СВЯЗЫВАЮЩИЕ ПОЛИПЕПТИДЫ И ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22), где G находится в положении 26, а X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из S и Y; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23), где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-D-Y (SEQ ID NO:31), где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата, и где Х1 выбран из R, Y и M; Х2 выбран из Y и R; Х3 выбран из Y, S, R, P и G; Х4 выбран из Y и S; Х5 выбран из Y, S, R и H; Х6 выбран из R, Y и S; Х7 выбран из G, Y и S; Х8 выбран из R, Y и S; Х9 выбран из G, Y и S; Х10 выбран из R, Y и S; Х11 выбран из G, Y и S; Х12 выбран из S, Y, R, G и A; Х13 выбран из G и Y; Х14 выбран из L, M, R, G и A; и Х15 выбран из G, F и L или отсутствует; и X16 означает F или отсутствует.
2. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22), где G находится в положении 26, а X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23), где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y или S; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y (SEQ ID NO:24), где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 50% Y, 25% S и 25% G; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 50% Y, 25% S и 25% G, или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
3. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22), где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23), где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y (SEQ ID NO:26), где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 25% Y, 50% S и 25% R; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 25% Y, 50% S и 25% R или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
4. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22), где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23), где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y (SEQ ID NO:27), где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 38% Y, 25% S, 25% G и 12% R; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 38% Y, 25% S, 25% G и 12% R или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
5. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22), где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23), где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y (SEQ ID NO:28), где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 20% Y, 26% S, 26% G, 13% R, 1% A, 1% D, 1% E, 1% F, 1% H, 1% I, 1% K, 1% L, 1% M, 1% N, 1% P, 1% Q, 1% T, 1% V и 1% W; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 20% Y, 26% S, 26% G, 13% R, 1% A, 1% D, 1% E, 1% F, 1% H, 1% I, 1% K, 1% L, 1% M, 1% N, 1% P, 1% Q, 1% T, 1% V и 1% W или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
6. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22); где X1 находится в положении 28 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран из S и Y; Х3 выбран из S и Y; Х4 выбран из S и Y; и Х5 выбран из S и Y;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23); где X1 находится в положении аминокислоты 50 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран изS и Y; Х3 выбран из S и Y; Х4 выбран из S и Y; Х5 выбран из S и Y; и Х6 выбран из S и Y; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-D-Y (SEQ ID NO:582), где X1 находится в положении аминокислоты 95 согласно нумерации Кабата и выбран из Y и R; Х2 выбран из Y, S и R; Х3 выбран из S, G, Y и H; Х4 выбран из S, G, Y и R; Х5 выбран из G и A; Х6 выбран из F, M, L и A; и Х7 выбран из F, M и L или отсутствует.
7. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22); где X1 находится в положении 28 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран из S и Y; Х3 выбран из S и Y; Х4 выбран из S и Y; и Х5 выбран из S и Y;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:22); где X1 находится в положении аминокислоты 50 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран из S и Y; Х3 выбран из S и Y; Х4 выбран из S и Y; и Х5 выбран из S и Y; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-D-Y (SEQ ID NO:583), где X1 находится в положении аминокислоты 95 согласно нумерации Кабата и выбран из Y, S и G; Х2 выбран из Y, S, G, R, A и M; Х3 выбран из G, Y, S и R; Х4 выбран из G, Y и F; Х5 выбран из Y, S, N и G; Х6 выбран из Y, R, H и W; Х7 выбран из G и A; и Х8 выбран из F, M, L и I.
8. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H (SEQ ID NO:22); где X1 находится в положении 28 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран из S и Y; Х3 выбран из S и Y; Х4 выбран из S и Y; и Х5 выбран из S и Y;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G (SEQ ID NO:23); где X1 находится в положении аминокислоты 50 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран из S и Y; Х3 выбран из S и Y; Х4 выбран из S и Y; и Х5 выбран из S и Y; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y (SEQ ID NO:584), где X1 находится в положении аминокислоты 95 и выбран из Y, S, R, G и E; Х2 выбран из Y, S, R и G; Х3 выбран из S, Y, G и W; Х4 выбран из S, Y, G и Q; Х5 выбран из G, Y и S; Х6 выбран из G, Y, S, R и V; Х7 выбран из S, Y, G и R; Х8 выбран из Y, S, G, R, P и V; Х9 выбран из G, A, Y, S и R; Х10 выбран из M, F, G, Y, S и R; Х11 выбран из A, Y, S, G и R или отсутствует; Х12 выбран из I, M, F, L, A, G, S, Y, R и T или отсутствует; Х13 выбран из F, M, L, G, A, Y, T и S или отсутствует; Х14 выбран из L, M, F, I, G, Y, A и T или отсутствует; Х15 выбран из M, L, Y, G и R или отсутствует; Х16 выбран из Y и G или отсутствует; Х17 выбран из R, M и G или отсутствует; Х18 выбран из P и A или отсутствует; и X18 означает L или отсутствует.
9. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; и где X1-X5 являются природными аминокислотами, отличными от цистеина;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X6-I-X7-P-X8-X9-G-X10-T-X11-Y-A-D-S-V-K-G, где X6 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата, и где X6-X11 являются природными аминокислотами, отличными от цистеина; и
n
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X12-X13-X14-X15-X16-(X17)-X18-X19-D-Y, где X12 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата, и где n является подходящим числом, в случае которого может сохраняться функциональная активность вариабельного домена тяжелой цепи, и где X12-X19 являются природными аминокислотами, отличными от цистеина.
10. Полипептид, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X17 выбраны из S и одной из аминокислот A, C, F, G, I, L, N, P, R, T, W или Y или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из F, L, I и M.
11. Полипептид, содержащей вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRH1 содержит аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где аминокислоты в каждом из положений X1-X5 выбраны из S и одной из аминокислот Y, W, R или F;
(ii) CDRH2 содержит аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из S и одной из аминокислот Y, W, R, или F; и
(iii) CDRH3 содержит аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X19 выбраны из S и одной из аминокислот Y, W, R или F или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из F, L, I и M.
12. Полипептид, содержащий вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина, включающий последовательность CDRL3, при этом CDRL3 содержит аминокислотную последовательность Q-Q-X1-X2-X3-X4-P-X5-T (SEQ ID NO:25), где X1 находится в положении 91 согласно нумерации Кабата и выбран из S и Y; Х2 выбран из S, Y и F; Х3 выбран из Y, S и F; Х4 выбран из Y и S; Х5 выбран из S и Y.
13. Полипептид, содержащий вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина, в котором CDRL3 содержит аминокислотную последовательность: Q-Q-X1-X2-X3-X4-P-X5-T, где X1 находится в положении 91 согласно системе нумерации Кабата, и где аминокислоты в каждом из положений X1-X5 выбраны из S и одной из аминокислот Y, W, R или F.
14. Полипептид, содержащий вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина, в котором
(i) CDRL1 содержит первую консенсусную гипервариабельную последовательность или ее вариант, содержащий замену в одном или нескольких положениях по сравнению с соответствующей консенсусной гипервариабельной последовательностью;
(ii) CDRL2 содержит вторую консенсусную гипервариабельную последовательность или ее вариант, содержащий замену в одном или нескольких положениях по сравнению с соответствующей консенсусной гипервариабельной последовательностью; и
n
(iii) CDRL3 содержит аминокислотную последовательность: Q-Q-Xl-X2-X3-(X4)-X5-X6-T, где X1-X6 означают любую природную аминокислоту, отличную от цистеина, и где X1 находится в положении 91 согласно системе нумерации Кабата.
15. Антитело, содержащее полипептид, включающий вариабельный домен тяжелой цепи иммуноглобулина по любому из пп.1-11, и полипептид, содержащий вариабельный домен легкой цепи иммуноглобулина по любому из пп.12-14.
16. Полипептид, содержащий по меньшей мере два вариабельных домена антитела, включая
(a) вариабельный домен тяжелой цепи антитела, содержащий полипептид по любому из пп.1-11; и
(b) вариабельный домен легкой цепи антитела, содержащий полипептид по любому из пп.12-14.
17. Слитый полипептид, содержащий полипептид по любому из пп.1-16, в котором полипептид вариабельного домена слит по меньшей мере с частью белка оболочки вируса.
18. Композиция, содержащая полипептид по любому из пп.1-17 и носитель.
19. Полинуклеотид, кодирующий полипептид по любому из пп.1-17.
20. Вектор, содержащий полинуклеотид по п.19.
21. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п.20.
22. Способ получения полипептида, включающий культивирование клетки-хозяина по п.21 в условиях, подходящих для продуцирования полипептида, и выделение полипептида или его антигенсвязывающего фрагмента.
4
23. Библиотека, содержащая множество полипептидов по любому из пп.1-17, и при этом библиотека имеет по меньшей мере 1Ч10 различных последовательностей вариабельных доменов антител.
24. Способ создания композиции, содержащей множество полипептидов, включающий
(a) создание множества полипептидов, содержащих
(i) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X17 выбраны из S и одной из аминокислот A, C, F, G, I, L, N, P, R, T, W или Y или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из F, L, I и M.
25. Способ создания композиции, содержащей множество полипептидов, включающий
(a) создание множества полипептидов, содержащих
(i) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где аминокислота в каждом из положений X1-Х5 выбрана из S и одной из аминокислот Y, W, R или F;
(ii) CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где аминокислота в каждом из положений X1-Х6 выбрана из S и одной из аминокислот Y, W, R или F; и
(iii) CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X19 выбраны из S и одной из аминокислот Y, W, R или F или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из F, L, I и M.
