РЕКРУТИРУЮЩИЕ Т-КЛЕТКИ ПОЛИПЕПТИДЫ, СПОСОБНЫЕ СВЯЗЫВАТЬ CD123 И TCR АЛЬФА/БЕТА

1. Полипептид, который перенаправляет Т-клетки для уничтожения CD123-экспрессирующих клеток, включающий иммуноглобулиновый одиночный вариабельный домен (ISV), который специфически связывает T-клеточный рецептор (TCR), и один или несколько ISV, которые специфически связывают CD123, где ISV, который специфически связывает TCR, по существу состоит из 4 каркасных областей (FR1-FR4, соответственно) и 3 определяющих комплементарность областей (CDR1-CDR3, соответственно), в которых:
i) CDR1 выбрана из группы, состоящей из:
а) SEQ ID NO: 181-191; или
b) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 181-191; при условии, что ISV, включающий CDR1 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает TCR с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием с ISV, включающим CDR1 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
ii) CDR2 выбрана из группы, состоящей из:
с) SEQ ID NO: 192-217; или
d) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 192-217; при условии, что ISV, включающий CDR2 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает TCR с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием ISV, включающим CDR2 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
iii) CDR3 выбрана из группы, состоящей из:
е) SEQ ID NO: 218-225; или
f) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 218-225; при условии, что ISV, включающий CDR3 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает TCR с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием ISV, включающим CDR3 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и где один или несколько ISV, которые специфически связывают CD123, по существу состоит из 4 каркасных областей (FR1-FR4, соответственно) и 3 определяющих комплементарность областей (CDR1-CDR3, соответственно), в которых:
i) CDR1 выбрана из группы, состоящей из:
а) SEQ ID NO: 11-16; или
b) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 11-16; при условии, что ISV, включающий CDR1 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает CD123 с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием с ISV, включающим CDR1 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
ii) CDR2 выбрана из группы, состоящей из:
с) SEQ ID NO: 17-20; или
d) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 17-20; при условии, что ISV, включающий CDR2 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает CD123 с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием ISV, включающим CDR2 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
iii) CDR3 выбрана из группы, состоящей из:
е) SEQ ID NO: 21-25; или
f) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 21-25; при условии, что ISV, включающий CDR3 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает CD123 с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием с ISV, включающим CDR3 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса.
2. Полипептид по п. 1, отличающийся тем, что ISV, который специфически связывает TCR, по существу состоит из 4 каркасных областей (FR1-FR4, соответственно) и 3 определяющих комплементарность областей (CDR1-CDR3, соответственно), в которых:
i) CDR1 выбрана из группы, состоящей из:
а) SEQ ID NO: 181-191; или
b) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 181-191, где различие в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту присутствует в положениях 2, 4, 5, 6, 8 и/или 10 CDR1 (положения 27, 29, 30, 31, 33 и/или 35 согласно нумерации Kabat); при условии, что ISV, включающий CDR1 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает TCR с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием с ISV, включающим CDR1 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
ii) CDR2 выбрана из группы, состоящей из:
с) SEQ ID NO: 192-217; или
d) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 192-217, где различие в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту присутствует в положениях 1, 3, 5, 7, 8 и/или 9 CDR2 (положения 50, 52, 54, 56, 57 и/или 58 согласно нумерации Kabat); при условии, что ISV, включающий CDR2 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает TCR с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием ISV, включающим CDR2 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
iii) CDR3 выбрана из группы, состоящей из:
е) SEQ ID NO: 218-225; или
f) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 218-225, где различие в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту присутствует в положениях 1, 4, 5 и/или 8 CDR3 (положения 95, 98, 99 и/или 101 согласно нумерации Kabat); при условии, что ISV, включающий CDR3 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает TCR с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием ISV, включающим CDR3 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса.
3. Полипептид по любому из пп. 1 или 2, отличающийся тем, что ISV, который специфически связывает TCR, по существу состоит из 4 каркасных областей (FR1-FR4, соответственно) и 3 определяющих комплементарность областей (CDR1-CDR3, соответственно), в которых CDR1 представляет собой SEQ ID. NO: 181, CDR2 является SEQ ID NO: 192, и CDR3 является SEQ ID NO: 218.
4. Полипептид по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что ISV, который специфически связывает TCR, выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 42 и 78-180, или из ISV, которые имеют идентичность последовательностей более 80%, более чем по 85%, более 90%, более 95% или даже более 99% с одной из SEQ ID NO: 42 и 78-180.
5. Полипептид по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что один или несколько ISV, которые специфически связывают CD123, по существу состоит из 4 каркасных областей (FR1-FR4, соответственно) и 3 определяющих комплементарность областей (CDR1-CDR3, соответственно), в которых:
i) CDR1 выбрана из группы, состоящей из:
а) SEQ ID NO: 11-16; или
b) аминокислотных последовательностей с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 11-16, где различие в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту присутствует в положениях 3, 6, 7 и/или 8 CDR1 (положения 28, 31, 32 и/или 33 согласно нумерации Kabat); при условии, что ISV, включающий CDR1 с различием в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает CD123 с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием с ISV, включающим CDR1 без различия в 4, 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
ii) CDR2 выбрана из группы, состоящей из:
с) SEQ ID NO: 17-20; или
d) аминокислотных последовательностей с различием в 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 17-20, где различие в 3, 2 или 1 аминокислоту присутствует в положениях 3 6 и/или 10 CDR2 (положения 52, 54 и/или 58 согласно нумерации Kabat); при условии, что ISV, включающий CDR2 с различием в 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает CD123 с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием ISV, включающим CDR2 без различия в 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса;
и
iii) CDR3 выбрана из группы, состоящей из:
е) SEQ ID NO: 21-25; или
f) аминокислотных последовательностей с различием в 3, 2 или 1 аминокислоту с аминокислотной последовательностью одной из SEQ ID NO: 21-25, где различие в 3, 2 или 1 аминокислоту присутствует в положениях 3, 4 и/или 5 CDR3 (положения 97, 98 и/или 99 согласно нумерации Kabat); при условии, что ISV, включающий CDR3 с различием в 3, 2 или 1 аминокислоту, связывает CD123 с примерно одинаковой или более высокой аффинностью по сравнению со связыванием с ISV, включающим CDR3 без различия в 3, 2 или 1 аминокислоту, где указанная аффинность измерена с помощью поверхностного плазмонного резонанса.
