БИОМАРКЕРЫ В ПЛАЗМЕ КРОВИ, ПРЕДНАЗНАЧЕННЫЕ ДЛЯ КОМБИНИРОВАННЫХ ТЕРАПИЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ БЕВАЦИЗУМАБА ПРИ ЛЕЧЕНИИ РАКА ПОДЖЕЛУДОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ
BLOOD PLASMA BIOMARKERS APPLICABLE FOR COMBINATION THERAPIES WITH USING BEVACIZUMAB IN TREATING PANCREATIC CANCER

В настоящем изобретении предложены способы повышения лечебного действия режима химиотерапии на пациента, страдающего раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба (Avastin) к режиму химиотерапии, в которых определяют уровень экспрессии, прежде всего уровень экспрессии в плазме крови, одного или нескольких из факторов VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы. В частности, в настоящем изобретении предложены способы повышения лечебного действия, в которых лечебное действие представляет собой общую выживаемость пациента и/или выживаемость пациента без прогрессирования заболевания (PFS). Кроме того, в настоящем изобретении предложены также способы оценки чувствительности или восприимчивости пациента к бевацизумабу (Avastin) при его применении в сочетании с режимом химиотерапии, заключающиеся в том, что определяют уровень экспрессии, прежде всего уровень экспрессии в плазме крови, одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы.

Таким образом, настоящее изобретение относится к идентификации и отбору биомаркеров рака поджелудочной железы, прежде всего метастатического рака поджелудочной железы, которые коррелируют с чувствительностью или восприимчивостью к ингибиторам ангиогенеза, например, к бевацизумабу (Avastin), применяемому в сочетании с режимами химиотерапии, такими как терапия с использованием гемцитабина-эрлотиниба (GE). Данный аспект изобретения относится к применению (а) специфического(их) профиля(ей) экспрессии в плазме крови одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы, для идентификации пациентов, чувствительных или восприимчивых к добавлению ингибиторов ангиогенеза, например, бевацизумаба (Avastin), к стандартным химиотерапиям. Кроме того, изобретение относится к способам повышения лечебного действия, прежде всего, повышению общей выживаемости пациента и/или выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления ингибиторов ангиогенеза, например, бевацизумаба (Avastin), к стандартным химиотерапиям, например, к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (GE), в которых определяют (а) специфический(ие) уровень(ни) экспрессии в плазме крови одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного(ных) уровня(ей), выявленных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы. Кроме того, в изобретении предложены наборы и композиции, предназначенные для идентификации пациентов, чувствительных или восприимчивых к ингибиторам ангиогенеза, прежде всего, к бевацизумабу (Avastin), которых выявляют и отбирают согласно способам, предлагаемым в настоящем изобретении.
Ангиогенез необходим для развития рака, он регулирует не только размер и рост первичной опухоли, но оказывает также воздействие на инвазивный и метастатический потенциал. Поэтому было проведено изучение механизмов, опосредующих процессы ангиогенеза, с точки зрения их использования в качестве потенциальных мишеней для направленных противораковых терапий. Ранее при исследовании модуляторов ангиогенеза было установлено, что путь передачи сигнала сосудистого эндотелиального фактора роста (VEGF) преимущественно регулирует ангиогенную активность при многих типах рака. Этот фактор передает сигналы посредством VEGF-рецептора 2 (VEGFR-2), основного сигнального рецептора VEGF, который опосредует ангиогенез. Были разработаны многочисленные терапевтические средства для модулирования этого пути в различных его «точках». Указанные терапии включают среди прочего, применение бевацизумаба, сунитиниба, сорафениба и ваталаниба. Хотя применение ингибиторов ангиогенеза в клинических условиях оказалось успешным, было установлено, что не все пациенты реагируют или дают полный ответ на терапию с использованием ингибитора ангиогенеза. Механизм(ы), приводящий(ие) к такому неполному ответу, не установлен(ы). Таким образом, существует все возрастающая потребность в идентификации подгрупп пациентов, чувствительных или восприимчивых к антиангиогенной противораковой терапии.

Хотя известно большое количество ингибиторов ангиогенеза, наиболее широко применяемым ингибитором ангиогенеза является бевацизумаб (Avastin). Бевацизумаб представляет собой рекомбинантное гуманизированное моноклональное антитело IgG1-типа, которое специфически связывается с VEGF (сосудистый эндотелиальный фактор роста) и блокирует его биологические воздействия. VEGF представляет собой имеющий решающее значение «двигатель» опухолевого ангиогенеза - важного процесса, требуемого для роста опухоли и ее метастазирования, т.е. диссеминации опухоли в другие области организма. Avastin разрешен в Европе для лечения запущенных стадий четырех распространенных типов рака: колоректального рака, рака молочной железы, немелкоклеточного рака легкого (NSCLC) и рака почки, которые в совокупности приводят более чем к 2,5 миллионам смертей в год. В Соединенных Штатах Avastin был первым средством антиангиогенной терапии, разрешенным к применению FDA, и в настоящее время он разрешен для лечения пяти типов опухолей: колоректального рака, немелкоклеточного рака легкого, рака молочной железы, рака головного мозга (глиобластомы) и почки (почечно-клеточной карциномы). К настоящему времени с помощью авастина было проведено лечение более полумиллиона пациентов, и проводится обширная клиническая программа, предусматривающая более 450 клинических опытов, по дальнейшему исследованию возможности применения авастина для лечения многих типов рака (включая колоректальный рак, рак молочной железы, немелкоклеточный рак легкого, рак головного мозга, желудка, яичника и предстательной железы) в различных состояниях (например, на запущенной или ранней стадии заболевания). Важно отметить, что Avastin оказался эффективным в качестве вспомогательного терапевтического средства, была продемонстрирована его эффективность при совместном применении с широким спектром химиотерапии и других противораковых методов лечения. Опубликованы результаты исследований, проведенных на фазе III испытаний, которые продемонстрировали благоприятные действия при применении бевацизумаба в сочетании со стандартными химиотерапевтическими режимами (см., например, Saltz и др., J. Clin. Oncol., 26, 2008, cc.2013-2019; Yang и др., din. Cancer Res., 14, 2008, cc.5893-5899; Hurwitz и др., N. Engl. J. Med., 350, 2004, cc.2335-2342). Однако, как и в проведенных ранее исследованиях ингибиторов ангиогенеза, в ряде из указанных проведенных на фазе III испытаний было установлено, что часть пациентов давала неполный ответ на добавление бевацизумаба (Avastin) к химиотерапевтическим режимам, которым их подвергали.

Следовательно, существует необходимость в разработке способов выявления тех пациентов, которые дают ответ или вероятно должны давать ответ на комбинированные терапии, предусматривающие применение ингибиторов ангиогенеза, прежде всего, бевацизумаба (Avastin). Таким образом, в основу настоящего изобретения была положена техническая задача, разработать способы и средства для идентификации (а) пациента(ов), страдающего(их) раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, или предрасположенного(ых) к нему, на которого(ых) может оказывать благоприятное действие добавление ингибиторов ангиогенеза, прежде всего бевацизумаба (Avastin), при применении химиотерапевтических путей лечения, например, терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (GE).
Данная техническая задача решается с помощью вариантов осуществления изобретения, представленных в формуле изобретения.
Таким образом, в настоящем изобретении предложен способ повышения лечебного действия режима химиотерапии на пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к указанному режиму химиотерапии, заключающийся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения лечебного действия режима химиотерапии на пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии VEGFA или VEGFR2 относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии VEGFA или VEGFR2 относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии VEGFA или VEGFR2 относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA или VEGFR2 относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии VEGFA или PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии VEGFA или PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии VEGFA или PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA или белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA или PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии включает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно объединенного контрольного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно объединенного контрольного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
В изобретении предложен способ повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
В изобретении предложен способ повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка VEGFR2; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
В настоящем изобретении предложен способ повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы, в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
В настоящем изобретении предложен способ повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии белка VEGFA и белка PLGF; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольного объединенного уровня экспрессии, определенного у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии предусматривает терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
В настоящем изобретении предложен способ in vitro идентификации пациента, восприимчивого или чувствительного к добавлению обработки бевацизумабом к режиму химиотерапии, заключающийся в том, что определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, при этом наличие повышенного уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, страдающих раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, свидетельствует о чувствительности пациента к добавлению бевацизумаба к указанному режиму химиотерапии. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу in vitro идентификации пациента, восприимчивого или чувствительного к добавлению обработки бевацизумабом к режиму химиотерапии, заключающемуся в том, что:
(а) получают образец из организма пациента, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему; и
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF;
при этом наличие повышенного уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, определенных у пациентов, страдающих раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, свидетельствует о чувствительности пациента к добавлению бевацизумаба к указанному режиму химиотерапии. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
В настоящем изобретении предложен способ in vitro идентификации пациента, восприимчивого или чувствительного к добавлению обработки бевацизумабом к режиму химиотерапии, заключающийся в том, что определяют уровень экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, при этом наличие повышенного объединенного уровня экспрессии VEGFA и VEGFR2 или VEGFA и PLGF, или VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней экспрессии, определенных у пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, свидетельствует о чувствительности пациента к добавлению бевацизумаба к указанному режиму химиотерапии. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.

Таким образом, настоящее изобретение позволяет решать указанную техническую задачу благодаря тому, что при его создании неожиданно было установлено, что специфические уровни экспрессии в плазме крови одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF у рассматриваемого пациента относительно контрольных уровней, определенных для пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы, коррелируют с лечебным действием на тех пациентов, которым вводят ингибитор ангиогенеза в сочетании с режимом химиотерапии. Более конкретно, неожиданно было установлено, что вариации уровней экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и/или PLGF могут служить в качестве маркеров/прогностических факторов повышения общей выживаемости и/или выживаемости без прогрессирования заболевания пациентов с метастатическим раком поджелудочной железы в ответ на добавление бевацизумаба (Avastin) к режиму химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба. Пациентов, дающих ответ или обладающих чувствительностью к добавлению бевацизумаба (Avastin) к режимам химиотерапии, идентифицировали на основе повышенного уровня экспрессии одного или нескольких из белков VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней экспрессии, обнаруженных в образцах, полученных из организма пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы. Понятия «маркер» и «прогностический фактор» можно использовать взаимозаменяемо, и они относятся к уровням экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF, как это указано в настоящем описании. В контексте изобретения понятия «маркер» и «прогностический фактор» можно применять также для комбинации уровней экспрессии в плазме крови любых двух или большего количества из VEGFA, VEGFR2 и PLGF.
111
121
145
165
189
206
165
121
110
111
В контексте настоящего изобретения понятие «VEGFA» обозначает белок, представляющий собой сосудистый эндотелиальный фактор роста А, пример последовательности которого представлен в SEQ ID NO:1, см. фиг.8 (регистрационный номер в базе данных Swiss Prot P15692, Gene ID (NCBI): 7422). Понятие «VEGFA» обозначает также белок, который имеет аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 1, а также его гомологи и изоформы. Понятие «VEGFA» включает также известные изоформы, например, сплайсинговые изоформы VEGFA, например, VEGF, VEGF, VEGF, VEGF, VEGF и VEGF, а также их варианты, гомологи и изоформы, включая состоящий из 110 аминокислот человеческий сосудистый эндотелиальный фактор роста, полученный путем расщепления VEGF плазмином согласно методу, описанному у Ferrara, Mol. Biol. Cell 21, 2010, с.687 и у Leung и др., Science 246, 1989, с.1306 и Houck и др., Mol. Endocrin. 5, 1991, с.1806. В конкретном варианте осуществления настоящего изобретения понятие «VEGFA» относится к VEGF и/или VEGF. В конкретном варианте осуществления настоящего изобретения понятие «VEGFA» относится к VEGF. В контексте изобретения понятие «VEGFA» включает также белки, гомологичные по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1, или аминокислотным последовательностям ее вариантов и/или гомологов, а также фрагментам последовательностей, при условии, что варианты белков (включая изоформы), гомологичные белки и/или фрагменты распознаются одним или несколькими специфическими в отношении VEGFA антителами, такими как клоны антител 3С5 и 26503, которые могут быть получены от фирм Bender RELIATech и R&D Systems соответственно, и антитело А4.6.1, описанное у Kim и др., Growth Factors 7(1), 1992, cc.53-64. В контексте изобретения понятие «изоформа» VEGF или VEGF-A относится как к сплайсинговым изоформам, так и к формам, полученным путем ферментативного расщепления (например, плазмином).
В одном из вариантов осуществления изобретения понятие «VEGFA» относится к немодифицированному VEGF. В контексте настоящего изобретения понятие «немодифицированный VEGF» относится к немодифицированной аминокислотной последовательности VEGF, ее изоформам и продуктам ее расщепления. Немодифицированный VEGF можно создавать, например, путем синтеза или предпочтительно рекомбинантным путем в прокариотических экспрессионных системах, например, в Е.coli. Немодифицированный VEGF не имеет посттрансляционной модификации типа гликозилирования. В контексте изобретения понятие «немодифицированный VEGF-A» включает также его варианты и/или гомологи, а также фрагменты VEGF-A, при условии, что варианты белков (включая изоформы), гомологичные белки и/или фрагменты распознаются специфическими в отношении немодифицированного VEGF-A антителами, такими как клон антитела 3С5, который можно получать от фирмы RELIATech GmbH, Вольфенбюттель, Германия.
В контексте настоящего изобретения понятие «VEGFR2» обозначает рецептор 2 сосудистого эндотелиального фактора роста, пример последовательности которого представлен в SEQ ID NO:2, см. фиг.9 (регистрационный номер в базе данных Swiss Prot P35968, Gene ID (NCBI): 3791). Понятие «VEGFR2» включает белок, который имеет аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:2, а также его гомологи и изоформы. В контексте изобретения понятие «VEGFR2» включает также белки, гомологичные по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:2, или аминокислотным последовательностям ее вариантов и/или гомологов, а также фрагменты последовательностей, при условии, что варианты белков (включая изоформы), гомологичные белки и/или фрагменты распознаются одним или несколькими специфическими в отношении VEGF R2 антителами, такими как клоны антител 89115 и 89109, которые можно получать от фирмы R&D Systems.
В контексте настоящего изобретения понятие «PLGF» обозначает плацентарный фактор роста, пример последовательности которого представлен в SEQ ID NO:3, см. фиг.10 (регистрационный номер в базе данных Swiss Prot Р49763, Gene ID (NCBI): 5228). Понятие «PLGF» обозначает белок, который имеет аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:3, а также его гомологи и изоформы. В контексте изобретения понятие «PLGF» включает также белки, гомологичные по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:3, или аминокислотным последовательностям ее вариантов и/или гомологов, а также фрагменты последовательностей, при условии, что варианты белков (включая изоформы), гомологичные белки и/или фрагменты распознаются одним или несколькими специфическими в отношении PLGF антителами, такими как клоны антител 2D6D5 и 6A11D2, которые можно получать от фирмы Roche Diagnostics GmbH.
