ЛЕЧЕНИЕ ЗЛОКАЧЕСТВЕННОЙ ОПУХОЛИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ХИМЕРНОГО РЕЦЕПТОРА АНТИГЕНА ПРОТИВ CD19

1. Применение композиции, содержащей клетку (например, популяцию клеток), экспрессирующую молекулу CAR, которая связывается с CD19 (“CAR19-экспрессирующая клетка") в комбинации с одним или несколькими ингибиторами киназы для лечения млекопитающего, страдающего заболеванием, связанным с экспрессией CD19, где ингибитор киназы выбран из ингибитора тирозинкиназы Брутона (BTK), ингибитора циклин-зависимой киназы 4 (CDK4), ингибитора mTOR или ингибитора митоген-активированной протеинкиназы, взаимодействующей с киназой (MNK).
2. Способ лечения млекопитающего, страдающего заболеванием, связанным с экспрессией CD19, включающий введение млекопитающему эффективного количества клетки (например, популяции клеток), экспрессирующей молекулу CAR, которая связывается с CD19 (CAR19-экспрессирующая клетка), в комбинации с одним или несколькими ингибиторами киназы, выбранными из ингибитора тирозинкиназы Брутона (BTK), ингибитора циклин-зависимой киназы 4 (CDK4), ингибитора mTOR или ингибитора митоген-активированной протеинкиназы, взаимодействующей с киназой (MNK).
3. Применение по п.1 или способ по п.2, где ингибитор киназы и CD19-экспрессирующую клетку вводят млекопитающему в качестве терапии первой линии.
4. Применение по п.1 или способ по п.2, где CAR19-экспрессирующую клетку вводят млекопитающему после введения ингибитора киназы.
5. Применение или способ по п.4, где:
CAR19-экспрессирующую вводят млекопитающему после прекращения введения ингибитора киназы; или
введение ингибитора киназы начинается перед введением CAR19-экспрессирующей клетки, и CAR19-эксерссирующую клетку вводят в комбинации с продолжающимся введением ингибитора киназы.
6. Применение или способ по любому из пп.1-4, где млекопитающее представляет собой или идентифицируется как полностью или частично отвечающим на ингибитор BTK (например, ибрутиниб) или как полностью или частично отвечающим на CAR19-экспрессирующую клетку.
7. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор BTK выбран из ибрутиниба, GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13.
8. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор CDK4 выбран из: пальбоциклиба, алоизина A, флавопиридола, 2-(2-хлорфенил)-5,7-дигидрокси-8-[(3S,4R)-3-гидрокси-1-метил-4-пиперидинил]-4-хроменона; кризотиниба (PF-02341066, P276-00, RAF265, индисулама, росковитина, динациклиба, BMS 387032, MLN8054, AG-024322, AT7519, AZD5438, BMS908662); или рибоциклиба.
9. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор mTOR выбран из: рапамицина, аналога рапамицина, такого как эверолимус, темсиролимус, ридафоролимус, семапимод, AZD8055, PF04691502, SF1126, XL765 или OSI-027.
10. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор MNK выбран из: CGP052088, CGP57380, церкоспорамида, ETC-1780445-2 или 4-амино-5-(4-фторанилино)пиразолo [3,4-d] пиримидина.
11. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где ингибитор киназы представляет собой ибрутиниб в дозе, равной приблизительно 250 мг, 300 мг, 350 мг, 400 мг, 420 мг, 440 мг, 460 мг, 480 мг, 500 мг, 520 мг, 540 мг, 560 мг, 580 мг или 600 мг в сутки.
12. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где клетка экспрессирует молекулу CAR, содержащую CD19 связывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен.
13. Применение или способ по п.12, где внутриклеточный сигнальный домен содержит костимуляторный домен и первичный сигнальный домен.
14. Применение или способ по п.12 или 13, где молекула CAR содержит CD19-связывающий домен, содержащий определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC), определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC), определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC) CD19-связывающего домена.
15. Применение или способ по любому из пп.12-14, где CD19-связывающий домен содержит вариабельную область легкой цепи мыши, указанную в Таблице 7, вариабельную область тяжелой цепи мыши, указанную в Таблице 7, или обе эти области.
