ИНДИВИДУАЛИЗИРОВАННЫЕ ПРОТИВООПУХОЛЕВЫЕ ВАКЦИНЫ

1. Способ получения индивидуальной противоопухолевой вакцины, включающий стадии:
(a) идентификации опухолеспецифичных соматических мутаций в образце опухоли онкопациента с получением сигнатуры опухолевых мутаций пациента, включающий:
(aa) получение информации о последовательности нуклеиновой кислоты путем секвенирования геномной ДНК и/или РНК образца опухоли онкопациента,
(bb) получение информации о последовательности референсной нуклеиновой кислоты путем секвенирования геномной ДНК и/или РНК нормальных нераковых клеток, и
(cc) сравнение информации о последовательности нуклеиновой кислоты из образца опухоли онкопациента, полученной на стадии (aa), с информацией о последовательности референсной нуклеиновой кислоты, полученной на стадии (bb); и
(b) получения вакцины, характерной чертой которой является сигнатура опухолевых мутаций, полученная на стадии (a).
2. Способ по п. 1, где стадия идентификации опухолеспецифичных соматических мутаций включает идентификацию сигнатуры опухолевых мутаций экзома одной или нескольких раковых клеток.
3. Способ по п. 1 или 2, где стадия идентификации опухолеспецифичных соматических мутаций включает секвенирование генома одной клетки из одной или нескольких раковых клеток.
4. Способ по п. 3, где раковые клетки представляют собой циркулирующие опухолевые клетки.
5. Способ по любому из пп. 1-4, где стадия идентификации опухолеспецифичных соматических мутаций включает применение секвенирования следующего поколения (NGS).
6. Способ по любому из пп. 1-5, где нормальные нераковые клетки получены от онкопациента.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где информация о последовательности референсной нуклеиновой кислоты получена из клеток зародышевой линии.
8. Способ по любому из пп. 1-6, где информация о последовательности референсной нуклеиновой кислоты получена из геномной ДНК зародышевой линии, полученной из мононуклеарных клеток периферической крови (PBMCs).
9. Способ по п. 7 или 8, где указанный образец опухоли происходит из первичной опухоли, и где стадия идентификации опухолеспецифичных соматических мутаций далее включает стадии:
(dd) обеспечения филогенетического дерева опухолеспецифичных соматических мутаций, где информацию о последовательности референсной нуклеиновой кислоты, полученной на стадии (bb), используют для создания основы дерева,
(ee) воспроизводства наследственных последовательностей, где наследственные последовательности являются последовательностями узлов около корня филогенетического дерева, содержащего первичные базальные мутации, причем первичные базальные мутации являтся самыми ранними мутациями, о которых предсказано, что они существуют в первичном раке, и
(ff) выбор первичных базальных мутаций из наследственных последовательностей, идентифицированных на стадии (ee).
10. Способ по любому из пп. 1-9, где стадию идентификации специфичных к раку соматических мутаций повторяют по меньшей мере дважды.
11. Способ по любому из пп. 1-10, содержащий дополнительную стадию определения пригодности идентифицированных мутаций в эпитопах для противоопухолевой вакцинации.
12. Способ по любому из пп. 1-11, где вакцина, характерной чертой которой является сигнатура опухолевых мутаций пациента, включает полипептид, включающий неоэпитопы, основанные на мутации, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный полипептид.
13. Способ по п. 12, где полипептид предпочтительно содержит до 30 неоэпитопов, основанных на мутации.
14. Способ по п. 12 или 13, где полипептид дополнительно включает эпитопы, не содержащие опухолеспецифичных соматических мутаций, которые экспрессируются опухолевыми клетками.
15. Способ по любому из пп. 12-14, где эпитопы при образовании вакцинной последовательности представлены в контексте своей природной последовательности.
16. Способ по п. 15, где вакцинная последовательность имеет длину около 30 аминокислот.
17. Способ по любому из пп. 1-16, где неоэпитопы, эпитопы и/или вакцинные последовательности располагаются по системе голова к хвосту и/или разделены линкерами.
18. Способ по любому из пп. 1-17, где вакцина представляет собой РНК-вакцину.
19. Способ по любому из пп. 1-17, где вакцина представляет собой профилактическую и/или терапевтическую вакцину.
20. Вакцина, которую получают способом по любому из пп. 1-19, где указанная вакцина, когда вводится пациенту, обеспечивает коллекцию эпитопов, презентируемых главным комплексом гистосовместимости, включающую изменения последовательности на основе идентифицированных мутаций.
21. Вакцина по п. 20, где презентированные эпитопы главного комплекса гистосовместимости (MHC) представляют собой эпитопы, презентируемые MHC класса II, которые способны вызывать ответ клеток CD4+ T-хелперов против клеток, экспрессирующих антигены, из которых выделены MHC-презентированные эпитопы, и, предпочтительно, эпитопы, презентируемые MHC класса I, которые способны вызывать ответ CD8+ T-клеток против клеток, экспрессирующих антигены, из которых выделены MHC-презентированные эпитопы.
22. Вакцина, включающая рекомбинантный полипептид, включающий неоэпитопы на основе мутации, причем указанные неоэпитопы получены на основе опухолеспецифичных соматических мутаций в опухолевом образце онкопациента, или включающая нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный полипептид.
23. Вакцина по п. 22, где полипептид дополнительно включает эпитопы, не содержащие опухолеспецифичных мутаций, которые экспрессируются опухолевыми клетками.
24. Способ лечения онкопациента, включающий стадии:
(a) обеспечение индивидуальной противоопухолевой вакцины способом по любому из пп. 1-19; и
(b) введение указанной вакцины пациенту.
25. Способ лечения онкопациента, включающий введение пациенту вакцины по любому из пп. 20-23.