СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ НЕСТАБИЛЬНОЙ ВНЕКЛЕТОЧНОЙ ДНК И УСТРОЙСТВО С ЕГО ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ

1. Способ детекции внеклеточной ДНК (вкДНК), имеющей нестабильную двухспиральную структуру, из образца без амплификации, включающий:
a) перемешивание образца, содержащего вкДНК, с положительно заряженным веществом;
b) выделение положительно заряженного вещества, с которым связана вкДНК;
c) перемешивание смеси с зондом и маркером;
d) удаление зонда и маркера, не связанных с вкДНК; и
e) детекцию маркера.
2. Способ по п.1, где вкДНК, имеющая нестабильную двухспиральную структуру, отличается:
i) наличием значения Tm, ниже, чем у вкДНК, имеющей стабильную двухспиральную структуру; или
ii) денатурацией в условиях, когда вкДНК, имеющая стабильную двухспиральную структуру, не подвергается денатурации.
3. Способ по п.1, где вкДНК, имеющая нестабильную двухспиральную структуру, является способной связываться с 15-членным - 30-членным зондом, способным к комплементарному связыванию с вкДНК, в любых условиях из следующих условий:
i) условия оставления в течение 1-120 минут при комнатной температуре;
ii) условия нагревания при 90°C - 95°C в течение 1 секунды - 3 минут;
iii) условия нагревания при 75°C - 90°C в течение 1 секунды - 5 минут;
iv) условия нагревания при 60°C - 75°C в течение 30 секунд - 30 минут;
v) условия нагревания при 25°C - 40°C в течение 10-120 минут;
vi) условия обработки протеазой в течение 1-30 минут; и
vii) условия обработки ДНКазой в течение 1-30 минут.
4. Способ по п.1, где вкДНК, имеющая нестабильную двухспиральную структуру, представляет собой циркулирующую опухолевую ДНК.
5. Способ по п.1, где вкДНК, имеющая нестабильную двухспиральную структуру, имеет поврежденную последовательность нуклеиновой кислоты, которая не присутствует в нормальных клетках.
6. Способ по п.5, где поврежденная последовательность нуклеиновой кислоты, которая не присутствует в нормальных клетках, содержит любую структурную аномалию, выбранную из группы, состоящей из делеции, дупликации, вставки, транслокации, несовпадения и однонуклеотидного варианта (SNV).
7. Способ по п.1, где перед стадией c), способ дополнительно включает подвергание образца или вкДНК, связанных с положительно заряженным веществом, денатурации в любых условиях из следующих условий:
i) условия оставления при комнатной температуре в течение 1-10 минут;
ii) условия нагревания при 90°C - 95°C в течение 1 секунды - 1 минуты;
iii) условия нагревания при 75°C - 90°C в течение 10 секунд - 3 минут;
iv) условия нагревания при 60°C - 75°C в течение 1-30 минут;
v) условия нагревания при 25°C - 40°C в течение 5-60 минут;
vi) условия обработки протеазой в течение 1-10 минут; и
vii) условия обработки ДНКазой в течение 1-10 минут.
8. Способ по п.1, где зонд состоит из 15-членных - 30-членных нуклеотидов.
9. Способ по п.8, где зонд находится в форме, с которой является связанным биотин.
10. Способ по п.1, где маркер содержит пероксидазу хрена (HRP) или флуоресцентный белок.
11. Способ по п.10, где маркер дополнительно содержит любой маркер, выбранный из группы, состоящей из авидина, стрептавидина и их комбинации.
12. Способ по п.1, где маркер представляет собой наночастицу, содержащую проводящий полимер; гиалуроновую кислоту; авидин или стрептавидин; и пероксидазу хрена (HRP) или флуоресцентный белок.
13. Способ по п.1, где положительно заряженное вещество представляет собой положительно заряженную нанопроволоку.
14. Способ по п.13, где нанопроволока содержит проводящий полимер.
15. Способ по п.14, где нанопроволока дополнительно содержит биотин.
16. Способ по п.14, где проводящий полимер представляет собой любой полимер, выбранный из группы, состоящей из поли(ацетилена), поли(пиррола), поли(тиофена), поли(пара-фенилена), поли(3,4-этилендиокситиофена), поли(фениленсульфида), поли(пара-фениленвинилена) и полианилина.
17. Способ по п.1, где образец представляет собой любой образец, выбранный из группы, состоящей из мочи, спинномозговой жидкости, плазмы, крови, плевральной жидкости, асцитов, слюны, мокроты и жидкости организма.
18. Способ по п.5, где поврежденная последовательность нуклеиновой кислоты представляет собой мутантную последовательность по меньшей мере одного гена, выбранного из группы, состоящей из EGFR, KRAS, BRAF, TP53, PIK3CA, ROS1, RET, c-Met, PTEN, RB1, AR, BRCA, KIT, FGFR, IDH, ESR1, HER2, ALK-EML4 и TMPRSS2-ERG.
19. Способ по п.1, где на стадии e), маркер детектируют посредством изменения окраски, изменения поглощения УФ, изменения ответа флуоресценции или электрохимического изменения.
20. Способ получения информации для диагностики или прогнозирования злокачественной опухоли или инфекционного заболевания посредством детекции вкДНК, имеющей нестабильную двухспиральную структуру, из образца без амплификации, включающий:
a) перемешивание образца, содержащего вкДНК, с положительно заряженным веществом;
b) выделение положительно заряженного вещества, с которым связана вкДНК;
c) перемешивание смеси с зондом и маркером;
d) удаление зонда и маркера, не связанных с вкДНК;
e) детекцию маркера; и
f) определение того, что присутствует злокачественная опухоль или инфекционное заболевание, ассоциированные с геном, соответствующим вкДНК, имеющей нестабильную двухспиральную структуру, когда детектирован маркер.