СЛИТАЯ КОНСТРУКЦИЯ, СОДЕРЖАЩАЯ ПРОНИКАЮЩИЙ В КЛЕТКУ ПЕПТИД, ПОЛИЭПИТОП И ПЕПТИДНЫЙ АГОНИСТ TLR, ПРЕДНАЗНАЧЕННАЯ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ РАКА

1. Комплекс, содержащий:
а) проникающий в клетку пептид;
б) по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп; и
в) по меньшей мере один пептидный агонист TLR,
в котором компоненты а)-в) ковалентно связаны, для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
2. Комплекс для применения по п. 1, где комплекс представляет собой рекомбинантный полипептид или рекомбинантный белок.
3. Комплекс для применения по п. 1 или 2, в котором проникающий в клетку пептид
(I) имеет аминокислотную последовательность указанного пептида, состоящую в целом из 5-50 аминокислот, предпочтительно в целом из 10-45 аминокислот, более предпочтительно в целом из 15-45 аминокислот; и/или
(II) имеет аминокислотную последовательность, содержащую фрагмент минимального домена ZEBRA, где указанный минимальный домен простирается от остатка 170 до остатка 220 аминокислотной последовательности ZEBRA, представленной в SEQ ID NO: 3, в которой необязательно 1, 2, 3, 4 или 5 аминокислот замены, удалены и/или добавлены без аннулирования способности указанного пептида проникать в клетку, или ее вариант.
4. Комплекс для применения по п. 3, в котором проникающий в клетку пептид имеет аминокислотную последовательность, содержащую Ser (S) в положении, эквивалентном положению 189 аминокислотной последовательности ZEBRA, указанной в SEQ ID NO: 3.
5. Комплекс для применения по п. 3 или 4, в котором проникающий в клетку пептид имеет аминокислотную последовательность, содержащую:
(I) последовательность общей формулы (I):
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
13
14
15
16
17
XXXXXXXXXXXSXXXXX;
в которой 0, 1, 2, 3, 4 или 5 аминокислот замены, удалены и/или добавлены без аннулирования указанной способности пептида проникать в клетку, где
1
1
X обозначает K, R или Н, предпочтительно X обозначает K или R;
2
2
Х обозначает R, K или Н, предпочтительно Х обозначает R или K;
3
3
Х обозначает Y, W или F, предпочтительно Х обозначает Y, W или F;
4
4
Х обозначает K, R или Н, предпочтительно Х обозначает K или R;
5
Х обозначает N или Q;
6
6
Х обозначает R, K или Н, предпочтительно Х обозначает R или K;
7
7
Х обозначает V, I, М, L, F или А, предпочтительно Х обозначает V, I, М или L;
8
8
X обозначает А, V, L, I или G, предпочтительно X обозначает А или G;
9
Х обозначает S или Т;
10
10
Хобозначает R, K или Н, предпочтительно Х обозначает R или K;
11
11
Х обозначает K, R или Н, предпочтительно Х обозначает K или R;
13
13
Х обозначает R, K или Н, предпочтительно Х обозначает R или K;
14
14
Х обозначает А, V, L, I или G, предпочтительно Х обозначает А или G;
15
15
Х обозначает K, R или Н, предпочтительно Х обозначает K или R
16
16
X обозначает F, L, V, I, Y, W или М, предпочтительно X обозначает F, Y или W; и
17
17
Х обозначает K, R или Н, предпочтительно Х обозначает K или R.
6. Комплекс для применения по п. 3 или 4, в котором проникающий в клетку пептид имеет аминокислотную последовательность, содержащую аминокислотную последовательность, которая выбрана из группы, состоящей из аминокислотных последовательностей SEQ ID NO: 4-13, или вариантов этих последовательностей, у которых не аннулирована способность указанного пептида проникать в клетку, в частности, вариантов этих последовательностей, характеризующихся по меньшей мере 70%-ной идентичностью последовательности, предпочтительно по меньшей мере 80%-ной идентичностью последовательности и более предпочтительно по меньшей мере 90%-ной идентичностью последовательности, без аннулирования способности указанного пептида проникать в клетку.