26. Способ создания композиции, содержащей множество полипептидов, включающий
(a) создание множества полипептидов, содержащих
(i) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X1-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 50% Y, 25% S и 25% G; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 50% Y, 25% S и 25% G или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
27. Способ создания композиции, содержащей множество полипептидов, включающий
(a) создание множества полипептидов, содержащих
(i) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 25% Y, 50% S и 25% R; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 25% Y, 50% S и 25% R или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
28. Способ создания композиции, содержащей множество полипептидов, включающий
(a) создание множества полипептидов, содержащих
(i) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 38% Y, 25% S, 25% G и 12% R; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 38% Y, 25% S, 25% G и 12% R или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
29. Способ создания композиции, содержащей множество полипептидов, включающий
(a) создание множества полипептидов, содержащих
(i) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность G-F-X1-I-X2-X3-X4-X5-I-H, где G находится в положении 26, и X1 находится в положении 28 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; и где Х5 выбран из Y и S;
(ii) CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность: X1-I-X2-P-X3-X4-G-X5-T-X6-Y-A-D-S-V-K-G, где X1 находится в положении 50 согласно системе нумерации Кабата; где Х1 выбран из Y и S; где Х2 выбран из Y и S; где Х3 выбран из Y и S; где Х4 выбран из Y и S; где Х5 выбран из Y и S; и где Х6 выбран из Y и S; и
(iii) CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность: X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-X14-X15-X16-X17-X18-X19-D-Y, где X1 находится в положении 95 согласно системе нумерации Кабата; и где аминокислоты в каждом из положений X1-X6 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 20% Y, 26% S, 26% G, 13% R, 1% A, 1% D, 1% E, 1% F, 1% H, 1% I, 1% K, 1% L, 1% M, 1% N, 1% P, 1% Q, 1% T, 1% V и 1% W; где аминокислоты в каждом из положений X7-X17 выбраны из пула аминокислот в молярном соотношении 20% Y, 26% S, 26% G, 13% R, 1% A, 1% D, 1% E, 1% F, 1% H, 1% I, 1% K, 1% L, 1% M, 1% N, 1% P, 1% Q, 1% T, 1% V и 1% W или отсутствуют; где Х18 выбран из G и A; и где Х19 выбран из I, M, L и F.
30. Способ селекции в отношении антигенсвязывающего вариабельного домена, который связывается с антигеном-мишенью, из библиотеки вариабельных доменов антител, включающий
(a) осуществление контакта библиотеки по п.23 с антигеном-мишенью;
(b) отделение одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, от полипептидов, которые специфично не связываются с антигеном-мишенью, выделение одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, и инкубацию одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, в серии растворов, содержащих снижающиеся количества антигена-мишени в концентрации примерно от 0,1 нМ до примерно 1000 нМ; и
(c) отбор одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью и которые могут связываться с антигеном-мишенью в наименьшей концентрации или которые имеют аффинность, составляющую примерно от 0,1 нМ до примерно 200 нМ.
31. Способ селекции в отношении полипептида, который связывается с антигеном-мишенью, из библиотеки полипептидов, включающий
(a) выделение одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, посредством осуществления контакта библиотеки, содержащей множество полипептидов по любому из пп.1-17, с иммобилизованным антигеном-мишенью в условиях, подходящих для связывания;
(b) отделение одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, от полипептидов, которые специфично не связываются с антигеном-мишенью, и выделение одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, с получением субпопуляции, обогащенной одним или несколькими полипептидами, которые специфично связываются с антигеном-мишенью; и
(c) необязательно, повторение стадий (a)-(b) по меньшей мере дважды, при этом каждое повторении осуществляют с использованием субпопуляции, обогащенной одним или несколькими полипептидами, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, полученной в предыдущем раунде селекции.
32. Способ выделения одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью с высокой аффинностью, включающий
(a) осуществление контакта библиотеки, содержащей множество полипептидов по любому из пп.1-17, с антигеном-мишенью в концентрации, составляющей по меньшей мере примерно от 0,1 нМ до примерно 1000 нМ, чтобы выделить один или несколько полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью;
(b) освобождение одного или нескольких полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью, от антигена-мишени, чтобы получить субпопуляцию, обогащенную одним или несколькими полипептидами, которые специфично связываются с антигеном-мишенью; и
(c) необязательно, повторение стадий (a)-(b) по меньшей мере дважды, при этом каждое повторение осуществляют с использованием субпопуляции, полученной в предыдущем раундеселекции, и с использованием пониженной концентрации антигена-мишени по сравнению с концентрацией, используемой в предыдущем раунде, чтобы выделить один или несколько полипептидов, которые специфично связываются с антигеном-мишенью при наименьшей концентрации антигена-мишени.
33. Способ лечения злокачественной опухоли у млекопитающего, включающий введение млекопитающему полипептида по любому из пп.1-17.
34. Способ лечения млекопитающего, которое болеет или для которого существует риск развития воспалительного или иммунного расстройства, включающий стадию лечения млекопитающего антителом по любому из пп.1-5.