КЛИНИЧЕСКИЙ ПРОТОКОЛ ДЛЯ ВИЧ

1. Способ выполнения клинических испытаний для системы редактирования генов или удаления генов для лечения ВИЧ у людей, включающий стадии:
привлечения ВИЧ-инфицированных лиц, в данное время получающих высокоактивную антиретровирусную терапию (ВААРТ), которая эффективно снижает вирусную нагрузку;
введения системы редактирования генов или удаления генов лицам, участвующим в клинических испытаниях фазы 1а, фазы 1b и фазы 1с; и
проведения анализов для подтверждения удаления вирусного генома ВИЧ из клеток индивидуума.
2. Способ по п. 1, где система редактирования генов или удаления генов представляет собой систему CRISPR.
3. Способ по п. 2, где система редактирования генов или удаления генов представляет собой ЕВТ101.
4. Способ по п. 2, где система CRISPR включает нуклеазу, выбранную из группы, состоящей из Cas9 и Cpf1.
5. Способ по п. 1, где система редактирования генов или удаления генов представляет собой систему Аргонавт (Argonaute).
6. Способ по п. 5, где система Аргонавт представляет собой Natronobacterium gregoryi Argonaute (NgAgo).
7. Способ по п. 1, где лиц, получающих ВААРТ, которая эффективно снижает вирусную нагрузку, определяют по измеренному отсутствию репликации вируса, отсутствию вирусной нагрузки и количеству здоровых CD4 Т-клеток.
8. Способ по п. 1, где ВААРТ выбирают из группы, состоящей из нуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы, ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы, ингибиторов протеазы, ингибиторов слияния, ингибиторов интегразы, антагонистов CCR5 и их комбинаций.
9. Способ по п. 8, где участвующие в исследовании лица продолжают принимать ВААРТ в ходе всего клинического исследования.
10. Способ по п. 1, где определение фазы 1а дополнено тем, что в нее включены 6-18 лиц, которые получают до трех разных доз системы редактирования генов или удаления генов.
11. Способ по п. 10, где указанная стадия выполнения анализов далее определена как включающая выполнения ПЦР анализа и определения безопасности и переносимости и действенности и точности удаления вирусной ДНК.
12. Способ по п. 1, где фаза 1b далее определена как включающая до 32 лиц, получающих лечение в четырех равных когортах, где они получали единичную дозу, единичную высокую дозу, две дозы с интервалом 1-5 дней и плацебо.
13. Способ по п. 12, где указанная стадия выполнения анализов далее определена как тестирование образцов лейкафереза крови на правильное удаление генома ВИЧ с помощью ПЦР анализа.
14. Способ по п. 13, дополнительно включающий стадию определения оптимальной дозы системы редактирования гена или удаления гена.
15. Способ по п. 1, где фаза 1 с далее определена как включающая 24-32 человек в трех когортах по 12-16 человек в группе плацебо, 6-8 человек в группе оптимальной дозы, и 6-8 человек в группе с более высокой дозой, равной 0,5log дозы в группе оптимальной дозы в фазе 1b.
16. Способ по п. 15, где указанная стадия выполнения анализов далее определена как тестирование образцов лейкафереза крови на правильное удаление генома ВИЧ с помощью ПЦР анализа.
17. Способ по п. 15, где указанная стадия выполнения анализов далее определена как включающая подтверждение удаления вирусного генома ВИЧ из клеток участвующих в исследовании лиц с помощью анализа, выбранного из группы, состоящей из тестирования на удаление генома ВИЧ в биопсииях, взятых из слизистой лимфатического узла ЖК-тракта, и тестирования на удаление генома ВИЧ в циркулирующих Т-клетках с помощью лейкафереза крови.
18. Способ по п. 1, где указанная стадия выполнения анализов дополнительно включает в себя использование перечня диагностических методов для определения эффективности лечения системой редактирования или удаления генов, с помощью которых обнаруживают биомаркеры или метаболиты, указывающие на наличие ВИЧ.
