СПОСОБЫ ГЕНОТЕРАПИИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГЕНА ФАКТОРА VIII (FVIII)

1. Способ лечения человека, имеющего гемофилию A, включающий введение рекомбинантного вектора на основе аденоассоциированного вируса (rAAV), где векторный геном включает вариант нуклеиновой кислоты, кодирующий фактор VIII (FVIII), имеющий делецию B-домена (hFVIII-BDD), где вариант нуклеиновой кислоты имеет 95% или большую идентичность с SEQ ID NO:7.
2. Способ лечения человека, имеющего гемофилию A, включающий введение рекомбинантного вектора на основе аденоассоциированного вируса (rAAV), где векторный геном включает вариант нуклеиновой кислоты, кодирующий фактор VIII (FVIII), имеющий делецию B-домена (hFVIII-BDD), где вариант нуклеиновой кислоты содержит не больше 2 цитозин-гуанин динуклеотидов (CpG).
12
3. Способ лечения человека, имеющего гемофилию A, включающий введение рекомбинантного вектора на основе аденоассоциированного вируса (rAAV), где векторный геном включает нуклеиновую кислоту, кодирующую фактор VIII (FVIII) или кодирующую фактор VIII (FVIII), имеющий делецию B-домена (hFVIII-BDD), где доза вектора rAAV, вводимого человеку, составляет меньше 6×10 векторных геномов на килограмм (вг/кг).
9
14
4. Способ по п. 1 или 2, где доза вектора rAAV, вводимого человеку, составляет от приблизительно 1×10 до приблизительно 1×10 вг/кг, включительно.
11
12
5. Способ по любому из пп. 1-3, где доза вектора rAAV, вводимого человеку, составляет от приблизительно 3×10 до приблизительно 7×10 вг/кг, включительно.
6. Способ по любому из пп. 1-5, где количество FVIII или hFVIII-BDD, экспрессируемого у человека, как отражается в свертывающей активности, больше, чем предсказанное на основе данных, полученных в исследованиях на не являющихся человеком приматах, которым вводили вектор rAAV.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где количество FVIII или hFVIII-BDD, экспрессируемых у человека, как отражается в свертывающей активности, в 1-4 раза больше, чем экспрессия, предсказанная на основе кривой линейной регрессии, полученной в исследованиях на не являющихся человеком приматах, которым вводили вектор rAAV.
8. Способ по любому из пп. 1-7, где количество FVIII или hFVIII-BDD, экспрессируемых у человека, как отражается в свертывающей активности, составляет приблизительно 3% или больше через 14 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 4% или больше через 21 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 5% или больше через 21 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 6% или больше через 21 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 7% или больше через 21 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 8% или больше через 28 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 9% или больше через 28 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 10% или больше через 35 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 11% или больше через 35 или больше дней после введения вектора rAAV, приблизительно 12% или больше через 35 или больше дней после введения вектора rAAV.
9. Способ по любому из пп. 1-7, где количество FVIII или hFVIII-BDD, экспрессируемого у человека, как отражается в свертывающей активности, составляет в среднем приблизительно 10% или больше за непрерывный 14-дневный период.
9
14
10. Способ по любому из пп. 1, 2 и 4-9, где вектор rAAV вводят человеку в дозе от приблизительно 1×10 до приблизительно 1×10 вг/кг, включительно, при этом указанный FVIII или hFVIII-BDD продуцируется у человека на уровнях, составляющих в среднем от приблизительно 12% до приблизительно 100% активности, в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных дней, недель или месяцев после введения вектора rAAV.
11. Способ по любому из пп. 1-10, где FVIII или hFVIII-BDD продуцируется у человека в стационарном состоянии, где активность не изменяется больше чем на 5-50% в течение 4, 6, 8 или 12 недель или месяцев.
12. Способ по любому из пп. 1-10, где FVIII или hFVIII-BDD продуцируется у человека в стационарном состоянии, где активность не изменяется больше чем на 25-100% в течение 4, 6, 8 или 12 недель или месяцев.
13. Способ по любому из пп. 1-12, где антитела к AAV у человека не обнаружены до введения вектора rAAV, или где указанный человек является серонегативным на AAV.
14. Способ по любому из пп. 1-12, где антитела к AAV у человека присутствуют в титре 1:5 или меньше до введения вектора rAAV.
