НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗОНДОВ, ДНК-МИКРОЧИП, СПОСОБ ЕГО ПОЛУЧЕНИЯ, КОМПЛЕКТ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ
SET OF OLIGONUCLEOTIDE PROBES, DNA-MICROCHIP, METHOD OF ITS OBTAINING, SET FOR MOLECULAR-GENETIC RESEARCH OF HUMAN AND THEIR APPLICATION

Область техники
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к молекулярно-генетическим исследованиям человека для диагностики наследственных заболеваний, предрасположенности к мультифакторным заболеваниям, имеющим генетическую составляющую, и персональной генетически-детерминированной реакции на фармацевтические препараты.
Приблизительно половина всех случаев наследования болезней происходит, когда мать и отец не страдают наследственными заболеваниями, однако являются скрытыми носителями поврежденных генов. Если ребенок наследует от каждого родителя такой поврежденный ген, это приведет к развитию болезни. Риск рождения больного ребенка у родителей-носителей составляет 25%, что с медико-генетической точки зрения характеризуется как высокий. Руководствуясь информацией о собственных генетических особенностях, полученной с помощью молекулярно-генетических исследований, а также используя современные возможности репродуктивной медицины, будущие родители смогут избежать рисков зачатия ребенка, больного тяжелым или смертельным наследственным заболеванием, и родить здорового ребенка.
Описание уровня техники
Известен способ скрининга новорожденных на такие наследственные заболевания, как муковисцидоз, врожденный гипотиреоз, галактоземия, фенилкетонурия за один анализ крови. Присутствие или отсутствие мутаций ДНК определяют с помощью гибридизации полученных фрагментов на специализированном олигонуклеотидном биочипе. Для этого используют амплификацию PAH, CFTR, PAX8, GALT генов и получение одноцепочного флюоресцентно меченного продукта методом ник-трансляции и рестрикции, приготавливают биочип для скрининга новорожденных на заболевания, содержащий набор иммобилизованных определенных олигонуклеотидов. Интерпретацию результатов гибридизации осуществляют путем сравнения интенсивности флюоресцентных сигналов, полученных при совершенной и несовершенной гибридизации. Несмотря на то что такое исследование позволяет получить новый ускоренный метод массового скрининга новорожденных на наличие предрасположенности к моногенным заболеваниям, он обладает ограниченной информативностью.
Известен принцип отбора полиморфизмов, описанный в EP 2463384. Однако авторами изучались и отбирались полиморфизмы, определяющие возникновение внезапной сердечной смерти без учета их территориальной распространенности.
Описание сущности изобретений
Задачей настоящей разработки является создание метода исследования ДНК человека на наличие большого количества мутаций и/или полиморфизмов с использованием биочипа.
Еще одна задача состоит в разработке и применении уникального набора олигонуклеотидных зондов, позволяющих определять мутации и/или полиморфизмы, включенного в диагностикум (биочип), который может быть использован для диагностики наиболее часто встречающихся мутаций и полиморфизмов, ассоциированных с наиболее частыми для популяций людей (этнических групп), населяющих определенную географическую территорию, наследственными и мультифакторными заболеваниями с наследственной составляющей.
Основной отличительной особенностью микрочипа является первый этап его разработки - определение мутаций и/или полиморфизмов, которые могут быть выявлены с его помощью. На данном этапе, исходят из генетических особенностей популяций, населяющих определенную территорию: в диагностикум (микрочип) входят только наиболее частые мутации и/или полиморфизмы, ассоциированные с наиболее частыми на данной территории наследственными и мультифакторными заболеваниями с наследственной составляющей. Таким образом, эффективность и информативность диагностики на конкретной территории с помощью такого диагностикума увеличивается по сравнению с прямыми аналогами, за счет способа подбора выявляемых мутаций, а не за счет увеличения их количества.
Состав мутаций, выявляемых с помощью микрочипа, оптимизирован и строго специфичен для этнических групп, населяющих заданную территорию на протяжении долгого времени. Таким образом, эффективность и информативность генетической диагностики наследственных заболеваний с применением данного набора гораздо выше, чем с применением имеющихся аналогов.
Под частотой встречаемости мутации или полиморфизма подразумевается ее распространенность в заданной популяции или у заданных этнических групп из расчета количества случаев ее гомозиготного носительства на 1000 человек. При этом под общемировой частотой подразумевается ее усредненная частота среди изученных популяций планеты. Данные об общемировых частотах встречаемости мутаций и/или полиморфизмов и частотах встречаемости в заданной популяции получаются из научной литературы.
В одном аспекте изобретение относится к набору олигонуклеотидных зондов, позволяющему детектировать комплекс (набор) мутаций и/или полиморфизмов для молекулярно-генетического исследования (скрининга) человека, при этом:
(a) не менее 10% (от 10% до 95%) от общего количества мутаций и/или полиморфизмов, которые могут быть определены, должно иметь частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, превышающую в среднем общемировую встречаемость не менее чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет >2);
(b) нe менее 5% (от 5% до 90%) мутаций и/или полиморфизмов не должны встречаться у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, отличных от выбранной;
(c) не более 10% (от 0% до 10%) мутаций и/или полиморфизмов, имеющих среднемировую частоту встречаемости, более чем в два раза превышающую частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей (соотношение среднемировой частоты к частоте встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции >2);
(d) не более 5% (от 0% до 5%) мутаций и/или полиморфизмов, не встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции;
(e) остальное содержание (от 0-85%) мутаций и/или полиморфизмов, встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории, или в выбранной популяции может быть равно в среднем общемировой или не может превышать ее более чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет ≤2).
В ходе исследований было установлено, что именно с отбором исследуемых мутаций связана эффективность и информативность диагностики на конкретной территории, которые увеличиваются за счет того, что для диагностики взяты самые распространенные и специфичные для этой территории мутации.
В другом аспекте изобретение относится к способу получения ДНК-микрочипа.
ДНК-микрочипы получают методом печати олигонуклеотидных зондов, содержащих участки ДНК, позволяющие детектировать выбранные мутации и/или полиморфизмы на стеклянной пластине, покрытой аминосиланом (см. WO 2004073988).
Отличительной особенностью разработанного нами способа является этап предварительного отбора мутаций по установленному нами алгоритму. Способ позволяет получить уникальный микрочип для молекулярно-генетической диагностики человека, принадлежащего к этнической группе, проживающей на определенной географической территории в течение долгого времени, и повысить точность и информативность исследования.
Способ получения ДНК-микрочипа для молекулярно-генетического исследования человека, проживающего на выбранной территории или в выбранной популяции, включает:
I) отбор мутаций и/или полиморфизмов, предусматривающий:
(a) отбор не менее 10% (от 10% до 95%) от общего количества мутаций и/или полиморфизмов, которые могут быть определены, имеющих частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, превышающую в среднем общемировую встречаемость не менее чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет >2);
(b) отбор не менее 5% (от 5% до 90%) мутаций и/или полиморфизмов не должен встречаться у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, отличных от выбранной;
(c) отбор не более 10% (от 0% до 10%) мутаций и/или полиморфизмов, имеющих среднемировую частоту встречаемости, более чем в два раза превышающую частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей (соотношение среднемировой частоты к частоте встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции >2);
(d) Отбор не более 5% (от 0% до 5%) мутаций и/или полиморфизмов, не встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции;
(e) отбор остальных мутаций и/или полиморфизмов (от 0-85%), встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории, или в выбранной популяции может быть равен в среднем общемировой или не может превышать ее более чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет ≤2);
II) получение олигонуклеотидных зондов, содержащих ДНК-участки, позволяющие детектировать отобранные мутации и/или полиморфизмы;
III) нанесение олигонуклеотидных зондов на стеклянную пластину, покрытую аминосиланом или другим адгезивом нуклеиновых кислот, при этом одна из сторон пластины обработана таким образом, что распространение в ней лазерного луча происходит за счет эффекта полного внутреннего отражения.
Предпочтительно, чтобы зонды были подобраны таким образом, чтобы точно детектировать мутацию или полиморфизм, указанный как по смысловой, так и по антисмысловой цепи ДНК.
Для детекции мутаций и полиморфизмов зонды отбирают согласно следующим критериям:
- отсутствие внутренней вторичной структуры;
- способность участвовать в специфичной элонгации фрагментов генов, содержащих участки, позволяющие в дальнейшем идентифицировать мутации и полиморфные варианты генов.
Настоящее устройство микрочип может использоваться в составе комплекта для молекулярно-генетической диагностики на основе реакции элонгации праймеров на ДНК-микроматрицах.
Разработанный ДНК-микрочип в составе комплекта позволяет единовременно выявлять носительство мутаций и/или полиморфизмов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, и применяется для молекулярно-генетической диагностики наследственных заболеваний; предрасположенности к мультифакторным заболеваниям, имеющим генетическую составляющую, и персональной генетически-детерминированной реакции на фармацевтические препараты.
