СПОСОБЫ И СИСТЕМЫ ДЛЯ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОГО ПЛАНИРОВАНИЯ И АНАЛИЗА
METHODS AND SYSTEMS FOR EXPERIMENTAL PLANNING AND ANALYSIS

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ
[0001]
В общем, пользователи выполняют биологические исследования путем извлечения и сравнения различных наборов биологических данных. Например, пользователь может запускать различные эксперименты, основанные на кПЦР, для извлечения различных типов биологических данных, таких как данные генотипирования или данные генной экспрессии, о гене, представляющем интерес для исследования. Если пользователь желает сравнить различные типы биологических данных, это часто делается вручную. Количество проб, необходимых для одного эксперимента, также может быть большим и зачастую трудно изолировать конкретную пробу для пользователя с целью исследования и визуализации так, чтобы пользователь мог быстро и легко получить значимую информацию из данных. Кроме того, лаборатории или учреждения зачастую работают с несколькими биологическими инструментами. Может быть сложно следить за обслуживанием или калибровкой инструментов.
РАСКРЫТИЕ СУЩНОСТИ ИЗОБРЕТЕНИЯ
[0002]
В одном примерном варианте осуществления предложен способ идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. Способ включает прием данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу, и генерирование множества кривых амплификации из данных амплификации. Способ дополнительно включает отображение первой части множества кривых амплификации на экране дисплея, и отображение перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея. Способ включает регулировку вида для отображения второй части множества кривых амплификации и динамическую регулировку перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея. Перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0003]
В другом примерном варианте осуществления предложен машиночитаемый носитель информации с исполняемыми процессором инструкциями, причем инструкция служит для идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. Инструкции содержат инструкции для приема данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу, и генерирования множества кривых амплификации из данных амплификации. Инструкции дополнительно содержат инструкции для отображения первой части множества кривых амплификации на экране дисплея, и отображения перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея. Инструкции дополнительно содержат инструкции для регулировки вида для отображения второй части множества кривых амплификации и динамической регулировки перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея. Перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0004]
Еще в одном примерном варианте осуществления предусмотрена система для идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. Система включает процессор; и память. Память кодирована инструкциями, исполняемыми процессором. Инструкции содержат инструкции для приема данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу, и генерирования множества кривых амплификации из данных амплификации. Инструкции дополнительно содержат инструкции для отображения первой части множества кривых амплификации на экране дисплея, и отображения перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея. Инструкции дополнительно содержат инструкции для регулировки вида для отображения второй части множества кривых амплификации и динамической регулировки перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея. Перечень выполнен с возможностью прокрутки.
ОПИСАНИЕ ФИГУР
[0005]
На ФИГ. 1 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения кривых амплификации, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0006]
На ФИГ. 2 изображен пример графического интерфейса пользователя для просмотра выбора кривых амплификации, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0007]
На ФИГ. 3 изображен пример графического интерфейса пользователя для идентификации кривых амплификации, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0008]
На ФИГ. 4 изображен пример графического интерфейса пользователя для идентификации кривых амплификации, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0009]
На ФИГ. 5 изображен пример графического интерфейса пользователя для ввода тэгов или комментариев, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0010]
На ФИГ. 6 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения и редактирования протокола теплового цикла, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0011]
На ФИГ. 7 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения и редактирования протокола теплового цикла, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе; и
[0012]
На ФИГ. 8 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения множества статусов инструмента, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0013]
На ФИГ. 9 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения информации об инструменте, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0014]
На ФИГ. 10 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения статистической информации об инструменте, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0015]
На ФИГ. 11 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения статистической информации об инструменте, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0016]
На ФИГ. 12 изображена вычислительная система, благодаря которой могут быть реализованы различные варианты осуществления, описанные в настоящем документе;
[0017]
На ФИГ. 13 изображена примерная распределенная сетевая система, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе;
[0018]
На ФИГ. 14 представляет собой блок-схему, на которой изображен ПЦР-инструмент 1400, благодаря которому могут быть реализованы варианты осуществления настоящих решений; и
[0019]
На ФИГ. 15 изображена примерная оптическая система 1500, которая может быть использована для визуализации, в соответствии с вариантами осуществления, описанными в настоящем документе.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ
[0020]
Для обеспечения более исчерпывающего понимания настоящего изобретения, в настоящем описании указано большое количество конкретных деталей, таких как конкретные конфигурации, параметры, примеры и т.п. Однако следует понимать, что целью такого описания является не ограничение объема настоящего изобретения, а обеспечение улучшенного описания примерных вариантов осуществления.
[0021]
Исследователи используют биологический инструмент для выполнения различных экспериментов для исследования генов, представляющих интерес. Настоящие решения описаны со ссылкой на инструменты для полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РРВ). В частности, вариант осуществления настоящих решений реализован для инструментов для ПЦР-РРВ с использованием оптической визуализации луночных планшетов. Такие инструменты могут быть выполнены с возможностью одновременного измерения сигналов из множества проб, зон или областей реакции для целей анализа.
