СПОСОБЫ, СИСТЕМЫ И ПРОЦЕССЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПУТЕЙ ПЕРЕДАЧИ ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ

1.  Реализуемый на компьютере способ определения метрики передачи связанных патогенов, включающий:
a) выдачу множества меток приближенности для каждого из множества объектов, причем каждая метка приближенности содержит
(i) уникальный идентификатор объекта, связанный с объектом, и
(ii) вероятную координату, определяющую местоположение объекта в течение периода времени;
b) выдачу множества меток патогена, причем каждая метка патогена содержит метку приближенности, уникальный идентификатор патогена и данные геномной последовательности, полученные от патогена;
с) идентификацию набора связанных патогенов в соответствии с взаимосвязью между множеством меток патогена, тем самым выдавая набор меток связанного патогена;
d) определение наличия одной или более взаимосвязей между одной или более меткой из множества меток приближенности и одной или более меткой из набора меток связанного патогена в соответствии с вероятностными корреляциями, тем самым выдавая метрику передачи, содержащую поднабор связанных меток приближенности.
2. Способ по п. 1, в котором метрика передачи содержит интерактивные узлы и ребра, представленные на дисплее, при этом каждый узел содержит метку патогена или метку приближенности, а каждое ребро содержит вероятность передачи.
3. Способ по п. 1, в котором взаимосвязь между множеством меток патогена содержит взаимосвязь между данными геномной последовательности и взаимосвязь между метками приближенности.
4. Способ по п. 1, в котором данные геномной последовательности содержат одну или более генетических вариаций, связанных с патогеном.
5. Способ по п. 1, в котором связанные патогены из набора идентифицируют в соответствии с корреляцией между одной или более генетическими вариациями и периодом времени метки приближенности.
6. Способ по п. 1, в котором связанные патогены из набора идентифицируют в соответствии с корреляцией между одной или более генетическими вариациями и вероятной координатой объекта.
7. Способ по п. 1, в котором связанные патогены из набора идентифицируют в соответствии с корреляцией между одной или более генетическими вариациями и ожидаемой частотой мутации.
8. Способ по п. 1, в котором объект представляет собой субъект или устройство.
9. Способ по п. 8, в котором субъект представляет собой испытуемого человека.
10. Способ по п. 9, в котором испытуемым человеком является пациент, а метка приближенности, связанная с пациентом, содержит клиническую информацию, связанную с пациентом.
11. Способ по п. 1, в котором вероятная координата представляет собой трехмерную координату.
12. Способ по п. 1, в котором связанные патогены идентифицируют с помощью процесса, включающего случайный поиск или взвешенные цепи Маркова.
13. Способ по п. 1, в котором вероятностные корреляции содержат вероятностные соответствия между вероятными координатами двух или более меток приближенности и вероятными координатами одной или более меток из меток связанного патогена.
14. Способ по п. 9, в котором определение наличия одной или более взаимосвязей на этапе (d) включает определение одной или более временных взаимосвязей между одним или более испытуемыми людьми и одним или более связанными патогенами.
15. Способ по п. 14, в котором временные взаимосвязи содержат одно или более вероятных пересечений между двумя или более метками приближенности.
16. Способ по п. 1, в котором координата находится в пределах одной или более определенных областей, которые содержат одну или более больниц.
17. Способ по п. 1, в котором идентификация набора связанных патогенов на этапе (d) включает идентификацию одного или более патогенов из набора связанных патогенов до уровня подвидов или уровня штаммов, в соответствии с данными геномной последовательности.
18. Способ по п. 1, в котором идентификация набора связанных патогенов на этапе (d) включает мультилокусное сиквенсное типирование (MLST), идентификацию сигнатур экспрессии генов, определение ближайшего соседа патогена, определение частоты мутации патогена или определение скоростей роста патогена.
19. Способ по п. 1, в котором идентификация набора связанных патогенов на этапе (d) включает определение эволюционной дистанции патогена между двумя или более другими патогенами.
20. Способ по п. 1, в котором идентификация набора связанных патогенов на этапе (d) включает генерирование филогенетической метрики.
21. Способ по п. 1, в котором набор связанных патогенов состоит из видов ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Enterobacter spp.) патогена.
22. Способ по п. 1, в котором путь передачи связанных патогенов определяют в соответствии с метрикой передачи.
23. Способ по п. 1, в котором родительский патоген или нулевого пациента идентифицируют в соответствии с путем передачи.
24. Способ по п. 1, в котором вероятное местоположение связанного патогена предсказывают в соответствии с путем передачи.
25. Способ по п. 9, в котором испытуемым человеком является пациент, инфицированный патогеном, а метка приближенности инфицированного пациента содержит наличие, степень тяжести или количество одного или более симптомов инфицированного пациента, при этом определение на этапе (d) включает определение весовых значений для одной или более меток приближенности в соответствии с наличием, степенью тяжести или количеством одного или более симптомов инфицированного пациента.
26. Энергонезависимый компьютерочитаемый носитель данных с хранящейся на нем исполняемой программой, которая выполнена с возможностью выдачи микропроцессору инструкций на:
a) получение множества меток приближенности для каждого из множества объектов, причем каждая метка приближенности содержит
(i) уникальный идентификатор объекта, связанный с объектом, и
(ii) вероятную координату, определяющую местоположение объекта в течение периода времени;
b) получение множества меток патогена, причем каждая метка патогена содержит метку приближенности, уникальный идентификатор патогена и данные геномной последовательности, полученные от патогена;
с) идентификацию набора связанных патогенов в соответствии с взаимосвязью между множеством меток патогена, тем самым выдавая набор меток связанного патогена; и
d) определение наличия одной или более взаимосвязей между одной или более меткой из множества меток приближенности и одной или более меткой из набора меток связанного патогена в соответствии с вероятностными корреляциями, тем самым выдавая метрику передачи, содержащую поднабор связанных меток приближенности.
27. Реализованная на компьютере система, выполненная с возможностью осуществления анализа генома, включающего:
a) выдачу множества меток приближенности для каждого из множества объектов, причем каждая метка приближенности содержит
(i) уникальный идентификатор объекта, связанный с объектом, и
(ii) вероятную координату, определяющую местоположение объекта в течение периода времени;
b) выдачу множества меток патогена, причем каждая метка патогена содержит метку приближенности, уникальный идентификатор патогена и данные геномной последовательности, полученные от патогена;
с) идентификацию набора связанных патогенов в соответствии с взаимосвязью между множеством меток патогена, тем самым выдавая набор меток связанного патогена;
d) определение наличия одной или более взаимосвязей между одной или более меткой из множества меток приближенности и одной или более меткой из набора меток связанного патогена в соответствии с вероятностными корреляциями, тем самым выдавая метрику передачи, содержащую поднабор связанных меток приближенности.