ГЕННАЯ ТЕРАПИЯ НЕЙРОНАЛЬНЫХ ЦЕРОИДНЫХ ЛИПОФУСЦИНОЗОВ

1. Способ лечения болезни Баттена CLN2 у субъекта, включающий введение нуждающемуся в этом субъекту рекомбинантного аденоассоциированного вируса (rAAV) через первый путь введения и второй путь введения, в котором указанный первый путь введения и указанный второй путь введения ведут в центральную нервную систему (ЦНС), при этом указанный первый путь введения ведет в область головного мозга, а указанный второй путь введения ведет в область спинного мозга, и
при этом указанный рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV) содержит капсид AAV и упакованный в него векторный геном, и при этом указанный векторный геном содержит:
(a) последовательность 5' инвертированного концевого повтора (ITR) AAV;
(b) промотор;
(c) кодирующую последовательность CLN2, которая кодирует TPP1 человека, и
(d) 3' ITR AAV.
2. Способ по п. 1, в котором указанный первый путь введения является интрацеребровентрикулярным (ИЦВ) или интрацистернальным (ИЦ).
3. Способ по любому из пп. 1, 2, в котором указанный второй путь введения является интратекально-люмбарным (ИТ-Л).
4. Способ по любому из пп.1-3, в котором указанный способ дополнительно включает введение указанному субъекту указанного rAAV через третий путь введения, причем указанный третий путь введения выбирают из группы, состоящей из интрацеребровентрикулярного (ИЦВ), интрацистернального (ИЦ), интратекально-люмбарного, внутричерепного, внутривенного, внутрисосудистого, внутриартериального, внутримышечного, внутриглазного, подкожного и интрадермального.
5. Способ лечения болезни Баттена CLN2 у субъекта, включающий введение нуждающемуся в этом субъекту рекомбинантного аденоассоциированного вируса (rAAV) через первый путь введения и второй путь введения, в котором указанный первый путь введения ведет в центральную нервную систему (ЦНС), при этом указанный второй путь введения обеспечивает доставку rAAV в печень, и
при этом указанный рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV) содержит капсид AAV и упакованный в него векторный геном, и при этом указанный векторный геном содержит:
(a) последовательность 5' инвертированного концевого повтора (ITR) AAV;
(b) промотор;
(c) кодирующую последовательность CLN2, которая кодирует TPP1 человека, и
(d) 3' ITR AAV.
6. Способ по п. 5, в котором указанный первый путь введения является интратекально-люмбарным (ИТ-Л), интрацеребровентрикулярным (ИЦВ) или интрацистернальным (ИЦ).
7. Способ по любому из пп. 5, 6, в котором второй путь введения выбирают из группы, состоящей из внутривенного, внутрисосудистого, внутриартериального, внутримышечного, внутриглазного, подкожного и интрадермального.
8. Способ по п. 7, в котором указанный второй путь введения является внутривенным.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором указанный способ включает введение указанного rAAV через указанный первый путь введения одновременно с введением указанного rAAV через указанный второй путь введения.
10. Способ по любому из пп. 1-8, в котором указанный способ включает введение указанного rAAV через указанный первый путь введения до введения указанного rAAV через указанный второй путь введения.
11. Способ по любому из пп. 1-8, в котором указанный способ включает введение указанного rAAV через указанный первый путь введения после введения указанного rAAV через указанный второй путь введения.
