СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ РИСКА ВОЗНИКНОВЕНИЯ РЕЦИДИВА ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

R
1. Способ определения риска возникновения рецидива онкологических заболеваний молочной железы у пациента, включающий измерение уровня экспрессии генов-маркеров ELOVL5, IGFBP6, TXNDC9 в образце опухолевой ткани пациента с получением коэффициента риска рецидива S и последующей оценкой риска рецидива онкологических заболеваний молочной железы путем сравнения полученного коэффициента с предопределенными пороговыми значениями.
2. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что в качестве пороговых значений используют, по крайней мере, два значения, при получении коэффициента выше верхнего порогового значения делают вывод о высоком риске рецидива, при получении значении коэффициента ниже нижнего порогового значения - делают вывод о низком риске рецидива, при получении коэффициента из интервала значений, находящихся между указанными пороговыми значениями - делают вывод о неопределенном риске.
3. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что в качестве образцов опухолевой ткани пациента используют свежезамороженные клетки ткани, или клетки биопсии, или зафиксированные в парафине клетки.
4. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что измерение экспрессии генов-маркеров осуществляют методом микрочипового анализа.
5. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что измерение экспрессии генов-маркеров осуществляют методом ПЦР-РВ, при этом для измерения используют одноцепочечные кДНК, синтезированные на выделенных и очищенных из образца опухолевой ткани пациента мРНК.
norm
norm
R
6. Способ по п. 5, характеризующийся тем, что синтез кДНК осуществляют с использованием олигонуклеотидных неспецифических праймеров со случайной последовательностью нуклеотидов и с парами праймеров - прямыми и обратными, и зондами, специфичными по отношению к генам-маркерам, а также с парами праймеров и зондами, специфичными по отношению к генам FBXO42, GUSB, HCFC1, RPLP0 и ТРТ1 для нормирования результатов ПЦР, с получением для каждого из генов-маркеров ненормированных оценок уровней их экспрессии Q(g), последующим их нормированием и получением значений Q(g) для каждого гена-маркера, вычислением на основе Q(g) коэффициента риска рецидива S с использованием формулы:
R
0
norm
norm
norm
S=w+w(ELOVL5)Q(ELOVL5)+w(IGFBP6)Q(IGFBP6)+w(TXNDC9)Q(TXNDC9),
0
norm
norm
norm
где w(ELOVL5)=-0,72, w(IGFBP6)=-0,65, w(TXNDC9)=0,55, w=0,39; Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9) - нормированные уровни экспрессии генов-маркеров,
R
R
R
и оценкой уровня риска путем сравнения коэффициента риска рецидива с предустановленными порогами: при получении значения S больше 0,2 - делают вывод о высоком риске возникновения рецидива, при значении S меньше минус 0,2 - делают вывод и низком риске возникновения рецидива, при получении значения S в интервале от минус 0,2 до 0,2 - считают риск неопределенным.
7. Способ по п. 6, характеризующийся тем, что в качестве праймеров и зондов, специфичных по отношению к генам-маркерам, используют праймеры с последовательностями SEQ ID NO: 1-3 и SEQ ID NO: 4-6, и зонды с последовательностями SEQ ID NO: 7-9, соответственно.
8. Способ по п. 6, характеризующийся тем, что в качестве праймеров и зондов, специфичных по отношению к генам FBXO42, GUSB, HCFC1, RPLP0 и ТРТ1 для нормирования результатов ПЦР, используют праймеры с последовательностями SEQ ID NO: 10-19 и зондами с последовательностями SEQ ID NO: 20-24, соответственно.
9. Набор реагентов для оценки экспрессии генов-маркеров при проведении ПЦР, характеризующийся тем, что он включает, по крайней мере, праймеры - прямые и обратные, и зонды, специфичные по отношению к генам-маркерам - ELOVL5, IGFBP6, TXNDC9, представленных в лиофилизированном виде или водном растворе.
10. Набор по п. 9, характеризующийся тем, что в качестве праймеров и зондов, специфичных по отношению к исследуемым генам, использованы праймеры с последовательностями SEQ ID NO: 1-3 и SEQ ID NO: 4-6, и зонды с последовательностями SEQ ID NO: 7-9 соответственно.
11. Набор по п. 9, характеризующийся тем, что он дополнительно содержит праймеры и зонды, специфичные по отношению к генам FBXO42, GUSB, HCFC1, RPLP0 и ТРТ1 для нормирования результатов ПЦР.
12. Набор по п. 11, характеризующийся тем, что в качестве праймеров и зондов, специфичных по отношению к генам FBXO42, GUSB, HCFC1, RPLP0 и ТРТ1, использованы праймеры с последовательностями SEQ ID NO: 10-19 и зонды с последовательностями SEQ ID NO: 20-24 соответственно.
13. Планшет с набором реагентов для проведения ПЦР реакции при определении риска возникновения рецидива онкологических заболеваний молочной железы у человека, содержащий нанесенные на лунки праймеры - прямые и обратные, и зонды, специфичные по отношению к генам-маркерам - ELOVL5, ITGBP6, TXNDC9, в лиофилизированном виде.
