СПОСОБЫ ЛЕЧЕНИЯ РАКА С ПОМОЩЬЮ СВЯЗЫВАЮЩЕГО ОСЬ PD-1 АНТАГОНИСТА И РНК-ВАКЦИНЫ

1. Способ лечения или замедления прогрессирования рака у индивидуума, включающий введение индивидууму эффективного количества связывающего ось PD-1 антагониста и РНК-вакцины, причем РНК-вакцина содержит один или более полинуклеотидов, кодирующих один или более неоэпитопов, возникающих в результате специфических для рака соматических мутаций, присутствующих в образце опухоли, полученном от индивидуума.
2. Способ по п. 1, в котором связывающий ось PD-1 антагонист представляет собой связывающий PD-1 антагонист.
3. Способ по п. 2, в котором связывающий PD-1 антагонист представляет собой антитело к PD-1.
4. Способ по п.3, в котором антитело к PD-1 представляет собой ниволумаб или пембролизумаб.
5. Способ по п. 3 или 4, в котором антитело к PD-1 вводят индивидууму в дозе около 200 мг.
6. Способ по п. 1, в котором связывающий ось PD-1 антагонист представляет собой связывающий PD-L1 антагонист.
7. Способ по п. 6, в котором связывающий PD-L1 антагонист представляет собой антитело к PD-L1.
8. Способ по п. 7, в котором антитело к PD-L1 представляет собой авелумаб или дурвалумаб.
9. Способ по п. 7, в котором антитело к PD-L1 содержит:
(a) вариабельную область тяжелой цепи (VH), которая содержит HVR-H1, содержащую аминокислотную последовательность GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 1), HVR-2, содержащую аминокислотную последовательность AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 2), и HVR-3, содержащую аминокислотную последовательность RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 3), и
(б) вариабельную область легкой цепи (VL), которая содержит HVR-L1, содержащую аминокислотную последовательность RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 4), HVR-L2, содержащую аминокислотную последовательность SASFLYS (SEQ ID NO: 5), и HVR-L3, содержащую аминокислотную последовательность QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 6).
10. Способ по п. 7, в котором антитело к PD-L1 содержит вариабельную область тяжелой цепи (VH) содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 7, и вариабельную область легкой цепи (VL) содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 8.
11. Способ по п. 7, в котором антитело к PD-L1 представляет собой атезолизумаб.
12. Способ по любому из пп. 7-11, в котором антитело к PD-L1 вводят индивидууму в дозе около 1200 мг.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором связывающий ось PD-1 антагонист вводят индивидууму с интервалом в 21 день или 3 недели.
14. Способ по любому из пп. 1-13 в котором РНК-вакцина содержит один или более полинуклеотидов, кодирующих 10-20 неоэпитопов, возникающих в результате специфических для рака соматических мутаций, присутствующих в образце опухоли.
15. Способ по любому из пп.1-14, в котором РНК-вакцина составлена в липоплексной наночастице или липосоме.
16. Способ по любому из пп.1-15, в котором РНК-вакцину вводят индивидууму в дозе около 15 мкг, около 25 мкг, около 38 мкг, около 50 мкг или около 100 мкг.
17. Способ по любому из пп. 1-16, в котором РНК-вакцину вводят индивидууму с интервалом в 21 день или 3 недели.
18. Способ по любому из пп. 1-16, в котором связывающий ось PD-1 антагонист и РНК-вакцину вводят индивидууму за 8 21-дневных Циклов, и в котором РНК-вакцину вводят индивидууму в Дни 1, 8 и 15 Цикла 2 и в День 1 Циклов 3-7.
19. Способ по п. 18, в котором связывающий ось PD-1 антагонист вводят индивидууму в День 1 Циклов 1-8.
20. Способ по п. 18 или 19, в котором связывающий ось PD-1 антагонист и РНК-вакцину дополнительно вводят индивидууму после Цикла 8.
21. Способ по п. 20, в котором связывающий осьpd-1 антагонист и РНК-вакцину дополнительно вводят индивидууму за 17 дополнительных 21-дневных Циклов, причем связывающий ось PD-1 антагонист вводят индивидууму в День 1 Циклов 13-29 и/или РНК-вакцину вводят индивидууму в День 1 Циклов 13, 21 и 29.
