ДИАГНОСТИКА ИНДУЦИРУЕМЫХ ГЛЮТЕНОМ АУТОИММУННЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ

1. Способ диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума, включающий стадии:
i) предоставление биологического образца, взятого от индивидуума, где указанный образец содержит аутоантитела указанного индивидуума, и необязательно выделение аутоантител из указанного образца,
ii) контактирование аутоантител указанного образца с
- эталонным белком, принадлежащим семейству трансглутаминаз и имеющим неизмененный основной целиакальный эпитоп,
- по меньшей мере одним тестовым белком, принадлежащим семейству трансглутаминаз, в котором боковая цепь и/или пространственное положение по меньшей мере одного поверхностного аминокислотного остатка, являющегося частью основного целиакального эпитопа, изменены по сравнению с эталонным белком, в котором основной целиакальный эпитоп является неизмененным,
где указанный по меньшей мере один поверхностный аминокислотный остаток основного целиакального эпитопа содержит или выбран из
поверхностного аминокислотного остатка первой альфа-спирали центрального домена, предпочтительно первого аминокислотного остатка указанной альфа-спирали, и/или
поверхностного аминокислотного остатка первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена и поверхностной аминокислоты консервативного мотива HisHisThr бета-сэндвич-домена, предпочтительно шестого аминокислотного остатка указанной спирали и/или первой аминокислоты указанного мотива HisHisThr,
и где центральный домен имеет свернутую трехмерную структуру,
iii) оценка связывающего свойства аутоантител в отношении эталонного белка и по меньшей мере одного тестового белка,
где, если связывание аутоантител с тестовым белком снижено по сравнению с эталонным белком, то этот факт считают указывающим на индуцируемое глютеном аутоиммунное заболевание у указанного индивидуума.
2. Диагностический способ для диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума по п.1, где на стадии iii) связывание оценивают путем измерения уровня связывания аутоантител с тестовым белком и с эталонным белком,
где, если средний уровень связывания аутоантител с эталонным белком превышает заданное пороговое значение, и если средний уровень связывания аутоантител с тестовым белком является значительно более низким, предпочтительно сниженным по меньшей мере на 30% по сравнению с эталонным белком, то этот факт считают указывающим на индуцируемое глютеном аутоиммунное заболевание у указанного индивидуума.
3. Диагностический способ по п.1, где первый аминокислотный остаток указанной первой альфа-спирали центрального домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный Glu153, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, и/или
шестой аминокислотный остаток указанной первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный Arg19, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, и/или
первый аминокислотный остаток мотива HisHisThr указанной первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный His22, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, где предпочтительно
a) тестовый белок представляет собой мутантную трансглутаминазу (TG), предпочтительно мутантную TG2, TG3 или TG6, и
b) эталонный белок представляет собой TG дикого типа, предпочтительно TG2, TG3 или TG6 дикого типа.
4. Диагностический способ по любому из пп.1-3, где в указанном тестовом белке, принадлежащем семейству трансглутаминаз, боковая цепь или пространственное положение по меньшей мере одной дополнительной аминокислоты изменены по сравнению с эталонным белком, в котором основной целиакальный эпитоп является неизмененным,
где предпочтительно указанная дополнительная аминокислота выбрана из группы из аминокислотных остатков, соответствующих или эквивалентных Arg151, Glu153, Glu154, Arg156, Arg19, His22, Val431, Arg433, Glu435, Met659, Leu661, пронумерованным согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе многократного выравнивания последовательностей.
5. Применение тестового белка в способе для диагностики глютеновой болезни, причем указанный тестовый белок принадлежит семейству трансглутаминаз, в котором боковая цепь и/или пространственное положение по меньшей мере одного поверхностного аминокислотного остатка, являющегося частью основного целиакального эпитопа, изменены по сравнению с эталонным белком, в котором основной целиакальный эпитоп является неизмененным,
где указанный по меньшей мере один поверхностный аминокислотный остаток основного целиакального эпитопа содержит или выбран из
поверхностного аминокислотного остатка первой альфа-спирали центрального домена, предпочтительно первого аминокислотного остатка указанной альфа-спирали, и/или
поверхностного аминокислотного остатка первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена и поверхностного аминокислотного остатка консервативного мотива HisHisThr бета-сэндвич-домена, предпочтительно шестого аминокислотного остатка указанной альфа-спирали и/или первого аминокислотного остатка указанного мотива HisHisThr,
и где центральный домен имеет свернутую трехмерную структуру.
