БИОМАРКЕРЫ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ОПУХОЛЕЙ ДЛЯ ДЛИТЕЛЬНОГО КЛИНИЧЕСКОГО ПРЕИМУЩЕСТВА

1. Способ лечения пациента, имеющего опухоль, включающий
(a) определение того, является ли образец, собранный от пациента, положительным или отрицательным по биомаркеру, прогнозирующему, что пациент, вероятно, может иметь противоопухолевый ответ на первое лекарственное средство, содержащее (i) один или более пептидов, содержащих неоэпитоп белка, (ii) полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов, (iii) одну или несколько APC, содержащих один или более пептидов, или полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов, или (iv) T-клеточный рецептор (TCR), специфический для неоэпитопа из одного или нескольких пептидов в комплексе с белком HLA, и
(b) лечение пациента с использованием терапевтического режима, включающего первое лекарственное средство, если биомаркер присутствует; или лечение пациента с использованием терапевтического режима, не включающего первое лекарственное средство, если биомаркер отсутствует, где биомаркер содержит характерный профиль микроокружения опухоли (TME).
2. Способ по п.1, где характерный профиль генов TME содержит характерный профиль B-клеток, характерный профиль третичных лимфоидных структур (TLS), характерный профиль воспаления в опухоли (TIS), характерный профиль подобных эффекторным клеткам/клеткам памяти CD8+T-клеток, характерный профиль HLA-E/CD94, характерный профиль клеток NK, характерный профиль MHC класса II или характерный профиль функциональных CDR3 Ig.
3. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль B-клеток содержит экспрессию гена, включая CD20, CD21, CD3, CD22, CD24, CD27, CD38, CD40, CD72, CD79a, IGKC, IGHD, MZB1, MS4A1, CD138, BLK, CD19, FAM30A, FCRL2, MS4A1, PNOC, SPIB, TCL1A, TNFRSF17 или их комбинации.
4. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль TLS показывает формирование третичных лимфоидных структур.
5. Способ по п.1 или 2, где третичная лимфоидная структура представляет агрегаты лимфоидных клеток.
6. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль TLS содержит экспрессию гена, включая CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1 или их комбинации.
7. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль TIS содержит провоспалительный ген, цитокин, хемокин, фактор роста, белок для взаимодействия на поверхности клеток, фактор грануляции или их комбинацию.
8. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль TIS содержит CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1, TIGIT или их комбинацию.
9. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль подобных эффекторным клеткам/клеткам памяти CD8+T-клеток содержит экспрессию гена, включая CCR7, CD27, CD45RO, CCR7, FLT3LG, GRAP2, IL16, IL7R, LTB, S1PR1, SELL, TCF7, CD62L или любую их комбинацию.
10. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль HLA-E/CD94 содержит экспрессию гена CD94 (KLRD1), лиганда CD94, HLA-E, KLRC1 (NKG2A), KLRB1 (NKG2C) или любую их комбинацию.
11. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль HLA-E/CD94 дополнительно содержит уровень взаимодействия HLA-E:CD94.
12. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль клеток NK содержит экспрессию гена CD56, CCL2, CCL3, CCL4, CCL5, CXCL8, IFN, IL-2, IL-12, IL-15, IL-18, NCR1, XCL1, XCL2, IL21R, KIR2DL3, KIR3DL1, KIR3DL2 или их комбинацию.
13. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль MHC класса II содержит экспрессию гена, представляющего собой HLA, включая HLA-DMA, HLA-DOA, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DRB5 или их комбинацию.
14. Способ по п.1 или 2, где биомаркер содержит подгруппу характерного профиля генов TME, содержащую характерный профиль третичных лимфоидных структур (TLS); где характерный профиль TLS содержит ген CCL18, CCL19, CCL21, CXCL13, LAMP3, LTB, MS4A1 или их комбинации.
15. Способ по п.1 или 2, где характерный профиль функциональных CDR3 Ig содержит численность функциональных CDR3 Ig.
16. Способ по п.15, где численность функциональных CDR3 Ig определяют посредством РНК-seq.
17. Способ по п.15 или 16, где численность функциональных CDR3 Ig представляет собой численность функциональных CDR3 Ig из клеток образца TME от субъекта.
