СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ, СВЯЗАННЫЕ СО СЛИЯНИЕМ АЛК, ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ РАКА

1. Способ диагностики ракового заболевания, связанного с киназой анапластической лимфомы (АЛК), включающий обнаружение присутствия или измерение количества нуклеиновых кислот, ассоциированных с вариациями, усечением нуклеиновых кислот или АЛК слияниями из образца ткани от субъекта, при этом увеличение количества продукта амплификации или меченного зонда по сравнению с контролем указывает на наличие АЛК связанного ракового заболевания.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что нуклеиновая кислота измеряется путем измерения уровней мРНК при помощи проведения первой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) образца.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что нуклеиновая кислота измеряется при помощи микроматрицы.
4. Способ по п.2 или 3, отличающийся тем, что реакция ОТ-ПЦР или микроматрица включает использование обратного праймера, который способен специфически гибридизироваться с одной или несколькими последовательностями АЛК и, по меньшей мере, один или несколько прямых праймеров.
5. Способ по п.4, отличающийся тем, что обратный праймер связывает АЛК.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что обратный праймер представляет собой ПОСЛ. ID NO. 7, ПОСЛ. ID NO: 32, ПОСЛ. ID NO: 46, SEQ IDNO: 47, ПОСЛ. ID NO: 56, ПОСЛ. ID NO: 57 или ПОСЛ. ID NO: 58.
L
S
XL
7. Способ по п.4, отличающийся тем, что, по меньшей мере, один или несколько прямых праймеров гибридизируются с АЛК дикого типа, тяжелой цепью кинезин-1 гена (KIF5B), 5-аминоимидазол-4-карбоксамида рибонуклеотид формилтрансферазой / IMP циклогидролазой (ATIC), клатрина тяжелой цепью [CLTC), Ran-связывающим белком 2 (RANBP2), SEC31L1, тропомиозином-3 (ТРМ3), тропомиозином-4 (ТРМ4), ТРК - слияния геном (большим) [TFG], ТРК - слияния геном [малым) (TFG), CARS, ALO17, моезином (MSN), геном тяжелой цепи немышечного миозина (MYH9), или ТРК - слияния геном [экстра большим) [TFG).
8. Способ по п.7, отличающийся тем, что по меньшей мере один или несколько прямых праймеров включают, по меньшей мере, один прямой праймер, выбранный из группы, состоящей из ПОСЛ. ID NO: 2, ПОСЛ. ID NO: 3, ПОСЛ. ID NO: 4, ПОСЛ. ID NO: 5, ПОСЛ. ID NO: 6, ПОСЛ. ID NO: 35, ПОСЛ. ID NO: 36, ПОСЛ. ID NO: 37, ПОСЛ. ID NO: 38, ПОСЛ. ID NO: 39, ПОСЛ. ID NO: 40, ПОСЛ. ID NO: 41, ПОСЛ. ID NO: 42, ПОСЛ. ID NO: 43, ПОСЛ. ID NO: 44, ПОСЛ. ID NO: 45, ПОСЛ. ID NO: 48, ПОСЛ. ID NO: 49, ПОСЛ. ID NO: 50, ПОСЛ. ID NO: 51, ПОСЛ. ID NO: 52, ПОСЛ. ID NO: 53, ПОСЛ. ID NO: 54, ПОСЛ. ID NO: 55, и ПОСЛ. ID NO: 59.
9. Способ по п.8, содержащий два или более, три и более, четыре или более, пять или более, шесть или более, семь или более, восемь или более, девять или более, десять или более, одиннадцать или более, двенадцать или более, тринадцать или более, четырнадцать или более, или пятнадцать или более прямых праймеров
10. Способ по п.4, отличающийся тем, что микроматрица дополнительно включает использование одного или нескольких зондов, выбранных из группы, состоящей из ПОСЛ. ID NO: 8, ПОСЛ. ID NO: 9, ПОСЛ. ID NO: 10, ПОСЛ. ID NO: 11, ПОСЛ. ID NO: 12, ПОСЛ, ID NO: 13, ПОСЛ. ID NO: 14, ПОСЛ. ID NO: 15, ПОСЛ. ID NO: 16, ПОСЛ. ID NO: 17, ПОСЛ. ID NO: 18, ПОСЛ. ID NO: 19, ПОСЛ. ID NO: 20, ПОСЛ. ID NO: 21, ПОСЛ. ID NO: 22, ПОСЛ. ID NO: 23, ПОСЛ. ID NO: 24, ПОСЛ. ID NO: 25, ПОСЛ. ID NO: 26 ПОСЛ. ID NO: 27, ПОСЛ. ID NO: 28 ПОСЛ. ID NO: 29, ПОСЛ. ID NO: 30 или ПОСЛ. ID NO: 31.
