СПОСОБЫ УЛУЧШЕНИЯ МНОЖЕСТВЕННЫХ СВОЙСТВ БЕЛКА

1. Способ предоставления библиотеки вариантов белков, включающий:
a) тестирование множества вариантов белков, охватывающего диапазон, по меньшей мере, одного интересующего свойства, по меньшей мере, в одном интересующем тесте;
b) идентификацию оптимального значения в пределах указанного диапазона интересующего свойства, которое связано с
благоприятным результатом в указанном, по меньшей мере, одном интересующем тесте; и
c) предоставление множества вариантов белков в пределах оптимального значения диапазона интересующего свойства, так что обеспечивается библиотека вариантов белков, обогащенная членами, обладающими благоприятным результатом в указанном, по меньшей мере, одном интересующем тесте.
2. Способ по п.1, где указанное интересующее свойство представляет собой физическое свойство.
3. Способ по п.1, где благоприятный результат соответствует значению, большему, чем, по меньшей мере, приблизительно 50% от максимального значения, наблюдаемого в интересующем тесте.
4. Способ по п.3, где указанный благоприятный результат соответствует значению, большему, чем, по меньшей мере, приблизительно 60%, приблизительно 70%, приблизительно 80%, приблизительно 90% или приблизительно 95% от максимального значения, наблюдаемого в интересующем тесте.
5. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию:
d) тестирования указанного множества вариантов белков и, по меньшей мере, одного белка дикого типа, в указанном, по меньшей мере, одном интересующем тесте.
6. Способ по п.5, дополнительно включающий стадию идентификации указанных вариантов белков, как обладающих улучшенным результатом, где белок дикого типа достигает значения показателя эффективности 1,0 в указанном, по меньшей мере, одном интересующем тесте, и варианты белков, обладающие улучшенным результатом, достигают значение, превышающее 1,0.
7. Способ по п.1, где указанный белок представляет собой антитело, гормон или цитокин.
8. Способ по п.1, где указанный белок представляет собой фермент.
9. Способ по п.8, где фермент представляет собой протеазу, амилазу, целлюлазу, полиэстеразу, эстеразу, липазу, кутиназу, пектиназу, оксидазу или трансферазу.
10. Способ по п.9, где указанная протеаза представляет собой нейтральную металлопротеазу или сериновую протеазу.
11. Способ по п.10, где указанная сериновая протеаза представляет собой субтилизин.
12. Способ по п.10, где указанная нейтральная металлопротеаза получена из члена семейства Bacillaceae.
13. Способ по п.10, где указанная сериновая протеаза получена из члена рода Cellulomonas.
14. Способ по п.9, где указанный фермент представляет собой целлюлазу.
15. Способ по п.9, где указанный фермент представляет собой амилазу.
16. Способ по п.5, где указанное интересующее свойство представляет собой заряд.
17. Способ по п.5, где определяют и сравнивают указанный заряд указанных вариантов белков и указанного фермента дикого типа.
18. Способ по п.5, где указанное интересующее свойство представляет собой электрокинетический потенциал.
19. Способ по п.18, где определяют и сравнивают указанный электрокинетический потенциал указанных вариантов белков и указанного фермента дикого типа.
20. Способ по п.18, где указанный электрокинетический потенциал указанного варианта белка находится между приблизительно -40 мВ и приблизительно +40 мВ.
21. Способ по п.18, где указанный электрокинетический потенциал указанного варианта белка находится между приблизительно -20 мВ и приблизительно +20 мВ.
22. Способ по п.18, где указанный электрокинетический потенциал указанного варианта белка находится между приблизительно -10 мВ и приблизительно +10 мВ.
23. Способ по п.5, где указанный интересующий тест включает эффективность стирки.
24. Способ по п.23, где указанная эффективность стирки включает эффективность отстирывания крови-молока-чернил.
25. Способ по п.24, где указанные варианты белков и белка дикого типа тестировали в моющем составе.
26. Способ по п.25, где указанный моющий состав изготовлен в виде порошкообразного или жидкого детергента, обладающего pH между приблизительно 5 и приблизительно 12,0.
27. Способ по п.25, где указанную эффективность стирки тестируют в холодной воде с жидким детергентом, обладающим основным pH.
28. Способ по п.25, где указанную эффективность стирки тестируют в горячей воде с детергентом.
29. Способ по п.5, где указанный, по меньшей мере, один интересующий тест содержит измерение связывания субстрата, ингибирования фермента, уровней экспрессии, стабильности в детергенте, тепловой стабильности, скорости реакции, степени завершенности реакции, тепловой активности, разжижения крахмала, разложения биомассы и/или осахаривания.