Комплект для молекулярно-генетического исследования человека, проживающего на выбранной территории или в выбранной популяции, включает:
- Набор ферментов и реактивов для подготовки матрицы реакции элонгации праймеров на микрочипе (англ. Arrayed Primer Extention - APEX), состоящий из ДНК-полимеразы, раствора магния, растворов дизоксинуклеотидов, урацил-N-гликозилазы, щелочной фосфатазы креветки.
- Праймеры для реакции ПЦР мультиплексные
- Набор для очистки продуктов ПЦР
- Набор для реакции APEX: ДНК-полимеразы, раствора магния, растворов флуоресцентно меченных дидезоксинуклеотидов для элонгации цепи
- ДНК-микрочип, адаптированный для молекулярно-генетического исследования людей, проживающих на определенной географической территории.
Применение наборов на основе технологии APEX описано в US 20070134691.
В качестве метода анализа ДНК-микрочипа был выбран способ, описанный в EP 1088214, что позволяет повысить точность, упростить методику генетической диагностики и сделать ее экономически выгодной.
Способ молекулярно-генетического исследования человека, принадлежащего к этносу, проживающему на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции, предусматривает использование нового комплекта для диагностики и регистрацию результатов анализа путем сравнения интенсивности флуоресцентных сигналов, при облучении ДНК-микрочипа лазерами различной длины волны.
Осуществление изобретений
Осуществление заявленной группы изобретений приведено на примере разработки средств для диагностики и ее осуществления для популяции людей, проживающих на территории Российской Федерации, однако данный принцип может быть применен к любой территории или государству.
Перечень и последовательность зондов, содержащих участки, позволяющие в дальнейшем идентифицировать мутации и полиморфные варианты генов, указанные в Таблице 1, представлена в Таблице 2.
В качестве мутаций, относящихся к категории (a) алгоритма отбора, можно привести следующие:
Ген
Нуклеотидная замена
Заболевание
CFTR
c.489+1G>T
Муковисцидоз
PAH
c.1222C>T
Фенилкетонурия
BTD
c.98_104delGCGGCTGinsTCC
Дефицит биотинидазы
В качестве мутаций, относящихся к категории (b) алгоритма отбора, можно привести следующие:
Ген
Нуклеотидная замена
Заболевание
TCIRG1
c.807+5G>A
Аутосомно-рецессивный остеопетроз
VHL
c.598A>C
Аутосомно-рецессивный эритроцитоз
GJB1
c.259C>G
Болезнь Шарко-Мари-Тута, тип 1A
В качестве мутаций, относящихся к категории (с) алгоритма отбора, можно привести следующие:
Ген
Нуклеотидная замена
Заболевание
IKBKAP
c.IVS20+6T>C
Семейная дисаутономия
DHCR7
c.278С>T
Синдром SLOS
HEXA
c.805+1G>A
Болезнь Тея-Сакса
В качестве мутаций, относящихся к категории (d) алгоритма отбора, можно привести следующие:
Ген
Нуклеотидная замена
Заболевание
SLC26A4
c.2168A>G
Синдром Пендреда
SLC26A4
IVS7AS, A-G, -2
Синдром Пендреда
NPHS1
c.3325C>T
Нефротический синдром финского типа
В качестве мутаций, относящихся к категории (e) алгоритма отбора, можно привести следующие:
Ген
Нуклеотидная замена
Заболевание
MEFV
c.2080A>Т
Периодическая болезнь
MTND1
c.3460G>A
Атрофия зрительного нерва Лебера
GJB2
c.35delG
Нейросенсорная тугоухость
Микрочип отличается нуклеотидной последовательностью зондов, закрепленных на ДНК-микрочипе для прохождения реакции элонгации праймеров на чипе (англ. Arrayed Primer Extention - APEX). В ходе реакции амплифицированные и фрагментированные участки генома, содержащие анализируемые мутации, денатурируются и наносятся на ДНК-микрочип.
Заявленный ДНК-микрочип используется в составе комплекта (см. таблицу 3) для диагностики наследственных заболеваний, осуществляемой в несколько этапов:
1) Получение геномной ДНК человека непосредственно из клинического образца (цельной периферической или пуповинной крови, или эритроцитарной массы или другого биологического образца).
2) Амплификация участков ДНК, содержащих мутации и полиморфизмы с использованием специфично подобранных праймеров.
3) Очистка продуктов ПЦР.
4) Фрагментация продуктов ПЦР.
5) Гибридизация полученных одноцепочечных фрагментов на ДНК-микрочипе с последующим достраиванием зондов на один специфично-меченный флуоресцентным маркером нуклеотид в месте мутации. При этом в качестве матрицы используются образцы анализируемой ДНК.
6) Регистрация результатов анализа путем сравнения интенсивности свечения флуоресцентных сигналов, при облучении ДНК-микрочипа лазерами различной длины волны.
Проведение ПЦР и фрагментации ДНК
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) используется для амплификации (увеличения копийности) участков геномной ДНК, несущих целевые мутации или однонуклеотидные полиморфизмы (SNP).
Часть дТТФ заменяется в ПЦР-миксе на дУТФ, что обеспечивает возможность дальнейшей фрагментации с помощью Урацил N-Гликозилазы (UNG). Продукты ПЦР объединяют, концентрируют и очищают от не встроившихся дНТФ с помощью щелочной фосфатазы креветок (SAP). После обработки SAP и UNG образцы нагревают для инактивации ферментов и расщепления ДНК в месте встройки урацила. Фрагментация длинных продуктов ПЦР обеспечивает лучшую гибридизацию с комплементарными олигонуклеотидами, иммобилизованными на стекле.
Проведение реакции APEX
Непосредственно перед реакцией элонгации праймеров на чипе (англ. Arrayed Primer Extention - APEX) фрагментированные продукты ПЦР денатурируют и переносят в реакционной смеси на разработанный чип (массив олигонуклеотидов на стекле). Реакционная смесь содержит буфер, одноцепочечные ДНК, термостабильную ДНК-полимеразу и четыре различных, индивидуально меченных флуорофорами терминаторных нуклеотидов.
Матрицезависимая ДНК полимеразная реакция проводится при постепенно увеличивающейся температуре для того, чтобы минимизировать образования олигонуклеотидами нежелательных вторичных структур, кроме того, обеспечить эффективную гибридизацию с целевыми фрагментами ДНК и поддержать на высоком уровне активность полимеразы. После инкубации свободный и не присоединенный ковалентными связями материал отмывается, что обеспечивает наилучшее соотношение сигнал-шум.
Детекция
Обработанные слайды, несущие на себе массив олигонуклеотидов, прошедших реакцию APEX, сканируют в микрочиповом сканере Genorama QuattroImager™ (см. EP 1088214). Четыре лазера (поодиночке) используют для возбуждения разных красителей. Четыре хорошо спектрально разделенных красителя возбуждают с помощью полного внутреннего отражения лазерного луча в толще стеклянного слайда, работающего как световод. Свет, излучаемый флуорофорами в ответ на возбуждение, регистрируют с помощью ПЗС-камеры.
Поскольку для каждой реакции используют четыре различных красителя, для каждого микрочипа снимают четыре различных изображения излученного света. Каждый снимок соответствует своему красителю, соответственно отражает паттерн встраивания на чипе одного из четырех терминаторных нуклеотидов.
Анализ изображений и информации.
Сканирование сопровождается анализом с помощью Genorama Genotyping Software™ («лазерный диск для генотипирования») для перевода информации о паттерне флуоресценции в нуклеотидную последовательность. Сначала нормируются интенсивности сигналов соответствующих красителей нуклеотидов-терминаторов. Сравниваются интенсивности сигналов в каждой точке расположения олигонуклеотидов во всех четырех изображениях, и наиболее интенсивный сигнал интерпретируется как соответствующий нуклеотид. В зависимости от того, встраивание какого нуклеотида произошло в точке мутации, делают вывод о статусе ее носительства у конкретного пациента.
Таким образом, уникальный набор мутаций и полиморфизмов может быть генотипирован с помощью разработанного микрочипа.
Обеспечена высокая специфичность (98%) и чувствительность (96%) при использовании в составе комплекта данного микрочипа для генетической диагностики при помощи реакции элонгации праймеров на ДНК-микроматрицах.
Данный микрочип позволяет детектировать мутации и полиморфизмы, а также ассоциированные с ними наследственные моногенные заболевания и предрасположенности к мультифакторным заболеваниям, включая муковисцидоз в одном исследовании, приведенные в таблице 1. ДНК-микрочип сфокусирован на популяцию России и предназначен для диагностики наиболее частых мутаций, ассоциированных с наследственными заболеваниями, и наиболее частых полимофризмов, ассоциированных с предрасположенностью к мультифакторным болезням и распространенных на территории Российской Федерации.
Клинические примеры
Клинический пример 1.
Больная Р-ва. Материалом для скринингового исследования служил образец эритроцитарной массы пуповинной крови.
Нами было проведено молекулярно-генетическое типирование с помощью заявляемого ДНК-микрочипа на 216 мутаций.
