ДЕТЕКЦИЯ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ-МИШЕНЕЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ РАЗНЫХ ТЕМПЕРАТУР ДЕТЕКЦИИ

1. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель, содержащий инструкции для конфигурирования процессора с целью осуществления способа определения присутствия двух нуклеотидных последовательностей-мишеней в образце с использованием разных температур детекции, где указанный способ включает:
(a) получение как сигнала, детектируемого при высокой температуре детекции, так и сигнала, детектируемого при низкой температуре детекции; при этом каждую из нуклеотидных последовательностей-мишеней детектируют с использованием соответствующего средства генерации сигнала, где указанное соответствующее средство генерации сигнала представляет собой соответствующее генерирующее сигнал вещество, содержащее олигонуклеотид, который специфически гибридизируется с соответствующей нуклеотидной последовательностью-мишенью; при этом генерируемые сигналы детектируют, используя детектор; при этом одна из двух нуклеотидных последовательностей-мишеней имеет высокую температуру детекции, а другая имеет низкую температуру детекции, определяемую с использованием соответствующего средства генерации сигнала; при этом высокая температура детекции представляет собой температуру, допускающую генерирование сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции, а низкая температура детекции представляет собой температуру, допускающую генерирование как сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, так и сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции; и
(b) определение присутствия двух нуклеотидных последовательностей-мишеней на основе полученных сигналов; при этом (1) присутствие нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции, определяют на основе сигнала, детектируемого при высокой температуре детекции, а (2) присутствие нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, определяют по разнице между сигналом, детектируемым при высокой температуре детекции, и сигналом, детектируемым при низкой температуре детекции.
2. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где средства генерации сигнала для каждой из нуклеотидных последовательностей-мишеней представляют собой средства генерации сигнала для генерирования сигнала способом, зависящим от образования дуплекса.
3. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где средства генерации сигнала для каждой из нуклеотидных последовательностей-мишеней представляют собой средства генерации сигнала с использованием образования дуплекса способом, зависящим от расщепления опосредующего олигонуклеотида, специфически гибридизованного с данной нуклеотидной последовательностью-мишенью.
4. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где средство генерации сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции, представляет собой средство генерации сигнала с использованием расщепления детектирующего олигонуклеотида, содержащего по меньшей мере одну метку, а средство генерации сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, представляет собой средство генерации сигнала с использованием образования дуплекса; где указанная метка выбрана из группы, состоящей из флуоресцентной метки, люминесцентной метки, хемилюминесцентной метки, электрохимической метки и металлической метки.
5. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где средство генерации сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции, представляет собой средство генерации сигнала с использованием расщепления детектирующего олигонуклеотида, а средство генерации сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, представляет собой средство генерации сигнала с использованием образования дуплекса способом, зависящим от расщепления опосредующего олигонуклеотида, специфически гибридизованного с данной нуклеотидной последовательностью-мишенью.
6. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где два различных средства генерации сигнала содержат идентичную метку, и сигналы от этой метки не различаются детектором; где указанная метка выбрана из группы, состоящей из флуоресцентной метки, люминесцентной метки, хемилюминесцентной метки, электрохимической метки и металлической метки.
7. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где указанная разница представляет собой разницу, получаемую в результате математической обработки сигнала, детектируемого при высокой температуре детекции, и сигнала, детектируемого при низкой температуре детекции.
8. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где, если сигнал не детектируется при высокой температуре детекции, то определение присутствия нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, проводят на основе сигнала, детектируемого при низкой температуре детекции, с учетом отсутствия детекции сигнала при высокой температуре детекции.
9. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где, если присутствует нуклеотидная последовательность-мишень, имеющая высокую температуру детекции, то для определения присутствия нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, используют референсное значение.
10. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 9, где для определения присутствия нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей низкую температуру детекции, в данном способе используют референсное значение, полученное посредством (1) инкубирования нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции, со средством генерации сигнала для детекции нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей высокую температуру детекции, в другом реакционном сосуде, нежели реакционный сосуд на стадии (а), (2) детекции сигналов как при высокой температуре детекции, так и при низкой температуре детекции и (3) затем получения разницы между сигналом, детектируемым при высокой температуре детекции, и сигналом, детектируемым при низкой температуре детекции.
11. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, где две нуклеотидные последовательности-мишени содержат нуклеотидную вариацию, выбранную из группы, состоящей из SNP (однонуклеотидного полиморфизма), мутации, делеции, вставки, замены и транслокации, и одна из этих двух нуклеотидных последовательностей-мишеней содержит нуклеотидную вариацию одного типа, а другая содержит нуклеотидную вариацию другого типа.
12. Устройство для детекции нуклеотидной последовательности-мишени в образце с использованием разных температур детекции, содержащее (а) компьютерный процессор и (b) пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 1, соединенный с компьютерным процессором.
13. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель, содержащий инструкции для конфигурирования процессора с целью осуществления способа SNP-генотипирования нуклеотидной последовательности в образце с использованием разных температур детекции, где указанный способ включает:
(a) получение как сигнала, детектируемого при высокой температуре детекции, так и сигнала, детектируемого при низкой температуре детекции; при этом каждый из SNP-содержащих аллелей детектируют с использованием соответствующего средства генерации сигнала; где указанное соответствующее средство генерации сигнала представляет собой соответствующее генерирующее сигнал вещество, содержащее олигонуклеотид, который специфически гибридизируется с соответствующей SNP-содержащей аллелью; при этом один из SNP-содержащих аллелей имеет высокую температуру детекции, а другой имеет низкую температуру детекции, определяемую с использованием соответствующего средства генерации сигнала; при этом высокая температура детекции представляет собой температуру, допускающую генерирование сигнала для SNP-содержащего аллеля, имеющего высокую температуру детекции, а низкая температура детекции представляет собой температуру, допускающую генерирование как сигнала для SNP-содержащего аллеля, имеющего низкую температуру детекции, так и сигнала для SNP-содержащего аллеля, имеющего высокую температуру детекции;
(b) определение SNP-генотипа по разнице между полученными сигналами.
14. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель, содержащий инструкции для конфигурирования процессора с целью осуществления способа определения присутствия от 3 до 10 нуклеотидных последовательностей-мишеней в образце с использованием разных температур детекции, где указанный способ включает:
(а) получение сигналов, детектируемых при 3-10 температурах детекции; при этом каждую из указанных 3-10 нуклеотидных последовательностей-мишеней детектируют с использованием соответствующего средства генерации сигнала; где указанное соответствующее средство генерации сигнала представляет собой соответствующее генерирующее сигнал вещество, содержащее олигонуклеотид, который специфически гибридизируется с соответствующей нуклеотидной последовательностью-мишенью; при этом каждая из указанных 3-10 нуклеотидных последовательностей-мишеней имеет разную температуру детекции, определяемую с использованием соответствующего средства генерации сигнала; при этом температура детекции представляет собой температуру, допускающую генерирование не только сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей данную температуру детекции, но также и сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей более высокую температуру детекции, чем данная температура детекции; при этом детекцию осуществляют при каждой из разных температур детекции; и
(b) определение присутствия указанных 3-10 нуклеотидных последовательностей-мишеней на основе полученных сигналов; при этом, если определяют присутствие нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей конкретную температуру детекции, среди указанных 3-10 нуклеотидных последовательностей-мишеней, то присутствие нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей данную конкретную температуру детекции, определяют по разнице между сигналом, детектируемым при одной или более температурах детекции, превышающих данную конкретную температуру детекции, и сигналом, детектируемым при данной конкретной температуре детекции; при этом, если данная конкретная температура детекции является самой высокой температурой детекции среди температур детекции, то присутствие нуклеотидной последовательности-мишени определяют на основе сигнала, детектируемого при данной конкретной температуре детекции.
15. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где стадию (b) проводят, сначала определяя присутствие нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей самую высокую температуру детекции, а затем последовательно определяя присутствие нуклеотидных последовательностей-мишеней, имеющих более низкие температуры детекции, в порядке убывания.
16. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где средства генерации сигнала для каждой из нуклеотидных последовательностей-мишеней представляют собой средства генерации сигнала для генерирования сигнала способом, зависящим от образования дуплекса.
17. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где средство генерации сигнала для нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей самую высокую температуру детекции, представляет собой средство генерации сигнала с использованием расщепления детектирующего олигонуклеотида, а средство генерации сигнала для других нуклеотидных последовательностей-мишеней представляют собой средство генерации сигнала с использованием образования дуплекса.
18. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где указанные 3-10 различных средств генерации сигнала содержат идентичную метку, и сигналы от этой метки не различаются детектором; где указанная метка выбрана из группы, состоящей из флуоресцентной метки, люминесцентной метки, хемилюминесцентной метки, электрохимической метки и металлической метки.
19. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где указанная разница включает разницу, получаемую в результате математической обработки сигнала, детектируемого при одной или более температурах детекции, превышающих данную конкретную температуру детекции, и сигнала, детектируемого при данной конкретной температуре детекции.
20. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где, если сигнал не детектируется при температурах детекции, превышающих данную конкретную температуру детекции, то определение присутствия нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей данную конкретную температуру детекции, проводят на основе сигнала, детектируемого при данной конкретной температуре детекции, с учетом отсутствия детекции сигнала при температурах детекции, превышающих данную конкретную температуру детекции.
21. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 14, где, если присутствует нуклеотидная последовательность-мишень, имеющая температуру детекции выше указанной конкретной температуры детекции, то в данном способе для определения присутствия нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей данную конкретную температуру детекции, используют по меньшей мере одно референсное значение.
22. Пригодный для ввода в компьютер информационный носитель по п. 21, где для определения присутствия нуклеотидной последовательности-мишени, имеющей конкретную температуру детекции, в данном способе используют по меньшей мере одно референсное значение из референсных значений, полученных посредством (1) инкубирования всех комбинаций нуклеотидных последовательностей-мишеней, имеющих более высокие температуры детекции, чем данная конкретная температура детекции, с соответствующими средствами генерации сигнала в другом реакционном сосуде, нежели реакционный сосуд на стадии (а), (2) детекции сигналов не только при одной или более температурах детекции, превышающих данную конкретную температуру детекции, но также и при данной конкретной температуре детекции, и (3) затем получения разницы между сигналом, детектируемым при одной или более температурах детекции, превышающих данную конкретную температуру детекции, и сигналом, детектируемым при данной конкретной температуре детекции.