НОВЫЕ МАРКЕРЫ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ НЕСТАБИЛЬНОСТИ МИКРОСАТЕЛЛИТОВ ПРИ ЗЛОКАЧЕСТВЕННОЙ ОПУХОЛИ И ОПРЕДЕЛЕНИИ СИНТЕТИЧЕСКОЙ ЛЕТАЛЬНОСТИ С ИНГИБИРОВАНИЕМ ПУТИ ЭКСЦИЗИОННОЙ РЕПАРАЦИИ ОСНОВАНИЙ ДНК

1. Способ диагностики статуса опухоли с MSI, включающий определение наличия вставки-делеции по меньшей мере в двух областях микросателлитов в образце опухолевой ДНК, где по меньшей мере две области микросателлитов представляют собой
по меньшей мере две области микросателлитов, находящиеся в областях 5′-UTR или 3′-UTR генов, перечисленных в таблице 1, или
по меньшей мере три области микросателлитов, выбранные из областей микросателлитов, находящихся в экзонах генов, перечисленных в таблице 2, и/или находящихся в областях 5′-UTR или 3′-UTR генов, перечисленных в таблице 1,
где наличие по меньшей мере одной вставки-делеции является показателем MSI.
2. Способ по п. 1, где области микросателлитов представляют собой гомополимерные области.
3. Способ по п. 1 или 2, где области микросателлитов идентичны областям микросателлитов, определенных в таблице 1 или 2.
4. Способ по п. 1, где опухоль выбрана из колоректального рака, рака эндометрия, рака яичника, рака желудка, лейкоза и опухоли при синдроме Линча.
5. Способ по п. 1, где по меньшей мере две области микросателлитов представляют собой по меньшей мере две области микросателлитов, выбранные из областей микросателлитов, находящихся в областях 5′-UTR или 3′-UTR генов, перечисленных в таблице 1, и по меньшей мере две области микросателлитов, выбранные из областей микросателлитов, находящихся в экзонах генов, перечисленных в таблице 2.
6. Способ по п. 1, где микросателлит(ы), выбранный из микросателлитов, находящихся в экзонах генов, перечисленных в таблице 2, включает по меньшей мере один микросателлит, выбранный из следующих генов: SETD1B, RBMXL1, CCDC150, ТМЕМ60, DDX27, EX0SC9, FAMI11 В, KIAA0182, KIAA1919, OR7E24, Р4НТМ, PRRT2, RNPC3 и ТМЕМ97.
7. Способ по п. 1, где по меньшей мере две области микросателлитов представляют собой по меньшей мере восемь областей микросателлитов.
8. Способ по п. 1, где по меньшей мере две области микросателлитов представляют собой 56 областей микросателлитов, как представлено в таблице 3.
9. Способ по п. 7 или 8, где MSI дополнительно характеризуется следующим: если 17% или более областей микросателлитов содержат вставку-делецию, опухоль представляет собой MSI-H, если от 2% до 17% областей микросателлитов содержат вставку-делецию, опухоль представляет собой MSI-L, и если менее 2% областей микросателлитов содержат вставку-делецию, опухоль является стабильной по микросателлитам.
10. Способ по п. 1, где определение наличия вставки-делеции не проводят способом на основе секвенирования по Сэнгеру.
11. Способ по п. 1, где определение наличия вставки-делеции проводят посредством технологий достройки одной пары нуклеотидов, технологий гибридизации ДНК или анализа кривых плавления.
12. Панель биомаркеров для определения MSI в образце опухоли, содержащая по меньшей мере восемь областей микросателлитов, выбранных из областей микросателлитов, находящихся в областях 5′-UTR или 3′-UTR генов, перечисленных в таблице 1, и областей микросателлитов, находящихся в экзонах генов, перечисленных в таблице 2.
13. Панель биомаркеров по п. 12, где по меньшей мере восемь областей микросателлитов представляют собой по меньшей мере восемь областей, выбранных из генов, перечисленных в таблице 3.
14. Панель биомаркеров по п. 12 или 13 для применения в качестве диагностического средства.
15. Панель биомаркеров по п. 12 или 13 для применения для диагностики нестабильности микросателлитов в злокачественной опухоли.
16. Применение панели биомаркеров по п. 12 или 13 для диагностики нестабильности микросателлитов в злокачественной опухоли.
17. Набор для определения MSI в образце опухоли, содержащий средства для генотипирования по меньшей мере восьми областей микросателлитов, выбранных из областей микросателлитов, находящихся в областях 5′-UTR или 3′-UTR генов, перечисленных в таблице 1, и областей микросателлитов, находящихся в экзонах генов, перечисленных в таблице 2.
18. Способ лечения злокачественной опухоли с MSI у нуждающегося в этом индивидуума, включающий:
установление наличия MSI в злокачественной опухоли;
введение индивидууму ингибитора фермента эксцизионной репарации оснований ДНК.
19. Способ по п. 18, где ингибитор фермента эксцизионной репарации оснований ДНК представляет собой ингибитор PARP.
20. Способ по п. 18, где наличие MSI устанавливают способом по любому из пп. 1-11 и/или с использованием панели биомаркеров по пп. 12 и 13.
21. Способ по п. 20, где злокачественная опухоль выбрана из колоректального рака, рака эндометрия, рака яичника, рака желудка, лейкоза и опухоли при синдроме Линча.
22. Способ по п. 21, где злокачественная опухоль устойчива по меньшей мере к одному стандартному лечебному средству, применяемому для этих типов злокачественных опухолей.
23. Способ скрининга чувствительности злокачественных клеток к лечению ингибитором фермента эксцизионной репарации оснований ДНК, включающий определение статуса MSI в указанных клетках.
24. Способ по п. 23, где злокачественные клетки представляют собой клетки злокачественной опухоли, выбранной из колоректального рака, рака эндометрия, рака яичника, рака желудка, лейкоза и опухоли при синдроме Линча.
25. Способ по п. 23 или 24, где ингибитор фермента эксцизионной репарации оснований ДНК представляет собой ингибитор PARP.
26. Способ по п. 23, где наличие MSI является показателем чувствительности к лечению.
27. Способ по п. 23, где злокачественные клетки представляют собой клетки, полученные у индивидуума, и скрининг чувствительности используют для направления лечения индивидуума или для стратификации или классификации индивидуума для клинического испытания.
28. Способ по п. 23, где наличие MSI устанавливают способом по любому из пп. 1-11 и/или с использованием панели биомаркеров по пп. 12 и 13.
29. Способ диагностики чувствительности индивидуума со злокачественной опухолью к лечению ингибитором фермента эксцизионной репарации оснований ДНК, включающий этапы:
необязательного получения образца злокачественных клеток у индивидуума;
определения статуса MSI в образце злокачественных клеток, полученном у индивидуума;
корреляции статуса MSI с чувствительностью к лечению ингибитором фермента эксцизионной репарации оснований ДНК, где наличие MSI является показателем чувствительности к лечению.
30. Способ по п. 29, дополнительно включающий этап лечения индивидуума ингибитором фермента эксцизионной репарации оснований ДНК, если индивидуум чувствителен к такому лечению.
31. Способ по п. 29, где наличие MSI устанавливают способом по любому из пп. 1-11 и/или с использованием панели биомаркеров по пп. 12 и 13.