ОПРЕДЕЛЕНИЕ МИКРОРНК В ПЛАЗМЕ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ РАННИХ СТАДИЙ КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА

1. Способ диагностики или обнаружения колоректальной неоплазии у человека, включающий этапы:
получение одного или нескольких биологических образцов от субъекта с предполагаемым колоректальным новообразованием;
измерения общего профиля экспрессии или ровна содержания одной или нескольких микроРНК, полученных из одного или нескольких биологических образцов субъекта; и
сравнение общего профиля экспрессии одной или нескольких микроРНК из биологического образца от субъекта с предполагаемым колоректальным новообразованием с общим профилем экспрессии одной или нескольких микроРНК из биологического образца от нормального субъекта, в котором нормальным субъектом является здоровый человек, не страдающий от колоректальной неоплазии, при этом повышенная экспрессия комбинации miR19a и miR19b или miR19a и miR19b и miR15b свидетельствует о наличии колоректального рака.
2. Способ по п. 1, который дополнительно включает анализ экспрессии, по крайней мере, одной из miR18a, miR29a или miR335 по сравнению с экспрессией у нормального субъекта, причем повышенная экспрессия miR18a, miR29a или miR335 расценивается как показатель колоректальной неоплазии.
3. Способ по п. 1, который дополнительно включает анализ экспрессии, по крайней мере, одной из miR29a, miR92a или miR141.
4. Способ по п. 1, в котором один или несколько биологических образцов выбираются из группы, состоящей из одной или нескольких биологических жидкостей, образца плазмы, образца сыворотки, образца крови, образца ткани или образца кала.
5. Способ по п. 1, который способен обнаруживать КРК на ранних стадиях (I-II) так же точно, как и на запущенных стадиях КРК (II-III), правосторонних опухолей и левосторонних поражений.
6. Способ по п. 1, который включает доверительный интервал 90, 91, 92, 93, 94 или 95% и более.
7. Способ по п. 1, который дополнительно включает определение уровня экспрессии микроРНК, которые имеют пониженную экспрессию при колоректальной неоплазии, выбранных из:
8. Способ по п. 1, который дополнительно включает определение уровня экспрессии микроРНК, которые имеют повышенную экспрессию при колоректальной неоплазии, выбранных из:
9. Способ по п. 1, в котором уровень экспрессии одной или нескольких микроРНК измеряется профилированием экспрессии с помощью микроматриц, ПЦР, ПЦР с обратной транскриптазой, ПЦР с обратной транскриптазой в реальном времени, количественной ПЦР в реальном времени, ПЦР с анализом по конечной точке, мультиплексной ПЦР с анализом по конечной точке, ПЦР-амплификацией при пониженной температуре денатурации (COLD-PCR), ICE-COLD ПЦР, масс-спектрометрии, гибридизации in situ (ISH), мультиплексной гибридизация, или секвенирования нуклеиновых кислот.
10. Способ по п. 1, в котором он используется для лечения пациентов, подверженных риску или страдающих от колоректальной неоплазии, для выбора противоопухолевого средства терапии пациентов, подверженных риску или страдающих от колоректальной неоплазии, отнесения пациента к определенной подгруппе колоректальной неоплазии или для клинического испытания при терапии колоректальной неоплазии, определения сопротивляемости или реакции колоректальной неоплазии на лечебный режим, разработки набора для диагностики колоректальных новообразований или каких-либо их комбинаций.
11. Способ по п. 1, в котором общий характер экспрессии или уровень 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 или 60 микроРНК, выбранных из таблиц 2, 3, 4 и 5, в котором микроРНК повышают специфичность определения, диагностики или выявления колоректальной неоплазии.
12. Способ по п. 1, который дополнительно содержит этап использования общего профиля экспрессии или уровня содержания микроРНК для прогнозирования, организации лечения, или мониторинга ответа на лечение от колоректальной неоплазии.
