C12ORF48 КАК ГЕН-МИШЕНЬ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ И ДИАГНОСТИКИ РАКА

1. Способ обнаружения или диагностики рака у пациента, включающий определение уровня экспрессии гена C12ORF48 в полученном от пациента биологическом образце, в котором повышение указанного уровня по сравнению с нормальным контрольным уровнем гена указывает на то, что пациент страдает раком или имеет риск развития рака, котором уровень экспрессии определяют способом, выбранным из группы, состоящей из следующих способов:
(а) обнаружение мРНК гена C12ORF48,
(b) обнаружение белка, кодируемого геном C12ORF48, и
(с) обнаружение биологической активности белка, кодируемого геном C12ORF48.
2. Способ по п.1, в котором указанное повышение составляет по меньшей мере 10% по сравнению с указанным нормальным контрольным уровнем.
3. Способ по п.1, в котором полученный от пациента биологический образец представляет собой биоптат.
4. Способ по п.1, в котором рак выбран из группы рака поджелудочной железы и рака предстательной железы.
5. Способ по п.4, в котором рак поджелудочной железы представляет собой аденокарциному панкреатических протоков, а рак предстательной железы представляет собой гормонорезистентный рак предстательной железы.
6. Набор для диагностики рака, который включает реагент, выбранный из следующей группы:
(а) реагент для обнаружения мРНК гена C12ORF48;
(b) реагент для обнаружения белка C12ORF48; и
(с) реагент для обнаружения биологической активности белка C12ORF48.
7. Набор по п.6, в котором реагент представляет собой зонд для генного транскрипта гена.
8. Набор по п.6, в котором реагент представляет собой антитело против белка, кодируемого геном.
9. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака, связанного с избыточной экспрессией гена C12ORF48, или ингибирования роста раковых клеток, который включает в себя стадии:
(а) контактирование тест-соединения с полипептидом, кодируемым геном C12ORF48;
(b) обнаружение связывающей активности между полипептидом и тест-соединением; и
(с) отбор соединения, которое связывается с полипептидом.
10. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака, связанного с избыточной экспрессией гена C12ORF48 или PARP1, или ингибирования роста раковых клеток, который включает в себя стадии:
(а) контактирование тест-соединения с клеткой, экспрессирующей ген C12ORF48 в избыточных количествах; и
(b) отбор соединения, которое уменьшает уровень экспрессии гена C12ORF48.
11. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака или ингибирования роста раковых клеток, который включает в себя стадии:
(а) контактирование тест-соединения с полипептидом, кодируемым C12ORF48;
(b) обнаружение биологической активности полипептида с этапа (а); и
(с) отбор соединения, которое подавляет биологическую активность полипептида, по сравнению с биологической активностью, обнаруженной в отсутствии тест-соединения.
12. Способ по п.11, в котором биологическая активность представляет собой клеточную пролиферативную активность.
13. Способ скрининга соединения-кандидата для лечения или профилактики рака, связанного с избыточной экспрессией гена C12ORF48, или ингибирования роста раковых клеток, который включает в себя стадии:
(а) контактирование тест-соединения с клеткой, в которую был введен вектор, включающий область регуляции транскрипции гена C12ORF48 и ген-репортер, который экспрессируется под контролем области регуляции транскрипции;
(b) измерение экспрессии или активности указанного гена-репортера; и
(с) отбор соединения, которое уменьшает уровень экспрессии или активности указанного гена-репортера, по сравнению с уровнем в отсутствии тест-соединения.
14. Способ по любому из п.п.9, 10, 11 и 13, в котором рак выбран из группы рака поджелудочной железы и рака предстательной железы.
15. Способ по п.14, в котором рак поджелудочной железы представляет собой аденокарциному панкреатических протоков, а рак предстательной железы представляет собой гормонорезистентный рак предстательной железы.
16. Двухцепочечная молекула, включающая смысловую цепь и антисмысловую цепь, в которой смысловая цепь включает нуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности-мишени, состоящей из SEQ ID NO: 5, 7, 8, 14 или 15; и в которой антисмысловая цепь включает в себя нуклеотидную последовательность, которая является комплементарной смысловой цепи, в которой смысловая цепь и антисмысловая цепь гибридизируются друг с другом с образованием двухцепочечной молекулы, и в которой двухцепочечная молекула, после интродукции в клетку, экспрессирующую ген C12ORF48, ингибирует экспрессию гена.
17. Двухцепочечная молекула по п.16, в которой двухцепочечная молекула представляет собой олигонуклеотид длиной приблизительно от 19 до 25 нуклеотидов.
18. Двухцепочечная молекула по п.17, в которой двухцепочечная молекула представляет собой одиночный нуклеотидный транскрипт, включающий в себя смысловую цепь и антисмысловую цепь, соединенные посредством одноцепочечной нуклеотидной последовательности.
