ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РЕМОДЕЛИРОВАНИЕ БИФИДОБАКТЕРИЙ

1. Клетка Bifidobacterium, включающая геном, который целенаправленно изменен таким образом, что в нем удален активный функциональный ген, где функциональный ген обеспечивает устойчивость к антибиотикам.
2. Клетка Bifidobacterium по п.1, которая представляет собой клетку Bifidobacterium animalis.
3. Клетка Bifidobacterium по п.2, которая представляет собой клетку Bifidobacterium animalis subsp. lactis.
4. Клетка Bifidobacterium по п.1, которая представляет собой клетку штамма Bifidobacterium animalis subsp. lactis NCC 9034.
5. Клетка Bifidobacterium по п.1, где функциональный ген представляет собой tetW.
6. Клетка Bifidobacterium по п.5, которая, по меньшей мере, в 5 раз более чувствительна к тетрациклину по сравнению с аналогичной клеткой, которая содержит активный ген tetW.
7. Клетка Bifidobacterium по п.6, которая, по меньшей мере, в 10 раз более чувствительна к тетрациклину по сравнению с аналогичной клеткой, которая содержит активный ген tetW.
8. Клетка Bifidobacterium по п.7, которая чувствительна к концентрации тетрациклина, превышающей около 0,3 микрограммов на миллилитр, как было определено с помощью диско-диффузионного анализа.
9. Клетка Bifidobacterium по п.8, которая представляет собой штамм Bifidobacterium animalis subsp. lactis NCC 9034.
10. Клетка Bifidobacterium по п.1, которая в значительной степени лишена нуклеотидной последовательности гена tetW.
11. Клетка Bifidobacterium по п.1, которая в оставшейся части своего генома существенно не изменена.
12. Культура Bifidobacterium animalis, включающая клетку по п.11.
13. Способ получения клетки Bifidobacterium, лишенной функционально активного предварительно выбранного гена, включающий следующие стадии:
получение последовательности, расположенной перед предварительно выбранным функциональным геном, и последовательности, расположенной после предварительно выбранного функционального гена Bifidobacterium;
трансформацию популяции клеток Bifidobacterium с помощью плазмиды, которая не реплицируется в Bifidobacterium, плазмиды, включающей последовательности, которые фланкируют функциональный ген; а также ген, кодирующий селектируемый маркер;
выращивание клеток Bifidobacterium в условиях, обеспечивающих рост клеток, содержащих ген, кодирующий селектируемый маркер в плазмиде, но не обеспечивающих рост клеток, не содержащих ген, кодирующий селектируемый маркер, благодаря чему происходит селекция трансформантов, содержащих встроенную плазмиду;
выращивание трансформантов в неселективных условиях, которые обеспечивают рост клеток, но допускают потерю встроенной плазмиды;
отбор клеток, которые утратили встроенную плазмиду путем переноса реплик колоний на чашки Петри в условии селективного давления или при его отсутствии, и отбор тех колоний, которые чувствительны к селективному давлению; и
подтверждение того, что клетки, чувствительные к селективному давлению, больше не обладают функцией активного гена, и получение таким образом клетки Bifidobacterium, утратившей предварительно выбранный активный функциональный ген.
14. Способ по п.13, в котором удаляют предварительно выбранный функциональный ген.
15. Способ по п.13, в котором функциональный ген придает повышенную устойчивость к антибиотику.
16. Способ по п.15, в котором антибиотик представляет собой тетрациклин.
17. Способ по п.16, в котором функциональный ген является tetW.
18. Способ по п.13, в котором селективное давление представляет собой присутствие антибиотика.
19. Способ по п.18, в котором антибиотик является спектиномицином.
20. Способ по п.13, в котором плазмиду включают в состав генома с помощью гомологичной рекомбинации.
21. Способ по п.20, в котором встроенная плазмида утрачивается в результате второй гомологичной рекомбинации.
22. Способ по п.14 или 20, в которых только функциональный ген, который удаляют или делают неактивным, представляет собой предварительно выбранный функциональный ген.
23. Способ по п.13, в котором трансформанты выращивают в неселективных условиях, по меньшей мере, на протяжении примерно 100 генераций.
24. Способ по п.13, в котором клетки Bifidobacterium являются клетками В.animalis.
25. Способ по п.13, в котором клетки Bifidobacterium являются клетками В.animalis subsp. lactis.
26. Способ по п.13, в котором клетки Bifidobacterium являются В.animalis subsp. lactis NCC 2818, а результирующие клетки являются В.animalis subsp. lactis NCC 9034.
27. Способ по п.13, в котором клетки Bifidobacterium являются клетками В.longum.