ПЛАТФОРМА ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ И АНАЛИЗА ТЕРАПЕВТИЧЕСКИХ АГЕНТОВ

1. Способ характеристики потенциальных агентов, включающий
(a) предоставление библиотеки потенциальных агентов, в которой каждый потенциальный агент присоединен к маркеру-нуклеиновой кислоте, имеющей последовательность маркера;
(b) приведение библиотеки потенциальных агентов в контакт с твердой подложкой для присоединения потенциальных агентов к твердой подложке, в результате чего образуется массив потенциальных агентов, включающий индивидуальные элементы на твердой подложке, каждый из которых присоединен к индивидуальному потенциальному агенту из библиотеки;
(c) приведение массива потенциальных агентов в контакт с агентом для скрининга, при котором один или более из потенциальных агентов массива реагирует с агентом для скрининга;
(d) исследование массива во время или после контакта массива с агентом для скрининга для установления того, что по меньшей мере один потенциальный агент, находящийся в массиве, реагирует с агентом для скрининга;
(e) секвенирование маркеров-нуклеиновых кислот в массиве для определения последовательности маркера, который присоединен к каждому из потенциальных агентов; и
(f) идентификацию по меньшей мере одного потенциального агента в массиве, который реагирует с агентом для скрининга, на основании последовательности маркера, который присоединен к по меньшей мере одному потенциальному агенту.
2. Способ по п. 1, в котором потенциальные агенты выбраны из группы, состоящей из белков, нуклеиновых кислот, клеток и небольших молекул.
3. Способ по п. 2, в котором белки выбраны из группы, состоящей из антител, ферментов, рецепторов, киназ, фосфатаз, полимераз, протеаз, эстераз, ферментов, модифицирующих гистоны, и ядерных гормональных рецепторов.
4. Способ по п. 1, в котором клетки выбраны из группы, состоящей из генетически натуральных клеток, выделенных из многоклеточного организма, генетически натуральных клеток, которые включают одноклеточные организмы, генетически сконструированные клетки и культивируемые клетки.
5. Способ по п. 1 или 4, в котором клетки представляют собой стволовые клетки или иммунные клетки.
6. Способ по п. 2, в котором небольшие молекулы выбраны из группы, состоящей из потенциальных ингибиторов ферментов, потенциальных антибиотиков, потенциальных противовирусных агентов, потенциальных пестицидов, потенциальных гормонов, потенциальных активаторов клеточной сигнализации, потенциальных ингибиторов клеточной сигнализации и потенциальных активаторов ферментов.
7. Способ по п. 1, в котором этап (а) включает комбинаторный синтез библиотеки потенциальных агентов, при котором индивидуальные реакции комбинаторного синтеза, проводимые на каждом потенциальном агенте, отслеживают посредством добавления уникальной сигнатуры из одного или более нуклеотидов к маркеру-нуклеиновой кислоте, которая присоединена к каждому из потенциальных агентов, что приводит к образованию библиотеки потенциальных агентов, в которой каждый потенциальный агент присоединен к уникальному маркеру-нуклеиновой кислоте.
8. Способ по п. 1, в котором твердая подложка включает праймеры нуклеиновых кислот, и потенциальные агенты присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации маркеров-нуклеиновых кислот с праймерами нуклеиновых кислот.
9. Способ по п. 8, в котором маркеры-нуклеиновые кислоты включают последовательность, связывающую универсальный праймер, праймеры нуклеиновых кислот включают последовательность универсального праймера, и потенциальные агенты присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации последовательности, связывающей универсальный праймер, с последовательностью универсального праймера.
10. Способ по п. 1, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более потенциальными агентами посредством связывания с одним или более потенциальными агентами или блокировки связывания между потенциальным агентом и аналитом, имеющим сродство к потенциальному агенту.
11. Способ по п. 10, в котором исследование массива включает обнаружение агента для скрининга, который связан с одним или более потенциальными агентами.
12. Способ по п. 11, в котором агент для скрининга представляет собой люминесцентный объект, а обнаружение включает обнаружение люминесценции от массива.