14. Планшет по п. 13, характеризующийся тем, что в качестве праймеров и зондов, специфичных по отношению к генам-маркерам, использованы праймеры с последовательностями SEQ ID NO: 1-3 и SEQ ID NO: 4-6, и зонды с последовательностями SEQ ID NO: 7-9, соответственно.
15. Планшет по п. 13, характеризующийся тем, что праймеры содержатся в концентрации 250 нМоль.
16. Планшет по п. 13, характеризующийся тем, что зонд содержит краситель FAM с параметрами возбуждения на длине волны 485 нм и эмиссии на длине волны 520 нм, взятый в концентрации 250 нМоль.
17. Набор реагентов для определения риска возникновения рецидива онкологических заболеваний молочной железы у человека, включающий реагенты для выделения и очистки РНК из образца опухолевой ткани; реагенты для синтеза одноцепочечной кДНК на мРНК с использованием олигонуклеотидных праймеров; реагенты для оценки экспрессии генов; буферы для проведения ПЦР, при этом в качестве реагентов для оценки экспрессии генов-маркеров используют набор по п. 9 или планшет по п. 13.
norm
norm
norm
R
R
18. Способ оценки уровней экспрессии генов-маркеров ELOVL5, IGFBP6, TXNDC9, характеризующийся тем, что при проведении ПЦР-РВ измеряют пороговые циклы для генов-маркеров и нормировочных генов, по ним получают ненормированные оценки уровней экспрессии генов-маркеров Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9) и затем вычисляют нормированные оценки уровней экспрессии Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9), и получения на основе этих оценок риска рецидива S с последующим построением прогноза риска рецидива R, осуществляемым путем сравнения коэффициента риска S с предопределенными пороговыми значениями.
R
19. Способ по п. 18, характеризующийся тем, что ПЦР проводят с использованием праймеров и зондов, специфичных по отношению к генам - маркерам, праймеров с последовательностями SEQ ID NO: 1-3 и SEQ ID NO: 3-6, и зондов с последовательностями SEQ ID NO: 7-9, соответственно, а также праймеров и зондов, специфичных по отношению к генам FBXO42, GUSB, HCFC1, RPLP0 и ТРТ1 для нормирования результатов ПЦР, праймеров с последовательностями SEQ ID NO: 10-19 и зондов с последовательностями SEQ ID NO: 20-24, соответственно, коэффициент S определяют по формуле
R
0
norm
norm
norm
S=w+w(ELOVL5)Q(ELOVL5)+w(IGFBP6)Q(IGFBP6)+w(TXNDC9)Q(TXNDC9),
0
norm
norm
norm
где w(ELOVL5)=-0,72, w(IGFBP6)=-0,65, w(TXNDC9)=0,55, w=0,39; Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9) - нормированные оценки уровней экспрессии генов-маркеров;
R
R
R
при этом в качестве пороговых значений для построения риска рецидива РМЖ используют два значения (0,2 и -0,2), и при получении значения S больше 0,2 - делают вывод о высоком риске рецидива, при значении S меньше -0,2 - делают вывод и низком риске рецидива, при получении значения S в интервале от -0,2 до 0,2 - считают риск неопределенным.
norm
norm
norm
R
R
20. Способ оценки уровней экспрессии генов-маркеров ELOVL5, IGFBP6, TXNDC9 методом микрочипового анализа для определения риска возникновения рецидива онкологических заболеваний молочной железы у пациента, характеризующийся тем, что на основе микрочипового анализа опухолевой ткани получают ненормированные оценки уровней экспрессии генов-маркеров Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9), затем вычисляют нормированные оценки уровней генов маркеров Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9), на основе которых определяют значение коэффициента риска рецидива S, по которому строят прогноз риска рецидива R путем сравнения полученного коэффициента риска рецидива S с предопределенными пороговыми значениями.
R
21. Способ по п. 20, характеризующийся тем, что после получения ненормированных оценок уровней экспрессии генов-маркеров осуществляют предобработку полученных данных с использованием метода RMA совместно с нормировочным набором или с использованием метода fRMA, а коэффициент S определяют по формуле
R
0
norm
norm
norm
S=w+w(ELOVL5)Q(ELOVL5)+w(IGFBP6)Q(IGFBP6)+w(TXNDC9)Q(TXNDC9),
0
norm
norm
norm
где w(ELOVL5)=-0,72, w(IGFBP6)=-0,65, w(TXNDC9)=0,55, w=0,392; Q(ELOVL5), Q(IGFBP6), Q(TXNDC9) - нормированные оценки уровней экспрессии генов-маркеров;
R
R
R
при этом в качестве пороговых значений для построения риска рецидива РМЖ используют два значения (0,2 и -0,2), и при получении значения S больше 0,2 - делают вывод о высоком риске рецидива, при значении S меньше -0,2 - делают вывод и низком риске рецидива, при получении значения S в интервале от -0,2 до 0,2 - считают риск неопределенным.
22. Носитель информации, содержащий записанную на него программу, реализующую способ по пп. 18 и 19.
23. Носитель информации, содержащий записанную на него программу, реализующую способ по пп. 20-21.