СПОСОБЫ ЛЕЧЕНИЯ РАКА С ПРИМЕНЕНИЕМ АКТИВИРОВАННЫХ T-КЛЕТОК

1. Способ лечения рака у субъекта, включающий введение субъекту эффективного количества активированных T-клеток, причем активированные T-клетки получают посредством совместного культивирования популяции Т-клеток с популяцией дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов.
2. Способ по п. 1, в котором субъекту ранее вводили эффективное количество дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий введение субъекту эффективного количества дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов.
4. Способ по п. 3, в котором дендритные клетки вводят перед введением активированных Т-клеток.
5. Способ по п. 4, в котором перед введением активированных Т-клеток дендритные клетки вводят в период от приблизительно 7 суток до приблизительно 21 суток.
6. Способ по любому одному из пп. 1-5, который дополнительно включает получение активированных Т-клеток посредством совместного культивирования популяции Т-клеток с популяцией дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов.
7. Способ по п. 6, в котором популяцию Т-клеток совместно культивируют с популяцией дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, в течение периода от приблизительно 7 суток до приблизительно 21 суток.
8. Способ по любому одному из пп. 1-7, в котором перед совместным культивированием популяцию Т-клеток приводят в контакт с ингибитором иммунной контрольной точки.
9. Способ по любому одному из пп. 1-8, в котором популяцию Т-клеток совместно культивируют с популяцией дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, в присутствии ингибитора иммунной контрольной точки.
10. Способ по п. 8 или 9, в котором ингибитор иммунной контрольной точки представляет собой молекулу ингибитора иммунной контрольной точки, которую выбирают из группы, состоящей из PD-1, PD-L1, CTLA-4, IDO, TIM-3, BTLA, VISTA и LAG-3.
11. Способ по любому одному из пп. 1-10, который дополнительно включает получение популяции дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов.
12. Способ по п. 11, в котором популяцию дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, получают посредством приведения популяции дендритных клеток в контакт с множеством опухолевых антигенных пептидов.
13. Способ по п. 12, в котором популяцию дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, получают посредством приведения популяции дендритных клеток в контакт с множеством опухолевых антигенных пептидов в присутствии композиции, которая способствует поглощению множества опухолевых антигенных пептидов дендритными клетками.
14. Способ по любому одному из пп. 1-13, в котором популяцию Т-клеток и популяцию дендритных клеток получают от одного и того же субъекта.
15. Способ по п. 14, в котором популяцию Т-клеток и популяцию дендритных клеток получают от субъекта, получающего лечение.
16. Способ получения популяции активированных T-клеток, включающий:
a) индуцирование дифференциации популяции моноцитов в популяцию дендритных клеток;
b) приведение популяции дендритных клеток в контакт с множеством опухолевых антигенных пептидов с получением популяции дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов; и
c) совместное культивирование популяции дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, и популяции неадгезивных PBMC с получением популяции активированных T-клеток;
причем популяцию моноцитов и популяцию неадгезивных РВМС получают из популяции РВМС от субъекта.
17. Способ по п. 16, в котором этап b) включает приведение популяции дендритных клеток в контакт с множеством опухолевых антигенных пептидов в присутствии композиции, которая способствует поглощению множества опухолевых антигенных пептидов дендритными клетками.
18. Способ по п. 16 или 17, в котором этап b) дополнительно включает приведение популяции дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, в контакт с множеством агонистов Toll-подобного рецептора (TLR) для индуцирования созревания популяции дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов.
19. Способ по любому одному из пп. 16-18, в котором этап c) дополнительно включает приведение популяции активированных T-клеток в контакт с множеством цитокинов для индуцирования пролиферации и дифференциации популяции активированных T-клеток.
20. Способ по п. 19, в котором множество цитокинов содержит IL-2, IL-7, IL-15 или IL-21.
21. Способ по любому одному из пп. 16-20, в котором перед совместным культивированием популяцию неадгезивных PBMC приводят в контакт с ингибитором иммунной контрольной точки.
