КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ КОНТРОЛЯ КАЧЕСТВА И МАТЕРИАЛЫ ДЛЯ КОНТРОЛЯ В ВИДЕ ЦЕЛОГО ОРГАНИЗМА ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ В ТЕСТИРОВАНИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

1. Композиция для контроля качества, используемая для оценивания функциональности теста нуклеиновых кислот (NAT), при этом NAT используют для выявления наличия организма и целевой последовательности нуклеиновой кислоты в тестируемом объекте, при этом композиция для контроля качества содержит:
(a) первую защищенную последовательность нуклеиновой кислоты, включающую в себя первую последовательность нуклеиновой кислоты, наличие которой является характеристикой наличия организма в тестируемом объекте, при этом указанная первая последовательность нуклеиновой кислоты подлежит тестированию в NAT; и
(b) вторую защищенную последовательность нуклеиновой кислоты, включающую в себя вторую последовательность нуклеиновой кислоты, наличие которой является характеристикой наличия целевой последовательности нуклеиновой кислоты в тестируемом объекте, при этом указанная вторая последовательность нуклеиновой кислоты подлежит тестированию на наличие в NAT,
при этом первая и вторая защищенные последовательности нуклеиновой кислоты находятся вместе в одной или по отдельности в более чем одной защитной среде-носителе, при этом защитные среды-носители могут принадлежать к одному или к разным типам защитных сред-носителей,
при этом вторая защищенная последовательность нуклеиновой кислоты в естественных условиях не присутствует в своей защитной среде-носителе.
2. Композиция по п. 1, в которой защитные среды-носители защищают соответствующие им последовательности нуклеиновых кислот, так что последовательности нуклеиновых кислот могут быть по сути извлечены на стадиях экстракции нуклеиновой кислоты в NAT.
3. Композиция по п. 1 или 2, в которой по меньшей мере одна из защитных сред-носителей представляет собой среду-носитель, которая обладает теми же или подобными свойствами защиты нуклеиновой кислоты при обработке посредством NAT, что и среда-носитель, наличие которой подлежит тестированию в тестируемом образце.
4. Композиция по любому из пп. 1-3, в которой по меньшей мере одна из защитных сред-носителей представляет собой организм, который обладает теми же или подобными свойствами защиты нуклеиновой кислоты при обработке посредством NAT, что и организм, наличие которого подлежит тестированию в тестируемом образце.
5. Композиция по любому из пп. 1-4, в которой защитная среда-носитель представляет собой любые заключающие или ассоциирующие вещество или барьер.
6. Композиция по любому из пп. 1-5, в которой защита последовательностей нуклеиновых кислот может быть опосредована их включением в защитную среду-носитель или их ассоциацией с защитной средой-носителем.
7. Композиция по любому из пп. 1-6, в которой защитная среда-носитель первой и второй защищенных последовательностей нуклеиновых кислот независимо выбрана из группы, состоящей из вируса, вирусоподобной частицы, бактерии, эукариотической клетки, безъядерной клетки, липосомы, везикулы, белкового капсида или оболочки, микрокомпартмента, нановезикулы, экзосомы, мицеллы, твердой липидной наночастицы, покрытой липидом частицы, нанотрубки, нанокристалла, полимерной наночастицы, неорганической наночастицы, интерполиэлектролитного комплекса (полиплекса) или дендримера.
8. Композиция по любому из пп. 1-7, в которой защитная среда-носитель первой последовательности нуклеиновой кислоты представляет собой организм, который обладает теми же или подобными свойствами защиты последовательности нуклеиновой кислоты при обработке посредством NAT, что и организм или организм, содержащий целевую последовательность, наличие которой подлежит тестированию в тестируемом объекте, при этом защитная среда-носитель не содержит целевую последовательность нуклеиновой кислоты.
9. Композиция по любому из пп. 1-8, в которой защитная среда-носитель первой защищенной последовательности нуклеиновой кислоты представляет собой организм, который подлежит тестированию на наличие в NAT, без целевой последовательности нуклеиновой кислоты, и первая последовательность нуклеиновой кислоты представляет собой нативный геном организма, который не содержит целевую последовательность нуклеиновой кислоты.
10. Композиция по любому из пп. 1-9, в которой: (i) организм, содержащий целевую последовательность нуклеиновой кислоты, подлежащую тестированию на наличие в NAT, представляет собой вирулентный, или патогенный, или токсический организм, или при этом, если целевая последовательность нуклеиновой кислоты присутствует с дополнительными последовательностями или без таковых, вирулентный, или патогенный, или токсический признак присваивается организму; и (ii) защитная среда-носитель первой защищенной последовательности нуклеиновой кислоты является менее или невирулентной и/или непатогенной формой организма, содержащего нативную геномную последовательность нуклеиновой кислоты, которая не включает в себя целевую последовательность нуклеиновой кислоты.
11. Композиция по любому из пп. 1-10, в которой организм, содержащий целевую последовательность нуклеиновой кислоты, подлежащую тестированию на наличие в NAT, представляет собой конкретный штамм или набор штаммов, принадлежащих к виду или роду организма, при этом защитная среда-носитель первой защищенной последовательности нуклеиновой кислоты представляет собой типичный штамм вида или рода, содержащий нативную геномную последовательность нуклеиновой кислоты, но не целевую последовательность нуклеиновой кислоты.