Таким образом, под объем настоящего изобретения подпадает определение уровней экспрессии белков, включая (но, не ограничиваясь только ими) белки, аминокислотные последовательности которых представлены в настоящем описании. В данном контексте под объем изобретения подпадает обнаружение гомологов, вариантов и изоформ одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF; указанные изоформы или варианты могут среди прочего представлять собой аллельные варианты или сплайсинговые варианты. При этом подразумевается также обнаружение белков, гомологичных одному или нескольким из VEGFA, VEGFR2 и PLGF, как указано в настоящем описании, или их фрагментов, последовательности которых идентичны, например, по меньшей мере на 60, 70, 80, 90, 95, 96, 97, 98 или 99% аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2 или SEQ ID NO:3, или ее фрагменту. В альтернативном или дополнительном варианте под объем настоящего изобретения подпадает обнаружение уровней экспрессии белков, кодируемых нуклеотидными последовательностями или их фрагментами, которые идентичны по меньшей мере на 60, 70, 80, 90, 95, 96, 97, 98 или 99% нуклеотидной последовательности, кодирующей SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2 или SEQ ID NO:3 или ее фрагмент, вариант или изоформу. В этом контексте понятие «вариант» означает, что аминокислотная последовательность VEGFA, VEGFR2 и/или PLGF, или нуклеотидная последовательность, кодирующая указанную аминокислотную последовательность, отличается от конкретных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2 или SEQ ID NO:3, и/или последовательностей, которые находятся под указанными выше регистрационными номерами в базе данных Swiss Prot, в результате мутаций, например, делеций, добавлений, замен, инверсий и т.д. Кроме того, понятие «гомолог» относится к молекулам, последовательности которых идентичны по меньшей мере на 60%, более предпочтительно по меньшей мере на 80% и наиболее предпочтительно по меньшей мере на 90% одному или нескольким полипептидам, последовательности которых представлены в SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2 или SEQ ID NO:3, или его(их) фрагменту(ам).
Для того, чтобы определить, обладает ли аминокислотная или нуклеотидная последовательность определенной степенью идентичности с представленной в настоящем описании аминокислотной или нуклеотидной последовательностью, специалист в данной области может применять хорошо известные в данной области средства и методы, например, проводить сравнительные анализы первичной структуры последовательностей, которые осуществляют либо вручную, либо с использованием компьютерных программ, известных в данной области или указанных в настоящем описании.
В контексте настоящего изобретения понятие «идентичный» или «процент идентичности» касательно двух или большего количества аминокислотных или нуклеотидных последовательностей относится к двум или большему количеству последовательностей или подпоследовательностей, которые являются одинаковыми или которые имеют определенный процент одинаковых аминокислотных остатков или нуклеотидов (например, которые идентичны на 60 или 65%, предпочтительно на 70-95%, более предпочтительно по меньшей мере на 95% аминокислотным последовательностям, представленным, например, в SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2 или SEQ ID NO:3), при их сравнении и выравнивании для достижения максимального взаимного соответствия в окне сравнения или в определенной области, что осуществляют с использованием алгоритма сравнения последовательностей, известного в данной области, или путем выравнивания вручную и визуальной оценки. Последовательности, идентичные, например, на 60-95% или более, рассматриваются как практически идентичные. Такое определение применимо также и к комплементу тестируемой последовательности. Предпочтительно указанная идентичность имеет место в области, состоящей по меньшей мере примерно из 15-25 аминокислот или нуклеотидов, более предпочтительно в области, состоящей примерно из 50-100 аминокислот или нуклеотидов. Специалистам в данной области должно быть известно, каким образом можно определять процент идентичности между/среди последовательностей с использованием, например, алгоритмов, основанных на компьютерной программе CLUSTALW (Thompson, Nucl. Acids Res. 2, 1994, cc.4673-4680) или FASTDB (Brutlag, Comp. App.Biosci. 6, 1990, cc.237-245), известных в данной области.
Хотя алгоритм FASTDB, как правило, не учитывает при расчете внутренние несовпадающие делеции или добавления в последовательностях, т.е. «бреши», это можно корректировать вручную для того, чтобы избежать завышенной оценки % идентичности. Однако, программа CLUSTALW учитывает «бреши» в последовательности при расчетах степени идентичности. Специалисты в данной области могут воспользоваться также алгоритмами BLAST (основной инструмент поиска и локального выравнивания. Basic Local Alignment and Search Tool) и BLAST 2.0 (Altschul, Nucl. Acids Res. 25, 1997, cc.3389-3402; Altschul, J. Mol. Evol. 36, 1993, cc.290-300; Altschul, J. Mol. Biol. 215, 1990, cc.403-410). В программе BLASTN для нуклеотидных последовательностей в качестве задаваемых по умолчанию параметров используются длина слова (W), равная 11, ожидание (Е), равное 10, М=5, N=4, при этом производится сравнение обеих цепочек. Для аминокислотных последовательностей в программе BLASTP в качестве задаваемых по умолчанию параметров используются длина слова (W), равная 3, и ожидание (Е), равное 10. При применении матрицы баллов BLOSUM62 (Henikoff, PNAS 89, 1989, с.10915) используют выравнивания (В), равные 50, ожидание (Е), равное 10, М=5, N=4, при этом производится сравнение обеих цепочек.
С помощью алгоритмов BLAST, как указано выше, осуществляют сравнительный анализ как аминокислотных, так и нуклеотидных последовательностей, для определения сходства последовательностей. Благодаря тому, что эта программа основана на алгоритме локальных выравниваний, BLAST наиболее пригоден для определения точных совпадений или для идентификации сходных последовательностей. Основная структурная единица, выдаваемая алгоритмом BLAST, представляет собой высокобалльную пару сегментов (High-scoring Segment Pair, HSP). HSP состоит из двух фрагментов последовательностей произвольных, но одинаковых длин, которые локально максимально выравнены и для которых балл выравнивания удовлетворяет или превышает пороговый или отсекающий балл, задаваемый пользователем. Подход, используемый в программе BLAST, заключается в выявлении HSP при сравнении запрашиваемой последовательности с последовательностью из базы данных с целью оценки статистической значимости любых обнаруженных совпадений и в выдаче сообщения только о тех совпадениях, которые удовлетворяют заданному пользователем порогу значимости. Параметр Е задает статистически значимый порог для выдачи совпадений с базой данных. В контексте полного поиска в базе данных Е интерпретируют как верхнюю границу ожидаемой частоты встречаемости HSP (или наборов HSP). Программа выдает сообщение о любой последовательности из базы данных, совпадение с которой удовлетворяет величине Е.
Аналогичные компьютерные методы, основанные на программе BLAST, можно применять для поиска идентичных или родственных молекул в белковых или нуклеотидных базах данных, таких как GenBank или EMBL. Такой анализ можно осуществлять намного быстрее, чем многочисленные гибридизации с использованием мембран. Кроме того, чувствительность компьютерного поиска можно модифицировать таким образом, чтобы определять, следует ли классифицировать любое конкретное совпадение как точное или сходное. Основным результатом поиска является произведение баллов, которое определяют следующим образом:
и которое учитывает как степень сходства двух последовательностей, так и длину на которой совпадают последовательности. Например, если произведение баллов равно 40, то совпадение является точным с погрешностью 1-2%; а если оно равно 70, то совпадение является точным. Сходные молекулы, как правило, идентифицируют путем отбора тех из них, для которых произведение баллов составляет от 15 до 40, хотя и более низкие баллы могут соответствовать родственным молекулам. Другим примером программы, позволяющей осуществлять выравнивания последовательностей, может служить, как известно в данной области, компьютерная программа CLUSTALW (Thompson, Nucl. Acids Res. 2, 1994, cc.4673-4680) или FASTDB (Brutlag, Comp. App. Biosci. 6, 1990, cc.237-245).
В контексте представленного в настоящем описании изобретения уровни экспрессии, прежде всего уровни экспрессии белков VEGFA, VEGFR2 и/или PLGF, можно рассматривать по отдельности в качестве индивидуальных маркеров, или объединяя их в группы, состоящие из двух или большего количества белков, получая профиль экспрессии или панель маркеров. В контексте представленного в настоящем описании изобретения профиль экспрессии или панель маркеров, где профили экспрессии двух или большего количества маркеров можно рассматривать вместе, можно обозначать также как объединенный уровень экспрессии. Например, можно складывать уровни экспрессии двух или большего количества маркеров и сравнивать с аналогичным образом определенным объединенным контрольным уровнем экспрессии. Таким образом, способы, предлагаемые в изобретении, включают определение профиля экспрессии, в том числе объединенного уровня экспрессии, на основе уровня экспрессии одного или нескольких маркеров.
В контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером при рассмотрении VEGFA, VEGFR2 и/или PLGF по отдельности использовали следующие значения для определения того, имеет место высокий или низкий уровень экспрессии маркера соответственно: высокий уровень экспрессии VEGFA (≥152,9 пг/мл), низкий уровень экспрессии VEGFA (<152,9 пг/мл), высокий уровень экспрессии VEGFR2 (≥9,9 нг/мл) и низкий уровень экспрессии VEGFR2 (<0,9 нг/мл). Указанные уровни определяли как медианные значения для образцов для перспективного плана статистического анализа. Кроме того, можно определять оптимизированные уровни, назначая отсекающие значения, находящиеся между диапазонами высоких и низких уровней экспрессии конкретного маркера, путем варьирования отсекающего значения до тех пор пока подпопуляции пациентов, характеризующиеся уровнями экспрессии выше и ниже отсекающего значения, не будут удовлетворять соответствующему статистическому критерию оптимальности. Например, оптимальное отсекающее значение (точку) можно выбирать таким образом, чтобы максимизировать разницы в соотношениях риска между подпопуляциями с высокими и низкими уровнями экспрессии или максимизировать лечебное воздействие в одной из подгрупп, или удовлетворять любому другому соответствующему статистическому критерию. В контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером при рассмотрении PLGF в качестве оптимальных величин, характеризующих уровень экспрессии, принимали следующие величины: высокий уровень экспрессии PLGF (≥36,5 пг/мл) и низкий уровень экспрессии PLGF (<36,5 пг/мл). Этот уровень определяли как соответствующий 42-му процентилю для имевшихся в распоряжении данных. Указанный уровень определяли для того, чтобы увеличить статистическое различие между эффективностью лечения подгрупп пациентов с высоким и низким уровнем экспрессии. Однако специалисту в данной области должно быть очевидно, что уровень экспрессии конкретного маркера и следовательно диапазоны, характеризующие высокий или низкий уровень экспрессии, могут варьироваться в зависимости от пациента и популяции пациентов. Таким образом, специалисту в данной области должно быть очевидно, что в том случае, когда применяют методы обнаружения, отличные от тех, которые описаны в прилагаемом иллюстративном примере, и изучают пациентов и популяции пациентов, отличные от тех, которые описаны в прилагаемом иллюстративном примере, то диапазоны, которые специалист в данной области рассматривает как диапазоны, соответствующие высокому и/или низкому уровню экспрессии конкретного биомаркера, могут отличаться от значений, указанных у настоящем описании. С помощью методов, представленных в настоящем описании, специалист в данной области может определять, какой диапазон соответствует высокому и/или низкому уровню экспрессии конкретного биомаркера.
Специалисту в данной области должно быть очевидно, что существует много путей использования результатов измерений двух или большего количества маркеров для повышения точности диагностирования рассматриваемого заболевания. Согласно довольно простому, но тем не менее часто эффективному подходу, считают, что имеет место положительный результат, если образец является позитивным в отношении по меньшей мере одного изучаемого маркера.
Однако можно оценивать также комбинацию маркеров. Величины, измеренные для маркеров из панели маркеров (или объединенный уровень экспрессии), например, для VEGFA и VEGFR2 или VEGFA и PLGF, или VEGFA, VEGFR2 и PLGF, можно математически объединять и устанавливать корреляцию объединенной величины с подлежащим диагностированию фактором. Уровни маркеров можно объединять с помощью любого пригодного для использования в данной области математического метода. В хорошо известных математических методах, применяемых для установления корреляции комбинации маркеров с заболеванием или лечебным воздействием, используют такие методы, как дискриминационный анализ (DA) (а именно, линейный, квадратичный, регуляризованный DA), ядерные методы (а именно, SVM (метод опорных векторов)), непараметрические методы (а именно, метод классификаторов k ближайших соседей), PLS (метод частичных наименьших квадратов), методы, основанные на построении деревьев (а именно, метод логической регрессии, CART, методы «случайного леса», методы бустинга/бэггинга (усиления/добавления повторяющихся элементов), обобщенные линейные модели (а именно, метод логистической регрессии), методы на основе главных компонентов (а именно, SIMCA (метод формального независимого моделирования аналогий классов), обобщенные аддитивные модели, методы на основе нечеткой логики, методы на основе нейронных сетей и генетических алгоритмов. Специалист в данной области может легко выбрать соответствующий метод для оценки комбинации маркеров, предлагаемых в настоящем изобретении. Метод, который можно применять для установления корреляции комбинаций маркеров, предлагаемых в представленном в настоящем описании изобретении, например, с повышением общей выживаемости, выживаемости до прогрессирования заболевания, восприимчивостью или чувствительностью к добавлению бевацизумаба к химиотерапевтическим средствам/режимам химиотерапии и/или для предсказания ответа или наличия чувствительности к бевацизумабу (при его добавлении к одному или нескольким химиотерапевтическим средствам/режимам химиотерапии) выбирают из группы методов, включающей DA (а именно, линейный, квадратичный, регуляризованный DA), ядерные методы (а именно, SVM), непараметрические методы (а именно, метод классификаторов k ближайших соседей), PLS (метод частичных наименьших квадратов), методы, основанные на построении деревьев (а именно, метод логической регрессии, CART (метод классификационных и регрессионных деревьев), методы «случайного леса», методы бустинга) или обобщенные линейные модели (а именно, метод логистической регрессии). Более подробно указанные статистические методы описаны в следующих публикациях: Ruczinski I. и др., J. of Computational and Graphical Statistics, 12, 2003, cc.475-511; Friedman J.H., J. of the American Statistical Association 84, 1989, cc.165-175; Hastie Trevor, Tibshirani Robert, Friedman Jerome, The Elements of Statistical Learning, изд-во Springer Series in Statistics, 2001; Breiman L., Friedman J.H., Olshen R.A., Stone C.J., Classification and regression trees, California: Wadsworth, 1984; Breiman L., Random Forests, Machine Learning, 45, 2001, cc.5-32; Pepe M.S., The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction, изд-во Oxford Statistical Science Series, 28, 2003; и Duda R.O., Hart P.E., Stork D.G., Pattern Classification, 2-е изд., изд-во Wiley Interscience, 2001.
