ЭНДОФИТЫ СЕМЯН ПО СОРТАМ И ВИДАМ, АССОЦИРОВАННЫЕ КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ИХ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ

1. Способ улучшения сельскохозяйственного признака у сельскохозяйственного растения, включающий:
а. обеспечение сельскохозяйственного растения, семени или их ткани,
б. приведение в контакт указанного растения, семени или их ткани с составом, содержащим эндофит, который является общим по меньшей мере для двух типов растений-доноров, которые присутствуют в составе в количестве, эффективном для колонизации растения, и
с. выращивание растения в условиях, которые позволяют эндофиту улучшить свойство растения.
2. Способ улучшения сельскохозяйственного признака у сельскохозяйственного растения, включающий:
а. обеспечение современного сельскохозяйственного растения, семени или их ткани,
б. контактирование указанного растения, семени или их ткани с составом, содержащим эндофит, полученный из растения родоначальника, в количестве, эффективном для колонизации растения, и
с. обеспечение возможности для растения расти в условиях, которые позволяют эндофиту колонизировать растение.
3. Способ получения семени, содержащего популяцию эндофитов, включающий нанесение на внешнюю поверхность семян состава, содержащего популяцию эндофитов, состоящую в основном из эндофита, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК по меньшей мере на 95% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
4. Способ обработки проростков, включающий:
а) приведение в контакт листьев или ризосферы множества проростков сельскохозяйственных растений с составом семян, содержащим популяцию эндофита, состоящую в основном из эндофита, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК, по меньшей мере на 95% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455; и
б) выращивание приведенных в контакт проростков.
5. Способ модуляции растительного признака, включающий нанесение на растительность или область, прилегающую к растительности, семенам, состава, содержащего популяцию эндофитов, состоящую в основном из эндофита, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК по меньшей мере на 95% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, где состав способен обеспечить преимущество для растительности или урожая, полученного из растительности.
6. Способ модуляции растительного признака, включающий нанесение состава на почву, семена, причем состав содержит эндофитную популяцию, состоящую в основном из эндофита, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК по меньшей мере на 95% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NOs: 1-455, где состав способен обеспечить преимущество для семян, посаженных в почву, или урожай, полученный из растений, выращенных в почве.
7. Способ по п. 1 или 2, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК по меньшей мере на 95% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
8. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит способен выполнять функцию или активность, выбранную из группы, состоящей из продуцирования ауксина, фиксации азота, продуцирования антимикробного соединения, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования сидерофора, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы и продуцирования ацетоина.
9. Способ по п. 8, где эндофит проявляет по меньшей мере два из: производства ауксина, фиксации азота, продуцирования противомикробного соединения, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования сидерофора, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы и продуцирования ацетоина.
10. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит способен метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
11. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит способен метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
12. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит присутствует в концентрации по меньшей мере 102 КОЕ или спор на семя на поверхности семян после контактирования.
13. Способ по любому из пп. 1-6, где нанесение или приведение в контакт включает в себя распыление, погружение, нанесение покрытия, инкапсулирование или опудривание семян или проростков составом.
14. Способ по любому из пп. 1-6, где преимущество или сельскохозяйственный признак выбран из группы, состоящей из: увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной устойчивости к высоким температурам, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме, относительно исходных семян или сельскохозяйственных растений, полученных из эталонных семян.
15. Способ по любому из пп. 1-6, где преимущество или сельскохозяйственный признак выбран из группы, состоящей из: увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной устойчивости к высоким температурам, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме, относительно исходных семян или сельскохозяйственных растений, полученных из эталонных семян.
16. Способ по п. 14 или 15, где преимущество заключается в увеличении толерантности к стрессу, вызванному низким содержанием азота, или повышению эффективности использования азота, а эндофит не является диазотрофом.
17. Способ по любому из пп. 1-6, где состав содержит, по меньшей мере, один элемент, выбранный из группы, состоящей из совместимого сельскохозяйственного носителя, средства для повышения клейкости, микробного стабилизатора, фунгицида, антибактериального агента, гербицида, нематоцида, инсектицида, регулятора роста растений, родентицида и питательных веществ.
18. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, причем эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для колонизации зрелого сельскохозяйственного растения.
19. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, причем эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для колонизации зрелого сельскохозяйственного растения.
20. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 99,5% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, причем эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для колонизации зрелого сельскохозяйственного растения.
21. Способ по любому из пп. 1-6, где растение, семена или их ткань приводят в контакт с по меньшей мере 10 КОЕ или спор, по меньшей мере 100 КОЕ или спор, по меньшей мере 300 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000 КОЕ или спор, по меньшей мере 3000 КОЕ или спор, по меньшей мере, 10000 КОЕ или спор, по меньшей мере 30000 КОЕ или спор, по меньшей мере 100000 КОЕ или спор, по меньшей мере 300000 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000000 КОЕ или спор или более эндофита.
22. Способ по п. 1, где два растения-донора относятся к одному и тому же семейству.
23. Способ по п. 1, где два растения-донора относятся к одному и тому же роду.
24. Способ по п. 1, где два растения-донора относятся к одному и тому же виду.
25. Способ по п. 1, где ткань сельскохозяйственного растения представляет собой семя.
26. Способ по п. 25, где популяция расположена на поверхности семя.
27. Способ по любому из пп. 1-6, где композиция содержит по меньшей мере два эндофита, содержащих последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична, по меньшей мере на 98% идентична, по меньшей мере на 99% идентична, по меньшей мере на 99,5% идентична или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, причем по меньшей мере два эндофита присутствуют в композиции в количестве, эффективном для колонизации зрелого сельскохозяйственного растения.
28. Способ по п. 27, в котором состав содержит по меньшей мере два эндофита, представленных в таблице 1, таблице 2, таблице 7 и таблице 8.
29. Способ по любому из пп. 1-6, где растение представляет собой однодольное растение.
30. Способ по п. 29, где однодольное растение выбрано из группы, состоящей из кукурузы, пшеницы, ячменя и риса.
31. Способ по любому из пп. 1-6, где растение представляет собой двудольное растение.
32. Способ по п. 31, где двудольное растение выбрано из группы, состоящей из сои, арахиса, канолы, хлопка, рапса (Brassica Napus), капусты, салата, дыни, клубники, репы, арбуза, томата и перца.
33. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для обнаружения в ткани-мишени сельскохозяйственного растения, выбранной из плода, семени, листа, корней или их части.
34. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит обнаруживают в количестве по меньшей мере 10 КОЕ или спор, по меньшей мере 100 КОЕ или спор, по меньшей мере 300 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000 КОЕ или спор, по меньшей мере, 3000 КОЕ или спор, по меньшей мере 10000 КОЕ или спор, по меньшей мере 30000 КОЕ или спор, по меньшей мере 100000 КОЕ или спор, по меньшей мере 300000 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000000 КОЕ или спор или более в ткани-мишени.
35. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для увеличения биомассы и/или урожайности плодов или семян, производимых растением, по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с плодами или семенами эталонного сельскохозяйственного растения.
36. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для заметного увеличения биомассы растения или его ткани.
37. Способ по п. 35, где биомасса растения или его ткань заметно увеличена по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, По меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с эталонным сельскохозяйственным растением.
38. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для заметного увеличения скорости прорастания семян.
39. Способ по п. 38, где скорость проращивания семян увеличивается по меньшей мере на 0,5%, по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с эталонным сельскохозяйственным растением.
40. Способ по любому из пп. 1-6, где эндофит присутствует в составе в количестве, эффективном для того, чтобы обнаруживать индуцирование продуцирования ауксина в растении.
41. Способ по п. 40, где продукция ауксина в растении увеличивается по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с эталонным сельскохозяйственным растением.
42. Сельскохозяйственное растение или его часть, содержащие состав, содержащий эндофит, который является общим по меньшей мере для двух типов растений-доноров, который расположен на внешней поверхности растения или его части, или внутри растения или его части, в количестве, эффективном для колонизации растения, и в количестве, эффективном для обеспечения преимущества для современного сельскохозяйственного растения.
43. Растение по п. 42, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
44. Растение по п. 43, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
45. Растение по п. 43, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 99,5% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
46. Растение по п. 42, где эндофит способен выполнять функцию или активность, выбранную из группы, состоящей из продуцирования ауксина, фиксации азота, получения противомикробного соединения, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования сидерофора, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы и продуцирования ацетоина.
47. Растение по п. 42, где эндофит проявляет по меньшей мере два из: продуцирования ауксина, фиксации азота, продуцирования противомикробного соединения, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования сидерофора, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы и продуцирования ацетоина.
48. Растение по п. 42, где эндофит способен метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
49. Растение по п. 42, где эндофит способен метаболизировать по меньшей мере два субстрата, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
50. Растение по п. 42, где состав размещают на внешней поверхности растения или его части или внутри растения или его части, путем распыления, погружения, нанесения покрытия, инкапсуляции или напыления растения или части его ткани составом.
51. Растение по п. 42, дополнительно содержащее состав, который содержит, по меньшей мере, один элемент, выбранный из группы, состоящей из совместимого сельскохозяйственного носителя, средства для повышения клейкости, микробного стабилизатора, фунгицида, антибактериального агента, гербицида, нематоцида, инсектицида, регулятора роста растений, родентицида и питательного вещества.
52. Растение по п. 42, где преимущество выбрано из группы, состоящей из увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной толерантности к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышения эффективности использования азота, увеличеной общей биомассы, увеличения урожайности, увеличения скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышения устойчивости к высоким температурам, повышения устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышения устойчивости к грибному патогену, повышения устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, повышенной устойчивости к поеданию травоядными, обнаруживаемой модуляции уровня метаболита, обнаруживаемой модуляции в протеоме и обнаруживаемой модуляции в транскриптоме относительно эталонного сельскохозяйственного растения.
53. Растение по п. 42, где преимущество выбрано из группы, состоящей из увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной толерантности к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышения эффективности использования азота, увеличеной общей биомассы, увеличения урожайности, увеличения скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышения устойчивости к высоким температурам, повышения устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышения устойчивости к грибному патогену, повышения устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, повышенной устойчивости к поеданию травоядными, обнаруживаемой модуляции уровня метаболита, обнаруживаемой модуляции в протеоме и обнаруживаемой модуляции в транскриптоме относительно эталонного сельскохозяйственного растения.
54. Растение по п. 52 или 53, в котором преимущество представляет собой увеличение толерантности к стрессу, вызванному низким содержанием азота, или повышение эффективности использования азота, а эндофит не является диазотрофом.
55. Растение по п. 42, где растение или часть его ткани приводят в контакт с по меньшей мере 10 КОЕ или спор, по меньшей мере 100 КОЕ или спор, по меньшей мере 300 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000 КОЕ или спор, по меньшей мере 3000 КОЕ или спор, по меньшей мере 10000 КОЕ или спор, по меньшей мере 30000 КОЕ или спор, по меньшей мере 100000 КОЕ или спор, по меньшей мере 300000 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000000 КОЕ или спор или более эндофита.
56. Растение по п. 42, где ткань сельскохозяйственного растения представляет собой семя.
57. Растение по п. 56, где эндофит расположен на поверхности семени.
