ЛИГАНДЫ И СУБСТРАТЫ ABCB5

1. Способ усиления функции АВСВ5-положительных клеток, включающий введение нуждающемуся в этом субъекту эффективного количества композиции, которая усиливает путь АВСВ5-PIP2.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий оценку связывания АВСВ5-PIP2 после введения композиции.
3. Способ по п. 1, при котором композиция представляет собой PIP2 или агонист PIP2.
4. Способ по п. 1, при котором субъект представляет собой человека или животное, не являющееся человеком, включая: козу, овцу, зубра, верблюда, корову, свинью, кролика, буйвола, лошадь, крысу, мышь, кошку, собаку, ламу или примата, например мартышку.
5. Способ по п. 1, при котором композиция содержит фосфолипид.
-
6. Способ по п. 1, при котором композиция содержит [PIP2(6:0/18:0)-Н] и фармацевтически приемлемый носитель.
7. Способ по п. 1, при котором композиция содержит фосфолипид, содержащий соединение, характеризующееся структурой:
,
где R1 и R2 представляют собой независимые цепи жирных кислот; и
где R1 и R2 характеризуется длиной, которая по меньшей мере в два раза превышает длину другой из R1 и R2.
8. Способ по п. 7, при котором структура характеризуется общей жирнокислотной цепью, характеризующейся 22:0-26:0.
9. Способ по п. 7, при котором структура характеризуется общей жирнокислотной цепью, характеризующейся 24:0.
10. Способ по п. 1, при котором субъект представляет собой здорового субъекта.
11. Способ по п. 1, при котором композиция способствует заживлению ран.
12. Способ по п. 1, при котором композиция способствует регенерации тканей.
13. Способ по п. 1, при котором композиция способствует ангиогенезу.
14. Способ по п. 1, при котором композиция способствует выживаемости клеток.
15. Способ по п. 1, при котором композиция подавляет гибель клеток.
16. Способ по п. 1, при котором композицию вводят с помощью перорального, внутривенного, подкожного, местного, парентерального, внутриопухолевого, внутримышечного, интраназального, внутричерепного, подъязычного, интратрахеального, окулярного или интратекального пути.
17. Способ ингибирования функции АВСВ5-положительных раковых клеток, включающий введение нуждающемуся в этом субъекту эффективного количества композиции, которая ингибирует путь ABCB5-PIP2, и дополнительно включающий оценку связывания ABCB5-PIP2 после введения композиции.
18. Способ ингибирования функции АВСВ5-положительных раковых клеток, включающий введение нуждающемуся в этом субъекту эффективного количества композиции, которая ингибирует связывание АВСВ5-PIP2, причем композиция выбрана из группы, включающей малую молекулу, липидный аналог, антитело к АВСВ5 или фрагмент, характеризующиеся специфичностью в отношении циклической формы или линейной формы внеклеточного полипептида белка, фермент и антитело к АВСВ5 или его фрагмент, которые изменяют конформацию сайта связывания АВСВ5 PIP2.
19. Способ по п. 18, при котором антитело к АВСВ5 или его фрагмент, которые изменяют конформацию сайта связывания АВСВ5 PIP2, ингибируют продукцию PIP3.
20. Способ по п. 18, при котором антитело к АВСВ5 или его фрагмент, которые изменяют конформацию сайта связывания АВСВ5 PIP2, ингибируют путь PI3K.
21. Способ по п. 18, дополнительно включающий оценку связывания АВСВ5-PIP2 после введения композиции.
22. Способ по п. 17 или 18, при котором композиция представляет собой антагонист PIP2.
23. Способ по п. 17, при котором композицию выбирают из группы, включающей малую молекулу, липидный аналог, антитело к АВСВ5 или фрагмент, характеризующиеся специфичностью в отношении циклической формы или линейной формы внеклеточного полипептида белка, и фермент.
24. Способ по п. 17 или 18, при котором композиция представляет собой малую молекулу.
25. Способ по п. 17 или 18, при котором композиция представляет собой антитело к АВСВ5 или фрагмент, характеризующиеся специфичностью в отношении циклической формы или линейной формы внеклеточного полипептида белка.
26. Способ по п. 17 или 18, при котором композиция представляет собой антитело к АВСВ5 или фрагмент, которые изменяют конформацию сайта связывания АВСВ5 PIP2.
27. Способ по п. 17 или 18, при котором композиция представляет собой липидный аналог.
28. Способ по п. 17 или 18, при котором композиция представляет собой фермент.
29. Способ по п. 17 или 18, при котором субъект представляет собой человека или животное, не являющееся человеком, включая: козу, овцу, зубра, верблюда, корову, свинью, кролика, буйвола, лошадь, крысу, мышь, кошку, собаку, ламу или примата, например мартышку.
30. Способ по п. 17 или 18, при котором композицию вводят с помощью перорального, внутривенного, подкожного, местного, парентерального, внутриопухолевого, внутримышечного, интраназального, внутричерепного, подъязычного, интратрахеального, окулярного или интратекального пути.
