ТЕРАПЕВТИЧЕСКАЯ РНК И АНТИТЕЛА К PD1 ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ СОЛИДНЫХ РАКОВЫХ ОПУХОЛЕЙ НА ПОЗДНЕЙ СТАДИИ

1. Способ лечения субъекта с солидной раковой опухолью, включающий введение эффективного количества РНК, включающих РНК, кодирующую белок IL-12sc, РНК, кодирующую белок IL-15sushi, РНК, кодирующую белок IFNα, и РНК, кодирующую белок GM-CSF, и антитела к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1), где у субъекта была неудачной терапия с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1) или развилась ее непереносимость, резистентность или рефрактерность к ней.
2. Способ по п. 1, где у субъекта была неудачной терапия с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или развилась ее непереносимость, резистентность или рефрактерность к ней.
3. Способ по п. 1, где у субъекта была неудачной терапия с помощью антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1) или развилась ее непереносимость, резистентность или рефрактерность к ней.
4. Способ по п. 1, где у субъекта была неудачной терапия с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или терапия с помощью антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1).
5. Способ по п. 1, где у субъекта развилась непереносимость терапии с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1).
6. Способ по п. 1, где у субъекта развилась резистентность к терапии с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1).
7. Способ по п. 1, где у субъекта развилась рефрактерность к терапии с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1).
8. Способ по п. 1, где у субъекта имеется солидная раковая опухоль, резистентная к антителам к PD-1 и/или антителам к PD-L1.
9. Способ по п. 1, где у субъекта имеется солидная раковая опухоль с приобретенной резистентностью к терапии с помощью антител к PD-1 и/или антител к PD-L1.
10. Способ по п. 1, где у субъекта имеется солидная раковая опухоль с врожденной резистентностью к терапии с помощью антител к PD-1 и/или антител к PD-L1.
11. Способ по п. 1, где у субъекта имеется солидная раковая опухоль на поздней стадии, неоперабельная или метастатическая солидная раковая опухоль.
12. Способ по п. 1, где рефрактерный или резистентный рак представляет собой рак, который не отвечает на определенное лечение.
13. Способ по п. 1, где рефрактерность проявляется с самого начала лечения.
14. Способ по п. 1, где рефрактерность проявляется во время лечения.
15. Способ по п. 1, где рак является резистентным до начала лечения.
16. Способ по п. 1, где у субъекта имеется рак, который не отвечает на терапию с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) и/или антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1).
17. Способ по п. 1, где у субъекта имеется рак, который становится рефрактерным или резистентным к определенному лечению.
18. Способ по п. 17, где определенное лечение представляет собой терапию с помощью антител к PD1 или антител к PD-L1.
19. Способ по п. 1, где субъект стал менее восприимчивым к терапии по сравнению с моментом ее получения в первый раз.
20. Способ по п. 1, где субъект не получал терапию, но у него имеется тип рака, который обычно не отвечает на терапию.
21. Способ по любому из пп. 1-20, где способ дополнительно включает отбор субъекта, у которого была неудачной терапия с помощью антител к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1) или антител к лиганду 1 белка 1 запрограммированной гибели клеток (PD-L1) или развилась ее непереносимость, резистентность или рефрактерность к ней.
22. Способ по любому из пп. 1-21, где субъектом является человек.
23. Способ по любому из пп. 1-22, где у субъекта имеется метастатическая солидная опухоль.
24. Способ по любому из пп. 1-23, где у субъекта имеется неоперабельная солидная опухоль.
25. Способ по любому из пп. 1-24, где у субъекта имеется раковая клетка, характеризующаяся частичной или полной потерей функции бета-2-микроглобулина (B2M).
26. Способ по п. 25, где раковая клетка характеризуется частичной потерей функции B2M.
27. Способ по п. 25, где раковая клетка характеризуется полной потерей функции B2M.
28. Способ по любому из пп. 25-27, где частичную или полную потерю функции B2M оценивают путем сравнения раковой клетки с нераковой клеткой от того же субъекта, где нераковая клетка необязательно происходит из той же ткани, из которой была получена раковая клетка.
29. Способ по любому из пп. 25-28, где у субъекта имеется клетка, содержащая мутацию в гене B2M.
30. Способ по п. 29, где мутация представляет собой замену, вставку или делецию.
31. Способ по любому из пп. 25-30, где ген B2M характеризуется потерей гетерозиготности (LOH).
32. Способ по п. 29 или 30, где мутация представляет собой мутацию сдвига рамки считывания.
33. Способ по п. 32, где мутация сдвига рамки считывания находится в экзоне 1 B2M.
