СПОСОБЫ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ КЛЕТОК И НАБОРЫ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ НИХ

1. Способ культивирования T-клеток, причем способ включает
(a) инкубацию композиции, содержащей T-клетки, в присутствии рецептор-связывающего средства, где рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают с реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с рецептор-связывающим средством, и ii) специфически связывается с молекулой на поверхности T-клеток таким образом, который индуцирует или модулирует сигнал в T-клетках в композиции; и
(b) в пределах 5 суток после инициации указанной инкубации, разрушение обратимого связывания между рецептор-связывающим средством и реактивом, тем самым создавая культивируемые T-клетки.
2. Способ по п. 1, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых рецептор-связывающее средство специфически связывается с молекулой, тем самым индуцируя или модулируя сигнал в одной или нескольких T-клетках в композиции.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором указанное разрушение осуществляют больше чем 30 минут после инициации указанной инкубации.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором указанное разрушение осуществляют между 1 часом и 4 сутками после инициации указанной инкубации, между 6 часами и 3 сутками после инициации указанной инкубации, между 12 часами и 2 сутками после инициации указанной инкубации или между 1 сутками и 3 сутками после инициации указанной инкубации; или
указанное разрушение осуществляют между приблизительно 1 часом и приблизительно 4 сутками после инициации указанной инкубации, между приблизительно 6 часами и приблизительно 3 сутками после инициации указанной инкубации, между приблизительно 12 часами и приблизительно 2 сутками после инициации указанной инкубации или между приблизительно 1 сутками и приблизительно 3 сутками после инициации указанной инкубации; или
указанное разрушение осуществляют больше чем или ровно приблизительно 1 час после инициации указанной инкубации и в пределах 1 суток, 2 суток, 3 суток или 4 суток после инициации указанной инкубации.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором
связывание рецептор-связывающего средства с молекулой инициирует ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал в T-клетках; и/или
рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3; и/или
рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD3.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором молекула представляет собой компонент комплекса TCR/CD3 или представляет собой CD3.
7. Способ по любому из пп. 1-6, в котором молекула представляет собой первую молекулу и рецептор-связывающее средство дополнительно способно к специфическому связыванию со второй молекулой на поверхности одной или нескольких T-клеток, эта вторая молекула необязательно способна к индукции или усилению, ослаблению или модификации сигнала, доставляемого через первую молекулу в T-клетки.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором
рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1; и
множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между рецептор-связывающим средством и реактивом.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором указанное разрушение включает введение в клетки композиции, содержащей вещество, способное к обращению связи между рецептор-связывающим средством и реактивом.
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором рецептор-связывающее средство представляет собой первое рецептор-связывающее средство и инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии второго рецептор-связывающего средства, которое способно к специфическому связыванию со второй молекулой на поверхности одной или нескольких T-клеток.
11. Способ по п. 10, в котором связывание второго рецептор-связывающего средства со второй молекулой усиливает, ослабляет или модифицирует сигнал, доставляемый через первую молекулу в T-клетки.
12. Способ по п. 10 или 11, в котором реактив содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым рецептор-связывающим средством, в соответствии с чем второе рецептор-связывающее средство обратимо связывают с реактивом.
13. Способ по п. 12, в котором множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с первым рецептор-связывающим средством, и множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым рецептор-связывающим средством, может представлять собой одно и то же или различное.
14. Способ по п. 12 или 13, в котором
второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1 или C2, который способен к обратимому связыванию с двумя или больше сайтами связывания Z1, в соответствии с чем первое и второе рецептор-связывающие средства обратимо связывают с реактивом через два или больше сайтов связывания Z1; и/или
второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C2 и реактив дополнительно содержит множество сайтов связывания Z2, который способен к связыванию с партнером связывания C2 для того, чтобы формировать обратимую связь между вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
15. Способ по п. 14, в котором
C1 и C2 представляют собой одно и то же или по существу одно и то же или содержат один и тот же или по существу один и тот же фрагмент; и/или
Z1 и Z2 представляют собой одно и то же или по существу одно и то же или содержат один и тот же или по существу один и тот же фрагмент.
16. Способ по п. 10 или 11, в котором реактив представляет собой первый реактив и инкубацию осуществляют в присутствии по меньшей мере второго реактива, который обратимо связывают со вторым рецептор-связывающим средством.
17. Способ по любому из пп. 10-15, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых второе рецептор-связывающее средство специфически связывается со второй молекулой, тем самым индуцируя или модулируя второй сигнал в T-клетках.
18. Способ по любому из пп. 10-17, в котором второй сигнал усиливает, ослабляет или модифицирует сигнал, доставляемый через первую молекулу в T-клетки.
19. Способ по любому из пп. 10-18, в котором указанное разрушение включает введение в клетки композиции, содержащей вещество, способное к обращению связи между первым рецептор-связывающим средством и реактивом и/или вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
20. Способ по любому из пп. 10-19, в котором указанное разрушение завершает или уменьшает сигнал, индуцируемый или модулируемый первым рецептор-связывающим средством, и завершает или уменьшает сигнал, индуцируемый или модулируемый вторым рецептор-связывающим средством.
21. Способ культивирования T-клеток, причем способ включает
(a) инкубацию композиции, содержащей T-клетки, в присутствии:
i) первого рецептор-связывающего средства, которое специфически связывается с первой молекулой, экспрессируемой на поверхности T-клеток таким образом, который индуцирует или модулирует ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал в T-клетке; и
ii) второго рецептор-связывающего средства, где второе рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают с реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым рецептор-связывающим средством, и ii) специфически связывается со второй молекулой на поверхности T-клеток таким образом, чтобы индуцировать или модулировать второй сигнал в T-клетках; и
(b) в пределах 5 суток после инициации указанной инкубации, разрушение обратимого связывания между вторым рецептор-связывающим средством и реактивом, тем самым создавая культивируемые T-клетки.
22. Способ по п. 21, в котором второй сигнал усиливает, ослабляет или модифицирует сигнал, доставляемый через первую молекулу в T-клетки.
23. Способ по п. 21 или 22, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с первой молекулой и/или второе рецептор-связывающее средство специфически связывается со второй молекулой, тем самым индуцируя или модулируя один или несколько сигналов в T-клетках.
24. Способ по любому из пп. 21-23, в котором указанное разрушение осуществляют больше чем 30 минут после инициации указанной инкубации.
25. Способ по любому из пп. 21-24, в котором
указанное разрушение осуществляют между 1 часом и 4 сутками после инициации указанной инкубации, между 6 часами и 3 сутками после инициации указанной инкубации, между 12 часами и 2 сутками после инициации указанной инкубации или между 1 сутками и 3 сутками после инициации указанной инкубации; или
указанное разрушение осуществляют между приблизительно 1 часом и приблизительно 4 сутками после инициации указанной инкубации, между приблизительно 6 часами и приблизительно 3 сутками после инициации указанной инкубации, между приблизительно 12 часами и приблизительно 2 сутками после инициации указанной инкубации или между приблизительно 1 сутками и приблизительно 3 сутками после инициации указанной инкубации; или
указанное разрушение осуществляют больше чем или ровно приблизительно 1 час после инициации указанной инкубации и в пределах 1 суток, 2 суток, 3 суток или 4 суток после инициации указанной инкубации.
26. Способ по любому из пп. 21-25, в котором
второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1; и
множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
27. Способ по любому из пп. 7-26, в котором
второй сигнал представляет собой сигнал, отличный от ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала;
второй сигнал способен усиливать или потенцировать ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал; или
вторая молекула представляет собой костимулирующую молекулу, вспомогательную молекулу, цитокиновый рецептор, хемокиновый рецептор, молекулу иммунной контрольной точки или элемент семейства TNF или семейства рецепторов TNF.
28. Способ по любому из пп. 7-27, в котором вторую молекулу выбирают из CD28, CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM.
29. Способ по любому из пп. 7-28, в котором вторая молекула представляет собой CD28.
30. Способ по любому из пп. 7-29, в котором вторая молекула представляет собой или содержит молекулу адгезии или представляет собой фактор, который индуцирует продуцирование цитокинов, продуцирование хемокинов и/или экспрессию молекулы адгезии.
