КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ПОЛУЧЕНИЯ КОМПОЗИЦИЙ T-КЛЕТОК И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Способ лечения рака у нуждающегося в этом субъекта, предусматривающий:
(a) выбор по меньшей мере одной эпитопной последовательности из библиотеки эпитопных последовательностей, причем каждая эпитопная последовательность в библиотеке соответствует белку, кодируемому аллелем HLA субъекта; и
(b) введение в контакт T-клетки субъекта или аллогенной T-клетки с антигенпрезентирующими клетками (APC), содержащими один или несколько пептидов, содержащих по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, причем каждая по меньшей мере одна выбранная эпитопная последовательность удовлетворяет по меньшей мере двум или трем из следующих критериев:
(i) связывается с белком, кодируемым аллелем HLA субъекта,
(ii) является иммуногенной согласно анализу иммуногенности,
(iii) презентируется APC согласно масс-спектрометрическому анализу и
(iv) стимулирует цитотоксичность T-клеток согласно анализу цитотоксичности.
2. Способ по п. 1, в котором
(a) по меньшей мере одна выбранная эпитопная последовательность содержит мутацию, а способ предусматривает идентификацию раковых клеток субъекта на кодирование эпитопа с мутацией;
(b) по меньшей мере одна выбранная эпитопная последовательность находится в белке, сверхэкспрессируемом раковыми клетками субъекта, а способ предусматривает идентификацию раковых клеток субъекта на сверхэкспрессию белка, содержащего эпитоп; или
(c) по меньшей мере одна эпитопная последовательность содержит белок, экспрессируемый клетками в микросреде опухоли.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором один или несколько из по меньшей одной выбранной эпитопной последовательности содержит эпитоп, который не экспрессируется раковыми клетками субъекта.
4. Способ по п. 3, в котором эпитоп, который не экспрессируется раковыми клетками субъекта, экспрессируют клетки в микросреде опухоли субъекта.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором эпитоп, который связывается с белком, кодируемым аллелем HLA субъекта, связывается с молекулой MHC, кодируемой аллелем HLA, с аффинностью 500 нМ или менее согласно анализу связывания.
6. Способ по любому из пп. 1-4, в котором связывание эпитопа, который связывается с белком, кодируемым аллелем HLA субъекта, с молекулой MHC, кодируемой аллелем HLA, с аффинностью 500 нМ или менее прогнозируют с использованием программы прогнозирования эпитопа MHC, выполняемой на компьютере.
7. Способ по любому из пп. 1-6, в котором эпитоп, который презентируют антигенпрезентирующие клетки (APC) согласно масс-спектрометрическому анализу, обнаруживают посредством масс-спектрометрии после элюирования из APC с точностью массы обнаруженного пептида, составляющей менее 15 Да, 10 Да или 5 Да или менее 10000 или 5000 частей на миллион (ч/млн).
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором эпитоп, который является иммуногенным согласно анализу иммуногенности, является иммуногенным согласно мультимерному анализу или функциональному анализу.
9. Способ по п. 8, в котором мультимерный анализ представляет собой анализ проточной цитометрии.
10. Способ по п. 8 или 9, в котором мультимерный анализ включает обнаружение T-клеток, связанных с мультимером пептид-MHC, содержащим по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность и соответствующий аллель HLA, причем T-клетки были стимулированы APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность.
11. Способ по п. 10, в котором эпитоп является иммуногенным согласно мультимерному анализу (i) при обнаружении по меньшей мере 10 T-клеток, стимулированных APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, (ii) когда обнаруженные T-клетки составляют по меньшей мере 0,1% или 0,01% или 0,005% проанализированных CD8+ клеток, и (iii) когда процентное значение обнаруженных T-клеток из CD8+ T-клеток выше процентного значения обнаруженных T-клеток из CD8+ T-клеток, обнаруженных в контрольном образце.
12. Способ по п. 11, в котором эпитоп является иммуногенным согласно мультимерному анализу при обнаружении по меньшей мере в одной из шести стимуляций из одного и того же начального образца по меньшей мере 10 T-клеток, стимулированных APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность.
13. Способ по п. 11 или 12, в котором контрольный образец содержит T-клетки, стимулированные APC, которые (i) не содержат пептида, содержащего по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, (ii) содержат пептид, полученный из другого белка, чем по меньшей мере одна выбранная эпитопная последовательность, или (iii) содержат пептид со случайной последовательностью.
