КОЛЛЕКЦИЯ И СПОСОБЫ ЕЕ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Коллекция синтетических антител или их функциональных фрагментов, содержащая каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи,
где указанные каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и каркасные участки вариабельной области легкой цепи содержат белковые последовательности эмбрионального типа пары белков эмбрионального типа,
где указанная пара белков эмбрионального типа обладает следующими свойствами:
1) относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 75% выбранных Fab;
2) уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA;
3) термостабильность при 60°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате;
4) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота или мышей в Fab-формате в течение более десяти суток при 37°С;
5) уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с MOR03080; и
6) стабильность в сыворотке в IgG-формате в течение четырнадцати суток при 37°С;
где указанная коллекция антител или их функциональных фрагментов содержит белковые последовательности эмбрионального типа по меньшей мере двух различных пар белков эмбрионального типа, и
где указанная пара белков эмбрионального типа кодируется парой генов эмбрионального типа.
2. Коллекция по п.1, где указанные каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи состоят, по существу, из белковых последовательностей эмбрионального типа пары белков эмбрионального типа, обладающих следующими свойствами:
1) относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 75% выбранных Fab;
2) уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA;
3) термостабильность при 60°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате;
4) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота или мышей в Fab-формате в течение более десяти суток при 37°С;
5) уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с MOR03080; и
6) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота в IgG-формате в течение четырнадцати суток при 37°С.
3. Коллекция по п.1, где указанные каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи состоят из белковых последовательностей эмбрионального типа пар белков эмбрионального типа, обладающих следующими свойствами:
1) относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 75% выбранных Fab;
2) уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA;
3) термостабильность при 60°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате;
4) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота или мышей в Fab-формате в течение более десяти суток при 37°С;
5) уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с MOR03080; и
6) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота в IgG-формате в течение четырнадцати суток при 37°С.
4. Коллекция по п.1, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,05% в иммунном репертуаре человека.
5. Коллекция по п.1, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,23% в иммунном репертуаре человека.
6. Коллекция по п.1, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,51% в иммунном репертуаре человека.
7. Коллекция по п.1, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,07% в иммунном репертуаре интактного человека.
8. Коллекция по п.1, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,52% в иммунном репертуаре интактного человека.
9. Коллекция по п.1, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,88% в иммунном репертуаре интактного человека.
10. Коллекция по п.1, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат человеческие последовательности.
11. Коллекция по п.1, где указанная коллекция антител или их функциональных фрагментов содержит белковые последовательности эмбрионального типа по меньшей мере семнадцати различных пар белков эмбрионального типа.
12. Коллекция по п.1, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат один или более участков, определяющих комплементарность, содержащих белковые последовательности эмбрионального типа.
13. Коллекция по п.1, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат участки FR1, CDR1, FR2, CDR2 и FR3, содержащие белковые последовательности эмбрионального типа.
14. Коллекция по п.1, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат участок FR4, выбранный из группы, состоящей из JH4, Jk1 и JA2/3.
15. Коллекция по п.1, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат диверсифицированный участок HCDR3.
16. Коллекция по п.1, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат диверсифицированный участок LCDR3.
4
17. Коллекция по п.1, где коллекция содержит 1·10 антител или их функциональных фрагментов.
18. Коллекция по п.1, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 60% выбранных Fab.
19. Коллекция по п.1, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,6 по сравнению с Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA.
20. Коллекция по п.1, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют термостабильность при 70°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате.
21. Коллекция по п.1, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,6 по сравнению с MOR03080.
