ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ БИОЧИП ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДЕТЕРМИНАНТ РЕЗИСТЕНТНОСТИ Neisseria gonorrhoeae К АНТИМИКРОБНЫМ ПРЕПАРАТАМ, НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ДЛЯ ИММОБИЛИЗАЦИИ НА БИОЧИПЕ

1. Олигонуклеотидный биочип для идентификации генетических детерминант резистентности Neisseria gonorrhoeae к антимикробным препаратам, включающим антибиотики пенициллинового ряда, цефалоспорины, тетрациклины, фторхинолоны, макролиды, спектиномицин, характеризующийся тем, что он представляет собой матрицу элементов, размещенных на стеклянной или пластиковой подложке и содержащих иммобилизованные олигонуклеотиды, устанавливающие принадлежность анализируемой ДНК к виду N. gonorrhoeae и обеспечивающие идентификацию генетических детерминант, ассоциированных с резистентностью возбудителя к антимикробным препаратам, при этом элементы биочипа с иммобилизованными олигонуклеотидами объединены в группы:
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 1, 2 которых соответствуют последовательности фрагмента гена 16S рРНК, содержащего видоспецифичный полиморфизм, для подтверждения принадлежности анализируемой ДНК к виду N. gonorrhoeae;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 3-7 которых соответствуют последовательностям гена gyrA дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S91F, D95N, D95G, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к фторхинолонам;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 8-16 которых соответствуют последовательностям гена parC дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена parC, приводящих к аминокислотным заменам S87N, S87R, E91Q, E91G, Е91К, Е91А, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к фторхинолонам;
TEM
TEM
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 17-20 которых соответствуют последовательностям плазмидного гена bla дикого типа, характерных для штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда, либо последовательностям мутантных вариантов гена bla, приводящих к аминокислотным заменам М182Т, G238S, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда и цефалоспоринам;
- группа, состоящая из одного элемента с иммобилизованным олигонуклеотидом, нуклеотидная последовательность SEQ ID NO: 21 которого соответствует последовательности плазмидного гена tetM, продукт которого ответствен за резистентность N. gonorrhoeae к тетрациклинам;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 22-24 которых соответствуют последовательностям гена rpsJ дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена rpsJ, приводящих к аминокислотным заменам V57M, V57L, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к тетрациклинам;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 25, 26 которых соответствуют последовательностям гена 23S рРНК дикого типа, либо последовательностям мутантного варианта гена 23S рРНК, приводящего к нуклеотидной замене A>G в положении 2059, встречающегося у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к макролидам;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 27, 28 которых соответствуют последовательностям гена penA дикого типа, либо последовательностям мутантного варианта гена penA, приводящего к инсерции аминокислоты D (аспарагиновая кислота) в положении 345 гена, встречающегося у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 29, 30 которых соответствуют последовательностям гена ponA дикого типа, либо последовательностям мутантного варианта гена ponA, приводящего к аминокислотной замене L421P, встречающейся у штаммов N gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 31-34 которых соответствуют последовательностям гена 16S РНК дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена 16S РНК, приводящих к нуклеотидным заменам С1192Т, G1064C, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к спектиномицину;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 35-39 которых соответствуют последовательностям гена mtrR дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов промоторной области гена mtrR, приводящих к инсерциям тимидина Т или ТТ в положении -10, или делеции аденина А в положении -35, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда, тетрациклинам, макролидам, цефалоспоринам;
- группа, состоящая из одного элемента с иммобилизованным олигонуклеотидом, нуклеотидная последовательность SEQ ID NO: 40 которого соответствует последовательности гена mefA, продукт которого ответственен за резистентность N. gonorrhoeae к макролидам;
- группа элементов с олигонуклеотидами, нуклеотидные последовательности SEQ ID NO: 41-43 которых соответствуют последовательностям гена porB дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена porB, приводящих к аминокислотным заменам G120D, G120K, встречающихся у штаммов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда, цефалоспоринам, тетрациклинам.
2. Набор олигонуклеотидов, используемых для иммобилизации на биочипе для идентификации генетических детерминант резистентности Neisseria gonorrhoeae к антимикробным препаратам, включая фторхинолоны, антибиотики пенициллинового ряда, цефалоспорины, тетрациклины, макролиды, спектиномицин, причем зонды имеют последовательности SEQ ID NO: 1-43.