31. Способ идентификации усилителя или ингибитора пути ABCB5-PIP2, включающий:
приведение в контакт АВСВ5+ клетки с предполагаемой композицией, которая модулирует связывание АВСВ5-PIP2; определение уровня содержания соединения-продукта пути PIP2 и сравнение уровня содержания с исходным уровнем соединения-продукта пути PIP2, причем если уровень содержания выше, чем исходный уровень, предполагаемая композиция представляет собой усилитель пути ABCB5-PIP2, и если уровень содержания соединения-продукта пути PIP2 ниже, чем исходный уровень, предполагаемая композиция представляет собой ингибитор ABCB5-PIP2.
32. Способ по п. 31, при котором предполагаемая композиция, которая модулирует путь ABCB5-PIP2, представляет собой PIP2 или агонист PIP2.
33. Способ по п. 31, при котором предполагаемая композиция, которая модулирует путь ABCB5-PIP2, представляет собой малую молекулу.
34. Способ по п. 31, при котором предполагаемая композиция, которая модулирует путь ABCB5-PIP2, представляет собой антитело к АВСВ5 или его фрагмент.
35. Способ по п. 31, при котором соединение пути PIP2 представляет собой PIP3.
36. Способ по п. 31, при котором соединение пути PIP2 представляет собой представителя пути PI3K.
37. Способ по п. 31, при котором АВСВ5+ клетка содержит изоформу 1 АВСВ5, в которой аминокислота в положении 970 представляет собой лизин.
38. Способ по п. 31, при котором АВСВ5+ клетка содержит изоформу 2 АВСВ5, в которой аминокислота в положении 525 представляет собой лизин.
39. Композиция, содержащая синтетический фосфолипид, содержащий соединение, характеризующееся структурой:
,
где R1 и R2 представляют собой независимые цепи жирных кислот; и
где R1 и R2 характеризуется длиной, которая по меньшей мере в два раза превышает длину другой из R1 и R2.
40. Композиция по п. 39, в которой фосфолипид характеризуется общей жирнокислотной цепью, характеризующейся 22:0-26:0.
41. Композиция по п. 40, в которой фосфолипид характеризуется общей жирнокислотной цепью, характеризующейся 24:0.
42. Композиция по п. 39, в которой фосфолипид характеризуется формулой: C33H65O19P3.
-
43. Композиция по п. 39, в которой фосфолипид содержит [PIP2(6:0/18:0)-Н] и фармацевтически приемлемый носитель.
44. Композиция по п. 39, причем композиция содержит аналог PIP2.
45. Композиция по п. 39, причем композиция усиливает путь ABCB5-PIP2.
46. Композиция по п. 45, причем композиция способствует заживлению ран.
47. Композиция по п. 45, причем композиция способствует регенерации тканей.
48. Композиция по п. 45, причем композиция способствует ангиогенезу.
49. Композиция по п. 45, причем композиция способствует выживаемости клеток.
50. Композиция по п. 45, причем композиция подавляет гибель клеток.
-
51. Композиция по п. 39, в которой фосфолипид содержит фосфорилированный PIP3(6:0/18:0)-H (C33H65O19P4) и фармацевтически приемлемый носитель.
52. Антитело к АВСВ5 человека или его АВСВ5-связывающий фрагмент, которые ингибируют путь АВСВ5-PIP2, причем антитело к АВСВ5 или его АВСВ5-связывающий фрагмент связывается с внеклеточной петлей трехмерной конфигурации АВСВ5.
53. Антитело к АВСВ5 человека или АВСВ5-связывающий фрагмент по п. 52, причем антитело можно получить способом, включающим созревание аффинности для специфического связывания с внеклеточной петлей нелинейной формы АВСВ5.
54. Антитело к АВСВ5 человека или АВСВ5-связывающий фрагмент по п. 52, причем антитело характеризуется последовательностью, которая соответствует антителу, которое можно получить способом, включающим созревание аффинности для специфического связывания с внеклеточной петлей нелинейной формы АВСВ5.
55. Способ получения антитела к АВСВ5 человека или АВСВ5-связывающего фрагмента по п. 52, которые ингибируют путь ABCB5-PIP2, при котором антитело к АВСВ5 или АВСВ5-связывающий фрагмент подвергают созреванию аффинности для специфического связывания с внеклеточной петлей нелинейной формы белка.
56. Способ идентификации антитела или фрагмента, которые ингибируют путь ABCB5-PIP2, включающий:
приведение в контакт АВСВ5+ клетки с предполагаемым антителом или фрагментом, которые связываются с АВСВ5; оценка связывания АВСВ5-PIP2 после лечения с помощью антитела или фрагмента; определение уровня содержания соединения - продукта пути PIP2 и сравнение уровня содержания с исходным уровнем соединения-продукта пути PIP2, причем если уровень содержания соединения-продукта пути PIP2 ниже, чем исходный уровень, предполагаемое антитело или фрагмент представляет собой ингибитор пути ABCB5-PIP2.
