БИОМАРКЕР ЖЕЛУДОЧНО-КИШЕЧНОГО РАКА

1. Биомаркер, специфичный для желудочно-кишечного рака, включающий:
(I) последовательность нуклеиновой кислоты, включающую SEQ ID NO:1 или фрагмент или вариант указанной последовательности нуклеиновой кислоты, или молекулу нуклеиновой кислоты, которая содержит указанную последовательность нуклеиновой кислоты, или
(II) аминокислотную последовательность, включающую SEQ ID NO:2 или фрагмент или вариант указанной аминокислотной последовательности, или аминокислотную молекулу, которая содержит указанную аминокислотную последовательность.
2. Биомаркер по п.1, отличающийся тем, что указанный фрагмент или вариант включает:
(I) последовательность нуклеиновой кислоты, имеющая по меньшей мере приблизительно 50%, или по меньшей мере приблизительно 60%, или по меньшей мере приблизительно 70%, или по меньшей мере приблизительно 75%, или по меньшей мере приблизительно 80%, или по меньшей мере приблизительно 85%, или по меньшей мере приблизительно 90%, или по меньшей мере приблизительно 95%, или по меньшей мере приблизительно 96%, или по меньшей мере приблизительно 97%, или по меньшей мере приблизительно 98%, или по меньшей мере приблизительно 99% идентичности последовательности нуклеиновой кислоты с SEQ ID NO:1, последовательность нуклеиновой кислоты, которая гибридизуется с ней при жестких условиях и/или последовательность нуклеиновой кислоты, которая комплементарна ей;
(II) аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 50%, или по меньшей мере приблизительно 60%, или по меньшей мере приблизительно 70%, или по меньшей мере приблизительно 75%, или по меньшей мере приблизительно 80%, или по меньшей мере приблизительно 85%, или по меньшей мере приблизительно 90%, или по меньшей мере приблизительно 95%, или по меньшей мере приблизительно 96%, или по меньшей мере приблизительно 97%, или по меньшей мере приблизительно 98%, или по меньшей мере приблизительно 99% идентичности по последовательности аминокислот с SEQ ID NO:2, или
(III) аминокислотную последовательность, кодируемую нуклеиновой кислотой (I).
3. Биомаркер по п.1, отличающийся тем, что указанный фрагмент включает: (I) по меньшей мере четыре, предпочтительно по меньшей мере пять, предпочтительно по меньшей мере шесть, предпочтительно по меньшей мере семь, предпочтительно по меньшей мере восемь последовательных аминокислот из SEQ ID NO:2 или (II), фрагмент нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1, кодирующий по меньшей мере четыре, предпочтительно по меньшей мере пять, предпочтительно по меньшей мере шесть, предпочтительно по меньшей мере семь, предпочтительно по меньшей мере восемь последовательных аминокислот из SEQ ID NO:2.
4. Биомаркер по п.1, отличающийся тем, что указанный фрагмент или вариант представляет собой функциональный фрагмент или вариант.
5. Биомаркер по п.1, отличающийся тем, что указанный биомаркер выбран из биомаркера, специфичного для рака пищевода, биомаркера, специфичного для рака желчного пузыря, биомаркера, специфичного для рака желудка, биомаркера, специфичного для рака печени, биомаркера, специфичного для рака поджелудочной железы, биомаркера, специфичного для рака желчных протоков, биомаркера, специфичного для рака кишки, биомаркера, специфичного для колоректального рака и биомаркера, специфичного для рака заднего прохода, при этом биомаркер, специфичный для колоректального рака может быть выбран из биомаркера, специфичного для рака толстой кишки и биомаркера, специфичного для рака прямой кишки.
6. Способ диагностики желудочно-кишечного рака у пациента или способ выявления пациента у которого присутствует риск развития желудочно-кишечного рака, включающий:
(а) определение количества специфичного для рака биомаркера по любому предыдущих пунктов в образце, полученном от пациента;
(б) сравнение количества выявленного указанного специфичного для рака биомаркера в образце от указанного пациента с количеством указанного специфичного для рака биомаркера в нормальном контрольном образце;
при этом разница в количестве указанного специфичного для рака биомаркера в образце от указанного пациента по сравнению с количеством указанного специфичного для рака биомаркера в нормальном контрольном образце ассоциирована с наличием желудочно-кишечного рака или ассоциирована с риском развития желудочно-кишечного рака.
7. Способ по п.6, который применяют для выявления ранней стадии рака, согласно которому увеличение количества биомаркера в образце, полученном от пациента, по сравнению с контролем свидетельствует о ранней стадии рака.
8. Способ по п.6, который применяют для выявления поздней стадии рака, согласно которому увеличение количества биомаркера в образце, полученном от пациента по сравнению с контролем, свидетельствует о поздней стадии рака.
9. Способ по п.6, отличающийся тем, что указанный образец включает биологическую жидкость или ткань, полученную от пациента.
10. Способ по п.9, отличающийся тем, что указанная биологическая жидкость или ткань включает кровь, мочу, жидкость, полученную при эндоскопии, панкреатическую жидкость или кал.