С помощью предлагаемого ДНК-микрочипа у больной Р-вой была выявлена ассоциированная с галактоземией мутация в гомозиготной форме с.-119 del/del в гене GALT.
Клинический пример 2.
Больная К-ва. Материалом для скринингового исследования служил образец периферической крови.
Нами было проведено молекулярно-генетическое типирование с помощью заявляемого ДНК-микрочипа на 216 мутаций.
С помощью предлагаемого ДНК-микрочипа у больной К-вой была выявлена ассоциированная с наследственной нейропатией зрительного нерва Лебера мутация в митохондриальном геноме. m. 1527A в гене MTCYB.
Клинический пример 3.
Больной С-ян. Материалом для скринингового исследования служил образец эритроцитарной массы пуповинной крови.
Нами было проведено молекулярно-генетическое типирование с помощью заявляемого ДНК-микрочипа на 216 мутаций.
С помощью предлагаемого ДНК-микрочипа у больного С-яна была выявлена ассоциированная с периодической болезнью мутация в гомозиготной форме c.442C/C в гене MEFV.
ДНК-микрочип может применяться для молекулярно-генетической диагностики в больницах, клинико-диагностических лабораториях и научно-исследовательских институтах. Данные исследования позволят здоровым людям получить информацию о своих генетических особенностях для поддержания собственного здоровья, а также предупредить рождение в их семье детей с тяжелой наследственной патологией.
Таблица 1
Ген
Мутация (тривиальное название)
Нуклеотидная замена (по номенклатуре HGVS)
Аминокислотная замена (по номенклатуре HGVS)
Заболевание
CFTR
394deltt
c.262_263deltt
p.Leu88Ilefs*22
Муковисцидоз
CFTR
621+1G->T
c.489+1G>T
Муковисцидоз
CFTR
R334W
c.1000C>T
p.Arg334Trp
Муковисцидоз
CFTR
G551D
c.1652G>A
p.Gly551Asp
Муковисцидоз
CFTR
2184dela
c.2052dela
р. Lys684Asnf*38
Муковисцидоз
CFTR
2183AA->G
c.2051_2052delaai nsg
p.Lys684Serfs*38
Муковисцидоз
CFTR
2184insa
c.2052_2053insa
p.Gln685Thrfs*4
Муковисцидоз
CFTR
S1196X
c.3587C>G
p.Ser1196*
Муковисцидоз
CFTR
3849+10kbc->T
c.3717+12191C>T
Муковисцидоз
CFTR
N1303K
c.3909C>G
p.Asn1303Lys
Муковисцидоз
CFTR
I1005R
c.3014T>G
p.Ile1005Arg
Муковисцидоз
PAH
c.1222C>T
p.Arg408Trp
Фенилкетонурия
PAH
c.842C>T
p.Pro281Leu
Фенилкетонурия
PAH
IVS12+1g->a
c.1315+1G>A
Фенилкетонурия
PAH
c.473G>A
p.Arg158Gln
Фенилкетонурия
PAH
c.754C>T
p.Arg252Trp
Фенилкетонурия
PAH
c.1045T>C
p.Ser349Pro
Фенилкетонурия
PAH
c.1242A>G
p.Tyr414Cys
Фенилкетонурия
PAH
IVS10nt546
IVS10-11G>A
Фенилкетонурия
PAH
IVS4+5G>T
Фенилкетонурия
PAH
c.143T>C
p.Leu48Ser
Фенилкетонурия
PAH
c.1206C>T
p.Ala403Val
Фенилкетонурия
PAH
c.929C>T
p.Arg243*
Фенилкетонурия
PAH
c.781C>T
p.Arg261*
Фенилкетонурия
PTS
C.95A>G
C.94A>G
p.Ser32Gly
Фенилкетонурия III типа
PTS
C.216Т>A
C.216T>A
p.Asn72Lys
Фенилкетонурия III типа
PTS
c.318C>T
C.317C>T
p.Thr106Met
Фенилкетонурия III типа
GALT
c.584Т>С
c.584T>C
p.Leu195Pro
Галактоземия
GALT
c.384A>G
c.855G>T
p.Lys285Asn
Галактоземия
GALT
-119_-116delgtca
c.-119_-116delgtca
Галактоземия
GALT
IVS2-2A>G
c.253-2A>G
Галактоземия
FKRP
c.341C>G
p.Ala114Gly
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2I
CAPN3
C.550dela
p.Thr184fs*
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2A
CAPN3
c.598-612del15
p.Phe200_Leu204del
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2A
SGCG
c.87 dupt
p.Gly30Trpfs*30
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2С
SGCG
c.525delt
p.Phe175Leufs*20
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2C
SGCG
c.848G>A
p.Cys283Tyr
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2C
SGCB
c.377_384dupca gtagga
c.377_384dup8
p.Gly129Glnfs*2
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2E
SGCA
c.229C>T
p.Arg77Cys
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2D
SGCA
c.850C>T
p.Arg284Cys
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2D
MFN2
C.280C>T
p.Arg94Trp
Нейропатия Шарко-Мари-Тута 2A
LMNA
c.398G>T
p.Arg133Leu
Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1
LMNA
c.892C>T
p.Arg298Cys
Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1
LMNA
c.l411C>T
p.Arg471Cys
Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1
LMNA
c.1579C>T
p.Arg527Cys
Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1
GJB1
c.259C>G
p.Pro87Ala
Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX
GJB1
c.425G>A
p.Arg142Gln
Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX
GJB1
c.67C>T
c.64C>T
p.Arg22*
Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX
GJB1
c.277A>G
p.Met93Val
Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX
GDAP1
C.715C>T
p.Leu239Phe
SH3TC2
c.3325C>T
p.Arg1109*
Нейропатия Шарко-Мари-Тута 2H
FIG4
c.122T>C
p.Ile41Thr
Нейропатия Шарко-Мари-Тута 4J
FGD4
c.893T>G
p.Met298Arg
Нейропатия Шарко-Мари-Тута 4H
FGD4
c.893T>C
p.Met298Thr
Нейропатия Шарко-Мари-Тута 4H
IKBKAP
c.IVS20+6T>C
c.2204+6T>C
Семейная дисаутономия
IKBKAP
c.2087G>С
p.Arg696Pro
Семейная дисаутономия
BSCL2
Asn88Ser
c.455A>G
p.Asn152Ser
Спастическая параплегия Сильвера
TOR1A (DYT1)
IVS4+5g->t
c.748+5G>T
Торсионная дистония ДОФА-независимая
PNKD
c.66C>T
c.20C>T
p.Ala7Val
Пароксизмальная некинезиогенная дискинезия
PNKD
c.72C>T
c.26C>T
p.Ala9Val
Пароксизмальная некинезиогенная дискинезия
CLCN1
Gly190Ser
c.568_569GG>TC
p.Gly190Ser
Миотония Томсена
CLCN1
Ala493Glu
c.1478C>A
p.Ala493Glu
Миотония Томсена
CLCN1
c.2680C>T
p.Arg894*
Миотония Томсена
CLCN1
c.180+3A>T
Миотония Томсена
CLCN1
c.1261C>T
p.Arg421Cys
Миотония Томсена
CLCN1
C1649c>T
p.Thr550Met
Миотония Томсена
PEX7
c.875A>Т
p.Leu292*
Точечная хондродисплазия
SCN4A
c.3938C>T
p.Thr1313Met
Гиперкалиемический периодический паралич
SCN4A
c.2111C>T
p.Tyr704Met
Гиперкалиемический периодический паралич
SCN4A
c.2023C>G
p.Arg675Gly
Нормокалиемический периодический паралич
SCN4A
c.2006G>A
p.Arg669His
Гипокалиемический периодический параличи
NF1
c.1070T>C
p.Leu357Pro
Нейрофиброматоз I типа
NF1
c.2970delaat
c.2970del3
p.Met991del
Нейрофиброматоз I типа
ATP7B
c.3207C>A
p.H1069Q
Болезнь Вильсона-Коновалова
ATP7B
c.2906G>A
p.R969Q
Болезнь Вильсона-Коновалова
ATP7B
c.2299insc
c.2304insc
p.m769fs
Болезнь Вильсона-Коновалова
ATP7B
c.3532dela
p.t1178fs*
Болезнь Вильсона-Коновалова
TCIRG1
c.807+5G>A
Аутосомно-рецессивный остеопетроз
VHL
c.598C>T
Arg200Trp
Аутосомно-репессивный эритроцитоз
LAMA3
c.151insg
c.152dupg
Ларинго-онихо-кутанный синдром
NPHS1
Arg1109X
c.3205C>T
p.Arg1069X
Нефротический синдром финского типа
MEFV
c.2080A>T
p.Met694Leu
Периодическая болезнь
MEFV
c.1437C>G
p.Phe479Leu
Периодическая болезнь
MEFV
c.2282G>A
p.Arg761His
Периодическая болезнь
DHCR7
c.278C>T
p.Thr93Met
Синдром SLOS
DHCR7
c.453G>A
p.Trp151*
Синдром SLOS
DHCR7
c.452G>A
p.Trp151*
Синдром SLOS
DHCR7
c.976G>T
p.Val326Leu
Синдром SLOS
ACADM
c.985A>G
p.Glu304Lys
Дефицит MCAD
GBA
IVS2+1G>A
c.115+1G>A
Болезнь Гоше
GAA
IVS1AS-13T>G
c.-32-13T>G
Болезнь Помпе
GAA
c.271G>A
p.Asp91Asn
Болезнь Помпе
IDUA
c.296C>Т
c.208C>T
p.Gln70*
Болезнь Гурлера
HEXA
Ex11, 4bp INS
c.1278instatc
p.Tyr427fs
Болезнь Тея-Сакса
HEXA
IVS12+1G>C
c.1421+1G>C
Болезнь Тея-Сакса
HEXA
IVS9+1G>A
