СИСТЕМЫ И СПОСОБЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ХАРАКТЕРИСТИК ПОВЕРХНОСТНО-АКТИВНЫХ БЕЛКОВ D (SP-D)

1. Способ определения активности фармацевтической композиции, содержащей сурфактантный белок D (SP-D), включающий:
определение относительной доли олигомерных форм SP-D в фармацевтической композиции; и
расчет относительной доли додекамеров SP-D в фармацевтической композиции с определением таким образом активности фармацевтической композиции.
toll-like receptor 4
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная активность включает активность в анализе толл-подобного рецептора 4 (, TLR4) или в анализе агрегации бактерий.
3. Способ по п. 1 или 2, где композиция, содержащая более высокую относительную долю додекамеров SP-D, имеет более высокую активность по сравнению с композицией, содержащей меньшую относительную долю додекамеров SP-D.
root mean square
4. Способ по любому из пп. 1-3, дополнительно включающий расчет относительной доли агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или среднеквадратичный (, RMS) радиус более 70 нм, в фармацевтической композиции.
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что указанное определение включает выполнение анализа посредством фракционирования в асимметричных потоках совместно с многоугловым рассеянием лазерного излучения (AF4-MALLS).
6. Способ по любому из пп. 1-5, где расчет включает получение модели олигомерных форм SP-D, включая формы, имеющие стержнеобразную геометрию и сферическую геометрию.
7. Способ по п. 6, где указанная модель включает модель Зимма и модель Дебая второго порядка для олигомерных форм SP-D.
8. Способ по любому из пп. 1-7, дополнительно включающий определение относительной доли по меньшей мере одной олигомерной формы SP-D в образце SP-D, где указанная олигомерная форма SP-D выбрана из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
9. Способ определения относительной доли олигомерных форм сурфактантного белка D (SP-D) в образце, включающий:
выполнение анализа образца SP-D посредством фракционирования в асимметричных потоках совместно с многоугловым рассеянием лазерного излучения (AF4-MALLS); и
определение относительной доли олигомерной формы SP-D по результатам анализа AF4-MALLS, где указанная олигомерная форма SP-D выбрана из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, додекамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
10. Способ по п. 9, дополнительно включающий определение относительной доли додекамеров SP-D в образце.
11. Способ по п. 9 или 10, дополнительно включающий определение относительной доли агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, в образце.
12. Способ определения относительной доли активных олигомерных форм сурфактантного белка D (SP-D) в образце, включающий:
выполнение анализа образца SP-D посредством фракционирования в асимметричных потоках совместно с многоугловым рассеянием лазерного излучения (AF4-MALLS);
определение относительной доли додекамеров SP-D в образце SP-D;
определение относительной доли по меньшей мере одной олигомерной формы SP-D в образце SP-D, выбранной из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм; и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм; и
расчет отношения полученных относительных долей друг к другу.
13. Способ по п. 12, где указанная по меньшей мере одна олигомерная форма SP-D включает агрегат SP-D, имеющий средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
14. Способ по любому из пп. 5-13, дополнительно включающий интегрирование фрактограммы анализа AF4-MALLS с получением пиков.
15. Способ по п. 14, дополнительно включающий определение относительной площади пика (ОПП) фрактограммы по меньшей мере для одного пика, указывающего на наличие олигомерной формы SP-D, выбранной из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
16. Способ по любому из пп. 8-15, где звездообразный олигомер SP-D имеет молярную массу, меньшую или равную примерно 6 МДа.
17. Способ по любому из пп. 8-16, где агрегат SP-D имеет молярную массу более 6 МДа.
18. Способ по любому из пп. 8-17, дополнительно включающий определение относительной доли звездообразной олигомерной формы SP-D, имеющей средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, в образце.
19. Способ по любому из пп. 8-18, дополнительно включающий определение относительной доли агрегатов SP-D, имеющих средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, в образце.
