СПОСОБЫ УСОВЕРШЕНСТВОВАНИЯ БЛОКАДНОЙ ТЕРАПИИ ИММУННЫХ КОНТРОЛЬНЫХ ТОЧЕК ПОСРЕДСТВОМ МОДУЛЯЦИИ МИКРОБИОМА

1. Композиция, содержащая по меньшей мере одну выделенную или очищенную популяцию бактерий, принадлежащих к одному или более из семейств Ruminococcaceae, Clostridiaceae, Lachnospiraceae, Micrococcaceae и/или Veilonellaceae.
2. Композиция, содержащая по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий, принадлежащих к одному или более из семейств Ruminococcaceae, Clostridiaceae, Lachnospiraceae, Micrococcaceae и/или Veilonellaceae.
3
3. Композиция по п. 1 или 2, в которой каждая из популяций бактерий присутствует в композиции в концентрации по меньшей мере 10 КОЕ.
4. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция представляет собой живой бактериальный продукт или живой биотерапевтический продукт.
5. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий представлены в виде бактериальных спор.
6. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий принадлежат к семейству XII Clostridiales и/или к семейству XIII Clostridiales.
7. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий принадлежат к семейству Ruminococcaceae и/или к семейству Clostridiaceae.
Ruminococcus
8. Композиция по п. 1 или 2, в которой популяция бактерий, принадлежащих к семейству Ruminococcaceae, дополнительно определяется как популяция бактерий, принадлежащих к роду .
Ruminococcus
Ruminococcus bromii
9. Композиция по п. 8, в которой популяция бактерий, принадлежащих к роду , дополнительно определяется как популяция бактерий, принадлежащих к виду .
Faecalibacterium
10. Композиция по п. 1 или 2, в которой популяция бактерий, принадлежащих к семейству Ruminococcaceae, дополнительно определяется как популяция бактерий, принадлежащих к роду .
Faecalibacterium
Faecalibacterium prausnitzii
11. Композиция по п. 10, в которой популяция бактерий, принадлежащих к роду , дополнительно определяется как популяция бактерий, принадлежащих к виду .
Rothia
12. Композиция по п. 1 или 2, в которой популяция бактерий, принадлежащих к семейству Micrococcaceae, дополнительно определяется как популяция бактерий, принадлежащих к роду .
Porphyromonas pasteri
Clostridium hungatei
Phascolarctobacterium faecium
Peptoniphilus
13. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция дополнительно содержит популяцию бактерий, принадлежащих к виду , виду , виду , роду  и/или классу Mollicutes.
14. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция по существу не содержит популяций бактерий, относящихся к порядку Bacteroidales.
15. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий принадлежит одному или более видам, подвидам или бактериальным штаммам, выбранным из группы, состоящей из видов в таблице 1 с индексом преимущественной представленности (ei) более чем 0,5.
16. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий выбирают из группы, состоящей из видов, представленных в таблице 1, с «ei» до 1.
17. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий содержат нуклеотидную последовательность 16S рибосомальной РНК (рРНК), которая по меньшей мере на 90% идентична нуклеотидной последовательности 16S рРНК бактерий, идентифицированных по идентификаторам таксономии NCBI, выбранных из группы, состоящей из идентификатора таксономии NCBI: 717959, 587, 758823, 649756, 44749, 671218, 1264, 1122135, 853, 484018, 46503, 54565, 290052, 216931, 575978, 433321, 1796646, 213810, 228924, 290054, 1509, 1462919, 29375, 337097, 1298596, 487174, 642492, 1735, 1297424, 742766, 46680, 132925, 411467, 1318465, 1852367, 1841857, 169679, 1175296, 259063, 172901, 39488, 57172, 28118, 166486, 28133, 1529, 694434, 1007096, 84030, 56774, 102148, 626947, 216933, 1348613, 1472417, 100176, 824, 1471761, 1297617, 288966, 1317125, 28197, 358743, 264639, 1265, 1335, 66219, 69473, 115117, 341220, 1732, 873513, 396504, 1796619, 45851, 2741, 105841, 86332, 1349822, 84037, 180311, 54291, 1217282, 762984, 1185412, 154046, 663278, 1543, 398512, 69825, 1841867, 1535, 1510, 84026, 1502, 1619234, 39497, 1544, 29343, 649762, 332095, 536633, 1033731, 574930, 742818, 177412, 1121308, 419208, 1673717, 55779, 28117, 626937, 180332, 1776382, 40519, 34062, 40518, 74426, 1216062, 293826, 850, 645466, 474960, 36835, 115544, 1515, 88431, 216932, 1417852, 39492, 1583, 420247, 118967, 169435, 37658, 138595, 31971, 100886, 1197717, 234908, 537007, 319644, 168384, 915173, 95159, 1816678, 626940, 501571, 1796620, 888727, 1147123, 376806, 1274356, 1267, 39495, 404403, 1348, 253314, 258515, 33033, 1118061, 357276, 214851, 320502, 217731, 246787, 29371, 649764, 901, 29374, 33043, 39778, 682400, 871665, 160404, 745368, 408, 1584, 333367, 47246, 1096246, 53342, 438033, 351091, 1796622, 1776384, 817, 48256, 720554, 500632, 36849, 301302, 879970, 655811, 264463, 1532, 285, 995, 242750, 29539, 1432052, 622312, 1796636, 1337051, 328814, 28446, 1492, 820, 39496, 52786, 1549, 1796618, 582, 46507, 109327, 1531, 1382, 33039, 311460, 230143, 216935, 539, 35519, 1681, 328813, 214853, 89014, 1121115, 1585974, 29466, 1363, 292800, 270498, 214856, 142877, 133926, 209880, 179628, 1121102, 105612, 1796615, 39777, 29353, 1579, 163665, 53443, 261299, 1302, 1150298, 938289, 358742, 471875, 938278, 1796613, 1118057, 1077144, 1737, 218205, 1121298, 684066, 433659, 52699, 204516, 706562, 253257, 328812, 1280, 147802, 58134, 1335613, 891, 585394, 1582, 235931, 308994, 1589, 1682, 1736, 28129, 178001, 551788, 2051, 856, 118562, 101070, 515619, 40215, 187979, 82979, 29363, 1776391, 1285191, 84112, 157688, 38304, 36850, 341694, 287, 75612, 818, 371674, 338188, 88164, 588581, 676965, 546271, 1236512, 178338, 862517, 157687, 158, 51048, 1583331, 529, 888745, 394340, 40545, 855, 553973, 938293, 93063, 708634, 179995, 1351, 476652, 1464038, 555088, 237576, 879566, 1852371, 742727, 1377, 35830, 997353, 218538, 83771, 1605, 28111, 131109, 46609, 690567, 46206, 155615, 51616, 40542, 203, 294, 1034346, 156456, 80866, 554406, 796942, 1002367, 29347, 796944, 61592, 487175, 1050201, 762948, 137732, 1211819, 1019, 272548, 1717, 384636, 216940, 2087, 45634, 466107, 1689, 47678, 575, 979627, 840, 1660, 1236517, 617123, 546, 28135, 82171, 483, 501496, 99656, 1379, 84032, 39483, 1107316, 584, 28124, 1033744, 657309, 536441, 76123, 1118060, 89152, 76122, 303, 1541, 507751, 515620, 38302, 53419, 726, 40324, 1796610, 988946, 1852370, 1017, 1168289, 76936, 94869, 1161098, 215580, 1125779, 327575, 549, 1450648 и 478.
18. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий представляют собой вид, подвид или бактериальные штаммы, содержащие последовательность гена 16S рРНК по меньшей мере на 80% идентичную последовательности SEQ ID NO: 1-876.
Bacteroides coagulans
Clostridium aldenense
Clostridium aldrichii
Clostridium alkalicellulosi
Clostridium amygdalinum
Clostridium asparagiforme
Clostridium cellulosi
Clostridium citroniae
Clostridium clariflavum DSM 19732
Clostridium clostridioforme
Clostridium colinum
Clostridium fimetarium
Clostridium hiranonis
Clostridium hungatei
Clostridium hylemonae DSM 15053
Clostridium indolis
Clostridium lactatifermentans
Clostridium leptum
Clostridium methylpentosum
Clostridium oroticum
Clostridium papyrosolvens DSM 2782
Clostridium populeti
Clostridium propionicum
Clostridium saccharolyticum
Clostridium scindens
Clostridium sporosphaeroides
Clostridium stercorarium
Clostridium straminisolvens
Clostridium sufflavum
Clostridium termitidis
Clostridium thermosuccinogenes
Clostridium viride
Clostridium xylanolyticum
Desulfotomaculum guttoideum
Eubacterium rectale ATCC 33656
Eubacterium dolichum
Eubacterium eligens ATCC 27750
Eubacterium hallii
Eubacterium infirmum
Eubacterium siraeum
Eubacterium tenue
Ruminococcus torques
Acetanaerobacterium elongatum
Acetatifactor muris
Acetivibrio cellulolyticus
Acetivibrio ethanolgignens
Acholeplasma brassicae 0502
Acholeplasma parvum
Acholeplasma vituli
Acinetobacter junii
Actinobacillus porcinus
Actinomyces bowdenii
Actinomyces dentalis
Actinomyces odontolyticus
Acutalibacter muris
Aerococcus viridans
Aeromicrobium fastidiosum
Alistipes finegoldii
Alistipes obesi
Alistipes onderdonkii
Alistipes putredinis
Alistipes shahii
Alistipes shahii WAL 8301
Alistipes timonensis JC136
Alkalibacter saccharofermentans
Alkaliphilus metalliredigens QYMF
Allisonella histaminiformans
Allobaculum stercoricanis DSM 13633
Alloprevotella rava
Alloprevotella tannerae
Anaerobacterium chartisolvens
Anaerobiospirillum thomasii
Anaerobium acetethylicum
Anaerococcus octavius NCTC 9810
Anaerococcus provenciensis
Anaerococcus vaginalis ATCC 51170
Anaerocolumna jejuensis
Anaerofilum agile
Anaerofustis stercorihominis
Anaeroglobus geminatus
Anaeromassilibacillus senegalensis
Anaeroplasma abactoclasticum
Anaerorhabdus furcosa
Anaerosporobacter mobilis
Anaerostipes butyraticus
Anaerostipes caccae
Anaerostipes hadrus
Anaerotruncus colihominis
Anaerovorax odorimutans
Anoxybacillus rupiensis
Aquabacterium limnoticum
Arcobacter butzleri
Arthrospira platensis
Asaccharobacter celatus
Atopobium parvulum
Bacteroides caccae
Bacteroides caecimuris
Bacteroides cellulosilyticus
Bacteroides clarus YIT 12056
Bacteroides dorei
Bacteroides eggerthii
Bacteroides finegoldii
Bacteroides fragilis
Bacteroides gallinarum
Bacteroides massiliensis
Bacteroides oleiciplenus YIT 12058
Bacteroides plebeius DSM 17135
Bacteroides rodentium JCM 16496
Bacteroides thetaiotaomicron
Bacteroides uniformis
Bacteroides xylanisolvens XB1A
Bacteroides xylanolyticus
Barnesiella intestinihominis
Beduini massiliensis
Bifidobacterium bifidum
Bifidobacterium dentium
Bifidobacterium longum subsp. infantis
Blautia caecimuris
Blautia coccoides
Blautia faecis
Blautia glucerasea
Blautia hansenii DSM 20583
Blautia hydrogenotrophica
Blautia luti
Blautia luti DSM 14534
Blautia wexlerae DSM 19850
Budvicia aquatica
Butyricicoccus pullicaecorum
Butyricimonas paravirosa
Butyrivibrio crossotus
Caldicoprobacter oshimai
Caloramator coolhaasii
Caloramator proteoclasticus
Caloramator quimbayensis
Campylobacter gracilis
Campylobacter rectus
Campylobacter ureolyticus DSM 20703
Capnocytophaga gingivalis
Capnocytophaga leadbetteri
Capnocytophaga sputigena
Casaltella massiliensis
Catabacter hongkongensis
Catenibacterium mitsuokai
Christensenella minuta
Christensenella timonensis
Chryseobacterium taklimakanense
Citrobacter freundii
Cloacibacillus porcorum
Clostridioides difficile ATCC 9689 = DSM 1296
Clostridium amylolyticum
Clostridium bowmanii
Clostridium butyricum
Clostridium cadaveris
Clostridium colicanis
Clostridium gasigenes
Clostridium lentocellum DSM 5427
Clostridium oceanicum
Clostridium oryzae
Clostridium paraputrificum
Clostridium pascui
Clostridium perfringens
Clostridium quinii
Clostridium saccharobutylicum
Clostridium sporogenes
Clostridium ventriculi
Collinsella aerofaciens
Comamonas testosteroni
Coprobacter fastidiosus NSB1
Coprococcus eutactus
Corynebacterium diphtheriae
Corynebacterium durum
Corynebacterium mycetoides
Corynebacterium pyruviciproducens ATCC BAA-1742
Corynebacterium tuberculostearicum
Culturomica massiliensis
Cuneatibacter caecimuris
Defluviitalea saccharophila
Delftia acidovorans
Desulfitobacterium chlororespirans
Desulfitobacterium metallireducens
Desulfosporosinus acididurans
Desulfotomaculum halophilum
Desulfotomaculum intricatum
Desulfotomaculum tongense
Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans
Desulfovibrio idahonensis
Desulfovibrio litoralis
Desulfovibrio piger
Desulfovibrio simplex
Desulfovibrio zosterae
Desulfuromonas acetoxidans
Dethiobacter alkaliphilus AHT 1
