НОВЫЕ ГИДРОГЕНАЗЫ, ВЫДЕЛЕННЫЕ ИЗ THERMOCOCCUS SPP., ГЕНЫ, КОДИРУЮЩИЕ ЭТИ ГИДРОГЕНАЗЫ, И СПОСОБЫ ПРОДУЦИРОВАНИЯ ВОДОРОДА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МИКРООРГАНИЗМОВ, СОДЕРЖАЩИХ УКАЗАННЫЕ ГЕНЫ
NEW HYDROGENASES EXTRACTED FROM THERMOCOCCUS SPP, GENES CODING THOSE HYDROGENASES, AND METHODS FOR HYDROGEN PRODUCTION USING MICROORGANISMS CONTAINING ABOVE SAID GENES

Предпосылки создания изобретения
Область, к которой относится изобретение
Thermococcus;
Настоящее изобретение относится к новым гидрогеназам, выделенным из новых штаммов, принадлежащих к роду к генам, кодирующим указанные гидрогеназы; и к способам получения водорода с использованием штаммов, имеющих указанные гены.
Предшествующий уровень техники
Энергетическая ценность водорода привлекает внимание специалистов как источник энергии нового поколения, который может заменить ископаемое топливо, поскольку его теплотворная способность на единицу массы по меньшей мере в три раза превышает теплотворную способность нефтяного топлива, но при этом указанное топливо не выделяет веществ, которые могут оказывать негативное воздействие на окружающую среду, например, таких как двуокись углерода, NOx и SOx.
Традиционные способы получения водорода включают электролиз воды и термокрекинг или конверсию природного газа или сырой нефти (лигроина) с водяным паром. Однако осуществление этих способов сталкивается с определенными проблемами, заключающимися в том, что обработка ископаемого топлива должна проводиться при высоких температурах и высоком давлении. Кроме того, при осуществлении этих методов образуются смешанные газы, содержащие монооксид углерода, что требует применения сложных технологий по удалению монооксида углерода из смешанных газов.
Rhodobacter sphaeroides
С другой стороны, биологические способы получения водорода с использованием микроорганизмов имеют преимущества, заключающиеся в том, что они могут быть осуществлены в условиях, не требующих высоких температур и высокого давления, путем подведения отдельной энергии, а также в том, что вырабатываемые при этом газы не содержат монооксида углерода. Такие биологические способы получения водорода могут быть грубо разделены на способы на основе фотосинтезирующих микроорганизмов и способы на основе нефотосинтезирующих микроорганизмов (главным образом, анаэробных микроорганизмов). Примеры вышеупомянутых способов включают способ, описанный в Корейском патенте рег. No. 10-0680624, озаглавленном «Способ получения водорода с использованием фотосинтезирующих бактерий штамма , обладающего высокой продуктивностью водорода при высокой концентрации соли».
Однако технология культивирования фотосинтезирующих бактерий при высокой концентрации соли с использованием света в качестве источника энергии пока еще недостаточно разработана, и используемые ранее фотосинтезирующие бактерии имеют тот недостаток, что в них ингибирование субстрата затрудняется при высоком парциальном давлении субстрата. Кроме того, указанные бактерии имеют тот недостаток, что их способность продуцировать водород может поддерживаться только под действием света.
Citrobacter
Rhodopseduomonas palustris
Поэтому до сих пор продолжают предприниматься попытки разработать способ получения водорода с использованием микроорганизмов, которые могут продуцировать водород, используя органический углерод, и примеры таких способов описаны в Корейском патенте рег. No. 10-0315663, озаглавленном «sp. Y19 и получение водорода с использованием этого микроорганизма», и в Корейском патенте рег. No. 10-0315662, озаглавленном «P4 и получение водорода с использованием этого микроорганизма».
Thermococcus onnurineus
Ранее, то есть 5 сентября 2008 года, авторами настоящего изобретения была подана патентная заявка (заявка на патент Кореи рег. No. 10-2008-0087794), относящаяся к новым белкам, выделенным из новых гипертермофильных NA1 (рег. №: КСТС 10859ВР), и к генам, кодирующим такие белки, и настоящее изобретение, в частности, относится к тем генам и белкам из числа уже описанных в настоящей заявке, которые связаны с продуцированием водорода. Авторами настоящего изобретения были проведены эксперименты по оценке способности вышеописанного штамма продуцировать водород, и в результате этих экспериментов было обнаружено, что вышеуказанный штамм продуцирует большое количество водорода даже в условиях высоких температур и, кроме того, были обнаружены новые гидрогеназы, которые в высокой степени экспрессируются, в частности, в условиях культивирования с добавлением монооксида углерода (СО) или формиата, что послужило основой для создания настоящего изобретения.
ОПИСАНИЕ СУЩНОСТИ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Thermococcus
Целью настоящего изобретения является получение гидрогеназ, выделеных из гипертермофильных микроорганизмов spp., которые могут продуцировать водород даже в условиях высоких температур, и генов, кодирующих указанные гидрогеназы, а также разработка эффективных способов получения водорода с использованием штаммов, имеющих указанные гены.
Thermococcus
Для достижения этих целей было разработано настоящее изобретение, которое относится к гидрогеназам, выделенным из штамма spp., способного продуцировать водород в аэробных условиях культивирования, и к генам, кодирующим указанные гидрогеназы. Кроме того, настоящее изобретение относится к способу получения водорода путем культивирования указанного штамма и к способу получения водорода с использованием указанных генов.
Thermococcus onnurineus
T. onnurineus
В первом аспекте, настоящее изобретение относится к гидрогеназам, продуцируемым новым гипертермофильным штаммом NA1 (рег. №: KCTC 10859BP). NA1 имеет восемь новых кластеров генов гидрогеназы, и аминокислотные последовательности гидрогеназ, принадлежащих этим кластерам, представлены в SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 8.
Во втором аспекте, настоящее изобретение относится к генам, кодирующим указанные аминокислотные последовательности. Такими генами, предпочтительно, являются, но не ограничиваются ими, гены, представленные в SEQ ID NO: 12 - SEQ ID NO: 19 (аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 8 соответствуют генам, представленным в SEQ ID NO: 12 - SEQ ID NO: 19, соответственно).
Thermococcus
Thermococcus
Thermococcus
Thermococcus onnurineus
В третьем аспекте, настоящее изобретение относится к способу получения водорода путем культивирования spp. Этот способ включает стадии: 1) приготовления среды в сосуде для культивирования; 2) культивирование spp. в сосуде для культивирования; 3) извлечения водорода из сосуда для культивирования. Микроорганизмом spp., предпочтительно, является NA1 (рег. №: КСТС 10859ВР).
Кроме того, указанной средой может быть среда, в которую были добавлены один или несколько компонентов, выбранных из группы, состоящей из монооксида углерода, формиата и крахмала. Культивирование может быть осуществлено при высокой температуре 80°С в анаэробных условиях.
В четвертом аспекте, настоящее изобретение относится к дегидрогеназе, содержащей по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO: 9 - SEQ ID NO: 11.
В пятом аспекте, настоящее изобретение относится к гену, кодирующему дегидрогеназу. Предпочтительно, указанный ген имеет последовательность оснований, выбранную из последовательностей SEQ ID NO: 20 - SEQ ID NO: 22 (аминокислоты SEQ ID NO: 9-11 соответствуют SEQ ID NO: 20-22, соответственно).
T. onnurineus
В шестом аспекте, настоящее изобретение относится к рекомбинантному вектору, содержащему гены, организованные в гидрогеназные кластеры CODH-MCH-MNH3 в NA1, где все указанные гены являются функционально связанными. Предпочтительно гены включают, но не ограничиваются ими, гены SEQ ID NO: 21 (CODH-дегидрогеназы) и SEQ ID NO: 16 (MCH-гидрогеназы). Кроме того, настоящее изобретение относится к клетке-хозяину, трансформированной рекомбинантным вектором.
Кроме того, настоящее изобретение относится к способу получения водорода с использованием указанного трансформанта, включающему стадии: приготовления среды в сосуде для культивирования; подачи монооксида углерода в газовую фазу, присутствующую в сосуде для культивирования; культивирования указанного трансформанта в сосуде для культивирования; и извлечения водорода из сосуда для культивирования.
T. onnurineus
В седьмом аспекте, настоящее изобретение относится к рекомбинантному вектору, содержащему гены, организованные в гидрогеназный кластер FDH2-MFH2-MNH2 в NA1, где все указанные гены являются функционально связанными. Предпочтительно гены включают, но не ограничиваются ими, гены SEQ ID NO:22 (FDH2-дегидрогеназы) и SEQ ID NO:18 (MFH2-гидрогеназы). Кроме того, настоящее изобретение относится к клетке-хозяину, трансформированной рекомбинантным вектором.
Кроме того, настоящее изобретение относится к способу получения водорода с использованием указанного трансформанта, включающему стадии: приготовления, содержащей формиат среды в сосуде для культивирования; культивирования указанного трансформанта в сосуде для культивирования; и извлечения водорода из сосуда для культивирования.
T. onnurineus
В восьмом аспекте, настоящее изобретение относится к рекомбинантному вектору, содержащему гены, организованные в гидрогеназный кластер FDH1-MFH1-MNH1 в NA1, где все указанные гены являются функционально связанными. Предпочтительно гены включают, но не ограничиваются ими, гены SEQ ID NO:20 (FDH1-дегидрогеназы) и SEQ ID NO:13 (MFH1-гидрогеназы). Кроме того, настоящее изобретение относится к клетке-хозяину, трансформированной рекомбинантным вектором.
Кроме того, настоящее изобретение относится к способу получения водорода с использованием указанного трансформанта, включающему стадии: приготовления содержащей крахмал среды в сосуде для культивирования; культивирования указанного трансформанта в сосуде для культивирования; и извлечения водорода из сосуда для культивирования.
Способы получения водорода, в отличие от применяемых ранее химических способов получения водорода, имеют те преимущества, что они не требуют создания специальных условий, а именно высоких температур и высокого давления, и позволяют получать водород при температуре окружающей среды и при атмосферном давлении, а также не приводят к образованию вредных побочных продуктов. Кроме того, способы согласно изобретению имеют то преимущество, что, в отличие от известных способов получения водорода с использованием микроорганизмов, они являются гораздо более эффективными и позволяют получать водород высокой чистоты даже при высокой температуре.
Поэтому настоящее изобретение является экономически выгодным, поскольку оно позволяет исключить монооксид углерода при высокой температуре в процессе очистки нефти и т.п. и может быть непосредственно использовано для получения водорода без проведения отдельной стадии охлаждения после поглощения монооксида углерода. Кроме того, настоящее изобретение может быть использовано для кондиционирования воздуха.
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ГРАФИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА
Thermococcales
T. onnurineus
T. kodakaraensis, P. furiosus
P. abyssi.
На фиг.1 представлена диаграмма Венна, иллюстрирующая общие и уникальные части протеома (совокупоности белков) четырех штаммов , NA1 (NA1),  и Набор белков для этих штаммов был взят из коллекции RefSeq в NCBI.
T. onnurineus
T. onnurineus
На фиг.2A представлена репрезентативная карта восьми кластеров генов гидрогеназы в NA1. А, В, С и D: мембраносвязанные гидрогеназы и цитоплазматические NiFe-гидрогеназы. S1, S2 и S3: NA1. Гены были окрашены в соответствии с функциональными категориями COG. TON_0051-0055 представляют собой SEQ ID NO: 1-5; TON_0486-0498 представляют собой SEQ ID NO: 35-47; TON_0533-0544 представляют собой SEQ ID NO: 48-59; TON_1583-1595 представляют собой SEQ ID NO: 100-112; TON_0261-0289 представляют собой SEQ ID NO: 6-34; TON_1016-1031 представляют собой SEQ ID NO: 60-75; а TON_1559-1582 представляют собой SEQ ID NO: 76-99.
