ИММУННЫЕ ЭФФЕКТОРНЫЕ КЛЕТКИ С ОТРЕДАКТИРОВАННЫМ ГЕНОМОМ

1. Клетка, содержащая:
a) один или более модифицированный аллель T-клеточного рецептора альфа (TCRα); и
b) нуклеиновую кислоту, содержащую полинуклеотид, кодирующий сконструированный рецептор антигена, встроенный в указанный один или более модифицированный аллель TCRα.
2. Клетка по п. 1, где указанный модифицированный TCRα нефункционален, или его функциональность существенно снижена.
3. Клетка по п. 1, где указанный сконструированный рецептор антигена выбран из группы, состоящей из: сконструированного TCR, CAR, Daric или химерного рецептора цитокина.
4. Клетка по п. 3, где указанная нуклеиновая кислота содержит полинуклеотид, кодирующий первый саморасщепляющийся вирусный пептид, и полинуклеотид, кодирующий альфа-цепь указанного сконструированного TCR, встроенные в один модифицированный аллель TCRα.
5. Клетка по п. 3, где указанная нуклеиновая кислота содержит полинуклеотид, кодирующий первый саморасщепляющийся вирусный пептид, и полинуклеотид, кодирующий бета-цепь указанного сконструированного TCR, встроенные в один модифицированный аллель TCRα.
6. Клетка по п. 3, где указанная нуклеиновая кислота содержит в направлении от 5´ к 3´ полинуклеотид, кодирующий первый саморасщепляющийся вирусный пептид, полинуклеотид, кодирующий альфа-цепь сконструированного TCR, полинуклеотид, кодирующий второй саморасщепляющийся вирусный пептид, и полинуклеотид, кодирующий бета-цепь сконструированного TCR, встроенные в один модифицированный аллель TCRα.
7. Клетка по п. 1, где оба аллеля TCRα модифицированы и нефункциональны.
8. Клетка по п. 7, где указанный первый модифицированный аллель TCRα содержит нуклеиновую кислоту, содержащую полинуклеотид, кодирующий первый саморасщепляющийся вирусный пептид, и полинуклеотид, кодирующий альфа-цепь сконструированного TCR, и указанный второй модифицированный аллель TCRα содержит полинуклеотид, кодирующий второй саморасщепляющийся вирусный пептид, и полинуклеотид, кодирующий бета-цепь сконструированного TCR.
9. Клетка по п. 3, где указанный сконструированный TCR связывает антиген, выбранный из группы, состоящей из: фолатного рецептора альфа, 5T4, интегрина αvβ6, BCMA, B7-H3, B7-H6, CAIX, CD16, CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD70, CD79a, CD79b, CD123, CD138, CD171, CEA, CSPG4, EGFR, семейства EGFR, включая ErbB2 (HER2), EGFRvIII, EGP2, EGP40, EPCAM, EphA2, EpCAM, FAP, зародышевого AchR, FRα, GD2, GD3, глипикана-3 (GPC3), HLA-A1+MAGE1, HLA-A2+MAGE1, HLA-A3+MAGE1, HLA-A1+NY-ESO-1, HLA-A2+NY-ESO-1, HLA-A3+NY-ESO-1, IL-11Rα, IL-13Rα2, лямбда, антигена Льюиса Y (Ley), каппа, мезотелина, Muc1, Muc16, NCAM, лигандов NKG2D, NY-ESO-1, PRAME, PSCA, PSMA, ROR1, SSX, сурвивина, TAG72, TEM, VEGFR2 и WT-1.
10. Клетка по п. 3, где указанный CAR содержит:
a) внеклеточный домен, который связывает антиген, выбранный из группы, состоящей из: фолатного рецептора альфа, 5T4, интегрина αvβ6, BCMA, B7-H3, B7-H6, CAIX, CD16, CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD70, CD79a, CD79b, CD123, CD138, CD171, CEA, CSPG4, EGFR, семейства EGFR, включая ErbB2 (HER2), EGFRvIII, EGP2, EGP40, EPCAM, EphA2, EpCAM, FAP, зародышевого AchR, FRα, GD2, GD3, глипикана-3 (GPC3), HLA-A1+MAGE1, HLA-A2+MAGE1, HLA-A3+MAGE1, HLA-A1+NY-ESO-1, HLA-A2+NY-ESO-1, HLA-A3+NY-ESO-1, IL-11Rα, IL-13Rα2, лямбда, антигена Льюиса Y (Ley), каппа, мезотелина, Muc1, Muc16, NCAM, лигандов NKG2D, NY-ESO-1, PRAME, PSCA, PSMA, ROR1, SSX, сурвивина, TAG72, TEM, VEGFR2 и WT-1;
b) трансмембранный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из альфа- или бета-цепи T-клеточного рецептора, CD3δ, CD3ε, CD3γ, CD3ζ, CD4, CD5, CD8α, CD9, CD 16, CD22, CD27, CD28, CD33, CD37, CD45, CD64, CD80, CD86, CD 134, CD137, CD152, CD154 и PD-1;
c) один или более внутриклеточный костимулирующий сигнальный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: TLR1, TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10, CARD11, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CD54 (ICAM), CD83, CD134 (OX40), CD137 (4-1BB), CD278 (ICOS), DAP10, LAT, NKD2C, SLP76, TRIM и ZAP70; и
d) сигнальный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: FcRγ, FcRβ, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ζ, CD22, CD79a, CD79b и CD66d.
