СПОСОБ ПРОЕКТИРОВАНИЯ ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА С ЗАДАННОЙ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРОЙ

Способ проектирования первичной структуры белка с заданной вторичной структурой на основе получения характеризующей ее последовательности аминокислот и описания вторичной структуры, заключающийся в следующем:
A) создают базу данных аминокислотных пентафрагментов белков, содержащую папки с пентафрагментами, причем исходный список папок составлен по их названиям, сформированным на основании закодированного в двоичной системе описания водородных связей пептидных групп пентафрагментов во вторичной структуре белков, и записывают ее на информационный носитель;
Б) вводят в память компьютера записанную на информационный носитель базу данных аминокислотных пентафрагментов белков;
B) задают и вводят в память компьютера начальную последовательность из пяти аминокислот, принадлежащих к группе из двадцати канонических аминокислот белков, являющуюся заданным начальным пентафрагментом;
Г) задают и вводят в память компьютера описание вторичной структуры заданного начального пентафрагмента в виде десятизначного числа в двоичной системе;
Д) вводят в память компьютера программу PROTCOM для выделения и поиска пентафрагментов проектируемого белка в базе данных и записи названий аминокислот найденных пентафрагментов и номеров папок базы данных, описывающих вторичную структуру, в которых обнаружены искомые пентафрагменты;
Е) вводят и запоминают заданный начальный пентафрагмент проектируемого белка в виде последовательности из пяти аминокислот в программу PROTCOM;
Ж) вводят и запоминают заданную вторичную структуру заданного начального пентафрагмента в виде десятизначного числа в двоичной системе в программу PROTCOM;
З) проводят поиск заданного начального пентафрагмента проектируемого белка в базе данных с помощью ранее записанной в память компьютера программы PROTCOM, при этом алгоритм поиска включает в себя:
- кодирование заданного начального пентафрагмента для целей поиска в базе данных;
- проведение поиска заданного начального пентафрагмента в базе данных в папке с заданной вторичной структурой пентафрагмента;
- при нахождении в папке заданного начального пентафрагмента считают этот пентафрагмент первым из возможного числа N пентафрагментов проектируемой первичной структуры белка и производят:
- фиксирование номера папки базы данных, содержащей первый пентафрагмент;
- запись последовательности аминокислот первого пентафрагмента в рабочий файл программы;
- запись десятизначного номера папки, описывающего вторичную структуру найденного первого пентафрагмента в рабочий файл;
- при не нахождении в папке заданного начального пентафрагмента:
- задают и вводят в память компьютера новую начальную последовательность из пяти аминокислот, принадлежащих к группе из двадцати канонических аминокислот белков, являющуюся новым заданным начальным пентафрагментом;
- вводят и запоминают новый заданный начальный пентафрагмент проектируемого белка в виде последовательности из пяти аминокислот в программу PROTCOM;
- проводят поиск нового заданного начального пентафрагмента проектируемого белка в базе данных с помощью ранее записанной в память компьютера программы PROTCOM, при этом алгоритм поиска включает в себя:
- кодирование нового заданного начального пентафрагмента для целей поиска в базе данных;
- проведение поиска нового заданного начального пентафрагмента в базе данных в папке с заданной вторичной структурой пентафрагмента;
- повторение задания новых начальных пентафрагментов и поиска новых заданных исходных пентафрагментов осуществляют до тех пор, пока не будет найден пентафрагмент с такой последовательностью аминокислот, которая находится в папке базы данных, описывающей заданную вторичную структуру пентафрагмента;
И) задают вторичные структуры каждого последующего из (N-1) пентафрагментов путем введения того же или измененного десятизначного числа, описывающего вторичную структуру предыдущего пентафрагмента в программу PROTCOM;
К) проводят поиск в базе данных пентафрагментов, содержащих четыре аминокислоты каждого из (N-1) пентафрагментов, записанных в рабочем файле и одну новую, при этом алгоритм поиска включает в себя:
- выделение и запоминание четырех последних аминокислот в каждом из (N-1) пентафрагментов, записанных в рабочем файле;
- поиск пентафрагментов, содержащих четыре последние аминокислоты каждого из (N-1) пентафрагментов, записанных в рабочем файле и одну новую аминокислоту в базе данных в папке с заданной вторичной структурой;
- при нахождении таких пентафрагментов производят:
- выбор одной из новых аминокислот и присоединение ее к четырем последним аминокислотам предыдущего пентафрагмента;
- производят запись новой аминокислоты в рабочий файл, отражающий проектируемую первичную структуру белка;
- производят запись десятичного номера папки, описывающего вторичную структуру каждого найденного пентафрагмента;
- при не нахождении таких пентафрагментов производят:
- задание измененной вторичной структуры;
- выделение четырех последних аминокислот в последующем пентафрагменте;
- поиск пентафрагментов, содержащих четыре последних аминокислоты предыдущего пентафрагмента и одну новую аминокислоту в базе данных в папке с измененной вторичной структурой;
- повторение изменения вторичной структуры и поиск в базе данных осуществляют до тех пор, пока не будет найден хотя бы один пентафрагмент, содержащий четыре аминокислоты предыдущего пентафрагмента;
Л) спроектированной первичной структурой белка считают полученную в рабочем файле последовательность аминокислот, с соответствующим описанием ее вторичной структуры.