КОМПОЗИЦИИ НА ОСНОВЕ НЕПРИРОДНЫХ ПАР ОСНОВАНИЙ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Сконструированная клетка-хозяин, содержащая:
a. первую молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую неприродный нуклеотид; и
b. вторую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент, где модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент не экспрессируется или экспрессируется на сниженном уровне.
2. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, дополнительно содержащая:
a. третью молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата, где третья молекула нуклеиновой кислоты встроена в геномную последовательность сконструированной клетки-хозяина, или содержащая плазмиду, кодирующую модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата.
3. Сконструированная клетка-хозяин по п. 2, где модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата характеризуется повышенной стабильностью экспрессии в сконструированной клетке-хозяине по сравнению с экспрессией в эквивалентной сконструированной клетке-хозяине, которая не содержит вторую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией.
4. Сконструированная клетка-хозяин по п. 2, где модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата предусматривает N-концевое усечение, С-концевое усечение или усечение обоих концов.
5. Сконструированная клетка-хозяин по п. 2, где модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата предусматривает транспортер нуклеозидтрифосфата из Phaeodactylum tricornutum (PtNTT2).
6. Сконструированная клетка-хозяин по п. 5, где PtNTT2 находится под контролем промотора, выбранного из промотора из плазмиды pSC или промотора из lac-оперона.
7. Сконструированная клетка-хозяин по п. 2, дополнительно содержащая:
a. полипептид Cas9 или его варианты и
b. одиночную направляющую РНК (sgRNA), содержащую остов crRNA-tracrRNA, где комбинация полипептида Cas9 или его вариантов и sgRNA обеспечивает модуляцию репликации первой молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей неприродный нуклеотид.
8. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, где вторая молекула нуклеиновой кислоты содержит ген, предусматривающий генкаталазы (cat), ген белка insB-4 для IS1 (insB-4), ген белка insA-4 для IS1 (insA-4) или их комбинацию.
9. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, где модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, предусматривает белок InsB4 для инсерционного элемента IS1, белок InsA4 для инсерционного элемента IS1 или их комбинацию; и где модифицированный транспонируемый элемент предусматривает IS1.
10. Сконструированная клетка-хозяин по п. 8, где ген содержит одну или несколько делеций, где одна или несколько делеций предусматривают N-концевую делецию, C-концевую делецию, усечение на обоих концах, внутреннюю делецию и/или делецию всего гена.
11. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, дополнительно содержащая пятую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую модифицированный белок, ассоциированный с ответом, представляющим собой репарацию ДНК, где ответ, представляющий собой репарацию ДНК, предусматривает рекомбинационную репарацию, SOS-ответ, эксцизионную репарацию нуклеотидов или метил-направленную репарацию ошибочно спаренных оснований или их комбинацию.
12. Сконструированная клетка-хозяин по п. 11, где модифицированный белок, ассоциированный с ответом, представляющим собой репарацию ДНК, предусматривает RecA, RadA или LexA или их комбинацию.
13. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, где сконструированная клетка-хозяин представляет собой прокариотическую клетку, предусматривающую клетку Escherichia coli или клетку Escherichia coli BL21 (DE3).
14. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, где неприродный нуклеотид содержит неприродное основание, выбранное из группы, состоящей из 2-аминоаденин-9-ила, 2-аминоаденина, 2-F-аденина, 2-тиоурацила, 2-тиотимина, 2-тиоцитозина, 2-пропильных и алкильных производных аденина и гуанина, 2-аминоаденина, 2-аминопропиладенина, 2-аминопиридина, 2-пиридона, 2'-дезоксиуридина, 2-амино-2'-дезоксиаденозина, 3-дезазагуанина, 3-дезазааденина, 4-тиоурацила, 4-тиотимина, урацил-5-ила, гипоксантин-9-ила (I), 5-метилцитозина, 5-гидроксиметилцитозина, ксантина, гипоксантина, 5-бром- и 5-трифторметилурацилов и цитозинов; 5-галогенурацила, 5-галогенцитозина, 5-пропинилурацила, 5-пропинилцитозина, 5-урацила, 5-замещенного, 5-галоген-, 5-замещенных пиримидинов, 5-гидроксицитозина, 5-бромцитозина, 5-бромурацила, 5-хлорцитозина, хлорированного цитозина, циклоцитозина, цитозинарабинозида, 5-фторцитозина, фторпиримидина, фторурацила, 5,6-дигидроцитозина, 5-йодцитозина, гидроксимочевины, йодурацила, 5-нитроцитозина, 5-бромурацила, 5-хлорурацила и 5-фторурацила и 5-йодурацила, 6-алкильных производных аденина и гуанина, 6-азапиримидинов, 6-азоурацила, 6-азоцитозина, азацитозина, 6-азотимина, 6-тиогуанина, 7-метилгуанина, 7-метиладенина, 7-дезазагуанина, 7-дезазагуанозина, 7-дезазааденина, 7-дезаза-8-азагуанина, 8-азагуанина, 8-азааденина, 8-галоген-, 8-амино-, 8-тиол-, 8-тиоалкил- и 8-гидроксил-замещенных аденинов и гуанинов; N4-этилцитозина, N-2-замещенных пуринов, N-6-замещенных пуринов, O-6-замещенных пуринов, тех, которые повышают стабильность образования дуплекса, универсальных нуклеиновых кислот, гидрофобных нуклеиновых кислот, промискуитентных нуклеиновых кислот, нуклеиновых кислот, увеличенных в размере, фторированных нуклеиновых кислот, трициклических пиримидинов, феноксазинцитидин([5,4-b][1,4]бензоксазин-2(3H)-он), фенотиазинцитидин(1H-пиримидо[5,4-b][1,4]бензотиазин-2(3Н)-он), гуанин-фиксирующих оснований (G-clamps), феноксазинцитидин(9-(2-аминоэтокси)-Н-пиримидо[5,4-b] [1,4-бензоксазин-2(3Н)-он), карбазолцитидин(2H-пиримидо[4,5-b]индол-2-он), пиридоиндолцитидин(H-пиридо[3',2':4,5]пирроло[2,3-d]пиримидин-2-он), 5-фторурацила, 5-бромурацила, 5-хлорурацила, 5-йодурацила, гипоксантина, ксантина, 4-ацетилцитозина, 5-(карбоксигидроксиметил)урацила, 5-карбоксиметиламинометил-2-тиоуридина, 5-карбоксиметиламинометилурацила, дигидроурацила, бета-D-галактозилквеуозина, инозина, N6-изопентениладенина, 1-метилгуанина, 1-метилинозина, 2,2-диметилгуанина, 2-метиладенина, 2-метилгуанина, 3-метилцитозина, 5-метилцитозина, N6-аденина, 7-метилгуанина, 5-метиламинометилурацила, 5-метоксиаминометил-2-тиоурацила, бета-D-маннозилквеуозина, 5'-метоксикарбоксиметилурацила, 5-метоксиурацила, 2-метилтио-N6-изопентениладенина, урацил-5-оксиуксусной кислоты, вибутоксозина, псевдоурацила, квеуозина, 2-тиоцитозина, 5-метил-2-тиоурацила, 2-тиоурацила, 4-тиоурацила, 5-метилурацила, сложного метилового эфира урацил-5-оксиуксусной кислоты, урацил-5-оксиуксусной кислоты, 5-метил-2-тиоурацила, 3-(3-амино-3-N-2-карбоксипропил)урацила, (acp3)w и 2,6-диаминопурина и тех, в которых пуриновое или пиримидиновое основание заменено гетероциклом.
15. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, где неприродное основание выбрано из группы, состоящей из:
.
16. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, где неприродный нуклеотид дополнительно содержит неприродный сахарный фрагмент.
