БИОМАРКЕРЫ, ПРЕДНАЗНАЧЕННЫЕ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ НАПРАВЛЕННОЙ МОДУЛЯЦИИ, ЭФФЕКТИВНОСТИ ИНГИБИТОРОВ RAF, ПРИМЕНЕНИЯ С ЦЕЛЬЮ ДИАГНОСТИКИ И/ИЛИ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ

1. Способ идентификации пациента, которого можно лечить с помощью ингибитора киназы Raf, заключающийся в том, что
определяют наличие генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера, выбранного из таблицы I или таблицы VIII, в биологическом образце, полученном из организма пациента,
выявляют пациента, предназначенного для лечения, если обнаружено наличие генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера.
2. Способ по п.1, в котором стадия определения дополнительно включает оценку уровня генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера и сравнение измеренного уровня генной экспрессии с основным уровнем.
3. Способ по п.1, в котором биологический образец получают из ткани легкого, поджелудочной железы, щитовидной железы, яичника, мочевого пузыря, молочной железы, предстательной железы, печени, ободочной кишки, миелоидной ткани, кожи или опухолевой ткани.
4. Способ по п.1, в котором биологический образец получают из области, в которой выявлено клеточное пролиферативное нарушение.
5. Способ по п.2, в котором для биомаркера характерна повышенная экспрессии в биологическом образце относительно основного уровня.
6. Способ по п.2, в котором для биомаркера характерна пониженная экспрессии в биологическом образце относительно основного уровня.
7. Способ по п.1 или п.2, в котором стадия определения дополнительно включает определение генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера, выбранного из подмножества таблицы I, представленного в любой из таблиц II-VII.
8. Способ по п.1 или п.2, в котором стадия определения дополнительно включает определение генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера, выбранного из подмножества таблицы VIII, представленного в любой из таблиц IX-XX.
9. Способ по п.1 или п.2, в котором стадия определения дополнительно включает определение генной экспрессии по меньшей мере двух биомаркеров, выбранных из таблицы I и/или таблицы VIII.
10. Способ по 1, в котором ингибитор выбирают из группы, включающей CHIR-265; BAY 43-9006; ISIS-5132; CGP-69846A; ODN-698; ISIS-13650; LE-AON; LEraf-AON; LE-AON c-Raf; LE-5132; N-[3-[6-(3-оксо-1,3-дигидро-2-бензофуран-5-иламино)пиразин-2-ил]фенил]ацетамид; PLX-4720; PLX-3204; PLX-3331; PLX-4718; PLX-4735; PLX-4032; N-[5-[3-(1-циан-1-метилэтил)бензамидо]-2-метилфенил]-4-оксо-3,4-дигидрохиназолин-6-карбоксамид; и N-[5-[3-(1-циан-1-метилэтил)бензамидо]-2-метилфенил]-3-метил-4-оксо-3,4-дигидрохиназолин-6-карбоксамид.
11. Способ мониторинга ответа пациента на лечение с использованием ингибитора киназы Raf, заключающийся в том, что
определяют наличие генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера, выбранного из таблицы I или таблицы VIII, в биологическом образце, полученном из организма пациента, которому вводили ингибитор киназы Raf,
оценивают ответ пациента на основе определения наличия генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера.
12. Способ по п.11, в котором ингибитор вводят в терапевтически эффективном количестве.
13. Способ по п.11, дополнительно включающий стадию введения пациенту ингибитора киназы Raf в определенном количестве.
14. Способ по п.13, в котором ингибитор вводят до получения биологического образца из организма пациента.
15.Способ по п.13, в котором ингибитор вводят после стадии оценки.
16. Способ по п.11 или 14, дополнительно заключающийся в том, что получают биологический образец из организма пациента после введения ингибитора киназы Raf.
17. Способ по п.11, в котором стадия определения дополнительно включает оценку уровня генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера и сравнение оцененного уровня генной экспрессии с основным уровнем.
18. Способ по п.15, дополнительно заключающийся в том, что вводят другой ингибитор киназы Raf пациенту после стадии оценки.
19. Способ по п.12, дополнительно заключающийся в том, что регулируют уровень дозы для последующего введения пациенту этого же или другого ингибитора киназы Raf.
20. Способ лечения клеточного пролиферативного нарушения, заключающийся в том, что
отбирают пациента, для которого обнаружена генная экспрессия по меньшей мере одного биомаркера из первого набора, выбранного из таблицы I или таблицы VIII, и
вводят пациенту в терапевтически эффективном количестве агент, который изменяет уровень генной экспрессии по сравнению с основным уровнем по меньшей мере одного биомаркера из второго набора, выбранного из таблицы I или таблицы VIII.
21. Способ по п.20, в котором первый набор и второй набор включают по меньшей мере один одинаковый биомаркер.
22. Способ по п.20, в котором первый набор и второй набор включают одинаковые биомаркеры.
23. Способ по п.20, в котором клеточное пролиферативное нарушение представляет собой неопластическое нарушение.
24. Способ по п.23, в котором неопластическое нарушение представляет собой рак любой из следующих типов рака: рак легкого, поджелудочной железы, щитовидной железы, яичника, мочевого пузыря, молочной железы, предстательной железы, печени, ободочной кишки, миелоидной ткани или кожи.
25. Способ по п.24, в котором рак представляет собой меланому.
26. Способ по п.25, в котором меланома несет мутацию V600E B-Raf.
27. Способ по п.20, в котором первый набор и/или второй набор функционально связывают с генным чипом.
28. Способ идентификации агента, который можно применять для лечения клеточного пролиферативного нарушения, заключающийся в том, что
приводят в контакт агент с клеточной линией или тканью, ассоциированной с нарушением, и
анализируют часть клеточной культуры или ткани после контакта для измерения уровня генной экспрессии по меньшей мере одного биомаркера, выбранного из таблицы I или таблицы VIII, измененного по сравнению с основным уровнем,
где выявление изменения уровня экспрессии по меньшей мере одного биомаркера служит признаком для идентификации агента, который можно применять для лечения.
29. Способ по п.28, в котором агент представляет собой ингибитор киназы Raf.
30. Способ по п.28, в котором уровень генной экспрессии относительно основного уровня оценивают, определяя количественно либо РНК, транскрибируемую по меньшей мере один биомаркером, либо ДНК, получаемую в результате обратной транскрипции РНК, транскрибируемой по меньшей мере одним биомаркером, либо полипептид или белок, кодируемый по меньшей мере одним биомаркером.