13. Способ по п. 1, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более потенциальными агентами посредством химической модификации одного или более потенциальных агентов.
14. Способ по п. 13, в котором исследование массива включает обнаружение одного или более модифицированного потенциального агента.
15. Способ по п. 14, в котором один или более модифицированных потенциальных агентов представляют собой люминесцентные объекты, а обнаружение включает обнаружение люминесценции от массива.
16. Способ по п. 1, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более потенциальными агентами, в результате чего образуется анализируемый продукт.
17. Способ по п. 16, в котором исследование массива включает обнаружение анализируемого продукта.
18. Способ по п. 17, в котором анализируемый продукт представляет собой люминесцентный объект, а обнаружение включает обнаружение люминесценции от массива.
19. Способ по п. 1, в котором исследование массива включает регистрацию в определенные моменты времени сигналов от одного или более индивидуальных элементов массива.
20. Способ по п. 1, в котором сигналы включают оптические сигналы.
21. Способ по п. 1, дополнительно включающий амплификацию маркеров-нуклеиновых кислот, в результате которой получают ампликоны маркеров-нуклеиновых кислот на индивидуальных элементах.
22. Способ по п. 21, в котором секвенирование маркеров-нуклеиновых кислот включает секвенирование ампликонов маркеров-нуклеиновых кислот на индивидуальных элементах.
23. Способ по п. 22, в котором секвенирование маркеров-нуклеиновых кислот включает обнаружение оптических сигналов, указывающих на последовательность.
24. Способ по п. 1, в котором твердая подложка находится в проточной ячейке.
25. Способ получения массива белков, включающий:
(a) предоставление библиотеки молекул мРНК, причем индивидуальные молекулы мРНК, содержащиеся в библиотеке, включают целевую последовательность и последовательность маркера;
(b) получение из библиотеки первой подбиблиотеки, где первая подбиблиотека включает нуклеиновые кислоты, содержащие последовательности маркера или их комплементы, причем нуклеиновые кислоты присоединены к индивидуальным элементам, находящимся на твердой подложке;
(c) получение из библиотеки второй подбиблиотеки, где вторая подбиблиотека включает нуклеиновые кислоты, содержащие целевые последовательности и последовательности маркера или их комплементы;
(d) приведение второй подбиблиотеки в контакт с первой подбиблиотекой и присоединение таким образом нуклеиновых кислот из второй подбиблиотеки к твердой подложке посредством гибридизации последовательностей маркера и их комплементов; и
(e) трансляцию целевых последовательностей на твердой подложке с целью получения массива белков, присоединенных к индивидуальным элементам.
26. Способ по п. 25, дополнительно включающий этап секвенирования последовательностей маркера или их комплементов на твердой подложке, что позволяет определить локализацию последовательностей маркера или их комплементов на индивидуальных элементах твердой подложки.
27. Способ по п. 25 или 26, в котором нуклеиновые кислоты первой подбиблиотеки дополнительно включают целевые последовательности.
28. Способ по п. 27, дополнительно включающий этап секвенирования целевых последовательностей на твердой подложке.
29. Способ скрининга белков, включающий:
(i) получение массива белков способом по п. 25;
(ii) приведение массива белков в контакт с агентом для скрининга, при котором один или более содержащихся в массиве белков реагируют с агентом для скрининга; и
(iii) анализ массива белков во время или после контакта с агентом для скрининга для определения того, что по меньшей мере один белок в массиве реагирует с агентом для скрининга.
30. Способ по п. 29, дополнительно включающий этап секвенирования последовательностей маркера или их комплементов на твердой подложке, что позволяет определить локализацию последовательностей маркера или их комплементов на индивидуальных элементах твердой подложки.
31. Способ по п. 30, дополнительно включающий этап идентификации в массиве по меньшей мере одного белка, который реагирует с агентом для скрининга, на основании последовательности маркера, который присоединен к по меньшей мере одному белку.
32. Способ по п. 29, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более белками путем связывания с одним или более белками или посредством блокировки связывания между одним или более белками и аналитом, имеющим сродство к одному или более белкам.
