БИОЛОГИЧЕСКИ ЗНАЧИМЫЕ ОРТОГОНАЛЬНЫЕ ПАРЫ ЦИТОКИНОВ/РЕЦЕПТОРОВ

1. Сконструированый полипептид IL-2 человека, который (i) имеет значительно сниженное связывание с нативным человеческим CD122; и который (ii) содержит по меньшей мере одну аминокислотную замену на аминокислоту, отличную от аминокислоты нативного белка в остатке T51, R81, или содержит аминокислотную замену M23A; и (iii) содержит аминокислотные замены в каждом из E15, H16, L19, D20.
2. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий одну или несколько аминокислотных замен, выбранных из: [E15D, E15T, E15A, E15S], [H16N, H16Q], [L19V, L19I, L19A], [D20L, D20M], [Q22S, Q22T, Q22E, Q22K, Q22E], [M23A, M23W, M23H, M23Y, M23F, M23Q, M23Y], [G27K, G27S], [R81D, R81Y], [N88E, N88Q], [T51I].
3. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1 или 2, содержащий аминокислотные замены E15S; H16Q; L19V; и D20L.
4. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-3, дополнительно содержащий аминокислотную замену Q22K.
5. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-4, содержащий аминокислотную замену T51I.
6. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-5, содержащий аминокислотную замену R81D или R81Y.
7. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен [E15D, H16N, L19V, D20L, Q22T, M23A].
8. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен [E15D, H16N, L19V, D20L, Q22K, M23A].
9. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен [E15S, H16Q, L19V, D20L, M23Q, R81D, T51I].
10. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен [E15S, H16Q, L19V, D20L, M23Q, R81Y].
11. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 31-42, связывающийся с ортогональным белком CD122 человека и активирующий его.
12. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.11, где ортогональный белок CD122 человека модифицирован по одному или нескольким остаткам, выбранным из R41, R42, Q70, K71, T73, T74, V75, S132, H133, Y134, F135, E136 и Q214.
13. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.12, где ортогональный человеческий белок CD122 модифицирован по H133 и Y134.
14. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.13, где ортогональный белок CD122 человека содержит аминокислотные замены H133D и Y134F.
15. Способ активации клетки млекопитающего, включающий:
(a) трансфекцию клетки млекопитающего вектором, содержащим нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую ортогональный рецептор CD122 человека, содержащий аминокислотные замены в H133 и Y134, где нуклеиновая кислота функционально связана с последовательностями контроля экспрессии, функциональными в такой клетке млекопитающего, так что ортогональный человеческий рецептор CD122 экспрессируется в такой клетке; и обеспечение контакта клетки млекопитающего с сконструированым полипептидом IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 31-42.
16. Способ по п.15, где клетка млекопитающего представляет собой иммунную клетку или стволовую клетку.
17. Способ по п.16, где клетка представляет собой иммунную клетку.
18. Способ по п.17, где иммунная клетка представляет собой Т-клетку.
19. Способ по п.18, где Т-клетка представляет собой CAR-Т-клетку.
20. Фармацевтическая композиция, содержащая сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 31-42; и фармацевтически приемлемый носитель.
21. Нуклеиновая кислота, кодирующая сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 31-34.
22. Вектор экспрессии, содержащий нуклеиновую кислоту по п.21.
23. Клетка, генетически сконструированная так, чтобы содержать вектор по любому из пп. 22, 51 или 52.
24. Способ лечения субъекта-млекопитающего, страдающего заболеванием, нарушением или состоянием, включающий:
введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества иммунных эффекторных клеток, экспрессирующих ортогональный человеческий рецептор CD122, содержащий аминокислотные замены в H133 и Y134, и
введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества сконструированого полипептида IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 31-42; или рекомбинантного вектора по любому из пп. 22, 51 или 52.
25. Способ по п.24, где иммунная эффекторная клетка представляет собой Т-клетку.
26. Способ по п.25, где Т-клетка представляет собой CAR-Т-клетку.
27. Способ по любому из пп. 24, 25, 26, 56 или 57, где патологическое расстройство или состояние представляет собой неопластическое заболевание.
28. Способ по любому из пп. 24, 25, 26, 56 или 57, где патологическое расстройство или состояние представляет собой аутоиммунное заболевание.
29. Способ по любому из пп. 24, 25, 26, 56 или 57, где патологическое расстройство или состояние представляет собой инфекцию.
30. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен: [E15S; H16Q; L19V; D20L; M23A; и Q22K].
31. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен: [E15S; H16Q; L19V; D20L; M23Q; R81D; и T51I].
32. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен: [E15S; H16Q; L19V; D20L; M23Q; и R81Y].
33. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.1, содержащий набор аминокислотных замен: [E15S; H16Q; L19V; D20L; и M23A].
34. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 30-33, являющийся пегилированным.
35. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.34, где ПЭГ имеет молекулярную массу примерно от 5 до 80 кДа.
36. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.34, где ПЭГ имеет молекулярную массу примерно от 5 до 40 кДа.
37. Сконструированый полипептид IL-2 человека по п.34, где ПЭГ имеет молекулярную массу около 40 кДа.
38. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 34-37, где ПЭГ представляет собой разветвленный ПЭГ.
39. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 34-37, где ПЭГ представляет собой линейный ПЭГ.
40. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 34-37, где ПЭГ присоединен к аминоконцу полипептида IL-2 человека через линкер.
