СПОСОБ ОБНАРУЖЕНИЯ И КОЛИЧЕСТВЕННОГО ОПРЕДЕЛЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ В ПЛАСТИЧНЫХ ПОЛИМЕРАХ

1. Способ извлечения нуклеиновых кислот из полимера, являющегося пластичным в живом организме, включающий
a) осуществление контакта полимера с i) органическим растворителем и ii) буферным раствором, и
b) отделение органического растворителя от буферного раствора, при этом нуклеиновые кислоты, извлеченные из полимера, находятся в буферном растворе.
2. Способ по п. 1, включающий также стадию идентификации источника нуклеиновой кислоты, извлеченной из полимера.
3. Способ по п. 2, включающий также стадию количественного определения нуклеиновой кислоты, извлеченной из полимера.
4. Способ по п. 3, в котором стадию идентификации или стадию количественного определения осуществляют, применяя метод амплификации нуклеиновой кислоты.
5. Способ по п. 2, в котором источник нуклеиновой кислоты идентифицируют с помощью полимеразной цепной реакции.
6. Способ по п. 3, в котором нуклеиновую кислоту количественно определяют с применением количественной полимеразной цепной реакции.
7. Способ по п. 1, в котором полимер полностью растворяется в органическом растворителе или в котором полимер по меньшей мере частично растворяется в органическом растворителе.
8. Способ по п. 1, в котором нуклеиновые кислоты извлекаются с внутренней поверхности полимера.
9. Способ по п. 1, в котором извлекается по меньшей мере 90% нуклеиновых кислот, прикрепленных к полимеру или заключенных в полимер.
10. Способ по п. 1, в котором источник нуклеиновых кислот представляет собой микроорганизм.
11. Способ по п. 1, в котором источником нуклеиновых кислот, является клетка млекопитающего, при этом клетка, необязательно, представляет собой эпителиальную клетку, сквамозную (плоскую) клетку, фибробласт или кератиноцит.
12. Способ по п. 1, в котором источник нуклеиновых кислот представляет собой эпителиальную клетку, сквамозную (плоскую) клетку, фибробласт или кератиноцит и раковую клетку.
13. Способ обнаружения микроорганизма, прикрепленного к полимеру, пластичному в живом организме, или заключенного в этот полимер, включающий
a) растворение по меньшей мере части полимера в органическом растворителе и буферном растворе,
b) отделение органического растворителя от буферного раствора, при этом нуклеиновые кислоты, извлеченные из микроорганизмов, находятся в буферном растворе, и
c) амплификацию нуклеиновых кислот с использованием по меньшей мере одного олигонуклеотидного праймера, специфичного для микроорганизма.
14. Способ по п. 13, включающий также стадию количественного определения микроорганизмов, прикрепленных к полимеру или заключенных в полимер.
15. Способ по п. 4 и 13, в котором нуклеиновую кислоту амплифицируют с применением полимеразной цепной реакции, метода вытеснения цепи, лигазной цепной реакции, геликаза-зависимой амплификации, термофильной геликаза-зависимой изотермической амплификации с обратной транскрипцией, амплификации по типу катящегося кольца, петлевой изотермической амплификации или амплификации, основанной на последовательности нуклеиновых кислот (изотермической амплификации нуклеиновых кислот).
16. Способ по п. 13, в котором нуклеиновую кислоту амплифицируют с применением полимеразной цепной реакции.
17. Способ идентификации пластичных полимеров, резистентных к адгезии (прилипанию, прикреплению) микроорганизма, включающий
a) осуществление контакта пластичного полимера с микроорганизмом в условиях, которые способствуют связыванию,
b) растворение по меньшей мере части полимера в органическом растворителе и буферном растворе,
b) отделение органического растворителя от буферного раствора, при этом нуклеиновые кислоты, извлеченные из микроорганизмов, сцепленных с полимером (прикрепленных к полимеру), находятся в буферном растворе, и
с) обнаружение присутствия или отсутствия нуклеиновых кислот, специфичных для микроорганизма, в буферном растворе, при этом отсутствие нуклеиновых кислот в буферном растворе свидетельствует о том, что полимер устойчив к адгезии (связыванию) микроорганизма.
18. Способ по п. 17, в котором буферный раствор представляет собой Трис-буфер, ТВЕ или ТАЕ, предпочтительно, в котором буферный раствор представляет собой Трис-буфер.
19. Способ по п. 17, в котором органический растворитель выбран из группы, состоящей из хлороформа, ксилола и толуола, предпочтительно, в котором органический растворитель представляет собой хлороформ.
