НЕРЕПЛИКАТИВНЫЕ ТРАНСДУКТОРНЫЕ ЧАСТИЦЫ И ОСНОВАННЫЕ НА ТРАНСДУКТОРНЫХ ЧАСТИЦАХ РЕПОРТЕРНЫЕ СИСТЕМЫ

1. Упаковочная система бактериальной клетки для упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, где указанная бактериальная клетка содержит:
лизогенизированный геном бактериофага, не содержащий ген бактериофага, кодирующий последовательность сайта инициации упаковки, причем удаление указанного гена бактериофага предотвращает упаковку молекулы нуклеиновой кислоты бактериофага в указанную нерепликативную трансдукторную частицу; и
репортерную молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую второй ген бактериофага, причем указанный второй ген бактериофага кодирует последовательность сайта инициации упаковки и облегчает упаковку копии указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в указанную нерепликативную трансдукторную частицу, причем указанный второй ген бактериофага способен экспрессировать белок, который кодируется указанным геном, причем указанная копия указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты образует репликон, поддающийся упаковке в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
2. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты функционально связана с промотором.
3. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 2, в которой промотор выбирают для способствования реактивности репортерной молекулы, экспрессированной из указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в указанной бактериальной клетке.
4. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит точку начала репликации.
5. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный репликон содержит конкатемер, поддающийся упаковке в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
6. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный первый и указанный второй ген бактериофага каждый содержит ген pacA бактериофага P1 Enterobacteriaceae и содержит указанную последовательность сайта инициации упаковки.
7. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный второй ген бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 9.
8. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный репликон представляет собой литический репликон бактериофага P1 Enterobacteriaceae.
9. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный репликон содержит контролируемый репрессором С1 промотор Р53, антисмысловой промотор Р53, ген repL и делецию внутри рамки считывания гена kilA.
10. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный репликон содержит последовательность SEQ ID NO: 3.
11. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный первый и указанный второй ген бактериофага каждый содержит ген малой терминазы (terS), содержащий указанную последовательность сайта инициации упаковки.
12. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный ген terS представляет собой ген terS бактериофага ϕ11 или ϕ80α S. aureus.
13. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный репликон происходит от точки начала репликации плазмиды рТ181 S. aureus.
14. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный репликон содержит последовательность SEQ ID NO: 5.
15. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная последовательность сайта инициации упаковки указанного второго гена бактериофага содержит рас-сайт.
16. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный рас-сайт указанного второго гена бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 7.
17. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная последовательность сайта инициации упаковки указанного второго гена бактериофага содержит cos-сайт.
18. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная последовательность сайта инициации упаковки указанного второго гена бактериофага содержит конкатемерное сцепление.
19. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, дополнительно содержащая плазмиду, содержащую указанную репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
20. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный второй ген бактериофага функционально связан с промотором.
21. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный промотор представляет собой индуцируемый промотор или конститутивный промотор.
22. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанный бактериофаг включает бактериофаг P1 Enterobacteriaceae.
23. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 22, в которой указанный бактериофаг включает бактериофаг ϕ80α или бактериофаг ϕ11 S. aureus.
24. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная бактериальная клетка включает клетку Е. coli.
25. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная бактериальная клетка включает клетку S. aureus.
26. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная бактериальная клетка включает грамотрицательную клетку.
27. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная бактериальная клетка включает грамположительную клетку.
28. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит репортерный ген.
29. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 28, в которой указанный репортерный ген кодирует обнаруживаемый и/или селективный маркер.
30. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 28, в которой указанный репортерный ген выбирают из группы, состоящей из ферментов, опосредующих люминесцентные реакции (luxA, luxB, luxAB, luc, ruc, nluc), ферментов, опосредующих колориметрические реакции (LacZ, HRP), флуоресцентных белков (GFP, eGFP, YFP, RFP, CFP, BFP, mCherry, флуоресцентных белков ближней инфракрасной области), аффинных пептидов (His-Tag, 3X-FLAG) и селективных маркеров (ampC, tet(M), CAT, erm).
31. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит аптамер.
32. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 28, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, которая комплементарна второй последовательности в указанной репортерной молекуле нуклеиновой кислоты.
33. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 32, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
34. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 32, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
35. Упаковочная система бактериальной клетки по любому из пп. 1-34, в которой указанная копия указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, которая комплементарна второй последовательности в указанной копии указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты.
36. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 35, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
37. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 35, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
38. Способ упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, включающий:
обеспечение условий для указанной бактериальной клетки по любому из пп. 1-31, которые индуцируют литическую фазу указанного бактериофага, для получения нерепликативных трансдукторных частиц, упакованных с указанной репортерной молекулой нуклеиновой кислоты; и
выделение указанной нерепликативной трансдукторной частицы, содержащей репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
39. Способ по п. 38, при котором указанная нерепликативная трансдукторная частица не содержит реплицируемый геном бактериофага.
40. Способ по п. 38, при котором указанная индукция указанной литической фазы запускает удаление указанной молекулы нуклеиновой кислоты геномного острова из указанного генома указанной бактериальной клетки.
41. Композиция, содержащая указанную нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую копию указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты, произведенной по указанному способу по любому из пп. 38-40.
42. Упаковочная система бактериальной клетки для упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, где указанная бактериальная клетка содержит:
лизогенизированный геном бактериофага, содержащий первую последовательность сайта инициации упаковки бактериофага, причем указанная первая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага содержит мутацию, которая предотвращает упаковку молекулы нуклеиновой кислоты бактериофага в указанную нерепликативную трансдукторную частицу; и
репортерную молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую вторую последовательность сайта инициации упаковки бактериофага, причем указанная вторая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага не содержит указанную мутацию и облегчает упаковку копии указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в указанную нерепликативную трансдукторную частицу, причем указанная копия репортерной молекулы нуклеиновой кислоты образует репликон для упаковки в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
43. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты функционально связана с промотором.
44. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 43, в которой указанный промотор выбирают для способствования реактивности репортерной молекулы, экспрессированной из указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в указанной бактериальной клетке.
45. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит точку начала репликации.
46. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный репликон содержит конкатемер, поддающийся упаковке в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
47. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная первая и указанная вторая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага каждая содержит последовательность сайта инициации упаковки из гена малой терминазы.
48. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная первая и указанная вторая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага каждая содержит последовательность рас-сайта из гена расА бактериофага Р1 Enterobacteriaceae.
49. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 1, в которой указанная первая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага содержит SEQ ID NO: 2.
50. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная вторая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага содержит SEQ ID NO: 1.
51. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный репликон содержит литический репликон бактериофага P1 Enterobacteriaceae.
52. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 51, в которой указанный репликон содержит контролируемый репрессором С1 промотор Р53, антисмысловой промотор Р53, ген repL и делецию внутри рамки считывания гена kilA.
53. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный репликон содержит последовательность SEQ ID NO: 3.
54. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная первая и указанная вторая последовательность сайта инициации упаковки бактериофаг а каждая содержит последовательность рас-сайта из гена малой терминазы (terS) бактериофага ϕ11 или ϕ80α S. aureus.
55. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный репликон происходит от точки начала репликации плазмиды рТ181 S. aureus.
56. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный репликон содержит последовательность SEQ ID NO: 5.
57. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная первая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 2.
58. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная вторая последовательность сайта инициации упаковки бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 1.
59. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой последовательность сайта инициации упаковки содержит рас-сайт.
60. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой последовательность сайта инициации упаковки содержит cos-сайт.
61. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой последовательность сайта инициации упаковки содержит конкатемерное сцепление.
62. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная мутация в указанной первой последовательности сайта инициации упаковки бактериофага содержит молчащую мутацию.
63. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная мутация в указанной первой последовательности сайта инициации упаковки бактериофага предотвращает расщепление указанной последовательности инициации упаковки.
64. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, дополнительно содержащая плазмиду, содержащую указанную репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
65. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный бактериофаг включает бактериофаг Р1 Enterobacteriaceae.
66. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный бактериофаг включает бактериофаг ϕ11 или ϕ80α S. aureus.
67. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой бактериальная клетка включает клетку Е. coli.
68. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой бактериальная клетка включает клетку S. aureus.
69. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой бактериальная клетка включает грамотрицательную бактериальную клетку.
70. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой бактериальная клетка включает грамположительную бактериальную клетку.
71. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит репортерный ген.
72. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 71, в которой указанный репортерный ген кодирует обнаруживаемый маркер и/или селектируемый маркер.
73. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 71, в которой указанный репортерный ген выбирают из группы, состоящей из: генов, кодирующих ферменты, опосредующие люминесцентные реакции (luxA, luxB, luxAB, luc, ruc, nluc), генов, кодирующих ферменты, опосредующие колориметрические реакции (LacZ, HRP), генов, кодирующих флуоресцентные белки (GFP, eGFP, YFP, RFP, CFP, BFP, mCherry, флуоресцентные белки ближней инфракрасной области), молекул нуклеиновых кислот, кодирующих аффинные пептиды (His-Tag, 3X-FLAG), и генов, кодирующих селективные маркеры (ampC, tet(M), CAT, erm).
74. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 71, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит аптамер.
75. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанный репликон упакован в указанную нерепликативную трансдукторную частицу с помощью упаковочного устройства бактериофага.
76. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, комплементарную второй последовательности в указанной репортерной молекуле нуклеиновой кислоты.
77. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 76, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
78. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 42, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
79. Упаковочная система бактериальной клетки по любому из пп. 42-78, в которой указанная копия указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, которая комплементарна второй последовательности в указанной копии указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты.
80. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 79, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
81. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 79, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
82. Способ упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, включающий:
обеспечение условий для указанной бактериальной клетки по любому из пп. 42-75, которые индуцируют литическую фазу указанного бактериофага для получения нерепликативных трансдукторных частиц, упакованных с указанной репортерной молекулой нуклеиновой кислоты; и
выделение указанной нерепликативной трансдукторной частицы, содержащей репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
83. Способ по п. 82, при котором указанная нерепликативная трансдукторная частица не содержит реплицируемый геном бактериофага.
84. Способ по п. 82, при котором индукция указанной литической фазы запускает удаление указанной молекулы нуклеиновой кислоты геномного острова из указанного генома указанной бактериальной клетки.
85. Композиция, содержащая указанную нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую копию указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты, полученной по указанному способу по любому из пп. 82-84.
86. Упаковочная система бактериальной клетки для упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, где указанная бактериальная клетка содержит:
лизогенизированный геном бактериофага, содержащий первый ген бактериофага, содержащий делецию последовательности сайта инициации упаковки указанного первого гена бактериофага, который предотвращает упаковку молекулы нуклеиновой кислоты бактериофага в указанную нерепликативную трансдукторную частицу; и
репортерную молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую второй ген бактериофага, содержащий вторую последовательность сайта инициации упаковки, которая облегчает упаковку копии указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в указанную нерепликативную трансдукторную частицу, причем указанный второй ген бактериофага кодирует белок, причем указанная копия репортерной молекулы нуклеиновой кислоты образует репликон для упаковки в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
87. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты функционально связана с промотором.
88. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 87, в которой указанный промотор выбирают для содействия реактивности репортерной молекулы, экспрессированной из указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в указанной бактериальной клетке.
89. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой репортерная нуклеиновая кислота содержит точку начала репликации.
90. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный репликон содержит конкатемер, поддающийся упаковке в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
91. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 74, в которой указанный первый и указанный второй гены бактериофага каждый содержит ген pacA бактериофага P1 Enterobacteriaceae и содержит указанную последовательность сайта инициации упаковки.
92. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 87, в которой указанный первый ген бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 6.
93. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 87, в которой указанный второй ген бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 7.
94. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный репликон содержит литический репликон бактериофага P1 Enterobacteriaceae.
95. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 94, в которой указанный репликон содержит контролируемый репрессором С1 промотор Р53, антисмысловой промотор Р53, ген repL и делецию внутри рамки считывания гена kilA.
96. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный репликон содержит последовательность SEQ ID NO: 3.
97. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный первый и указанный второй гены бактериофагов каждый содержит ген малой терминазы (terS), содержащий указанную последовательность сайта инициации упаковки.
98. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 97, в которой указанный ген terS представляет собой ген terS бактериофага ϕ11 или ϕ80α S. aureus.
99. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный первый ген бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 8.
100. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный второй ген бактериофага содержит последовательность SEQ ID NO: 9.
101. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный репликон происходит от точки начала репликации плазмиды рТ181 S. aureus.
102. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный репликон содержит последовательность SEQ ID NO: 5.
103. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой последовательность сайта инициации упаковки указанного второго гена бактериофага содержит рас-сайт.
104. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой последовательность сайта инициации упаковки указанного второго гена бактериофага содержит cos-сайт.
105. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой последовательность сайта инициации упаковки указанного второго гена бактериофага содержит конкатемерное сцепление.
106. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, дополнительно содержащая плазмиду, содержащую указанную репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
107. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный второй ген бактериофага функционально связан с промотором.
108. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 107, в которой указанный промотор представляет собой индуцируемый промотор или конститутивный промотор.
109. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный бактериофаг содержит бактериофаг P1 Enterobacteriaceae.
110. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный бактериофаг содержит бактериофаг ϕ80α или бактериофага ϕ11 S. aureus.
111. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная бактериальная клетка включает клетку Е. coli.
112. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная бактериальная клетка включает клетку S. aureus.
113. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой бактериальная клетка включает грамотрицательную клетку.
114. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой бактериальная клетка включает грамположительную клетку.
115. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит репортерный ген.
116. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 115, в которой указанный репортерный ген кодирует обнаруживаемый и/или селективный маркер.
117. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 62, в которой указанный репортерный ген выбирают из группы, состоящей из генов, кодирующих ферменты, опосредующие люминесцентные реакции (luxA, luxB, luxAB, luc, ruc, nluc), генов, кодирующих ферменты, опосредующие колориметрические реакции (LacZ, HRP), генов, кодирующих флуоресцентные белки (GFP, eGFP, YFP, RFP, CFP, BFP, mCherry, флуоресцентные белки ближней инфракрасной области), молекул нуклеиновых кислот, кодирующих аффинные пептиды (His-Tag, 3X-FLAG), и генов, кодирующих селективные маркеры (ampC, tet(M), CAT, erm).
118. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит аптамер.
119. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанный репликон упакован в указанную нерепликативную трансдукторную частицу с помощью упаковочного устройства бактериофага.
120. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, комплементарную второй последовательности в указанной репортерной молекуле нуклеиновой кислоты.
121. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 120, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
122. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 86, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
123. Упаковочная система бактериальной клетки по любому из пп. 86-122, в которой указанная копия указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, которая комплементарна второй последовательности в указанной копии указанной репортерной молекуле нуклеиновой кислоты.
124. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 123, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
125. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 123, в которой указанная последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
126. Способ упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, включающий:
обеспечение условий для указанной бактериальной клетки по любому из пп. 86-125, которые индуцируют литическую фазу указанного бактериофага для получения нерепликативных трансдукторных частиц, упакованных с указанной репортерной молекулой нуклеиновой кислоты; и
выделение указанной нерепликативной трансдукторной частицы, содержащей репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
127. Способ по п. 126, при котором указанная нерепликативная трансдукторная частица не содержит реплицируемый геном бактериофага.
128. Способ по п. 126, при котором указанная индукция указанной литической фазы запускает удаление указанной молекулы нуклеиновой кислоты геномного острова из указанного генома указанной бактериальной клетки.
129. Композиция, содержащая указанную нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую копию указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты, полученной по указанному способу по любому из пп. 126-128.
130. Упаковочная система бактериальной клетки для упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, где указанная бактериальная клетка содержит:
лизогенизированный геном бактериофага, не содержащий упаковочный ген и содержащий гены, которые кодируют белки, которые образуют указанную нерепликативную трансдукторную частицу; и
молекулу нуклеиновой кислоты геномного острова, содержащую репортерную молекулу нуклеиновой кислоты и упаковочный ген.
131. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанный упаковочный ген содержит ген малой терминазы (terS).
132. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 131, в которой указанный ген terS содержит ген terS бактериофага ϕ80α S. aureus или ген terS бактериофага ϕ11 S. aureus.
133. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 131, в которой указанный ген terS содержит последовательность SEQ ID NO: 9.
134. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты геномного острова содержит молекулу нуклеиновой кислоты геномного острова SaPIbov2.
135. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанную молекулу нуклеиновой кислоты геномного острова выбирают из группы, состоящей из молекул нуклеиновой кислоты геномного острова SaPI, SaPI1, SaPI2, SaPIbov1 и SaPibov2.
136. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 98, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты функционально связана с промотором.
137. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 98, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит точку начала репликации.
138. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанный бактериофаг включает бактериофаг ϕ80α или бактериофаг ϕ11 S. aureus.
139. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная бактериальная клетка включает клетку S. aureus.
140. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты геномного острова содержит ген интегразы и в которой указанный ген интегразы кодирует белок-интегразу для вырезания и интеграции указанной молекулы нуклеиновой кислоты геномного острова из и в бактериальный геном указанной бактериальной клетки.
141. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 140, в которой указанный ген интегразы содержит последовательность SEQ ID NO: 10.
142. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты геномного острова интегрирована в бактериальный геном указанной бактериальной клетки.
143. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты геномного острова может быть реплицирована и она образует молекулу репликона, которая поддается упаковке с помощью упаковочного устройства бактериофага в указанной бактериальной клетке.
144. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 143, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты образует конкатемер.
145. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 143, в которой указанная реплицированная молекула нуклеиновой кислоты геномного острова может быть упакована в указанную нерепликативную трансдукторную частицу.
146. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанный упаковочный ген содержит последовательность рас-сайта.
147. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанный упаковочный ген содержит последовательность cos-сайта.
148. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанный упаковочный ген содержит конкатемерное сцепление.
149. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит репортерный ген.
150. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 149, в которой указанный репортерный ген кодирует обнаруживаемый маркер и/или селектируемый маркер.
151. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 149, в которой указанный репортерный ген выбирают из группы, состоящей из ферментов, опосредующих люминесцентные реакции (luxA, luxB, luxAB, luc, ruc, nluc), ферментов, опосредующих колориметрические реакции (LacZ, HRP), флуоресцентных белков (GFP, eGFP, YFP, RFP, CFP, BFP, mCherry, флуоресцентные белки ближней инфракрасной области), аффинных пептидов (His-Tag, 3X-FLAG) и селективных маркеров (ampC, tet(M), CAT, erm).
152. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит аптамер.
153. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная молекула нуклеиновой кислоты геномного острова не содержит ген интегразы.
154. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 153, дополнительно содержащая бактериальный ген, содержащий ген интегразы, функционально связанный с промотором и причем указанный ген интегразы кодирует белок-интегразу для вырезания и интеграции указанной молекулы нуклеиновой кислоты геномного острова из и в бактериальный геном указанной бактериальной клетки.
155. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 130, в которой указанная репортерная молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, комплементарную второй последовательности в указанной репортерной молекуле нуклеиновой кислоты.
156. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 155, в которой последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
157. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 155, а которой последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
158. Упаковочная система бактериальной клетки по любому из пп. 130-157, в которой указанная копия указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты содержит последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты, комплементарную второй последовательности в указанной копии указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты.
159. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 158, в которой последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты комплементарна клеточному транскрипту.
160. Упаковочная система бактериальной клетки по п. 158, в которой последовательность транскрипта нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
161. Способ упаковки репортерной молекулы нуклеиновой кислоты в нерепликативную трансдукторную частицу, включающий:
обеспечение условий для указанной бактериальной клетки по любому из пп. 130-160, которые индуцируют литическую фазу указанного бактериофага для получения нерепликативных трансдукторных частиц, упакованных с указанной репортерной молекулой нуклеиновой кислоты; и
выделение указанной нерепликативной трансдукторной частицы, содержащей указанную репортерную молекулу нуклеиновой кислоты.
162. Способ по п. 161, при котором указанная нерепликативная трансдукторная частица не содержит реплицируемый геном бактериофага.
163. Способ по п. 161, при котором указанная индукция указанной литической фазы запускает удаление указанной молекулы нуклеиновой кислоты геномного острова из указанного генома указанной бактериальной клетки.
164. Композиция, содержащая указанную нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую копию указанной репортерной молекулы нуклеиновой кислоты, произведенной по указанному способу по любому из пп. 161-163.
165. Способ обнаружения наличия или отсутствия бактериальной клетки в образце, включающий:
введение в образец нерепликативной трансдукторной частицы, содержащей репортерный ген, кодирующий репортерную молекулу, и не содержащей геном бактериофага в таких условиях, что указанная нерепликативная трансдукторная частица может преобразовывать указанную бактериальную клетку и причем указанный репортерный ген может быть экспрессирован в указанной бактериальной клетке;
обеспечение условий для активации указанной репортерной молекулы и
обнаружение наличия или отсутствия репортерного сигнала, передаваемого от указанной экспрессированной репортерной молекулы, причем наличие указанного репортерного сигнала правильно указывает на указанное наличие указанной бактериальной клетки.
166. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 80% специфичность обнаружения по отношению к стандарту.
167. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 90% специфичность обнаружения по отношению к стандарту.
168. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 95% специфичность обнаружения по отношению к стандарту.
169. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 80% чувствительность обнаружения по отношению к стандарту.
170. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 85% чувствительность обнаружения по отношению к стандарту.
171. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 90% чувствительность обнаружения по отношению к стандарту.
172. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 95% чувствительность обнаружения по отношению к стандарту.
173. Способ по п. 165, причем указанный способ обеспечивает по меньшей мере 95% специфичность обнаружения и по меньшей мере 90% чувствительность обнаружения по отношению к стандарту.
174. Способ по любому из пп. 166-173, при котором указанный стандарт представляет собой общепринятый стандарт.
175. Способ по п. 165, при котором указанная бактериальная клетка включает резистентную к метициллину клетку Staphylococcus aureus (MRSA).
176. Способ по п. 165, при котором указанная бактериальная клетка включает чувствительную к метициллину клетку Staphylococcus aureus (MSSA).
177. Способ по п. 165, при котором указанный репортерный ген кодирует обнаруживаемый или селектируемый маркер.
