МОЛЕКУЛЫ НОВЫХ ИСКУССТВЕННЫХ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

1. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, включающая:
а. по меньшей мере, одну открытую рамку считывания (ORF); и
б. по меньшей мере один элемент 3'-нетранслируемой области (элемент 3'-UTR) и/или, по меньшей мере, один элемент 5'-нетранслируемой области (элемент 5'-UTR), причем, по меньшей мере, один элемент 3'-UTR и/или, по меньшей мере, один элемент 5'-UTR продлевает и/или увеличивает выработку белка с указанной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты и по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR, происходящий от стабильной мРНК.
2. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 1, в которой открытая рамка считывания происходит гена, который отличен от гена, из которого происходит по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR.
3. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-2, содержащая по меньшей мере один элемент 3'-UTR и по меньшей мере один элемент 5'-UTR.
4. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 3, в которой каждый из по меньшей мере одной открытой рамки считывания по меньшей мере одного элемента 3'-UTR и по меньшей мере одного элемента 5'-UTR, гетерологичны друг другу.
5. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-4, причем стабильная мРНК, из которой происходит по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR, отличается распадом мРНК, причем соотношение количества указанной мРНК во второй временной точке к количеству указанной мРНК в первой временной точке составляет по меньшей мере 0,5 (50%), по меньшей мере 0,6 (60%), по меньшей мере 0,7 (70%), по меньшей мере 0,75 (75%), по меньшей мере 0,8 (80%), по меньшей мере 0,85 (85%), по меньшей мере 0,9 (90%) или по меньшей мере 0,95 (95%).
6. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-5, причем молекула искусственной нуклеиновой кислоты не содержит 3'-UTR и/или 5'-UTR рибосомального белка S6, RPL36AL, rps16 или рибосомального белка L9, и открытая рамка считывания молекулы искусственной нуклеиновой кислоты не кодирует белок GFP.
7. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 6, причем открытая рамка считывания молекулы искусственной нуклеиновой кислоты не кодирует репортерный белок.
8. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-7, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR и/или 5'-UTR гена, кодирующий эукариотический белок, предпочтительно из 3'-UTR и/или 5'-UTR гена, кодирующего белок позвоночного, более предпочтительно из 3'-UTR и/или 5'-UTR гена, кодирующего белок млекопитающего, еще более предпочтительно от 3'-UTR и/или 5'-UTR гена, кодирующего белок примата.
9. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 8, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR и/или 5'-UTR гена, кодирующего белок человека или мыши.
10. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 8-9, причем:
(i) молекула нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере один элемент 3'-UTR и по меньшей мере один элемент 5'-UTR;
(ii) по меньшей мере, один элемент 3'-UTR, по меньшей мере один элемент 5'-UTR и по меньшей мере одна открытая рамка считывания являются гетерологичными друг другу;
(iii) по меньшей мере один элемент 3'-UTR происходит от гена, выбранного из группы, включающей: гены домашнего хозяйства, гены, кодирующие мембранный белок, гены, участвующие в клеточном метаболизме, гены, участвующие в процессах транскрипции, трансляции и репликации, гены, участвующие в модификация белка, и гены, участвующие в делении клеток; а также
(iv) 3'UTR не происходит от гена, кодирующего рибосомальный белок, или гена, представленного на фиг. 4.
11. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 8-10, причем:
(i) молекула нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере один элемент 3'-UTR и по меньшей мере один элемент 5'-UTR;
(ii) по меньшей мере один элемент 3'-UTR по меньшей мере один элемент 5'-UTR и по меньшей мере одна открытая рамка считывания все являются гетерологичными друг к другу;
(iii) по меньшей мере, один элемент 5'-UTR происходит от гена, выбранного из группы, включающей: гены домашнего хозяйства, гены, кодирующие мембранный белок, гены, участвующие в клеточном метаболизме, гены, участвующие в процессах транскрипции, трансляции и репликации, гены, участвующие в модификация белка, и гены, участвующие в делении клеток;
(iv) 5'-UTR предпочтительно не является 5'ТОР UTR; а также
(v) 3'-UTR предпочтительно не происходит от гена, кодирующего рибосомальный белок или альбумин, или гена, представленного на фиг. 4.
12. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 10-11, причем:
(i) молекула нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере один элемент 3'-UTR и по меньшей мере один элемент 5'-UTR;
(ii) по меньшей мере, один элемент 3'-UTR по меньшей мере один элемент 5'-UTR и по меньшей мере одна открытая рамка считывания все являются гетерологичными друг к другу;
(iii) по меньшей мере, один элемент 3'-UTR происходит от гена человека или мыши, выбранного из группы, включающей: гены домашнего хозяйства, гены, кодирующие мембранный белок, гены, участвующие в клеточном метаболизме, гены, участвующие в процессах транскрипции, трансляции и репликации, гены, участвующие в модификация белка, и гены, участвующие в делении клеток;
(iv) 3'UTR не происходит от гена, кодирующего рибосомальный белок или альбумин, или гена, представленного на фиг. 4;
(v) по меньшей мере один элемент 5'-UTR происходит от гена человека или мыши, выбранного из группы, включающей: гены домашнего хозяйства, гены, кодирующие мембранный белок, гены, участвующие в клеточном метаболизме, гены, участвующие в процессах транскрипции, трансляции и репликации, гены, участвующие в модификация белка, и гены, участвующие в делении клеток; а также
(vi) 5'-UTR не является 5'ТОР UTR.
13. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 10-12, в которой 3'-UTR и 5'-UTR происходят от гена домашнего хозяйства человека или мыши.
14. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 12, в которой 3'-UTR и 5'-UTR происходят от гена человека или мыши, выбранного из группы, включающей: гены, кодирующие мембранный белок, гены, участвующие в клеточном метаболизме, гены, участвующие в процессах транскрипции, трансляции и репликации, гены, участвующие в модификация белка, и гены, участвующие в делении клеток, причем 3'-UTR и 5'-UTR выбраны от генов разных классов.
15. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-14, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR продлевают выработку белка с указанной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты по меньшей мере в 1,2 раза, предпочтительно по меньшей мере в 1,5 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 2 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 2,5 раза по сравнению с выработкой белка с контрольной молекулы нуклеиновой кислоты, не содержащей 3'-UTR и/или по меньшей мере одного 5'-UTR, соответственно, и/или в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR увеличивает выработку белка с указанной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты по меньшей мере в 1,5 раза, предпочтительно по меньшей мере в 2 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 2,5 раза по сравнению с выработкой белка с контрольной молекулы нуклеиновой кислоты, не содержащей 3'-UTR и/или по меньшей мере одного 5'-UTR, соответственно.
16. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-15, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), LTA4H, SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, C9orf46, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, HADHB, MCCC2, CAT, ANAPC4, PCCB, PHKB, ABCB7, PGCP, GPD2, TMEM38B, NFU1, OMA1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, HHLA3, PIR, ACAA2, CTBS, GSTM4, ALG8, Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Cbr2, Anapc13, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Gnas, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufa4, Ndufs5, Gstm1, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Hexa, Ndufb11, Map1lс3а, Morn2, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Ndufb8, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Ybx1, Sepp1, Gaa, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, CNTN1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1; предпочтительно из группы, состоящей из NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box-связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8) и CNTN1 (контактин 1).
17. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 16, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена человека, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8), CNTN1 (контактин 1), LTA4H, SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, C9orf46, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, HADHB, MCCC2, CAT, ANAPC4, PCCB, РНКВ, ABCB7, PGCP, GPD2, TMEM38B, NFU1, OMA1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, HHLA3, PIR, ACAA2, CTBS, GSTM4, ALG8, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1.
18. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 16, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена мыши, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8), CNTN1 (контактин 1), Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Anapc13, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufs5, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Hexa, Ndufb11, Map1lс3а, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Sepp1 и Gaa.
19. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 16-18, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, HADHB, ANAPC4, PCCB, ABCB7, PGCP, NFU1, OMA1, HHLA3, ACAA2, GSTM4, ALG8, Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Cbr2, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Gnas, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufa4, Ndufs5, Gstm1, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Ndufb11, Map1lс3а, Morn2, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Ndufb8, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Ybx1, Sepp1, Gaa, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, CNTN1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L, and MANSC1; предпочтительно по меньшей мере один элемент 3'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8), CNTN1 (контактин 1).
20. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 19, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR транскрипта гена человека, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, HADHB, ANAPC4, PCCB, ABCB7, PGCP, NFU1, OMA1, HHLA3, ACAA2, GSTM4, ALG8, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, CNTN1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1; предпочтительно по меньшей мере один элемент 3'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR транскрипта гена человека, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8) и CNTN1 (контактин 1).
21. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 19, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая происходит из 3'-UTR транскрипта гена мыши, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), Ybx1 (Y-Вох связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8), CNTN1 (контактин 1), Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Cbr2, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Gnas, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufa4, Ndufs5, Gstm1, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Ndufb11, Map1lс3а, Morn2, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Ndufb8, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Ybx1, Sepp1 и Gaa; предпочтительно по меньшей мере один элемент 3'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит из 3'-UTR транскрипта гена мыши, выбранного из группы, включающей: NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8) и CNTN1 (контактин 1).
22. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 16-18, в которой по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящую от 5'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей: МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), LTA4H, DECR1, PIGK, TBC1D19, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, ТМЕМ14А, C9orf46, ANXA4, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, CCDC53, CCDC104, CASP1, NDUFB6, BCKDHB, BBS2, HERC5, FAM175A, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, MCCC2, CAT, ANAPC4, РНКВ, ABCB7, GPD2, TMEM38B, NFU1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, PIR, CTBS, GSTM4, Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Cbr2, Anapc13, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Ndufs6, Sec61b, Snrpd2, Mgst3, Prdx4; Pgcp; Myeov2; Ndufa4; Ndufs5; Gstm1; Atp5o; Tspo; Taldo1; Bloc1s1; и Hexa; предпочтительно по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 5'-UTR транскрипта МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген) или NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4).
23. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 22, в которой по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящую от 5'-UTR транскрипта гена человека, выбранного из группы, включающей: МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), LTA4H, DECR1, PIGK, TBC1D19, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, ТМЕМ14А, C9orf46, ANXA4, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, CCDC53, CCDC104, CASP1, NDUFB6, BCKDHB, BBS2, HERC5, FAM175A, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, MCCC2, CAT, ANAPC4, PHKB, ABCB7, GPD2, TMEM38B, NFU1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, PIR, CTBS и GSTM4; предпочтительно по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 5'-UTR транскрипта человека МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген) или NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4).
24. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 22, в которой по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящую от 5'-UTR транскрипта гена мыши, выбранного из группы, включающей: МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Cbr2, Anapc13, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Ndufs6, Sec61b, Snrpd2, Mgst3, Prdx4; Pgcp; Myeov2; Ndufa4; Ndufs5; Gstm1; Atp5o; Tspo; Taldo1; Bloc1s1; и Hexa; предпочтительно по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 5'-UTR транскрипта мыши МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген) или NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4).
25. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-21, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая, по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, включающей SEQ ID NO: 1-24 и SEQ ID NO: 49-318, или в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR включает или состоит из фрагмента последовательности нуклеиновой кислоты, который, по меньшей мере примерно на 40%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентичен фрагменту последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, включающей SEQ ID NO: 1-24 и SEQ ID NO: 49-318.
26. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-18 и 22-24, в которой по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая, по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, включающей SEQ ID NO: 25-30 и SEQ ID NO: 319-382, или в которой по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает или состоит из фрагмента последовательности нуклеиновой кислоты, который, по меньшей мере примерно на 40%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% идентичен фрагменту последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, включающей SEQ ID NO: 25-30 и SEQ ID NO: 319-382.
27. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 25-26, в которой длина фрагмента составляет от 3 до 500 нуклеотидов, предпочтительно от 5 до 150 нуклеотидов, более предпочтительно от 10 до 100 нуклеотидов, еще более предпочтительно от 15 до 90 нуклеотидов, наиболее предпочтительно от 20 до 70 нуклеотидов.
28. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-27, в которой по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR содержит в длину от 3 до 500 нуклеотидов, предпочтительно от 5 до 150 нуклеотидов, более предпочтительно от 10 до 100 нуклеотидов, еще более предпочтительно от 15 до 90 нуклеотидов, наиболее предпочтительно от 20 до 70 нуклеотидов.
29. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-28, дополнительно включающая
в. последовательность поли(А) и/или сигнал полиаденилирования.
30. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 29, в которой последовательность поли(А) и/или сигнал полиаденилирования расположен с 3'-конца элемента 3'-UTR.
31. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 29-30, в которой сигнал полиаденилирования включает консенсусную последовательность NN(U/T)ANA, где N=А или U, предпочтительно AA(U/T)AAA или A(U/T)(U/T)AAA.
32. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 29-31, в которой сигнал полиаденилирования, предпочтительно консенсусная последовательность NNUANA, расположен менее чем примерно в 50 нуклеотидах ниже по цепи от 3'-конца элемента 3'-UTR.
33. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 29-32, в которой последовательность поли(А) имеет в длину примерно от 20 до примерно 300 адениновых нуклеотидов, предпочтительно примерно от 40 до примерно 200 адениновых нуклеотидов, более предпочтительно примерно от 50 до примерно 100 адениновых нуклеотидов, еще более предпочтительно примерно от 60 до примерно 70 адениновых нуклеотидов.
34. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-33, дополнительно включающая структуру 5'-кэп, последовательность поли(С), гистонную структуру стебель-петля и/или мотив IRES.
35. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-34, в которой гистонная структура стебель-петля содержит последовательность SEQ ID NO:34.
36. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-35, в которой нуклеиновая кислота включает промотор.
37. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-36, в которой нуклеиновая кислота включает 5'-TOP UTR.
38. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-37, в которых нуклеиновая кислота включает 3'-UTR, которая содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR гена альбумина.
39. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-38, в которых молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно открытая рамка считывания, является по меньшей мере частично модифицированной по G/C, предпочтительно содержание G/C в открытой рамке считывания увеличено по сравнению с открытой рамкой считывания дикого типа.
40. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-39, в которой открытая рамка считывания включает кодон-оптимизированную область, предпочтительно, в которой открытая рамка считывания является кодон-оптимизированной.
41. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-40, являющаяся молекулой РНК, предпочтительно молекулой мРНК.
42. Вектор, включающий молекулу искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41.
43. Вектор по п. 42, который является ДНК-вектором.
44. Вектор по пп. 42-43, который является плазмидным вектором или вирусным вектором, предпочтительно плазмидным вектором.
45. Вектор по пп. 42-44, который является кольцевой молекулой.
46. Вектор по п. 42, в котором последовательность поли(А), последовательность поли(С), гистонная структура стебель-петля или элемент 3'-UTR кодирующей цепи сопровождается в 5'→3' направлении сайтом рестрикции для линеаризации кольцевой векторной молекулы.
47. Клетка, включающая молекулу искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-39 или вектор по пп. 42-46.
48. Клетка по п. 47, которая является клеткой млекопитающего.
49. Клетка по пп. 47-48, которая является клеткой субъекта млекопитающего, предпочтительно выделенной клеткой субъекта млекопитающего, предпочтительно субъекта человека.
50. Фармацевтическая композиция, включающая молекулу искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41, вектор по пп. 42-46 или клетки по пп. 47-49.
51. Фармацевтическая композиция по п. 50, дополнительно включающая один или несколько фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей и/или эксципиентов, а также один или несколько адъювантов.
52. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41, вектор по пп. 42-46, клетки по пп. 47-49 или фармацевтическая композиция по пп. 50-51 для применения в качестве лекарственного средства.
53. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41, вектор по пп. 42-46, клетки по пп. 47-49 или фармацевтическая композиция по пп. 50-51 для применения в качестве вакцины или для применения в генной терапии.
54. Способ лечения или предупреждения расстройства, включающий введение молекулы искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41, вектора по пп. 42-46, клеток по пп. 47-49 или фармацевтической композиции по пп. 50-51 субъекту, нуждающемуся в этом.
