1. Способ получения трансгенной клетки растения маиса, содержащей представляющую интерес ДНК, нацеленную на одну внегенную геномную молекулу нуклеиновой кислоты маиса, где способ включает:
a. выбор внегенного геномного локуса маиса, где указанный внегенный геномный локус маиса обладает молекулой нуклеиновой кислоты с по меньшей мере 1 т.п.о. и следующими характеристиками:
i. уровень метилирования указанной внегенной молекулы нуклеиновой кислоты составляет 1% или менее;
Zea ma
ii. указанная внегенная молекула нуклеиновой кислоты обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой молекулой нуклеиновой кислоты, содержащейся в геноме ys;
iii. указанная внегенная молекула нуклеиновой кислоты расположена в пределах области 40 т.п.о. от известной или прогнозируемой экспрессируемой кодирующей молекулы нуклеиновой кислоты маиса; и
iv. указанная внегенная молекула нуклеиновой кислоты обладает частотой рекомбинации в геноме маиса более 0,00041 сМ/млн п.о.;
b. введение сайт-специфической нуклеазы в клетку растения маиса, где указанная сайт-специфическая нуклеаза выбрана из группы, состоящей из нуклеазы с цинковыми пальцами, нуклеазы CRISPR и TALEN, где сайт-специфическая нуклеаза расщепляет указанную внегенную геномную молекулу нуклеиновой кислоты маиса;
c. введение представляющей интерес ДНК в клетку растения маиса, где указанная представляющая интерес ДНК содержит трансген;
d. нацеливание представляющей интерес ДНК в указанный внегенный локус, где расщепление указанной внегенной молекулы нуклеиновой кислоты облегчает интеграцию представляющей интерес ДНК в указанный внегенный локус; и
e. отбор трансгенных клеток растения маиса, содержащих представляющую интерес ДНК, вставленную в указанный внегенный локус, где указанным способом получают трансгенную клетку растения маиса, обладающую улучшенной экспрессией трансгена для представляющей интерес ДНК, которая вставлена.
2. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК содержит ген устойчивости к инсектициду или ген устойчивости к гербициду, ген эффективности усвоения азота, ген эффективности усвоения воды, ген пищевой ценности, ген связывающего ДНК белка или ген селективного маркера.
3. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК содержит ген устойчивости к инсектициду или ген устойчивости к гербициду.
4. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.1, где указанная сайт-специфическая нуклеаза представляет собой нуклеазу с цинковыми пальцами.
5. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.1, где указанную представляющую интерес ДНК интегрируют в указанный внегенный локус посредством способа интеграции при направляемой гомологией репарации.
6. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.1, где указанную представляющую интерес ДНК интегрируют в указанный внегенный локус посредством способа интеграции при соединении негомологичных концов.
7. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.1, где указанный выбранный внегенный локус обладает следующими характеристиками:
a. указанный внегенный локус содержит менее 1% метилирования ДНК в молекуле нуклеиновой кислоты;
b. указанный внегенный локус обладает частотой рекомбинации в геноме маиса 0,00041-62,42 сМ/млн п.о.;
c. указанный внегенный локус обладает уровнем занятости нуклеосомами в геноме маиса 0-0,962;
d. указанный внегенный локус обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой молекулой нуклеиновой кислоты 1 т.п.о., содержащейся в геноме маиса;
e. указанный внегенный локус обладает значением относительного расположения с отношением геномного расстояния от центромеры хромосомы маиса 0,00373-0,99908; и
f. указанный внегенный локус обладает процентным содержанием гуанина/цитозина в диапазоне 25,17-68,3%.
8. Способ получения трансгенной клетки растения маиса по п.7, где известная или прогнозируемая кодирующая молекула нуклеиновой кислоты маиса или молекула нуклеиновой кислоты, содержащая область 2 т.п.о. выше и 1 т.п.о. ниже известного гена, локализована в пределах 40 т.п.о. от указанного внегенного локуса.
9. Способ получения трансгенного растения маиса, включающий стадии:
I. получения трансгенной клетки растения маиса, содержащей представляющую интерес ДНК, нацеленную на одну внегенную геномную молекулу нуклеиновой кислоты маиса, где получение указанной трансгенной клетки растения маиса включает:
а. выбор внегенного геномного локуса маиса, где указанный внегенный геномный локус маиса обладает молекулой нуклеиновой кислоты с по меньшей мере 1 т.п.о. и следующими характеристиками:
i. уровень метилирования указанной внегенной молекулы нуклеиновой кислоты составляет 1% или менее;
Zea ma
ii. указанная внегенная молекула нуклеиновой кислоты обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой молекулой нуклеиновой кислоты, содержащейся в геноме ys;
iii. указанная внегенная молекула нуклеиновой кислоты расположена в пределах области 40 т.п.о. от известной или прогнозируемой экспрессируемой кодирующей молекулы нуклеиновой кислоты маиса; и
iv. указанная внегенная молекула нуклеиновой кислоты обладает частотой рекомбинации в геноме маиса более 0,00041 сМ/млн п.о.;
b. введение сайт-специфической нуклеазы в клетку растения маиса, где указанная сайт-специфическая нуклеаза выбрана из группы, состоящей из нуклеазы с цинковыми пальцами, нуклеазы CRISPR и TALEN, где сайт-специфическая нуклеаза расщепляет указанную внегенную геномную молекулу нуклеиновой кислоты маиса;
c. введение представляющей интерес ДНК в клетку растения маиса, где указанная представляющая интерес ДНК содержит трансген;
d. нацеливание представляющей интерес ДНК в указанный внегенный локус, где расщепление указанной внегенной молекулы нуклеиновой кислоты облегчает интеграцию представляющей интерес ДНК в указанный внегенный локус; и
e. отбор трансгенных клеток растения маиса, содержащих представляющую интерес ДНК, вставленную в указанный внегенный локус, где указанным способом получают трансгенную клетку растения маиса, обладающую улучшенной экспрессией трансгена для вставленной представляющей интерес ДНК; и
II. регенерации трансгенного растения маиса из указанной трансгенной клетки растения маиса, содержащей представляющую интерес ДНК, вставленную в указанный внегенный локус, причем указанный способ приводит к продукции трансгенного растения маиса, где клетки растения указанного растения маиса обладают улучшенной экспрессией трансгена для представляющей интерес ДНК.