СПОСОБЫ И УСТРОЙСТВА ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПАТОЛОГИЧЕСКИХ СОСТОЯНИЙ В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

1. Способ определения наличия микроорганизмов у индивидуума, включающий:
(a) секвенирование нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума, для получения множества ридов последовательности нуклеиновой кислоты;
(b) сравнение ридов последовательности, полученных на стадии (a), с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида и генетическую информацию множества микроорганизмов, для определения того, картируется ли сравниваемый рид последовательности к биологическому виду, информация о котором содержится в одной или более базах данных; и
(c) определение количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к биологическому виду, во временной динамике.
2. Способ определения наличия микроорганизмов у индивидуума, включающий:
(a) сравнение ридов последовательности с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида и генетическую информацию множества микроорганизмов, для определения того, картируется ли сравниваемый рид последовательности к биологическому виду, информация о котором содержится в одной или более базах данных, где риды последовательности получают посредством секвенирования нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума; и
(b) определение количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к биологическому виду, во временной динамике.
3. Способ по п.1 или 2, дополнительно включающий вычисление баллов значимости для вероятности обнаружения у индивидуума сравниваемого рида последовательности, картируемого к конкретному микроорганизму, с учетом количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к биологическому виду.
4. Способ определения наличия микроорганизмов у индивидуума, включающий:
стадию вычисления баллов значимости для вероятности обнаружения у индивидуума рида последовательности, картируемого к конкретному микроорганизму, во временной динамике с учетом количества ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества ридов последовательности, картируемых к биологическому виду,
где риды последовательности, картируемые к конкретному микроорганизму, и риды последовательности, картируемые к биологическому виду, получают посредством сравнения ридов последовательности с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида и генетическую информацию множества микроорганизмов для определения того, картируется ли сравниваемый рид последовательности к биологическому виду, информация о котором содержится в одной или более базах данных, и где риды последовательности получают посредством секвенирования нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума.
5. Способ определения наличия микроорганизмов у индивидуума, включающий:
(a) стадию определения количества ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества ридов последовательности, картируемых к биологическому виду, во временной динамике, где риды последовательности получают посредством сравнения ридов последовательности с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида и генетическую информацию множества микроорганизмов для определения того, картируется ли рид последовательности к биологическому виду, информация о котором содержится в одной или более базах данных, и где риды последовательности получают посредством секвенирования нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума; и
(b) вычисление баллов значимости для вероятности обнаружения у индивидуума рида последовательности, картируемого к конкретному микроорганизму, с учетом количества ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества ридов последовательности, картируемых к биологическому виду.
6. Способ по любому из пп.3-5, где, если баллы значимости для конкретного микроорганизма соответствуют пороговому значению или превышают его, конкретный микроорганизм определяют как присутствующий у индивидуума.
7. Способ по любому из пп.3-5, где, если баллы значимости для конкретного микроорганизма соответствуют пороговому значению или превышают его, конкретный микроорганизм определяют как значимый для вызывания заболевания у индивидуума.
8. Способ по п.7, где, если баллы значимости для конкретного микроорганизма превышают пороговое значение на несколько ридов последовательности, заболевание по причине наличия микроорганизма считают тяжелым.
9. Способ определения наличия патологического состояния у индивидуума, включающий:
(a) секвенирование нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума, для получения множества ридов последовательности нуклеиновой кислоты;
(b) сравнение ридов последовательности, полученных на стадии (a), с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида, для определения того, картируется ли сравниваемый рид последовательности к контрольному индивидууму; и
(c) определение количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых и некартируемых к контрольному индивидууму, во временной динамике.
10. Способ по п.9, дополнительно включающий вычисление баллов значимости для вероятности обнаружения у индивидуума сравниваемого рида последовательности, некартируемого к контрольному индивидууму, с учетом количества сравниваемых ридов последовательности, некартируемых к контрольному индивидууму, и количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к контрольному индивидууму.
11. Способ определения наличия патологического состояния у индивидуума, включающий:
стадию вычисления баллов значимости для вероятности обнаружения у индивидуума рида последовательности, некартируемого к контрольному индивидууму, во временной динамике с учетом количества ридов последовательности, некартируемых к контрольному индивидууму, и количества ридов последовательности, картируемых к контрольному индивидууму,
где риды последовательности, картируемые к контрольному индивидууму, и риды последовательности, некартируемые к контрольному индивидууму, получают посредством сравнения ридов последовательности с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида, для определения того, картируется ли сравниваемый рид последовательности к контрольному индивидууму, и где риды последовательности получают посредством секвенирования нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума.
12. Способ по п.10 или 11, где, если баллы значимости соответствуют пороговому значению или превышают его, патологическое состояние определяют как присутствующее у индивидуума.
13. Способ по любому из пп.9-12, где патологическое состояние является злокачественным новообразованием.
14. Способ по любому из пп.9-12, где патологическое состояние является инфекцией, вызванной микроорганизмом.
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, где, если конкретный микроорганизм или патологическое состояние определяют как присутствующее у индивидуума, способ дополнительно включает введение индивидууму фармацевтически активного соединения, о котором известно, что с помощью него лечат заболевание, вызванное конкретным микроорганизмом или патологическим состоянием.
16. Способ диагностики инфекционного заболевания, вызванного микроорганизмами, у индивидуума, включающий:
(a) секвенирование нуклеиновых кислот, присутствующих в биологическом образце, полученном от индивидуума, для получения множества ридов последовательности нуклеиновой кислоты;
(b) сравнение ридов последовательности, полученных на стадии (a), с одной или более базами данных, содержащими генетическую информацию контрольного индивидуума того же вида и генетическую информацию множества микроорганизмов, для определения того, картируется ли сравниваемый рид последовательности к биологическому виду, информация о котором содержится в одной или более базах данных;
(c) определение количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к биологическому виду, во временной динамике; и
(d) вычисление баллов значимости для вероятности обнаружения у индивидуума сравниваемого рида последовательности, картируемого к конкретному микроорганизму, с учетом количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к конкретному микроорганизму, и количества сравниваемых ридов последовательности, картируемых к биологическому виду,
где, если баллы значимости для конкретного микроорганизма соответствуют пороговому значению или превышают его, конкретный микроорганизм определяют как вызывающий инфекционное заболевание.
17. Машиночитаемый носитель данных, на котором хранят программный код, содержащий команды, посредством выполнения которых процессором осуществляют способ по любому из пп.1-16.
18. Компьютерная система, содержащая процессор, сконфигурированный для осуществления способа по любому из пп.1-16.
19. Способ лечения заболевания или инфекции, вызванной микроорганизмом, у индивидуума, включающий введение индивидууму соединения, ингибирующего рост микроорганизма, баллы значимости для которого соответствуют пороговому значению или превышают его, где баллы значимости вычисляют по любому из пп.3-8.