КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ЛЕЧЕНИЯ МАКУЛЯРНОЙ ДИСТРОФИИ

1. Композиция, содержащая:
последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую:
(а) последовательность, кодирующую промотор вителиформной макулярной дистрофии-2 (VMD2), и
(b) последовательность, кодирующую белок Бестрофин-1 (BEST1).
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая промотор VMD2 кодирует промотор VMD2 человека.
3. Композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая белок BEST1, кодирует белок BEST1 человека.
4. Композиция по любому из пп. 1-3, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая белок BEST1, содержит кодирующую последовательность.
5. Композиция по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая белок BEST1, содержит последовательность кДНК.
6. Композиция по любому из пп. 1-5, отличающаяся тем, что последовательность нуклеиновой кислоты дополнительно содержит:
(с) последовательность, кодирующую посттранскрипционный регуляторный элемент (PRE).
7. Композиция по п. 6, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая PRE, содержит последовательность, выделенную или полученную из вируса гепатита сурков (WPRE).
8. Композиция по любому из пп. 1-7, отличающаяся тем, что последовательность нуклеиновой кислоты дополнительно содержит:
(d) последовательность, кодирующую сигнал полиаденилирования (полиA).
9. Композиция по любому из пп. 1-8, отличающаяся тем, что последовательность нуклеиновой кислоты дополнительно содержит:
(e) последовательность, кодирующую 5’-нетранслируемую область.
10. Композиция по любому из пп. 1-8, отличающаяся тем, что последовательность нуклеиновой кислоты дополнительно содержит:
(f) последовательность, кодирующую интрон, и
(g) последовательность, кодирующую экзон,
причем последовательность, кодирующая интрон, и последовательность, кодирующая экзон, являются функционально связанными.
11. Композиция по п. 9 или 10,
отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая интрон, расположена между последовательностью, кодирующей промотор VMD2, и последовательностью, кодирующей экзон,
причем последовательность, кодирующая экзон, расположена между последовательностью, кодирующей интрон, и последовательностью, кодирующей 5’ нетранслируемую область (5’ UTR), и
при этом последовательность, кодирующая интрон, сплайсируется клеткой млекопитающего.
12. Композиция по любому из пп. 9-11, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая 5’ UTR, содержит последовательность, кодирующую последовательность Козак или ее часть.
13. Композиция по п. 12, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая последовательность Козак, по меньшей мере на 50% идентична последовательности нуклеиновой кислоты GCCRCCATGG.
14. Композиция по п. 12, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая последовательность Козак, содержит или состоит из последовательности нуклеиновой кислоты GGCACCATGA.
15. Композиция по любому из пп. 2-14, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая промотор VMD2 человека, содержит или состоит из
