СПОСОБ ИССЛЕДОВАНИЯ МУТАЦИЙ У ЭМБРИОНОВ В ПРОЦЕССАХ РЕПРОДУКЦИИ IN VITRO

1. Способ исследования мутаций у эмбрионов в процессах репродукции in vitro, отличающийся тем, что он объединяет методы обнаружения анеуплоидии (PGD-A) и исследование моногенных заболеваний у эмбрионов (PGD-M), и характеризующийся тем, что включает следующие процессы:
1
k
процесс отбора SNP, в котором значения некоторых n SNP-кандидатов (t … t) каждого субъекта х, в интересующей хромосомной области и специально извлеченные для исследуемой популяции, принимаются в качестве входных данных; и при этом этот процесс сконфигурирован для максимизации ситуации, в которой один из родителей имеет значение SNP в гетерозиготном состоянии, тогда как другой родитель имеет значение SNP в гомозиготном состоянии, и для получения панели z-оптимизированных SNP для обоих максимизированных значений в форме матрицы М, чьи столбцы соответствуют субъектам популяции и строки соответствуют значениям каждого SNP для каждого субъекта;
процесс отбора SNP, в котором все комбинации SNP оценивают для получения минимального набора t tagSNP из матрицы М, полученной в первом процессе отбора SNP; и процесс валидации in-silico панели tagSNP, полученной во втором процессе.
2. Способ по п. 1, в котором первый процесс отбора SNP включает отбор тех SNP, которые являются биаллельными, при этом субъекты могут быть представлены в виде гаплотипов длины m, образованных двоичными строками {1,0}, где 1|0 и 0|1 представляют собой значения для гетерозиготных SNP, а 0|0 и 1|1 представляют собой значения для гомозиготных SNP; и при этом этот отбор производят по всей интересующей хромосомной области.
3. Способ по п. 2, в котором интересующая хромосомная область определяется как любое положение, которое расположено на расстоянии двух мегабаз выше и двух мегабаз ниже исследуемого гена или мутации.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором первый процесс включает стадию анализа n SNP-кандидатов в области и исключения SNP, которые удовлетворяют любому из следующих условий: SNP с более чем одним альтернативным аллелем (небиаллельные SNP); SNP, чьи аллели отличаются от замены одного нуклеотида; SNP, которые являются гомозиготными по меньшей мере у 99% исследуемой популяции; и необычные SNP, в которых частота минорного аллеля составляет менее 1%.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором первый процесс включает стадию максимизации ситуации, в которой один из родителей имеет значение SNP в гетерозиготном состоянии, тогда как другой родитель имеет значение SNP в гомозиготном состоянии, при этом является информативным за счет максимизации значения двух функций выше определенного порогового значения:
МахР: р-(3р2) + (4р3) - (2р4)
НЕТ rate: 2pq,
где р и q представляют собой, соответственно, частоту встречаемости аллелей референсного и альтернативного аллелей для каждого SNP.
2
2
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором второй процесс отбора SNP включает, во-первых, то, что SNP матрицы М блочной области организуют в группы с высокой корреляцией на основе парного критерия r; где значение парного r рассчитывают исходя из частоты аллелей, рассчитанной для матрицы М.
2
7. Способ по п. 6, в котором SNP различных групп будут представлять низкую корреляцию, при этом два SNP будут принадлежать к одной и той же группе только тогда, когда значение парного r между ними превышает определенное пороговое значение, установленное пользователем.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором отбор tagSNP в пределах каждой группы выполняют на основе критерия предела обнаружения (LD), начиная с k=1 SNP и исследуя все возможные k-комбинации, организуя SNP в пределах каждой группы.
2
9. Способ по любому из пп. 6-8, в котором, если SNP не превышает пороговые значения r или LD, он будет рассматриваться только в одной группе и сам приниматься за tagSNP.
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором в третьем процессе валидации используют геномную базу данных, при этом субъектов случайным образом выбирают для выполнения 300 скрещиваний, после чего подсчитывают количество tagSNP, которые являются информативными, для каждого скрещивания, и среднее значение представляют в качестве информативных данных об информативной мощности.
11. Набор для исследования мутаций у эмбрионов в процессах репродукции in vitro, отличающийся тем, что он содержит по меньшей мере одно электронное устройство с процессором или процессорами и памятью, причем в памяти хранятся инструкции, которые при выполнении процессором или процессорами заставляют электронное устройство выполнять способ по любому из пп. 1-10.
12. Компьютерный программный продукт с инструкциями, сконфигурированными для выполнения одним или несколькими процессорами, которые заставляют электронное устройство набора по п. 11 осуществлять способ по любому из пп. 1-10.