СПОСОБ ОБНАРУЖЕНИЯ РЕСПИРАТОРНЫХ ВИРУСНЫХ АГЕНТОВ В ОБРАЗЦЕ

1. Способ обнаружения hMPV в тестируемом образце, включающий контактирование тестируемого образца с двумя или более парами амплификационных праймеров и подвергание смеси реакции амплификации нуклеиновых кислот, где реакция амплификации направлена на амплификацию целевых последовательностей, присутствующих в образце, причем каждая пара амплификационных праймеров включает первую и вторую последовательности, включающие a) SEQ ID №3 и 4 соответственно, и б) SEQ ID №5 и 6 соответственно и/или в) комплементарные им последовательности или последовательности, отличающийся от последовательностей SEQ ID №3, 4, 5 и 6 на одну мутацию, отличающийся тем, что способ дополнительно включает получение одноцепочечных олиго- или полинуклеотидов из любого продукта амплификации, что позволяет проводить гибридизацию таких одноцепочечных олиго- или полинуклеотидов с большим числом (набором) целеспецифичных проб и обнаружение гибридизованных одноцепочечных олиго- или полинуклеотидов.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что набор целеспецифичных проб включает одну или более последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID №11, 12 и 13, комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от них одной мутацией.
3. Способ по п.1, включающий:
а) разделение тестируемого образца на два или более образца,
б) контактирование первого образца с первой смесью амплификационных праймеров, включающей первую и вторую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №3 и 4 соответственно, и третью и четвертую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №5 и 6 соответственно, или комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от последовательностей SEQ ID №3, 4, 5 и 6 на одну мутацию,
в) контактирование второго образца со второй смесью амплификационных праймеров, включающей первую и вторую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №1 и 2 соответственно, или комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от последовательностей SEQ ID №1 и 2 на одну мутацию,
г) подвергание различных наборов тестируемых образцов в смеси с амплификационными праймерами реакции амплификации, направленной на амплификацию целевых последовательностей, присутствующих в образце.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что одноцепочечные олиго- или полинуклеотиды получают путем денатурации любых двухцепочечных олиго- или полинуклеотидов, присутствующих среди продуктов амплификации, и гибридизуют их с целеспецифичными пробами, где:
- продукты амплификации, полученные с помощью первой смеси амплификационных праймеров, включающей первую и вторую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №3 и 4 соответственно, и третью и четвертую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №5 и 6 соответственно, или комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от них на одну мутацию, гибридизуют с целеспецифичными пробами, включающими одну или более пробу, выбранную из группы, включающей SEQ ID №11-13, и
- продукты амплификации, полученные с помощью второй смеси амплификационных праймеров, включающей первую и вторую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №1 и 2 соответственно, или комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от них на одну мутацию, гибридизуют с целеспецифичными пробами, включающими одну или более пробу, выбранную из группы, включающей SEQ ID №9 и 10.
5. Способ по пп.3 и 4, отличающийся тем, что вторая смесь амплификационных праймеров дополнительно включает праймеры SEQ ID №7 и 8.
6. Способ по любому из пп.1-4, отличающийся тем, что одноцепочечные олиго- или полинуклеотиды получают путем денатурации любых присутствующих двухцепочечных олиго- или полинуклеотидов.
7. Способ по п.5, отличающийся тем, что одноцепочечные олиго- или полинуклеотиды получают путем денатурации любых присутствующих двухцепочечных олиго- или полинуклеотидов.
8. Набор для обнаружения и идентификации hMPV в тестируемом образце, включающий две или более смеси для амплификации,
- первую смесь, включающую первую и вторую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №3 и 4 соответственно, и третью и четвертую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №5 и 6 соответственно, или комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от последовательностей SEQ ID №3, 4, 5 и 6 на одну мутацию, в качестве компонентов пары амплификационных праймеров для hMPV, и
- вторую смесь, включающую первую и вторую нуклеотидные последовательности, включающие SEQ ID №1 и 2 соответственно, или комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от последовательностей SEQ ID №1 и 2 на одну мутацию, в качестве компонентов другой пары амплификационных праймеров для hMPV.
9. Набор по п.8, отличающийся тем, что вторая смесь амплификационных праймеров дополнительно включает нуклеотидные последовательности SEQ ID №7 и 8.
10. Набор по п.8 или 9, который дополнительно позволяет обнаруживать вирус гриппа А, вирус гриппа В, вирус- гриппа С, PIV 1, PIV 2, PIV 3, PIV 4A, 4В, аденовирус, hRSV A, hRSV В, коронавирус 229, эховирус 30, риновирус и hBoV в тестируемом образце, включающий:
- пары праймеров, включающие нуклеотидные последовательности, выбранные из группы SEQ ID №25-38 для вируса гриппа А, вируса гриппа В, вируса гриппа С, hRSV В, аденовируса, эховируса 30, риновируса и hBoV в составе первой смеси для амплификации, и
- пары праймеров, включающие нуклеотидные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID №14-24 для PIV I, PIV 2, PIV 3, PIV 4A, 4В, hRSV А и коронавируса типа 229 в составе второй смеси для амплификации.
11. Набор по п.8 или 9, дополнительно включающий:
сосуд с матрицей или ряд сосудов с матрицей, где каждый включает микроматрицу, содержащую целеспецифичные пробы, и
реагенты для применения при визуализации гибридизации нуклеиновых кислот с пробами микроматрицы.
12. Набор по п.10, дополнительно включающий:
сосуд с матрицей или ряд сосудов с матрицей, где каждый включает микроматрицу, содержащую целеспецифичные пробы, и
реагенты для применения при визуализации гибридизации нуклеиновых кислот с пробами микроматрицы.
13. Набор по п.11, отличающийся тем, что целеспецифичные пробы включают одну или более последовательность, выбранную из группы, включающей SEQ ID №9-13, комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от них на 1 мутацию, в качестве целеспецифичных проб для hMPV.
14. Набор по п.12, отличающийся тем, что целеспецифичные пробы включают одну или более последовательность, выбранную из группы, включающей SEQ ID №9-13, комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от них на 1 мутацию, в качестве целеспецифичных проб для hMPV.
15. Набор по п.11, отличающийся тем, что целеспецифичные пробы помещены в индивидуальный сосуд с матрицей или в ряд сосудов с матрицей.
16. Набор по любому из пп.12-14, отличающийся тем, что целеспецифичные пробы помещены в индивидуальный сосуд с матрицей или в ряд сосудов с матрицей.
17. Пара праймеров, включающая первую и вторую нуклеотидные последовательности SEQ ID №3 и 4 соответственно.
18. Пара праймеров, включающая первую и вторую нуклеотидные последовательности SEQ ID №5 и 6 соответственно.
19. Пробы для обнаружения hMPV, включающие последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID №9-13, комплементарные им последовательности и последовательности, отличающиеся от них на 1 мутацию.