Dethiosulfatibacter aminovorans
Dialister invisus
Dialister propionicifaciens
Dielma fastidiosa
Dietzia alimentaria 72
Dorea longicatena
Dysgonomonas gadei ATCC BAA-286
Dysgonomonas mossii
Eggerthella lenta
Eikenella corrodens
Eisenbergiella tayi
Emergencia timonensis
Enorma massiliensis phI
Enterococcus faecalis
Enterorhabdus muris
Ethanoligenens harbinense YUAN-3
Eubacterium coprostanoligenes
Eubacterium limosum
Eubacterium oxidoreducens
Eubacterium sulci ATCC 35585
Eubacterium uniforme
Eubacterium ventriosum
Eubacterium xylanophilum
Extibacter muris
Ezakiella peruensis
Faecalibacterium prausnitzii
Faecalicoccus acidiformans
Faecalitalea cylindroides
Filifactor villosus
Flavonifractor plautii
Flintibacter butyricus
Frisingicoccus caecimuris
Fucophilus fucoidanolyticus
Fusicatenibacter saccharivorans
Fusobacterium mortiferum
Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii
Fusobacterium simiae
Fusobacterium varium
Garciella nitratireducens
Gemella haemolysans
Gemmiger formicilis
Gordonibacter urolithinfaciens
Gracilibacter thermotolerans JW/YJL-S1
Granulicatella elegans
Guggenheimella bovis
Haemophilus haemolyticus
Helicobacter typhlonius
Hespellia stercorisuis
Holdemanella biformis
Holdemania massiliensis AP2
Howardella ureilytica
Hungatella effluvii
Hungatella hathewayi
Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans
Ihubacter massiliensis
Intestinibacter bartlettii
Intestinimonas butyriciproducens
Irregularibacter muris
Kiloniella laminariae DSM 19542
Kroppenstedtia guangzhouensis
Lachnoanaerobaculum orale
Lachnoanaerobaculum umeaense
Lachnoclostridium phytofermentans
Lactobacillus acidophilus
Lactobacillus algidus
Lactobacillus animalis
Lactobacillus casei
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus fornicalis
Lactobacillus iners
Lactobacillus pentosus
Lactobacillus rogosae
Lactococcus garvieae
Lactonifactor longoviformis
Leptotrichia buccalis
Leptotrichia hofstadii
Leptotrichia hongkongensis
Leptotrichia wadei
Leuconostoc inhae
Levyella massiliensis
Loriellopsis cavernicola
Lutispora thermophila
Marinilabilia salmonicolor JCM 21150
Marvinbryantia formatexigens
Mesoplasma photuris
Methanobrevibacter smithii ATCC 35061
Methanomassiliicoccus luminyensis B10
Methylobacterium extorquens
Mitsuokella jalaludinii
Mobilitalea sibirica
Mobiluncus curtisii
Mogibacterium pumilum
Mogibacterium timidum
Moorella glycerini
Moorella humiferrea
Moraxella nonliquefaciens
Moraxella osloensis
Morganella morganii
Moryella indoligenes
Muribaculum intestinale
Murimonas intestini
Natranaerovirga pectinivora
Neglecta timonensis
Neisseria cinerea
Neisseria oralis
Nocardioides mesophilus
Novibacillus thermophilus
Ochrobactrum anthropi
Odoribacter splanchnicus
Olsenella profusa
Olsenella uli
Oribacterium asaccharolyticum ACB7
Oribacterium sinus
Oscillibacter ruminantium GH1
Oscillibacter valericigenes
Oxobacter pfennigii
Pantoea agglomerans
Papillibacter cinnamivorans
Parabacteroides faecis
Parabacteroides goldsteinii
Parabacteroides gordonii
Parabacteroides merdae
Parasporobacterium paucivorans
Parasutterella excrementihominis
Parasutterella secunda
Parvimonas micra
Peptococcus niger
Peptoniphilus duerdenii ATCC BAA-1640
Peptoniphilus grossensis ph5
Peptoniphilus koenoeneniae
Peptoniphilus senegalensis JC140
Peptostreptococcus stomatis
Phascolarctobacterium succinatutens
Phocea massiliensis
Pontibacter indicus
Porphyromonas bennonis
Porphyromonas endodontalis
Porphyromonas pasteri
Prevotella bergensis
Prevotella buccae ATCC 33574
Prevotella denticola
Prevotella enoeca
Prevotella fusca JCM 17724
Prevotella loescheii
Prevotella nigrescens
Prevotella oris
Prevotella pallens ATCC 700821
Prevotella stercorea DSM 18206
Prevotellamassilia timonensis
Propionispira arcuata
Proteus mirabilis
Providencia rettgeri
Pseudobacteroides cellulosolvens ATCC 35603 = DSM 2933
Pseudobutyrivibrio ruminis
Pseudoflavonifractor capillosus ATCC 29799
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas fluorescens
Pseudomonas mandelii
Pseudomonas nitroreducens
Pseudomonas putida
Raoultella ornithinolytica
Raoultella planticola
Raoultibacter massiliensis
Robinsoniella peoriensis
Romboutsia timonensis
Roseburia faecis
Roseburia hominis A2-183
Roseburia intestinalis
Roseburia inulinivorans DSM 16841
Rothia dentocariosa ATCC 17931
Ruminiclostridium thermocellum
Ruminococcus albus
Ruminococcus bromii
Ruminococcus callidus
Ruminococcus champanellensis 18P13 = JCM 17042
Ruminococcus faecis JCM 15917
Ruminococcus flavefaciens
Ruminococcus gauvreauii
Ruminococcus lactaris ATCC 29176
Rummeliibacillus pycnus
Saccharofermentans acetigenes
Scardovia wiggsiae
Schlegelella thermodepolymerans
Sedimentibacter hongkongensis
Selenomonas sputigena ATCC 35185
Slackia exigua ATCC 700122
Slackia piriformis YIT 12062
Solitalea canadensis
Solobacterium moorei
Sphingomonas aquatilis
Spiroplasma alleghenense
Spiroplasma chinense
Spiroplasma chrysopicola
Spiroplasma culicicola
Spiroplasma lampyridicola
Sporobacter termitidis
Staphylococcus aureus
Stenotrophomonas maltophilia
Stomatobaculum longum