31. Способ по п. 27 или 30, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2.
32. Способ по любому из пп. 27, 30 и 31, в котором
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2; и/или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-1, IL-15, IFN-γ, TNF-α, IL-4, IL-10, IL-12, IL-15, IL-17 и TNF, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
33. Способ по любому из пп. 27 и 30-32, в котором
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-12R, IFN-γR, IL-4R и IL-17R; или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-4, IL-7, IL-10, IL-15 и IL-17, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
34. Способ по п. 27 или 30, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора).
35. Способ по любому из пп. 27, 30 и 34, в котором
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); и/или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
36. Способ по любому из пп. 27, 30, 34 и 35, в котором:
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
37. Способ по п. 27 или 30, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4.
38. Способ по любому из пп. 27, 30 и 37, в котором:
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4; или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
39. Способ по любому из пп. 27, 30, 37 и 38, в котором
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CXCR3, CCR7, CXCR1 и CXCR4; или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
40. Способ по п. 27 или 30, в котором молекулу адгезии выбирают из CD44, CD31, CD18/CD11a (LFA-1), CD29, CD54 (ICAM-1), CD62L (L-селектин) и CD29/CD49d (VLA-4), CD106 (VCAM-1), или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
41. Способ по любому из пп. 27, 30 и 40, в котором молекулу адгезии выбирают из LFA-1, L-селектина, VCAM-1 и VLA-4 или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
42. Способ по п. 27 или 30, в котором фактор представляет собой ядерный фактор.
43. Способ по любому из пп. 27, 30 и 42, в котором фактор представляет собой связанный с рецептором ретиноевой кислоты сиротский рецептор γ (RORγ) или RORα.
44. Способ по любому из пп. 7-43, в котором указанное разрушение включает введение в клетки композиции, содержащей вещество, способное к обращению связи между вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
45. Способ по п. 44, в котором указанное разрушение завершает или уменьшает сигнал, индуцируемый или модулируемый вторым рецептор-связывающим средством.
46. Способ по п. 44 или 45, в котором вторая молекула представляет собой CD28 и разрушение завершает или уменьшает CD28 костимулирующий сигнал в T-клетках.
47. Способ по любому из пп. 7-46, в котором инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии третьего рецептор-связывающего средства, которое способно к специфическому связыванию с третьей молекулой на поверхности одной или нескольких T-клеток.
48. Способ по п. 47, в котором
первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с первой молекулой, экспрессируемой на поверхности T-клеток таким образом, который индуцирует или модулирует ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал в T-клетке;
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается со второй молекулой, тем самым индуцируя или модулируя второй сигнал в T-клетках; и
третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с третьей молекулой на поверхности T-клеток, которая индуцирует или модулирует дополнительный сигнал в клетке.
49. Способ по п. 47 или 48, в котором первая молекула представляет собой CD3.
50. Способ по любому из пп. 47-49, в котором второй сигнал усиливает, ослабляет или модифицирует сигнал, доставляемый через первую молекулу.
51. Способ по любому из пп. 47-50, в котором вторая молекула представляет собой костимулирующую молекулу, вспомогательную молекулу, цитокиновый рецептор, хемокиновый рецептор, молекулу иммунной контрольной точки или элемент семейства TNF или семейства рецепторов TNF.
52. Способ по любому из пп. 47-51, в котором вторую молекулу выбирают из CD28, CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM.
53. Способ по любому из пп. 47-52, в котором вторая молекула представляет собой CD28.
54. Способ по любому из пп. 47-53, в котором третья молекула представляет собой цитокиновый рецептор, хемокиновый рецептор или представляет собой или содержит молекулу адгезии или представляет собой фактор, который индуцирует продуцирование цитокинов, продуцирование хемокинов и/или экспрессию молекулы адгезии.
55. Способ по п. 54, в котором третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2.
56. Способ по п. 54 или 55, в котором
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2; и/или
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-1, IL-15, IFN-γ, TNF-α, IL-4, IL-10, IL-12, IL-15, IL-17 и TNF, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
57. Способ по любому из пп. 54-56, в котором:
третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-12R, IFN-γR, IL-4R и IL-17R; или
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-4, IL-7, IL-10, IL-15 и IL-17, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
58. Способ по п. 54, в котором третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора).
59. Способ по п. 54 или 58, в котором:
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); и/или
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
60. Способ по любому из пп. 54, 58 и 59, в котором
третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); или
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
61. Способ по п. 54, в котором третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4.
62. Способ по п. 54 или 61, в котором
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4; или
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
63. Способ по любому из пп. 54, 61 и 62, в котором
третье рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CXCR3, CCR7, CXCR1 и CXCR4; или
третье рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
64. Способ по п. 54, в котором молекулу адгезии выбирают из CD44, CD31, CD18/CD11a (LFA-1), CD29, CD54 (ICAM-1), CD62L (L-селектин) и CD29/CD49d (VLA-4), CD106 (VCAM-1), или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
65. Способ по п. 54 или 64, в котором молекулу адгезии выбирают из LFA-1, L-селектина, VCAM-1 и VLA-4 или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
66. Способ по п. 54, в котором фактор представляет собой ядерный фактор.
67. Способ по п. 54 или 66, в котором фактор представляет собой связанный с рецептором ретиноевой кислоты сиротский рецептор γ (RORγ) или RORα.
68. Способ по любому из пп. 47-67, в котором
третье рецептор-связывающее средство обратимо связывают с первым реактивом или вторым реактивом; или
инкубацию осуществляют в присутствии дополнительного реактива, который обратимо связывают с третьим рецептор-связывающим средством.
69. Способ по любому из пп. 1-68, который включает, после указанного разрушения, дополнительную инкубацию композиции, содержащей T-клетки.
70. Способ по п. 69, в котором
инкубацию и дополнительную инкубацию осуществляют в одном и том же сосуде; и/или
дополнительную инкубацию осуществляют в присутствии вещества; и/или
способ не включает удаление вещества, рецептор-связывающего средства, второго рецептор-связывающего средства и/или реактива из композиции клеток перед дополнительной инкубацией.
71. Способ по любому из пп. 1-70, в котором
инкубацию и/или дополнительную инкубацию осуществляют при или приблизительно при 37°C±2°C; и/или
инкубацию и/или дополнительную инкубацию осуществляют в присутствии дополнительного средства, которое способно доставлять сигнал в T-клетки.
72. Способ по п. 71, в котором дополнительное средство способно усиливать или индуцировать пролиферацию T-клеток, CD4+ T-клеток и/или CD8+ T-клеток.
73. Способ по п. 72, в котором дополнительное средство представляет собой цитокин, выбранный из IL-2, IL-15 и IL-7.
74. Способ по любому из пп. 69-73, в котором дополнительную инкубацию осуществляют в течение времени, которое составляет не больше чем 14 суток, не больше чем 12 суток, не больше чем 10 суток, не больше чем 8 суток или не больше чем 6 суток.
75. Способ культивирования T-клеток, который включает
инкубацию композиции, содержащей T-клетки, в присутствии рецептор-связывающего средства, которое специфически связывается с молекулой CD28 на поверхности T-клеток, в условиях для того, чтобы вызывать передачу сигнала через CD28 в клетках; и
в пределах 5 суток после инициации указанной инкубации, устранение или уменьшение связывания рецептор-связывающего средства и молекулы CD28, в соответствии с чем передачу сигнала CD28 завершают или уменьшают в клетках, тем самым создавая культивируемые T-клетки.
76. Способ по п. 75, в котором устранение или уменьшение осуществляют в пределах 4 суток, в пределах 3 суток, в пределах 2 суток или в пределах 1 суток после инициации инкубации.
77. Способ по п. 75 или 76, в котором устранение или уменьшение включает:
промывание клеток, в соответствии с чем любое рецептор-связывающее средство, которое не связывают специфически с CD28, удаляют или уменьшают в композиции; или
обращение взаимодействия связывания между рецептор-связывающим средством и молекулой CD28, необязательно дополнительно включающее промывание клеток для того, чтобы удалять или уменьшать рецептор-связывающее средство в композиции.
