СИСТЕМА И СПОСОБ ДЛЯ СВЯЗАННОЙ СО ВРЕМЕНЕМ МИКРОСКОПИИ БИОЛОГИЧЕСКИХ ОРГАНИЗМОВ

1. Система для определения значения по меньшей мере одного параметра, описывающего микробную активность отдельных биологических организмов в жидком образце, указанная система содержит:
- блок оптической регистрации, содержащий по меньшей мере одно устройство получения изображения, адаптированное для получения изображения, в котором могут быть идентифицированы отдельные биологические организмы,
- по меньшей мере одно устройство для образцов содержащее по меньшей мере один контейнер для образца для удержания образца в жидком виде,
- по меньшей мере один перемещающий блок, расположенный для перемещения указанного устройства для образцов и указанного блока оптического регистрации друг относительно друга,
- блок управления для управления указанным блоком оптической регистрации и указанным перемещающим блоком, указанный блок управления адаптирован для последовательного получения наборов оптических срезов из указанных образцов, включая по меньшей мере первый набор оптических срезов биологических образцов в указанном жидком образце,
- устройство анализа изображений для анализа указанного первого набора оптических срезов, где указанное первое устройство анализа изображений содержит алгоритмы, адаптированные для определения указанного значения указанного по меньшей мере одного параметра, описывающего микробную активность указанных отдельных биологических организмов в каждом контейнере для образца.
2. Система по п.1, в которой указанный блок управления приспособлен для последовательного получения наборов оптических срезов указанного образца, содержащих указанный первый набор оптических срезов и по меньшей мере второй набор оптических срезов.
3. Система по п.1, в которой указанный блок оптической регистрации дополнительно содержит устройство освещения изображения.
4. Система по п.3, в которой указанное устройство освещения изображения содержит источник света, выбранный из: лазер, диодный лазер, светодиод, лампа накаливания, источник белого света, источник поляризованного света.
5. Система по п.1, дополнительно содержащая стимулирующее устройство для обеспечения стимулирования указанного образца в указанном устройстве для образцов.
6. Система по п.5, в которой указанное стимулирование включает в себя приложение электромагнитного поля, магнитного поля, электрического поля или акустической волны.
7. Система по п.1, дополнительно содержащая устройство контроля окружения жидкого образца, приспособленного для контроля по меньшей мере одного физического окружения указанных биологических организмов в указанном жидком образце, и химического окружения указанного жидкого образца.
8. Система по п.7, в которой указанное устройство контроля окружения жидкого образца приспособлено для контроля температуры жидкого образца.
9. Система по п.1, в которой указанное устройство контроля окружение жидкого образца приспособлено для контроля по меньшей мере значения рН, уровня питательных веществ, парциального давления газов, солености, уровня ионов щелочных металлов или уровня щелочноземельных металлов.
10. Система по п.1, в которой указанный параметр выбран из группы: скорость клеточного деления, жизнеспособность клеток, отношения числа живых/мертвых, броуновское движение, уровень метаболизма, морфология, фактор роста, кинетика и направленность поведения.
11. Система по п.1, в которой указанная микробная активность включает микробную чувствительность указанных биологических организмов к агентам-антибиотикам.
cont
12. Система по п.1, в которой количество контейнеров для образцов N в указанном устройстве для образцов, равно 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 12, 14, 15, 16, 18, 20, 21, 22, 24, 25, 26, 27, 28, 30, или более 30.
13. Система по любому из пп.1-12, в которой по меньшей мере часть указанных контейнеров для образцов инокулированы первым агентом.
agent
agent
14. Система по п.13, в которой по меньшей мере часть указанных контейнеров для образцов инокулированы N разными агентами, где N предпочтительно равно 2, 3, 4, 5, 6, 8, 10, 20, или более 20.
15. Система по п.1, в которой указанный блок управления адаптирован для получения наборов оптических срезов от каждого контейнера для образца в течение периода времени.
16. Система по п.15, в которой указанный период времени составляет менее около 144 ч.
17. Система по п.15, в которой указанный период времени составляет менее около 2700 с.
18. Система по п.15, в которой указанный блок управления приспособлен для изменения указанного периода времени в зависимости от указанного определенного значения параметра.
19. Система по п.1, в которой указанный блок управления приспособлен последовательно получать наборы оптических срезов от по меньшей мере двух разных контейнеров для образцов с первым интервалом времени между получениями следующих двух наборов оптических срезов.
