РАЗРАБОТАННЫЕ БАКТЕРИАЛЬНЫЕ КОМПОЗИЦИИ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Композиция, содержащая первую очищенную бактериальную популяцию и вторую очищенную бактериальную популяцию,
при этом указанная первая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 210 или SEQ ID NO: 106, а также
при этом указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые имеют одно или более свойств, выбранных из группы, состоящей из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность вызывать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix) способность ингибировать активность HDAC (гистондеацетилаза, англ.: histone deacetylase), (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту, (xi) способность проявлять активность каталазы, (xii) способность проявлять активность альфа-фукозидазы, (xiii) способность индуцировать активацию Wnt, (xiv) способность продуцировать витамин B, (xv) способность модулировать метаболизм эндоканнабиноида в организме хозяина, (xvi) способность продуцировать полиамин и/или модулировать метаболизм полиаминов в организме хозяина, (xvii) способность снижать уровень сфинголипида в фекалиях, (xviii) способность модулировать продукцию кинуренина в организме хозяина, (xix) способность снижать уровень фекального кальпротектина, (xx) неспособность активировать путь toll-подобных рецепторов (например, TLR2 или TLR5), (xxi) способность активировать путь toll-подобных рецепторов (например , TLR2 или TLR5) и (xxii) любая их комбинация.
2. Композиция, содержащая первую очищенную бактериальную популяцию и вторую очищенную бактериальную популяцию,
при этом указанная первая бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177 , SEQ ID NO: 178 или SEQ ID NO: 137, и
при этом указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые имеют одно или более свойств, выбранных из группы, состоящей из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность вызывать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix) способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту, (xi) способность проявлять активность каталазы, (xii) способность проявлять активность альфа-фукозидазы, (xiii) способность индуцировать активацию Wnt, (xiv) способность продуцировать витамин B, (xv) способность модулировать метаболизм эндоканнабиноида в организме хозяина, (xvi) способность продуцировать полиамин и/или модулировать метаболизм полиаминов в организме хозяина, (xvii) способность снижать уровень сфинголипида в фекалиях, (xviii) способность модулировать продукцию кинуренина в организме хозяина, (xix) способность снижать уровень фекального кальпротектина, (xx) неспособность активировать путь toll-подобных рецепторов (например, TLR4 или TLR5), (xxi) способность активировать путь toll-подобных рецепторов (например , TLR2) и (xxii) любая их комбинация.
3. Композиция, содержащая первую очищенную бактериальную популяцию и вторую очищенную бактериальную популяцию,
при этом указанная первая бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 111 или SEQ ID NO: 103 и
при этом указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые имеют одно или более свойств, выбранных из группы, состоящей из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность вызывать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix) способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту, (xi) способность проявлять активность каталазы, (xii) способность проявлять активность альфа-фукозидазы, (xiii) способность индуцировать активацию Wnt, (xiv) способность продуцировать витамин B, (xv) способность модулировать метаболизм эндоканнабиноида в организме хозяина, (xvi) способность продуцировать полиамин и/или модулировать метаболизм полиаминов в организме хозяина, (xvii) способность продуцировать сфинголипид, (xviii) способность модулировать продукцию кинуренина в организме хозяина, (xix) способность снижать уровень фекального кальпротектина, (xx) неспособность активировать путь toll-подобных рецепторов (например, TLR2 или TLR5), (xxi) способность активировать путь toll-подобных рецепторов (например , TLR2 или TLR5) и (xxii) любая их комбинация.
4. Композиция по любому из пп. 1-3, отличающаяся тем, что одно или более свойств выбрано из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту; (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность вызывать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix) способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту или (xi) любая их комбинация.
5. Композиция по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит долгосрочный трансплантат и/или временный трансплантат.
6. Композиция по п. 5, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит два, три, четыре, пять, шесть, семь или более долгосрочных трансплантатов.
7. Композиция по п. 5 или 6, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит два, три или более временных трансплантатов.
8. Композиция по любому из пп. 5-7, отличающаяся тем, что комбинация первой очищенной бактериальной популяции и второй очищенной бактериальной популяции содержит три или более временных трансплантатов и/или семь или более долгосрочных трансплантатов.
