СПОСОБЫ И СИСТЕМЫ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ПО ДАННЫМ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ

SMN1
1. Способ определения количества копий гена выживания моторных нейронов 1 (), включающий
под управлением аппаратного процессора:
SMN1
SMN2
получение данных секвенирования, содержащих множество прочтений последовательностей, полученных из образца от субъекта, выровненных с геном выживания моторных нейронов 1 () или геном выживания моторных нейронов 2 ();
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2,
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2,
определение (i) первого количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных по первой области  или , содержащей по меньшей мере 1 из первых 6 экзонов гена  или гена  соответственно, и (ii) второго количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных по второй области  или , содержащей по меньшей мере экзон 7 или экзон 8 гена  или гена  соответственно;
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2,
определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных по первой области гена  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных по второй области  или , с применением (i) длины первой области  или  и (ii) длины второй области или  соответственно;
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
определение (i) числа копий полноразмерных генов выживания моторных нейронов (SMN), каждый из которых является интактным геном , интактным геном , укороченным геном или укороченным геном ; и (ii) числа копий любых интактных генов , каждый из которых является интактным геном  или интактным геном , с использованием модели смеси нормальных распределений, содержащей множество нормальных распределений, каждое из которых представляет разное целое число копий, с учетом (i) первого нормализованного числа прочтений последовательности, выровненных по первой области  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных по второй области  или , соответственно;
SMN1
SMN1
SMN1
SMN2
SMN
SMN1
SMN2
SMN2,
SMN1
для одного множества специфичных для гена  оснований, связанных с интактным геном , определение наиболее вероятной комбинации из множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме количество копий любых определенных интактных генов , с учетом (a) количества прочтений последовательностей из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат основание, специфичное для гена , и (b) количества прочтений последовательностей из множества прочтений последовательности с основаниями, которые содержат специфическое для гена основание гена соответствующее специфическому для гена  основанию; и
SMN1
SMN1
SMN2
SMN1
определение количества копий гена с помощью наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена и возможного количества копий гена , определенных для специфичного для гена  основания.
2. Способ по п. 1, в котором данные секвенирования содержат данные полногеномного секвенирования (WGS) или данные WGS с помощью коротких прочтений.
3. Способ по любому из пп. 1-2, в котором субъект является субъектом-плодом, неонатальным субъектом, субъектом детского возраста, субъектом-подростком или взрослым субъектом.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором образец содержит клетки или внеклеточную ДНК.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором образец содержит фетальные клетки или внеклеточную фетальную ДНК.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором прочтение последовательности из множества прочтений последовательностей, выравнивается с первой областью  или  или со второй областью  или  с показателем качества выравнивания, равным приблизительно нулю.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2,
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
7. Способ по любому из пп. 1-6, в котором первая область  или  содержит экзон от 1 до 6 гена  или гена  соответственно, и имеет длину примерно 22,2 т. п. н., а вторая область  или  содержит экзон 7 и экзон 8 гена  или гена , соответственно, и имеет длину примерно 6 т. п. н.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
8. Способ по любому из пп. 1-7, в котором определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с первой областью  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со второй областью, включает  определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с первой областью или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со второй областью или , с применением (i) длины первой области  или  и (ii) длины второй области  или , соответственно, и (iii) глубины прочтений последовательности области генома субъекта, за исключением генетических локусов, содержащих ген  и ген , по данным секвенирования.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
9. Способ по п. 8, в котором определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с первой областью  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со второй областью  или , включает
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2,
определение (i) нормализованного по длине области  или  количества прочтений последовательностей, выровненных с первой областью  или , и (ii) нормализованного по длине области  или  количества прочтений последовательностей, выровненных со второй областью  или , с использованием (i) длины первой области  или  и (ii) длины второй области  или  соответственно; и
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
определение (i) первой нормализованной глубины прочтений последовательностей, выровненных с первой областью  или , и (ii) второй нормализованной глубины прочтений последовательностей, выровненных со второй областью  или , на основе (i) первого нормализованного по длине области  или  количества и (ii) второго нормализованного по длине области  или  количества, соответственно, при использовании глубины прочтений последовательности области генома субъекта, отличной от генетических локусов, содержащих ген  и ген ; первое нормализованное количество прочтений последовательностей, выровненных с первой областью  или , и второе нормализованное количество прочтений последовательностей, выровненных со второй областью  или , которые представляют собой первую нормализованную глубину и вторую нормализованную глубину, соответственно.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
10. Способ по любому из пп. 1-9, в котором определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с первой областью  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со второй областью, включает  определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с первой областью  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со второй областью  или , с применением (i) содержания GC в первой области  или  и (ii) содержания GC в второй области  или , соответственно, и (iii) глубины прочтений последовательности области генома субъекта, отличной от генетических локусов, содержащих ген  и ген  по данным секвенирования, и (iv) содержания GC в области генома.