c.1073+1G>A
Болезнь Тея-Сакса
HEXA
c.1444G>A
p.Gly482Lys
Болезнь Тея-Сакса
SERPINA1
E342K, (Z mut)
c.1096G>A
p.Glu366Lys
Дефицит альфа-1-аминотрипсина
SERPINA1
c.792 A>T (S mut)
c.863A>T
p.Glu288Val
Дефицит альфа-1-аминотрипсина
SERPINA1
p.Met358Arg
c.1145T>G
p.Met382Arg
Дефицит альфа-1-аминотрипсина
RYR1
c.1840C>T
p.Arg614Cys
Злокачественная гипертермия
RYR1
c.1021G>A
p.Gly341Arg
Злокачественная гипертермия
RYR1
c.6502G>A
p.Val2168Met
Злокачественная гипертермия
CACNA1
c.3333G>A
p.Arg1086His
Злокачественная
S
гипертермия
ASPA
c.854A>C
p.Glu285Ala
Болезнь Кэнаван
SMPD1
p.Arg496Leu
c.1487C>T
p.Arg498Leu
Болезнь Нимана-Пика AB
SMPD1
Leu302Pro
c.911T>C
p.Leu304Pro
Болезнь Нимана-Пика AB
SMPD1
c.1267C>T
p.His423Tyr
Болезнь Нимана-Пика AB
LCT
c.-13910C>T
c.1917+326C>T
Непереносимость лактозы
POLG
c.2243G>C
p.Trp748Ser
Синдром истощения митохондриально и ДНК
POLG
c.752C>T
p.Thr251Ile
Синдром истощения митохондриально и ДНК
SURF1
c.845-846 delct
p.Ser282fs
Синдром Лея
SURF1
326insAT delTCTGCCAGCC
c.311-321del10ins2
p.Leu105*
Синдром Лея
MTTL1
c.3252A>G
c.3252A>G
Синдром MELAS
MTND5
c.13730A
c.13730A
Атрофия зрительного нерва Лебера
MTND1
c.3460G>A
c.3460G>A
Атрофия зрительного нерва Лебера
MTND4
c.11778G>A
c.11778G>A
Атрофия зрительного нерва Лебера
MTND4L
c.10663T>C
c.10663T>C
Атрофия зрительного нерва Лебера
MTND6
c.14459G>A
c.14459G>A
Атрофия зрительного нерва Лебера
MTCO3
c.9438G>A
c.9438G>A
p.Gly78Ser
Атрофия зрительного нерва Лебера
MTCO3
c.9804G>A
c.9804G>A
p.Ala200Thr
Атрофия зрительного нерва Лебера
ABCA4 (ABCR)
c.2588G>C
p.Gly863Ala
Болезнь Штаргардта 1 типа
ABCA4 (ABCR)
c.3113C>T
p.Ala1038Val
Болезнь Штаргардта 1 типа
ABCA4 (ABCR)
c.5882G>A
p.Gly1961Glu
Болезнь Штаргардта 1 типа
OPA1
c.1334G>A
p.Arg445His
Атрофия зрительного нерва с глухотой
OPA1
Tyr582Cys
c.1756A>G
Tp.yr619cys
Атрофия зрительного нерва с глухотой
COCH
c.208C>T
p.Pro51Ser
Аутосомно-доминантная глухота
GJB2
35delg
c.31_35delg
p.Gly12fs
Наследственная тугоухость
GJB2
IVS1+1G>A (-3201G>A)
c.-23+1G>A
Наследственная тугоухость
GJB2
312_325del14
c.313_326del14
p.Arg104fs
Наследственная тугоухость
SLC26A4
c.1246A>C
p.Thr416Pro
Синдром Пендреда
SLC26A4
c.2168A>G
p.His723Arg
Синдром Пендреда
SLC26A4
IVS7AS, A-G, -2
c.919-2A>G
Синдром Пендреда
SLC26A4
c.1151A>G
p.Glu384Gly
Синдром Пендреда
ADA
c.631C>T
p.Arg211Cys
Дефицит аденозин-дезаминазы
HBB
c.25_26delaa
p.Lys9fs*
Бета-талассемия
HBB
IVS-II-1 (G->A)
c.315+1G>A
Бета-талассемия
HBB
IVS-I-110 (G->A)
c.93-21G>A
Бета-талассемия
HBB
IVS-I-6 (T->C)
c.92+6T>C
Бета-талассемия
HBB
Codon 44 (-C)
c.135delc
p.Ser45fs*
Бета-талассемия
HBB
IVS-II-745 (C->G)
c.316-106C>G
Бета-талассемия
HBB
Codons 8/9(+G)
c.27_28insg
Бета-талассемия
HBB
IVS-I-1 (G->A)
c.92+1G>A
Бета-талассемия
ABCD1
c.1411_12insa
p.Gln472fs*555
Адренолейкодистрофия
ABCD1
Arg617His
c.1520G>A
p.Arg617His
Адренолейкодистрофия
ABCD1
c.1553G>A
p.Arg518Gln
Адренолейкодистрофия
ABCD1
c.1661G>A
p.Arg554His
Адренолейкодистрофия
ABCD1
Arg660Trp
c.19780Т
p.Arg660Trp
Адренолейкодистрофия
HMBS
c.499C>T
p.Arg167Trp
Острая перемежающаяся порфирия
HMBS
c.518G>A
p.Arg173Gln
Острая перемежающаяся порфирия
HMBS
c.331G>A
p.Gly111Arg
Острая перемежающаяся порфирия
KCNQ1
IVS1+1G>A
386+1G>A
LQT синдром
PRNP
c.598G>A
p.Glu200Lys
Наследственные прионные болезни
SLC26A2
c.835C>T
p.Arg279Trp
Диастрофическая дисплазия
FLG
4-BP DEL, 2282CAGT
c.2282 del4
p.Val762fs*
Ихтиоз вульгарный
PKHD1
c.107C>T
p.Thr36Met
Поликистоз почек аутосомно-рецессивный
LMNA
c.1445G>A
p.Arg482Gln
Семейная частичная липодистрофия, тип Данниган
LMNA
c.1445G>T
p.Arg482Leu
Семейная частичная липодистрофия, тип Данниган
LMNA
c.1751G>A
p.Arg584His
Семейная частичная липодистрофия, тип Данниган
AGT
c.803T>C
p.Met268Thr
Предрасположенность к поздним гестозам
FGB
c.-467G>A
c.-463G>A
Предрасположенность к инсульту
FGB
c.-156C>T
Предрасположены ость к инсульту
F2
c.*97G>A
G.25313G>A
Предрасположенность к тромбофилии
F5
c.1601G>A
p.Arg534Gln
Предрасположенность к тромбофилии
MTHFR
c.665C>T
p.Ala222Val
Предрасположенность к тромбофилии
MTR
c.2756A>G
p.Asp919Gly
Предрасположенность к тромбофилии
CALCR
Pro447Leu
c.1442T>C
p.Leu481Pro
Предрасположенность к остеопорозу
GSTP1
c.313A>G
p.Ile105Val
Регуляция детоксикации ксенобиотиков
NAT-2
c.341T>C
p.Ile114Thr
Регуляция детоксикации ксенобиотиков
NAT-2
c.481C>T
p.Leu161Leu
Регуляция детоксикации ксенобиотиков
NAT-2
c.590G>A
p.Arg197Gln
Регуляция детоксикации ксенобиотиков
CYP2C9
c.817dela
p.Lys273fs*
Регуляция метаболизма варфарина
CYP4F2
c.1297G>A
p.Val433Met
Регуляция метаболизма варфарина
GGCX
c.2084+45G>C
Регуляция метаболизма варфарина
NOD2
c.2722G>C
p.Gly908Arg
Болезнь Крона
NOD2
c.3019_3020insc
p.Leu1007fs*
Болезнь Крона
DLG5
c.419G>A
p.Arg140Gln
Болезнь Крона
ALDH2
c.1510G>A
p.Glu504Lys
Регуляция метаболизма алкоголя
ADH1B
c.143A>G
p.His48Arg
Регуляция метаболизма алкоголя
OPRM1
c.118A>G
p.Asn40Asp
Регуляция метаболизма опиатов
ANKK1
c.2137G>A
p.Glu713Lys
Регуляция метаболизма опиатов
HFE
c.187C>G
p.His63Asp
Гемохроматоз
HFE
C.845G>A
p.Cys282Tyr
Гемохроматоз
CSTB (STFB)
Болезнь Унферрихта-Лундборга
FGFR2
c.1025G>A
p.Cys342Tyr
Синдром Крузона
FGFR2
c.758C>G
p.Pro253Arg
Синдром Пфайфера
BTD
c.98_104delGCGGCTGINSTCC
c.98_104delGCGGCTGinsTCC
p.Cys33fs*
Дефицит биотинидазы
BTD
C.16120Т
p.Arg538Cys
Дефицит биотинидазы
BTD
c.511G>A
p.Ala171Thr
Дефицит биотинидазы
PPT1
c.364A>T
p.Arg122Trp
Нейрональный цероидный липофусциноз 1 типа
DYSF
c.855+1delg
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.937+1G>A
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.1566C>G
p.Tyr522*
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.3373delg
p.Glu1125Lysfs*9
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.4872_4876delins cccc
p.Glu1624Aspfs*9
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.5979dupa
p.Glu1994Argfs*3
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.6124C>T
p.Arg2042Cys
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
DYSF
c.200_201delinsat
p.Val67Asp
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
CFTR
c.276G>C
p.Glu92Asp
Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B
CSTB (STFB)
c.del313-314
c.del313-314
Болезнь Унферрихта-Лундборга
CCR5
Delta_32
Delta_32
Регуляция проникновения ВИЧ в клетку
CCR5
c.303T>A
c.303T>A
p.Cys101*
Регуляция проникновения ВИЧ в клетку
CCR5
c.-22459A>G
c.-22459A>G
Регуляция проникновения ВИЧ в клетку
SRY1 (sy14)
del SY14
Мужское бесплодие
AZFC
Sy254
del SY254
Мужское бесплодие
AZFA
Sy84
del SY84
Мужское бесплодие
AZFB
Sy1237
del SY1237
Мужское бесплодие
AZFB
SY1235
del SY1235
Мужское бесплодие
AZFB
SY1302
del SY1302
Мужское бесплодие
AZFA
SY1316
del SY1316
Мужское бесплодие
AZFC
Sy1196
del SY1196
Мужское бесплодие
AZFC
Sy1191
del SY1191
Мужское бесплодие
AZF
SRY1-6
del SY1-6
Мужское бесплодие
AZFC
Sy1125
del SY1125
Мужское бесплодие
AZFC
Sy1206
del SY1206
Мужское бесплодие
Таблица 2
Последовательность зондов, закрепленных на ДНК-микрочипе.
