ZP_01864269.1, ZP_01736818.1, ZP_01693481.1, ZP_01626518.1, ZP_01616172.1, ZP_01461648.1, ZP_01439861.1, ZP_01311414.1, ZP_01222733.1, ZP_01038993.1, ZP_00997001.1, ZP_06533596.1, ZP_07308012.1, ZP_07282351.1, ZP_07282257.1, ZP_07278697.1, ZP_07277986.1, ZP_07277799.1, ZP_07011797.1, ZP_06913634.1, ZP_06711075.1, ZP_06575037.1, ZP_06523715.1, ZP_06522644.1, ZP_06520408.1, ZP_06518751.1, ZP_06514733.1, ZP_06511304.1, ZP_06510466.1, ZP_06509700.1, ZP_06504004.1, ZP_06452618.1, ZP_06451687.1, ZP_06450049.1, ZP_06444722.1, ZP_06443996.1, ZP_06443677.1, ZP_06438510.1, ZP_06435077.1, ZP_06434554.1, ZP_06432969.1, ZP_06431341.1, ZP_06430915.1, ZP_05129423.1, ZP_05127637.1, ZP_05126217.1, ZP_05096686.1, ZP_05095013.1, ZP_05094400.1, ZP_05093434.1, ZP_05043539.1, ZP_05041631.1, ZP_04959394.1, ZP_04956551.1, ZP_01052702.1, YP_437020.1, YP_436128.1, YP_432512.1, YP_432391.1, ZP_06072118.1, ZP_06069021.1, ZP_06065092.1, ZP_06062254.1, YP_003032200.1, YP_003030813.1, YP_002766854.1, YP_002766842.1, YP_002766292.1, YP_002765623.1, YP_002765076.1, YP_002764977.1, YP_002764976.1, YP_002764693.1, YP_002764633.1, YP_002646305.1, YP_002646304.1, YP_001853537.1, YP_001853530.1, YP_001853214.1, YP_001852100.1, YP_001851711.1, YP_001851686.1, YP_001851684.1, YP_001851611.1, YP_001851610.1, YP_001851579.1, YP_001850950.1, YP_001850935.1, YP_001850900.1, YP_001850899.1, YP_001850378.1, YP_001849911.1, YP_001849825.1, YP_001849624.1, YP_001849470.1, YP_001848848.1, YP_001848784.1, YP_001822237.1, YP_001289190.1, YP_001289078.1, YP_001288434.1, YP_001287727.1, YP_001286168.1, YP_001085790.1, YP_856793.1, YP_629387.1, YP_615587.1, YP_615252.1, YP_457389.1, YP_263530.1, NP_962591.1, NP_962411.1, NP_962281.1, NP_961234.1, NP_960903.1, NP_960387.1, NP_960090.1, NP_959281.1, NP_959065.1, NP_857403.1, NP_857149.1, NP_857148.1, NP_857047.1, NP_856907.1, NP_856759.1, NP_856156.1, NP_855443.1, NP_855112.1, NP_853892.1, NP_828432.1, NP_603766.1, XP_003081224.1, YP_003778608.1, YP_003730939.1, XP_003059244.1, ADI13131.1, XP_002992800.1, XP_002963877.1, XP_001419779.1, XP_002988280.1, XP_002987493.1, CBH32551.1, CBH32550.1, CBH19575.1, CBH19574.1, YP_003627553.1, XP_002879777.1, XP_002877657.1, XP_002877655.1, XP_002873570.1, XP_002871716.1, XP_002870738.1, XP_002868506.1, XP_002865972.1, XP_002864239.1, XP_002862308.1, ZP_05823139.1, NP_001043877.1, ZP_06693274.1, ZP_06058985.1, NP_001044374.1, XP_002835451.1, XP_002787542.1, XP_002785958.1, XP_002785645.1, XP_002783220.1, XP_002774061.1, XP_002767852.1, XP_002766051.1, XP_002765456.1, XP_002765455.1, XP_002677788.1, XP_002671612.1, XP_002736281.1, CBA31373.1, XP_002184474.1, XP_002325936.1, XP_002323705.1, XP_002325937.1, XP_002323911.1, XP_002323706.1, XP_002328965.1, XP_002318416.1, XP_002310400.1, ACY38597.1, ACY38596.1, ACY38595.1, ACY38594.1, ACY38593.1, ACY38592.1, ACY38591.1, ACY38590.1, ACX81315.1, ACX81314.1, XP_001868729.1, XP_001847517.1, XP_001847515.1, XP_002502575.1, ACU20370.1, ACU18073.1, XP_002523348.1, XP_002516707.1, XP_002429016.1, BAH89673.1, XP_002440221.1, XP_002459294.1, XP_002458560.1, XP_320167.4, XP_001780431.1, XP_002364905.1, XP_002263196.1, XP_002263137.1, XP_002263409.1, XP_002263252.1, XP_002268615.1, XP_002278404.1, XP_002274522.1, XP_002282418.1, XP_001633379.1, XP_001632267.1, XP_001632004.1, XP_001622638.1, XP_002155609.1, XP_759225.1, XP_002152406.1, XP_001914129.1, XP_001738032.1, XP_001731626.1, XP_001209859.1, CAN79451.1, CAN78449.1, CAN72806.1, CAN71951.1, CAN71950.1, CAN76656.1, CAN62907.1, AAZ08051.1, ABO21022.1, ABO21021.1, ABO21020.1, ABJ96321.1, BAF01088.1, XP_758106.1, BAC42871.1, BAB09801.1 и BAB09102.1.
f
В другом примере фермент Eможет быть выбран из группы, включающей следующие идентификационные номера генов согласно NCBI:
6647910, 13882037, 13883719, 50084045, 83635736, 118163591, 118569740, 118570272, 119538589, 119959533, 126237252, 126567232, 126629771, 148572721, 148572722, 149823553, 149825234, 169147806, 196196001, 214037899, 219677786, 257447091, 262316603, 283813570, 301796553, 301796826, 311312714, 311696766, 325556018, 332970561, 333482117, 333482229, 333482837, 333484048, 334890574, 334890744, 353189260, 358244577, 359308666, 359732244, 359818908, 363993190, 365814880, 374845325, 377531673, 378802538, 384523048, 391857871, 391858262, 391861199, 396932954, 396935129, 399235093, 400203587, 407372801, 407812577, 432156225, 433296179, 442581482, 443888426, 444755700, 449424446, 464803513, 479864102, 479886236, 479966651, 480005669, 480024154, 480028610, 490485999, 498274456, 500625946, 515076064, 516264416, 516277644, 516906883, 516908681, 516909557, 516913828, 516945324, 517143888, 517432433, 517516200, 518350146, 518501601, 518568414, 518644062, 518944419, 518947555, 521014811, 521056034, 521076792, 521077398, 521090665, 521712969, 521812448, 521986522, 522129827, 522136843, 522139413 и 522139737.
g
Фермент E
g
В частности, фермент E может быть выбран из группы, включающей EGA72844.1, NP_015022.1, S69991, AAP72991.1, EDN63695.1, BAA05552.1, AAP72992.1, S69992, AAP72995.1, XP_002552712.1, XP_001646876.1, XP_002551954.1, EGA82692.1, EDN61766.1, EGA86689.1, EGA74966.1, AAU09735.1, NP_011693.1, XP_445666.1, BAA13067.1, AAP72993.1, EGA62172.1, XP_455762.1 и EGA58658.1.
5
Фермент E
5
5
1
5
a
b
Фермент Eможет быть способен к превращению по меньшей мере одного сложного эфира алкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты. В частности, E может представлять собой любой фермент, перечисленный для E. В частности, Eможет представлять собой по меньшей мере одну из P450-алкангидроксилаз (E) под EC 1.14.15.3 или AlkB-алкангидроксилаз (E) под EC 1.14.15.3.
6
Фермент E
6
6
2
6
a
b
c
d
Фермент Eможет быть способен к превращению по меньшей мере одного сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В частности, E может представлять собой любой фермент, перечисленный для E. В частности, Eможет быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3, алкогольоксидазы (E) под EC 1.1.3.20 и алкогольдегидрогеназы (E) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2.
6
6
6
6
Выражение «если присутствует», применяемое в отношении фермента E, относится к клеткам, которые были генетически модифицированы для продуцирования сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты. Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения могут характеризоваться повышенной экспрессией фермента Eотносительно клетки дикого типа, таким образом они способны продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В другом примере клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения также могут не характеризоваться повышенной экспрессией фермента Eотносительно клетки дикого типа, таким образом они не способны продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. Таким образом, эти клетки в основном продуцируют сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты. Следовательно, если клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуются повышенной экспрессией фермента E (т.e. если он присутствует), то они могут продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты.
7
Фермент E
7
7
h
Фермент Eможет быть способен к превращению по меньшей мере одной ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. В частности, E может представлять собой ω-трансаминазу под EC 2.6.1 (E).
