СПОСОБ ИЗМЕРЕНИЯ ИЗМЕНЕНИЯ В ИММУННОМ РЕПЕРТУАРЕ ИНДИВИДУУМА

1. Способ расчета изменения в иммунном репертуаре субъекта, включающий стадии
количественного измерения клонотипов иммунных клеток в популяции или субпопуляции иммунных клеток в первом образце и втором образце, забранных у одного пациента;
расчета данных по частоте для первого образца и второго образца посредством идентификации частоты каждого клонотипа;
нормирования данных по частоте для первого образца и второго образца;
определения абсолютного различия в частоте каждого клонотипа, присутствующего в первом образце и втором образце; и
определения общих клонотипов для первого образца и второго образца с наибольшим изменением частоты.
2. Способ по п. 1, в котором клонотипы иммунных клеток количественно измеряют с использованием arm-ПЦР и секвенирования следующего поколения.
3. Способ по п. 1, в котором клонотипы представляют собой клонотипы CDR3.
4. Способ по п. 1, в котором первый образец и второй образец забирают в один и тот же момент времени.
5. Способ по п. 1, в котором первый образец и второй образец забирают в разные моменты времени.
6. Способ по п. 1, в котором идентифицируют по меньшей мере 100 клонотипов с наибольшим изменением частоты.
7. Способ по п. 1, в котором каждый образец содержит лейкоциты.
8. Способ по п. 1, в котором субъект является здоровым.
9. Способ по п. 1, в котором у субъекта было диагностировано или подозревается наличие заболевания.
10. Способ по п. 1, в котором субъекта лечат иммунотерапией.
11. Способ по п. 10, в котором субъект получает иммунотерапию после забора первого образца.
12. Способ расчета изменения в иммунном репертуаре субъекта, включающий стадии
забора по меньшей мере двух образцов популяций лейкоцитов от субъекта;
амплификации по отдельности полинуклеотидов из каждой популяции лейкоцитов в реакционной смеси, содержащей специфичные к мишени вложенные праймеры для получения набора первых ампликонов, по меньшей мере часть специфичных к мишени вложенных праймеров, содержащих дополнительные нуклеотиды, которые, на протяжении амплификации, служат в качестве матрицы для включения в первые ампликоны сайта связывания для по меньшей мере одного общего праймера;
переноса по отдельности части каждой из первых реакционных смесей, содержащей первые ампликоны, во вторые реакционные смеси, содержащие по меньшей мере один общий праймер;
амплификации для каждой популяции с использованием по меньшей мере одного общего праймера, первых ампликонов с получением набора вторых ампликонов;
секвенирования каждого из вторых ампликонов для идентификации частоты специфических областей CDR3, присутствующих в образце;
нормирования данных по частоте CDR3;
сравнения нормированных данных по частоте CDR3 первого образца и второго образца для определения абсолютного различия между частотой каждой последовательности CDR3; и
определения общих последовательностей CDR3 для первого образца и второго образца с наибольшими изменениями частоты.
13. Способ по п. 12, в котором первый образец и второй образец забирают в один и тот же момент времени.
14. Способ по п. 12, в котором первый образец и второй образец забирают в разные моменты времени.
15. Способ по п. 12, в котором субъект является здоровым.
16. Способ по п. 12, в котором у субъекта было диагностировано или подозревается наличие заболевания.
17. Способ по п. 1, в котором субъекта лечат иммунотерапией.
18. Способ по п. 10, в котором субъект получает иммунотерапию после забора первого образца.