ЛЕЧЕНИЕ ГИПЕРГЛИКЕМИИ С ПОМОЩЬЮ ИНГИБИТОРОВ ЧЛЕНА 5 СЕМЕЙСТВА 39 ТРАНСПОРТЕРОВ РАСТВОРЕННЫХ ВЕЩЕСТВ (SLC39A5)

1. Способ лечения субъекта, имеющего пониженный уровень цинка в сыворотке, повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию, включающий введение субъекту ингибитора члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ (англ.: Solute Carrier Family 39 Member 5 inhibitor).
2. Способ лечения субъекта, имеющего пониженный уровень цинка в сыворотке, включающий введение субъекту ингибитора члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ.
3. Способ лечения субъекта, имеющего повышенный уровень глюкозы в сыворотке, включающий введение субъекту ингибитора члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ.
4. Способ лечения субъекта, имеющего гипергликемию, включающий введение субъекту ингибитора члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ.
5. Способ по любому из пп. 1-4, где ингибитор SLC39A5 включает антитело, молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК SLC39A5.
6. Способ по любому из пп. 1-4, где ингибитор SLC39A5 включает белок Cas и направляющую РНК (нРНК), которая гибридизуется с последовательностью распознавания нРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5.
7. Способ по п. 6, где белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
8. Способ по п. 6 или 7, где последовательность распознавания нРНК содержит или находится рядом с положением, соответствующим 5604 согласно SEQ ID NO: 1, положением 6899 согласно SEQ ID NO: 1, положением 1353 согласно SEQ ID NO: 1, положением 6352 согласно SEQ ID NO: 1 или положением 5624 согласно SEQ ID NO: 1.
9. Способ по п. 6 или 7, где последовательность распознавания нРНК расположена на расстоянии от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов от положения, соответствующего: положению 5604 согласно SEQ ID NO: 1, положению 6899 согласно SEQ ID NO: 1, положению 1353 согласно SEQ ID NO: 1, положению 6352 согласно SEQ ID NO: 1, или положению 5624 согласно SEQ ID NO: 1.
10. Способ по п. 6 или 7, где последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM - англ.: Protospacer Adjacent Motif), расположена на расстоянии от около 2 до 6 нуклеотидов ниже последовательности распознавания нРНК.
11. Способ по любому из пп. 6-10, где нРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
12. Способ по любому из пп. 6-10, где последовательность распознавания нРНК содержит нуклеотидную последовательность согласно любой одной из SEQ ID NO: 28-56.
13. Способ по любому из пп. 6-10, где субъекту вводят цинк.
14. Способ по любому из пп. 1-13, дополнительно включающий обнаружение присутствия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, кодирующей полипептид SLC39A5 человека, в биологическом образце от субъекта.
15. Способ по п. 14, где когда субъект является эталонным по SLC39A5, указанному субъекту также вводят терапевтический агент, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию, в стандартной дозировке.
16. Способ по п. 14, где когда субъект является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, указанному субъекту также вводят терапевтический агент, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию в дозировке, которая является такой же или ниже стандартной дозировки.
17. Способ по любому из пп. 14-16, где стадия обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению варианта с прогнозируемой потерей функции, причем в случае обнаружения положения варианта с предполагаемой потерей функции молекула нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце представляет собой вариант с прогнозируемой потерей функции SLC39A5.
18. Способ по любому из пп. 14-17, где стадия обнаружения включает:
a) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизирующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая находится вблизи положения варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) удлинение праймера по меньшей мере через положение варианта с прогнозируемой потерей функции; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера вариантный нуклеотид в положении варианта с прогнозируемой потерей функции.
19. Способ по п. 17 или 18, где стадия обнаружения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
20. Способ по любому из пп. 14-16, где стадия обнаружения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая кодирует человеческий полипептид SLC39A5, при этом часть содержит положение варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей специфический в отношении изменения зонд, причем специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
21. Способ по п. 20, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и указанную мРНК обратно транскрибируют в кДНК перед стадией амплификации.
