МУЛЬТИПРОТЕАЗНЫЙ СПОСОБ

1. Способ идентификации эпитопа на белке, с которым может связываться антитело, причем указанный способ включает:
(i) осуществление ограниченного или частичного протеолиза указанного белка с использованием одной первой протеазы или комбинации первых протеаз;
(ii) осуществление неограниченного протеолиза или осуществление ограниченного или частичного протеолиза указанного белка с использованием одной второй протеазы или комбинации вторых протеаз, причем указанная вторая протеаза или протеазы все отличаются от протеазы или протеаз, используемых на этапе (i);
(iii) анализ пептидов, которые высвободились из указанного белка на этапе (ii), для идентификации пептидов, в которых один конец был разрезан указанной первой протеазой, а другой конец был разрезан указанной второй протеазой;
(iv) исследование одного или нескольких эпитопов в области белка, содержащей или фланкирующей сайт разрезания указанной первой протеазы, как определено на этапе (iii), с помощью одного или более антител, направленных на указанные эпитопы, таким образом позволяя идентифицировать один или более эпитопов на белке, с которыми может связываться антитело.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что на этапе (ii) осуществляют неограниченный протеолиз.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что на этапе (i) используют одну первую протеазу.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что на этапе (ii) используют одну вторую протеазу.
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что на этапе (ii) осуществляют неограниченный протеолиз, и при этом указанный способ дополнительно включает после этапа (i), но перед этапом (ii), дополнительный этап осуществления ограниченного или частичного протеолиза указанного белка с использованием указанной одной второй протеазы или комбинации вторых протеаз, которые используют на этапе (ii).
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанная одна первая протеаза или указанная комбинация первых протеаз выбрана из группы, состоящей из трипсина, Arg-С, Lys-C и Lys-N.
7. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанная одна первая протеаза или указанная комбинация первых протеаз выбрана из группы, состоящей из пепсина, химотрипсина и Glu-C.
8. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанная одна вторая протеаза или указанная комбинация вторых протеаз выбрана из группы, состоящей из пепсина, химотрипсина и Glu-C.
9. Способ по любому из пп. 1-5 или 7, отличающийся тем, что указанная одна вторая протеаза или указанная комбинация вторых протеаз выбрана из группы, состоящей из трипсина, Arg-C, Lys-C и Lys-N.
10. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает этап денатурации, который проводят до, во время или после этапа (ii).
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что указанные пептиды анализируют с применением масс-спектрометрии.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что исследуют совокупность эпитопов.
13. Способ по любому из пп. 1-12, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает перед этапом (iv) этап создания одного или более выделенных эпитопов, последовательности которых соответствуют одному или более эпитопам на указанном белке, которые находятся в области белка, содержащей или фланкирующей сайт разрезания указанной первой протеазы, как определено на этапе (iii), и создания антител, которые направлены на указанные выделенные эпитопы, и использование указанных антител на этапе (iv) для исследования одного или нескольких эпитопов на указанном белке.
14. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что указанный эпитоп находится в пределах 20 аминокислот от указанного сайта разрезания указанной первой протеазы.
15. Способ по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что исследуют совокупность эпитопов, и отличающийся тем, что указанная совокупность эпитопов представляет собой множество эпитопов, причем последовательность каждого эпитопа во множестве смещена по сравнению с другим эпитопом во множестве на 1, 2 или 3 аминокислоты.
16. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанный протеолиз на этапах (i) и (ii) осуществляют в отношении белка, который присутствует в протеолипосоме, полученной из клеток.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанная протеолипосома иммобилизована в проточной ячейке для получения неподвижной фазы белка.
18. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что этап (iii) включает анализ пептидов, которые высвободились из указанного белка на этапе (i) и этапе (ii).
19. Способ по любому из пп. 1-18, отличающийся тем, что указанный способ также включает этап получения антитела против эпитопа, идентифицированного по любому из пп. 1-18.
20. Эпитоп, идентифицированный способом по любому из пп. 1-18.
21. Эпитоп, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 82, 88, 90, 94, 95, 96, 98, 99, 102, 104, 107, 110, 114, 115, 121, 122, 126, 130, 132, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 163, 165, 167, 168, 169, 171, 173, 174, 175, 176, 178, 180, 181 и 182, или последовательность, по существу гомологичную указанной последовательности, причем указанная по существу гомологичная последовательность представляет собой последовательность, содержащую 1, 2 или 3 замены или делеции аминокислот по сравнению с данной аминокислотной последовательностью, или представляет собой последовательность, которая характеризуется идентичностью последовательности по меньшей мере 70% данной аминокислотной последовательности, или представляет собой последовательность, которая характеризуется по меньшей мере 6 последовательными аминокислотами данной аминокислотной последовательности.
22. Антитело, которое связывается с эпитопом по п. 20 или 21.