СПОСОБЫ ДИАГНОСТИКИ ПАТОГЕНОВ, ВЫЗЫВАЮЩИХ ИНФЕКЦИОННЫЕ ЗАБОЛЕВАНИЯ И ИХ ЛЕКАРСТВЕННОЙ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ

1. Способ определения чувствительности патогена к лекарственным средствам, где способ включает:
получение образца, содержащего патоген;
осуществление контакта образца с одним или несколькими тестируемыми соединениями с получением образца для тестирования;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых происходит высвобождение матричной рибонуклеиновой кислоты (мРНК) из патогена в образец для тестирования;
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, где каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая по-разному экспрессируется в организмах, которые являются чувствительными к тестируемому соединению, и в организмах, которые являются резистентными, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью;
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени; и
сравнение уровня мРНК-мишени в присутствии тестируемого соединения с эталонным уровнем, при этом отличие в уровне мРНК-мишени по сравнению с эталонным уровнем мРНК-мишени показывает, является ли патоген чувствительным или резистентным к тестируемому соединению.
2. Способ по п.1, в котором тестируемое соединение является известным или возможным средством лечения, направленным против патогена.
3. Способ по п.1, в котором способ включает осуществление контакта образца с двумя или большим количеством тестируемых соединений.
4. Способ по п.1, в котором образец подвергают контакту с одним или несколькими тестируемыми соединениями в течение периода времени, составляющего менее четырех часов.
5. Способ идентификации патогена инфекционной болезни, где способ включает:
получение образца для тестирования от субъекта, который предположительно инфицирован патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования.
6. Способ по п.1 или 5, в котором образец для тестирования выбран из группы, состоящей из слюны, крови, мочи, кала, синовиальной жидкости, цереброспинальной жидкости и цервикального/вагинального мазка.
7. Способ по п.1 или 5, в котором образец для тестирования содержит множество разных патогенов инфекционных болезней или организмов, не вызывающих заболевания.
8. Способ по п.1 или 5, в котором один или несколько зондов нуклеиновой кислоты выбраны из зондов, указанных в таблице 2.
9. Способ по п.1 или 5, в котором патогеном является бактерия, гриб, вирус или паразит.
10. Способ по п.1 или 5, в котором патогеном является Mycobacterium tuberculosis.
11. Способ по п.1 или 5, в котором мРНК не является очищенной перед осуществлением контакта с зондами.
12. Способ по п.1 или 5, в котором способ не включает амплификацию мРНК.
13. Способ по п.1 или 5, в котором способ включает лизис клеток ферментативно, химически или механически.
14. Способ по п.1 или 5, в котором способ включает применение микрофлюидного устройства.
15. Способ по п.1 или 5, в котором способ применяют для мониторинга инфекции патогеном.
16. Способ по п.1, в котором патоген находится в образце, полученном от субъекта.
17. Способ по п.5 или 16, в котором субъектом является человек.
18. Способ по п.5 или 16, где способ дополнительно включает определение или отбор средства лечения для субъекта и необязательно введение средства лечения субъекту.
19. Способ отбора средства лечения для субъекта, где способ включает:
необязательную идентификацию патогена в образце от субъекта способом, включающим:
получение образца для тестирования от субъекта, предположительно инфицированного патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования;
определение чувствительности патогена к лекарственным средствам с применением способа по п.1; и
отбор лекарственного средства, к которому патоген является чувствительным, для применения при лечении субъекта.
20. Способ мониторинга инфекции патогеном у субъекта, где способ включает:
получение первого образца, содержащего патоген, в первый момент времени;
определение чувствительности патогена к лекарственным средствам в первом образце с применением способа по п.1;
необязательный отбор средства лечения, к которому патоген является чувствительным, и
введение выбранного средства лечения субъекту;
получение второго образца, содержащего патоген, во второй момент времени;
определение чувствительности патогена к лекарственным средствам во втором образце с применением способа по п.1; и
сравнение чувствительности патогена к лекарственным средствам в первом образце и втором образце и таким образом осуществление мониторинга инфекции у субъекта.
21. Способ по п.20, в котором субъект имеет ослабленный иммунитет.
22. Способ по п.20, в котором способ включает отбор средства лечения, к которому патоген является чувствительным, и введение отобранного средства лечения субъекту, и определение чувствительности патогена к лекарственному средству во втором образце к выбранному средству лечения с применением способа по п.1, при этом изменение чувствительности патогена к лекарственному средству свидетельствует о том, является ли патоген или становится резистентным к средству лечения.
23. Способ по п.20, в котором изменение чувствительности патогена к лекарственным средствам свидетельствует о том, что патоген является или становится резистентным к средству лечения, и способ дополнительно включает введение субъекту другого средства лечения.
24. Способ мониторинга инфекции патогеном в популяции субъектов, где способ включает:
получение первого множества образцов от субъектов в популяции в первый момент времени;
определение чувствительности патогенов к лекарственным средствам в первом множестве образцов с применением способа по п.1 и необязательно идентификацию патогена инфекционной болезни в первом множестве образцов способом, включающим:
получение образца для тестирования от субъекта, предположительно инфицированного патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновых кислот, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования;
необязательное введение средства лечения субъекту;
получение второго множества образцов от субъектов в популяции во второй момент времени;
определение чувствительности патогенов к лекарственным средствам во втором множестве образцов с применением способа по п.1 и необязательно идентификацию патогена инфекционной болезни в первом множестве образцов способом, включающим:
получение образца для тестирования от субъекта, предположительно инфицированного патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования;
сравнение чувствительности патогенов к лекарственным средствам и необязательно идентификацию патогенов в первом множестве образцов и втором множестве образцов и таким образом осуществление мониторинга инфекции в популяции субъектов.
25. Множество полинуклеотидов, связанных с твердой подложкой, где множество содержит, по меньшей мере, один полинуклеотид и каждый полинуклеотид избирательно гибридизуется с одним или несколькими генами, выбранными из генов, указанных в таблице 2.
26. Множество полинуклеотидов по п.25, где множество содержит последовательности SEQ ID NO: 1-227 или любое их сочетание.