Таким образом, представленное в настоящем описании изобретение относится к применению оптимизированного многовариантного отсекающего значения для рассматриваемой комбинации биологических маркеров и к установлению отличия состояния А от состояния В, например, отличия пациентов, дающих ответ или чувствительных к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии, от пациентов, которые являются слабыми респондерами на добавление бевацизумаба к режиму химиотерапии. В анализе такого типа маркеры не являются независимыми, а образуют панель маркеров или дают объединенный уровень экспрессии.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения лечебного воздействия режима химиотерапии на пациентов, страдающих раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, в котором определяют уровни экспрессии двух или большего количества из VEGFA, PLGF и VEGFR2, складывают указанные уровни экспрессии таким образом, что при этом каждый из указанных уровней экспрессии умножают на весовую функцию (или весовой коэффициент). При создании изобретения неожиданно было установлено, что результат («величина», результат математической операции, или объединенный уровень экспрессии) коррелирует с лечебным воздействием на пациентов, которым вводят бевацизумаб в сочетании с режимами химиотерапии, а именно, величины, превышающие предварительно определенное (многофакторное) отсекающее значение, свидетельствуют о более высоком лечебном воздействии на пациента, а величины, находящиеся ниже указанного отсекающего значения, свидетельствуют о более слабом лечебном воздействии.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения лечебного воздействия режима химиотерапии на пациентов, страдающих раком, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, в котором определяют уровни экспрессии VEGFA и VEGFR2, складывают указанные уровни экспрессии таким образом, что при этом каждый из указанных уровней экспрессии умножают на весовую функцию (или весовой коэффициент). При создании изобретения неожиданно было установлено, что результат («величина», результат математической операции, или объединенный уровень экспрессии) коррелирует с лечебным воздействием на пациентов, которым вводят бевацизумаб в сочетании с режимами химиотерапии, так что величины, превышающие предварительно определенное (многофакторное) отсекающее значение, свидетельствуют о более высоком лечебном воздействии на пациента, а величины, находящиеся ниже указанного отсекающего значения, свидетельствуют о более слабом лечебном воздействии.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения лечебного воздействия режима химиотерапии на пациентов, страдающих раком, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, в котором определяют уровни экспрессии двух или большего количества из VEGFA и PLGF, складывают указанные уровни экспрессии таким образом, что при этом каждый из указанных уровней экспрессии умножают на весовую функцию (или весовой коэффициент). При создании изобретения неожиданно было установлено, что результат («величина», результат математической операции, или объединенный уровень экспрессии) коррелирует с лечебным воздействием на пациентов, которым вводят бевацизумаб в сочетании с режимами химиотерапии, так что величины, превышающие предварительно определенное (многофакторное) отсекающее значение, свидетельствуют о более высоком лечебном воздействии на пациента, а величины, находящиеся ниже указанного отсекающего значения, свидетельствуют о более слабом лечебном воздействии.
Таким образом, настоящее изобретение относится к способу повышения лечебного воздействия режима химиотерапии на пациентов, страдающих раком предстательной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, путем добавления бевацизумаба к режиму химиотерапии, в котором определяют уровни экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF и складывают указанные уровни экспрессии таким образом, что при этом каждый из указанных уровней экспрессии умножают на весовую функцию (или весовой коэффициент). При создании изобретения неожиданно было установлено, что результат («величина», результат математической операции, или объединенный уровень экспрессии) коррелирует с лечебным воздействием на пациентов, которым вводят бевацизумаб в сочетании с режимами химиотерапии, так что величины, превышающие предварительно определенное (многофакторное) отсекающее значение, свидетельствуют о более высоком лечебном воздействии на пациента, а величины, находящиеся ниже указанного отсекающего значения, свидетельствуют о более слабом лечебном воздействии.
Например, как продемонстрировано в прилагаемом иллюстративном примере, можно применять представленные ниже уравнения для определения объединенного уровня экспрессии VEGFA и VEGFR2 или VEGFA и PLGF в том случае, когда лечебное воздействие представляет собой общую выживаемость пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы.
формула 1: norm(VEGFA)+1,3×norm(VEGFR2). Отсекающее значение представляет собой медианное значение (медиану) или 0;
эквивалентная формула: VEGFA+3,3×VEGFR2. Отсекающее значение представляет собой медиану или 0;
и
формула 2: 0,25×norm(VEGFA)+0,21×norm(PLGF). Отсекающее значение представляет собой медиану или 0;
эквивалентная формула: 0,19×VEGFA+0,67×PLGF. Отсекающее значение представляет собой медиану или 4,8.
В указанных формулах применяют log2-преобразование и
Таким образом, в контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1 составляет ≥ -0,1 а низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1 составляет < -0,1 применительно к общей выживаемости. В контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2 составляет ≥ -0,042, а низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2 составляет < -0,042 применительно к общей выживаемости. Однако специалисту в данной области должно быть очевидно, что уровни экспрессии, измеренные для маркеров, входящих в панель маркеров (или объединенный уровень экспрессии), например, для VEGFA и VEGFR2 или VEGFA и PLGF, можно математически объединять и можно устанавливать корреляцию объединенного уровня экспрессии с рассматриваемым подлежащим диагностированию фактором более чем одним путем. Следовательно уровни маркеров можно объединять с помощью любого пригодного для использования в данной области математического метода.
В прилагаемом иллюстративном примере продемонстрировано также, что для определения объединенного уровня экспрессии VEGFA и VEGFR2 или VEGFA и PLGF в том случае, когда лечебное воздействие представляет собой выживаемость без прогрессирования заболевания пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, можно применять представленные ниже уравнения:
формула 1: norm(VEGFA)+1,3×norm(VEGFR2). Отсекающее значение представляет собой медиану или 0;
эквивалентная формула: VEGFA+3,3×VEGFR2. Отсекающее значение представляет собой медиану или 0;
и
формула 2: 0,25×norm(VEGFA)+0,21×norm(PLGF). Отсекающее значение представляет собой медиану или 0;
эквивалентная формула: 0,19×VEGFA+0,67×PLGF. Отсекающее значение представляет собой медиану или 4,8.
В указанных формулах применяют log2-преобразование и
Таким образом, в контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1 составляет ≥ -0,1 а низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1 составляет < -0,1 применительно к выживаемости без прогрессирования заболевания. В контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2 составляет ≥ -0,042, а низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2 составляет < -0,042 применительно к выживаемости без прогрессирования заболевания. Однако специалисту в данной области должно быть очевидно, что уровни экспрессии, измеренные для маркеров, входящих в панель маркеров (или объединенный уровень экспрессии), например, для VEGFA и VEGFR2 или VEGFA и PLGF, можно математически объединять и можно устанавливать корреляцию объединенного уровня экспрессии с рассматриваемым подлежащим диагностированию фактором более чем одним путем. Следовательно, уровни маркеров можно объединять с помощью любого пригодного для использования в данной области математического метода.
Например, как продемонстрировано в прилагаемом иллюстративном примере, для определения объединенного уровня экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в том случае, когда лечебное воздействие представляет собой общую выживаемость или выживаемость без прогрессирования заболевания пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, можно применять представленное ниже уравнение:
формула 3: 0,0127×ln(PLGF+1)+0,144×ln(VEGFR2+1)+0,0949×ln (VEGFA+1),
в которой ln обозначает логарифм по основанию е.
Таким образом, в контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF согласно формуле 3 составляет ≥ -0,837 а низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF согласно формуле 3 составляет < -0,837 применительно к общей выживаемости. В контексте представленного в настоящем описании изобретения и в соответствии с прилагаемым иллюстративным примером высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF согласно формуле 3 составляет ≥ -0,837 а низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF согласно формуле 3 составляет < -0,837 применительно к выживаемости без прогрессирования заболевания. Однако специалисту в данной области должно быть очевидно, что уровни экспрессии, измеренные для маркеров, входящих в панель маркеров (или объединенный уровень экспрессии), например, для VEGFA, VEGFR2 и PLGF, можно математически объединять и можно устанавливать корреляцию объединенного уровня экспрессии с рассматриваемым подлежащим диагностированию фактором более чем одним путем. Следовательно, уровни маркеров можно объединять с помощью любого пригодного для использования в данной области математического метода.
Уровень экспрессии одного или нескольких маркеров из числа VEGFA, VEGFR2 и PLGF можно оценивать с помощью любого известного в данной области метода, пригодного для определения уровней конкретного белка в образце, взятом из организма пациента, и предпочтительно его определяют с помощью метода иммуноанализа, такого как ELISA, с использованием антител, специфических в отношении одного или нескольких белков из числа VEGFA, VEGFR2 и PLGF. Такие методы хорошо известны и их применяют стандартным образом в данной области, а соответствующие поступающие в продажу антитела и/или наборы являются легко доступными. Например, поступающие в продажу антитела/тест-наборы для VEGFA, VEGFR2 и PLGF можно получать от фирм Bender RELIATech и R&D Systems в виде клонов ЗС5 и 26503, от фирмы R&D Systems в виде клонов 89115 и 89109 и от фирмы Roche Diagnostics GmbH в виде клонов 2D6D5 и 6A11D2 соответственно. Предпочтительно уровни экспрессии маркерных/индикаторных белков, предлагаемых в изобретении, оценивают с использованием реагентов и/или протоколов, рекомендованных производителем антитела или набора. Специалисту в данной области должны быть известны также и другие средства определения уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF с помощью методов иммуноанализа. Таким образом, специалист в данной области может стандартным и воспроизводимым образом без излишних усилий определять уровень экспрессии одного или нескольких маркеров/индикаторов, предлагаемых в изобретении. Однако для гарантии получения точных и воспроизводимых результатов в объем изобретения включен также способ тестирования образцов, взятых из организма пациента, в специализированной лаборатории, которая может гарантировать валидацию процедур тестирования.
121
110
Белок VEGF и VEGF можно обнаруживать с помощью любого метода, известного в данной области. Например, можно проводить обычный анализ образцов ткани или клеток, взятых из организма млекопитающих, в отношении, например, присутствия белков, с помощью Вестерн-блоттинга, различных видов ELISA и т.д. Руководства по применению вышеуказанных методов можно найти в многочисленных публикациях (Kohler и др., Hybridoma Techniques, изд-во Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1980; Tijssen, Practice and Theory of Enzyme Immunoassays, изд-во Elsevier, Amsterdam, 1985; Campbell, Monoclonal Antibody Technology, изд-во Elsevier, Amsterdam, 1984; Hurrell, Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications, изд-во CRC Press, Boca Raton, FL, 1982; и Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, изд-во CRC Press, Inc., 1987, cc.147-158).
121
110
121
110
121
110
121
110
110
121
121
110
Если упоминается обнаружение или уровень и VEGF и VEGF, то это означает, что измеряют сумму обеих молекул, например, с помощью анализа, который позволяет обнаруживать и VEGF и VEGF. К анализам, которые позволяют обнаруживать обе молекулы VEGF и VEGF, относятся, например, анализы, которые обладают чувствительностью в отношении соответствующей другой формы (а именно, в отношении VEGF, если он лучше распознает VEGF, или в отношении VEGF, если он лучше распознает VEGF, соответственно) на уровне, составляющем по меньшей мере 25%. В конкретных вариантах осуществления изобретения анализы обладают чувствительностью в отношении соответствующей другой формы, составляющей по меньшей мере 50, 75, 80, 85, 90% или более. В одном из вариантов осуществления изобретения и VEGF и VEGF измеряют практически с одинаковой чувствительностью.
121
110
121
110
165
189
165
Для обнаружения белков VEGF и VEGF можно применять различные анализы. Например, образец можно приводить в контакт с антителом или комбинацией антител (например, при осуществлении сэндвич-анализа), которое(ые) преимущественно или специфически связываются с короткими изоформами VEGF-A, а именно VEGF и VEGF соответственно, по сравнению с более длинными встречающимися в естественных условиях изоформами VEGF-A, а именно VEGF и VEGF соответственно. Предпочтительно короткие изоформы обнаруживают с более высокой по меньшей мере в 3 раза чувствительностью, чем более длинные изоформы. Считается, что имеет место по меньшей мере в 3 раза более высокая чувствительность, если стандартную кривую строят с использованием короткой изоформы (чистота составляет по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и концентрацию определяют по величине ОП при 280 нм), и для длинной изоформы при заранее определенной концентрации (чистота составляет по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и концентрацию определяют по величине ОП при 280 нм) при использовании тех же самых реагентов и той же самой стандартной кривой показания, полученные на основе стандартных кривых, составляют только одну треть или менее от ожидаемой концентрации. Предпочтительно также, если чувствительность в отношении коротких изоформ по меньшей мере в 4 раза, 5 раз, 6 раз, 7 раз, 8 раз или 9 раз выше, чем в отношении длинных изоформ, прежде всего по сравнению с VEGF.
121
110
121
110
110
121
110
В одном из вариантов осуществления изобретения специфически обнаруживают обе короткие изоформы VEGF и VEGF. Такое специфическое обнаружение можно осуществлять, например, в том случае, когда используют и применяют антитела, прежде всего моноклональные антитела, которые связываются с последовательностью, образованной в результате стыка экзонов 4 и 8 в VEGF или со свободным С-концом VEGF соответственно. Такое антитело к С-концу VEGF не связывается ни с какой изоформой VEGF-A, содержащей аминокислоту 110 в качестве части более длинной полипептидной цепи или с более короткими фрагментами VEGF-A, заканчивающимися, например, аминокислотой 109. Моноклональное антитело, которое связывается с последовательностью, образованной в результате соединения экзонов 4 и 8 соответственно в VEGF, не должно связываться с аминокислотными последовательностями, содержащимися в более длинных изоформах VEGF, а именно 165 и 189 соответственно, поскольку в них присутствуют другие аминокислотные последовательности вследствие стыка экзона 4 и экзона 7, и экзона 4 и экзона 5 соответственно (см. Ferrara N., Mol. Biol. of the Cell 21, 2010, cc.687-690). Считается, что имеет место специфическое связывание в вышеуказанном смысле, если перекрестная реактивность используемого антитела составляет менее 10% с более коротким фрагментом и менее 10% с теми изоформами VEGF-A, которые не имеют свободной С-концевой аминокислоты 110 в случае антитела к VEGF, или теми изоформами, которые не содержат последовательность, образованную стыком экзонов 4 и 8 в случае антитела к VEGF 121 соответственно. Предпочтительно также, чтобы перекрестная реактивность составляла менее 5, 4, 3, 2 и 1% соответственно как в отношении более коротких фрагментов, так и не имеющих свободной С-концевой аминокислоты 110, или изоформ VEGF, не имеющих последовательность, образованную путем стыка экзонов 4 и 8 соответственно.
121
110
110
121
121
110
110
110
110
110
121
Пригодные специфические антитела, которые связываются только с короткими изоформами VEGF, а именно VEGF или VEGF соответственно, можно получать с помощью стандартных процедур. Как правило, пептид, представляющий собой или содержащий на С-конце предпочтительно по меньшей мере 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее количество аминокислот VEGF, или пептид, представляющий собой или содержащий по меньшей мере 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее количество аминокислот, который содержит аминокислоты в направлении к С-концу и N-концу относительно аминокислоты 115 VEGF соответственно, можно синтезировать, необязательно связывать с носителем и применять для иммунизации. Специфические поликлональные антитела можно получать с использованием соответствующих стадий иммуносорбции. Моноклональные антитела можно легко подвергать скринингу в отношении реактивности к VEGF или VEGF соответственно и соответствующей низкой перекрестной реактивности. Для антитела, специфического в отношении VEGF, низкую перекрестную реактивность можно оценивать как в отношении более коротких фрагментов VEGF (например, тех, у которых отсутствует С-концевая аминокислота VEGF), так и изоформ VEGF-A, не имеющих свободной С-концевой аминокислоты VEGF. Для антитела, специфического в отношении VEGF, низкую перекрестную реактивность можно оценивать с использованием изоформ VEGF, которые содержат аминокислотные последовательности, образованные в результате стыка экзона 4 и экзона 7, и экзона 4 и экзона 5 соответственно.
