КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЛЯ ДОБЫЧИ ТРУДНОИЗВЛЕКАЕМЫХ ГАЗА И НЕФТИ

1
1. Способ обработки газа, включающий культивацию первого рекомбинантного метаболизирующего C микроорганизма с сырьевым низкокачественным газом,
1
в котором сырьевой низкокачественный газ содержит субстрат C и субстрат S;
1
при этом рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм содержит первую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный метаболизировать субстрат S; и
1
при этом рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм ассимилирует и/или окисляет каждый субстрат.
+
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу, сульфид:хинон-оксидоредуктазу, серадиоксигеназу, сульфитоксидазу или любую их комбинацию.
+
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу, или обе.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу, или обе.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу, или обе.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сульфид:хинон-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу, или обе.
+
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу, или сульфид:хинон-оксидоредуктазу, причем активность эндогенной сульфитоксидазы повышена.
1
8. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что субстрат C, субстрат S, или оба превращаются в биологический материал.
9. Способ по п. 8, в котором биологический материал представляет собой корм для животных, удобрение или композицию масел.
10. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что субстрат S окисляется до сульфата.
11. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что сырьевой низкокачественный газ представляет собой газообразные легкие алканы, природный газ, нетрадиционный природный газ, синтез-газ, нефтяной газ, конденсат попутного газа, или любую их комбинацию.
12. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что сырьевой низкокачественный газ представляет собой кислый газ или высокосернистый газ.
1
1
1
13. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую фермент, продуцирующий жирную кислоту, фермент, ассимилирующий формальдегид или их комбинацию; причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм превращает субстрат C в композицию масел.
1
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что композиция масел находится по существу в клеточной мембране метаболизирующего C микроорганизма.
15. Способ по п. 13, отличающийся тем, что способ дополнительно включает стадию получения композиции масел путем экстракции.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что способ дополнительно включает стадию очистки экстрагированной композиции масел до топлива, в котором топливо представляет собой топливо для реактивных двигателей, дизельное топливо, парафиновый керосин, бензин или их комбинацию.
1
1
1
1
17. Способ по п. 1, отличающийся тем, что способ дополнительно включает второй рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм или его клеточный лизат, в котором второй рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм содержит экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный окислять легкие алканы; причем второй рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм или его клеточный лизат окисляет субстрат C до композиции спиртов.
1
1
1
18. Способ по п. 1, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный окислять легкие алканы; причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм или его клеточный лизат окисляет субстрат C до композиции спиртов.
19. Способ по п. 17 или 18, отличающийся тем, что полипептид, способный окислять легкие алканы, представляет собой монооксигеназу, выбранную из рММО, sMMO, АМО, рВМО, sBMO, sPMO, РМО:Р450, Р450, или любую их комбинацию.
1
1
1
8
24
20. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую конвертирующий фермент жирных кислот; причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм превращает субстрат C в С-С производное жирной кислоты, включая жирный альдегид, жирный спирт, жирную оксикислоту, дикарбоновую кислоту, или любую их комбинацию.
21. Способ по п. 20, отличающийся тем, что конвертирующий фермент жирных кислот является жирный ацил-СоА-редуктазой, способной образовывать жирный спирт.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что жирный ацил-СоА-редуктаза, способная образовывать жирный спирт, представляет собой FAR, CER4, или Maqu_2220.
23. Способ по п. 20, отличающийся тем, что конвертирующий фермент жирных кислот является жирный ацил-СоА-редуктазой, способной образовывать жирный альдегид.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что жирный ацил-СоА-редуктаза, способная образовывать жирный альдегид, представляет собой acr1.
25. Способ по п. 20, отличающийся тем, что конвертирующий фермент жирных кислот является редуктазой карбоновой кислоты.
1
26. Способ по п. 20, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую тиоэстеразу.
27. Способ по п. 26, отличающийся тем, что тиоэстераза представляет собой tesA с отсутствующим сигнальным пептидом, UcFatB или ВТЕ.
28. Способ по п. 26 или 27, отличающийся тем, что активность эндогенной тиоэстеразы снижается, является минимальной или прекращается по сравнению с неизмененной активностью эндогенной тиоэстеразы.
1
29. Способ по п. 20, отличающийся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ацил-СоА-синтетазу.
30. Способ по п. 29, в котором ацил-СоА-синтетаза представляет собой FadD, yng1 или FAA2.
