Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) и их применение

1. РНК, содержащая эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна области транскрипта РНК, соответствующей белку PABPN1, где область транскрипта РНК приведена под любым из SEQ ID NO: 1-3.
2. РНК по п. 1, где РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, выбранную из последовательностей, приведенных под SEQ ID NO: 4, 6 или 8.
3. РНК по п. 1, дополнительно содержащая последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последователь ности.
4. РНК по п. 3, где РНК представляет собой двухнитевую РНК (dsRNA), выбранную из группы, состоящей из
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 4;
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 6; и
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 8.
5. РНК по п. 3 или п. 4, где dsRNA выбрана из группы, состоящей из
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 5;
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 7; и
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 9.
6. РНК по п. 3, где указанная РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA), выбранную из группы, состоящей из
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 10;
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 12; и
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 14.
7. РНК по п. 6, где указанная shRNA выбрана из группы, состоящей из
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 11;
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 13; и
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 15.
8. РНК по п. 6 или п. 7, содержащая последовательность петли, расположенную между эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности.
9. РНК по любому из пп. 6-8, где shRNA содержит последовательность, приведенную под любым из SEQ ID NO: 16-21.
10. Множество РНК, включающее
(a) по меньшей мере одну РНК по любому из пп. 1-9 и
(b) по меньшей мере одну РНК, выбранную из (i) РНК по любому из пп. 1-9 или
(ii) РНК, содержащей эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна области транскрипта РНК, соответствующей белку PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD);
где РНК в (а) и РНК в (b) содержат различные эффекторные последовательности.
11. Множество РНК по п. 10, включающее
(a) первую РНК, содержащую эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 1;
(b) вторую РНК, содержащую эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 2; и
(c) третью РНК, содержащую эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 3.
12. Множество РНК по п. 11, где
(a) первая РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4;
(b) вторая РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6; и
(c) третья РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8.
13. Множество РНК по п. 11, где
(a) первая РНК представляет собой двухнитевую РНК (dsRNA), содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO:4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 4;
(b) вторая РНК представляет собой dsRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 6; и
(c) третья РНК представляет собой dsRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 8.
14. Множество РНК по п. 13, где
(a) первая dsRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 5;
(b) вторая dsRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 7; и
(c) третья dsRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 9.
15. Множество РНК по п. 11, где
(a) первая РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA), содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 10;
(b) вторая РНК представляет собой shRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 12; и
(c) третья РНК представляет собой shRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 14.
16. Множество РНК по п. 15, где
(a) первая shRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 11;
(b) вторая shRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 13; и
(c) третья shRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 15.
17. Множество РНК по п. 16, предусматривающее последовательность петли, расположенную между соответствующей эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности shRNA.
18. Конструкция для ДНК-направленной РНК-интерференции (ddRNAi), где указанная конструкция для ddRNAi содержит нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, кодирующую РНК по любому из п. 1 или пп. 6-9, где РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA).
19. Конструкция для ДНК-направленной РНК-интерференции (ddRNAi), где указанная конструкция для ddRNAi содержит нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, кодирующую множество РНК по любому из пп. 10, 11 или пп. 15-17, где каждая из множества РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA).
20. Конструкция для ddRNAi по п. 18 или п. 19, где последовательность ДНК, кодирующая shRNA или каждую shRNA, содержит
последовательность ДНК, кодирующую последовательность петли, расположенную между эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности; и
последовательность терминатора с 3'-конца.
21. Конструкция для ddRNAi по п. 18 или п. 20, где последовательность ДНК, кодирующая shRNA, выбрана из группы, состоящей из последовательности, приведенной под любым из SEQ ID NO: 16-21.
22. Конструкция для ddRNAi по п. 19 или п. 20, содержащая
(a) последовательность ДНК, кодирующую первую последовательность shRNA, приведенную под SEQ ID NO: 16 или 17;
(b) последовательность ДНК, кодирующую вторую последовательность shRNA, приведенную под SEQ ID NO: 18 или 19; и
(c) последовательность ДНК, кодирующую третью последовательность shRNA, приведенную под SEQ ID NO: 20 или 21.
