СПОСОБ ПРОГНОЗА ДЛЯ ИНДИВИДУУМОВ С РАКОМ ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

1. Способ на основе составленной с избыточностью комбинации данных для оценки необходимости активного лечения для индивидуума с диагнозом рак предстательной железы, включающий этапы:
1) получения у указанного индивидуума по меньшей мере одного биологического образца;
2) анализа в указанном биологическом образце категории SNP, ассоциированных с РСа, (SNPpc), посредством определения присутствия или отсутствия каждого из множества SNPpc;
3) комбинирования данных, относящихся к указанной категории SNPpc с получением комбинированного значения для SNPpc, где способ при получении комбинированного значения для SNPpc позволяет пренебречь подмножеством по меньшей мере из 5% SNPpc из категории SNPpc;
4) определения корреляции указанного комбинированного значения для SNPpc с вероятностью необходимости активного лечения для индивидуума посредством сравнения комбинированного значения для SNPpc с предопределенным пороговым значением, установленным с использованием контрольных образцов, где у индивидуумов, у которых получены контрольные образцы, известны необходимость активного лечения или отсутствие необходимости в активном лечении.
2. Способ по п. 1, где SNPpc включают по меньшей мере два из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942; rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий анализ в указанном биологическом образце категории биомаркеров РСа посредством определения присутствия или концентрации каждого из множества биомаркеров РСа из указанной категории биомаркеров РСа; комбинирование данных, относящихся к указанной категории биомаркеров РСа, с получением комбинированного значения для биомаркеров; комбинирование комбинированного значения для биомаркеров и комбинированного значения для SNPpc с получением общего комбинированного значения; и определение корреляции указанного общего комбинированного значения с вероятностью необходимости активного лечения для индивидуума посредством сравнения общего комбинированного значения с предопределенным значением, установленным с использованием контрольных образцов, где у индивидуумов, у которых получены контрольные образцы, известны необходимость активного лечения или отсутствие необходимости в активном лечении.
4. Способ по п. 3, включающий определение присутствия или концентрации по меньшей мере частично избыточных биомаркеров РСа, где по меньшей мере один, например, два биомаркера РСа выбраны из группы, состоящей из (i) PSA, (ii) общего PSA (tPSA), (iii) интактного PSA (iPSA), (iv) свободного PSA (fPSA) и (v) hK2.
5. Способ по п. 4, где способ при получении указанного комбинированного значения для биомаркеров позволяет пренебречь подмножеством по меньшей мере из одного из указанных биомаркеров РСа (i)-(v) из категории биомаркеров РСа, таким как подмножество из одного, двух, трех или четырех из указанных биомаркеров РСа (i)-(v).
6. Способ по п. 1, где способ при получении комбинированного значения для SNPpc позволяет пренебречь по меньшей мере 10%, например, 15%, например, 20%, например, 30% SNPpc из категории SNPpc.
7. Способ по п. 1, где указанные данные, относящиеся к указанной категории SNPpc, комбинируют в соответствии с предопределенным уравнением с получением указанного комбинированного значения для SNPpc.
8. Способ по п. 3, где указанные данные, относящиеся к указанной категории биомаркеров РСа, комбинируют в соответствии с предопределенным уравнением с получением указанного комбинированного значения для биомаркеров.
9. Способ по п. 3, где указанное комбинированное значение для биомаркеров и указанное комбинированное значение для SNPpc комбинируют в соответствии с предопределенным уравнением с получением указанного общего комбинированного значения.
10. Способ по п. 1, дополнительно включающий рекомендацию индивидууму активного лечения, если комбинированное значение для SNPpc или общее комбинированное значение превышают пороговое значение.
11. Способ по п. 3, дополнительно включающий анализ в указанном биологическом образце категории SNP, ассоциированных с концентрацией биомаркеров РСа, (SNPbm), посредством определения присутствия или отсутствия по меньшей мере одного SNPbm; посредством комбинации данных, относящихся к указанным SNPbm, с получением комбинированного значения для SNPbm и включения комбинированного значения для SNPbm в общее комбинированное значение.
12. Способ по п. 11, где SNPbm включает по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774, rs1227732, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
13. Способ по п. 3, дополнительно включающий анализ в указанном биологическом образце категории SNP, ассоциированных с индексом массы тела указанного индивидуума, (SNPbmi), посредством определения присутствия или отсутствия по меньшей мере одного SNPbmi; посредством комбинации данных, относящихся к указанной категории SNPbmi, с получением комбинированного значения для SNPbmi и включением указанного комбинированного значения для SNPbmi в общее комбинированное значение.
14. Способ по п. 13, где SNPbmi включает по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
15. Способ по п. 1, дополнительно включающий сбор у указанного индивидуума семейного анамнеза в отношении РСа, истории лечения и данных физического обследования; где указанный семейный анамнез, историю лечения и/или данные физического обследования включают в общее комбинированное значение.