78. Способ по любому из пп. 75-77, в котором во время по меньшей мере части инкубации и/или после инкубации, инкубация T-клеток в композиции в присутствии средства, которое специфически связывает молекулу комплекса TCR/CD3, в соответствии с чем ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал индуцируют или модулируют в клетках.
79. Способ культивирования клеток-мишеней, который включает инкубацию композиции, содержащей клетки-мишени, в присутствии рецептор-связывающего средства, где рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают с реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с рецептор-связывающим средством; и ii) специфически связывается с молекулой на поверхности клеток-мишеней, отличной от CD28, CD3 или CD40, таким образом, который индуцирует или модулирует сигнал в клетках-мишенях и/или изменяет функцию клеток-мишеней, тем самым создавая культивируемые клетки-мишени.
80. Способ по п. 79, в котором молекула не представляет собой CD137 и/или рецептор-связывающее средство не связывается специфически с CD137.
81. Способ по п. 79 или 80, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых рецептор-связывающее средство специфически связывается с молекулой, тем самым индуцируя или модулируя сигнал в клетках-мишенях.
82. Способ по любому из пп. 79-81, в котором сигнал не представляет собой ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал.
83. Способ по любому из пп. 79-82, в котором рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между рецептор-связывающим средством и реактивом.
84. Способ по любому из пп. 79-83, в котором
молекулу выбирают из CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM; и/или
рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 или HVEM.
85. Способ по любому из пп. 79-84, в котором рецептор-связывающее средство представляет собой второе рецептор-связывающее средство и молекула представляет собой вторую молекулу, и инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии первого рецептор-связывающего средства, которое способно к специфическому связыванию с первой молекулой на поверхности одной или нескольких T-клеток, эта первая молекула необязательно способна к индукции или модулированию первого сигнала в одной или нескольких T-клетках в композиции.
86. Способ по п. 85, в котором
первое рецептор-связывающее средство обратимо связывают с реактивом, указанный реактив содержит множество сайтов связывания для первого рецептор-связывающего средства и второго рецептор-связывающего средства; или
первое рецептор-связывающее средство обратимо связывают со вторым реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с первым рецептор-связывающим средством.
87. Способ по п. 85 или 86, в котором
первое рецептор-связывающее средство способно к инициации ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала в T-клетках; и/или
первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3; и/или
первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD3.
88. Способ по любому из пп. 85-87, в котором
специфическое связывание второго рецептор-связывающего средства со второй молекулой способно усиливать, ослаблять или модифицировать сигнал, доставляемый через первую молекулу; или
специфическое связывание второго рецептор-связывающего средства со второй молекулой способно усиливать или потенцировать ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал.
89. Способ культивирования T-клеток, который включает инкубацию композиции, содержащей T-клетки, в присутствии
i) первого рецептор-связывающего средства, где первое рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают с реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с первым рецептор-связывающим средством, и ii) специфически связывается с первой молекулой на поверхности T-клеток таким образом, чтобы индуцировать или модулировать ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал в T-клетках в композиции; и
ii) второго рецептор-связывающего средства, где второе рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают (a) с реактивом, указанный реактив дополнительно содержит множество сайтов связывания для второго рецептор-связывающего средства, или (b) со вторым реактивом, содержащим множеством сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым рецептор-связывающим средством, и ii) специфически связывается со второй молекулой на поверхности T-клеток таким образом, чтобы индуцировать или модулировать второй сигнал в T-клетках в композиции, указанная вторая молекула отлична от CD28, и
где инкубацию осуществляют в условиях, в которых сигнал и/или второй сигнал индуцируют или модулируют в T-клетках в композиции, тем самым создавая культивируемые T-клетки.
90. Способ по п. 89, в котором первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3 и/или первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD3.
91. Способ по п. 89 или 90, в котором
специфическое связывание второго рецептор-связывающего средства со второй молекулой способно к индукции или модулированию сигнала, отличного от ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала; и/или
специфическое связывание второго рецептор-связывающего средства со второй молекулой способно усиливать, ослаблять или модифицировать сигнал, доставляемый через первую молекулу; или
специфическое связывание второго рецептор-связывающего средства со второй молекулой способно усиливать или потенцировать ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал.
92. Способ по любому из пп. 85-91, в котором
вторую молекулу выбирают из CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM; и/или
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 или HVEM.
93. Способ по любому из пп. 85-92, в котором вторая молекула не представляет собой CD137 и/или второе рецептор-связывающее средство не связывается специфически с CD137.
94. Способ по любому из пп. 85-93, в котором:
первое рецептор-связывающее средство и второе рецептор-связывающее средство обратимо связываются с реактивом; и
любое из
i) каждое из первого рецептор-связывающего средства и второго рецептор-связывающего средства индивидуально содержит партнер связывания C1, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым и вторым рецептор-связывающим средством и реактивом; или
ii) первое рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C2, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 и партнером связывания C2 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым и вторым рецептор-связывающим средством и реактивом; или
iii) первое рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C2, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым рецептор-связывающим средством и реактивом, и два или больше сайт связывания, Z2, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C2 для того, чтобы формировать обратимую связь между вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
95. Способ по любому из пп. 79-83, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2.
96. Способ по любому из пп. 79-83 и 95, в котором
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2; и/или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-1, IL-15, IFN-γ, TNF-α, IL-4, IL-10, IL-12, IL-15, IL-17 и TNF, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
97. Способ по любому из пп. 79-83, 95 и 96, в котором
рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-12R, IFN-γR, IL-4R и IL-17R; или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-4, IL-7, IL-10, IL-15 и IL-17, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
98. Способ по любому из пп. 79-83, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора).
99. Способ по любому из пп. 79-83 и 98, в котором
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); и/или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
100. Способ по любому из пп. 79-83, 98 и 99, в котором
рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
101. Способ по любому из пп. 79-83, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4.
102. Способ по любому из пп. 79-83 и 101, в котором
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4; или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
103. Способ по любому из пп. 79-83, 101 и 102, в котором
рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CXCR3, CCR7, CXCR1 и CXCR4; или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
104. Способ по любому из пп. 79-83, в котором молекулу адгезии выбирают из CD44, CD31, CD18/CD11a (LFA-1), CD29, CD54 (ICAM-1), CD62L (L-селектин) и CD29/CD49d (VLA-4), CD106 (VCAM-1), или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
105. Способ по любому из пп. 79-83 и 104, в котором молекулу адгезии выбирают из LFA-1, L-селектина, VCAM-1 и VLA-4 или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
106. Способ по любому из пп. 79-83, в котором фактор представляет собой ядерный фактор.
107. Способ по любому из пп. 79-83 и 106, в котором фактор представляет собой связанный с рецептором ретиноевой кислоты сиротский рецептор γ (RORγ) или RORα.
108. Способ по любому из пп. 79-83 и 95-107, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых рецептор-связывающее средство специфически связывается с молекулой, тем самым индуцируя или модулируя сигнал в клетках-мишенях и/или изменяя функцию в клетках-мишенях.
109. Способ по любому из пп. 79-83 и 95-108, в котором рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между рецептор-связывающим средством и реактивом.
110. Способ по любому из пп. 79-83 и 95-109, в котором рецептор-связывающее средство представляет собой дополнительное рецептор-связывающее средство и молекула представляет собой дополнительную молекулу, и инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии первого рецептор-связывающего средства, которое способно к специфическому связыванию с первой молекулой на поверхности одной или нескольких T-клеток, эта первая молекула необязательно способна к индукции или модулированию первого сигнала в одной или нескольких T-клетках в композиции.
111. Способ по п. 110, в котором
первое рецептор-связывающее средство обратимо связывают с реактивом, указанный реактив содержит множество сайтов связывания для первого рецептор-связывающего средства и дополнительного рецептор-связывающего средства; или
первое рецептор-связывающее средство обратимо связывают со вторым реактивом, содержащим множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с первым рецептор-связывающим средством.
112. Способ по п. 110 или 111, в котором
первое рецептор-связывающее средство способно к инициации ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала в T-клетках; и/или
первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3; и/или
первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD3.
113. Способ по любому из пп. 110-112, в котором первое рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C2, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z2, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C2 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым рецептор-связывающим средством и реактивом.
