СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ УВЕЛЕЧЕНИЯ УРОЖАЙНОСТИ НИЗКОРОСЛЫХ РАСТЕНИЙ ПУТЕМ МАНИПУЛЯЦИИ МЕТАБОЛИЗМА ГИББЕРЕЛЛИНА

1. Конструкция рекомбинантной ДНК, содержащая транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую некодирующую молекулу РНК, при этом некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% комплементарной по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA в однодольном или злаковом растении или клетке растения, при этом эндогенный белок оксидазы гиббереллинов (GA) является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичным SEQ ID NO: 9, 12, 15, 30 или 33, и при этом указанная транскрибируемая последовательность ДНК функционально связана с промотором, экспрессирующимся в растении.
2. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 7, 8, 10, 11, 13, 14, 28, 29, 31 или 32.
3. Конструкция рекомбинантной ДНК по варианту реализации изобретения 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, (i) по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA20 в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, причем указанный эндогенный белок оксидазы GA20 является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 9; и/или (ii) по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA20 в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, причем указанный эндогенный белок оксидазы GA20 является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 15.
4. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 3, отличающаяся тем, что молекула некодирующей РНК содержит последовательность, которая является, (i) по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 7 или 8; и/или (ii) по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 13 или 14.
5. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что промотор, экспрессируемый в растении, представляет собой сосудистый промотор.
6. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 5, отличающаяся тем, что сосудистый промотор содержит один из следующих: промотор сахарозосинтазы, промотор транспортера сахарозы, промотор Sh1, промотор пятнистого вируса желтой коммелины (CoYMV - Commelina yellow mottle virus), промотор большого межгенного региона (LIR - large intergenic region) геминивируса карликовой пшеницы (WDV - wheat dwarf geminivirus), промотор белка оболочки (СР - coat protein) гемивируса полосы кукурузы (MSV - maize streak geminivirus), рисовый промотор, подобный желтой полосе 1 (YS1 - yellow stripe 1) или рисовый промотор желтой полосы 2 (OsYSL2).
7. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 5, отличающаяся тем, что сосудистый промотор содержит последовательность ДНК, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичной одной или более из SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70 или SEQ ID NO: 71, или ее функциональной части.
8. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что промотор, экспрессируемый в растении, представляет собой промотор RTBV.
9. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 8, отличающаяся тем, что промотор, экспрессируемый в растении, содержит последовательность ДНК, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичной одной или более из SEQ ID NO: 65 или SEQ ID NO: 66, или ее функциональной части.
10. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что промотор, экспрессируемый в растении, представляет собой листовой промотор.
11. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 10, отличающаяся тем, что листовой промотор включает одно из следующего: промотор Рубиско, промотор PPDK, промотор FDA, промотор Nadh-Gogat, промотор гена белка, связывающего хлорофилл а/b, промотор фосфоенолпируваткарбоксилазы (ФЕП-карбоксилазы) или промотор гена Myb.
12. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 10, отличающаяся тем, что листовой промотор содержит последовательность ДНК, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичной одной или более из SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73 или SEQ ID NO: 74, или ее функциональной части.
13. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что промотор, экспрессируемый в растении, представляет собой конститутивный промотор.
14. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 13, отличающаяся тем, что конститутивный промотор выбран из группы, состоящей из: промотора актина, промотора 35S или 19S CaMV, растительного промотора убиквитина, растительного промотора Gos2, промотора FMV, промотора CMV, промотора MMV, промотора PCLSV, промотора Emu, промотора тубулина, промотора нопалинсинтазы, промотора октопинсинтазы, промотора маннопинсинтазы или алкогольдегидрогеназы маиса, или их функциональной части.
15. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 13, отличающаяся тем, что конститутивный промотор содержит последовательность ДНК, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичной одной или более из SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82 или SEQ ID NO: 83, или ее функциональной части.
16. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК, кодируемая транскрибируемой последовательностью ДНК, представляет собой предшественника микроРНК или миРНК, который процессируется или расщепляется в растительной клетке с образованием зрелой микроРНК или миРНК.
17. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA20 в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, при этом указанный эндогенный белок оксидазы GA20 является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 15.
18. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 17, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 13 или SEQ ID NO: 14.
19. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA3 в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, при этом указанный эндогенный белок оксидазы GA3 является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 30 или 33.
20. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 19, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 28, 29, 31 или 32.
21. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA20 в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, при этом указанный эндогенный белок оксидазы GA20 является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 12.
22. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 21, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 10 или 11.
23. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 1, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, при этом указанный эндогенный белок оксидазы GA является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным одной или более из SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30 и 33.
24. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 23, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам одного или более из SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, и 32.
25. Вектор для трансформации, содержащий конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 1.
26. Трансгенное злаковое растение, часть растения или клетка растения, содержащее конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 1.
27. Трансгенное злаковое растение по п. 26, отличающееся тем, что трансгенное растение имеет один или более из следующих признаков относительно контрольного растения: более короткую высоту растения, увеличенный диаметр стебля, улучшенную устойчивость к полеганию, уменьшенный излом стебля, более глубокие корни, увеличенную площадь листа, более раннюю сомкнутость полога, более высокую устьичную проводимость, более низкую высоту початка, повышенное содержание влаги в листве, повышение устойчивости к засухе, повышение эффективности использования азота, снижение содержания антоцианов и площади антоцианов в листьях в нормальных условиях или стрессовых условиях, вызванных ограниченным количеством азота или воды, увеличение массы початка, увеличение уборочного индекса, увеличение урожая, увеличение количества зерна, увеличение массы зерна и/или увеличение плодовитости.
28. Трансгенное злаковое растение по п. 26, отличающееся тем, что указанное трансгенное растение имеет более короткую высоту растения и/или улучшенную устойчивость к полеганию.
29. Трансгенное злаковое растение по п. 26, отличающееся тем, что высота трансгенного растения является, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% ниже, чем у контрольного растения дикого типа.
30. Трансгенное злаковое растение по п. 26, отличающееся тем, что диаметр стебля трансгенного растения в одном или более междоузлиях стебля является, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% больше, чем диаметр стебля в одном или более междоузлиях контрольного растения дикого типа.
31. Трансгенное злаковое растение по любому из пп. 26, отличающееся тем, что трансгенное злаковое растение представляет собой растение кукурузы, и при этом диаметр стебля указанного трансгенного растения кукурузы в одном или более из первого, второго, третьего и/или четвертого междоузлия, расположенного ниже початка, является, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% больше, чем у того же междоузлия контрольного растения дикого типа.
32. Трансгенное злаковое растение по п. 26, отличающееся тем, что уровень одной или более активных GA в по меньшей мере одной ткани междоузлия стебля трансгенного растения ниже, чем в той же ткани междоузлия контрольного растения дикого типа.
33. Трансгенное злаковое растение по п. 26, отличающееся тем, что уровень одной или более активной GA в по меньшей мере одной ткани междоузлия стебля трансгенного растения является по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% ниже, чем у той же ткани междоузлия контрольного растения дикого типа.
34. Трансгенное злаковое растение по любому из пп. 26, отличающееся тем, что трансгенное растение не имеет каких-либо значительных отклонений в по меньшей мере одном женском органе или початке.
35. Трансгенное кукурузное растение, часть растения или клетка растения, содержащее конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 1.
36. Способ получения трансгенного злакового растения, включающий в себя: (а) трансформацию по меньшей мере одной клетки эксплантата конструкцией рекомбинантной ДНК по п. 1 и (b) регенерацию или развитие трансгенного злакового растения из трансформированного эксплантата.
Agrobacterium
37. Способ по п. 36, отличающийся тем, что злаковое растение трансформируется с помощью опосредованной  трансформации или бомбардировки частицами.
38. Конструкция рекомбинантной ДНК, содержащая транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую некодирующую молекулу РНК, при этом указанная некодирующая молекула РНК содержит первую нацеливающую последовательность и вторую нацеливающую последовательность, при этом каждая из первой и второй нацеливающих последовательностей является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере, 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок оксидазы GA в однодольном или злаковом растении или растительной клетке, при этом указанный эндогенный белок оксидазы GA является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным одной или более из SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27, 30 и 33.
39. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 38, отличающаяся тем, что первая и вторая нацеливающие последовательности некодирующей молекулы РНК, каждая являются, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам одного или более из SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 19, 20, 22, 23, 25, 26, 28, 29, 31, и 32.
