АНТИТЕЛА ПРОТИВ СИГНАЛ-РЕГУЛЯТОРНОГО БЕЛКА АЛЬФА И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, причем антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба.
2. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVLVA AGETATLRCTATSLI PVGPIQWFRGAGPGRE LIYNQKEGHFPRVTTV SDLTKRNNMDFSIRIG NITPADAGTYYCVKF RKGSPDDVEFKSGA GTELSVRAKPS (SEQ ID NO:5).
3. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVS VAAGESAILHCTVTSL IPVGPIQWFRGAGPAR ELIYNQKEGHFPRVT TVSESTKRENMDFSIS ISNITPADAGTYYCVK FRKGSPDTEF KSGAGTELSVRAKPS (SEQ ID NO:6).
4. Антитело по любому из пп. 1–3, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVLV AAGETATLRCTATSL IPVGPIQWFRGAGPG RELIYNQKEGHFPRV TTVSDLTKRNNMDFS IRIGNITPADAGTYY CVKFRKGSPDDVEFK SGAGTELSVRAKPS (SEQ ID NO:5), и связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVS VAAGESAILHCTVT SLTPVGPIQWFRGA GPARELIYNQKEGH FPRVTTVSESTKRE NMDFSISISNITPA DAGTYYCVKFRKGS PDTEFKSGAGTEL SVRAKPS (SEQ ID NO:6).
5. Антитело по любому из пп. 1–4, связывающее внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α.
6. Антитело по п. 5, причем обезьяний полипептид SIRP–α представляет собой полипептид SIRP–α яванского макака.
7. Антитело по п. 5 или 6, связывающее внеклеточные домены по меньшей мере двух разных обезьяньих вариантных полипептидов SIRP–α.
8. Антитело по п. 6 или 7, связывающее внеклеточный домен полипептида SIRP–α яванского макака, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 11, внеклеточный домен полипептида SIRP–α яванского макака, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 12, или их оба.
9. Антитело по любому из пп. 1–8, связывающее внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α.
10. Антитело по п. 9, связывающее внеклеточные домены двух или более разных мышиных вариантных полипептидов SIRP–α.
11. Антитело по п. 9 или 10, связывающее внеклеточный домен одного или более мышиных полипептидов SIRP–α и при этом каждый из одного или более мышиных полипептидов SIRP–α содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7–10.
12. Антитело по любому из пп. 1–11, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β.
13. Антитело по любому из пп. 1–12, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ.
14. Антитело по любому из пп. 1–11 и 13, не связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β.
15. Антитело по любому из пп. 1–12 и 14, не связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ.
16. Антитело по любому из пп. 12–15, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 13.
17. Антитело по любому из пп. 12–16, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 15.
18. Антитело по любому из пп. 1–17, модулирующее сигнализацию SIRP–α в клетке, экспрессирующий человеческий полипептид SIRP–α.
19. Антитело по п. 18, причем клетка представляет собой лейкоцит, выбранный из группы, состоящей из макрофага, дендритной клетки, нейтрофила, эозинофила и миелоидной супрессорной клетки (МСК).
20. Антитело по п. 19, ингибирующее сигнализацию SIRP–α в макрофаге, экспрессирующем человеческий полипептид SIRP–α.
21. Антитело по любому из пп. 18–20, усиливающее фагоцитоз макрофагом, экспрессирующим человеческий полипептид SIRP–α.
22. Антитело по любому из пп. 1–21, блокирующее связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
23. Антитело по п. 22, не связывающее комплекс, содержащий вариант D1 SIRP–α, связанный с доменом IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47.
24. Антитело по любому из пп. 1–21, не блокирующее связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
25. Антитело по п. 24, связывающее комплекс, содержащий вариант D1 SIRP–α, связанный с доменом IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47.
26. Антитело по любому из пп. 1–21, причем связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α снижает аффинность человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
дисс.
27. Антитело по п. 26, причем связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α повышает k человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
28. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; причем антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α; и при этом антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
29. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; причем антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
30. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; причем антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α; и при этом связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α снижает аффинность человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
31. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; при этом антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α; при этом антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α; и при этом антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
32. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; при этом антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α; при этом антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
33. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; при этом антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α; при этом антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α; и при этом связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α снижает аффинность человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
34. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; при этом антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α; и при этом антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
35. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; при этом антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
36. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба; при этом антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α; и при этом связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α снижает аффинность человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
37. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточные домены двух или более разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α, мышиного полипептида SIRP–α и обезьяньего полипептида SIRP–α; при этом антитело не связывает по меньшей мере один из внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–β и внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–γ; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
38. Антитело по п. 37, содержащее одну, две, три, четыре, пять или шесть последовательностей CDR; последовательность вариабельного домена тяжелой цепи (VH); и/или последовательность вариабельного домена легкой цепи (VL) из антитела S130.
39. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточные домены двух или более разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α, мышиного полипептида SIRP–α, обезьяньего полипептида SIRP–α и по меньшей мере один из внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–β и внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–γ; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
40. Антитело по п. 39, содержащее одну, две, три, четыре, пять или шесть последовательностей CDR; последовательность вариабельного домена тяжелой цепи (VH); и/или последовательность вариабельного домена легкой цепи (VL) из антитела, выбранного из группы, состоящей из S8, S13, S14 и S121.
41. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточные домены двух или более разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α, мышиного полипептида SIRP–α и обезьяньего полипептида SIRP–α; при этом антитело не связывает или связывает со сниженной аффинностью по меньшей мере один из внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–β и внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–γ; и при этом антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
42. Антитело по п. 41, содержащее одну, две, три, четыре, пять или шесть последовательностей CDR; последовательность вариабельного домена тяжелой цепи; и/или последовательность вариабельного домена легкой цепи из антитела S137.
43. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточные домены двух или более разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α и обезьяньего полипептида SIRP–α; при этом антитело не связывает мышиный полипептид SIRP–α; при этом антитело не связывает или связывает со сниженной аффинностью по меньшей мере один из внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–β и внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–γ; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
44. Антитело по п. 43, содержащее одну, две, три, четыре, пять или шесть последовательностей CDR; последовательность вариабельного домена тяжелой цепи; и/или последовательность вариабельного домена легкой цепи из антитела, выбранного из группы, состоящей из S128.
45. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточные домены двух или более разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α, обезьяньего полипептида SIRP–α и по меньшей мере один из внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–β и внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–γ; при этом антитело не связывает мышиный полипептид SIRP–α; и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
46. Антитело по п. 45, содержащее одну, две, три, четыре, пять или шесть последовательностей CDR; последовательность вариабельного домена тяжелой цепи; и/или последовательность вариабельного домена легкой цепи из антитела, выбранного из группы, состоящей из S9, S11, S119, S120, S122 и S135.
47. Антитело по п. 1, связывающее внеклеточные домены двух или более разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α и внеклеточные домены двух или более разных обезьяньих вариантных полипептидов SIRP–α, и при этом связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α снижает аффинность человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
48. Антитело по п. 47, содержащее одну, две, три, четыре, пять или шесть последовательностей CDR; последовательность вариабельного домена тяжелой цепи; и/или последовательность вариабельного домена легкой цепи из антитела, выбранного из группы, состоящей из S115, S116, S117 и S118.
49. Антитело по п. 1, содержащее
1
2
3
1
2
3
(a) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность GFSFSXXAMX, где X представляет собой N или I; X представляет собой F или Y; и X представляет собой T или S (SEQ ID NO: 185);
4
5
4
5
(b) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность TIGXXDTYYADSVKG, где X представляет собой S или A, и X представляет собой G или D (SEQ ID NO: 186);
6
6
(c) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность DSTVXWSGDFFDY, где X представляет собой S или G (SEQ ID NO: 187);
7
8
9
7
8
9
(d) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность RASQNVXXDXA, где X представляет собой K или R; X представляет собой N или S; и X представляет собой L или I (SEQ ID NO: 188);
10
11
12
10
11
12
(e) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность AAXXRXT, где Xпредставляет собой R или S; X представляет собой I или S; и X представляет собой E или D (SEQ ID NO: 189); и
(f) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность QQYYDWPPFT (SEQ ID NO: 148).
50. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 143, 202, 204 или 205, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 144, 203 или 206, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 145 или 207; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 146 или 208, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:147 или 209, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 148 или 210.
51. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 120, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:97.
52. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 149, 211, 213 или 214, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 150, 212 или 215, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:151 или 216; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 152 или 217, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 153 или 218, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 148.
53. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 127, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 104.
54. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 155, 219, 221 или 222, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:156, 220 или 223, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 157 или 224, и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 158 или 225, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 159 или 226, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 160.
55. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 133, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 134.
56. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:161, 191 или 194, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:162, 192 или 195, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 163 или 193; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 164, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 165, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 166.
57. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 135, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 136.
58. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:161, 191 или 194, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:168, 196 или 197, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 163 или 193; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 170, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 171, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 172.
59. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 137, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 138.
60. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 173, 198 или 200, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 174, 199 или 201, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 163 или 193; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 176, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 177, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 178.
61. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 139, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 140.
62. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 179, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 162, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 163; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 182, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 183, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 184.
63. Антитело по п. 1, содержащее VH–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 141, и/или VL–домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 142.
64. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:227 или 230, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:228 или 231, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:229; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:232, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:233, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:234.
65. Антитело по п. 1, содержащее (a) VH–домен, содержащий HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:219 или 235, HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:236 или 238, и HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:237; и/или (b) VL–домен, содержащий HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:239, HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:240, и HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:241.
66. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, содержащее
(a) вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий (i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность NFAMT (SEQ ID NO: 175), NFAVT (SEQ ID NO:204) или NFALT (SEQ ID NO:305), (ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность TIGSGDTYYADSVKG (SEQ ID NO: 144), и (iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность DSTVSWSGDFFDY (SEQ ID NO: 145); и/или
(b) вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий (i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность RASQNVKNDLA (SEQ ID NO: 146), (ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность AARIRET (SEQ ID NO: 147), и (iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность QQYYDWPPFT (SEQ ID NO: 148).
67. Антитело по п. 66, в котором VH–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 120, 335, 246, 258 или 327; и/или VL–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 97 или 312.
68. Антитело по п. 67, в котором
(a) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:246, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:97;
(b) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:258, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:97;
(c) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:335, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:97;
(d) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:327, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:97;
(e) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:246, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:312;
(f) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:258, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:312;
(g) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:335, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:312; или
(h) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:327, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:312.
69. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, содержащее
(a) вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий (i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность IYAMS (SEQ ID NO:269), IYAVS (SEQ ID NO:213) или IYALS (SEQ ID NO:306), (ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность TIGADDTYYADSVKG (SEQ ID NO:150), и (iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность DSTVGWSGDEEDY (SEQ ID NO: 151); и/или
(b) вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий (i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность RASQNVRSDIA (SEQ ID NO: 152), (ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность AASSRDT (SEQ ID NO: 153), и (iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность QQYYDWPPFT (SEQ ID NO: 148).
70. Антитело по п. 69, в котором VH–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO:341, 247, 259 или 328; и/или VL–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 104 или 248.
71. Антитело по п. 70, в котором
(a) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:341, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 104;
(b) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:247, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 104;
(с) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:259, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 104;
(d) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:328, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 104;
(e) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:341, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:248;
(f) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:247, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:248;
(g) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:259, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:248; или
(g) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:328, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:248.
72. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, содержащее
(a) вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий:
1
2
3
1
2
3
(i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность XXDXN, где X представляет собой S или T; X представляет собой Y или S; и X представляет собой M, L или V (SEQ ID NO:307);
1
1
(ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность LISGSGEIXYYADSVKG, где X представляет собой I или T (SEQ ID NO:308); и
1
2
3
4
1
2
3
4
(iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность EXXXYRFFDX, где X представляет собой N или D; X представляет собой N или D; X представляет собой R или M; и X представляет собой D или Y (SEQ ID NO:309); и/или
(b) вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий
1
2
1
2
(i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность RAXQSVYXYLA, где X представляет собой S или D; и X представляет собой T или S (SEQ ID NO:310);
1
2
3
4
1
2
3
4
(ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность XAXXRAX, где X представляет собой G, A или D; X представляет собой S или R; X представляет собой S, N или T; и X представляет собой T или A (SEQ ID NO:311); и
(iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность QQYYDRPPLT (SEQ ID NO: 160).
73. Антитело по п. 72, содержащее
(a) вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий (i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SYDMN (SEQ ID NO:270), SYDVN (SEQ ID NO:221) или SYDLN (SEQ ID NO:313), (ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность LISGSGEIIYYADSVKG (SEQ ID NO: 156), и (iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность ENNRYREFDD (SEQ ID NO:157); и/или
(b) вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий (i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность RASQSVYTYLA (SEQ ID NO: 158), (ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность GASSRAT (SEQ ID NO: 159), и (iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность QQYYDRPPLT (SEQ ID NO: 160).
74. Антитело по п. 72 или 73, в котором VH–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 249, 133, 260 или 329; и/или VL–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 134, 250 или 251.
75. Антитело по п. 72, в котором
(a) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 133, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 134;
(b) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:260, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 134;
(с) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:329, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 134;
(d) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:133, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:250;
(e) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:260, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:250;
(f) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:329, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:250;
(g) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 133, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:251;
(h) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:260, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:251;
(i) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:329, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:251;
(j) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:249, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 134;
(k) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:249, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:250; или
(l) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:249, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:251.
76. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, содержащее
(a) вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий:
1
2
3
1
2
3
(i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность XXAXS, где X представляет собой S или T; X представляет собой N, Y, H или D; и X представляет собой M, L или V (SEQ ID NO:297);
1
3
4
5
6
7
8
9
1
2
3
4
5
6
7
8
9
(ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность GISXX2XXXXYYXXSXKG, где X представляет собой A или S; X представляет собой G, S или отсутствует; X представляет собой S, D или G; X представляет собой G или S; X представляет собой D, S или G; X представляет собой T или A; X представляет собой P, G, V, I, A или S; X представляет собой A, D или G; и X представляет собой V или M (SEQ ID NO:298); и
(iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность ETWNHLFDY (SEQ ID NO: 193); и/или
(b) вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий:
1
2
3
4
5
1
2
3
4
5
(i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SGGXXXSXYYX, где X представляет собой D, G, S, I или отсутствует; X представляет собой S, W, G, Y, D или отсутствует; X представляет собой S, Y, T или D; X представляет собой Η, T, S или Y; и X представляет собой G или A (SEQ ID NO: 299);
1
2
3
1
2
3
(ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SDXXRPX, где X представляет собой D или N; X представляет собой E, K или Q; и X представляет собой S или P (SEQ ID NO:300); и
1
2
3
4
5
6
7
1
2
3
4
5
6
7
(iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность XXYDXXXΥΧΝΧ, где X представляет собой G или A; X представляет собой G или A; X представляет собой G, Y, Q, S или A; X представляет собой S, R или T; X представляет собой T или S; X представляет собой A, I, V, L или T; и X·представляет собой T, A, D или P (SEQ ID NO: 301).
77. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, содержащее
(a) вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий:
1
2
1
2
(i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SXAXS, где X представляет собой N или Y; и где X представляет собой M, L или V (SEQ ID NO:302);
1
2
3
4
5
1
2
3
4
5
(ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность GISXGXXDTYYXXSVKG, где X представляет собой A или S; X представляет собой G или отсутствует; X представляет собой S или G; X представляет собой P, G или V; и X представляет собой A или D (SEQ ID NO:303); и
(iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность ETWNHLFDY (SEQ ID NO: 193); и/или
(b) вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий:
1
1
(i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SGGXYSSYYYA, где X представляет собой S или A (SEQ ID NO:304);
(ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SDDKRPS (SEQ ID NO:336); и
(iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность GGYDQSSYTNP (SEQ ID NO: 172).