3
3
3
3
2
3
2
2
3
2
3
2
2
3
1
10
2
10
2
10
3
2
3
2
2
2
3
2
2
2
2
3
2
17. Сконструированная клетка-хозяин по п. 16, где неприродный сахарный фрагмент выбран из группы, состоящей из предусматривающего модификацию в 2'-положении: OH; замещенный низший алкил, алкарил, аралкил, O-алкарил или O-аралкил, SH, SCH, OCN, Cl, Br, CN, CF, OCF, SOCH, SO CH, ONO, NO, N, NHF; O-алкил, S-алкил, N-алкил; О-алкенил, S-алкенил, N-алкенил; O-алкинил, S-алкинил, N-алкинил; O-алкил-O-алкил, 2'-F, 2'-OCH, 2'-O(CH)OCH, где алкил, алкенил и алкинил могут представлять собой замещенный или незамещенный C-Салкил, C-Салкенил, C-Салкинил, -O[(CH2)n O]mCH, -O(CH)nOCH, -O(CH)n NH, -O(CH)n CH, -O(CH)n -ONH и -O(CH)nON[(CH)n CH)], где n и m составляют от 1 до приблизительно 10; и/или модификацию в 5'-положении: 5'-винил, 5'-метил (R или S), модификацию в 4'-положении, 4'-S, гетероциклоалкил, гетероциклоалкарил, аминоалкиламино, полиалкиламино, замещенный силил, группу, расщепляющую РНК, репортерную группу, интеркалятор, группу для улучшения фармакокинетических свойств олигонуклеотида или группу для улучшения фармакодинамических свойств олигонуклеотида и любую их комбинацию.
18. Способ повышения продуцирования молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей неприродный нуклеотид, предусматривающий:
a) инкубирование сконструированной клетки-хозяина со множеством неприродных нуклеотидов, где сконструированная клетка-хозяин содержит модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата и необязательно модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент и
b) встраивание множества неприродных нуклеотидов в одну или несколько новых синтезированных нитей ДНК, за счет чего образуется молекула неприродной нуклеиновой кислоты;
где модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент и модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата обеспечивают повышение показателя сохранения неприродных пар оснований, предусматривающих неприродные нуклеотиды, в одной или нескольких новых синтезированных нитях ДНК.
19. Способ по п. 18, где модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, предусматривает белок InsB4 для инсерционного элемента IS1, белок InsA4 для инсерционного элемента IS1 или их комбинацию; и где модифицированный транспонируемый элемент предусматривает IS1.
2
20. Способ по п. 18, где модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата предусматривает кодон-оптимизированный транспортер нуклеозидтрифосфата из Phaeodactylum tricornutum (PtNTT).
21. Способ по п. 18, где неприродный нуклеотид содержит неприродное основание, выбранное из группы, состоящей из 2-аминоаденин-9-ила, 2-аминоаденина, 2-F-аденина, 2-тиоурацила, 2-тиотимина, 2-тиоцитозина, 2-пропильных и алкильных производных аденина и гуанина, 2-аминоаденина, 2-аминопропиладенина, 2-аминопиридина, 2-пиридона, 2'-дезоксиуридина, 2-амино-2'-дезоксиаденозина, 3-дезазагуанина, 3-дезазааденина, 4-тиоурацила, 4-тиотимина, урацил-5-ила, гипоксантин-9-ила (I), 5-метилцитозина, 5-гидроксиметилцитозина, ксантина, гипоксантина, 5-бром- и 5-трифторметилурацилов и цитозинов; 5-галогенурацила, 5-галогенцитозина, 5-пропинилурацила, 5-пропинилцитозина, 5-урацила, 5-замещенного, 5-галоген-, 5-замещенных пиримидинов, 5-гидроксицитозина, 5-бромцитозина, 5-бромурацила, 5-хлорцитозина, хлорированного цитозина, циклоцитозина, цитозинарабинозида, 5-фторцитозина, фторпиримидина, фторурацила, 5,6-дигидроцитозина, 5-йодцитозина, гидроксимочевины, йодурацила, 