СИСТЕМА, СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ БИОПЕРЕРАБОТКИ

1
1
1. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм, при этом указанный микроорганизм аккумулирует повышенный уровень жирных кислот или сверхэкспрессирует жирные кислоты по сравнению с родительским или эталонным метаболизирующим C нефотосинтезирующим микроорганизмом.
1
1
2. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 1, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм содержит гетерологичный полинуклеотид, кодирующий фермент синтеза жирных кислот, фермент ассимиляции формальдегида или любую их комбинацию.
1
3. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 2, отличающийся тем, что гетерологичный полинуклеотид кодирует тиоэстеразу, малонил-КоА: ацилпереносящий белок-трансацилазу, ацетил-КоА-карбоксилазу или любую их комбинацию.
1
4. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 3, отличающийся тем, что:
1
(i) тиоэстераза является кодон-оптимизированной для метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма;
(ii) малонил-КоА: ацилпереносящий белок-трансацилаза представляет собой кодон-оптимизированный fabD Е. coli;
(iii) ацетил-КоА-карбоксилаза представляет собой кодон-оптимизированный accA, ассВ, ассС, accD Е. coli или любую их комбинацию;
1
(iv) рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит мутацию, которая минимизирует или устраняет активность жирная кислота: КоА-лигазы.
1
1
5. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм представляет собой бактерию или дрожжи.
1
1
6. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 5, отличающийся тем, что рекомбинантная метаболизирующая C бактерия представляет собой метанотроф или метилотроф.
1
7. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 6, отличающийся тем, что метанотроф или метилотроф представляет собой Methylomonas sp. 16a (АТСС РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL В-11, 196), Methylosinus sporium (NRRL В-11, 197), Methylocystis parvus (NRRL В-11, 198), Methylomonas methanica (NRRL B-11, 199), Methylomonas albus (NRRL B-11, 200), Methylobacter capsulatus Y (NRRL B-11, 201), Methylococcus capsulatus Bath (NCIMB 11132), Methylobacterium organophilum (ATCC 27, 886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylomicrobium alcaliphilum, Methylocella silvestris, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodulans или любую их комбинацию.
1
1
8. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 7, отличающийся тем, что рекомбинантная метаболизирующая C бактерия представляет собой бактерию, метаболизирующую синтез-газ.
1
9. Рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм по п. 8, отличающийся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium autoethanogenum, Clostridium ljungdahli, Clostridium ragsdalei, Clostridium carboxydivorans, Butyribacterium methylotrophicum, Clostridium woodii, Clostridium neopropanologen или их комбинацию.
1
13
10. Биомасса метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма, при этом δC указанной биомассы составляет менее примерно - 30‰.
1
11. Биомасса по п. 10, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм содержит гетерологичный полинуклеотид, кодирующий фермент синтеза жирных кислот, фермент ассимиляции формальдегида или любую их комбинацию.
12. Биомасса по п. 11, отличающаяся тем, что гетерологичный полинуклеотид кодирует тиоэстеразу, малонил-КоА: ацилпереносящий белок-трансацилазу, ацетил-КоА-карбоксилазу или любую их комбинацию.
13. Биомасса по п. 12, отличающаяся тем, что:
1
(i) тиоэстераза является кодон-оптимизированной для метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма;
(ii) малонил-КоА: ацилпереносящий белок-трансацилаза представляет собой кодон-оптимизированный fabD Е. coli;
(iii) ацетил-КоА-карбоксилаза представляет собой кодон-оптимизированный accA, accB, accC, accD Е. coli или любую их комбинацию; или
1
(iv) рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит мутацию, которая минимизирует или устраняет активность жирная кислота: КоА-лигазы.
1
14. Биомасса по любому из пп. 10-13, отличающаяся тем, что метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм представляет собой бактерию или дрожжи.
1
15. Биомасса по п. 14, отличающаяся тем, что рекомбинантная метаболизирующая C бактерия представляет собой метанотроф или метилотроф.
16. Биомасса по п. 15, отличающаяся тем, что метанотроф или метилотроф представляет собой Methylomonas sp. 16a (АТСС РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL В-11, 196), Methylosinus sporium (NRRL В-11, 197), Methylocystis parvus (NRRL B-11, 198), Methylomonas methanica (NRRL B-11, 199), Methylomonas albus (NRRL B-11, 200), Methylobacter capsulatus Y (NRRL B-11, 201), Methylococcus capsulatus Bath (NCIMB 11132), Methylobacterium organophilum (ATCC 27, 886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylomicrobium alcaliphilum, Methylocella silvestris, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodulans или любую их комбинацию.
1
17. Биомасса по п. 14, отличающаяся тем, что рекомбинантная метаболизирующая C бактерия представляет собой бактерию, метаболизирующую синтез-газ.
