Модифицированные клетки с химерным антигеновым рецептором для лечения рака, экспрессирующего CLDN6

1. Молекула химерного антигенового рецептора (CAR), включающая:
i) антигенсвязывающий домен для CLDN6;
ii) трансмембранный домен; и
iii) внутриклеточный домен, который включает костимулирующий домен 4-1BB и сигнальный домен CD3-дзета.
2
H
L
HH
2. Молекула CAR по п. 1, при этом антигенсвязывающий домен для CLDN6 включает антитело, фрагмент антитела, scFv, Fv, Fab, (Fab′), однодоменное антитело (SDAB), домен V или V либо верблюжий домен V.
3. Молекула CAR по п. 1 или 2, при этом антигенсвязывающий домен для CLDN6 включает scFv.
4. Молекула CAR по любому из пп. 1-3, при этом антигенсвязывающий домен для CLDN6 включает аминокислотную последовательность по SEQ ID NO: 35 либо её функциональный вариант.
5. Молекула CAR по любому из пп. 1-4, при этом костимулирующий домен 4-1BB включает аминокислотную последовательность по SEQ ID NO: 30 или её функциональный вариант.
6. Молекула CAR по любому из пп. 1-5, которая не содержат других костимулирующих доменов.
7. Молекула CAR по любому из пп. 1-6, при этом сигнальный домен CD3-дзета включает аминокислотную последовательность по SEQ ID NO: 31 или её функциональный вариант.
8. Молекула CAR по любому из пп. 1-7, при этом трансмембранный домен включает трансмембранный домен белка, выбранного из группы, состоящей из альфа-, бета- или дзета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3-эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD154, KIRDS2, OX40, CD2, CD27, LFA-1 (CD11a, CD18), ICOS (CD278), 4-1BB (CD137), GITR, CD40, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), CD160, CD19, IL2R-бета, IL2R-гамма, IL7Ra, ITGA1, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, TNFR2, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRT AM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, PAG/Cbp, NKp44, NKp30, NKp46, NKG2D и NKG2C либо их функциональных вариантов.
9. Молекула CAR по любому из пп. 1-8, при этом трансмембранный домен включает трансмембранный домен CD8α.
10. Молекула CAR по любому из пп. 1-9, при этом трансмембранный домен включает аминокислотную последовательность по SEQ ID NO: 28 или её функциональный вариант.
11. Молекула CAR по любому из предыдущих пунктов, при этом антигенсвязывающий домен соединяется с трансмембранным доменом через шарнирный домен.
12. Молекула CAR по п. 11, при этом шарнирный домен представляет собой шарнирный домен CD8α.
13. Молекула CAR по п. 11 или 12, при этом шарнирный домен включает аминокислотную последовательность по SEQ ID NO: 27 или её функциональный вариант.
14. Молекула CAR по любому из пп. 1-13, включающая:
i) антигенсвязывающий домен для CLDN6;
ii) шарнирный домен CD8α;
iii) трансмембранный домен CD8α; и
iv) внутриклеточный домен, который включает костимулирующий домен 4-1BB и сигнальный домен CD3-дзета.
15. Молекула CAR по любому из пп. 1-14, дополнительно включающая лидерную последовательность.
16. Молекула CAR по любому из пп. 1-15, которая включает аминокислотную последовательность по SEQ ID NO: 36 или её функциональный вариант.
17. Нуклеиновая кислота, кодирующая молекулы CAR по любому из пп. 1-16.
18. Нуклеиновая кислота по п. 17, которая представляет собой ДНК или РНК.
19. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п. 17 или 18.
20. Вектор по п. 19, при этом вектор выбран из группы, состоящей из ДНК-векторов, РНК-векторов, плазмид, лентивирусных векторов, аденовирусных векторов и ретровирусных векторов.
21. Вектор по п. 19 или 20, дополнительно включающий промотор.
22. Вектор по п. 21, при этом промотор выбран из промотора EF-1, промотора гена IE CMV, промотора EF-1α, промотора убиквитина C или промотора фосфоглицераткиназы (PGK).
