НОВЫЕ ЭУКАРИОТИЧЕСКИЕ КЛЕТКИ И СПОСОБЫ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ ДЛЯ РЕКОМБИНАНТНОЙ ЭКСПРЕССИИ ПРЕДСТАВЛЯЮЩЕГО ИНТЕРЕС ПРОДУКТА

1. Выделенная эукариотическая клетка, в которой геном эукариотической клетки модифицируют для ингибирования функции белка FAM60A в указанной клетке, и где указанная клетка содержит интегрированный в ее геном по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт.
2. Выделенная эукариотическая клетка по п.1, где функция продукта белка FAM60A ингибируется благодаря снижению или блокированию функциональной экспрессии гена FAM60A в указанной клетке.
3. Выделенная эукариотическая клетка по п.2, где указанную эукариотическую клетку модифицируют для снижения или блокирования функциональной экспрессии гена FAM60A посредством нокаута гена, мутации гена, делеции гена, сайленсинга гена или любых их комбинаций.
4. Выделенная эукариотическая клетка по п.3, где ген FAM60A имеет одну или более мутаций, способствующих образованию нефункционального или низкофункционального продукта экспрессии.
5. Выделенная эукариотическая клетка по п.3 или 4, где по меньшей мере одна копия гена FAM60A была делетирована или функционально инактивирована в геноме эукариотической клетки.
6. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-5, где эукариотической клеткой является клетка многоклеточных, клетка позвоночного или клетка млекопитающего.
7. Выделенная эукариотическая клетка по п.6, где эукариотической клеткой является клетка млекопитающего.
8. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-7, где часть хромосомы является делетированной, и где делетированная часть содержит ген FAM60A.
9. Выделенная эукариотическая клетка по п.8, где:
a) эукариотической клеткой является клетка хомячка, и по меньшей мере часть теломерной области хромосомы 8 является делетированной, где указанная делетированная часть содержит ген FAM60A; или
b) эукариотической клеткой является мышиная клетка, и по меньшей мере часть теломерной области хромосомы 6 является делетированной, где указанная делетированная часть содержит ген FAM60A.
10. Выделенная эукариотическая клетка по п.9, обладающая одним или более из нижеследующих свойств:
a) делетированная теломерная область содержит ген FAM60A и один или более генов, выбранных из группы, состоящей из генов Caprin2 и Ipo8;
b) делеция индуцируется хромосомным разрывом, и точка разрыва расположена со стороны центромеры по отношению к гену Ipo8, а предпочтительно, в гене Tmtc1;
c) по меньшей мере часть теломерной области делетирована в обеих хромосомах соответствующей хромосомной пары, где делетированные части содержат ген FAM60A.
11. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-10, обладающая одним или более из нижеследующих свойств:
a) эукариотической клеткой является клетка грызуна,
b) эукариотической клеткой является клетка хомячка, а предпочтительно, клетка CHO,
c) эукариотическая клетка экспрессирует эндогенный DHFR и фолатный рецептор, и/или
d) эукариотическая клетка представляет собой клеточный клон или клеточную линию.
12. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-11, где эндогенный белок FAM60A имеет последовательность, которая по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98% или по меньшей мере на 99% гомологична или идентична одной или более аминокислотным последовательностям, представленным в SEQ ID NO:1-8.
13. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-12, где в указанной клетке дополнительно ингибируется функция продукта экспрессии гена C12orf35, предпочтительно, посредством снижения или блокирования функциональной экспрессии гена C12orf35.
14. Выделенная эукариотическая клетка по п. 13, где ген C12orf35 представляет собой ген, кодирующий белок, последовательность которого по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98% или по меньшей мере на 99% гомологична или идентична одной или более аминокислотным последовательностям, представленным в SEQ ID NO:10-16, или последовательности белка, кодируемого последовательностью SEQ ID NО:17.
15. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-14, где эукариотическая клетка содержит стабильно интегрированный в ее геном по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, и по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий селективный маркер или репортерный полипептид, и где указанные гетерологичные полинуклеотиды расположены на одном и том же экспрессионном векторе или на различных экспрессионных векторах.
16. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-15, обладающая одним или более из из нижеследующих свойств:
а) представляющим интерес продуктом является полипептид;
b) представляющим интерес продуктом является полипептид, а эукариотическая клетка секретирует представляющий интерес полипептид в клеточную культуральную среду, и/или
с) представляющим интерес продуктом является полипептид, выбранный из терапевтического полипептида и диагностического полипептида.
17. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп. 1-16, происходящая от популяции соответствующих клеток, где, в среднем, по меньшей мере 40%, а предпочтительно, по меньшей мере 50% клеток, происходящих от указанной популяции соответствующих клеток, теряют не более, чем 30%, а предпочтительно, 25% своего титра (волюметрического) экспрессии за период времени 8 недель, предпочтительно, 10 недель, а еще более предпочтительно, 12 недель.
18. Способ отбора клетки-хозяина, которая рекомбинантно экспрессирует представляющий интерес продукт, где указанный способ включает:
(a) получение эукариотических клеток по одному или более из пп. 1-17 в качестве клеток-хозяев, и
(b) отбор одной или более клеток-хозяев, экспрессирующих представляющий интерес продукт.
19. Способ по п.18, где стадия (a) включает стабильную трансфекцию эукариотических клеток, где геном указанных клеток модифицируют для ингибирования функции белка FAM60A в указанных клетках, где указанную трансфекцию осуществлют с использованием по меньшей мере одного полинуклеотида, кодирующего представляющий интерес продукт, с получением эукариотических клеток, содержащих по меньшей мере один стабильно интегрированный в их геном гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт.
20. Способ по п.18 или 19, имеющий одну или более из следующих характерных особенностей:
a) эукариотическими клетками являются клетки млекопитающих;
b) указанные клетки-хозяева, используемые в стадии (a), дополнительно содержат по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий селективный маркер, а стадия (b) включает культивирование указанного множества клеток-хозяев в условиях отбора, подходящих для селективного маркера;
c) гетерологичные полинуклеотиды вводят в эукариотические клетки путем трансфекции одним или более экспрессионными векторами;
d) представляющим интерес рекомбинантным продуктом является полипептид;
e) стадия (b) включает проведение множества стадий отбора;
f) стадия (b) включает проведение отбора на основе проточной цитометрии;
g) выбранные клетки-хозяева рекомбинантно экспрессируют молекулу иммуноглобулина,
h) указанные клетки-хозяева, используемые в стадии (a), включают по меньшей мере два гетерологичных полинуклеотида, каждый из которых кодирует селективный маркер, где первым селективным маркером является фолатный рецептор, а вторым селективным маркером является DHFR, и где стадия (b) включает культивирование указанного множества клеток-хозяев в селективной культуральной среде, содержащей фолат в лимитирующей концентрации и ингибитор DHFR.
21. Способ рекомбинантного продуцирования представляющего интерес продукта, где указанный способ включает использование эукариотической клетки по одному или более из из пп. 1-17 в качестве клетки-хозяина для рекомбинантной экспрессии представляющего интерес продукта.
22. Способ по п.21, включающий:
(a) культивирование клеток-хозяев по одному или более из пп. 1-17 в условиях, стимулирующих экспрессию представляющего интерес продукта;
(b) выделение представляющего интерес продукта из клеточной культуральной среды и/или из указанных клеток-хозяев; и
(c) необязательную обработку выделенного представляющего интерес продукта.
23. Способ по п.21 или 22, где для получения продукта используют эукариотическую клетку, в которой, кроме того, ингибируется функция продукта экспрессии гена C12orf35, предпочтительно, посредством снижения или блокирования функциональной экспрессии гена C12orf35.
