СПОСОБ АВТОМАТИЧЕСКОГО ДЕКОДИРОВАНИЯ ИЗОБРАЖЕНИЙ МИКРОМАТРИЦЫ

1. Способ автоматической идентификации углов и зондов чипа микроматрицы в сканированном изображении микроматрицы высокой плотности и высокого разрешения, имеющем пространство изображения, содержащий этапы, на которых
(a) применяют преобразование Радона к входному изображению микроматрицы для проецирования изображения в пространство углов и расстояний, когда это возможно, для нахождения ориентации прямых линий,
(b) применяют быстрое преобразование Фурье к спроецированному изображению, полученному на этапе (a), и применяют эвристику для нахождения оптимального угла наклона спроецированного изображения,
(c) применяют эвристику для определения оптимальных первого и последнего локальных максимумов для оптимального угла наклона,
(d) выполняют обратную проекцию определенных первого и последнего локальных максимумов в пространство изображения для нахождения в первом приближении первой и последней вертикальных линий изображения,
(e) поворачивают изображение и повторяют этапы (a)-(d) для нахождения в первом приближении верхней и нижней горизонтальных линий изображения,
(f) определяют, в первом приближении, четыре угла изображения из пересечения вертикальных и горизонтальных линий,
(g) применяют эвристику для определения того, достаточно ли первого приближения, полученного на этапе (f), и,
(h) опционально обрезают сканированное изображение вокруг первого приближения четырех углов и повторяют этапы (a)-(f).
2. Способ по п.1, в котором сканированное изображение микроматрицы представляет собой изображение, полученное посредством элемента, выбранного из группы, состоящей из репрезентативного анализа олигонуклеотидной микроматрицы, матриц экспрессии генов, матриц однонуклеотидного полиморфизма, матриц ЦГ-богатых островков, микроматриц промоторов и матриц взаимодействия белок-ДНК.
3. Способ по п.1, в котором ошибочные искажения в изображении включают в себя эффекты трапецеидального искажения.
4. Способ по п.1, в котором ошибочные искажения в изображении включают в себя синусоидальные или искривленные линии размещения зондов вместо прямых линий размещения.
5. Способ по п.1, в котором разрешение сканированного изображения составляет 1, 2 или 5 мкм.
6. Способ по п.1, в котором сканированное изображение сканируют с использованием флуорофоров Cy3 и Cy5.
7. Способ по п.1, в котором сканированное изображение получают из чипа, содержащего от около 85000 зондов до около 400000 зондов.
8. Способ по п.1, дополнительно содержащий этап, на котором оценивают положение одного или нескольких зондов.
9. Способ по п.1, дополнительно содержащий этап, на котором обрабатывают изображение путем прореживания или обрезки.
10. Способ по п.1, дополнительно содержащий этап, на котором преобразуют данные изображения в меру биологической активности.