ОДНОНУКЛЕОТИДНЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ НА ХРОМОСОМЕ 15, КОТОРЫЙ ПОЗВОЛЯЕТ ПРОГНОЗИРОВАТЬ ВОСПРИИМЧИВОСТЬ К ЛЕЧЕНИЮ ВИРУСА ГЕПАТИТА С
SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM ON CHROMOSOME 15 ENABLING PREDICTION OF HCV TREATMENT RESPONSES

Данное изобретение относится к способам, используемым для прогнозирования восприимчивости пациентов, инфицированных вирусом гепатита C (HCV), к фармакологическому лечению.
Вирус гепатита C (Hepatitis С virus, HCV) отвечает за большую часть хронических заболеваний печени во всем мире и составляет 70% случаев хронического гепатита в промышленно развитых странах. Глобальная распространенность хронического гепатита С (chronic hepatitis С, СНС) оценивается в среднем как 3% (в диапазоне от 0,1% до 5%) со 170 миллионами хронических носителей во всем мире (2,7 млн в США и 5 млн в Западной Европе [1, 2]. Примерно у одной пятой части хронически инфицированных пациентов с HCV в конечном итоге развивается цирроз печени, который может привести к печеночной недостаточности и гепатоцеллюлярной карциноме [2]. В настоящее время печеночная недостаточность, связанная с HCV, является одной из основных причин трансплантации печени.
Нынешний стандарт медицинской помощи (current standard of care, SOC) для ранее нелеченных пациентов с хронической инфекцией гепатита C заключается в комбинированной терапии интерфероном альфа, конъюгированным с полиэтиленгликолем, (polyethylene glycol conjugated interferon alpha, PEG-IFN) и рибавирином (ribavirin, RBV) [3]. У пациентов, хронически инфицированных HCV с генотипом 1, которые представляют большую часть пациентов, инфицированных HCV, ответы на PEG-IFN остаются субоптимальными с устойчивым вирусологическим ответом (sustained virologic response, SVR) в диапазоне 42-52% [4, 5, 6]. Существует значительная потребность в новых терапевтических возможностях для данной популяции пациентов. Интерферон альфа (IFN) был первым лекарственным препаратом, для которого была показана биологическая активность против HCV. Hoffmann-La Roche Inc. химически модифицировали молекулу интерферона альфа-2а путем ковалентного присоединения группировки разветвленного метоксиполиэтиленгликоля [9]. PEG-IFN имеет пониженную скорость системного клиренса и приблизительно 10-кратное увеличение времени полужизни в сыворотке по сравнению с интерфероном альфа-2а, и в результате этого PEG-IFN циркулирует в крови значительно дольше, чем исходное соединение. Последующая оценка PEG-IFN, 180 мкг один раз в неделю (qw), в трех крупных клинических испытаниях на более чем 1400 пациентах показала, что лечение PEG-IFN было более эффективным, чем введение IFN трижды в неделю [10].
Рибавирин представляет собой аналог гуанозина, который ингибирует in vitro репликацию у широкого диапазона РНК- и ДНК-вирусов [11]. Механизм, посредством которого RBV действует в качестве противовирусного агента, не полностью определен, хотя он может включать изменение клеточных нуклеотидных пулов и ингибирование синтеза вирусной РНК [12]. Монотерапия рибавирином слабо или вообще не влияет на репликацию HCV, но она может привести к нормализации сывороточного уровня аланинаминотрансферазы (alanine aminotransferase, ALT) и к улучшению гистологии печени. Тем не менее, рецидив происходит почти у всех пациентов, получавших только рибавирин [13, 14]. Было обнаружено, что в лечении СНС комбинация RBV с PEG-IFN более эффективна, чем монотерапия PEG-IFN. В большом клиническом испытании с 1121 пациентами всех генотипов был достигнут устойчивый вирусологический ответ (SVR) у 53% пациентов, получавших PEG-IFN плюс RBV, по сравнению с 29% пациентов, получавших только PEG-IFN [10].
Вероятность достижения устойчивого вирусологического ответа (SVR) меняется в зависимости от группы пациента и вирусных факторов. Например, молодые пациенты, пациенты европеоидной и монголоидной рас и лица без выраженного фиброза печени более вероятно избавятся от инфекции HCV после лечения [15-18] Подобным же образом пациенты, инфицированные HCV с генотипами 2 или 3, а не с генотипом 1, и пациенты с низкими базальными уровнями РНК HCV в сыворотке имеют большие шансы на излечение [4-6, 16, 18].