7. Комплекс для применения по п. 6, в котором проникающий в клетку пептид имеет аминокислотную последовательность, которая содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 6 (CPP3/Z13), SEQ ID NO: 7 (CPP4/Z14), SEQ ID NO: 8 (CPP5/Z15) или SEQ ID NO: 11 (CPP8/Z18), или вариантов этих последовательностей, у которых не аннулирована способность указанного пептида проникать в клетку, в частности, вариантов последовательностей, характеризующихся по меньшей мере 70%-ной идентичностью последовательности, предпочтительно по меньшей мере 80%-ной идентичностью последовательности и более предпочтительно по меньшей мере по меньшей мере 90%-ной идентичностью последовательности, без аннулирования способности указанного пептида проникать в клетку.
8. Комплекс для применения по п. 7, в котором проникающий в клетку пептид содержит или состоит из пептида, имеющего аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 6, или функционального варианта этой последовательности, имеющего по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
9. Комплекс для применения по одному из пп. 1-8, в котором по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп выбран из группы, состоящей из: (I) пептида, полипептида или белка, (II) полисахарида, (III) липида, (IV) липопротеина, (V) гликолипида, (VI) нуклеиновой кислоты и (VII) низкомолекулярного лекарственного средства или токсина.
10. Комплекс для применения по одному из пп. 1-9, в котором по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп содержит или состоит из по меньшей мере одного опухолевого эпитопа, предпочтительно по меньшей мере из одного эпитопа колоректального рака.
+
+
11. Комплекс для применения по одному из пп. 1-10, в котором по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп представляет собой по меньшей мере один CD4-эпитоп и/или по меньшей мере один CD8-эпитоп.
12. Комплекс для применения по одному из пп. 1-11, в котором по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп представляет собой пептид, полипептид или белок.
13. Комплекс для применения по одному из пп. 1-12, где комплекс содержит более одного антигена или антигенного эпитопа, в частности 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее количество антигенов или антигенных эпитопов.
14. Комплекс для применения по п. 13, в котором несколько антигенов или антигенных эпитопов, в частности, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее количество антигенов или антигенных эпитопов располагаются последовательно в комплексе.
15. Комплекс для применения по одному из пп. 10-14, в котором по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ЕрСАМ, HER-2, MUC-1, ТОММ34, RNF 43, KOC1, VEGFR, βhCG, сурвивина, СЕА, TGFβR2, р53, KRas, OGT, CASP5, СОА-1, MAGE, SART и IL13Rальфа2.
16. Комплекс для применения по одному из пп. 10-14, в котором по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ASCL2, ЕрСАМ, HER-2, MUC-1, ТОММ34, RNF 43, KOC1, VEGFR, βhCG, сурвивина, СЕА, TGFβR2, р53, KRas, OGT, CASP5, СОА-1, MAGE, SART и IL13Rальфа2.
17. Комплекс для применения по п. 15, в котором по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ЕрСАМ, MUC-1, сурвивина, СЕА, KRas, MAGE-А3 и IL13Rальфа2, предпочтительно по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ЕрСАМ, MUC-1, сурвивина, СЕА, KRas and MAGE-А3, более предпочтительно по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ЕрСАМ, MUC-1, сурвивина и СЕА.
18. Комплекс для применения по п. 15 или 16, в котором по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ASCL2, ЕрСАМ, MUC-1, сурвивина, СЕА, KRas, MAGE-А3 и IL13Raльфa2, предпочтительно по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ASCL2, ЕрСАМ, MUC-1, сурвивина, СЕА, KRas и MAGE-A3, более предпочтительно по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ASCL2, ЕрСАМ, MUC-1, сурвивина и СЕА, и еще более предпочтительно по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп антигена, выбранного из группы, которая состоит из ASCL2, ЕрСАМ, сурвивина и СЕА.