(fdh1-mfh1-mnh1, fdh2-mfh2-mnh2
codh-mch-mnh)
T. onnurineus
На фиг.2B представлена организация генов из трех кластеров генов гидрогеназ и , имеющих 3-модульный генный кластер в геноме NA1. Гены, принадлежащие к тем же самым субкластерам, показаны одним и тем же цветом.
P. abyssi.
На фиг.3 показаны паттерны распределения и консервативности кластеров генов гидрогеназы в 31 архегеноме. В синие скобки (первая скобка, третья скобка, пятая скобка снизу) заключены CDS, обнаруживающие низкое сходство (<25%) с любыми CDS из 31 архегенома. В черных скобках показаны CDS, аналогичные гидрогеназе 4 от 31 археген представлен ниже:
№.
Ген
№
Ген
1
Aeropyrum_pernix
17
Pyrococcus_abyssi
2
Pyrobaculum_aerophilum
18
Pyrococcus_furiosus
3
Sulfolobus_acidocaldarius_DSM_639
19
Pyrococcus_horikoshii
4
Sulfolobus_solfataricus
20
Thermococcus_kodakaraensis_KOD1
5
Sulfolobus_tokodaii
21
Archaeogiobus_fulgidus
6
Haloarcula_marismortui_ATCC_43049
22
Methanosarcina_barkeri_fusaro
7
Natronomonas_pharaonis
23
Methanosarcina_mazei
8
Halobacterium_sp
24
Metnanosarcina_acetivorans
9
Haloquadratum_walsbyi
25
Methanospirillum_hungatei_JF-1
10
Methanococcoides_burtonii_DSM_6242
26
Methanobacterium_thermoautotrophicum
11
Picrophilus_torridus_DSM_9790
27
Methanococcus_jannaschii
12
Thermoplasma_acidophilum
28
Methanococcus_maripaludis_S2
13
Thermoplasma_volcanium
29
Methanosphaera_stadtmanae
14
Methanosaeta_thermophila_PT
30
Methanopyrus_kandleri
15
Pyrobaculum_islandicum DSM_4184
31
Nanoarchaeum_equitans
16
Thermofilum_pendens_Hrk_5
На фиг.4 и 5 проиллюстрировано сравнение α-субъединиц CODH- и F420-гидрогеназных белков. На фиг.4 представлено филогенетическое дерево CODH, а на фиг.5 представлено филогенетическое дерево α-субъединицы F420-гидрогеназы. Гомологи белков на филогенетическом дереве были взяты из базы данных NCBI.
T. onnurineus
onnurineus
Т
onnurineus
На фиг.6 показан график роста NA1 в зависимости от CO. T. NA1 культивировали в среде 1, в которую были добавлены CO (дорожка 2; треугольники), сера (3; квадраты) или то и другое (дорожка 4; перевернутые треугольники). Были включены контроли без добавок (дорожка 1; кружки) и культура в среде YPS (C). DAPI-окрашенные клетки были непосредственно подсчитаны на фильтрах под флуоресцентным микроскопом. a: Влияние состава среды при различных концентрациях дрожжевого экстракта (YE). b: Кривые роста . NA1 в среде 1 с другими добавками. c: Анализ транскрипции гена CODH.
T. onnurineus
На фиг.7 проиллюстрирован рост микроорганизма NA1 и продуцирование водорода указанным микроорганизмом в YPS (A) или в CO-содержащей среде. Незаштрихованные кружки: рост; и заштрихованные кружки: продуцирование водорода.
T. onnurineus
T. onnurineus
codh-mch-mnh3, fdhl-mfhl-mnhl
fdh2-mfh2-mnh2
cha),
На фиг.8 проиллюстрирован анализ, проводимый с использованием микромассивов (microarray) (A), и ОТ-ПЦР-анализ (B) экспрессии кластеров генов гидрогеназы NA1 в YPS (A) или в CO-содержащей среде (B). На фиг.8 (A) проиллюстрирован анализ восьми кластеров генов гидрогеназы в NA1, проводимый с использованием микромассивов. Изменения в иерархической кластеризации мРНК в присутствии CO сравнивали с кластеризацией в культуральной среде YPS, используемой в качестве контроля. Стимуляция и ингибирование показаны красным и зеленым цветом, соответственно. Условия роста показаны в верхней части картины кластеризации. На правой стороне картины кластеризации, ОРС для каждого из илипоказаны в виде горизонтальных полос. YE: дрожжевой экстракт. На фиг.8 (B) представлены результаты количественного ОТ-ПЦР-анализа в присутствии CO или YPS, проводимого для каждой из крупных субъединиц гидрогеназ mbh (TON_1593), mbx (TON 0489), frh (TON_1560), sulf I (TON_0534), mch (TON_1023), mfh2 (TON_1569) и mfhl (TON_0276). Ген, кодирующий шаперонин ( использовали в качестве контроля для нормализации уровней экспрессии.
codh-mch-mnh3
fdh2-mfh2-mnh2 в
T. onnurineus
T. kodakaraensis
Pyrococcus furiosus.
mch
mfh2
gdh
Pfu
gdh
Pfu
TNA1
TNA1
На фиг.9 представлено нарушение гена-мишени крупной субъединицы каждой из гидрогеназ mch (TON_1023) и mfh2 (TON_1569). На фиг.9 (A) представлена организация гена каждого из кластеров и NA1. P: промоторная область, расположенная слева (выше) от 5'-конца гена глутамат-дегидрогеназы KOD1; и hmg: ген 3-гидрокси-метилглутарил-кофермент A-редуктазы На фиг.8(B) проиллюстрирована идентификация нарушения гена с помощью ПЦР. На левой панели проиллюстрирована ПЦР-амплификация с использованием праймеров для области кассеты сверхэкспрессии (P-hmg). На правой панели проиллюстрирована ПЦР-амплификация с использованием праймеров для крупной субъединицы каждой из гидрогеназ  и . M: маркер размера (l т.п.н.-лэддер); W: дикого типа; дорожки 1 и 2: мутантные штаммы.
Δ
Δ
mch
mfh2
TNA1
TNA1
На фиг.10 проиллюстрирован рост мутантных штаммов  и и продуцирование ими водорода в среде, содержащей YPS или CO. Незаштрихованные кружки: рост; заштрихованные кружки: продуцирование водорода.
T. onnurineus
На фиг.11 проиллюстрирован рост NA1 и продуцирование им водорода в среде, содержащей YPS (А) или формиат (В). Незаштрихованные кружки: рост; заштрихованные кружки: продуцирование водорода.
T. onnurineus
T. onnurineus
mbh, codh-mch-mnhЗ, fdh1-mfh1-mnh1
fdh2-mfh2-mnh2
T. onnurineus
cha),
На фиг.12 проиллюстрирован анализ, проводимый с использованием микромассивов (A) и ОТ-ПЦР-анализ (B) экспрессии кластеров гидрогеназы NA1 в среде, содержащей YPS, (A) или в формиатсодержащей среде (B). На фиг.12 (A) проиллюстрирован анализ 8 кластеров генов гидрогеназы в NA1, проводимый с использованием микромассивов. Изменения в иерархической кластеризации мРНК в присутствии формиата сравнивали с кластеризацией в культуральной среде YPS, используемой в качестве контроля. Стимуляция и ингибирование показаны красным и зеленым цветом, соответственно. Условия роста показаны в верхней части картины кластеризации. На правой стороне картины кластеризации, ОРС для каждого из кластеров и  показаны в виде горизонтальных полос. YE: дрожжевой экстракт. На фиг.12 (B) представлены результаты количественного ОТ-ПЦР-анализа в присутствии YPS, проводимого для каждой из крупных субъединиц гидрогеназ mbh (TON_1593), mbx (TON 0489), frh (TON_1560), sulf I (TON_0534), mch (TON_1023), mfh2 (TON_1569) и mfh1 (TON_0276). ГенNA1, кодирующий шаперонин ( использовали в качестве контроля для нормализации уровней экспрессии.
mfh1
mfh2
fdh1-mfh1-mnh1
fdh2-mfh2-mnh2 в
T. onnurineus
T. kodakaraensis
Pyrococcus furiosus.
mfh1
mfh2
gdh
Pfu
gdh
Pfu
TNA1
TNA1
На фиг.13 представлено нарушение гена-мишени крупной субъединицы каждой из гидрогеназ (TON_0276) и (TON_1569). На фиг.13 (A) представлена организация гена каждого из кластеров и NA1. P: промоторная область, расположенная слева от 5'-конца гена глутамат-дегидрогеназы KOD1; и hmg: ген 3-гидрокси-метилглутарил-кофермент A-редуктазы На фиг.13 (B) проиллюстрирована идентификация нарушения гена с помощью ПЦР. На левой панели проиллюстрирована ПЦР-амплификация с использованием праймеров для области кассеты сверхэкспрессии (P-hmg). На правой панели проиллюстрирована ПЦР-амплификация с использованием праймеров для крупной субъединицы каждой из гидрогеназ и . M: маркер размера (1 т.п.н.-лэддер); W: дикого типа; дорожки 1 и 2: мутантные штаммы.
Δ
Δ
Δ
mch
mfh1
mfh2
TNA1
TNA1
TNA1
На фиг.14 проиллюстрирован рост мутантных штаммов , или и продуцирование ими водорода в среде, содержащей YPS или формиат. Незаштрихованные кружки: рост; и заштрихованные кружки: продуцирование водорода.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Thermococcus onnurineus
В первом аспекте, настоящее изобретение относится к гидрогеназам, продуцируемым новым гипертермофильным штаммом NA1 (рег. №: KCTC 10859BP), который продуцирует водород в анаэробных условиях. Этот штамм был выделен из гидротермальной глубоководной дренажной зоны в регионе островов Манус в Тихом океане, а именно в бассейне восточных островов Манус. Выделенный штамм был депонирован в Корейской коллекции типовых культур (KCTC) при Корейском научно-исследовательском институте биологии и биотехнологии (KRIBB) 7 октября 2005, а 20 октября 2005 ему был присвоен рег. №: KCTC 10859BP. Свойства этого штамма и методы его культивирования описаны в заявке на патент Кореи No. 10-2007-0127255, на основе которой было разработано настоящее изобретение.
T. onnurineus
2
2
+
-
NA1 имеет восемь новых кластеров генов гидрогеназы. Гидрогеназы являются ключевыми ферментами, которые имеют отношение к метаболизму молекулярного водорода (H), и действуют как катализаторы в следующей обратимой реакции: 2H + 2e ⇔ H. Предпочтительно, гидрогеназы, принадлежащие к вышеописанным кластерам, продуцируют белки и их функциональные эквиваленты, содержащие одну или несколько аминокислотных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 8. Используемый в настоящем документе термин «функциональный эквивалент» включает варианты аминокислотной последовательности, имеющие аминокислотные замены в некоторых или во всех белках, или аминокислотные добавления или делеции в некоторых из этих белков. Аминокислотными заменами, предпочтительно, являются консервативные замены. Примерами консервативных замен являются замены следующих природных аминокислот, таких как алифатические аминокислоты (Gly, Ala и Pro), гидрофобные аминокислоты (Ile, Leu и Val), ароматические аминокислоты (Phe, Tyr и Trp), кислотные аминокислоты (Asp и Glu), основные аминокислоты (His, Lys, Arg, Gln и Asn) и серусодержащие аминокислоты (Cys и Met). Делеции аминокислот, предпочтительно, присутствуют в области, которая не оказывает непосредственного влияния на активность гидрогеназ.
Во втором аспекте, настоящее изобретение относится к генам, кодирующим вышеописанные аминокислотные последовательности. Такими генами, предпочтительно, являются, но не ограничиваются ими, гены, представленные в SEQ ID NO: 12 - SEQ ID NO: 19 (аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 8 соответствуют генам, представленным в SEQ ID NO: 12 - SEQ ID NO: 19, соответственно).