-
SMN1
SMN2
11. Способ по любому из пп. 810, в котором глубина прочтений области включает среднюю глубину или медианную глубину прочтений последовательности области генома субъекта, отличных от генетических локусов, содержащих ген  и ген , по данным секвенирования.
12. Способ по п. 11, в котором область включает примерно 3000 предварительно выбранных областей длиной примерно 2 т. п. н. каждая в геноме субъекта.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором (i) первое нормализованное количество прочтений последовательности, выровненных с первой областью или , и/или (ii) второе нормализованное количество прочтений последовательности, выровненных со второй областью  или , составляет от примерно 30 до примерно 40.
14. Способ по любому из пп. 1-13, в котором модель смеси нормальных распределений включает одномерную модель смеси нормальных распределений.
15. Способ по любому из пп. 1-14, в котором множество нормальных распределений модели смеси нормальных распределений представляет целое число копий от 0 до 10.
16. Способ по любому из пп. 1-15, в котором среднее значение для каждого из множества нормальных распределений представляет собой целое количество копий, представленное нормальным распределением.
SMN
SMN
SMN
SMN
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2,
17. Способ по любому из пп. 1-16, в котором определение (i) числа копий всех генов  и (ii) числа копий любых интактных генов  включает определение (i) числа копий всех генов  и (ii) числа копий любых интактных генов  с использованием модели смеси нормальных распределений, и первого предварительно определенного порога апостериорной вероятности с учетом (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с первой областью  или , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со второй областью или  соответственно.
18. Способ по п. 17, в котором первый определенный порог апостериорной вероятности равен 0,95.
SMN
SMN
SMN
19. Способ по любому из пп. 1-18, включающий определение количества копий укороченных генов  с использованием (i) определенного количества копий общего количества генов  и (ii) определенного количества копий интактных генов .
SMN
SMN
SMN
20. Способ по п. 19, в котором количество копий укороченных генов  представляет собой разницу (i) определенного общего количества копий генов  и (ii) определенного количества копий интактных генов .
SMN1
21. Способ по любому из пп. 1-20, в котором специфичное для гена  основание представляет собой энхансер сплайсинга.
SMN1
SMN1
22. Способ по любому из пп. 1-21, в котором специфичное для гена  основание представляет собой основание в c.840 гена .
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
23. Способ по любому из пп. 1-22, в котором наиболее вероятная комбинация возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  связана с самой высокой апостериорной вероятностью, по сравнению с другими комбинациями множества комбинаций с заданным (a) количеством прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена основание, и (b) количество прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат соответствующее специфичное для гена основание.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN
SMN1
SMN2
SMN2
SMN1
24. Способ по любому из пп. 1-23, в котором определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  включает  определение наиболее вероятной комбинации, из множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное количество копий любых интактных генов , с учетом соотношения (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание гена , соответствующее специфичному для гена  основанию.
SMN1
SMN2
25. Способ по любому из пп. 1-24, в котором определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  включает
SMN1
SMN2
SMN2,
SMN1
определение (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание гена соответствующее специфичному для гена  основанию;
SMN1
SMN2
SMN2
SMN1
определение соотношения (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание гена , соответствующее специфичному для гена  основанию;
SMN1
SMN2,
SMN
SMN1
SMN2
SMN2,
SMN1
определение наиболее вероятной комбинации, из множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена  которые дают в сумме определенное количество копий любого интактного гена , на основе соотношения (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание гена  соответствующее специфичному для гена  основанию.