Ген
Нуклеотидная замена (по номенклатуре HGVS)
Смысловой зонд для реакции APEX
Антисмысловой зонд для реакции APEX
CFTR
c.262_263delTT
ATGTTTTTTCTGGAGATTTATGTTCTATGGAATCTTT
TGAATGTACAAATGAGATCCTTACCCCTAAATATAAA
CFTR
c.489+1G>T
CAGATGAGAATAGCTATGTTTAGTTTGATTTATAAGAAG
ATGGGGCCTGTGCAAGGAAGTATTA
CFTR
c.1000C>T
CCAAGTTTGCAGAGAAAGACAATATAGTTCTT
AATGAGATGGTGGTGAATATTTTCC
CFTR
c.1652G>A
GAAGGTGGAATCACACTGAGTGGAG
TGCTAAAGAAATTCTTGCTCGTTGA
CFTR
c.2052delA
CTGTCTCCTGGACAGAAACAAAAAA
CAAACTCTCCAGTCTGTTTAGAAGATTG
CFTR
c.2051_2052delA AinsG
GCTCCTGTCTCCTGGACAGAAACAAAAA
CAAACTCTCCAGTCTGTTTAAAAGATTG
CFTR
c.2052_2053insA
TGTCTCCTGGACAGAAACAAAAAAA
CTCTCCAGTCTGTTTAAAAGATTGTTTTTTT
CFTR
c.35870G
CAACTCTCGAAAGTTATGATTATTGAGAATT
CCAGATGTCATCTTTCTTCACGTGT
CFTR
c.3717+12191C>T
TCCATCTGTTGCAGTATTAAAATGG
CATTTCCTTTCAGGGTGTCTTACTC
CFTR
c.3909C>G
GAAAGTATTTATTCTTTCTGGAACATTTAGAAAAAA
CACTCCACTGTTCATAGGGATCCAA
CFTR
c.3014T>G
TTGTTATTAATTGTGATTGGAGCTA
GGGTTCTAAAACTGCGACAACTGCT
PAH
c.1222C>T
TAGGAACTTTGCTGCCACAATACCT
GTCGTAGCGAACTGAGAAGGGCC
PAH
c.842C>T
GATTTCTTGGGTGTCCTGGCCTTCC
GTCTGATGTACTGTGTGCTGTGGAAGACT
PAH
c.1315+1G>A
GCTTAAGATTTTGGCTGATTCCATTAACA
GAGTGGCCTCGTCAGGTGTAAATTACTTA
PAH
c.473G>A
AAAGATCCTGTGTACCGTGCAAGAC
GTAGGCAATGTCAGCAAACTGCTTC
PAH
c.754C>T
TGGCTGGCCTGCTTTCCTCT
CACGCCACCCAAGAAATCCC
PAH
c.1045Т>С
GGATATGGTGCTGGGCTCCTG
GGTCATACCTGTAATTCACCAAAGGATG
PAH
c.1242A>G
TCGGCCCTTCTCAGTTCGCT
AATCCTTTGGGTGTATGGGTCG
PAH
IVS10-11G>A
TGATCCTGATTTAACAGTGATAATAACTTTTCACTT
TTCTCTGATAAGCAGTACTGTAGGCCC
PAH
IVS4+5G>T
GCAAGACGGAAGCAGTTTGCTGGTGA
ATCTCATCCTACGGGCCATGGA
PAH
c.143Т>С
CTCACTCAAAGAAGAAGTTGGTGCAT
CTCAAATAAGCGCAATACTTTGGCC
PAH
c.1206C>T
CATGAAAAGTACTGTGGCTACCATGAA
AGGGCCGAGGTATTGTGGCA
PAH
c.929C>T
CCCAGCTTGCACTGGTTTCCGCCTC
GAGGAAAGCAGGCCAGCTACAGGTC
PAH
c.781C>T
TTCTTGGGTGTCCTGGCCTTC
TGATGTACTGTGTGCAGTGGAAGACTC
PTS
c.94A>G
TGACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCAGTAAATTTCTA
CCAAACAGTTTCAAGTTTTCTTCATCAC
PTS
c.216Т>A
CCTGCTACGGGAATGGTTATGAA
ACGTCCATATATTTTTTGAGATCAGCCAG
PTS
c.317C>T
TTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTCTTATAGCA
TCCCACATATAAACAGCTACATTTTCAGTC
GALT
c.584T>C
ACAGGTATGGGCCAGCAGTTTCC
CCTCACACTGGGCAATATCTGGC
GALT
c.855G>T
CCATCATGAAGAAGCTCTTGACCAA
GAAAGGACGTCTCAAAGAGGTTGTCATA
GALT
c.-119_-116delGTCA
CAGGGCAGCCCAGTCAGTCA
TGACCAGCCGCCAGCACG
GALT
c.253-2A>G
GTGCTTCTAGCCTATCCTTGTCGGT
GTGCTATCGTACTGGGGATTCACC
FKRP
c.341C>G
TGAACCGGCCAGCCGCAG
TAGGTCTCCGGGCGCGAG
TGGACCGGCAAGCCGCAG
CAPN3
c.550delA
GTGGTTATAGATGACTGCCTGCCA
GGTGAAAACCAGTTGATTGTTGTACGT
CAPN3
c.598-612del15
CAAGTCCAACCACCGCAATGAG
GCTTACTTAGCATAAGCCTTCTCCAGC
SGCG
c.87 dupT
TTTTGTTTAGGGCCTGAAGGGGCTCTTTT
CAAGGGGTGTCTCCACTGAATGTTCAAAA
SGCG
c.525delT
GAGAATCAGTATGTCTACAAAATTGGCATTTAT
AGACAGCGCTTTCTCCAGCCA
SGCG
c.848G>A
CCGGTGTGAGCACCACGT
CAGATGTGGTTGTGCTCCTGG
SGCB
c.377_384dup8
ATCCACCCTGTTTATAAAAGCACAGTAGGA
AATTTTCATTTCGCCTTCCTCCTACTGT
SGCA
c.229C>T
GACCTGCCCCGGTGGCTC
GGCTGCGGTGGGTGTAGC
SGCA
c.850C>T
ACCCACTGAGGCCCCAGAC
CCAGAGCATCCACCAAGAAGTCAC
MFN2
c.280C>T
AGAAGCATCAGTGAGGTGCTGGCTC
AAACCCACTTTCATGTGCCTCC
LMNA
c.398G>T
TGACCTGATAGCTGCTCAGGCTC
AGACCCTCCAGGTCCTTCAGC
LMNA
c.892C>T
CTGCAGCAATCGCGCATC
GCCAGAGAGGCTGTCGATGC
LMNA
c.1411C>T
CATGGGGAATTGGCAGATCAAG
CAAGGGATCATCTCCATTCTGGC
LMNA
c.1579C>T
GGGCTGCGGGAAAAGCCTG
CAGTGGAGTTGATGAGAGCCGTAC
GJB1
c.259C>G
TGCAGCTCATCCTAGTTTCCACC
CATGGCGACGAGGAGAGCTG
GJB1
c.425G>A
CTATGTCATCAGCGTGGTGTTCC
ATGAAGACGTCCTCAAACAACAGC
GJB1
c.64C>T
CGGCATTCTACTGACATTGGC
GATGAAGATGACCGAAAGCCATACTC
GJB1
c.277A>G
CCAGCTCTCCTCGTGGCC
GCTGGTGAGCCACGTGCA
GDAP1
c.715C>T
GAAGAGGGCGAGCAACCTTGG
AGGGTGAAGGATTCACCGCAGA
SH3TC2
c.3325C>T
ACAGGCATCATGCAGTCGAGTACTAC
GCAAACTGCACAGCTTGCACTTACTC
FIG4
c.122T>C
GCAGAAACGAAATATCGTGTGTTGAAGA
TGACCAAATCTTTTGGTTCTGTTCTATCA
FGD4
c.893T>G
TCAGAAATTGGCACCATTCCTTAAGA
GCATTATCAAATCCTTTCACATATTCTCCATAC
FGD4
c.893T>C
TCAGAAATTGGCACCATTCCTTAAGA
GCATTATCAAATCCTTTCACATATTCTCCATAC
IKBKAP
c.2204+6T>C
ATTCGGAAGTGGTTGGACAAGTAAG
AACTAGTCGCAAACAGTACAATGGC
IKBKAP
c.2087G>C
CTGCGGAAAGTGGAGAGGGGTTCAC
