СИСТЕМА И СПОСОБ ИНТЕРПРЕТАЦИИ ДАННЫХ И ПРЕДОСТАВЛЕНИЯ РЕКОМЕНДАЦИЙ ПОЛЬЗОВАТЕЛЮ НА ОСНОВЕ ЕГО ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДАННЫХ И ДАННЫХ О СОСТАВЕ МИКРОБИОТЫ КИШЕЧНИКА

1. Система рекомендаций для пользователя на основе его генетических данных и данных о составе микробиоты кишечника, содержащая:
блок получения первичных данных, выполненный с возможностью получения генетических данных пользователя и/или данных о микробиоте кишечника пользователя;
блок контроля качества, выполненный с возможностью проверки качества генетических данных пользователя и/или данных о микробиоте кишечника пользователя, полученных блоком получения первичных данных, причем генетические данные включают в себя однонуклеотидные полиморфизмы, а данные о микробиоте включают в себя чтения;
блок популяционного анализа генетических данных, выполненный с возможностью определения отцовской и материнской гаплогруппы, популяционного состава генетических данных;
блок таксономического анализа данных по микробиоте, выполненный с возможностью классификации чтений по базе данных последовательностей генов 16S рРНК;
блок определения риска заболеваний, выполненный с возможностью определения риска заболеваний, защищенности от заболеваний, а также проверки генотипа на наличие патогенных аллелей и оценки статуса носительства наследственных заболеваний,
блок определения признаков, выполненный с возможностью определения состояний признаков пользователя путем редукции графа зависимостей признаков;
блок формирования рекомендаций для пользователя, выполненный с возможностью формирования рекомендации пользователю на основании данных блока определения риска заболеваний и блока определения признаков пользователя.
2. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок получения первичных данных получает файлы секвенирования в формате FASTQ или FASTA, полученные с секвенатора.
3. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок контроля качества получает генетические данные пользователя из кремниевого биочипа посредством сканера биочипов.
4. Способ по п. 3, характеризующийся тем, что генетические данные содержат данные о генотипах однонуклеотидных полиморфизмов пользователя, содержащие полиморфизмы Х- и Y-хромосом.
5. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок контроля качества дополнительно определяет пол пользователя посредством подсчета количества однонуклеотидных полиморфизмов по Х- и по Y-хромосомам.
6. Способ по п. 5, характеризующийся тем, что в случае мужского пола блок контроля качества конвертирует однонуклеотидные полиморфизмы в гомозиготном состоянии с Х- и Y-хромосом в однонуклеотидные полиморфизмы в гемизиготном состоянии. Однонуклеотидные полиморфизмы в гетерозиготном состоянии с Х- и Y-хромосом отфильтровываются.
7. Способ по п. 5, характеризующийся тем, что в случае женского пола все однонуклеотидные полиморфизмы с Y-хромосомой отфильтровываются и не попадают в итоговую выборку генетических данных.
8. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок контроля качества осуществляет отсеивание чтений со средним баллом качества ниже заранее заданного порогового.
9. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок контроля качества с концов чтений удаляет позиции, имеющие низкий балл качества.
10. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок контроля качества отсеивает постороннюю генетическую информацию в чтениях, имеющих биологическое или небиологическое происхождение, возникающую из-за прочтения артефактных последовательностей.
11. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок популяционного анализа генетических данных определяет отцовскую гаплогруппу на основании дерева мутаций для Y хромосомы и генетических данных пользователя.
12. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок популяционного анализа генетических данных определяет материнскую гаплогруппу на основании дерева мутаций для митохондрии и генетических данных пользователя.
13. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок популяционного анализа генетических данных определяет популяционный состав на основании данных о генотипах людей из разных популяций и генетических данных пользователя.
14. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок популяционного анализа генетических данных на основании генетических данных пользователя, набора унаследованных от неандертальца аллелей в определенных полиморфизмах определяет общее количество неандертальских аллелей.
15. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что при классификации по базе данных последовательностей генов 16S рРНК, данная база данных содержит набор геномов бактерий и/или архей, встречающихся в кишечнике пользователя.
16. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок таксономического анализа данных о микробиоте определяет относительную представленность микробного генома или вида.
17. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок таксономического анализа данных о микробиоте формирует прореженные таблицы представленности по другим таксономическим уровням.
18. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок определения риска заболеваний оценивает аномальность генетических данных посредством проверки суммарного процента чтений, относящихся к одному из таксонов из списка оппортунистических патогенов.
19. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок определения риска заболеваний определяет защищенность от заболеваний пользователя по данным о микробиоте на основании референсных данных.
20. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что блок определения признака осуществляет проверку на наличие циклов в графе зависимостей, и при наличии циклов блок не дает запустить редукцию графа.