ХИМЕРНЫЙ АНТИГЕННЫЙ РЕЦЕПТОР (CAR) ПРОТИВ CD123 ДЛЯ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В ЛЕЧЕНИИ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ОПУХОЛЕЙ

1. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая химерный антигенный рецептор (CAR), где CAR содержит CD123-связывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, и где указанный CD123-связывающий домен содержит определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC) любой аминокислотной последовательности CD123-связывающего домена тяжелой цепи, приведенной в таблице 9, таблице 2 или таблице 6.
2. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 1, где указанный CD123-связывающий домен дополнительно содержит определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC) и определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC) любой аминокислотной последовательности CD123-связывающего домена легкой цепи, приведенной в таблице 9, таблице 2 или таблице 6.
3. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 2, где указанные CDR1 LC, CDR2 LC и CDR3 LC представляют собой последовательности CDR LC, приведенные в таблицах 11, 13, 4 или 8.
4. Выделенные молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-3, где указанные CDR1 HC, CDR2 HC и CDR3 HC представляют собой последовательности HC CDR, приведенные в таблицах 10, 12, 3 или 7.
5. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-4, которая кодирует CAR, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность любой вариабельной области легкой цепи, приведенной в таблице 9 или 2;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности любой из вариабельных областей легкой цепи, предоставленных в таблице 9 или 2, или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью любой из вариабельных областей легкой цепи, предоставленных в таблице 9 или 2.
6. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-5, которая кодирует CAR, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность любой вариабельной области тяжелой цепи, приведенную в таблице 9 или 2;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности любой из вариабельных областей тяжелой цепи, предоставленных в таблице 9 или 2, или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью любой из вариабельных областей тяжелой цепи, предоставленных в таблице 9 или 2.
7. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-6, которая кодирует CAR, содержащий аминокислотную последовательность любой вариабельной области легкой цепи, приведенной в таблице 9 или 2, и аминокислотную последовательность любой вариабельной области тяжелой цепи, приведенной в таблице 9 или 2.
8. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый CD123-связывающий домен содержит:
(i) аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:480, 483, 485, 478, 158, 159, 160, 157, 217, 218, 219, 216, 276, 277, 278 или 275;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций любой SEQ ID NO: 480, 483, 485, 478, 158, 159, 160, 157, 217, 218, 219, 216, 276, 277, 278 или 275; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с любой SEQ ID NO: 480, 483, 485, 478, 158, 159, 160, 157, 217, 218, 219, 216, 276, 277, 278 или 275.
9. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где CD123-связывающий домен содержит нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 479, 481, 482, 484, или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
10. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый CAR содержит трансмембранный домен, который содержит трансмембранный домен белка, выбранный из группы, состоящей из альфа-, бета- или дзета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и CD154.
11. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где:
(i) кодируемый трансмембранный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6, где аминокислотная последовательность содержит по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:6, или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:6; или
(ii) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая трансмембранный домен, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:17, или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
12. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый CD123-связывающий домен соединен с трансмембранным доменом шарнирной областью.
13. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 12, где:
(i) кодируемая шарнирная область содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2 или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций, или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с ней; или
(ii) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая шарнирную область, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 13 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
14. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый костимулирующий домен представляет собой функциональный сигнальный домен, получаемый из белка, выбранного из группы, состоящей из молекулы MHC I класса, TNF рецепторного белка, иммуноглобулиноподобного белка, цитокинового рецептора, интегрина, сигнальной молекулы, активирующей лимфоциты (белка SLAM), активирующего рецептора NK-клеток, BTLA, Toll-подобного рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), 4-1BB (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 альфа, CD8 бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a и лиганда, который специфически связывается с CD83.
15. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 14, где кодируемый костимулирующий домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 или аминокислотная последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7.
16. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 14, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая костимулирующий домен, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:18 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
17. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый внутриклеточный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен 4-1BB и/или функциональный сигнальный домен CD3-дзета.
18. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 7 и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7 и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10.
19. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 и аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10, где последовательности, содержащие внутриклеточный сигнальный домен, экспрессируются в той же рамке считывания и в виде одной полипептидной цепи.
20. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая внутриклеточный сигнальный домен содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:18 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней, и/или нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:20 или SEQ ID NO:21, или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
21. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, дополнительно содержащая лидерную последовательность, которая кодирует аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1.
22. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, которая кодирует CAR, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность любой из SEQ ID NO: 99, 100, 101 или 98;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций любой из SEQ ID NO: 99, 100, 101 или 98; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 99, 100, 101 или 98.
23. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, содержащая нуклеотидную последовательность любой из SEQ ID NO: 39, 40, 41 или 38 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 39, 40, 41 или 38.
24. Выделенная полипептидная молекула, кодируемая молекулой нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23.
25. Выделенный полипептид химерного антигенного рецептора (CAR), где CAR содержит антитело или фрагмент антитела, который содержит CD123-связывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий костимулирующий домен и/или первичный сигнальный домен, и где указанный CD123-связывающий домен содержит определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC) любых аминокислотных последовательностей CD123-связывающего домена тяжелой цепи, приведенных в таблице 9, 2 или 6.
26. Выделенный полипептид CAR по п. 25, где указанный CD123-связывающий домен дополнительно содержит определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC) и определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC) любых аминокислотных последовательностей CD123-связывающего домена легкой цепи, приведенных в таблице 9, 2 или 6.
27. Выделенный полипептид CAR по п. 26, где указанные CDR1 LC, CDR2 LC и CDR3 LC представляют собой последовательности CDR LC, приведенные в таблицах 11, 13, 4 или 8.
28. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-27, где указанные CDR1 HC, CDR2 HC и CDR3 HC представляют собой последовательности CDR HC, приведенные в таблицах 10, 12, 3 или 7.
29. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-28, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность любой вариабельной области легкой цепи, приведенной в таблице 9 или 2;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности любой вариабельной области легкой цепи, предоставленной в таблице 9 или 2; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью любой вариабельной области легкой цепи, предоставленной в таблице 9 или 2.
30. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-29, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность любой вариабельной области тяжелой цепи, приведенной в таблице 2 или 9;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности любой вариабельной области тяжелой цепи, предоставленной в таблице 2 или 9; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью любой вариабельной области тяжелой цепи, предоставленной в таблице 2 или 9.
31. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-30, содержащий аминокислотную последовательность любой вариабельной области легкой цепи, приведенной в таблице 2 или 9, и аминокислотную последовательность любой вариабельной области тяжелой цепи, приведенную в таблице 2 или 9.
32. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-31, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 480, 483, 485, 478, 158, 159, 160, 157, 217, 218, 219, 216, 276, 277, 278 или 275;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций любой из SEQ ID NO: 480, 483, 485, 478, 158, 159, 160, 157, 217, 218, 219, 216, 276, 277, 278 или 275; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 480, 483, 485, 478, 158, 159, 160, 157, 217, 218, 219, 216, 276, 277, 278 или 275.
33. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-32, где трансмембранный домен содержит трансмембранный домен из белка, выбранного из группы, состоящей из альфа-, бета- или дзета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и CD154.
34. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-33, где:
(i) трансмембранный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6,
(ii) аминокислотная последовательность содержит по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:6, или
(iii) последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:6.
35. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-34, где CD123-связывающий домен соединен с трансмембранным доменом шарнирной областью.
36. Выделенный полипептид CAR по п. 35, где шарнирная область содержит SEQ ID NO:2 или последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
37. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-36, где костимулирующий домен представляет собой функциональный сигнальный домен, получаемый из белка, выбранного из группы, состоящей из молекулы MHC I класса, TNF рецепторного белка, иммуноглобулиноподобного белка, цитокинового рецептора, интегрина, сигнальной молекулы, активирующей лимфоциты (белка SLAM), активирующего рецептора NK-клеток, BTLA, Toll-подобного рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), 4-1BB (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 альфа, CD8 бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a и лиганда, который специфически связывается с CD83.
38. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-37, где костимулирующий домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, или последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7.
39. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-37, где внутриклеточный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен 4-1BB и/или функциональный сигнальный домен CD3-дзета.
40. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-39, где внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 7 и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7, и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10.
41. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-40, где внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 и аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10, где аминокислотные последовательности, содержащие внутриклеточный сигнальный домен, экспрессируются в той же рамке считывания и в виде одной полипептидной цепи.
42. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-41, дополнительно содержащий лидерную последовательность, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1.
43. Выделенный полипептид CAR по любому из пп. 25-42, содержащий:
(i) аминокислотную последовательность любой из SEQ ID NO: 99, 100, 101 или 98;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций любой из SEQ ID NO: 99, 100, 101 или 98; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 99, 100, 101 или 98.
44. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23, которая представляет собой молекулу ДНК, молекулу РНК или их сочетание.
45. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 44, которая представляет собой иРНК, кодирующую полипептид CAR по пп. 24-43.
46. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или нуклеиновую кислоту, кодирующую полипептид CAR по любому из пп. 24-43, где вектор представляет собой ДНК-вектор или РНК-вектор.
47. Вектор по п. 46, который выбран из группы, состоящей из плазмиды, лентивирусного вектора, аденовирусного вектора и ретровирусного вектора.
48. Вектор по п. 46 или 47, дополнительно содержащий промотор EF-1, содержащий последовательность SEQ ID NO: 11.
49. Клетка, например, эффекторная клетка иммунной системы, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45, полипептид CAR по любому из пп. 24-43 или вектор по любому из пп. 46-48.
50. Способ получения клетки, например, эффекторной клетки иммунной системы, включающий введение, например, трансдукцию эффекторной клетки иммунной системы молекулой нуклеиновой кислоты по пп. 1-23 или 44-45 или вектором по любому из пп. 46-48.
51. Способ получения популяции клеток, включающий введение РНК в клетку, где РНК содержит молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45, или нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид CAR по любому из пп. 24-43.
52. Способ обеспечения противоопухолевого иммунитета у млекопитающего, включающий введение млекопитающему эффективного количества клетки, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, содержащих молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или полипептид CAR по любому из пп. 24-43.
53. Способ по п. 52, где клетка представляет собой аутологичную T-клетку или аллогенную T-клетку.
54. Способ лечения млекопитающего, страдающего заболеванием, связанным с экспрессией CD123, включающий введение млекопитающему эффективного количество клетки, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, содержащих молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45 или полипептид CAR по любому из пп. 24-43.
55. Способ по п. 54, где заболевание, связанное с экспрессией CD123, представляет собой:
(i) злокачественную опухоль или злокачественное новообразование,
(ii) предраковое состояние или
(ii) незлокачественную опухоль, связанную с показанием, ассоциированным с экспрессией CD123.
56. Способ по п. 54 или 55, где заболевание представляет собой гематологическую злокачественную опухоль или предлейкоз.
57. Способ по любому из пп. 54-56, где заболевание выбирают из одного или более из острого миелолейкоза (AML), острого лимфобластного лейкоза (ALL), острого лимфобластного B-клеточного лейкоза (B-клеточного острого лимфоидного лейкоза, BALL), острого лимфобластного T-клеточного лейкоза (T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (TALL), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, хронического лимфоцитарного лейкоза, хронического миелолейкоза (CML), волосатоклеточного лейкоза, лимфомы Ходжкина, гистиоцитоза, мастоцитоза, миелодисплазии, миелодиспластического синдрома, миелопролиферативной неоплазии, плазмоклеточной миеломы, неоплазии плазмоцитоидных дендритных клеток или их сочетания.
58. Способ по любому из пп. 52-57, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят в комбинации с один или более из:
(i) средства, которое повышает эффективность клетки, содержащей нуклеиновую кислоту CAR или полипептид CAR;
(ii) средства, которое улучшает один или более побочных эффектов, связанных с введением клетки, содержащей нуклеиновую кислоту CAR или полипептид CAR; или
(iii) средства, которое лечит заболевание, связанной с экспрессией CD123.
59. Способ по любому из пп. 52-58, где клетка, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, содержит иРНК, кодирующую полипептид CAR по пп. 24-43.
60. Способ по любому из пп. 52-58, где клетка, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, содержит лентивирусный вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или кодирующую полипептид CAR по пп. 24-43.
61. Способ по пп. 52-57, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят в комбинации со вторым терапевтическим средством или способом, выбранным из одного или более из химиотерапии, направленной терапии против злокачественной опухоли, онколитического лекарственного средства, цитотоксического средства, цитокина, хирургической операции, радиационной терапии, агониста костимулирующей молекулы, ингибитора молекулы иммунных контрольных точек, вакцины или иммунотерапия на основе второго CAR.
