АНАЛИЗ ДАННЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК

1. Способ анализа, включающий в себя:
электронный прием данных последовательности, относящихся к множеству последовательностей;
идентификацию множества высококачественных последовательностей считываний из множества последовательностей;
извлечение множества уникальных последовательностей считываний из множества высококачественных последовательностей считываний; и
сравнение множества уникальных последовательностей считываний с контрольной последовательностью, соответствующей контрольному образцу.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя, после выравнивания множества уникальных последовательностей с данными контрольной последовательности, соответствующими контрольному образцу, расчет высококачественных выравниваний.
3. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя проведение качественного анализа выровненных уникальных последовательностей считываний.
4. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя проведение количественного анализа выровненных уникальных последовательностей считываний.
5. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя визуализацию выровненных уникальных последовательностей считываний.
6. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя расчет выравнивания каждой из множества уникальных последовательностей с контрольной последовательностью.
7. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя электронный прием данных доверительного интервала, относящихся к данным последовательности, при этом данные доверительного интервала используются, по меньшей мере частично, для идентификации множества высококачественных последовательностей считываний.
8. Способ по п.1, в котором каждая из множества последовательностей описывает по меньшей мере часть растительного генома.
9. Способ по п.1, в котором электронно принимается информация штрихового кода, описывающая один или более штриховых кодов и ассоциированная с данными последовательностей.
10. Способ по п.1, в котором электронно принимается информация штрихового кода, описывающая один или более штриховых кодов и ассоциированная с данными последовательностей, и ассоциирование данных последовательности с одной из, по меньшей мере, двух групп включает в себя считывание информации штрихового кода, ассоциированной с данными последовательности, и ассоциирование данных последовательности в соответствии с одними или более штриховыми кодами.
11. Способ по п.1, дополнительно включающий в себя этап ассоциирования данных последовательности с одной из, по меньшей мере, двух групп.
12. Система анализа, содержащая:
модуль для приема данных последовательности, относящихся к множеству последовательностей; и
вычислительный модуль, при этом вычислительный модуль выполнен с возможностью осуществлять:
идентификацию множества высококачественных последовательностей считываний из множества последовательностей;
извлечение множества уникальных последовательностей считываний из множества высококачественных последовательностей считываний; и
сравнение множества уникальных последовательностей с контрольной последовательностью, соответствующей контрольному образцу.
13. Система по п.12, в которой вычислительный модуль дополнительно выполнен с возможностью осуществлять расчет высококачественных выравниваний для множества высококачественных последовательностей считываний.
14. Система по п.12, дополнительно содержащая модуль для проведения качественного анализа выровненных уникальных последовательностей считываний.
15. Система по п.12, дополнительно содержащая модуль для проведения количественного анализа выровненных уникальных последовательностей считываний.
16. Система по п.12, дополнительно содержащая модуль для визуализации выровненных уникальных последовательностей считываний.
17. Система по п.12, в которой вычислительный модуль дополнительно выполнен с возможностью рассчитывать выравнивание каждого из множества высококачественных выравниваний с контрольной последовательностью.
18. Система по п.12, в которой вычислительный модуль дополнительно ассоциирует данные последовательности с одной из, по меньшей мере, двух групп.
19. Способ анализа, включающий в себя:
электронный прием данных последовательности, относящихся к множеству последовательностей, при этом множество последовательностей описывает, по меньшей мере, часть растительного генома, и множество последовательностей ранее подвергалось воздействию одной или более нуклеаз-"цинковых пальцев" для разрезания последовательностей;
электронный прием данных доверительного интервала, относящихся к данным последовательности;
идентификацию множества высококачественных последовательностей считываний из множества последовательностей на основании, по меньшей мере частично, данных доверительного интервала;
извлечение уникальных последовательностей считываний из одной или более высококачественных последовательностей считываний; и
выравнивание уникальных последовательностей считываний с данными последовательности, соответствующими контрольному образцу.
20. Способ по п.19, дополнительно включающий в себя этапы:
электронного приема информации штрихового кода, ассоциированной с данными последовательности; и
ассоциирования данных последовательности с одной из, по меньшей мере, двух групп на основании, по меньшей мере частично, информации штрихового кода.
21. Способ анализа, включающий в себя:
электронный прием данных последовательности, относящихся к первому количеству последовательностей, при этом первое количество последовательностей включает в себя множество последовательностей, разрезанных множеством нуклеаз-"цинковых пальцев" (ZFN) и затем восстановленных, и при этом первая часть первого количества последовательностей была разрезана первой ZFN и затем восстановлена, и вторая часть первого количества последовательностей была разрезана второй ZFN и затем восстановлена; и
электронное определение, на основании, частично, контрольной последовательности, второго количества последовательностей, которое является подгруппой первого количества последовательностей, при этом второе количество последовательностей выбирается на основании ZFN, использованной для разрезания последовательности, и по меньшей мере одной характеристики репарации последовательности, и при этом второе количество последовательностей, по меньшей мере, на два порядка величины меньше, чем первое количество последовательностей.