31. Способ по п. 29 или 30, отличающийся тем, что активность эндогенной ацил-СоА-синтетазы снижается, является минимальной или прекращается по сравнению с неизмененной активностью эндогенной ацил-СоА-синтетазы.
32. Способ по п. 20, дополнительно включающий рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую монооксигеназу для продуцирования жирной ω-оксикислоты.
33. Способ по п. 32, отличающийся тем, что активность эндогенной алкогольдегидрогеназы снижается, является минимальной или прекращается по сравнению с неизмененной активностью эндогенной алкогольдегидрогеназы.
34. Способ по п. 20, отличающийся тем, что активность эндогенной алкогольдегидрогеназы усилена или повышена по сравнению с неизмененной активностью эндогенной алкогольдегидрогеназы для продуцирования дикарбоновой кислоты.
1
35. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что метаболизирующий C микроорганизм выбирают из группы, состоящей из Methylomonas, Methylobacter, Methylococcus, Methylosinus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methanomonas, Methylophilus, Methylobacillus, Methylobacterium, Hyphomicrobium, Xanthobacter, Bacillus, Paracoccus, Nocardia, Arthrobacter, Rhodopseudomonas и Pseudomonas.
1
36. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что метаболизирующий C микроорганизм выбирают из группы, состоящей из Candida, Yarrowia, Hansenula, Pichia, Torulopsis и Rhodotorula.
1
37. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что метаболизирующий C микроорганизм представляет собой бактерию.
1
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что метаболизирующая C бактерия является метанотрофом или метилотрофом.
1
39. Способ по п. 37, отличающийся тем, что метаболизирующая C бактерия является метанотрофом.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylomonas, Methylobacter, Methylococcus, Methylosinus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methanomonas или их комбинацию.
41. Способ по п. 39, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylococcus capsulatus штамм Bath, Methylomonas 16а (АТСС РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL В-11196), Methylosinus sporium (NRRL В-11197), Methylocystis parvus (NRRL B-11198), Methylomonas methanica (NRRL B-11199), Methylomonas albus (NRRL B-11200), Methylobacter capsulatus (NRRL B-11201), Methylobacterium organophilum (ATCC 27886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylocella silvestris, Methylocella palustris (ATCC 700799), Methylocella tundrae, Methylocystis daltona штамм SB2, Methylocystis bryophila, Methylocapsa aurea KYG, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylomicrobium alcaliphilum или их комбинацию.
42. Способ по п. 39, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylosinus trichosporium OB3b, Methylococcus capsulatus Bath, Methylomonas sp. 16a, Methylomicrobium alcaliphilum или их быстрорастущий вариант.
43. Способ по любому из пп. 39-42, отличающийся тем, что культура дополнительно содержит гетерологичную бактерию.
1
44. Способ по п. 37, отличающийся тем, что метаболизирующая C бактерия является метилотрофом.
45. Способ по п. 44, отличающийся тем, что метилотроф представляет собой Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodulans или их комбинацию.
1
46. Способ по п. 37, отличающийся тем, что метаболизирующая C бактерия представляет собой бактерию, метаболизирующую природный газ, нетрадиционный природный газ или синтез-газ.
47. Способ по п. 46, отличающийся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium, Moorella, Pyrococcus, Eubacterium, Desulfobacterium, Carboxydothermus, Acetogenium, Acetobacterium, Acetoanaerobium, Butyribaceterium, Peptostreptococcus или их комбинацию.
48. Способ по п. 46, отличающийся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium autoethanogenum, Clostridium ljungdahli, Clostridium ragsdalei, Clostridium carboxydivorans, Butyribacterium methylotrophicum, Clostridium woodii, Clostridium neopropanologen или их комбинацию.
1
1
49. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что метаболизирующий C микроорганизм представляет собой облигатный метаболизирующий C микроорганизм.
50. Система обработки газа, включающая:
1
источник газа, содержащий субстрат C и субстрат S;
1
биореактор, содержащий рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм, содержащий первую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный метаболизировать субстрат S; и
соединительное устройство, расположенное между источником газа и биореактором для обеспечения потока газа в биореактор;
1
причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм ассимилирует и/или окисляет каждый субстрат.
51. Система для добычи трудноизвлекаемого газа и/или нефти, включающая:
1
механизм для извлечения газа из подземной формации, причем газ содержит субстрат C и субстрат S, и механизм для извлечения содержит скважину;
1
механизм для ассимиляции и/или окисления по меньшей мере части каждого субстрата из добытого газа, причем механизм для ассимиляции и/или окисления содержит биореактор, при этом биореактор содержит рекомбинантный метаболизирующий С микроорганизм, содержащий первую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный метаболизировать субстрат S; и
механизм для извлечения подвергнутой биологической обработке трудноизвлекаемой нефти из подземной формации, при этом механизм для извлечения содержит скважину.
