ПРЕДМЕТЫ И СПОСОБЫ, ПРЕДНАЗНАЧЕННЫЕ ДЛЯ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОГО ЛЕЧЕНИЯ РАКА

1. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта;
экспрессию уникального В-клеточного рецептора в клетке;
обеспечение контакта клетки с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора из библиотеки;
выявление связывания указанного уникального В-клеточного рецептора с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора, и таким образом, идентификацию лиганда уникального В-клеточного рецептора; и
применение у субъекта терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.
2. Способ по п. 1, где предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора включает пептид, циклопептид, пептоид, циклопептоид, полисахарид, липид, или малую молекулу.
3. Способ по п. 1, где уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в Т-клетках.
4. Способ по любому из пп. 1-3, где клетка включает CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.
5. Способ по п. 4, где указанный способ детекции включает идентифицирующую активацию Т-клетки.
6. Способ по п. 5, где идентифицирующая активация Т-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где субъект определяется как имеющий лимфому.
8. Способ по п. 7, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.
9. Способ по любому из пп. 1-8, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:
получение клеток из биоптата;
экстракцию РНК из клеток;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; и
секвенирование кДНК.
10. Способ по любому из пп. 1-8, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.
11. Способ по любому из пп. 1-10, выполняемый за 3 недели или менее.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.
13. Способ по любому из пп. 1-11, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.
14. Способ по любому из пп. 1-11, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.
15. Способ по любому из пп. 1-11, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.
16. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта;
совместную экспрессию уникального В-клеточного рецептора и предполагаемого лиганда уникального В-клеточного рецептора из библиотеки в клетке;
детекцию связывания указанного уникального В-клеточного рецептора с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора, и таким образом, идентификацию лиганда уникального В-клеточного рецептора; и
применение у субъекта терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.
17. Способ по п. 16, где уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в Т-клетках.
18. Способ по п. 17, где Т-клетка включает CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.
19. Способ по п. 18. где указанный способ детекции включает идентифицирующую активацию Т-клетки.
20. Способ по п. 19, где идентифицирующая активация Т-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.
21. Способ по любому из пп. 16-20, где субъект определяется как имеющий лимфому.
22. Способ по п. 21, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.
23. Способ по любому из пп. 16-22, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:
получение клеток из биоптата;
экстракцию РНК из клеток;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; и
секвенирование кДНК.
24. Способ по любому из пп. 16-22, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.
25. Способ по любому из пп. 16-14, выполняемый за 3 недели или менее.
26. Способ по любому из пп. 16-25, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.
27. Способ по любому из пп. 16-25, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.
28. Способ по любому из пп. 16-25, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.
29. Способ по любому из пп. 16-25, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.
30. Способ по любому из пп. 16-29, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.
31. Способ по п. 30, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.
32. Способ идентификации лиганда В-клеточного рецептора, включающий:
обеспечение для популяции Т-клеток молекул нуклеиновой кислоты, кодирующих В-клеточный рецептор, и библиотеки химерных антигенных рецепторов (CAR), где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда;
совместную экспрессию В-клеточного рецептора и библиотеки CAR в Т-клетках;
измерение активации Т-клеток, где домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR включает лиганд В-клеточного рецептора, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, активирована; и
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки; и
секвенирование домена предполагаемого лиганда из молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки;
таким образом, идентификацию лиганда В-клеточного рецептора.
33. Способ по п. 32, где В-клеточный рецептор происходит из раковой клетки.
34. Способ по п. 33, где раковой клеткой является клетка лимфомы.
35. Способ по п. 34, где клетка лимфомы получена из опухоли у пациента.
36. Способ по п. 35, где пациент определяется как имеющий лимфому.
37. Способ по п. 36, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.
38. Способ по любому из пп. 32-37, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.
39. Способ по любому из пп. 32-38, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.
40. Способ по п. 39, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.
41. Способ по любому из пп. 32-40, где CAR включает трансмембранный домен.
42. Способ по п. 41, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
43. Способ по любому из пп. 32-42, где CAR включает внутриклеточную область.
44. Способ по п. 43, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок TNF рецептора, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (белок SLAM), активирующий рецептор клетки NK, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, специфически связывающийся с CD83, и/или CD3 дзета.