20. Способ создания микробного профиля полости рта субъекта-млекопитающего, включающий
a) осуществление контакта пластичного полимера с полостью рта субъекта,
b) детекцию (обнаружение) присутствия или отсутствия по меньшей мере одного микроорганизма, прикрепленного к пластичному полимеру или связанного с пластичным полимером после контактирования с полостью рта субъекта,
при этом присутствие или отсутствие по меньшей мере одного микроорганизма определяет микробный профиль полости рта субъекта;
необязательно включающий также стадии:
c) сравнения микробного профиля субъекта-млекопитающего с эталонным микробным профилем, при этом эталонный профиль является показателем повышенной восприимчивости к заболеванию, нарушению или патологическому состоянию полости рта, и
d) оценки микробного профиля с целью определения, действительно ли субъект обладает повышенной восприимчивостью к заболеванию или патологии полости рта.
21. Способ по п. 20, который включает также стадию количественного определения микроорганизмов, прикрепленных к полимеру или захваченных полимером (включенных в полимер).
22. Способ по п. 20, в котором микроорганизм относится к одному из видов, выбранному из группы, включающей бактерии, вирусы, грибы или простейшие, предпочтительно, в котором бактерии представляют собой Streptococcus mutans, Streptococcus oralis, Actinomyces naeslundii, Streptococcus sanguinis, Porphyromomas gingivalis, Porphymomas intermedia, Bacteroides forsythus, Tanneraella forsythia, Campylobacter rectus, Eubacerium nodatum, Peptostreptococcus micros, Streptococcus intermedius, Aggregetibacter actinomycetemcomitans,
Treponema denticola, Lactobacillus, Eikenella corrodens, Capnocytophaga gingivalis, Streptococcus gordonii, Veillonella parvula, Fusobacterium nucleatum и Streptococcus sobrinus.
23. Способ по п. 20, в котором микроорганизм заключен во внутреннюю поверхность полимера.
24. Способ по п. 20, в котором полимер представляет собой эластомер, предпочтительно, в котором эластомер представляет собой поливинилацетат, полибутилен, полиизобутилен, сополимер изобутилена с изопреном (бутилкаучук), сополимеры стирола с бутадиеном, полиизопрен, полиэтилен, сополимер винилацетата с виниллауратом, силикон, джелутонг, чикле, сорву и массарандубу балату или их комбинации.
25. Способ по п. 20, в котором полимер представляет собой жевательную резинку или гуммиоснову.
26. Способ по п. 20, в котором полимер находится в дентальном или периодентальном материале или устройстве, и, предпочтительно, полимер представляет собой метилметакрилат, полиметилметакрилат (РММА), полиэтилметакрилат (РЕМА), глицидилметакрилат (GMA), диметилакрилат триэтиленгликоля (TEGDMA), бисфенол А глицидилметакрилат (BIS-GMA), гуттаперчу и полибутилен, включая альфа-бутилен, цис-бутилен, бета-бутилен, транс-бета-бутилен, изобутилен, найлон, изобутилен или их комбинации.
27. Способ по п. 13, включающий также стадию диагностики микробной инфекции (инфекции микроорганизма) у субъекта-млекопитающего, причем полимер находился в контакте с полостью рта субъекта, а присутствие микроорганизма в полости рта является показателем наличия микробной инфекции.
28. In vitro способ диагностики инфекции в полости рта млекопитающего, или определения восприимчивости млекопитающего к развитию инфекции в полости рта, включающий обнаружение микроорганизма в соответствии со способом по п. 13, причем полимер находился в контакте с полостью рта млекопитающего, а присутствие микроорганизма в полости рта является признаком микробной инфекции или повышенной восприимчивости к микробной инфекции.
29. Набор для осуществления способов по п. 1.
30. Набор выполненный способом по п. 20 для обнаружения или количественного определения микроорганизма, прикрепленного к полимеру, пластичному в живом организме,
или заключенному в этот полимер, содержащий по меньшей мере, один праймер, специфичный для микроорганизма, органический растворитель и буферный раствор.
31. Набор выполненный способом по п. 30, в котором буферный раствор представляет собой Трис-буфер и/или в котором органический растворитель представляет собой хлороформ, и необязательно, содержащий также буферы для PCR (ПЦР)-амплификации, dNTP's (дНТФ, дезоксинуклеозидтрифосфаты) и буферы для загрузки образцов в гели.