СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ВСТРАИВАНИЯ ЭКЗОГЕННОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ В ГЕНОМ РАСТЕНИЙ

1. Клетка растения, содержащая направленную геномную модификацию одного или нескольких аллелей эндогенного гена в клетке растения, где после геномной модификации следует расщепление сайт-специфической нуклеазой, и где геномная модификация обеспечивает мутацию в эндогенном гене, так что эндогенный ген продуцирует продукт, который приводит к толерантной к гербициду клетке растения.
2. Клетка растения по п.1, где геномная модификация включает встраивание одной или нескольких экзогенных последовательностей.
3. Клетка растения по п.1, где геномная модификация включает внесение одной или нескольких инсерций-делеций, которые нарушают экспрессию эндогенного гена.
4. Клетка растения по любому из пп.1-3, где эндогенный ген с геномной модификацией кодирует белок, который сообщает толерантность к гербицидам на основе сульфонилмочевины.
5. Клетка растения по п.1-3, где эндогенный ген с геномной модификацией кодирует белок, который сообщает толерантность гербицидам на основе имидазолинона.
6. Клетка растения по п.2, где экзогенная последовательность не кодирует трансгенный селективный маркер.
7. Клетка растения по п.2, где экзогенная последовательность кодирует белок, выбранный из группы, состоящей из белка, который увеличивает выход культуры, белка, кодирующего устойчивость к заболеванию, белка, который увеличивает рост, белка, кодирующего устойчивость к насекомым, белка, кодирующего толерантность к гербицидам и их комбинации.
8. Клетка растения по п.7, где увеличенный выход культуры включает увеличения выхода плодов, выхода зерна, биомассы, содержания мякоти плода, размера, сухой массы, содержания сухого вещества, массы, интенсивности окрашивания, единообразия окрашивания, измененных химических характеристики или их комбинаций.
9. Клетка растения по любому из пп.1-8, где эндогенный ген представляет собой эндогенный ген синтазы ацетоксикислот (AHAS).
10. Клетка растения по п.2, где две или более экзогенных последовательности встроены в эндогенный ген.
11. Клетка растения по любому из пп.1-10, где клетка растения представляет собой полиплоидную клетку растения.
12. Клетка растения по любому из пп.1-11, где сайт-специфическая нуклеаза содержит ДНК-связывающий домен с цинковыми пальцами ДНК и домен расщепления FokI.
13. Клетка растения по п.12, где ДНК-связывающий домен с цинковыми пальцами кодирует белок, который связывается с участком-мишенью, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 35-56 и 263-278.
Arabidopsis
Brassica
14. Клетка растения по любому из пп.1-13, где растение выбрано из группы, состоящей из пшеницы, сои, кукурузы, картофеля, люцерны, риса, ячменя, подсолнечника, томата, , хлопка, видов  и тимофеевки луговой.
15. Растение, часть растения, семя или плод, содержащие одну или несколько клеток растения по любому из пп.1-14.
16. Клетка растения по любому из пп.1-14, дополнительно содержащая один или несколько трансгенов, встроенных в геном клетки растения, в одном или нескольких локусах, отличающихся от эндогенного гена.
17. Способ получения растительной клетки по любому из пп.1-16, причем способ включает:
экспрессию одной или нескольких сайт-специфических нуклеаз в клетке растения; и
модификацию одного или нескольких аллелей эндогенного гена в нескольких геномах полиплоидной клетки растения.
18. Способ по п.17, где эндогенный ген представляет собой ген синтазы ацетоксикислот (AHAS).
19. Способ по п.17 или 18, где модификация нарушает экспрессию эндогенного гена.
20. Способ по п.17, где модификация включает встраивание одной или нескольких экзогенных последовательностей в один или несколько аллелей эндогенного гена.
21. Растение, часть растения, семя или плод, содержащие одну или несколько клеток, продуцированных способом по любому из пп.17-20.
22. Белок с цинковыми пальцами, который связывается с участком-мишенью, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO: 35-56 и 263-278.