19. Способ по п. 18, где указанная стадия использования перечня диагностических параметров далее определена как включающая получение у лиц образца, исследование его с использованием перечня диагностических параметров, в который входит по меньшей мере один биомаркер, указывающий на ВИЧ, обнаружение наличия по меньшей мере одного биомаркера, сравнение уровней содержания биомаркера с нормальным уровнем и определение того, является ли лечение системой редактирования или удаления генов действенным для обращения вспять или предотвращения ВИЧ.
2
2
2
2
3
2
1
5
10
5
20. Способ по п. 18, где биомаркеры выбирают из группы, в состав которой входят 1,3-диметилурат, левоглюкозан, 1-метилникотинамид, метаболит 1, 2-гидроксиизобутират, 2-оксоглутарат, 3-аминоизобутират, 3-гидроксибутират, 3-гидроксиизовалериат, 3-индоксилсульфат, 4-гидроксифенилацетат, 4-гидроксифениллактат, 4-пириродксат, ацетат, ацетоацетат, ацетон, адипат, аланин, аллантоин, аспарагин, бетаин, карнитин, цитрат, креатин, креатинин, диметиламин, этаноламин, формиат, фукоза, фумарат, глюкоза, глутамин, глицин, метаболит 2, метаболит 3, гиппурат, гистидин, гипоксантин, изолейцин, лактат, лейцин, лизин, маннит, метаболит 4, метаболит 5, метаболит 6, N,N-диметилглицин, О-ацетилкарнитин, пантотенат, пропиленгликоль, пироглутамат, пируват, хинолинат, серии, сукцинат, сахароза, метаболит 7, таурин, треонин, тригоннелин, триметиламин-N-оксид, триптофан, тирозин, урацил, мочевина, валин, ксилоза, цис-аконитат, миоинозит, транс-аконитат, 1-метилгистидин, 3-метилгистидин, аскорбат, фенилацетилглутамин, 4-гидроксипролин, глюконат, галактоза, галактит, галактонат, лактоза, фенилаланин, пролинбетаин, триметиламин, бутират, пропионат, изопропанол, манноза, 3-метилксантин, этанол, бензоат, глутамат, глицерин, гуанозин, гуанин, ксантин, мочевая кислота, аденозин, инозин, инозиновая кислота, СO, НO, N-карбамоил-β-аланин, бета-аланин, аммиак, β-аминоизобутират, путресцин, спермидин, спермин, метионин, S-аденозилметионин, декарбоксилированный S-аденозилметионин, аргинин, орнитин, путресцин, N1-ацетилспермидин, N1-ацетилспермин,  N1N2-диацетилспермин, 3-аминопропаналь, 3-ацетиламинопропаналь, акролеин, ПДФ-лизиновый белок, тpeo-Ds-изоцитрат, оксалосукцинат, 2-оксоглутарат, оксалоацетат, L-глутамат, 2-гидроксиглутарат, ацетил-СоА, цис-аконитат, D-изоцитрат, α-кетоглутарат, сукцинил-СоА, малат, (-)О-ацетилкарнитин, итаконат, гликолат, глиоксилат, оксалат, оксалил-СоА, формил-СоА, глюкоза 6-фосфат (G6P), фруктоза 6-фосфат (F6P), фруктоза 1,6-бисфосфат (F1,6BP), глицеральдегид-3-фосфат (GADP), дигидроксиацетонфосфат (DHAP), 1,3-бисфосфоглицериновая кислота (1,3BPG), 3-фосфоглицериновая кислота (3PG), 2-фосфоглицериновая кислота (2PG), фосфоенолпировиноградная кислота (PEP), D-глюкоза, D-глюконо-1,5-лактон, D-глюконат, α-D-манноза 6-Р, D-манноза, D-фруктоза, D-сорбит, глицерон-Р, sn-глицерин-3Р, D-глицеральдегид, 1,2-пропандиол, 2-гидроксипропиональдегид, 