ГЕННАЯ ТЕРАПИЯ ПРИ ДЕГЕНЕРАЦИИ ЦНС

1. Рекомбинантный вектор для генной терапии, содержащий экспрессионную кассету, содержащую трансген, кодирующий убиквитинпротеинлигазу E3 (PARK2), PTEN-индуцируемую предположительную киназу 1 (PINK1), протеиндегликазу DJ-1 (DJ-1), киназу 2, содержащую повтор, богатый лейцином (LRRK2), альфа-синуклеин (SCNA), протоонкоген c-Rel (c-Rel), фермент, активирующий убиквитин-подобный модификатор (ATG7), переносчик аминов синаптических пузырьков (VMAT2) или глюкоцереброзидазу (GBA), причем полинуклеотид трансгена функционально связан с последовательностью промотора, активного у эукариот.
2. Вектор по п. 1, характеризующийся тем, что указанный трансген кодирует PARK2, а полинуклеотидная последовательность трансгена характеризуется по меньшей мере 95% идентичностью с одной из SEQ ID NO: 35-38.
3. Вектор по п. 1 или 2, характеризующийся тем, что последовательность промотора выбрана из таблицы 5.
4. Вектор по любому из пп. 1-3, характеризующийся тем, что экспрессионная кассета дополнительно содержит энхансер ЦМВ.
5. Вектор по любому из пп. 1-4, характеризующийся тем, что экспрессионная кассета дополнительно содержит 5'-нетранслируемую область (UTR), выбранную из таблицы 6.
6. Вектор по любому из пп. 1-5, характеризующийся тем, что экспрессионная кассета дополнительно содержит 3'-нетранслируемую область, выбранную из таблицы 7.
7. Вектор по любому из пп. 1-6, характеризующийся тем, что экспрессионная кассета дополнительно содержит последовательность полиаденилирования (полиА), выбранную из таблицы 8.
8. Вектор по любому из пп. 1-7, характеризующийся тем, что трансген является кодон-оптимизированным.
9. Вектор по любому из пп. 1-8, характеризующийся тем, что экспрессионная кассета характеризуется по меньшей мере 95% идентичностью последовательности с любой из SEQ ID NO: 39-58.
10. Вектор по любому из пп. 1-9, характеризующийся тем, что экспрессионная кассета содержит в порядке от 5' до 3':
промотор HuBA, трансген, WPRE(x) и pA глобин-Oc;
промотор ЦМВ, энхансер TPL-eMLP, трансген, WPRE(r) и pA глобин-Oc;
промотор Syn, трансген, WPRE(r), 3'UTR(глобин) и pAGH-Bt;
промотор CBA, трансген и pAGH-Bt;
промотор EF1α, трансген и pA глобин-Oc;
промотор HuBA, трансген, R2V17 и pAGH-Bt;
промотор Syn, трансген, WPRE(х), 3'UTR(глобин) и pAGH- Hs;
промотор CaMKIIa, трансген, WPRE(r) и pAGH- Hs;
промотор ЦМВ, 5'-энхансер TPL-eMLP, трансген, WPRE(r) и pAGH-Hs;
промотор HuBA, трансген и pAGH- Hs;
промотор ЦМВ и TPL, eMPL, трансген, R2V17, 3'UTR(глобин) и pAGH- Bt;
промотор EF1α, трансген, WPRE(r) и pAGH-Bt;
промотор Syn, трансген, R2V17 и pA глобин-Oc;
промотор CaMKIIa, трансген, R2V17 и pA глобин-Oc;
промотор CBA, трансген, WPRE(х), 3'UTR(глобин) и pAGH-Hs;
промотор CBA, трансген, 3’UTR(глобин) и pA глобин-Oc;
промотор CaMKIIa, трансген, R2V17 и pAGH-Bt;
промотор EF1α, трансген, R2V17, 3'UTR (глобин) и pAGH-Hs;
промотор ЦМВ, трансген, R2V17, 3'UTR(глобин) и pAGH-Hs; или
промотор ЦМВ, трансген и pAGH- Hs,
причем трансген необязательно кодирует PARK2.
11. Вектор по любому из пп. 1-10, характеризующийся тем, что указанный вектор представляет собой вектор на основе аденоассоциированного вируса (AAV).
12. Вектор по п. 11, характеризующийся тем, что указанный вектор содержит два инвертированных концевых повтора (ИКП) AAV, фланкирующих экспрессионную кассету.