58. Растение по п. 42, содержащее по меньшей мере два эндофита, содержащих последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична, по меньшей мере на 98% идентична, по меньшей мере на 99% идентична, по меньшей мере на 99,5% идентична или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455 в количестве, эффективном для колонизации зрелого сельскохозяйственного растения.
59. Растение по п. 42, где два эндофита выбраны из групп, раскрытых в таблице 1, таблице 2, таблице 7 и таблице 8.
60. Растение по п. 42, которое представляет собой однодольное растение.
61. Растение по п. 60, где однодольное растение выбрано из группы, состоящей из кукурузы, пшеницы, ячменя и риса.
62. Растение по п. 42, которое представляет собой двудольное растение.
63. Растение по п. 62, где двудольное растение выбрано из группы, состоящей из сои, канолы, хлопка, рапса (Brassica Napus), томата и перца.
64. Растение по п. 42, где эндофит расположен в количестве, эффективном для обнаружения в ткани-мишени зрелой ткани-мишени зрелого сельскохозяйственного растения, выбранной из плода, семени, листьев, корней или их части.
65. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для увеличения скорости прорастания семени.
66. Растение по п. 65, где скорость прорастания семян увеличивается по меньшей мере на 0,5%, по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с эталонным сельскохозяйственным растением.
67. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для обнаружения в ткани-мишени зрелого растения.
68. Растение по п. 67, где ткань-мишень выбрана из группы, состоящей из корня, побега, листа, цветка, фрукта и семени.
69. Растение по п. 42, где популяция обнаруживается в количестве по меньшей мере 10 КОЕ или спор, по меньшей мере 100 КОЕ или спор, по меньшей мере 300 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000 КОЕ или спор, по меньшей мере 3000 КОЕ или спор, по меньшей мере 10000 КОЕ или спор, по меньшей мере 30000 КОЕ или спор, по меньшей мере 100000 КОЕ или спор, по меньшей мере 300000 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000000 КОЕ или спор или более в растении или его ткани-мишени.
70. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для обнаружения в ризосфере, окружающей растение.
71. Растение по п. 70, где популяция обнаруживается в количестве по меньшей мере 10 КОЕ или спор, по меньшей мере 100 КОЕ или спор, по меньшей мере 300 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000 КОЕ или спор, по меньшей мере 3000 КОЕ или спор, по меньшей мере 10000 КОЕ или спор, по меньшей мере 30000 КОЕ или спор, по меньшей мере 100000 КОЕ или спор, по меньшей мере 300000 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000000 КОЕ или спор или более в ризосфере, окружающей растение.
72. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для заметного увеличения биомассы растения.
73. Растение по п. 72, где биомасса растения или его ткани заметно увеличивается по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с эталонным сельскохозяйственным растением.
74. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для заметного увеличения биомассы плода или семени растения.
75. Растение по п. 74, где биомасса фруктов или семян растения заметно увеличена по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с плодами или семенами эталонного сельскохозяйственного растения.
76. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для увеличения высоты растения.
77. Растение по п. 76, где высота растения увеличивается по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с высотой эталонного сельскохозяйственного растения.
78. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для увеличения продуцирования ауксина в растении.
79. Растение по п. 78, где продуцирование ауксина растения увеличивается по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с продуцированием ауксина эталонного сельскохозяйственного растения.
80. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для увеличения продуцирования ацетоина в растении.
81. Растение по п. 80, где продуцирование ацетоина растения увеличивается по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с продуцированием ацетоина эталонного сельскохозяйственного растения.
82. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для увеличения продуцирования сидерофора в растении.
83. Растение по п. 82, где продуцирование сидерофора растения увеличивается по меньшей мере на 1%, по меньшей мере на 2%, по меньшей мере на 3%, по меньшей мере на 5%, по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 15%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 100% или более, по сравнению с продуцированием сидерофора эталонного сельскохозяйственного растения.
84. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для повышения устойчивости к одному или более стрессовым условиям, выбранным из группы, состоящей из стресса, вызванного засухой, теплового стресса, холодового стресса, солевого стресса и стресса, вызванного низким содержанием минералов.
85. Растение по п. 42, где популяция размещена в количестве, эффективном для повышения устойчивости к одному или более условиям биотического стресса, выбранным из группы, состоящей из стресса, вызванного нематодами, стресса, вызванного травоядным насекомым, стресса, вызванного грибным патогеном, стресса, вызванного бактериальным патогеном, и стресса, вызванного вирусным патогеном.
86. Мешок, содержащий по меньшей мере 1000 семян растения по п. 56, где указанный мешок дополнительно содержит этикетку, описывающую указанные семена и/или указанную популяцию.
87. Сельскохозяйственный состав, содержащий эндофит, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична, по меньшей мере на 98% идентична, по меньшей мере на 99% идентична, по меньшей мере на 99,5% идентична или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, который присутствует в количестве, эффективном для колонизации зрелого сельскохозяйственного растения, причем композиция дополнительно содержит, по меньшей мере, один элемент, выбранный из группы, состоящей из совместимого сельскохозяйственного носителя, средства для повышения клейкости, микробного стабилизатора, фунгицида, антибактериального агента, гербицида, нематоцида, инсектицида, регулятора роста растений, родентицида и питательных веществ.
88. Состав по п. 87, где сельскохозяйственное растение представляет собой однодольное растение.
89. Состав по п. 88, где сельскохозяйственное растение выбрано из группы, состоящей из кукурузы, ячменя, риса и пшеницы.
90. Состав по п. 87, где сельскохозяйственное растение представляет собой двудольное растение.
91. Состав по п. 90, где сельскохозяйственное растение выбрано из группы, состоящей из сои, канолы, хлопка, рапса (Brassica Napus), томата, кабачков, огурца, перца, арахиса, подсолнечника и сахарной свеклы.
92. Состав по п. 87, где популяция состоит по существу из эндофита, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
93. Состав по п. 87, где популяция состоит по существу из эндофита, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 99,5% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
94. Состав по п. 87, содержащий по меньшей мере два разных эндофита, каждый содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична, по меньшей мере на 98% идентична, по меньшей мере на 99% идентична, по меньшей мере на 99,5% идентична или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455.
95. Состав по п. 87, где каждый из двух разных эндофитов содержит последовательность нуклеиновой кислоты, раскрытую в таблице 1, таблице 2, таблице 7 и таблице 8.
96. Состав по п. 87, где по меньшей мере 1%, по меньшей мере 5%, по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90% или по меньшей мере 95% или более популяции находятся в форме спор.
97. Состав по п. 87, где эндофиты были адаптированы для культивирования в среде роста.
98. Состав по п. 87, где препарат является по существу стабильным при температурах между около 0°С и около 50°С в течение по меньшей мере трех дней.
99. Состав по п. 98, где препарат является по существу стабильным при температурах между около 4°С и около 37°С в течение по меньшей мере тридцати дней.
100. Состав по п. 87, разработанный для обеспечения популяции растений, которая демонстрирует, по существу, гомогенную скорость роста при введении в сельскохозяйственное производство.
101. Способ изготовления растения по п. 42, включающий обеспечение современного сельскохозяйственного растения и нанесение на растение композиции, содержащей эндофит, содержащий эндофитный микроорганизм, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 97% идентична, по меньшей мере на 98% идентична, по меньшей мере на 99% идентична, по меньшей мере на 99,5% идентична или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, который присутствует в количестве, эффективном для колонизации растения.
102. Товарный растительный продукт, содержащий растение по п. 42, или его сегмент или часть.
103. Товарный растительный продукт по п. 102, где продукт представляет собой зерно, муку, крахмал, сироп, муку крупного помола, масло, пленку, упаковку, нутрицевтический продукт, целлюлозу, корм для животных, корм для рыб, сыпучий материал для промышленных химических веществ, продукт из зерновых культур, обработанный продукт для питания людей, сахар или спирт и белок.
104. Способ производства товарного растительного продукта, включающий:
а. получение растения или растительной ткани из растения по п. 42 или потомства или его производного, и
б. получение растительного товарного продукта из него.
105. Синтетическая комбинация, содержащая очищенную микробную популяцию в сочетании со множеством семян или проростков сельскохозяйственного растения, причем очищенная микробная популяция содержит первый эндофит, где первый эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК по меньшей мере на 97% идентичной последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, и причем первый эндофит присутствует в синтетической комбинации в количестве, эффективном для обеспечения преимущества семян или проростков или растений, полученных из семян или проростков.
106. Синтетическая комбинация по п. 105, где первый эндофит способен к по меньшей мере одному из: продуцирования ауксина, фиксации азота, продуцированию противомикробного препарата, продуцирования сидерофора, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы и продуцирования ацетоина или комбинации двух или более из них.
107. Синтетическая комбинация по п. 105, где первый эндофит способен метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
108. Синтетическая комбинация, содержащая по меньшей мере два эндофита, связанных с семенем, причем по меньшей мере первый эндофит является гетерологичным к семенам, и причем первый эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК, по меньшей мере на 97%, идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-455, причем эндофиты присутствуют в составе в количестве, эффективном для обеспечения преимущества семян или проростков или растений, полученных из семян или проростков.
109. Синтетическая комбинация по п. 108, где первый эндофит способен метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
110. Синтетическая комбинация по п. 108 или 109, где оба эндофита являются гетерологичными для семян.
111. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-110, где синтетическая комбинация расположена внутри упаковочного материала, выбранного из мешка, коробки, ящика, конверта, коробки или контейнера.
112. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-110, содержащая 1000 семян весового количества семян, причем упаковочный материал необязательно содержит осушитель, и причем синтетическая комбинация необязательно содержит противогрибковый агент.
113. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-110, где первый эндофит локализуется на поверхности семян или проростков.
114. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-110, где первый эндофит получают из видов растений, отличных от семян или проростков синтетической комбинации.
115. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-110, где первый эндофит получают из сорта растения, отличного от сорта семян или проростков синтетической комбинации.
116. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-110, где первый эндофит получен из сорта растения, который является таким же, как и сорт семян или проростков синтетической комбинации.
117. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-107, где популяция микроорганизмов дополнительно содержит второй эндофит.
118. Синтетическая комбинация по п. 117, где популяция микроорганизмов дополнительно содержит второй микробный эндофит, имеющий последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК или ITS рРНК, которая менее чем на 95% идентична последовательности первого микробного эндофита.
119. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где первый эндофит представляет собой бактериальный эндофит.
120. Синтетическая комбинация по любому из пп. 108-109, где второй эндофит представляет собой бактериальный эндофит.
121. Синтетическая комбинация по любому из пп. 108-109, где второй эндофит представляет собой грибной эндофит.
122. Синтетическая комбинация по любому из пп. 108-109, где первый эндофит представляет собой грибной эндофит.
123. Синтетическая комбинация по п. 122, где второй эндофит представляет собой грибной эндофит.
124. Синтетическая комбинация по п. 122, где второй эндофит представляет собой бактериальный эндофит.
125. Синтетическая комбинация по п. 105, где популяция микроорганизмов дополнительно содержит второй эндофит, и причем первый и второй эндофиты независимо способны по меньшей мере к одному из продуцирования ауксина, фиксации азота, продуцирования противомикробного препарата, продуцирования сидерофора, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы или продуцирования ацетоина или комбинации двух или более из них.
