БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ СПОСОБ ПОИСКА ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ МАРКЕРОВ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ

1. Способ поиска новых потенциальных маркеров злокачественных опухолей человека на основе анализа баз данных EST, включающий следующие этапы:
а) определение набора клонотек EST с высоким содержанием клонов EST для пары тканей (норма и опухоль);
б) нормирование уровня мРНК изучаемых генов, определяемого по количеству соответствующих клонов EST в клонотеке;
в) определение генов со стабильным уровнем транскрипции в норме или опухоли;
г) определение генов со стабильно измененным уровнем транскрипции в опухоли по сравнению с нормой.
2. Способ по п.1, где на этапе а) используют только EST, содержащих невысокий процент мутаций и повторяющихся элементов.
3. Способ по п.1, где на этапе а) используют только EST, содержащих границу сплайсинга.
4. Способ по п.1, где на этапе б) в рамках каждой клонотеки проводят предварительное нормирование количеств EST для каждого гена по среднему степенному количеству EST, соответствующих предварительно известным контрольным генам.
5. Способ по п.1, где на этапе б) осуществляют исключение из анализа клонотек с низким содержанием EST для контрольных генов.
6. Способ по п.1, где на этапе б) проводят построение скоринг-функции S, представляющей собой произведение шести отдельных компонентов и отражающей степень пригодности рассматриваемого гена в качестве контрольного, и осуществляют отбор генов с наибольшими значениями скоринг-функции в качестве контрольных генов, в том числе дополнительных, компоненты скоринг-функции выражают собой:
а) долю клонотек, в которых присутствуют EST, соответствующие рассматриваемому гену;
б) средний уровень транскрипции гена по всем клонотекам;
в) стабильность уровня транскрипции гена;
г) частоту нарушений сплайсинга в EST, соответствующих данному гену;
д) частоту несоответствий в в EST, соответствующих данному гену;
е) степень различия частот нарушений сплайсинга и несоответствий между клонотеками нормальной и опухолевой тканей.
7. Способ по п.6, в котором после отбора контрольных генов производится возврат к нормированию, вычислению скоринг-функции и выявлению новых контрольных генов.
8. Способ по п.1, где на этапе б) проводят нормирование количеств EST для каждого гена по общему содержанию EST в данной клонотеке.
9. Способ по п.1, где на этапе в) независимо для нормы и опухоли определяют стабильно транскрибируемые гены, признаком которых служит следующее: для рассматриваемых клонотек существует такой их набор (размером более произвольного, постоянного для всех генов, числа), в рамках которого нормированные числа клонов EST для данных генов отличаются между собой не более, чем в произвольное, постоянное для всех генов, число раз.
10. Способ по п.1, где на этапе в) независимо для нормы и опухоли определяют стабильно нетранскрибируемые гены, признаком которых служит следующее: для рассматриваемых клонотек существует такой их набор (размером более произвольного, постоянного для всех генов, числа), в рамках которого число клонов EST равно для данных генов нулю.
11. Способ по п.1, где на этапе г) выявляют гены со стабильными изменениями в уровне транскрипции в опухоли по сравнению с нормой путем отбора таких генов, которые отвечают одному из признаков:
а) стабильно транскрибируемы по п.4 для нормы и стабильно нетранскрибируемы по п.4 для опухоли - в качестве генов с пониженным в опухоли уровнем транскрипции;
б) стабильно нетранскрибируемы по п.4 для нормы и стабильно транскрибируемы по п.4 для опухоли - в качестве генов с повышенным в опухоли уровнем транскрипции;
в) стабильно транскрибируемы для нормы и опухоли, и при этом средние арифметические нормированных количеств клонов EST для клонотек нормы и опухоли отличаются более чем в произвольное, постоянное для всех генов, число раз.
12. Способ по п.1, где отобранные гены тестируются в качестве диагностических онкомаркеров.