13. Вектор по п. 11 или 12, характеризующийся тем, что AAV характеризуется серотипом AAV1, AAV2, AAV5, AAV8, AAV9, AAVrh10 или AAVrh74.
14. Вектор по любому из пп. 11-13, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии включает самокомплементарный AAV или одноцепочечный AAV.
15. Вектор по любому из пп. 11-14, характеризующийся тем, что AAV представляет собой AAV дикого типа или модифицированный AAV.
16. Вектор по любому из пп. 11-15, характеризующийся тем, что AAV включает белок капсида, характеризующийся по меньшей мере 95% идентичностью с белком капсида VP1, VP2 или VP3 дикого типа.
17. Клетка-хозяин, содержащая вектор по любому из пп. 1-16.
18. Способ подавления дегенерации или гибели дофаминергического нейрона, несущего мутацию в гене, ассоциированном с болезнью Паркинсона (БП), включающий:
приведение нейрона в контакт с рекомбинантным вектором для генной терапии по любому из пп. 1-16;
причем после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии нейрон экспрессирует PARK2, PINK1, DJ-1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA,
причем нейрон необязательно несет мутацию в гене PARK2, а экспрессионная кассета кодирует PARK2.
19. Способ по п. 18, характеризующийся тем, что указанный нейрон экспрессирует пониженное количество альфа-синуклеина и/или содержит уменьшенное количество телец Леви после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
20. Способ по п. 18 или 19, характеризующийся тем, что указанный нейрон экспрессирует пониженное количество моноаминоксидаз после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
21. Способ по любому из пп. 18-20, характеризующийся тем, что указанный нейрон продуцирует и/или высвобождает повышенное количество дофамина после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
22. Способ по любому из пп. 18-21, характеризующийся тем, что указанный нейрон подвергается усиленной митофагии после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
23. Способ по любому из пп. 18-22, характеризующийся тем, что указанный нейрон экспрессирует пониженное количество моноаминоксидаз по сравнению с нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, причем указанное пониженное количество необязательно ниже по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70% или по меньшей мере на 80% по сравнению с количеством, экспрессируемым нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии.
24. Способ по любому из пп. 18-23, характеризующийся тем, что указанный нейрон продуцирует и/или высвобождает повышенное количество дофамина по сравнению количеством дофамина, продуцируемым и/или высвобождаемым нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, причем указанное повышенное количество необязательно выше по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере в два раза, по меньшей мере в три раза, по меньшей мере в четыре раза, по меньшей мере в пять раз или по меньшей мере в 10 раз, чем количество, продуцируемое и/или высвобождаемое нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии.
25. Способ по любому из пп. 18-24, характеризующийся тем, что указанный нейрон подвергается количественно повышенной аутофагии по сравнению с нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, причем повышенный количественный показатель необязательно выше по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере в два раза, по меньшей мере в три раза, по меньшей мере в четыре раза, по меньшей мере в пять раз или по меньшей мере в 10 раз, чем количественный показатель аутофагии, которому подвергается нейрон, не контактировавший с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии.
26. Способ по любому из пп. 18-25, характеризующийся тем, что указанный нейрон является первичным нейроном, положительным по тирозингидроксилазе.
27. Способ по любому из пп. 18-26, характеризующийся тем, что указанный нейрон получен из индуцированной плюрипотентной стволовой клетки, полученной из клеток субъекта с диагнозом болезни Паркинсона.
28. Способ лечения или подавления начала болезни Паркинсона (БП) у субъекта, страдающего болезнью Паркинсона или подверженного риску БП, включающий:
введение субъекту вектора по любому из пп. 1-16;
причем введение рекомбинантного вектора для генной терапии приводит к лечению или подавлению начала болезни Паркинсона у субъекта.
29. Способ по п. 28, характеризующийся тем, что БП представляет собой БП с ранним началом, необязательно аутосомно-рецессивную БП с ранним началом.
30. Способ по п. 28 или 29, характеризующийся тем, что субъект несет мутацию в гене PARK2.
31. Способ по любому из пп. 28-30, характеризующийся тем, что PARK2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 1.
32. Способ по любому из пп. 28-31, характеризующийся тем, что этап введения включает системное, парентеральное, внутривенное, церебральное, цереброспинальное, интратекальное, интрацистернальное, интрапутаминальное, интрагиппокампальное, интрастриарное или интрацеребровентрикулярное введение.