6. Применение тестового белка по п.5, где первый аминокислотный остаток указанной первой альфа-спирали центрального домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный Glu153, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, и/или
шестой аминокислотный остаток указанной первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквиалентный Arg19, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, и/или
первый аминокислотный остаток мотива HisHisThr указанной первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный His22, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, где предпочтительно
a) тестовый белок представляет собой мутантную трансглутаминазу (TG), предпочтительно мутантную TG2, TG3 или TG6, и
b) эталонный белок представляет собой TG дикого типа, предпочтительно TG2, TG3 или TG6 дикого типа.
7. Применение по п.5 или 6, где в указанном тестовом белке, принадлежащем семейству трансглутаминаз, боковая цепь или пространственное положение по меньшей мере одной дополнительной аминокислоты изменены по сравнению с эталонным белком, в котором основной целиакальный эпитоп является неизмененным,
где предпочтительно указанная дополнительная аминокислота выбрана из группы из аминокислотных остатков, соответствующих или эквивалентных Arg151, Glu153, Glu154, Arg156, Arg19, His22, Val431, Arg433, Glu435, Met659, Leu661, пронумерованным согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе многократного выравнивания последовательностей.
8. Диагностический способ для диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума, включающий стадии:
i) предоставление биологического образца, взятого от индивидуума, где указанный образец содержит аутоантитела указанного индивидуума, и необязательно выделение аутоантител из указанного образца,
ii) контактирование аутоантител указанного образца с белком, принадлежащим семейству трансглутаминаз, причем указанный белок имеет неизмененный основной целиакальный эпитоп, и
iii) оценка уровня связывания аутоантител с белком семейства TG как в отсутствие, так и в присутствии тестового соединения, причем указанное тестовое соединение известно тем, что оно способно связываться с основным целиакальным эпитопом, по меньшей мере частично образованным или сформированным
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали центрального домена и/или
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена
и консервативным мотивом HisHisThr бета-сэндвич-домена;
где, если средний уровень связывания аутоантител в отсутствие тестового соединения превышает заданную пороговую величину, и если средний уровень связывания аутоантител с эталонным белком в присутствии тестового соединения является значительно более низким, предпочтительно сниженным по меньшей мере на 50% по сравнению с уровнем связывания аутоантител в отсутствие указанного тестового антитела, этот факт считается указывающим на индуцируемое глютеном аутоиммунное заболевание у указанного индивидуума.
9. Диагностический способ для диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума, включающий стадии:
i) предоставление биологического образца, взятого от индивидуума,
ii) контактирование тестового соединения с белком, принадлежащим семейству трансглутаминаз, причем указанный белок имеет неизмененный основной целиакальный эпитоп и указанное тестовое соединение известно тем, что оно способно связываться с основным целиакальным эпитопом, по меньшей мере частично образованным или сформированным
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали центрального домена и/или
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена
и консервативным мотивом HisHisThr бета-сэндвич-домена;
iii) оценка уровня тестового соединения с белком семейства TG как в отсутствие, так и в присутствии указанного биологического образца;
где, если средний уровень связывания тестового соединения с эталонным белком в присутствии образца является более низким, чем уровень связывания в отсутствие образца, то этот факт указывает на присутствие аутоантител, способных связываться с основным целиакальным эпитопом, и на индуцируемое глютеном аутоиммунное заболевание у указанного индивидуума.
10. Диагностический способ по п.8 или 9, где тестовое соединение представляет собой тестовое антитело или фрагмент, вариант или аналог антитела, известные тем, что они способны связываться с основным целиакальным эпитопом белка, принадлежащего семейству трансглутаминаз, причем указанный белок является аутоантигеном при глютеновой болезни,
где предпочтительно указанное соединение представляет собой Mab885 или его фрагмент или производное, способные связываться с той же эпитопной областью.
11. Применение тестового соединения, известного тем, что оно способно связываться с основным целиакальным эпитопом, по меньшей мере частично образованным или сформированным
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали центрального домена и/или одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена и консервативным мотивом HisHisThr бета-сэндвич-домена;
в диагностическом способе для диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума.
12. Применение по п.11, где тестовое соединение представляет собой тестовое антитело или фрагмент, вариант или аналог антитела, известные тем, что они способны связываться с основным целиакальным эпитопом белка, принадлежащего семейству трансглутаминаз, причем указанный белок является аутоантигеном при глютеновой болезни,
где предпочтительно указанное соединение представляет собой Mab885 или его фрагмент или производное, способные связываться с той же эпитопной областью.
