СПОСОБЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РИСКА ИНТЕРСТИЦИАЛЬНОЙ ПНЕВМОНИИ

1. Способ определения наличия у человека интерстициального заболевания легких или риска его развития, включающий: определение в биологическом образце, полученном от указанного субъекта, по меньшей мере одного из следующего:
a) наличие генетического варианта, выбранного из группы, состоящей из: rs2736100, rs2076295, rs3778337, rs4727443, rs868903, rs7934606, rs6421972, rs7480563, rs7942850, rs4077759, rs2334659, rs7122936, rs2034650, rs1992272, rs1981997, rs17563986, rs8070723, rs12610495, rs2109069, rs1379326, rs1881984, rs10936599, rs1997392, rs6793295, rs2609255, rs2853676, rs10484326, rs10748858, rs2067832, rs11191865, rs2301160, rs3829223, rs2857476, rs1278769, rs1007177, rs10518693, rs393152, rs12373139, rs17690703, rs2532274, rs2532269, rs2668692, rs169201, rs199533 и rs415430;
b) уровень экспрессии маркерного гена или множества маркерных генов, выбранных из группы, состоящей из: маркерного гена, обладающего по меньшей мере 95% идентичностью с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3, C17orf69, или их гомологов или вариантов;
c) полипептиды, кодируемые маркерными генами согласно b);
d) фрагменты полипептидов согласно с); и
e) полинуклеотид, который полностью комплементарен по меньшей мере части маркерного гена согласно b);
при этом наличие указанного по меньшей мере одного генетического варианта, полипептида, фрагмента и/или комплементарного полинуклеотида и/или увеличенная или уменьшенная экспрессия указанного маркерного гена указывает на то, что у субъекта имеется интерстициальное заболевание легких или риск развития указанного заболевания.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный маркерный ген(ы) обладает последовательностью, на 100% идентичной последовательности соответствующего маркерного гена согласно п. b).
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что наличие по меньшей мере одного указанного генетического варианта, полипептида, фрагмента и/или комплементарного полинуклеотида и/или увеличение или уменьшение экспрессии указанного маркерного гена определяют и сравнивают со стандартным уровнем или эталонным набором.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный стандартный уровень или эталонный набор определяют в соответствии со статистической процедурой прогнозирования риска.
5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанная статистическая процедура прогнозирования риска включает применение суммы экспрессии гена маркера или маркеров, взвешенной по коэффициенту пропорциональных рисков.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что наличие указанного генетического варианта определяют посредством ПЦР (полимеразной цепной реакции).
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что наличие указанного генетического варианта определяют посредством детекции при помощи Ферстеровского переноса энергии (FRET).
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что наличие указанного генетического варианта определяют путем детекции наличия или уровня экспрессии полипептида.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает определение наличия полипептида с применением реагента, который специфически связывается с указанным полипептидом или его фрагментом.
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанный реагент выбран из группы, состоящей из антитела, антиген-связывающего производного антитела и антиген-связывающего фрагмента антитела.
11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что наличие указанного генетического варианта или уровень экспрессии маркерного гена определяют путем получения РНК из биологического образца; создания кДНК на основе указанной РНК; амплификации указанной кДНК; и получения из амплифицированной кДНК уровней экспрессии маркерного гена в указанном биологическом образце.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что интерстициальным заболеванием легких является фибротическое заболевание легких.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанным интерстициальным заболеванием легких является идиопатический фиброз легких (ИФЛ), семейная интерстициальная пневмония (СИП) или идиопатическая интерстициальная пневмония (ИИП).
14. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
a) сравнение уровня экспрессии указанного маркерного гена или множества маркерных генов в биологическом образце с контрольным уровнем маркерного гена(ов), выбранных из группы, состоящей из:
i) контрольного уровня указанного маркерного гена, для которого была показана корреляция с интерстициальным заболеванием легких; и
ii) контрольного уровня указанного маркерного гена, для которого не была показана корреляция с интерстициальным заболеванием легких; и
b) выбор субъекта с интерстициальным заболеванием легких или риском его развития, если уровень экспрессии маркерного гена(ов) в биологическом образце статистически близок или выше, чем контрольный уровень экспрессии согласно (a) (i), или
с) выбор субъекта, у которого не прогнозируется интерстициальное заболевание легких или риск его развития, если уровень экспрессии маркерного гена(ов) в биологическом образце статистически ниже, чем контрольный уровень экспрессии согласно (a) (ii).
15. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
а) сравнение наличия генетического варианта(ов) в биологическом образце с набором генетических вариантов для субъекта или контрольной группы, страдающих интерстициальным заболеванием легких, и
b) выбор указанного индивидуума с интерстициальным заболеванием легких или риском его развития, если указанный генетический вариант(ы), присутствующий(е) в биологическом образце тот же (те же), что и генетические маркеры у указанного субъекта или контрольной группы, или
c) выбор указанного индивидуума в качестве не страдающего интерстициальным заболеванием легких или не имеющего риска его развития, если указанный генетический вариант(ы), присутствующий в биологическом образце, не совпадает с генетическими маркерами у указанного субъекта или контрольной группы.
16. Способ мониторинга прогрессирования интерстициального заболевания легких у субъекта, включающий:
i) измерение уровня экспрессии множества маркерных генов в первом биологическом образце, полученном от субъекта, при этом указанное множество маркеров включает множество маркеров, выбранных из группы, состоящей из:
a) маркерного гена, обладающего по меньшей мере 95% идентичностью с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из: TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3, C17orf69, или их гомологов или вариантов;
b) полипептидов, кодируемых маркерными генами согласно а);
c) фрагментов полипептидов согласно b); и
d) полинуклеотида, который полностью комплементарен по меньшей мере части маркерного гена согласно а);
ii) измерение уровня экспрессии указанного множества маркеров во втором биологическом образце, полученном от субъекта; и
iii) сравнение уровня экспрессии маркера, измеренного в первом образце, с уровнем маркера, измеренным во втором образце.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что последовательность указанного маркерного гена (маркерных генов) на 100% идентична последовательности соответствующего маркерного гена согласно а).
18. Способ по п. 16, дополнительно включающий проведение этапа наблюдения, выбранного из группы, состоящей из компьютерной томографии грудной клетки и патологического исследования тканей легких, полученных от субъекта.
0
1
19. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный первый биологический образец получают от субъекта в момент времени t, а второй биологический образец получают от субъекта в более поздний момент времени t.
20. Способ по п. 16, дополнительно включающий измерение уровня экспрессии указанного множества маркеров по меньшей мере в одном дополнительном биологическом образце, полученном от субъекта по меньшей мере в еще один момент времени, и сравнение уровня экспрессии указанных маркеров, измеренных в первом и втором биологическом образце, с уровнем указанного маркера по меньшей мере в одном дополнительном образце.
21. Способ по п. 16, дополнительно включающий рекомендацию пройти лечение интерстициального заболевания легких в случае, когда уровень экспрессии указанного маркера во втором образце выше, чем в первом образце.
22. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанным интерстициальным заболеванием легких является идиопатический фиброз легких (ИФЛ), семейная интерстициальная пневмония (СИП) или идиопатическая интерстициальная пневмония (ИИП).
23. Способ оценки эффективности лечения интерстициального заболевания легких у субъекта, представляющего собой человека, включающий:
0
i) определение уровня экспрессии маркера, измеренного в первой пробе, полученной от субъекта в момент времени t, при этом указанный маркер выбран из группы, состоящей из
а) маркерного гена, обладающего по меньшей мере 95% идентичностью с последовательностью, выбираемой из группы, состоящей из TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3, C17orf69, или их гомологов или вариантов;
b) полипептидов, кодируемых маркерными генами согласно а);
c) фрагментов полипептидов согласно b); и
d) полинуклеотида, который полностью комплементарен по меньшей мере части маркерного гена согласно а);
1
ii) определение уровня экспрессии маркера во втором биологическом образце, полученном от субъекта в более поздний момент времени t; и
iii) проведение этапа наблюдения, выбранного из компьютерной томографии грудной клетки и патологического исследования тканей легких, полученных от указанного субъекта;
при этом уменьшение уровня экспрессии маркера во втором образце по сравнению с первым образцом указывает на то, что средство эффективно для лечения интерстициальной пневмонии у субъекта.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что последовательность указанного маркерного гена (маркерных генов) на 100% идентична последовательности соответствующего маркерного гена согласно а).
