УЛУЧШЕННЫЙ НАПРАВЛЕННЫЙ ОБМЕН НУКЛЕОТИДОВ С ПРОПИНИЛ-МОДИФИЦИРОВАННЫМИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДАМИ

1. Олигонуклеотид для направленного изменения дуплексной последовательности ДНК, содержащей первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая комплементарна первой последовательности ДНК, где олигонуклеотид содержит домен, который способен к гибридизации с первой последовательностью ДНК, и который содержит, по меньшей мере, одну некомплементарность по отношению к первой последовательности, и где олигонуклеотид содержит, по меньшей мере, один участок, который содержит, по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид, обладающий более высокой аффинностью связывания по сравнению с природными A, C, T или G и в котором, по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид связывается сильнее с нуклеотидом в противоположном положении первой последовательности ДНК по сравнению с природным нуклеотидом комплементарным нуклеотиду в противоположном положении в первой последовательности ДНК, где модифицированный нуклеотид представляет собой C7-пропинпурин или C5-пропинпиримидин.
2. Олигонуклеотид по п.1, в котором пурин представляет собой аденозин или гуанозин и/или пиримидин представляет собой цитозин, урацил или тимидин.
3. Олигонуклеотид по любому из предыдущих пунктов, в котором, по меньшей мере, 10% пиримидинов и/или пуринов замещены соответствующими пропинилированными производными, предпочтительно, по меньшей мере, 50%, более предпочтительно, по меньшей мере, 75%, а наиболее предпочтительно, по меньшей мере, 90%.
4. Олигонуклеотид по п.1 или 2, в котором модифицированный нуклеотид представляет собой пиримидин.
5. Олигонуклеотид по п.1 или 2, в котором модифицированный нуклеотид представляет собой пурин.
6. Олигонуклеотид по п.1 или 2, где олигонуклеотид содержит, по меньшей мере, 2 участка, предпочтительно - по меньшей мере, 3 участка, которые независимо друг от друга содержат, по меньшей мере, один, предпочтительно, по меньшей мере, 2, более предпочтительно, по меньшей мере, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 модифицированных нуклеотидов.
7. Олигонуклеотид по п.1 или 2, в котором участки расположены вблизи от или на 3'-конце, 5'-конце и/или охватывают или примыкают к положению, в котором расположена некомплементарность.
8. Олигонуклеотид по п.1 или 2, в котором нуклеотид в положении, в котором расположена некомплементарность, не модицифирован.
9. Олигонуклеотид по п.1 или 2, в котором, по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид расположен вблизи от некомплементарности, предпочтительно, в пределах 2, 3,4, 6, 7, 8, 9 и 10 нуклеотидов от некомплементарности.
10. Олигонуклеотид по п.1 или 2, имеющий длину от 10 до 500 нуклеотидов.
11. Олигонуклеотид по п.1 или 2, в котором (модифицированный) участок представляет собой домен.
12. Олигонуклеотид по п.1 или 2.
13. Способ направленного изменения дуплексной акцепторной последовательности ДНК, включающий соединение дуплексной акцепторной последовательности ДНК с олигонуклеотидом-донором, где дуплексная акцепторная последовательность ДНК содержит первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая комплементарна первой последовательности ДНК и, где олигонуклеотид-донор содержит домен, который содержит, по меньшей мере, одну некомплементарность по отношению к дуплексной акцепторной последовательности ДНК, которая должна быть изменена, предпочтительно, по отношению к первой последовательности ДНК, и где олигонуклеотид содержит участок, который содержит, по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид, имеющий более высокую аффинность связывания, по сравнению с природными A, C, T или G и где модифицированный нуклеотид связывается сильнее с нуклеотидом в противоположном положении в первой последовательности ДНК по сравнению с природным нуклеотидом, комплементарным нуклеотиду в противоположном положении в первой последовательности ДНК, в присутствии белков, которые способны к обмену нуклеотида-мишени и где модифицированный олигонуклеотид определен в пп.1-12.
14. Способ по п.13, в котором изменение происходит в клетке, предпочтительно выбранной из группы, состоящей из растительной клетки, клетки грибов, клетки грызунов, клетки приматов, клетки человека или клетки дрожжей.
15. Способ по п.13, в котором белки происходят из клеточного экстракта.
16. Способ по п.15, в котором клеточный экстракт выбран из группы, состоящей из экстракта растительных клеток, экстракта клеток грибов, экстракта клеток грызунов, экстракта клеток приматов, экстракта клеток человека или экстракта клеток дрожжей.
17. Способ по п.13, в котором изменение представляет собой делецию, замену или инсерцию, по меньшей мере, одного нуклеотида.
18. Способ по любому из предыдущих пунктов, в котором клетка представляет собой эукариотическую клетку, растительную клетку, клетку млекопитающего, не являющегося человеком или клетку человека.
19. Способ по п.13, в котором ДНК-мишень получена из грибов, бактерий, растений, млекопитающих или человека.
20. Способ по п.13, в котором дуплексная ДНК получена из геномной ДНК, линеаризованной ДНК, искусственных хромосом млекопитающих, бактериальных искусственных хромосом, искусственных хромосом дрожжей, искусственных хромосом растений, ядерной хромосомной ДНК, хромосомной ДНК органеля, эписомной ДНК.
21. Способ по п.13 для изменения клетки, коррекции мутации путем восстановления дикого типа, индуцирования мутации, инактивации фермента путем разрушения кодирующего участка, модификации биоактивности фермента путем изменения кодирующего участка, модификации белка путем разрушения кодирующего участка.
22. Применение олигонуклеотида, определенного в пп.1-12, для изменения клетки, коррекции мутации путем восстановления дикого типа, индуцирования мутации, инактивации фермента путем разрушения кодирующего участка, модификации биоактивности фермента путем изменения кодирующего участка, модификации белка путем разрушения кодирующего участка, репарации некомплементарности, направленного изменения генетического (растительного) материала, включая мутацию гена, направленную репарацию гена и генный нокаут.
23. Применение олигонуклеотида, определенного в пп.1-12, для усиления направленного изменения дуплексной последовательности ДНК, содержащей первую последовательность ДНК и вторую последовательность ДНК, которая комплементарна первой последовательности ДНК, где олигонуклеотид содержит домен, который способен к гибридизации с первой последовательностью ДНК, где домен содержит, по меньшей мере, одну некомплементароность по отношению к первой последовательности ДНК, и где олигонуклеотид содержит участок, который содержит модифицированные нуклеотиды, где модифицированные нуклеотиды имеют более высокую аффинность связывания по сравнению с природными A, C, T или G и где модифицированные нуклеотиды сильнее связываются с нуклеотидом в противоположном положении в первой последовательности ДНК по сравнению с природным нуклеотидом комплементарным нуклеотиду в противоположном положении в первой последовательности ДНК, где модифицированный нуклеотид представляет собой C7-пропинпурин или C5-пропинпиримидин.
24. Применение олигонуклеотида, определенного в пп.1-12, в способе получения растений, резистентных к гербицидам.
25. Набор, содержащий олигонуклеотид, определенный в пп.1-12.
26. Модифицированный генетический материал, полученный способом по пп.13-21.
27. Клетка, содержащая модифицированный генетический материал по п.26.
28. Растение или часть растения, полученные способом по пп.13-21 или содержащие генетический материал по п.26.