НОВЫЕ ФЕРМЕНТЫ И СИСТЕМЫ CRISPR

1. Композиция, содержащая систему CRISPR-Cas, содержащую:
(а) белок Cas типа V или полинуклеотид, кодирующий белок Cas типа V, и
(b) сконструированная направляющая, сконструированная для гибридизации с последовательностью-мишенью, прилегающей к мотиву протоспейсера (PAM) в геноме эукариотической клетки, или полинуклеотид, кодирующий сконструированную направляющую, при этом сконструированная направляющая способна образовывать комплекс CRISPR с белком Cas типа V.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что композиция содержит сконструированную направляющую и белок Cas типа V.
3. Композиция по п. 1, где композиция содержит комплекс CRISPR, образованный сконструированной направляющей и белком Cas типа V.
4. Композиция по п. 1, где композиция содержит один или несколько векторов, кодирующих сконструированную направляющую и белок Cas типа V.
5. Композиция по п. 4, где композиция содержит один или несколько вирусных векторов, кодирующих сконструированную направляющую и белок Cas типа V.
6. Композиция по п. 5, в которой вирусные векторы включают аденовирусный вектор, лентивирусный вектор или аденоассоциированный вирусный вектор.
7. Композиция по п. 1, где композиция содержит мРНК, кодирующую белок Cas типа V.
8. Композиция по п. 7, в которой мРНК, кодирующая белок Cas типа V, содержится в липидной наночастице, липосоме, экзосоме или микровезикуле.
9. Композиция по п. 1, в которой белок Cas типа V происходит из Francisella tularensis 1, Prevotella albensis, Lachnospiraceae bacterium MC2017 1, Butyrivibrio proteoclasticus, Peregrinibacteria bacterium GW2011_GWA2_33_10, Parcubacteria bacterium GW2011_GWC2_44_17, Smithella sp. SCADC, Acidaminococcus sp. BV3L6, Lachnospiraceae bacterium MA2020, Candidatus Methanoplasma termitum, Eubacterium eligens, Moraxella bovoculi 237, Leptospira inadai, Lachnospiraceae bacterium ND2006, Porphyromonas crevioricanis 3, Prevotella disiens или Porphyromonas macacae.
10. Композиция по п. 1, где белок Cas типа V представляет собой Cpf1 из Francisella novicida U112 (FnCpf1), Cpf1 из Acidaminococcus sp. BV3L6 (AsCpf1) или Cpf1 из Lachnospiraceae bacterium ND2006 (LbCpf1).
11. Композиция по п. 1, где белок Cas типа V содержит по меньшей мере одну последовательность ядерной локализации.
12. Композиция по п. 1, где белок Cas типа V содержит по меньшей мере одну мутацию в каталитическом домене и является каталитически неактивным.
13. Композиция по п. 1, в которой белок Cas типа V связан с гетерологичным функциональным доменом.
14. Композиция по п. 13, отличающаяся тем, что гетерологичный функциональный домен имеет одну или несколько из следующих активностей: активность метилазы, активность деметилазы, активность активации транскрипции, активность подавления транскрипции, активность фактора высвобождения при транскрипции, активность модификации гистонов, активность нуклеазы, активность расщепления одиноцепочечной РНК, активность расщепления двухцепочечной РНК, активность расщепления одноцепочечной ДНК, активность расщепления двухцепочечной ДНК и активность связывания нуклеиновых кислот.
15. Композиция по п. 1, в которой сконструированная направляющая содержит направляющую последовательность, связанную с прямой повторяющейся последовательностью.
16. Композиция по п. 1, в которой сконструированная направляющая содержит нуклеотиды РНК.
17. Композиция по п. 1, где сконструированная направляющая содержит один или несколько модифицированных нуклеотидов или один или несколько ненуклеотидных фрагментов.
18. Композиция по п. 1, в которой сконструированная направляющая содержит по меньшей мере одну химическую модификацию, где химическая модификация представляет собой метиленовый мостик между атомами углерода рибозного кольца, фосфоротиоатную связь или включение 2'-O-метила, 2 '-O-метил-3'-фосфоротиоата или 2'-O-метил 3'тиоРАСЕ по одному или нескольким концевым нуклеотидам.
19. Композиция по п. 1, в которой последовательность-мишень находится рядом с T-богатым PAM.
20. Композиция по п. 19, где белок Cas типа V представляет собой FnCpf1, а PAM представляет собой TTN, где N представляет собой A, C, G или T; или где белок Cas типа V представляет собой AsCpf1 или LbCpf1, а последовательность PAM представляет собой TTTV, где V представляет собой A, C или G.
21. Композиция по п. 1, где комплекс CRISPR генерирует разрыв цепи в последовательности-мишени.
22. Композиция по п. 21, в которой разрыв цепи представляет собой сдвоенный двухцепочечный разрыв с выступающим 5’-концом.
23. Композиция по п. 21, в которой разрыв цепи представляет собой сдвоенный двухцепочечный разрыв с выступом из 4 или 5 нуклеотидов.
24. Композиция по п. 21, где композиция дополнительно содержит одноцепочечный олигодезоксинуклеотид в качестве матрицы для гомологически направленной репарации двухцепочечного разрыва.
25. Композиция по п. 21, где композиция дополнительно содержит двухцепочечный олигодезоксинуклеотид для вставки в двухцепочечный разрыв.
26. Композиция по п. 1, где эукариотическая клетка представляет собой клетку млекопитающего или растительную клетку.
27. Композиция по п. 26, где клетка млекопитающего представляет собой клетку грызуна, клетку копытного животного или клетку примата.
28. Композиция по п. 27, где клетка млекопитающего представляет собой клетку человека.
29. Композиция по п. 28, где клетка млекопитающего представляет собой гемопоэтическую клетку или лимфоцит.
30. Композиция по п. 29, где клетка млекопитающего представляет собой гематопоэтическую стволовую клетку CD34 +/ клетку-предшественницу CD34 +, естественную клетку-киллер, цитотоксический Т-лимфоцит, регуляторный Т-лимфоцит или инфильтрирующий опухоль лимфоцит.
31. Композиция по п. 1, в которой последовательность-мишень связана с генетическим заболеванием или нарушением.
32. Композиция по п. 31, в которой последовательность-мишень связана с заболеванием или нарушением в крови.
33. Композиция по п. 32, где последовательность-мишень связана с серповидной анемией, бета-талассемией или гемофилией.
34. Композиция по п. 31, где последовательность-мишень связана с офтальмологическим или глазным заболеванием или нарушением.
35. Композиция по п. 34, где последовательность-мишень связана с врожденным амаврозом Лебера, синдромом Ушера, пигментным ретинитом или первичной открытоугольной глаукомой.
36. Композиция по п. 31, где последовательность-мишень связана с мышечным заболеванием или нарушением.
37. Композиция по п. 36, где последовательность-мишень связана с кистозным фиброзом или мышечной дистрофией Дюшенна.
38. Композиция по п. 31, в которой последовательность-мишень связана с раком.
39. Композиция по п. 39, где последовательность-мишень связана с PD1, CTLA4, TRAC, TRBC, B2M или MHC2TA.
40. Композиция по п. 38, в которой композиция содержит или кодирует несколько сконструированных руководств, каждое из которых сконструировано для гибридизации с другой последовательностью-мишенью.