55. Способ лечения или предупреждения расстройства, включающий трансфекцию клеток молекулой искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41 или вектором по пп. 42-46.
56. Способ по п. 55, в котором трансфекцию клеток осуществляют in vitro/ex vivo и трансфецированные клетки вводят субъекту, нуждающемуся в этом, предпочтительно пациенту человеку.
57. Способ по п. 56, в котором клетки, трансфецируемые in vitro, являются выделенными клетками от субъекта, предпочтительно от пациента человека.
58. Способ по пп. 54-57, который является способом вакцинирования или способом генной терапии.
59. Способ повышения и/или продления выработки белка с молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно с молекулы мРНК или вектора, включающий стадию ассоциирования открытой рамки считывания с элементом 3'-UTR и/или элементом 5'-UTR, причем элемент 3'-UTR и/или элемент 5'-UTR продлевает и/или увеличивает выработку белка с полученной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, и по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR происходит от молекулы стабильной мРНК, для получения молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно молекулы мРНК по пп. 1-41 или вектора по пп. 42-46.
60. Способ повышения и/или продления выработки белка с молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно с молекулы мРНК или вектора, по п. 59, в которой элемент 3'-UTR и/или элемент 5'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, происходящей от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глютатион S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), LTA4H, SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, C9orf46, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, HADHB, MCCC2, CAT, ANAPC4, PCCB, PHKB, ABCB7, PGCP, GPD2, TMEM38B, NFU1, OMA1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, HHLA3, PIR, ACAA2, CTBS, GSTM4, ALG8, Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Anapc13, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufs5, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Hexa, Ndufb11, Map1lс3а, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Ndufb8, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Ybx1, Sepp1, Gaa, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, CNTN1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1; предпочтительно из группы, состоящей из NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8) и CNTN1 (контактин 1).
61. Применение элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR для увеличения и/или продления выработки белка с молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно с молекулы мРНК или вектора, причем элемент 3'-UTR и/или элемент 5'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, состоящей из NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа-субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глютатион S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), LTA4H, SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, C9orf46, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, HADHB, MCCC2, CAT, ANAPC4, PCCB, PHKB, ABCB7, PGCP, GPD2, TMEM38B, NFU1, OMA1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, HHLA3, PIR, ACAA2, CTBS, GSTM4, ALG8, Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Anapc13, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufs5, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Hexa, Ndufb11, Map1lс3а, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN CDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Ndufb8, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Ybx1, Sepp1, Gaa, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, CNTN1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1; предпочтительно из группы, включающей NDUFA1 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глютатион S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8) и CNTN1 (контактин 1).
62. Способ по п. 60 или применение по п. 61, в которых по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящей от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена человека, выбранного из группы, включающей NDUFA1 (NADH-дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глютатион S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8), CNTN1 (контактин 1), LTA4H, SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, C9orf46, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, HADHB, MCCC2, CAT, ANAPC4, PCCB, РНКВ, ABCB7, PGCP, GPD2, TMEM38B, NFU1, OMA1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, HHLA3, PIR, ACAA2, CTBS, GSTM4, ALG8, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1.
63. Способ по п. 60 или применение по п. 61, в которых по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящей от 3'-UTR и/или 5'-UTR транскрипта гена мыши, выбранного из группы, включающей NDUFA1 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), CBR2 (карбонилредуктаза 2), МР68 (RIKEN cDNA 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназу (убихинон) 1 бета субкомплекс 8), CNTN1 (контактин 1), Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Anapc13, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufs5, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Hexa, Ndufb11, Map1lс3а, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Sepp1 и Gaa.
