СПОСОБ И НАБОР ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ

1. Способ детекции жизнеспособных клеток микроорганизма в тестируемом образце при различении жизнеспособных клеток и погибших клеток или поврежденных клеток, который включает стадии:
a) добавления в тестируемый образец средства, способного к ковалентному связыванию с ДНК или РНК при облучении светом с длиной волны от 350 нм до 700 нм;
b) облучения тестируемого образца, в который добавляют средство, светом с длиной волны от 350 нм до 700 нм;
c) амплификации области-мишени ДНК или РНК микроорганизма, содержащегося в тестируемом образце, способом амплификации нуклеиновых кислот в присутствии средства подавления действия вещества, ингибирующего амплификацию нуклеиновых кислот, без выделения нуклеиновых кислот из клеток; и
d) анализа продуктов амплификации.
2. Способ по п.1, где амплификацию области-мишени проводят в клетках микроорганизма.
3. Способ по п.1 или 2, где на стадии с) амплификацию области-мишени проводят в присутствии одного или нескольких классов, выбранных из поверхностно-активного вещества, соли магния и соли органической кислоты или соли фосфорной кислоты.
4. Способ по п.1 или 2, где перед стадией с), повторно проводят стадии а) и b).
5. Способ по п.1 или 2, где перед стадией а), проводят следующую стадию е):
e) обработка тестируемого образца ферментом с активностью разрушения клеток, отличных от клеток микроорганизма, коллоидных частиц белка, липидов или сахаридов, присутствующих в тестируемом образце.
6. Способ по п.5, где фермент выбран из фермента, разрушающего белки, фермента, разрушающего липиды, и фермента, разрушающего сахариды.
7. Способ по п.1 или 2, где тестируемый образец представляет собой любое из продукта питания, биологического образца, питьевой воды, промышленных вод, воды из окружающей среды, сточных вод, почвы и мазка.
8. Способ по п.1 или 2, где микроорганизм представляет собой бактерию или вирус.
9. Способ по п.8, где бактерия представляет собой грамотрицательную бактерию.
10. Способ по п.1 или 2, где средство, способное к ковалентному связыванию с ДНК или РНК при облучении светом с длиной волны от 350 нм до 700 нм, выбрано из моноазида этидия, диазида этидия, моноазида пропидия, псоларена, 4,5',8-триметилпсоларена и 8-метоксипсоларена.
11. Способ по п.1 или 2, где средство для подавления действия вещества, ингибирующего амплификацию нуклеиновых кислот, представляет собой один или несколько классов, выбранных из альбумина, декстрана, белка гена 32 Т4, ацетамида, бетаина, диметилсульфоксида, формамида, глицерина, полиэтиленгликоля, соевого ингибитора трипсина, α2-макроглобулина, тетраметилхлорида аммония, лизоцима, фосфорилазы и лактатдегидрогеназы.
12. Способ по п.3, где соль органической кислоты выбрана из соли уксусной кислоты, соли пропионовой кислоты и соли лимонной кислоты.
13. Способ по п.3, где соль фосфорной кислоты представляет собой соль пирофосфорной кислоты.
14. Способ по п.1 или 2, где область-мишень представляет собой область-мишень длиной от 50 до 5000 нуклеотидов.
15. Способ по п.14, где область-мишень представляет собой область-мишень, соответствующую гену, выбранному из гена 5S рРНК, гена 16S рРНК, гена 23S рРНК и гена тРНК ДНК тестируемого образца.
16. Способ по п.1 или 2, где способ амплификации нуклеиновых кислот представляет собой ПЦР, ПЦР-РВ, LAMP, SDA, LCR, ТМА, TRC, НС или способ с использованием микропанелей.
17. Способ по п.16, где ПЦР проводят в виде ПЦР с детекцией в реальном времени с одновременным проведением ПЦР и анализа продуктов амплификации.
18. Способ по п.1 или 2, где анализ продуктов амплификации проводят с использованием стандартной кривой, представляющей собой зависимость количества микроорганизма и продукта амплификации, которую получают с использованием стандартных образцов микроорганизмов.
19. Набор для детекции жизнеспособных клеток микроорганизма в тестируемом образце при различении жизнеспособных клеток и погибших клеток или поврежденных клеток способом амплификации нуклеиновых кислот, который содержит следующие компоненты:
1) средство, способное к ковалентному связыванию с ДНК или РНК при облучении светом с длиной волны от 350 нм до 700 нм;
2) средство для подавления действия вещества, ингибирующего амплификацию нуклеиновых кислот; и
3) праймер или праймеры для амплификации области-мишени ДНК или РНК микроорганизма, подлежащего детекции способом амплификации нуклеиновых кислот.
20. Набор по п.19, который дополнительно содержит один или несколько классов, выбранных из поверхностно-активного вещества, соли магния и соли органической кислоты или соли фосфорной кислоты.
21. Набор по п.19 или 20, который дополнительно содержит фермент с активностью разрушения клеток, отличных от клеток микроорганизма, коллоидных частиц белка, липидов или сахаридов, присутствующих в тестируемом образце.
22. Набор по п.19 или 20, где способ амплификации нуклеиновых кислот представляет собой ПЦР, ПЦР-РВ, LAMP, SDA, LCR, ТМА, TRC, НС или способ с использованием микропанелей ДНК.
23. Набор по п.19 или 20, где средство, способное к ковалентному связыванию с ДНК или РНК при облучении светом с длиной волны от 350 нм до 700 нм, выбрано из моноазида этидия, диазида этидия, моноазида пропидия, псоларена, 4,5',8-триметилпсоларена и 8-метоксипсоларена.
24. Набор по п.19 или 20, где средство для подавления действия вещества, ингибирующего амплификацию нуклеиновых кислот, представляет собой один или несколько классов, выбранных из альбумина, декстрана, белка гена 32 Т4, ацетамида, бетаина, диметилсульфоксида, формамида, глицерина, полиэтиленгликоля, соевого ингибитора трипсина, α2-макроглобулина, тетраметилхлорида аммония, лизоцима, фосфорилазы и лактатдегидрогеназы.
25. Набор по п.20, где соль органической кислоты выбрана из соли уксусной кислоты, соли пропионовой кислоты и соли лимонной кислоты.
26. Набор по п.20, где соль фосфорной кислоты представляет собой соль пирофосфорной кислоты.
27. Набор по п.21, где фермент выбран из фермента, разрушающего белки, фермента, разрушающего липиды, и фермента, разрушающего сахариды.