33. Способ по п. 32, в котором исследование массива включает обнаружение агента для скрининга, который связывается с одним или более белками.
34. Способ по п. 33, в котором агент для скрининга представляет собой люминесцентный объект, а обнаружение включает обнаружение люминесценции от массива.
35. Способ по п. 32, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более белками, что приводит к химической модификации одного или более белков.
36. Способ по п. 35, в котором исследование массива включает обнаружение одного или более модифицированных белков.
37. Способ по п. 36, в котором один или более из модифицированных белков представляет собой люминесцентный объект, а обнаружение включает обнаружение люминесценции от массива.
38. Способ по п. 32, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более белками с образованием анализируемого продукта.
39. Способ по п. 38, в котором исследование массива включает обнаружение анализируемого продукта.
40. Способ по п. 39, в котором анализируемый продукт представляет собой люминесцентный объект, а обнаружение включает обнаружение люминесценции от массива.
41. Способ по п. 32, в котором исследование массива включает регистрацию в определенные моменты времени сигналов от одного или более индивидуальных элементов массива.
42. Способ по п. 41, в котором сигналы включают оптические сигналы.
43. Способ по п. 25, в котором библиотека молекул мРНК включает множество вариантов одного гена.
44. Способ по п. 43, в котором варианты получены случайным мутагенезом.
45. Способ по п. 25 или 43, в котором библиотека молекул мРНК получена из рекомбинантных организмов.
46. Способ по п. 25, в котором белки выбраны из группы, состоящей из антител, ферментов, рецепторов, киназ, фосфатаз, полимераз, протеаз, эстераз, ферментов, модифицирующих гистоны, и ядерных гормональных рецепторов.
47. Способ по п. 25, в котором первая подбиблиотека получена способом, который включает приведение молекул мРНК библиотеки в контакт с твердой подложкой с целью присоединения молекул мРНК к твердой подложке.
48. Способ по п. 47, в котором молекулы мРНК подвергают амплификации на твердой подложке с целью получения комплементов последовательностей маркера.
49. Способ по п. 25, в котором твердая подложка включает праймеры нуклеиновых кислот, и молекулы мРНК присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации с праймерами нуклеиновых кислот.
50. Способ по п. 49, в котором молекулы мРНК включают последовательность, связывающую универсальный праймер, праймеры нуклеиновых кислот включают последовательность универсального праймера, и молекулы мРНК присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации последовательности, связывающей универсальный праймер, с последовательностью универсального праймера.
51. Способ по п. 25, в котором первая подбиблиотека получена способом, который включает обратную транскрипцию индивидуальных молекул мРНК или части индивидуальных молекул мРНК, включающей последовательность маркера.
52. Способ по п. 51, в котором молекулы мРНК или их части, прошедшие обратную транскрипцию, подвергают амплификации на твердой подложке для образования комплементов последовательностей маркера.
53. Способ по п. 25, в котором библиотека молекул мРНК предоставлена в виде образца жидкости, и в котором первая подбиблиотека и вторая подбиблиотека получены из отдельных фракций образца жидкости.
54. Способ по п. 25, в котором твердая подложка находится в проточной ячейке.
55. Способ по п. 25, в котором белки ковалентно присоединены к молекулам мРНК.
56. Способ по п. 25, дополнительно включающий этап селективного удаления молекул мРНК или белков, которые присоединены к одному или более элементам массива.
57. Способ по п. 56, в котором селективное удаление включает расщепление связи, которая присоединяет молекулы мРНК или белки к элементам, под действием лазера.
58. Способ по п. 25, в котором первая подбиблиотека включает нуклеиновые кислоты, содержащие комплементы последовательностей маркера,
при этом вторая подбиблиотека включает РНК молекулы, содержащие целевые последовательности и последовательности маркера, и
причем этап (d) включает приведение второй подбиблиотеки в контакт с первой подбиблиотекой, который приводит к присоединению молекул мРНК второй подбиблиотеки к твердой подложке посредством гибридизации последовательностей маркера и их комплементов.
