РЕАГЕНТЫ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ОКУЛОФАРИНГЕАЛЬНОЙ МЫШЕЧНОЙ ДИСТРОФИИ (ОФМД) И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Нуклеиновая кислота, содержащая последовательность ДНК, которая кодирует короткую шпилечную микроРНК (кшмиР - shmiR - short hairpin microRNA), причем указанная кшмиР содержит:
эффекторную последовательность длиной по меньшей мере 17 нуклеотидов;
эффекторную комплементарную последовательность;
последовательность стебля-петли; и
остов первичной микроРНК (пер-миРНК - pri-miRNA - primary micro RNA);
при этом указанная эффекторная последовательность по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте, указанном в любой из SEQ ID NO: 1-13.
2. Нуклеиновая кислота по п. 1, отличающаяся тем, что кшмиР выбирают из группы, состоящей из:
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 15, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 14;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 16;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 19, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 18;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 21, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 20;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 23, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 22;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 25, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 24;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 27, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 26;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 29, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 28;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 30;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 32;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 35, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 34;
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 37, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 36; и
кшмиР, содержащей эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 38.
3. Нуклеиновая кислота по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что кшмиР содержит в направлении от 5' к 3':
5'-фланкирующую последовательность остова пер-миРНК;
эффекторную комплементарную последовательность;
последовательность стебля-петли;
эффекторную последовательность; и
3'-фланкирующую последовательность остова пер-миРНК.
4. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-3, отличающаяся тем, что последовательность стебля-петли представляет собой последовательность, указанную в SEQ ID NO: 40.
5. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что остов пер-миРНК представляет собой остов пер-миР-30a.
6. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 3-5, отличающаяся тем, что 5'-фланкирующая последовательность остова пер-миРНК указана в SEQ ID NO: 41, и 3'-фланкирующая последовательность остова пер-миРНК указана в SEQ ID NO: 42.
7. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-6, отличающаяся тем, что кшмиР содержит последовательность, указанную в любой из SEQ ID NO: 43-55.
8. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-7, отличающаяся тем, что последовательность ДНК, которая кодирует кшмиР, указана в любой из SEQ ID NO: 56-68.
9. Множество нуклеиновых кислот, содержащее:
(a) по меньшей мере одну нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8; и
(b) по меньшей мере одну дополнительную нуклеиновую кислоту, выбранную из:
(i) нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-8; или
(ii) нуклеиновой кислоты, содержащей последовательность ДНК, кодирующую кшмиР или короткую шпилечную РНК (кшРНК), содержащую эффекторную последовательность длиной по меньшей мере 17 нуклеотидов и эффекторную комплементарную последовательность, причем эффекторная последовательность по существу комплементарна РНК-транскрипту, соответствующему белку PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (ОФМД);
при этом кшмиР, кодируемая нуклеиновой кислотой в (а), и кшмиР или кшРНК, кодируемая нуклеиновой кислотой в (b), содержат разные эффекторные последовательности.
10. Конструкт ДНК-направленной РНК-интерференции (днРНКи - ddRNAi - DNA-directed RNA interference), содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8 или множество нуклеиновых кислот по п. 9.
11. Конструкт днРНКи по п. 10, содержащий по меньшей мере две нуклеиновые кислоты по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что каждая из нуклеиновых кислот кодирует разные кшмиР.
12. Конструкт днРНКи по п. 11, отличающийся тем, что каждая из по меньшей мере двух нуклеиновых кислот кодирует кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте, указанном в одной из SEQ ID NO: 1, 2, 4, 7, 9, 10 и 13.
13. Конструкт днРНКи по п. 11 или 12, отличающийся тем, что по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбирают из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 15, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 14 (кшмиР2);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 16 (кшмиР3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 21, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 20 (кшмиР5);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 27, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 26 (кшмиР9);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 30 (кшмиР13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 32 (кшмиР14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 38 (кшмиР17).
14. Конструкт днРНКи по п. 13, отличающийся тем, что по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбирают из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 56 (кшмиР2);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 57 (кшмиР3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 59 (кшмиР5);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 62 (кшмиР9);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 64 (кшмиР13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 65 (кшмиР14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 68 (кшмиР17).