40. Конструкция рекомбинантной ДНК, содержащая транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую некодирующую молекулу РНК, при этом указанная некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% комплементарной по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей эндогенный белок в однодольном или злаковом растении или клетке растения, при этом указанный эндогенный белок является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичным SEQ ID NO: 86, 90, 94, 97, 101, 104, 108, 112, 116, 118, 121, 125, 129, 133 или 136, и при этом указанная транскрибируемая последовательность ДНК функционально связана с промотором, экспрессирующимся в растении.
41. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 39, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 84, 85, 87, 88, 89, 91, 92, 93, 95, 96, 98, 99, 100, 102, 103, 105, 106, 107, 109, 110, 111, 113, 114, 115, 119, 120, 122, 123, 124, 126, 127, 128, 130, 131, 132, 134, 135 или 137.
42. Кукурузное или злаковое растение, содержащее мутацию в эндогенном гене оксидазы GA или около него, введенную методом мутагенеза, при этом уровень экспрессии указанного эндогенного гена оксидазы GA снижается или отсутствует в кукурузном или злаковом растении, и при этом указанное кукурузное или злаковое растение имеет меньшую высоту по сравнению с контрольным растением дикого типа.
43. Кукурузное или злаковое растение по п. 42, отличающееся тем, что кукурузное или злаковое растение, содержащее указанную мутацию, имеет один или более из следующих дополнительных признаков относительно контрольного растения, увеличенный диаметр стебля, улучшенную устойчивость к полеганию, уменьшенный излом стебля, более глубокие корни, увеличенную площадь листа, более раннюю сомкнутость полога, более высокую устьичную проводимость, более низкую высоту початка, повышенное содержание влаги в листве, повышение устойчивости к засухе, повышение эффективности использования азота, снижение содержания антоцианов и площади антоцианов в листьях в нормальных условиях или стрессовых условиях, вызванных ограниченным количеством азота или воды, увеличение массы початка, увеличение уборочного индекса, увеличение урожая, увеличение количества зерна, увеличение массы зерна и увеличение плодовитости.
44. Кукурузное или злаковое растение по п. 42, отличающееся тем, что высота кукурузного или злакового растения является, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% ниже чем у контрольного растения.
45. Кукурузное или злаковое растение по п. 42, отличающееся тем, что диаметр стебля кукурузного или злакового растения в одном или более междоузлиях стебля является, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% больше, чем у контрольного растения.
46. Кукурузное или злаковое растение по п. 42, отличающееся тем, что уровень одной или более активных GA в по меньшей мере одной ткани междоузлия стебля кукурузного или злакового растения ниже, чем в той же ткани междоузлия контрольного растения.
47. Кукурузное или злаковое растение, содержащие геномное редактирование, введенное с помощью целевого метода редактирования генома в локус эндогенного гена оксидазы GA или около него, при этом уровень экспрессии эндогенного гена оксидазы GA снижен или отсутствует в кукурузном или злаковом растении по сравнению с контрольным растением, и при этом редактированное кукурузное или злаковое растение имеет меньшую высоту по сравнению с контрольным растением.
48. Редактированное кукурузное или злаковое растение по п. 47, отличающееся тем, что редактированное растение имеет один или более из следующих дополнительных признаков относительно контрольного растения: увеличенный диаметр стебля, улучшенную устойчивость к полеганию, уменьшенный излом стебля, более глубокие корни, увеличенную площадь листа, более раннюю сомкнутость полога, более высокую устьичную проводимость, более низкую высоту початка, повышенное содержание влаги в листве, повышение устойчивости к засухе, повышение эффективности использования азота, снижение содержания антоцианов и площади антоцианов в листьях в нормальных условиях или стрессовых условиях, вызванных ограниченным количеством азота или воды, увеличение массы початка, увеличение уборочного индекса, увеличение урожая, увеличение количества зерна, увеличение массы зерна и увеличение плодовитости.
49. Редактированное кукурузное или злаковое растение по п. 47, отличающееся тем, что высота редактированного растения является, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% ниже чем у контрольного растения.
50. Редактированное кукурузное или злаковое растение по п. 47, отличающееся тем, что диаметр стебля редактированного растения в одном или более междоузлиях стебля является, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% больше, чем у контрольного растения.