+
52. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу, сульфид:хинон-оксидоредуктазу, серадиоксигеназу, сульфитоксидазу или любую их комбинацию.
+
53. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу или обе.
54. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу или обе.
55. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу или обе.
56. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сульфид:хинон-оксидоредуктазу, сульфитоксидазу или обе.
+
57. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу или сульфид:хинон-оксидоредуктазу, причем активность эндогенной сульфитоксидазы повышена.
1
58. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что субстрат C, субстрат S или оба превращаются в биологический материал.
59. Система по п. 58, отличающаяся тем, что биологический материал представляет собой корм для животных, удобрение или композицию масел.
60. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что субстрат S окисляется до сульфата.
61. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что сырьевой низкокачественный газ представляет собой газообразные легкие алканы, природный газ, нетрадиционный природный газ, синтез-газ, нефтяной газ, конденсат попутного газа или любую их комбинацию.
62. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что сырьевой низкокачественный газ представляет собой кислый газ или высокосернистый газ.
1
1
1
63. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую фермент, продуцирующий жирную кислоту, фермент, ассимилирующий формальдегид или их комбинацию; причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм превращает субстрат C в композицию масел.
1
64. Система по п. 63, отличающаяся тем, что композиция масел находится по существу в клеточной мембране метаболизирующего C микроорганизма.
65. Система по п. 63, отличающаяся тем, что способ дополнительно включает стадию получения композиции масел путем экстракции.
66. Система по п. 65, отличающаяся тем, что способ дополнительно включает стадию очистки экстрагированной композиции масел до топлива, причем топливо представляет собой топливо для реактивных двигателей, дизельное топливо, парафиновый керосин, бензин или их комбинацию.
1
1
1
1
67. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что способ дополнительно включает второй рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм или его клеточный лизат, причем второй рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм содержит экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный окислять легкие алканы; причем второй рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм или его клеточный лизат окисляет субстрат C до композиции спиртов.
1
1
1
68. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный окислять легкие алканы; причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм или его клеточный лизат окисляет субстрат C до композиции спиртов.
69. Система по п. 67, отличающаяся тем, что полипептид, способный окислять легкие алканы, представляет собой монооксигеназу, выбранную из pMMO, sMMO, АМО, рВМО, sBMO, sPMO, РМО:Р450, Р450, или любую их комбинацию.
70. Система по п. 68, отличающаяся тем, что полипептид, способный окислять легкие алканы, представляет собой монооксигеназу, выбранную из pMMO, sMMO, АМО, рВМО, sBMO, sPMO, РМО:Р450, Р450, или любую их комбинацию.
1
1
1
8
24
71. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм дополнительно содержит вторую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую конвертирующий фермент жирных кислот; причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм превращает субстрат C в С-С производное жирной кислоты, включая жирный альдегид, жирный спирт, жирную оксикислоту, дикарбоновую кислоту или любую их комбинацию.
72. Система по п. 71, отличающаяся тем, что конвертирующий фермент жирных кислот представляет собой жирную ацил-СоА-редуктазу, способную образовывать жирный спирт.
73. Система по п. 72, отличающаяся тем, что жирная ацил-СоА-редуктаза, способная образовывать жирный спирт, представляет собой FAR, CER4 или Maqu_2220.
74. Система по п. 71, отличающаяся тем, что конвертирующий фермент жирных кислот представляет собой жирную ацил-СоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид.
75. Система по п. 74, отличающаяся тем, что жирная ацил-СоА-редуктаза, способная образовывать жирный альдегид, представляет собой acr1.
76. Система по п. 71, отличающаяся тем, что конвертирующий фермент жирных кислот представляет собой редуктазу карбоновой кислоты.
1
77. Система по п. 71, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм, дополнительно содержит экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую тиоэстеразу.
78. Система по п. 77, отличающаяся тем, что тиоэстераза представляет собой tesA с отсутствующим сигнальным пептидом, UcFatB или ВТЕ.
79. Система по п. 77 или 78, отличающаяся тем, что активность эндогенной тиоэстеразы снижается, является минимальной или прекращается по сравнению с неизмененной активностью эндогенной тиоэстеразы.