18. Способ по любому из пп. 15-17, где численность функциональных CDR3 Ig составляет 2^7 или более функциональных CDR3 Ig.
19. Способ по любому из пп. 1-18, дополнительно включающий: введение положительному по биомаркеру пациенту первого лекарственного средства, первого лекарственного средства в измененной дозе или с измененным временным интервалом, или второго лекарственного средства.
20. Способ по любому из пп. 1-18, дополнительно включающий: отсутствие введения отрицательному по биомаркеру пациенту первого лекарственного средства или второго лекарственного средства.
21. Способ по любому из пп. 1-18, дополнительно включающий введение положительному по биомаркеру пациенту увеличенной дозы первого лекарственного средства.
22. Способ по любому из пп. 1-18, дополнительно включающий модификацию временного интервала введения первого лекарственного средства положительному или отрицательному по биомаркеру пациенту.
23. Способ тестирования пациента, имеющего опухоль, по присутствию или отсутствию исходного биомаркера, прогнозирующего, что пациент, вероятно, может иметь противоопухолевый ответ на лечение с использованием лекарственного средства, содержащего (i) один или более пептидов, содержащих неоэпитоп белка, (ii) полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов, (iii) одну или несколько APC, содержащих один или более пептидов, или полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов, или (iv) T-клеточный рецептор (TCR), специфический для неоэпитопа из одного или нескольких пептидов в комплексе с белком HLA, включающий
(a) получение исходного образца, выделенного из опухоли пациента; измерение исходного уровня экспрессии каждого гена в генах микроокружения опухоли (TME) или подгруппы указанных генов;
(b) нормализацию измеренных исходных уровней экспрессии; расчет исходного показателя характерного профиля для характерного профиля генов TME по нормализованным уровням экспрессии;
(c) сравнение исходного показателя характерного профиля с эталонным показателем для характерного профиля генов TME; и
(d) классификацию пациента как положительного по биомаркеру или отрицательного по биомаркеру для исхода, связанного с длительным клиническим преимуществом (DCB) от лекарственного средства.
24. Способ по п.23, где характерный профиль TME содержит характерный профиль из одного или нескольких из пп. 2-18, или его подгруппу.
25. Фармацевтическая композиция для применения в лечении злокачественной опухоли у пациента, тестированного как положительный по биомаркеру, где композиция лекарственного средства содержит (a) один или более пептидов, содержащих неоэпитоп белка, (b) полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов, (c) одну или несколько APC, содержащих один или более пептидов, или полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов, или (d) T-клеточный рецептор (TCR), специфический для неоэпитопа из одного или нескольких пептидов в комплексе с белком HLA; и по меньшей мере один фармацевтически приемлемый наполнитель; и где биомаркер представляет собой биомаркер во время лечения, содержащий профиль генов, выбранный из группы, состоящей из характерного профиля генов TME, содержащего характерный профиль B-клеток, характерный профиль третичных лимфоидных структур (TLS), характерный профиль воспаления в опухоли (TIS), характерный профиль подобных эффекторным клеткам/клеткам памяти CD8+T-клеток, характерный профиль HLA-E/CD94, характерный профиль клеток NK и характерный профиль MHC класса II.
26. Фармацевтическая композиция по п.25, где характерный профиль TME содержит характерный профиль из любого одного или нескольких из пп. 2-18, или его подгруппу.
27. Способ лечения злокачественной опухоли у нуждающегося в этом субъекта, включающий: введение терапевтически эффективного количества противоракового лекарственного средства, где субъект имеет увеличенную вероятность ответа на противораковое лекарственное средство, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство ассоциирована с присутствием одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови до лечения с использованием противоракового лекарственного средства; и где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит пороговое значение для соотношения количества клеток первого типа мононуклеарных клеток и второго типа мононуклеарных клеток в периферической крови субъекта.
28. Способ по п.27, где злокачественная опухоль представляет собой меланому.
29. Способ по п.27, где злокачественная опухоль представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
30. Способ по п.27, где злокачественная опухоль представляет собой рак мочевого пузыря.
31. Способ по п.27, где противораковое лекарственное средство содержит неоантигенную пептидную вакцину.
32. Способ по п.27, где противораковое лекарственное средство содержит антитело против PD1.
