НЕВИРУСНЫЕ ДНК-ВЕКТОРЫ И ВАРИАНТЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ ДЛЯ ЭКСПРЕССИИ ТЕРАПЕВТИЧЕСКОГО СРЕДСТВА НА ОСНОВЕ ФЕНИЛАЛАНИНГИДРОКСИЛАЗЫ (PAH)

1. Вектор на основе ДНК с замкнутыми концами (зкДНК), содержащий:
по меньшей мере одну гетерологичную нуклеотидную последовательность между фланкирующими инвертированными концевыми повторами (ITR), причем по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность кодирует по меньшей мере один белок PAH, при этом указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность, кодирующая по меньшей мере один белок PAH, выбрана из последовательности, имеющей по меньшей мере 90% идентичности с любой из последовательностей, выбранной из SEQ ID NO: 380-394.
2. ЗкДНК-вектор по п. 1, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит промотор, функционально связанный по меньшей мере с указанной одной гетерологичной нуклеотидной последовательностью, которая кодирует по меньшей мере один белок PAH.
3. ЗкДНК-вектор по п. 2, отличающийся тем, что указанный промотор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% идентичности с SEQ ID NO: 191.
4. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит энхансер.
5. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит 5´-UTR и/или последовательность интрона.
6. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит 3´-UTR.
7. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере одну последовательность поли(A).
8. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере один промотор, функционально связанный по меньшей мере с одной гетерологичной нуклеотидной последовательностью.
9. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность представляет собой кДНК.
10. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что по меньшей мере один ITR содержит функциональный сайт концевого разрешения (TRS) и сайт связывания Rep.
11. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR происходят из вируса, выбранного из парвовируса, депендовируса и аденоассоциированного вируса (ААВ).
12. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR являются симметричными или асимметричными.
13. ЗкДНК-вектор по п. 12, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR являются симметричными или по существу симметричными.
14. ЗкДНК-вектор по п. 12, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR являются асимметричными.
15. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR относятся к дикому типу, или оба указанных ITR относятся к дикому типу.
16. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR происходят из различных вирусных серотипов.
17. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-16, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR происходят из пары вирусных серотипов, выбранных из