7
h
В частности, фермент Eможет представлять собой аминотрансферазу (E), выбранную из группы, включающей фермент из Pseudomonas putida (WP_016502144; WP_016500675.1), Chromobacterium violaceum (NP_901695.1), Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (YP_353455.1) и 3HMU_A, AAD41041.1, AAK15486.1, ABE03917.1, ADR60699.1, ADR61066.1, ADR62525.1, AEL07495.1, CAZ86955.1, EFW82310.1, EFW87681.1, EGC99983.1, EGD03176.1, EGE58369.1, EGH06681.1, EGH08331.1, EGH24301.1, EGH32343.1, EGH46412.1, EGH55033.1, EGH62152.1, EGH67339.1, EGH70821.1, EGH71404.1, EGH78772.1, EGH85312.1, EGH97105.1, EGP57596.1, NP_102850.1, NP_106560.1, NP_248912.1, NP_248990.1, NP_354026.2, NP_421926.1, NP_637699.1, NP_642792.1, NP_744329.1, NP_744732.1, NP_747283.1, NP_795039.1, XP_002943905.1, YP_001021095.1, YP_001059677.1, YP_001061726.1, YP_001066961.1, YP_001074671.1, YP_001120907.1, YP_001140117.1, YP_001170616.1, YP_001185848.1, YP_001188121.1, YP_001233688.1, YP_001268866.1, YP_001270391.1, YP_001345703.1, YP_001412573.1, YP_001417624.1, YP_001526058.1, YP_001579295.1, YP_001581170.1, YP_001668026.1, YP_001669478.1, YP_001671460.1, YP_001685569.1, YP_001747156.1, YP_001749732.1, YP_001765463.1, YP_001766294.1, YP_001790770.1, YP_001808775.1, YP_001809596.1, YP_001859758.1, YP_001888405.1, YP_001903233.1, YP_001977571.1, YP_002229759.1, YP_002231363.1, YP_002280472.1, YP_002297678.1, YP_002543874.1, YP_002549011.1, YP_002796201.1, YP_002801960.1, YP_002875335.1, YP_002897523.1, YP_002912290.1, YP_002974935.1, YP_003060891.1, YP_003264235.1, YP_003552364.1, YP_003578319.1, YP_003591946.1, YP_003607814.1, YP_003641922.1, YP_003674025.1, YP_003692877.1, YP_003755112.1, YP_003896973.1, YP_003907026.1, YP_003912421.1, YP_004086766.1, YP_004142571.1, YP_004147141.1, YP_004228105.1, YP_004278247.1, YP_004305252.1, YP_004356916.1, YP_004361407.1, YP_004378186.1, YP_004379856.1, YP_004390782.1, YP_004472442.1, YP_004590892.1, YP_004612414.1, YP_004676537.1, YP_004693233.1, YP_004701580.1, YP_004701637.1, YP_004704442.1, YP_108931.1, YP_110490.1, YP_168667.1, YP_237931.1, YP_260624.1, YP_262985.1, YP_271307.1, YP_276987.1, YP_334171.1, YP_337172.1, YP_350660.1, YP_351134.1, YP_364386.1, YP_366340.1, YP_369710.1, YP_370582.1, YP_426342.1, YP_440141.1, YP_442361.1, YP_468848.1, YP_521636.1, YP_554363.1, YP_608454.1, YP_610700.1, YP_614980.1, YP_622254.1, YP_625753.1, YP_680590.1, YP_751687.1, YP_767071.1, YP_774090.1, YP_774932.1, YP_788372.1, YP_858562.1, YP_928515.1, YP_983084.1, YP_995622.1, ZP_00948889.1, ZP_00954344.1, ZP_00959736.1, ZP_00998881.1, ZP_01011725.1, ZP_01037109.1, ZP_01058030.1, ZP_01076707.1, ZP_01103959.1, ZP_01167926.1, ZP_01224713.1, ZP_01442907.1, ZP_01446892.1, ZP_01550953.1, ZP_01625518.1, ZP_01745731.1, ZP_01750280.1, ZP_01754305.1, ZP_01763880.1, ZP_01769626.1, ZP_01865961.1, ZP_01881393.1, ZP_01901558.1, ZP_02145337.1, ZP_02151268.1, ZP_02152332.1, ZP_02167267.1, ZP_02190082.1, ZP_02242934.1, ZP_02360937.1, ZP_02367056.1, ZP_02385477.1, ZP_02456487.1, ZP_02883670.1, ZP_03263915.1, ZP_03263990.1, ZP_03400081.1, ZP_03452573.1, ZP_03456092.1, ZP_03517291.1, ZP_03529055.1, ZP_03571515.1, ZP_03572809.1, ZP_03587785.1, ZP_03588560.1, ZP_03697266.1, ZP_03697962.1, ZP_04521092.1, ZP_04590693.1, ZP_04890914.1, ZP_04891982.1, ZP_04893793.1, ZP_04902131.1, ZP_04905327.1, ZP_04941068.1, ZP_04944536.1, ZP_04945255.1, ZP_04959332.1, ZP_04964181.1, ZP_05053721.1, ZP_05063588.1, ZP_05073059.1, ZP_05077806.1, ZP_05082750.1, ZP_05091128.1, ZP_05095488.1, ZP_05101701.1, ZP_05116783.1, ZP_05121836.1, ZP_05127756.1, ZP_05637806.1, ZP_05742087.1, ZP_05783548.1, ZP_05786246.1, ZP_05843149.1, ZP_05945960.1, ZP_06459045.1, ZP_06487195.1, ZP_06492453.1, ZP_06493162.1, ZP_06703644.1, ZP_06731146.1, ZP_06839371.1, ZP_07007312.1, ZP_07266194.1, ZP_07374050.1, ZP_07662787.1, ZP_07778196.1, ZP_07797983.1, ZP_08099459.1, ZP_08138203.1, ZP_08141719.1, ZP_08142973.1, ZP_08177102.1, ZP_08185821.1, ZP_08186468.1, ZP_08208888.1, ZP_08266590.1, ZP_08402041.1, ZP_08406891.1, ZP_08522175.1, ZP_08527488.1, ZP_08631252.1, ZP_08636687.1.
7
h
В частности, фермент E,может представлять собой аминотрансферазу (E), выбранную из группы, включающей NP_901695.1, ZP_03697266.1, AAD41041.1, YP_002796201.1, ZP_03697962.1, YP_001859758.1, YP_002229759.1, YP_001120907.1, YP_110490.1, ZP_04964181.1, YP_774932.1, YP_001766294.1, YP_001581170.1, YP_622254.1, ZP_03588560.1, YP_001809596.1, YP_370582.1, ZP_03572809.1, NP_248990.1, YP_001888405.1, ZP_04905327.1, YP_001061726.1, YP_001668026.1, ZP_01750280.1, ZP_07778196.1, EGH71404.1, NP_744329.1, YP_004147141.1, ADR61066.1, ZP_05783548.1, YP_004701637.1, YP_366340.1, YP_003264235.1, EGD03176.1, YP_001268866.1, ZP_01901558.1, ZP_05121836.1, YP_003692877.1, ZP_03517291.1, YP_002974935.1, YP_001668026.1, ADR61066.1, NP_744329.1, YP_001268866.1, YP_004701637.1, ZP_08142973.1, ADR62525.1, YP_610700.1, NP_747283.1, ADR62525.1, YP_001270391.1, YP_004704442.1, YP_610700.1, YP_001747156.1, ZP_08138203.1, ZP_07266194.1, EGH70821.1, YP_351134.1, EGH32343.1, EGH08331.1, EGH67339.1, YP_001668026.1, YP_004701637.1, YP_237931.1, ZP_03400081.1, ZP_05116783.1, ZP_01550953.1, ZP_07662787.1, YP_928515.1, YP_788372.1, YP_001021095.1, ZP_07797983.1, YP_003578319.1, YP_004305252.1, NP_248912.1, ZP_08636687.1, YP_003912421.1, YP_751687.1, ZP_08142973.1, YP_271307.1, ZP_05082750.1, YP_001417624.1 и YP_353455.1.
7
7
7
6
7
6
7
Выражение «если присутствует», применяемое в отношении фермента E, относится к клеткам, которые были генетически модифицированы для продуцирования сложного эфира ω-аминоалкановой кислоты. Клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения могут характеризоваться повышенной экспрессией фермента Eотносительно клетки дикого типа, таким образом они способны продуцировать сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. В другом примере клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения также могут не характеризоваться повышенной экспрессией фермента Eотносительно клетки дикого типа, таким образом они не способны продуцировать сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты. Таким образом, эти клетки в основном продуцируют сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В одном примере клетка, характеризующаяся повышенной экспрессией фермента E, но не E, относительно клетки дикого типа, может быть способна продуцировать сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты. В другом примере, если клетка не является генетически модифицированной для повышения экспрессии как E, так и E, клетка может продуцировать сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.
h
Фермент E
h
В частности, фермент E,может быть выбран из группы, включающей
3HMU_A, AAD41041.1, AAK15486.1, ABE03917.1, ADR60699.1, ADR61066.1, ADR62525.1, AEL07495.1, CAZ86955.1, EFW82310.1, EFW87681.1, EGC99983.1, EGD03176.1, EGE58369.1, EGH06681.1, EGH08331.1, EGH24301.1, EGH32343.1, EGH46412.1, EGH55033.1, EGH62152.1, EGH67339.1, EGH70821.1, EGH71404.1, EGH78772.1, EGH85312.1, EGH97105.1, EGP57596.1, NP_102850.1, NP_106560.1, NP_248912.1, NP_248990.1, NP_354026.2, NP_421926.1, NP_637699.1, NP_642792.1, NP_744329.1, NP_744732.1, NP_747283.1, NP_795039.1, NP_901695.1, XP_002943905.1, YP_001021095.1, YP_001059677.1, YP_001061726.1, YP_001066961.1, YP_001074671.1, YP_001120907.1, YP_001140117.1, YP_001170616.1, YP_001185848.1, YP_001188121.1, YP_001233688.1, YP_001268866.1, YP_001270391.1, YP_001345703.1, YP_001412573.1, YP_001417624.1, YP_001526058.1, YP_001579295.1, YP_001581170.1, YP_001668026.1, YP_001669478.1, YP_001671460.1, YP_001685569.1, YP_001747156.1, YP_001749732.1, YP_001765463.1, YP_001766294.1, YP_001790770.1, YP_001808775.1, YP_001809596.1, YP_001859758.1, YP_001888405.1, YP_001903233.1, YP_001977571.1, YP_002229759.1, YP_002231363.1, YP_002280472.1, YP_002297678.1, YP_002543874.1, YP_002549011.1, YP_002796201.1, YP_002801960.1, YP_002875335.1, YP_002897523.1, YP_002912290.1, YP_002974935.1, YP_003060891.1, YP_003264235.1, YP_003552364.1, YP_003578319.1, YP_003591946.1, YP_003607814.1, YP_003641922.1, YP_003674025.1, YP_003692877.1, YP_003755112.1, YP_003896973.1, YP_003907026.1, YP_003912421.1, YP_004086766.1, YP_004142571.1, YP_004147141.1, YP_004228105.1, YP_004278247.1, YP_004305252.1, YP_004356916.1, YP_004361407.1, YP_004378186.1, YP_004379856.1, YP_004390782.1, YP_004472442.1, YP_004590892.1, YP_004612414.1, YP_004676537.1, YP_004693233.1, YP_004701580.1, YP_004701637.1, YP_004704442.1, YP_108931.1, YP_110490.1, YP_168667.1, YP_237931.1, YP_260624.1, YP_262985.1, YP_271307.1, YP_276987.1, YP_334171.1, YP_337172.1, YP_350660.1, YP_351134.1, YP_364386.1, YP_366340.1, YP_369710.1, YP_370582.1, YP_426342.1, YP_440141.1, YP_442361.1, YP_468848.1, YP_521636.1, YP_554363.1, YP_608454.1, YP_610700.1, YP_614980.1, YP_622254.1, YP_625753.1, YP_680590.1, YP_751687.1, YP_767071.1, YP_774090.1, YP_774932.1, YP_788372.1, YP_858562.1, YP_928515.1, YP_983084.1, YP_995622.1, ZP_00948889.1, ZP_00954344.1, ZP_00959736.1, ZP_00998881.1, ZP_01011725.1, ZP_01037109.1, ZP_01058030.1, ZP_01076707.1, ZP_01103959.1, ZP_01167926.1, ZP_01224713.1, ZP_01442907.1, ZP_01446892.1, ZP_01550953.1, ZP_01625518.1, ZP_01745731.1, ZP_01750280.1, ZP_01754305.1, ZP_01763880.1, ZP_01769626.1, ZP_01865961.1, ZP_01881393.1, ZP_01901558.1, ZP_02145337.1, ZP_02151268.1, ZP_02152332.1, ZP_02167267.1, ZP_02190082.1, ZP_02242934.1, ZP_02360937.1, ZP_02367056.1, ZP_02385477.1, ZP_02456487.1, ZP_02883670.1, ZP_03263915.1, ZP_03263990.1, ZP_03400081.1, ZP_03452573.1, ZP_03456092.1, ZP_03517291.1, ZP_03529055.1, ZP_03571515.1, ZP_03572809.1, ZP_03587785.1, ZP_03588560.1, ZP_03697266.1, ZP_03697962.1, ZP_04521092.1, ZP_04590693.1, ZP_04890914.1, ZP_04891982.1, ZP_04893793.1, ZP_04902131.1, ZP_04905327.1, ZP_04941068.1, ZP_04944536.1, ZP_04945255.1, ZP_04959332.1, ZP_04964181.1, ZP_05053721.1, ZP_05063588.1, ZP_05073059.1, ZP_05077806.1, ZP_05082750.1, ZP_05091128.1, ZP_05095488.1, ZP_05101701.1, ZP_05116783.1, ZP_05121836.1, ZP_05127756.1, ZP_05637806.1, ZP_05742087.1, ZP_05783548.1, ZP_05786246.1, ZP_05843149.1, ZP_05945960.1, ZP_06459045.1, ZP_06487195.1, ZP_06492453.1, ZP_06493162.1, ZP_06703644.1, ZP_06731146.1, ZP_06839371.1, ZP_07007312.1, ZP_07266194.1, ZP_07374050.1, ZP_07662787.1, ZP_07778196.1, ZP_07797983.1, ZP_08099459.1, ZP_08138203.1, ZP_08141719.1, ZP_08142973.1, ZP_08177102.1, ZP_08185821.1, ZP_08186468.1, ZP_08208888.1, ZP_08266590.1, ZP_08402041.1, ZP_08406891.1, ZP_08522175.1, ZP_08527488.1, ZP_08631252.1 и ZP_08636687.1.
