АНАЛИЗ МНОЖЕСТВА АНАЛИТОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ОДНОГО АНАЛИЗА

1. Библиотека нуклеиновых кислот, содержащая:
библиотеку комплементарной ДНК (кДНК), полученную из молекул мРНК и содержащую нуклеиновые кислоты, имеющие первую метку, содержащую первый штрихкод; и
библиотеку геномной ДНК (гДНК), полученную из геномной ДНК и содержащую нуклеиновые кислоты, имеющие вторую метку, содержащую второй штрихкод,
причем первый штрихкод и второй штрихкод являются одинаковыми или разными, и при этом первый штрихкод и второй штрихкод идентифицируют общий источник библиотек кДНК и гДНК, и
при этом библиотеки кДНК и гДНК совместно компартментированы и получены в одной и той же среде.
2. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, дополнительно содержащая реагенты для тагментации.
3. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 2, в которой реагенты для тагментации присоединяют первую метку к мРНК и вторую метку к гДНК.
4. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой первая метка присоединена к мРНК посредством обратной транскрипции, и при этом вторая метка присоединена к гДНК посредством тагментации.
5. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, которая присоединена к твердой подложке.
6. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 5, причем твердая подложка представляет собой субстрат, протравленную поверхность, лунку, покрытую лунку, герметичную лунку, матрицу, устройство проточной кюветы, микрожидкостный канал, гранулу, магнитную гранулу, колонку, каплю или микрочастицу.
7. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой первая и вторая метки дополнительно содержат последовательность распознавания субстрата.
8. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 7, в которой последовательность распознавания субстрата первой метки такая же, как последовательность распознавания субстрата второй метки.
9. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой первый штрихкод и второй штрихкод являются одинаковыми.
10. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой первая и вторая метки являются одинаковыми.
11. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, которую создают из популяции клеток, одиночной клетки, популяции клеточных ядер или ядра одиночной клетки.
12. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой первая метка представляет собой метку поли-А.
13. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой вторая метка содержит специфичный для транспозазы элемент.
14. Библиотека нуклеиновых кислот по п. 1, в которой первый и второй штрихкоды напрямую встроены в библиотеку нуклеиновых кислот посредством реакции тагментации.
15. Устройство проточной кюветы, содержащее:
первый зонд для захвата РНК, причем первый зонд содержит первый штрихкод и первую последовательность распознавания субстрата;
второй зонд для захвата ДНК, причем второй зонд содержит второй штрихкод и вторую последовательность распознавания субстрата;
причем первый штрихкод и второй штрихкод являются одинаковыми или разными, и при этом первый штрихкод и второй штрихкод идентифицируют общий источник РНК и ДНК, и
при этом первый и второй зонды выполнены с возможностью одновременного анализа РНК и ДНК из образца в одном компартменте.
16. Устройство проточной кюветы по п. 15, в котором первый зонд и второй зонд иммобилизованы на устройстве проточной кюветы.
17. Устройство проточной кюветы по п. 15, в котором первый штрихкод и второй штрихкод являются одинаковыми.
18. Устройство проточной кюветы по п. 15, в котором первая последовательность распознавания субстрата идентична второй последовательности распознавания субстрата.
19. Способ одновременного анализа ДНК и РНК из образца в одном компартменте, включающий:
обеспечение образца, содержащего ДНК и РНК, причем РНК содержит первую метку;
дифференциальное мечение ДНК второй меткой;
приведение образца в одном компартменте в контакт с первым зондом захвата для захвата РНК и вторым зондом захвата для захвата меченой ДНК, причем первый зонд захвата содержит первый штрихкод, а второй зонд захвата содержит второй штрихкод, причем первый штрихкод и второй штрихкод идентифицируют общий источник РНК и ДНК;
гибридизацию первого зонда захвата с РНК и второго зонда захвата с ДНК, таким образом одновременно захватывая ДНК и РНК; и
анализ ДНК и РНК.
