ОТБОР БОЛЬНЫХ РАКОМ ДЛЯ ВВЕДЕНИЯ ИНГИБИТОРОВ СИГНАЛЬНОГО ПУТИ Wnt НА ОСНОВАНИИ СТАТУСА МУТАЦИИ RNF43

1. Способ прогнозирования чувствительности роста опухолевых клеток к подавлению ингибитором Wnt, который включает:
(а) определение в полученном у субъекта образце опухолевых клеток уровня биомаркера, выбираемого из группы, состоящей из:
(i) числа копий ДНК в области хромосомы RNF43 и/или в области хромосомы ZNRF3 для определения утраты гетерозиготности;
(ii) секвенированной геномной ДНК, кДНК или РНК из раковых тканей, используемой для обнаружения инактивирующей мутации в гене RNF43 и/или гене ZNRF3;
(iii) экспрессии мРНК RNF43 и/или экспрессии мРНК ZNRF3;
(iv) экспрессии белка RNF43 и/или экспрессии белка ZNRF3;
(v) функционального эффекта утраты гена RNF43 и/или гена ZNRF3;
(vi) комбинации биомаркеров (i)-(v);
(b) сравнение уровня биомаркера в образце опухолевых клеток с контрольным уровнем биомаркера, выбираемым из группы, состоящей из:
(i) контрольного уровня биомаркера, коррелированного с чувствительностью к ингибитору Wnt; и
(ii) контрольного уровня биомаркера, коррелированного с устойчивостью к ингибитору Wnt; и
(с) отбор субъекта, у которого согласно прогнозу должен быть достигнут благоприятный результат от терапевтического введения ингибитора Wnt, если наличие в опухоли субъекта инактивирующей мутации RNF43 или ZNRF3, уменьшенного числа копий RNF43 или
ZNRF2, пониженной экспрессии мРНК или белка RNF43 либо пониженной экспрессии мРНК или белка ZNRF3 свидетельствует о том, что опухоль субъекта, по-видимому, чувствительна к ингибитору Wnt.
2. Способ прогнозирования чувствительности опухолевой клетки к ингибитору Wnt, который включает контактирование опухолевой клетки по меньшей мере с одним ингибитором Wnt и
(а) определение в опухолевой клетке уровня биомаркера, выбираемого из группы, состоящей из:
(i) числа копий ДНК в области хромосомы RNF43 и/или в области хромосомы ZNRF3 для определения утраты гетерозиготности;
(ii) геномной ДНК, кДНК или РНК из опухолевой клетки, используемой для обнаружения инактивирующей мутации в гене RNF43 и/или гене ZNRF3;
(iii) экспрессии мРНК RNF43 и/или экспрессии мРНК ZNRF3;
(iv) экспрессии белка RNF43 и/или экспрессии белка ZNRF3;
(v) функционального эффекта утраты гена RNF43 или утраты гена ZNRF3;
(vi) комбинации биомаркеров (i)-(v);
(b) сравнение уровня биомаркера в опухолевой клетке с контрольным уровнем;
(с) определение чувствительности опухолевой клетки к ингибитору Wnt на основании различий между уровнем биомаркера в опухолевой клетке и контрольным уровнем.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором число копий ДНК в области хромосомы RNF43 на стадии 1(а)(i) определяют путем гибридизации с использованием зонда, гибридизирующего с нуклеотидом, имеющим
последовательность SEQ ID NO:1.
4. Способ по п. 1 или 2, в котором число копий ДНК в области хромосомы ZNRF3 на стадии 1(а)(i) определяют путем гибридизации с использованием зонда, гибридизирующего с нуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:2.
5. Способ по п. 1 или 2, в котором стадию определения числа копий ДНК в области хромосомы ZNRF3 на стадии 1(а)(i) выполняют при помощи флуоресцентной гибридизации in situ (FISH).
6. Способ по п. 1 или 2, в котором анализ измерения экспрессии мРНК RNF43 на стадии 1(а)(iii) выполняют путем гибридизации с использованием зонда, гибридизирующего с нуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:1.
7. Способ по п. 1 или 2, в котором анализ измерения экспрессии мРНК ZNRF3 на стадии 1(а)(iii) выполняют путем гибридизации с использованием зонда, гибридизирующего с нуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:2.
8. Способ по п. 1 или 2, в котором анализ измерения экспрессии белка RNF43 на стадии 1(а)(iv) выполняют при помощи иммуногистохимии.
9. Способ по п. 1 или 2, в котором анализ измерения утраты функции на стадии 1(а)(v) выполняют при помощи анализа FACS c использованием антитела против белка Frizzled.
10. Способ по п. 1 или 2, в котором анализ измерения утраты функции на стадии 1(а)(v) выполняют при помощи анализа репортерной активности Wnt.
11. Способ по п. 10, в котором при выполнении анализа репортерной активности Wnt измеряют активность белка, выбираемую из группы, состоящей из повышенных уровней белка Frizzled, повышенных уровней белка LRP6, повышенного фосфорилирования LRP6 и повышенного фосфорилирования белка Disheveled.
