КОМПОЗИЦИИ, СОДЕРЖАЩИЕ РЕКОМБИНАНТНЫЕ КЛЕТКИ BACILLIUS И ДРУГОЙ АГЕНТ БИОЛОГИЧЕСКОЙ БОРЬБЫ

1. Композиция, содержащая:
а) рекомбинантные продуцирующие экзоспорий клетки Bacillus, которые экспрессируют слитый белок, содержащий:
(I) по меньшей мере один стимулирующий рост растений белок или пептид; и
(II) нацеливающую последовательность, белок экзоспория, или фрагмент белка экзоспория; и
б) по меньшей мере один агент биологической борьбы, выбранный из группы, включающей липопептид-продуцирующий штамм Bacillus subtilis, липопептид-продуцирующий штамм Bacillus amyloliquefaciens, штамм Bacillus firmus и штамм Bacillus pumilus
в синергетически эффективном количестве.
2. Композиция по п. 1, где по меньшей мере один стимулирующий рост растений белок или пептид выбирают из группы, включающей фермент, вовлеченный в продукцию или активацию соединения, стимулирующего рост растений, и фермент, который разлагает или модифицирует бактериальный, грибковый или растительный источник питания.
3. Композиция по п. 1, где продуцирующие экзоспорий клетки Bacillus представляют собой клетки представителя семейства Bacillus cereus.
4. Композиция по п. 3, где представитель семейства Bacillus cereus выбирают из группы, включающей Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bacillus thuringiensis, Bacillus mycoides, Bacillus pseudomycoides, Bacillus samanii, Bacillus gaemokensis, Bacillus weihenstephensis, Bacillus toyoiensis и их комбинации.
5. Композиция по любому из пп. 1-4, где нацеливающая последовательность или белок экзоспория включает:
аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 43% идентичность с аминокислотами 20-35 из SEQ ID NO: 1, где идентичность с аминокислотами 25-35 составляет по меньшей мере приблизительно 54%;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 1-35 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 20-35 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 22-31 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 22-33 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 20-31 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающая последовательность, содержащая SEQ ID NO: 1; или
белок экзоспория, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичность с SEQ ID NO: 2.
6. Композиция по п. 2, где фермент, вовлеченный в продукцию или активацию соединения, стимулирующего рост растений, выбирают из группы, включающей ацетоин-редуктазу, индол-3-ацетамид-гидролазу, триптофан-монооксигеназу, ацетолактат-синтетазу, α-ацетолактат-декарбоксилазу, пируват-декарбоксилазу, диацетил-редуктазу, бутандиол-дегидрогеназу, аминотрансферазу, триптофан-декарбоксилазу, аминоксидазу, индол-3-пируват-декарбоксилазу, индол-3-ацетальдегид дегидрогеназу, оксидазу боковой цепи триптофана, нитрил-гидролазу, нитрилазу, пептидазу, протеазу, аденозинфосфат-изопентенил-трансферазу, фосфатазу, аденозин-киназу, аденин-фосфорибозилтрансферазу, CYP735A, 5'-рибонуклеотид-фосфогидролазу, аденозин-нуклеозидазу, зеатин цис-транс-изомеразу, зеатин О-гликозилтрансферазу, β-глюкозидазу, цис-гидроксилазу, СK цис-гидроксилазу, СК N-гликозилтрансферазу, 2,5-рибонуклеотид фосфогидролазу, аденозин-нуклеозидазу, пуриннуклеозид фосфорилазу, зеатин редуктазу, гидроксиламин редуктазу, 2-оксоглутарат диоксигеназу, гиббереллиновую 2В/3В гидролазу, гиббереллин 3-оксидазу, гиббереллин 20-оксидазу, хитозаназу, хитиназу, β-1,3-глюканазу, β-1,4-глюканазу, β-1,6-глюканазу, дезаминазу аминоциклопропан-1-карбоновой кислоты, и фермент, вовлеченный в продукцию nod-фактора.
7. Композиция по п. 6, где фермент, вовлеченный в продукцию или активацию соединения, стимулирующего рост растений, представляет собой хитозаназу.
8. Композиция по п. 7, где слитый белок включает SEQ ID NO: 109.
9. Композиция по п. 2, где фермент, который разлагает или модифицирует бактериальный, грибковый или растительный источник питания, выбирают из группы, включающей целлюлазу, липазу, лигнин-оксидазу, протеазу, гликозид гидролазу, фосфатазу, нитрогеназу, нуклеазу, амидазу, нитрат-редуктазу, нитрит-редуктазу, амилазу, аммоний-оксидазу, лигниназу, глюкозидазу, фосфолипазу, фитазу, пектиназу, глюканазу, сульфатазу, уреазу, ксиланазу, и сидерофор.
