ЛЕЧЕНИЕ ЗЛОКАЧЕСТВЕННОЙ ОПУХОЛИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ХИМЕРНОГО РЕЦЕПТОРА АНТИГЕНА ПРОТИВ CD19

1. Композиция, содержащая клетку (например, популяцию клеток), которая экспрессирует молекулу CAR, которая связывает CD19 ("CAR19-экспрессирующая клетка"), для применения в комбинации с одним или несколькими ингибиторами киназ для лечения млекопитающего, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, где ингибитор киназы выбран из ингибитора тирозинкиназы Брутона (BTK), ингибитора циклин-зависимой киназы 4 (CDK4), ингибитора mTOR или ингибитора киназы, взаимодействующей с митоген-активируемой протеинкиназой (MNK).
2. Способ лечения млекопитающего, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, включающий введение млекопитающему эффективного количества клеток (например, популяции клеток), которые экспрессируют молекулу CAR, которая связывает CD19 (CAR19-экспрессирующие клетки), в комбинации с одним или несколькими ингибиторами киназ для лечения млекопитающего, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, где ингибитор киназы выбран из ингибитора тирозинкиназы Брутона (BTK), ингибитора циклин-зависимой киназы 4 (CDK4), ингибитора mTOR или ингибитора киназы, взаимодействующей с митоген-активируемой протеинкиназой (MNK).
3. Применение или способ по п.1 или 2, где ингибитор киназы и CAR19-экспрессирующую клетку вводят млекопитающему в качестве терапии первой линии.
4. Применение или способ по п.1 или 2, где CAR19-экспрессирующую клетку вводят млекопитающему после введения ингибитора киназы.
5. Применение или способ по п.4, где:
(i) CAR19-экспрессирующую клетку вводят после прекращения введения ингибитора киназы; или
(ii) введение ингибитора киназы начинают до введения CAR19-экспрессирущей клетки, и CAR19-экспрессирующую клетку вводят в комбинации с продолжающимся введением ингибитора киназы.
6. Применение или способ по любому из пп.1-4, где млекопитающее является или идентифицировано как являющееся полностью или частично отвечающим на ингибитор BTK (например, ибрутиниб), или полностью или частично отвечающим на CAR19-экспрессирующую клетку.
7. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор BTK выбран из ибрутиниба, GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13.
8. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор CDK4 выбран из: палбоциклиба, алоизина A, флавопиридола, 2-(2-хлорфенил)-5,7-дигидрокси-8-[(3S,4R)-3-гидрокси-1-метил-4-пиперидинил]-4-хроменона; кризотиниба (PF-02341066, P276-00, RAF265, индисулама, росковитина, динациклиба, BMS 387032, MLN8054, AG-024322, AT7519, AZD5438, BMS908662 или рибоциклиба.
9. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор mTOR выбран из: рапамицина, аналога рапамицина, такого как эверолимус, темсиролимус, ридафоролимус, семапимод, AZD8055, PF04691502, SF1126, XL765 или OSI-027.
10. Применение или способ по любому из пп.1-6, где ингибитор MNK выбран из: CGP052088, CGP57380, церкоспорамида, ETC-1780445-2 или 4-амино-5-(4-фторанилино)пиразолo[3,4-d]пиримидина.
11. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор киназы представляет собой ибрутиниб, и доза ибрутиниба составляет приблизительно 250 мг, 300 мг, 350 мг, 400 мг, 420 мг, 440 мг, 460 мг, 480 мг, 500 мг, 520 мг, 540 мг, 560 мг, 580 мг или 600 мг каждые сутки.
12. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где клетка экспрессирует молекулу CAR, содержащую связывающий CD19 домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен.
13. Применение или способ по п.12, где внутриклеточный сигнальный домен содержит костимулирующий домен и первичный сигнальный домен.
14. Применение или способ по п.12 или 13, где молекула CAR содержит связывающий CD19 домен, содержащий определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC), определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC), определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC) связывающего CD19 домена.
15. Применение или способ по любому из пп.12-14, где связывающий CD19 домен содержит вариабельную область легкой цепи мыши, приведенную в таблице 7, вариабельную область тяжелой цепи мыши, приведенную в таблице 7, или обе из них.