22. Коллекция по п.1, где каркасные участки вариабельной области тяжелой и вариабельной области легкой цепи содержат белковые последовательности эмбрионального типа пары белков эмбрионального типа, выбранной из группы, состоящей из: IGHV3-23/IGKV1-5; IGHV3-23/IGKV3-20; IGHV4-39/IGKV3-15; IGHV3-23/IGKV3-15; IGHV4-39/IGKV1-39/1D-39; IGHV1-18/IGKV3-20; IGHV3-30/IGKV3-20; IGHV4-39/IGKV1-5; IGHV1-69/IGKV1-39/1D-39; IGHV5-51/IGLV1-40; IGHV4-39/IGKV3-20; IGHV3-23/IGLV2-14; IGHV4-39/IGLV3-21; IGHV3-23/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-30/IGKV1-39/1D-39; IGHV1-69/IGKV3-20; IGHV3-48/IGKV3-20; IGHV1-2/IGKV3-20; IGHV3-30/IGKV4-1; IGHV5-51/IGLV2-14; IGHV5-51/IGKV3-20; IGHV3-7/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-7/IGKV1-5; IGHV3-15/IGKV3-20; IGHV4-39/IGLV2-14; IGHV3-23/IGKV3-11; IGHV3-30/IGKV1-5; IGHV3-30/IGKV3-15; IGHV3-21/IGKV1-5; IGHV3-21/IGKV3-15; IGHV3-30/IGLV1-51; IGHV3-21/IGLV1-51 и IGHV1-69/IGKV3-11.
23. Коллекция по любому из пп.1-22, где указанные функциональные фрагменты указанных антител выбраны из группы, состоящей из Fab, F(ab')2, Fab', Fv и scFv.
24. Коллекция нуклеиновых кислот, кодирующих коллекцию по любому из пп.1-23.
25. Вектор, содержащий нуклеиновые кислоты по п.24.
26. Рекомбинантная клетка-хозяин, содержащая нуклеиновые кислоты по п.24 или векторы по п.25.
27. Рекомбинантная клетка-хозяин по п.26, которая является прокариотической или эукариотической.
28. Рекомбинантная клетка-хозяин по п.27, которая представляет собой клетку Е.coli или клетку млекопитающего.
29. Коллекция синтетических антител или их функциональных фрагментов, содержащая каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи,
где указанные каркасные участки содержат белковые последовательности эмбрионального типа,
где указанные белковые последовательности эмбрионального типа обладают следующими свойствами:
1) четыре или меньше посттрансляционных модификаций в участках, определяющих комплементарность;
2) два или меньше метионинов в участках, определяющих комплементарность;
3) один или меньше неспаренных цистеинов;
4) один или меньше потенциальных Т-клеточных эпитопов;
5) средняя или низкая склонность к агрегации и
6) изозлектрическая точка по меньшей мере 7,5; и
где указанная коллекция антител или их функциональных фрагментов содержит по меньшей мере две различные белковые последовательности эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи,
где указанная белковая последовательность эмбрионального типа кодируется генной последовательностью эмбрионального типа.
30. Коллекция по п.29, где указанные генные последовательности эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи или вариабельной области легкой цепи присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,5% в иммунном репертуаре человека.
31. Коллекция по п.29, где указанная коллекция антител или их функциональных фрагментов содержит по меньшей мере пять различных белковых последовательностей эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи.
32. Коллекция по п.29, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат человеческие последовательности.
33. Коллекция по п.29, где указанные генные последовательности эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи или вариабельной области легкой цепи присутствуют в концентрации по меньшей мере 5,0% в иммунном репертуаре человека.
34. Коллекция по п.29, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат один или более участков, определяющих комплементарность, содержащих белковые последовательности эмбрионального типа.
35. Коллекция по п.29, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат FR1, CDR1, FR2, CDR2 и FR3, содержащие белковые последовательности эмбрионального типа.
36. Коллекция по п.29, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат участок FR4, выбранный из группы, состоящей из JH4, Jk1 и JA2/3.
37. Коллекция по п.29, где указанные антитела или их функциональные фрагменты дополнительно содержат диверсифицированный участок HCDR3.
38. Коллекция по п.29, где указанные антитела или их функциональные фрагменты дополнительно содержат диверсифицированный участок LCDR3.
4
39. Коллекция по п.29, где коллекция содержит 1·10 антител или их функциональных фрагментов.