1
5
6
7
1
2
3
5
6
b
4
f
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть генетически модифицирована для повышения экспрессии ферментов E - E относительно клеток дикого типа. Клетка может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии по меньшей мере ферментов E и/или E. В одном примере ферменты E,E, E, E и E могут представлять собой по меньшей мере одну из AlkB-алкангидроксилаз (E), а фермент E может представлять собой синтазу воска-сложного эфира (E). В частности,
b
- AlkB-алкангидроксилаза (E) характеризуется по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:1; и
f
- синтаза воска-сложного эфира (E) характеризуется по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:2.
h
В другом примере, если клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения является генетически модифицированной для продуцирования по меньшей мере одного сложного эфира ω-аминоалкановой кислоты, клетка может быть модифицирована для экспрессии по меньшей мере одной ω-трансаминазы (E), которая может характеризоваться по меньшей мере 60% идентичностью последовательности относительно SEQ ID NO:3.
8
Фермент E
8
8
8
i
j
k
l
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для снижения экспрессии по меньшей мере одного фермента E, который расщепляет по меньшей мере одно промежуточное соединение в процессе превращения алканов в сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты. В частности, фермент E может представлять собой фермент, способный играть роль в функциональной активности клетки в отношении разложения жирных кислот. В частности, E может быть выбран из перечня, включающего ацил-КоА-дегидрогеназу (E) (FadE), еноил-КоА-гидратазу (E) (FadB), 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназу (E) (FadB) и β-кетотиолазу, также известную как 3-кетоацил-КоА-тиолаза (FadA) (E).
i
j
k
l
Жирные кислоты поглощаются и переносятся через клеточную мембрану посредством транспортного/ацил-активирующего механизма. Первая внутриклеточная стадия включает превращение ацил-КоА в еноил-КоА с помощью ацил-КоА-дегидрогеназы (E), последняя называется FadE в случае E. coli. Активность ацил-КоА-дегидрогеназы можно оценить как описано в уровне техники, например, путем отслеживания концентрации NADH спектрофотометрическими методами при 340 нм в 100 мМ MOPS, pH 7,4, 0,2 мМ еноил-КоА, 0,4 мМ NADH. Полученный еноил-КоА превращается в 3-кетоацил-КоА через 3-гидроксиацил-КоА с помощью гидратации и окисления, катализируемых еноил-КоА-гидратазой/(R)-3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназой (E/E), называемых FadB и FadJ у E. coli. Еноил-КоА-гидратазную/3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназную активность, а именно образование продукта NADH, можно оценить спектрофотометрическими методами, как описано в уровне техники, например, как кратко изложено для FadE. Наконец, 3-кетоацил-КоА-тиолаза (E), FadA и FadI у E. coli катализируют расщепление 3-кетоацил-КоА с образованием ацетил-КоА и исходного ацил-КоА, укороченного на два атома углерода. Активность кетоацил-КоА-тиолазы можно оценить как описано в уровне техники, например, у Antonenkov, V., et al, 1997.
В одном примере применяемый в данном документе термин «ацил-КоА-дегидрогеназа» может означать полипептид, способный к катализу превращения ацил-КоА в еноил-КоА в рамках пути -окисления. Например, полипептид FadE у E. coli (номер доступа: BAA77891.2) может быть ацил-КоА-дегидрогеназой. Применяемый в данном документе термин «еноил-КоА-гидратаза», также называемый 3-гидроксиацил-КоА-дегидрогеназа, относится к полипептиду, способному к катализу превращения еноил-КоА в 3-кетоацил-КоА с помощью гидратации и окисления в рамках пути -окисления. Например, полипептиды FadB и FadJ у E. coli (номера доступа: BAE77457.1 и P77399.1, соответственно) являются еноил-КоА-гидратазами. Применяемый в данном документе термин «кетоацил-КоА-тиолаза» может относиться к полипептиду, способному к катализу расщепления 3-кетоацил-КоА с образованием ацил-КоА, укороченного на два атома углерода, и ацетил-КоА, в качестве заключительной стадии пути -окисления. Например, полипептиды FadA и FadI у E. coli (номер доступа: YP_491599.1 и P76503.1, соответственно) являются кетоацил-КоА-тиолазами.
9
10
Ферменты E и E
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии относительно клетки дикого типа:
- фермент E9 представляет собой ацил жирной кислоты-кoфермент A-эстеразу сложных метиловых эфиров BioH (Em); и/или
- фермент E10 представляет собой ацил жирной кислоты-кoфермент A-тиоэстеразу (En), выбранную из группы, включающей TesA, TesB, YciA, FadM, YbfF и YbgC.
m
n
В частности, E может быть способен к гидролизу сложных эфиров жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта; и/или E может быть способен к гидролизу ацила жирной кислоты-кoфермента A до свободных жирных кислот и кoфермента A.
11
Фермент E
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую мутацию, которая повышает экспрессию по меньшей мере одного белка-переносчика относительно клетки дикого типа. Эта дополнительная мутация позволяет клетке увеличивать поглощение по меньшей мере одной жирной кислоты. В частности, белок-переносчик может представлять собой AlkL (SEQ ID NO: 4 или 5) и/или FadL (SEQ ID NO: 6). AlkL и/или FadL могут функционировать в качестве по меньшей мере одного белка-переносчика в сравнении с клеткой дикого типа. В одном примере клетку можно генетически модифицировать для сверхэкспрессии обоих генов fadL и alkL. Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может быть дополнительно генетически модифицирована для повышения экспрессии AlkL и/или FadL относительно клетки дикого типа.
11
В одном примере фермент E может представлять собой FadL или BAA16205.1
12
Фермент E
12
12
12
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может содержать дополнительную генетическую мутацию, которая повышает экспрессию ацил-КоА-синтетазы (фермент E) под EC 6.2.1.3, EC 2.3.1.86 относительно клетки дикого типа. Фермент Eможет катализировать превращение жирной кислоты в сложный эфир жирной кислоты и КоА, т.е. молекулу, в которой функциональная группа -OH на карбокси-группе заменена на –S-КоА. Например, полипептиды FadD и FadK у E. coli (номер доступа: BAA15609.1 и NP_416216.4, соответственно) представляют собой ацил-КоА-синтетазы. В другом примере E может представлять собой длинноцепочечная жирная кислота-КоА-лигазу под YP_001724804.1.
13
Фермент E
13
13
3
13
a
b
c
di
dii
e
Фермент E может быть способен к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, в частности, фермент E может представлять собой любой из ферментов E, определенных выше. Более конкретно, Eможет быть выбран из группы, включающей P450-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3-, AlkB-алкангидроксилазы (E) под EC 1.14.15.3, бифункциональные алкогольоксидазы (E) под EC 1.1.3.20, бифункциональные AlkJ-алкогольдегидрогеназы (E) или бифункциональные алкогольдегидрогеназы (E) под EC 1.1.1.1 или EC 1.1.1.2, способные к окислению сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты через сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты непосредственно в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты; и альдегиддегидрогеназы (E).
14
Фермент E
14
14
4
14
f
g
Фермент Eможет быть способен к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты. В частности, фермент E может представлять собой любой из ферментов E, определенных выше. Более конкретно, Eможет представлять собой по меньшей мере одно из синтазы воска-сложного эфира (E) или алкоголь-O-ацилтрансферазы (E) (EC 2.3.1.20, EC 2.3.1.75 или EC 2.3.1.84).
20
24
Клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения не содержит генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов E- E, выбранных из группы, включающей:
20
- Eацил-ACP-тиоэстеразу под EC 3.1.2.14 или EC 3.1.2.22,
21
- Eацил-КоА-тиоэстеразу под EC 3.1.2.2, EC 3.1.2.18, EC 3.1.2.19, EC 3.1.2.20 или EC 3.1.2.22,
22
- E ацил-КоА:ACP-трансацилазу,
23
- Eполикетидсинтазу и
24
- Eсинтазу гексановой кислоты.
20
24
20
24
20
24
20
21
22
23
24
20
21
22
23
24
20
24
20
24
20
24
20
24
20
24
20
24
20
24
20
24
В частности, клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения характеризуется экспрессией ферментов E - E, свойственной клетке дикого типа. Таким образом, ферменты E - E не подвергаются ни сверхэкспрессии, ни нокауту в клетках согласно способу по настоящему изобретению. Более конкретно, экспрессия какого-либо из ферментов E - E, иными словами фермента E, E, E, Eили E, всех ферментов E, E, E, Eи E не является генетически модифицированной в клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения. Еще более конкретно, клетка согласно любому из аспектов настоящего изобретения может характеризоваться естественной экспрессией, свойственной клетке дикого типа, любого из ферментов E - E, который может присутствовать в исходной клетке в естественных условиях. Таким образом, можно считать, что клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения не характеризуются рекомбинантной экспрессией какого-либо из ферментов E - E. Это является особенно предпочтительным, поскольку клетки без повышенной экспрессии какого-либо из ферментов E - E (то есть с экспрессией любого из ферментов E - E, свойственной клетке дикого типа) затем можно легко отбирать для использования алкана в качестве источника углерода при образовании сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты. В частности, любая клетка с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E - E может приводить к повышенному продуцированию жирных кислот, которые могут использоваться в качестве источника углерода для образования ω-функционализированных кабоновых кислот и/или их сложных эфиров клеткой с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E - E. Таким образом, клетки с повышенной экспрессией какого-либо из ферментов E - Eмогут предпочитать использовать высокую концентрацию жирных кислот в качестве субстрата для продуцирования сложных эфиров ω-функционализированных карбоновых кислот, и, таким образом, алканы не будут использоваться клеткой для образования сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты. Применение других источников углерода, не являющихся алканами, для образования сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты может существенно повышать затраты на получение, поскольку для продуцирования большего количества жирных кислот клеткам будут необходимы другие источники углерода, такие как глюкоза. Соответственно, применение клеток согласно любому из аспектов настоящего изобретения, которые не содержат генетическую модификацию, которая повышает экспрессию относительно клетки дикого типа по меньшей мере одного из следующих ферментов E - E, применяется согласно любому из аспектов настоящего изобретения для получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из по меньшей мере одного алкана.
20
24
Ферменты E - E
20
24
i
iv
Ферменты E - Eподробно описаны в WO2013024114 в качестве ферментов E - E, соответственно, на страницах 60-79 в WO2013024114.
Согласно другому аспекту настоящего изобретения предусмотрен способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты, при этом способ включает стадию приведения по меньшей мере одной клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения в контакт по меньшей мере с одним алканом. В частности, образуемый сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может быть выбран из группы, включающей сложные эфиры ω-гидроксиалкановой кислоты, ω-оксоалкановой кислоты, ω-карбоксиалкановой кислоты, ω-аминоалкановой кислоты. В частности, сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может представлять собой сложный метиловый эфир 12-аминолауриновой кислоты, сложный метиловый эфир 12-гидроксилауриновой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 12-карбоксилауриновой кислоты и/или сложный метиловый эфир лауриновой кислоты из алкана-додекана. В другом примере полученный сложный эфир ω-функционализированной карбоновой кислоты может представлять собой сложный метиловый эфир 11-аминоундекановой кислоты, сложный метиловый эфир 11-гидроксиундекановой кислоты, сложный метиловый (ди)эфир 11-карбоксиундекановой кислоты и/или сложный метиловый эфир ундекановой кислоты из алкана-ундекана. По меньшей мере в одном дополнительном примере в качестве побочного продукта могут образовываться монофункциональные спирты и/или альдегиды.