12. Композиция по любому из пп. 1-11, в которой вторая защищенная последовательность нуклеиновой кислоты находится в защитной среде-носителе, отличной от таковой первой защищенной последовательности нуклеиновой кислоты.
13. Композиция по любому из пп. 1-11, в которой первая и вторая защищенные последовательности нуклеиновых кислот находятся в одной защитной среде-носителе.
14. Композиция по п. 13, в которой вторая последовательность нуклеиновой кислоты рекомбинирована в геномную последовательность нуклеиновой кислоты ее защитной среды-носителя или является экзогенной по отношению к геномной последовательности нуклеиновой кислоты защитной среды-носителя.
15. Композиция по любому из пп. 1-14, в которой вторая последовательность нуклеиновой кислоты: (i) выбрана из части последовательности нуклеиновой кислоты, характерной для целевой последовательности нуклеиновой кислоты, или (ii) является модифицированной, так что вторая последовательность нуклеиновой кислоты не будет экспрессироваться с обеспечением экспрессии генетического признака целевой последовательности, либо отдельно, либо в комбинации с другими последовательностями нуклеиновых кислот в композиции.
16. Композиция по любому из пп. 1-15, при этом композиция содержит более чем одну первую последовательность нуклеиновой кислоты, и каждая первая последовательность нуклеиновой кислоты представляет собой другую последовательность нуклеиновой кислоты, характерную для организма в тестируемом объекте, при этом по меньшей мере одна, но необязательно все, из первых последовательностей нуклеиновых кислот подлежит тестированию на наличие в NAT.
17. Композиция по п. 16, в которой первые последовательности нуклеиновых кислот перекрываются.
18. Композиция по п. 16, в которой первые последовательности нуклеиновых кислот не перекрываются.
19. Композиция по любому из пп. 16, 17 или 18, в которой каждая из первых последовательностей нуклеиновых кислот находится в отдельной защитной среде-носителе, в более чем одной защитной среде-носителе или в одной защитной среде-носителе.
20. Композиция по любому из пп. 16-19, в которой более чем одна из первых последовательностей нуклеиновых кислот тестируется на наличие в NAT, и наличие более чем одной из первых последовательностей нуклеиновых кислот является необходимым для определения наличия организма.
21. Композиция по любому из пп. 1-20, при этом композиция содержит более чем одну из вторых последовательностей нуклеиновых кислот, каждая вторая последовательность нуклеиновой кислоты представляет собой другие последовательности нуклеиновой кислоты, характерные для наличия целевой последовательности нуклеиновой кислоты, при этом по меньшей мере одна, но не обязательно все, из вторых последовательностей нуклеиновых кислот подлежит тестированию на наличие в NAT.
22. Композиция по п. 21, в которой вторые последовательности нуклеиновых кислот перекрываются.
23. Композиция по п. 21, в которой вторые последовательности нуклеиновых кислот не перекрываются.
24. Композиция по любому из пп. 21, 22 или 23, в которой каждая из вторых последовательностей нуклеиновых кислот находится в отдельной защитной среде-носителе, в более чем одной защитной среде-носителе или в одной защитной среде-носителе.
25. Композиция по любому из пп. 21-24, в которой более чем одна из вторых последовательностей нуклеиновых кислот тестируется на наличие в NAT, и наличие более чем одной из вторых последовательностей нуклеиновых кислот является необходимым для определения наличия организма или целевой последовательности нуклеиновой кислоты, наличие которых в тестируемом объекте подлежит тестированию с помощью NAT.
26. Композиция по любому из пп. 1-25, в которой первая и вторая последовательности нуклеиновых кислот находятся в одной и той же защитной среде-носителе, при этом указанная защитная среда-носитель является менее патогенной, или менее вирулентной, или менее токсической формой или обладает меньшим потенциалом причинения вреда по сравнению с организмом, предположительно присутствующим в тестируемом объекте.
27. Композиция по любому из пп. 1-11, в которой первая и вторая последовательности нуклеиновых кислот находятся в разных защитных средах-носителях, первая последовательность нуклеиновой кислоты находится в защитной среде-носителе, которая является менее вирулентной, менее патогенной формой организма в тестируемом объекте, содержащем нативную последовательность нуклеиновой кислоты, и вторая последовательность нуклеиновой кислоты находится во втором организме в качестве защитной среды-носителя, который не содержит последовательность нуклеиновой кислоты первой защищенной последовательности нуклеиновой кислоты.
28. Композиция, содержащая любую из композиций по любому из пп. 1-27, при этом, если NAT используется для выявления наличия одного или нескольких дополнительных организмов в тестируемом объекте, то композиция дополнительно включает в себя один или несколько дополнительных контролей для одного и того же или другого организма или организмов, или целевой последовательности или последовательностей нуклеиновой кислоты в NAT.
29. Композиция по п. 28, в которой один или несколько дополнительных контролей выбраны из одного или несколько из:
(a) одной или нескольких композиций по любому из пп. 1-27, при этом NAT используется для выявления одних и тех же или других организма или организмов, или целевой последовательности или последовательностей нуклеиновой кислоты в тестируемом объекте;
(b) одного или нескольких организмов или других конструкций, содержащих последовательности нуклеиновых кислот, наличие которых подлежит тестированию в NAT; и
(c) одного или нескольких организмов, антител, белков, липидов, полисахаридов или нуклеиновых кислот, представляющих собой материалы тестового положительного контроля для теста, подлежащего выполнению одновременно с NAT.
30. Композиция по п. 29, содержащая антитело.
