БИСПЕЦИФИЧЕСКИЕ ГЕТЕРОДИМЕРНЫЕ СЛИТЫЕ БЕЛКИ, СОДЕРЖАЩИЕ FC-СЛИТЫЕ БЕЛКИ IL-15/IL-15RA И ФРАГМЕНТЫ АНТИТЕЛА К PD-1

1. Биспецифический гетеродимерный белок, содержащий:
a) слитый белок, содержащий первый белковый домен, второй белковый домен и первый Fc-домен, при этом указанный первый белковый домен ковалентно присоединен к N-концу указанного второго белкового домена посредством первого доменного линкера, при этом указанный второй белковый домен ковалентно присоединен к N-концу указанного первого Fc-домена посредством второго доменного линкера и при этом указанный первый белковый домен содержит белок IL-15Rα, а указанный второй белковый домен содержит белок IL-15; и
b) слитый белок антитела, содержащий антигенсвязывающий домен к PD-1 (ABD) и второй Fc-домен, при этом указанный антигенсвязывающий домен к PD-1 ковалентно присоединен к N-концу указанного второго Fc-домена и указанный антигенсвязывающий домен к PD-1 представляет собой одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv) или фрагмент Fab;
при этом указанный первый и указанный второй Fc-домены содержат набор аминокислотных замен, выбранный из группы, состоящей из S267K/L368D/K370S : S267K/LS364K/E357Q; S364K/E357Q : L368D/K370S; L368D/K370S : S364K; L368E/K370S : S364K; T411T/E360E/Q362E : D401K; L368D/K370S : S364K/E357L и K370S : S364K/E357Q, в соответствии с нумерацией EU.
2. Биспецифический гетеродимерный белок по п. 1, отличающийся тем, что указанный первый и/или указанный второй Fc-домены содержат дополнительный набор аминокислотных замен, содержащий Q295E/N384D/Q418E/N421D, в соответствии с нумерацией EU.
3. Биспецифический гетеродимерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный первый и/или указанный второй Fc-домены содержат дополнительный набор аминокислотных замен, состоящий из G236R/L328R, E233P/L234V/L235A/G236del/S239K, E233P/L234V/L235A/G236del/S267K, E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G, E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G и E233P/L234V/L235A/G236del, в соответствии с нумерацией EU.
4. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:1 (полноразмерный человеческий IL-15) и SEQ ID NO:2 (усеченный человеческий IL-15), а указанный белок IL-15Rα имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:3 (полноразмерный человеческий IL-15Rα) и SEQ ID NO:4 (домен sushi человеческого IL-15Rα).
5. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 и указанный белок IL-15Rα содержат набор аминокислотных замен, выбранных из группы, состоящей из E87C : D96/P97/C98; E87C : D96/C97/A98; V49C : S40C; L52C : S40C; E89C : K34C; Q48C : G38C; E53C : L42C; C42S : A37C; и L45C : A37C, соответственно.
6. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанный антигенсвязывающий домен к PD-1 содержит анти-PD-1 scFv или анти-PD-1 Fab.
7. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанный первый слитый белок имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (16478), а указанный scFv антигенсвязывающего домена к PD-1 имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (15110).
8. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанный первый слитый белок имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (16478), а указанный Fab антигенсвязывающего домена к PD-1 имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (14833) и SEQ ID NO:XX (14812).
9. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что указанный гетеродимерный белок представляет собой XENP21480, XENP22022, XENP25850 или XENP25937.
10. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая слитый белок по любому из пп. 1-9.
11. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая слитый белок антитела по любому из пп. 1-9.
12. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 10.
13. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 11.
14. Экспрессионный вектор по п. 13, дополнительно содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 10.
15. Клетка-хозяин, содержащая один или два экспрессионных вектора по любому из пп. 12-14.
16. Биспецифический гетеродимерный белок, содержащий:
a) слитый белок, содержащий первый белковый домен и первый Fc-домен, при этом указанный первый белковый домен ковалентно присоединен к N-концу указанного первого Fc-домена посредством доменного линкера и указанный первый белковый домен содержит белок IL-15Rα;
b) второй белковый домен, нековалентно присоединенный к указанному первому белковому домену, указанный второй белковый домен содержит белок IL-15; и
c) слитый белок антитела, содержащий антигенсвязывающий домен к PD-1 и второй Fc-домен, при этом указанный антигенсвязывающий домен к PD-1 ковалентно присоединен к N-концу указанного второго Fc-домена и указанный антигенсвязывающий домен к PD-1 представляет собой одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv) или фрагмент Fab;
при этом указанный первый и указанный второй Fc-домены содержат набор аминокислотных замен, выбранный из группы, состоящей из S267K/L368D/K370S : S267K/LS364K/E357Q; S364K/E357Q : L368D/K370S; L368D/K370S : S364K; L368E/K370S : S364K; T411T/E360E/Q362E : D401K; L368D/K370S : S364K/E357L и K370S : S364K/E357Q, в соответствии с нумерацией EU.
