КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЛЯ ИММУНООНКОЛОГИИ

1. Клетка для применения при лечении заболевания, связанного с экспрессией опухолевого антигена, включающая индел в или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену молекулы нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 1-83 или 5492-5527, где клетка не является зародышевой клеткой человека или эмбриональной клеткой человека.
2. Клетка по п. 1, где направляющий домен содержит  SEQ ID NO: 5498, SEQ ID NO: 5497, SEQ ID NO: 5499, SEQ ID NO: 5519, SEQ ID NO: 5503, SEQ ID NO: 5496, SEQ ID NO: 5507, SEQ ID NO: 5515, SEQ ID NO: 5493, SEQ ID NO: 5506, SEQ ID NO: 5509, SEQ ID NO: 5517, SEQ ID NO: 5521, SEQ ID NO: 5520, SEQ ID NO: 5500, SEQ ID NO: 5494, SEQ ID NO: 5508, SEQ ID NO: 5514 или SEQ ID NO: 5492.
3. Клетка по п.2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5498.
4. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5497.
5. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5499.
6. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5519.
7. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5503.
8. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5496.
9. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5507.
10. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5515.
11. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5493.
12. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5506.
13. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5509.
14. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5517.
15. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5521.
16. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5520.
17. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5500.
18. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5494.
19. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5508.
20. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5514.
21. Клетка по п. 2, где направляющий домен содержит or SEQ ID NO: 5492.
22. Клетка по п. 1, где клетка включает дополнительный индел в или вблизи от последовательности гена, кодирующего
(i) TRAC, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 5528-SEQ ID NO: 5623 или SEQ ID NO: 5816-SEQ ID NO: 5965;
(ii) TRBC1, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 5624-SEQ ID NO: 5643 или SEQ ID NO: 5966-SEQ ID NO: 6097;
(iii) TRBC2, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 5644-SEQ ID NO: 5719 или SEQ ID NO: 6098-SEQ ID NO: 6226;
(iv) CD3D, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 393-SEQ ID NO: 532 или SEQ ID NO: 10780-SEQ ID NO: 10794;
(v) CD3E, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 533-SEQ ID NO: 839 или SEQ ID NO: 10677-SEQ ID NO: 10764;
(vi) CD3G, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 840-SEQ ID NO: 968 или SEQ ID NO: 10765-SEQ ID NO: 10779; или
(vii) HLA-A, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 969-SEQ ID NO: 1345.
23. Клетка по п. 22, где клетка включает дополнительный индел в или вблизи от последовательности гена, кодирующего
(i) FKBP1A, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 6325-SEQ ID NO: 6583 или SEQ ID NO: 6662-SEQ ID NO: 6749;
(ii) CIITA, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 6750-SEQ ID NO: 7716 или SEQ ID NO: 7717-SEQ ID NO: 7804; или
(iii) NLRC5, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 8622-SEQ ID NO: 10089.
24. Клетка по п. 23, где клетка включает дополнительный индел в или вблизи от последовательности гена, кодирующего LILRB1, или вблизи от последовательности-мишени, которая комплементарна направляющему домену нРНК, содержащей любую из SEQ ID NO: 10090-SEQ ID NO: 10673.
25. Клетка по п. 1, где клетка экспрессирует химерный антигенный рецептор (CAR).
26. Клетка по п. 25, где CAR является
(a) CD19 CAR;
(b) BCMA CAR;
(c) CD20 CAR;
(d) CD22 CAR;
(e) CD123 CAR;
(f) EGFRvIII CAR; или
(g) мезотелин CAR.
27. Способ получения индела в клетке, включающий контакт указанной клетки с:
a) молекулой нРНК и молекулой Cas9;
b) молекулой нРНК и нуклеиновой кислотой, кодирующей молекулу Cas9;
c) нуклеиновой кислотой, кодирующей молекулы нРНК и молекулу Cas9;
d) нуклеиновой кислотой, кодирующей молекулу gRNA, нуклеиновой кислотой, кодирующей молекулу Cas9;
e) любым одним из a)-d), выше, и одной или более дополнительными молекулами нРНК;
f) любым одним из a)-e), выше, и матричной нуклеиновой кислотой; или
g) любым одним из a)-f) выше, и нуклеиновой кислотой, включающей матричную нуклеиновую кислоту,
где молекула нРНК содержит направляющий домен, содержащий любую из SEQ ID NO: 1-83 или 5492-5527, или 7858 или 7853, где клетка не является зародышевой клеткой человека или эмбриональной клеткой человека.
