НЕЙТРАЛИЗУЮЩИЕ АНТИТЕЛА И СПОСОБЫ ИХ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ

1. Выделенное анти-SARS-CoV-2 антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которое специфически связывается с антигеном SARS-CoV-2.
2. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п.1, где антиген SARS-CoV-2 содержит шиповидный (S) полипептид.
3. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п.2, где шиповидный (S) полипептид представляет собой шиповидный (S) полипептид SARS-CoV-2 человека или животного.
4. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.2, 3, где антиген SARS-CoV-2 содержит рецептор-связывающий домен (RBD) шиповидного (S) полипептида.
5. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п.4, где RBD содержит аминокислоты 319-541 шиповидного (S) полипептида.
6. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать множество штаммов SARS-CoV-2.
50
7. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать вирус SARS-CoV-2 при концентрации IC менее 50 мкг/мл.
8. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.1-7, содержащее три определяющие комплементарность области тяжелой цепи (HCDR) (HCDR1, HCDR2 и HCDR3) вариабельной области тяжелой цепи с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 2876 или 2900; и три CDR легкой цепи (LCDR1, LCDR2 и LCDR3) вариабельной области легкой цепи с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 2888 или 2912.
9. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п.8, содержащее HCDR1, HCDR2, HCDR3, LCDR1, LCDR2 и LCDR3, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности (i) SEQ ID NO:2878, 2880, 2882, 2890, 2892 и 2894; или (ii) SEQ ID NO:2902, 2904, 2906, 2914, 2916 и 2918.
10. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.1-9, содержащее:
вариабельную область тяжелой цепи с аминокислотной последовательностью, по меньшей мере на 75% идентичной SEQ ID NO:1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 2876 или 2900; или
вариабельную область легкой цепи с аминокислотной последовательностью, по меньшей мере на 75% идентичной SEQ ID NO:2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 2888 или 2912.
11. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.1-10, содержащее:
вариабельную область тяжелой цепи с аминокислотной последовательностью, по меньшей мере на 75% идентичной SEQ ID NO:1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 2876 или 2900; и
вариабельную область легкой цепи с аминокислотной последовательностью, по меньшей мере на 75% идентичной SEQ ID NO:2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 2888 или 2912.
12. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.1-10, содержащее:
вариабельную область тяжелой цепи с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 2876 или 2900; или
вариабельную область легкой цепи с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 2888 или 2912.
13. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.1-12, содержащее:
вариабельную область тяжелой цепи с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 2876 или 2900; и
вариабельную область легкой цепи с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 2888 или 2912.
14. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:1-2, 3-4, 5-6, 7-8, 9-10, 11-12, 13-14, 15-16, 17-18, 19-20, 21-22, 23-24, 25-26, 27-28, 29-30, 31-32, 33-34, 35-36, 37-38, 39-40, 41-42, 43-44, 45-46, 47-48, 49-50, 51-52, 53-54, 55-56, 57-58, 59-60, 61-62, 63-64, 65-66, 67-68, 69-70, 71-72, 73-74, 75-76, 77-78, 79-80, 81-82, 83-84, 85-86, 87-88, 89-90, 91-92, 93-94, 95-96, 97-98, 99-100, 101-102, 103-104, 105-106, 107-108, 109-110, 111-112, 113-114, 115-116, 117-118, 119-120, 121-122, 123-124, 125-126, 127-128, 129-130, 131-132, 133-134, 135-136, 137-138, 139-140, 141-142, 143-144, 145-146, 147-148, 149-150, 151-152, 153-154, 155-156, 157-158, 159-160, 161-162, 163-164, 165-166, 167-168, 169-170, 171-172, 173-174, 175-176, 177-178, 179-180, 181-182, 183-184, 185-186, 187-188, 2876 и 2888 или 2900 и 2912.
15. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:1-2; 13-14; 25-26; 49-50, 55-56, 57-58, 65-66, 81-82, 85-86, 113-114, 125-126, 2876 и 2888 или 2900 и 2912.
16. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, содержащее пару последовательностей тяжелой цепи/легкой цепи SEQ ID NO:2886/2898, 2887/2899, 2910/2921 или 2911/2922.
17. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент представляет собой поливалентное антитело, содержащее (а) первый мишень-связывающий участок, который специфически связывается с эпитопом внутри шиповидного (S) полипептида и (b) второй мишень-связывающий участок, который связывается с эпитопом, отличным от эпитопа шиповидного (S) полипептида, или другой молекулой.
18. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п.17, где поливалентное антитело представляет собой двухвалентное или биспецифическое антитело.
19. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, дополнительно содержащее вариант константной области Fc.
20. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где указанное антитело представляет собой моноклональное антитело.
21. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где указанное антитело представляет собой химерное антитело, гуманизированное антитело или гуманизированное моноклональное антитело.
22. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где указанное антитело представляет собой одноцепочечное антитело, фрагмент Fab или Fab2.
23. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент является детектируемо меченным или конъюгированым с токсином, терапевтическим агентом, полимером, рецептором, ферментом или рецепторным лигандом.
24. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п.23, где полимер представляет собой полиэтиленгликоль (ПЭГ).
25. Фармацевтическая композиция, содержащая антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из предшествующих пунктов и необязательно фармацевтически приемлемый носитель или вспомогательное вещество.
26. Фармацевтическая композиция по п.25, где фармацевтическая композиция содержит два или более антител или их антигенсвязывающих фрагментов по любому из пп.1-24.
27. Фармацевтическая композиция по п.26, где два или более антитела или их антигенсвязывающие фрагменты содержат:
первый набор антител, содержащий:
первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:57-58; и
второе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:1-2, 55-56, 57-58, 65-66, 81-82 или 85-86; или
второй набор антител, содержащий:
третье антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:13-14, 49-50, 85-86, 113-114, 125-126, 2876 и 2888 или 2900 и 2912; и
четвертое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:13-14, 49-50, 85-86, 113-114, 125-126, 2876 и 2888 или 2900 и 2912, при этом третье антитело отличается от четвертого антитела.
28. Фармацевтическая композиция по любому из пп.25-27, дополнительно содержащая второй терапевтический агент.
29. Фармацевтическая композиция по п.28, где второй терапевтический агент содержит противовоспалительное лекарственное средство или противовирусное соединение.
30. Фармацевтическая композиция по п.29, где противовирусное соединение включает: аналог нуклеозида, пептоид, олигопептид, полипептид, ингибитор протеазы, ингибитор 3C-подобной протеазы, ингибитор папаин-подобной протеазы или ингибитор РНК-зависимой РНК-полимеразы.
31. Фармацевтическая композиция по п.29, где противовирусное соединение выбирают из группы, состоящей из ацикловира, ганцикловира, видарабина, фоскарнета, цидофовира, амантадина, рибавирина, трифтортимидина, зидовудина, диданозина, залцитабина и интерферона.
32. Фармацевтическая композиция по п.31, где интерферон представляет собой интерферон-α или интерферон-β.
33. Применение фармацевтической композиции по любому из пп.25-32 для приготовления лекарственного средства для диагностики, профилактики, лечения состояния, вызванного SARS-CoV-2, или их комбинации.
34. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептидную цепь антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп.1-24.
35. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по п.34.
36. Культивируемая клетка-хозяин, содержащая вектор по п.35.
37. Способ получения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, включающий:
получение культивируемой клетки-хозяина по п.36;
культивирование культивируемой клетки-хозяина в среде в условиях, допускающих экспрессию полипептида, кодируемого вектором, и сборку антитела или его фрагмента; и
очистку антитела или фрагмента из культивируемой клетки или среды клетки.
38. Набор, содержащий фармацевтически приемлемую стандартную дозу антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп.1-24 или фармацевтической композиции по любому из пп.25-32.
39. Набор для диагностики, прогнозирования или мониторинга лечения SARS-CoV-2 у пациента, содержащий: антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп.1-24; и по меньшей мере один реагент для детектирования, который специфически связывается с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом.
40. Способ нейтрализации SARS-CoV-2 у пациента, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту, терапевтически эффективного количества антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп.1-24 или терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп.25-32.
41. Способ профилактики или лечения инфекции SARS-CoV-2, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту терапевтически эффективного количества антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп.1-24 или терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп.25-32.
