ОПРЕДЕЛЕНИЕ СООТНОШЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ

1. Способ нормировки количественных данных, полученных в результате амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, указанный способ включает
(i) получение количественных данных
в результате амплификации геномной ДНК первого гена и РНК, транскрибированной с указанного первого гена, и
в результате амплификации последовательности нетранскрибируемой ДНК в указанной клетке, организме или вирусе; и
(ii) применение указанных количественных данных для получения нормированного значения (nV), представляющего собой отношение количеств:
указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена, к таковым для указанной геномной ДНК, которая не транскрибируется,
присутствующих в образце нуклеиновых кислот перед проведением указанной амплификации, причем указанную геномную ДНК первого гена и РНК, транскрибированную с первого гена, а также указанную последовательность нетранскрибируемой ДНК совместно амплифицируют в одной реакции.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой число копий ампликона, и указанный способ включает
получение значения A (vA), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных в результате амплификации указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена, и значения B (vB), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных из последовательности нетранскрибируемой ДНК;
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения
vA/vB = nV
или эквивалентной его формы.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой число копий ампликона, и указанный способ включает
получение значения X (vX), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных в результате: амплификации геномной ДНК и транскриптов РНК с указанного первого гена и амплификации геномной ДНК и транскриптов РНК с по меньшей мере одного дополнительного гена;
получение значения B (vB), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных с последовательности нетранскрибируемой ДНК,
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения:
vX / (vB x (X+1)) = nV
или эквивалентной его формы,
где X представляет собой количество указанного(-ых) дополнительного(-ых) гена(-ов).
4. Способ по п. 2 или 3, отличающийся тем, что амплификация представляет собой цифровую полимеразную цепную реакцию (цПЦР).
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой пороговое значение (Ct), и указанный способ включает
получение порогового значения цикла CtA для амплификации указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена,
получение порогового значения цикла CtB для амплификации последовательности нетранскрибируемой ДНК; и
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения
2CtB - CtA = nV
или эквивалентной его формы.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой пороговое значение (Ct), и указанный способ включает
получение порогового значения цикла CtX для: амплификации указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена и амплификации геномной ДНК и транскриптов РНК с по меньшей мере одного дополнительного гена;
получение порогового значения цикла CtB для амплификации последовательности нетранскрибируемой ДНК; и
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения
2CtB - CtX/ (X +1) = nV
или эквивалентной его формы,
где X представляет собой количество указанного(-ых) дополнительного(-ых) гена(-ов).
7. Способ по п. 5 или 6, отличающийся тем, что амплификация представляет собой количественную полимеразную цепную реакцию (кПЦР).
8. Способ по любому из пп. 1 - 7, отличающийся тем, что последовательность нетранскрибируемой ДНК представляет собой геномную ДНК.
9. Способ по любому из пп. 1 - 8, дополнительно включающий проведение указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса.
10. Способ по любому из пп. 1 - 9, отличающийся тем, что указанные нуклеиновые кислоты из клетки, организма или вируса представляют собой экстракт общих нуклеиновых кислот.
11. Способ по любому из пп. 1 - 10, отличающийся тем, что любую указанную амплификацию проводят, применяя: полимеразную цепную реакцию (ПЦР), полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), амплификацию с замещением цепи (SDA), изотермическую амплификацию с формированием петель (LAMP), амплификацию по типу катящегося кольца (RCA), рекомбиназную полимеразную амплификацию (RPA), геликаза-зависимую амплификацию (HDA), амплификацию на основе встраивания в цепь (SIBA), опосредованную транскрипцией амплификацию (TMA), самоподдерживающуюся репликацию последовательностей (3SR), амплификацию, основанную на последовательности нуклеиновых кислот (NASBA), или любую комбинацию перечисленных способов амплификации.
12. Способ по любому из пп. 1 - 11, дополнительно включающий применение нормированного значения (nV) для оценки уровня транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
13. Способ по любому из пп. 1 - 12, дополнительно включающий:
получение нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них нет транскрипционной активности; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для отсутствия транскрипции (nV-), чтобы посредством этого оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
15. Способ по п. 13 или п. 14, отличающийся тем, что
нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-) используют в качестве исходного значения для оценки наличия или отсутствия транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или ниже нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), то это свидетельствует об отсутствии транскрипционной активности; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, выше нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), то это свидетельствует о наличии транскрипционной активности.
16. Способ по любому из пп. 13 - 15, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-):
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них нет транскрипционной активности; и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-) позволяет предсказать наличие или отсутствие транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
18. Способ по любому из пп. 13 - 17, дополнительно включающий
получение нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них есть транскрипционная активность; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для наличия транскрипции (nV+), чтобы посредством этого оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для наличия транскрипции (nV+) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
20. Способ по п. 18 или 19, отличающийся тем, что
нормированное значение для наличия транскрипции (nV+) используют в качестве исходного значения для оценки транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, ниже нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), то это свидетельствует о недостатке или отсутствии транскрипционной активности; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или выше нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), то это свидетельствует о наличии транскрипционной активности.
