Апробация пан-флебовирусной ОТ-ПЦР тест-системы

Материалы X съезда ВНПОЭМП, Москва, 12-13 апреля 2012 г.

Инфекция и иммунитет

РАЗНООБРАЗИЕ И ИЗМЕНЧИВОСТЬ ПОПУЛЯЦИЙ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ НА СОВРЕМЕННОМ ЭТАПЕ

А.Б. Жебрун, С.Л. Мукомолов, О.В. Нарвская, И.В. Мокроусов, Г.Я. Ценева, Л.А. Кафтырева, Н.И. Романенкова, О.В. Калинина

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт -Петербург

Изучение генотипической структуры более 20 видов патогенов выявило нарастающий темп изменения их популяций вследствие мутационных, селекционных, рекомбинационных событий в геноме и ввиду заноса генотипов из других зон мира. Высокую изменчивость популяций подтверждают следующие факты:

— циркуляция в России более 80 генетических вариантов (сполиготипов) микобактерий туберкулеза, доминирование генетического семейства Bejing (51,1%) и «взрывная» диссеминация субпопуляции BO/Bejing, которая содержит до 60% мультирезистентных к антибиотикам штаммов;

— быстрый темп микроэволюции генома вируса гепатита А;

— обнаружение ранее неизвестного явления межтиповой рекомбинации у вируса гепатита С;

— отсутствие генов энтеропатогенности у современных популяций E. coli O1, E. coli O6 и E. coli O144, вследствие чего они не могут квалифицироваться как возбудители острых кишечных инфекций без генетической идентификации;

— нарастание частоты CagA+ генотипов H. pylori, увеличение доли кларитроми-цинрезистентных штаммов в циркуляции до 39%;

— генетический дрейф под прессом вакцинопро-филактики в составе диких популяций B .pertussis и вируса краснухи; формирование патогенных дериватов вируса Сэбина (у 1% больных вакци-нассоциированным полиомиелитом);

— возрастающая циркуляция папилломавирусов высокого канцерогенного риска (инфицировано 45% пациентов дерматологического профиля);

— обнаружение «типичных» путей импорта в Россию неэндемичных генотипов вирусов (гепатита А— из Средней Азии, гепатита В — из Вьетнама, гепатита С — из США, полиовируса — из Таджикистана. Возрастающее биоразнообразие патогенов создает систему рисков: появление новых эпидемических клонов; антибиотикорезистентность; потеря актуальности вакцин; реверсия патогенности живых вакцин; «маскировка» патогенов вследствие межвидовой рекомбинации; появление новых онкогенных генотипов; возврат ликвидированных инфекций. В целях парирования рисков необходимы постоянные фундаментальные и прикладные (мониторинговые) исследования генетического разнообразия всех актуальных патогенов.

ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ ПРОЦЕСС И ОСОБЕННОСТИ ПОПУЛЯЦИИ HELICOBACTER PYLORI В СОВРЕМЕННЫЙ ПЕРИОД

А.Б. Жебрун, А.В. Сварваль, Р.С. Ферман

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург

Исследования проведены в Санкт-Петербурге и на территории Северо-Западного Федерального округа в течение 2008—2011 гг. Впервые в стране,

на фоне резко возросшего уровня заболеваемости, обусловленной H. pylori (гастриты и дуодениты, язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки), осуществлено динамическое наблюдение: а) за превалентностью инфекции H. pylori у детей и взрослых; б) за особенностями популяционной структуры возбудителя.

Обследовано 2072 человека: 860 детей, 1212 взрослых лиц

Впервые выявлена новая закономерность: волнообразный характер нарастания превалентности H. pylori по мере взросления детских когорт — с ускорением темпов инфицирования в возрасте 4—5, 7—8 и 11—15 лет. Превалентность H. pylori — инфекции у детей колебалась без выраженной динамики, в пределах 42—54%; у взрослых она достоверно нарастала с 65,5% в 2007 г. до 87,6% в 2011 г. При этом доля cagA-позитивных штаммов в структуре популяции бактерий достоверно возросла до 88,7% у детей и 87,6% у взрослых (рост составил 46% и 22% — соответственно).