23. Белок с цинковыми пальцами по п.22, содержащий области распознающей спирали, показанные в одном ряду таблицы 2 или таблицы 12.
24. Способ встраивания одной или нескольких экзогенных последовательностей в геном клетки растения, причем способ включает:
a) экспрессию одной или нескольких сайт-специфических нуклеаз в клетке растения, где одна или несколько нуклеаз нацелены и расщепляют хромосомную ДНК одного или нескольких эндогенных локусов;
b) встраивание одной или нескольких экзогенных последовательностей в один или несколько эндогенных локусов в геноме клетки растения, где один или несколько эндогенных локусов модифицированы так, чтобы эндогенный ген был мутантным для экспрессии продукта, который приводит к поддающемуся селекции фенотипу в клетке растения; и
c) селекция клеток растений, которые экспрессируют поддающийся селекции фенотип, где выбирают клетки растений, которые включают одну или несколько экзогенных последовательностей.
25. Способ по п.24, где одна или несколько экзогенных последовательности выбраны из группы, состоящей из донорного полинуклеотида, трансгена или любой их комбинации.
26. Способ по п.24 или 25, где нацеливание одной или нескольких экзогенных последовательностей происходит посредством гомологичной рекомбинации или негомологичного соединения концов.
27. Способ по любому из пп.24-26, где одну или несколько экзогенных последовательностей включают одновременно или последовательно в один или несколько эндогенных локусов.
28. Способ по любому из пп.24-27, где один или несколько эндогенных локусов содержат ген синтазы ацетоксикислот (AHAS).
29. Способ по п.28, где ген AHAS расположен на геноме A, B, или D полиплодиного генома.
30. Способ по п.28, где одна или несколько экзогенных последовательностей встроены в ген AHAS.
31. Способ по п.30, где одна или несколько экзогенных последовательностей кодируют мутацию S653N AHAS.
32. Способ по п.30, где одна или несколько экзогенных последовательностей кодируют мутацию P197S AHAS.
33. Способ по любому из пп.24-32, где сайт-специфическая нуклеаза выбрана из группы, состоящей из нуклеазы с цинковыми пальцами, нуклеазы с эффекторным доменом TAL, хоминг-эндонуклеазы и нуклеазы Crispr/Cas единичной направляющей РНК-гидом.
34. Способ по п.33, где сайт-специфическая нуклеаза содержит ДНК-связывающий домен с цинковыми пальцами и домен расщепления FokI.
35. Способ по любому из пп.24-34, где одна или несколько экзогенных последовательностей кодируют трансген или продуцируют молекулу РНК.
36. Способ по п.35, где трансген кодирует белок, выбранный из группы, состоящей из белка, который повышает выход культуры, белка, кодирующего устойчивость к заболеванию, белка, который увеличивает рост, белка, кодирующего устойчивость к насекомым, белка, кодирующего толерантность к гербицидам и их комбинации.
37. Способ по п.35 или 36, где встраивание трансгена дополнительно включает внесение одной или нескольких инсерций-делеций, которые нарушают экспрессию одного или нескольких эндогенных локусов и обеспечивают поддающийся селекции фенотип.
38. Способ по любому из пп.24-37, причем способ дополнительно включает стадии;
d) культивирования выбранных клеток растений, содержащих одну или несколько экзогенных последовательностей; и
e) получения целого растения, содержащего одну или несколько экзогенных последовательностей, встроенных в один или несколько эндогенных локусов генома растения.
39. Способ по любому из пп.24-38, где для селекции клеток растений используют агент селекции, включающий агент селекции на основе имидазолинона или сульфонилмочевина.
40. Способ по п.38, где целое растение, содержащее одну или несколько экзогенных последовательностей, встроенных в один или несколько эндогенных локусов генома растения, далее модифицировано включением дополнительной экзогенной последовательности в эндогенные локусы генома растения.
41. Способ по п.38, где одна или несколько экзогенных последовательностей не кодируют трансгенный селективный маркер.