ФЕРМЕНТНЫЕ КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ РАСЩЕПЛЕНИЯ УГЛЕВОДНОГО АНТИГЕНА, СВЯЗАННЫЕ С ЭТИМ СПОСОБЫ, ПРИМЕНЕНИЯ, УСТРОЙСТВА И СИСТЕМЫ

1. Композиция, включающая
(a) очищенный белок GalNAc-деацетилазы; и
(b) очищенный белок галактозаминидазы.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что композиция выбрана из одного или нескольких из
(a) очищенного белка GalNAc-деацетилазы, выбранной из одного или нескольких из следующих: SEQ ID NO:2; SEQ ID NO:4; SEQ ID NO:5; SEQ ID NO:17; SEQ ID NO:23; SEQ ID NO:29; SEQ ID NO:31; SEQ ID NO:32; SEQ ID NO:33; SEQ ID NO:34; и SEQ ID NO:35; и
(b) очищенного белка галактозаминидазы, выбранной из одного или нескольких из следующих: SEQ ID NO:7; SEQ ID NO:9; SEQ ID NO:10; SEQ ID NO:19; SEQ ID NO:21; SEQ ID NO:36; и SEQ ID NO:37.
3. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что композиция включает очищенный фермент, обладающий активностью GalNAc-деацетилазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:2, 4, 5, 17, 23, 29, 31 и 32-35; и очищенный фермент, обладающий активностью галактозаминидазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:7, 9, 10, 19, 21, 36 и 37.
4. Композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что композиция включает ферменты, выбранные из одного или нескольких из
(a) очищенного белка GalNAc-деацетилазы, представляющего собой очищенный белок GalNAc-деацетилазы из Flavonifractor plautii с SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4 и SEQ ID NO:5; и
(b) очищенного белка галактозаминидазы, представляющего собой очищенный белок галактозаминидазы из Flavonifractor plautii с SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9 и SEQ ID NO:10.
5. Композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что композиция выбрана из одного или более из
(a) очищенного белка GalNAc-деацетилазы представляющего собой очищенный белок GalNAc-деацетилазы из Clostridium tertium с SEQ ID NO:17 или SEQ ID NO:32; и
(b) очищенного белка галактозаминидазы, представляющего собой очищенный белок галактозаминидазы Clostridium tertium с SEQ ID NO:19 или SEQ ID NO:36.
6. Композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что GalNAc-деацетилаза и галактозаминидаза способны расщеплять антиген A при 1 мкг/мл или ниже.
7. Композиция по любому из пп. 1-6, отличающаяся тем, что GalNAc-деацетилаза и галактозаминидаза обладают активностью расщепления A-антигена при pH от около 6,5 до около 7,5.
8. Композиция по любому из пп. 1-7, отличающаяся тем, что GalNAc-деацетилаза и галактозаминидаза обладают активностью расщепления A-антигена при температурах от 4°C до 37°C.
9. Композиция по любому из пп. 1-8, отличающаяся тем, что
(a) очищенная GalNAc-деацетилаза и очищенная галактозаминидаза иммобилизованы;
(b) очищенная GalNAc-деацетилаза иммобилизована; или
(c) очищенная галактозаминидаза иммобилизована.
10. Композиция по п. 9, отличающаяся тем, что иммобилизованный фермент прикреплен к поверхности, причем поверхность выбирается из одного или нескольких из следующих
(a) гранула или микросфера;
(b) контейнер;
(c) пробирка;
(d) колонка; или
(e) матрица.
11. Композиция по любому из пп. 1-10, отличающаяся тем, что композиция дополнительно включает агент краудинга.
12. Композиция по п. 11, отличающаяся тем, что агент краудинга выбран из одного или нескольких из следующих: декстран, декстрансульфат, декстрин, пуллулан, поли(этиленгликоль), Фиколл™ и инертный белок.
13. Очищенный фермент, содержащий GalNAc-деацетилазу из Flavonifractor plautii с SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4 или SEQ ID NO:5.
14. Очищенный фермент, содержащий галактозаминидазу из Flavonifractor plautii SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10.
15. Очищенный фермент, содержащий GalNAc-деацетилазу из Clostridium tertium с SEQ ID NO:17 или SEQ ID NO:32.
16. Очищенный фермент, содержащий галактозаминидазу из Clostridium tertium с SEQ ID NO:19 или SEQ ID NO:36.
17. Выделенная последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая GalNAc-деацетилазу, выбранную из одной или нескольких из: SEQ ID NO:1; SEQ ID NO:3; SEQ ID NO:16; SEQ ID NO:24; SEQ ID NO:26; SEQ ID NO:28; и SEQ ID NO:30.
18. Выделенная последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая галактозаминидазу, выбранную из одной или нескольких из: SEQ ID NO:6; SEQ ID NO:8; SEQ ID NO:18; и SEQ ID NO:20.