19. Комплекс для применения по п. 18, где комплекс содержит эпитоп сурвивина.
20. Комплекс для применения по п. 19, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
21. Комплекс для применения по п. 20, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 53.
22. Комплекс для применения по одному из пп. 19-21, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 95, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
23. Комплекс для применения по одному из пп. 18 - 22, где комплекс содержит эпитоп СЕА.
24. Комплекс для применения по п. 23, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 54, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
25. Комплекс для применения по п. 24, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 55, и/или пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 56.
26. Комплекс для применения по одному из пп. 23-25, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 96, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
27. Комплекс для применения по одному из пп. 18-26, где комплекс содержит эпитоп ASCL2.
28. Комплекс для применения по п. 27, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 92, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
29. Комплекс для применения по п. 28, где комплекс содержит, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 93, и/или пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 94.
30. Комплекс для применения по одному из пп. 27-29, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 97, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
31. Комплекс для применения по одному из пп. 12-30, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей;
д) один или несколько эпитопов KRas или функциональные варианты их последовательностей; и/или
е) один или несколько эпитопов MAGE-А3 или функциональные варианты их последовательностей.
32. Комплекс для применения по одному из пп. 12-30, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей;
д) один или несколько эпитопов KRas или функциональные варианты их последовательностей;
е) один или несколько эпитопов MAGE-А3 или функциональные варианты их последовательностей; и/или
ж) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
33. Комплекс для применения по п. 31 или 32, где комплекс содержит
а) фрагмент ЕрСАМ, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
б) фрагмент MUC-1, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
в) фрагмент сурвивина, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
г) фрагмент СЕА, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
д) фрагмент KRas, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности; и/или
е) фрагмент MAGE-А3, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности.
34. Комплекс для применения по п. 31 или 32, где комплекс содержит
а) фрагмент ЕрСАМ, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
б) фрагмент MUC-1, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
в) фрагмент сурвивина, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
г) фрагмент СЕА, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
д) фрагмент KRas, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности;
е) фрагмент MAGE-А3, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности; и/или
ж) фрагмент ASCL2, содержащий один или несколько эпитопов, или функциональный вариант его последовательности.
35. Комплекс для применения по одному из пп. 31-34, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и
е) один или несколько эпитопов MAGE-А3 или функциональные варианты их последовательностей.
36. Комплекс для применения по одному из пп. 31-34, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и
е) один или несколько эпитопов MAGE-А3 или функциональные варианты их последовательностей.
37. Комплекс для применения по одному из пп. 31-34, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и
д) один или несколько эпитопов KRas или функциональные варианты их последовательностей.
38. Комплекс для применения по одному из пп. 31-34, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и
е) один или несколько эпитопов MAGE-А3 или функциональные варианты их последовательностей.
39. Комплекс для применения по одному из пп. 31-34, где комплекс содержит
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей; и/или
е) один или несколько эпитопов MAGE-А3 или функциональные варианты их последовательностей.
40. Комплекс для применения по одному из пп. 31-34, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей; и/или
г) один или несколько эпитоп СЕА или функциональные варианты их последовательностей.
41. Комплекс для применения по п. 40, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей; и
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей.
42. Комплекс для применения по п. 40, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
б) один или несколько эпитопов MUC-1 или функциональные варианты их последовательностей; и
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей.
43. Комплекс для применения по п. 40, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей; и
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей.
44. Комплекс для применения по п. 40, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей.
45. Комплекс для применения по п. 40, где комплекс содержит г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей.
