ГИБРИДНЫЕ ДНК/РНК-ПОЛИНУКДЕОТИДЫ CRISPR И СПОСОБЫ

1. Единичный полинуклеотид, содержащий:
нацеленную на мишень область, содержащую дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК);
активирующую область, смежную с указанной нацеленной на мишень областью, содержащую рибонуклеиновую кислоту (РНК); где этом указанный единичный полинуклеотид предназначен для применения с использованием системы CRISPR класса 2.
2. Полинуклеотид по п.1, где активирующая область содержит ДНК.
3. Полинуклеотид по п.1, где нацеленная на мишень область содержит смесь ДНК и РНК.
4. Полинуклеотид по п.1, где нацеленная на мишень область содержит смесь ДНК и РНК, и активирующая область содержит смесь ДНК и РНК.
5. Полинуклеотид по п.1, где указанная активирующая область расположена ниже указанной нацеленной на мишень области.
6. Полинуклеотид по п.5, где указанная активирующая область содержит структуру, выбранную из группы, состоящей из нижнего стебля, выпетливания, верхнего стебля, связующего звена и шпильки.
7. Полинуклеотид по п.1, где указанная активирующая область расположена выше указанной нацеленной на мишень области.
8. Полинуклеотид по п.7, где указанная активирующая область содержит структуру стебель-петля.
9. Полинуклеотид по п.1, где указанная активирующая область взаимодействует с белком Cas9.
10. Полинуклеотид по п.1, где указанная активирующая область взаимодействует с белком Cpf1.
11. Система CRISPR класса 2, содержащая:
единичный полинуклеотид, содержащий нацеленную на мишень область, содержащую дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) и имеющую конфигурацию, позволяющую гибридизоваться с последовательностью-мишенью в нуклеиновой кислоте;
активирующую область, смежную с указанной нацеленной на мишень областью, содержащую рибонуклеиновую кислоту (РНК); и
сайт-специфичный полипептид.
12. Система CRISPR класса 2 по п.11, где указанная активирующая область расположена ниже указанной нацеленной на мишень области, и в котором указанный сайт-специфичный полипептид содержит Cas9.
13. Система CRISPR класса 2 по п.12, где указанная активирующая область содержит структуру, выбранную из группы, состоящей из нижнего стебля, выпетливания, верхнего стебля, связующего звена и шпильки.
14. Система CRISPR класса 2 по п.11, где указанная активирующая область расположена выше указанной нацеленной на мишень области, и в котором указанный сайт-специфичный полипептид содержит Cpf1.
15. Система CRISPR класса 2 по п.14, где указанная активирующая область содержит структуру стебель-петля.
16. Система CRISPR класса 2 по п.11, где указанный сайт-специфичный полипептид взаимодействует с указанной активирующей областью.
17. Система CRISPR класса 2 по п.11, где указанная нацеленная на мишень область содержит смесь ДНК и РНК.
18. Система CRISPR класса 2 по п.11, где указанная активирующая область содержит смесь ДНК и РНК.
19. Система CRISPR класса 2 по п.11, где указанная нацеленная на мишень область содержит смесь ДНК и РНК, и указанная активирующая область содержит смесь ДНК и РНК.
20. Система CRISPR класса 2 по п.11, дополнительно содержащая донорный полинуклеотид.
21. Система CRISPR класса 2, содержащая:
первый полинуклеотид, содержащий (i) нацеленную на мишень область, содержащую дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) и имеющую конфигурацию, позволяющую гибридизоваться с последовательностью-мишенью в нуклеиновой кислоте, и (ii) активирующую область, смежную с указанной нацеленной на мишень областью, содержащую рибонуклеиновую кислоту (РНК);
второй полинуклеотид, содержащий последовательность, которая комплементарна последовательности в указанной активирующей области указанного первого полинуклеотида; и
сайт-специфичный полипептид.
22. Система CRISPR класса 2 по п.21, где указанная активирующая область и указанный второй полинуклеотид гибридизуются с образованием одной или более структур, выбранных из группы, состоящей из нижнего стебля, выпетливания, верхнего стебля, связующего звена и дуплекса.
23. Система CRISPR класса 2 по п.21, где указанный сайт-специфичный полипептид выбран из группы, состоящей из Cas9 и Cpf1.
24. Система CRISPR класса 2 по п.21, где указанный сайт-специфичный полипептид взаимодействует с указанной активирующей областью.
25. Система CRISPR класса 2 по п.21, где указанная активирующая область дополнительно содержит ДНК.