13. Биомаркер прогрессирования колоректальный неоплазии и/или метастаза, в котором биомаркер, включающий одну или несколько микроРНК и изменение общей экспрессии одной или нескольких микроРНК при колоректальной неоплазии клеток, полученных от больного, указывает на прогрессирование колоректальной неоплазии по сравнению с общей экспрессией одной или нескольких микроРНК в нормальных клетках без колоректальной неоплазии или клетках с колоректальной неоплазией клеток, взятых ранее у того же самого пациента, отличающийся тем, что повышенная экспрессия комбинации miR19a и miR19b или miR19a и miR19b и miR15b, свидетельствует о наличии колоректального рака.
14. Биомаркер по п. 13, который дополнительно включает анализ одной или нескольких микроРНК из числа следующих: miR29a, miR92a, miR141, miR18a, miR19a, miR19b, miR15b, miR29a или miR335.
15. Биомаркер по п. 13, который дополнительно содержит микроРНК с пониженной экспрессией при колоректальной неоплазии, выбранные из:
16. Биомаркер по п. 13, который дополнительно содержит микроРНК с повышенной экспрессией при колоректальной неоплазии, выбранные из:
17. Биомаркер по п. 13, в котором микроРНК имеют пониженную экспрессию при колоректального новообразовании и выбраны из:
18. Биомаркер по п. 13, в котором микроРНК имеют повышенную экспрессию при колоректального новообразовании и выбраны из:
19. Биомаркер по п. 13, в котором один или несколько биологических образцов выбираются из группы, состоящей из одной или нескольких биологических жидкостей, образца плазмы, образца сыворотки, образца крови, образца ткани или образца кала.
20. Биомаркер по п. 13, который способен обнаруживать КРК на ранних стадиях (I-II) так же точно, как и на запущенных стадиях КРК (II-III), правосторонних опухолей и левосторонних поражений.
21. Биомаркер по п. 13, который дополнительно включает реагенты для обнаружения и анализа общего характера экспрессии или уровня экспрессии для 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 или 60 микроРНК, выбранных из таблиц 2, 3, 4 и 5 для диагностики или выявления колоректальной неоплазии.
22. Набор для диагностики колоректальной неоплазии, включающий:
биомаркер обнаружения реагентов для определения уровня дифференциальной экспрессии в котором повышенная экспрессия комбинации miR19a и miR19b или miR19a и miR19b и miR15b микроРНК является показателем колоректальной неоплазии, в котором доверительный интервал для колоректального рака составляет 90% или больше.
23. Набор по п. 22, который дополнительно включает реагенты для обнаружения и анализа по крайней мере одной из микроРНК: miR18a, miR29a или miR335.
24. Набор по п. 22, который дополнительно включает реагенты для обнаружения и анализа по крайней мере одной из микроРНК: miR29a, miR92a или miR141.
25. Набор по п. 22, который дополнительно включает инструкции для использования при диагностике риска колоректальной неоплазии, в которой инструкции включаются поэтапно, чтобы сравнить уровень экспрессии микроРНК, при измерении экспрессии в образце, полученном от субъекта, подозреваемого на наличие колоректальной неоплазии, с уровнем экспрессии в образце, полученном от нормального субъекта, где нормальным субъектом является здоровое лицо, не страдающее от колоректальной неоплазии.
26. Набор по п. 22, который дополнительно включает средства, сосуды и реагенты, необходимые для получения образцов от субъекта, выбранных из группы, состоящей из одной или нескольких биологических жидкостей, образца плазмы, образца сыворотки, образца крови, образца тканей или образца фекалий.
27. Набор по п. 22, который дополнительно содержит микроРНК с пониженной экспрессией при колоректальной неоплазии, выбранные из:
28. Набор по п. 22, который дополнительно содержит микроРНК повышенной экспрессией при колоректальной неоплазии, выбранные из:
29. Набор по п. 22, в котором определяется общий профиль экспрессии или уровень 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 или 60 микроРНК для диагностики или обнаружения колоректального неоплазии.