78. Антитело по п. 76 или 77, в котором VH–домен содержит (i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SNAMS (SEQ ID NO: 194), SNAVS (SEQ ID NO:271) или SNALS (SEQ ID NO:318), (ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность GISAGGSDTYYPASVKG (SEQ ID NO:195), и (iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность ETWNHLFDY (SEQ ID NO: 193).
79. Антитело по п. 78, в котором VH–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO:135, 263, 264 или 330.
80. Антитело по п. 76, в котором VH–домен содержит (i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SNAMS (SEQ ID NO: 194), SNAVS (SEQ ID NO:271) или SNALS (SEQ ID NO: 318), (ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность GISSGSDTYYGDSVKG (SEQ ID NO: 197), и (iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность ETWNHLFDY (SEQ ID NO: 193).
81. Антитело по п. 80, в котором VH–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO:137, 265, 266 или 331.
82. Антитело по п. 76, в котором VH–домен содержит (i) последовательность HVR–H1, содержащую аминокислотную последовательность SYAMS (SEQ ID NO:200), SYAVS (SEQ ID NO:272) или SYALS (SEQ ID NO:319), (ii) последовательность HVR–H2, содержащую аминокислотную последовательность GISSGGDTYYVDSVKG (SEQ ID NO:201), и (iii) последовательность HVR–H3, содержащую аминокислотную последовательность ETWNHLFDY (SEQ ID NO: 193).
83. Антитело по п. 82, в котором VH–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 139, 267, 268 или 332.
84. Антитело по любому из пп. 76–83, в котором VL–домен содержит последовательность FW1– HVR–L1–FW2–HVR–L2–FW3–HVR–L3–FW4 (от N–конца к C–концу), где FW1 содержит аминокислотную последовательность SYELTQPPSVSVSPGQTARITC (SEQ ID NO:314), FW2 содержит аминокислотную последовательность WYQQKPGQAPVTLIY (SEQ ID NO:315), FW3 содержит аминокислотную последовательность NIPERFSGSS GTTVTLTISG VQAEDEADYYC (SEQ ID NO:316), а FW4 содержит аминокислотную последовательность FGGGTKLTVL (SEQ ID NO:317).
85. Антитело по любому из пп. 76–84, в котором VL–домен содержит (i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SGGSYSSYYYA (SEQ ID NO: 170), (ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SDDKRPS (SEQ ID NO:336), и (iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность GGYDQSSYTNP (SEQ ID NO: 172).
86. Антитело по п. 85, в котором VL–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO:252.
87. Антитело по любому из пп. 76–84, в котором VL–домен содержит (i) последовательность HVR–L1, содержащую аминокислотную последовательность SGGAYSSYYYA (SEQ ID NO:261), (ii) последовательность HVR–L2, содержащую аминокислотную последовательность SDDKRPS (SEQ ID NO:336), и (iii) последовательность HVR–L3, содержащую аминокислотную последовательность GGYDQSSYTNP (SEQ ID NO: 172).
88. Антитело по п. 87, в котором VL–домен содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности SEQ ID NO:262.
89. Антитело по п. 76, в котором
(a) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:263, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(b) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:264, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(c) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:330, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(d) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 135, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(e) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 137, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(f) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 139, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(g) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:265, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(h) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:266, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(i) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:331, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(j) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:267, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(k) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:268, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(l) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:332, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:252;
(j) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:263, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(m) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:264, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(n) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:330, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(o) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:265, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(p) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:266, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(q) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:331, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(r) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:267, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:263;
(s) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:268, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(t) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:332, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(u) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 135, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262;
(v) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 137, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262; или
(w) VH–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 139, а VL–домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:262.
90. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело связывается с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в одной или более аминокислотных позициях, выбранных из группы, состоящей из I31, V33, Q52, K53, T67, R69, N70 и K96 в соответствии с SEQ ID NO:296.
91. Антитело по п. 90, связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в I31, V33, Q52, K53, T67, R69, N70 и K96 в соответствии с SEQ ID NO:296.
92. Антитело по п. 90 или 91, причем антитело дополнительно связывается с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в одной или более аминокислотных позициях, выбранных из группы, состоящей из L30, P32, E54, T62, N71, M72, F74 и R95 в соответствии с SEQ ID NO:296.
93. Антитело по п. 92, причем антитело дополнительно связывается с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в L30, P32, E54, T62, N71, M72, F74 и R95 в соответствии с SEQ ID NO:296.
94. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело связывается с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в одной или более аминокислотных позициях, выбранных из группы, состоящей из I7, P9, D10, K11, S12, A42, A108 и E111 в соответствии с SEQ ID NO:296.
95. Антитело по п. 94, связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в K11, A42, A108 и E111 в соответствии с SEQ ID NO: 296.
96. Антитело по п. 94, связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в I7, P9, D10, K11, S12, A108 и E111 в соответствии с SEQ ID NO:296.
