ХИМЕРНЫЕ КОНСТРУКЦИИ АНТИТЕЛО/Т-КЛЕТОЧНЫЙ РЕЦЕПТОР И ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Химерная молекула (abTCR) антитело-T-клеточный рецептор (TCR), специфически связывающая антиген-мишень, содержащая:
H
H
a) первую полипептидную цепь, содержащую первый антигенсвязывающий домен, содержащий домены V и C1 антитела, и первый домен T-клеточного рецептора (TCRD), содержащий первый трансмембранный домен первой субъединицы TCR; и
L
L
b) вторую полипептидную цепь, содержащую второй антигенсвязывающий домен, содержащий домены V и C антитела, и второй TCRD, содержащий второй трансмембранный домен второй субъединицы TCR,
H
H
L
L
где домены V и C1 первого антигенсвязывающего домена и домены V и C второго антигенсвязывающего домена формируют антигенсвязывающий модуль, специфически связывающий антиген-мишень,
и где первый TCRD и второй TCRD формируют модуль T-клеточного рецептора (TCRM), способный привлекать по меньшей мере один ассоциированный с TCR передающий сигналы модуль.
H
L
2. abTCR по п.1, где антигенсвязывающий модуль содержит дисульфидную связь между остатком в домене C1 и остатком в домене C.
3. abTCR по п.1 или 2, где первая полипептидная цепь дополнительно содержит первый пептидный линкер между первым антигенсвязывающим доменом и первым TCRD.
4. abTCR по любому из пп. 1-3, где вторая полипептидная цепь дополнительно содержит второй пептидный линкер между вторым антигенсвязывающим доменом и вторым TCRD.
5. abTCR по п.3 или 4, где первый пептидный линкер и/или второй пептидный линкер имеют длину, индивидуально, от приблизительно 5 до приблизительно 50 аминокислот.
6. abTCR по любому из пп. 1-5, где антиген-мишень представляет собой антиген клеточной поверхности.
7. abTCR по п.6, где антиген клеточной поверхности выбран из группы, состоящей из белка, углевода и липида.
8. abTCR по п.7, где антиген клеточной поверхности представляет собой CD19, ROR1, ROR2, BCMA, GPRC5D или FCRL5.
9. abTCR по любому из пп. 1-5, где антиген-мишень представляет собой комплекс, содержащий пептид и белок главного комплекса гистосовместимости (MHC).
10. abTCR, специфически связывающий антиген-мишень, содержащий:
H
a) первую полипептидную цепь, содержащую первый антигенсвязывающий домен, содержащий домен V антитела, и первый TCRD, содержащий первый трансмембранный домен первой субъединицы TCR; и
L
b) вторую полипептидную цепь, содержащую второй антигенсвязывающий домен, содержащий домены V антитела, и второй TCRD, содержащий второй трансмембранный домен второй субъединицы TCR,
H
L
где домен V первого антигенсвязывающего домена и домен V второго антигенсвязывающего домена формируют антигенсвязывающий модуль, специфически связывающий антиген-мишень,
где первый TCRD и второй TCRD формируют модуль T-клеточного рецептора (TCRM), способный привлекать по меньшей мере один ассоциированный с TCR передающий сигналы модуль, и
где антиген-мишень представляет собой комплекс, содержащий пептид и белок MHC.
11. abTCR по п.10, где первая полипептидная цепь дополнительно содержит первый пептидный линкер между первым антигенсвязывающим доменом и первым TCRD, и вторая полипептидная цепь дополнительно содержит второй пептидный линкер между вторым антигенсвязывающим доменом и вторым TCRD.
12. abTCR по п.11, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, константный домен или его фрагмент из иммуноглобулина или субъединицы T-клеточного рецептора.
L
13. abTCR по п.12, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, домен CH1, CH2, CH3, CH4 или C антитела, или его фрагмент.
14. abTCR по п.12, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, домен Cα, Cβ, Cγ или Cδ TCR, или его фрагмент.
15. abTCR по любому из пп. 1-14, где первый TCRD дополнительно содержит первый соединительный пептид или его фрагмент из субъединицы TCR с N-конца от первого трансмембранного домена.
16. abTCR по любому из пп. 1-15, где второй TCRD дополнительно содержит второй соединительный пептид или его фрагмент из субъединицы TCR с N-конца от второго трансмембранного домена.
17. abTCR по п.15 или 16, где TCRM содержит дисульфидную связь между остатком в первом соединительном пептиде и остатком во втором соединительном пептиде.
