АНАЛИЗ АНТИТЕЛ

1. Способ детекции рака печени у субъекта-млекопитающего посредством детекции антитела в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, где антитело представляет собой аутоантитело, иммунологически специфическое для маркерного белка опухоли, выбранного из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B, где способ включает стадии:
(a) приведения тестируемого образца в контакт с маркерным антигеном опухоли, выбранным из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B; и
(b) определения присутствия или отсутствия комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце;
при этом присутствие указанных комплексов является показателем присутствия рака печени.
2. Способ детекции антитела в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, где антитело представляет собой аутоантитело, иммунологически специфическое для маркерного белка опухоли, выбранного из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B, где способ включает стадии:
(a) приведения тестируемого образца в контакт с маркерным антигеном опухоли, выбранным из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B; и
(b) определения присутствия или отсутствия комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце.
3. Способ по п. 2, где у субъекта-млекопитающего подозревают наличие рака печени.
4. Способ по п. 1 или 3, где субъект-млекопитающее тестирован как положительный по альфа-фетопротеину (AFP), дез-гамма-карбоксипротромбину (DCP) или реакционноспособному по отношению к лектину альфа-фетопротеину (AFP-L3).
5. Способ по п. 1 или 3, где субъект-млекопитающее тестирован как положительный по раку печени с использованием ультразвуковой проверки.
6. Способ по п. 1 или 3, где субъект-млекопитающее имеет цирроз печени, неалкогольную жировую дистрофию печени, алкогольную болезнь печени, болезнь Вильсона, наследственный гемохроматоз, аутоиммунный гепатит, гепатит B, гепатит C, документированное воздействие афлатоксина, шистозоматоз или сахарный диабет.
in vitro
7. Способ определения профиля антител индивидуума, страдающего раком печени, в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, где антитело представляет собой аутоантитело, иммунологически специфическое для маркерного белка опухоли, выбранного из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B, где способ включает стадии:
a) приведения тестируемого образца в контакт с маркерным антигеном опухоли, выбранным из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B; и
b) определения присутствия или отсутствия комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце, где способ повторяют для построения профиля продукции антител.
8. Способ диагностики и лечения рака печени у субъекта-млекопитающего посредством детекции антитела в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, где антитело представляет собой аутоантитело, иммунологически специфическое для маркерного белка опухоли, выбранного из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B, где способ включает стадии:
(a) приведения тестируемого образца в контакт с маркерным антигеном опухоли, выбранным из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B;
(b) определения присутствия или отсутствия комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце;
(c) диагностики у субъекта рака печени, когда детектированы комплексы маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестированном образце; и
(d) подвергания диагностированного субъекта лечению рака печени.
9. Способ прогнозирования ответа на лечение против рака печени, включающий детекцию антитела в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, где антитело представляет собой аутоантитело, иммунологически специфическое для маркерного белка опухоли, выбранного из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B, где способ включает стадии:
(a) приведения тестируемого образца в контакт с маркерным антигеном опухоли, выбранным из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B;
(b) определения присутствия или отсутствия комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце;
(c) детекции уровня специфического связывания между маркерным антигеном опухоли и аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце; и
(d) сравнения уровня специфического связывания между маркерным антигеном опухоли и аутоантителом с ранее установленной связью между уровнем связывания и вероятным исходом лечения;
при этом изменение уровня специфического связывания, по сравнению с контролем, позволяет прогнозировать, будет или не будет пациент отвечать на лечение против рака печени.
10. Способ по п. 8 или 9, где лечение рака печени выбрано из группы, состоящей из химиотерапии, радиочастотной абляции, резекции печени, трансплантации печени, вакцинации, лекарственных средств против факторов роста или передачи сигнала, эндокринной терапии, терапии человеческим антителом, транскатетерной артериальной химиоэмболизации, чрескожной инъекции этанола, микроволновой абляции, введения сорафениба и радиоэмболизации.
11. Способ по любому из пп. 1-10, где детектируют два или более аутоантител, и где способ включает стадию:
(a) приведения тестируемого образца в контакт с панелью из двух или более маркерных антигенов опухолей, содержащей маркерный антиген опухоли, выбранный из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B, и один или несколько дополнительных маркерных антигенов опухолей, иммунологически специфических по меньшей мере для одного из указанных аутоантител.
12. Способ по п. 11, где панель содержит два или более маркерных антигена опухолей представляющие собой отдельные антигены.
13. Способ по п. 12, где панель содержит два или более вариантов антигенов из одного или нескольких отдельных антигенов.
14. Способ по п. 12, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B.
15. Способ по любому из пп. 11-13, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит один или несколько маркерных антигенов опухолей, выбранных из группы, состоящей из NY-ESO-1, виментина, HSPA4, трансферрина, HNRNP-L, HSPD1, HNRNP-A2, SALL4, циклина B1, AFP, NPM1, YWHAZ, DDX3X, p62, CAGE, MAGE A4, RalA, GBU4-5, SOX2, AKR1B10, ApoA1, BCL2, CD44, CK18, CPS1, FUCA1, GLUL, HSPA2, IL-8, MDM2, PEBP1, пролактина, RGN, SPP1, SSX2 и TGFB1.