14. Способ по любому из пп. 10-13, в котором T-клетки были стимулированы APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, в течение по меньшей мере 3, 4, 5, 6, 7, 8,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 7, 18, 19, 20 или более дней.
15. Способ по любому из пп. 10-14, в котором антигенспецифические T-клетки размножили по меньшей мере в 5, 10, 20, 50, 100, 500 или 1000 раз или более в присутствии APC, содержащих пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность.
16. Способ по п. 8, в котором функциональный анализ представляет собой иммуноанализ.
17. Способ по п. 8 или 16, в котором функциональный анализ включает обнаружение T-клеток с помощью внутриклеточного окрашивания IFNγ или TNFα или экспрессии CD107a и/или CD107b на поверхности клеток, причем T-клетки были стимулированы APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность.
18. Способ по п. 17, в котором эпитоп является иммуногенным согласно функциональному анализу (i) при обнаружении по меньшей мере 10 T-клеток, стимулированных APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, (ii) когда обнаруженные T-клетки составляют по меньшей мере 0,1% или 0,01% или 0,005% проанализированных CD8+ или CD4+ клеток, и (iii) когда процентное значение обнаруженных T-клеток из CD8+ или CD4+ T-клеток выше процентного значения обнаруженных T-клеток из CD8+ или CD4+ T-клеток, обнаруженных в контрольном образце.
19. Способ по любому из пп. 1-18, в котором T-клетками со стимулированной цитотоксичностью согласно анализу цитотоксичности являются T-клетки, стимулированные APC, содержащими пептид, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, которые убивают клетки, презентирующие эпитоп.
20. Способ по п. 19, в котором количество презентирующих эпитоп клеток, уничтожаемых Т-клетками, по меньшей мере в 1,1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 50, 100, 500 или 1000 раз выше количества не презентирующих эпитопа клеток, уничтожаемых Т-клетками.
21. Способ по п. 19, в котором количество презентирующих эпитоп клеток, уничтожаемых Т-клетками, по меньшей мере в 1,1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 50, 100, 500 или 1000 раз выше количества презентирующих эпитоп клеток, уничтожаемых Т-клетками, стимулированными APC, которые (i) не содержат пептида, содержащего по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, (ii) содержат пептид, полученный из другого белка, чем по меньшей мере одна выбранная эпитопная последовательность, или (iii) содержат пептид со случайной последовательностью.
22. Способ по п. 19, в котором количество презентирующих мутантный эпитоп клеток, уничтожаемых Т-клетками, по меньшей мере в 1,1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 50, 100, 500 или 1000 раз выше количества презентирующих соответствующий эпитоп дикого типа клеток, уничтожаемых Т-клетками.
23. Способ по любому из пп. 1-22, в котором T-клетками со стимулированной цитотоксичностью согласно анализу цитотоксичности являются T-клетки со стимулированной специфической цитотоксичностью согласно анализу цитотоксичности.
24. Способ по любому из пп. 1-23, причем способ предусматривает выбор субъекта с использованием анализа циркулирующей опухолевой ДНК или панели генов.
25. Способ по любому из пп. 1-24, в котором T-клетку получают из биологического образца субъекта.
26. Способ по п. 25, в котором T-клетку получают из образца мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC) субъекта или образца для афереза субъекта или образца для лейкафереза субъекта.
27. Способ по любому из пп. 1-24, в котором T-клетка является аллогенной T-клеткой.
28. Способ по любому из пп. 1-27, в котором каждая по меньшей мере одна выбранная эпитопная последовательность удовлетворяет каждому из следующих критериев:
(i) связывается с белком, кодируемым аллелем HLA субъекта,
(ii) является иммуногенной согласно анализу иммуногенности,
(iii) презентируют антигенпрезентирующие клетки (APC) согласно масс-спектрометрическому анализу и
(iv) стимулирует цитотоксичность T-клеток согласно анализу цитотоксичности.
29. Способ по любому из пп. 1-28, в котором по меньшей мере один из одного или нескольких пептидов представляет собой синтезированный пептид или пептид, экспрессированный из последовательности нуклеиновой кислоты.
