СЛИТЫЕ БЕЛКИ SIRP-АЛЬФА С ИММУНОГЛОБУЛИНОМ

1. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин, содержащий
внеклеточный домен IgV из SIRPα или варианта SIRPα, содержащий аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную остаткам 3-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 3-114 из SEQ ID NO: 8; и
молекулу иммуноглобулина или ее часть, которая связывается с поверхностным антигеном на болезнетворной клетке.
2. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 1 в случае, когда болезнетворная клетка представляет собой опухолевую клетку и поверхностный антиген представляет собой опухолевый антиген.
3. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 1 или 2, отличающийся тем, что вариант SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичную остаткам 3-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 3-114 из SEQ ID NO: 8.
4. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-3, отличающийся тем, что вариант SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичную остаткам 1-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 1-114 из SEQ ID NO: 8.
5. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 1, отличающийся тем, что вариант SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичную с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из: остатков 1-114 из SEQ ID NO: 193, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 194, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 195, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 196, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 197, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 198, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 199, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 200 и остатков 1-115 из SEQ ID NO: 190.
6. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 1, отличающийся тем, что внеклеточный домен IgV содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из остатков 1-115 из SEQ ID NO: 6, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 8, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 193, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 194, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 195, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 196, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 197, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 198, остатков 1-115 из SEQ ID NO: 199, остатков 1-114 из SEQ ID NO: 200 и остатков 1-115 из SEQ ID NO: 190.
7. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 1, отличающийся тем, что вариант SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичную остаткам 1-343 из SEQ ID NO: 6.
8. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-7, отличающийся тем, что вариант SIRPα имеет модификацию аминокислот в одном или более положениях, соответствующих положениям 6, 27, 31, 37, 54, 56, 66 или 72 из SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8.
9. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой замену, выбранную из группы, состоящей из: V6I; V27I; A27I; I31R; I31T; Q37W; Q37H; E54P; H56P; S66Q; L66Q и M72R.
10. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой V6I.
11. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой V27I или A27I.
12. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой I31R.
13. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой I31T.
14. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой Q37W.
15. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой Q37H.
16. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой E54P.
17. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой H56P.
18. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой S66Q или L66Q.
19. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 8, отличающийся тем, что модификация представляет собой M72R.
20. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пунктам 1-7, отличающийся тем, что вариант SIRPα имеет модификацию аминокислот в одном или более положениях, соответствующих положениям 4, 6, 27, 31, 35, 37, 47, 52, 53, 54, 56, 66, 67, 68, 72, 92 или 94 из SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8.
21. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 20, отличающийся тем, что модификация представляет собой замену, делецию или вставку аминокислоты.
22. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 21, отличающийся тем, что модификация представляет собой замену.
23. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пунктам 21-22, отличающийся тем, что замена представляет собой одну или более замен, выбранных из:
a. замены в положении, соответствующем положению 4, при этом замена представляет собой L4V;
b. замены в положении, соответствующем положению 6, выбранной из V6A, V6C, V6D, V6E, V6G, V6I, V6L, V6M, V6N, V6Q, V6S или V6T;
c. замены в положении, соответствующем положению 27, выбранной из A27C, A27D, A27G, A27H, A27I, A27K, A27L, A27N, A27Q, A27R, A27S, A27T или A27V; либо V27A, V27C, V27D, V27G, V27H, V27I, V27K, V27L, V27N, V27Q, V27R, V27S или V27T;
d. замены в положении, соответствующем положению 31, выбранной из I31A, I31C, I31E, I31K, I31Q, I31R, I31T или I31V;
e. замены в положении, соответствующем положению 35, выбранной из P35A, P35C, P35E, P35G, P35N, P35Q или P35S;
f. замены в положении, соответствующем положению 37, выбранной из Q37A, Q37C, Q37E, Q37G, Q37H, Q37K, Q37L, Q37M, Q37N, Q37R, Q37S, Q37T или Q37W;
g. замены в положении, соответствующем положению 47, выбранной из E47A, E47C, E47D, E47F, E47G, E47H, E47I, E47K, E47L, E47M, E47N, E47Q, E47R, E47S, E47T, E47V, E47W или E47Y;
h. замены в положении, соответствующем положению 52, выбранной из Q52A, Q52C, Q52E, Q52H или Q52M;
i. замены в положении, соответствующем положению 53, при этом замена представляет собой K53R;
j. замены в положении, соответствующем положению 54, выбранной из E54D или E54P;
k. замены в положении, соответствующем положению 56, выбранной из H56A, H56C, H56D, H56E, H56F, H56G, H56I, H56K, H56L, H56M, H56N, H56P, H56Q, H56R, H56S, H56T, H56V, H56W или H56Y;
l. замены в положении, соответствующем положению 66, выбранной из L66A, L66C, L66D, L66E, L66F, L66G, L66H, L66I, L66K, L66M, L66N, L66P, L66Q, L66S, L66T, L66V, L66W или L66Y; либо S66A, S66C, S66D, S66E, S66F, S66G, S66H, S66I, S66K, S66L, S66M, S66N, S66P, S66Q, S66T, S66V, S66W или S66Y;
m. замены в положении, соответствующем положению 67, выбранной из T67A, T67C, T67D, T67E, T67F, T67G, T67H, T67I, T67L, T67M, T67N, T67Q, T67R, T67S, T67V, T67W или T67Y;
n. замены в положении, соответствующем положению 68, при этом замена представляет собой K68R;
o. замены в положении, соответствующем положению 72, выбранной из M72A, M72C, M72D, M72E, M72F, M72G, M72H, M72I, M72K, M72L, M72N, M72Q, M72R, M72S, M72T, M72V, M72W или M72Y;
p. замены в положении, соответствующем положению 92, выбранной из V92A, V92C, V92D, V92E, V92G, V92I, V92M, V92N, V92Q, V92R, V92S или V92T; и/или
q. замены в положении, соответствующем положению 94, при этом замена представляет собой F94L.
24. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-23, отличающийся тем, что молекула иммуноглобулина или ее часть представляет собой вариабельный домен антитела.
25. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-23, отличающийся тем, что молекула иммуноглобулина или ее часть представляет собой Fc-область, сконструированную для содержания антигенсвязывающего сайта.
26. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 25, отличающийся тем, что Fc-область, сконструированная для содержания антигенсвязывающего сайта, представляет собой фрагмент Fcab.
27. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-23, отличающийся тем, что молекула иммуноглобулина представляет собой интактное антитело.
28. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-23, отличающийся тем, что молекула иммуноглобулина представляет собой антигенсвязывающую часть антитела.
29. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-28, отличающийся тем, что SIRPα или вариант SIRPα связан с легкой цепью антитела или ее частью.
30. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пунктам 1-28, отличающийся тем, что SIRPα или вариант SIRPα связан с тяжелой цепью антитела или ее частью.
2
31. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-23, содержащий часть молекулы иммуноглобулина, представляющую собой Fab-фрагмент антитела, F(abʹ)-фрагмент антитела или одноцепочечное антитело.
32. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-23, отличающийся тем, что молекула иммуноглобулина или ее часть связана с SIRPα или вариантом SIRPα через фрагмент линкера.
33. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-32, отличающийся тем, что SIRPα или вариант SIRPα связан на своем N-конце с молекулой иммуноглобулина или ее частью.
34. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-32, отличающийся тем, что SIRPα или вариант SIRPα связан на своем C-конце с молекулой иммуноглобулина или ее частью.
35. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-32, отличающийся тем, что SIPRα или вариант SIRPα связан с N-концом молекулы иммуноглобулина или ее части.
36. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-32, отличающийся тем, что SIPRα или вариант SIRPα связан с C-концом молекулы иммуноглобулина или ее части.
37. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 1-36 в случае, когда опухолевый антиген выбирают из группы, состоящей из HER2, HER3, EGFR, CD20, GD2, PD-L1 и CD19.
38. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 27, отличающийся тем, что антитело представляет собой анти-EGFR антитело.
39. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 38, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело представляет собой цетуксимаб.
40. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 38, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело содержит определяющие комплементарность области цетуксимаба.
41. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин, содержащий:
внеклеточный домен IgV из SIRPα или из варианта SIRPα, содержащий аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную остаткам 1-115 из SEQ ID NO: 190; и
молекулу иммуноглобулина или ее часть, которая связывается с поверхностным антигеном на болезнетворной клетке.
42. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 41 в случае, когда болезнетворная клетка представляет собой опухолевую клетку и поверхностный антиген представляет собой опухолевый антиген.
43. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 42, отличающийся тем, что вариант SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичную остаткам 1-115 из SEQ ID NO: 190.
44. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пунктам 41-43, отличающийся тем, что вариант SIRPα имеет модификацию аминокислот в одном или более положениях, соответствующих положениям 6, 27, 31, 37, 54, 56, 66 или 72 из SEQ ID NO: 190.
45. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 44, отличающийся тем, что модификацию выбирают из группы, состоящей из: V6I; V27I; A27I; I31R; I31T; Q37W; Q37H; E54P; H56P; S66Q; L66Q и M72R.
46. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин, содержащий:
анти-EGFR антитело или его антигенсвязывающую часть; и
внеклеточный домен IgV из SIRPα или из варианта SIRPα, содержащий аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную остаткам 1-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 1-114 из SEQ ID NO: 8.
47. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 46, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело содержит вариабельную область тяжелой цепи и вариабельную область легкой цепи цетуксимаба.
48. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 46, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело содержит определяющие комплементарность области цетуксимаба.
49. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 46, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело представляет собой цетуксимаб.
50. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 46, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело выбирают из группы, состоящей из цетуксимаба, панитумумаба, нимотузумаба, матузумаба, футуксимаба, имгатузумаба и нецитумумаба.
51. Слитый белок SIRPα-иммуноглобулин по п. 50, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело содержит определяющие комплементарность области из антитела, выбранного из цетуксимаба, панитумумаба, нимотузумаба, матузумаба, футуксимаба, имгатузумаба и нецитумумаба.
