МНС-ДИСПЛЕЙ ПЕПТИДОВ МЛЕКОПИТАЮЩЕГО КАК ИНСТРУМЕНТ ДЛЯ ВЫБОРА АНТИГЕННОЙ ДЕТЕРМИНАНТЫ ПРИ СОЗДАНИИ ВАКЦИН

1. Способ идентификации кандидатных пептидов, презентированных главным комплексом гистосовместимости (MHC), включающий экспрессию в репортерной клеточной линии рекомбинантного комплекса MHC-пептид, содержащего ковалентно связанный кандидатный пептид, обнаружение репортерных клеток, которые демонстрируют экспрессию на поверхности комплекса MHC-пептид, и определение последовательности кандидатных пептидов, презентированных на клеточной поверхности.
2. Способ по п. 1, включающий
(i) создание библиотек, содержащих кандидатные пептиды, клонированные впереди и внутри рамки с рекомбинантной MHC бета и/или альфа цепью;
(ii) трансдукцию таких библиотек, вместе с соответствующей MHC альфа и/или бета цепью, в подходящие репортерные клеточные линии;
(iii) обнаружение и изолирование клеток, экспрессирующих один или более комплексов MHC-пептид на клеточной поверхности;
(iv) выделение ДНК из клеток, презентирующих один или более комплексов MHC-пептид на своей клеточной поверхности;
(v) определение последовательности кандидатных пептидов, кодированных векторами, интегрированными в ДНК, выделенную из клеток, которые презентируют комплекс(ы) MHC-пептид на клеточной поверхности.
3. Способ идентификации кандидатных пептидов, презентированных главным комплексом гистосовместимости (MHC), включающий экспрессию в репортерной клеточной линии рекомбинантного комплекса MHC-пептид, содержащего ковалентно связанный кандидатный пептид, выявление репортерных клеток, которые демонстрируют экспрессию на поверхности комплекса MHC-пептид, и определение уровня экспрессии на поверхности комплекса MHC-пептид, и последовательности кандидатных пептидов, презентированных на клеточной поверхности.
4. Способ по п. 3, включающий
(i) создание библиотек, содержащих кандидатные пептиды, клонированные впереди и внутри рамки вместе с рекомбинантной бета и/или альфа цепью MHC;
(ii) трансдукцию таких библиотек, вместе с соответствующей MHC альфа и/или бета цепью, в подходящие репортерные клеточные линии;
(iii) обнаружение и изолирование клеток, экспрессирующих один или более комплекс(ов) MHC-пептид на клеточной поверхности;
(iv) определение уровня экспрессии на клеточной поверхности одного или более комплекса(ов) MHC-пептид
(v) выделение ДНК из клеток, которые презентируют один или более комплексов MHC-пептид на своей клеточной поверхности;
(vi) определение последовательности кандидатных пептидов, кодированных векторами, интегрированными в ДНК, выделенную из клеток, которые презентируют комплекс(ы) MHC-пептид на клеточной поверхности.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором молекула MHC молекула является молекулой MHC класса II, содержащей внеклеточную альфа цепь MHC класса II и трансмембранный домен, а также внеклеточную бета цепь MHC класса II и трансмембранный домен.
6. Способ по любому из пп. 1-4, в котором молекула MHC является молекулой MHC класса I, содержащей внеклеточную альфа цепь MHC класса I и трансмембранный домен, а также бета-2 микроглобулин.
7. Способ по любому из пп. 1-4, в котором комплекс MHC-пептид является гибридным белком, содержащим кандидатный пептид, бета-2 макроглобулин, внеклеточную альфа цепь MHC класса I и трансмембранный домен.
8. Способ по п. 6 или 7, согласно которому MHC альфа цепь несет Y84A мутацию.
9. Способ по любому из пп. 1-8, согласно которому каждая цепь молекулы MHC содержит трансмембранный домен.
