ИДЕНТИФИКАЦИЯ ЛИЗИНОВ И ИХ ПРОИЗВОДНЫХ, ОБЛАДАЮЩИХ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТЬЮ ПРОТИВ PSEUDOMONAS AERUGINOSA

1. Фармацевтическая композиция, содержащая: выделенный полипептид лизина, выбранный из группы, состоящей из одного или более из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN205, или его фрагмент, обладающий активностью лизина, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, и фармацевтически приемлемый носитель, причем указанный полипептид лизина или фрагмент, или вариант присутствует в количестве, эффективном для ингибирования роста или уменьшения популяции, или уничтожения P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий.
2. Фармацевтическая композиция, содержащая эффективное количество выделенного полипептида лизина, выбранного из группы, состоящей из одного или более из GN3, GN13, GN17, GN9, GN10, GN105, GN108, GN123, GN150, GN203, или его фрагмента, обладающего активностью лизина, или его варианта, обладающего литической активностью и имеющего по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, и фармацевтически приемлемый носитель, причем указанный полипептид лизина присутствует в количестве, эффективном для ингибирования роста или уменьшения популяции, или уничтожения P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий; и фармацевтически приемлемый носитель.
3. Фармацевтическая композиция по п. 1 или 2, которая представляет собой раствор, суспензию, эмульсию, ингалируемый порошок, аэрозоль или спрей.
4. Фармацевтическая композиция по п. 2, содержащая дополнительно один или более антибиотиков, подходящих для лечения грамотрицательных бактерий.
5. Вектор, содержащий выделенный полинуклеотид, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид лизина по п. 1 или 2, причем указанный кодируемый полипептид лизина ингибирует рост или уменьшает популяцию, или уничтожает P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий, или комплементарную последовательность указанного полинуклеотида.
6. Рекомбинантный вектор экспрессии, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую полипептид лизина, содержащий аминокислотную последовательность полипептида по п. 1 или 2, причем указанный кодируемый полипептид лизина обладает свойством ингибировать рост или уменьшать популяцию, или приводить к уничтожению P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий, при этом указанная нуклеиновая кислота функционально связана с гетерологичным промотором.
7. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п. 5 или 6.
8. Рекомбинантный вектор по п. 5 или 6, характеризующийся тем, что указанная последовательность нуклеиновой кислоты представляет собой последовательность кДНК.
9. Выделенный полинуклеотид, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид лизина, выбранный из группы, состоящей из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN205, или его фрагмент, обладающий активностью лизина, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, причем указанный полипептид лизина ингибирует рост или уменьшает популяцию, или уничтожает P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий.
10. Полинуклеотид по п. 9, который представляет собой кДНК.
11. Способ ингибирования роста или уменьшения популяции, или уничтожения по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий, причем указанный способ включает приведение указанных бактерий в контакт с фармацевтической композицией, содержащей полипептид лизина, выбранный из группы, состоящей из одного или более из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN205, GN3, GN13, GN17, GN9, GN10, GN105, GN108, GN123, GN150, GN203, или его фрагмент, обладающий литической активностью, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, в количестве, эффективном для ингибирования роста или уменьшения популяции, или уничтожения P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий.
12. Способ лечения бактериальной инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями, выбранными из группы, состоящей из P. aeruginosa и необязательно одного или более дополнительных видов грамотрицательных бактерий, включающий введение субъекту, у которого диагностирована, который подвержен риску или у которого наблюдаются симптомы бактериальной инфекции, композиции, содержащей полипептид лизина, выбранный из группы, состоящей из одного или более из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN 205, GN3, GN13, GN17, GN9, GN10, GN105, GN108, GN123, GN150, GN203, или его фрагмент, обладающий активностью лизина, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, в количестве, эффективном для ингибирования роста или уменьшения популяции, или уничтожения P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий.
13. Способ по п. 12, характеризующийся тем, что по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий выбран из группы, состоящей из Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella spp., Enterobacter spp., Escherichia coli, Citrobacter freundii, Salmonella typhimurium, Yersinia pestis и Franciscella tulerensis.
14. Способ по п. 12, характеризующийся тем, что указанная инфекция, вызванная грамотрицательными бактериями, представляет собой инфекцию, вызванную Pseudomonas aeruginosa.
