КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ

1. Терапевтическая композиция, содержащая очищенную популяцию спорообразующих бактерий, полученную в результате проведения следующих этапов: a) обеспечение фекального материала и b) проведение обработки указанного материала с обеспечением очистки спорообразующих бактерий, при этом указанная очищенная популяция присутствует в количестве, эффективном для приживления и/или размножения в желудочно-кишечном тракте для лечения или предотвращения дисбиоза у реципиента, представляющего собой млекопитающее, которому вводят указанную терапевтическую композицию.
2. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная популяция эффективна для лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта (ЖКТ).
3. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная популяция является эффективной для уменьшения тяжести по меньшей мере одного симптома дисбиоза ЖКТ.
4. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная популяция является эффективной для модуляции разнообразия микробиоты, присутствующей у указанного реципиента-млекопитающего.
5. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная популяция содержит популяцию бактериальных спор.
6. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный фекальный материал получен от здорового донора, представляющего собой млекопитающее, или от множества доноров-млекопитающих.
7. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный этап обработки включает нагревание указанного материала до температуры выше 25°С в течение по меньшей мере 30 секунд.
8. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный этап обработки включает приведение указанного материала в контакт с растворителем.
9. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный этап обработки включает химическую или физическую манипуляцию над указанным материалом.
10. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что из нее удалена по меньшей мере часть бесклеточного компонента фекального материала с отделением тем самым споробразующих бактерий от бесклеточного материала.
11. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная популяция содержит один препарат бактериальных спор или комбинацию препаратов бактериальных спор, при этом каждый препарат бактериальных спор очищен из фекального материала, полученного от одного донора-млекопитающего.
12. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанная популяция содержит один препарат бактериальных спор или комбинацию препаратов бактериальных спор, при этом каждый препарат бактериальных спор очищен из фекального материала, полученного от донора-млекопитающего.
13. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный дисбиоз включает заболевание, расстройство или состояние ЖКТ, выбранное из группы, состоящей из индуцированной Clostridium difficile диареи, синдрома раздраженного кишечника (СРК), колонизации патогеном или патобионтом, инфекции лекарственно-устойчивым патогеном или патобионтом, колита и болезни Крона.
14. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный этап обработки включает истощение или инактивацию патогенного материала.
15. Терапевтическая композиция по п. 14, отличающаяся тем, что из указанной очищенной популяции по существу устранен на детектируемом уровне первый патогенный материал.
16. Терапевтическая композиция по п. 15, отличающаяся тем, что указанный первый патогенный материал выбран из группы, состоящей из вируса, бактерии, эукариотического паразита, гельминта, фага, микоплазмы, токсоплазмы и гриба.
17. Терапевтическая композиция по п. 1, отличающаяся тем, что из указанной очищенной популяции по существу устранен остаточный продукт среды обитания.
18. Терапевтическая композиция по п. 17, отличающаяся тем, что указанный остаточный продукт среды обитания содержит бесклеточный материал.
19. Терапевтическая композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанный бесклеточный материал содержит остаточные волокна, ДНК, материал вирусной оболочки, или нежизнеспособный материал, или эукариотическую клетку донора-млекопитающего.
20. Терапевтическая композиция по п. 1, содержащая популяцию спор, состоящую по существу из спор, и спорообразующую популяцию, состоящую по существу из вегетативных клеток.
21. Терапевтическая композиция, содержащая очищенную популяцию спорообразующих бактерий в количестве, эффективном для i) лечения или
предотвращения дисбиоза и/или ii) размножения по меньшей мере одного типа бактерий, не присутствующих в указанной терапевтической композиции, у реципиента-млекопитающего, которому вводят указанную терапевтическую композицию, и/или iii) обеспечения приживления по меньшей мере одного типа бактерий, присутствующих в терапевтической композиции, но не присутствующих у субъекта-млекопитающего до лечения.
22. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция эффективна для лечения дисбиоза ЖКТ.
23. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция является эффективной для уменьшения тяжести по меньшей мере одного симптома дисбиоза ЖКТ.
24. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция является эффективной для увеличения разнообразия микробиоты, присутствующей у реципиента-млекопитающего.
25. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция содержит популяцию бактериальных спор.
26. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция очищена из фекального материала, полученного от донора-млекопитающего.
27. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция очищена из фекального материала, полученного от множества доноров-млекопитающих.
28. Терапевтическая композиция по п. 27, отличающаяся тем, что указанное множество доноров-млекопитающих включает по меньшей мере 2-х здоровых субъектов-людей, у каждого из которых индекс массы тела (ИМТ) составляет менее чем приблизительно 25, 26, 27, 28, 29 или 30.
29. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная популяция содержит комбинацию препаратов бактериальных спор, при этом каждый препарат бактериальных спор независимым образом очищен из фекального материала, полученного от донора-млекопитающего.
30. Терапевтическая композиция по п. 26, отличающаяся тем, что у указанного донора-млекопитающего подтверждено отсутствие детектируемого уровня патогена или патобионта до получения фекального материала.
31. Терапевтическая композиция по п. 30, отличающаяся тем, что указанное подтверждение получено по меньшей мере за 1 час до получения фекального материала.
32. Терапевтическая композиция по п. 30, отличающаяся тем, что у указанного донора-млекопитающего подтверждено отсутствие детектируемого уровня патогена, или патобионта после получения фекального материала.
33. Терапевтическая композиция по п. 30, отличающаяся тем, что указанное подтверждение получено по меньшей мере через 1 час после получения фекального материала.
34. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанный дисбиоз включает заболевание, расстройство или состояние ЖКТ, выбранное из группы, состоящей из индуцированной Clostridium difficile диареи, синдрома раздраженного кишечника (СРК), колонизации патогеном или патобионтом, инфекции лекарственно-устойчивым патогеном или патобионтом, колита и болезни Крона.
35. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция по существу не содержит на детектируемом уровне первого патогенного материала.
36. Терапевтическая композиция по п. 35, отличающаяся тем, что указанный первый патогенный материал выбран из группы, состоящей из вируса, бактерии, эукариотического паразита, гельминта, фага, микоплазмы, токсоплазмы и гриба.
37. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция по существу не содержит остаточного продукта среды обитания.
38. Терапевтическая композиция по п. 37, отличающаяся тем, что указанный остаточный продукт среды обитания содержит бесклеточный материал.
39. Терапевтическая композиция по п. 38, отличающаяся тем, что указанный бесклеточный материал содержит ДНК, материал вирусной оболочки или нежизнеспособный бактериальный материал.
40. Терапевтическая композиция по п. 38, отличающаяся тем, что указанный остаточный продукт среды обитания содержит эукариотическую клетку донора-млекопитающего.
41. Терапевтическая композиция по п. 38, отличающаяся тем, что количество указанного остаточного продукта среды обитания уменьшено по меньшей мере на 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% или более чем на 99% относительно фекального материала, полученного от донора-млекопитающего.
42. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что в указанной очищенной популяции по существу не присутствует на детектируемом уровне патогенная активность первого патогенного материала.
43. Терапевтическая композиция по п. 42, отличающаяся тем, что указанный первый патогенный материал выбран из группы, состоящей из вируса, бактерии, эукариотического паразита, гельминта, фага, микоплазмы, токсоплазмы и гриба, и при этом указанная патогенная активность выбрана из группы, состоящей из жизнеспособного титра указанного патогенного агента, инфекции у реципиента-млекопитающего, иммуномодулирующей активности, аутоиммунного ответа и воспалительного ответа.
44. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что уровень патогенной активности первого патогенного материала в указанной очищенной популяции значительно снижен.
45. Терапевтическая композиция по п. 21, содержащая очищенную популяцию бактериальных спор, присутствующих в концентрации, по меньшей мере на 10% превышающей концентрацию указанных бактериальных спор в указанном фекальном материале.
46. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция может быть получена в результате обработки указанного фекального материала смешивающимся или частично смешивающимся растворителем.