0
1
25. Способ по п. 23, отличающийся тем, что указанный момент времени t является моментом до проведения лечения указанного субъекта, а момент времени t является моментом после проведения лечения указанного субъекта.
26. Способ по п. 23, отличающийся тем, что интерстициальным заболеванием легких является идиопатический фиброз легких (ИФЛ), семейная интерстициальная пневмония (СИП) или идиопатическая интерстициальная пневмония (ИИП).
0
1
0
27. Способ по п. 23, отличающийся тем, что указанный момент времени t является моментом после проведения лечения субъекта, а указанный момент времени t является моментом, более поздним, чем t, после проведения лечения субъекта.
28. Способ по п. 23, отличающийся тем, что указанное лечение проводят несколько раз.
29. Способ по п. 23, отличающийся тем, что указанное сравнение проводят для биологических образцов, полученных от субъекта в определенном временном диапазоне.
30. Тест-система для прогнозирования ответа на терапию интерстициального заболевания легких у субъекта, представляющего собой человека, содержащая средства определения по меньшей мере одного из перечисленного:
a) наличие генетического варианта, выбранного из группы, состоящей из: rs2736100, rs2076295, rs3778337, rs4727443, rs868903, rs7934606, rs6421972, rs7480563, rs7942850, rs4077759, rs2334659, rs7122936, rs2034650, rs1992272, rs1981997, rs17563986, rs8070723, rs12610495, rs2109069, rs1379326, rs1881984, rs10936599, rs1997392, rs6793295, rs2609255, rs2853676, rs10484326, rs10748858, rs2067832, rs11191865, rs2301160, rs3829223, rs2857476, rs1278769, rs1007177, rs10518693, rs393152, rs12373139, rs17690703, rs2532274, rs2532269, rs2668692, rs169201, rs199533 и rs415430; и
b) уровень экспрессии маркерного гена или множества маркерных генов, выбранных из группы, состоящей из: маркерного гена, обладающего по меньшей мере 95% идентичностью с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, ATP11A, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3, C17orf69, или их гомологов или вариантов;
c) полипептиды, кодируемые маркерными генами согласно b)
d) фрагменты полипептидов согласно с); и
e) полинуклеотид, который полностью комплементарен по меньшей мере части маркерного гена согласно b).
31. Тест-система по п. 30, отличающаяся тем, что указанные средства определения включают зонды для нуклеиновых кислот, содержащие по меньшей мере от 10 до 50 последовательных нуклеиновых кислот указанных маркерных полиморфизмов или гена(ов), или их комплементарных последовательностей.
32. Тест-система по п. 30, отличающаяся тем, что указанные средства определения включают праймеры или зонды для нуклеиновых кислот, которые гибридизуются с последовательностью, соседствующей или содержащей указанный генетический вариант(ы) согласно(а).
33. Тест-система по п. 32, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из праймеров или зондов содержит метку, представляющую собой акцептор Ферстеровского переноса энергии (FRET), и по меньшей мере один из праймеров или зондов содержит метку, представляющую собой донор FRET.
34. Тест-система по п. 30, отличающаяся тем, что указанные средства определения включают связывающие лиганды, которые специфически распознают полипептиды, кодируемые указанными маркерными генами.
35. Тест-система по п. 30, отличающаяся тем, что последовательности указанных определяемых генов на 100% идентичны последовательности соответствующего маркерного гена согласно b).
36. Тест-система по п. 30, отличающаяся тем, что указанные средства определения включают по меньшей мере один зонд для нуклеиновой кислоты и связывающие лиганды, размещенные на поверхности для анализа.