22. Способ по любому одному из пп. 16-21, в котором этап c) включает совместное культивирование популяции дендритных клеток, загруженных множеством опухолевых антигенных пептидов, и популяции неадгезивных PBMC в присутствии ингибитора иммунной контрольной точки.
23. Способ по п. 21 или 22, в котором ингибитор иммунной контрольной точки представляет собой молекулу ингибитора иммунной контрольной точки, которую выбирают из группы, состоящей из PD-1, PD-L1, CTLA-4, IDO, TIM-3, BTLA, VISTA и LAG-3.
24. Способ лечения рака у субъекта, включающий введение субъекту эффективного количества активированных Т-клеток, полученных посредством способа по любому одному из пп. 16-23.
25. Способ по п. 24, в котором популяцию PBMC получают от субъекта, получающего лечение.
26. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-25, в котором активированные Т-клетки вводят субъекту по меньшей мере три раза.
27. Способ по п. 26, в котором интервал между каждым введением активированных Т-клеток составляет от приблизительно 0,5 месяца до приблизительно 5 месяцев.
28. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-27, в котором активированные Т-клетки вводят внутривенно.
9
29. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-28, в котором активированные Т-клетки вводят в дозе по меньшей мере приблизительно 3×10 клеток/субъект.
9
10
30. Способ по п. 29, в котором активированные T-клетки вводят в дозе от приблизительно 1×10 до приблизительно 1×10 клеток/субъект.
31. Способ по любому одному из пп. 2-15 и 24-30, в котором дендритные клетки, загруженные множеством опухолевых антигенных пептидов, вводят по меньшей мере три раза.
32. Способ по п. 31, в котором интервал между каждым введением дендритных клеток составляет от приблизительно 0,5 месяца до приблизительно 5 месяцев.
33. Способ по любому одному из пп. 2-15 и 24-32, в котором дендритные клетки, загруженные множеством опухолевых антигенных пептидов, вводят подкожно.
6
6
34. Способ по любому одному из пп. 2-15 и 24-33, в котором дендритные клетки вводят в дозе от приблизительно 1×10 до приблизительно 5×10 клеток/субъект.
35. Способ лечения рака у субъекта, включающий:
a) приведение популяции PBMC в контакт с множеством опухолевых антигенных пептидов с получением популяции активированных PBMC; и
b) введение субъекту эффективного количества активированных PBMC.
36. Способ по п. 35, в котором этап (a) включает приведение популяции PBMC в контакт с множеством опухолевых антигенных пептидов в присутствии ингибитора иммунной контрольной точки.
37. Способ по п. 36, в котором ингибитор иммунной контрольной точки представляет собой молекулу ингибитора иммунной контрольной точки, которую выбирают из группы, состоящей из PD-1, PD-L1, CTLA-4, IDO, TIM-3, BTLA, VISTA и LAG-3.
38. Способ по любому одному из пп. 35-37, в котором активированные PBMC вводят по меньшей мере три раза.
39. Способ по п. 38, в котором интервал между каждым введением активированных PBMC составляет от приблизительно 0,5 месяца до приблизительно 5 месяцев.
40. Способ по любому одному из пп. 35-39, в котором активированные PBMC вводят внутривенно.
9
10
41. Способ по любому одному из пп. 35-40, в котором активированные PBMC вводят в дозе от приблизительно 1×10 до приблизительно 1×10 клеток/субъект.
42. Способ по любому одному из пп. 1-41, в котором каждый из множества опухолевых антигенных пептидов имеет длину от приблизительно 20 до приблизительно 40 аминокислот.
43. Способ по любому одному из пп. 1-42, в котором множество опухолевых антигенных пептидов содержит по меньшей мере один пептид, содержащий эпитоп MHC-I.
44. Способ по любому одному из пп. 1-43, в котором множество опухолевых антигенных пептидов содержит по меньшей мере один пептид, содержащий эпитоп MHC-II.
45. Способ по п. 43 или 44, в котором по меньшей мере один пептид, содержащий эпитоп MHC-I или эпитоп MHC-II, дополнительно содержит дополнительные аминокислоты, фланкирующие эпитоп на N-конце, C-конце или на обоих концах.
