ИНЖЕНЕРИЯ И ОПТИМИЗАЦИЯ ОДНОЦЕПОЧЕЧНЫХ АНТИТЕЛ НА ОСНОВЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

1. Способ создания одноцепочечных антител (scFv) имеющих свойства, делающие их пригодными для терапевтического применения, включающий
идентификацию одного или более каркасных положений аминокислот для мутагенеза в (scFv), путем:
H
L
H
L
a) обеспечения первой базы данных по аминокислотным последовательностям V, V, или V и V эмбриональных или зрелых антител;
H
L
H
L
b) обеспечения второй базы данных по аминокислотным последовательностям V, V или V и V антител scFv, выбранных как обладающие по меньшей мере одним желательным функциональным свойством, выбранным их группы, включающей улучшенную стабильность, улучшенную растворимость, отсутствие агрегации, или улучшенную экспрессию;
причем последовательности первой и второй базы данных группируются согласно их подтипу;
c) определения вариабельности аминокислот по каждому каркасному положению из первой базы данных и по каждому каркасному положению из второй базы данных;
d) идентификации одного или более каркасных положений, в которых степень вариабельности аминокислот отличается между первой и второй базой данных,
тем самым идентифицируя одно или более каркасных положений аминокислот для мутагенеза в одноцепочечном антителе (scFv), и
e) создание одноцепочечных антител путем внесения мутаций в одно или несколько аминокислотных положений, выбранных для мутагенеза, при этом
если одно или несколько каркасных положений аминокислот для мутагенеза менее вариабельные во второй базе данных по сравнению с первой базой данных, то положение аминокислоты, идентифицированной для мутагенеза, можно заместить остатком аминокислоты, являющейся консервативной в соответствующем положении в аминокислотных последовательностях антител из второй базы;
если одно или несколько каркасных положений аминокислот для мутагенеза более вариабельные во второй базе данных по сравнению с первой базой данных, то положение аминокислоты, идентифицированной для мутагенеза, можно подвергнуть мутагенезу методом случайного или неслучайного мутагенеза;
H
L
причем консервативным аминокислотным остатком будет аминокислотный остаток, который чаще всего встречается в этом положении в аминокислотных последовательностях V или V антител из базы данных, или аминокислотный остаток, выбранный из различных аминокислотных остатков, занимающих данное положение и принадлежащих к одному и тому же типу или классу остатков,
f) отбор scFv созданных на стадии (e), которое обладает желаемым функциональным свойством, выбранным их группы, включающей улучшенную стабильность, улучшенную растворимость, отсутствие агрегации, или улучшенную экспрессию.
H
L
H
L
2. Способ по п. 1, в котором первая база данных содержит аминокислотные последовательности эмбриональных V, V, или V и V.
H
L
H
L
3. Способ по п. 1, в котором первая база данных состоит из аминокислотных последовательностей эмбриональных V, V, или V и V.
H
L
H
L
4. Способ по п. 1, в котором первая база данных содержит аминокислотные последовательности зрелых V, V, или V и V.
H
L
H
L
5. Способ по п. 1, в котором первая база данных состоит из аминокислотных последовательностей зрелых V, V, или V и V.
H
L
H
L
6. Способ по п. 4 или 5, в котором аминокислотные последовательности зрелых V, V, или V и V происходят из базы данных Кабата (KDB).
H
L
H
L
7. Способ по п. 1, в котором вторая база данных содержит аминокислотные последовательности V, V, или V и V антител scFv, отобранных методом QC.
H
L
H
L
8. Способ по п. 1, в котором вторая база данных состоит из аминокислотных последовательностей V, V, или V и V антител scFv, отобранных методом QC.
9. Способ по п. 1, в котором улучшение экспрессии наблюдается в прокариотических клетках.
10. Способ по п. 1, в котором вариабельность аминокислот в каждом каркасном положении определяют посредством присваивания степени консервативности с помощью индекса Симпсона.
11. Способ по п. 10, в котором одно или более каркасных положений аминокислот идентифицируют для мутагенеза на основе одного или более каркасных положений аминокислот, имеющих меньшее значение индекса Симпсона в базе данных scFv по сравнению с первой базой данных.
12. Способ по п. 10, в котором одно или более каркасных положений аминокислот идентифицируют для мутагенеза на основе одного или более каркасных положений аминокислот, имеющих большее значение индекса Симпсона в базе данных scFv по сравнению с первой базой данных.