ЭЛИТНОЕ СОБЫТИЕ ЕЕ-GM3 И СПОСОБЫ И НАБОРЫ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ТАКОГО СОБЫТИЯ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦАХ

1. Способ идентификации элитного события EE-GM3 в биологических образцах, включающий обнаружение области, специфической для EE-GM3, с помощью специфического праймера или зонда, специфически распознающего 5'- или 3'-фланкирующую последовательность чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что включает амплификацию фрагмента ДНК длиной между 50 и 1000 п.о. из нуклеиновой кислоты, присутствующей в указанном биологическом образце, с помощью полимеразной цепной реакции, использующей по меньшей мере два праймера, один из которых распознает 5'-фланкирующую область чужеродной ДНК в EE-GM3, содержащей гены устойчивости к гербицидам, причем указанная 5'-фланкирующая область включает нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или 3'-фланкирующую область чужеродной ДНК в EE-GM3, содержащей гены устойчивости к гербицидам, причем указанная 3'-фланкирующая область включает нуклеотидную последовательность комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408, а другой из указанных праймеров распознает последовательность в пределах чужеродной ДНК, включающей нуклеотидную последовательность комплементарной цепи SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1843, или нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 1 до нуклеотида 240, либо другой из указанных праймеров распознает последовательность в пределах чужеродной ДНК, включающую нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1 или ее комплементарную цепь, или включающую нуклеотидную последовательность SEQ ID No 11, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 16638, или ее комплементарную цепь.
3. Способ по п.2, отличающийся тем, что указанный праймер, распознающий 5'-фланкирующую область, включает нуклеотидную последовательность размером от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или указанный праймер, распознающий 3'-фланкирующую область EE-GM3, включает нуклеотидную последовательность размером от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408, а указанный праймер, распознающий последовательность в пределах чужеродной ДНК, включает нуклеотидную последовательность размером от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1843, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 3, от нуклеотида 1 до нуклеотида 240, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепи, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 16638, или ее комплементарной цепи
4. Способ по п.2, отличающийся тем, что указанный праймер, распознающий 5'-фланкирующую область, включает непосредственно на своем 3'-конце на нуклеотидную последовательность размером по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или указанный праймер, распознающий 3'-фланкирующую область EE-GM3, включает непосредственно на своем 3'-конце нуклеотидную последовательность размером по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408, а указанный праймер, распознающий последовательность в пределах чужеродной ДНК, включает непосредственно на своем 3'-конце нуклеотидную последовательность размером по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1843, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 3, от нуклеотида 1 до нуклеотида 240, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепи, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 16638, или ее комплементарной цепи.
5. Способ по п.4, отличающийся тем, что указанные праймеры включают последовательность SEQ ID No 5 и SEQ ID No 4, соответственно, или последовательность SEQ ID No 7 и SEQ ID No 4, соответственно.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что включает амплификацию фрагмента размером приблизительно 263 или 706 п.о., используя Протокол ПЦР-идентификации EE-GM3.
7. Набор, включающий один праймер, распознающий 5'-фланкирующую область чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, причем указанная 5'-фланкирующая область включает нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или один праймер, распознающий 3'-фланкирующую область чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, причем указанная 3'-фланкирующая область включает нуклеотидную последовательность комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408, и один праймер, распознающий последовательность в пределах чужеродной ДНК, причем указанная чужеродная ДНК включает нуклеотидную последовательность комплементарной цепи SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1843, или нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 1 до нуклеотида 240, или нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепи, или нуклеотидную последовательность SEQ ID No 11, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 16638, или ее комплементарной цепи
8. Набор по п.7, отличающийся тем, что указанный праймер, распознающий 5'-фланкирующую область, включает нуклеотидную последовательность размером от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или указанный праймер, распознающий 3'-фланкирующую область EE-GM3, включает нуклеотидную последовательность размером от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408, а указанный праймер, распознающий последовательность в пределах чужеродной ДНК, включает нуклеотидную последовательность размером от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1843, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 3, от нуклеотида 1 до нуклеотида 240, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепи, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 16638, или ее комплементарной цепи.
