ИНЖЕНЕРИЯ И ОПТИМИЗАЦИЯ ОДНОЦЕПОЧЕЧНЫХ АНТИТЕЛ НА ОСНОВЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

H
L
1. Способ идентификации одного или более каркасных положений аминокислот для мутагенеза в одноцепочечном антителе (scFv), содержащем аминокислотные последовательности V и V, который включает:
H
L
H
L
a) получение первой базы данных по аминокислотным последовательностям V, V или V и V;
H
L
H
L
b) получение второй базы данных по аминокислотным последовательностям V, V или V и V антител scFv, выбранных как обладающие по меньшей мере одним желательным функциональным свойством;
c) определение вариабельности аминокислот по каждому каркасному положению из первой базы данных и по каждому каркасному положению из второй базы данных;
d) идентификацию одного или более каркасных положений, в которых степень вариабельности аминокислот отличается между первой и второй базой данных, тем самым идентифицируя одно или более каркасных положений аминокислот для мутагенеза в одноцепочечном антителе (scFv).
H
L
H
L
2. Способ по п.1, в котором первая база данных содержит аминокислотные последовательности эмбриональных V, V или V и V.
H
L
H
L
3. Способ по п.1, в котором первая база данных состоит из аминокислотных последовательностей эмбриональных V, V или V и V.
H
L
H
L
4. Способ по п.1, в котором первая база данных содержит аминокислотные последовательности зрелых V, V или V и V.
H
L
H
L
5. Способ по п.1, в котором первая база данных состоит из аминокислотных последовательностей зрелых V, V или V и V.
H
L
H
L
6. Способ по п.4 или 5, в котором аминокислотные последовательности зрелых V, V или V и V происходят из базы данных Кабата (KDB).
H
L
H
L
7. Способ по п.1, в котором вторая база данных содержит аминокислотные последовательности V, V или V и V антител scFv, отобранных методом QC.
H
L
H
L
8. Способ по п.1, в котором вторая база данных состоит из аминокислотных последовательностей V, V или V и V антител scFv, отобранных методом QC.
9. Способ по п.1, в котором желательным функциональным свойством является улучшенная стабильность, улучшенная растворимость, отсутствие агрегации или улучшение экспрессии.
10. Способ по п.9, в котором улучшение экспрессии наблюдается в прокариотических клетках.
11. Способ по п.1 с условием, что желательным функциональным свойством не является улучшение аффинности связывания с антигеном.
12. Способ по п.1, в котором вариабельность аминокислот в каждом каркасном положении определяют посредством присваивания степени консервативности с помощью индекса Симпсона.
13. Способ по п.12, в котором одно или более каркасных положений аминокислот идентифицируют для мутагенеза на основе одного или более каркасных положений аминокислот, имеющих меньшее значение индекса Симпсона в базе данных scFv по сравнению с первой базой данных.
14. Способ по п.12, в котором одно или более каркасных положений аминокислот идентифицируют для мутагенеза на основе одного или более каркасных положений аминокислот, имеющих большее значение индекса Симпсона в базе данных scFv по сравнению с первой базой данных.