СПОСОБЫ РАЗДЕЛЕНИЯ, ХАРАКТЕРИСТИКИ И(ИЛИ) ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ

1. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма из тестируемого образца, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) селективный лизис клеток не микроорганизмов в тестируемом образце с получением лизированного образца;
(c) разделение микроорганизмов от других компонентов указанного лизированного образца с образованием изолированного образца микроорганизма;
(d) исследование указанного изолированного образца указанного микроорганизма с помощью масс-спектрометрии для снятия масс-спектра этого микроорганизма и
(e) характеристику и/или идентификацию этого микроорганизма в указанном изолированном образце путем сравнения измеренного масс-спектра с референсными масс-спектрами и/или с известными или предсказанными массами клеточных компонентов известных микроорганизмов
2. Способ по п.1, где по меньшей мере часть указанного изолированного образца микроорганизмов со стадии (c) выделяют и помещают на субстрат-носитель перед стадией исследования (d).
3. Способ по п.1, где средством разделения на стадии (c) является центрифугирование.
4. Способ по п.1, где средством разделения на стадии (c) является фильтрование.
5. Способ по п.1, где по меньшей мере часть изолированного образца микроорганизма со стадии (с) осаждают непосредственно на субстрате-носителе во время разделения перед стадией исследования (d).
6. Способ по п.1, где указанная масс-спектрометрия представляет собой масс-спектрометрию MALDI-TOF, масс-спектрометрию электрораспылительной ионизацией с десорбцией (DESI), газовую хромато-масс-спектрометрию, жидкостную хромато-масс-спектрометрию, масс-спектрометрию электрораспылительной ионизацией (ESI) и спектрометрию в трубке селективного потока ионов (SIFT).
7. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
8. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп и функциональных групп.
9. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
10. Способ по п.1, где стадию селективного лизиса (b) осуществляют, используя раствор для лизиса, содержащий один или более чем один детергент.
12
9
7
11. Способ по п.10, где указанный один или более чем один детергент выбран из группы, состоящей из Тритона Х-100, Тритона X-100-R, Тритона X-114, NP-40, Genapol C-100, Genapol Х-100, Igepal CA 630, Arlasolve™200, Brij 96/97, CHAPS, октил-D-глюкопиранозида, сапонина, нонаэтиленгликоля монододецилового эфира (CE, полидоценол), додецилсульфата натрия, N-лаурилсаркозина, дезоксихолата натрия, желчных солей, гексадецилтриметиламмония бромида, SB3-10, SB3-12, амидосульфобетаина-14, CBzO, Brij 98, Brij 58, Brij 35, Твин 80, Твин 20, Pluronic L64, Pluronic P84, не детергентных сульфобетаинов (NDSB 201), амфиполов (PMAL-C8) и метил-β-циклодекстрина.
12-18
9-10
12. Способ по п.10, где указанный детергент представляет собой полиоксиэтиленовый детергент, включающий структуру С/Е.
13. Способ по п.10, где полиоксиэтиленовый детергент выбран из группы, состоящей из Brij 97, Brij96V, Genapol C-100, Genapol X-100 и полидоценола.
14. Способ по п.10, где указанный раствор для лизиса дополнительно содержит один или более чем один фермент, который включает смесь одной или более чем одной протеиназы и одной или более чем одной нуклеазы.
15. Способ по п.10, где раствор для лизиса содержит один или более чем один буферный агент.
16. Способ по п.1, где указанный лизированный образец наслаивают на градиент плотности в контейнере, и где контейнер центрифугируют с образованием осадка микроорганизмов.
17. Способ по п.16, где градиент плотности включает одно или более чем одно из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидина, сополимера метилового эфира ПЭГ и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости и их комбинаций.
18. Способ по п.1, где указанный тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.
19. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма из гемокультуры, включающий:
(a) получение образца из гемокультуры, о которой известно, что она содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) селективный лизис клеток не микроорганизмов в образце с получением лизированного образца;
(c) наслаивание лизированного образца на градиент плотности в герметичном контейнере;
(d) центрифугирование контейнера для разделения микроорганизмов от других компонентов указанного образца и образование осадка микроорганизмов;
(e) исследование изолированного образца микроорганизмов с помощью масс-спектрометрии для снятия масс-спектра этого микроорганизма; и
(f) характеристику и/или идентификацию данного микроорганизма в указанном изолированном образце путем сравнения измеренного масс-спектра с референсными масс-спектрами и/или с известными или предсказанными массами клеточных компонентов известных микроорганизмов.
20. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) наслаивание тестируемого образца на градиент плотности в контейнере;
(c) центрифугирование контейнера для разделения микроорганизмов от других компонентов указанного тестируемого образца и образование осадка микроорганизмов;
(d) исследование осадка с помощью масс-спектрометрии для снятия масс-спектра этого микроорганизма и
(e) характеристику и/или идентификацию данного микроорганизма в изолированном образце путем сравнения измеренного масс-спектра с референсными масс-спектрами и/или с известными или предсказанными массами клеточных компонентов известных микроорганизмов.
21. Способ по п.20, где по меньшей мере часть осадка микроорганизмов со стадии (c) выделяют и помещают на субстрат-носитель перед стадией исследования (d).
22. Способ по п.20, где масс-спектрометрия представляет собой масс-спектрометрию MALDI-TOF, масс-спектрометрию электрораспылительной ионизацией с десорбцией (DESI), газовую хромато-масс-спектрометрию, жидкостную хромато-масс-спектрометрию, масс-спектрометрию электрораспылительной ионизацией (ESI) и спектрометрию в трубке селективного потока ионов (SIFT).
23. Способ по п.20, где градиент плотности выбран из группы, состоящей из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидина, сополимера метилового эфира ПЭГ и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости и их комбинаций.
24. Способ по п.20, где микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
25. Способ по п.20, где микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп и функциональных групп.
26. Способ по п.20, где указанные микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
27. Способ по п.20, где тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.