ИНКАПСУЛИРОВАННЫЕ ПОЛИНУКЛЕОТИДЫ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Липидная наночастица (ЛНЧ), содержащая молекулу рекомбинантной ДНК, содержащую полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно-компетентный вирусный геном, при этом полинуклеотидная последовательность функционально связана с промоторной последовательностью, способной связывать РНК-полимеразу II (Pol II) млекопитающих, и фланкирована 3’ соединительной последовательностью расщепления и 5' соединительной последовательностью расщепления, при этом 3' и 5' соединительные последовательности расщепления относятся к разным типам, и при этом полинуклеотид, кодирующий репликационно-компетентный вирусный геном, имеет невирусное происхождение.
2. ЛНЧ по п. 1, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность рибозима, а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
3. ЛНЧ по п. 2, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность рибозима, а 5' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень искусственной miR (AmiR).
4. ЛНЧ по п. 1, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень микроРНК (miR), а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности рибозима, последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
5. ЛНЧ по п. 1, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень искусственной miR (AmiR), а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности рибозима, последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
6. ЛНЧ по п. 1, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень гидовой РНК (гРНК), а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности рибозима, последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
7. ЛНЧ по п. 1, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность перв-miR, а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности рибозима и последовательности аптазима.
8. ЛНЧ по п. 1, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность аптазима, а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности рибозима.
9. ЛНЧ по любому из пп. 1-8, в которой репликационно-компетентный вирусный геном представляет собой вирус с одноцепочечной РНК (оцРНК).
10. ЛНЧ по п. 9, в которой вирус с одноцепочечной РНК (оцРНК) представляет собой вирус с положительно-полярной ((+)-полярной) или отрицательно-полярной ((-)-полярной) оцРНК.
11. ЛНЧ по п. 10, в которой репликационно-компетентный вирусный геном представляет собой вирус с (+)-полярной оцРНК, а вирус с (+)-полярной оцРНК представляет собой пикорнавирус.
12. ЛНЧ по п. 11, в которой пикорнавирус представляет собой вирус долины Сенека (SVV) или вирус Коксаки.
13. ЛНЧ по любому из пп. 1-12, в которой приведение в контакт ЛНЧ с клеткой приводит к продуцированию клеткой вирусных частиц, и при этом вирусные частицы являются инфекционными и литическими.
14. ЛНЧ по любому из пп. 1-13, в которой молекула рекомбинантной ДНК дополнительно содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую экзогенный белок полезной нагрузки.
15. ЛНЧ по любому из пп. 1-13, в которой ЛНЧ дополнительно содержит вторую полинуклеотидную последовательность, кодирующую экзогенный белок полезной нагрузки.
16. ЛНЧ по п. 14 или 15, в которой экзогенный белок полезной нагрузки представляет собой флуоресцентный белок, ферментативный белок, цитокин, хемокин, лиганд для рецептора клеточной поверхности или антигенсвязывающую молекулу, способную связываться с рецептором клеточной поверхности.
17. ЛНЧ по п. 16, в которой цитокин выбран из IL-18, IL-36γ, LIGHT и IL-2.
18. ЛНЧ по п. 16, в которой лиганд для рецептора клеточной поверхности представляет собой лиганд Flt3.
19. ЛНЧ по п. 16, в которой хемокин выбран из CCL21, CCL5, CXCL10 и CCL4.
20. ЛНЧ по п. 16, в которой антигенсвязывающая молекула способна связываться с рецептором иммунной контрольной точки и ингибировать его.
21. ЛНЧ по п. 20, в которой рецептор иммунной контрольной точки представляет собой PD1.
22. ЛНЧ по п. 16, в которой антигенсвязывающая молекула способна связываться с опухолеассоциированным антигеном, выбранным из DLL3, EpCam и CEA.
23. ЛНЧ по любому из пп. 16-22, в которой антигенсвязывающая молекула представляет собой биспецифическую молекулу-рекрутер T-клеток, содержащую первый домен, специфичный для опухолевого антигена, и второй домен, специфичный для поверхностной молекулы Т-клетки.
24. ЛНЧ по п. 23, в которой поверхностная молекула Т-клетки представляет собой CD3.
25. ЛНЧ по любому из пп. 1-22, в которой кассета последовательности-мишени микро-РНК (микроРНК) (miR-TS) вставлена в последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую репликационно-компетентный вирусный геном, при этом кассета miR-TS содержит одну или более последовательностей-мишеней микроРНК, и при этом экспрессия одной или более соответствующих микроРНК в клетке ингибирует репликацию репликационно-компетентного вирусного генома в клетке.
26. ЛНЧ по п. 25, в которой одна или более микроРНК выбраны из miR-124, miR-1, miR-143, miR-128, miR-219, miR-219a, miR-122, miR-204, miR-217, miR-137 и miR-126.