12. Способ по любому из пп. 10, 11, в котором интервал между введением указанного rAAV через указанный первый путь введения и введением указанного rAAV через указанный второй путь введения составляет около 0,5 часов, около 1 часа, около 2 часов, около 3 часов, около 4 часов, около 5 часов, около 6 часов, около 7 часов, около 8 часов, около 9 часов, около 10 часов, около 11 часов, около 12 часов, около 1 суток, около 2 суток, около 3 суток, около 4 суток, около 5 суток, около 6 суток, около 1 недели, около 8 суток, около 9 суток, около 10 суток, около 11 суток, около 12 суток, около 13 суток, около 2 недель, около 3 недель, около 4 недель, около 5 недель, около 6 недель, около 7 недель, около 8 недель, около 9 недель, около 10 недель, около 11 недель, около 12 недель, около 1 месяца, около 2 месяцев, около 3 месяцев, около 4 месяцев, около 5 месяцев, около 6 месяцев или более.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором указанный способ приводит к активности TPP1 в спинном мозге указанного субъекта, которая на по меньшей мере 2%, 3%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 12%, 15%, 17%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% или 50% выше, чем эталонная активность TPP1 в спинном мозге второго субъекта, и при этом эталонную активность TPP1 в спинном мозге измеряют, когда второй субъект не получает лечения с использованием указанного способа, и при этом второй субъект является тем же самым или отличается от указанного субъекта.
14. Способ по любому из пп. 1-13, в котором указанный способ приводит к активности TPP1 в печени указанного субъекта, которая на по меньшей мере 2%, 3%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 12%, 15%, 17%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% или 50% выше, чем эталонная активность TPP1 в печени второго субъекта, и при этом эталонную активность TPP1 в печени измеряют, когда второй субъект не получает лечения с использованием указанного способа, и при этом второй субъект является тем же самым или отличается от указанного субъекта.
15. Способ по любому из пп. 1-14, в котором указанный способ приводит к активности TPP1 в сыворотке указанного субъекта, которая на по меньшей мере 2%, 3%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 12%, 15%, 17%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% или 50% выше, чем эталонная активность TPP1 в сыворотке второго субъекта, и при этом эталонную активность TPP1 в сыворотке измеряют, когда второй субъект не получает лечения с использованием указанного способа, и при этом второй субъект является тем же самым или отличается от указанного субъекта.
16. Способ по любому из пп. 1-15, в котором указанный способ приводит к микроглиальной активности в коре головного мозга указанного субъекта, которая на по меньшей мере 2%, 3%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 12%, 15%, 17%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% или 50% выше, чем эталонная микроглиальная активность в коре головного мозга второго субъекта, и при этом эталонную микроглиальную активность в коре головного мозга измеряют, когда второй субъект не получает лечения с использованием указанного способа, и при этом второй субъект является тем же самым или отличается от указанного субъекта.
17. Способ по любому из пп. 1-16, в котором указанный способ приводит к активности TPP1 в головном мозге указанного субъекта, которая на по меньшей мере 2%, 3%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 12%, 15%, 17%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% или 50% выше, чем эталонная активность TPP1 в головном мозге второго субъекта, и при этом эталонную активность TPP1 в головном мозге измеряют, когда второй субъект не получает лечения с использованием указанного способа, и при этом второй субъект является тем же самым или отличается от указанного субъекта.
18. Способ по любому из пп. 1-17, в котором указанный rAAV вводят в терапевтически эффективном количестве.
19. Способ по любому из пп. 1-18, в котором указанный субъект является человеком.
20. Способ по любому из пп. 1-19, в котором кодирующая последовательность (c) представляет собой кодон-оптимизированную CLN2 человека, которая по меньшей мере на 70% идентична нативной кодирующей последовательности человека SEQ ID NO: 2.
21. Способ по любому из пп. 1-20, в котором кодирующая последовательность (c) представляет собой SEQ ID NO: 3.
22. Способ по любому из пп. 1-21, в котором капсид rAAV представляет собой AAV9 или его вариант.
23. Способ по любому из пп. 1-22, в котором промотор представляет собой промотор бета-актина кур (CBA).
24. Способ по любому из пп. 1-23, в котором промотор представляет собой гибридный промотор, который содержит промоторную последовательность CBА и энхансерные элементы цитомегаловируса.
25. Способ по любому из пп. 1-24, в котором 5' ITR AAV и/или 3' ITR AAV получены из AAV2.
26. Способ по любому из пп. 1-25, в котором векторный геном дополнительно содержит полиА.