97. Антитело по любому из пп. 94–96, причем антитело дополнительно связывается с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в одной или более аминокислотных позициях, выбранных из группы, состоящей из L14, T26, T28, T88, Y90, S106, S113 и A116 в соответствии с SEQ ID NO:296.
98. Антитело по п. 97, дополнительно связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в L14, T88, Y90, S106, S113 и A116 человеческого SIRP–α v1 в соответствии с SEQ ID NO: 296.
99. Антитело по п. 97, дополнительно связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в L14, T26 и T28 в соответствии с SEQ ID NO:296.
100. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело связывается с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в одной или более аминокислотных позициях, выбранных из группы, состоящей из E47, L48, P58, R59, T82 и A84 в соответствии с SEQ ID NO:296.
101. Антитело по п. 100, связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в E47, L48, P58, R59, T82 и A84 в соответствии с SEQ ID NO:296.
102. Антитело по любому из п. 100 или 101, дополнительно связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в одной или более аминокислотных позициях, выбранных из группы, состоящей из A17, P44, G45, I49, E54, G55, H56, F57 и P83 в соответствии с SEQ ID NO: 296.
103. Антитело по п. 102, дополнительно связывающееся с человеческим полипептидом SIRP–α v1 в A17, P44, G45, I49, E54, G55, H56, F57 и P83 человеческого SIRP–α v1 в соответствии с SEQ ID NO:296.
Д
104. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, причем антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1 с константой диссоциации (K) менее 100 нМ и при этом антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
Д
105. Антитело по п. 104, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 с константой диссоциации (K) менее 100 нМ.
106. Антитело по п. 104, связывающее домен D1 человеческого полипептида SIRP–α v1 и домен D1 человеческого полипептида SIRP–α v2.
107. Антитело по любому из пп. 104–106, связывающее внеклеточный домен полипептида SIRP–α яванского макака.
108. Антитело по любому из пп. 104–107, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β.
109. Антитело по любому из пп. 104–108, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ.
110. Антитело по любому из пп. 104–109, связывающее внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α.
111. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, причем антитело связывает домен D1 человеческого полипептида SIRP–α и при этом антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
Д
112. Антитело по п. 111, связывающее домен D1 человеческого полипептида SIRP–α с константой диссоциации (K) менее 100 нМ.
Д
Д
113. Антитело по п. 111 или 112, связывающее домен D1 человеческого полипептида SIRP–α v1 с константой диссоциации (K) менее 100 нМ и/или связывает домен D1 человеческого полипептида SIRP–α v2 с константой диссоциации (K) менее 100 нМ.
114. Антитело по п. 111, связывающее домен D1 человеческого полипептида SIRP–α v1 и домен D1 человеческого полипептида SIRP–α v2.
115. Антитело по любому из пп. 111–114, связывающее внеклеточный домен полипептида SIRP–α яванского макака.
116. Антитело по любому из пп. 111–115, связывающее внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β.
117. Антитело по любому из пп. 111–116, связывающее внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α.
118. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело конкурирует за связывание внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–α с эталонным анти–SIRP–α антителом, содержащим вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела, выбранного из группы, состоящей из антител 119, 120, 121, 122, 21, 25, 27, 66 и 135.
119. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело конкурирует за связывание внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–α с эталонным анти–SIRP–α антителом, содержащим вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела, выбранного из группы, состоящей из антител 136 и 137.
120. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело конкурирует за связывание внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–α с эталонным анти–SIRP–α антителом, содержащим вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела, выбранного из группы, состоящей из антител 3, 213, 173 и 209.
121. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело конкурирует за связывание внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–α с эталонным анти–SIRP–α антителом, содержащим вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела, выбранного из группы, состоящей из антител 115, 116, 117, 118 и 132.
122. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело конкурирует за связывание внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–α с эталонным анти–SIRP–α антителом, содержащим вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела, выбранного из группы, состоящей из антител 218, 123, 149, 161, 162 и 194.
123. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, при этом антитело конкурирует за связывание внеклеточного домена человеческого полипептида SIRP–α с эталонным анти–SIRP–α антителом, содержащим вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела 45.
124. Антитело по любому из пп. 104–123, усиливающее фагоцитоз макрофагом, экспрессирующим человеческий полипептид SIRP–α.
125. Антитело по любому из пп. 104–124, усиливающее активацию дендритной клетки, экспрессирующей человеческий полипептид SIRP–α.
in vivo
126. Антитело по любому из пп. 104–125, ингибирующее рост опухоли, которая экспрессирует CD47.
127. Антитело по любому из пп. 104–126, не предотвращающее взаимодействия между CD47–экспрессирующей клеткой и Т–клеткой.
128. Антитело по любому из пп. 1–127, представляющее собой моноклональное антитело.
129. Антитело по любому из пп. 1–127, представляющее собой scFv–Fc, однодоменное антитело, антитело из одной тяжелой цепи или антитело из одной легкой цепи.
130130. Антитело по любому из пп. 1–127, содержащее константную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 325, 326 или 426.
131. Антитело по любому из пп. 1–127 и 129, содержащее Fc–область.
132. Антитело по п. 131, содержащее аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:320–324.
133. Антитело по п. 131, в котором Fc–область представляет собой человеческую Fc–область, выбранную из группы, состоящей из Fc–области IgG1, Fc–области IgG2 и Fc–области IgG4.