15. Конструкт днРНКи по любому из пп. 11-14, отличающийся тем, что каждая из по меньшей мере двух нуклеиновых кислот кодирует кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте, указанном в одной из SEQ ID NO: 2, 9, 10 и 13.
16. Конструкт днРНКи по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбирают из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 16 (кшмиР3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 30 (кшмиР13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 32 (кшмиР14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 38 (кшмиР17).
17. Конструкт днРНКи по п. 16, отличающийся тем, что по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбирают из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 57 (кшмиР3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 64 (кшмиР13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 65 (кшмиР14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 68 (кшмиР17).
18. Конструкт днРНКи по любому из пп. 11-17, отличающийся тем, что указанный конструкт днРНКи содержит:
(a) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 30 (кшмиР13); и
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 38 (кшмиР17).
19. Конструкт днРНКи по п. 18, отличающийся тем, что указанный конструкт днРНКи содержит:
(a) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 64 (кшмиР13); и
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, указанной в SEQ ID NO: 68 (кшмиР17).
20. Конструкт днРНКи по любому из пп. 11-17, отличающийся тем, что указанный конструкт днРНКи содержит:
(a) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 16 (кшмиР3); и
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, кодирующей кшмиР, содержащую эффекторную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 32 (кшмиР14).
21. Конструкт днРНКи по п. 20, отличающийся тем, что указанный конструкт днРНКи содержит:
(a) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, указанной в SEQ ID NO: 57 (кшмиР3); и
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, указанной в SEQ ID NO: 65 (кшмиР14).
22. Конструкт днРНКи по любому из пп. 10-21, содержащий промотор РНК pol III, над одной или каждой нуклеиновой кислотой, кодирующей кшмиР.
23. Конструкт днРНКи по п. 22, отличающийся тем, что указанные один или каждый промотор РНК pol III выбирают из промотора U6 и H1.
24. Конструкт днРНКи по п. 22 или 23, отличающийся тем, что один или каждый промотор РНК pol III представляет собой промотор U6, выбранный из промотора U6-9, промотора U6-1 и промотора U6-8.
25. Конструкт ДНК, содержащий:
(a) конструкт днРНКи по любому из пп. 10-24; и
(b) конструкт PABPN1, содержащий последовательность ДНК, кодирующую функциональный белок PABPN1, имеющий мРНК-транскрипт, на который не нацеливается кшмиР, кодируемая конструктом днРНКи.
26. Конструкт ДНК по п. 25, отличающийся тем, что в последовательности ДНК, кодирующую функциональный белок PABPN1, оптимизируют кодоны, так что на ее мРНК-транскрипт не нацеливается кшмиР конструкта днРНКи.
27. Конструкт ДНК по п. 25 или 26, отличающийся тем, что последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, указана в SEQ ID NO: 73.
28. Конструкт ДНК по любому из пп. 25-27, отличающийся тем, что последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, функционально связана с промотором, содержащимся в конструкте PABPN1 и расположенном над последовательностью ДНК, кодирующей функциональный белок PABPN1.
29. Конструкт ДНК по п. 28, отличающийся тем, что промотор, содержащийся в конструкте PABPN1, представляет собой мышечно-специфический промотор.
30. Конструкт ДНК по любому из пп. 25-29, отличающийся тем, что конструкт ДНК содержит в направлении от 5' к 3' конструкт днРНКи и конструкт PABPN1.
31. Конструкт ДНК по любому из пп. 25-29, отличающийся тем, что конструкт ДНК содержит в направлении от 5' к 3' конструкт PABPN1 и конструкт днРНКи.
32. Вектор экспрессии, содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-9, или конструкт днРНКи по любому из пп. 10-24, или конструкт ДНК по любому из пп. 25-31.
33. Множество векторов экспрессии, содержащее:
(a) вектор экспрессии, содержащий конструкт днРНКи по любому из пп. 10-24; и
(b) вектор экспрессии, содержащий конструкт PABPN1, содержащий последовательность ДНК, кодирующую функциональный белок PABPN1, имеющий мРНК-транскрипт, на который не нацеливаются кшмиР, кодируемые конструктом днРНКи.
