ПРЕДСКАЗАНИЕ ИММУНОГЕННОСТИ Т-КЛЕТОЧНЫХ ЭПИТОПОВ

1. Способ предсказания иммуногенных аминокислотных модификаций, где способ включает следующие стадии:
a) определение показателя связывания модифицированного пептида с одной или несколькими молекулами МНС, и
b) определение показателя связывания немодифицированного пептида с одной или несколькими молекулами МНС,
и, необязательно,
c) определение показателя связывания модифицированного пептида, когда он присутствует в комплексе МНС-пептид, с одним или несколькими Т-клеточными рецепторами.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что модифицированный пептид содержит фрагмент модифицированного белка, при этом указанный фрагмент содержит модификацию(и), присутствующую в белке.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что немодифицированный пептид содержит аминокислоту зародышевой линии в положении(ях), соответствующем положению(ям) модификации(й) в модифицированном пептиде.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что немодифицированный пептид и модифицированный пептид являются идентичными, за исключением модификации(й).
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что немодифицированный пептид и модифицированный пептид имеют длину от 8 до 15, предпочтительно от 8 до 12 аминокислот.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что одна или несколько молекул МНС включают различные типы молекул МНС, в частности, различные аллели МНС.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что одна или несколько молекул МНС представляют собой молекулы МНС класса I или молекулы МНС класса II.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что показатель связывания с одной или несколькими молекулами МНС определен с помощью процесса, включающего сравнение последовательности с базой данных МНС-связывающихся мотивов.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что стадия а) включает определение, удовлетворяет ли указанный показатель предварительно определенной пороговой величине связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что стадия b) включает определение, удовлетворяет ли указанный показатель предварительно определенной пороговой величине связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что стадия а) и стадия b) включают определение, удовлетворяет ли указанный показатель предварительно определенной пороговой величине связывания с одной или несколькими молекулами МНС и пороговая величина, применяющаяся на стадии а), отличается от пороговой величины, применяющейся на стадии b).
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что стадия а) и стадия b) включают определение, удовлетворяет ли указанный показатель предварительно определенной пороговой величине связывания с одной или несколькими молекулами МНС, и предварительно определенная пороговая величина связывания с одной или несколькими молекулами МНС отражает вероятность связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что стадия с) включает определение показателя химического и физического сходства между немодифицированными и модифицированными аминокислотами.
14. Способ по п. 1, отличающийся тем, что стадия с) включает определение, удовлетворяет ли указанный показатель предварительно определенной пороговой величине химического и физического сходства между аминокислотами.
15. Способ по п. 1, отличающийся тем, что показатель химического и физического сходства определен на основании вероятности того, что аминокислоты являются взаимозаменяемыми в природе.
16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что чем чаще аминокислоты являются взаимозаменяемыми в природе, тем более сходными аминокислоты считаются.
17. Способ по п. 1, отличающийся тем, что химическое и физическое сходство определяют с использованием эволюционных матриц логарифмических различий (log-odds).
18. Способ по п. 1, отличающийся тем, что если немодифицированный пептид имеет показатель связывания с одной или несколькими молекулами МНС, удовлетворяющий пороговой величине, указывающей на связывание с одной или несколькими молекулами МНС, и модифицированный пептид имеет показатель связывания с одной или несколькими молекулами МНС, удовлетворяющий пороговой величине, указывающей на связывание с одной или несколькими молекулами МНС, то
модификация или модифицированный пептид предсказываются как иммуногенные, если немодифицированные и модифицированные аминокислоты имеют показатель химического и физического сходства, удовлетворяющий пороговой величине, указывающей на химическое и физическое несходство.
19. Способ по п. 1, отличающийся тем, что если немодифицированный пептид связывается с одной или несколькими молекулами МНС или имеет вероятность связывания с одной или несколькими молекулами МНС, и модифицированный пептид связывается с одной или несколькими молекулами МНС или имеет вероятность связывания с одной или несколькими молекулами МНС, то модификация или модифицированный пептид предсказываются как иммуногенные, если немодифицированные и модифицированные аминокислоты являются химически и физически несходными или имеют вероятность быть химически и физически несходными.
20. Способ по п. 18, отличающийся тем, что модификация не находится в якорном положении для связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
21. Способ по п. 19, отличающийся тем, что модификация не находится в якорном положении для связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
22. Способ по п. 1, отличающийся тем, что, если немодифицированный пептид имеет показатель связывания с одной или несколькими молекулами МНС, удовлетворяющий пороговой величине, указывающей на отсутствие связывания с одной или несколькими молекулами МНС, и модифицированный пептид имеет показатель связывания с одной или несколькими молекулами МНС, удовлетворяющий пороговой величине, указывающей на связывание с одной или несколькими молекулами МНС, то модификация или модифицированный пептид предсказываются как иммуногенные.
