СПОСОБ РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНА

1. Способ редактирования гена в клетке, включающий модулирование функции репликационной вилки в клетке и редактирование гена в клетке.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий приведение клетки в контакт с модулятором репликационной вилки.
3. Способ по п. 1 или 2, дополнительно включающий приведение клетки в контакт с редактирующим ген вектором.
4. Способ по п. 3, отличающийся тем, что редактирующий ген вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный вектор (AAV).
5. Способ по любому из пп. 2-4, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки выбран из группы, состоящей из эметина, дегидроэметина, эметина дигидрохлоргидрата, цефалина или его солей; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении геликазы RecQ; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении PCNA; и кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении белка репарации ошибочного спаривания.
6. Способ по любому из пп. 2-5, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
7. Способ по любому из пп. 2-6, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК.
8. Способ по любому из пп. 2-7, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
9. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что функцией репликационной вилки является синтез ДНК.
10. Способ по любому из пп. 2-9, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза ведущей цепи.
11. Способ по любому из пп. 2-10, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза отстающей цепи.
12. Способ по любому из пп. 1-11, дополнительно включающий модулирование функции репликационной вилки, включающий модулирование функции или уровня экспрессии белка репликационной вилки.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что белок репликационной вилки выбран из группы, состоящей из ДНК-полимеразы-α, ДНК-праймазы, РНК-праймазы, ДНК-полимеразы-ε, ДНК-полимеразы-δ, компонентов комплекса защиты вилки (FPC) Timeless, Tipin, Claspin и Andl, Cdc45, белков гексамера 2-7 геликазы МСМ 2-7 (поддержание мини-хромосом) (Mcm2, Mcm3, Mcm4, Mcm5, Mcm6 и Mcm7), белков комплекса го-ичи-ни-сан (GINS) (Sld5, Psf1, Psf2 и Psf3), белка репликации A (RPA), белков «загрузчика зажима» фактора репликации С (RFC) (Rfc1, Rfc2, Rfc3, Rfc4 и Rfc5), белка RM1I, киназы ATR, белка, взаимодействующего с ATR (ATRIP), белков геликазы RecQ (RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5), белков репарации ошибочного спаривания (MMR) (PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6), ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA), флэп-эндонуклеазы 1 (FEN1), ДНК-лигазы, субъединицы 5 комплекса, способствующего анафазе, RecQ-опосредованного белка нестабильности генома 1, субъединицы 1 комплекса распознавания происхождения, белка гомеобокса Meis2, ДНК-топоизомеразы III альфа, ДНК-полимеразы эпсилон 4 и белка FANCM.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что белок репликационной вилки выбран из группы, состоящей из: белков геликазы RecQ (RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5), белков репарации ошибочного спаривания (MMR) (PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6) и ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA).
15. Способ по п. 13 или 14, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5.
16. Способ по п. 13 или 14, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6.
17. Способ по п. 13 или 14, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA).
18. Способ по любому из пп. 13-15, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5, и модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
19. Способ по любому из пп. 13-15, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5, и модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК.
20. Способ по любому из пп. 13-15, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5, и модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
21. Способ по п. 13 или 16, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6, и модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
22. Способ по п. 13 или 16, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6, и модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК.
23. Способ по п. 13 или 16, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6, и модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
24. Способ по п. 13 или 17, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), и модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
25. Способ по п. 13 или 17, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), и модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК
26. Способ по п. 13 или 17, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), и модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
27. Способ по любому из пп. 1-26, отличающийся тем, что клетка выбрана из группы, состоящей из плюрипотентных стволовых клеток, индуцированных плюрипотентных стволовых клеток и эмбриональных стволовых клеток.
28. Способ по любому из пп. 1-27, отличающийся тем, что клетка представляет собой клетку приматов.
29. Способ по любому из пп. 1-26 и 28, отличающийся тем, что клетка представляет собой дифференцированную клетку.
