МУЛЬТИМЕРИЗУЮЩИЕСЯ ПОЛИПЕПТИДЫ, ПРОИСХОДЯЩИЕ ОТ ДОМЕНА С УКЛАДКОЙ ТИПА РУЛЕТ ОСНОВАНИЯ ПЕНТОНА АДЕНОВИРУСА

1. Полипептид, имеющий структуру формулы (I)
где
А представляет собой N-концевой аминокислотный участок белка основания пентона аденовируса,
В представляет собой аминокислотный участок белка основания пентона аденовируса,
С представляет собой С-концевой аминокислотный участок основания пентона аденовируса,
где В представляет собой аминокислотный участок, расположенный между А и С в последовательности указанного основания пентона аденовируса,
где А, В и С образуют домен с укладкой типа рулет (jelly roll fold) указанного белка основания пентона аденовируса,
1
2
L и L независимо друг от друга выбраны из группы, состоящей из олигопептида, полипептида, белка и белкового комплекса,
где указанный олигопептид, полипептид, белок и белковый комплекс, соответственно, являются либо по существу неаденовирусными, либо, если являются аденовирусными, происходят от аденовируса, имеющего серотип отличный от серотипа аденовируса, от которого происходят указанные аминокислотные участки А, В и С.
2. Полипептид по п. 1, где аминокислотный участок А содержит бета-листы 1, 2 и 3 домена с укладкой типа рулет указанного аденовируса.
3. Полипептид по п. 1 или 2, где аминокислотный участок В содержит бета-листы 4 и 5 домена с укладкой типа рулет указанного аденовируса.
4. Полипептид по любому из пп. 1-3, где аминокислотный участок С содержит бета-листы 6, 7 и 8 домена с укладкой типа рулет аденовируса.
5. Полипептид по любому из пп. 1-4, где аминокислотные участки А, В и С имеют аминокислотную последовательность, причем каждая независимо выбрана из группы, состоящей из оснований пентона аденовируса человека 2 серотипа, аденовируса человека 3 серотипа, аденовируса человека 4 серотипа, аденовируса человека 5 серотипа, аденовируса человека 7 серотипа, аденовируса человека 11 серотипа, аденовируса человека 12 серотипа, аденовируса человека 17 серотипа, аденовируса человека 25 серотипа, аденовируса человека 35 серотипа, аденовируса человека 37 серотипа, аденовируса человека 41 серотипа, аденовируса гориллы, аденовируса шимпанзе, аденовируса обезьяны 18 серотипа, аденовируса обезьяны 20 серотипа, аденовируса обезьяны 49 серотипа, аденовируса макака-резуса 51 серотипа, аденовируса макака-резуса 52 серотипа и аденовируса макака-резуса 53 серотипа.
6. Полипептид по п. 5, где аминокислотный участок А имеет следующую консенсусную последовательность (SEQ ID NO: 21):
1-47
1
2
3
4
5
6
7
3
(U) PTXGRNSIRY SXXXPXXDTT XXYLVDNKSA DIASLNYQND
5
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
HSNFXTTVXQNNDXXPXEAX TQTINXDXRS RWGXXLKTIX
19
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
XTZZZZZZZZZZZZZZZ,
1
1
15
где аминокислотный участок А заканчивается на С-конце перед Z у остатка Т или у аминокислоты с Z по Z,
U представляет собой любую аминокислоту или отсутствует,
1
X представляет собой Е или G,
2
Х представляет собой Е или S,
3
Х представляет собой L или V,
4
Х представляет собой А или S,
5
Х представляет собой L или Q,
6
Х представляет собой Y или Е,
7
Х представляет собой R или K,
8
Х представляет собой V или L,
9
Х представляет собой V или I,
10
Х представляет собой F или Y,
11
Х представляет собой Т или S,
12
Х представляет собой А, или Т, или I, или G,
13
Х представляет собой S или G,
14
Х представляет собой F или L,
15
Х представляет собой Е или D,
16
X представляет собой А или G,
17
Х представляет собой D или Q,
18
X представляет собой L или М,
19
Х представляет собой Н или R,
1
Z, если присутствует, представляет собой N,
2
Z, если присутствует, представляет собой М,
3
Z, если присутствует, представляет собой Р,
4
Z, если присутствует, представляет собой N,
5
Z, если присутствует, представляет собой V или I,
6
Z, если присутствует, представляет собой N,
7
Z, если присутствует, представляет собой Е или D,
8
Z, если присутствует, представляет собой Y или F,
9
Z, если присутствует, представляет собой М,
10
Z, если присутствует, представляет собой F, или S, или Y,
11
Z, если присутствует, является Т или S,
12
Z, если присутствует, является S или N,
13
Z, если присутствует, представляет собой K,
14
Z, если присутствует, представляет собой F,
16
Z, если присутствует, представляет собой K.