52. Слитый белок на основе иммуноглобулина по любому из пунктов 46-51, отличающийся тем, что вариант SIRPα имеет модификацию аминокислот в одном или более положениях, соответствующих положениям 6, 27, 31, 37, 54, 56, 66 или 72 из SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8.
53. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 52, отличающийся тем, что модификация представляет собой замену, выбранную из группы, состоящей из V6I; V27I; A27I; I31R; I31T; Q37W; Q37H; E54P; H56P; S66Q; L66Q и M72R.
54. Слитый белок на основе иммуноглобулина по любому из пунктов 46-53, отличающийся тем, что вариант SIRPα имеет модификацию аминокислоты в положении, соответствующем положению 37 из SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8, при этом замена представляет собой Q37W.
55. Слитый белок на основе иммуноглобулина, содержащий:
молекулу иммуноглобулина или ее часть, которая связывается с антигеном опухолевой клетки; и
CD47-связывающий фрагмент, представляющий собой внеклеточный домен IgV из SIRPα или варианта SIRPα, содержащий аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную остаткам 3-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 3-114 из SEQ ID NO: 8;
при этом слитый белок характеризуется % средней интенсивности флуоресценции (СИФ) при связывании красных клеток крови (ККК), составляющим 35% или менее, если % СИФ при связывании ККК с анти-CD47 антителом принимают за 100%, причем анти-CD47 антитело представляет собой B6H12/huIgG1,
при этом слитый белок также связывается с антигеном CD47 на клетках, не являющихся красными клетками крови.
56. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 55, отличающийся тем, что внеклеточный домен IgV из SIRPα или варианта SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 85% идентичную, по меньшей мере на 90% идентичную, по меньшей мере на 95% идентичную остаткам 3-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 3-114 из SEQ ID NO: 8.
57. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 55 или 56, отличающийся тем, что внеклеточный домен IgV из SIRPα или варианта SIRPα содержит аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 85% идентичную, по меньшей мере на 90% идентичную, по меньшей мере на 95% идентичную остаткам 1-115 из SEQ ID NO: 6 или остаткам 1-114 из SEQ ID NO: 8.
58. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 55-57 в случае, когда антиген опухолевой клетки представляет собой EGFR.
59. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пунктам 55-58, отличающийся тем, что молекула иммуноглобулина представляет собой интактное антитело.
60. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 59, отличающийся тем, что антитело представляет собой анти-EGFR антитело.
61. Слитый белок на основе иммуноглобулина по п. 60, отличающийся тем, что анти-EGFR антитело представляет собой цетуксимаб.
62. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 55-61, характеризующийся % СИФ при связывании ККК, составляющим менее 30%, менее 25%, менее 20%, менее 15%, менее 10%, менее 5%, менее 4%, менее 3%, менее 2% или менее 1%.
63. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп.55-61, характеризующийся % СИФ при связывании ККК, составляющим 0-1%, 0-2%, 0-3%, 0-4%, 1-2%, 1-3%, 1-4%, 2-3%, 2-4%, 3-4%, 5-10%, 3-7% или 3-10%.
64. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 55-61, характеризующийся % СИФ при связывании ККК, составляющим 5% или менее, 4% или менее, 3% или менее, 2% или менее, или 1% или менее.
65. Слитый белок на основе иммуноглобулина по пп. 55-61 в случае, когда клетка, не являющаяся красной клеткой крови, представляет собой опухолевую клетку.
66. Нуклеиновая кислота или нуклеиновые кислоты, кодирующие слитый белок на основе иммуноглобулина по любому из пп. 1-65.
67. Клетка, содержащая нуклеиновую кислоту или нуклеиновые кислоты по п. 66.
68. Способ получения слитого белка на основе иммуноглобулина путем поддержания клетки по п. 67 в условиях, допускающих экспрессию нуклеиновой кислоты или нуклеиновых кислот по п. 66.
69. Фармацевтическая композиция, содержащая фармацевтически эффективное количество слитого белка на основе иммуноглобулина по любому из пп. 1-65 и фармацевтически приемлемый носитель.
70. Способ лечения рака у млекопитающего, включающий введение эффективного количества слитого белка на основе иммуноглобулина по любому из пп. 1-65 млекопитающему, которое нуждается в этом.
71. Способ по п. 70 в случае, когда рак представляет собой рак молочной железы, колоректальный рак, рак легких, поджелудочной железы, эндометрия, яичников, желудка, предстательной железы, почки, шейки матки, миелому, лимфому, лейкоз, рак щитовидной железы, матки, мочевого пузыря, нейроэндокринной системы, головы и шеи, печени, носоглотки, яичек, мелкоклеточный рак легкого, немелкоклеточный рак легкого, меланому, базальноклеточный рак кожи, плоскоклеточный рак кожи, возвышающуюся дерматофибросаркому, карциному клеток Меркеля, глиобластому, глиому, саркому, мезотелиому или миелодиспластические синдромы.