IN VITRO ДИАГНОСТИЧЕСКИЙ НАБОР ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПАПИЛЛОМАВИРУСА ЧЕЛОВЕКА В КЛИНИЧЕСКИХ ОБРАЗЦАХ

1. Анализ детектирования и типирования папилломавируса человека (HPV) в образце, включающий:
осуществление реакции амплификации нуклеиновых кислот в образце, причем реакция амплификации предназначена для амплификации мишеневой последовательности HPV неспецифическим для типа образом;
получение одноцепочечных олигонуклеотидов из любых продуктов амплификации;
осуществление гибридизации одноцепочечных олигонуклеотидов, в тех случаях, когда возможно, с множеством HPV-типоспецифических зондов, находящихся на твердом носителе, причем носитель расположен в реакционном сосуде, подходящем для этого образца; и
детектирование гибридизованных олигонуклеотидов.
2. Анализ по п.1, где указанные HPV-типоспецифические зонды содержат ДНК.
3. Анализ по п.1, где стадию амплификации осуществляют в образце в реакционном сосуде в контакте с HPV-типоспецифическими зондами на твердом носителе.
4. Анализ по п.1 или 2, где стадию амплификации осуществляют в образце перед введением амплифицированного образца в реакционный сосуд для контакта с HPV-типоспецифическими зондами на твердом носителе.
5. Анализ по п.1 или 3, где зонды выбраны для специфического связывания с мишеневой последовательностью HPV при одних и тех же условиях гибридизации для всех зондов.
6. Анализ по п.1 или 3, где используют зонды, специфические по меньшей мере для 20 типов HPV.
7. Анализ по п.1 или 3, где используют зонды, специфические по меньшей мере для 20 типов HPV 6, 11, 16, 18, 26, 30, 31, 32, 33, 34/64, 35, 39, 40, 42, 43, 44, 45, 51, 52, 53, 54, 56, 57, 58, 59, 61, 62, 66, 67, 68, 69, 70, 72, 73, 74, 81, 82, 83, 84, 85 и 89.
8. Анализ по п.1 или 3, где эти зонды имеют длину 20-40 нуклеотидов, длину 25-35 нуклеотидов, длину 28-32 нуклеотида или длину приблизительно 30 нуклеотидов.
9. Анализ по п.1 или 3, где эти зонды являются специфическими в отношении L1-района HPV.
10. Анализ по п.1 или 3, где каждый зонд отличается от зондов, специфических в отношении другого типа HPV, по меньшей мере 2 нуклеотидами или по меньшей мере 3 нуклеотидами.
11. Анализ по п.1 или 3, где один или несколько из этих зондов выбраны из группы, содержащей SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:133.
12. Анализ по п.1 или 3, где все из этих зондов выбраны из группы, содержащей SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:133.
13. Анализ по п.1 или 3, где множество зондов выбраны из одного или нескольких из следующих групп SEQ ID NO: 1 или 2; 3 или 4; 5-9; 10-13; 14-18; 19, 20 или 21; 22-25; 26 или 27; 28-31; 32 или 33; 34-37; 38-43; 44 или 45; 46-50; 51 или 52; 53 или 54; 55-59; 60-64; 65 или 66; 67 или 68; 70 или 71; 72 или 73; 74 или 75; 76, 77 или 78; 79-83; 84, 85 или 86; 87, 88 или 89; 90-94; 95, 96 или 97; 98-102; 103 или 104; 105 или 106; 107 или 108; 109 или 110; 111-115; 116-119; 120 или 121; 122, 123 или 124; 125 или 126; 127 или 128; 129 или 130; 131, 132 или 133.
14. Анализ по п.13, где зонд выбран из каждой из указанных групп.
15. Анализ по п.13, где каждый зонд выбран из указанных групп и по меньшей мере один зонд выбран из каждой из указанных групп.
16. Анализ по п.13, где два или более зондов выбраны из каждой из указанных групп.
17. Анализ по п.1 или 3, где эти зонды выбраны из следующих SEQ ID NO: 2, 4, 7, 8, 9, 12, 13, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 24, 25, 26, 27, 30, 31, 32, 33, 36, 37, 40, 41, 42, 43, 45, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 57, 58, 59, 61, 62, 63, 64, 66, 67, 68, 70, 71, 73, 74, 75, 76, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 112, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 124, 126, 128, 129, 130, 131, 132, 133.
18. Анализ по п.1 или 3, где множество зондов являются специфическими в отношении одного и того же типа HPV.
19. Анализ по п.1 или 3, где множество зондов являются специфическими в отношении каждого подлежащего детектированию типа HPV.
20. Анализ по п.1 или 3, где каждый из указанного множества зондов иммобилизован в одном и том же участке твердого носителя.
21. Анализ по п.1 или 3, где каждый из указанного множества зондов иммобилизован в отличающемся участке твердого носителя.