16. Применение или способ по любому из пп.12-15, где CD19-связывающий домен содержит CDR1 LC с SEQ ID NO: 5, CDR2 LC c SEQ ID NO: 26 и CDR3 LC c SEQ ID NO: 27.
17. Применение или способ по любому из пп.12-16, где CD19-связывающий домен содержит CDR1 HC с SEQ ID NO: 19, CDR2 HC c SEQ ID NO: 20-23 и CDR3 HC c SEQ ID NO: 24.
18. Применение или способ по любому из пп.12-17, где CD19-связывающий домен содержит последовательность SEQ ID NO:59, или последовательность, которая на 95-99% идентична ей.
19. Применение или способ по любому из пп.12-14, 16 или 17, где CD19-связывающий домен представляет собой гуманизированный CD19-связывающий домен.
20. Применение или способ по п.19, где гуманизированный CD19-связывающий домен содержит последовательность, выбранную из: SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11 и SEQ ID NO:12, или последовательность, которая на 95-99% идентична ей.
21. Применение или способ по п.19 или 20, где гуманизированный CD19-связывающий домен представляет собой scFv, который содержит вариабельную область легкой цепи, присоединенную к вариабельной области тяжелой цепи посредством линкера, например,
при линкер содержит последовательность SEQ ID NO: 53.
22. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где молекула CAR содержит трансмембранный домен из белка, выбранного из: альфа, бета или дзета цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3-эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 или CD154.
23. Применение или способ по п.22, где трансмембранный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 15.
24. Применение или способ по п.12, где CD19-связывающий домен соединен с трансмембранным доменом посредством шарнирной области, например, где шарнирная область содержит последовательность SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 45.
25. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где молекула CAR содержит костимулирующий домен, например, где костимуляторный домен содержит функциональный сигнальный домен из белка, выбранного из: OX40, CD2, CD27, CD28, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18) или 4-1BB (CD137), например, где костимулирующий домен содержит последовательность SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO:51.
26. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где молекула CAR содержит внутриклеточный сигнальный домен, например, где внутриклеточный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен 4-1ВВ, функциональный сигнальный домен CD3 дзета, или оба этих домена, или где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность CD27, функциональный сигнальный домен CD3 дзета, или обе эти последовательности.
27. Применение или способ по п.26, где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 16, последовательность SEQ ID NO:17, или обе эти последовательности; где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO:16, последовательность SEQ ID NO:43, или обе эти последовательности; где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 51, последовательность SEQ ID NO:17, или обе эти последовательности; или где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO:51, последовательность SEQ ID NO:43, или обе эти последовательности.
28. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где молекула CAR дополнительно содержит лидерную последовательность, например, где лидерная последовательность содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 13.
29. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где молекула CAR содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41 или SEQ ID NO:42.
30. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, для применения в комбинации со средством, которое ингибирует молекулу иммунного ингибитора, выбранную из: PD1, PD-L1, CTLA4, TIM3, CEACAM (например, CEACAM-1, CEACAM-3 и/или CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4 или TGFR бета.
8
31. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где композиция содержит 1-5х10 CAR-экспрессирующих клеток.
32. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где заболевание, связанное с экспрессией CD19, представляет собой злокачественную опухоль.
33. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где заболевание, связанное с экспрессией CD19, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль, выбранную из лейкоза или лимфомы.