12. Способ по п. 1 или 2, в котором стадия сравнения включает сравнение уровня биомаркера в опухолевых клетках с контрольным уровнем биомаркера в одной или нескольких контрольных клетках, устойчивых к ингибитору Wnt.
13. Способ по п. 1 или 2, в котором стадия сравнения включает сравнение уровня биомаркера в опухолевых клетках с контрольным уровнем биомаркера с одной или нескольких контрольных клетках, чувствительных к ингибитору Wnt.
14. Способ по п. 1 или 2, в котором заранее определен контрольный уровень биомаркера, коррелированный с чувствительностью к ингибитору Wnt.
15. Способ по п. 1 или 2, в котором заранее определен контрольный уровень биомаркера, коррелированный с устойчивостью к ингибитору Wnt.
16. Способ по п. 1 или 2, где ингибитор Wnt является соединением формулы (1):
,
или его фармацевтически приемлемой солью, где:
1
2
3
4
7
Х, Х, Х и Х выбирают из N и CR;
5
6
7
8
один из элементов Х, Х, Х и Х означает N и другие
элементы являются СН;
9
Х выбирают из N и СН;
Z выбирают из фенила, пиразинила, пиридинила, пиридазинила и пиперазинила;
6
при этом каждый фенил, пиразинил, пиридинил, пиридазинил или пиперазинил элемента Z необязательно замещен группой R;
1
2
3
R, R и R означают водород;
m равен 1;
4
R выбирают из водорода, галогена, дифторметила, трифторметила и метила;
6
10
10
R выбирают из водорода, галогена и -С(О)R, где R означает метил; и
7
R выбирают из водорода, галогена, циано, метила и трифторметила.
17. Способ по п. 1 или 2, где ингибитор Wnt является соединением, выбираемым из группы, включающей:
N-[5-(3-фторфенил)пиридин-2-ил]-2-[5-метил-6-(пиридазин-4-ил)пиридин-3-ил]ацетамид;
2-[5-метил-6-(2-метилпиридин-4-ил)пиридин-3-ил]-N-[5-(пиразин-2-ил)пиридин-2-ил]ацетамид;
N-(2,3'-бипиридин-6'-ил)-2-(2',3-диметил-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид;
N-(5-(4-ацетилпиперазин-1-ил)пиридин-2-ил)-2-(2'-метил-3-(трифторметил)-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид;
N-(5-(4-ацетилпиперазин-1-ил)пиридин-2-ил)-2-(2'-фтор-3-метил-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид; и
2-(2'-фтор-3-метил-2,4'-бипиридин-5-ил)-N-(5-(пиразин-2-ил)пиридин-2-ил)ацетамид;
или его фармацевтически приемлемой солью.
18. Набор для анализа, предназначенный для отбора больного раком, у которого согласно прогнозу может быть достигнут или не достигнут благоприятный результат от терапевтического введения ингибитора Wnt, который включает:
(а) средство для определения в образце опухолевых клеток уровня биомаркера или комбинации биомаркеров, выбираемого из группы, состоящей из:
(i) утраты гетерозиготности гена RNF43 и/или гена ZNRF3;
(ii) уровня утраты функции гена RNF43 и/или гена ZNRF3;
(iii) уровня экспрессии мРНК RNF43 и/или мРНК ZNRF3;
(iv) уровня экспрессии белка RNF43 и/или белка ZNRF3; и
(v) функционального эффекта утраты гена RNF43 и/или гена ZNRF3;
(b) контрольный образец.
19. Набор для анализа по п. 18, в котором контрольный образец выбирают из группы, состоящей из:
(i) контрольного образца для определения чувствительности к ингибитору Wnt;
(ii) контрольного образца для определения устойчивости к ингибитору Wnt;
(iii) информации, содержащей заранее определенный контрольный уровень биомаркера, коррелированный с чувствительностью к ингибитору Wnt; и
(iv) информации, содержащей заранее определенный контрольный уровень биомаркера, коррелированный с устойчивостью к ингибитору Wnt.
20. Набор для анализа по п. 18 или 19, в котором средство для обнаружения гена RNF43 на любой из стадий 15(а)(i) и 21(а)(i) включает нуклеотидный зонд, гибридизирующий с нуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:1.
21. Набор для анализа по п. 18, в котором средство для обнаружения гена ZNRF3 на любой из стадий 15(а)(i) и 21(а)(i) включает нуклеотидный зонд, гибридизирующий с нуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:2.
22. Набор для анализа по п. 18 или 19, в котором средство для обнаружения гена RNF43 на стадии 15(а)(i) включает нуклеотидный зонд, гибридизирующий с геномным локусом 17q22.
23. Набор для анализа по п. 18, в котором средство для обнаружения гена ZNRF3 на стадии 16(а)(i) включает нуклеотидный зонд, гибридизирующий с геномным локусом 22q12.1.
24. Набор для анализа по п. 18, в котором средство для обнаружения белка RNF43 на стадии 16(а)(iii) включает антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который избирательно связывается с полинуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:3.