Streptococcus agalactiae ATCC 13813
Streptococcus cristatus
Streptococcus equinus
Streptococcus gordonii
Streptococcus lactarius
Streptococcus parauberis
Subdoligranulum variabile
Succinivibrio dextrinosolvens
Sutterella stercoricanis
Sutterella wadsworthensis
Syntrophococcus sucromutans
Syntrophomonas zehnderi OL-4
Terrisporobacter mayombei
Thermoleophilum album
Treponema denticola
Treponema socranskii
Tyzzerella nexilis DSM 1787
Vallitalea guaymasensis
Vallitalea pronyensis
Vampirovibrio chlorellavorus
Veillonella atypica
Veillonella denticariosi
Veillonella dispar
Veillonella parvula
Victivallis vadensis
Vulcanibacillus modesticaldus
Weissella confusa.
19. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий принадлежат к виду, подвиду или бактериальным штаммам, выбранным из группы, состоящей из ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,и
20. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции относятся к видам бактерий, выбранным из видов в таблице 2, обозначенных статусом ответа отвечающего на лечение (R).
21. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий относятся к видам бактерий, выбранным из группы, состоящей из видов, указанных в таблице 2, обозначенных статусом ответа отвечающего на лечение (R) и характеризующихся нескорректированным p-значением менее чем 0,1.
22. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий принадлежат к видам, подвидам или штаммам, содержащим нуклеотидные последовательности с идентичностью, составляющей по меньшей мере 80% по отношению к последовательностям группы совместно представленных генов (CAG), выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 877-926, SEQ ID NO: 927-976, SEQ ID NO: 977-1026, SEQ ID NO: 1027-1076, SEQ ID NO: 1077-1126, SEQ ID NO: 1127-1176, SEQ ID NO: 1177-1226, SEQ ID NO: 1227-1276, SEQ ID NO: 1277-1326, SEQ ID NO: 1327-1376, SEQ ID NO: 1377-1426, SEQ ID NO: 1427-1476, SEQ ID NO: 1477-1526, SEQ ID NO: 1527-1576, SEQ ID NO: 1577-1626, SEQ ID NO: 1627-1676, SEQ ID NO: 1677-1726, SEQ ID NO: 1727-1776, SEQ ID NO: 1777-1826, SEQ ID NO: 1827-1876, SEQ ID NO: 1877-1926, SEQ ID NO: 1927-1976, SEQ ID NO: 1977-2026, SEQ ID NO: 2027-2076, SEQ ID NO: 2077-2126, SEQ ID NO: 2127-2176, SEQ ID NO: 2177-2226, SEQ ID NO: 2227-2276, SEQ ID NO: 2277-2326, SEQ ID NO: 2327-2376, SEQ ID NO: 2377-2426, SEQ ID NO: 2427-2476, SEQ ID NO: 2477-2526, SEQ ID NO: 2527-2576, SEQ ID NO: 2577-2626 и SEQ ID NO: 2627-2676.
23. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий выбраны из группы, состоящей из видов, содержащих нуклеотидные последовательности с идентичностью по меньшей мере 29% по отношению к SEQ ID NO: 877-926, идентичностью по меньшей мере 16,5% по отношению к SEQ ID NO: 927-976, идентичностью по меньшей мере 48,5% по отношению к SEQ ID NO: 977-1026, идентичностью по меньшей мере 28% по отношению к SEQ ID NO: 1027-1076, идентичностью по меньшей мере 93,5% по отношению к SEQ ID NO: 1077-1126, идентичностью по меньшей мере 99,5% по отношению к SEQ ID NO: 1127-1176, идентичностью по меньшей мере 99,5% по отношению к SEQ ID NO: 1177-1226, идентичностью по меньшей мере 99% по отношению к SEQ ID NO: 1227-1276, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 1277-1326, идентичностью по меньшей мере 21,5% по отношению к SEQ ID NO: 1327-1376, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 1377-1426, идентичностью по меньшей мере 97% по отношению к SEQ ID NO: 1427-1476, идентичностью по меньшей мере 55,5% по отношению к SEQ ID NO: 1477-1526, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 1527-1576, идентичностью по меньшей мере 34% по отношению к SEQ ID NO: 1577-1626, идентичностью по меньшей мере 14% по отношению к SEQ ID NO: 1627-1676, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 1677-1726, идентичностью по меньшей мере 93% по отношению к SEQ ID NO: 1727-1776, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 1777-1826, идентичностью по меньшей мере 45% по отношению к SEQ ID NO: 1827-1876, идентичностью по меньшей мере 99% по отношению к SEQ ID NO: 1877-1926, идентичностью по меньшей мере 74% по отношению к SEQ ID NO: 1927-1976, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 1977-2026, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 2027-2076, идентичностью по меньшей мере 20% по отношению к SEQ ID NO: 2077-2126, идентичностью по меньшей мере 84% по отношению к SEQ ID NO: 2127-2176, идентичностью по меньшей мере 35,5% по отношению к SEQ ID NO: 2177-2226, идентичностью по меньшей мере 32,5% по отношению к SEQ ID NO: 2227-2276, идентичностью по меньшей мере 70% по отношению к SEQ ID NO: 2277-2326, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 2327-2376, идентичностью по меньшей мере 70,5% по отношению к SEQ ID NO: 2377-2426, идентичностью по меньшей мере 99,5% по отношению к SEQ ID NO: 2427-2476, идентичностью по меньшей мере 68,5% по отношению к SEQ ID NO: 2477-2526, идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 2527-2576, идентичностью по меньшей мере 97,5% по отношению к SEQ ID NO: 2577-2626 или идентичностью 100% по отношению к SEQ ID NO: 2627-2676.