11. Способ по п.6, отличающийся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рак желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
12. Способ мониторинга прогрессирования желудочно-кишечного рака у пациента, включающий:
(а) определение количества специфичного для рака биомаркера по любому из пп.1-5 в образце, полученном от пациента;
(б) сравнение указанного определенного количества указанного биомаркера в образце от указанного пациента с количеством специфичного для рака биомаркера в нормальном контрольном образце; и
(в) повторение этапов (а) и (б) с двумя или более интервалами, при этом увеличение количества указанного специфичного для рака биомаркера у пациента с течением времени ассоциировано с увеличением прогрессирования желудочно-кишечного рака, а снижение количества указанного специфичного для рака биомаркера у пациента со временем ассоциировано с уменьшением прогрессирования желудочно-кишечного рака.
13. Способ по п.12, который применяют для мониторинга изменений стадии рака, согласно которому увеличение количества биомаркера, по сравнению с образцом, взятом на более ранней стадии заболевания, или контролем, свидетельствует о прогрессировании рака с более ранней стадии к более поздней стадии заболевания.
14. Способ по п.12, отличающийся тем, что указанный образец включает биологическую жидкость или ткань, полученную от пациента.
15. Способ по п.14, отличающийся тем, что указанная биологическая жидкость или ткань включает кровь, мочу, жидкость, полученную при эндоскопии, панкреатическую жидкость или кал.
16. Способ по п.12, отличающийся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рак желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
17. Способ мониторинга эффективности лечения желудочно-кишечного рака, включающий детектирование и/или количественную оценку специфичного для рака биомаркера по любому из пп.1-5 в образце, полученном от пациента.
18. Способ по п.17, отличающийся тем, что указанный образец включает биологическую жидкость или ткань, полученную от пациента.
19. Способ по п.18, отличающийся тем, что указанная биологическая жидкость или ткань включает кровь, мочу, жидкость, полученную при эндоскопии, панкреатическую жидкость или кал.
20. Способ по п.17, отличающийся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рак желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
21. Способ лечения пациента с желудочно-кишечным раком, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества (I) биомаркера по любому из пп.1-5, или (II) антитела или его фрагмента, специфически связывающегося с биомаркером по любому из пп.1-5.
22. Способ по п.21, отличающийся тем, что указанное антитело конъюгировано с цитотоксическим агентом.
23. Способ по п.21, отличающийся тем, что указанное антитело конъюгировано с выявляемым маркером.
24. Способ по п.21, отличающийся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рак желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
25. Способ визуализации желудочно-кишечного рака у пациента, включающий введение пациенту антитела или его фрагмента, специфически связывающегося с биомаркером по любому из пп.1-5.
26. Способ по п.25, отличающийся тем, что указанное антитело конъюгировано с выявляемым маркером.
27. Способ по п.25, отличающийся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рак желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
28. Композиция, содержащая биомаркер по любому из пп.1-5 для применения в качестве лекарственного средства.
29. Фармацевтическая композиция, содержащая композицию по п.28 для применения в качестве лекарственного средства.
30. Композиция, содержащая антитело или его фрагмент, который связывается с биомаркером по любому из пп.1-5 для применения в качестве лекарственного средства.
31. Фармацевтическая композиция, содержащая композицию по п.30 для применения в качестве лекарственного средства.
32. Вакцина против желудочно-кишечного рака, включающая биомаркер по любому из пп.1-5.
33. Вакцина против желудочно-кишечного рака по п.32, выбранная из вакцины против рака пищевода, вакцины против рака желчного пузыря, вакцины против рака желудка, вакцины против рака печени, вакцины против рака поджелудочной железы, вакцины против рака желчных протоков, вакцины против рака тонкой кишки, вакцины против колоректального рака и вакцины против рака заднего прохода, при этом вакцина против колоректального рака может быть выбрана из вакцины против рака толстой кишки и вакцины против рака прямой кишки.
34. Применение специфичного для рака биомаркера по любому из пп.1-5, обнаруживаемого в жидкости организма, в качестве биомаркера желудочно-кишечного рака.
35. Применение по п.34, отличающееся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рака желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
36. Применение биомаркера по любому из пп.1-5 в производстве лекарственного средства для лечения желудочно-кишечного рака.
37. Применение по п.36, отличающееся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рака желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
38. Применение антитела или его фрагмента, специфично связывающегося с биомаркером по любому из пп.1-5, в производстве лекарственного средства для лечения желудочно-кишечного рака.
39. Применение по п.38, отличающееся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рака желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
40. Композиция, которая содержит биомаркер по любому из пп.1-5, при этом указанная композиция предназначена для применения в лечении желудочно-кишечного рака.
41. Композиция по п.40, отличающаяся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рака желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
42. Композиция, которая содержит антитело или его фрагмент, который специфично связывается с биомаркером по любому из пп.1-5, при этом указанная композиция предназначена для применения в лечении желудочно-кишечного рака.
43. Композиция по п.42, отличающаяся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рака желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
44. Антитело или фрагмент указанного антитела, которое специфично связывается с биомаркером по любому из пп.1-5, для применения в способе визуализации желудочно-кишечного рака у пациента.
45. Антитело или фрагмент указанного антитела по п.44, отличающееся тем, что желудочно-кишечный рак выбран из рака пищевода, рака желчного пузыря, рака желудка, рака печени, рака поджелудочной железы, рака желчных протоков, рака тонкой кишки, колоректального рака и рака заднего прохода, при этом колоректальный рак может быть выбран из рака толстой кишки и рака прямой кишки.
46. Набор для использования в способе по любому из пп.6-27 или применения по п.34 или 39, при этом указанный набор включает лиганд, способный связываться или специфично узнавать специфичный для рака биомаркер по любому из пп.1-5, обнаруживаемый в жидкости организма, и репортерное средство.