46. Комплекс для применения по одному из п.п. 31-34, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и/или
ж) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
47. Комплекс для применения по п. 46, где комплекс содержит
а) один или несколько эпитопов ЕрСАМ или функциональные варианты их последовательностей;
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и
ж) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
48. Комплекс для применения по п. 46, где комплекс содержит
в) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей;
г) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей; и
ж) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
49. Комплекс для применения по п. 48, где комплекс содержит в направлении от N-конца к С-концу:
(I) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей;
(II) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей; и
(III) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
50. Комплекс для применения по п. 49, где комплекс содержит в направлении от N-конца к С-концу:
(I) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 54, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(II) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; и
(III) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 92, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
51. Комплекс для применения по п. 50, в котором С-конец (I) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 54, или ее фрагмент или вариант непосредственно связан с N-концом (II) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент или вариант; и С-конец (II) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент или вариант, непосредственно связан с N-концом (III) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 92, или ее фрагмент или вариант.
52. Комплекс для применения по одному из пп. 48-51, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 96, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 95, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; и пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 97, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
53. Комплекс для применения по одному из пп. 48-52, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 98, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
54. Комплекс для применения по п. 46, где комплекс содержит
ж) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
55. Комплекс для применения по одному из пп. 10-14, в котором по меньшей мере один опухолевый эпитоп представляет собой эпитоп неоантигена, предпочтительно эпитоп специфического для колоректального рака неоантигена.
56. Комплекс для применения по одному из пп. 1-55, в котором по меньшей мере один пептидный агонист TLR представляет собой пептидный агонист TLR2, TLR4 и/или TLR5, предпочтительно пептидный агонист TLR2 и/или пептидный агонист TLR4.
57. Комплекс для применения по п. 56, в котором по меньшей мере один пептидный агонист TLR содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 15 или 71 или варианта этой последовательности, в частности, варианта последовательности, который характеризуется по меньшей мере 70%-ной идентичностью последовательности, предпочтительно по меньшей мере 80%-ной идентичностью последовательности и более предпочтительно по меньшей мере по меньшей мере 90%-ной идентичностью последовательности, без аннулирования способности указанного пептида являться агонистом TLR.
58. Комплекс для применения по п. 57, в котором по меньшей мере один пептидный агонист TLR содержит или состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 71 или функционального варианта этой последовательности, который характеризуется по меньшей мере 70%-ной идентичностью последовательности, предпочтительно по меньшей мере 80%-ной идентичностью последовательности и более предпочтительно по меньшей мере по меньшей мере 90%-ной идентичностью последовательности (без аннулирования способности указанного пептида являться агонистом TLR).
59. Комплекс для применения по одному из пп. 1-58, где комплекс содержит более одного пептидного агониста TLR, в частности 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее количество пептидных агонистов TLR.
60. Комплекс для применения по одному из пп. 1-59, в котором по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп расположен на С-конце проникающего в клетку пептида, при этом проникающий в клетку пептид и по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп необязательно связаны с помощью дополнительного компонента, например, линкера, спейсера или по меньшей мере одного пептидного агониста TLR.
61. Комплекс для применения по п. 60, в котором по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп расположен на С-конце проникающего в клетку пептида, при этом проникающий в клетку пептид и по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп необязательно связаны с помощью дополнительного компонента, например, линкера, спейсера, но не с помощью по меньшей мере одного пептидного агониста TLR.
62. Комплекс для применения по одному из пп. 2-61, где указанный комплекс представляет собой рекомбинантный полипептид или рекомбинантный белок и компоненты а)-в) располагаются в направлении N-конец → С-конец главной цепи указанного комплекса в следующем порядке:
(α) компонент а) - компонент б) - компонент в); или
(β) компонент в) - компонент а) - компонент б),
где компоненты могут быть связаны с помощью дополнительного компонента, в частности, линкера или спейсера.
63. Комплекс для применения по одному из пп. 1-62, содержащий, предпочтительно в направлении от N-конца к С-концу, следующие компоненты:
(I) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 6, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(II) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 96, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(III) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 95, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(IV) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 97, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; и
(V) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 71, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
64. Комплекс для применения по одному из пп. 1-62, где указанный комплекс содержит или состоит из аминокислотной последовательность, соответствующей любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-87; или указанный комплекс содержит или состоит из аминокислотной последовательности, характеризующейся по меньшей мере 50%-ной, по меньшей мере 60%-ной, по меньшей мере 70%-ной, по меньшей мере 75%-ной, по меньшей мере 80%-ной, по меньшей мере 85%-ной, по меньшей мере 90%-ной, по меньшей мере 95%-ной или по меньшей мере 98%-ной идентичность последовательности с любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-87.
