АНТИТЕЛА, НАЦЕЛЕННЫЕ НА О-АНТИГЕН НА ОСНОВЕ ГАЛАКТАНА ИЗ К.PNEUMONIAE

1. Выделенное антитело, которое специфически распознает эпитоп галактана-III структуры O-антигена липополисахарида (LPS) из Klebsiella pneumoniae, эпитоп которого включен в повторяющиеся единицы, галактана-III, где повторяющаяся единица галактана-III представляет собой разветвленный гомополимер галактозы формулы (I)
Формула (I).
2. Антитело по п. 1, которое предпочтительно связывается с эпитопом галактана-III относительно эпитопа галактана-I или которое не реагирует перекрестно с эпитопом галактана-I, где эпитоп галактана-I включен в галактан-I повторяющиеся единицы структуры LPS O2a-антигена Klebsiella pneumoniae и где повторяющаяся единица галактана-I представляет собой линейный гомополимер галактозы формулы (II)
[→3)-β-D-Galƒ-(1→3)-α-D-Galp-(1→]
Формула (II).
3. Антитело по п. 1 или 2, в котором эпитоп галактана-III содержится в мультирезистентных (MDR) Klebsiella pneumoniae, в частности в клоне MDR ST258.
-7
-8
-9
4. Антитело по любому из пп. 1-3, которое нейтрализует эндотоксин штаммов Klebsiella pneumoniae, экспрессирующих эпитоп галактана-III и имеет аффинность связывания эпитопа галактана-III с Kd менее 10 М, предпочтительно менее 10 М, еще более предпочтительно менее 10 М.
5. Антитело по любому из пп. 1-4, которое представляет собой полноразмерное моноклональное антитело, его фрагмент, содержащий, по меньшей мере, один домен антитела, включающий участок связывания, или слитый белок, содержащий, по меньшей мере, один домен антитела, включающий участок связывания, в частности, где антитело представляет собой неприродное антитело, которое содержит рандомизированную или искусственную аминокислотную последовательность.
6. Антитело по любому из пп. 1-5, которое содержит, по меньшей мере, вариабельный участок тяжелой цепи антитела (VH), который характеризуется любой из последовательностей CDR1-CDR3, перечисленных в таблице 1, которые обозначены в соответствии с системой нумерации Кабат, или функционально активные варианты этих CDR.
7. Антитело по п.6, которое
A)
выбрано из группы, состоящей из представителей группы i) - iv), где
i)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR1, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 1; и
b) CDR2, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 2; и
с) CDR3, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 3;
ii)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR1, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 4; и
b) CDR2, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 5; и
с) CDR3, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 6;
iii)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR1, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 7; и
b) CDR2, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 8; и
с) CDR3, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 9;
iv)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR1, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 10; и
b) CDR2, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 11; и
с) CDR3, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 12;
или
B) антитело, которое является функционально активным вариантом исходного антитела, которое представляет собой любое из представителей группы A, которое содержит, по меньшей мере, один функционально активный CDR-вариант любого из CDR1, CDR2 или CDR3 исходного антитела.
8. Антитело по п. 6 или 7, включающее аминокислотную последовательность VH, выбранную из любой из последовательностей VH, отображенных на фиг. 2.
9. Антитело по любому из пп. 6-8, дополнительно включающее вариабельный участок легкой цепи антитела (VL), который содержит любую из последовательностей CDR4-CDR6, перечисленных в таблице 1, которые обозначены в соответствии с системой нумерации Кабат или функционально активные варианты этих CDR.
10. Антитело по п.9, которое
A)
выбрано из группы, состоящей из представителей группы i) - iv), где
i)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR4, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 13; и
b) CDR5, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 14; и
с) CDR6, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 15;
ii)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR4, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 16; и
b) CDR5, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 17; и
с) CDR6, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 18;
iii)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR4, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 19; и
b) CDR5, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 20; и
с) CDR6, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 18;
iv)
представляет собой антитело, которое включает
а) CDR4, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 19; и
b) CDR5, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 17; и
с) CDR6, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID 18;
или
B) антитело, которое является функционально активным вариантом исходного антитела, которое представляет собой любой из членов группы A, который содержит, по меньшей мере, один функционально активный CDR-вариант любого из CDR4, CDR5 или CDR6 исходного антитела.