34. Множество векторов экспрессии по п. 33, отличающееся тем, что в последовательности ДНК, кодирующей функциональный белок PABPN1, оптимизируют кодоны, так что на ее мРНК-транскрипт не нацеливается кшмиР конструкта днРНКи.
35. Множество векторов экспрессии по п. 33 или 34, отличающееся тем, что последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, указана в SEQ ID NO: 73.
36. Множество векторов экспрессии по любому из пп. 33-35, отличающееся тем, что последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, функционально связана с промотором, содержащимся в конструкте PABPN1 и расположенном над последовательностью ДНК, кодирующей функциональный белок PABPN1.
37. Множество векторов экспрессии по п. 36, отличающееся тем, что промотор, содержащийся в конструкте PABPN1, представляет собой мышечно-специфический промотор.
38. Вектор экспрессии по п. 32 или множество векторов экспрессии по любому из пп. 33-37, отличающиеся тем, что один или каждый вектор экспрессии представляет собой плазмиду или мини-кольцо.
39. Вектор экспрессии по п. 32 или множество векторов экспрессии по любому из пп. 33-37, отличающиеся тем, что один или каждый вектор экспрессии представляет собой вирусный вектор, выбранный из группы, состоящей из аденоассоциированного вирусного вектора (AAV), ретровирусного вектора, аденовирусного вектора (AdV) и лентивирусного вектора (LV).
40. Композиция, содержащая нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-9, или конструкт днРНКи по любому из пп. 10-24, или конструкт ДНК по любому из пп. 25-31, или вектор экспрессии по любому из пп. 32, или 38, или 39, или множество векторов экспрессии по любому из пп. 33-39.
41. Композиция по п. 40, дополнительно содержащая один или более фармацевтически приемлемых носителей.
42. Способ ингибирования экспрессии белка PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (ОФМД) у субъекта, причем указанный способ включает введение субъекту нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-9 или конструкта днРНКи по любому из пп. 10-24, или конструкта ДНК по любому из пп. 25-31, или вектора экспрессии по любому из пп. 32, 38 или 39, или множества векторов экспрессии по любому из пп. 33-39, или композиции по п. 40 или 41.
43. Способ лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (ОФМД) у субъекта, страдающего от нее, причем указанный способ включает введение субъекту нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-9 или конструкта днРНКи по любому из пп. 10-24, или конструкта ДНК по любому из пп. 25-31, или вектора экспрессии по любому из пп. 32, 38 или 39, или множества векторов экспрессии по любому из пп. 33-39, или композиции по п. 40 или 41.
44. Способ по п. 42 или 43, отличающийся тем, что указанный способ включает введение множества векторов экспрессии по любому из пп. 33-39 субъекту вместе, одновременно или последовательно.
45. Набор, содержащий:
(a) один или более агентов для ингибирования экспрессии белка PABPN1, который является причиной ОФМД, причем указанный агент(ы) выбирают из: (i) нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-9; или (ii) конструкта днРНКи по любому из пп. 10-24; или (iii) вектора экспрессии по любому из пп. 32, 38 или 39; или (iv) композиции по п. 40 или 41; и
(b) вектор экспрессии, содержащий последовательность ДНК, кодирующую функциональный белок PABPN1, имеющий мРНК-транскрипт, на который не нацеливаются кшмиР, экспрессируемые агентом в (а).
46. Набор по п. 45, отличающийся тем, что в последовательности ДНК, кодирующей функциональный белок PABPN1, оптимизируют кодоны, так что на ее мРНК-транскрипт не нацеливаются кшмиР, кодируемые агентом в (а).
47. Набор по п. 45 или 46, отличающийся тем, что последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, указана в SEQ ID NO: 73.
48. Набор по любому из пп. 45-47, отличающийся тем, что последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, функционально связана с промотором, содержащимся в векторе экспрессии и расположенным над последовательностью ДНК, кодирующей функциональный белок PABPN1.
49. Набор по любому из пп. 45-48, содержащий множество векторов экспрессии по любому из пп. 33-39, отличающийся тем, что (а) и (b) во множестве векторов экспрессии предоставляются как компоненты (а) и (b) набора.
50. Набор по любому из пп. 45-49, когда его применяют для лечения ОФМД в соответствии со способом по любому из пп. 42-44.