178. Способ по п. 165, при котором указанный репортерный ген выбирают из группы, состоящей из генов, кодирующих ферменты, опосредующие люминесцентные реакции (luxA, luxB, luxAB, luc, ruc, nluc), генов, кодирующих ферменты, опосредующие колориметрические реакции (LacZ, HRP), генов, кодирующих флуоресцентные белки (GFP, eGFP, YFP, RFP, CFP, BFP, mCherry, флуоресцентные белки ближней инфракрасной области), молекул нуклеиновых кислот, кодирующих аффинные пептиды (His-Tag, 3X-FLAG), и генов, кодирующих селективные маркеры (ampC, tet(M), CAT, erm).
179. Способ по п. 165, при котором указанный репортерный ген функционально связан с конститутивным промотором.
180. Способ по п. 165, при котором репортерный сигнал может быть обнаружен от образца при пределе обнаружения (LoD), составляющем менее 1000 колониеобразующих единиц (КОЕ).
181. Способ по п. 165, при котором репортерный сигнал может быть обнаружен от образца при пределе обнаружения (LoD), составляющем менее 100 колониеобразующих единиц (КОЕ).
182. Способ по п. 165, при котором репортерный сигнал может быть обнаружен от образца при пределе обнаружения (LoD), составляющем менее 10 колониеобразующих единиц (КОЕ).
183. Способ по п. 182, при котором репортерный сигнал может быть обнаружен от образца при LoD, составляющем менее пяти КОЕ.
184. Способ по п. 183, при котором репортерный сигнал может быть обнаружен от образца при LoD, составляющем три или менее КОЕ.
185. Способ по п. 165, дополнительно включающий обеспечение антибиотиком указанного образца в заранее определенной концентрации и обнаружение наличия или отсутствия указанного репортерного сигнала для определения того, характеризуется ли указанная бактериальная клетка резистентностью или чувствительностью к указанному антибиотику.
186. Способ по п. 165, дополнительно включающий обеспечение различными предварительно определенными концентрациями антибиотика указанного образца и определение количества указанного репортерного сигнала для определения минимальной ингибирующей концентрации указанной бактериальной клетки для указанного антибиотика.
187. Композиция, содержащая:
конструкт нуклеиновой кислоты, который кодирует репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты, способный образовывать по меньшей мере две конформации, включающие:
первую конформацию, которая предотвращает репортерную экспрессию, содержащую внутримолекулярную двухцепочечную область, содержащую первую подпоследовательность и вторую подпоследовательность, и
вторую конформацию, которая не содержит указанную внутримолекулярную двухцепочечную область и делает возможной экспрессию репортерного гена,
причем преобразование между указанными первой и второй конформациями опосредуется конкурентным связыванием клеточного транскрипта с указанной первой и/или указанной второй подпоследовательностью.
188. Композиция по п. 187, дополнительно содержащая нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую указанный конструкт нуклеиновой кислоты.
189. Композиция по п. 187, в которой указанное конкурентное связывание указанного клеточного транскрипта с указанной первой и/или указанной второй подпоследовательностью приводит к указанной второй конформации указанного репортерного конструкта нуклеиновой кислоты.
190. Композиция по п. 187, в которой указанная первая подпоследовательность или указанная вторая подпоследовательность содержит цис-репрессорную последовательность.
191. Композиция по п. 190, в которой цис-репрессорная последовательность содержит последовательность, которая комплементарна или по существу комплементарна части указанного клеточного транскрипта.
192. Композиция по п. 187, в которой указанная первая подпоследовательность или указанная вторая подпоследовательность содержит последовательность репортерного гена.
193. Композиция по п. 192, в которой указанная последовательность репортерного гена содержит сайт связывания рибосом.
194. Композиция по п. 192, в которой указанная последовательность репортерного гена кодирует обнаруживаемую молекулу.
195. Композиция по п. 194, в которой указанный обнаруживаемый маркер содержит флуоресцентную молекулу или фермент, способный опосредовать люминесцентную или колориметрическую реакцию.
196. Композиция по п. 192, в которой указанная последовательность репортерного гена кодирует селективный маркер.
197. Композиция по п. 196, в которой указанный селективный маркер содержит ген резистентности к антибиотику.
198. Композиция по п. 187, в которой указанная первая подпоследовательность и указанная вторая подпоследовательность находятся в цис-положении по отношению друг к другу на указанном конструкте нуклеиновой кислоты для образования указанной внутримолекулярной двухцепочечной области.
199. Композиция по п. 187, в которой указанная первая подпоследовательность и указанная вторая подпоследовательность комплементарны или по существу комплементарны друг другу для образования указанной внутримолекулярной двухцепочечной области.
200. Композиция по п. 187, в которой указанная первая подпоследовательность или указанная вторая подпоследовательность указанной первой конформации содержит транскрипционную энхансерную последовательность и в которой указанная транскрипционная энхансерная последовательность находится выше против хода транскрипции от кодирующей области указанной последовательности репортерного гена.