28. Способ по п. 27, где направляющий домен содержит SEQ ID NO: 5498.
29. Способ по п. 27, где матричная нуклеиновая кислота содержит нуклеиновцю кислоту, кодирующую химерный антигенный рецептор (CAR).
30. Способ по п. 29, где CAR является
(a) CD19 CAR;
(b) BCMA CAR;
(c) CD20 CAR;
(d) CD22 CAR;
(e) CD123 CAR;
(f) EGFRvIII CAR; или
(g) мезотелин CAR.
31. Способ по п. 27, где способ дополнительно включает получение дополнительного индела в или вблизи от последовательности гена, кодирующего
(i) TRAC, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 5528-SEQ ID NO: 5623 или SEQ ID NO: 5816-SEQ ID NO: 5965;
(ii) TRBC1, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 5624-SEQ ID NO: 5643 или SEQ ID NO: 5966-SEQ ID NO: 6097;
(iii) TRBC2, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 5644-SEQ ID NO: 5719 или SEQ ID NO: 6098-SEQ ID NO: 6226;
(iv) CD3D, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 393-SEQ ID NO: 532 или SEQ ID NO: 10780-SEQ ID NO: 10794;
(v) CD3E, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 533-SEQ ID NO: 839 или SEQ ID NO: 10677-SEQ ID NO: 10764;
(vi) CD3G, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 840-SEQ ID NO: 968 или SEQ ID NO: 10765-SEQ ID NO: 10779; или
(vii) HLA-A, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 969-SEQ ID NO: 1345.
32. Способ по п. 31, где способ дополнительно включает получение дополнительного индела в или вблизи от последовательности гена, кодирующего:
(i) FKBP1A, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 6325-SEQ ID NO: 6583 или SEQ ID NO: 6662-SEQ ID NO: 6749;
(ii) CIITA, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 6750-SEQ ID NO: 7716 или SEQ ID NO: 7717-SEQ ID NO: 7804; или
(iii) NLRC5, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 8622-SEQ ID NO: 10089.
33. Способ по п. 32, где способ дополнительно включает получение дополнительного индела в или вблизи от последовательности гена, кодирующего LILRB1, полученного с использованием CRISPR/Cas9 модификации с нРНК, которая содержит любую из SEQ ID NO: 10090-SEQ ID NO: 10673.
34. Способ по п. 27, где молекулу нРНК или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу нРНК, молекулу Cas9 или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу Cas9, и матричную нуклеиновую кислоту в случае присутствия вводят в клетку ex vivo.
35. Способ по п. 27, где молекулу(ы) нРНК или нуклеиновую(ые) кислоту(ы), кодирующую молекулу(ы) нРНК, молекулу Cas9 или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу Cas9, вводят в клетку электропорацией.
36. Способ по п. 27, где молекула(ы) РНК и молекула Cas9 присутствуют в рибонуклеопротеиновом комплексе (РНП), и их  вводят в клетку электропорацией.
37. Способ по п. 29, где матричную нуклеиновую кислоту вводят в клетку с помощью вектора, выбранного из  лентивирусного вектора, AAV вектора, AAV6 вектора, аденовирусного вектора, миникольца или наноплазмиды.
38. Клетка по любому из пп. 1-26 или клетка, полученная способом по любому из пп. 27-37, где клетка проявляет сниженную или устраненную экспрессию и/или функцию B2M.
39. Клетка по любому из пп. 1-26 или клетка, полученная способом по любому из пп. 27-37, где клетку размножают.
40. Клетка по любому из пп. 1-26 или клетка, полученная способом по любому из пп. 27-37, где клетка представляет собой аллогенную клетку.
41. Клетка по любому из пп. 1-26 или клетка, полученная способом по любому из пп. 27-37, для применения при лечении заболевания, связанного с экспрессией опухолевого антигена.
42. Клетка по п. 41, где заболевание представляет собой пролиферативное заболевание, предраковое состояние, рак и не связанное с раком показание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена.