27. ЛНЧ по п. 26, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-124, одну или более копий последовательности-мишени miR-1 и одну или более копий последовательности-мишени miR-143.
28. ЛНЧ по п. 26, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-128, одну или более копий последовательности-мишени miR -219а и одну или более копий последовательности-мишени miR-122.
29. ЛНЧ по п. 26, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-128, одну или более копий последовательности-мишени miR-204 и одну или более копий последовательности-мишени miR-219.
30. ЛНЧ по п. 26, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-217, одну или более копий последовательности-мишени miR-137 и одну или более копий последовательности-мишени miR-126.
31. ЛНЧ по любому из пп. 1-30, в которой молекула рекомбинантной ДНК представляет собой плазмиду, содержащую полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно-компетентный вирусный геном.
32. ЛНЧ по любому из пп. 1-31, в которой ЛНЧ содержит катионный липид, холестерин и нейтральный липид.
33. ЛНЧ по п. 32, в которой катионный липид представляет собой 1,2-диолеоил-3-триметиламмонийпропан (DOTAP), и при этом нейтральный липид представляет собой 1,2-дилаурил-сн-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DLPE) или 1,2-диолеил-сн-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DOPE).
34. ЛНЧ по п. 32 или 33, дополнительно содержащая конъюгат фосфолипид-полимер, при этом конъюгат фосфолипид-полимер представляет собой 1,2-дистеароил-сн-глицеро-3-фосфоэтаноламин-поли(этиленгликоль) (DSPE-ПЭГ) или 1,2-дистеароил-сн-глицеро-3-фосфоэтаноламин-N-[амино(полиэтиленгликоль)] (DSPE-ПЭГ-амин).
35. ЛНЧ по п. 32, в которой катионный липид представляет собой D-Lin-MC3-DMA (MC3) и при этом нейтральный липид представляет собой 1,2-дистеароил-сн-глицеро-3-фосфохолин (DSPC).
36. ЛНЧ по п. 34, которая дополнительно содержит конъюгат фосфолипид-полимер 1,2-димиристоил-рац-глицеро-3-метоксиполиэтиленгликоля (ДМГ-ПЭГ).
37. ЛНЧ по любому из пп. 1-36, в которой гиалуронан конъюгирован с поверхностью ЛНЧ.
38. ЛНЧ по любому из пп. 1-36, в которой пептид RGD конъюгирован с поверхностью ЛНЧ.
39. Терапевтическая композиция, содержащая множество липидных наночастиц по любому из пп. 1-37, в которой множество ЛНЧ имеет средний размер от около 50 нм до около 500 нм.
40. Терапевтическая композиция по п. 39, в которой средний размер множества ЛНЧ составляет от 50 нм до 200 нм, от 100 нм до 200 нм, от 150 нм до 200 нм, от 50 нм до 150 нм, от 100 нм до 150 нм, от 200 нм до 500 нм, от 300 нм до 500 нм, от 350 нм до 500 нм, от 400 нм до 500 нм, от 425 нм до 500 нм, от 450 нм до 500 нм или от 475 нм до 500 нм.
41. Терапевтическая композиция по п. 39 или 40, в которой средний дзета-потенциал множества ЛНЧ составляет менее чем около -20 мВ, менее чем около -30 мВ, менее чем около 35 мВ или менее чем около -40 мВ.
42. Терапевтическая композиция по п. 41, в которой средний дзета-потенциал множества ЛНЧ составляет от около -50 мВ до около - 20 мВ, от около -40 мВ до около -20 мВ или от около -30 мВ до около -20 мВ.
43. Терапевтическая композиция по п. 41 или 42, в которой средний дзета-потенциал множества ЛНЧ составляет около -30 мВ, около -31 мВ, около -32 мВ, около -33 мВ, около -34 мВ, около -35 мВ, около -36 мВ, около -37 мВ, около -38 мВ, около -39 мВ или около -40 мВ.
44. Терапевтическая композиция по любому из пп. 39-43, в которой введение терапевтической композиции субъекту доставляет в клетку-мишень субъекта полинуклеотид рекомбинантной ДНК, и при этом полинуклеотид рекомбинантной ДНК продуцирует инфекционный вирус, способный лизировать клетку-мишень субъекта.
45. Терапевтическая композиция по п. 44, в которой композиция доставляется внутривенно или внутриопухолево.
46. Терапевтическая композиция по п. 44, в которой клетка-мишень представляет собой раковую клетку.
47. Способ ингибирования роста раковой опухоли у нуждающегося в этом субъекта, включающий введение терапевтической композиции по любому из пп. 39-46 нуждающемуся в этом субъекту, причем введение композиции ингибирует рост опухоли.
48. Способ по п. 47, в котором введение осуществляют внутриопухолево или внутривенно.
49. Способ по п. 47 или 48, в котором рак представляет собой рак легких или рак печени.