33. Способ по любому из пп. 28-31, характеризующийся тем, что этап введения включает внутривенную, церебральную, цереброспинальную, интратекальную, интрацистернальную, интрапутаминальную, интрагиппокампальную, интрастриарную или интрацеребровентрикулярную инъекцию.
34. Способ по п. 32, характеризующийся тем, что этап введения включает интратекальную инъекцию с наклоном по Тределенбургу.
35. Способ по п. 32, характеризующийся тем, что этап введения включает прямую инъекцию в pars compacta черной субстанции головного мозга.
36. Способ по любому из пп. 28-35, характеризующийся тем, что этап введения включает внедрение рекомбинантного вектора для генной терапии в головной мозг или цереброспинальную жидкость (ЦСЖ) субъекта.
37. Способ по любому из пп. 28-36, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x109 - 1x1014 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
38. Способ по любому из пп. 28-36, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x109 - 1x1014 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
39. Способ по любому из пп. 28-36, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x109 - 1x1014 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
40. Способ по любому из пп. 28-36, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x107 - 1x109 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
41. Способ по любому из пп. 28-40, характеризующийся тем, что субъект является взрослым.
42. Способ по любому из пп. 28-40, характеризующийся тем, что субъект является ребёнком.
43. Способ по любому из пп. 28-42, характеризующийся тем, что количество дофаминергических нейронов у субъекта после этапа введения превышает количество дофаминергических нейронов у субъекта до этапа введения.
44. Способ по любому из пп. 28-43, характеризующийся тем, что уровень дофамина у субъекта после этапа введения превышает уровень дофамина у субъекта до этапа введения.
45. Способ по любому из пп. 28-44, характеризующийся тем, что количество дофаминергических нейронов у субъекта, получившего лечение указанным способом, повышено по сравнению с количеством дофаминергических нейронов у субъекта, не получившего такого лечения.
46. Способ по любому из пп. 28-45, характеризующийся тем, что уровень дофамина у субъекта, получившего лечение указанным способом, повышен по сравнению с уровнем дофамина у субъекта, не получившего такого лечения.
47. Способ по любому из пп. 28-46, характеризующийся тем, что уровень дофамина в черной субстанции у субъекта, получившего лечение указанным способом, повышен по сравнению с уровнем дофамина в черной субстанции у субъекта, не получившего такого лечения.
48. Способ по любому из пп. 28-47, характеризующийся тем, что уровень PRKN в ЦСЖ субъекта после этапа введения превышает уровень PRKN в ЦСЖ субъекта до этапа введения.
49. Способ по любому из пп. 28-48, характеризующийся тем, что балльный показатель по унифицированной шкале оценки болезни Паркинсона (UPDRS) у субъекта до этапа введения улучшается по сравнению с балльным показателем UPDRS у субъекта до этапа введения.
50. Способ по любому из пп. 28-49, характеризующийся тем, что уровень PRKN в ЦСЖ субъекта, получившего лечение указанным способом, повышен по сравнению с уровнем PRKN в ЦСЖ субъекта, не получившего такого лечения.
51. Способ по любому из пп. 28-50, характеризующийся тем, что балльный показатель UPDRS у субъекта, получившего лечение указанным способом, улучшен по сравнению с балльным показателем UPDRS у субъекта, не получившего такого лечения.
52. Способ по любому из пп. 28-51, характеризующийся тем, что нейроны субъекта экспрессируют пониженное количество альфа-синуклеина и/или содержат уменьшенное количество телец Леви после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
53. Способ подавления дегенерации или гибели дофаминергического нейрона, несущего мутацию в гене, ассоциированном с болезнью Паркинсона (БП), причем мутированный ген представляет собой: ген белка Паркинсона 2, убиквитинпротеинлигазы E3 (PARK2), ген PTEN-индуцируемой предположительной киназы 1 (PINK1), ген протеиндегликазы DJ-1 (DJ-1), ген киназы 2, содержащей повтор, богатый лейцином (LRRK2), ген альфа-синуклеина (SCNA), ген протоонкогена c-Rel (c-Rel), ген фермента, активирующего убиквитин-подобный модификатор (ATG7), ген переносчика аминов синаптических пузырьков (VMAT2) или ген глюкоцереброзидазы (GBA), включающий:
приведение нейрона в контакт с рекомбинантным вектором для генной терапии, содержащим полинуклеотид, кодирующий белок дикого типа, экспрессируемый версией мутированного гена дикого типа, или его функциональный вариант или фрагмент;
причем после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии нейрон экспрессирует белок дикого типа или его функциональный вариант или фрагмент.
