СПОСОБЫ ИНКАПСУЛИРОВАНИЯ ОДИНОЧНЫХ КЛЕТОК, ИНКАПСУЛИРОВАННЫЕ КЛЕТКИ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Твердая подложка, включающая множество гранул, где каждая гранула содержит:
полимерную оболочку; и
одиночную клетку, расположенную внутри полимерной оболочки,
где полимерная оболочка содержит поры, которые обеспечивают диффузию реагента через полимерную оболочку с одновременным удержанием одиночной клетки.
2. Твердая подложка по п. 1, где твердая подложка представляет собой устройство с проточными ячейками, планшет с лунками, микропанель, микрофлюидный канал, предметное стекло или структурированная поверхность.
3. Твердая подложка по п. 1, где твердая подложка представляет собой устройство с проточными ячейками, включающее вкладыш с микролунками или микростолбиками в устройстве для распределения множества гранул для поддержания смежности для пространственного индексирования в устройстве с проточными ячейками.
4. Твердая подложка по п. 1, где твердая подложка представляет собой планшет с лунками, включающий множество лунок, где каждая из множеств гранул загружена в каждую лунку из множества лунок.
5. Твердая подложка по п. 1, где планшет с лунками включает от приблизительно 12 до 960 лунок.
6. Твердая подложка по п. 1, где каждая гранула имеет диаметр приблизительно от 20 мкм до приблизительно 200 мкм.
7. Твердая подложка по п. 1, где полимерная оболочка содержит ПЭГ-малеинимид/дитиоловое масло, ПЭГ-эпоксид/аминовое масло, ПЭГ-эпоксид/ПЭГ-амин, или ПЭГ-дитиол/ПЭГ-акрилат.
8. Полая гранула по п. 1, где полимерная оболочка содержит обратимый кросслинкер.
9. Полая гранула по п. 1, где обратимый кросслинкер представляет собой N,N’-бис(акрилoил)цистамин.
10. Способ анализа отдельных клеток в популяции клеток, включающий:
контактирование популяции клеток с полимером в разделительном масле для образования смеси (a);
перемешивание смеси (a) с маслом для перекрестного сшивания для образования множества гранул, каждая гранула инкапсулирует одиночную клетку, где каждая гранула содержит поры, которые обеспечивают диффузию реагента через гранулу с одновременным удержанием одиночной клетки;
контактирование множества гранул с реагентом для выполнения множества последовательных совместных анализов популяции клеток;
разделение гранул на твердой подложке; и
модификация разделенных гранул, чтобы обеспечить диффузию инкапсулированного материала из разделенных гранул.
11. Способ по п.10, где модификация разделенных гранул включает повышение температуры гранул.
12. Способ по п.11, в котором температуру повышают более чем 50°C.
13. Способ по п.10, где модификация разделенных гранул включает разрушение крослинкера гранул.
14. Способ по п.13, где разложение включает приведение гранул в контакт с восстановителем.
15. Способ по п.14, где восстановитель представляет собой дитиоэритритол (DTE), дитиотрейтол (DTT), 2-меркаптоэтанол, аминоэтантиол, глутатион, тиогликолат, 2,3-димеркаптопропанол, трис(2-карбоксиэтил)фосфин (TCEP), трис(гидроксиметил)фосфин (THP), или P-[трис(гидроксиметил)фосфин] пропионовую кислоту (THPP).
16. Способ по п.10, где модификация разделенных гранул включает воздействие на гранулы электрического поля.
17. Способ по п. 10, где множественные последовательные совместные анализы включают лизис, анализ ДНК, анализ РНК, анализ белков, тагментацию, амплификацию нуклеиновых кислот, секвенирование нуклеиновых кислот, получение библиотеки ДНК, анализ для оценки хроматина, доступного для транспозазы, с использованием секвенирования (ATAC-seq), транспозицию, сохраняющую смежность (CPT-seq), комбинаторное индексированное секвенирование одиночной клетки (SCI-seq), или амплификацию генома одиночной клетки, или любое их сочетание, проводимое последовательно.
18. Способ по п. 10, где каждая гранула имеет диаметр приблизительно от 20 мкм до приблизительно 200 мкм.
19. Способ по п. 10, где разделительное масло включает минеральное масло или фторуглеродное масло.
20. Способ по п.10, в котором смешивание включает помещение одиночной клетки, полимера, разделительного масла и масла для перекрестного сшивания в генератор капель, где необязательно генератор капель необязательно представляет собой микрофлюидный чип.