МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ НИЗКОГО СОДЕРЖАНИЯ ПАЛЬМИТИНОВОЙ КИСЛОТЫ В ПОДСОЛНЕЧНИКЕ (HELIANTHUS ANNUS) И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Способ идентификации первого растения или зародышевой плазмы подсолнечника, которые имеют низкое содержание пальмитиновой кислоты, причем способ включает:
выявление в первом растении или зародышевой плазме подсолнечника по меньшей мере одного маркера, сцепленного с низким содержанием пальмитиновой кислоты, где по меньшей мере один маркер выбран из группы, состоящей из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907, HA0612A и маркера, сцепленного по меньшей мере с одним из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907 и HA0612A.
2. Способ по п. 1, где способ включает выявление в первом растении или зародышевой плазме подсолнечника маркера, сцепленного по меньшей мере с одним из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907 и HA0612A.
3. Способ по п. 2, где выявленный маркер имеет частоту генетической рекомбинации менее чем приблизительно 10% по меньшей мере с одним маркером из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907 и HA0612A.
4. Способ по п. 1, где выявленный маркер выбран из группы, состоящей из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907 и HA0612A.
5. Способ по п. 1, где зародышевая плазма представляет собой линию подсолнечника или сорт подсолнечника.
6. Способ по п. 1, где выявление включает выявление по меньшей мере одной аллельной формы полиморфного простого повтора последовательности (SSR).
7. Способ по п. 1, где выявление включает амплификацию маркера или части маркера с получением амплифицированного ампликона маркера, и выявление полученного амплифицированного ампликона маркера.
8. Способ по п. 7, где амплификация включает:
смешение праймера для амплификации или пары праймеров для амплификации с нуклеиновой кислотой, выделенной из первого растения или зародышевой плазмы подсолнечника, где праймер или пара праймеров комплементарны или частично комплементарны по меньшей мере части маркера и способны инициировать полимеризацию ДНК ДНК-полимеразой с использованием нуклеиновой кислоты подсолнечника в качестве матрицы; и
удлинение праймера или пары праймеров в реакционной смеси для полимеризации ДНК, содержащей ДНК-полимеразу и матричную нуклеиновую кислоту, с получением по меньшей мере одного ампликона.
9. Способ по п. 8, где нуклеиновая кислота представляет собой молекулу ДНК или молекулу РНК.
10. Способ по п. 7, где амплификация включает использование полимеразной цепной реакции (ПЦР) или лигазной цепной реакции (LCR) с использованием нуклеиновой кислоты, выделенной из первого растения или зародышевой плазмы подсолнечника, в качестве матрицы в ПЦР или LCR.
11. Способ получения растения или зародышевой плазмы подсолнечника с интрогрессией, причем способ включает:
интрогрессию по меньшей мере одного маркерного аллеля, который положительно коррелирует с низким содержанием пальмитиновой кислоты, из первого растения или зародышевой плазмы подсолнечника во второе растение или зародышевую плазму подсолнечника, с получением растения или зародышевой плазмы с интрогрессией,
где по меньшей мере один маркер выбран из группы, состоящей из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907, HA0612A и маркера, сцепленного по меньшей мере с одним из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907 и HA0612A.
12. Способ по п. 11, где второе растение или зародышевая плазма подсолнечника обладают более высоким содержанием пальмитиновой кислоты по сравнению с первым растением или зародышевой плазмой подсолнечника, и где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией обладают сниженным содержанием пальмитиновой кислоты по сравнению со вторым растением или зародышевой плазмой.
13. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией, полученные способом способ по п. 11.
14. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией по п. 13, где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией имеют общее комбинированное содержание пальмитиновой кислоты (16:0) и стеариновой кислоты (18:0) приблизительно 3,3% или менее.
15. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией по п. 13, где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией имеют общее содержание пальмитиновой кислоты менее чем приблизительно 2,5%.
16. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией по п. 15, где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией имеют общее содержание пальмитиновой кислоты менее 2,5%.
17. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией по п. 16, где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией имеют общее содержание пальмитиновой кислоты менее 2,2%.
18. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией по п. 17, где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией имеют общее содержание пальмитиновой кислоты менее 2,1%.
19. Растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией по п. 18, где растение или зародышевая плазма подсолнечника с интрогрессией имеют общее содержание пальмитиновой кислоты менее 2,0%.
