БАКТЕРИОФАГИ, ФАГОВЫЕ ПЕПТИДЫ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Выделенный бактериофаг, имеющий геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 781 или SEQ ID NO: 1074, причем указанный бактериофаг обладает активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumanni, Klebsiella pneumonia и Escherichia coli.
2. Фармацевтическая композиция, обладающая активностью в отношении Staphylococcus aureus и содержащая эффективное количество бактериофага по п. 1, имеющего геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 560, и фармацевтически приемлемый носитель.
3. Фармацевтическая композиция по п. 2, дополнительно содержащая один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении Staphylococcus aureus.
4. Фармацевтическая композиция по п. 2, дополнительно содержащая один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Staphylococcus aureus.
5. Белок, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216 и SEQ ID NO: 1261, который представляет собой белок лизин, обладающий активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli и кодируемый последовательностью нуклеиновой кислоты генома бактериофага по п. 1.
6. Белок, обладающий активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli, причем белок имеет аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216 и SEQ ID NO: 1261, и соответствует белку лизину, кодируемому последовательностью нуклеиновой кислоты генома бактериофага по п. 1.
7. Белок, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO:235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NO: 999-1004, SEQ ID NO: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266, который представляет собой хвостовой белок, обладающий активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli и кодируемый последовательностью нуклеиновой кислоты генома бактериофага по п. 1.
8. Белок, обладающий активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli, причем белок имеет аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NO: 999-1004, SEQ ID NO: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266, и соответствует хвостовому белку, кодируемому последовательностью нуклеиновой кислоты генома бактериофага по п. 1.
9. Фармацевтическая композиция, обладающая активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli, содержащая эффективное количество выделенного белка по любому из пп. 5-8 и фармацевтически приемлемый носитель.
10. Фармацевтическая композиция по п. 9, которая содержит по меньшей мере один выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1261, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266, обладающий активностью в отношении Staphylococcus aureus.
11. Фармацевтическая композиция по п. 9 или 10, дополнительно содержащая один или более бактериофагов или дополнительных белков, кодируемых геномом бактериофага, причем один или более бактериофагов или дополнительных белков являются эффективными в отношении Staphylococcus aureus и/или эффективными в отношении бактерий, отличных от Staphylococcus aureus.
12. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 2-4, дополнительно содержащая по меньшей мере четыре дополнительных выделенных фага, причем указанные четыре дополнительных фага выбраны из группы, состоящей из F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05, F125/10 и F1245/05; причем
указанный F391/08 имеет геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 1;
указанный F394/08 имеет геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 2;
указанный F488/08 имеет геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 3;
указанный F510/08 имеет геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 4;
указанный F387/08 имеет геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 781; и
указанный F125/10 имеет геном, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 1074.
13. Фармацевтическая композиция по п. 12, в которой указанные по меньшей мере четыре других фага представляют собой F510/08, F125/10, F1245/05 и/или F770/05.
14. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 2-4, которая дополнительно содержит F770/05 и/или F1245/05.
15. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 2-4 или 9-14, причем указанная композиция составлена для топического нанесения.
16. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую белок по любому из пп. 5-8, причем белок обладает активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli.
17. Применение терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп. 2-4 или 9-15 в производстве лекарственного препарата для лечения или уменьшения частоты возникновения бактериальной инфекции, ассоциированной по меньшей мере с одним из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli, у субъекта, нуждающегося в этом.
18. Применение по п. 17, причем инфекция является нозокомиальной.
19. Применение по п. 17, причем инфекция является кожной инфекцией.
20. Применение по п. 19, причем кожная инфекция ассоциирована с язвой диабетической стопы, токсическим некрозом эпидермиса, сыпью или карбункулами.
21. Применение по любому из пп. 17-20, причем композиция вводится топическим путем.
22. Применение по п. 17, причем инфекция представляет собой пневмонию или другую инфекцию дыхательных путей.
