СПОСОБЫ ЗАЩИТЫ ПЛОДОВ СВИНЕЙ ОТ ИНФИЦИРОВАНИЯ ВИРУСОМ

1. Способ защиты плода свиньи от заражения вирусом репродуктивного и респираторного синдрома свиней (PRRSV), включающий разведение самки свиньи с самцом свиньи, при этом:
самка свиньи содержит модифицированные хромосомные последовательности в обоих аллелях гена CD163, причем модифицированные хромосомные последовательности снижают чувствительность самки свиньи к заражению PRRSV по сравнению с чувствительностью к заражению PRRSV самки свиньи, которая не содержит любые модифицированные хромосомные последовательности в аллелях гена CD163; и
самец свиньи содержит по меньшей мере один аллель CD163 дикого типа.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что самец свиньи содержит два аллеля CD163 дикого типа.
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что модифицированные хромосомные последовательности снижают чувствительность самки свиньи к вирусу PRRSV Типа 1, PRRSV Типа 2 или к обоим вирусам PRRSV Типа 1 и Типа 2.
4. Способ по п. 3, отличающийся тем, что модифицированные хромосомные последовательности снижают чувствительность самки свиньи к изоляту PRRSV, выбранному из группы, состоящей из NVSL 97-7895, KS06-72109, Р129, VR2332, СО90, AZ25, MLV-ResPRRS, KS62-06274, KS483 (SD23983), С084, SD13-15, Lelystad, 03-1059, 03-1060, SD01-08, 4353PZ и их комбинаций.
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что самка свиньи включает генетически модифицированную самку свиньи.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что самка свиньи генетически модифицирована с применением хоминг-эндонуклеазы.
7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что хоминг-эндонуклеаза включает сконструированную хоминг-эндонуклеазу.
8. Способ по п. 6 или 7, отличающийся тем, что хоминг-эндонуклеаза включает систему кластерных коротких палиндромных повторов с регулярными интервалами (CRISPR), эффекторную нуклеазу, подобную активатору транскрипции (TALEN), нуклеазу цинковых пальцев (ZFN), слитый белок рекомбиназы, мегануклеазу или комбинацию любых из них.
9. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что самка свиньи генетически модифицирована с применением системы CRISPR.
10. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что самка свиньи содержит одинаковую модифицированную хромосомную последовательность в обоих аллелях гена CD163.
11. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что самка свиньи содержит первую модифицированную хромосомную последовательность в первом аллеле гена CD 163 и вторую модифицированную хромосомную последовательность во втором аллеле гена CD 163, причем первая и вторая модифицированные хромосомные последовательности отличаются друг от друга.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что каждый аллель гена CD163 самки свиньи содержит вставку, делецию или их комбинацию.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что по меньшей мере один аллель гена CD163 самки свиньи содержит делецию.
14. Способ по п. 12 или 13, отличающийся тем, что по меньшей мере один аллель гена CD 163 самки свиньи содержит вставку.
15. Способ по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что модифицированные хромосомные последовательности вызывают снижение продукции или активности белка CD163 по сравнению с продукцией или активностью белка CD163 у самки свиньи, у которой отсутствуют модифицированные хромосомные последовательности.
16. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что модифицированные хромосомные последовательности приводят к практически отсутствию продуцирования функционального белка CD163 у самки свиньи.
17. Способ по любому из пп. 1-16, отличающийся тем, что самка свиньи не продуцирует белок CD163.
18. Способ по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что каждый аллель гена CD163 самки свиньи содержит модификацию в экзоне 7, модификацию в экзоне 8, модификацию интрона, примыкающего к экзону 7 или экзону 8, или комбинацию любых из них.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что один или оба аллеля гена CD163 самки свиньи содержат модификацию в экзоне 7 гена CD163.
20. Способ по п 18 или 19, отличающийся тем, что модификация в экзоне 7 включает делецию.
21. Способ по любому из пп. 12-20, отличающийся тем, что делеция включает делецию в рамке считывания.
22. Способ по любому из пп. 18-21, отличающийся тем, что модификация в экзоне 7 включает вставку.
