ПРОБИРКА ДЛЯ УДАРНОЙ ОБРАБОТКИ ШАРИКАМИ И СПОСОБ ЭКСТРАКЦИИ ДЕЗОРИБОНУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТЫ И/ИЛИ РИБОНУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТЫ ИЗ МИКРООРГАНИЗМОВ

1. Способ получения лизата из клеток, содержащихся в жидком образце, включающий встряхивание жидкого образца в системе для ударной обработки шариками в отсутствии буфера для лизиса и в присутствии одного или нескольких блокирующих агентов в условиях, пригодных для лизиса клеток, где указанная система для ударной обработки шариками включает пробирку для ударной обработки шариками и шарики.
2. Способ по п. 1, в котором жидкий образец содержит эндогенный блокирующий агент.
3. Способ по п. 2, в котором встряхивание осуществляют в отсутствии добавок.
4. Способ по п. 1, в котором один или несколько блокирующих агентов являются экзогенными по отношению к жидкому образцу.
5. Способ по п. 2 или п. 4, в котором шарики
а) приспособлены для лизиса бактерий, дрожжей, нитчатых грибов, спор, клеток растений или клеток животных;
б) включают:
I. минеральные шарики, керамические шарики, стеклянные шарики, металлические шарики или их комбинацию;
II. шарики из циркония, шарики из силиката циркония, шарики из диоксида циркония, шарики из кварца, шарики из оксида алюминия, шарики из карбида кремния, керамические шарики, стеклянные шарики из диоксида кремния, шарики из нержавеющей стали, шарики из хромистой стали или их комбинацию;
в) имеют диаметр в пределах от 50 мкм до 3 мм; или
г) любую комбинацию, указанную в подпунктах а) - в).
6. Способ по одному из пп. 1-5, дополнительно включающий стадию, на которой жидкий образец помещают в пробирку для образца до встряхивания жидкого образца.
7. Способ по одному из пп. 1-6, в котором встряхивание включает приведение системы для ударной обработки шариками в колебательное движение.
8. Способ по одному из пп. 1-7, в котором образец представляет собой биологический образец, образец, взятый из окружающей среды или пищевой продукт.
9. Способ по п. 8, в котором образец представляет собой биологический образец, выбранный из крови, сыворотки, слюны, мочи, желудочного сока, пищеварительного сока, слез, испражнений, спермы, вагинальной жидкости, интерстициальной жидкости, выделенной из опухолевой ткани жидкости, глазной жидкости, пота, слизи, ушной серы, жира, железистых секретов, выдыхаемого продукта, спинальной жидкости, волос, ногтей, клеток кожи, плазмы, жидкости, полученной из мазка из носа, жидкости, полученной из носоглоточного смыва, цереброспинальной жидкости, образца ткани, жидкости или ткани, полученной из мазка, взятого из глотки, жидкости или ткани, полученной из мазка, взятого из раны, ткани, полученной путем биопсии, плацентарной жидкости, амниотической жидкости, жидкости, полученной при перитонеальном диализе, крови из пуповины, лимфатических жидкостей, внутриполостных жидкостей, мокроты, гноя, микрофлоры, мекония, грудного молока, или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования любого из указанных выше образцов.
10. Способ по п. 9, в котором биологический образец представляет собой
а) мочу, мокроту или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования мочи;
б) мокроту или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования мокроты;
в) мазок из раны или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования мазка из раны;
г) кровь или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования крови; или
д) жидкость, полученную при перитонеальном диализе, или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования жидкости, полученной при перитонеальном диализе.
11. Способ по п. 8, в котором образец представляет собой взятый из окружающей среды образец, выбранный из образцов почвы, грунтовой воды, поверхностной воды, сточной воды, или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования любого из указанных выше образцов.
12. Способ по одному из пп. 1-11, в котором клетки содержат один или несколько патогенов.