51. Редактированное кукурузное или злаковое растение по п. 47, отличающееся тем, что уровень одной или более активных GA в по меньшей мере одной ткани междоузлия стебля редактированного растения ниже, чем в той же ткани междоузлия контрольного растения.
52. Редактированное кукурузное или злаковое растение по п. 47, отличающееся тем, что уровень одной или более активной GA в по меньшей мере одной ткани междоузлия стебля редактированного растения является по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 25%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 35% или по меньшей мере на 40% ниже, чем у той же ткани междоузлия контрольного растения.
53. Редактированное кукурузное или злаковое растение по п. 47, отличающееся тем, что геномное редактирование проводят с применением мегануклеазы, нуклеазы c цинковыми пальцами (ZFN), РНК-направленной эндонуклеазы, TALE-эндонуклеазы (TALEN), рекомбиназы или транспозазы.
54. Композиция, содержащая направляющую РНК, при этом направляющая РНК содержит направляющую последовательность, которая является, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичной или комплементарной по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24 или, по меньшей мере, 25 последовательным нуклеотидам целевой последовательности ДНК в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA растения злака или около него.
55. Композиция по п. 54, отличающаяся тем, что молекула направляющей РНК содержит направляющую последовательность, которая является, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24 или, по меньшей мере 25 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 34, 35 или 38 или последовательности, комплементарной им.
56. Композиция по п. 54, отличающаяся тем, что молекула направляющей РНК содержит направляющую последовательность, которая является, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24 или, по меньшей мере 25 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 87, 91, 95, 98, 105, 109, 113, 117, 122, 126, 130 или 137 или последовательности, комплементарной им.
57. Композиция по п. 54, дополнительно включающая в себя эндонуклеазу, направляемую РНК.
58. Композиция по п. 57, отличающаяся тем, что РНК-направленная эндонуклеаза в присутствии молекулы направляющей РНК вызывает двухцепочечный разрыв или одноцепочечный разрыв в целевой последовательности ДНК или около него в геноме злакового растения.
59. Композиция по п. 54, дополнительно включающая в себя донорную матрицу рекомбинантной ДНК содержащую, по меньшей мере, одну гомологичную последовательность или гомологичное плечо, при этом, по меньшей мере, одна гомологичная последовательность или гомологичное плечо является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам последовательности целевой ДНК, при этом последовательность целевой ДНК представляет собой геномную последовательность в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузы или злакового растения или около него.
60. Конструкция рекомбинантной ДНК, содержащая транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую некодирующую молекулу направляющей РНК, при этом молекула направляющей РНК содержит направляющую последовательность, которая является, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24 или по меньшей мере 25 последовательным нуклеотидам целевой последовательности ДНК в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузы или злакового растения или около него.
61. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что направляющая РНК содержит направляющую последовательность, которая является, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24 или, по меньшей мере 25 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 34, 35 или 38 или последовательности, комплементарной им.
62. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что молекула направляющей РНК содержит направляющую последовательность, которая является, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24 или, по меньшей мере 25 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 87, 91, 95, 98, 105, 109, 113, 117, 122, 126, 130 или 137 или последовательности, комплементарной им.
63. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что последовательность транскрибируемой ДНК функционально связана с промотором, экспрессируемым в растении.
64. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что молекула направляющей РНК представляет собой CRISPR РНК (crРНК) или одноцепочечную направляющую РНК (онРНК).
65. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что направляющая РНК содержит последовательность, комплементарную последовательности мотива, прилегающего к протоспейсеру (PAM), присутствующую в геноме злакового растения, непосредственно прилегающую к последовательности целевой ДНК в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA или около него.
66. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что ген эндогенной оксидазы GA кодирует белок, который является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 9, 12 или 15.
67. Молекула или вектор ДНК, содержащая конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 60.
68. Бактериальная клетка или клетка-хозяин, содержащая конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 60.
69. Кукурузное или злаковое растение, часть растения или клетка растения, содержащее конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 60.
70. Композиция, содержащая конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что указанная композиция дополнительно содержит эндонуклеазу, направляемую РНК.
71. Композиция, содержащая конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 60, отличающаяся тем, что указанная композиция дополнительно содержит вторую конструкцию рекомбинантной ДНК, содержащую вторую транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую эндонуклеазу, направляемую РНК.