GTCCTGGGGCACAACAGTGACAATC
BSCL2
c.455A>G
TCTGCTCCTTCCCTGTTGCCA
GTCCACCCTTAGTCAGCGAGACA
TOR1A (DYT1)
c.748+5G>T
GTGTCGGTTTTGAATAACAAGAACAGTGA
CAGGCGGTGGATGGCCCTA
PNKD
c.20C>T
CATGGTGGCGGTGGTAGCTG
CGGCCCTTCAGCGCCGTA
PNKD
c.26C>T
CGGCGTTGGTAGCTGCTACGG
GCCCCCCGGACCTTCAGC
CLCN1
c.568_569GG>TC
CACATAATCTTTCAACGCTTTTAGGCTCT
GATGTATTGTCTTCATTTCGGGGATT
CLCN1
c.1478C>A
CTTCCTTTTATCTTCCCTCTAGGAGCTG
CATGATTTCTCCTACCAGCCTTCCAAAT
CLCN1
c.2680C>T
AGCTTCCGGAACACGACTTCAACT
GCAGGTGCCCCGGTACTCTTTC
CLCN1
c.180+3A>T
AACGTCCAGCCCACACAGGT
CTCCCCTCTCCCCTTAGAGCACTT
CLCN1
c.1261C>T
CTTCCTCTCCCAGTTGATGCCC
GTCAAACAAAGTACTGATGGCTTCGC
CLCN1
c1649C>T
CACAGCTGTGATTTGCATCGAATTAA
CAGCATGTGAGCAATCTGACCC
PEX7
c.875A>T
TGGAGCATCATACAGAGTTTACTTGTGGTT
TGAGTGGGGCTCTGAATACTGAAGTCT
SCN4A
c.3938C>T
TACTTAGGGGGGAAAGACATCTTTATGA
TCATGTCGTTATAGTATTTCTTCTGTTCCTCC
SCN4A
c.2111C>T
GGGGCGCTGGGTAACCTGA
AACACGATGATAGCCAGCACCAGC
SCN4A
c.2023C>G
CCTCCCTGCTTGGCAGCTG
CGACTTGACCAGCTTGAAGACCC
SCN4A
c.2006G>A
CCAACATACAGGGACTGTCTGTGCTAC
GGTTTTGTGTACCAGACGGAAGGAG
NF1
c.1070T>C
TTTTCTGTTGGGGTTTTTATAGAACCTGC
CCTCTTGAGAATGGCTTACTTGGATTAAAA
NF1
c.2970del3
CATCTAGGGCAAGCTAGCATTGAAAC
AGTAGAATGCTTACCTGACCAGATTTAACATC
ATP7B
c.3207C>A
GACTGCGGAGGCCAGCAGTGAACA
TGGTGACTGCCACGACCAAGGG
ATP7B
c.2906G>A
CACATCTCCCAGACAGAGGTGATCATCC
CGTGATGGACGTCTGGAAAGCAAAC
ATP7B
c.2304insC
ACATTCTTCGACACGCCCCCC
AATGAACACAAAGAGCATGGGGGG
ATP7B
c.3532delA
GACAGACCACGAGATGAAAGGACAG
GTCAATAGCCACAAGGATGGCTG
LAMA3
c.152dupG
GTCAAAGTCAACTGCAAGCGAGTTATG
GTTACCTGGCTGGGTCTAAACTCCAC
NPHS1
c.3205C>T
TCATCCTGGAAGGTTGGAAGAGGAC
GGCTCTCCTCATATTCGTTCCTGACTC
MEFV
c.2080A>T
GAATGGCTACTGGGTGGTGATAATG
GACGCCTGGTACTCATTTTCCTTCA
MEFV
c.1437C>G
ACTTCCTGGAGCAGCAAGAGCATTT
CCACGTCCTCCAGTGAGGCCACAAA
MEFV
c.2282G>A
CAACCTATCTTCAGCCCTGGGACAC
AGGAGCTGTGTTCTTCCCTCCATCA
DHCR7
c.278C>T
ATCTGGGCCAAGACTCCACCTATAA
GGTATAGATCTGGGCGGCTTTCCTC
DHCR7
c.453G>A
ATTAGATCAATGGCCTGCAAGCCTG
AAACCAGAGCAGGTGCGTGAGGAG
DHCR7
c.452G>A
TATCAGATCAACGGCCTGCAAGCCT
AACCAGAGCAGGTGCGTGAGGAGC
DHCR7
c.976G>T
GCCCCCTAGGGTCTGTACTTG
CAGCTGCACGGGGTGGTACA
ACADM
c.985A>G
ATTTATGCTGGCTGAAATGGCAATG
CTCTCTGGTAACTCATTCTAGCTAGTTCAACTT
GBA
c.115+1G>A
CTTCAGGCAGTGTCGTGGGCATCAG
CCTCCCCACTGCCTTGACTCACTCA
GAA
c.-32-13T>G
CTCCCTGCTGAGCCCGCTT
TCCTACAGGCCTGCGGGAGAAG
GAA
c.271G>A
CCCCCCCAACAGCCGCTTC
GCCTTGTCAGGGGCGCAAT
IDUA
c.208C>T
TGACCAGTACTTCCTCAGCTGGGAC
CACATAGGCGAGGTTGAGCTGCT
HEXA
c.1278insTATC
GCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATC
TCCTTCCAGTCAGGGCCATAGGATA
HEXA
c.1421+1G>C
ACACAAACCTGGTCCCAAGGCTCTG
CCACCTCCCCCCCGAAAACCCTTA
HEXA
c.1073+1G>A
AGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGAC
GACCCCACCCACCCTCCTTCCTTCCTCA
HEXA
c.1444G>A
CCAGAGCAGGTGCTGTTGCC
GTCTACTTGTTGCTCCACAGCCTTT
SERPINA1
c.1096G>A
TGCATAAGGCTGTGCTGACCATCGAC
CCCCAGCAGCTTCAGTCCCTTTCT
SERPINA1
c.863A>T
TGATGAGGGGAAACTACAGCACCTGG
TTGGTGATGATATCGTGGGTGAGTTCATTT
SERPINA1
c.1145T>G
GCCATGTTTTTAGAGGCCATACCCA
GAACTTGACCTCGGGGGGGATAGAC
RYR1
c.18400T
CAGTGTGTGTGTAATGGTGTGGCTGTA
AGTTCTCAGTAATAAGATCTTGGTTGGAGC
RYR1
c.1021G>A
TGGGCCCCCCTGAGATCAAGTAC
CTGCACCAAGCACAGTGACTCCC
RYR1
c.6502G>A
CAAATCCGCTCGCTGCTCATC
TCCTGGGGGCCCATCTGCA
CACNA1S
c.3333G>A
ACCTGTCCTCTTGTATGTGTCACAGC
CTTTCAGGGCATACTGTACACATTGG
ASPA
c.854A>C
ACCGTGTACCCCGTGTTTGTGAATG
TTCTTTCTTTTCGTAATATGCGGCC
SMPD1
c.1487C>T
CAGCCCCACATCCTTGCAAGTTACC
GGAGTAGTTTCCATCTATTTGGTACACA
SMPD1
c.911T>C
GGCCCTGACCACCGTCACAGCAC
CACTGGCCCCAGGAACTTCCTCACA
SMPD1
c.1267C>T
TGATTACGATCCTTAATTCTCCCTACTAGGTG
CCTGGGGGAATGTGGCCAATTATAT
LCT
c.1917+326C>T
TGCGCTGGCAATACAGATAAGATAATGTAG
GAGGAGAGTTCCTTTGAGGCCAGGG
POLG
c.2243G>C
GACGTGGACATCCCTGGCTGCT
ACCTTGTGAGGCAGCTTGAAAAAC
POLG
c.752C>T
CCTCATCCCCCTGGAGGTCCCTA
GGGTGGGGCTGCTTGCACCA
SURF1
c.845-846 delCT
TTGCTTTCAACCCCTAGGTATGGACTCT
AAACCACAGGTAGGATGTAGCTGCAGAG
SURF1
c.311-321del10ins2
GAGTTCTGGCTGAGCCTGTCCC
GGGGCAGCCATGCACTCACTC
MTTL1
c.3252A>G
TTTGTTAAGATGGCAGAGCCCGGTA
ACCTGTGACTGTAAAGTTTTAAGTTTTATGCGA
MTND5
c.13730A
CAGCCGGAAGCCTATTCGCAG
CGGGGGAAATGTTGTTAGTAATGAGAAAT
MTND1
c.3460G>A