54. Способ по п. 53, характеризующийся тем, что белок PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA дикого типа содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 1-9, соответственно.
55. Способ по п. 53, характеризующийся тем, что указанный ген представляет собой ген PARK2, а белок PARK2 дикого типа содержит аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO: 10-17.
56. Способ по п. 53, характеризующийся тем, что указанный полинуклеотид содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 95% или 99% идентичностью с полинуклеотидной последовательностью PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA, приведенной в SEQ ID NO: 18-26, соответственно.
57. Способ по п. 53, характеризующийся тем, что указанный ген представляет собой ген PARK2, а полинуклеотид содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 95% или 99% идентичностью с полинуклеотидной последовательностью изоформы PARK2, приведенной в любой из SEQ ID NO: 27-34.
58. Способ по любому из пп. 53-57, характеризующийся тем, что указанный полинуклеотид является кодон-оптимизированным.
59. Способ по любому из пп. 53-58, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии представляет собой рекомбинантный аденоассоциированный вирус (AAV).
60. Способ по п. 59, характеризующийся тем, что AAV характеризуется серотипом AAV1, AAV2, AAV5, AAV8, AAV9, AAVrh10 или AAVrh74.
61. Способ по п. 59 или 60, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии включает самокомплементарный AAV.
62. Способ по любому из пп. 59-61, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии представляет собой одноцепочечный AAV.
63. Способ по любому из пп. 59-62, характеризующийся тем, что AAV представляет собой AAV дикого типа или модифицированный AAV.
64. Способ по любому из пп. 59-63, характеризующийся тем, что AAV содержит белок капсида, характеризующийся по меньшей мере 95% идентичностью с белком капсида VP1, VP2 или VP3 дикого типа.
65. Способ по любому из пп. 53-64, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии содержит полинуклеотид, содержащий в порядке от 5’ до 3’:
a. последовательность промотора, активного у эукариот; и
b. последовательность, кодирующую белок дикого типа или его функциональный фрагмент или вариант;
причем последовательность, кодирующая белок дикого типа или его функциональный фрагмент или вариант, функционально связана с последовательностью промотора, активного у эукариот.
66. Способ по любому из пп. 53-65, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии дополнительно содержит один или более из следующего:
нейрон-специфичный промотор, необязательно выбранный из группы, состоящей из промоторов hSYN1 (синапсина человека), INA (альфа-интернексина), NES (нестина), TH (тирозингидроксилазы), FOXA2 (Forkhead-бокса A2), CaMKII (кальмодулин-зависимой протеинкиназы II) и NSE (нейрон-специфичной энолазы);
широко распространенный промотор, выбранный из группы, состоящей из промоторов ЦМВ, CAG, UBC, PGK, EF1-альфа, GAPDH, SV40, ВГВ, а также бета-актина курицы и бета-актина человека;
энхансер;
интрон;
сигнал поли-A;
последовательность, кодирующую пептид 2A; и
WPRE (посттранскрипционный регуляторный элемент вируса гепатита сурков).
67. Способ по любому из пп. 53-64, характеризующийся тем, что указанный нейрон экспрессирует пониженное количество альфа-синуклеина и/или содержат уменьшенное количество телец Леви после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
68. Способ по любому из пп. 53-67, характеризующийся тем, что указанный нейрон экспрессирует пониженное количество моноаминоксидаз после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
69. Способ по любому из пп. 53-68, характеризующийся тем, что указанный нейрон продуцирует и/или высвобождает повышенное количество дофамина после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
70. Способ по любому из пп. 53-69, характеризующийся тем, что указанный нейрон подвергается усиленной митофагии после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
71. Способ по любому из пп. 53-70, характеризующийся тем, что указанный нейрон экспрессирует пониженное количество моноаминоксидаз по сравнению с нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, причем указанное пониженное количество необязательно ниже по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70% или по меньшей мере на 80%, чем количество, экспрессируемое нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии.