17. Биспецифический гетеродимерный белок по п. 16, отличающийся тем, что указанный первый и/или указанный второй Fc-домены содержат дополнительный набор аминокислотных замен, содержащий Q295E/N384D/Q418E/N421D, в соответствии с нумерацией EU.
18. Биспецифический гетеродимерный белок по п. 16 или 17, отличающийся тем, что указанный первый и/или указанный второй Fc-домены содержат дополнительный набор аминокислотных замен, состоящий из G236R/L328R, E233P/L234V/L235A/G236del/S239K, E233P/L234V/L235A/G236del/S267K, E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G, E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G и E233P/L234V/L235A/G236del, в соответствии с нумерацией EU.
19. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 16-18, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:1 (полноразмерный человеческий IL-15) и SEQ ID NO:2 (усеченный человеческий IL-15), а указанный белок IL-15Rα имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:3 (полноразмерный человеческий IL-15Rα) и SEQ ID NO:4 (домен sushi человеческого IL-15Rα).
20. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 16-19, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 и указанный белок IL-15Rα содержат набор аминокислотных замен, выбранных из группы, состоящей из E87C : D96/P97/C98; E87C : D96/C97/A98; V49C : S40C; L52C : S40C; E89C : K34C; Q48C : G38C; E53C : L42C; C42S : A37C; и L45C : A37C, соответственно.
21. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 16-20, отличающийся тем, что указанный антигенсвязывающий домен к PD-1 содержит анти-PD-1 scFv или анти-PD-1 Fab.
22. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 16-21, отличающийся тем, что указанный слитый белок имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:XX (16481), при этом указанный второй белковый домен имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (16484), а указанный Fab антигенсвязывающего домена к PD-1 имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (14833) и SEQ ID NO:XX (14812).
23. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 16-21, отличающийся тем, что указанный слитый белок имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:XX (17584), при этом указанный второй белковый домен имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (17074), а указанный Fab антигенсвязывающего домена к PD-1 имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (14833) и SEQ ID NO:XX (14812).
24. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 16-23, отличающийся тем, что указанный гетеродимерный белок выбран из группы, состоящей из XENP22112 и XENP22641.
25. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая слитый белок по любому из пп. 16-24.
26. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая слитый белок антитела по любому из пп. 16-24.
27. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 25.
28. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 26.
29. Экспрессионный вектор по п. 28, дополнительно содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 25.
30. Экспрессионный вектор по любому из пп. 27-29, дополнительно содержащий композицию нуклеиновой, кодирующую указанный второй белковый домен.
31. Клетка-хозяин, содержащая один или более экспрессионных векторов по любому из пп. 27-30.
32. Биспецифический гетеродимерный белок, содержащий:
a) первый слитый белок антитела, содержащий первый антигенсвязывающий домен к PD-1 и первый Fc-домен, при этом указанный первый антигенсвязывающий домен к PD-1 ковалентно присоединен к N-концу указанного первого Fc-домена посредством первого доменного линкера и указанный первый антигенсвязывающий домен к PD-1 представляет собой одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv) или фрагмент Fab;
b) второй слитый белок антитела, содержащий второй антигенсвязывающий домен к PD-1, второй Fc-домен и первый белковый домен, при этом указанный второй антигенсвязывающий домен к PD-1 ковалентно присоединен к N-концу указанного второго Fc-домена посредством второго доменного линкера, указанный первый белковый домен ковалентно присоединен к C-концу указанного второго Fc-домена посредством третьего доменного линкера, указанный второй антигенсвязывающий домен к PD-1 представляет собой одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv) или фрагмент Fab, а указанный первый белковый домен содержит белок IL-15Rα; и
c) второй белковый домен, нековалентно присоединенный к указанному первому белковому домену указанного второго слитого белка антитела и содержащий белок IL-15,
при этом указанный первый и указанный второй Fc-домены содержат набор аминокислотных замен, выбранный из группы, состоящей из S267K/L368D/K370S : S267K/LS364K/E357Q; S364K/E357Q : L368D/K370S; L368D/K370S : S364K; L368E/K370S : S364K; T411T/E360E/Q362E : D401K; L368D/K370S : S364K/E357L и K370S : S364K/E357Q, в соответствии с нумерацией EU.