23. Иммуноэффекторные клетки, содержащие:
молекулы CAR по любому из пп. 1-16;
нуклеиновую кислоту по п. 17 или 18; или
вектор по любому из пп. 19-22.
24. Иммуноэффекторные клетки по п. 23, которые генетически модифицированы для экспрессии CAR.
25. Иммуноэффекторные клетки по п. 23 или 24, которые выбраны из группы, состоящей из T-клеток, натуральных клеток-киллеров (NK) и цитотоксических T-лимфоцитов (CTL).
+
26. Иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-25, которые представляют собой T-клетки CD8.
27. Иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-26, которые представляют собой человеческие клетки.
28. Популяция иммуноэффекторных клеток, включающая множество иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 23-27.
29. Иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-27 или популяция иммуноэффекторных клеток по п. 28, при этом клетки лишены экспрессии или имеют низкий уровень экспрессии функционального TCR или функционального HLA.
30. Способ получения иммуноэффекторных клеток или популяции иммуноэффекторных клеток, включающий введение нуклеиновой кислоты по п. 17 или 18 либо вектора по любому из пп. 19-22 в иммуноэффекторные клетки в условиях, при которых экспрессируются молекулы CAR.
31. Способ стимуляции клеточно-опосредованного иммунного ответа на экспрессирующую CLDN6 популяцию целевых клеток или ткань у субъекта, который включает предоставление субъекту эффективного количества иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 23-27 и 29 либо популяции иммуноэффекторных клеток по п. 28 или 29.
32. Способ лечения субъекта с заболеванием, связанным с экспрессией CLDN6, включающий предоставление субъекту эффективного количества иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 23-27 и 29 либо популяции иммуноэффекторных клеток по п. 28 или 29.
33. Способ по п. 32, при этом заболевание, связанное с экспрессией CLDN6, выбрано из группы, состоящей из пролиферативных заболеваний, предраковых состояний, рака и не связанных с раком показаний, связанных с экспрессией CLDN6.
34. Способ по п. 33, при этом рак выбран из группы, состоящей из рака яичников, рака легких, рака желудка, рака молочной железы, рака печени, рака поджелудочной железы, рака кожи, меланомы, рака головы и шеи, саркомы, рака желчных протоков, почечно-клеточного рака и рака мочевого пузыря.
35. Способ обеспечения противоопухолевого иммунитета у субъекта, включающий предоставление субъекту эффективного количества иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 23-27 и 29 либо популяции иммуноэффекторных клеток по п. 28 или 29.
36. Способ по п. 35, при этом опухоль представляет собой опухоль, экспрессирующую CLDN6.
37. Способ по любому из пп. 31-36, при этом иммуноэффекторные клетки или популяции иммуноэффекторных клеток являются аутологичными или аллогенными для субъекта.
38. Способ по любому из пп. 31-37, который дополнительно включает введение средства, повышающего эффективность иммуноэффекторных клеток или популяции иммуноэффекторных клеток.
39. Способ по п. 38, при этом такое средство выбрано из одного или нескольких из:
ингибиторов протеинфосфатаз;
ингибиторов киназ;
цитокинов;
ингибиторов иммуноингибирующих молекул; или
средств, снижающих уровень или активность клеток Treg.
40. Способ по любому из пп. 31-39, дополнительно включающий стадию контактирования иммуноэффекторных клеток или популяции иммуноэффекторных клеток с молекулами родственного антигена, связывающегося с антигенсвязывающим доменом для CLDN6.
41. Способ по п. 40, при этом молекулы родственного антигена выбраны из группы, состоящей из CLDN6 или его фрагментов либо вариантов CLDN6 или фрагментов CLDN6.
42. Способ по п. 40 или 41, при этом иммуноэффекторные клетки или популяции иммуноэффекторных клеток контактируют с молекулами родственного антигена в таких условиях, что происходит размножение и/или активация иммуноэффекторных клеток или популяции иммуноэффекторных клеток.
43. Способ по любому из пп. 40-42, при этом стадия контактирования иммуноэффекторных клеток или популяции иммуноэффекторных клеток с молекулами родственного антигена имеет место in vivo или ex vivo.
