АНАЛИЗ ФРАГМЕНТАЦИИ ДНК

1. Способ идентификации агента, который влияет на образование фрагментов ДНК, причем способ включает
a) подготовку клеток в наборе приемников;
b) добавление агента, по крайней мере, к одному приемнику;
c) инкубирование агента с клетками в течение заранее определенного периода времени;
d) лизирование клеток;
e) добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции с фрагментами ДНК к указанному, по крайней мере, одному приемнику;
f) измерение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения; и
g) сравнение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения с контролем с целью определить разницу, что позволяет идентифицировать указанный агент как модифицирующий агент, если разница превышает заранее установленный предел.
2. Способ идентификации агента, который влияет на образование фрагментов ДНК, причем способ включает
a) подготовку клеток в наборе приемников;
b) добавление соединения, выбираемого из группы, состоящей из индуктора, ингибитора, модулятора, модулятора индуктора и модулятора ингибитора, по крайней мере, к одному приемнику;
c) инкубирование компонента с клетками в течение заранее определенного периода времени;
d) добавление агента к указанному, по крайней мере, одному приемнику;
e) инкубирование агента с клетками в течение заранее определенного периода времени;
f) лизирование клеток;
g) добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции с фрагментами ДНК к указанному, по крайней мере, одному приемнику;
h) измерение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения; и
i) сравнение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения с контролем с целью определить разницу, что позволяет идентифицировать указанный агент как модифицирующий агент, если разница превышает заранее установленный предел.
3. Способ по п.2, где стадия (d) объединена со стадией (b), и стадия (e) объединена со стадией (c).
4. Способ по п.1 или 2, где отделение хромосомной ДНК от фрагментов ДНК осуществляется до измерения количества интеркалированного обнаруживаемого соединения.
5. Способ по п.4, где отделение хромосомной ДНК от фрагментов двуцепочечной ДНК осуществляется при помощи процесса, выбираемого из группы, состоящей из центрифугирования, фильтрации, седиментации, электрофореза, гель-фильтрации, осаждения и аффинной очистки.
6. Способ по п.1 или 2, где обнаруживаемое соединение включает вещество, выбираемое из группы, состоящей из радиоактивного изотопа, флуоресцирующего химического соединения, пептидной метки, активирующего сцинтиллятор соединения, фермента и эпитопа, распознаваемого обнаруживаемым антителом.
7. Способ по п.6, где обнаруживаемое соединение включает вещество, выбираемое из группы, состоящей из PicoGreen, SYBR Green, TOTO, YOPRO, BENA435, Hoechst 33258, Hoechst 33342, DAPI, DRAQ5, OliGreen и иодида пропидия.
8. Способ по п.1 или 2, где клетка включает прокариотическую клетку.
9. Способ по п.1 или 2, в котором клетка включает эукариотическую клетку.
10. Способ по п.1 или 2, где клетка временно или стабильно трансформирована для сверхэкспрессии, по крайней мере, одного белка.
11. Способ по п.1 или 2, где клетку получают в результате выделения из биологического образца.
12. Способ по п.11, где биологический образец взят у человека.
13. Способ по п.1 или 2, где клетка является клеткой HL60.
14. Способ по п.1 или 2, где одну или более стадий выполняют роботизированным устройством.
15. Способ по п.1 или 2, где лизирование клеток осуществляют при помощи процесса, выбираемого из группы, состоящей из лизирующего буфера, содержащего детергент, гипотонического лизирующего буфера, ультразвуковой обработки и замораживания/оттаивания.
16. Способ по п.1, где на стадии (d) или на стадии (e) добавляют РНКазу.
17. Способ по п.2, где на стадии (f) или на стадии (g) добавляют РНКазу.
18. Способ идентификации агента, который влияет на образование фрагментов ДНК, причем способ включает
a) подготовку клеток в наборе приемников;
b) добавление агента, по крайней мере, к одному приемнику;
c) инкубирование агента с клетками в течение заранее определенного периода времени;
d) добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции с фрагментами ДНК, к указанному, по крайней мере, одному приемнику;
e) измерение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения; и
f) сравнение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения с контролем с целью определить разницу, что позволяет идентифицировать указанный агент как модифицирующий агент, если разница превышает заранее установленный предел.
19. Способ идентификации агента, который влияет на образование фрагментов ДНК, причем способ включает
a) подготовку клеток в наборе приемников;
b) добавление соединения, выбираемого из группы, состоящей из индуктора, ингибитора, модулятора, модулятора индуктора и модулятора ингибитора, по крайней мере, к одному приемнику;
c) инкубирование компонента с клетками в течение заранее определенного периода времени;
d) добавление агента к указанному, по крайней мере, одному приемнику;
e) инкубирование агента с клетками в течение заранее определенного периода времени;
f) добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции с фрагментами ДНК к указанному, по крайней мере, одному приемнику;
g) измерение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения; и
h) сравнение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения с контролем с целью определить разницу, что позволяет идентифицировать указанный агент как модифицирующий агент, если разница превышает заранее установленный предел.
20. Способ по п.1, дополнительно включающий обеспечение второго набора приемников, где стадия (d) дополнительно включает отделение супернатанта от клеточных остатков, а стадия (е) дополнительно включает добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции во фрагменты ДНК, по крайней мере, к одному приемнику указанного второго набора приемников, содержащего образец указанного отделенного супернатанта.
21. Способ по п.2, дополнительно включающий обеспечение второго набора приемников, где стадия (f) дополнительно включает отделение супернатанта от клеточных остатков, а стадия (g) дополнительно включает добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции во фрагменты ДНК, по крайней мере, к одному приемнику указанного второго набора приемников, содержащего образец указанного отделенного супернатанта.
22. Система анализа для идентификации агента, который влияет на образование фрагментов ДНК, причем система анализа включает
a) набор приемников;
b) лизирующий буфер;
c) обнаруживаемое соединение, способное к интеркаляции в ДНК; и
d) по крайней мере, один компонент, где компонент выбирают из группы, состоящей из агента (агентов), индуктора (индукторов), ингибитора, модулятора (модуляторов), модулятора (модуляторов) индуктора (индукторов), модулятора (модуляторов) ингибитора (ингибиторов), контроля (контролей) и клеток.
23. Набор, включающий, по крайней мере, один элемент системы анализа по пунктам 20-22 и инструкции для применения.
24. Способ диагностики или мониторинга лечения заболевания, где биомаркер заболевания включает образование фрагментов ДНК, причем способ включает
a) подготовку биологического образца в наборе приемников;
b) добавление обнаруживаемого соединения, способного к интеркаляции в фрагменты ДНК, по крайней мере, к одному приемнику;
c) измерение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения; и
d) сравнение количества интеркалированного обнаруживаемого соединения с контролем с целью определить разницу, что позволяет обеспечить диагностику или мониторинг лечения заболевания, если разница превышает заранее установленный предел.
25. Способ по п.24, в котором биологический образец включает образец, выбранный из группы, состоящей из клеток, тканей, органов и крови.
26. Система анализа для диагностики или мониторинга лечения заболевания, где биомаркер заболевания включает образование фрагментов ДНК, причем система анализа включает
a) набор приемников;
b) обнаруживаемое соединение, способное к интеркаляции в ДНК; и
d) по крайней мере, один контроль.