ПОЛИНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ

1. Полинуклеотид, содержащий по меньшей мере 75% из десяти нуклеотидов с 3'-конца одной из следующих ниже последовательностей праймера или последовательности, ей комплементарной: SEQ ID NO:3-16, 18, 20-33, 35 или 37-39.
2. Полинуклеотид по п.1, в котором полинуклеотид состоит менее чем из 100 нуклеотидов в длину, предпочтительно менее чем из 80 нуклеотидов в длину, более предпочтительно менее чем 60 нуклеотидов в длину, более предпочтительно менее чем 40 нуклеотидов, более предпочтительно менее чем 30 нуклеотидов в длину.
3. Полинуклеотид по п.1 или 2, содержащий по меньшей мере 75% из 12, 14, 16, 17, 18 или 20 нуклеотидов с 3'-конца или целиком одну из следующих ниже последовательностей праймера или ей комплементарной последовательности: SEQ ID NO:3-16, 18, 20-33, 35 или 37-39.
4. Полинуклеотид по п.1 или 2, дополнительно содержащий группу гасителя и группу флуорофора.
5. Полинуклеотид по п.4, в котором группа гасителя и группа флуорофора разделены концевой нуклеотидной последовательностью, содержащей первый и второй участки, причем нуклеотиды первого участка комплементарны, но в обратном порядке нуклеотидам второго участка, так что гибридизация первого участка со вторым приводит к достаточно близкому расположению группы гасителя к группе флуорофора для того, чтобы погасить группу флуорофора.
6. Полинуклеотид по п.5, в котором концевая последовательность дополнительно содержит третий участок, содержащий последовательность, комплементарную участку гена PIK3CA.
7. Полинуклеотид по п.6, содержащий по меньшей мере шесть нуклеотидов с 3'-конца SEQ ID NO:18, и где концевая последовательность содержит SEQ ID NO:17.
8. Полинуклеотид по п.6, содержащий по меньшей мере шесть нуклеотидов с 3'-конца SEQ ID NO:35, и где концевая последовательность содержит SEQ ID NO:34.
9. Полинуклеотид по п.6, содержащий по меньшей мере концевые нуклеотиды с 3'-конца SEQ ID NO:39, и где концевая последовательность содержит SEQ ID NO:38.
10. Полинуклеотид по любому из пп.5-9, где группа гасителя содержит Dabcyl.
11. Полинуклеотид по любому из пп.5-9, где флуорофор содержит Hex, Fam или Rox.
12. Набор, содержащий по меньшей мере два из полинуклеотидов, определенных в одном из предшествующих пунктов.
13. Набор по п.12, содержащий полинуклеотид, содержащий SEQ ID NO:18, и полинуклеотид, содержащий любую из SEQ ID NO:3-16; или полинуклеотид, содержащий SEQ ID NO:35, и полинуклеотид, содержащий любую из SEQ ID NO:20-33; или полинуклеотид, содержащий SEQ ID NO:39, и полинуклеотид, содержащий SEQ ID NO:37.
14. Набор по п.12 или 13, дополнительно содержащий нуклеотидтрифосфаты, фермент полимеризации и/или буферный раствор.
15. Применение полинуклеотида по любому из пп.1-11 или набора по любому из пп.12-14; или полинуклеотида, содержащего четыре или пять из шести нуклеотидов с 3'-конца SEQ ID NO:3-16, 18, 20-33 или 35 или ей комплементарной последовательности, для определения мутации в образце нуклеиновой кислоты, содержащей по меньшей мере фрагмент гена PIK3CA.
16. Применение по п.15, в котором фрагмент гена PIK3CA в образце нуклеиновой кислоты составляет по меньшей мере 10 нуклеотидов в длину, предпочтительно 20 нуклеотидов в длину, более предпочтительно 30 нуклеотидов в длину, и более предпочтительно 40 нуклеотидов в длину.
17. Способ определения наличия или отсутствия мутации в гене PIK3CA, включающий в себя стадии:
a) смешивания образца нуклеиновой кислоты, содержащей по меньшей мере фрагмент гена PIK3CA, с полинуклеотидом, содержащим по меньшей мере шесть нуклеотидов с 3'-конца одной из следующих ниже последовательностей праймера, или комплементарную ей последовательность: SEQ ID NO:3-16 или 20-33; и
b) детекции гибридизации полинуклеотида с образцом нуклеиновой кислоты, где гибридизация указывает на наличие мутации.
18. Способ по п.17, в котором полинуклеотид содержит одну из следующих ниже последовательностей праймера: SEQ ID NO:3-16 или 20-33.
19. Способ по п.17, дополнительно включающий перед стадией а) стадию амплификации количества копий фрагмента гена PIK3CA, используя амплификацию нуклеиновой кислоты с циклическим изменением температур, предпочтительно, ПЦР.
20. Способ по п.17, в котором стадия b) включает проведение полимеризации ДНК, используя полинуклеотид в качестве первого праймера, и определение продукта удлинения при полимеризации.
21. Способ по п.20, в котором стадия b) включает стадию смешивания образца нуклеиновой кислоты и полинуклеотида со вторым праймером, который соответствует участку фрагмента последовательности PIK3CA по ходу транскрипции участка, к которому комплементарен полинуклеотид, и проведение ПЦР для смеси.
22. Способ по п.21, в котором второй праймер содержит: SEQ ID NO:18, и полинуклеотид содержит по меньшей мере четыре или пять из шести нуклеотидов с 3'-конца SEQ ID NO:3-16; или второй праймер содержит SEQ ID NO:35, и полинуклеотид содержит по меньшей мере четыре или пять из шести концевых нуклеотидов SEQ ID NO:20-33.
23. Способ по п.20, дополнительно включающий стадию проведения ПЦР для образца, используя контрольные праймеры, и сравнения амплификации гена PIK3CA с амплификацией при использовании полинуклеотида и второго праймера.
24. Способ по п.23, в котором контрольные праймеры содержат SEQ ID NO:37 и 39.
25. Способ по любому из пп.17-24, в котором полинуклеотид содержит группу гасителя и группу флуорофора, и в котором стадия b) включает воздействие на смесь света с длиной волны, на которую флуорофор реагирует при отсутствии группы гасителя, и детекцию света при длине волны, испускаемой группой флуорофора при отсутствии группы гасителя.