23. Способ по любому из пп. 1-22, отличающийся тем, что модифицированные хромосомные последовательности в одном или обоих аллелях гена CD163 самки свиньи приводят к неправильному кодированию.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что неправильное кодирование приводит к преждевременному стоп-кодону ниже неправильного кодирования в аллеле гена CD163.
25. Способ по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что по меньшей мере один из аллелей гена CD163 у самки свиньи содержит модификацию, выбранную из группы, состоящей из:
делеции 11 пар оснований от нуклеотида 3137 до нуклеотида 3147 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
вставки 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 на том же аллеле;
делеции 124 пар оснований от нуклеотида 3024 до нуклеотида 3147 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 123 пар оснований от нуклеотида 3024 до нуклеотида 3146 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
вставки 1 пары оснований между нуклеотидами 3147 и 3148 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 130 пар оснований от нуклеотида 3030 до нуклеотида 3159 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 132 пар оснований от нуклеотида 3030 до нуклеотида 3161 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1506 пар оснований от нуклеотида 1525 до нуклеотида 3030 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
вставки 7 пар оснований между нуклеотидом 3148 и нуклеотидом 3149 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1280 пар оснований от нуклеотида 2818 до нуклеотида 4097 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1373 пар оснований от нуклеотида 2724 до нуклеотида 4096 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1467 пар оснований от нуклеотида 2431 до нуклеотида 3897 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1930 пар оснований от нуклеотида 488 до нуклеотида 2417 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 12 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 488, и при этом присутствует дополнительная делеция 129 пар оснований в экзоне 7 от нуклеотида 3044 до нуклеотида 3172 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47; делеции 28 пар оснований от нуклеотида 3145 до нуклеотида 3172 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1387 пар оснований от нуклеотида 3145 до нуклеотида 4531 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1382 пар оснований от нуклеотида 3113 до нуклеотида 4494 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 11 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 3113; делеции 1720 пар оснований от нуклеотида 2440 до нуклеотида 4160 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 452 пар оснований от нуклеотида 3015 до нуклеотида 3466 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47; и комбинаций любых из них.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что:
модификация включает вставку из 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 на том же аллеле, и вставка из 2 пар оснований включает динуклеотид AG;
модификация включает вставку 1 пары оснований между нуклеотидами 3147 и 3148 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, и вставка из 1 пары оснований содержит единичный остаток аденина;
модификация включает вставку 7 пар оснований между нуклеотидом 3148 и нуклеотидом 3149 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, и вставка из 7 пар оснований содержит последовательность TACT ACT (SEQ ID NO: 115); модификация включает делецию 1930 пар оснований от нуклеотида 488 до нуклеотида 2417 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 12 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 488, и при этом имеется дополнительная делеция 129 пар оснований в экзоне 7 от нуклеотида 3044 до нуклеотида 3172 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, и где вставка из 12 пар оснований содержит последовательность TGTGGAGAATTC (SEQ ID NO: 116); или
модификация включает делецию 1382 пар оснований от нуклеотида 3113 до нуклеотида 4494 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 11 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 3113, и вставка из 11 пар оснований включает последовательность AGCCAGCGTGC (SEQ ID NO: 117).
27. Способ по п. 25 или 26, отличающийся тем, что по меньшей мере один из аллелей гена CD 163 самки свиньи содержит модификацию, выбранную из группы, состоящей из: вставки 7 пар оснований между нуклеотидом 3148 и нуклеотидом 3149 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
вставки 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 на том же аллеле;
делеции 11 пар оснований от нуклеотида 3137 до нуклеотида 3147 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47;
делеции 1382 пар оснований от нуклеотида 3113 до нуклеотида 4494 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 11 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 3113;
и комбинаций любых из них.