30. Способ по любому из пп. 1-29, причем способ предусматривает идентификацию белка, кодируемого аллелем HLA субъекта, или идентификацию аллеля HLA в геноме субъекта.
31. Способ по любому из пп. 1-30, в котором по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность выбирают из одной или нескольких эпитопных последовательностей таблицы 1A-1F, таблицы 2A-2C, таблицы 3, таблицы 4A-4M, таблицы 5, таблицы 6, таблицы 7, таблицы 8, таблицы 11, таблицы 12, таблицы 13 и таблицы 14.
32. Способ по любому из пп. 1-31, причем способ предусматривает размножение T-клетки, контактировавшей с одним или несколькими пептидами, in vitro или ex vivo для получения популяции T-клеток, специфичных по меньшей мере к одной выбранной эпитопной последовательности в комплексе с белком MHC.
33. Способ по любому из пп. 1-32, причем способ дополнительно предусматривает введение популяции T-клеток субъекту.
34. Способ по любому из пп. 1-33, в котором белок, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, экспрессирует раковая клетка субъекта.
35. Способ по любому из пп. 1-34, в котором белок, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, экспрессируют клетки в микросреде опухоли субъекта.
36. Способ по любому из пп. 1-34, в котором одна или несколько из по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательности содержит мутацию.
37. Способ по любому из пп. 1-36, в котором одну или несколько из по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательности получают из белка, сверхэкспрессируемого раковой клеткой субъекта, происходит из тканеспецифического белка, происходит из раково-тестикулярного белка, содержит драйверную мутацию, содержит мутацию устойчивости к лекарственным средствам, содержит опухолеспецифичную мутацию, является вирусным эпитопом, является минорным эпитопом гистосовместимости, получают из белка RAS, получают из белка GATA3, получают из белка EGFR, получают из белка BTK, получают из белка p53, происходит из полипептида слияния TMPRSS2::ERG или получают из белка Myc.
38. Способ по любому из пп. 1-37, в котором по меньшей мере одну из по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательности получают из белка, кодируемого геном, выбранным из группы, состоящей из ANKRD30A, COL10A1, CTCFL, PPIAL4G, POTEE, DLL3, MMP13, SSX1, DCAF4L2, MAGEA4, MAGEA11, MAGEC2, MAGEA12, PRAME, CLDN6, EPYC, KLK3, KLK2, KLK4, TGM4, POTEG, RLN1, POTEH, SLC45A2, TSPAN10, PAGE5, CSAG1, PRDM7, TG, TSHR, RSPH6A, SCXB, HIST1H4K, ALPPL2, PRM2, PRM1, TNP1, LELP1, HMGB4, AKAP4, CETN1, UBQLN3, ACTL7A, ACTL9, ACTRT2, PGK2, C2orf53, KIF2B, ADAD1, SPATA8, CCDC70, TPD52L3, ACTL7B, DMRTB1, SYCN, CELA2A, CELA2B, PNLIPRP1, CTRC, AMY2A, SERPINI2, RBPJL, AQP12A, IAPP, KIRREL2, G6PC2, AQP12B, CYP11B1, CYP11B2, STAR, CYP11A1 и MC2R.
39. Способ по любому из пп. 1-38, в котором по меньшей мере одну из по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательности получают из тканеспецифического белка, уровень экспрессии которого в ткани-мишени субъекта по меньшей мере в 2 раза превышает уровень экспрессии тканеспецифического белка в каждой ткани из множества не являющихся мишенью тканей, которые отличаются от ткани-мишени.
40. Способ по любому из пп. 1-39, в котором введение в контакт T-клетки субъекта или аллогенной T-клетки с одним или несколькими пептидами, содержащими по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, предусматривает введение в контакт T-клетки с APC, презентирующими эпитоп.
41. Способ по п. 40, в котором APC, презентирующие эпитоп, содержат один или несколько пептидов, содержащих по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, или полинуклеиновую кислоту, которая кодирует один или несколько пептидов, содержащих по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность.
42. Способ по любому из пп. 1-41, причем способ предусматривает истощение CD14+ клеток и CD25+ клеток из популяции иммунных клеток, содержащей антигенпрезентирующие клетки (APC) и T-клетки, образуя за счет этого популяцию иммунных клеток с истощенными CD14/CD25, содержащую первую популяцию APC и T-клеток.