40. Коллекция по п.29, где указанные белковые последовательности эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи выбраны из группы, состоящей из: IGHV3-23; IGHV3-30; IGHV4-39; IGHV4-34; IGHV4-59; IGHV1-69; IGHV5-51; IGHV3-7; IGHV1-18; IGHV3-48; IGHV3-15; IGHV3-21; IGHV1-2; IGHV3-33; IGHV4-31; IGHV3-53; IGHV3-11; IGHV3-9; IGHV4-4; IGHV1-46; IGHV3-74; IGHV1-24; IGHV4-61; IGHV1-8; IGHV1-3; IGHV3-49; IGHV3-43; IGHV4-28; IGHV3-64 и IGHV7-81.
41. Коллекция по п.29, где белковые последовательности эмбрионального типа вариабельной области κ-легкой цепи выбраны из группы, состоящей из: IGKV3-20; IGKV1-39/1D-39; IGKV1-5; IGKV3-15; IGKV4-1; IGKV3-11; IGKV2-28/2D-28; IGKV1-33/1D-33; IGKV2-30; IGKV1-9; IGKV1-17; IGKV1-27; IGKV1-8; IGKV1-16; IGKV1-6; IGKV1-12; IGKV2D-29; IGKV1-13; IGKV1D-8 и IGKV2-24.
42. Коллекция по любому из пп.29-41, где белковые последовательности эмбрионального типа вариабельной области λ-легкой цепи выбраны из группы, состоящей из: IGLV2-14; IGLV1-40; IGLV1-44; IGLV1-51; IGLV2-23; IGLV3-21; IGLV1-47; IGLV3-1; IGLV2-11; IGLV2-8; IGLV6-57; IGLV3-25; IGLV7-46; IGLV1-36; IGLV7-43; IGLV9-49; IGLV4-69; IGLV2-18; IGLV3-10 и IGLV3-27.
43. Способ получения коллекции синтетических антител или их функциональных фрагментов по любому из пп.1-3.
44. Способ по п.43, где стадия получения дополнительно включает создание коллекции антител или их функциональных фрагментов, содержащих каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи,
где указанные каркасные участки вариабельной области тяжелой цепи и каркасные участки вариабельной области легкой цепи содержат белковые последовательности эмбрионального типа пары белков эмбрионального типа,
где указанная пара белков эмбрионального типа обладает следующими свойствами:
1) относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 75% выбранных Fabs;
2) уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA;
3) термостабильность при 60°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате;
4) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота или мышей в Fab-формате в течение более десяти суток при 37°С;
5) уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с MOR03080; и
6) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота в IgG-формате в течение четырнадцати суток при 37°С; и
где указанная коллекция антител или их функциональных фрагментов содержит по меньшей мере две различные пары белков эмбрионального типа.
45. Способ по п.43, где стадия получения дополнительно включает стадии:
а) получения данных о парах генов эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи, присутствующих в иммунном репертуаре человека;
б) идентификации пар белков эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи, обладающих следующими свойствами:
1) относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 75% выбранных Fabs;
2) уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с Fab pMx11_FH VH1-69 VLA_VI1-40 AYA;
3) термостабильность при 60°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате;
4) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота или мышей в Fab-формате в течение более десяти суток при 37°С;
5) уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,4 по сравнению с MOR3080; и
6) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота в IgG-формате в течение четырнадцати суток при 37°С; и
в) создание коллекции антител или их функциональных фрагментов, содержащих белковые последовательности эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи пар белков эмбрионального типа, идентифицированных на стадии (б).
