СРЕДСТВА ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ИНФЕКЦИИ ВИРУСА ГЕПАТИТА В (HBV) И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Нуклеиновая кислота, содержащая последовательность ДНК, которая кодирует короткоцепочечную шпилечную микро-РНК (shmiR), где указанная shmiR содержит:
эффекторную последовательность длиной по меньшей мере из 17 нуклеотидов;
комплементарную последовательность эффектора;
последовательность структуры типа "стебель-петля"; и
каркас первичной микро-РНК (pri-miRNA);
где эффекторная последовательность по существу комплементарна транскрипту РНК, представленному в любой из SEQ ID NO: 1-10, 38, 40 и 42.
2. Нуклеиновая кислота по п.1, в которой shmiR выбрана из группы, состоящей из:
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:11, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:12;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:13, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:14;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:15, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:16;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:17, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:18;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:19, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:20;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:21, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:22;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:23, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:24;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:25, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:26;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:27 и эффекторной последовательности комплемента, представленной в SEQ ID NO:28;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:29, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:30;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:31, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:32;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:33, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:34;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:35, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:36;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:37 и эффекторной последовательности комплемента, представленной в SEQ ID NO:38;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:39, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:40; и
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:41, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:42.
3. Нуклеиновая кислота по п. 1 или 2, в которой shmiR содержит в направлении от 5' к 3':
5'-фланкирующую последовательность каркаса pri-miRNA;
комплементарную последовательность эффектора;
последовательность структуры типа "стебель-петля";
эффекторную последовательность; и
3'-фланкирующую последовательность каркаса pri-miRNA.
4. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-3, в которой последовательность структуры типа "стебель-петля" представляет собой последовательность, представленную в SEQ ID NO:75.
5. Нуклеиновая кислота по любому из пп.1-4, в которой каркас pri-miRNA представляет собой каркас pri-miR-30a.
6. Нуклеиновая кислота по любому из пп.3-5, в которой 5'-фланкирующая последовательность каркаса pri-miРНК представлена в SEQ ID NO:76, и 3'-фланкирующая последовательность каркаса pri-miRNA представлена в SEQ ID NO:77.
7. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 3-5, в которой shmiR содержит последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO: 43-58.
8. Нуклеиновая кислота по любому из пп.1-7, в которой последовательность ДНК, которая кодирует shmiR, представлена в любой из SEQ ID NO: 59-74.
9. Множество нуклеиновых кислот, содержащих:
(a) по меньшей мере, одну нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8; и
(b) по меньшей мере одну дополнительную нуклеиновую кислоту, выбранную из:
(i) нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-8; или
(ii) нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, кодирующую короткоцепочечную шпилечную РНК (shRNA), содержащую эффекторную последовательность длиной по меньшей мере из 17 нуклеотидов, и комплементарную последовательность эффектора, где эффекторная последовательность по существу комплементарна транскрипту РНК, представленного в любой из SEQ ID NO: 1-10, 38, 40 и 42;
где shmiR, кодируемая нуклеиновой кислотой, указанной в (a), и shmiR или shRNA кодируемая нуклеиновой кислотой, указанной в (b), содержат различные эффекторные последовательности.
10. Множество нуклеиновых кислот по п.9, в котором нуклеиновая кислота определенная в п.9(b)(ii) кодирует shRNA, выбранную из группы, состоящей из:
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:11, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:12;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:13, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:14;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:15, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:16;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:17, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:18;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:19, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:20;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:21, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:22;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:23, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:24;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:25, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:26;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:27 и эффекторной последовательности комплемента, представленной в SEQ ID NO:28;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:29, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:30;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:31, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:32;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:33, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:34;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:35, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:36;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:37 и комплементарную последовательность эффектора, представленной в SEQ ID NO:38;
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:39, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:40; и
shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:41, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:42.
11. Множество нуклеиновых кислот по п. 9 или 10, в которой shrRNA, определенная в пункте 9(b)(ii), или множество shrRNA, включает последовательность структуры типа "стебель-петля", расположенную между эффекторной последовательностью и комплементарной последовательности эффектора.
