СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ УЛУЧШЕНИЯ ПОПУЛЯЦИИ КИШЕЧНОЙ МИКРОБИОТЫ И ИХ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ

1. Способ улучшения популяции кишечной микробиоты, который включает введение субъекту композиции для увеличения первой популяции кишечной микробиоты при одновременном уменьшении второй популяции кишечной микробиоты у указанного субъекта, при этом первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, продуцирующую короткоцепную жирную кислоту (SCFA), и вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, продуцирующую эндотоксин.
2. Способ по п. 1, в котором композиция включает природное лекарственное средство, природный продукт, травянистое растение или экстракт из трав.
3. Способ по п. 1, в котором композиция включает берберин, производное берберина или анизохинолиновый алкалоид.
4. Способ по п. 1, в котором композиция включает растение или его экстракт, при этом растение включает Berberis vulgaris, Coptischinensis, Scutellariabaicalensis, Phellodendri Chinensis, Momordicacharantia, Ilex kudingcha, Sophoraflavescens, Gentianascabra, Anemarrhenaasphodeloides, Gardenia jasminoides, Rheum palmatum, Herba Taraxaci или их комбинации.
5. Способ по п. 1, в котором композиция включает растение или его экстракт, при этом растение является Berberis, Coptis, Scutellaria, Phellodendron, Momordica, Ilex, Sophora, Gentiana, Anemarrhena, Gardenia, Rheum или Taraxacum.
6. Способ по п. 1, в котором композиция включает растение или его экстракт, при этом растение является Berberidaceae, Ranunculaceae, Lamiaceae, Rutaceae, Cucurbitacea, Aquifoliaceae, Leguminosae, Gentianaceae, Agavaceae, Rubiaceae, Polygonaceae, Asteraceae, Menispermaceae или Cucurbitaceae.
7. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает Alistipes, Allobaculum, Bacteroides, Barnesiella, Blautia, Butyricicoccus, Butyricimonas, Dorea, Helicobacter, Hespellia, Holdemania, Lawsonia, Oscillibacter, Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Prevotella, Sedimentibacter или их комбинацию.
8. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает Bacteroidaceae, Coriobacteriaceae, Desulfovibrionaceae, Erysipelotrichaceae, Flavobacteriaceae, Helicobacteraceae, Incertae Sedis XI, Incertae Sedis XIV, Lachnospiraceae, Porphyromonadaceae, Prevotellaceae, Rikenellaceae, Ruminococcaceae, Veillonellaceae или их комбинацию.
9. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает Campylobacterales, Desulfovibrionales, Bacteroidales, Coriobacteriales, Flavobacteriales, Clostridiales, Erysipelotrichales или их комбинацию.
10. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает Epsilonproteobacteria, Deltaproteobacteria, Bacteroidia, Coriobacteridae, Flavobacteria, Clostridia, Erysipelotrichi или их комбинацию.
11. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, Firmicutes или их комбинацию.
12. Способ по п. 1, в котором бактерии, продуцирующие короткоцепные жирные кислоты (SCFA), включают Blautia, Allobaculum, Prevotella, Bacterioides, Butyricimonas или их комбинацию.
13. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 95% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-93.
14. Способ по п. 1, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 80% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-93.
15. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает Alistipes, Anaeroplasma, Barnesiella, Bifidobacterium, Butyricimonas, Butyrivibrio, Coprococcus, Fastidiosipila, Helicobacter, Hespellia, Marvinbryantia, Oribacterium, Oscillibacter, Prevotella, Roseburia, Ruminococcus, TM7_genera_incertae_sedis или их комбинацию.
16. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает Helicobacteraceae, Lachnospiraceae, Porphyromonadaceae, Prevotellaceae, Rikenellaceae, Ruminococcaceae, Anaeroplasmataceae, Bifidobacteriaceae или их комбинацию.
17. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает Campylobacterales, Bacteroidales, Clostridiales, Anaeroplasmatales, Bifidobacteriales или их комбинацию.
18. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает Epsilonproteobacteria, Alphaaproteobacteria, Bacteroidia, Clastridia, Actinobacteridae, Mollicutes или их комбинацию.
19. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, Firmicutes, Tenericutes или их комбинацию.
20. Способ по п. 1, в котором бактерия, продуцирующая эндотоксин, включает Proteobacteria.
21. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 95% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:94-268.
