АВТОМАТИЗИРОВАННЫЙ ОТБОР МИКРООРГАНИЗМОВ И ИХ ИДЕНТИФИКАЦИЯ С ПОМОЩЬЮ МАЛДИ

1. Способ локализации и отбора колонии микроорганизмов на чашке для культивирования, и идентификации микроорганизмов в указанной отобранной колонии с помощью МАЛДИ (матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация), при этом указанный способ включает автоматизированные этапы:
- локализация и отбор колонии микроорганизмов на чашке для культивирования;
- получение образца указанной отобранной колонии микроорганизмов;
- нанесение по меньшей мере части указанного образца отобранной колонии микроорганизмов на мишень; и
- перенос указанной мишени с указанным образцом в аппарат для осуществления МАЛДИ, для идентификации указанного образца отобранной колонии микроорганизмов.
2. Способ по п. 1, где этап нанесения по меньшей мере части указанного образца отобранной колонии микроорганизмов на мишень осуществляют путем непосредственного размещения указанного полученного образца отобранной колонии микроорганизмов на мишень.
3. Способ по п. 1, где этап нанесения по меньшей мере части указанного образца отобранной колонии микроорганизмов на мишень осуществляют с помощью автоматизированных этапов:
- перенос указанного полученного образца в суспензионную пробирку, содержащую некоторое количество суспензионной среды;
- получение суспензии образца путем переноса по меньшей мере части указанного полученного образца в указанную суспензионную среду;
- получение капли указанной суспензии образца; и
- перенос указанной капли суспензии образца на указанную мишень.
4. Способ по п. 2, дополнительно включающий автоматизированные этапы:
- получение второго образца указанной отобранной колонии микроорганизмов;
- перенос указанного второго образца отобранной колонии микроорганизмов и нанесение по меньшей мере части указанного второго образца отобранной колонии микроорганизмов на тестовую чашку для культивирования; и
- перенос указанной тестовой чашки для культивирования в аппарат для осуществления анализа восприимчивости к антибиотикам или другого дополнительного анализа.
5. Способ по п. 3, дополнительно включающий автоматизированные этапы:
- получение второй капли указанной суспензии образца;
- нанесение второй указанной капли суспензии образца на тестовую чашку для культивирования; и
- перенос указанной тестовой чашки для культивирования в аппарат для осуществления анализа восприимчивости к антибиотикам или другого дополнительного анализа.
6. Способ по п. 2, дополнительно включающий автоматизированный этап нанесения капли раствора матрицы МАЛДИ на часть образца, нанесенного на мишень.
7. Способ по п. 3, дополнительно включающий автоматизированный этап нанесения капли раствора матрицы МАЛДИ на указанную каплю суспензии образца, нанесенную на мишень.
8. Способ по п. 7, где указанной капле суспензии образца, нанесенной на мишень, позволяют высохнуть перед нанесением указанной капли раствора матрицы МАЛДИ.
