СПОСОБ ИНДИКАЦИИ НАЛИЧИЯ ИЛИ ОТСУТСТВИЯ РАКА ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

1. Способ индикации наличия или отсутствия у субъекта рака предстательной железы (РСа), который включает следующие стадии:
1) получение у указанного субъекта по меньшей мере одного биологического образца;
2) определение в указанном биологическом образце:
a) наличия или концентрации по меньшей мере одного биомаркера, относящегося к РСа;
b) генетического статуса указанного субъекта, обусловленного раком предстательной железы, путем определения наличия по меньшей мере одного SNP, относящегося к РСа; и
c) генетического статуса указанного субъекта, обусловленного концентрацией биомаркера РСа, путем определения наличия по меньшей мере одного SNP, относящегося к концентрации биомаркера РСа;
3) объединение данных указанного субъекта, относящихся к наличию или концентрации по меньшей мере одного биомаркера, относящегося к РСа, данных субъекта, относящихся к РСа-обусловленному генетическому статусу, и данных субъекта, относящихся к генетическому статусу, обусловленному концентрацией биомаркера РСа, с определением общего составного значения;
4) корреляцию общего составного значения с наличием РСа у указанного субъекта путем сравнения общего составного значения с ранее определенным предельным значением, установленным с помощью контрольных образцов известных случаев диагностики РСа и доброкачественного заболевания;
при этом определяют наличие или концентрацию по меньшей мере одного из биомаркеров (i) PSA, (ii) общего PSA (tPSA), (iii) интактного PSA (iPSA), (iv) свободного PSA (fPSA) и (v) HK2 и включают полученное значение в общее составное значение.
2. Способ индикации наличия или отсутствия у субъекта рака предстательной железы (РСа), который включает следующие стадии:
1) получение у указанного субъекта по меньшей мере одного биологического образца;
2) определение в указанном биологическом образце:
a) наличия или концентрации по меньшей мере двух биомаркеров, относящихся к РСа;
b) генетического статуса указанного субъекта, обусловленного раком предстательной железы, путем определения наличия по меньшей мере одного SNP, относящегося к РСа;
3) объединение данных указанного субъекта, относящихся к наличию или концентрации по меньшей мере двух биомаркеров, относящихся к РСа, с получением составного значения биомаркеров, определяющего обусловленный биомаркерами РСа риск развития РСа;
4) объединение данных указанного субъекта, относящихся к генетическому статусу, обусловленному раком предстательной железы, с получением составного значения генетики, определяющего обусловленный генетикой риск развития РСа;
5) объединение составного значения биомаркеров и составного значения генетики с получением общего составного значения, позволяющего прогнозировать наличие РСа у указанного субъекта путем сравнения указанного общего составного значения с ранее определенным предельным значением, установленным с помощью контрольных образцов известных случаев диагностики РСа и доброкачественного заболевания;
при этом определяют наличие или концентрацию по меньшей мере одного и максимум четырех биомаркеров (i) PSA, (ii) общего PSA (tPSA), (iii) интактного PSA (iPSA), (iv) свободного PSA (fPSA) и (v) HK2 и включают полученное значение в составное значение биомаркеров.
3. Способ по п. 2, который дополнительно включает стадию 2с), при выполнении которой в биологическом образце определяют генетический статус указанного субъекта, обусловленный концентрацией биомаркера РСа, определяя наличие по меньшей мере одного SNP, относящегося к концентрации биомаркера РСа; и стадию 4, при выполнении которой объединяют данные указанного субъекта, относящиеся к генетическому статусу, обусловленному раком предстательной железы, и генетическому статусу, обусловленному концентрацией биомаркера РСа, получая при этом составное значение генетики, устанавливающее определяемый генетикой риск развития РСа.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором SNP, относящийся к РСа, включает по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
5. Способ по п. 1 или 3, в котором SNP, относящийся к концентрации биомаркера РСа, включает по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
6. Способ по п. 1 или 2, который далее включает определение генетического статуса, обусловленного индексом массы тела (BMI) указанного субъекта, путем определения наличия по меньшей мере одного SNP, относящегося к BMI, после чего данные субъекта для SNP, относящегося к BMI, включают в объединенные данные, образующие указанное составное значение.