12. Конструкт для направленной на ДНК РНК-интерференции (ddRNAi), содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8 или множество нуклеиновых кислот по любому из пп. 9-11.
13. Конструкт ddRNAi по п.12, содержащий по меньшей мере две нуклеиновые кислоты по любому из пп. 1-8, где каждая из нуклеиновых кислот кодирует различные shmiR.
14. Конструкт ddRNAi по п. 12 или 13, содержащий по меньшей мере три нуклеиновые кислоты по любому из пп. 1-8, где каждая из нуклеиновых кислот кодирует различные shmiR.
15. Конструкт ddRNAi по п.14, содержащий в направлении от 5' к 3':
(a) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:48;
(b) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:57; и
(c) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:54.
16. Конструкт ddRNAi по п. 14 или 15, где указанный конструкт ddRNAi содержит в направлении от 5' к 3':
(a) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:64;
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:73; и
(c) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:70.
17. Конструкт ddRNAi по п.14, содержащий в направлении от 5' к 3':
(a) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:48;
(b) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:49; и
(c) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:54.
18. Конструкт ddRNAi по п. 14 или 17, где указанный конструкт ddRNAi содержит в направлении от 5' к 3':
(a) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:64;
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:65; и
(c) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:70.
19. Конструкт ddRNAi по п.12, где указанный конструкт ddRNAi содержит:
по меньшей мере одну нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8; и
по меньшей мере одну нуклеиновую кислоту, определенную в (b)(ii) в любом из пп. 9-11.
20. Конструкт ddRNAi по п. 12 или 19, где указанный конструкт ddRNAi содержит:
по меньшей мере две нуклеиновые кислоты по любому из пп. 1-8, каждая из которых кодирует различные shmiR; и
по меньшей мере одну нуклеиновую кислоту, определенную в (b)(ii) в любом из пп. 9-11.
21. Конструкт ddRNAi по п.20, содержащий в направлении от 5' к 3':
(a) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:48;
(b) нуклеиновую кислоту, кодирующую shRNA, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO:39, и комплементарную последовательность эффектора, представленную в SEQ ID NO:40; и
(c) нуклеиновую кислоту, кодирующую shmiR, содержащую или состоящую из последовательности, представленной в SEQ ID NO:54.
22. Конструкт ddRNAi по любому из пп. 12-21, содержащий промотор РНК pol III расположенный выше каждой нуклеиновой кислоты, кодирующей shmiR, и промотор РНК pol III, расположенный выше каждой нуклеиновой кислоты, кодирующей shRNA.
23. Конструкт ddRNAi по п.22, в котором один или каждый промотор РНК pol III выбран из промотора U6 и промотора H1.
24. Конструкт ddRNAi по п. 22 или п.23, в котором промотор или каждый промотор РНК pol III представляет собой промотор U6, выбранный из промотора U6-9, промотора U6-1 и промотора U6-8.
25. Конструкт ddRNAi по п.24, содержащий в направлении от 5' к 3':
(a) промотор U6-9, расположенный выше нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящий из последовательности, представленной в SEQ ID NO:64;
(b) промотор U6-1, расположенный выше нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности, представленной в SEQ ID NO:73; и
(c) промотор U6-8, расположенный выше нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности, представленной в SEQ ID NO:70.
26. Конструкт ddRNAi по п.24, содержащий в направлении от 5' к 3':
(a) промотор U6-9, расположенный выше нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящий из последовательности, представленной в SEQ ID NO:64;
(b) промотор U6-1, расположенный выше нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности, представленной в SEQ ID NO:65; и
(c) промотор U6-8, расположенный выше нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности, представленной в SEQ ID NO:70.
27. Экспрессирующий вектор, содержащий конструкт ddRNAi по любому из пп. 12-26.
28. Множество экспрессирующих векторов, где каждый экспрессрующий вектор содержит конструкт ddRKi по любому из пп. 12-27, который способен экспрессировать одну или несколько shmiR и/или shRNA.