11. Антитело по п. 10, содержащее аминокислотную последовательность VL, выбранную из любой из последовательностей VL, изображенных на фиг. 2.
12. Антитело по любому из пп. 6-11, включающее:
а) последовательности CDR1-CDR6 любого из антител, перечисленных в таблице 1; или
b) последовательности VH и VL любого из антител, отображенных на фиг. 2; или
с) которое является функционально активным вариантом исходного антитела, характеризуемого последовательностями а) - с),
предпочтительно, где
- функционально активный вариант включает, по меньшей мере, один функционально активный CDR-вариант любого из CDR1-CDR6 исходного антитела; и/или
- функционально активный вариант включает, по меньшей мере, одну точечную мутацию в каркасной области любой из последовательностей VH и VL;
и далее где
- функционально активный вариант имеет специфичность связывания того же эпитопа, что и исходное антитело; и/или
- функционально активным вариантом является человеческий, гуманизированный, химерный или мышиный вариант и/или вариант с созревшей аффинностью исходного антитела.
13. Антитело по любому из пп. 1-12, включающее функционально активный CDR-вариант любой из последовательностей CDR, как указано в таблице 1, где функционально активный CDR-вариант включает, по меньшей мере, одно из
а) 1, 2 или 3 точечные мутации в исходной последовательности CDR; и/или
b) 1 или 2 точечные мутации в любом из четырех C-концевых или четырех N-концевых или четырех центральных аминокислотных положений исходной последовательности CDR; и/или
с) по меньшей мере, 60% идентичность с исходной последовательностью CDR;
предпочтительно, где функционально активный CDR-вариант содержит 1 или 2 точечные мутации в любой последовательности CDR, состоящей из менее 4 или 5 аминокислот.
14. Антитело по любому из пп. 1-12, которое выбирают из группы, состоящей из
а) антитела, включающего
- последовательность CDR1 SEQ ID 1; и
- последовательность CDR2 SEQ ID 2; и
- последовательность CDR3 SEQ ID 3; и
- последовательность CDR4 SEQ ID 13; и
- последовательность CDR5 SEQ ID 14; и
- последовательность CDR6 SEQ ID 15;
b) антитела, включающего
- последовательность CDR1 SEQ ID 4; и
- последовательность CDR2 SEQ ID 5; и
- последовательность CDR3 SEQ ID 6; и
- последовательность CDR4 SEQ ID 16; и
- последовательность CDR5 SEQ ID 17; и
- последовательность CDR6 SEQ ID 18;
с) антитела, включающего
- последовательность CDR1 SEQ ID 7; и
- последовательность CDR2 SEQ ID 8; и
- последовательность CDR3 SEQ ID 9; и
- последовательность CDR4 SEQ ID 19; и
- последовательность CDR5 SEQ ID 20; и
- последовательность CDR6 SEQ ID 18;
d) антитела, включающего
- последовательность CDR1 SEQ ID 10; и
- последовательность CDR2 SEQ ID 11; и
- последовательность CDR3 SEQ ID 12; и
- последовательность CDR4 SEQ ID 19; и
- последовательность CDR5 SEQ ID 17; и
- последовательность CDR6 SEQ ID 18;
е) антитела, включающего
- последовательность CDR1 SEQ ID 4; и
- последовательность CDR2 SEQ ID 5; и
- последовательность CDR3 SEQ ID 6; и
- последовательность CDR4 SEQ ID 19; и
- последовательность CDR5 SEQ ID 20; и
- последовательность CDR6 SEQ ID 18;
и
f) антитела, включающего
- последовательность CDR1 SEQ ID 10; и
- последовательность CDR2 SEQ ID 11; и
- последовательность CDR3 SEQ ID 12; и
- последовательность CDR4 SEQ ID 19; и
- последовательность CDR5 SEQ ID 20; и
- последовательность CDR6 SEQ ID 18;
-8
или функционально активный CDR-вариант любого из вышеперечисленных, который имеет аффинность связывания антигена gal-III с Kd менее 10 М.
