БИОМАРКЕРЫ ДЛЯ РАКА ЛЕГКОГО

1. Способ определения прогноза для субъекта с немелкоклеточным раком легкого (NSCLC), включающий:
получение образца для тестирования от субъекта, страдающего NSCLC, после хирургической резекции;
определение уровня экспрессии по меньшей мере трех или более биомаркеров, приведенных в каждой из таблицы 1, таблицы 2 или таблицы 3; и
анализ уровня экспрессии для определения показателя риска, где указанный показатель риска можно использовать для определения прогноза для субъекта.
2. Способ определения прогноза для субъекта с немелкоклеточным раком легкого (NSCLC), включающий:
получение образца для тестирования от субъекта, страдающего NSCLC, после хирургической резекции;
определение уровня экспрессии по меньшей мере одного биомаркера из таблицы 1, таблицы 2 и таблицы 3 в тестируемом образце; и
анализ уровня экспрессии для определения показателя риска, где указанный показатель риска можно использовать для определения прогноза для субъекта.
3. Способ по п. 1 или 2, где показатель риска позволяет классифицировать субъекта как относящегося к группе высокого риска, который получит пользу от применения адъювантной химиотерапии, или как относящегося к группе низкого риска, который не получит пользу от применения адъювантной химиотерапии.
4. Способ по п. 1 или 2, где субъект получает прогноз плохих шансов на выживание или прогноз хороших шансов на выживание.
5. Способ по п. 2, где по меньшей мере один биомаркер, приведенный в таблице 1, таблице 2 и таблице 3, включает CBX7, STX1A и TPX2.
6. Способ по п. 2, где по меньшей мере один биомаркер, приведенный в таблице 1, таблице 2 и таблице 3, включает CBX7, TMPRSS2, STX1A, KLK6, TPX2 и UCK2.
7. Способ по п. 2, где по меньшей мере один биомаркер, приведенный в таблице 1, таблице 2 и таблице 3, включает CBX7, TMPRSS2, GPR116, STX1A, KLK6, SLC16A3, TPX2, UCK2, PHKA1.
8. Способ по п. 2, где по меньшей мере один биомаркер, приведенный в таблице 1, таблице 2 и таблице 3, включает CBX7, TMPRSS2, GPR116, KCNJ15, STX1A, KLK6, SLC16A3, PYGL, TPX2, UCK2, PHKA1 или EIF4A3.
9. Способ по п. 2, где по меньшей мере один биомаркер, приведенный в таблице 1, таблице 2 и таблице 3, включает CBX7, TMPRSS2, GPR116, KCNJ15, PTPN13, STX1A, KLK6, SLC16A3, PYGL, LDHA, TPX2, UCK2, PHKA1, EIF4A3 или TK1.
10. Способ по п. 2, где по меньшей мере один биомаркер, приведенный в таблице 1, таблице 2 и таблице 3, включает CBX7, TMPRSS2, GPR116, KCNJ15, PTPN13, CTSH, STX1A, KLK6, SLC16A3, PYGL, LDHA, ITGA5, TPX2, UCK2, PHKA1, EIF4A3, TK1 или CCNA2.
11. Способ определения прогноза для субъекта с немелкоклеточным раком легкого (NSCLC) после хирургической резекции, включающий определение экспрессии одного или более биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3,
где повышение экспрессии одного или более биомаркеров, приведенных в таблице 2 и/или таблице 3, и понижение экспрессии одного или более биомаркеров, приведенных в таблице 1, по сравнению с контролем используют для прогнозирования того, находится ли субъект в группе высокого риска с плохими шансами на выживание или в группе низкого риска с хорошими шансами на выживание.
12. Способ по п. 11, где субъекта из группы высокого риска выбирают для применения адъювантной химиотерапии, а субъекта из группы низкого риска не выбирают для применения адъювантной химиотерапии.
13. Способ выбора метода лечения для субъекта с NSCLC, включающий:
получение образца для тестирования от субъекта, страдающего NSCLC, перенесшего резекцию;
определение уровня экспрессии по меньшей мере двух или более биомаркеров, приведенных в таблице 2, в тестируемом образце для получения уровня экспрессии для каждого гена; и
анализ уровня экспрессии для определения показателя риска, где указанный показатель риска можно использовать для решения того, будет ли субъект выбран для получения лечения ингибитором ангиогенеза.