24. Композиция по п. 1 или 2, в которой бактерии лиофилизированы или высушены замораживанием.
25.Композиция по п. 1 или 2, причем композиция составлена для пероральной доставки.
26. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция, составленная для пероральной доставки, представляет собой таблетку или капсулу.
27. Композиция по п. 1 или 2, причем таблетка или капсула содержит кислотостойкое энтеросолюбильное покрытие.
28. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция, содержащая по меньшей мере одну выделенную или очищенную популяцию бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий, составлена для ректального введения, посредством колоноскопии, сигмоидоскопии с помощью назогастральной трубки или клизмы.
29. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция лиофилизирована или заморожена.
30. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция может быть повторно составлена для конечной доставки в виде содержащей жидкость, суспензию, гель, гелевую капсулу, полутвердый продукт, таблетку, саше, пастилку, капсулу или в виде энтерального состава.
31. Композиция по п. 1 или 2, причем композиция составлена для многократного введения.
32. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий содержат ген устойчивости к антибиотику.
33. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна выделенная или очищенная популяция бактерий или по меньшей мере две выделенные или очищенные популяции бактерий представляют собой производящие бутират популяции бактерий.
34. Композиция по п. 1 или 2, дополнительно содержащая бутират.
35. Способ лечения или профилактики рака у субъекта, предусматривающий введение субъекту композиции по любому из пп. 1-34.
36. Способ по п. 35, при котором рак представляет собой рак кожи.
37. Способ по п. 35, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
38. Способ по п. 35, при котором рак представляет собой меланому.
39. Способ по п. 38, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
40. Способ по п. 35, при котором способ дополнительно предусматривает введение по меньшей мере одного дополнительного противоракового лечения.
41. Способ по п. 40, при котором по меньшей мере одно дополнительное противораковое лечение представляет собой хирургическую терапию, химиотерапию, лучевую терапию, гормональную терапию, иммунотерапию, низкомолекулярную терапию, терапию ингибиторами рецепторной киназы, антиангиогенную терапию, цитокиновую терапию, криотерапию или биологическую терапию.
42. Способ по п. 41, при котором биологическая терапия представляет собой моноклональное антитело, siRNA, miRNA, антисмысловой олигонуклеотид, рибозим или генную терапию.
43. Способ по п. 40, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек и/или по меньшей мере одно дополнительное противоопухолевое лечение вводят внутриопухолево, внутриартериально, внутривенно, внутрисосудисто, внутриплеврально, внутрибрюшинно, интратрахеально, интратекально, внутримышечно, эндоскопически, внутрилегочно, чрескожно, подкожно, регионарно, стереотаксически, перорально или путем прямой инъекции или перфузии.
Faecalibacterium
44. Способ лечения или профилактики рака у субъекта, предусматривающий введение субъекту композиции, содержащей по меньшей мере одну выделенную или очищенную популяцию бактерий, принадлежащих к одному или более из класса Clostridia, класса Mollicutes, порядка Clostridiales, семейства Ruminococcaceae и/или рода .
45. Способ по п. 44, при котором рак представляет собой рак кожи.
46. Способ по п. 44, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
47. Способ по п. 44, при котором рак представляет собой меланому.
48. Способ по п. 47, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
49. Способ по п. 44, при котором способ дополнительно предусматривает введение по меньшей мере одного дополнительного противоракового лечения.
50. Способ по п. 49, при котором по меньшей мере одно дополнительное противораковое лечение представляет собой хирургическую терапию, химиотерапию, лучевую терапию, гормональную терапию, иммунотерапию, низкомолекулярную терапию, терапию ингибиторами рецепторной киназы, антиангиогенную терапию, цитокиновую терапию, криотерапию или биологическую терапию.
51. Способ по п. 50, при котором биологическая терапия представляет собой моноклональное антитело, siRNA, miRNA, антисмысловой олигонуклеотид, рибозим или генную терапию.
52. Способ по п. 49, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек и/или по меньшей мере одно дополнительное противоопухолевое лечение вводят внутриопухолево, внутриартериально, внутривенно, внутрисосудисто, внутриплеврально, внутрибрюшинно, интратрахеально, интратекально, внутримышечно, эндоскопически, внутрилегочно, чрескожно, подкожно, регионарно, стереотаксически, перорально или путем прямой инъекции или перфузии.
53. Способ по п. 44, определенный как способ лечения рака, при котором субъект характеризуется наличием опухоли.
54. Способ по п. 44, определенный как способ предотвращения рака, при котором субъект идентифицируется как подверженный риску развития рака.
+
55. Способ по п. 44, при котором введение композиции приводит к увеличению CD8 Т-лимфоцитов в опухоли.
56. Способ по п. 55, при котором Т-лимфоциты представляют собой цитотоксические Т-лимфоциты.
+
+
57. Способ по п. 44, при котором введение композиции приводит к увеличению эффекторных CD4, CD8 Т-лимфоцитов, моноцитов и/или миелоидных дендритных клеток в системном кровообращении или периферической крови субъекта.