11. Клетка по п. 3, где указанный CAR содержит:
a) внеклеточный домен, который связывает комплекс ГКГС-пептид, комплекс ГКГС I класса-пептид или комплекс ГКГС II класса-пептид;
b) трансмембранный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из альфа- или бета-цепи T-клеточного рецептора, CD3δ, CD3ε, CD3γ, CD3ζ, CD4, CD5, CD8α, CD9, CD 16, CD22, CD27, CD28, CD33, CD37, CD45, CD64, CD80, CD86, CD 134, CD137, CD152, CD154 и PD-1;
c) один или более внутриклеточный костимулирующий сигнальный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: TLR1, TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10, CARD11, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CD54 (ICAM), CD83, CD134 (OX40), CD137 (4-1BB), CD278 (ICOS), DAP10, LAT, NKD2C, SLP76, TRIM и ZAP70; и
d) сигнальный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: FcRγ, FcRβ, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ζ, CD22, CD79a, CD79b и CD66d.
12. Клетка по п. 3, где указанный CAR содержит:
a) внеклеточный домен, который связывает антиген, выбранный из группы, состоящей из: BCMA, CD19, CSPG4, PSCA, ROR1 и TAG72;
b) трансмембранный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: CD4, CD8α, CD154 и PD-1;
c) один или более внутриклеточный костимулирующий сигнальный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: CD28, CD134 и CD137; и
d) сигнальный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: FcRγ, FcRβ, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ζ, CD22, CD79a, CD79b и CD66d.
13. Клетка по п. 3, где указанный рецептор Daric содержит:
(a) сигнальный полипептид, содержащий первый домен мультимеризации, первый трансмембранный домен и один или более внутриклеточный костимулирующий сигнальный домен и/или первичный сигнальный домен; и
(b) связывающий полипептид, содержащий связывающий домен, второй домен мультимеризации и необязательно второй трансмембранный домен;
при этом мостикообразующий фактор способствует образованию комплекса рецептора Daric на поверхности клетки с указанным мостикообразующим фактором, связанным и расположенным между доменами мультимеризации сигнального полипептида и связывающего полипептида.
14. Клетка по п. 13, где указанный первый и второй домены мультимеризации ассоциированы с мостикообразующим фактором, выбранным из группы, состоящей из: рапамицина или его рапалога, кумермицина или его производного, гиббереллина или его производного, абсцизовой кислоты (ABA) или ее производного, метотрексата или его производного, циклоспорина A или его производного, FKCsA или его производного, синтетического лиганда триметоприма (Tmp) для FKBP (SLF) или его производного и любой комбинации перечисленных факторов.
15. Клетка по п. 13, где указанный первый и второй домены мультимеризации представляют собой пару, выбранную из FKBP и FRB, FKBP и кальциневрина, FKBP и циклофилина, FKBP и бактериального DHFR, кальциневрина и циклофилина, PYL1 и ABI1, или GIB1 и GAI, или их вариантов.
16. Клетка по п. 13, где указанный первый домен мультимеризации включает FRB T2098L, указанный второй домен мультимеризации включает FKBP12 и указанный мостикообразующий фактор представляет собой рапалог AP21967.
17. Клетка по п. 13, где указанный первый домен мультимеризации включает FRB, указанный второй домен мультимеризации включает FKBP12 и указанный мостикообразующий фактор представляет собой рапамицин, темсиролимус или эверолимус.
18. Клетка по п. 13, где указанный связывающий домен включает scFv.
19. Клетка по п. 13, где указанный связывающий домен включает scFv, который связывается с антигеном, выбранным из группы, состоящей из: фолатного рецептора альфа, 5T4, интегрина αvβ6, BCMA, B7-H3, B7-H6, CAIX, CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD70, CD79a, CD79b, CD123, CD138, CD171, CEA, CSPG4, EGFR, семейства EGFR, включая ErbB2 (HER2), EGFRvIII, EGP2, EGP40, EPCAM, EphA2, EpCAM, FAP, зародышевого AchR, FRα, GD2, GD3, глипикана-3 (GPC3), HLA-A1+MAGE1, HLA-A2+MAGE1, HLA-A3+MAGE1, HLA-A1+NY-ESO-1, HLA-A2+NY-ESO-1, HLA-A3+NY-ESO-1, IL-11Rα, IL-13Rα2, лямбда, антигена Льюиса Y (Ley), каппа, мезотелина, Muc1, Muc16, NCAM, лигандов NKG2D, NY-ESO-1, PRAME, PSCA, PSMA, ROR1, SSX, сурвивина, TAG72, TEM, VEGFR2 и WT-1.