22. Способ по п. 1, в котором связывающий осьpd-1 антагонист и РНК-вакцину вводят индивидууму за 8 21-дневных Циклов, причем связывающий ось PD-1 антагонист представляет собой пембролизумаб и его вводят индивидууму в дозе около 200 мг в День 1 Циклов 1-8, и при этом РНК-вакцину вводят индивидууму в дозе около 25 мкг в Дни 1, 8 и 15 Цикла 2 и в День 1 Циклов 3-7.
23. Способ по п.22, в котором РНК-вакцину вводят индивидууму в дозах около 25 мкг в День1 Цикла 2, около 25 мкг в День 8 Цикла 2, около 25 мкг в День 15 Цикла 2 и около 25 мкг в День 1 каждого из Циклов 3-7.
24. Способ по любому из пп. 1-23, в котором связывающий ось PD-1 антагонист и РНК-вакцину вводят внутривенно.
25. Способ по любому из пп.1-24, в котором индивидуум представляет собой человека.
26. Способ по любому из пп. 1-25, в котором рак выбран из группы, состоящей из немелкоклеточного рака легкого, рака мочевого пузыря, колоректального рака, трижды негативного рака молочной железы, рака почки и рака головы и шеи.
27. Способ по любому из пп. 1-25, в котором рак представляет собой меланому.
28. Способ по п.27, в котором меланома представляет собой меланому кожи или слизистой оболочки.
29. Способ по п. 27, в котором меланома не является глазной или акральной меланомой.
30. Способ по любому из пп. 27-29, в котором меланома представляет собой метастатическую или неоперабельную местно-распространенную меланому.
31. Способ по п. 30, в котором меланома представляет собой меланому стадии IV.
32. Способ по п. 30, в котором меланома представляет собой меланому стадии IIIC или стадии IIID.
33. Способ по п. 27, в котором меланома представляет собой распространенную меланому, ранее не подвергавшуюся лечению.
34. Способ по любому из пп. 1-33, причем способ приводит к повышению выживаемости без прогрессирования (ВБП).
35. Способ по любому из пп. 1-34, причем способ приводит к увеличению частоты объективных ответов (ЧОО).
36. Набор, содержащий связывающий ось PD-1 антагонист для применения в комбинации с РНК-вакциной для лечения индивидуума, имеющего рак, в соответствии со способом по любому из пп. 1-35.
37. Связывающий ось PD-1 антагонист для применения в способе лечения индивидуума-человека, имеющего рак, при этом способ включает введение индивидууму эффективного количества связывающего ось PD-1 антагониста в комбинации с РНК-вакциной, причем РНК-вакцина содержит один или более полинуклеотидов, кодирующих один или более неоэпитопов, возникающих в результате специфических для рака соматических мутаций, присутствующих в образце опухоли, полученном от индивидуума.
38. РНК-вакцина для применения в способе лечения индивидуума-человека, имеющего рак, при этом способ включает введение индивидууму эффективного количества РНК-вакцины в комбинации с связывающим ось PD-1 антагонистом, причем РНК-вакцина содержит один или более полинуклеотидов, кодирующих один или более неоэпитопов, возникающих в результате специфических для рака соматических мутаций, присутствующих в образце опухоли, полученном от индивидуума.
39. Молекула РНК, содержащая в направлении 5'→3':
(1) 5'-кэп;
(2) 5'-нетранслируемую область (НТО);
(3) полинуклеотидную последовательность, кодирующую секреторный сигнальный пептид;
(4) полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы главного комплекса гистосовместимости (ГКГС);
(5) 3' НТО, которая содержит:
(a) 3' нетранслируемую область мрнк амино-концевого энхансера расщепления (АКЭР) или его фрагмента; и
(б) некодирующую РНК митохондриально кодируемой РНК 12S или ее фрагмента;
(6) последовательность поли (А).
40. Молекула РНК по п. 39, дополнительно содержащая полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере 1 неоэпитоп; причем полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере 1 неоэпитоп, находится между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей секреторный сигнальный пептид, и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС в направлении 5'→3'.
41. Молекула РНК по п. 39, дополнительно содержащая в направлении 5'→3': полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер; и полинуклеотидную последовательность, кодирующую неоэпитоп;
Причем полинуклеотидные последовательности, кодирующие аминокислотный линкер и неоэпитоп, образуют первый модуль линкер-неоэпитоп;
Причем полинуклеотидные последовательности, образующие модуль линкер-неоэпитоп, находятся между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей секреторный сигнальный пептид, и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС в направлении 5'→3'.
