АНТИТЕЛА ПРОТИВ СИГНАЛ-РЕГУЛЯТОРНОГО БЕЛКА АЛЬФА И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Выделенное антитело, которое связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP-α, содержащее:
(а) тяжелую цепь, содержащую вариабельный домен тяжелой цепи (VH), который содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:26; и
1
2
3
1
2
3
(b) легкую цепь, содержащую вариабельный домен легкой цепи (VL), который содержит аминокислотную последовательность в соответствии с формулой SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGGSYSSYYYAWYQQKPGQAPVTLIYSDDKRPSNIPERFSGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCGGYDQSSYTNPFGXGTXXTVL (SEQ ID NO:71), где X представляет собой G или T; X представляет собой K, Q или R; и X представляет собой L или V, и причем домен VL не содержит последовательность SEQ ID NO:25.
2. Антитело по п.1, где домен VL содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:39-41.
4
5
4
5
3. Антитело по п.1 или 2, где легкая цепь, дополнительно содержит последовательность константного домена легкой цепи (CL), которая содержит аминокислотную последовательность в соответствии с формулой GQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSXXKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (SEQ ID NO:72), где XX представляет собой ND, DN, DS или SD.
4. Антитело по п.1 или 2, где легкая цепь, дополнительно содержит последовательность константного домена легкой цепи (CL), которая содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:43-46.
5. Антитело по п.1 или 2, где легкая цепь, дополнительно содержит константный домен легкой цепи каппа (CL).
6. Антитело по п.5, отличающаяся тем, что легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:36.
7. Антитело по п.1 или 2, где легкая цепь, дополнительно содержит константный домен легкой цепи лямбда (CL).
8. Антитело по п.7, где легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:37 или SEQ ID NO:38.
9. Антитело по п.1, где легкая цепь содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:48-57.
10. Антитело по любому из пп.1-9, где антитело представляет собой scFv-Fc, однодоменное антитело, антитело из одной тяжелой цепи или антитело из одной легкой цепи.
11. Антитело по любому из пп.1-9, где антитело представляет собой моноклональное антитело.
12. Антитело по любому из пп.1-9, где тяжелая цепь содержит константный домен тяжелой цепи, который содержит Fc-область.
13. Антитело по п.12, где Fc-область представляет собой человеческую Fc-область, выбранную из группы, состоящей из Fc-области IgG1, Fc-области IgG2 и Fc-области IgG4.
14. Антитело по п.12, где Fc-область представляет собой Fc-область IgG1.
15. Антитело по п.12, где Fc-область представляет собой Fc-область IgG1, содержащую замены L234A, L235A и G237A, нумерация аминокислотных положений в соответствии с EU.
16. Антитело по п.15, где Fc-область дополнительно содержит замену N297A, нумерация аминокислотных положений в соответствии с EU.
17. Антитело по п.12, где Fc-область представляет собой Fc-область IgG2.
18. Антитело по п.12, где Fc-область представляет собой Fc-область IgG2, содержащую замены A330S и P331S, нумерация аминокислотных положений в соответствии с EU.
19. Антитело по п.17 и 18, где Fc-область дополнительно содержит замену N297A, нумерация аминокислотных положений в соответствии с EU.
20. Антитело по п.12, где Fc-область представляет собой Fc-область человеческого IgG4, и причем тяжелая цепь содержит замену S228P, нумерация аминокислотных положений в соответствии с EU.
21. Антитело по п.12, где константный домен тяжелой цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:31-35.
22. Антитело по п.12, где константный домен тяжелой цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:33, 34 и 137.
23. Антитело по п.12, где константный домен тяжелой цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:132-139.
24. Антитело по п.1, где тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:58-62.
25. Антитело по п.1, где тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:60, 61 и 129.
26. Антитело по п.1, где
(а) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:62 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52;
(b) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:62 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:53;
(c) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:62 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:54;
(d) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:62 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(e) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:62 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:56; или
(f) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:62 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:57.
27. Антитело по п.1, где
(а) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52;
(b) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52;
(c) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52;
(d) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52;
(e) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:53;
(f) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:53;
(g) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:53;
(h) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:53;
(i) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:54;
(j) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:54;
(k) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:54;
(l) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:54;
(m) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(n) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(o) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(p) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(q) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:56;
(r) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:56;
(s) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:56;
(t) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:56;
(u) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:58 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:57;
(v) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:57;
(w) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:57; или
(x) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:57.
28. Антитело по п.1, где
(а) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(b) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(c) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:129 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55;
(d) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:124 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52; или
(e) тяжелая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:124 и легкая цепь содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:55.
29. Антитело по любому из пп.1-28, где антитело усиливает фагоцитоз макрофагом, экспрессирующим человеческий полипептид SIRP-α.
30. Антитело по любому из пп.1-28, где антитело усиливает активацию дендритной клетки, экспрессирующей человеческий полипептид SIRP-α.
31. Антитело по любому из пп.1-30, где антитело ингибирует in vivo рост опухоли, которая экспрессирует CD47.
