СИСТЕМА

1. Система, включающая:
множество молекул нуклеиновой кислоты, имеющих различные нуклеотидные последовательности;
набор олигонуклеотидов для лигирования, включающий:
первый олигонуклеотид для лигирования, нуклеотидная последовательность которого включает элемент сборки на матрице и первый элемент гибридизации мишени; и
второй олигонуклеотид для лигирования, нуклеотидная последовательность которого включает второй элемент гибридизации мишени и элемент распознавания Cas; и
необязательно, один или более мостиковых олигонуклеотидов, нуклеотидная последовательность которых представляет собой или включает один или более дополнительных элементов гибридизации мишени,
причем элементы гибридизации мишени связываются с различными участками общего сайта-мишени, так что, когда множество молекул нуклеиновой кислоты включает по меньшей мере одну молекулу нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой включает сайт-мишень, набор олигонуклеотидов для лигирования гибридизуется с сайтом-мишенью и образует гэповую цепь нуклеиновой кислоты, способную к лигированию лигазой с образованием лигированной цепи.
2. Система по п. 1, дополнительно включающая лигазу.
3. Система по п. 1, в которой один или более олигонуклеотидов связаны с твердой подложкой.
4. Система по п. 1, в которой нуклеиновые кислоты из множества связаны с твердой подложкой.
5. Система по п. 1, дополнительно включающая второй набор олигонуклеотидов для лигирования, направленных на второй сайт-мишень, отличный от первого набора олигонуклеотидов для лигирования.
6. Система по п. 5, в которой элементы сборки на матрице первого и второго наборов олигонуклеотидов для лигирования являются одинаковыми.
7. Система по п. 5, в которой элементы сборки на матрице первого и второго наборов олигонуклеотидов для лигирования являются различными.
8. Система по любому из пп. 5-7, в которой элементы распознавания Cas первого и второго наборов олигонуклеотидов для лигирования являются одинаковыми.
9. Система по любому из пп. 5-7, в которой элементы распознавания Cas первого и второго наборов олигонуклеотидов для лигирования являются различными.
10. Система по п. 1, в которой элемент сборки на матрице представляет собой или включает промотор или его комплемент.
11. Система по п. 1, в которой элемент сборки на матрице представляет собой или включает точку начала репликации или ее комплемент.
12. Система по п. 1, в которой элемент сборки на матрице представляет собой или включает сайт связывания для первого продлеваемого праймера.
13. Система по п. 12, дополнительно включающая первый продлеваемый праймер.
14. Система по п. 12 или 13, дополнительно включающая ДНК-полимеразу.
15. Система по п. 12 или 13, в которой второй олигонуклеотид для лигирования имеет последовательность, которая включает комплемент сайта связывания для второго продлеваемого праймера.
16. Система по п. 15, дополнительно включающая второй продлеваемый праймер.
17. Система по п. 16, дополнительно включающая ДНК-полимеразу.
18. Система по п. 17, в которой ДНК-полимераза является термостабильной.
19. Система по любому из предыдущих пунктов, дополнительно включающая РНК-полимеразу.
20. Набор олигонуклеотидов для лигирования, включающий:
первый олигонуклеотид для лигирования, нуклеотидная последовательность которого включает элемент сборки на матрице и первый элемент гибридизации мишени; и
второй олигонуклеотид для лигирования, нуклеотидная последовательность которого включает второй элемент гибридизации мишени и элемент распознавания Cas; и
необязательно, один или более мостиковых олигонуклеотидов, нуклеотидная последовательность которых представляет собой или включает один или более дополнительных элементов гибридизации мишени,
причем элементы гибридизации мишени связываются с различными участками общего сайта-мишени, так что, когда множество молекул нуклеиновой кислоты включает по меньшей мере одну молекулу нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой включает сайт-мишень, набор олигонуклеотидов для лигирования гибридизуется с сайтом-мишенью и образует гэповую цепь нуклеиновой кислоты, способную к лигированию лигазой с образованием лигированной цепи.
21. Способ, включающие этапы:
приведения в контакт набора олигонуклеотидов для лигирования по п. 20 с образцом нуклеиновой кислоты в условиях, позволяющих одновременную гибридизацию олигонуклеотидов из набора олигонуклеотидов для лигирования с одной или более отдельными молекулами нуклеиновой кислоты в образце нуклеиновой кислоты;
одновременное или последовательное приведение в контакт набора олигонуклеотидов для лигирования с лигазой таким образом, что образуется лигированная цепь, если образец нуклеиновой кислоты включает по меньшей мере одну молекулу нуклеиновой кислоты, нуклеотидная последовательность которой включает сайт-мишень.
22. Способ по п. 21, в котором элемент сборки на матрице представляет собой или включает сайт связывания для продлеваемого праймера и способ дополнительно включает этапы:
гибридизации продлеваемого праймера с лигированной цепью; и
продление продлеваемого праймера таким образом, что образуется дуплекс.
23. Способ по п. 22, в котором элемент сборки на матрице дополнительно представляет собой или включает промотор и способ включает этап:
транскрипции с промотора таким образом, что генерируется транскрипт, включающий элемент распознавания Cas.
24. Способ по п. 22, дополнительно включающий этап удвоения одной или обеих цепей дуплекса, так что образуется популяция одно- или двухцепочечных молекул нуклеиновой кислоты, каждая из которых включает элемент распознавания Cas.
25. Система по п. 23 или 24, дополнительно включающая этап приведения в контакт элемента распознавания Cas с:
ферментом Cas, характеризуемым коллатеральной активностью; и
гидовой РНК, которая связывается с элементами распознавания Cas,
приведение в контакт осуществляется в присутствии зонда нуклеиновой кислоты, чувствительного к коллатеральному расщеплению ферментом Cas; и
обнаружения расщепления зонда нуклеиновой кислоты.
26. Способ по п. 25, в котором обнаружение указывает на то, что целевая нуклеиновая кислота, нуклеотидная последовательность которой включает сайт-мишень, присутствует в образце нуклеиновой кислоты, и способ дополнительно включает:
количественное определение целевой нуклеиновой кислоты, присутствующей в образце нуклеиновой кислоты