31. Композиция по п. 29 или 30, при этом тестируемый образец подлежит тестированию на предмет наличия двух организмов, один из которых имеет одну последовательность нуклеиновой кислоты, подлежащую тестированию на наличие в NAT, а другой имеет две последовательности нуклеиновых кислот, тестируемые на наличие в NAT, и композиция для контроля качества включает в себя три организма, две первых защищенных последовательности нуклеиновых кислот и одну вторую защищенную последовательность нуклеиновой кислоты в отдельной защитной среде-носителе, при этом каждая из защищенных последовательностей нуклеиновых кислот выявляется в NAT.
32. Композиция по п. 16, при этом композиция включает в себя три организма, одну первую защищенную последовательность нуклеиновой кислоты в защитной среде-носителе, которая отличается от организма в тестируемом объекте, и две вторые защищенные последовательности нуклеиновых кислот в отдельных организмах, каждая из которых включает в себя нуклеиновые кислоты, в естественных условиях не присутствующие в среде-носителе, при этом каждая из вторых защищенных последовательностей нуклеиновых кислот характерна для наличия одного из организмов в тестируемом объекте, и каждая из защищенных последовательностей нуклеиновых кислот является объектом NAT.
33. Композиция по любому из пп. 1-7, при этом в NAT тестируется наличие устойчивой к метициллину Staphylococcus aureus в тестируемом объекте, в том числе тестируется последовательность нуклеиновой кислоты, которая обычно обнаруживается в Staphylococcus aureus, и последовательность нуклеиновой кислоты, которая является характерной для целевой последовательности нуклеиновой кислоты устойчивости к метициллину, композиция, содержащая первую и вторую защищенные нуклеиновые кислоты, при этом первая защищенная нуклеиновая кислота содержит последовательность, нативную для штаммов Staphylococcus aureus, которые не экспрессируют устойчивость к метициллину, а вторая защищенная нуклеиновая кислота включает в себя последовательность, характерную для устойчивости к метициллину, модифицированную или немодифицированную, но которая сама по себе не может обеспечивать устойчивость к метициллину ее защитной среде-носителю отдельно или в комбинации.
34. Композиция по любому из пп. 28-33, дополнительно содержащая по меньшей мере один эпитоп антитела, тестируемого в иммуноанализе, при этом антитело является специфическим для организма или вещества в тестируемом объекте.
35. Композиция по любому из пп. 1-34, в которой вторая последовательность нуклеиновой кислоты находится в незащищенной среде-носителе в количестве, достаточном для выявления в NAT, несмотря на потерю значительного количества указанной последовательности нуклеиновой кислоты, при этом потеря значительно больше, чем для последовательности нуклеиновой кислоты, если она защищена при выполнении NAT.
36. Композиция по любому из пп. 1-35, содержащая одну или несколько первых последовательностей нуклеиновых кислот, содержащих по отдельности или вместе от 0,5 до 100% генома, нативного для организма, подлежащего тестированию на наличие в NAT, или более чем 90%, или более чем 80%, или более чем 70%, или более чем 60%, или более чем 50%, или более чем 40%, или более чем, 30%, или более чем 20%, или более чем 15%, или более чем 10%, или более чем 5%, или более чем 4%, или более чем, 3%, или более чем 2%, или более чем 1%.
37. Способ получения композиции по любому из пп. 1-36, предусматривающий стадии получения первой и второй защищенных последовательностей нуклеиновых кислот с помощью естественной или генетической модификации защитной среды-носителя с первой и второй последовательностями нуклеиновых кислот, или с помощью физических или химических средств для присоединения последовательностей нуклеиновых кислот к защитной среде-носителю или включения таковых в защитную среду-носитель.
38. Способ по п. 37, в котором вторую последовательность нуклеиновой кислоты вводят в защитную среду-носитель, при этом защитная среда-носитель представляет собой организм, с интеграцией или без интеграции в геномные последовательности организма.
39. Способ по п. 37 или 38, в котором вторая последовательность нуклеиновой кислоты содержится в векторе и вводится в ее защитную среду-носитель с помощью транзиентной трансфекции, вводится с помощью вирусной трансдукции или встраивается в геном организма.
40. Способ по п. 39, в котором вторую последовательность нуклеиновой кислоты встраивают в геном с помощью интегративного вектора или с помощью технологий с использованием кластеризованных регулярных промежуточных коротких палиндромных повторов (CRISPR), подобных активаторам транскрипции эффекторных нуклеаз (TALEN) или нуклеаз с «цинковыми пальцами» (ZFN), или с помощью таких подобных технологий, которые существуют или могут появиться в уровне техники, которые облегчают искусственное введение последовательностей нуклеиновых кислот в организмы и векторы нуклеиновых кислот.
41. Способ оценивания функциональности NAT, предусматривающий подвергание композиции для контроля качества по любому из пп. 1-36 NAT и определение того, дает ли NAT результат, который согласуется с наличием организма, который является целью. NAT.
42. Способ по п. 41, в котором стадия определения включает в себя определение того, дает ли NAT результат, который согласуется с нуклеотидными последовательностями, которые, как известно, присутствуют в композиции для контроля качества.
43. Способ по п. 41 или 42, при котором используют предварительно определенное количество композиции для контроля качества на разных уровнях для определения количественных результатов NAT и/или параметров выявления NAT.