30. Способ получения, по меньшей мере, одного улучшенного варианта укладки тестируемого белка, включающий:
a) тестирование множества вариантов укладки зондового белка, охватывающего диапазон, по меньшей мере, одного интересующего свойства, по меньшей мере, в одном интересующем анализе;
b) идентификацию оптимального значения в пределах указанного диапазона указанного, по меньшей мере, одного интересующего свойства, которое связано с благоприятным результатом в указанном, по меньшей мере, одном интересующем анализе;
c) тестирование родительского белка укладки тестируемого белка в указанном, по меньшей мере, одном интересующем анализе; и
d) получение, по меньшей мере, одного улучшенного варианта укладки тестируемого белка посредством введения аминокислотной модификации в родительский белок, так что указанный, по меньшей мере, один улучшенный вариант находится в пределах диапазона оптимальных значений указанного, по меньшей мере, одного интересующего свойства.
31. Способ по п.30, где указанная модификация содержит, по меньшей мере, одну замену аминокислоты.
32. Способ по п.30, где указанная укладка тестируемого белка и указанная укладка зондового белка различаются.
33. Способ по п.30, где указанное интересующее свойство представляет собой электрокинетический потенциал.
34. Способ по п.30, где указанная укладка тестируемого белка содержит, по меньшей мере, одну сериновую протеазу и укладка зондового белка содержит, по меньшей мере, одну нейтральную металлопротеазу.
35. Способ получения варианта фермента, специфичного к краске-субстрату, который включает:
a) определение электрокинетического потенциала краски-субстрата в эталонном буфере;
b) определение электрокинетического потенциала родительского фермента в эталонном буфере; и
c) получение варианта фермента, специфичного к краске-субстрату, посредством введения, по меньшей мере, одной аминокислотной модификации в указанный родительский фермент, так что указанный электрокинетический потенциал указанного варианта фермента, специфичного к краске-субстрату, оказывается ближе к электрокинетическому потенциалу указанной краски-субстрата, чем к указанному электрокинетическому потенциалу указанного родительского фермента.
36. Способ по п.35, где указанная модификация включает, по меньшей мере, одну замену, делецию или вставку аминокислоты.
37. Способ по п.35, где указанная модификация включает химическую модификацию указанного родительского фермента.
38. Способ по п.35, где указанный вариант фермента, специфичный к краске-субстрату, положительно заряжен и является эндотермическим, и указанная краска-субстрат заряжена отрицательно.
39. Способ по п.35, где указанный вариант фермента, специфичный к краске, отрицательно заряжен и является экзотермическим, и указанная краска-субстрат заряжена отрицательно.
40. Способ по п.35, где указанный вариант фермента, специфичный к краске, положительно заряжен и является экзотермическим, и краска-субстрат заряжена положительно.
41. Способ по п.35, где указанный вариант фермента, специфичный к краске, отрицательно заряжен и является эндотермическим, и указанная краска-субстрат заряжена положительно.
42. Способ производства композиции для очистки множества красок, включающий:
a) определение электрокинетического потенциала каждой из множества указанных красок в эталонном буфере;
b) выбор очищающего фермента, обладающего электрокинетическим потенциалом в указанном эталонном буфере, который, по существу, равен электрокинетическому потенциалу, по меньшей мере, одной из множества указанных красок; и
c) получение композиции для очистки множества красок, где указанная композиция содержит, по меньшей мере, один очищающий фермент, выбранный на стадии b).
43. Способ по п.42, где указанная композиция содержит моющий раствор с pH и удельной электропроводностью, которые, по существу, равны pH и удельной электропроводности указанного эталонного буфера.
44. Способ по п.42, где на указанной стадии отбора идентифицируют более одного очищающего фермента.
45. Способ по п.42, где указанная композиция содержит, по меньшей мере, два очищающих фермента и где указанные, по меньшей мере, два очищающих фермента обладают электрокинетическими потенциалами, которые соответствуют указанным электрокинетическим потенциалам, по меньшей мере, двух из множества указанных красок.
46. Композиция для очистки множества красок, полученных с помощью способа по п.42.
47. Композиция по п.46, где указанная композиция содержит, по меньшей мере, один очищающий фермент.
48. Композиция по п.47, где указанный, по меньшей мере, один очищающий фермент представляет собой вариант белка.
49. Композиция по п.48, где указанный вариант белка заряжен более отрицательно, чем белок-предшественник дикого типа, использованный для производства указанного варианта белка.
50. Композиция по п.46, где указанный вариант белка заряжен более положительно, чем белок-предшественник дикого типа, использованный для производства указанного варианта белка.
51. Композиция по п.46, где указанный вариант белка заряжен более отрицательно, чем белок-предшественник дикого типа, использованный для производства указанного варианта белка для увеличения стабильности в детергентах, содержащих анионные поверхностно-активные вещества.