58. Способ по п. 44, при котором введение композиции приводит к уменьшению количества В-клеток, регуляторных Т-клеток и/или миелоидных клеток-супрессоров в системном кровообращении или в периферической крови субъекта.
59. Способ по п. 44, при котором введение композиции субъекту приводит к увеличению экспрессии CD3, CD8, PD1, FoxP3, гранзима B и/или PD-L1 в опухолевом иммунном инфильтрате.
60. Способ по п. 44, при котором введение композиции субъекту приводит к снижению экспрессии RORγT в опухолевом иммунном инфильтрате.
+
+
+
+
+
+
61. Способ по п. 44, при котором введение композиции субъекту приводит к увеличению клеток CD45, CD3/CD20/CD56, CD68 и/или HLA-DR в опухоли.
62. Способ по п. 44, при котором введение композиции субъекту приводит к повышению уровня врожденных эффекторных клеток у субъекта.
+
+
+
63. Способ по п. 62, при котором врожденные эффекторные клетки представляют собой клетки CD45CD11bLy6G.
64. Способ по п. 44, при котором введение композиции субъекту приводит к снижению уровня супрессорных миелоидных клеток у субъекта.
+
+
+
65. Способ по п. 64, при котором супрессорными миелоидными клетками являются клетки CD45CD11bCD11c.
Faecalibacterium prausnitzii
66. Способ по п. 44, при котором композиция содержит бактерии .
67. Способ лечения рака у субъекта, предусматривающий введение терапевтически эффективного количества ингибитора иммунных контрольных точек указанному субъекту, причем установлено, что субъект характеризуется благоприятным микробиологическим профилем в микробиоме кишечника, содержащем одну или более бактериальных популяций композиции по п. 1 или 2.
68. Способ по п. 67, при котором рак представляет собой рак кожи.
69. Способ по п. 67, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
70. Способ по п. 67, при котором рак представляет собой меланому.
71. Способ по п. 70, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
72. Способ по п. 67, при котором способ дополнительно предусматривает введение по меньшей мере одного дополнительного противоракового лечения.
73. Способ прогнозирования ответа на ингибитор иммунных контрольных точек у пациента, характеризующегося наличием рака, предусматривающий обнаружение микробиологического профиля в образце, полученном от указанного пациента, причем, если микробиологический профиль содержит одну или более бактериальных популяций композиции по п. 1 или 2, ответ на ингибитор иммунных контрольных точек является благоприятным.
74. Способ по п. 73, при котором рак представляет собой рак кожи.
75. Способ по п. 73, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
76. Способ по п. 73, при котором рак представляет собой меланому.
77. Способ по п. 76, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
78. Способ по п. 73, при котором пациенту вводят ингибитор иммунных контрольных точек, если прогнозируют, что пациент будет характеризоваться благоприятным ответом на ингибитор иммунных контрольных точек.
79. Способ по п. 73, при котором микробиологический профиль представляет собой кишечный микробиологический профиль.
80. Способ лечения рака у субъекта, предусматривающий введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества бутирата, выделенной или очищенной производящей бутират бактериальной популяции и/или композиции по п. 1 или 2, причем субъекту вводят ингибитор иммунных контрольных точек.
81. Способ по п. 80, дополнительно предусматривающий введение по меньшей мере одного ингибитора иммунных контрольных точек.
82. Способ по п. 81, при котором вводят более одного ингибитора контрольных точек.
83. Способ по п. 81, дополнительно предусматривающий введение пребиотика или пробиотика.
84. Способ по п. 80, при котором выделенная или очищенная производящая бутират бактериальная популяция содержит бактерии, содержащие ген устойчивости к антибиотику.
85. Способ по п. 84, дополнительно предусматривающий введение производящей бутират бактериальной популяции, содержащей ген устойчивости к антибиотику.
86. Способ по п. 85, дополнительно предусматривающий введение антибиотика, к которому ген устойчивости к антибиотику придает устойчивость.
87. Способ по п. 80, при котором производящая бутират бактериальная популяция содержит один или более видов бактерий порядка Clostridiales.
88. Способ по п. 87, при котором один или более видов бактерий относятся к семейству Ruminococcaceae, Christensenellaceae, Clostridiaceae или Coriobacteriaceae.
Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus albus, Ruminococcus bromii, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus faecis, Ruminococcus gauvreauii, Ruminococcus gnavus, Ruminococcus hansenii, Ruminococcus hydrogenotrophicus, Ruminococcus lactaris, Ruminococcus luti, Ruminococcus obeum, Ruminococcus palustris, Ruminococcus pasteurii, Ruminococcus productus, Ruminococcus schinkii, Ruminococcus torques, Subdoligranulum variabile, Butyrivibrio fibrisolvens, Roseburia intestinalis, Anaerostipes caccae, Blautia obeum, Eubacterium nodatum
Eubacterium oxidoreducens
89. Способ по п. 87, при котором один или более видов бактерий выбраны из группы, состоящей из  и .
Faecalibacterium prausnitzii
90. Способ по п. 87, при котором один или более видов бактерий представляет собой .
91. Способ по п. 80, при котором производящая бутират бактериальная популяция не содержит бактериальные виды семейства Prevotellaceae.
92. Способ по п. 80, при котором введение бутирата предусматривает введение пролекарства или соли бутирата.
93. Способ по п. 80, при котором введение бутирата предусматривает введение бутирата натрия, бутирата аргинина, этилбутириллактата, трибутирина, 4-фенилбутирата, пивалоилоксиметилбутирата (AN-9) или бутилидендибутирата (AN-10).
94. Способ по п. 80, при котором бутират или производящую бутират популяцию бактерий вводят перорально, ректально, с помощью колоноскопии, сигмоидоскопии, клизмы или путем прямой инъекции.
95. Способ по п. 81, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек вводят внутривенно, а бутират и/или производящую бутират бактериальную популяцию вводят перорально.
96. Способ по п. 81, при котором по меньшей мере один ингибитор контрольных точек выбирают из ингибитора CTLA-4, PD-1, PD-L1, PD-L2, LAG-3, BTLA, B7H3, B7H4, TIM3, KIR или A2aR.
