ВАРИАНТЫ МАТРИКСНОГО ВНЕКЛЕТОЧНОГО ФОСФОГЛИКОПРОТЕИНА (MEPE) И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Способ идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск снижения минеральной плотности костной ткани и/или развития остеопороза, причем способ включает определение, запланированное или уже осуществленное, в биологическом образце, полученном от субъекта, наличия или отсутствия:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты варианта матриксного внеклеточного фосфогликопротеина (MEPE) с прогнозируемой потерей функции;
молекулы мРНК варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции;
молекулы кДНК варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, полученной из молекулы мРНК; или
полипептида варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции;
причем:
отсутствие молекулы геномной нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, молекулы мРНК, молекулы кДНК или полипептида указывает на то, что субъект не имеет повышенного риска снижения минеральной плотности костной ткани и/или развития остеопороза; и
наличие молекулы геномной нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, молекулы мРНК, молекулы кДНК или полипептида указывает на то, что субъект имеет повышенный риск снижения минеральной плотности костной ткани и/или развития остеопороза.
2. Способ диагностирования пониженной минеральной плотности костной ткани и/или остеопороза у субъекта-человека, включающий обнаружение в образце, полученном от субъекта, наличия или отсутствия:
молекулы геномной нуклеиновой кислоты варианта матриксного внеклеточного фосфогликопротеина (MEPE) с прогнозируемой потерей функции;
молекулы мРНК варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции;
молекулы кДНК варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, полученной из молекулы мРНК; или
полипептида варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции;
причем, если субъект имеет молекулу геномной нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, молекулу мРНК, молекулу кДНК или полипептид и имеет один или более симптомов пониженной минеральной плотности костной ткани и/или остеопороза, то субъекта диагностируют, как имеющего пониженную минеральную плотность костной ткани и/или остеопороз.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что способ дополнительно включает лечение субъекта, имеющего пониженную минеральную плотность костной ткани и/или остеопороз или имеющего повышенный риск снижения минеральной плотности костной ткани и/или развития остеопороза, агентом, эффективным для лечения пониженной минеральной плотности костной ткани и/или остеопороза.
4. Способ лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует снижение минеральной плотности костной ткани и/или остеопороз, причем пациент имеет пониженную минеральную плотность костной ткани и/или остеопороз или имеет повышенный риск снижения минеральной плотности костной ткани и/или развития остеопороза, включающий этапы:
определение того, имеет ли пациент молекулу нуклеиновой кислоты варианта матриксного внеклеточного фосфогликопротеина (MEPE) с прогнозируемой потерей функции, кодирующую человеческий полипептид MEPE, путем:
получения, запланированного или уже осуществленного, биологического образца от пациента; и
проведения, запланированного или уже осуществленного, анализа генотипирования биологического образца, чтобы определить, имеет ли пациент генотип, включающий молекулу нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции; и,
если пациент соответствует стандарту MEPE, введение или продолжение введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует снижение минеральной плотности костной ткани и/или остеопороз, в стандартной дозе; и,
если пациент является гетерозиготным или гомозиготным в отношении молекулы нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, введение или продолжение введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует снижение минеральной плотности костной ткани и/или остеопороз, в количестве, которое равно или превышает стандартную дозу;
при этом наличие генотипа, включающего молекулу нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции, кодирующую человеческий полипептид MEPE, указывает на то, что пациент имеет повышенный риск снижения минеральной плотности костной ткани и/или развития остеопороза.
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования проводят in vitro.
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты MEPE в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит позицию, соответствующую позиции варианта с прогнозируемой потерей функции, причем в случае обнаружения вариантного нуклеотида в позиции варианта с прогнозируемой потерей функции молекула нуклеиновой кислоты MEPE в биологическом образце представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции.
7. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включает:
a) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизирующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы нуклеиновой кислоты MEPE, которая находится вблизи позиции варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) удлинение праймера по меньшей мере через позицию варианта с прогнозируемой потерей функции; и
c) определение, содержит ли продукт удлинения праймера вариантный нуклеотид в позиции варианта с прогнозируемой потерей функции.
8. Способ по п. 6 или 7, отличающийся тем, что этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
9. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включает:
а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты MEPE, которая кодирует человеческий полипептид MEPE, при этом часть содержит позицию варианта с прогнозируемой потерей функции;
b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой;
c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей специфический в отношении изменения зонд, причем специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с позицией варианта с прогнозируемой потерей функции; и
d) обнаружение обнаруживаемой метки.
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и эту мРНК обратно транскрибируют в кДНК перед этапом амплификации.
11. Способ по п. 9 или 10, отличающийся тем, что этап определения, этап обнаружения или анализ генотипирования включает:
приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт со специфическим в отношении изменения зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом специфический в отношении изменения зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизируется с позицией варианта с прогнозируемой потерей функции; и
обнаружение обнаруживаемой метки.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что молекула нуклеиновой кислоты варианта MEPE с прогнозируемой потерей функции представляет собой 4:87838631:G:A, 4:87834767:D:4, 4:87839684:G:A, 4:87839693:C:G, 4:87844983:D:1, 4:87845066:D:4, 4:87845210:G:A, 4:87845320:I:7, 4:87845359:I:1, 4:87845484:D:1, 4:87845585:I:1, 4:87845726:D:1, 4:87845732:D:4, 4:87845741:I:5, 4:87845761:D:1 и 4:87846011:D:1, или полученную из нее молекулу мРНК, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК.