СИНХРОНИЗИРОВАННАЯ КЛАСТЕРНАЯ ВИЗУАЛИЗАЦИЯ БИБЛИОТЕКИ АМПЛИФИЦИРОВАННЫХ ФРАГМЕНТОВ ГЕНОМНОЙ ДНК С СОХРАНЕННОЙ НЕПРЕРЫВНОСТЬЮ

1. Способ, включающий:
генерирование серии синхронизированных кластерных изображений для множества фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью из образца генома, причем каждое синхронизированное кластерное изображение в серии последовательно генерируют посредством:
введения в проточную кювету соответствующего образца, включающего некоторые из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью, при этом некоторые из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью присоединены к твердой подложке или присоединены друг к другу;
инициирования отсоединения некоторых из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью от твердой подложки или друг от друга;
амплификации некоторых фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью для генерирования множества соответствующих матричных цепей;
окрашивания соответствующих матричных цепей; и
визуализации соответствующих матричных цепей.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий присвоение каждому синхронизированному кластерному изображению в серии временной записи о введении соответствующего образца, включая некоторые фрагменты библиотеки с сохраненной непрерывностью.
3. Способ по п. 2, в котором временная запись представляет собой временную отметку или номер стадии в последовательности.
4. Способ по одному из пп. 1-3, дополнительно включающий использование вычитания изображения для создания обработанного кластерного изображения для каждого из соответствующих образцов, причем каждое обработанное кластерное изображение фиксирует пространственное расположение и ориентацию соответствующих матричных цепей, ассоциированных с другим образцом.
5. Способ по п. 4, дополнительно включающий сохранение обработанных кластерных изображений.
6. Способ по п. 4 или 5, дополнительно включающий:
выполнение операции секвенирования на проточной кювете, включающей соответствующие матричные цепи для каждого из множества фрагментов библиотеки; и
группирование чтений секвенирования по разным группам на основании обработанных кластерных изображений.
7. Способ по п. 6, дополнительно включающий связывание различных групп с каждым из различных образцов на основании обработанных кластерных изображений.
8. Способ по одному из пп. 1-6, в котором:
перед генерированием серии синхронизированных кластерных изображений способ дополнительно включает:
добавление жидкого носителя к множеству фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью с образованием смеси; и
разведение смеси жидким носителем для получения предварительно заданного количества разведенных образцов, вводимых в проточную кювету; и
введение соответствующего образца включает направление по текучей среде одного из разведенных образцов в проточную кювету.
9. Способ по п. 8, в котором смесь, включающую множество фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью, разводят до предварительно заданного объема на основании i) объема проточной кюветы в качестве предельного разведения и ii) предварительно заданного количества разведенных образцов.
10. Способ по одному из пп. 1-9, в котором:
каждый фрагмент библиотеки с сохраненной непрерывностью присоединяют к твердой подложке; и
отсоединение включает нагревание.
11. Способ по одному из пп. 1-9, в котором:
каждый из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью включает первый участок последовательности на первом конце, который гибридизируется с первой последовательностью праймера на поверхности проточной кюветы; и
перед амплификацией способ дополнительно включает присоединение второго участка последовательности к каждому из гибридизированных фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью на втором конце, противоположном первому концу, причем второй участок последовательности идентичен второй последовательности праймера на поверхности проточной кюветы.
12. Способ по одному из пп. 1-9, в котором:
каждый фрагмент библиотеки с сохраненной непрерывностью присоединяют к твердой подложке;
твердая подложка имеет множество присоединенных к ней адаптеров; и
способ дополнительно включает генерирование фрагмента библиотеки с сохраненной непрерывностью, присоединенного к твердой подложке, посредством:
тагментации образца генома в присутствии твердой подложки и множества L-адаптеров, причем каждый L-адаптер включает перенесенную цепь и неперенесенную цепь и таким образом генерирует множество фрагментов образца, в результате чего соответствующая перенесенная цепь встраивается в 5'-конец каждого фрагмента образца, а соответствующая неперенесенная цепь гибридизируется с частью каждого адаптера;
лигирования соответствующих перенесенных цепей с соответствующим одним из множества адаптеров;
расщепления неперенесенной цепи с использованием 5'-3'-экзонуклеазы; и
присоединения частичного Y-адаптера к каждой из перенесенных цепей.
13. Способ по п. 12, в котором лигирование и расщепление происходят в рамках единого однореакторного протокола.
14. Способ, включающий:
получение смеси, включающей множество фрагментов образца генома из библиотеки с сохраненной непрерывностью, причем множество фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью присоединены к твердым подложкам или присоединены друг к другу;
разведение смеси для получения предварительно заданного количества разведенных образцов, вводимых в проточную кювету; и
генерирование синхронизированного кластерного изображения для по меньшей мере одного из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью посредством:
введения в проточную кювету первого из разведенных образцов, включающих некоторые из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью;
инициирования отсоединения некоторых из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью от твердой подложки или друг от друга;
амплификации некоторых фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью для генерирования множества матричных цепей;
окрашивания множества матричных цепей; и
визуализации множества матричных цепей.
15. Способ по п. 14, в котором смесь разводят до предварительно заданного объема на основании i) объема проточной кюветы в качестве предельного разведения и ii) предварительно заданного количества разведенных образцов, вводимых в проточную кювету.
16. Способ по п. 14 или 15, дополнительно включающий:
генерирование второго синхронизированного кластерного изображения для какого-либо другого из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью посредством:
введения в проточную кювету второго из разведенных образцов, включающих некоторые другие фрагменты библиотеки с сохраненной непрерывностью;
инициирования отсоединения какого-либо другого из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью от твердой подложки или друг от друга;
амплификации какого-либо другого из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью для генерирования второго множества матричных цепей;
окрашивания второго множества матричных цепей; и
визуализации второго множества матричных цепей.
17. Способ по п. 16, дополнительно включающий генерирование предварительно заданного количества синхронизированных кластерных изображений для предварительно заданного количества фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью посредством повторения введения, инициирования отсоединения, амплификации, окрашивания и визуализации друг с другом предварительно заданного количества разведенных образцов.
18. Способ по п. 17, дополнительно включающий присвоение каждому из предварительно заданного количества синхронизированных кластерных изображений временной записи о введении соответствующего разведенного образца.
19. Способ по п. 18, в котором временная запись представляет собой временную отметку или номер стадии в последовательности.
20. Способ по одному из пп. 17-19, дополнительно включающий использование вычитания изображения для генерирования обработанного кластерного изображения для каждого из разведенных образцов, введенных в проточную кювету, причем каждое обработанное кластерное изображение фиксирует пространственное расположение и ориентацию множества матричных цепей, ассоциированных с другим из разведенных образцов.
21. Способ по одному из пп. 14-20, в котором:
каждый фрагмент библиотеки с сохраненной непрерывностью присоединяют к твердой подложке;
твердая подложка имеет множество присоединенных к ней адаптеров; и
способ дополнительно включает генерирование фрагмента библиотеки с сохраненной непрерывностью, присоединенного к твердой подложке, посредством:
тагментации образца генома в присутствии твердой подложки и множества L-адаптеров, причем каждый L-адаптер включает перенесенную цепь и неперенесенную цепь и таким образом генерирует множество фрагментов образца, в результате чего соответствующая перенесенная цепь встраивается в 5'-конец каждого фрагмента образца, а соответствующая неперенесенная цепь гибридизируется с частью каждого адаптера;
лигирования соответствующих перенесенных цепей с соответствующим одним из множества адаптеров;
расщепления неперенесенной цепи с использованием 5'-3'-экзонуклеазы; и
присоединения частичного Y-адаптера к каждой из перенесенных цепей.
22. Способ по п. 21, в котором лигирование и расщепление происходят в рамках единого однореакторного протокола.
23. Система, содержащая:
приемный отсек проточной кюветы;
систему управления текучей средой, включающую подающие текучие среды, которые соответственно подают разведенный образец и краситель в проточную кювету, расположенную в приемном отсеке проточной кюветы;
систему освещения, расположенную таким образом, чтобы освещать проточную кювету, расположенную в приемном отсеке проточной кюветы;
систему обнаружения, расположенную таким образом, чтобы захватывать изображение проточной кюветы, расположенной в приемном отсеке проточной кюветы; и
контроллер, находящийся в функциональной связи с системой управления текучей средой, системой освещения и системой обнаружения, причем контроллер выполнен с возможностью:
инициирования введения разведенного образца в проточную кювету, расположенную в приемном отсеке проточной кюветы, посредством подающих текучих сред;
инициирования введения красителя в проточную кювету, расположенную в приемном отсеке проточной кюветы, посредством подающих текучих сред, после генерирования матричных цепей в проточной кювете, расположенной в приемном отсеке проточной кюветы, из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью, присутствующих в разведенном образце;
инициирования освещения окрашенных матричных цепей в проточной кювете, расположенной в приемном отсеке проточной кюветы, системой освещения; и
инициирования визуализации освещенных окрашенных матричных цепей в проточной кювете, расположенной в приемном отсеке проточной кюветы, системой обнаружения.
24. Система по п. 23, в которой приемный отсек проточной кюветы является частью секвенатора, в который включен нагреватель, причем контроллер выполнен с возможностью:
инициирования отсоединения нагревателем некоторых из фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью от твердой подложки или друг от друга;
инициирования выполнения термического цикла нагревателем для амплификации некоторых фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью для генерирования матричных цепей.
25. Система по одному из п. 23 или 24, дополнительно содержащая:
первую кассету, содержащую разведенный образец; и
вторую кассету, содержащую краситель.
26. Система по одному из пп. 23-25, дополнительно содержащая электронный компонент памяти для хранения изображения.
27. Система по п. 23, в которой изображение представляет собой синхронизированное кластерное изображение серии синхронизированных кластерных изображений для множества фрагментов библиотеки с сохраненной непрерывностью из образца генома, причем каждое синхронизированное кластерное изображение в серии генерируют последовательно.