КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ХИМИЧЕСКОГО РАСЩЕПЛЕНИЯ И СНЯТИЯ ЗАЩИТЫ ДЛЯ СВЯЗАННЫХ С ПОВЕРХНОСТЬЮ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ

1. Твердая подложка, содержащая двухцепочечные полинуклеотиды, причем каждый двухцепочечный полинуклеотид содержит первую цепь и вторую иммобилизованную на ней цепь, причем каждая первая цепь содержит первый сайт расщепления, способный подвергаться химическому расщеплению комплексом переходного металла; где комплекс переходного металла представляет собой комплекс палладия или комплекс никеля, и где первая, где первый удлиняющий праймер содержит первый сайт расщепления, цепь и вторая цепь иммобилизованы на твердой подложке своими 5'-концами.
2. Твердая подложка по п. 1, где каждый полинуклеотид первой цепи содержит первый удлиняющий праймер, иммобилизованный на твердой подложке, необязательнонеобязательно, где первый удлиняющий праймер содержит последовательность Р5 или модифицированную последовательность Р5.
3. Твердая подложка по п. 1 или 2, где первый сайт расщепления содержит модифицированный нуклеозид или нуклеотид, который способен подвергаться химическому расщеплению с помощью комплекса палладия или комплекса никеля, причем предпочтительно, чтобы модифицированные нуклеозид или нуклеотид содержали аллильную группу.
4. Твердая подложка по п. 3, где первый сайт расщепления содержит модифицированный нуклеозид или нуклеотид, имеющий структуру с формулой (II'):
(II')
где основание представляет собой аденин, гуанин, цитозин, тимин или урацил, или их производное.
5. Твердая подложка по любому из пп. 1-4, где первый сайт расщепления образует 3'-блокирующий фрагмент после химического расщепления.
6. Твердая подложка по п. 5, где 3'-блокирующий фрагмент содержит фосфатный фрагмент, имеющий структуру с формулой (I):
(I)
в которой:
1
a
b
2
2
3
R представляет собой -NH, -OH, -NHC(O)OR или -OCHOSi(R);
a
1-4
R представляет собой C-алкил, трет-бутил, аллил, бензил или 9-флуоренилметил;
b
2
1-4
1-4
каждый R независимо выбран из группы, состоящей из C-алкила и фенила; и R представляет собой Н, С-алкил, необязательно замещенный тетрагидрофуран или нуклеотид;
или с формулой (V):
(V)
в которой основание представляет собой необязательно защищенный аденин, гуанин, цитозин, тимин или урацил, или их производное.
7. Твердая подложка по любому из пп. 1-6, где каждая вторая цепь полинуклеотида содержит второй сайт расщепления и, необязательно, второй удлиняющий праймер, иммобилизованный на твердой подложке, необязательно, где второй удлиняющий праймер содержит второй сайт расщепления.
8. Твердая подложка по п. 7, где второй сайт расщепления не способен подвергаться химическому расщеплению комплексом палладия или комплексом никеля, необязательно, где второй сайт расщепления расщепляется химически, и где второй сайт расщепления содержит диольный линкер или азобензольный линкер.
9. Способ линеаризации множества иммобилизованных двухцепочечных полинуклеотидов, включающий в себя:
обеспечение твердой подложки по любому из пп. 1-8;
контактирование двухцепочечных полинуклеотидов с водным раствором комплекса переходного металла, с счет чего происходит расщепление одной или нескольких первых цепей в первом сайте расщепления и образование одной или нескольких отщепленных первых нуклеиновых кислот и отщепленных иммобилизованных первых цепей; и удаление отщепленных первых нуклеиновых кислот с твердой подложки.
2
4
4
10. Способ по п. 9, где комплекс переходного металла представляет собой комплекс палладия (0), предпочтительно, Pd(THP), Pd(THP), Pd(THM) или их комбинации, необязательно получаемые in situ; или комплекс никеля (0), необязательно получаемый in situ из соединения никеля (II).
11. Способ по п. 9 или 10, где второй сайт расщепления расщепляют способом, выбранным из группы, состоящей из химического расщепления, фоторасщепления, ферментативного расщепления и их комбинации.
12. Модифицированный нуклеозид или нуклеотид, содержащий структуру с формулой (II):
(II),
где R представляет собой Н, ОН или OPG;
1
R является H или PG;
2
2
R представляет собой H, PG, или -OR представляет собой фосфат;
PG представляет собой защитную группу гидроксила;
основание представляет собой аденин, гуанин, цитозин, тимин или урацил, или их производное;
или с формулой (IIa):
(IIa).
13. Олигонуклеотид, содержащий модифицированный нуклеозид или нуклеотид по п. 12,
необязательно, где олигонуклеотид имеет структуру с формулой (III):
(III).
14. Нуклеозид или нуклеотид, содержащий 3'-блокирующий фрагмент со структурой с формулой (I):
(I)
в которой:
1
a
b
2
2
3
R представляет собой -NH, -OH, -NHC(O)OR или -OCHOSi(R);
a
1-4
R представляет собой C-алкил, трет-бутил, аллил, бензил или 9-флуоренилметил;
b
2
1-4
1-4
каждый R независимо выбран из группы, состоящей из C-алкила и фенила; и R представляет собой Н, С-алкил, необязательно замещенный тетрагидрофуран или нуклеотид;
или с формулой (V):
(V)
в которой основание представляет собой необязательно защищенный аденин, гуанин, цитозин, тимин или урацил, или их производное.
15. Олигонуклеотид, содержащий нуклеотид по любому из пп. 14, необязательно имеющий структуру с формулой (VI):
(VI).