КРИСТАЛЛИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА ГРЕМЛИН-1 И ИНГИБИРУЮЩЕЕ АНТИТЕЛО

1. Антитело, которое связывается с эпитопом на Гремлин-1, содержащим по меньшей мере один остаток, выбранный из Ile131, Lys147, Lys148, Phe149, Thr150, Thr151, Arg169, Lys174 и Gln175, где нумерация остатков приведена в соответствии с SEQ ID NO:1.
2. Антитело по п.1, которое связывается с эпитопом, содержащим все остатки из: Ile131, Lys147, Lys148, Phe149, Thr150, Thr151, Arg169, Lys174 и Gln175.
3. Антитело по п.1, в котором Lys147, Lys148, Phe149, Thr150, Thr151, Arg169, Lys174 и Gln175 расположены на одном мономере Гремлин-1, а Ile131 расположен на втором мономере Гремлин-1.
4. Антитело по любому из пп.1, 2 или 3, где антитело связывается с остатком Гремлин-1, если паратоп антитела находится в пределах 4 Å остатка Гремлин-1, согласно результатам рентгеноструктурного анализа.
5. Антитело по любому из пп.1-4, которое восстанавливает сигнал в анализе активности репортерного гена Hek-Id1.
6. Антитело к Гремлин-1, которое содержит последовательности определяющих комплементарность областей тяжелой цепи (HCDR), содержащихся в вариабельной области тяжелой цепи (HCVR) SEQ ID NO:10 или 12, и/или последовательности определяющих комплементарность областей легкой цепи (LCDR), содержащиеся в вариабельной области легкой цепи (LCVR) SEQ ID NO:11 или 13.
7. Антитело к Гремлин-1, которое содержит по меньшей мере одну последовательность HCDR, выбранную из SEQ ID NO:3, 4, 5 и 6, и/или по меньшей мере одну последовательность LCDR, выбранную из SEQ ID NO:7, 8 и 9.
8. Антитело по п.7, которое содержит последовательность HCDR3 SEQ ID NO:6.
9. Антитело по п.7 или 8, где комбинация последовательностей HCDR1/HCDR2/HCDR3 выбрана из SEQ ID NO:4/5/6 или из SEQ ID NO:3/5/6, и/или комбинация последовательностей LCDR1/LCDR2/LCDR3 выбрана из SEQ ID NO:7/8/9.
10. Антитело по любому из пп.7, 8 или 9, которое содержит комбинацию последовательностей HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 SEQ ID NO:4/5/6/7/8/9 или SEQ ID NO:3/5/6/7/8/9.
11. Антитело по любому из пп.7-10, которое содержит последовательность вариабельной области тяжелой цепи (HCVR) SEQ ID NO:10 или 12 и/или последовательность вариабельной области легкой цепи (LCVR) SEQ ID NO:11 или 13, или последовательности, идентичные им на по меньшей мере 95%.
12. Антитело по п.11, которое содержит пару последовательностей HCVR и LCVR SEQ ID NO:10/11 или 12/13 или последовательности, идентичные им на по меньшей мере 95%.
13. Антитело по п.12, в котором последовательности HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 состоят из SEQ ID NO:4/5/6/7/8/9 или SEQ ID NO:3/5/6/7/8/9, а оставшиеся части HCVR и LCVR идентичны последовательностям SEQ ID NO:10, 11, 12 и/или 13 на по меньшей мере 95%.
14. Антитело по любому из пп.11-13, которое содержит тяжелую цепь SEQ ID NO:14, 16, 18, 22, 28, 30, 32 или 34 и/или легкую цепь SEQ ID NO:15, 17, 19, 23, 29, 31, 33 или 35, или последовательности, идентичные им на по меньшей мере 95%.
15. Антитело по п.14, которое содержит пару тяжелых и легких цепей SEQ ID NO:14/15, 16/17, 18/19, 22/23, 28/29 или 30/31, 32/33, 34/35, или последовательности, идентичные им на по меньшей мере 95%.
16. Антитело по п.15, в котором последовательности HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 состоят из SEQ ID NO:4/5/6/7/8/9 или SEQ ID NO:3/5/6/7/8/9, а оставшиеся части тяжелой и легкой цепей идентичны последовательностям SEQ ID NO:14, 15, 16 и/или 17, соответственно, на по меньшей мере 95%.
17. Антитело, которое конкурирует за связывание Гремлин-1 с антителом по любому из пп.6-16.
18. Антитело, которое связывает такой же эпитоп на Гремлин-1, что и антитело, определенное в любом из пп.6-16.
19. Антитело по любому из пп.1-18, которое представляет собой химерное человеческое антитело или гуманизированное антитело.
2
20. Антитело по любому из пп.1-19, которое представляет собой Fab, модифицированный Fab, Fab', модифицированный Fab', F(ab'), Fv, однодоменное антитело или scFv.
21. Выделенный полинуклеотид, кодирующий антитело по любому из пп.1-20.
22. Вектор экспрессии, несущий полинуклеотид по п.21.
23. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п.22.