47. Терапевтическая композиция по п. 46, отличающаяся тем, что указанный смешивающийся растворитель представляет собой спирт.
48. Терапевтическая композиция по п. 47, отличающаяся тем, что указанный спирт представляет собой метанол, этанол, пропанол, изопропанол или бутанол.
49. Терапевтическая композиция по п. 47, отличающаяся тем, что указанный частично смешивающийся растворитель представляет собой простой эфир, диметоксиэтан или тетрагидрофуран.
50. Терапевтическая композиция, содержащая очищенную популяцию спорообразующих бактерий в количестве, эффективном для i) увеличения разнообразия микробиоты, присутствующей у указанного реципиента-млекопитающего и/или ii) лечения или предотвращения дисбиоза у реципиента-млекопитающего, которому вводят указанную терапевтическую композицию, при этом указанная очищенная популяция получена путем отделения указанной популяции от по меньшей мере одного остаточного продукта среды обитания в фекальном материале, полученном от одного или от множества доноров-млекопитающих.
51. Терапевтическая композиция по п. 50, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция получена в результате обработки фекального материала, его фракции или производного смешивающимся растворителем.
52. Терапевтическая композиция по п. 50, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция существенно обогащена бактериальными спорами, присутствующими в фекальном материале, и при этом композиция необязательно содержит способствующее прорастанию вещество.
53. Терапевтическая композиция по п. 52, отличающаяся тем, что указанное способствующее прорастанию вещество выбрано из BHIS с бычьей желчью, Ca-ДПК, одной или более аминокислот, сахара, нуклеозида, соли желчной кислоты, металла или катиона металла, жирной кислоты и длинноцепочечного алкиламина, или их комбинации.
54. Терапевтическая композиция по п. 50, отличающаяся тем, что в указанной очищенной популяции i) значительно снижены количество и/или жизнеспособность одного или более неспорообразующих организмов, присутствующих в фекальном материале, или ii) значительно снижена активность патогена и/или патобионта, присутствующего в фекальном материале, или и то, и другое.
55. Терапевтическая композиция по п. 50, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция получена путем приведения указанного фекального материала или жидкости, содержащей весь фекальный материал или часть фекального материала, в контакт с раствором, содержащим i) от приблизительно 1%, 2%, 3%, 4%, 5% до приблизительно 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% спирта, или ii) кислоту, или iii) фермент, на протяжении по меньшей мере одной минуты при температуре, составляющей по меньшей мере приблизительно 20°С.
56. Терапевтическая композиция по п. 50, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция получена путем приведения указанного фекального материала или жидкости, содержащей весь фекальный материал или часть фекального материала, в контакт с раствором, содержащим спирт, в условиях, подходящих для существенного уменьшения по меньшей мере одного из i) неспорообразующей бактерии и ii) активности патогена и/или патобионта, присутствующих в фекальном материале.
57. Терапевтическая композиция по п. 50, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция получена путем дифференциального центрифугирования указанного фекального материала, или его фракции или производного.
58. Терапевтическая композиция по п. 57, отличающаяся тем, что указанное дифференциальное центрифугирование включает осаждение при градиенте скорости или равновесное осаждение в градиенте плотности.
59. Терапевтическая композиция по п. 57, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция по меньшей мере на 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%,
90%, 95%, 99%, или более чем на 99% очищена от бесклеточного материала, присутствующего в указанном фекальном материале.
60. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция может быть получена путем элюции спор, адсорбированных на твердой среде.
61. Терапевтическая композиция по п. 60, отличающаяся тем, что указанная твердая среда включает среду для хроматографии гидрофобного взаимодействия (HIC) или среду для аффинной хроматографии.
62. Терапевтическая композиция по п. 60, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция может быть получена путем приведения указанного фекального материала в контакт с твердой средой, дифференциально адсорбирующей остаточный продукт среды обитания и популяцию спор.
63. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция может быть получена путем обработки указанного фекального материала с механическим разрушением.
