НАПРАВЛЯЕМОЕ РНК, УДАЛЕНИЕ ВИРУСА JC ЧЕЛОВЕКА И ДРУГИХ ПОЛИОМАВИРУСОВ

1. Композиция для применения в удалении вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, причем композиция содержит:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и
по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (Т-Ад).
3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, содержит гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag или любую комбинацию указанных гРНК.
4. Композиция по п. 3, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа, оптимизированной для человека Cas9, никазного мутанта Cas9, SpCas9 (K855a), SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A) или SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A).
5. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, а указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
6. Композиция по п. 5, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК М1 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК т2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
7. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза представляет собой Cpf1.
8. Способ удаления вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, зараженной JCV, включающий этапы:
обработка клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна к последовательности-мишени в ДНК JCV; и
удаление JCV из клетки-хозяина.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag), и указанный способ дополнительно включает после стадии обработки стадию удаления по меньшей мере сегмента ДНК JCV, расположенного в кодирующей области T-Ag.
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных гРНК.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9(K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что спейсерная последовательность гРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
14. Способ по п. 8, отличающийся тем, что CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза представляет собой Cpf1.
15. Векторная композиция для удаления вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, содержащая:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и
по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV,
указанные выделенные последовательности нуклеиновой кислоты включенные, по меньшей мере, в один вектор экспрессии;
причем указанный по меньшей мере один вектор экспрессии индуцирует экспрессию указанной CRISPR-ассоциированной эндонуклеазы и указанной по меньшей мере одной гРНК в клетке-хозяине.
16. Векторная композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag),.
17. Векторная композиция по п. 16, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, содержит гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных гРНК.
18. Векторная композиция по п. 17, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9 (K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
19. Векторная композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК m1, а указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК m2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
20. Композиция по п. 19, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
21. Композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9 представляет собой Cpf1.
22. Композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанный вектор экспрессии выбран из группы, состоящей из лентивирусного вектора экспрессии, лентивирусного вектора экспрессии, индуцируемого фармацевтическим препаратом, аденовирусного вектора, адено-ассоциированного вирусного вектора, ретровирусного вектора, вектора вируса оспы и плазмидного вектора.
23. Композиция вектора экспрессии по п. 15, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза и указанная по меньшей мере одна гРНК включены в один вектор экспрессии.
24. Композиция вектора экспрессии по п. 15, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза и указанная по меньшей мере одна гРНК включены в отдельные лентивирусные векторы экспрессии.
25. Способ предотвращения заражения вирусом Джона Каннингема (JCV) клеток пациента, подверженного риску заражения JCV, включающий этапы:
определения того, что пациент подвергается риску заражения JCV;
взаимодействия клеток пациента, подвергающегося риску заражения JCV с эффективным количеством композиции вектора экспрессии, содержащей выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), и по меньшей мере одну выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), которая содержит спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в JCV ДНК;
стабильной экспрессии CRISPR-ассоциированной эндонуклеазы и по меньшей мере одной гРНК в клетках пациента; а также
предотвращения заражения клеток пациента JCV.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, содержащая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, содержащая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
27. Фармацевтическая композиция, содержащая:
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR); и
по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую, по меньшей мере, одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна последовательности-мишени в геноме вируса Джона Каннингема (JCV);
указанные выделенные последовательности нуклеиновой кислоты включенные, по меньшей мере, в один вектор экспрессии.
28. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
29. Фармацевтическая композиция по п. 28, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает гРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области гРНК, кодирующей T-Ag, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3 области, кодирующей T-Ag или любую комбинацию указанных гРНК.
30. Фармацевтическая композиция по п. 29, отличающаяся тем, что указанная ассоциированная с CRISPR эндонуклеаза выбрана из Cas9 дикого типа; оптимизированной для человека Cas9; никазного мутанта Cas9; SpCas9 (K855a); SpCas9 (K810A/K1003A/r1060A); SpCas9 (K848A/K1003A/R1060A); SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A.D1135E; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, L169A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, Y450A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M495A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A; SpCas9 N497A, R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M495A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A M694A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A H698A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E L169A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E Y450A; SpCas9 R661A, Q695A, Q926A D1135E M495A; или SpCas9 R661A, Q695A, Q926A, D1135E, M694A.
31. Фармацевтическая композиция по п. 30, отличающаяся тем, что указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой гРНК пл1, указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой гРНК гл2, и указанная гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области TM3, представляет собой гРНК m3.
32. Фармацевтическая композиция по п. 31, отличающаяся тем, что указанная спейсерная последовательность указанной гРНК М1 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m2 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной гРНК m3 комплементарна целевой последовательности, включая SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
33. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанная CRISPR-ассоциированная эндонуклеаза Cas9 представляет собой Cpf1.
34. Фармацевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанный вектор экспрессии выбран из группы, состоящей из лентивирусного вектора экспрессии, лентивирусного вектора экспрессии, индуцируемого фармацевтическим препаратом, аденовирусного вектора, адено-ассоциированного вирусного вектора, ретровирусного вектора, вектора вируса оспы и плазмидного вектора.
35. Способ лечения субъекта имеющего связанное с Вирусом Джона Каннингема (JCV) расстройство, включающий стадию введения субъекту эффективного количества фармацевтической композиции по п. 27.
36. Способ по п. 35, отличающийся тем, что патологическое состояние, связанное с JCV, представляет собой прогрессирующую мультифокальную лейкоэнцефалопатию (PML).
37. Набор для лечения или профилактики инфекции Вируса Джона Каннингема (JCV), содержащий:
измеренное количество композиции, содержащей, по меньшей мере, одну выделенную последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую одну или более направляющих РНК (гРНК), причем каждая из указанных одной или более гРНК содержит спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в ДНК JCV; а также
один или несколько элементов, выбранных из группы, состоящей из упаковочного материала, листка-вкладыша, содержащего инструкции для применения, стерильную жидкость, шприц и стерильную емкость.
38. Набор по п. 37, отличающийся тем, что указанный вектор экспрессии представляет собой лентивирусный вектор экспрессии.
39. Способ удаления вируса полиомы из клетки-хозяина, инфицированной полиомавирусом, включающий этапы:
обработку клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR) и по меньшей мере одну направляющую РНК (гРНК), имеющую спейсерную последовательность, которая комплементарна последовательности-мишени в ДНК полиомавируса; и
удаление полиомавируса из клетки-хозяина.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную
последовательности-мишени в ДНК полиомавируса, дополнительно определяется как по меньшей мере одна гРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК полиомавируса, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).