45. Способ по любому из пп. 32-44, где CAR включает шарнирный домен.
46. Способ по любому из пп. 32-45, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.
47. Способ по любому из пп. 32-45, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии репортерного гена флуоресцентного белка под контролем Jun, NF-κB и/или Rel.
48. Способ по любому из пп. 32-47, дополнительно включающий лечение субъекта, имеющего лимфому, лигандом В-клеточного рецептора, где:
В-клеточный рецептор экспрессируется в опухоли субъекта; и
лиганд В-клеточного рецептора связан с терапевтическим агентом.
49. Способ лечения лимфомы, включающий:
применение у субъекта терапевтически эффективной дозы лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом;
где лиганд В-клеточного рецептора включает домен предполагаемого лиганда, и где CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда, активирует Т-клетки при совместной экспрессии с В-клеточным рецептором клеток лимфомы.
50. Способ по п. 49, где терапевтический агент содержит радиоактивный изотоп.
51. Способ по п. 49, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.
52. Способ по п. 49, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.
53. Способ по п. 49, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.
54. Способ по любому из пп. 49-53, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.
55. Способ по любому из пп. 49-54, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.
56. Способ по п. 55, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.
57. Способ по любому из пп. 49-56, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает трансмембранный домен.
58. Способ по п. 57, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
59. Способ по любому из пп. 49-58, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает внутриклеточную область.
60. Способ по п. 59, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бетa, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, специфически связывающийся с CD83, и/или CD3 дзета.
61. Способ по любому из пп. 49-60, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает шарнирный домен.
62. Способ по любому из пп. 49-61, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.
63. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта;
совместную экспрессию уникального В-клеточного рецептора и химерного антигенного рецептора (CAR) из библиотеки CAR в Т-клетке, где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда;
идентификацию лиганда В-клеточного рецептора путем идентификации активированной Т-клетки, где домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR включает лиганд уникального В-клеточного рецептора, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, активирована; и
применение у субъекта терапевтически эффективной дозы лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.
64. Способ по п. 63, где субъект определяется как имеющий лимфому.
65. Способ по п. 64, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.
66. Способ по любому из пп. 63-65, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:
получение клеток из биоптата;
экстракцию РНК из клеток;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; и
секвенирование кДНК.
67. Способ по любому из пп. 63-65, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.
68. Способ по любому из пп. 63-67, дополнительно включающий приготовление лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.
69. Способ по любому из пп. 63-68, выполняемый за 3 недели или менее.
70. Способ по любому из пп. 63-69, где Т-клетку активируют посредством аутокринной активации CAR.
71. Способ по любому из пп. 63-70, где идентификация лиганда В-клеточного рецептора дополнительно включает:
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки; и
секвенирование домена предполагаемого лиганда молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующего CAR, из активированной Т-клетки.
72. Способ по любому из пп. 63-71, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.
73. Способ по любому из пп. 63-71, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.
74. Способ по любому из пп. 63-71, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.
75. Способ по любому из пп. 63-71, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.
76. Способ по любому из пп. 63-75, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.
77. Способ по любому из пп. 63-75, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.
78. Способ по п. 77, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает Fc область.
79. Способ по любому из пп. 63-78, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает трансмембранный домен.
80. Способ по п. 79, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
81. Способ по любому из пп. 63-80, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает внутриклеточную область.
82. Способ по п. 81, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, и/или лиганд, специфически связывающийся с CD83.
83. Способ по любому из пп. 63-82, где CAR, включающий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает шарнирный домен.
84. Способ по любому из пп. 63-83, где Т-клеточную активацию измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.
85. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессируемого в клетках лимфомы субъекта;
совместную экспрессию уникального В-клеточного рецептора и предполагаемого лиганда уникального В-клеточного лиганда из библиотеки в клетке;
идентификацию лиганда указанного уникального В-клеточного рецептора путем способа детекции, где предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора является лигандом уникального В-клеточного рецептора, если он взаимодействует с уникальным В-клеточным рецептором; и
применение у субъекта терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим агентом.
86. Способ по п. 85, где уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в Т-клетках.
87. Способ по п. 85 или 86, где клетка включает CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.
88. Способ по п. 87, где указанный способ детекции включает идентифицирующую активацию Т-клетки.
89. Способ по п. 88, где идентифицирующая активация Т-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.