37. Тест-система по п. 36, отличающаяся тем, что указанная поверхность для анализа включает чип, матрицу, гранулу, микрожидкостную поверхность или жидкостную карту.
38. Тест-система по п. 36, отличающаяся тем, что указанные зонды содержат последовательности нуклеиновых кислот, которые комплементарны по меньшей мере 10 - 50 последовательным нуклеотидам указанных маркерных генов.
39. Тест-система по п. 36, отличающаяся тем, что указанный связывающий лиганд включает антитело, антиген-связывающее производное антитела и антиген-связывающий фрагмент антитела.
40. Тест-система по п. 30, дополнительно включающая: контроль, выбранный из информации, содержащей предварительно определенный контрольный уровень и набор генетических вариантов и/или маркерных генов, для которых была показана корреляция с диагнозом, развитием, прогрессированием или продолжительностью жизни у пациентов с интерстициальным заболеванием легких.
41. Набор для предсказания, диагностики или прогнозирования интерстициального заболевания легких, включающий зонд или праймер для нуклеиновых кислот для определения генетического варианта в гене, выбранном из группы, состоящей из: TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3 и C17orf69.
42. Набор по п. 41, включающий праймеры для ПЦР, которые амплифицируют нуклеиновую кислоту в выбранном гене.
43. Набор по п. 41, отличающийся тем, что указанный зонд или праймер комплементарен варианту нуклеотида указанного генетического варианта.
44. Набор по п. 41, отличающийся тем, что указанный зонд или праймер содержит метку.
45. Набор по п. 41, содержащий зонд или праймер, меченный акцептором Ферстеровского резонансного переноса энергии (FRET), и зонд или праймер, меченный донором FRET.
46. Набор по по п. 41, содержащий зонд или праймер для нуклеиновых кислот для определения генетических вариантов по меньшей мере в двух генах, выбранных из группы, состоящей из: TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3 и C17orf69.
47. Набор по п. 41, отличающийся тем, что указанный зонд или праймер для нуклеиновых кислот входит в состав матрицы, гранулы, микрожидкостной поверхности или чипа.
48. Набор для предсказания, диагностики или прогнозирования интерстициального заболевания легких, включающий по меньшей мере один зонд или праймер для нуклеиновых кислот для определения генетического варианта, выбранного из группы, состоящей из: rs2736100, rs2076295, rs3778337, rs4727443, rs868903, rs7934606, rs6421972, rs7480563, rs7942850, rs4077759, rs2334659, rs7122936, rs2034650, rs1992272, rs1981997, rs17563986, rs8070723, rs12610495, rs2109069, rs1379326, rs1881984, rs10936599, rs1997392, rs6793295, rs2609255, rs2853676, rs10484326, rs10748858, rs2067832, rs11191865, rs2301160, rs3829223, rs2857476, rs1278769, rs1007177, rs10518693, rs393152, rs12373139, rs17690703, rs2532274, rs2532269, rs2668692, rs169201, rs199533 и rs415430.
49. Набор по п. 48, содержащий праймеры для ПЦР, которые амплифицируют нуклеиновую кислоту, охватывающую локализацию выбранного генетического варианта.
50. Набор по п. 48, отличающийся тем, что по меньшей мере один указанный зонд или праймер комплементарен варианту нуклеотида выбранного генетического варианта.
51. Набор по п. 48, содержащий один зонд или праймер, меченный акцептором Ферстеровского резонансного переноса энергии (FRET), и один зонд или праймер, меченный донором FRET.
52. Набор по п. 48, содержащий по меньшей мере один зонд или праймер для нуклеиновых кислот для определения по меньшей мере двух генетических вариантов, выбранных из группы, состоящей из: rs2736100, rs2076295, rs3778337, rs4727443, rs868903, rs7934606, rs6421972, rs7480563, rs7942850, rs4077759, rs2334659, rs7122936, rs2034650, rs1992272, rs1981997, rs17563986, rs8070723, rs12610495, rs2109069, rs1379326, rs1881984, rs10936599, rs1997392, rs6793295, rs2609255, rs2853676, rs10484326, rs10748858, rs2067832, rs11191865, rs2301160, rs3829223, rs2857476, rs1278769, rs1007177, rs10518693, rs393152, rs12373139, rs17690703, rs2532274, rs2532269, rs2668692, rs169201, rs199533 и rs415430.
