СВЯЗАННЫЙ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА ГЕН ТОМ34

1. Фармацевтическая композиция для лечения или профилактики рака толстого кишечника, где указанная композиция включает фармацевтически эффективное количество иммунологически активного фрагмента, выбранного из группы, состоящей из
(i) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой декапептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7;
(ii) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой пептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, в которой 1 или 2 аминокислоты замещены или добавлены;
(iii) иммунологически активного фрагмента (ii), где вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан; и
(iv) иммунологически активного фрагмента (ii), где С-концевая аминокислота аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин,
а качестве активного ингредиента.
2. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий введение указанному субъекту фармацевтически эффективного количества иммунологически активного фрагмента, выбранного из группы, состоящей из
(i) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой декапептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7;
(ii) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой пептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, в которой 1 или 2 аминокислоты замещены или добавлены;
(iii) иммунологически активного фрагмента (ii), где вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан; и
(iv) иммунологически активного фрагмента (ii), где С-концевая аминокислота аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин,
или полинуклеотида, кодирующего указанный фрагмент.
3. Способ индуцирования противоопухолевого иммунитета, причем указанный способ включает стадию приведения антиген-представляющей клетки в контакт с иммунологически активным фрагментом, выбранным из группы, состоящей из
(i) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой декапептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7;
(ii) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой пептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, в которой 1 или 2 аминокислоты замещены или добавлены;
(iii) иммунологически активного фрагмента (ii), где вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан; и
(iv) иммунологически активного фрагмента (ii) г где С-концевая аминокислота аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин,
или с полинуклеотидом, кодирующим указанный фрагмент, или с вектором, содержащим этот полинуклеотид.
4. Способ диагностирования рака толстого кишечника у субъекта, включающий определение уровня экспрессии ТОМ34 в полученной от пациента ткани толстого кишечника, где повышение уровня экспрессии в указанной ткани по сравнению с уровнем экспрессии, выявляемом в ткани толстого кишечника здорового индивидуума или у популяции индивидуумов, о которых известно, что они не страдают раком толстого кишечника, указывает на подозрение, что указанный субъект страдает раком толстого кишечника.
5. Способ по п.4, где уровень экспрессии в указанной ткани, по меньшей мере, на 10% выше, чем указанный уровень экспрессии указанного гена, выявляемый в ткани толстого кишечника здорового индивидуума или у популяции индивидуумов.
6. Способ по п.4, где уровень экспрессии гена определяют способом, выбранным из группы, состоящей из:
a) выявления мРНК ТОМ34,
b) выявления белка, кодируемого ТОМ34, и
c) выявления биологической активности ТОМ34.
7. Способ по п.4, где указанная полученная от пациента ткань толстого кишечника включает клетку толстого кишечника.
8. Способ по п.4, где указанная полученная от пациента ткань толстого кишечника включает эпителиальную клетку из ткани толстого кишечника.
9. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанный способ включает стадии:
a) приведения тестируемого соединения в контакт с полипептидом, кодируемым ТОМ34;
b) выявления активности связывания между полипептидом и тестируемым соединением и
c) выбора тестируемого соединения, которое связывается с полипептидом.
10. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанный способ включает стадии:
a) добавления соединения-кандидата в среду для культивирования клетки, экспрессирующей ТОМ34; и
b) выбора соединения-кандидата, которое понижает уровень экспрессии ТОМ34 по сравнению с уровнем экспрессии ТОМ34, выявляемым в отсутствие тестируемого соединения.
11. Способ по п.10, где указанная клетка включает клетку рака толстого кишечника.
12. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанный способ включает стадии:
a) приведения тестируемого соединения в контакт с полипептидом, кодируемым ТОМ34;
b) обнаружения активности клеточной пролиферации полипептида стадии (а); и
c) выбора тестируемого соединения, которое подавляет активность клеточной пролиферации полипептида, кодируемого ТОМ34, по сравнению с активностью клеточной пролиферации указанного полипептида, выявляемого в отсутствие тестируемого соединения.
13. Набор для диагностирования рака толстого кишечника, содержащий олигонуклеотид, который гибридизуется с полинуклеотидом ТОМ34, или антитело, которое специфично связывается с полипептидом, кодируемым ТОМ34.
14. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий введение указанному субъекту фармацевтически эффективного количества композиции siRNA, где указанная композиция siRNA понижает экспрессию ТОМ34, где последовательность-мишень указанной siRNA состоит из олигонуклеотида из SEQ ID NO:48 или 52.
15. Способ по п.14, где указанная siRNA имеет общую формулу 5'- [А]-[В]-[А'] -3', где [А] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:52, [В] представляет собой рибонуклеотидную последовательность петли, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и [А'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из последовательности, комплементарной [А].
16. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий введение указанному субъекту фармацевтически эффективного количества вакцины, содержащей (а) полипептид, кодируемый нуклеиновой кислотой ТОМ34, (b) иммунологически активный фрагмент, выбранный из группы, состоящей из
(i) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой декапептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7;
(ii) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой пептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, в которой 1 или 2 аминокислоты замещены или добавлены;
(iii) иммунологически активного фрагмента (ii), где вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, тирозин у метионин или триптофан; и
(iv) иммунологически активного фрагмента (ii), где С-концевая аминокислота аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин,
или (с) полинуклеотид, кодирующий указанный полипептид или указанный иммунологически активный фрагмент (b).
17. Способ индуцирования противоопухолевого иммунитета, причем указанный способ включает стадию приведения в контакт антиген-представляющей клеткой полипептида, полинуклеотида, кодирующего указанный полипептид, или вектора, включающего указанный полинуклеотид, где полипептид кодируется ТОМ34, или иммунологически активного фрагмента, выбранного из группы, состоящей из
(i) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой декапептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7;
(ii) иммунологически активного фрагмента полипептида, кодируемого нуклеиновой кислотой ТОМ34, представляющего собой пептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические Т-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, в которой 1 или 2 аминокислоты замещены или добавлены;
(iii) иммунологически активного фрагмента (ii), где вторая аминокислота с N-конца аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан; и
(iv) иммунологически активного фрагмента (ii), где С-концевая аминокислота аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7 представляет собой фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин.
18. Способ по п.11, где способ дополнительно включает стадию введения антиген-представляющей клетки субъекту.
19. Композиция для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанная композиция включает фармацевтически эффективное количество siRNA против полинуклеотида ТОМ34, где последовательность-мишень указанной siRNA состоит из олигонуклеотида из SEQ ID NO:48 или 52.
20. Композиция по п.19, где указанная siRNA имеет общую формулу 5'- [А] - [В]-[А']-3', где [А] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:56, [В] представляет собой рибонуклеотидную последовательность петли, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и [А'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из последовательности, комплементарной [А].
21. SiRNA, понижающая экспрессию ТОМ34, где последовательность-мишень указанной siRNA состоит из олигонуклеотида из SEQ ID NO:48 или 52.
22. SiRNA по п.21, где указанная siRNA имеет общую формулу 5'-[А]-[В]-[А']-3', где [А] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:56, [В] представляет собой рибонуклеотидную последовательность петли, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и [А'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из последовательности, комплементарной [А].