90. Способ по любому из пп. 85-89, где субъект определяется как имеющий лимфому.
91. Способ по п. 90, где субъект определяется как имеющий один или несколько однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), ассоциированных с лимфомой.
92. Способ по любому из пп. 85-91, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:
получение клеток из биоптата;
экстракцию РНК из клеток;
синтез кДНК из экстрагированной РНК; и
секвенирование кДНК.
93. Способ по любому из пп. 85-91, где идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК.
94. Способ по любому из пп. 85-93, выполняемый за 3 недели или менее.
95. Способ по любому из пп. 85-94, где терапевтический агент включает радиоактивный изотоп.
96. Способ по любому из пп. 85-94, где лиганд В-клеточного рецептора, связанный с терапевтическим агентом, включает терапевтический CAR.
97. Способ по любому из пп. 85-94, где терапевтический агент включает агент для химиотерапии.
98. Способ по любому из пп. 85-94, где терапевтический агент включает агент для иммунотерапии.
99. Способ по любому из пп. 85-98, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.
100. Способ по п. 99, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает область Fc.
101. Химерный антигенный рецептор (CAR), включающий:
домен предполагаемого лиганда, включающий полипептид из библиотеки циклопептидов;
трансмембранный домен; и
внутриклеточную область.
102. CAR по п. 101, где CAR активирует Т-клетку при совместной экспрессии с В-клеточным рецептором, где лиганд В-клеточного рецептора из В-клеточного рецептора включает домен предполагаемого лиганда.
103. CAR по п. 101 или 102, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
104. CAR по любому из пп. 101-103, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, и/или лиганд, который специфически связывается с CD83.
105. CAR по любому из пп. 101-104, где CAR включает шарнирный домен.
106. CAR по любому из пп. 101-105, где лиганд В-клеточного рецептора включает аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 1.
107. Способ лечения рака у субъекта, включающий сопутствующее введение:
CAR-экспрессирующих Т-клеток, где CAR включает антигенсвязывающий домен, который специфически связывает онкоспецифический антиген онкоспецифическим образом; и
вакцины, включающей полипептид или нуклеиновую кислоту, экспрессирующую онкоспецифический антиген, или его онкоспецифический фрагмент.
108. Способ по п. 107, где онкоспецифический антиген является В-клеточным рецептором.
109. Способ по п. 108, где рак является лимфомой.
110. Способ по любому из пп. 107-109, где полипептид или нуклеиновая кислота включает вариабельную область тяжелой или легкой цепи, или её фрагмент.
111. Способ по п. 107, где онкоспецифический антиген экспрессируется в новообразовании, и включает соматическую мутацию.
112. Способ по п. 111, где не раковые клетки субъекта не имеют соматической мутации.
113. Способ по п. 111 или 112, где мутация является точечной мутацией, мутацией сайта сплайсинга, мутацией со сдвигом рамки считывания, мутацией со сквозным прохождением, или мутацией со слиянием генов.
114. Способ по любому из пп. 111-113, где соматическая мутация включает мутацию EGFRvIII, PSCA, BCMA, CD30, CEA, CD22, L1CAM, ROR1, ErbB, CD123, IL13Rα2, мезотелина, FRα, VEGFR, c-Met, 5T4, CD44v6, B7-H4, CD133, CD138, CD33, CD28, GPC3, EphA2, CD19, ACVR2B, киназы анапластической лимфомы (ALK), MYCN, BCR, HER2, NY-ESO1, MUC1 или MUC16.
115. Способ по любому из пп. 111-114, где рак включает опухоль.
116. Способ по любому из пп. 111-115, где полипептид или нуклеиновая кислота включает соматическую мутацию.
117. Способ по любому из пп. 111-116, где сопутствующее введение осуществляют по меньшей мере два раза, по меньшей мере три раза, по меньшей мере четыре раза, по меньшей мере пять раз, по меньшей мере шесть раз, по меньшей мере семь раз, по меньшей мере восемь раз, по меньшей мере девять раз, или по меньшей мере десять раз у субъекта.
118. Способ по любому из пп. 111-117, где CAR-экспрессирующие Т-клетки вводят перед вакциной.
119. Способ по любому из пп. 111-117, где CAR-экспрессирующие Т-клетки вводят после вакцины.
