ИСПОЛЬЗОВАНИЕ БИОГЕНЕЗА МИКРОРНК В ЭКЗОСОМАХ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ

1. Способ выявления ракового биомаркера у субъекта in vitro, включающий:
(a) получение от субъекта биологического образца;
(b) измерение уровня:
(i) RISC-белка во фракции экзосом образца;
(ii) предшественника микроРНК;
(iii) одной или нескольких микроРНК, выбранных из микроРНК, представленных в табл. 5, во фракции экзосом образца; и/или
(iv) первичной микроРНК или активности процессинга предшественника микроРНК во фракции экзосом образца; и
(c) идентификацию того, обладает субъект или не обладает раковым биомаркером на основании измеренного уровня указанной(ых) микроРНК, предшественника микроРНК, RISC-белка или активности процессинга микроРНК.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец преимущественно свободен от клеток.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец является образцом лимфы, слюны, мочи или плазмы.
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий очистку фракции экзосом образца или увеличение продукции фракции экзосом образца.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что раковое заболевание представляет собой рак молочной железы, рак легких, рак головы и шеи, рак простаты, рак пищевода, рак трахеи, рак головного мозга, рак печени, рак мочевого пузыря, рак желудка, рак поджелудочной железы, рак яичников, рак матки, рак шейки матки, рак яичек, рак толстого кишечника, рак прямой кишки или рак кожи.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что раковое заболевание представляет собой рак молочной железы.
7. Способ по п. 1, дополнительно включающий измерение уровня по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 указанных микроРНК.
8. Способ по п. 1, дополнительно включающий измерение уровня DICER, AGO2 или TRBR
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что измерение уровня предшественника микроРНК включает измерение уровня предшественника одной из микроРНК из табл. 5.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что субъекта предварительно лечили от ракового заболевания.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что у субъекта предварительно хирургическим путем удалили опухоль.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что идентификация субъекта, обладающего или не обладающего раковым биомаркером, дополнительно включает определение корреляции измеренного(ых) уровня(ей) микроРНК, уровня предшественника микроРНК, уровня RISC или активности процессинга микроРНК с риском развития ракового заболевания.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что идентификация субъекта, обладающего или не обладающего раковым биомаркером, дополнительно включает анализ измеренного(ых) уровня(ей) микроРНК, уровня предшественника микроРНК, уровня RISC или активности процессинга микроРНК с использованием алгоритма.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что указанный анализ выполняют на компьютере.
15. Способ по п. 1, дополнительно включающий: (b) измерение уровня:
(i) RISC-белка во фракции экзосом образца и эталонного образца;
(ii) предшественника микроРНК во фракции экзосом образца и эталонного образца;
(iii) одной или нескольких микроРНК, выбранных из микроРНК, представленных в табл. 5, во фракции экзосом образца и эталонного образца; и/или
(iv) активности процессинга микроРНК во фракции экзосом образца и эталонного образца; и
(с) идентификацию субъекта, обладающего или не обладающего раковым биомаркером, при сравнении уровней RISC, предшественника микроРНК, микроРНК или активности процессинга микроРНК в образце, полученном от субъекта, с уровнем(ями) микроРНК, предшественника микроРНК, RISC или активности процессинга микроРНК в эталонном образце.
16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что измерение уровней RISC-белка включает проведение вестерн-блоттинга, ИФА или анализа связывания на матрице с множеством антител.
17. Способ по п. 1, отличающийся тем, что измерение уровней микроРНК включает измерение уровней процессированных микроРНК.
18. Способ по п. 1, отличающийся тем, что измерение уровней микроРНК включает проведение ОТ-ПЦР/ПЦР-РВ, нозерн-блоттинга или гибридизацию на матрице.
19. Способ по п. 1, дополнительно включающий предоставление информации того обладает ли субъект раковым биомаркером или нет.
20. Способ по п. 19, отличающийся тем, что предоставление информации включает подготовку письменного или электронного отчета.
21. Способ по п. 19, дополнительно включающий предоставление отчета пациенту, врачу, медицинскому учреждению или страховой компании.
22. Способ лечения субъекта, включающий:
выбор субъекта, идентифицированного как обладающего раковым биомаркером, в соответствии с п. 1; и
назначение субъекту противораковой терапии.
23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что противораковая терапия представляет собой химиотерапию, радиационную терапию, гормональную терапию, таргетную терапию, иммунотерапию или хирургическое лечение.
24. Способ по п. 22, отличающийся тем, что противораковая терапия нацелена на головной мозг.
25. Способ лечения субъекта, включающий:
(a) получение уровня: (i) одной или нескольких микроРНК, выбранных из микроРНК, представленных в табл. 5; (ii) уровня предшественника микроРНК; (iii) RISC-белка или (iv) активности процессинга микроРНК, во фракции экзосом образца, полученного от субъекта;
(b) выбор субъекта, обладающего раковым биомаркером на основании уровня указанной(ых) микроРНК, предшественника микроРНК, RISC-белка или активности процессинга микроРНК; и
(c) лечение выбранного субъекта с помощью противораковой терапии.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что противораковая терапия представляет собой химиотерапию, радиационную терапию, гормональную терапию, таргетную терапию, иммунотерапию или хирургическое лечение.
