ГЕНЕТИЧЕСКИЙ ТЕСТ НАКОПЛЕНИЯ МЕДИ В ПЕЧЕНИ У СОБАК

1. Способ тестирования собаки для определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:
(a) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr14_39437543 (SEQ ID NO: 150), Chr15_62625024 (SEQ ID NO: 151), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153), Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и повтора CGCCCC в хромосомном положении 22:3135287;
(b) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (a), и/или
(c) Chr32_38904515 (SEQ ID NO: 156), Chr8_4892743 (SEQ ID NO: 157) и Chr8_4880518 (SEQ ID NO: 158).
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:
(d) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или
(e) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (d).
3. Способ по п. 1, где один или более полиморфизмов представляют собой однонуклеотидные полиморфизмы (SNP).
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более SNP, выбранных из BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), BICF2P591872 (SEQ ID NO:5), ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131), UBL5_Reg1F_16 (SEQ ID NO: 132), golga5_Reg1_24 (SEQ ID NO: 133), golga5_26 (SEQ ID NO: 134), golga5_27 (SEQ ID NO: 135), golga5_28 (SEQ ID NO: 136), golga5_29 (SEQ ID NO: 137), golga5_30 (SEQ ID NO: 138), golga5_31 (SEQ ID NO: 139), atp7areg17_32 (SEQ ID NO: 140), atp7areg17_33 (SEQ ID NO: 141) и одного или более SNP в неравновесном сцеплении с ними.
5. Способ по п. 4, включающий детекцию присутствия или отсутствия SNP BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), и BICF2P591872 (SEQ ID NO:5).
6. Способ по п. 1, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки:
(a) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142), или
(b) ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr8_4892743 (SEQ ID NO: 157), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153) и Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154).
2
7. Способ по п. 1, где полиморфизм, который находится в неравновесном сцеплении с полиморфизм (a) находится в пределах 680 т.п.н. и на той же хромосоме, что и полиморфизм (a), и рассчитанная мера неравновесного сцепления пары полиморфизмов, R, больше или равна 0,5.
8. База данных, содержащая информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 1, и их ассоциации с предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени.
9. Способ определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени, включающий:
(a) введение в компьютерную систему данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки одного или более полиморфизмов, как определено в п. 1;
(b) сравнение данных с компьютерной базой данных, которая содержит информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 1, и их ассоциации с предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени; и
(c) определение на основе сравнения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени.
10. Компьютерная программа, содержащая средства программного кода, которые при исполнении на компьютерной системе, дают команду компьютерной системе провести все этапы п. 9.
11. Компьютерный носитель данных, содержащий компьютерную программу по п. 10 и базу данных по п. 8.
12. Компьютерная система, настроенная на исполнение способа по п. 9, содержащая:
(a) средства для введения данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки полиморфизма, как определено в п. 1;
(b) база данных, содержащая информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 1, и их ассоциации с предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени;
(c) модуль для сравнения данных с базой данных, и
(d) средства для определения на основании указанного сравнения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени.
13. Применение одного или более полиморфизмов, выбранных из полиморфизмов, как определено в п. 1, для определения предрасположенности собаки к накоплению меди в печени.
14. Способ отбора собаки для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени, включающий:
- определение содержания в геноме первой собаки-кандидата одного или более полиморфизмов, являющихся показателем предрасположенности к накоплению меди в печени, способом по п. 1 и, таким образом, определение того, является ли первая собака-кандидат является подходящей для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени;
- необязательно, определение содержания в геноме второй собаки противоположного первой собаке пола одного или более полиморфизмов, являющихся показателем предрасположенности к накоплению меди в печени, способом по п. 1; и
- необязательно, вязку первой собаки со второй собакой для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени.
15. Способ по п. 1 или 14 или применение по п. 13, где собака имеет генетическую наследственность породы лабрадор-ретривер.
16. Способ тестирования собаки для определения вероятности того, что собака защищена от накопления меди в печени, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из (a) Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145) и (b) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с (a).
17. Способ по п. 16, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки (c) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или (d) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с (c).
18. Способ по п. 17, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки (c) ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142) и/или (d) ChrX_63397393 (SNP ATP7a_Reg16_F_42; SEQ ID NO: 143).