1 AATTCTGTCA TTTTACTAGG GTGATGAAAT TCCCAAGCAA CACCATCCTT TTCAGATAAG
61 GGCACTGAGG CTGAGAGAGG AGCTGAAACC TACCCGGGGT CACCACACAC AGGTGGCAAG
121 GCTGGGACCA GAAACCAGGA CTGTTGACTG CAGCCCGGTA TTCATTCTTT CCATAGCCCA
181 CAGGGCTGTC AAAGACCCCA GGGCCTAGTC AGAGGCTCCT CCTTCCTGGA GAGTTCCTGG
241 CACAGAAGTT GAAGCTCAGC ACAGCCCCCT AACCCCCAAC TCTCTCTGCA AGGCCTCAGG
301 GGTCAGAACA CTGGTGGAGC AGATCCTTTA GCCTCTGGAT TTTAGGGCCA TGGTAGAGGG
361 GGTGTTGCCC TAAATTCCAG CCCTGGTCTC AGCCCAACAC CCTCCAAGAA GAAATTAGAG
421 GGGCCATGGC CAGGCTGTGC TAGCCGTTGC TTCTGAGCAG ATTACAAGAA GGGACTAAGA
481 CAAGGACTCC TTTGTGGAGG TCCTGGCTTA GGGAGTCAAG TGACGGCGGC TCAGCACTCA
541 CGTGGGCAGT GCCAGCCTCT AAGAGTGGGC AGGGGCACTG GCCACAGAGT CCCAGGGAGT
601 CCCACCAGCC TAGTCGCCAG ACC (SEQ ID NO: 1).
16. Композиция по любому из пп. 3-15, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая белок BEST1 человека, содержит или состоит из