111
Белок или нуклеиновые кислоты VEGF можно обнаруживать с помощью любого метода, известного в данной области. Например, образцы ткани или клеток, взятые из организма млекопитающих, можно анализировать стандартным образом, например, в отношении белков с помощью Вестерн-блоттинга, различных видов ELISA, с использованием мРНК или ДНК из представляющего интерес генетического биомаркера с использованием нозерн-блоттинга, дот-блоттинга или анализа с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР), гибридизации массивов, анализа с использованием защиты от РНКазы, или с использованием микромассивов чипов с SNP ДНК, которые поступают в продажу, включая snapshot-методы с использованием микромассивов ДНК. Например, в данной области хорошо известны методы анализа на основе ПЦР в реальном времени (РВ-ПЦР), такие как количественные ПЦР-анализы. В представленном в качестве иллюстрации варианте осуществления изобретения метод обнаружения мРНК из представляющего интерес генетического биомаркера в биологическом образце включает получение кДНК из образца путем обратной транскрипции с использованием по меньшей мере одного праймера; амплификацию полученной таким путем кДНК; и обнаружение присутствия амплифицированной кДНК. Кроме того, указанные методы могут включать одну или несколько стадий, позволяющих определять уровни мРНК в биологическом образце (например, путем одновременного анализа уровней используемой для сравнения последовательности контрольной мРНК «гена домашнего хозяйства», такого как представитель семейства актинов). Необязательно можно определять последовательность амплифицированной кДНК.
Руководство по применению вышеуказанных методов можно найти в многочисленных публикациях (Kohler и др., Hybridoma Techniques, изд-во Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1980; Tijssen, Practice and Theory of Enzyme Immunoassays, изд-во Elsevier, Amsterdam, 1985; Campbell, Monoclonal Antibody Technology, изд-во Elsevier, Amsterdam, 1984; Hurrell, Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications, изд-во CRC Press, Boca Raton, FL, 1982; и Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, изд-во CRC Press, Inc., 1987, cc.147-158).
111
111
165
189
111
Для обнаружения белка VEGF можно применять различные анализы. Например, образец можно приводить в контакт с антителом или комбинацией антител (например, при осуществлении сэндвич-анализа), которое(ые) преимущественно или специфически связывается(ются) с VEGF по сравнению с более длинными встречающимися в естественных условиях изоформами VEGF-A, а именно VEGF и VEGF соответственно. Предпочтительно короткую изоформу VEGF обнаруживают с более высокой по меньшей мере в 3 раза чувствительностью, чем более длинные изоформы. Считается, что имеет место по меньшей мере в 3 раза более высокая чувствительность, если стандартную кривую строят с использованием короткой изоформы (чистота составляет по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и концентрацию определяют по величине ОП при 280 нм), и для длинной изоформы при заранее определенной концентрации (чистота составляет по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и концентрацию определяют по величине ОП при 280 нм) при использовании тех же самых реагентов и той же самой стандартной кривой показания, полученные на основе стандартных кривых, составляют только одну треть или менее от ожидаемой концентрации. Предпочтительно также, если чувствительность в отношении коротких изоформ по меньшей мере в 4 раза, 5 раз, 6 раз, 7 раз, 8 раз или 9 раз выше, чем в отношении длинных изоформ.
111
111
121
165
121
В одном из вариантов осуществления изобретения проводят специфическое обнаружение изоформы VEGF. Такое специфическое обнаружение можно осуществлять, например, если применяют антитела, прежде всего моноклональные антитела, которые связываются с областью стыка экзонов, являющейся уникальной для VEGF. Такое антитело не связывается с другой изоформой VEGF-A или продуктами ее расщепления, которые не содержат такую специфическую область стыка экзонов. Считается, что имеет место специфическое связывание в вышеуказанном смысле, если перекрестная реактивность применяемого антитела с другими изоформами VEGF-A, такими как VEGF или VEGF соответственно, не имеющими указанной уникальной области стыка экзонов, составляет не более 10%. Предпочтительно также, если перекрестная реактивность, например, с VEGF, составляет менее чем 5, 4, 3, 2 и 1% соответственно.
111
111
121
121
111
121
121
111
В одном из вариантов осуществления изобретения специфичность в отношении VEGF оценивают путем сравнения VEGF (с чистотой, составляющей по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и концентрацией, которую определяют по ОП, измеренной при 280 нм) и VEGF (с чистотой, составляющей по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и концентрацией, которую определяют по ОП, измеренной при 280 нм) с использованием одних и тех же реагентов. Если при таком сравнении сигнал, полученный для белка VEGF,составляет лишь одну десятую или менее от сигнала, полученного для белка VEGF, то это означает, что перекрестная реактивность с VEGF составляет менее чем 10%. Специалисту в данной области должно быть очевидно, что сигнал для VEGF предпочтительно регистрируют при концентрации, при которой генерируется сигнал, составляющий примерно 50% от максимального сигнала для VEGF.
111
111
111
111
111
111
Пригодные для применения специфические антитела, которые связываются только с короткой изоформой VEGF, а именно VEGF, можно получать с помощью стандартных процедур. Как правило, пептид, представляющий собой или содержащий аминокислоты, расположенные в направлении к С-концу и N-концу относительно аминокислоты 105 VEGF, можно синтезировать, необязательно связывать с носителем и применять для иммунизации. Предпочтительно такой пептид должен состоять по меньшей мере из шести аминокислот и содержать по меньшей мере аминокислоты 105 и 106 VEGF. Предпочтительно он должен содержать также по меньшей мере аминокислоты 104, 105, 106 и 107 VEGF. Специалисту в данной области должно быть очевидно, что для получения антител, специфически связывающихся с VEGF, можно применять также более длинные пептиды, содержащие, например, 3 или большее количество аминокислот, расположенных в направлении к N- и С-концу относительно области экзонного стыка, находящейся между аминокислотами 105 и 106 VEGF.
Немодифицированный белок VEGF можно обнаруживать с помощью любого пригодного метода, известного в данной области. Предпочтительно следует применять антитело, обладающее по меньшей мере способностью связываться преимущественно с немодифицированным VEGF по сравнению с модифицированным VEGF, такое как МАт 3С5, которое поступает в продажу от фирмы RELIATech GmbH, Вольфенбюттель, Германия. Образцы ткани или клеток можно анализировать в отношении немодифицированного VEGF стандартным методом, например, с помощью вестерн-блоттинга, различных видов ELISA и т.д. Руководство по применению вышеуказанных методов можно найти в многочисленных публикациях (Kohler и др., Hybridoma Techniques, изд-во Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1980; Tijssen, Practice and Theory of Enzyme Immunoassays, изд-во Elsevier, Amsterdam, 1985; Campbell, Monoclonal Antibody Technology, изд-во Elsevier, Amsterdam, 1984; Hurrell, Monoclonal Hybridoma Antibodies: Techniques and Applications, изд-во CRC Press, Boca Raton, FL, 1982; и Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, изд-во CRC Press, Inc., 1987, cc.147-158).
Если сделана ссылка на обнаружение или уровень немодифицированного VEGF, то это означает, что оценивают немодифицированные молекулы VEGF (изоформы или продукты расщепления), например, связанные с МАт 3С5.
165
165
165
165
Для обнаружения немодифицированного белка VEGF можно применять различные анализы. Например, образец можно приводить в контакт с антителом или комбинацией антител (например, при осуществлении сэндвич-анализа), которое(ые) преимущественно или специфически связывается(ются) с немодифицированным VEGF по сравнению с модифицированным VEGF, например, как это имеет место в естественных условиях в образце, взятом из организма пациента. Предпочтительно немодифицированный VEGF обнаруживают с использованием антитела, специфически связывающегося с немодифицированным VEGF, т.е. антителом, обладающим по меньшей мере в 3 раза большей чувствительностью в отношении немодифицированного VEGF 165 по сравнению с модифицированным VEGF. Такую по меньшей мере в 3 раза более высокую чувствительность в отношении немодифицированного VEGF оценивают путем сравнения VEGF. рекомбинантно продуцированного в Е.coli (с чистотой, составляющей по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа, и с концентрацией, которую определяют по ОП при 280 нм), и VEGF, рекомбинантно полученного в HEK-клетках (с чистотой, составляющей по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа, и с концентрацией, которую определяют по ОП при 280 нм), с использованием одних и тех же реагентов. Если при таком сравнении величина сигнала, измеренного для продукта, полученного в HEK-клетках, составляет лишь одну треть или менее от величины сигнала, измеренного для продукта, полученного в Е.coli, то это означает, что немодифицированный VEGF обнаруживается с более высокой по меньшей мере в 3 раза чувствительностью. Специалисту в данной области должно быть очевидно, что сигнал предпочтительно регистрируют при концентрации, при которой генерируется сигнал, составляющий примерно 50% от максимального сигнала. Предпочтительно эту оценку осуществляют с помощью анализа, описанного в примере 5. Предпочтительно также, чтобы антитело, специфически связывающееся с немодифицированным VEGF (VEGF 155, экспрессированный в Е.coli) представляло собой антитело, которое выявляет немодифицированный VEGF с чувствительностью, превышающей по меньшей мере в 4 раза, 5 раз, 6 раз, 7 раз, 8 раз, 9 раз или 10 раз чувствительность в отношении продукта, представляющего собой модифицированный VEGF (VEGF, экспрессированный в HEK-клетках).
165
165
В одном из вариантов осуществления изобретения немодифицированный VEGF специфически обнаруживают с помощью антитела, обладающего по меньшей мере такой же избирательностью в отношении связывания с немодифицированным VEGF по сравнению с модифицированным VEGF, что и поступающее в продажу МАт 3С5. В одном из вариантов осуществления изобретения относительную чувствительность или избирательность антитела в отношении связывания с немодифицированным VEGF оценивают с помощью сэндвич-иммунноанализа, при этом антитело к немодифицированному VEGF применяют в качестве иммобилизованного антитела, а в качестве идентифицирующего антитела используют антитело, которое связывается с эпитопом, присутствующим на всех основных изоформах или продуктах расщепления VEGF. В одном из вариантов осуществления изобретения идентифицирующее антитело должно связываться с эпитопом, находящимся вне эпитопа для МАт 3С5, т.е. оно не должно связываться с эпитопом, содержащемся в синтетическом пептиде, включающем аминокислоты VEGF с 33 по 43. Предпочтительно идентифицирующее антитело должно связываться с эпитопом, включающим аминокислоты, находящиеся в положениях с 1 по 32, с 44 по 105, с последними шестью аминокислотами зрелого VEGF или с конформационным эпитопом, который не перекрывается с эпитопом, с которым связывается МАт 3С5. В одном из вариантов осуществления изобретения антитело, специфически связывающееся с немодифицированным VEGF по сравнению с модифицированным VEGF, обладает способностью связываться с эпитопом, который содержится в синтетическом пептиде, включающем аминокислоты VEGF с 33 по 43.
165
165
Пригодные для применения конкретные антитела, которые специфически связываются с немодифицированным VEGF, можно получать с помощью стандартных процедур. Как правило, изоформу VEGF, полученную рекомбинантным путем в Е.coli, или полученную путем синтеза, например, с помощью твердофазного полипептидного синтеза, или пептид, представляющий собой или содержащий эпитоп VEGF, полученный рекомбинантным путем в Е.coli, или полученный путем синтеза, например, с помощью твердофазного полипептидного синтеза, можно применять в качестве иммуногена. Моноклональные антитела легко можно получать с помощью стандартных протоколов и подвергать скринингу в отношении реактивности с немодифицированным VEGF и соответствующей низкой перекрестной реактивности с модифицированным VEGF. Один из удобных и предпочтительных методов скрининга основан на применении VEGF, который получают рекомбинантным путем в Е.coli (с чистотой, составляющей по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и с концентрацией, которую определяют по ОП при 280 нм) и VEGF, который получают рекомбинантным путем в HEK-клетках (с чистотой, составляющей по меньшей мере 90% по данным ДСН-ПААГ-анализа и с концентрацией, которую определяют по ОП при 280 нм), соответственно.
Уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF можно оценивать во взятом из организма пациента образце, который представляет собой биологический образец. Образец, взятый из организма пациента, может представлять собой образец крови, образец сыворотки крови или образец плазмы крови. В одном из вариантов осуществления изобретения образец представляет собой обработанную ЭДТА плазму. В одном из вариантов осуществления изобретения образец представляет собой обработанную цитратом плазму. Методы получения образцов крови, образцов сыворотки крови и образцов плазмы крови хорошо известны в данной области. Образец из организма пациента можно получать из организма пациента до или после осуществления неоадъювантной терапии, или до или после осуществления адъювантной терапии.
В контексте настоящего изобретения бевацизумаб следует вводить в дополнение или в качестве средства для совместной терапии или совместного лечения в сочетании с одним или несколькими известными в данной области химиотерапевтическими средствами, применяемыми в качестве компонента стандартного химиотерапевтического режима. Примерами средств, которые применяют при осуществлении указанных стандартных режимов химиотерапии, могут служить 5-фторурацил, леуковорин, иринотекан, гемцитабин, эрлотиниб, капецитабин, таксаны, такие как доцетаксел и паклитаксел, интерферон альфа, винорелбин и химиотерапевтические средства на основе платины, такие как карбоплатин, цисплатин и оксалиплатин. Как продемонстрировано в прилагаемом служащем для иллюстрации примере, применение бевацизумаба в дополнение к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба приводит к повышению общей выживаемости или выживаемости без прогрессирования заболевания пациентов и/или популяции пациентов, которых выявляют и отбирают на основе уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF. Так, применение бевацизумаба можно объединять с режимом химиотерапии, такой как терапия с использованием гемцитабина-эрлотиниба, как продемонстрировано в прилагаемом служащем для иллюстрации примере.

Общепринятые пути введения включают парентеральное введение в виде болюсной дозы или посредством инфузии в течение определенного периода времени, например, введение общей суточной дозы в течение 10, 20, 30, 40, 50, 60, 75, 90, 105, 120 мин, 3 ч, 4 ч, 5 ч или 6 ч. Например, можно вводить бевацизумаб (Avastin) в дозе от 2,5 до 15 мг/кг веса тела каждую неделю, каждые 2 или каждые 3 недели, в зависимости от типа рака, подлежащего лечению. Примерами доз являются дозы, составляющие 2,5, 5, 7,5, 10 и 15 мг/кг веса тела, которые вводят каждую неделю, каждые 2 или каждые 3 недели. Другими примерами доз являются 5 мг/кг веса тела каждые 2 недели, 10 мг/кг веса тела каждые 2 недели, 7,5 мг/кг веса тела каждые 3 недели и 15 мг/кг веса тела каждые 3 недели. В контексте представленного в настоящем описании изобретения к низким дозам бевацизумаба относятся, например, дозы, составляющие 2,5 мг/кг веса тела каждую неделю, 5 мг/кг веса тела каждые 2 недели и 7,5 мг/кг веса тела каждые 3 недели. Для лечения рака поджелудочной железы, прежде всего метастатического рака поджелудочной железы, можно применять дозы, составляющие 5 мг/кг веса тела каждые 2 недели, 10 мг/кг каждые 2 недели, 7,5 мг/кг веса тела каждые 3 недели и 15 мг/кг веса тела каждые 3 недели. Специалисту в данной области должно быть очевидно, что под объем изобретения подпадают и другие пути введения бевацизумаба, которые зависят от конкретного пациента и режима химиотерапии, и что конкретный путь введения и терапевтическая доза лучше всего могут быть определены лечащим врачом с учетом методов, известных в данной области.