[0022]
Измеренные сигналы содержат данные флуоресценции, извлеченные из множества областей реакции, для обнаружения количества нуклеиновой кислоты в пределах области реакции с течением времени по мере амплификации пробы в пределах области реакции. По данным флуоресценции для каждой области реакции строится график для генерирования кривой амплификации. Поскольку данные флуоресценции представляют собой измерение с каждой области реакции, зачастую существуют сотни, иногда тысячи, сгенерированных кривых амплификации. Как может представить специалист, просмотр одной кривой амплификации и связанной информации, относящейся к пробе, может быть затруднен. В соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе, способы и системы позволяют пользователю легко выбирать конкретную кривую амплификации, представляющую интерес, и просматривать информацию, связанную с кривой амплификации, так что пользователь может быстро получать полезную информацию из кривых амплификации в режиме реального времени или помечать кривые для дальнейшего анализа позже.
[0023]
Ссылаясь на ФИГ. 1, изображен графический интерфейс 100 пользователя, отображающий множество кривых 104 амплификации в пределах графика 102 кривых. Для части множества кривых 104 амплификации, видимых на графике 102 кривых амплификации, детали каждой лунки, связанной с кривой амплификации, можно просмотреть путем активации кнопки 106 деталей лунки. Кроме того, различные части множества кривых амплификации можно просмотреть путем увеличения или уменьшения графика 102 кривых амплификации путем активации кнопки 108 масштабирования.
[0024]
В другом варианте осуществления, показанном на ФИГ. 2, изображен графический 200 интерфейс пользователя для просмотра выбора кривых 204 амплификации. В этом примере на графике 202 кривых амплификации отображена часть кривых 204 амплификации. Вид графика 202 кривых амплификации может быть смещен путем активации стрелок 206. Кроме того, вид графика 202 кривых амплификации может быть увеличен путем активации кнопки 308 увеличения, или уменьшен с использованием кнопки 210 уменьшения. Путем изменения вида графика 202 кривых амплификации, отображенная часть кривых амплификации, может изменяться динамическим образом. В зоне 216 прокрутки лунок отображается дополнительная информация для просматриваемых кривых амплификации. Например, положения лунок кривых 204 амплификации отмечены цветом в зоне 216 прокрутки лунок. Если количество кривых амплификации, видимых на графике 202 кривых амплификации, превышает количество видимого пространства в зоне 216 прокрутки лунок, пользователь может прокрутить вверх или вниз для просмотра информации о других кривых амплификации. Если желательно больше информации о конкретной кривой амплификации, пользователь может выбрать информацию о положении связанной лунки в зоне 216 прокрутки лунок для просмотра дополнительных деталей, таких как типа пробы, загруженной в лунку. Таким образом, отдельные кривые амплификации могут быть выбраны легче, а информация, связанная с выбранной кривой амплификации, может быть быстро и легко идентифицирована.
[0025]
Дополнительно, в соответствии с различными вариантами осуществления, пользователю могут быть предоставлены кнопка 212 комментария и кнопка 214 тэга для выбора пользователем добавления комментария или тэга для конкретной кривой амплификации. Например, пользователь может заметить, что кривая амплификации обладает необычной характеристикой, и захотеть сделать комментарий, связанный с кривой амплификации, с целью сохранения для будущего использования. Кнопка 212 комментария и кнопка 214 тэга могут быть выбраны пользователем для ввода тэгов и/или комментариев.
[0026]
Стрелки 206, кнопка 208 увеличения, кнопка 210 уменьшения и зона 216 прокрутки лунок могут быть активированы сенсорным управлением. В различных вариантах осуществления, пользователь также может выполнять жесты разведения и сведения двух пальцев на сенсорном экране на графике 202 кривых амплификации для увеличения и уменьшения просматриваемого участка графика 202 кривых амплификации. Зона 216 прокрутки лунок также может управляться жестами на сенсорном экране, такими как пролистывание вверх для перемещения зоны 216 прокрутки лунок вверх или пролистывание вниз для перемещения зоны 216 прокрутки лунок вниз.
[0027]
На ФИГ. 3 изображен другой пример графического интерфейса 300 пользователя для идентификации кривых амплификации, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. В этом примере на графике 302 кривых амплификации отображена часть кривых 304 амплификации. Вид графика 302 кривых амплификации может быть смещен путем активации стрелок 306. Кроме того, вид графика 302 кривых амплификации может быть увеличен путем активации кнопки 308 увеличения, или уменьшен с использованием кнопки 310 уменьшения. Путем изменения вида графика 302 кривых амплификации, отображенная часть кривых амплификации, может изменяться динамическим образом. В зоне 316 прокрутки лунок отображается дополнительная информация для просматриваемых кривых амплификации. Например, положения лунок кривых 304 амплификации отмечены цветом в зоне 316 прокрутки лунок. Если количество кривых амплификации, видимых на графике 302 кривых амплификации, превышает количество видимого пространства в зоне 316 прокрутки лунок, пользователь может прокрутить вверх или вниз для просмотра информации о других кривых амплификации. Если желательно больше информации о конкретной кривой амплификации, пользователь может выбрать информацию о положении связанной лунки в зоне 316 прокрутки лунок для просмотра дополнительных деталей, таких как типа пробы, загруженной в лунку. В этом примере из зоны 216 прокрутки лунок выбрана A27. Другая информация, связанная с А27, отображается рядом с зоной 316 прокрутки лунок. Кроме того, кривая амплификации, связанная с А27, может быть выделена на графике 302 кривых амплификации, так что пользователь может легко идентифицировать всю информацию, связанную с лункой А27. Таким образом, отдельные кривые амплификации могут быть выбраны легче, а информация, связанная с выбранной кривой амплификации, может быть быстро и легко идентифицирована.