Генотипирование выявило следующие доли cagA-позитивных штаммов у больных: при гастрите — 64,7%, язвенной болезни — 72,2%, карциноме желудка — 90,8%.

Рутинные и генетические методы контроля ан-тибиотикоризистентности H. pillory выявили высокие уровни резистентности к метронидазолу (78,6% штаммов) и кларитромицину (39,3%), а так же появление новых, не описанных в литературе сочетаний мутаций, ответственных за резистентность к клари-тромицину.

Заключение: резко возросший в стране за последние 20 лет уровень заболеваемости детей и взрослых гастритами и язвенной болезнью сопровождается неблагоприятными изменениями структуры популяции H. pylory — ростом частоты cagA-позитивных штаммов, распространением метронидазол-и кларитромицина-резистентности, что требует повсеместного контроля этих показателей в клинической и эпидемиологической практике.

АПРОБАЦИЯ ПАН-ФЛЕБОВИРУСНОЙ ОТ-ПЦР ТЕСТ-СИСТЕМЫ

А.С. Климентов1,2, Н.В. Хуторецкая2, О.В. Исаева1, С.В. Бугмырин5, И.С. Холодилов1, Л.А. Беспятова5, Е.П. Иешко5, Л.И. Козловская1, А.С. Шевцова1, Л.Ю. Романова1, И.В. Ковальчук3, Н.И. Соломащенко4, К.А. Пурмак4, Е.Н. Романенко3, Г.А. Тихонова3, Г.Г. Карганова1, А.П. Гмыль1

'ФГБУ ««Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова» РАМН, Московская область; 2ФГБУ«НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского» Минздравсоцразвития России, Москва; 3Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Ставропольскому краю, г. Ставрополь; 4ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Ставропольском крае», г. Ставрополь; 5У РАН Институт биологии карельского научного центра РАН, г. Петрозаводск

Представители рода Флебовирусов относятся к экологической группе арбовирусов. Их широкое распространение и генетическое разнообразие дает основание предполагать, что этиологическими агентами ряда заболеваний, связанных с присасыванием клеща, являются не охарактеризованные представи-

2012, Т. 2, № 1-2

Внедрение достижений эпидемиологии

тели этого рода. Так, например, в 2009 г. в Китае была выявлена тяжелая лихорадка с синдромом тромбо-цитопении (SFTS). В последствии было установлено, что этиологическим агентом данного заболевания является новый Флебовирус. Таким образом, создание универсальной тест-системы для детекции геномной РНК Флебовирусов является весьма актуальной задачей. Целью данной работы являлось создание такой тест-системы, основанной на реакции ОТ-ПЦР. В качестве мишени для вырожденных праймеров выбраны консервативные участки поли-меразы флебовирусов, выявленные на основании выравнивания аминокислотных последовательностей представленных в базе данных NCBI. Способность созданной пары праймеров специфично амплифи-цировать нужный участок генома Флебовирусов была проверена на коллекции Флебовирусов: вирусе Лихорадки долины Рифт, вирусах Неаполитанской и Сицилианской москитных лихорадок, вирусах Тоскана и Уукуниеми.

Созданная пара праймеров была использована для обследования клещей родов Ixodes и Dermacentor, собранных на Куршской Косе (Калининградская обл.) — 74 пробы, Республике Карелия — 40 проб, Серпуховском р-не МО — 20 проб, Ставропольском крае — 136 проб.

Положительные образцы были обнаружены среди пулов клещей собранных в Республике Карелия и Ставропольском крае. Секвенирование полученых ампликонов показало, что обнаружены два ранее не описанные представителя рода Флебовирусов.

