СПОСОБЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ПРИМЕНИМОСТИ БЕЛКОВ ИЛИ БЕЛКОВЫХ ФРАГМЕНТОВ ДЛЯ ИММУНОТЕРАПИИ

1. Способ прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессировнного больными клетками, в иммунотерапии, при этом способ предусматривает установление распределения или локализации белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка.
in vivo
2. Способ по п. 1, который предусматривает определение того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или распространенными в цитозоле и/или в экзосомах.
3. Способ по п. 1 или 2, при котором локализация или распространённость белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле и/или в экзосомах указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
4. Способ прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, в иммунотерапии, где способ предусматривает установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предпочтительно специализированными антиген-презентирующими клетками.
5. Способ по п. 4, при котором кросс-презентация белка или его фрагмента антиген-презентирующими клетками указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
in vivo
6. Способ по п. 4 или 5, при котором установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах .
7. Способ по любому из пп. 4-6, при котором локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле и/или в экзосомах указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
8. Способ по любому из пп. 4-7, при котором установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент.
9. Способ по любому из пп. 4-8, при котором наличие иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
10. Способ по любому из пп. 4-9, при котором установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином.
11. Способ по любому из пп. 4-10, при котором связывание белка или его фрагмента с F-актином указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
12. Способ по любому из пп. 4-11, при котором установление того, кросс-презентируется ли белок или его фрагмент антиген-презентирующими клетками, предусматривает установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК.
13. Способ по любому из пп. 4-12, при котором связывание белка или его фрагмента с РНК указывает на то, что белок или его фрагмент кросс-презентируется антиген-презентирующими клетками.
14.     Способ по любому из пп. 2, 3, 6-13, при котором белковый фрагмент присутствует в экзосомах в виде комплекса MHC-пептид, предпочтительно на поверхности экзосом.
15. Способ по любому из пп. 2, 3, 6-13, при котором локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле указывает на процессирование и презентацию белка по пути MHC I, предпочтительно больных клеток.
16. Способ по п. 15, при котором процессирование и презентация белка по пути MHC I приводит к распознаванию комплексов, образованных MHC I и фрагментами белка, CD8+ Т-клетками.
17. Способ по любому из пп. 2, 3, 6-13, при котором локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в экзосомах указывает на накопление белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в антиген-презентирующих клетках, предпочтительно специализированных антиген-презентирующих клетках.
18. Способ по п. 17, при котором накопление белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в антиген-презентирующих клетках указывает на процессирование и презентацию белка по пути MHC I и/или MHC II, предпочтительно антиген-презентирующих клеток.
19. Способ по п. 18, при котором процессирование и презентация белка по пути MHC I приводит к распознаванию комплексов, образованных MHC I и фрагментами белка, CD8+ Т-клетками.
20. Способ прогнозирования применимости белка или его фрагмента, экспрессированного больными клетками, в иммунотерапии, при этом способ предусматривает установление одного или нескольких из следующего:
(a) установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент,
(b) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином, и/или
(c) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК.
21. Способ по п. 20, при котором наличие иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
22. Способ по п. 20 или 21, при котором связывание белка или его фрагмента с F-актином указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
23. Способ по любому из пп. 20-22, при котором связывание белка или его фрагмента с РНК указывает на то, что белок или его фрагмент является применимым для иммунотерапии.
24. Способ по любому из пп. 1-23, при котором белок или его фрагмент содержит специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию.
25. Способ по п. 24, при котором аминокислотная модификация обусловлена специфической по отношению к заболеванию соматической мутацией.
26. Способ по любому из пп. 1-25, при котором заболеванием является злокачественная опухоль, а иммунотерапией является противораковая иммунотерапия.
27. Способ по любому из пп. 1-26, при котором белковым фрагментом является связывающийся с MHC пептид или потенциальный связывающийся с MHC пептид.
28. Способ отбора и/или ранжирования специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций по их применимости для иммунотерапии, при этом способ предусматривает стадии:
(i) идентификации белков, экспрессированных больными клетками, при этом каждый белок содержит по меньшей мере одну специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию, и
(ii) установления распределения или локализации белка, идентифицированного на стадии (i), или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка, и
(iii) повторения стадии (ii) по меньшей мере для одного дополнительного белка, идентифицированного на стадии (i).
in vivo
29. Способ по п. 28, при котором стадия (ii) предусматривает установление того, являются ли белок, или кодирующая его нуклеиновая кислота, или фрагмент белка локализованными или представленными в цитозоле и/или в экзосомах .
30. Способ по п. 28 или 29, при котором локализация или представленность белка, или кодирующей его нуклеиновой кислоты, или фрагмента белка в цитозоле и/или в экзосомах указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
31. Способ отбора и/или ранжирования специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций по их применимости для иммунотерапии, при этом способ предусматривает стадии:
(i) идентификации белков, экспрессированных больными клетками, при этом каждый белок содержит по меньшей мере одну специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию, и
(ii) установления того, кросс-презентируется ли белок, идентифицированный на стадии (i), или фрагмент белка антиген-презентирующими клетками, предпочтительно специализированными антиген-презентирующими клетками, и
(iii) повторения стадии (ii) по меньшей мере для одного дополнительного белка, идентифицированного на стадии (i).
32. Способ по п. 31, при котором кросс-презентация белка или его фрагмента антиген-презентирующими клетками указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
33. Способ отбора и/или ранжирования специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций по их применимости для иммунотерапии, при этом способ предусматривает стадии:
(i) идентификации белков, экспрессированных больными клетками, при этом каждый белок содержит по меньшей мере одну специфическую по отношению к заболеванию аминокислотную модификацию, и
(ii) установления для белка, идентифицированного на стадии (i), или фрагмента белка одного или нескольких из следующего:
(a) установление наличия иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент,
(b) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с F-актином, и/или
(c) установление того, связывается ли белок или его фрагмент с РНК, и
(iii) повторения стадии (ii) по меньшей мере для одного дополнительного белка, идентифицированного на стадии (i).
34. Способ по п. 33, при котором наличие иммунной реакции с образованием антител на белок или его фрагмент указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
35. Способ по пп. 33 или 34, при котором связывание белка или его фрагмента с F-актином указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
36. Способ по любому из пп. 33-35, при котором связывание белка или его фрагмента с РНК указывает на то, что специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация является применимой для иммунотерапии.
37. Способ по любому из пп. 28-36, при котором специфическая по отношению к заболеванию аминокислотная модификация состоит из белкового фрагмента, который представляет собой связывающийся с MHC пептид или потенциальный связывающийся с MHC пептид.
38. Способ по любому из пп. 1-37, который применяют в изготовлении вакцины.
39. Способ по п. 38, при котором вакцину получают из одного или нескольких белков или их фрагментов, или одной или нескольких специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, которые, как прогнозируют, применимы для иммунотерапии.
40. Способ обеспечения вакцины, предусматривающий стадию идентификации одного или нескольких белков или их фрагментов, или одной или нескольких специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, которые, как прогнозируют, применимы для иммунотерапии согласно способу по любому из пп. 1-39.
41. Способ по п. 40, дополнительно предусматривающий стадию обеспечения вакцины, содержащей пептид или полипептид, содержащий один или несколько белков, или их фрагментов, или одну или несколько специфических по отношению к заболеванию аминокислотных модификаций, которые, как прогнозируют, применимы для иммунотерапии, или нуклеиновую кислоту, кодирующую пептид или полипептид.
42. Вакцина, полученная  способом по любому из пп. 38-41.