СПОСОБ ОБНАРУЖЕНИЯ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ БЛИЗОСТИ ПЕРВОГО И ВТОРОГО ЭПИТОПОВ

1. Способ обнаружения пространственной близости первого и второго эпитопов (11, 21) белка или первого и второго белков (10, 20) белкового комплекса (1) в образце больного, при этом способ включает:
- связывание первого связывающего элемента (30), имеющего первый олигонуклеотид (31), конъюгированный с ним, с первым эпитопом (11),
- связывание второго связывающего элемента (40), имеющего второй олигонуклеотид (41), конъюгированный с ним, со вторым эпитопом (21), и
-определение, присутствует ли эффект резонансного переноса энергии флуоресценции между донорным флуорофором (32) и акцепторным флуорофором (42), которые ассоциированы с первым олигонуклеотидом (31) и вторым олигонуклеотидом (41), при этом присутствие эффекта резонансного переноса энергии флуоресценции указывает на пространственную близость первого и второго олигонуклеотидов (31, 41) и, таким образом, на пространственную близость первого и второго эпитопов (11, 21),
при этом первый олигонуклеотид (31) по меньшей мере частично комплементарен второму олигонуклеотиду (41),
при этом первый олигонуклеотид (31) изначально снабжен первым отдельным защитным элементом (33) и/или второй олигонуклеотид (41) изначально снабжен вторым отдельным защитным элементом (33) для предотвращения преждевременной гибридизации первого и второго олигонуклеотидов (31, 41).
2. Способ по п. 1, в котором первый олигонуклеотид (31) является предварительно меченным донорным флуорофором (32), и/или в котором второй олигонуклеотид (41) является предварительно меченным акцепторным флуорофором (42), и/или
при этом способ дополнительно включает:
- после связывания первого связывающего элемента (30), прикрепление донорного флуорофора (32) к первому олигонуклеотиду (31), и/или
- после связывания второго связывающего элемента (40), прикрепление акцепторного флуорофора (42) ко второму олигонуклеотиду (41).
3. Способ по п. 1, при этом способ включает:
- после связывания первого связывающего элемента (30), удаление первого отдельного защитного элемента (33) из первого олигонуклеотида (31), и/или
- после связывания второго связывающего элемента (40), удаление второго отдельного защитного элемента (43) из второго олигонуклеотида (41).
4. Способ по п. 1 или 3, в котором первый отдельный защитный элемент (33) содержит первую нить ДНК или РНК, которая по меньшей мере частично комплементарна первому олигонуклеотиду (31) и гибридизирована с ним, и/или второй отдельный защитный элемент (43) содержит вторую нить ДНК или РНК, которая по меньшей мере частично комплементарна второму олигонуклеотиду (41) и гибридизирована с ним.
5. Способ по п. 4, когда зависит от п. 3, в котором удаление первой нити ДНК или РНК и/или второй нити ДНК или РНК включает плавление продукта гибридизации первого олигонуклеотида (31) и первой нити ДНК или РНК и/или продукта гибридизации второго олигонуклеотида (41) и второй нити ДНК или РНК.
6. Способ по п. 4, когда зависит от п. 3, в котором первая нить ДНК или РНК представляет собой первую нить РНК, и/или вторая нить ДНК или РНК представляет собой вторую нить РНК, при этом удаление первой нити РНК и/или второй нити РНК включает применение фермента (50).
7. Способ по любому из пп. 2-6, при этом способ включает:
- после связывания первого связывающего элемента (30), предоставление третьего олигонуклеотида (34), предварительно меченного донорным флуорофором (32), при этом третий олигонуклеотид (34) по меньшей мере частично комплементарен первому олигонуклеотиду (31), а прикрепление донорного флуорофора (32) к первому олигонуклеотиду (31) включает гибридизацию третьего олигонуклеотида (34) с ним, и/или
- после связывания второго связывающего элемента (40), предоставление четвертого олигонуклеотид (44), предварительно меченного акцепторным флуорофором (42), при этом четвертый олигонуклеотид (44) по меньшей мере частично комплементарен второму олигонуклеотиду (41), а прикрепление акцепторного флуорофора (42) ко второму олигонуклеотиду (41) включает гибридизацию четвертого олигонуклеотида (44) с ним.