23. Конструкция для ddRNAi по любому из пп. 18-22, содержащая промотор RNA pol III выше последовательности ДНК или каждой последовательности ДНК, кодирующей последовательность shRNA.
24. Конструкция для ddRNAi по п. 23, где промоторы RNA pol III выбраны из промоторов U6 и H1.
25. Конструкция для ddRNAi по любому из пп. 22-24, где
(a) последовательность ДНК, кодирующая первую shRNA, содержит промотор U6-1 выше последовательности ДНК, кодирующей первую последовательность shRNA;
(b) последовательность ДНК, кодирующая вторую shRNA, содержит промотор U6-9 выше последовательности ДНК, кодирующей вторую последовательность shRNA; и
(c) последовательность ДНК, кодирующая третью shRNA, содержит промотор H1 выше последовательности ДНК, кодирующей третью последовательность shRNA.
26. Конструкция для ddRNAi по любому из пп. 22-25, содержащая последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 22 или 23.
27. Композиция, содержащая конструкцию для ddRNAi по любому из пп. 18-26.
28. Композиция по п. 27, где конструкция для ddRNAi включена в вектор экспрессии.
29. Композиция, содержащая три конструкции для ДНК-направленной РНК-интерференции (ddRNAi), при этом указанная композиция содержит
(a) первую конструкцию для ddRNAi, содержащую последовательность ДНК, кодирующую последовательность короткой шпилечной РНК (shRNA), которая содержит
(i) эффекторную последовательность, содержащую область из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности PABPN1, приведенной под SEQ ID NO: 1; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последовательности;
(b) вторую конструкцию для ddRNAi, содержащую последовательность ДНК, кодирующую последовательность shRNA, которая содержит
(i) эффекторную последовательность, содержащую область из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности PABPN1, приведенной под SEQ ID NO: 2; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последовательности; и
(с) третью конструкцию для ddRNAi, содержащую последовательность ДНК, кодирующую последовательность shRNA, которая содержит
(i) эффекторную последовательность, содержащую область из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности PABPN1, приведенной под SEQ ID NO: 3; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последовательности.
30. Композиция по п. 29, где
(a) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из первой конструкции для ddRNAi, содержит
(i) эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 11;
(b) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из второй конструкции для ddRNAi, содержит
(i) эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 13; и
(c) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из третьей конструкции для ddRNAi, содержит
(i) эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 15.
31. Композиция по п. 29 или п. 30, где последовательность ДНК, кодирующая каждую из последовательностей shRNA, содержит
последовательность ДНК, кодирующую последовательность петли, расположенную между эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности; и
последовательность терминатора с 3'-конца shRNA.
32. Композиция по любому из пп. 29-31, где
(a) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из первой конструкции для ddRNAi, содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 16 или 17;
(b) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из второй конструкции для ddRNAi, содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 18 или 19; и
(c) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из третьей конструкции для ddRNAi, содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 20 или 21.
33. Композиция по любому из пп. 29-32, где каждая конструкция для ddRNAi содержит промотор RNA pol III выше последовательности ДНК, кодирующей shRNA.
34. Композиция по п. 33, где каждый промотор RNA pol III выбран из промотора U6 и промотора H1.
35. Композиция по любому из пп. 29-34, где каждая из конструкций для ddRNAi включена в вектор экспрессии.
36. Композиция, содержащая РНК по любому из пп. 1-9 или множество РНК по любому из пп. 10-17.
37. Композиция по п. 36, дополнительно содержащая нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который данное множество РНК не оказывает целенаправленного воздействия.
38. Композиция по любому из пп. 27-35, дополнительно содержащая нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который данные shRNA из конструкции(конструкций) для ddRNAi не оказывают целенаправленного воздействия.
39. Композиция по п. 37 или п. 38, где функциональный белок PABPN1 содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 25.