Применяемый в данном документе термин «приведение в контакт» означает создание непосредственного контакта между алканом и/или клеткой согласно любому из аспектов настоящего изобретения в водном растворе. Например, клетка и алкан не могут находиться в разных компартментах, разделенных с помощью барьера, такого как неорганическая мембрана. Если алкан является растворимым и может поглощаться клеткой или может диффундировать через биологические мембраны, тогда его можно просто добавить к клетке согласно любому из аспектов настоящего изобретения в водном растворе. В случае, если он является недостаточно растворимым, то его можно растворить в подходящем органическом растворителе перед добавлением к водному раствору. Специалист в данной области может приготовить водные растворы алканов, характеризующихся недостаточной растворимостью, путем добавления подходящего органического и/или полярного растворителей. Такие растворители могут обеспечиваться в форме органической фазы, содержащей жидкий органический растворитель. В одном примере органический растворитель или фаза могут считаться жидкими, если они являются жидкими при 25°C и нормальном атмосферном давлении. В другом примере жирная кислота может обеспечиваться в форме сложного эфира жирной кислоты, такого как соответствующие сложные метиловый или этиловый эфиры. В другом примере соединения и катализаторы могут быть приведены в контакт in vitro, т.е. в более или менее обогащенном или даже очищенном состоянии, или могут быть приведены в контакт in situ, т.е. они составляют часть метаболизма клетки и соответственно вступают в реакцию внутри клетки.
Термин «водный раствор» используется взаимозаменяемо с термином «водная среда» и относится к любому раствору, содержащему воду, в основном воду в качестве растворителя, который можно применять для сохранения клетки согласно любому из аспектов настоящего изобретения, по меньшей мере временно, в метаболически активном и/или жизнеспособном состоянии, и он содержит, если таковые необходимы, любые дополнительные субстраты. Специалисту в данной области известны способы получения многочисленных водных растворов, обычно называемых средами, которые можно применять для сохранения клеток по настоящему изобретению, например, среда LB в случае E. coli. Преимущественным является применение в качестве водного раствора минимальной среды, т.е. среды с достаточно простым составом, которая содержит только минимальный набор солей и питательных веществ, необходимых для сохранения клетки в метаболически активном и/или жизнеспособном состоянии, в отличие от сложных сред, во избежание необязательных загрязнений продуктов нежелательными побочными продуктами. Например, в качестве минимальной среды можно применять среду M9.
Согласно другому аспекту настоящего изобретения предусмотрен способ получения по меньшей мере одного сложного эфира ω-функционализированной карбоновой кислоты из алкана, при этом способ включает
(a) приведение в контакт с алканом следующих ферментов:
(i) фермента E1, способного к превращению алкана в соответствующий 1-алканол;
(ii) фермента E2, способного к превращению 1-алканола из (i) в соответствующий 1-алканаль;
(iii) фермента E3, способного к превращению 1-алканаля из (ii) в соответствующую алкановую кислоту;
(iv) фермента E4, способного к превращению алкановой кислоты из (iii) в соответствующий сложный эфир алкановой кислоты; и
(v) фермента E5, способного к превращению сложного эфира алкановой кислоты из (iv) в соответствующий сложный эфир ω-гидроксиалкановой кислоты.
Способ согласно любому из аспектов настоящего изобретения может включать стадию
(b) приведения в контакт со сложным эфиром ω-гидроксиалкановой кислоты следующих ферментов:
6
(vi) фермента E, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты; или
6
7
(vii) фермента E, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты, и фермента E, способного в превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-аминоалкановой кислоты; или
6
13
14
(viii) фермента E, способного к превращению соответствующего сложного эфира ω-гидроксиалкановой кислоты из (v) в соответствующий сложный эфир ω-оксоалкановой кислоты, и фермента E, способного к превращению сложного эфира ω-оксоалкановой кислоты в соответствующий сложный эфир ω-карбоксиалкановой кислоты, и фермента E, способного к превращению сложного эфира ω-карбоксиалкановой кислоты в соответствующий сложный диэфир ω-карбоксиалкановой кислоты.
Ферменты, применяемые согласно любому из аспектов настоящего изобретения, могут быть такими же, как ферменты, раскрытые в контексте клетки согласно настоящему изобретению.
ПРИМЕРЫ
Вышеизложенное описывает предпочтительные варианты осуществления, которые, как будет понятно специалистам в данной области, могут подвергаться изменениям или модификациям при разработке, конструировании или эксплуатации без отклонения от объема формулы изобретения. Подразумевается, что эти изменения, например, охвачены объемом формулы изобретения.
Пример 1
Получение лауриновой кислоты (сложного метилового эфира) и ундекановой кислоты (сложного метилового эфира) из додекана и ундекана (а также метанола в случае сложных метиловых эфиров), соответственно, с помощью цельноклеточного биокатализатора, несущего алканмонооксигеназу и синтазу воска-сложного эфира и ослабленного в отношении ферментов, катализирующих разложение жирных кислот, и фермента, гидролизирующего сложные эфиры жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта.
Пример 2
Получение сложного метилового эфира 12-аминолауриновой кислоты и сложного метилового эфира 11-аминоундекановой кислоты из додекана и ундекана, соответственно, с помощью цельноклеточного биокатализатора, несущего алканмонооксигеназу, синтазу воска-сложного эфира и ω-трансаминазу и ослабленного в отношении ферментов, катализирующих разложение жирных кислот, и фермента, гидролизирующего сложные эфиры жирных кислот до свободных жирных кислот и соответствующего спирта.
Пример 3
Конструирование вектора экспрессии для сверхэкспрессии гена fadD E. coli и гена Hahella chejuensis, кодирующего синтазу воска-сложного эфира
Вектор pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (SEQ ID NO:7) несет ген fadD из E. coli (кодирующий ацил-КоА-синтазу) и ген синтазы воска-сложного эфира из Hahella chejuensis (SEQ ID NO:2), кодон-оптимизированный для экспрессии в E. coli. В то время как ацил-КоА-синтаза ответственна за активацию жирных кислот до соответствующих сложных тиоэфиров КоА, синтаза воска-сложного эфира необходима для образования сложного эфира из ацила жирной кислоты-КоА и спирта, более конкретно, метанола. Вектор основан на плазмиде pCDFDuet-1 (Merck Biosciences; Ноттингем, Великобритания) и несет ген fadD под контролем промотора tac и ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, под контролем промотора T5. fadD E. coli, а также кассеты с промоторами tac и T5 амплифицировали с помощью ПЦР из геномной ДНК E. coli W3110, соответственно, ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, получали путем синтеза ДНК. Остов вектора и четыре ДНК-фрагмента, представляющие собой fadD E. coli, кассеты с промоторами tac и T5 и ген, кодирующий синтазу воска-сложного эфира из Hahella chejuensis, сливали с применением коммерчески доступного набора для рекомбинации in vitro (набор для клонирования и сборки ДНК NEBuilder HiFi; NEB; Франкфурт-на-Майне, Германия) с получением вектора pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (SEQ ID NO:7).
Пример 4
Конструирование штаммов E. coli, способных к превращению алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот
Вектор экспрессии pBT10_alkL (см. Пример 1 из WO/2011/131420 относительно особенностей конструирования и внесенную в перечень последовательность под SEQ ID NO: 8) содержит гены alkB, alkG, alkT, alkS и alkL из оперона alk Pseudomonas oleovorans. Соответствующие продукты генов катализировали окисление алканов в соответствующие алканолы, алканали и жирные кислоты (AlkBGT), а также поглощение субстратов (AlkL). В дополнение, продукты гена AlkBGT также катализировали окисление сложных метиловых эфиров жирной кислоты, ранее образованные под действием ферментов ацил-КоА-синтетазы и синтетазы воска-сложного эфира из жирных кислот и метанола (см. Пример 1). Вектор pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) (см. Пример 1 из WO/2013/024114 относительно особенностей конструирования и внесенную в перечень последовательность под SEQ ID NO: 17) несет гены ald из Bacillus subtilis (кодирующий аланиндегидрогеназу) и Cv_2505 из Chromobacterium violaceum (кодирующий -трансаминазу). В то время как -трансаминаза ответственна за превращение OLAME и OUAME в соответствующие амины ALAME и AUAME, аланиндегидрогеназа была необходима для получения донора амина аланина из пирувата и неорганического аммиака.
Плазмиды pBT10_alkL и pCDF-fadD_Ec-wes_Hche, а также при необходимости pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct), трансформировали посредством электропорации в E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE, ее высевали на чашки с LB-агаром с добавлением канамицина (50 мкг/мл), ампициллина (100 мкг/мл) и спектиномицина (100 мкг/мл), в зависимости от конкретного случая. Трансформантов подвергали скринингу на присутствие и аутентичность плазмид с помощью получения плазмид и рестрикционного анализа. Получали следующие штаммы:
• E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche,
• E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche.
Пример 5
Биотрансформация для превращения алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот
Штаммы E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche и E. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche подвергали периодическому культивированию c подпиткой, а затем биотрансформации для исследования их способности продуцировать сложный метиловый эфир омега-гидроксилауриновой кислоты (HLAME), сложный метиловый эфир омега-оксолауриновой кислоты (OLAME), сложный метиловый эфир омега-аминолауриновой кислоты (ALAME), сложный монометиловый эфир додекандиовой кислоты (DDAME) и сложный диметиловый эфир додекандиовой кислоты (DDADME) из додекана. Штаммы также подвергали периодическому культивированию с подпиткой, а затем биотрансформации для исследования их способности продуцировать сложный метиловый эфир омега-гидроксиундекановой кислоты (HUAME), сложный метиловый эфир омега-оксоундекановой кислоты (OUAME), сложный метиловый эфир омега-аминоундекановой кислоты (AUAME), сложный монометиловый эфир ундекандиовой кислоты (UDAME) сложный диметиловый эфир ундекандиовой кислоты (UDADME) из ундекана. Его проводили в 8 параллельных системах культивирования от DASGIP.
2
Для культивирования применяли реакторы объемом 1 л, которые были оснащены верхнеприводными мешалками и импеллерными турбинами. Для отслеживания процесса в режиме реального времени измеряли pH и pO. Измерения OTR/CTR служили, кроме прочего, для оценки метаболической активности и пригодности клеток.
2
4
2
4
2
4
2
4
2
2
4
2
3
3
2
4
2
4
2
4
2
4
pH-зонды калибровали с помощью калибровки по двум точкам с растворами для измерений, pH 4,0 и pH 7,0, в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP. Реакторы подготавливали в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP, при этом устанавливали необходимые сенсоры и соединительные узлы, а также вал мешалки. Затем реакторы заполняли 300 мл воды и автоклавировали в течение 20 мин. при 121°С для обеспечения стерильности. рO-зонды поляризовали на протяжении ночи (по меньшей мере 6 ч.) после присоединения к усилителю измерений. Затем воду удаляли в асептических условиях и заменяли на среду для получения высокой плотности клеток, содержащую 1,76 г/л (NH)SO, 19,08 г/л КНРO, 12,5 г/л КНРO, 6,66 г/л дрожжевых экстрактов, 11,2 г/л тринатрийцитрата дигидрата, 17 мл/л стерилизованного посредством фильтрации 1% раствора цитрата железа-аммония и 5 мл/л стерилизованного посредством фильтрации исходного раствора микроэлементов (содержащего 36,50 г/л НСl (37%), 1,91 г/л МnСl*4 НO, 1,87 г/л ZnSO*7 НO, 0,84 г/л этилендиаминтетрауксусной кислоты дигидрата, 0,30 г/л НВO, 0,25 г/л NaMoO*2 Н2O, 4,70 г/л СаСl*2 Н2O, 17,80 г/л FeSO*7НO, 0,15 г/л СuСl2*2 Н2O) с 15 г/л глюкозы в качестве источника углерода (добавленной путем дозированного добавления 30 мл/л стерильного питательного раствора, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO*7НO и 2,2% (вес/объем) NHCl) с 50 мг/л канамицина.