44. Способ выявления организма или целевой последовательности нуклеиновой кислоты в тестируемом образце с использованием NAT, предусматривающий:
(a) получение тестируемого образца, предположительно содержащего представляющие интерес организм или целевую последовательность нуклеиновой кислоты;
(b) обеспечение композиции для контроля качества по любому из пп. 1-36, необязательно в среде, соответствующей среде тестируемого объекта;
(c) выполнение тестов нуклеиновых кислот (NAT) в каждой из (а) и (b) параллельно или последовательно; и
(d) сравнение результатов, полученных с помощью NAT для тестируемого объекта, с результатами, полученными с помощью NAT для композиции для контроля качества, для оценивания функциональности NAT и для обеспечения подтверждающих доказательств точности результатов NAT для тестируемого объекта.
45. Способ по п. 44, в котором среду для тестируемого объекта выбирают из группы, состоящей из цельной крови, сыворотки, плазмы, дефибринированной плазмы, пула стабилизированной плазмы, спинномозговой жидкости, мочи, слюны, спермы, мокроты, мазка из носа и вагинального мазка, воды, буфера, раствора, транспортной среды, клеточной культуральной среды и фиксирующей среды.
46. Способ выявления организма или целевой последовательности нуклеиновой кислоты в организме в биологическом тестируемой образце, предусматривающий:
(a) получение биологического образца, предположительно содержащего представляющие интерес организм или последовательность нуклеиновой кислоты;
(b) обеспечение композиции для контроля качества по любому из пп. 28-34 в среде, соответствующей среде тестируемого образца, и дополнительно содержащей элемент экспрессии или эпитоп для характеристики или белка, в естественных условиях не присутствующих в организме, используемом в качестве защитной среды-носителя для первой защищенной последовательности нуклеиновой кислоты;
(c) выявление представляющих интерес организма или последовательности нуклеиновой кислоты и/или экспрессируемого элемента с использованием тестов нуклеиновых кислот (NAT);
(d) необязательно выявление белка, кодируемого экспрессируемым элементом, в иммуноанализе или анализе на основе экспрессии; и
(e) сравнение содержаний нуклеиновых кислот и/или экспрессируемого элемента, выявляемых в биологическом образце, с содержаниями нуклеиновых кислот и/или экспрессируемого элемента, выявляемых в композиции для контроля качества.
47. Способ по п. 46, в котором белок (белки) в иммуноанализе содержит (содержат) по меньшей мере один эпитоп антитела, который выявляют с использованием антитела.
48. Способ по п. 46 или 47, в котором организм, подлежащий выявлению с помощью NAT в тестируемом образце, выявляют одновременно с помощью как NAT, так и иммуноанализа.
49. Способ по п. 46 или 47, в котором организм, подлежащий выявлению с помощью NAT в тестируемом образце, выявляют последовательно с помощью как NAT, так и иммуноанализа.
50. Способ по любому из пп. 46-49, в котором иммуноанализ включает в себя чип, форматы микрочипов, форматы на основе планшета, форматы на основе гранул или форматы на основе геля.
51. Способ по любому из пп. 46-50, в котором контроль для иммуноанализа или анализа на основе экспрессии обеспечивают в виде жидкости или в виде твердого вещества.
52. Композиция по любому из пп. 1-36 или способ по любому из пп. 37-51, при этом NAT включает в себя одну или несколько из следующих методик амплификации и/или выявления последовательности нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (PCR), полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-PCR), мультиплексной PCR или RT-PCR, анализа разветвленных цепей ДНК, лигазной цепной реакции, опосредованной транскрипцией амплификации (ТМА), основанной на последовательности нуклеиновой кислоты амплификации (NASBA), амплификации с замещением нитей (SDA), секвенирования нуклеиновых кислот и секвенирования следующего поколения (NGS), а также таких подобных технологий, которые существуют или могут появиться в уровне техники, которые облегчают амплификацию и/или выявление последовательностей нуклеиновых кислот.
53. Набор для оценивания функциональности теста нуклеиновых кислот (NAT), содержащий любую одну или несколько из композиций по любому из пп. 1-36 и необязательно указания по применению.
54. Набор по п. 53, содержащий указания по применению.
55. Набор по п. 54, в котором указания по применению включают в себя указания по выполнению способов по любому из пп. 37-51.
56. Композиция для контроля качества по любому из пп. 1-8, используемая для оценивания функциональности теста нуклеиновых кислот (NAT), при этом контроль представляет собой композицию для контроля в виде целого организма, содержащую целый организм в качестве защитной среды-носителя, при этом целый организм включает в себя: i) по меньшей мере одну первую защищенную последовательность нуклеиновой кислоты с первой последовательностью нуклеиновой кислоты, которая обеспечивает характеристику того организма, который тестируется в NAT, и ii) по меньшей мере одну вторую защищенную последовательность нуклеиновой кислоты со второй последовательностью нуклеиновой кислоты, обеспечивающей характеристику, в естественных условиях не присутствующей в организме, который тестируется в NAT.
57. Композиция для контроля качества по любому из пп. 1-8, используемая для оценивания функциональности теста нуклеиновых кислот (NAT), при этом контроль представляет собой композицию для контроля в виде целого организма, содержащую защитную среду-носитель в виде целого организма, включающую в себя: i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику, в естественных условиях не присутствующую в организме, тестируемом в тесте нуклеиновых кислот (NAT), и ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую вторую характеристику, в естественных условиях не присутствующую в организме и тестируемую в NAT.
