СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ АНАЛИТИЧЕСКОЙ ТЕСТ-СИСТЕМЫ ДЛЯ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ И КОЛИЧЕСТВЕННОГО ИЗМЕРЕНИЯ СОДЕРЖАНИЯ ИНТЕРЕСУЮЩИХ БЕЛКОВ В БИОЛОГИЧЕСКОМ ОБРАЗЦЕ ПО СОДЕРЖАНИЮ СООТВЕТСТВУЮЩИХ ИМ ПРОТЕОТИПИЧЕСКИХ МАРКЕРНЫХ ПЕПТИДОВ

1. Способ получения аналитической тест-системы (MRM-теста) для мультиплексной идентификации и количественного измерения содержания интересующих белков в биологическом образце по содержанию соответствующих им протеотипических маркерных пептидов, предусматривающий следующие стадии:
1) биоинформационное выявление уникальных для белка протеотипических маркерных пептидных последовательностей;
2) отбор по меньшей мере двух маркерных протеотипических пептидных последовательностей белка, наиболее пригодных для исследования методом мониторинга множественных реакций;
3) предсказание фрагментов пептидов;
4) предсказание MRM-теста в виде перечня маркерных пептидов, их фрагментов и наилучших параметров детекции методом мониторинга множественных реакций;
5) синтез одного или нескольких маркерных пептидов;
6) определение профиля переходов одного и нескольких синтетических маркерных пептидов методом мониторинга множественных реакций в условиях ускоренного хроматографического градиента;
7) оптимизация MRM-теста в соответствии с полученными профилями, удаление из набора пептидных фрагментов, характеризующихся наименьшими значениями интенсивности в масс-спектре;
8) очистка пептидов, синтезированных на стадии 5);
9) подготовка биологического образца, предусматривающая удаление мажорных белков;
10) идентификация белка в биологическом образце с заколом синтетических пептидов методом мониторинга множественных реакций в условиях нормального хроматографического градиента на основании профилей, полученных на стадии 6);
11) определение значений времени удержания маркерных пептидов с внесением установленных значений в MRM-тесты.
2. Способ по п.1, в котором выявление уникальных для белка протеотипических маркерных пептидных последовательностей и отбор маркерных протеотипических пептидных последовательностей белка, наиболее пригодных для исследования методом мониторинга множественных реакций, производятся с использованием литературных данных, данных репозиториев и/или специализированного программного обеспечения.
3. Способ по п.1, в котором предсказание фрагментов пептидов и создание MRM-тестов в виде перечней маркерных пептидов, их фрагментов и наилучших параметров детекции методом мониторинга множественных реакций производятся с помощью специализированного программного обеспечения.
4. Способ по п.1, в котором проведение мультиплексных калибровочных измерений в условиях нормального хроматографического градиента в буферном растворе очищенных синтетических пептидов производится на фоне матрицы Е.coli или любой другой матрицы.
5. Применение MRM-теста, полученного в соответствии со способом по п.1 для измерений:
1) проведение мультиплексных калибровочных измерений в условиях нормального хроматографического градиента в буферном растворе очищенных синтетических пептидов на фоне смеси не имеющих отношения к ним белков и/или пептидов;
2) количественное измерение содержания маркерных пептидов в биологическом образце в условиях нормального хроматографического градиента;
3) определение концентрации интересующих белков в биологическом образце по содержанию соответствующих им протеотипических маркерных пептидов, количественно определенных на стадии 2).