14. Способ по п. 13, где ингибитор ангиогенеза представляет собой авастин.
15. Способ избирательного лечения субъекта, страдающего раком NSCLC, включающий:
получение образца для тестирования от субъекта, страдающего
NSCLC, после хирургической резекции;
определение уровня экспрессии по меньшей мере одного или более биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 или таблице 3, или любой комбинации биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 или таблице 3, в тестируемом образце для определения показателя риска;
классификация субъекта на основании показателя риска как относящегося к группе высокого риска или группе низкого риска; и
проведение адъювантной терапии для субъекта, классифицированного как относящегося к группе высокого риска, или не проведение адъювантной терапии для субъекта, классифицированного как относящегося к группе низкого риска.
16. Способ по п. 11, 13 или 15, включающий определение экспрессии по меньшей мере трех биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3.
17. Способ по п. 1, 11, 13 или 15, включающий определение экспрессии по меньшей мере четырех биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3.
18. Способ по п. 1, 11, 13 или 15, включающий определение экспрессии по меньшей мере пяти биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3.
19. Способ по п. 1, 11, 13 или 15, включающий определение экспрессии по меньшей мере шести биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3.
20. Способ по любому из пп. 1-19, где NSCLC представляет собой NSCLC стадии I или NSCLC стадии II, либо их комбинацию.
21. Способ по любому из пп. 1-20, где NSCLC относится к
группе, состоящей из плоскоклеточной карциномы и аденокарциномы.
22. Способ по любому из пп. 1-21, где тестируемый образец представляет собой свежие, замороженные, фиксированные залитые парафином клетки.
23. Способ по любому из пп. 1-22, где уровень экспрессии определяют при помощи qNPA, nanoString, количественной ПЦР или чипа.
24. Способ по п. 1 или 2, где анализ экспрессии для определения показателя риска проводят с использованием статистического анализа.
25. Способ по п. 24, где статистический анализ включает регрессионный анализ Кокса или параметрические прогностические параметры выживания.
26. Способ по пп. 1-25, где субъект представляет собой человека.
27. Набор, включающий различные средства для измерения экспрессии одного или более биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3, и инструкции по применению.
28. Набор для прогнозирования того, получит ли субъект, страдающий раком легкого, пользу от адъювантной терапии, включающий:
различные средства для измерения экспрессии одного или более биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3;
средства для анализа экспрессии и определения показателя риска с целью прогнозирования того, получит ли пациент пользу от адъювантной терапии.
29. Набор по п. 28, где средства для измерения экспрессии включают чип с полинуклеотидами, комплементарными мРНК указанных генов.
30. Набор по п. 28, где средства для измерения экспрессии включают различные зонды для ПЦР и/или праймеры для кОТ-ПЦР.
31. Набор по п. 28, где по меньшей мере один биомаркер из приведенных в таблице 1, таблице 2 и таблице 3 включает CBX7, STX1A и TPX2.
32. Чип, содержащий один или более полинуклеотидных зондов, комплементарных продукту экспрессии по меньшей мере двух биомаркеров, приведенных в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3, и способных с ним гибридизоваться.
33. Композиция, содержащая различные выделенные последовательности нуклеиновых кислот, где каждая выделенная последовательность нуклеиновой кислоты гибридизуется с РНК-продуктом биомаркеров CBX7, STX1A и TPX2, где композицию используют для измерения уровня экспрессии РНК данных трех генов.
34. Компьютерный продукт для определения прогноза для субъекта с NSCLC, включающий:
средства получения данных, соответствующих уровню экспрессии одного или более биомаркеров в образце от субъекта, страдающего NSCLC, где указанные один или более биомаркеров приведены в таблице 1, таблице 2 и/или таблице 3,
средства для определения значения уровня экспрессии каждого гена; и
средства для определения показателя риска при помощи ввода
значения уровня экспрессии в базу данных, содержащую референсный профиль экспрессии, связанный с прогнозом, где показатель риска позволяет определить прогноз выживаемости или классифицировать субъекта как относящегося к группе высокого риска или группе низкого риска.
35. Компьютерный продукт по п. 34 для применения в способе по любому из пп. 1-25.