32. Антитело по любому из пп.1-31, где антитело конъюгировано с агентом.
33. Антитело по любому из пп.1-31, где антитело представляет собой биспецифическое антитело.
34. Антитело по п.33, где антитело содержит первый антигенсвязывающий домен, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP-α, и второй антигенсвязывающий домен, который связывает антиген, экспрессируемый раковой клеткой.
y
35. Антитело по п.34, где антиген, экспрессируемый раковой клеткой, выбран из группы, состоящей из CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD38, CD52, CD56, CD70, CD74, CD79b, CD123, CD138, CS1/SLAMF7, Trop-2, 5T4, EphA4, BCMA, муцина 1, муцина 16, PD-L1, PTK7, STEAP1, рецептора эндотелина B, мезотелина, EGFRvIII, ENPP3, SLC44A4, GNMB, нектина 4, NaPi2b, LIV-1A, гуанилилциклазы C, DLL3, EGFR, HER2, VEGF, VEGFR, интегрина αΥβ3, интегрина α5β1, MET, IGF1R, TRAILR1, TRAILR2, RANKL, FAP, тенасцина, Le, EpCAM, CEA, gpA33, PSMA, TAG72, муцина, CAIX, EPHA3, фолатного рецептора α, GD2, GD3 и комплекса MHC/пептид, содержащего пептид из NY-ESO-1/LAGE, SSX-2, белка семейства MAGE, MAGE-A3, gp100/pmel17, Melan-A/MART-1, gp75/TRP1, тирозиназы, TRP2, CEA, PSA, TAG-72, незрелого рецептора ламинина, MOK/RAGE-1, WT-1, SAP-1, BING-4, EpCAM, MUC1, PRAME, сурвивина, BRCA1, BRCA2, CDK4, CML66, MART-2, p53, Ras, β-катенина, TGF-βRII, HPV E6 или HPV E7.
36. Антитело по п.33, где антитело содержит первый антигенсвязывающий домен, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP-α, и второй антигенсвязывающий домен, который связывает антиген, экспрессируемый иммунной клеткой.
37. Антитело по п.36, где антиген, экспрессируемый иммунной клеткой, выбран из группы, состоящей из BDCA2, BDCA4, ILT7, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, Siglec-3, Siglec-7, Siglec-9, Siglec-15, FGL-1, CD200, CD200R, CSF-1R, CD40, CD40L, CD163, CD206, DEC205, CD47, CD123, аргиназы, IDO, TDO, AhR, EP2, COX-2, CCR2, CCR-7, CXCR1, CX3CR1, CXCR2, CXCR3, CXCR4, CXCR7, TGF-β RI, TGF-β RII, c-Kit, CD244, L-селектин/CD62L, CD11b, CD11c, CD68, 41BB, CTLA4, PD1, PD-L1, PD-L2, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, CCR4, CD25, CD103, KIrg1, Nrp1, CD278, Gpr83, TIGIT, CD154, CD160, TNFR2, PVRIG, DNAM и ICOS.
38. Антитело по п.33, где антитело содержит первый антигенсвязывающий домен, который связывает внеклеточный домен человеческого полипептида SIRP-α, и второй антигенсвязывающий домен, который связывает антиген, экспрессируемый естественной клеткой-киллером (NK).
39. Антитело по п.38, где антиген, экспрессируемый NK-клеткой, выбран из группы, состоящей из NKR-P1A, CD94, KLRG1, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DS2, KIR2DS3, KIR2DS4, KIR2DS5, KIR3DS1, KIR2DS1, CD94, NKG2D, CD160, CD16, NKp46, NKp30, NKp44, DNAM1, CRTAM, CD27, NTB-A, PSGL1, CD96, CD100, NKp80, SLAMF7 и CD244.
40. Полинуклеотид, кодирующий антитело по любому из пп.1-39.
41. Вектор, содержащий полинуклеотид по п.40.
42. Клетка-хозяин, содержащая полинуклеотид по п.40 или вектор по п.41.
43. Способ получения антитела, включающий культивирование клетки-хозяина по п.42 так, чтобы она вырабатывала антитело.
44. Способ по п.43, дополнительно включающий выделение антитела из клетки-хозяина.
45. Способ лечения или замедления прогрессирования рака у индивида, включающий введение индивиду эффективного количества антитела по любому из пп.1-39.