22. Способ по п. 20 или 21, где стадия обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт со специфическим в отношении изменения зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
23. Способ по любому из пп. 14-22, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 G413A, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
24. Способ по любому из пп. 14-22, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
25. Способ по любому из пп. 14-24, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 5604 согласно SEQ ID NO: 4; ii) молекула мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 11; iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 18; iv) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 6899 согласно SEQ ID NO: 6; v) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 13; vi) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 20; vii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 1353, согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3; viii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371, согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10; ix) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17; x) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 6352 согласно SEQ ID NO: 5; xi) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 12; xii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 19; xiii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 5624 согласно SEQ ID NO: 7; xiv) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 14; или xv) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 21.
in vitro
26. Способ по любому из пп. 14-25, где стадию обнаружения выполняют .
27. Способ лечения субъекта терапевтическим агентом, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию, причем субъект страдает от повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии, при этом способ включает стадии:
определение того, имеет ли субъект вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ, кодирующую полипептид SLC39A5 человека, путем:
получения или осуществления получения биологического образца от субъекта; и
выполнения или осуществления выполнения генотипирования биологического образца для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 ; и
когда субъект является эталонным по SLC39A5, то введения или продолжения введения субъекту терапевтического агента, который лечит или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию, в стандартной дозировке, и введения субъекту ингибитора SLC39A5; и
когда субъект является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, то введения или продолжения введения субъекту терапевтического агента, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию в количестве, которое является таким же или ниже чем стандартная дозировка, и введения субъекту ингибитора SLC39A5;
при этом присутствие генотипа, имеющего вариантную молекулу нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, кодирующую полипептид SLC39A5 человека, указывает на то, что у субъекта снижен риск развития повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии.
28. Способ по п. 27, где субъект является эталонным по SLC39A5, и субъекту вводят или продолжают вводить терапевтический агент, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию, в стандартной дозировке, и вводят ингибитор SLC39A5.
29. Способ по п. 27, где субъект является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, и указанному субъекту вводят или продолжают вводить терапевтический агент, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию в количестве, которое является таким же или ниже чем стандартная дозировка, и вводят ингибитор SLC39A5.
30. Способ по любому из пп. 27-29, где анализа включает генотипирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению варианта с прогнозируемой потерей функции, причем в случае обнаружения положения варианта с предполагаемой потерей функции молекула нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце представляет собой вариант с прогнозируемой потерей функции SLC39A5.
31. Способ по любому из пп. 27-30, где генотипирование включает:
a) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизирующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая находится вблизи положения варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) удлинение праймера по меньшей мере через положение варианта с прогнозируемой потерей функции; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера вариантный нуклеотид в положении варианта с прогнозируемой потерей функции.
32. Способ по п. 30 или 31, где стадия обнаружения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
33. Способ по любому из пп. 27-29, где генотипирование включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая кодирует человеческий полипептид SLC39A5, при этом часть содержит положение варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей специфический в отношении изменения зонд, причем специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
34. Способ по п. 33, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и указанную мРНК обратно транскрибируют в кДНК перед стадией амплификации.
35. Способ по п. 33 или 34, где стадия обнаружения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт со специфическим в отношении изменения зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
36. Способ по любому из пп. 27-35, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 G413A, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
37. Способ по любому из пп. 27-35, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
38. Способ по любому из пп. 27-37, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 5604 согласно SEQ ID NO: 4; ii) молекула мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 11; iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 18; iv) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 6899 согласно SEQ ID NO: 6; v) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 13; vi) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 20; vii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 1353, согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3; viii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371, согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10; ix) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17; x) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 6352 согласно SEQ ID NO: 5; xi) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 12; xii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 19; xiii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 5624 согласно SEQ ID NO: 7; xiv) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 14; или xv) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 21.
39. Способ по любому одному из пп. 27-38, где молекула нуклеиновой кислоты присутствует в клетке, полученной от субъекта-человека.
40. Способ по любому из пп. 27-39, где ингибитор SLC39A5 включает антитело, молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК SLC39A5.
41. Способ по любому из пп. 27-39, где ингибитор SLC39A5 включает белок Cas и направляющую РНК (нРНК), которая гибридизуется с последовательностью распознавания нРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5.
42. Способ по п. 41, где белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
43. Способ по п. 41 или 42, где последовательность распознавания нРНК содержит или находится рядом с положением, соответствующим 5604 согласно SEQ ID NO: 1, положением 6899 согласно SEQ ID NO: 1, положением 1353 согласно SEQ ID NO: 1, положением 6352 согласно SEQ ID NO: 1 или положением 5624 согласно SEQ ID NO: 1.
