НОВЫЕ ЗОНДЫ НА ОСНОВЕ АКТИВНОСТИ ДЛЯ НЕЙТРОФИЛЬНОЙ ЭЛАСТАЗЫ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Способ детектирования активности нейтрофильной эластазы (NE) в лизате образца ткани, включающий:
приготовление лизата из образца ткани, полученного от субъекта,
контактирование лизата с соединением формулы I:
или его солью,
где D представляет собой детектируемый элемент,
последующее подвергание, по меньшей мере, аликвоты лизата, полученного на стадии (2) гель-элетрофорезу; и затем
измерение детектируемого сигнала.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий после стадии (3) стадию:
(5) иммуноблоттинга с анти-NE антителом, и/или
где дополнительно выполняют следующие стадии:
(3a) иммунопреципитация соединения формулы I в отдельной аликвоте лизата стадии (2) с использованием антитела, специфичного для соединения формулы I или его фрагмента,
(4а) последующий анализ сопреципитированного материала,
где необязательно анализ на стадии (4а) включает:
- гель-электрофорез и последующий иммуноблоттинг с использованием анти-NE антитела, или
- секвенирование белка,
и предпочтительно включает гель-электрофорез и последующий иммуноблоттинг с использованием анти-NE антитела.
3. Способ по п.1 или 2, где перед стадией (2) аликвоту лизата со стадии (1) предварительно обрабатывают специфическим ингибитором NE, и где предварительно обработанную аликвоту затем обрабатывают аналогично необработанному лизату со стадии (1); и/или
где образец ткани выбран из группы, состоящей из биопсийного материала ротовой полости, образца пищевода, образца желудка, образца тонкой кишки, образца легкого, образца мокроты, образца поджелудочной железы, образца костного мозга, образца толстого кишечника, образца дистального отдела толстого кишечника, образца проксимального отдела толстого кишечника, биопсийного материала молочной железы, биопсийного материала предстательной железы, биопсийного материала прямой кишки, образца печени, образца кожи, образца опухоли, образца кала и биопсийного материала слизистой оболочки; где необязательно биопсийный материал слизистой оболочки выбран из группы, состоящей из биопсийного материала слизистой оболочки толстого кишечника, биопсийного материала дистального отдела слизистой оболочки толстого кишечника, биопсийного материала проксимального отдела слизистой оболочки толстого кишечника, биопсийного материала слизистой оболочки тонкого кишечника, биопсийного материала слизистой оболочки легкого, биопсийного материала слизистой оболочки прямой кишки, биопсийного материала слизистой оболочки пищевода и биопсийного материала слизистой оболочки ротовой полости.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, где субъектом является человек.
5. Способ по любому из предшествующих пунктов, где детектируют активированную форму NE, которая представляет собой усеченную форму зрелой NE, где необязательно образец ткани выбран из группы, состоящей из биопсийного материала ротовой полости, образца пищевода, образца желудка, образца тонкого кишечника, образца толстого кишечника, образца проксимального отдела толстого кишечника, образца дистального отдела толстого кишечника, образца прямой кишки, образца кала и биопсийного материала слизистой оболочки, где необязательно биопсийный материал слизистой оболочки выбран из группы, состоящей из биопсийного материала слизистой оболочки ротовой полости, биопсийного материала слизистой оболочки пищевода, биопсийного материала слизистой оболочки тонкого кишечника, биопсийного материала слизистой оболочки толстого кишечника и биопсийного материала слизистой оболочки прямой кишки.
6. Способ диагностики заболевания, ассоциированного с активностью NE, у субъекта, включающий:
приготовление лизата из образца ткани, полученного от субъекта,
контактирование лизата с соединением формулы I:
или его солью,
где D представляет собой детектируемый элемент,
последующее подвергание лизата гель-электрофорезу; и затем
измерение детектируемого сигнала.
