СПОСОБЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АБСОЛЮТНОГО КОЛИЧЕСТВА ПОЛИПЕПТИДОВ, ПРИСУТСТВУЮЩИХ В НЕБОЛЬШОМ КОЛИЧЕСТВЕ, С ПРИМЕНЕНИЕМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ

1. Способ определения абсолютного количества первого полипептида в образце, содержащем несколько полипептидов, предусматривающих первый полипептид и второй полипептид,
где первый полипептид присутствует в количестве, которое в по меньшей мере 10 раз меньше, чем количество второго полипептида,
при этом способ включает:
(a) проведение анализа пептидных продуктов, полученных из нескольких полипептидов, при нескольких значениях количества загруженного образца с применением метода жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) с получением сигналов MS от ионов пептидных продуктов, полученных из нескольких полипептидов, при каждом из нескольких значений количества загруженного образца,
при этом несколько значений количества загруженного образца предусматривают первое количество загруженного образца и второе количество загруженного образца, и
при этом первое количество загруженного образца больше, чем второе количество загруженного образца;
(b) расчет среднего значения или суммы значений сигналов MS для
n
A
(i) верхнего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из первого полипептида, с наивысшими значениями сигнала MS при первом количестве загруженного образца ();
n
B
(ii) верхнего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, с наивысшими значениями сигнала MS при втором количестве загруженного образца ();
m
C
(iii) среднего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, при первом количестве загруженного образца () и
D
(iv) среднего набора подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, при втором количестве загруженного образца (),
A
B
C
D
при этом все из , ,  и  рассчитывают с помощью среднего значения или все из них рассчитывают с применением суммы значений сигналов MS; и
(c) определение абсолютного количества первого полипептида при первом количестве загруженного образца на основе следующей формулы:
A
C
D
[()/()] * (количество второго полипептида в молях при первом количестве загрузки) * [()/(B)],
или ее математических эквивалентов.
2. Способ определения абсолютного количества первого полипептида в образце, содержащем несколько полипептидов, предусматривающих первый полипептид и второй полипептид,
где первый полипептид присутствует в количестве, которое в по меньшей мере 10 раз меньше, чем количество второго полипептида,
при этом способ включает:
(a) получение сигналов MS от ионов пептидных продуктов, полученных из нескольких полипептидов,
где указанные сигналы MS от ионов пептидных продуктов получают путем анализа пептидных продуктов, полученных из нескольких полипептидов, с применением метода жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS),
при этом сигналы MS от пептидных продуктов получают для каждого из нескольких значений количества загруженного образца, предусматривающих первое количество загруженного образца и второе количество загруженного образца, и
при этом первое количество загруженного образца больше, чем второе количество загруженного образца;
(b) расчет среднего значения или суммы значений сигналов MS для
n
A
(i) верхнего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из первого полипептида, с наивысшими значениями сигнала MS при первом количестве загруженного образца ();
n
B
(ii) верхнего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, с наивысшими значениями сигнала MS при втором количестве загруженного образца ();
m
C
(iii) среднего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, при первом количестве загруженного образца () и
D
(iv) среднего набора подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, при втором количестве загруженного образца (),
A
B
C
D
при этом все из , ,  и  рассчитывают с помощью среднего значения или все из них рассчитывают с применением суммы значений сигналов MS; и
(c) определение абсолютного количества первого полипептида при первом количестве загруженного образца на основе следующей формулы:
A
C
D
[()/()] * (количество второго полипептида в молях при первом количестве загрузки) * [()/(B)],
или ее математических эквивалентов.
3. Способ по п. 1 или 2, где используют среднее значение сигнала MS для определения абсолютного количества первого полипептида.
4. Способ по п. 1 или 2, где используют сумму значений сигналов MS для определения абсолютного количества первого полипептида.
5. Способ по любому из пп. 1-4, где выбирают средний набор подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, на основе погрешности количественного определения подходящих в результате качественного определения ионов пептидного продукта, полученного из второго полипептида, при нескольких значениях количества загруженного образца или первом количестве загруженного образца и/или втором количестве загруженного образца, при этом способ необязательно дополнительно включает осуществление выбора среднего набора подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида.