21. Способ по любому из пп. 18 - 20, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для наличия транскрипции (nV+)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них есть транскрипционная активность; и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для наличия транскрипции (nV+) позволяет предсказать наличие или отсутствие транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
23. Способ по п. 13, дополнительно включающий
получение нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них нет транскрипционной активности;
получение нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них есть транскрипционная активность; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с:
(i) нормированным значением для отсутствия транскрипции (nV-) и нормированным значением для наличия транскрипции (nV+), или
(ii) совокупным нормированным значением для транскрипции (nV+), промежуточным между нормированным значением для отсутствия транскрипции (nV-) и нормированным значением для наличия транскрипции (nV+),
чтобы посредством этого оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что совокупное нормированное значение для транскрипции (nV+) рассчитывают с применением уравнения
(nV+) + (nV-) / 2 = (nV+)
или эквивалентной его формы.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное совокупное нормированное значение для транскрипции (nV+)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений для отсутствия транскрипции (nV-) и/или нормированных значений для наличия транскрипции (nV+); и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное совокупное нормированное значение для транскрипции (nV+) позволяет предсказать наличие или отсутствие транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
27. Способ по любому из пп. 12 - 26, отличающийся тем, что уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе оценивают с целью определения любого одного или нескольких из следующих признаков:
жизнеспособности исследуемой клетки или исследуемого организма;
являются ли исследуемые клетка, организм или вирус живыми или мертвыми;
нарушения транскрипции в исследуемых клетке, организме или вирусе.
28. Способ по любому из пп. 1 - 11, дополнительно включающий применение нормированного значения (nV) для оценки уровня устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса, отличающийся тем, что
указанную клетку, организм или вирус подвергают воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот, и
указанное нормированное значение (nV) сравнивают с контрольным нормированным значением (cnV), полученным с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они:
(i)  устойчивы к указанному лекарственному средству; или
(ii)  чувствительны к указанному лекарственному средству,
чтобы посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у  клетки, организма или вируса.
29. Способ по любому из пп. 1 - 11 или 28, дополнительно включающий
получение нормированного значения для чувствительности к лекарственному средству (dsV), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они чувствительны к указанному лекарственному средству; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для чувствительности к лекарственному средству (dsV), чтобы посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству в клетке, организме или вирусе, при этом указанные клетку, организм или вирус подвергают воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот.
30. Способ по п. 29, отличающийся тем, что нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
31. Способ по п. 29 или п. 30, отличающийся тем, что
нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV) используют в качестве исходного значения для оценки наличия или отсутствия устойчивости или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, выше нормированного значения для чувствительности к лекарственному средству (dsV), то это свидетельствует об устойчивости к лекарственному средству; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или ниже нормированного значения для чувствительности к лекарственному средству (dsV), то это свидетельствует о чувствительности к лекарственному средству.
32. Способ по любому из пп. 29 - 31, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они чувствительны к указанному лекарственному средству; и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV) позволяет предсказать наличие или отсутствие:
(i)  устойчивости к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; или
(ii) чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
33. Способ по п. 32, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
34. Способ по любому из пп. 1 - 11 или 28, дополнительно включающий
получение нормированного значения для устойчивости к лекарственному средству (drV), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они устойчивы к указанному лекарственному средству; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для устойчивости к лекарственному средству (drV), чтобы посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству в клетке, организме или вирусе, при этом указанные клетку, организм или вирус подвергают воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
36. Способ по п. 34 или 35, отличающийся тем, что
нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV) используют в качестве исходного значения для оценки наличия или отсутствия устойчивости или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или выше нормированного значения для устойчивости к лекарственному средству (drV), то это свидетельствует об устойчивости к лекарственному средству; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, ниже нормированного значения для устойчивости к лекарственному средству (drV), то это свидетельствует о чувствительности к лекарственному средству.
37. Способ по любому из пп. 34 - 36, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они устойчивы к указанному лекарственному средству; и/или
предложено с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV) позволяет предсказать наличие или отсутствие:
(i)  устойчивости к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; или
(ii) чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
39. Способ согласно одному из пп. 1 - 11, дополнительно включающий применение нормированного значения (nV) для оценки уровня устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса, отличающийся тем, что:
первую популяцию указанных клеток, организмов или вирусов, которых подвергали воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот, используют для получения первого указанного нормированного значения (nV),
вторую популяцию указанных клеток, организмов или вирусов, которых не подвергали воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот, используют для получения второго указанного нормированного значения (nV),
указанное первое нормированное значение (nV) и указанное второе нормированное значение (nV) сравнивают, чтобы оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе под воздействием или без воздействия лекарственного средства и посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что если указанное первое нормированное значение (nV) ниже, чем указанное второе нормированное значение (nV), то это свидетельствует о чувствительности к указанному лекарственному средству.
41. Способ по любому из пп. 28 - 40, отличающийся тем, что лекарственное средство представляет собой противомикробное средство.
42. Способ по любому из пп. 28 - 41, отличающийся тем, что лекарственное средство представляет собой противомикробное средство класса, выбранного из: аминогликозидов, ансамицинов, карбацефема, карбапенемов, цефалоспоринов, гликопептидов, макролидов, пенициллинов, монобактамов, полипептидов, хинолонов, сульфонамидов, тетрациклинов.
43. Способ по любому из пп. 28 - 42, отличающийся тем, что лекарственное средство представляет собой ципрофлоксацин, азитромицин, рифампицин или доксициклин.
44. Способ по любому из пп. 28 - 43, отличающийся тем, что первый ген представляет собой ген из вида Chlamydia (например, Chlamydia trachomatis), из вида Gonorrhea или из вида Mycoplasma (например, Mycoplasma genitralium).
45. Способ по п. 44, отличающийся тем, что указанная реакция включает применение обратной транскриптазы.
46. Способ по любому из пп. 1 - 45, отличающийся тем, что клетка представляет собой клетку млекопитающего, клетку человека, клетку животного, клетку растения, бактериальную клетку, клетку-хозяина, инфицированную вирусами, или клетку-хозяина, инфицированную бактериями.
47. Способ по любому из пп. 1 - 46, отличающийся тем, что организм представляет собой млекопитающее, человека, растение, бактерию, вирус, гриб, водоросль, архею или простейшее.