22. Анализ по п.1 или 3, где каждый зонд, специфический в отношении одного и того же типа HPV, детектирует отличающуюся часть мишеневой последовательности HPV.
23. Анализ по п.1 или 3, где по меньшей мере один зонд присутствует на твердом носителе по меньшей мере в двух разных местоположениях.
24. Анализ по п.1 или 3, где все зонды присутствуют на твердом носителе по меньшей мере в двух разных местоположениях.
25. Анализ по п.1, дополнительно предусматривающий детектирование одной или нескольких контрольных последовательностей.
26. Анализ по п.1, дополнительно предусматривающий амплификацию известной контрольной последовательности и детектирование продукта амплификации.
27. Анализ по п.1 или 26, предусматривающий объединение смеси реакции амплификации с образцом для выполнения реакции амплификации.
28. Анализ по п.1, где одноцепочечные олигонуклеотиды получают денатурацией любых присутствующих двухцепочечных олигонуклеотидов.
29. Анализ по п.28, где указанную стадию денатурации проводят в образце, содержащемся в реакционном сосуде.
30. Анализ по п.28, где одноцепочечные олигонуклеотиды гибридизируют в жестких условиях.
31. Анализ детектирования и типирования папилломавируса человека (HPV) в образце, включающий:
осуществление реакции амплификации нуклеиновых кислот в образце в реакционном сосуде, содержащем твердый носитель, имеющий множество HPV-типоспецифических зондов, иммобилизованных на нем, причем реакция амплификации предназначена для амплификации последовательности-мишени HPV не специфическим для типа образом;
получение одноцепочечных олигонуклеотидов из любых продуктов амплификации;
осуществление гибридизации одноцепочечных олигонуклеотидов в тех случаях, когда возможно, с HPV-типоспецифическими зондами;
и детектирование гибридизованных олигонуклеотидов;
причем реакцию амплификации проводят в образце в контакте с твердым носителем.
32. Реакционный сосуд для осуществления анализа детектирования и типирования HPV в образце, причем сосуд содержит твердый носитель, имеющий множество HPV-типоспецифических зондов, иммобилизованных на нем, и является подходящим для удерживания образца в контакте с твердым носителем.
33. Сосуд по п.32, где этот сосуд является подходящим для выполнения реакции амплификации нуклеиновых кислот на образце в контакте с твердым носителем.
34. Сосуд по п.32 или 33, где зонды выбраны для специфического связывания мишеневых последовательностей HPV при одних и тех же условиях гибридизации для всех зондов.
35. Сосуд по любому из п.32 или 33, где зонды выбраны для специфического связывания мишеневых последовательностей HPV в образце, содержащем реакционную смесь, подходящую для проведения реакции амплификации нуклеиновых кислот.
36. Сосуд по п.32 или 33, где указанные HPV-типоспецифические зонды содержат ДНК.
37. Сосуд по п.32 или 33, содержащий зонды, специфические по меньшей мере для 20 типов HPV.
38. Сосуд по п.32, содержащий зонды, специфические по меньшей мере для 20 типов HPV 6, 11, 16, 18, 26, 30, 31, 32, 33, 34/64, 35, 39, 40, 42, 43, 44, 45, 51, 52, 53, 54, 56, 57, 58, 59, 61, 62, 66, 67, 68, 69, 70, 72, 73, 74, 81, 82, 83, 84, 85 и 89.
39. Сосуд по п.32 или 38, где эти зонды имеют длину 20-40 нуклеотидов, длину 25-35 нуклеотидов, длину 28-32 нуклеотида или длину приблизительно 30 нуклеотидов.
40. Сосуд по п.32 или 38, где эти зонды являются специфическими в отношении L1-района HPV.
41. Сосуд по п.32 или 38, где каждый зонд для конкретного типа HPV отличается от зондов, специфических в отношении другого типа HPV, по меньшей мере 2 нуклеотидами или по меньшей мере 3 нуклеотидами.
42. Сосуд по п.32 или 38, где один или несколько из этих зондов выбраны из группы, содержащей SEQ ID NO:1 - SEQ ID NO:133.
43. Сосуд по п.32 или 38, где все из этих зондов выбраны из группы, содержащей SEQ ID NO:1 - SEQ ID NO:133.
44. Сосуд по п.32, где множество зондов выбраны из одного или нескольких из следующих групп SEQ ID NO:1 или 2; 3 или 4; 5-9; 10-13; 14-18; 19, 20 или 21; 22-25; 26 или 27; 28-31; 32 или 33; 34-37; 38-43; 44 или 45; 46-50; 51 или 52; 53 или 54; 55-59; 60-64; 65 или 66; 67 или 68; 70 или 71; 72 или 73; 74 или 75; 76, 77 или 78; 79-83; 84, 85 или 86; 87, 88 или 89; 90-94; 95, 96 или 97; 98-102; 103 или 104; 105 или 106; 107 или 108; 109 или 110; 111-115; 116-119; 120 или 121; 122, 123 или 124; 125 или 126; 127 или 128; 129 или 130; 131, 132 или 133.