[0028]
Дополнительно, в соответствии с различными вариантами осуществления, пользователю могут быть предоставлены кнопка 312 комментария и кнопка 314 тэга для выбора пользователем добавления комментария или тэга для конкретной кривой амплификации. Например, пользователь может заметить, что кривая амплификации обладает необычной характеристикой, и захотеть сделать комментарий, связанный с кривой амплификации, с целью сохранения для будущего использования. Кнопка 312 комментария и кнопка 314 тэга могут быть выбраны пользователем для ввода тэгов и/или комментариев.
[0029]
Стрелки 306, кнопка 308 увеличения, кнопка 310 уменьшения и зона 316 прокрутки лунок могут быть активированы сенсорным управлением. В различных вариантах осуществления, пользователь также может выполнять жесты разведения и сведения двух пальцев на сенсорном экране на графике 302 кривых амплификации для увеличения и уменьшения просматриваемого участка графика 302 кривых амплификации. Зона 316 прокрутки лунок также может управляться жестами на сенсорном экране, такими как пролистывание вверх для перемещения зоны 316 прокрутки лунок вверх или пролистывание вниз для перемещения зоны 316 прокрутки лунок вниз.
[0030]
На ФИГ. 4 изображен другой пример графического интерфейса 400 пользователя для идентификации кривых амплификации, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. В этом примере, выбранная кривая амплификации показана выделенной на графике 402 амплификации. Зона 418 прокрутки лунок отображает положение лунки из части множества кривых 404 амплификации. Пользователь может выбрать конкретную лунку, в данном случае, А27, и просмотреть наименование пробы, целевое наименование, ID лунки и краситель, связанный с А27. Кривая амплификации, связанная с А27, показана зеленой. В дополнение к цвету, для идентификации связанной кривой амплификации, система также отображает кривую 406 амплификации, связанную с А27, выделенной, так что другие кривые затуманены по сравнению с кривой 406 амплификации.
[0031]
На ФИГ. 5 изображен пример графического интерфейса 500 пользователя для ввода тэгов или комментариев, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. Ссылаясь обратно на ФИГ. 4, кнопка 414 комментария и кнопка 416 тэга позволяют пользователю сделать выбор для ввода комментария или тэга для выбранной кривой амплификации. Как только пользователь выбрал кнопку 414 комментария или кнопку 416 тэга, пользователю отображается клавиатура. Пользователь может ввести комментарий или тэг в поле 502 ввода с использованием клавиатуры. Клавиатура также может быть отображена на сенсорном экране, так что пользователь может непосредственно взаимодействовать с отображенными изображениями.
[0032]
На ФИГ. 6 изображен пример графического интерфейса пользователя для отображения и редактирования протокола теплового цикла, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. Пользователь может установить протокол теплового цикла с использованием графического интерфейса 600 пользователя. Пользователь может регулировать протокол теплового цикла перед началом работы инструмента. Пользователь также может регулировать протокол после начала работы. Если пользователь желает пересмотреть/отрегулировать протокол теплового цикла, пользователь может выбрать часть графического представления протокола 602 теплового цикла, который он желает отредактировать, и затем выбрать кнопку 610 редактирования. Затем пользователь может отрегулировать температуру или продолжительность конкретной части цикла, например. Данный признак позволяет пользователю делать изменения «на лету» без надобности в остановке всего эксперимента.
[0033]
Дополнительно, пользователь может просмотреть время 606 начала, время 608 окончания и оставшееся время эксперимента 604. ГИП 600 также может быть отображен на сенсорном экране, выполненном с возможностью активации пользователем, взаимодействующим непосредственно с ГИП 600.
[0034]
На ФИГ. 7 изображен другой пример графического интерфейса пользователя для отображения и редактирования протокола теплового цикла, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. В этом примере, пользователь может добавлять или удалять из графического представления протокола 702 теплового цикла путем активации кнопок 704 добавления или кнопки 706 удаления.
[0035]
В лабораторных условиях, зачастую имеется множество инструментов, используемых исследователями, эксплуатирующими лабораторию. Зачастую сложно следить за этим статусом, а также плановым обслуживанием и распорядками калибровок инструментов. В соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе, ГИП 800 может быть отображен пользователю для указания статуса каждого из инструментов в сети инструментов, используемых в лаборатории, например. Ссылаясь на ФИГ. 8, изображен графический интерфейс 800 пользователя для отображения множества статусов 802 инструмента, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. Пользователь, просматривающий ГИП 800, может просмотреть инструменты в пределах одной сети и легко просмотреть статус инструмента, такой как доступен или используется, и другую информацию, такую как статус калибровки. Более детальная информация об отдельном инструменте также может быть просмотрена.