10. Композиция по п. 9, где фермент представляет собой целлюлазу, выбранную из группы, включающей эндоцеллюлазу, экзоцеллюлазу и β-глюкозидазу.
11. Композиция по п. 10, где слитый белок включает эндоглюканазу Bacillus subtilis.
12. Композиция по п. 11, где слитый белок включает SEQ ID NO: 107.
13. Композиция по п. 12, где рекомбинантные клетки Bacillus имеют происхождение из Bacillus thuringiensis ВТ013А.
14. Композиция по п. 9, где фермент представляет собой фосфолипазу.
15. Композиция по п. 14, где слитый белок включает SEQ ID NO: 108.
16. Композиция по п. 1, где слитый белок экспрессируется под контролем промотора спорообразования, нативного для нацеливающей последовательности, белка экзоспория, или фрагмента белка экзоспория слитого белка.
17. Композиция по п. 16, где слитый белок экспрессируется под контролем высокоэкспрессируемого промотора спорообразования.
18. Композиция по п. 17, где высокоэкспрессируемый промотор спорообразования включает промоторную последовательность сигма-K полимеразы, специфической для спорообразования.
19. Композиция по любому из пп. 16-18, где промотор спорообразования включает нуклеотидную последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность с нуклеотидной последовательностью с любой из SEQ ID NOs: 85-103.
20. Композиция по п. 1, где по меньшей мере один агент биологической борьбы представляет собой липопептид-продуцирующий штамм Bacillus subtilis или липопептид-продуцирующий штамм Bacillus amyloliquefaciens.
21. Композиция по п. 20, где штамм Bacillus subtilis или штамм Bacillus amyloliquefaciens представляет собой Bacillus subtilis QST713, Bacillus subtilis MBI600, Bacillus amyloliquefaciens D747, Bacillus amyloliquefaciens FZB42, Bacillus subtilis var. amyloliquefaciens FZB24 или их мутанты, которые имеют все идентификационные характеристики соответствующего штамма.
22. Композиция по п. 1, где по меньшей мере один агент биологической борьбы представляет собой штамм Bacillus firmus I-1582.
23. Семя, обработанное композицией по любому из пп. 1-22.
24. Применение композиции по любому из пп. 1-22 для усиления роста растения и/или способствования жизнеспособности растения.
25. Применение по п. 24 для обработки обычных или трансгенных растений или их семян.
26. Способ обработки растения, части растений или локуса, окружающего растение, для усиления роста растения и/или способствования жизнеспособности растения, включающий стадию одновременного или последовательного использования:
а) рекомбинантных продуцирующих экзоспорий клеток Bacillus, которые экспрессируют слитый белок, содержащий:
(I) по меньшей мере один стимулирующий рост растений белок или пептид; и
(II) нацеливающую последовательность, белок экзоспория, или фрагмент белка экзоспория; и
б) по меньшей мере одного агента биологической борьбы, выбранного из группы, включающей липопептид-продуцирующий штамм Bacillus subtilis, липопептид-продуцирующий штамм Bacillus amyloliquefaciens, штамм Bacillus firmus или штамм Bacillus pumilus в синергетически эффективном количестве.
27. Способ по п. 26, где нацеливающая последовательность или белок экзоспория включает:
аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 43% идентичность с аминокислотами 20-35 из SEQ ID NO: 1, где идентичность с аминокислотами 25-35 составляет по меньшей мере приблизительно 54%;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 1-35 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 20-35 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 22-31 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 22-33 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающую последовательность, содержащую аминокислоты 20-31 из SEQ ID NO: 1;
нацеливающая последовательность, содержащая SEQ ID NO: 1; или белок экзоспория, содержащий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичность с SEQ ID NO: 2.