97. Способ по п. 81, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек представляет собой антагонист, связывающий ось белка запрограммированной клеточной смерти 1 (PD-1) человека.
98. Способ по п. 97, при котором связывающего ось PD-1 антагониста выбирают из группы, состоящей из связывающего PD-1 антагониста, связывающего PDL1 антагониста и связывающего PDL2 антагониста.
99. Способ по п. 98, при котором связывающий ось PD-1 антагонист представляет собой связывающий PD-1 антагонист.
100. Способ по п. 99, при котором связывающий PD-1 антагонист ингибирует связывание PD-1 с PDL1 и/или PDL2.
101. Способ по п. 99, при котором связывающий PD-1 антагонист представляет собой моноклональное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.
102. Способ по п. 99, при котором связывающий PD-1 антагонист представляет собой ниволумаб, пембролизумаб, пидиллизумаб, KEYTRUDA, AMP-514, REGN2810, CT-011, BMS 936559, MPDL328OA или AMP-224.
103. Способ по п. 81, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек представляет собой антитело к CTLA-4.
104. Способ по п. 103, при котором антитело к CTLA-4 представляет собой тремелимумаб, YERVOY или ипилимумаб.
105. Способ по п. 81, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек представляет собой антитело к иммуноглобулиноподобному рецептору клеток-киллеров (KIR).
106. Способ по п. 105, при котором антитело к KIR представляет собой лирилумаб.
107. Способ по п. 80, при котором рак представляет собой рак кожи.
108. Способ по п. 80, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
109. Способ по п. 80, при котором рак представляет собой меланому.
110. Способ по п. 108, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
111. Способ по п. 80, при котором способ дополнительно предусматривает введение по меньшей мере одного дополнительного противоракового средства.
112. Способ по п. 111, при котором по меньшей мере одно дополнительное противораковое лечение представляет собой хирургическую терапию, химиотерапию, лучевую терапию, гормональную терапию, иммунотерапию, низкомолекулярную терапию, терапию ингибиторами рецепторной киназы, антиангиогенную терапию, цитокиновую терапию, криотерапию или биологическую терапию.
113. Способ по п. 112, при котором биологическая терапия представляет собой моноклональное антитело, siRNA, miRNA, антисмысловой олигонуклеотид, рибозим или генную терапию.
114. Способ по п. 111, при котором по меньшей мере один ингибитор иммунных контрольных точек и/или по меньшей мере одно дополнительное противоопухолевое лечение вводят внутриопухолево, внутриартериально, внутривенно, внутрисосудисто, внутриплеврально, внутрибрюшинно, интратрахеально, интратекально, внутримышечно, эндоскопически, внутрилегочно, чрескожно, подкожно, регионарно, стереотаксически, перорально или путем прямой инъекции или перфузии.
115. Способ лечения рака у субъекта, предусматривающий введение терапевтически эффективного количества ингибитора иммунных контрольных точек указанному субъекту, причем установлено, что субъект характеризуется благоприятным микробиологическим профилем в микробиоме кишечника.
116. Способ по п. 115, при котором рак представляет собой рак кожи.
117. Способ по п. 115, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
118. Способ по п. 115, при котором рак представляет собой меланому.
119. Способ по п. 118, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
120. Способ по п. 115, при котором способ дополнительно предусматривает введение по меньшей мере одного дополнительного противоракового лечения.
121. Способ по п. 115, при котором благоприятный микробиологический профиль дополнительно определяется как характеризующийся (а) высоким альфа-разнообразием микробиома кишечника; (b) высокой численностью производящих бутират бактерий в микробиоме кишечника; (c) одной или более бактериями, выбранными из группы, состоящей из видов, представленных в таблице 1, с индексом преимущественной представленности (ei) более чем 0,5 в кишечном микробиоме; или (d) одним или более видами бактерий в таблице 2, обозначенных статусом ответа отвечающего на лечение (R) в кишечном микробиоме.
Ruminococcus
Faecalibacterium
Hydrogenoanaerobacterium
122. Способ по п. 115, при котором благоприятный микробиологический профиль дополнительно определяют как наличие или высокая численность бактерий типа Firmicutes, класса Clostridia, порядка Clostridiales, семейства Ruminococcaceae, рода , рода , рода , типа Actinobacteria, класса Coriobacteriia, порядка Coriobacteriales, семейства Coriobacteriaceae, домена Archaea, типа Cyanobacteria, типа Euryarchaeota или семейства Christensenellaceae.
Escherichia coli
Anerotruncus colihominis
Dialister
123. Способ по п. 115, при котором благоприятный микробиологический профиль дополнительно определяют как отсутствие или низкую численность бактерий вида , вида , рода , семейства Veillonellaceae, типа Bacteroidetes, класса Bacteroidia, порядка Bacteroidales или семейства Prevotellaceae.
124. Способ по п. 115, при котором благоприятные микробиологические профили определяют как присутствие или высокая численность бактерий класса Clostridiales и отсутствие или низкая численность бактерий порядка Bacteroidales.
Ruminococcus
Faecalibacterium
125. Способ по п. 115, при котором благоприятный микробиологический профиль дополнительно определяют как высокая численность производящих бутират бактерий, причем производящие бутират бактерии включают в себя один или более видов из рода  или .
126. Способ по п. 115, при котором определяют, что субъект содержит благоприятный микробиологический профиль или благоприятный микробиом кишечника путем анализа микробиома в образце пациента.
127. Способ по п. 115, при котором образец пациента представляет собой фекальный или буккальный образец.
128. Способ по п. 115, при котором анализ предусматривает выполнение 16S рибосомного секвенирования и/или метагеномики секвенирования всего генома.
129. Способ прогнозирования ответа на ингибитор иммунных контрольных точек у пациента, характеризующегося наличием рака, предусматривающий определение микробиологического профиля в образце, полученном от указанного пациента, причем, если микробиологический профиль характеризуется: (а) высоким альфа-разнообразием; (b) высокой численностью производящих бутират бактерий; (c) одной или более бактериями, выбранными из группы, состоящей из видов, представленных в таблице 1, с индексом преимущественной представленности (ei) более чем 0,5 или (d) одним или более видами бактерий в таблице 2, обозначенные статусом ответа отвечающего на лечение (R), тогда прогнозируется, что у пациента будет благоприятный ответ на ингибитор иммунных контрольных точек.