Thermococcus
Thermococcus
Thermococcus
Thermococcus onnurineus
В третьем аспекте, настоящее изобретение относится к способу получения водорода путем культивирования spp. Этот способ включает стадии: 1) приготовления среды в сосуде для культивирования; 2) культивирования spp. в сосуде для культивирования; и 3) извлечения водорода из сосуда для культивирования. Микроорганизмом spp., предпочтительно, является NA1 (рег. №: КСТС 10859ВР).
Кроме того, указанной средой может быть среда, в которую были добавлены один или несколько компонентов, выбранных из группы, состоящей из монооксида углерода, формиата и крахмала. Культивирование может быть также осуществлено при высокой температуре 80°С в анаэробных условиях.
В четвертом аспекте, настоящее изобретение относится к дегидрогеназе, содержащей по меньшей мере одну аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 9 - SEQ ID NO: 11. Дегидрогеназы Fdh1 (SEQ ID NO: 20), Fdh2 (SEQ ID NO: 22) и CODH(SEQ ID NO: 21), соответственно, могут образовывать кластеры с гидрогеназами MFH1, MFH2 и MCH.
В пятом аспекте, настоящее изобретение относится к гену, кодирующему указанную дегидрогеназу. Предпочтительно, указанный ген выбран из генов, представленных в SEQ ID NO: 20 - SEQ ID NO: 22 (аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 9-11 соответствуют SEQ ID NO: 20-22, соответственно).
T. onnurineus
В шестом аспекте, настоящее изобретение относится к рекомбинантному вектору, содержащему гены, организованные в гидрогеназные кластеры CODH-MCH-MNH3 в NA1, где все указанные гены являются функционально связанными. Предпочтительными генами являются, но не ограничиваются ими, гены SEQ ID NO:21 (CODH-дегидрогеназы) и SEQ ID NO:16 (MCH-гидрогеназы). Используемый в настоящем документе термин «вектор» означает молекулу нуклеиновой кислоты, которая может иметь другую присоединенную к ней молекулу нуклеиновой кислоты.
В качестве экспрессионного вектора, который может синтезировать белок, кодируемый рекомбинантным геном, присутствующим в указанном векторе, могут быть использованы плазмида, космида или фаг. Предпочтительным вектором является вектор, который может самореплицироваться и экспрессировать нуклеиновую кислоту, связанную с этим вектором.
Кроме того, настоящее изобретение относится к клеткам-хозяевам, трансформированным рекомбинантным вектором. Рекомбинантный вектор может быть использован для трансформации клеток, таких как прокариотические клетки, клетки грибов, клетки растений и клетки животных, в целях получения трансформированных клеток, которые могут продуцировать водород с высокой эффективностью. Используемый в настоящем документе термин «трансформация» означает абсорбцию чужеродной ДНК или РНК в клетки для изменения их генотипа. Для получения такой клетки-хозяина может быть использован общеизвестный метод трансформации каждой из указанных клеток.
Настоящее изобретение также относится к способу получения водорода с использованием указанных трансформантов, включающему стадии: приготовления среды в сосуде для культивирования; подачи монооксида углерода в газовую фазу, присутствующую в среде для культивирования; культивирования указанного трансформанта в сосуде для культивирования; и извлечения водорода из сосуда для культивирования.
T. onnurineus
В седьмом аспекте, настоящее изобретение относится к рекомбинантному вектору, содержащему гены, организованные в гидрогеназные кластеры FDH2-MFH2-MNH2 в NA1, где все указанные гены являются функционально связанными. Предпочтительными генами являются, но не ограничиваются ими, гены SEQ ID NO:22 (FDH2-дегидрогеназы) и SEQ ID NO:18 (MFH2-гидрогеназы). Кроме того, настоящее изобретение относится к клетке-хозяину, трансформированному рекомбинантным вектором.
Подробное описание «вектора», «трансформации» и «клеток-хозяев» приводится выше в шестом аспекте.
Настоящее изобретение также относится к способу получения водорода с использованием указанного трансформанта, включающему стадии: приготовления формиатсодержащей среды в сосуде для культивирования; культивирования указанного трансформанта в сосуде для культивирования; и извлечения водорода из сосуда для культивирования.
T. onnurineus
В восьмом аспекте, настоящее изобретение относится к рекомбинантному вектору, содержащему гены, организованные в FDH1-MFH1-MNH1-гидрогеназные кластеры в NA1, где все указанные гены являются функционально связанными. Предпочтительными генами являются, но не ограничиваются ими, гены SEQ ID NO:20 (FDH1-дегидрогеназы) и SEQ ID NO:13 (MFH1-гидрогеназы). Кроме того, настоящее изобретение относится к клетке-хозяину, трансформированному рекомбинантным вектором.
Подробное описание «вектора», «трансформации» и «клеток-хозяев» приводится выше в шестом аспекте.
Настоящее изобретение также относится к способу получения водорода с использованием указанного трансформанта, включающему стадии: приготовления крахмалсодержащей среды в сосуде для культивирования; культивирования указанного трансформанта в сосуде для культивирования; и извлечения водорода из сосуда для культивирования.
Ниже приводится более подробное описание настоящего изобретения со ссылкой на примеры. В этой связи следует отметить, что эти примеры приводятся лишь в иллюстративных целях и не ограничивают объема настоящего изобретения.
Thermococcus onnurineus
Пример 1: Анализ генов гидрогеназы штамма NA1
(1) Тест-методы
1) Условия культивирования
2
2
2
Для осуществления рутинного культивирования клетки выращивали в анаэробных условиях при 80°С в среде, содержащей дрожжевой экстракт-пептон-серу (YPS) (Holden et al. 2001). Физиологические тесты осуществляли с использованием модифицированной среды 1 (Sokolova, T. G., C. Jeanthon, N. A Kostrikina, N. A. Chernyh, A. V. Lebedinsky, E. Stackebrandt and E. A. Bonch-Osmolovskaya. 2004. «The first evidence of anaerobic CO oxidation coupled with H production by a hyperthermophilic archaeon isolated from a deep-sea hydrothermal vent». Extremophiles 8:317-323), в которую было добавлено 1 мл смеси микроэлементов, 1 мл раствора витамина (Balch, W. E., G. E. Fox, L. J. Magrum, C. R. Woese, and R. S. Wolfe. 1979. Methanogens: reevaluation of a unique biological group. Microbio 1. Rev. 43:260-296), NaCl (30 г/л), и дрожжевой экстракт (0,5 г/л). pH доводили до 8,0 с использованием NaOH. Среду, полученную в анаэробных условиях, распределяли по 25-миллилитровым бутылям с сывороткой, и газовую фазу (15 мл) заменяли на N/CO(80:20; 1 бар) или 100% CO. Если клетки культивировали в присутствии формиата или крахмала, то в среду добавляли 10 г/л формиата натрия (Sigma) или 5 г/л растворимого крахмала (Sigma), а затем автоклавировали. Все культуры для проведения физиологических тестов выращивали при 80°С в течение 2 дней.
2) Секвенирование генов
T. onnurineus
Последовательность генома NA1 определяли путем секвенирования всего генома методом «дробового ружья» (shotgun) и пиросеквенирования. Для капиллярного секвенирования конструировали библиотеку со вставками размером 2 т.п.н.-3 т.п.н. (11028 клонов), библиотеку со вставкой размером 40 т.п.н. (1870 клонов) и библиотеку со вставкой размером 35 т.п.н. (288 клонов), и эти библиотеки секвенировали на секвенаторе ABI 3730XL (Applied Biosystems, CA). Для осуществления пиросеквенирования, 581990 фрагментов ДНК секвенировали на секвенаторе GS-20 (454 Life Sciences). Контиги, полученные на обоих секвенаторах, объединяли, и «закрытие» пропусков секвенирования осуществляли методом «прогулки по клонам» и методом ПЦР-секвенирования. Гены ОРС и РНК определяли с использованием комбинации программ Glimmer 3.0 (Универистет в шт. Мэриленд), GSFinder и RBSFinder, с последующей подгонкой ОРС вручную. После определения всех ОРС проводили дополнительный анализ последовательности белка с помощью поисковой программы BLASTP на последовательности белка в неизбыточных базах данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI), в энциклопедии генов и геномов Киото (KEGG) и COG (базе данных кластеров ортологичных групп белков) (Tatusova, R. L., D. A. Natale, I. V. Garkavtsev, T. A. Tatusova, U. T. Shankavaram, B. S. Rao, B. Kiryutin, M. Y. Galperin, N. D. Fedorova and E. V. Koonin. 2001. The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes. Nucleic Acids Res. 29:22-28). Для определения тРНК использовали программу tRNAScan-SE (Lowe, Т. М., and S. R. Eddy. 1997. tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Res. 25:955-964).
3) Анализ белков
Т. onnurineus
Pseudomonas putida
Клетки NA1 суспендировали в 100 мМ трис-HCl-буфере (pH 6,8), содержащем 4% додецилсульфат натрия (ДСН) и 4 мМ EDTA, и кипятили в течение 10 минут, после чего центрифугировали при 22000g в течение 20 минут. Клеточный лизат отделяли с помощью электрофореза в 12% полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия (ДСН-ПААГ), и получали 30 фракций исходя из размера их молекул. Затем эти фракции гидролизовали в геле с использованием трипсина (Promega, USA) (Kim, Y. H., K. Cho, S. H. Yun, J. Y. Kim, K. H. Kwon, J. S. Yoo, and S. I. Kim. 2006. Analysis of aromatic catabolic pathways in KT 2440 by combined proteomic approach: 2-DE/MS and cleavable ICAT analysis. Proteomics 6:1301-1318), и трипсиновые гидролизаты растворяли в 0,5% растворе трифторуксусной кислоты для проведения масс-спектрометрического анализа (Thermo Finnigan LTQ IT). Идентичность пептидов определяли с помощью программы Sequest (Thermo Finnigan, San Jose, CA).
4) Выделение всей РНК и ОТ-ПЦР-анализ
Т.
onnurineus
2
2
50-миллилитровую культуру NA1 выращивали до средней экспоненциальной фазы роста в модифицированной среде 1, в которую были добавлены различные концентрации дрожжевого экстракта в газовой фазе, состоящей из N/CO (80:20, 1 бар) или 100% CO. Клетки собирали путем центрифугирования при 6000g в течение 30 минут. Осадок ресуспендировали в 50 мкл 50 мМ трис-HCl-буфера (pH 7,5), в который было добавлено 500 мкл реагента тризола (Invitrogen, Carlsbad, CA). Клетки подвергали лизису путем замораживания и оттаивания, а затем образцы экстрагировали 200 мкл хлороформа. Водную фазу, содержащую всю РНК, дополнительно обрабатывали путем преципитации этанолом, а затем ресуспендировали в дистиллированной воде. Концентрацию и целостность РНК определяли путем измерения оптической плотности на 260 и 280 нм, а также с помощью анализа в 0,8% агарозном геле. Обратную транскрипцию и ПЦР-амплификацию осуществляли с использованием обратной транскриптазы Superscript™ II (Invitrogen) в соответствии с инструкциями производителей. Для амплификации CODH (окись углерода-дегидрогеназы) и Hsp60 (шаперонина), используемого в качестве контроля, применяли два набора нижеследующих праймеров:
Ген CODH (прямой праймер: 5'-GGACCATGTAGAATCGAYCCGTTY-3' (SEQ ID NO: 23) и обратный праймер 5'-TTCRTTTCCGGTACAGCA-3' (SEQ ID NO: 24)); и ген Hsp60 (прямой праймер: 5'-ATGGCACAGCTTAGTGGACAG-3' (SEQ ID NO: 25) и обратный праймер, 5'-CAAGGATTTCCTGGGCTTTCTC-3' (SEQ ID NO: 26)).