2
Затем рO-зонды калибровали с применением калибровки по одной точке (мешалка: 600 об./мин./ насыщение газом: 10 сл/час воздуха) до 100% и каналы для подпитки, введения корректирующего средства и индуцирующего средства очищали с помощью безразборной мойки в соответствии с технической документацией, предоставленной DASGIP. Для этого трубки сначала промывали 70% этанолом, затем 1 М NaOH, впоследствии стерильной деминерализованной водой и в конечном итоге заполняли соответствующей средой.
4
2
4
2
4
2
4
2
2
4
2
3
3
2
4
2
2
2
4
2
2
2
4
2
4
Все вышеуказанные штаммы Е. coli культивировали вначале из криокультуры в среде LB (25 мл во встряхиваемой колбе с перегородками объемом 100 мл) с 50 мг/л канамицина на протяжении ночи при 37°С и 200 об./мин. в течение приблизительно 18 ч. Затем 2 мл этой культуры переносили для второй стадии предварительного культивирования в 25 мл среды для получения высокой плотности клеток, содержащей 1,76 г/л (NH)SO, 19,08 г/л КНРO, 12,5 г/л КНРO, 6,66 г/л дрожжевого экстракта, 11,2 г/л тринатрийцитрата дигидрата, 17 мл/л стерилизованного посредством фильтрации 1% раствора цитрата железа-аммония и 5 мл/л стерилизованного посредством фильтрации исходного раствора микроэлементов (содержащего 36,50 г/л НСl (37%), 1,91 г/л МnСl*4НO, 1,87 г/л ZnSO*7НO, 0,84 г/л этилендиаминтетрауксусной кислоты дигидрата, 0,30 г/л НВO, 0,25 г/л NaMoO*2 НO, 4,70 г/л СаСl*2 НO, 17,80 г/л FeSO*7 НO, 0,15 г/л СuСl*2 НO) с 15 г/л глюкозы в качестве источника углерода (добавленной путем дозированного добавления 30 мл/л стерильного питательного раствора, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO*7 НO и 2,2% (вес/объем) NHCl), с уже описанными антибиотиками во встряхиваемую колбу объемом 100 мл и инкубировали при 37°С/200 об./мин. в течение дополнительных 6 ч.
600
Для засевания реакторов при оптической плотности, составляющей 0,1,  измеряли OD второй стадии предварительного культивирования и рассчитывали количество культуры, необходимое для засевания. Необходимое количество культуры добавляли с помощью шприца объемом 5 мл через прокладку в прогретый и продутый воздухом реактор.
Регулятор DO
Регулятор рН
Предварительная настройка
0%
Предварительная настройка
0 мл/ч
Р
0,1
Р
5
Ti
300 с
Ti
200 с
мин.
0%
мин.
0 мл/ч
max
100%
max
40 мл/ч
N (вращение)
от
до
ХО2 (газовая смесь)
от
до
F (скорость потока газа)
от
до
выращивание и биотрансформация
0%
30%
выращивание и биотрансформация
0%
100%
выращивание и биотрансформация
15%
80%
400 об./мин.
1500 об./мин.
21%
21%
6 сл/ч
72 сл/ч
Сценарий
Пусковой сигнал
31% DO (1/60 ч)
Индукция DCPK
10 ч после начала подпитки
Запуск подпитки
50% DO
Скорость подпитки
3 [мл/ч]
2
рН доводили до рН 6,8 с одной стороны с помощью 12,5%) раствора аммония. Во время культивирования и биотрансформации концентрацию растворенного кислорода (рO или DO) в культуре доводили по меньшей мере до 30% с помощью мешалки-питателя и степени насыщения газом. После инокуляции значение DO падало от 100% до 30%, при этом его поддерживали стабильным в течение оставшегося времени культивирования.
4
2
4
Культивирование осуществляли в виде периодического культивирования с подпиткой, где начало подпитки запускалось в виде доставки в течение фазы подпитки 5 г/л*ч питательного раствора глюкозы, содержащего 500 г/л глюкозы, 1% (вес/объем) MgSO*7 НO и 2,2% (вес/объем) NHCl, при этом пик DO индуцировал завершение фазы периода культивирования. С момента начала подпитки температуру 37°С снижали до 30°С. Через 10 ч после начала подпитки экспрессию генов ферментов окисления индуцировали с помощью 0,025% (объем/объем) DCPK. Начало продуцирования (= начало биотрансформации) осуществляли через 14 ч после начала подпитки. Для этой цели 150 мл додекана или ундекана добавляли в виде порции в ферментационный бульон.
Для количественной оценки LSME и HLS в ферментационных образцах образцы отбирали через 1/2/4/20/22 ч после начала биотрансформации. Эти образцы  готовили для анализа, как описано в примере 6.
Пример 6
2
Количественная оценка продуктов на основе LC-ESI/MS
2
Количественную оценку HLAME, OLAME, ALAME, DDAME и DDADME, а также HUAME, OUAME, AUAME, UDAME и UDADME в ферментационных  образцах осуществляли с помощью LC-ESI/MS с учетом внешней калибровки для всех анализируемых образцов (0,1-50 мг/л) и с применением внутреннего стандарта аминоундекановой кислоты (AUA для HLSME) и d3-LSME (для LSME).
В данном случае использовали следующие измерительные устройства:
• «систему для ВЭЖХ 1260 (Agilent; Беблинген) с автоматическим дозатором (G1367E), насосом для двухкомпонентных смесей (G1312B) и термостатом для колонок (G1316A);
• масс-спектрометр TripelQuad 6410 (Agilent; Беблинген) с источником ESI;
• «колонку для ВЭЖХ: Kinetex С18, 100×2,1 мм, размер частиц: 2,6 мкм, размер пор 100 A (Phenomenex; Ашаффенбург);
• предколонку: встроенный фильтр для ВЭЖХ-колонки KrudKatcher Ultra; глубина фильтра 0,5 мкм и внутренний диаметр 0,004 мм (Phenomenex; Ашаффенбург).
2
2
Образцы подготавливали путем отмеривания с помощью пипетки 1900 мкл растворителя (80% (объем/объем) ацетонитрила, 20% дважды дистиллированной НO (объем/объем) + 0,1% муравьиной кислоты) и 100 мкл образца в реакционный сосуд объемом 2 мл. Смесь перемешивали на вортексе в течение приблизительно 10 секунд, а затем центрифугировали при приблизительно 13000 об./мин. в течение 5 мин. Прозрачный супернатант отбирали с применением пипетки и, после соответствующего разведения, анализировали с растворителями (80% (объем/объем) ACN, 20% дважды дистиллированной НO (объем/объем) + 0,1% муравьиной кислоты). 100 мкл ISTD отмеряли с помощью пипетки в каждые 900 мкл образца (10 мкл для объема образца, составляющего 90 мкл).
В ЭЖХ-разделение осуществляли с помощью вышеупомянутых колонки и предколонки. Объем вводимой пробы составлял 0,7 мкл, температура колонки 50°С, скорость потока 0,6 мл/мин. Подвижную фазу составляли элюент А (0,1% (объем/объем) водный раствор муравьиной кислоты) и элюент В (ацетонитрил с  0,1% (объем/объем) муравьиной кислоты). Применяли следующий профиль градиента.
Время [мин.]
Элюент А [%]
Элюент В [%]
0
77
23
0,3
77
23
0,4
40
60
2,5
40
60
2,6
2
98
5,5
2
98
5,6
77
23
9
77
23
Анализ ESI-MS2 проводили в режиме положительной ионизации при следующих параметрах источника ESI:
• температура газа 280°С;
• скорость потока газа 11 л/мин.;
• давление распыления 50 фунтов/кв. дюйм;
• напряжение на капилляре 4000 В.
Выявление и количественную оценку соединений HLAME, OLAME, ALAME, DDAME, DDADME, HUAME, OUAME, AUAME, UDAME и UDADME  проводили при следующих MRM-параметрах, при этом в каждом случае дочерний ион применяется для качественного определения и один для количественного определения.
Анализируемый образец
Родительский ион [масса/заряд]
Дочерний ион [масса/заряд]
Время удерживания [мс]
Энергия столкновения [эВ]
DDSME
245,2
167,1
25
6
DDSME
245,2
149,1
50
8
HLSME
231,3
181,2
15
2
HLSME
231,3
163,2
25
5
DDS
231,2
213,2
50
0
DDS
231,2
149,1
25
9
ALSME
230,3
198,1
25
10
ALSME
230,3
163,2
15
10
OLSME
229,2
197,2
50
0
OLSME
229,2
161,1
25
5
HLS
217,2
181,2
35
0
HLS
217,2
163,1
20
4
OLS
215,2
161,2
25
0
OLS
215,2
95,2
60
13
Таблица 1. Анализируемые образцы LA и LAME обнаруживали в SIM-режиме (масса/заряд 201 и 215)
Пример 7
Превращение алканов в соответствующие сложные метиловые эфиры ω-функционализированных жирных кислот с помощью Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE  pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche и E.coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v. (Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche
С применением вышеописанных протоколов можно было показать, что Е. coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche продуцирует DDAME и DDADME из додекана, а также UDAME и UDADME из ундекана (см.  таблицы 1 и 2). Кроме того, можно было показать, что Е. coli W3110 ΔbiоН ΔfadE PBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / PCDF-fadD_Ec-wes_Hche продуцирует HLAME и ALAME из додекана, а также HUAME и AUAME из ундекана (см. таблицы 2 и 3).