16. Способ по п. 3, дополнительно включающий анализ дополнительной категории биомаркеров РСа посредством определения присутствия или концентрации одного или каждого из множества биомаркеров РСа из указанной дополнительной категории биомаркеров; комбинации данных, относящихся к указанной дополнительной категории биомаркеров РСа, с получением дополнительного комбинированного значения для биомаркеров для указанной дополнительной категории биомаркеров РСа и включением указанного дополнительного комбинированного значения для биомаркеров в общее комбинированное значение; где комбинация данных для получения дополнительного комбинированного значения для биомаркеров составлена с избыточностью, где дополнительная категория биомаркеров РСа содержит более одного биомаркера РСа.
17. Способ по п. 16, где дополнительная категория биомаркеров РСа содержит биомаркер MIC-1 и необязательно другие родственные MIC-1 биомаркеры или биомаркер MSMB и необязательно другие родственные MSMB биомаркеры.
18. Способ по п. 1, где указанный биологический образец представляет собой образец крови.
19. Способ по п. 11, где общее комбинированное значение рассчитывают способом, в котором используют неаддитивный эффект SNPbm и соответствующей концентрации биомаркеров РСа.
20. Способ по п. 1, где определение присутствия или отсутствия указанных SNP проводят с использованием масс-спектрометрии MALDI.
21. Способ по п. 10, где определение присутствия или концентрации указанных биомаркеров РСа проводят с использованием технологии микропанелей.
22. Способ по любому из пп. 1-21, где определение присутствия или отсутствия SNP включает определение количества аллелей указанного SNP.
23. Устройство для анализа для проведения этапа 2 по п. 1, содержащее твердую фазу с категорией иммобилизованных на ней лигандов, которая специфически связывается с SNPpc и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества SNPpc, таких как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 или rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
24. Устройство для анализа по п. 23 для проведения способа по п. 3, где твердая фаза дополнительно содержит вторую категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с биомаркером РСа, и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества биомаркеров РСа, таких как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2 и необязательно MSMB и/или MIC-1.
25. Устройство для анализа по п. 23 для проведения способа по п. 11, где твердая фаза дополнительно содержит третью категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbm, такими как по меньшей мере один из rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
26. Устройство для анализа по любому из пп. 23-25 для проведения способа по п. 13, где твердая фаза дополнительно содержит четвертую категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbmi, такими как по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
27. Набор для тестирования для проведения этапа 2 по п. 1, содержащий устройство для анализа по п. 23 и категорию детектирующих молекул, способных к детекции SNPpc, таких как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 или rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
28. Набор для тестирования по п. 27, содержащий устройство для анализа по п. 24 и вторую категорию детектирующих молекул, способных к детекции биомаркеров РСа, таких как по меньшей мере один из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2 и необязательно MSMB и/или MIC-1.
29. Набор для тестирования по п. 27, содержащий устройство для анализа по п. 25 и третью категорию детектирующих молекул, способных к детекции SNPbm, таких как по меньшей мере один из rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
30. Набор для тестирования по любому из пп. 27-29, содержащий устройство для анализа по п. 26 и четвертую категорию детектирующих молекул, способных к детекции SNPbmi, таких как по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
31. Устройство для анализа, содержащее твердую фазу с иммобилизованной на ней категории лигандов, которая специфически связывается с SNPpc и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества различных SNPpc, выбранных по меньшей мере из одного из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 или rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
32. Устройство для анализа по п. 31, где твердая фаза дополнительно содержит вторую категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с биомаркерами РСа и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества различных биомаркеров РСа, выбранных по меньшей мере из одного из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2 и необязательно MSMB и/или MIC-1.
33. Устройство для анализа по п. 31, где твердая фаза дополнительно содержит третью категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbm и включает один или множество различных лигандов, специфически связывающихся с одним или каждым из множества из SNPbm, выбранных по меньшей мере из одного из rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
34. Устройство для анализа по любому из пп. 31-33, где твердая фаза дополнительно содержит четвертую категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbmi и включает один или множество различных лигандов, специфически связывающихся с одним или каждым из множества различных SNPbmi, выбранных по меньшей мере из одного из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
35. Компьютерный программный продукт, непосредственно загружаемый во внутреннюю память цифрового компьютера, характеризующийся тем, что указанный продукт содержит средства программного кода для выполнения по меньшей мере этапов 3 и 4 по п. 1, таких как этапы 1-4 по п. 1.
36. Компьютерный программный продукт по п. 35, дополнительно включающий средства программного кода для проведения способа по п. 3.
37. Компьютерный программный продукт по п. 35, дополнительно включающий средства программного кода для проведения способа по п. 11.
38. Компьютерный программный продукт по любому из пп. 35-37, дополнительно включающий средства программного кода для проведения способа по п. 13.
39. Устройство, содержащее устройство для анализа по п. 31 и компьютерный программный продукт по п. 35, или устройство для анализа по п. 32 и компьютерный программный продукт по п. 36, или устройство для анализа по п. 33 и компьютерный программный продукт по п. 37, или устройство для анализа по п. 34 и компьютерный программный продукт по п. 38.