72. Композиция по п. 71, включающая в себя молекулу ДНК или вектор, содержащие конструкцию рекомбинантной ДНК и вторую конструкцию рекомбинантной ДНК.
73. Композиция, включающая в себя первую молекулу ДНК или вектор и вторую молекулу ДНК или вектор, при этом первая молекула или вектор ДНК содержит конструкцию рекомбинантной ДНК, кодирующую молекулу направляющей РНК, которая нацелена на эндогенный ген оксидазы GA кукурузного или злакового растения, а вторая молекула или вектор ДНК содержит вторую конструкцию рекомбинантной ДНК, кодирующую эндонуклеазу, направляемую РНК.
74. Композиция по п. 70, дополнительно включающая в себя донорную матрицу рекомбинантной ДНК содержащую, по меньшей мере, одну гомологичную последовательность или гомологичное плечо, при этом, по меньшей мере, одна гомологичная последовательность или гомологичное плечо является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам последовательности целевой ДНК, при этом последовательность целевой ДНК представляет собой геномную последовательность в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузы или злакового растения или около него.
75. Донорная матрица рекомбинантной ДНК, содержащая, по меньшей мере, одну гомологичную последовательность, при этом по меньшей мере одна гомологичная последовательность является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам последовательности целевой ДНК, при этом последовательность целевой ДНК представляет собой геномную последовательность в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузы или злакового растения или около него.
76. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 75, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, одна гомологичная последовательность содержит, по меньшей мере, одну мутацию относительно комплементарной цепи последовательности целевой ДНК в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA или около него.
77. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 75, отличающаяся тем, что по меньшей мере одна гомологичная последовательность является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичной или комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам SEQ ID NO: 34, 35 или 38, или последовательности, комплементарной им.
78. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 75, отличающаяся тем, что по меньшей мере одна гомологичная последовательность является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичной или комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 87, 91, 95, 98, 105, 109, 113, 117, 122, 126, 130 или 137, или последовательности, комплементарной им.
79. Донорная матрица рекомбинантной ДНК, содержащая два гомологичных плеча, включая первое гомологичное плечо и второе гомологичное плечо, при этом первое гомологичное плечо содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам первой фланкирующей последовательности ДНК, при этом второе гомологичное плечо содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам второй фланкирующей последовательности ДНК, и при этом первая фланкирующая последовательность ДНК и вторая фланкирующая последовательность ДНК представляют собой геномные последовательности в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузного или злакового растения или около него.
80. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 79, дополнительно содержащая последовательность вставки, расположенную между первым гомологичным плечом и вторым гомологичным плечом.
81. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 79, отличающаяся тем, что каждое гомологичное плечо является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичным или комплементарным, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 34, 35 или 38, или последовательности, комплементарной им.
82. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 79, отличающаяся тем, что каждое гомологичное плечо является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичным или комплементарным, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 87, 91, 95, 98, 105, 109, 113, 117, 122, 126, 130 или 137, или последовательности, комплементарной им.
83. Кукурузное или злаковое растение, часть растения или клетка растения, содержащее конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 79.
84. Сконструированная сайт-специфическая нуклеаза, которая связывается с целевым сайтом в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузного или злакового растения, или рядом с ним и вызывает двухцепочечный или одноцепочечный разрыв в целевом сайте.
85. Сконструированная сайт-специфическая нуклеаза по п. 84, отличающаяся тем, что сайт-специфическая нуклеаза представляет собой мегануклеазу или хоуминг-эндонуклеазу.
86. Сконструированная сайт-специфическая нуклеаза по п. 84, отличающаяся тем, что сайт-специфическая нуклеаза представляет собой нуклеазу с цинковыми пальцами (ZFN), содержащую ДНК-связывающий домен и домен расщепления.
87. Сконструированная сайт-специфическая нуклеаза по п. 84, отличающаяся тем, что сайт-специфическая нуклеаза представляет собой эффекторную нуклеазу, подобную активаторам транскрипции (TALEN), содержащую ДНК-связывающий домен и домен расщепления.
88. Сконструированная сайт-специфическая нуклеаза по п. 84, отличающаяся тем, что целевой сайт, связанный сайт-специфической нуклеазой, является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичным или комплементарным, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 34, 35 или 38, или последовательности, комплементарной им.
