СПОСОБ СОПУТСТВУЮЩЕЙ ДИАГНОСТИКИ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ ПРИ ЛЕЧЕНИИ МУКОВИСЦИДОЗА АЛЬГИНАТНЫМИ ОЛИГОМЕРАМИ

1. Способ определения вероятности того, что пациент с муковисцидозом (MB) ответит на лечение альгинатным олигомером, введенным по меньшей мере в часть респираторной системы указанного пациента, включающий
-1
-1
-1
-1
-1
-1
(i) получение для тестируемого образца слизи из респираторной системы данного пациента одного или более нормализованных значений инфракрасного (ИК) поглощения при волновых числах, выбранных из каждого из следующих диапазонов волновых чисел: от 1395 см до 1405 см, от 1537 см до 1547 см и от 1578 см до 1588 см; или одного или более нормализованных значений ИК-пропускания в каждом из указанных диапазонов волновых чисел, и
(ii) для каждого из указанных диапазонов волновых чисел обеспечения по меньшей мере одного из указанных значений поглощения из этого диапазона или по меньшей мере одного из указанных значений пропускания из этого диапазона, с получением тем самым тестовой комбинации, содержащей значения поглощения и/или пропускания в каждом из указанных трех диапазонов волновых чисел, и
(iii) сравнение полученной таким образом тестовой комбинации значений поглощения и/или пропускания с отрицательной контрольной комбинацией и/или положительной контрольной комбинацией, где указанная отрицательная контрольная комбинация получена из по меньшей мере одного образца слизи из респираторной системы по меньшей мере одного пациента с MB, который не ответил на указанное лечение, и где указанная положительная контрольная комбинация получена из по меньшей мере одного образца слизи из респираторной системы по меньшей мере одного пациента с MB, который ответил на указанное лечение,
причем (a) тестовая комбинация, которая соответствует указанной отрицательной контрольной комбинации и/или которая не соответствует указанной положительной контрольной комбинации, указывает на то, что пациент не ответит на указанное лечение, и
(b) тестовая комбинация, которая соответствует указанной положительной контрольной комбинации и/или которая не соответствует указанной отрицательной контрольной комбинации, указывает на то, что пациент ответит на указанное лечение.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный ответ на лечение включает облегчение, предотвращение или задержку развития респираторного осложнения или симптома MB у пациента с MB.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанную тестовую комбинацию формируют исключительно либо из отдельных значений ИК-поглощения из отдельных волновых чисел из каждого диапазона волновых чисел, либо из средних значений ИК-поглощения из множества значений поглощения, полученных при одном и том же отдельном волновом числе из каждого диапазона волновых чисел.
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что первый диапазон волновых чисел составляет от 1396 см до 1404 см, от 1397 см до 1403 см, от 1398 см до 1402 см, от 1399 см до 1401 см, или приблизительно 1400 см.
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что второй диапазон волновых чисел составляет от 1538 см до 1546 см, от 1539 см до 1545 см, от 1540 см до 1544 см, 1541 см до 1543 см, или приблизительно 1542 см.
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что третий диапазон волновых чисел составляет от 1579 см до 1587 см, от 1580 см до 1586 см, от 1581 см до 1585 см, от 1582 см до 1584 см, или приблизительно 1583 см.
7. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что образец представляет собой мокроту.
8. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что указанные значения ИК-поглощения или ИК-пропускания могут быть получены с помощью инфракрасного спектрометра с Фурье-преобразованием (FTIR), предпочтительно ATR-FTIR-спектрометра или FTIR-спектрометра с пропусканием.
9. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что одно или более значений ИК-поглощения или ИК-пропускания обеспечивают в виде части непрерывного ИК-спектра поглощения или пропускания, соответственно, или их участков, охватывающих один или несколько из указанных диапазонов волновых чисел согласно изобретению.
-1
-1
-1
-1
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанный ИК-спектр имеет диапазон 4000-450 см, 1800-950 см, 1700-1000 см или 1700-1200 см.
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что значения ИК-поглощения или ИК-пропускания нормализуют с помощью метода Min-Max или векторной нормализации.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что нормализация основана на поглощении или пропускании по волновому числу полосы Амид I.
