Новые способы дисплея циклических пептидов на частицах бактериофага

1. Способ дисплея циклического пептида на поверхности частицы бактериофага, включающий следующие этапы:
(a) обеспечение клетки-хозяина, содержащей последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую предшественник циклического пептида;
(b) инициирование или обеспечение возможности экспрессии указанного предшественника циклического пептида;
(c) ферментативная дегидратация одного или нескольких аминокислотных остатков в предшественнике циклического пептида;
(d) образование одной или нескольких внутримолекулярных связей посредством связывания указанного одного или нескольких дегидратированных остатков с цистеином или лизином, за счет чего образуется циклический пептид; и
(e) получение частиц бактериофага в указанной клетке-хозяине, где указанные частицы бактериофага "отображают" указанный циклический пептид на поверхности, и где указанный циклический пептид присоединен к С-концу белка капсида указанных частиц бактериофага.
2. Способ по п. 1, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты дополнительно кодирует белок капсида частицы бактериофага и лидерную последовательность, которая распознается ферментом системы посттрансляционной модификации (РТМ).
3. Способ по любому из предыдущих пунктов, где клетка-хозяин дополнительно содержит одну или несколько последовательностей нуклеиновой кислоты, кодирующих фермент системы посттрансляционной модификации (РТМ).
4. Способ по любому из пп. 2-3, где указанный фермент системы посттрансляционной модификации (РТМ) представляет собой лантипептидсинтетазу.
5. Способ по любому из пп. 2-4, где указанный фермент системы посттрансляционной модификации (РТМ) представляет собой дегидратазу типа LanB, циклазу типа LanC, и/или бифункциональный фермент типа LanM, или полифункциональный фермент типа LanKC или LanL.
6. Способ по любому из пп. 2-5, где указанная лидерная последовательность представляет собой лидерную последовательность из пептида-предшественника LanA, или является лидерной последовательностью, полученной из пептида-предшественника LanA, или является лидерной последовательностью, которая несет консенсусный мотив из пептида-предшественника LanA.
7. Способ по п. 6, где указанная лидерная последовательность распознается дегидратазой типа LanB, циклазой типа LanC, бифункциональным ферментом типа LanM или полифункциональным ферментом типа LanKC или LanL.
8. Способ по любому из предыдущих пунктов, где один или несколько дегидратированных аминокислотных остатков представляют собой дегидроаланин (Dha) или дегидробутирин (Dhb).
9. Способ по любому из предыдущих пунктов, где внутримолекулярная связь представляет собой тиоэфирный или лизиноаланиновый мостик.
10. Последовательность нуклеиновой кислоты, способная "отображать" циклический пептид на поверхности частицы бактериофага, где нуклеиновая кислота кодирует
(a) белок капсида указанной частицы бактериофага;
(b) лидерную последовательность, которая распознается ферментом системы посттрансляционной модификации (РТМ), и
(c) предшественник циклического пептида,
где нуклеиновая кислота, кодирующая предшественник циклического пептида, расположена с С-конца белка капсида указанной частицы бактериофага,
и где указанный предшественник циклического пептида способен образовывать внутримолекулярную связь посредством связывания одного или нескольких дегидратированных остатков с цистеином или лизином.
11. Последовательность нуклеиновой кислоты по п. 10, где указанная лидерная последовательность представляет собой лидерную последовательность из пептида-предшественника LanA, или является лидерной последовательностью, полученной из пептида-предшественника LanA, или является лидерной последовательностью, которая несет консенсусный мотив из пептида-предшественника LanA.
12. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп. 10-11.
13. Частица бактериофага, "отображающая" на своей поверхности циклический пептид, получаемый способом по любому из пп. 1-9.
14. Генетически разнообразная коллекция частиц бактериофага по п. 13, где каждая из указанных частиц бактериофага "отображает" циклический пептид из генетически разнообразной коллекции циклических пептидов, где указанные циклические пептиды содержат внутримолекулярную связь, образованную посредством связывания одного или нескольких дегидратированных остатков с цистеином или лизином.
15. Способ получения циклического пептида, характеризующегося требуемым свойством, включающий:
(a) обеспечение генетически разнообразной коллекции частиц бактериофага по п. 14 и
(b) скрининг указанной генетически разнообразной коллекции и/или отбор из указанной генетически разнообразной коллекции с получением по меньшей мере одной частицы бактериофага, "отображающей" циклический пептид, характеризующийся указанным требуемым свойством.