БИОМАРКЕРЫ ИНФЕКЦИИ, ВЫЗЫВАЕМОЙ ВИРУСОМ ГЕПАТИТА С

1. Способ оценки индивида, включающий:
проведение оценки экспрессии генов в характерном наборе генов у индивида, причем характерный набор имеет следующие свойства:
включает множество генов, каждый из которых по-разному экспрессируется у инфицированного вирусом индивида и у неинфицированного индивида,
содержит достаточное число по-разному экспрессирующихся генов, так что указанная отличающаяся экспрессия каждого из генов в характерном наборе у индивида прогнозирует инфекцию не более чем приблизительно с 15% ложноположительных результатов; и
проведение сравнения экспрессии каждого из генов в наборе у индивида со стандартной величиной, что обеспечивает оценку индивида.
2. Способ по п.1, в котором сравнение включает сравнение экспрессии у индивида с неинфицированным стандартом и в котором если экспрессия каждого гена характерного набора генов отличается, то это указывает на первое состояние, и если экспрессия отличается не у всех генов в характерном наборе, то это указывает на второе состояние.
3. Способ по п.2, в котором первое состояние включает инфекцию или значительную вероятность инфекции.
4. Способ по п.2, в котором второе состояние включает отсутствие инфекции или меньшую вероятность инфекции.
5. Способ по п.1, в котором стандартом является величина экспрессии одного или нескольких неинфицированных индивидов.
6. Способ по п.1, в котором сравнение включает сравнение экспрессии у индивида с инфицированным стандартом и в котором если экспрессия каждого из генов в характерном наборе генов не отличается, то это указывает на первое состояние, и если экспрессия отличается не для всех генов в характерном наборе, то это указывает на второе состояние.
7. Способ по п.6, в котором первое состояние включает инфекцию или значительную вероятность инфекции.
8. Способ по п.6, в котором второе состояние включает отсутствие инфекции или меньшую вероятность инфекции.
9. Способ по п.6, в котором стандартом является величина экспрессии одного или нескольких неинфицированных индивидов.
10. Способ по п.1, в котором оценивают периферическую кровь от индивида.
11. Способ по п.1, в котором оценку осуществляют перед введением ингибитора вирусной протеиназы индивиду.
12. Способ по п.11, в котором ингибитор представляет собой VX-950, SCH-503034 или BILN-261 (цилупревир).
13. Способ по п.1, в котором оценку осуществляют во время курса или после курса лечения ингибитором вирусной протеиназы индивиду.
14. Способ по п.13, в котором ингибитор представляет собой VX-950, SCH-503034 или BILN-261 (цилупревир).
15. Способ по п.1, включающий определение уровня экспрессии генов после введения для интерферончувствительного гена (ISG) у индивида с получением величины, определенной после введения; и
сравнение величины, определенной после введения, со стандартной величиной, в результате чего осуществляется оценка индивида.
16. Способ по п.15, в котором стандартная величина включает уровень экспрессии ISG перед проведением противовирусного лечения.
17. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает множество генов, связанных с инфекцией вирусом гепатита С (HCV).
18. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает по меньшей мере приблизительно 10% генов, перечисленных в таблице 2.
19. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает ген одной или нескольких следующих категорий: физиологические процессы организма; иммунный ответ; защитный ответ; ответ на биотический раздражитель; ответ на раздражитель; ответ на стресс; ответ на вредителя, на патоген или на паразита или ответ на вирус.
20. Способ по п.1, в котором характерный набор генов включает один или несколько интерферончувствительных генов (ISG).
21. Способ по п.20, в котором ISG выбран из группы, состоящей из IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
22. Способ по п.20, в котором характерный набор генов включает по меньшей мере 1 из GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
23. Способ оценки эффективности лечения инфекции HCV у индивида, включающий:
введение лекарственного средства;
осуществление оценки по п.1,
в результате чего оценивается эффективность лечения.
24. Способ оценки эффективности лекарственного средства для лечения инфекции HCV у индивида, включающий:
определение первого уровня экспрессии генов, связанных с инфекцией HCV, у индивида в первую временную точку;
определение второго уровня экспрессии генов у индивида во вторую временную точку и
сравнение первого и второго уровней экспрессии генов, в котором устойчивые уровни между первой и второй временными точками указывают на эффективность лекарственного средства.
25. Способ по п.24, в котором сравнение первого и второго уровней экспрессии генов включает сравнение уровней одного или нескольких интерферончувствительных генов (ISG).
26. Способ по п.25, в котором ISG выбран из группы, состоящей из IFIT1, RSAD2, IFIT2, IFI16, IFI44, IFIT2, IFIT5, PLSCR1, IFIT3, IFI35, IFITM1, IFITM3, IFI30, IFITM1, IFITM2, GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
27. Способ по п.25, в котором сравнивают первый и второй уровни по меньшей мере 1 из GIP2, OAS3, IFIT3, MX1, IFIL44L, PLSCR1, IFI27, IFIT2A, PRSAD или IFITA.
28. Способ оценки эффективности лекарственного средства для лечения инфекции HCV у индивида, включающий:
определение первого уровня экспрессии генов, связанных с инфекцией HCV, у индивида в первую временную точку;
определение второго уровня экспрессии генов у индивида во вторую временную точку и
сравнение первого и второго уровней экспрессии генов с контрольным уровнем экспрессии генов, при котором небольшая разница между вторым уровнем и контрольным уровнем по сравнению с разницей между первым уровнем и контрольным уровнем является показателем эффективности лекарственного средства.
29. Способ по п.28, в котором экспрессию генов, связанных с инфекцией HCV, определяют для множества генов, перечисленных в таблице 2.
30. Способ по п.29, в котором множество включает по меньшей мере приблизительно 10% генов, перечисленных в таблице 2.