120. Способ по любому из пп. 111-119, дополнительно включающий идентификацию онкоспецифического антигена у субъекта.
121. Способ по п. 120, где идентификация онкоспецифического антигена включает:
(i) получение раковых клеток у субъекта;
(ii) экстракцию ДНК из клеток; и
(iii) секвенирование ДНК.
122. Способ по п. 121, где идентификация онкоспецифического антигена дополнительно включает сравнение последовательности ДНК, полученной из раковых клеток, с последовательностью ДНК того же самого гена, полученной из нераковых клеток.
123. Способ по п. 120 или 121, где ДНК выделена из опухолевых клеток.
124. Способ по п. 120, где идентификация онкоспецифического антигена включает выделение и секвенирование циркулирующей внеклеточной ДНК у субъекта.
125. Способ по п. 120, где идентификация онкоспецифического антигена включает:
(i) получение раковых клеток у субъекта;
(ii) экстракцию РНК из клеток;
(iii) синтез кДНК из экстрагированной РНК; и
(iv) секвенирование кДНК.
126. Способ по п. 125, где идентификация онкоспецифического антигена дополнительно включает сравнение последовательности кДНК, полученной из раковых клеток, с последовательностью кДНК того же самого гена, полученной из нераковых клеток.
127. Способ по любому из пп. 111-126, где вакцина включает два или более полипептидов, имеющих перекрывающиеся последовательности, каждая из которых экспрессирует фрагмент онкоспецифического антигена.
128. Способ по любому из пп. 111-127, дополнительно включающий обеспечение CAR-экспрессирующих Т-клеток посредством:
(i) идентификации антигенсвязывающего домена, который специфически связывает онкоспецифический антиген онкоспецифическим образом; и
(ii) экспрессии CAR, содержащего антигенсвязывающий домен, в Т-клетках.
129. Способ по любому из пп. 111-128, где полипептид конъюгирован с KLH.
130. Способ по любому из пп. 111-129, где вакцину применяют посредством внутривенного, интраперитонеального, трансмукозального, перорального, подкожного, легочного, интраназального, интрадермального или внутримышечного введения.
131. Способ по любому из пп. 111-130, где вакцину вводят внутриопухолевым способом.
132. Способ по любому из пп. 111-131, где CAR-экспрессирующие Т-клетки вводят путем внутривенного введения.
133. Способ по любому из пп. 111-132, где CAR включает трансмембранный домен.
134. Способ по п. 133, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
135. Способ по любому из пп. 111-134, где CAR включает внутриклеточную область.
136. Способ по п. 135, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, который специфически связывается с CD83, и/или CD3 дзета.
137. Способ по любому из пп. 111-136, где CAR включает шарнирный домен.
138. Способ по любому из пп. 111-137, дополнительно включающий применение агониста TLR9.
139. Способ по п. 138, где онкоспецифическим антигеном является ОХ40.
140. Композиция для лечения рака у субъекта, включающая:
CAR-экспрессирующие Т-клетки, где CAR включает антигенсвязывающий домен, который специфически связывает онкоспецифический антиген онкоспецифическим образом; и
полипептид или нуклеиновую кислоту, экспрессирующую онкоспецифический антиген, или его онкоспецифический фрагмент.
141. Композиция по п. 140, где онкоспецифическим антигеном является В-клеточный рецептор.
142. Композиция по п. 140 или 141, где полипептид или нуклеиновая кислота включает вариабельную область тяжелой или легкой цепи, или её фрагмент.
143. Композиция по п. 140, где онкоспецифический антиген экспрессируется в новообразовании и включает соматическую мутацию.
144. Композиция по п. 143, где нераковые клетки субъекта не имеют соматической мутации.
145. Композиция по п. 143 или 144, где мутация является точечной мутацией, мутацией сайта сплайсинга, мутацией со сдвигом рамки считывания, мутацией со сквозным прохождением, или мутацией со слиянием генов.
146. Композиция по любому из пп. 143-145, где соматическая мутация включает мутацию EGFRvIII, PSCA, BCMA, CD30, CEA, CD22, L1CAM, ROR1, ErbB, CD123, IL13Rα2, мезотелина, FRα, VEGFR, c-Met, 5T4, CD44v6, B7-H4, CD133, CD138, CD33, CD28, GPC3, EphA2, CD19, ACVR2B, киназы анапластической лимфомы (ALK), MYCN, BCR, HER2, NY-ESO1, MUC1 или MUC16.