9. Способ по п. 3, где в случае, если инструкции по обработке для отобранной колонии микроорганизмов указывают на получение суспензии образца указанной колонии микроорганизмов, способ включает этап автоматического получения суспензии образца колонии микроорганизмов, включающий автоматизированные этапы:
- подготовка первого инструмента для отбора колоний и подготовка позиционирующего устройства с держателем инструмента для отбора колоний для крепления инструмента для отбора колоний, при этом указанное позиционирующее устройство устанавливают с обеспечением возможности установки инструмента для отбора колоний в начальное положение над полученным местоположением отобранной колонии микроорганизмов на чашке для культивирования и для автоматического опускания и подъема инструмента для отбора колоний по направлению к чашке для культивирования и от нее, а также для установки инструмента для отбора колоний в положение переноса, соответственно;
- установка указанного первого инструмента для отбора колоний в указанный держатель инструмента для отбора колоний позиционирующего устройства;
- с помощью указанного позиционирующего устройства установка первого инструмента для отбора колоний в начальное положение над полученным местоположением отобранной колони микроорганизмов на чашке для культивирования, автоматическое опускание первого инструмента для отбора колоний по направлению к чашке для культивирования для контакта с микроорганизмом для сбора образца указанного микроорганизма, автоматический подъем первого инструмента для отбора колоний с указанным образцом микроорганизма в направлении от чашки для культивирования в положение переноса;
- подготовка держателя суспензионной пробирки для крепления суспензионной пробирки;
- установка суспензионной пробирки в держатель суспензионной пробирки;
- подготовка автоматического дозатора суспензионной среды для автоматического дозирования суспензионной среды в суспензионную пробирку, закрепленную в держателе суспензионной пробирки;
- с помощью автоматического дозатора автоматическая подача исходного количества суспензионной среды в суспензионную пробирку, закрепленную в держателе суспензионной пробирки;
- подготовка устройства для переноса для автоматического переноса инструмента для отбора колоний из положения переноса позиционирующего устройства в положение над суспензионной пробиркой, закрепленной в держателе для суспензионной пробирки, а также для опускания и подъема инструмента для отбора колоний в и из суспензионной среды, содержащейся в суспензионной пробирке, а также для установки инструмента для отбора колоний в положение ожидания над суспензионной пробиркой, закрепленной в держателе для суспензионной пробирки, соответственно;
- подготовка турбидиметра, производящего измерения мутности суспензионной среды, содержащейся в суспензионной пробирке, закрепленной в держателе для суспензионной пробирки;
- проведение измерения конечного значения, указывающего на измеренную мутность;
- подготовка контроллера, соединенного с позиционирующим устройством, устройством для переноса, автоматическим дозатором суспензионной среды и турбидиметром для автоматического управления движением позиционирующего устройства, движением устройства для переноса, работой автоматического дозатора суспензионной среды и работой турбидиметра, соответственно;
- при этом указанный контроллер:
а) сравнивает окончательное значение измерения с первым пороговым значением, ранее сохраненным в памяти контроллера, если оно больше, то приводит в действие автоматический дозатор суспензионной среды для подачи дополнительного количества суспензионной среды в суспензионную пробирку; и если значение равно или меньше первого порогового значения, или равно или больше второго порогового значения, ранее сохраненного в памяти контроллера, указанное первое пороговое значение равно или больше второго порогового значения, проводит сигнал о том, что суспензионную пробирку с суспензионной средой можно удалить из держателя суспензионной пробирки для дальнейшей обработки.
10. Способ по п. 9, включающий этап подготовки автоматического устройства для установки и удаления чашки для культивирования для автоматической установки и удаления чашки для культивирования, содержащей микроорганизм, на подставку и с нее, соответственно, при этом этап установки контроллера осуществляют таким образом, что его присоединяют к автоматическому устройству для установки и удаления чашки для культивирования для управления автоматическим устройством для установки и удаления чашки для культивирования, при этом этап установки чашки для культивирования, содержащей указанный микроорганизм, на подставку осуществляют автоматически под управлением контроллера.
11. Способ по п. 10, где контроллер устанавливают таким образом, что имеется возможность автоматически удалить чашку для культивирования с подставки с помощью автоматического устройства для установки и удаления чашки для культивирования только после проведения сигнала о том, что суспензионную пробирку с суспензией можно удалить из держателя суспензионной пробирки для дальнейшей обработки.
12. Способ по п. 9, включающий этап подготовки автоматического устройства для установки и удаления суспензионной пробирки для автоматической установки и удаления суспензионной пробирки в держатель суспензионной пробирки и из него, соответственно, при этом этап установки контроллера осуществляют таким образом, что его присоединяют к автоматическому устройству установки и удаления суспензионной пробирки для управления работой автоматического устройства для установки и удаления суспензионной пробирки, где этап установки суспензионной пробирки в держатель суспензионной пробирки осуществляют автоматически под контролем контроллера.
13. Способ по п. 12, где контроллер устанавливают таким образом, что держатель суспензионной пробирки автоматически удаляют из держателя суспензионной пробирки с помощью автоматического устройства для установки и удаления суспензионной пробирки только после проведения сигнала о том, что суспензионную пробирку с суспензией можно удалить из держателя суспензионной пробирки для дальнейшей обработки.