34. Способ по п. 32 или 33, где мутация сдвига рамки считывания включает в себя p.Leu13fs и/или p.Ser14fs.
35. Способ по любому из пп. 25-34, где субъект характеризуется сниженным уровнем белка B2M по сравнению с субъектом без частичной или полной потери функции B2M.
36. Способ по любому из пп. 1-35, где субъект характеризуется сниженным уровнем поверхностно экспрессируемых молекул главного комплекса гистосовместимости класса I (MHC класса I) по сравнению с контролем, где контроль необязательно представляет собой нераковый образец от того же субъекта.
37. Способ по любому из пп. 1-36, где солидная раковая опухоль представляет собой эпителиальную опухоль, опухоль предстательной железы, опухоль яичника, почечноклеточную опухоль, опухоль желудочно-кишечного тракта, опухоль печени, опухоль ободочной и прямой кишки, опухоль с сосудистой сетью, мезотелиомную опухоль, опухоль поджелудочной железы, опухоль молочной железы, саркомную опухоль, опухоль легкого, опухоль ободочной кишки, меланомную опухоль, мелкоклеточную опухоль легкого, немелкоклеточный рак легкого, нейробластомную опухоль, опухоль яичка, карциномную опухоль, аденокарциномную опухоль, семиномную опухоль, ретинобластому, плоскоклеточную карциному кожи (CSCC), плоскоклеточную карциному головы и шеи (HNSCC), рак головы и шеи, остеосаркомную опухоль, опухоль почки, опухоль щитовидной железы, анапластический рак щитовидной железы (ATC), опухоль печени, опухоль ободочной кишки или другие солидные опухоли, поддающиеся лечению путем внутриопухолевой инъекции.
38. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль представляет собой лимфому.
39. Способ по п. 38, где лимфома представляет собой неходжкинскую лимфому.
40. Способ по п. 38, где солидная раковая опухоль представляет собой лимфому Ходжкина.
41. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль представляет собой меланому.
42. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль представляет собой меланому, и где меланома представляет собой увеальную меланому или меланому слизистых оболочек.
43. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль представляет собой меланому, характеризующуюся поверхностными, подкожными метастазами и/или метастазами в лимфатических узлах, поддающимися лечению путем внутриопухолевой инъекции.
44. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль представляет собой HNSCC и/или меланому слизистых оболочек с участками локализации только в слизистых оболочках.
45. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль представляет собой меланому.
46. Способ по любому из пп. 1-37, где солидная раковая опухоль не представляет собой меланому.
47. Способ по любому из пп. 1-46, где у субъекта имеется более чем одна солидная опухоль.
48. Способ по п. 47, где по меньшей мере одна опухоль является резистентной, рефрактерной к терапии с помощью антител к PD-1 или антител к PD-L1 или характеризуется ее непереносимостью, и по меньшей мере одна опухоль не имеет таких свойств.
49. Способ по п. 48, где осуществляют успешное лечение как резистентных, так и нерезистентных опухолей.
50. Способ по любому из пп. 1-49, где солидная раковая опухоль находится на стадии III, подстадиях стадии III, стадии IV или подстадиях стадии IV.
51. Способ по любому из пп. 1-50, где солидная раковая опухоль находится на поздней стадии и является неоперабельной.
52. Способ по любому из пп. 1-51, где солидная раковая опухоль распространилась из места своей первоначальной локализации в другой участок локализации у субъекта.
53. Способ по любому из пп. 1-52, где солидная раковая опухоль характеризуется одним или более кожными или подкожными очагами поражения, где рак необязательно не представляет собой рак кожи.
54. Способ по любому из пп. 1-45 и 47-53, где солидная раковая опухоль представляет собой меланому на стадии IIIB, стадии IIIC или стадии IV.
55. Способ по любому из пп. 1-54, где субъект ранее не получал лечение посредством терапии с помощью антител к PD-1 или антител к PD-L1.
56. Способ по любому из пп. 1-55, где солидная раковая опухоль представляет собой опухоль, при которой терапию с помощью антител к PD-1 или антител к PD-L1 обычно не применяют.
57. Способ по п. 56, где солидная раковая опухоль не представляет собой меланому, немелкоклеточный рак легкого, рак почки, рак головы и шеи, рак молочной железы или CSCC.
58. Способ по любому из пп. 1-57, где для субъекта отсутствуют другие варианты лечения.
59. Способ по любому из пп. 1-40, 46-53 и 55-58, где:
i. солидная раковая опухоль не представляет собой меланому, CSCC или HNSCC; и
ii. терапию с помощью антител к PD-1 или антител к PD-L1 обычно не применяют; и
iii. другие подходящие варианты лечения отсутствуют.
