СПОСОБЫ МОДИФИКАЦИИ АНТИТЕЛ И МОДИФИЦИРОВАННЫЕ АНТИТЕЛА С УЛУЧШЕННЫМИ ФУНКЦИОНАЛЬНЫМИ СВОЙСТВАМИ

H
L
1. Способ инженерии иммуносвязывающей молекулы, которая включает (i) вариабельную область тяжелой цепи или ее фрагмент, при этом вариабельная область тяжелой цепи содержит каркасные остатки V, и/или (ii) вариабельную область легкой цепи или ее фрагмент, при этом вариабельная область легкой цепи содержит каркасные остатки V, включающий:
H
L
H
L
A) выбор для мутагенеза одного или нескольких положений аминокислот среди каркасных остатков V, каркасных остатков V или каркасных остатков V и V; и
B) проведение мутагенеза по одному или нескольким положениям аминокислот, выбранных для мутагенеза, при этом:
а) если одно или несколько положений аминокислот, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(a) глутаминовой кислоты (Е) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(b) глутаминовой кислоты (Е) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(c) треонина (Т), серина (S) или аланина (А) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(d) аланина (А), треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 9 по системе нумерации Кабата);
(e) лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(f) валина (V), аргинина (R), глутамина (Q), метионина (М) или лизина (К) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(g) аргинина (R), метионина (М), глутаминовой кислоты (Е), глутамина (Q) или лизина (К) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(h) лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 19 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 18 по системе нумерации Кабата);
(i) аргинина (R), треонина (Т), лизина (К) или аспарагина (N) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 19 по системе нумерации Кабата);
(j) изолейцина (I), фенилаланина (F), лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(k) аргинина (R) или лизина (К) в положении аминокислоты 45 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(l) треонина (Т), пролина (Р), валина (V), аланина (А) или аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 40 по системе нумерации Кабата);
(m) лизина (К), глутамина (Q), гистидина (Н) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 43 по системе нумерации Кабата);
(n) метионина (М) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 55 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(о) лизина (К) или аргинина (R) в положении аминокислоты 77 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(р) аланина (А), валина (V), лейцина (L) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 78 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 67 по системе нумерации Кабата);
(q) глутаминовой кислоты (Е), аргинина (R), треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 71 по системе нумерации Кабата);
(r) треонина (Т), серина (S), изолейцина (I) или лейцина (L) в положении аминокислоты 86 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 75 по системе нумерации Кабата);
(s) аспарагиновой кислоты (D), серина (S), аспарагина (N) или глицина (G) в положении аминокислоты 87 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(t) аланина (А), валина (V), лейцина (L) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 89 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 78 по системе нумерации Кабата);
(u) фенилаланина (F), серина (S), гистидина (Н), аспарагиновой кислоты (D) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 90 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 79 по системе нумерации Кабата);
(v) аспарагиновой кислоты (D), глутамина (Q) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 81 по системе нумерации Кабата);
(w) глицина (G), аспарагина (N), треонина (Т) или серина (S) в положении аминокислоты 95 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 82b по системе нумерации Кабата);
(х) треонина (Т), аланина (А), пролина (Р), фенилаланина (F) или серина (S) в положении аминокислоты 98 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 84 по системе нумерации Кабата);
(y) аргинина (R), глутамина (Q), валина (V), изолейцина (I), лейцина (L), метионина (М) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 89 по системе нумерации Кабата); и
(z) аспарагина (N), серина (S) или аланина (А) в положении аминокислоты 107 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 93 по системе нумерации Кабата); и
b) если одно или несколько положений аминокислот, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(аа) лейцина (L), глутамина (Q), серина (S), аспарагиновой кислоты (D), глутаминовой кислоты (Е) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(bb) серина (S), аланина (А), пролина (Р), тирозина (Y), изолейцина (I) или треонина (Т) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ее) глутамина (Q), валина (V), треонина (Т) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(dd) валина (V), лейцина (L), изолейцина (I) или метионина (М) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ее) серина (S), глутаминовой кислоты (Е) или пролина (Р) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ff) треонина (Т) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо или Кабата;
(gg) аланина (А) или валина (V) в положении аминокислоты 11 по системе нумерации АНо или Кабата;
(hh) серина (S) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т), серина (S) или аланина (А) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо или Кабата;
(jj) серина (S) или аргинина (R) в положении аминокислоты 18 по системе нумерации АНо или Кабата;
(kk) треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ll) аргинина (R) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 24 по системе нумерации АНо или Кабата;