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором первый олигонуклеотид (31) является предварительно меченным донорным флуорофором (32), или второй олигонуклеотид (41) является предварительно меченным акцепторным флуорофором (42), при этом способ включает:
- после связывания первого и второго связывающих элементов (30, 40), добавление акцепторного флуорофора (42) или донорного флуорофора (32), который встраивается в двойную цепь, образованную посредством гибридизации первого и второго олигонуклеотидов (31, 41).
9. Способ обнаружения пространственной близости первого и второго эпитопов (11, 21) белка или первого и второго белков (10, 20) белкового комплекса (1) в образце больного, при этом способ включает:
- связывание первого связывающего элемента (30), имеющего первый олигонуклеотид (31), конъюгированный с ним, с первым эпитопом (11),
- связывание второго связывающего элемента (40) имеющего второй олигонуклеотид (41), конъюгированный с ним, со вторым эпитопом (21), и
- определение, имеется ли эффект резонансного переноса энергии флуоресценции между донорным флуорофором (32) и акцепторным флуорофором (42), которые связаны с первым олигонуклеотидом (31) и вторым олигонуклеотидом (41), при этом присутствие эффекта резонансного переноса энергии флуоресценции указывает на пространственную близость первого и второго олигонуклеотидов (31, 41) и, таким образом, на пространственную близость первого и второго эпитопов (11, 21), при этом способ включает:
- после связывания первого и второго связывающих элементов (30, 40), предоставление полимера (60), в котором пи-электроны делокализованы вдоль молекулы, при этом полимер (60) способен связываться как с первым, так и со вторым олигонуклеотидами (31, 41) и переносить энергию от донорного флуорофора (32) в акцепторный флуорофор (42).
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором определение, имеется ли эффект резонансного переноса энергии флуоресценции включает:
- получение по меньшей мере одного флуоресцентного изображения образца, и
- выполнение анализа пространственного разрешения по меньшей мере одного флуоресцентного изображения для обнаружения и локализации эффекта резонансного переноса энергии флуоресценции.
11. Способ стратификации больного, страдающего от заболевания, для оценки пригодности лечения, при этом лечение направлено на сигнальный путь, и/или для прогноза исхода заболевания больного, и/или для прогнозирования, и/или обнаружения устойчивости к лечению больного, страдающего от заболевания, в отношении терапии, при этом способ включает:
- определение статуса активации сигнального пути посредством применения способа по любому из пп. 1-10 для обнаружения, имеется ли в образце больного по меньшей мере один фактор транскрипции.
12. Набор для осуществления способа по любому из пп. 1-8, 10 или 11, при этом набор содержит следующие компоненты:
- первый связывающий элемент (30), имеющий первый олигонуклеотид (31), конъюгированный с ним, при этом первый связывающий элемент (30) направлен против первого эпитопа (11),
- второй связывающий элемент (40), имеющий второй олигонуклеотид (41), конъюгированный с ним, при этом второй связывающий элемент (40) направлен против второго эпитопа (21), и
- донорный флуорофор (32) и акцепторный флуорофор (42), при этом первый и второй эпитопы (11, 21) являются частью белка или первого и второго белков (10, 20) белкового комплекса (1),
при этом первый олигонуклеотид (31) по меньшей мере частично комплементарен второму олигонуклеотиду (41),
при этом первый олигонуклеотид (31) снабжен первым отдельным защитным элементом (33), и/или второй олигонуклеотид (41) снабжен вторым отдельным защитным элементом (33) для предотвращения преждевременной гибридизации первого и второго олигонуклеотидов (31, 41).
13. Набор для осуществления способа по любому из пп. 9-11, при этом набор содержит следующие компоненты:
- первый связывающий элемент (30), имеющий первый олигонуклеотид (31), конъюгированный с ним, при этом первый связывающий элемент (30) направлен против первого эпитопа (11),
- второй связывающий элемент (40), имеющий второй олигонуклеотид (41), конъюгированный с ним, при этом второй связывающий элемент (40) направлен против второго эпитопа (21),
- донорный флуорофор (32) и акцепторный флуорофор (42), и
- полимер (60), в которой пи-электроны делокализованы вдоль молекулы, при этом полимер (60) способен связываться как с первым, так и со вторым олигонуклеотидом (31, 41) и переносить энергию от донорного флуорофора (32) в акцепторный флуорофор (42),
при этом первый и второй эпитопы (11, 21) являются частью белка или первого и второго белков (10, 20) белкового комплекса (1).
14. Применение набора по п. 12 для использования в способе по любому из пп. 1-8, 10, 11 или 13 для использования в способе по любому из пп. 9-11.