ИНТЕГРИРОВАННОЕ ПОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ НАСТОЛЬНОГО КОМПЬЮТЕРА ДЛЯ УПРАВЛЕНИЯ ДАННЫМИ ПО ВИРУСАМ

1. Система для управления данными по вирусам, причем система включает: один или несколько средств графического интерфейса пользователя (ГИП) и систему для хранения и поиска данных (СХПД), причем СХПД хранит генетические, биологические, клинические и фенотипические данные по вирусам, и одно или несколько средств ГИП работают для осуществления управления системой, чтобы управлять данными и анализировать данные, и причем одно или несколько средств ГИП и СХПД интегрированы для управления данными по вирусам без экспорта данных.
2. Система по п.1, кроме того, включающая средство аннотирования, которое управляет аннотациями в форме определенных пользователем точек данных и интегрирует аннотации в поисковый контекст, который является неотъемлемой частью системы.
3. Система по п.1, кроме того, включающая механизм реляционной базы данных, интегрированный с СХПД.
4. Система по п.1, кроме того, включающая средство импорта, которое автоматизирует задачу отделения отдельных белков и областей от вирусных последовательностей.
5. Система по п.1, отличающаяся тем, что по меньшей одно из средств ГИП обеспечивает просмотр нуклеотидов и аминокислот и способно переключаться между такими просмотрами.
6. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое изолирует определенные пользователем генетические характеристики посредством аннотаций, ассоциированных с последовательностями.
7. Система по п.6, кроме того, включающая средство для выравнивания, связанное со средством для направления запросов, чтобы позволить выделить один или несколько атрибутов запроса в функции выравнивания.
8. Система по п.7, отличающаяся тем, что средство для выравнивания включает средство для сборки контигов, которое анализирует полные и частичные геномные последовательности.
9. Система по п.1, кроме того, включающая средство для филогении, которое собирает выравнивания в эволюционные деревья, которые кодируют цветом и проставляют временные метки на последовательностях данных.
10. Система по п.1, кроме того, включающая графическое средство, которое представляет необработанные данные электроферограммы и собирает по меньшей мере один из линейного графика или гистограммы для нанесения переменных на графики и представления этих графиков.
11. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое связывает реляционные наборы данных по вирусам.
12. Система по п.1, кроме того, включающая средство для направления запросов, которое выбирает вирусные последовательности по атрибутам, определенным пользователем, из списка аннотаций, предварительно ассоциированных с последовательностями.
13. Система по п.12, отличающаяся тем, что средство для направления запросов содержит аннотации и операторы, которые выбраны пользователем и установлены для управления результатами запроса.
14. Система по п.1, кроме того, включающая средство для выравнивания, средство для филогенетики и средство для анализа мутаций, причем средства для выравнивания, филогенетики и анализа мутаций интегрированы в одном месте.
15. Система по п.14, отличающаяся тем, что средства для выравнивания, филогенетики и анализа мутаций специально приспособлены к математике скорости репликации вируса и уязвимой для ошибок полимеразы.
16. Система по п.1, имеющая архитектуру, состоящую из трех уровней, включая уровень представления, уровень связующего ПО и уровень базы данных с взаимодействием объектных слоев, причем уровень представления содержит один или несколько компонентов ГИП, включающих одно или несколько средств ГИП, уровень связующего ПО содержит один или несколько компонентов связующего ПО и включает логику обработки, используемую системой, и уровень базы данных содержит один или несколько компонентов данных, включающих систему хранения и поиска данных.
17. Система по п.16, отличающаяся тем, что по меньшей мере одно из средств ГИП имеет одно или несколько форм окон, предоставляемых пользователю с уровня представления, причем эти одно или несколько окон принимают данные, вводимые пользователем и отображают выходные данные, и причем логика обработки обрабатывает вводимые данные и возвращает выходные данные в одну или несколько форм окон.
18. Система по п.1, кроме того, включающая по меньшей мере одно средство, выбираемое из по меньшей мере одного из группы средства для аннотирования, средства для выравнивания, средства для сборки контигов, средства для филогенетики, средства для анализа мутаций, графического средства, средства для направления запросов, средства для отслеживания мутаций, средства для энтропии, средства для обработки данных микроматрицы и средства для определения генотипа.
19. Система по п.1, кроме того, включающая статистические подпрограммы.
20. Система по п.1, кроме того, включающая N-уровневую структуру, которая позволяет системе масштабироваться между рассеянными ресурсами аппаратного обеспечения без необходимости изменения средств.