19. Вектор, включающий нуклеиновую кислоту по п. 17 или 18 и гетерологичную последовательность нуклеиновой кислоты.
20. Вектор по п. 19, отличающийся тем, что последовательность гетерологичной нуклеиновой кислоты выбрана из одного или нескольких из следующих: белковая метка; и сайт расщепления.
21. Вектор по п. 20, отличающийся тем, что белковая метка выбрана из одного или нескольких из следующих: альбумин-связывающий белок (ABP); щелочная фосфатаза (AP); эпитоп AU1; эпитоп AU5; метка AviTag; эпитоп бактериофага Т7 (метка Т7); эпитоп бактериофага V5 (V5-метка); биотин-карбоксил переносящий белок (BCCP); метка вируса блютанга (B-метка); однодоменное верблюдовое антитело (C-метка); кальмодулин-связывающий пептид (CBP или кальмодулиновая метка); хлорамфениколацетилтрансфераза (CAT); домен связывания целлюлозы (CBP); Хитинсвязывающий домен (CBD); холин-связывающий домен (CBD); дигидрофолатредуктаза (DHFR); метка DogTag; эпитоп Е2; E-метка; эпитоп FLAG (FLAG-метка); галактозосвязывающий белок (GBP); зеленый флуоресцентный белок (GFP); Glu-Glu (EE-метка); глутатион-S-трансфераза (GST); гемагглютинин гриппа человека (НА); HaloTag™; чередование меток гистидина и глутамина (метка HQ); чередование меток гистидина и аспарагина (HN-метка); гистидиновая аффинная метка (HAT); пероксидаза хрена (HRP); эпитоп HSV; Isopeptag (Isopep-метка); Кетостероид-изомераза (KSI); эпитоп КТ3; LacZ; люцифераза; мальтозо-связывающий белок (MBP); эпитоп Myc (Myc-метка); NE-метка; NusA; домен PDZ; Лиганд PDZ; полиаргинин (Arg-метка); полиаспартат (Asp-метка); полицистеин (Cys-метка); полиглутамат (Glu-метка); полигистидин (His-метка); полифенилаланин (Phe-метка); Profinity eXact; протеин C; Rho1D4-метка; S1-метка; S-метка; метка Softag 1; метка Softag 3; метка SnoopTagJr; метка SnoopTag; Spot-метка; SpyTag (Spy-метка); стрептавадин-связывающий пептид (SBP); стафилококковый протеин А (протеин A); стафилококковый протеин G (протеин G); Strep-метка; стрептавадин (SBP-метка); Strep-метка II; Sdy-метка; малый убиквитин-подобный модификатор (SUMO); тандемная аффинная очистка (TAP); эпитоп Т7; тетрацистеиновая метка (TC-метка); тиоредоксин (Trx); TrpE; Ty-метка; убиквитин; Universal; V5-метка; VSV-G или VSV-метка; и Xpress-метка.
22. Вектор, включающий нуклеиновую кислоту по п. 17 или 18.
23. Способ ферментативного отщепления А-антигенов от эритроцитов, включающий
(a) объединение белка GalNAc-деацетилазы и белка галактозаминидазы с (i) кровью, содержащей антиген типа A; или (ii) эритроцитами типа А или типа АВ;
(b) инкубацию ферментов с (i) кровью; или (ii) эритроциты типа A или типа AB; в течение периода времени, достаточного для того, чтобы ферменты отщепили А-антигены из крови или эритроцитов.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что GalNAc-деацетилаза представляет собой очищенный белок, выбранный из одной или нескольких из: SEQ ID NO:2; SEQ ID NO:4; SEQ ID NO:5; SEQ ID NO:17; SEQ ID NO:23; SEQ ID NO:29; SEQ ID NO:31; SEQ ID NO:32; SEQ ID NO:33; SEQ ID NO:34; и SEQ ID NO:35; а галактозаминидаза представляет собой очищенный белок, выбранный из одной или нескольких из следующих: SEQ ID NO:7; SEQ ID NO:9; SEQ ID NO:10; SEQ ID NO:19; SEQ ID NO:21; SEQ ID NO:36; и SEQ ID NO:37.
25. Способ по п. 23, отличающийся тем, что композиция включает: очищенный фермент, обладающий активностью GalNAc-деацетилазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:2, 4, 5, 17, 23, 29, 31 и 32-35; и очищенный фермент, обладающий активностью галактозаминидазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:7, 9, 10, 19, 21, 36 и 37.
26. Способ по п. 23, отличающийся тем, что GalNAc-деацетилаза представляет собой очищенный белок GalNAc-деацетилазы из Flavonifractor plautii с SEQ ID NO:4 или SEQ ID NO:5, а галактозаминидаза представляет собой очищенный белок галактозаминидазы из Flavonifractor plautii с SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10.
