КОНСТРУКТЫ Т-КЛЕТОЧНОГО РЕЦЕПТОРА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Рекомбинантная нуклеиновая кислота, кодирующая Т-клеточный рецептор (TCR), содержащая конструкт бета цепи TCR, содержащий определяющую комплементарность область 3 (CDR3), имеющую аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 52.
2. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где конструкт бета цепи TCR дополнительно содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1) и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 50; и CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 51.
3. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1 или 2, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 58.
4. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 90% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 58.
5. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 58.
6. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 58.
7. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, дополнительно содержащая конструкт альфа цепи TCR, имеющий CDR1, CDR2 и CDR3, где
CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 47;
CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 48; и
CDR имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 49.
8. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, содержащая
(a) последовательность, имеющую, по меньшей мере, 80% идентичность последовательности SEQ ID NOs: 56 или 57, где последовательность содержит последовательность, кодирующую, по меньшей мере, SEQ ID NO: 52; и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере, 80% идентичность последовательности SEQ ID NOs: 53 или 54, где последовательность содержит последовательность, кодирующую, по меньшей мере, SEQ ID NO: 49.
9. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 55.
10. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 90% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 55.
11. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 55.
12. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 55.
13. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где TCR содержит
(a) бета цепь, имеющую аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 60, или аминокислотную последовательность, которая на, по меньшей мере, 80% идентична SEQ ID NO: 60;
(b) альфа цепь, имеющую аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 59, или аминокислотную последовательность, которая на, по меньшей мере, 80% идентична SEQ ID NO: 59.
14. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где TCR связывается с эпитопом из RAS человека, содержащего мутацию G12V.
15. Рекомбинантная нуклеиновая кислота, кодирующая TCR, содержащий конструкт бета цепи TCR и конструкт альфа цепи TCR, где конструкт бета цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 3 (CDR3), имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 537 и 563.
16. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 15, где конструкт бета цепи TCR содержит CDR3, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 537, содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%,99% или 100% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 541.
17. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 16, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 539 или SEQ ID NO: 552.
18. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 15, где конструкт бета цепи TCR содержит CDR3, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 563, содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 567.
19. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 18, где TCR содержит конструкт альфа цепи TCR, содержащий вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 565.
20. Рекомбинантный вектор, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-19.
21. Клетка, содержащая рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-19 или рекомбинантный вектор по п. 20.
22. Рекомбинантная нуклеиновая кислота, кодирующая конструкт TCR, содержащая
(a) конструкт бета цепи TCR; и
(b) конструкт альфа цепи TCR;
где TCR распознает и связывается с эпитопом из RAS человека, содержащим точечную мутацию G12V или G12C, где эпитоп является МНС-белковым комплексом человека, где МНС-белковым комплексом человека является HLA антиген, кодированный HLA A03:01 аллелью.
23. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 22, где конструкт бета цепи TCR содержит CDR3, имеющую аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 68.
24. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 22, где конструкт бета цепи TCR дополнительно содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1) и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 66; и CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 67.
25. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 23 или 24, дополнительно содержащая конструкт альфа цепи TCR, имеющий CDR1, CDR2 и CDR3, где
CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 63;
CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 64; и,
CDR имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 65.
26. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 23-25, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, или, по меньшей мере, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 74.
27. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 23-26, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 74.
28. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 23-27, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, или, по меньшей мере, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 71.
29. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 23-28, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 71.
30. Вектор, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 23-29.
31. Клетка, содержащая любую из рекомбинантных нуклеиновых кислот по любому из пп. 23-29 или вектор по п. 30.
32. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 22, где конструкт бета цепи TCR содержит CDR3, имеющую аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 84.
33. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 32, где конструкт бета цепи TCR дополнительно содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1) и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 82; и CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 83.
34. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 32 или 33, дополнительно содержащая конструкт альфа цепи TCR, имеющий CDR1, CDR2 и CDR3, где
CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 79;
CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 80; и
CDR3 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 81.
35. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 32-34, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, или, по меньшей мере, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 90.
36. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 32-35, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 90.
37. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 32-36, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, или по меньшей мере, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 87.
38. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 32-37, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 87.
39. Рекомбинантный вектор, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 32-38.
40. Клетка, содержащая любую из рекомбинантных нуклеиновых кислот по любому из пп. 32-38 или вектор по п. 39.
41. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 22, где конструкт бета цепи TCR содержит CDR3, имеющую аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 388.
42. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 41, где конструкт бета цепи TCR дополнительно содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1) и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 386; и CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 387.
43. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 41 или 42, дополнительно кодирующая конструкт альфа цепи TCR, имеющий CDR1, CDR2 и CDR3, где
CDR1 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 383;
CDR2 имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 384; и
CDR имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 385.
44. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 41-43, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, или, по меньшей мере, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 394.
45. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 41-44, где конструкт бета цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 394.
46. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 32-36, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, по меньшей мере, 80%, или, по меньшей мере, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичность аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 391.
47. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 32-37, где конструкт альфа цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую, аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 391.
48. Рекомбинантный вектор, содержащий рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 41-47.
49. Клетка, содержащая любую из рекомбинантных нуклеиновых кислот по любому из пп. 41-47 или вектор по п. 48.
50. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38 и 41-47, где эпитоп имеет длину 8-25 аминокислот.
51. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38, и 41-47, и 50, где эпитоп содержит мутацию, которая отличается от эпитопа дикого типа на, по меньшей мере, одну аминокислоту.
52. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38 и 41-47, 50 и 51, где эпитоп связывается с МНС человека с большей аффинностью, чем у эпитопа дикого типа.
D
50
53. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38, и 41-47, и 50-52, где эпитоп связывается с МНС человека с K или IC менее чем 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ.
54. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38, и 41-47, и 50-53, где мутация не присутствует в не раковых клетках субъекта.
D
50
55. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38, и 41-47, и 50-54, где TCR связывается с MHC-пептидным комплексом с K или IC менее чем 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ.
56. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38, и 41-47, и 50-55, где нуклеиновая кислота функционально связана с промотором.
57. Клетка по любому из пп. 21, 31, 40 и 49, где клеткой является CD4+ T клетка.
58. Клетка по любому из пп. 21, 31, 40 и 49, где клеткой является CD8+ T клетка.
59. Клетка по любому из пп. 21, 31, 40 и 49, где клетка выделена у субъекта, имеющего RAS мутацию.
60. Фармацевтическая композиция, содержащая
(a) рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-19, 22-29, 32-38 и 41-47 и 50-56; или
рекомбинантный вектор по любому из пп. 20, 30, 39 и 48; или
клетка по любому из пп. 21, 31, 40 и 49; и
(b) фармацевтически приемлемый эксципиент или разбавитель.
61. Фармацевтическая композиция по п. 60, дополнительно содержащая иммуномодулирующий агент или адъювант.
62. Фармацевтическая композиция по п. 61, где адъювантом является поли I:C.
63. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 60-62 для применения в лечении иммунного заболевания или рака.
64. Применение фармацевтической композиции по любому из пп. 60-62 для лечения иммунного заболевания или рака.
65. Способ лечения субъекта, имеющего заболевание или состояние, включающий введение субъекту фармацевтической композиции по любому из пп. 60-63.
66. Способ лечения субъекта с раком, включающий введение субъекту фармацевтической композиции по любому из пп. 60-63.
67. Способ идентификации субъекта с раком как кандидата для терапии, где способ включает определение субъекта как субъекта, который экспрессирует белок, кодированный HLA-A03:01 аллелью или HLA-A11:01 аллелью, где терапевтическим агентом является фармацевтическая композиция, выбранная по любому из пп. 60-63.