7. Способ по п.6, где заболевание, ассоциированное с активностью NE, выбрано из группы, состоящей из целиакии, нарушения моторики желудочно-кишечного тракта, боли, зуда, кожного заболевания, ожирения, вызванного рационом, нарушения обмена веществ, астмы, ревматоидного артрита, пародонтита, воспалительного заболевания желудочно-кишечного тракта, функционального расстройства желудочно-кишечного тракта, рака, фиброзного заболевания, метаболической дисфункции, неврологического заболевания, хронической обструктивной болезни легких (COPD) и инфекции.
8. Способ по п.6 или 7, дополнительно включающий после стадии (3) стадию:
(5) иммуноблоттинга с анти-NE антителом; и/или
где дополнительно выполняют следующие стадии:
(3a) иммунопреципитация соединения формулы I в отдельной аликвоте лизата стадии (2) с использованием антитела, специфичного для соединения формулы I или его фрагмента,
(4а) последующий анализ сопреципитированного материала.
где анализ на стадии (4а) включает:
- гель-электрофорез и последующий иммуноблоттинг с использованием анти-NE антитела, или
- секвенирование белка,
и предпочтительно включает гель-электрофорез и последующий иммуноблоттинг с использованием анти-NE антитела.
9. Способ по любому из пп.6-8,
где перед стадией (2) аликвоту лизата со стадии (1) предварительно обрабатывают специфическим ингибитором NE, и предварительно обработанную аликвоту затем обрабатывают аналогично необработанному лизату со стадии (1); и/или
где образец ткани выбран из группы, состоящей из биопсийного материала ротовой полости, образца пищевода, образца желудка, образца тонкого кишечника, образца легкого, образца мокроты, образца поджелудочной железы, образца костного мозга, образца толстого кишечника, образца дистального отдела толстого кишечника, образца проксимального отдела толстого кишечника, биопсийного материала молочной железы, биопсийного материала предстательной железы, биопсийного материала прямой кишки, образца печени, образца кожи, образца опухоли, образца кала и биопсийного материала слизистой оболочки, где необязательно биопсийный материал слизистой оболочки выбран из группы, состоящей из биопсийного материала слизистой оболочки толстого кишечника, биопсийного материала слизистой дистального отдела толстого кишечника, биопсийного материала слизистой проксимального отдела толстого кишечника, биопсийного материала слизистой тонкого кишечника, биопсийного материала слизистой оболочки прямой кишки, биопсийного материала слизистой оболочки пищевода и биопсийного материала слизистой оболочки ротовой полости.
10. Способ по любому из пп.6 или 9, где субъектом является человек.
11. Способ по любому из пп.6-10, где способ предназначен для диагностики воспалительного заболевания кишечника,
где необязательно детектируют активированную форму NE, которая является усеченной формой зрелой NE, где необязательно у субъекта диагностируют воспалительное заболевание кишечника, если детектирована активированная форма NE.
12. Способ по п.11, где образец ткани выбран из группы, состоящей из биопсийного материала ротовой полости, образца пищевода, образца желудка, образца тонкого кишечника, образца проксимального отдела толстого кишечника, образца дистального отдела толстого кишечника, образца прямой кишки, образца кала и биопсийного материала слизистой оболочки, где необязательно образец ткани представляет собой биопсийный материал слизистой оболочки, выбранный из группы, состоящей из биопсийного материала слизистой оболочки ротовой полости, биопсийного материала слизистой оболочки тонкого кишечника, биопсийного материала слизистой оболочки толстого кишечника и биопсийного материала слизистой оболочки прямой кишки.
13. Способ по любому из пп.6-12, где воспалительное заболевание кишечника выбрано из группы, состоящей из острого колита, язвенного колита, болезни Крона, микроскопического колита, диверсионного колита, болезни Бехчета, иммуноонкологического колита, колита в результате химиотерапии/ лучевой терапии, колита на фоне синдрома «трансплантат против хозяина», коллагенозного колита, лимфоцитарного колита и колита неопределенной этиологии и поухита.