11. Способ по п.1, отличающийся тем, что рак выбран из группы, состоящей из нейробластомы, рака молочной железы, рака яичников, рака толстого кишечника, немелкоклеточного рака легкого, диффузной крупноклеточной В-клеточной лимфомы, плоскоклеточного рака пищевода, анапластической крупноклеточной лимфомы, нейробластомы, воспалительных миофибробластных опухолей, злокачественного гистиоцитоза и глиобластомы.
12. Способ по п.11, отличающийся тем, что рак представляет собой нейробластому, имеющую одну или несколько АЛК-ассоциированых точечных мутаций, отобранных из группы, состоящей из V476A, M1166R, А1168Р, I1171N, F1174I, F1174L, R1192P, F1245C, F1245V, F1245L, F1245I, I1250T и R1275Q.
13. Способ по п.11, отличающийся тем, что рак представляет собой колоректальный рак, имеющий одну или несколько АЛК-ассоциированных точечных мутаций, отобранных из группы, состоящей из R401Q, А1168Р и V757M.
14. Способ по п.11, отличающийся тем, что рак представляет собой рак молочной железы, который имеет АЛК-ассоциированную точечную мутацию, а точечная мутация представляет собой L560F.
15. Способ по п.11, отличающийся тем, что рак представляет собой рак яичников, имеющий АЛК-ассоциированную точечную мутацию, а точечная мутация представляет собой A877S.
16. Способ по п.1, отличающийся тем, что дополнительно включает обнаружение присутствия вариаций, усечения нуклеиновых кислот или АЛК слияния в образце ткани с использованием шаблонной реакции обмена и экстензии (TEER).
17. Способ по п.2, отличающийся тем, что дополнительно включает вторую реакцию ОТ-ПЦР, где вторая ОТ-ПЦР реакция включает использование обратного праймера, который способен специфически гибридизироваться с одной или несколькими последовательностями АЛК и, по меньшей мере, один или несколько прямых праймеров, способных специфически гибридизироваться с АЛК дикого типа.
18. Способ по п.17, отличающийся тем, что дополнительно включает третью реакцию ОТ-ПЦР, где третья реакция ОТ-ПЦР включает прямой праймер и обратный праймер, который специфически гибридизируется с АЛК последовательностями 5' и 3' домена АЛК киназы.
19. Способ по п.18, отличающийся тем, что, по меньшей мере, один из прямых праймеров специфически гибридизируется со связанным с микротубулами протеиноподобным 4 иглокожих [EML4) или нуклеофозмином [NPM].
20. Способ определения наличия дизрегуляции АЛК киназы, включающий получение образца ткани из субъекта, выявление наличия или отсутствия одного или нескольких АЛК слияний, выявление наличия или отсутствия дикого типа АЛК и выявление наличия или отсутствия домена киназы АЛК.
21. Способ по п.20, отличающийся тем, что рак выбран из группы, включающей нейробластому, рак молочной железы, рак яичников, рак толстого кишечника, немелкоклеточный рак легкого, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, плоскоклеточный рак пищевода, анапластическую крупноклеточную лимфому, нейробластому, воспалительные миофибробластные опухоли, злокачественный гистиоцитоз и глиобластому.
22. Способ по п.20, отличающийся тем, что рак представляет собой нейробластому, имеющую одну или несколько АЛК-ассоциированных точечных мутаций, отобранных из группы, включающей V476A, M1166R, А1168Р, I1171N, F1174I, F1174L, R1192P, F1245C, F1245V, F1245L, F1245I, I1250T и R1275Q.
23. Способ по п.20, отличающийся тем, что рак представляет собой колоректальный рак, который имеет одну или несколько АЛК-ассоциированных точечных мутаций, отобранных из группы, включающей R401Q, А1168Р и V757M.
24. Способ по п.20, отличающийся тем, что рак представляет собой рак молочной железы, который имеет АЛК-ассоциированную точечную мутацию, а точечная мутация представляет собой L560F.
25. Способ по п.20, отличающийся тем, что рак представляет собой рак яичников, который имеет АЛК-ассоциированную точечную мутацию, а точечная мутация представляет собой A877S.
26. Способ по п.20, отличающийся тем, что АЛК полинуклеотид или полипептид, кодируемый полинуклеотидом, обнаруживают при помощи ОТ-ПЦР или микроматрицы.
27. Способ по п.26, отличающийся тем, что реакция ОТ-ПЦР или микроматрица включает использование обратного праймера, способного специфически гибридизироваться с одной или несколькими последовательностями АЛК, и, по меньшей мере, один или несколько прямых праймеров, способных специфически гибридизироваться с известным партнером АЛК слияния.