Более точное предсказание SVR в настоящее время возможно только после начала лечения. Независимо от генотипа HCV люди, которые избавились от РНК HCV через 4 или 12 недель лечения, имеют гораздо больше шансов на достижение SVR, чем люди с постоянной виремией [19]. Быстрый вирусологический ответ (RVR, необнаружение РНК HCV на 4 неделе) является сильным прогнозирующим маркером SVR; наоборот, неудача в достижении раннего вирусологического ответа (early virological response, EVR, более чем 2log-падение РНК HCV через 12 недель) является сильным прогнозирующим маркером отсутствия ответа независимо от предварительных характеристик [20].
Возможность перспективно различать пациентов, потенциально способных реагировать, и пациентов, не реагирующих на стандартную медицинскую помощь, может иметь большое влияние на уход за пациентами с хроническим гепатитом С. В дополнение к факторам хозяина и вируса, генетическое разнообразие хозяина также влияет на ответ на стандартную медицинскую помощь [21]. Недавние данные, полученные в исследовании по полногеномному поиску ассоциаций, подтверждают, что однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) в промоторной области гена IL-28b оказывают сильное влияние на вероятность SVR у пациентов, получающих пэгинтерферон и рибавирин [22-24].
Недавно обнаружили, что у пациентов, инфицированных вирусом гепатита C с генотипом 1 (HCV-1) или генотипом 4 (HCV-4), можно предсказать выгодный ответ на лечение, которое включает альфа-интерферон, рибавирин и ингибитор полимеразы HCV (тройная терапия), если уровень РНК HCV у пациента невозможно обнаружить в максимум двухнедельный срок после лечения. Корреляция между пациентом, демонстрирующим быстрый вирусологический ответ - 2 недели (RVR2) и достигающим устойчивого вирусологического ответа (SVR) к концу лечения тройной терапией, раскрыта в совместной заявке на патент США USSN 61/138585, поданной 18 декабря 2008, которая включена в данный документ посредством ссылки в полном объеме.
Данное изобретение основано на открытии ассоциации между однонуклеотидным полиморфизмом на человеческой хромосоме 15 и RVR2 у пациентов, получающих терапию на основе интерферона, которая включала противовирусный агент прямого действия, такой как ингибитор протеазы HCV. В одном воплощении данное изобретение относится к способу прогнозирования ответа человека, инфицированного HCV, на лечение пэгинтерфероном альфа-2а, рибавирином и противовирусным агентом прямого действия, где способ включает обеспечение образца от человека и определение нуклеотида, находящегося на месте однонуклеотидного полиморфизма rs12148487, причем присутствие по меньшей мере одной аллели А в rs12148487 у субъекта указывает на высокую вероятность достижения у субъекта RVR2 на лечение по сравнению с субъектом, который имеет две аллели G, присутствующие на rs12148487.
Фиг. 1. Дизайн клинического испытания NV21075. PEG-IFN = пэгинтерферон альфа-2а; RBV = рибавирин; Q8h = tid или три раза в день; Q12h = bid или два раза в день.
Фиг. 2. Процент пациентов с вирусологическим ответом до 12-й недели.
Фиг. 3. Среднее изменение РНК HCV (log 10 МЕ/мл) от исходного уровня до 12-й недели.
Фиг. 4. Процент пациентов с СС и пациентов с не-СС в SNP rs12979860 с вирусологическим ответом до 12-й недели.
Фиг. 5. Результаты полногеномного поиска ассоциаций для (A) RVR2 и (В) RVR2 после корректировки с учетом rs12979860 по хромосоме в исследуемой популяции NV21075.
Фиг. 6. Гистограмма, показывающая связь между RVR2 и генотипом rs12148487 среди четырех групп, получающих лечение в клиническом испытании NV21075.
Для облегчения понимания данного изобретения ниже определен ряд терминов. Термины, определенные в данном документе, имеют значения, которые обычно понимаются специалистами в областях, относящихся к данному изобретению. Термины в единственном числе не предназначены для обозначения только одной единицы, но включают общий класс, из которого для иллюстрации может быть использован конкретный пример. Терминология в данном документе используется для описания конкретных воплощений изобретения, но ее применение не ограничивает изобретение за исключением указанного в формуле изобретения.
