Разработка системы фаготипирования листерий

2014. Специальный выпуск

Материалы III Санкт-Петербургского международного экологического форума

У всех 6-ти групп крыс отбирались фекалии для их дальнейшего анализа, в частности мультилокус-ного секвенирования по участку гена 16S рРНК на приборе GS Junior, Roche. Была сделана выборка из 3-х фекалий каждой группы от одного эксперимента и 5 фекалий каждой группы от повторного эксперимента. В общей сложности на каждую группу приходилось по 8 образцов фекалий.

Мультилокусное секвенирование по участку гена 16S рРНК позволило выявить степень биологического разнообразия микробиоты кишечника крыс в зависимости от того, что вводилось той или иной группе крыс. Анализ данных секвенирования проводился по базе данных Ribosomal Database Project (RDP) http://rdp.cme.msu.edu/. Биологическое разнообразие микробиоты кишечника крыс анализировалось по видовому и родовому составу бактериальных сообществ.

Т055 ЗАБОЛЕВАЕМОСТЬ ТУБЕРКУЛЕЗОМ НАСЕЛЕНИЯ ЕВРЕЙСКОЙ АВТОНОМНОЙ ОБЛАСТИ

Е.О. Клинская

ФГБОУ ВПО «Приамурский государственный университет имени Шолом-Алейхема, г. Биробиджан, Россия

Туберкулез — это заболевание мирового и глобального масштабов. В РФ самый низкий показатель заболеваемости туберкулезом был отмечен в 1990 г. — 34 случая на 100 тыс. населения в год. В настоящее время в Европе заболеваемость 54 случая, а в Израиле, Германии, Италии 5—6 на 100 тыс. населения в год. Наибольшая заболеваемость туберкулезом регистрируется в Индии, КНР и России. На протяжении последних лет Еврейская автономная область (ЕАО) занимает 2-е место в РФ по уровню заболеваемости туберкулезом.

В конце 20-го и начале 21-го столетий, с ростом уровня безработицы, увеличением количества лиц без определенного места жительства, снижением качества медицинского обслуживания в ЕАО выросла заболеваемость населения туберкулезом почти до 200 случаев на 100 тыс. населения в год. В 2012 г. этот показатель в РФ составил чуть больше 68,1 случаев, в то время как в ЕАО он был почти в 2,5 раза выше (171,3). В ДВФО, по данным за 2010 год, заболеваемость была 139,5, в Приморье — 200, в Хабаровском крае — 126, в Амурской области — 145, в ЕАО — 173 случаев на 100 тыс. населения в год.

Сегодня во всех регионах РФ просматривается тенденция к снижению показателей по данному заболеванию. Однако в ЕАО они остаются достаточно высокими (средний показатель за последние 10 лет — 128,3 случаев на 100 тыс. населения в год), а область постоянно входит в пятерку территорий, имеющих наибольший уровень заболеваемости населения туберкулезом. Высок уровень инфицированности населения.

Заболеваемость туберкулезом у мужчин в автономии в 2 раза выше, чем у женщин, что связано с ведением нездорового образа жизни, наличием вредных привычек и большей, в отличие от женщин, подверженности стрессам. Преимущественно поражаются туберкулезом органы дыхания.

Анализ заболеваемости населения туберкулезом по муниципальным образованиям автономии показал, что особенно она высока в сельскохозяйственных районах — Биробиджанском, Ленинском и Смидовичском и превышает среднеобластной по-

казатель более чем на 50%. Связано это с низким уровнем медицинского обслуживания, санитарной культуры населения, отсутствием профилактической работы, фельдшерских пунктов в некоторых отдаленных поселениях, налаженного регулярного автобусного сообщения. И как следствие, население отдаленных мест не имеет возможности вовремя выехать в административный центр, диагностировать и начать лечение данного заболевания. Больные уклоняются от лечения и болеют целыми семьями. По нашим данным, 70—75% больных (включая инвалидов) из сельской местности, не работают, имеют низкое качество жилья, неполноценное питание (преобладание хлеба и картофеля, ниже среднероссийского показателя потребление молока, мяса и яиц), живут в условиях стресса.

Как известно, риск заболеть возрастает, когда имеются сопутствующие заболевания — диабет, язвенная болезнь желудка, бронхит, гепатит и др. Фактором риска также могут быть и прием различных препаратов, снижающих иммунитет, мутация самой туберкулезной палочки и формирование к ней лекарственной устойчивости, миграция населения.