24. Способ по одному или более из пп.21-23, имеющий одну или более из следующих характерных особенностей:
a) эукариотической клеткой является клетка многоклеточных, клетка позвоночного или клетка млекопитающего;
b) эукариотической клеткой является клетка млекопитающего, а предпочтительно, клетка грызуна;
c) представляющим интерес продуктом является полипептид;
d) представляющим интерес продуктом является полипептид, а клетка-хозяин секретирует представляющий интерес полипептид в клеточную культуральную среду.
25. Способ получения эукариотической клетки по одному или более из пп. 1-17, где указанный способ включает модификацию генома эукариотической клетки для ингибирования функции белка FAM60A в указанной клетке и стабильную трансфекцию указанной клетки по меньшей мере одним экспрессионным вектором, включающим полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт.
26. Способ по п. 25, включающий снижение или блокирование функциональной экспрессии гена FAM60A и, тем самым, ингибирование функции белка FAM60A в эукариотической клетке.
27. Способ анализа эукариотических клеток на возможность их использования в качестве клеток-хозяев для рекомбинантной экспрессии представляющего интерес продукта, где указанный способ включает прямой или непрямой анализ на ингибирование функции FAM60A в указанных клетках.
28. Способ по п.27, где прямой анализ включает анализ на снижение или блокирование функциональной экспрессии гена FAM60A в указанных клетках.
29. Способ по п. 27 или 28, где, перед проведением анализа, эукариотические клетки обрабатывают агентом, индуцирующим хромосомыный разрыв, и где указанный анализ проводят для того, чтобы определить, может ли обработка указанным агентом приводить к делеции части хромосомы, включающей ген FAM60A.
30. Способ по одному или более из пп.27-29, где клетками являются клетки хомячка, и где указанный способ включает анализ на снижение или блокирование экспрессии одного или более генов, расположенных в теломерной области хромосомы 8 и выбранных из группы, состоящей из гена Tmtc1 и генов, расположенных со стороны теломеры по отношению к гену Tmtc1, и анализ на снижение или блокирование функциональной экспрессии гена FAM60A в указанных клетках.
31. Способ по одному или более из пп.27-30, который также включает прямой или непрямой анализ на ингибирование функции продукта экспрессии эндогенного гена C12orf35 в указанных клетках.
32. Способ по одному или более из пп.27-31, где, перед проведением анализа, эукариотические клетки трансфецируют гетерологичным полинуклеотидом, кодирующим представляющий интерес продукт, и гетерологичным полинуклеотидом, кодирующим селективный маркер, и где, перед проведением анализа осуществляют по меньшей мере одну стадию отбора для идентификация успешно трансфецированных клеток-хозяев.
33. Способ по одному или более из пп.27-32, где множество клеточных клонов анализируют для дифференциации стабильных и нестабильных и, необязательно, высоко- и низкопродуктивных клеточных клонов, и где один или более клеточных клонов отбирают в качестве продуктивного клона, в котором снижается или блокируется функциональная экспрессия гена FAM60A.
34. Применение выделенной эукариотической клетки для рекомбинантной экспрессии представляющего интерес продукта, где геном эукариотической клетки модифицируют для ингибирования функции белка FAM60A в указанной клетке.
35. Применение по п. 34, имеющее одну или более из следующих характерных особенностей:
а) эукариотической клеткой является клетка многоклеточных, клетка позвоночного или клетка млекопитающего;
b) эукариотической клеткой является клетка млекопитающего;
c) геном эукариотической клетки модифицируют как было определено по одному или более из пп.2-5 и 8;
d) в указанной эукариотической клетке, функция продукта экспрессии гена C12orf35 дополнительно ингибируется, предпочтительно, посредством снижения или блокирования функциональной экспрессии эндогенного гена C12orf35;
e) представляющим интерес продуктом является полипептид;
f) представляющим интерес продуктом является полипептид, который, после экспрессии в эукариотической клетке, секретируется в клеточную культуральную среду;
g) указанное применение включает стабильную трансфекцию эукариотической клетки экспрессионным вектором, содержащим полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес полипептид, и/или
h) эукариотической клеткой является клетка, определенная по одному или более из пп. 1-17.