60. Способ по любому из пп. 1-59, где солидная раковая опухоль представляет собой опухоль, при которой обычно применяется терапия с помощью антител к PD1 или антител к PD-L1, но которую еще не лечили с помощью данной терапии.
61. Способ по любому из пп. 1-60, где солидная раковая опухоль представляет собой меланому на стадии IIIB, IIIC или неоперабельную меланому на стадии IV, которая является резистентной и/или рефрактерной к терапии с помощью антител к PD-1 или антител к PD-L1.
62. Способ по любому из пп. 1-61, где солидная раковая опухоль характеризуется поверхностными или подкожными очагами поражения и/или метастазами.
63. Способ по любому из пп. 1-62, где у субъекта имеется два или три очага опухолевого поражения.
64. Способ по любому из пп. 1-63, где у субъекта имеется поддающееся измерению заболевание согласно критериям оценки ответа солидных опухолей (RECIST) 1.1.
65. Способ по любому из пп. 1-64, где ожидаемая продолжительность жизни субъекта составляет более 3 месяцев.
66. Способ по любому из пп. 1-65, где возраст субъекта составляет по меньшей мере 18 лет.
67. Способ лечения меланомы на поздней стадии, включающий введение субъекту с меланомой на поздней стадии эффективного количества РНК, включающих РНК, кодирующую белок IL-12sc, РНК, кодирующую белок IL-15sushi, РНК, кодирующую белок IFNα, и РНК, кодирующую белок GM-CSF, и антитела к белку 1 запрограммированной гибели клеток (PD-1), где:
i. возраст субъекта составляет по меньшей мере 18 лет;
ii. у субъекта были неудачными предыдущие виды терапии с помощью антител к PD1 или антител к PD-L1;
iii. у субъекта имеется не менее 2 очагов поражения; и
iv. меланома включает опухоль, подходящую для прямой внутриопухолевой инъекции.
68. Способ по любому из пп. 1-67, где:
i. РНК, кодирующая белок IL-12sc, содержит нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 17 или 18 или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 17 или 18; и/или
ii. белок IL-12sc содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 14 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с аминокислотной последовательностью под SEQ ID NO: 14; и/или
iii. РНК, кодирующая белок IL-12sc, содержит нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с фрагментом p40 IL-12sc (нуклеотидами 1-984 в SEQ ID NO: 17 или 18) и по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с фрагментом p30 IL-12sc (нуклеотидами 1027-1623 в SEQ ID NO: 17 или 18), и дополнительно содержит нуклеотиды между фрагментами p40 и p35, кодирующие линкерный полипептид.
69. Способ по любому из пп. 1-68, где:
i. РНК, кодирующая белок IL-15sushi, содержит нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 26 или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 26; и/или
ii. белок IL-15sushi содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 24 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с аминокислотной последовательностью под SEQ ID NO: 24; и/или
iii. РНК, кодирующая белок IL-15sushi, содержит нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с доменом Sushi альфа-субъединицы рецептора IL-15 (нуклеотидами 1-321 в SEQ ID NO: 26) и по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью со зрелым IL-15 (нуклеотидами 382-729 в SEQ ID NO: 26), и необязательно дополнительно содержит нуклеотиды между доменом Sushi IL-15 и зрелым IL-15, кодирующие линкерный полипептид.
70. Способ по любому из пп. 1-69, где:
i. РНК, кодирующая белок IFNα, содержит нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 22 или 23 или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 22 или 23; и/или
ii. белок IFNα содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 19 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с аминокислотной последовательностью под SEQ ID NO: 19.
71. Способ по любому из пп. 1-70, где:
i. РНК, кодирующая белок GM-CSF, содержит нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 29 или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 29; и/или
ii. белок GM-CSF содержит аминокислотную последовательность под SEQ ID NO: 27 или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с аминокислотной последовательностью под SEQ ID NO: 27.
72. Способ по любому из пп. 1-71, где по меньшей мере одна РНК содержит модифицированный нуклеозид вместо по меньшей мере одного уридина.
73. Способ по любому из пп. 1-72, где по меньшей мере одна РНК содержит модифицированный нуклеозид вместо каждого уридина.
74. Способ по любому из пп. 1-73, где каждая РНК содержит модифицированный нуклеозид вместо по меньшей мере одного уридина.
75. Способ по любому из пп. 1-74, где каждая РНК содержит модифицированный нуклеозид вместо каждого уридина.
