СПОСОБЫ УЛУЧШЕНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ БЕЛКОВ

1. Способ получения по меньшей мере одного варианта белка с улучшенной эффективностью в сравнении с исходным белком, предусматривающий модификацию по меньшей мере одного аминокислотного остатка в одном или нескольких положениях в указанном исходном белке для получения по меньшей мере одного варианта белка, имеющего более положительный, более отрицательный, менее положительный или менее отрицательный заряд в сравнении с исходным белком.
2. Способ по п.1, где указанная модификация включает замену, добавление и/или делецию.
3. Способ по п.1, где указанная модификация включает химическую модификацию.
4. Способ по п.1, где указанным белком является фермент.
5. Способ по п.4, где указанный фермент является протеазой, амилазой, целлюлазой, полиэстеразой, эстеразой, липазой, кутиназой, пектиназой, оксидазой, трансферазой, алкалазой или каталазой.
6. Способ по п.5, где указанная протеаза является сериновой протеазой или нейтральной металлопротеазой.
7. Способ по п.1, где эффективность указанного по меньшей мере одного варианта белка оценивают с использованием по меньшей мере одного представляющего интерес теста.
8. Способ по п.7, где указанный по меньшей мере один представляющий интерес тест предусматривает измерение связывания субстрата, ингибирования фермента, уровней экспрессии, стабильности в детергенте, термостабильности, скорости реакции, степени реакции, термальной активности, разжижения крахмала, гидролиза сложных эфиров, ферментативного отбеливания, моющей эффективности, деградации биомассы, растворимости, стабильности к хелаторам и/или осахаривания.
9. Способ по п.8, где указанный по меньшей мере один вариант белка проявляет улучшенную эффективность по меньшей мере в одном указанном представляющем интерес тесте в сравнении с указанным исходным белком.
10. Способ получения по меньшей мере одного варианта фермента с улучшенной моющей эффективностью в сравнении с исходным ферментом, предусматривающий модификацию по меньшей мере одного аминокислотного остатка в одном или нескольких положениях в указанном исходном ферменте для получения указанного по меньшей мере одного варианта фермента, имеющего более положительный, более отрицательный, менее положительный или менее отрицательный заряд в сравнении с исходным ферментом.
11. Способ по п.10, где указанная модификация включает замену, добавление и/или делецию.
12. Способ по п.10, где указанная модификация включает химическую модификацию.
13. Способ по п.10, дополнительно предусматривающий: тестирование моющей эффективности указанного варианта фермента и указанного исходного фермента для получения показателей эффективности для указанных вариантов фермента и указанного исходного фермента.
14. Способ по п.13, где указанный показатель эффективности указанного варианта фермента имеет величину, большую, чем 1,0, а моющая эффективность исходного фермента имеет показатель эффективности 1,0.
15. Способ по п.10, дополнительно предусматривающий: получение вариантного фермента, имеющего улучшенную моющую эффективность.
16. Способ по п.10, где указанный фермент является протеазой, амилазой, целлюлазой, полиэстеразой, эстеразой, липазой, кутиназой, пектиназой, оксидазой, трансферазой, алкалазой или каталазой.
17. Способ по п.16, где указанная протеаза является сериновой протеазой или нейтральной металлопротеазой.
18. Способ по п.17, где указанная протеаза является протеазой Bacillus.
19. Способ по п.13, где указанную моющую эффективность тестируют в порошкообразной или жидкой детергентной композиции, имеющей рН между 5 и 12,0.
20. Способ по п.13, где указанную моющую эффективность тестируют в жидком детергенте для стирки, имеющем основный рН.
21. Способ по п.13, где указанную моющую эффективность тестируют в жидком детергенте для холодной воды, имеющем основный рН.
22. Способ по п.10, где замены находятся в положениях в указанном исходном ферменте, имеющих доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем 25%.
23. Способ по п.10, где замены находятся в положениях в исходном ферменте, имеющих доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем приблизительно 50%, или большую, чем приблизительно 65%.
24. Способ получения вариантов фермента с улучшенной моющей эффективностью в сравнении с исходным ферментом, предусматривающий:
а) модификацию по меньшей мере одного аминокислотного остатка в одном или нескольких положениях в исходном ферменте для получения первого варианта фермента, имеющего более положительный, более отрицательный, менее положительный или менее отрицательный заряд в сравнении с исходным ферментом; и
b) модификацию по меньшей мере одного аминокислотного остатка в одном или нескольких положениях в исходном ферменте для получения второго варианта фермента, имеющего более положительный, более отрицательный, менее положительный или менее отрицательный заряд в сравнении с исходным ферментом.
25. Способ по п.24, где указанная модификация включает замену, добавление и/или делецию.
26. Способ по п.24, где указанная модификация включает химическую модификацию.
27. Способ по п.24, где указанные стадии повторяют для получения множества вариантов фермента.
28. Способ по п.24, где указанный исходный фермент является протеазой, амилазой, целлюлазой, полиэстеразой, эстеразой, липазой, кутиназой, пектиназой, оксидазой, трансферазой, алкалазой или каталазой.
29. Способ по п.28, где указанная протеаза является нейтральной металлопротеазой или сериновой протеазой.
30. Способ по п.24, где указанным исходным ферментом является протеаза Bacillus.