59. Способ по п. 25, в котором первая подбиблиотека включает нуклеиновые кислоты, содержащие последовательности маркера,
при этом вторая подбиблиотека включает молекулы кДНК, содержащие целевые последовательности и комплементы последовательностей маркера,
причем этап (d) включает приведение второй подбиблиотеки в контакт с первой подбиблиотекой, который приводит к присоединению молекул кДНК второй подбиблиотеки к твердой подложке посредством гибридизации последовательностей маркера и их комплементов, и
при этом этап (е) включает обратную транскрипцию молекул кДНК, которая приводит к образованию молекул мРНК на твердой подложке, и трансляцию молекул мРНК на твердой подложке с образованием массива белков, присоединенных к индивидуальным элементам.
60. Способ по п. 25, в котором целевые последовательности транслируются с помощью рибосом на твердой подложке, и рибосомы обрабатывают пуромицином для получения массива белков, присоединенных к индивидуальным элементам.
6
61. Способ по п. 25, в котором твердая подложка включает по меньшей мере 1×10 элементов.
62. Способ по п. 25, в котором средний шаг между элементами на твердой подложке составляет менее 10 микрометров.
63. Способ по п. 25, в котором средняя площадь элементов составляет менее 100 квадратных микрометров.
64. Массив, включающий:
(a) библиотеку молекул мРНК, причем индивидуальные молекулы мРНК, содержащиеся в библиотеке, включают целевую последовательность и последовательность маркера;
(b) твердую подложку, включающую нуклеиновые кислоты, содержащие комплементы последовательностей маркера,
причем нуклеиновые кислоты присоединены к индивидуальным элементам, находящимся на твердой подложке,
где последовательности маркера индивидуальных молекул мРНК гибридизованы с соответствующими комплементарными последовательностями маркера на индивидуальных элементах, находящихся на твердой подложке, и
где белки, полученные трансляцией молекул мРНК, присоединены к соответствующим молекулам мРНК.
65. Массив по п. 64, в котором белки присоединены к соответствующим молекулам мРНК через рибосомы.
66. Массив по п. 65, в котором белки ковалентно присоединены к рибосомам.
67. Массив по п. 64, в котором белки помечены люминесцентной меткой.
68. Массив по п. 67, в котором помеченный люминесцентной меткой агент для скрининга специфично связан с сайтом связывания белка, в результате чего белок имеет люминесцентную метку.
6
69. Массив по п. 64, в котором твердая подложка включает по меньшей мере 1×10 элементов.
70. Массив по п. 64, в котором средний шаг между элементами на твердой подложке составляет менее 10 микрометров.
71. Массив по п. 64, в котором средняя площадь элементов составляет менее 100 квадратных микрометров.
72. Массив по п. 64, в котором библиотека молекул мРНК включает множество вариантов одного гена.
73. Массив по п. 64, в котором белки выбраны из группы, состоящей из антител, ферментов, рецепторов, киназ, фосфатаз, полимераз, протеаз, эстераз, ферментов, модифицирующих гистоны, и ядерных гормональных рецепторов.
74. Массив по п. 64, в котором твердая подложка находится в проточной ячейке.
75. Способ скрининга клеток, включающий:
(a) предоставление множества различных клеток, где каждая из различных клеток включает маркер-нуклеиновую кислоту, имеющую последовательность маркера;
(b) приведение смеси различных клеток в контакт твердой подложкой, приводящий к образованию массива клеток, присоединенных к твердой подложке;
(c) скрининг массива клеток на твердой подложке для определения по меньшей мере одной оптической характеристики, где реакция скрининга включает обнаружение индивидуальных клеток, которые присоединены к твердой подложке;
(d) секвенирование последовательностей маркера маркеров-нуклеиновых кислот, которые присоединены к твердой подложке; и
(e) идентификацию по меньшей мере одной клетки в массиве как клетки-кандидата на основании оптической характеристики и последовательности маркера клетки-кандидата.
76. Способ по п. 75, в котором клетки выбраны из группы, состоящей из природных клеток, выделенных из многоклеточного организма, природных клеток, которые включают одноклеточные организмы, генетически сконструированные клетки и культивируемые клетки.