1
5
76. Способ по любому из пп. 72-75, где модифицированный нуклеозид независимо выбран из псевдоуридина (ψ), N1-метилпсевдоуридина (mψ) и 5-метилуридина (mU).
1
5
77. Способ по любому из пп. 1-76, где по меньшей мере одна РНК содержит более чем один тип модифицированных нуклеозидов, где модифицированные нуклеозиды независимо выбраны из псевдоуридина (ψ), N1-метилпсевдоуридина (mψ) и 5-метилуридина (mU).
1
78. Способ по п. 77, где модифицированный нуклеозид представляет собой N1-метилпсевдоуридин (mψ).
2
1
7,3’-O
2’-O
7
79. Способ по любому из пп. 1-78, где по меньшей мере одна РНК содержит 5’-кэп mGppp(m)ApG или 3´-O-Me-mG(5')ppp(5')G.
2
1
7,3’-O
2’-O
7
80. Способ по любому из пп. 1-79, где каждая РНК содержит 5’-кэп mGppp(m)ApG или 3´-O-Me-mG(5')ppp(5')G.
81. Способ по любому из пп. 1-80, где по меньшей мере одна РНК содержит 5’-UTR, содержащую нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4 и 6, или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4 и 6.
82. Способ по любому из пп. 1-81, где каждая РНК содержит 5’-UTR, содержащую нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4 и 6, или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4 и 6.
83. Способ по любому из пп. 1-82, где по меньшей мере одна РНК содержит 3’-UTR, содержащую нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 8 или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 8.
84. Способ по любому из пп. 1-83, где каждая РНК содержит 3’-UTR, содержащую нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 8 или нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 8.
85. Способ по любому из пп. 1-84, где по меньшей мере одна РНК содержит поли(А)-хвост.
86. Способ по любому из пп. 1-85, где каждая РНК содержит поли(А)-хвост.
87. Способ по п. 85 или  86, где поли(А)-хвост содержит по меньшей мере 100 нуклеотидов.
88. Способ по любому из пп. 85-87, где поли(А)-хвост содержит поли(А)-хвост, показанный под SEQ ID NO: 30, или состоит из него.
89. Способ по любому из пп. 1-88, где одна или более РНК содержат:
2
1
7,3’-O
2’-O
7
i. 5’-кэп, содержащий mGppp(m)ApG или 3´-O-Me-mG(5')ppp(5')G;
ii. 5’-UTR, содержащую (i) нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4 и 6, или (ii) нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4 и 6;
iii. 3’-UTR, содержащую (i) нуклеотидную последовательность под SEQ ID NO: 8 или (ii) нуклеотидную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, или 80% идентичностью с нуклеотидной последовательностью под SEQ ID NO: 8; и
iv. поли(А)-хвост, содержащий по меньшей мере 100 нуклеотидов.
90. Способ по п. 89, где поли(А)-хвост содержит SEQ ID NO: 30 или состоит из нее.
91. Способ по любому из пп. 1-90, где лечение солидной раковой опухоли включает уменьшение размера опухоли или предупреждение метастазирования рака у субъекта.
92. Способ по любому из пп. 1-91, где РНК вводят одновременно.
93. Способ по любому из пп. 1-92, где РНК вводят путем инъекции.
94. Способ по п. 92 или 93, где РНК смешивают вместе в жидком растворе перед инъекцией.
95. Способ по любому из пп. 1-94, где антитело к PD1 представляет собой цемиплимаб, пембролизумаб, ниволумаб, MEDI0608, PDR001, PF-06801591, BGB-A317, пидилизумаб, TSR-042, AGEN-2034, A-0001, BGB-108, BI-754091, CBT-501, ENUM-003, ENUM-388D4, IBI-308, JNJ-63723283, JS-001, JTX-4014, JY-034, CLA-134, STIA-1110, 244C8 или 388D4.
96. Способ по любому из пп. 1-95, где антитело к PD1 представляет собой цемиплимаб.
97. Способ по любому из пп. 1-96, где антитело к PD1 вводят в дозе приблизительно 0,1-600 мг.
98. Способ по любому из пп. 1-97, где антитело к PD1 вводят в дозе 200 мг, 240 мг или 350 мг.
99. Способ по любому из пп. 1-98, где антитело к PD1 вводят путем инъекции.
100. Способ по любому из пп. 1-99, где антитело к PD1 вводят внутривенно.
101. Способ по любому из пп. 1-100, где антитело к PD-1 вводят один раз в три недели.
102. Способ по любому из пп. 1-101, где РНК и антитело к PD-1 вводят в течение приблизительно 8 месяцев.
103. Способ по любому из пп. 1-102, где РНК вводят в условиях неоадъювантной терапии.