(mm) гистидина (Н) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 46 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(nn) лизина (К), аргинина (R) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 39 по системе нумерации Кабата);
(оо) лизина (К), аргинина (R), глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 42 по системе нумерации Кабата);
(рр) лизина (К), треонина (Т), серина (S), аспарагина (N), глутамина (Q) или пролина (Р) в положении аминокислоты 53 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 45 по системе нумерации Кабата);
(qq) изолейцина (I) или метионина (М) в положении аминокислоты 56 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(rr) гистидина (Н), серина (S), фенилаланина (F) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 57 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 49 по системе нумерации Кабата);
(ss) изолейцина (I), валина (V) или треонина (Т) в положении аминокислоты 74 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 58 по системе нумерации Кабата);
(tt) аргинина (R), глутамина (Q) или лизина (К) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(uu) лейцина (L) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 91 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 73 по системе нумерации Кабата);
(vv) глицина (G), треонина (Т), аспарагиновой кислоты (D) или аланина (А) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 74 по системе нумерации Кабата);
(хх) серина (S) или аспарагина (N) в положении аминокислоты 94 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(yy) валина (V), тирозина (Y) или серина (S) в положении аминокислоты 101 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 83 по системе нумерации Кабата); и
(zz) аспарагиновой кислоты (D), гистидина (Н), глутаминовой кислоты (Е), фенилаланина (F), лейцина (L), аланина (А), треонина (Т), валина (V), серина (S), глицина (G) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
H
2. Способ по п.1, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V1a, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) глутаминовой кислоты (Е) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(iv) метионина (М) или лизина (К) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(v) глутаминовой кислоты (Е), глутамина (Q) или лизина (К) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(vi) лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 19 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 18 по системе нумерации Кабата);
(vii) изолейцина (I) или валина (V) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(viii) фенилаланина (F), серина (S), гистидина (Н), аспарагиновой кислоты (D) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 90 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 79 по системе нумерации Кабата);
(ix) аспарагиновой кислоты (D), глутамина (Q) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 81 по системе нумерации Кабата);
(х) глицина (G), аспарагина (N), треонина (Т) или серина (S) в положении аминокислоты 95 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 82b по системе нумерации Кабата); и
(xi) треонина (Т), аланина (А), пролина (Р), фенилаланина (F) или серина (S) в положении аминокислоты 98 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 84 по системе нумерации Кабата).
H
3. Способ по п.1, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V1b, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) аланина (А), треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 9 по системе нумерации Кабата);
(iii) лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(iv) лизина (К), валина (V), аргинина (R), глутамина (Q) или метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(v) глутаминовой кислоты (Е), лизина (К), аргинина (R) или метионина (М) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумераций Кабата);
(vi) аргинина (R), треонина (Т), лизина (К) или аспарагина (N) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 19 по системе нумерации Кабата);
(vii) изолейцина (I), фенилаланина (F), валина (V) или лейцина (L) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(viii) аргинина (R) или лизина (К) в положении аминокислоты 45 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(ix) треонина (Т), пролина (Р), валина (V), аланина (А) или аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 40 по системе нумерации Кабата);
(х) лизина (К), глутамина (Q), гистидина (Н) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 43 по системе нумерации Кабата);
(xi) метионина (М) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 55 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(xii) лизина (К) или аргинина (R) в положении аминокислоты 77 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(xiii) аланина (А), валина (V), лейцина (L) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 78 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 67 по системе нумерации Кабата);
(xiv) глутаминовой кислоты (Е), аргинина (R), треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 71 по системе нумерации Кабата);
(xv) треонина (Т), серина (S), изолейцина (I) или лейцина (L) в положении аминокислоты 86 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 75 по системе нумерации Кабата);
(xvi) аспарагиновой кислоты (D), серина (S), аспарагина (N) или глицина (G) в положении аминокислоты 87 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата); и
(xvii) аспарагина (N), серина (S) или аланина (А) в положении аминокислоты 107 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 93 по системе нумерации Кабата).