5) Компьютерный анализ
http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp
Поиск гомологии аминокислотных последовательностей осуществляли с использованием программы BLAST в не-избыточной базе данных белков NCBI. Поиск мотива белков, имеющих сигнал L1 (C[GS][ILV]C[AGNS]xxH, где x означает любую аминокислоту) в гидрогеназах группы 4, осуществляли с использованием программы ProteinFinder (Ensoltek, Korea) в не-избыточной базе данных белков NCBI. Выравнивание множества последовательностей белков осуществляли с использованием программы ClustalW (Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22, 4673-4680), и конструировали филогенетическое дерево с использованием компьютерной программы для молекулярно-эволюционного генетического анализа (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)(Mega 4.1) (Tamura, K., Dudley, J., Nei, M. and Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol. 24, 1596-1599). Филогенетическое дерево для последовательностей рРНК 16S строили на основе последовательностей, подвергнутых предварительному выравниванию и взятых из базы данных для рибосом на сайте ().
6) Создание сигнатур logo-данных
Logo-представления данных использовали для визуализации объема информации, ассоциированного с каждым положением данного мотива, который является общим для родственных последовательностей. В графическом представлении, общая высота для каждого положения коррелирует с консервативностью в данном положении (выражено в битах), где относительные размеры символов в данном положении указывают на их относительную частоту. Logo-анализы осуществляли в Центре структурной геномики Беркли (http://weblogo.berkeley.edu/).
(2) Результат анализов
T.
onnurineus
1) Общие признаки генов NA1
Thermococcus
T. onnurineus
T. onnurineus
T. onnurineus
Thermococcales
Для получения какого-либо представления относительно факторов, которые вносят свой вклад в явно успешную конкуренцию spp. с другими микроорганизмами, обитающими в гидротермальной дренажной зоне, геномную последовательность NA1 определяли комбинированным методом рандомизированного секвенирования всего генома, проводимым методом «дробовика» и пиросеквенирования. В результате было обнаружено, что NA1 имеет одну кольцевую хромосому (1847607 п.н.), не содержащую каких-либо внехромосомных элементов, и было идентифицировано всего 1976 кодирующих последовательностей ДНК (CDS) (Таблица 1 и фиг.1). Из них 1104 CDS (55,8%) было выявлено путем поиска гомологии и доменов, но функция остальных 872 CDS не могла быть предсказана исходя из их первичной структуры. При поиске сходства белков в масштабе всего генома 82,7% белков NA1 обнаруживали сходство с другими членами .
Таблица 1
Общие признаки генома <i>T. onnurineus </i>NA1 и штаммов <i>T. kodakaraensis </i>KOD1 и <i>Pyrococcus</i>
NA1
KOD1
P.abyssi
P.horikoshii
P.furiosus
Размер генома (п.н.)
1847607
2088737
1765118
1738505
1908256
Белоккодирующие области
90,1%
92,1%
91,1%
91,2%
92,5%
Содержание GC
51,0%
52,0%
44,7%
41,9%
40,8%
CDS<sup>a</sup>
1976
2306
1784
2064
2065
тРНК
46
46
46
46
46
рРНК
5S(x2), 7S,16S,32S
5S(x2),7S,16S,32S
5S(x2), 7S,16S,32S
5S(x2),7S,16S,32S
5S(x2),7S,16S,32S
<sup>a</sup>: Наборы белков для этих штаммов были получены из коллекции RefSeq в NCBI.
2) Кластеры гидрогеназ
T. onnurineus
В геноме NA1 было обнаружено очень высокое содержание гидрогеназ и родственных белков (5,5%), что указывает на повышенную консервативность или рециклизацию восстановительного потенциала в отношении оксидоредуктаз, включая CO-дегидрогеназу и формиатдегидрогеназу.
T. onnurineus
al.
T. onnurineus
Гидрогеназы могут быть разделены на следующие три основные группы, исходя из их каталитического металлического центра: [NiFe]-гидрогеназы, [FeFe]-гидрогеназы и [Fe]-гидрогеназы. На основании уникального функционального центра, который является консервативным для каждой из групп гидрогеназ, был сделан вывод, что все гидрогеназы в NA1, за исключением одной гидрогеназы, принадлежат к [NiFe]-гидрогеназам. В соответствии с системой классификации гидрогеназ Vignais et , [NiFe]-гидрогеназы в NA1 принадлежат к группе 3 (одна F420-восстанавливающая гидрогеназа и две NADP-восстанавливающие гидрогеназы) или к группе 4 (четыре мембраносвязанные гидрогеназы) (Silva, P.J., van den Ban, E.C., Wassink, H., Haaker, H., de Castro, В., Robb, F.T. and Hagen, W.R. (2000) Enzymes of hydrogen metabolism in Pyrococcus furiosus. Eur. J. Biochem. 267, 6541-6551). Гидрогеназы, принадлежащие к группе 4, называются преобразующими энергию гидрогеназами (Ech), и такие гидрогеназы широко распространены в бактериях и архебактериях.
Для выявления молекулярной основы метаболизма гидрогеназ генные кластеры гидрогеназ подвергали сравнительному анализу. Указанные гидрогеназы подвергали филогенетическому анализу и на основе полученных данных гидрогеназы группы 4 могут быть подразделены на две подгруппы, 4a и 4b, и во всех последовательностях подгруппы 4b можно обнаружить общие паттерны пар мотивов.
T. onnurineus
Pyrococcus
T. kodakaraensis
P. abyssi
R. rubrum
Methanococcus maripaludis
M.
maripaludis
Thermococcales
Как показано на фиг.2, в геноме NA1 были обнаружены три дополнительных кластера гидрогеназ (FDH1-MFH1-MNH1 (Hyg4-I, S1:TON_0279-0274, MFH1: SBQ ID NO: 2), CODH-MCH-MNH3 (Hyg4-II, S2:TON_1021-1024, MCH: SEQ ID NO: 5) и FDH2-MFH2-MNH2 (Hyg4-III, S3:TON_1565-1571, MFH2: SEQ ID NO: 7)) и Frh (TON_1559-1562, SEQ ID NO: 6) вместе с двумя мембраносвязанными гидрогеназами (Mbh (TON_1590-1595, SEQ ID NO: 8) и Mbx (TON_0489-0486, SEQ ID NO: 3)), и двумя цитоплазматическими NiFe-гидрогеназами (Sulf-I (TON_0533-0544, SEQ ID NO: 4) и Sulf-II (TON_0051-0055, SEQ ID NO:1), которые, как сообщалось, присутствуют в spp. и KOD1. Анализ генного кластера гидрогеназ с CDS от 31 архегенома явно показал, что FDH1-MFH1-MNH1 (Hyg4-I), CODH-MCH-MNH3 (Hyg4-II) и FDH2-MFH2-MNH2 (Hyg4-III) являются уникальными по своей первичной последовательности, что указывает на низкое сходство с 4 компонентами гидрогеназ от и (фиг.3). Аналогично дополнительным гидрогеназам кластер FDH2-MFH2-MNH2 (Hyg4-III) (TON_1559-1582, SEQ ID NO: 76-99) включает субъединицы α/β/γ F420-гидрогеназы (TON_1559-1561, SEQ ID NO: 76 - 78) в геноме. Субъединицы F420-гидрогеназы имеют уникальные первичные последовательности, что указывает на сходство с кофермент F420-восстанавливающей гидрогеназой (YP_001097176) от (33%) и кофермент F420-восстанавливающей гидрогеназой (NP_987940) от S2 (33%) (фиг.3 и фиг.5). При этом в литературе отсуствуют какие-либо сообщения о гомологах F420-гидрогеназы .
3) Конструирование 3-модульных генных кластеров
(fdh1-mfh1-mnh1, fdh2-mfh2-mnh2
codh-mch-mnh3)
+
+
Было обнаружено, что каждая из трех гидрогеназ Ech (MFH1, MFH2 и MCH), принадлежащих к группе 4 [NiFe]-гидрогеназ, представляет собой часть крупных 17- или 18-генных кластеров и , состоящих из ОРС (открытых рамок считывания)TON_266-TON_282, TON_1563-TON_1580 и TON_1016-TON_1031 (фиг.2B). ОРС в кластерах могут быть подразделены на три подкластера. Первая часть кодирует оксидоредуктазу, такую как формиатдегидрогеназа (Fdh1 (SEQ ID NO: 9) или Fdh2 (SEQ ID NO: 11)), или монооксид углерода-дегидрогеназа (Codh (SEQ ID NO: 10)). Вторая часть кодирует мультимерные мембраносвязанные гидрогеназы (MFH1, MFH2 или MCH), имеющие 5-7 субъединиц. Последняя часть кодирует катионные/протонные антипорты, такие как Na/H-антипорт. При этом в литературе отсутствуют какие-либо сообщения о 3-модульных генных кластерах.
Пример 2: Анализ состава газа
(1) Метод проведения анализа
2
2
4
2
Состав газа водорода определяли на газовом хроматографе HP 5890 серии II (Hewlett Packard), снабженном колонкой с молекулярными ситами HP-PLOT (Agilent) и детектором TCD. В качестве газа-носителя использовали аргон. Для количественной оценки состава газа водорода использовали газовый калибровочный эталон (Supleco), содержащий 1% (масс./масс.) каждого из компонентов (CO, CO, H, CH и О) в азоте.
(2) Получение водорода с использованием различных веществ
T. onnurineus
Для того чтобы определить, могут ли различные гидрогеназы в NA1 осуществлять эффективное продуцирование водорода в различных средах, скорость продуцирования водорода анализировали с использованием различных источников энергии (таблица 2). В результате было обнаружено, что штамм NA1 может продуцировать водород с использованием крахмала, CO и формиата даже в отсутствие серы. В частности, CO и формиат являются наиболее подходящими источниками энергии для эффективного продуцирования водорода.
Таблица 2
Сравнение продуцирования водорода штаммом <i>T. onnurineus </i>NA1в различных условиях
Среда
Продуцирование водорода (ммоль/л)
М + СО
30,7
М + формиат
49,7
М + крахмал
15,6
M: модифицированная среда 1
T. kodakaraensis
Pyrococcus furiosus.
Уровень продуцирования водорода штаммом NA1 в периодической культуре был аналогичен уровню продуцирования, наблюдаемому в непрерывной культуре KOD1 и Гипертермофильные архебактерии, несмотря на их низкую волюметрическую продуктивность, имеют ряд преимуществ, заключающихся в том, что они обнаруживают определенную скорость продуцирования водорода, превышающую скорость продуцирования водорода при сбраживании мезофильных бактерий, или скорость продуцирования водорода в фотобактериях, и продуцируют водород высокой чистоты. Описанная здесь высокая скорость продуцирования водорода может быть еще больше увеличена путем оптимизации условий культивирования, способов обработки и технологии получения продуктов метаболизма.
Пример 3: СО-зависимое продуцирование H
Thermococcus
onnurineus
штаммом  NA1: идентификация СО-чувствительных гидрогеназ
2
(1) Генный кластер CODH и рост в карбоксидотропных условиях
T.
onnurineus
Methanosarcina acetivorans
Methanosarcina mazei
Rhodospirillum rubrum:
Carboxydothermus hydrogenoformans
et al.