46. Способ по любому одному из пп. 1-45, в котором множество опухолевых антигенных пептидов содержит первую основную группу общих опухолевых антигенных пептидов.
47. Способ по п. 46, в котором множество опухолевых антигенных пептидов дополнительно содержит вторую группу специфичных для типа рака антигенных пептидов.
48. Способ по п. 46 или 47, в котором первая основная группа содержит от приблизительно 10 до приблизительно 20 общих опухолевых антигенных пептидов.
49. Способ по п. 47 или 48, в котором вторая группа содержит от приблизительно 1 до приблизительно 10 специфичных для типа рака антигенных пептидов.
50. Способ по любому одному из пп. 1-49, в котором множество опухолевых антигенных пептидов содержит неоантигенный пептид.
51. Способ по п. 50, в котором неоантигенный пептид выбирают на основании генетического профиля образца опухоли, полученного от субъекта.
52. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-51, в котором рак выбирают из группы, состоящей из гепатоцеллюлярной карциномы, рака шейки матки, рака легких, колоректального рака, лимфомы, рака почки, рака молочной железы, рака поджелудочной железы, рака желудка, рака пищевода, рака яичников, рака предстательной железы, рака носоглотки, меланомы и рака головного мозга.
53. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-52, дополнительно включающий введение субъекту эффективного количества ингибитора иммунной контрольной точки.
54. Способ по п. 53, в котором ингибитор иммунной контрольной точки представляет собой молекулу ингибитора иммунной контрольной точки, которую выбирают из группы, состоящей из PD-1, PD-L1, CTLA-4, IDO, TIM-3, BTLA, VISTA и LAG-3.
55. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-54, в котором субъекта выбирают для способа лечения на основании мутационной нагрузки в раковой опухоли.
56. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-55, в котором субъект имеет низкую мутационную нагрузку в раковой опухоли.
57. Способ по п. 56, в котором субъект имеет низкую мутационную нагрузку в одном или более генах MHC.
58. Способ по п. 57, в котором субъект имеет не более приблизительно 10 мутаций в одном или более генах MHC.
59. Способ по п. 57 или 58, в котором субъект не имеет мутации в B2M.
60. Способ по любому одному из пп. 57-59, в котором субъект не имеет мутации в функциональных областях одного или более генов MHC.
61. Способ по любому одному из пп. 55-60, в котором мутационную нагрузку рака определяют посредством секвенирования образца опухоли, полученного от субъекта.
62. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-61, в котором субъекта выбирают для способа лечения на основании наличия одного или более неоантигенов в раковой опухоли.
63. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 23-62, в котором субъект имеет по меньшей мере 5 неоантигенов.
64. Способ по п. 62 или 63, дополнительно включающий идентификацию ракового неоантигена и встраивание неоантигенного пептида во множество опухолевых антигенных пептидов, причем неоантигенный пептид содержит в неоантигене неоэпитоп.
65. Способ по любому одному из пп. 62-64, в котором неоантиген идентифицируют посредством секвенирования образца опухоли, полученного от субъекта.
66. Способ по п. 65, в котором указанное секвенирование представляет собой целевое секвенирование связанных с раком генов.
67. Способ по любому одному из пп. 64-66, дополнительно включающий определение аффинности неоэпитопа к молекуле MHC.
68. Способ по п. 67, дополнительно включающий определение аффинности комплекса, содержащего неоэпитоп и молекулу MHC, к Т-клеточному рецептору.
69. Способ по п. 67 или п. 68, в котором молекула MHC представляет собой молекулу MHC класса I.
70. Способ по любому одному из пп. 67-69, в котором молекулу MHC получают от субъекта.
71. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-70, дополнительно включающий наблюдение за субъектом после введения активированных Т-клеток или активированных PBMC.
72. Способ по п. 71, в котором наблюдение включает определение у субъекта количества циркулирующих опухолевых клеток (CTC).
73. Способ по п. 71 или 72, в котором наблюдение включает обнаружение у субъекта специфического иммунного ответа против множества опухолевых антигенных пептидов.