7. Полипептид по п. 6, где аминокислотный участок А выбран из группы, состоящей из следующих последовательностей:
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 48, до аминокислоты, выбранной из положений с 129 по 144, UniProt Асе. № Q2Y0H9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 48, до аминокислоты, выбранной из положений с 129 по 144, UniProt Асе. № Р03276,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 44, до аминокислоты, выбранной из положений с 125 по 140, UniProt Асе. № Q2KSF3,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 48, до аминокислоты, выбранной из положений с 129 по 144, UniProt Асе. № Р12538,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 48, до аминокислоты, выбранной из положений с 129 по 144, UniProt Асе. № Q9JFT6,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 48, до аминокислоты, выбранной из положений с 129 по 144, UniProt Асе. № D2DM93,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 38, до аминокислоты, выбранной из положений с 119 по 134, UniProt Асе. № Р36716,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 35, до аминокислоты, выбранной из положений с 116 по 131, UniProt Асе. № F1DT65,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 43, до аминокислоты, выбранной из положений с 124 по 139, UniProt Асе. № M0QUK0,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 49, до аминокислоты, выбранной из положений с 130 по 145, UniProt Асе. № Q7T941,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 35, до аминокислоты, выбранной из положений с 116 по 131, UniProt Асе. № Q912J1,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 46, до аминокислоты, выбранной из положений с 127 по 142, UniProt Асе. № F8WQN4,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 49, до аминокислоты, выбранной из положений с 130 по 145, UniProt Асе. № E5L3Q9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 44, до аминокислоты, выбранной из положений с 125 по 140, UniProt Асе. № G9G849,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 46, до аминокислоты, выбранной из положений с 127 по 142, UniProt Асе. № H8PFZ9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 45, до аминокислоты, выбранной из положений с 126 по 141, UniProt Асе. № F6KSU4,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 46, до аминокислоты, выбранной из положений с 127 по 142, UniProt Асе. № F2WTK5,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 43, до аминокислоты, выбранной из положений с 124 по 139, UniProt Асе. № A0A0A1EWW1,
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 43, до аминокислоты, выбранной из положений с 124 по 139, UniProt Асе. № A0A0A1EWX7, и
от аминокислоты, выбранной из положений с 1 по 44, до аминокислоты, выбранной из положений с 125 по 140, UniProt Асе. № A0A0A1EWZ7.