[0036]
На ФИГ. 9 изображен пример графического интерфейса 900 пользователя для отображения информации об инструменте, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. На ГИП 900 изображена сводная страница 902 для отдельного инструмента. Различные статусы калибровки и даты истечения срока просматриваются в таблице 904 статусов калибровки. Пользователь также может выбрать просмотр вкладки 906 истории событий, вкладки 908 истории калибровки и вкладки 910 статистики. На сводной странице 902 пользователь может просматривать статус калибровки инструмента.
[0037]
На ФИГ. 10 изображен пример графического интерфейса 1000 пользователя для отображения статистической информации об инструменте, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. Страница 1010 статистики показывает тип работы данного конкретного инструмента, для которого этот инструмент был использован. Страница 1010 статистики также указывает на количество часов использования этого эксперимента.
[0038]
На ФИГ. 11 изображен другой пример графического интерфейса 1100 пользователя для отображения статистической информации об инструменте, в соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. В этом примере, секторная диаграмма 1104 графически показывает число использования инструмента пользователем. Секторная диаграмма 1104 показывает то, что этот инструмент использовался пользователем 1 наиболее часто.
РЕАЛИЗОВАННАЯ НА КОМПЬЮТЕРЕ СИСТЕМА
[0039]
Специалисту в данной области техники будет понятно, что операции различных вариантов осуществления могут быть реализованы с использованием аппаратного обеспечения, программного обеспечения, аппаратно-программного обеспечения или их комбинаций, соответствующим образом. Например, некоторые процессы могут быть реализованы с использованием процессоров или другой цифровой схемы под управлением программного обеспечения, аппаратно-программного обеспечения или логической схемы с жесткими соединениями. (Термин «логическая схема» в настоящем документе относится к фиксированному аппаратному обеспечению, программируемой логической схеме и/или их подходящей комбинации, что будет ясно для специалиста в данной области техники для реализации указанных функций.) Программное обеспечение и аппаратно-программное обеспечение могут храниться на энергонезависимом машиночитаемом носителе информации. Некоторые другие процессы могут быть реализованы с использованием аналоговой схемы, как это широко известно специалисту в данной области техники. Дополнительно, память или другое хранилище, а также компоненты связи, могут быть реализованы в вариантах осуществления изобретения.
[0040]
На ФИГ. 12 представляет собой блок-схему, на которой изображена компьютерная система 1200, которая может быть использована для реализации функциональности обработки, в соответствии с различными вариантами осуществления. Инструменты для выполнения экспериментов могут быть соединены с примерной вычислительной системой 1200. Вычислительная система 1200 может включать один или более процессоров, таких как процессор 1204. Процессор 1204 может быть реализован с использованием ядра процессора общего или специального назначения, такого как, например, микропроцессор, контроллер или другая логическая схема управления. В этом примере, процессор 1204 соединен с шиной 1202 или другой средой связи.
[0041]
Кроме того, следует понимать, что вычислительная система 1200 по ФИГ. 12 может быть реализована в любом количестве форм, таких как смонтированный на стойке компьютер, базовый компьютер, суперкомпьютер, сервер, клиент, стационарный компьютер, портативный компьютер, планшетный компьютер, мобильное вычислительное устройство (например, КПК, мобильный телефон, смартфон, палмтоп и т.д.), грид-кластер, нетбук, встроенные системы или любой другой тип вычислительного устройства специального или общего назначения, которое может быть желательно или может подходить для заданного варианта применения или среды. Дополнительно, вычислительная система 1200 может включать обычную сетевую систему, включающую среду клиент/сервер и один или более серверов баз данных, или интеграцию с инфраструктурой LIS/LIMS. Из уровня техники известен ряд обычных сетевых систем, включающий локальную вычислительную сеть (ЛВС) или глобальную вычислительную сеть (ГВС), а также включающий беспроводные и/или проводные компоненты. Дополнительно, среды клиент/сервер, сервера баз данных и сети широко задокументированы в уровне техники. В соответствии с различными вариантами осуществления, описанными в настоящем документе, вычислительная система 1200 может быть выполнена с возможностью соединения с одним или более серверами в распределенной сети. Вычислительная система 1200 может принимать информацию или обновления из распределенной сети. Вычислительная система 1200 может также передавать информацию, подлежащую хранению в распределенной сети, к которой может быть доступ у других клиентов, соединенных с распределенной сетью.
[0042]
Вычислительная система 1200 может включать шину 1202 или другой механизм связи для передачи информации, и процессор 1204, соединенный с шиной 1202, для обработки информации.
[0043]
Вычислительная система 1200 также включает память 1206, которая может представлять собой оперативное запоминающее устройство (ОЗУ) или другую динамическую память, соединенную с шиной 1202, для хранения инструкций, подлежащих исполнению процессором 1204. Память 1206 также может быть использована для хранения временных переменных или другой промежуточной информации во время исполнения инструкций, подлежащих исполнению процессором 1204. Вычислительная система 1200 дополнительно включает постоянное запоминающее устройство (ПЗУ) 1208 или другое статичное устройство хранения, соединенное с шиной 1202, для хранения статичной информации и инструкций для процессора 1204.