1 ATGACCATCA CTTACACAAG CCAAGTGGCT AATGCCCGCT TAGGCTCCTT CTCCCGCCTG
61 CTGCTGTGCT GGCGGGGCAG CATCTACAAG CTGCTATATG GCGAGTTCTT AATCTTCCTG
121 CTCTGCTACT ACATCATCCG CTTTATTTAT AGGCTGGCCC TCACGGAAGA ACAACAGCTG
181 ATGTTTGAGA AACTGACTCT GTATTGCGAC AGCTACATCC AGCTCATCCC CATTTCCTTC
241 GTGCTGGGCT TCTACGTGAC GCTGGTCGTG ACCCGCTGGT GGAACCAGTA CGAGAACCTG
301 CCGTGGCCCG ACCGCCTCAT GAGCCTGGTG TCGGGCTTCG TCGAAGGCAA GGACGAGCAA
361 GGCCGGCTGC TGCGGCGCAC GCTCATCCGC TACGCCAACC TGGGCAACGT GCTCATCCTG
421 CGCAGCGTCA GCACCGCAGT CTACAAGCGC TTCCCCAGCG CCCAGCACCT GGTGCAAGCA
481 GGCTTTATGA CTCCGGCAGA ACACAAGCAG TTGGAGAAAC TGAGCCTACC ACACAACATG
541 TTCTGGGTGC CCTGGGTGTG GTTTGCCAAC CTGTCAATGA AGGCGTGGCT TGGAGGTCGA
601 ATCCGGGACC CTATCCTGCT CCAGAGCCTG CTGAACGAGA TGAACACCTT GCGTACTCAG
661 TGTGGACACC TGTATGCCTA CGACTGGATT AGTATCCCAC TGGTGTATAC ACAGGTGGTG
721 ACTGTGGCGG TGTACAGCTT CTTCCTGACT TGTCTAGTTG GGCGGCAGTT TCTGAACCCA
781 GCCAAGGCCT ACCCTGGCCA TGAGCTGGAC CTCGTTGTGC CCGTCTTCAC GTTCCTGCAG
841 TTCTTCTTCT ATGTTGGCTG GCTGAAGGTG GCAGAGCAGC TCATCAACCC CTTTGGAGAG
901 GATGATGATG ATTTTGAGAC CAACTGGATT GTCGACAGGA ATTTGCAGGT GTCCCTGTTG
961 GCTGTGGATG AGATGCACCA GGACCTGCCT CGGATGGAGC CGGACATGTA CTGGAATAAG
1021 CCCGAGCCAC AGCCCCCCTA CACAGCTGCT TCCGCCCAGT TCCGTCGAGC CTCCTTTATG
1081 GGCTCCACCT TCAACATCAG CCTGAACAAA GAGGAGATGG AGTTCCAGCC CAATCAGGAG
1141 GACGAGGAGG ATGCTCACGC TGGCATCATT GGCCGCTTCC TAGGCCTGCA GTCCCATGAT
1201 CACCATCCTC CCAGGGCAAA CTCAAGGACC AAACTACTGT GGCCCAAGAG GGAATCCCTT
1261 CTCCACGAGG GCCTGCCCAA AAACCACAAG GCAGCCAAAC AGAACGTTAG GGGCCAGGAA
1321 GACAACAAGG CCTGGAAGCT TAAGGCTGTG GACGCCTTCA AGTCTGCCCC ACTGTATCAG
1381 AGGCCAGGCT ACTACAGTGC CCCACAGACG CCCCTCAGCC CCACTCCCAT GTTCTTCCCC
1441 CTAGAACCAT CAGCGCCGTC AAAGCTTCAC AGTGTCACAG GCATAGACAC CAAAGACAAA
1501 AGCTTAAAGA CTGTGAGTTC TGGGGCCAAG AAAAGTTTTG AATTGCTCTC AGAGAGCGAT
1561 GGGGCCTTGA TGGAGCACCC AGAAGTATCT CAAGTGAGGA GGAAAACTGT GGAGTTTAAC
1621 CTGACGGATA TGCCAGAGAT CCCCGAAAAT CACCTCAAAG AACCTTTGGA ACAATCACCA
1681 ACCAACATAC ACACTACACT CAAAGATCAC ATGGATCCTT ATTGGGCCTT GGAAAACAGG
1741 GATGAAGCAC ATTCCTAA (SEQ ID NO: 3).
17. Композиция по любому из пп. 8-16, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая сигнал полиА содержит последовательность, выделенную или полученную из гена млекопитающего.
18. Композиция по п. 17, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая сигнал полиА содержит последовательность, выделенную или полученную из гена бычьего гормона роста (BGH).
19. Композиция по любому из пп. 10-18, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая экзон, содержит последовательность, выделенную или полученную из гена млекопитающего.
20. Композиция по п. 19, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая экзон содержит последовательность выделенную или полученную из гена бета-глобина кролика (Oryctolagus cuniculus).
21. Композиция по любому из пп. 10-20, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая интрон, содержит не встречающуюся в природе последовательность.
22. Композиция по п. 21, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая интрон, содержит последовательность слияния.
23. Композиция по п. 22, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая интрон, содержит
последовательность, кодирующую сайт донора сплайсинга, и
последовательность, кодирующую точку ветвления сплайсинга и акцепторный сайт.
24. Композиция по п. 23, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая сайт донора сплайсинга, содержит последовательность, выделенную или полученную из гена позвоночных.
25.Композиция по п. 24, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая сайт донора сплайсинга, содержит последовательность, выделенную или полученную из гена бета-актина (CBA) курицы (Gallus gallus).
26. Композиция по любому из пп. 23-25, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая точку ветвления сплайсинга и акцепторный сайт, содержит последовательность, выделенную или полученную из гена позвоночных.
27. Композиция по п. 26, отличающаяся тем, что последовательность, кодирующая точку ветвления сплайсинга и акцепторный сайт, содержит последовательность, выделенную или полученную из гена бета-глобина кролика (Oryctolagus cuniculus).
28. Вектор, содержащий композицию по любому из пп. 1-27.
29. Вектор по п. 28, отличающийся тем, что вектор представляет собой плазмиду.
30. Вектор доставки, содержащий вектор по п. 28 или 29.
31. Вектор доставки по п. 30, отличающийся тем, что вектор доставки представляет собой вирусный вектор доставки.
32. Вектор доставки по п. 31, отличающийся тем, что вектор доставки содержит одноцепочечный вирусный геном.
33. Вектор доставки по п. 31, отличающийся тем, что вектор доставки содержит двухцепочечный вирусный геном.
34. Вектор доставки по любому из пп. 30-33, отличающийся тем, что вектор доставки содержит молекулу РНК.
35. Вектор доставки по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, выделенную или полученную из вектора аденоассоциированного вируса (AAВ).
36. Вектор доставки по п. 35, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, выделенную или полученную из вектора AAВ серотипа AAВ1, AAВ2, AAВ3, AAВ4, AAВ5, AAВ6, AAВ7, AAВ8, AAВ9, AAВ10, AAВ11 или любой их комбинации.
37. Вектор доставки по п. 35, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, выделенную или полученную из вектора AAВ серотипа AAВ2.
38. Вектор доставки по п. 35, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, выделенную или полученную из вектора AAВ серотипа AAВ8.
39. Вектор доставки по п. 37 или 38, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, кодирующую первый инвертированный концевой повтор (ITR) и второй ITR, выделенный или полученный из вектора AAВ серотипа AAВ2, и последовательность, кодирующую вирусный ген выделенный или полученный из вектора AAВ серотипа AAВ2.
