СПОСОБ ЛОГИЧЕСКОГО ВЫВОДА ОБ АКТИВНОСТИ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА ПУТИ СИГНАЛЬНОЙ ТРАНСДУКЦИИ У СУБЪЕКТА

1. Способ логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, содержащий этапы, на которых:
-выполняют (101; 1012; 201) первое окрашивание для определения транскрипционного фактора в клетках образца субъекта,
-выполняют (102; 1012; 202) второе окрашивание для обнаружения белка, закодированного геном-мишенью, для транскрипционного фактора в клетках образца,
-определяют количество (103; 203) клеток образца, которые показывают и ядерное присутствие транскрипционного фактора, и присутствие закодированного геном-мишенью белка, на основе первого окрашивания и второго окрашивания, и
-выполняют логический вывод (104; 204) об активности транскрипционного фактора у субъекта на основе количественного определения.
2. Способ по п. 1, в котором первое окрашивание и второе окрашивание выполняются (101, 102; 1012) на одном и том же микропрепарате образца.
3. Способ по п. 1, в котором первое окрашивание и второе окрашивание выполняются (201, 202) на различных микропрепаратах образца,
при этом количественное определение (203) содержит этап, на котором выполняют пространственную регистрацию цифрового изображения микропрепарата для первого окрашивания и цифрового изображения микропрепарата для второго окрашивания, так что на обоих микропрепаратах соответствующие клетки могут быть обнаружены.
4. Способ по п. 3, в котором различные микропрепараты получаются из соседних поперечных срезов образца или из поперечных срезов образца, которые располагаются в непосредственной близости друг к другу в образце.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором первое окрашивание и/или второе окрашивание выполняется/выполняются в форме анализа, выбранного из группы, состоящей из (i) иммуногистохимического (IHC) анализа, (ii) иммунофлуоресцентного анализа и (iii) другого анализа с окрашиванием на основе связывания с высокой аффинностью с транскрипционным фактором или закодированным геном-мишенью белком.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором количественное определение (103; 203) содержит этапы, на которых:
-определяют, из выбранной популяции клеток образца, процентную долю клеток, которые показывают и ядерное присутствие транскрипционного фактора, и присутствие закодированного геном-мишенью белка, и/или
-определяют, из выбранной популяции клеток образца, клетки, которые показывают ядерное присутствие транскрипционного фактора, и определяют, из определенных клеток, процентную долю клеток, которые также показывают присутствие закодированного геном-мишенью белка.
7. Способ по п. 6, в котором популяция является популяцией раковых клеток, в частности, раковых клеток молочной железы.
8. Способ по любому из пп. 2-7, в котором количественное определение содержит этап, на котором анализируют, по меньшей мере, одно цифровое изображение одного и того же микропрепарата для первого и второго окрашивания или цифровые изображения микропрепарата для первого окрашивания и микропрепарата для второго окрашивания с помощью компьютерно-реализованных способов анализа изображения.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором субъект является медицинским субъектом, в частности, онкопациентом, более конкретно, пациентом с раком молочной железы.
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором путь сигнальной трансдукции является путем ER-α-сигнальной трансдукции, транскрипционный фактор является ER-α, ген-мишень является PgR, и закодированный геном-мишенью белок является PR.
11. Способ оценки соответствия терапии для субъекта, терапия направлена на путь сигнальной трансдукции, способ содержит этапы, на которых:
-выполняют (301) способ, который определен в каком-либо из пп. 1-10 для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, и
-оценивают (302) соответствие терапии на основе логически выведенной активности,
или
способ классификации субъекта, содержащий этапы, на которых:
-выполняют (401) способ, который определен в каком-либо из пп. 1-10 для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, и
-классифицируют (402) субъекта на основе логически выведенной активности.
12. Система для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, содержащая:
-первый набор инструментов окрашивания для выполнения первого окрашивания для обнаружения транскрипционного фактора в клетках образца субъекта,
-второй набор инструментов окрашивания для выполнения второго окрашивания для обнаружения белка, закодированного геном-мишенью, для транскрипционного фактора в клетках образца,
-блок количественного определения для определения количества клеток образца, которые показывают и ядерное присутствие транскрипционного фактора, и присутствие закодированного геном-мишенью белка, на основе первого окрашивания и второго окрашивания, и
-необязательно, блок логического вывода для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора у субъекта на основе количественного определения.
13. Система для использования в оценке соответствия терапии для субъекта, терапия направлена на путь сигнальной трансдукции, система содержит:
-систему для выполнения логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, как определено в п. 12, и
-необязательно, блок оценки для оценки соответствия терапии на основе логически выведенной активности,
или
система для использования в классификации субъекта, содержащая:
-систему для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, как определено в пункте 12 формулы, и
-необязательно, блок классификации для классификации субъекта на основе логически выведенной активности.
14. Компьютерная программа для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора пути сигнальной трансдукции у субъекта, компьютерная программа содержит средство кодирования программы для выполнения этапа количественного определения и, необязательно, этапа логического вывода способа для использования в выполнении логического вывода об активности транскрипционного фактора у субъекта, как определено в каком-либо из пп. 1-10, когда компьютерная программа работает на компьютере,
или
компьютерная программа для использования в оценке соответствия терапии для субъекта, терапия направлена на путь сигнальной трансдукции, компьютерная программа содержит средство кодирования программы для выполнения этапа количественного определения и, необязательно, этапа логического вывода и/или этапа оценки способа для использования в оценке соответствия терапии для субъекта, как определено в п. 11, когда компьютерная программа работает на компьютере,
или
компьютерная программа для использования в классификации субъекта, компьютерная программа содержит средство кодирования программы для выполнения этапа количественного определения и, необязательно, этапа логического вывода и/или этапа классификации способа для использования в классификации субъекта, как определено в п. 11, когда компьютерная программа работает на компьютере.