201. Композиция по п. 187, в которой указанная первая конформация указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты способна связываться с расщепляющим ферментом.
202. Композиция по п. 187, в которой указанная первая конформация указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты представляет собой мишень для деградации с помощью клеточного фермента.
203. Композиция по п. 187, в которой первая конформация содержит несвязывающую внутримолекулярную область.
204. Композиция по п. 203, в которой указанная несвязывающая внутримолекулярная область расположена со стороны 3' от указанной первой подпоследовательности и со стороны 5' от указанной второй подпоследовательности.
205. Композиция по п. 203, в которой указанная несвязывающая внутримолекулярная область содержит последовательность YUNR, в которой Y представляет собой пиримидин, U представляет собой урацил, N представляет собой любой нуклеотид и R представляет собой пурин.
206. Композиция по п. 187, в которой указанная первая подпоследовательность или указанная вторая подпоследовательность содержит модифицированную последовательность указанного клеточного транскрипта.
207. Композиция по п. 206, в которой модифицированная последовательность содержит нуклеотидную замену.
208. Композиция по п. 206, в которой модифицированная последовательность содержит вставку, делецию или инверсию последовательности указанного клеточного транскрипта.
209. Композиция, содержащая:
конструкт нуклеиновой кислоты, который кодирует репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты, содержащий последовательность репортерного гена и который способен образовывать по меньшей мере две конформации указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты,
первую нестабильную конформацию, которая предотвращает трансляцию указанной последовательности репортерного гена в указанный репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты и
вторую стабильную конформацию, представляющую собой результат связывания указанной первой нестабильной конформации с клеточным транскриптом, причем вторая стабильная вторичная конформация делает возможной трансляцию указанной последовательности репортерного гена указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты.
210. Композиция по п. 209, дополнительно содержащая нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую указанный конструкт нуклеиновой кислоты.
211. Композиция по п. 209, в которой указанный клеточный транскрипт связывается на последовательности 3'UTR указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты.
212. Композиция по п. 209, в которой указанная вторая стабильная вторичная конформация образуется путем расщепления части последовательности указанной первой нестабильной вторичной конформации.
213. Композиция по п. 209, в которой указанная последовательность репортерного гена кодирует обнаруживаемую молекулу.
214. Композиция по п. 213, в которой указанный обнаруживаемый маркер содержит флуоресцентную молекулу или фермент, способный опосредовать люминесцентную или колориметрическую реакцию.
215. Композиция по п. 209, в которой указанная последовательность репортерного гена кодирует селективный маркер.
216. Композиция по п. 215, в которой указанный селективный маркер содержит ген резистентности к антибиотику.
217. Композиция, содержащая:
конструкт нуклеиновой кислоты, который кодирует репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты, содержащий последовательность репортерного гена и который способен образовывать по меньшей мере две конформации указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты, содержащий:
первую конформацию, которая предотвращает дополнительную транскрипцию указанного конструкта нуклеиновой кислоты, и
вторую конформацию, образованную при связывании первой конформации с клеточным транскриптом, причем указанная вторая конформация обеспечивает транскрипцию указанного конструкта нуклеиновой кислоты.
218. Композиция по п. 217, дополнительно содержащая нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую указанный конструкт нуклеиновой кислоты.
219. Композиция по п. 217, в которой указанный репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты содержит цис-репрессорную последовательность.
220. Композиция по п. 218, в которой указанный репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты содержит последовательность репортерного гена.
221. Композиция по п. 220, в которой первая конформация образуется из связывания указанной цис-репрессорной последовательности с указанной последовательностью репортерного гена.
222. Композиция по п. 221, в которой указанная первая конформация представляет собой субстрат для расщепляющего фермента.
223. Композиция по п. 218, в которой указанная первая конформация указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты содержит последовательность, которая образует структуру терминации транскрипции.
224. Композиция по п. 223, в которой связывание указанного клеточного транскрипта с указанной последовательностью, которая образует структуру терминации транскрипции, приводит к расщеплению части указанного репортерного транскрипта нуклеиновой кислоты и образованию указанной второй конформации.
225. Вектор, содержащий регуляторную последовательность, функционально связанную с последовательностью нуклеиновой кислоты, которая кодирует указанный репортерный транскрипт нуклеиновой кислоты по пп. 187-224.
226. Способ обнаружения транскрипта-мишени в клетке, включающий:
введение в указанную клетку указанного репортерного конструкта нуклеиновой кислоты по пп. 187-224 и
обнаружение наличия или отсутствия выходного сигнала от указанной клетки, причем наличие указанного выходного сигнала свидетельствует о наличии транскрипта-мишени в указанной клетке.