9. Набор по п.7, отличающийся тем, что указанный праймер, распознающий 5'-фланкирующую область, включает непосредственно на своем 3'-конце на нуклеотидную последовательность размером по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или указанный праймер, распознающий 3'-фланкирующую область EE-GM3, включает непосредственно на своем 3'-конце нуклеотидную последовательность размером по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408, а указанный праймер, распознающий последовательность в пределах чужеродной ДНК, включает непосредственно на своем 3'-конце нуклеотидную последовательность размером по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1843, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 3, от нуклеотида 1 до нуклеотида 240, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепи, или нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 16638, или ее комплементарной цепи.
10. Набор по п.7, отличающийся тем, что включает праймер, имеющий последовательность SEQ ID No 4, и праймер, имеющий последовательность SEQ ID No 5, или включающий праймер, имеющий последовательность SEQ ID No 5 и праймер, имеющий последовательность SEQ ID No 7.
11. Праймер, пригодный для специфического обнаружения EE-GM3, включающий последовательность, которая при оптимальных условиях обнаружения специфически распознает последовательность в пределах 5'- или 3'-фланкирующей области чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, причем указанная 5'-фланкирующая область включает нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, а указанная 3'-фланкирующая область включает нуклеотидную последовательность комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408.
12. Праймер по п.11, отличающийся тем, что включает нуклеотидную последовательность длиной от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или нуклеотидную последовательность длиной от 17 до 200 последовательных нуклеотидов, выбранных из комплементарной цепи нуклеотидной последовательности SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408.
13. Праймер по п.11, отличающийся тем, что содержит непосредственно на своем 3'-конце нуклеотидную последовательность длиной по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451, или нуклеотидную последовательность длиной по меньшей мере 17 последовательных нуклеотидов, выбранных из нуклеотидной последовательности комплементарной цепи SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408.
14. Праймер, содержащий непосредственно на своем 3'-конце последовательность SEQ ID No 5.
15. Пара праймеров, включающая первый праймер, содержащий непосредственно на своем 3'-конце последовательность SEQ ID No 5, и второй праймер, содержащий непосредственно на своем 3'-конце последовательность SEQ ID No 4.
16. Способ по п.1, отличающийся тем, что включает гибридизацию нуклеиновой кислоты биологического образца с EE-GM3-специфическим зондом.
17. Способ по п.16, отличающийся тем, что последовательность указанного специфического зонда по меньшей мере на 80% идентична последовательности, содержащей часть 5'-фланкирующей последовательности или 3'-фланкирующей последовательности EE-GM3 и последовательности чужеродной ДНК, непрерывной с ней.
18. Способ по п.17, отличающийся тем, что последовательность указанного специфического зонда по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID No 2, от нуклеотида 1431 до нуклеотида 1472, или SEQ ID No 3, от нуклеотида 220 до нуклеотида 261, или комплементарным цепям указанных последовательностей.
19. Набор, включающий специфический зонд, способный к гибридизации со специфической областью EE-GM3.
20. Набор по п.19, отличающийся тем, что последовательность указанного специфического зонда по меньшей мере на 80% идентична последовательности, содержащей часть 5'-фланкирующей последовательности или 3'-фланкирующей последовательности чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, и последовательности чужеродной ДНК, непрерывной с ней.
21. Набор по п.20, отличающийся тем, что последовательность указанного специфического зонда включает нуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID No 2, от нуклеотида 1441 до нуклеотида 1462, или SEQ ID No 3, от нуклеотида 230 до нуклеотида 251, или комплементарным цепям указанных последовательностей.
22. Специфический зонд для идентификации элитного события EE-GM3 в биологических образцах.
23. Зонд по п.22, отличающийся тем, что содержит нуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную последовательности, содержащей часть 5'-фланкирующей последовательности или 3'-фланкирующей последовательности чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, и последовательности чужеродной ДНК, непрерывной с ней, или комплементарным цепям указанных последовательностей.
24. Зонд по п.23, отличающийся тем, что является по меньшей мере на 80% идентичным последовательности SEQ ID No 2, от нуклеотида 1441 до нуклеотида 1462, или SEQ ID No 3, от нуклеотида 230 до нуклеотида 251, или комплементарным цепям указанных последовательностей.
25. Специфический зонд, включающий нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 2, от нуклеотида 1441 до нуклеотида 1462, или SEQ ID No 3, от нуклеотида 230 до нуклеотида 251, или комплементарными цепями указанных последовательностей.