15. Способ лечения местной или системной патогенной бактериальной инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями, выбранными из группы, состоящей из P. aeruginosa и необязательно одного или более дополнительных видов грамотрицательных бактерий, у субъекта, включающий введение субъекту композиции, содержащей полипептид лизина, выбранный из группы, состоящей из одного или более из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN 205,GN3, GN13, GN17, GN9, GN10, GN105, GN108, GN123, GN150, GN203, или его фрагменты, обладающие активностью лизина, или его варианты, обладающие литической активностью и имеющие по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, в количестве, эффективном для ингибирования роста или уменьшения популяции, или уничтожения P. aeruginosa и необязательно по меньшей мере одной другой грамотрицательной бактерии.
16. Способ предотвращения или лечения бактериальной инфекции, включающий совместное введение субъекту, у которого диагностирована, который подвержен риску или у которого наблюдаются симптомы бактериальной инфекции, комбинации первого эффективного количества указанной композиции, содержащей эффективное количество выбранного из группы, состоящей из одного или более из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN 205, GN3, GN13, GN17, GN9, GN10, GN105, GN108, GN123, GN150, GN203, или его фрагмента, обладающего литической активностью, или его варианта, обладающего литической активностью и имеющего по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, и второго эффективного количества антибиотика, подходящего для лечения инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями.
17. Способ по п. 16, характеризующийся тем, что указанный антибиотик выбран из одного или более из цефтазидима, цефепима, цефоперазона, цефтобипрола, ципрофлоксацина, левофлоксацина, аминогликозидов, имипенема, меропенема, дорипенема, гентамицина, тобрамицина, амикацина, пиперациллина, тикарциллина, пенициллина, рифампицина, полимиксина В и колистина.
18. Способ повышения эффективности антибиотика, подходящего для лечения инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями, включающий совместное введение указанного антибиотика в комбинации с одним или более полипептидами лизина, выбранными из группы, состоящей из одного или более из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN205, GN3, GN13, GN17, GN9, GN10, GN105, GN108, GN123, GN150, GN203, или его фрагментом, обладающим литической активностью, или его вариантом, обладающим литической активностью и имеющим по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, причем введение указанной комбинации более эффективно ингибирует рост или уменьшает популяцию, или уничтожает грамотрицательных бактерий, чем введение либо указанного антибиотика, либо указанного полипептида лизина, либо его активного фрагмента по отдельности.
19. Выделенный полипептид лизина, выбранный из группы, состоящей из GN147, GN146, GN156, GN92, GN54, GN201, GN202, GN121, GN94, GN200, GN204, GN205, или его фрагмент, обладающий активностью лизина, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, причем указанный полипептид лизина ингибирует рост или уменьшает популяцию, или уничтожает P. aeruginosa, и необязательно по меньшей мере одного другого вида грамотрицательных бактерий.
20. Полипептид лизина, содержащий нативный лизин против грамотрицательных бактерий, выбранный из группы, состоящей из GN3, GN9, GN10, GN13, GN17,GN105, GN108, GN123, GN150 и GN203, или его фрагмент, обладающий литической активностью, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, причем указанный нативный лизин или фрагмент необязательно модифицирован путем замены 1-3 заряженных остатков аминокислот незаряженными остатками аминокислот, при этом указанный модифицированный нативный лизин или фрагмент сохраняет литическую активность.
21. Полипептид лизина, содержащий нативный лизин против грамотрицательных бактерий, выбранный из группы, состоящей из GN2, GN4, GN14, GN43 и GN37, или его фрагмент, обладающий литической активностью, или его вариант, обладающий литической активностью и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина, причем указанный нативный лизин или вариант, или фрагмент модифицирован путем замены 1-3 заряженных остатков аминокислот незаряженными остатками аминокислот, при этом указанный модифицированный нативный лизин или фрагмент сохраняет литическую активность.
22. Фармацевтическая композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанный полипептид лизина выбран из группы, состоящей из одного или более из GN156, GN121, GN108 и GN123 или их активных фрагментов или их вариантов, обладающих литической активностью и имеющих по меньшей мере 80% идентичность последовательности с указанным полипептидом лизина.
23. Способ по п. 11, характеризующийся тем, что указанные бактерии находятся в биопленке, причем указанный способ приводит к разрушению биопленки.