ПРОФИЛИРОВАНИЕ ГЕННОЙ ЭКСПРЕССИИ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПРОГНОСТИЧЕСКИХ СУБКЛАССОВ ПРИ КАРЦИНОМЕ НОСОГЛОТКИ

1. Способ оценки риска отдаленного метастазирования у пациента с карциномой носоглотки (КНГ), включающий оценку профиля экспрессии, по меньшей мере, одного из генов, перечисленных в табл.4 и 5, в образце, взятом у указанного пациента.
2. Способ по п.1, включающий оценку профилей экспрессии двух или нескольких из 52 генов, перечисленных в табл.4.
3. Способ по п.1, включающий оценку профилей экспрессии двух или нескольких из 52 генов, перечисленных в табл.4.
4. Способ по п.3, в котором оценку экспрессии 52 генов, перечисленных в табл.4, проводят, используя регрессионную модель для каждого из 9 кластеров генов, указанных в табл.4.
5. Способ по п.4, в котором логистические оценки получают для каждого из девяти генных кластеров, используя соответствующие уравнения регрессионной модели из табл.1.
6. Способ по п.5, в котором правило прогнозирования риска отдаленного метастазирования получают по способу классификации k-ближайшего соседа (k-NN), применяемому к указанным логистическим оценкам для указанных девяти генных кластеров.
7. Способ по п.1, включающий оценку профиля экспрессии двух или нескольких из 12 генов, перечисленных в табл.5.
8. Способ по п.1, включающий оценку профилей экспрессии 12 генов, перечисленных в табл.5.
9. Способ по п.8, в котором оценку экспрессии 12 генов, перечисленных в табл.5, проводят, используя модель логистической регрессии.
10. Способ по п.9, в котором логистическую оценку получают, основываясь на профилях экспрессии указанных 12 генов, используя уравнение модели регрессии из табл.2, причем указанная логистическая оценка коррелирует с риском отдаленного метастазирования.
11. Способ по п.10, в котором используют правило прогнозирования при низком риске отдаленного метастазирования
12. Способ по п.6, в котором риск отдаленного метастазирования, вычисляемый по указанному правилу, сравнивают с риском отдаленного метастазирования, вычисляемым по второму независимому правилу прогнозирования, согласно которому оценивают указанный риск, используя уравнение
в котором логистическую оценку получают, используя уравнение модели регрессии из табл.2 и профили экспрессии 12 генов, перечисленных в табл.5.
13. Способ по п.12, в котором риск отдаленного метастазирования, определенный с помощью обоих указанных способов, является низким или высоким, тогда риск оценивают в качестве низкого или высокого соответственно, а если указанные определенные показатели риска не совпадают, тогда риск оценивают в качестве неопределенного.
14. Способ по п.1, в котором указанный профиль экспрессии оценивают в препарате опухоли КНГ.
15. Способ по п.1, в котором указанный профиль экспрессии получают из транскриптов и РНК.
16. Микрочип нуклеиновой кислоты, применимый для определения риска отдаленного метастазирования у пациентов с карциномой носоглотки, по существу состоящий из зондов для определения профилей экспрессии (а) 52 генов, перечисленных в табл.4, (б) 12 генов, перечисленных в табл.5, или (в) и указанных 52 генов, и указанных 12 генов.
17. Коллекция в форме среды или набора, по существу состоящая из всех 52 генов, перечисленных в табл.4, и/или из всех 12 генов, перечисленных в табл.5, и/или подгруппы указанных 52 генов или указанных 12 генов, или обеих подгрупп, причем в каждом случае указанная подгруппа эффективна для прогнозирования риска отдаленного метастазирования у пациентов с карциномой носоглотки.
18. Способ оценки риска отдаленного метастазирования у пациента с карциномой носоглотки, включающий оценку профиля экспрессии 52 генов, перечисленных в табл.4, во взятом у данного пациента образце с помощью правила прогнозирования согласно способу классификации k-ближайшего соседа (k-NN), примененному к набору логистических оценок, полученных для каждого из девяти генных кластеров, представленных в табл.4, с помощью соответствующих уравнений модели регрессии из табл.1; оценку профиля экспрессии 12 генов, перечисленных в табл.5, с помощью правила прогнозирования
в котором логистическую оценку получают, основываясь на профилях экспрессии указанных 12 генов, используя уравнение модели регрессии из табл.2; и сравнение показателей риска, полученных с помощью двух правил прогнозирования, таким образом, что, если риск отдаленного метастазирования, определенный обоими указанными способами, низкий или высокий, тогда и риск оценивают в качестве низкого или высокого соответственно, а если указанные определенные показатели риска не совпадают, тогда риск оценивают в качестве неопределенного.