УЛУЧШЕННЫЙ СПОСОБ СКРИНИНГА, ДИАГНОСТИКИ И/ИЛИ МОНИТОРИНГА КОЛОРЕКТАЛЬНОЙ НЕОПЛАЗИИ НА ПОЗДНЕЙ СТАДИИ, АДЕНОМЫ НА ПОЗДНЕЙ СТАДИИ И/ИЛИ КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА

1. Способ повышения специфичности или снижения доли ложноположительных результатов анализа кала на скрытую кровь (FOBT) для скрининга, диагностики и/или мониторинга колоректальной неоплазии на поздней стадии (AN), аденомы на поздней стадии (AA) и/или колоректального рака (CRC) у индивидуумов, где указанный способ включает:
a. осуществление FOBT на образце кала, выделенном из указанного индивидуума, где FOBT включает определение наличия скрытой крови в указанном образце кала; и
b. количественный анализ в образце кала, выделенном из указанного индивидуума, по меньшей мере следующих бактериальных маркеров:
- Peptostreptococcus stomatis
(PTST),
- Bacteroides fragilis
(BCTF) и
- Bacteroides thetaiotaomicron
(BCTT);
где термин "колоректальная неоплазия на поздней стадии (AN)" включает CRC и аденому на поздней стадии (AA).
2. Способ скрининга, диагностики и/или мониторинга колоректальной неоплазии на поздней стадии (AN), аденомы на поздней стадии (AA) и/или колоректального рака (CRC) у индивидуума, где указанный способ включает:
a. осуществление FOBT на образце кала, выделенном из указанного индивидуума, где FOBT включает определение наличия скрытой крови в указанном образце кала; и
b. количественный анализ в образце кала, выделенном из указанного индивидуума, по меньшей мере следующих бактериальных маркеров:
- Peptostreptococcus stomatis
(PTST),
- Bacteroides fragilis
(BCTF) и
- Bacteroides thetaiotaomicron
(BCTT);
где термин "колоректальная неоплазия на поздней стадии (AN)" включает CRC и аденому на поздней стадии (AA).
3. Способ скрининга, диагностики и/или мониторинга AN, AA и/или CRC у индивидуума-человека по п.2, где указанный способ дополнительно включает:
c) вычисление комбинированного показателя из уровней бактериальных маркеров, определенных на стадии b); и
d) классификацию FOBT-положительного индивидуума как имеющего AN, AA и/или CRC в соответствии с комбинированным показателем, полученным на стадии c).
4. Способ по п.3, где комбинированный показатель, вычисленный на стадии c), пропорционален количеству PTST и BCTF и обратно пропорционален количеству BCTT; где чем выше показатель, тем выше вероятность AN, AA и/или CRC.
5. Способ по любому из пп.2-4, где на стадии d) указанный способ включает сравнение комбинированного показателя в образце индивидуума с референсным значением; и где повышение комбинированного показателя в образце индивидуума относительно указанного референсного значения является показателем AN, AA и/или CRC.
6. Способ скрининга, диагностики и/или мониторинга AN, AA и/или CRC у индивидуума-человека по п.2, где указанный способ дополнительно включает:
i. сравнение количества GMLL, PTST и BCTT в образце кала с соответствующими референсными значениями;
ii. где повышенное количество GMLL и PTST и сниженное количество BCTT в образце FOBT-положительного индивидуума относительно соответствующего референсного значения является показателем AN, AA и/ или CRC.
7. Способ по любому из пп.1-6, где указанный индивидуум является индивидуумом, как предполагают, имеющим CRC, или индивидуумом без симптомов.
8. Способ по любому из пп.1-7, где указанный FOBT является иммунохимическим тестом на скрытую кровь в кале (FIT), с помощью которого количественно определяют гемоглобин человека (hHb).
9. Способ по п.8, где FIT-положительный индивидуум имеет уровни hHb, равные или превышающие 10 мкг hHb/г кала (пороговое значение FIT50) или равные или превышающие 20 мкг hHb/г кала (пороговое значение FIT100), предпочтительно, где FIT-положительный индивидуум имеет уровни hHb, равные или превышающие 10 мкг hHb/г кала (пороговое значение FIT50).
Gemella morbillorum
Roseburia intestinalis
Collinsella intestinalis
Faecalibacterium prausnitzii
Escherichia coli
.
10. Способ по любому из пп.1-9, где указанный способ дополнительно включает количественный анализ одного или более бактериальных маркеров, выбранных из группы, состоящей из B10 (SEQ ID NO: 7), B46 (SEQ ID NO: 8), B48 (SEQ ID NO: 9),  (GMLL), (RSBI), (CINT),  и/или любой из этих филогрупп и (ECO)
11. Способ по любому из пп.1-10, где определение уровней PTST, BCTF и BCTT и, необязательно, бактериальных маркеров по п.10 осуществляют посредством qPCR, предпочтительно, где уровни в количественном анализе выражают как значение Ct.
12. Способ по любому из пп.1-11, где уровни PTST, BCTF и BCTT, и, необязательно, уровни бактериальных маркеров по п.10, выражают как относительное количество, предпочтительно, относительно уровней эубактерий (EUB).
13. Способ по любому из пп.1-12, где указанный способ дополнительно включает хранение результатов способа на носителе данных, предпочтительно, где указанный носитель данных является машиночитаемым носителем.
14. Компьютеризованный способ, где способ определен в любом из пп.1-13.
15. Набор, подходящий для количественного анализа PTST, BCTF и BCTT, где указанный набор содержит следующие реагенты:
- олигонуклеотид, содержащий или состоящий из любой из SEQ ID NO: 24, или SEQ ID NO: 25, или последовательности с по меньшей мере 80% идентичности в отношении любой из них;
- олигонуклеотид, содержащий или состоящий из любой из SEQ ID NO: 26, или SEQ ID NO: 27, или последовательности с по меньшей мере 80% идентичности в отношении любой из них; и
- олигонуклеотид, содержащий или состоящий из любой из SEQ ID NO: 30, или SEQ ID NO: 31, или последовательности с по меньшей мере 80% идентичности в отношении любой из них; и
- необязательно, олигонуклеотид, подходящий для количественного анализа эубактерий, предпочтительно - олигонуклеотид, содержащий или состоящий из любой из SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 14, или SEQ ID NO: 15, или последовательности с по меньшей мере 80% идентичности в отношении любой из них;
- необязательно, дополнительно содержащий инструкции по использованию указанных реагентов в определении уровней указанных бактериальных маркеров в образце кала, выделенном из индивидуума.
16. Применение набора по п.15 в способе скрининга, диагностики и/или мониторинга AN, AA и/или CRC по любому из пп.1-14.