Термин «ответ» на лечение интерфероном обозначает желательную реакцию на введение агента. Вирусологические конечные точки включают следующие: «быстрый вирусологический ответ - 2 недели» (RVR2), определенный как необнаруживаемый уровень РНК HCV в сыворотке (с помощью Cobas AmpliPrep/Cobas Taqman HCV Test v1.0, предел обнаружения 15 МЕ/мл) после двух недель лечения; «быстрый вирусологический ответ - 4 недели» (RVR4), определенный как необнаруживаемый уровень РНК HCV в сыворотке (с помощью Cobas AmpliPrep/Cobas Taqman HCV Test v10, предел обнаружения 15 МЕ/мл) после четырех недель лечения; «ранний вирусологический ответ» (EVR), определенный как 2-log падение уровня РНК HCV в сыворотке крови от исходного уровня на 12-й неделе (с помощью Cobas AmpliPrep/Cobas Taqman HCV Test, v1.0, предел количественной оценки 43 МЕ/мл), полный EVR (cEVR), определенный как необнаруживаемый уровень РНК HCV (с помощью Cobas AmpliPrep/Cobas Taqman HCV Test v1.0, предел обнаружения 15 МЕ/мл) после 12 недель лечения; и «устойчивый вирусологический ответ» (SVR), определяемый как необнаруживаемый уровень РНК HCV (<15 МЕ/мл) в конце 12-недельного периода наблюдения без лечения (SVR-12) или 24-недельного периода наблюдения без лечения (SVR-24). Термин «расширенный быстрый вирусологический ответ» (eRVR) относится к необнаруживаемому уровню РНК HCV (<15 МЕ/мл) в период между 4 неделей и 20 неделей лечения.
Термины «образец» или «биологический образец» относятся к образцу ткани или жидкости, выделенному от индивидуума, включая, но не ограничиваясь ими, биоптат ткани, плазму, сыворотку, цельную кровь, спинномозговую жидкость, лимфоидную жидкость, внешние срезы кожи, дыхательных, кишечных и мочеполовых путей, слезы, слюну, молоко, клетки крови, опухоли, органов. Также включены образцы составляющих in vitro культивирования клеток (включая, но не ограничиваясь ими, кондиционированную среду, полученную при росте клеток в культуральной среде, предположительно инфицированных вирусом клеток, рекомбинантных клеток и клеточных компонентов).
Термины «интерферон» и «интерферон-альфа» используются в данном документе взаимозаменяемо и относятся к семейству высокогомологичных видоспецифических белков, которые ингибируют репликацию вируса и клеточную пролиферацию и модулируют иммунный ответ. Типичные подходящие интерфероны включают, но не ограничиваясь ими, рекомбинантный интерферон альфа-2b, такой как интерферон Интрон А, доступный от Schering Corporation, Кенилворт, Нью-Джерси, США, рекомбинантный интерферон альфа-2а, такой как интерферон Роферон-А, доступный от Hoffmann-La Roche, Натли, Нью-Джерси, США, рекомбинантный интерферон альфа-2С, такой как интерферон альфа 2 Berofor, доступный от Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., Риджфилд, Коннектикут, США, интерферон альфа-n1, очищенная смесь природных альфа-интерферонов, такая как Сумиферон, доступная от Sumitomo, Япония, или такая как интерферон альфа-n1 (INS) Вэллферон, доступная от Glaxo-Wellcome Ltd, Лондон, Великобритания, или консенсусный альфа-интерферон, такой как описанные в патентах США №№4897471 и 4695623 (особенно Примеры 7, 8 или 9) и специфический продукт, доступный от Amgen, Inc., Ньюбери Парк, Калифорния, США, или интерферон альфа-n3, смесь природных альфа-интерферонов, произведенная Interferon Sciences и доступная от Purdue Frederick Co., Норвалк Коннектикут, США, под торговым названием Alferon. Предпочтительным является применение интерферона альфа-2а или альфа-2b. Интерфероны могут включать пэгилированные интерфероны, определенные ниже.
Термины «пэгилированный интерферон», «пэгилированный интерферон альфа» и «пэгинтерферон» используются в данном документе взаимозаменяемо и означают модифицированный полиэтиленгликолем конъюгат интерферона-альфа, предпочтительно интерферона альфа-2а и альфа-2b. Типичными подходящими изолированными интерферонами-альфа являются, но не ограничиваясь ими, Пегасис и ПегИнтрон.
Термин «рибавирин» относится к соединению, амиду 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-дигидрокси-5-гидроксиметил-тетрагидрофуран-2-ил)-1Н-[1,2,4]триазол-3-карбоновой кислоты, который является синтетическим, не индуцирующим интерферон, противовирусным аналогом нуклеозидов с широким спектром и доступен под названиями Виразол и Копегус.