25. Набор для анализа по п. 18, в котором средство для обнаружения белка ZNRF3 на стадии 16(а)(iii) включает антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, который избирательно связывается с полинуклеотидом, имеющим последовательность SEQ ID NO:4.
26. Набор для анализа по п. 18, в котором средство для обнаружения включает детектируемую метку.
27. Набор для анализа по п. 18, в котором средство для обнаружения иммобилизовано на субстрате.
28. Набор для анализа по п. 18, где ингибитор Wnt является соединением формулы (1):
,
или его фармацевтически приемлемой солью, где:
1
2
3
4
7
Х, Х, Х и Х выбирают из N и CR;
5
6
7
8
один из элементов Х, Х, Х и Х означает N и другие элементы являются СН;
9
Х выбирают из N и СН;
Z выбирают из фенила, пиразинила, пиридинила, пиридазинила и пиперазинила;
6
при этом каждый фенил, пиразинил, пиридинил, пиридазинил или пиперазинил элемента Z необязательно замещен группой R;
1
2
3
R, R и R означают водород;
m равен 1;
4
R выбирают из водорода, галогена, дифторметила, трифторметила и метила;
6
10
10
R выбирают из водорода, галогена и -С(О)R, где R означает метил; и
7
R выбирают из водорода, галогена, циано, метила и трифторметила.
29. Набор для анализа по п. 18, где ингибитор Wnt является соединением, выбираемым из группы, включающей:
N-[5-(3-фторфенил)пиридин-2-ил]-2-[5-метил-6-(пиридазин-4-ил)пиридин-3-ил]ацетамид;
2-[5-метил-6-(2-метилпиридин-4-ил)пиридин-3-ил]-N-[5-(пиразин-2-ил)пиридин-2-ил]ацетамид;
N-(2,3'-бипиридин-6'-ил)-2-(2',3-диметил-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид;
N-(5-(4-ацетилпиперазин-1-ил)пиридин-2-ил)-2-(2'-метил-3-(трифторметил)-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид;
N-(5-(4-ацетилпиперазин-1-ил)пиридин-2-ил)-2-(2'-фтор-3-метил-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид; и
2-(2'-фтор-3-метил-2,4'-бипиридин-5-ил)-N-(5-(пиразин-2-ил)пиридин-2-ил)ацетамид;
или его фармацевтически приемлемой солью.
30. Фарамацевтическая композиция, включающая ингибитор Wnt, предназначенный для лечения рака у субъекта, где уровень биомаркера у субъекта по п. 1 статистически равен или меньше контрольного уровня биомаркера и контрольный уровень биомаркера коррелирован с чувствительностью ингибитора Wnt.
31. Фармацевтическая композиция по п. 30, где контрольный уровень является нормальным или базовым уровнем биомаркера, уровнем биомаркера в образце здоровой клетки или ткани или контрольным уровнем биомаркера, коррелированным с устойчивостью к ингибитору Wnt.
32. Фармацевтическая композиция по п. 30 или 31, где рак является раком поджелудочной железы.
33. Фармацевтическая композиция по п. 30, где ингибитор Wnt является соединением формулы (1):
,
или его фармацевтически приемлемой солью, где:
1
2
3
4
7
Х, Х, Х и Х выбирают из N и CR;
5
6
7
8
один из элементов Х, Х, Х и Х означает N и другие элементы являются СН;
9
Х выбирают из N и СН;
Z выбирают из фенила, пиразинила, пиридинила, пиридазинила и пиперазинила;
6
при этом каждый фенил, пиразинил, пиридинил, пиридазинил или пиперазинил элемента Z необязательно замещен группой R;
1
2
3
R, R и R означают водород;
m равен 1;
4
R выбирают из водорода, галогена, дифторметила, трифторметила и метила;
6
10
10
R выбирают из водорода, галогена и -С(О)R, где R означает метил; и
7
R выбирают из водорода, галогена, циано, метила и трифторметила.
34. Фармацевтическая композиция по п. 30, где ингибитор Wnt является соединением, выбираемым из группы, включающей:
N-[5-(3-фторфенил)пиридин-2-ил]-2-[5-метил-6-(пиридазин-4-ил)пиридин-3-ил]ацетамид;
2-[5-метил-6-(2-метилпиридин-4-ил)пиридин-3-ил]-N-[5-(пиразин-2-ил)пиридин-2-ил]ацетамид;
N-(2,3'-бипиридин-6'-ил)-2-(2',3-диметил-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид;
N-(5-(4-ацетилпиперазин-1-ил)пиридин-2-ил)-2-(2'-метил-3-(трифторметил)-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид;
N-(5-(4-ацетилпиперазин-1-ил)пиридин-2-ил)-2-(2'-фтор-3-метил-2,4'-бипиридин-5-ил)ацетамид; и
2-(2'-фтор-3-метил-2,4'-бипиридин-5-ил)-N-(5-(пиразин-2-ил)пиридин-2-ил)ацетамид;
или его фармацевтически приемлемой солью.