Штамм
с<sub>HLAME </sub>[мг*л<sup>-1</sup>]
с<sub>OLAME </sub>[мг*л<sup>-1</sup>]
c<sub>ALAME </sub>[мг*л<sup>-1</sup>]
c<sub>DDAME </sub>[мг*л<sup>-1</sup>]
c<sub>DDADME </sub>[мг*л<sup>-1</sup>]
Штамм 1
Не определено
Не определено
Не определено
50
24
Штамм 2
50
Не определено
60
Не определено
12
Таблица 2. Концентрация сложных метиловых эфиров ω-функционализированных жирных кислот, полученных из додекана с помощью штаммов Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 1) и E.coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 2)
Штамм
с<sub>HUAME </sub>[г*л<sup>-1</sup>]
с<sub>OLAME </sub>[г*л<sup>-1</sup>]
c<sub>AUAME </sub>[г*л<sup>-1</sup>]
c<sub>DUAME </sub>[г*л<sup>-1</sup>]
c<sub>DUADME </sub>[г*л<sup>-1</sup>]
Штамм 1
10
Не определено
Не определено
50
45
Штамм 2
30
Не определено
10
Не определено
tbd
Таблица 3. Концентрация сложных метиловых эфиров ω-функционализированных жирных кислот, полученных из ундекана с помощью штаммов Е. coli W3110 ΔbioH ΔfadE pBT10_alkL / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 1) и E.coli W3110 ΔbiоН ΔfadE pBT10_alkL / pJ294_alaDH_B.s._TA_C.v.(Ct) / pCDF-fadD_Ec-wes_Hche (штамм 2)
--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110>  Эвоник Дегусса ГмбХ
<120>  БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОЕ ПОЛУЧЕНИЕ ω-ФУНКЦИОНАЛИЗИРОВАННЫХ КАРБОНОВЫХ КИСЛОТ
И ИХ СЛОЖНЫХ ЭФИРОВ
<130>  201500273EP
<150>  EP15196180
<151>  2015-11-25
<160>  7
<170>  PatentIn версия 3.5
<210>  1
<211>  401
<212>  БЕЛОК
<213>  Pseudomonas putida
<400>  1
Met Leu Glu Lys His Arg Val Leu Asp Ser Ala Pro Glu Tyr Val Asp
1               5                   10                  15
Lys Lys Lys Tyr Leu Trp Ile Leu Ser Thr Leu Trp Pro Ala Thr Pro
20                  25                  30
Met Ile Gly Ile Trp Leu Ala Asn Glu Thr Gly Trp Gly Ile Phe Tyr
35                  40                  45
Gly Leu Val Leu Leu Val Trp Tyr Gly Ala Leu Pro Leu Leu Asp Ala
50                  55                  60
Met Phe Gly Glu Asp Phe Asn Asn Pro Pro Glu Glu Val Val Pro Lys
65                  70                  75                  80
Leu Glu Lys Glu Arg Tyr Tyr Arg Val Leu Thr Tyr Leu Thr Val Pro
85                  90                  95
Met His Tyr Ala Ala Leu Ile Val Ser Ala Trp Trp Val Gly Thr Gln
100                 105                 110
Pro Met Ser Trp Leu Glu Ile Gly Ala Leu Ala Leu Ser Leu Gly Ile
115                 120                 125
Val Asn Gly Leu Ala Leu Asn Thr Gly His Glu Leu Gly His Lys Lys
130                 135                 140
Glu Thr Phe Asp Arg Trp Met Ala Lys Ile Val Leu Ala Val Val Gly
145                 150                 155                 160
Tyr Gly His Phe Phe Ile Glu His Asn Lys Gly His His Arg Asp Val
165                 170                 175
Ala Thr Pro Met Asp Pro Ala Thr Ser Arg Met Gly Glu Ser Ile Tyr
180                 185                 190
Lys Phe Ser Ile Arg Glu Ile Pro Gly Ala Phe Ile Arg Ala Trp Gly
195                 200                 205
Leu Glu Glu Gln Arg Leu Ser Arg Arg Gly Gln Ser Val Trp Ser Phe
210                 215                 220
Asp Asn Glu Ile Leu Gln Pro Met Ile Ile Thr Val Ile Leu Tyr Ala
225                 230                 235                 240
Val Leu Leu Ala Leu Phe Gly Pro Lys Met Leu Val Phe Leu Pro Ile
245                 250                 255
Gln Met Ala Phe Gly Trp Trp Gln Leu Thr Ser Ala Asn Tyr Ile Glu
260                 265                 270
His Tyr Gly Leu Leu Arg Gln Lys Met Glu Asp Gly Arg Tyr Glu His
275                 280                 285
Gln Lys Pro His His Ser Trp Asn Ser Asn His Ile Val Ser Asn Leu
290                 295                 300
Val Leu Phe His Leu Gln Arg His Ser Asp His His Ala His Pro Thr
305                 310                 315                 320
Arg Ser Tyr Gln Ser Leu Arg Asp Phe Pro Gly Leu Pro Ala Leu Pro
325                 330                 335
Thr Gly Tyr Pro Gly Ala Phe Leu Met Ala Met Ile Pro Gln Trp Phe
340                 345                 350
Arg Ser Val Met Asp Pro Lys Val Val Asp Trp Ala Gly Gly Asp Leu
355                 360                 365
Asn Lys Ile Gln Ile Asp Asp Ser Met Arg Glu Thr Tyr Leu Lys Lys
370                 375                 380
Phe Gly Thr Ser Ser Ala Gly His Ser Ser Ser Thr Ser Ala Val Ala
385                 390                 395                 400
Ser
<210>  2
<211>  458
<212>  БЕЛОК
<213>  Hahella chejuensis
<400>  2
Met Thr Pro Leu Ser Pro Val Asp Gln Ile Phe Leu Trp Leu Glu Lys
1               5                   10                  15
Arg Gln Gln Pro Met His Val Gly Gly Leu His Ile Phe Ser Phe Pro
20                  25                  30
Asp Asp Ala Asp Ala Lys Tyr Met Thr Glu Leu Ala Gln Gln Leu Arg
35                  40                  45
Ala Tyr Ala Thr Pro Gln Ala Pro Phe Asn Arg Arg Leu Arg Gln Arg
50                  55                  60
Trp Gly Arg Tyr Tyr Trp Asp Thr Asp Ala Gln Phe Asp Leu Glu His
65                  70                  75                  80
His Phe Arg His Glu Ala Leu Pro Lys Pro Gly Arg Ile Arg Glu Leu
85                  90                  95
Leu Ala His Val Ser Ala Glu His Ser Asn Leu Met Asp Arg Glu Arg
100                 105                 110
Pro Met Trp Glu Cys His Leu Ile Glu Gly Ile Arg Gly Arg Arg Phe
115                 120                 125
Ala Val Tyr Tyr Lys Ala His His Cys Met Leu Asp Gly Val Ala Ala
130                 135                 140
Met Arg Met Cys Val Lys Ser Tyr Ser Phe Asp Pro Thr Ala Thr Glu
145                 150                 155                 160
Met Pro Pro Ile Trp Ala Ile Ser Lys Asp Val Thr Pro Ala Arg Glu
165                 170                 175
Thr Gln Ala Pro Ala Ala Gly Asp Leu Val His Ser Leu Ser Gln Leu
180                 185                 190
Val Glu Gly Ala Gly Arg Gln Leu Ala Thr Val Pro Thr Leu Ile Arg
195                 200                 205
Glu Leu Gly Lys Asn Leu Leu Lys Ala Arg Asp Asp Ser Asp Ala Gly
210                 215                 220
Leu Ile Phe Arg Ala Pro Pro Ser Ile Leu Asn Gln Arg Ile Thr Gly
225                 230                 235                 240
Ser Arg Arg Phe Ala Ala Gln Ser Tyr Ala Leu Glu Arg Phe Lys Ala
245                 250                 255
Ile Gly Lys Ala Phe Gln Ala Thr Val Asn Asp Val Val Leu Ala Val
260                 265                 270
Cys Gly Ser Ala Leu Arg Asn Tyr Leu Leu Ser Arg Gln Ala Leu Pro
275                 280                 285
Asp Gln Pro Leu Ile Ala Met Ala Pro Met Ser Ile Arg Gln Asp Asp
290                 295                 300
Ser Asp Ser Gly Asn Gln Ile Ala Met Ile Leu Ala Asn Leu Gly Thr
305                 310                 315                 320
His Ile Ala Asp Pro Val Arg Arg Leu Glu Leu Thr Gln Ala Ser Ala
325                 330                 335
Arg Glu Ser Lys Glu Arg Phe Arg Gln Met Thr Pro Glu Glu Ala Val
340                 345                 350
Asn Tyr Thr Ala Leu Thr Leu Ala Pro Ser Gly Leu Asn Leu Leu Thr
355                 360                 365
Gly Leu Ala Pro Lys Trp Gln Ala Phe Asn Val Val Ile Ser Asn Val
370                 375                 380
Pro Gly Pro Asn Lys Pro Leu Tyr Trp Asn Gly Ala Arg Leu Glu Gly
385                 390                 395                 400
Met Tyr Pro Val Ser Ile Pro Val Asp Tyr Ala Ala Leu Asn Ile Thr
405                 410                 415
Leu Val Ser Tyr Arg Asp Gln Leu Glu Phe Gly Phe Thr Ala Cys Arg
420                 425                 430
Arg Thr Leu Pro Ser Met Gln Arg Leu Leu Asp Tyr Ile Glu Gln Gly
435                 440                 445
Ile Ala Glu Leu Glu Lys Ala Ala Gly Val
450                 455
<210>  3
<211>  459
<212>  БЕЛОК
<213>  Chromobacterium violaceum
<400>  3
Met Gln Lys Gln Arg Thr Thr Ser Gln Trp Arg Glu Leu Asp Ala Ala
1               5                   10                  15
His His Leu His Pro Phe Thr Asp Thr Ala Ser Leu Asn Gln Ala Gly
20                  25                  30
Ala Arg Val Met Thr Arg Gly Glu Gly Val Tyr Leu Trp Asp Ser Glu
35                  40                  45
Gly Asn Lys Ile Ile Asp Gly Met Ala Gly Leu Trp Cys Val Asn Val
50                  55                  60
Gly Tyr Gly Arg Lys Asp Phe Ala Glu Ala Ala Arg Arg Gln Met Glu
65                  70                  75                  80
Glu Leu Pro Phe Tyr Asn Thr Phe Phe Lys Thr Thr His Pro Ala Val
85                  90                  95
Val Glu Leu Ser Ser Leu Leu Ala Glu Val Thr Pro Ala Gly Phe Asp
100                 105                 110
Arg Val Phe Tyr Thr Asn Ser Gly Ser Glu Ser Val Asp Thr Met Ile
115                 120                 125
Arg Met Val Arg Arg Tyr Trp Asp Val Gln Gly Lys Pro Glu Lys Lys
130                 135                 140
Thr Leu Ile Gly Arg Trp Asn Gly Tyr His Gly Ser Thr Ile Gly Gly
145                 150                 155                 160
Ala Ser Leu Gly Gly Met Lys Tyr Met His Glu Gln Gly Asp Leu Pro
165                 170                 175
Ile Pro Gly Met Ala His Ile Glu Gln Pro Trp Trp Tyr Lys His Gly