GGGCTACTACAACCCTTCGCTGAC
GGGGCTCTTTGGTGAAGAGTTTTATGG
MTND4
c.11778G>A
AAACTCAAACTACCAACGCACTCACAGTC
TTTGAAGTCCTTGAGAGAGGATTATGATG
MTND4L
c.10663Т>С
TAGCCAATATTGTGCCTATTGCCATACTAG
TGTTTCGCAGGCGGCAAAG
MTND6
c.14459G>A
ATGCCTCAGCATACTCCTCAATAGCCATC
GGAATGATGGTTGTCTTTGGATATACTACAG
МТСО3
c.9438G>A
ACCACACACCACCTGTCCAAAAA
TAATAAATAGGATTATCCCGTATCGAAGGC
МТСО3
c.9804G>A
GCATCTCCGGCTCAACATTTTTTGTA
TGAAGTCCGTGGAAGCCTGTGG
ABCA4 (ABCR)
c.2588G>C
CGTTCGACTTTCTCTGTTTATTTGTCTCTATTTTTAG
CCAAGGAAGTGGGGTTCCATAGTCT
ABCA4 (ABCR)
c.3113C>T
CCCAGCTGAAAGGAAAGTCCCAGGAGGAGG
CAACATGGCTTCCATCTCAAGCTGG
ABCA4 (ABCR)
c.5882G>A
CCAGCCCAGCAGTGGAGAGGCTGTGTGTCG
AGTACCCACCTCTCCAGGGCGAACT
OPA1
c.1334G>A
TCAAATGGATCTGTGGATGCTGAAC
ATTTGCCTGACCAAGTCTGTAACAATACTG
OPA1
c.1756A>G
TTTTAACCTTGAAACTGAATGGAAGAATAACT
TCAAGTTACCGCAGGCGAGGA
TCIRG1
c.807+5G>A
AGCTAGGAGCTGCAGGAGGTGG
TCCGGAAGGCCGGGGGCA
VHL
c.598C>T
CCAAATGTGCAGAAAGACCTGGAG
AATGCGCTCCTGTGTCAGCC
СОСН
c.208C>T
GGAAAGAGAAAACAGATGTCCTCTGC
CCTCAAGAGGGAAGCCCCCTG
GJB2
c.31_35delG
GGCACGCTGCAGACGATCCTGGGGG
GTGGAaTGTTTGTTCACACCCCC
GJB2
c.-23+1G>A
CCGCCaCGCTTCCTCCCGACGCAG
GCAGTCCGGGGCCGGCGGGCTCA
GJB2
c.313_326del14
CTACCGGAGACATGAGAAGAAGAGG
GATGTCCTTAAATTCACTCTTTATCTCCCC
SLC26A4
c.1246A>C
CCGCACaGCCGTCCAGGAGAGC
GTTCCTACCTGTGTCTTTCCTCCAG
SLC26A4
c.2168A>G
GAAAGGACACATTCTTTTTGACGGTCC
CACTTGGTTCTGTAGATAGAGTATAGCATCA
SLC26A4
c.919-2A>G
GAGTTTTTAACATCTTTTGTTTTATTTC
TATGAAATGGCAGTAGCAATTATCGTC
SLC26A4
c.1151A>G
CGTTGTCATCCAGTCTCTTCCTTAGG
TGCTGATCCCAAAGGCAATGAAT
ADA
c.631C>T
AGGCTTTGAAGAGCGGCATTCAC
CCTCCCCGGCGTGGACAGTAC
HBB
c.25_26delAA
TGGTGCATCTGAATCCTGAGGAG
CCCACAGGGCAGTAACGGCAGAC
HBB
c.315+1G>A
GCACGTGGATCTTGAGAACTTCAGG
AAACATCAAGGGTCCCATAGACTCA
HBB
c.93-21G>A
GCACTGACTCTCTCTGCCTATT
GCAGCCTAAGGGTGGGAAAATAGAC
HBB
c.92+6T>C
GGTGGTGAGGCACTGGGCAGGTTGG
CTTAAACCTGTCTTGTAACCTTGAT
HBB
c.135delC
CTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTC
ATCAGGAGTGGACAGATCCCCAAAG
HBB
c.316-106C>G
TTCATATTGCTAATAGCAGCTACAATCCAG
TCCCAACCATAAAATAAAAGCAGAATGGTA
HBB
c.27_28insG
ACCATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAG
ACCTTGCCCCACAGGGCAGTAACGGCAGAC
HBB
c.92+1G>A
AAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAG
ACCTGTCTTGTAACCTTGATACCAA
ABCD1
c.1411_12insA
GGCCAGGTGGTGGATGTGGAA
TGTTCTCGCAGATGATCCCCTGTT
ABCD1
c.1520G>A
AAGCAGAGAATCGGCATGGCCC
GGAGTGCTCACCTGTGGTAGAACATG
ABCD1
c.1553G>A
TGCAGCAAGAGCTCCCTGTTCC
GCCAGAGCCCACCCAGGATC
ABCD1
c.1661G>A
CCTACATGTCTGTGGGCTCCCTGC
GAGTCCGGGTAGATCACCTGGTCA
ABCD1
c.1978C>T
GCCCTGCTCTCCATCACCCAC
GCACCTACCACAGGGAGGGCC
HMBS
c.499C>T
CTGTGGTCTTTAGCAACTCTCCACAG
GCCGTGTGTTGAGGTTTCCCC
HMBS
c.518G>A
CAGCGGAGAAACCTCAACACCC
CTGCTCGTCCAGTTTCCGAAGC
HMBS
c.331G>A
TGCTTCCTCCTGGCTTCACCATC
GCAAGACTCTTACTTGCAGATGGCTC
KCNQ1
386+1G>A
TGCTTCGTTTACCACTTCGCCGT
TCGCCGGTGGCGATACTCA
PRNP
c.598G>A
CACCAAGGGGGAGAACTTCACC
CGCTCCATCATCTTAACGTCGGTCT
SLC26A2
c.835C>T
CAAATATCTTCTTGGGCTCAACCTTCCT
ATGAGTGAGCCCACACCATTAGTCC
FLG
c.2282 del4
GGGACATTCAGAAGACTCAGACACACAGT
AGCCTGTCTATGGCCTGACACTG
PKHD1
c.107C>T
AAGAAGGTAGCCTTGCAGGGGGAA
CCTACCATCAAAAATGACTGTGATCCAC
LMNA
c.1445G>A
GAATGTAGATGATCCCTTGCTGACTTACC
TCAGGGTGAACTTTGGTGGGAAC
LMNA
c.1445G>T
GAATGTAGATGATCCCTTGCTGACTTACC
TCAGGGTGAACTTTGGTGGGAAC
LMNA
c.1751G>A
GCTGAGTACAACCTGCGCTCGC
AGGTCCCGCACAGCACGGTG
AGT
c.803T>C
TGGAAGACTGGCTGCTCCCTGA
GGTGCTGTCCACACTGGCTCCC
FGB
c.-463G>A
GATAAACACATGATGATATAACATTACTATTGATTTTAAT
ACAATGACATAATTCTATTTCAAAAGGGGC
FGB
c.-156C>T
AGACCAACAAAGAATAATAGTTGTATGACAAGTAAATAAG
TCATTTAAGCAACATCTTCCCAGCAAA
F2
g.25313G>A
TATGGTTCCCAATAAAAGTGACTCTCAGC
GAATAGCACTGGGAGCATTGAGGCT
F5
c.1601G>A
TGTAAGAGCAGATCCCCGGACAGGC
TTACTTCAAGGACAAAACACCTGTATTCCT
MTHFR
c.665C>T
TTGAAGGAGAAGGTGTCTGCGGGAG
CAAAGAAAAGCTGAGTGATGATGAAATCG
MTR
c.2756A>G
AAATCATGGAAGAATATGAAGATATTAGACAGG
CTACCACTTACCTTGAGAGACTCATAATGG
CALCR
c.1442T>C
CCAATTTACATCTGCCATCAGGAGC
TTGGTTGTTGGCTGGTTCATTCCTC
GSTP1
c.313A>G
GGAGGACCTCCGCTGCAAATAC
TCACATAGTTGGTGTAGATGAGGGAGA
NAT-2
c.341T>C
TCACCTTCTCCTGCAGGTGACCA
CGACAATGTAATTCCTGCCGTCA
NAT-2
c.481C>T