114. Способ по любому из пп. 110-113, в котором инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии второго рецептор-связывающего средства, которое способно к специфическому связыванию со второй молекулой на поверхности одной или нескольких T-клеток, эта вторая молекула необязательно способна к индукции или модулированию сигнала в клетках-мишенях в композиции для того, чтобы усиливать, ослаблять или модифицировать сигнал, доставляемый через первую молекулу.
115. Способ по п. 114, в котором
второй сигнал представляет собой сигнал, отличный от ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала;
второй сигнал способен усиливать или потенцировать ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал; или
вторая молекула представляет собой костимулирующую молекулу, вспомогательную молекулу, цитокиновый рецептор, хемокиновый рецептор, молекулу иммунной контрольной точки или элемент семейства TNF или семейства рецепторов TNF.
116. Способ по п. 114 или 115, в котором
вторую молекулу выбирают из CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM; и/или
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 или HVEM.
117. Способ по любому из 114-116, в котором вторую молекулу выбирают из CD28 и CD137.
118. Способ по любому из пп. 114-117, в котором вторая молекула представляет собой CD28.
119. Способ культивирования клеток-мишеней, который включает инкубацию композиции, содержащей клетки-мишени, в присутствии одного или нескольких рецептор-связывающих средств, где рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают с реактивом, который представляет собой аналог или мутеин стрептавидина, содержащий множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с рецептор-связывающим средством; и ii) специфически связывается с молекулой на поверхности клеток-мишеней таким образом, который индуцирует или модулирует сигнал в клетках-мишенях в композиции, где мутеин стрептавидина имеет суммарный отрицательный заряд или демонстрирует изоэлектрическую точку меньше чем мутеин стрептавидина, приведенный в SEQ ID № 4 или 6, тем самым создавая культивируемые клетки-мишени.
120. Способ культивирования клеток-мишеней, который включает инкубацию композиции, содержащей клетки-мишени, в присутствии одного или нескольких рецептор-связывающих средств, где рецептор-связывающее средство i) обратимо связывают с реактивом, который представляет собой аналог или мутеин стрептавидина, содержащий множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с рецептор-связывающим средством; и ii) специфически связывается с молекулой на поверхности клеток-мишеней таким образом, который индуцирует или модулирует сигнал в клетках-мишенях в композиции, где аналог или мутеин стрептавидина демонстрирует более высокую аффинность к стрептавидин-связывающему пептиду, содержащему последовательность аминокислот Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 8), чем стрептавидин или мутеин, содержащий последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №№ 1-6, тем самым создавая культивируемые клетки-мишени.
121. Способ по п. 119 или 120, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых рецептор-связывающее средство специфически связывается с молекулой, тем самым индуцируя или модулируя сигнал в одной или нескольких клетках-мишенях в композиции.
122. Способ по любому из пп. 119-121, в котором
множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1; и
рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, который способен к обратимому связыванию с сайтом связывания Z1, где обратимое связывание между C1 и Z1 вызывает обратимое связывание между рецептор-связывающим средством и реактивом.
123. Способ по п. 122, в котором аналог или мутеин стрептавидина содержит множество сайтов связывания Z1, где множество рецептор-связывающих средств обратимо связывают с реактивом.
124. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-123, в котором клетки-мишени содержат клетки иммунной системы.
125. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-124, в котором
клетки-мишени содержат клетки крови;
клетки-мишени содержат лейкоциты;
клетки-мишени содержат лимфоциты;
клетки-мишени содержат B-клетки;
клетки-мишени содержат популяцию B-клеток;
клетки-мишени содержат T-клетки;
клетки-мишени содержат популяцию T-клеток; и/или
клетки-мишени содержат естественные киллерные (NK) клетки.
126. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-125, в котором клетки-мишени содержат антиген-специфические T-клетки или их популяцию, T-хелперные клетки или их популяцию, цитотоксические T-клетки или их популяцию, T-клетки памяти или их популяцию, регуляторные T-клетки или их популяцию, NK клетки или их популяцию, антиген-специфические B-клетки или их популяцию, B-клетки памяти или их популяцию или регуляторные B-клетки или их популяцию.
127. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-126, в котором клетки-мишени представляют собой T-клетки.
128. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-127, в котором молекула присутствует на поверхности T-клеток, где рецептор-связывающее средство способно к индукции или модулированию сигнала в T-клетках в композиции.
129. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-128, в котором
рецептор-связывающее средство способно к инициации ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала в T-клетках; и/или
рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3; и/или
рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD3.
130. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-129, в котором молекула представляет собой первую молекулу и рецептор-связывающее средство способно к специфическому связыванию с первой молекулой и второй молекулой на поверхности одной или нескольких клеток-мишеней, это связывание со второй молекулой индуцирует или модулирует сигнал в клетках-мишенях.
131. Способ по п. 130, в котором связывание со второй молекулой необязательно способно усиливать, ослаблять или модифицировать сигнал, доставляемый через первую молекулу.
132. Способ по любому из пп. 79-88 и 95-129, в котором рецептор-связывающее средство представляет собой первое рецептор-связывающее средство и инкубацию дополнительно осуществляют в присутствии второго рецептор-связывающего средства, которое способно к специфическому связыванию со второй молекулой на поверхности одной или нескольких клеток-мишеней, это связывание со второй молекулой необязательно способно к индукции или модулированию сигнала в клетках-мишенях.
133. Способ по п. 132, в котором связывание со второй молекулой усиливает, ослабляет или модифицирует сигнал, доставляемый через первую молекулу.
134. Способ по п. 132 или 133, в котором инкубацию осуществляют в условиях, в которых второе рецептор-связывающее средство специфически связывается со второй молекулой, тем самым индуцируя или модулируя сигнал в клетках-мишенях в композиции.
135. Способ по п. 134, в котором связывание со второй молекулой усиливает, ослабляет или модифицирует сигнал, доставляемый через первую молекулу.
136. Способ по любому из пп. 132-135, в котором мутеин или аналог стрептавидина содержит множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию со вторым рецептор-связывающим средством, в соответствии с чем второе рецептор-связывающее средство обратимо связывают с мутеином или аналогом стрептавидина.
137. Способ по п. 136, в котором второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1 или C2, который способен к обратимому связыванию с двумя или больше сайтами связывания Z2, присутствующими в аналоге или мутеине стрептавидина.
138. Способ по любому из пп. 130-137, в котором
вторую молекулу выбирают из CD28, CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM; и/или
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD28, CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 или HVEM.
139. Способ по любому из пп. 130-138, в котором вторая молекула представляет собой CD28.
140. Способ по любому из пп. 130-138, в котором
вторую молекулу выбирают из CD40 и CD137; и/или
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD40 или CD137.
141. Способ по любому из пп. 130-137, в котором вторая молекула представляет собой или содержит молекулу адгезии или представляет собой фактор, который индуцирует продуцирование цитокинов, продуцирование хемокинов и/или экспрессию молекулы адгезии.
142. Способ по любому из пп. 130-137 и 141, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2.
143. Способ по любому из пп. 130-137, 141 и 142, в котором
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2; и/или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-1, IL-15, IFN-γ, TNF-α, IL-4, IL-10, IL-12, IL-15, IL-17 и TNF, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
144. Способ по любому из пп. 130-137, 141 и 142, в котором
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-12R, IFN-γR, IL-4R и IL-17R; или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-4, IL-7, IL-10, IL-15 и IL-17, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
145. Способ по любому из пп. 130-137 и 141, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора).
146. Способ по любому из пп. 130-137 и 145, в котором
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); и/или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
147. Способ по любому из пп. 130-137, 145 и 146, в котором
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
148. Способ по любому из пп. 130-137 и 141, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4.
149. Способ по любому из пп. 130-137 и 148, в котором
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4; или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
150. Способ по любому из пп. 130-137, 145 и 146, в котором:
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CXCR3, CCR7, CXCR1 и CXCR4; или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
151. Способ по любому из пп. 130-137 и 141, в котором молекулу адгезии выбирают из CD44, CD31, CD18/CD11a (LFA-1), CD29, CD54 (ICAM-1), CD62L (L-селектин) и CD29/CD49d (VLA-4), CD106 (VCAM-1), или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
152. Способ по любому из пп. 130-137, 141 и 151, в котором молекулу адгезии выбирают из LFA-1, L-селектина, VCAM-1 и VLA-4 или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
153. Способ по любому из пп. 130-137 и 141, в котором фактор представляет собой ядерный фактор.