5-нитроцитозина, 5-бромурацила, 5-хлорурацила и 5-фторурацила и 5-йодурацила, 6-алкильных производных аденина и гуанина, 6-азапиримидинов, 6-азоурацила, 6-азоцитозина, азацитозина, 6-азотимина, 6-тиогуанина, 7-метилгуанина, 7-метиладенина, 7-дезазагуанина, 7-дезазагуанозина, 7-дезазааденина, 7-дезаза-8-азагуанина, 8-азагуанина, 8-азааденина, 8-галоген-, 8-амино-, 8-тиол-, 8-тиоалкил- и 8-гидроксил-замещенных аденинов и гуанинов; N4-этилцитозина, N-2-замещенных пуринов, N-6-замещенных пуринов, O-6-замещенных пуринов, тех, которые повышают стабильность образования дуплекса, универсальных нуклеиновых кислот, гидрофобных нуклеиновых кислот, промискуитентных нуклеиновых кислот, нуклеиновых кислот, увеличенных в размере, фторированных нуклеиновых кислот, трициклических пиримидинов, феноксазинцитидин([5,4-b][1,4]бензоксазин-2(3H)-он), фенотиазинцитидин(1H-пиримидо[5,4-b][1,4]бензотиазин-2(3Н)-он), гуанин-фиксирующих оснований (G-clamps), феноксазинцитидин(9-(2-аминоэтокси)-Н-пиримидо[5,4-b] [1,4-бензоксазин-2(3Н)-он), карбазолцитидин(2H-пиримидо[4,5-b]индол-2-он), пиридоиндолцитидин(H-пиридо[3',2':4,5]пирроло[2,3-d]пиримидин-2-он), 5-фторурацила, 5-бромурацила, 5-хлорурацила, 5-йодурацила, гипоксантина, ксантина, 4-ацетилцитозина, 5-(карбоксигидроксиметил)урацила, 5-карбоксиметиламинометил-2-тиоуридина, 5-карбоксиметиламинометилурацила, дигидроурацила, бета-D-галактозилквеуозина, инозина, N6-изопентениладенина, 1-метилгуанина, 1-метилинозина, 2,2-диметилгуанина, 2-метиладенина, 2-метилгуанина, 3-метилцитозина, 5-метилцитозина, N6-аденина, 7-метилгуанина, 5-метиламинометилурацила, 5-метоксиаминометил-2-тиоурацила, бета-D-маннозилквеуозина, 5'-метоксикарбоксиметилурацила, 5-метоксиурацила, 2-метилтио-N6-изопентениладенина, урацил-5-оксиуксусной кислоты, вибутоксозина, псевдоурацила, квеуозина, 2-тиоцитозина, 5-метил-2-тиоурацила, 2-тиоурацила, 4-тиоурацила, 5-метилурацила, сложного метилового эфира урацил-5-оксиуксусной кислоты, урацил-5-оксиуксусной кислоты, 5-метил-2-тиоурацила, 3-(3-амино-3-N-2-карбоксипропил)урацила, (acp3)w и 2,6-диаминопурина и тех, в которых пуриновое или пиримидиновое основание заменено гетероциклом.
22. Способ по п. 19, где неприродное основание выбрано из группы, состоящей из:
.
23. Способ по п. 19, где неприродный нуклеотид дополнительно содержит неприродный сахарный фрагмент.
3
3
3
3
2
3
2
2
3
2
3
2
2
3
1
10
2
10
2
10
3
2
3
2
2
2
3
2
2
2
2
3
2
24. Способ по п. 23, где неприродный сахарный фрагмент выбран из группы, состоящей из предусматривающего модификацию в 2'-положении: OH; замещенный низший алкил, алкарил, аралкил, O-алкарил или O-аралкил, SH, SCH, OCN, Cl, Br, CN, CF, OCF, SOCH, SOCH, ONO, NO, N, NHF; O-алкил, S-алкил, N-алкил; О-алкенил, S-алкенил, N-алкенил; O-алкинил, S-алкинил, N-алкинил; O-алкил-O-алкил, 2'-F, 2'-OCH, 2'-O(CH)OCH, где алкил, алкенил и алкинил могут представлять собой замещенный или незамещенный C-Салкил, C-Салкенил, C-Салкинил, -O[(CH2)n O]mCH, -O(CH)nOCH, -O(CH)n NH, -O(CH)n CH, -O(CH)n -ONH и -O(CH)nON[(CH)n CH)], где n и m составляют от 1 до приблизительно 10; и/или модификацию в 5'-положении: 5'-винил, 5'-метил (R или S), модификацию в 4'-положении, 4'-S, гетероциклоалкил, гетероциклоалкарил, аминоалкиламино, полиалкиламино, замещенный силил, группу, расщепляющую РНК, репортерную группу, интеркалятор, группу для улучшения фармакокинетических свойств олигонуклеотида или группу для улучшения фармакодинамических свойств олигонуклеотида и любую их комбинацию.
