КОРРЕКЦИЯ ФАЗИРОВАНИЯ

1. Способ определения скорректированных значений цвета из данных изображения, полученных в ходе цикла распознавания оснований с помощью секвенатора нуклеиновых кислот, содержащего систему получения изображения, один или более процессоров и запоминающее устройство, включающий:
(a) получение изображения подложки, содержащей множество участков, на которых считывают основания нуклеиновых кислот, причем эти участки имеют цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований;
(b) измерение значений цвета множества участков по указанному изображению подложки;
(c) сохранение значений цвета в буфере процессора одного или более процессоров секвенатора;
(d) извлечение значений цвета с коррекцией фазирования множества участков, где указанные значения цвета с коррекцией фазирования были сохранены в запоминающем устройстве секвенатора в ходе непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований; и
(e) определение скорректированных значений цвета по
значениям цвета в буфере процессора и
значениям цвета с коррекцией фазирования, сохраненным в ходе непосредственно предшествующего цикла.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий определение коррекции опережающего фазирования по
значениям цвета с коррекцией фазирования, сохраненным в ходе непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований, и
значениям цвета, сохраненным в буфере процессора; и
при этом значения цвета с коррекцией определяют дополнительно по коррекции опережающего фазирования.
3. Способ по п. 2, в котором коррекция опережающего фазирования включает вес и при этом определение скорректированных значений цвета включает умножение веса на значения цвета множества участков, измеренных по изображению подложки.
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
определение коррекции фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований;
получение значений цвета с коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем применения коррекции фазирования к значениям цвета множества участков, сохраненным в запоминающем устройстве секвенатора, путем суммирования
значений цвета с коррекцией фазирования множества участков, и
значений цвета множества участков из изображения подложки, измеренных на этапе (b); и
сохранение значений цвета с коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований в запоминающем устройстве секвенатора.
5. Способ по п. 1, в котором секвенатор нуклеиновых кислот синтезирует нуклеиновые кислоты на множестве участков.
6. Способ по п. 1, в котором значения цвета определяют по двум каналам секвенатора.
7. Способ по п. 1, в котором значения цвета получают по четырем каналам секвенатора.
8. Способ по п. 1, в котором подложка содержит проточную ячейку, причем проточную ячейку логически разделяют на сегменты, и при этом каждый сегмент представляет область проточной ячейки, содержащую подмножество участков, где указанное подмножество фиксируют в одном изображении от системы получения изображения, и при этом способ также включает, перед операцией (а), помещение реагентов в проточную ячейку и обеспечение возможности взаимодействия реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований, в ходе цикла распознавания оснований.
9. Способ по п. 8, который также включает после операции (е):
помещение свежих реагентов в проточную ячейку и обеспечение возможности взаимодействия свежих реагентов с участками, в результате чего участки будут иметь цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований; и
повторение операций (а)-(е) для следующего цикла распознавания оснований.
10. Способ по п. 9, который также включает создание первого потока процессора для выполнения операций (а)-(е) для цикла распознавания оснований и создание второго потока процессора для выполнения операций (а)-(е) для следующего цикла распознавания оснований.
11. Секвенатор нуклеиновых кислот, содержащий:
систему получения изображений;
запоминающее устройство; и
один или более процессоров, выполненных с возможностью:
(a) получения данных, представляющих изображение подложки, содержащей множество участков, на которых считывают нуклеиновые основания, причем указанные участки имеют цвета, представляющие типы нуклеиновых оснований;
(b) получения значений цвета множества участков по изображению подложки;
(c) сохранения значений цвета в буфере процессора;
(d) извлечения значений цвета с коррекцией фазирования множества участков для цикла распознавания оснований, причем значения цвета с коррекцией фазирования были сохранены в запоминающем устройстве в ходе непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований; и
(e) определение скорректированных значений цвета по
значениям цвета в буфере процессора, и
значением с коррекцией фазирования, сохраненным в ходе непосредственно предшествующего цикла.
12. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 11, где один или более процессоров дополнительно выполнены или сконфигурированы с возможностью определения коррекции опережающего фазирования по
значениям цвета с коррекцией фазирования, сохраненным в ходе непосредственно предшествующего цикла распознавания оснований, и
значениям цвета, сохраненным в буфере процессора; и
при этом значения цветов с коррекцией определяют дополнительно по коррекции опережающего фазирования.
13. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 11, в котором запоминающее устройство разделено на множество буферов сегментов, каждый из которых выполнен с возможностью хранения данных, представляющих одно изображение сегмента на подложке.
14. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 11, в котором емкость запоминающего устройства составляет около 512 Гигабайт или менее.
15. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 12, в котором коррекция опережающего фазирования включает вес, и при этом один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью определения скорректированных значения цвета путем умножения веса на значения цвета множества участков, измеренные по изображению подложки.
16. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 11, в котором один или более процессоров также выполнены или сконфигурированы с возможностью:
определения коррекции фазирования для непосредственного следующего цикла распознавания оснований;
получения значений цвета с коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем применения коррекции фазирования к значениям цвета множества участков, сохраненным в запоминающем устройстве, и
сохранения значений цвета с коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований в запоминающем устройстве.
17. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 16, в котором один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью получения значений цвета с коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла оснований путем суммирования
значений цвета с коррекцией фазирования множества участков и
значений цвета множества участков из изображения подложки, измеренных на этапе (b).
18. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 16, в котором один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью сохранения значений цвета с коррекцией фазирования для непосредственно следующего цикла распознавания оснований путем сохранения значений цвета с коррекцией фазирования в буферах сегментов запоминающего устройства.
19. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 11, дополнительно содержащий систему для синтеза нуклеиновых кислот на множестве участков.
20. Секвенатор нуклеиновых кислот по п. 11, в котором один или более процессоров выполнены или сконфигурированы с возможностью получения значений цвета от двух каналов.