27. Способ выбора субъекта для проведения диагностической процедуры, включающий:
(a) получение уровня: (i) одной или нескольких микроРНК, выбранных из микроРНК, представленных в табл. 5; (ii) предшественника микроРНК; (iii) RISC-белка или (iv) активности процессинга микроРНК, во фракции экзосом образца, полученного от субъекта;
(b) выбор субъекта, обладающего раковым биомаркером на основании уровня указанной(ых) микроРНК, предшественника микроРНК, RISC-белка или активности процессинга микроРНК; и
(c) проведение диагностической процедуры по выбранному параметру для данного субъекта.
28. Способ по п. 27, отличающийся тем, что диагностическая процедура включает диагностическую визуализацию.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что визуализация представляет собой рентгеновскую, КТ-, МРТ- или ПЭТ-визуализацию.
30. Материальный машиночитаемый носитель, содержащий машиночитаемый код, который при выполнении компьютером, обуславливает выполнение компьютером операций, включающих:
a) получение информации, соответствующей уровню: (i) одной или нескольких микроРНК, выбранных из микроРНК, представленных в табл. 5; (ii) предшественника микроРНК; (iii) RISC-белка или (iv) активности процессинга микроРНК, во фракции экзосом образца, полученного от субъекта; и
b) определение относительного уровня одной или нескольких из указанных микроРНК или RISC-белков, по сравнению с эталонным уровнем, причем измененный уровень, сравниваемый с эталонным уровнем указывает, что субъект обладает раковым биомаркером.
31. Материальный машиночитаемый носитель по п. 30, дополнительно включающий получение информации, соответствующей эталонному уровню: (i) одной или нескольких микроРНК, выбранных из микроРНК, представленных в табл. 5; (ii) предшественника микроРНК; (iii) RISC-белка или (iv) активности процессинга микроРНК, во фракции экзосом субъекта, не имеющего ракового заболевания.
32. Материальный машиночитаемый носитель по п. 30, отличающийся тем, что эталонный уровень хранится на указанном материальном машиночитаемом носителе.
33. Материальный машиночитаемый носитель по п. 30, отличающийся тем, что получение информации включает получение из материального устройства хранения данных информации, соответствующей уровню микроРНК; предшественника микроРНК, RISC-белка или активности процессинга микроРНК в образце, полученном от субъекта.
34. Материальный машиночитаемый носитель по п. 30, дополнительно содержащий машиночитаемый код, который при выполнении компьютером, обуславливает выполнение компьютером одной или нескольких дополнительных операций, включающих: отправку информации, соответствующей относительному уровню микроРНК, предшественника микроРНК, RISC-белка или активности процессинга микроРНК на материальное устройство хранения данных.
35. Материальный машиночитаемый носитель по п. 30, отличающийся тем, что получение информации дополнительно включает получение информации, соответствующей уровню в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 указанных микроРНК.
36. Материальный машиночитаемый носитель по п. 30, отличающийся тем, что машиночитаемый код, при выполнении компьютером, обуславливает выполнение компьютером операций дополнительно включающих: с) расчет диагностической оценки образца, причем диагностическая оценка представляет собой величину вероятности того, что образец получен от субъекта, имеющего раковое заболевание.
37. Способ выявления ракового биомаркера у субъекта in vitro, включающий:
(a) получение от субъекта биологического образца;
(b) измерение уровня одной или более микроРНК в образце, выбранном из микроРНК, представленных в табл. 5; и
(c) идентификацию того, обладает субъект или не обладает раковым биомаркером на основании измеренного уровня указанной(ых) микроРНК.
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что образец преимущественно свободен от клеток.
39. Способ по п. 37, отличающийся тем, что образец представляет собой фракцию экзосом жидкости организма.
40. Способ по п. 37, отличающийся тем, что образец является образцом лимфы, слюны, мочи или плазмы.
41. Способ доставки in vitro активной ингибирующей РНК, включающий приведение в контакт клетки с ингибирующей РНК, которая доставляется в ассоциации с комплексом RISC-белка.
42. Способ по п. 41, отличающийся тем, что комплекс RISC-белка содержит TRBP, DICER и AGO2.
43. Способ по п. 41, отличающийся тем, что ингибирующая РНК представляет собой миРНК или мшРНК.
44. Способ по п. 41, отличающийся тем, что ингибирующая РНК представляет собой микроРНК человека.
45. Способ по п. 41, отличающийся тем, что ингибирующая РНК и комплекс RISC-белка заключены в липосому, наночастицу или микрокапсулу, содержащие липидный бислой.
46. Способ по п. 45, отличающийся тем, что микрокапсула представляет собой экзосому.
47. Способ по п. 41, отличающийся тем, что приведение в контакт клетки включает трансфецирование клетки ингибирующей РНК и комплексом RISC-белка.
48. Способ по п. 41, дополнительно включающий введение субъекту ингибирующей РНК и комплекса RISC-белка.
49. Композиция, содержащая рекомбинантную или синтетическую ингибирующую РНК в ассоциации с комплексом RISC-белка, причем указанный комплекс заключен в липосому, наночастицу или микрокапсулу.
50. Композиция по п. 49, отличающаяся тем, что комплекс RISC-белка содержит TRBP, DICER и AGO2.
51. Композиция по п. 49, отличающаяся тем, что ингибирующая РНК представляет собой миРНК или мшРНК.
52. Композиция по п. 49, отличающаяся тем, что ингибирующая РНК представляет собой микроРНК человека.
53. Композиция по п. 49, отличающаяся тем, что комплекс заключен в синтетическую липосому, наночастицу или микрокапсулу.
54. Композиция по п. 49, отличающаяся тем, что микрокапсула представляет собой экзосому.