28. Способ по п.27, отличающийся тем, что обратный праймер является ПОСЛ. ID NO. 7, ПОСЛ. ID NO: 32, ПОСЛ. ID NO: 46, SEQ IDNO: 47, ПОСЛ. ID NO: 56, ПОСЛ. ID NO: 57 или ПОСЛ. ID NO: 58.
L
S
XL
29. Способ по п.27, отличающийся тем, что партнер АЛК слияния выбран из группы, включающей 5-аминоимидазол-4-карбоксамид рибонуклеотид формилтрансферазу / IMP циклогидролазу (ATIC), тяжелой цепи кинезин-1 ген [KIF5B), клатрин тяжелой цепи [CLTC), Ran-связывающий белок 2 (RANBP2), SEC31L1, тропомиозин-3 (ТРМ3), тропомиозин-4 (ТРМ4), ТРК-слияние гена (большого) [TFG), ТРК-слияние гена [малого) (TFG), CARS, ALO17, моезин (MSN), ген тяжелой цепи немышечного миозина [MYH9) или ТРК-слияние гена (экстра большого) (TFG).
30. Способ по п.27, отличающийся тем, что, по меньшей мере, один или несколько прямых праймеров включают, по меньшей мере один прямой праймер выбранный из группы, включающей ПОСЛ. ID NO: 2, ПОСЛ. ID NO: 3, ПОСЛ. ID NO: 4, ПОСЛ. ID NO: 5, ПОСЛ. ID NO: 6, ПОСЛ. ID NO: 35, ПОСЛ. ID NO: 36, ПОСЛ. ID NO: 37, ПОСЛ. ID NO: 38, ПОСЛ. ID NO: 39, ПОСЛ. ID NO: 40, ПОСЛ. ID NO: 41, ПОСЛ. ID NO: 42, ПОСЛ. ID NO: 43, ПОСЛ. ID NO: 44, ПОСЛ. ID NO: 45, ПОСЛ. ID NO: 48, ПОСЛ. ID NO: 49, ПОСЛ. ID NO: 50, ПОСЛ. ID NO: 51, ПОСЛ. ID NO: 52, ПОСЛ. ID NO: 53, и ПОСЛ. ID NO: 59.
31. Способ по п.26, отличающийся тем, что реакция ОТ-ПЦР или микроматрица включают использование прямого и обратного праймера, способного специфически гибридизироваться с АЛК дикого типа.
32. Способ по п.31, отличающийся тем, что прямой праймер является выбранным из группы, состоящей из ПОСЛ. ID NO: 33, ПОСЛ. ID NO: 54, и ПОСЛ. ID NO: 55.
33. Способ по п.31, отличающийся тем, что обратный праймер выбран из группы, состоящей из ПОСЛ. ID NO. 7, ПОСЛ. ID NO: 32, ПОСЛ. ID NO: 46, SEQ IDNO: 47, ПОСЛ. ID NO: 56, ПОСЛ. ID NO: 57 или ПОСЛ. ID NO: 58.
34. Способ по п.26, отличающийся тем, что реакция ОТ-ПЦР или микроматрица включают использование прямого и обратного праймера, способного специфически гибридизироваться с доменом АЛК киназы.
35. Способ по п.31, отличающийся тем, что прямой праймер выбран из группы, включающей ПОСЛ. ID NO: 45 и ПОСЛ. ID NO: 48.
36. Способ по п.31, отличающийся тем, что обратный праймер выбран из группы, включающей ПОСЛ. ID NO. 7, ПОСЛ. ID NO: 32, ПОСЛ. ID NO: 46, SEQ IDNO: 47, ПОСЛ. ID NO: 56, ПОСЛ. ID NO: 57 или ПОСЛ. ID NO: 58.
37. Способ скрининга на наличие агента, который ингибирует АЛК-связанные раковые заболевания у субъекта, включающий
а) получение образца ткани от субъекта с АЛК-связанным раковым заболеванием;
б) контактирование образца ткани с агентом,
в) экстрагирование мРНК из образца ткани;
г) проведение ОТ-ПЦР реакции на мРНК из образца ткани;
при этом ОТ-ПЦР реакция включает обратный праймер, способный к специфической гибридизации с одной или несколькими последовательностями АЛК и, по меньшей мере, один прямой праймер, и где уменьшение количества продукта амплификации относительно нелеченного контроля указывает на агент, который может ингибировать АЛК-связанное раковое заболевание.
