КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДИАГНОСТИРОВАНИЯ РАКОВЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ ЛЕГКИХ С ПОМОЩЬЮ ПРОФИЛЕЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ

1. Композиция для диагностирования наличия или оценки прогрессирования рака легких у млекопитающего, причем указанная композиция содержит по меньшей мере 10 полинуклеотидов, или олигонуклеотидов, или лигандов, при этом каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд гибридизируется в образце с отдельным геном, фрагментом гена, транскриптом или продуктом экспрессии гена, выбранными из генов, представленных в таблице I.
2. Композиция по п. 1, в которой по меньшей мере один полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к обнаруживаемой метке.
3. Композиция по п. 2, в которой каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к отдельной обнаруживаемой метке.
4. Композиция по п. 1, дополнительно содержащая захватывающий олигонуклеотид, который гибридизируется с по меньшей мере одним полинуклеотидом или олигонуклеотидом.
5. Композиция по п. 4, в которой захватывающий олигонуклеотид способен гибридизироваться с каждым полинуклеотидом или олигонуклеотидом.
6. Композиция по п. 4 или 5, в которой захватывающий олигонуклеотид связывается с субстратом.
7. Композиция по п. 6, дополнительно содержащая субстрат, с которым связывается захватывающий олигонуклеотид.
8. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 15 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
9. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 25 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
10. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 50 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
11. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 75 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
12. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 100 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
13. Композиция по п. 1, содержащая по меньшей мере 500 полинуклеотидов или олигонуклеотидов.
14. Композиция по п. 1, содержащая полинуклеотиды или олигонуклеотиды, способные гибридизироваться с каждым отдельным геном, фрагментом гена, транскриптом или продуктом экспрессии гена, перечисленными в таблице I.
15. Композиция для диагностирования наличия или оценки прогрессирования рака легких у млекопитающего, причем указанная композиция содержит по меньшей мере 10 полинуклеотидов, или олигонуклеотидов, или лигандов, причем каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд гибридизируется в образце с отдельным геном, фрагментом гена, транскриптом или продуктом экспрессии гена, выбранными из генов, представленных в таблице II.
16. Композиция по п. 15, в которой по меньшей мере один полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к обнаруживаемой метке.
17. Композиция по п. 16, в которой каждый полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд присоединен к отдельной обнаруживаемой метке.
18. Композиция по п. 15, дополнительно содержащая субстрат.
19. Композиция по п. 15, содержащая по меньшей мере 15 лигандов.
20. Композиция по п. 15, содержащая по меньшей мере 20 лигандов.
21. Композиция по п. 15, содержащая по меньшей мере 30 лигандов.
22. Композиция по п. 15, содержащая полинуклеотид, или олигонуклеотид, или лиганд, способные гибридизироваться с каждым отдельным продуктом экспрессии генов, перечисленных в таблице II.
23. Набор, содержащий композицию по любому из пп. 1-22, и аппарат для взятия образцов.
24. Набор по п. 23, в котором указанный аппарат для взятия образцов содержит пробирку для хранения крови, которая содержит реагент, стабилизирующий образец.
25. Набор по п. 24, в котором реагент стабилизирует мРНК в образце.
26. Способ диагностирования наличия или оценки рака легких у млекопитающего, включающий в себя идентификацию изменений экспрессии 10 или более генов в образце указанного субъекта, причем указанные гены выбираются из генов, представленных в таблице I, или генов, представленных в таблице II; а также сравнение уровней экспрессии генов у указанного субъекта с уровнями экспрессии аналогичных генов в эталонном или контрольном образце, при этом изменения экспрессии генов субъект по сравнению с экспрессией генов эталонного образца коррелируют с диагностикой или оценкой рака легких.
27. Способ по п. 26, в котором указанные диагностирование или оценка включают в себя одно или более из диагностирования рака легких, диагностирования доброкачественного узелка, диагностирования стадии рака легких, диагностирования типа или классификации рака легких, диагностирования или выявления рецидива рака легких, диагностирования или выявления регрессии рака легких, прогнозирования рака легких или оценки ответа рака легких на хирургическое или нехирургическое лечение.
28. Способ по п. 26, в котором указанные изменения включают в себя повышение регуляции одного или более выбранных генов по сравнению с указанным эталонным или контрольным образцом или снижение регуляции одного или более выбранных генов по сравнению с указанным эталонным или контрольным образцом.