Rhodospirillum rubrum
Rhodospirillum rubrum
T. onnurineus
T.
onnurineus
Как описано выше, было обнаружено, что NA1 имеет уникальный генный кластер (CODH-MCH-MNH3), который состоит из предполагаемого регулятора транскрипции (TON_1016), вспомогательного белка CODH (CooC, TON_1019), каталитической субъединицы CODH (CooS, TON_1018) и белка-переносчика электронов (CooF, TON_1017), а также гидрогеназы (mch, TON_1021-1024, SEQ ID NO: 5) (фиг.2B). CooS (TON_1018), фермент, играющий центральную роль в метаболизме монооксида углерода (CO) в микробах, обнаруживает значительное сходство с ферментами CODH, происходящими от СО-окисляющих метаногенных архебактерий, такими как CODH (AAM06652) от C2A (60%) и CODH (AAM29817) от Gol (59%) (фиг.3 и 4). Предполагается, что монофункциональный CODH (Bonam, D., L. Lehman, G. P. Roberts and P. W. Ludden., 1989, Regulation of carbon monoxide dehydrogenase and hydrogenase in effects of CO and oxygen on synthesis and activity. J. Bacteriol. 171:3102-3107; и Wu, M. Q. Ren, A. S. Durkin, S. C. Daugherty, L. M Brinkac, R. J. Dodson, R. Madupu, S. A. Sullivan, J. F. Kolonay, W. С Nelson, L. J. Tallon, К. М. Jones, L. E. Ulrich, J. M. Gonzalez, I. B. Zhulin, F. T. Robb, and J. A. Eisen. 2005, Life in hot carbon monoxide: the complete genome sequence of Z-2901. PLoS Genet. 1:e65) не обладает активностью бифункциональной CODH/ацетил-кофермент А-синтетазы, заключающейся в синтезе/расщеплении ацетил-кофермента А. Как описано в публикации Fox (Fox, J. D., R. L. Kerby, G. P. Roberts, and P. W. Ludden, 1996, Characterization of the CO-induced, СО-tolerant hydrogenase from and the gene encoding the large subunit of the enzyme. J. Bacteriol. 178:1515-1524), монофункциональный комплекс CODH/гидрогеназы, происходящий от , участвует в СО-индуцируемом поглощении протонов, что приводит к сохранению энергии в форме протонного градиента, создаваемого по всей клеточной мембране. В этой связи, чтобы убедиться в том, что CODH-кластер может играть аналогичную роль в сохранении энергии посредством окисления CO, авторами настоящего изобретения был проведен тест на утилизацию СО штаммом NA1. В результате было обнаружено, что этот штамм действительно способен лучше расти в среде 1 в атмосфере СО в отсутствие и в присутствии серы, чем в базовой среде (фиг.6a и b), даже в том случае, когда выход культивирования был меньше, чем в среде с YPS (фиг.6a). Рост в атмосфере CO ассоциируется с транскрипцией гена CooS, что указывает на то, что это ген может быть индуцирован в присутствии CO (фиг.6c). Заслуживает внимания тот факт, что добавление серы приводит к снижению уровня транскрипции гена CooS. Полученные результаты подтвердили гипотезу, что штамм NA1 генерирует энергию из CO. Ниже описаны конкретные методы тестирования и результаты, подтверждающие данную гипотезу.
(2) Методы тестирования
1) Условия культивирования
T. onnurineus
Rhodopseudomonas
5
NA1 культивировали в анаэробных условиях при 80°С в среде, содержащей дрожжевой экстракт-пептон-серу (YPS). Для оценки параметров роста мутантного штамма в качестве базовой среды использовали модифицированную среду 1, в которую было добавлено 30,0 г/л NaCl (Uffen, R. L., 1976, Anaerobic growth of a species in the dark with carbon monoxide as sole carbon and energy substrate. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 73:3298-3302). Среду автоклавировали, а затем в модифицированную среду 1 в аэробной камере добавляли 1,0 мл/л раствора витамина (Balch, W. E., G. E. Fox, L. J. Magrum, C. R. Woese, and R. S. Wolfe. 1979. Methanogens: reevaluation of a unique biological group. Microbiol. Rev. 43:260-296) и 0,5 г/л дрожжевого экстракта. pH доводили до 8,0 путем добавления 1 н. NaOH в базовую среду. 30 мл полученной среды распределяли по 150-миллилитровым бутылям с сывороткой, и газовую фазу (120 мл) заменяли на 100% CO (10 Па). Все культуры для проведения физиологических тестов выращивали при 80°С в анаэробных условиях в течение 24 часов, и эти тесты проводили в дубликате.
2) Экстракция РНК и конструирование микромассивов
in situ
Культуры центрифугировали при 4°C при 3500g в течение 10 минут, и всю РНК экстрагировали из культур с использованием реагента Тризола в соответствии с протоколом, рекомендованным производителями (Invitrogen, Carlsbad, California). Все РНК-образцы количественно и качественно анализировали на спектрофотометре NanoDrop (ND-1000, Thermo Scientific) и с помощью электрофореза. Микромассив, используемый в этом эксперименте, представляет собой микромассив Roche NimbleGen. Вкратце, было сконструировано всего 31994 уникальных 60-мерных олигонуклеотидов, и эти олигонуклеотиды были синтезированы химическим методом снятия защиты под действием света. Каждый уникальный олигонуклеотид был повторен на массиве дважды (всего ~72000 элементов).
3) Синтез кДНК и условия гибридизации
Тест на микромассивах осуществляли в соответствии с протоколом, рекомендованным производителем. Каждый образец полноразмерной РНК (5 мкг) метили Cy5-dCTP (Amersharm, Piscataway, NJ) путем проведения реакции обратной транскрипции с использованием обратной транскриптазы Superscript II (Invitrogen, Carlsbad, California). Затем смесь меченой кДНК концентрировали путем преципитации этанолом. 30 мкл концентрированных Cy5-меченых кДНК суспендировали в растворе для гибридизации (GenoCheck, Korea). Меченые кДНК локализовали на микромассиве, а затем помещали в камеру для гибридизации MAUI Mixer X4 (BioMicro Systems, Salt Lake 32 City, UT). Гибридизацию на предметных стеклах осуществляли с использованием 12-секционных систем MAUI (BioMicro Systems, Salt Lake City, UT) при 42°C в течение 12 часов. Гибридизованные предметные стекла промывали при комнатной температуре в 2 X SSC, 0,1% ДСН в течение 2 минут, 1X SSC в течение 3 минут, а затем 0,2 X SSC в течение 2 минут. Предметные стекла центрифугировали при 1000g в течение 20 секунд, а затем сушили.
4) Сканирование предметных стекол, нормализация и анализ данных
(R)
Массивы сканировали с использованием сканера GenePix 4000B (Molecular Devices Corporation, Union City, CA), и данные получали с помощью компьютерной программы NimbleScan 2.4. Нормализацию массивов осуществляли методом уточнения среднего и нормализации квантилей (Amaratunga, D., and J. Cabrera. 2001. Statistical analysis of viral microchip data. J. Am. Stat. Assoc. 96:1161-1170). Нормализованные величины экспрессии для отдельных зондов использовали в целях получения величин экспрессии для данной ОРС методом RMA (надежным методом вычисления средних с использованием множества массивов), ранее описанным Irizarry et al. (Karl, D. M. 1995. The microbiology of deep-sea hydrothermal vents. CRC Press, Boca Raton, FL). И наконец, n-кратные изменения отношений определяли с использованием RMA-обработанных величин экспрессии (RMA-запрос), полученных для конкретного гена в образце. Анализ данных осуществляли с использованием программы GeneSpring GX 7.3.1 (Agilent Technologies, CA). Программы-фильтры для кратных изменений требуют, чтобы стимулируемые гены составляли по меньшей мере 200% от контролей, а ингибируемые гены составляли менее чем 50% от контролей. Данные были объединены в группы генов с аналогичным поведением в экспериментах, проводимых с использованием GeneSpring GX 7.3.1 (Agilent technologies, CA). Для разделения генов с аналогичными паттернами был использован алгоритм, разработанный на основе евклидова расстояния и усреднения связей.
5) Количественная ОТ-ПЦР
T.onnurineus
Геноспецифические праймеры были сконструированы на основе геномной последовательности NA1 (Genbank рег. №: CP000855). Праймерные последовательности представлены ниже в таблице 3.
rTaq
T1
cha”,
кДНК синтезировали из 350 нг всей РНК с использованием обратной транскриптазы, SuperScrip II (Invitrogen, Carlsbad, California), в соответствии с протоколом, рекомендованным производителем. ПЦР-реакции осуществляли с использованием ДНК-полимеразы (Takara) в термоячейке (Biometra). Реакции проводили в 50 мкл смеси, содержащей кДНК для реакции первой цепи, 10 пмоль праймеров, 250 мкМ dNTP и буфер от производителя. Кроме того, реакции ПЦР-амплификации проводили в следующих условиях: денатурация в течение 2 минут при 94°С, а затем 25 циклов денатурации (30 секунд при 94°С), отжига (30 секунд при 56°С) и удлинения (1 минута при 72°С). ПЦР-продукты анализировали с помощью электрофореза в 0,8% агарозном геле. Уровень экспрессии измеряли с использованием GelPro32.EXE v4.6 (Media Cybernetics, Inc.). Шаперонинкодирующий ген, обозначенный “использовали в качестве контроля для нормализации уровней экспрессии.
Таблица 3
Олигонуклеотиды, используемые в данном примере
Название гена
Смысловой праймер (5'→ 3')
Антисмысловой праймер (5'→ 3')
Праймеры, используемые в ОТ-ПЦР
mbh
Cacgacataggctacgacacgg (SEQ ID NO: 27)
Ctggcttaactcctaggtcagg (SEQ ED NO: 28)
mbx
Gcgattcggtatgataccggac (SEQ ID NO: 29)
Ccatccttcgccgaagagctcg (SEQ ID NO: 30)
frh
Gtaagctcgacgagtacgacgtg (SEQ ID NO: 31)
Gcaccacaacctatgcagaggcc (SEQ ID NO: 32)
sulfI
Gcagtacgaggaagtcgagggg (SEQ ID NO: 33)
Gagggcctcgtcgataaggtcg (SEQ ID NO: 34)
mch
Ctaccggacgattggccagaagg (SEQ ID NO: 35)
Ccttatatactgtgctctctccg (SEQ ID NO: 36)
mfhl
Gcgaccggtacggcaaccttcg (SEQ ID NO: 37)
Cttgtcagtcatgacgtagtgg (SEQ ID NO: 38)
mfh2
Gacccgaggttcacctcgatagc (SEQ ID NO: 39)
Gcagacctggtcgtaggttagcc (SEQ ID NO: 40)
Праймеры, используемые для нарушения генов
Flk-mch
cgttgtctttgcccttggggcagggatatatc(SEQ ID NO: 41)
ggcaattgcttggactgccgaaaagccaatggc(SEQ ID NO: 42)
Flk-mfh1
gaagaaatcgcagagggcgcctatgactatcag(SEQ ID NO: 43)
gctcctcgcttactcaagcgttggacaaatgg(SEQ ID NO: 44)
Flk-mfh2
ggactgctcttcctgtcgacgggctcaatattc(SEQ ID NO: 45)
ggacgcacttaaagtcggcgtagccctttgcc(SEQ ID NO: 46)
Ivs-mch
aatttaccaccccaccactcccaaaatccaac(SEQ ID NO: 47)
aatggggaggctgaaactactgggcaaggc(SEQ ID NO: 48)
Ivs-mfh1
tggcccaggcgatttccttcaccgacagg(SEQ ID NO: 49)
aattcaccaccccaccagcgctattatcagg(SEQ ID NO: 50)
Ivs-mfh2
gagcaccacctcaccatcccagggaagctatc(SEQ ID NO: 51)
gatggccgtgacgctgaagtaccccttcgtga(SEQ ID NO: 52)
Праймеры, используемые для идентификации нарушения генов
P<sub>gdh</sub>-hmg<sub>pfu</sub>
gaacggtagttttcgacaaaagacg(SEQ ID NO: 53)
gctcaccagccaaaaccgcaccagc(SEQ ID NO: 54)
mch<sub>TNA1</sub>
gcaatgtaccacatattcaactgcgatac(SEQ ID NO: 55)
ccgataccgagtttgaatggaggaatctc(SEQ ID NO: 56)
Mfh1<sub>TNA1</sub>
tcaggccacccccttgcccttctgt(SEQ ID NO: 57)
atggagtgcagcgtgtgtgcgggtg(SEQ ID NO: 58)
mfh2<sub>TNA1</sub>
atgtctgaagttatcaagtttaacg(SEQ ID NO: 59)
tgaggcctttatggagagcttgttg(SEQ ID NO: 60)
6) Нарушение гена-мишени
in vivo T. onnurineus
mch или mfh2
T. kodakaraensis
mch
mfh2,
onnurineus
mch
Flk-mfh2.