27. Способ по п. 26, в котором полиА является синтетической полиА или полученной из бычьего гормона роста (bGH), гормона роста человека (hGH), SV40, β-глобина кролика (RGB) или модифицированного RGB (mRGB).
28. Способ по любому из пп. 1-27, в котором векторный геном дополнительно содержит интрон.
29. Способ по п. 28, в котором интрон получен из CBA, бета-глобина, IVS2, SV40, bGH, альфа-глобулина, бета-глобулина, коллагена, овальбумина или p53 человека.
30. Способ по любому из пп. 1-29, в котором векторный геном дополнительно содержит энхансер.
31. Способ по п. 30, в котором энхансер представляет собой энхансер CMV, энхансер RSV, энхансер APB, энхансер ABPS, энхансер альфа mic/bik, энхансер TTR, en34, ApoE.
32. Способ по любому из пп. 1-31, в котором векторный геном имеет размер от около 3 тысяч оснований до около 5,5 тысяч оснований.
33. Способ по любому из пп. 1-32, в котором векторный геном имеет размер около 4 тысяч оснований.
34. Способ по любому из пп. 1-33, в котором rAAV получают с помощью способа, включающего выращивание в суспензионной культуре суспензионной линии клеток, способной продуцировать rAAV.
35. Способ по п. 34, в котором указанная суспензионная линия клеток представляет собой суспензионную линию клеток HEK293.
36. Фармацевтическая композиция, содержащая:
(a) рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV),
(b) хлорид натрия,
(c) хлорид магния,
(d) хлорид калия,
(e) декстрозу,
(f) полоксамер 188,
(g) фосфат натрия одноосновный, и
(h) фосфат натрия двухосновный,
при этом указанный рекомбинантный аденоассоциированный вирус (rAAV) содержит капсид AAV и упакованный в него векторный геном, и при этом указанный векторный геном содержит: (i) последовательность 5’ инвертированного концевого повтора (ITR) AAV; (ii) промотор; (iii) кодирующую последовательность CLN2, которая кодирует TPP1 человека, и (iv) 3' ITR AAV.
37. Фармацевтическая композиция по п. 36, дополнительно содержащая хлорид кальция.
38. Фармацевтическая композиция по п. 37, в которой указанный хлорид натрия, указанный хлорид магния, указанный хлорид калия, указанная декстроза, указанный полоксамер 188, указанный одноосновный фосфат натрия, указанный двухосновный фосфат натрия и указанный хлорид кальция каждый находится в безводной форме, форме моногидрата, дигидрата, 3-гидрата, 4-гидрата, 5-гидрата, 6-гидрата, 7-гидрата, 8-гидрата, 9-гидрата или 10-гидрата.
39. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-38, содержащая:
(a) указанный rAAV,
(b) хлорид натрия в концентрации около 8,77 г/л,
(c) хлорид магния 6-гидрат, в концентрации около 0,244 г/л,
(d) хлорид калия в концентрации около 0,224 г/л,
(e) хлорид кальция дигидрат в концентрации около 0,206 г/л,
(f) дексторзу безводную в концентрации около 0,793 г/л,
(g) полоксамер 188 в концентрации около 0,001% (объем/объем),
(h) одноосновного фосфата натрия моногидрат в концентрации около 0,0278 г/л, и
(i) безводный двухосновный фосфат натрия в концентрации около 0,114 г/л.
11
11
11
12
12
12
13
13
13
13
13
13
13
13
13
14
14
14
15
40. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-39, в которой концентрация векторного генома (VКГ) фармацевтической композиции составляет около 1⋅10 КГ/мл, около 3⋅10 копий генома (КГ)/мл, около 6⋅10 КГ/мл, около 1⋅10 КГ/мл, около 3⋅10КГ/мл, около 6⋅10 КГ/мл, около 1⋅10 КГ/мл, около 2⋅10 КГ/мл, около 3⋅10 КГ/мл, около 4⋅10 КГ/мл, около 5⋅10 КГ/мл, около 6⋅10 КГ/мл, около 7⋅10 КГ/мл, около 8⋅10 КГ/мл, около 9⋅10КГ/мл или около 1⋅10КГ/мл, около 3⋅10 КГ/мл, около 6⋅10 КГ/мл или около 1⋅10 КГ/мл.
41. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-40, в которой значение рН фармацевтической композиции находится в диапазоне от около 6,0 до около 9,0.
42. Фармацевтическая композиция по п. 41, в которой значение pH фармацевтической композиции составляет около 7,4.
43. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-42, в которой указанный rAAV на по меньшей мере 2%, 5%, 7%, 10%, 12%, 15%, 17%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 100%, в 2 раза, 3 раза, 5 раз, 10 раз, 100 раз или 1000 раз более устойчив к циклам замораживания/размораживания, чем тот же рекомбинантный rAAV в эталонной фармацевтической композиции.
44. Фармацевтическая композиция по п. 43, в которой стабильность указанного rAAV определяют посредством
(a) инфекционности rAAV,
(b) уровней агрегирования rAAV, или
(c) уровней свободной ДНК, высвобождаемой rAAV.
45. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-44, представляющая собой жидкую композицию.
46. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-44, представляющая собой замороженную композицию.
47. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-44, представляющая собой лиофилизированную композицию или восстановленную лиофилизированную композицию.
48. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-47, обладающая свойством, подходящим для интрацеребровентрикулярного (ИЦВ), интрацистернального (ИЦ), интратекально-люмбарного, внутричерепного, внутривенного, внутрисосудистого, внутриартериального, внутримышечного, внутриглазного, внутримышечного, подкожного или интрадермального введения.
49. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-48, в которой кодирующая последовательность (iii) представляет собой кодон-оптимизированную CLN2 человека, которая по меньшей мере на 70% идентична нативной кодирующей последовательности человека SEQ ID NO: 2.
50. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-49, в которой кодирующая последовательность (iii) представляет собой SEQ ID NO: 3.
51. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-50, в которой капсид rAAV представляет собой AAV9 или его вариант.
52. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-51, в которой промотор представляет собой промотор бета-актина кур (CBA).
53. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-52, в которой промотор представляет собой гибридный промотор, который содержит промоторную последовательность CBА и энхансерные элементы цитомегаловируса.
54. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-53, в которой 5' ITR AAV и/или 3' ITR AAV получены из AAV2.
55. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-54, в которой векторный геном дополнительно содержит полиА.
56. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-55, в которой полиА является синтетической полиА или полученной из бычьего гормона роста (bGH), гормона роста человека (hGH), SV40, β-глобина кролика (RGB) или модифицированного RGB (mRGB).
57. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-56, в которой векторный геном дополнительно содержит интрон.
58. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-57, в котором интрон получен из CBA, бета-глобина, IVS2, SV40, bGH, альфа-глобулина, бета-глобулина, коллагена, овальбумина или p53 человека.
59. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-58, в которой векторный геном дополнительно содержит энхансер.
60. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-59, в которой энхансер представляет собой энхансер CMV, энхансер RSV, энхансер APB, энхансер ABPS, энхансер альфа mic/bik, энхансер TTR, en34, ApoE.
61. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-60, в которой векторный геном имеет размер от около 3 тысяч оснований до около 5,5 тысяч оснований.
62. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-61, в которой векторный геном имеет размер около 4 тысяч оснований.
63. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 36-62, в которой rAAV получают с помощью способа, включающего выращивание в суспензионной культуре суспензионной линии клеток, способной продуцировать rAAV.
64. Способ лечения болезни Баттена CLN2 у субъекта, включающий введение указанному субъекту фармацевтической композиции по любому из пп. 36-63.
65. Способ по п. 64, в котором указанную фармацевтическую композицию вводят в терапевтически эффективном количестве.
66. Способ по любому из пп. 64, 65, в котором указанный субъект является человеком.
67. Набор, содержащий один или более контейнеров и инструкцию по применению, в котором один или более контейнеров содержат фармацевтическую композицию по любому из пп. 36-63.