29. Экспрессирующий вектор по п.27 или множество экспрессирующих векторов по п.28, где вектор или каждый экспрессрующий вектор представляет собой плазмиду или мини-кольцо.
30. Экспрессирующий вектор по п.27 или множество экспрессирующих векторов по п.28, где вектор или каждый экспрессрующий вектор представляет собой вирусный вектор, выбранный из группы, состоящей из аденоассоциированного вирусного (AAV) вектора, ретровирусного вектора, аденовирусного вектора (AdV) и лентивирусного вектор (LV).
31. Композиция, содержащая конструкт для направленной на ДНК РНК-интерференции (ddRNAi) по любому из пп. 12-26, или экспрессирующий вектор по любому из пп. 27 или 29-30, или множество экспрессирующих векторов по любому из пп. 28-30.
32. Композиция по п.31, дополнительно содержащая один или несколько фармацевтически приемлемых носителей.
33. Композиция по п. 31 или 32, дополнительно содержащая один или несколько других терапевтических агентов, известных для лечения инфекции HBV.
34. Композиция по п.33, в которой один или несколько других терапевтических агентов, известных для лечения инфекции HBV, выбирают из группы, состоящей из энтекавира, тенофовира, ламивудина, адефовира и пэгилированного интерферона.
35. Способ лечения инфекции вируса гепатита В (HBV) у субъекта, где указанный способ включает введение субъекту терапевтически эффективного количества нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-8, или множества нуклеиновых кислот по любому из пп. 9-11, или конструкта ddRNAi по любому из пп. 12-26, или экспрессирующего вектора по любому из пп. 27, 29 или 30, или множества экспрессирующих векторов по любому из пп. 28-30, или композиции по любому из пп. 31-34.
36. Способ по п.35, в котором субъект страдает от острой инфекции HBV.
37. Способ по п.35, в которм субъект страдает от хронической инфекции HBV.
38. Способ снижения вирусной нагрузки гепатита В у субъекта, инфицированного вирусом гепатита В (HBV), где указанный способ включает введение субъекту терапевтически эффективного количества нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-8, или множества нуклеиновых кислот по любому из пп. 9-11, или конструкта ddRNAi по любому из пп. 12-26, или экспрессирующего вектора по любому из пп. 27, 29 или 30, или множества экспрессирующих векторов по любому из пп. 28-30, или композиции по любому из пп.31-34.
39. Способ снижения тяжести симптомов, связанных с инфекцией вируса гепатита В (HBV) у субъекта, страдающего от нее, где указанный способ включает введение субъекту терапевтически эффективного количества нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-8, или множества нуклеиновых кислот по любому из пп. 9-11, или конструкта ddRNAi по любому из пп. 12-26, или экспрессирующего вектора по любому из пп. 27, 29 или 30, или множества экспрессирующих векторов по любому из пп. 28-30, или композиции по любому из пп.31-34.
40. Способ снижения инфекционности вируса гепатита В (HBV) У субъекта, инфицированного им, где указанный способ включает введение субъекту терапевтически эффективного количества нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-8, или множества нуклеиновых кислот по любому из пп. 9-11, или конструкта ddRNAi по любому из пп. 12-26, или экспрессирующего вектора по любому из пп. 27, 29 или 30, или множества экспрессирующих векторов по любому из пп. 28-30, или композиции по любому из пп.31-34.
41. Способ по любому из пп. 35-40, где указанный способ включает ингибирование или снижение экспрессии одного или более генов HBV.
42. Способ по любому из пп. 35-41, где нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-8, или множество нуклеиновых кислот по любому из пп. 9-11, или конструкт ddRNAi по любому из пп. 12-26, или экспрессирующий вектор по любому из пп. 27, 29 или 30, или множество экспрессирующих векторов по любому из пп. 28-30, или композицию по п.3 или 32 вводят вместе с дополнительным терапевтическим средством для лечения инфекции HBV.
43. Способ по п.42, где дополнительный терапевтический агент для лечения инфекции HBV выбирают из группы, состоящей из энтекавира, тенофовира, ламивудина, адефовира и пэгилированного интерферона.