ИСКУССТВЕННАЯ МОДИФИКАЦИЯ ГЕНОМА ДЛЯ РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА

1. Способ регуляции экспрессии дуплицированного гена в эукариотическиой клетке, включающей введение композиции для регуляции экспрессии в эукариотическую клетку,
где композиция для регуляции экспрессии включает:
руководящую РНК или нуклеиновую кислоту, кодирующую эту руководящую РНК,
где руководящая РНК нацелена на область-мишень, присутствующую в области регуляции транскрипции дуплицированного гена,
где дуплицированный ген представляет собой один или более генов, выбранных из группы, состоящей из гена PMP22, гена PLP1, гена MECP2, гена SOX3, гена RAI1, гена TBX1, гена ELN, гена JAGGED1, гена NSD1, гена MMP23, гена LMB1, гена SNCA гена APP, гена MYC, гена ERBB2 (HER2), гена CCND1 (циклина D1), гена FGFR1, гена FGFR2, гена HRAS, гена KRAS, гена MYB, гена MDM2, гена CCNE (циклина E), гена MET, гена CDK4, гена ERBB1, гена MYCN и гена AKT2,
где область регуляции транскрипции представляет собой промотор или энхансер,
где область-мишень имеет две цепи, содержащих последовательность, связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, и последовательность, не связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, где указанные последовательности состоят из 15-25 смежных нуклеотидов,
где руководящая РНК содержит руководящую последовательность, комплементарно связывающуюся с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, гомологичную области-мишени, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность включает 0-5 нуклеотидов, ошибочно спаренных с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая РНК содержит нуклеотидную последовательность, включающую одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 296-309, SEQ ID NO: 328 и SEQ ID NO: 329, или нуклеотидную последовательность, которая на 80% или более гомологична этой последовательности; и
фермент CRISPR или нуклеиновую кислоту, кодирующую этот фермент,
где фермент CRISPR представляет собой белок Cas9 или белок Cpf1,
где белок Cas9 представляет собой по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, и белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus,
где экспрессия дуплицированного гена в эукариотической клетке снижается.
2. Способ по п. 1, где промотором является промотор, включающий ТАТА-бокс.
3. Способ по п. 2, где последовательность области-мишени, связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой или не связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой, включает по меньшей мере одну последовательность ТАТА-бокса, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO 261-295.
4. Способ по п. 3, где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, которая является гомологичной последовательности, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой, и включающей по меньшей мере одну последовательность ТАТА-бокса, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-295.
5. Способ по п. 1, где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, которая является гомологичной последовательности, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой и выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-29 и SEQ ID NO: 32-115.
6. Способ по п. 1, где композиция для регуляции экспрессии включает руководящую РНК и фермент CRISPR в форме комплекса «руководящая рРНК - фермент CRISPR».
7. Способ по п. 1, где композиция для регуляции экспрессии представлена в форме вектора, включающиего нуклеиновую кислоту, кодирующую руководящую РНК и фермент CRISPR, соответственно.
8. Способ по п. 1, где введение композиции для регуляции экспрессии осуществляют с применением одного или более методов, выбранных из метода электропорации, метода с использованием липосом, плазмид, вирусных векторов, наночастиц и гибридного белка, содержащего домен транслокации белка (PTD).
9. Руководящая РНК для нацеливания на дуплицированный ген или нуклеиновая кислота, кодирующая эту РНК,
где руководящая РНК нацелена на область-мишень, присутствующую в области регуляции транскрипции дуплицированного гена,
где область регуляции транскрипции представляет собой промотор или энхансер,
где область-мишень имеет две цепи, содержащих последовательность, связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, и последовательность, не связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, где указанные последовательности состоят из 15-25 смежных нуклеотидов,
где руководящая РНК содержит руководящую последовательность, комплементарно связывающиуюся с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, гомологичную области-мишени, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где последовательность, не связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой, представляет собой последовательность, включающую последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-295, или последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-29 и SEQ ID NO: 32-115,
где руководящая последовательность включает 0-5 нуклеотидов, ошибочно спаренных с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая РНК содержит нуклеотидную последовательность, включающую одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 296-309, SEQ ID NO: 328 и SEQ ID NO: 329, или нуклеотидную последовательность, которая на 80% или более гомологична этой последовательности.
10. Руководящая РНК по п. 9, где нуклеиновая кислота, кодирующая руководящую РНК, включена в вектор.
11. Руководящая РНК по п. 10, где вектором является плазмида или вирусный вектор.
12. Композиция для регуляции экспрессии дуплицированного гена, включающая:
руководящую РНК для нацеливания на дуплицированный ген, или нуклеиновую кислоту, кодирующую эту РНК,
где руководящая РНК нацелена на область-мишень, присутствующую в области регуляции транскрипции дуплицированного гена,
где область регуляции транскрипции представляет собой промотор или энхансер,
где область-мишень имеет две цепи, содержащих последовательность, связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, и последовательность, не связывающуюся с руководящей нуклеиновой кислотой, где указанные последовательности состоят из 15-25 смежных нуклеотидов,
где руководящая РНК содержит руководящую последовательность, комплементарно связывающиуюся с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая последовательность представляет собой последовательность РНК, гомологичную области-мишени, не связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где последовательность, не связывающаяся с руководящей нуклеиновой кислотой, представляет собой последовательность, включающиую последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-295, или последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-29 и SEQ ID NO: 32-115,
где руководящая последовательность включает 0-5 нуклеотидов, ошибочно спаренных с последовательностью области-мишени, связывающейся с руководящей нуклеиновой кислотой,
где руководящая РНК содержит нуклеотидную последовательность, включающую одну или более последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 296-309, SEQ ID NO: 328 и SEQ ID NO: 329, или нуклеотидную последовательность, которая на 80% или более гомологична этой последовательности; и
фермент CRISPR или нуклеиновую кислоту, кодирующую этот фермент,
где фермент CRISPR представляет собой белок Cas9 или белок Cpf1,
где белок Cas9 представляет собой по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка Cas9, происходящего от Streptococcus pyogenes, белка Cas9, происходящего от Campylobacter jejuni, и белка Cas9, происходящего от Streptococcus thermophilus.
13. Композиция по п. 12, где композиция включает руководящую РНК и фермент CRISPR в форме комплекса «руководящая РНК - фермент CRISPR».
14. Композиция по п. 12, где композиция представлена в форме вектора, включающиего нуклеиновую кислоту, кодирующую руководящую РНК и фермент CRISPR, соответственно.
15. Композиция по п. 14, где вектором является плазмида или вирусный вектор.