20. Способ по любому из пп. 1-19, где образец SP-D предположительно обладает антагонистической активностью в анализе липополисахарида - толл-подобного рецептора 4 (ЛПС-TLR4).
21. Способ по п. 20, где присутствие в образце SP-D додекамеров SP-D с относительной долей, превышающей или равной 35% олигомерных форм SP-D, в образце свидетельствует о том, что указанный образец SP-D обладает активностью.
22. Способ по п. 20 или 21, где присутствие в образце SP-D агрегатов SP-D, имеющих средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, с относительной долей менее 5% общего содержания олигомерных форм SP-D в образце свидетельствует о том, что указанный образец SP-D обладает активностью.
23. Способ по любому из пп. 5-22, где AF4-MALLS выполняют в отсутствие хелатирующего агента, выбранного из группы, состоящей из этилендиаминтетрауксусной кислоты (EDTA) и этиленгликоль-бис (β-аминоэтиловый эфир)- N, N, N', N'-тетрауксусной кислоты (EGTA).
24. Способ по любому из пп. 1-23, где SP-D представляет собой рекомбинантный SP-D человека (rhSP-D).
25. Способ по п. 24, где rhSP-D получают из линии клеток миелоидного лейкоза человека, экспрессирующей rhSP-D, кодируемый трансгеном.
26. Способ по п. 24, где rhSP-D содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:02.
27. Способ по п. 26, где rhSP-D содержит остаток в положении полиморфизма, соответствующий остатку, выбранному из группы, состоящей из Met 11, Thr 160, Ser 270 и Ala 286.
28. Способ по любому из пп. 1-27, где указанную относительную долю олигомерных форм рассчитывают по массе.
29. Способ по любому из пп. 1-27, где указанную относительную долю олигомерных форм рассчитывают по относительной площади пика (ОПП) или приведенной ОПП в анализе AF4-MALLS.
30. Способ по любому из пп. 1-27, где додекамер SP-D имеет молекулярную массу примерно 520 кДа.
31. Электронная система для определения активности фармацевтической композиции, содержащей сурфактантный белок-D (SP-D), содержащая процессор, имеющий инструкции, обеспечивающие выполнение следующих стадий:
определение относительной доли олигомерных форм SP-D в фармацевтической композиции;
расчет относительной доли додекамеров SP-D в фармацевтической композиции; и
определение активности фармацевтической композиции на основании относительной доли додекамеров SP-D, где более высокая относительная доля додекамеров SP-D свидетельствует о том, что композиция имеет больший уровень активности по сравнению с активностью композиции, имеющей меньшую относительную долю додекамеров SP-D.
32. Система по п. 31, где указанная активность включает активность в анализе толл-подобного рецептора 4 (TLR4) или в анализе агрегации бактерий.
33. Система по п. 31 или 32, дополнительно включающая расчет относительной доли агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, в фармацевтической композиции.
34. Система по любому из пп. 31-33, где указанное определение включает выполнение анализа посредством фракционирования в асимметричных потоках совместно с многоугловым рассеянием лазерного излучения (AF4-MALLS).
35. Система по любому из пп. 31-34, где расчет включает получение модели олигомерных форм SP-D, включая формы, имеющие стержнеобразную геометрию и сферическую геометрию.
36. Система по п. 35, где указанная модель включает модель Зимма и модель Дебая второго порядка для олигомерных форм SP-D.
37. Система по любому из пп. 31-36, дополнительно включающая определение относительной доли по меньшей мере одной олигомерной формы SP-D в образце SP-D, где указанная олигомерная форма SP-D выбрана из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
38. Электронная система для определения относительной доли олигомерных форм сурфактантного белка D (SP-D) в образце, содержащая процессор, имеющий инструкции, обеспечивающие выполнение следующих стадий:
выполнение анализа образца SP-D посредством фракционирования в асимметричных потоках совместно с многоугловым рассеянием лазерного излучения (AF4-MALLS); и
определение относительной доли олигомерной формы SP-D по результатам анализа AF4-MALLS, где указанная олигомерная форма SP-D выбрана из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, додекамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
39. Система по п. 38, дополнительно включающая определение относительной доли додекамеров SP-D в образце.