9. Композиция по любому из пп. 1-8, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать метаболит триптофана.
10. Композиция по любому из пп. 1-9, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать вторичную желчную кислоту.
11. Композиция по любому из пп. 1-10, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые обладают противовоспалительной активностью.
12. Композиция по любому из пп. 1-11, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые не способны индуцировать провоспалительную активность.
13. Композиция по любому из пп. 1-12, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту.
14. Композиция по любому из пп. 1-13, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать среднецепочечную жирную кислоту.
15. Композиция по любому из пп. 1-14, отличающаяся тем, что указанная вторая очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны ингибировать активность HDAC.
16. Композиция, содержащая очищенную бактериальную популяцию, при этом указанная очищенная бактериальная популяция обладает двумя или более свойствами, выбранными из группы, состоящей из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность вызывать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix) способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту, (xi) способность проявлять активность каталазы, (xii) способность проявлять активность альфа-фукозидазы, (xiii) способность индуцировать активацию Wnt, (xiv) способность продуцировать витамин B, (xv) способность модулировать метаболизм эндоканнабиноида в организме хозяина, (xvi) способность продуцировать полиамин и/или модулировать метаболизм полиаминов в организме хозяина, (xvii) способность снижать уровень сфинголипида в фекалиях, (xviii) способность модулировать продукцию кинуренина в организме хозяина, (xix) способность снижать уровень фекального кальпротектина, (xx) неспособность активировать путь toll-подобных рецепторов (например, TLR2 или TLR5), (xxi) способность активировать путь toll-подобных рецепторов (например , TLR2 или TLR5) и (xxii) любая их комбинация.
17. Композиция по п. 16, отличающаяся тем, что два или более свойств выбраны из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность индуцировать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix), способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту или (xi) любая их комбинация.
18. Композиция по п. 16 или 17, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 210 или SEQ ID NO: 106.
19. Композиция по любому из пп. 16-18, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134 , SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181 или SEQ ID NO: 213.
20. Композиция, содержащая очищенную бактериальную популяцию, содержащую две или более бактерий, при этом указанные две или более бактерий представляют собой долгосрочный трансплантат и временный трансплантат.
21. Композиция по п. 20, отличающаяся тем, что очищенная бактериальная популяция дополнительно содержит одну или более бактерий, которые обладают одним или более свойствами, выбранными из группы, состоящей из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность индуцировать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix) способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту, (xi) способность проявлять активность каталазы, (xii) способность проявлять активность альфа-фукозидазы, (xiii) способность индуцировать активацию Wnt, (xiv) способность продуцировать витамин B, (xv) способность модулировать метаболизм эндоканнабиноида в организме хозяина, (xvi) способность продуцировать полиамин и/или модулировать метаболизм полиаминов в организме хозяина, (xvii) способность снижать уровень сфинголипида в фекалиях, (xviii) способность модулировать продукцию кинуренина в организме хозяина, (xix) способность снижать уровень фекального кальпротектина, (xx) неспособность активировать путь toll-подобных рецепторов (например, TLR2 или TLR5), (xxi) способность активировать путь toll-подобных рецепторов (например, TLR2 или TLR5) и (xxii) любая их комбинация.
22. Композиция по п. 21, отличающаяся тем, что два или более свойств выбраны из следующих: (i) способность к приживлению при введении субъекту, (ii) способность проявлять противовоспалительную активность, (iii) неспособность индуцировать провоспалительную активность, (iv) способность продуцировать вторичную желчную кислоту, (v) способность продуцировать метаболит триптофана, (vi) способность восстанавливать целостность эпителия, что определяется с помощью анализа целостности монослоя первичных эпителиальных клеток, (vii) возможность способствовать ремиссии воспалительного заболевания кишечника, (viii) способность продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ix), способность ингибировать активность HDAC, (x) способность продуцировать среднецепочечную жирную кислоту или (xi) любая их комбинация.
23. Композиция по любому из пп. 16-22, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит два, три, четыре, пять, шесть, семь или более долгосрочных трансплантатов.