64. Терапевтическая композиция по п. 63, отличающаяся тем, что указанная обработка с механическим разрушением по существу разрушает неспоровый материал и по существу не разрушает спору.
65. Терапевтическая композиция по п. 21, отличающаяся тем, что указанная очищенная популяция может быть получена путем обработки указанного фекального материала с термическим разрушением.
66. Терапевтическая композиция по п. 65, отличающаяся тем, что указанная обработка с термическим разрушением включает помещение указанного фекального материала или жидкость, содержащую фекальный материал, в среду с повышенной до по меньшей мере приблизительно 30°С температурой по меньшей мере приблизительно на 10 минут.
67. Способ получения композиции, содержащей популяцию бактериальных спор, подходящую для терапевтического введения нуждающемуся в этом субъекту-млекопитающему, включающий следующие этапы: (a) обеспечение фекального материала от донора-млекопитающего; и (b) проведение по меньшей мере одного этапа очистки указанного фекального материала в условиях, обеспечивающих получение из указанного фекального материала очищенной популяции спорообразующих бактерий.
68. Способ по п. 67, отличающийся тем, что указанный донор-млекопитающее представляет собой здорового субъекта-человека.
69. Способ по п. 67, включающий приведение указанного фекального материала, или его фракции или производного в контакт со смешивающимся растворителем.
70. Способ по п. 67, включающий обработку смешивающимся растворителем, экстрагирование несмешивающимся растворителем, элюцию с твердой среды, обработку с термическим разрушением, обработку облучением, обработку фильтрацией, обработку с хроматографическим разделением, обработку центрифугированием, обработку с механическим разрушением или их комбинацию.
71. Способ лечения или предотвращения дисбиоза у субъекта-человека, включающий введение указанному субъекту-человеку терапевтической композиции по п. 21 или п. 50.
4
72. Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанное терапевтическое введение включает пероральное введение композиции, содержащей по меньшей мере приблизительно 1×10 колониеобразующих единиц бактериальных спор на дозу указанной композиции.
73. Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанные бактериальные споры содержат бактерии родов, представленных в таблице 1.
74. Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанная композиция содержит по меньшей мере приблизительно 0,1%, 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% или более 50% спор по массе.
4
75. Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанная композиция содержит по меньшей мере приблизительно 1×10 спор на грамм или на дозу.
3
4
5
6
7
8
9
10
10
76. Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанная композиция содержит по меньшей мере приблизительно 1×10, 1×10, 1×10, 1×10, 1×10, 1×10, 1×10, 1×10 или более чем на 1×10 спор на грамм или на дозу.
3
4
5
6
77. Терапевтическая композиция, содержащая очищенную популяцию бактериальных спор, содержащую по меньшей мере приблизительно 1×10, 1×10, 1×10 или 1×10 спор, причем масса указанной композиции не превышает приблизительно 1 г, приготовленная в виде состава для перорального введения для лечения или предотвращения дисбиоза у нуждающегося в этом реципиента-млекопитающего.
78. Терапевтическая композиция по п. 77, входящая в состав для лечения или предотвращения заболевания, расстройства или состояния ЖКТ у нуждающегося в этом реципиента-млекопитающего.
79. Терапевтическая композиция по п. 77, отличающаяся тем, что указанные бактериальные споры очищают из фекального материала, полученного от донора-млекопитающего.
80. Терапевтическая композиция по п. 77 в количестве, эффективном в виде одной дозы для лечения или предотвращения расстройства у реципиента-млекопитающего, который страдает таким расстройством или у которого имеется риск развития такого расстройства, которому вводят указанную терапевтическую композицию.
81. Терапевтическая композиция по п. 80, отличающаяся тем, что указанная популяция бактериальных спор очищена из фекального материала, полученного от по меньшей мере одного донора-млекопитающего, при этом у указанного по меньшей мере одного донора-млекопитающего отсутствует клиническая история метаболического расстройства.
82. Набор, содержащий в одном или большем количестве контейнеров устройство для сбора фекального материала, раствор растворителя и инструкции по их применению для получения очищенных популяций спорообразующих бактерий.
