КОМПОЗИЦИИ Т-КЛЕТОК С УЛУЧШЕННЫМИ ФЕНОТИПИЧЕСКИМИ СВОЙСТВАМИ

6
SCM
1. Композиция выделенных клеток, подходящая для адаптивной иммунотерапии, причем композиция содержит в фармацевтически приемлемом носителе по меньшей мере 10 CD8+ T-клеток, специфических в отношении одного или нескольких целевых пептидных антигенов, и содержит стволовые T-клетки памяти (Т).
2. Композиция выделенных клеток по п. 1, в которой указанные CD8+ T-клетки являются специфическими в отношении от 1 до 100 целевых пептидных антигенов.
3. Композиция выделенных клеток по п. 1, в которой указанная специфичность Т-клеток в отношении целевого пептидного антигена в композиции определяют окрашиванием MHC-мультимером.
4. Композиция выделенных клеток по п. 1, в которой указанные целевые пептидные антигены представляют собой опухолеассоциированные антигены.
5. Композиция выделенных клеток по п. 4, в которой один или несколько целевых пептидных антигенов представляют собой полученные из опухоли или опухолеспецифические неоантигены.
6. Композиция выделенных клеток по п. 1, в которой один или несколько целевых пептидных антигенов представляют собой бактериальные, вирусные, грибковые или паразитарные антигены.
7. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-6, содержащая CD8+ Т-клетки, специфические в отношении по меньшей мере пяти целевых пептидных антигенов.
8. Композиция выделенных клеток по п. 7, в которой по меньшей мере один из целевых пептидных антигенов распознается редко встречающимся предшественником Т-клетки.
9. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-8, причем указанная композиция клеток содержит по меньшей мере 90% Т-клеток.
10. Композиция выделенных клеток по п. 9, в которой по меньшей мере 5% CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении целевого пептидного антигена.
11. Композиция выделенных клеток по п. 10, в которой по меньшей мере 10% CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении целевого пептидного антигена.
12. Композиция выделенных клеток по п. 11, в которой по меньшей мере 15% CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении целевого пептидного антигена.
13. Композиция выделенных клеток по п. 12, в которой по меньшей мере 30% CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении целевого пептидного антигена.
14. Композиция выделенных клеток по п. 13, в которой по меньшей мере 50% CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении целевого пептидного антигена.
15. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 4 или 5, причем указанная композиция клеток дополнительно содержит CD8+ Т-клетки, специфические в отношении бактериальных, вирусных и/или грибковых патогенов.
16. Композиция выделенных клеток по п. 15, в которой указанные CD8+ Т-клетки, специфические в отношении бактериальных, вирусных или грибковых патогенов, включают Т-клетки, специфические в отношении антигенов вируса гриппа, CMV, EBV и/или аденовируса.
17. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-16, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют от приблизительно 1% до приблизительно 100% стволовых Т-клеток памяти.
18. Композиция выделенных клеток по п. 17, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют от приблизительно 1% до приблизительно 50% стволовых T-клеток памяти.
19. Композиция выделенных клеток по п. 18, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют от приблизительно 5% до приблизительно 25% стволовых T-клеток памяти.
20. Композиция выделенных клеток по п. 18, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 5% стволовых T-клеток памяти.
21. Композиция выделенных клеток по п. 18, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 20% стволовых T-клеток памяти.
22. Композиция выделенных клеток по п. 18, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 25% стволовых T-клеток памяти.
23. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-22, в которой указанные Т-клетки, специфические в отношении одного или нескольких целевых антигенов, составляют по меньшей мере 15% стволовых Т-клеток памяти.
24. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-23, в которой более чем 95% CD8+ T-клеток содержат фенотип памяти.
25. Композиция выделенных клеток по п. 24, в которой указанные CD8+ T-клетки представляют собой центральные и эффекторные Т-клетки памяти.
26. Композиция выделенных клеток по п. 25, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 30% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
27. Композиция выделенных клеток по п. 25, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 50% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
28. Композиция выделенных клеток по п. 25, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 70% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
29. Композиция выделенных клеток по п. 25, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 80% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
30. Композиция выделенных клеток по п. 25, в которой указанные CD8+ T-клетки составляют по меньшей мере 90% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
31. Композиция выделенных клеток по п. 25, в которой указанные CD8+ T-клетки, специфические в отношении одного или нескольких целевых антигенов, составляют по меньшей мере 50% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
32. Композиция выделенных клеток по п. 31, в которой указанные Т-клетки, специфические в отношении одного или нескольких целевых антигенов, составляют по меньшей мере 80% центральных и эффекторных Т-клеток памяти.
33. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-32, в которой указанные CD8+ Т-клетки составляют менее 20% терминально дифференцированных клеток.
34. Композиция выделенных клеток по п. 33, в которой указанные Т-клетки составляют менее 10% терминально дифференцированных клеток.
N
35. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-34, причем указанная композиция содержит менее 30% наивных T-клеток (T).
36. Композиция выделенных клеток по п. 35, причем указанная композиция содержит менее 15% наивных клеток.
37. Композиция выделенных клеток по п. 35, причем указанная композиция содержит менее 5% наивных клеток.
38. Композиция выделенных клеток по п. 35, причем указанная композиция содержит менее 1,5% наивных клеток.
39. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-38, в которой по меньшей мере 10% CD8+ Т-клеток при активации проявляют полифункциональный фенотип.
40. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-39, в которой по меньшей мере 20% CD8+ Т-клеток при активации проявляют полифункциональный фенотип.
41. Композиция выделенных клеток по п. 40, в которой по меньшей мере 40% CD8+ Т-клеток при активации проявляют полифункциональный фенотип.
42. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-41, причем указанная композиция клеток содержит менее 10% CD4+ Т-клеток.
43. Композиция выделенных клеток по п. 42, причем указанная композиция клеток содержит менее 5% CD4+ Т-клеток.
44. Композиция выделенных клеток по п. 42, причем указанная композиция клеток содержит менее 2% CD4+ Т-клеток.
45. Композиция выделенных клеток по п. 42, причем указанная композиция клеток содержит менее 1,5% CD4+ Т-клеток.
46. Композиция выделенных клеток по п. 42, причем указанная композиция клеток содержит менее 1% CD4+ Т-клеток.
47. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-42, причем указанная композиция клеток дополнительно содержит γδ T-клетки.
48. Композиция выделенных клеток по п. 47, содержащая по меньшей мере приблизительно 2% γδ Т-клеток.
49. Композиция выделенных клеток по п. 47, содержащая по меньшей мере приблизительно 5% γδ Т-клеток.
50. Композиция выделенных клеток по п. 47, содержащая по меньшей мере приблизительно 10% γδ Т-клеток.
51. Композиция выделенных клеток по п. 47, содержащая по меньшей мере приблизительно 20% γδ Т-клеток.
52. Композиция выделенных клеток по п. 47, содержащая по меньшей мере приблизительно 25% γδ Т-клеток.
53. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 47-52, в которой γδ T-клетки представляют собой Vδ1 и Vδ2 клетки.
54. Композиция выделенных клеток по п. 17, причем указанная композиция по сути состоит из стволовых Т-клеток памяти, и клетки сконструированы для экспрессии химерного антигенного рецептора или рекомбинантного TCR.
55. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-54, причем указанную композицию получают путем обогащения CD8+ Т-клеток, специфических в отношении целевых пептидных антигенов, из исходных клеток; и/или путем экспансии CD8+ Т-клеток, специфических в отношении целевых пептидных антигенов, из исходных клеток.
56. Композиция выделенных клеток по п. 55, в которой исходные клетки получают от пациента или HLA-совместимого донора.
57. Композиция выделенных клеток по п. 56, в которой указанные донорские клетки выделяют с помощью лейкафереза.
58. Композиция выделенных клеток по п. 55, в которой указанные исходные клетки выделяют из опухоли пациента.
59. Композиция выделенных клеток по п. 55, в которой указанные исходные клетки представляют собой фракцию лейкоцитарной пленки.
60. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 55-59, в которой указанный источник клеток истощают в отношении CD4+ Т-клеток до обогащения или экспансии.
61. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 55-59, в которой указанные исходные клетки обогащены CD8+.
62. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 55-59, в которой указанный источник клеток истощен в отношении NK-клеток.
63. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 55-62, в которой указанные антигенспецифические Т-клетки обогащены искусственными aAPC, имеющими лиганд MHC I класса и необязательно костимуляторный лиганд.
64. Композиция выделенных клеток по п. 63, в которой указанные aAPC содержат костимуляторный лиганд, который представляет собой лиганд, который связывает CD28.
65. Композиция выделенных клеток по п. 64, в которой указанный костимуляторный лиганд представляет собой моноклональное антитело или его часть, которое представляет собой агонист CD28.
66. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-65, в которой указанное обогащение представляет собой магнитное обогащение парамагнитными aAPC, и при этом клетки и aAPC необязательно инкубируют в присутствии магнитного поля в течение по меньшей мере одной минуты.