ИССЛЕДОВАНИЕ ДИНАМИКИ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ И МУТНОСТИ ВОДЫ В УРАЛЬСКОМ РЕГИОНЕ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ АПОСТЕРИОРНЫХ МЕТОДОВ РАЗЛАДКИ ВРЕМЕННЫХ РЯДОВ

A.^ Ковалевский1, В.В. Губарев1, А.Н. Егоров3*, М. Райт4, Е.Н. Наумова4, В.Б. Локтев2

1Новосибирский государственный технический университет, Новосибирск, Новосибирский государственный университет, Новосибирск; 2Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», Новосибирская обл.; 3United States Environmental Protection Agency, National Center for Environmental Assessment, Cincinnati, OH, USA; 4Tufts University School of Engineering, Medford, MA, USA; *Now with the World Health Organization, Bonn, Germany

Цель описываемого исследования заключалась в изучении возможности применения байесовских методов анализа (разладки) процессов при харак-теризации динамики временных рядов качества воды и желудочно-кишечных инфекций. Мы изучили качество идентификации полного временного ряда и его определенных сегментов для качества воды и заболеваемости. Была определена гомогенность интервалов, основанных на теореме Мас№Ш'а о конвергенции частичных сумм остатков в сочетании с понятием «эмпирический мост», описанного Гусаровым и др. Чтобы проверить наличие точек изменения во временных рядах, мы использовали в качестве статистики максимальное абсолютное значение «эмпирического моста».

Для иллюстрации такого подхода были проведены исследования ежедневного количества кишечных инфекций неизвестной этиологии, имевших место в 2008—2009 гг. в Екатеринбурге, Россия, и ежедневные данные о мутности воды, поступающей на го-

родские очистные сооружения в период 1995—2008 гг. Наблюдалось увеличение кишечных инфекций с самого начала 2008 г. до первой точки изменения в мае 2008 г., последующее снижение в 2009 г. (средняя 36,4 случая в день до периода с момента второго изменения в апреле 2009 г. и до конца 2009 г.). Для мутности воды также обнаружено 3 однородных периода: для периода 1995—2001 гг. было характерно снижение в 11,1% в год; в период 2001—2007 гг. определялось умеренное увеличение (6,5%); и в последний период 2007—2008гг. было обнаружено небольшое снижение (1,2%).

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ГИС-ТЕХНОЛОГИЙ

ПРИ ПРОВЕДЕНИИ ОБЪЕКТОВОГО УЧЕНИЯ СПЭБ

Е.С. Куликалова, В.А. Вишняков, С.А. Татарников, К.А. Тирских, Л.М. Михайлов, А.В. Родзиковский, С.В. Балахонов

ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, г. Иркутск

Эффективным инструментом при ликвидации чрезвычайных ситуаций (ЧС) в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения являются специализированные противоэпидемические бригады противочумных институтов (СПЭБ), модернизированные в соответствии с решением саммита «Группы восьми» (2006 г.) и во исполнение распоряжения Правительства Российской Федерации от 21 мая 2007 г. № 642-р. Оснащенные современным оборудованием, СПЭБы способны работать в автономных условиях, обеспечивая противодействие распространению инфекционных заболеваний и минимизацию последствий ЧС биологического характера.

В рамках объектового учения СПЭБ Иркутского научно-исследовательского противочумного института Сибири и Дальнего Востока 4—8 июля 2011 г. специалистами группы эпидразведки проведена отработка приемов санитарно-топографического обследования поверхностных водоемов населенного пункта при отборе проб на холеру с использованием геоинформационных систем (ГИС-технологий), картографического анализа информации о расположении стационарных точек отбора проб с привязкой к существующим системам жизнеобеспечения (сети водоснабжения и канализации).

Географические координаты стационарных точек отборапробфиксировалис помощью GPS-навигатора Garmin Oregon 300. Экспорт и интеграцию пространственных данных осуществляли с использованием программы Mapsource 6,16,03 на платформе Microsoft Windows XP Professional.

В результате на электронную карту административной территории нанесены слои, отражающие координаты 16 точек отбора проб в проекции на поверхностные водоемы, маршруты отбора проб группами эпидразведки и места выделения четырех штаммов V. cholerae не О1/О139 серогрупп из водоемов населенного пункта (по результатам исследования лаборатории особо опасных инфекций СПЭБ). Разработан алгоритм противоэпидемических, са-нитарно-охранных, организационных мероприятий с учетом эпидемической значимости изолированных штаммов холерного вибриона.

Использование ГИС и системы глобального позиционирования позволяет оптимизировать ра-