Hinc
Ivs-mfh2)
Escherichia coli
mch:
mfh2:
T. onnurineus
Thermococcus kodakaraensis
Thermococcus kodakaraensis.
hmg
gdh
Pfu
gdh
Pfu
gdh
Pfu
gdh
Pfu
Для анализа функции гидрогеназ , мутанты инсерционной инактивации крупной субъединицы гидрогеназы конструировали с использованием системы нарушения генов для гипертермофильных архебактерий KOD1 (Sapra, R., K. Bagramyan, and M. W. W. Adams, 2003, A simple energy-conserving system: Proton reduction coupled to proton translocation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:7545-7550). В частности, ДНК-фрагменты, содержащие фланкирующую область крупных субъединиц ((TON_023 и TON_1569) каждой из гидрогеназ и амплифицировали из геномной ДНК T. NA1 с использованием наборов праймеров (таблица 3) для Flk- или Каждый из амплифицированных фрагментов лигировали в pUC118, гидролизованный ферментом II. Затем матрицу (рекомбинантную плазмиду Flk-mch_pUC118 или Flk-mfh2_pUC118) подвергали обратной ПЦР с использованием наборов праймеров (Ivs-mch или (таблица 3), а затем лигировали в кластер P-hmg (Sapra, R., K. Bagramyan, and M. W. W. Adams. 2003. A simple energy-conserving system: Proton reduction coupled to proton translocation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:7545-7550). Лигированный продукт переносили в клетки DH5α. Рекомбинантные плазмиды (:P-hmg и :P-hmg) получали с использованием мининабора для плазмид (Qiagen, Hilden, Germany). И наконец, плазмиды переносили в NA1 с применением слегка модифицированного метода Sato et al. (Sato, Т., Т. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2003. Targeted gene disruption by homologous recombination in the hyperthermophilic archaeon KOD1. J. Bacteriol. 185:210-220., Sato, Т., Т. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2005. Improved and versatile transformation system allowing multiple genetic manipulations of the hyperthermophilic archaeon Appl. Environ. Microbiol. 71:3889-3899). Трансформанты скринировали в среде ASW-YT-S в присутствии 10 мкМ симвастатина (Matsumi, R., K. Manabe, T. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2007. Disruption of a sugar transporter gene cluster in a hyperthermophilic archaeon using a host-marker system based on antibiotic resistance. J. Bacteriol. 189:2683-2691), и группы-кандидаты, в которых, как предполагается, были делетированы гены-мишени, подтверждали путем оценки присутствия кластера P- в области-мишени.
7) Влияние кинетики на рост микроорганизмов и продуцирование водорода
Рост микроорганизмов наблюдали визуально. Образцы разводили в стерильной воде, содержащей морскую соль (30,0 г/л), формалин (2,5%) и 4',6'-диамидино-2-фенилиндол (0,01%) (Sato, Т., Т. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2005. Improved and versatile transformation system allowing multiple genetic manipulations of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis. Appl. Environ. Microbiol. 71:3889-3899). Разведенные образцы фильтровали через черный поликарбонатный фильтр (размер пор: 0,2 мкм; Whatman), а затем анализировали на оптическом фазово-контрастном микроскопе (Zeiss Axioplan). Состав газа водорода определяли на газовом хроматографе HP 5890 серии II (Hewlett Packard), снабженном колонкой с молекулярными ситами HP-PLOT (Agilent) и детектором TCD. В качестве газа-носителя использовали аргон. Температура печи составляла 40°C. 10 мкл газового образца для анализа брали с помощью газонепроницаемого шприцачерез бутилкаучуковую пробку. Состав детектируемого газа водорода определяли путем сравнения площади пика с площадью пика калибровочной кривой, построенной с помощью регрессионного анализа с использованием стандартного газа, содержащего 40% водорода в азоте.
(3) Результаты теста
In silico
T. onnurineus
1) анализ гидрогеназы NA1
Т
onnurineus
Thermococcales
Thermococcales
T. barophilus
Thermococcus
T. gammatolerans
fdh1-mfh1-mnh1
Thermococcus onnurineus
fdh2-mfh2-mnh2
codh-mch-mchЗ
T. onnurineus
Предварительный геномный анализ . NA1 указывал на присутствие восьми кластеров генов гидрогеназы (Porter, K. G. and Y. S. Feig. 1980. The use of DAPI for identifying and counting microflora. Limnol. Oceanogr. 25:943-948), которые включают пять мембраносвязанных [NiFe]-гидрогеназ (Mbh, TON_1583-1595; Mbx, TON_0486-0498; Mfh1, TON_0273-0278; Mfh2, TON_1566-1573; и Mch, TON_1021-1024), и три цитоплазматические [NiFe]-гидрогеназы (Fru, TON_1559-1562; Sulf I, TON_0533-0544; и Sulf II, TON_0051-0055). В результате проведения сравнительного анализа кластеров генов гидрогеназы и штаммов , секвенирование генома которых было завершено, было обнаружено, что кластеры, гомологичные кластерам Mfh1, Mfh2 и Mch, встречаются очень редко, и такие кластеры были обнаружены в штаммах , у которых были недавно определены последовательности геномов, а именно, такие как MP (гомологи Mfh1 и Mch), sp. AM4 (гомологи Mfh1 и Mch) (неопределенная последовательность, GenBank рег. № ABXN00000000), и (гомологи Mfh1 и Mfh2) (GenBank рег. № CP001398). Секвенирование кластера (обозначенного “Hyg4-I” в работах Lee, H. S., S. G. Kang, S. S. Bae, J. K. Lim, Y. Cho, Y. J. Kim, J. H. Jeon, S.-S. Cha, K. K. Kwon, H.-T. Kim, C.-J. Park, H.-W. Lee, S. I. Kim, J. Chun, R. R. Colwell, S.-J. Kim, and J.-H. Lee. 2008. The complete genome sequence of NA1 reveals a mixed heterotrophic and carboxydotrophic metabolism. J. Bacteriol. 190:7491-7499), кластера (обозначенного “Hyg4-III”) и кластера (обозначенного “Hyg4-II”) в NA1 показало, что каждый из этих кластеров включал оксидоредуктазы, такие как формиатдегидрогеназа (FDH) и CO-дегидрогеназа (Codh). В частности, карбоксидотропный метаболизм, наблюдаемый при культивировании в СО-содержащей среде, позволяет предположить, что кластер Codh-Mch-Mnh3 играет функциональную роль в вырабатывании энергии в реакциях продуцирования водорода путем окисления СО.
2) Экспрессия генов гидрогеназы в условиях СО-индуцированного роста
T. onnurineus
Был проведен тест для того, чтобы определить, может ли NA1 продуцировать водород при культивировании в СО-содержащей среде. Как показано на фиг.7, в среде YPS, продуцирование водорода не может быть детектировано, однако в среде 1, в которую был добавлен CO, общее количество газа водорода и число клеток увеличивалось по мере увеличения времени культивирования.
codh-mch-mnh3
fdh2-mfh2-mnh2
codh-mch-mnh3
codh-mch-mnh3
fdh2-mfh2-mnh2
Для того чтобы определить, какие из гидрогеназ участвуют в продуцировании водорода в процессе карбоксидотропного роста, были проанализированы уровни экспрессии генов гидрогеназы в CO-содержащей среде для культивирования или в комплексной среде (YPS). Как показано в таблице 4 и 5 и на фиг.8A, уровни экспрессии некоторых ОРС (10 из 16 ОРС) в кластере в СО-содержащей среде для культивирования были по меньше мере в два раза выше уровней экспрессии в среде с YPS. Кроме того, уровни экспрессии нескольких OPC (TON_1563 и TON_1569-1571) в кластере были также выше в СО-содержащей среде для культивирования, включающей 1 г дрожжевого экстракта. Уровни экспрессии ОРС в кластере варьировались в зависимости от количества дрожжевого экстракта, что дает основание предположить, что дрожжевой экстракт ассоциируется с ингибированием или активацией катаболизма при СО-индуцированном метаболизме (таблицы 4 и 5). С другой стороны, уровень экспрессии других кластеров генов гидрогеназы значительно не изменялся, а экспрессия генов (20 генов из 29 ОРС) в кластере fdh1-mfh1-mnh1 снижалась. Данные количественного ОТ-ПЦР-анализа для крупной субъединицы каждой из гидрогеназ также совпадают с данными, полученными с использованием микромассивов. Экспрессия крупных субъединиц (TON_1023 и T0N_1569) гидрогеназ mch и mfh2 возрастала по меньшей мере в два раза (фиг.8B), а экспрессия крупной субъединицы (TON_0276) гидрогеназы mfh1 ингибировалась; а что касается экспрессии других крупных субъединиц (mbh, mbx, frh и sulf1), то она поддерживалась на постоянном уровне в обоих состояниях. Полученные результаты позволяют предположить, что кластеры или могут быть индуцированы CO и могут участвовать в процессах продуцирования водорода, ассоциированных с карбоксидотропным метаболизмом.