42. Молекула РНК по п. 41, в которой аминокислотный линкер содержит последовательность GGSGGGGSGG (SEQ ID NO: 39).
43. Молекула РНК по п. 41, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая аминокислотный линкер, содержит последовательность GGCGGCUCUGGAGGAG GCGGCUCCGGAGGC (SEQ ID NO: 37).
44. Молекула РНК по любому из пп.41-43, дополнительно содержащая в направлении 5'→3': по меньшей мере второй модуль линкер-эпитоп, причем по меньшей мере второй модуль линкер-эпитоп содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер, и полинуклеотидную последовательность, кодирующую неоэпитоп;
причем полинуклеотидные последовательности, образующие второй модуль линкер-неоэпитоп, находятся между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей неоэпитоп первого модуля линкер-неоэпитоп, и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС в направлении 5'→3';
причем неоэпитоп первого модуля линкер-эпитоп отличается от неоэпитопа второго модуля линкер-эпитоп.
45. Молекула РНК по п.44, причем молекула РНК содержит 5 модулей линкер-эпитоп, и при этом каждый из 5 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
46. Молекула РНК по п. 44, причем молекула РНК содержит 10 модулей линкер-эпитоп, и при этом каждый из 10 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
47. Молекула РНК по п. 44, причем молекула РНК содержит 20 модулей линкер-эпитоп, и при этом каждый из 20 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
48. Молекула РНК по любому из пп. 40-47, дополнительно содержащая вторую полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер, причем вторая полинуклеотидная последовательность, кодирующая аминокислотный линкер, находится между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей неоэпитоп, который является наиболее дистальным в направлении 3', и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС.
49. Молекула РНК по любому из пп. 39-48, в которой 5' кэп содержит диастереоизомер D1 структуры:
.
50. Молекула РНК по любому из пп. 39-49, в которой 5' НТО содержит последовательность UUCUUCUGGUCCC CACAGACUCAGAGAG AACCCGCCACC (SEQ ID NO: 23).
51. Молекула РНК по любому из пп.39-49, в которой 5' НТО содержит последовательность GGCGAACUAGUAUU CUUCUGGUCCCCACAGACU CAGAGA GAACCCGCCACC (SEQ ID NO: 21).
52. Молекула РНК по любому из пп.39-51, в которой секреторный сигнальный пептид содержит аминокислотную последовательность MRVMAPRTLILLL SGALALTETWAGS (SEQ ID NO: 27).
53. Молекула РНК по любому из пп.39-51, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая секреторный сигнальный пептид содержит последовательность AUGAGAGUGAUGG CCCCCAGAACCCUGAU CCUGCUGCUGU CUGGCGCCCUGG CCCUGACAGAGACAU GGGCCGGAAGC (SEQ ID NO: 25).
54. Молекула РНК по любому из пп.39-53, в которой по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС содержит аминокислотную последовательность IVGIVAGLAVLAVVVIGAVVATVMCRRKS SGGKGGSYSQAASS DSAQGSDVSLTA (SEQ ID NO: 30).
55. Молекула РНК по любому из пп.39-53, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС, содержит аминокислотную последовательность AUCGUGGGAAUUGUGG CAGGACUGGCAGUGCUGGCC GUGGUGGUGAUCGGAGCCG UGGUGGCUACCGUGAUGUGC AGACGGAAGUCCAGCGGAGG CAAGGGCGGCAGCUACAGCCA GGCCGCCAGCUCUGAUAGCG CCCAGGGCAGCGACGUGUCACUGACAGCC (SEQ ID NO: 28).
56. Молекула РНК по любому из пп.39-55, в которой 3'-нетранслируемая область мрнк АКЭР содержит последовательность CUGGUACUGCAUGCACGCAA UGCUAGCUGCCCCUUUCCCG UCCUGGGUACCCCGAGUCUC CCCCGACCUCGGGUCCCAGG UAUGCUCCCACCUCCACCUG CCCCACUCACCACCUCUGCU AGUUCCAGACACCUCC (SEQ ID NO: 33).
