СПОСОБ КОНСТРУИРОВАНИЯ СПЕЦИФИЧНЫХ ПРОМОТОРОВ

1. Способ выбора промоторных элементов, включающий:
(а) обеспечение совокупности регуляторных элементов фактора транскрипции (TFRE), где каждый из совокупности TFRE связан с одним или более генами из совокупности генов, каждый из которых дифференциально экспрессируется в клетках или тканях конкретного типа или при конкретном состоянии; и
(1/длина)
(b) выбор элементов TFRE из совокупности TFRE, полученных на стадии (а), где каждый из выбранных TFRE (1) находится в пределах 20 тысяч оснований более чем из пятидесяти процентов от совокупности генов, определенных на стадии (а), и (2) имеет значение SYN больше, чем 0,3, где значение SYN элемента TFRE определяется как частота, где частота представляет собой частоту встречаемости этого элемента в пределах 20 тысяч оснований в любом гене из совокупности генов, и длина представляет собой длину в нуклеотидах из TFRE.
2. Способ получения объединенной промоторной кассеты, усиливающей транскрипцию, где указанный способ включает:
(а) идентификацию совокупности регуляторных элементов фактора транскрипции (TFRE), где каждый из совокупности TFRE связан с одним или более генами из совокупности генов, каждый из которых дифференциально экспрессируется в клетках или тканях конкретного типа, или при конкретном состоянии; и
(1/длина)
(b) выбор элементов TFRE из совокупности TFRE, полученных на стадии (а), где каждый из выбранных TFRE (1) находится в пределах 20 тысяч оснований более чем из пятидесяти процентов от совокупности генов, определенных на стадии (а), и (2) имеет значение SYN больше, чем 0,3, где значение SYN элемента TFRE определяется как частота, где частота представляет собой частоту встречаемости этого элемента в пределах 20 тысяч оснований в любом гене из совокупности генов, и длина представляет собой длину в нуклеотидах из TFRE;
(c) конструирование библиотеки случайно объединенных элементов путем случайного объединения элементов TFRE, выбранных на стадии (b); и
(d) вставку объединенных элементов из библиотеки в вектор с минимальным промотором и репортерным геном, в результате чего получается объединенная промоторная кассета.
3. Способ по п.2, дополнительно включающий стадию (е): вставку вектора в клетку-хозяина.
4. Способ по п.3, в котором на стадии (е) получают множество клеток-хозяев, и способ дополнительно включает стадию (f) скрининга на предмет выявления клетки-хозяина, полученной на стадии (е), которая проявляет повышенную экспрессию репортерного гена.
5. Способ по п.3 или 4, дополнительно включающий идентификацию объединенной промоторной кассеты в клетке-хозяине, полученной на стадии (е), или в клетке-хозяине, выбранной на стадии (f).
6. Способ по п.2, в котором создают библиотеку случайным образом объединенных выбранных элементов TFRE на стадии (с) путем смешивания элементов отдельных двухцепочечных ДНК-последовательностей, кодирующих, по меньшей мере, выбранные элементы TFRE вместе в условиях реакции лигирования.
7. Способ по п.2, в котором репортерный ген на стадии (d) представляет собой LacZ или GFP.
8. Способ по п.2, в котором на стадии (d) создают совокупность объединенных промоторных кассет, и указанный способ дополнительно включает выбор одной или более объединенных промоторных кассет, полученных указанным способом, где количество элементов TFRE на промотор в каждой из выбранных объединенных промоторных кассет превышает среднее количество элементов TFRE на промотор для совокупности объединенных промоторных кассет, полученных на стадии (d).
9. Способ по п.2, в котором создают совокупность объединенных промоторных кассет, полученных на стадии (d), и способ дополнительно включает стадию выбора одной или более объединенных промоторных кассет, полученных этим способом, где количество TFRE на промотор в каждой из выбранных объединенных промоторных кассет превышает 2.
10. Способ по п.1 или 2, в котором значение SYN каждого выбранного TFRE на стадии (b) превышает 0,5.
11. Способ по п.1 или 2, в котором значение SYN каждого выбранного TFRE на стадии (b) находится в диапазоне от первого до десятого по величине значения SYN среди совокупности элементов TFRE, обеспеченных на стадии (а).