43. Способ по п. 42, в котором популяцию иммунных клеток получают из биологического образца субъекта.
44. Способ по п. 42 или 43, причем способ дополнительно предусматривает (b) инкубацию популяции иммунных клеток с истощенными CD14/CD25, содержащей первую популяцию APC и T-клеток, в течение первого периода времени в присутствии
(i) лиганда рецептора FMS-подобной тирозинкиназы 3 (FLT3L) и
(ii) (A) полипептида, содержащего по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, или (B) полинуклеотида, кодирующего полипептид; образуя за счет этого популяцию клеток, содержащую стимулированные T-клетки.
45. Способ по п. 44, причем способ дополнительно предусматривает (c) размножение популяции клеток, содержащей стимулированные T-клетки, образуя за счет этого размноженную популяцию клеток, содержащую специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, причем специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки включают в себя T-клетки, которые являются специфичными к комплексу, содержащему (i) по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность и (ii) белок MHC, экспрессируемый раковыми клетками или APC субъекта.
46. Способ по п. 45, в котором этапы (b) и (c) проводят менее 28 дней.
47. Способ по любому из пп. 42-46, в котором доля CD8+ специфических в отношении опухолевых антигенов T-клеток от общего количества CD8+ T-клеток в размноженной популяции клеток, содержащей специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, по меньшей мере в два раза превышает долю CD8+ специфических в отношении опухолевых антигенов T-клеток от общего количества CD8+ T-клеток в биологическом образце.
48. Способ по любому из пп. 42-47, в котором доля CD4+ специфических в отношении опухолевых антигенов T-клеток от общего количества CD4+ T-клеток в размноженной популяции клеток, содержащей специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, по меньшей мере в два раза превышает долю CD4+ специфических в отношении опухолевых антигенов T-клеток от общего количества CD4+ T-клеток в биологическом образце.
49. Способ по любому из пп. 42-48, в котором по меньшей мере 0,1% CD8+ T-клеток в размноженной популяции клеток, содержащей специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, составляют специфические в отношении опухолевых антигенов CD8+ T-клетки, полученные из наивных CD8+ T-клеток.
50. Способ по любому из пп. 42-49, в котором по меньшей мере 0,1% CD4+ T-клеток в размноженной популяции клеток, содержащей специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, составляют специфические в отношении опухолевых антигенов CD4+ T-клетки, полученные из наивных CD4+ T-клеток.
51. Способ по любому из пп. 42-50, в котором размножение предусматривает:
(A) введение в контакт популяции клеток, содержащей стимулированные T-клетки, со второй популяцией зрелых APC, причем вторую популяцию зрелых APC
(i) инкубировали с FLT3L и
(ii) презентируют по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность; и
(B) размножение популяции клеток, содержащей стимулированные T-клетки, в течение второго периода времени, образуя за счет этого размноженную популяцию T-клеток.
52. Способ по п. 51, в котором вторую популяцию зрелых APC инкубируют с FLT3L в течение по меньшей мере 1 дня перед введением в контакт популяции клеток, содержащей стимулированные T-клетки, со второй популяцией зрелых APC.
53. Способ по п. 51, в котором размножение дополнительно предусматривает (C) введение в контакт размноженной популяции T-клеток с третьей популяцией зрелых APC, причем третья популяция зрелых APC (i) инкубирована с FLT3L и (ii) презентирует по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность; и (D) размножение размноженной популяции T-клеток в течение третьего периода времени, образуя за счет этого размноженную популяцию клеток, содержащую специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки.
54. Способ по п. 53, в котором третью популяцию зрелых APC инкубируют с FLT3L в течение по меньшей мере 1 дня перед введением в контакт размноженной популяции T-клеток с третьей популяцией зрелых APC.
55. Способ по любому из пп. 42-54, в котором биологический образец представляет собой образец периферической крови, образец для лейкафереза или образец для афереза.
56. Способ по любому из пп. 42-55, дополнительно предусматривающий сбор размноженной популяции клеток, содержащей специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, криоконсервацию размноженной популяции клеток, содержащей специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки, или получение фармацевтической композиции, содержащей размноженную популяцию клеток, содержащую специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки.
57. Способ по любому из пп. 42-56, в котором инкубация представляет собой инкубацию популяции иммунных клеток с истощенными CD14/CD25, содержащей первую популяцию APC и T-клеток, в течение первого периода времени в присутствии FLT3L и РНК, кодирующей полипептид.