13. Способ по п. 12, в котором один или несколько патогенов включают
а) один или несколько бактериальных патогенов, вирусных патогенов, грибных патогенов или их комбинацию; или
б) один или несколько из следующих патогенов: Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium subsp.paratuberculosis, Staphylococcus aureus, устойчивая к метициллину бактерия Staphylococcus aureus (MRSA), Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Haemophilus influenzae, Haemophilus parainfuluezae, Moraxella catarrhalis, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter sp., Bordetella pertussis, Neisseria meningitidis, Bacillus anthracis, Nocardia sp., Actinomyces sp., Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumonia, Legionella species, Pneumocystis jiroveci, вирус гриппа А, цитомегаловирус, риновирус, Enterococcus faecium, Acinetobacter baumannii, Corynebacterium amycolatum, Enterobacter aerogenes, Enterococcus faecalis CI 4413, Serratia marcescens, Streptococcus equi и Candida albicans.
14. Способ по п. 12, в котором образец представляет собой мокроту образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования мокроты, и один или несколько патогенов включают Mycobacterium tuberculosis, Staphylococcus aureus, устойчивую к метициллину бактерию Staphylococcus aureus (MRSA), Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Haemophilus influenzae, Haemophilus parainfuluezae, Moraxella catarrhalis, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter sp., Bordetella pertussis, Neisseria meningitidis, Bacillus anthracis, Nocardia sp., Actinomyces sp., Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumonia, Legionella species, Pneumocystis jiroveci, вирус гриппа А, цитомегаловирус, риновирус.
15. Способ по п. 14, в котором один или несколько патогенов включают Mycobacterium tuberculosis.
16. Способ по п. 12, в котором образец представляет собой молоко или сперму или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования молока, почвы, фекалий или спермы, и один или несколько патогенов включают Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis.
17. Способ по п. 12, в котором образец представляет собой мазок из раны или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования мазка из раны, и один или несколько патогенов включают одну или несколько из следующих бактерий: Е. coli, P. aeruginosa, Е. faecium, S. aureus, K. pneumoniae, A. baumannii, С. amycolatum, Е. aerogenes, Е. faecalis CI 4413, S. marcescens, S. equi и С.albicans.
18. Способ по п. 12, в котором образец представляет собой жидкость, полученную при перитонеальном диализе, или образец, полученный путем обработки, экстракции или фракционирования жидкости, полученной при перитонеальном диализе, и один или несколько патогенов включают S. aureus и P. aeruginosa.
19. Способ по одному из пп. 1-18, в котором жидкий образец содержит клетки из нескольких видов.
20. Способ по одному из пп. 1-19, дополнительно включающий извлечение лизата из пробирки для образца после лизиса клеток и необязательно очистку нуклеиновых кислот из лизата.
21. Способ по одному из пп. 1-20, дополнительно включающий проведение анализа одной или нескольких нуклеиновых кислот, в котором необязательно:
(а) анализ осуществляют с использованием микромассива или путем секвенирования одной или нескольких нуклеиновых кислот;
(б) перед осуществлением анализа амплифицируют последовательность-мишень, необязательно с помощью ПЦР.
22. Способ по пп. 1-21, в котором нуклеиновые кислоты включают ДНК и/или РНК.
23. Система для ударной обработки шариками, содержащая (I) пробирку для образца, имеющую внутреннюю полость, доступную через отверстие, (II) шарики и (III) сухой блокирующий агент, где шарики и сухой блокирующий агент помещены во внутреннюю полость пробирки для образца.