77. Способ по п. 76, в котором клетки представляют собой стволовые клетки или иммунные клетки.
78. Способ по п. 75, в котором этап (а) включает помещение различных клеток по отдельности в отдельные емкости и добавление нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность маркера, в каждую из емкостей, в результате чего образуется множество различных клеток, где каждая из различных клеток находится в отдельной емкости и включает маркер-нуклеиновую кислоту, имеющую характерную последовательность маркера.
79. Способ по п. 75, в котором нуклеиновая кислота, имеющая последовательность маркера, присоединена к грануле, и гранула связывается с клеткой, относящейся к множеству различных клеток.
80. Способ по п. 79, в котором гранула включает антитело, обладающее специфичным сродством к связыванию, или клетку.
81. Способ по п. 75, в котором нуклеиновая кислота, имеющая последовательность маркера, присоединена к клетке, относящейся к множеству различных клеток, посредством ковалентного присоединения к липиду или жирной кислоте плазматической мембраны.
82. Способ по п. 75, в котором нуклеиновая кислота, имеющая последовательность маркера, присоединена к клетке, относящейся к множеству различных клеток, посредством ковалентного присоединения к белку, находящемуся в липиде плазматической мембраны.
83. Способ по п. 75, в котором твердая подложка включает праймеры нуклеиновых кислот, и клетки присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации маркеров-нуклеиновых кислот с праймерами нуклеиновых кислот.
84. Способ по п. 83, в котором маркеры-нуклеиновые кислоты включают последовательность, связывающую универсальный праймер, праймеры нуклеиновых кислот включают последовательность универсального праймера, и потенциальные агенты присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации последовательности, связывающей универсальный праймер, с последовательностью универсального праймера.
85. Способ по п. 75, в котором исследование массива включает регистрацию в определенные моменты времени сигналов от одного или более индивидуальных элементов массива.
86. Способ по п. 85, в котором сигналы включают оптические сигналы.
87. Способ по п. 75, дополнительно включающий амплификацию маркеров-нуклеиновых кислот, в результате которой получают ампликоны маркеров-нуклеиновых кислот на твердой подложке.
88. Способ по п. 87, в котором секвенирование маркера-нуклеиновой кислоты включает секвенирование ампликонов маркеров-нуклеиновых кислот.
89. Способ по п. 88, в котором секвенирование маркера-нуклеиновой кислоты включает обнаружение оптических сигналов, указывающих на последовательность.
90. Способ по п. 75, в котором твердая подложка находится в проточной ячейке.
91. Способ по п. 75, в котором клетки представляют собой живые клетки.
92. Способ по п. 90, дополнительно включающий удаление по меньшей мере одной клетки-кандидата с твердой подложки.
93. Способ по п. 92, дополнительно включающий культивирование по меньшей мере одной клетки-кандидата после удаления с твердой подложки, что приводит к репликации по меньшей мере одной клетки.
94. Способ по п. 75, в котором различные клетки включают генетически модифицированные клетки.
95. Способ по п. 94, в котором генетически модифицированные клетки имеют генетическую модификацию, выбранную из группы, состоящей из кодирования не встречающегося в природе рекомбинантного белка, кодирования мутантного рекомбинантного белка, наличия делеции встречающегося в природе белка, ингибирования экспрессии встречающегося в природе белка, усиления экспрессии встречающегося в природе белка, получения не встречающегося в природе аналита и ингибирования выработки природного аналита.
96. Способ по п. 75, в котором скрининг массива клеток включает обработку клеток агентом для скрининга.
97. Способ по п. 96, в котором агент для скрининга связывается с по меньшей мере одной клеткой-кандидатом.
98. Способ по п. 97, в котором агент для скрининга представляет собой люминесцентный объект, и в котором реакция скрининга включает обнаружение люминесценции по меньшей мере одной клетки-кандидата.
99. Способ по п. 96, в котором агент для скрининга модифицирует по меньшей мере одну клетку-кандидата.
100. Способ по п. 96, в котором агент для скрининга стимулирует по меньшей мере одну клетку-кандидата.
