БИОМАРКЕРЫ НА ОСНОВЕ МУЛЬТИРАКОВОГО АССОЦИИРОВАННОГО С ИНВАЗИЕЙ МЕХАНИЗМА

1. Способ диагностирования инвазивного рака у субъекта, предусматривающий определение в образце от этого субъекта уровня экспрессии относительно здорового субъекта, продукта гена COL11A1, где сверхэкспрессия продукта гена COL11A1 указывает на то, что этот субъект имеет инвазивный рак.
2. Способ диагностирования инвазивного рака у субъекта, предусматривающий определение в образце от этого субъекта уровня экспрессии относительно здорового субъекта, по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из COL11A1, COL10A1, COL5A1, COL5A2, COL1A1 и COL1A2, и по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2, где сверхэкспрессия указанных продуктов генов указывает на то, что этот субъект имеет инвазивный рак.
3. Способ по п.1 или 2, где уровень экспрессии определяют способом, предусматривающим обработку образца таким образом, что клетки в этом образце лизируются.
4. Способ по п.3, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки продуктов генов клетки и подвергания указанных белков действию детектирующего агента.
5. Способ по п.3, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки нуклеиновой кислоты клетки и подвергания указанной нуклеиновой кислоты действию детектирующего агента.
6. Способ по любому из пп.1-5, предусматривающий дополнительную стадию определения уровня экспрессии SNAI1, где определение, что SNAI1 не сверхэкспрессируется, и другие продукты генов сверхэкспрессируются, указывает на то, что субъект имеет инвазивный рак.
7. Способ развития прогноза в отношении рака у субъекта, предусматривающий определение в образце от этого субъекта уровня экспрессии относительно здорового субъекта, по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из COL11A1, COL10A1, COL5A1, COL5A2, COL1A1 и COL1A2, и по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2, где сверхэкспрессия указанных продуктов генов указывает на вероятность того, что рак, присутствующий в этом субъекте, станет метастатическим.
8. Способ по п.7, где уровень экспрессии определяют способом, предусматривающим обработку образца таким образом, что клетки в этом образце лизируются.
9. Способ по п.8, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки продуктов генов клетки и подвергания указанных белков действию детектирующего агента.
10. Способ по п.8, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки нуклеиновой кислоты клетки и подвергания указанной нуклеиновой кислоты действию детектирующего агента.
11. Способ по п.8, предусматривающий дополнительную стадию определения уровня экспрессии SNAI1, где определение, что SNAI1 не сверхэкспрессируется, и другие продукты генов сверхэкспрессируются, указывает на вероятность того, что рак, присутствующий у субъекта, станет метастатическим.
12. Способ диагностирования инвазивного рака у субъекта, предусматривающий определение в образце от этого субъекта уровня экспрессии относительно здорового субъекта, по меньшей мере двух продуктов генов, выбранных из группы, состоящей из COL11A1, COL10A1, COL5A1, COL5A2, COL1A1 и COL1A2, и по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2, где сверхэкспрессия указанных продуктов генов указывает на то, что этот субъект имеет инвазивный рак.
13. Способ по п.12, где уровень экспрессии определяют способом, предусматривающим обработку образца таким образом, что клетки в этом образце лизируются.
14. Способ по п.12, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки продуктов генов клетки и подвергания указанных белков действию детектирующего агента.
15. Способ по п.12, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки нуклеиновой кислоты клетки и подвергания указанной нуклеиновой кислоты действию детектирующего агента.
16. Способ по любому из пп.12-15, предусматривающий дополнительную стадию определения уровня экспрессии SNAI1, где определение, что SNAI1 не сверхэкспрессируется, и другие продукты генов сверхэкспрессируются, указывает на то, что субъект имеет инвазивный рак.
17. Способ диагностирования инвазивного рака у субъекта, предусматривающий определение, в образце от этого субъекта, уровня экспрессии, относительно здорового субъекта, одного, двух или трех из COL11A1, THBS2 и IΝΗΒΑ, где сверхэкспрессия указанных продуктов генов указывает на то, что этот субъект имеет инвазивный рак.
18. Способ по п.17, где уровень экспрессии определяют способом, предусматривающим обработку образца таким образом, что клетки в этом образце лизируются.
19. Способ по п.18, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки белков клетки и подвергания указанных продуктов генов действию детектирующего агента.
