СПОСОБ И КОМПОЗИЦИЯ ДЛЯ АНАЛИЗА КЛЕТОЧНЫХ КОМПОНЕНТОВ

1. Способ получения информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты, содержащейся в единичной клетке, который включает:
a) введение клеточной суспензии в первый капельный манипулятор;
b) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для такого дозирования множества капель, включающих клеточную суспензию, при котором каждая капля включает единичную клетку;
c) введение буфера лизиса клеток во второй капельный манипулятор;
c) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих буфер лизиса клеток;
d) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель буфера лизиса клеток и множества капель клеточной суспензии, что приводит к получению множества капель лизата клеток;
e) введение раствора реагента, включающего первую репортерную группу и ферменты, в третий капельный манипулятор, где по меньшей мере один фермент обладает способностью вводить первую репортерную группу в целевую нуклеиновую кислоту, и при этом первая репортерная группа идентифицирует единичную клетку;
f) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих раствор реагента;
g) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель лизата клеток с каплями реагента, которое приводит к образованию множества капель, включающих первую репортерную группу, в котором репортерные группы введены в нуклеиновые кислоты, содержащиеся в каплях клеточного лизата;
h) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих промывной раствор;
i) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель, включающих первую репортерную группу, с каплями промывного раствора, что приводит к удалению фермента, остающегося после реакции, из нуклеиновой кислоты и образованию множества капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, причем целевая нуклеиновая кислота включает первую репортерную группу;
(j) по меньшей мере однократное повторение этапов (e)-(i), в котором последующие растворы реагентов включают репортерные группы, отличающиеся от первой репортерной группы, что приводит к образованию множества капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп;
(k) получение информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты, включающей одну или более репортерных групп, и сопоставление информации о последовательности с единичной клеткой.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
(l) введение в капельный манипулятор раствора реагента для мечения белка, включающего метки, специфичные для белков;
(m) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель, включающих раствор реагента для мечения белка;
(n) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества растворов реагента для мечения белка с множеством капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп, где по меньшей мере часть белков из единичной клетки включает метку, уникальную для единичной клетки, и идентификацию по меньшей мере части белков, включающих метки.
3. Способ по п. 2, в котором способ получения информации о последовательности из целевой нуклеиновой кислоты осуществляют одновременно с идентификацией по меньшей мере части белков, включающих метки.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
5. Способ по любому из пп. 1-3, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой ДНК.
6. Способ по п. 5, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
7. Способ по любому из пп. 1-3, в котором целевая нуклеиновая кислота представляет собой и РНК, и ДНК.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором первая репортерная группа введена в целевую нуклеиновую кислоту посредством лигирования.
9. Способ по любому из пп. 1-8, дополнительно включающий:
(i) введение раствора реагента, включающего репортерные группы, специфичные для продуктов метаболизма клетки, в капельный манипулятор;
(ii) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для дозирования множества капель реагента, включающего репортерные группы, специфичные для продуктов метаболизма клетки;
(iii) применение операций с каплями, проводимых посредством электродов, для объединения множества капель реагента с множеством капель, включающих целевую нуклеиновую кислоту, включающую множество репортерных групп, где по меньшей мере часть продуктов метаболизма клетки, получаемых из единичной клетки, включает репортерную группу, уникальную для единичной клетки, и идентификацию по меньшей мере части продуктов метаболизма клетки.
10. Способ получения информации о последовательности из клеточной нуклеиновой кислоты, который включает:
(a) нанесение одной или более клеток на твердую подложку, где твердая подложка включает группы, иммобилизующие клетки, и в результате такого нанесения одна или более клеток оказываются иммобилизованными на твердой подложке;
(b) проведение лизиса клеток, иммобилизованных на твердой подложке, с образованием клеточного лизата;
(c) обеспечение наличия репортерной группы для нуклеиновой кислоты, содержащейся в клеточном лизате, и модификацию нуклеиновой кислоты с образованием нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу;
(d) получение информации о последовательности из нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу.
11. Способ по п. 10, в котором нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
12. Способ по п. 10, в котором нуклеиновая кислота представляет собой РНК.
13. Способ по п. 12, дополнительно включающий обратную транскрипцию РНК в кДНК.
14. Способ по любому из пп. 10-13, дополнительно включающий обеспечение наличия дополнительных репортерных групп для нуклеиновой кислоты этапа (c), включающей первую репортерную группу, и модификацию нуклеиновой кислоты этапа (c) с целью дополнительного включения одной или более дополнительных репортерных групп.