28. Композиция, содержащая:
а) рекомбинантные продуцирующие экзоспорий клетки Bacillus, которые экспрессируют слитый белок, содержащий:
(I) по меньшей мере один стимулирующий рост растений белок или пептид; и
(II) нацеливающую последовательность, белок экзоспория, или фрагмент белка экзоспория; и
б) по меньшей мере один агент биологической борьбы, выбранный из группы, включающей штаммы В. cereus, включая штамм CNCM I-1562, Bacillus pumilu в особенности штамм GB34, Bacillus subtilis в особенности штамм GB03, штамм AQ30002 (NRRL В-50421), штамм AQ30004 (NRRL В-50455), (1.79) Streptomyces galbus штамм AQ 6047 (NRRL 30232), (1.91), Rhodococcus globerulus штамм AQ719 (NRRLB-21663), (1.93) Bacillus sp. штамм AQ 177 (ATCC 55609), (1.94) Bacillus sp. штамм AQ178 (ATCC 53522), (1.96) Streptomyces microflavus штамм NRRL B-50550, (1.97) Streptomyces microflavus штамм M (091013-02), гугеротин-содержащие продукты ферментации Streptomyces, Streptomyces galbus QST6047, Bacillus firmu, в особенности штамм I-1582, В. subtilis var. amyloliquefaciens штамм FZB24, Bacillus chitinosporus штамм AQ746 (NRRLB-21618), Bacillus mycoides штамм AQ726 (NRRLB-21664), Bacilluspumilus pumilus штамм QST2808 (NRRLB-30087), Bacillus pumilus штамм AQ717 (NRRLB-21662), Bacillus sp. штамм AQ175 (ATCC 55608), Bacillus subtilis штамм AQ713 (NRRLB-21661), Bacillus subtilis штамм AQ153 (ATCC 55614), Muscodor roseus A3-5 (NRRL30548), Streptomyces sp. штамм NRRLB-30145, Bacillus subtilis штамм AQ743 (NRRLB-21665), Rhodococcus globerulus штамм AQ719 (NRRLB-21663), Streptomyces galbus штамм NRRL30232, Bacillus amyloliquefaciens штамм D747, Bacillus subtilis штамм MBI600 (EPA Рег. №71840-8), Bacillus subtilis штамм Y1336 (биологический фунгицид в Тайвани под Регистрационными номерами 4764, 5454, 5096 и 5277), Bacillus amyloliquefaciens в особенности штамм FZB42б, Bacillus subtilis var. amyloliquefaciens FZB24, Bacillus firmus, включая штамм I-1582 (CNCM I-15820), Bacillus subtilis и Bacillus amyloliquefaciens, включая те, которые продуцируют липопептиды, в особенности, комбинацию плипастатинов или фенгицинов, сурфактинов и/или итуринов, Muscodor albus в особенности штамм QST20799, Coniothyrium minitans в особенности штамм CON/M/91-8, Lagenidium giganteum, Paecilomyces lilacinus в особенности споры штамма 251 P. lilacinus, и мутанта этих штаммов, имеющего все идентификационные характеристики соответствующего штамма, и/или по меньшей мере одного метаболита, продуцируемого соответствующим штаммом, который проявляет активность по отношению к насекомым, клещам, нематодам и/или фитопатогенам, в синергетически эффективном количестве.
29. Композиция по п. 28, дополнительно содержащая синтетический фактор образования клубеньков и/или стимулятор роста растения, выбранный из группы, включающей соединение формулы:
,
в которой n представляет собой 2 или 3;
А представляет собой -С(О)-;
В представляет собой фенилен;
С представляет собой -О-;
D представляет собой линейную углеводородную цепь, содержащую 11 углеродов, которая является насыщенной или ненасыщенной между углеродами 4 и 5;
Е и G независимо выбирают из группы, включающей заместитель NHR20;
R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, и R9 представляют собой Н;
3
3
3
3
3
1-8
4
R8 выбирают из группы, включающей Н, фукозил, метилфукозил, SOH, SOLi, SONa, SOK, и SON(C-алкил);
1-6
R20 представляет собой С(O)С-алкил; и
его любой сельскохозяйственно приемлемый геометрический и/или оптический изомер, энантиомер и/или диастереоизомер, таутомер, соль, N-оксид, сульфоксид или сульфон.
3
3
3
3
3
1-8
4
R8 выбирают из группы, включающей Н, SOH, SOLi, SONa, SOK, SON(Салкил) и заместитель формулы:
,
3
где R26 выбирают из группы, включающей Н и СН; и
3
3
3
3
3
3
1-8
4
R27 и R28 независимо выбирают из группы, включающей Н, С(O)СН, SOH, SOLi, SONa, SOK и SON(Cалкил);
соединения структурных формул:
+
+
+
+
+
1-8
4
в которых, если он присутствует, М выбирают из группы, включающей Н, Li, Na, K и (Салкил)N;
и соединения формул
.
30. Композиция по п. 28 или 29, где слитый белок включает эндоглюканазу или фосфолипазу; нацеливающая последовательность представляет собой аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 43% идентичность с аминокислотами 20-35 из SEQ ID NO: 1, где идентичность с аминокислотами 25-35 составляет по меньшей мере приблизительно 54%; и рекомбинантные клетки Bacillus имеют происхождение из Bacillus thuringiensis или Bacillus mycoides.
31. Композиция по п. 30, где слитый белок включает SEQ ID NO: 107; нацеливающая последовательность включает аминокислоты 20-35 из SEQ ID NO: 1; и Bacillus thuringiensis представляет собой Bacillus thuringiensis ВТ013А.
32. Композиция по п. 30, где слитый белок включает SEQ ID NO: 108; нацеливающая последовательность включает аминокислоты 20-35 из SEQ ID NO: 1; и Bacillus thuringiensis представляет собой Bacillus thuringiensis ВТ013А.