[0044]
Вычислительная система 1200 может также включать устройство 1210 хранения, такое как магнитный диск, оптический диск или твердотельный диск (SSD), предусмотренное и соединенное с шиной 1202 для хранения информации и инструкций. Устройство 1210 хранения может включать медиа-накопитель и интерфейс съемного хранилища. Медиа-накопитель может включать привод или другой механизм для поддержания фиксированного или съемного носителя информации, такого как привод для жестких дисков, привод для гибких дисков, запоминающее устройство на магнитной ленте, привод оптических дисков, привод CD или DVD (R или RW), флеш-накопитель или другой съемный или фиксированный медиа-накопитель. Как изображено в этих примерах, носитель информации может включать машиночитаемый носитель информации, хранящий в себе конкретное компьютерное программное обеспечение, инструкции или данные.
[0045]
В альтернативных вариантах реализации, устройство 1210 хранения может включать другие подобные инструментарии для обеспечения возможности загрузки компьютерных программ или других инструкций или данных в вычислительную систему 1200. Такие инструментарии могут включать, например, съемную единицу памяти и интерфейс, такой как программный картридж и интерфейс картриджа, съемную память (например, флеш-память или другой съемный модуль памяти) и гнездо для памяти, и другие съемные единицы памяти и интерфейсы, которые позволяют программному обеспечению и данным передаваться от устройства 1210 хранения на вычислительную систему 1200.
[0046]
Вычислительная система 1200 может также включать интерфейс 1218 связи. Интерфейс 1218 связи может быть использован для обеспечения возможности передачи программного обеспечения и данных между вычислительной системой 1200 и внешними устройствами. Примеры интерфейса 1218 связи могут включать модем, сетевой интерфейс (такой как Ethernet или другой сетевой адаптер), порт связи (такой как, например, USB-порт, серийный порт RS-232C), гнездо и карту PCMCIA, Bluetooth и т.д. Программное обеспечения и данные, передаваемые по интерфейсу 1218 связи, находятся в форме сигналов, которые могут быть электронными, электромагнитными, оптическими или другими сигналами, которые могут быть приняты интерфейсом 1218 связи. Эти сигналы могут передаваться и приниматься интерфейсом 1218 связи по каналу, такому как беспроводная среда, провод или кабель, оптоволокно или другая среда связи. Некоторые примеры канала содержат телефонную линию, соединение по мобильному телефону, сетевой интерфейс, локальная или глобальная вычислительная сеть, и другие каналы связи.
[0047]
Вычислительная система 1200 может быть соединена через шину 1202 с дисплеем 1212, таким как электронно-лучевая трубка (ЭЛТ) или жидкокристаллический дисплей (ЖКД), для отображения информации пользователю компьютера. Устройство 1214 ввода, включающее буквенно-числовые и другие ключи, соединено с шиной 1202 для передачи информации и выборов команд на процессор 1204, например. Устройство ввода может также представлять собой дисплей, такой как ЖК-дисплей, выполненный с возможностью сенсорного введения. Другим типом устройства ввода пользователя является устройство 1216 управления курсором, такое как манипулятор-мышь, трекбол или ключи направления курсора для передачи информации о направлении и выборов команд на процессор 1204, а также для управления движением курсора на дисплее 1212. Устройство ввода, как правило, имеет две степени свободы в двух осях, первой оси (например, x) и второй оси (например, y), что позволяет устройству конкретизировать положения на плоскости. Вычислительная система 1200 обеспечивает обработку данных и обеспечивает уровень достоверности для таких данных. В соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящих решений, обработка данных и значения достоверности предоставляются вычислительной системой 1200 в ответ на исполнение процессором 1204 одной или более последовательностей одной или более инструкций, содержащихся в памяти 1206. Такие инструкции могут быть считаны в память 1206 с другого машиночитаемого носителя информации, такого как устройство 1210 хранения. Исполнение последовательностей инструкций, содержащихся в памяти 1206, обуславливает выполнение процессором 1204 состояний процесса, описанных в настоящем документе. В качестве альтернативы, аппаратная схема может быть использована вместо или в комбинации с программными инструкциями для реализации вариантов осуществления настоящих решений. Таким образом, реализации вариантов осуществления настоящих решений не ограничены какой-либо конкретной комбинацией аппаратной схемы и программного обеспечения.
[0048]
Термин «машиночитаемый носитель информации» и «компьютерный программный продукт», используемые в настоящем документе, в целом относится к любому носителю информации, вовлеченному в предоставление одной или более последовательностей или одной или более инструкций процессору 1204 для исполнения. Такие инструкции, в целом называемые «компьютерным программным кодом» (который может быть сгруппирован в форме компьютерных программ или других группировок), при исполнении обеспечивают выполнение вычислительной системой 1200 признаков или функций вариантов осуществления настоящего изобретения. Эти и другие формы энергонезависимых машиночитаемых носителей информации могут принимать множество форм, включая, но не ограничиваясь, энергонезависимый носитель информации, энергозависимый носитель информации и среду передачи. Энергонезависимый носитель информации включает, например, твердотельные, оптические или магнитные диски, такие как устройство 1210 хранения. Энергозависимый носитель информации включает динамическую память, такую как память 1206. Среда передачи включает коаксиальные кабели, медные провода и оптоволокно, включая провода, которые содержит шина 1202.