Пациентов, отобранных согласно способам, предлагаемым в настоящем изобретении, лечат бевацизумабом в сочетании с режимом химиотерапии и, кроме того, их можно подвергать еще одной или нескольким дополнительным противораковым терапиям. В конкретных вариантах осуществления изобретения в качестве одного или нескольких дополнительных типов противораковой терапии применяют лучевую терапию.
Настоящее изобретение относится также к диагностической композиции или набору, содержащей/содержащему олигонуклеотиды или полипептиды, которые можно применять для определения уровней экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF. Как подробно изложено в настоящем описании, олигонуклеотиды, такие как ДНК-, РНК-зонды или смеси ДНК- и РНК-зондов можно применять для обнаружения белковых уровней мРНК маркерных/индикаторных белков, в то время как полипептиды можно применять для непосредственного обнаружения уровней маркерных/индикаторных белков посредством специфического белок-белкового взаимодействия. В предпочтительных объектах изобретения полипептиды, которые можно применять в качестве зондов для определения уровней экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF, и включенные в состав наборов или диагностических композиций, указанных в настоящем описании, представляют собой антитела, специфические в отношении указанных белков, или специфические в отношении их гомологов и/или их укороченных вариантов.
Таким образом, еще один вариант осуществления настоящего изобретения относится к набору, который можно использовать для осуществления представленных в настоящем описании способов, содержащему олигонуклеотиды или полипептиды, пригодные для определения уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF. Олигонуклеотиды могут содержать праймеры и/или зонды, специфические в отношении мРНК, кодирующей один или несколько маркеров/индикаторов, представленных в настоящем описании, и полипептиды, содержащие белки, которые могут специфически взаимодействовать с маркерными/индикаторными белками, например, специфические в отношении маркера/индикатора антитела или фрагменты антител.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба с целью повышения эффективности режима химиотерапии для пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента, и вводят бевацизумаб в дополнение к режиму химиотерапии пациенту, у которого обнаружен повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF по сравнению с контрольными уровнями, определенными у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Внося соответствующие изменения, можно использовать следующие сходные применения.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения лечебного действия режима химиотерапии на пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения лечебного действия режима химиотерапии на пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA или VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень VEGFA или VEGFR2 относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA или VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень VEGFA или VEGFR2 относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA или PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень VEGFA или PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA или PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный уровень VEGFA или PLGF относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы.
Рак поджелудочной железы может представлять собой метастатический рак поджелудочной железы. Режим химиотерапии может включать терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения общей выживаемости пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы.
Изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(б) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Таким образом, настоящее изобретение относится к применению бевацизумаба для повышения выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, страдающего метастатическим раком поджелудочной железы, заключающемуся в том, что осуществляют следующие стадии, на которых:
(а) получают образец из организма пациента;
(б) определяют уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента; и
(в) вводят бевацизумаб в сочетании с режимом химиотерапии пациенту, имеющему повышенный объединенный уровень VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных объединенных уровней, определенных у пациентов, у которых диагностирован метастатический рак поджелудочной железы,
в котором режим химиотерапии представляет собой терапию с использованием гемцитабина-эрлотиниба.
Как продемонстрировано в прилагаемом служащем для иллюстрации примере, настоящее изобретение решает указанную техническую задачу благодаря тому, что, как неожиданно было установлено при создании изобретения, уровни экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF у рассматриваемого пациента, взятые относительно контрольных уровней, измеренных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы, коррелируют с лечебным воздействием на пациентов бевацизумаба, вводимого в сочетании с режимом химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба. Как продемонстрировано в прилагаемом служащем для иллюстрации примере, при создании изобретения неожиданно было установлено, что повышенный уровень экспрессии белка VEGFA или VEGFR2 коррелирует с повышением общей выживаемости пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, которых подвергали лечению, применяя бевацизумаб и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, по сравнению с пациентами, которых подвергали лечению, применяя плацебо и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (фиг.2 и фиг.3). При создании изобретения неожиданно было установлено, что повышенный уровень экспрессии белка VEGFA или PLGF коррелирует с повышением выживаемости без прогрессирования заболевания пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, которых подвергали лечению, применяя бевацизумаб и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, по сравнению с пациентами, которых подвергали лечению, применяя плацебо и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (фиг.2 и фиг.4). Кроме того, при создании изобретения неожиданно было установлено, что повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 коррелирует с повышением общей выживаемости и выживаемости без прогрессирования заболевания пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, которых подвергали лечению, применяя бевацизумаб и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, по сравнению с пациентами, которых подвергали лечению, применяя плацебо и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (фиг.5 и фиг.6). При создании изобретения неожиданно было установлено также, что повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF коррелирует с повышением общей выживаемости и выживаемости без прогрессирования заболевания пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, которых подвергали лечению, применяя бевацизумаб и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, по сравнению с пациентами, которых подвергали лечению, применяя плацебо и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (фиг.5 и фиг.6). Кроме того, при создании изобретения неожиданно было установлено, что повышенный объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF коррелирует с повышением общей выживаемости и выживаемости без прогрессирования заболевания пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы, которых подвергали лечению, применяя бевацизумаб и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, по сравнению с пациентами, которых подвергали лечению, применяя плацебо и режим химиотерапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба (фиг.7). Эти результаты являются особенно неожиданными, принимая во внимание то, что при анализе образцов плазмы крови, взятых у пациентов при проведении исследования по сравнению терапии с использованием доцетаксела плюс бевацизумаба или плацебо на пациентах, страдающих местно-распространенным, рецидивирующим или метастатическим HER-2-негативным раком молочной железы, не было выявлено корреляции между указанными индивидуальными маркерами и описанными выше комбинациями этих маркеров и общей выживаемостью.
Таким образом, изобретение относится к способу in vitro прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, заключающемуся в том, что определяют уровень экспрессии, в том числе объединенные уровни экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента. Таким образом, в контексте представленных в настоящем описании способов в изобретении предложено применение специфических зондов, включая, например, связывающие молекулы типа антител и аптамеров, для получения диагностической композиции, предназначенной для прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, предусматривающего определение уровня экспрессии, включая объединенные уровни экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента.
Таким образом, в изобретении предложен способ in vitro прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, заключающемуся в том, что определяют объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента. Таким образом, в контексте представленных в настоящем описании способов в изобретении предложено применение специфических зондов, включая, например, связывающие молекулы типа антител и аптамеров, для получения диагностической композиции, предназначенной для прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, предусматривающего определение объединенного уровня экспрессии VEGFA и VEGFR2 в образце, взятом из организма пациента.
В изобретении предложен способ in vitro прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, заключающемуся в том, что определяют объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента. Таким образом, в контексте представленных в настоящем описании способов в изобретении предложено применение специфических зондов, включая, например, связывающие молекулы типа антител и аптамеров, для получения диагностической композиции, предназначенной для прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, предусматривающего определение объединенного уровня экспрессии VEGFA и PLGF в образце, взятом из организма пациента.
В изобретении предложен способ in vitro прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, заключающемуся в том, что определяют объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента. Таким образом, в контексте представленных в настоящем описании способов в изобретении предложено применение специфических зондов, включая, например, связывающие молекулы типа антител и аптамеров, для получения диагностической композиции, предназначенной для прогнозирования наличия ответа или чувствительности к добавлению бевацизумаба к режиму химиотерапии пациента, который страдает метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, предусматривающего определение объединенного уровня экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF в образце, взятом из организма пациента.
Понятие «дающий ответ на» в контексте настоящего изобретения означает, что индивидуум/пациент, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, реагирует (дает ответ) на добавление бевацизумаба к режиму химиотерапии. Специалист в данной области легко может определять, дает ли ответ индивидуум, которого лечат бевацизумабом согласно способам, предлагаемым в изобретении. Например, ответ может выражаться в уменьшении страданий, вызываемых метастатическим раком поджелудочной железы, например, в снижении и/или прекращении роста опухоли, уменьшении размера опухоли и/или ослаблении одного или нескольких симптомов рака. Предпочтительно ответ может выражаться в снижении или уменьшении показателей превращения рака поджелудочной железы в метастатический рак, например, в предупреждении образования метастазов или в уменьшении количества или размера метастазов (см., например, Eisenhauser и др.. New response evaluation criteria in solid tumours: Revised RECIST guideline (версия 1.1) Eur. J. Cancer, 45, 2009, cc.228-247).
Понятие «чувствительный к» в контексте настоящего изобретения означает, что индивидуум/пациент, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, у которого предполагается наличие такого рака или который предрасположен к нему, дает какую-либо положительную реакцию на лечение бевацизумабом в сочетании с режимом химиотерапии. Реакция пациента может быть менее выражена, чем у описанного выше пациента, «дающего ответ на». Например, пациент может ощущать меньшие страдания, ассоциированные с болезнью, хотя при этом не наблюдается уменьшение роста опухоли или показателя метастазирования, и/или реакция пациента на применение бевацизумаба в сочетании с режимом химиотерапии может иметь лишь кратковременный характер, т.е. рост опухоли и/или метастаза(ов) может лишь временно снижаться или прекращаться.
Понятие «пациент, страдающий от» в контексте изобретения относится к пациенту, имеющему клинические симптомы рака поджелудочной железы, прежде всего метастатического рака поджелудочной железы. Понятия «предполагается, что страдает от», «является чувствительным к», «предрасположен к тому, чтобы иметь» или «является предрасположенным к» в контексте метастатического рака поджелудочной железы, относятся к признакам заболевания у пациента, обусловленным, например, возможной генетической предрасположенностью, имевшим место ранее или возможным воздействием опасных и/или канцерогенных соединений, или воздействием канцерогенных физических факторов риска, таких как излучение.
Понятие «лечебное действие режима химиотерапии» в контексте настоящего изобретения включает понятия «общая выживаемость» и «выживаемость до прогрессирования заболевания».
Понятие «общая выживаемость» в контексте настоящего изобретения относится к продолжительности периода времени выживания пациента в процессе и после лечения. Как должно быть очевидно специалисту в данной области, общая выживаемость пациента улучшается или повышается, если пациент относится к подгруппе пациентов, характеризующейся статистически достоверно более продолжительным средним периодом выживания по сравнению с другой подгруппой пациентов.
Понятие «выживаемость до прогрессирования» в контексте настоящего изобретения относится к продолжительности периода времени выживания пациента в процессе и после лечения, в течение которого согласно заключению лечащего врача или исследователя состояние болезни пациента не ухудшается, т.е. она не прогрессирует. Как должно быть очевидно специалисту в данной области, выживаемость пациента до прогрессирования заболевания улучшается или повышается, если имеет место более продолжительный период времени, в течение которого заболевание у пациента не прогрессирует, по сравнению с со средним или усредненным временем выживаемости без прогрессирования заболевания в контрольной группе пациентов, находящихся в сходных условиях.

Понятия «введение» или «вводить» в контексте настоящего описания обозначает введение ингибитора ангиогенеза, например, бевацизумаба (Avastin), и/или фармацевтической композиции/режима лечения, предусматривающего использование ингибитора ангиогенеза, например, бевацизумаба (Avastin), пациенту, нуждающемуся в таком лечении или медицинском вмешательстве, с помощью любых приемлемых средств, известных в данной области, с помощью которых осуществляют введение терапевтического антитела. Пути введения включают (но, не ограничиваясь только ими) оральное, внутривенное, внутрибрюшинное, подкожное, внутримышечное введение, местное применение, внутрикожное, интраназальное или внутрибронхиальное введение (которое осуществляют, например, посредством ингаляции). В контексте настоящего изобретения наиболее предпочтительным является парентеральное введение, например, внутривенное введение.
2
В контексте настоящего описания понятие «антитело» употребляется в его наиболее широком смысле и включает (но, не ограничиваясь только ими) моноклональные и поликлональные антитела, мультиспецифические антитела (например, биспецифические антитела), химерные антитела, антитела с трансплантированными CDR, гуманизированные антитела, камелизированные антитела, одноцепочечные антитела и фрагменты антител, и состоящие из фрагментов конструкции, например, F(ab′)-фрагменты, Fab-фрагменты, Fv-фрагменты, одноцепочечные Fv-фрагменты (scFv), биспецифические scFv, димерные антитела, однодоменные антитела (dAb) и минитела, которые обладают требуемой биологической активностью, прежде всего, обладают способностью специфически связываться с одним или несколькими из VEGFA, VEGFR2 и PLGF или с их гомологами, вариантами, фрагментами и/или изоформами.
В контексте настоящего описания понятие «аптамер» употребляется в его наиболее широком смысле и включает (но, не ограничиваясь только ими) олигонуклеотиды, в том числе молекулы РНК, ДНК и РНК/ДНК, или молекулы пептидов, которые обладают требуемой биологической активностью, прежде всего, обладают способностью специфически связываться с одним или несколькими из VEGFA, VEGFR2 и PLGF или с их гомологами, вариантами, фрагментами и/или изоформами.