16. Способ по п. 15, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из
(i)CAGE, NY-ESO-1, MMP9, трансферрина, MAGE A4, RalA, HSPA4, SALL4, циклина B1, EpCAM, DDX3X и AIF1; или
(ii) CAGE, NY-ESO-1, MMP9, трансферрина, MAGE A4, RalA, HSPA4, SALL4, циклина B1, EpCAM, DDX3X, AIF1, SOX2 и AFP; или
(iii) MMP9, AIF1, EpCAM, NY-ESO-1, HSPA4, виментина, HNRNP-L и трансферрина.
17. Способ по п. 15, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из:
(i) AIF1, EpCAM, HSPA4 и CPS1; или
(ii) AIF1, CAGE, HSPD1, SOX2, SALL4, HSPA4 и трансферрина
18. Способ по п. 17, где субъект является женщиной.
19. Способ по п. 15, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из:
(i) EpCAM, NY-ESO-1, виментина, HSPA2, HSPA4 и HNRNP-L; или
(ii)  EpCAM, CAGE, SOX2, RalA, MAGE A4, DDX3X и NY-ESO-1
20. Способ по п. 19, где субъект является мужчиной.
21. Способ по п. 15, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из: MMP9, AIF1, EpCAM, DDX3X, SALL4, MAGE A4, NY-ESO-1, CAGE, RalA и SOX2.
22. Способ по п. 15, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит NY-ESO-1, виментин, HSPA4, трансферрин, HNRNP-L, HSPD1, HNRNP-A2, SALL4, циклин B1, AFP, NPM1, YWHAZ, DDX3X, p62, CAGE, MAGE A4, RalA, GBU4-5, SOX2, AKR1B10, ApoA1, BCL2, CD44, CK18, CPS1, FUCA1, GLUL, HSPA2, IL-8, MDM2, PEBP1, пролактин, RGN, SPP1, SSX2 и TGFB1.
23. Способ по п. 22, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из: MMP9, AIF1, EpCAM, CDKN1B, NY-ESO-1, виментина, HSPA4, трансферрина, HNRNP-L, HSPD1, HNRNP-A2, SALL4, циклина B1, AFP, NPM1, YWHAZ, DDX3X, p62, CAGE, MAGE A4, RalA, GBU4-5, SOX2, AKR1B10, ApoA1, BCL2, CD44, CK18, CPS1, FUCA1, GLUL, HSPA2, IL-8, MDM2, PEBP1, пролактина, RGN, SPP1, SSX2 и TGFB1.
24. Способ по любому из предшествующих пунктов, где маркерный антиген опухоли представляет собой природный белок или полипептид, рекомбинантный белок или полипептид, синтетический белок или полипептид, синтетический пептид, пептидомиметик, полисахарид или нуклеиновую кислоту.
25. Способ по любому из пп. 1 и 3-24, где рак печени представляет собой печеночно-клеточную карциному (HCC).
26. Способ по любому из предшествующих пунктов, где физиологическая жидкость выбрана из группы, состоящей из плазмы, сыворотки, цельной крови, мочи, пота, лимфы, фекалий, спинномозговой жидкости, асцитной жидкости, плеврального выпота, семенной жидкости, мокроты, аспирата из сосков, послеоперационной серомы, слюны, амниотической жидкости, слез и жидкости от дренирования раны.
27. Способ по любому из предшествующих пунктов, где способ дополнительно включает детекцию альфа-фетопротеина (AFP), дез-гамма-карбоксипротромбина (DCP) или реакционноспособного по отношению к лектину альфа-фетопротеина (AFP-L3) в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего.
28. Способ по п. 27, где способ включает детекцию альфа-фетопротеина (AFP) в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего.
29. Способ по п. 28, где аутоантитела, иммунологически специфические для маркерных белков опухолей CAGE, NY-ESO-1, MMP9, трансферрина, MAGE A4, RalA, HSPA4, SALL4, циклина B1, EpCAM, DDX3X, и AIF1, детектируют в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего.
30. Способ по п. 28, где аутоантитела, иммунологически специфические для маркерных белков опухолей CAGE, NY-ESO-1, MMP9, трансферрина, MAGE A4, RalA, HSPA4, SALL4, циклина B1, EpCAM, DDX3X, AIF1, SOX2 и AFP, детектируют в тестируемом образце содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего.
31. Способ по любому из пп. 27-30, где физиологическая жидкость представляет собой кровь.
32. Применение маркерного антигена опухоли, выбранного из группы, состоящей из MMP9 AIF1, EpCAM и CDKN1B, в способе детекции рака печени у субъекта-млекопитающего посредством детекции аутоантитела, иммунологически специфического для MMP9, AIF1, EpCAM или CDKN1B, в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, где способ включает стадии:
(a) приведения тестируемого образца в контакт с маркерным антигеном опухоли, выбранным из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B; и
(b) определения присутствия или отсутствия комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестируемом образце;
при этом присутствие указанных комплексов является показателем присутствия рака печени.