134. Антитело по п. 131, в котором Fc–область содержит Fc–область человеческого IgG1, содержащую одну или более мутаций, выбранных из группы, состоящей из L234A, L235A, G237A и N297A в соответствии с нумерацией EU.
135. Антитело по п. 131, в котором Fc–область содержит Fc–область человеческого IgG2, содержащую одну или более мутаций, выбранных из группы, состоящей из A330S, P331S и N297A в соответствии с нумерацией EU.
136. Антитело по п. 131, в котором Fc–область содержит Fc–область человеческого IgG4, содержащую одну или более мутаций, выбранных из группы, состоящей из S228P, E233P, F234V, L235A, L235E, delG236 и N297A в соответствии с нумерацией EU.
2
137. Антитело по любому из пп. 1–23, 25–27, 29, 30, 32, 33, 35–71, 76–93, 100–110 и 118, представляющее собой фрагмент антитела, выбранный из группы, состоящей из фрагментов Fab, F(ab’), Fab’–SH, Fv и scFv.
138. Антитело по любому из пп. 1–137, конъюгированное с цитотоксическим агентом или меткой.
139. Антитело по любому из пп. 1–137, представляющее собой биспецифическое антитело.
140. Антитело по п. 138, содержащее первый антигенсвязывающий домен, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, и второй антигенсвязывающий домен, который связывает антиген, экспрессируемый раковой клеткой.
y
141. Антитело по п. 139, причем антиген, экспрессируемый раковой клеткой, выбран из группы, состоящей из CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD38, CD52, CD56, CD70, CD74, CD79b, CD123, CD138, CS1/SLAMF7, Trop–2, 5T4, EphA4, BCMA, муцина 1, муцина 16, PD–L1, PTK7, STEAP1, рецептора эндотелина B, мезотелина, EGFRvIII, ENPP3, SLC44A4, GNMB, нектина 4, NaPi2b, LIV–1A, гуанилил циклазы C, DLL3, EGFR, HER2, VEGF, VEGFR, интегрина αVβ3, интегрина α5β1, MET, IGF1R, TRAILR1, TRAILR2, RANKL, FAP, тенасцина, Le, EpCAM, CEA, gpA33, PSMA, TAG72, муцина, CAIX, EPHA3, фолатного рецептора α, GD2, GD3 и ГКГС/пептидного комплекса, содержащего пептид из NY–ESO–1/LAGE, SSX–2, белка семейства MAGE, MAGE–A3, gp100/pmel17, Melan–A/MART–1, gp75/TRP1, тирозиназы, TRP2, CEA, PSA, TAG–72, незрелого рецептора ламинина, MOK/RAGE–1, WT–1, SAP–1, BING–4, EpCAM, MUC1, PRAME, сурвивина, BRCA1, BRCA2, CDK4, CML66, MART–2, p53, Ras, β–катенина, TGF–βRII, HPV E6 или HPV E7.
142. Антитело по любому из пп. 1–141, представляющее собой куриное, гуманизированное, химерное или человеческое антитело.
143. Антитело по любому из пп. 1–142, вырабатываемое в организме курицы или полученное из него.
144. Полинуклеотид, кодирующий антитело по любому из пп. 1–143.
145. Вектор, содержащий полинуклеотид по п. 144.
146. Клетка–хозяин, содержащая полинуклеотид по п. 144 или вектор по п. 145.
147. Способ получения антитела, включающий культивирование клетки–хозяина по п. 146 так, чтобы она вырабатывала антитело.
148. Способ по п. 147, дополнительно включающий выделение антитела из клетки–хозяина.
149. Способ лечения или замедления прогрессирования рака у индивида, включающий введение индивиду эффективного количества антитела по любому из пп. 1–143.
150. Способ по п. 149, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества второго антитела, которое связывает антиген, экспрессируемый раком.
y
151. Способ по п. 150, в котором антиген, экспрессируемый раком, выбран из группы, состоящей из CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD38, CD52,CD56, CD70, CD74, CD79b, CD123, CD138, CS1/SLAMF7, Trop–2, 5T4, EphA4, BCMA, муцина 1, муцина 16, PTK7, STEAP1, рецептора эндотелина B, мезотелина, EGFRvIII, ENPP3, SLC44A4, GNMB, нектина 4, NaPi2b, LIV–1A, гуанилил циклазы C, DLL3, EGFR, HER2, VEGF, VEGFR, интегрина αVβ3, интегрина α5β1, MET, IGF1R, TRAILR1, TRAILR2, RANKL, FAP, тенасцина, Le, EpCAM, CEA, gpA33, PSMA, TAG72, муцина, CAIX, EPHA3, фолатного рецептора α, GD2, GD3 и ГКГС/пептидного комплекса, содержащего пептид из NY–ESO–1/LAGE, SSX–2, белка семейства MAGE, MAGE–A3, gp100/pmel17, Melan–A/MART–1, gp75/TRP1, тирозиназы, TRP2, CEA, PSA, TAG–72, незрелого рецептора ламинина, MOK/RAGE–1, WT–1, SAP–1, BING–4, EpCAM, MUC1, PRAME, сурвивина, BRCA1, BRCA2, CDK4, CML66, MART–2, p53, Ras, β–катенина, TGF–βRII, HPV E6 или HPV E7.