72. Способ по любому из пп. 53-71, характеризующийся тем, что указанный нейрон продуцирует и/или высвобождает повышенное количество дофамина по сравнению количеством дофамина, продуцируемым и/или высвобождаемым нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, причем указанное повышенное количество необязательно выше по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере в два раза, по меньшей мере в три раза, по меньшей мере в четыре раза, по меньшей мере в пять раз или по меньшей мере в 10 раз, чем количество, продуцируемое и/или высвобождаемое нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии.
73. Способ по любому из пп. 53-72, характеризующийся тем, что указанный нейрон подвергается количественно повышенной аутофагии по сравнению с нейроном, не контактировавшим с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, причем повышенный количественный показатель необязательно выше по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере в два раза, по меньшей мере в три раза, по меньшей мере в четыре раза, по меньшей мере в пять раз или по меньшей мере в 10 раз по сравнению с количественным показателем аутофагии, которому подвергается нейрон, не контактировавший с указанным рекомбинантным вектором для генной терапии.
74. Способ по любому из пп. 53-73, характеризующийся тем, что указанный нейрон является первичным нейроном, положительным по тирозингидроксилазе.
75. Способ по любому из пп. 53-74, характеризующийся тем, что указанный нейрон получен из индуцированной плюрипотентной стволовой клетки, полученной из клеток субъекта с диагнозом болезни Паркинсона.
76. Рекомбинантный вектор для генной терапии, содержащий полинуклеотид, кодирующий ген белка Паркинсона 2, убиквитинпротеинлигазы E3 (PARK2) дикого типа, ген PTEN-индуцируемой предположительной киназы 1 (PINK1), ген протеиндегликазы DJ-1 (DJ-1), ген киназы 2, содержащей повтор, богатый лейцином (LRRK2), ген альфа-синуклеина (SCNA), ген протоонкогена c-Rel (c-Rel), ген фермента, активирующего убиквитин-подобный модификатор (ATG7), ген переносчика аминов синаптических пузырьков (VMAT2) или ген глюкоцереброзидазы или их функциональный вариант или фрагмент; причем полинуклеотид функционально связан с промотором, активным у эукариот; а нейрон трансдуцируют указанным рекомбинантным вектором для генной терапии, экспрессирующим белок дикого типа или его функциональный вариант или фрагмент.
77. Рекомбинантный вектор для генной терапии по п. 76, характеризующийся тем, что белок PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA дикого типа содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 1-9, соответственно.
78. Рекомбинантный вектор для генной терапии по п. 76, характеризующийся тем, что указанный ген представляет собой ген PARK2, а белок PARK2 дикого типа содержит аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO: 10-17.
79. Рекомбинантный вектор для генной терапии по п. 76, характеризующийся тем, что указанный полинуклеотид содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 95% или 99% идентичностью с полинуклеотидной последовательностью PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA, приведенной в SEQ ID NO: 18-26, соответственно.
80. Рекомбинантный вектор для генной терапии по п. 76, характеризующийся тем, что указанный ген представляет собой ген PARK2, а полинуклеотид содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 95% или 99% идентичностью с полинуклеотидной последовательностью изоформы PARK2, приведенной в любой из SEQ ID NO: 27-34.
81. Рекомбинантный вектор для генной терапии по п. 76, характеризующийся тем, что указанный полинуклеотид является кодон-оптимизированным.
82. Рекомбинантный вектор для генной терапии по любому из пп. 76-81, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии представляет собой рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV).
83. Рекомбинантный вектор для генной терапии по п. 82, характеризующийся тем, что rAAV характеризуется серотипом AAV1, AAV2, AAV5, AAV8, AAV9, AAVrh10 или AAVrh74.
84. Рекомбинантный вектор для генной терапии по любому пп. 76-83, характеризующийся тем, что указанный рекомбинантный вектор для генной терапии включает самокомплементарный AAV или одноцепочечный AAV.
85. Рекомбинантный вектор для генной терапии по любому из пп. 76-83, характеризующийся тем, что указанный AAV представляет собой AAV дикого типа или модифицированный AAV.
86. Рекомбинантный вектор для генной терапии по любому из пп. 76-85, характеризующийся тем, что AAV содержит белок капсида, характеризующийся по меньшей мере 95% идентичностью с белком капсида VP1, VP2 или VP3 дикого типа.