154. Способ по любому из пп. 130-137, 141 и 153, в котором фактор представляет собой связанный с рецептором ретиноевой кислоты сиротский рецептор γ (RORγ) или RORα.
-7
155. Способ по любому из пп. 108, 85-94 и 116-154, в котором второе рецептор-связывающее средство содержит множество различных рецептор-связывающих средств, каждое из которых способно к индивидуальному связыванию с одной и той же или отличающейся второй молекулой на поверхности T-клеток в композиции для того, чтобы избирательно индуцировать или модулировать один или несколько сигналов в клетках.
156. Способ по любому из пп. 1-155, который дополнительно включает разрушение обратимого связывания между первым и/или вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
157. Способ по п. 156, в котором разрушение осуществляют в пределах 14 суток после инициации инкубации, в пределах 12 суток после инициации инкубации, в пределах 10 суток после инициации инкубации в пределах 8 суток после инициации инкубации или в пределах 6 суток после инициации инкубации.
158. Способ по любому из пп. 1-157, в котором по меньшей мере часть инкубации осуществляют в присутствии дополнительного средства, которое способно доставлять сигнал в T-клетки.
159. Способ п. 158, в котором дополнительное средство способно усиливать или индуцировать пролиферацию T-клеток, CD4+ T-клеток и/или CD8+ T-клеток.
160. Способ по п. 158 или 159, в котором дополнительное средство представляет собой цитокин, выбранный из IL-2, IL-15 и IL-7.
161. Способ по любому из пп. 158-160, в котором дополнительное средство не связывается специфически с CD28 и/или индуцирует передачу сигнала CD28.
162. Способ по любому из пп. 1-161, в котором T-клетки или клетки-мишени представляют собой эмбриональные клетки от субъекта
163. Способ по любому из пп. 1-162, в котором T-клетки или клетки-мишени выделяют непосредственно у субъекта.
164. Способ по любому из пп. 1-93 и 127-163, в котором T-клетки представляют собой не фракционированные T-клетки, представляют собой обогащенные или выделенные CD3+ T-клетки, представляют собой обогащенные или выделенные CD4+ T-клетки или представляют собой обогащенные или выделенные CD8+ T-клетки.
165. Способ по любому из пп. 1-93 и 127-164, в котором перед инкубацией T-клетки не обогащают по CD62L+ клеткам и/или не обогащают по наивным T-клеткам.
166. Способ по любому из пп. 1-165, в котором T-клетки или клетки-мишени представляют собой клетки человека.
167. Способ по любому из пп. 1-166, в котором
реактив имеет размер, который составляет меньше чем 20 нм, меньше чем 10 нм, меньше чем 5 нм или меньше чем 1 нм; или
3
3
реактив имеет плотность меньше чем 1,2 г/см или меньше чем 1,0 г/см.
168. Способ по любому из пп. 1-167, в котором
реактив не является и не связан с или ассоциирован с твердым носителем, стационарной фазой, бусиной, микрочастицей, магнитной частицей и/или матрицей во время указанной инкубации; и/или
реактив является гибким, не содержит металлическую или магнитную сердцевину, полностью или в первую очередь состоит из органического мультимера, не является сферическим, по существу не является сферическим или однородным по геометрической форме и/или не является жестким;
169. Способ по любому из пп. 1-168, в котором реактив не связывают с основой или твердым носителем во время указанной инкубации.
170. Способ по любому из пп. 1-168, в котором реактив связывают с основой во время по меньшей мере части инкубации, в соответствии с чем множество T-клеток или клеток-мишеней обратимо иммобилизуют на основе во время по меньшей мере части инкубации.
171. Способ по п. 170, в котором
основа представляет собой или содержит стационарную фазу; и/или
основа представляет собой или содержит твердый носитель.
172. Способ по любому из пп. 1-171, в котором каждое рецептор-связывающее средство индивидуально выбирают из фрагмента антитела, одновалентного фрагмента антитела, белковой связывающей молекулы с антителоподобными связывающими свойствами, молекулы, содержащей домены Ig, цитокина, хемокина, аптамера и молекулы MHC и их связывающих фрагментов.
173. Способ по любому из пп. 1-172, в котором
рецептор-связывающее средство содержит фрагмент антитела;
рецептор-связывающее средство содержит Fab-фрагмент;
2
рецептор-связывающее средство представляет собой двухвалентный фрагмент антитела, выбранный из F(ab')-фрагмента и двухвалентного одноцепочечного Fv (scFv) фрагмента;
рецептор-связывающее средство представляет собой одновалентный фрагмент антитела, выбранный из Fab-фрагмента, Fv-фрагмента и scFv-фрагмента; и/или
рецептор-связывающее средство представляет собой белковую связывающую молекулу с антителоподобными связывающими свойствами, выбранную из аптамеров, мутеинов, основанных на полипептиде семейства липокалина, глутел, белков, основанных на анкириновом каркасе, белков, основанных на кристаллиновом каркасе, аднектинов и авимеров.
174. Способ по любому из пп. 1-118 и 155-173, в котором реактив представляет собой или содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина, который обратимо связывает биотин, аналог биотина или его биологически активный фрагмент; аналог или мутеин авидина или стрептавидина, который обратимо связывает стрептавидин-связывающий пептид; реактив, который содержит по меньшей мере две хелатирующие группы K, где по меньшей мере две хелатирующие группы способны к связыванию с ионом переходного металла; средство, способное к связыванию с олигогистидиновой аффинной меткой; средство, способное к связыванию с глутатион-S-трансферазой; кальмодулин или его аналог; средство, способное к связыванию с кальмодулин-связывающим пептидом (CBP); средство, способное к связыванию с FLAG-пептидом; средство, способное к связыванию с HA-меткой; средство, способное к связыванию с мальтоза-связывающим белком (MBP); средство, способное к связыванию с эпитопом HSV; средство, способное к связыванию с эпитопом myc; или средство, способное к связыванию с биотинилированным белком-переносчиком.
175. Способ по любому из пп. 1-118 и 155-174, в котором
реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом;
реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывается с аналогом биотина или биологически активным фрагментом; и/или
реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывается со стрептавидин-связывающим пептидом.
176. Способ по любому из пп. 1-118 и 155-175, в котором реактив представляет собой олигомер или полимер стрептавидина, авидина, аналога или мутеина стрептавидина, который обратимо связывает биотин или биологически активный фрагмент; стрептавидин или аналог или мутеин авидина, который обратимо связывает стрептавидин-связывающий пептид; реактив, который содержит по меньшей мере две хелатирующие группы K, где по меньшей мере две хелатирующие группы способны к связыванию с ионом переходного металла; средство, способное к связыванию с олигогистидиновой аффинной меткой; средство, способное к связыванию с глутатион-S-трансферазой; кальмодулин или его аналог; средство, способное к связыванию с кальмодулин-связывающим пептидом (CBP); средство, способное к связыванию с FLAG-пептидом; средство, способное к связыванию с HA-меткой; средство, способное к связыванию с мальтоза-связывающим белком (MBP); средство, способное к связыванию с эпитопом HSV; средство, способное к связыванию с эпитопом myc; или средство, способное к связыванию с биотинилированным белком-переносчиком.
177. Способ по любому из пп. 1-118 и 155-176, в котором реактив содержит олигомер или полимер стрептавидина, авидина, аналога или мутеина стрептавидина или и аналога или мутеина авидина.
178. Способ по любому из пп. 1-177, в котором реактив содержит олигомер или полимер аналога или мутеина стрептавидина.
179. Способ по любому из пп. 176, 177 и 178, в котором индивидуальные молекулы олигомера или полимера сшивают с помощью полисахарида или бифункционального линкера.
3
2
2
180. Способ по любому из пп. 174-179, в котором стрептавидин-связывающий пептид выбирают из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 19).