Современное рекомендованное лечение первой линии для пациентов с хроническим гепатитом С проводится пэгилированным интерфероном альфа в комбинации с рибавирином в течение 48 недель у пациентов, несущих вирус с генотипом 1 или 4, и в течение 24 недель у пациентов, несущих вирус с генотипом 2 или 3. Было установлено, что комбинированное лечение с рибавирином более эффективно, чем монотерапия интерфероном альфа у пациентов с рецидивом после одного или более курсов терапии интерфероном альфа, а также у ранее нелеченных пациентов. Тем не менее, рибавирин обладает значительными побочными эффектами, включая тератогенность и канцерогенность. Кроме того, рибавирин вызывает гемолитическую анемию, требующую снижения дозы или отмены рибавирина примерно у 10-20% пациентов, что может быть связано с накоплением рибавирина трифосфата в эритроцитах. Поэтому чтобы уменьшить стоимость лечения и частоту побочных эффектов, желательно адаптировать лечение к сокращению продолжительности без ущерба для эффективности. У пациентов, несущих вирус с генотипом 1, «продолжительность лечения» пэгилированным интерфероном альфа с рибавирином может быть сокращена, например, до 24 недель. Сокращенная продолжительность лечения пациентов, несущих вирус с генотипом 1, пэгилированным интерфероном альфа с рибавирином в сочетании с противовирусным агентом прямого действия, может составлять 8 недель, 12 недель или 16 недель.
Термины «данопревир», «RG7227», «RO5190591» и «ΙΤΜΝ-191» используются взаимозаменяемо и относятся к макроциклическому пептидомиметику-ингибитору протеазы HCV NS3/4A, (Z)-(1S,4R,6S,14S,18R)-14-трет-бутоксикарбониламино-4-циклопропансульфониламинокарбонил-2,15-диоксо-3,16-диаза-трицикло[14.3.0.0*4,6*]нонадек-7-ен-18-ил-эфиру4-фтор-1,3-дигидро-изоиндол-2-карбоновой кислоты.
Другие ингибиторы протеаз HCV NS3 и NS3/4A включают «боцепревир» или «SCH-503034»: (1R,5S)-N-[3-амино-1(циклобутилметил)-2,3-диоксопропил]-3-[2(S)-[[[(1,1-диметилэтил)амино]карбонил]амино]-3,3-диметил-1-оксобутил]-6,6-диметил-3-азабицикло[3,1,0]гексан-(S)-карбоксамид; и «телапревир» или «VX-950»: (1S,3aR,6aS)-2-[(2S)-2-[[(2S)-циклогексил[(пиразинилкарбонил)амино]ацетил]амино]-3,3-диметилбутаноил]-N-[(1S)-1-[(циклопропиламино)оксоацетил]бутил]октагидроциклопента[с]пиррол-1-карбоксамид; «ванипревир» или «МК-7009»: (1R,21S,24S)-21-трет-бутил-N-((1R,2R)-1-{[(циклопропилсульфонил)амино]карбонил}-2-этилциклопропил)-16,16-диметил-3,19,22-триоксо-2,18-диокса-4,20,23-триазатетрацикло[21.2.1.1.0]гептакоза-6,8,10-триен-24-карбоксамид; «МК-5172: (1aR,5S,8S,10R,22aR)-5-(1,1-диметилэтил)-1,1a,3,3,4,5,6,9,10,18,19,20,21,22a-тетрадекагидрол-14-метокси-3,6-диоксо-8Н-7,10-метаноциклоргора[18,19][1,10,3,6]диоксадиазациклононаденцино[11,12-b]хиноксалин-8-карбоновая кислота; «ТМС-435»: (2R,13aR,14aR,16aS,Z)-N-(циклопропилсульфонил)-2-(2-(4-изопропилтиазол-2-ил)-7-метокси-8-метилхинолин-4-илокси)-6-метил-5,16-диоксо-1,2,3,5,6,7,8,9,10,11,13а,14,14а,15,16,16а-гексадекагидроциклопропа[g]пирроло[1,2-с][1,3,6]триазациклопентадецин-14а-карбоксамид; и «нарлапревир» или «SCH-900518»: (1R,2S,5S)-3-((S)-2-(3-(1-(тpeт-бутилсульфонилметил)циклогексил)уреидо)-3,3-диметилбутаноил)-N-((S)-1-(циклопропиламино)-1,2-диоксогептан-3-ил)-6,6-диметил-3-азабицикло[3.1.0]гексан-2-карбоксамид.