26. Способ по любому из пп. 1-25,
SMN1
SMN2
SMN1
SMN1
SMN2
SMN
SMN1
SMN2
SMN2
SMN1
в котором определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  включает  для каждого из множества специфичных для гена  оснований, определение наиболее вероятной комбинации из множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное количество копий любых интактных генов , которая связана с наибольшей апостериорной вероятностью, с учетом (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание гена , соответствующее специфичному для гена  основанию,
SMN1
SMN1
SMN1
SMN1
SMN2
SMN1
в котором определение количества копий гена  включает в себя: определение количества копий гена  на основе возможного количества копий гена  наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенных для каждого из множества специфичных для гена  оснований.
SMN1
SMN1
SMN1
27. Способ по п. 26, в котором специфичное для гена  основание имеет соответствие с каждым из множества характерных для конкретного гена  оснований, отличных от специфичного для гена  основания, выше заранее определенного порога соответствия.
28. Способ по п. 27, в котором порог соответствия составляет 97%.
SMN1
SMN1
29. Способ по любому из пп. 26-28, в котором множество специфичных для гена  оснований включает 8 специфичных для гена  оснований.
SMN1
SMN1
30. Способ по любому одному из пп. 26-29, в котором каждое из множества специфичных для гена  оснований находится в интроне 6, экзоне 7, интроне 7 или экзоне 8 гена .
SMN1
SMN1
SMN1
31. Способ по любому из пп. 26-30, в котором множество оснований, специфичных для гена , если субъект принадлежит к первой расе, множество оснований, специфичных для гена , если субъект принадлежит ко второй расе, и множество оснований, специфичных для гена , если субъект принадлежит к неизвестной расе, различаются.
SMN1
32. Способ по любому из пп. 26-31, в котором раса субъекта неизвестна, и при этом множество оснований, специфичных для гена , не является специфичным для расы.
SMN1,
33. Способ по любому из пп. 26-31, в котором раса субъекта известна, и при этом множество оснований, специфичных для гена  специфично для расы субъекта.
34. Способ по любому из пп. 26-33, дополнительно включающий
получение информации о расе субъекта;
SMN1,
SMN1
на основе полученной информации о расе выбирают множество оснований, специфичных для гена  из множества оснований, специфичных для гена .
SMN1
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
35. Способ по любому из пп. 1-34, в котором определение количества копий гена  включает  определение количества копий гена  и количества копий гена  с помощью наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенных для каждого из множества оснований, специфичных для гена .
SMN1
SMN1
SMN1
SMN2
SMN1,
SMN1
SMN2
36. Способ по любому одному из пп. 1-35, в котором определение количества копий гена  включает  определение количества копий гена  с помощью наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенных для основания, специфичного для гена  и второго предварительно определенного порога апостериорной вероятности для комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена .
37. Способ по п. 36, в котором второй предварительно определенный порог апостериорной вероятности представляет собой 0,6 или 0,8.
SMN1
SMN1
SMN1
38. Способ по любому из пп. 26-37, в котором большинство возможных значений количества копий гена  согласуется, и причем определенное количество копий гена  представляет собой согласованное возможное количество копий гена .
39. Способ по п. 38, включающий
SMN1
SMN2
SMN
SMN1
SMN2
определение возможной комбинации, содержащей возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное количество копий любого интактного гена , с учетом (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат любое из множества оснований, специфичных для гена, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат любое из множества соответствующих оснований, специфичных для гена ; и
SMN1
определение возможного количества копий возможной комбинации представляет собой согласованное возможное количество копий гена .
SMN1
SMN1
40. Способ по любому одному из пп. 1-39, в котором определение количества копий гена  включает определение количества копий гена , равного нулю, единице или более единицы.
SMN1
41. Способ по любому из пп. 1-40, включающий определение статуса спинальной мышечной атрофии (SMA) субъекта на основе количества копий гена .
42. Способ по п. 41, в котором статус SMA субъекта включает SMA, носитель SMA/отсутствие SMA и не носитель SMA.
SMN1
SMN1
43. Способ по любому из пп. 1-42, включающий определение субъекта как молчащего носителя SMA с использованием ряда прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных с g.27134 гена , и на основе прочтений последовательностей, выровненных с g.27134 гена .
