НОВЫЕ СПОСОБЫ БОРЬБЫ С АФЛАТОКСИНОМ И ГРИБКОВЫМИ ИНФЕКЦИЯМИ

1. Способ ингибирования роста целевого патогена, экспрессирующего богатый цистеином секретируемый белок (CSP), причем способ включает приведение в контакт указанного целевого патогена с ингибитором указанного CSP, при этом указанный ингибитор подавляет экспрессию CSP и/или связывается с белковым продуктом гена, кодирующего CSP.
Trichocomaceae
Aspergillus
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что целевой патоген представляет собой гриб, продуцирующий афлатоксин, и/или гриб, принадлежащий к отделу Ascomycota, предпочтительно гриб, принадлежащий к порядку Eurotiales, более предпочтительно гриб, принадлежащий к семейству , более предпочтительно гриб, принадлежащий роду , в частности, выбранный из группы, состоящей из Aspergillus flavus, Aspergillus parasiticus и Aspergillus fumigatus.
3. Способ по любому из пп. 1-2, отличающийся тем, что CSP кодируют при помощи мРНК, содержащей SEQ ID NO: 1, или ее гомологов, предпочтительно указанные гомологи имеют идентичность последовательности по меньшей мере 60%, в частности, по меньшей мере 70%, в частности, по меньшей мере 80%, в частности, по меньшей мере 85%, в частности, по меньшей мере 90%, в частности, по меньшей мере 95%, в частности, по меньшей мере 96, 97, 98 или 99% с SEQ ID NO: 1 и кодируют функциональный CSP в целевом патогене.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что ингибитор представляет собой соединение, выбранное из группы, состоящей из следующих (а) - (f):
РНКи- индуцирующего соединения, нацеленного на нуклеиновую кислоту, кодирующую CSP или его части;
конструкта нуклеиновой кислоты, внутриклеточно продуцирующего РНКи-индуцирующее соединение, нацеленное на нуклеиновую кислоту, кодирующую CSP или ее части;
антисмысловой нуклеиновой кислоты, нацеленной на транскрипционный продукт гена, кодирующего CSP или его части;
рибозима, нацеленного на транскрипционный продукт гена, кодирующего CSP или его части;
малой химической молекулы, нацеленной на белковый продукт гена, кодирующего CSP;
пептида или полипептида, нацеленного на белковый продукт гена, кодирующего CSP;
5. Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что ингибитор включен внутрь целевого патогена.
6. Способ по любому из пп. 4-5, отличающийся тем, что РНКи-индуцирующее соединение представляет собой соединение, выбранное из группы, состоящей из малых интерферирующих нуклеиновых кислот, миНК, малой интерферирующей РНК (миРНК), микроРНК (микроРНК), коротких шпилечных РНК (кшРНК) и их предшественников, которые процессируются в клетке до конечного РНКи-индуцирующего соединения.
7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что предшественник представляет собой двухцепочечную РНК (дцРНК).
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что дцРНК получают из SEQ ID NO: 1, или ее гомологов, предпочтительно указанные гомологи имеют идентичность последовательности по меньшей мере 60%, в частности, по меньшей мере 70%, в частности, по меньшей мере 80%, в частности, по меньшей мере 85%, в частности, по меньшей мере 90%, в частности, по меньшей мере 95%, в частности, по меньшей мере 96, 97, 98 или 99% с SEQ ID NO: 1.
9. Способ по любому из пп. 4-8, отличающийся тем, что дцРНК содержит SEQ ID NO: 2, или ее гомологи, предпочтительно указанные гомологи имеют идентичность последовательности по меньшей мере 60%, в частности, по меньшей мере 70%, в частности, по меньшей мере 80%, в частности, по меньшей мере 85%, в частности, по меньшей мере 90%, в частности, по меньшей мере 95%, в частности, по меньшей мере 96, 97, 98 или 99% с SEQ ID NO: 2.
2
3
10. Способ по любому из пп. 4-5, отличающийся тем, что полипептид представляет собой антитело, такое как поликлональное или моноклональное антитело, или фрагмент антитела, такой как фрагмент антитела, выбранный из группы, состоящей из Fab, scFv, одиночного домена или его фрагмента, бис-scFv, F (ab'), F(ab'), миниантитела, диатела, триатела, тетратела и тандаба.
11. Способ по любому из пп. 4-5, отличающийся тем, что пептид и/или полипептид связывается с CSP, в частности, с белком, содержащим аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3, или ее гомологи, предпочтительно, указанные гомологи имеют идентичность последовательности по меньшей мере 60%, в частности, по меньшей мере 70%, в частности, по меньшей мере 80%, в частности, по меньшей мере 85%, в частности, по меньшей мере 90%, в частности, по меньшей мере 95%, в частности, по меньшей мере 96, 97, 98 или 99% с SEQ ID NO: 3.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что способ применяют для борьбы с и/или обработки грибов, продуцирующих афлатоксин, в сельском хозяйстве.
13. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что способ применяют для лечения заболевания, связанного с патогеном, экспрессирующим CSP.