67. Композиция выделенных клеток по п. 66, в которой указанные клетки и aAPC инкубируют в присутствии магнитного поля в течение не более чем приблизительно пяти часов.
68. Композиция выделенных клеток по п. 67, в которой указанные обогащенные антигенспецифические Т-клетки экспандируют без применения магнитного поля.
69. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 66-68, в которой указанные обогащенные клетки экспандируют в культуре в течение 1-4 недель.
70. Композиция выделенных клеток по п. 69, в которой указанные клетки экспандируют в культуре в присутствии одного или нескольких цитокинов или факторов роста, выбранных из MIP-1β, IL-1β, IL-2, IL-4, IL-6, IL- 7, IL-10, IL-15, IL-21 и INF-γ.
71. Композиция выделенных клеток по п. 70, в которой указанный IL-15 не включен для экспансии клеток в культуре.
72. Композиция выделенных клеток по п. 70, в которой указанные клетки экспандируют в культуре в присутствии одного, двух, трех, четырех или пяти цитокинов или факторов роста, выбранных из MIP-1β, IL-1β, IL-2, IL-4, IL-6, IL- 7, IL-10, IL-15, IL-21 и INF-γ.
73. Композиция выделенных клеток по п. 72, в которой указанный IL-15 не включен для экспансии клеток в культуре.
74. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-73, в которой указанные клетки экспандируют в культуре в присутствии по меньшей мере одного цитокина или фактора роста, выбранного из MIP-1β, IL-1β, IL-6 и IL-10.
75. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-74, в которой указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4.
76. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-74, в которой указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4 и IL-6.
77. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-74, в которой указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4 и IL-1β.
78. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-74, в которой указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4, IL-6 и IL-1β.
79. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-74, в которой указанные клетки экспандируют в присутствии IL-2, IL-4 и IL-6.
80. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 70-74, в которой указанные клетки экспандируют в культуре в присутствии IL-2, IL-4, IL-6, INF-γ и IL-1β.
81. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-80, в которой один или несколько целевых пептидных антигенов выбирают из пептидных эпитопов сурвивина, WT-1, PRAME и циклина A1.
82. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 1-81, в которой один или несколько целевых пептидных антигенов выбирают из пептидных эпитопов PR3, XBP1-US, XBP1-SP, CD138, CS1, NY-ESO1, SOX2, EBV, вируса гриппа, CMV, RHAMM, Mart-1/Melan A, gp100, CMVpp65 и матричного белка M1 вируса гриппа.
83. Композиция выделенных клеток, подходящая для адаптивной иммунотерапии, содержащая в фармацевтически приемлемом носителе
по меньшей мере 70% CD8+ Т-клеток и менее чем 5% CD4+ Т-клеток;
SCM
по меньшей мере 5% CD8+ клеток представляют собой T-клетки памяти (Т);
по меньшей мере 30% CD8+ клеток представляют собой центральные и эффекторные T-клетки памяти;
по меньшей мере менее чем 10% CD8+ T-клеток представляют собой терминально дифференцированные T-клетки; и
менее чем 10% CD8+ клеток представляют собой наивные клетки.
6
84. Композиция выделенных клеток по п. 83, в которой по меньшей 10 CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении целевых пептидных антигенов.
6
85. Композиция выделенных клеток по п. 84, в которой по меньшей 10 CD8+ T-клеток являются специфическими в отношении от 1 до 20 или от 1 до 10 целевых пептидных антигенов.
7
8
86. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 83-85, содержащая по меньшей мере 10 или 10 CD8+ Т-клеток, специфических в отношении целевых пептидных антигенов.
87. Композиция по любому из пп. 83-86, содержащая от 5% до 25% стволовых Т-клеток памяти.
88. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 83-87, содержащая менее 5% терминально дифференцированных Т-клеток и/или менее 5% наивных клеток.
89. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 83-88, в которой указанные целевые пептидные антигены представляют собой опухолеассоциированные антигены или ассоциированные с раком антигены, и необязательно ассоциированы с гематологической злокачественной опухолью.
90. Композиция выделенных клеток по п. 89, в которой указанные целевые пептидные антигены ассоциированы с гематологической злокачественной опухолью.
91. Композиция выделенных клеток по любому пп. 89-90, в которой один или несколько целевых пептидных антигенов выбирают из пептидных эпитопов сурвивина, WT-1, PRAME, циклина A1 и PR3, при этом пептидные эпитопы необязательно включают один или несколько, выбранных из Табл. 1.