7. Способ по п. 6, в котором SNP, относящийся к BMI указанного субъекта, включает по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
8. Способ по п. 1 или 2, который далее включает получение семейного анамнеза, относящегося к РСа, и физических данных субъекта, после чего семейный анамнез и/или физические данные включают в объединенные данные, образующие указанное общее составное значение.
9. Способ по п. 1 или 2, в котором далее определяют наличие или концентрацию MIC-1 и/или MSMB и полученные данные включают в составное значение биомаркеров или непосредственно в общее составное значение.
10. Способ по п. 1 или 2, в котором указанный биологический образец является пробой крови.
11. Способ по п. 1 или 2, в котором общее составное значение, составное значение биомаркеров и/или составное значение генетики вычисляют с помощью метода, позволяющего определить неаддитивный эффект SNP, относящегося к концентрации биомаркеров РСа, и соответствующей концентрации биомаркеров РСа.
12. Способ по п. 1 или 2, в котором генетический статус определяют при помощи масс-спектрометрии MALDI.
13. Способ по п. 1 или 2, в котором наличие или концентрацию биомаркеров РСа определяют микроматричным методом.
14. Аналитическое устройство, предназначенное для выполнения стадий 2а, 2b и 2с по п. 1, которое включает твердую фазу, на поверхности которой иммобилизованы лиганды по меньшей мере трех разных типов, из которых:
указанные лиганды первого типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с биомаркером, относящимся к РСа, таким как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB;
указанные лиганды второго типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к РСа, таким как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197; и
указанные лиганды третьего типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к концентрации биомаркера РСа, таким как по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
15. Аналитическое устройство, предназначенное для выполнения стадий 2а и 2b по п. 2, которое включает твердую фазу, на поверхности которой иммобилизованы лиганды по меньшей мере двух разных типов, из которых:
указанные лиганды первого типа включают по меньшей мере два разных лиганда, каждый из которых специфически связывается с биомаркером, относящимся к РСа, таким как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB; и
указанные лиганды второго типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к РСа, таким как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
16. Аналитическое устройство по п. 15, дополнительно предназначенное для выполнения стадии 2с по п. 3, в котором на твердой фазе иммобилизован лиганд третьего типа, включающий по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к концентрации биомаркера РСа, таким как по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
17. Аналитическое устройство по любому из пп. 14-16, дополнительно предназначенное для выполнения способа по п. 6, в котором на твердой фазе иммобилизован лиганд четвертого типа, включающий по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к BMI, таким как по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
18. Диагностический набор, предназначенный для выполнения стадий 2а, 2b и 2с по п. 1, который включает аналитическое устройство по п. 14 и детектирующие молекулы по меньшей мере трех разных типов, из которых:
детектирующие молекулы первого типа включают по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать биомаркер, относящийся к РСа, такой как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB;
детектирующие молекулы второго типа включают по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать SNP, относящийся к РСа, такой как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197; и
детектирующие молекулы третьего типа включают по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать SNP, относящийся к концентрации биомаркера РСа, такой как по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
19. Диагностический набор, предназначенный для выполнения стадий 2а и 2b по п. 2, который включает аналитическое устройство по п. 15 и детектирующие молекулы по меньшей мере двух разных типов, из которых:
детектирующие молекулы первого типа включают по меньшей мере две разные детектирующие молекулы, каждая из которых способна обнаруживать биомаркер, относящийся к РСа, такой как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB, при условии, что по меньшей мере две разные детектирующие молекулы способны обнаруживать разные биомаркеры, относящиеся к РСа; и
детектирующие молекулы второго типа включают по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать SNP, относящийся к РСа, такой как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