57. Молекула РНК по любому из пп.39-56, в которой некодирующая РНК митохондриально кодируемой РНК 12S содержит последовательность CAAGCACGCAGCAAUGCAGC UCAAAACGCUUAGCCUAGCCA CACCCCCACGGGAAACAGCAG UGAUUAACCUUUAGCAAUAAAC GAAAGUUUAACUAAGCUAUACU AACCCCAGGGUUGGUCAAUUUC GUGCCAGCCACACCG (SEQ ID NO: 35).
58. Молекула РНК по любому из пп. 39-57, в которой 3' НТО содержит последовательность CUCGAGCUGGUACUGCAUGCAC GCAAUGCUAGCUGCCCCUUUCCC GUCCUGGGUACCCCGAGUCUCCCC CGACCUCGGGUCCCAGGUAUGCUC CCACCUCCACCUGCCCCACUCACCA CCUCUGCUAGUUCCAGACACCUCCC AAGCACGCAGCAAUGCAGCUCAAAA CGCUUAGCCUAGCCACACCCCCACG GGAAACAGCAGUGAUUAACCUUUAG CAAUAAACGAAAGUUUAACUAAGCU AUACUAACCCCAGGGUUGGUCAAUU UCGUGCCAGCCACACCGAGACCUGG UCCAGAGUCGCUAGCCGCGUCGCU (SEQ ID NO: 31).
59. Молекула РНК по любому из пп.39-58, в которой последовательность поли (A) содержит 120 нуклеотидов аденина.
60. Молекула РНК, содержащая в направлении 5'→3': полинуклеотидную последовательность GGCGAACUAGUAUUCUUCUGGU CCCCACAGACUCAGAGAGAACCC GCCACCAUGAGAGUGAUGGCCCCC AGAACCCUGAUCCUGCUGCUGUCU GGCGCCCUGGCCCUGACAGAGAC AUGGGCCGGAAGC (SEQ ID NO: 19); и полинуклеотидную последовательность AUCGUGGGAAUUGUGGCAGGA CUGGCAGUGCUGGCCGUGGUG GUGAUCGGAGCCGUGGUGGCU ACCGUGAUGUGCAGACGGAAGU CCAGCGGAGGCAAGGGCGGCAG CUACAGCCAGGCCGCCAGCUCUG AUAGCGCCCAGGGCAGCGACGUG UCACUGACAGCCUAGUAACUCGA GCUGGUACUGCAUGCACGCAAUG CUAGCUGCCCCUUUCCCGUCCUGG GUACCCCGAGUCUCCCCCGACCUCG GGUCCCAGGUAUGCUCCCACCUCC ACCUGCCCCACUCACCACCUCUGCUA GUUCCAGACACCUCCCAAGCACGCAG CAAUGCAGCUCAAAACGCUUAGCCUA GCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGU GAUUAACCUUUAGCAAUAAACGAAA GUUUAACUAAGCUAUACUAACCCCA GGGUUGGUCAAUUUCGUGCCAGCCA CACCGAGACCUGGUCCAGAGUCGC UAGCCGCGUCGCU (SEQ ID NO: 20).
61. Молекула РНК по п. 60, дополнительно содержащая между последовательностями SEQ ID NO: 19 и SEQ ID NO: 20 полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере один неоэпитоп.
62. Молекула РНК по п. 60, дополнительно содержащая в направлении 5'→3' между последовательностями SEQ ID NO: 19 и SEQ ID NO: 20:
(a) по меньшей мере первый модуль линкер-неоэпитоп, причем по меньшей мере первый модуль линкер-неоэпитоп содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер, и полинуклеотидную последовательность, кодирующую неоэпитоп; и
(б) вторую полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер.
63. Молекула РНК по п. 62, содержащая 5 модулей линкер-эпитоп, причем каждый из 5 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
64. Молекула РНК по п. 62, содержащая 10 модулей линкер-эпитоп, причем каждый из 10 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
65. Молекула РНК по п. 62, содержащая 20 модулей линкер-эпитоп, причем каждый из 20 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
66. Молекула РНК по любому из пп. 60-65, дополнительно содержащая 5' кэп, причем 5' кэп расположен в направлении 5' относительно последовательности GGCGAACUAGUAUUCUUCUG GUCCCCACAGACUCAGAGAGA ACCCGCCACCAUGAGAGUGAUG GCCCCCAGAACCCUGAUCCUGC UGCUGUCUGGCGCCCUGGCCCUG ACAGAGACAUGGGCCGGAAGC (SEQ ID NO: 19).