83. Набор по п. 82, отличающийся тем, что указанный раствор растворителя содержит детергент.
84. Набор по п. 83, отличающийся тем, что указанный детергент представляет собой Triton Х-100, Tween 20, Tween 80, Nonidet Р40, плюроник или полиол.
85. Способ модуляции популяции микробиоты в желудочно-кишечном тракте субъекта-человека, включающий этап введения указанному субъекту-человеку терапевтической композиции, содержащей очищенную популяцию спорообразующих бактерий, в условиях, обеспечивающих модуляцию i) популяции микроорганизмов, присутствующих в желудочно-кишечном тракте, и/или ii) популяции микроорганизмов, присутствующих вне желудочно-кишечного тракта.
86. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает уменьшение количества или элиминирование по меньшей мере одного патогена и/или патобионта, присутствующего в желудочно-кишечном тракте на момент введения терапевтической композиции.
87. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает приживление по меньшей мере одного типа спорообразующих бактерий, присутствующего в указанной терапевтической композиции.
88. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает размножение по меньшей мере одного типа бактерий, не присутствующего в указанной терапевтической композиции.
89. Способ по п. 87, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один тип спорообразующих бактерий не присутствует на детектируемом уровне в желудочно-кишечном тракте на момент введения указанной терапевтической композиции.
90. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает размножение по меньшей мере одного типа спорообразующих или неспорообразующих бактерий, не присутствующего в указанной терапевтической композиции.
91. Способ по п. 90, отличающийся тем, что численность указанного по меньшей мере одного типа спорообразующих или неспорообразующих бактерий увеличивается по меньшей мере 2-кратно после введения указанной терапевтической композиции.
92. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает по меньшей мере два пункта из: i) уменьшения количества или элиминирования по меньшей мере одного патогена и/или патобионта, присутствующего в желудочно-кишечном тракте на момент введения указанной терапевтической композиции; ii) приживления по меньшей мере одного типа спорообразующих бактерий, присутствующего в указанной терапевтической композиции; и iii) размножения по меньшей мере одного типа спорообразующих или неспорообразующих бактерий, не присутствующего в указанной терапевтической композиции.
93. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает уменьшение количества или элиминирование по меньшей мере одного патогена и/или: патобионта, присутствующего в желудочно-кишечном тракте на момент введения указанной терапевтической композиции, и по меньшей мере одно из: i) приживления по меньшей мере одного типа спорообразующих бактерий, присутствующего в указанной терапевтической композиции; и ii) размножения по меньшей мере одного типа бактерий, не присутствующего в указанной терапевтической композиции.
94. Способ по п. 92, отличающаяся тем, что указанный по меньшей мере один патоген и/или патобионт присутствует в патогенных количествах в желудочно-кишечном тракте на момент введения указанной композиции.
95. Способ по п. 93, отличающийся тем, что указанный субъект-млекопитающее страдает синдромом избыточного бактериального роста (BOS) или у него имеется риск развития BOS.
96. Способ по п. 94, отличающийся тем, что указанная модуляция включает уменьшение количества или элиминирование по меньшей мере одного патогена и/или патобионта, связанного с BOS.
97. Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанная модуляция включает уменьшение количества или элиминирование по меньшей мере одного лекарственно-устойчивого патогена и/или патобионта.
98. Способ индуцирования приживления бактериальной популяции в желудочно-кишечном тракте субъекта-человека, включающий этап введения указанному субъекту-человеку терапевтической композиции, содержащей очищенную популяцию спорообразующих бактерий, в таких условиях, что по меньшей мере i) подгруппа указанных споробразующих бактерий стабильно приживается в желудочно-кишечном тракте или ii) в желудочно-кишечном тракте происходит размножение по меньшей мере одного типа бактерий, не присутствующего в указанной терапевтической композиции.
99. Способ по п. 98, отличающийся тем, что указанная популяция спорообразующих бактерий состоит по существу из спор, при этом указанные споры прорастают в желудочно-кишечном тракте.