64. Способ или применение по пп. 60-63, в которых по меньшей мере один элемент 3'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящей от 3'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей NDUFA1 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), SLC38A6, DECR1, PIGK, FAM175A, PHYH, TBC1D19, PIGB, ALG6, CRYZ, BRP44L, ACADSB, TMEM14A, GRAMD1C, C11orf80, ANXA4, TBCK, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, AGTPBP1, CCDC53, LRRC28, CCDC109B, PUS10, CCDC104, CASP1, SNX14, SKAP2, NDUFB6, EFHA1, BCKDHB, BBS2, LMBRD1, ITGA6, HERC5, HADHB, ANAPC4, PCCB, ABCB7, PGCP, NFU1, OMA1, HHLA3, ACAA2, GSTM4, ALG8, Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Uqcr11, Ifi27I2a, Cbr2, Atp5I, Tmsb10, Nenf, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Cox6a1, Ndufs6, Sec61b, Romo1, Gnas, Snrpd2, Mgst3, Aldh2, Ssr4, Myl6, Prdx4, Ubl5, 1110001J03Rik, Ndufa13, Ndufa3, Gstp2, Tmem160, Ergic3, Pgcp, Slpi, Myeov2, Ndufa4, Ndufs5, Gstm1, 1810027O10Rik, Atp5o, Shfm1, Tspo, S100a6, Taldo1, Bloc1s1, Ndufb11, Map1lс3а, Morn2, Gpx4, Mif, Cox6b1, RIKEN cDNA2900010J23 (Swi5), Sec61g, 2900010M23Rik, Anapc5, Mars2, Phpt1, Ndufb8, Pfdn5, Arpc3, Ndufb7, Atp5h, Mrpl23, Uba52, Tomm6, Mtch1, Pcbd2, Ecm1, Hrsp12, Mecr, Uqcrq, Gstm3, Lsm4, Park7, Usmg5, Cox8a, Ly6c1, Cox7b, Ppib, Bag1, S100a4, Bcap31, Tecr, Rabac1, Robld3, Sod1, Nedd8, Higd2a, Trappc6a, Ldhb, Nme2, Snrpg, Ndufa2, Serf1, Oaz1, Rps4x, Rps13, Ybx1, Sepp1, Gaa, ACTR10, PIGF, MGST3, SCP2, HPRT1, ACSF2, VPS13A, CTH, NXT2, MGST2, C11orf67, PCCA, GLMN, DHRS1, PON2, NME7, ETFDH, ALG13, DDX60, DYNC2LI1, VPS8, ITFG1, CDK5, C1orf112, IFT52, CLYBL, FAM114A2, NUDT7, AKD1, MAGED2, HRSP12, STX8, ACAT1, IFT74, KIFAP3, CAPN1, COX11, GLT8D4, HACL1, IFT88, NDUFB3, ANO10, ARL6, LPCAT3, ABCD3, COPG2, MIPEP, LEPR, C2orf76, ABCA6, LY96, CROT, ENPP5, SERPINB7, TCP11L2, IRAK1BP1, CDKL2, GHR, KIAA1107, RPS6KA6, CLGN, TMEM45A, TBC1D8B, ACP6, RP6-213H19.1, SNRPN, GLRB, HERC6, CFH, GALC, PDE1A, GSTM5, CADPS2, AASS, TRIM6-TRIM34 (сквозной транскрипт), SEPP1, PDE5A, SATB1, CCPG1, CNTN1, LMBRD2, TLR3, BCAT1, TOM1L1, SLC35A1, GLYATL2, STAT4, GULP1, EHHADH, NBEAL1, KIAA1598, HFE, KIAA1324L и MANSC1; предпочтительно, по меньшей мере один элемент 3'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 3'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей NDUFA1 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс), GNAS (белок, связывающий гуаниновые нуклеотиды, альфа-стимулирующий комплексный локус), MORN2 (MORN-повтор содержащий 2), GSTM1 (глутатион-S-трансфераза, mu 1), CBR2 (карбонилредуктаза 2), Ybx1 (Y-Box связывающий белок 1), Ndufb8 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 бета субкомплекс 8) и CNTN1 (контактин 1).