1
80. Система по п. 71, отличающаяся тем, что рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм, дополнительно содержит экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ацил-СоА-синтетазу.
81. Система по п. 80, отличающаяся тем, что ацил-СоА-синтетаза представляет собой FadD, yng1 или FAA2.
82. Система по п. 80 или 81, отличающаяся тем, что активность эндогенной ацил-СоА-синтетазы снижается, является минимальной или прекращается по сравнению с неизмененной активностью эндогенной ацил-СоА-синтетазы.
83. Система по п. 71, дополнительно содержащая рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую монооксигеназу для продуцирования жирной ω-оксикислоты.
84. Система по п. 83, отличающаяся тем, что активность эндогенной алкогольдегидрогеназы снижается, является минимальной или прекращается по сравнению с неизмененной активностью эндогенной алкогольдегидрогеназы.
85. Система по п. 71, отличающаяся тем, что активность эндогенной алкогольдегидрогеназы усилена или повышена по сравнению с неизмененной активностью эндогенной алкогольдегидрогеназы для продуцирования дикарбоновой кислоты.
1
86. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что метаболизирующий C микроорганизм выбирают из группы, состоящей из Methylomonas, Methylobacter, Methylococcus, Methylosinus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methanomonas, Methylophilus, Methylobacillus, Methylobacterium, Hyphomicrobium, Xanthobacter, Bacillus, Paracoccus, Nocardia, Arthrobacter, Rhodopseudomonas и Pseudomonas.
1
87. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что метаболизирующий C микроорганизм выбирают из группы, состоящей из Candida, Yarrowia, Hansenula, Pichia, Torulopsis и Rhodotorula.
1
88. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что метаболизирующий C микроорганизм представляет собой бактерию.
1
89. Система по п. 88, отличающаяся тем, что метаболизирующая C бактерия является метанотрофом или метилотрофом.
1
90. Система по п. 88, отличающаяся тем, что метаболизирующая C бактерия является метанотрофом.
91. Система по п. 90, отличающаяся тем, что метанотроф представляет собой Methylomonas, Methylobacter, Methylococcus, Methylosinus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methanomonas или их комбинацию.
92. Система по п. 90, отличающаяся тем, что метанотроф представляет собой Methylococcus capsulatus штамм Bath, Methylomonas 16а (ATCC РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL B-11196), Methylosinus sporium (NRRL B-11197), Methylocystis parvus (NRRL B-11198), Methylomonas methanica (NRRL B-11199), Methylomonas albus (NRRL B-11200), Methylobacter capsulatus (NRRL B-11201), Methylobacterium organophilum (ATCC 27886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylocella silvestris, Methylocella palustris (ATCC 700799), Methylocella tundrae, Methylocystis daltona штамм SB2, Methylocystis bryophila, Methylocapsa aurea KYG, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylomicrobium alcaliphilum или их комбинацию.
93. Система по п. 90, отличающаяся тем, что метанотроф представляет собой Methylosinus trichosporium OB3b, Methylococcus capsulatus Bath, Methylomonas sp. 16a, Methylomicrobium alcaliphilum или их быстрорастущий вариант.
94. Система по любому из пп. 90-93, отличающаяся тем, что культура дополнительно содержит гетерологичную бактерию.
1
95. Система по п. 88, отличающаяся тем, что метаболизирующая C бактерия является метилотрофом.
96. Система по п. 95, отличающаяся тем, что метилотроф представляет собой Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodulans или их комбинацию.
1
97. Система по п. 88, отличающаяся тем, что метаболизирующая C бактерия представляет собой бактерию, метаболизирующую природный газ, нетрадиционный природный газ или синтез-газ.
98. Система по п. 97, отличающаяся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium, Moorella, Pyrococcus, Eubacterium, Desulfobacterium, Carboxydothermus, Acetogenium, Acetobacterium, Acetoanaerobium, Butyribaceterium, Peptostreptococcus или их комбинацию.
99. Система по п. 97, отличающаяся тем, что бактерия, метаболизирующая синтез-газ, представляет собой Clostridium autoethanogenum, Clostridium ljungdahli, Clostridium ragsdalei, Clostridium carboxydivorans, Butyribacterium methylotrophicum, Clostridium woodii, Clostridium neopropanologen или их комбинацию.
1
1
100. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что метаболизирующий C микроорганизм представляет собой облигатный метаболизирующий C микроорганизм.
1
1
1
101. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм, содержащий первую экзогенную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, способный метаболизировать субстрат S, причем рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм способен ассимилировать и/или окислять субстрат S, субстрат C или оба.