74. Способ по п. 73, в котором множество опухолевых антигенных пептидов регулируют на основе специфического иммунного ответа для обеспечения множества специализированных опухолевых антигенных пептидов.
75. Способ по п. 74, в котором способ лечения повторяют с применением множества специализированных опухолевых антигенных пептидов.
76. Способ по любому одному из пп. 1-15 и 24-75, в котором субъект представляет собой субъекта-человека.
77. Способ клонирования опухолеспецифического Т-клеточного рецептора, включающий:
(a) лечение субъекта способом по любому одному из пп. 1-15 и 24-76;
(b) выделение у субъекта Т-клетки, которая специфически распознает опухолевый антигенный пептид во множестве опухолевых антигенных пептидов; и
(c) клонирование из Т-клетки Т-клеточного рецептора с получением опухолеспецифического Т-клеточного рецептора.
78. Способ по п. 77, в котором у субъекта наблюдается сильный специфический иммунный ответ против опухолевого антигенного пептида.
79. Способ по п. 77 или 78, в котором Т-клетку выделяют из образца PBMC, полученного от субъекта.
80. Способ по любому одному из пп. 77-79, в котором опухолевый антигенный пептид представляет собой неоантигенный пептид.
81. Опухолеспецифический Т-клеточный рецептор, клонированный с использованием способа по любому одному из пп. 77-80.
82. Выделенная Т-клетка, содержащая опухолеспецифический Т-клеточный рецептор по п. 81.
83. Способ лечения рака у субъекта, включающий введение субъекту эффективного количества выделенной Т-клетки по п. 82.
84. Выделенная популяция клеток, полученная посредством способа по любому одному из пп. 16-23 и 42-51.
reg
85. Выделенная популяция клеток, содержащая активированные T-клетки, причем менее приблизительно 1% активированных Т-клеток являются регуляторными Т-клетками (T).
+
+
+
86. Выделенная популяция клеток по п. 84 или 85, содержащая от приблизительно 0,3% до приблизительно 0,5% клеток CD4CD25Foxp3.
+
+
87. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-86, содержащая от приблизительно 65% до приблизительно 75% клеток CD3CD8.
+
+
88. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-87, содержащая от приблизительно 16% до приблизительно 22% клеток CD3CD4.
+
+
89. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-88, содержащая от приблизительно 13% до приблизительно 15% клеток CD3CD56.
in vivo
ex vivo
90. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-89, в которой активированные Т-клетки способны вызывать специфический ответ на множество опухолевых антигенных пептидов  или .
91. Выделенная популяция клеток по п. 90, в которой активированные Т-клетки экспрессируют множество провоспалительных молекул.
92. Выделенная популяция клеток по п. 91, в которой множество провоспалительных молекул содержит IFNγ, TNFα, гранзим B или перфорин.
93. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-92, в которой активированные Т-клетки не экспрессируют или имеют низкий уровень экспрессии множества иммуносупрессорных цитокинов.
94. Выделенная популяция клеток по п. 93, в которой множество иммуносупрессорных цитокинов содержит IL-10 или IL-4.
95. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-94, в которой менее приблизительно 5% активированных Т-клеток экспрессируют иммуноингибирующую молекулу PD-1.
96. Выделенная популяция клеток по любому одному из пп. 84-95, в которой по меньшей мере приблизительно 90% клеток в выделенной популяции представляют собой активированные Т-клетки.
97. Композиция, содержащая по меньшей мере 10 опухолевых антигенных пептидов, причем каждый из по меньшей мере 10 опухолевых антигенных пептидов содержит по меньшей мере один эпитоп, который выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-40.
98. Композиция по п. 97, в которой каждый из по меньшей мере 10 опухолевых антигенных пептидов содержит один или более эпитопов, кодируемых связанным с раком геном, который выбирают из группы, состоящей из hTERT, p53, сурвивина, NY-ESO-1, CEA, CCND1, MET, RGS5, MMP7, VEGFR, AFP, GPC3, HBVc, HBVp, CDCA, KRAS, PARP4, MLL3 и MTHFR.