8. Полипептид по любому из пп. 5-7, где аминокислотный участок В вышеуказанной общей формулы (I) имеет следующую последовательность (SEQ ID NO: 22):
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
20
21
22
23
24
25
26
28
29
30
ZZZZZZZZZZ ZQVYWSLPDX MXDPVTFRST XQXXNXPVVGX ELZZZ,
17
27
27
где: аминокислотный участок В начинается на N-конце у аминокислоты с Z по Z или у аминокислоты Q после Z,
28
28
30
аминокислотный участок В заканчивается на С-конце перед Z у аминокислоты L или у аминокислоты с Z по Z,
17
Z, если присутствует, представляет собой L или S,
18
Z, если присутствует, представляет собой Т, или Р, или С,
19
Z, если присутствует, представляет собой Т или Р,
20
Z, если присутствует, представляет собой Р, или S, или А, или R,
21
Z, если присутствует, представляет собой N или D,
22
Z, если присутствует, представляет собой G или V,
23
Z, если присутствует, представляет собой Н или Т,
24
Z, если присутствует, представляет собой С,
25
Z, если присутствует, представляет собой G,
26
Z, если присутствует, представляет собой А, или V, или S,
27
Z, если присутствует, представляет собой Е или Q,
20
Х представляет собой L или М,
21
Х представляет собой Q или K,
22
Х представляет собой Q, или R, или S,
23
Х представляет собой V или I,
24
Х представляет собой S или N,
25
Х представляет собой Y или F,
26
Х представляет собой А или V,
28
Z, если присутствует, представляет собой М или L,
29
Z, если присутствует, представляет собой Р,
30
Z, если присутствует, представляет собой V или F.
9. Полипептид по п. 8, где аминокислотный участок В выбран из группы, состоящей из следующих последовательностей:
от аминокислоты, выбранной из положений с 398 по 409, до аминокислоты, выбранной из положений с 440 по 443, UniProt Асе. № Q2Y0H9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 425 по 436, до аминокислоты, выбранной из положений с 467 по 470, UniProt Асе. № Р03276,
от аминокислоты, выбранной из положений с 379 по 390, до аминокислоты, выбранной из положений с 421 по 444, UniProt Асе. № Q2KSF3,
от аминокислоты, выбранной из положений с 425 по 436, до аминокислоты, выбранной из положений с 467 по 470, UniProt Асе. № Р12538,
от аминокислоты, выбранной из положений с 398 по 409, до аминокислоты, выбранной из положений с 440 по 443, UniProt Асе. № Q9JFT6,
от аминокислоты, выбранной из положений с 415 по 426, до аминокислоты, выбранной из положений с 457 по 460, UniProt Асе. № D2DM93,
от аминокислоты, выбранной из положений с 351 по 362, до аминокислоты, выбранной из положений с 393 по 397, UniProt Асе. № Р36716,
от аминокислоты, выбранной из положений с 370 по 381, до аминокислоты, выбранной из положений с 413 по 416, UniProt Асе. № F1DT65,
от аминокислоты, выбранной из положений с 388 по 399, до аминокислоты, выбранной из положений с 440 по 443, UniProt Асе. № M0QUK0,
от аминокислоты, выбранной из положений с 445 по 456, до аминокислоты, выбранной из положений с 497 по 500, UniProt Асе. № Q7T941,
от аминокислоты, выбранной из положений с 372 по 383, до аминокислоты, выбранной из положений с 414 по 417, UniProt Асе. № Q912J1,
от аминокислоты, выбранной из положений с 362 по 373, до аминокислоты, выбранной из положений с 404 по 407, UniProt Асе. № F8WQN4,
от аминокислоты, выбранной из положений с 416 по 427, до аминокислоты, выбранной из положений с 458 по 461, UniProt Асе. № E5L3Q9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 372 по 383, до аминокислоты, выбранной из положений с 420 по 423, UniProt Асе. № G9G849,
от аминокислоты, выбранной из положений с 353 по 364, до аминокислоты, выбранной из положений с 395 по 398, UniProt Асе. № H8PFZ9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 358 по 369, до аминокислоты, выбранной из положений с 400 по 403, UniProt Асе. № F6KSU4,
от аминокислоты, выбранной из положений с 356 по 367, до аминокислоты, выбранной из положений с 398 по 401, UniProt Асе. № F2WTK5,
от аминокислоты, выбранной из положений с 352 по 363, до аминокислоты, выбранной из положений с 394 по 397, UniProt Асе. № A0A0A1EWW1,
от аминокислоты, выбранной из положений с 350 по 361, до аминокислоты, выбранной из положений с 392 по 395, UniProt Асе. № A0A0A1EWX7, и
от аминокислоты, выбранной из положений с 351 по 362, до аминокислоты, выбранной из положений с 393 по 396, UniProt Асе. № A0A0A1EWZ7.