45. Сосуд по п.32 или 44, где зонд выбран из каждой из указанных групп.
46. Сосуд по п.32 или 44, где каждый зонд выбран из указанных групп и по меньшей мере один зонд выбран из каждой из указанных групп.
47. Сосуд по п.32 или 44, где два или более зондов выбраны из каждой из указанных групп.
48. Сосуд по п.32, где эти зонды выбраны из следующих SEQ ID NO: 2, 4, 7, 8, 9, 12, 13, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 24, 25, 26, 27, 30, 31, 32, 33, 36, 37, 40, 41, 42, 43, 45, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 57, 58, 59, 61, 62, 63, 64, 66, 67, 68, 70, 71, 73, 74, 75, 76, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 112, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 124, 126, 128, 129, 130, 131, 132, 133.
49. Сосуд по п.32 или 48, где множество зондов являются специфическими в отношении одного и того же типа HPV.
50. Сосуд по п.32 или 48, где множество зондов являются специфическими в отношении каждого подлежащего детектированию типа HPV.
51. Сосуд по п.32 или 48, где каждый из указанного множества зондов иммобилизован в одном и том же участке твердого носителя.
52. Сосуд по п.32 или 48, где каждый из указанного множества зондов иммобилизован в отличающемся участке твердого носителя.
53. Сосуд по п.32 или 48, где каждый зонд, специфический в отношении одного и того же типа HPV, детектирует отличающуюся часть последовательности-мишени HPV.
54. Сосуд по п.32 или 48, где по меньшей мере один зонд присутствует на твердом носителе по меньшей мере в двух разных местоположениях.
55. Сосуд по п.32 или 48, где все зонды присутствуют на твердом носителе по меньшей мере в двух разных местоположениях.
56. Сосуд по п.32, дополнительно содержащий одну или несколько контрольных последовательностей на твердом носителе.
57. Сосуд по п.56, где контрольная последовательность содержит зонд, иммобилизованный на твердом носителе, который не гибридизуется с мишеневой последовательностью из любого типа HPV.
58. Набор для детектирования и типирования HPV, содержащий реакционный сосуд по п.35, вместе с одним или несколькими из следующих компонентов:
i) реагенты для экстракции и/или очистки ДНК;
ii) смесь для амплификации нуклеиновых кислот;
iii) реагенты для визуализации гибридизации нуклеиновых кислот с зондами реакционного сосуда.
59. Набор по п.58, где смесь для амплификации находится в реакционном сосуде, отдельном от реакционного сосуда, содержащего твердый носитель с HPV-типоспецифическими зондами.
60. Набор по п.58, где смесь для амплификации находится в реакционном сосуде, содержащем твердый носитель с HPV-типоспецифическими зондами.
61. Набор по п.58, где смесь для амплификации содержит меченые dNTP.
62. Набор по п.58, где смесь для амплификации содержит консенсусные праймеры HPV, которые гибридизуются с частями мишеневой последовательности HPV.
63. Набор по п.62, где консенсусные праймеры HPV включают в себя MY09 и MY11 и, необязательно, НМВ01.
64. Набор по п.58, где смесь для амплификации содержит праймеры для амплификации мишеневой последовательности человека.
65. Набор по п.64, где мишеневая последовательность человека имеет другую длину, чем длина мишеневой последовательности HPV.
66. Набор по п.64, где мишеневая последовательность человека является по меньшей мере частью гена CFTR.
67. Набор по п.64, где эти праймеры содержат по меньшей мере один из CFTR-F4 (SEQ ID NO:134) и CFTR-R5 (SEQ ID NO:135).
68. Набор по п.58, где эти праймеры являются мечеными праймерами.
69. Набор по п.58, содержащий контрольную мишеневую последовательность амплификации.
70. Набор по п.58, где контрольная мишеневая последовательность амплификации включает в себя последовательности, соответствующие фланкирующим частям мишеневой последовательности человека, так что амплификация обеих мишеневых последовательностей будет происходить с использованием одних и тех же праймеров.
71. Зонд для детектирования и типирования HPV, причем зонд выбран из SEQ ID NO:1-133.
72. Зонд по п.71, выбранный из следующих SEQ ID NO: 2, 4, 7, 8, 9, 12, 13, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 24, 25, 26, 27, 30, 31, 32, 33, 36, 37, 40, 41, 42, 43, 45, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 57, 58, 59, 61, 62, 63, 64, 66, 67, 68, 70, 71, 73, 74, 75, 76, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 112, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 124, 126, 128, 129, 130, 131, 132, 133.
73. Праймер для применения в амплификации CFTR, выбранный из CFTR-F4 (SEQ ID NO:134) и CFTR-R5 (SEQ ID NO:135).