15. Антитело по любому из пп. 1-4, предназначенное для лечения объекта, подвергающегося риску инфицирования или колонизации Klebsiella pneumoniae или страдающего от него, включая введение объекту эффективного количества антитела для ограничения инфекции у объекта или для облегчения заболевания, вызванного указанной инфекцией, предпочтительно для лечения или профилактики любой первичной и вторичной бактериемии, пневмонии, инфекции мочевых путей, абсцесса печени, перитонита или менингита.
16. Фармацевтический препарат, включающий антитело по любому из пп. 1-14, предпочтительно включающий парентеральный или мукозальный состав, необязательно содержащий фармацевтически приемлемый носитель или эксципиент.
17. Применение антитела по любому из пп. 1-14 для диагностики инфекции или колонизации Klebsiella pneumoniae или связанного с ней заболевания, такого как первичная и вторичная бактериемия, пневмония, инфекция мочевых путей, абсцесс печени, перитонит или менингит у объекта.
18. Применение по п. 17, где объект представляет собой пациента с ослабленным иммунитетом или пациента с подавленным иммунитетом или его контакт.
19. Диагностический препарат антитела по любому из пп. 1-14, включающий антитело и дополнительный диагностический реагент в композиции или наборе, включающий компоненты
а) антитело; и
b) дополнительный диагностический реагент;
с) и необязательно твердую фазу для иммобилизации, по меньшей мере, одного из антител и диагностического реагента.
20. Диагностический препарат по п. 19, в котором дополнительный диагностический реагент представляет собой диагностическую метку или реагент, специфически реагирующий с антителом и/или продуктом реакции связывания антитела с его антигеном.
21. Способ диагностики инфекции или колонизации Klebsiella pneumoniae у объекта, вызванного штаммом Klebsiella pneumoniae, включающий
а) обеспечение антитела по любому из пп. 1-14, и
b) детекцию специфической иммунореакции антитела с эпитопом галактана-III в биологическом образце испытуемого, посредством чего диагностируется инфекция или колонизация Klebsiella pneumoniae.
22. Способ по п. 21, где биологические образцы представляют собой образец жидкости организма или ткани, предпочтительно образец, выбранный из группы, состоящей из образца крови, образца стула, образца кожи, образца мочи, спинномозговой жидкости и образца из дыхательных путей, такого как эндотрахеальные аспираты, плевральная жидкость, легочный пунктат, назальный тампон или мокрота, или изолят Klebsiella pneumoniae, происходящий из любого из вышеперечисленных источников.
23. Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая антитело по любому из пп. 1-14.
24. Экспрессирующая кассета или плазмида, содержащая кодирующую последовательность для экспрессии белка, содержащего VH и/или VL антитела по любому из пп. 1-14.
25. Клетка-хозяин, включающая экспрессирующую кассету или плазмиду по п. 24.
26. Способ получения антитела по любому из пп. 1-14, в котором клетка-хозяин по п. 25 культивируется или поддерживается в условиях получения указанного антитела.
27. Способ идентификации антитела-кандидата, включающий:
а) обеспечение образца, содержащего антитело или антителообразующую клетку; и
b) оценку в отношение связывания антитела в образце или продуцируемого образцом, с эпитопом галактана-III, как он определен в п. 1, где положительная реакция между антителом и эпитопом идентифицирует антитело в качестве антитела-кандидата.
28. Способ идентификации антитела-кандидата, включающий:
а) обеспечение образца, содержащего антитело или антителообразующую клетку; и
b) оценку в отношение связывания антитела в образце или продуцируемого образцом с эпитопом галактана-III, как он определен в п. 1, где специфическая положительная реакция между антителом и эпитопом галактана-III относительно эпитопа галактана-I идентифицирует антитело в качестве антитела-кандидата.
29. Способ получения антитела по любому из пп. 1-14, включающий
a) предоставление антитела-кандидата, идентифицированного по п. 27 или 28; и
b) получение моноклонального антитела или гуманизированной или человеческой формы антитела-кандидата или его производного с той же специфичностью связывания эпитопа, что и антитело-кандидат.