СИСТЕМА АНАЛИЗА ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ БЛИЗКОРОДСТВЕННЫХ СЕРОТИПОВ ВИРУСА ПАПИЛЛОМЫ ЧЕЛОВЕКА (ВПЧ)

1. Многоканальная система анализа для обнаружения присутствия или отсутствия нескольких серотипов организма в биологическом образце, где указанная система анализа обнаруживает большее количество серотипов, чем существует каналов обнаружения, и включает:
получение биологического образца;
приведение биологического образца в контакт по меньшей мере с тремя наборами олигонуклеотидных праймеров/зондов, каждый из которых включает по меньшей мере один олигонуклеотидный зонд, который имеет обнаружимую метку и имеет нуклеотидную последовательность длиной от примерно 10 до примерно 50 нуклеотидов, и по меньшей мере два олигонуклеотидных праймера, каждый из которых имеет нуклеотидную последовательность длиной от примерно 10 до примерно 150 нуклеотидов, в условиях, в которых происходит отжиг зондов и праймеров к последовательности-мишени, и где каждый набор праймеров/зондов по меньшей мере преимущественно взаимодействует со специфичным серотипом организма, где первый и второй наборы праймеров/зондов являются вырожденными по отношению друг к другу, и где каждый вырожденный зонд имеет сигнальную группировку, каждая из которых излучает сигнал, обнаружимый на одном и том же канале, и где третий набор праймеров/зондов не является вырожденным по отношению к двум другим наборам праймеров/зондов и является отличительным для третьего серотипа, не относящегося к серотипам, к которым преимущественно происходит отжиг вырожденных наборов праймеров/зондов, и где третий набор праймеров/зондов имеет сигнальную группировку, которая излучает сигнал при длине волны, которая является такой же или отличается от длины волны, излучаемой сигнальной группировкой вырожденных зондов;
амплификацию последовательности-мишени, если она присутствует; и
мониторинг для обнаружения метки как показателя гибридизации набора зондов с последовательностью-мишенью, что указывает на присутствие или отсутствие по меньшей мере одного из серотипов вируса папилломы человека (ВПЧ).
2. Система анализа по п.1, где организм представляет собой вирус папилломы человека (ВПЧ).
3. Система анализа по п.2, где мишень для вырожденных наборов праймеров/зондов выбрана из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO. 36-38.
4. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 51 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-29, и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 24-29; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 39 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 39 по отношению к ВПЧ серотипа 68, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 1, 3 и 5 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 1, 3 и 5; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 68 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 68 по отношению к ВПЧ серотипа 39, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 2, 4 и 6 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
5. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 37, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 33 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 33 по отношению к ВПЧ серотипа 58, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 58 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 58 по отношению к ВПЧ серотипа 33, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16.
6. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 56 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 17, 19 и 21 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 17, 19 и 21; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 66 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23.
7. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 51 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-29 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 24-29; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 39 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 39 по отношению к ВПЧ серотипа 68, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 1, 3 и 5 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 1, 3 и 5; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 68 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 68 по отношению к ВПЧ серотипа 39, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 2, 4 и 6 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
8. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 37, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 33 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 33 по отношению к ВПЧ серотипа 58, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 58 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 58 по отношению к ВПЧ серотипа 33, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16.
9. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 56 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 17, 19 и 21 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 17, 19 и 21; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 66 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23.
10. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 51 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-29 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 24-29; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 39 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 39 по отношению к ВПЧ серотипа 68, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 1, 3 и 5 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 1, 3 и 5; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 68 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 68 по отношению к ВПЧ серотипа 39, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 2, 4 и 6 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
11. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой SEQ ID NO. 37, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 33 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 33 по отношению к ВПЧ серотипа 58, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 58 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 58 по отношению к ВПЧ серотипа 33, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16.
12. Система анализа по п.2, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 56 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 17, 19 и 21 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 17, 19 и 21; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 66 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23.
13. Набор зондов для обнаружения нескольких серотипов вируса папилломы человека (ВПЧ), содержащий по меньшей мере три набора олигонуклеотидных праймеров/зондов, каждый из которых включает по меньшей мере один олигонуклеотидный зонд, который имеет обнаружимую метку и имеет нуклеотидную последовательность длиной от примерно 10 до примерно 50 нуклеотидов, и по меньшей мере два олигонуклеотидных праймера, каждый из которых имеет нуклеотидную последовательность длиной от примерно 10 до примерно 150 нуклеотидов, где каждый набор праймеров/зондов по меньшей мере преимущественно взаимодействует со специфичным серотипом организма ВПЧ, где первый и второй наборы праймеров/зондов являются вырожденными по отношению друг к другу, и где каждый вырожденный зонд имеет сигнальную группировку, которая излучает сигнал, обнаружимый на одном и том же канале, и где третий набор праймеров/зондов не является вырожденным по отношению к двум другим наборам праймеров/зондов и является отличительным для третьего серотипа, не относящегося к серотипам, к которым преимущественно происходит отжиг вырожденных наборов праймеров/зондов, и где третий набор праймеров/зондов имеет сигнальную группировку, которая излучает сигнал при длине волны, которая является такой же или отличается от длины волны, излучаемой сигнальной группировкой первого и второго набора праймеров/зондов.
14. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов выбрана из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO. 36-38.
15. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 51 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где третий набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-29 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 24-29; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 39 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 39 по отношению к ВПЧ серотипа 68, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 1, 3 и 5 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 1, 3 и 5; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 68 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 68 по отношению к ВПЧ серотипа 39, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 2, 4 и 6 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
16. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 37, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным для ВПЧ серотипа 33 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 33 по отношению к ВПЧ серотипа 58, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15; и третий набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 58 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 58 по отношению к ВПЧ серотипа 33, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16.
17. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 56 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 17, 19 и 21 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 17, 19 и 21; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 66 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 70% гомологичными SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23.
18. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 51, и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-29 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 24-29; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 39 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 39 по отношению к ВПЧ серотипа 68, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 1, 3 и 5 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 1, 3 и 5; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 68 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 68 по отношению к ВПЧ серотипа 39, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 2, 4 и 6 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
19. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 37, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 33 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 33 по отношению к ВПЧ серотипа 58, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 58 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 58 по отношению к ВПЧ серотипа 33, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16.
20. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59, и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 56 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 17, 19 и 21 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 17, 19 и 21; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 66 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 80% гомологичными SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23.
21. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 51, и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-29 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 24-29; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 39 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 39 по отношению к ВПЧ серотипа 68, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 1, 3 и 5 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 1, 3 и 5; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 68 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 68 по отношению к ВПЧ серотипа 39, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 2, 4 и 6 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
22. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 37, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 33 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 33 по отношению к ВПЧ серотипа 58, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 7, 9, 11, 13 и 15; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 58 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 58 по отношению к ВПЧ серотипа 33, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 8, 10, 12, 14 и 16.
23. Набор зондов по п.13, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и где третий набор праймеров/зондов сконструирован таким образом, что он является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и не является вырожденным по отношению к первому или второму набору праймеров/зондов, где набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 30-35 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 30-35; первый набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 56 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где первый набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 17, 19 и 21 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 17, 19 и 21; и второй набор праймеров/зондов является селективным к ВПЧ серотипа 66 и не является отличительным для ВПЧ серотипа 66 по отношению к ВПЧ серотипа 56, где второй набор праймеров/зондов выбран по меньшей мере из одной из последовательностей, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23 и последовательностей, которые являются по меньшей мере на 90% гомологичными SEQ ID NO. 18, 20, 22 и 23.
24. Набор для обнаружения нескольких серотипов вируса папилломы человека (ВПЧ), включающий по меньшей мере три набора олигонуклеотидных праймеров/зондов, каждый из которых включает по меньшей мере один олигонуклеотидный зонд, который имеет обнаружимую метку и имеет нуклеотидную последовательность длиной от примерно 10 до примерно 50 нуклеотидов, и по меньшей мере два олигонуклеотидных праймера, каждый из которых имеет нуклеотидную последовательность длиной от примерно 10 до примерно 150 нуклеотидов, для специфичного серотипа организма ВПЧ, где первый и второй наборы праймеров/зондов являются вырожденными по отношению друг к другу, и где каждый вырожденный зонд имеет сигнальную группировку, каждая из которых излучает сигнал, обнаружимый на одном и том же канале, и где третий набор праймеров/зондов не является вырожденным по отношению к двум другим наборам праймеров/зондов и является отличительным для третьего серотипа, и не относится к серотипам, к которым преимущественно происходит отжиг вырожденных наборов праймеров/зондов, и где третий набор праймеров/зондов имеет сигнальную группировку, которая излучает сигнал при длине волны, которая является такой же или отличается от длины волны, излучаемой сигнальной группировкой вырожденного набора праймеров/зондов.
25. Набор по п.24, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов выбрана из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO. 36-38.
26. Набор по п.24, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 36, и первый вырожденный набор праймеров/зондов включает SEQ ID NO. 1, 3 и 5, а второй вырожденный набор праймеров/зондов включает SEQ ID NO. 2, 4 и 6.
27. Набор по п.24, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 37, и первый вырожденный набор праймеров/зондов включает SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 15 и одну из SEQ ID NO. 9, 11 и 13, а второй вырожденный набор праймеров/зондов включает SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 15 и одну из SEQ ID NO. 10, 12 и 14.
28. Набор по п.24, где мишень вырожденного набора праймеров/зондов представляет собой последовательность SEQ ID NO. 38, и первый вырожденный набор праймеров/зондов включает SEQ ID NO. 17, 19 и 21, а второй вырожденный набор праймеров/зондов включает SEQ ID NO. 18, SEQ ID NO. 20 и одну из последовательностей SEQ ID NO. 22 и 23.
29. Набор по п.24, где третий набор праймеров/зондов выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-26, SEQ ID NO. 27-29, SEQ ID NO. 30-32 и SEQ ID NO. 33-35.
30. Набор по п.29, где третий набор праймеров/зондов является отличительным для ВПЧ серотипа 51 и выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO. 24-26 и SEQ ID NO. 27-29.
31. Набор по п.29, где третий набор праймеров/зондов является отличительным для ВПЧ серотипа 59 и выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO. SEQ ID NO. 30-32 и SEQ ID NO. 33-35.
32. Набор по п.29, где сигнальная группировка детекторного зонда третьего набора праймеров/зондов излучает с длиной волны, которая является такой же, как длина волны, излучаемой детекторным зондом первого и второго наборов праймеров/зондов.
33. Набор по п.29, где сигнальная группировка детекторного зонда третьего набора праймеров/зондов излучает с длиной волны, которая отличается от длины волны, излучаемой детекторным зондом первого и второго наборов праймеров/зондов.