46. Способ по п.45, где стадия (б) дополнительно включает стадии:
ба) идентификации пар генов эмбрионального типа вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи, присутствующих в концентрации по меньшей мере 0,05% в иммунном репертуаре человека;
бб) создания антител или их функциональных фрагментов, содержащих пары белков эмбрионального типа, идентифицированные на стадии ба); и
бв) оценки следующих свойств указанной пары белков эмбрионального типа:
1) относительный уровень экспонирования в Fab-формате;
2) уровень экспрессии в Fab-формате;
3) термостабильность при 60°С или больше в Fab-формате;
4) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота или мышей в Fab-формате в течение более десяти суток при 37°С;
5) уровень экспрессии в IgG-формате; и
6) стабильность в сыворотке крупного рогатого скота в IgG-формате в течение четырнадцати суток при 37°С.
47. Способ по п.45, где стадия (а) дополнительно включает следующие стадии:
аа) выделение человеческих В-клеток из образца;
аб) получение кДНК из В-клеток;
ав) ПЦР (полимеразная цепная реакция)-амплификация кДНК из В-клеток;
аг) секвенирование ПЦР-продуктов;
ад) идентификация генов эмбрионального типа каждого ПЦР-продукта.
48. Способ по п.43, где стадия создания коллекции дополнительно включает следующие стадии:
ва) синтез нуклеиновых кислот, кодирующих антитела или их функциональные фрагменты;
вб) клонирование нуклеиновых кислот в вектор;
вв) экспрессирование антител или их функциональных фрагментов.
49. Способ по п.43, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,05% в иммунном репертуаре человека.
50. Способ по п.43, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,23% в иммунном репертуаре человека.
51. Способ по п.43, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,51% в иммунном репертуаре человека.
52. Способ по п.43, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,07% в иммунном репертуаре интактного человека.
53. Способ по п.43, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,52% в иммунном репертуаре интактного человека.
54. Способ по п.43, где указанные пары генов эмбрионального типа присутствуют в концентрации по меньшей мере 0,88% в иммунном репертуаре интактного человека.
55. Способ по п.43, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат человеческие последовательности.
56. Способ по п.43, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат белковые последовательности эмбрионального типа по меньшей мере семнадцати различных пар белков эмбрионального типа.
57. Способ по п.43, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат один или более участков, определяющих комплементарность, содержащих белковые последовательности эмбрионального типа.
58. Способ по п.43, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат FR1, CDR1, FR2, CDR2 и FR3, содержащие белковые последовательности эмбрионального типа.
59. Способ по п.43, где указанные антитела или их функциональные фрагменты содержат участок FR4, выбранный из группы, состоящей из JH4, Jk1 и JA2/3.
60. Способ по п.43, где антитела или их функциональные фрагменты содержат диверсифицированный участок HCDR3.
61. Способ по п.43, где антитела или их функциональные фрагменты содержат диверсифицированный участок LCDR3.
4
62. Способ по п.43, где коллекция содержит 1·10 антител или их функциональных фрагментов.
63. Способ по п.43, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют относительный уровень экспонирования в Fab-формате, представляющий собой значение не ниже 60% выбранных Fabs.
64. Способ по п.43, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют уровень экспрессии в Fab-формате по меньшей мере 0,6 по сравнению с Fab VH1-69 VLA_VI1-40 AYA.
65. Способ по п.43, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют термостабильность при 70°С или более в течение по меньшей мере 45 мин в Fab-формате.
66. Способ по п.43, где указанные пары белков эмбрионального типа имеют уровень экспрессии в IgG-формате по меньшей мере 0,6 по сравнению с MOR03080.