126. Синтетическая комбинация по п. 105, где первый и второй эндофиты независимо способны по меньшей мере к одному из продуцирования ауксина, фиксации азота, продуцирования противомикробного препарата, продуцирования сидерофора, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы или продуцирования ацетоина или комбинации двух или более из них.
127. Синтетическая комбинация по п. 105, где микробная популяция дополнительно содержит второй эндофит, причем первый и второй эндофиты независимо способны метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: а-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы или комбинации двух или более из них.
128. Синтетическая комбинация по п. 108, где первый и второй эндофиты независимо способны метаболизировать по меньшей мере один субстрат, выбранный из группы, состоящей из: a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы или комбинации двух или более из них.
129. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где первый эндофит способен по меньшей мере к двум из продукции ауксина, фиксации азота, получения противомикробного соединения, солюбилизации минерального фосфата, продукции сидерофора, продукции целлюлазы, продукции хитиназы, продукции ксиланазы и продукции ацетоина.
130. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где первый эндофит способен метаболизировать по меньшей мере два субстрата, выбранных из группы, состоящей из: а-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
131. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где преимущество выбрано из группы, состоящей из: увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной устойчивости к высоким температурам, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме, относительно исходных семян или сельскохозяйственных растений, полученных из эталонных семян.
132. Синтетическая комбинация по п. 131, где преимущество состоит из по меньшей мере двух преимуществ, выбранных из группы, состоящей из: увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной термостойкости, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме, относительно исходных семян или сельскохозяйственных растений, полученных из эталонных семян.
133. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где комбинация содержит семена, а первый эндофит связан с семенами в качестве покрытия на поверхности семян.
134. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где комбинация содержит проростки, а первый эндофит контактирует с проростками в качестве спрея, нанесенного на один или более листок и/или один или более корень проростков.
135. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где синтетическая комбинация дополнительно содержит один или более дополнительных видов эндофитов.
136. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где эффективное количество составляет по меньшей мере 1×102 КОЕ или спор/на семя.
137. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где эффективное количество составляет по меньшей мере 1×103 КОЕ или спор/на семя.
138. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где комбинация содержит семена, а эффективное количество составляет от около 1×102 КОЕ или спор/на семя до около 1×108 КОЕ или спор/на семя.
139. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где указанное семя представляет собой семя сельскохозяйственного растения.
140. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где первые эндофиты присутствуют в количестве по меньшей мере 10 КОЕ или спор, по меньшей мере 100 КОЕ или спор, по меньшей мере 300 КОЕ или спор, по меньшей мере 1000 КОЕ или спор, по меньшей мере 3000 КОЕ или спор, по меньшей мере 10000 КОЕ или спор, по меньшей мере 30000 КОЕ или спор, по меньшей мере 100000 КОЕ или спор, по меньшей мере 300000 КОЕ или спор, или по меньшей мере 1000000 КОЕ спор на семя.
141. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, дополнительно содержащая одно или более из следующих веществ: стабилизатор или консервант, или носитель, или поверхностно-активное вещество, антикомплексный агент или любую их комбинацию.
142. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, дополнительно содержащая одно или более из следующих веществ: фунгицид, нематоцид, бактерицид, инсектицид и гербицид.
143. Синтетическая комбинация по любому из пп. 105-109, где указанное семя представляет собой трансгенное семя.
144. Множество синтетических комбинаций по любому из пп. 105-109, помещенных в среду, которая способствует росту растений, причем указанная среда выбрана из группы, состоящей из почвы, гидропонного аппарата и искусственной среды роста.
145. Множество синтетических комбинаций по любому из пп. 105-109, где синтетические комбинации являются устойчивыми к хранению.
146. Растение, выращенное из синтетической комбинации по любому из пп. 105-109, причем указанное растение обладает улучшенным фенотипом агрономического интереса, выбранным из группы, состоящей из увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной устойчивости к высоким температурам, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме.
147. Способ получения сельскохозяйственной композиции семян, включающий приведение в контакт поверхности множества семян с составом, содержащим очищенную микробную популяцию, которая содержит по меньшей мере два эндофита, которые являются гетерологичными по отношению к семени, причем первый эндофит способен метаболизировать по меньшей мере одно из a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы, причем эндофиты присутствуют в составе в количестве, способном модулировать признак агрономической важности по сравнению с изолиниями растений, выращенными из семян, не контактировавших с указанным составом.
148. Способ получения сельскохозяйственной композиции семян, включающий приведение в контакт поверхности множества семян с составом, содержащим очищенную микробную популяцию, которая содержит по меньшей мере два эндофита, которые являются гетерологичными по отношению к семени, причем первый эндофит способен к по меньшей мере одной функции или активности, выбранных из группы, состоящей из продуцирования ауксина, фиксации азота, продуцирования противомикробного соединения, солюбилизации минерального фосфата, продуцирования сидерофора, продуцирования целлюлазы, продуцирования хитиназы, продуцирования ксиланазы и продуцирования ацетоина, причем эндофиты присутствуют в составе в количестве, способном модулировать признак агрономического значения по сравнению с изолиниями растений, выращенными из семян, не контактирующих с указанным составом.
149. Способ улучшения фенотипа множества растений-хозяев во время состояний ограничения водой, выращенных из множества семян, включающий обработку семян составом, содержащим по меньшей мере два эндофита, которые являются гетерологичными по отношению к семенам, причем первый эндофит способен метаболизировать по меньшей мере одно из a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы, указанное улучшение фенотипа, выбранно из группы, состоящей из: увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной устойчивости к высоким температурам, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме.
150. Способ по любому из пп. 147-149, где первый эндофит представляет собой бактериальный эндофит.
151. Способ по п. 150, где второй эндофит представляет собой бактериальный эндофит.
152. Способ по п. 150, где второй эндофит представляет собой грибной эндофит.
153. Способ по любому из пп. 147-149, где первый эндофит представляет собой грибной эндофит.
154. Способ по п. 153, где второй эндофит представляет собой грибной эндофит.
155. Способ по п. 153, где второй эндофит представляет собой бактериальный эндофит.
156. Способ по любому из пп. 147-149, где первый эндофит способен метаболизировать по меньшей мере два из a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
157. Способ по любому из пп. 147-149, где второй эндофит способен метаболизировать по меньшей мере два из a-D-глюкозы, арабинозы, арбутина, b-метил-D-галактозида, b-метил-D-глюкозида, D-аланина, D-арабитола, D-аспарагиновой кислоты, D-целлобиозы, декстрина, D-фруктозы, D-галактозы, D-глюконовой кислоты, D-глюкозамина, дигидроксиацетона, DL-яблочной кислоты, D-маннита, D-маннозы, D-мелецитозы, D-мелибиозы, D-раффинозы, D-рибозы, D-серина, D-треонина, D-трегалозы, D-ксилозы, g-амино-N-масляной кислоты, g-циклодекстрина, желатина, гентиобиозы, гликогена, глицил-L-аспартовой кислоты, глицил-L-глутаминовой кислоты, глицил-L-пролина, глиоксиловой кислоты, i-эритритола, инозина, L-аланина, L-аланилглицина, L-арабинозы, L-аспарагина, L-аспарагиновой кислоты, L-галактоновой кислоты-г-лактона, L-глутаминовой кислоты, L-глутамина, L-гистидина, L-пролина, L-рамнозы, L-серина, L-треонина, мальтита, мальтозы, мальтотриозы, маннозы, N-ацетил-D-глюкозамина, щавелевой кислоты, палатинозы, пектина, пролина, салицина, стахиозы, сахарозы, трегалозы, туранозы, тирамина, уридина и ксилозы.
158. Способ по любому из пп. 147-149, где состав содержит очищенную микробную популяцию в концентрации по меньшей мере около 1×102 КОЕ/мл или спор/мл в жидком составе или около 1×102 КОЕ/мл или спор/мл в нежидком составе.
159. Способ по п. 147 или 148, где указанный признак агрономической важности выбран из группы, состоящей из увеличенной корневой биомассы, увеличенной длины корней, увеличенной высоты, увеличенной длины побега, увеличенного количества листьев, повышения эффективности использования воды, повышенной устойчивости к стрессу, вызванному низким содержанием азота, повышению эффективности использования азота, увеличенной общей биомассы, повышенной урожайности зерна, повышенной скорости фотосинтеза, повышенной устойчивости к засухе, повышенной устойчивости к высоким температурам, повышенной устойчивости к соли, повышенной устойчивости к нематодному стрессу, повышенной устойчивости к грибному патогену, повышенной устойчивости к бактериальному патогену, повышенной устойчивости к вирусному патогену, обнаруживаемой модуляции в уровне метаболита, обнаруживаемой модуляции в транскриптоме и обнаруживаемой модуляции в протеоме.
160. Способ по любому из пп. 147-149, где по меньшей мере один из эндофитов способен локализоваться в растительном элементе растения, выращенного из указанного семени, причем указанный растительный элемент выбран из группы, состоящей из целого растения, проростка, меристематической ткани, паренхимной ткани, сосудистой ткани, эпидермальной ткани, семян, листка, корня, побега, стебля, цветка, плода, столона, луковицы, клубня, клубнелуковицы, потомки, полученные путем бесполого размножения (keikis), и почки.
161. Способ по любому из пп. 147-149, где по меньшей мере один из эндофитов способен колонизировать растительный элемент растения, выращенный из указанного семени, причем указанный растительный элемент выбран из группы, состоящей из целого растения, проростка, меристематической ткани, паренхимной ткани, сосудистой ткани, эпидермальной ткани, семян, листка, корня, побега, стебля, цветка, плода, столона, луковицы, клубня, клубнелуковицы, потомков, полученных путем бесполого размножения (keikis), и почки.
162. Способ по любому из пп. 147-149, где указанный состав дополнительно содержит один или более из следующих веществ: стабилизатор или консервант, или носитель, или поверхностно-активное вещество, или антикомплексный агент, или любую их комбинацию.
163. Способ по любому из пп. 147-149, где указанный состав дополнительно содержит одно или более из следующих веществ: фунгицид, нематоцид, бактерицид, инсектицид и гербицид.
164. Способ по любому из пп. 147-149, где указанное семя представляет собой трансгенное семя.
165. Растение, полученное из сельскохозяйственного препарата семян по п. 147 или 148, где указанное растение содержит в по меньшей мере одном из его растительных элементов указанные эндофиты.
166. Потомство растения по п. 165, где указанное потомство содержит в по меньшей мере одном из его растительных элементов указанные эндофиты.