130. Способ по п. 129, при котором рак представляет собой рак кожи.
131. Способ по п. 129, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
132. Способ по п. 129, при котором рак представляет собой меланому.
133. Способ по п. 132, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому.
134. Способ по п. 129, при котором пациенту вводят ингибитор иммунных контрольных точек, если прогнозируют, что пациент будет характеризоваться благоприятным ответом на ингибитор иммунных контрольных точек.
135. Способ по п. 134, при котором пациенту вводят второй ингибитор иммунных контрольных точек.
136. Способ по п. 129, при котором благоприятный микробиологический профиль представляет собой благоприятный микробиологический профиль кишечника.
137. Способ по п. 129, при котором рак представляет собой рак кожи.
138. Способ по п. 137, при котором рак кожи представляет собой меланому или метастатическую меланому.
139. Способ по п. 129, при котором ингибитор иммунных контрольных точек представляет собой моноклональное антитело к PD1 или моноклональное антитело к CTLA4.
140. Способ по п. 129, при котором производящая бутират бактериальная популяция включает в себя один или более видов бактерий порядка Clostridiales.
141. Способ по п. 140, при котором один или более видов принадлежат к семейству Ruminococcaceae, Christensenellaceae, Clostridiaceae или Coriobacteriacease.
Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus albus, Ruminococcus bromii, Ruminococcus callidus, Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus faecis, Ruminococcus gauvreauii, Ruminococcus gnavus, Ruminococcus hansenii, Ruminococcus hydrogenotrophicus, Ruminococcus lactaris, Ruminococcus luti, Ruminococcus obeum, Ruminococcus palustris, Ruminococcus pasteurii, Ruminococcus productus, Ruminococcus schinkii, Ruminococcus torques, Subdoligranulum variabile, Butyrivibrio fibrisolvens, Roseburia intestinalis, Anaerostipes caccae, Blautia obeum, Eubacterium nodatum
Eubacterium oxidoreducens
142. Способ по п. 140, при котором один или более видов выбирают из группы, состоящей из  и .
Faecalibacterium prausnitzii
143. Способ по п. 140, при котором один или более видов представляют собой .
144. Способ по п. 140, при котором ингибитор иммунных контрольных точек представляет собой моноклональное антитело к PD1 или моноклональное антитело к CTLA4.
145. Способ по п. 140, дополнительно предусматривающий введение по меньшей мере одного дополнительного противоракового лечения.
146. Способ по п. 145, при котором по меньшей мере одно дополнительное противораковое лечение представляет собой хирургическую терапию, химиотерапию, лучевую терапию, гормональную терапию, иммунотерапию, низкомолекулярную терапию, терапию ингибиторами рецепторной киназы, антиангиогенную терапию, цитокиновую терапию, криотерапию или биологическую терапию.
147. Способ по п. 145, при котором по меньшей мере одно дополнительное противораковое лечение представляет собой бутират и/или производящую бутират популяцию бактерий.
148. Способ по п. 145, дополнительно предусматривающий введение пребиотической или пробиотической композиции.
149. Способ по п. 148, при котором пробиотическая композиция представляет собой композицию по п. 1 или 2.
150. Способ прогнозирования ответа на ингибитор иммунных контрольных точек у пациента, характеризующегося наличием рака, предусматривающий определение микробиологического профиля в образце, полученном от указанного пациента, причем, если микробиологический профиль характеризуется: (а) низкой численностью производящих бутират бактерий или (b) одним или более видами бактерий в таблице 2, обозначенными статусом ответа не отвечающего на лечение (NR), тогда прогнозируется, что у пациента не будет благоприятного ответа на ингибитор иммунных контрольных точек.
151. Способ по п. 150, дополнительно предусматривающий введение пациенту пробиотической композиции по п. 1 или 2, если прогнозируется, что у пациента не будет благоприятного ответа на ингибитор иммунных контрольных точек.
152. Способ по п. 151, при котором пациенту, у которого прогнозируется отсутствие благоприятного ответа на ингибитор иммунных контрольных точек, вводят ингибитор иммунных контрольных точек после введения композиции по п. 1 или п. 2.
153. Способ по п. 150, дополнительно предусматривающий введение по меньшей мере одного ингибитора неиммунных контрольных точек дополнительного противоопухолевого лечения субъекту, у которого прогнозируется отсутствие благоприятного ответа на ингибитор иммунных контрольных точек.
154. Способ по п. 153, при котором по меньшей мере одно противораковое лечение представляет собой хирургическую терапию, химиотерапию, лучевую терапию, гормональную терапию, иммунотерапию, низкомолекулярную терапию, терапию ингибиторами рецепторной киназы, антиангиогенную терапию, цитокиновую терапию, криотерапию, ингибитор иммунных контрольных точек, второй ингибитор иммунных контрольных точек или биологическую терапию.
155. Способ по п. 153, при котором по меньшей мере одно дополнительное противораковое лечение представляет собой бутират и/или производящую бутират популяцию бактерии.
156. Способ по п. 153, при котором противораковая терапия представляет собой пребиотик или пробиотик.
157. Способ по п. 156, при котором пробиотик представляет собой композицию по п. 1 или п. 2.
158. Способ по п. 150, при котором рак представляет собой рак кожи.
159. Способ по п. 158, при котором рак кожи представляет собой меланому.
160. Способ по п. 150, при котором рак представляет собой базально-клеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, меланому, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному из клеток Меркеля, саркому Капоши, кератоакантому, опухоли веретенообразных клеток, карциномы сальных желез, микрокистозную карциному придатков, болезнь Педжета молочной железы, атипичную фиброксантому, лейомиосаркому и ангиосаркому.
161. Способ по п. 159, при котором меланома представляет собой метастатическую меланому, злокачественное лентиго, меланому типа злокачественного лентиго, поверхностную распространяющуюся меланому, нодулярную меланому, акральную лентигиозную меланому или десмопластическую меланому