На протяжении многих лет музей, рассказывающий об истории освоения череповецких земель и демонстрирующий находки археологов, располагался в далеко от центра города и туристических маршрутов. После нескольких лет ремонтно-реставрационных работ открылся новый музей в центре города — в историческом здании на Советском проспекте.

Обновленная экспозиция, рассказывающая о заселении края в древнейшие эпохи (от мезолита до энеолита и бронзового века), была оформлена при поддержке компании «Северсталь».

В археологическом собрании музейных фондов более 100 тысяч единиц хранения возрастом от 10 тысяч до 600 лет. Сотрудниками Музея было открыто более тысячи исторических памятников на территории Череповца, Череповецкого района и Вологодской области. Эти достижения нашли отражение в трех экспозиционных залах, посетители которых познакомятся с уникальными находками, позволяющими заглянуть глубоко в прошлое и узнать, где на территории современного Череповца поселились люди, чем они жили, на кого и как охотились, каким занимались ремеслами.