ОПРЕДЕЛЕНИЕ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К РАКУ ПУТЕМ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНОТИПИЧЕСКИХ КОМБИНАЦИЙ СПЕЦИФИЧНЫХ ВАРИАНТОВ ГЕНОВ CYP1B1, BRCA2 И СНЕК2

1. Способ обнаружения предрасположенности к раку у субъекта-человека, характеризующийся тем, что он включает обнаружение в биологическом образце от субъекта комбинированного генотипа на основе идентифицированных вариантов гена CYP1B1, гена СНЕК2 и гена BRCA2, где присутствие комбинированного генотипа является показателем предрасположенности с высоким риском по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, почки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты, щитовидной железы, женских половых путей и яичников, который является качественно и количественно отличным от суммы эффектов низкого риска вариантов этих трех генов, взятых по отдельности.
2. Способ по п.1, где идентифицированный вариант генотипа по гену CYP1B1 включает по меньшей мере один из генотипов, основанных на однонуклеотидном полиморфизме (SNP) C142G, G355T и C4326G в гене CYP1B1.
3. Способ по п.1, где идентифицированный вариант генотипа по гену СНЕК2 включает по меньшей мере один из генотипов, основанных на SNP 1100delC, del5395 и укорачивающих вариантов IVS2+1G>A и миссенс-варианта I157T гена CHEK2.
4. Способ по п.1, где идентифицированный вариант генотипа по гену BRCA2 включает вариант С5972Т.
5. Способ по п.1, где идентифицированный вариант генотипа по гену CYP1B1, являющийся показателем значительно повышенной предрасположенности к раку, представляет собой по меньшей мере один из приведенных ниже генотипов:
генотип 48 не G/G, 119 не G/G, 432 С/С по гену CYP1B1 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты или почки,
генотип 48 С/С, 119 G/G, 432 не G/G по гену CYP1B1 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты или почки,
генотип 48 G/G, 119 ТУТ, 432 С/С по гену CYP1B1 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты или почки.
6. Способ по п.1, где идентифицированный вариант генотипа по гену CHEK2, являющийся показателем значительно повышенной предрасположенности к раку, представляет собой по меньшей мере один из приведенных ниже генотипов:
генотип 1100delC по гену CHEK2 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, яичников и простаты,
генотип del5395 по гену CHEK2 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, яичников и простаты,
генотип IVS2+1G>A по гену CHEK2 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, яичников и простаты,
генотип I157T по гену CHEK2 является показателем значительно повышенной предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, яичников и простаты.
7. Способ по п.1, где идентифицированный вариант генотипа гена BRCA2, являющийся показателем значительно повышенной предрасположенности к раку, представляет собой вариант генотипа С5972Т.
8. Способ по п.1, где идентифицированный комбинированный генотип, приводящий к непропорциональному повышению риска рака молочной железы, представляет собой по меньшей мере один из приведенных ниже комбинированных генотипов:
по меньшей мере один вариант генотипа по гену CYP1B1, который указан в п.5, комбинированный по меньшей мере с одним вариантом генотипа гена CHEK2, который указан в п.6, или
по меньшей мере один вариант генотипа по гену CHEK2, который указан в п.6, комбинированный с вариантом генотипа по гену BRCA2, который указан в п.7, или
комбинация, включающая по меньшей мере один из вариантов генотипа по гену CYP1B1, который указан в п.5, и по меньшей мере одного варианта генотипа по гену CHEK2, который указан в п.6, и вариант генотипа по гену BRCA2, который указан в п.7.
9. Способ по п.1, где проводят генетическое тестирование среди всех взрослых людей.
10. Способ по п.1, где присутствие варианта генотипа обнаруживают с помощью анализа ДНК, РНК или белков.
11. Способ по п.10, где анализ ДНК или РНК проводят с использованием любой методики косвенного обнаружения мутации, более предпочтительно выбранной среди ASA-, ASO-, ПДРФ-ПЦР, микрочипов, или способов прямого обнаружения мутации, таких как секвенирование.
12. Способ по п.10, где присутствие полипептида, кодируемого аллелем в пределах специфичного варианта генотипа, обнаруживают с использованием антител или других веществ, специфичных к данному полипептиду или его фрагменту.
13. Способ по любому из пп.1-12, где исследуемый субъект-человек представляет собой человека польского или другого этнического происхождения.
14. Применение комбинированного генотипа, основанного на идентифицированных вариантах генотипов по гену CYP1B1, гену CHEK2 и гену BRCA2, или полинуклеотидов, специфичных для этих комбинированных генотипов, или полипептидов, кодируемых этими полинуклеотидами, для диагностики у субъекта-человека предрасположенности с повышенным риском по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: раку молочной железы, ободочной кишки, почки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты, щитовидной железы, женских половых путей и яичников, который является качественно и количественно отличным от суммы эффектов низкого риска вариантов этих трех генов, взятых по отдельности, где идентифицированный вариант генотипа по гену CYP1B1 включает по меньшей мере один из генотипов, основанных на SNP C142G, G355T и C4326G в гене CYP1B1, а идентифицированный вариант генотипа по гену CHEK2 включает по меньшей мере один из генотипов, основанных на укорачивающих вариантах 1100delC, del5395 и IVS2+1G>A и миссенс-варианте I157T гена СНЕК2, а идентифицированный вариант генотипа по гену BRCA2 включает вариант С5972Т,
15. Применение по п.14, где указанный полинуклеотид содержит последовательность гена CYP1B1, или гена CHEK2, или гена BRCA2, или их фрагмента, содержащую изменение, специфичное для идентифицированного варианта генотипа.
16. Применение по п.14 или 15, где вариант генотипа обнаруживают способом, выбранным из любой методики косвенного обнаружения мутации, более предпочтительно выбранной из ASA-, ASO-, ПДРФ-ПЦР, микрочипов, или способов прямого обнаружения мутации, предпочтительно секвенирования, а присутствие полипептида, кодируемого аллелем, специфичным для данного варианта генотипа, обнаруживают с использованием антител или других веществ, специфичных к данному полипептиду или его фрагменту.
17. Применение по п.14, характеризующееся тем, что исследуемые варианты генотипов по гену CYP1B1, гену CHEK2 и гену BRCA2 используют для идентификации комбинированного генотипа этих генов, где специфичные комбинированные генотипы, определенные в пп.5-7, являются показателем значительно повышенной предрасположенности к конкретному раку, а специфичные комбинированные генотипы, определенные в п.8, являются показателем непропорционального повышения риска рака молочной железы.
18. Диагностическая композиция для обнаружения предрасположенности к раку у субъекта-человека, содержащая олигонуклеотиды, дающие возможность амплификации областей генома указанного человека, специфичные для генотипов CYP1B1, определенных в п.5, и генотипов CHEK2, определенных в п.6, и генотипа BRCA2, определенного в п.7, где присутствие комбинированного генотипа этих трех генов является показателем повышенного риска предрасположенности по меньшей мере к одному из приведенных ниже типов рака: рака молочной железы, ободочной кишки, почки, гортани, легкого, поджелудочной железы, простаты, щитовидной железы, женских половых путей и яичников, который является качественно и количественно отличным от суммы эффектов низкого риска вариантов этих трех генов, взятых по отдельности.
19. Диагностическая композиция по п.18, характеризующаяся тем, что амплифицированные области используют для идентификации комбинированных генотипов, как определено в п.8, где эти комбинированные генотипы являются показателем непропорционального повышения риска рака молочной железы.