4. Способ по п.1, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vκ1, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) аспарагиновой кислоты (D), глутаминовой кислоты (Е) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) глутамина (Q), валина (V) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) валина (V), лейцина (L), изолейцина (I) или метионина (М) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) аргинина (R) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 24 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) лизина (К), аргинина (R) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 39 по системе нумерации Кабата);
(vi) лизина (К), аргинина (R), глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 42 по системе нумерации Кабата);
(vii) гистидина (Н), серина (S), фенилаланина (F) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 57 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 49 по системе нумерации Кабата);
(viii) лейцина (L) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 91 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 73 по системе нумерации Кабата); и
(ix) треонина (Т), валина (V), серина (S), глицина (G) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
5. Способ по п.1, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vκ3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) изолейцина (I) или треонина (Т) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) валина (V) или треонина (Т) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) треонина (Т) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) серина (S) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) серина (S) или аргинина (R) в положении аминокислоты 18 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vi) треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vii) изолейцина (I) или метионина (М) в положении аминокислоты 56 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(viii) изолейцина (I), валина (V) или треонина (Т) в положении аминокислоты 74 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 58 по системе нумерации Кабата);
(ix) серина (S) или аспарагина (N) в положении аминокислоты 94 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(х) фенилаланина (F), тирозина (Y) или серина (S) в положении аминокислоты 101 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 83 по системе нумерации Кабата); и
(xi) валина (V), лейцина (L) или аланина (А) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
6. Способ по п.1, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vλ1, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) лейцина (L), глутамина (Q), серина (S) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) серина (S), аланина (А), пролина (Р), изолейцина (I) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) валина (V), метионина (М) или лейцина (L) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) серина (S), глутаминовой кислоты (Е), пролина (Р) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) аланина (А) или валина (V) в положении аминокислоты 11 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vi) треонина (Т), серина (S) или аланина (А) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vii) гистидина (Н) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 46 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(viii) лизина (К), треонина (Т), серина (S), аспарагина (N), глутамина (Q) или пролина (Р) в положении аминокислоты 53 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 45 по системе нумерации Кабата);
(ix) аргинина (R), глутамина (Q) или лизина (К) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(х) глицина (G), треонина (Т), аспарагиновой кислоты (D), аланина (А) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 74 по системе нумерации Кабата); и
(xi) аспарагиновой кислоты (D), валина (V), треонина (Т), гистидина (Н) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
7. Способ по любому из пп.1-6, в котором мутагенез дополнительно включает одну или несколько замен в тяжелой цепи, выбранных из группы, состоящей из:
(i) серина (S) в положении аминокислоты 12 по системе АНо или Кабата;
(ii) серина (S) в положении аминокислоты 103 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по нумерации Кабата); и
(iii) серина (S) или треонина (Т) в положении аминокислоты 144 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 103 по нумерации Кабата).
8. Способ по любому из пп.1-6, в котором мутагенез дополнительно включает следующие замены в тяжелой цепи:
(i) серин (S) в положении аминокислоты 12 по системе АНо или Кабата;
(ii) серин (S) в положении аминокислоты 103 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по нумерации Кабата); и
(iii) серии (S) или треонин (Т) в положении аминокислоты 144 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 103 по нумерации Кабата).
9. Способ по любому из пп.1-6, в котором иммуносвязывающая молекула представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
10. Иммуносвязывающая молекула, полученная в соответствии со способом по любому из пп.1-6.
11. Иммуносвязывающая молекула по п.10, которая представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
12. Композиция, включающая иммуносвязывающую молекулу по любому из пп.10 и 11 и фармацевтически приемлемый носитель.