13. Диагностсический набор для диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума, включающий
a) тестовый белок, принадлежащий семейству трансглутаминаз, в котором боковая цепь и/или пространственное положение по меньшей мере одного поверхностного аминокислотного остатка, являющегося частью основного целиакального эпитопа, изменены по сравнению с эталонным белком, в котором основной целиакальный эпитоп является неизмененным,
где указанный по меньшей мере один поверхностный аминокислотный остаток основного целиакального эпитопа содержит или выбран из
поверхностного аминокислотного остатка первой альфа-спирали центрального домена, предпочтительно первого аминокислотного остатка указанной альфа-спирали, и/или
поверхностного аминокислотного остатка первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена и поверхностного аминокислотного остатка консервативного мотива HisHisThr бета-сэндвич-домена, предпочтительно шестого аминокислотного остатка указанной альфа-спирали и/или первого аминокислотного остатка указанного мотива HisHisThr,
и где центральный домен имеет свернутую трехмерную структуру, и
b) эталонный белок принадлежащий семейству трансглутаминаз, причем указанный белок имеет неизмененный основной целиакальный эпитоп, и/или носитель, содержащий инструкции по предоставлению и применению эталонного белка принадлежащего семейству трансглутаминаз, причем указанный белок имеет неизмененный основной целиакальный эпитоп, и, необязательно,
средства для взятия или обработки биологического образца от индивидуума, где указанный образец содержит аутоантитела указанного индивидуума и/или
средства для выделения аутоантител из указанного образца и/или
средства для оценки уровня связывания и/или кинетики аутоантител в отношении белков.
14. Диагностический набор по п.13, где первый аминокислотный остаток указанной первой альфа-спирали центрального домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный Glu153, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, и/или
шестой аминокислотный остаток указанной первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквиалентный Arg19, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, и/или
первый аминокислотный остаток мотива HisHisThr указанной первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена представляет собой аминокислотный остаток, соответствующий или эквивалентный His22, пронумерованному согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе выравнивания аминокислотных последовательностей, где предпочтительно
a) тестовый белок представляет собой мутантную трансглутаминазу (TG), предпочтительно мутантную TG2, TG3 или TG6, и
b) эталонный белок представляет собой TG дикого типа, предпочтительно TG2, TG3 или TG6 дикого типа.
15. Диагностический набор по п.13 или 14, где в указанном тестовом белке, принадлежащем семейству трансглутаминаз, боковая цепь или пространственное положение по меньшей мере одной дополнительной аминокислоты изменены по сравнению с эталонным белком, в котором основной целиакальный эпитоп является неизмененным,
где предпочтительно указанная дополнительная аминокислота выбрана из группы из аминокислотных остатков, соответствующих или эквивалентных Arg151, Glu153, Glu154, Arg156, Arg19, His22, Val431, Arg433, Glu435, Met659, Leu661, пронумерованным согласно нумерации аминокислот полноразмерной TG2 человека на основе многократного выравнивания последовательностей.
16. Диагностический набор по п.13, где средство для оценки уровня связывания включает планшет, имеющий лунки, где первая часть лунок покрыта эталонным белком, предпочтительно TG2 или TG6 дикого типа, и вторая часть лунок покрыта по меньшей мере одним тестовым белком, предпочтительно по меньшей мере одним мутантом TG2 или TG6.
17. Диагностический набор для диагностики индуцируемого глютеном аутоиммунного заболевания у индивидуума, включающий
a) эталонный белок, принадлежащий семейству трансглутаминаз, причем указанный белок имеет неизмененный основной целиакальный эпитоп, где центральный домен указанного эталонного белка имеет свернутую трехмерную структуру, и/или носитель, содержащий инструкции по предоставлению и применению указанного эталонного белка, принадлежащего семейству трансглутаминаз, и
b) тестовое соединение, известное тем, что оно способно связываться с основным целиакальным эпитопом указанного эталонного белка, принадлежащего семейству трансглутаминаз, причем основной целиакальный эпитоп по меньшей мере частично образованным или сформированным
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали центрального домена и/или
одним или несколькими поверхностным аминокислотным остатком(ами) первой альфа-спирали бета-сэндвич-домена и консервативным мотивом HisHisThr бета-сэндвич-домена;
и необязательно
средства для взятия или обработки биологического образца от индивидуума, где указанный образец содержит аутоантитела указанного индивидуума и/или
средства для выделения аутоантител из указанного образца, и/или
средства для оценки уровня связывания, и/или кинетики тестового белка в отношении эталонного белка.