40. Система по п. 38 или 39, дополнительно включающая определение относительной доли агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, в образце.
41. Электронная система для определения относительной доли активных олигомерных форм сурфактантного белка D (SP-D) в образце, содержащая процессор, имеющий инструкции, обеспечивающие выполнение следующих стадий:
выполнение анализа образца SP-D посредством фракционирования в асимметричных потоках совместно с многоугловым рассеянием лазерного излучения (AF4-MALLS);
определение относительной доли додекамеров SP-D в образце SP-D;
определение относительной доли по меньшей мере одной олигомерной формы SP-D в образце SP-D, выбранной из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм; и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм; и
расчет отношения полученных относительных долей друг к другу.
42. Система по п. 41, где указанная по меньшей мере одна олигомерная форма SP-D содержит агрегат SP-D, имеющий средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
43. Система по любому из пп. 34-42, дополнительно включающая интегрирование фрактограммы анализа AF4-MALLS с получением пиков.
44. Система по п. 43, дополнительно включающая определение относительной площади пика (ОПП) фрактограммы по меньшей мере для одного пика, указывающего на наличие олигомерной формы SP-D, выбранной из группы, состоящей из тримера SP-D, гексамера SP-D, звездообразного олигомера SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, и агрегата SP-D, имеющего средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм.
45. Система по любому из пп. 37-44, где звездообразный олигомер SP-D имеет молярную массу, меньшую или равную примерно 6 МДа.
46. Система по любому из пп. 37-45, где агрегат SP-D имеет молярную массу более 6 МДа.
47. Система по любому из пп. 37-46, дополнительно включающая определение относительной доли звездообразных олигомерных форм SP-D, имеющих средний радиус 70 нм или RMS радиус 70 нм, в образце.
48. Система по любому из пп. 37-47, дополнительно включающая определение относительной доли агрегатов SP-D, имеющих средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, в образце.
49. Система по любому из пп. 31-48, где образец SP-D предположительно обладает антагонистической активностью в анализе липополисахарида - толл-подобного рецептора 4 (ЛПС-TLR4).
50. Система по п. 49, где присутствие в образце SP-D додекамеров SP-D с относительной долей, превышающей или равной 35% олигомерных форм SP-D в образце, свидетельствует о том, что указанный образец SP-D обладает активностью.
51. Система по п. 49 или 50, где присутствие в образце SP-D агрегатов SP-D, имеющих средний радиус более 70 нм или RMS радиус более 70 нм, с относительной долей менее 5% общего содержания олигомерных форм SP-D в образце свидетельствует о том, что указанный образец SP-D обладает активностью.
52. Система по любому из пп. 34-51, где AF4-MALLS выполняют в отсутствие хелатирующего агента, выбранного из группы, состоящей из EDTA и EGTA.
53. Система по любому из пп. 31-52, где SP-D представляет собой рекомбинантный SP-D человека (rhSP-D).
54. Система по п. 53, где rhSP-D получают из линии клеток миелоидного лейкоза человека, экспрессирующей rhSP-D, кодируемый трансгеном.
55. Система по п. 53, где rhSP-D содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:02.
56. Система по п. 55, где rhSP-D содержит остаток в положении полиморфизма, соответствующий остатку, выбранному из группы, состоящей из Met 11, Thr 160, Ser 270 и Ala 286.
57. Система по любому из пп. 31-56, где указанную относительную долю олигомерных форм рассчитывают по массе.
58. Система по любому из пп. 31-56, где указанную относительную долю олигомерных форм рассчитывают по относительной площади пика (ОПП) или приведенной ОПП в анализе AF4-MALLS.
59. Система по любому из пп. 31-58, где додекамер SP-D имеет молекулярную массу примерно 520 кДа.