16. Применение или способ по любому из пп.12-15, где связывающий CD19 домен содержит CDR1 LC SEQ ID NO: 5, CDR2 LC SEQ ID NO: 26 и CDR3 LC SEQ ID NO: 27.
17. Применение или способ по любому из пп.12-16, где связывающий CD19 домен содержит CDR1 HC SEQ ID NO: 19, CDR2 LC любой из SEQ ID NO: 20-23 и CDR3 HC SEQ ID NO: 24.
18. Применение или способ по любому из пп.12-17, где связывающий CD19 домен содержит последовательность SEQ ID NO: 59 или последовательность, обладающую 95-99% идентичностью с ней.
19. Применение или способ по любому из пп.12-14, 16 или 17, где связывающий CD19 домен представляет собой гуманизированный связывающий CD19 домен.
20. Применение или способ по п.19, где гуманизированный связывающий CD19 домен содержит последовательность, выбранную из: SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11 и SEQ ID NO: 12, или последовательность, обладающую 95-99% идентичностью с ними.
21. Применение или способ по п.19 или 20, где гуманизированный связывающий CD19 домен представляет собой scFv, который содержит вариабельную область легкой цепи, связанную с вариабельной областью тяжелой цепи через линкер, например, где линкер содержит последовательность SEQ ID NO: 53.
22. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где молекула CAR содержит трансмембранный домен белка, выбранного из: альфа-, бета- или зета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3-эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 или CD154.
23. Применение или способ по п.22, где трансмембранный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 15.
24. Применение или способ по п.12, где связывающий CD19 домен связан с трансмембранным доменом шарнирной областью, например, где шарнирная область содержит последовательность SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 45.
25. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где молекула CAR содержит костимулирующий домен, например, где костимулирующий домен содержит функциональный сигнальный домен белка, выбранного из: OX40, CD2, CD27, CD28, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18) или 4-1BB (CD137), например, где костимулирующий домен содержит последовательность SEQ ID NO: 16 или SEQ ID NO: 51.
26. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где молекула CAR содержит внутриклеточный сигнальный домен, например, где внутриклеточный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен 4-1BB, функциональный сигнальный домен CD3-зета, или оба из них, или где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность CD27, функциональный сигнальный домен CD3-зета или оба из них.
27. Применение или способ по п.26, где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 16, последовательность SEQ ID NO: 17, или обе из них; где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 16, последовательность SEQ ID NO: 43, или обе из них; где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 51, последовательность SEQ ID NO: 17, или обе из них; или где внутриклеточный сигнальный домен содержит последовательность SEQ ID NO: 51, последовательность SEQ ID NO: 43, или обе из них.
28. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где молекула CAR дополнительно содержит лидерную последовательность, например, где лидерная последовательность содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 13.
29. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где молекула CAR содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41 или SEQ ID NO: 42.
30. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов для применения в комбинации со средством, которое ингибирует иммунную ингибиторную молекулу, выбранную из: PD1, PD-L1, CTLA4, TIM3, CEACAM (например, CEACAM-1, CEACAM-3 и/или CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4 или TGFR-бета.
8
31. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где композиция содержит 1-5×10 CAR-экспрессирующих клеток.
32. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, представляет собой злокачественную опухоль.
33. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль, выбранную из лейкоза или лимфомы.