53. Набор по п. 48, отличающийся тем, что по меньшей мере один указанный зонд или праймер для нуклеиновых кислот входит в состав матрицы, гранулы, микрожидкостной поверхности или чипа.
54. Набор по п. 41, дополнительно включающий контрольный образец, полученный от (i) субъекта или множества субъектов, которые не страдают интерстициальным заболеванием легких, и/или (ii) субъекта или множества субъектов, которые страдают интерстициальным заболеванием легких.
55. Набор, содержащий праймер или зонд для нуклеиновых кислот, который гибридизуется с генетическим вариантом в гене, выбранном из группы, состоящей из TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3 и C17orf69.
56. Набор по п. 55, дополнительно включающий праймеры ПЦР, которые амплифицируют нуклеиновую кислоту, охватывающую локализацию нуклеотида генетического варианта.
57. Набор по п. 55, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один зонд или праймер, и/или праймеры для ПЦР содержат метку.
58. Набор по п. 57, содержащий по меньшей мере один зонд или праймер, меченный акцептором Ферстеровского резонансного переноса энергии (FRET), и по меньшей мере один зонд или праймер, меченный донором FRET.
59. Набор по п. 55, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один зонд или праймер способен гибридизоваться с продуктом амплификации выбранного гена.
60. Комплекс in vitro, содержащий первый зонд для нуклеиновой кислоты, гибридизованный с нуклеиновой кислотой генетического варианта, при этом указанная нуклеиновая кислота указанного генетического варианта содержит последовательность гена генетического варианта TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, АТР11А, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3 или/и C17orf69, при этом указанная нуклеиновая кислота указанного генетического варианта выделена у субъекта, представляющего собой человека, страдающего интерстициальным заболеванием легких или с подозрением на интерстициальное заболевание легких, или является продуктом амплификации нуклеиновой кислоты, выделенной у субъекта, представляющего собой человека, страдающего интерстициальным заболеванием легких или с подозрением на интерстициальное заболевание легких.
61. Комплекс in vitro по п. 60, отличающийся тем, что указанный комплекс дополнительно содержит второй меченный зонд для нуклеиновых кислот, гибридизованный с нуклеиновой кислотой указанного генетического варианта.
62. Комплекс in vitro по п. 61, отличающийся тем, что указанный первый меченный зонд для нуклеиновых кислот содержит первую метку, и указанный второй меченый зонд для нуклеиновых кислот содержит вторую метку, при этом указанные первая и вторая метки способны к Ферстеровскому резонансному переносу энергии (FRET).
63. Комплекс in vitro, содержащий термостабильную полимеразу, связанную с нуклеиновой кислотой генетического варианта, при этом указанная нуклеиновая кислота генетического варианта включает последовательность гена генетического варианта TERT, DSP, MUC2, DISP2, МАРТ, DPP9, CSMD1, MYNN, LRRC34, FAM13A, OBFC1, TOLLIP, MUC5B, ATP11A, IVD, CRHR1, IMP5, LOC100128977, KIAA1267, NSF, WNT3, или C17orf69, при этом нуклеиновая кислота указанного генетического варианта выделена у субъекта, представляющего собой человека, страдающего интерстициальным заболеванием легких или с подозрением на интерстициальное заболевание легких, или является продуктом амплификации нуклеиновой кислоты, выделенной у субъекта, представляющего собой человека, страдающего интерстициальным заболеванием легких или с подозрением на интерстициальное заболевание легких.
64. Комплекс in vitro по п. 63, отличающийся тем, что указанный комплекс дополнительно содержит праймер для нуклеиновых кислот, гибридизованный с нуклеиновой кислотой указанного генетического варианта.