В настоящее время в автономии необходимо приобрести современное компьютерное лабораторное оборудование, которое сократит срок диагностики (бактериологического анализа) с 4-х месяцев до 3—4 недель.

Таким образом, на территории ЕАО проблема заболеваемости населения туберкулезом стоит достаточно остро и требует дополнительных исследований.

Материалы подготовлены при финансовой поддержке субсидии на выполнение государственного задания Минобрнауки России № 2014/422 ФГБОУ ВПО «ПГУ им. Шолом-Алейхема» по проекту № 485 «Влияние природных и неприродных факторов на состояние здоровья населения Еврейской автономной области».

Т056 РАЗРАБОТКА СИСТЕМЫ ФАГОТИПИРОВАНИЯ ЛИСТЕРИЙ

Е.Н. Ковалева, Д.А. Васильев, Е.В. Сульдина

ФГБОУ ВПО УГСХА им. П.А. Столыпина, Ульяновск, Россия

При возникновении вспышек листериозной инфекции связанных с потреблением пищевых продуктов, прежде всего, сыра, других молочных продуктов, салатов, фруктов в меньшей степени — мясных, куриных и рыбных изделий с высоким процентом летальных исходов, большое значение приобретает выявление источников инфекции и установление эпидемических связей. Решение этой задачи возможно методом типирования листерий, подтверждающим идентичность микроорганизмов, выделяемых у больных, носителей и объектов внешней среды. В настоящее время общепринятая международная схема типирования листерий признанна несовершенной.

Специфические бактериофаги являются точными индикаторами, определяющими видовую и типовую принадлежность бактерий. Использование наборов таких типоспецифических фагов позволит проводить фаготипирование исследуемых культур с целью эпидемиологического анализа листериозной инфекции: установления источника и путей ее передачи.

В настоящее время для фаготипировния листе-рий используется набор бактериофагов производ-

Материалы III Санкт-Петербургского международного экологического форума

Инфекция и иммунитет

ства экспериментального завода «Покровветбиопре-парат» Всероссийского научно-исследовательского института ветеринарной вирусологии и микробиологии Россельхозакадемии, включающий монофаги L 2А и L 4А. Нами установлено, что L. innocua, L. seeligreri, L. ivanovii L. welshimeri, L. grayi и L. murrayi не проявляют чувствительности к указанным фагам. В связи с этим бактериофаги L 2А и L 4А могут быть использованы для более четкой идентификации и биологической характеристики культур листерий, однако для проведения эпидемиологического анализа и сопоставления культур, выделенных из различных объектов окружающей среды и от больных, этого оказалось недостаточно и полученные сведения оказались малоинформативными. Из этого также следует, что используемые на территории РФ наборы листериозных бактериофагов не позволяют применить их для решения задач эпидемиологического плана. Имеется необходимость конструирования нового набора бактериофагов для типирования листерий, в особенности практически не типиру-емых сегодня, но весьма активно циркулирующих L. innocua, L. seeligeri, L. ivanovii, L. welshimeri, L. grayi и L. murrayi.

Т057 ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТЬ СТАФИЛОКОККОВ, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ НИЖЕГОРОДСКОЙ ОБЛАСТИ, К КОММЕРЧЕСКИМ ПРЕПАРАТАМ БАКТЕРИОФАГОВ

О.В. Ковалишена, Р.Ф. Чанышева

ГБОУ ВПО НижГМА Минздрава России, Нижний Новгород, Россия

Цель исследования: определение чувствительности клинических штаммов стафилококков, выделенных от пациентов с инфекциями в ходе микробиологического мониторинга в медицинских организациях (МО) региона, к коммерческим препаратам бактериофагов (БФ).

Материалы и методы. Фагочувствительность стафилококков определялась к «Бактериофагу стафилококковому» (СБФ), «Интести-бактериофагу» (ИБФ), «Пиобактериофагу комбинированному» (ПБФ). Была проведена оценка чувствительности 289 штаммов Staphyloco^us spp. (239 штаммов — S.aureus и 50 — коагулазонегативные стафилококки (CNS)), выделенных от пациентов 6 МО г. Н.Новгорода и Нижегородской обл. за 2009—2011 гг. Видовая идентификация стафилококков проводилась стандартными методами и с использованием панели BBLCrystalIDSystems (США). Оценка литической активности БФ — методом «стерильного пятна», учет результатов — по 4-крестовой схеме. Стафилококки по их чувствительности к применяемым БФ были разделены на: чувствительные — интенсивность лизиса «++++», «+++», «++»; слабочувствительные — «+»; устойчивые — отсутствие лизиса.