В контексте настоящего описания понятие «режим химиотерапии» или «химиотерапевтическое средство» включает любое действующее вещество, которое может обеспечивать противораковое терапевтическое действие, и которое может представлять собой любое химическое вещество или биологическое средство, обладающее способностью оказывать воздействие на раковые или опухолевые клетки. Предпочтительными действующими веществами являются вещества, которые действуют в качестве антинеопластических (хемотоксических или хемостатических) средств, ингибирующих или предупреждающих развитие, созревание или пролиферацию злокачественных клеток. Примерами режимов химиотерапии или химиотерапевтических средств являются (но, не ограничиваясь только ими) алкилирующие вещества, такие как азотистые производные горчичного газа (например, мехлорэтамин, циклофосфамид, ифосфамид, мелфалан и хлорамбупил), нитрозомочевины (например, кармустин (BCNU), ломустин (CCNU) и семустин (метил-CCNU)), этиленимины/метилмеламины (например, триэтиленмеламин (ТЕМ), триэтилен, тиофосфорамид (тиотепа), гексаметилмеламин (НММ, алтретамин)), алкилсульфонаты (например, бусульфан) и триазины (например, дакарбазин (DTIC)); антиметаболиты, такие как аналоги фолиевой кислоты (например, метотрексат, триметрексат), аналоги пиримидина (например, 5-фторурацил, капецитабин, фтордезоксиуридин, гемцитабин, цитозинарабинозид (AraC, цитарабин), 5-азацитидин, 2,2′-дифтордезоксицитидин) и аналоги пурина (например, 6-меркаптопурин, 6-тиогуанин, азатиоприн, 2′-дезоксикоформицин (пентостатин), эритрогидроксинониладенин (EHNA), флударабина фосфат и 2-хлордезоксиаденозин (кладрибин, 2-CdA)); антимитотические лекарственные средства, полученные из природных продуктов (например, паклитаксел, алкалоиды барвинка (например, винбластин (VLB), винкристин и винорелбин), доцетаксел, эстрамустин и эстрамустина фосфат), эпиподофилотоксины (например, этопозид, тенипозид), антибиотики (например, актиномицин D, дауномицин (рубидомицин), даунорубикон, доксорубицин, эпирубицин, митоксантрон, идарубицин, блеомицины, пликамицин (митрамицин), митомицин С, актиномицин), ферменты (например, L-аспарагиназа) и модификаторы биологического ответа (например, интерферон-альфа, IL-2, G-CSF, GM-CSF); смешанные вещества, включая координированные комплексы на основе платины (например, цисплатин, карбоплатин, оксалиплатин), антраценодионы (например, митоксантрон), замещенная мочевина (а именно, гидроксимочевина), производные метилгидразина (например, N-метилгидразин (MIH), прокарбазин), адренокортикальные супрессанты (например, митотан (o,p′-DDD), аминоглутетимид); гормоны и антагонисты, включая адренокортикостероидные антагонисты (например, преднизон и его эквиваленты, дексаметазон, аминоглутетимид), прогестины (например, гидроксипрогестерона капроат, медропрогестерона ацетат, мегестрола ацетат), эстрогены (например, диэтилстилбестол, этинилэстрадиол и его эквиваленты); антиэстрогены (например, тамоксифен), андрогены (например, тестостерона пропионат, флуоксиместерон и его эквиваленты), антиандрогены (например, флутамид, аналоги гонадотропинвысвобождающего гормона, леупролид), нестероидные антиандрогены (например, флутамид), ингибиторы эпидермального фактора роста (например, эрлотиниб, лапатиниб, гефитиниб), антитела (например, трастузумаб), иринотекан и другие средства, такие как леуковорин. Пригодными химиотерапевтическими средствами, которые можно применять при лечении рака поджелудочной железы, прежде всего метастатического рака поджелудочной железы в сочетании с бевацизумабом, являются гемцитабин и эрлотиниб и их комбинации (см. также пример, представленный в настоящем описании в качестве иллюстрации).
В контексте настоящего изобретения подразумевается, что понятие «гомология» касательно аминокислотной последовательности относится к идентичности последовательностей, составляющей по меньшей мере 80%, прежде всего идентичности, составляющей по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90% или по меньшей мере 95% по всей длине любой из последовательностей, представленных в настоящем описании. Специалисту в данной области должно быть понятно, что в контексте настоящего изобретения понятие «гомология» относится также и к аллельному(ым) варианту(ам) маркерных/индикаторных белков, встречающемуся(имся) в различных популяциях и этнических группах.
В контексте настоящего описания понятие «полипептид» относится к пептиду, белку, олигопептиду или полипептиду, который содержит аминокислотные цепи определенной длины, где аминокислотные остатки соединены с помощью ковалентных пептидных связей. Однако под объем изобретения подпадают также пептидомиметики таких белков/полипептидов, в которых аминокислота(ы) и/или пептидная(ые) связь(и) заменены функциональными аналогами, например, аминокислотным остатком, отличным от любых из 20 кодируемых генами аминокислот, например, селеноцистеином. Пептиды, олигопептиды и белки могут быть обозначены как полипептиды. В контексте настоящего описания понятия «полипептид» и «белок» используются взаимозаменяемо. Понятие «полипептид» относится также (но, не ограничиваясь только ими) к модификациям полипептида, например, полученным в результате гликозилирования, ацетилирования, фосфорилирования и т.п. Такие модификации подробно описаны в основных учебниках и более глубоко в монографиях, а также в обширной научной литературе. В контексте настоящего описания понятие «полипептид» относится также к понятию «антитело» и включает это понятие.
В контексте настоящего описания понятия «лечить» и «лечение» относятся к излечению, улучшению состояния, снижению серьезности или уменьшению времени протекания заболевания или любого его параметра или симптома. Предпочтительно пациент представляет собой человека и заболевание, подлежащее лечению, представляет собой рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы.
Понятия «оценивать» или «оценка» касательно такого пациента относятся к способам определения уровней экспрессии одного или нескольких маркерных/индикаторных белков, представленных в настоящем описании, включая VEGFA, VEGFR2 и PLGF, и/или отбора таких пациентов на основе уровней экспрессии указанных маркерных/индикаторных белков относительно контрольных уровней, выявленных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы.
В контексте настоящего описания понятие «уровень экспрессии» может относиться также к концентрации или количеству маркерных/индикаторных белков, предлагаемых в настоящем описании, в образце.
Помимо описанных выше способов под объем изобретения подпадают также методы иммунноанализа, позволяющие оценивать или определять уровень экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF, такие как вестерн-блоттинг и методы обнаружения на основе ELISA. Как известно в данной области, уровень экспрессии маркерных/индикаторных белков, предлагаемых в изобретении, можно оценивать также на уровне мРНК с помощью любого пригодного метода, известного в данной области, такого как нозерн-блоттинг, ПЦР в реальном времени и ОТ-ПЦР. Методы и системы обнаружения на основе иммунноанализов и мРНК хорошо известны в данной области и их описание можно почерпнуть из стандартных учебников, таких как Lottspeich, Bioanalytik, изд-во Spektrum Akademisher Verlag, 1998 или Sambrook и Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, изд-во CSH Press, Cold Spring Harbor, NY, U.S.A., 2001. Описанные методы наиболее пригодны для определения уровней экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF у пациента или группы пациентов относительно контрольных уровней, выявленных в популяции пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы.
Уровни экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF можно определять также на белковом уровне с помощью методов иммуноагглютинации, иммунопреципитации (например, иммунодиффузии, иммуноэлектрофореза, иммунофиксации), метода вестерн-блоттинга (например, методом (in situ) иммуноцитохимии, аффинной хроматографии, иммуноферментного анализа) и т.п. Количества очищенного полипептида в растворе можно определять также физическими методами, например, с помощью фотометрии. Методы количественного определения конкретного полипептида в смеси, как правило, базируются на специфическом связывании, например, с антителами. Например, методы иммуноанализа включают методы специфического обнаружения и количественной оценки, основанные на специфичности антител. Например, концентрацию/количество маркерных/индикаторных белков, предлагаемых в настоящем изобретении, в образце, взятом из организма пациента, можно определять с помощью твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA). В альтернативном варианте можно осуществлять анализ методом вестерн-блоттинга или методом иммуноокрашивания. Метод вестерн-блоттинга объединяет разделение смеси белков с помощью электрофореза и специфическое обнаружение с использованием антител. Электрофорез может представлять собой многомерный, например, 2D-электрофорез. Как правило, полипептиды разделяют при осуществлении 2D-электрофореза по их кажущейся молекулярной массе вдоль одного направления и по их изоэлектрической точке вдоль другого направления.
Как указано выше, уровень экспрессии маркерных/индикаторных белков, предлагаемых в настоящем изобретении, может отражаться также в увеличении уровня экспрессии соответствующего(их) гена(ов), кодирующего(их) VEGFA, VEGFR2 и/или PLGF. Следовательно, для оценки уровня экспрессии соответствующего(их) гена(ов) можно осуществлять количественную оценку генного продукта до трансляции (например, подвергнутой сплайсингу, не подвергнутой сплайсингу или частично подвергнутой сплайсингу мРНК). Специалисту в данной области должны быть известны стандартные методы, которые можно применять для этой цели, или он может почерпнуть описание таких методов в стандартных учебниках (см., например, Sambrook, 2001, loc. cit.). Например, количественные данные касательно соответствующих концентраций/количеств мРНК, кодирующей один или несколько из VEGFA, VEGFR2 и/или PLGF, можно получать с помощью нозерн-блоттинга, ПЦР в реальном времени и т.п.
Согласно следующему объекту изобретения набор, предлагаемый в изобретении, можно успешно использовать для осуществления способа, предлагаемого в изобретении, и среди прочего его можно применять для различных целей, например, в области диагностики или в качестве инструмента для исследований. Компоненты, входящие в набор, предлагаемый в изобретении, можно упаковывать по отдельности в пузырьки или в виде комбинации в контейнеры или в содержащие несколько контейнеров комплекты. Изготовление набора предпочтительно осуществляют, следуя стандартным процедурам, известным специалистам в данной области. Набор или диагностические композиции можно использовать для обнаружения уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF согласно представленным в настоящем описании способам, применяя, например, указанные в настоящем описании иммуногистохимические методы.
Хотя изобретение описано на примере применения бевацизумаба, под его объем подпадает применение и других ингибиторов ангиогенеза, в отношении которых известно, что их применяют в сочетании со стандартными режимами химиотерапии. В контексте настоящего описания понятие «ингибитор ангиогенеза» относится ко всем средствам, которые изменяют ангиогенез (например, процесс формирования кровеносных сосудов), и оно включает средства, которые блокируют формирование и/или прекращают или замедляют рост кровеносных сосудов. Помимо бевацизумаба примерами ингибиторов ангиогенеза могут служить (но, не ограничиваясь только ими) пегаптаниб, сунитиниб, сорафениб и ваталаниб. Предпочтительно ингибитор ангиогенеза, предназначенный для применения согласно способам, предлагаемым в настоящем изобретении, представляет собой бевацизумаб. В контексте настоящего описания понятие «бевацизумаб» включает все соответствующие антитела к VEGF или фрагменты антител к VEGF, которые удовлетворяют требованиям, необходимым для получения разрешения на продажу в качестве идентичного или обладающего сходными биологическими свойствами продукта в стране или на территории, выбранной из группы стран, включающей США, страны Европы и Японию.
Для применения в способах обнаружения, представленных в настоящем описании, специалист в данной области может осуществлять мечение полипептидов, например, антител или олигонуклеотидов, подпадающих под объем настоящего изобретения. Как это широко практикуется в данной области, можно осуществлять мечение и визуализацию гибридизационных зондов, применяемых при обнаружении уровней мРНК, и/или антител или фрагментов антител, которые предназначены для применения в методах иммуноанализа, согласно стандартным методам, известным в данной области, примерами обычно применяемых систем являются (но, не ограничиваясь только ими) использование радиоактивных меток, ферментных меток, флуоресцентных меток, комплексов биотин-авидин, хемилюминесценции и т.п.
Специалист в данной области, например лечащий врач, легко может осуществлять введение бевацизумаба в сочетании с режимом химиотерапии пациенту/группе пациентов, выбранных и идентифицированных согласно представленным в настоящем описании процедурам. В конкретных условиях лечащий врач может модифицировать, изменять или корректировать схемы введения бевацизумаба и режим химиотерапии на основе его/ее профессионального опыта. Таким образом, конкретные объекты настоящего изобретения относятся к способу лечения или повышения общей выживаемости и/или выживаемости без прогрессирования заболевания пациента, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, или у которого предполагается наличие этого рака, с помощью бевацизумаба, применяемого в сочетании с режимом химиотерапии, где пациента/группу пациентов характеризуют на основе оценки биологического образца, взятого из организма пациента (прежде всего, образца плазмы крови), по наличию в образце повышенного уровня экспрессии одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, выявленных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы. В настоящем изобретении предложено также применение бевацизумаба для получения фармацевтической композиции, предназначенной для лечения пациента, который страдает раком поджелудочной железы, прежде всего метастатическим раком поджелудочной железы, или у которого предполагается наличие этого рака, где пациентов отбирают или характеризуют на основе указанного в настоящем описании статуса маркерного/индикаторного белка (т.е. повышенного уровня одного или нескольких из VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, выявленных у пациентов, у которых диагностирован рак поджелудочной железы, прежде всего метастатический рак поджелудочной железы.
На чертежах показано:
На фиг.1: графики Каплана-Мейера для общей выживаемости (фиг.1А) и выживаемости без прогрессирования заболевания (фиг.1Б) при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки: бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.2: графики Каплана-Мейера, иллюстрирующие корреляцию между лечебным воздействием на общую выживаемость и маркером VEGFA (фиг.2А) и корреляцию между лечебным воздействием на выживаемость без прогрессирования заболевания и маркером VEGFA (фиг.2Б) как в случае высоких (≥152,9 пг/мл), так и низких (<152,9 пг/мл) уровней экспрессии при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки:
бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.3: графики Каплана-Мейера, иллюстрирующие корреляцию между лечебным воздействием на общую выживаемость и маркером VEGFR2 как в случае высоких (≥9,9 нг/мл), так и низких (<9,9 нг/мл) уровней экспрессии при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки:
бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.4: графики Каплана-Мейера, иллюстрирующие корреляцию между лечебным воздействием на выживаемость без прогрессирования заболевания и маркером PLGF в случае оптимизированных как высоких (≥36,5 пг/мл), так и низких (<36,5 пг/мл) уровней экспрессии при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки: бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.5: графики Каплана-Мейера, иллюстрирующие корреляцию между лечебным воздействием на общую выживаемость и объединенным уровнем экспрессии маркеров VEGFA и VEGFR2 (фиг.5А) как в случае высоких (формула 1:≥ -0,1), так и низких (формула 1:< -0,1) уровней экспрессии, и объединенным уровнем экспрессии VEGFA и PLGF (фиг.5Б) как в случае высоких (формула 2:≥ -0,042 пг/мл), так и низких (формула 2:< -0,042) уровней экспрессии, при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки: бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.6: графики Каплана-Мейера, иллюстрирующие корреляцию между лечебным воздействием на выживаемость без прогрессирования заболевания и объединенным уровнем экспрессии маркеров VEGFA и VEGFR2 (фиг.6А) как в случае высоких (формула 1:≥ -0,1), так и низких (формула 1:< -0,1) уровней экспрессии, и объединенным уровнем экспрессии VEGFA и PLGF (фиг.6Б) как в случае высоких (формула 2:≥ -0,042 пг/мл), так и низких (формула 2:< -0,042) уровней экспрессии, при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки: бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.7: графики Каплана-Мейера, иллюстрирующие корреляцию между лечебным воздействием на общую выживаемость и объединенным уровнем экспрессии маркеров VEGFA, VEGFR2 и PLGF (фиг.7А) как в случае высоких (формула 3:≥ 0,837), так и низких (формула 3: <0,837) уровней экспрессии, и корреляцию между лечебным воздействием на выживаемость без прогрессирования заболевания и объединенным уровнем экспрессии маркеров VEGFA, VEGFR2 и PLGF (фиг.7Б) как в случае высоких (формула 3:≥ 0,837), так и низких (формула 3:< 0,837) уровней экспрессии, при применении бевацизумаба в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба в сравнении с применением в качестве контроля плацебо в сочетании с терапией с использованием гемцитабина-эрлотиниба для лечения пациентов, страдающих метастатическим раком поджелудочной железы. На чертежах сплошной линией обозначен вариант обработки: бевацизумаб/гемцитабин-эрлотиниб, а штриховой линией обозначен вариант обработки: плацебо/гемцитабин-эрлотиниб.