227. Способ по п. 226, дополнительно включающий обнаружение наличия бактериальной клетки на основании обнаружения указанного наличия указанного транскрипта-мишени.
228. Способ обнаружения наличия бактериальной клетки в образце, включающий:
введение в указанный образец указанного репортерного конструкта нуклеиновой кислоты по пп. 187-224 и
обнаружение наличия или отсутствия выходного сигнала от указанного образца, причем наличие выходного сигнала указывает на наличие бактериальной клетки в указанном образце.
229. Набор, содержащий:
компартмент для удержания пробы, содержащий клетку и указанный репортерный конструкт нуклеиновой кислоты по пп. 187-224, и
инструкции для обнаружения наличия или отсутствия выходного сигнала от указанного образца, причем наличие выходного сигнала указывает на наличие транскрипта-мишени в указанной клетке.
230. Композиция, содержащая:
нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую репортерный конструкт нуклеиновой кислоты, содержащий первый промотор, функционально связанный с репортерным геном, причем указанный первый промотор может быть индуцирован с помощью эндогенного белка-индуктора в бактериальной клетке.
231. Способ обнаружения наличия бактериальной клетки в образце, включающий:
контактирование указанного образца с нерепликативной трансдукторной частицей, содержащей репортерный конструкт нуклеиновой кислоты, содержащий первый промотор, функционально связанный с репортерным геном, причем указанный первый промотор может быть индуцирован с помощью воздействия эндогенного белка-индуктора на указанную бактериальную клетку; и
определение наличия или отсутствия выходного сигнала от указанного репортерного гена, причем указанное наличие указанного выходного сигнала свидетельствует о наличии указанной бактериальной клетки в указанном образце.
232. Способ по п. 231, при котором указанный первый промотор представляет собой такой же, как индуцируемый промотор, функционально связанный с молекулой-мишенью нуклеиновой кислоты в указанной бактериальной клетке.
233. Композиция, содержащая:
нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую репортерный конструкт нуклеиновой кислоты, содержащий репортерный ген, который кодирует репортерную молекулу, нерепликативная трансдукторная частица способна проникать в бактериальную клетку; и
огражденный субстрат, который находится экзогенно по отношению к указанной бактериальной клетке так, что после удаления ограждения способен реагировать с указанной репортерной молекулой в указанной клетке.
234. Способ обнаружения наличия бактериальной клетки в образце, включающий:
контактирование указанного образца с огражденным субстратом и нерепликативной трансдукторной частицей, содержащей репортерный конструкт нуклеиновой кислоты, содержащий репортерный ген, который кодирует репортерную молекулу, огражденный субстрат находится экзогенно по отношению к указанной клетке так, что после удаления ограждения он способен связываться с указанной репортерной молекулой в указанной бактериальной клетке; и
обнаружение наличия или отсутствия выходного сигнала из указанной репортерной молекулы, причем указанное наличие указанного выходного сигнала свидетельствует о наличии указанной бактериальной клетки в указанном образце.
235. Способ по п. 234, при котором фермент-мишень в указанной клетке связывается с указанным огражденным субстратом для получения неогражденного субстрата.
236. Способ по п. 235, при котором указанный неогражденный субстрат взаимодействует с указанной репортерной молекулой для получения указанного выходного сигнала.
237. Композиция, содержащая:
нерепликативную трансдукторную частицу, содержащую репортерный конструкт нуклеиновой кислоты, кодирующий переключаемую молекулу, способную связываться с молекулой-мишенью в бактериальной клетке с образованием комплекса; и
субстрат, способный к проникновению в указанную клетку и связыванию с указанным комплексом для получения обнаруживаемого сигнала от указанной клетки.
238. Способ обнаружения наличия бактериальной клетки в образце, включающий:
контактирование указанного образца с субстратом и нерепликативной трансдукторной частицей, содержащей репортерный конструкт нуклеиновой кислоты, кодирующий переключаемую молекулу, способную связываться с молекулой-мишенью в указанной клетке с образованием комплекса, субстрат, способный связываться с указанным комплексом с образованием связанного с субстратом комплекса; и
обнаружение наличия или отсутствия выходного сигнала от указанного связанного с субстратом комплекса, причем указанное наличие указанного выходного сигнала свидетельствует о наличии указанной бактериальной клетки в указанном образце.
239. Способ по п. 238, при котором связывание указанной переключаемой молекулы с указанной молекулой-мишенью производит конформационное изменение в указанной переключаемой молекуле.
240. Способ по п. 239, при котором конформационное изменение в указанной переключаемой молекуле позволяет указанному субстрату связываться с указанным комплексом.