42. Способ нейтрализации SARS-CoV-2 у пациента, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту, терапевтически эффективного количества первого антитела или его антигенсвязывающего фрагмента и второго антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп.1-24 или терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп.25-32, где первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент и второе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент проявляют синергетическую активность.
43. Способ профилактики или лечения инфекции SARS-CoV-2, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту терапевтически эффективного количества первого антитела или его антигенсвязывающего фрагмента и второго антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп.1-24 или терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп.25-32, где первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент и второе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент проявляют синергетическую активность.
44. Способ по любому из пп.40, 41, дополнительно включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества второго терапевтического агента или терапии.
45. Способ по п. 44, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:57-58; и второй терапевтический агент или терапия содержит антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:1-2, 55-56, 57-58, 65-66, 81-82 или 85-86.
46. Способ по любому из пп.42, 43, где первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент вводят до, после или одновременно со вторым антителом или его антигенсвязывающим фрагментом.
47. Способ по п.46, где первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:57-58, и второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:1-2, 55-56, 57-58, 65-66, 81-82 или 85-86.
48. Способ по п.46, где первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:13-14, 49-50, 85-86, 113-114, 125-126, 2876 и 2888 или 2900 и 2912, и второе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи, содержащие соответствующие аминокислотные последовательности SEQ ID NO:13-14, 49-50, 85-86, 113-114, 125-126, 2876 и 2888 или 2900 и 2912, причем первое и второе антитело являются разными.
49. Способ по п.44, где второе терапевтическое средство содержит противовоспалительное лекарственное средство или противовирусное соединение.
50. Способ по п.49, где противовирусное соединение включает: аналог нуклеозида, пептоид, олигопептид, полипептид, ингибитор протеазы, ингибитор 3C-подобной протеазы, ингибитор папаин-подобной протеазы или ингибитор РНК-зависимой РНК-полимеразы.
51. Способ по п.49, где противовирусное соединение выбирают из группы, состоящей из ацикловира, ганцикловира, видарабина, фоскарнета, цидофовира, амантадина, рибавирина, трифтортимидина, зидовудина, диданозина, залцитабина и интерферона.
52. Способ по п.51, где интерферон представляет собой интерферон-α или интерферон-β.
53. Способ по любому из пп.44-52, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент вводят до, после или одновременно со вторым терапевтическим агентом или терапией.
54. Способ по любому из пп.44-53, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент вводят пациенту внутривенно, подкожно или внутрибрюшинно.
55. Способ по любому из пп.50-54, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент вводят с профилактической или терапевтической целью.
56. Способ детектирования наличия SARS-CoV-2 в образце, включающий следующие этапы:
приведение образца в контакт с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом по любому из пп.1-24; и
определение связывания антитела или антигенсвязывающего фрагмента с одним или более антигенами SARS-CoV-2,
при этом связывание антитела с одним или более антигенами SARS-CoV-2 указывает на наличие SARS-CoV-2 в образце.
57. Способ по п.56, где антиген SARS-CoV-2 содержит шиповидный (S) полипептид.
58. Способ по п.57, где шиповидный (S) полипептид представляет собой полипептид S SARS-CoV-2 человека или животного.
59. Способ по любому из пп.56, 58, где антиген SARS-CoV-2 содержит рецептор-связывающий домен (RBD) полипептида S.
60. Способ по п.59, где RBD содержит аминокислоты 319-541 полипептида S.
61. Способ по любому из пп.56-60, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент конъюгировано с меткой.
62. Способ по любому из пп.56, 57, где этап детектирования включает контактирование вторичного антитела с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, и где вторичное антитело содержит метку.
63. Способ по любому из пп.61, 62, где метку выбирают из группы, состоящей из флуоресцентной метки, хемилюминесцентной метки, радиоактивной метки и фермента.
64. Способ по любому из пп.56-63, где этап детектирования включает детектирование флуоресценции или хемилюминесценции.
65. Способ по любому из пп.56-64, где этап детектирования включает анализ конкурентного связывания или ELISA.
66. Способ по любому из пп.56-65, в котором образец представляет собой образец крови.
67. Способ по любому из пп.56-66, дополнительно включающий связывание образца с твердой подложкой.
68. Способ по п.67, где твердую подложку выбирают из микрочастиц, микрогранул, магнитных гранул и колонки для аффинной очистки.