57. Способ по п. 56, при котором соединение пути PIP2 представляет собой PIP3.
58. Способ по п. 56, при котором соединение пути PIP2 представляет собой представителя пути PI3K.
59. Изоформа 1 АВСВ5, содержащая два трансмембранных домена (TMD) и 12 трансмембранных спиралей (ТМ 1-12), в которой глутаминовая кислота в положении 970 ТМ12 была изменена на лизин, или в которой положение 970 ТМ12 представляет собой глутаминовую кислоту.
60. Изоформа 2 АВСВ5, содержащая один трансмембранный домен (TMD) и 6 трансмембранных спиралей (ТМ 1-6), в которой глутаминовая кислота в положении 525 ТМ6 была изменена на лизин, или в которой положение 525 ТМ12 представляет собой глутаминовую кислоту.
61. Антитело к изоформе АВСВ5 человека или его связывающий фрагмент, которые ингибируют путь АВСВ5-PIP2, причем антитело к АВСВ5 или его АВСВ5-связывающий фрагмент специфически связывается с изоформами 1 АВСВ5 по п. 59 или изоформами 2 АВСВ5 по п. 60.
62. Способ идентификации усилителя или ингибитора пути ABCB5-PIP2, включающий:
приведение в контакт изоформ 1 АВСВ5 по п. 59 или изоформ 2 АВСВ5 по п. 60 с предполагаемой композицией, которая модулирует связывание АВСВ5-PIP2; определение уровня содержания соединения-продукта пути PIP2 и сравнение уровня содержания с исходным уровнем соединения-продукта пути PIP2, причем если уровень содержания выше, чем исходный уровень, предполагаемая композиция представляет собой усилитель пути АВСВ5-PIP2, и если уровень содержания соединения пути PIP2 ниже, чем исходный уровень, предполагаемая композиция представляет собой ингибитор ABCB5-PIP2.
63. Способ по п. 62, при котором предполагаемая композиция, которая модулирует путь ABCB5-PIP2, представляет собой PIP2 или агонист PIP2.
64. Способ по п. 62, при котором предполагаемая композиция, которая модулирует путь ABCB5-PIP2, представляет собой малую молекулу.
65. Способ по п. 62, при котором предполагаемая композиция, которая модулирует путь ABCB5-PIP2, представляет собой антитело к АВСВ5 или его фрагмент.
66. Способ по п. 62, при котором соединение пути PIP2 представляет собой PIP3.
67. Способ по п. 62, при котором соединение пути PIP2 представляет собой представителя пути PI3K.
68. Способ по любому из пп. 62-67, при котором изоформы АВСВ5 экспрессированы рекомбинантно.
69. Способ лечения рака у субъекта, включающий:
нарушение эндогенного гена АВСВ5 в клетке с использованием редактирования гена; путем приведения в контакт клетки с белком Cas, РНК CRISPR, которая гибридизуется с эндогенным геном АВСВ5, и tracrPHK, причем после контакта клетки с белком Cas, РНК CRISPR и tracrPHK эндогенный ген АВСВ5 модифицируется таким образом, что последовательность AAA в области гена, кодирующей концевую трансмембранную спираль гена АВСВ5, заменяется на GAA, и причем редактирование гена лечит рак у субъекта.
70. Способ по п. 69, при котором субъект характеризуется наличием АВСВ+ стволовой клетки, ассоциированной с раком, до редактирования гена, которая представляет собой гомозиготную изоформу 2 K525/K525 АВСВ5.
71. Способ по п. 69 или 70, при котором рак представляет собой меланому или глиобластому.
72. Способ лечения рака у субъекта, включающий:
введение субъекту ингибитора АВСВ1 в эффективном количестве для ингибирования функции пути ABCB5-PIP2 для лечения рака у субъекта, при котором:
i) рак включает раковые клетки, и раковые клетки экспрессируют незначительное количество или не экспрессируют АВСВ1; или
ii) способ дополнительно включает обнаружение присутствия АВСВ5+ стволовой клетки до стадии введения; или
iii) причем ингибитор АВСВ1 представляет собой ингибитор насоса, и рак не лечат одновременно с помощью химиотерапевтического средства; или
iv) способ дополнительно включает оценку связывания АВСВ5-PIP2 после введения композиции.
73. Способ по п. 72, при котором субъект характеризуется наличием АВСВ+ стволовой клетки, ассоциированной с раком, до редактирования гена, которая представляет собой гомозиготную изоформу 2 K525/K525 АВСВ5.
74. Способ по п. 72 или 73, при котором рак представляет собой меланому или глиобластому.
75. Способ определения характеристик рака, включающий:
выделение раковой клетки от субъекта, определение того, является ли раковая клетка гомозиготной изоформой 2 K525/K525 АВСВ5, гомозиготной изоформой 2 Е525/Е525 АВСВ5 или гетерозиготной изоформой 2 K525/Е525 АВСВ5 для определения характеристик рака.