87. Способ лечения или подавления начала болезни Паркинсона (БП) у субъекта, страдающего болезнью Паркинсона или подверженного риску БП, включающий:
введение субъекту рекомбинантного вектора для генной терапии, содержащего полинуклеотидную последовательность, кодирующую белок Паркинсона 2, убиквитинпротеинлигазу E3 (PARK2), белок PTEN-индуцируемой предположительной киназы 1 (PINK1), протеиндегликазы DJ-1 (DJ-1), киназы 2, содержащей повтор, богатый лейцином (LRRK2), альфа-синуклеина (SCNA), протоонкогена c-Rel (c-Rel), фермента, активирующего убиквитин-подобный модификатор (ATG7), переносчика аминов синаптических пузырьков (VMAT2) или глюкоцереброзидазы (GBA) дикого типа или его функциональный вариант или фрагмент,
причем введение рекомбинантного вектора для генной терапии приводит к лечению или подавлению начала болезни Паркинсона у субъекта.
88. Способ по п. 87, характеризующийся тем, что БП представляет собой БП с ранним началом, необязательно аутосомно-рецессивную БП с ранним началом.
89. Способ по п. 87 или 88, характеризующийся тем, что у субъекта есть мутация в гене PARK2, гене PINK1, гене LRRK2, гене SCNA, гене c-Rel, гене ATG7, гене VMAT2 или гене GBA.
90. Способ по любому из пп. 87-89, характеризующийся тем, что белок PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 1-9, соответственно.
91. Способ по любому из пп. 87-89, характеризующийся тем, что указанная последовательность кодирует ген PARK2, а белок PARK2 дикого типа содержит аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO: 10-17.
92. Способ по любому из пп. 87-89, характеризующийся тем, что указанный полинуклеотид содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 95% или 99% идентичностью с полинуклеотидной последовательностью PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA, приведенной в SEQ ID NO: 18-26, соответственно.
93. Способ по любому из пп. 87-89, характеризующийся тем, что указанная последовательность кодирует ген PARK2, а полинуклеотид содержит последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 95% или 99% идентичностью с полинуклеотидной последовательностью изоформы PARK2, приведенной в любой из SEQ ID NO: 27-34.
94. Способ по любому из пп. 87-93, характеризующийся тем, что последовательность, кодирующая белок PARK2, PINK1, LRRK2, SCNA, c-Rel, ATG7, VMAT2 или GBA или его функциональный вариант или фрагмент, является кодон-оптимизированной, причем указанная последовательность необязательно содержит любую из SEQ ID NO: 35-38.
95. Способ по любому из пп. 87-94, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии представляет собой рекомбинантный аденоассоциированный вирус (AAV).
96. Способ по п. 95, характеризующийся тем, что AAV характеризуется серотипом AAV1, AAV2, AAV5, AAV8, AAV9, AAVrh10 или AAVrh74.
97. Способ по п. 95 или 96, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии включает самокомплементарный AAV или одноцепочечный AAV.
98. Способ по любому из пп. 95-97, характеризующийся тем, что AAV представляет собой AAV дикого типа или модифицированный AAV.
99. Способ по любому из пп. 95-98, характеризующийся тем, что AAV содержит белок капсида, характеризующийся по меньшей мере 95% идентичностью с белком капсида VP1, VP2 или VP3 дикого типа.
100. Способ по любому из пп. 95-99, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии содержит полинуклеотид, содержащий в порядке от 5’ до 3’:
a. последовательность промотора, активного у эукариот; и
b. последовательность, кодирующую белок дикого типа или его функциональный фрагмент или вариант;
причем последовательность, кодирующая белок дикого типа или его функциональный фрагмент или вариант, функционально связана с последовательностью промотора, активного у эукариот.
101. Способ по п. 100, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии дополнительно содержит один или более из следующего:
нейрон-специфичный промотор, необязательно выбранный из группы, состоящей из промоторов hSYN1 (синапсина человека), INA (альфа-интернексина), NES (нестина), TH (тирозингидроксилазы), FOXA2 (Forkhead-бокса A2), CaMKII (кальмодулин-зависимой протеинкиназы II) и NSE (нейрон-специфичной энолазы);
широко распространенный промотор, выбранный из группы, состоящей из промоторов ЦМВ, CAG, UBC, PGK, EF1-альфа, GAPDH, SV40, ВГВ, а также бета-актина курицы и бета-актина человека;
энхансер;
интрон;
сигнал поли-A;
последовательность, кодирующую пептид 2A; и
WPRE (посттранскрипционный регуляторный элемент вируса гепатита сурков).