30. Способ выбора терапии рака для пациента с диагнозом колоректальной неоплазии, который включает:
получение образца от субъекта, имеющего колоректальную неоплазию; и
определение уровня экспрессии miR18a, miR19a, miR19b, miR15b, miR29a и miR335 по сравнению с уровнем экспрессии биологического образца от нормального субъекта, причем нормальным субъектом является здоровое лицо, которое не страдает от колоректальной неоплазии; при этом избыточная экспрессия микроРНК свидетельствует о наличии колоректального рака; и
выбор метода терапии рака, основанный на выявлении колоректальной неоплазии у пациента.
31. Способ выполнения клинического испытания для оценки лекарства, предполагаемого полезным в лечении заболевания, причем этот способ включает:
(a) измерения уровня содержания микроРНК в образцах, полученных от группы пациентов, в которых микроРНК взяты из одной или нескольких проб, выбранных из: микроРНК miR19a и miR19b, или miR19a и miR19b и miR15b;
(b) прием препарата-кандидата первой подгруппой пациентов и
плацебо второй подгруппой пациентов;
прием сравниваемого препарата второй подгруппой пациентов; или
комбинации препарата-кандидата и другого активного препарата второй подгруппой пациентов;
(c) повторение этапа (а) после приема препарата-кандидата или плацебо, сравниваемого препарата или комбинированного препарата; и
(d) определения, уменьшает ли препарат-кандидат количество опухолевых клеток толстой кишки, которые проявляют изменение экспрессии микроРНК, статистически значимым по сравнению с какими-либо изменениями во второй подгруппе пациентов, при этом статистически значимое снижение указывает, что препарат-кандидат полезен в лечении указанного болезненного состояния.
32. Способ диагностики или обнаружения колоректальной неоплазии у человека, включающий этапы:
идентификации человека, страдающего от или подозревается в наличии колоректального новообразования;
получение одного или нескольких биологических образцов у пациента, где биологические образцы состоят из одной или нескольких биологических жидкостей, образца плазмы, образца сыворотки, образца крови, образца ткани или образца фекалий;
измерения общего профиля экспрессии или уровня содержания miR18a, miR19a, miR19b, miR15b, miR29a и miR335; и
сравнение общего профиля экспрессии одной или нескольких микроРНК из биологического образца от пациента, страдающего от или подозреваемого в наличии колоректальной неоплазии с общим профилем экспрессии одной или нескольких микроРНК из биологического образца от нормального субъекта, где нормальным субъектом является здоровое лицо, не страдающее от колоректальной неоплазии, причем повышенная экспрессия микроРНК: miR18a, miR19a, miR19b, miR15b, miR29a и miR335, является показателем колоректального рака.
33. Способ по п. 32, в котором микроРНК имеют пониженную экспрессию при колоректальной неоплазии и выбираются из:
34. Способ по п. 32, в котором микроРНК имеют повышенную экспрессию при колоректальной неоплазии и выбираются из:
35. Способ по п. 32, в котором уровень экспрессии одной или нескольких микроРНК измеряется профилированием экспрессии с помощью микроматриц, ПЦР, ПЦР с обратной транскриптазой, ПЦР с обратной транскриптазой в реальном времени, количественной ПЦР в реальном времени, ПЦР с анализом по конечной точке, мультиплексной ПЦР с анализом по конечной точке, ПЦР-амплификацией при пониженной температуре денатурации (COLD-PCR), ICE-COLD ПЦР, масс-спектрометрии, гибридизации in situ (ISH), мультиплексной гибридизации или секвенирования нуклеиновых кислот.
36. Способ по п. 32, который используется для лечения пациентов, подверженных риску или страдающих от колоректальной неоплазии, для выбора противоопухолевого средства терапии пациентов, подверженных риску или страдающих от колоректальной неоплазии, отнесения пациента к определенной подгруппе колоректальной неоплазии или для клинического испытания при терапии колоректальной неоплазии, определения сопротивляемости или реакции колоректальной неоплазии на лечебный режим, разработки набора для диагностики колоректальных новообразований или каких-либо их комбинаций.
37. Способ по п. 32, в котором определяется общий характер экспрессии или уровень 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 или 60 микроРНК для диагностики или обнаружения колоректальной неоплазии.