44. Способ по любому из пп. 40-43, который включает стадию введения субъекту молекул родственного антигена или кодирующей его нуклеиновой кислоты.
45. Способ по п. 44, при этом нуклеиновая кислота, кодирующая молекулы родственного антигена, экспрессируется в клетках субъекта, обеспечивая молекулы родственного антигена.
46. Способ по п. 45, при этом экспрессия молекул родственного антигена происходит на поверхности клетки.
47. Способ по любому из пп. 44-46, при этом нуклеиновая кислота, кодирующая молекулы родственного антигена, временно экспрессируется в клетках субъекта.
48. Способ по любому из пп. 44-47, при этом нуклеиновая кислота, кодирующая молекулы родственного антигена, представляет собой РНК.
49. Способ по любому из пп. 31-48, при этом иммуноэффекторные клетки или популяции иммуноэффекторных клеток и/или молекулы родственного антигена или кодирующая его нуклеиновая кислота вводятся системно.
50. Способ по п. 49, при этом после системного введения нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, происходит экспрессия нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, в селезенке.
51. Способ по п. 49 или 50, при этом после системного введения нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, происходит экспрессия нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, в антигенпрезентирующих клетках, предпочтительно в профессиональных антигенпрезентирующих клетках.
52. Способ по п. 51, при этом антигенпрезентирующие клетки выбраны из группы, состоящей из дендритных клеток, макрофагов и B-клеток.
53. Способ по любому из пп. 49-52, при этом после системного введения нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, совсем или почти не происходит экспрессии нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, в легких и/или печени.
54. Способ по любому из пп. 49-53, при этом после системного введения нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, экспрессия нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулы родственного антигена, в селезенке по меньшей мере в 5 раз превышает уровень экспрессии в легких.
55. Способ по любому из пп. 44-54, при этом нуклеиновая кислота, кодирующая молекулы родственного антигена, входит в состав носителя для доставки.
56. Способ по п. 55, при этом носитель для доставки включает частицы.
57. Способ по п. 55 или 56, при этом носитель для доставки включает по меньшей мере один липид.
58. Способ по п. 57, при этом такой по меньшей мере один липид включает по меньшей мере один катионный липид.
59. Способ по п. 57 или 58, при этом липид образует комплекс с и/или инкапсулирует нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулы родственного антигена.
60. Способ по любому из пп. 57-59, при этом липид содержится в везикулах, инкапсулирующих нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулы родственного антигена.
61. Способ по любому из пп. 44-60, при этом нуклеиновая кислота, кодирующая молекулы родственного антигена, входит в состав липосом.
62. Иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-27 и 29, популяция иммуноэффекторных клеток по п. 28 или 29 либо способ по любому из пп. 30-61, при этом иммуноэффекторные клетки или популяции иммуноэффекторных клеток представляют собой экспрессирующие CAR иммуноэффекторные клетки или экспрессирующие CAR популяции иммуноэффекторных клеток.
63. Молекулы CAR по любому из пп. 1-16, нуклеиновая кислота по п. 17 или 18, вектор по любому из пп. 19-22, иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-27, 29 и 62 или популяция иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 28, 29 и 62 для применения в качестве лекарственного средства.
64. Молекулы CAR по любому из пп. 1-16, нуклеиновая кислота по п. 17 или 18, вектор по любому из пп. 19-22, иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-27, 29 и 62 или популяция иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 28, 29 и 62 для применения при лечении заболевания, экспрессирующего CLDN6.
65. Набор, содержащий молекулы CAR по любому из пп. 1-16, нуклеиновую кислоту по п. 17 или 18, вектор по любому из пп. 19-22, иммуноэффекторные клетки по любому из пп. 23-27, 29 и 62 или популяцию иммуноэффекторных клеток по любому из пп. 28, 29 и 62.
66. Набор по п. 65, дополнительно содержащий молекулы родственного антигена, связывающегося с антигенсвязывающим доменом для CLDN6, или кодирующей его нуклеиновой кислоты.
67. Набор по п. 65 или 66, который дополнительно содержит инструкции по применению набора в способе по любому из пп. 30-62.