АНТИТЕЛО К IL-13RA2 И ЕГО ПРИМЕНЕНИЕ

1. Антитело, которое специфично распознает IL-13RA2, где EC50 относительной аффинности связывания антитела с клетками U251, эндогенно экспрессирующими IL-13RA2, составляет не выше чем 100 нМ, предпочтительно не выше чем 10 нМ, более предпочтительно от 0,01 до 10 нМ.
2. Антитело по п. 1, где антитело выбрано из любого из следующих антител:
(1) антитело, содержащее вариабельную область тяжелой цепи, содержащую HCDR1, представленную в SEQ ID NO: 9, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 63 или 64, и/или HCDR2, представленную в SEQ ID NO: 10, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 65 или 66, и/или HCDR3, представленную в любой из SEQ ID NO: 11 или 12;
(2) антитело, содержащее вариабельную область легкой цепи, содержащую LCDR1, представленную в SEQ ID NO: 13, и/или LCDR2, представленную в SEQ ID NO: 14, и/или LCDR3, представленную в любой из SEQ ID NO: 15 или 16;
(3) антитело, содержащее вариабельную область тяжелой цепи антитела (1) и вариабельную область легкой цепи антитела (2); и
(4) антитело, которое представляет собой вариант антитела по любому из (1) - (3), и обладает активностью, идентичной или схожей с активностью антитела по любому из (1)-(3);
где предпочтительно антитело выбрано из любого из следующих антител:
(1) антитело, содержащее вариабельную область легкой цепи, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 8, или последовательность варианта SEQ ID NO: 4 и SEQ ID NO: 8;
(2) антитело, содержащее вариабельную область тяжелой цепи, имеющую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 2, 6, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 59 или 61, или их вариант;
(3) антитело, содержащее вариабельную область тяжелой цепи антитела (1) и вариабельную область легкой цепи антитела (2).
3. Антитело по п. 1, где вариабельная область легкой цепи антитела содержит LCDR1, представленную в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленную  в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленную в SEQ ID NO: 15 или SEQ ID NO: 16,
где предпочтительно вариабельная область легкой цепи антитела имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4 или 8, или имеет последовательность с по меньшей мере 80 %, например, 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % и 99 % сходством с любой из указанных выше последовательностей.
4. Антитело по п. 3, где вариабельная область тяжелой цепи антитела содержит HCDR1, представленную в SEQ ID NO: 9, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 63 или 64, HCDR2, представленную в SEQ ID NO: 10, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 65 или 66, и HCDR3, представленную в SEQ ID NO: 11 или SEQ ID NO: 12;
где предпочтительно вариабельная область тяжелой цепи антитела имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 2, 6, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 59 или 61, или имеет последовательность с по меньшей мере 80 %, более предпочтительно 85 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % и 99 % сходством с любой из указанных выше последовательностей.
5. Антитело по п. 4, где области CDR (область, определяющая комплементарность) вариабельной области легкой цепи и области CDR вариабельной области тяжелой цепи имеют следующие возможные последовательности или их варианты:
(1) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 9, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 10, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(2) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 16; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 9, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 10, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 12;
(3) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 16; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 64, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 66, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 12;
(4) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 45, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 52, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(5) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 16; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 63, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 65, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 12;
(6) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 50, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 56, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(7) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 46, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 52, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(8) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 48, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 54, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(9) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 47, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 53, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(10) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 49, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 55, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11;
(11) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 51, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 57, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO: 11; или
(12) LCDR1, представленная в SEQ ID NO: 13, LCDR2, представленная в SEQ ID NO: 14, и LCDR3, представленная в SEQ ID NO: 15; HCDR1, представленная в SEQ ID NO: 49, HCDR2, представленная в SEQ ID NO: 58, и HCDR3, представленная в SEQ ID NO:11;
где предпочтительно:
(1) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 2, или ее вариант;
(2) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 8, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 6, или ее вариант;
(3) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 8, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 61, или ее вариант;
(4) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 29, или ее вариант;
(5) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 8, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 59, или ее вариант;
(6) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 39, или ее вариант;
(7) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 31, или ее вариант;
(8) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 35, или ее вариант;
(9) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 33, или ее вариант;
(10) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 37, или ее вариант;
(11) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 41, или ее вариант; или
(12) вариабельная область легкой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 4, или ее вариант, и вариабельная область тяжелой цепи имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 43, или ее вариант.