33. Набор, пригодный для осуществления способа по любому из предшествующих пунктов, содержащий:
(a) один или несколько маркерных антигенов опухолей; и
(b) реагент, способный к детекции комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестированном образце.
34. Набор для детекции аутоантител в тестируемом образце, содержащем физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, содержащий:
(a) маркерный антиген опухоли, выбранный из группы, состоящей из MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B; и
(b) реагент, способный к детекции комплексов маркерного антигена опухоли, связанного с аутоантителами, присутствующими в тестированном образце.
35. Набор по п. 33 или 34, дополнительно содержащий:
(c) средства для приведения маркерного антигена опухоли в контакт с тестируемым образцом, содержащим физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего.
36. Набор по п. 35, где средства для приведения маркерного антигена опухоли в контакт с тестируемым образцом, содержащим физиологическую жидкость от субъекта-млекопитающего, содержат маркерный антиген опухоли, иммобилизованный на чипе, предметном стекле, планшете, лунках планшета для микротитрования, бусине, мембране или наночастице.
37. Набор по любому из пп. 33-36, где маркерный антиген опухоли представлен в панели из двух или более маркерных антигенов опухолей.
38. Набор по п. 37, где панель содержит два или более маркерных антигенов опухолей, представляющих собой отдельные антигены.
39. Набор по п. 37 или 38, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит MMP9, AIF1, EpCAM и CDKN1B.
40. Набор по любому из пп. 37-39, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит один или несколько маркерных антигенов опухолей, выбранных из группы, состоящей из NY-ESO-1, виментина, HSPA4, трансферрина, HNRNP-L, HSPD1, HNRNP-A2, SALL4, циклина B1, AFP, NPM1, YWHAZ, DDX3X, p62, CAGE, MAGE A4, RalA, GBU4-5, SOX2, AKR1B10, ApoA1, BCL2, CD44, CK18, CPS1, FUCA1, GLUL, HSPA2, IL-8, MDM2, PEBP1, пролактина, RGN, SPP1, SSX2 и TGFB1.
41. Набор по п. 40, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из:
(i) CAGE, NY-ESO-1, MMP9, трансферрина, MAGE A4, RalA, HSPA4, SALL4, циклина B1, EpCAM, DDX3X и AIF1; или
(ii) CAGE, NY-ESO-1, MMP9, трансферрина, MAGE A4, RalA, HSPA4, SALL4, циклина B1, EpCAM, DDX3X, AIF1, SOX2 и AFP; или
(iii) MMP9, AIF1, EpCAM, NY-ESO-1, HSPA4, виментина, HNRNP-L и трансферрина.
42. Набор по п. 40, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или ссотоит из:
(i) AIF1, EpCAM, HSPA4 и CPS1; или
(ii) AIF1, CAGE, HSPD1, SOX2, SALL4, HSPA4 и трансферрина.
43. Набор по п. 42, где субъект является женщиной.
44. Набор по п. 40, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из:
(i) EpCAM, NY-ESO-1, виментина, HSPA2, HSPA4 и HNRNP-L; или
(ii) EpCAM, CAGE, SOX2, RalA, MAGE A4, DDX3X и NY-ESO-1.
45. Набор по п. 44, где субъект является мужчиной.
46. Набор по п. 40, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из MMP9, AIF1, EpCAM, DDX3X, SALL4, MAGE A4, NY-ESO-1, CAGE, RalA и SOX2.
47. Набор по п. 40, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит NY-ESO-1, виментин, HSPA4, трансферрин, HNRNP-L, HSPD1, HNRNP-A2, SALL4, циклин B1, AFP, NPM1, YWHAZ, DDX3X, p62, CAGE, MAGE A4, RalA, GBU4-5, SOX2, AKR1B10, ApoA1, BCL2, CD44, CK18, CPS1, FUCA1, GLUL, HSPA2, IL-8, MDM2, PEBP1, пролактин, RGN, SPP1, SSX2 и TGFB1.
48. Набор по п. 47, где панель из двух или более маркерных антигенов опухолей содержит или состоит из MMP9, AIF1, EpCAM, CDKN1B, NY-ESO-1, виментина, HSPA4, трансферрина, HNRNP-L, HSPD1, HNRNP-A2, SALL4, циклина B1, AFP, NPM1, YWHAZ, DDX3X, p62, CAGE, MAGE A4, RalA, GBU4-5, SOX2, AKR1B10, ApoA1, BCL2, CD44, CK18, CPS1, FUCA1, GLUL, HSPA2, IL-8, MDM2, PEBP1, пролактин, RGN, SPP1, SSX2 и TGFB1.
49. Набор по любому из пп. 33-48 для детекции рака печени.
50. Набор по любому из пп. 33-49, где физиологические жидкости выбраны из группы, состоящей из плазмы, сыворотки, цельной крови, мочи, пота, лимфы, фекалий, спинномозговой жидкости, асцитной жидкости, плеврального выпота, семенной жидкости, мокроты, аспирата из сосков, послеоперационной серомы, слюны, амниотической жидкости, слез и жидкости от дренирования раны.