28. Способ по п. 27, отличающийся тем, что самка свиньи содержит:
(а) вставку из 7 пар оснований между нуклеотидом 3148 и нуклеотидом 3149 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 в одном аллеле гена CD163; и
вставку 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, в другом аллеле гена CD 163;
(б) делецию 1382 пар оснований от нуклеотида 3113 до нуклеотида 4494 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 11 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 3113, в одном аллеле гена CD163; и
вставку 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, в другом аллеле гена CD163;
(в) вставку 7 пар оснований между нуклеотидом 3148 и нуклеотидом 3149 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 в одном аллеле гена CD163; и делецию 11 пар оснований от нуклеотида 3137 до нуклеотида 3147 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 в другом аллеле гена CD163; или
(г) делецию 1382 пар оснований от нуклеотида 3113 до нуклеотида 4494 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 11 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 3113, в одном аллеле гена CD163; и
делецию 11 пар оснований от нуклеотида 3137 до нуклеотида 3147 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 в другом аллеле гена CD163.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что самка свиньи содержит:
(а) вставку 7 пар оснований между нуклеотидом 3148 и нуклеотидом 3149 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47 в одном аллеле гена CD 163; и вставку 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, в другом аллеле гена CD163; или
(б) делецию 1382 пар оснований от нуклеотида 3113 до нуклеотида 4494 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, где удаленная последовательность заменена вставкой из 11 пар оснований, начинающейся с нуклеотида 3113, в одном аллеле гена CD163; и
вставку 2 пар оснований между нуклеотидами 3149 и 3150 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, с делецией 377 пар оснований от нуклеотида 2573 до нуклеотида 2949 по сравнению с референсной последовательностью SEQ ID NO: 47, в другом аллеле гена CD163.
30. Способ по любому из пп. 12-29, отличающийся тем, что аллели гена CD163 самки -свиньи содержат хромосомную последовательность, имеющую по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99%, по меньшей мере 99,9% или 100% идентичность последовательности SEQ ID NO: 47 в областях указанной хромосомной последовательности вне вставки или делеции.
31. Способ по любому из пп. 1-30, отличающийся тем, что самка свиньи содержит хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114 или 119 в одном или в обоих аллелях гена CD163.
32. Способ по п. 31, отличающийся тем, что самка свиньи содержит хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 99, 102, 103 или 113 в одном или в обоих аллелях гена CD 163.
33. Способ по п. 32, отличающийся тем, что самка свиньи содержит:
(а) хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 99 в одном аллеле гена CD163, и хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 103 в другом аллеле гена CD163;
(б) хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 113 в одном аллеле гена CD 163, и хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 99 в другом аллеле гена CD163;
(в) хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 99 в одном аллеле гена CD163, и хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 102 в другом аллеле гена CD 163; или
(г) хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 113 в одном аллеле гена CD163, и хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 102 в другом аллеле гена CD163.
34. Способ по п. 33, отличающийся тем, что самка свиньи содержит:
(а) хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 99 в одном аллеле гена CD163, и хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 103 в другом аллеле гена CD 163; или
(б) хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 113 в одном аллеле гена CD 163, и хромосомную последовательность, включающую SEQ ID NO: 99 в другом аллеле гена CD163.
35. Способ по любому из пп. 1-34, отличающийся тем, что в результате разведения получают один или более плодов, которые содержат модифицированную хромосомную последовательность в единичном аллеле гена CD163.
36. Способ по п. 35, отличающийся тем, что плоды имеют пониженную чувствительность к заражению PRRSV в утробе матери по сравнению с плодами в утробе матери - самки свиньи дикого типа.
37. Способ по любому из пп. 1-36, отличающийся тем, что разведение включает скрещивание самки свиньи с самцом свиньи.
38. Способ по любому из пп. 1-36, отличающийся тем, что разведение включает искусственное оплодотворение самки спермой, полученной от самца.
39. Способ по любому из пп. 1-36, отличающийся тем, что разведение включает перенос оплодотворенного ооцита в репродуктивный тракт самки свиньи.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что оплодотворенный ооцит был получен путем оплодотворения ооцита in vitro спермой, полученной от самца свиньи.
41. Способ по п. 40, отличающийся тем, что оплодотворение in vitro включает интрацитоплазматическую инъекцию ооцита со спермой, полученной от самца свиньи.