40. Вектор доставки по п. 37 или 38, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, кодирующую первый инвертированный концевой повтор (ITR) и второй ITR, выделенный или полученный из вектора AAВ серотипа AAВ8, и последовательность, кодирующую вирусный ген, выделенный или полученный из вектора AAВ серотипа AAВ8.
41. Вектор доставки по п. 37 или 38, отличающийся тем, что вектор доставки содержит последовательность, кодирующую первый инвертированный концевой повтор (ITR) и второй ITR, выделенный или полученный из вектора AAВ серотипа AAВ2, и последовательность, кодирующую вирусный ген выделенный или полученный из вектора AAВ серотипа AAВ8.
42. Фармацевтическая композиция, содержащая композицию по любому из пп. 1-27 и фармацевтически приемлемый носитель.
43. Фармацевтическая композиция, содержащая вектор по п. 28 или 29 и фармацевтически приемлемый носитель.
44. Фармацевтическая композиция, содержащая вектор доставки по любому из пп. 30-41 и фармацевтически приемлемый носитель.
45. Клетка, содержащая композицию по любому из пп. 1-27.
46. Клетка, содержащая вектор по п. 28 или 29.
47. Клетка, содержащая вектор доставки по любому из пп. 30-41.
48. Клетка, содержащая фармацевтическую композицию по любому из пп. 42-44.
49. Клетка по любому из пп. 45-48, отличающаяся тем, что клетка представляет собой клетку млекопитающего.
50. Клетка по п. 49, отличающаяся тем, что клетка млекопитающего представляет собой клетку приматов, отличных от человека, клетку грызунов, клетку мыши, клетку крысы или клетку кролика.
51. Клетка по любому из пп. 45-49, отличающаяся тем, что клетка представляет собой клетку человека.
52. Клетка по п. 51, отличающаяся тем, что клетка человека представляет собой нейрональную клетку, глиальную клетку, клетку сетчатки, фоторецепторную клетку, палочковидную клетку, колбочковидную клетку или кубовидную клетку пигментного эпителия сетчатки (RPE).
53. Клетка по п. 51, отличающаяся тем, что клетка человека представляет собой фоторецепторную клетку.
54. Клетка по п. 51, отличающаяся тем, что клетка человека представляет собой клетку HEK293 или клетку ARPE19.
55. Клетка по любому из пп. 51-53, отличающаяся тем, что клетка человека выделена или получена из RPE сетчатки человека.
in vivo
in vitro
ex vivo
in situ
56. Клетка по любому из пп. 51-55, отличающаяся тем, что клетка находится , ,  или .
57. Способ лечения макулярной дистрофии у субъекта, нуждающегося в этом, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества композиции по любому из пп. 1-27 или пп. 42-44.
58. Способ лечения макулярной дистрофии у субъекта, нуждающегося в этом, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества композиции, содержащей вектор по п. 28 или 29.
59. Способ лечения макулярной дистрофии у субъекта, нуждающегося в этом, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества композиции, содержащей вектор доставки по любому из пп. 30-41.
60. Способ по любому из пп. 57-59, отличающийся тем, что субъектом является человек.
61. Способ по любому из пп. 57-59, отличающийся тем, что субъектом является примат, отличный от человека, собака, кошка, грызун, мышь, крыса или кролик.
62. Способ по любому из пп. 57-61, отличающийся тем, что у субъекта имеется макулярная дистрофия.
63. Способ по любому из пп. 57-62, отличающийся тем, что субъект имеет мутацию в одной или обеих копиях гена BEST1.
64. Способ по п. 63, отличающийся тем, что мутация наследуется как доминантная мутация.
65. Способ по п. 64, отличающийся тем, что доминантная мутация вызывает у субъекта вителиформную макулярную дистрофию Беста (BVMD).
66. Способ по п. 63, отличающийся тем, что мутация наследуется как рецессивная мутация.