67. Молекула РНК по п.66, в которой 5' кэп содержит диастереоизомер D1 структуры:
.
68. Липосома, содержащая молекулу РНК по любому из пп. 39-67 и один или более липидов, причем один или более липидов образуют многослойную структуру, которая инкапсулирует молекулу РНК.
69. Липосома по п. 68, в которой один или более липидов содержат по меньшей мере один катионный липид и по меньшей мере один хелперный липид.
70. Липосома по п. 68, в которой один или более липидов содержат (R)-N,N,N-триметил-2,3-диолеилокси-1-пропанаминия хлорид (ДОТМА) и 1,2-диолеил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (ДОФЭ).
71. Липосома по п. 70, в которой при физиологическом ph общее зарядовое отношениеположительных зарядов к отрицательным зарядам липосомы составляет 1,3:2 (0,65).
72. Способ лечения или замедления прогрессирования рака у индивидуума, включающий введение индивидууму эффективного количества молекулы РНК по любому из пп. 39-67 или липосомы по любому из пп. 68-71.
Способ по п. 72, в котором молекула РНК содержит один или более полинуклеотидов, кодирующих один или более неоэпитопов, возникающих в результате специфических для рака соматических мутаций, присутствующих в образце опухоли, полученном от индивидуума.
74. Способ по п. 72 или 73, дополнительно включающий введение индивидууму связывающего ось PD-1 антагониста.
75. Способ по любому из пп. 72-74, в котором рак выбран из группы, состоящей из меланомы, немелкоклеточного рака легкого, рака мочевого пузыря, колоректального рака, трижды негативного рака молочной железы,рака почки и рака головы и шеи.
76. Молекула РНК по любому из пп. 39-67 или липосома по любому из пп. 68-71 для применения в способе лечения или замедления прогрессирования рака у индивидуума.
77. Молекула ДНК, содержащая в направлении 5'→3':
(1) полинуклеотидную последовательность, кодирующую 5'-нетранслируемую область (НТО);
(2) полинуклеотидную последовательность, кодирующую секреторный сигнальный пептид;
(3) полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы главного комплекса гистосовместимости (ГКГС);
(4) полинуклеотидную последовательность, кодирующую 3' НТО, которая содержит:
(a) 3' нетранслируемую область мрнк амино-концевого энхансера расщепления (АКЭР) или его фрагмента;
(б) некодирующую РНК митохондриально кодируемой РНК 12S или ее фрагмента;
(5) полинуклеотидную последовательность, кодирующую последовательность поли (А).
78. Молекула ДНК по п. 77, дополнительно содержащая полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере один неоэпитоп, причем полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере один неоэпитоп, находится между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей секреторный сигнальный пептид, и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС в направлении 5'→3'.
79. Молекула ДНК по п. 77, дополнительно содержащая в направлении 5'→3': полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер; и полинуклеотидную последовательность, кодирующую неоэпитоп;
Причем полинуклеотидные последовательности, кодирующие аминокислотный линкер и неоэпитоп, образуют первый модуль линкер-неоэпитоп; причем полинуклеотидные последовательности, образующие модуль линкер-неоэпитоп, находятся между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей секреторный сигнальный пептид, и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС в направлении 5'→3'.
80. Молекула ДНК по п. 79, в которой аминокислотный линкер содержит последовательность GGSGGGGSGG (SEQ ID NO: 39).
81. Молекула ДНК по п.79, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая аминокислотный линкер, содержит последовательность GGCGGCTCTGGAGGAGGCGGCTCCGGAGGC (SEQ ID NO: 38).
82. Молекула ДНК по любому из пп.79-81, дополнительно содержащая в направлении 5'→3': по меньшей мере второй модуль линкер-эпитоп, причем по меньшей мере второй модуль линкер-эпитоп содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер, и полинуклеотидную последовательность, кодирующую неоэпитоп;
причем полинуклеотидные последовательности, образующие второй модуль линкер-неоэпитоп, находятся между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей неоэпитоп первого модуля линкер-неоэпитоп, и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС в направлении 5'→3';
причем неоэпитоп первого модуля линкер-эпитоп отличается от неоэпитопа второго модуля линкер-эпитоп.