101. Способ по п. 99 или 100, в котором агент для скрининга повышает или понижает люминесценцию по меньшей мере одной клетки-кандидата, и в котором реакция скрининга включает обнаружение люминесценции по меньшей мере одной клетки-кандидата.
102. Способ по п. 75, дополнительно включающий амплификацию маркера-нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность маркера, с целью присоединения множества копий маркера-нуклеиновой кислоты на каждую из различных клеток.
103. Способ по п. 75, в котором этап (d) включает удаление индивидуальных клеток с твердой подложки в условиях, при которых маркер-нуклеиновые кислоты присоединяются к твердой подложке, и затем секвенирование последовательностей маркера маркеров-нуклеиновых кислот, которые присоединены к твердой подложке.
104. Способ по п. 75, в котором этап (d) включает копирование маркеров-нуклеиновых кислот, которое приводит к образованию копий маркеров-нуклеиновых кислот, которые присоединены к твердой подложке, и последующее секвенирование последовательностей маркера копий маркеров-нуклеиновых кислот, которые присоединены к твердой подложке.
105. Способ по п. 75, в котором этап (d) включает копирование маркеров-нуклеиновых кислот, которое приводит к образованию копий маркеров-нуклеиновых кислот, которые присоединены к твердой подложке, и последующее удаление индивидуальных клеток с твердой подложки в условиях, при которых маркер-нуклеиновые кислоты присоединяются к твердой подложке, и последующее секвенирование последовательностей маркера маркеров-нуклеиновых кислот, которые присоединены к твердой подложке.
106. Способ получения массива белков, включающий:
(a) предоставление библиотеки молекул кДНК, которые присоединены к твердой подложке;
(b) амплификацию молекул кДНК на твердой подложке, приводящую к образованию кластеров, где каждый кластер включает множество копий конкретной молекулы кДНК из библиотеки;
(c) транскрипцию множества копий на кластерах с целью получения множества молекул мРНК, присоединенных к каждому из кластеров; и
(d) трансляцию молекул мРНК на кластерах с целью получения множества белков, присоединенных к каждому из кластеров.
107. Способ по п. 106, дополнительно включающий этап секвенирования по меньшей мере части каждой молекулы мРНК на твердой подложке.
108. Способ скрининга белков, включающий:
(i) получение массива белков способом по п. 106;
(ii) приведение находящихся на твердой подложке белков в контакт с агентом для скрининга, при котором один или более белков реагируют с агентом для скрининга; и
(iii) обнаружение белков на твердой подложке во время или после контакта с агентом для скрининга для определения того, что по меньшей мере один белок реагирует с агентом для скрининга.
109. Способ по п. 108, дополнительно включающий этап секвенирования по меньшей мере части каждой молекулы мРНК на твердой подложке.
110. Способ по п. 109, дополнительно включающий этап идентификации в массиве по меньшей мере одного белка, который реагирует с агентом для скрининга, с помощью последовательности по меньшей мере части молекулы мРНК, которая присоединена к по меньшей мере одному белку.
111. Способ по п. 108, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более белками путем связывания с одним или более белками или посредством блокировки связывания между одним или более белками и аналитом, имеющим сродство к одному или более белкам.
112. Способ по п. 111, в котором обнаружение включает обнаружение агента для скрининга, который связывается с одним или более белками.
113. Способ по п. 112, в котором агент для скрининга представляет собой люминесцентный объект, и обнаружение включает обнаружение люминесценции.
114. Способ по п. 108, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более белками, в результате чего происходит химическая модификация одного или более белков.
115. Способ по п. 114, в котором обнаружение включает обнаружение одного или более модифицированных белков.
116. Способ по п. 115, в котором один или более из модифицированных белков представляет собой люминесцентный объект, и обнаружение включает обнаружение люминесценции.
117. Способ по п. 108, в котором агент для скрининга реагирует с одним или более белками, что приводит к получению анализируемого продукта.
118. Способ по п. 117, в котором обнаружение включает обнаружение анализируемого продукта.
119. Способ по п. 118, в котором анализируемый продукт представляет собой люминесцентный объект, и обнаружение включает обнаружение люминесценции.