SMN1
44. Способ по любому одному из пп. 1-43, включающий определение рекомендации по лечению для субъекта на основе определенного количества копий гена .
45. Способ по п. 44, в котором рекомендация по лечению включает в себя введение субъекту Nusinersen и/или Zolgensma.
CYP2D6
46. Способ генотипирования гена члена 6 подсемейства D семейства 2 цитохрома P450 (), включающий
под управлением аппаратного процессора:
CYP2D6
CYP2D7
получение данных секвенирования, содержащих множество прочтений последовательностей, полученных из образца от субъекта, выровненных с геном члена 6 подсемейства D семейства 2 цитохрома P450 () или геном члена 7 подсемейства D семейства 2 цитохрома P450 ();
CYP2D6
CYP2D7
определение (i) первого количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном ;
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных с геном  или геном , с применением (i) длины гена  или гена , соответственно;
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
определение (i) общего количества копий гена  и гена  с помощью модели смеси нормальных распределений, содержащей множество нормальных распределений, каждое из которых представляет другое целое число копий, на основании (i) первого нормализованного числа прочтений последовательности, выровненных с геном  или геном ;
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
для одного из множества оснований, специфичных для гена , определение наиболее вероятной комбинации множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное общее количество копий гена  и гена , с учетом (a) числа прочтений из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) числа прочтений из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, соответствующее основанию, специфичному для гена ,
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
определение аллеля гена , имеющегося у субъекта, с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенного для основания, специфичного для гена .
47. Способ по п. 46, в котором данные секвенирования включают данные полногеномного секвенирования (WGS) или данные WGS с помощью коротких прочтений.
48. Способ по любому из пп. 46-47, в котором субъект является субъектом-плодом, неонатальным субъектом, субъектом детского возраста, субъектом-подростком или взрослым субъектом.
49. Способ по любому из пп. 46-48, в котором образец содержит клетки или внеклеточную ДНК.
50. Способ по любому из пп. 46-49, в котором образец содержит клетки или внеклеточную ДНК.
CYP2D6
CYP2D7
51. Способ по любому из пп. 46-50, в котором прочтение последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных с геном или геном , при этом показатель качества выравнивания составляет около нуля.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
52. Способ по любому из пп. 46-51, в котором определение (i) первого количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , включает  определение (i) первого количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных с по меньшей мере одним экзоном или интроном гена  или по меньшей мере одним из экзонов или интронов гена .
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
53. Способ по любому из пп. 46-52, в котором определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , включает  определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с геном или геном , с использованием (i) длины гена  или гена , соответственно, и (iii) глубины прочтений последовательности области генома субъекта, отличной от генетических локусов, содержащих ген  и ген , по данным секвенирования.
CYP2D6
CYP2D7
54. Способ по п. 53, в котором определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , и (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных со второй областью, включает
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7,
определение (i) первого нормализованного по длине гена  или  количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , с применением (i) длины гена  или гена  соответственно;
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
определение (i) первой нормализованной глубины прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , из (i) нормализованного по длине гена  или гена  количества, с применением глубины прочтений последовательностей области генома субъекта, отличных от генетических локусов, содержащих ген  и , причем первая нормализованная глубина прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , представляет собой первое нормализованное количество прочтений последовательности, выровненных с геном  или геном , соответственно.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
55. Способ по любому из пп. 46-54, в котором определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , включает определение (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , с применением (i) содержания GC в гене  или гене  и (iii) глубины прочтений последовательности области генома субъекта, отличных от генетических локусов, содержащих ген  и ген , по данным секвенирования, и (iv) содержания GC в области генома.
CYP2D6
CYP2D7
56. Способ по любому из пп. 53-55, в котором глубина прочтений области представляет собой среднюю глубину или медианную глубину прочтений последовательности области генома субъекта, отличных от генетических локусов, содержащих ген  и ген , по данным секвенирования.
57. Способ по п. 56, в котором область содержит примерно 3000 предварительно выбранных областей длиной примерно 2 т. п. н. каждая в геноме субъекта.
CYP2D6
CYP2D7
58. Способ по любому из пп. 46-57, в котором (i) первое нормализованное количество прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , и/или (ii) второе нормализованное количество прочтений последовательностей, выровненных со второй областью, составляет от примерно 30 до примерно 40.