23. Применение по п. 22, причем указанный лекарственный препарат вводится путем ингаляции.
24. Применение по п. 23, причем введение путем ингаляции производится с помощью насоса, распылителя или небулайзера.
25. Применение по п. 23 или 24, причем указанный лекарственный препарат для введения с помощью ингаляции включает сухой порошок или аэрозольный спрей.
26. Применение по п. 17, причем инфекция ассоциирована по меньшей мере с одним состоянием, выбранным из группы, состоящей из гастроэнтерита, остеомиелита, эндокардита и перитонита.
27. Применение по п. 26, причем указанный лекарственный препарат вводится орально или парентерально.
28. Применение по п. 17, причем инфекция ассоциирована по меньшей мере с одним состоянием, выбранным из группы, состоящей из менингита или другой инфекции спинномозговой жидкости, синдрома токсического шока, бактериемии и сепсиса.
29. Применение по п. 28, причем указанный лекарственный препарат вводится внутривенно.
30. Применение по п. 17, причем инфекция представляет собой инфекцию мочевого тракта.
31. Применение по п. 30, причем указанный лекарственный препарат вводится с помощью катетера.
32. Применение по п. 17, причем субъектом является млекопитающее, предпочтительно человек.
33. Применение по любому из пп. 17-32, причем указанный лекарственный препарат дополнительно содержит по меньшей мере одно из:
(i) антибиотика для лечения указанной бактериальной инфекции Staphylococcus aureus;
(ii) одного или более дополнительных бактериофагов, обладающих активностью в отношении Staphylococcus aureus; и
(iii) одного или более дополнительных бактериофагов, обладающих активностью в отношении бактерий, отличных от Staphylococcus aureus.
34. Применение по п. 17, причем указанная инфекция представляет собой инфекцию Staphylococcus aureus, вызванную резистентным к метициллину штаммом Staphylococcus aureus (MRSA).
35. Применение по п. 34, причем указанный лекарственный препарат дополнительно содержит антибиотик, известный как обладающий антибактериальной активностью против MRSA.
36. Применение по п. 35, причем указанный антибиотик выбран из группы, состоящей из ванкомицина, тейкопланина, клиндамицина и сульфаметоксазола.
37. Способ диагностики возбудителя бактериальной инфекции, включающий
(i) культивирование образца ткани, отобранного у пациента;
(ii) приведение в контакт культуры со стадии (i) с бактериофагом по п. 1 или с белком по любому из пп. 5-8, обладающим активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli; и
(iii) мониторинг наличия роста или лизиса культуры,
при этом наличие лизиса культуры показывает, что культура содержит по меньшей мере один из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli.
38. Способ по п. 37, в котором образец ткани представляет собой образец крови, мочи, слюны, спинномозговой жидкости, биоптат ткани или мазок, отобранный у указанного пациента.
39. Способ уменьшения или ингибирования колонизации или роста по меньшей мере одного из видов бактерий Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli на твердой поверхности, включающий приведение в контакт указанной поверхности с бактериофагом по п. 1 или белком по любому из пп. 5-8, обладающим активностью в отношении указанных бактерий.
40. Способ по п. 39, в котором указанная поверхность представляет собой поверхность больничного инструмента или предмета больничного оборудования, предпочтительно хирургического инструмента или предмета хирургического оборудования.
41. Применение бактериофага по п. 1 или белка по любому из пп. 5-8, обладающего активностью в отношении по меньшей мере одного из Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, в производстве лекарственного препарата для уменьшения или ингибирования инфекции, ассоциированной с колонизацией или ростом по меньшей мере одного из видов бактерий Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и/или Escherichia coli, на биологической поверхности, с которой его приводят в контакт.
42. Применение по п. 41, причем биологическая поверхность представляет собой кожу или мембрану слизистой оболочки млекопитающего, предпочтительно кожу или мембрану слизистой оболочки человека.