Результаты и обсуждения. Доля устойчивых штаммов стафилококков колебалась от 41,6+5,8% для СБФ до 48,7+6,5% для ИБФ. Более активным оказался СБФ: доля чувствительных штаммов составила 31,8+5,4% vs 28,2+5,4% у ПБФ и 26,0+5,4% у ИБФ (р>0,05). Устойчивые штаммы преобладали в популяциях S. aureus и CNS. Доля устойчивых CNS составила 74,0—82,2%., что в среднем в 2 раза больше, чем у S. aureus (34,7-42,1%), р=0,01. Доля чувствительных штаммов CNS в 3,5 раза ниже, чем у S. aureus (8,910% vs 29,4-36,4%), р = 0,01.

Доля штаммов с перекрестной устойчивостью, (устойчивых к двум и более БФ), значительно высока среди устойчивых к БФ S. aureus, CNS: 75,2±8,2% и 94,7±7,3% соответственно. Всего же доля устойчивых (к одному и более БФ) штаммов из числа всех CNS составила 84,4±10,8%, что в 1,7 раза больше, чем у S. аureus - 49,6±6,6% (р=0,01).

Полученные результаты подтверждают необходимость подбора адаптированных фаговых препаратов на основе актуальных клинических штаммов; создания специфического коагулазоотрицатель-ного стафилококкового БФ; определения фагочув-ствительности бактерий в МО в рамках микробиологического мониторинга и комплексной оценки чувствительности к антимикробным препаратам (антибиотикам, дезинфектантам, антисептикам, бактериофагам).

Т058 ИЗУЧЕНИЕ ВИДОВОГО РАЗНООБРАЗИЯ ВЛАГАЛИЩНОГО ОТДЕЛЯЕМОГО ЗДОРОВЫХ ЖЕНЩИН

С.С. Кожахметов, А.Р. Кушугулова, И.К. Тыныбаева, Д. Баисханова, С.А. Садуахасова, Г.С. Шахабаева, Н.М. Бисенова, Б.Д. Бикебаева, Н.В. Калина, С.К. Бисембаева, В.М. Абрамов

ФГБУ «Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» Москва Россия ЧУ «Центр наук о жизни», Астана, Казахстан

Введение. Бактериальный вагиноз, также называемый неспецифический вагинит или Gardnerella связанных вагинит, является состоянием организма, которое по разным оценкам, наблюдается у 10-15% женщин репродуктивного возраста. Это состояние вызвано дисбалансом вагинального микробиома и инфекции половых путей. Этот дисбаланс приводит к увеличению риска внематочной беременности, воспалительным заболеваниям тазовых органов, хроническая тазовая боль, и трубный фактор. Считается, что при наличии данного заболевания наблюдается сдвиг от Lactobacillus к более разнообразному полимикробному сообществу.

Исследования на основе традиционного выявления культивируемых организмов при бактериального вагиноза связанны с детекцией изменений в относительном числе различных видов Lactobacillus и анаэробные бактерии, включающих Gardnerella vaginalis, Prevotella spp., Mobiluncus spp., Ureaplasma urealyticum, and Mycoplasma hominis. Тем не менее, большинство видов бактерий (> 99% ) не могут быть выращивали в условиях лаборатории. В последние несколько лет, для идентификации всего спектра микроорганизмов, используется последовательность гена 16S рРНК, для обследования вагинального микрофлоры. Эти исследования выявили большое количество бактериальных видов, которые не идентифицировались путем традиционного культивирования. Целью данной работы являлось выявление видового разноообразия микроорганизмов влагалищного отделяемого здоровых женщин.

Методы. ДНК из влагалищного отделяемого было выделялось с помощью и набора MegaZorb DNA Mini-Prep Kit (Promega). Для определения состава микрофлоры был использована амплификации фрагмента гена 16SрРНК. Плазмидная библиотека была получена на основе плазмидных векторов pGem-T (Promega). Определение нуклеотидной последовательности проводили методом Sanger с помо-