59. Способ по любому из пп. 46-58, в котором модель смеси нормальных распределений включает одномерную модель смеси нормальных распределений.
60. Способ по любому из пп. 46-59, в котором множество нормальных распределений модели смеси нормальных распределений представляет целое число копий от 0 до 10.
61. Способ по любому из пп. 46-60, в котором среднее значение для каждого из множества нормальных распределений представляет собой целое количество копий, представленное нормальным распределением.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
62. Способ по любому из пп. 46-61, в котором определение (i) общего количества копий гена  и гена  включает определение (i) общего количества копий гена  и гена  с помощью модели смеси нормальных распределений и первого предварительно заданного порога апостериорной вероятности, на основании (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном .
63. Способ по п. 62, в котором первый определенный порог апостериорной вероятности равен 0,95.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
64. Способ по любому из пп. 46-63, в котором наиболее вероятная комбинация возможного количества копий гена и возможного количества копий гена  связана с самой высокой апостериорной вероятностью, по сравнению с другими комбинациями множества комбинаций с заданным (a) количеством прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количеством прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат соответствующее специфичное для гена  основание.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D7
CYP2D6
65. Способ по любому из пп. 46-64, в котором определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  включает  определение наиболее вероятной комбинации, из множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное общее количество копий гена  и гена , с учетом соотношения (a) количества прочтений последовательности при прочтениях множества последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена CYP2D6 основание, и (b) количества прочтений последовательности при прочтениях множества последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, соответствующее специфичному для гена  основанию.
CYP2D6
CYP2D7
66. Способ по любому из пп. 46-65, в котором определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  включает
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
определение (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, соответствующее специфичному для гена  основанию;
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
определение соотношения (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, соответствующее специфичному для гена  основанию;
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
и определение наиболее вероятной комбинации множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное общее количество копий гена и гена , с учетом соотношения (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, соответствующее специфичному для гена  основанию.
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
67. Способ по любому из пп. 46-66, в котором определение аллеля гена  у субъекта включает  определение одного или более структурных вариантов гена  у субъекта с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенных для специфичного для гена  основания.
68. Способ по п. 67,
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D7,
CYP2D6
в котором определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена  включает определение наиболее вероятной комбинации для каждого из множества специфичных к гену  оснований, множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий гена  и возможное количество копий гена , которые дают в сумме определенное общее количество копий гена  и гена , которая связана с наибольшей апостериорной вероятностью, с учетом (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание, и (b) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат специфичное для гена  основание гена  соответствующее специфичному для гена  основанию, и
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
в котором определение одного или более структурных вариантов гена  включает определение одного или более структурных вариантов гена  у субъекта с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенных для каждого из множества оснований, специфичных для гена .
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
69. Способ по п. 68, в котором определение одного или более структурных вариантов гена  у субъекта включает  определение одного или более структурных вариантов гена , у субъекта на основе количества копий гена  наиболее вероятных комбинаций, определенных для двух или более из множества различных оснований, специфичных для гена , и положений двух или более оснований, специфичных для гена .
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
70. Способ по любому из пп. 68-69, в котором специфичное для гена основание имеет соответствие с каждым из множества характерных для конкретного гена  оснований, отличных от специфичного для гена  основания, выше заранее определенного порога соответствия.
71. Способ по п. 70, в котором порог соответствия составляет 97%.
CYP2D6
CYP2D6
72. Способ по любому из пп. 68-71, в котором множество оснований специфичных для гена  включает 118 оснований специфичных для гена .
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
73. Способ по любому из пп. 68-72, в котором множество оснований, специфичных для гена , если субъект принадлежит к первой расе, множество оснований, специфичных для гена , если субъект принадлежит ко второй расе, и множество оснований, специфичных для гена , если субъект принадлежит к неизвестной расе, различаются.
CYP2D6
74. Способ по любому из пп. 68-73, в котором раса субъекта неизвестна, и при этом множество оснований, специфичных для гена , не является специфичным для расы.
CYP2D6
75. Способ по любому из пп. 68-73, в котором раса субъекта известна, и при этом множество оснований, специфичных для гена , специфично для расы субъекта.