14. Способ по п. 9, включающий этап подготовки идентификационной маркировки на суспензионной пробирке и этап хранения идентификационной маркировки указанной суспензионной пробирки вместе с характеристиками суспензии с привязкой к идентификатору чашки для культивирования, с которой была получена отобранная колония микроорганизмов, в памяти компьютера центрального управления.
15. Способ по п. 2, где в случае, если инструкции по обработке для отобранной колонии микроорганизмов указывают на непосредственное нанесение указанного полученного образца отобранной колонии микроорганизмов на указанную мишень, способ включает следующие автоматизированные этапы:
- подготовка первого инструмента для отбора колоний и подготовка позиционирующего устройства с держателем инструмента для отбора колоний для закрепления инструмента для отбора колоний, указанное позиционирующее устройство устанавливают для установки инструмента для отбора колоний в начальное положение над полученным местоположением отобранной колонии микроорганизмов на чашке для культивирования и для автоматического опускания и подъема инструмента для отбора колоний по направлению к чашке для культивирования и от нее, и для установки инструмента для отбора колоний в положение переноса, соответственно;
- установка указанного первого инструмента для отбора колоний в указанный держатель инструмента для отбора колоний позиционирующего устройства;
- с помощью указанного позиционирующего устройства установка первого инструмента для отбора колоний в начальное положение над полученным местоположением отобранной колонии микроорганизмов на чашке для культивирования, автоматическое опускание первого инструмента для отбора колоний по направлению к чашке для культивирования для контакта с микроорганизмом для сбора образца указанного микроорганизма, автоматический подъем первого инструмента для отбора колоний с указанным образцом микроорганизма в направлении от чашки для культивирования в положение переноса;
- подготовка держателя мишени для закрепления мишени, при этом указанная мишень имеет множество точек нанесения;
- установка мишени в держатель мишени;
- подготовка устройства для переноса для автоматического переноса инструмента для отбора колоний из положения переноса позиционирующего устройства в положение над одной из точек нанесения мишени, и для опускания инструмента для отбора колоний таким образом, что образец колонии микроорганизмов, присутствующий на инструменте для отбора колоний вступает в контакт с мишенью, передвижение инструмента для отбора колоний в плоскости, параллельной плоскости мишени, таким образом, что образец колонии микроорганизмов наносится на точку нанесения, более конкретно, покрывая не более чем около половины одной из точек нанесения мишени; и
- подъем указанного инструмента для отбора колоний от мишени.
16. Способ по п. 15, включающий этап подготовки идентификационной маркировки на мишень и возможно подготовка идентификационной маркировки на точки нанесения указанной мишени, а также этап хранения идентификационной маркировки указанных мишени и точек нанесения вместе с характеристиками суспензии с привязкой к идентификатору чашки для культивирования, с которой была получена отобранная колония микроорганизмов в памяти указанного компьютера центрального управления.
17. Способ автоматического получения суспензии образца микроорганизмов по п. 9, где способ включает подготовку автоматического устройства для установки и удаления суспензионной пробирки для автоматической установки и удаления суспензионной пробирки в держатель суспензионной пробирки и из него, соответственно, при этом этап установки контроллера осуществляют таким образом, что его присоединяют к автоматическому устройству для установки и удаления суспензионной пробирки для управления работой автоматического устройства для установки и удаления суспензионной пробирки, при этом этап установки суспензионной пробирки в держатель суспензионной пробирки осуществляют автоматически под управлением контроллера.
18. Способ автоматического получения суспензии образца микроорганизмов по п. 17, где контроллер устанавливают таким образом, что держатель суспензионной пробирки автоматически удаляют из держателя суспензионной пробирки с помощью автоматического устройства для установки и удаления суспензионной пробирки только после проведения сигнала о том, что суспензионную пробирку с суспензией можно удалить из держателя суспензионной пробирки для дальнейшей обработки.