43. Клетка по п. 42, где рак представляет собой рак толстой кишки, рак прямой кишки, почечно-клеточная карцинома, рак печени, немелкоклеточная карцинома легкого, рак тонкой кишки, рак пищевода, меланома, рак костей, рак поджелудочной железы, рак кожи, рак головы или шеи, кожная или внутриглазная злокачественная меланома, рак матки, рак яичника, рак прямой кишки, рак анальной области, рак желудка, рак яичка, карцинома фаллопиевых труб, карцинома эндометрия, карцинома шейки матки, карцинома влагалища, карцинома вульвы, болезнь Ходжкина, неходжкинская лимфома, рак эндокринной системы, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечника, саркома мягких тканей, рак уретры, рак полового члена, солидные опухоли детского возраста, рак мочевого пузыря, рак почки или мочеточника, карцинома почечной лоханки, неоплазию центральной нервной системы (ЦНС), первичную лимфому ЦНС, опухолевый ангиогенез, опухоль позвоночного канала, глиому ствола головного мозга, аденому гипофиза, саркому Капоши, эпидермоидный рак, плоскоклеточный рак, T-клеточную лимфому, форму рака, обусловленную факторами внешней среды, хронический лимфоцитарный лейкоз (ХЛЛ), острые лейкозы, острый лимфоидный лейкоз (ОЛЛ), B-клеточный острый лимфоидный лейкоз (B-ОЛЛ), T-клеточный острый лимфоидный лейкоз (T-ОЛЛ), хронический миелогенный лейкоз (ХМЛ), острый миелолейкоз (ОМЛ), B-клеточный пролимфоцитарный лейкоз, неоплазия из бластных плазмоцитоидных дендритных клеток, лимфома Беркитта, диффузная В-крупноклеточная лимфома, фолликулярная лимфома, волосатоклеточный лейкоз, мелкоклеточная или крупноклеточная фолликулярная лимфома, злокачественные лимфопролиферативные состояния, MALT-лимфома, мантийноклеточная лимфома, лимфома из клеток краевой зоны, множественная миелома, миелодисплазия и миелодиспластический синдром, ходжкинская лимфома, плазмабластная лимфома, неоплазия из плазмоцитоидных дендритных клеток, макроглобулинемия Вальденстрема или предлейкоз, комбинации указанных форм рака или метастатических поражений указанных форм рака.
44. Клетка по любому из пп. 1-26 или клетка, полученная способом по любому из пп. 27-37, для применения при трансплантации.
45. Клетка по п. 44, где трансплантация включает введение иммунодепрессанта.
46. Применение клетки по любому из пп. 1-26 или клетки, полученной способом по любому из пп. 27-37, при получении лекарственного средства для лечения заболевания.
47. Применение по п. 46, где заболевание выбирают из пролиферативного заболевания, предракового состояния, рака и не связанного с раком показания, ассоциированного с экспрессией опухолевого антигена, где рак необязательно выбирают из рака толстой кишки, рака прямой кишки, почечно-клеточной карциномы, рака печени, немелкоклеточной карциномы легкого, рака тонкой кишки, рака пищевода, меланомы, рака костей, рака поджелудочной железы, рака кожи, рака головы или шеи, кожной или внутриглазной злокачественной меланомы, рака матки, рака яичника, рака прямой кишки, рака анальной области, рака желудка, рака яичка, карциномы фаллопиевых труб, карциномы эндометрия, карциномы шейки матки, карциномы влагалища, карциномы вульвы, болезни Ходжкина, неходжкинской лимфомы, рака эндокринной системы, рака щитовидной железы, рака паращитовидной железы, рака надпочечника, саркомы мягких тканей, рака уретры, рака полового члена, солидных опухолей детского возраста, рака мочевого пузыря, рака почки или мочеточника, карциномы почечной лоханки, неоплазии центральной нервной системы (ЦНС), первичной лимфомы ЦНС, опухолевого ангиогенеза, опухоли позвоночного канала, глиомы ствола головного мозга, аденомы гипофиза, саркомы Капоши, эпидермоидного рака, плоскоклеточного рака, T-клеточной лимфомы, формы рака, обусловленной факторами внешней среды, хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ), острых лейкозов, острого лимфоидного лейкоза (ОЛЛ), B-клеточного острого лимфоидного лейкоза (B-ОЛЛ), T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (T-ОЛЛ), хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), острого миелолейкоза (ОМЛ), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, неоплазии из бластных плазмоцитоидных дендритных клеток, лимфомы Беркитта, диффузной В-крупноклеточной лимфомы, фолликулярной лимфомы, волосатоклеточного лейкоза, мелкоклеточной или крупноклеточной фолликулярной лимфомы, злокачественного лимфопролиферативного состояния, MALT-лимфомы, мантийноклеточной лимфомы, лимфомы из клеток краевой зоны, множественной миеломы, миелодисплазии и миелодиспластического синдрома, ходжкинской лимфомы, плазмабластной лимфомы, неоплазии из плазмоцитоидных дендритных клеток, макроглобулинемии Вальденстрема и предлейкоза, комбинации указанных форм рака и метастатических поражений указанных форм рака, и где не связанное с раком показание необязательно выбирают из аутоиммунного заболевания, например, волчанки, воспалительного нарушения, например,аллергии или астмы, и трансплантации.
