МУКОАДГЕЗИВНЫЙ МИКРООРГАНИЗМ

1. Молочнокислая бактерия (МКБ), содержащая экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую гибридный белок, содержащий (А) N-концевой муцинсвязывающий полипептид и (В) С-концевой клеточно-адгезивный полипептид, который содержит домен заякоривания в клеточной стенке.
2. Бактерия по п. 1, отличающаяся тем, что указанный клеточно-адгезивный полипептид выбран из группы, состоящей из связывающего клетки и слизь белка A (CmbA), связывающего слизь белка (Mub), белка, способствующего адгезии к слизи (МарА), лактококкового муцинсвязывающего белка (MbpL) и любой комбинации перечисленного.
3. Бактерия по п. 2, отличающаяся тем, что указанный клеточно-адгезивный полипептид представляет собой CmbA, такой как CmbA Lactobacillus reuteri.
4. Бактерия по п. 2, отличающаяся тем, что указанный полипептид CmbA имеет последовательность аминокислот, по меньшей мере на 80% идентичную последовательности SEQ ID NO: 1.
5. Бактерия по п. 1, отличающаяся тем, что указанный муцинсвязывающий полипептид представляет собой фактор «трилистника» (TFF), выбранный из TFF1, TFF2 и TFF3.
6. Бактерия по п. 4, отличающаяся тем, что указанный полипептид TFF имеет последовательность аминокислот, по меньшей мере на 80% идентичную последовательности SEQ ID NO: 3.
7. Бактерия по п. 1, отличающаяся тем, что указанный гибридный белок содержит CmbA и TFF.
8. Бактерия по п. 1, отличающаяся тем, что указанный гибридный белок дополнительно содержит сигнальный пептид секреции, такой как SSusp45.
9. Бактерия по п. 1, отличающаяся тем, что указанную экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую гибридный белок, транскрипционно регулирует промотор, выбранный из группы, состоящей из промотора thyA (PthyA), промотора hlla (PhllA) и промотора gapB (PgapB).
10. Бактерия по п. 1, дополнительно содержащая экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере один терапевтический полипептид, выбранный из
a. цитокина;
b. интерлейкина (ИЛ), такого как ИЛ-2, ИЛ-10, ИЛ-18;
c. антитела или его фрагмента, такого как антитело против ФНО-α, антитело к ИЛ-4, антитело к ИЛ-5, антитело к ИЛ-13, антитело к ИЛ-15, антитело к иммуноглобулину Е (IgE);
d. антигена, такого как проинсулин (PINS), декарбоксилаза глутаминовой кислоты (GAD65), ассоциированный с инсулиномой белок 2 (IA-2), специфический островковый связанный с каталитической субъединицей глюкоза-6-фосфатазы белок (IGRP), цинковый транспортер 8 (ZnT8), хромогранин А, островковый амилоидный (препро)полипептид (ppIAPP), периферии, цитруллинированный регулируемый глюкозой белок (GRP), аллерген пыльцы деревьев (в том числе аллерген пыльцы березы или аллерген пыльцы японского кедра), аллерген пыльцы сорных трав, аллерген пыльцы травянистых растений, пищевой аллерген (в том числе аллерген арахиса, аллерген молока, аллерген яйца, аллерген глютена (эпитоп глиадина), аллерген клеща домашней пыли, аллерген плесневых грибов, аллерген частиц эпителия животных;
e. гормона, такого как глюкагоноподобный пептид-1 (ГПП 1-1), глюкагоноподобный пептид 2 (ГПП-2), глюкагон, эксендин-4, эпидермальный фактор роста и гормон роста;
f. TFF, такого как TFF1, TFF2 и TFF3.
g. фермента, такого как фенилаланинаммиаклиаза (ФАЛ), декарбоксилаза аминокислот;
и
h. любых комбинаций перечисленного.
11. Бактерия по п. 10, отличающаяся тем, что по меньшей мере один терапевтический полипептид представляет собой ФАЛ.
12. Бактерия по п. 10, отличающаяся тем, что указанную экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере один терапевтический полипептид, транскрипционно регулирует промотор gapB (PgapB).
13. МКБ по п. 1, выбранная из группы, состоящей из бактерии вида (sp.) Lactobacillus, бактерии вида Bifidobacterium, бактерии вида Streptococcus, бактерии вида Enterococcus и бактерии вида Lactococcus, такой как Lactococcus lactis.
14. Бактерия по п. 1, отличающаяся тем, что указанная бактерия, содержащая экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую гибридный белок, характеризуется:
a. увеличенной по меньшей мере на 10% продолжительностью времени транзита через желудочно-кишечный тракт (ЖКТ); и/или
b. увеличенной по меньшей мере на 10% адгезией к слизистой оболочке кишечника; и/или
c. увеличенной по меньшей мере на 20% муцинсвязывающей способностью in vitro; и/или
d. увеличенной по меньшей мере на 10% способностью к связыванию клеток Сасо-2 in vitro;
по сравнению с соответствующей бактерией, не содержащей указанной экзогенной нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный гибридный белок.
15. Бактерия по любому из предшествующих пунктов, дополнительно содержащая по меньшей мере одну мутацию или инсерцию, которая увеличивает накопление трегалозы, выбранную из
a. инсерции otsB Escherichia coli;
b. инсерции полицистронной экспрессионной кассеты, содержащей промотор usp45, usp45 и экзогенную нуклеиновую кислоту, кодирующую трегалоза-6-фосфатфосфатазу и, необязательно, межгенную область, такую как область rpmD, между указанным usp45 и указанной экзогенной нуклеиновой кислотой, кодирующей трегалоза-6-фосфатфосфатазу;
c. инсерции полицистронной экспрессионной кассеты, содержащей транспортеры трегалозы llmg_0453 и llmg_0454, в направлении 3' от промотора MIA (PhUA);
d. инактивации trePP;
e. инактивации ptcC и
f. комбинации любых из пунктов (а)-(е).
16. Фармацевтическая композиция, содержащая бактерию по любому из предшествующих пунктов и фармацевтически приемлемый носитель.
17. Применение бактерии по любому из пп. 1-15 или фармацевтической композиции по п. 16 при лечении или предотвращении заболевания, выбранного из группы, состоящей из аутоиммунного заболевания, аллергии, метаболического заболевания и заболевания желудочно-кишечного тракта.
18. Применение бактерии по любому из пп. 1-15 или фармацевтической композиции по п. 16, для получения лекарственного средства для лечения или предотвращения заболевания, выбранного из группы, состоящей из аутоиммунного заболевания, аллергии, метаболического заболевания, заболевания желудочно-кишечного тракта и пищевого нарушения.
19. Способ лечения заболевания у нуждающегося в этом субъекта, включающий введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества бактерии по любому из пп. 1-15 или композиции по п. 16, при этом указанное заболевание выбрано из диабета I типа (T1D), целиакии, воспалительного заболевания кишечника и фенилкетонурии (ФКУ).
20. Нуклеиновая кислота, кодирующая гибридный белок, содержащая:
a. последовательность, кодирующую клеточно-адгезивный полипептид, выбранный из группы, состоящей из связывающего клетки и слизь белка А (CmbA), Mub, МарА, MbpL и любых комбинаций перечисленного; и
b. последовательность, кодирующую муцинсвязывающий полипептид, выбранный из полипептида TFF, MubBP и их комбинации.