Предоперационная стратификация риска на основании экспрессии PDE4D7 и DHX9

1. Способ предоперационной стратификации риска у субъекта, страдающего раком предстательной железы, включающий:
- определение профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) в биологическом образце, полученном от указанного субъекта,
- определение профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9) в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта, и
- определение предоперационной прогностической оценки риска для указанного субъекта на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и указанного профиля экспрессии гена для DHX9.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 и профиль экспрессии гена для DHX9 комбинируют с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
- предложение первичного лечения для указанного субъекта на основании указанной предоперационной прогностической оценки риска,
причем указанное первичное лечение выбрано из группы, состоящей из: (i) по меньшей мере частичной простатэктомии; (ii) активной терапии, выбранной из лучевой терапии, гормональной терапии, химиотерапии и их комбинации; и (iii) активного наблюдения.
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
- нормирование указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и/или профиля экспрессии гена для DHX9 по отношению к одному или более референсным генам, выбранным из группы, состоящей из: гипоксантинфосфорибозилтрансферазы 1 (HPRT1) Homo sapiens, тубулина-альфа-1b (TUBA1B), члена РНК-связывающего семейства pumilio (PUM1) Homo sapiens и ТАТА-бокс-связывающего белка (ТВР) Homo sapiens,
причем указанную предоперационную прогностическую оценку риска определяют на основании указанного (ых) нормированного (ых) профиля (ей) экспрессии гена (ов).
5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что указанный один или более референсных генов содержат по меньшей мере два или по меньшей мере три, или все из HPRT1, TUBA1B, PUM1 и TBP.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что указанное определение профиля экспрессии гена для PDE4D7 и/или профиля экспрессии гена для DHX9 включает выполнение количественной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (RT-qPCR) на РНК, выделенной из биологического(их) образца (образцов), причем значение Cq определяют для PDE4D7 и/или DHX9 и для каждого из одного или более референсных генов, и при этом указанное определение предоперационной оценки риска включает нормирование указанного значения Cq для PDE4D7 и/или DHX9 с использованием указанного значения Cq для каждого из одного или более референсных генов и вычисление указанной предоперационной оценки риска на основании указанного(ых) нормированного(ых) значения (значений) Cq.
7. Диагностический набор, содержащий:
по меньшей мере один праймер и/или зонд для определения профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) в биологическом образце, полученном от субъекта, страдающего раком предстательной железы;
по меньшей мере один праймер и/или зонд для определения профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9) в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта; и
необязательно по меньшей мере один праймер и/или зонд для определения профиля экспрессии гена для одного или более референсных генов, выбранных из группы, состоящей из: гипоксантинфосфорибозилтрансферазы 1 (HPRT1) Homo sapiens, тубулина-альфа-1b (TUBA1B), члена РНК-связывающего семейства pumilio (PUM1) Homo sapiens и ТАТА-бокс-связывающего белка (ТВР) Homo sapiens;
причем указанный диагностический набор дополнительно содержит инструкции по вычислению предоперационной прогностической оценки риска на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9, при этом указанные инструкции хранятся в компьютерном программном продукте, который, при выполнении компьютером, осуществляет способ, включающий:
- определение указанной предоперационной прогностической оценки риска для указанного субъекта на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9,
при этом необязательно указанный способ включает:
- нормирование указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и/или профиля экспрессии гена для DHX9 по отношению к одному или более референсным генам,
при этом указанную предоперационную прогностическую оценку риска определяют на основании указанного(ых) нормированного(ых) профиля(ей) экспрессии гена(ов).
8. Диагностический набор по п. 7, отличающийся тем, что указанные инструкции по вычислению указанной предоперационной прогностической оценки риска содержат инструкции по комбинированию указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9 с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
9. Применение диагностического набора по п. 7 или 8 в способе предоперационной стратификации риска у субъекта, страдающего раком предстательной железы.
10. Применение профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) и профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9) в предоперационной стратификации риска у субъекта, страдающего раком предстательной железы, включающее:
- определение указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 в биологическом образце, полученном от указанного субъекта,
- определение указанного профиля экспрессии гена для DHX9 в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта, и
- определение предоперационной прогностической оценки риска для указанного субъекта на основании указанного профиля экспрессии гена для PDE4D7 и профиля экспрессии гена для DHX9.
11. Применение по п. 10, отличающееся тем, что указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 и профиль экспрессии гена для DHX9 комбинируют с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.
12. Компьютерный программный продукт, содержащий инструкции, которые, при выполнении указанной программы компьютером, приводят к осуществлению компьютером способа, включающего:
- определение предоперационной прогностической оценки риска для субъекта, страдающего раком предстательной железы, на основании профиля экспрессии гена для варианта 7 фосфодиэстеразы 4D (PDE4D7) и профиля экспрессии гена для DExH-бокс-геликазы 9 (DHX9),
причем указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 был определен в биологическом образце, полученном от указанного субъекта, и указанный профиль экспрессии гена для DHX9 был определен в том же или другом биологическом образце, полученном от указанного субъекта.
13. Компьютерная программа по п. 12, отличающаяся тем, что указанный профиль экспрессии гена для PDE4D7 и профиль экспрессии гена для DHX9 комбинируют с функцией регрессии, которая была получена на основании популяции субъектов, страдающих раком предстательной железы.