48. Применение по любому из пп. 46-47, дополнительно включающее включает введение иммунодепрессанта.
49. Способ лечения заболевания, связанного с экспрессией опухолевого антигена, у нуждающегося пациента, включающий введение эффективного количества клетки по любому из пп. 1-26 или клетки, полученной способом по любому из пп. 27-37.
50. Способ по п. 49, где заболевание выбирают из пролиферативного заболевания, предракового состояния, рака и не связанного с раком показания, ассоциированного с экспрессией опухолевого антигена, где рак необязательно выбирают из рака толстой кишки, рака прямой кишки, почечно-клеточной карциномы, рака печени, немелкоклеточной карциномы легкого, рака тонкой кишки, рака пищевода, меланомы, рака костей, рака поджелудочной железы, рака кожи, рака головы или шеи, кожной или внутриглазной злокачественной меланомы, рака матки, рака яичника, рака прямой кишки, рака анальной области, рака желудка, рака яичка, карциномы фаллопиевых труб, карциномы эндометрия, карциномы шейки матки, карциномы влагалища, карциномы вульвы, болезни Ходжкина, неходжкинской лимфомы, рака эндокринной системы, рака щитовидной железы, рака паращитовидной железы, рака надпочечника, саркомы мягких тканей, рака уретры, рака полового члена, солидных опухолей детского возраста, рака мочевого пузыря, рака почки или мочеточника, карциномы почечной лоханки, неоплазии центральной нервной системы (ЦНС), первичной лимфомы ЦНС, опухолевого ангиогенеза, опухоли позвоночного канала, глиомы ствола головного мозга, аденомы гипофиза, саркомы Капоши, эпидермоидного рака, плоскоклеточного рака, T-клеточной лимфомы, формы рака, обусловленной факторами внешней среды, хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ), острых лейкозов, острого лимфоидного лейкоза (ОЛЛ), B-клеточного острого лимфоидного лейкоза (B-ОЛЛ), T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (T-ОЛЛ), хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), острого миелолейкоза (ОМЛ), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, неоплазии из бластных плазмоцитоидных дендритных клеток, лимфомы Беркитта, диффузной В-крупноклеточной лимфомы, фолликулярной лимфомы, волосатоклеточного лейкоза, мелкоклеточной или крупноклеточной фолликулярной лимфомы, злокачественного лимфопролиферативного состояния, MALT-лимфомы, мантийноклеточной лимфомы, лимфомы из клеток краевой зоны, множественной миеломы, миелодисплазии и миелодиспластического синдрома, ходжкинской лимфомы, плазмабластной лимфомы, неоплазии из плазмоцитоидных дендритных клеток, макроглобулинемии Вальденстрема и предлейкоза, комбинации указанных форм рака и метастатических поражений указанных форм рака, и где не связанное с раком показание необязательно выбирают из аутоиммунного заболевания, например, волчанки, воспалительного нарушения, например,аллергии или астмы, и трансплантации.
51. Способ по п. 49, где клетка представляет собой аллогенную клетку.
52. Способ по п. 49, дополнительно включающий включает введение иммунодепрессанта.