ОПТИМАЛЬНЫЕ ЛОКУСЫ КУКУРУЗЫ

1. Рекомбинантная последовательность, причем указанная рекомбинантная последовательность содержит:
последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую размер по меньшей мере 1 т.п.о. и обладающую по меньшей мере 90% идентичностью последовательности с негенной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из
loci_137693_G1 (SEQ ID NO:387),
loci_265551_G1 (SEQ ID NO:463),
loci_128078_G1 (SEQ ID NO:560),
loci_168286_G1 (SEQ ID NO:573),
loci_3733_G1 (SEQ ID NO:1268),
loci_203075_G1 (SEQ ID NO:2030),
loci_232484_G1 (SEQ ID NO:2053),
loci_136086_G1 (SEQ ID NO:4425),
loci_203704_G1 (SEQ ID NO:2033),
loci_127268_G1 (SEQ ID NO:2709),
loci_204637_G1 (SEQ ID NO:2731),
loci_291068_G1 (SEQ ID NO:3230),
loci_232222_G1 (SEQ ID NO:3357),
loci_43577_G1 (SEQ ID NO:3428),
loci_204726_G1 (SEQ ID NO:424),
loci_232228_G1 (SEQ ID NO: 4529), и
представляющую интерес ДНК, где представляющая интерес ДНК встроена в указанную негенную последовательность с образованием указанной рекомбинантной последовательности.
2. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК встраивается вблизи участка-мишени цинковых пальцев, специфического для указанной негенной последовательности.
3. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК встраивается между парой участков-мишеней цинковых пальцев, специфических для указанной негенной последовательности.
4. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК содержит аналитический домен.
5. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК не кодирует пептид.
6. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК кодирует пептид.
7. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК содержит кассету для экспрессии гена, содержащую ген устойчивости к инсектицидам, ген толерантности к гербицидам, ген эффективности утилизации азота, ген эффективности утилизации воды, ген пищевой ценности, ген ДНК-связывающего продукта и ген селективного маркера.
8. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК содержит две или более кассеты для экспрессии гена.
9. Рекомбинантная последовательность по п.1, где каждая из двух или более указанных негенных последовательностей содержит встроенную представляющую интерес ДНК для получения двух или более рекомбинантных последовательностей, где две или более рекомбинантных последовательности располагаются на одной и той же хромосоме.
10. Рекомбинантная последовательность по п.1, где указанная представляющая интерес ДНК и/или указанная негенная последовательность модифицируются в процессе встраивания указанной представляющей интерес ДНК в указанную негенную последовательность.
11. Рекомбинантная последовательность по любому из пп.1-10, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из optimal loci_ 204637 (SEQ ID NO:2731), optimal_loci_136086 (SEQ ID NO:4425), optimal_loci_232484 (SEQ ID NO:2053), optimal_loci_203075 (SEQ ID NO:2030), optimal_loci_3733 (SEQ ID NO:1268), optimal_loci_168286 (SEQ ID NO:573), optimal_loci_128078 (SEQ ID NO:560), optimal_loci_265551 (SEQ ID NO:463), optimal_loci_127268 (SEQ ID NO:2709), optimal_loci_204726 (SEQ ID NO:424), и optimal_loci_232222 (SEQ ID NO:3357).
12. Рекомбинантная последовательность по любому из пп.1-10, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из loci_ 204637 (SEQ ID NO:2731), optimal_loci_136086 (SEQ ID NO:4425), optimal_loci_232484 (SEQ ID NO:2053), optimal_loci_203075 (SEQ ID NO:2030), optimal_loci_3733 (SEQ ID NO:1268), optimal_loci_168286 (SEQ ID NO:573), optimal_loci_128078 (SEQ ID NO:560) и optimal_loci_265551 (SEQ ID NO:463).
13. Рекомбинантная последовательность по любому из пп.1-10, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из optimal loci_ 204637 (SEQ ID NO:2731), optimal_loci_203075 (SEQ ID NO:2030) и optimal_loci_128078 (SEQ ID NO:560).
14. Рекомбинантная последовательность по любому из пп.1-10, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из optimal_loci_137693_G1 (SEQ ID NO:387), optimal_loci_265551_G1 (SEQ ID NO:463), optimal_loci_128078_G1 (SEQ ID NO:560), optimal_loci_168286_G1 (SEQ ID NO:573), optimal_loci_3733_G1 (SEQ ID NO:1268), optimal_loci_203075_G1 (SEQ ID NO:2030), optimal_loci_232484_G1 (SEQ ID NO:2053) и optimal_loci_204637_G1 (SEQ ID NO:2731).
15. Растение кукурузы, часть растения кукурузы или клетка растения кукурузы, содержащие рекомбинантную последовательность по любому из пп.1-10.