18. abTCR по любому из пп. 1-17, где первый TCRD дополнительно содержит первый внутриклеточный домен TCR, содержащий внутриклеточную последовательность TCR с C-конца от первого трансмембранного домена.
19. abTCR по любому из пп. 1-18, где второй TCRD дополнительно содержит второй внутриклеточный домен TCR, содержащий a внутриклеточную последовательность TCR с C-конца от второго трансмембранного домена.
20. abTCR по любому из пп. 1-19, где первая полипептидная цепь дополнительно содержит первый вспомогательный внутриклеточный домен, содержащий костимулирующую внутриклеточную передающую сигналы последовательность с C-конца от первого трансмембранного домена.
21. abTCR по любому из пп. 1-20, где вторая полипептидная цепь дополнительно содержит второй вспомогательный внутриклеточный домен, содержащий костимулирующую внутриклеточную передающую сигналы последовательность с C-конца от второго трансмембранного домена.
22. abTCR по любому из пп. 1-21, где первая полипептидная цепь дополнительно содержит первый сигнальный пептид с N-конца от первого антигенсвязывающего домена.
23. abTCR по любому из пп. 1-22, где вторая полипептидная цепь дополнительно содержит второй сигнальный пептид с N-конца от второго антигенсвязывающего домена.
24. abTCR по любому из пп. 9-23, где пептид в комплексе антигена-мишени происходит из белка, выбранного из группы, состоящей из WT-1, AFP, HPV16-E7, NY-ESO-1, PRAME, EBV-LMP2A, HIV-1 и PSA.
d
25. abTCR по любому из пп. 1-24, где молекула связывает антиген-мишень с равновесной константой диссоциации (K) от приблизительно 0,1 пМ до приблизительно 500 нМ.
26. abTCR по любому из пп. 1-25, где ассоциированный с TCR передающий сигналы модуль выбран из группы, состоящей из CD3δε, CD3γε и ζζ.
27. abTCR по любому из пп. 1-26, где первая субъединица TCR представляет собой цепь α TCR, и вторая субъединица TCR представляет собой цепь β TCR.
28. abTCR по любому из пп. 1-26, где первая субъединица TCR представляет собой цепь β TCR, и вторая субъединица TCR представляет собой цепь α TCR.
29. abTCR по любому из пп. 1-26, где первая субъединица TCR представляет собой цепь γ TCR, и вторая субъединица TCR представляет собой цепь δ TCR.
30. abTCR по любому из пп. 1-26, где первая субъединица TCR представляет собой цепь δ TCR, и вторая субъединица TCR представляет собой цепь γ TCR.
31. Нуклеиновая кислота(кислоты), кодирующая первую и вторую полипептидные цепи abTCR по любому из пп. 1-30.
32. Комплекс, содержащий abTCR по любому из пп. 1-30 и по меньшей мере один ассоциированный с TCR передающий сигналы модуль выбранный из группы, состоящей из CD3δε, CD3γε и ζζ.
33. Комплекс по п.32, где комплекс представляет собой октамер, содержащий abTCR и CD3δε, CD3γε и ζζ.
34. Эффекторная клетка, представляющая на своей поверхности abTCR по любому из пп. 1-30 или комплекс по п.32 или 33.
35. Эффекторная клетка, содержащая нуклеиновую кислоту(кислоты) по п.31.
36. Эффекторная клетка по п.34 или 35, где эффекторная клетка не экспрессирует первую субъединицу TCR и/или вторую субъединицу TCR.
37. Эффекторная клетка по п.36, где
a) первая субъединица TCR представляет собой TCRα, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRβ; или
b) первая субъединица TCR представляет собой TCRβ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRα; и
где эффекторная клетка представляет собой γδ T-клетку.
38. Эффекторная клетка по п.36, где
a) первая субъединица TCR представляет собой TCRγ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRδ; или
b) первая субъединица TCR представляет собой TCRδ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRγ; и
где эффекторная клетка представляет собой αβ T-клетку.
39. Эффекторная клетка по любому из пп. 34-36, где эффекторную клетку модифицируют для блокирования или уменьшения экспрессии первой субъединицы эндогенного TCR и/или второй субъединицы эндогенного TCR.
40. Эффекторная клетка по п.39, где
a) первая субъединица TCR представляет собой TCRα, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRβ; или
b) первая субъединица TCR представляет собой TCRβ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRα; и
где эффекторная клетка представляет собой αβ T-клетку, модифицированную для блокирования или уменьшения экспрессии TCRα и/или TCRβ.