62. Способ по пп. 52-61, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят в комбинации с агонистом костимулирующей молекулы, выбранным из одного или более из лиганда OX40, CD2, CD27, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), ICOS (CD278), 4-1BB (CD137), GITR, CD30, CD40, BAFFR, HVEM, CD7, LIGHT, NKG2C, SLAMF7, NKp80, CD160, B7-H3 или CD83.
63. Способ по пп. 52-61, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят в комбинации с ингибитором молекулы иммунных контрольных точек, выбранным из одного или более из PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM-1, CEACAM-3, CEACAM-5, LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 или CD270), KIR, A2aR, MHC I класса, MHC II класса, GAL9, аденозина, или TGFR, например, TGFR бета.
64. Способ по п. 61, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят в комбинации с ингибитором PD-1, ингибитором TIM-3, ингибитором CEACAM-1 или их сочетанием.
65. Способ по п. 64, где ингибитор PD-1 и ингибитор TIM-3 вводят в комбинации.
66. Способ по п. 64, где ингибитор TIM-3 и ингибитор CEACAM-1 вводят в комбинации.
67. Способ по любому из пп. 61-66, где агонист или ингибитор представляет собой молекулу антитела, например, молекулу моноспецифического антитела или молекулу биспецифического антитела.
68. Способ по любому из пп. 61-67, где ингибитор вводят после введения клетки, например, популяции эффекторных клеток иммунной системы.
69. Способ по п. 68, где ингибитор вводят приблизительно через 3-7 суток после введения клетки, например, популяции эффекторных клеток иммунной системы.
70. Способ по пп. 52-57, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят в комбинации с ингибитором CD19.
71. Способ по п. 70, где ингибитор CD19 представляет собой экспрессирующую CD19 CAR клетку или молекулу антителу против CD19.
72. Способ по любому из пп. 54-71, где заболевание представляет собой CD19-отрицательную злокачественную опухоль, например, CD19-отрицательную рецидивирующую злокачественную опухоль.
73. Способ профилактики CD19-отрицательного рецидива у млекопитающего, включающий введение млекопитающему эффективного количества клетки, например, популяции эффекторных клеток иммунной системы, содержащих нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-23 или 44-45 или полипептид по любому из пп. 24-43.
74. Способ по п. 73, дополнительно включающий введение ингибитора CD19, например, экспрессирующей CD19 CAR клетки.
75. Способ по любому из пп. 54-74, где заболевание представляет собой лейкоз, например, острый лимфобластный лейкоз (например, рецидивирующий и рефрактерный ALL) или AML.
76. Способ по любому из пп. 70-75, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят после введения ингибитора CD19.
77. Способ по любому из пп. 70-75, где клетку, например, популяцию эффекторных клеток иммунной системы, вводят одновременно с ингибитором CD19.
78. Способ по любому из пп. 52-75 или 77, где клетка, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, экспрессирует CD19 CAR и CD123 CAR.
79. Способ по п. 77 или 78, где CD19 CAR или CD123 CAR содержит расщепленный внутриклеточный сигнальный домен, таким образом, что полная активация клетки, например, популяции эффекторных клеток иммунной системы, происходит, когда CD19 CAR и CD123 CAR связываются с клеткой-мишенью, например, CD19+CD123+ клеткой-мишенью (например, бластной клеткой B-ALL), по сравнению с активацией, когда CD19 CAR и CD123 CAR связываются с клеткой-мишенью, которая экспрессирует один из CD19 или CD123 (например, гемопоэтической стволовой клеткой).
80. Способ по п. 79, где CD123 CAR содержит костимулирующий домен, например, сигнальный домен 4-1BB, и CD19 CAR содержит первичный сигнальный домен, например, сигнальный домен CD3-дзета.
81. Способ по любому из пп. 52-60, дополнительно включающий введение истощающего T-клетки средства после лечения клетками, например, популяцией эффекторных клеток иммунной системы, таким образом, снижая (например, истощая) клетку (например, экспрессирующую CD123 CAR клетку).