15. Способ по любому из пп. 1-14, где у указанного человека не развивается клеточно-опосредованный иммунный ответ против вектора rAAV в течение по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или 14 непрерывных недель или месяцев после введения вектора rAAV.
16. Способ по любому из пп. 1-15, где у человека не развивается гуморальный иммунный ответ против вектора rAAV, достаточный для снижения или блокирования терапевтического эффекта FVIII или hFVIII-BDD.
17. Способ по любому из пп. 1-16, где у человека не продуцируются поддающиеся обнаружению антитела к вектору rAAV в течение по меньшей мере приблизительно 1, 2, 3, 4, 5 или 6 месяцев после введения вектора rAAV.
18. Способ по любому из пп. 1-17, дополнительно включающий введение иммунодепрессантного средства.
19. Способ по любому из пп. 1-17, дополнительно включающий введение иммунодепрессантного средства после введения вектора rAAV.
20. Способ по любому из пп. 1-19, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты имеет 95-100% идентичность последовательности с SEQ ID NO:7.
21. Способ по любому из пп. 1-20, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты содержит 20 или меньше, 15 или меньше или 10 или меньше цитозин-гуанин динуклеотидов (CpG).
22. Способ по любому из пп. 1-20, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты содержит не больше 5 цитозин-гуанин динуклеотидов (CpG).
23. Способ по любому из пп. 1-20, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты содержит 4, 3, 2, 1 или 0 цитозин-гуанин динуклеотидов (CpG).
24. Способ по любому из пп. 1-20, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты содержит 1 цитозин-гуанин динуклеотид (CpG).
25. Способ по любому из пп. 1-24, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты кодирует SEQ ID NO:25, содержащую делецию одной или более аминокислот в последовательности SFSQNPPVLKRHQR (SEQ ID NO:29) или делецию всей последовательности SFSQNPPVLKRHQR.
26. Способ по любому из пп. 1-24, где нуклеиновая кислота или вариант нуклеиновой кислоты кодирует SEQ ID NO:25.
27. Способ по любому из пп. 1-24, где hFVIII-BDD идентичен hFVIII-BDD, кодируемому SEQ ID NO:19.
28. Способ по любому из пп. 1-27, где указанный вектор rAAV включает серотип AAV или псевдотип AAV, где указанный псевдотип AAV включает серотип капсида AAV, отличающийся от серотипа ITR.
29. Способ по любому из пп. 1-28, где векторный геном дополнительно включает интрон, элемент контроля экспрессии, один или более инвертированных концевых повторов (ITR) аденоассоциированного вируса (AAV) и/или филлерную полинуклеотидную последовательность.
30. Способ по п.29, где интрон присутствует в варианте нуклеиновой кислоты или фланкирует вариант нуклеиновой кислоты.
31. Способ по п.29, где элемент контроля экспрессии функционально связан с вариантом нуклеиновой кислоты.
32. Способ по п.29, где AAV ITR-повтор(ы) фланкирует 5' или 3'-конец варианта нуклеиновой кислоты.
33. Способ по п.29, где филлерная полинуклеотидная последовательность фланкирует 5' или 3'-конец варианта нуклеиновой кислоты.
34. Способ по п.29, где интрон, элемент контроля экспрессии, один или более инвертированных концевых повторов (ITR) аденоассоциированного вируса и/или филлерная полинуклеотидная последовательность были модифицированы с уменьшением содержания цитозин-гуанин динуклеотидов (CpG).
35. Способ по п.29, где элемент контроля экспрессии включает конститутивный или регулируемый элемент контроля, или тканеспецифичный элемент контроля экспрессии, или промотор.
36. Способ по п.29, где элемент контроля экспрессии включает элемент, обеспечивающий экспрессию в печени.
37. Способ по п.29, где элемент контроля экспрессии включает промотор TTR или мутантный промотор TTR.
38. Способ по п.37, где мутантный промотор TTR включает SEQ ID NO:22.
39. Способ по п.37, где ITR включает один или более ITR любого из серотипов AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, Rh10, Rh74 или AAV-2i8 AAV, или их комбинацию.
40. Способ по любому из пп. 1-39, где векторный геном включает ITR, промотор, поли-A-сигнал и/или интронную последовательность, представленную в SEQ ID NO:23.
41. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает модифицированную или вариантную последовательность капсида VP1, VP2 и/или VP3 AAV, или последовательность капсида VP1, VP2 и/или VP3 AAV дикого типа.