6. Полипептид по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что один или несколько ISV, которые специфически связывают CD123, по существу состоит из 4 каркасных областей (FR1-FR4, соответственно) и 3 определяющих комплементарность областей (CDR1-CDR3, соответственно), в которых
CDR1 представляет собой SEQ ID NO: 11, CDR2 представляет собой SEQ ID NO: 17 и CDR3 представляет собой SEQ ID NO: 21; или
CDR1 представляет собой SEQ ID NO: 16, CDR2 представляет собой SEQ ID NO: 18, и CDR3 представляет собой SEQ ID NO: 23.
7. Полипептид по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что один или несколько ISV, которые специфически связывают CD123, выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-10 или из ISV, которые имеют идентичность последовательностей более 80%, более 85%, более 90%, более 95% или даже более 99% с одной из SEQ ID NO: 1-10.
8. Полипептид по любому из пп. 1-7, включающий два или более ISV, которые специфически связывают CD123, отличающийся тем, что два или более ISV, которые специфически связывают CD123, являются бипаратопными, включая первый ISV и второй ISV, где первый ISV связывается с эпитопом на CD123, который отличается от эпитопа на CD123, связываемого вторым ISV.
9. Полипептид по п. 8, отличающийся тем, что первый ISV выбран из ISV по п. 12, а второй ISV выбран из ISV по п. 13.
HH
HH
H
HH
10. Полипептид по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что ISV, который специфически связывает TCR, и один или несколько ISV, которые специфически связывают CD123, по существу состоят из однодоменного антитела, dAb, нанотела, V, гуманизированного V, оверблюженного V или V, который был получен путем созревания аффинности.
11. Полипептид по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что указанный полипептид выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 47, 49, 52, 53, 55, 56 и 58-61, или из полипептидов, которые имеют идентичность последовательностей более 80%, более 85%, более 90%, более 95% или даже более 99% с одной из SEQ ID NO: 47, 49, 52, 53, 55, 56 и 58-61.
12. Полипептид, который представляет собой ISV, который специфически связывает CD123, отличающийся тем, что полипептид выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-6 или из полипептидов, которые имеют идентичность последовательностей более 80%, более 85%, более 90 %, более 95% или даже более 99% с одной из SEQ ID NO: 1-6.
13. Полипептид, который представляет собой ISV, который специфически связывает CD123, отличающийся тем, что полипептид выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 7-10 или из полипептидов, которые имеют идентичность последовательностей более 80%, более 85%. более 90%, более 95% или даже более 99% с одной из SEQ ID NO: 7-10.
14. Конструкция, содержащая полипептид по любому из пп. 1-13 и дополнительно включающая одну или несколько других групп, остатков, фрагментов или связывающих единиц, необязательно связанных через один или несколько пептидных линкеров, в которой указанные одна или несколько других групп, остатков, фрагментов или связывающих единиц обеспечивают конструкцию с увеличенным периодом полувыведения по сравнению с соответствующим полипептидом по любому из пп. 1-13.
15. Композиция по п. 14, в которой указанные одно или несколько других связывающих единиц, которые обеспечивают конструкцию с увеличенным периодом полувыведения, выбирают из группы, состоящей из связывающих единиц, которые могут связываться с сывороточным альбумином (таким как человеческий сывороточный альбумин) или сывороточным иммуноглобулином (таким как IgG).
16. Нуклеиновая кислота, кодирующая полипептид по любому из пп. 1-13 или конструкция по п. 14 или 15, которые таковы, что их можно получить экспрессией нуклеиновой кислоты, кодирующей их, необязательно в форме генетической конструкции.
17. Хозяин или клетка-хозяин, содержащие нуклеиновую кислоту или генетическую конструкцию по п. 16 или экспрессирующий вектор, включающий нуклеиновую кислоту или генетическую конструкцию по п. 16.
18. Способ получения полипептида по любому из пп. 1-13 или конструкции по п. 14 или 15, который таков, что их можно получить путем экспрессии нуклеиновой кислоты, кодирующей их, где указанный способ, по меньшей мере, включает стадии:
а) экспрессии в подходящей клетке-хозяине или организме-хозяине или в другой подходящей системе экспрессии нуклеиновой кислоты по п. 16; необязательно с последующим
b) выделением и/или очисткой полипептида по любому из пп. 1-13 или конструкции по п. 14 или 15.
19. Композиция, содержащая, по меньшей мере, один полипептид по любому из пп. 1-13, или конструкцию по п. 14 или 15, или нуклеиновую кислоту по п. 16.
20. Полипептид по любому из пп. 1-13, конструкция по п. 14 или 15 или композиция по п. 19 для применения в качестве лекарственного средства.
21. Полипептид по любому из пп. 1-13, конструкция по п. 14 или 15 или композиция по п. 19 для применения при профилактике, лечении и/или облегчении заболевания или состояния, связанного с CD123.