41. Эффекторная клетка по п.39, где
a) первая субъединица TCR представляет собой TCRγ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRδ; или
b) первая субъединица TCR представляет собой TCRδ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRγ; и
где эффекторная клетка представляет собой γδ T-клетку, модифицированную для блокирования или уменьшения экспрессии TCRγ и/или TCRδ.
+
42. Эффекторная клетка по любому из пп. 34-41, где эффекторная клетка представляет собой CD3 клетку.
+
43. Эффекторная клетка по п.42, где CD3 клетка выбрана из группы, состоящей из цитотоксической T-клетки, T-клетки-помощника, T-клетки - естественного киллера и супрессорной T-клетки.
44. Эффекторная клетка по любому из пп. 34-43, содержащая a) первый вектор, содержащий первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую первую полипептидную цепь abTCR под контролем первого промотора, и b) второй вектор, содержащий вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую вторую полипептидную цепь abTCR под контролем второго промотора.
45. Эффекторная клетка по любому из пп. 34-43, содержащая вектор, содержащий a) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую первую полипептидную цепь abTCR под контролем первого промотора; и b) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую вторую полипептидную цепь abTCR под контролем второго промотора.
46. Эффекторная клетка по любому из пп. 34-43, содержащая вектор, содержащий a) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую первую полипептидную цепь abTCR, и вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую вторую полипептидную цепь abTCR, где первая и вторая последовательности нуклеиновой кислоты находятся под контролем одного промотора.
47. Эффекторная клетка по любому из пп. 34-45, где экспрессия первой полипептидной цепи abTCR более, чем в два раза отличается от экспрессии второй полипептидной цепи abTCR.
48. Способ уничтожения клетки-мишени, представляющей антиген-мишень, включающий приведение клетки-мишени в контакт с эффекторной клеткой по любому из пп. 34-47, где abTCR специфически связывает антиген-мишень.
49. Способ уничтожения клетки-мишени, представляющей антиген-мишень, включающий приведение клетки-мишени в контакт с эффекторной αβ T-клеткой, содержащей abTCR, специфически связывающий антиген-мишень, содержащий:
H
a) первую полипептидную цепь, содержащую первый антигенсвязывающий домен, содержащий домен V антитела, и первый TCRD, содержащий первый трансмембранный домен первой субъединицы TCR; и
L
b) вторую полипептидную цепь, содержащую второй антигенсвязывающий домен, содержащий домены V антитела, и второй TCRD, содержащий второй трансмембранный домен второй субъединицы TCR,
H
L
где домен V первого антигенсвязывающего домена и домен V второго антигенсвязывающего домена формируют антигенсвязывающий модуль, специфически связывающий антиген-мишень,
где первый TCRD и второй TCRD формируют модуль T-клеточного рецептора (TCRM), способный привлекать по меньшей мере один ассоциированный с TCR передающий сигналы модуль, и
где первая субъединица TCR представляет собой TCRγ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRδ, или первая субъединица TCR представляет собой TCRδ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRγ.
50. Способ по п.49, где первая полипептидная цепь дополнительно содержит первый пептидный линкер между первым антигенсвязывающим доменом и первым TCRD, и вторая полипептидная цепь дополнительно содержит второй пептидный линкер между вторым антигенсвязывающим доменом и вторым TCRD.
51. Способ по п.50, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, константный домен или его фрагмент из иммуноглобулина или субъединицы T-клеточного рецептора.
52. Способ по п.51, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, домен CH1, CH2, CH3, CH4 или CL антитела, или его фрагмент.
53. Способ по п.51, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, домен Cα, Cβ, Cγ или Cδ TCR, или его фрагмент.
in
vivo
54. Способ по любому из пп. 48-53, где контакт происходит .
in
vitro
55. Способ по любому из пп. 48-53, где контакт происходит .
56. Фармацевтическая композиция, содержащая abTCR по любому из пп. 1-30, нуклеиновую кислоту(кислоты) по п.31 или эффекторную клетку по любому из пп. 34-47 и фармацевтически приемлемый носитель.
57. Способ лечения ассоциированного с антигеном-мишенью заболевания у нуждающегося в этом индивидуума, включающий введение индивидууму эффективного количества фармацевтической композиции по п.51.