44. Способ по п. 41 или 42, где последовательность распознавания нРНК расположена на расстоянии от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов от положения, соответствующего: положению 5604 согласно SEQ ID NO: 1, положению 6899 согласно SEQ ID NO: 1, положению 1353 согласно SEQ ID NO: 1, положению 6352 согласно SEQ ID NO: 1, или положению 5624 согласно SEQ ID NO: 1.
45. Способ по п. 41 или 42, где последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до 6 нуклеотидов ниже последовательности распознавания нРНК.
46. Способ по любому из пп. 41-45, где нРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
47. Способ по любому из пп. 41-46, где последовательность распознавания нРНК содержит нуклеотидную последовательность согласно любой из SEQ ID NO: 28-56.
48. Способ идентификации субъекта-человека, имеющего высокий риск развития повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии, включающий:
определение или осуществление определения наличия или отсутствия вариантной молекулы нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ, кодирующей полипептид SLC39A5 человека, в биологическом образце, полученном от субъекта;
при этом:
когда субъект-человек является эталонным по SLC39A5, то субъект-человек имеет высокий риск развития повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии; и
когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, тогда субъект-человек имеет низкий риск развития повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии.
49. Способ по п. 48, где стадия определения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению варианта с прогнозируемой потерей функции, причем в случае обнаружения положения варианта с предполагаемой потерей функции молекула нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце представляет собой вариант с прогнозируемой потерей функции SLC39A5.
50. Способ по п. 48 или 49, где стадия определения включает:
a) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизирующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая находится вблизи положения варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) удлинение праймера по меньшей мере через положение варианта с прогнозируемой потерей функции; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера вариантный нуклеотид в положении варианта с прогнозируемой потерей функции.
51. Способ по п. 49 или 50, где стадия определения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
52. Способ по п. 48, где стадия определения включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая кодирует человеческий полипептид SLC39A5, при этом часть содержит положение варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей специфический в отношении изменения зонд, причем специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
53. Способ по п. 52, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и указанную мРНК обратно транскрибируют в кДНК перед стадией амплификации.
54. Способ по п. 52 или 53, где стадия определения включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт со специфическим в отношении изменения зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
55. Способ по любому из пп. 48-54, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 G413A, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
56. Способ по любому из пп. 48-54, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
57. Способ по любому из пп. 48-56, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 5604 согласно SEQ ID NO: 4; ii) молекула мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 11; iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 18; iv) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 6899 согласно SEQ ID NO: 6; v) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 13; vi) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 20; vii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 1353, согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3; viii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371, согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10; ix) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17; x) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 6352 согласно SEQ ID NO: 5; xi) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 12; xii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 19; xiii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 5624 согласно SEQ ID NO: 7; xiv) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 14; или xv) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 21.
in vitro
58. Способ по любому из пп. 48-57, где стадию определения выполняют .
59. Способ по любому из пп. 48-58, где субъект-человек является эталонным по SLC39A5, и указанному субъекту-человеку вводят терапевтическое средство, которое нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию в стандартной дозировке, и вводят ингибитор SLC39A5.
60. Способ по любому из пп. 48-58, где субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции SLC39A5, и указанному субъекту-человеку вводят терапевтическое средство, которое нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию в количестве, которое является таким же или ниже количества стандартной дозировки, и вводят ингибитор SLC39A5.
61. Способ обнаружения у субъекта-человека вариантной молекулы нуклеиновой кислоты члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ человека, включающий анализ образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты SLC39A5 в образце вариантный нуклеотид в положении варианта с прогнозируемой потерей функции.
62. Способ по п. 61, где анализ включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению варианта с прогнозируемой потерей функции, причем в случае обнаружения положения варианта с предполагаемой потерей функции молекула нуклеиновой кислоты SLC39A5 в биологическом образце представляет собой вариант с прогнозируемой потерей функции SLC39A5.
63. Способ по п. 61 или 62, где анализ включает:
a) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизирующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая находится вблизи положения варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) удлинение праймера по меньшей мере через положение варианта с прогнозируемой потерей функции; и
c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера вариантный нуклеотид в положении варианта с прогнозируемой потерей функции.