23. Способ по п. 1, отличающийся тем, что, если немодифицированный пептид не связывается с одной или несколькими молекулами МНС или имеет вероятность не связываться с одной или несколькими молекулами МНС, и модифицированный пептид связывается с одной или несколькими молекулами МНС или имеет вероятность связывания с одной или несколькими молекулами МНС, то модификация или модифицированный пептид предсказываются как иммуногенные.
24. Способ по п. 22, отличающийся тем, что модификация находится в якорном положении для связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
25. Способ по п. 23, отличающийся тем, что модификация находится в якорном положении для связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
26. Способ по п. 1, который включает выполнение стадии а) на двух или
более различных модифицированных пептидах, при этом указанные два или более различных модифицированных пептидов содержат одинаковую модификацию(и).
27. Способ по п. 26, отличающийся тем, что два или более различных модифицированных пептидов содержат одинаковую модификацию(и), содержащую различные фрагменты модифицированного белка, при этом различные фрагменты содержат одинаковую модификацию(и), присутствующую в белке.
28. Способ по п. 26, отличающийся тем, что два или более различных модифицированных пептида, содержащие одинаковую модификацию(и), содержат все потенциальные фрагменты модифицированного белка, связывающиеся с МНС, при этом указанные фрагменты содержат одинаковую модификацию(и), присутствующую в белке.
29. Способ по п. 26, дополнительно включающий отбор модифицированного пептида(ов) из двух или более различных модифицированных пептидов, содержащих одинаковую модификацию(и), обладающих вероятностью или обладающих высокой вероятностью связывания с одной или несколькими молекулами МНС.
30. Способ по п. 26, отличающийся тем, что два или более различных модифицированных пептидов, содержащих одинаковую модификацию(и), отличаются по длине и/или положению модификации(й).
31. Способ по п. 1, который включает выполнение стадии а) и необязательно одну или обе из стадий b) и с) на двух или более различных модифицированных пептидах.
32. Способ по п. 31, отличающийся тем, что указанные два или более различных модифицированных пептидов содержат одинаковую модификацию(и) и/или содержат различные модификации.
33. Способ по п. 32, отличающийся тем, что различные модификации присутствуют в одинаковых и/или различных белках.
34. Способ по п. 26, который включает сравнение показателей двух или более указанных различных модифицированных пептидов.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что взвешенный показатель связывания модифицированного пептида с одной или несколькими молекулами МНС является более высоким, чем показатель связывания модифицированного пептида, в случае его присутствия в комплексе МНС-пептид, с одним или несколькими Т-клеточными рецепторами, предпочтительно показатель химического и физического сходства между немодифицированными и модифицированными аминокислотами, и
показатель связывания модифицированного пептида, в случае его присутствия в комплексе МНС-пептид, с одним или несколькими Т-клеточными рецепторами, предпочтительно взвешенный показатель химического или физического сходства между немодифицированными и модифицированными аминокислотами является более высоким, чем показатель связывания немодифицированного пептида с одной или несколькими молекулами МНС.
36. Способ по п. 1, дополнительно включающий идентификацию несинонимичных мутаций в одной или нескольких кодирующих белок областях.
37. Способ по п. 1, отличающийся тем, что модификации идентифицированы путем частичного или полного секвенирования генома или транскриптома одной или нескольких клеток, таких как одна или несколько раковых клеток, и необязательно одной или нескольких нераковых клеток, и идентификации мутаций в одной или нескольких кодирующих белок областях.
38. Способ по п. 36, отличающийся тем, что указанные мутации представляют собой соматические мутации.
39. Способ по п. 36, отличающийся тем, что указанные мутации представляют собой раковые мутации.
40. Способ по любому из пп. 1-39, который применяют для изготовления вакцины.
41. Способ по п. 40, отличающийся тем, что вакцина получена из модификации(й) или модифицированного пептида(ов), предсказанного как иммуногенный с помощью указанного способа.
42. Способ обеспечения вакцины, включающий следующую стадию:
идентификация модификации(й) или модифицированного пептида(ов), предсказанного как иммуногенный, с помощью способа по любому из пп. 1-39.
43. Способ по п. 42, дополнительно включающий следующую стадию:
обеспечение вакцины, содержащей пептид или полипептид, содержащий модификацию(и) или модифицированный пептид(ы), предсказанный как иммуногенный, или нуклеиновую кислоту, кодирующую пептид или полипептид.
44. Вакцина, полученная в соответствии со способом по любому из пп. 40-43.