65. Способ или применение по пп. 60-63, в которых по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает последовательность нуклеиновой кислоты, происходящую от 5'-UTR транскрипта гена, выбранного из группы, включающей МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ген), NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4), LTA4H, DECR1, PIGK, TBC1D19, BRP44L, ACADSB, SUPT3H, ТМЕМ14А, C9orf46, ANXA4, IFI6, C2orf34, ALDH6A1, CCDC53, CCDC104, CASP1, NDUFB6, BCKDHB, BBS2, HERC5, FAM175A, NT5DC1, RAB7A, AGA, TPK1, MBNL3, MCCC2, CAT, ANAPC4, PHKB, ABCB7, GPD2, TMEM38B, NFU1, LOC128322/NUTF2, NUBPL, LANCL1, PIR, CTBS, GSTM4, Ndufa1, Atp5e, Gstm5, Cbr2, Anapc13, Ndufa7, Atp5k, 1110008P14Rik, Cox4i1, Ndufs6, Sec61b, Snrpd2, Mgst3, Prdx4; Pgcp; Myeov2; Ndufa4; Ndufs5; Gstm1; Atp5o; Tspo; Taldo1; Bloc1s1; Hexa; предпочтительно, по меньшей мере один элемент 5'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая происходит от 5'-UTR транскрипта МР68 (RIKEN кДНК 2010107Е04 ГЕН) или NDUFA4 (NADH дегидрогеназа (убихинон) 1 альфа субкомплекс 4).
66. Способ или применение по пп. 60-64, в которых элемент 3'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая идентична по меньшей мере примерно на 40%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-24 и SEQ ID NO: 49-318, или в которых элемент 3'-UTR включает или состоит из фрагмента последовательности нуклеиновой кислоты, которая идентична по меньшей мере примерно на 40%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-24 и SEQ ID NO: 49-318.
67. Способ или применение по пп. 60-63 и 65, в которых элемент 5'-UTR включает или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты, которая идентична по меньшей мере примерно на 40%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 25-30 и SEQ ID NO: 319-382, или в которых элемент 5'-UTR включает или состоит из фрагмента последовательности нуклеиновой кислоты, которая идентична по меньшей мере примерно на 40%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 50%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 60%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 70%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 80%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере примерно на 99% последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 25-30 и SEQ ID NO: 319-382.
68. Способ или применение по пп. 66-67, в которых фрагмент имеет в длину от 3 до примерно 500 нуклеотидов, предпочтительно от 5 до примерно 150 нуклеотидов, более предпочтительно от 10 до 100 нуклеотидов, еще более предпочтительно от 15 до 90 нуклеотидов, наиболее предпочтительно от 20 до 70 нуклеотидов.
69. Способ или применение по пп. 60-68, в которых элемент 3'-UTR и/или элемент 5'-UTR имеет в длину от 3 до примерно 500 нуклеотидов, предпочтительно от 5 до примерно 150 нуклеотидов, более предпочтительно от 10 до 100 нуклеотидов, еще более предпочтительно от 15 до 90 нуклеотидов, наиболее предпочтительно от 20 до 70 нуклеотидов.
70. Набор или набор частей, содержащие молекулы искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41, вектор по пп. 42-46, клетки по пп. 47-49 и/или фармацевтическую композицию по пп. 50-51.
71. Набор по п. 70, дополнительно содержащий инструкции по применению, клетки для трансфекции, адъювант, средство для введения фармацевтической композиции, фармацевтически приемлемый носитель и/или фармацевтически приемлемый раствор для растворения или разбавления молекул искусственной нуклеиновой кислоты, вектора, клеток или фармацевтической композиции.
72. Способ идентификации элемента 3'-нетранслируемой области (элемента 3'-UTR) и/или элемента 5'-нетранслируемой области (элемента 5'-UTR), который происходит от стабильной мРНК, включающий следующие стадии:
а) Анализа стабильности мРНК, включающий следующие суб-стадии:
i. Определения количества мРНК в первый момент времени в процесса распада мРНК,
ii. Определения количества мРНК во второй момент времени в процесса распада мРНК, и
iii. Вычисления соотношения количества мРНК, определенной на стадии (i), к количеству мРНК, определенной на стадии (ii);
б) Отбора стабильной мРНК, имеющей соотношение, вычисленное на суб-стадии (iii), составляющее по меньшей мере 0,5 (50%), по меньшей мере 0,6 (60%), по меньшей мере 0,7 (70%), по меньшей мере 0,75 (75%), по меньшей мере 0,8 (80%), по меньшей мере 0,85 (85%), по меньшей мере 0,9 (90%) или по меньшей мере 0,95 (95%); а также
в) Определения нуклеотидной последовательности элемента 3'-UTR и/или 5'-UTR указанной стабильной мРНК.
