СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ОТВЕТА НА ТЕРАПЕВТИЧЕСКИЕ АГЕНТЫ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

1. Способ скрининга лечения по поводу тройного негативного рака молочной железы, который включает применение ингибитора андрогенового рецептора, где способ включает количественный анализ биологического образца, полученного от субъекта для того, чтобы определить классифицируется ли биологический образец, полученный от субъекта как базальноподобный подтип или другой подтип.
2. Способ по п. 1, в котором анализ биологического образца для определения является ли биологический образец классифицированным как базальноподобный подтип или другой подтип, выполняют путем определения экспрессии набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1.
3. Способ по п. 2, который включает:
(a) определение оценки базального центроидного классификатора образца по экспрессии набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1;
(b) определение оценки внутрипротокового А центроидного классификатора образца по экспрессии набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1; и
(c) вычисление оценки взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора исходя из оценки базального центроидного классификатора и оценки внутрипротокового А центроидного классификатора в соответствии со следующим уравнением:
,
где, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет больше, чем -0,3, то лечение рака молочной железы, которое включает применение ингибитора андрогенового рецептора, вероятно, является более эффективным у субъекта чем, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет меньше, чем или равняется -0,3.
4. Способ по п. 3, в котором если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет больше, чем -0,2, то лечение рака молочной железы, которое включает применение ингибитора андрогенового рецептора, вероятно, является более эффективным у субъекта чем, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет меньше, чем или равняется -0,2.
5. Способ по п. 4, в котором, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет больше, чем -0,25, то лечение рака молочной железы, которое включает применение ингибитора андрогенового рецептора, вероятно, является более эффективным у субъекта чем, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет меньше, чем или равняется -0,25.
6. Способ по п. 2, который включает определение оценки базального центроидного классификатора образца по экспрессии набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1, где, если оценка базального центроидного классификатора составляет меньше, чем или равняется 0,9, то лечение рака молочной железы, включающее введение ингибитора андрогенового рецептора, вполне вероятно, является более эффективным в лечении субъекта чем, если оценка базального центроидного классификатора составляет больше, чем 0,9.
7. Способ по п. 6, в котором, если оценка базального центроидного классификатора составляет меньше, чем или равняется 0,6, где лечение рака молочной железы, включающее введение ингибитора андрогенового рецептора, вполне вероятно, является эффективным в лечении субъекта.
8. Способ по п. 6, в котором, если оценка базального центроидного классификатора находится в диапазоне от 0,2 до 0,8, то лечение рака молочной железы, включающее введение ингибитора андрогенового рецептора, вполне вероятно, является эффективным в лечении субъекта.
9. Способ по п. 8, в котором, если оценка базального центроидного классификатора находится в диапазоне от 0,4 до 0,7, то лечение рака молочной железы включающее введение ингибитора андрогенового рецептора вполне вероятно, является эффективным в лечении субъекта.
10. Способ по какому-либо одному из пп. 1-9, в котором рак молочной железы у субъекта характеризуется присутствием рецепторных андроген-положительных опухолевых клеток.
11. Способ по какому-либо одному из пп. 1-9, в котором биологический образец выбирают из группы, состоящей из клетки, ткани и жидкости организма.
12. Способ по п. 11, в котором биологический образец включает ткань или клетки молочной железы.
13. Способ по п. 11, в котором ткань получают из биопсии.
14. Способ по п. 11, в котором жидкость организма выбирают из группы, состоящей из крови, лимфы, мочи, слюны, жидкости из протокового промывания, и соскового аспирирования.
15. Способ лечения тройного негативного рака молочной железы у субъекта, где указанный субъект имеет рак молочной железы, который включает клетки рака молочной железы, которые были классифицированы как не относящиеся к базальноподобному подтипу, при этом указанный способ включает проведение лечения рака молочной железы субъекту, которое включает введение ингибитора андрогенового рецептора, таким образом, обеспечивая лечение тройного негативного рака молочной железы у субъекта.
16. Способ по п. 15, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются по оценке взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора большей, чем -0,3, в соответствии с формулой:
,
где указанная оценка базального центроидного классификатора и указанная оценка внутрипротокового А центроидного классификатора определяются для клетки рака молочной железы субъекта по экспрессии с использованием указанных клеток набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1.
17. Способ по п. 16, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются по оценке взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора большей, чем -0,2.
18. Способ по п. 17, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются по оценке взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора большей, чем -0,25.