76. Способ по любому из пп. 68-75, включающий
получение информации о расе субъекта;
CYP2D6,
CYP2D6
на основе полученной информации о расе - выбор множества оснований, специфичных для гена из множества оснований, специфичных для гена .
77. Способ по любому из пп. 67-76, включающий
CYP2D7
CYP2D7
определение (ii) второго количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей, выровненных со спейсерной областью между геном и повторяющимся элементом REP7 ниже гена ;
определение (ii) второго нормализованного количества прочтений последовательности, выровненных со спейсерной областью, с использованием (ii) длины спейсерной области;
определение (ii) количества копий спейсерной области с использованием модели смеси нормальных распределений, заданной (ii) вторым нормализованным количеством прочтений последовательностей, выровненных со спейсерной областью,
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
в котором определение структурного варианта гена  включает в себя: определение аллеля гена  у субъекта с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий гена  и возможного количества копий гена , определенных для специфичного для гена  основания, и числа копий спейсерной области.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
78. Способ по п. 77, в котором один или более структурных вариантов содержат гибридный аллель / со спейсерной областью и повторяющимся элементом REP7 ниже гибридного аллеля /.
CYP2D6
79. Способ по любому из пп. 46-78, включающий: определение одного или более малых вариантов гена , имеющегося у субъекта, с применением полученных данных секвенирования.
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
80. Способ по п. 79, в котором определение одного или более малых вариантов гена  у субъекта включает  для положения малого варианта гена , связанного с малым вариантом аллеля гена , определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий малого варианта аллеля гена  в положении малого варианта и возможного количества копий эталонного аллеля гена , которые дают в сумме количество копий гена  в положении малого варианта, с учетом (a) количества прочтений последовательности с основаниями, которые содержат малый вариант аллеля гена в положении малого варианта, и (b) количества прочтений последовательности с основаниями, которые содержат эталонный аллель гена  в положении малого варианта, возможное количество копий малого варианта аллеля гена  наиболее вероятной комбинации в малом варианте указывает на один или более малых вариантов гена .
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
81. Способ по п. 79, в котором определение одного или более малых вариантов гена  включает  для каждого из множества положений малых вариантов гена  положение малого варианта связано с малым вариантом аллеля гена , определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий малого варианта аллеля гена  в положении малого варианта и возможного количества копий эталонного аллеля гена  в положении малого варианта, которые дают в сумме количество копий гена  в положении малого варианта, с учетом (a) количества прочтений последовательности с основаниями, которые содержат малый вариант аллеля гена  в положении малого варианта, и (b) количества прочтений последовательности с основаниями, которые содержат эталонный аллель гена  в положении малого варианта, возможное количество копий малых вариантов аллелей гена  наиболее вероятной комбинации в множестве положений малых вариантов указывает на один или более малых вариантов гена .
82. Способ по любому из пп. 46-78, включающий
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
для положения малого варианта гена , связанного с малым вариантом аллеля гена , определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий малого варианта аллеля гена  в положении малого варианта и возможного количества копий эталонного аллеля гена  в положении малого варианта, которые дают в сумме количество копий гена  в положении малого варианта, с учетом (a) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном , перекрывающимся с положением малого варианта, и с основаниями, которые содержат малый вариант аллеля гена  в положении малого варианта и (b) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном , перекрывающимся с положением малого варианта, и с основаниями, которое содержат эталонный аллель гена  в положении малого варианта;
CYP2D6
CYP2D6
определение одного или более малых вариантов гена  с использованием возможного количества копий малого варианта аллеля гена  наиболее вероятной определенной комбинации
83. Способ по любому из пп. 46-78, включающий
CYP2D6
CYP2D6,
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
для каждого из множества положений малых вариантов гена положение малого варианта связано с малым вариантом аллеля гена  определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий малого варианта аллеля гена  в положении малого варианта и возможного количества копий эталонного аллеля гена  в положении малого варианта, которые дают в сумме количество копий гена в положении малого варианта, с учетом (a) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном , перекрывающимся с положением малого варианта, и с основаниями, которые содержат малый вариант аллеля гена  в положении малого варианта и (b) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном , с положением малого варианта, и с основаниями, которые содержат эталонный аллель гена  в положении малого варианта; и
CYP2D6
CYP2D6
определение одного или более малых вариантов гена  с использованием возможного количества копий малых вариантов аллеля гена  наиболее вероятных комбинаций во множестве определенных положений малых вариантов.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
84. Способ по любому из пп. 68-83, в котором положение малого варианта находится в гомологичной области /, причем определение наиболее вероятной комбинации включает определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий малого варианта аллеля гена  в положении малого варианта и возможного количества копий эталонного аллеля гена  в положении малого варианта, которые дают в сумме количество копий гена  в положении малого варианта, с учетом (a) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , с основаниями, которые содержат малый вариант аллеля гена  в положении малого варианта, и/или (b) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном  или геном , с основаниями, которые содержат эталонный аллель  в положении малого варианта.