92. Композиция выделенных клеток по пп. 89 или 90, в которой один или несколько целевых пептидных антигенов выбирают из пептидных эпитопов XBP1-US, XBP1-SP, CD138, CS1, NY-ESO1 и SOX2, при этом пептидные эпитопы необязательно включают один или несколько, выбранных из Табл. 2.
93. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 83-92, причем указанная композиция клеток дополнительно содержит γδ T-клетки.
94. Композиция выделенных клеток по п. 93, содержащая по меньшей мере приблизительно 5% γδ Т-клеток.
95. Композиция выделенных клеток по п. 93, содержащая по меньшей мере приблизительно 10% γδ Т-клеток.
96. Композиция выделенных клеток по п. 93, содержащая по меньшей мере приблизительно 25% γδ Т-клеток.
97. Композиция выделенных клеток по любому из пп. 93-96, в которой γδ T-клетки представляют собой Vδ1 и Vδ2 клетки.
98. Способ лечения пациента с раком, включающий введение пациенту, нуждающемуся в этом, композиции клеток по любому из пп. 1-97.
99. Способ по п. 98, в котором у указанного пациента имеется гематологическая злокачественная опухоль.
100. Способ по п. 99, в котором указанная гематологическая злокачественная опухоль рецидивировала после аллогенной трансплантации стволовых клеток.
101. Способ по пп. 99 или 100, в котором у пациента имеется острый миелогенный лейкоз (AML) или миелодиспластический синдром.
102. Способ по любому из пп. 98-101, в котором указанному пациенту перед введением клеточной терапии также была проведена лимфодеплеционная терапия, или циторедуктивная терапия, или иммуномодулирующая терапия.
103. Способ по любому из пп. 98-102, в котором указанная клеточная терапия может быть дополнительно обеспечена или не обеспечена цитокиновой поддержкой после лечения.
104. Способ по любому из пп. 98-103, в котором указанные антигенспецифические Т-клетки сохраняются у пациента в течение по меньшей мере 6 месяцев.
105. Способ получения композиции клеток по любому из пп. 1-97, включающий экспансию популяции истощенных по CD4+ Т-клеток в присутствии двух или более из IL-2, IL-4, IL-6, INF-γ и IL-1β.
106. Способ по п. 105, в котором указанные Т-клетки обогащают CD28+ клетками.
107. Способ по пп. 105 или 106, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4.
108. Способ по п. 107, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4 и IL-6.
109. Способ по п. 107, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4 и IL-1β.
110. Способ по п. 107, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4, IL-6 и IL- 1β.
111. Способ по п. 107, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-2, IL-4 и IL-6.
112. Способ по п. 107, в котором указанные клетки экспандируют в культуре в присутствии IL-2, IL-4, IL-6, INF-γ и IL-1β.
113. Способ по любому из пп. 93-112, в котором указанные клетки экспандируют в культуре в течение 1-4 недель.
114. Способ получения популяции γδ Т-клеток, включающий экспансию популяции Т-клеток в присутствии двух или более из IL-2, IL-4, IL-6, INF-γ и IL-1β.
115. Способ по п. 114, в котором указанная популяция Т-клеток обогащена CD28+.
116. Способ по п. 115, в котором указанную популяцию CD28+ клеток положительно отбирают с использованием гранул или частиц на основе антител к CD28.
117. Способ по любому из пп. 114-116, в котором указанная популяция Т-клеток истощена по CD4+.
118. Способ по любому из пп. 114-117, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4.
119. Способ по п. 118, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4 и IL-6.
120. Способ по п. 118, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4 и IL-1β.
121. Способ по п. 118, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-4, IL-6 и IL-1β.
122. Способ по п. 118, в котором указанные клетки экспандируют в присутствии IL-2, IL-4 и IL-6.
123. Способ по п. 118, в котором указанные клетки экспандируют в культуре в присутствии IL-2, IL-4, IL-6, INF-γ и IL-1β.
124. Способ по любому из пп. 117-123, в котором указанные клетки экспандируют в культуре в течение 1-4 недель.
125. Способ по любому из пп. 114-124, дополнительно включающий выделение γδ+ популяции клеток из γδ- клеток.
126. Способ по п. 125, дополнительно включающий гетерологичную экспрессию Т-клеточного рецептора, который необязательно представляет собой αβ TCR.
127. Способ по п. 125, дополнительно включающий гетерологичную экспрессию химерного антигенного рецептора (CAR).