L
S
XL
38. Набор для диагностики АЛК-связанного ракового заболевания, включающий [а] первый праймер, меченный первым реагентом обнаружения, являющийся обратным праймером, а указанный обратный праймер представляет собой один или несколько полинуклеотид(ов), которые гибридизируются с первым полинуклеотидом, кодирующим аминокислотную последовательность ПОСЛ. ID NO 1 или ее комплемент; и [б], по меньшей мере, один второй праймер, являющийся прямым праймером, а указанный прямой праймер представляет собой один или несколько полинуклеотид(ов), которые гибридизируются со вторым полинуклеотидом, кодирующим 5-аминоимидазол-4-карбоксамид рибонуклеотид формилтрансферазу /IMP циклогидролазу (ATIC), тяжелую цепь кинезин-1 гена (KIF5B), тяжелую цепь клатрина [CLTC), Ran-связывающий протеин 2 (RANBP2), SEC31L1, тропомиозин-3 (ТРМ3), тропомиозин-4 (ТРМ4), ТРК - слияния ген [большой) (TFG], ТРК - слияния ген (малый) (TFG), CARS, ALO17, моезин (MSN), ген тяжелой цепи немышечного миозина (MYH9), ТРК - слияния ген (экстра большой) (TFG), связанный с микротубулами протеиноподобный 4 иглокожих (EML4) или нуклеофозмин (NPM).
39. Набор по п.38, отличающийся тем, что обратный праймер представляет собой ПОСЛ. ID NO: 7, ПОСЛ. ID NO: 32, ПОСЛ. ID NO: 46, ПОСЛ. ID NO: 47, ПОСЛ. ID NO: 56, ПОСЛ. ID NO: 57 или ПОСЛ. ID NO: 58.
40. Набор по п.38, отличающийся тем, что, по меньшей мере, один или несколько прямых праймеров включают, по меньшей мере, один прямой праймер, отобранный из группы, состоящей из ПОСЛ. ID NO: 2, ПОСЛ. ID NO: 3, ПОСЛ. ID NO: 4, ПОСЛ. ID NO: 5, ПОСЛ. ID NO: 6, ПОСЛ. ID NO: 35, ПОСЛ. ID NO: 36, ПОСЛ. ID NO: 37, ПОСЛ. ID NO: 38, ПОСЛ. ID NO: 39, ПОСЛ. ID NO: 40, ПОСЛ. ID NO: 41, ПОСЛ. ID NO: 42, ПОСЛ. ID NO: 43, ПОСЛ. ID NO: 44, ПОСЛ. ID NO: 45, ПОСЛ. ID NO: 48, ПОСЛ. ID NO: 49, ПОСЛ. ID NO: 50, ПОСЛ. ID NO: 51, ПОСЛ. ID NO: 52, ПОСЛ. ID NO: 53, ПОСЛ. ID NO: 55, и ПОСЛ. ID NO: 59.
L
S
XL
41. Набор по п.38, отличающийся тем, что включает два, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать, пятнадцать или более прямых праймеров, которые специфически гибридизируются с одним или несколькими из 5-аминоимидазол-4-карбоксамид рибонуклеотид формилтрансферазы /IMP циклогидролазы (ATIC), тяжелой цепи кинезин-1 гена (KIF5B) тяжелой цепи клатрина (CLTC), Ran-связывающего протеина 2 (RANBP2), SEC31L1, тропомиозина-3 (ТРМ3), тропомиозина-4 (ТРМ4), ТРК - слияния гена (большого) (TFG), ТРК-слияния гена (малого) (TFG), CARS, ALO17, моезина (MSN), гена тяжелой цепи немышечного миозина (MYH9), ТРК - слияния гена (экстра большого) (TFG), связанного с микротубулами протеиноподобного 4 иглокожих (EML4) или нуклеофозмина (NPM).
42. Набор по п.38, отличающийся тем, что дополнительно включает прямой праймер, который специфически гибридизируется с АЛК дикого типа.
43. Набор по п.42, отличающийся тем, что прямой праймер является выбранным из группы, включающей ПОСЛ. ID NO: 33, ПОСЛ. ID NO: 54 и ПОСЛ. ID NO: 55.
44. Набор по п.38, отличающийся тем, что дополнительно включает прямой праймер, который специфически гибридизируется с доменом АЛК киназы.
45. Набор по п.44, отличающийся тем, что прямой праймер выбран из группы, включающей ПОСЛ. ID NO: 45, и ПОСЛ. ID NO: 48.
46. Набор по п.38, отличающийся тем, что дополнительно включает контрольную пару праймера.
47. Набор по п.46, отличающийся тем, что контрольная пара праймера специфически гибридизируется с СОХ5В.
48. Набор по п.38, отличающийся тем, что первый и второй праймеры мечены первым и вторым реагентом обнаружения соответственно.