65. Комплекс для применения по одному из пп. 1-63, где указанный комплекс содержит или состоит из аминокислотной последовательности, соответствующей любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-91; или указанный комплекс содержит или состоит из аминокислотной последовательности, характеризующейся по меньшей мере 50%-ной, по меньшей мере 60%-ной, по меньшей мере 70%-ной, по меньшей мере 75%-ной, по меньшей мере 80%-ной, по меньшей мере 85%-ной, по меньшей мере 90%-ной, по меньшей мере 95%-ной или по меньшей мере 98%-ной идентичностью последовательности с любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-91.
66. Комплекс для применения по одному из пп. 1-63 и 65, где указанный комплекс содержит или состоит из полипептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 89, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 50%-ную идентичность последовательности.
67. Комплекс, содержащий
а) проникающий в клетку пептид;
б) по меньшей мере три антигенных эпитопа; и
в) по меньшей мере один пептидный агонист TLR,
в котором компоненты а)-в) ковалентно связаны и в котором по меньшей мере три антигенных эпитопа содержат (I) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональный(ые) вариант(ы) последовательности(ей), (II) один или несколько эпитопов СЕА или функциональный(ые) вариант(ы) последовательности(ей), и (III) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональный(ые) вариант(ы) последовательности(ей).
68. Комплекс по п. 67, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
69. Комплекс по п. 68, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 53.
70. Комплекс по одному из пп. 67-69, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 95, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
71. Комплекс по одному из пп. 67-70, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 54, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
72. Комплекс по п. 71, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 55, и/или пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 56.
73. Комплекс по п. 71 или 72, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 96, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
74. Комплекс по одному из пп. 67-73, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 92, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
75. Комплекс по п. 74, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 93, и/или пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 94.
76. Комплекс по п. 74 или 75, где комплекс содержит пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 97, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
77. Комплекс по одному из пп. 67-76, где комплекс содержит в направлении от N-конца к С-концу:
(I) один или несколько эпитопов СЕА или функциональные варианты их последовательностей;
(II) один или несколько эпитопов сурвивина или функциональные варианты их последовательностей; и
(III) один или несколько эпитопов ASCL2 или функциональные варианты их последовательностей.
78. Комплекс по п. 77, где комплекс содержит в направлении от N-конца к С-концу:
(I) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 54, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(II) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; и
(III) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 92, или ее фрагмент длиной по меньшей мере 10 аминокислот, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
79. Комплекс по п. 78, в котором в котором С-конец (I) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 54, или ее фрагмент или вариант непосредственно связан с N-концом (II) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент или вариант; и С-конец (II) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 52, или ее фрагмент или вариант, непосредственно связан с N-концом (III) пептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 92, или ее фрагмент или вариант.
80. Комплекс по одному из пп. 67-79, где комплекс содержит пептид, который аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 96, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; пептид, который аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 95, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; и пептид, который аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 97, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
81. Комплекс по одному из пп. 67-80, где комплекс содержит пептид, который аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 98, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности.
82. Комплекс по одному из пп. 67-81, где комплекс представляет собой рекомбинантный полипептид или рекомбинантный белок.
83. Комплекс по одному из пп. 67-82, где проникающий в клетку пептид указан в одном из пп. 3-8.
84. Комплекс по одному из пп. 67-83, в котором по меньшей мере один пептидный антагонист TLR представляет собой агонист, указанный в одном из п.п. 56-58.
