СПОСОБЫ, КОМПОЗИЦИИ И ИМПЛАНТИРУЕМЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ, СОДЕРЖАЩИЕ АКТИВНЫЕ КЛЕТКИ

1. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент, содержащий сконструированную активную клетку, где сконструированная активная клетка представляет собой сконструированную клетку пигментного эпителия сетчатки (RPE) или сконструированную клетку, полученную из клетки RPE, и где сконструированная активная клетка содержит экзогенную нуклеиновую кислоту, которая кодирует полипептид, где экзогенная нуклеиновая кислота содержит одну или более из следующих нуклеотидных последовательностей:
а) промоторную последовательность, которая фактически состоит или состоит из (i) SEQ ID NO:23 или (ii) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с SEQ ID NO:23;
b) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид фактора VIII-BDD (FVIII-BDD), где полипептид FVIII-BDD содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:1; SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7 или SEQ ID NO:7 с аланином вместо аргинина в каждом из положений 787 и 790;
c) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид фактора IX (FIX), где полипептид FIX содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:2;
d) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид интерлейкина-2 (IL-2), где полипептид IL-2 содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:29;
e) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид паратиреоидного гормона (PTH), где полипептид PTH содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:30 или 31;
f) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид фактора фон Виллебранда (vWF), где полипептид vWF содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:32 или 33;
g) кодирующую последовательность, которая кодирует вариант аминокислотной последовательности из (b), (c), (d), (e) или (f) с консервативными заменами; и
h) кодирующую последовательность, которая кодирует аминокислотную последовательность, которая характеризуется по меньшей мере 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с аминокислотной последовательностью из (b), (c), (d), (f) или (g).
2. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент, содержащий сконструированную активную клетку, где сконструированная активная клетка содержит экзогенную нуклеиновую кислоту, которая кодирует полипептид, где экзогенная нуклеиновая кислота содержит одну или более из следующих нуклеотидных последовательностей:
а) промоторную последовательность, которая фактически состоит или состоит из (i) SEQ ID NO:23 или (ii) последовательности, характеризующейся по меньшей мере 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с SEQ ID NO:23;
b) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид фактора VIII-BDD (FVIII-BDD), где полипептид FVIII-BDD содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:1; SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7 или SEQ ID NO:7 с аланином вместо аргинина в каждом из положений 787 и 790;
c) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид фактора IX (FIX), где полипептид FIX содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:2;
d) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид интерлейкина-2 (IL-2), где полипептид IL-2 содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:29;
e) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид паратиреоидного гормона (PTH), где полипептид PTH содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:30 или 31;
f) кодирующую последовательность, которая кодирует полипептид фактора фон Виллебранда (vWF), где полипептид vWF содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:32 или 33;
g) кодирующую последовательность, которая кодирует вариант аминокислотной последовательности из (b), (c), (d), (e) или (f) с консервативными заменами; и
h) кодирующую последовательность, которая кодирует аминокислотную последовательность, которая характеризуется по меньшей мере 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с аминокислотной последовательностью из (b), (c), (d), (f) или (g).
3. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент, содержащий сконструированную активную клетку, по п. 2, где сконструированная активная клетка имеет одну или более из следующих характеристик:
(a) она предусматривает клетку пигментного эпителия сетчатки (RPE) или полученную из нее клетку;
(b) она предусматривает клетку, которая была получена из менее дифференцированной клетки; и
(c) она предусматривает клетку, которая характеризуется одним или более из следующих свойств:
(i) она экспрессирует один или более биомаркеров CRALBP, RPE-65, RLBP, BEST1 или αB-кристаллин;
(ii) она не экспрессирует один или более биомаркеров CRALBP, RPE-65, RLBP, BEST1 или αB-кристаллин;
(iii) в норме она обнаруживается в сетчатке и образует монослой над хориоидальными кровеносными сосудами в мембране Бруха; и
(iv) она отвечает за эпителиальный транспорт, поглощение света, секрецию и/или иммунную модуляцию в сетчатке.
4. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по любому из пп. 1-3, где полипептид представляет собой полипептид FVIII-BDD или полипептид FIX.
5. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по любому из пп. 1-4, где полипептид представляет собой полипептид FVIII-BDD, и кодирующая последовательность содержит, фактически состоит или состоит из:
a) SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17 и SEQ ID NO:27; или
b) нуклеотидной последовательности, которая характеризуется по меньшей мере 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с любой из кодирующих последовательностей, перечисленных в а).
6. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по любому из пп. 1-5, где полипептид представляет собой полипептид FVIII-BDD, и кодирующая последовательность фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:16 или SEQ ID NO:27.
7. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по любому из пп. 1-4, где полипептид представляет собой полипептид FIX, и кодирующая последовательность содержит, фактически состоит или состоит из:
a) SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21 или SEQ ID NO:28; или
b) нуклеотидной последовательности, которая характеризуется по меньшей мере 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с любой из кодирующих последовательностей, перечисленных в а).
8. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по любому из пп. 1-4 или 7, где полипептид представляет собой полипептид FIX, и кодирующая последовательность фактически состоит или состоит из: SEQ ID NO:19 или SEQ ID NO:28.
9. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по любому из пп. 1-8, где сконструированная активная клетка представляет собой клетку ARPE-19.
10. Имплантируемый элемент по любому из пп. 1-9, который содержит совокупность сконструированных активных клеток.
11. Сконструированная активная клетка, например, клетка RPE, или имплантируемый элемент, содержащий сконструированную активную клетку, где сконструированная активная клетка содержит экзогенную нуклеиновую кислоту, которая содержит промоторную последовательность, функционально связанную с кодирующей последовательностью для полипептида, где промоторная последовательность фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:23 или характеризуется по меньшей мере 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или большей идентичностью последовательности с SEQ ID NO:23.
12. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по п. 11, где полипептид содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 или SEQ ID NO:6.
13. Сконструированная активная клетка или имплантируемый элемент по п. 12, где полипептид содержит SEQ ID NO:4, и кодирующая последовательность содержит SEQ ID NO:16 или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99% идентичностью последовательности с SEQ ID NO:16.
14. Сконструированная активная клетка по п. 11, где полипептид содержит, фактически состоит или состоит из SEQ ID NO:2.
15. Сконструированная активная клетка по п. 14, где полипептид содержит SEQ ID NO:2, и кодирующая последовательность содержит SEQ ID NO: 19 или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 99% идентичностью последовательности с SEQ ID NO:19.
16. Сконструированная активная клетка по любому из пп. 11-15, где полипептид дополнительно содержит SEQ ID NO:34 или SEQ ID NO:35.
17. Сконструированная активная клетка по любому из пп. 11-16, где экзогенная нуклеиновая кислота содержит последовательность Козак непосредственно перед кодирующей последовательностью.
18. Сконструированная активная клетка по п. 17, где последовательность Козак представляет собой нуклеотиды 2094-2099 из SEQ ID NO:26.
19. Сконструированная активная клетка по любому из пп. 11-18, где экзогенная нуклеиновая кислота содержит сигнальную последовательность полиА, функционально связанную с кодирующей последовательностью, где сигнальная последовательность полиА фактически состоит или состоит из нуклеотидов 2163-2684 из SEQ ID NO:26.
20. Имплантируемый элемент по пп. 1-13 или сконструированная активная клетка по  пп. 1-9 и 11-19, где промоторная последовательность состоит из SEQ ID NO:23.
21. Имплантируемый элемент по пп. 1-13 или сконструированная активная клетка по пп. 1-9 и 11-19, где сконструированная активная клетка представляет собой клетку RPE человека.
22. Имплантируемый элемент по пп. 1-13 или сконструированная активная клетка по пп. 1-9 и 11-19, где экзогенная нуклеиновая кислота интегрирована в хромосому сконструированной активной клетки.
23. Имплантируемый элемент или сконструированная активная клетка по любому из пп. 1-3 или 11, где полипептид выбран из группы, состоящей из антитела (например, антитела к фактору роста нервов); фермента (например, альфа-галактозидазы) и фактора свертывания крови (например, фактора свертывания крови, например, активированного фактора свертывания крови).
24. Имплантируемый элемент или сконструированная активная клетка по любому из пп. 1-3 или 11, где полипептид представляет собой полипептид инсулина (например, А-цепь инсулина, В-цепь инсулина или проинсулин).
25. Имплантируемый элемент или сконструированная клетка по любому из пп. 1-3 или 11, где полипептид не является полипептидом инсулина (например, А-цепью инсулина, В-цепью инсулина или проинсулином).
26. Имплантируемый элемент по любому из пп. 1-10 и 20-25, где имплантируемый элемент содержит заключающий компонент.
27. Имплантируемый элемент по п. 26, где заключающий компонент содержит (i) гибкий полимер (например, PLA, PLG, PEG, CMC или полисахарид, например, альгинат) или (ii) негибкий полимерный или металлический корпус.
28. Имплантируемый элемент по любому из п. 26 или п. 27, где заключающий компонент является химически модифицированным.