167. Способ по любому из пп. 1-41, 101 или 147-164, где эндофит экспрессирует один или более генов, кодирующих белок, аминокислотная последовательность которого по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 479, 483, 519, 532, 549, 557, 561, 562, 577, 578, 611, 626, 640, 656, 660, 666, 674, 676, 677, 678, 679, 680, 682, 683, 684, 685, 686, 688, 689, 690, 691, 692, 693, 696, 697, 698, 701, 704, 706, 710, 711, 716, 717, 718, 719, 720, 721, 722, 723, 724, 727, 728, 729, 730, 731, 732, 733, 734, 735, 737, 738, 741, 743, 744, 745, 746, 747, 748, 749, 751, 753, 756, 757, 759, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 782, 783, 784, 785, 786, 788, 790, 793, 795, 796, 797, 798, 800, 801, 802, 803, 804, 805, 806, 807, 808, 809, 810, 811, 812, 813, 815, 816, 817, 818, 819, 820, 822, 823, 824, 825, 826, 829, 830, 833, 835, 836, 837, 838, 839, 840, 841, 842, 843, 844, 846, 848, 850, 851, 853, 854, 855, 856, 857, 858, 859, 860, 864, 865, 866, 868, 869, 870, 871, 872, 873, 874, 875, 876, 877, 878, 879, 880, 881, 882, 884, 886, 887, 888, 889, 890, 891, 892, 893, 894, 895, 897, 898, 899, 901, 902, 903, 904, 905, 906, 907, 908, 910, 911, 912, 913, 914, 915, 916, 917, 918, 920, 921, 922, 923, 924, 926, 927, 928, 930, 931, 932, 933, 934, 935, 936, 937, 938, 939, 940, 941, 942, 943, 944, 945, 946, 947, 948, 949, 950, 952, 953, 954, 955, 956, 957, 958, 959, 960, 961, 962, 963, 964, 968, 969, 971, 974, 976, 978, 979, 980, 984, 985, 987, 988, 989, 992, 993, 994, 995, 996, 998, 1000, 1001, 1002, 1003, 1006, 1008, 1010, 1011, 1012, 1014, 1015, 1016, 1017, 1018, 1019, 1021, 1022, 1023, 1024, 1025, 1028, 1029, 1030, 1031, 1032, 1033, 1034, 1036, 1037, 1038, 1040, 1041, 1042, 1043, 1044, 1045, 1046, 1047, 1048, 1049, 1050, 1051, 1055, 1056, 1058, 1059, 1060, 1062, 1064, 1065, 1066, 1068, 1070, 1071, 1072, 1076, 1077, 1079, 1080, 1081, 1083, 1085, 1086, 1087, 1088, 1090, 1091, 1092, 1094, 1095, 1096, 1097, 1098, 1099, 1101, 1102, 1103, 1104, 1106, 1107, 1108, 1110, 1111, 1112, 1113, 1114, 1115, 1116, 1117, 1118, 1119, 1121, 1122, 1123, 1124, 1126, 1127, 1129, 1130, 1131, 1132, 1133, 1134, 1136, 1137, 1138, 1139, 1140, 1142, 1143, 1144, 1145, 1146, 1147, 1148, 1149, 1151, 1153, 1155, 1156, 1157, 1158, 1159, 1160, 1161, 1162, 1163, 1165, 1166, 1167, 1168, 1169, 1170, 1171, 1172, 1174, 1176, 1178, 1179, 1180, 1181, 1182, 1183, 1184, 1185, 1186, 1188, 1189, 1190, 1191, 1192, 1193, 1194, 1196, 1197, 1198, 1199, 1200, 1201, 1203, 1205, 1206, 1207, 1208, 1209, 1210, 1211, 1213, 1214, 1216, 1217, 1218, 1219, 1221, 1222, 1223, 1225, 1226, 1228, 1229, 1230, 1231, 1232, 1233, 1235, 1237, 1238, 1239, 1241, 1242, 1243, 1244, 1245, 1246, 1247, 1248, 1249, 1250, 1251, 1252, 1253, 1255, 1256, 1257, 1258, 1259, 1260, 1261, 1262, 1263, 1264, 1265, 1266, 1267, 1268, 1269, 1270, 1271, 1272, 1273, 1274, 1275, 1276, 1277, 1279, 1280, 1281, 1282, 1283, 1284, 1285, 1286, 1287, 1288, 1290, 1292, 1293, 1296, 1297, 1298, 1300, 1301, 1303, 1304, 1306, 1307, 1308, 1309, 1311, 1312, 1313, 1314, 1317, 1319, 1320, 1321, 1322, 1323, 1324, 1325, 1326, 1327, 1328, 1330, 1331, 1333, 1334, 1335, 1336, 1337, 1338, 1339, 1340, 1341, 1342, 1343, 1344, 1345, 1346, 1347, 1348, 1350, 1351, 1352, 1353, 1355, 1356, 1357, 1358, 1359, 1360, 1361, 1362, 1363, 1364, 1365, 1366, 1368, 1369, 1370, 1371, 1372, 1374, 1375, 1376, 1379, 1380, 1382, 1383, 1384, 1385, 1386, 1388, 1389, 1390, 1391, 1392, 1393, 1396, 1397, 1398, 1399, 1400, 1402, 1403, 1404, 1405, 1406, 1407, 1408, 1409, 1410, 1411, 1412, 1413, 1414, 1415, 1416, 1417, 1418, 1419, 1420, 1421, 1422, 1424, 1425, 1426, 1427, 1428, 1430, 1431, 1432, 1433, 1437, 1438, 1439, 1440, 1441, 1442, 1443, 1444, 1445, 1446, 1447, 1448, 1449, 1450, 1452, 1453, 1456, 1459, 1466, 1467, 1469, 1471, 1478, 1479, 1482, 1483, 1484, 1485, 1487, 1488, 1489, 1490, 1495, 1497, 1498, 1499, 1500, 1501, 1504, 1505, 1506, 1508, 1511, 1513, 1514, 1516, 1520, 1526, 1529, 1534, 1535, 1537, 1538, 1540, 1545, 1547, 1548, 1549, 1550, 1551, 1552, 1553, 1554, 1556, 1559, 1561, 1562, 1565, 1566, 1568, 1569, 1570, 1571, 1573, 1574, 1575, 1576, 1577, 1578, 1579, 1580, 1581, 1582, 1583, 1585, 1588, 1589, 1591, 1592, 1593, 1594, 1595, 1596, 1597, 1598, 1601, 1603, 1604, 1605, 1607, 1608, 1609, 1611, 1612, 1613, 1614, 1615, 1616, 1617, 1618, 1619, 1620, 1622, 1624, 1625, 1626, 1627, 1628, 1629, 1630, 1632, 1633, 1636, 1637, 1638, 1639, 1640, 1641, 1642, 1643, 1644, 1646, 1647, 1648, 1650, 1651, 1652, 1654, 1657, 1659, 1660, 1661, 1664, 1665, 1666, 1667, 1668, 1671, 1673, 1675, 1676, 1678, 1679, 1681, 1684, 1685, 1686, 1689, 1690, 1692, 1693, 1694, 1695, 1696, 1697, 1698, 1701, 1705, 1706, 1707, 1709, 1711, 1712, 1713, 1714, 1716, 1717, 1718, 1720, 1721, 1723, 1724, 1725, 1726, 1728, 1729, 1731, 1732, 1734, 1735, 1736, 1737, 1738, 1739, 1740, 1741, 1743, 1744, 1745, 1746, 1747, 1750, 1751, 1753, 1754, 1755, 1760, 1761, 1762, 1763, 1764, 1765, 1767, 1770, 1771, 1772, 1775, 1776, 1777, 1778, 1779, 1780, 1781, 1782, 1786, 1787, 1788, 1789, 1791, 1792, 1793, 1794, 1795, 1797, 1798, 1799, 1800, 1801, 1803, 1804, 1805, 1806, 1809, 1810, 1811, 1814, 1815, 1818, 1819, 1820, 1821, 1822, 1823, 1824, 1825, 1826, 1828, 1830, 1831, 1833, 1835, 1836, 1837, 1838, 1839, 1840, 1841, 1842, 1843, 1846, 1851, 1852, 1854, 1857, 1858, 1860, 1861, 1862, 1863, 1864, 1866, 1868, 1869, 1870, 1872, 1873, 1874, 1875, 1876, 1878, 1879, 1880, 1881, 1883, 1884, 1885, 1887, 1888, 1892, 1893, 1894, 1896, 1898, 1899, 1900, 1901, 1902, 1903, 1904, 1905, 1906, 1907, 1910, 1911, 1913, 1915, 1916, 1917, 1918, 1920, 1921, 1924, 1925, 1926, 1927, 1928, 1930, 1932, 1933, 1934, 1935, 1938, 1939, 1940, 1942, 1943, 1945, 1946, 1948, 1949, 1950, 1951, 1953, 1954, 1955, 1959, 1960, 1961, 1962, 1963, 1965, 1966, 1967, 1970, 1971, 1973, 1975, 1976, 1977, 1979, 1981, 1982, 1983, 1984, 1985, 1986, 1988, 1990, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2024, 2025, 2026, 2027, 2028, 2029, 2030, 2031, 2032, 2034, 2035, 2036, 2037, 2038, 2039, 2040, 2041, 2042, 2043, 2044, 2045, 2046, 2047, 2048, 2049, 2050, 2052, 2054, 2055, 2059, 2060, 2062, 2065, 2066, 2067, 2068, 2069, 2070, 2071, 2074, 2076, 2077, 2080, 2081, 2082, 2083, 2085, 2086, 2087, 2088, 2089, 2090, 2091, 2092, 2093, 2095, 2096, 2097, 2098, 2100, 2101, 2102, 2103, 2104, 2105, 2108, 2109, 2110, 2112, 2113, 2115, 2116, 2117, 2118, 2119, 2120, 2121, 2125, 2127, 2128, 2129, 2131, 2132, 2134, 2135, 2136, 2138, 2140, 2141, 2142, 2143, 2145, 2146, 2147, 2148, 2149, 2150, 2153, 2154, 2155, 2156, 2158, 2159, 2160, 2162, 2163, 2165, 2166, 2167, 2168, 2169, 2170, 2171, 2172, 2174, 2176, 2177, 2179, 2180, 2181, 2182, 2183, 2184, 2185, 2186, 2188, 2190, 2191, 2192, 2193, 2194, 2195, 2196, 2197, 2198, 2200, 2202, 2204, 2205, 2206, 2207, 2208, 2210, 2211, 2212, 2214, 2215, 2216, 2217, 2218, 2219, 2220, 2221, 2222, 2223, 2225, 2226, 2227, 2228, 2229, 2230, 2231, 2232, 2233, 2234, 2235, 2236, 2238, 2239, 2241, 2242, 2243, 2244, 2245, 2246, 2248, 2249, 2251, 2253, 2254, 2255, 2257, 2258, 2259, 2261, 2262, 2265, 2267, 2268, 2269 и 2270.
168. Способ по п. 167, где экспрессия белка модулируется в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом.
169. Способ по п. 167, где экспрессия белка активируется в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом.