147. Композиция по любому из пп. 143-146, где полипептид или нуклеиновая кислота включает соматическую мутацию.
148. Композиция по любому из пп. 140-147, где вакцина включает два или более полипептидов, имеющих перекрывающиеся последовательности, каждая из которых экспрессирует фрагмент онкоспецифического антигена.
149. Композиция по любому из пп. 140-148, где полипептид конъюгирован с KLH.
150. Композиция по любому из пп. 140-149, где CAR включает трансмембранный домен.
151. Композиция по п. 150, где трансмембранный домен включает альфа, бета или дзета цепь Т-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
152. Композиция по любому из пп. 140-151, где CAR включает внутриклеточную область.
153. Композиция по п. 152, где внутриклеточная область включает молекулу I класса МНС, белок рецептора TNF, иммуноглобулиноподобный белок, цитокиновый рецептор, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, который специфически связывается с CD83, и/или CD3 дзета.
154. Композиция по любому из пп. 140-153, где CAR включает шарнирный домен.
155. Композиция по любому из пп. 140-154, дополнительно включающая применение агониста TLR9.
156. Композиция по п. 155, где онкоспецифическим антигеном является ОХ40.
157. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий применение у субъекта терапевтически эффективного количества CARТ клетки, экспрессирующей первый CAR, где:
(i) первый CAR включает антигенсвязывающий домен, который содержит полипептид из библиотеки циклопептидов, связывающий уникальный В-клеточный рецептор, экспрессированный в клетках лимфомы субъекта;
(ii) антигенсвязывающий домен идентифицирован посредством:
(a) идентификации уникального В-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы субъекта;
(b) коэкспрессии уникального В-клеточного рецептора и второго CAR из библиотеки CAR в Т-клетке, где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда, который включает полипептид из библиотеки циклопептидов; и
(с) идентификации антигенсвязывающего домена первого CAR путем идентификации активированной Т-клетки, где домен предполагаемого лиганда второго CAR из библиотеки CAR включает антигенсвязывающий домен первого CAR, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и второй CAR, активирована; и
(iii) первый CAR обладает большей специфичностью и/или активностью, чем контроль.
158. Способ по п.157, где контроль включает CART-клетку.
159. Способ по п.158, где антигенсвязывающий домен CAR, экспрессированный CARТ-клеткой, связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор.
160. Способ по п.158 или 159, где антигенсвязывающий домен связывает CD-19.
161. Способ по любому из пп.157-160, где первый CAR и второй CAR являются одним и тем же CAR.
162. Способ по любому из пп.159-160, где первый CAR и второй CAR являются разными CAR.
163. Способ по любому из пп.159-162, где активность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по сравнению с контролем.
164. Способ по п.163, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, на 0%-10% выше, чем в контроле, при измерении по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 1:1-10:1.
165. Способ по п.163, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 10% выше, чем в контроле, по результатам измерения по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.
166. Способ по любому из пп.163-165, где контроль включает CAR, содержащий антигенсвязывающий домен, который связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор, экспрессированный на клетках, экспрессирующих уникальный В-клеточный рецептор.
167. Способ по любому из пп.159-166, где специфичность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор.
168. Способ по п.167, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор, составляет менее 10%, при измерении по % лизиса.
169. Способ по п.167, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор, на 0-10% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках при отношении эффектор: мишень менее 10:1.
170. Способ по п.167, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, которые не экспрессируют уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 15% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.
171. Способ по любому из пп.159-170, где лечение приводит к снижению синдрома выброса цитокинов (СВЦ), по сравнению с субъектом, получавшим контрольное лечение.
