ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ ДЛЯ ВВЕДЕНИЯ ИЗМЕНЕНИЯ В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ МОЛЕКУЛЫ ЦЕЛЕВОЙ РНК В ЖИВОЙ КЛЕТКЕ

1. Применение олигонуклеотида, где все нуклеозиды олигонуклеотида представляют собой 2′-O-алкилрибонуклеозиды, для введения изменения в последовательность молекулы целевой РНК, находящейся в живой клетке, включающее стадию предоставления олигонуклеотида в живую клетку в условиях, способствующих всасыванию живой клеткой указанного олигонуклеотида, причем указанный олигонуклеотид содержит последовательность, которая по меньшей мере частично комплементарна молекуле целевой РНК, так что в указанной живой клетке происходит гибридизация олигонуклеотида с целевой РНК, или ее предшественником, или ее матрицей, в результате этого в указанной живой клетке происходят биохимические процессы, вследствие которых различие между последовательностью олигонуклеотида и последовательностью целевой РНК копируется в молекуле РНК, либо непосредственно, либо с использованием ее предшественника или ее матрицы, что приводит к изменению последовательности указанной целевой РНК.
2. Применение по п. 1, где живая клетка является частью многоклеточного организма.
3. Применение по п. 1, где живая клетка представляет собой животную клетку.
4. Применение по п. 1, где живая клетка представляет собой человеческую клетку.
5. Применение по любому из пп. 1-4, где изменение в последовательности целевой РНК вызывает изменение фенотипа клетки.
6. Применение по любому из пп. 1-4, где изменение в указанной целевой РНК подтверждается путем определения последовательности указанной целевой РНК, или ее предшественника или ее матрицы.
7. Применение по любому из пп. 1-4, где изменение в указанной целевой РНК подтверждается путем определения последовательности полипептидного продукта, кодируемого указанной целевой РНК.
8. Применение по любому из пп. 1-4, где изменение в указанной целевой РНК подтверждается путем определения фенотипического изменения в указанной живой клетке или в указанном организме, содержащем указанную клетку.
9. Применение по п. 8, где изменение представляет собой уменьшение интенсивности нарушения, причинно связанного с последовательностью целевой РНК, до изменения.
10. Применение по п. 9, где нарушение представляет собой генетическое нарушение.
11. Применение по любому из пп. 1-4, где протяженность олигонуклеотида составляет 15-100 нуклеотидов.
12. Применение по любому из пп. 1-4, где протяженность олигонуклеотида составляет от 20 до 50 нуклеотидов, более предпочтительно от 25 до 45 нуклеотидов, более предпочтительно от 27 до 35 нуклеотидов.
13. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид содержит инозин и/или содержит модифицированные нуклеотиды, предпочтительно выбранные из группы, состоящей из РМО (ФМО), 5-метил-dC, 2-амино-dA, С5-пиримидина, и/или модифицированные межнуклеозидные связи, выбранные из группы, состоящей из фосфоротиоатных связей и метилфосфонатных связей.
14. Применение по любому из пп. 1-4, где все нуклеозиды олигонуклеотида представляют собой 2′-O-метилрибонуклеозиды.
15. Применение по любому из пп. 1-4, где изменение в последовательности целевой молекулы РНК включает инсерцию или замену одного или более нуклеозидов.
16. Применение по любому из пп. 1-4, где целевая РНК кодирует человеческий CFTR и изменение приводит в результате к созданию или восстановлению нуклеозидного триплета, кодирующего фенилаланин в аминокислотном положении 508 белка CFTR.
17. Применение по п. 16, где изменение включает инсерцию нуклеозидного триплета, выбранного из группы, состоящей из 5′-UUU-3′ и 5′-CUU-3′.
18. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид комплементарен последовательности, имеющей идентичность по меньшей мере 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 99% нуклеотидам 16-30 и 34-48 последовательности SEQ ID NO: 6, и изменение включает инсерцию нуклеозидного триплета, выбранного из группы, состоящей из 5′-UUU-3′ и 5′-CUU-3′.
19. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид содержит нуклеотиды или состоит из нуклеотидов 7-29, предпочтительно нуклеотидов 1-33, последовательности SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 3, предпочтительно SEQ ID NO: 1.
20. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид предоставляется в носителе, предпочтительно в липосоме, полисоме или наночастице, и/или где олигонуклеотид находится присоединен к соединению для доставки, предпочтительно полиэтиленимину (PEI, ПЭИ), полиэтиленгликолю (PEG, ПЭГ), и/или связан со стеролом, предпочтительно с холестеролом.
21. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид предоставляется в легкие, предпочтительно через дыхательные пути, в сухом составе или в аэрозоле, предпочтительно с помощью ингалятора, и предпочтительно олигонуклеотид предоставляется вместе с медиатором трансфекции и/или лекарственным средством для лечения муковисцидоза, известным специалисту в данной области техники, предпочтительно ДНКазой, маннитом (предпочтительно, бронхитолом) и/или малой молекулой для лечения CF, предпочтительно Калидеко (ивакафтор; VX-770), VX-809 (лумакафтор) и/или VX-661.
22. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид предоставляется в гипертоническом солевом растворе, предпочтительно с концентрацией солевого раствора между 2% - 9%, предпочтительно 3% - 8%, более предпочтительно 4% - 8%, более предпочтительно 5% - 8%, более предпочтительно 6% - 8%, более предпочтительно 6% - 7%, еще более предпочтительно с концентрацией солевого раствора около 7%, причем гипертонический солевой раствор, предпочтительно, представляет собой физиологически и фармацевтически приемлемый раствор.
23. Применение по п. 22, где гипертонический солевой раствор по существу представляет собой раствор NaCl.
24. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид вводят в частице, проникающей в слизь, предпочтительно в наночастице, проникающей в слизь.
25. Применение по любому из пп. 1-4, где введение олигонуклеотида комбинируют с лечением антибиотиками для уменьшения бактериальных инфекций и ослабления их симптомов, таких как увеличение вязкости слизи и/или образование биопленки.
26. Применение по любому из пп. 1-4, где перед введением олигонуклеотида, соответствующего изобретению, проводят бронхоальвеолярный лаваж (BAL).
27. Применение по любому из пп. 1-4, где олигонуклеотид вводят в капсуле с замедленным высвобождением с целью содействовать доставке в клетки кишечника.
28. Применение по любому из пп. 1-4, где введение олигонуклеотида комбинируют с введением композиции биологического или синтетического панкреатического фермента, такой как панкрелипаза или Креон.
29. Одноцепочечный олигонуклеотид, где все нуклеозиды олигонуклеотида представляют собой 2′-O-алкилрибонуклеозиды, для применения в лечении человеческого организма или организма животного, при этом указанный олигонуклеотид способен вводить изменение в последовательность молекулы целевой РНК в живой клетке указанного человеческого организма или организма животного, путем предоставления олигонуклеотида в живую клетку в условиях, способствующих поглощению живой клеткой указанного олигонуклеотида, причем указанный олигонуклеотид содержит последовательность, которая по меньшей мере частично комплементарна молекуле целевой РНК, таким образом что в указанной живой клетке происходит гибридизация олигонуклеотида с целевой РНК, или ее предшественником, или ее матрицей, в результате этого в указанной живой клетке происходят биохимические процессы, вследствие которых различие между последовательностью олигонуклеотида и последовательностью целевой РНК копируется в молекуле РНК, либо непосредственно, либо с использованием ее предшественника или ее матрицы, что приводит к изменению последовательности указанной целевой РНК.
30. Олигонуклеотид по любому из п. 29, где изменение в последовательности целевой РНК приводит к изменению фенотипа клетки.
31. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где изменение в последовательности указанной целевой РНК подтверждено посредством определения последовательности указанной целевой РНК, или ее предшественника или ее матрицы.
32. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где изменение в последовательности указанной целевой РНК подтверждается посредством определения последовательности полипептидного продукта, кодируемого указанной целевой РНК.
33. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где изменение в последовательности указанной целевой РНК подтверждено посредством определения фенотипического изменения в указанной живой клетке или в указанном организме, содержащем указанную клетку.
34. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где фенотипическое изменение представляет собой уменьшение интенсивности нарушения, причинно связанного с последовательностью целевой РНК, до изменения.
35. Олигонуклеотид по п. 34, где нарушение представляет собой генетическое нарушение.
36. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, протяженность которого составляет 15 -100 нуклеотидов.
37. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, протяженность которого составляет от 20 до 50, более предпочтительно от 25 до 45 нуклеотидов, более предпочтительно от 27 до 35 нуклеотидов.
38. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где олигорибонуклеотид содержит инозин и/или содержит модифицированные нуклеотиды, предпочтительно выбранные из группы, состоящей из РМО (ФМО), 5-метил-dC, 2-амино-dA, С5-пиримидина, и/или модифицированные межнуклеозидные связи, выбранные из группы, состоящей из фосфоротиоатных связей и метилфосфонатных связей.
39. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где изменение в последовательности молекулы целевой РНК включает инсерцию или замену одного или более нуклеозидов.
40. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где целевая РНК кодирует человеческий CFTR, и изменение приводит к созданию или восстановлению нуклеозидного триплета, кодирующего фенилаланин в аминокислотном положении 508 белка CFTR.
41. Олигонуклеотид по п. 40, где изменение включает инсерцию нуклеозидного триплета, выбранного из группы, состоящей из 5′-UUU-3′ и 5′-CUU-3′.
42. Олигонуклеотид по п. 40, где последовательность олигонуклеотида комплементарна последовательности, имеющей идентичность по меньшей мере 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 99% нуклеотидам 16-30 и 34-48 последовательности SEQ ID NO: 6, и изменение включает инсерцию нуклеозидного триплета, выбранного из группы, состоящей из 5′-UUU-3′ и 5′-CUU-3.
43. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где олигонуклеотид содержит нуклеотиды или состоит из нуклеотидов 7-29, предпочтительно нуклеотидов 1-33, последовательности SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 3, предпочтительно последовательности SEQ ID NO: 1.
44. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где олигонуклеотид предоставляется в носителе, предпочтительно в липосоме, полисоме или наночастице, и/или где олигонуклеотид присоединен к соединению для доставки, предпочтительно полиэтиленимину (PEI, ПЭИ), полиэтиленгликолю (PEG, ПЭГ), и/или он связан со стеролом, предпочтительно с холестеролом.
45. Олигонуклеотид по любому из пп. 29-30, где олигонуклеотид предоставляется в респираторный тракт или легкие, предпочтительно через дыхательные пути, в сухом составе или в аэрозоле, предпочтительно с помощью ингалятора, и предпочтительно олигонуклеотид предоставляется вместе с медиатором трансфекции и/или лекарственным средством для лечения муковисцидоза, известным специалисту в данной области техники, предпочтительно, ДНКазой, маннитом (предпочтительно, бронхитолом) и/или малой молекулой для лечения CF, предпочтительно, Калидеко (ивакафтор; VX-770), VX-809 (лумакафтор) и/или VX-661.
46. Олигонуклеотид по п. 45, где олигонуклеотид предоставляется в композиции гипертонического солевого раствора, предпочтительно с концентрацией солевого раствора между 2% - 9%, предпочтительно 3% - 8%, более предпочтительно 4% - 8%, более предпочтительно 5% - 8%, более предпочтительно 6% - 8%, более предпочтительно 6% - 7%, еще более предпочтительно с концентрацией солевого раствора около 7%, причем гипертонический солевой раствор, предпочтительно, представляет собой физиологически и фармацевтически приемлемый раствор.
47. Олигонуклеотид по п. 46, где гипертонический солевой раствор по существу представляет собой раствор NaCl.
48. Олигонуклеотид по п. 45, который предоставляется в частице, проникающей в слизь, предпочтительно в наночастице, проникающей в слизь.
49. Олигонуклеотид по п. 45, где введение олигонуклеотида комбинируют с лечением антибиотиками для уменьшения бактериальных инфекций и ослабления их симптомов, таких как увеличение вязкости слизи и/или образование биопленки.
50. Олигонуклеотид по п. 45, где перед введением олигонуклеотида, соответствующего изобретению, проводят бронхоальвеолярный лаваж (BAL).
51. Олигонуклеотид по любому из пп. 29 и 30, который вводят в капсуле с замедленным высвобождением с целью содействовать доставке в клетки кишечника.
52. Олигонуклеотид по п. 51, причем введение олигонуклеотида комбинируют с введением композиции биологического или синтетического панкреатического фермента, такой как панкрелипаза или Креон.
53. Фармацевтическая композиция, содержащая олигонуклеотид по любому из пп. 29-43, фармацевтически приемлемый носитель и/или гипертонический физиологически и фармацевтически приемлемый солевой раствор, предпочтительно с концентрацией солевого раствора между 2% - 9%, предпочтительно 3% - 8%, более предпочтительно 4% - 8%, более предпочтительно 5% - 8%, более предпочтительно 6% - 8%, более предпочтительно 6% - 7%, еще более предпочтительно с концентрацией солевого раствора около 7%.
54. Фармацевтическая композиция по п. 53, в которой гипертонический солевой раствор представляет собой по существу раствор NaCl.
55. Фармацевтическая композиция по п. 53 или 54, дополнительно содержащая медиатор трансфекции.
56. Фармацевтическая композиция по п. 53 или 54, содержащая также лекарственное средство для лечения муковисцидоза, известное специалистам в данной области техники, предпочтительно, ДНКазу, маннит и/или малую молекулу для лечения CF, предпочтительно, Калидеко (ивакафтор; VX-770), VX-809 (лумакафтор) и/или VX-661.
57. Одноцепочечный олигорибонуклеотид или фармацевтическая композиция, содержащая одноцепочечный олигорибонуклеотид, комплементарный последовательности, имеющей идентичность по меньшей мере 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 99% нуклеотида 16-30 и 34-48 последовательности SEQ ID NO: 6, где все нуклеозиды олигонуклеотида представляют собой 2′-0-алкилрибонуклеозиды.
58. Одноцепочечный олигорибонуклеотид или фармацевтическая композиция, содержащая одноцепочечный олигорибонуклеотид, который содержит нуклеотиды 7-29, предпочтительно нуклеотиды 1-33, последовательности SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 3, предпочтительно, SEQ ID NO: 1, где все нуклеозиды олигонуклеотида представляют собой 2′-O-алкилрибонуклеозиды.