6. Антитело, которое специфично распознает IL-13RA2, где антитело распознает ту же антигенную детерминанту, что и антитело по любому из пп. 1-5; или
антитело конкурирует за связывание с IL-13RA2 с антителом по любому из пп. 1-5.
7. Многофункциональный иммуноконъюгат, где многофункциональный иммуноконъюгат содержит
антитело по любому из пп. 1-6; и
связанную с ним функциональную молекулу; причем функциональная молекула выбрана из молекулы, нацеленной на маркер поверхности опухолевой клетки, молекулы, ингибирущей опухоль, молекулы, нацеленной на маркер поверхности иммунной клетки, или детектируемой метки.
8. Многофункциональный иммуноконъюгат по п. 7, где молекула, нацеленная на маркер поверхности опухолевой клетки, представляет собой антитело или лиганд, который связывается с маркером поверхности опухолевой клетки, отличным от IL-13RA2; или
молекула, ингибирующая опухоль, представляет собой противоопухолевый цитокин или противоопухолевый токсин; предпочтительно, цитокин выбран из IL-12, IL-15, интерферона типа I и ФНО-альфа.
9. Многофункциональный иммуноконъюгат по п. 7, где молекула, нацеленная на маркер поверхности иммунной клетки, представляет собой антитело, которое связывается с маркером поверхности иммунной клетки, где предпочтительно связанный маркер поверхности иммунной клетки выбран из CD3, CD16 и CD28, и более предпочтительно антитело, которое связывается с маркером поверхности иммунной клетки, представляет собой антитело против CD3;
где предпочтительно молекула, нацеленная на маркер поверхности иммунной клетки, представляет собой антитело, которое связывается с маркером поверхности T-клетки, и образует бифункциональное антитело с антителом по любому из пп. 1-6, в котором задействованы T-клетки.
10. Многофункциональный иммуноконъюгат по п. 9, где многофункциональный иммуноконъюгат представляет собой слитый полипептид, дополнительно содержащий линкерный пептид между антителом по любому из пп. 1-6 и связанной с ним функциональной молекулой.
11. Химерный антигенный рецептор, содержащий антитело по любому из пп. 1-6, где химерный антигенный рецептор содержит антитело по любому из пп. 1-6, трансмембранную область и внутриклеточную сигнальную область, соединенные последовательно;
где предпочтительно внутриклеточная сигнальная область выбрана из функциональных сигнальных доменов белков CD3ζ, CD3γ, CD3δ, CD3ε, FcRγ (FCER1G), FcRβ (FcεR1b), CD79a, CD79b, FcγRIIa, DAP10 и DAP12 или их комбинации;
более предпочтительно внутриклеточная сигнальная область дополнительно имеет костимулирующий сигнальный домен, и костимулирующий сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен белка, выбранного из: CD27, CD28, 4-1BB(CD137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, антигена-1, ассоциированного с функцией лимфоцита (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3, лиганда, специфично связывающегося с CD83, CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), CD160, CD19, CD4, CD8α, CD8β, IL2Rβ, IL2Rγ, IL7Rα, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244,2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, NKp44, NKp30, NKp46 и NKG2D или их комбинации.