64. Способ по п. 62 или 63, где анализ включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
65. Способ по п. 61, где анализ включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты SLC39A5, которая кодирует человеческий полипептид SLC39A5, при этом часть содержит положение варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей специфический в отношении изменения зонд, причем специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
66. Способ по п. 65, где молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и указанную мРНК обратно транскрибируют в кДНК перед стадией амплификации.
67. Способ по п. 65 или 66, где анализ включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт со специфическим в отношении изменения зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с положением варианта с прогнозируемой потерей функции; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
68. Способ по любому из пп. 61-67, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 G413A, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
69. Способ по любому из пп. 61-67, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую SLC39A5 M304T, SLC39A5 Y47Stop, SLC39A5 R322Stop, SLC39A5 или R311Stop.
70. Способ по любому из пп. 61-69, где вариантная молекула нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции SLC39A5 представляет собой: i) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 5604 согласно SEQ ID NO: 4; ii) молекула мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 11; iii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 18; iv) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 6899 согласно SEQ ID NO: 6; v) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 13; vi) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 20; vii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 1353, согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3; viii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371, согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10; ix) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17; x) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 6352 согласно SEQ ID NO: 5; xi) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 12; xii) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 19; xiii) молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 5624 согласно SEQ ID NO: 7; xiv) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 14; или xv) молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 21.
71. Способ по любому одному из пп. 61-70, где молекула нуклеиновой кислоты присутствует в клетке, полученной от субъекта-человека.
72. Способ обнаружения присутствия вариантного полипептида члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ человека, включающий выполнение анализа образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли белок SLC39A5 в образце: i) треонин в положении, соответствующем положению 304 согласно SEQ ID NO: 24; ii) аланин в положении, соответствующем положению 413 согласно SEQ ID NO: 26; iii) представляет ли он собой усеченный вариант полипептида SLC39A5, имеющий аминокислотную последовательность, состоящую из SEQ ID NO: 23; iv) представляет ли он собой усеченный вариант полипептида SLC39A5, имеющий аминокислотную последовательность, состоящую из SEQ ID NO: 25; или v) представляет ли он собой усеченный вариант полипептида SLC39A5, имеющий аминокислотную последовательность, состоящую из SEQ ID NO: 27.
73. Способ по п. 72, где анализ включает секвенирование полипептида.
74. Способ по п. 72, где анализ представляет собой способ иммуноанализ.
75. Терапевтический агент, который нормализует или ингибирует повышенный уровень глюкозы в сыворотке и/или гипергликемию, для применения в лечении повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии у субъекта-человека, имеющего:
i) геномную молекулу нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий полипептид члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ, при этом нуклеотидная последовательность содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 5604 согласно SEQ ID NO: 4, или ее комплементарной цепи; цитозин в положении, соответствующем положению 6899 согласно SEQ ID NO: 6, или ее комплементарной цепи; аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 1353 согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3, или их комплементарным цепям; тимин в положении, соответствующем положению 6352 согласно SEQ ID NO: 5, или ее комплементарной цепи; или тимин в положении, соответствующем положению 5624 согласно SEQ ID NO: 7, или ее комплементарной цепи;
ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий полипептид SLC39A5, при этом нуклеотидная последовательность содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 11, или ее комплементарной цепи; цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 13, или ее комплементарной цепи; аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10, или их комплементарным цепям; урацил в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 12, или ее комплементарной цепи; или урацил в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 14, или ее комплементарной цепи; или
iii) молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий полипептид SLC39A5, при этом нуклеотидная последовательность содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 18, или ее комплементарной цепи; цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 20, или ее комплементарной цепи; аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17, или их комплементарным цепям; тимин в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 19, или ее комплементарной цепи; или тимин в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 21, или ее комплементарным цепи.