10. Полипептид по любому из пп. 5-9, где аминокислотный участок С вышеуказанной общей формулы (I) имеет следующую последовательность (SEQ ID NO: 23):
31
32
33
27
28
30
31
ZZZALTDHGT LPLRSSIXGV QRVTXTDARR RTCPYVYKA LGIVXPXVLS SRTF,
31
33
33
где аминокислотный участок С начинается на N-конце у аминокислоты с Z по Z или у аминокислоты А после Z,
31
Z, если присутствует, представляет собой N,
32
Z, если присутствует, представляет собой V,
33
Z, если присутствует, представляет собой Р,
27
Х представляет собой R, или S, или G,
28
Х представляет собой V или I,
29
Х представляет собой Y или Н,
30
Х представляет собой А или S,
31
Х представляет собой R или K.
11. Полипептид по п. 10, где аминокислотный участок С выбран из группы, состоящей из следующих последовательностей:
от аминокислоты, выбранной из положений с 492 по 495, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Q2Y0H9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 519 по 522, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Р03276,
от аминокислоты, выбранной из положений с 466 по 469, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Q2KSF3,
от аминокислоты, выбранной из положений с 492 по 495, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Р12538,
от аминокислоты, выбранной из положений с 465 по 468, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Q9JFT6,
от аминокислоты, выбранной из положений с 482 по 485, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № D2DM93,
от аминокислоты, выбранной из положений с 419 по 422, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Р36716,
от аминокислоты, выбранной из положений с 438 по 441, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № F1DT65,
от аминокислоты, выбранной из положений с 455 по 458, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № M0QUK0,
от аминокислоты, выбранной из положений с 522 по 525, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Q7T941,
от аминокислоты, выбранной из положений с 439 по 442, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № Q912J1,
от аминокислоты, выбранной из положений с 429 по 432, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № F8WQN4,
от аминокислоты, выбранной из положений с 483 по 486, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № E5L3Q9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 445 по 448, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № G9G849,
от аминокислоты, выбранной из положений с 420 по 423, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № H8PFZ9,
от аминокислоты, выбранной из положений с 425 по 428, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № F6KSU4,
от аминокислоты, выбранной из положений с 423 по 426, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № F2WTK5,
от аминокислоты, выбранной из положений с 419 по 422, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № A0A0A1EWW1,
от аминокислоты, выбранной из положений с 417 по 420, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № A0A0A1EWX7, и
от аминокислоты, выбранной из положений с 418 по 421, до С-концевой аминокислоты UniProt Асе. № A0A0A1EWZ7.
12. Полипептид по любому из пп. 1-11, где аминокислотный участок А имеет последовательность положений с 1 по 132 UniProt Асе. № Q2Y0H9, аминокислотный участок В имеет последовательность положений с 407 по 442 UniProt Асе. № Q2Y0H9, и аминокислотный участок С имеет последовательность положений с 493 по 544 UniProt Асе. № Q2Y0H9.
2
13. Полипептид по любому из пп. 1-12, где Li и/или L представляет собой олигопептид, имеющий последовательность из от 4 до 40 аминокислот, выбранных из аминокислот G и S.
1
2
14. Полипептид по п. 13, где L и/или L независимо выбраны из группы, состоящей из GGGS (SEQ ID NO: 24) и GGSGGS (SEQ ID NO: 25).
1
2
15. Полипептид по любому из пп. 1-12, где L представляет собой аденовирусную последовательность, содержащую петлю RGD основания пентона аденовируса, имеющего серотип отличный от серотипа аденовируса(ов), от которого происходят указанные аминокислотные участки А, В и С, и/или L представляет собой аденовирусную последовательность, содержащую вариабельную петлю основания пентона аденовируса, имеющего серотип отличный от серотипа аденовируса, от которого происходят указанные аминокислотные участки А, В и С.
