СПОСОБЫ, КОМПОЗИЦИИ И УСТРОЙСТВА ДЛЯ АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

1. Композиция, содержащая смесь деоксинуклеотидов (dNTP), двухвалентных катионов, фермента, способного к амплификации ДНК, и праймеров, пригодных для амплификации нуклеиновой кислоты, представляющей интерес, или ДНК, представляющей интерес, отличающаяся тем, что указанная смесь имеет буферную емкость при достаточно низкой ионной силе для достаточной нейтрализации щелочного раствора, содержащего матричную нуклеиновую кислоту или ДНК, чтобы сделать возможным функционирование фермента для амплификации, где смесь содержит:
a. соль, содержащую аммоний в качестве катиона, и анион слабой кислоты, и
b. органическую кислоту, предпочтительно, дикарбоновую кислоту.
2. Композиция по п. 1, где указанная соль представляет собой аммоний пентаборат.
3. Композиция по п. 1 или 2, где органическая кислота представляет собой яблочную кислоту.
4. Композиция по п. 1, где органическую кислоту выбирают из щавелевой кислоты, малоновой кислоты, янтарной кислоты, глутаровой кислоты, адипиновой кислоты, пимелиновой кислоты, субериновой кислоты, азелаиновой кислоты, себациновой кислоты, глюкуроновой кислоты, молочной кислоты, винной кислоты, фумаровой кислоты, малеиновой кислоты или их смеси.
5. Набор, содержащий композицию по любому из пп. 1-4.
6. Устройство, содержащее набор по п. 5, указанное устройство дополнительно содержит:
a. средства для отбора образцов растительного материала;
b. резервуар для жидкости, содержащий щелочной экстракционный раствор;
c. соответствующие каналы для направления щелочного экстракционного раствора, при активировании, на растительный материал в смеси; и
d. необязательно, средства для детектирования амплификации нуклеиновых кислот.
7. Картридж, содержащий набор по п. 5, где указанный картридж дополнительно содержит:
a) первый компонент, предпочтительно, компонент, являющийся основой, предпочтительно, покрытый на обеих сторонах прозрачными покрытиями, с формированием тем самым каналов и камер (1), и второй компонент, предпочтительно, компонент, являющийся крышкой (2), совмещаемые вместе для закрывания, предпочтительно, посредством накладывания двух структур вместе, предпочтительно, вокруг шарнирной секции (3); причем
b) указанные первый и второй компоненты или указанные компоненты, являющиеся основой и крышкой, содержат вставляемую и соответствующую принимающую часть (4) и (5), которые, когда первый и второй компоненты или компоненты, являющиеся основой и крышкой, совмещаются, формируют камеру A, подходящую для приема биологического образца; где камера A предпочтительно является герметичной;
c) указанный первый компонент или указанный компонент, являющийся основой, дополнительно содержит соединенный с ним резервуар (9) для жидкости, содержащий щелочной раствор; где указанный резервуар для жидкости соединен с камерой A посредством канала (10);
d) указанный первый компонент или указанный компонент, являющийся основой, дополнительно содержит, по меньшей мере, одну, предпочтительно, две камеры B (11) (12), соединенные с указанной камерой A или с указанной частью (4) камеры A, расположенной на основе, посредством, по меньшей мере, одного канала (13);
e) указанный первый компонент или указанный компонент, являющийся основой, дополнительно содержит, по меньшей мере, одну, предпочтительно, две камеры C (15) (16), каждая из них соединена с указанной, по меньшей мере, одной камерой B посредством канала (17) (18);
f) указанный первый компонент или указанный компонент, являющийся основой, дополнительно, необязательно содержит, по меньшей мере, одну, предпочтительно, две камеры D (19)(20), каждая из них соединена с указанной, по меньшей мере, одной камерой C посредством канала (21) (22);
g) указанный второй компонент или указанный компонент, являющийся крышкой, предпочтительно имеет физический доступ (23), предпочтительно, отверстие, чтобы сделать возможным взаимодействие с резервуаром (9) для жидкости;
h) указанный второй компонент или компонент, являющийся крышкой, дополнительно, необязательно содержит, по меньшей мере, одну, предпочтительно, две оптически прозрачных области над областью указанной камеры B или указанных двух камер C, делая возможным мониторинг камеры B или C (24) (25); где указанная композиция содержится внутри указанной камеры B.
8. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, представляющей интерес, или ДНК, представляющей интерес, включающий использование композиции по любому из пп. 1-4, или набора по п. 5, или устройства по п. 6, или картриджа по п. 7.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что амплификация ДНК представляет собой изотермический способ амплификации.
10. Способ по любому из пп. 8 или 9, в котором матричная нуклеиновая кислота или ДНК приготавливается в щелочном растворе.
11. Способ по любому из пп. 8 или 9, в котором матричная нуклеиновая кислота дополнительно содержит ДНК-носитель.
12. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, представляющей интерес, или ДНК, представляющей интерес, включающий стадии:
a. выделения матричной нуклеиновой кислоты или ДНК из образца растения с использованием щелочного экстракционного раствора,
b. приготовления ингредиентов и условий для амплификации указанной нуклеиновой кислоты или ДНК,
где указанная выделенная матричная нуклеиновая кислота или ДНК в указанном щелочном экстракционном растворе не разбавляют или не нейтрализуют перед указанной стадией b).
13. Способ по п. 12, в котором щелочной экстракционный раствор содержит KOH, NaOH или LiOH, или где щелочной экстракционный раствор содержит KOH при концентрации 25-100 мМ, в частности, при концентрации примерно 50 мМ.
14. Способ по п. 13, в котором указанные ингредиенты составляет композицию по любому из пп. 1-4.
15. Способ по любому из пп. 12-14, в котором указанный образец растения выбирают из части растения, органа или ткани, листа растения, семени, гранулированных семян, отдельных семян или кусочков семян.