83. Молекула ДНК по п. 82, причем молекула ДНК содержит 5 модулей линкер-эпитоп, и при этом каждый из 5 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
84. Молекула ДНК по п. 82, причем молекула ДНК содержит 10 модулей линкер-эпитоп, и при этом каждый из 10 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
85. Молекула ДНК по п. 82, причем молекула ДНК содержит 20 модулей линкер-эпитоп, и при этом каждый из 20 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
86. Молекула ДНК по любому из пп.78-85, дополнительно содержащая вторую полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер, причем вторая полинуклеотидная последовательность, кодирующая аминокислотный линкер, находится между полинуклеотидной последовательностью, кодирующей неоэпитоп, который является наиболее дистальным в направлении 3', и полинуклеотидной последовательностью, кодирующей по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС.
87. Молекула ДНК по любому из пп.77-84, в которой полинуклеотид, кодирующий 5' НТО, содержит последовательность TTCTTCTGGTCCCCACA GACTCAGAGAGAA CCCGCCACC (SEQ ID NO: 24).
88. Молекула ДНК по любому из пп.77-84 в которой полинуклеотид, кодирующий 5' НТО, содержит последовательность GGCGAACTAGTATTCTTC TGGTCCCCACAGACTCAGA GAGAACCCGCCACC (SEQ ID NO: 22).
89. Молекула ДНК по любому из пп.77-88, в которой секреторный сигнальный пептид содержит аминокислотную последовательность MRVMAPRTLILLLSGALALTETWAGS (SEQ ID NO: 27).
90. Молекула ДНК по любому из пп.77-88, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая секреторный сигнальный пептид, содержит последовательность ATGAGAGTGATGGCCCCC AGAACCCTGATCCTGCTG CTGTCTGGCGCCCTGGCCC TGACAGAGACATGGGCCGGAAGC (SEQ ID NO: 26).
91. Молекула ДНК по любому из пп.77-90, в которой по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС содержит аминокислотную последовательность IVGIVAGLAVLAVVVIGAV VATVMCRRKSSGGKGGS YSQAASSDSAQGSDVSLTA (SEQ ID NO: 30).
92. Молекула ДНК по любому из пп.77-90, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере часть трансмембранного и цитоплазматического домена молекулы ГКГС, содержит аминокислотную последовательность ATCGTGGGAATTGTGG CAGGACTGGCAGTGCTG GCCGTGGTGGTGATCGGAG CCGTGGTGGCTACCGTGATG TGCAGACGGAAGTCCAGCGG AGGCAAGGGCGGCAGCTACA GCCAGGCCGCCAGCTCTGATA GCGCCCAGGGCAGCGACGTGTCACTGACAGCC (SEQ ID NO: 29).
93. Молекула ДНК по любому из пп.77-92, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая 3'-нетранслируемую область мрнк АКЭР, содержит последовательность CTGGTACTGCATGCACGCAATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCCTGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGACCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCACCTCCACCTGCCCCACTCACCACCTCTGCTAGTTCCAGACACCTCC(SEQ ID NO: 34).
94. Молекула ДНК по любому из пп.77-93, в которой полинуклеотидная последовательность, кодирующая некодирующую РНК митохондриально кодируемой РНК 12S, содержит последовательность CAAGCACGCAGCAATGCAG CTCAAAACGCTTAGCCTAGC CACACCCCCACGGGAAACAG CAGTGATTAACCTTTAGCAA TAAACGAAAGTTTAACTAAG CTATACTAACCCCAGGGTTGG TCAATTTCGTGCCAGCCACACCG (SEQ ID NO: 36).
95. Молекула ДНК по любому из пп.77-94, в которой полинуклеотид, кодирующий 3' НТО, содержит последовательность CTGGTACTGCATGCACGCAA TGCTAGCTGCCCCTTTCCCGT CCTGGGTACCCCGAGTCTCCC CCGACCTCGGGTCCCAGGTAT GCTCCCACCTCCACCTGCCCCA CTCACCACCTCTGCTAGTTCCA GACACCTCCCAAGCACGCAGC AATGCAGCTCAAAACGCTTAG CCTAGCCACACCCCCACGGGA AACAGCAGTGATTAACCTTTAG CAATAAACGAAAGTTTAACTA AGCTATACTAACCCCAGGGTTG GTCAATTTCGTGCCAGCCACAC CGAGACCTGGTCCAGAGTCGC TAGCCGCGTCGCT (SEQ ID NO: 32).