152. Способ по п. 149, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества иммунотерапевтического агента.
153. Способ по п. 152, в котором иммунотерапевтический агент содержит второе антитело.
154. Способ по п. 153, в котором второе антитело связывается с антигеном, выбранным из группы, состоящей из PD–1, PD–L1, OX40, CTLA–4, CD137/4–1BB, TNFR2, B7–H3, FZD7, CD27, CCR4, CSF1R, CSF, TIM–3, LAG–3, VISTA, ICOS, CCR2, IDO, A2R, CD39, CD73, TIGIT, CD80, CD47, аргиназы, TDO и PVRIG.
Д
155. Способ по п. 153, в котором первое антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или внеклеточные домены как человеческого полипептида SIRP–α v1, так и человеческого полипептида SIRP–α v2 с константой диссоциации (K) менее 100 нМ, при этом первое антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47, а второе антитело связывается с PD–1.
156. Способ по п. 153, в котором первое антитело связывает домен D1 человеческого полипептида SIRP–α, причем первое антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47, и при этом второе антитело связывается с PD–1.
Д
157. Способ по п. 153, в котором первое антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1 с константой диссоциации (K) менее 100 нМ, причем первое антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47, и при этом второе антитело связывается PD–L1.
158. Способ по п. 153, в котором первое антитело связывает домен D1 человеческого полипептида SIRP–α, причем первое антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47, и при этом второе антитело связывается с PD–L1.
159. Способ лечения или замедления прогрессирования аутоиммунного заболевания или воспалительного заболевания у индивида, включающий введение индивиду эффективного количества антитела по любому из пп. 1–143.
160. Способ по п. 159, в котором аутоиммунное заболевание или воспалительное заболевание выбрано из группы, состоящей из множественного склероза, ревматоидного артрита, спондилоартропатии, системной красной волчанки, антителоопосредованного воспалительного или аутоиммунного заболевания, болезни «трансплантат против хозяина», сепсиса, диабета, псориаза, псориатического артрита, атеросклероза, синдрома Шегрена, прогрессирующего системного склероза, склеродермы, острого коронарного синдрома, ишемической реперфузии, болезни Крона, язвенного колита, эндометриоза, гломерулонефрита, нефропатии IgA–типа, поликистозной болезни почек, миастении гравис, идиопатического легочного фиброза, астмы, атопического дерматита, острого респираторного дистресс–синдрома (ОРДС), васкулита и воспалительного аутоиммунного миозита.
161. Способ идентификации антигенсвязывающего домена, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α и не блокирует связывание между человеческим CD47 и человеческим полипептидом SIRP–α, включающий
(a) обеспечение антигенсвязывающего домена, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α;
(b) получение комплекса, содержащего вариант D1 SIRP–α, связанный с полипептидом, содержащим домен IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47;
(с) приведение в контакт антигенсвязывающего домена с полученным комплексом; и
(d) выявление связывания антигенсвязывающего домена с комплексом, причем связывание антигенсвязывающего домена с комплексом указывает на то, что антигенсвязывающий домен не блокирует связывание между человеческим CD47 и человеческим полипептидом SIRP–α.
162. Способ идентификации антигенсвязывающего домена, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α и блокирует связывание между человеческим CD47 и человеческим полипептидом SIRP–α, включающий
(a) обеспечение антигенсвязывающего домена, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α;
(b) получение комплекса, содержащего вариант D1 SIRP–α, связанный с полипептидом, содержащим домен IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47;
(с) приведение в контакт антигенсвязывающего домена с полученным комплексом; и
(d) выявление связывания антигенсвязывающего домена с комплексом, причем отсутствие связывания антигенсвязывающего домена с комплексом указывает на то, что антигенсвязывающий домен блокирует связывание между человеческим CD47 и человеческим полипептидом SIRP–α.
163. Способ по п. 161 или 162, в котором вариант D1 SIRP–α содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 17–52.
164. Способ по любому из пп. 161–163, в котором домен IgSF CD47 содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 16.
165. Способ по любому из пп. 161–164, в котором полипептид, содержащий домен IgSF CD47, содержит внеклеточный домен человеческого CD47.
166. Способ по любому из пп. 161–165, в котором полипептид, содержащий домен IgSF CD47, дополнительно содержит Fc–область антитела.
167. Способ получения анти–SIRP–α антитела, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α, включающий
(a) иммунизацию курицы пептидом, содержащим по меньшей мере часть внеклеточного домена человеческого SIRP–α;
(b) получение антитела из вырабатывающей антитело клетки от иммунизированной курицы; и
(c) выявление связывания между антителом, полученным из клетки, и внеклеточными доменами человеческого полипептида SIRP–α, при этом связывание между антителом и внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α указывает на то, что антитело является анти–SIRP–α антителом, которое связывает внеклеточный домен человеческого вариантного полипептида SIRP–α.
168. Способ по п. 167, в котором антитело представляет собой куриное, гуманизированное, химерное или человеческое антитело.
169. Способ по п. 167 или 168, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2 или их оба.
170. Способ по п. 169, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSV LVAAGETATLRCTATSL IPVGPIQWFRGAGPGRE LIYNQKEGHFPRVTTVS DLTKRNNMDFSIRIGNI TPADAGTYYCVKFRKGSP DDVEFKSGAGTELSVRAKPS (SEQ ID NO:5).