58. Композиция для контроля качества по любому из пп. 1-8, используемая для оценивания функциональности теста нуклеиновых кислот (NAT), при этом контроль представляет собой композицию для контроля в виде целого организма, содержащую два или более целых организма в качестве защитных сред-носителей, при этом композиция включает в себя: i) первый интактный организм, содержащий по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, которая является характеристикой этого организма, тестируемого в тесте нуклеиновых кислот (NAT), в качестве первой защищенной нуклеотидной последовательности, и ii) по меньшей мере второй организм, включающий в себя вторую последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику, в естественных условиях не присутствующую в первом или втором организме и тестируемую в NAT, в качестве второй защищенной последовательности нуклеиновой кислоты.
59. Композиция по любому из пп. 56-58, в которой защитная среда-носитель в виде целого организма обладает теми же или подобными свойствами защиты последовательности нуклеиновой кислоты при обработке посредством NAT, что и организм, или организм, содержащий целевую последовательность нуклеиновой кислоты, наличие которой подлежит тестированию в тестируемом объекте, при этом защитная среда-носитель не содержит целевую последовательность нуклеиновой кислоты.
60. Композиция по любому из пп. 56-59, в которой в естественных условиях не присутствующая последовательность нуклеиновой кислоты вводится в целый организм с помощью естественной или генетической модификации с интеграцией или без интеграции в геномные последовательности организма.
61. Композиция по любому из пп. 56-60, в которой в естественных условиях не присутствующая последовательность нуклеиновой кислоты содержится в векторе, вводимом в организм с помощью транзиентной трансфекции, вводимом с помощью вирусной трансдукции или встраиваемом в геном организма.
62. Композиция по п. 60, в которой в естественных условиях не присутствующая последовательность нуклеиновой кислоты встраивается в геном целого организма с помощью технологий с использованием кластеризованных регулярных промежуточных коротких палиндромных повторов (CRISPR), подобных активаторам транскрипции эффекторных нуклеаз (TALEN) или нуклеаз с «цинковыми пальцами» (ZFN), или с помощью таких подобных технологий, которые существуют или могут появиться в уровне техники, которые облегчают искусственное введение последовательностей нуклеиновых кислот в организмы и векторы нуклеиновых кислот.
63. Композиция по любому из пп. 56-62, в которой в естественных условиях не присутствующая последовательность нуклеиновой кислоты кодирует всю или часть целевой последовательности нуклеиновой кислоты, которая является вариантом гена, подлежащего тестированию в NAT.
64. Композиция по любому из пп. 56-63, при этом NAT включает в себя одну или несколько из следующих методик амплификации и/или выявления последовательности нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (PCR), полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-PCR), мультиплексной PCR или RT-PCR, анализа разветвленных цепей ДНК, лигазной цепной реакции, опосредованной транскрипцией амплификации (ТМА), основанной на последовательности нуклеиновой кислоты амплификации (NASBA), амплификации с замещением нитей (SDA), секвенирования нуклеиновых кислот и секвенирования следующего поколения (NGS), а также таких подобных технологий, которые существуют или могут появиться в уровне техники, которые облегчают амплификацию и/или выявление последовательностей нуклеиновых кислот.
65. Композиция по любому из пп. 56-64, в которой организмы выбраны из группы, состоящей из бактерий, вирусов, грибков, Archaea, простейших, паразитов и эукариотических клеток.
66. Композиция по п. 58, содержащая два или более организма в качестве первой и второй защитных сред-носителей, при этом организмы могут принадлежать одному и тому же виду или разным видам в семействе организмов, и необязательно композиция содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, содержащие последовательности нуклеиновых кислот, характерные для нуклеиновой кислоты в тестируемом объекте, подлежащем тестированию на наличие в NAT.
67. Композиция по п. 58 или 66, при этом, если композиция включает в себя два или более организма, первый и второй или дополнительный организмы в качестве защитных сред-носителей для защищенных последовательностей нуклеиновых кислот могут принадлежать одной и той же филогенетической линии или разным филогенетическим линиям.
68. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой эукариоту, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее, паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируются на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
69. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой бактерию, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее, паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируют на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
70. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой вирус, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее или паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируют на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
71. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой грибок, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее, паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируют на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
72. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой Archaea, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее, паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируют на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
73. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой простейшее, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее, паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируют на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
74. Композиция по п. 67, в которой первый организм представляет собой паразита, а второй или дополнительный организм представляет собой эукариоту, бактерию, вирус, грибок, Archaea, простейшее, паразита, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируют на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиду, или липосому, или везикулу, или белковый капсид или оболочку, или микрокомпартмент, или нановезикулу, или экзосому, или мицеллу, или твердую липидную наночастицу, или покрытую липидом частицу, или нанотрубку, или нанокристалл, или полимерную наночастицу, или неорганическую наночастицу, или интерполиэлектролитный комплекс (полиплекс), или дендример.
75. Композиция по п. 66, в которой, если организм представляет собой бактерию, то первый организм и второй или дополнительный организм представляет собой один и тот же вид бактерии или другой вид бактерии.
76. Композиция по п. 66, в которой, если организм представляет собой вирус, то первый организм и второй или дополнительный организм представляет собой один и тот же вид вируса или другой вид вируса.
77. Композиция по п. 66, в которой первый организм представляет собой эукариотическую клетку, а второй или дополнительный организм представляет собой бактерию.
78. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой бактерия выбрана из группы, состоящей из Staphylococcus, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Gonorrhea, Neisseria gonorrhoeae, Enterococcus, Mycobacterium tuberculosis и Escherichia coli.
79. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой вирус выбран из группы, состоящей из вируса иммунодефицита человека, вируса гепатита С, вируса гепатита В, цитомегаловируса, бакуловируса, лимфотрофического вируса человека, вируса Эпштейна-Барр, парвовируса, вируса простого герпеса, вируса герпеса человека 8 типа и вируса гепатита А.
80. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой грибок выбран из группы, состоящей из Candida albicans, Aspergillus fumigatus и Cryptococcus neoformans, не являющихся fumigatus Aspergillus, Zygomycetes, Fusarium и Pseudallescheria boydii.
81. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой Archaea выбран из группы, состоящей из Euryarchaeota, Crenarchaeota, Nanoarchaeota, Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota, Korarchaeota, Metallosphera sedula, Methanobacterium thermoautotrophicum, Methanococcus jannaschii, Methanococcus jannaschii, Pyrococcus abyssi ST549, Pyrococcus furiosus, Pyrococcus furiosus, Pyrococcus furiosus, Pyrococcus furiosus, Sulfolobus shibatae, Sulfolobus solfataricus Gθ, Sulfolobus solfataricus MT4, Thermococcusbarosii и Thermococcus litoralis.
82. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой простейшее выбрано из группы, состоящей из Amoeba proteus, Euglena gracilis, Paramecium Aurelia, Plasmodium falciparum и Pediastrum boryanum.
83. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой паразит выбран из группы, состоящей из эктопаразитов, эндопаразитов, мезопаразитов, паразитоидов, гиперпаразитов, социальных паразитов и адельфопаразитов.
84. Композиция по любому из пп. 65-77, в которой эукариотическая клетка выбрана из группы, состоящей из клеток яичника китайского хомячка (СНО, СНО-K1, СНО pro-3, DUKX-X11, DG44), почки эмбриона человека 293 (HEK 293, HEK 293Т), клеток Мадин-Дарби почек собак (MDCK), клеток миеломы мыши (NSO, Sp2/0 или других), мышиного эритролейкоза (MEL), клеток почки африканской зеленой обезьяны (COS, Vero или других), клеток насекомых (Spodoptera frugiperda, Sf9, Sf21, Trichoplusia ni или других) и клеток дрожжей (Pichia pastoris, Saccharomyces cerevisiae или других).
85. Композиция по любому из пп. 56-84, в которой контроль в виде целого организма включает в себя: а) первый организм дикого типа без какой-либо генетической модификации и генную последовательность или последовательности, которые являются целевыми для NAT; и b) второй организм, который включает в себя модифицированную последовательность нуклеиновой кислоты, которая также выявляется с помощью NAT.
86. Композиция по любому из пп. 56-85, в которой контроль в виде целого организма включает в себя: а) первый организм дикого типа без какой-либо генетической модификации и генную последовательность или последовательности, которые являются целевыми для NAT; и b) второй организм, который также выявляется с помощью NAT.
87. Композиция по любому из пп. 56-86, в которой вторая последовательность нуклеиновой кислоты кодирует ген, выбранный из группы, состоящей из гена устойчивости к антибиотику, гена устойчивости к лекарственному средству, биомаркера, маркера ускользания от распознавания иммунной системой, гена вируса, онкогена или подавляющего опухоль гена.
88. Композиция по п. 87, в которой ген устойчивости к антибиотику выбран из группы, состоящей из aac2ia, aac2ib, aac2ic, aac2id, aac2i, aac3ia, aac3iia, aac3iib, aac3iii, aac3iv, aac3ix, aac3vi, aac3viii, aac3vii, аас3х, aac6i, aac6ia, aac6ib, aac6ic, aac6ie, aac6if, aac6ig, aac6iia, aac6iib, aad9, aad9ib, aadd, acra, acrb, adea, adeb, adec, amra, amrb, ant2ia, ant2ib, ant3ia, ant4iia, ant6ia, aph33ia, aph33ib, aph3ia, aph3ib, aph3ic, aph3iiia, aph3iva, aph3va, aph3vb, aph3via, aph3viia, aph4ib, aph6ia, aph6ib, aph6ic, aph6id, arna, baca, bcra, bcrc, bl1_acc, bl1_ampc, bl1_asba, bl1_ceps, bl1_cmy2, bl1_ec, bl1_fox, bl1_mox, bl1_och, bl1_pao, bl1_pse, bl1_sm, bl2a_1, bl2a_exo, bl2a_iii2, bl2a_iii, bl2a_kcc, bl2a_nps, bl2a_okp, bl2a_pc, bl2be_ctxm, bl2be_oxy1, bl2be_per, bl2be_shv2, bl2b_rob, bl2b_tem1, bl2b_tem2, bl2b_tem, bl2b_tle, bl2b_ula, bl2c_bro, bl2c_psel, bl2c_pse3, bl2d_lcr1, bl2d_moxa, bl2d_oxa10, bl2d_oxa1, bl2d_oxa2, bl2d_oxa5, bl2d_oxa9, bl2d_r39, bl2e_cbla, bl2e_cepa, bl2e_cfxa, bl2e_fpm, bl2e_y56, bl2f_nmca, bl2f_sme1, bl2_ges, bl2_kpc, bl2_len, bl2_veb, bl3_ccra, bl3_cit, bl3_cpha, bl3_gim, bl3_imp, bl3_1, bl3_shw, bl3_sim, bl3_vim, ble, blt, bmr, cara, cata10, cata11, cata12, cata13, cata14, cata15, cata16, cata1, cata2, cata3, cata4, cata5, cata6, cata7, cata8, cata9, catb1, catb2, catb3, catb4, catb5, ceoa, ceob, cml_e1, cml_e2, cml_e3, cml_e4, cml_e5, cml_e6, cml_e7, cml_e8, dfra10, dfra12, dfra13, dfra14, dfra15, dfra16, dfra17, dfra19, dfra1, dfra20, dfra21, dfra22, dfra23, dfra24, dfra25, dfra25, dfra25, dfra26, dfra5, dfra7, dfrb1, dfrb2, dfrb3, dfrb6, emea, emrd, emre, erea, ereb, erma, ermb, ermc, ermd, erme, ermf, ermg, ermh, ermn, ermo, ermq, ermr, erms, ermt, ermu, ermv, ermw, ermx, ermy, fosa, fosb, fosc, fosx, fusb, fush, ksga, lmra, lmrb, lnua, lnub, lsa, maca, macb, mdte, mdtf, mdtg, mdth, mdtk, mdtl, mdtm, mdtn, mdto, mdtp, meca, mecr1, mefa, mepa, mexa, mexb, mexc, mexd, mexe, mexf, mexh, mexi, mexw, mexx, mexy, mfpa, mpha, mphb, mphc, msra, norm, oleb, opcm, opra, oprd, oprj, oprm, oprn, otra, otrb, pbp1a, pbp1b, pbp2b, pbp2, pbp2x, pmra, qac, qaca, qacb, qnra, qnrb, qnrs, rosa, rosb, smea, smeb, smec, smed, smee, smef, srmb, sta, str, sul1, sul2, sul3, tcma, tcr3, tet30, tet31, tet32, tet33, tet34, tet36, tet37, tet38, tet39, tet40, teta, tetb, tetc, tetd, tete, tetg, teth, tetj, tetk, tetl, tetm, teto, tetpa, tetpb, tet, tetq, tets, tett, tetu, tetv, tetw, tetx, tety, tetz, tlre, tmrb, tolc, tsnr, vana, vanb, vane, vand, vane, vang, vanha, vanhb, vanhd, vanra, vanrb, vanrc, vanrd, vanre, vanrg, vansa, vansb, vansc, vansd, vanse, vansg, vant, vante, vantg, vanug, vanwb, vanwg, vanxa, vanxb, vanxd, vanxyc, vanxye, vanxyg, vanya, vanyb, vanyd, vanyg, vanz, vata, vatb, vatc, vatd, vate, vgaa, vgab, vgba, vgbb, vph, ykkc и ykkd.
89. Композиция по любому из пп. 56-88, в которой первый организм представляет собой Staphylococcus aureus, а второй организм представляет собой Escherichia coli, при этом Escherichia coli была модифицирована с содержанием всего или части гена mecA.
90. Композиция по любому из пп. 1-36, 56-89, в которой организм или защитная среда-носитель инактивированы, при этом необязательно инактивация осуществляется с помощью формалина, альдегидов и других химикатов, гамма-излучения, UV-излучения, дегидратирования, рентгеновского излучения, нагревания или поверхностно-активного средства.
91. Композиция, содержащая контроль в виде целого организма, при этом контроль в виде целого организма включает в себя: i) целый организм, содержащий по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику этого организма, тестируемого в NAT, и ii) достаточное количество свободной нуклеиновой кислоты, обеспечивающей характеристику, в естественных условиях не присутствующую в организме, характеристика которого тестируется в NAT.
92. Композиция, содержащая контроль в виде целого организма, при этом контроль в виде целого организма включает в себя: i) целый организм, содержащий по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику, в естественных условиях не присутствующую в этом организме, тестируемом в NAT, и ii) достаточное количество свободной нуклеиновой кислоты, которая представляет собой вторую последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику, в естественных условиях не присутствующую в организме, характеристика которого тестируется в NAT.
93. Композиция по п. 91 или 92, в которой в естественных условиях не присутствующая последовательность нуклеиновой кислоты кодирует весь или часть гена, подлежащего тестированию в NAT.
94. Композиция по любому из пп. 91-93, при этом тесты нуклеиновых кислот (NAT) включают в себя одну или несколько из следующих методик амплификации и/или выявления последовательности нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из полимеразной цепной реакции (PCR), полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-PCR), мультиплексной PCR или RT-PCR, анализа разветвленных цепей ДНК, лигазной цепной реакции, опосредованной транскрипцией амплификации (ТМА), основанной на последовательности нуклеиновой кислоты амплификации (NASBA), амплификации с замещением нитей (SDA), секвенирования нуклеиновых кислот и секвенирования следующего поколения (NGS), а также таких подобных технологий, которые существуют или могут появиться в уровне техники, которые облегчают амплификацию и/или выявление последовательностей нуклеиновых кислот.
95. Композиция по любому из пп. 91-94, в которой организм выбран из группы, состоящей из бактерий, вирусов, грибков, Archaea, простейших, паразитов, эукариотических клеток, и композиция необязательно содержит дополнительные содержащие нуклеиновую кислоту среды-носители, последовательности нуклеиновых кислот которых тестируются на наличие в NAT, при этом среда-носитель представляет собой плазмиды, или липосомы, или везикулы, или белковые капсиды или оболочки, или микрокомпартменты, или нановезикулы, или экзосомы, или мицеллы, или твердые липидные наночастицы, или покрытые липидом частицы, или нанотрубки, или нанокристаллы, или полимерные наночастицы, или неорганические наночастицы, или интерполиэлектролитные комплексы (полиплексы), или дендримеры.
