ТЕХНОЛОГИЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АНЕУПЛОИДИИ МЕТОДОМ СЕКВЕНИРОВАНИЯ

1. Технология определения анеуплоидии методом секвенирования основана на цифровом количественном анализе ДНК, в расчете идентичных последовательностей ДНК, полученных при параллельном массовом секвенировании и состоит из следующих технологических шагов:
a. получение внеклеточной ДНК из образца;
b. получение геномных библиотек из выделенной внеклеточной ДНК из пункта (a);
c. секвенирование геномных библиотек на геномном секвенаторе с целью получения множества чтений, где чтения располагаются на различных хромосомах;
d. выравнивание множества чтений полученных в пункте (c) на референсный геном;
e. определения количества чтений выровненных на рефененсный геном;
f. сравнение количества чтений полученных из пункта (d) для определения состояния анеуплоидии.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что ДНК выделяется из плазмы беременной женщины.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что получение геномных библиотек осуществляется по модифицированному протоколу, в котором:
a. пропущены стадии фрагментирования и селективного отбора;
b. время реакции лигирования адаптеров для последующего секвенирования не менее 5 ч.
4. Способ по п.1, отличающийся тем, что полученные при параллельном массовом секвенировании чтения подвергаются компьютерному статистическому анализу, состоящему из следующих шагов:
a. отсеиваются чтения, среднее качество которых составляет менее 20 по шкале PHRED;
b. исключаются чтения, попадающие на районы, известные как регионы вариативной копийности;
c. определяется степень покрытия референсного генома окнами длиной 20000 нуклеотидов;
d. исключаются окна с GC-составом более 0.68 или менее 0.32;
e. исключаются окна с покрытием более, чем M+2SD,
f. производится подсчет коэффициентов коррекции окон по GC-составу: для каждого GC-состава в диапазоне от 0.32 до 0.78 с шагом 0.001 определяется среднее наблюдаемое покрытие, которое нормируется на общее покрытие по всем окнам.