1
+
102. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 101, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой сероводород:НАДФ-оксидоредуктазу, сероводород:ферредоксин-оксидоредуктазу, сульфид:флавоцитохром-с-оксидоредуктазу, сульфид:хинон-оксидоредуктазу, серадиоксигеназу, сульфитоксидазу или любую их комбинацию.
1
103. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 101 или 102, представляющий собой бактерию.
1
1
104. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 103, отличающийся тем, что метаболизирующая C бактерия является метанотрофом или метилотрофом.
1
1
105. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 103, отличающийся тем, что метаболизирующая C бактерия является метанотрофом.
1
106. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 105, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylococcus capsulatus штамм Bath, Methylomonas 16а (ATCC РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL B-11196), Methylosinus sporium (NRRL B-11197), Methylocystis parvus (NRRL B-11198), Methylomonas methanica (NRRL B-11199), Methylomonas albus (NRRL B-11200), Methylobacter capsulatus (NRRL B-11201), Methylobacterium organophilum (ATCC 27886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylocella silvestris, Methylocella palustris (ATCC 700799), Methylocella tundrae, Methylocystis daltona штамм SB2, Methylocystis bryophila, Methylocapsa aurea KYG, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylomicrobium alcaliphilum или их комбинацию.
1
107. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 105, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylosinus trichosporium OB3b, Methylococcus capsulatus Bath, Methylomonas sp. 16a, Methylomicrobium alcaliphilum или их быстрорастущий вариант.
1
108. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по любому из пп. 105-107, в котором культура дополнительно содержит гетерологичную бактерию.
1
1
109. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 103, в котором метаболизирующая C бактерия является метилотрофом.
1
110. Рекомбинантный метаболизирующий С микроорганизм по п. 109, в котором метилотроф представляет собой Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodularis или их комбинацию.
1
1
111. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 103, в котором метаболизирующая C бактерия представляет собой бактерию, метаболизирующую природный газ, нетрадиционный природный газ, или синтез-газ.
1
1
112. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 101 или 102, представляющий собой облигатный метаболизирующий C микроорганизм.
113. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, кодируется нуклеиновой кислотой, содержащей последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 21-54.
114. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, содержит аминокислотную последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 55-88.
115. Способ по п. 17 или 18, отличающийся тем, что экзогенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептид, способный окислять легкие алканы, содержит последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 1-20.
116. Способ по п. 17 или 18, отличающийся тем, что полипептид, способный окислять легкие алканы, содержит последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 89-108.
117. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, кодируется нуклеиновой кислотой, содержащей последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 21-54.
118. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, содержит аминокислотную последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 55-88.
119. Система по п. 67, отличающаяся тем, что экзогенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептид, способный окислять легкие алканы, содержит последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 1-20.
120. Система по п. 68, отличающаяся тем, что экзогенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептид, способный окислять легкие алканы, содержит последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 1-20.
121. Система по п. 67, отличающаяся тем, что полипептид, способный окислять легкие алканы, содержит последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 89-108.
122. Система по п. 68, отличающаяся тем, что полипептид, способный окислять легкие алканы, содержит последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 89-108.
1
123. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 101 или 102, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, кодируется нуклеиновой кислотой, содержащей последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 21-54.
1
124. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 101 или п. 102, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S содержит аминокислотную последовательность, представленную любой из SEQ ID NO.: 55-88.
125. Способ по п. 1, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой серооксигеназу.
126. Система по п. 50 или 51, отличающаяся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой серооксигеназу.
1
127. Рекомбинантный метаболизирующий C микроорганизм по п. 101, отличающийся тем, что полипептид, способный метаболизировать субстрат S, представляет собой серооксигеназу.
128. Способ по п. 125, отличающийся тем, что серооксигеназа имеет аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 75% идентичную последовательности, приведенной для номера доступа Genbank AAK58572.1 или ABN04222.1 или ее функциональному фрагменту.
129. Система по п. 126, отличающаяся тем, что серооксигеназа имеет аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 75% идентичную последовательности, приведенной для номера доступа Genbank AAK58572.1 или ABN04222.1 или ее функциональному фрагменту.
1
130. Рекомбинантный метаболизирующий С микроорганизм по п. 127, отличающийся тем, что серооксигеназа имеет аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 75% идентичную последовательности, приведенной для номера доступа Genbank AAK58572.1 или ABN04222.1 или ее функциональному фрагменту.