13. Способ по п.1, в котором:
H
а) если одно или несколько положений аминокислот, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(a) глутамина (Q) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(b) глутамина (Q) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(c) треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(d) треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 9 по системе нумерации Кабата);
(e) лейцина (L) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(f) валина (V), аргинина (R), глутамина (Q) или метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(g) глутаминовой кислоты (Е), аргинина (R), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(h) лейцина (L) в положении аминокислоты 19 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 18 по системе нумерации Кабата);
(i) аргинина (R), треонина (Т) или аспарагина (N) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 19 по системе нумерации Кабата);
(j) изолейцина (I), фенилаланина (F) или лейцина (L) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(k) лизина (К) в положении аминокислоты 45 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(l) треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 40 по системе нумерации Кабата);
(m) лизина (К), гистидина (Н) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 43 по системе нумерации Кабата);
(n) изолейцина (I) в положении аминокислоты 55 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(о) лизина (К) в положении аминокислоты 77 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(р) аланина (А), лейцина (L) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 78 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 67 по системе нумерации Кабата);
(q) глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 71 по системе нумерации Кабата);
(r) треонина (Т), серина (S) или лейцина (L) в положении аминокислоты 86 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 75 по системе нумерации Кабата);
(s) аспарагиновой кислоты (D), аспарагина (N) или глицина (G) в положении аминокислоты 87 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(t) аланина (А), валина (V) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 89 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 78 по системе нумерации Кабата);
(u) фенилаланина (F), серина (S), гистидина (Н) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 90 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 79 по системе нумерации Кабата);
(v) аспарагиновой кислоты (D) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 81 по системе нумерации Кабата);
(w) глицина (G), аспарагина (N) или треонина (Т) в положении аминокислоты 95 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 82b по системе нумерации Кабата);
(х) треонина (Т), аланина (А), пролина (Р) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 98 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 84 по системе нумерации Кабата);
(y) аргинина (R), глутамина (Q), изолейцина (I), лейцина (L), метионина (М) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 89 по системе нумерации Кабата); и
(z) аспарагина (N) или серина (S) в положении аминокислоты 107 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 93 по системе нумерации Кабата); и
b) если одно или несколько положений аминокислот, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(аа) лейцина (L), серина (S), аспарагиновой кислоты (D), глутаминовой кислоты (Е) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(bb) аланина (А), пролина (Р), изолейцина (I), тирозина (Y) или треонина (Т) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(cc) треонина (Т), валина (V) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(dd) валина (V), метионина (М), лейцина (L) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ее) серина (S) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ff) изолейцина (I) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо или Кабата;
(gg) аланина (А) в положении аминокислоты 11 по системе нумерации АНо или Кабата;
(hh) тирозина (Y) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т) или серина (S) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо или Кабата;
(jj) серина (S) в положении аминокислоты 18 по системе нумерации АНо или Кабата;
(kk) аланина (А) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ll) глутамина (Q) в положении аминокислоты 24 по системе нумерации АНо или Кабата;
(mm) гистидина (Н) в положении аминокислоты 46 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(nn) аргинина (R) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 39 по системе нумерации Кабата);
(оо) лизина (К), глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 42 по системе нумерации Кабата);
(рр) треонина (Т), серина (S), аспарагина (N), глутамина (Q) или пролина (Р) в положении аминокислоты 53 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 45 по системе нумерации Кабата);
(qq) метионина (М) в положении аминокислоты 56 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(rr) гистидина (Н), серина (S) иди фенилаланина (F) в положении аминокислоты 57 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 49 по системе нумерации Кабата);
(ss) валина (V) или треонина (Т) в положении аминокислоты 74 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 58 по системе нумерации Кабата);
(tt) аргинина (R) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(uu) фенилаланина (F) в положении аминокислоты 91 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 73 по системе нумерации Кабата);
(vv) глицина (G), треонина (Т) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 74 по системе нумерации Кабата);
(хх) аспарагина (N) в положении аминокислоты 94 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(yy) тирозина (Y) или серина (S) в положении аминокислоты 101 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 83 по системе нумерации Кабата); и
(zz) валина (V), серина (S), глицина (G), лейцина (L), аланина (А), треонина (Т), гистидина (Н), глутаминовой кислоты (Е) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
H
14. Способ по п.13, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутамина (Q) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) глутамина (Q) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) аланина (А), валина (V) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 89 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 78 по системе нумерации Кабата); и
(v) аргинина (R), глутамина (Q), изолейцина (I), лейцина (L), метионина (М) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 89 по системе нумерации Кабата).
