ТВС1D7 В КАЧЕСТВЕ ОПУХОЛЕВОГО МАРКЕРА И ТЕРАПЕВТИЧЕСКОЙ МИШЕНИ В СЛУЧАЕ ЗЛОКАЧЕСТВЕННОЙ ОПУХОЛИ

1. Способ выявления или диагностики злокачественной опухоли у субъекта, включающий в себя определение уровня экспрессии TBC1D7 в полученном от пациента биологическом образце, при этом увеличение указанного уровня по сравнению с нормальным контрольным уровнем указанного гена свидетельствует о том, что указанный субъект страдает от злокачественной опухоли или для него существует риск развития злокачественной опухоли, и при этом уровень экспрессии определяют любым способом, выбранным из группы, состоящей из:
(a) выявления мРНК TBC1D7,
(b) выявления белка, кодируемого TBC1D7, и
(c) выявления биологической активности белка, кодируемого TBC1D7.
2. Способ по п.1, в котором указанное увеличение, по меньшей мере, на 10% превышает указанный нормальный контрольный уровень.
3. Способ по п.1, в котором полученным от пациента биологическим образцом является биопсия.
4. Способ по п.1, в котором злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из рака легкого и рака пищевода.
5. Набор для выявления или диагностики злокачественной опухоли, который содержит реагент для выявления, который связывается с продуктом транскрипции или трансляции TBC1D7.
6. Способ оценки прогноза для пациента, имеющего рак легкого и/или рак пищевода, где такой способ включает в себя стадии:
(a) выявления уровня экспрессии TBC1D7 в биологическом образце; и
(b) сравнения выявленного уровня экспрессии с контрольным уровнем; и
(c) определения прогноза для пациента на основании сравнения по п.(b).
7. Способ по п.6, в котором контрольный уровень представляет собой контрольный уровень, соответствующий хорошему прогнозу и увеличение уровня экспрессии по сравнению с контрольным уровнем определяют как плохой прогноз.
8. Способ по п.7, в котором увеличение составляет, по меньшей мере, 10% по сравнению с указанным контрольным уровнем.
9. Способ по п.6, в котором указанный уровень экспрессии определяют любым из способов, выбранным из группы, состоящей из:
(a) выявления мРНК TBC1D7;
(b) выявления белка, кодируемого TBC1D7; и
(c) выявления биологической активности белка, кодируемого TBC1D7.
10. Способ скрининга соединения в качестве кандидата для лечения или профилактики злокачественной опухоли или ингибирования роста злокачественных клеток, при этом указанный способ включает в себя стадии:
a) осуществления контакта тестируемого соединения с полипептидом, кодируемым TBC1D7;
b) выявления активности связывания между полипептидом и тестируемым соединением; и
c) отбора соединения, которое связывается с полипептидом.
11. Способ скрининга соединения в качестве кандидата для лечения или профилактики злокачественной опухоли или ингибирования роста злокачественных клеток, при этом указанный способ включает в себя стадии:
a) осуществления контакта тестируемого соединения с клеткой, экспрессирующей TBC1D7; и
b) отбора соединения, которое снижает уровень экспрессии TBC1D7.
12. Способ скрининга соединения в качестве кандидата для лечения или профилактики злокачественной опухоли или ингибирования роста злокачественных клеток, при этом указанный способ включает в себя стадии:
a) осуществления контакта тестируемого соединения с полипептидом, кодируемым TBC1D7;
b) выявления биологической активности полипептида со стадии (a); и
c) отбора соединения, которое подавляет биологическую активность полипептида по сравнению с биологической активностью, выявляемой в отсутствие тестируемого соединения.
13. Способ по п.12, в котором биологическая активность представляет собой пролиферативную активность клеток или инвазивную активность.
14. Способ скрининга соединения в качестве кандидата для лечения или профилактики злокачественной опухоли или ингибирования роста злокачественных клеток, при этом указанный способ включает в себя стадии:
a) осуществления контакта тестируемого соединения с клеткой, в которую был введен вектор, содержащий область регуляции транскрипции генов TBC1D7 и репортерный ген, который экспрессируется под контролем области регуляции транскрипции,
b) измерения экспрессии или активности указанного репортерного гена; и
c) отбора соединения, которое уменьшает уровень экспрессии или активности указанного репортерного гена по сравнению с уровнем в отсутствие тестируемого соединения.
