СПОСОБЫ ХАРАКТЕРИЗАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ НА ТВЕРДЫХ И ПОЛУТВЕРДЫХ СРЕДАХ

1. Способ обнаружения и характеризации микроорганизма на твердой или полутвердой среде, включающий:
(a) сканирование твердой или полутвердой среды, о которой известно, что она содержит или может содержать одну или более чем одну колонию микроорганизма, для локализации любых колоний, присутствующих на среде;
(b) исследование одной или более чем одной колонии, локализованной на стадии (а), с получением измерений собственной флуоресценции (СФ), характеристических для микроорганизма в колонии; и
(c) характеризацию микроорганизма в колонии на основании измерений собственной флуоресценции (СФ).
2. Способ по п.1, где сканирование включает поточечное сканирование поверхности твердой или полутвердой среды.
3. Способ по п.1, где колония представляет собой микроколонию, имеющую диаметр менее чем 50 мкм.
4. Способ по п.1, где стадия исследования является неинвазивной.
5. Способ по п.1, где микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп, функциональных групп и групп собственной флуоресценции.
6. Способ по п.4, где микроорганизмы характеризуют на уровне рода или на уровне вида.
7. Способ по п.1, где измерения СФ получают с помощью спектроскопии, и спектроскопия включает определение матрицы возбуждения - испускания (МВИ).
8. Способ по п.7, где МВИ включает по меньшей мере две различных пары длин волн.
9. Способ по п.6, где МВИ сравнивают с базой данных МВИ известных микроорганизмов.
10. Способ по п.1, дополнительно включающий добавление агента-идентификатора в среду или в образец, и где идентификация отчасти основана на присутствии и/или количестве агента-идентификатора в колонии или в микроорганизмах, выделенных из колонии.
11. Способ по п.10, где агент-идентификатор представляет собой аффинный лиганд, антитело или его фрагмент, нуклеиново-кислотный зонд, антибиотик, аптамер, пептидный миметик, связывающий белок фагового происхождения, лектин, пептид иммунной защиты, бактериоцин, бактериофаг, краситель или любую их комбинацию.
12. Способ по п.1, где твердая или полутвердая среда содержит одно или более чем одно питательное вещество, полезное для роста микроорганизма, и одну или более чем одну добавку, где одна или более чем одна добавка улучшает измерения собственной флуоресценции колоний микроорганизма на твердой или полутвердой среде.
13. Способ по п.12, где одна или более чем одна добавка выбрана из группы, состоящей из белковых гидролизатов, аминокислот, мясных и растительных экстрактов, источников углеводов, буферных агентов, восстанавливающих агентов, факторов роста, кофакторов ферментов, минеральных солей, добавок металлов, восстанавливающих соединений, хелатирующих агентов, фотосенсибилизирующих агентов, гасителей, восстанавливающих агентов, окисляющих агентов, детергентов, сурфактантов, дезинфицирующих агентов, селективных агентов и метаболических ингибиторов.
14. Способ по п.1, где исследование колонии включает измерение эпифлуоресценции.
15. Способ по п.1, где исследование колонии включает измерение отраженного света.
16. Способ обнаружения микроорганизма в образце, включающий:
(a) получение образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизм;
(b) выращивание любых микроорганизмов, присутствующих в образце, на твердой или полутвердой среде; и
(c) локализацию любых колоний, присутствующих на среде, путем проведения поточечного сканирования твердой или полутвердой среды с получением измерений собственной флуоресценции (СФ);
где присутствие одной или более чем одной колонии, которая локализована с помощью полученных измерений, указывает на то, что микроорганизм присутствует в образце.
17. Способ по п.16, где измерения СФ получают с помощью спектроскопии, и спектроскопия включает определение матрицы возбуждения - испускания (МВИ).
18. Способ по п.17, где МВИ включает по меньшей мере две различных пары длин волн.
19. Способ характеризации и/или идентификации микроорганизма на твердой или полутвердой среде, включающий:
(a) исследование одной или более чем одной колонии на твердой или полутвердой среде с получением измерений собственной флуоресценции (СФ), характеристических для микроорганизма в колонии; и
(b) характеризацию и/или идентификацию микроорганизма в колонии на основании измерений собственной флуоресценции (СФ).
20. Способ по п.19, где колония представляет собой микроколонию, имеющую диаметр менее чем 50 мкм.
21. Способ по п.19, где образец, известный как содержащий, или подозреваемый на содержание микроорганизма, выращивают на твердой или полутвердой среде с получением по меньшей мере одной колонии перед стадией исследования(а).
22. Способ по п.19, где стадия исследования является неинвазивной.
23. Способ по п.19, где микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп, функциональных групп и групп собственной флуоресценции.
24. Способ по п.19, где микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
25. Способ по п.1, где измерения СФ получают с помощью спектроскопии, и спектроскопия включает определение матрицы возбуждения - испускания (МВИ).
26. Способ по п.6, где МВИ сравнивают с базой данных МВИ известных микроорганизмов.
27. Способ по п.19, где МВИ включает по меньшей мере две различных пары длин волн.
28. Способ по п.19, где МВИ сравнивают, используя многовариантный анализ.
29. Способ по п.19, дополнительно включающий добавление агента-идентификатора в среду или в образец, и где идентификация отчасти основана на присутствии и/или количестве агента-идентификатора в колонии или в микроорганизмах, выделенных из колонии.
30. Способ по п.29, где агент-идентификатор представляет собой аффинный лиганд, антитело или его фрагмент, нуклеиново-кислотный зонд, антибиотик, аптамер, пептидный миметик, связывающий белок фагового происхождения, пектин, пептид иммунной защиты, бактериоцин, бактериофаг, краситель или любую их комбинацию.
31. Способ по п.19, где твердая или полутвердая среда содержит одно или более чем одно питательное вещество, полезное для роста микроорганизма, и одну или более чем одну добавку, где одна или более чем одна добавка усиливает измерения собственной флуоресценции колоний микроорганизма на твердой или полутвердой среде.
32. Способ по п.31, где одна или более чем одна добавка выбрана из группы, состоящей из белковых гидролизатов, аминокислот, мясных и растительных экстрактов, источников углеводов, буферных агентов, восстанавливающих агентов, факторов роста, кофакторов ферментов, минеральных солей, добавок металлов, восстанавливающих соединений, хелатирующих агентов, фотосенсибилизирующих агентов, гасителей, восстанавливающих агентов, окисляющих агентов, детергентов, сурфактантов, дезинфицирующих агентов, селективных агентов и метаболических ингибиторов.
33. Способ по п.19, где исследование колонии включает измерение эпифлуоресценции.
34. Способ по п.19, где исследование колонии включает измерение отраженного света.