20. Способ по п.18, предусматривающий дополнительную стадию по меньшей мере частичной очистки нуклеиновой кислоты клетки и подвергания указанной нуклеиновой кислоты действию детектирующего агента.
21. Способ по любому из пп.17-20, предусматривающий дополнительную стадию определения уровня экспрессии SNAI1, где определение, что SNAI1 не сверхэкспрессируется, и другие продукты генов сверхэкспрессируются, указывает на то, что субъект имеет инвазивный рак.
22. Способ лечения субъекта, предусматривающий осуществление диагностического способа по пп.1, 7, 12 или 17 и в случаях, если белки сверхэкспрессируются, рекомендацию, чтобы указанный пациент прошел процедуру визуализации.
23. Способ лечения субъекта, предусматривающий осуществление диагностического способа по пп.1, 7, 12 или 17 и в случаях, если белки сверхэкспрессируются, рекомендацию, чтобы указанный пациент не подвергался неоадъювантной терапии.
24. Способ лечения субъекта, предусматривающий осуществление диагностического способа по пп.1, 7, 12 или 17 и в случаях, если белки сверхэкспрессируются, рекомендацию, чтобы указанный пациент сменил существующий терапевтический режим.
25. Способ идентификации агента, который ингибирует инвазию рака у субъекта, предусматривающий подвергание тест-агента действию раковых клеток, экспрессирующих ассоциированную с метастазированием сигнатуру фибробластов, где, если этот тест-агент понижает сверхэкспрессию генов в этой сигнатуре, этот тест-агент может быть использован в качестве терапевтического агента в ингибировании инвазии рака.
26. Способ по п.25, где ассоциированная с метастазированием сигнатура фибробластов включает сверхэкспрессию по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из COL11A1, COL10A1, COL5A1, COL5A2, COL1A1 и COL1A2, и по меньшей мере одного продукта гена, выбранного из группы, состоящей из THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2.
27. Способ по п.25, где ассоциированная с метастазированием сигнатура фибробластов включает сверхэкспрессию по меньшей мере двух продуктов генов, выбранных из группы, состоящей из COL11A1, COL10A1, COL5A1, COL5A2, COL1A1 и COL1A2, и по меньшей мере двух продуктов генов, выбранных из группы, состоящей из THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2.
28. Набор, содержащий:
(a) меченую репортерную молекулу, способную специфически взаимодействовать с продуктом гена ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов;
(b) контрольный или калибровочный реагент, и
(c) инструкции, описывающие способ использования этого набора.
29. Набор по п.28, содержащий:
(a) конъюгат, содержащий антитело, которое специфически взаимодействует с антигеном ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов, присоединенное к генерирующему сигнал соединению, способному генерировать детектируемый сигнал;
(b) контрольный или калибровочный реагент, и
(c) инструкции, описывающие способ использования этого набора.
30. Набор по п.29, содержащий антитело, специфическое в отношении антигена ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов, где этот антиген ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов, связанный указанным антителом, содержит белок, кодируемый одним или более из следующих генов, или иным образом произведен из белка, кодируемого одним или более из них: COL11A1, COL10A1, COL5A1, COL5A2, COL1A1, COL1A2, THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2.
31. Набор по п.28, содержащий:
(a) нуклеиновую кислоту, способную гибридизоваться с нуклеиновой кислотой, ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов;
(b) контрольный или калибровочный реагент; и
(c) инструкции, описывающие способ использования этого набора.
32. Набор по п.28, содержащий:
(a) последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую
(i) специфическую к мишени последовательность, которая гибридизуется специфически с нуклеиновой кислотой, ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов, и
(ii) детектируемую метку;
(b) последовательность нуклеиновой кислоты праймера;
(c) индикатор амплификации нуклеиновой кислоты; и
(d) инструкции, описывающие способ использования этого набора.
33. Набор по п.31 или 32, где нуклеиновая кислота, которая гибридизуется с нуклеиновой кислотой, ассоциированной с метастазированием сигнатуры фибробластов, содержит один из следующих генов или иным образом произведена из него: COL11A1, COL10AI, COL5A1, COL5A2, COL1A1, COL1A2, THBS2, INHBA, VCAN, FAP, MMP11, POSTN, ADAM12, LOX, FN1 и SNAI2.