30. Способ по любому из пп. 2-29, отличающийся тем, что эффективность редактирования гена в клетке выше, чем эффективность редактирования гена в клетке, которая не была приведена в контакт с модулятором репликационной вилки.
31. Способ редактирования гена в клетке, включающий приведение клетки в контакт с модулятором репликационной вилки в течение периода времени перед редактированием гена в клетке, и редактирование гена в клетке.
32. Способ по п. 31, отличающийся тем, что период времени составляет от 8 часов до 7 дней.
33. Способ редактирования гена в клетке, включающий приведение клетки в контакт с модулятором репликационной вилки во время редактирования гена, и редактирование гена в клетке.
34. Способ редактирования гена в клетке, включающий приведение клетки в контакт с модулятором репликационной вилки в течение периода времени после редактирования гена в клетке.
35. Способ по любому из пп. 31-34, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки выбран из группы, состоящей из эметина, дегидроэметина, эметина дигидрохлоргидрата, цефалина или его солей; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении геликазы RecQ; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении PCNA; и кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении белка репарации ошибочного спаривания.
36. Способ по любому из пп. 31-35, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза ведущей цепи.
37. Способ по любому из пп. 31-36, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза отстающей цепи.
38. Способ по любому из пп. 31-37, дополнительно включающий приведение клетки в контакт с редактирующим ген вектором.
39. Способ по п. 38, отличающийся тем, что редактирующий ген вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный вектор (AAV).
40. Способ редактирования гена в клетке субъекта, включающий:
a. введение субъекту редактирующего ген вектора; и
b. введение субъекту модулятора репликационной вилки.
41. Способ по п. 40, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки вводят после введения редактирующего ген вектора.
42. Способ по п. 40, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки вводят до введения редактирующего ген вектора.
43. Способ по п. 40, отличающийся тем, что редактирующий ген вектор и модулятор репликационной вилки вводят одновременно.
44. Способ по любому из пп. 40-43, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки выбран из группы, состоящей из эметина, дегидроэметина, эметина дигидрохлоргидрата, цефалина или его солей; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении геликазы RecQ; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении PCNA; и кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении белка репарации ошибочного спаривания.
45. Способ по любому из пп. 40-44, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза ведущей цепи.
46. Способ по любому из пп. 40-45, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза отстающей цепи.
47. Способ по любому из пп. 40-46, отличающийся тем, что редактирующий ген вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный вектор (AAV).
48. Способ редактирования гена в клетке, включающий:
a. редактирование гена в клетке и
b. приведение клетки с отредактированным геном в контакт с модулятором репликационной вилки в течение периода времени.
49. Способ по п. 48, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки выбран из группы, состоящей из эметина, дегидроэметина, эметина дигидрохлоргидрата, цефалина или его солей; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении геликазы RecQ; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении PCNA; и кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении белка репарации ошибочного спаривания.
50. Способ по п. 48 или 49, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза ведущей цепи.
51. Способ по пп. 48-50, отличающийся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза отстающей цепи.
52. Способ по любому из пп. 48-51, дополнительно включающий приведение клетки в контакт с редактирующим ген вектором.
53. Способ по п. 52, отличающийся тем, что редактирующий ген вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный вектор (AAV).
54. Способ по любому из пп. 31-53, отличающийся тем, что белок репликационной вилки выбран из группы, состоящей из: белков геликазы RecQ (RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5), белков репарации ошибочного спаривания (MMR) (PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6) и ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA).
55. Способ по любому из пп. 31-54, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5.
56. Способ по любому из пп. 31-53, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6.
57. Способ по любому из пп. 31-53, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA).
58. Способ по любому из пп. 31-54, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5, и модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
59. Способ по любому из пп. 31-54, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5, и модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК.