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
85. Способ по любому из пп. 68-83, в котором положение малого варианта не находится в гомологичной области /, причем определение наиболее вероятной комбинации включает определение наиболее вероятной комбинации возможного количества копий малого варианта аллеля гена  в положении малого варианта и возможного количества копий эталонного аллеля гена  в положении малого варианта, которые дают в сумме количество копий гена  в положении малого варианта, с учетом (a) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном , но не с геном , с основаниями, которые содержат малый аллель варианта гена  в положении малого варианта, и/или (b) количества прочтений последовательностей, выровненных с геном , но не с геном , с основаниями, которое содержат эталонный аллель  в положении малого варианта.
CYP2D6
86. Способ по любому из пп. 80-85, включающий определение количества копий гена  в положении малого варианта.
CYP2D6
CYP2D6
87. Способ по любому из пп. 80-86, в котором количество копий гена  в положении малого варианта представляет собой количество копий гена .
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
88. Способ по любому из пп. 80-87, в котором количество копий гена  в положении малого варианта включает количество копий гена  из возможных количеств копий гена  наиболее вероятных определенных комбинаций.
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
89. Способ по любому из пп. 80-88, в котором количество копий гена  в положении малого варианта включает количество копий гена из возможных количеств копий гена  наиболее вероятных определенных комбинаций и расположены ближе всего к положению малого варианта.
CYP2D6
CYP2D6
90. Способ по любому из пп. 80-89, в котором количество копий гена  в положении малого варианта включает количество копий гена  в 5’-положении или в 3’-положении от положения малого варианта.
CYP2D6
CYP2D6
91. Способ по любому из пп. 80-90, включающий: (a) определение количества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат малый вариант аллеля гена ; и (b) определение количества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат эталонный аллель гена .
CYP2D6
CYP2D6
92. Способ по любому из пп. 46-91, в котором определение аллеля гена , у субъекта включает  определение аллелей гена , имеющихся у субъекта.
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
CYP2D6
93. Способ по любому из пп. 46-92, в котором определение аллеля гена  у субъекта включает  определение звездчатого аллеля и/или гаплотипа гена  у субъекта с использованием одного или нескольких определенных структурных вариантов гена , и/или одного или более малых вариантов гена , при этом необязательно звездчатый аллель связан с известной функцией.
CYP2D6
CYP2D6
94. Способ по любому из пп. 46-93, включающий: определение уровня ферментативной активности у субъекта с использованием определенного аллеля гена .
95. Способ по п. 94, в котором ферментативная активность является низкой, средней, нормальной или сверхвысокой.
CYP2D6
96. Способ по любому из пп. 46-95, включающий определение рекомендации по дозировке лечения и/или рекомендации по лечению субъекта на основе аллеля гена , имеющегося у субъекта.
97. Система генотипирования паралогов, включающая
энергонезависимую память, выполненную с возможностью хранения исполняемых команд и данных секвенирования, содержащих множество прочтений последовательностей, полученных из образца от субъекта, выровненных с первым паралогом или вторым паралогом; и
аппаратный процессор в соединении с энергонезависимой памятью, причем аппаратный процессор запрограммирован с помощью исполняемых команд для выполнения:
определения количества копий паралогов первого типа с помощью модели смеси нормальных распределений, содержащей множество нормальных распределений, каждое из которых представляет различное целое число копий, заданное (i) первым количеством прочтений последовательностей, выровненных с первой областью;
определения наиболее вероятной комбинации для одного из множества оснований, специфичных для первого паралога, из множества возможных комбинаций, каждая из которых содержит возможное количество копий первого паралога первого типа и возможное количество копий второго паралога первого типа, которые дают в сумме определенное количество копий паралогов первого типа, с учетом (a) количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат основание, специфичное для первого паралога, и (b) количества прочтений последовательностей из множества прочтений последовательностей с основаниями, которые содержат основание, специфичное для второго паралога, соответствующее основанию, специфичному для первого паралога,
определение количества копий или аллеля первого паралога с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий первого паралога и возможного количества копий второго паралога, определенных для основания, специфичного для первого паралога.
