УЛУЧШЕННЫЙ СПОСОБ И НАБОР ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ТЯЖЕСТИ И ПРОГРЕССИРОВАНИЯ ПЕРИОДОНТАЛЬНОГО ЗАБОЛЕВАНИЯ

1. Способ, определения предрасположенности пациента к тяжелому периодонтальному заболеванию и/или к высокому риску прогрессирования периодонтального заболевания, включающий следующие стадии:
(i) получения биологического образца из пациента, который не страдает тяжелым периодонтальным заболеванием;
(ii) выделения образца нуклеиновой кислоты из указанного биологического образца;
(iii) контактирования указанного образца нуклеиновой кислоты с олигонуклеотидными праймерами, которые гибридизуются 5' и 3' с каждым из следующих однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в гене IL1B: IL1B (rs16944; C/T), IL1B (rs1143623; G/C) и IL1B (rs4848306; C/T);
(iv) амплификации нуклеиновой кислоты в указанном образце нуклеиновой кислоты с указанными олигонуклеотидными праймерами для получения одного или более амплифицированных фрагментов, где каждый из указанных SNP включен в по меньшей мере один из указанных одного или более амплифицированных фрагментов;
(v) обнаружения количества копий аллеля 1 и аллеля 2 каждого из указанных SNP в указанных одном иди более амплифицированных фрагментов, где в результате указанного обнаружения присутствие одного из следующих составных генотипов обнаруживается в указанном пациенте:
a) одной копии аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), одной копии аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
b) двух копий аллеля 2 (T) IL1B (rs16944; C/T), одной копии аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C), и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
c) двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
d) одной копии аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
e) двух копий аллеля 2 (Т) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T).
2. Способ по п. 1, где указанный пациент представляет собой курильщика.
3. Способ по п. 1, где указанная амплификация на стадии (iv) включает полимеразную реакцию.
4. Способ по п. 3, где полимеразная реакция представляет собой ПЦР.
5. Способ по п. 1, где по меньшей мере один из указанных олигонуклеотидных праймеров стадии (iii) представляет собой меченный олигонуклеотидный праймер.
6. Способ по п. 5, где указанный меченный олигонуклеотидный праймер содержит радиоактивную метку, фермент, флуоресцентное соединение, стрептавидин, авидин, биотин, магнитную частицу, антиген или фрагмент антитела.
7. Способ по п. 1, где обнаружение на стадии (v) включает применение по меньшей мере одного аллель-специфичного олигонуклеотида.
8. Способ по п. 7, где указанный аллель-специфичный олигонуклеотид содержит радиоактивную метку, фермент, флуоресцентное соединение, стрептавидин, авидин, биотин, магнитную частицу, антиген или фрагмент антитела.
9. Способ по п. 1, где способ включает применение анализ TaqMan.
10. Способ по п. 1, где биологический образец выбирают из группы, состоящей из слюны, буккальных клеток, крови, образцов тканей или мочи.
11. Способ, определения предрасположенности пациента к тяжелому периодонтальному заболеванию и/или к высокому риску прогрессирования периодонтального заболевания, включающий следующие стадии:
(i) выделения образца нуклеиновой кислоты из биологического образца, полученного из указанного пациента:
(ii) контактирования образца нуклеиновой кислоты с одним или более праймеров, которые специфично гибридизуются 5' и 3' с по меньшей мере одним аллелем гаплотипа локуса IL1B, содержащего однонуклеотидный полиморфизм (SNP) IL1B (rs16944; C/T), IL1B (rs1143623; G/C) и IL1B (rs4848306; C/T);
(iii) обнаружения количества копий аллеля 1 и аллеля 2 каждого из указанных SNPs IL1B (rs16944; C/T), IL1B (rs1143623; G/C) и IL1B (rs4848306; C/T) стадии (ii);
(iv) присвоения составного генотипа пациенту на основании паттерна аллелей, обнаруженных на стадии (iii); и
(v) сравнения указанного составного генотипа с эталонным составным генотипом, где идентичность указанного составного генотипа с указанным эталонным генотипом указывает на предрасположенность указанного пациента к тяжелому периодонтальному заболеванию и/или к высокому риску прогрессирования периодонтального заболевания, где указанный эталонный составной генотип выбран из группы, состоящей из:
a) одной копии аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), одной копии аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
b) двух копий аллеля 2 (T) IL1B (rs16944; C/T), одной копии аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C), и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
c) двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
d) одной копии аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
e) двух копий аллеля 2 (Т) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T).
12. Способ по п. 11, где биологический образец выбирают из группы, состоящей из слюны, буккальных клеток, крови, образцов тканей или мочи.
13. Тестовый набор для определения предрасположенности пациента к тяжелому периодонтальному заболеванию и/или к высокому риску прогрессирования периодонтального заболевания, содержащий:
(i) один или более праймеров для определения количества копий по меньшей мере одного аллеля каждого из однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) IL1B, содержащих IL1B (rs16944; C/T), IL1B (rs1143623; G/C) и IL1B (rs4848306; C/T);
(ii) контрольный образец в качестве эталона, где контрольный образец включает эталонный составной генотип, где указанный эталонный составной генотип выбран из группы, состоящей из:
a) одной копии аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), одной копии аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
b) двух копий аллеля 2 (T) IL1B (rs16944; C/T), одной копии аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C), и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
c) двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
d) одной копии аллеля 1 (С) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T);
e) двух копий аллеля 2 (Т) IL1B (rs16944; C/T), двух копий аллеля 1 (G) IL1B (rs1143623; G/C) и двух копий аллеля 1 (С) IL1B (rs4848306; C/T); и
(iii) инструкции, где указанные инструкции обеспечивают способ по п. 1 или 11 для определения предрасположенности пациента к тяжелому периодонтальному заболеванию и/или к высокому риску прогрессирования периодонтального заболевания, где указанный пациент имеет составной генотип.