181. Способ по любому из пп. 1-180, в котором
44
45
46
47
44
45
46
47
реактив содержит аналог или мутеин стрептавидина, содержащий аминокислотную последовательность Va1-Thr-Ala-Arg или lle-Gly-Ala-Arg в положениях последовательности, соответствующих положениям с 44 до 47 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID № 1;или
44
45
46
47
аналог или мутеин стрептавидина содержит аминокислотную последовательность Va1-Thr-Ala-Arg в положениях последовательности, соответствующих положениям с 44 до 47 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID № 1.
182. Способ по любому из пп. 1-118 и 155-181, в котором аналог или мутеин стрептавидина содержит
a) последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №№ 3-6, 27 и 28;
44
45
46
47
44
45
46
47
b) последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более высокую идентичность последовательностей с любой из SEQ ID №№ 3-6, 27 и 28 и содержит аминокислотную последовательность, соответствующую Va1-Thr-Ala-Arg или lle-Gly-Ala-Arg, и которая обратимо связывается с биотином или его биологически активной формой, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом; или
c) функциональный фрагмент из a) или b), который обратимо связывается с биотином или его биологически активной формой, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом.
183. Способ по п. 181 или 182, в котором аналог или мутеин стрептавидина дополнительно содержит замену или замены аминокислот в положении, соответствующем 117, 120 и/или 121 относительно положений в стрептавидине в последовательности аминокислот, приведенной в SEQ ID № 1.
184. Способ по п. 183, в котором
117
117
117
120
120
120
121
121
121
замену или замены аминокислот выбирают из Glu, Asp, Arg, Ser, Ala, Gly, Trp, Tyr или Phe; или
117
120
121
замену или замены аминокислот выбирают из одной или нескольких из Glu, Gly или Tyr; или
117
120
121
замены аминокислот выбирают из Glu, Gly или Tyr.
185. Способ по любому из пп. 119-184, в котором аналог или мутеин стрептавидина содержит
a) последовательность аминокислот, приведенную в SEQ ID № 27 или 28;
44
45
46
47
117
120
121
b) последовательность аминокислот, которая проявляет по меньшей мере 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более высокую идентичность последовательностей с SEQ ID №№ 28 и содержит аминокислотную последовательность, соответствующую Va1, Thr, Ala, Arg, Glu, Gly и Tyr, и обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом; или
c) функциональный фрагмент из a) или b), который обратимо связывается с биотином или биологически активным фрагментом, аналогом или мутеином биотина или его биологически активным фрагментом или стрептавидин-связывающим пептидом.
186. Способ по любому из пп. 1-118 и 155-185, в котором
реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина; и
3
2
2
партнер связывания C1 и/или партнер связывания C2, независимо, содержит стрептавидин-связывающий пептид, выбранный из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 19);
187. Способ по любому из пп. 1-78 и 156-186, в котором указанное разрушение включает введение в клетки композиции, содержащей вещество, способное к обращению связи между рецептор-связывающим средством и реактивом.
188. Способ по п. 187, в котором вещество представляет собой свободный партнер связывания и/или представляет собой конкурентное средство.
189. Способ по п. 187 или 188, в котором вещество в композиции не является вредоносным для T-клеток или для клеток-мишеней и/или в котором добавление указанного вещества не снижает процентную долю выживших T-клеток или клеток-мишеней до меньше чем 90%, 80%, 70%, 60% или 50%, по сравнению с инкубацией T-клеток или клеток-мишеней, соответственно, при сравнимых или тех же условиях, без вещества.
190. Способ по любому из пп. 1-78 и 156-189, в котором указанное разрушение завершает или уменьшает сигнал, индуцируемый или модулируемый одним или обоими из рецептор-связывающего средства или второго рецептор-связывающего средства, в T-клетках или клетках-мишенях.
191. Способ по любому из пп. 1-190, в котором
реактив представляет собой или содержит аналог или мутеин стрептавидина или их биологически активные фрагменты; и
вещество содержит стрептавидин-связывающий пептид, биотин или биологически активный фрагмент, необязательно D-биотин, или аналог биотина или биологически активный фрагмент.
192. Способ по п. 191, в котором
3
2
2
вещество представляет собой стрептавидин-связывающий пептид выбирают из группы, состоящей из Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 8), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 17), Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 18) и Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 19); и/или
вещество представляет собой C1 или его аналог или представляет собой C2 или его аналог.
193. Способ по любому из пп. 1-192, в котором
D
-2
-13
константа диссоциации (K) для обратимого связывания между указанным сайтом связывания Z1 и указанным партнером связывания C1 и/или для обратимого связывания между указанным сайтом связывания Z2 и указанным партнером связывания C2 находится в диапазоне от 10 M до 10 M.
194. Способ по любому из пп. 1-193, в котором
перед инкубацией, приведение в контакт клеток со средством отбора, которое специфически связывается с маркером, который содержат T-клетки или клетки-мишени композиции, тем самым создавая или получая композицию, содержащую T-клетки или клетки-мишени; или
по меньшей мере часть инкубации осуществляют дополнительно в присутствии средства отбора, которое специфически связывается с маркером, который содержат T-клетки или клетки-мишени композиции, где культивируемые T-клетки обогащают по T-клеткам или клеткам-мишеням, содержащим маркер.
195. Способ по п. 194, в котором
средство отбора обратимо связывают с реактивом, указанный реактив дополнительно содержит множество сайтов связывания, способных к специфическому связыванию средства отбора; или
средство отбора обратимо связывают с дополнительным реактивом, содержащим множеством сайтов связывания, способных к специфическому связыванию со средством отбора.
196. Способ по любому из пп. 1-195, в котором индукция или модуляция сигнала вызывает увеличение размножения и/или активации культивируемых T-клеток по сравнению с инкубацией T-клеток в отсутствие индукции или модуляции сигнала.
197. Способ по п. 196, в котором увеличение является по меньшей мере 2-кратным, 3-кратным, 4-кратным, 5-кратным, 6-кратным, 7-кратным, 8-кратным, 9-кратным, 10-кратным или более.
198. Способ по любому из пп. 7-197, в котором индукция или модуляция дополнительного или второго сигнала увеличивает размножение и/или активацию T-клеток по сравнению с инкубацией T-клеток в отсутствие индукции или модуляции дополнительного или второго сигнала.
199. Способ по п. 198, в котором увеличение является по меньшей мере 2-кратным, 3-кратным, 4-кратным, 5-кратным, 6-кратным, 7-кратным, 8-кратным, 9-кратным, 10-кратным или более.
200. Способ по любому из пп. 1-199, в котором способ увеличивает размножение и/или пролиферацию T-клеток в композиции, изменяет метаболический профиль T-клеток в композиции, изменяет подмножество CD8+ T-клеток в композиции; и/или увеличивает процентную долю долгоживущих T-клеток памяти в композиции, каждое по сравнению с T-клетками в композиции перед инкубацией, после инкубации, но в отсутствие разрушения, или после инкубации, но в присутствии средства, которое специфически связывает CD28 и/или индуцирует или модулирует передачу сигнала CD28.
201. Способ по любому из пп. 1-200, где способы ведут к культивируемым T-клеткам, где
число или процентную долю CD3+ T-клеток, CD4+ T-клеток или CD8+ клеток увеличивают по меньшей мере 2-кратно, 3-кратно, 4-кратно, 5-кратно, 6-кратно, 7-кратно, 8-кратно, 9-кратно или 10-кратно по сравнению с числом или процентной долей CD3+ T-клеток, CD4+ T-клеток или CD8+ T-клеток, соответственно, в композиции перед инкубацией, после инкубации, но в отсутствие разрушения, или после аналогичной инкубации, но выполняемой в присутствии средства, которое специфически связывает CD28 и/или индуцирует или модулирует передачу сигнала CD28;
соотношение CD8+ T-клеток или относительное или нормализованное соотношение CD8+ T-клеток в композиции увеличивают по меньшей мере 2-кратно, 3-кратно, 4-кратно, 5-кратно, 6-кратно, 7-кратно, 8-кратно, 9-кратно или 10-кратно по сравнению с соотношением или относительным или нормализованным соотношением CD8+ T-клеток в композиции перед инкубацией, после инкубации, но в отсутствие разрушения, или после аналогичной инкубации, но в присутствии средства, которое специфически связывает CD28 и/или индуцирует или модулирует передачу сигнала CD28;
SCM
SCM
число или процентную долю CD62L+, необязательно долгоживущих T-клеток памяти или стволовых клеток памяти (T), в композиции увеличивают по меньшей мере 2-кратно, 3-кратно, 4-кратно, 5-кратно, 6-кратно, 7-кратно, 8-кратно, 9-кратно или 10-кратно по сравнению с числом или процентной долей соответствующей популяции клеток, любых CD62L+, долгоживущих T-клеток памяти или T, в композиции перед инкубацией, после инкубации, но в отсутствие разрушения, или после аналогичной инкубации, но в присутствии средства, которое специфически связывает CD28 и/или индуцирует или модулирует передачу сигнала CD28.