15. Способ скрининга соединения в качестве кандидата, который ингибирует связывание между полипептидом TBC1D7 и полипептидом 14-3-3-zeta, полипептидом RAB17 или полипептидом TSC1, при этом указанный способ включает в себя стадии:
(a) осуществления контакта полипептида TBC1D7 или его функционального эквивалента с полипептидом 14-3-3-zeta, RAB17 или TSC1 или его функциональным эквивалентом в присутствии тестируемого средства;
(b) выявления связывания между полипептидами;
(c) сравнения уровня связывания, выявляемого на стадии (b), с уровнями, выявляемыми в отсутствие тестируемого средства; и
(d) отбора тестируемого средства, которое уменьшает или ингибирует уровень связывания по сравнению с уровнями, выявляемыми в отсутствие тестируемого средства согласно стадии (c).
16. Способ по п.15, в котором функциональный эквивалент TBC1D7 содержит домен связывания 14-3-3-zeta, RAB17 или TSC1.
17. Способ по пп.10, 11, 12 и 14, в котором злокачественной опухолью является рак легкого или пищевода.
18. Двунитевая молекула, содержащая смысловую нить и антисмысловую нить, при этом смысловая нить включает в себя нуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности-мишени, состоящей из последовательности SEQ ID NO: 18 или 19, и при этом антисмысловая нить включает в себя нуклеотидную последовательность, которая комплементарная указанной смысловой нити, и при этом указанная смысловая нить и указанная антисмысловая нить гибридизуются друг с другом с образованием указанной двунитевой молекулы, и при этом указанная двунитевая молекула при введении в клетку, экспрессирующую ген TBC1D7, ингибирует экспрессию указанного гена.
19. Двунитевая молекула по п.18, в котором двунитевая молекула представляет собой олигонуклеотид длиной примерно от 19 до примерно 25 нуклеотидов.
20. Двунитевая молекула по п.18, в котором указанная двунитевая молекула представляет собой один нуклеотидный транскрипт, содержащий смысловую нить и антисмысловую нить, связанные посредством однонитевой нуклеотидной последовательности.
21. Двунитевая молекула по п.20, в котором указанный полинуклеотид имеет общую формулу
5'-[A]-[B]-[A']-3',
где [A] означает нуклеотидную последовательность, содержащую последовательность SEQ ID NO: 18 или 19; [B] означает нуклеотидную последовательность, состоящую примерно из 3-23 нуклеотидов; и [A'] означает нуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
22. Двунитевая молекула по п.18, в котором клетка, экспрессирующая ген TBC1D7, выбрана из группы, состоящей из клетки рака мочевого пузыря, клетки рака желудка, клетки рака ободочной и прямой кишки, клетки рака молочной железы, клетки рака пищевода, клетки рака легкого, клетки лимфомы, клетки рака поджелудочной железы и клетки рака яичка.
23. Вектор, содержащий любой или сочетание двух полинуклеотидов, содержащих смысловую нить нуклеиновой кислоты и антисмысловую нить нуклеиновой кислоты, при этом указанная смысловая нить нуклеиновой кислоты содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 18 или 19, и антисмысловая нить содержит нуклеотидную последовательность, которая комплементарная указанной смысловой нити, при этом транскрипты указанной смысловой нити и указанной антисмысловой нити гибридизуются друг с другом с образованием указанной двунитевой молекулы, и при этом указанный вектор при введении в клетку, экспрессирующую ген TBC1D7, ингибирует экспрессию указанного гена.
24. Вектор по п.23, в котором полинуклеотид является олигонуклеотидом длиной примерно от 19 до примерно 25 нуклеотидов.
25. Вектор по п.23, в котором указанная двунитевая молекула представляет собой один нуклеотидный транскрипт, содержащий смысловую нить и антисмысловую нить, связанные посредством однонитевой нуклеотидной последовательности.
