СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ПРОВЕРКИ ПРОТОКОЛА КОМПЬЮТЕРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ

1. Способ (100) конструирования и оценки олигонуклеотидной матрицы, причем упомянутый способ включает в себя этапы:
сохранения (101) информации об аннотациях (10) генома и желательных последовательностях (11) в первой базе (12) данных;
создания (102) репрезентативной матрицы для запрашиваемых последовательностей (14) посредством применения второй базы (13) данных, содержащей информацию о рестрикционных ферментах к упомянутой информации, хранящейся в упомянутой первой базе (12) данных;
создания (103) списка рестрикционных ферментов (15) и списка последовательностей для профилирования (16) на основе указанной репрезентативной матрицы; и
конструирования (104) олигонуклеотидной матрицы (17) из списка последовательностей для профилирования (16).
2. Способ по п.1, в котором упомянутое конструирование (104) олигонуклеотидной матрицы (17) включает в себя этапы:
ранжирования (42) последовательностей упомянутого списка последовательностей посредством применения модели (43) гибридизации, приводящего в результате ко второму набору последовательностей, пригодных для применения на конкретной олигонуклеотидной матрице; и
выбора (44) желательной последовательности для упомянутой олигонуклеотидной матрицы (17).
3. Способ по п.2, в котором упомянутое ранжирование (42) осуществляют на основании, по меньшей мере, одного из: содержания частоты нуклеотида; экзонов; промоторов; миРНК; островков CpG; 3'UTR; островков (гистонного) ацетилирования; конкретных островков модификации гистона; и LINES или SINES.
4. Способ по п.2 или 3, в котором упомянутая олигонуклеотидная матрица (17) представляет собой микроматрицу, содержащую олигонуклеотид, являющийся зондом.
5. Способ по п.1, в котором упомянутая вторая база (13) данных дополнительно содержит информацию, касающуюся рестрикционного фермента, пригодного для конструирования упомянутой олигонуклеотидной матрицы (17) и/или порядка, в котором упомянутый рестрикционный фермент будет применяться.
6. Применение способа по п.5 для конструирования протокола для компьютерного моделирования оценки олигонуклеотидных матриц.
7. Способ по п.1 или 5, в котором упомянутая олигонуклеотидная матрица (17) представляет собой матрицу метилирования олигонуклеотида.
8. Способ по п.1 или 5, в котором упомянутая олигонуклеотидная матрица (17) представляет собой профиль экспрессии гена.
9. Способ по п.1 или 5, в котором упомянутая олигонуклеотидная матрица (17) представляет собой матрицу профилирования генома.
10. Способ по п.9, в котором упомянутая матрица (17) профилирования генома представляет собой единственную матрицу нуклеотидного полиморфизма или матрицу полиморфизма числа генных копий.
11. Машиночитаемый носитель (200), имеющий воплощенную на нем компьютерную программу для обработки посредством процессора, при этом упомянутая компьютерная программа содержит:
первый кодовый сегмент (201) для сохранения информации об аннотациях (10) генома и желательных последовательностях (11) в первой базе (12) данных;
второй кодовый сегмент (202) для создания репрезентативной матрицы для запрашиваемых последовательностей (14) посредством применения второй базы (13) данных, содержащей информацию о рестрикционных ферментах к упомянутой информации, хранящейся в упомянутой первой базе (12) данных;
третий кодовый сегмент (203) для создания списка рестрикционных ферментов (15) и списка последовательностей для профилирования (16) на основании репрезентативной матрицы; и
четвертый кодовый сегмент (204) для конструирования матрицы ДНК (17) из списка последовательностей.
12. Устройство (300) для оценки олигонуклеотидной матрицы, при этом упомянутое устройство содержит
первый блок (301), сконфигурированный с возможностью сохранения информации об аннотациях (10) генома и желательных последовательностях (11) в первой базе (12) данных;
второй блок (302), сконфигурированный с возможностью создания репрезентативной матрицы для запрашиваемых последовательностей (14) посредством применения второй базы (13) данных, содержащей информацию о рестрикционных ферментах к упомянутой информации, хранящейся в упомянутой первой базе (12) данных;
третий блок (303), сконфигурированный с возможностью создания списка рестрикционных ферментов (15) и списка последовательностей для профилирования (16) на основании упомянутой репрезентативной матрицы; и
четвертый блок (304), сконфигурированный с возможностью конструирования олигонуклеотидной матрицы (17) из списка последовательностей.