24. Композиция по любому из пп. 16-23, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит два, три, четыре, пять, шесть, семь или более временных трансплантатов.
25. Композиция по любому из пп. 16-24, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит три или более долгосрочных трансплантатов.
26. Композиция по любому из пп. 16-25, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать метаболит триптофана.
27. Композиция по любому из пп. 16-26, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать вторичную желчную кислоту.
28. Композиция по любому из пп. 16-27, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые обладают противовоспалительной активностью.
29. Композиция по любому из пп. 16-28, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые не способны индуцировать провоспалительную активность.
30. Композиция по любому из пп. 16-29, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту.
31. Композиция по любому из пп. 16-30, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны продуцировать среднецепочечную жирную кислоту.
32. Композиция по любому из пп. 16-31, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция содержит одну или более бактерий, которые способны ингибировать активность HDAC.
33 Композиция по любому из пп. 1-19 и 21-32, отличающаяся тем, что метаболит триптофана включает индол, 3-метилиндол, индолакрилат или любую их комбинацию.
34. Композиция по п. 33, отличающаяся тем, что указанный метаболит триптофана представляет собой индол.
35. Композиция по п. 33 или 34, отличающаяся тем, что указанный метаболит триптофана представляет собой 3-метилиндол.
36. Композиция по пп. 1-19 и 21-35, отличающаяся тем, что бактерии, способные продуцировать вторичную желчную кислоту, обладают активностью 7α-дегидроксилазы.
37. Композиция по пп. 1-19 и 21-36, отличающаяся тем, что бактерии, способные продуцировать вторичную желчную кислоту, обладают активностью гидролазы желчных солей (BSH - англ.: bile salt hydrolase).
38. Композиция по любому из пп. 1-15, отличающаяся тем, что первая очищенная бактериальная популяция и/или вторая очищенная бактериальная популяция не содержат бактерии, обладающие активностью 7β-гидроксистероиддегидрогеназы (7β-HSDH - англ.: 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase).
39. Композиция по любому из пп. 16-38, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция не содержит бактерии, обладающие активностью 7β-гидроксистероиддегидрогеназы (7β-HSDH).
40. Композиция по любому из пп. 1-19 и 21-39, отличающаяся тем, что указанная вторичная желчная кислота включает дезоксихолевую кислоту (DCA - англ.: deoxycholic acid), 3α 12-оксодезоксихолевую кислоту, 3β 12α-дезоксихолевую кислоту (3-изодезоксихолевую кислоту), 7α 3-оксохенодезоксихолевую кислоту, литохолевую кислоту (LCA - англ.: lithocholic acid), 3-оксо LCA или любую их комбинацию.
41. Композиция по любому из пп. 1-19 и 21-40, отличающаяся тем, что указанные бактерии, способные проявлять противовоспалительную активность, включают (i) бактерии, способные продуцировать короткоцепочечную жирную кислоту, (ii) бактерии, способные ингибировать активность гистондеацетилазы (HDAC), (iii) бактерии, способные ингибировать TNF-α-управляемую (TNF - англ.: tumor necrosis factor) секрецию IL-8 (IL-8 - англ.: interleukin-8) в эпителиальных клетках in vitro или (iv) любую их комбинацию.
42. Композиция по любому из пп. 1-19 и 21-41, отличающаяся тем, что одна или более бактерий, не способных вызывать провоспалительную активность, включают (i) бактерии, не способные индуцировать секрецию IL-8 в эпителиальных клетках in vitro, и/или (ii) бактерии, не способные активировать Toll-подобный рецептор 4 (TLR4 - англ.: Toll-like receptor 4) и/или Toll-подобный рецептор 5 (TLR5 - англ.: Toll-like receptor 5 ) in vitro.
43. Композиция по любому из пп. 1-19 и 21-42, отличающаяся тем, что указанная короткоцепочечная жирная кислота выбрана из формиата, ацетата, пропионата, бутирата, изобутриата, валерата, изовалерата или любой их комбинации.
44. Композиция по п. 43, отличающаяся тем, что указанная короткоцепочечная жирная кислота представляет собой пропионат.
