СУБСТРАТЫ МАТРИПТАЗЫ И U-АКТИВАТОРА ПЛАЗМИНОГЕНА И ДРУГИЕ РАСЩЕПЛЯЕМЫЕ ОСТАТКИ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Выделенный полипептид, содержащий расщепляемый остаток (CM), содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 269-273, 275-279, 281, 282, 284-286, 270-273, 2-5, 7-9, 11, 12, 14-17, 19, 20, 22-25, 27-30, 32-34, 36-39, 41-44 и 250-267, где расщепляемый остаток является субстратом для протеазы.
2. Выделенный полипептид по п. 1, где CM содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 288-292, 294-298, 300, 301 и 303-306.
3. Выделенный полипептид по п. 1, где CM содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 307-311, 313, 314, 320-371, 374-379 и 381-384.
4. Выделенный полипептид по п. 1, где CM содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из 46-49, 51-53, 55-57, 59-61, 63, 64, 66, 67, 69, 70, 72-75, 77-80, 82-85, 87-89, 91-93, 95-97, 99-102, 104-107, 109-112, 114-117, 119-122, 124-127, 129-132, 134-137, 139-142, 144-147, 149-152, 154-157 и 159-162.
5. Выделенный полипептид по п. 1, где CM содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 163-249.
6. Выделенный полипептид по п. 1, где CM содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 250-253.
7. Выделенный полипептид по п. 1, где CM содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 254-267.
8. Выделенный полипептид по любому из пп. 1-7, где CM является субстратом, по меньшей мере, для протеазы матриптазы или протеазы u-активатора плазминогена (uPA).
N
C
9. Выделенный полипептид по любому из пп. 1-7, где выделенный полипептид содержит по меньшей мере один дополнительный остаток (M), выбранный из группы, состоящей из остатка, расположенного в сторону амино-конца (N) относительно CM (M), остатка, расположенного в сторону карбокси-конца (C) относительно CM (M), и их комбинаций.
N
C
10. Выделенный полипептид по п. 9, где выделенный полипептид содержит по меньшей мере один M и по меньшей мере один M.
N
11. Выделенный полипептид по п. 9, где M выбран из группы, состоящей из маскирующего остатка, антитела, белка, терапевтического средства, противоопухолевого средства, токсического средства, лекарственного средства, детектируемого остатка, диагностического средства и аффинной метки.
C
12. Выделенный полипептид по п. 9, где M выбран из группы, состоящей из маскирующего остатка, антитела, белка, терапевтического средства, противоопухолевого средства, токсического средства, лекарственного средства, детектируемого остатка, диагностического средства и аффинной метки.
13. Выделенный полипептид по любому из пп. 1-7, где полипептид содержит антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (AB), связывающееся с мишенью.
14. Выделенный полипептид по п. 13, где CM является субстратом для протеазы, колокализованной в ткани с мишенью.
2
15. Выделенный полипептид по п. 13, где его антигенсвязывающий фрагмент выбран из группы, состоящей из Fab-фрагмента, F(ab')-фрагмента, scFv, scAb, dAb, однодоменного антитела из тяжелой цепи и однодоменного антитела из легкой цепи.
16. Выделенный полипептид по п. 13, где AB соединяют с CM.
17. Выделенный полипептид по п. 16, где AB соединяют напрямую с CM.
18. Выделенный полипептид по п. 16, где AB соединяют с CM через соединительный пептид.
19. Выделенный полипептид по п. 13, где выделенный полипептид содержит маскирующий остаток (MM), где MM имеет равновесную константу диссоциации для связывания с AB, составляющую больше равновесной константы диссоциации AB для связывания с мишенью.
20. Выделенный полипептид по п. 19, где MM является полипептидом не более 40 аминокислот в длину.
21. Выделенный полипептид по п. 19, где MM соединяют с CM таким образом, что выделенный полипептид в нерасщепленном состоянии имеет следующую структурную организация с N-конца до C-конца: MM-CM-AB или AB-CM-MM.
22. Выделенный полипептид по п. 21, где выделенный полипептид содержит соединительный пептид между MM и CM.