171. Способ по п. 168, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVSV AAGESAILHCTVTSL IPVGPIQWFRGAGPAR ELIYNQKEGHFPRVTT VSESTKRENMDFSISI SNITPADAGTYYCVKF RKGSPDTEFKSGA GTELSVRAKPS (SEQ ID NO:6).
172. Способ по любому из пп. 168–171, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v1, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVLV AAGETATLRCTATSL IPVGPIQWFRGAGPG RELIYNQKEGHFPRV TTVSDLTKRNNMDFS IRIGNITPADAGTYY CVKFRKGSPDD VEFKSGAGTELSVR AKPS (SEQ ID NO:5), и связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–α v2, содержащий аминокислотную последовательность EEELQVIQPDKSVS VAAGESAILHCTVT SLIPVGPIQWFRGA GPARELIYNQKEGH FPRVTTVSESTKRE NMDFSISISNITPA DAGTYYCVKFRKGSP DTEFKSGAGTEL SVRAKPS (SEQ ID NO:6).
173. Способ по любому из пп. 168–171, в котором антитело связывает внеклеточные домены трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти или десяти разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α.
174. Способ по п. 172, в котором каждый из трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти или десяти разных человеческих вариантных полипептидов SIRP–α содержит внеклеточный домен, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5, 6 и 76–83.
175. Способ по любому из пп. 166–174, дополнительно включающий выявление связывания между антителом, полученным из клетки, и внеклеточным доменом одного или более полипептидов SIRP–α, выбранных из группы, состоящей из обезьяньего полипептида SIRP–α, мышиного полипептида SIRP–α, человеческого полипептида SIRP–β и человеческого полипептида SIRP–γ.
176. Способ по п. 175, в котором антитело связывает внеклеточный домен обезьяньего полипептида SIRP–α.
177. Способ по п. 176, в котором обезьяний полипептид SIRP–α представляет собой полипептид SIRP–α яванского макака.
178. Способ по п. 176 или 177, в котором антитело связывает внеклеточные домены по меньшей мере двух разных обезьяньих вариантных полипептидов SIRP–α.
179. Способ по п. 177 или 178, в котором антитело связывает внеклеточный домен полипептида SIRP–α яванского макака, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 11, внеклеточный домен полипептида SIRP–α яванского макака, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 12, или их оба.
180. Способ по любому из пп. 175–179, в котором антитело связывает внеклеточный домен мышиного полипептида SIRP–α.
181. Способ по п. 180, в котором антитело связывает внеклеточные домены двух или более разных мышиных вариантных полипептидов SIRP–α.
182. Способ по п. 180 или 181, в котором антитело связывает внеклеточный домен одного или более мышиных полипептидов SIRP–α и при этом каждый из одного или более мышиных полипептидов SIRP–α содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7–10.
183. Способ по любому из пп. 175–182, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β.
184. Способ по любому из пп. 175–183, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ.
185. Способ по любому из пп. 175–181 и 184, в котором антитело не связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β.
186. Способ по любому из пп. 175–183 и 185, в котором антитело не связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ.
187. Способ по любому из пп. 183–186, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–β, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 13.
188. Способ по любому из пп. 183–187, в котором антитело связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP–γ, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 15.
189. Способ по любому из пп. 166–188, дополнительно включающий выявление связывания или отсутствия связывания между антителом, полученным из клетки, и комплексом, содержащим вариант D1 SIRP–α, связанный с доменом IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47.
190. Способ по п. 189, в котором антитело связывает комплекс, содержащий вариант D1 SIRP–α, связанный с доменом IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47.
191. Способ по п. 190, в котором антитело не блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
192. Способ по п. 189, в котором антитело не связывает комплекс, содержащий вариант D1 SIRP–α, связанный с доменом IgSF CD47, причем вариант D1 SIRP–α представляет собой высокоаффинный домен D1 SIRP–α искусственного происхождения и при этом вариант D1 SIRP–α связывается с человеческим CD47 с аффинностью, которая по меньшей мере в 10 раз больше, чем аффинность связывания домена D1 SIRP–α природного происхождения с человеческим CD47.
193. Способ по п. 192, в котором антитело блокирует связывание между внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α и доменом IgSF человеческого полипептида CD47.
194. Способ по п. 188, в котором связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α снижает аффинность человеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
дисс.
195. Способ по п. 194, в котором связывание антитела с внеклеточным доменом человеческого полипептида SIRP–α повышает Kчеловеческого полипептида SIRP–α в отношении связывания домена IgSF человеческого полипептида CD47.
196. Способ по любому из пп. 167–195, в котором антитело модулирует сигнализацию SIRP–α в клетке, экспрессирующей человеческий полипептид SIRP–α.
197. Способ по п. 196, в котором клетка представляет собой лейкоцит, выбранный из группы, состоящей из макрофага, дендритной клетки, нейтрофила, эозинофила и миелоидной супрессорной клетки (МСК).
198. Способ по п. 197, в котором антитело ингибирует сигнализацию SIRP–α в макрофаге, экспрессирующем человеческий полипептид SIRP–α.
199. Способ по любому из пп. 196–197, в котором антитело усиливает фагоцитоз макрофагом, экспрессирующим человеческий полипептид SIRP–α.