170. Способ по п. 169, где аминокислотная последовательность активированного белка по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 549, 640, 656, 676, 684, 690, 937, 1456, 1467, 1479, 1484, 1488, 1490, 1498, 1499, 1500, 1504, 1505, 1508, 1513, 1529, 1534, 1538, 1540, 1547, 1551, 1554, 1561, 1566, 1568, 1570, 1571, 1574, 1578, 1581, 1583, 1591, 1592, 1593, 1597, 1598, 1604, 1605, 1609, 1615, 1616, 1619, 1622, 1624, 1626, 1629, 1630, 1632, 1636, 1638, 1642, 1643, 1647, 1650, 1651, 1652, 1659, 1661, 1664, 1666, 1671, 1675, 1676, 1678, 1684, 1685, 1689, 1692, 1694, 1695, 1696, 1701, 1706, 1709, 1711, 1712, 1718, 1723, 1725, 1728, 1729, 1732, 1737, 1738, 1740, 1741, 1744, 1746, 1747, 1751, 1755, 1761, 1763, 1771, 1772, 1775, 1778, 1779, 1782, 1787, 1788, 1791, 1792, 1797, 1798, 1799, 1800, 1805, 1819, 1824, 1828, 1835, 1840, 1842, 1843, 1846, 1854, 1860, 1862, 1868, 1875, 1892, 1893, 1900, 1901, 1910, 1918, 1924, 1925, 1926, 1928, 1932, 1933, 1934, 1938, 1943, 1946, 1949, 1950, 1953, 1963, 1967, 1971, 1973, 1975, 1985, 1990, 1994, 1998, 2000, 2003, 2006, 2010, 2013, 2016, 2018, 2021, 2025, 2027, 2028, 2030, 2034, 2035, 2036, 2048, 2050, 2052, 2054, 2059, 2062, 2065, 2066, 2067, 2068, 2074, 2080, 2091, 2092, 2093, 2095, 2097, 2098, 2100, 2101, 2104, 2108, 2110, 2112, 2117, 2119, 2125, 2131, 2134, 2135, 2145, 2149, 2150, 2156, 2159, 2162, 2168, 2181, 2185, 2193, 2195, 2196, 2206, 2211, 2216, 2217, 2219, 2220, 2221, 2223, 2231, 2236, 2239, 2242, 2243, 2248, 2255, 2257, 2258, 2259 или 2262.
171. Способ по п. 167, где экспрессия белка подавляется в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом.
172. Способ по п. 171, где аминокислотная последовательность репрессированного белка по меньшей мере 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 479, 483, 519, 532, 557, 626, 674, 678, 680, 683, 685, 688, 690, 696, 697, 701, 704, 706, 710, 711, 717, 720, 722, 723, 724, 728, 729, 730, 732, 733, 734, 737, 741, 744, 745, 748, 749, 751, 753, 756, 757, 761, 764, 766, 768, 769, 772, 773, 774, 778, 779, 782, 783, 784, 788, 790, 793, 795, 796, 797, 800, 802, 803, 806, 807, 808, 810, 812, 817, 818, 819, 820, 822, 825, 826, 833, 836, 837, 839, 841, 846, 848, 851, 853, 854, 855, 856, 857, 860, 864, 865, 866, 870, 872, 874, 876, 878, 879, 880, 881, 882, 884, 886, 887, 890, 891, 893, 894, 895, 898, 901, 903, 905, 907, 908, 910, 911, 912, 913, 915, 917, 918, 921, 924, 926, 927, 928, 933, 934, 935, 936, 937, 938, 940, 942, 944, 945, 946, 947, 950, 952, 954, 955, 957, 960, 961, 962, 963, 964, 968, 971, 976, 978, 979, 985, 987, 989, 992, 1000, 1001, 1002, 1003, 1006, 1008, 1012, 1014, 1018, 1019, 1021, 1022, 1024, 1025, 1028, 1031, 1032, 1034, 1037, 1038, 1040, 1042, 1043, 1046, 1047, 1050, 1051, 1056, 1059, 1064, 1065, 1068, 1070, 1072, 1077, 1079, 1083, 1086, 1087, 1091, 1094, 1095, 1098, 1102, 1103, 1104, 1110, 1111, 1112, 1113, 1114, 1116, 1117, 1118, 1121, 1126, 1130, 1132, 1133, 1134, 1136, 1139, 1143, 1146, 1147, 1151, 1155, 1156, 1158, 1159, 1160, 1162, 1163, 1165, 1168, 1170, 1172, 1174, 1176, 1180, 1182, 1183, 1186, 1188, 1192, 1193, 1194, 1196, 1197, 1198, 1209, 1214, 1217, 1218, 1219, 1221, 1222, 1223, 1225, 1226, 1230, 1237, 1242, 1244, 1249, 1251, 1253, 1256, 1260, 1261, 1262, 1264, 1270, 1272, 1274, 1276, 1279, 1280, 1283, 1284, 1285, 1286, 1288, 1290, 1292, 1298, 1300, 1303, 1307, 1309, 1311, 1312, 1313, 1320, 1321, 1324, 1325, 1328, 1330, 1331, 1333, 1336, 1337, 1339, 1340, 1344, 1346, 1352, 1353, 1355, 1357, 1358, 1359, 1360, 1361, 1363, 1364, 1365, 1370, 1375, 1376, 1379, 1380, 1383, 1384, 1386, 1390, 1391, 1392, 1393, 1396, 1399, 1400, 1402, 1405, 1408, 1411, 1412, 1418, 1420, 1422, 1427, 1428, 1431, 1433, 1438, 1439, 1440, 1442, 1444, 1445, 1449 или 1450.
173. Способ по п. 167, где белок экспрессируется по меньшей мере с двукратной разницей, по меньшей мере с трехкратной разницей, по меньшей мере с четырехкратной разницей, по меньшей мере с пятикратной разницей, по меньшей мере с шестикратной разницей, по меньшей мере с семикратной разницей, по меньшей мере с восьмикратной разницей, по меньшей мере с девятикратной разницей, по меньшей мере с десятикратной разницей или более в уровне экспрессии по сравнению с уровнем экспрессии белка эталонного микроорганизма.
174. Способ по п. 173, где разница в уровне экспрессии является положительной.
175. Способ по п. 173, где разница в уровне экспрессии является отрицательной.
176. Способ по п. 167, где белок участвует по меньшей мере в одном пути KEGG, выбранном из группы, состоящей из эндоцитоза, пуринового метаболизма, метаболизма инозитолфосфата и пероксисомы.
177. Способ по п. 167, где белок участвует по меньшей мере в одном пути KEGG, выбранном из группы, состоящей из: ko00403 (биосинтез индол-дитерпенового алкалоида), ko00522 (биосинтез 12-, 14- и 16-членных макролидов), ko00550 (биосинтез пептидогликана), ko00601 (биосинтез гликосфинголипидов - лакто и неолакто серии), ko0901 (биосинтез индольного алкалоида), ko01052 (структуры поликетида I типа), ko010503 (биосинтез нерибосомальных пептидов группы сидерофоров), ko01501 (устойчивость к бета-лактаму) и ko04071 (сфинголипидный сигнальный путь).
178. Способ по любому из пп. 1-41, 101 или 147-164, где растение, сельскохозяйственная культура, проросток или растение, выращенные из семени, экспрессируют один или более генов, последовательность нуклеиновой кислоты которых по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4127, 4128, 4129, 4130, 4131, 4132, 4133, 4134, 4135, 4136, 4137, 4138, 4139, 4140, 4141, 4142, 4143, 4144, 4145, 4146, 4147, 4148, 4149, 4150, 4151, 4152, 4153, 4154, 4155, 4156, 4157, 4158, 4159, 4160, 4161, 4162, 4163, 4164, 4165, 4166, 4167, 4168, 4169, 4170, 4171, 4172, 4173, 4174, 4175, 4176, 4177, 4178, 4179, 4180, 4181, 4182, 4183, 4184, 4185, 4186, 4187, 4188, 4189, 4190, 4191, 4192, 4193, 4194, 4195, 4196, 4197, 4198, 4199, 4200, 4201, 4202, 4203, 4204, 4205, 4206, 4207, 4208, 4209, 4210, 4211, 4212, 4213, 4214, 4215, 4216, 4217, 4218, 4219, 4220, 4221, 4222, 4223, 4224, 4225, 4226, 4227, 4228, 4229, 4230, 4231, 4232, 4233, 4234, 4235, 4236, 4237, 4238, 4239, 4240, 4241, 4242, 4243, 4244, 4245, 4246, 4247, 4248, 4249, 4250, 4251, 4252, 4253, 4254, 4255, 4256, 4257, 4258, 4259, 4260, 4261, 4262, 4263, 4264, 4265, 4266, 4267, 4268 или 4269.
179. Способ по п. 178, где один или более генов растений модулируются в ответ на первый эндофит, контактирующий с растением или растительным элементом по сравнению с эталонным микроорганизмом, контактирующим с растением или растительным элементом.
180. Способ по п. 178, где один или более генов растений активируются в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом по сравнению с эталонным микроорганизмом, контактирующим с растением или растительным элементом.
181. Способ по п. 180, где последовательность нуклеиновой кислоты активированных генов по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4131, 4140, 4142, 4153, 4162, 4167, 4181, 4183, 4184, 4195, 4199, 4201, 4206, 4213, 4222, 4223, 4250, 4253 или 4269.
182. Способ по п. 178, где транскрипция одного или более генов подавляются в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом по сравнению с эталонным микроорганизмом, контактирующим с растением или растительным элементом.
183. Способ по п. 182, где последовательность нуклеиновой кислоты репрессированных генов по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4150.
184. Способ по п. 178, где один или более генов экспрессируются по меньшей мере с 0,5-кратной разницей, по меньшей мере с 0,6-кратной разницей, по меньшей мере с 0,7-кратной разницей, по меньшей мере с 0,8-кратной разницей, по меньшей мере с 0,9-кратной разницей, по меньшей мере с 1,0-кратной разницей, по меньшей мере с 1,1-кратной разницей, по меньшей мере с 1,2-кратной разницей, по меньшей мере с 1,3-кратной разницей или более в уровне экспрессии по сравнению с уровнем экспрессии гена эталонного микроорганизма.
185. Способ по п. 184, где разница в уровне экспрессии является положительной.
186. Способ по п. 184, где разница в уровне экспрессии является отрицательной.
187. Способ по п. 178, где один или более генов имеют по меньшей мере одну функцию гена, выбранную из группы, состоящей из модификации клеточной стенки, защитной реакции, окислительно-восстановительного процесса, биологического процесса, регуляции транскрипции, метаболического процесса, процесса биосинтеза глюкозинолата, ответа на каррикин, фосфорилирования белка, сворачивания белка, ответа на хитин, протеолиза, ответа на стимулятор ауксина, зависящего от ДНК регуляции транскрипции, миристолирования N-концевого белка, ответа на окислительный стресс, клеточного компонента, старения листьев, резистентного ген-зависимого ответного сигнального пути, связывания ионов цинка, реакции на холод, метаболического процесса малата, транспорта, каталитической активности, реакции на озон, VQ мотива, регулирования системной приобретенной резистентности, переноса ионов калия, анаэробного дыхания, многоклеточного развития организма, реакции на тепло, активности метилтрансферазы, ответа на ранение, окислительно-восстановительного процесса, активности монооксигеназы, окислительно-восстановительного процесса, метаболического процесса углеводов, экзоцитоза, сокращения хвоста поли(А) ядерно-транскрибируемой мРНК, переноса ионов натрия, метаболического процесса глицерина, включения фактора Виллебранда A3, реакции на дефицит воды, реакции на солевой стресс и процесса биосинтеза хлорофилла.
188. Способ по п. 187, где ген имеет идентификатор онтологии гена (GO), выбранный из группы, состоящей из: GO:0003824, GO, каталитической активности; GO:0006355, GO, регуляции транскрипции, ДНК-зависимой; GO:0009870, GO, ответного сигнального пути защиты, устойчивости к генам; GO:0008150, GO, биологического процесса; GO:0010200, GO, ответа на хитин; GO:0006508, GO, протеолиза; GO:0010193, GO, ответа на озон; GO:0006979, GO, ответа на окислительный стресс; и GO:0005975, GO, углеводного метаболического процесса.