73. Способ идентификации элемента 3'-нетранслируемой области (элемента 3'-UTR) и/или элемента 5'-UTR нетранслируемой области (элемента 5'-UTR), который происходит от стабильной мРНК, включающий следующие стадии:
а) анализа стабильности множества видов мРНК, включающий следующие суб-стадии:
i. Определения количества каждого вида мРНК из указанного множества видов мРНК в первой временной точке в процессе распада указанного вида мРНК,
ii. Определения количества каждого вида мРНК из указанного множества видов мРНК во второй временной точке в процесса распада указанного вида мРНК, и
iii. Вычисления для каждого вида мРНК из указанного множества видов мРНК соотношения количества указанного вида мРНК, определенного на стадии (i), к количеству указанного вида мРНК, определенному на стадии (ii);
б) Ранжирования вида мРНК из множества видов мРНК в соответствии с соотношением, вычисленным на подстадии (iii), для каждого вида мРНК;
в) Выбора одного или нескольких видов мРНК, имеющих наибольшее соотношение или наибольшие соотношения, рассчитанные на подстадии (iii); а также
г) Определения нуклеотидной последовательности элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR указанной мРНК.
74. Способ идентификации элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR по пп. 72-73, в котором период времени между первой временной точкой и второй временной точкой составляет по меньшей мере 5 ч, предпочтительно по меньшей мере 6 ч, предпочтительно по меньшей мере 7 ч, более предпочтительно по меньшей мере 8 ч, более предпочтительно по меньшей мере 9 ч, еще более предпочтительно по меньшей мере 10 ч, еще более предпочтительно по меньшей мере 11 ч и особенно предпочтительно по меньшей мере 12 ч.
75. Способ идентификации элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR по пп. 72-74, в котором стабильность мРНК исследуют путем импульсного мечения, предпочтительно используя методологию вытеснения метки.
76. Способ идентификации элемента 3'-нетранслируемой области (элемента 3'-UTR) и/или элемента 5'-UTR нетранслируемой области (элемента 5'-UTR), который продлевает и/или повышает выработку белка с молекулы искусственной нуклеиновой кислоты и который происходит от стабильной мРНК, включающий следующие стадии:
а) идентификации элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR, который происходит от стабильной мРНК, методом идентификации элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR по пп. 72-75;
б) синтеза молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, включающей по меньшей мере одну открытую рамку считывания и по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR, который соответствует или включает элемент 3'-UTR и/или элемент 5'-UTR, идентифицированный на стадии а);
в) анализа экспрессии белка, кодируемого по меньшей мере одной открытой рамкой считывания молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, синтезированной на стадии б);
г) анализа экспрессии белка, кодируемого по меньшей мере одной открытой рамкой считывания (ORF) контрольной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты без элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR;
д) сравнения экспрессии белка с молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, исследованной на стадии в), с экспрессией белка с молекулы контрольной искусственной нуклеиновой кислоты, исследованной на стадии г); и
е) отбора элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR, если экспрессия белка с молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, исследованной на стадии в), продлевается и/или увеличивается по сравнению с экспрессией белка с контрольной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, исследованной на стадии г).
77. Способ получения молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, в котором синтезируют молекулу искусственной нуклеиновой кислоты, содержащую по меньшей мере одну открытую рамку считывания и по меньшей мере один элемент 3'-UTR и/или по меньшей мере один элемент 5'-UTR, идентифицированный методом идентификации элемента 3'-UTR и/или элемента 5'-UTR по пп. 72-76.
78. Способ получения молекулы искусственной нуклеиновой кислоты по п. 77, в котором вектор по пп. 42-46 применяют для синтеза молекулы искусственной нуклеиновой кислоты.
79. Способ получения молекулы искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 77-78, в котором молекула искусственной нуклеиновой кислоты является молекулой искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 1-41.
80. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, получаемая способом разработки молекул искусственной нуклеиновой кислоты по пп. 77-79.