БИОМАРКЕРЫ ДЛЯ РЕВМАТОИДНОГО АРТРИТА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Способ определёния вероятности ревматоидного артрита у пациента, содержащий:
получение доступных последовательностей ДНК, выделенных из образца, который отобран у пациента;
расчёт относительной распространённости биомаркера на основании последовательностей ДНК, где биомаркер содержит последовательность ДНК в геноме Lactobacillus salivarius; и
определёние вероятности ревматоидного артрита у пациента на основании относительной распространённости, сравнением относительной распространённости с предварительно определённым пороговым значением для принятия решения;
где образец содержит по меньшей мере один из фекального образца, зубного образца и слюнного образца,
где расчёт относительной распространённости биомаркера на основании последовательностей ДНК:
расчёт числа копий каждой последовательности ДНК биомаркера среди последовательностей ДНК;
относительно каждой последовательности ДНК биомаркера, которая содержится среди последовательностей ДНК, расчёт относительной распространённости последовательности ДНК, основанный на соотношении числа копии последовательности ДНК и суммы числа копий всех последовательностей ДНК в образце; и
расчёт относительной распространённости биомаркера, основанный на по меньшей мере некоторых из относительных распространённостей последовательностей ДНК биомаркера;
в котором биомаркер содержит по меньшей мере одну из следующих метагеномных групп сцепления (MLG):
MLG, соответствующая фекальному образцу и состоящая из MLG ID NO: 2169;
MLG, соответствующая зубному образцу и состоящая из MLG ID NO: 16600; и
MLG, соответствующая слюнному образцу и состоящая из MLG ID NO: 4643;
в котором:
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 2169 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1~593 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 1~593;
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 16600 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 594~1536 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 594~1536; и
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 4643 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1537~2594 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 1537~2594.
2 Способ по п. 1, в котором:
MLG ID NO: 2169 состоит из генов, имеющих полинуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 1~593;
MLG ID NO: 16600 состоит из генов, имеющих полинуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 594~1536; и
MLG ID NO: 4643 состоит из генов, имеющих полинуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 1537~2594.
3. Способ оценки лечения ревматоидного артрита, содержащий:
для каждого пациента из множества пациентов, имеющих ревматоидный артрит:
получение первых доступных последовательностей ДНК, выделенных из первого образца, который отбирают у пациента перед тем, как пациент получал лечение,
расчёт первой относительной распространённости биомаркера на основании первых последовательностей ДНК, в котором биомаркер содержит последовательность ДНК в геноме Lactobacillus salivarius,
получение вторых доступных последовательностей ДНК, выделенных из второго образца, который отбирают у пациента после того, как пациент получил лечение, и
расчёт второй относительной распространённости биомаркера на основании вторых последовательностей ДНК; и
оценку лечения на основании первых относительных распространённостей и вторых относительных распространённостей, рассчитанных для множества пациентов, сравнением относительной распространённости с предварительно определённым пороговым значением для принятия решения;
где указанные первые и вторые образцы принадлежат одному типу и содержат по меньшей мере один из фекального образца, зубного образца и слюнного образца,
где расчёт первой относительной распространённости или второй относительной распространённости биомаркера, основанный на последовательностях ДНК, включает:
расчёт числа копий каждой последовательности ДНК биомаркера среди последовательностей ДНК;
относительно каждой последовательности ДНК биомаркера, которая содержится среди последовательностей ДНК, расчёт относительной распространённости последовательности ДНК, основанный на соотношении числа копии последовательности ДНК и суммы числа копий всех последовательностей ДНК в образце; и
расчёт относительной распространённости биомаркера, основанный на по меньшей мере некоторых из относительных распространённостей последовательностей ДНК биомаркера;
где биомаркер содержит по меньшей мере одну из следующих метагеномных групп сцепления (MLG):
MLG, состоящая из MLG ID NO: 2169;
MLG, состоящая из MLG ID NO: 16600; и
MLG, состоящая из MLG ID NO: 4643;
где:
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 2169 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1~593 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 1~593;
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 16600 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 594~1536 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 594~1536; и
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 4643 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1537~2594 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 1537~2594.
4. Способ оценки лечения ревматоидного артрита, содержащий:
для каждого пациента из множества пациентов, имеющих ревматоидный артрит:
получение доступных последовательностей ДНК, выделенных из образца, который отбирают у пациента после того, как пациент получил лечение, и
расчёт относительной распространённости биомаркера на основании последовательностей ДНК, в котором биомаркер содержит последовательность ДНК в геноме Lactobacillus salivarius; и
оценку лечения на основании относительных распространённостей, рассчитанных для множества пациентов, сравнением относительной распространённости с предварительно определённым пороговым значением для принятия решения,
где расчёт относительной распространённости биомаркера, основанный на последовательностях ДНК, включает:
расчёт числа копий каждой последовательности ДНК биомаркера среди последовательностей ДНК;
относительно каждой последовательности ДНК биомаркера, которая содержится среди последовательностей ДНК, расчёт относительной распространённости последовательности ДНК, основанный на соотношении числа копии последовательности ДНК и суммы числа копий всех последовательностей ДНК в образце; и
расчёт относительной распространённости биомаркера, основанный на по меньшей мере некоторых из относительных распространённостей последовательностей ДНК биомаркера;
где биомаркер содержит:
MLG, состоящую из MLG ID NO: 2169;
MLG, состоящую из MLG ID NO: 16600; и
MLG, состоящую из MLG ID NO: 4643;
где:
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 2169 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1~593 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 1~593;
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 16600 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 594~1536 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 594~1536; и
по меньшей мере 80% генов MLG ID NO: 4643 имеют по меньшей мере 85% идентичности последовательности с полинуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1537~2594 и кодируют полипептиды, имеющие по меньшей мере 85% идентичности последовательности с аминокислотными последовательностями, кодируемыми SEQ ID NO: 1537~2594.
5. Способ по п. 3 или 4, в котором:
MLG ID NO: 2169 состоит из генов, имеющих полинуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 1~593;
MLG ID NO: 16600 состоит из генов, имеющих полинуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 594~1536; и
MLG ID NO: 4643 состоит из генов, имеющих полинуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 1537~2594.