[0049]
Общие формы машиночитаемого носителя информации могут включать, например, дискету, гибкий диск, жесткий диск, магнитную ленту или любой другой магнитный носитель информации, компакт диск, любой другой оптический носитель информации, перфокарты, бумажную ленту, любой другой физический носитель информации с паттернами отверстий, ОЗУ, ППЗУ, СППЗУ, флеш-СППЗУ, любой другой чип или картридж памяти, несущую волну, как описано далее, или любой другой носитель информации, который может быть прочитан компьютером.
[0050]
Различные формы машиночитаемого носителя информации могут быть вовлечены в хранение одной или более последовательностей одной или более инструкций для выполнения процессором 1204. Например, изначально инструкции могут храниться на магнитном диске удаленного компьютера. Удаленный компьютер может загрузить инструкции в свою динамическую память и отправить инструкции по телефонной линии с использованием модема. Модем, являющийся локальным по отношению к вычислительной системе 1200, может принимать данные на телефонной линии и использовать инфракрасный передатчик для преобразования данных в инфракрасный сигнал. Инфракрасный детектор, соединенный с шиной 1202, может принимать данные, хранящиеся в инфракрасном сигнале, и помещать данные на шине 1202. Шина 1202 направляет данные в память 1206, из которой процессор 1204 извлекает и выполняет инструкции. Инструкции, принятые памятью 106, могут быть, при необходимости, сохранены в устройстве 1210 хранения перед или после выполнения процессором 1204.
[0051]
Следует понимать, что из соображений ясности, в предложенном выше описании описаны варианты осуществления изобретения со ссылкой на различные функциональные блоки и процессоры. Однако будет ясно, что может быть использовано любое подходящее распределение функционала между различными функциональными блоками, процессорами или доменами, без выхода за рамки изобретения. Например, функционал, описанный для выполнения отдельными процессорами или контроллерами, может выполняться одним и тем же процессором или контроллером. Таким образом, ссылки на конкретные функциональные блоки следует понимать только в качестве ссылок на подходящие средства для обеспечения описанного функционала, а не в качестве указания на четкую логическую или физическую структуру или организацию.
РАСПРЕДЕЛЕННАЯ СИСТЕМА
[0052]
Некоторые из элементов конфигурации 1300 типичной Интернет-сети показаны на ФИГ. 13, на которой показан ряд клиентских машин 1302, возможно находящийся в удаленном локальном офисе, которые соединены с машиной-шлюзом/хабом/туннельным сервером/и т.д. 1310, который сам по себе соединен с сетью Интернет 1308 посредством соединения 1310 от некоторого провайдера услуг Интернет (ISP). Также показаны другие возможные клиенты 1312, подобным образом соединенные с сетью Интернет 1308 посредством ISP-соединения 1314, при этом эти блоки, возможно, связываются с центральной лабораторией или офисом, например, посредством ISP-соединения 1316 с машиной-шлюзом/туннельным сервером 1318, который соединен 1320 с различными серверами 1322 приложений предприятия, которые могут быть соединены через другой хаб/роутер 1326 с различными локальными клиентами 1330. Любые из этих серверов 1322 могут функционировать в качестве серверов разработки для анализа управления потенциальным контентом и конструктивных решений по доставке, как описано в настоящем изобретении, как более полно описано ниже.
ПЦР-ИНСТРУМЕНТ
[0053]
Как указано выше, инструмент, который может быть использован в соответствии с различными вариантами осуществления, без ограничения, представляет собой инструмент для полимеразной цепной реакции (ПЦР). ФИГ. 14 представляет собой блок-схему, на которой изображен ПЦР-инструмент 1400, благодаря которому могут быть реализованы варианты осуществления настоящих решений. ПЦР-инструмент 1400 может включать нагревательную крышку 1410, которая расположена над множеством проб 1412, содержащихся в подложке (не показана). В различных вариантах осуществления, подложка может представлять собой стекло или пластмассовый слайд с множеством областей для пробы, при этом между областями для пробы и нагревательной крышкой 1410 находится крышка. Некоторые примеры подложки могут включать, но без ограничения, многолуночный планшет, такой как стандартный микротитровальный 96-луночный планшет, 384-луночный планшет или микрокарту, или по существу плоскую поддерживающую поверхность, такую как стекло или пластмассовый слайд. Области реакции в различных вариантах осуществления подложки могут включать выемки, углубления,выступы и их комбинации, оформленные равномерными или неравномерными рядами, сформированными на поверхности подложки. Различные варианты осуществления ПЦР-инструментов содержат блок 1414 для проб, элементы 1416 для нагревания и охлаждения, теплообменник 1418, систему 1420 управления и интерфейс 1412 пользователя. Различные варианты осуществления узла теплоблока, в соответствии с настоящими решениями, содержат компоненты 1414-148 ПЦР-инструмента 1400 по ФИГ. 14.