Н
15. Способ по п.13, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V1a, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) лейцина (L) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(iv) метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(v) глутаминовой кислоты (Е) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(vi) лейцина (L) в положении аминокислоты 19 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 18 по системе нумерации Кабата);
(vii) изолейцина (I) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(viii) фенилаланина (F), серина (S), гистидина (Н) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 90 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 79 по системе нумерации Кабата);
(ix) аспарагиновой кислоты (D) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 81 по системе нумерации Кабата);
(х) глицина (G), аспарагина (N) или треонина (Т) в положении аминокислоты 95 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 82b по системе нумерации Кабата); и
(xi) треонина (Т), аланина (А), пролина (Р) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 98 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 84 по системе нумерации Кабата).
H
16. Способ по п.13, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V1b, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 9 по системе нумерации Кабата);
(iii) лейцина (L) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(iv) валина (V), аргинина (R), глутамина (Q) или метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(v) глутаминовой кислоты (Е), аргинина (R) или метионина (М) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(vi) аргинина (R), треонина (Т) или аспарагина (N) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 19 по системе нумерации Кабата);
(vii) изолейцина (I), фенилаланина (F) или лейцина (L) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(viii) лизина (К) в положении аминокислоты 45 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(ix) треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 40 по системе нумерации Кабата);
(х) лизина (К), гистидина (Н) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 43 по системе нумерации Кабата);
(xi) изолейцина (I) в положении аминокислоты 55 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(xii) лизина (К) в положении аминокислоты 77 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(xiii) аланина (А), лейцина (L) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 78 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 67 по системе нумерации Кабата);
(xiv) глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т) или аланина (А) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 71 по системе нумерации Кабата);
(xv) треонина (Т), серина (S) или лейцина (L) в положении аминокислоты 86 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 75 по системе нумерации Кабата);
(xvi) аспарагиновой кислоты (D), аспарагина (N) или глицина (G) в положении аминокислоты 87 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата); и
(xvii) аспарагина (N) или серина (S) в положении аминокислоты 107 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 93 по системе нумерации Кабата).
17. Способ по любому из пп.13-16, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vκ1, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) валина (V) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) валина (V), лейцина (L) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) глутамина (Q) в положении аминокислоты 24 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) аргинина (R) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 39 по системе нумерации Кабата);
(vi) лизина (К), глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 42 по системе нумерации Кабата);
(vii) гистидина (Н), серина (S) или фенилаланина (F) в положении аминокислоты 57 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 49 по системе нумерации Кабата);
(viii) фенилаланина (F) в положении аминокислоты 91 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 73 по системе нумерации Кабата); и
(ix) валина (V), серина (S), глицина (G) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
18. Способ по любому из пп.13-16, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vκ3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) треонина (Т) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) изолейцина (I) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) тирозина (Y) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) серина (S) в положении аминокислоты 18 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vi) аланина (А) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vii) метионина (М) в положении аминокислоты 56 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(viii) валина (V) или треонина (Т) в положении аминокислоты 74 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 58 по системе нумерации Кабата);
(ix) аспарагина (N) в положении аминокислоты 94 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(х) тирозина (Y) или серина (S) в положении аминокислоты 101 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 83 по системе нумерации Кабата); и
(xi) лейцина (L) или аланина (А) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
19. Способ по любому из пп.13-16, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vλ1, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) лейцина (L), серина (S) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) аланина (А), пролина (Р), изолейцина (I) или тирозина (Y) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) валина (V) или метионина (М) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) серина (S) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) аланина (А) в положении аминокислоты 11 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vi) треонина (Т) или серина (S) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vii) гистидина (Н) в положении аминокислоты 46 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(viii) треонина (Т), серина (S), аспарагина (N), глутамина (Q) или пролина (Р) в положении аминокислоты 53 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 45 по системе нумерации Кабата);
(ix) аргинина (R) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(х) глицина (G), треонина (Т) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 74 по системе нумерации Кабата); и
(xi) валина (V), треонина (Т), гистидина (Н) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
20. Способ по п.13, в котором мутагенез дополнительно включает одну или несколько замен в тяжелой цепи, выбранных из группы, состоящей из:
(i) серина (S) в положении аминокислоты 12 по системе АНо или Кабата;
(ii) серина (S) в положении аминокислоты 103 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по нумерации Кабата); и
(iii) серина (S) или треонина (Т) в положении аминокислоты 144 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 103 по нумерации Кабата).