202. Способ по любому из пп. 1-201, в котором культивируемые T-клетки содержат больше чем 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80% или 90% подмножества T-клеток, содержащих фенотип, который представляет собой поверхность, положительную по CD62L (CD62L+), в виде процентной доли от всех T-клеток в композиции или всех клеток в композиции.
203. Способ по п. 202, в котором подмножество T-клеток дополнительно содержит фенотип, содержащий
a) CD127+; и/или
низк.
b) любое одно или несколько из CD45RA+, CD45RO-, CCR7+ и CD27+ и любое одно или несколько из t-bet, IL-7Ra+, CD95+, IL-2Rβ+, CXCR3+ и LFA-1+.
204. Способ по п. 202 или 203, в котором подмножество T-клеток:
a) содержит низкий уровень эксцизионных колец реаранжировки TCR (TREC); и/или
b) экспрессирует маркер пролиферации, который необязательно представляет собой Ki-67; и/или
c) демонстрирует способность пролиферировать в присутствии стимулирующего средства; и/или
d) демонстрирует способность продуцировать цитокин, выбранный из IFN-γ, TNF и IL-2, в присутствии стимулирующего средства.
205. Способ по п. 204, в котором стимулирующее средство представляет собой антиген, гомеостатический цитокин, необязательно IL-15 и/или IL-17, или представляет собой средство, которое способно к инициации ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала в T-клетках.
206. Способ по любому из пп. 202-205, в котором подмножество T-клеток представляет собой или содержит долгоживущие T-клетки памяти.
SCM
207. Способ по любому из пп. 202-206, в котором подмножество T-клеток представляет собой или содержит стволовые T-клетки памяти (T).
208. Способ по любому из пп. 1-207, который дополнительно включает введение рекомбинантной молекулы нуклеиновой кислоты в T-клетки или клетки-мишени популяции, эта молекула нуклеиновой кислоты кодирует рекомбинантный белок, в соответствии с чем клетки экспрессируют рекомбинантный белок.
209. Способ по п. 208, в котором рекомбинантный рецептор представляет собой химерный антигенный рецептор или трансгенный T-клеточный рецептор (TCR).
210. Способ по любому из пп. 1-209, в котором способ осуществляют in vitro или ex vivo.
211. Способ по любому из пп. 1-210, который дополнительно включает введение культивируемых клеток субъекту, имеющему заболевание или состояние.
212. Композиция, которая содержит множество культивируемых T-клеток или клеток-мишеней, получаемых способом по любому из пп. 1-211, и необязательно фармацевтически приемлемый эксципиент.
213. Композиция по п. 212, в которой после добавления вещества клетки не инкубируют in vitro или ex vivo при температуре больше чем 30°C в течение больше чем 24 часов, больше чем 48 часов, больше чем 72 часов или больше чем 96 часов.
214. Промышленное изделие, которое содержит
a) реактив, содержащий множество сайтов связывания, способных к связыванию с рецептор-связывающим средством; и
b) рецептор-связывающее средство, которое i) обратимо связывают с реактивом и ii) способно к специфическому связыванию с молекулой на поверхности T-клеток таким образом, который индуцирует или модулирует сигнал в T-клетках, где молекула не представляет собой CD28, CD3 или CD40.
215. Промышленное изделие по п. 214, в котором
связывающая молекула индуцирует или модулирует сигнал в T-клетке, отличный от ассоциированного с комплексом TCR/CD3 сигнала; и/или
связывающая молекула усиливает или потенцирует ассоциированный с комплексом TCR/CD3 сигнал.
216. Промышленное изделие по п. 214 или п. 215, в котором молекулу выбирают из CD90 (Thy-1), CD95 (Apo-/Fas), CD137 (4-1BB), CD154 (CD40L), ICOS, LAT, CD27, OX40 и HVEM.
217. Промышленное изделие по любому из пп. 214-216, в котором молекула не представляет собой CD137.
218. Промышленное изделие по п. 217, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, специфически связывается с хемокиновым рецептором, представляет собой или содержит молекулу адгезии или представляет собой фактор, который индуцирует продуцирование цитокинов, продуцирование хемокинов и/или экспрессию молекулы адгезии.
219. Промышленное изделие по п. 214 или 218, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2.
220. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218 и 219, в котором
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-2R, IL-1R, IL-15R, IFN-γR, TNF-αR, IL-4R, IL-10R, IFNR I типа, IL-12R, IL-15R, IL-17R, TNFR1 и TNFR2; и/или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-1, IL-15, IFN-γ, TNF-α, IL-4, IL-10, IL-12, IL-15, IL-17 и TNF, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
221. Промышленное изделие по любому из пп. 214 и 218-220, в котором
рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокином, выбранным из IL-12R, IFN-γR, IL-4R и IL-17R,; или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-2, IL-4, IL-7, IL-10, IL-15 и IL-17, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
222. Промышленное изделие по п. 214 или 218, в котором второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора).
223. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218 и 222, в котором
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); и/или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
224. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218, 222 и 223, в котором
второе рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из IL-7R, IL-21R и CD132 (общая γ цепь IL рецептора); или
второе рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из IL-7, IL-21, IL-2, IL-4, IL-9 и IL-15, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
225. Промышленное изделие по п. 214 или 218, в котором рецептор-связывающее средство специфически связывается с хемокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4.
226. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218 и 225, в котором
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, который специфически связывается с цитокиновым рецептором, выбранным из CCR1, CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR7, CCR9, CXCR1, CXCR3 и CXCR4; или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
227. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218, 225 и 226, в котором
рецептор-связывающее средство специфически связывается с цитокином, выбранным из CXCR3, CCR7, CXCR1 и CXCR4; или
рецептор-связывающее средство представляет собой лиганд, выбранный из CXCL9, CXCL10, CCL19, CCL21 и CCL25, или представляет собой его биологически активный фрагмент.
228. Промышленное изделие по п. 214 или 218, в котором молекулу адгезии выбирают из CD44, CD31, CD18/CD11a (LFA-1), CD29, CD54 (ICAM-1), CD62L (L-селектин) и CD29/CD49d (VLA-4), CD106 (VCAM-1), или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
229. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218 и 228, в котором молекулу адгезии выбирают из LFA-1, L-селектина, VCAM-1 и VLA-4 или она представляет собой биологически активный фрагмент этого.
230. Промышленное изделие по п. 214 или 218, в котором фактор представляет собой ядерный фактор.
231. Промышленное изделие по любому из пп. 214, 218 и 230, в котором фактор представляет собой связанный с рецептором ретиноевой кислоты сиротский рецептор γ (RORγ) или RORα.
232. Промышленное изделие, которое содержит
a) реактив, который представляет собой аналог или мутеин стрептавидина, содержащий множество сайтов связывания, способных к связыванию со средством, где аналог или мутеин стрептавидина имеет суммарный отрицательный заряд или демонстрирует изоэлектрическую точку меньше чем изоэлектрическая точка мутеина стрептавидина, содержащего последовательность аминокислот, приведенную в SEQ ID № 4 или 6, и/или демонстрирует более высокую аффинность к стрептавидин-связывающему пептиду, содержащему последовательность аминокислот Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys (SEQ ID № 8), чем стрептавидин или мутеин, содержащий последовательность аминокислот, приведенную в любой из SEQ ID №№ 4 или 6; и
b) средство, которое i) обратимо связывают с реактивом и ii) способно к специфическому связыванию с молекулой на поверхности клетки.