189. Способ по п. 178, где функция гена выбрана из следующей группы: одноцепочечная ДНК-специфическая активность эндодезоксирибонуклеазы, последовательность-специфическая активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, активность НАД+АДФ-рибозилтрансферазы, активность металлоэндопептидазы, катаболический процесс ДНК, клеточный гомеостаз ионов железа, ответ на осмотический стресс, активность металлопептидазы, связывание ионов цинка, реакция на ранение, процесс биосинтеза камелексина, активности эндорибонуклеазы, продуцирование 5'-фосфомоноэфиров, клеточный ответ на нагревание, специфической к несоответствию T/G активность эндонуклеазы, активность полиаминоксидазы, флавин-адениндинуклеотидное связывание, клеточная тепловая акклиматизация, клеточный ответ на этиленовый стимул, клеточный ответ на оксид азота и метаболический процесс активных форм кислорода.
190. Способ по любому из пп. 167-189, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты ITS рРНК по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 344.
5
191. Способ по любому из пп. 1-41, 101 или 147-164, где эндофит экспрессирует один или более генов, кодирующих белок, аминокислотная последовательность которого по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 477-501, 505, 514, 518, 521, 528, 530, 531, 550, 566, 567, 572, 579, 580, 581, 587, 593, 600, 602, 614, 623, 630, 635, 643, 645, 652, 657, 661, 662, 667, 670, 672, 673, 4510-4535, 4540, 4541, 4542, 4547, 4555, 4558, 4560, 4569, 4570, 4571, 4572, 4577, 4582, 4592, 4594, 4602, 4608, 4609, 4622, 4626, 4641, 4643, 4653, 4654, 4742-4766, 4734, 4739, 4740, 477, 478, 480, 482, 484, 485, 487, 489, 494 496, 497, 501, 530, 567, 587, 602, 614, 633, 645, 649, 651, 652, 658, 665, 666, 667, 673, 874, 934, 1013, 1249, 1342, 2252, 2272, 2273, 2281, 2282, 2284, 2285, 2286, 2287, 2289, 2290, 2291, 2292, 2293, 2296, 4510, 4514, 4515, 4518, 4520, 4521, 4525, 4526, 4527, 4529, 4532, 4538, 4539, 4540, 4555, 4559, 4560, 4562, 4569, 4570, 4571, 4572, 4577, 4581, 4582, 4594, 4595, 4597, 4608, 4615, 4618, 4623, 4624, 4626, 4630, 4632, 4635, 4641, 4642, 4646, 4650, 4658, 4659, 4661, 4662, 4663, 4666, 4667, 4668, 4670, 4799, 4801, 4802, 4803, 4804, 4805, 4826, 4827, 4828, 4829, 4830, 4831, 4832, 4833, 4834, 4835, 4836, 4837, 4838, 4839, 4840, 4841, 4863, 4864, 4865, 4866, 4867, 4868, 4869, 4870, 4871, 4872, 4873, 4874, 4875, 4876, 4877, 4878, 4879, 4880, 4881, 4882, 4883, 4884, 4885, 4886, 4887, 4888, 4889, 4890, 4891, 4892, 4893, 4894, 4917, 4918, 4919, 4920, 4921, 4922, 4923, 4924, 4925, 4939, 4940, 4941, 4943, 4947, 4948, 4950, 4951, 4955, 4956, 4957, 2315, 2320, 2322, 2326, 2349, 2350, 2352, 2377, 2382, 2390, 2407, 2422, 2436, 2443, 2457, 2463, 2464, 2470, 2477, 2483, 2721, 2968, 3093, 3185, 4096, 4097, 4098, 4099, 4100, 4101, 4102, 4103, 4104, 4105, 4106, 4107, 4108, 4109, 4110, 4111, 4112, 4113, 4114, 4115, 4116, 4117, 4118, 4119, 4120, 4121, 4122, 4123, 4124, 4125, 4126, 4346, 4353, 4362, 4369, 4386, 4391, 4394, 4408, 4410, 4413, 4415, 4422, 4423, 4432, 4433, 4442, 4469, 4487, 4489, 4491, 4493, 4494, 4495, 4496, 4497, 4498, 4499, 4500, 4501, 4502, 4503, 4504, 4505, 4506, 4507, 4508, 4509, 4343, 4484, 4485, 4486, 4488, 4490 и 4492.
192. Способ по любому из пп. 1-41, 101, 104, 47-164 и 191, где эндофит экспрессирует один или более генов, участвующих в метаболизме крахмала и сахарозы, деградации клеточной стенки или защиты от окислительного стресса.
193. Способ по п. 191, отличающийся тем, что белок экспрессируется по меньшей мере с двукратной разницей, по меньшей мере с трехкратной разницей, по меньшей мере с четырехкратной разницей, по меньшей мере с пятикратной разницей, по меньшей мере с шестикратной разницей, по меньшей мере с семикратной разницей, по меньшей мере с восьмикратной разницей, по меньшей мере с девятикратной разницей, по меньшей мере с десятикратной разницей или более в уровне экспрессии по сравнению с уровнем экспрессии белка эталонного микроорганизма.
194. Способ по п. 193, где разница в уровне экспрессии является положительной.
195. Способ по п. 193, где разница в уровне экспрессии является отрицательной.
196. Способ по любому из пп. 191-195, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты ITS рРНК по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 344 и 447.
197. Способ по любому из пп. 191-195, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 439 или 441.
198. Растение по любому из пп. 42-85, где эндофит экспрессирует один или более генов, кодирующих белок, аминокислотная последовательность которого по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 479, 483, 519, 532, 549, 557, 561, 562, 577, 578, 611, 626, 640, 656, 660, 666, 674, 676, 677, 678, 679, 680, 682, 683, 684, 685, 686, 688, 689, 690, 691, 692, 693, 696, 697, 698, 701, 704, 706, 710, 711, 716, 717, 718, 719, 720, 721, 722, 723, 724, 727, 728, 729, 730, 731, 732, 733, 734, 735, 737, 738, 741, 743, 744, 745, 746, 747, 748, 749, 751, 753, 756, 757, 759, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 782, 783, 784, 785, 786, 788, 790, 793, 795, 796, 797, 798, 800, 801, 802, 803, 804, 805, 806, 807, 808, 809, 810, 811, 812, 813, 815, 816, 817, 818, 819, 820, 822, 823, 824, 825, 826, 829, 830, 833, 835, 836, 837, 838, 839, 840, 841, 842, 843, 844, 846, 848, 850, 851, 853, 854, 855, 856, 857, 858, 859, 860, 864, 865, 866, 868, 869, 870, 871, 872, 873, 874, 875, 876, 877, 878, 879, 880, 881, 882, 884, 886, 887, 888, 889, 890, 891, 892, 893, 894, 895, 897, 898, 899, 901, 902, 903, 904, 905, 906, 907, 908, 910, 911, 912, 913, 914, 915, 916, 917, 918, 920, 921, 922, 923, 924, 926, 927, 928, 930, 931, 932, 933, 934, 935, 936, 937, 938, 939, 940, 941, 942, 943, 944, 945, 946, 947, 948, 949, 950, 952, 953, 954, 955, 956, 957, 958, 959, 960, 961, 962, 963, 964, 968, 969, 971, 974, 976, 978, 979, 980, 984, 985, 987, 988, 989, 992, 993, 994, 995, 996, 998, 1000, 1001, 1002, 1003, 1006, 1008, 1010, 1011, 1012, 1014, 1015, 1016, 1017, 1018, 1019, 1021, 1022, 1023, 1024, 1025, 1028, 1029, 1030, 1031, 1032, 1033, 1034, 1036, 1037, 1038, 1040, 1041, 1042, 1043, 1044, 1045, 1046, 1047, 1048, 1049, 1050, 1051, 1055, 1056, 1058, 1059, 1060, 1062, 1064, 1065, 1066, 1068, 1070, 1071, 1072, 1076, 1077, 1079, 1080, 1081, 1083, 1085, 1086, 1087, 1088, 1090, 1091, 1092, 1094, 1095, 1096, 1097, 1098, 1099, 1101, 1102, 1103, 1104, 1106, 1107, 1108, 1110, 1111, 1112, 1113, 1114, 1115, 1116, 1117, 1118, 1119, 1121, 1122, 1123, 1124, 1126, 1127, 1129, 1130, 1131, 1132, 1133, 1134, 1136, 1137, 1138, 1139, 1140, 1142, 1143, 1144, 1145, 1146, 1147, 1148, 1149, 1151, 1153, 1155, 1156, 1157, 1158, 1159, 1160, 1161, 1162, 1163, 1165, 1166, 1167, 1168, 1169, 1170, 1171, 1172, 1174, 1176, 1178, 1179, 1180, 1181, 1182, 1183, 1184, 1185, 1186, 1188, 1189, 1190, 1191, 1192, 1193, 1194, 1196, 1197, 1198, 1199, 1200, 1201, 1203, 1205, 1206, 1207, 1208, 1209, 1210, 1211, 1213, 1214, 1216, 1217, 1218, 1219, 1221, 1222, 1223, 1225, 1226, 1228, 1229, 1230, 1231, 1232, 1233, 1235, 1237, 1238, 1239, 1241, 1242, 1243, 1244, 1245, 1246, 1247, 1248, 1249, 1250, 1251, 1252, 1253, 1255, 1256, 1257, 1258, 1259, 1260, 1261, 1262, 1263, 1264, 1265, 1266, 1267, 1268, 1269, 1270, 1271, 1272, 1273, 1274, 1275, 1276, 1277, 1279, 1280, 1281, 1282, 1283, 1284, 1285, 1286, 1287, 1288, 1290, 1292, 1293, 1296, 1297, 1298, 1300, 1301, 1303, 1304, 1306, 1307, 1308, 1309, 1311, 1312, 1313, 1314, 1317, 1319, 1320, 1321, 1322, 1323, 1324, 1325, 1326, 1327, 1328, 1330, 1331, 1333, 1334, 1335, 1336, 1337, 1338, 1339, 1340, 1341, 1342, 1343, 1344, 1345, 1346, 1347, 1348, 1350, 1351, 1352, 1353, 1355, 1356, 1357, 1358, 1359, 1360, 1361, 1362, 1363, 1364, 1365, 1366, 1368, 1369, 1370, 1371, 1372, 1374, 1375, 1376, 1379, 1380, 1382, 1383, 1384, 1385, 1386, 1388, 1389, 1390, 1391, 1392, 1393, 1396, 1397, 1398, 1399, 1400, 1402, 1403, 1404, 1405, 1406, 1407, 1408, 1409, 1410, 1411, 1412, 1413, 1414, 1415, 1416, 1417, 1418, 1419, 1420, 1421, 1422, 1424, 1425, 1426, 1427, 1428, 1430, 1431, 1432, 1433, 1437, 1438, 1439, 1440, 1441, 1442, 1443, 1444, 1445, 1446, 1447, 1448, 1449, 1450, 1452, 1453, 1456, 1459, 1466, 1467, 1469, 