96. Способ выявления организма или последовательности нуклеиновой кислоты в биологическом тестируемой образце, предусматривающий:
(a) получение биологического образца, предположительно содержащего представляющие интерес организм или последовательность нуклеиновой кислоты;
(b) обеспечение контроля в виде целого организма по любому из пп. 56-95, содержащего организм в среде, соответствующей среде тестируемого образца;
(c) выявление представляющих интерес организма или последовательности нуклеиновой кислоты с использованием тестов нуклеиновых кислот (NAT); и
(d) сравнение содержаний нуклеиновых кислот, выявляемых в биологическом образце, с содержаниями нуклеиновых кислот, выявляемых в контроле в виде целого организма.
97. Способ выявления организма или последовательности нуклеиновой кислоты в биологическом тестируемой образце, предусматривающий:
(a) получение биологического образца, предположительно содержащего представляющие интерес организм или последовательность нуклеиновой кислоты;
(b) обеспечение контроля в виде нескольких организмов, включающего в себя два или более целых организма в среде, соответствующей среде тестируемого образца;
(c) выявление представляющих интерес организма или последовательности нуклеиновой кислоты с использованием тестов нуклеиновых кислот (NAT); и
(d) сравнение содержаний нуклеиновых кислот, выявляемых в биологическом образце, с содержаниями нуклеиновых кислот, выявляемых в контроле.
98. Способ по п. 96 или 97, в котором среду для тестируемого образца выбирают из группы, состоящей из цельной крови, сыворотки, плазмы, дефибринированной плазмы, пула стабилизированной плазмы, спинномозговой жидкости, мочи, слюны, спермы, мокроты, мазка из носа и вагинального мазка.
99. Набор, содержащий контроли в виде целого организма по любому из пп. 56-94, и инструкции по применению.
100. Композиция по любому из пп. 56-94, в которой контроль в виде целого организма включает в себя последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует и экспрессирует белок(белки), выявляемый(выявляемые) в иммуноанализе, и при этом контроль в виде целого организма может быть использован как в NAT, так и в иммуноанализе.
101. Композиция по п. 100, в которой последовательность нуклеиновой кислоты кодирует ген, выбранный из группы, состоящей из гена устойчивости к антибиотику, гена устойчивости к лекарственному средству, биомаркера, антигена, маркера ускользания от распознавания иммунной системой, гена вируса, онкогена или подавляющего опухоль гена, при этом экспрессируемый белок выявляется в иммуноанализе.
102. Способ выявления организма или последовательности нуклеиновой кислоты в биологическом тестируемом образце, предусматривающий:
(a) получение биологического образца, предположительно содержащего представляющие интерес организм или последовательность нуклеиновой кислоты;
(b) обеспечение контроля в виде целого организма по любому из пп. 56-95, содержащего целый организм в среде, соответствующей среде тестируемого образца, и дополнительно содержащего элемент экспрессии для характеристики или белка, в естественных условиях не присутствующих в контроле в виде целого организма;
(c) выявление представляющих интерес организма или последовательности нуклеиновой кислоты и/или экспрессируемого элемента с использованием тестов нуклеиновых кислот (NAT);
(d) необязательно выявление белка, кодируемого экспрессируемым элементом, в иммуноанализе или анализе на основе экспрессии; и
(e) сравнение содержаний нуклеиновых кислот и/или экспрессируемого элемента, выявляемых в биологическом образце, с содержаниями нуклеиновых кислот и/или экспрессируемого элемента, выявляемых в контроле в виде целого организма.
103. Способ по п. 102, в котором белок (белки) в иммуноанализе содержит (содержат) по меньшей мере один эпитоп антитела, который выявляют с использованием антитела.
104. Способ по п. 102 или 103, в котором контроль в виде целого организма выявляют одновременно с помощью как NAT, так и иммуноанализа.
105. Способ по п. 102 или 103, в котором контроль в виде целого организма выявляют последовательно с помощью как NAT, так и иммуноанализа.
106. Способ по любому из пп. 102-105, в котором иммуноанализ включает в себя чип, форматы микрочипов, форматы на основе планшета, форматы на основе гранул или форматы на основе геля.
107. Способ по любому из пп. 102-106, в котором контроль для иммуноанализа или анализа на основе экспрессии обеспечивают в виде жидкости или в виде твердого вещества.
108. Композиция, содержащая контроль в виде целого организма, для применения в тесте нуклеиновых кислот (NAT), при этом контроль в виде целого организма включает в себя:
(а) менее вирулентную, или менее патогенную, или менее токсическую версию организма, на предмет которого образец подлежит скринингу, которая является менее токсической, или менее патогенной, или менее вирулентной, или менее опасной, чем организм, подлежащий скринингу на наличие в NAT; и
(b) одну или несколько нуклеотидных последовательностей, которые определяют наличие вирулентного, патогенного или токсического штамма целого организма, включающего в себя i) по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику того организма, который тестируют в тесте нуклеиновых кислот (NAT), и ii) включающего в себя вторую последовательность нуклеиновой кислоты, обеспечивающую характеристику, в естественных условиях не присутствующую в организме, который тестируют в NAT.