14. Способ по любому из пп.6-13, где воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит; или где воспалительное заболевание кишечника представляет собой болезнь Крона.
15. Способ по любому из пп.6-10, где способ предназначен для диагностики инфекции,
где необязательно инфекция выбрана из группы, состоящей из бактериальной инфекции и грибковой инфекции; и/или
где необязательно образец ткани представляет собой образец инфицированной ткани.
16. Способ по п.15, где инфекция представляет собой инфекцию легких, где необязательно инфекция легких представляет собой бактериальную инфекцию, где необязательно бактериальная инфекция представляет собой инфекцию, вызванную Legionella.
17. Способ по п.16, где образец ткани выбран из группы, состоящей из образца легкого, биопсийного материала слизистой оболочки легкого или образца мокроты.
18. Способ по любому из пп.6-10, где способ предназначен для диагностики рака,
где необязательно образец ткани выбран из группы, состоящей из образца опухоли, биопсийного материала ротовой полости, биопсийного материала слизистой оболочки ротовой полости, биопсийного материала молочной железы, биопсийного материала предстательной железы, биопсийного материала толстого кишечника, биопсийного материала слизистой оболочки толстого кишечника, биопсийного материала прямой кишки, биопсийного материала слизистой оболочки прямой кишки, биопсийного материала легкого, биопсийного материала слизистой оболочки легкого и образца мокроты; и/или
где необязательно рак выбран из группы, состоящей из рака ротовой полости, рака молочной железы, рака предстательной железы, рака прямой кишки и рака легких.
19. Способ по п.18, где рак представляет собой рак ротовой полости, и рак ротовой полости представляет собой плоскоклеточную карциному.
20. Способ по любому из пп.6-10, где способ предназначен для диагностики хронической обструктивной болезни легких, где необязательно образец ткани выбран из группы, состоящей из образца легкого, биопсийного материала слизистой оболочки легкого и образца мокроты.
21. Способ по любому из предшествующих пунктов, где приготовление лизата включает стадию очистки.
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, где гель-электрофорез представляет собой одномерный или двумерный гель-электрофорез, и/или где гель-электрофорез представляет собой SDS-PAGE или нативный PAGE, предпочтительно SDS-PAGE.
23. Способ по любому из предшествующих пунктов, где детектируемый элемент выбран из группы, состоящей из флуоресцентной метки, биотиновой метки, радиоактивной метки, хелатора и биоортогонального маркера для лигирования; и/или
где детектируемый сигнал измеряется посредством измерения флуоресценции или радиографии,
где необязательно измерение флуоресценции представляет собой флуоресценцию в геле; или
где необязательно измерению флуоресценции предшествует вторичное мечение, где необязательно вторичное мечение выбрано из группы, состоящей из вторичного мечения меченым стрептавидином, вторичного мечения флуорофором и вторичного мечения меченым антителом.
24. Способ по любому из предшествующих пунктов, где на стадии (2) лизат контактирует с соединением, имеющим формулу IA:
или его солью,
где D представляет собой детектируемый элемент.
25. Способ по любому из пп.1-24, где детектируемый элемент представляет собой флуоресцентную метку,
где необязательно флуоресцентная метка выбрана из группы, состоящей из Oregon green, борадиазаиндеценового красителя, родаминового красителя, красителя на основе бензопириллия, кумаринового красителя, цианиновой метки или бензоиндольной метки, или
где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку.
26. Способ по п.25, где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку, имеющую формулу, выбранную из следующей группы формул:
где в каждой из вышеприведенных формул,
2
3
2
2
5
2
3
2
5
A выбран из группы, состоящей из CH, C(CH), C(CH), NH, N(CH), N(CH), O, S и Se;
10
2
2
q
2
2
r
2
2
R выбран из группы, состоящей из $-(CH)p-C(= O)-& и $- (CH)-C(=O)-NH-[CHCHO]-CHCH-C(=O)-&;
где:
p равно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8;
q равно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8;
r равно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8;
$ представляет собой точку соединения с атомом азота цианиновой группы; и & представляет собой точку соединения с остальной частью молекулы;
11
1
8
6
10
R выбран из группы, состоящей из (C-C) алкила и (C-C) арила; и
12
R представляет собой H или сульфогруппу.