96. Молекула ДНК по любому из пп.77-95, в которой последовательность поли (A) содержит 120 нуклеотидов аденина.
97. Молекула ДНК, содержащая в направлении 5'→3': полинуклеотидную последовательность GGCGAACTAGTATTCTTCTG GTCCCCACAGACTCAGAGA GAACCCGCCACCATGAGAGT GATGGCCCCCAGAACCCTGA TCCTGCTGCTGTCTGGCGCCCT GGCCCTGACAGAGACATGGGCCGGAAGC (SEQ ID NO: 40); и полинуклеотидную последовательность ATCGTGGGAATTGTGGCAGG ACTGGCAGTGCTGGCCGTGGT GGTGATCGGAGCCGTGGTGGC TACCGTGATGTGCAGACGGAAG TCCAGCGGAGGCAAGGGCGGCA GCTACAGCCAGGCCGCCAGCTC TGATAGCGCCCAGGGCAGCGAC GTGTCACTGACAGCCTAGTAACT CGAGCTGGTACTGCATGCACGCA ATGCTAGCTGCCCCTTTCCCGTCC TGGGTACCCCGAGTCTCCCCCGA CCTCGGGTCCCAGGTATGCTCCCA CCTCCACCTGCCCCACTCACCACC TCTGCTAGTTCCAGACACCTCCCAA GCACGCAGCAATGCAGCTCAAAAC GCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGG AAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAA TAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATAC TAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTG CCAGCCACACCGAGACCTGGTCCAG AGTCGCTAGCCGCGTCGCT(SEQ ID NO: 41).
98. Молекула ДНК по п. 97, дополнительно содержащая в направлении 5'→3' между последовательностями SEQ ID NO: 40 и SEQ ID NO: 41 полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере один неоэпитоп.
99. Молекула ДНК по п. 97, дополнительно содержащая в направлении 5'→3' между последовательностями SEQ ID NO: 40 и SEQ ID NO: 41:
(a) по меньшей мере первый модуль линкер-неоэпитоп, причем по меньшей мере первый модуль линкер-неоэпитоп содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер, и полинуклеотидную последовательность, кодирующую неоэпитоп;
(б) вторую полинуклеотидную последовательность, кодирующую аминокислотный линкер.
100. Молекула ДНК по п. 99, содержащая 5 модулей линкер-эпитоп, причем каждый из 5 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
101. Молекула ДНК по п. 99, содержащая 10 модулей линкер-эпитоп, причем каждый из 10 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
102. Молекула ДНК по п.99, содержащая 20 модулей линкер-эпитоп, причем каждый из 20 модулей линкер-эпитоп кодирует другой неоэпитоп.
103. Способ получения молекулы РНК, включающий транскрибирование молекулы ДНК по любому из пп.77-102.
104. Способ лечения или замедления прогрессирования рака у индивидуума, включающий введение индивидууму молекулы РНК по любому из пп. 39-67 или липосомы по любому из пп.68-71 в соответствии со способом по любому из пп.1-35.
105. Способ лечения или замедления прогрессирования рака у индивидуума, включающий введение индивидууму молекулы РНК по любому из пп. 39-67или липосомы по любому из пп. 68-71в комбинации со связывающим ось PD-1 антагонистом.
106. Способ по п.105, в котором молекулу РНК или липосому вводят индивидууму в дозе около 15 мкг, около 25 мкг, около 38 мкг, около 50 мкг или около 100 мкг, и в котором связывающий ось PD-1 антагонист вводят индивидууму в дозе около 200 мг или около 1200 мг.
107. Способ по п. 105 или 106, в котором молекулу РНК или липосому и связывающий ось PD-1 антагонист вводят индивидууму за 8 21-дневных циклов.
108. Способ по п.107, в котором связывающий ось PD-1 антагонист представляет собой пембролизумаб и его вводят индивидууму в дозе около 200 мг в День 1 Циклов 1-8, и в котором молекулу РНК или липосому вводят индивидууму в дозе около 25 мкг в Дни 1, 8 и 15 Цикла 2 и в День 1 Циклов 3-7.