ПАНЕЛЬ БИОМАРКЕРОВ И СПОСОБЫ ВЫЯВЛЕНИЯ МИКРОСАТЕЛЛИТНОЙ НЕСТАБИЛЬНОСТИ ПРИ РАЗНЫХ ВИДАХ РАКА

1. Панель биомаркеров для анализа локусов MSI в биологическом образце, при этом панель содержит следующие участки гомополимерных повторов или их мутантных форм, которые картированы на референтный геном человека GRCh38/hg38:
гомополимерный повтор, содержащий 11 последовательных аденинов, локализованный в гене DIDO1 человека и начинающийся с положения chr20:62905340;
гомополимерный повтор, содержащий 11 последовательных аденинов, локализованный в гене MRE11 человека и начинающийся с положения chr11:94479765;
гомополимерный повтор, содержащий 10 последовательных аденинов, локализованный в гене SULF2 человека и начинающийся с положения chr20:47657577; и
гомополимерный повтор, содержащий 8 последовательных аденинов, локализованный в гене ACVR2A человека и начинающийся с положения chr2:147926117.
2. Панель по п. 1, дополнительно содержащая любой один, два или все из следующих участков гомополимерных повторов или их мутантных форм, которые картированы на референтный геном человека GRCh38/hg38:
гомополимерного повтора, содержащего 9 последовательных тиминов, локализованного в гене SEC31A человека и начинающегося с положения chr4:82864412;
гомополимерного повтора, содержащего 10 последовательных аденинов, локализованного в гене BTBD7 человека и начинающегося с положения chr14:93241685;
гомополимерного повтора, содержащего 10 последовательных аденинов, локализованного в гене RYR3 человека и начинающегося с положения chr15:33865341.
3. Способ анализа локусов MSI в биологическом образце, предусматривающий стадию:
- определения количества нуклеотидов в следующих гомополимерных повторах, которые картированы на референтный геном человека GRCh38/hg38:
гомополимерном повторе, содержащем 11 последовательных аденинов, локализованном в гене DIDO1 человека и начинающемся с положения chr20:62905340;
гомополимерном повторе, содержащем 11 последовательных аденинов, локализованном в гене MRE11 человека и начинающемся с положения chr11:94479765;
гомополимерном повторе, содержащем 10 последовательных аденинов, локализованном в гене SULF2 человека и начинающемся с положения chr20:47657577; и
гомополимерном повторе, содержащем 8 последовательных аденинов, локализованном в гене ACVR2A человека и начинающемся с положения chr2:147926117.
4. Способ по п. 3, дополнительно предусматривающий определение количества нуклеотидов в любом одном, двух или всех из следующих участков гомополимерных повторов, которые картированы на GRCh38/hg38:
гомополимерного повтора, содержащего 9 последовательных тиминов, локализованного в гене SEC31A человека и начинающегося с положения chr4:82864412;
гомополимерного повтора, содержащего 10 последовательных аденинов, локализованного в гене BTBD7 человека и начинающегося с положения chr14:93241685;
гомополимерного повтора, содержащего 10 последовательных аденинов, локализованного в гене RYR3 человека и начинающегося с положения chr15:33865341.
5. Способ по любому из пп. 3, 4, дополнительно предусматривающий стадию
- амплифицирования участков нуклеиновой кислоты, содержащих гомополимерные повторы или их мутантные формы, перечисленные в пп. 3, 4.
6. Способ по п. 5, где результатом стадии амплифицирования является получение данных кривой плавления.
7. Способ по п. 6, дополнительно предусматривающий стадии:
(a) применения вейвлет-преобразования в отношении данных кривой плавления и
(b) применения результатов, полученных на (a), в определении количества нуклеотидов в любом из гомополимерных повторов, перечисленных в пп. 3, 4.
8. Способ по любому из пп. 5–7, где стадия амплифицирования предусматривает применение по меньшей мере одного зонда типа «молекулярный маяк».
9. Способ по любому из пп. 5–8, где стадия амплифицирования предусматривает применение по меньшей мере одного праймера, имеющего последовательность, идентифицированную с помощью любого из следующих SEQ ID NO: 1–14.
10. Способ по любому из пп. 5–9, где стадия амплифицирования предусматривает по меньшей мере одну дуплексную амплификацию пары гомополимерных повторов или их мутантных форм, при этом указанная пара выбрана из следующих комбинаций:
- дуплексной амплификации гомополимерного повтора, содержащего 11 последовательных аденинов, локализованного в гене DIDO1 человека и начинающегося с положения chr20:62905340, вместе с гомополимерным повтором, содержащим 11 последовательных аденинов, локализованным в гене MRE11 человека и начинающимся с положения chr11:94479765;
- дуплексной амплификации гомополимерного повтора, содержащего 8 последовательных аденинов, локализованного в гене ACVR2A человека и начинающегося с положения chr2:147926117, вместе с гомополимерным повтором, содержащим 9 последовательных тиминов, локализованным в гене SEC31A человека и начинающимся с положения chr4:82864412; и
- дуплексной амплификации гомополимерного повтора, содержащего 10 последовательных аденинов, локализованного в гене BTBD7 человека и начинающегося с положения chr14:93241685, вместе с гомополимерным повтором, содержащим 10 последовательных аденинов, локализованным в гене SULF2 человека и начинающимся с положения chr20:47657577.
11. Способ по любому из пп. 3–10, где определение количества нуклеотидов в любом из гомополимерных повторов, перечисленных в пп. 3, 4, также дополнительно выполняют в контрольном биологическом образце, содержащем материал, полученный из клеточной линии HTC116 cl.110268743.
12. Способ по любому из пп. 4–11, где биологический образец представляет собой опухоль или образец предполагаемой опухоли, предпочтительно представляющей собой колоректальную опухоль, опухоль желудка или эндометрия.
13. Способ по п. 12, где образец опухоли представляет собой опухоль I стадии, предпочтительно представляющую собой колоректальную опухоль I стадии.
14. Способ по любому из пп. 3–13, дополнительно предусматривающий стадию применения полученной информации о количестве гомополимерных повторов для установления мутационной нагрузки опухоли или нагрузки опухоли вставками/делециями.
15. Способ по п. 14, где установленная мутационная нагрузка опухоли или нагрузка опухоли вставками/делециями представлена в виде оценки общего количества мутаций или представлена в виде балльной оценки.
16. Способ по любому из пп. 3–15, дополнительно предусматривающий стадию применения полученной информации о количестве гомополимерных повторов, или о мутационной нагрузке опухоли, или о нагрузке опухоли вставками/делециями, или об оценке общего количества мутаций, или о балльной оценке для принятия решения о проведении иммунотерапии у субъекта, от которого получен биологический образец.
17. Способ по п. 16, где иммунотерапия предусматривает лечение с помощью антитела, нацеливающегося на контрольную точку иммунного ответа.
18. Способ по п. 17, где антитело является специфичным к любому из следующих: PD-1, PD-L1 или PD-L2.
19. Набор для анализа локусов MSI в биологическом образце, при этом набор содержит средства для выявления участков нуклеиновой кислоты, содержащих гомополимерные повторы, перечисленные в пп. 4–6.
20. Набор по п. 19, дополнительно содержащий материал, полученный из клеточной линии HTC116 cl.110268743.
21. Набор по любому из пп. 19, 20, дополнительно содержащий картридж.
22. Клетка или любой другой материал, полученные из клеточной линии HTC116 cl.110268743.