21. Способ по п.13, в котором мутагенез дополнительно включает следующие замены в тяжелой цепи:
(i) серин (S) в положении аминокислоты 12 по системе АНо или Кабата;
(ii) серин (S) в положении аминокислоты 103 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по нумерации Кабата); и
(iii) серин (S) или треонин (Т) в положении аминокислоты 144 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 103 по нумерации Кабата).
22. Способ по п.13, в котором иммуносвязывающая молекула представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
23. Иммуносвязывающая молекула, полученная в соответствии со способом по любому из пп.13-21.
24. Иммуносвязывающая молекула по п.23, которая представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
25. Композиция, включающая иммуносвязывающую молекулу по п.24 и фармацевтически приемлемый носитель.
26. Способ по п.13, в котором:
H
а) если одно или несколько положений аминокислот, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(a) глутамина (Q) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(b) глутамина (Q) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(c) треонина (Т) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(d) треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 9 по системе нумерации Кабата);
(e) лейцина (L) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(f) валина (V), аргинина (R), глутамина (Q) или метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(g) аргинина (R) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(h) лейцина (L) в положении аминокислоты 19 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 18 по системе нумерации Кабата);
(i) аспарагина (N) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 19 по системе нумерации Кабата);
(j) изолейцина (I) или лейцина (L) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(k) лизина (К) в положении аминокислоты 45 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(l) аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 40 по системе нумерации Кабата);
(m) лизина (К) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 43 по системе нумерации Кабата);
(n) изолейцина (I) в положении аминокислоты 55 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(о) лизина (К) в положении аминокислоты 77 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(р) аланина (А) в положении аминокислоты 78 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 67 по системе нумерации Кабата);
(q) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 71 по системе нумерации Кабата);
(r) треонина (Т) в положении аминокислоты 86 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 75 по системе нумерации Кабата);
(s) аспарагина (N) в положении аминокислоты 87 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(t) валина (V) в положении аминокислоты 89 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 78 по системе нумерации Кабата);
(u) фенилаланина (F), серина (S), гистидина (Н) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 90 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 79 по системе нумерации Кабата);
(v) аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 81 по системе нумерации Кабата);
(w) глицина (G) в положении аминокислоты 95 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 82b по системе нумерации Кабата);
(х) фенилаланина (F) в положении аминокислоты 98 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 84 по системе нумерации Кабата);
(y) лейцина (L) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 89 по системе нумерации Кабата); и
(z) аспарагина (N) в положении аминокислоты 107 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 93 по системе нумерации Кабата); и
b) если одно или несколько положений аминокислот, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(аа) глутаминовой кислоты (Е) или лейцина (L) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(bb) треонина (Т) или пролина (Р) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ее) валина (V) или треонина (Т) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(dd) лейцина (L) или валина (V) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ее) серина (S) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ff) изолейцина (I) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо или Кабата;
(gg) аланина (А) в положении аминокислоты 11 по системе нумерации АНо или Кабата;
(hh) тирозина (Y) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо или Кабата;
(jj) серина (S) в положении аминокислоты 18 по системе нумерации АНо или Кабата;
(kk) аланина (А) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ll) глутамина (Q) в положении аминокислоты 24 по системе нумерации АНо или Кабата;
(mm)гистидина (Н) в положении аминокислоты 46 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(nn) аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 39 по системе нумерации Кабата);
(оо) лизина (К), глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 42 по системе нумерации Кабата);
(рр) треонина (Т), серина (S), аспарагина (N), глутамина (Q) или пролина (Р) в положении аминокислоты 53 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 45 по системе нумерации Кабата);
(qq) метионина (М) в положении аминокислоты 56 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(rr) серина (S) в положении аминокислоты 57 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 49 по системе нумерации Кабата);
(ss) треонина (Т) в положении аминокислоты 74 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 58 по системе нумерации Кабата);
(tt) аргинина (R) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(uu) фенилаланина (F) в положении аминокислоты 91 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 73 по системе нумерации Кабата);
(vv) треонина (Т) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 74 по системе нумерации Кабата);
(хх) аспарагина (N) в положении аминокислоты 94 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(yy) серина (S) в положении аминокислоты 101 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 83 по системе нумерации Кабата); и
(zz) аланина (А) или валина (V) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
H
27. Способ по п.26, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутамина (Q) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) глутамина (Q) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) треонина (Т) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) валина (V) в положении аминокислоты 89 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 78 по системе нумерации Кабата); и
(v) лейцина (L) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 89 по системе нумерации Кабата).
