СПОСОБЫ ДИАГНОСТИРОВАНИЯ И ЛЕЧЕНИЯ ВОСПАЛИТЕЛЬНОГО ЗАБОЛЕВАНИЯ КИШЕЧНИКА

1. Способ диагностирования или обеспечения диагностирования воспалительного заболевания кишечника у субъекта, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из CSF3 (GCSF), IL-24, SERPINB3, SERPINB4, AMIGO2, SERPINB7, АВАТ, PF4, STEAP2, ELN, CCL4, VEGFA, DACT1, KCNMB4, PDLIM4, TGFBR1, KCNE1L, HIF1A, SLC25A45, OSMR, Р4НА2, ELF3, TGIF1, ТМЕМ158, COL7A1, COL16A1, амфирегулина (AREG) и IL-11, в биологическом образце, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(c) диагностирование воспалительного заболевания кишечника, когда уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что один ген или комбинация генов или один белок или комбинация белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбраны из CSF3 (GCSF), ТМЕМ158, Col7A1, Col16A1, амфирегулина (AREG), IL-11.
3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что один ген или комбинация генов или один белок или комбинация белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбраны из CSF3 (GCSF) и амфирегулина.
4. Способ диагностирования или обеспечения диагностирования воспалительного заболевания кишечника у субъекта, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из IL-1β, CASP1 и р20, в биологическом образце, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(с) диагностирование воспалительного заболевания кишечника, когда уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
5. Способ диагностирования или обеспечения диагностирования фиброзной болезни Крона у субъекта, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из COL7A1, COL16A1, амфирегулина, IL-11, АЕВР1 и IL1R1, в биологическом образце, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(c) диагностирование фиброзной болезни Крона, когда уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
6. Способ диагностирования или обеспечения диагностирования фиброзной болезни Крона у субъекта, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из ММР3, INHBA, COL5A2, CHN1, LMCD1, COL12A1, COL7A1, COL18A1, ТМЕМ158, FAM65C, IGFBP5, THY1, ТМЕМ132А, PXDN, GPR68, TWIST1, COL4A1, SERPINH1, АЕВР1, NAB2, ТМЕМ45А, ТМЕМ121, VIM, NOTCH4 и TIMP2, в биологическом образце, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(c) диагностирование фиброзной болезни Крона, когда уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
7. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит или болезнь Крона.
8. Способ по п. 5 или 6, отличающийся тем, что фиброзная болезнь Крона представляет собой фибростенозную болезнь Крона.
9. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что биологический образец представляет собой ткань кишечника.
10. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что экспрессию одного гена или комбинации генов измеряют с помощью способа на основе ПЦР или микрочипа.
11. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что экспрессию одного белка или комбинации белков измеряют с помощью иммунологического или иммуногистохимического анализа.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что иммунологический анализ представляет собой анализ ELISA.
13. Способ по любому из пп. 1-6, 12, отличающийся тем, что контрольный уровень получают путем измерения уровня экспрессии того же одного гена или комбинации генов или того же белка или комбинации белков в биологическом образце, полученном от субъекта без воспалительного заболевания кишечника.
14. Способ по любому из пп. 5 или 6, отличающийся тем, что контрольный уровень получают путем измерения уровня экспрессии того же одного гена или комбинации генов или того же белка или комбинации белков в нефиброзной ткани.
15. Способ диагностирования или обеспечения диагностирования подтипа болезни Крона у субъекта, включающий:
(a) определение уровня экспрессии IL18 в биологическом образце, полученном из ткани кишечника субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии IL18, определенного на этапе (а), с контролем; и
(c) диагностирование фиброзной болезни Крона, когда уровень IL18, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что контрольный уровень получают путем измерения уровня экспрессии IL18 в биологическом образце, полученном из ткани кишечника субъекта без воспалительного заболевания кишечника или субъекта с воспалительной болезнью Крона или субъекта с язвенным колитом.
17. Способ по п. 15, отличающийся тем, что фиброзная болезнь Крона представляет собой фибростенозную болезнь Крона.
18. Способ по п. 15, отличающийся тем, что уровень экспрессии определяют с помощью иммунологического анализа.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что иммунологический анализ представляет собой анализ ELISA.
20. Способ диагностирования или обеспечения диагностирования воспалительного заболевания кишечника у субъекта, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии GCSF в образце сыворотки, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии GCSF, определенного на этапе (а), с контролем; и
(c) диагностирование воспалительного заболевания кишечника, когда уровень GCSF, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
21. Способ по п. 20, отличающийся тем, что воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит или воспалительную болезнь Крона или фиброзную болезнь Крона.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что фиброзная болезнь Крона представляет собой фибростенозную болезнь Крона.