3-Р-серин, 3-Р-гидроксипируват, D-глицерат, гидроксипируват, L-аланин, L-аланил-тРНК, L-глутамат, 2-оксоглутарат, L-лактат и D-лактат, аденозинтрифосфат (АТФ), аденозиндифосфат (АДФ), Н+, сукцинат, O, никотинамидадениндинуклеотид восстановленный (NADH), никотинамидадениндинуклеотид окисленный (NAD+), никотинамидадениндинуклеотидфосфат окисленный (NADP+), никотинамидадениндинуклеотидфосфат восстановленный (NADPH), 6-фосфоглюконолактон, 6-фосфоглюконат, рибулозо-5-фосфат, рибозо-5-фосфат, ксилозо-5-фосфат, глицеральдегид-3-фосфат, седогептулозо-7-фосфат, фруктозо-6-фосфат, эритрозо-4-фосфат, ксилозо-5-фосфат, D-рибулоза, D-рибит, D-рибоза, L-рибулоза, седогептулоза 1,7Р, 3-оксо-6-Р-гексулоза, L-орнитин, карбамоилфосфат, L-цитруллин, аргининосукцинат, L-аргинин, L-аспартат, аденозинмонофосфат (АМФ), пирофосфат, транс-Δ-еноил-СоА, L-β-гидроксиацил-СоА, β-кетоацил-СоА, FADH2, ацил-СоА, пропионил-СоА, инозинмонофосфат (IMP), ксантозинмонофосфат (ХМР), гуанозинмонофосфат (GMP), ксантозин, аденилсукцинат, уридин, уридинмонофосфат (UMP), тимидин, тимин, дезоксирибозо-1-фосфат, дезокситимидинмонофосфат (dTMP), дезоксицидин, дезоксицидинмонофосфат (dCMP), ретинилпальмитат, пальмитат, пальмитил-СоА, ретиноат, β-глюкуронид, ретиналь, β-каротин, ретиноевая кислота, кальцидидол, 25-гидроксиэргокальциферол, кальцитриол, метилкобаламин, 5'-дезоксиаденозилкобаламин, α-CECH, NH4+, α-кетоглутарат, оксалоацетат, глутамат-γ-полуальдегид, Δ-пирролин-5-карбоксилат, цитруллин, NH, N,N-метилен-ТГФ, 3-фосфоглицерат, α-кетобутират, α-амино-β-кетобутират, аминоацетон, цистеинсульфинат, β-сульфинилпируват, бисульфит, сульфит, сульфат, глутатион, гипотаурин, аденозин-5'-фосфосульфат, 3'-фосфоаденозин-5'-фосфосульфат, гомоцистеин, α-кето-β-метилвалерат, α-кетоизокапроат, α-кетоизовалерат, α-метилбутирил-СоА, тиглил-СоА, 3-метил-3-гидроксибутирил-СоА, 2-метилацетоацетил-СоА, изовалерил-СоА, 3-метилкротонил-СоА, 3-метилглутаконил-СоА, 3-гидрокси-3-метилглутарил-СоА, ацетоацетат, изобутирил-СоА, метакрилил-СоА, 3-гидроксиизобутирил-СоА, метилмалоновый полуальдегид, р-гидроксифенилпируват, гомогентизат, 4-малеилацетоацетат, 4-фумарилацетоацетат, фумарат, 3-гидрокситриметиллизин, 4-N-триметиламинобутиральдегид, γ-бутиробетаин, уроканат, 4-имидазолон-5-пропионат, N-формимидоил-L-глутамат, N-формимино-тетрагидрофолат, гистамин, N-формилкинуренин, кинуренин, кинуренат, 3-гидроксикинуренин, антранилат, 3-гидроксиантранилат, глутарил-СоА и ацетоацетил-СоА и их комбинации.
21. Способ по п. 18, где биомаркеры определяют методом, выбранным из группы, состоящей из жидкостной хроматографии, газовой хроматографии, жидкостной хроматографии - масс-спектрометрии, газовой хроматографии - масс-спектрометрии, высокоэффективной жидкостной хроматографии - масс-спектрометрии, капиллярного электрофореза - масс-спектрометрии, спектроскопии ядерного магнитного резонанса (ЯМР), рамановской спектроскопии и инфракрасной спектроскопии.