20. Клетка по п. 13, где указанный связывающий домен включает scFv, который связывается с комплексом ГКГС-пептид, комплексом ГКГС I класса-пептид или комплексом ГКГС II класса-пептид.
21. Клетка по п. 13, где указанные первый и второй трансмембранные домены получены из полипептида, независимо выбранного из группы, состоящей из: CD3δ, CD3ε, CD3γ, CD3ζ, CD4, CD5, CD8α, CD9, CD 16, CD22, CD27, CD28, CD33, CD37, CD45, CD64, CD80, CD86, CD 134, CD137, CD152, CD154 и PD-1.
22. Клетка по п. 13, где указанные первый и второй трансмембранные домены получены из полипептида, независимо выбранного из группы, состоящей из: CD3δ, CD3ε, CD3γ, CD3ζ, CD4 и CD8α.
23. Клетка по п. 13, где указанный один или более костимулирующий домен получен из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: CD28, CD134 и CD137.
24. Клетка по п. 13, где указанный один или более первичный сигнальный домен получен из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: FcRγ, FcRβ, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ζ, CD22, CD79a, CD79b и CD66d.
25. Клетка по п. 13, где указанный сигнальный полипептид содержит первый домен мультимеризации из FRB T2098L, трансмембранный домен CD8, костимулирующий домен 4-1BB и первичный сигнальный домен CD3ζ; указанный связывающий полипептид содержит scFv, который связывает CD19, второй домен мультимеризации из FKBP12 и трансмембранный домен CD4; и указанный мостикообразующий фактор представляет собой рапалог AP21967.
26. Клетка по п. 13, где указанный сигнальный полипептид содержит первый домен мультимеризации из FRB, трансмембранный домен CD8, костимулирующий домен 4-1BB и первичный сигнальный домен CD3ζ; указанный связывающий полипептид содержит scFv, который связывает CD19, второй домен мультимеризации из FKBP12 и трансмембранный домен CD4; и указанный мостикообразующий фактор представляет собой рапамицин, темсиролимус или эверолимус.
27. Клетка по п. 13, где один модифицированный аллель TCRα содержит нуклеиновую кислоту, которая кодирует сигнальный полипептид, вирусный саморасщепляющийся пептид 2A и указанный связывающий полипептид.
28. Клетка по п. 3, где указанный химерный рецептор цитокина содержит: иммуносупрессорный цитокин или его вариант, связывающийся с рецептором цитокина, линкер, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен.
29. Клетка по п. 28, где указанный цитокин или его вариант, связывающийся с рецептором цитокина, выбран из группы, состоящей из: интерлейкина-4 (IL-4), интерлейкина-6 (IL-6), интерлейкина-8 (IL-8), интерлейкина-10 (IL-10) и интерлейкина-13 (IL-13).
30. Клетка по п. 28, где указанный линкер содержит домен CH2CH3 или шарнирный домен.
31. Клетка по п. 28, где указанный линкер содержит домены CH2 и CH3 из IgG1, IgG4 или IgD.
32. Клетка по п. 28, где указанный линкер содержит шарнирный домен CD8α или CD4.
33. Клетка по п. 28, где указанный трансмембранный домен получен из полипептида, выбранного из группы, состоящей из альфа- или бета-цепи T-клеточного рецептора, CD3δ, CD3ε, CD3γ, CD3ζ, CD4, CD5, CD8α, CD9, CD 16, CD22, CD27, CD28, CD33, CD37, CD45, CD64, CD80, CD86, CD 134, CD137, CD152, CD154 и PD-1.
34. Клетка по п. 28, где указанный внутриклеточный сигнальный домен выбран из группы, состоящей из: содержащего ITAM первичного сигнального домена и/или костимулирующего домена.
35. Клетка по п. 28, где указанный внутриклеточный сигнальный домен получен из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: FcRγ, FcRβ, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ζ, CD22, CD79a, CD79b и CD66d.
36. Клетка по п. 28, где указанный внутриклеточный сигнальный домен получен из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: TLR1, TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10, CARD11, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CD54 (ICAM), CD83, CD134 (OX40), CD137 (4-1BB), CD278 (ICOS), DAP10, LAT, NKD2C, SLP76, TRIM и ZAP70.
37. Клетка по п. 28, где указанный внутриклеточный сигнальный домен получен из полипептида, выбранного из группы, состоящей из: CD28, CD137, CD134 и CD3ζ.