19. Способ по п. 15, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются по оценке базального центроидного классификатора меньшей, чем или равной 0,9, определенной по экспрессии с использованием указанных клеток набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1.
20. Способ по п. 19, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются по оценке базального центроидного классификатора меньшей, чем или равной 0,6.
21. Способ по п. 19, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются согласно оценке базального центроидного классификатора, которая находится в диапазоне от 0,2 до 0,8.
22. Способ по п. 21, в котором клетки рака молочной железы субъекта характеризуются согласно оценке базального центроидного классификатора, которая находится в диапазоне от 0,4 до 0,7.
23. Способ по какому-либо одному из пп. 15-22, в котором рак молочной железы субъекта характеризуется присутствием рецепторных андроген-положительных опухолевых клеток.
24. Способ по какому-либо одному из пп. 15-22, в котором ингибитор андрогенового рецептора выбирают из группы, состоящей из энзалутамида, бикалютамида, флутамида, нилутамида, ARN509, кетоконазола, абиратерона ацетата, VN/124-1 (TOK-001), ортеронела (TAK-700), финастерида, галетерона, ципротерона ацетата, андарина и их комбинации.
25. Способ по п. 24, в котором ингибитор андрогенового рецептора представляет собой энзалутамид.
26. Способ по п. 25, в котором энзалутамид вводят перорально один раз в день в дозе 160 мг.
27. Способ по п. 26, в котором энзалутамид вводят как одноразовую капсулу, которая включает 160 мг энзалутамида.
28. Способ по п. 26, в котором энзалутамид вводят в виде четырех капсул, где каждая капсула включает 40 мг энзалутамида.
29. Способ по какому-либо одному из пп. 15-22, в котором лечение рака молочной железы, включающее введение ингибитора андрогенового рецептора, дополнительно включает один или несколько других противораковых агентов, которые не являются ингибитором андрогенового рецептора.
30. Способ по п. 29, в котором другой противораковый агент, который не является ингибитором андрогенового рецептора, выбирают из группы, состоящей из циклофосфамида, фторурацила, 5-фторурацила, метотрексата, тиотепа, карбоплатина, цисплатина, таксанов, паклитаксела, связанного с белками паклитаксела, доцетаксела, винорелбина, тамоксифена, ралоксифена, торемифена, фулвестранта, гемцитабина, иринотекана, иксабепилона, темозолмида, топотекана, винкристина, винбластина, эрибулина, мутамицина, капецитабин, капецитабина, анастрозола, экземестана, летрозола, лейпролида, абареликса, бусерлина, госерелина, мегестрола ацетата, ризедроната, памидроната, ибандроната, аледроната, деносумаба, золедроната, трастузумаб, тикерба или бевацизумаба, и их комбинации.
31. Способ по п. 30, в котором другой противораковый агент, который не является ингибитором андрогенового рецептора, представляет собой паклитаксел.
32. Способ по п. 15, который дополнительно включает стадию исследования субъекта для того, чтобы определить имеет ли субъект рак молочной железы, который включает клетки рака молочной железы, которые не относятся к базальноподобному подтипу.
33. Способ по какому-либо одному из пп. 16-18, который дополнительно включает стадию исследования субъекта для того, чтобы определить оценку взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора клеток рака молочной железы у субъекта.
34. Способ по какому-либо одному из пп. 19-22, который дополнительно включает стадию исследования субъекта для того, чтобы определить оценку базального центроидного классификатора клеток рака молочной железы у субъекта.
35. Способ по п. 18, в котором субъект получал нулевой или один раунды предварительного лечения противораковым агентом, не относящимся к ингибитору андрогенового рецептора, для лечения тройного негативного рака молочной железы.
36. Способ лечения тройного негативного рака молочной железы у субъекта, который нуждается в таком лечении, который включает:
(а) обеспечение биологического образца от субъекта;
(b) анализ биологического образца для того, чтобы определить является ли биологический образец классифицированным как базальноподобный подтип или другой подтип; и
(c) если биологический образец классифицируется как не относящийся к базальноподобному подтипу, проведение лечения рака молочной железы субъекту, которое включает введение ингибитора андрогенового рецептора, таким образом, обеспечивая лечение рака молочной железы у субъекта.
37. Способ по п. 36, в котором анализ биологического образца для того, чтобы определить является ли биологический образец классифицированным как базальноподобный подтип или другой подтип, выполняется путем определения экспрессии внутренних генов, перечисленных в таблице 1.
