Как добавить возможность управления приложением из командной строки?

Возможно, меня поправят.

Я бы реализовал это следующим образом.
1. при пуске программы анализируется наличие командной строки и выполняется её разбор.
2. производится поиск ранее запущенных экземпляров программы
3. этим экземплярам отправляется сообщение с изменёнными настройками

Видел статью Mikl___ о способах межпроцессного обмена. Не могу привести ссылку на неё - запрещают Правила форума, т.к. статья опубликована не среди статей, а на стороннем форуме.
Ищите "Межпроцессное взаимодействие".

Нужды делать подобное не было, не разбирался. Но начал бы реализацию с изучения такого варианта решения.

Возможно, что Microsoft предложило более изящный механизм.

1