42. Способ по любому из пп. 1-41, где вектор rAAV включает модифицированную или вариантную последовательность капсида VP1, VP2 и/или VP3 AAV, имеющую 90% или большую идентичность с последовательностями VP1, VP2 и/или VP3 AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, Rh10, Rh74 или AAV-2i8.
43. Способ по любому из пп. 1-41, где вектор rAAV включает последовательность капсида VP1, VP2 или VP3, выбранную из любого из серотипов AAV: AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, Rh10, Rh74 или AAV-2i8.
44. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает капсид, обладающий 90% или большую идентичность последовательности с капсидом LK03 (SEQ ID NO:27).
45. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает капсид, обладающий 90% или большую идентичность последовательности с капсидом SPK (SEQ ID NO:28).
46. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает капсид LK03 (SEQ ID NO:27).
47. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает капсид SPK (SEQ ID NO:28).
48. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает вариант нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:7 и последовательность капсида LK03 (SEQ ID NO:27).
49. Способ по любому из пп. 1-40, где вектор rAAV включает вариант нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:7 и капсид SPK (SEQ ID NO:28).
50. Способ по любому из пп. 1-49, где вектор rAAV включает вариант нуклеиновой кислоты и одно или более из мутантного промотора TTR (TTRmut), синтетического интрона, поли-A и ITR в SEQ ID NO:23.
51. Способ по любому из пп. 1-49, где вектор rAAV включает вариант нуклеиновой кислоты и одно или более из мутантного промотора TTR (TTRmut), синтетического интрона, поли-A и ITR в SEQ ID NO:23 и последовательность капсида LK03 (SEQ ID NO:27) или капсид SPK (SEQ ID NO:28).
52. Способ по любому из пп. 1-51, где вектор rAAV включает фармацевтическую композицию.
53. Способ по п.52, где фармацевтическая композиция включает биологически совместимый носитель или эксципиент.
54. Способ по любому из пп. 1-53, дополнительно включающий введение пустого капсида AAV, где, необязательно, пустой капсид AAV вводят с вектором rAAV.
55. Способ по любому из пп. 1-53, дополнительно включающий введение пустого капсида серотипа AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11 и/или AAV-Rh74.
56. Способ по любому из пп. 1-53, дополнительно включающий введение пустого капсида AAV того же серотипа, что и вводимый вектор AAV.
57. Способ по любому из пп. 1-53, дополнительно включающий введение пустого капсида, имеющего капсид LK03 (SEQ ID NO:27) или капсид SPK (SEQ ID NO:28).
58. Способ по любому из пп. 53-57, где отношение указанных пустых капсидов к указанному вектору rAAV составляет от приблизительно 2:1 до приблизительно 50:1.
59. Способ по любому из пп. 1-58, где FVIII или hFVIII-BDD, кодируемый вариантом нуклеиновой кислоты, экспрессируется в клетке, ткани или органе указанного млекопитающего.
60. Способ по п.59, где клетка включает секреторную клетку.
61. Способ по п.59, где ткань или орган указанного млекопитающего включает печень.
62. Способ по любому из пп. 1-61, где вектор rAAV доставляют указанному человеку внутривенно, внутриартериально, внутримышечно, подкожно, внутриполостно или путем интубации, или через катетер.
63. Способ по любому из пп. 1-62, где FVIII или hFVIII-BDD экспрессируется на уровнях без существенного увеличения риска тромбоза.
64. Способ по любому из пп. 1-63, где активность FVIII или hFVIII-BDD поддается обнаружению в течение по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 недель или по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или 11 месяцев, или по меньшей мере 1 года.
65. Способ по любому из пп. 1-64, где человек не демонстрирует спонтанных кровотечений в течение по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 недель или по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или 11 месяцев, или по меньшей мере 1 года.
66. Способ по любому из пп. 1-65, где человек не требуют профилактики с белком FVIII в течение по меньшей мере 1, 2, 3 или 4 недель или по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или 11 месяцев, или по меньшей мере 1 года.
67. Способ по любому из пп. 1-66, дополнительно включающий анализ у человека или наблюдение человека на наличие или количество антител к AAV, иммунный ответ против AAV, антитела к FVIII или hFVIII-BDD, иммунный ответ против FVIII или hFVIII-BDD, количества FVIII или hFVIII-BDD, активность FVIII или hFVIII-BDD, количества или уровни одного или более ферментов печени, или частоту и/или тяжесть, или продолжительность эпизодов кровотечения.