23. Выделенный полипептид по п. 21, где выделенный полипептид содержит соединительный пептид между CM и AB.
24. Выделенный полипептид по п. 21, где выделенный полипептид содержит первый соединительный пептид (LP1) и второй соединительный пептид (LP2), и где выделенный полипептид имеет следующую структурную организацию с N-конца до C-конца в нерасщепленном состоянии: MM-LP1-CM-LP2-AB или AB-LP2-CM-LP1-MM.
25. Выделенный полипептид по п. 24, где два соединительных пептида могут не являться идентичными.
26. Выделенный полипептид по п. 24, где каждый из LP1 и LP2 является пептидом приблизительно от 1 до 20 аминокислот в длину.
27. Выделенный полипептид по п. 19, где аминокислотная последовательность MM отличается от последовательности мишени.
28. Выделенный полипептид по п. 19, где MM не мешает или не конкурирует с AB за связывание с мишенью в расщепленном состоянии.
29. Выделенный полипептид по п. 13, содержащий scFv, активирующий T-клетки, соединенный с AB.
30. Выделенный полипептид по п. 29, где scFv, активирующий T-клетки, содержит маскирующий остаток.
31. Выделенный полипептид по п. 19, содержащий scFv, активирующий T-клетки, соединенный с AB.
32. Выделенный полипептид по п. 31, где scFv, активирующий T-клетки, содержит маскирующий остаток.
33. Выделенный полипептид по любому из пп. 13-18, конъюгированный со средством.
34. Выделенный полипептид по п. 33, где средство является токсином или его фрагментом.
35. Выделенный полипептид по п. 33, где средство выбрано из группы, состоящей из доластатина или его производного, ауристатина или его производного, майтанзиноида или его производного, дуокармицина или его производного и калихимицина или его производного.
36. Выделенный полипептид по п. 33, где средство является детектируемым остатком.
37. Выделенный полипептид по п. 33, где средство конъюгируют с полипептидом через линкер.
38. Выделенный полипептид по п. 37, где линкер является расщепляемым линкером.
39. Выделенный полипептид по любому из пп. 19-28, где AB конъюгируют со средством.
40. Выделенный полипептид по п. 39, где средство является токсином или его фрагментом.
41. Выделенный полипептид по п. 39, где средство выбрано из группы, состоящей из доластатина, ауристатина или его производного, майтанзиноида или его производного, дуокармицина или его производного и калихимицина или его производного.
42. Выделенный полипептид по п. 39, где средство является ауристатином E или его производным.
43. Выделенный полипептид по п. 39, где средство является монометилауристатином E (MMAE).
44. Выделенный полипептид по п. 39, где средство является монометилауристатином D (MMAD).
45. Выделенный полипептид по п. 39, где средство является DM1 или DM4.
46. Выделенный полипептид по п. 39, где средство конъюгируют с AB через линкер.
47. Выделенный полипептид по п. 46, где линкер является расщепляемым линкером.
48. Выделенный полипептид по любому из пп. 19-28, содержащий детектируемый остаток.
49. Выделенный полипептид по п. 48, где детектируемый остаток является диагностическим средством.
50. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая выделенный полипептид по любому из пп. 1-7.
51. Вектор, содержащий выделенную молекулу нуклеиновой кислоты по п. 50.
52. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая выделенный полипептид по п. 13.
53. Вектор, содержащий выделенную молекулу нуклеиновой кислоты по п. 52.
54. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая выделенный полипептид по п. 19.
55. Вектор, содержащий выделенную молекулу нуклеиновой кислоты по п. 54.
56. Способ получения полипептида, содержащего расщепляемого остатка (CM), посредством культивирования клетки в условиях, приводящих к экспрессии полипептида, где клетка содержит вектор по любому из пп. 51, 53 или 55.
57. Способ производства полипептида, содержащего расщепляемый остаток (CM), включающий:
(a) культивирование клеток, содержащих конструкцию нуклеиновой кислоты, кодирующую выделенный полипептид по любому из пп. 1-7, в условиях, приводящих к экспрессии полипептида, и
(b) выделение полипептида.