89. Сконструированная сайт-специфическая нуклеаза по п. 84, отличающаяся тем, что целевой сайт, связанный сайт-специфической нуклеазой, является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичным или комплементарным, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам из SEQ ID NO: 87, 91, 95, 98, 105, 109, 113, 117, 122, 126, 130 или 137, или последовательности, комплементарной им.
90. Конструкция рекомбинантной ДНК, содержащая трансген, кодирующий сайт-специфическую нуклеазу, при этом сайт-специфическая нуклеаза связывается с целевым сайтом в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA однодольного или злакового растения, или около него и вызывает двухцепочечный или одноцепочечный разрыв в целевом сайте.
91. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 90, отличающаяся тем, что трансген функционально связан с промотором, экспрессируемым в растении.
92. Конструкция рекомбинантной ДНК по п. 90, отличающаяся тем, что сайт-специфическая нуклеаза представляет собой мегануклеазу или хоуминг-эндонуклеазу, нуклеазу с цинковыми пальцами или эффекторную нуклеазу, подобную активаторам транскрипции (TALEN).
93. Кукурузное или злаковое растение, часть растения или клетка растения, содержащее конструкцию рекомбинантной ДНК по п. 90.
94. Донорная матрица рекомбинантной ДНК, содержащая по меньшей мере одно гомологичное плечо и последовательность вставки, при этом по меньшей мере одно гомологичное плечо является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарным, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам последовательности геномной ДНК кукурузного или злакового растения, и при этом последовательность вставки содержит конструкцию рекомбинантной ДНК, содержащую транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую некодирующую молекулу РНК, при этом некодирующая молекула РНК нацелена, с целью супрессии, на один или более эндогенных генов оксидазы GA20 или GA3 в однодольном или злаковом растении или в растительной клетке, и при этом транскрибируемая последовательность ДНК функционально связана с промотором, экспрессируемым в растении.
95. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 94, отличающаяся тем, что по меньшей мере одно гомологичное плечо содержит два гомологичных плеча, включая в себя первое гомологичное плечо и второе гомологичное плечо,
при этом первое гомологичное плечо содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам первой фланкирующей последовательности ДНК, а второе гомологичное плечо содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам второй фланкирующей последовательности ДНК,
при этом первая фланкирующая последовательность ДНК и вторая фланкирующая последовательность ДНК представляют собой геномные последовательности в одном и том же геномном локусе однодольного или злакового растения, или около него, и при этом последовательность вставки расположена между первым гомологичным плечом и вторым гомологичным плечом и содержит конструкцию рекомбинантной ДНК, содержащую транскрибируемую последовательность ДНК, кодирующую некодирующую молекулу РНК.
96. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 94, отличающаяся тем, что последовательность транскрибируемой ДНК функционально связана с промотором, экспрессируемым в растении.
97. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 94, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере, 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей белок оксидазы GA, который является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 9, 12, 15, 30 или 33.
98. Донорная матрица рекомбинантной ДНК по п. 94, отличающаяся тем, что некодирующая молекула РНК содержит последовательность, которая является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% комплементарной, по меньшей мере, 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26 или по меньшей мере 27 последовательным нуклеотидам молекулы мРНК, кодирующей белок оксидазы GA, который является, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или 100% идентичным SEQ ID NO: 86, 90, 94, 97, 101, 104, 108, 112, 116, 118, 121, 125, 129, 133 или 136.
99. Трансгенное кукурузное или злаковое растение, часть растения или клетка растения, содержащие последовательность вставки донорной матрицы рекомбинантной ДНК по п. 94.
100. Способ получения трансгенного кукурузного или злакового растения, включающий в себя: (а) трансформацию по меньшей мере одной клетки эксплантата с помощью указанной донорной матрицы рекомбинантной ДНК по п. 94, и (b) регенерацию или развитие трансгенной кукурузы или злакового растения из трансформированного эксплантата, при этом трансгенное кукурузное или злаковое растение содержит последовательность вставки донорной матрицы рекомбинантной ДНК.
