СПОСОБ ИЗМЕРЕНИЯ РЕЗИСТЕНТНОСТИ ИЛИ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ К ДОЦЕТАКСЕЛУ

1. Способ прогнозирования или мониторинга реакции онкологического пациента, страдающего раком толстой кишки, на доцетаксел, включающий следующие стадии:
a) отбор образца для тестирования из области злокачественного поражения у данного пациента;
b) отбор контрольного образца;
c) измерение уровня одного или нескольких генетических маркеров; выбранных из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719); и
d) сопоставление измеренных уровней указанного одного или нескольких генетических маркеров в образце для тестирования и контрольном образце;
при этом снижение уровня указанного одного или нескольких генетических маркеров, измеренного в образце для тестирования по сравнению с контрольным образцом, указывает на повышенную чувствительность к доцетакселу.
2. Способ по п.1, в котором указанный уровень одного или нескольких генетических маркеров измеряется по иРНК, ДНК или белку.
3. Способ по п.2, в котором указанная иРНК измеряется с использованием способа, выбранного из группы, включающей гибридизацию в момент образования, полимеразную цепную реакцию с участием обратной транскриптазы, гибридизацию нуклеиновой кислоты, электрофорез, норзерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
4. Способ по п.2, в котором указанная ДНК измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей количественную полимеразную цепную реакцию, геномные ДНК-чипы, гибридизацию в момент образования, электрофорез, саузерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
5. Способ по п.2, в котором указанный белок измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей иммуноанализ, вестерн-блоттинг, ИФА и масс-спектрометрию.
6. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком толстой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.1, где в набор входят антитела, меченные детектируемой меткой, фрагменты антител, меченные детектируемой меткой, или олигонуклеотиды, меченные детектируемой меткой, включающие нуклеиновые кислоты, способные к гибридизации в жестких условиях с одним или несколькими генетическими маркерами, выбранными из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719).
7. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком прямой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.1, где в набор входят средства:
a) получения суммарной РНК из взятого из организма образца для тестирования;
b) обратной транскрипции суммарной РНК с получением кДНК; и
c) проведения полимеразной цепной реакции с кДНК с использованием набора праймеров, где один или оба праймера имеют детектируемую метку, и оба праймера извлекаются из нуклеотидной последовательности одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719).
8. Набор по п.6 или 7, где детектируемая метка выбрана из группы, включающей фермент, радиоактивный изотоп или химическое соединение, которое флуоресцирует, хемилюминесцентную молекулу, рентгеноконтрастные вещества, липосомы и гаптеновые молекулы.
9. Способ прогнозирования или мониторинга реакции онкологического пациента, страдающего раком прямой кишки, на доцетаксел, включающий стадии:
а) отбор образца для тестирования из области злокачественного поражения у данного пациента;
b) измерение уровня одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, включающей:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719);
c) измерение уровня одного или нескольких контрольных генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
GAPDH, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа Homo sapiens (GAPD), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002046); и
RPS9, клон кДНК Homo sapiens IMAGE:6647283, частичный код (номер в каталоге: BC071941);
d) сопоставление измеренных уровней указанного одного или нескольких генетических маркеров и указанного одного или нескольких контрольных генетических маркеров в образце для тестирования;
при этом снижение уровня указанного одного или нескольких генетических маркеров по сравнению с уровнем одного или нескольких контрольных генетических маркеров указывает на повышенную чувствительность к доцетакселу.
10. Способ по п.9, в котором указанный уровень одного или нескольких генетических маркеров измеряется по иРНК, ДНК или белку.
11. Способ по п.10, в котором указанная иРНК измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей гибридизацию в момент образования, полимеразную цепную реакцию с участием обратной транскриптазы, гибридизацию нуклеиновой кислоты, электрофорез, норзерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
12. Способ по п.10, в котором указанная ДНК измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей количественную полимеразную цепную реакцию, геномные ДНК-чипы, гибридизацию в момент образования, электрофорез, саузерн-блоттинг и масс-спектрометрию.
13. Способ по п.10, в котором указанный белок измеряется с использованием метода, выбранного из группы, включающей иммуноанализ, вестерн-блоттинг, ИФА и масс-спектрометрию.
14. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком прямой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.9, где в набор входят антитела, меченные детектируемой меткой, фрагменты антител, меченные детектируемой меткой, или олигонуклеотиды, меченные детектируемой меткой, включающие нуклеиновые кислоты, способные к гибридизации в жестких условиях с одним или несколькими указанными генетическими маркерами, выбранными из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719).
GAPDH, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа Homo sapiens (GAPD), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002046); и
RPS9, клон кДНК Homo sapiens IMAGE:6647283, частичный код (номер в каталоге: BC071941).
15. Набор для прогнозирования или мониторинга реакции страдающего раком прямой кишки пациента на доцетаксел в соответствии со способом по п.9, где в набор входят средства:
a) получения суммарной РНК из взятого из организма образца для тестирования;
b) обратной транскрипции суммарной РНК с получением кДНК; и
c) проведения полимеразной цепной реакции с кДНК с использованием набора праймеров,
при этом один или оба праймера имеют детектируемую метку, и оба праймера извлекаются из нуклеотидной последовательности одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
P21(Waf1), ингибитор циклин-зависимой киназы 1А Homo sapiens (p21, Cip1) (CDKN1A), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000389);
Pim-1, pim-1 онкоген Homo sapiens (PIM1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002648);
GBP-1, гуанилат-связывающий белок 1 Homo sapiens, индуцируемый интерфероном, 67 кДа (GBP1), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002053);
RXRA, ретиноид Х-рецептор Homo sapiens, альфа (RXRA), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002957);
SPF45, белок 17 с РНК-связывающим мотивом Homo sapiens (RBM17), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_032905);
Hec1, связанный с центромером 2 Homo sapiens (KNTC2), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006101);
Raf1, человеческая иРНК для онкогена raf (номер в каталоге GenBank: X03484);
Aurora A, киназа 1 семейства Aurora Homo sapiens (ARK1), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: AF008551);
TACC3, трансформирующий кислый биспиральный белок 3 Homo sapiens (TACC3), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006342);
RelB, гомолог В вирусного онкогена ретикулоэндотелиоза v-rel Homo sapiens, ядерный фактор ген-энхансера легкой цепи полипептида каппа в В-клетках 3 (птиц) (RELB), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006509);
PRKCD, протеинкиназа С Homo sapiens, дельта (PRKCD), вариант транскрипта 1, иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006254);
BRAF35, высокоподвижная группа Homo sapiens 20B (HMG20B), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_006339);
HSPA1L, белок теплового шока 70 кДа 1А Homo sapiens (HSPA1A), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_005345);
STK11, серин-треонинкиназа 11 Homo sapiens (полипоз кишечника II) (STK11), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_000455); и
MKK3, MAP киназа киназа 3 Homo sapiens (MKK3), иРНК, полный код (номер в каталоге GenBank: L36719);
GAPDH, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа Homo sapiens (GAPD), иРНК (номер в каталоге GenBank: NM_002046); и
RPS9, клон кДНК Homo sapiens IMAGE:6647283, частичный код (номер в каталоге: BC071941).
16. Набор по п.14 или 15, где детектируемая метка состоит из фермента, радиоактивного изотопа или химического соединения, которое флуоресцирует, хемилюминесцентной молекулы, рентгеноконтрастных веществ, липосом и гаптеновых молекул.