85. Комплекс по одному из пп. 67-84, содержащий предпочтительно в направлении от N-конца к С-концу, следующие компоненты:
(I) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 6, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(II) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 96, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(III) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 95, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности;
(IV) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 97, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности; и
(V) пептид, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 71, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 70%-ную идентичность последовательности,
где компоненты (I)-(V) необязательно сцеплены друг с другом с помощью линкера или спейсера.
86. Комплекс по одному из пп. 67-85, где указанный комплекс содержит или состоит полипептида, который имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 89, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 50%-ную идентичность последовательности.
87. Нуклеиновая кислота, которая кодирует комплекс, как он определен в любом из пп. 1-66, для применения для предупреждение и/или лечения колоректального рака, где комплекс представляет собой полипептид или белок.
88. Нуклеиновая кислота, которая кодирует комплекс по одному из пп. 67-86, где комплекс представляет собой полипептид или белок.
89. Нуклеиновая кислота по п. 87 или 88, где нуклеиновая кислота содержит полинуклеотид, который кодирует аминокислотную последовательность согласно любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-87, или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 50%-ной, по меньшей мере 60%-ной, по меньшей мере 70%-ной, по меньшей мере 75%-ной, по меньшей мере 80%-ной, по меньшей мере 85%-ной, по меньшей мере 90%-ной, по меньшей мере 95%-ной или по меньшей мере 98%-ной идентичностью последовательности с любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-87.
90. Нуклеиновая кислота по п. 87 или 88, где нуклеиновая кислота содержит полинуклеотид, который кодирует аминокислотную последовательность, согласно любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-91, или аминокислотную последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 50%-ной, по меньшей мере 60%-ной, по меньшей мере 70%-ной, по меньшей мере 75%-ной, по меньшей мере 80%-ной, по меньшей мере 85%-ной, по меньшей мере 90%-ной, по меньшей мере 95%-ной или по меньшей мере 98%-ной идентичностью последовательности с любой из SEQ ID NO: 26-28, 33-34, 37-41, 46, 69 или 72-91.
91. Нуклеиновая кислота по п. 90, где нуклеиновая кислота содержит полинуклеотид, который кодирует аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO: 89, или функциональный вариант этой последовательности, имеющий по меньшей мере 50%-ную идентичность последовательности.
92. Нуклеиновая кислота по одному из пп. 87-91, где нуклеиновая кислота представляет собой молекулу ДНК или молекулу РНК; предпочтительно выбранную из геномной ДНК; кДНК; siPHK; рРНК; мРНК; антисмысловой ДНК; антисмысловой РНК; рибозима; и/или комплементарных последовательностей РНК и/или ДНК; последовательностей РНК и/или ДНК со способствующими экспрессии элементами, регуляторными элементами и/или промоторами или без них; вектора; и их комбинаций.
93. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по одному из пп. 87-92, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
94. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п. 93, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
95. Способ получения комплекса, как он определен в любом из пп. 1-86, где комплекс представляет собой полипептид или белок, включающий культивирование клетки-хозяина, как она определена в п. 94, в культуральной среде и отделение указанного комплекса от культуральной среды или лизата клетки-хозяина после лизиса клетки-хозяина.
96. Клетка, загруженная комплексом, как он определен в любом из пп. 1-86, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
97. Клетка по п. 96, где указанная клетка представляет собой антигенпрезентирующую клетку, предпочтительно дендритную клетку.
98. Композиция, содержащая по меньшей мере один из следующих ингредиентов:
(I) комплекс, как он определен в любом из пп. 6-86;
(II) нуклеиновая кислота, как она определена в любом из пп. 87-92;
(III) вектор, как он определен в п. 93;
(IV) клетка-хозяин, как она определена в п. 94; или
(V) клетка, загруженная комплексом, как она определена в п. 96 или 97, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
99. Вакцина, содержащая по меньшей мере один из следующих ингредиентов:
(I) комплекс, как он определен в любом из пп. 1-86;
(II) нуклеиновая кислота, как она определена в любом из пп. 87-92;
(III) вектор, как он определен в п. 93;
(IV) клетка-хозяин, как она определена в п. 94; или
(V) клетка, загруженная комплексом, как она определена в п. 96 или 97, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
100. Фармацевтическая композиция, содержащая по меньшей мере один комплекс, как он определен в любом из пп. 1-86 или по меньшей мере одну клетку, как она определена в п. 96 или 97 и фармацевтически приемлемый носитель, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
101. Фармацевтическая композиция по п. 100, где указанная композиция содержит по меньшей мере два различных комплекса.
