ПРОЦЕСС И СПОСОБ МОНИТОРИНГА ЖЕЛУДОЧНО-КИШЕЧНОЙ МИКРОФЛОРЫ

1. Способ мониторинга микрофлоры желудочно-кишечного тракта человека, включающий стадии;
идентификации универсальных праймеров PCR для группировки микробных оперативных таксономических единиц, и
применения универсальных праймеров PCR к образцу, полученному из желудочно-кишечного тракта, для получения продуктов PCR размером 500-1500 п.о.
2. Способ по п.1, где универсальные праймеры PCR специфичны для бактериальных оперативных таксономических единиц и содержат любые из последовательностей SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2 и SEQ ID NO:54 - SEQ ID NO:55.
3. Способ по п.1, где универсальные праймеры PCR специфичны для оперативных таксономических единиц грибков и дрожжей и содержат любые из последовательностей SEQ ID NO:82-SEQ ID NO:83 и SEQ ID NO:92 - SEQ ID NO:93.
4. Способ по п.1, где универсальные праймеры PCR специфичны для оперативных таксономических единиц паразитических простейших и червей и содержат любые из последовательностей SEQ ID NO:92 - SEQ ID NO:93.
5. Способ по пп.2, 3 или 4, в котором получают и описывают качественные или количественные данные о специфических последовательностях микробной ДНК путем анализа последовательностей ДНК специфических микробных оперативных таксономических единиц с помощью молекулярных методов, где указанные методы включают гибридизацию ДНК, ДНК-чипы, секвенирование ДНК, PCR-чипы и множественную PCR.
6. Способ по п.5, где олигонуклеотидные зонды содержат любые из последовательностей SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:309 для дифференциации микробов, локализованных во внутренних последовательностях специфической оперативной таксономической единицы.
7. Способ мониторинга микроорганизмов, которые являются нормальными и/или патогенными для экосистемы, включающий: а) обеспечение i) способа для одновременного сбора и инактивации роста микробов в каловом материале, ii) способа экстракции ДНК из калового материала, пригодной для чувствительного анализа нуклеиновых кислот, и iii) способа концентрирования микробных нуклеиновых кислот-мишеней; b) обеспечение способа специфической идентификации и количественного анализа последовательностей нуклеиновых кислот, специфичных для микроорганизма на уровне рода или вида.
8. Способ по п.7, где представляющая интерес экосистема включает желудочно-кишечный тракт человека.
9. Способ по п.8, где каловый материал собирают в среду, содержащую 0,1-50% формалина.
10. Способ по п.9, где нуклеиновая кислота-мишень представляет собой ДНК.
11. Способ обнаружения видов микробов в образце, включающий стадии:
(а) лизиса клеток в указанном образце для высвобождения геномной ДНК;
(b) контактирования геномной ДНК со стадии (a) с парой праймеров, содержащей любые из последовательностей SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:309 для дифференцировки микробов, локализованных во внутренних последовательностях специфической оперативной таксономической единицы;
(c) амплификации микробной ДНК для получения продукта амплификации; и
(d) обнаружения указанного продукта амплификации,
где присутствие указанного продукта означает присутствие видов микробов в указанном образце, а отсутствие указанного продукта означает отсутствие видов микробов в указанном образце.
12. Способ по п.11, далее включающий количественный анализ уровня видов микробов в образце, включающий стадии:
количественного анализа уровня указанного продукта амплификации по сравнению с по меньшей мере одним эталоном,
где уровень указанного продукта амплификации является показателем уровня указанных видов микробов.