33. Способ по п.27, где противораковое лекарственное средство содержит комбинацию неоантигенной вакцины и антитела против PD1, где неоантигенную вакцину вводят или вводят совместно после периода введения антитела против PD1 отдельно.
34. Способ по п.32 или 33, где антитело против PD1 представляет собой ниволумаб.
35. Способ по п.27, где пороговое значение представляет собой максимальное пороговое значение.
36. Способ по п.27, где пороговое значение представляет собой минимальное пороговое значение.
37. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит максимальное пороговое значение для соотношения наивных CD8+ T-клеток к тотальным CD8+T-клеткам в образце периферической крови от субъекта.
38. Способ по п.37, где максимальное пороговое значение для соотношения наивных CD8+ T-клеток к тотальным CD8+T-клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 20:100.
39. Способ по п.37 или 38, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение наивных CD8+ T-клеток к тотальным CD8+T-клеткам, которое составляет 20:100 или менее, или менее чем 20:100.
40. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит минимальное пороговое значение для соотношения эффекторных CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+T-клеткам в образце периферической крови от субъекта.
41. Способ по п.40, где минимальное пороговое значение для соотношения эффекторных CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+T-клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 40:100.
42. Способ по п.40 или 41, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение эффекторных CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+T-клеткам, которое составляет 40:100 или более, или более чем 40:100.
43. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит минимальное пороговое значение для соотношения B-клеток памяти с переключенным классом к тотальным CD19+ B-клеткам в образце периферической крови от субъекта.
44. Способ по п.43, где минимальное пороговое значение для соотношения B-клеток памяти с переключенным классом к тотальным CD19+ B-клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 10:100.
45. Способ по п.43 или 44, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение B-клеток памяти с переключенным классом к тотальным CD19+ B-клеткам, которое составляет 10:100 или более, или более чем 10:100.
46. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит максимальное пороговое значение для соотношения наивных B-клеток к тотальным CD19+ B-клеткам в образце периферической крови от субъекта.
47. Способ по п.46, где максимальное пороговое значение для соотношения наивных B-клеток к тотальным CD19+ B-клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 70:100.
48. Способ по п.46 или 47, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение наивных B-клеток к тотальным CD19+ B-клеткам, которое составляет 70:100 или менее, или менее чем 70:100.
49. Способ по любому из пп. 37-48, где злокачественная опухоль представляет собой меланому.
50. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит максимальное пороговое значение для соотношения плазмацитоидных дендритных клеток к тотальным Lin-/CD11c- клеткам в образце периферической крови от субъекта.
51. Способ по п.50, где максимальное пороговое значение для соотношения плазмацитоидных дендритных клеток к тотальным Lin-/CD11c- клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 3:100.
52. Способ по п.50 или 51, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение плазмацитоидных дендритных клеток к тотальным Lin-/CD11c- клеткам, которое составляет 3:100 или менее, или менее чем 3:100.
53. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит максимальное пороговое значение для соотношения CTLA4+ CD4 T-клеток к тотальным CD4+ T-клеткам в образце периферической крови от субъекта.
54. Способ по п.50, где максимальное пороговое значение для соотношения CTLA4+ CD4 T-клеток к тотальным CD4+ T-клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 9:100.
55. Способ по п.50 и 51, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение CTLA4+ CD4 T-клеток к тотальным CD4+ T-клеткам, которое составляет 9:100 или менее, или менее чем 9:100.
56. Способ по любому из пп. 50-55, где злокачественная опухоль представляет собой немелкоклеточный рак легкого.
57. Способ по п.27, где по меньшей мере один из одного или нескольких характерных профилей мононуклеарных клеток периферической крови содержит минимальное пороговое значение для соотношения CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+ T-клеткам в образце периферической крови от субъекта.
58. Способ по п.57, где минимальное пороговое значение для соотношения CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+ T-клеткам в образце периферической крови от субъекта составляет приблизительно 40:100 или приблизительно 55:100.
59. Способ по п.57 и 58, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+ T-клеткам, которое составляет 40:100 или более, или более чем 40:100.
60. Способ по п.57 и 58, где образец периферической крови от субъекта имеет соотношение CD8+ T-клеток памяти к тотальным CD8+ T-клеткам, которое составляет 55:100 или более, или более чем 55:100.
61. Способ по любому из пп. 57-60, где злокачественная опухоль представляет собой рак мочевого пузыря.