16. Способ получения трансгенной клетки растения, содержащей представляющую интерес ДНК, причем способ включает:
a. выбор негенного геномного локуса-мишени кукурузы, обладающего по меньшей мере 90% идентичностью последовательности, из группы, состоящей из loci_137693_G1 (SEQ ID NO:387), loci_265551_G1 (SEQ ID NO:463), loci_128078_G1 (SEQ ID NO:560), loci_168286_G1 (SEQ ID NO:573), loci_3733_G1 (SEQ ID NO:1268), loci_203075_G1 (SEQ ID NO:2030), loci_232484_G1 (SEQ ID NO:2053), loci_136086_G1 (SEQ ID NO:4425), loci_203704_G1 (SEQ ID NO:2033), loci_127268_G1 (SEQ ID NO:2709), loci_204637_G1 (SEQ ID NO:2731), loci_291068_G1 (SEQ ID NO:3230), loci_232222_G1 (SEQ ID NO:3357), loci_43577_G1 (SEQ ID NO:3428), loci_204726_G1 (SEQ ID NO:424) и loci_232228_G1 (SEQ ID NO: 4529);
b. выбор сайт-специфической нуклеазы, которая специфически связывает и расщепляет указанный негенный геномный локус-мишень кукурузы;
c. введение указанной сайт-специфической нуклеазы в клетку растения кукурузы;
d. введение представляющей интерес ДНК в клетку растения;
e. встраивание представляющей интерес ДНК в указанные негенные геномные локусы-мишени кукурузы; и
f. выбор трансгенных клеток растения, содержащих представляющую интерес ДНК, нацеленную на указанный негенный локус.
17. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК содержит аналитический домен.
18. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК не кодирует пептид.
19. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК кодирует пептид.
20. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК содержит кассету для экспрессии гена, содержащую трансген.
21. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК содержит две или более кассет для экспрессии гена.
22. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная сайт-специфическая нуклеаза выбрана из группы, состоящей из нуклеазы с цинковыми пальцами, нуклеазы CRISPR, TALEN, хоминг-эндонуклеазы или мегануклеазы.
23. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК встраивается в указанный негенный локус способом встраивания по типу направляемой гомологией репарации.
24. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК встраивается в указанный негенный локус способом встраивания по типу негомологичного связывания концов.
25. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где две или более из указанных представляющих интерес ДНК встраиваются в два или более из указанных негенных геномных локуса-мишени кукурузы.
26. Способ получения трансгенной клетки растения по п.25, где два или более из указанных негенных геномных локуса-мишени кукурузы располагаются на одной хромосоме.
27. Способ получения трансгенной клетки растения по п.16, где указанная представляющая интерес ДНК и/или указанные негенные геномные локусы-мишени кукурузы модифицируются в процессе встраивания указанной представляющей интерес ДНК в указанные негенные геномные локусы-мишени кукурузы.
28. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы размером по меньшей мере 1 т.п.о. и обладающие по меньшей мере 90% идентичностью последовательности с негенной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из
loci_137693_G1 (SEQ ID NO:387), loci_265551_G1 (SEQ ID NO:463),
loci_128078_G1 (SEQ ID NO:560), loci_168286_G1 (SEQ ID NO:573),
loci_3733_G1 (SEQ ID NO:1268), loci_203075_G1 (SEQ ID NO:2030),
loci_232484_G1 (SEQ ID NO:2053), loci_136086_G1 (SEQ ID NO:4425),
loci_203704_G1 (SEQ ID NO:2033), loci_127268_G1 (SEQ ID NO:2709),
loci_204637_G1 (SEQ ID NO:2731), loci_291068_G1 (SEQ ID NO:3230),
loci_232222_G1 (SEQ ID NO:3357), loci_43577_G1 (SEQ ID NO:3428),
loci_204726_G1 (SEQ ID NO:424), и loci_232228_G1 (SEQ ID NO: 4529).
29. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.28, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из optimal loci_ 204637 (SEQ ID NO:2731), optimal_loci_136086 (SEQ ID NO:4425), optimal_loci_232484 (SEQ ID NO:2053), optimal_loci_203075 (SEQ ID NO:2030), optimal_loci_3733 (SEQ ID NO:1268), optimal_loci_168286 (SEQ ID NO:573), optimal_loci_128078 (SEQ ID NO:560) и optimal_loci_265551 (SEQ ID NO:463).
30. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.28, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из optimal loci_ 204637 (SEQ ID NO:2731), optimal_loci_203075 (SEQ ID NO:2030) и optimal_loci_128078 (SEQ ID NO:560).
31. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.28, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из optimal_loci_137693_G1 (SEQ ID NO:387), optimal_loci_265551_G1 (SEQ ID NO:463), optimal_loci_128078_G1 (SEQ ID NO:560), optimal_loci_168286_G1 (SEQ ID NO:573), optimal_loci_3733_G1 (SEQ ID NO:1268), optimal_loci_203075_G1 (SEQ ID NO:2030), optimal_loci_232484_G1 (SEQ ID NO:2053) и optimal_loci_204637_G1 (SEQ ID NO:2731).
32. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по любому из пп.28-31, дополнительно содержащие представляющую интерес ДНК, где указанная представляющая интерес ДНК встроена в указанную негенную последовательность.
33. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.32, где указанная представляющая интерес ДНК встроена вблизи участка-мишени цинковых пальцев, специфического для указанной негенной последовательности.
34. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.32, где указанная представляющая интерес ДНК встроена между парой участков-мишеней цинковых пальцев, специфического для указанной негенной последовательности.
35. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.32, где указанная представляющая интерес ДНК содержит аналитический домен.
36. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.32, где указанная представляющая интерес ДНК не кодирует пептид.
37. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.32, где указанная представляющая интерес ДНК кодирует пептид.
38. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по п.32, где указанная представляющая интерес ДНК содержит кассету для экспрессии гена, содержащую ген устойчивости к инсектицидам, ген толерантности к гербицидам, ген эффективности утилизации азота, ген эффективности утилизации воды, ген пищевой ценности, ген ДНК-связывающего продукта и ген селективного маркера.
39. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по любому из пп.32, 37 или 38, где указанная представляющая интерес ДНК содержит две или более кассет для экспрессии гена.
40. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по любому из пп.32-39, где каждая из двух или более указанных негенных последовательностей содержит встроенную представляющую интерес ДНК для продуцирования двух или более рекомбинантных последовательностей, где две или более рекомбинантных последовательностей располагаются на одной и той же хромосоме.
41. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по любому из пп.32-40, где указанная представляющая интерес ДНК и/или указанная негенная последовательность модифицируются в процессе встраивания указанной представляющей интерес ДНК в указанную негенную последовательность.
42. Очищенные негенные геномные локусы кукурузы по любому из пп.32-41, где указанная представляющая интерес ДНК встраивается посредством механизма направляемой гомологией репарации или механизма репарации по принципу негомологичного соединения концов.
43. Растение, содержащее рекомбинантную последовательность, причем рекомбинантная последовательность содержит:
последовательность нуклеиновой кислоты, обладающую по меньшей мере 90% идентичностью последовательности с негенной последовательностью, и последовательность нуклеиновой кислоты, обладающую по меньшей мере 90% идентичностью последовательности с негенной последовательностью, и
представляющую интерес ДНК, где представляющая интерес ДНК встроена в указанную негенную последовательность.
44. Растение по п.43, где указанная негенная последовательность выбрана из группы, состоящей из
loci_137693_G1 (SEQ ID NO:387), loci_265551_G1 (SEQ ID NO:463),
loci_128078_G1 (SEQ ID NO:560), loci_168286_G1 (SEQ ID NO:573),
loci_3733_G1 (SEQ ID NO:1268), loci_203075_G1 (SEQ ID NO:2030),
loci_232484_G1 (SEQ ID NO:2053), loci_136086_G1 (SEQ ID NO:4425),
loci_203704_G1 (SEQ ID NO:2033), loci_127268_G1 (SEQ ID NO:2709),
loci_204637_G1 (SEQ ID NO:2731), loci_291068_G1 (SEQ ID NO:3230),
loci_232222_G1 (SEQ ID NO:3357), loci_43577_G1 (SEQ ID NO:3428),
loci_204726_G1 (SEQ ID NO:424), и loci_232228_G1 (SEQ ID NO: 4529).
45. Растение по п.43, содержащее две или более указанных рекомбинантных последовательностей.
46. Растение по п.43, где указанные рекомбинантные последовательности расположены на одной и той же хромосоме.
47. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК встроена вблизи участка-мишени цинковых пальцев, специфического для указанной негенной последовательности.
48. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК встроена между парой участков-мишеней цинковых пальцев, специфического для указанной негенной последовательности.
49. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК содержит аналитический домен.
50. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК не кодирует пептид.
51. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК кодирует пептид.
52. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК содержит кассету для экспрессии гена, содержащую ген устойчивости к инсектицидам, ген толерантности к гербицидам, ген эффективности утилизации азота, ген эффективности утилизации воды, ген пищевой ценности, ген ДНК-связывающего продукта и ген селективного маркера.
53. Растение по п.43, где указанная представляющая интерес ДНК и/или указанная негенная последовательность модифицируются в процессе встраивания указанной представляющей интерес ДНК в указанную негенную последовательность.