15. Способ по п. 14, в котором дополнительные репортерные группы отличаются от первой репортерной группы.
16. Способ по любому из пп. 10-15, в котором первая репортерная группа уникальна для каждой клетки, что позволяет идентифицировать клеточный источник нуклеиновой кислоты, включающей первый индекс.
17. Способ по любому из пп. 10-16, в котором нуклеиновая кислота представляет собой нуклеиновую кислоту из единичной клетки.
18. Способ по любому из пп. 10-17, в котором нуклеиновая кислота представляет собой и РНК, и ДНК.
19. Способ по любому из пп. 10-18, в котором твердая подложка выбрана из группы, состоящей из проточных ячеек, гранул и микролунок.
20. Способ по любому из пп. 10-19, в котором группы, иммобилизующие клетки, представляют собой антитела, где антитела связываются с белками клеточной поверхности.
21. Способ по п. 20, в котором антитела представляют собой моноклональные антитела.
22. Способ по любому из пп. 20-21, в котором антитела специфично связываются с белками клеточной поверхности, специфичными для раковых клеток.
23. Способ по любому из пп. 10-22, дополнительно включающий воздействие на клеточный лизат меток, специфичных для белков, где по меньшей мере часть белка клетки включает метку, уникальную для клетки, и идентификацию по меньшей мере части белков, включающих метки.
24. Способ по п. 23, в котором идентификация по меньшей мере части белков, включающих метки, и получение информации о последовательности из клеточной нуклеиновой кислоты производят одновременно.
25. Способ по любому из пп. 10-24, в котором одна или более репортерные группы включают по меньшей мере один штрих-код.
26. Способ по любому из пп. 10-25, в котором одна или более репортерные группы включают участок связывания праймера.
27. Способ по любому из пп. 10-26, в котором модификацию нуклеиновой кислоты, включающей первую репортерную группу, производят лигированием.
28. Способ по любому из пп. 10-25, в котором модификацию нуклеиновой кислоты, включающей одну или более дополнительных репортерных групп, производят лигированием.
29. Способ по любому из пп. 10-28, в котором модифицированную нуклеиновую кислоту, включающую первую репортерную группу, подвергают амплификации до получения информации о последовательности.
30. Способ по любому из пп. 10-29, в котором модифицированную нуклеиновую кислоту, включающую две или более репортерные группы, подвергают амплификации до получения информации о последовательности.
31. Способ по любому из пп. 10-29, в котором по меньшей мере часть клеток связана с заболеванием.
32. Способ по п. 31, в котором по меньшей мере часть клеток связана с раковым заболеванием.
33. Способ анализа клеточных компонентов, включающий:
(a) нанесение одной или более клеток на твердую подложку, где твердая подложка включает группы, иммобилизующие клетки, и в результате такого нанесения одна или более клеток оказываются иммобилизованными на твердой подложке;
(b) проведение лизиса клеток, иммобилизованных на твердой подложке, с образованием клеточного лизата;
(c) включение одной или более репортерных групп в клеточный лизат, в результате чего одно или более анализируемых веществ, находящихся в клеточном лизате, включают одну или более репортерных групп, и при этом одна или более репортерных групп идентифицирует клетку;
(d) анализ анализируемых веществ, включающих одну или более репортерных групп, причем такой анализ позволяет идентифицировать клетки и обнаруживать компоненты клетки.
34. Способ по п. 33, в котором единичные клетки иммобилизованы на твердой подложке.
35. Способ по любому из пп. 33-34, в котором в котором твердая подложка выбрана из группы, состоящей из проточных ячеек, гранул и микролунок.
36. Способ по любому из пп. 33-35, в котором группы, иммобилизующие клетки, представляют собой антитела, где антитела связываются с белками клеточной поверхности.
37. Способ по п. 36, в котором антитела представляют собой моноклональные антитела.
38. Способ по любому из пп. 36-37, в котором антитела специфично связываются с белками клеточной поверхности, специфичными для раковых клеток.
39. Способ по п. 33, в котором анализируемые вещества выбраны из группы, состоящей из белка, нуклеиновой кислоты, органелл, липидов, углеводов, продуктов метаболизма клетки.
40. Способ по любому из пп. 33-39, в котором одна или более репортерные группы включают участок связывания праймера.
41. Способ по любому из пп. 33-39, в котором одно или более анализируемых веществ представляют собой нуклеиновые кислоты.
42. Способ по п. 41, в котором перед проведением анализа нуклеиновые кислоты, включающие репортерные группы, подвергают амплификации.
43. Способ по любому из пп. 41, 42, в котором анализ нуклеиновой кислоты производят секвенированием.