20. Способ по п. 19, в котором первый и второй зонды захвата иммобилизованы на твердой подложке.
21. Способ по п. 19, в котором первый и второй зонды захвата дополнительно содержат последовательность распознавания субстрата.
22. Способ по п. 21, в котором последовательность распознавания субстрата первого зонда захвата такая же, как последовательность распознавания субстрата второго зонда захвата.
23. Способ по п. 19, в котором образец представляет собой популяцию клеток, одиночную клетку, популяцию клеточных ядер или ядро клетки.
24. Способ по п. 19, в котором первый зонд содержит метку захвата, которая специфически связывается с первой меткой, а второй зонд содержит метку захвата, которая специфически связывается со второй меткой.
25. Способ по п. 19, в котором первая метка представляет собой метку поли-А, и при этом первый зонд содержит последовательность захвата поли-Т.
26. Способ по п. 19, в котором вторая метка идентична первой метке или отличается от нее.
27. Способ по п. 19, в котором вторая метка представляет собой метку поли-А, и при этом второй зонд содержит последовательность захвата поли-Т.
28. Способ по п. 19, в котором дифференциальное мечение ДНК выполняют посредством тагментации.
29. Способ по п. 28, в котором вводят транспозон-специфичную последовательность посредством тагментации.
30. Способ по п. 19, в котором РНК и ДНК модифицируют первой меткой и второй меткой соответственно с использованием лигирования, обратной транскрипции (RT), транспозиции или других средств индексирования.
31. Способ по п. 19, в котором первый и второй штрихкоды являются одинаковыми или разными.
32. Способ по п. 20, в котором твердая подложка представляет собой субстрат, протравленную поверхность, лунку, покрытую лунку, герметичную лунку, матрицу, устройство проточной кюветы, микрожидкостный канал, гранулу, магнитную гранулу, колонку, каплю или микрочастицу.
33. Способ по п. 19, в котором анализ включает анализ ДНК, анализ РНК, анализ белков, тагментацию, амплификацию нуклеиновых кислот, секвенирование нуклеиновых кислот, получение библиотеки нуклеиновых кислот, анализ доступного для транспозазы хроматина с использованием секвенирования (АТАС-seq), транспозицию с сохранением смежности (CPT-seq), комбинаторное индексированное секвенирование одиночной клетки (SCI-seq) или амплификацию генома одиночной клетки или любую их комбинацию.
34. Способ по п. 19, в котором анализ включает одновременное создание библиотеки кДНК и библиотеки гДНК.
35. Способ по п. 19, дополнительно включающий одновременный анализ белка в одном компартменте, причем белок помечен третьей меткой.
36. Способ по п. 19, в котором образец содержит клетку, и при этом клетка зафиксирована при помощи фиксатора.
37. Способ по п. 36, в котором фиксатор содержит спирт, такой как метанол или этанол, или альдегид, такой как параформальдегид.
38. Способ одновременного создания в одном компартменте библиотеки нуклеиновых кислот, содержащей гДНК и кДНК, включающий:
обеспечение образца, содержащего ДНК и РНК, причем РНК содержит первую метку;
дифференциальное мечение ДНК второй меткой;
приведение образца в одном компартменте в контакт с первым зондом для захвата РНК и вторым зондом для захвата меченой ДНК, причем первый зонд содержит первый штрихкод, а второй зонд содержит второй штрихкод, причем первый штрихкод и второй штрихкод идентифицируют общий источник ДНК и РНК;
гибридизацию РНК и ДНК с первым и вторым зондами соответственно; и
одновременное создание библиотеки кДНК и библиотеки гДНК из гибридизированных РНК и ДНК.
39. Способ по п. 38, в котором первый и второй зонды иммобилизованы на твердой подложке.
40. Способ по п. 38, в котором первый и второй зонды дополнительно содержат последовательность распознавания субстрата.
41. Способ по п. 40, в котором последовательность распознавания субстрата первого зонда захвата идентична последовательности распознавания субстрата второго зонда захвата.