101. Способ получения кукурузного или злакового растения, имеющего геномное редактирование в эндогенном гене оксидазы GA или около него, включающий в себя:
(а) введение в по меньшей мере одну клетку эксплантата кукурузного или злакового растения сайт-специфической нуклеазы или молекулы рекомбинантной ДНК, содержащей трансген, кодирующий сайт-специфическую нуклеазу, при этом сайт-специфическая нуклеаза связывается с целевым сайтом в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA или около него и вызывает двухцепочечный или одноцепочечный разрыв в целевом сайте, и
(b) регенерацию или развитие редактированного кукурузного или злакового растения по меньшей мере из одной клетки эксплантата, содержащей геномное редактирование в гене эндогенной оксидазы GA или около него редактированного кукурузного или злакового растения.
102. Способ по п. 101, отличающийся тем, что этап введения (a) дополнительно содержит введение донорной матрицы ДНК, содержащей, по меньшей мере, одну гомологичную последовательность или гомологичное плечо, при этом, по меньшей мере, одна гомологичная последовательность или гомологичное плечо является, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 75%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 99% или на 100% комплементарной, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 500, по меньшей мере 1000, по меньшей мере 2500 или по меньшей мере 5000 последовательным нуклеотидам последовательности целевой ДНК, при этом последовательность целевой ДНК представляет собой геномную последовательность в геномном локусе эндогенного гена оксидазы GA кукурузного или злакового растения или около него.
103. Способ по п. 101, дополнительно включающий в себя:
(c) отбор редактированного кукурузного или злакового растения.
104. Способ по п. 103, отличающийся тем, что этап отбора (c) включает в себя определение, был ли редактирован локус эндогенного гена оксидазы GA с применением молекулярного анализа.
105. Способ по п. 103, отличающийся тем, что этап отбора (c) включает в себя определение, был ли редактирован локус эндогенного гена оксидазы GA путем наблюдения фенотипа растения.
106. Модифицированное растение кукурузы, имеющее высоту растения менее чем 2000 мм, менее чем 1950 мм, менее чем 1900 мм, менее чем 1850 мм, менее чем 1800 мм, менее чем 1750 мм, менее чем 1700 мм, менее чем 1650 мм, менее чем 1600 мм, менее чем 1550 мм, менее чем 1500 мм, менее чем 1450 мм, менее чем 1400 мм, менее чем 1350 мм, менее чем 1300 мм, менее чем 1250 мм, менее чем 1200 мм, менее чем 1150 мм, менее чем 1100 мм, менее чем 1050 мм или менее чем 1000 мм и либо (i) средний диаметр стебля более 18 мм, более 18,5 мм, более 19 мм, более 19,5 мм, более 20 мм, более 20,5 мм, более 21 мм, более 21,5 мм или более 22 мм, (ii) улучшение устойчивости к полеганию по сравнению с контрольным растением дикого типа, либо (iii) повышение устойчивости к засухе по сравнению с контрольным растением дикого типа.
107. Модифицированное кукурузное растение по п. 106, отличающееся тем, что кукурузное растение имеет один или более из следующих признаков относительно контрольного растения дикого типа: увеличенный диаметр стебля, улучшенную устойчивость к полеганию, уменьшенный излом стебля, более глубокие корни, увеличенную площадь листа, более раннюю сомкнутость полога, более высокую устьичную проводимость, более низкую высоту початка, повышенное содержание влаги в листве, повышение устойчивости к засухе, повышение эффективности использования азота, снижение содержания антоцианов и площади антоцианов в листьях в нормальных условиях или стрессовых условиях, вызванных ограниченным количеством азота или воды, увеличение массы початка, увеличение уборочного индекса, увеличение урожая, увеличение количества зерна, увеличение массы зерна и/или увеличение плодовитости.
108. Модифицированное кукурузное растение по п. 106, отличающееся тем, что уровень одной или более активных GA в по меньшей мере одной ткани междоузлия стебля кукурузного растения ниже, чем в той же ткани междоузлия контрольного растения дикого типа.
109. Модифицированное злаковое растение, имеющее уменьшенную высоту растения по сравнению с контрольным растением дикого типа, и (i) увеличенный диаметр стебля по сравнению с контрольным растением дикого типа, (ii) улучшенную устойчивость к полеганию по сравнению с контрольным растением дикого типа, или (iii) улучшенную устойчивость к засухе по сравнению с контрольным растением дикого типа.
110. Модифицированное злаковое растение по п. 109, отличающееся тем, что уровень одной или более активных GA в стебле злакового растения ниже, чем в контрольном растении дикого типа.