СПОСОБЫ РАЗДЕЛЕНИЯ И ХАРАКТЕРИСТИКИ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ ИДЕНТИФИКАТОРА

1. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) наслаивание тестируемого образца на градиент плотности в контейнере;
(c) добавление идентификатора в указанный тестируемый образец и/или в указанный градиент плотности;
(d) центрифугирование указанного контейнера для разделения микроорганизмов от других компонентов указанного тестируемого образца и образование осадка микроорганизмов;
(e) исследование осадка и/или указанного одного или более чем одного идентификатора с получением измерений, которые позволяют идентифицировать микроорганизмы; и
(f) характеристику и/или идентификацию микроорганизмов в осадке на основании полученных измерений и/или присутствия, или отсутствия указанного идентификатора или метаболизированной формы указанного идентификатора в осадке.
2. Способ по п.1, где указанный идентификатор выбран из группы, состоящей из аффинного лиганда, антитела или его фрагмента, субстрата фермента, нуклеиново-кислотного зонда, антибиотика, аптамера, пептидного миметика, связывающего белка фагового происхождения, пектина, белка врожденного иммунитета хозяина, белка иммунной защиты, бактериоцина, бактериофага, избирательного красителя, хелатирующего агента, фотосенсибилизирующего агента, гасителя, восстанавливающего агента, окисляющего агента, буфера, кислоты, основания, растворителя, спирта, фиксатора, детергента, сурфактанта, дезинфицирующего агента, токсического соединения, метаболического ингибитора, зонда окислительного метаболизма, белка мембранного потенциала и любой их комбинации.
3. Способ по п.1, где идентификатор представляет собой хелатирующий агент.
4. Способ по п.1, где идентификатор представляет собой этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА).
5. Способ по п.1, где идентификатор представляет собой субстрат фермента.
6. Способ по п.1, где идентификатор представляет собой субстрат для фермента пироглутамилпептидазы.
7. Способ по п.1, где идентификатор представляет собой смесь нуклеиново-кислотных зондов, меченных флуоресцентной меткой.
8. Способ по п.1, где стадии (b)-(е) осуществляют в герметичном контейнере, и где стадия исследования (е) является неинвазивной.
9. Способ по п.1, где стадию исследования (е) осуществляют с помощью оптической спектроскопии или с помощью масс-спектрометрии.
10. Способ по п.9, где оптическая спектроскопия выбрана из группы, состоящей из флуоресцентной спектроскопии, спектроскопии диффузного отражения, абсорбционной и трансмиссионной спектроскопии, инфракрасной спектроскопии, терагерцевой спектроскопии, рамановской спектроскопии, рамановской спектроскопии, усиленной поверхностью, рамановской спектроскопии с пространственным смещением, резонансной рамановской спектроскопии и любой их комбинации.
11. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
12. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп и функциональных групп.
13. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
14. Способ по п.1, где указанный способ дополнительно включает стадию селективного лизиса перед стадией разделения (d).
15. Способ по п.1, где указанный градиент плотности содержит одно или более чем одно из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-Фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидона, сополимера ПЭГ метилового эфира и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, Фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости.
16. Способ по п.1, где тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.
17. Способ изоляции и идентификации микроорганизма, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) необязательно лизис клеток в указанном тестируемом образце с получением лизированного образца;
(c) разделение микроорганизмов от других компонентов указанного лизированного образца с образованием осадка микроорганизмов;
(d) исследование этого осадка с получением измерений, которые позволяют идентифицировать микроорганизмы;
(e) идентификацию этих микроорганизмов на основании полученных измерений; и
(f) выделение по меньшей мере части осадка с получением выделенных микроорганизмов;
(g) проведение одного или более чем одного дополнительного теста на выделенных микроорганизмах.
18. Способ по п.17, где стадию исследования (d) осуществляют с помощью оптической спектроскопии или с помощью масс-спектрометрии.
19. Способ по п.17, где указанный способ дополнительно включает стадию селективного лизиса (b), и где стадию селективного лизиса проводят с использованием раствора для лизиса, содержащего один или более чем один детергент.
20. Способ по п.19, где указанный раствор для лизиса дополнительно содержит смесь одной или более чем одной протеиназы и одной или более чем одной нуклеазы.
21. Способ по п.19, где указанный раствор для лизиса содержит один или более чем один буферный агент.
22. Способ по п.17, где указанные выделенные микроорганизмы ресуспендируют в соответствующем буфере.
23. Способ по п.22, где указанными дополнительными тестами являются тесты идентификации.
24. Способ по п.22, где указанными дополнительными тестами являются тесты характеристики.
25. Способ по п.22, где указанными дополнительными тестами являются тесты на лекарственную устойчивость, факторы вирулентности и/или антибиограмма.
26. Способ по п.17, где указанный тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.