20. Диагностический набор, предназначенный для выполнения стадий 2а, 2b и 2с по п. 3, который включает аналитическое устройство по п. 16 и детектирующие молекулы по меньшей мере трех разных типов, из которых:
детектирующие молекулы первого типа включают по меньшей мере две разные детектирующие молекулы, каждая из которых способна обнаруживать биомаркер, относящийся к РСа, такой как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB, при условии, что по меньшей мере две разные детектирующие молекулы способны обнаруживать разные биомаркеры, относящиеся к РСа;
детектирующие молекулы второго типа включают по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать SNP, относящийся к РСа, такой как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197; и
детектирующие молекулы третьего типа включают по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать SNP, относящийся к концентрации биомаркера РСа, такой как по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
21. Диагностический набор по любому из пп. 18-20, предназначенный для выполнения способа по п. 6, который включает аналитическое устройство по п. 17 и детектирующую молекулу четвертого типа, включающую по меньшей мере один лиганд, способный обнаруживать SNP, относящийся к BMI, такой как по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
22. Аналитическое устройство, включающее твердую фазу, на поверхности которой иммобилизованы лиганды по меньшей мере трех типов, из которых
указанные лиганды первого типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с биомаркером, относящимся к РСа, который выбирают по меньшей мере из одного PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB;
указанные лиганды второго типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к РСа, который выбирают по меньшей мере из одного rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197; и
указанные лиганды третьего типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к концентрации биомаркера РСа, который выбирают по меньшей мере из одного rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
23. Аналитическое устройство, включающее твердую фазу, на поверхности которой иммобилизованы лиганды по меньшей мере двух разных типов, из которых:
указанные лиганды первого типа включают по меньшей мере два лиганда, специфически связывающихся с биомаркером, относящимся к РСа, который выбирают по меньшей мере из одного PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2, а также необязательно MIC-1 и/или MSMB, при условии, что по меньшей мере две разные детектирующие молекулы способны обнаруживать разные биомаркеры, относящиеся к РСа; и
указанные лиганды второго типа включают по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к РСа, который выбирают по меньшей мере из одного rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
24. Аналитическое устройство по п. 23, в котором на поверхности твердой фазы далее иммобилизован лиганд третьего типа, включающий по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к концентрации биомаркера РСа, который выбирают по меньшей мере из одного rs3213764, rs1354774 и rs1227732.
25. Аналитическое устройство по любому из пп. 22-24, в котором на поверхности твердой фазы далее иммобилизован лиганд четвертого типа, включающий по меньшей мере один лиганд, специфически связывающийся с SNP, относящимся к BMI, который выбирают по меньшей мере из одного rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
26. Постоянный считываемый компьютером носитель, включающий инструкции по выполнению компьютером по меньшей мере стадий 3 и 4 способа по п. 1, в частности, стадий 1, 2а, 2b, 2с, 3 и 4 способа по п. 1.
27. Постоянный считываемый компьютером носитель, включающий инструкции по выполнению компьютером по меньшей мере стадий 3 и 4 способа по п. 2, в частности, стадий 1, 2а, 2b, 3 и 4 способа по п. 2, и необязательно дополнительно включающий инструкции по выполнению компьютером стадии 5 способа по п. 2.
28. Считываемый компьютером носитель по п. 27, который дополнительно включает инструкции по выполнению компьютером стадии 2с способа по п. 3.
29. Считываемый компьютером носитель по любому из пп. 26-28, который дополнительно включает инструкции по выполнению компьютером способа по п. 6.
30. Аппарат, включающий аналитическое устройство по п. 22 и считываемый компьютером носитель по п. 26; аналитическое устройство по п. 23 и считываемый компьютером носитель по п. 27; аналитическое устройство по п. 24 и считываемый компьютером носитель по п. 28 или аналитическое устройство по п. 25 и считываемый компьютером носитель по п. 29.