29. Способ по п. 26, дополнительно включающий в себя идентификацию размера легочного узелка у субъекта.
30. Способ по п. 26, в котором специфичность составляет около 46% при чувствительности около 90%.
31. Способ по п. 26, в котором специфичность составляет около 54% при чувствительности около 90% для узелков <10 мм.
32. Способ по п. 26, в котором точность составляет около 88% для узелков ≤8 мм, около 75% для узелков >8 мм и ≤12 мм, около 68% для узелков >12 мм и ≤16 мм и около 53% для узелков >16 мм.
33. Способ по п. 26, дополнительно включающий в себя применение композиции по любому из пп. 1-21 для указанной диагностики.
34. Способ по п. 26, в котором указанный эталонный или контрольный образец содержит три или более генов из таблицы I в образце по меньшей мере одного эталонного субъекта, причем указанный эталонный субъект выбирается из группы, состоящей из: (а) курильщика с раковым заболеванием, (b) курильщика с нераковым заболеванием, (с) бывшего курильщика с нераковым заболеванием, (d) здорового некурящего субъекта без заболеваний, (е) некурящего с хроническим обструктивным заболеванием легких (ХОЗЛ), (f) бывшего курильщика с ХОЗЛ, (g) субъекта с солидной опухолью легких перед операцией по ее удалению; (h) субъекта с солидной опухолью легких после хирургического удаления указанной опухоли; (i) субъекта с солидной опухолью легких перед проведением ее лечения; а также (j) субъекта с солидной опухолью легких во время или после проведения ее лечения.
35. Способ по п. 34, в котором указанный эталонный или контрольный субъект (a)-(j) является тем же самым исследуемым субъектом в более ранний момент времени.
36. Способ по любому из пп. 26-34, в котором образцом является периферическая кровь.
37. Способ по п. 36, в котором нуклеиновые кислоты в образце были стабилизированы перед проведением идентификации изменений в уровнях экспрессии генов.
38. Способ выявления рака легких у пациента, причем способ включает в себя:
a. получение образца от пациента; и
b. выявление изменения экспрессии по меньшей мере 10 генов, выбранных из таблицы I или таблицы II, в образце пациента по сравнению с контрольным образцом путем приведения образца в контакт с композицией, содержащей олигонуклеотиды, полинуклеотиды или лиганды, специфические для каждого отдельного транскрипта или продукта экспрессии по меньшей мере 10 генов из таблицы I или таблицы II, и выявления связывания между олигонуклеотидом, полинуклеотидом или лигандом и продуктом гена или продуктом экспрессии гена.
39. Способ диагностирования рака легких у субъекта, причем указанный способ включает в себя:
a. получение образца крови от субъекта;
b. выявление изменения экспрессии по меньшей мере 10 генов, выбранных из таблицы I или таблицы II, в образце пациента по сравнению с контрольным образцом путем приведения образца в контакт с композицией, содержащей олигонуклеотиды, полинуклеотиды или лиганды, специфические для каждого отдельного транскрипта или продукта экспрессии по меньшей мере 100 генов из таблицы I или таблицы II, и выявления связывания между олигонуклеотидом, полинуклеотидом или лигандом и продуктом гена или продуктом экспрессии гена; и
с. диагностирование рака у субъекта при выявлении изменений экспрессии генов субъекта по сравнению с экспрессией генов эталонного образца.
40. Способ диагностирования и лечения рака легких у субъекта с неопластическим ростом, причем указанный способ включает в себя:
a. получение образца крови от субъекта;
b. выявление изменения экспрессии по меньшей мере 10 генов, выбранных из таблицы I или таблицы Н, в образце пациента по сравнению с контрольным образцом путем приведения образца в контакт с композицией, содержащей олигонуклеотиды, полинуклеотиды или лиганды, специфические для каждого отдельного транскрипта или продукта экспрессии по меньшей мере 10 генов из таблицы I или таблицы II, и выявления связывания между олигонуклеотидом, полинуклеотидом или лигандом и продуктом гена или продуктом экспрессии гена;
c. диагностирование рака у субъекта при выявлении изменений экспрессии генов субъекта по сравнению с экспрессией генов эталонного образца; и
d. удаление неопластического роста.