22. Способ по п. 1, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 80% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:94-268.
23. Способ по п. 1, в котором композиция является препаратом для перорального введения или препаратом для парентерального введения.
24. Способ по п. 1, в котором композиция имеет форму суппозитория, таблетки, пилюли, гранулы, порошка, пленки, микрокапсулы, аэрозоля, спиртового раствора, настойки, тонизирующего средства, жидкой суспензии или сиропа.
25. Способ по п. 1, в котором композиция может снижать уровень первого цитокина в сыворотке и повышать уровень второго цитокина в сыворотке, при этом первый цитокин является белком, связывающим липополисахарид, протеином-1, являющимся хемоаттрактантом моноцитов, лептином или их комбинацией, и второй цитокин является адипонектином.
26. Способ по п. 1, в котором композиция может повышать уровень короткоцепных жирных кислот в фекалиях.
27. Способ скрининга испытуемого соединения, активно улучшающего популяцию кишечной микробиоты, который включает
введение контрольному субъекту эффективного количества контрольной композиции для увеличения первой популяции кишечной микробиоты при одновременном уменьшении второй популяции кишечной микробиоты у контрольного субъекта, при этом первая популяция кишечной микробиоты включает бактерии, продуцирующие короткоцепные жирные кислоты (SCFA), и вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерии, продуцирующие эндотоксин;
введение испытуемому субъекту определенного количества испытуемого соединения; и
сравнение популяции кишечной микробиоты контрольного субъекта с популяцией кишечной микробиоты испытуемого субъекта, при этом сходство, равное по меньшей мере примерно 80%, свидетельствует о том, что испытуемое соединение активно улучшает популяцию кишечной микробиоты.
28. Способ по п. 27, в котором сходство, равное по меньшей мере примерно 95%, свидетельствует о том, что испытуемое соединение активно улучшает популяцию кишечной микробиоты.
29. Способ по п. 27, в котором сходство, равное по меньшей мере примерно 75%, свидетельствует о том, что испытуемое соединение активно улучшает популяцию кишечной микробиоты.
30. Способ по п. 27, в котором композиция включает природное лекарственное средство, природный продукт, травянистое растение или экстракт из трав.
31. Способ по п. 27, в котором композиция включает берберин, производное берберина или изохинолиновый алкалоид.
32. Способ по п. 27, в котором композиция включает растение или его экстракт, при этом растение включает Berberis vulgaris, Coptischinensis, Scutellariabaicalensis, Phellodendri Chinensis, Momordicacharantia, Ilex kudingcha, Sophoraflavescens, Gentianascabra, Anemarrhenaasphodeloides, Gardenia jasminoides, Rheum palmatum, Herba Taraxaci или их комбинации.
33. Способ по п. 27, в котором композиция включает растение или его экстракт, при этом растение является Berberis, Coptis, Scutellaria, Phellodendron, Momordica, Ilex, Sophora, Gentiana, Anemarrhena, Gardenia, Rheum или Taraxacum.
34. Способ по п. 27, в котором композиция включает растение или его экстракт, при этом растение является Berberidaceae, Ranunculaceae, Lamiaceae, Rutaceae, Cucurbitacea, Aquifoliaceae, Leguminosae, Gentianaceae, Agavaceae, Rubiaceae, Polygonaceae, Asteraceae, Menispermaceae или Cucurbitaceae.
35. Способ по п. 27, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает Alistipes, Allobaculum, Bacteroides, Barnesiella, Blautia, Butyricicoccus, Butyricimonas, Dorea, Helicobacter, Hespellia, Holdemania, Lawsonia, Oscillibacter, Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Prevotella, Sedimentibacter или их комбинацию.
36. Способ по п. 27, в котором бактерии, продуцирующие короткоцепные жирные кислоты (SCFA), включают Blautia, Allobaculum, Prevotella, Bacterioides, Butyricimonas или их комбинацию.
37. Способ по п. 27, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 95% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-93.
38. Способ по п. 27, в котором первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 80% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-93.
39. Способ по п. 27, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает Alistipes, Anaeroplasma, Barnesiella, Bifidobacterium, Butyricimonas, Butyrivibrio, Coprococcus, Fastidiosipila, Helicobacter, Hespellia, Marvinbryantia, Oribacterium, Oscillibacter, Prevotella, Roseburia, Ruminococcus, TM7_genera_incertae_sedis или их комбинацию.