20. Способ по п. 11, где второе растение или зародышевая плазма подсолнечника представляют собой растение или зародышевую плазму из элитного сорта подсолнечника или из экзотического сорта подсолнечника.
21. Способ по п. 2, где выявленный маркер определяют с использованием популяции для картирования H757B/H280R.
TM
TM
TM
22. Способ по п. 21, где выявленный маркер определяют с использованием программного обеспечения, выбранного из TASSEL, GeneFlow и MapManager-QTX.
23. Способ по п. 1, где способ включает электронную передачу или электронное хранение данных, соответствующих выявленному маркеру, на считываемом компьютером носителе.
24. Способ по п. 1, где способ включает селекцию первого растения или зародышевой плазмы подсолнечника.
25. Способ по п. 1, где способ включает селекцию потомства первого растения или зародышевой плазмы подсолнечника.
26. Способ по п. 24, включающий скрещивание первого выбранного растения или зародышевой плазмы подсолнечника со вторым растением или зародышевой плазмой подсолнечника.
27. Способ по п. 26, где второе растение или зародышевая плазма подсолнечника представляют собой растение или зародышевую плазму подсолнечника из элитного сорта подсолнечника или экзотического сорта подсолнечника.
28. Способ получения трансгенного растения, имеющего фенотип низкого содержания пальмитиновой кислоты, причем способ включает:
введение одной или нескольких экзогенных нуклеиновых кислот в растение-мишень с получением трансгенного растения, где по меньшей мере одна или несколько экзогенных нуклеиновых кислот содержат эндогенную нуклеотидную последовательность из растения подсолнечника, которая сцеплена в растении подсолнечника по меньшей мере с одним маркером, выбранным из группы, состоящей из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907, HA0612A, где полученное трансгенное растение имеет сниженное содержание пальмитиновой кислоты.
29. Способ по п. 28, где растение-мишень представляет собой растение подсолнечника.
30. Способ по п. 28, где эндогенная нуклеотидная последовательность из растения подсолнечника сцеплена в растении подсолнечника по меньшей мере с одним маркером так, что эндогенная нуклеотидная последовательность имеет частоту генетической рекомбинации не более чем приблизительно 10% по меньшей мере с одним маркером.
31. Способ по п. 28, где нуклеотидная последовательность является выделенной посредством позиционного клонирования и идентифицированной по сцеплению по меньшей мере с одним маркером.
32. Способ по п. 28, где экзогенная нуклеиновая кислота соответствует открытой рамке считывания (ORF), которая кодирует полипептид, который при экспрессии в растении подсолнечника приводит к растению подсолнечника, имеющему сниженное содержание пальмитиновой кислоты.
33. Способ по п. 28, где экзогенная нуклеиновая кислота содержит экспрессирующий вектор.
34. Система для идентификации растения подсолнечника, которое, согласно прогнозам, имеет фенотип низкого содержания пальмитиновой кислоты, причем система включает:
набор маркерных зондов или праймеров, подобранных так, чтобы они обнаруживали по меньшей мере один маркер, сцепленный с низким содержанием пальмитиновой кислоты, где маркер выбран из группы, состоящей из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907, HA0612A и маркера, сцепленного по меньшей мере с одним из HA0031B, HA0908, HA1665, HA0304A, HA0850, HA0743, HA0870, HA0907 и HA0612A;
детектор, который настроен так, чтобы, чтобы обнаруживать один или несколько выходных сигналов из набора маркерных зондов или праймеров, или их ампликона, тем самым идентифицируя присутствие или отсутствие маркера; и
системные инструкции, которые устанавливают соотношение между присутствием или отсутствием маркера и фенотипом низкого содержания пальмитиновой кислоты.
35. Система по п. 34, где детектор выявляет одно или несколько излучений света, где излучение света указывает на присутствие или отсутствие маркерного аллеля.
36. Система по п. 34, где инструкции содержат по меньшей мере одну эталонную таблицу, которая включает соотношение между присутствием или отсутствием маркерного аллеля по меньшей мере на одном обнаруженном маркере и фенотипом низкого содержания пальмитиновой кислоты.
37. Система по п. 34, где система содержит образец нуклеиновой кислоты из растения или зародышевой плазмы.