Термин «тройная терапия» относится к схеме лечения HCV-инфицированных пациентов, которая включает пэгинтерферон, рибавирин и один или более чем один противовирусный агент прямого действия. «Противовирусные агенты прямого действия» оказывают специфическое противовирусное действие независимо от иммунной функции. Примеры противовирусных агентов прямого действия для HCV включают, но не ограничиваясь ими, ингибиторы протеазы NS3/4A, ингибиторы полимеразы NS5B, ингибиторы NS5A, ингибиторы IRES и ингибиторы хеликазы. Один из примеров тройной терапии включает пэгинтерферон, рибавирин и ингибитор полимеразы HCV NS5B. Другой пример тройной терапии включает пэгинтерферон, рибавирин и ингибитор протеазы HCV NS3/4A. Еще один пример тройной терапии включает пэгинтерферон, рибавирин, ингибитор полимеразы HCV NS5B и ингибитор протеазы HCV NS3/4A (также может упоминаться как «четверная терапия»).
Для пациентов с хроническим гепатитом C (СНС) текущей рекомендованной терапией первой линии, которую называют «стандартом медицинской помощи», или «SOC», является пэгилированный интерферон альфа в сочетании с рибавирином в течение «периода времени» 48 недель у пациентов, несущих вирус с генотипом 1 или 4, и 24 недель у пациентов, несущих вирус с генотипом 2 или 3. В последнее время в некоторых странах (например, в Соединенных Штатах Америки и странах-членах Европейского Союза) SOC для ранее нелеченных пациентов с хроническим гепатитом C и инфекцией вирусом с генотипом 1 был рекомендован в виде комбинированной терапии ингибитором протеазы HCV (боцепревир или телапревир) и пэгилированным интерфероном альфа (PEG-IFN) плюс рибавирин (рибавирин) (Ghany MG et al., “An Update on Treatment of Genotype 1 Chronic Hepatitis С Virus Infection: 2011 Practice Guideline by the American Association for the Study of Liver Diseases.” Hepatology 2011; 54: 1433-1444). Тем не менее, термин «SOC», используемый в данном документе, относится к лечению PEG-IFN плюс только рибавирин.
Установили, что комбинированное лечение рибавирином более эффективно, чем монотерапия интерфероном альфа у пациентов с рецидивом после одного или более курсов терапии интерфероном альфа, а также у ранее нелеченных пациентов. Тем не менее, рибавирин обладает значительными побочными эффектами, включая тератогенность и канцерогенность. Кроме того, рибавирин вызывает гемолитическую анемию, требующую снижения дозы или отмены рибавирина примерно у 10-20% пациентов, что может быть связано с накоплением рибавирина трифосфата в эритроцитах. Поэтому чтобы уменьшить стоимость лечения и частоту побочных эффектов, желательно адаптировать лечение к сокращению продолжительности без ущерба для эффективности.
Используемые в данном документе термины «аллель» и «аллельный вариант» относятся к альтернативным формам гена, включающим интроны, экзоны, соединения интронов/экзонов и 3ʹ- и/или 5ʹ-нетранслируемые области, которые связаны с геном или его частями. Как правило, аллели занимают одинаковый локус или положение на гомологичных хромосомах. Когда субъект имеет две одинаковые аллели гена, то говорят, что субъект гомозиготен по гену или аллели. Когда субъект имеет две различные аллели гена, то говорят, что субъект гетерозиготен по этому гену. Аллели конкретного гена могут отличаться друг от друга одним нуклеотидом или несколькими нуклеотидами и могут включать замены, делеции и инсерции нуклеотидов.
Используемый в данном документе термин «полиморфизм» относится к сосуществованию более чем одной формы нуклеиновой кислоты (например, ее аллельных вариантов). Часть гена, у которой есть по меньшей мере две различные формы, т.е. две различные нуклеотидные последовательности, называют полиморфной областью гена. Полиморфная область может быть одним нуклеотидом, т.е. «однонуклеотидным полиморфизмом» или «SNP», идентичность которого отличается в других аллелях. Полиморфная область также может состоять из нескольких нуклеотидов.
Многочисленные способы обнаружения полиморфизмов известны и могут быть использованы в сочетании с данным изобретением. Как правило, они включают идентификацию одной или более чем одной мутации в основной нуклеиновокислотной последовательности либо непосредственно (например, путем аллель-специфической ПЦР), либо косвенно (выявляя изменения во вторичной молекуле, например, в последовательности белка).