46. Способ по п.45, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества второго антитела, которое связывает антиген, экспрессируемый раковой клеткой.
y
47. Способ по п.46, отличающийся тем, что антиген, экспрессируемый раковой клеткой выбран из группы, состоящей из CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD38, CD52, CD56, CD70, CD74, CD79b, CD123, CD138, CS1/SLAMF7, Trop-2, 5T4, EphA4, BCMA, муцина 1, муцина 16, PTK7, STEAP1, рецептора эндотелина B, мезотелина, EGFRvIII, ENPP3, SLC44A4, GNMB, нектина 4, NaPi2b, LIV-1A, гуанилилциклазы C, DLL3, EGFR, HER2, VEGF, VEGFR, интегрина αΥβ3, интегрина α5β1, MET, IGF1R, TRAILR1, TRAILR2, RANKL, FAP, тенасцина, Le, EpCAM, CEA, gpA33, PSMA, TAG72, муцина, CAIX, EPHA3, фолатного рецептора α, GD2, GD3, и комплекса MHC/пептид, содержащего пептид из NY-ESO-1/LAGE, SSX-2, белка семейства MAGE, MAGE-A3, gp100/pmel17, Melan-A/MART-1, gp75/TRP1, тирозиназы, TRP2, CEA, PSA, TAG-72, незрелого рецептора ламинина, MOK/RAGE-1, WT-1, SAP-1, BING-4, EpCAM, MUC1, PRAME, сурвивина, BRCA1, BRCA2, CDK4, CML66, MART-2, p53, Ras, β-катенина, TGF-βRII, HPV E6 или HPV E7.
48. Способ по любому из пп.45-47, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества иммунотерапевтического агента.
49. Способ по п.48, отличающийся тем, что иммунотерапевтический агент содержит второе антитело.
50. Способ по п.49, отличающийся тем, что второе антитело связывается с антигеном, выбранным из группы, состоящей из BDCA2, BDCA4, ILT7, LILRB1, LILRB2, LILRB3, LILRB4, LILRB5, Siglec-3, Siglec-7, Siglec-9, Siglec-15, FGL-1, CD200, CD200R, CSF-1R, CD40, CD40L, CD163, CD206, DEC205, CD47, CD123, аргиназы, IDO, TDO, AhR, EP2, COX-2, CCR2, CCR-7, CXCR1, CX3CR1, CXCR2, CXCR3, CXCR4, CXCR7, TGF-β RI, TGF-β RII, c-Kit, CD244, L-селектина/CD62L, CD11b, CD11c, CD68, 41BB, CTLA4, PD1, PD-L1, PD-L2, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, CCR4, CD25, CD103, KIrg1, Nrp1, CD278, Gpr83, TIGIT, CD154, CD160, TNFR2, PVRIG, DNAM и ICOS.
51. Способ по п.50, отличающийся тем, что второе антитело связывается с PD-1.
52. Способ по п.50, отличающийся тем, что второе антитело связывается с PD-L1.
53. Способ по п.48, отличающийся тем, что иммунотерапевтический агент включает вакцину, онколитический вирус, адаптивную клеточную терапию, цитокин или низкомолекулярный агент.
54. Способ по любому из пп.45-53, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества второго антитела, которое связывает антиген, экспрессируемый естественной клеткой-киллером (NK).
55. Способ по п.54, где антиген, экспрессируемый NK-клеткой выбран из группы, состоящей из NKR-P1A, CD94, KLRG1, KIR2DL5A, KIR2DL5B, KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DS2, KIR2DS3, KIR2DS4, KIR2DS5, KIR3DS1, KIR2DS1, CD94, NKG2D, CD160, CD16, NKp46, NKp30, NKp44, DNAM1, CRTAM, CD27, NTB-A, PSGL1, CD96, CD100, NKp80, SLAMF7 и CD244.
56. Способ по любому из пп.45-55, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества химиотерапевтического агента или низкомолекулярного противоракового агента.
57. Способ по любому из пп.45-56, дополнительно включающий введение индивиду эффективного количества целевого низкомолекулярного ингибитора.
58. Способ по п.57, отличающийся тем, что целевой низкомолекулярный ингибитор представляет собой ингибитор VEGFR и/или PDGFR, ингибитор EGFR, ингибитор ALK, ингибитор CDK4/6, ингибитор PARP, ингибитор mTOR, ингибитор KRAS, ингибитор TRK, ингибитор BCL2, ингибитор IDH, ингибитор PI3K, ингибитор ответа на повреждение ДНК (DDR) или агент гипометилирования.
59. Способ лечения или задержки прогрессирования аутоиммунного заболевания или воспалительного заболевания у индивида, включающий введение индивиду эффективного количества антитела по любому из пп.1-39.
60. Способ по п.59, где аутоиммунное заболевание или воспалительное заболевание выбрано из группы, состоящей из рассеянного склероза, ревматоидного артрита, спондилоартропатии, системной красной волчанки, антителоопосредованного воспалительного или аутоиммунного заболевания, болезни «трансплантат против хозяина», сепсиса, диабета, псориаза, псориатического артрита, атеросклероза, синдрома Шегрена, прогрессирующего системного склероза, склеродермы, острого коронарного синдрома, ишемической реперфузии, болезни Крона, язвенного колита, эндометриоза, гломерулонефрита, нефропатии IgA-типа, поликистозной болезни почек, тяжелой миастении, идиопатического легочного фиброза, легочного фиброза, цирроза печени, фиброза предсердий, эндомиокардиального фиброза, миелофиброза, ретроперитонеального фиброза, астмы, атопического дерматита, острого респираторного дистресс-синдрома (ARDS), васкулита и воспалительного аутоиммунного миозита.