1
2
16. Полипептид по п. 15, где L представляет собой большой фрагмент домена «корона» основания пентона аденовируса, имеющего серотип отличный от серотипа аденовируса(ов), от которого происходят указанные аминокислотные участки А, В и С, и L представляет собой малый фрагмент домена «корона» основания пентона аденовируса, имеющего серотип отличный от серотипа аденовируса(ов), от которого происходят указанные аминокислотные участки А, В и С.
17. Полипептид по п. 16, где большой и малый фрагменты происходят из белка основания пентона одного и того же аденовируса.
18. Полипептид по п. 16, где большой и малый фрагменты происходят из белка основания пентона различных аденовирусов.
19. Полипептид по любому из пп. 15-18, где одна или более неаденовирусных последовательностей вставлены в петлю RGD и/или вариабельную петлю.
1
2
20. Полипептид по любому из пп. 1-19, где L и/или L содержат антиген.
21. Полипептид по п. 20, где антиген выбран из группы, состоящей из антигена инфекционного агента и опухолевого антигена.
1
2
22. Полипептид по любому из пп. 1-21, где к L и/или L присоединен/присоединены нуклеиновая кислота, лекарственное средство, метка и/или партнер по связыванию биологически связывающейся пары.
23. Нуклеиновая кислота, кодирующая полипептид по любому из пп. 1-22.
24. Нуклеиновая кислота, содержащая последовательность, имеющую следующую общую формулу (II)
где
а представляет собой нуклеотидную последовательность, кодирующую А общей формулы (I),
b представляет собой нуклеотидную последовательность, кодирующую В общей формулы (I),
с представляет собой нуклеотидную последовательность, кодирующую С общей формулы (I), и
1
2
1
4
l, l каждый представляет собой нуклеотидную последовательность, с is по is каждый независимо представляет собой нуклеотидную последовательность, содержащую по меньшей мере один сайт инсерции.
1
4
25. Нуклеиновая кислота по п. 24, где значения с is по is выбраны из группы, состоящей из последовательностей распознавания рестрикционных ферментов и последовательностей распознавания хоминг-эндонуклеаз.
1
2
3
4
26. Нуклеиновая кислота по п. 25, где is содержит сайт EcoRI, is содержит сайт RsrII, is содержит сайт SacI, и is содержит сайт XbaI.
27. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп. 23-26.
28. Вектор по п. 27, содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп. 23-26 в кассете экспрессии.
29. Рекомбинантная клетка-хозяин, содержащая нуклеиновую кислоту по любому из пп. 23-26 или вектор по п. 27 или п. 28.
30. Пентамерный комплекс полипептида по любому из пп. 1-22.
31. Вирусоподобная частица (ВПЧ), содержащая 12 пентамерных комплексов по п. 30.
32. Полипептид по любому из пп. 1-22, нуклеиновая кислота по п. 23, вектор по п. 27 или п. 28, клетка-хозяин по п. 29 или ВПЧ по п. 31 для применения в качестве лекарственного средства.
33. Фармацевтическая композиция, содержащая полипептид по любому из пп. 1-22, нуклеиновую кислоту по п. 23, вектор по п. 27 или 28, клетку-хозяин по п. 29 или ВПЧ по п. 31 вместе с по меньшей мере одним фармацевтически приемлемым носителем, эксципиентом и/или разбавителем.
34. Способ получения полипептида по любому из пп. 1-22, включающий стадию культивирования рекомбинантной клетки-хозяина по п. 29, где клетка-хозяин содержит вектор по п. 28, который содержит нуклеиновую кислоту по п. 23, в условиях, обеспечивающих экспрессию указанного полипептида.
35. Способ получения ВПЧ по п. 31, включающий стадию инкубации раствора полипептида по любому из пп. 1-22 в условиях, обеспечивающих сборку полипептида в ВПЧ.
36. Полипептид по любому из пп. 1-22, нуклеиновая кислота по п. 23, вектор по п. 27 или п. 28, клетка-хозяин по п. 29 или ВПЧ по п. 31 для применения в лечении и/или предотвращении инфекционного заболевания, иммунного заболевания, опухоли или рака.