45. Композиция по п. 43 или 44, отличающаяся тем, что указанная короткоцепочечная жирная кислота представляет собой бутират.
46. Композиция по любому из пп. 1-19 и 21-45, отличающаяся тем, что указанная среднецепочечная жирная кислота включает гексаноат, октаноат, деканоат, додеканоат или любую их комбинацию.
47. Композиция по п. 46, отличающаяся тем, что указанная среднецепочечная жирная кислота представляет собой гексаноат или пентаноат.
48. Композиция по любому из пп. 5-15 и 20-47, отличающаяся тем, что указанный долгосрочный трансплантат имеет последовательность 16S рДНК, которая является по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК долгосрочного трансплантата, представленного в Таблице 5.
49. Композиция по любому из пп. 5-15 и 20-48, отличающаяся тем, что указанный долгосрочный трансплантат имеет последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 182 , SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181 или SEQ ID NO: 189.
50. Композиция по любому из пп. 5-15 и 20-49, отличающаяся тем, что указанный временный трансплантат имеет последовательность 16S рДНК, которая является по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК временного трансплантата, представленного в Таблице 5.
51. Композиция по любому из пп. 5-15 и 20-50, отличающаяся тем, что указанный временный трансплантат имеет последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132 или SEQ ID NO: 175.
52. Композиция, содержащая очищенную бактериальную популяцию, которая содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 207, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 210, или SEQ ID NO: 106.
53. Композиция по п. 52, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция дополнительно содержит одну или более бактерий, имеющих последовательность 16S рДНК, являющуюся по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичной последовательности 16S рДНК, указанной в SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 205, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181, или SEQ ID NO: 213.
54. Композиция, содержащая очищенную бактериальную популяцию, имеющую последовательности 16S рДНК, которые являются по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичными последовательности 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из:
(1) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 187;
(2) SEQ ID NO: 186;
(3) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 175;
(4) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 104;
(5) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 175;
(6) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116 или SEQ ID NO: 104;
(7) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 175;
(8) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 104;
(9) SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 175;
(10) SEQ ID NO: 159; SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211;
(11) SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 210;
(12) SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175;
(13) SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159;
(14) SEQ ID NO: 212, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159;
(15) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 175;
(16) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 175;
(17) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 175;
(18) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175;
(19) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175;
(20) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 208,SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175;
(21) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 189, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 175;
(22) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 209 , SEQ ID NO: 159;
(23) SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 211, SEQ ID NO: 209, SEQ ID NO: 159;
(24) SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 106; и
(25) любой их комбинации.
55. Композиция по п. 54, отличающаяся тем, что указанная очищенная бактериальная популяция дополнительно содержит последовательности 16S рДНК, которые являются по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 97,5%, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 98,5%, по меньшей мере на 99%, по меньшей мере на 99,5% или на 100% идентичными последовательности 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из:
(1) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123;
(2) SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 103;
(3) SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 205;
(4) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 117;
(5) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 134;
(6) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 198, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 200, SEQ ID NO: 201, SEQ ID NO: 202, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 182;
(7) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 134;
(8) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123;
(9) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 134;
(10) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 182
(11) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 134;
(12) SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(13) SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(14) SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(15) SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197 , SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(16) SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(17) SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(18) SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(19) SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(20) SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(21) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163
(22) SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 134;
(23) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 134;
(24) SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135;
(25) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 163;
(26) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182;
(27) SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182;
(28) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135;
(29) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135;
(30) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163;
(31) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135;
(32) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 134;
(33) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181;
(34) SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 206, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 118 , SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181;
(35) SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 219, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 226, SEQ ID NO: 227, SEQ ID NO: 166, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 181; и
(36) любой их комбинации.
56. Композиция по любому из пп. 1-55, дополнительно содержащая один или более энтеросолюбильных полимеров.
57. Фармацевтический состав, содержащий композицию по любому из пп. 1-56, и фармацевтически приемлемое вспомогательное вещество.
58. Фармацевтический состав по п. 57, отличающийся тем, что указанное вспомогательное вещество представляет собой глицерин.
59. Фармацевтический состав по п. 57, отличающийся тем, что указанная композиция является лиофилизированной.