98. Система по п. 97, в которой аппаратный процессор запрограммирован с помощью исполняемых команд для выполнения: определения (i) первого количества прочтений последовательности из множества прочтений последовательностей в данных секвенирования, полученных из образца от субъекта, выровненных с первой областью.
99. Система по любому из пп. 97-98, в которой аппаратный процессор запрограммирован с помощью исполняемых команд для выполнения: определения (i) первого нормализованного количества прочтений последовательностей, выровненных с первой областью, с использованием (i) длины первой области, причем определение количества копий паралогов первого типа включает определение количества копий паралогов первого типа с использованием модели смеси нормальных распределений, заданной (i) первым нормализованным количеством прочтений последовательностей, выровненных с первой областью.
100. Система по любому из пп. 97-99, в которой аппаратный процессор запрограммирован с помощью исполняемых команд для выполнения: получения данных секвенирования, содержащих множество прочтений последовательностей, выровненных с первой областью.
101. Система по любому из пп. 97-100, в которой аппаратный процессор запрограммирован с помощью исполняемых команд для выполнения: определения количества прочтений одного или более паралогов второго типа с использованием смеси нормальных распределений, заданной (ii) вторым количеством прочтений последовательностей, выровненных со второй областью.
102. Система по п. 101, в которой определение количества копий или аллеля первого паралога включает  определение количества копий или аллеля первого паралога с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий первого паралога и возможного количества копий второго паралога, определенных для основания, специфичного для первого паралога, и количества копий одного или более паралогов второго типа.
103. Система по п. 101, в которой аппаратный процессор запрограммирован с помощью исполняемых команд для выполнения: определения количества прочтений паралогов третьего типа по количеству копий паралогов первого типа и количеству копий паралогов второго типа, и при этом определение количества копий или аллеля первого паралога включает в себя: определение количества копий или аллеля первого паралога с использованием наиболее вероятной комбинации возможного количества копий первого паралога и возможного количества копий второго паралога, определенных для основания, специфичного для первого паралога.
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
SMN2
SMN1
104. Система по любому из пп. 97-103, в которой первый паралог представляет собой ген выживания моторных нейронов 1 (), причем второй паралог представляет собой ген выживания моторных нейронов 2 (), причем первая область содержит по меньшей мере один из 1-6 экзонов гена  и по меньшей мере один из 1-6 экзонов гена , а вторая область содержит по меньшей мере экзон 7 или 8 гена  и по меньшей мере экзон 7 или 8 гена , причем паралоги первого типа содержат интактный ген  и интактный ген , а один или более паралогов второго типа содержат интактный ген , интактный ген , укороченный ген  или укороченный ген , а количество копий первого паралога содержит количество копий гена .
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D7
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D7
CYP2D6
CYP2D6
105. Система по любому из пп. 97-103, в которой первый паралог представляет собой ген члена 6 подсемейства D семейства 2 цитохрома P450 (), причем второй паралог представляет собой ген члена 7 подсемейства D семейства 2 цитохрома P450 (), причем первая область содержит ген  и ген , при этом вторая область содержит спейсерную область между геном  и повторяющимся элементом REP7 ниже гена , причем паралоги первого типа содержат ген  и ген , при этом один или более паралогов второго типа содержат гибридный аллель / со спейсерной областью и повторяющимся элементом REP7 ниже гибридного аллеля /, и при этом аллель первого паралога представляет собой аллель гена , который представляет собой малый вариант или структурный вариант гена .
106. Система по любому из пп. 97-105, в которой первый паралог и второй паралог имеют идентичность последовательности по меньшей мере 90%.