22. Способ по п.21, в котором второе количество последовательностей, по меньшей мере, на четыре порядка величины меньше, чем первое количество последовательностей.
23. Способ по п.21, в котором первая характеристика репарации последовательности включает измерение по меньшей мере одного из числа вставок в целевом вырезанном участке и числа удалений.
24. Способ по п.21, в котором этап электронного определения, на основании, частично, контрольной последовательности, второго количества последовательностей, включает в себя этапы:
разделения первого количества последовательностей на множество групп на основании ZFN, использованной для разрезания соответствующей последовательности,
идентификации множества высококачественных последовательностей считываний в первом количестве последовательностей, при этом множество высококачественных последовательностей считываний имеет третье количество последовательностей, которое меньше первого количества последовательностей и больше второго количества последовательностей,
идентификации множества уникальных последовательностей считываний из третьего количества последовательностей, при этом множество уникальных последовательностей имеет четвертое количество последовательностей, которое меньше третьего количества последовательностей и больше или меньше второго количества последовательностей, и
сравнения каждой из четвертого количества последовательностей с контрольной последовательностью с целью идентификации множества высококачественных последовательностей выравниваний.
25. Способ анализа, включающий в себя:
электронный прием данных последовательности, относящихся к первому количеству последовательностей, при этом первое количество последовательностей включает в себя множество последовательностей, разрезанных множеством нуклеаз-"цинковых пальцев" (ZFN) и затем восстановленных, и при этом первая часть первого количества последовательностей была разрезана первой ZFN и затем восстановлена, и вторая часть первого количества последовательностей была разрезана второй ZFN и затем восстановлена; и
электронное определение, на основании, частично, контрольной последовательности, второго количества последовательностей, которое является подгруппой первого ряда последовательностей, при этом второе количество последовательностей выбирается на основании ZFN, использованной для разрезания последовательности, и по меньшей мере одной характеристики репарации последовательности, и при этом второе количество последовательностей составляет менее 1 процента от первого количества последовательностей.
26. Способ по п.25, в котором второе количество последовательностей составляет менее 0,1 процента от первого количества последовательностей.
27. Способ по п.25, в котором второе количество последовательностей составляет менее 0,01 процента от первого количества последовательностей.
28. Способ по п.25, в котором второе количество последовательностей составляет менее 0,01 процента от первого количества последовательностей, и первое количество последовательностей содержит, по меньшей мере, один миллион последовательностей.
29. Способ по п.25, в котором первая характеристика репарации последовательности включает измерение, по меньшей мере, одного из числа вставок в целевом вырезанном участке и числа удалений.
30. Способ анализа, включающий в себя:
электронный прием данных последовательности, относящихся к первому количеству последовательностей, при этом первое количество последовательностей включает в себя множество последовательностей, разрезанных множеством нуклеаз-"цинковых пальцев" (ZFN) и затем восстановленных, и при этом первая часть первого количества последовательностей была разрезана первой ZFN и затем восстановлена, и вторая часть первого количества последовательностей была разрезана второй ZFN и затем восстановлена; и
электронное определение, на основании, частично, контрольной последовательности, второго количества последовательностей, которое является подгруппой первого количества последовательностей, при этом второе количество последовательностей выбирается на основании ZFN, использованной для разрезания последовательности, и по меньшей мере одной характеристики репарации последовательности, и при этом второе количество последовательностей составляет менее 1 процента от первого количества последовательностей, при этом этап электронного определения, на основании, частично, контрольной последовательности, второго количества последовательностей, включает в себя этапы:
разделения первого количества последовательностей на множество групп на основании ZFN, использованной для разрезания соответствующей последовательности;
идентификации множества высококачественных последовательностей считываний в первом количестве последовательностей, при этом множество высококачественных последовательностей считываний имеет третье количество последовательностей, которое меньше первого количества последовательностей и больше второго количества последовательностей,
идентификации множества уникальных последовательностей считываний из третьего количества последовательностей, при этом множество уникальных последовательностей имеет четвертое количество последовательностей, которое меньше третьего количества последовательностей и больше или меньше второго количества последовательностей, и
сравнения каждой из четвертого количества последовательностей с контрольной последовательностью с целью идентификации множества высококачественных последовательностей выравниваний.