40. Композиция по любому из пп. 37-39, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, приведена под SEQ ID NO: 24.
41. Композиция по любому из пп. 37-40, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включена в вектор экспрессии.
42. Композиция по любому из пп. 38-41 в комбинации с признаками из п. 27, где конструкция для ddRNAi и нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включены в один и тот же вектор экспрессии.
43. Композиция по любому из пп. 38-41 в комбинации с признаками из п. 27, где конструкция для ddRNAi и нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включены в различные векторы экспрессии.
44. Композиция по любому из пп. 38-41 в комбинации с признаками из п. 29, где каждая конструкция для ddRNAi включена в другой вектор экспрессии, и нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включена в по меньшей мере один из векторов экспрессии.
45. Композиция по любому из пп.38-41 в комбинации с признаками из п. 29, где каждая из конструкций для ddRNAi и нуклеиновой кислоты, кодирующей функциональный белок PABPN1, включена в различные векторы экспрессии.
46. Композиция по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-45, где вектор экспрессии или каждый вектор экспрессии представляет собой плазмиду.
47. Композиция по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-45, где вектор экспрессии или каждый вектор экспрессии представляет собой вирусный вектор, выбранный из вектора на основе аденоассоциированного вируса (AAV), ретровирусного вектора, аденовирусного вектора и лентивирусного вектора.
48. Композиция по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-46, где вектор экспрессии или каждый вектор экспрессии образует комплекс с катионным ДНК-связывающим полимером.
49. Композиция по п. 48, где катионным ДНК-связывающим полимером является полиэтиленимин.
50. Композиция по любому из пп. 27-49, дополнительно содержащая один или несколько фармацевтически приемлемых носителей.
51. Способ подавления экспрессии белка PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, при этом указанный способ включает введение субъекту РНК по любому из пп. 1-9, или множества РНК по любому из пп. 10-17, или конструкции для ddRNAi по любому из пп. 18-26, или композиции по любому из пп. 27-50.
52. Способ лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, страдающего от нее, при этом указанный способ включает введение субъекту РНК по любому из пп. 1-9, или множества РНК по любому из пп. 10-17, или конструкции для ddRNAi по любому из пп. 18-26, или композиции по любому из пп. 27-50.
53. Способ лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, страдающего от нее, при этом указанный способ включает введение субъекту
(а) одного или нескольких средств для подавления экспрессии белка PABPN1, который является причиной OPMD, где указанное средство(средства) выбрано(выбраны) из (i) РНК по любому из пп. 1-9; (ii) множества РНК по любому из пп. 10-17; (iii) вектора экспрессии, содержащего конструкцию для ddRNAi по любому из пп. 18-39; и (iv) композиции по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-50; и
(b) вектора экспрессии, содержащего нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который shRNA, экспрессируемые средством из (а), не оказывают целенаправленного воздействия.
54. Способ по п. 53, где функциональный белок PABPN1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 25.
55. Способ по п. 53 или п. 54, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, приведена под SEQ ID NO: 24.
56. Способ по любому из пп. 54-55, где средство(средства) из (а) и вектор экспрессии из (b) вводят субъекту совместно, одновременно или последовательно.
57. Набор, содержащий
(a) одно или несколько средств для подавления экспрессии белка PABPN1, который является причиной OPMD, где указанное средство(средства) выбрано(выбраны) из (i) РНК по любому из пп. 1-9; (ii) множества РНК по любому из пп. 10-17; (iii) вектора экспрессии, содержащего конструкцию для ddRNAi по любому из пп. 18-39; и (iv) композиции по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-50; и
(b) вектор экспрессии, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который shRNA, экспрессируемые средством из (а), не оказывают целенаправленного воздействия.
58. Набор по п. 57, где функциональный белок PABPN1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 25.
59. Набор по п. 57 или п. 58, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, приведена под SEQ ID NO: 24.
60. Набор по любому из пп. 57-59 для применения для лечения OPMD согласно способу по любому из пп. 53-56.