26. Способ подтверждения чистоты семян, включающий обнаружение области, специфической для EE-GM3, с помощью специфического праймера или зонда, специфически распознающего 5'- или 3'-фланкирующую последовательность чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, в образцах семян.
27. Способ скрининга присутствия EE-GM3 в семенах, включающий обнаружение области, специфической для EE-GM3, с помощью специфического праймера или зонда, специфически распознающего 5'- или 3'-фланкирующую последовательность чужеродной ДНК в EE-GM3, включающей гены устойчивости к гербицидам, в образцах партий семян.
28. Способ определения статуса зиготности растения, растительного материала или семени, содержащего элитное событие EE-GM3, включающий амплификацию фрагментов ДНК длиной от 100 до 1000 п.о. из нуклеиновой кислоты, присутствующей в указанных биологических образцах, с помощью полимеразной цепной реакции, использующей по меньшей мере три праймера, два из которых специфически распознают растительную ДНК до инсерции, например, праймер, включающий нуклеотидную последовательность SEQ ID No 5, и праймер, включающий нуклеотидную последовательность SEQ ID No. 6, а третий из указанных праймеров распознает последовательность в пределах чужеродной ДНК, например, нуклеотидную последовательность SEQ ID No. 7.
29. Способ обнаружения присутствия элитного события EE-GM3 в биологических образцах путем гибридизации с практически комплементарным меченным нуклеотидным зондом, согласно которому соотношение нуклеиновых кислот зонд: мишень увеличивается путем повторного использования нуклеотидной последовательности-мишени, включающий:
а) гибридизацию указанной нуклеотидной последовательности-мишени с первым олигонуклеотидом, включающим нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1452 до нуклеотида 1469, или ее комплементарную цепь, или указанным первым олигонуклеотидом, включающим нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 223 до нуклеотида 240, или ее комплементарную цепь;
б) гибридизацию указанной нуклеотидной последовательности-мишени со вторым олигонуклеотидом, включающим нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1434 до нуклеотида 1451, или ее комплементарную цепь, или указанным меченным нуклеотидным зондом, включающим нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 258, или ее комплементарную цепь, где указанный первый или указанный второй олигонуклеотид перекрываются по меньшей мере на один нуклеотид и указанный первый или указанный второй олигонуклеотид являются меченными, образуя указанный меченный нуклеотидный зонд;
в) расщепление только меченной пробы в составе двуцепочечной нуклеотидной последовательности зонд : мишень ферментом, вызывающим селективное расщепление пробы, приводящее к диссоциации двуцепочечной последовательности, и не повреждающим последовательность-мишень;
г) повторное использование нуклеотидной последовательности мишени путем повторения этапов (а)-(в); и
д) обнаружение расщепленного меченного зонда и, за счет этого, определение присутствия указанной нуклеотидной последовательности-мишени.
30. Трансгенное растение сои или его клетки, части, семена или потомство, геном каждого из которых содержит элитное событие EE-GM3, эталонное семя, содержащее указанное событие и депонированное в NCIMB под номером NCIMB 41659.
31. Трансгенное растение сои, его клетки, фрагменты, семя или потомство по п.30, геномная ДНК которых при анализе с помощью протокола идентификации элитного события EE-GM3 с использованием двух праймеров, включающих нуклеотидные последовательности SEQ ID No 4 и SEQ ID No 5, соответственно, позволяет получить фрагмент ДНК длиной приблизительно 263 п.о.
32. Семя, содержащее элитное событие EE-GM3 и депонированное в NCIMB под номером NCIMB 41659, или его производные.
33. Трансгенное растение, фрагмент растения, клетка или ткань или семя сои, содержащие элитное событие EE-GM3 и получаемые из семени по п.32.
34. Растение сои или его семя, клетки или ткани, геном каждого из которых содержит элитное событие EE-GM3, получаемые путем размножения и/или скрещивания с растением сои, выращенным из семени, депонированного в NCIMB под номером NCIMB 41659.
35. Растение сои, содержащее элитное событие EE-GM3, эталонное семя, содержащее указанное событие и депонированное в NCIMB под номером NCIMB 41659.
36. Трансгенное растение, клетка или ткань сои, содержащие элитное событие EE-GM3 и получаемые из семени по п.35.