24. Способ получения антитела по любому из пп.1-20, включающий культивирование клетки-хозяина по п.23 в условиях, позволяющих продуцировать антитело, и извлечение полученного антитела.
25. Фармацевтическая композиция, содержащая антитело по любому из пп.1-20 и фармацевтически приемлемый адъювант и/или носитель.
26. Антитело по любому из пп.1-20 или фармацевтическая композиция по п.25 для применения в способе терапевтического лечения организма человека или животного.
27. Антитело или фармацевтическая композиция для применения по п.26 для лечения/профилактики почечного фиброза, такого как диабетическая нефропатия, идиопатического легочного фиброза, легочной артериальной гипертензии, ангиогенеза и/или рака.
28. Способ лечения или профилактики почечного фиброза, такого как диабетическая нефропатия, идиопатического легочного фиброза, легочной артериальной гипертензии, ангиогенеза и/или рака, включающий введение терапевтически эффективного количества антитела по пп.1-20 или фармацевтической композиции по п.25 нуждающемуся в этом пациенту.
29. Кристалл белка Гремлин-1.
30. Кристалл по п.29, в котором Гремлин-1 представляет собой Гремлин-1 человека.
31. Кристалл по п.30, состоящий из пространственной группы C2 с размерами элементарной ячейки a=84,55 Å, b=107,22 Å и с=77,09 Å.
32. Кристалл Гремлин-1 человека в комплексе с антителом.
33. Кристалл по п.32, в котором антитело содержит тяжелую цепь SEQ ID NO:18 и легкую цепь SEQ ID NO:19.
34. Структура Гремлин-1 человека определенная координатами, приведенными в Таблице 1.
35. Машиночитаемый носитель данных, который содержит материал хранения данных, закодированный с помощью машиночитаемых данных, определенных координатами структуры Гремлин-1, приведенными в таблице 1, или координатами, определяющими гомологов структуры.
36. Применение структуры по п.34 в качестве структурной модели.
37. Применение структурной модели по п.36 для высокопроизводительного химического скрининга.
38. Применение структурной модели по п.36 или 37 для идентификации одного или более агентов, взаимодействующих с Гремлин-1.
39. Применение по п.38, отличающееся тем, что агентами являются ингибиторы Гремлин-1.
40. Применение по п.38 или 39, где агенты являются потенциальными агентами для лечения почечного фиброза, такого как диабетическая нефропатия, идиопатического легочного фиброза, легочной артериальной гипертензии, ангиогенеза и/или рака.
41. Агент, идентифицированный с помощью применения по пп.38, 39 или 40.
42. Способ скрининга модулирующих агентов активности Гремлин-1, включающий следующие этапы:
(а) идентификацию лиганд-связывающего сайта из структурных координат, приведенных в таблице 1;
(b) идентификацию агентов-кандидатов, которые взаимодействуют с по меньшей мере частью лиганд-связывающего сайта; и
(с) получение или синтез указанного агента.
in silico
43. Способ по п.42, в котором этапы (а) и (b) выполняют .
44. Способ по п.42 или 43, где агент является ингибитором активности Гремлин-1.
45. Способ по п.42, 43 или 44, включающий идентификацию агентов-кандидатов, которые взаимодействуют с по меньшей мере одним из следующих остатков Гремлин-1: Trp93; Phe117; Tyr119; Phe125; Tyr126 и/или Phe138, где нумерация остатков основана на SEQ ID NO:1.
46. Способ по п.45, в котором агент взаимодействует со всеми следующими остатками Гремлин-1: Trp93, Phe117, Tyr119, Phe125, Tyr126 и Phe138.
47. Способ по п.45 или 46, в котором агент-кандидат взаимодействует с Гремлин-1, если агент находится в пределах 6 Å от остатка, согласно результатам рентгеноструктурного анализа.
48. Способ по п.42, 43 или 44, в котором лиганд-связывающий сайт является аллостерическим сайтом.
49. Способ по п.48, включающий идентификацию агентов-кандидатов, которые взаимодействуют по меньшей мере с одним из следующих остатков Гремлин-1: Ile131, Lys147, Lys148, Phe149, Thr150, Thr151, Arg169, Lys174 и Gln175, где нумерация остатков основана на SEQ ID NO:1.
50. Способ по п.49, в котором агент взаимодействует со всеми следующими остатками Гремлин-1: Ile131, Lys147, Lys148, Phe149, Thr150, Thr151, Arg169, Lys174 и Gln175.
51. Способ по п.49 или 50, в котором Lys147, Lys148, Phe149, Thr150, Thr151, Arg169, Lys174 и Gln175 расположены на одном мономере Гремлин-1, а Ile131 расположен на втором мономере Гремлин-1.
52. Способ по любому из пп.48-51, в котором агенты-кандидаты взаимодействуют с Гремлин-1, если агент находится в пределах 4 Å от остатка, согласно результатам рентгеноструктурного анализа.
53. Способ по любому из пп.42-52, где агент представляет собой малую молекулу или антитело.
54. Гремлин-1-модулирующий агент, идентифицированный способом по любому из пп.42-53.