42. Способ по п. 38, в котором образец представляет собой популяцию клеток, одиночную клетку, популяцию клеточных ядер или ядро клетки.
43. Способ по п. 38, в котором первый зонд содержит метку захвата, которая специфически связывается с первой меткой, а второй зонд содержит метку захвата, которая специфически связывается со второй меткой.
44. Способ по п. 38, в котором первая метка представляет собой метку поли-А, и при этом первый зонд содержит последовательность захвата поли-Т.
45. Способ по п. 38, в котором вторая метка идентична первой метке или отличается от нее.
46. Способ по п. 38, в котором вторая метка представляет собой метку поли-А, и при этом второй зонд содержит последовательность захвата поли-Т.
47. Способ по п. 38, в котором дифференциальное мечение ДНК выполняют посредством тагментации.
48. Способ по п. 47, в котором вводят транспозон-специфичную последовательность посредством тагментации.
49. Способ по п. 38, в котором РНК и ДНК модифицируют первой меткой и второй меткой соответственно с использованием лигирования, обратной транскрипции (RT), транспозиции или других средств индексирования.
50. Способ по п. 38, в котором первый и второй штрихкоды являются одинаковыми или разными.
51. Способ по п. 39, в котором твердая подложка представляет собой субстрат, протравленную поверхность, лунку, покрытую лунку, герметичную лунку, матрицу, устройство проточной кюветы, микрожидкостный канал, гранулу, магнитную гранулу, колонку, каплю или микрочастицу.
52. Способ по п. 38, в котором образец содержит клетку, и при этом клетка зафиксирована при помощи фиксатора.
53. Способ по п. 52, в котором фиксатор содержит спирт, такой как метанол или этанол, или альдегид, такой как параформальдегид.
54. Набор для одновременного анализа ДНК и РНК в образце в одном компартменте, содержащий:
реагенты для транспозиции; и
первый зонд, комплементарный первой метке, и второй зонд, комплементарный второй метке, причем первый зонд содержит первый штрихкод, а второй зонд содержит второй штрихкод, причем первый и второй штрихкоды идентифицируют общий источник ДНК и РНК.
55. Набор по п. 54, в котором первый и второй штрихкоды являются одинаковыми или разными.
56. Набор по п. 54, в котором первый зонд и второй зонд содержат последовательность захвата поли-Т.
57. Набор по п. 54, в котором первый зонд и второй зонд содержат последовательность распознавания субстрата.
58. Набор по п. 57, в котором последовательность распознавания субстрата первого зонда такая же, как последовательность распознавания субстрата второго зонда.
59. Набор по п. 54, в котором первый и второй зонды иммобилизованы на твердой подложке.
60. Набор по п. 59, в котором твердая подложка представляет собой субстрат, протравленную поверхность, лунку, покрытую лунку, герметичную лунку, матрицу, устройство проточной кюветы, микрожидкостный канал, гранулу, магнитную гранулу, колонку, каплю или микрочастицу.
61. Способ анализа одиночной клетки, включающий:
обеспечение образца, содержащего популяцию клеток или ядер;
выполнение транспозиции с сохранением смежности на целевых нуклеиновых кислотах;
распределение популяции клеток или ядер на отдельные капли, причем одиночная клетка или ядро распределено в одну каплю;
индексирование целевых нуклеиновых кислот; и
анализ индексированных нуклеиновых кислот.
62. Способ анализа одиночной клетки, включающий:
обеспечение образца, содержащего популяцию клеток или ядер;
выполнение индивидуально индексированной транспозиции с сохранением смежности на целевых нуклеиновых кислотах;
распределение популяции клеток или ядер на отдельные капли, причем множество клеток или ядер разделяют в одну каплю, и при этом множество клеток или ядер внутри одной капли имеют уникальный индекс;
индексирование целевых нуклеиновых кислот; и
анализ индексированных нуклеиновых кислот.