62. Способ лечения злокачественной опухоли у нуждающегося в этом субъекта, включающий: введение субъекту терапевтически эффективного количества противоракового лекарственного средства, где субъект имеет увеличенную вероятность ответа на противораковое лекарственное средство, и где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство ассоциирована с характеристикой клонального состава репертуаров TCR, анализированных по образцу периферической крови субъекта по меньшей мере во временной точке до введения противоракового лекарственного средства.
63. Способ по п.62, где характеристику клонального состава репертуаров TCR у потенциального пациента определяют по относительно низкому разнообразию TCR, по сравнению с разнообразием TCR у здоровых доноров.
64. Способ по п.62 или 63, где характеристику клонального состава анализируют посредством способа, включающего секвенирование TCR или их фрагментов.
65. Способ по п.62, где характеристику клонального состава репертуаров TCR определяют по распределению клональной частоты TCR.
66. Способ по любому из пп. 62-65, где характеристику клонального состава репертуаров TCR дополнительно анализируют посредством расчета паттерна распределения частоты клонов TCR.
67. Способ по п.66, где паттерн распределения частоты клонов TCR анализируют с использованием одного или нескольких из: коэффициента Джини, энтропии Шеннона, DE50, суммы квадратов и кривой Лоренца.
68. Способ по п.62, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство является ассоциированной с увеличенной клональностью TCR.
69. Способ по п.62, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство является ассоциированной с увеличенной частотой клонов TCR среднего и/или большого, и/или сверхразмноженного размера.
70. Способ по п.62, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство ассоциирована с характеристикой клонального состава репертуаров TCR по любому из пп. 63-69, где характеристику клонального состава анализируют по образцу периферической крови субъекта до введения терапевтически эффективного количества противоракового лекарственного средства.
71. Способ по п.62, где клональный состав характерных репертуаров TCR содержит показатель клональной стабильности TCR.
72. Способ по п.70 или 71, где клональную стабильность TCR анализируют как оборачиваемость TCR между первой и второй временными точками, где первая временная точка присутствует до введения противоракового лекарственного средства и вторая временная точка представляет собой временную точку на протяжении длительности лечения.
73. Способ по п.71, где вторая временная точка присутствует до введения вакцины.
74. Способ по п.70, где клональную стабильность TCR анализируют с использованием дивергенции Йенсена-Шеннона.
75. Способ по п.70, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство является ассоциированной с более высокой стабильностью TCR.
76. Способ по п.70, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство является ассоциированной с уменьшенной оборачиваемостью клонов T-клеток между первой временной точкой и второй временной точкой.
77. Способ лечения злокачественной опухоли у нуждающегося в этом субъекта, включающий: введение терапевтически эффективного количества противоракового лекарственного средства субъекту, где субъект имеет увеличенную вероятность ответа на противораковое лекарственное средство, где увеличенная вероятность ответа субъекта на противораковое лекарственное средство является ассоциированной с присутствием одного или нескольких генетических вариантов у субъекта, где субъект тестирован по присутствию одного или нескольких генетических вариантов с использованием анализа и идентифицирован как имеющий один или более генетических вариантов, где один или более генетических вариантов содержат генетический вариант аллеля ApoE, содержащий (i) генетический вариант аллеля ApoE2, содержащий последовательность, кодирующую белок ApoE R158C, или (ii) генетический вариант аллеля ApoE4, содержащий последовательность, кодирующую белок ApoE C112R.
78. Способ по п.77, где противораковое лекарственное средство содержит неоантигенную пептидную вакцину.
79. Способ по п.77, где противораковое лекарственное средство дополнительно содержит антитело против PD1.
80. Способ по п.77, где противораковое лекарственное средство не включает монотерапию антителом против PD1.
81. Способ по п.77, где злокачественная опухоль представляет собой меланому.
82. Способ по п.77, где субъект является гомозиготным по генетическому варианту аллеля ApoE2.
83. Способ по п.77, где субъект является гетерозиготным по генетическому варианту аллеля ApoE2.
84. Способ по п.77, где субъект является гомозиготным по генетическому варианту аллеля ApoE4.
85. Способ по п.77, где субъект является гетерозиготным по генетическому варианту аллеля ApoE4.