Таблица 4
Уровни экспрессии ОРС каждого из кластеров генов гидрогеназы в СО-содержащей среде для культивирования по сравнению с уровнями экспрессии в среде YPS
Генный кластер и ОРС
Аннотация
М+СО+0,5 г YE/YPS
M+CO+1 г YE/YPS
M+CO+3 г YE/YPS
Кластер<i></i>гидрогеназы<i> sulfII</i>
TON_0051
Гипотетический белок
1,273306
3,1454
2,569546
TON_0052
Альфа-субъединица гидрогеназы
1,085002
0,652365
0,550585
TON_0053
Дельта-цепь сульфгидрогеназы II
0,896129
1,898148
1,337585
TON_0054
Гамма-субъединица гидрогеназы
0,606088
0,517724
0,630549
TON_0055
Бета-цепь сульфгидрогеназы II
0,84527
1,44889
1,452254
Кластер <i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0261
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypA
0,658409
0,78969
0,746964
TON_0262
АТФаза, участвующая в распределении семейства ParA/MinD, Mrp-гомолога в хромосоме
0,640277
0,776389
0,619674
TON_0263
Протеаза, участвующая в созревании гидрогеназы HycI
0,775719
1,531337
1,090123
TON_0264
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, участвующий в биосинтезе белка А
0,538102
0,957335
0,826924
TON_0265
Нуклеотидилтрансфераза, предполагаемая
0,421398
0,554433
0,503557
TON_0266
Компонент F или формиат-водород-лиаза
0,38336
0,338185
0,333459
TON_0267
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,296945
1,215972
0,838087
TON_0268
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
0,648077
0,424896
0,386235
TON_0269
Предполагаемая субъединица MnhB антипорта мультисубъединицы Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,591411
0,571996
0,600235
TON_0270
Гипотетический белок
0,827927
0,85379
0,581906
TON_0271
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,410417
0,328062
0,51901
TON_0272
Предполагаемая субъединица MnhF антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,194663
0,411647
0,331549
TON_0273
Гипотетический белок
0,269222
0,652722
0,482705
TON_0274
Компонент I или формиат-водород-лиаза
0,385799
0,627629
0,614487
TON_0275
Субъединица 6 формиат-водород-лиазы
0,313283
0,621333
0,511819
TON_0276
Компонент G или формиат-водород-лиаза
0,275138
0,724228
0,692331
TON_0277
Компонент С или формиат-водород-лиаза
0,460646
0,357836
0,387126
TON_0278
Компонент В или формиат-водород-лиаза
0,720779
0,623875
0,510273
TON_0279
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
0,80929
0,515429
0,54289
TON_0280
Оксидоредуктаза, содержащая железо-серу
0,3913
0,690322
0,647104
TON_0281
Формиат-дегидрогеназа fdhA, альфа-субъединица
0,584576
0,446401
0,44946
TON_0282
Предполагаемый регулятор транскрипции
1,340444
1,195043
0,883294
TON_0283
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypC
1,007318
1,853137
2,021914
TON_0284
Гипотетический белок hypD, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы длиной 367 аминокислот
1,036497
1,385466
1,182663
TON_0285
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypD
0,904687
1,066448
0,758981
TON_0286
Белок, участвующий в созревании гидрогеназы HypF
0,685606
0,778307
0,719973
TON_0287
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы HypE
0,851301
1,399569
1,257059
TON_0288
Гипотетический белок
1,004008
1,964442
2,27641
TON_0289
Цистеин-десульфураза
0,666768
1,534991
1,148004
Кластер гидрогеназы <i>mbx</i>
TON_0486
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
0,821271
0,718277
0,504388
TON_0487
NADH-дегидрогеназа I, nuoD, субъединица D
0,606823
0,730138
0,517528
TON_0488
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,703506
0,618352
0,49939
TON_0489
NADH-дегидрогеназа I, nuoB, субъединица В
0,797159
0,618863
0,547462
TON_0490
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,372425
0,469467
0,278163
TON_0491
Гипотетический белок длиной 617 аминокислот
0,459201
0,532164
0,388201
TON_0492
Субъединица MbxH
0,862715
0,484349
0,423606
TON_0493
Предполагаемый антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы
0,70216
1,591408
1,138149
TON_0494
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,765286
0,716126
0,711304
TON_0495
Субъединица MbxD
0,658086
0,817339
0,749402
TON_0496
Субъединица MbxC
0,609819
1,200655
0,995067
TON_0497
Субъединица MbxB
0,860304
0,889029
0,810902
TON_0498
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая мультисубъединица
0,675578
0,564247
0,483617
Кластер гидрогеназы <i>sulfI</i>
TON_0533
Ответственная за созревание гидрогеназо-специфическая эндопептидаза
0,977803
0,516234
0,73084
TON_0534
NiFe-гидрогеназа цитозоля, альфа-субъединица
1,283309
1,334781
1,071667
TON_0535
NiFe-гидрогеназа цитозоля, дельта-субъединица
0,652099
1,080516
0,800955
TON_0536
Гидрогеназа (гамма-субъединица)
1,100959
1,192121
0,759086
TON_0537
Бета-субъединица сульфгидрогеназы
1,025726
1,458113
1,160718
TON_0538
Предполагаемый переносчик формиата
0,989789
1,113613
0,960108
TON_0539
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
1,158997
1,791123
1,314525
TON_0540
Белок оксидоредуктазы, содержащий железо-серу
0,987581
1,525167
0,82485
TON_0541
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
1,112648
1,320761
0,855465
TON_0542
Оксидоредуктаза, родственная бета-цепи глутамат-синтазы
0,842213
1,602828
0,936949
TON_0543
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
0,9185
1,257283
1,019564
TON_0544
Алкоголь-дегидрогеназа
0,87473
0,419323
0,605934
Кластер <i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1016
Предполагаемый регулятор транскрипции семейства ModE
1,187798
0,634394
0,731218
TON_1017
Домен, связывающийся с 4Fe-4S-ферроредоксином, содержащим железо-серу
1,713085
4,46107
3,621394
TON_1018
Монооксид углерода-дегидрогеназа, каталитическая субъединица
1,474238
2,204944
1,785437
TON_1019
Предполагаемый АТФ-связывающий белок
0,824732
2,016924
0,974466
TON_1020
Гипотетический белок
3,375546
9,366047
5,425704
TON_1021
Компонент В или формиат-водород-лиаза
1,112538
1,711122
1,250867
TON_1022
NADH-дегидрогеназа дыхательной цепи, субъединица 1
0,877363
1,428883
0,57715
TON_1023
Компонент G или формиат-водород-лиаза
1,927395
6,118015
4,270288
TON_1024
NADH-дегидрогеназа (убихинон), 20 кДа-субъединица
1,816315
3,578841
2,009973
TON_1025
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
2,443938
3,389037
1,333503
TON_1026
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
1,337719
0,605839
0,623499
TON_1027
Гипотетический белок
0,991048
1,43866
0,778446
TON_1028
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
1,019583
1,203407
0,836452
TON_1029
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
2,648286
2,171138
1,123898
TON_1030
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
3,779798
4,956998
1,592196
TON_1031
Компонент F или формиат-водород-лиаза
1,030507
2,788588
1,982091
<i>Кластер frh(F</i><sub>420</sub><i>-восстанавливающая гидрогеназа)гидрогеназы</i>
TON_1559
Альфа-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
0,695408
0,64447
0,726535
TON_1560
Гамма-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
0,56769
0,715513
0,635236
TON_1561
Нитрит/сульфит-редуктаза, связывающаяся с 4Fe-4S-ферредоксином, содержащим железо-серу
0,824149
0,834127
0,807754
TON_1562
Формиат-дегидрогеназа, субъединица FdhD
0,908701
1,54082
1,468288
<i>Кластер fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1563
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
1,008259
3,037865
3,330042
TON_1564
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
1,178705
1,221574
1,445098
TON_1565
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
0,811937
1,787894
2,088693
TON_1566
NADH-дегидрогеназа (хинон)
1,011779
0,736029
0,787627
TON_1567
Компонент В или формиат-водород-лиаза
1,091992
1,057076
1,184573
TON_1568
Компонент С или формиат-водород-лиаза
1,471267
1,365925
1,382301
TON_1569
Компонент G или формиат-водород-лиаза
1,204795
2,281342
1,780033
TON_1570
Формиат-водород-лиаза, субъединица 6
1,257649
2,427962
1,99559
TON_1571
Компонент I или формиат-водород-лиаза
1,030626
2,15871
1,806722
TON_1572
Гипотетический белок
0,844948
0,504955
0,692272
TON_1573
Предполагаемый переносчик формиата
1,451628
1,459657
1,158131
TON_1574
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
1,53015
1,602287
1,244315
TON_1575
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,752784
0,646406
0,578467
TON_1576
Гипотетический белок
1,168966
0,564328
0,60819
TON_1577
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,726511
0,655031
0,556386
TON_1578
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
0,989286
1,061599
0,900044
TON_1579
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,903028
0,812346
0,816319
TON_1580
Компонент F или формиат-водород-лиаза
1,015786
0,756283
0,529199
TON_1581
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, ответственный за биосинтез белка А
0,61468
1,708744
1,243367
TON_1582
Гипотетический белок
0,753301
0,998059
0,952751
Кластер гидрогеназы mbh
TON_1583
Субъединица MbhB
1,038442
0,519366
0,533773
TON_1584
Субъединица MbhC
0,947559
0,514932
0,5099
TON_1585
Субъединица MbhD
0,774604
1,015909
0,670497
TON_1586
Субъединица MbhE
1,101069
0,811262
0,659266
TON_1587
Субъединица MbhF
1,129566
0,811366
0,872572
TON_1588
Субъединица MbhG
1,027148
0,563686
0,510924
TON_1589
Субъединица MbhH
1,362042
0,948034
0,71984
TON_1590
Субъединица MbhI
1,334732
1,227655
0,904813
TON_1591
NiFe-гидрогеназа, небольшая субъединица
1,627315
1,158127
0,856929
TON_1592
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 1
0,940698
1,573248
0,956935
TON_1593
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 2
1,609483
2,286207
1,354849
TON_1594
Субъединица MbhM
0,982323
0,742211
0,458623
TON_1595
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
1,589684
1,280298
0,491906
М - среда 1; СО - монооксид углерода; YE - дрожжевой экстракт
Таблица 5
Иерархическая кластеризация 112 ОРС, включая кластеры гидрогеназыот <i>T</i>. <i>onnurineus </i>NA1
Генный кластер
ОРС
Аннотация
М+СО+0,5 г YE/YPS
М+СО+1 г YE/YPS
М+СО+3 г YE/YPS
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0272
Предполагаемая субъединица MnhF антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,194663
0,411647
0,331549
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0267
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,296945
1,215972
0,838087
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0273
Гипотетический белок
0,269222
0,652722
0,482705
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0275
Субъединица 6 формиат-водород-лиазы
0,313283
0,621333
0,511819
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0276
Компонент G или формиат-водород-лиаза
0,275138
0,724228
0,692331
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0274
Компонент I или формиат-водород-лиаза
0,385799
0,627629
0,614487
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0280
Оксидоредуктаза, содержащая железо-серу
0,3913
0,690322
0,647104
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0271
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,410417
0,328062
0,51901
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0266
Компонент F или формиат-водород-лиаза
0,38336
0,338185
0,333459
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0277
Компонент С или формиат-водород-лиаза
0,460646
0,357836
0,387126
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0268
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
0,648077
0,424896
0,386235
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0281
Формиат-дегидрогеназа fdhA, альфа-субъединица
0,584576
0,446401
0,44946
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0265
Нуклеотидилтрансфераза, предполагаемая
0,421398
0,554433
0,503557
<i>mbx</i>
TON_0491
Гипотетический белок длиной 617 аминокислот
0,459201
0,532164
0,388201
<i>mbx</i>
TON_0490
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,372425
0,469467
0,278163
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0261
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypA
0,658409
0,78969
0,746964
<i>mbx</i>
TON_0495
Субъединица MbxD
0,658086
0,817339
0,749402
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0286
Белок, участвующий в созревании гидрогеназы HypF
0,685606
0,778307
0,719973
<i>mbx</i>
TON_0494
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,765286
0,716126
0,711304
<i>frh</i>
TON_1559
Альфа-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
0,695408
0,64447
0,726535
<i>mbx</i>
TON_0487
NADH-дегидрогеназа I, nuoD, субъединица D
0,606823
0,730138
0,517528
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0262
АТФаза, участвующая в распределении хромосом, Mrp-гомолог
0,640277
0,776389
0,619674
<i>frh</i>
TON_1560
Гамма-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
0,56769
0,715513
0,635236
<i>SufII</i>
TON_0054
Гамма-субъединица гидрогеназы
0,606088
0,517724
0,630549
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0269
Предполагаемая субъединица MnhB антипорта мультисубъединицы Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,591411
0,571996
0,600235
<i>mbx</i>
TON_0486
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
0,821271
0,718277
0,504388
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0278
Компонент В или формиат-водород-лиаза
0,720779
0,623875
0,510273
<i>mbx</i>
TON_0488
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,703506
0,618352
0,49939
<i>mbx</i>
TON_0498
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая мультисубъединица
0,675578
0,564247
0,483617
<i>mbx</i>
TON_0489
NADH-дегидрогеназа I, nuoB, субъединица В
0,797159
0,618863
0,547462
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1575
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,752784
0,646406
0,578467
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1577
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,726511
0,655031
0,556386
<i>sulfI</i>
TON_0544
Алкоголь-дегидрогеназа
0,87473
0,419323
0,605934
<i>sulfI</i>
TON_0533
Ответственная за созревание гидрогеназо-специфическая эндопептидаза
0,977803
0,516234
0,73084
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1572