33. Биспецифический гетеродимерный белок по п. 32, отличающийся тем, что указанный первый и/или указанный второй Fc-домены содержат дополнительный набор аминокислотных замен, содержащий Q295E/N384D/Q418E/N421D, в соответствии с нумерацией EU.
34. Биспецифический гетеродимерный белок по п. 32 или 33, отличающийся тем, что указанный первый и/или указанный второй Fc-домены содержат дополнительный набор аминокислотных замен, состоящий из G236R/L328R, E233P/L234V/L235A/G236del/S239K, E233P/L234V/L235A/G236del/S267K, E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G, E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G и E233P/L234V/L235A/G236del, в соответствии с нумерацией EU.
35. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-34, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:1 (полноразмерный человеческий IL-15) и SEQ ID NO:2 (усеченный человеческий IL-15), а указанный белок IL-15Rα имеет полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:3 (полноразмерный человеческий IL-15Rα) и SEQ ID NO:4 (домен sushi человеческого IL-15Rα).
36. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-35, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 и указанный белок IL-15Rα содержат набор аминокислотных замен, выбранных из группы, состоящей из E87C : D96/P97/C98; E87C : D96/C97/A98; V49C : S40C; L52C : S40C; E89C : K34C; Q48C : G38C; E53C : L42C; C42S : A37C; и L45C : A37C, соответственно.
37. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-36, отличающийся тем, что указанный первый антигенсвязывающий домен к PD-1 содержит анти-PD-1 scFv или анти-PD-1 Fab.
38. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-37, отличающийся тем, что указанный второй антигенсвязывающий домен к PD-1 содержит анти-PD-1 scFv или анти-PD-1 Fab.
39. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-37, отличающийся тем, что указанный первый слитый белок антитела имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (17599) и SEQ ID NO: XX (9016), указанный второй слитый белок антитела имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (16478) и SEQ ID NO: XX (9016), а указанный второй белковый домен имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (16484).
40. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-37, отличающийся тем, что указанный первый слитый белок антитела имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (17601) и SEQ ID NO: XX (9016), указанный второй слитый белок антитела имеет полипептидные последовательности SEQ ID NO:XX (9018) и SEQ ID NO: XX (9016), а указанный второй белковый домен имеет полипептидную последовательность SEQ ID NO:XX (17074).
41. Биспецифический гетеродимерный белок по любому из пп. 32-40, отличающийся тем, что указанный гетеродимерный белок представляет собой XENP22642 или XENP22644.
42. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая первый слитый белок антитела по любому из пп. 32-41.
43. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая второй слитый белок антитела по любому из пп. 32-41.
44. Композиция нуклеиновой кислоты, кодирующая второй белковый домен по любому из пп. 32-41.
45. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 42.
46. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 43.
47. Экспрессионный вектор, содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 44.
48. Экспрессионный вектор по п. 45, дополнительно содержащий композицию нуклеиновой кислоты по п. 43 и/или 44.
49. Клетка-хозяин, содержащая один или более экспрессионных векторов по любому из пп. 45-48.
50. Биспецифического гетеродимерный белок по любому из пп. 1-9, 16-24 и 32-41, отличающийся тем, что указанный белок IL-15 содержит одну или более аминокислотных замен, выбранных из группы, состоящей из N1D, N4D, D8N, D30N, D61N, E64Q, N65D и Q108E.
51. Биспецифический гетеродимерный белок, выбранный из группы, состоящей из XENP21480, XENP22022, XENP22112, XENP22641, XENP22642, XENP22644, XENP25850 и XENP25937.
52. Композиция нуклеиновой кислоты, содержащая одну или более нуклеиновых кислот, кодирующих биспецифический гетеродимерный белок, выбранный из группы, состоящей из XENP21480, XENP22022, XENP22112, XENP22641, XENP22642, XENP22644, XENP25850 и XENP25937.
53. Композиция экспрессионных векторов, содержащая один или более экспрессионных векторов, каждый из которых содержит нуклеиновую кислоту так, что один или более экспрессионных векторов кодируют биспецифический гетеродимерный белок, выбранный из группы, состоящей из XENP21480, XENP22022, XENP22112, XENP22641, XENP22642, XENP22644, XENP25850 и XENP25937.
54. Клетка-хозяин, содержащая композицию нуклеиновой кислоты по п. 52.
55. Клетка-хозяин, содержащая композицию экспрессионных векторов по п. 53.
56. Способ получения биспецифического гетеродимерного белка по п. 51, включающий культивирование клетки-хозяина по п. 54 или 55 в подходящих условиях, в которых происходит экспрессия указанного биспецифического гетеродимерного белка, и выделение указанного белка.
57. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий введение указанному пациенту терапевтически эффективного количества биспецифического гетеродимерного белка по п. 51.