67. Способ по п. 66, отличающийся тем, что рецессивная мутация вызывает у субъекта аутосомно-рецессивную бестрофинопатию (ARB).
68. Способ по любому из пп. 63-67, отличающийся тем, что мутация возникает в кодирующей последовательности одной или обеих копий гена BEST1.
69. Способ по любому из пп. 63-67, отличающийся тем, что мутация возникает в некодирующей последовательности одной или обеих копий гена BEST1.
70. Способ по любому из пп. 57-69, отличающийся тем, что введение включает инъекцию или инфузию субретинальным, супрахориоидальным или интравитреальным путем.
71. Способ по любому из пп. 57-69, отличающийся тем, что введение включает инъекцию или инфузию субретинальным путем.
72. Способ по п. 71, отличающийся тем, что введение включает двухэтапную инъекцию или двухэтапную инфузию субретинальным путем.
73. Способ по любому из пп. 57-72, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество составлено в объеме от 10 до 200 мкл, включая конечные точки.
74. Способ по п. 73, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество составлено в объеме от 10 до 50 мкл, от 50 до 100 мкл, от 100 до 150 мкл или от 150 до 200 мкл, включая конечные точки для каждого диапазона.
75. Способ по любому из пп. 57-72, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество составлено в объеме от 70 до 120 мкл, включая конечные точки, и причем введение включает инъекцию или инфузию субретинальным путем.
76. Способ по любому из пп. 57-72, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество составлено в объеме 100 мкл, и причем введение включает инъекцию или инфузию субретинальным путем.
10
11
12
12
12
13
77. Способ по любому из пп. 59-76, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество содержит концентрацию вектора доставки AAВ по меньшей мере 1×10 устойчивых к ДНКазе частиц (DRP)/мл, по меньшей мере 1×10 DRP/мл, по меньшей мере 1×10 DRP/мл, по меньшей мере 2×10 DRP/мл, по меньшей мере 5×10 DRP/мл или по меньшей мере 1,5×10 DRP/мл.
12
12
13
78. Способ по любому из пп. 59-76, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество содержит концентрацию вектора доставки AAВ по меньшей мере 2×10 DRP/мл, по меньшей мере 5×10 DRP/мл или по меньшей мере 1,5×10 DRP/мл.
12
79. Способ по любому из пп. 59-76, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество содержит концентрацию вектора доставки ААВ по меньшей мере 5x10 DRP/мл.
13
80. Способ по любому из пп. 59-76, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество содержит концентрацию вектора доставки ААВ по меньшей мере 1,5x10 DRP/мл.
8
8
9
9
9
10
10
10
11
11
11
11
11
12
12
12
12
81. Способ по любому из пп. 59-80, отличающийся тем, что терапевтически эффективное количество содержит дозу 2х10 геномных частиц (гч), 5x10 гч, 1,5x10 гч, 2x10 гч, 5x10 гч, 2x10 гч, 5x10 гч, 6x10 гч, 1,2x10 гч, 1,5x10 гч, 2x10 гч, 4,5x10 гч, 5x10 гч, 1,2x10 гч, 1,5x10 гч, 2x10 гч или 5x10 гч.
8
9
9
82. Способ по любому из пп. 59-80, отличающийся тем, что субъект представляет собой мышь и причем терапевтически эффективное количество содержит дозу 5x10 гч, 1,5x10 гч или 5x10 гч.
11
11
12
83. Способ по любому из пп. 59-80, отличающийся тем, что субъект представляет собой примата, отличного от человека, и причем терапевтически эффективное количество содержит дозу частиц вируса ААВ 1,2x10 гч, 4,5x10 гч или 1,2x10 гч.
10
11
11
12
84. Способ по любому из пп. 59-80, отличающийся тем, что субъект представляет собой человека, и причем терапевтически эффективное количество содержит дозу частиц вируса ААВ 5x10 гч, 1,5x10 гч, 5x10 гч или 1,5x10 гч.
85. Способ по любому из пп. 57-84, отличающийся тем, что композиция дополнительно содержит буфер TMN200.