19. Аппарат для автоматического получения суспензии образца микроорганизмов для осуществления способа или этапа способа для автоматического получения суспензии образца микроорганизмов по п. 9, при этом указанный аппарат включает:
- подставку для чашки для культивирования, содержащую указанный микроорганизм;
- первый и дополнительный инструмент для отбора колоний и позиционирующее устройство с держателем инструмента для отбора колоний для закрепления инструмента для отбора колоний, при этом указанное позиционирующее устройство устанавливают для установки инструмента для отбора колоний в начальное положение над чашкой для культивирования и для автоматического опускания и подъема инструмента для отбора колоний по направлению к чашке для культивирования и от нее, а также для установки инструмента для отбора колоний в положение переноса, соответственно;
- держатель суспензионной пробирки для закрепления суспензионной пробирки;
- автоматический дозатор суспензионной среды для автоматического дозирования суспензионной среды в суспензионную пробирку, закрепленную в держателе суспензионной пробирки;
- устройство для переноса для автоматического переноса инструмента для отбора колоний из положения переноса позиционирующего устройства в положение над суспензионной пробиркой, закрепленной в держателе для суспензионной пробирки, а также для опускания и подъема инструмента для отбора колоний в и из суспензионной среды, содержащейся в суспензионной пробирке, а также для установки инструмента для отбора колоний в положение ожидания над суспензионной пробиркой, закрепленной в держателе суспензионной пробирки, соответственно;
- турбидиметр для осуществления измерения мутности суспензионной среды, содержащейся в суспензионной пробирке, закрепленной в держателе суспензионной пробирки и для проведения измерения конечного значения, указывающего на измеренную мутность;
- контроллер, соединенный с позиционирующим устройством, устройством для переноса, автоматическим дозатором суспензионной среды и турбидиметром для автоматического управления движением позиционирующего устройства, движением устройства для переноса, работой автоматического дозатора суспензионной среды и работой турбидиметра, соответственно;
- указанный контроллер устанавливают для:
a) определения, является ли окончательное значение измерения больше первого порогового значения, ранее сохраненного в памяти контроллера, если да, то контроллер устанавливают для выполнения этапа b); или является ли окончательное значение измерения равным или меньше первого порогового значения, или равным или больше второго порогового значения, ранее сохраненного в памяти контроллера, является ли указанное первое пороговое значение равным или больше второго порогового значения, и если да, то контроллер устанавливают для выполнения этапа c); или является ли окончательное значение измерения меньше второго порогового значения, если да, то контроллер устанавливают для выполнения этапа d);
b) контролирования автоматического дозатора суспензионной среды для подачи дополнительного количества суспензионной среды в суспензионную пробирку;
c) проведения сигнала о том, что суспензионную пробирку с суспензионной средой можно удалить из держателя суспензионной пробирки для дальнейшей обработки; или
d) установки указанного дополнительного инструмента для отбора колоний в держатель инструмента для отбора колоний позиционирующего устройства; с помощью указанного позиционирующего устройства установка дополнительного инструмента для отбора колоний в начальное положение над чашкой для культивирования, автоматическое опускание дополнительного инструмента для отбора колоний по направлению к чашке для культивирования для контакта с микроорганизмом для сбора дополнительного образца указанного микроорганизма, автоматический подъем дополнительного инструмента для отбора колоний с указанным образцом микроорганизма в направлении от чашки для культивирования в положение переноса; с помощью указанного устройства для переноса автоматический перенос указанного дополнительного инструмента для отбора колоний с дополнительным образцом микроорганизма из положения переноса позиционирующего устройства в положение над суспензионной пробиркой, закрепленной в держателе суспензионной пробирки, опускание указанного дополнительного инструмента для отбора колоний с дополнительным образцом микроорганизма в суспензионную среду, содержащуюся в суспензионной пробирке, так, что образец погружается в суспензию; измерение мутности суспензионной среды, содержащейся в суспензионной пробирке, закрепленной в держателе суспензионной пробирки, с помощью турбидиметра и проведение дополнительного измерения конечного значения, указывающего на измеренную мутность; и осуществление этапа a).
20. Аппарат для автоматического получения суспензии образца микроорганизмов по п. 19, где контроллер устанавливают для управления работой турбидиметра таким образом, чтобы этап измерения мутности суспензионной среды, содержащейся в суспензионной пробирке, расположенной в держателе суспензионной пробирки, с помощью турбидиметра начинался раньше, чем инструмент для отбора колоний погружается в суспензионную среду, содержащуюся в суспензионной пробирке.