Одним хорошо известным способом генотипирования однонуклеотидных полиморфизмов является применение Illumina SNP beadchips, где фрагментированные и денатурированные образцы ДНК гибридизуют с соответствующими 50-мерными олигонуклеотидами, прикрепленными к бусинам на чипе. После гибридизации чипы обрабатывают для ферментативного однонуклеотидного удлинения с последующим флуоресцентным окрашиванием и визуализацией. Наконец, регистрируют интенсивность флуоресценции и используют ее для определения генотипа SNP.
Однонуклеотидные полиморфизмы, «rs12979860», «rs12980275» и «rs8099917», относятся к SNP, определенным регистрационными номерами в базе данных SNP (dbSNP, www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/), и расположены на человеческой хромосоме 19 в различных областях гена IL28b.
Однонуклеотидный полиморфизм «rs12148487» относится к SNP, который определяется его регистрационным номером в dbSNP и находится на человеческой хромосоме 15 в интронной области гена SLCO3A1, который является членом семейства растворимых транспортеров органических анионов. Термины, которые являются синонимами для SLCO3A1, включают OATP-D, ОАТР3А1, OATP-D и SLC21A11.
Примеры
Введение
Протеаза HCV, кодируемая неструктурным геном 3/4А (NS3/4A), представляет собой клинически подтвержденную анти-НСV-мишень и имеет важное значение для посттрансляционной модификации полипептидов HCV и репликации вируса. Данопревир, также известный как RO5190591, RG7227 или ITMN-191, представляет собой макроциклический пептидомиметик, который конкурентно ингибирует протеазу HCV NS3/4A. Данопревир был выбран для разработки в качестве перорального агента для лечения пациентов с хроническим HCV (СНС) из-за его профиля высокой противовирусной активности, специфичности и безопасности.
Дизайн исследования
Исследование NV21075 представляло собой рандомизированное двойное слепое многоцентровое клиническое исследование в фазе 2 по оценке эффективности и безопасности данопревира в комбинации с пэгинтерфероном альфа 2а и рибавирином (комбинированная тройная терапия) при дозировании в течение двенадцати недель у ранее нелеченных пациентов с хроническим гепатитом C, вызванным инфекцией вирусом с генотипом 1, по сравнению с утвержденной в настоящее время комбинацией пэгинтерферона альфа 2а и рибавирина (стандарт медицинской помощи, или SOC). Пациентов, включенных в исследование NV21075, рандомизировали в одну из четырех групп, получающих лечение (фиг. 1) (приблизительно 60 пациентов в группах A-C, приблизительно 30 пациентов в группе D). В группах с лечением, определяемым ответом (как описано ниже), у пациентов с расширенным RVR (eRVR, определяемым как необнаруживаемый уровень РНК HCV с 4-20 недели) прекращали введение препаратов на 24-й неделе.
Группы, получавшие лечение A B, C: пациенты получали двойное слепое экспериментальное лечение данопревиром в дозировке 300 мг TID (группа А), 600 мг BID (группа В) или 900 мг BID (группа С) и стандарт медицинской помощи внимательности (SOC, пегасис 180 г подкожно qw + копегус 1000 мг (<75 кг) или 1200 мг (>75 кг) перорально qd) в течение 12 недель, а затем SOC в течение 12 недель. У пациентов, которые достигали RVR, определяемый как необнаруживаемый уровень РНК HCV на 4-й неделе, и сохраняли необнаруживаемый уровень через 22 недели (т.е. достигающие eRVR), все лечение останавливали на 24 неделе. Пациенты, которые не достигли eRVR, получали SOC еще в течение 24 недель до общей продолжительности лечения 48 недель. Группа лечения D: пациенты получали двойное слепое лечение плацебо в течение 12 недель, а затем SOC в течение 36 недель до общей продолжительности 48 недель.
Популяция пациентов RCR с генотипированием IL28B и исследование по полногеномному поиску ассоциаций (GWAS)
Roche Clinical Repository (RCR) является необязательной программой, которая требует отдельного согласия; данные остаются анонимными для гарантии конфиденциальности пациента. Образцы ДНК RCR использовали для определения статуса IL28B с помощью TaqMan Real Time PCR на rs12979860. Конечные точки эффективности обобщали в две подгруппы, СС против не-СС (СТ и ТТ). Для изучения NV21075 были доступны данные генотипирования от образцов 171 пациента. Кроме того, эти образцы ДНК RCR использовали для GWAS и генотипировали с помощью Illumina Human OmniExpress Beadchip с общим количеством 733202 однонуклеотидных полиморфизм (SNP). 725947 SNP из 733202 прошло контроль качества (QC). Полногеномный поиск ассоциаций был выполнен в 166 образцах с полным набором клинических данных.