1471, 1478, 1479, 1482, 1483, 1484, 1485, 1487, 1488, 1489, 1490, 1495, 1497, 1498, 1499, 1500, 1501, 1504, 1505, 1506, 1508, 1511, 1513, 1514, 1516, 1520, 1526, 1529, 1534, 1535, 1537, 1538, 1540, 1545, 1547, 1548, 1549, 1550, 1551, 1552, 1553, 1554, 1556, 1559, 1561, 1562, 1565, 1566, 1568, 1569, 1570, 1571, 1573, 1574, 1575, 1576, 1577, 1578, 1579, 1580, 1581, 1582, 1583, 1585, 1588, 1589, 1591, 1592, 1593, 1594, 1595, 1596, 1597, 1598, 1601, 1603, 1604, 1605, 1607, 1608, 1609, 1611, 1612, 1613, 1614, 1615, 1616, 1617, 1618, 1619, 1620, 1622, 1624, 1625, 1626, 1627, 1628, 1629, 1630, 1632, 1633, 1636, 1637, 1638, 1639, 1640, 1641, 1642, 1643, 1644, 1646, 1647, 1648, 1650, 1651, 1652, 1654, 1657, 1659, 1660, 1661, 1664, 1665, 1666, 1667, 1668, 1671, 1673, 1675, 1676, 1678, 1679, 1681, 1684, 1685, 1686, 1689, 1690, 1692, 1693, 1694, 1695, 1696, 1697, 1698, 1701, 1705, 1706, 1707, 1709, 1711, 1712, 1713, 1714, 1716, 1717, 1718, 1720, 1721, 1723, 1724, 1725, 1726, 1728, 1729, 1731, 1732, 1734, 1735, 1736, 1737, 1738, 1739, 1740, 1741, 1743, 1744, 1745, 1746, 1747, 1750, 1751, 1753, 1754, 1755, 1760, 1761, 1762, 1763, 1764, 1765, 1767, 1770, 1771, 1772, 1775, 1776, 1777, 1778, 1779, 1780, 1781, 1782, 1786, 1787, 1788, 1789, 1791, 1792, 1793, 1794, 1795, 1797, 1798, 1799, 1800, 1801, 1803, 1804, 1805, 1806, 1809, 1810, 1811, 1814, 1815, 1818, 1819, 1820, 1821, 1822, 1823, 1824, 1825, 1826, 1828, 1830, 1831, 1833, 1835, 1836, 1837, 1838, 1839, 1840, 1841, 1842, 1843, 1846, 1851, 1852, 1854, 1857, 1858, 1860, 1861, 1862, 1863, 1864, 1866, 1868, 1869, 1870, 1872, 1873, 1874, 1875, 1876, 1878, 1879, 1880, 1881, 1883, 1884, 1885, 1887, 1888, 1892, 1893, 1894, 1896, 1898, 1899, 1900, 1901, 1902, 1903, 1904, 1905, 1906, 1907, 1910, 1911, 1913, 1915, 1916, 1917, 1918, 1920, 1921, 1924, 1925, 1926, 1927, 1928, 1930, 1932, 1933, 1934, 1935, 1938, 1939, 1940, 1942, 1943, 1945, 1946, 1948, 1949, 1950, 1951, 1953, 1954, 1955, 1959, 1960, 1961, 1962, 1963, 1965, 1966, 1967, 1970, 1971, 1973, 1975, 1976, 1977, 1979, 1981, 1982, 1983, 1984, 1985, 1986, 1988, 1990, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2024, 2025, 2026, 2027, 2028, 2029, 2030, 2031, 2032, 2034, 2035, 2036, 2037, 2038, 2039, 2040, 2041, 2042, 2043, 2044, 2045, 2046, 2047, 2048, 2049, 2050, 2052, 2054, 2055, 2059, 2060, 2062, 2065, 2066, 2067, 2068, 2069, 2070, 2071, 2074, 2076, 2077, 2080, 2081, 2082, 2083, 2085, 2086, 2087, 2088, 2089, 2090, 2091, 2092, 2093, 2095, 2096, 2097, 2098, 2100, 2101, 2102, 2103, 2104, 2105, 2108, 2109, 2110, 2112, 2113, 2115, 2116, 2117, 2118, 2119, 2120, 2121, 2125, 2127, 2128, 2129, 2131, 2132, 2134, 2135, 2136, 2138, 2140, 2141, 2142, 2143, 2145, 2146, 2147, 2148, 2149, 2150, 2153, 2154, 2155, 2156, 2158, 2159, 2160, 2162, 2163, 2165, 2166, 2167, 2168, 2169, 2170, 2171, 2172, 2174, 2176, 2177, 2179, 2180, 2181, 2182, 2183, 2184, 2185, 2186, 2188, 2190, 2191, 2192, 2193, 2194, 2195, 2196, 2197, 2198, 2200, 2202, 2204, 2205, 2206, 2207, 2208, 2210, 2211, 2212, 2214, 2215, 2216, 2217, 2218, 2219, 2220, 2221, 2222, 2223, 2225, 2226, 2227, 2228, 2229, 2230, 2231, 2232, 2233, 2234, 2235, 2236, 2238, 2239, 2241, 2242, 2243, 2244, 2245, 2246, 2248, 2249, 2251, 2253, 2254, 2255, 2257, 2258, 2259, 2261, 2262, 2265, 2267, 2268, 2269 и 2270.
199. Растение по п. 198, где экспрессия белка модулируется в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом.
200. Растение по п. 198, где экспрессия белка активируется в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом.
201. Растение по п. 198, где аминокислотная последовательность активированного белка по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 549, 640, 656, 676, 684, 690, 937, 1456, 1467, 1479, 1484, 1488, 1490, 1498, 1499, 1500, 1504, 1505, 1508, 1513, 1529, 1534, 1538, 1540, 1547, 1551, 1554, 1561, 1566, 1568, 1570, 1571, 1574, 1578, 1581, 1583, 1591, 1592, 1593, 1597, 1598, 1604, 1605, 1609, 1615, 1616, 1619, 1622, 1624, 1626, 1629, 1630, 1632, 1636, 1638, 1642, 1643, 1647, 1650, 1651, 1652, 1659, 1661, 1664, 1666, 1671, 1675, 1676, 1678, 1684, 1685, 1689, 1692, 1694, 1695, 1696, 1701, 1706, 1709, 1711, 1712, 1718, 1723, 1725, 1728, 1729, 1732, 1737, 1738, 1740, 1741, 1744, 1746, 1747, 1751, 1755, 1761, 1763, 1771, 1772, 1775, 1778, 1779, 1782, 1787, 1788, 1791, 1792, 1797, 1798, 1799, 1800, 1805, 1819, 1824, 1828, 1835, 1840, 1842, 1843, 1846, 1854, 1860, 1862, 1868, 1875, 1892, 1893, 1900, 1901, 1910, 1918, 1924, 1925, 1926, 1928, 1932, 1933, 1934, 1938, 1943, 1946, 1949, 1950, 1953, 1963, 1967, 1971, 1973, 1975, 1985, 1990, 1994, 1998, 2000, 2003, 2006, 2010, 2013, 2016, 2018, 2021, 2025, 2027, 2028, 2030, 2034, 2035, 2036, 2048, 2050, 2052, 2054, 2059, 2062, 2065, 2066, 2067, 2068, 2074, 2080, 2091, 2092, 2093, 2095, 2097, 2098, 2100, 2101, 2104, 2108, 2110, 2112, 2117, 2119, 2125, 2131, 2134, 2135, 2145, 2149, 2150, 2156, 2159, 2162, 2168, 2181, 2185, 2193, 2195, 2196, 2206, 2211, 2216, 2217, 2219, 2220, 2221, 2223, 2231, 2236, 2239, 2242, 2243, 2248, 2255, 2257, 2258, 2259 или 2262.
202. Растение по п. 198, где экспрессия белка подавляется в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом.
203. Растение по п. 198, где аминокислотная последовательность репрессированного белка по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 479, 483, 519, 532, 557, 626, 674, 678, 680, 683, 685, 688, 690, 696, 697, 701, 704, 706, 710, 711, 717, 720, 722, 723, 724, 728, 729, 730, 732, 733, 734, 737, 741, 744, 745, 748, 749, 751, 753, 756, 757, 761, 764, 766, 768, 769, 772, 773, 774, 778, 779, 782, 783, 784, 788, 790, 793, 795, 796, 797, 800, 802, 803, 806, 807, 808, 810, 812, 817, 818, 819, 820, 822, 825, 826, 833, 836, 837, 839, 841, 846, 848, 851, 853, 854, 855, 856, 857, 860, 864, 865, 866, 870, 872, 874, 876, 878, 879, 880, 881, 882, 884, 886, 887, 890, 891, 893, 894, 895, 898, 901, 903, 905, 907, 908, 910, 911, 912, 913, 915, 917, 918, 921, 924, 926, 927, 928, 933, 934, 935, 936, 937, 938, 940, 942, 944, 945, 946, 947, 950, 952, 954, 955, 957, 960, 961, 962, 963, 964, 968, 971, 976, 978, 979, 985, 987, 989, 992, 1000, 1001, 1002, 1003, 1006, 1008, 1012, 1014, 1018, 1019, 1021, 1022, 1024, 1025, 1028, 1031, 1032, 1034, 1037, 1038, 1040, 1042, 1043, 1046, 1047, 1050, 1051, 1056, 1059, 1064, 1065, 1068, 1070, 1072, 1077, 1079, 1083, 1086, 1087, 1091, 1094, 1095, 1098, 1102, 1103, 1104, 1110, 1111, 1112, 1113, 1114, 1116, 1117, 1118, 1121, 1126, 1130, 1132, 1133, 1134, 1136, 1139, 1143, 1146, 1147, 1151, 1155, 1156, 1158, 1159, 1160, 1162, 1163, 1165, 1168, 1170, 1172, 1174, 1176, 1180, 1182, 1183, 1186, 1188, 1192, 1193, 1194, 1196, 1197, 1198, 1209, 1214, 1217, 1218, 1219, 1221, 1222, 1223, 1225, 1226, 1230, 1237, 1242, 1244, 1249, 1251, 1253, 1256, 1260, 1261, 1262, 1264, 1270, 1272, 1274, 1276, 1279, 1280, 1283, 1284, 1285, 1286, 1288, 1290, 1292, 1298, 1300, 1303, 1307, 1309, 1311, 1312, 1313, 1320, 1321, 1324, 1325, 1328, 1330, 1331, 1333, 1336, 1337, 1339, 1340, 1344, 1346, 1352, 1353, 1355, 1357, 1358, 1359, 1360, 1361, 1363, 1364, 1365, 1370, 1375, 1376, 1379, 1380, 1383, 1384, 1386, 1390, 1391, 1392, 1393, 1396, 1399, 1400, 1402, 1405, 1408, 1411, 1412, 1418, 1420, 1422, 1427, 1428, 1431, 1433, 1438, 1439, 1440, 1442, 1444, 1445, 1449 или 1450.
204. Растение по п. 198, где белок экспрессируется по меньшей мере с двукратной разницей, по меньшей мере с трехкратной разницей, по меньшей мере с четырехкратной разницей, по меньшей мере с пятикратной разницей, по меньшей мере с шестикратной разницей, по меньшей мере с семикратной разницей, по меньшей мере с восьмикратной разницей, по меньшей мере с девятикратной разницей, по меньшей мере с десятикратной разницей или более в уровне экспрессии по сравнению с уровнем экспрессии белка эталонного микроорганизма.
205. Растение по п. 204, где разница в уровне экспрессии является положительной.
206. Растение по п. 204, где разница в уровне экспрессии является отрицательной.
207. Растение по п. 198, где белок участвует по меньшей мере в одном пути KEGG, выбранном из группы, состоящей из эндоцитоза, пуринового метаболизма, метаболизма инозитолфосфата и пероксисомы.