24. Система для ударной обработки шариками по п. 23, в которой блокирующий агент содержит:
а) один или несколько хаотропных агентов, креатинин, один или несколько нуклеотидов, один или несколько олигонуклеотидов или их комбинацию;
б) один или несколько хаотропных агентов, включая мочевину, одну или несколько солей гуанидина, одну или несколько солей лития, одну или несколько солей магния, один или несколько детергентов или их комбинацию;
в) одну или несколько солей гуанидина, включая изоцианат гуанидина, хлорид гуанидина или их комбинацию;
г) одну или несколько солей лития, включая перхлорат лития, ацетат лития или их комбинацию;
д) хлорид магния;
е) один или несколько детергентов, включая додецилсульфат натрия, лауроилсульфатсаркозинат натрия, полиоксиэтилен(20)сорбитанмонолаурат или их комбинацию;
ж) один или несколько нуклеотидов, включая встречающиеся в естественных условиях нуклеотиды, не встречающиеся в естественных условиях нуклеотиды или их комбинацию;
з) один или несколько встречающихся в естественных условиях дезоксирибонуклеотидов, один или несколько встречающихся в естественных условиях рибонуклеотидов или их комбинацию;
и) один или несколько дезоксирибонуклеотидов, включая дезоксиаденозинмонофосфат, дезоксигуанозинмонофосфат, дезоксицитозинмонофосфат, дезокситимидинмонофосфат или их комбинацию;
к) один или несколько рибонуклеотидов, включая аденозинмонофосфат, гуанозинмонофосфат, цитозинмонофосфат, тимидинмонофосфат или их комбинацию;
л) один или несколько олигонуклеотидов, включая рибонуклеотиды, дезоксирибонуклеотиды, нуклеотидные аналоги или их комбинацию; или
м) один или несколько олигонуклеотидов, каждый из которых независимо имеет длину от 2 до 120 нуклеотидов, от 2 до 100 нуклеотидов, от 2 до 50 нуклеотидов, от 2 до 25 нуклеотидов, от 5 до 40 нуклеотидов, от 2 до 15 нуклеотидов, от 8 до 120 нуклеотидов, от 8 до 80 нуклеотидов, от 10 до 100 нуклеотидов, от 15 до 50 нуклеотидов, от 50 до 100 нуклеотидов или от 100 до 120 нуклеотидов, где олигонуклеотиды необязательно включают ДНК и/или РНК.
25. Система для ударной обработки шариками по п. 23 или 24, в которой внутренняя полость пробирки для образца по меньшей мере частично покрыта слоем или пленкой из блокирующего агента.
26. Система для ударной обработки шариками по п. 23 или 24, в которой некоторые или все шарики частично или полностью покрыты слоем или пленкой из блокирующего агента.
27. Система для ударной обработки шариками по п. 23 или 24, которая содержит порошок, содержащий блокирующий агент, который необязательно представляет собой лиофилизированный порошок, содержащий блокирующий агент.
28. Система по одному из пп. 23-27, в которой шарики:
а) приспособлены для осуществления лизиса бактерий, дрожжей, нитчатых грибов, спор, клеток растений или клеток животных;
б) включают
I. минеральные шарики, керамические шарики, стеклянные шарики, металлические шарики или их комбинацию;
II. шарики из циркония, шарики из силиката циркония, шарики из диоксида циркония, шарики из кварца, шарики из оксида алюминия, шарики из карбида кремния, керамические шарики, стеклянные шарики из диоксида кремния, шарики из нержавеющей стали, шарики из хромистой стали или их комбинацию;
в) имеют диаметр в пределах от 50 мкм до 3 мм; или
г) включают любую комбинацию, указанную в подпунктах а)-в).
29. Система по одному из пп. 23-28, дополнительно содержащая:
а) этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТК) и/или ее натриевую соль, помещенную во внутреннюю полость пробирки для образца; и/или
б) креатинин, помещенный во внутреннюю полость пробирки для образца.
30. Способ лизиса клеток, которые содержатся в жидком образце, включающий встряхивание жидкого образца в пробирке для образца, входящей в систему для ударной обработки шариками по одному из пп. 23-29, в условиях, пригодных для лизиса клеток.
31. Набор для лизиса клеток, которые содержатся в жидком образце, содержащий (I) систему для ударной обработки шариками по одному из пп. 23-29 и (II) один или несколько компонентов для приготовления жидкого образца, один или несколько олигонуклеотидов для амплификации одной или нескольких нуклеиновых кислот, один или несколько зондов для обнаружения одной или нескольких нуклеиновых кислот или их комбинацию, в котором необязательно один или несколько компонентов для приготовления жидкого образца включают воду, соляной раствор, буфер, фильтр или их комбинацию.
32. Набор для получения системы для ударной обработки шариками по одному из пп. 23-29, содержащий пробирку для образца, шарики и сухой блокирующий реагент, в котором необязательно (I) шарики и/или сухой блокирующий реагент включены в набор отдельно от пробирки для образца или в котором (II) шарики и/или сухой блокирующий реагент включены в набор внутри пробирки для образца.