Результаты
Для промежуточного анализа NV21075 измеряли эффективность лечения в течение первых 12 недель по проценту пациентов с вирусологическим ответом (необнаруживаемый уровень РНК HCV, измеренный с помощью Roche Cobas AmpliPrep/Cobas Taqman HCV Test v1.0 [предел обнаружение 15 МЕ/мл]). Пациентов считали не реагирующими при запланированном визите, если у них отсутствовали данные из-за того, что оценка была пропущена или вышла за пределы допустимого окна для этого визита или из-за досрочного выхода из лечения с отсутствием последующей оценки.
Предварительные результаты показывают, что 88,1%, 89,2% и 92,0% пациентов в группах лечения A, B и C соответственно имели необнаруживаемые уровни РНК HCV в конце 12 недели лечения по сравнению с 43,3% пациентов, получавших SOC (фиг. 2). Пациенты, получающие данопревир, показали резкое снижение средних уровней РНК HCV в течение первых 2-4 недель лечения, и эти уровни оставались постоянно ниже по сравнению с пациентами, получавшими SOC до 12-й недели (фиг. 3).
Среди образцов от 171 пациента, для которых были доступны данные генотипирования на SNP rs12979860 в гене IL28B, 56 пациентов обладали генотипом СС (благоприятным для лечения), а 115 пациентов имели генотип не-СС (неблагоприятный для лечения). Независимо от группы, в которой они находились, пациенты СС показали лучший вирусологический ответ, чем пациенты с не-СС, особенно в течение первых двух недель лечения (фиг. 4).
В подгруппе пациентов из групп лечения A и B, для которых были доступны уровни РНК HCV в течение 12 недель наблюдения после лечения (т.е. в течение 12 недель после прекращения лечения), была определена корреляция между теми, кто достиг ранних мер ответа, RVR2, RVR4, eRVR, и тех, кто достиг SVR-12. Среди 68 пациентов, получающих лечение в группах A и B, которые достигли RVR2, 64 пациента достигли SVR-12, что давало положительную прогностическую ценность (PPV) RVR2 для SVR-12, равную 94%. Для сравнения, из 97 пациентов, которые достигли RVR4, 87 пациентов достигли SVR-12, давая PPV RVR4 для SVR-12, равную 90%. PPV EVR для SVR-12 также составляла 90%, так как 84 пациента среди 93 пациентов, достигших eRVR, также достигли SVR-12. Эти результаты показали, что ранние меры ответа, особенно RVR2, тесно связаны с SVR-12.
-8
-5
-8
Для выявления дополнительных однонуклеотидных полиморфизмов, которые могут быть связаны с конечными точками клинической эффективности в лечении HCV в ответе на данопревир с тройной терапией SOC или в ответе только на терапию SOC, образцы пациентов генотипировали с помощью Illumina OmniExpress chipset. После контроля качества было получено 725947 SNP с выявленным генотипом. Модель логистической регрессии использовали для проверки связи между отдельными SNP и быстрым вирусологическим ответом - 2 недели (RVR2) после корректировки по вирусной нагрузке в начале исследования и этнической принадлежности образца. Неудивительно, что SNP rs12979860 показал заметную связь с RVR2 с р-значением 6×10 (фиг. 5А). После корректировки по rs12979860 наблюдались дополнительные SNP на хромосоме 15 с р<10 (фиг. 5В), где самым заметным SNP был rs12148487, который находится в интрона гена, кодирующего растворимый транспортер органических анионов, SLC03A1. В популяции NV21075 связь между RVR2 и минорной аллелью rs12148487, А, видна с отношением шансов (OR) более 21 (OR=21,87, 95% ДИ [6,30; 96,88], p=5,6×10). Эти результаты были получены с использованием доминантной модели в логистической регрессии для rs12148487, с генотипами АА и GA, закодированными «1», и GG-генотипом, закодированным «0». На фиг. 6 показана гистограмма связи между RVR2 и rs12148487.
Все композиции и/или способы, описанные и заявленные в данном документе, могут быть сделаны и осуществлены без излишних экспериментов в свете данного описания. Хотя композиции и способы данного изобретения были описаны в виде предпочтительных воплощений, специалистам в данной области будет очевидно, что в композициях и/или способах и в этапах или в последовательности этапов способа, описанного в данном документе, могут быть применены изменения без отхода от концепции, сущности и объема изобретения. Все такие сходные замены и модификации, очевидные специалистам в данной области, входят в сущность, объем и концепцию изобретения, определенного прилагаемой формулой изобретения.
