СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ФРАГМЕНТАЦИИ ДНК В МИКРООРГАНИЗМАХ

1. Способ оценивания целостности ДНК микроорганизмов, предусматривающий стадии
a) иммобилизации микроорганизма на предметном стекле, без фиксации, посредством включения его в инертную среду;
b) обработки лизисным раствором, содержащим ионогенный денатурирующий белок детергент, для экстракции клеточных стенок, мембран и белков;
c) стабилизации ДНК-нуклеоида микроорганизма на предметном стекле, сухим нагреванием, инкубированием этого предметного стекла с лизированной пробой в микроволновой печи и
d) окрашивания и оценивания целостности ДНК.
2. Способ по п.1, в котором ионогенный детергент является детергентом, выбранным из группы, состоящей из додецилсульфата натрия (ДСН), алкилбензолсульфата, лаурилсаркозина (саркозила), гидратированной соли гликолевой кислоты и их смесей.
3. Способ по п.2, в котором ионогенным детергентом является предпочтительно додецилсульфат натрия (ДСН).
4. Способ по любому из пп.1-3, в котором лизисный раствор содержит 0,001-2 М дитиотреитол (ДТТ); 0,001-2 М 2-амино-2-(гидроксиметил)-1,3-пропандиол (Трис); 0,001-2 М этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА) и 0,1-3% додецилсульфат натрия (ДСН).
5. Способ по п.4, в котором рН лизисного раствора доводят до 6,5-10,5.
6. Способ по п.4, в котором лизисный раствор предпочтительно содержит 0,1 М дитиотреитол (ДТТ); 0,01 М (гидроксиметил)-1,3-пропандиол (Трис); 0,05 М этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА) и 2% додецилсульфат натрия (ДСН).
7. Способ по п.6, в котором рН лизисного раствора доводят до приблизительно 10 с помощью NaOH.
8. Способ по п.1, в котором окрашивание на стадии d) проводят раствором флуорохрома.
9. Способ по п.1, в котором пробу, содержащую микроорганизмы, включают в инертный микрогель.
10. Способ по п.9, в котором пробу, содержащую микроорганизмы, предпочтительно включают в агарозный микрогель.
11. Способ по п.1, в котором оценивание проводят посредством прямого визуального анализа.
12. Способ по п.1, в котором оценивание проводят автоматизированным образом посредством применения программы для анализа оцифрованных изображений, полученных при помощи камер (фотоаппаратов), сопряженных с платформами микроскопов.
13. Набор для осуществления способа по п.1, включающий
a) предварительно обработанные предметные стекла;
b) раствор агарозы;
c) лизисный раствор, содержащий ионогенный денатурирующий белок детергент, и
d) флуорохром.
14. Набор по п.13, где лизисный раствор содержит 0,001-2 М дитиотреитол (ДТТ); 0,001-2 М 2-амино-2-(гидроксиметил)-1,3-пропандиол (Трис); 0,001-2 М этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА) и 0,1-3% додецилсульфат натрия (ДСН).
15. Набор по любому из пп.13 и 14, в котором рН лизисного раствора доводят до 6,5-10,5.
16. Набор по п.14, в котором лизисный раствор предпочтительно содержит 0,1 М дитиотреитол (ДТТ); 0,01 М (гидроксиметил)-1,3-пропандиол (Трис); 0,05 М этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА) и 2% додецилсульфат натрия (ДСН).
17. Набор по п.16, в котором рН лизисного раствора доводят до приблизительно 10 с помощью NaOH.