23. Способ по любому из пп. 20-22, отличающийся тем, что уровень экспрессии GCSF определяют с помощью иммунологического анализа.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что иммунологический анализ представляет собой анализ ELISA.
25. Способ по п. 20, отличающийся тем, что контрольный уровень получают путем измерения уровня экспрессии GCSF в образце сыворотки, полученном от субъекта без воспалительного заболевания кишечника.
26. Способ лечения воспалительного заболевания кишечника у пациента, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из CSF3 (GCSF), IL-24, SERPINB3, SERPINB4, AMIGO2, SERPINB7, АВАТ, PF4, STEAP2, ELN, CCL4, VEGFA, DACT1, KCNMB4, PDLIM4, TGFBR1, KCNE1L, HIF1A, SLC25A45, OSMR, Р4НА2, ELF3, TGIF1, ТМЕМ158, COL7A1, COL16A1, амфирегулина (AREG) и IL-11, в биологическом образце, полученном от пациента;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(c) введение анти-IL-1β антитела, анти-IL-18 антитела или полиспецифичного анти-IL-1β/анти-IL-18 антитела пациенту, если уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
27. Способ по п. 26, отличающийся тем, что один ген или комбинация генов или один белок или комбинация белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбраны из CSF3 (GCSF), ТМЕМ158, Col7A1, Col16A1, амфирегулина (AREG), IL-11.
28. Способ по п. 27, отличающийся тем, что один ген или комбинация генов или один белок или комбинация белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбраны из CSF3 (GCSF) и амфирегулина.
29. Способ лечения воспалительного заболевания кишечника у пациента, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из IL-1β, CASP1 и р20, в биологическом образце, полученном от пациента;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(c) введение анти-IL-1β антитела, анти-IL-18 антитела или полиспецифичного анти-IL-1β/анти-IL-18 антитела пациенту, если уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
30. Способ лечения воспалительного заболевания кишечника у пациента, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых данным одним геном или комбинацией генов, выбранных из ММР3, INHBA, COL5A2, CHN1, LMCD1, COL12A1, COL7A1, COL18A1, ТМЕМ158, FAM65C, IGFBP5, THY1, ТМЕМ132А, PXDN, GPR68, TWIST1, COL4A1, SERPINH1, АЕВР1, NAB2, ТМЕМ45А, ТМЕМ121, VIM, NOTCH4, АЕВР1, IL1R1 и TIMP2, в биологическом образце, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенного на этапе (а), с контрольным уровнем;
(с) введение анти-IL-1β антитела, анти-IL-18 антитела или полиспецифичного анти-IL-1β/анти-IL-18 антитела пациенту, если уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
31. Способ лечения воспалительного заболевания кишечника у пациента, включающий:
(a) определение уровня экспрессии IL18 в биологическом образце, полученном из ткани кишечника пациента;
(b) сравнение уровня экспрессии IL18, определенного на этапе (а), с контролем; и
(c) введение анти-IL-1β антитела, анти-IL-18 антитела или полиспецифичного анти-IL-1β/анти-IL-18 антитела пациенту, если уровень одного гена или комбинации генов или одного белка или комбинации белков, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
32. Способ лечения воспалительного заболевания кишечника у пациента, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии GCSF в образце сыворотки, полученном от субъекта;
(b) сравнение уровня экспрессии GCSF, определенного на этапе (а), с контролем; и
(c) введение анти-IL-1β антитела, анти-IL-18 антитела или полиспецифичного анти-IL-1β/анти-IL-18 антитела пациенту, если уровень GCSF, определенный на этапе (а), превышает контрольный уровень.
33. Способ по любому из пп. 26-32, отличающийся тем, что воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит или воспалительную болезнь Крона или фиброзную болезнь Крона.
34. Способ по п. 33, отличающийся тем, что фиброзная болезнь Крона представляет собой фибростенозную болезнь Крона.
35. Способ по любому из пп. 26-30, отличающийся тем, что уровень экспрессии определяют с помощью способа на основе ПЦР или микрочипа.
36. Способ по любому из пп. 26-32, отличающийся тем, что уровень экспрессии определяют с помощью иммунологического анализа.
37. Способ по п. 36, отличающийся тем, что иммунологический анализ представляет собой анализ ELISA.