TGCTTGACAGAAGAGAGAGGAATCTGGTAC
ACTGCTCTCTCCTGATTTGGTCCA
NAT-2
c.590G>A
CACCAAAAAATATACTTATTTACGCTTGAACCTC
AGGTATGTATTCATAGACTCAAAATCTTCAATTGTT
CYP2C9
c.817delA
GATTGCTTCCTGATGAAAATGGAGA
GCGGTCACATAACTAAGCTTTTGTTTACATTTTACCT
CYP4F2
c.1297G>A
CGGAACCCATCACAACCCAGCT
ACCTCAGGGTCCGGCCACA
GGCX
c.2084+45G>C
TTGTCATTGACATCATATGTTGGCAA
CTCTCCCCAGGGGAAAGTTACCAAG
NOD2
c.2722G>C
GACTCTTTTGGCCTTTTCAGATTCTGG
CCCTCGTCACCCACTCTGTTGC
NOD2
c.3019_3020insC
AAGCCCTCCTGCAGGCCC
GATGGTGTCATTGCTTTCAAGGG
DLG5
c.419G>A
CACCACCCCTCCTCACTGACC
GGTTCTCCACCTTCTCATTCACTTGC
ALDH2
c.1510G>A
GAGTACGGGCTGCTGGCATACACT
AGGTCCCACACTCACAGTTTTCACTT
ADH1B
c.143A>G
TCTGTAGATGGTGGCTGTAGGAATCTGTC
TGCCACTAACCACGTGGTCATCTGTG
OPRM1
c.118A>G
GGGTCAACTTGTCCCACTTAGATGGC
GATCGCATGGGTCGGACAGGT
ANKK1
c.2137G>A
ACAGCCATCCTCAAAGTGCTGGTC
GTCCAGCTGGGCGCCTGCCT
HFE
c.187C>G
TGACCAGCTGTTCGTGTTCTATGAT
CGGGGCTCCACACGGCGACTCTCAT
HFE
c.845G>A
CCTGGGGAAGAGCAGAGATATACGT
ATCTAGGCCTGGGTGCTCCACCTGG
CSTB (STFB)
GCGACGAGGACTTCGTACACCTG
GTTTTCATGATGGAGAGATTGGAACACTC
FGFR2
c.1025G>A
TTTGAGGACGCTGGGGAATATACGT
TATCCCAATAGAATTACCCGCCAAG
FGFR2
c.758C>G
CCTCTCTCCACCAGAGAGATCGC
CTTGGAGGATGGGCCGGTGA
BTD
c.98_104delGCGGCTGinsTCC
AGCCAAAAGTAAGCTTGCTCTTTTCCTCT
CTCCCAGGGCAACCACGTAA
BTD
c.1612C>T
GTGACGGCGGCTCTCTATGGG
CACACTTTTCCTAGTCCCTCTCATACAAGC
BTD
c.511G>A
CATCAGGGGAGATATGTTCTTGGTG
CAAGGCTCCTTTGTCTCAAGATTGG
PPT1
c.364A>T
AATGGCATCTCTGAGCCACTGCCC
CGGAGCTAAAACTCTCTTTTATTCCGTAGG
DYSF
c.855+1delG
TGTTTGATGAGCCCATCTTTATCACG
CGGAGAACACTTTGACTGCTGAGACATAC
DYSF
c.937+1G>A
TGTGCACCATTTACAGAGAGCCCC
TACGGCCAAAGTGGAGAGAACTCA
DYSF
c.1566C>G
TCCCCACTTTTGGGCCCTGCTA
CTCTGGGACTGCCATAGAGGTTGAT
DYSF
c.3373delG
CGGCGTGATGGATGACAAGAGT
AAGGTGGAGACGGACATGGAATCTT
DYSF
c.4872_4876delinsCCCC
AACTACATCCCCTGCACGCTGGA
CCAAGATGCCCCAATTTACTTTCCAAATA
DYSF
c.5979dupA
TGGAAATGACCTTGGAGATTGTAGCA
CCGCTCCTCATGCTCACTCTCT
DYSF
c.6124C>T
CATGAAGTTCATCCTGTGGCGG
AGGATGATGGCCCACCGGAAAC
DYSF
c.200_201delinsAT
TGGACCAGGGCTCTGAGCTTCATG
CCCATCTTCTCATGGTCTTTGACCAC
CFTR
c.276G>C
ATTTCTCTGTTTTTCCCCTTTTGTAGGA
GTAAGAGAGGCTGTACTGCTTTGGTGAC
CSTB (STFB)
c.del313-314
GACCTATTTCTGATCCTGACTTTGGACA
TTTGTCAGTCTTCTGGCTGAAGGGC
CCR5
Delta_32
TACACCTTCAGCTCTCATTTTCCATACA
CCAGCCCCAAGATGACTATCTTTAATGT
CCR5
c.303T>A
CCCTGTGGGACTTTGGAAATACAATGTG
AAGCCTATAAAATAGAGCCCTGTCAAGAGTTG
CCR5
c.-22459A>G
ATACGGGGAGAGTGGAGAAAAAGGG
ATCCTGGACTTCAGATTAACCCTGTGT
SRY1 (sY14)
DEL
AAGATGGCTCTAGAGAATCCCAGAATG
CCAGCTGCTTGCTGATCTCTGAGTTTC
AZFc
DEL
TTTGACCCATAGGTACTAAAAATATCTTTGACA
CCCGAATGACCAGCAGCCCT
AZF<i>a</i>
DEL
CTTAATCTGCACGAAACATGGGCTG
ACACTAAAGAAAGGGTCCCACTGAATCT
AZFb
DEL
CTGGTGAAGCTAGTGAAGAAAGTTTATTTTCAG
TTCCGTTGTTAGAGGCATATTTAAATTTTTAGAG
AZFb
DEL
CAGTGAAACTGCAGCTGTCAAATGA
TCCCACCTCGTGTCTCTTATCAATTC
AZFb
DEL
CCAAATATCAGATCTGTGAGCCTTCCTAA
GGCTCTGCCTGTAGCATTTTCCTCTG
AZF<i>a</i>
DEL
AAAATTATCTGGGCATCAGCATGTGG
TTCATTTGGGCTAAAAACTAGTCCTAATGC
AZFc
DEL
TTCGCCTTCCGACGAGGACGATACT
ACCTCTTAAGCTAGGAGCTCTAACCAATTAC
AZFc
DEL
ACTTTTTACCATTTTTATACACTTTTATGCAAATC
TACCGTTATAACAGGTAATTAAAACTGCTAAACAT
AZF
DEL
TCGGCTTCAGTAAGCATTTTCCACT
AGAGATCAGCAAGCAGCTGGGATAC
AZFc
DEL
TTCTCTGTCTTACGGTGGAAGACAGAAC
GGAATTAAAATTAGACTTTTGTCTACACTACACTG
AZFc
DEL
CTTGGTTCCCCCGCTTGCTGT
TTTGACCAAATTTTTCTAACCAACGTAGAG
Таблица 3
Комплект для диагностики.
№
Наименование
1
Набор для подготовки матрицы APEX:
1.1.
ДНК-полимераза с «горячим стартом» (10 ед/мкл)
1.2.
10Х Буфер для реакции ПЦР с (NH<sub>4</sub>)<sub>2</sub>SO<sub>4</sub>
1.3.
25 mM MgCl<sub>2</sub>
1.4.
2,5 mM смесь dNTP (20% dUTP)
1.5.
Урацил-N-Гликозилаза (UNG) (1 ед/мкл)
1.6.
10x UNG реакционный буфер
1.7.
Щелочная фосфатаза креветки (sAP) 1 ед/мкл
2
Набор для реакции APEX
2.1.
Смесь для реакции APEX
2.2.
Антифэйд
3
Набор для очистки продуктов ПЦР
3.1.
Колонки для очистки и пробирки для сбора
3.2.
Связывающий буфер
3.3.
Отмывочный буфер
3.4.
Элюирующий буфер
4
ДНК-чипы для диагностики наследственных заболеваний, включая муковисцидоз
5
Покровное стекло «Лифтэр Слипс»
6
Порошок «Alcanox»
7
Покровное стекло
8
Праймеры для реакции ПНР мультиплексные