СПОСОБ ТЕСТИРОВАНИЯ И КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ НА ПОДЛОЖКЕ

1. Способ тестирования нуклеиновых кислот на подложке, включающий стадии:
(a) иммобилизации одной или нескольких нуклеиновых кислот на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая иммобилизованная нуклеиновая кислота содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований;
(b) получения меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований; и
(c) определение показателя, отражающего состояние указанных нуклеиновых кислот по количеству меченого олигонуклеотида, находящегося в комплексе с иммобилизованной нуклеиновой кислотой.
2. Набор для тестирования нуклеиновых кислот на подложке, содержащий:
(a) матрицу нуклеиновых кислот, иммобилизованных на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований; и
(b) меченый олигонуклеотид, комплементарный участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований.
3. Применение меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, для тестирования состояния нуклеиновых кислот, иммобилизованных на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований и где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот в указанном участке нуклеотидов с одним видом оснований.
4. Применение по п.3, где указанное тестирование состояния нуклеиновых кислот включает определение показателя, отражающего количество меченого олигонуклеотида, находящегося в комплексе с указанной иммобилизованной нуклеиновой кислотой.
5. Способ по п.1, где указанная нуклеиновая кислота представляет собой одноцепочечную ДНК, РНК, ПНК, ЦНК, ГНК, ЗНК или АНК; их олигонуклеотид или любое их сочетание.
6. Способ по п.1, где указанный участок нуклеотидов с одним видом оснований представляет собой участок из остатков тимина, урацила или гуанина.
7. Способ по п.6, где длина указанного участка нуклеотидов с одним видом оснований составляет приблизительно от 2 до приблизительно 100 нуклеотидов, предпочтительно, приблизительно 16 нуклеотидов.
2
2
8. Способ по п.1, где указанное сшивание представляет собой сшивание световым излучением, проводимым при длине волны приблизительно 200-300 нм, предпочтительно при 254 нм или приблизительно 300-500 нм, предпочтительно при 365 нм и с применением количества энергии в диапазоне приблизительно от 0,1 Джоуль/см до приблизительно 10 Джоуль/см.
9. Способ по п.1, где указанная химическая иммобилизация представляет собой связывание между модифицированным амином нуклеиновой кислоты и соответствующей функциональной группой на твердой подложке, где указанная функциональная группа предпочтительно представляет собой эпоксигруппу, альдегидную, карбоксильную или NHS группу.
10. Способ по п.1, где указанный участок нуклеотидов с одним видом оснований расположен на 3'- или 5'-конце указанной нуклеиновой кислоты.
11. Способ по п.1, где указанная нуклеиновая кислота представлена следующей формулой:
n
m
r
p
q
5'-Y-X-B-X-Z-3',
где Y и Z представляют собой участки нуклеотидов с одним видом оснований, где Y и Z могут состоять из одного и того же или из различных видов оснований; Х представляет собой спейсер, предпочтительно состоящий из нуклеотидов, лишенных азотистых оснований; В представляет собой последовательность более чем из одного вида оснований, a n, m, r, p и q представляют собой количества нуклеотидов в нуклеиновой кислоте, где можно применять следующие условия: n, m, p, q, r>1; n, m, r>1 и p, q=0; p, q, r>1 и n, m=0; n, q, r>1 и m, р=0; n, r>1 и m, p, q=0; q, r>1 и n, m, р=0.
12. Способ по п.1, где указанный меченый олигонуклеотид содержит флуоресцентную, радиоактивную или хемилюминесцентную метку.
13. Способ по п.1, где указанная твердая подложка содержит функциональные группы амина, предпочтительно первичные или вторичные амины, а более предпочтительно представляет собой пористый субстрат, такой как нейлон, или непористый субстрат, такой как стекло, покрытое поли-L-лизином вещество, нитроцеллюлозу, полистирол, циклический олефиновый сополимер (СОС), циклический олефиновый полимер (СОР), полипропилен, полиэтилен или поликарбонат.
14. Способ по п.1, где указанный меченый олигонуклеотид, комплементарный участку нуклеотидов с одним видом оснований получают для повторного применения на дополнительной стадии (d) посредством увеличения температуры выше температуры плавления указанного меченого олигонуклеотида.
15. Способ анализа нуклеиновых кислот, включающий стадии:
(a) иммобилизации одной или нескольких нуклеиновых кислот на твердой подложке посредством сшивания нагреванием, или световым излучением, или посредством химической иммобилизации, где каждая из иммобилизованных нуклеиновых кислот содержит участок нуклеотидов с одним видом оснований;
(b) получение меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен образовывать комплекс с каждой из иммобилизованных нуклеиновых кислот на участке нуклеотидов с одним видом оснований;
(c) детекции присутствия специфической последовательности, комплементарной последовательности вне участка нуклеотидов с одним видом оснований; и
(d) определения показателя, отражающего состояние указанной нуклеиновой кислоты, по количеству меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований, находящемуся в комплексе с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами.
16. Способ по п.1, где качество указанных иммобилизованных нуклеиновых кислот можно дополнительно тестировать посредством дополнительных стадий
(i) получения по меньшей мере одного меченого тестового олигонуклеотида, комплементарного заранее определенному специфическому участку нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен специфически образовывать комплекс с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами, содержащими указанный специфический участок нуклеотидов; и
(ii) определения показателя, отражающего состояние указанных нуклеиновых кислот по присутствию указанного тестового олигонуклеотида, находящегося в комплексе с заранее определенным специфическим участком нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, иммобилизованных нуклеиновых кислот, содержащих указанный специфический участок нуклеотидов.
17. Набор для тестирования нуклеиновых кислот на подложке по п.2, который дополнительно содержит
(с) по меньшей мере один меченый тестовый олигонуклеотид, комплементарный заранее определенному специфическому участку нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, где указанный меченый олигонуклеотид способен специфически образовывать комплекс с иммобилизованными нуклеиновыми кислотами, содержащими указанный специфический участок нуклеотидов.
18. Способ по п.15, где указанный меченый тестовый олигонуклеотид, комплементарный заранее определенному участку нуклеотидов вне участка нуклеотидов с одним видом оснований, мечен меткой, которая оптически или химически отличается от метки меченого олигонуклеотида, комплементарного участку нуклеотидов с одним видом оснований.