20. Система по п.1, в которой указанный блок управления адаптирован для последовательного получения наборов оптических срезов от контейнера для образца с вторым интервалом времени между двумя последовательными наборами оптических срезов из контейнера для образца.
21. Система по п.19, в которой указанный блок управления приспособлен для изменения указанного первого интервала времени в зависимости от указанного определенного значения указанного параметра.
22. Система по п.20, в которой указанный блок управления приспособлен для изменения указанного второго интервала времени в зависимости от указанного определенного значения указанного параметра.
23. Система по п.1, в которой указанный блок управления приспособлен для остановки получения изображений, когда указанное значение указанного параметра удовлетворят предопределенному условию.
24. Система по п.23, в которой указанное предопределенное условие относится к определению чувствительности к антибиотикам указанных биологических организмов, или к определению минимальной ингибирующей концентрации (MIT).
25. Способ определения микробной активности в жидком образце, указанный способ содержит:
- последовательное получение множества наборов оптических срезов указанного жидкого образца,
- выбор первого и второго набора оптических срезов из множества наборов оптических срезов,
- вычисление значения по меньшей мере одного параметра для каждого набора оптических срезов,
- определение того, возникло ли изменение указанного значения указанного по меньшей мере одного параметра между указанными первым и вторым наборами оптических срезов,
- определение указанной микробной активности в указанном жидком образце исходя из указанного изменения в указанном значении указанного по меньшей мере одного параметра.
26. Способ по п.25, в котором указанная микробная активность относится к биологическим организмам, выбранным из бактерий, архей, дрожжей, грибов, пыльцы, вирусов, лейкоцитов, таких как гранулоцитов, моноцитов, эритроцитов, тромбоцитов, ооцитов, спермы, зигот или стволовых клеток.
27. Система по п.25, в котором указанная микробная активность относится к биологическим организмам, содержащимся в клиническом материале, выбранным из кала, образцов мазков с кожи, поражения, поверхностей серозных или слизистых оболочек, мочи, лимфы, гноя, мокроты, транссудата, экссудата, железистых выделений, таких как молоко, пот, слюна, слезная жидкость, сальных выделений, носовых или других слизистых выделений, крови, спинномозговой жидкости, опухолевой ткани, материала биопсии из любой ткани, внеклеточной жидкости, сыворотки, плазмы.
28. Способ по пп.25-27, в котором указанный жидкий образец содержится по меньшей мере в одном контейнере для образца.
29. Способ по п.28, в котором наборы оптических срезов получают из двух разных контейнеров для образцов, и где указанная последовательность получения указанных наборов оптических срезов включает ожидание предопределенного первого интервала времени между получениями двух следующих наборов оптических срезов.
30. Способ по п.29, в котором указанный первый интервал времени составляет менее около 1800 с.
31. Способ по п.28, в котором указанная последовательность получения указанных наборов оптических срезов включает ожидание предопределенного второго интервала времени между получением наборов оптических срезов от одного и того же контейнера для образца.
32. Способ по п.31, в котором указанный второй интервал времени составляет менее около 3600 с.
33. Способ по п.25, в котором наборы оптических срезов от одного контейнера для образца получают на протяжении периода времени.
34. Способ по п.33, в котором указанный период времени составляет менее около 72 ч.
35. Способ по п.33, в котором указанный период времени составляет менее около 2700 с.
36. Способ по п.25, в котором дополнительно применяется внешнее стимулирование указанного жидкого образца.
37. Способ по п.36, в котором указанное стимулирование включает приложение магнитного поля, электрического поля, электромагнитного поля или акустической волны.
38. Способ по п.28, в котором указанный по меньшей мере один контейнер для образца инокулируют по меньшей мере первым агентом до того, как указанный жидкий образец введен в контейнер для образца, или когда указанный жидкий образец находится в контейнере для образца.
agent
agent
39. Способ по п.38, в котором по меньшей мере часть указанных контейнеров для образцов инокулируют N агентами, где N равно по меньшей мере 2.
40. Способ по п.38, в котором по меньшей мере один контейнер для образца по существу не содержит агентов.
41. Способ по п.38, в котором указанный агент(ы) выбран из антибиотиков, питательных веществ, дезинфицирующих средств, чистящих средств, или их комбинации.
42. Способ по п.38, в котором указанный агент(ы) инокулируют в разных концентрациях в по меньшей мере двух контейнерах для образцов.
43. Способ по п.25, в котором контролируется по меньшей мере одно химическое свойство среды указанных биологических организмов в указанном жидком образце и физическое окружение указанных биологических организмов в указанном жидком образце.