40. Способ по п. 27, в котором бактерия, продуцирующая эндотоксин, включает Proteobacteria.
41. Способ по п. 27, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 95% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:94-268.
42. Способ по п. 27, в котором вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 80% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:94-268.
43. Способ по п. 27, в котором композиция может снижать уровень первого цитокина в сыворотке и повышать уровень второго цитокина в сыворотке, при этом первый цитокин является белком, связывающим липополисахарид, протеином-1, являющимся хемоаттрактантом моноцитов, лептином или их комбинацией, и второй цитокин является адипонектином.
44. Способ по п. 27, в котором композиция может повышать уровень короткоцепных жирных кислот в кишечнике.
45. Композиция, предназначенная для улучшения популяции кишечной микробиоты, которая способна избирательно увеличивать первую популяцию кишечной микробиоты при одновременном уменьшении второй популяции кишечной микробиоты у субъекта, при этом первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, продуцирующую короткоцепную жирную кислоту (SCFA), и вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, продуцирующую эндотоксин.
46. Композиция по п. 45, которая включает природное лекарственное средство, природный продукт, травянистое растение или экстракт из трав.
47. Композиция по п. 45, которая включает берберин,
производное берберина или другой изохинолиновый алкалоид.
48. Композиция по п. 45, которая включает растение или его экстракт, при этом растение включает Berberis vulgaris, Coptischinensis, Scutellariabaicalensis, Phellodendri Chinensis, Momordicacharantia, Ilex kudingcha, Sophoraflavescens, Gentianascabra, Anemarrhenaasphodeloides, Gardenia jasminoides, Rheum palmatum, Herba Taraxaci или любые их комбинации.
49. Композиция по п. 45, которая включает растение или его экстракт, при этом растение является Berberis, Coptis, Scutellaria, Phellodendron, Momordica, Ilex, Sophora, Gentiana, Anemarrhena, Gardenia, Rheum или Taraxacum.
50. Композиция по п. 45, которая включает растение или его экстракт, при этом растение является Berberidaceae, Ranunculaceae, Lamiaceae, Rutaceae, Cucurbitacea, Aquifoliaceae, Leguminosae, Gentianaceae, Agavaceae, Rubiaceae, Polygonaceae, Asteraceae, Menispermaceae или Cucurbitaceae.
51. Композиция по п. 45, которая является пищевым продуктом, напитком, пищевой добавкой или фармацевтическим препаратом.
52. Композиция по п. 45, которая способна избирательно увеличивать первую популяцию кишечной микробиоты при одновременном уменьшении второй популяции кишечной микробиоты при введении субъекту в дозе от около 50 мг/кг массы тела до около 400 мг/кг массы тела один раз в сутки в течение по меньшй мере двух недель, при этом первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, продуцирующую короткоцепную жирную кислоту (SCFA), и вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, продуцирующую эндотоксин.
53. Композиция по п. 45, где первая популяция кишечной микробиоты включает Alistipes, Allobaculum, Bacteroides, Barnesiella, Blautia, Butyricicoccus, Butyricimonas, Dorea, Helicobacter, Hespellia, Holdemania, Lawsonia, Oscillibacter, Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Prevotella, Sedimentibacter или их комбинацию.
54. Композиция по п. 45, где бактерии, продуцирующие короткоцепные жирные кислоты (SCFA), включают Blautia, Allobaculum, Prevotella, Bacterioides, Butyricimonas или их комбинацию.
55. Композиция по п. 45, где первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 95% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-93.
56. Композиция по п. 45, где первая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 80% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-93.
57. Композиция по п. 45, где вторая популяция кишечной микробиоты включает Alistipes, Anaeroplasma, Barnesiella, Bifidobacterium, Butyricimonas, Butyrivibrio, Coprococcus, Fastidiosipila, Helicobacter, Hespellia, Marvinbryantia, Oribacterium, Oscillibacter, Prevotella, Roseburia, Ruminococcus, TM7_genera_incertae_sedis или их комбинацию.
58. Композиция по п. 45, где бактерия, продуцирующая эндотоксин, включает Proteobacteria.
59. Композиция по п. 45, где вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 95% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:94-268.
60. Композиция по п. 45, где вторая популяция кишечной микробиоты включает бактерию, в которой V3-область последовательности гена рРНК 16S по меньшей мере примерно на 80% подобна последовательности нуклеиновой кислоты, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID NO:94-268.