172. Способ лечения лимфомы в популяции субъектов, включающий:
выбор субъектов, имеющих лимфому; и
применение у каждого субъекта терапевтически эффективного количества CARТ-клетки, экспрессирующей первый CAR, уникальный для В-клеточного рецептора, экспрессированного на клетках лимфомы каждого субъекта, где:
(i) первый CAR включает антигенсвязывающий домен, содержащий полипептид из библиотеки циклопептидов, который связывает уникальный В-клеточный рецептор, экспрессированный в клетках лимфомы каждого субъекта;
(ii) антигенсвязывающий домен идентифицирован посредством:
(а) идентификации уникального В-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы субъекта;
(b) коэкспрессии уникального В-клеточного рецептора и второго CAR из библиотеки CAR в Т-клетке, где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда, который включает полипептид из библиотеки циклопептидов; и
(c) идентификации антигенсвязывающего домена первого CAR посредством идентификации активированной Т-клетки, где домен предполагаемого лиганда второго CAR из библиотеки CAR включает антигенсвязывающий домен первого CAR, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и второй CAR, активирована; и
(iii) первый CAR обладает большей специфичностью и/или активностью, чем контроль.
173. Способ по п.172, где контроль включает CART-клетку.
174. Способ по п.173, где антигенсвязывающий домен CAR, экспрессированный CARТ-клеткой, связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор.
175. Способ по п.172 или 173, где антигенсвязывающий домен связывает CD-19.
176. Способ по любому из пп.172-175, где первый CAR и второй CAR являются одним и тем же CAR.
177. Способ по любому из пп. 172-175, где первый CAR и второй CAR являются разными CAR.
178. Способ по любому из пп.172-177, где активность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по сравнению с контролем.
179. Способ по п.178, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, на 0%-10% выше, чем в контроле, при измерении по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 1:1-10:1.
180. Способ по п.178, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 10% выше, чем в контроле, при измерении по % лизиса, при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.
181. Способ по любому из пп.178-180, где контроль включает CAR, содержащий антигенсвязывающий домен, который связывает иной лиганд, чем В-клеточный рецептор, экспрессированный на клетках, экспрессирующих уникальный В-клеточный рецептор.
182. Способ по любому из пп.172-181, где специфичность включает цитотоксичность по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор.
183. Способ по п.182, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, составляет менее 10% при измерении по % лизиса.
184. Способ по п.182, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, на 0-10% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках, при отношении эффектор: мишень менее 10:1.
185. Способ по п.182, где цитотоксичность CART по отношению к клеткам, не экспрессирующим уникальный В-клеточный рецептор, по меньшей мере на 15% меньше цитотоксичности контроля, который связывает лиганд, экспрессированный на клетках, при отношении эффектор: мишень 10:1 или более.
186. Способ быстрой идентификации персонализированного антитела, связывающего лиганд, специфичный для В-клеточной лимфомы, например, лиганд В-клеточного рецептора, включающий:
идентификацию В-клеточного рецептора из клетки В-клеточной лимфомы;
обеспечение популяции молекул нуклеиновых кислот Т-клеток, кодирующих В-клеточный рецептор, и библиотеки химерных антигенных рецепторов (CAR), где каждый CAR в библиотеке включает отдельный домен предполагаемого лиганда;
коэкспрессию В-клеточного рецептора и библиотеки CAR в Т-клетках;
измерение активации Т-клеток, где домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR включает лиганд В-клеточного рецептора, если Т-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, активирована; и
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки; и
секвенирование домена предполагаемого лиганда из молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, из активированной Т-клетки;
таким образом, идентификацию лиганда В-клеточного рецептора.
187. Способ по п.186, где лиганд В-клеточного рецептора идентифицируют за 4 недели, за 3 недели, за 2 недели, или за 1 неделю.
188. Способ по п.187, где лиганд В-клеточного рецептора идентифицируют за 3 недели.
189. Способ по любому из пп.186-188, где клетка В-клеточной лимфомы получена из опухоли пациента.
190. Способ по любому из пп.186-189, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из 30 аминокислот или менее.
191. Способ по любому из пп.186-190, где домен предполагаемого лиганда включает полипептид из библиотеки циклопептидов.
192. Способ по п.191, где домен предполагаемого лиганда дополнительно включает Fc область.
193. Способ по любому из пп.186-192, где активацию Т-клеток измеряют по повышению экспрессии CD69 или CD25.
194. Способ по любому из пп.186-192, где активацию Т-клеток измеряют по повышению экспрессии гена-репортера флуоресцентного белка под контролем Jun, NF-κB и/или Rel.
195. Способ по любому из пп.186-194, дополнительно включающий лечение субъекта, имеющего лимфому, лигандом В-клеточного рецептора, где лиганд В-клеточного рецептора связан с терапевтическим агентом.