102. Способ по п. 101, характеризующийся тем, что рекомбинантный вектор для генной терапии содержит в порядке от 5’ до 3’:
промотор HuBA, трансген, WPRE(x) и pA глобин-Oc;
промотор ЦМВ, энхансер TPL-eMLP, трансген, WPRE(r) и pA глобин-Oc;
промотор Syn, трансген, WPRE(r), 3'UTR(глобин) и pAGH-Bt;
промотор CBA, трансген и pAGH-Bt;
промотор EF1α, трансген и pA глобин-Oc;
промотор HuBA, трансген, R2V17 и pAGH-Bt;
промотор Syn, трансген, WPRE(х), 3'UTR(глобин) и pAGH- Hs;
промотор CaMKIIa, трансген, WPRE(r) и pAGH- Hs;
промотор ЦМВ, энхансер TPL-eMLP, трансген, WPRE(r) и pAGH-Hs;
промотор HuBA, трансген и pAGH- Hs;
промотор ЦМВ и TPL, eMPL, трансген, R2V17, 3'UTR(глобин) и pAGH- Bt;
промотор EF1α, трансген, WPRE(r) и pAGH-Bt;
промотор Syn, трансген, R2V17 и pA глобин-Oc;
промотор CaMKIIa, трансген, R2V17 и pA глобин-Oc;
промотор CBA, трансген, WPRE(х), 3'UTR(глобин) и pAGH-Hs;
промотор CBA, трансген, 3’UTR(глобин) и pA глобин-Oc;
промотор CaMKIIa, трансген, R2V17 и pAGH-Bt;
промотор EF1α, трансген, R2V17, 3’ UTR (глобин) и pAGH-Hs;
промотор ЦМВ, трансген, R2V17, 3’UTR(глобин) и pAGH-Hs; или
промотор ЦМВ, трансген и pAGH- Hs,
причем трансген необязательно кодирует PARK2.
103. Способ по любому из пп. 87-102, характеризующийся тем, что этап введения включает системное, парентеральное, внутривенное, церебральное, цереброспинальное, интратекальное, интрацистернальное, интрапутаминальное, интрагиппокампальное, интрастриарное или интрацеребровентрикулярное введение.
104. Способ по п. 103, характеризующийся тем, что этап введения включает внутривенную, церебральную, цереброспинальную, интратекальную, интрацистернальную, интрапутаминальную, интрагиппокампальную, интрастриарную или интрацеребровентрикулярную инъекцию.
105. Способ по п. 103, характеризующийся тем, что этап введения включает интратекальную инъекцию с наклоном по Тределенбургу.
106. Способ по п. 103, характеризующийся тем, что этап введения включает прямую инъекцию в pars compacta черной субстанции головного мозга.
107. Способ по любому из пп. 87-106, характеризующийся тем, что этап введения включает внедрение рекомбинантного вектора для генной терапии в головной мозг или цереброспинальную жидкость (ЦСЖ) субъекта.
108. Способ по любому из пп. 87-107, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x109 - 1x1014 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
109. Способ по любому из пп. 87-108, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x109 - 1x1014 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
110. Способ по любому из пп. 87-108, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x109 - 1x1014 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
111. Способ по любому из пп. 87-110, характеризующийся тем, что субъекту вводят 1x107 - 1x109 геномов вектора для генной терапии на килограмм массы тела субъекта (гв/кг).
112. Способ по любому из пп. 87-111, характеризующийся тем, что субъект является взрослым.
113. Способ по любому из пп. 87-112, характеризующийся тем, что субъект является ребёнком.
114. Способ по любому из пп. 87-113, характеризующийся тем, что количество дофаминергических нейронов у субъекта после этапа введения превышает количество дофаминергических нейронов у субъекта до этапа введения.
115. Способ по любому из пп. 87-114, характеризующийся тем, что уровень дофамина у субъекта после этапа введения превышает уровень дофамина у субъекта до этапа введения.
116. Способ по любому из пп. 87-115, характеризующийся тем, что количество дофаминергических нейронов у субъекта, получившего лечение указанным способом, повышено по сравнению с количеством дофаминергических нейронов у субъекта, не получившего такого лечения.
117. Способ по любому из пп. 87-116, характеризующийся тем, что уровень дофамина у субъекта, получившего лечение указанным способом, повышен по сравнению с уровнем дофамина у субъекта, не получившего такого лечения.