76. Ингибитор члена 5 семейства 39 носителей растворенных веществ для лечения повышенного уровня глюкозы в сыворотке и/или гипергликемии у субъекта-человека, имеющего:
i) геномную молекулу нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий полипептид члена 5 семейства 39 транспортеров растворенных веществ, при этом нуклеотидная последовательность содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 5604 согласно SEQ ID NO: 4, или ее комплементарной цепи; цитозин в положении, соответствующем положению 6899 согласно SEQ ID NO: 6, или ее комплементарной цепи; аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 1353 согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3, или их комплементарным цепям; тимин в положении, соответствующем положению 6352 согласно SEQ ID NO: 5, или ее комплементарной цепи; или тимин в положении, соответствующем положению 5624 согласно SEQ ID NO: 7, или ее комплементарной цепи; или
ii) молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий полипептид SLC39A5, при этом нуклеотидная последовательность содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 11, или ее комплементарной цепи; цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 13, или ее комплементарной цепи; аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10, или их комплементарным цепям; урацил в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 12, или ее комплементарной цепи; или урацил в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 14, или ее комплементарной цепи; или
iii) молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую человеческий полипептид SLC39A5, при этом нуклеотидная последовательность содержит: цитозин в положении, соответствующем положению 1141 согласно SEQ ID NO: 18, или ее комплементарной цепи; цитозин в положении, соответствующем положению 1468 согласно SEQ ID NO: 20, или ее комплементарной цепи; аденин или гуанин в положении, соответствующем положению 371 согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17, или их комплементарным цепям; тимин в положении, соответствующем положению 1194 согласно SEQ ID NO: 19, или ее комплементарной цепи; или тимин в положении, соответствующем положению 1161 согласно SEQ ID NO: 21, или ее комплементарным цепи.
77. Ингибитор SLC39A5 по п. 76, где ингибитор представляет собой молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК SLC39A5.
78. Ингибитор SLC39A5 по п. 76, где ингибитор SLC39A5 включает белок Cas и направляющую РНК (нРНК), которая гибридизуется с последовательностью распознавания нРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5.
79. Ингибитор SLC39A5 по п. 78, где белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
80. Ингибитор SLC39A5 по п. 78 или 79, где последовательность распознавания нРНК включает или находится рядом с положением 5604 согласно SEQ ID NO: 1, положением 6899 согласно SEQ ID NO: 1, положением 1353 согласно SEQ ID NO: 1, положением 6352 согласно SEQ ID NO: 1 или положением 5624 согласно SEQ ID NO: 1.
81. Ингибитор SLC39A5 по п. 78 или 79, где последовательность распознавания нРНК расположена на расстоянии от около 1000, 500, 400, 300, 200, 100, 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10 или 5 нуклеотидов от положения, соответствующего: положению 5604 согласно SEQ ID NO: 1, положению 6899 согласно SEQ ID NO: 1, положению 1353 согласно SEQ ID NO: 1, положению 6352 согласно SEQ ID NO: 1, или положению 5624 согласно SEQ ID NO: 1.
82. Ингибитор SLC39A5 по п. 78 или 79, где последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до 6 нуклеотидов ниже последовательности распознавания нРНК.
83. Ингибитор SLC39A5 по любому из пп. 78-82, где нРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
84. Ингибитор SLC39A5 по любому из пп. 78-83, где последовательность распознавания нРНК содержит нуклеотидную последовательность согласно любой одной из SEQ ID NO: 28-56.
85. Молекулярный комплекс, содержащий:
вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 4, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с цитозином в его положении 5604;
вариантную молекулу мРНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 11, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с цитозином в его положении 1141;
вариантную молекула кДНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 18, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с цитозином в его положении 1141;
вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 6, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с цитозином в его положении 6899;
вариантную молекулу мРНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 13, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с цитозином в его положении 1468;
вариантную молекула кДНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 20, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с цитозином в его положении 1468;
вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 3, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с аденином или гуанином в его положении 1353, соответственно;
вариантную молекулу мРНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 9 или SEQ ID NO: 10, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с аденином или гуанином в его положении 371, соответственно;
вариантную молекулу кДНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 17, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с аденином или гуанином в его положении 371, соответственно;
вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 5, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с тимином в его положении 6352;
вариантную молекулу мРНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 12, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с урацилом в его положении 1194;
вариантную молекулу кДНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 19, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с тимином в его положении 1194;
вариантную молекулу геномной нуклеиновой кислоты SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 7, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с тимином в его положении 5624;
вариантную молекулу мРНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 14, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с урацилом в его положении 1161; или
вариантную молекулу кДНК SLC39A5, содержащую нуклеотидную последовательность согласно SEQ ID NO: 21, и аллель-специфический праймер или аллель-специфический зонд, который гибридизуется с тимином в его положении 1161.