СПОСОБ ОСТАНОВКИ РНК-ПОЛИМЕРАЗЫ ВО ВРЕМЯ ЭЛОНГАЦИИ

1. Способ остановки РНК-полимеразы во время элонгации путем удаления из реакционной смеси одного из рибонуклеозидтрифосфатов, отличающийся тем, что с начала выбирается ген и участок на котором будет происходить остановка РНК-полимеразы, такой участок выбирается в любом месте синтезируемой РНК, желательно чтобы он располагался в глубь гена от 3' начала цепи и 5' конца не меньше, чем на 20-30 нуклеотидов, это предусмаривается для того, что бы участок был доступен для взаимодействия с КЦ во время элонгации, и не попадал на сайты инициации или терминации, желательно чтобы он был насыщен цитозином(Ц), далее синтезировать КЦ-отрезок РНК комплиментарный участку синтезируемой РНК который мы выбрали, связать КЦ с РНК-полимеразой или ее субъединицей, подав в буфер состоящий из дистиллированной воды, РНК-полимеразу или ее субъединицы и КЦ, 5'-конец которых состоит из 5-6 нуклеотидов урацила(У), а остальная часть из нуклеотидов стойких к УФ излучению гуанин(Г) цитозин(Ц) адеин(А), далее смесь облучается УФ излучением длинной волны, равной 254 нм, и соединившиеся, и не соединившиеся элементы, отсортировываются электрофорезом, или центрифугированием, в реакционной смеси для синтеза РНК заменяются или добавляются РНК-полимеразы или их субъединицы соединенные с КЦ, после инкубирования при температуре 37°С в течение 1 ч, частицы смеси отделить центрифугированием и электрофорезом, наиболее тяжелые будут связанные между собой ДНК, РНК-полимераза и 5'-концевой фрагмент РНК
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что КЦ может состоять из большего числа нуклеотидов, при этом свободная энергия связывания КЦ с синтезируемым 5'-концевым фрагментом РНК, должна быть больше свободной энергии клубка синтезируемой РНК и меньше свободной энергии собственного клубка, а так же иметь сайт, свободная энергия которого в дуплексе с 5'-концевым фрагментом РНК, будет наиболее низкой и, соответственно, самым энергетически выгодным участком КЦ в дальнейшем, будем его называть - ЭВС (энергетически выгодный сайт)который состоит из 15-25 нуклеотидов, комплиментарных участку гена, который содержит высокое содержание Г и Ц, ЭВС располагается в 3'-начале КЦ, уменьшение количества водородных связей в КЦ достигается УФ облучением ее в водном растворе, при температуре выше температуры плавления РНК и в присутствии аминокислот: цистина, лизина, аргинина и, встраиванием в КЦ участков содержащих урацил(У)
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что к присоединенной КЦ, можно присоединить основную цепь КЦ с помощью РНК лигаз
4. Способ по п.2, отличающийся тем, что в место КЦ можно использовать белковую цепь, которая синтезируется вместе с самой субъединицей РНК-полимеразы и комплиментарна искомому нами участку, в дальнейшем белковую цепь будем называть БЦ, спроектированная последовательность аминокислот переводится в нуклеотидную последовательность, встраивается в геном субъединицы РНК-полимеразы в область гидрофильных участков аминокислот и далее этот геном доставляется к клеткам с помощью вектора.