60. Фармацевтический состав по п. 57, отличающийся тем, что указанная композиция составлена для пероральной доставки.
61. Способ лечения воспалительного заболевания у субъекта, который в этом нуждается, включающий введение указанному субъекту эффективного количества композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60.
62. Способ по п. 61, отличающийся тем, что введение эффективного количества композиции ослабляет один или более признаков или симптомов воспалительного заболевания или поддерживает ремиссию воспалительного заболевания.
63. Способ по п. 61 или 62, отличающийся тем, что указанное воспалительное заболевание включает воспалительное заболевание кишечника.
64. Способ по п. 63, отличающийся тем, что указанное воспалительное заболевание кишечника включает болезнь Крона, аутоиммунные заболевания желудочно-кишечного тракта, воспаление желудочно-кишечного тракта, или колит, например, неспецифический язвенный колит, язвенный колит, микроскопический колит, коллагенозный колит, полипозный колит, некротический энтероколит, трансмуральный колит или любую их комбинацию.
65. Применение композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60 при изготовлении лекарственного средства для лечения воспалительного заболевания у субъекта, нуждающегося в этом.
66. Композиция по любому из пп. 1-56 или состав по любому из пп. 57-60 для применения в способе лечения воспалительного заболевания, включающем введение указанной композиции субъекту.
67. Способ модуляции уровня биологической молекулы у субъекта, который в этом нуждается, включающий введение указанному субъекту эффективного количества композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60.
68. Способ по п. 67, отличающийся тем, что указанная биологическая молекула включает фекальный кальпротектин, вторичную желчную кислоту, метаболит триптофана, короткоцепочечную жирную кислоту, среднецепочечную жирную кислоту, сфинголипид, кинуренин или любую их комбинацию.
69. Способ по п. 68, отличающийся тем, что уровень фекального кальпротектина снижается у субъекта по меньшей мере на около 10%, по меньшей мере на около 20%, по меньшей мере на около 30%, по меньшей мере на около 40%, по меньшей мере на около 50%, по меньшей мере на около 60%, по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 80% или по меньшей мере на около 90% по сравнению с соответствующим эталонным уровнем.
70. Способ по п. 68 или 69, отличающийся тем, что уровень вторичной желчной кислоты повышается у субъекта по меньшей мере на около 10%, по меньшей мере на около 20%, по меньшей мере на около 30%, по меньшей мере на около 40%, по меньшей мере на около 50%, по меньшей мере на около 60%, по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 80% или по меньшей мере на около 90% по сравнению с соответствующим эталонным уровнем.
71. Способ по п. 70, отличающийся тем, что указанная вторичная желчная кислота включает дезоксихолевую кислоту (DCA), 3α 12-оксодезоксихолевую кислоту, 3β 12α-дезоксихолевую кислоту (3-изодезоксихолевую кислоту), 7α 3-оксохенодезоксихолевую кислоту, литохолевую кислоту (LCA), 3-оксо LCA или любую их комбинацию.
72. Способ по любому из пп. 68-71, отличающийся тем, что уровень метаболита триптофана повышается у субъекта по меньшей мере на около 10%, по меньшей мере на около 20%, по меньшей мере на около 30%, по меньшей мере на около 40%, по меньшей мере на около 50%, по меньшей мере на около 60%, по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 80% или по меньшей мере на около 90% по сравнению с соответствующим эталонным уровнем.
73. Способ по п. 72, отличающийся тем, что указанный метаболит триптофана выбран из группы, состоящей из индола, 3-метилиндола и их комбинаций.
74. Способ по любому из пп. 68-73, отличающийся тем, что уровень короткоцепочечной жирной кислоты повышается у субъекта по меньшей мере на около 10%, по меньшей мере на около 20%, по меньшей мере на около 30%, по меньшей мере на около 40%, по меньшей мере на около 50%, по меньшей мере на около 60%, по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 80% или по меньшей мере на около 90% по сравнению с соответствующим эталонным уровнем.
75. Способ по п. 74, отличающийся тем, что указанная короткоцепочечная жирная кислота выбрана из формиата, ацетата, пропионата, бутирата, изобутриата, валерата, изовалерата или любой их комбинации.