19. Двухцепочечная молекула по п.18, в которой полинуклеотидная последовательность имеет общую формулу
5'-[A]-[B]-[A']-3',
в которой [A] представляет собой нуклеотидную последовательность, включающую SEQ ID NO: 5, 7, 8, 14 или 15, [B] представляет нуклеотидную последовательность состоящую приблизительно из 3-23 нуклеотидов, и [A'] представляет собой нуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
20. Вектор, включающий каждый или оба из комбинации полинуклеотида, включающего смысловую цепь нуклеиновой кислоты и антисмысловую цепь нуклеиновой кислоты, в котором смысловая цепь нуклеиновой кислоты включает нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 5, 7, 8, 14 или 15, и в котором антисмысловая цепь включает нуклеотидную последовательность, которая является комплементарной смысловой цепи, в котором транскрипты смысловой цепи и антисмысловой цепи гибридизируются друг с другом с образованием двухцепочечной молекулы, и в котором вектор после интродукции в клетку, экспрессирующую ген C12ORF48, ингибирует экспрессию гена.
21. Вектор по п.20, в котором полинуклеотид представляет собой олигонуклеотид длиной приблизительно от 19 до 25 нуклеотидов.
22. Вектор по п.20, в котором двухцепочечная молекула представляет собой одиночный нуклеотидный транскрипт, включающий смысловую цепь и антисмысловую цепь, соединенные посредством одноцепочечной нуклеотидной последовательности.
23. Вектор по п.22, в полинуклеотид имеет общую формулу
5'-[A]-[B]-[A']-3',
в которой [A] представляет собой нуклеотидную последовательность, включающую SEQ ID NO: 5, 7, 8, 14 или 15, [B] представляет нуклеотидную последовательность состоящую приблизительно из 3-23 нуклеотидов, и [A'] представляет собой нуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
24. Способ лечения или профилактики рака, связанного с избыточной экспрессией гена C12ORF48, у пациента, включающий введение пациенту фармацевтически эффективного количества двухцепочечной молекулы против C12ORF48 или вектора, включающего двухцепочечную молекулу, которая ингибирует клеточную пролиферацию, контактируя с клеткой, экспрессирующей ген C12ORF48, и фармацевтически приемлемый носитель.
25. Способ по п.24, в котором двухцепочечная молекула представляет собой молекулу по п.16, в котором вектор представляет собой вектор по п.20.
26. Способ по п.24, в котором рак выбран из группы рака поджелудочной железы и рака предстательной железы.
27. Способ по п.26, в котором рак поджелудочной железы представляет собой аденокарциному панкреатических протоков, а рак предстательной железы представляет собой гормонорезистентный рак предстательной железы.
28. Композиция для лечения или профилактики рака, связанного с избыточной экспрессией гена C12ORF48, которая включает фармацевтически эффективное количество двухцепочечной молекулы против C12ORF48 или вектора, включающего двухцепочечную молекулу, которая ингибирует клеточную пролиферацию, контактируя с клеткой, экспрессирующей ген C12ORF48, и фармацевтически приемлемый носитель.
29. Композиция по п.28, в которой двухцепочечная молекула представляет собой молекулу по п.16, в котором вектор представляет собой вектор по п.20.
30. Композиция по п.28, в которой рак выбран из группы рака поджелудочной железы и рака предстательной железы.
31. Композиция по п.30, в которой рак поджелудочной железы представляет собой аденокарциному панкреатических протоков, а рак предстательной железы представляет собой гормонорезистентный рак предстательной железы.
32. Способ скрининга соединения-кандидата, ингибирующего связывание между полипептидом C12ORF48 и полипептидом PARP1, который включает стадии:
(а) контактирование полипептида C12ORF48 или его функционального эквивалента с полипептидом PARP1 или его функциональным эквивалентом в присутствии тест-агента;
(b) обнаружение связывания между полипептидами;
(с) сравнение уровня связывания, обнаруженного на стадии (b), с уровнем, обнаруженным в отсутствии тест-агента; и
(d) отбор тест-агента, который уменьшает или ингибирует уровень связывания, по сравнению с уровнем, обнаруженным в отсутствии тест-агента на стадии (с).
33. Способ по п.32, в котором функциональный эквивалент C12ORF48 включает в себя PARP1-связывающий домен.
34. Способ скрининга соединения для лечения или профилактики рака, с использованием полипептида, кодируемого геном C12ORF48, который включают стадии:
(а) контактирование тест-соединения с полипептидом, кодируемым полинуклеотидом C12ORF48, в присутствии полипептида, кодируемого полинуклеотидом PARP1;
(b) обнаружение биологической активности полипептида, кодируемого полинуклеотидом PARP1; и
(с) отбор тест-соединения, которое подавляет биологическую активность полипептида, кодируемого полинуклеотидом PARP1, по сравнению с биологической активностью полипептида, обнаруживаемой в отсутствии тест-соединения.
35. Способ по п.34, в котором биологическая активность представляет собой аутомодификационную активность.