ИДЕНТИФИКАЦИЯ ОПУХОЛЕВЫХ АНТИГЕНОВ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ И ТЕРАПИИ

1. Фармацевтическая композиция, включающая агент, который:
(I) ингибирует экспрессию или активность опухолевого антигена и/или
(II) обладает ингибирующей опухоль активностью и при этом избирателен в отношении клеток, экспрессирующих или аномально экспрессирующих опухолевый антиген, и/или
(III) при введении избирательно повышает количество комплексов между молекулой МНС и опухолевым антигеном или его частью,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
2. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой агент по (II) вызывает гибель клеток, снижение роста клеток, повреждение клеточной мембраны или секрецию цитокинов.
3. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой агент по (I) или (II) представляет собой антисмысловую нуклеиновую кислоту, которая избирательно гибридизуется с нуклеиновой кислотой, кодирующей опухолевый антиген.
4. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой агент по (I) или (II) представляет собой антитело, которое избирательно связывается с опухолевым антигеном.
5. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой агент включает один или несколько компонентов, выбранных из группы, состоящей из:
(i) опухолевого антигена или его части,
(ii) нуклеиновой кислоты, кодирующей опухолевый антиген или его часть,
(iii) антитела, связывающегося с опухолевым антигеном или его частью,
(iv) антисмысловой нуклеиновой кислоты, специфически гибридизующейся с нуклеиновой кислотой, кодирующей опухолевый антиген,
(v) SiRNA, направленной против нуклеиновой кислоты, кодирующей опухолевый антиген,
(vi) клетки-хозяина, экспрессирующей опухолевый антиген или его часть, и
(vii) выделенного комплекса между опухолевым антигеном или его частью и молекулой МНС.
6. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой агент включает два или несколько агентов, каждый из которых избирательно ингибирует экспрессию или активность разных опухолевых антигенов и при этом избирателен в отношении клеток, экспрессирующих или аномально экспрессирующих опухолевый антиген, либо повышает количество комплексов между молекулами МНС и разными опухолевыми антигенами или их частями,
причем по меньшей мере один из данных опухолевых антигенов имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
7. Фармацевтическая композиция по п.5, в которой нуклеиновая кислота по (ii) находится в экспрессионном векторе.
8. Фармацевтическая композиция по п.5, в которой клетка-хозяин секретирует опухолевый антиген или его часть.
9. Фармацевтическая композиция по п.5, в которой клетка-хозяин дополнительно экспрессируют молекулу МНС, которая связывается с опухолевым антигеном или его частью.
10. Фармацевтическая композиция по п.9, в которой клетка-хозяин рекомбинантным образом экспрессирует молекулу МНС и/или опухолевый антиген или его часть.
11. Фармацевтическая композиция по п.9, в которой клетка-хозяин эндогенно экспрессирует молекулу МНС.
12. Фармацевтическая композиция по пп.5, 9 или 11, в которой клетка-хозяин представляет собой антигенпрезентирующую клетку.
13. Фармацевтическая композиция по п.4 или 5, в которой антитело представляет собой моноклональное, химерное или гуманизированное антитело, либо является фрагментом антитела.
14. Фармацевтическая композиция по п.4 или 5, в которой антитело конъюгировано с терапевтическим или диагностическим средством.
15. Фармацевтическая композиция по п.1, которая может применяться для лечения или профилактики рака.
16. Фармацевтическая композиция по п.15, в которой рак представляет собой рак легких, рак молочной железы, рак простаты, меланому, рак толстой кишки, рак желудка, рак поджелудочной железы, рак уха, горла, носа (ENT), почечно-клеточный рак или рак шейки матки, либо карциному толстой кишки или карциному молочной железы.
17. Фармацевтическая композиция по п.1, в которой опухолевый антиген включает аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
18. Фармацевтическая композиция по п.1, которая находится в виде вакцины.
19. Фармацевтическая композиция по п.18, предназначенная для терапевтического и/или профилактического применения.
20. Фармацевтическая композиция, включающая один или несколько компонентов, выбранных из группы, состоящей из:
(i) опухолевого антигена или его части,
(ii) нуклеиновой кислоты, кодирующей опухолевый антиген или его часть,
(iii) антитела, связывающегося с опухолевым антигеном или его частью,
(iv) антисмысловой нуклеиновой кислоты, специфически гибридизующейся с нуклеиновой кислотой, кодирующей опухолевый антиген,
(v) SiRNA, направленной против нуклеиновой кислоты, кодирующей опухолевый антиген,
(vi) клетки-хозяина, экспрессирующей опухолевый антиген или его часть, и
(vii) выделенного комплекса между опухолевым антигеном или его частью и молекулой МНС,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(а) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
21. Фармацевтическая композиция по п.20, в которой нуклеиновая кислота по (ii) находится в экспрессионном векторе.
22. Фармацевтическая композиция по п.20, в которой клетка-хозяин секретирует опухолевый антиген или его часть.
23. Фармацевтическая композиция по п.20, в которой клетка-хозяин дополнительно экспрессирует молекулу МНС, которая связывается с опухолевым антигеном или его частью.
24. Фармацевтическая композиция по п.23, в которой клетка-хозяин рекомбинантным образом экспрессирует молекулу МНС и/или опухолевый антиген или его часть.
25. Фармацевтическая композиция по п.23, в которой клетка-хозяин эндогенно экспрессирует молекулу МНС.
26. Фармацевтическая композиция по п.20, 23 или 25, в которой клетка-хозяин представляет собой антигенпрезентирующую клетку.
27. Фармацевтическая композиция по п.20, в которой антитело представляет собой моноклональное, химерное или гуманизированное антитело, либо является фрагментом антитела.
28. Фармацевтическая композиция по п.20 или 27, в которой антитело конъюгировано с терапевтическим или диагностическим средством.
29. Фармацевтическая композиция по п.20, которая может применяться для лечения или профилактики рака.
30. Фармацевтическая композиция по п.29, в которой рак представляет собой рак легких, рак молочной железы, рак простаты, меланому, рак толстой кишки, рак желудка, рак поджелудочной железы, рак уха, горла, носа (ENT), почечно-клеточный рак или рак шейки матки, либо карциному толстой кишки или карциному молочной железы.
31. Фармацевтическая композиция по п.20, в которой опухолевый антиген включает аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
32. Фармацевтическая композиция по п.20, которая находится в виде вакцины.
33. Фармацевтическая композиция по п.32, предназначенная для терапевтического и/или профилактического применения.
34. Способ диагностики или мониторинга заболевания, характеризующегося экспрессией или аномальной экспрессией опухолевого антигена, который включает детектирование или определение количества:
(i) нуклеиновой кислоты, кодирующей опухолевый антиген, или ее части, и/или
(ii) опухолевого антигена или его части, и/или
(iii) антител против опухолевого антигена или его части, и/или
(iv) Т-лимфоцитов, специфичных к опухолевому антигену или его части, в биологическом образце, взятом у пациента,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: I, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
35. Способ по п.34, в котором детектирование или определение количества включает:
(i) контактирование биологического образца с агентом, специфически связывающимся с нуклеиновой кислотой, кодирующей опухолевый антиген, или с ее частью, с опухолевым антигеном или его частью, с антителом или с Т-лимфоцитами, и
(ii) детектирование образования или определение количества комплекса между агентом и нуклеиновой кислотой или ее частью, опухолевым антигеном или его частью, антителом или Т-лимфоцитами.
36. Способ по п.35, в котором агент, специфически связывающийся с нуклеиновой кислотой, кодирующей опухолевый антиген, или с ее частью, представляет собой олигонуклеотид или полинуклеотид, специфически гибридизующийся с данной нуклеиновой кислотой или с ее частью.
37. Способ по п.35, в котором агент, специфически связывающийся с опухолевым антигеном или его частью, представляет собой антитело, специфически связывающееся с данным опухолевым антигеном или его частью.
38. Способ по п.35, в котором агент, специфически связывающийся с антителом, представляет собой белок или пептид, специфически связывающийся с данным антителом.
39. Способ по п.35, в котором агент, специфически связывающийся с Т-лимфоцитами, представляет собой клетку, презентирующую комплекс между опухолевым антигеном или его частью и молекулой МНС.
40. Способ по любому из пп.34-39, в котором мониторинг заболевания включает определение регрессирования, течения или возникновения данного заболевания в образце, взятом у пациента, страдающего данным заболеванием или с подозрением на данное заболевание.
41. Способ по п.40, который включает детектирование или определение количества в первом образце в первый момент времени и в следующем образце во второй момент времени и сравнение двух образцов.
42. Способ по п.37, в котором антитело представляет собой моноклональное, химерное или гуманизированное антитело, либо является фрагментом антитела.
43. Способ по п.35, в котором агент метят детектируемым образом.