27. Способ по любому из пп. 23-26, дополнительно включающий добавление агента краудинга.
28. Способ по п. 27, отличающийся тем, что агент краудинга, выбран из одного или нескольких из: декстрана; сульфат декстрана; декстрина; пуллулана; поли(этиленгликоля); Фиколла™; гиперразветвленного глицерина; и инертного белка.
29. Способ по любому из пп. 23-28, дополнительно включающий промывание крови или эритроцитов для удаления GalNAc-деацетилазы, галактозаминидазы и агента краудинга.
30. Способ по любому из пп. 23-29, отличающийся тем, что GalNAc-деацетилаза и галактозаминидаза способны расщеплять A-антиген при 1 мкг/мл или ниже.
31. Способ по любому из пп. 23-30, отличающийся тем, что GalNAc-деацетилаза и галактозаминидаза обладают активностью по расщеплению A-антигена при pH от около 6,5 до около 7,5.
32. Способ по любому из пп. 23-31, отличающийся тем, что GalNAc-деацетилаза и галактозаминидаза обладают активностью по расщеплению A-антигена при температурах от 4°C до 37°C.
33. Система сбора и хранения крови, включающая
(a) очищенный белок GalNAc-деацетилазы; и
(b) очищенный белок галактозаминидазы.
34. Система по п. 33, отличающаяся тем, что
(а) GalNAc-деацетилаза представляет собой очищенный белок, выбранный из одного или нескольких из: SEQ ID NO:2; SEQ ID NO:4; SEQ ID NO:5; SEQ ID NO:17; SEQ ID NO:23; SEQ ID NO:29; SEQ ID NO:31; SEQ ID NO:32; SEQ ID NO:33; SEQ ID NO:34; и SEQ ID NO:35; и
(b) галактозаминидаза представляет собой очищенный белок, выбранный из одного или нескольких из следующих: SEQ ID NO:7; SEQ ID NO:9; SEQ ID NO:10; SEQ ID NO:19; SEQ ID NO:21; SEQ ID NO:36; и SEQ ID NO:37.
35. Система по п. 33, отличающаяся тем, что композиция включает: очищенный фермент, обладающий активностью GalNAc-деацетилазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:2, 4, 5, 17, 23, 29, 31 и 32-35; и очищенный фермент, обладающий активностью галактозаминидазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:7, 9, 10, 19, 21, 36 и 37.
36. Система по пп. 33, 34 или 35, отличающаяся тем, что система дополнительно содержит поверхность, на которой иммобилизован фермент, причем поверхность выбирается из одного или нескольких из следующих
(a) гранула или микросфера;
(b) контейнер;
(c) пробирка;
(d) колонка; или
(e) матрица.
37. Устройство для сбора и хранения крови, включающее
(a) поверхность;
(b) очищенный белок GalNAc-деацетилазы, иммобилизованный на поверхности; и
(c) очищенный белок галактозаминидазы, иммобилизованный на поверхности.
38. Устройство по п. 37, отличающееся тем, что
(a) GalNAc-деацетилаза представляет собой очищенный белок, выбранный из одного или нескольких из: SEQ ID NO:2; SEQ ID NO:4; SEQ ID NO:5; SEQ ID NO:17; SEQ ID NO:23; SEQ ID NO:29; SEQ ID NO:31; SEQ ID NO:32; SEQ ID NO:33; SEQ ID NO:34; и SEQ ID NO:35; и
(b) Галактозаминидаза представляет собой очищенный белок, выбранный из одного или нескольких из следующих: SEQ ID NO:7; SEQ ID NO:9; SEQ ID NO:10; SEQ ID NO:19; SEQ ID NO:21; SEQ ID NO:36; и SEQ ID NO:37.
39. Устройство по п. 37, отличающееся тем, что композиция включает: очищенный фермент, обладающий активностью GalNAc-деацетилазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:2, 4, 5, 17, 23, 29, 31 и 32-35; и очищенный фермент, обладающий активностью галактозаминидазы, состоящий по существу из аминокислотной последовательности, по меньшей мере, на 90% идентичной последовательности, указанной в одной из SEQ ID NO:7, 9, 10, 19, 21, 36 и 37.
40. Устройство по п. 37, отличающееся тем, что поверхность, на которой иммобилизован фермент, выбрана из одного или нескольких из следующих
(a) гранула или микросфера;
(b) контейнер;
(c) пробирка;
(d) колонка; или
(e) матрица.
41. Устройство по п. 40, отличающееся тем, что контейнер представляет собой мешок.
42. Композиция по п. 10, отличающаяся тем, что контейнер представляет собой мешок.
43. Система по п. 36, отличающаяся тем, что контейнер представляет собой мешок.