76. Способ по любому из пп. 68-75, отличающийся тем, что эталонный уровень представляет собой заранее определенный уровень или уровень у субъекта до введения.
77. Способ по любому из пп. 68-76, отличающийся тем, что модуляция биологической молекулы ассоциирована с ремиссией воспалительного заболевания.
78. Способ лечения рака у субъекта, который в этом нуждается, включающий введение указанному субъекту эффективного количества композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60.
79. Применение композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60 при изготовлении лекарственного средства для лечения рака у субъекта, нуждающегося в этом.
80. Композиция по любому из пп. 1-56 или состав по любому из пп. 57-60 для применения в способе лечения рака, включающем введение указанной композиции субъекту.
81. Способ подавления роста опухоли или уменьшения размера опухоли у субъекта, который в этом нуждается, включающий введение указанному субъекту эффективного количества композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60.
82. Применение композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60 при изготовлении лекарственного средства для подавления роста опухоли или уменьшения размера опухоли у субъекта, нуждающегося в этом.
83. Композиция по любому из пп. 1-56 или состав по любому из пп. 57-60 для применения в способе лечения рака, включающем введение указанной композиции субъекту.
84. Способ усиления иммунного ответа у субъекта, который в этом нуждается, включающий введение указанному субъекту эффективного количества композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60.
85. Применение композиции по любому из пп. 1-56 или состава по любому из пп. 57-60 при изготовлении лекарственного средства для усиления иммунного ответа у субъекта, нуждающегося в этом.
86. Композиция по любому из пп. 1-56 или состав по любому из пп. 57-60 для применения в способе усиления иммунного ответа у субъекта, нуждающегося в этом.
87. Способ по п. 81, применение по п. 82 или композиция или состав по п. 83, отличающиеся тем, что указанный субъект имеет рак.
88. Способ по п. 78 или  81, применение по п. 79 или  82, композиция или состав по п. 80 или 83 или способ, применение, или композиция или состав по п. 87, дополнительно включающий введение субъекту дополнительного терапевтического агента.
89. Способ, применение или композиция или состав по п. 88, отличающиеся тем, что указанный дополнительный терапевтический агент включает ингибитор иммунной контрольной точки.
90. Способ, применение или композиция или состав по п. 89, отличающиеся тем, что указанный ингибитор иммунной контрольной точки выбран из антитела анти-PD-1, антитела анти-PD-L1, антитела анти-CTLA-4 или их комбинации.
91. Способ по п. 78 или 81, применение по п. 79 или 82 или композиция или состав по п. 80 или 83 или способ, применение или композиция или состав по любому из пп. 87-90, отличающиеся тем, что рак включает рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак матки/шейки матки, рак яичников, рак предстательной железы, рак яичек, рак пищевода, рак желудочно-кишечного тракта, рак поджелудочной железы, колоректальный рак, рак толстой кишки, рак почки, рак головы и шеи, рак легкого, рак желудка, герминогенный рак, рак костей, рак печени, рак щитовидной железы, рак кожи, новообразование центральной нервной системы, лимфому, лейкоз, миелому, саркому, рак, связанный с вирусом, или любую их комбинацию.
92. Способ по п. 78 или 81, применение по п. 79 или 82 или композиция или состав по п. 80 или 83 и способ, применение или композиция или состав по любому из пп. 87-91, отличающиеся тем, что указанное введение приводит к увеличению количества инфильтрирующих опухоль лимфоцитов в опухоли субъекта.
93. Способ, применение или композиция или состав по п. 92, отличающиеся тем, что количество инфильтрирующих опухоль лимфоцитов в опухоли повышается по меньшей мере на около 5%, по меньшей мере на около 10%, по меньшей мере на около 20%, по меньшей мере на около 30%, по меньшей мере на около 40%, по меньшей мере на около 50%, по меньшей мере на около 60%, по меньшей мере на около 70% по меньшей мере на около 80% или по меньшей мере на около 90% по сравнению с эталонным уровнем.
94. Способ, применение или композиция или состав по п. 93, отличающиеся тем, что эталонный уровень включает количество инфильтрирующих опухоль лимфоцитов в опухоли субъекта, который не получал указанную композицию.