58. Способ по любому из пп. 42-57, дополнительно включающий введение субъекту-человеку с раком фармацевтической композиции, содержащей размноженную популяцию клеток, содержащую специфические в отношении опухолевых антигенов T-клетки.
59. Способ по п. 58, в котором субъектом-человеком с раком является субъект-человек, у которого был получен биологический образец.
60. Способ по любому из пп. 42-59, в котором полипептид имеет длину от 8 до 50 аминокислот.
61. Способ по любому из пп. 42-60, в котором полипептид содержит по меньшей мере две выбранные эпитопные последовательности, каждую из которых экспрессируют раковые клетки субъекта-человека с раком.
62. Способ по любому из пп. 42-61, в котором истощение дополнительно представляет собой истощение CD19+ клеток из популяции иммунных клеток, содержащей первую популяцию APC и T-клеток.
63. Способ по любому из пп. 42-62, в котором истощение дополнительно представляет собой истощение CD11b+ клеток из популяции иммунных клеток, содержащей первую популяцию APC и T-клеток.
64. Способ по любому из пп. 1-63, причем способ предусматривает получение нуклеиновых кислот раковых клеток из первого биологического образца, содержащего раковые клетки, полученные у субъекта, и получение нуклеиновых кислот нераковых клеток из второго биологического образца, содержащего нераковые клетки, полученные у того же субъекта.
65. Способ по любому из пп. 1-64, в котором белок, кодируемый аллелем HLA субъекта, представляет собой белок, кодируемый аллелем HLA, выбранным из группы, состоящей из HLA-A01:01, HLA-A02:01, HLA-A03:01, HLA-A11:01, HLA-A24:01, HLA-A30:01, HLA-A31:01, HLA-A32:01, HLA-A33:01, HLA-A68:01, HLA-B07:02, HLA-B08:01, HLA-B15:01, HLA-B44:03, HLA-C07:01 и HLA-C07:02.
66. Способ по любому из пп. 1-65, причем способ предусматривает идентификацию одного или двух, или более различных белков, которые содержат по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность и которые экспрессируются раковыми клетками субъекта.
67. Способ по любому из пп. 1-66, причем способ предусматривает идентификацию одного или двух, или более различных белков, которые содержат по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность и которые экспрессируются раковыми клетками субъекта, путем измерения уровней РНК, кодирующей один или два, или более различных белков в раковых клетках.
68. Способ по любому из пп. 1-67, в котором одна или несколько из по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательности имеет длину от 8 до 12 аминокислот.
69. Способ по любому из пп. 1-68, в котором одна или несколько из по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательности имеет длину 13-25 аминокислот.
70. Способ по любому из пп. 1-69, причем способ дополнительно предусматривает выбор одной или нескольких субпопуляций клеток из размноженной популяции T-клеток перед введением субъекту.
71. Способ по любому из пп. 1-70, в котором индукция иммунного ответа в культуре T-клеток включает индукцию выработки цитокина или IL2 в культуре T-клеток при контакте с пептидом, причем цитокин представляет собой интерферон гамма (IFN-γ), фактор некроза опухоли (TNF) альфа (α) и/или бета (β) или их комбинации.
72. Способ по любому из пп. 1-71, причем способ предусматривает стимуляцию цитотоксичности T-клеток против клеток, нагруженных по меньшей мере одной выбранной эпитопной последовательностью, или раковых клеток, экспрессирующих белок, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, согласно анализу цитотоксичности.
73. Способ по любому из пп. 1-72, причем способ предусматривает стимуляцию цитотоксичности T-клеток против ассоциированной с раком клетки, экспрессирующей белок, содержащий по меньшей мере одну выбранную эпитопную последовательность, согласно анализу цитотоксичности.
74. Способ по любому из пп. 1-73, в котором по меньшей мере один выбранный эпитоп экспрессирует раковая клетка, а дополнительный выбранный эпитоп экспрессирует ассоциированная с раком клетка.
75. Способ по п. 74, в котором дополнительный выбранный эпитоп экспрессирует ассоциированная с раком клетка фибробласта.
76. Способ по п. 75, в котором дополнительный выбранный эпитоп выбирают из таблицы 8.