14. Выделенный полинуклеотид, выбранный из группы, состоящей из:
полинуклеотида, полученного из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2;
полинуклеотида, содержащего последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2;
полинуклеотида, который в жестких условиях гибридизируют с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2;
полинуклеотида, имеющего по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 85, по меньшей мере 90 процентов идентичности последовательности к последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2;
фрагмента из по меньшей мере 16 смежных нуклеотидов последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2; и
комплемента последовательности (a), (b), (c), (d) или (e).
15. Выделенный полинуклеотид по п. 14, отличающийся тем, что он
определен как функционально связанный с гетерологичным промотором; или
(ii) определен как содержащийся в векторе для трансформации растения.
16. Растение, трансформированное, трансдуцированное или трансфицированное с использованием полинуклеотида по любому из пп. 14-15.
17. Растение по п. 16, отличающееся тем, что указанный полинуклеотид экспрессируется в клетке этого растения в виде двухцепочечной рибонуклеотидной последовательности, и поглощение ингибирующего целевой патоген количества указанной двухцепочечной рибонуклеотидной последовательности и/или РНКи-индуцирующего соединения, полученного из указанной двухцепочечной рибонуклеотидной последовательности, ингибирует целевой патоген от дальнейшего заражения, предпочтительно
Aspergillus
целевой патоген представляет собой гриб, продуцирующий афлатоксин, принадлежащий к отделу Ascomycota, в частности, принадлежащий к порядку Eurotiales, в частности, принадлежащий к семейству Trichocomaceae и, в частности, к грибу, принадлежащему к роду , в частности, Aspergillus flavus и/или Aspergillus parasiticum и/или Aspergillus fumigatus,
поглощение ингибирующего целевой патоген количества двухцепочечной рибонуклеотидной последовательности или ее фрагментов тормозит рост патогенных грибов, продуцирующих афлатоксин.
18. Способ борьбы с продуцированием афлатоксина и/или грибковой инфекцией, включающий предоставление агента, содержащего первую полинуклеотидную последовательность, которая функционирует при поглощении грибами для ингибирования биологической функции у указанных грибов, причем указанная полинуклеотидная последовательность проявляет от около 95 до около 100% идентичности нуклеотидной последовательности на протяжении по меньшей мере от около 16 до около 30 смежных нуклеотидов с последовательностью, кодирующей CSP, полученной из указанных грибов, и гибридизируется со второй полинуклеотидной последовательностью, которая является комплементарной к указанной первой полинуклеотидной последовательности.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что указанная CSP-кодирующая последовательность, полученная из указанных грибов, выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1 и SEQ ID NO: 2, или их комплементов или гомологов, предпочтительно указанные гомологи имеют идентичность последовательности по меньшей мере 60%, в частности, по меньшей мере 70%, в частности, по меньшей мере 80%, в частности, по меньшей мере 85%, в частности, по меньшей мере 90%, в частности, по меньшей мере 95%, в частности, по меньшей мере 96, 97, 98 или 99% с SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2.
20. Трансгенное растение, содержащее ген, кодирующий ингибитор CSP целевого патогена, причем указанный ингибитор подавляет экспрессию CSP и/или связывается с белковым продуктом гена, кодирующего CSP.
21. Растение по п. 20, отличающееся тем, что патоген представляет собой патоген как определено в любом из пп. 2-3.
22. Растение по любому из пп. 20-21, отличающееся тем, что ингибитор представляет собой соединение как определено в любом из пп. 4-11.
23. Ингибитор богатого цистеином секретируемого белка (CSP) для применения при лечении заболевания, связанного с патогеном, экспрессирующим CSP и продуцирующим афлатоксин.
24. Ингибитор по п. 23, отличающийся тем, что патоген представляет собой патоген как определено в любом из пп. 2-3.
25. Ингибитор по любому из пп. 23-24, отличающийся тем, что ингибитор представляет собой соединение как определено в любом из пп. 4-11.
26. Малая интерферирующая рибонуклеиновая кислота (миРНК) для ингибирования экспрессии богатого цистеином секретируемого белка (CSP) в целевом патогене, причем миРНК содержит по меньшей мере 2 последовательности, которые являются комплементарными друг другу, и при этом кодирующая цепь содержит первую последовательность и антисмысловая цепь содержит вторую последовательность, содержащую область комплементарности, которая по существу комплементарна по меньшей мере части мРНК, кодирующей нуклеотидную последовательность из SEQ ID NO: 1.
27. МиРНК по п. 26, отличающаяся тем, что миРНК содержит последовательность SEQ ID NO: 2, или ее гомологи, предпочтительно указанные гомологи имеют идентичность последовательности по меньшей мере 60%, в частности, по меньшей мере 70%, в частности, по меньшей мере 80%, в частности, по меньшей мере 85%, в частности, по меньшей мере 90%, в частности, по меньшей мере 95%, в частности, по меньшей мере 96, 97, 98 или 99% с SEQ ID NO: 2
28. Способ лечения заболевания, связанного с патогеном как определено в любом из пп. 2-3, включающий введение эффективного количества ингибитора как определено в любом из пп. 4-11 пациенту, нуждающемуся в этом.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что заболевание выбрано из группы, состоящей из острого некроза печени, повреждения печени, цирроза печени, рака печени, психического расстройства, боли в животе, рвоты, судорог, отека, отека легких, кровоизлияний и нарушений переваривания пищи, всасывания или метаболизма.