25. Способ получения модифицированного полипептида, содержащего неприродную аминокислоту, предусматривающий:
c) инкубирование сконструированной клетки-хозяина со множеством неприродных нуклеотидов, где сконструированная клетка-хозяин содержит модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата и необязательно модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент и
d) встраивание множества неприродных нуклеотидов в одну или несколько новых синтезированных нитей ДНК, за счет чего образуется молекула неприродной нуклеиновой кислоты;
где модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент и модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата обеспечивают повышение показателя сохранения неприродных пар оснований, что способствует встраиванию множества неприродных нуклеотидов в новый синтезированный полипептид с получением модифицированного полипептида.
26. Способ по п. 25, где модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, предусматривает белок InsB4 для инсерционного элемента IS1, белок InsA4 для инсерционного элемента IS1 или их комбинацию; и где модифицированный транспонируемый элемент предусматривает IS1.
27. Способ по п. 25, где модифицированный транспортер нуклеозидтрифосфата предусматривает кодон-оптимизированный транспортер нуклеозидтрифосфата из Phaeodactylum tricornutum (PtNTT2).
28. Способ по п. 25, где неприродный нуклеотид содержит неприродное основание, выбранное из группы, состоящей из 2-аминоаденин-9-ила, 2-аминоаденина, 2-F-аденина, 2-тиоурацила, 2-тиотимина, 2-тиоцитозина, 2-пропильных и алкильных производных аденина и гуанина, 2-аминоаденина, 2-аминопропиладенина, 2-аминопиридина, 2-пиридона, 2'-дезоксиуридина, 2-амино-2'-дезоксиаденозина, 3-дезазагуанина, 3-дезазааденина, 4-тиоурацила, 4-тиотимина, урацил-5-ила, гипоксантин-9-ила (I), 5-метилцитозина, 5-гидроксиметилцитозина, ксантина, гипоксантина, 5-бром- и 5-трифторметилурацилов и цитозинов; 5-галогенурацила, 5-галогенцитозина, 5-пропинилурацила, 5-пропинилцитозина, 5-урацила, 5-замещенного, 5-галоген-, 5-замещенных пиримидинов, 5-гидроксицитозина, 5-бромцитозина, 5-бромурацила, 5-хлорцитозина, хлорированного цитозина, циклоцитозина, цитозинарабинозида, 5-фторцитозина, фторпиримидина, фторурацила, 5,6-дигидроцитозина, 5-йодцитозина, гидроксимочевины, йодурацила, 5-нитроцитозина, 5-бромурацила, 5-хлорурацила и 5-фторурацила и 5-йодурацила, 6-алкильных производных аденина и гуанина, 6-азапиримидинов, 6-азоурацила, 6-азоцитозина, азацитозина, 6-азотимина, 6-тиогуанина, 7-метилгуанина, 7-метиладенина, 7-дезазагуанина, 7-дезазагуанозина, 7-дезазааденина, 7-дезаза-8-азагуанина, 8-азагуанина, 8-азааденина, 8-галоген-, 8-амино-, 8-тиол-, 8-тиоалкил- и 8-гидроксил-замещенных аденинов и гуанинов; N4-этилцитозина, N-2-замещенных пуринов, N-6-замещенных пуринов, O-6-замещенных пуринов, тех, которые повышают стабильность образования дуплекса, универсальных нуклеиновых кислот, гидрофобных нуклеиновых кислот, промискуитентных нуклеиновых кислот, нуклеиновых кислот, увеличенных в размере, фторированных нуклеиновых кислот, трициклических пиримидинов, феноксазинцитидин([5,4-b][1,4]бензоксазин-2(3H)-он), фенотиазинцитидин(1H-пиримидо[5,4-b][1,4]бензотиазин-2(3Н)-он), гуанин-фиксирующих оснований (G-clamps), феноксазинцитидин(9-(2-аминоэтокси)-Н-пиримидо[5,4-b] [1,4-бензоксазин-2(3Н)-он), карбазолцитидин(2H-пиримидо[4,5-b]индол-2-он), пиридоиндолцитидин(H-пиридо[3',2':4,5]пирроло[2,3-d]пиримидин-2-он), 5-фторурацила, 5-бромурацила, 5-хлорурацила, 5-йодурацила, гипоксантина, ксантина, 4-ацетилцитозина, 5-(карбоксигидроксиметил)урацила, 5-карбоксиметиламинометил-2-тиоуридина, 5-карбоксиметиламинометилурацила, дигидроурацила, бета-D-галактозилквеуозина, инозина, N6-изопентениладенина, 1-метилгуанина, 1-метилинозина, 2,2-диметилгуанина, 2-метиладенина, 2-метилгуанина, 3-метилцитозина, 5-метилцитозина, N6-аденина, 7-метилгуанина, 5-метиламинометилурацила, 5-метоксиаминометил-2-тиоурацила, бета-D-маннозилквеуозина, 5'-метоксикарбоксиметилурацила, 5-метоксиурацила, 2-метилтио-N6-изопентениладенина, урацил-5-оксиуксусной кислоты, вибутоксозина, псевдоурацила, квеуозина, 2-тиоцитозина, 5-метил-2-тиоурацила, 2-тиоурацила, 4-тиоурацила, 5-метилурацила, сложного метилового эфира урацил-5-оксиуксусной кислоты, урацил-5-оксиуксусной кислоты, 5-метил-2-тиоурацила, 3-(3-амино-3-N-2-карбоксипропил)урацила, (acp3)w и 2,6-диаминопурина и тех, в которых пуриновое или пиримидиновое основание заменено гетероциклом.