12. Способ по п.1 или 2, в котором каждый из выбранных элементов TFRE на стадии (b) расположен в пределах 10 тысяч оснований или 5 тысяч оснований, предпочтительно, на участке, лежащем выше более чем из 50 процентов из совокупности генов на стадии (а), и частота представляет собой частоту встречаемости в пределах 10 тысяч оснований или 5 тысяч оснований, предпочтительно на участке, лежащем выше более чем из 50 процентов из совокупности генов.
13. Способ по п.1 или 2, в котором каждый ген из совокупности генов дифференциально экспрессируется при конкретном состоянии, которое представляет собой состояние заболевания.
14. Способ по п.13, в котором состояние болезни представляет собой рак.
15. Способ по п.1 или 2, в котором каждый ген из совокупности генов дифференциально экспрессируется при конкретном состоянии, которое представляет собой воздействие конкретного биологического агента, химического вещества или микробного патогена.
16. Способ по п.1 или 2, в котором частота встречаемости TFRE в пределах 20 тысяч оснований в любой из совокупности генов представляет собой частоту встречаемости TFRE в пределах 20 тысяч оснований в смысловой цепи любой из совокупности генов.
17. Вектор, содержащий объединенную промоторную кассету, где объединенная промоторная кассета содержит случайно комбинированные элементы, минимальный промотор и репортерный ген,
(1/длина)
где каждый из элементов обладает более чем 80% идентичностью TFRE, который находится в пределах 20 тысяч оснований более чем из пятидесяти процентов совокупности генов с выявленной дифференциальной экспрессией в клетках конкретного типа, или в тканях конкретного типа, или при конкретном состоянии, и его значение SYN превышает 0,3, где значение SYN определяют как частоту, где частота представляет собой частоту встречаемости TFRE в пределах 20 тысяч оснований из любой из совокупности генов, и длина представляет собой длину TFRE в нуклеотидах, и
где вектор представляет собой плазмиду, вирусный вектор, является транзиторно экспрессируемым или интегрированным в геном клетки-хозяина.
18. Вектор по п.17, в котором частота встречаемости TFRE в пределах 20 тысяч оснований в любом из совокупности генов представляет собой частоту встречаемости TFRE в пределах 20 тысяч оснований в смысловой цепи любого из совокупности генов.
19. Выделенный промотор для направления и/или регуляции экспрессии, содержащий:
(а) выделенную нуклеиновую кислоту, представленную в одной из SEQ ID NO:130-191, или комплемент одной из SEQ ID NO:130-191; или
(b) выделенную нуклеиновую кислоту, имеющую, по меньшей мере, 90% идентичность последовательности, представленной в одной из SEQ ID NO:130-191, или комплементу одной из SEQ ID NO:130-191; или
(c) выделенную нуклеиновую кислоту, способную к специфичной гибридизации в жестких условиях с ДНК-последовательностью, представленной в одной из SEQ ID NO:130-191, или с комплементом одной из SEQ ID NO:130-191; или
(d) выделенную нуклеиновую кислоту, как она определена в любом из подпунктов (а)-(с), которая прервана вставочной последовательностью.
20. Выделенный промотор по п.19, дополнительно содержащий минимальный промотор.
21. Выделенный промотор по п.20, где промотор имеет последовательность, представленную в одной из SEQ ID NO:5-66, или комплемент SEQ ID NO:5-66.
22. Генетическая конструкция, содержащая
(a) выделенный промотор, как он определен в любом из п.п.19-21; и
(b) последовательность гетерологичной нуклеиновой кислоты, функционально связанную с указанным выделенным промотором; и необязательно
(c) 3'-терминатор транскрипции.
23. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п.17, выделенный промотор по любому из п.п.19-21, или генетическая конструкция по п.22.
24. Способ направления и/или регуляции экспрессии нуклеиновой кислоты в клетке, включающий:
(а) функциональное связывание указанной нуклеиновой кислоты с выделенным промотором по любому из п.п.19-21, и
(b) введение в клетку полученной генетической конструкции.
25. Применение промотора по любому из п.п.19-21 для направления и/или регуляции экспрессии функционально связанной нуклеиновой кислоты.