Источники информации
1. Lavanchy, D. Global Surveillance and Control of Hepatitis C: Report of a WHO Consultation. J Viral Hepatitis. 1999; 6:35-47.
2. Consensus Statement: EASL/lnternational Consensus Conference on Hepatitis C. J Hepatol. 1999; 31 (Suppl 1):38.
3. Recommendations from the National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: Management of Hepatitis C: 2002. Hepatology Nov 2002;  Vol 36 No 5:1039.
4. Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Goncales FL Jr, et al. 2002. Peginterferon alfa-2a plus rivavirin for chronic hepatitis С virus. NEJM September 26 2002; Vol 347 No 13:975-982
5. Hadziyannis SJ, Sette Jr. H, Morgan TR et al. Peginterferon alfa-2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C. Ann Int Med 2004 Vol 140:346-355.
6. Manns MP, McHutchison JG, Gordon SC, Rustgi VK, Shiffman M, Reindollar R, Goodman ZD, Koury K, Ling M, Albrecht JK. Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C: a randomised trial. Lancet 2001; 358:958-965.
7. Report No. 1022744; 2006: Inhibition of RNA synthesis by by β-ü-2'-deoxy-2’-fluoro-2-C-methylcytidine (RO4995855) in the HCV Subgenomic Replicon System. Roche Palo Alto LCC.
8. RO 5024048 Investigator s Brochure, November 2008.
9. PEG-IFN alfa-2a Investigator s Brochure, July, 2006.
10. PEGASYS Core Data Sheet Version 1.4, January 19, 2005.
11. Sidwell RW, Robins RK, and Hillyard IW. Ribavirin: an antiviral agent. Pharmacol Ther 1979; 6:123-146.
12. Gilbert BE and Knight V. Minireview: Biochemistry and clinical applications for ribavirin. Antimicrob Agents Chemother. 1986; 30:201-205.
13. Dusheiko G, Main J, Thomas Η et al. Ribavirin treatment for patients with chronic hepatitis C: Results of a placebo-controlled trial. J Hepatol 1996; 25:591-598.
14. Di Bisceglie AM, Conjeevaram HS, Fried MW et al. Ribavirin as therapy for chronic hepatitis C. A randomized, double-blind, placebo-controlled trial. Ann Int Med 1995; 123:897-903.
15. Conjeevaram HS, Fried MW, Jeffers LJ, Terrault NA, Wiley-Lucas ТЕ, Afdhal N, Brown RS, Belle SH, Hoofnagle JH, Kleiner DE, Howell CD. Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis С genotype 1. Gastroenterology 2006; 131:470-477.
16. Dienstag JL, McHutchison JG. American Gastroenterological Association technical review on the management of hepatitis C. Gastroenterology 2006; 130:231-264.
17. Missiha S, Heathcote J, Arenovich T, Khan K. Impact of asian race on response to combination therapy with peginterferon alfa-2a and ribavirin in chronic hepatitis C. Am J Gastroenterol 2007; 102:2181-2188.
18. Reddy KR, Messinger D, Popescu M, Hadziyannis SJ. Peginterferon alpha-2a (40 kDa) and ribavirin: comparable rates of sustained virological response in subsets of older and younger HCV genotype 1 patients. J Viral Hepat 2009; 16:724-731.
19. Ferenci P, Fried MW, Shiftman ML, Smith CI, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Chaneac M, Reddy KR. Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis С patients treated with peginterferon alfa-2a (40 KD)/ribavirin. J Hepatol 2005; 43:425-433.
20. Martinot-Peignoux M, Maylin S, Moucari R, Ripault MP, Boyer N, Cardoso AC, Giuily N, Castelnau C, Pouteau M, Stern C, Auperin A, Bedossa P, Asselah T, Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitis С treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 2009; 14:501-511.
21. Asselah Τ, Bieche I, Sabbagh A, Bedossa P, Moreau R, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Gene expression and hepatitis С virus infection. Gut 2009; 58:846-858.
22. Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis С treatment-induced viral clearance. Nature 2009; 461:399-401.
23. Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, Bassendine M, Spengler U, Dore GJ, Powell E, Riordan S, Sheridan D, Smedile A, Fragomeli V, Muller T, Bahlo M, Stewart GJ, Booth DR, George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis С interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 2009; 41:1100-1104.
24. Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Korenaga M, Hino K, Hige S, Ito Y, Mita E, Tanaka E, Mochida S, Murawaki Y, Honda M, Sakai A, Hiasa Y, Nishiguchi S, Koike A, Sakaida I, Imamura M, Ito K, Yano K, Masaki N, Sugauchi F, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 2009; 41:1105-1109.