19. Способ по п. 16, дополнительно включающий детекция в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более полиморфизмов, выбранных из:
(e) Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), ChrX_120879711 (SEQ ID NO: 147), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr15_62625262 (SEQ ID NO: 149), Chr14_39437543 (SEQ ID NO: 150), Chr15_62625024 (SEQ ID NO: 151), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr24_4011833 (SEQ ID NO: 153), Chr18_60812198 (SEQ ID NO: 154), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155), и повтора CGCCCC в хромосомном положении 22:3135287;
(f) одного или более полиморфизмов в неравновесном сцеплении с указанным полиморфизмом (e), и/или
(g) Chr32_3890451 (SEQ ID NO: 156), Chr8_4892723 (SEQ ID NO: 157) и Chr8_4880518 (SEQ ID NO: 158).
20. Способ по п. 16, дополнительно включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки одного или более SNP, выбранных из BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), BICF2P591872 (SEQ ID NO:5), ATP7a_Reg4_F_9 (SEQ ID NO: 131), UBL5_Reg1F_16 (SEQ ID NO: 132), golga5_Reg1_24 (SEQ ID NO: 133), golga5_26 (SEQ ID NO: 134), golga5_27 (SEQ ID NO: 135), golga5_28 (SEQ ID NO: 136), golga5_29 (SEQ ID NO: 137), golga5_30 (SEQ ID NO: 138), golga5_31 (SEQ ID NO: 139), atp7areg17_32 (SEQ ID NO: 140), atp7areg17_33 (SEQ ID NO: 141) и одного или более SNP в неравновесном сцеплении с ними.
21. Способ по п. 20, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки SNP BICF2P506595 (SEQ ID NO:1), BICF2P772765 (SEQ ID NO:2), BICF2S2333187 (SEQ ID NO:3), BICF2P1324008 (SEQ ID NO:4), и BICF2P591872 (SEQ ID NO:5).
22. Способ по п. 16, включающий детекцию в образце присутствия или отсутствия в геноме собаки: Chr22_3167534 (SEQ ID NO: 144), Chr22_3135144 (SEQ ID NO: 145), Chr20_55461150 (SEQ ID NO: 146), Chr19_6078084 (SEQ ID NO: 148), Chr3_86838677 (SEQ ID NO: 152), Chr10_65209946 (SEQ ID NO: 155) и ChrX_63338063 (SEQ ID NO: 142).
2
23. Способ по п. 16, где полиморфизм, который находится в неравновесном сцеплении с полиморфизм (a) находится в пределах 680 т.п.н. и на той же хромосоме, что и полиморфизм (a), и рассчитанная мера неравновесного сцепления пары полиморфизмов, R, больше или равна 0,5.
24. База данных, содержащая информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 16, и их ассоциации с защитой собаки от накопления меди в печени или предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени.
25. Способ определения вероятности того, что собака защищена от накопления меди в печени, где способ включает:
(a) введение в компьютерную систему данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки одного или более полиморфизмов, как определено в п. 16;
(b) сравнение данных с компьютерной базой данных, которая содержит информацию об одном или более полиморфизмах, как определено в п. 16, и их ассоциации с защитой собаки от накопления меди в печени или предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени; и
(c) определение на основе сравнения вероятности защиты собаки от накопления меди в печени.
26. Компьютерная программа, содержащая средства программного кода, которые при исполнении на компьютерной системе, дают команду компьютерной системе провести все этапы п. 25.
27. Компьютерный носитель данных, содержащий компьютерную программу по п. 26 и базу данных по п. 24.
28. Компьютерная система, настроенная на исполнение способа по п. 25, содержащая:
(a) средства для введения данных о присутствии или отсутствии в геноме собаки одного или более полиморфизмов, как определено в п. 16;
(b) базу данных, содержащую информацию об указанных полиморфизмах и их ассоциации с защитой собаки от накопления меди в печени или предрасположенностью собаки к накоплению меди в печени;
(c) модуль для сравнения данных с базой данных, и
(d) средства для определения на основании указанного сравнения вероятности защиты собаки от накопления меди в печени.
29. Применение полиморфизма, как определено в п. 16, для определения вероятности защиты собаки от накопления меди в печени.
30. Способ отбора собаки для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени, включающий:
- определение содержания в геноме первой собаки-кандидата одного или более полиморфизмов, являющихся показателем защиты от накопления меди в печени, способом по п. 16 и, таким образом, определение того, является ли первая собака-кандидат является подходящей для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени;
- необязательно, определение содержания в геноме второй собаки противоположного первой собаке пола одного или более полиморфизмов, являющихся показателем защиты от накопления меди в печени по п. 16; и
- необязательно, вязку первой собаки со второй собакой для получения потомства с высокой вероятностью защиты от накопления меди в печени.
31. Способ по п. 16 или применение по п. 29, где собака имеет генетическую наследственность породы лабрадор-ретривер.