H
28. Способ по п.26, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V1a, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 6 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) лейцина (L) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(iv) метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(v) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(vi) лейцина (L) в положении аминокислоты 19 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 18 по системе нумерации Кабата);
(vii) изолейцина (I) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(viii) фенилаланина (F), серина (S), гистидина (Н) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 90 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 79 по системе нумерации Кабата);
(ix) аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 81 по системе нумерации Кабата);
(х) глицина (G) в положении аминокислоты 95 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 82b по системе нумерации Кабата); и
(xi) фенилаланина (F) в положении аминокислоты 98 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 84 по системе нумерации Кабата).
H
29. Способ по п.26, в котором, если одно или несколько положений аминокислот тяжелой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области тяжелой цепи из семейства V1b, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т), пролина (Р), валина (V) или аспарагиновой кислоты (D) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 9 по системе нумерации Кабата);
(iii) лейцина (L) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 11 по системе нумерации Кабата);
(iv) валина (V), аргинина (R), глутамина (Q) или метионина (М) в положении аминокислоты 13 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 12 по системе нумерации Кабата);
(v) аргинина (R) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 13 по системе нумерации Кабата);
(vi) аспарагина (N) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 19 по системе нумерации Кабата);
(vii) лейцина (L) в положении аминокислоты 21 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 20 по системе нумерации Кабата);
(viii) лизина (К) в положении аминокислоты 45 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(ix) аргинина (R) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 40 по системе нумерации Кабата);
(х) лизина (К) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 43 по системе нумерации Кабата);
(xi) изолейцина (I) в положении аминокислоты 55 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(xii) лизина (К) в положении аминокислоты 77 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(xiii) аланина (А) в положении аминокислоты 78 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 67 по системе нумерации Кабата);
(xiv) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 71 по системе нумерации Кабата);
(xv) треонина (Т) в положении аминокислоты 86 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 75 по системе нумерации Кабата);
(xvi) аспарагина (N) в положении аминокислоты 87 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата); и
(xvii) аспарагина (N) в положении аминокислоты 107 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 93 по системе нумерации Кабата).
30. Способ по любому из пп.26-29, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vκ1, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) валина (V) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) лейцина (L) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) глутамина (Q) в положении аминокислоты 24 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) аргинина (R) или изолейцина (I) в положении аминокислоты 47 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 39 по системе нумерации Кабата);
(vi) лизина (К), глутаминовой кислоты (Е), треонина (Т), метионина (М) или глутамина (Q) в положении аминокислоты 50 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 42 по системе нумерации Кабата);
(vii) серина (S) в положении аминокислоты 57 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 49 по системе нумерации Кабата);
(viii) фенилаланина (F) в положении аминокислоты 91 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 73 по системе нумерации Кабата); и
(ix) валина (V) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
31. Способ по любому из пп.26-29, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vκ3, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) треонина (Т) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) треонина (Т) в положении аминокислоты 3 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) изолейцина (I) в положении аминокислоты 10 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) тирозина (Y) в положении аминокислоты 12 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) серина (S) в положении аминокислоты 18 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vi) аланина (А) в положении аминокислоты 20 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vii) метионина (М) в положении аминокислоты 56 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 48 по системе нумерации Кабата);
(viii) треонина (Т) в положении аминокислоты 74 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 58 по системе нумерации Кабата);
(ix) аспарагина (N) в положении аминокислоты 94 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 76 по системе нумерации Кабата);
(х) серина (S) в положении аминокислоты 101 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 83 по системе нумерации Кабата); и
(xi) аланина (А) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
32. Способ по любому из пп.26-29, в котором, если одно или несколько положений аминокислот легкой цепи, выбранных для мутагенеза, относятся к вариабельной области легкой цепи из семейства Vλ1, то мутагенез включает одну или несколько замен, выбранных из группы, состоящей из:
(i) лейцина (L), серина (S) или глутаминовой кислоты (Е) в положении аминокислоты 1 по системе нумерации АНо или Кабата;
(ii) пролина (Р) в положении аминокислоты 2 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iii) валина (V) в положении аминокислоты 4 по системе нумерации АНо или Кабата;
(iv) серина (S) в положении аминокислоты 7 по системе нумерации АНо или Кабата;
(v) аланина (А) в положении аминокислоты 11 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vi) треонина (Т) в положении аминокислоты 14 по системе нумерации АНо или Кабата;
(vii) гистидина (Н) в положении аминокислоты 46 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 38 по системе нумерации Кабата);
(viii) треонина (Т), серина (S), аспарагина (N), глутамина (Q) или пролина (Р) в положении аминокислоты 53 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 45 по системе нумерации Кабата);
(ix) аргинина (R) в положении аминокислоты 82 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 66 по системе нумерации Кабата);
(х) треонина (Т) в положении аминокислоты 92 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 74 по системе нумерации Кабата); и
(xi) валина (V) в положении аминокислоты 103 по системе нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по системе нумерации Кабата).