12. Химерный антигенный рецептор по п. 11, где химерный антигенный рецептор содержит антитело, трансмембранную область и внутриклеточную сигнальную область, соединенные последовательно следующим образом:
антитело по любому из пп. 1-6, CD8 и CD3ζ;
антитело по любому из пп. 1-6, CD8, CD137 и CD3ζ; или
антитело по любому из пп. 1-6, трансмембранная область молекулы CD28, внутриклеточная сигнальная область молекулы CD28, и CD3ζ; или
антитело по любому из пп. 1-6, трансмембранная область молекулы CD28, внутриклеточная сигнальная область молекулы CD28, CD137 и CD3ζ.
13. Нуклеиновая кислота, кодирующая антитело по любому из пп. 1-6; или
кодирующая многофункциональный иммуноконъюгат по любому из пп. 7-10; или
кодирующая химерный антигенный рецептор по п. 11 или 12.
14. Экспрессионный вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п. 13.
15. Клетка-хозяин, содержащая экспрессионный вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую антитело по любому из пп. 1-6, или содержащая указанную нуклеиновую кислоту, интегрированную в геном.
16. Вирус, содержащий экспрессионный вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую химерный антигенный рецептор по п. 11 или 12.
17. Иммунная клетка, модифицированная химерным антигенным рецептором, где
иммунная клетка трансдуцирована нуклеиновой кислотой, кодирующей химерный антигенный рецептор по п. 11 или 2; или
экспрессионным вектором, который содержит указанную нуклеиновую кислоту; или
вирусом по п. 16; или
экспрессирует химерный антигенный рецептор по п. 11 или 12 на поверхности;
где предпочтительно иммунная клетка представляет собой: T-лимфоцит, NK-клетку (естественный киллер) или NKT-лимфоцит;
более предпочтительно
иммунная клетка дополнительно несет кодирующую последовательность экзогенного цитокина; или
иммунная клетка дополнительно экспрессирует другой химерный антигенный рецептор, который не содержит CD3ζ; или
иммунная клетка дополнительно экспрессирует хемокиновый рецептор, предпочтительно содержащий CCR; или
иммунная клетка дополнительно экспрессирует миРНК (малая интерферирующая РНК), которая уменьшает экспрессию PD-1, или белок, блокирующий PD-L1; или эндогенный PD-1 в иммунной клетке подвергается нокауту посредством редактирования гена; или
иммунная клетка дополнительно экспрессирует «предохранитель» (safety switch).
18. Фармацевтическая композиция, содержащая
антитело по любому из пп. 1-6 или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанное антитело; или
иммуноконъюгат по любому из пп. 7-10 или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный иммуноконъюгат; или
химерный антигенный рецептор по п. 11 или 12, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный химерный антигенный рецептор; или
иммунную клетку, модифицированную химерным антигенным рецептором, по п. 17;
и фармацевтически приемлемый носитель или эксципиент.
19. Набор, содержащий
контейнер и фармацевтическую композицию по п. 18 в контейнере; или
контейнер и антитело по любому из пп. 1-6 или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанное антитело; или иммуноконъюгат по любому из пп. 7-10, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный иммуноконъюгат; или химерный антигенный рецептор по п. 11 или 12, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный химерный антигенный рецептор; или иммунную клетку, модифицированную химерным антигенным рецептором, по п. 17 в контейнере.
20. Применение антитела по любому из пп. 1-6 или нуклеиновой кислоты, кодирующей указанное антитело; или иммуноконъюгата по любому из пп. 7-10 или нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный иммуноконъюгат; или химерного антигенного рецептора по п. 11 или 12, или нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный химерный антигенный рецептор; или иммунной клетки, модифицированной химерным антигенным рецептором, по п. 17 для лечения опухоли, экспрессирующей IL-13RA2,
где предпочтительно опухоль, экспрессирующая IL-13RA2, представляет собой рак мозга, рак поджелудочной железы, рак яичника, рак почки, рак мочевого пузыря, рак поджелудочной железы, рак желудка, рак кишечника, рак головы и шеи, рак щитовидной железы, рак предстательной железы и саркому Капоши, и более предпочтительно, рак мозга выбран из астроцитомы, менингиомы, олигодендроглиомы и глиомы.