180                 185                 190
Lys Asp Met Thr Pro Asp Glu Phe Gly Val Val Ala Ala Arg Trp Leu
195                 200                 205
Glu Glu Lys Ile Leu Glu Ile Gly Ala Asp Lys Val Ala Ala Phe Val
210                 215                 220
Gly Glu Pro Ile Gln Gly Ala Gly Gly Val Ile Val Pro Pro Ala Thr
225                 230                 235                 240
Tyr Trp Pro Glu Ile Glu Arg Ile Cys Arg Lys Tyr Asp Val Leu Leu
245                 250                 255
Val Ala Asp Glu Val Ile Cys Gly Phe Gly Arg Thr Gly Glu Trp Phe
260                 265                 270
Gly His Gln His Phe Gly Phe Gln Pro Asp Leu Phe Thr Ala Ala Lys
275                 280                 285
Gly Leu Ser Ser Gly Tyr Leu Pro Ile Gly Ala Val Phe Val Gly Lys
290                 295                 300
Arg Val Ala Glu Gly Leu Ile Ala Gly Gly Asp Phe Asn His Gly Phe
305                 310                 315                 320
Thr Tyr Ser Gly His Pro Val Cys Ala Ala Val Ala His Ala Asn Val
325                 330                 335
Ala Ala Leu Arg Asp Glu Gly Ile Val Gln Arg Val Lys Asp Asp Ile
340                 345                 350
Gly Pro Tyr Met Gln Lys Arg Trp Arg Glu Thr Phe Ser Arg Phe Glu
355                 360                 365
His Val Asp Asp Val Arg Gly Val Gly Met Val Gln Ala Phe Thr Leu
370                 375                 380
Val Lys Asn Lys Ala Lys Arg Glu Leu Phe Pro Asp Phe Gly Glu Ile
385                 390                 395                 400
Gly Thr Leu Cys Arg Asp Ile Phe Phe Arg Asn Asn Leu Ile Met Arg
405                 410                 415
Ala Cys Gly Asp His Ile Val Ser Ala Pro Pro Leu Val Met Thr Arg
420                 425                 430
Ala Glu Val Asp Glu Met Leu Ala Val Ala Glu Arg Cys Leu Glu Glu
435                 440                 445
Phe Glu Gln Thr Leu Lys Ala Arg Gly Leu Ala
450                 455
<210>  4
<211>  230
<212>  БЕЛОК
<213>  Pseudomonas putida
<400>  4
Met Ser Phe Ser Asn Tyr Lys Val Ile Ala Met Pro Val Leu Val Ala
1               5                   10                  15
Asn Phe Val Leu Gly Ala Ala Thr Ala Trp Ala Asn Glu Asn Tyr Pro
20                  25                  30
Ala Lys Ser Ala Gly Tyr Asn Gln Gly Asp Trp Val Ala Ser Phe Asn
35                  40                  45
Phe Ser Lys Val Tyr Val Gly Glu Glu Leu Gly Asp Leu Asn Val Gly
50                  55                  60
Gly Gly Ala Leu Pro Asn Ala Asp Val Ser Ile Gly Asn Asp Thr Thr
65                  70                  75                  80
Leu Thr Phe Asp Ile Ala Tyr Phe Val Ser Ser Asn Ile Ala Val Asp
85                  90                  95
Phe Phe Val Gly Val Pro Ala Arg Ala Lys Phe Gln Gly Glu Lys Ser
100                 105                 110
Ile Ser Ser Leu Gly Arg Val Ser Glu Val Asp Tyr Gly Pro Ala Ile
115                 120                 125
Leu Ser Leu Gln Tyr His Tyr Asp Ser Phe Glu Arg Leu Tyr Pro Tyr
130                 135                 140
Val Gly Val Gly Val Gly Arg Val Leu Phe Phe Asp Lys Thr Asp Gly
145                 150                 155                 160
Ala Leu Ser Ser Phe Asp Ile Lys Asp Lys Trp Ala Pro Ala Phe Gln
165                 170                 175
Val Gly Leu Arg Tyr Asp Leu Gly Asn Ser Trp Met Leu Asn Ser Asp
180                 185                 190
Val Arg Tyr Ile Pro Phe Lys Thr Asp Val Thr Gly Thr Leu Gly Pro
195                 200                 205
Val Pro Val Ser Thr Lys Ile Glu Val Asp Pro Phe Ile Leu Ser Leu
210                 215                 220
Gly Ala Ser Tyr Val Phe
225                 230
<210>  5
<211>  230
<212>  БЕЛОК
<213>  Искусственная последовательность
<220>
<223>  ALK L
<400>  5
Val Ser Phe Ser Asn Tyr Lys Val Ile Ala Met Pro Val Leu Val Ala
1               5                   10                  15
Asn Phe Val Leu Gly Ala Ala Thr Ala Trp Ala Asn Glu Asn Tyr Pro
20                  25                  30
Ala Lys Ser Ala Gly Tyr Asn Gln Gly Asp Trp Val Ala Ser Phe Asn
35                  40                  45
Phe Ser Lys Val Tyr Val Gly Glu Glu Leu Gly Asp Leu Asn Val Gly
50                  55                  60
Gly Gly Ala Leu Pro Asn Ala Asp Val Ser Ile Gly Asn Asp Thr Thr
65                  70                  75                  80
Leu Thr Phe Asp Ile Ala Tyr Phe Val Ser Ser Asn Ile Ala Val Asp
85                  90                  95
Phe Phe Val Gly Val Pro Ala Arg Ala Lys Phe Gln Gly Glu Lys Ser
100                 105                 110
Ile Ser Ser Leu Gly Arg Val Ser Glu Val Asp Tyr Gly Pro Ala Ile
115                 120                 125
Leu Ser Leu Gln Tyr His Tyr Asp Ser Phe Glu Arg Leu Tyr Pro Tyr
130                 135                 140
Val Gly Val Gly Val Gly Arg Val Leu Phe Phe Asp Lys Thr Asp Gly
145                 150                 155                 160
Ala Leu Ser Ser Phe Asp Ile Lys Asp Lys Trp Ala Pro Ala Phe Gln
165                 170                 175
Val Gly Leu Arg Tyr Asp Leu Gly Asn Ser Trp Met Leu Asn Ser Asp
180                 185                 190
Val Arg Tyr Ile Pro Phe Lys Thr Asp Val Thr Gly Thr Leu Gly Pro
195                 200                 205
Val Pro Val Ser Thr Lys Ile Glu Val Asp Pro Phe Ile Leu Ser Leu
210                 215                 220
Gly Ala Ser Tyr Val Phe
225                 230
<210>  6
<211>  446
<212>  БЕЛОК
<213>  Искусственная последовательность
<220>
<223>  FADL
<400>  6
Met Ser Gln Lys Thr Leu Phe Thr Lys Ser Ala Leu Ala Val Ala Val
1               5                   10                  15
Ala Leu Ile Ser Thr Gln Ala Trp Ser Ala Gly Phe Gln Leu Asn Glu
20                  25                  30
Phe Ser Ser Ser Gly Leu Gly Arg Ala Tyr Ser Gly Glu Gly Ala Ile
35                  40                  45
Ala Asp Asp Ala Gly Asn Val Ser Arg Asn Pro Ala Leu Ile Thr Met
50                  55                  60
Phe Asp Arg Pro Thr Phe Ser Ala Gly Ala Val Tyr Ile Asp Pro Asp
65                  70                  75                  80
Val Asn Ile Ser Gly Thr Ser Pro Ser Gly Arg Ser Leu Lys Ala Asp
85                  90                  95
Asn Ile Ala Pro Thr Ala Trp Val Pro Asn Met His Phe Val Ala Pro
100                 105                 110
Ile Asn Asp Gln Phe Gly Trp Gly Ala Ser Ile Thr Ser Asn Tyr Gly
115                 120                 125
Leu Ala Thr Glu Phe Asn Asp Thr Tyr Ala Gly Gly Ser Val Gly Gly
130                 135                 140
Thr Thr Asp Leu Glu Thr Met Asn Leu Asn Leu Ser Gly Ala Tyr Arg
145                 150                 155                 160
Leu Asn Asn Ala Trp Ser Phe Gly Leu Gly Phe Asn Ala Val Tyr Ala
165                 170                 175
Arg Ala Lys Ile Glu Arg Phe Ala Gly Asp Leu Gly Gln Leu Val Ala
180                 185                 190
Gly Gln Ile Met Gln Ser Pro Ala Gly Gln Thr Gln Gln Gly Gln Ala
195                 200                 205
Leu Ala Ala Thr Ala Asn Gly Ile Asp Ser Asn Thr Lys Ile Ala His
210                 215                 220
Leu Asn Gly Asn Gln Trp Gly Phe Gly Trp Asn Ala Gly Ile Leu Tyr
225                 230                 235                 240
Glu Leu Asp Lys Asn Asn Arg Tyr Ala Leu Thr Tyr Arg Ser Glu Val
245                 250                 255
Lys Ile Asp Phe Lys Gly Asn Tyr Ser Ser Asp Leu Asn Arg Ala Phe
260                 265                 270
Asn Asn Tyr Gly Leu Pro Ile Pro Thr Ala Thr Gly Gly Ala Thr Gln
275                 280                 285
Ser Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Leu Pro Glu Met Trp Glu Val Ser Gly
290                 295                 300
Tyr Asn Arg Val Asp Pro Gln Trp Ala Ile His Tyr Ser Leu Ala Tyr
305                 310                 315                 320
Thr Ser Trp Ser Gln Phe Gln Gln Leu Lys Ala Thr Ser Thr Ser Gly
325                 330                 335
Asp Thr Leu Phe Gln Lys His Glu Gly Phe Lys Asp Ala Tyr Arg Ile
340                 345                 350
Ala Leu Gly Thr Thr Tyr Tyr Tyr Asp Asp Asn Trp Thr Phe Arg Thr
355                 360                 365
Gly Ile Ala Phe Asp Asp Ser Pro Val Pro Ala Gln Asn Arg Ser Ile
370                 375                 380
Ser Ile Pro Asp Gln Asp Arg Phe Trp Leu Ser Ala Gly Thr Thr Tyr
385                 390                 395                 400
Ala Phe Asn Lys Asp Ala Ser Val Asp Val Gly Val Ser Tyr Met His
405                 410                 415
Gly Gln Ser Val Lys Ile Asn Glu Gly Pro Tyr Gln Phe Glu Ser Glu
420                 425                 430
Gly Lys Ala Trp Leu Phe Gly Thr Asn Phe Asn Tyr Ala Phe
435                 440                 445
<210>  7
<211>  7387
<212>  ДНК
<213>  Искусственная последовательность
<220>
<223>  вектор pCDF-fadD_Ec-wes_Hche
<400>  7
cgggatctcg acgctctccc ttatgcgact cctgcgttta gggaaagagc atttgtcaga       60
atatttaagg gcgcctgtca ctttgcttga tatatgagaa ttatttaacc ttataaatga      120
gaaaaaagca acgcacttta aataagatac gttgcttttt cgattgatga acacctataa      180
ttaaactatt catctattat ttatgatttt ttgtatatac aatatttcta gtttgttaaa      240