38. Способ по п. 37, который включает:
(a) определение оценки базального центроидного классификатора и оценки внутрипротокового А центроидного классификатора образца по экспрессии набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1; и
(b) вычисление оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора исходя из оценки базального центроидного классификатора и оценки внутрипротокового А центроидного классификатора в соответствии со следующим уравнением:
;
и где лечение рака молочной железы проводят субъекту, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет больше, чем -0,3.
39. Способ по п. 38, в котором лечение рака молочной железы проводят, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет больше, чем -0,2.
40. Способ по п. 39, в котором лечение рака молочной железы проводят, если оценка взвешенного базального и внутрипротокового А классификатора составляет больше, чем -0,25.
41. Способ по п. 37, который включает определение оценки базального центроидного классификатора образца по экспрессии набора внутренних генов, перечисленных в таблице 1, при этом лечение рака молочной железы проводят, если оценка базального центроидного классификатора составляет меньше, чем или равняется 0,9.
42. Способ по п. 41, в котором лечение рака молочной железы проводят, если оценка базального центроидного классификатора составляет меньше, чем или равняется 0,6.
43. Способ по п. 41, в котором лечение рака молочной железы проводят субъекту, если оценка базального центроидного классификатора находится в диапазоне от 0,2 до 0,8.
44. Способ по п. 43, в котором лечение рака молочной железы проводят субъекту, если оценка базального центроидного классификатора находится в диапазоне от 0,4 до 0,7.
45. Способ по какому-либо одному из пп. 36-44, в котором рак молочной железы субъекта характеризуется присутствием рецепторных андроген-положительных опухолевых клеток.
46. Способ по какому-либо одному из пп. 36-44, в котором ингибитор андрогенового рецептора выбирают из группы, состоящей из энзалутамида, бикалютамида, флутамида, нилутамида, ARN509, кетоконазола, абиратерона ацетата, VN/124-1 (TOK-001), ортеронела (TAK-700), финастерида, галетерона, ципротерона ацетата, андарина и их комбинации.
47. Способ по п. 46, в котором ингибитор андрогенового рецептора представляет собой энзалутамид.
48. Способ по п. 47, в котором энзалутамид вводят перорально один раз в день в дозе 160 мг.
49. Способ по п. 48, в котором энзалутамид вводят как одноразовую капсулу, которая включает 160 мг энзалутамида.
50. Способ по п. 48, в котором энзалутамид вводят в виде четырех капсул, где каждая капсула включает 40 мг энзалутамида.
51. Способ по какому-либо одному из пп. 36-44, в котором лечение рака молочной железы, включающее введение ингибитора андрогенового рецептора, дополнительно включает один или несколько других противораковых агентов, которые не являются ингибитором андрогенового рецептора.
52. Способ по п. 51, в котором другой противораковый агент, который не является ингибитором андрогенового рецептора выбирают из группы, состоящей из циклофосфамида, фторурацила, 5-фторурацила, метотрексата, тиотепа, карбоплатина, цисплатина, таксанов, паклитаксела, связанного с белками паклитаксела, доцетаксела, винорелбина, тамоксифена, ралоксифена, торемифена, фулвестранта, гемцитабина, иринотекана, иксабепилона, темозолмида, топотекана, винкристина, винбластина, эрибулина, мутамицина, капецитабина, капецитабина, анастрозола, экземестана, летрозола, лейпролида, абареликса, бусерлина, госерелина, мегестрола ацетата, ризедроната, памидроната, ибандроната, аледроната, деносумаба, золедроната, трастузумаба, тикерба или бевацизумаба, и их комбинации.
53. Способ по п. 52, в котором другой противораковый агент, который не является ингибитором андрогенового рецептора, представляет собой паклитаксел.
54. Способ по какому-либо одному из пп. 36-44, в котором биологический образец выбирают из группы, состоящей из клетки, ткани и жидкости организма.
55. Способ по п. 54, в котором биологический образец включает ткань или клетки молочной железы.
56. Способ по п. 55, в котором ткань получают из биопсии.
57. Способ по п. 55, в котором жидкость организма выбирают из группы, состоящей из крови, лимфы, мочи, слюны, жидкости из протокового промывания, и соскового аспирирования.
58. Способ по п. 40, в котором субъект получал нулевой или один раунды предварительного лечения противораковым агентом, не относящимся к ингибитору андрогенового рецептора, для лечения тройного негативного рака молочной железы.