НАБОР ЗОНДОВ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ НУКЛЕОТИДНОЙ МУТАЦИИ И СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ НУКЛЕОТИДНОЙ МУТАЦИИ

1. Набор зондов, используемый для идентификации типа нуклеотида в сайте мутации целевой нуклеиновой кислоты посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени с использованием флуоресцентной метки, где указанный набор зондов содержит:
зонд для детекции, состоящий из олигонуклеотида, имеющего: нуклеотидную последовательность, содержащую указанный сайт мутации в указанной целевой нуклеиновой кислоте, где указанный сайт мутации содержит представляющий интерес нуклеотид; или нуклеотидную последовательность, комплементарную указанной нуклеотидной последовательности; где указанный олигонуклеотид имеет флуоресцентное вещество, присоединенное к 5'-концу, и гаситель, присоединенный к 3'-концу; и
зонд-счетчик, состоящий из олигонуклеотида, имеющего: нуклеотидную последовательность, содержащую указанный сайт мутации, где указанный сайт мутации содержит нуклеотид, отличающийся от указанного нуклеотида, представляющего интерес; или нуклеотидную последовательность, комплементарную указанной нуклеотидной последовательности, и
где указанный зонд для детекции имеет модификацию, введенную для того, чтобы его температура плавления была не менее чем на 3°С выше, чем температура плавления зонда-счетчика.
2. Набор зондов по п.1, где указанная модификация представляет собой модификацию посредством закрытой нуклеиновой кислоты.
3. Набор зондов по п.1 или 2, где указанную целевую нуклеиновую кислоту получают из вируса.
4. Набор зондов по п.3, где указанный вирус представляет собой вирус гепатита С.
5. Набор зондов по п.4, где указанный вирус гепатита С относится к типу 1b.
6. Набор зондов по п.5, где указанная мутация вовлечена в процесс формирования лекарственной устойчивости указанного вируса.
7. Набор зондов по п.6, где указанное лекарственное средство представляет собой ингибитор протеазы.
8. Набор зондов по п.6, где указанное лекарственное средство представляет собой Телапревир.
9. Набор зондов по п.7 или 8, где указанная протеаза представляет собой NS3-протеазу вируса гепатита С.
10. Набор зондов по п.9, где указанная мутация представляет собой мутацию, которая приводит к замене любой из следующих аминокислот в протеазе NS3 дикого типа:
(i) Ala в положении 156;
(ii) Arg в положении 155;
(iii) Ala в положении 156 и Val в положении 158;
(iv) Thr в положении 54; и
(v) Val или Ile в положении 132.
11. Способ идентификации типа нуклеотида в сайте мутации целевой нуклеиновой кислоты, включающий проведение ПЦР в реальном времени с использованием флуоресцентной метки с использованием набора зондов по любому из пп.1-10.
12. Способ прогнозирования восприимчивости пациента, страдающего гепатитом С, к ингибитору протеазы, включающий проведение ПЦР в реальном времени с использованием флуоресцентной метки с использованием набора зондов по любому из пп.7-10, для уточнения типа нуклеотида в сайте мутации, вовлеченного в формирование устойчивости вируса гепатита С типа 1b к ингибитору протеазы, и определения посредством этого, является ли указанный вирус или не является устойчивым к ингибитору протеазы вирусом.
13. Способ лечения гепатита С, включающий прогнозирование восприимчивости пациента, страдающего гепатитом С, к ингибитору протеазы, способом по п.12, и в котором указанный ингибитор протеазы вводят в тех случаях, когда у пациента, страдающего гепатитом С, мутация, обуславливающая устойчивость к ингибитору протеазы, не выявлена, тогда как указанный ингибитор протеазы не вводят, или введение указанного ингибитора протеазы отменяют в тех случаях, когда у указанного пациента, страдающего гепатитом С, мутация, обуславливающая устойчивость к ингибитору протеазы, выявлена.
14. Диагностический набор для прогнозирования восприимчивости пациента, страдающего гепатитом С, к ингибитору протеазы, где указанный набор включает набор зондов в соответствии с любым из пп.7-10.
15. Диагностический набор по п.14, где указанный диагностический набор включает инструкцию, в которой описаны терапевтические рекомендации, где терапевтические рекомендации объясняют, что (i) ингибитор протеазы может быть введен в случаях, когда мутация, обуславливающая устойчивость к ингибитору протеазы, не выявлена; и (ii) введение ингибитора протеазы отменяют или не выполняют в случаях, когда мутация, обуславливающая устойчивость к ингибитору протеазы, выявлена.
16. Применение набора зондов по любому из пп.7-10 для прогнозирования восприимчивости пациента, страдающего гепатитом С, к ингибитору протеазы.
17. Применение набора зондов по любому из пп.7-10 для терапии гепатита С, основанной на тактике, согласно которой прогнозируют восприимчивость пациента, страдающего гепатитом С, к ингибитору протеазы, и указанный ингибитор протеазы вводят в тех случаях, когда у указанного пациента, страдающего гепатитом С, мутация, обуславливающая устойчивость к ингибитору протеазы, не выявлена, тогда как указанный ингибитор протеазы не вводят, или введение указанного ингибитора протеазы отменяют в тех случаях, когда у указанного пациента, страдающего гепатитом С, выявлена мутация, обуславливающая устойчивость к ингибитору протеазы.
18. Способ детектирования любой из следующих мутаций: а.-d. протеазы NS3 вируса гепатита С типа 1b, включающий проведение ПЦР в реальном времени с использованием флуоресцентной метки:
а. мутации, которая приводит к замене Ala на Phe в положении 156;
b. мутации, которая приводит к замене Ala на Tyr в положении 156;
с. мутации, которая приводит к замене Val на Ile в положении 158; и
d. мутации, которая приводит к замене Val или Ile на Leu в положении 132.