86. Способ по п.77, где субъект имеет аллель ApoE, содержащий последовательность, кодирующую белок ApoE, который не представляет собой ни белок ApoE R158C, ни белок ApoE C112R.
87. Способ по п.77, где субъект имеет rs7412-T и rs449358-T.
88. Способ по п.77, где субъект имеет rs7412-C и rs449358-C.
89. Способ по п.77, где эталонный субъект, который является гомозиготным по аллелю ApoE3, имеет уменьшенную вероятность ответа на противораковое лекарственное средство.
90. Способ по п.77, где анализ представляет собой генетический анализ.
91. Способ по п.77, где противораковое лекарственное средство содержит один или более пептидов, содержащих эпитоп злокачественной опухоли.
92. Способ по п.77, где противораковое лекарственное средство содержит (i) полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов по п.91,
a. или (ii) одну или несколько APC, содержащих один или более пептидов, или полинуклеотид, кодирующий один или более пептидов,
b. или (iii) T-клеточный рецептор (TCR), специфический для эпитопа злокачественной опухоли из одного или нескольких пептидов в комплексе с белком HLA.
93. Способ по любому из пп. 77-92, где противораковое лекарственное средство дополнительно содержит иммуномодулирующее средство.
94. Способ по п.93, где иммунотерапевтическое средство представляет собой антитело против PD1.
95. Способ по п.77, где противораковое лекарственное средство не представляет собой ниволумаб отдельно или пембролизумаб отдельно.
96. Способ по п.77, где один или более генетических вариантов содержит chr19:44908684 T>C; где положения на хромосоме одного или нескольких генетических вариантов определяют в соответствии с UCSC hg38.
97. Способ по п.77, где один или более генетических вариантов содержит chr19:44908822 C>T; где положения на хромосоме одного или нескольких генетических вариантов определяют в соответствии с UCSC hg38.
98. Способ по п.77, дополнительно включающий тестирование субъекта по присутствию одного или нескольких генетических вариантов с использованием анализа до введения.
99. Способ по п.77, где генетический вариант аллеля ApoE2 представляет собой зародышевый вариант.
100. Способ по п.77, где генетический вариант аллеля ApoE4 представляет собой зародышевый вариант.
101. Способ по п.77, включающий введение субъекту противоракового лекарственного средства, содержащего один или более пептидов, содержащих эпитоп злокачественной опухоли; где субъекта определяют как имеющего зародышевый аллельный вариант ApoE4.
102. Способ по п.101, где лекарственное средство дополнительно содержит одно или более из: вспомогательной терапии, терапии цитокином или терапии иммуномодулятором.
103. Способ по п.101 или 102, где терапия иммуномодулятором представляет собой ингибитор PD1, такой как антитело против PD1.
104. Способ по любому из пп. 101-103, где лекарственное средство не включает монотерапию ингибитором PD1.
105. Способ по п.77, дополнительно включающий введение средства, которое стимулирует активность ApoE или имеет активность ApoE.
106. Способ по п.77, дополнительно включающий введение средства, ингибирующего активность ApoE.
107. Способ по любому из предшествующих пп., где злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль из клеток поджелудочной железы.
108. Способ по любому из предшествующих пп., где лекарственное средство содержит вакцину.
109. Способ по любому из предшествующих пп., где лекарственное средство содержит пептидную вакцину, содержащую по меньшей мере один, два, три или четыре антигенных пептида.
110. Способ по любому из предшествующих пп., где лекарственное средство содержит пептидную вакцину, содержащую по меньшей мере один, два, три или четыре неоантигенных пептида.
111. Способ по любому из предшествующих пп., где лекарственное средство содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую пептид, где пептид представляет собой неоантигенный пептид.
112. Способ по любому из предшествующих пп., где лекарственное средство включает комбинированную терапию, включающую одно или более антител - ингибиторов контрольной точки, и вакцину, содержащую неоантигенный пептид, или нуклеиновую кислоту, кодирующую неоантигенный пептид.
113. Способ по п.70, где характеристику клонального состава анализируют по образцу периферической крови субъекта до введения вакцины, где вакцина содержит по меньшей мере один пептид или полинуклеотид, кодирующий пептид, где противораковое лекарственное средство содержит комбинацию неоантигенной вакцины и антитела против PD1, где неоантигенную вакцину вводят или вводят совместно после периода введения антитела против PD1 отдельно.