НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ-ПРАЙМЕРОВ И ВИДОСПЕЦИФИЧНЫХ ЗОНДОВ, СПОСОБ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОПИСТОРХИДОЗОВ: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis И Clonorchis sinensis

1. Способ видовой идентификации возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis, включающий выделение суммарной ДНК, по меньшей мере, одного возбудителя описторхоза из биологического материала, проведение ПЦР в присутствии образца ДНК амплификацией фрагментов генов возбудителей описторхоза с помощью олигонуклеотидов-праймеров и видоспецифичных зондов, и последующую идентификацию возбудителя описторхидоза детекцией, отличающийся тем, что проводят ПЦР в реальном времени, включающую амплификацию фрагментов гена ITS1 с помощью универсальных олигонуклеотидов-праймеров, при этом детекцию проводят с использованием видоспецифичных зондов, по специфичным сигналам от которых идентифицируют возбудителя описторхидоза.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что универсальные олигонуклеотиды-праймеры обеспечивают амплификацию целевых фрагментов гена ядерного маркера ITS1 общего для всех возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что видоспецифичные зонды содержат видоспецифичные замены, комплементарно соответствующие обнаруженным в гене ITS1, позволяющие детектировать по ним ДНК возбудителя описторхидоза вида Opisthorchis felineus и дискриминировать ее от ДНК видов Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis.
4. Способ по п.1 или 3, отличающийся тем, что видоспецифичные зонды, кроме содержания в них видоспецифичных замен в участках гена ITS1, содержат флуоресцентные метки для детекции их в ПЦР в реальном времени.
5. Способ по п.4, отличающийся тем, что флуоресцентную метку выбирают из флуоресцентной молекулы, выбранной из группы, включающей FAM, TAMRA, Су3, Су5, Су7, R6G, R110, ROX или JOE.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что идентификацию возбудителя описторхидоза оценивают по наличию и количественным характеристикам специфичных сигналов от видоспецифичных зондов, характеризующих обнаружение в исследуемом образце ДНК детектируемого возбудителя описторхидоза.
7. Способ по п.1, отличающийся тем, что образец исследуемой ДНК выделяют из биологического материала, например, фекалий, дуоденального содержимого, мышечной ткани рыбы и т.п.
8. Универсальные олигонуклеотиды для видовой идентификации возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis, отличающиеся тем, что при осуществлении способа по любому из пп.1-7 их выбирают в качестве праймеров ПЦР в реальном времени для амплификации гена ядерного маркера ITS1, обеспечивая амплификацию целевых фрагментов ДНК возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis.
9. Видоспецифичные зонды для видовой идентификации возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis, отличающиеся тем, что при осуществлении способа по любому из пп.1-7 их выбирают в качестве зондов ПЦР в реальном времени для детекции возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis.
10. Зонды по п.9, отличающиеся тем, что они содержат видоспецифичные замены, комплементарно соответствующие обнаруженным в гене ITS1, позволяющие детектировать по ним ДНК возбудителя описторхидоза вида Opisthorchis felineus и дискриминировать ее от ДНК видов Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis.
11. Зонды по п.9 или 10, отличающиеся тем, что, кроме содержания в них видоспецифичных замен в участках гена ITS1, содержат флуоресцентные метки для детекции их в ПЦР в реальном времени.
12. Зонды по п.11, отличающиеся тем, что флуоресцентную метку выбирают из флуоресцентной молекулы, выбранной из группы, включающей FAM, TAMRA, Су3, Су5, Су7, R6G, R110, ROX или JOE.
13. Набор для видовой идентификации возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis, включающий:
а) универсальные олигонуклеотиды-праймеры для ПЦР в реальном времени для амплификации гена ядерного маркера ITS1, обеспечивая амплификацию целевых фрагментов ДНК возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis;
б) четыре видоспецифичных зонда для детекции возбудителей описторхидоза: Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, Metorchis bilis и Clonorchis sinensis.