10. Способ по любому из пп. 1-9, согласно которому трансмембранный домен является нативным трансмембранным доменом молекулы MHC.
11. Способ по любому из пп. 1-9, согласно которому трансмембранный домен является трансмембранным доменом гетерологичной молекулы, такой как TCRα/β, TCRγ/δ, CD3γ/δ/ε/ζ, CD4 или CD8α/β.
12. Способ по любому из пп. 1-11, согласно которому репортерная клеточная линия является клеточной линией млекопитающего.
13. Способ по любому из пп. 1-12, согласно которому репортерная клеточная линия является клеточной линией, лишенной механизма загрузки пептида на MHC класса II.
14. Способ по п. 13, согласно которому репортерная клеточная линия является T-клеточной гибридомой.
15. Способ по любому из пп. 1-14, согласно которому репортерная клеточная линия является клеточной линией, лишенной функционального гена TAP1, TAP2 и/или бета-2-микроглобулина.
16. Способ по п. 15, согласно которому репортерная клеточная линия является T- клеточной гибридомой с дефектным или удаленным геном TAP1, TAP2 и/или бета-2-микроглобулина.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, согласно которому кандидатный пептид является опухоль-специфическим пептидом, несущим индивидуальную мутацию(и) опухолевого происхождения.
18. Способ по п. 17, согласно которому указанная мутация представляет собой SNV.
19. Способ по пп. 1-16, согласно которому кандидатный пептид является антигеном, вызывающим иммунный ответ.
20. Способ по пп. 1-16, согласно которому кандидатный пептид является веществом, подвергающимся тестированию на иммуногенность.
21. Способ по любому из предшествующих пунктов, согласно которому репортерные клетки, эффективно экспрессирующие MHC на своей поверхности, обогащаются путем сортировки клеток на основе FACS или MACS.
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, согласно которому последовательность кандидатных пептидов, презентированных на клеточной поверхности определяется при помощи ПЦР и секвенирования.
23. Способ по любому из пп. 1-22, согласно которому кандидатный пептид используется в качестве вакцины.
24. Способ по п. 23, согласно которому вакцина является противораковой вакциной на основе опухоль-специфического антигена (TSA).
25. Способ по любому из пп. 1-22, согласно которому кандидатный пептид используется для индукции иммунологической толерантности, по меньшей мере, против одного эпитопа, который он содержит.
26. Способ по любому из пп. 1-22 или 25, согласно которому кандидатный пептид применительно к молекуле MHC используется для блокировки TCRs.
27. Способ по любому из пп. 1-22 или 25, согласно которому кандидатный пептид используется для MHC-опосредованной доставки токсина в клетки, в частности в T-клетки.
28. Способ по любому из пп. 1-22 или 25, согласно которому кандидатный пептид используется для перенацеливания T клеток с помощью MHC-CAR.
29. Способ по любому из пп. 1-22, согласно которому кандидатный пептид используется для тестирования иммуногенности.
30. Способ по любому из пп. 1-22 или 29, согласно которому кандидатный пептид используется для тестирования T-клеточной реактивности.
31. Способ определения MHC аффинности связывания кандидатных пептидов, включающий экспрессию в репортерной клеточной линии рекомбинантного комплекса MHC-пептид, содержащего ковалентно связанный кандидатный пептид, обнаружение репортерных клеток, презентирующих комплекс MHC-пептид на поверхности репортерной клетки, и определение уровня такой презентации/экспрессии.
32. Способ по п. 31, включающий
(i) создание библиотек, содержащих кандидатные пептиды, клонированные впереди рекомбинантного MHC альфа или бета домена, соединенного, по меньшей мере, с одним трансмембранным участком;
(ii) трансдукцию таких библиотек, вместе с соответствующим MHC альфа и/или бета доменом, в подходящие репортерные клеточные линии;
(iii) обнаружение клеток, презентирующих один или более комплексов MHC-пептид на их клеточной поверхности;
(iv) определение уровня такой презентации/экспрессии.