37. Способ получения растения или семени сои, содержащего элитное событие EE-GM3, включающий скрещивание растения по любому из пп.30-36 с еще одним растением сои, и высаживание семени, полученного при этом скрещивании.
38. Геномная ДНК сои, включающая элитное событие EE-GM3.
39. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 2, от нуклеотида 1441 до нуклеотида 1452, или SEQ ID No 3, от нуклеотида 230 до нуклеотида 251, или комплементарными цепями указанных последовательностей.
40. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п.39, включающая нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 2, от нуклеотида 1431 до нуклеотида 1462, или SEQ ID No 3, от нуклеотида 220 до нуклеотида 261, или комплементарными цепями указанных последовательностей.
41. Растение сои, геном которого включает следующие нуклеотидные последовательности по порядку:
а) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451;
б) нуклеотидную последовательность комплементарной цепи нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1, от нуклеотида 6760 до нуклеотида 6958;
в) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1, от нуклеотида 6874 до нуклеотида 7298;
г) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1, от нуклеотида 7 до нуклеотида 7291;
д) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1, от нуклеотида 12 до нуклеотида 7265;
е) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 217 до нуклеотида 240; и
ж) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408.
42. Молекула ДНК, включающая следующие нуклеотидные последовательности по порядку:
а) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 2, от нуклеотида 1 до нуклеотида 1451;
б) нуклеотидную последовательность комплементарной цепи нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1, от нуклеотида 6760 до нуклеотида 6958;
в) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1, от нуклеотида 6874 до нуклеотида 7298;
г) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1, от нуклеотида 7 до нуклеотида 7291;
д) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 1, от нуклеотида 12 до нуклеотида 7265;
е) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 217 до нуклеотида 240; и
ж) нуклеотидную последовательность SEQ ID No 3, от нуклеотида 241 до нуклеотида 1408.
43. Трансгенное растение сои, растительная клетка, ткань или семя, геном которых содержит событие EE-GM3, включающее молекулу нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 2, от нуклеотида 1441 до нуклеотида 1462, и молекулу нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 3, от нуклеотида 230 до нуклеотида 251, или комплементарными цепями указанных последовательностей.
44. Растение сои, растительная клетка, ткань или семя, геном которых содержит событие EE-GM3, включающее молекулу нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 2, и молекулу нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, являющуюся существенно сходной с SEQ ID No 3 или комплементарными цепями указанных последовательностей.
45. Растение, клетка, ткань или семя сои, содержащие EE-GM3, геном которых содержит нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, 90%, 95% или 100% идентичности с SEQ ID No 2, от нуклеотида 1431 до нуклеотида 1472, и нуклеотидную последовательность, обладающую по меньшей мере 80%, 90%, 95% или 100% идентичности с SEQ ID No 3, от нуклеотида 220 до 261, или комплементарные цепи указанных последовательностей.
46. Растение, растительная клетка, ткань или семя сои, геном которых содержит молекулу нуклеиновой кислоты, включающую нуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 99% идентичную нуклеотидной последовательности SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепи, или по меньшей мере на 99% идентичную нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11, от положения 1452 до положения 16638, или ее комплементарной цепи, или по меньшей мере на 99% идентичную нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11 или ее комплементарной цепи.
47. Растение, растительная клетка, ткань или семя сои, геном которого содержит молекулу нуклеиновой кислоты, гибридизующуюся с нуклеотидной последовательностью SEQ ID No 1 или ее комплементарной цепью, или гибридизующуюся с нуклеотидной последовательностью SEQ ID No 11, от положения 1452 до положения 16638, или ее комплементарной цепью, или гибридизующуюся с нуклеотидной последовательностью SEQ ID No 11 или ее комплементарной цепью.
48. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 99% идентичную нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11, от положения 1452 до положения 16638, или ее комплементарной цепи, или нуклеотидную последовательность, по меньшей мере на 99% идентичную нуклеотидной последовательности SEQ ID No 11 или ее комплементарной цепи.
49. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, включающая нуклеотидную последовательность, гибридизующуюся с нуклеотидной последовательностью SEQ ID No 11, от положения 1452 до положения 16638, или ее комплементарной цепью, или гибридизующуюся с нуклеотидной последовательностью SEQ ID No 11 или ее комплементарной цепью.