50. Молекула рекомбинантной ДНК, содержащая полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно-компетентный вирусный геном, при этом полинуклеотидная последовательность функционально связана с промоторной последовательностью, способной связывать РНК-полимеразу II (Pol II) млекопитающих, и фланкирована 3’ соединительной последовательностью расщепления и 5' соединительной последовательностью расщепления, при этом 3' и 5' соединительные последовательности расщепления относятся к разным типам, и при этом полинуклеотид, кодирующий репликационно-компетентный вирусный геном, имеет невирусное происхождение.
51. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 50, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность рибозима, а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
52. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 51, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность рибозима, а 5' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень искусственной miR (AmiR).
53. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 50, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень микроРНК (miR), а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности рибозима, последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
54. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 50, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень искусственной miR (AmiR), а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности рибозима, последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
55. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 50, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность-мишень гидовой РНК (гРНК), а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности рибозима, последовательности перв-miR и последовательности аптазима.
56. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 50, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность перв-miR, а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности рибозима и последовательности аптазима.
57. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 50, в которой 3' соединительная последовательность расщепления представляет собой последовательность аптазима, а 5' соединительная последовательность расщепления выбрана из последовательности-мишени микроРНК (miR), последовательности-мишени искусственной miR (AmiR), последовательности-мишени гидовой РНК (гРНК), последовательности перв-miR и последовательности рибозима.
58. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 50-57, в которой кодируемый вирус представляет собой вирус с одноцепочечной РНК (оцРНК).
59. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 58, в которой вирус с оцРНК представляет собой вирус с положительно-полярной ((+)-полярной) или отрицательно-полярной ((-)-полярной) оцРНК.
60. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 59, в которой вирус с (+)-полярной оцРНК представляет собой пикорнавирус.
61. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 60, в которой пикорнавирус представляет собой вирус долины Сенека (SVV) или вирус Коксаки.
62. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 50-61, в которой молекула рекомбинантной ДНК способна продуцировать инфекционный, литический вирус при введении в клетку с помощью невирусного средства доставки.
63. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 50-62, в которой молекула рекомбинантной ДНК дополнительно содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую экзогенный белок полезной нагрузки.
64. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 63, в которой экзогенный белок полезной нагрузки представляет собой флуоресцентный белок, ферментативный белок, цитокин, хемокин, лиганд для рецептора клеточной поверхности или антигенсвязывающую молекулу, способную связываться с рецептором клеточной поверхности.
65. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 64, в которой цитокин представляет собой IL-18, IL-36γ, LIGHT и IL-2.
66. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 64, в которой лиганд для рецептора клеточной поверхности представляет собой лиганд Flt3.
67. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 64, в которой хемокин выбран из CCL21, CCL5, CXCL10 и CCL4.
68. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 64, в которой антигенсвязывающая молекула способна связываться с рецептором иммунной контрольной точки и ингибировать его.
69. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 68, в которой рецептор иммунной контрольной точки представляет собой PD1.
70. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 64, в которой антигенсвязывающая молекула способна связываться с опухолеассоциированным антигеном, выбранным из DLL3, EpCam и CEA.
71. Молекула рекомбинантной ДНК по пп. 64 или 70, в которой антигенсвязывающая молекула представляет собой биспецифическую молекулу-рекрутер T-клеток, включающую первый домен, специфичный для опухолевого антигена, и второй домен, специфичный для поверхностной молекулы Т-клетки.
72. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 71, в которой поверхностная молекула Т-клетки представляет собой CD3.
73. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 50-72, в которой кассета последовательности-мишени микро-РНК (микроРНК) (miR-TS) вставлена в последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую репликационно-компетентный вирусный геном, при этом кассета miR-TS содержит одну или более последовательностей-мишеней микроРНК, и при этом экспрессия одной или более соответствующих микроРНК в клетке ингибирует репликацию кодируемого вируса в клетке.
74. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 73, в которой одна или более микроРНК выбраны из miR-124, miR-1, miR-143, miR-128, miR-219, miR-219a, miR-122, miR-204, miR-217, miR-137 и miR-126.
75. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 73, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-124, одну или более копий последовательности-мишени miR-1 и одну или более копий последовательности-мишени miR-143.
76. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 73, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-128, одну или более копий последовательности-мишени miR-219а и одну или более копий последовательности-мишени miR-122.
77. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 73, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-128, одну или более копий последовательности-мишени miR-204 и одну или более копий последовательности-мишени miR-219.
78. Молекула рекомбинантной ДНК по п. 73, в которой кассета miR-TS содержит одну или более копий последовательности-мишени miR-217, одну или более копий последовательности-мишени miR-137 и одну или более копий последовательности-мишени miR-126.
79. Молекула рекомбинантной ДНК по любому из пп. 50-78, в которой молекула рекомбинантной ДНК представляет собой плазмиду или NanoV, содержащую полинуклеотидную последовательность, кодирующую репликационно-компетентный вирусный геном.