26. Система CRISPR класса 2 по п.21, где указанный второй полинуклеотид содержит РНК.
27. Система CRISPR класса 2 по п.26, где указанный второй полинуклеотид дополнительно содержит ДНК.
28. Два полинуклеотида, включающие:
первый полинуклеотид, содержащий (i) нацеленную на мишень область, содержащую дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) и имеющую конфигурацию, позволяющую гибридизоваться с последовательностью-мишенью в нуклеиновой кислоте, и (ii) активирующую область, смежную с указанной нацеленной на мишень областью, содержащую рибонуклеиновую кислоту (РНК);
второй полинуклеотид, содержащий последовательность, которая комплементарна последовательности в указанной активирующей области указанного первого полинуклеотида, и где два указанных полинуклеотида предназначены для применения с использованием системы CRISPR класса 2.
29. Два полинуклеотида по п.28, где указанная активирующая область и указанный второй полинуклеотид гибридизуются с образованием одной или более структур, выбранных из группы, состоящей из нижнего стебля, выпетливания, верхнего стебля, связующего звена и дуплекса.
30. Два полинуклеотида по п.28, где указанная нацеленная на мишень область содержит смесь ДНК и РНК, указанная активирующая область содержит смесь ДНК и РНК, и указанный второй полинуклеотид содержит смесь ДНК и РНК.
31. Способ модификации молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, включающий в себя осуществление контакта указанной молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, имеющей последовательность-мишень, с системой CRISPR класса 2 по любому из пп.11-19 или 21-27, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени расщепляется, или транскрипция, по меньшей мере, одного гена, кодируемого указанной молекулой нуклеиновой кислоты-мишени, модулируется.
32. Способ по п.31, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит ДНК.
33. Способ по п. 31, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит РНК.
34. Способ по п. 31 в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит смесь ДНК и РНК.
35. Способ по п.31, дополнительно включающий в себя предоставление донорного полинуклеотида.
36. Способ уменьшения модификации вне мишени с использованием системы CRISPR класса 2, включающий в себя осуществление контакта молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, имеющей последовательность-мишень, с системой CRISPR класса 2 по любому из пп.11-19 или 21-27, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени расщепляется или редактируется в последовательности-мишени более предпочтительно, чем в других последовательностях в нуклеиновой кислоте-мишень, посредством чего происходит уменьшение модификации вне мишени.
37. Способ по п.36, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит ДНК.
38. Способ по п.36, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит РНК.
39. Способ по п.36, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит смесь ДНК и РНК.
40. Способ по п.36, где нацеленная на мишень область полинуклеотида для применения с использованием системы CRISPR класса 2 не содержит урацила.
41. Способ по п.36, дополнительно включающий в себя предоставление донорного полинуклеотида.
42. Способ увеличения специфичной для мишени модификации с использованием системы CRISPR класса 2, включающий в себя осуществление контакта молекулы нуклеиновой кислоты-мишени, имеющей последовательность-мишень, с системой CRISPR класса 2 по любому из пп.11-19 или 21-27, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени расщепляется или редактируется в последовательности-мишени более предпочтительно, чем в других последовательностях в нуклеиновой кислоте-мишени, посредством чего происходит увеличение специфичной для мишени модификации.
43. Способ по п.42, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит ДНК.
44. Способ по п. 42, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит РНК.
45. Способ по п. 42 в котором указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит смесь ДНК и РНК.
46. Способ по п. 42, дополнительно включающий в себя предоставление донорного полинуклеотида.
47. Способ введения донорного полинуклеотида в геном клетки или организма с использованием системы CRISPR класса 2, включающий в себя осуществление контакта молекула нуклеиновой кислоты-мишени, имеющей последовательность-мишень, с системой CRISPR класса 2 по любому из пп.11-19 или 21-27, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени расщепляется в последовательности-мишени или вблизи нее, и предоставление донорного полинуклеотида, который вводится в геном клетки или организма в сайте расщепления.
48. Способ по п.47, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит ДНК.
49. Способ по п.47, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит РНК.
50. Способ по п. 47, где указанная молекула нуклеиновой кислоты-мишени содержит смесь ДНК и РНК.
51. Способ по п.47, где донорный полинуклеотид вводят в нуклеиновую кислоту посредством гомологичной рекомбинации.
52. Способ по п. 47, где донорный полинуклеотид вводят в нуклеиновую кислота посредством связывания негомологичных концов.