18. Биомасса по п. 17, отличающаяся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium autoethanogenum, Clostridium ljungdahli, Clostridium ragsdalei, Clostridium carboxydivorans, Butyribacterium methylotrophicum, Clostridium woodii, Clostridium neopropanologen или их комбинацию.
13
19. Биомасса по любому из пп. 10-13 и 15-18, отличающаяся тем, что δC биомассы составляет от примерно - 40‰ до примерно - 60‰.
13
20. Биомасса по п. 14, отличающаяся тем, что δC биомассы составляет от примерно - 40‰ до примерно - 60‰.
21. Биомасса по любому из пп. 10-13, 15-18 и 20, отличающаяся тем, что биомасса содержит:
1
1
(i) метаболизирующий C микроорганизм совместно с культивирующей средой, в которой выращен метаболизирующий C микроорганизм;
1
1
(ii) метаболизирующий C микроорганизм, извлеченный из культуры, растущей на субстрате C; или
1
13
(iii) композицию супернатанта отработавшей среды из культуральной жидкости рекомбинантного метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма, и при этом δC композиции отработавшей среды составляет менее примерно - 30‰.
22. Биомасса по п. 14, отличающаяся тем, что биомасса содержит:
1
1
(i) метаболизирующий C микроорганизм совместно с культивирующей средой, в которой выращен метаболизирующий C микроорганизм;
1
1
(ii) метаболизирующий C микроорганизм, извлеченный из культуры, растущей на субстрате C; или
1
13
(iii) композицию супернатанта отработавшей среды из культуральной жидкости рекомбинантного метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма, и при этом δC композиции отработавшей среды составляет менее примерно - 30‰.
1
13
23. Масляная композиция метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма, содержащая молекулы, содержащие атомы водорода и углерода, где указанные атомы водорода и углерода составляют по меньшей мере примерно 50% от массы указанной композиции, и при этом δC композиции составляет от примерно - 70‰ до примерно - 30‰.
1
24. Масляная композиция по п. 23, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм содержит гетерологичный полинуклеотид, кодирующий фермент синтеза жирных кислот, фермент ассимиляции формальдегида или любую их комбинацию.
25. Масляная композиция по п. 24, отличающаяся тем, что гетерологичный полинуклеотид кодирует тиоэстеразу, малонил-КоА: ацилпереносящий белок-трансацилазу, ацетил-КоА-карбоксилазу или любую их комбинацию.
26. Масляная композиция по п. 25, отличающаяся тем, что:
1
(i) тиоэстераза является кодон-оптимизированной для метаболизирующего C нефотосинтезирующего микроорганизма;
(ii) малонил-КоА: ацилпереносящий белок-трансацилаза представляет собой кодон-оптимизированный fabD Е. coli;
(iii) ацетил-КоА-карбоксилаза представляет собой кодон-оптимизированный accA, ассВ, ассС, accD Е. coli или любую их комбинацию; или
1
(iv) рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит мутацию, которая минимизирует или устраняет активность жирная кислота: КоА-лигазы.
1
27. Масляная композиция по любому из пп. 23-26, отличающаяся тем, что метаболизирующий C нефотосинтезирующий микроорганизм представляет собой бактерию или дрожжи.
1
28. Масляная композиция по п. 27, отличающаяся тем, что рекомбинантная метаболизирующая C бактерия представляет собой метанотроф или метилотроф.
29. Масляная композиция по п. 28, отличающаяся тем, что метанотроф или метилотроф представляет собой Methylomonas sp. 16а (АТСС РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL В-11, 196), Methylosinus sporium (NRRL В-11, 197), Methylocystis parvus (NRRL B-11, 198), Methylomonas methanica (NRRL B-11, 199), Methylomonas albus (NRRL B-11, 200), Methylobacter capsulatus Y (NRRL B-11, 201), Methylococcus capsulatus Bath (NCIMB 11132), Methylobacterium organophilum (ATCC 27, 886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylomicrobium alcaliphilum, Methylocella silvestris, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodulans или любую их комбинацию.
1
30. Масляная композиция по п. 27, отличающаяся тем, что рекомбинантная метаболизирующая C бактерия представляет собой бактерию, метаболизирующую синтез-газ.
31. Масляная композиция по п. 30, отличающаяся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium autoethanogenum, Clostridium ljungdahli, Clostridium ragsdalei, Clostridium carboxydivorans, Butyribacterium methylotrophicum, Clostridium woodii, Clostridium neopropanologen или их комбинацию.
32. Масляная композиция по любому из пп. 23-26 и 28-31, отличающаяся тем, что указанная композиция содержит по меньшей мере 50% мас./мас. жирных кислот.
33. Масляная композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная композиция содержит по меньшей мере 50% мас./мас. жирных кислот.
1
1
34. Блок регулируемого культивирования, в котором C субстрат, необязательно представляющий собой природный газ или синтез-газ, при твердофазной ферментации доставляют в газовой фазе к микробным биопленкам, при этом микробные биопленки содержат рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по любому из пп. 1-9.