AAV1,AAV1; AAV2,AAV2; AAV3,AAV3; AAV4,AAV4; AAV5,AAV5; AAV1,AAV2; AAV2,AAV3; AAV3,AAV4; AAV4,AAV5; AAV5,AAV6; AAV1,AAV3; AAV2,AAV4; AAV3,AAV5; AAV4,AAV6; AAV5,AAV7; AAV1,AAV4; AAV2,AAV5; AAV3,AAV6; AAV4,AAV7; AAV5,AAV8; AAV1,AAV5; AAV2,AAV6; AAV3,AAV7; AAV4,AAV8; AAV5,AAV9; AAV1,AAV6; AAV2,AAV7; AAV3,AAV8; AAV4,AAV9; AAV5,AAV10; AAV1,AAV7; AAV2,AAV8; AAV3,AAV9; AAV4,AAV10; AAV5,AAV11; AAV1,AAV8; AAV2,AAV9; AAV3,AAV10; AAV4,AAV11; AAV5,AAV12; AAV1,AAV9; AAV2,AAV10; AAV3,AAV11; AAV4,AAV12; AAV5,AAVRH8; AAV1,AAV10; AAV2,AAV11; AAV3,AAV12; AAV4,AAVRH8; AAV5,AAVRH10; AAV1,AAV11; AAV2,AAV12; AAV3,AAVRH8; AAV4,AAVRH10; AAV5,AAV13; AAV1,AAV12; AAV2,AAVRH8; AAV3,AAVRH10; AAV4,AAV13; AAV5,AAVDJ; AAV1,AAVRH8; AAV2,AAVRH10; AAV3,AAV13; AAV4,AAVDJ; AAV5,AAVDJ8; AAV1,AAVRH10; AAV2,AAV13; AAV3,AAVDJ; AAV4,AAVDJ8; ААВ5, птичий; ААВ1, ААВ13; ААВ2, ААВDJ; ААВ3, ААВDJ8; ААВ4, птичий; ААВ5, бычий; ААВ1, ААВDJ; ААВ2, ААВDJ8; ААВ3, птичий; ААВ4, бычий; ААВ5, собачий; ААВ1, ААВDJ8; ААВ2, птичий; ААВ3, бычий; ААВ4, собачий; ААВ5, лошадиный; ААВ1, птичий; ААВ2, бычий; ААВ3, собачий; ААВ4, лошадиный; ААВ5, козий; ААВ1, бычий; ААВ2, собачий; ААВ3, лошадиный; ААВ4, козий; ААВ5, креветки; ААВ1, собачий; ААВ2, лошадиный; ААВ3, козий; ААВ4, креветки; ААВ5, свиной; ААВ1, лошадиный; ААВ2, козий; ААВ3, креветки; ААВ4, свиной; ААВ5, насекомых; ААВ1, козий; ААВ2, креветки; ААВ3, свиной; ААВ4, насекомых; ААВ5, овечий; ААВ1, креветки; ААВ2, свиной; ААВ3, насекомых; ААВ4, овечий; ААВ5, B19; ААВ1, свиной; ААВ2, насекомых; ААВ3, овечий; ААВ4, B19; ААВ5, MVM; ААВ1, насекомых; ААВ2, овечий; ААВ3, B19; ААВ4, MVM; ААВ5, гусиный; ААВ1, овечий; ААВ2, B19; ААВ3, MVM; ААВ4, гусиный; ААВ5, змеиный; ААВ1, B19; ААВ2, MVM; ААВ3, гусиный; ААВ4, змеиный; ААВ1, MVM; ААВ2, гусиный; ААВ3, змеиный; ААВ1, гусиный; ААВ2, змеиный; ААВ1, змеиный; ААВ6, ААВ6; ААВ7, ААВ7; ААВ8, ААВ8; ААВ9, ААВ9; ААВ10, ААВ10; ААВ6, ААВ7; ААВ7, ААВ8; ААВ8, ААВ9; ААВ9, ААВ10; ААВ10, ААВ11; ААВ6, ААВ8; ААВ7, ААВ9; ААВ8, ААВ10; ААВ9, ААВ11; ААВ10, ААВ12; ААВ6, ААВ9; ААВ7, ААВ10; ААВ8, ААВ11; ААВ9, ААВ12; ААВ10, ААВRH8; ААВ6, ААВ10; ААВ7, ААВ11; ААВ8, ААВ12; ААВ9, ААВRH8; ААВ10, ААВRH10; ААВ6, ААВ11; ААВ7, ААВ12; ААВ8, ААВRH8; ААВ9, ААВRH10; ААВ10, ААВ13; ААВ6, ААВ12; ААВ7, ААВRH8; ААВ8, ААВRH10 ; ААВ9, ААВ13; ААВ10, ААВDJ; ААВ6, ААВRH8; ААВ7, ААВRH10; ААВ8, ААВ13; ААВ9, ААВDJ; ААВ10, ААВDJ8; ААВ6, ААВRH10; ААВ7, ААВ13; ААВ8, ААВDJ; ААВ9, ААВDJ8; ААВ10, птичий; ААВ6, ААВ13; ААВ7, ААВDJ; ААВ8, ААВDJ8; ААВ9, птичий; ААВ10, бычий; ААВ6, ААВDJ; ААВ7, ААВDJ8; ААВ8, птичий; ААВ9, бычий; ААВ10, собачий; ААВ6, ААВDJ8; ААВ7, птичий; ААВ8, бычий; ААВ9, собачий; ААВ10, лошадиный; ААВ6, птичий; ААВ7, бычий; ААВ8, собачий; ААВ9, лошадиный; ААВ10, козий; ААВ6, бычий; ААВ7, собачий; ААВ8, лошадиный; ААВ9, козий; ААВ10, креветки; ААВ6, собачий;  ААВ7, лошадиный; ААВ8, козий; ААВ9, креветки; ААВ10, свиной; ААВ6, лошадиный; ААВ7, козий; ААВ8, креветки; ААВ9, свиной; ААВ10, насекомых; ААВ6, козий; ААВ7, креветки; ААВ8, свиной; ААВ9, насекомых; ААВ10, овечий; ААВ6, креветки; ААВ7, свиной; ААВ8, насекомых; ААВ9, овечий; АВ10, B19; ААВ6, свиной; ААВ7, насекомых; ААВ8, овечий; ААВ9, B19; ААВ10, MVM; ААВ6, насекомых; ААВ7, овечий; ААВ8, B19; ААВ9, MVM; ААВ10, гусиный; ААВ6, овечий; ААВ7, B19; ААВ8, MVM; АВ9, гусиный; ААВ10, змеиный; ААВ6, B19; ААВ7, MVM; ААВ8, гусиный; ААВ9, змеиный; ААВ6, MVM; ААВ7, гусиный; ААВ8, змеиный; ААВ6, гусиный; ААВ7, змеиный; ААВ6, змеиный; ААВ11, ААВ11; ААВ12, ААВ12; ААВRH8, ААВRH8; ААВRH10, ААВRH10; ААВ13, ААВ13; ААВ11, ААВ12; ААВ12, ААВRH8; ААВRH8, ААВRH10; ААВRH10, ААВ13; ААВ13, ААВDJ; ААВ11, ААВRH8; ААВ12, ААВRH10; ААВRH8, ААВ13; ААВRH10, ААВDJ; ААВ13, ААВDJ8; ААВ11, ААВRH10; ААВ12, ААВ13; ААВRH8, ААВDJ; ААВRH10, ААВDJ8; ААВ13, птичий; ААВ11, ААВ13; ААВ12, ААВDJ; ААВRH8, ААВDJ8; ААВRH10, птичий; ААВ13, бычий; ААВ11, ААВDJ; ААВ12, ААВDJ8; ААВRH8, птичий; ААВRH10, бычий; ААВ13, собачий; ААВ11, ААВDJ8; ААВ12, птичий; ААВRH8, бычий; ААВRH10, собачий; ААВ13, лошадиный; ААВ11, птичий; ААВ12, бычий; ААВRH8, собачий; ААВRH10, лошадиный; ААВ13, козий; ААВ11, бычий; ААВ12, собачий; ААВRH8, лошадиный; ААВRH10, козий; ААВ13, креветки; ААВ11, собачий; ААВ12, лошадиный; ААВRH8, козий; ААВRH10, креветки; ААВ13, свиной; ААВ11, лошадиный; ААВ12, козий; ААВRH8, креветки; ААВRH10, свиной; ААВ13, насекомых; ААВ11, козий; ААВ12, креветки; ААВRH8, свиной; ААВRH10, насекомых; ААВ13, овечий; ААВ11, креветки; ААВ12, свиной; ААВRH8, насекомых; ААВRH10, овечий; ААВ13, B19; ААВ11, свиной; ААВ12, насекомых; ААВRH8, овечий; АВRH10, B19; ААВ13, MVM; ААВ11, насекомых; ААВ12, овечий; ААВRH8, B19; ААВRH10, MVM; ААВ13, гусиный; ААВ11, овечий; ААВ12, B19; ААВRH8, MVM; ААВRH10, гусиный; ААВ13, змеиный; ААВ11, B19; ААВ12, MVM; ААВRH8, гусиный; ААВRH10, змеиный; ААВ11, MVM; ААВ12, гусиный; ААВRH8, змеиный; ААВ11, гусиный; ААВ12, змеиный; ААВ11, змеиный; ААВDJ, ААВDJ; ААВDJ8, AVVDJ8; птичий, птичий; бычий, бычий; собачий, собачий; ААВDJ, ААВDJ8; ААВDJ8, птичий; птичий, бычий; бычий, собачий; собачий, лошадиный; ААВDJ, птичий; ААВDJ8, бычий; птичий, собачий; бычий, лошадиный; собачий, козий; ААВDJ, бычий; ААВDJ8, собачий; птичий, лошадиный;  бычий, козий; собачий, креветки; ААВDJ, собачий; ААВDJ8, лошадиный; птичий, козий; бычий, креветки; собачий, свиной; ААВDJ, лошадиный; ААВDJ8, козий; птичий, креветки; бычий, свиной; собачий, насекомых; ААВDJ, козий; ААВDJ8, креветки;  птичий, свиной; бычий, насекомых;  собачий, овечий; ААВDJ, креветки; ААВDJ8, свиной; птичий, насекомых; бычий, овечий; собачий, B19; ААВDJ, свиной; ААВDJ8, насекомых; птичий, овечий; бычий, B19; собачий, MVM; ААВDJ, насекомых; ААВDJ8, овечий; птичий, B19; бычий, MVM; собачий, гусиный; ААВDJ, овечий; ААВDJ8, B19;  птичий, MVM;  бычий, гусиный; собачий, змеиный; ААВDJ, B19; ААВDJ8, MVM; птичий, гусиный; бычий, змеиный; ААВDJ, MVM; ААВDJ8, гусиный;  птичий, змеиный; ААВDJ, гусиный; ААВDJ8, змеиный; ААВDJ, змеиный; лошадиный, лошадиный; козий, козий; креветки, креветки;  свиной, свиной; насекомых, насекомых; лошадиный, козий; козий, креветки; креветки, свиной; свиной, насекомых; насекомых, овечий; лошадиный, креветки; козий, свиной; креветки, насекомых; свиной, овечий; насекомых, B19; лошадиный, свиной; козий, насекомых; креветки, овечий; свиной, B19; насекомых, MVM; лошадиный, насекомых; козий, овечий; креветки, B19; свиной, MVM; насекомых, гусиный; лошадиный, овечий; козий, B19; креветки, MVM; свиной, гусиный; насекомых, змеиный; лошадиный, B19; козий, MVM; креветки, гусиный; свиной, змеиный; лошадиный, MVM; козий, гусиный; креветки, змеиный; лошадиный, гусиный; козий, змеиный; лошадиный, змеиный; овечий, овечий; B19, B19; MVM, MVM; гусиный, гусиный; змеиный, змеиный; овечий, B19; B19, MVM; MVM, гусиный; гусиный, змеиный; овечий, MVM; B19, гусиный; MVM, змеиный;  овечий, гусиный; B19, змеиный; овечий, змеиный.
18. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-17, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR содержат последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1, 2, 5-48.
19. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-18, отличающийся тем, что по меньшей мере один из указанных ITR изменен относительно последовательности ITR дикого типа ААВ путем делеции, добавления или замены, которые влияют на общую трехмерную конформацию указанного ITR.
20. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-19, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR происходят из серотипа ААВ, выбранного из ААВ1, ААВ2, ААВ3, ААВ4, ААВ5, ААВ6, ААВ7, ААВ8, ААВ9, ААВ10, ААВ11 и ААВ12.
21. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR являются синтетическими.
22. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR не являются ITR дикого типа, или оба указанных ITR не относятся к дикому типу.
23. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-22, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены по меньшей мере в одной из областей указанных ITR, выбранных из A, A´, B, B´, C, C´, D и D´.
24. ЗкДНК-вектор по п. 23, отличающийся тем, что указанная делеция, вставка и/или замена приводит к делеции всей или части структуры стебель-петля, обычно образуемой указанными областями A, A´, B, B´, C или C´.
25. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, которая приводит к делеции всей или части структуры стебель-петля, обычно образуемой указанными областями B и B´.
26. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, которая приводит к делеции всей или части структуры стебель-петля, обычно образуемой указанными областями C и C´.
27. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, которая приводит к делеции части структуры стебель-петля, обычно образуемой указанными областями B и B´, и/или части структуры стебель-петля, обычно образуемой указанными областями C и C´.
28. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-27, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR содержат единственную структуру стебель-петля в области, которая обычно содержит первую структуру стебель-петля, образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру стебель-петля, образуемую указанными областями C и C´.
29. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-28, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR содержат один стебель и две петли в области, которая обычно содержит первую структуру стебель-петля, образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру стебель-петля, образуемую указанными областями C и C´.
30. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-29, отличающийся тем, что один или оба указанных ITR содержат один стебель и одну петлю в области, которая обычно содержит первую структуру стебель-петля, образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру стебель-петля, образуемую указанными областями C и C´.
31. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-30, отличающийся тем, что оба ITR изменяют таким образом, что это приводит к общей трехмерной симметрии, при которой указанные ITR инвертированы по отношению друг к другу.
32. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-31, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность содержит последовательность, имеющую по меньшей мере 90% идентичности с SEQ ID NO: 381, SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 383, SEQ ID NO: 384, SEQ ID NO: 385, SEQ ID NO: 386, SEQ ID NO: 387, SEQ ID NO: 388, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 390, SEQ ID NO: 391, SEQ ID NO: 392, SEQ ID NO: 393 или SEQ ID NO: 394.
33. ЗкДНК-вектор по п. 32, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность содержит последовательность, имеющую по меньшей мере 90% идентичности с SEQ ID NO: 382, SEQ ID NO: 384, SEQ ID NO: 394, SEQ ID NO: 385 или SEQ ID NO: 386.
34. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-33, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 90% идентична SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193 или SEQ ID NO: 194.
35. ЗкДНК-вектор по любому из пп. 1-34, отличающийся тем, что по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность находится под контролем по меньшей мере одного регуляторного переключателя.
36. ЗкДНК-вектор по п. 35, отличающийся тем, что по меньшей мере один регуляторный переключатель выбран из бинарного регуляторного переключателя, низкомолекулярного регуляторного переключателя, регуляторного переключателя «с кодом доступа», регуляторного переключателя на основе нуклеиновой кислоты, посттранскрипционного регуляторного переключателя, контролируемого излучением или контролируемого ультразвуком регуляторного переключателя, опосредуемого гипоксией регуляторного переключателя, регуляторного переключателя воспалительного ответа, активируемого сдвигом регуляторного переключателя и аварийного выключателя («kill switch»).
37. Способ экспрессии белка PAH в клетке, причем указанный способ включает приведение указанной клетки в контакт с зкДНК-вектором по любому из пп. 1-36.
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой фоторецептор или клетку RPE.
39. Способ по п. 37 или 38, отличающийся тем, что указанная клетка находится в условиях in vitro или in vivo.
40. Способ по любому из пп. 37-39, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность оптимизирована по кодонам для экспрессии в эукариотической клетке.
41. Способ по любому из пп. 37-40, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность выбрана из SEQ ID NO: 380-394.
42. Способ лечения субъекта, страдающего фенилкетонурией (ФКУ), причем указанный способ включает введение указанному субъекту зкДНК-вектора по любому из пп. 1-36.
43. Способ по п. 42, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность, которая кодирует по меньшей мере один белок PAH, выбрана из последовательности, имеющей по меньшей мере 90% идентичности с любой из последовательностей, выбранной из SEQ ID NO: 380-394.
44. Способ по п. 42 или 43, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор вводят в фоторецепторную клетку или клетку RPE, или в оба типа клеток.
45. Способ по любому из пп. 42-44, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор экспрессирует белок PAH в фоторецепторной клетке или в клетке RPE, или в обоих типах клеток.
46. Способ по любому из пп. 42-45, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор вводят с помощью любой одной или более из: субретинальной инъекции, супрахориоидальной инъекции или интравитреальной инъекции.
47. Способ по любому из пп. 42-46, отличающийся тем, что у указанного субъекта наблюдается по меньшей мере примерно 50% снижение уровня фенилаланина в сыворотке по сравнению с уровнем фенилаланина в сыворотке у указанного субъекта до введения.
48. Способ по любому из пп. 42-47, отличающийся тем, что у указанного субъекта уровень фенилаланина в сыворотке после введения составляет менее примерно 1500 мкМ.
49. Способ по любому из пп. 42-48, отличающийся тем, что у указанного субъекта после введения наблюдается повышение активности PAH по меньшей мере примерно на 10% по сравнению с уровнем активности PAH до введения.
50. Фармацевтическая композиция, содержащая зкДНК-вектор по любому из пп. 1-36.
51. Клетка, содержащая зкДНК-вектор по любому из пп. 1-36.
52. Клетка по п. 51, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой фоторецепторную клетку или клетку RPE, или оба типа клеток.
53. Композиция, содержащая зкДНК-вектор по любому из пп. 1-36 и липид.
54. Композиция по п. 53, отличающаяся тем, что указанный липид представляет собой липидную наночастицу (ЛНЧ).
55. Набор, содержащий зкДНК-вектор по любому из пп. 1-36, фармацевтическую композицию по п. 50, клетку по п. 51 или 52, или композицию по п. 53 или 54.