31. Способ по п.24, дополнительно предусматривающий: тестирование моющей эффективности вариантных ферментов и исходного фермента и сравнение способности указанного исходного фермента и указанных вариантных ферментов удалять пятно в указанном тесте моющей эффективности, причем моющая эффективность указанного исходного фермента принимается за величину 1,0, а вариантный фермент с улучшенной моющей эффективностью достигает величины, большей, чем 1,0.
32. Способ по п.31, дополнительно предусматривающий получение вариантного фермента, имеющего улучшенную моющую эффективность в сравнении с исходным ферментом.
33. Способ по п.32, где указанным исходным ферментом является сериновая протеаза.
34. Способ по п.33, где указанной сериновой протеазой является сериновая протеаза Bacillus или сериновая протеаза Cellulomonas.
35. Способ по п.31, где указанную моющую эффективность тестируют в порошкообразной или жидкой детергентной композиции, имеющей рН между 5 и 12,0.
36. Способ по п.31, где указанную моющую эффективность тестируют в жидком детергенте для стирки, имеющем основный рН.
37. Способ по п.31, где указанную моющую эффективность тестируют в жидком детергенте для холодной воды, имеющем основный рН.
38. Способ по п.25, где указанные замены находятся в положениях в указанном исходном ферменте, имеющих доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем приблизительно 25%.
39. Способ по п.38, где указанные замены находятся в положениях в исходном ферменте, имеющих доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем приблизительно 50%, или большую, чем приблизительно 65%.
40. Способ по п.25, где по меньшей мере один кислый аминокислотный остаток заменен по меньшей мере одним основным аминокислотным остатком.
41. Способ по п.25, где по меньшей мере один кислый аминокислотный остаток заменен по меньшей мере одним нейтральным аминокислотным остатком.
42. Способ по п.25, где по меньшей мере один нейтральный аминокислотный остаток заменен по меньшей мере одним основным аминокислотным остатком.
43. Способ по п.25, где по меньшей мере один основный аминокислотный остаток заменен по меньшей мере одним кислым аминокислотным остатком.
44. Способ по п.25, где по меньшей мере один основный аминокислотный остаток заменен по меньшей мере одним нейтральным аминокислотным остатком.
45. Способ по п.25, где по меньшей мере один нейтральный аминокислотный остаток заменен по меньшей мере одним кислым аминокислотным остатком.
46. Способ по п.25, где по меньшей мере один нейтральный аминокислотный остаток в указанном исходном ферменте заменен по меньшей мере одним нейтральным аминокислотным остатком с получением варианта фермента, имеющего один и тот же заряд в сравнении с исходным ферментом.
47. Способ получения по меньшей мере одного варианта белка с улучшенной эффективностью в сравнении с исходным белком, предусматривающий модификацию по меньшей мере одного аминокислотного остатка в одном или нескольких положениях в указанном исходном белке для получения по меньшей мере одного варианта белка, имеющего более положительный, более отрицательный, менее положительный или менее отрицательный заряд в сравнении с указанным исходным белком, причем указанные одно или несколько положений имеют доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем приблизительно 25%.
48. Способ по п.47, где указанные одно или несколько положений не являются консервативными в выравниваниях аминокислот гомологичных белковых последовательностей, содержащих указанный исходный белок и по меньшей мере один дополнительный белок.
49. Способ по п.47, где указанный исходный белок является ферментом.
50. Способ по п.49, где указанный фермент является протеазой, амилазой, целлюлазой, полиэстеразой, эстеразой, липазой, кутиназой, пектиназой, оксидазой, трансферазой, алкалазой или каталазой.
51. Способ по п.47, где указанная улучшенная эффективность включает увеличение одного или нескольких свойств, выбранных из связывания субстрата, ингибирования фермента, экспрессии, стабильности в детергенте, термостабильности, скорости реакции, степени реакции, термальной активности, разжижения крахмала, деградации биомассы, осахаривания, гидролиза сложных эфиров, ферментативного отбеливания, моющей эффективности, растворимости, стабильности к хелаторам и/или модификации текстиля.
52. Способ по п.47, где указанная модификация включает замену, добавление и/или делецию.
53. Способ по п.47, где указанная модификация включает химическую модификацию.
54. Способ по п.52, где указанная по меньшей мере одна замена включает изменение суммарного заряда 0, -1 или -2 относительно исходного белка.
55. Способ по п.52, где указанная по меньшей мере одна замена включает изменение суммарного заряда +1 или +2 относительно исходного белка.
56. Способ по п.52, где по меньшей мере одна из указанных замен в указанном исходном белке включает изменение суммарного заряда 0, -1 или -2, причем по меньшей мере одна дополнительная замена в указанном исходном белке включает изменение заряда +1 или +2 относительно указанного исходного белка.
57. Способ по п.52, где указанный вариант белка имеет изменение суммарного заряда +1 или +2 относительно исходного белка.
58. Способ по п.52, где указанный вариант белка имеет изменение суммарного заряда 0, -1 или -2 относительно исходного белка.
59. Способ по п.52, где указанные замены находятся в положениях в исходном ферменте, имеющих доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем приблизительно 50%.
60. Способ по п.52, где замены находятся в положениях в исходном ферменте, имеющих доступную для растворителя поверхность (SAS), большую, чем приблизительно 65%.