26. Вектор по п.25, в котором указанный полинуклеотид имеет общую формулу
5'-[A]-[B]-[A']-3',
где [A] означает нуклеотидную последовательность, содержащую последовательность SEQ ID NO: 18 или 19; [B] означает нуклеотидную последовательность, состоящую примерно из 3-23 нуклеотидов; и [A'] означает нуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
27. Способ лечения или профилактики злокачественной опухоли у субъекта, включающий в себя введение указанному субъекту фармацевтически эффективного количества двунитевой молекулы против TBC1D7 или вектора, содержащего указанную двунитевую молекулу, которая ингибирует пролиферацию клеток при контакте с клеткой, экспрессирующей ген TBC1D7, и фармацевтически приемлемого носителя.
28. Способ по п.27, в котором двунитевая молекула представляет собой молекулу по п.18, и в котором вектор представляет собой вектор по п.23.
29. Способ по п.27, в котором злокачественная опухоль выбрана из рака легкого и рака пищевода.
30. Композиция для лечения или профилактики злокачественной опухоли, которая содержит фармацевтически эффективное количество двунитевой молекулы против TBC1D7 или вектора, содержащего указанную двунитевую молекулу, которая ингибирует пролиферацию Клеток при контакте с клеткой, экспрессирующей ген TBC1D7, и фармацевтически приемлемый носитель.
31. Композиция по п.30, в котором двунитевая молекула представляет собой молекулу по п.18, и в котором вектор представляет собой вектор по п.23.
32. Композиция по п.30, в котором в котором злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из рака легкого и рака пищевода.
33. Полипептид, выбранный из группы, состоящей из:
(a) полипептида, содержащего последовательность YWITRRFVNQLNTKYRDSLP (SEQ ID NO: 28), и
(b) полипептида, имеющего аминокислотную последовательность полипептида, функционально эквивалентного полипептиду, состоящему из последовательности YWITRRFVNQLNTKYRDSLP (SEQ ID NO: 28),
при этом полипептид не обладает биологической функцией полипептида, состоящего из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 2.
34. Полинуклеотид, кодирующий полипептид по п.33.
35. Полипептид по п.33, в котором биологическая функция представляет собой пролиферативную активность клеток или инвазивную активность.
36. Полипептид по п.33, в котором полипептид состоит из 20-60 остатков.
37. Полипептид по п.33, в котором полипептид модифицирован веществом, проникающим через клеточную мембрану.
38. Полипептид по п.37, который имеет общую формулу:
[R]-[D];
где [R] означает вещество, проникающее через клеточную мембрану; и [D] означает аминокислотную последовательность фрагмента последовательности, который содержит последовательность YWITRRFVNQLNTKYRDSLP (SEQ ID NO: 28); или аминокислотную последовательность полипептида, функционально эквивалентного полипептиду, содержащему последовательность указанного фрагмента, при этом полипептид не обладает биологической функцией полипептида, состоящего из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 2, при этом [R] и [D] могут быть связаны непосредственно или опосредованно через линкер.
39. Полипептид по п.38, в котором вещество, проникающее через клеточную мембрану представляет собой любое вещество, выбранное из группы, состоящей из:
полиаргинина/RRRRRRRRRRR/SEQ ID NO: 43;
Tat/RKKRRQRRR/SEQ ID NO: 29;
пенетратина/RQIKIWFQNRRMKWKK/SEQ ID NO: 30;
буфорина II/TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK/SEQ ID NO: 31;
транспортана/GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL/SEQ ID NO: 32;
MAP (модельного амфипатического пептида)/KLALKLALKALKAALKLA/SEQ ID NO: 33;
K-FGF/AAVALLPAVLLALLAP/SEQ ID NO: 34;
Ku70/VPMLK/SEQ ID NO: 35;
Ku70/PMLKE/SEQ ID NO: 36;
приона/MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP/SEQ ID NO: 37;
pVEC/LLIILRRRIRKQAHAHSK/SEQ ID NO: 38;
Pep-1/KETWWETWWTEWSQPKKKRKV/SEQ ID NO: 39;
SynB1/RGGRLSYSRRRFSTSTGR/SEQ ID NO: 40;
Pep-7/SDLWEMMMVSLACQY/SEQ ID NO: 41; и
HN-1/TSPLNIHNGQKL/SEQ ID NO: 42.