[0054]
Инструмент 1400 для ПЦР в режиме реального времени имеет оптическую систему 1424. На ФИГ. 14 оптическая система 1424 может иметь источник освещения (не показан), который испускает электромагнитную энергию, оптический датчик, детектор или формирователь изображений (не показан), для приема электромагнитной энергии от проб 1412 в подложке, и оптические элементы 1440, используемые для направления электромагнитной энергии от каждой пробы ДНК на формирователь изображений. Для вариантов осуществления ПЦР-инструмента 1400 по ФИГ. 14 и инструмента 1400 для ПЦР в режиме реального времени на ФИГ. 14, система 1420 управления может быть использована для управления функциями системы обнаружения, нагревательной крышки и узла теплоблока. Система 1420 управления может быть доступна конечному пользователю через интерфейс 1422 пользователя ПЦР-инструмента 1400 на ФИГ. 14 и инструмента 1400 для ПЦР в режиме реального времени на ФИГ. 14. Также, компьютерная система 1400, как изображено на ФИГ. 14, может служить для обеспечения управления функцией ПЦР-инструмента 1400 на ФИГ. 14, а также для функции интерфейса пользователя. Дополнительно, компьютерная система 400 по ФИГ. 4 может обеспечивать обработку данных, отображение и сообщение функций подготовки. Все функции управления такого инструмента могут быть специально разработаны локально для ПЦР-инструмента, или компьютерная система 400 по ФИГ. 4 может обеспечивать удаленное управление части или всеми функциями управления, анализа и сообщения, как будет более детально описано далее.
ОПТИЧЕСКАЯ СИСТЕМА ДЛЯ ВИЗУАЛИЗАЦИИ
[0055]
На ФИГ. 15 изображена примерная оптическая система 1500, которая может быть использована для визуализации, в соответствии с вариантами осуществления, описанными в настоящем документе. Следует понимать, что оптическая система 1500 является примерной оптической системой и специалисту в данной области техники будет ясно, что могут быть использованы другие оптические системы для захвата изображений объекта, представляющего интерес. В соответствии с различными вариантами осуществления, объект, представляющий интерес, может представлять держатель проб, такой как, например, калибровочный планшет, как описано в настоящем документе. Оптический датчик 1502, включенный в камеру 1504, например, может формировать изображение объекта 1510, представляющего интерес. Оптический датчик 1502 может представлять собой ПЗС-датчик, а камера 1504 может представлять собой ПЗС-камеру. Кроме того, оптический датчик включает линзу 1506 камеры.
[0056]
В зависимости от объекта, представляющего интерес, может быть выбран эмиссионный фильтр 1508 для формирования изображения объекта 1510, представляющего интерес, в соответствии с различными вариантами осуществления. Эмиссионный фильтр 1508 может быть изменен для формирования изображения эмиссии флуоресценции, испускаемой от объекта 1501, представляющего интерес, в других вариантах осуществления.
[0057]
Оптическая система 1500 может использовать источник 1512 отражаемого света для формирования изображения объекта 1510, представляющего интерес. Свет от источника 1512 света может быть отфильтрован через асферику 1514, фокусирующее устройство/устройство разведения 1516 и фильтр 1518 возбуждения перед отражением на объект 1510, представляющий интерес, посредством разделителя 1520 пучка. Оптическая система 1500 может также включать полевую линзу 1522. В зависимости от объекта, представляющего интерес, может быть выбран или изменен фильтр 1518 возбуждения для формирования изображения объекта 1510, представляющего интерес, в соответствии с различными вариантами осуществления.
[0058]
В примере 1 предложен способ идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. способ включает: прием данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу; генерирование множества кривых амплификации из данных амплификации; отображение первой части множества кривых амплификации на экране дисплея; отображение перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации, наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея; регулировку вида для отображения второй части множества кривых амплификации; динамическую регулировку перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации, наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея, при этом перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0059]
В примере 2 предложен машиночитаемый носитель информации, кодированный исполняемыми процессором инструкциями, причем инструкция служит для идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. Инструкции содержат инструкции для: приема данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу; генерирования множества кривых амплификации из данных амплификации; отображения первой части множества кривых амплификации на экране дисплея; отображения перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации, наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея; регулировки вида для отображения второй части множества кривых амплификации; динамической регулировки перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации, наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея, при этом перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0060]
В примере 3 предусмотрена система идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. Система содержит: процессор; и память, кодированную инструкциями, исполняемыми процессором, при этом инструкции содержат инструкции для: приема данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу; генерирования множества кривых амплификации из данных амплификации; отображения первой части множества кривых амплификации на экране дисплея; отображения перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации, наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея; регулировки вида для отображения второй части множества кривых амплификации; динамической регулировки перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации, наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея, при этом перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0061]
В примере 4 предусмотрены примеры 1, 2, 3 или любой из предыдущих примеров, в которых регулировка вида представляет собой увеличение масштаба множества кривых амплификации.
[0062]
В примере 5 предусмотрены примеры 1, 2, 3 или любой из предыдущих примеров, в которых регулировка вида представляет собой уменьшение масштаба множества кривых амплификации.
[0063]
В примере 6 предусмотрены примеры 1, 2, 3 или любой из предыдущих примеров, в которых первая часть перечня может быть просмотрена на экране дисплея.
[0064]
В примере 7 предусмотрены примеры 1, 2, 3 или любой из предыдущих примеров, в которых вторая часть перечня может быть просмотрена после прокрутки перечня вниз.
