БАЗЫ ДАННЫХ Т-КЛЕТОЧНЫХ ЭПИТОПОВ

1. Способ определения, включает ли исследуемая пептидная последовательность Т-клеточный эпитоп, посредством поиска в базе данных последовательностей пептидов, ранее проанализированных на активность Т-клеточного эпитопа.
2. Способ по п.1, при котором проводят поиск в базе пептидных последовательностей, идентичных исследуемой пептидной последовательности.
3. Способ по п.2, где исследуемая пептидная последовательность имеет длину 9 аминокислот.
4. Способ по п.1, при котором проводят поиск в базе данных пептидных последовательностей, подобных исследуемой пептидной последовательности и отличающихся не более чем по 4 аминокислотам из исследуемых пептидных последовательностей длиной 9-15 аминокислот.
5. Способ по п.4, при котором проводят поиск в базе данных идентичных аминокислот в соответствующих относительных положениях 1, 4, 6, 7 и 9.
6. Способ по п.4, при котором проводят поиск в базе данных идентичных аминокислот в соответствующих относительных положениях 2, 3, 5 и 8.
7. Способ по п.1, где исследуемый пептид и любые совпадающие пептиды из базы данных также анализируют на связывание с МНС (главным комплексом гистосовместимости), используя способы in silico или in vivo для определения связывания с МНС.
8. Способ тестирования белковой последовательности на присутствие Т-клеточных эпитопов путем анализа пептидов из белковой последовательности с использованием любого из способов по пп.1-7.
9. Способ тестирования иммуногенного потенциала одного или более фармацевтических белков путем определения присутствия Т-клеточных эпитопов с использованием способа по п.8.
10. Способ тестирования вакцинного потенциала одного или более фармацевтических белков путем определения присутствия Т-клеточных эпитопов с использованием способа по п.8.
11. Способ создания улучшенного белка с желательными свойствами и пониженным иммуногенным потенциалом, включающий следующие стадии:
(а) анализ одного или более имеющихся белков для определения аминокислот («желательные остатки»), необходимых для обеспечения желательных свойств в новом белке;
(б) выбор из баз данных одного или более пептидов, содержащих остатки, желательные для включения в улучшенный белок по положениям, соответствующим положениям в имеющемся белке, в результате чего такие пептиды не являются Т-клеточными эпитопами или не создают Т-клеточные эпитопы в улучшенном белке;
(в) синтез улучшенного белка путем включения одного или более указанных выбранных пептидов.
12. Способ создания улучшенного белка с желательными свойствами и повышенным иммуногенным потенциалом, включающий следующие стадии:
(а) анализ одного или более имеющихся белков для определения аминокислот («желательных остатков»), необходимых для обеспечения желательных свойств в новом белке;
(б) выбор из баз данных одного или более пептидов, содержащих желательные остатки для включения в улучшенный белок по положениям, соответствующим положениям в имеющемся белке, в результате чего такие пептиды представляют собой Т-клеточные эпитопы;
(в) синтез улучшенного белка путем включения одного или более указанных выбранных пептидов.
13. Способ создания базы данных хелперных Т-клеточных ответов на исследуемое вещество, включающий следующие стадии:
(д) выделение антиген-презентирующих клеток (АРС) и Т-клеток из организма;
(е) истощение или ингибирование регуляторных Т-клеток из выделенных клеток;
(ж) инкубирование с исследуемым веществом указанных клеток, истощенных по регуляторным Т-клеткам;
(з) определение Т-клеточных ответов на исследуемое вещество.
14. Способ по п.13, где регуляторные Т-клетки истощают путем истощения CD25hi+ Т-клеток.
15. Способ по п.14, где Т-клетки также истощены по CD8+ Т-клеткам.
16. Способ по п.13, где Т-клеточные ответы определяют путем определения пролиферации Т-клеток и/или определения высвобождения цитокинов.
17. Способы по любому из пп.1-16, где Т-клеточные эпитопы представляют собой хелперные Т-клеточные эпитопы.
18. Способы по любому из пп.1-16, где Т-клеточные эпитопы представляют собой цитотоксические Т-клеточные эпитопы.
19. База данных, содержащая данные, относящиеся к одной или более пептидным последовательностям, которые были проанализированы способами ex vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
20. База данных по п.19, содержащая данные, относящиеся к пептидным последовательностям, проанализированным способом по любому из пп.13-19.
21. База данных, содержащая данные, относящиеся к одной или более пептидным последовательностям, некоторые из которых были проанализированы способами in vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
22. База данных, содержащая данные, относящиеся к одной или более пептидным последовательностям, проанализированным с использованием МНС-тетрамеров.
23. Базы данных по любому из пп.19-22, где Т-клеточные эпитопы представляют собой хелперные Т-клеточные эпитопы.
24. Базы данных по любому из пп.19-22, где Т-клеточные эпитопы представляют собой цитотоксические Т-клеточные эпитопы.
25. Структура данных последовательностей пептидов, предварительно проанализированных на активность Т-клеточного эпитопа, для применения в определении, включает ли исследуемая пептидная последовательность Т-клеточный эпитоп.
26. Структура данных по п.25, содержащая пептидные последовательности, проанализированные способом по любому из пп.13-19.
27. Структура данных по п.25, содержащая одну или более чем одну пептидную последовательность, проанализированную способами ех vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
28. Структура данных по п.25, содержащая одну или более чем одну пептидную последовательность, проанализированную способами in vivo на активность Т-клеточного эпитопа.
29. Структура данных по п.25, содержащая одну или более чем одну пептидную последовательность, проанализированную с использованием МНС-тетрамеров.
30. Структура данных по любому из пп.25-29, где Т-клеточные эпитопы представляют собой хелперные Т-клеточные эпитопы.
31. Структура данных по любому из пп.25-29, где Т-клеточные эпитопы представляют собой цитотоксические Т-клеточные эпитопы.