58. Способ лечения ассоциированного с антигеном-мишенью заболевания у нуждающегося в этом индивидуума, включающий введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей эффекторную αβ T-клетку, содержащую abTCR, специфически связывающий антиген-мишень, содержащий:
H
a) первую полипептидную цепь, содержащую первый антигенсвязывающий домен, содержащий домен V антитела, и первый TCRD, содержащий первый трансмембранный домен первой субъединицы TCR; и
L
b) вторую полипептидную цепь, содержащую второй антигенсвязывающий домен, содержащий домены V антитела и второй TCRD, содержащий второй трансмембранный домен второй субъединицы TCR,
H
L
где домен V первого антигенсвязывающего домена и домен V второго антигенсвязывающего домена формируют антигенсвязывающий модуль, специфически связывающий антиген-мишень,
где первый TCRD и второй TCRD формируют модуль T-клеточного рецептора (TCRM), способный привлекать по меньшей мере один ассоциированный с TCR передающий сигналы модуль, и
где первая субъединица TCR представляет собой TCRγ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRδ, или первая субъединица TCR представляет собой TCRδ, и вторая субъединица TCR представляет собой TCRγ.
59. Способ по п.58, где первая полипептидная цепь дополнительно содержит первый пептидный линкер между первым антигенсвязывающим доменом и первым TCRD, и вторая полипептидная цепь дополнительно содержит второй пептидный линкер между вторым антигенсвязывающим доменом и вторым TCRD.
60. Способ по п.59, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, константный домен или его фрагмент из иммуноглобулина или субъединицы T-клеточного рецептора.
61. Способ по п.60, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, домен CH1, CH2, CH3, CH4 или CL антитела, или его фрагмент.
62. Способ по п.60, где первый и/или второй пептидные линкеры содержат, индивидуально, домен Cα, Cβ, Cγ или Cδ TCR, или его фрагмент.
63. Способ по любому из пп. 57-62, где ассоциированное с антигеном-мишенью заболевание представляет собой злокачественную опухоль.
64. Способ по п.63, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из адренокортикальной карциномы, рака мочевого пузыря, рака молочной железы, рака шейки матки, холангиокарциномы, колоректального рака, рака пищевода, глиобластомы, глиомы, печеночно-клеточной карциномы, рака головы и шеи, рака почки, лейкоза, лимфомы, рака легкого, меланомы, мезотелиомы, множественной миеломы, рака поджелудочной железы, феохромоцитомы, плазмацитомы, нейробластомы, рака яичника, рака предстательной железы, саркомы, рака желудка, рака тела матки и рака щитовидной железы.
65. Способ по любому из пп. 57-62, где ассоциированное с антигеном-мишенью заболевание представляет собой вирусную инфекцию.
66. Способ по п.65, где вирусная инфекция вызвана вирусом, выбранным из группы, состоящей из цитомегаловируса (CMV), вируса Эпштейна-Барр (EBV), вируса гепатита B (HBV), ассоциированного с саркомой Капоши вируса герпеса (KSHV), вируса папилломы человека (HPV), вируса контагиозного моллюска (MCV), вируса 1 T-клеточного лейкоза человека (HTLV-1), HIV (вируса иммунодефицита человека) и вируса гепатита C (HCV).
67. Способ обогащения гетерогенной популяции клеток по эффекторной клетке по любому из пп. 34-47, включающий:
a) приведение гетерогенной популяции клеток в контакт с лигандом, содержащим антиген-мишень или один или несколько содержащихся в нем эпитопов, для формирования комплексов эффекторной клетки, связанной с лигандом; и
b) отделение комплексов от гетерогенной популяции клеток, таким образом, получение популяции клеток, обогащенной эффекторными клетками.
68. Библиотека нуклеиновых кислот, содержащая последовательности, кодирующие множество abTCR по любому из пп. 1-30.
69. Способ скрининга библиотеки нуклеиновых кислот по п.68 по последовательностям, кодирующим abTCR, специфические для антигена-мишени, включающий:
a) введение библиотеки нуклеиновых кислот во множество клеток, так что abTCR экспрессируются на поверхности множества клеток;
b) инкубацию множества клеток с лигандом, содержащим антиген-мишень или один или несколько содержащихся в нем эпитопов;
c) сбор клеток, связанных с лигандом; и
d) выделение последовательностей, кодирующих abTCR, из клеток, собранных на стадии c), таким образом, идентификации abTCR, специфических для антигена-мишени.