СПОСОБЫ РАЗДЕЛЕНИЯ, ХАРАКТЕРИСТИКИ И(ИЛИ) ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ РАМАНОВСКОЙ СПЕКТРОСКОПИИ

1. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма из тестируемого образца, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) селективный лизис клеток не микроорганизмов в тестируемом образце с получением лизированного образца;
(c) разделение микроорганизмов от других компонентов указанного лизированного образца с образованием изолированного образца микроорганизмов;
(d) исследование изолированных микроорганизмов с использованием одного или более чем одного метода рамановской спектроскопии с получением спектроскопических измерений данного микроорганизма и
(e) характеристику и/или идентификацию данного микроорганизма в изолированном образце путем сравнения спектроскопических измерений со снятыми спектроскопическими измерениями известных микроорганизмов или предсказанными спектроскопическими свойствами известных микроорганизмов.
2. Способ по п.1, где стадии (с) и (d) осуществляют в герметично закрытом контейнере, и где стадия исследования (d) является неинвазивной.
3. Способ по п.1, где метод рамановской спектроскопии выбран из группы, состоящей из рамановской спектроскопии, конфокальной рамановской спектроскопии, рамановской спектроскопии, усиленной поверхностью, рамановской спектроскопии с пространственным смещением, резонансной рамановской спектроскопии, трансмиссионной рамановской спектроскопии и любой их комбинации.
4. Способ по п.1, где микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
5. Способ по п.1, где микроорганизмы характеризуют на основании одного или более чем одного измерения времени обнаружения, скорости роста, а также размера, формы, цвета и/или плотности осадка микроорганизма.
6. Способ по п.1, где микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп и функциональных групп.
7. Способ по п.1, где микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
8. Способ по п.1, где стадию селективного лизиса (b) осуществляют, используя раствор для лизиса, содержащий один или более чем один детергент.
12
9
7
9. Способ по п.8, где один или более чем один детергент выбран из группы, состоящей из Тритона Х-100, Тритона X-100-R, Тритона Х-114, NP-40, Genapol С-100, Genapol Х-100, Igepal CA 630, Arlasolve™200, Brij 96/97, CHAPS, октил-D-глюкопиранозида, сапонина, нонаэтиленгликоля монододецилового эфира (CE, полидоценол), додецилсульфата натрия, N-лаурилсаркозина, деоксихолата натрия, желчных солей, гексадецилтриметиламмония бромида, SB3-10, SB3-12, амидосульфобетаина-14, CBzO, Brij 98, Brij 58, Brij 35, Твин 80, Твин 20, Pluronic L64, Pluronic P84, не детергентных сульфобетаинов (NDSB 201), амфиполов (PMAL-C8) и метил-β-циклодекстрина.
12-18
9-10
10. Способ по п.8, где указанный детергент представляет собой полиоксиэтиленовый детергент, включающий структуру C/E.
11. Способ по п.10, где указанный полиоксиэтиленовый детергент выбран из группы, состоящей из Brij 97, Brij96V, Genapol С-100, Genapol Х-100 и полидоценола.
12. Способ по п.8, где раствор для лизиса дополнительно содержит один или более чем один фермент, который включает смесь одной или более чем одной протеиназы и одной или более чем одной нуклеазы.
13. Способ по п.8, где раствор для лизиса содержит один или более чем один буферный агент.
14. Способ по п.1, где лизированный образец наслаивают на градиент плотности в указанном контейнере, и где указанный контейнер центрифугируют с образованием осадка микроорганизмов.
15. Способ по п.14, где указанный градиент плотности выбран из группы, состоящей из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидина, сополимера метилового эфира ПЭГ и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости и их комбинаций.
16. Способ по п.1, где тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.
17. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма из гемокультуры, включающий:
(a) получение образца из гемокультуры, о которой известно, что она содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) селективный лизис клеток не микроорганизмов в образце с получением лизированного образца;
(c) наслаивание лизированного образца на градиент плотности в герметичном контейнере;
(d) центрифугирование контейнера для разделения микроорганизмов от других компонентов указанного образца и образования осадка микроорганизмов;
(e) спектроскопическое исследование изолированных микроорганизмов in situ с использованием одного или более чем одного метода рамановской спектроскопии с получением спектроскопических измерений данного микроорганизма; и
(f) характеристику и/или идентификацию указанного микроорганизма в изолированном образце путем сравнения спектроскопических измерений со снятыми спектроскопическими измерениями известных микроорганизмов или предсказанными спектроскопическими свойствами известных микроорганизмов.
18. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) помещение указанного тестируемого образца в герметичный контейнер;
(c) разделение микроорганизмов in situ от других компонентов указанного тестируемого образца с образованием изолированного образца микроорганизмов из микроорганизмов в указанном герметичном контейнере;
(d) спектроскопическое исследование изолированных микроорганизмов in situ с использованием одного или более чем одного метода рамановской спектроскопии с получением спектроскопических измерений указанного микроорганизма; и
(e) характеристику и/или идентификацию указанного микроорганизма в изолированном образце путем сравнения спектроскопических измерений со снятыми спектроскопическими измерениями известных микроорганизмов или предсказанными спектроскопическими свойствами известных микроорганизмов.
19. Способ по п.18, где указанный метод рамановской спектроскопии выбран из группы, состоящей из рамановской спектроскопии, конфокальной рамановской спектроскопии, рамановской спектроскопии, усиленной поверхностью, рамановской спектроскопии с пространственным смещением, резонансной рамановской спектроскопии, трансмиссионной рамановской спектроскопии и любой их комбинации.
20. Способ по п.18, где указанные микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
21. Способ по п.18, где микроорганизмы характеризуют на основании одного или более чем одного измерения времени обнаружения, скорости роста, а также размера, формы, цвета и/или плотности осадка микроорганизма.
22. Способ по п.18, где микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп и функциональных групп.
23. Способ по п.18, где указанные микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
24. Способ по п.18, где указанный образец наслаивают на градиент плотности в контейнере, и где указанный контейнер центрифугируют с образованием осадка микроорганизмов.
25. Способ по п.18, где указанный градиент плотности включает одно или более чем одно из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидина, сополимера метилового эфира ПЭГ и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости.
26. Способ по п.18, где тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.