СПОСОБЫ И СИСТЕМА ДЛЯ СОЗДАНИЯ СЕТЕЙ КОЭКСПРЕССИИ НЕКОДИРУЮЩИХ И КОДИРУЮЩИХ ГЕНОВ

1. Способ идентификации коэкспрессируемых кодирующих и некодирующих генов, который включает:
прием набора РНК-последовательностей в цифровой форме в запоминающее устройство;
соотнесение по меньшей мере одной из указанного набора РНК-последовательностей с кодирующим геном на основании множества кодирующих генов в базе данных;
соотнесение по меньшей мере одной другой из указанного набора РНК-последовательностей с некодирующим геном;
определение с применением по меньшей мере одного процессора корреляции указанного кодирующего гена и указанного некодирующего гена; и
создание сети коэкспрессии по меньшей мере частично на основании результатов определения корреляции.
2. Способ по п. 1, в котором определение корреляции между кодирующим геном и некодирующим геном включает применение корреляции Пирсона.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий создание модуля по меньшей мере частично на основании сети коэкспрессии.
4. Способ по п. 1, в котором создание модуля включает применение марковского алгоритма кластеризации.
5. Способ по п. 1, дополнительно включающий идентификацию кодирующего гена и некодирующего гена-партнера по меньшей мере частично на основании сети коэкспрессии.
6. Способ по п. 5, в котором кодирующий ген и некодирующий ген-партнер принадлежат к каскаду экспрессии генов.
7. Способ по п. 5, в котором пара кодирующий ген и некодирующий ген-партнер характеризуется цис-положением.
8. Способ по п. 5, в котором пара кодирующий ген и некодирующий ген-партнер характеризуется транс-положением.
9. Способ по п. 1, дополнительно включающий определение вариабельности кодирующего гена и вариабельности некодирующего гена.
10. Способ, включающий:
прием набора РНК-последовательностей в цифровой форме в запоминающее устройство;
соотнесение некоторых из указанного набора РНК-последовательностей с кодирующими генами на основании множества кодирующих генов в базе данных;
соотнесение некоторых других из указанного набора РНК-последовательностей с некодирующими генами;
определение вариабельности кодирующих генов и некодирующих генов;
отбор кодирующих генов и некодирующих генов, которые имеют вариабельность выше порогового значения;
определение с применением по меньшей мере одного процессора корреляции отобранных кодирующих генов и некодирующих генов; и
создание сети коэкспрессии по меньшей мере частично на основании результатов определения корреляции.
11. Способ по п. 10, в котором пороговое значение представляет собой 75-й процентиль.
12. Способ по п. 10, дополнительно включающий определение корреляции отобранных кодирующих генов друг с другом.
13. Способ по п. 10, дополнительно включающий определение корреляции отобранных некодирующих генов друг с другом.
14. Способ по п. 10, в котором соотнесение некоторых других из указанного набора РНК-последовательностей с некодирующими генами основано на множестве некодирующих генов в базе данных.
15. Способ по п. 10, в котором некоторые другие из указанного набора РНК-последовательностей с некодирующими генами содержат последовательности длинных некодирующих РНК (lncRNA, днРНК).
16. Способ по п. 10, в котором набор РНК-последовательностей представляет собой набор для какого-либо болезненного состояния.
17. Система, содержащая:
по меньшей мере один процессор;
запоминающее устройство, выполненное с возможностью доступа к нему указанного по меньшей мере одного процессора, причем указанное запоминающее устройство выполнено с возможностью хранения генетических последовательностей в цифровой форме;
базу данных, выполненную с возможность доступа к ней указанного по меньшей мере одного процессора;
визуализирующее устройство, соединенное с указанным по меньшей мере одним процессором; и
энергонезависимый компьютерочитаемый физический носитель, на который записаны инструкции, исполнение которых приводит к тому, что указанный по меньшей мере один процессор:
принимает генетические последовательности из запоминающего устройства;
сопоставляет некоторые из генетических последовательностей с кодирующими генами на основании множества кодирующих генов в базе данных;
сопоставляет некоторые другие из генетических последовательностей с некодирующими генами;
вычисляет вариабельность кодирующих генов и некодирующих генов;
отбирает кодирующие гены и некодирующие гены, которые имеют вариабельность выше порогового значения;
указанный по меньшей мере один процессор определяет корреляцию отобранных кодирующих генов и некодирующих генов с определением коэкспрессии отобранных кодирующих генов и некодирующих генов;
создает сеть коэкспресии по меньшей мере частично на основании коэкспрессии; и
выводит указанную сеть коэкспрессии пользователю на дисплей.
18. Система по п. 17, в которой на энергонезависимый компьютерочитаемый физический носитель записаны команды, исполнение которых дополнительно приводит к тому, что указанный по меньшей мере один процессор осуществляет выбор поддающейся воздействию лекарственного средства мишени по меньшей мере частично на основании сети коэкспрессии.
19. Система по п. 17, в которой на энергонезависимый компьютерочитаемый физический носитель записаны команды, исполнение которых дополнительно приводит к тому, что указанный по меньшей мере один процессор осуществляет стратификацию пациентов по меньшей мере частично на основании сети коэкспрессии.
20. Система по п. 17, в которой на энергонезависимый компьютерочитаемый физический носитель записаны команды, исполнение которых дополнительно приводит к тому, что указанный по меньшей мере один процессор осуществляет выбор лечения для заболевания по меньшей мере частично на основании сети коэкспрессии.