208. Растение по п. 198, где белок участвует по меньшей мере в одном пути KEGG, выбранном из группы, состоящей из: ko00403 (биосинтез индол-дитерпенового алкалоида), ko00522 (биосинтез 12-, 14- и 16-членных макролидов), ko00550 (биосинтез пептидогликана), ko00601 (биосинтез гликосфинголипидов - лакто и неолакто серии), ko0901 (биосинтез индольного алкалоида), ko01052 (структуры поликетида I типа), ko010503 (биосинтез нерибосомальных пептидов группы сидерофоров), ko01501 (устойчивость к бета-лактаму) и ko04071 (сфинголипидный сигнальный путь).
209. Растение по любому из пп. 42-85, где растение, сельскохозяйственная культура, проросток или растение, выращенные из семени, экспрессируют один или более генов, последовательность нуклеиновой кислоты которых по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4127, 4128, 4129, 4130, 4131, 4132, 4133, 4134, 4135, 4136, 4137, 4138, 4139, 4140, 4141, 4142, 4143, 4144, 4145, 4146, 4147, 4148, 4149, 4150, 4151, 4152, 4153, 4154, 4155, 4156, 4157, 4158, 4159, 4160, 4161, 4162, 4163, 4164, 4165, 4166, 4167, 4168, 4169, 4170, 4171, 4172, 4173, 4174, 4175, 4176, 4177, 4178, 4179, 4180, 4181, 4182, 4183, 4184, 4185, 4186, 4187, 4188, 4189, 4190, 4191, 4192, 4193, 4194, 4195, 4196, 4197, 4198, 4199, 4200, 4201, 4202, 4203, 4204, 4205, 4206, 4207, 4208, 4209, 4210, 4211, 4212, 4213, 4214, 4215, 4216, 4217, 4218, 4219, 4220, 4221, 4222, 4223, 4224, 4225, 4226, 4227, 4228, 4229, 4230, 4231, 4232, 4233, 4234, 4235, 4236, 4237, 4238, 4239, 4240, 4241, 4242, 4243, 4244, 4245, 4246, 4247, 4248, 4249, 4250, 4251, 4252, 4253, 4254, 4255, 4256, 4257, 4258, 4259, 4260, 4261, 4262, 4263, 4264, 4265, 4266, 4267, 4268 или 4269.
210. Растение по п. 209, где один или более генов растений модулируются в ответ на первый эндофит, контактирующий с растением или растительным элементом по сравнению с эталонным микроорганизмом, контактирующим с растением или растительным элементом.
211. Растение по п. 209, где один или более генов растений активируются в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом по сравнению с эталонным микроорганизмом, контактирующим с растением или растительным элементом.
212. Растение по п. 211, где последовательность нуклеиновой кислоты активированных генов по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4131, 4140, 4142, 4153, 4162, 4167, 4181, 4183, 4184, 4195, 4199, 4201, 4206, 4213, 4222, 4223, 4250, 4253 или 4269.
213. Растение по п. 209, где транскрипция одного или более генов подавляются в ответ на первый эндофит, контактирующий с растительным элементом по сравнению с эталонным микроорганизмом, контактирующим с растением или растительным элементом.
214. Растение по п. 213, где последовательность нуклеиновой кислоты репрессированных генов по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4150.
215. Растение по п. 209, где один или более генов экспрессируются по меньшей мере с 0,5-кратной разницей, по меньшей мере с 0,6-кратной разницей, по меньшей мере с 0,7-кратной разницей, по меньшей мере с 0,8-кратной разницей, по меньшей мере в 0,9-кратной разницей, по меньшей мере с 1,0-кратной разницей, по меньшей мере с 1,1-кратной разницей, по меньшей мере с 1,2-кратной разницей, по меньшей мере с 1,3-кратной разницей или более в уровне экспрессии по сравнению с уровнем экспрессии гена эталонного микроорганизма.
216. Растение по п. 215, где разница в уровне экспрессии является положительной.
217. Растение по п. 215, где разница в уровне экспрессии является отрицательной.
218. Растение по п. 209, где один или более генов имеют по меньшей мере одну функцию гена, выбранную из группы, состоящей из модификации клеточной стенки, защитной реакции, окислительно-восстановительного процесса, биологического процесса, регуляции транскрипции, метаболического процесса, процесса биосинтеза глюкозинолата, ответа на каррикин, фосфорилирования белка, сворачивания белка, ответа на хитин, протеолиза, ответа на стимулятор ауксина, зависящего от ДНК регуляции транскрипции, миристолирования N-концевого белка, ответа на окислительный стресс, клеточного компонента, старения листьев, резистентного ген-зависимого ответного сигнального пути, связывания ионов цинка, реакции на холод, метаболического процесса малата, транспорта, каталитической активности, реакции на озон, VQ мотива, регулирования системной приобретенной резистентности, переноса ионов калия, анаэробного дыхания, многоклеточного развития организма, реакции на тепло, активности метилтрансферазы, ответа на ранение, окислительно-восстановительного процесса, активности монооксигеназы, окислительно-восстановительного процесса, метаболического процесса углеводов, экзоцитоза, сокращения хвоста поли(А) ядерно-транскрибируемой мРНК, переноса ионов натрия, метаболического процесса глицерина, включения фактора Виллебранда A3, реакции на дефицит воды, реакции на солевой стресс и процесса биосинтеза хлорофилла.
219. Растение по п. 218, где ген имеет идентификатор онтологии гена (GO), выбранный из группы, состоящей из: GO:0003824, GO, каталитической активности; GO:0006355, GO, регуляции транскрипции, ДНК-зависимой; GO:0009870, GO, ответного сигнального пути защиты, устойчивости к генам; GO:0008150, GO, биологического процесса; GO:0010200, GO, ответа на хитин; GO:0006508, GO, протеолиза; GO:0010193, GO, ответа на озон; GO:0006979, GO, ответа на окислительный стресс; и GO:0005975, GO, углеводного метаболического процесса.
220. Растение по п. 209, где функция гена выбрана из следующей группы: одноцепочечная ДНК-специфическая активность эндодезоксирибонуклеазы, последовательность-специфическая активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, активность НАД+АДФ-рибозилтрансферазы, активность металлоэндопептидазы, катаболический процесс ДНК, клеточный гомеостаз ионов железа, ответ на осмотический стресс, активность металлопептидазы, связывание ионов цинка, реакция на ранение, процесс биосинтеза камелексина, активности эндорибонуклеазы, продуцирование 5'-фосфомоноэфиров, клеточный ответ на нагревание, специфической к несоответствию T/G активность эндонуклеазы, активность полиаминоксидазы, флавин-адениндинуклеотидное связывание, клеточная тепловая акклиматизация, клеточный ответ на этиленовый стимул, клеточный ответ на оксид азота и метаболический процесс активных форм кислорода.
221. Растение по любому из пп. 198-220, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты ITS рРНК по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 344.
222. Растение по любому из пп. 42-85, где эндофит экспрессирует один или более генов, кодирующих белок, аминокислотная последовательность которого по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 477-501, 505, 514, 518, 521, 528, 530, 531, 550, 566, 567, 572, 579, 580, 581, 587, 593, 600, 602, 614, 623, 630, 635, 643, 645, 652, 657, 661, 662, 667, 670, 672, 673, 4510-4535, 4540, 4541, 4542, 4547, 4555, 4558, 4560, 4569, 4570, 4571, 4572, 4577, 4582, 4592, 4594, 4602, 4608, 4609, 4622, 4626, 4641, 4643, 4653, 4654, 4742-4766, 4734, 4739, 4740, 477, 478, 480, 482, 484, 485, 487, 489, 494, 496, 497, 501, 530, 567, 587, 602, 614, 633, 645, 649, 651, 652, 658, 665, 666, 667, 673, 874, 934, 1013, 1249, 1342, 2252, 2272, 2273, 2281, 2282, 2284, 2285, 2286, 2287, 2289, 2290, 2291, 2292, 2293, 2296, 4510, 4514, 4515, 4518, 4520, 4521, 4525, 4526, 4527, 4529, 4532, 4538, 4539, 4540, 4555, 4559, 4560, 4562, 4569, 4570, 4571, 4572, 4577, 4581, 4582, 4594, 4595, 4597, 4608, 4615, 4618, 4623, 4624, 4626, 4630, 4632, 4635, 4641, 4642, 4646, 4650, 4658, 4659, 4661, 4662, 4663, 4666, 4667, 4668, 4670, 4799, 4801, 4802, 4803, 4804, 4805, 4826, 4827, 4828, 4829, 4830, 4831, 4832, 4833, 4834, 4835, 4836, 4837, 4838, 4839, 4840, 4841, 4863, 4864, 4865, 4866, 4867, 4868, 4869, 4870, 4871, 4872, 4873, 4874, 4875, 4876, 4877, 4878, 4879, 4880, 4881, 4882, 4883, 4884, 4885, 4886, 4887, 4888, 4889, 4890, 4891, 4892, 4893, 4894, 4917, 4918, 4919, 4920, 4921, 4922, 4923, 4924, 4925, 4939, 4940, 4941, 4943, 4947, 4948, 4950, 4951, 4955, 4956, 4957, 2315, 2320, 2322, 2326, 2349, 2350, 2352, 2377, 2382, 2390, 2407, 2422, 2436, 2443, 2457, 2463, 2464, 2470, 2477, 2483, 2721, 2968, 3093, 3185, 4096, 4097, 4098, 4099, 4100, 4101, 4102, 4103, 4104, 4105, 4106, 4107, 4108, 4109, 4110, 4111, 4112, 4113, 4114, 4115, 4116, 4117, 4118, 4119, 4120, 4121, 4122, 4123, 4124, 4125, 4126, 4346, 4353, 4362, 4369, 4386, 4391, 4394, 4408, 4410, 4413, 4415, 4422, 4423, 4432, 4433, 4442, 4469, 4487, 4489, 4491, 4493, 4494, 4495, 4496, 4497, 4498, 4499, 4500, 4501, 4502, 4503, 4504, 4505, 4506, 4507, 4508, 4509, 4343, 4484, 4485, 4486, 4488, 4490 и 4492.
223. Растение по п. 222, где эндофит экспрессирует один или более генов, участвующих в метаболизме крахмала и сахарозы, деградации клеточной стенки или защиты от окислительного стресса.
224. Растение по п. 223, где белок экспрессируется по меньшей мере с двукратной разницей, по меньшей мере с трехкратной разницей, по меньшей мере с четырехкратной разницей, по меньшей мере с пятикратной разницей, по меньшей мере с шестикратной разницей, по меньшей мере с семикратной разницей, по меньшей мере с восьмикратной разницей, по меньшей мере с девятикратной разницей, по меньшей мере с десятикратной разницей или более в уровне экспрессии по сравнению с уровнем экспрессии белка эталонного микроорганизма.
225. Растение по п. 224, где разница в уровне экспрессии является положительной.
226. Растение по п. 224, где разница в уровне экспрессии является отрицательной.
227. Растение по любому из пп. 222-226, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты ITS рРНК по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 344 и 447.
228. Растение по любому из пп. 222-226, где эндофит содержит последовательность нуклеиновой кислоты 16S рРНК по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или на 100% идентичную последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 439 или 441.