КРИСТАЛЛИЧЕСКАЯ СТРУКТУРА БЕЛКА РЕПЛИКАЦИИ, КОДИРУЕМОГО ПЛАЗМИДОЙ, ВЫДЕЛЯЕМОЙ У ПАЦИЕНТА С РАССЕЯННЫМ СКЛЕРОЗОМ

1
1. Кристаллическая структура белка Rep MSBI1.176, отличающаяся тем, что имеет (а) пространственную группу Р2 и (b) размеры элементарной ячейки а составляют 32,38 А плюс/минус 1-2 Å, b составляют 77,77 Å плюс/минус 1-2 Å и с составляют 47,68 Å плюс/минус 1-2 Å, α равен 90°, β равен 90,66° и γ равен 90°.
2. Кристаллическая структура белка Rep MSBI1.176, содержащая гидрофобный карман, включающий Leu11, Leu18 и/или Ilе25.
3. Кристаллическая структура белка Rep MSBI1.176, содержащая сайт взаимодействия с ДНК, содержащий остатки Lys69, Lys73, Lys85, Arg90, Arg78 и/или Arg96.
4. Способ получения кристалла белка Rep MSBI1.176 или его кристаллизуемого фрагмента, включающий следующие стадии:
(a) получение раствора полученного рекомбинантного белка Rep MSBI1.176, предпочтительно домена WH1, в реагенте для кристаллизации,
(b) кристаллизация указанного домена WH1 MSBI1.176 посредством диффузии паров.
5. Способ по п. 4, в котором реагент для кристаллизации содержит 0,2 М ацетата магния и 20% ПЭГ3350.
6. Способ по п. 4, в котором диффузия паров представляет собой способ диффузии паров в «висячей капле».
7. Способ скрининга ингибитора белка Rep MSBI1.176, включающий следующие стадии:
(a) предоставление раствора указанного белка Rep MSBI1.176 или его кристаллизуемого фрагмента,
(b) приведение по меньшей мере одного соединения-кандидата в контакт с белком Rep MSBI1.176 в указанном растворе,
(c) получение кристаллов указанного белка Rep MSBI1.176 и
(d) идентификация связывающего соединения-кандидата указанного белка Rep MSBI1.176.
8. Способ по п. 7, в котором на стадии (d) устанавливают связывание соединения-кандидата с сайтом взаимодействия с ДНК, определенного в п. 3.
9. Применение кристаллической структуры, как определено в любом из пп. 1-3, для получения данных по пространственному взаимному расположению атомов.
10. Применение кристаллической структуры по п. 9 для скрининга, идентификации, конструирования или оптимизации лекарственного средства, связывающегося с белком Rep MSBI1.176.
11. Применение кристаллической структуры белка Rep MSBI1.17 для скрининга in silico способности соединения-кандидата связываться с указанным белком Rep MSBI1.176, в частности, связываться с сайтом взаимодействия с ДНК.