29. Способ по п. 25, где неприродное основание выбрано из группы, состоящей из:
.
3
3
3
3
2
3
2
2
3
2
3
2
2
3
1
10
2
10
2
10
3
2
3
2
2
2
3
2
2
2
2
3
2
30. Способ по п. 25, где неприродный нуклеотид дополнительно содержит неприродный сахарный фрагмент, выбранный из группы, состоящей из предусматривающего модификацию в 2'-положении: OH; замещенный низший алкил, алкарил, аралкил, O-алкарил или O-аралкил, SH, SCH, OCN, Cl, Br, CN, CF, OCF, SOCH, SOCH, ONO, NO, N, NHF; O-алкил, S-алкил, N-алкил; О-алкенил, S-алкенил, N-алкенил; O-алкинил, S-алкинил, N-алкинил; O-алкил-O-алкил, 2'-F, 2'-OCH, 2'-O(CH)OCH, где алкил, алкенил и алкинил могут представлять собой замещенный или незамещенный C-Салкил, C-Салкенил, C-Салкинил, -O[(CH2)n O]mCH, -O(CH)nOCH, -O(CH)n NH, -O(CH)n CH, -O(CH)n -ONH и -O(CH)nON[(CH)n CH)], где n и m составляют от 1 до приблизительно 10; и/или модификацию в 5'-положении: 5'-винил, 5'-метил (R или S), модификацию в 4'-положении, 4'-S, гетероциклоалкил, гетероциклоалкарил, аминоалкиламино, полиалкиламино, замещенный силил, группу, расщепляющую РНК, репортерную группу, интеркалятор, группу для улучшения фармакокинетических свойств олигонуклеотида или группу для улучшения фармакодинамических свойств олигонуклеотида и любую их комбинацию.
31. Сконструированная клетка-хозяин по п. 1, содержащая одну или несколько делеций в гене, кодирующем модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией, или транспонируемый элемент, где одна или несколько делеций предусматривают N-концевую делецию, C-концевую делецию, усечение на обоих концах, внутреннюю делецию и/или делецию всего гена.
32. Сконструированная клетка-хозяин по п. 2, где транспонируемый элемент или белок, ассоциированный с транспозицией, предусматривают IS1.
33. Сконструированная клетка-хозяин по п. 11, где пятая молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая модифицированный белок, ассоциированный с ответом, представляющим собой репарацию ДНК, предусматривает N-концевую делецию, C-концевую делецию, усечение на обоих концах, внутреннюю делецию и/или делецию всего гена.
34. Сконструированная клетка-хозяин по п. 11, где сконструированная клетка-хозяин проявляет улучшенное удержание молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей неприродный нуклеотид, во время репликации ДНК по сравнению с молекулой нуклеиновой кислоты, содержащей неприродный нуклеотид, в эквивалентной сконструированной клетке-хозяине, которая не содержит пятую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую модифицированный белок, ассоциированный с ответом, представляющим собой репарацию ДНК.
35. Способ по п. 18, где транспортер нуклеозидтрифосфата проявляет повышенную стабильность экспрессии в сконструированной клетке-хозяине относительно экспрессии в эквивалентной сконструированной клетке-хозяине, которая не содержит вторую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую модифицированный белок, ассоциированный с транспозицией.