41. Сконструированый полипептид IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 30-33, гибридизованный с Fc-доменом IgG или альбумином.
42. Способ по п.19, где антигенсвязывающий домен химерного антигенного рецептора указанной CAR-T-клетки специфически связывается с одним или несколькими антигенами, экспрессируемыми на поверхности клетки-мишени.
43. Способ по п.42, где антигенсвязывающий домен химерного антигенного рецептора CAR-T-клетки включает scFv.
44. Способ по п.42, где антигенсвязывающий домен химерного антигенного рецептора CAR-T-клетки включает VHH.
45. Способ по любому из пп. 42-44, где по меньшей мере один из одного или нескольких антигенов является опухолевым антигеном.
46. Способ по п.45, где опухолевый антиген выбран из группы, состоящей из CD19, CD20, HER2, NY-ESO-1, MUC1, CD123, FLT3, B7-H3, CD33, IL1RAP, CLL1 (CLEC12A), PSA, CEA, VEGF, VEGF-R2, CD22, ROR1, мезотелина, c-Met, гликолипида F77, FAP, EGFRvIII, MAGE A3, 5T4, WT1, лиганда KG2D, фолатного рецептора (FRa) и антигенов Wnt1.
47. Способ по п.46, где опухолевый антиген представляет собой CD19.
48. Способ по п.47, где CAR-T-клетка представляет собой аксикабтаген силолейсел и тисагенлеклейсел.
49. Предварительно заполненный шприц, содержащий фармацевтическую композицию по п.20.
50. Вектор экспрессии по п.22, представляющий собой вирусный вектор.
51. Вектор экспрессии по п.22, представляющий собой невирусный вектор.
52. Способ рекомбинантного получения композиции, содержащей по существу чистый полипептид по любому из пп. 1-10 или 30-33, включающий:
культивирование рекомбинантной клетки-хозяина по п.23 в условиях, обеспечивающих экспрессию рекомбинантного полипептида IL-2 человека; и
выделение рекомбинантного полипептида IL2.
53. Способ получения ПЭГилированного полипептида IL-2 по любому из пп. 34-40, включающий:
культивирование рекомбинантной клетки-хозяина по п.23 в условиях, обеспечивающих экспрессию рекомбинантного полипептида IL-2 человека;
выделение рекомбинантного полипептида IL-2;
взаимодействие выделенного рекомбинантного полипептида IL-2 в присутствии молярного избытка молекулы ПЭГ в условиях, позволяющих химически конъюгировать молекулу ПЭГ с полипептидом IL-2; и
выделение ПЭГилированного полипептида IL-2.
54. Способ по п.25, где Т-клетка выбрана из группы, состоящей из наивных CD8+ Т-клеток, цитотоксических CD8+ Т-клеток, наивных CD4+ Т-клеток, хелперных Т-клеток; регуляторных Т-клеток; Т-клеток памяти, NK-Т-клеток, γδ Т-клеток, CAR-T-клеток, TIL и нокаутных по TCRαβ рецептору клеток.
55. Способ по п.26, где антигенсвязывающий домен химерного антигенного рецептора указанной CAR-T-клетки специфически связывается с одним или несколькими антигенами, экспрессируемыми на поверхности клетки-мишени.
56. Способ по п.58, где опухолевый антиген представляет собой CD19.
57. Способ по п.27, где заболевание, нарушение или состояние представляет собой неопластическое заболевание, и где по меньшей мере один из одного или нескольких антигенов представляет собой опухолевый антиген.
58. Способ по п.57, где опухолевый антиген выбран из группы, состоящей из CD19, CD20, HER2, NY-ESO-1, MUC1, CD123, FLT3, B7-H3, CD33, IL1RAP, CLL1 (CLEC12A), PSA, CEA, VEGF, VEGF-R2, CD22, ROR1, мезотелина, c-Met, гликолипида F77, FAP, EGFRvIII, MAGE A3, 5T4, WT1, лиганда KG2D, фолатного рецептора (FRa) и антигенов Wnt1.
59. Способ лечения млекопитающего субъекта, страдающего неопластическим заболеванием, нарушением или состоянием, включающий стадии:
(а) получение некоторого количества крови от указанного субъекта;
(b) выделение популяции Т-клеток из указанного количества крови;
(c) обеспечение контакта указанной популяции выделенных Т-клеток с рекомбинантным вирусным вектором, содержащим:
нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую ортогональный рецептор CD122 человека, содержащий аминокислотные замены в H133 и Y134, и нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую химерный антигенный рецептор, где внеклеточный домен указанного химерного антигенного рецептора проявляет специфическое связывание с опухолевым антигеном, так что часть популяция изолированных Т-клеток трансдуцируется указанным вирусным вектором и экспрессирует как химерный антигенный рецептор, так и ортогональный рецептор CD122 человека;
(d) культивирование указанной выделенной популяции клеток со стадии (c) в условиях активации Т-клеток, при необходимости в присутствии ортогонального полипептида IL-2 по любому из пп. 1-10 или 30-41;
(e) введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества популяции Т-клеток со стадии (d) в комбинации с терапевтически эффективным количеством сконструированого полипептида IL-2 человека по любому из пп. 1-10 или 30-41 или рекомбинантного вектора по любому из пп. 22, 50 или 51.
60. Способ по п.59, дополнительно включающий стадию лимфодеплеции субъекта перед стадией (е).
61. Способ по любому из пп. 24-27 и 55-60, дополнительно включающий применение одного или нескольких дополнительных терапевтических агентов.