33. Способ по п.26, в котором мутагенез дополнительно включает одну или несколько замен в тяжелой цепи, выбранных из группы, состоящей из:
(i) серина (S) в положении аминокислоты 12 по системе АНо или Кабата;
(ii) серина (S) в положении аминокислоты 103 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по нумерации Кабата); и
(iii) серина (S) или треонина (Т) в положении аминокислоты 144 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 103 по нумерации Кабата).
34. Способ по п.26, в котором мутагенез дополнительно включает следующие замены в тяжелой цепи:
(i) серин (S) в положении аминокислоты 12 по системе АНо или Кабата;
(ii) серин (S) в положении аминокислоты 103 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 85 по нумерации Кабата); и
(iii) серин (S) или треонин (Т) в положении аминокислоты 144 по нумерации АНо (в положении аминокислоты 103 по нумерации Кабата).
35. Способ по п.26, в котором иммуносвязывающая молекула представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
36. Иммуносвязывающая молекула, полученная в соответствии со способом по п.26.
37. Иммуносвязывающая молекула по п.36, которая представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
38. Композиция, включающая иммуносвязывающую молекулу по любому из пп.36 и 37 и фармацевтически приемлемый носитель.
39. Способ инженерии иммуносвязывающей молекулы, содержащей последовательности CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, а способ включает введение последовательностей CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи в каркасный остов тяжелой цепи, при этом каркасный остов тяжелой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.9 (SEQ ID NO:1), фиг.10 (SEQ ID NO:2), фиг.11 (SEQ ID NO:3), SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8 или SEQ ID NO:9.
40. Способ по п.39, в котором каркасный остов тяжелой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.9 (SEQ ID NO:1).
41. Способ по п.39, в котором каркасный остов тяжелой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.10 (SEQ ID NO:2).
42. Способ по п.39, в котором каркасный остов тяжелой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.11 (SEQ ID NO:3).
43. Способ инженерии иммуносвязывающей молекулы, содержащей последовательности CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, а способ включает введение последовательностей CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи в каркасный остов легкой цепи, при этом каркасный остов легкой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.12 (SEQ ID NO:4), фиг.13 (SEQ ID NO:5), фиг.14 (SEQ ID NO:6), SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11 или SEQ ID NO:12.
44. Способ по п.43, в котором каркасный остов легкой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.12 (SEQ ID NO:4).
45. Способ по п.43, в котором каркасный остов легкой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.13 (SEQ ID NO:5).
46. Способ по п.43, в котором каркасный остов легкой цепи включает аминокислотную последовательность, представленную на фиг.14 (SEQ ID NO:6).
47. Способ по любому из пп.43-46, в котором иммуносвязывающая молекула представляет собой антитело scFv.
48. Иммуносвязывающая молекула, полученная в соответствии со способом инженерии по любому из пп.43-46.
49. Иммуносвязывающая молекула по п.48, которая представляет собой антитело scFv, полноразмерный иммуноглобулин, Fab-фрагмент, Dab или нанотело.
50. Выделенный каркасный остов тяжелой цепи, включающий аминокислотную последовательность, представленную на фиг.9 (SEQ ID NO:1), фиг.10 (SEQ ID NO:2) или фиг.11 (SEQ ID NO:3).
51. Выделенный каркасный остов легкой цепи, включающий аминокислотную последовательность, представленную на фиг.12 (SEQ ID NO:4), фиг.13 (SEQ ID NO:5) или фиг.14 (SEQ ID NO:6).