118. Способ по п. 87 или 117, характеризующийся тем, что уровень дофамина в черной субстанции у субъекта, получившего лечение указанным способом, повышен по сравнению с уровнем дофамина в черной субстанции у субъекта, не получившего такого лечения.
119. Способ по любому из пп. 87-118, характеризующийся тем, что уровень PRKN в ЦСЖ субъекта после этапа введения превышает уровень PRKN в ЦСЖ субъекта до этапа введения.
120. Способ по любому из пп. 87-119, характеризующийся тем, что балльный показатель по унифицированной шкале оценки болезни Паркинсона (UPDRS) у субъекта до этапа введения улучшается по сравнению с балльным показателем UPDRS у субъекта до этапа введения.
121. Способ по любому из пп. 87-120, характеризующийся тем, что уровень PRKN в ЦСЖ субъекта, получившего лечение указанным способом, повышен по сравнению с уровнем PRKN в ЦСЖ субъекта, не получившего такого лечения.
122. Способ по любому из пп. 87-121, характеризующийся тем, что балльный показатель UPDRS у субъекта, получившего лечение указанным способом, улучшается по сравнению с балльным показателем UPDRS у субъекта, не получившего такого лечения.
123. Способ по любому из пп. 87-112, характеризующийся тем, что нейроны субъекта экспрессируют пониженное количество альфа-синуклеина и/или содержат уменьшенное количество телец Леви после контакта с рекомбинантным вектором для генной терапии.
124. Способ подавления дегенерации или гибели дофаминергического нейрона, содержащего мутацию гена паркина (PRKN), включающий приведение нейрона в контакт с системой редактирования генов, включающей:
a. белок Cas или полинуклеотид, кодирующий белок Cas;
b. направляющую РНК (нРНК); и
c. матрицу для репарации, содержащую ген функционального белка Паркинсона 2, убиквитинпротеинлигазы E3 (PARK2), ген PTEN-индуцируемой предположительной киназы 1 (PINK1), ген протеиндегликазы DJ-1 (DJ-1), ген киназы 2, содержащей повтор, богатый лейцином (LRRK2), ген альфа-синуклеина (SCNA), ген протоонкогена c-Rel (c-Rel), ген фермента, активирующего убиквитин-подобный модификатор (ATG7), ген переносчика аминов синаптических пузырьков (VMAT2) или ген глюкоцереброзидазы (GBA) или их функционального варианта или фрагмента;
причем указанная система редактирования генов способна осуществлять репарацию эндогенного гена в нейроне или инсерцию функционального гена в геном нейрона.
125. Способ по п. 124, характеризующийся тем, что доставку по меньшей мере одного компонента системы редактирования генов осуществляют посредством рекомбинантного AAV.
126. Способ по п. 124, характеризующийся тем, что доставку системы редактирования генов осуществляют посредством рекомбинантного AAV.
127. Система редактирования генов клетки, включающая:
a. белок Cas или полинуклеотид, кодирующий белок Cas;
b. направляющую РНК (нРНК); и
c. матрицу для репарации, содержащую ген функционального белка Паркинсона 2, убиквитинпротеинлигазы E3 (PARK2), ген PTEN-индуцируемой предположительной киназы 1 (PINK1), ген протеиндегликазы DJ-1 (DJ-1), ген киназы 2, содержащей повтор, богатый лейцином (LRRK2), ген альфа-синуклеина (SCNA), ген протоонкогена c-Rel (c-Rel), ген фермента, активирующего убиквитин-подобный модификатор (ATG7), ген переносчика аминов синаптических пузырьков (VMAT2) или ген глюкоцереброзидазы (GBA) или их функционального варианта или фрагмента;
причем указанная система редактирования генов способна осуществлять репарацию эндогенного гена в клетке или инсерцию функционального гена в геном клетки.
128. Система редактирования генов по п. 127, характеризующаяся тем, что доставку по меньшей мере одного компонента указанной системы редактирования генов осуществляют посредством рекомбинантного AAV.
129. Система редактирования генов по п. 127, характеризующаяся тем, что доставку указанной системы редактирования генов осуществляют посредством рекомбинантного AAV.
130. Система редактирования генов по любому из пп. 127-129, характеризующаяся тем, что указанная клетка представляет собой нейрон ex vivo.
131. Система редактирования генов по любому из пп. 127-130, характеризующаяся тем, что указанная клетка представляет собой клетку субъекта.