-1
-1
-1
-1
-1
-1
-1
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанное волновое число полосы Амид I составляет от 1635 см до 1645 см, от 1637 см до 1643 см, от 1639 см до 1641 см, или приблизительно 1640 см.
14. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что этапы (ii) и (iii) представляют собой:
(ii) для каждого из указанных диапазонов волновых чисел обеспечения по меньшей мере одного из указанных значений поглощения из этого диапазона или по меньшей мере одного из указанных значений пропускания из этого диапазона в виде тестового ИК-спектра, где указанный ИК-спектр представляет собой непрерывный ИК-спектр или его участки, охватывающие указанные диапазоны волновых чисел, и
(iii) сравнение указанного тестового ИК-спектра с по меньшей мере одним отрицательным контрольным ИК-спектром и/или по меньшей мере одним положительным контрольным ИК-спектром, где указанный по меньшей мере один отрицательный контрольный ИК-спектр получен из по меньшей мере одного образца слизи из респираторной системы по меньшей мере одного пациента с MB, который не ответил на указанное лечение, и где указанный положительный контрольный ИК-спектр получен из по меньшей мере одного образца слизи из респираторной системы по меньшей мере одного пациента с MB, который ответил на указанное лечение,
причем (a) тестовый ИК-спектр, который соответствует указанному отрицательному контрольному ИК-спектру и/или который не соответствует указанному положительному контрольному ИК-спектру, указывает на то, что пациент не ответит на указанное лечение, и
(b) тестовый ИК-спектр, который соответствует указанному положительному контрольному ИК-спектру и/или который не соответствует указанному отрицательному контрольному ИК-спектру, указывает на то, что пациент ответит на указанное лечение.
15. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что этапы (ii) и (iii) представляют собой:
(ii) для каждого из указанных диапазонов волновых чисел обеспечения одного из указанных значений поглощения из этого диапазона или одного из указанных значений пропускания из этого диапазона, и представление трех полученных таким образом значений в виде единственной точки тестовых данных в евклидовом пространстве, координаты которой представляют собой указанные три полученных таким образом значения, и
(iii) сравнение указанной точки тестовых данных с отрицательной контрольной точкой данных и/или положительной контрольной точкой данных, где указанная отрицательная контрольная точка данных получена из по меньшей мере одного образца слизи из респираторной системы по меньшей мере одного пациента с MB, который не ответил на указанное лечение, и где указанная положительная контрольная точка данных получена из по меньшей мере одного образца слизи из респираторной системы по меньшей мере одного пациента с MB, который ответил на указанное лечение,
причем (a) коллокация указанной точки тестовых данных с указанной отрицательной контрольной точкой данных и/или отсутствие коллокации с указанной положительной контрольной точкой данных указывает на то, что пациент не ответит на указанное лечение, и
(b) коллокация указанной точки тестовых данных с указанной положительной контрольной точкой данных и/или отсутствие коллокации с указанной отрицательной контрольной точкой данных указывает на то, что пациент ответит на указанное лечение.
16. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что тестовая комбинация значений ИК-поглощения и/или ИК-пропускания соответствует контрольной комбинации, если для 2-х, предпочтительно для 3-х, диапазонов волновых чисел тестовое значение ИК-поглощения или ИК-пропускания меньше или равно 25% положительного или отрицательного отклонения от значения ИК-поглощения или ИК-пропускания при том же волновом числе в том же диапазоне волновых чисел контрольной комбинации.
17. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что соответствие между тестовой и контрольной комбинацией анализируют с применением формулы I
-1
-1
-1
-1
-1
-1
где А - нормализованное значение ИК-поглощения в диапазоне волновых чисел от 1395 до 1405 см, В - нормализованное значение ИК-поглощения в диапазоне волновых чисел от 1537 см до 1547 см, и С - нормализованное значение поглощения в диапазоне волновых чисел от 1578 см до 1588 см, где поглощение нормализовано с помощью нормализации методом Min-Max по шкале от 0 до 2,0, принимая пик полосы Амид I в качестве контрольного пика, и при этом результат прогнозирования, равный 0,5 или выше, указывает на то, что пациент ответит на лечение альгинатным олигомером, а результат прогнозирования ниже 0,5 указывает на то, что пациент не ответит на лечение.
