КООПЕРАТИВНЫЕ ПРАЙМЕРЫ, ЗОНДЫ И ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Молекула кооперативной нуклеиновой кислоты, содержащая:
a. первую последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является комплементарной первому участку нуклеиновой кислоты-мишени, и тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является способной к элонгации на 3′-конце;
b. вторую последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся тем, что вторая последовательность нуклеиновой кислоты является комплементарной второму участку нуклеиновой кислоты-мишени; так что в присутствии нуклеиновой кислоты-мишени она гибридизируется с нуклеиновой кислотой-мишенью в прямом направлении от 3′-конца первой последовательности нуклеиновой кислоты;
c. линкер, соединяющий указанную первую и вторую последовательности нуклеиновых кислот таким способом, что позволяет обеим указанным первой и второй последовательностям нуклеиновых кислот одновременно гибридизироваться с последовательностью-мишенью.
2. Молекула кооперативной нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающаяся тем, что первая молекула нуклеиновой кислоты не будет гибридизироваться с мишенью без гибридизации с мишенью второй молекулы нуклеиновой кислоты.
3. Молекула кооперативной нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающаяся тем, что вторая молекула нуклеиновой кислоты не будет гибридизироваться с мишенью без гибридизации с мишенью первой молекулы нуклеиновой кислоты.
4. Молекула кооперативной нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающаяся тем, что соответственно ни первая, ни вторая молекула нуклеиновой кислоты не будет гибридизироваться с мишенью без гибридизации с мишенью соответственно другой молекулы.
5. Молекула кооперативной нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающаяся тем, что эффективная температура плавления (Tm) первой молекулы нуклеиновой кислоты увеличена по меньшей мере на 1°C по сравнению с отдельной Tm для первой последовательности нуклеиновой кислоты без присоединенной к ней второй последовательности нуклеиновой кислоты.
6. Молекула кооперативной нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающаяся тем, что молекула кооперативной нуклеиновой кислоты содержит метку.
7. Молекула нуклеиновой кислоты по пункту 6, отличающаяся тем, что вторая последовательность нуклеиновой кислоты содержит метку.
8. Способ синтеза нуклеиновой кислоты, причем данный способ включает:
a. осуществление контакта нуклеиновой кислоты-мишени с
b. молекулой кооперативной нуклеиновой кислоты, содержащей:
i. первую последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является комплементарной первому участку нуклеиновой кислоты-мишени, и тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является способной к элонгации на 3′-конце;
ii. вторую последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся тем, что вторая последовательность нуклеиновой кислоты является комплементарной второму участку нуклеиновой кислоты-мишени; так что она гибридизируется с нуклеиновой кислотой-мишенью в прямом направлении от 3′-конца первой последовательности нуклеиновой кислоты;
iii. линкер, соединяющий указанную первую и вторую последовательности нуклеиновых кислот таким способом, что позволяет обеим указанным первой и второй последовательностям нуклеиновых кислот одновременно гибридизироваться с мишенью;
c. и предоставление условий, подходящих для синтеза нуклеиновых кислот, благодаря чему синтезируется нуклеиновая кислота.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что молекула кооперативной нуклеиновой кислоты содержит метку.
10. Способ по п. 8, отличающийся тем, что в нем предлагается более одной молекулы кооперативной нуклеиновой кислоты с различными последовательностями.
11. Способ детекции нуклеиновой кислоты, причем данный способ включает:
а. осуществление контакта образца, содержащего нуклеиновую кислоту-мишень с
b. молекулой кооперативной нуклеиновой кислоты, содержащей:
i. первую последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является комплементарной первому участку нуклеиновой кислоты-мишени, и тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является способной к элонгации на 3′-конце;
ii. вторую последовательность нуклеиновой кислоты, характеризующуюся тем, что вторая последовательность нуклеиновой кислоты является комплементарной второму участку нуклеиновой кислоты-мишени; так что она гибридизируется с нуклеиновой кислотой-мишенью в прямом направлении от 3′-конца первой последовательности нуклеиновой кислоты;
iii. линкер, соединяющий указанную первую и вторую последовательности нуклеиновых кислот таким способом, что позволяет обеим указанным первой и второй последовательностям нуклеиновых кислот одновременно гибридизироваться с мишенью;
c. и детектирование нуклеиновой кислоты-мишени.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что метка присоединена к указанной второй последовательности нуклеиновой кислоты.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что изменение сигнала происходит из-за изменения сигнала благодаря нуклеазному расщеплению второй последовательности нуклеиновой кислоты.
14. Способ амплификации нуклеиновой кислоты-мишени, причем данный способ включает:
a) добавление молекулы кооперативной нуклеиновой кислоты по пункту 1;
b) добавление нуклеиновой кислоты-мишени; и
c) амплификацию нуклеиновой кислоты-мишени в условиях, подходящих для амплификации.
15. Способ по п. 14, отличающийся тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты является праймером.
16. Способ по п. 14, отличающийся тем, что вторая последовательность нуклеиновой кислоты является зондом.
17. Способ по п. 14, отличающийся тем, что в нем предлагается более чем одна молекула кооперативной нуклеиновой кислоты с различными последовательностями.
18. Способ по п. 14, отличающийся тем, что первая последовательность нуклеиновой кислоты без присоединенной к ней второй последовательности нуклеиновой кислоты является обычным праймером.
19. Способ детекции нуклеиновой кислоты, причем данный способ включает:
a) добавление молекулы кооперативной нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающейся тем, что кооперативная нуклеиновая кислота содержит детектируемую метку.
b) добавление нуклеиновой кислоты-мишени; и
c) детекцию нуклеиновой кислоты-мишени.
20. Способ по п. 19, отличающийся тем, что детектируемая метка присоединена к первой последовательности нуклеиновой кислоты.
21. Способ по п. 19, отличающийся тем, что детектируемая метка присоединена ко второй последовательности нуклеиновой кислоты.