29. Имплантируемый элемент по пп. 1-13 и 20-28, где имплантируемый элемент или его заключающий компонент модифицированы с помощью соединения формулы (I):
(I),
или его соли, где:
C
C
C
C
C
C
D
C
D
C
C
F
A
G
A
A
1
1
6
1
6
x
x
x
x
y
2
А представляет собой алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил, гетероарил, -O-, -C(O)O-, -C(O)-, -OC(O)-, -N(R)-, -N(R)C(O)-, -C(O)N(R)-, -N(R)C(O)(C-C-алкилен)-, -N(R)C(O)(C-C-алкенилен)-, -N(R)N(R)-, -NCN-, -C(=N(R)(R))O-, -S-,-S(O)-, -OS(O)-, -N(R)S(O)-, -S(O)N(R)-, -P(R)-, -Si(OR) -, -Si(R)(OR)-, -B(OR)- или металл, где каждый алкил, алкенил, алкинил, алкилен, алкенилен, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил и гетероарил связан с группой присоединения (например, группой присоединения, определенной в данном документе) и необязательно замещен одним или более R;
1
3
2
каждый из L и L независимо представляет собой связь, алкил или гетероалкил, где каждый алкил и гетероалкил необязательно замещен одним или более R;
2
L представляет собой связь;
3
М отсутствует или представляет собой алкил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил или гетероарил, каждый из которых необязательно замещен одним или более R;
4
P отсутствует или представляет собой циклоалкил, гетероциклил или гетероарил, каждый из которых необязательно замещен одним или более R;
A
A
A
C
D
C
A
5
Z представляет собой водород, алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, -OR, -C(O)R, -C(O)OR, -C(O)N(R)(R), -N(R)C(O)R, циклоалкил, гетероциклил, арил или гетероарил, где каждый алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил и гетероарил необязательно замещен одним или более R;
A
B
C
D
E
F
G
6
каждый R, R, R, R, R, R и R независимо представляет собой водород, алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, галоген, азидо, циклоалкил, гетероциклил, арил или гетероарил, где каждый алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил и гетероарил необязательно замещен одним или более R;
C
D
6
или R и R, взятые вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют кольцо (например, 5-7-членное кольцо), необязательно замещенное одним или более R;
1
2
3
4
5
6
A1
A1
B1
B1
C1
D1
C1
B1
C1
E1
E1
E1
C1
E1
C1
D1
F1
7
x
x
x
x
y
каждый R, R, R, R, R и R независимо представляет собой алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, галоген, циано, азидо, оксо, -OR, -C(O)OR, -C(O)R,-OC(O)R, -N(R)(R), -N(R)C(O)R, -C(O)N(R), SR, S(O)R, -OS(O)R, -N(R)S(O)R, - S(O)N(R)(R), -P(R), циклоалкил, гетероциклил, арил, гетероарил, где каждый алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил и гетероарил необязательно замещен одним или более R;
A1
B1
C1
D1
E1
F1
7
каждый R, R, R, R, R и R независимо представляет собой водород, алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил или гетероарил, где каждый алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, циклоалкил, гетероциклил, арил, гетероарил необязательно замещен одним или более R;
7
каждый R независимо представляет собой алкил, алкенил, алкинил, гетероалкил, галоген, циано, оксо, гидроксил, циклоалкил или гетероциклил;
х составляет 1 или 2; и
y составляет 2, 3 или 4.
30. Имплантируемый элемент по п. 29, где соединение формулы (I) представляет собой соединение, представленное в таблице соединений 1.
31. Имплантируемый элемент по любому из пп. 29, 30, где соединение выбрано из: .
32. Имплантируемый элемент по любому из пп. 29-30, где соединение выбрано из соединения 110, соединения 112, соединения 113 или соединения 114 из таблицы соединений 1.
33. Имплантируемый элемент по любому из пп. 26-32, где заключающий компонент представляет собой альгинатную гидрогелевую капсулу.
34. Имплантируемый элемент по п. 33, который содержит по меньшей мере приблизительно 10000, 15000 или 20000 сконструированных клеток ARPE-19.
35. Фармацевтическая композиция, содержащая совокупность имплантируемых элементов по любому из пп. 1-13 и 20-34 в фармацевтически приемлемом носителе.
36. Имплантируемый элемент по любому из пп. 1-13 и 20-34 или фармацевтическая композиция по п. 35 для применения в лечении человека с помощью способа, предусматривающего: введение или обеспечение субъекта имплантируемым элементом или композицией, за счет чего осуществляется лечение субъекта или снабжение субъекта продуктом (например, терапевтическим продуктом).