18. Способ по любому из пп. 1-13, отличающийся тем, что соответствие между тестовой и контрольной комбинацией анализируют с применением формулы II
-1
-1
-1
-1
-1
-1
где А* представляет собой нормализованное значение ИК-пропускания в диапазоне волновых чисел от 1395 см до 1405 см, В* представляет собой нормализованное значение % ИК-пропускания в диапазоне волновых чисел от 1537 см до 1547 см, и С* представляет собой нормализованное значение % пропускания в диапазоне волновых чисел от 1578 см до 1588 см, причем пропускание нормализовано с помощью нормализации методом Min-Max, принимая пик полосы Амид I в качестве контрольного пика, и при этом результат прогнозирования, равный 0,5 или выше, указывает на то, что пациент ответит на лечение альгинатным олигомером, а результат прогнозирования ниже 0,5 указывает на то, что пациент не ответит на лечение.
19. Способ по любому из пп. 1-18, отличающийся тем, что включает дополнительный этап, на котором пациента с MB диагностируют как имеющего респираторное осложнение или симптом MB, которые вероятно будут поддаваться облегчению, или как пациента, у которого респираторное осложнение MB вероятно будет предотвращаться или его развитие будет отсрочено при терапии альгинатными олигомерами в респираторной системе.
20. Способ лечения пациента с MB, включающий введение в респираторную систему пациента эффективного количества альгинатного олигомера, при этом указанный пациент определен как вероятно отвечающий на лечение (респондер) указанным альгинатным олигомером по способу по любому из пп. 1-19.
21. Способ по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что указанный пациент с MB представляет собой
(i) пациента с MB, который ранее не получал лечения альгинатным олигомером, введенным по меньшей мере в часть его респираторной системы, или
(ii) пациента с MB, который в настоящее время получает или получал ранее лечение альгинатным олигомером, введенным по меньшей мере в часть его респираторной системы.
22. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что альгинатный олигомер имеет среднюю молекулярную массу менее 35000 дальтон, предпочтительно менее 30000, 25000 или 20000 дальтон.
23. Способ по любому из пп. 1-22, отличающийся тем, что альгинатный олигомер имеет степень полимеризации (DP) или среднечисленную степень полимеризации (DPn) от 4 до 100, от 4 до 75, от 4 до 50, от 4 до 50, от 4 до 35, от 4 до 30, от 4 до 25, от 4 до 22, от 4 до 20, от 4 до 18, от 4 до 16 или от 4 до 14.
24. Способ по любому из пп. 1-23, отличающийся тем, что альгинатный олигомер имеет степень полимеризации (DP) или среднечисленную степень полимеризации (DPn), равную
(i) от 5 до 50, от 5 до 35, от 5 до 30, от 5 до 25, от 5 до 22, от 5 до 20, от 5 до 18, от 5 до 16 или от 5 до 14,
(ii) от 6 до 50, от 6 до 35, от 6 до 30, от 6 до 25, от 6 до 22, от 6 до 20, от 6 до 18, от 6 до 16 или от 6 до 14, или
(iii) от 8 до 50, от 8 до 35, от 8 до 30, от 8 до 25, от 10 до 25, от 10 до 22, от 10 до 20, от 10 до 18 или от 10 до 15.
25. Способ по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что альгинатный олигомер имеет по меньшей мере 70% остатков G, или по меньшей мере 80%, или по меньшей мере 85%, или по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 95% остатков G.
26. Способ по любому из пп. 1-25, отличающийся тем, что по меньшей мере 80% остатков G альгинатного олигомера находятся в G-блоках.
27. Способ по любому из пп. 1-26, отличающийся тем, что альгинатный олигомер имеет среднечисленную степень полимеризации в диапазоне от 5 до 20, фракцию гулуроната (FG) по меньшей мере 0,85 и фракцию маннуроната (FM) не более 0,15.
28. Способ по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что альгинатный олигомер имеет по меньшей мере 70% остатков М, или по меньшей мере 80%, или по меньшей мере 85%, или по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 95% остатков М, или 100% остатков М.
29. Способ по любому из пп.1-24 или 28, отличающийся тем, что по меньшей мере 80% остатков М альгинатного олигомера находятся в М-блоках.
30. Инфракрасный спектрометр, предпочтительно портативный или ручной, выполненный с возможностью осуществления способа по любому из пп. 1-29.