34. Применение или способ по п.32, где злокачественная опухоль выбрана из: хронического лимфоцитарного лейкоза (CLL), лимфомы из клеток мантийной зоны (MCL), множественной миеломы, острого лимфоидного лейкоза (ALL), лимфомы Ходжкина, B-клеточного острого лимфоидного лейкоза (BALL), T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (TALL), мелкоклеточного лимфоцитарного лейкоза (SLL), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, новообразования из бластных плазмацитоидных дендритных клеток, лимфомы Беркитта, диффузной крупноклеточной B-клеточной лимфомы (DLBCL), DLBCL, ассоциированной с хроническим воспалением, фолликулярной лимфомы, педиатрической фолликулярной лимфомы, волосатоклеточного лейкоза, мелкоклеточной или крупноклеточной фолликулярной лимфомы, злокачественных лимфопролиферативных состояний, MALT-лимфомы (внеузловая лимфома маргинальной зоны ассоциированной со слизистыми оболочками лимфоидной ткани), лимфомы маргинальной зоны, миелодисплазии и миелодиспластического синдрома, неходжкинской лимфомы, плазмабластной лимфомы, новообразования из плазмацитоидных дендритных клеток, макроглобулинемии Вальденстрема, лимфомы маргинальной зоны селезенки, лимфомы/лейкоза селезенки, диффузной мелкоклеточной B-клеточной лимфомы красной пульпы селезенки, волосатоклеточного лейкоза-варианта, лимфоплазматической лимфомы, болезни тяжелых цепей, плазмацитарной миеломы, одиночной плазмацитомы кости, внекостной плазмацитомы, лимфомы маргинальной зоны лимфатических узлов, педиатрической лимфомы маргинальной зоны лимфатических узлов, первичной кожной лимфомы фолликулярного центра, лимфоматоидного гранулематоза, первичной средостенной (тимической) крупноклеточной B-клеточной лимфомы, внурисосудистой крупноклеточной B-клеточной лимфомы, ALK+ крупноклеточной B-клеточной лимфомы, крупноклеточной B-клеточной лимфомы, возникающей на фоне ассоциированного с HHV8 мультицентрового заболевания Кастлемана, первичной выпотной лимфомы, B-клеточной лимфомы или неклассифицируемой лимфомы.
35. Применение или способ по п.32, где злокачественная опухоль выбрана из MCL, CLL, ALL, лимфомы Ходжкина или множественной миеломы.
36. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов для применения в комбинации с цитокином.
37. Применение или способ по п.36, где цитокин представляет собой IL-7, IL-15 или IL-21.
38. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где CAR представляет собой регулируемый CAR (RCAR).
39. Применение или способ по п.38, где RCAR содержит:
внутриклеточный сигнальный член, содержащий внутриклеточный сигнальный домен и первый домен переключения,
антигенсвязывающий член, содержащий антигенсвязывающий домен, который связывает CD19 и второй домен переключения; и
трансмембранный домен.
40. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где млекопитающее имеет или идентифицировано как имеющее мутацию BTK.
41. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль, и где резистентность к ингибитору киназы, клетке, которая экспрессирует молекулу CAR, у млекопитающего, или обоим из них, задерживается или снижается.
42. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где заболевание, ассоциированное с экспрессией CD19, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль, и где ремиссия гематологической злокачественной опухоли продлевается или рецидив гематологической злокачественной опухоли отсрочивается.
43. Применение или способ по п.1 или 2, где CAR19-экспрессирующую клетку вводят в комбинации со вторым ингибитором киназы, где второй ингибитор киназы отличается от ибрутиниба, когда млекопитающее является или идентифицировано как являющееся не отвечающим или имеющим рецидив в ответ на ибрутиниб.
44. Применение или способ по п.43, где второй ингибитор киназы выбран из одного или нескольких из GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13, или их комбинации.
45. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где млекопитающее является (или идентифицировано как являющееся) частично отвечающим на ингибитор киназы, и млекопитающему вводят CAR19-экспрессирующую клетку, отдельно или в комбинации с ингибитром BTK, в период частичного ответа.
46. Применение или способ по п.1 или 2, где млекопитающее является (или идентифицировано как являющееся) не отвечающим, имеющим прогрессирующее или стабильное заболевание после лечения ибрутинибом, и млекопитающему вводят CAR19-экспрессирующую клетку, отдельно или в комбинации со вторым ингибитором BTK, в период прогрессирующего или стабильного заболевания, где второй ингибитор киназы отличается от ибрутиниба.
47. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор киназы представляет собой ибрутиниб и ибрутиниб составлен для введения на протяжении 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или более курсов, например, где длина курса составляет 21 или 28 суток.
48. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, которые включают проведение инфузии лимфоцитов по меньшей мере с одной клеткой, экспрессирующей CAR против CD19.
49. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где клетка и ингибитор киназы составлены для одновременного введения.
50. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где клетка или ингибитор киназы составлены для последовательной доставки.
51. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, где млекопитающее подвергалось истощению лимфоцитов.
52. Применение или способ по п.51, где истощение лимфоцитов включает введение одного или нескольких из мелфалана, цитоксана, циклофосфамида и флударабина.
53. Применение или способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающие введение млекопитающему низкой усиливающей иммунитет дозы ингибитора mTOR.
54. Применение или способ по п.53, где ингибитор mTOR представляет собой эверолимус или рапамицин.
55. Способ получения CAR-экспрессирующей клетки (например, CAR-экспрессирующей иммунной эффекторной клетки) или популяции клеток, включающий:
приведение клетки или популяции клеток в контакт с ингибитором BTK; и
введение (например, трансдукцию) нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулу CAR, в клетку или популяцию клеток в таких условиях, чтобы происходила экспрессия молекулы CAR.
56. Способ по п.55, где молекула CAR представляет собой молекулу CAR, которая связывает CD19.
57. Способ по п.55 или 56, где клетка представляет собой T-клетку или NK-клетку, или где популяция клеток включает T-клетки, NK-клетки, или и те, и другие.
58. Способ по любому из пп.55-57, который включает приведение клетки или популяции клеток в контакт с ингибитором BTK в течение 10-20, 20-30, 30-40, 40-60 или 60-120 минут, а затем удаление большей части или всего ингибитора BTK из клетки или популяции клеток.
59. Способ по любому из пп.55-58, где ингибитор BTK добавляют после сбора клетки или популяции клеток или до стимуляции клетки или популяции клеток.
60. Способ по любому из пп.55-59, где ингибитор BTK выбран из: ибрутиниба, GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13.
61. Способ по любому из пп.55-60, где популяция клеток также включает злокачественные клетки.
62. Способ по п.61, где ингибитор BTK ингибирует BTK в злокачественных клетках.
63. Способ по любому из пп.55-62, дополнительно включающий истощение T-регуляторных клеток (например, CD25+ клеток) в популяции клеток.
64. Реакционная смесь, содержащая популяцию иммунных эффекторных клеток, ингибитор BTK и молекулу CAR или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу CAR.
65. Реакционная смесь по п.64, где одна или несколько из иммунных эффекторных клеток экспрессируют молекулу CAR или содержат нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу CAR.
66. Реакционная смесь по п.64, где ингибитор BTK выбран из ибрутиниба, GDC-0834, RN-486, CGI-560, CGI-1764, HM-71224, CC-292, ONO-4059, CNX-774 или LFM-A13.
67. Реакционная смесь по п.64, которая дополнительно содержит злокачественные клетки.
68. Реакционная смесь, содержащая популяцию иммунных эффекторных клеток и молекулу CAR или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу CAR, где иммунные эффекторные клетки содержат ковалентно инактивированную ITK.
69. Реакционная смесь по п.68, которая дополнительно содержит злокачественные клетки.
70. Реакционная смесь по п.68, где злокачественные клетки содержат ковалентно инактивированную BTK.
71. Композиция, содержащая клетку, которая экспрессирует молекулу CAR, которая связывает CD19 ("CAR19-экспрессирующую клетку"), и один или несколько ингибиторов киназ, где ингибитор киназы выбран из ингибитора тирозинкиназы Брутона (BTK), ингибитора циклин-зависимой киназы 4 (CDK4), ингибитора mTOR или ингибитора киназы, взаимодействующей с митоген-активируемой протеинкиназой (MNK).
72. Композиция по п.71, где экспрессирующая CAR19 клетка и один или несколько ингибиторов киназ присутствуют в одной дозированной форме или в качестве двух или более дозированных форм.
73. Композиция по п.71 или 72 для применения в качестве лекарственного средства.
74. Композиция по п.71 или 72 для применения для лечения заболевания, ассоциированного с экспрессией CD19.
75. Применение, способ или композиция по любому из предшествующих пунктов, где CAR19-экспрессирующая клетка представляет собой иммунную эффекторную клетку человека (например, T-клетку человека или NK-клетку человека) или популяцию клеток.