44. Способ по п.34, в котором образец включает жидкую среду организма и/или ткань организма.
45. Способ по п.34, в котором опухолевый антиген содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
46. Способ лечения или профилактики заболевания, характеризующегося экспрессией или аномальной экспрессией опухолевого антигена, который включает введение фармацевтической композиции по любому из пп.1-33,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
47. Способ по п.46, в котором опухолевый антиген содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
48. Способ лечения, профилактики, диагностики или мониторинга заболевания, характеризующегося экспрессией или аномальной экспрессией опухолевого антигена, который включает введение антитела, связывающегося с данным опухолевым антигеном или с его частью и конъюгированного с терапевтическим или диагностическим агентом,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
49. Способ по п.48, в котором антитело представляет собой моноклональное, химерное или гуманизированное антитело, либо является фрагментом антитела.
50. Способ по п.48 или 49, в котором опухолевый антиген содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
51. Способ лечения пациента, страдающего заболеванием, характеризующимся экспрессией или аномальной экспрессией опухолевого антигена, который включает:
(i) получение образца, содержащего иммунореактивные клетки,
(ii) контактирование данного образца с клеткой-хозяином, экспрессирующей данный опухолевый антиген или его часть, в условиях, способствующих выработке цитолитических или высвобождающих питокины Т-клеток против данного опухолевого антигена или его части, и
(iii) введение цитолитических или высвобождающих цитокины Т-клеток пациенту в количестве, подходящем для лизиса клеток, экспрессирующих опухолевый антиген или его часть,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
52. Способ по п.51, в котором клетка-хозяин рекомбинантно экспрессирует молекулу МНС, связывающуюся с опухолевым антигеном или его частью.
53. Способ по п.51, в котором клетка-хозяин эндогенно экспрессирует молекулу МНС, связывающуюся с опухолевым антигеном или его частью.
54. Способ по любому из пп.51-53, в котором опухолевый антиген содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
55. Способ торможения развития рака у пациента, который включает введение эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп.1-33.
56. Способ по п.55, в котором опухолевый антиген содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
57. Агент, который специфически связывается с белком или полипептидом или с его частью, причем данный белок или полипептид кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (c).
58. Агент по п.57, в котором белок или полипептид содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
59. Агент по п.57 или 58, который представляет собой антитело.
60. Агент по п.59, в котором антитело представляет собой моноклональное, химерное или гуманизированное антитело, либо является фрагментом антитела.
61. Антитело, которое избирательно связывается с комплексом из:
(i) белка или полипептида или его части и
(ii) молекулы МНС, с которой связывается данный белок или полипептид или его часть,
причем данное антитело не связывается с компонентами по отдельности (i) или (ii), а данный белок или полипептид кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).
62. Антитело по п.61, в котором белок или полипептид содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 6, 10, 14, 18, 22, 26, 29, 31, 36, 40, 42, 46, 50-60, 63, 68 и 69, ее часть или производное.
63. Антитело по п.61 или 62, которое представляет собой моноклональное, химерное или гуманизированное антитело, либо является фрагментом антитела.
64. Конъюгат между агентом по любому из пп.57-60 или антителом по любому из пп.61-63 и терапевтическим или диагностическим агентом.
65. Конъюгат по п.64, в котором терапевтическим или диагностическим агентом является токсин.
66. Набор для выявления экспрессии или аномальной экспрессии опухолевого антигена, который включает средства для детектирования или определения количества:
(i) нуклеиновой кислоты, кодирующей опухолевый антиген, или ее части, и/или
(ii) опухолевого антигена или его части, и/или
(iii) антител, связывающихся с опухолевым антигеном или с его частью, и/или
(iv) Т-клеток, специфичных к комплексу между опухолевым антигеном или его частью и молекулой МНС,
причем данный опухолевый антиген имеет последовательность, которая кодируется нуклеиновой кислотой, выбранной из группы, состоящей из:
(a) нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 5, 9, 13, 17, 21, 25, 28, 30, 35, 39, 41, 45, 49, 61, 62 и 64-67, ее часть или производное,
(b) нуклеиновой кислоты, гибридизующейся с нуклеиновой кислотой по (а) в строгих условиях,
(c) нуклеиновой кислоты, вырожденной по отношению к нуклеиновой кислоте по (а) или (b), и
(d) нуклеиновой кислоты, комплементарной нуклеиновой кислоте по (а), (b) или (с).