6. Способ осуществления выбора набора подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов для определения абсолютного количества первого полипептида в образце, содержащем несколько полипептидов, предусматривающих первый полипептид и второй полипептид,
где первый полипептид присутствует в количестве, которое в по меньшей мере 10 раз меньше, чем количество второго полипептида,
при этом способ включает
(a) проведение анализа пептидных продуктов, полученных из нескольких полипептидов, при нескольких значениях количества загруженного образца с применением метода жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) с получением сигналов MS от ионов пептидных продуктов, полученных из нескольких полипептидов, при каждом из нескольких значений количества загруженного образца,
при этом несколько значений количества загруженного образца предусматривают первое количество загруженного образца и второе количество загруженного образца, и
при этом первое количество загруженного образца больше, чем второе количество загруженного образца; и
m
(b) осуществление выбора среднего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида,
при этом выбирают средний набор подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, на основе погрешности количественного определения подходящих в результате качественного определения ионов пептидного продукта, полученных из второго полипептида, при нескольких значениях количества загруженного образца или первом количестве загруженного образца и/или втором количестве загруженного образца,
n
при этом необязательно способ дополнительно включает осуществление выбора верхнего набора из  числа подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, с наивысшими значениями сигнала MS при втором количестве загруженного образца.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где каждый из верхних наборов подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов отличается от каждого из средних наборов подходящих в результате качественного определения ионов.
8. Способ по любому из пп. 1-7, где сигнал MS представляет собой интенсивность ионизации, высоту пика, площадь пика или объем пика.
9. Способ по любому из пп. 1-7, где пептидные продукты, полученные из нескольких полипептидов, в образце получают посредством расщепления образца перед анализом пептидных продуктов с применением метода LC/MS.
10. Способ по любому из пп. 1-8, дополнительно включающий:
a) получение образца и/или
b) осуществление обработки нескольких полипептидов в образце с получением пептидных продуктов, при этом необязательно осуществление обработки образца включает одно или несколько из следующего:
i) центрифугирование образца с выделением нескольких полипептидов;
ii) осуществление очистки нескольких полипептидов в образце;
iii) удаление из образца компонентов, несовместимых с последующей обработкой и анализом с помощью масс-спектрометрии;
iv) расщепление нескольких полипептидов с получением пептидных продуктов и
v) осуществление очистки пептидных продуктов.
11. Способ по любому из пп. 1-10, где метод LC/MS включает разделение пептидных продуктов посредством метода жидкостной хроматографии и/или осуществление обработки полученных сигналов MS пептидных продуктов.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где метод LC/MS дополнительно включает одно или несколько из следующего:
(a) идентификация пептидных продуктов по аминокислотной последовательности;
(b) идентификация первого полипептида по идентификатору белка и
(c) идентификация одного или нескольких из нескольких полипептидов по идентификатору белка.
13. Способ по любому из пп. 1-12, дополнительно включающий определение абсолютного количества второго полипептида.
14. Способ по любому из пп. 1-13, где первый полипептид представляет собой белок клетки-хозяина и/или биомаркер; и/или второй полипептид представляет собой рекомбинантный полипептид, продуцируемый клеткой-хозяином, и/или терапевтический полипептид.
15. Способ по любому из пп. 1-14, где первый полипептид присутствует в количестве, которое в по меньшей мере 100 раз меньше, чем количество второго полипептида.
16. Способ по любому из пп. 1-15, где образец представляет собой образец клеточной культуры, образец крови или образец сыворотки, при этом необязательно образец представляет собой образец крови или образец сыворотки, и второй полипептид представляет собой сывороточный альбумин.
17. Способ по любому из пп. 1-16, где образец представляет собой фармацевтический продукт или его промежуточное соединение и/или где образец был очищен или обогащен.
18. Способ по любому из пп. 1-17, где пептидные продукты представляют собой триптические пептидные продукты, полученные из нескольких полипептидов.
19. Способ по любому из пп. 1-18, где несколько значений количества загруженного образца предусматривают количества загруженного образца, находящиеся в диапазоне приблизительно 0,1-25 мкг общего белка.
20. Способ по любому из пп. 1-19, где первое количество загруженного образца составляет приблизительно 10 мкг общего белка и/или второе количество загруженного образца составляет приблизительно 1 мкг общего белка.
21. Способ по любому из пп. 1-20, дополнительно включающий осуществление выбора второго количества загруженного образца на основе сигналов MS для второго набора пептидных продуктов и/или осуществление выбора первого количества загруженного образца на основе сигналов MS для первого набора пептидных продуктов.
22. Способ по любому из пп. 1-21, где каждое из нескольких количеств загруженного образца характеризуется одинаковым общим объемом.
n
m
n
m
23. Способ по любому из пп. 1-22, где и/или  равняются 1 или больше, при этом необязательно  и/или  равняются 3.
24. Способ по любому из пп. 1-23, где выбирают средний набор подходящих в результате качественного определения ионов пептидных продуктов, полученных из второго полипептида, на основе последовательностей каждого из пептидных продуктов.
25. Способ обнаружения загрязняющего полипептида при получении терапевтического полипептида, при этом способ включает
(a) получение образца, содержащего терапевтический полипептид;
(b) определение наличия загрязняющего полипептида в образце;
при этом определение наличия загрязняющего полипептида основано на определении абсолютного количества загрязняющего полипептида в образце с применением способов по любому из пп. 1-24.