Способ по п. 25, где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку, имеющую формулу, выбранную из следующей группы формул:
где в каждой из вышеприведенных формул,
волнистая линия представляет собой точку соединения с остальной частью молекулы;
11
1
8
6
10
и R выбран из группы, состоящей из (C-C) алкила и (C-C) арила; или
где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку, имеющую формулу:
11
где волнистая линия представляет собой точку соединения с остальной частью молекулы; и R представляет собой метил или этил.
Способ по любому из пп.1-27,
где на стадии (2) лизат контактирует с соединением формулы II:
или его солью; или
где на стадии (2) лизат контактирует с соединением формулы IIA:
или его солью.
Способ по любому из пп.56-73, где детектируемый сигнал измеряют с помощью флуоресценции в геле.
Способ диагностики воспалительного заболевания кишечника у субъекта in vitro, включающий детектирование активированной формы NE, которая представляет собой усеченную форму зрелой NE, где субъектом является человек.
Способ по п.30, где способ включает стадию контактирования активированной формы NE с зондом на основе активности; и/или
где способ включает стадию контактирования активированной формы NE с анти-NE антителом.
Соединение формулы I:
или его соль,
где D представляет собой детектируемый элемент,
при условии, что соединения, в которых D соответствует одной из следующих формул, исключаются:
где в каждой из вышеприведенных формул волнистая линия представляет точку соединения с остальной частью молекулы.
Соединение по п.32, имеющее формулу IA:
или его соль,
где D представляет собой детектируемый элемент.
Соединение по п.32 или 33, где детектируемый элемент выбран из группы, состоящей из флуоресцентной метки, биотиновой метки, радиоактивной метки, хелатора и биоортогонального маркера для лигирования.
Соединение по любому из пп.32-34, где детектируемый элемент представляет собой флуоресцентную метку, где необязательно флуоресцентная метка выбрана из группы, состоящей из Oregon green, борадиазаиндеценового красителя, родаминового красителя, красителя на основе бензопириллия, кумаринового красителя, цианиновой метки или бензоиндольной метки, или
где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку.
Соединение по п.35, где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку, имеющую формулу, выбранную из следующей группы формул:
где в каждой из вышеприведенных формул,
2
3
2
2
5
2
3
2
5
A выбран из группы, состоящей из CH, C(CH), C(CH), NH, N(CH), N(CH), O, S и Se;
10
2
2
q
2
2
r
2
2
R выбран из группы, состоящей из $-(CH)p-C(= O)-& и $- (CH)-C(=O)-NH-[CHCHO]-CHCH-C(=O)-&;
где:
p равно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8;
q равно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8;
r равно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8;
$ представляет собой точку соединения с атомом азота цианиновой группы; и & представляет собой точку соединения с остальной частью молекулы;
11
1
8
6
10
R выбран из группы, состоящей из (C-C) алкила и (C-C) арила; и
12
R представляет собой H или сульфогруппу.
37. Соединение по п.35, где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку, имеющую формулу, выбранную из следующей группы формул:
где в каждой из вышеприведенных формул,
волнистая линия представляет собой точку соединения с остальной частью молекулы;
11
1
8
6
10
и R выбран из группы, состоящей из (C-C) алкила и (C-C) арила; или
где флуоресцентная метка представляет собой цианиновую метку, имеющую формулу:
11
где волнистая линия представляет собой точку соединения с остальной частью молекулы; и R представляет собой метил или этил.
38. Соединение формулы II:
или его соль.
39. Соединение формулы IIA:
или его соль.
40. Композиция, содержащая соединение по любому из пп.32-39 или его соль и эксципиент.