82. Способ уменьшения (например, истощения) экспрессирующих CD123 CAR клеток после терапии CAR, включающий введение млекопитающему истощающего T-клетки средства после лечения млекопитающего клеткой, например, популяцией эффекторных клеток иммунной системы, содержащих молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45 или полипептид CAR по любому из пп. 24-43, таким образом, снижая (например, истощая) клетку (например, экспрессирующую CD123 CAR клетку).
83. Способ по п. 81 или 82, где истощающее T-клетки средство вводят через одну, две, три, четыре или пять недель после введения клетки, например, популяции эффекторных клеток иммунной системы.
84. Способ по любому из пп. 81-83, где млекопитающее страдает лейкозом, например, ALL или AML.
85. Способ по любому из пп. 81-84, где истощающее T-клетки средство представляет собой ингибитор CD52.
86. Способ по п. 85, где ингибитор CD52 представляет собой антитело против молекулы CD52, например, алемтузумаб.
87. Способ по любому из пп. 81-86, где клетка, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, экспрессирует полипептид CD123 CAR и белок-мишень, распознаваемый истощающим T-клетки средством.
88. Способ по п. 87, где белок-мишень представляет собой CD20.
89. Способ по п. 88, где истощающее T-клетки средство представляет собой антитело против CD20, например, ритуксимаб.
90. Способ по п. 87-89, где клетка, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы, содержит нуклеиновую кислоту (например, вектор), содержащую нуклеиновую кислоту CD123 CAR, и нуклеиновую кислоту, кодирующую белок-мишень.
91. Способ по любому из пп. 52-90, дополнительно включающий трансплантацию клетки, например, гемопоэтической стволовой клетки или костного мозга млекопитающему.
92. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45, полипептид по любому из пп. 24-43, вектор по любому из пп. 46-48 или клетка по п. 49 для применения в качестве лекарственного средства.
93. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45, полипептид по любому из пп. 24-43, вектор по любому из пп. 46-48 или клетка по п. 49 для применения в лечении заболевания, связанного с экспрессией CD123.
94. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-23 или 44-45, полипептид по любому из пп. 24-43, вектор по любому из пп. 46-48 или клетка по п. 49 для применения в лечении злокачественной опухоли.
95. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 93, где заболевание выбирают из AML, ALL, B-ALL, T-ALL, B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, хронического лимфоцитарного лейкоза, CML, волосатоклеточного лейкоза, лимфомы Ходжкина, мастоцитоза, миелодиспластического синдрома, миелопролиферативной неоплазии, плазмоклеточной миеломы, неоплазии из плазмоцитоидных дендритных клеток или их сочетания.
96. Клетка, например, популяция эффекторных клеток иммунной системы по п. 49, дополнительно экспрессирующая химерную молекулу, которая содержит первый полипептид, который содержит по меньшей мере участок ингибирующей молекулы, связанный со вторым полипептидом, который содержит положительный сигнал от внутриклеточного сигнального домена.
97. Клетка по п. 96, где химерная молекула содержит первый полипептид, который содержит по меньшей мере участок PD1, и второй полипептид, содержащий костимулирующий домен и первичный сигнальный домен.
98. Способ по п. 58, где средство представляет собой ингибитор mTOR, и индивидууму вводят низкую иммуностимулирующую дозу ингибитора mTOR, например, RAD001 или рапамицина.
99. Способ по п. 98, где ингибитор mTOR вводят в течение времени, достаточного для снижения доли PD-1-положительных T-клеток, увеличения доли PD-1-отрицательных T-клеток или увеличения отношения PD-1-отрицательных T-клеток/PD-1-положительных T-клеток в периферической крови индивидуума или в препарате T-клеток, выделяемых у индивидуума.
100. Способ кондиционирования индивидуума перед трансплантацией клеток, включающий введение индивидууму эффективного количества клетки, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты CAR по любому из пп. 1-23 или 44-45 или полипептид по любому из пп. 24-43.
101. Способ по п. 100, где трансплантация клеток представляет собой трансплантация стволовых клеток, например, трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток или трансплантацию костного мозга.
102. Способ по п. 100 или 101, где кондиционирование индивидуума перед трансплантацией клеток включает снижение числа экспрессирующих CD123 клеток у индивидуума, например, экспрессирующих CD123 нормальных клеток или экспрессирующих CD123 злокачественных клеток.