gagaattaag aaaataaatc tcgaaaataa taaagggaaa atcagttttt gatatcaaaa      300
ttatacatgt caacgataat acaaaatata atacaaacta taagatgtta tcagtattta      360
ttatgcattt agaatacctt ttgtgtcgcc cttattcgac tccctataga agttcctatt      420
ctctagaaag tataggaact tcccttcatt ttggatccaa ttgtgagcgg ataacaatta      480
cgagcttcat gcacagtgat cgacgctgtt gacaattaat catcggctcg tataatgtgt      540
ggatgtggaa ttgtgagcgc tcacaattcc acaacggttt ccctctagaa ataattttgt      600
ttaacaggag gtaaaacata tgttaacggc atgtatatca tttggggttg cgatgacgac      660
gaacacgcat tttagaggtg aagaattgaa gaaggtttgg cttaaccgtt atcccgcgga      720
cgttccgacg gagatcaacc ctgaccgtta tcaatctctg gtagatatgt ttgagcagtc      780
ggtcgcgcgc tacgccgatc aacctgcgtt tgtgaatatg ggggaggtaa tgaccttccg      840
caagctggaa gaacgcagtc gcgcgtttgc cgcttatttg caacaagggt tggggctgaa      900
gaaaggcgat cgcgttgcgt tgatgatgcc taatttattg caatatccgg tggcgctgtt      960
tggcattttg cgtgccggga tgatcgtcgt aaacgttaac ccgttgtata ccccgcgtga     1020
gcttgagcat cagcttaacg atagcggcgc atcggcgatt gttatcgtgt ctaactttgc     1080
tcacacactg gaaaaagtgg ttgataaaac cgccgttcag cacgtaattc tgacccgtat     1140
gggcgatcag ctatctacgg caaaaggcac ggtagtcaat ttcgttgtta aatacatcaa     1200
gcgtttggtg ccgaaatacc atctgccaga tgccatttca tttcgtagcg cactgcataa     1260
cggctaccgg atgcagtacg tcaaacccga actggtgccg gaagatttag cttttctgca     1320
atacaccggc ggcaccactg gtgtggcgaa aggcgcgatg ctgactcacc gcaatatgct     1380
ggcgaacctg gaacaggtta acgcgaccta tggtccgctg ttgcatccgg gcaaagagct     1440
ggtggtgacg gcgctgccgc tgtatcacat ttttgccctg accattaact gcctgctgtt     1500
tatcgaactg ggtgggcaga acctgcttat cactaacccg cgcgatattc cagggttggt     1560
aaaagagtta gcgaaatatc cgtttaccgc tatcacgggc gttaacacct tgttcaatgc     1620
gttgctgaac aataaagagt tccagcagct ggatttctcc agtctgcatc tttccgcagg     1680
cggtgggatg ccagtgcagc aagtggtggc agagcgttgg gtgaaactga ccggacagta     1740
tctgctggaa ggctatggcc ttaccgagtg tgcgccgctg gtcagcgtta acccatatga     1800
tattgattat catagtggta gcatcggttt gccggtgccg tcgacggaag ccaaactggt     1860
ggatgatgat gataatgaag taccaccagg tcaaccgggt gagctttgtg tcaaaggacc     1920
gcaggtgatg ctgggttact ggcagcgtcc cgatgctacc gatgaaatca tcaaaaatgg     1980
ctggttacac accggcgaca tcgcggtaat ggatgaagaa ggattcctgc gcattgtcga     2040
tcgtaaaaaa gacatgattc tggtttccgg ttttaacgtc tatcccaacg agattgaaga     2100
tgtcgtcatg cagcatcctg gcgtacagga agtcgcggct gttggcgtac cttccggctc     2160
cagtggtgaa gcggtgaaaa tcttcgtagt gaaaaaagat ccatcgctta ccgaagagtc     2220
actggtgact ttttgccgcc gtcagctcac gggatacaaa gtaccgaagc tggtggagtt     2280
tcgtgatgag ttaccgaaat ctaacgtcgg aaaaattttg cgacgagaat tacgtgacga     2340
agcgcgcggc aaagtggaca ataaagcctg agcgaattcg gatccatgca cagtgaaatc     2400
atgaaaaatt tatttgcttt gtgagcggat aacaattata atagcatgct ggtcagtatt     2460
gagcgatgca tgcacggttt ccctctagaa ataattttgt ttaactttta ggaggtaaaa     2520
accatgggta gctctcacca tcatcatcat cacagctctg gcctggttcc gcgcggttcc     2580
cacatgacgc cgctgagccc ggtcgatcaa atctttctgt ggctggagaa gcgtcagcag     2640
ccgatgcacg tcggtggctt gcacattttc agcttccctg atgacgcaga cgcgaagtat     2700
atgaccgagc tggcgcagca actgcgtgca tacgcgacgc cgcaggcacc attcaaccgt     2760
cgcctgcgtc agcgctgggg ccgttactat tgggacaccg atgctcagtt cgacctggag     2820
catcattttc gtcacgaagc gctgccgaaa ccgggtcgca ttcgcgaact gttggcccac     2880
gttagcgcgg agcattctaa tctgatggat cgtgaacgtc cgatgtggga gtgccatctg     2940
atcgaaggca tccgtggtcg ccgtttcgcg gtttactaca aggcgcatca ctgtatgctg     3000
gacggtgtag ccgccatgcg tatgtgcgtg aaatcctaca gctttgatcc gaccgcaacg     3060
gagatgccgc cgatttgggc tatcagcaaa gacgttaccc cggctcgtga aactcaagca     3120
ccggcagcgg gtgacctggt gcactccctg tcccagctgg ttgagggtgc cggtcgtcaa     3180
ctggcgaccg tcccgaccct gattcgtgag ctgggcaaaa acttgctgaa ggcgcgtgac     3240
gactctgacg cgggtctgat ttttcgcgct ccgccaagca ttctgaacca acgcatcacc     3300
ggtagccgcc gttttgcggc gcagagctac gcgttggaac gctttaaggc gatcggtaag     3360
gcattccagg ctacggttaa cgatgtggtg ctggcggtgt gcggttccgc actgcgtaac     3420
tatttgctga gccgccaagc cctgccggat caaccgctga ttgcaatggc ccctatgagc     3480
atccgtcagg acgatagcga cagcggcaat cagatcgcga tgatcctggc gaatctgggc     3540
acccacatcg cggacccggt ccgtcgtttg gaactgacgc aagcaagcgc tcgcgagagc     3600
aaagagcgct tccgtcagat gacgccggaa gaggcagtga actataccgc gctgaccctg     3660
gccccgagcg gtctgaatct gctgacgggt ttggccccga aatggcaggc cttcaatgtc     3720
gtgattagca acgttccagg cccgaataag ccgctgtact ggaacggtgc gcgcctggaa     3780
ggcatgtatc cggtttctat tcctgtcgat tatgcggcat tgaatatcac tctggttagc     3840
taccgtgatc aactggaatt tggtttcacc gcatgtcgcc gtaccctgcc gtcgatgcaa     3900
cgtctgttgg attacattga gcaaggcatt gccgagctgg agaaagcggc tggcgtgtaa     3960
ctcgagatcg aatgagcaat aactagcata accccttggg gcctctaaac gggtcttgag     4020
gctcgagtct ggtaaagaaa ccgctgctgc gaaatttgaa cgccagcaca tggactcgtc     4080
tactagcgca gcttaattaa cctaggctgc tgccaccgct gagcaataac tagcataacc     4140
ccttggggcc tctaaacggg tcttgagggg ttttttgctg aaacctcagg catttgagaa     4200
gcacacggtc acactgcttc cggtagtcaa taaaccggta aaccagcaat agacataagc     4260
ggctatttaa cgaccctgcc ctgaaccgac gaccgggtca tcgtggccgg atcttgcggc     4320
ccctcggctt gaacgaattg ttagacatta tttgccgact accttggtga tctcgccttt     4380
cacgtagtgg acaaattctt ccaactgatc tgcgcgcgag gccaagcgat cttcttcttg     4440
tccaagataa gcctgtctag cttcaagtat gacgggctga tactgggccg gcaggcgctc     4500
cattgcccag tcggcagcga catccttcgg cgcgattttg ccggttactg cgctgtacca     4560
aatgcgggac aacgtaagca ctacatttcg ctcatcgcca gcccagtcgg gcggcgagtt     4620
ccatagcgtt aaggtttcat ttagcgcctc aaatagatcc tgttcaggaa ccggatcaaa     4680
gagttcctcc gccgctggac ctaccaaggc aacgctatgt tctcttgctt ttgtcagcaa     4740
gatagccaga tcaatgtcga tcgtggctgg ctcgaagata cctgcaagaa tgtcattgcg     4800
ctgccattct ccaaattgca gttcgcgctt agctggataa cgccacggaa tgatgtcgtc     4860
gtgcacaaca atggtgactt ctacagcgcg gagaatctcg ctctctccag gggaagccga     4920
agtttccaaa aggtcgttga tcaaagctcg ccgcgttgtt tcatcaagcc ttacggtcac     4980
cgtaaccagc aaatcaatat cactgtgtgg cttcaggccg ccatccactg cggagccgta     5040
caaatgtacg gccagcaacg tcggttcgag atggcgctcg atgacgccaa ctacctctga     5100
tagttgagtc gatacttcgg cgatcaccgc ttccctcata ctcttccttt ttcaatatta     5160
ttgaagcatt tatcagggtt attgtctcat gagcggatac atatttgaat gtatttagaa     5220
aaataaacaa atagctagct cactcggtcg ctacgctccg ggcgtgagac tgcggcgggc     5280
gctgcggaca catacaaagt tacccacaga ttccgtggat aagcagggga ctaacatgtg     5340
aggcaaaaca gcagggccgc gccggtggcg tttttccata ggctccgccc tcctgccaga     5400
gttcacataa acagacgctt ttccggtgca tctgtgggag ccgtgaggct caaccatgaa     5460
tctgacagta cgggcgaaac ccgacaggac ttaaagatcc ccaccgtttc cggcgggtcg     5520
ctccctcttg cgctctcctg ttccgaccct gccgtttacc ggatacctgt tccgcctttc     5580
tcccttacgg gaagtgtggc gctttctcat agctcacaca ctggtatctc ggctcggtgt     5640
aggtcgttcg ctccaagctg ggctgtaagc aagaactccc cgttcagccc gactgctgcg     5700
ccttatccgg taactgttca cttgagtcca acccggaaaa gcacggtaaa acgccactgg     5760
cagcagccat tggtaactgg gagttcgcag aggatttgtt tagctaaaca cgcggttgct     5820
cttgaagtgt gcgccaaagt ccggctacac tggaaggaca gatttggttg ctgtgctctg     5880
cgaaagccag ttaccacggt taagcagttc cccaactgac ttaaccttcg atcaaaccac     5940
ctccccaggt ggttttttcg tttacagggc aaaagattac gcgcagaaaa aaaggatctc     6000
aagaagatcc tttgatcttt tctactgaac cgctctagat ttcagtgcaa tttatctctt     6060
caaatgtagc acctgaagtc agccccatac gatataagtt gtaattctca tgttagtcat     6120
gccccgcgcc caccggaagg agctgactgg gttgaaggct ctcaagggca tcggtcgaga     6180
tcccggtgcc taatgagtga gctaacttac attaattgcg ttgcgctcac tgcccgcttt     6240
ccagtcggga aacctgtcgt gccagctgca ttaatgaatc ggccaacgcg cggggagagg     6300
cggtttgcgt attgggcgcc agggtggttt ttcttttcac cagtgagacg ggcaacagct     6360
gattgccctt caccgcctgg ccctgagaga gttgcagcaa gcggtccacg ctggtttgcc     6420
ccagcaggcg aaaatcctgt ttgatggtgg ttaacggcgg gatataacat gagctgtctt     6480
cggtatcgtc gtatcccact accgagatgt ccgcaccaac gcgcagcccg gactcggtaa     6540
tggcgcgcat tgcgcccagc gccatctgat cgttggcaac cagcatcgca gtgggaacga     6600
tgccctcatt cagcatttgc atggtttgtt gaaaaccgga catggcactc cagtcgcctt     6660
cccgttccgc tatcggctga atttgattgc gagtgagata tttatgccag ccagccagac     6720
gcagacgcgc cgagacagaa cttaatgggc ccgctaacag cgcgatttgc tggtgaccca     6780
atgcgaccag atgctccacg cccagtcgcg taccgtcttc atgggagaaa ataatactgt     6840
tgatgggtgt ctggtcagag acatcaagaa ataacgccgg aacattagtg caggcagctt     6900
ccacagcaat ggcatcctgg tcatccagcg gatagttaat gatcagccca ctgacgcgtt     6960
gcgcgagaag attgtgcacc gccgctttac aggcttcgac gccgcttcgt tctaccatcg     7020
acaccaccac gctggcaccc agttgatcgg cgcgagattt aatcgccgcg acaatttgcg     7080
acggcgcgtg cagggccaga ctggaggtgg caacgccaat cagcaacgac tgtttgcccg     7140
ccagttgttg tgccacgcgg ttgggaatgt aattcagctc cgccatcgcc gcttccactt     7200
tttcccgcgt tttcgcagaa acgtggctgg cctggttcac cacgcgggaa acggtctgat     7260
aagagacacc ggcatactct gcgacatcgt ataacgttac tggtttcaca ttcaccaccc     7320
tgaattgact ctcttccggg cgctatcatg ccataccgcg aaaggttttg cgccattcga     7380
tggtgtc                                                               7387
<---