233. Промышленное изделие по любому из пп. 214-232, в котором
рецептор-связывающее средство или средство содержит партнер связывания C1; и
множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между рецептор-связывающим средством или средством и реактивом.
234. Промышленное изделие по любому из пп. 214-233, в котором средство представляет собой средство отбора или рецептор-связывающее средство.
235 Промышленное изделие по п. 234, в котором средство представляет собой рецептор-связывающее средство, которое специфически связывается с молекулой, которая представляет собой или содержит элемент комплекса TCR/CD3, CD3, костимулирующую молекулу, вспомогательную молекулу, цитокиновый рецептор, хемокиновый рецептор, молекулу иммунной контрольной точки или представляет собой элемент семейства TNF или семейства рецепторов TNF или представляет собой или содержит молекулу адгезии или представляет собой фактор, который индуцирует продуцирование цитокинов, продуцирование хемокинов и/или экспрессию молекулы адгезии.
236. Промышленное изделие по любому из пп. 214-235, в котором рецептор-связывающее средство представляет собой второе рецептор-связывающее средство и молекула представляет собой вторую молекулу, и реактив дополнительно содержит: c) множество сайтов связывания, способных к обратимому связыванию с первым рецептор-связывающим средством, и d) первое рецептор-связывающее средство, которое i) обратимо связывают с реактивом и ii) способно к специфическому связыванию с первой молекулой на поверхности T-клетки.
237. Промышленное изделие по п. 232 или 236, в котором средство или первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с элементом комплекса TCR/CD3 и/или первое рецептор-связывающее средство специфически связывается с CD3.
238. Промышленное изделие по п. 236 или 237, в котором
i) каждое из первого рецептор-связывающего средства и второго рецептор-связывающего средства индивидуально содержит партнер связывания C1, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым и вторым рецептор-связывающим средством и реактивом; или
ii) первое рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C2, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 и партнером связывания C2 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым и вторым рецептор-связывающим средством и реактивом; или
iii) первое рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C1, второе рецептор-связывающее средство содержит партнер связывания C2, и множество сайтов связывания содержит два или больше сайтов связывания, Z1, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C1 для того, чтобы формировать обратимую связь между первым рецептор-связывающим средством и реактивом, и два или больше сайтов связывания, Z2, каждый из которых способен к связыванию с партнером связывания C2 для того, чтобы формировать обратимую связь между вторым рецептор-связывающим средством и реактивом.
239. Промышленное изделие по любому из пп. 214-238, в котором
реактив имеет размер, который меньше чем 20 нм, меньше чем 10 нм, меньше чем 5 нм или меньше чем 1 нм; или
3
3
реактив имеет плотность меньше чем 1,2 г/см или меньше чем 1,0 г/см.
240. Промышленное изделие по любому из пп. 214-239, в котором реактив не связывают с основой или твердым носителем.
241. Промышленное изделие по любому из пп. 214-240, в котором реактив связывают или иммобилизуют на основе.
242. Промышленное изделие по п. 241, в котором основа представляет собой твердый носитель или стационарную фазу.
243. Промышленное изделие по п. 241 или 242, в котором основа содержит бусину, частицу, наночастицу или микросферу.
244. Промышленное изделие по любому из пп. 214-243, в котором средство индивидуально выбирают из фрагмента антитела, одновалентного фрагмента антитела, белковой связывающей молекулы с антителоподобными связывающими свойствами, молекулы, содержащей домены Ig, и их связывающих фрагментов.
2
245. Промышленное изделие по любому из пп. 214-244, в котором фрагмент антитела представляет собой двухвалентный фрагмент антитела, выбранный из F(ab')-фрагмента и двухвалентного одноцепочечного Fv (scFv) фрагмента, или одновалентный фрагмент антитела, выбранный из Fab-фрагмента, Fv-фрагмента и scFv-фрагмента
246. Промышленное изделие по любому из пп. 214-245, в котором
реактив представляет собой или содержит стрептавидин, авидин, аналог или мутеин стрептавидина или и аналог или мутеин авидина; или
реактив содержит олигомер или полимер стрептавидина, авидина, аналога или мутеина стрептавидина или и аналога или мутеина авидина.
247. Набор, который содержит промышленное изделие по любому из пп. 214-246 и необязательно инструкции по использованию.
248. Набор по п. 247, который дополнительно содержит вещество, способное к обращению связи между рецептор-связывающим средством и реактивом
249. Композиция, которая содержит множество T-клеток, генетически сконструированных для того, чтобы экспрессировать рекомбинантный рецептор, который специфически связывается с антигеном-мишенью, в которой
низк.
больше чем 35%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% или 90% клеток содержат подмножество T-клеток, содержащих фенотип поверхности, который представляет собой CD3+, CD4+ или CD8+ и CD62L+ и одно или несколько из CD127+, CD45RA+, CD45RO-, CCR7+ и CD27+ и одно или несколько из t-bet, IL-7Ra+, CD95+, IL-2Rβ+, CXCR3+ и LFA-1+ в виде процентной доли от всех T-клеток в композиции или всех клеток в композиции; и любое или оба:
a) до или во время генетической инженерии, множество T-клеток, содержащее подмножество T-клеток:
i) не инкубировали в присутствии ингибитора GSK-P;
ii) не инкубировали в присутствии рекомбинантного гомеостатического цитокина, необязательно IL-7 или IL-15; или
iii) не обогащали по CD62L+ клеткам; или
b) композиция не содержит ингибитор GSK-P или рекомбинантный гомеостатический цитокин, необязательно IL-7 или IL-15.
6
6
6
250. Композиция по п. 249, в которой подмножество T-клеток содержит по меньшей мере 5×10, по меньшей мере 1×10 или по меньшей мере 2×10 клеток.
251. Композиция, которая содержит множество T-клеток, генетически сконструированных для того, чтобы экспрессировать рекомбинантный рецептор, который специфически связывается с антигеном-мишенью, где
низк.
генетически сконструированные T-клетки получают трансдукцией популяции T-клеток, содержащей подмножество T-клеток, содержащих фенотип поверхности, который представляет собой CD3+, CD4+ или CD8+ и CD62L+ и одно или несколько из CD127+, CD45RA+, CD45RO-, CCR7+ и CD27+ и одно или несколько из t-bet, IL-7Ra+, CD95+, IL-2Rβ+, CXCR3+ и LFA-1+, где подмножество T-клеток присутствует в большей процентной доле от всех T-клеток в популяции или большем числе от всех T-клеток в популяции по сравнению с любой из:
a) популяции, содержащей эмбриональные T-клетки, которые выделяли или обогащали у субъекта-человека на основании поверхностной экспрессии одного или маркеров, содержащих фенотип; или
b) популяции T-клеток, которую инкубировали в присутствии ингибитора GSK-P;
c) популяции T-клеток, которую инкубировали в присутствии рекомбинантного гомеостатического цитокина, необязательно IL-7 или IL-15; или
d) популяции T-клеток, которые стимулировали средством против CD3 и против CD8, но в которой стимуляция или активация протекала больше чем 1 сутки, 2 суток, 3 суток, 4 суток или 5 суток и/или стимуляцию не разрушали в присутствии биотина или аналога биотина.
252. Композиция по п. 251, в которой
подмножество T-клеток присутствует в популяции в или приблизительно больше чем 35%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% или 90% в виде процентной доли от всех T-клеток в популяции; или
6
6
6
подмножество T-клеток содержит по меньшей мере 5×10 клеток, 1×10 клеток, 2×10 клеток или больше.
253. Композиция по любому из пп. 249-252, которая представляет собой фармацевтическую композицию.
254. Способ лечения, включающий введение субъекту, имеющему заболевание или состояние, композиции по любому из пп. 212, 213 и 249-253.
255. Способ лечения по п. 254, в котором клетки содержат рекомбинантный рецептор, химерный антигенный рецептор или TCR, и рекомбинантный рецептор, химерный антигенный рецептор или трансгенный TCR специфически связывается с антигеном, ассоциированным с заболеванием или состоянием.
256. Способ лечения по п. 254 или 255, в котором заболевание или состояние представляет собой злокачественную опухоль, аутоиммунное заболевание или нарушение или инфекционное заболевание.