102. Диагностическая композиция, содержащая комплекс, как он определен в любом из пп. 1-86.
103. Комбинация
(I) комплекса, как он определен в любом из пп. 1-86; и
(II) химиотерапевтического агента, таргетного лекарственного средства и/или иммунотерапевтического агента, такого как модулятор иммунных контрольных точек,
предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
104. Комбинация для применения по п. 103, в которой (I) комплекс и (II) химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек, вводят примерно в одно и то же время.
105. Комбинация для применения по п. 103 или 104, в которой (I) комплекс и (II) химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек, вводят последовательно.
106. Комбинация для применения по одному из пп. 103-105, в которой (I) комплекс и (II) химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек, вводят с использованием одного и того же пути введения.
107. Комбинация для применения по одному из пп. 103-105, в которой (I) комплекс и (II) химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек, вводят с использованием различных путей введения.
108. Комбинация для применения по одному из пп. 103-107, в которой (I) комплекс и (II) химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек, находятся в различных композициях.
109. Комбинация для применения по одному из пп. 103-106, в которой (I) комплекс и (II) химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек, находятся в одной и той же композиции.
110. Комбинация для применения по одному из пп. 103-109, в которой химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент представляет собой модулятор иммунных контрольных точек.
111. Комбинация для применения по п. 110, в которой модулятор иммунных контрольных точек представляет собой ингибитор PD-1.
112. Набор, содержащий комплекс, как он определен в любом из пп. 1-86, нуклеиновую кислоту, как она определена в любом из п.п. 87-92, вектор, как он определен в п. 93, клетку, как она определена в пп. 94, 96 или 97, композицию, как она определена в п. 98, вакцину, как она определена в п. 99, и/или фармацевтическую композицию, как она определена в п. 100 или 101, предпочтительно для применения для предупреждения и/или лечения колоректального рака.
113. Набор по п. 112, где набор дополнительно содержит листовку-вкладыш в упаковку или листок с инструкциями по применению для предупреждения или лечения колоректального рака с использованием комплекса, как он определен в любом из пп. 1-86, нуклеиновой кислоты, как она определена в любом из пп. 87-92, вектора, как он определен в п. 93, клетки, как она определена в пп. 94, 96 или 97, композиции, как она определена, в п. 98, вакцины, как она определена в п. 99 и/или фармацевтической композиции, как она определена в п. 100 или 101.
114. Набор по п. 112 или 113, где набор дополнительно содержит химиотерапевтический агент, таргетное лекарственное средство и/или иммунотерапевтический агент, такой как модулятор иммунных контрольных точек.
115. Способ предупреждения и/или лечения колоректального рака или инициации, усиления или удлинения противоопухолевого ответа у индивидуума, который нуждается в этом, включающий введение индивидууму комплекса, который содержит:
а) проникающий в клетку пептид;
б) по меньшей мере один антиген или антигенный эпитоп; и
в) по меньшей мере один пептидный агонист TLR,
в котором компоненты а)-в) ковалентно связаны.
116. Способ по п. 115, в котором индивидууму вводят комплекс, как он определен в любом из пп. 1-86, нуклеиновую кислоту, как она определена в любом из пп. 87-92, вектор, как он определен в п. 93, клетку, как она определена в пп. 94, 96 или 97, композицию, как она определена в п. 98, вакцину, как она определена в п. 99, и/или фармацевтическую композицию, как она определена в п. 100 или 101.
117. Способ по п. 115 или 116, в котором индивидуум имеет колоректальный рак.