120. Способ по п. 108, в котором исследование массива включает регистрацию в определенные моменты времени сигналов от одного или более индивидуальных кластеров.
121. Способ по п. 120, в котором сигналы включают оптические сигналы.
122. Способ по п. 106, в котором библиотека молекул мРНК включает множество вариантов одного гена.
123. Способ по п. 122, в котором варианты получены случайным мутагенезом.
124. Способ по п. 106 или 122, в котором библиотека молекул кДНК получена из рекомбинантных организмов.
125. Способ по п. 106, в котором белки выбраны из группы, состоящей из антител, ферментов, рецепторов, киназ, фосфатаз, полимераз, протеаз, эстераз, ферментов, модифицирующих гистоны, и ядерных гормональных рецепторов.
126. Способ по п. 106, в котором твердая подложка включает праймеры нуклеиновых кислот, и молекулы кДНК присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации с праймерами нуклеиновых кислот.
127. Способ по п. 126, в котором молекулы кДНК включают последовательность, связывающую универсальный праймер, праймеры нуклеиновых кислот включают последовательность универсального праймера, и молекулы кДНК присоединяются к твердой подложке посредством гибридизации последовательности, связывающей универсальный праймер, с последовательностью универсального праймера.
128. Способ по п. 106, в котором твердая подложка находится в проточной ячейке.
129. Способ по п. 106, дополнительно включающий этап селективного удаления белков, которые присоединены к одному или более кластерам.
130. Способ по п. 129, в котором селективное удаление включает расщепление связи, которая присоединяет молекулы белка к твердой подложке, под действием лазера.
131. Способ по п. 106, в котором молекулы мРНК транслируются с помощью рибосом, находящихся на твердой подложке, и для присоединения белков к молекулам мРНК рибосомы обрабатывают пуромицином.
6
132. Способ по п. 106, в котором твердая подложка включает по меньшей мере 1×10 кластеров.
133. Способ по п. 106, в котором средний шаг между кластерами на твердой подложке составляет менее 10 микрометров.
134. Способ по п. 106, в котором средняя площадь кластеров составляет менее 100 квадратных микрометров.
135. Массив, включающий:
(a) твердую подложку;
(b) библиотеку из различных молекул кДНК, присоединенных к твердой подложке, где каждая из различных молекул кДНК присоединена к индивидуальному элементу на твердой подложке, и где каждый элемент включает множество копий конкретной молекулы кДНК;
(c) молекулы мРНК, присоединенные к молекулам кДНК, где каждая молекула кДНК комплементарна соответствующей присоединенной молекуле мРНК; и
(d) молекулы белка, присоединенные к молекулам мРНК, где каждая молекула белка кодируется соответствующей присоединенной молекулой мРНК.
136. Массив по п. 135, в котором белки присоединены к соответствующим молекулам мРНК через рибосомы.
137. Массив по п. 136, в котором белки ковалентно присоединены к рибосомам.
138. Массив по п. 135, в котором молекулы мРНК присоединены к соответствующим молекулам кДНК через РНК-полимеразы.
139. Массив по п. 138, в котором молекулы мРНК ковалентно присоединены к молекулам кДНК.
140. Массив по п. 135, в котором белки помечены люминесцентной меткой.
141. Массив по п. 140, в котором помеченный люминесцентной меткой агент для скрининга специфично связан с сайтом связывания белка, в результате чего белок имеет люминесцентную метку.
6
142. Массив по п. 135, в котором твердая подложка включает по меньшей мере 1×10 элементов.
143. Массив по п. 135, в котором средний шаг между элементами на твердой подложке составляет менее 10 микрометров.
144. Массив по п. 135, в котором средняя площадь элементов составляет менее 100 квадратных микрометров.
145. Массив по п. 135, в котором библиотека молекул кДНК включает множество вариантов одного гена.
146. Массив по п. 135, в котором белки выбраны из группы, состоящей из антител, ферментов, рецепторов, киназ, фосфатаз, полимераз, протеаз, эстераз, ферментов, модифицирующих гистоны, и ядерных гормональных рецепторов.