На фиг.8: SEQ ID NO:1, пример аминокислотной последовательности VEGFA;
На фиг.9: SEQ ID NO:2, пример аминокислотной последовательности VEGFR2;
На фиг.10: SEQ ID NO:3, пример аминокислотной последовательности PLGF;
111
121
165
189
На фиг.11: результаты измерений возрастающих концентраций VEGF, VEGF, VEGF и VEGF с использованием IMPACT-чипа;
110
121
165
На фиг.12: результаты измерений возрастающих концентраций VEGF, VEGF и VEGF с помощью метода анализа Elecsys с использованием автоматического анализатора Elecsys;
На фиг.13: результаты анализа обработанных ЭДТА и цитратом образцов, взятых из организма одних и тех же пациентов, полученные путем двукратных измерений методом IMPACT-анализа. Концентрация VEGFA оказалась примерно на 40% выше в образцах плазмы, обработанной ЭДТА, чем в образцах, обработанных цитратом, при этом коэффициент корреляции Спирмена для сравнения методов с использованием ЭДТА/цитрата составлял примерно 0,8;
165
На фиг.14: Количества импульсов (ECL-сигнал), измеренных при возрастании концентраций VEGF, полученного рекомбинантным путем в клетках Е.coli или НЕК-клетках соответственно, для измерения которых применяли автоматический анализатор Elecsys;
Настоящее изобретение проиллюстрировано более подробно с помощью следующего служащего для иллюстрации примера, который не ограничивает объем изобретения.
Пример 1
Пациентов с метастатической аденокарциномой поджелудочной железы произвольно разделяли на группы, которые обрабатывали гемцитабином-эрлотинибом плюс бевацизумабом (n=306) или гемцитабином-эрлотинибом плюс плацебо (n=301).
2
Образцы плазмы крови брали у пациентов, принимавших участие в фазе III рандомизированного исследования, в котором проводили сравнительную оценку результатов добавления бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба при лечении метастатического рака поджелудочной железы (исследование BO 17706, см. фиг.1, см. также Van Cutsem, J. Clin. Oncol. 27, 2009, cc.2231-2237). Пациентов с метастатической аденокарциномой поджелудочной железы произвольно разделяли на группы, которые обрабатывали гемцитабином-эрлотинибом плюс бевацизумабом (n=306) или гемцитабином-эрлотинибом плюс плацебо (n=301). Пациентов с метастатической аденокарциномой поджелудочной железы произвольно разделяли на группы, которым вводили гемцитабин (1000 мг/м/неделю), эрлотиниб (100 мг/день) и бевацизумаб (5 мг/кг каждые 2 недели) или гемцитабин, эрлотиниб и плацебо.
Изучение статуса биомаркеров, связанных с ангиогенезом и канцерогенезом, позволило установить, что уровни экспрессии трех биомаркеров относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, коррелировали с улучшением параметра, по которому оценивали лечение. В частности, пациенты, у которых был выявлен более высокий уровень экспрессии VEGFA относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, давали ответ на добавление бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, выражающийся в виде более продолжительной общей выживаемости и более продолжительной выживаемости без прогрессирования заболевания. Пациенты, у которых был выявлен более высокий уровень экспрессии VEGFR2 относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, давали ответ на добавление бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, выражающийся в виде более продолжительной общей выживаемости. Пациенты, у которых был выявлен более высокий уровень экспрессии PLGF относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, давали ответ на добавление бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, выражающийся в виде более продолжительной выживаемости без прогрессирования заболевания. Пациенты, у которых был выявлен более высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, также давали ответ на добавление бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, выражающийся в виде более продолжительной общей выживаемости и более продолжительной выживаемости без прогрессирования заболевания. Кроме того, пациенты, у которых был выявлен более высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, также давали ответ на добавление бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, выражающийся в виде более продолжительной общей выживаемости и более продолжительной выживаемости без прогрессирования заболевания. Пациенты, у которых был выявлен более высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF относительно контрольных уровней, определенных для всей популяции пациентов, у которых оценивали биомаркеры, также давали ответ на добавление бевацизумаба к терапии с использованием гемцитабина-эрлотиниба, выражающийся в виде более продолжительной общей выживаемости и более продолжительной выживаемости без прогрессирования заболевания.
Пациенты и иммунохимические методы
В исследовании ВО 17706 участвовало в общей сложности 607 пациентов, для анализа биомаркеров были взяты образцы плазмы крови у 224 участников эксперимента. Базовые характеристики 224 пациентов, участвовавших в анализе биомаркеров, представлены в таблице 1.
Таблица 1
Базовые характеристики: популяция пациентов, у которых оценивали биомаркеры (n=224)
Бевацизумаб
Плацебо
N
(%)
N
(%)
Пол
женский
45
38,46
32
29,91
мужской
72
61,54
75
70,09
Возрастная категория (годы)
<65
73
62,39
71
66,36
≥65
44
37,61
36
33,64
категория KPS (%), базовый уровень
<80%
15
12,82
13
12,15
≥80%
102
87,18
94
87,85
категория VAS, базовый уровень
ниже базового уровня (не применимо)
10
8,55
16
14,95
<20
68
58,12
56
52,34
≥20
39
33,33
35
32,71
категория CRP, базовый уровень (медианное значение) (мг/дл)
ниже базового уровня (не применимо)
13
11,11
9
8,41
≤1,4
52
44,44
49
45,79
>1,4
52
44,44
49
45,79
VAS: визуальная аналоговая шкала боли
KPS: шкала Карновского оценки общего состояния больного
Анализ плазмы крови
Образцы плазмы собирали после осуществления рандомизации и до осуществления какой-либо из исследуемых обработок, и измеряли уровни VEGFA, рецептора-1 сосудистого эндотелиального фактора роста (VEGFR1), VEGFR2, PLGF и Е-селектина с помощью технологии мультиплексного анализа ELISA (Impact) фирмы Roche Diagnostics GmbH.
Технология мультиплексного анализа IMPACT
Фирма Roche Professional Diagnostics (Roche Diagnostics GmbH) разработала мультимаркерную платформу под рабочим названием IMPACT (технология, основанная на применении иммунологических многопараметрических чипов, Immunological MultiParameter Chip Technology). Технология основана на применении небольшого полистиролового чипа, изготовленного согласно процедурам, описанным в ЕР 0939319 и ЕР 1610129. Поверхность чипа сенсибилизировали слоем стрептавидина, на который затем для каждого анализа наносили в виде пятен биотинилированные антитела. Для каждого маркера содержащие антитела пятна наносили на чип вдоль вертикальной линии. В процессе анализа массив зондировали образцами продукта, содержащими специфические анализируемые субстанции.
Объем плазмы на образец, требуемый для измерения всех маркеров на одном чипе, составлял 8 мкл, его вносили вместе с 32 мкл буфера для инкубации (50 мМ HEPES, pH 7,2, 150 мМ NaCl, 0,1% тезита, 0,5% бычьего сывороточного альбумина и 0,1% оксипириона в качестве консерванта). После инкубации в течение 12 мин и отмывки чипа с помощью буфера для отмывки (5 мМ Трис, pH 7,9, 0,01% тезита и 0,001% оксипирона) добавляли смесь дигоксигенинилированных моноклональных антител (40 мкл буфера для инкубации, включающего смесь специфических в отношении анализируемой субстанции антител, меченных дигоксигенином) и инкубировали еще в течение 6 мин для связывания с иммобилизованными анализируемыми субстанциями. И, наконец, осуществляли обнаружение второго антитела с использованием 40 мкл реагентного буфера (62,5 мМ TAPS, pH 8,7, 1,25М NaCl, 0,5% бычьего сывороточного альбумина, 0,063% Твин 20 и 0,1% оксипириона), включающего конъюгат: антитело к дигоксигенину, связанное с флуоресцентным латексом. С использованием указанной метки можно было обнаруживать по 10 индивидуальных случаев связывания в одном пятне, что обусловливало очень высокую чувствительность, позволяющую измерять концентрации порядка нескольких фмолей/л. Чипы переносили в детекторный блок и с использованием камеры с зарядовой связью (CCD) получали изображение, которое преобразовывали в интенсивности сигнала с помощью разработанного для этой цели программного обеспечения. Индивидуальные пятна вносили автоматически в заранее определенные положения и оценивали количественно путем анализа изображений. Для каждого маркера вносили на чипы линии, содержащие по 10-12 пятен, и для определения средней концентрации в образце требовалось как минимум 5 пятен. Преимущество данной технологии состоит в том, что она позволяет мультиплексировать вплоть до 10 параметров в сэндвич-формате или в формате конкурентного анализа. Калибровочные образцы и образцы, полученные из организма пациентов, анализировали с дублированием. В одной серии измерений осуществляли в общей сложности 100 определений, включая 2 мультиконтроля в качестве контроля для серии. Поскольку некоторые из выбранных анализируемых субстанций взаимодействуют друг с другом (а именно, VEGFA и PLGF с VEGFR1 или VEGRF2, или VEGFA образует гетеродимеры с PLGF), то 5 анализируемых субстанций размещали на трех различных чипах следующим образом:
чип 1:VEGFA;
чип 2: VEGFR1, VEGFR2, Е-селектин;
чип 3:PLGF.
В различных анализах применяли следующие антитела:
Анализируемая субстанция
Иммобилизованное антитело
Фирма-изготовитель
Идентифицирующее антитело
Фирма-изготовитель
VEGFA
<VEGF-A>M-3C5
Bender RELIATech
<VEGF>M-26503
R&D Systems
VEGFR1
<VEGF-R1>M-49560
Roche Diagnostics
<VEGF-R1>M-49543
Roche Diagnostics
VEGFR2
<VEGF-R2>M-89115
R&D Systems
<VEGF-R2>M-89109
R&D Systems
Е-селектин
<Е-селектин>М-BBIG-E5
R&D Systems
<Е-селектин>М-5011
R&D Systems
PLGF
<PLGF>M-2D6D5
Roche Diagnostics
<PLGF>M-6A11D2
Roche Diagnostics
Статистический анализ
Медианные значения для образцов использовали для дихотомизации уровней биомаркеров на низкие (ниже медианного значения) или высокие (выше медианного значения).
Соотношения рисков (HR) для лечебного действия в подгруппе пациентов с высокими или низкими уровнями биомаркеров оценивали методом регрессионного анализа пропорциональных рисков Кокса.
Кроме того, метод регрессионного анализа пропорциональных рисков Кокса использовали для оценки корреляции между уровнем биомаркеров и лечебным действием. Модель включала следующие ковариаты: вариант применявшейся в опыте обработки, уровень биомаркеров, продолжительность воздействия лечения, определяемая по уровню биомаркеров. Для определения корреляции между уровнем биомаркеров и лечебным действием применяли критерий Уолда для продолжительности воздействия. Результаты, для которых значение Р было ниже 0,05, рассматривали как статистически значимые.
Результаты
Маркеры, присутствующие в плазме крови
Исходные описательные статистические параметры биомаркеров представлены в таблице 2.
Таблица 2
Величины описательных статистических параметров биомаркеров (базовый уровень)
VEGFA (пг/мл), базовый уровень
VEGFR2(нг/мл), базовый уровень
PLGF(пг/мл), базовый уровень
минимальное значение
3,06
0,23
0
нижний квартиль (qu 25%)
80,08
7,9
32,9
медианное значение
152,80
9,9
37,8
верхний квартиль (qu 75%)
275,90
12,6
43,6
максимальное значение
2127,00
58,1
142,3
среднее значение
215,30
10,4
39,4
С.К.О.
254,8
4,7
12,5
В таблице 3 представлены результаты однофакторного анализа корреляции отобранных биомаркеров с лечебным действием в отношении общей выживаемости
Таблица 3
Корреляция с лечебным действием на общую выживаемость (однофакторный анализ)
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень VEGFA
1,018 (0,69, 1,5)
0,0308
высокий уровень VEGFA
0,558 (0,37, 0,83)
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень VEGFR2
1,057 (0,72, 1,55)
0,0461
высокий уровень VEGFR2
0,583 (0,39, 0,87)
низкий уровень PLGF
1,048 (0,67, 1,63)
0,089
высокий уровень PLGF
0,659 (0,46, 0,95)
При проведении указанного анализа использовали следующие диапазоны: для VEGFA: низкий уровень VEGFA (<152,9 пг/мл) и высокий уровень VEGFA (≥152,9 пг/мл), для VEGFR2: низкий уровень VEGFR2 (<9,9 нг/мл) и высокий уровень VEGFR2 (≥9,9 нг/мл), для PLGF: низкий уровень PLGF<36,5 пг/мл и высокий уровень PLGF≥36,5 пг/мл.
Для перспективного плана анализа за отсекающие уровни VEGFA и VEGFR2 принимали медианные значения данных, полученных для образцов, в этом случае 50% пациентов имели высокий уровень экспрессии и 50% пациентов имели низкий уровень экспрессии. В качестве отсекающего уровня PLGF принимали уровень, соответствующий 42-му процентилю полученных данных. В этом случае 58% пациентов имели высокий уровень экспрессии PLGF и 42% пациентов имели низкий уровень экспрессии. Отсекающие значения определяли для того, чтобы повысить статистическое различие между лечебным действием в подгруппах с высоким и низким уровнем.
Представленные в таблице результаты свидетельствуют о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем VEGFA, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем VEGFA. Представленные в таблице результаты свидетельствуют также о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем VEGFR2, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем VEGFR2. Следовательно VEGFA и VEGFR2 представляют собой независимые друг от друга прогностические биомаркеры для лечебного действия бевацизумаба на общую выживаемость.
В таблице 4 представлены результаты однофакторного анализа корреляции отобранных биомаркеров с лечебным действием в отношении выживаемости без прогрессирования заболевания.
Таблица 4
Корреляция с лечебным действием на выживаемость без прогрессирования заболевания (однофакторный анализ)
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень VEGFA
0,771 (0,53, 1,13)
0,0603
высокий уровень VEGFA
0,522 (0,35, 0,78)
низкий уровень VEGFR2
0,773 (0,53, 1,12)
0,4012
высокий уровень VEGFR2
0,541 (0,36, 0,81)
низкий уровень PLGF
0,957(0,63, 1,46)
0,0136
высокий уровень PLGF
0,505 (0,35, 0,73)
При проведении указанного анализа использовали следующие диапазоны: для VEGFA: низкий уровень VEGFA (<152,9 пг/мл) и высокий уровень VEGFA (≥152,9 пг/мл), для VEGFR2: низкий уровень VEGFR2 (<9,9 нг/мл) и высокий уровень VEGFR2 (≥9,9 нг/мл), для PLGF: низкий уровень PLGF<36,5 пг/мл и высокий уровень PLGF≥36,5 пг/мл. Для перспективного плана анализа за отсекающие уровни VEGFA и VEGFR2 принимали медианные значения данных, полученных для образцов, в этом случае 50% пациентов имели высокий уровень экспрессии и 50% пациентов имели низкий уровень экспрессии. За отсекающие уровни PLGF принимали уровни, соответствующие 42-му процентилю полученных данных. В этом случае 58% пациентов имели высокий уровень экспрессии PLGF и 42% пациентов имели низкий уровень экспрессии. Отсекающие значения определяли для того, чтобы повысить статистическое различие между лечебным действием в подгруппах с высоким и низким уровнем.