[0065]
В примере 8 предусмотрены примеры 1, 2, 3 или любой из предыдущих примеров, которые дополнительно содержат предоставления информации о пробе в области реакции после того, как пользователь выбрал индикацию области реакции из перечня.
[0066]
В примере 4 предусмотрены примеры 1, 2, 3 или любой из предыдущих примеров, в которых экран дисплея представляет собой сенсорный экран.
[0067]
В примере 5 предложен способ идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации, содержащий: прием данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу; генерирование множества кривых амплификации из данных амплификации; отображение первой части множества кривых амплификации на экране дисплея; отображение перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации, наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея; регулировку вида для отображения второй части множества кривых амплификации; динамическую регулировку перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации, наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея, при этом перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0068]
В примере 6 предложен пример 5, в котором регулировка вида представляет собой увеличение масштаба множества кривых амплификации.
[0069]
В примере 7 предложен пример 5, в котором регулировка вида представляет собой уменьшение масштаба множества кривых амплификации.
[0070]
В примере 8 предложен пример 5, в котором первая часть перечня может быть просмотрена на экране дисплея.
[0071]
В примере 9 предусмотрены примеры 5 и 8, в которых вторая часть перечня может быть просмотрена после прокрутки перечня вниз.
[0072]
В примере 10 предложен пример 5, который дополнительно содержит: предоставления информации о пробе в области реакции после того, как пользователь выбрал индикацию области реакции из перечня.
[0073]
В примере 11 предложен пример 5, в котором экран дисплея представляет собой сенсорный экран.
[0074]
В примере 12 предложен машиночитаемый носитель информации, кодированный исполняемыми процессором инструкциями, причем инструкция служит для идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации. Инструкции содержат инструкции для: приема данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу; генерирования множества кривых амплификации из данных амплификации; отображения первой части множества кривых амплификации на экране дисплея; отображения перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации, наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея; регулировки вида для отображения второй части множества кривых амплификации; динамической регулировки перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации, наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея, при этом перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0075]
В примере 13 предложен пример 12, в котором регулировка вида представляет собой увеличение масштаба множества кривых амплификации.
[0076]
В примере 14 предложен пример 12, в котором регулировка вида представляет собой уменьшение масштаба множества кривых амплификации.
[0077]
В примере 15 предложен пример 12, в котором первая часть перечня может быть просмотрена на экране дисплея.
[0078]
В примере 16 предложен пример 15, в котором вторая часть перечня может быть просмотрена после прокрутки перечня вниз.
[0079]
В примере 17 предложен пример 12, который дополнительно содержит инструкции для: предоставления информации о пробе в области реакции после того, как пользователь выбрал индикацию области реакции из перечня.
[0080]
В примере 18 предложен пример 12, в котором экран дисплея представляет собой сенсорный экран.
[0081]
В примере 19 предусмотрена система для идентификации области реакции, связанной с кривой амплификации из множества кривых амплификации, содержащая: процессор; и память, кодированную инструкциями, исполняемыми процессором, при этом инструкции содержат инструкции для: приема данных амплификации из множества областей реакции, при этом каждая область реакции содержит пробу; генерирования множества кривых амплификации из данных амплификации; отображения первой части множества кривых амплификации на экране дисплея; отображения перечня индикаций областей реакции, связанных с первой частью кривых амплификации, наряду с первой частью кривых амплификации на экране дисплея; регулировки вида для отображения второй части множества кривых амплификации; динамической регулировки перечня для отображения индикаций областей реакции, связанных со второй частью кривых амплификации, наряду со второй частью кривых амплификации на экране дисплея, при этом перечень выполнен с возможностью прокрутки.
[0082]
В примере 20 предложен пример 19, в котором регулировка вида представляет собой увеличение масштаба множества кривых амплификации.
[0083]
В примере 21 предложен пример 19, в котором регулировка вида представляет собой уменьшение масштаба множества кривых амплификации.
[0084]
В примере 22 предложен пример 19, в котором первая часть перечня может быть просмотрена на экране дисплея.
[0085]
В примере 23 предложен пример 22, в котором вторая часть перечня может быть просмотрена после прокрутки перечня вниз.
[0086]
В примере 24 предложен пример 19, который дополнительно содержит инструкции для: предоставления информации о пробе в области реакции после того, как пользователь выбрал индикацию области реакции из перечня.
[0087]
Следующее описание различных вариантов реализации настоящих решений было предложено для целей иллюстрации и описания. Оно не является исчерпывающим и не ограничивает настоящие решения до точной раскрытой формы. Модификации и вариации возможны в свете вышеописанных решений или могут быть получены при реализации настоящих решений на практике. Дополнительно, описанный вариант реализации включает программное обеспечение, однако настоящие решения могут быть реализованы в виде комбинации аппаратного обеспечения и программного обеспечения или в аппаратном обеспечении самом по себе. Настоящие решения могут быть реализованы как в системах объектно-ориентированного программирования, так и в системах необъектно-ориентированными программирования.
[0088]
Несмотря на то, что различные варианты осуществления были описаны в отношении некоторых примерных вариантов осуществления, примеров и вариантов применения, специалист в данной области техники поймет, что могут быть сделаны различные модификации и изменения без выхода за рамки настоящих решений.