СПОСОБЫ КЛАССИФИКАЦИИ ПАЦИЕНТОВ С СОЛИДНЫМ РАКОМ

1. Способ in vitro прогнозирования времени выживания пациента, страдающего от солидного рака, включающий следующие стадии:
а) количественное определение двух или больше биологических маркеров, показывающих статус иммунного ответа указанного пациента против указанного рака, причем каждый биологический маркер, показывающий статус иммунного ответа, определяют количественно в образце опухоли, полученном от указанного пациента;
b) сравнение каждой из величин, полученных на стадии а) для указанных двух или больше биологических маркеров, с распределением величин, полученных для каждого из указанных двух или больше биологических маркеров от контрольной группы пациентов, страдающих от указанного рака;
с) определение для каждой величины, полученной на стадии а) для указанных двух или больше биологических маркеров, процентиля распределения, которому соответствуют величины, полученные на стадии а);
d) вычисление среднеарифметического значения или медианы процентиля; и
е) сравнение среднеарифметического значения или медианы процентиля, полученных на стадии d), с предварительно установленным контрольным среднеарифметическим значением или предварительно установленной контрольной медианой процентиля, которые коррелируют с временем выживания.
2. Способ оценки in vitro восприимчивости пациента, страдающего от солидного рака, к противораковому лечению, который включает следующие стадии:
а) количественное определение двух или больше биологических маркеров, показывающих статус иммунного ответа указанного пациента против указанного рака, причем каждый биологический маркер, показывающий статус иммунного ответа, определяют количественно в образце опухоли, полученном от указанного пациента;
b) сравнение каждой из величин, полученных на стадии а) для указанных двух или больше биологических маркеров, с распределением величин, полученных для каждого из указанных двух или больше биологических маркеров от контрольной группы пациентов, страдающих от указанного рака;
с) определение для каждой величины, полученной на стадии а) для указанных двух или больше биологических маркеров, процентиля распределения, которому соответствуют величины, полученные на стадии а);
d) вычисление среднеарифметического значения или медианы процентиля; и
е) сравнение среднеарифметического значения или медианы процентиля, полученных на стадии d), с предварительно установленным контрольным среднеарифметическим значением или предварительно установленной контрольной медианой процентиля, которые коррелируют с реакцией на указанное противораковое лечение.
3. Способ по п. 1 или 2, причем указанный солидный рак представляет собой колоректальный рак, рак молочной железы, рак легких, рак головы и шеи, рак мочевого пузыря, рак яичников или рак предстательной железы.
4. Способ по п.3, причем солидный рак представляет собой колоректальный рак.
5. Способ по любому из пп. 1-4, причем два или больше биологических маркеров включают клеточную плотность клеток из иммунной системы.
6. Способ по п.5, причем два или больше биологических маркеров включают плотность CD3+ клеток, плотность CD8+ клеток, плотность CD45RO+ клеток, плотность GZM-B+ клеток, плотность B-клеток и/или плотность DC клеток.
7. Способ по п.6, причем два или больше биологических маркеров включают плотность CD3+ клеток и плотность CD8+ клеток, плотность CD3+ клеток и плотность CD45RO+ клеток, плотность CD3+ клеток и плотность GZM-B+ клеток, плотность CD8+ клеток и плотность CD45RO+ клеток, плотность CD8+ клеток и плотность GZM-B+ клеток или плотность CD45RO+ клеток и плотность GZM-B+ клеток.
8. Способ по любому из пп. 5-7, причем плотность клеток из иммунной системы определяют количественно в центре опухоли и/или в инвазивном крае опухоли.
9. Способ по п.8, причем два или больше биологических маркеров включают плотность CD3+ клеток в центре опухоли, плотность CD8+ клеток в центре опухоли, плотность CD3+ клеток в инвазивном крае и плотность CD8+ клеток в инвазивном крае.
10. Способ по любому из пп. 5-9, причем плотность измеряют в участке образца опухоли, где плотность является наименьшей.
11. Способ по любому из пп. 5-9, причем плотность измеряют в участке образца опухоли, где плотность является наибольшей.
12. Способ по любому из пп. 1-11, причем два или больше биологических маркеров включают уровень экспрессии одного или нескольких генов из группы, включающей CCR2, CD3D, CD3E, CD3G, CD8A, CXCL10, CXCL11, GZMA, GZMB, GZMK, GZMM, IL15, IRF1, PRF1, STAT1, CD69, ICOS, CXCR3, STAT4, CCL2 и TBX21.
13. Способ по любому из пп. 1-12, причем два или больше биологических маркеров включают уровень экспрессии одного или нескольких генов из группы, включающей GZMH, IFNG, CXCL13, GNLY, LAG3, ITGAE, CCL5, CXCL9, PF4, IL17A, TSLP, REN, IHH, PROM1 и VEGFA.
14. Способ по любому из пп. 1-12, причем два или больше биологических маркеров включают уровень экспрессии по меньшей мере одного гена, характеризующего адаптивный иммунный ответ человека, и уровень экспрессии по меньшей мере одного гена, характеризующего иммуносупрессорный ответ человека.
15. Способ по п.14, причем по меньшей мере одни ген, характеризующий адаптивный иммунный ответ человека, выбирают из группы, включающей
CCL5
CCR2
CD247
CD3E
CD3G
CD8A
CX3CL1
CXCL11
GZMA
GZMB
GZMH
GZMK
IFNG
IL15
IRF1
ITGAE
PRF1
STAT1
TBX21
и указанный по меньшей мере одни ген, характеризующий иммуносупрессорный ответ человека, выбирают из группы, включающей
CD274
CTLA4
IHH
IL17A
PDCD1
PF4
PROM1
REN
TIM-3
TSLP
VEGF