Представленные в таблице результаты свидетельствуют о том, что соотношения рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем VEGFA, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем VEGFA. Представленные в таблице результаты свидетельствуют также о том, что соотношения рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем PLGF, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем PLGF. Следовательно, VEGFA и PLGF представляют собой независимые друг от друга прогностические биомаркеры для лечебного воздействия бевацизумаба на выживаемость без прогрессирования заболевания.
В таблице 5 представлены результаты анализа корреляции комбинаций биомаркеров с лечебным действием на общую выживаемость.
Для этого анализа использовали следующие формулы:
формула 1: norm(VEGFA)+1,3×norm(VEGFR2). Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 0;
эквивалентная формула: VEGFA+3,3×VEGFR2. Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 0,
и
формула 2: 0,25×norm(VEGFA)+0,21×norm(PLGF). Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 0;
эквивалентная формула: 0,19×VEGFA+0,67×PLGF. Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 4,8.
В этих формулах применяют log2-преобразование и
Таблица 5
Корреляция с лечебным действием на общую выживаемость (анализ с использованием двух маркеров (бимаркерный анализ))
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень VEGFA и VEGFR2
1,317 (0,89, 1,94)
0,0002
высокий уровень VEGFA и VEGFR2
0,42 (0,28, 0,64)
низкий уровень VEGFA и PLGF
1,101 (0,74, 1,64)
0,0096
высокий уровень VEGFA и PLGF
0,546 (0,37, 0,81)
При проведении указанного анализа использовали следующие диапазоны: высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1:≥-0,10 и низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1:<-0,10, и высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2:≥-0,042 и низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2:<-0,042.
Представленные в таблице результаты свидетельствуют о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем комбинации VEGFA и VEGFR2, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем комбинации VEGFA и VEGFR2. Полученные результаты свидетельствуют также о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем комбинации VEGA и PLGF, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем комбинации VEGFA и PLGF. Таким образом, и комбинация VEGFA и VEGFR2 и комбинация VEGFA и PLGF представляют собой независимые друг от друга прогностические биомаркеры для лечебного действия бевацизумаба на общую выживаемость.
В таблице 6 представлены результаты анализа корреляции комбинаций биомаркеров с лечебным воздействием на выживаемость без прогрессирования заболевания.
Для этого анализа использовали следующие формулы:
формула 1: norm(VEGFA)+1,3×norm(VEGFR2). Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 0;
эквивалентная формула: VEGFA+3,3×VEGFR2. Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 0;
и
формула 2: 0,25×norm(VEGFA)+0,21×norm(PLGF). Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 0;
эквивалентная формула: 0,19×VEGFA+0,67×PLGF. Отсекающее значение представляет собой медианное значение или равно 4,8.
В этих формулах применяют log2-преобразование и
Таблица 6
Корреляция с лечебным действием на выживаемость без прогрессирования заболевания (бимаркерный анализ)
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень VEGFA и VEGFR2
0,984 (0,68, 1,43)
0,0040
высокий уровень VEGFA и VEGFR2
0,411 (0,26, 0,64)
низкий уровень VEGFA и PLGF
0,936 (0,64, 1,37)
0,0011
высокий уровень VEGFA и PLGF
0,426 (0,28, 0,64)
При проведении указанного анализа использовали следующие диапазоны: высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1:≥ -0,10 и низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и VEGFR2 согласно формуле 1:< -0,10, и высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2:≥ -0,042 и низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA и PLGF согласно формуле 2:<-0,042.
Представленные в таблице результаты свидетельствуют о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем комбинации VEGFA и VEGFR2, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем комбинации VEGFA и VEGFR2. Полученные результаты свидетельствуют также о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем комбинации VEGA и PLGF, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем комбинации VEGFA и PLGF. Таким образом, и комбинация VEGFA и VEGFR2 и комбинация VEGFA и PLGF представляют собой независимые друг от друга прогностические биомаркеры для лечебного действия бевацизумаба на выживаемость без прогрессирования заболевания.
В таблице 7 и таблице 8 представлены результаты анализа корреляции комбинаций биомаркеров VEGFA, VEGFR2 и PLGF с лечебным действием на общую выживаемость и выживаемость без прогрессирования заболевания соответственно.
Для этого анализа использовали следующую формулу:
формула 3: 0,0127×ln (PLGF+1)+0,144×ln(VEGFR2+1)+0,0949×ln (VEGFA+1),
где ln обозначает логарифм по основанию е.
Таблица 7
Корреляция с лечебным действием на общую выживаемость (тримаркерный анализ)
Общая выживаемость
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF
1,051 (0,71, 1,55)
0,0033
высокий уровень комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF
0,554 (0,38, 0,8)
Таблица 8
Корреляция с лечебным воздействием на выживаемость без прогрессирования заболевания (тримаркерный анализ)
Выживаемость без прогрессирования заболевания
HR (95% CI)
Значение p при оценке взаимодействия
низкий уровень комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF
0,974 (0,64, 1,48)
0,0096
высокий уровень комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF
0,488 (0,34, 0,71)
При проведении этого анализа использовали следующие диапазоны: для общей выживаемости - высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF (согласно формуле 3) ≥0,837 и низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF (согласно формуле 3) <0,837), а для выживаемости без прогрессирования заболевания - высокий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF (согласно формуле 3) ≥0,837 и низкий объединенный уровень экспрессии VEGFA, VEGFR2 и PLGF (согласно формуле 3) <0,837.
Представленные в таблице результаты свидетельствуют о том, что соотношение рисков для лечебного действия было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF. Таким образом, комбинация VEGFA, VEGFR2 и PLGF представляет собой прогностический биомаркер для лечебного воздействия бевацизумаба на выживаемость без прогрессирования заболевания.
Представленные в таблице результаты свидетельствуют о том, что соотношение рисков для лечебного действия на общую выживаемость было существенно лучше в подгруппе пациентов с высоким уровнем комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF, чем в подгруппе пациентов с низким уровнем комбинации VEGFA, VEGFR2 и PLGF. Таким образом, комбинация VEGFA, VEGFR2 и PLGF представляет собой прогностический биомаркер для лечебного воздействия бевацизумаба на общую выживаемость.
Пример 2: Обнаружение более коротких изоформ VEGF-A с помощью IMPACT-анализа
В этом примере продемонстрировано, что антитела, применяемые для обнаружения VEGF-A с использованием IMPACT-платформы, позволяют оценивать преимущественно более короткие изоформы VEGF-A по сравнению с более длинными изоформами VEGF-A.
Данный анализ осуществляли согласно методу, описанному выше в разделе, касающемся IMPACT-технологии, с использованием антител, перечисленных в таблице, которая приведена перед разделом «Статистический анализ».
111
121
165
189
111
121
165
189
189
165
110
В распоряжении исследователей имелись четыре различные формы VEGF-А, а именно, VEGF, VEGF, VEGF и VEGF, и их использовали при осуществлении анализа. VEGF, VEGF (обе формы получали путем экспрессии в клетках Е.coli) и VEGF (получали рекомбинантным путем в линии клеток насекомых) поступали от фирмы R&D Systems, Миннеаполис, США, a VEGF получали от фирмы RELIATech, Вольфенбюттель, Германия. Позднее было установлено, что форма VEGF по-видимому, является относительно нестабильной и что данные, полученные с использованием этого продукта, не являются надежными. Как продемонстрировано на фиг.11, более короткие изоформы, состоящие из 111 или 121 аминокислоты соответственно, которые были получены в Е.coli и не подвергались вторичной модификации, например, не были гликозилированы, можно было оценивать более надежно, чем более длинные изоформы, состоящие из 165 аминокислот.VEGF получали в линии клеток насекомых, и эта форма была по меньшей мере частично гликозилирована. Представляющий интерес с биологической точки зрения продукт расщепления плазмином, а именно VEGF, не был доступен для проведения анализа в рассматриваемый период времени, однако можно ожидать, что надежность обнаружения этой изоформы должна быть сопоставимой с надежностью обнаружения VEGF-молекулы, состоящей из 111 аминокислот.
Пример 3: Обнаружение коротких изоформ VEGF с использованием анализатора Elecsys
В данном примере описаны эксперименты, демонстрирующие, что метод, основанный на использовании анализатора Elecsys и соответствующей процедуры анализа, можно применять для обнаружения коротких изоформ VEGF в человеческой плазме.
Для анализа VEGF-A осуществляли переход от метода, основанного на IMPACT-технологии, к использованию автоматической системы диагностики in vitro Elecsys (фирма Roche Diagnostics GmbH, Маннгейм). Применяли то же самое иммобилизованное антитело, которое использовали в IMPACT-анализе, а именно, антитело к hVEGF-A m3C5 (фирма RELIATech, Вольфенбюттель), но иммобилизованное антитело к hVEGF-A m25603 (фирма R&D Systems, Миннеаполис), применявшееся при использовании системы IMPACT, заменяли на антитело к hVEGF-A mA4.6.1 (фирма Genentech, Южный Сан-Франциско).
Иммуноанализы, проводимые с использованием автоматической системы Elecsys, представляют собой иммуноанализы, основанные на использовании технологии генерирования сигнала электрохемилюминисценции (ECLIA). При проведении данного сэндвич-анализа биотинилированное иммобилизованное антитело связывается с магнитными частицами, покрытыми стрептавидином, а меченное рутением идентифицирующее антитело служит для генерирования сигнала. 75 мкл биотинилированного антитела к VEGF-A m3C5 в концентрации 1,5 мкг/мл и 75 мкл меченного рутением антитела к VEGF-A M-A.4.6.1 в концентрации 2 мкг/мл, оба в реакционном буфере (50 мМ Трис (pH 7,4), 2 мМ ЭДТА, 0,1% тезита, 0,2 бычьего IgG, 1,0% бычьего сывороточного альбумина), инкубировали в течение 9 мин вместе с 20 мкл образца. После первых 9 мин инкубации добавляли 30 мкл суспензии микрочастиц и затем осуществляли инкубацию еще в течение 9 мин. В процессе осуществления стадий инкубации происходило формирование сэндвича: антитело-анализируемая субстанция-антитело, связанное с микрочастицами. В завершение микрочастицы переносили в детекторную камеру системы Elecsys для генерирования и считывания сигнала.
110
121
165
121
110
165
Избирательность Elecsys-анализа VEGF-A в отношении продукта расщепления/изоформы оценивали с использованием очищенных рекомбинантных белков: VEGF (полученного путем расщепления плазмином на фирме Genentech, Южный Сан-Франциско), VEGF и VEGF (обе формы, полученные в линии клеток насекомых, поступали от фирмы R&D Systems, Миннеаполис). Избирательное связывание коротких изоформ VEGF, обнаруженное при применении IMPACT-анализа, было подтверждено с использованием Elecsys-анализа. Как продемонстрировано на фиг.12, Elecsys-анализ позволял обнаруживать изоформы VEGF и продукт расщепления плазмином VEGF соответственно с более высокой примерно в 5 раз чувствительностью, чем VEGF.
Пример 4: Обнаружение коротких изоформ VEGF в образцах плазмы. обработанных цитратом натрия и ЭДТА
+
Брали парные образцы плазмы у пациентов, страдающих местно-рецидивирующим или метастатическим HER2-позитивным (HER2) раком молочной железы, которые вносили и в содержащие ЭДТА пробирки для сбора образцов (5 мл) типа Monovette и в содержащие цитрат пробирки для сбора образцов (5 мл) типа Monovette (MC). В течение 30 мин после сбора крови содержащие кровь пробирки помещали в центрифугу и центрифугировали при 1500×g при комнатной температуре в течение 10 мин до разделения клеток и плазмы. Сразу после центрифугирования плазму осторожно переносили в пропиленовую пробирку для переноса и затем с помощью пипетки разделяли на одинаковые аликвоты и вносили в 2 пробирки для хранения (заполняя примерно половину объема каждой пробирки, т.е. примерно 1,25 мл). Уровни VEGF-A в образцах измеряли с помощью описанного выше IMPACT-анализа. Как продемонстрировано на фиг.13, концентрация VEGFA в образцах плазмы, собранных и хранившихся в ЭДТА, оказалась примерно на 40% выше, чем в образцах плазмы, собранных и хранившихся в цитрате, при этом коэффициент корреляции Спирмена для МС, обработанных ЭДТА и цитратом, составлял примерно 0,8 в случае исходных образцов, собранных до обработки.
165
Пример 5: Сравнительные измерения уровней немодифицированного и модифицированного VEGF с использованием анализатора Elecsys
В данном примере описаны эксперименты, демонстрирующие, что анализатор Elecsys и соответствующий метод анализа можно применять для обнаружения немодифицированного VEGF в человеческой плазме.
Для анализа VEGF-А осуществляли переход от метода, основанного на IMPACT-технологии, к использованию автоматической системы диагностики in vitro Elecsys (фирма Roche Diagnostics GmbH, Маннгейм). Применяли то же самое иммобилизованное антитело, которое использовали в IMPACT-анализе, а именно, антитело к hVEGF-A m3C5 (фирма RELIATech, Вольфенбюттель), но идентифицирующее антитело к hVEGF-A m25603 (фирма R&D Systems, Миннеаполис), применявшееся при использовании системы IMPACT, заменяли на антитело к hVEGF-A mA4.6.1 (фирма Genentech, Южный Сан-Франциско).
Иммуноанализы, проводимые с использованием автоматической системы Elecsys, представляют собой иммунологические анализы, основанные на использовании технологии генерирования сигнала электрохемилюминисценции (ECLIA). При проведении данного сэндвич-анализа биотинилированное иммобилизованное антитело связывали с магнитными микрочастицами, сенсибилизированными стрептавидином, а меченное рутением идентифицирующее антитело служило для генерирования сигнала. 75 мкл биотинилированного антитела к VEGF-A m3C5 в концентрации 1,5 мкг/мл и 75 мкл меченного рутением антитела к VEGF-A M-A.4.6.1 в концентрации 2 мкг/мл, оба в реакционном буфере (50 мМ Трис (pH 7,4), 2 мМ ЭДТК, 0,1% тезита, 0,2 бычьего IgG, 1,0% бычьего сывороточного альбумина), инкубировали в течение 9 мин вместе с 20 мкл образца. После первых 9 мин инкубации добавляли 30 мкл суспензии микрочастиц и затем полученную смесь инкубировали еще в течение 9 мин. В процессе осуществления стадий инкубации происходило формирование сэндвича: антитело-анализируемая субстанция-антитело, связанное с микрочастицами. В завершение микрочастицы переносили в детекторную камеру системы Elecsys для генерирования и считывания сигнала.
165
165
165
165
165
Избирательность Elecsys-анализа VEGF-A оценивали с использованием очищенных рекомбинантных белков: VEGF (полученного методом рекомбинации в Е.coli на фирме Peprotech) и VEGF (полученного методом рекомбинации в НЕК-клетках на фирме Roche Diagnostics, Германия). Избирательное связывание немодифицированных изоформ VEGF, обнаруженное при применении IMPACT-анализа, было подтверждено с использованием Elecsys-анализа. Как продемонстрировано на фиг.14, Elecsys-анализ позволял обнаруживать немодифицированный VEGF с более высокой примерно в 5 раз чувствительностью, чем модифицированный VEGF.