60. Способ по любому из пп. 31-54, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок геликазы RecQ, выбранный из группы, состоящей из: RECQL1, RECQL2, RECQL3, RECQL4 и RECQL5, и модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
61. Способ по любому из пп. 31-53 и 56, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6, и модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
62. Способ по любому из пп. 31-53 и 56, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6, и модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК.
63. Способ по любому из пп. 31-53 и 56, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой белок репарации ошибочного спаривания (MMR), выбранный из группы, состоящей из: PMS2, PMS2, MLH1, MLH2, MLH3, MSH4, MSH5 и MSH6, и модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
64. Способ по любому из пп. 31-53 и 57, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), и модулятор репликационной вилки представляет собой эметин.
65. Способ по любому из пп. 31-53 и 57, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), и модулятор репликационной вилки представляет собой миРНК
66. Способ по любому из пп. 31-53 и 57, отличающийся тем, что белок репликационной вилки представляет собой ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), и модулятор репликационной вилки представляет собой кшРНК.
67. Способ по любому из пп. 31-66, отличающийся тем, что клетка выбрана из группы, состоящей из плюрипотентных стволовых клеток, индуцированных плюрипотентных стволовых клеток и эмбриональных стволовых клеток.
68. Способ по любому из пп. 31-66, отличающийся тем, что клетка представляет собой клетку приматов.
69. Способ по любому из пп. 31-66 и 68, отличающийся тем, что клетка представляет собой дифференцированную клетку.
70. Композиция, содержащая популяцию клеток с отредактированным геном, полученную путем модулирования функции репликационной вилки в клетках.
71. Композиция по п. 70, отличающаяся тем, что эффективность редактирования гена в одной популяции клеток выше, чем во второй популяции клеток, подвергаемой редактированию гена в отсутствие модулирования функции репликационной вилки в клетках.
72. Композиция по п. 70 или 71, отличающаяся тем, что популяция клеток с отредактированным геном получена путем модулирования функции репликационной вилки в клетках путем приведения клеток в контакт с модулятором репликационной вилки.
73. Композиция по п. 72, отличающаяся тем, что модулятор репликационной вилки выбран из группы, состоящей из эметина, дегидроэметина, эметина дигидрохлоргидрата, цефалина или его солей; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении геликазы RecQ; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении PCNA; и кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении белка репарации ошибочного спаривания.
74. Композиция по п. 72 или 73, отличающаяся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза ведущей цепи.
75. Композиция по любому из пп. 72, 73, отличающаяся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой ингибитор синтеза отстающей цепи.
76. Клетка, содержащая редактирующий ген вектор и экзогенный модулятор репликационной вилки.
77. Клетка по п. 76, отличающаяся тем, что редактирующий ген вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный вектор (AAV).
78. Клетка, содержащая модификацию гена и экзогенный модулятор репликационной вилки.
79. Клетка по любому из пп. 76-78, отличающаяся тем, что модулятор репликационной вилки выбран из группы, состоящей из эметина, дегидроэметина, эметина дигидрохлоргидрата, цефалина или его солей; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении геликазы RecQ; кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении PCNA; и кшРНК, миРНК, аптамера, малой внутренне сегментированной интерферирующей РНК, микроРНК, антисмыслового олигонуклеотида или антитела, специфичного в отношении белка репарации ошибочного спаривания.
80. Клетка по любому из пп. 76-79, отличающаяся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой активатор синтеза ведущей цепи или ингибитор синтеза ведущей цепи.
81. Клетка по любому из пп. 76-80, отличающаяся тем, что модулятор репликационной вилки представляет собой активатор синтеза отстающей цепи или ингибитор синтеза отстающей цепи.
82. Клетка, полученная или дифференцированная от клетки по любому из пп. 76-81.
83. Способ лечения заболевания у нуждающегося в этом субъекта, включающий введение субъекту эффективного количества клетки по любому из пп. 70-82.
84. Способ трансплантации нуждающемуся в этом субъекту, включающий введение субъекту эффективного количества клетки по любому из пп. 70-82.