67. Способ по п.43, где каркасные участки вариабельной области тяжелой и легкой цепи содержат белковые последовательности эмбрионального типа пары белков эмбрионального типа, выбранной из группы, состоящей из: IGHV3-23/IGKV1-5; IGHV3-23/IGKV3-20; IGHV4-39/IGKV3-15; IGHV3-23/IGKV3-15; IGHV4-59/IGKV1-39/1D-39; IGHV4-39/IGKV1-39/1D-39; IGHV4-59/IGKV3-20; IGHV1-18/IGKV3-20; IGHV3-30/IGKV3-20; IGHV4-39/IGKV1-5; IGHV1-69/IGKV1-39/1D-39; IGHV5-51/IGLV1-40; IGHV3-23/IGKV4-1; IGHV4-39/IGKV3-20; IGHV3-23/IGLV2-14; IGHV4-39/IGLV3-21; IGHV3-23/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-30/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-30/IGKV3-11; IGHV1-69/IGKV3-20; IGHV3-48/IGKV3-20; IGHV1-2/IGKV3-20; IGHV3-30/IGKV4-1; IGHV5-51/IGLV2-14; IGHV4-59/IGKV4-1; IGHV5-51/IGKV3-20; IGHV3-7/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-7/IGKV1-5; IGHV3-15/IGKV3-20; IGHV4-39/IGLV2-14; IGHV4-39/IGLV2-8; IGHV3-23/IGKV3-11; IGHV3-30/IGKV1-5; IGHV3-30/IGKV3-15; IGHV3-21/IGKV1-5; IGHV3-21/IGKV3-15; IGHV3-30/IGLV1-51; IGHV3-21/IGLV1-51; IGHV3-53/IGLV1-44; IGHV4-59/IGKV3-15; IGHV5-51/IGKV4-1; IGHV1-69/IGKV4-1 и IGHV1-69/IGKV3-11.
68. Способ по любому из пп.43-67, где указанные функциональные фрагменты указанных антител выбраны из группы, состоящей из Fab, F(ab')2, Fab', Fv и scFv.
69. Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая сигнальную или лидерную последовательность, содержащую С-концевой сайт рестрикции.
70. Нуклеиновая кислота по п.69, где сайт рестрикции представляет собой Nhel.
71. Нуклеиновая кислота по п.69 или 70, где сигнальная или лидерная последовательность содержит phoA или лидерную последовательность тяжелой цепи человека.
72. Нуклеиновая кислота по п.69, где сайт рестрикции представляет собой Ndel.
73. Нуклеиновая кислота по п.69 или 72, где сигнальная последовательность содержит ompA или лидерную последовательность каппа-цепи человека.
74. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по любому из пп.69-73.
75. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п.74.
76. Клетка-хозяин по п.75, являющаяся прокариотической или эукариотической.
77. Клетка-хозяин по пп.75 или 76, представляющая собой клетку Е.coli.
78. Клетка-хозяин по пп.75 или 76, представляющая собой клетку млекопитающего.
79. Выделенное антитело или его функциональный фрагмент, содержащие FR1, CDR1, FR2, CDR2 и FR3, содержащие белковые последовательности эмбрионального типа пары белков эмбрионального типа,
где пара белков эмбрионального типа выбрана из группы, состоящей из:
IGHV3-23/IGKV1-5; IGHV3-23/IGKV3-20; IGHV4-39/IGKV3-15; IGHV3-23/IGKV3-15; IGHV4-39/IGKV1-39/1D-39; IGHV1-18/IGKV3-20; IGHV3-30/IGKV3-20; IGHV4-39/IGKV1-5; IGHV1-69/IGKV1-39/1D-39; IGHV5-51/IGLV1-40; IGHV4-39/IGKV3-20; IGHV3-23/IGLV2-14; IGHV4-39/IGLV3-21; IGHV3-23/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-30/IGKV1-39/1D-39; IGHV1-69/IGKV3-20; IGHV3-48/IGKV3-20; IGHV1-2/IGKV3-20; IGHV3-30/IGKV4-1; IGHV5-51/IGLV2-14; IGHV5-51/IGKV3-20; IGHV3-7/IGKV1-39/1D-39; IGHV3-7/IGKV1-5; IGHV3-15/SGKV3-20; IGHV4-39/IGLV2-14; IGHV3-23/IGKV3-11; IGHV3-30/IGKV1-5; IGHV3-30/IGKV3-15; IGHV3-21/IGKV1-5; IGHV3-21/IGKV3-15; IGHV3-30/IGLV1-51; IGHV3-21/IGLV1-51 и IGHV1-69/I.