34. Применение или способ по п.32, где злокачественная опухоль выбрана из: хронического лимфоцитарного лейкоза (CLL), лимфомы из клеток мантийной зоны (MCL), множественной миеломы, острого лимфоидного лейкоза (ALL), лимфомы Ходжкина, B-клеточного острого лимфоидного лейкоза (BALL), T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (TALL), мелкоклеточного лимфоцитарного лейкоза (SLL), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, новообразования из бластных плазмацитоидных дендритных клеток, лимфомы Беркитта, диффузной крупноклеточной B-клеточной лимфомы (DLBCL), DLBCL, ассоциированной с хроническим воспалением, фолликулярной лимфомы, педиатрической фолликулярной лимфомы, волосатоклеточного лейкоза, мелкоклеточной или крупноклеточной фолликулярной лимфомы, злокачественных лимфопролиферативных состояний, MALT-лимфомы (внеузловая лимфома маргинальной зоны ассоциированной со слизистыми оболочками лимфоидной ткани), лимфомы маргинальной зоны, миелодисплазии и миелодиспластического синдрома, неходжкинской лимфомы, плазмабластной лимфомы, новообразования из плазмацитоидных дендритных клеток, макроглобулинемии Вальденстрема, лимфомы маргинальной зоны селезенки, лимфомы/лейкоза селезенки, диффузной мелкоклеточной B-клеточной лимфомы красной пульпы селезенки, волосатоклеточного лейкоза-варианта, лимфоплазматической лимфомы, болезни тяжелых цепей, плазмацитарной миеломы, одиночной плазмацитомы кости, внекостной плазмацитомы, лимфомы маргинальной зоны лимфатических узлов, педиатрической лимфомы маргинальной зоны лимфатических узлов, первичной кожной лимфомы фолликулярного центра, лимфоматоидного гранулематоза, первичной средостенной (тимической) крупноклеточной B-клеточной лимфомы, внурисосудистой крупноклеточной B-клеточной лимфомы, ALK+ крупноклеточной B-клеточной лимфомы, крупноклеточной B-клеточной лимфомы, возникающей на фоне ассоциированного с HHV8 мультицентрового заболевания Кастлемана, первичной выпотной лимфомы, B-клеточной лимфомы или неклассифицируемой лимфомы.
35. Применение или способ по п.32, где злокачественная опухоль выбрана из MCL, CLL, ALL, лимфомы Ходжкина или множественной миеломы.
36. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов формулы изобретения, для применения в комбинации с цитокином.
37. Применение или способ по п.36, где цитокин представляет собой IL-7, IL-15 или IL-21.
38. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где CAR представляет собой регулируемый CAR (RCAR).
39. Применение или способ по п.38, где RCAR содержит:
внутриклеточный сигнальный член, содержащий внутриклеточный сигнальный домен и первый домен переключения,
антигенсвязывающий член, содержащий антигенсвязывающий домен, который связывается с CD19, и второй домен переключения; и
трансмембранный домен.
40. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где млекопитающее имеет или идентифицировано как имеющее мутацию BTK.
41. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где заболевание, связанное с экспрессией CD19, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль, и где резистентность к ингибитору ВТК, к клетке, экспрессирующей молекуле CAR, или к ним обоим, отсрочено или снижается.
42. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где заболевание, связанное с экспрессией CD19, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль, и где ремиссия гематологической злокачественной опухоли удлиняется или рецидив гематологической злокачественной опухоли задерживается.
43. Применение или способ по п.1 или 2, где CAR19-экспрессирующие клетки вводят в комбинации со вторым ингибитором киназы, где второй ингибитор киназы отличается от ибрутиниба, если млекопитающее не отвечает, или идентифицировано как не отвечающее, на ибрутиниб или имеет рецидив на фоне ибрутиниба.
44. Применение или способ по п.43, где второй ингибитор киназы выбран из одного или нескольких GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13 или их комбинации.
45. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где млекопитающее частично отвечает (или идентифицировано как частично отвечающее) на ингибитор киназы, и млекопитающему вводят CAR19-экспрессирующие клетки, отдельно или в комбинации с ингибитором BTK, в период частичного ответа.
46. Применение по п.1 или способ по п.2, где млекопитающее не отвечает (или идентифицировано как не отвечающее) и имеет прогрессирующее или стабильное течение заболевания после лечения ибрутинибом, и млекопитающему вводят CAR19-экспрессирующие клетки, отдельно или в комбинации со вторым ингибитором BTK, в период прогрессирующего или стабильного заболевания,
где второй ингибитор киназы отличается от ибрутиниба.
47. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где ингибитор ВТК представляет собой ибрутиниб в составе для введения на протяжении 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или более циклов лечения, например, где продолжительность цикла составляет 21 или 28 дней.
48. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, включающий проведение лифоцитарной инфузии CD19-экспрессирующими клетками.
49. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где клетки или ингибитор киназы входят в состав для одновременного введения.
50. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где
клетки или ингибитор киназы входят в состав для последовательного введения.
51. Применение или способ по любому из предыдущих пунктов, где у млекопитающего проведено истощение лимфоцитов.
52. Применение или способ по п.51, где истощение лимфоцитов включает введение одного или нескольких: мелфалана, цитоксана, циклофосфамида и флударабина.
53. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий введение млекопитающему низкой усиливающей иммунитет дозы ингибитора mTOR.
54. Применение или способ по п.53, где ингибитор mTOR представляет собой эверолимус или рапамицин.
55. Способ получения CAR19-экспрессирующих клеток (например, CAR-экспрессирующих иммунных эффекторных клеток) или популяции клеток, включающий:
приведение клетки или популяции клеток в контакт с ингибитором BTK; и
введение (например, трансдукцию) нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулу CAR в клетку или популяцию клеток в условиях, при которых происходит экспрессия молекулы CAR.
56. Способ по п.55, где CAR представляет собой молекулу CAR, которая связывается с CD19.
57. Способ по п.55 или 56, где клетка представляет собой Т-клетку или NK-клетку, или где популяция клеток включает Т-клетки, NK-клетки или оба эти типа.
58. Способ по любому из пп. 55-57, который включает приведение клетки или популяции клеток в контакт с ингибитором BTK в течение 10-20, 20-30, 30-40, 40-60 или 60-120 минут и затем удаление большей части или всего ингибитора BTK из клетки или популяции клеток.
59. Способ по любому из пп.55-58, где ингибитор BTK добавляют после сбора клетки или популяции клеток или до стимуляции клетки или популяции клеток.
60. Способ по любому из пп.55-59, где ингибитор BTK выбран из ибрутиниба, GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13.
61. Способ по любому из пп.55-60, где популяция клеток также содержит злокачественные клетки.
62. Способ по п.61, где ингибитор BTK ингибирует BTK в злокачественных клетках.
63. Способ по любому из пп.55-62, дополнительно включающий истощение T-регуляторных клеток (например, CD25+ клеток) в популяции клеток.
64. Реакционная смесь, содержащая популяцию иммунных эффекторных клеток, ингибитор BTK и молекулу CAR или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу CAR.
65. Реакционная смесь по п.64, где одна или несколько иммунных эффекторных клеток экспрессирует молекулу CAR или содержат нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу CAR.
66. Реакционная смесь по п.64, где ингибитор BTK выбран из ибрутиниба, GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13.
67. Реакционная смесь по п.64, которая дополнительно содержит злокачественные клетки.
68. Реакционная смесь, содержащая популяцию иммунных эффекторных клеток, и молекулу CAR или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу CAR, где иммунные эффекторные клетки содержат ковалентно инактивированную интерлейкин-2-индуцибельную киназу (ITK).
69. Реакционная смесь по п.68, которая дополнительно содержит злокачественные клетки.
70. Реакционная смесь по п.68, где злокачественные клетки содержат ковалентно инактивированную BTK.
71. Композиция, содержащая клетку, которая экспрессирует молекулу CAR19, которая связывается с CD19 ("СD19-экспрессирующая клетка") и один или несколько ингибиторов киназы, где ингибитор киназы выбран из ингибитора тирозинкиназы Брутона (BTK), ингибитора циклин-зависимой киназы 4 (CDK4), ингибитора mTOR или ингибитора митоген-активированной протеинкиназы, взаимодействующей с киназой (MNK).
72. Композиция по п. 71, где CAR19-экспрессирующая клетка и один или несколько ингибиторов киназы находятся в одной лекарственной форме или в двух или более лекарственных формах.
73. Композиция по п.71 или 72 для применения в качестве лекарственного средства.
74. Композиция по п.71 или 72 для применения для лечения заболевания, связанного с экспрессией CD19.
75. Применение, способ или композиция по любому из предыдущих пунктов, где CAR19-экспрессирующие клетки представляют собой иммунные эффекторные клетки человека (например, T-клетки человека или NK-клетки человека) или популяцию клеток.