Гипотетический белок
0,844948
0,504955
0,692272
<i>mbx</i>
TON_0492
Субъединица MbxH
0,862715
0,484349
0,423606
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0279
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
0,80929
0,515429
0,54289
<i>mbh</i>
TON_1584
Субъединица MbhC
0,947559
0,514932
0,5099
<i>mbh</i>
TON_1583
Субъединица MbhB
1,038442
0,519366
0,533773
<i>mbh</i>
TON_1588
Субъединица MbhG
1,027148
0,563686
0,510924
<i>sufII</i>
TON_0052
Альфа-субъединица гидрогеназы
1,085002
0,652365
0,550585
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1580
Компонент F или формиат-водород-лиаза
1,015786
0,756283
0,529199
<i>mbh</i>
TON_1594
Субъединица MbhM
0,982323
0,742211
0,458623
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1016
Предполагаемый регулятор транскрипции семейства ModE
1,187798
0,634394
0,731218
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1026
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
1,337719
0,605839
0,623499
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1576
Гипотетический белок
1,168966
0,564328
0,60819
<i>codh-mck-mnkl</i>
TON_1022
NADH-дегидрогеназа дыхательной цепи, субъединица 1
0,877363
1,428883
0,57715
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0264
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, участвующий в биосинтезе белка А
0,538102
0,957335
0,826924
<i>sulfI</i>
TON_0535
NiFe-гидрогеназа цитозоля, дельта-субъединица
0,652099
1,080516
0,800955
<i>mbx</i>
TON_0496
Субъединица MbxC
0,609819
1,200655
0,995067
<i>fdh2-mfn2-nmh2</i>
TON_1582
Гипотетический белок
0,753301
0,998059
0,952751
<i>fdh1-mfn1-mnh1</i>
TON_0270
Гипотетический белок
0,827927
0,85379
0,581906
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0285
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypD
0,904687
1,066448
0,758981
<i>mbh</i>
TON_1585
Субъединица MbhD
0,774604
1,015909
0,670497
<i>mbx</i>
TON_0497
Субъединица MbxB
0,860304
0,889029
0,810902
<i>frh</i>
TON_1561
Нитрит/сульфит-редуктаза, связывающаяся с 4Fe-4S- ферредоксином, содержащим железо-серу
0,824149
0,834127
0,807754
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1579
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,903028
0,812346
0,816319
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1566
NADH-дегидрогеназа (хинон)
1,011779
0,736029
0,787627
<i>mbh</i>
TON_1587
Субъединица MbhF
1,129566
0,811366
0,872572
<i>mbh</i>
TON_1586
Субъединица MbhE
1,101069
0,811262
0,659266
<i>sufII</i>
TON_0051
Гипотетический белок
1,273306
3,1454
2,569546
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1563
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
1,008259
3,037865
3,330042
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0283
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypC
1,007318
1,853137
2,021914
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0288
Гипотетический белок
1,004008
1,964442
2,27641
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1571
Компонент I или формиат-водород-лиаза
1,030626
2,15871
1,806722
<i>fdh2-mch2-mnh2</i>
TON_1565
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
0,811937
1,787894
2,088693
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1031
Компонент F или формиат-водород-лиаза
1,030507
2,788588
1,982091
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1018
Монооксид углерода-дегидрогеназа, каталитическая субъединица
1,474238
2,204944
1,785437
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1569
Компонент G или формиат-водород-лиаза
1,204795
2,281342
1,780033
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1570
Формиат-водород-лиаза, субъединица 6
1,257649
2,427962
1,99559
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0287
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы HypE
0,851301
1,399569
1,257059
<i>sufII</i>
TON_0055
Бета-цепь сульфгидрогеназы II
0,84527
1,44889
1,452254
<i>frh</i>
TON_1562
Формиат-дегидрогеназа, субъединица FdhD
0,908701
1,54082
1,468288
<i>sufII</i>
TON_0053
Дельта-цепь сульфгидрогеназы II
0,896129
1,898148
1,337585
<i>sufI</i>
TON_0539
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
1,158997
1,791123
1,314525
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1021
Компонент В или формиат-водород-лиаза
1,112538
1,711122
1,250867
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0263
Протеаза, участвующая в созревании гидрогеназы HycI
0,775719
1,531337
1,090123
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0289
Цистеин-десульфураза
0,666768
1,534991
1,148004
<i>mbx</i>
TON_0493
Предполагаемый антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы
0,70216
1,591408
1,138149
<i>fdh2-mfn2-mnh2</i>
TON_1581
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, ответственный за биосинтез белка А
0,61468
1,708744
1,243367
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1019
Предполагаемый АТФ-связывающий белок
0,824732
2,016924
0,974466
<i>sulfI</i>
TON_0542
Оксидоредуктаза, родственная бета-цепи-глутамат-синтазы
0,842213
1,602828
0,936949
<i>mbh</i>
TON_1592
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 1
0,940698
1,573248
0,956935
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0284
Гипотетический белок hypD, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы длиной 367 аминокислот
1,036497
1,385466
1,182663
<i>sulfI</i>
TON_0537
Бета-субъединица сульфгидрогеназы
1,025726
1,458113
1,160718
<i>sulfI</i>
TON_0534
NiFe-гидрогеназа цитозоля, альфа-субъединица
1,283309
1,334781
1,071667
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1564
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
1,178705
1,221574
1,445098
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1567
Компонент В или формиат-водород-лиаза
1,091992
1,057076
1,184573
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1568
Компонент С или формиат-водород-лиаза
1,471267
1,365925
1,382301
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1573
Предполагаемый переносчик формиата
1,451628
1,459657
1,158131
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1574
антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
1,53015
1,602287
1,244315
<i>sulfI</i>
TON_0541
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
1,112648
1,320761
0,855465
<i>sulfI</i>
TON_0536
Гидрогеназа (гамма-субъединица)
1,100959
1,192121
0,759086
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1028
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
1,019583
1,203407
0,836452
<i>sulfI</i>
TON_0540
Белок оксидоредуктазы, содержащий железо-серу
0,987581
1,525167
0,82485
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1027
Гипотетический белок
0,991048
1,43866
0,778446
<i>sulfI</i>
TON_0543
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
0,9185
1,257283
1,019564
<i>sulfI</i>
TON_0538
Предполагаемый переносчик формиата
0,989789
1,113613
0,960108
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1578
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
0,989286
1,061599
0,900044
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0282
Предполагаемый регулятор транскрипции
1,340444
1,195043
0,883294
<i>mbh</i>
TON_1590
Субъединица MbhI
1,334732
1,227655
0,904813
<i>mbh</i>
TON_1591
NiFe-гидрогеназа, небольшая субъединица
1,627315
1,158127
0,856929
<i>mbh</i>
TON_1589
Субъединица MbhH
1,362042
0,948034
0,71984
<i>mbh</i>
TON_1595
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
1,589684
1,280298
0,491906
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1030
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
3,779798
4,956998
1,592196
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1024
NADH-дегидрогеназа (убихинон), 20 кДа-субъединица
1,816315
3,578841
2,009973
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1025
антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
2,443938
3,389037
1,333503
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1029
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
2,648286
2,171138
1,123898
<i>mbh</i>
TON_1593
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 2
1,609483
2,286207
1,354849
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1020
Гипотетический белок
3,375546
9,366047
5,425704
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1017
Домен, связывающийся с 4Fe-4S-ферроредоксином, содержащим железо-серу
1,713085
4,46107
3,621394
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1023
Компонент G или формиат-водород-лиаза
1,927395
6,118015
4,270288
3) Нарушение гена и анализ фенотипов мутантов по нарушению
mch,
codh
T. onnurineus
fdh2-mfh2-mnh2
codh-mch-mnh3
mch
mch
mfh2
hmg
hmg
hmg
(
mch
mfh2
),
mch
mfh2
T. kodakaraensis
T. onnurinues
2
gdh
Pfu
gdh
Pfu
gdh
Pfu
TNA1
TNA1
Δ
Δ
Транскриптомный анализ дает основание предположить, что гидрогеназный кластер который является близкородственным кластеру (фиг.9A), может играть важную роль в карбоксидотропном гидрогенезе в NA1. Однако в связи с активацией кластера и образованием большого числа копий мРНК других кластеров возникает вопрос, может ли сам кластер участвовать в карбоксидотропном гидрогенезе и могут ли другие гидрогеназы действовать по альтернативному пути для посредством образования комплексов в комбинации с дегидрогеназами или рециклинга электронных носителей, таких как FADH или NADH. Таким образом, авторами настоящего изобретения были сконструированы мутанты по нарушению крупной субъединицы каждой из гидрогеназ и (Matsumi, R., K. Manabe, T. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2007. Disruption of a sugar transporter gene cluster in a hyperthermophilic archaeon using a host-marker system based on antibiotic resistance. J. Bacteriol. 189:2683-2691). Метод конструирования мутантов по нарушению проиллюстрирован на фиг.9A. Крупную субъединицу кластера гена гидрогеназы Mch или Mfh2 подвергали нарушению путем инсерционной инактивации кластера P- посредством гомологичной рекомбинации в области мишени, что приводило к сверхэкспрессии гена hmg-CoA. Нарушение гена-мишени подтверждали путем анализа на присутствие кластера P- с помощью ПЦР-амплификации после скрининга групп-кандидатов в среде YPS, в которую было добавлено 10 мкМ симвастатина (фиг.9B). P- может быть амплифицирован в группах-кандидатах с нарушением и тогда как амплификация крупных субъединиц или не происходила. Полученные результаты показали, что система нарушения генов, сообщаемая для KOD1 (Sapra, R., K. Bagramyan и M. W. W. Adams. 2003. A simple energy-conserving system: Proton reduction coupled to proton translocation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:7545-7550), может быть также применена к NA1.
(
mch
mfh2
)
mch
mfh2
mfh2
mch
T. onnurineus
Δ
Δ
Δ
Δ
Δ
Δ
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
Поскольку мутанты с нарушением и  могут быть получены в среде YPS, то очевидно, что Mch или Mfh2 не играют важной роли в метаболическом поглощении среды YPS. Как видно на фиг.10, изменения в росте и морфологии мутантных штаммов и  подтвердили, что эти гены необязательно должны присутствовать в среде YPS. Кроме того, штамм  обладает способностью расти и продуцировать водород в СО-содержащей среде для культивирования на уровне, аналогичном уровню, наблюдаемому для штамма дикого типа (фиг.7 и 10). С другой стороны, мутант  не обладает способностью расти в СО-содержащей среде для культивирования и не способен продуцировать водород в данной среде (фиг.10). Полученные данные показали, что отсуствие крупной субъединицы Mch приводит к полному подавлению способности штамма NA1 выживать в карбоксидотропных условиях в присутствии СО. Полученные результаты в целом показали, что при подаче CO в качестве субстрата в росте и продуцировании водорода участвует только гидрогеназа Mch.
Пример 4: Формиатзависимое продуцирование H
Thermococcus onnurineus
штаммом NA1: идентификация восприимчивых к формиату гидрогеназ
2
(1) Методы тестирования
1) Условия культивирования
T. onnurineus
Rhodopseudomonas
2
2
5
NA1 культивировали в анаэробных условиях при 80°С в среде, содержащей дрожжевой экстракт-пептон-серу (YPS). Для оценки параметров роста мутантного штамма в качестве базовой среды использовали модифицированную среду 1, в которую было добавлено 30,0 г/л NaCl (Uffen, R. L., 1976, Anaerobic growth of a species in the dark with carbon monoxide as sole carbon and energy substrate. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 73:3298-3302). Среду автоклавировали, а затем в модифицированную среду 1 в аэробной камере добавляли 1,0 мл/л раствора витамина (Balch, W. E., G. E. Fox, L. J. Magrum, C. R. Woese, and R. S. Wolfe. 1979. Methanogens: reevaluation of a unique biological group. Microbiol. Rev. 43:260-296) и 0,5 г/л дрожжевого экстракта. pH базовой среды доводили до 8,0 путем добавления 1 н. NaOH в базовую среду. 30 мл полученной среды распределяли по 150-миллилитровым бутылям с сывороткой, и газовую фазу (120 мл) заменяли на 80% N-20% CO (10 Па). Все культуры для проведения физиологических тестов выращивали при 80°С в анаэробных условиях в течение 24 часов, и эти тесты проводили в дубликате.
2) Экстракция РНК и конструирование микромассивов
in situ
Культуры центрифугировали при 4°C при 3500g в течение 10 минут, и всю РНК экстрагировали из культур с использованием реагента Тризола в соответствии с протоколом, рекомендованным производителями (Invitrogen, Carlsbad, California). Все РНК-образцы количественно и качественно анализировали на спектрофотометре NanoDrop (ND-1000, Thermo Scientific) и с помощью электрофореза. Микромассив, используемый в этом эксперименте, представляет собой микромассив Roche NimbleGen. Вкратце, было сконструировано всего 31994 уникальных 60-мерных олигонуклеотидов, и эти олигонуклеотиды были синтезированы химическим методом путем снятия защиты под действием света. Каждый уникальный олигонуклеотид был повторен на массиве дважды (всего ~72000 элементов).
3) Синтез кДНК и условия гибридизации
Эксперименты с использованием микромассивов осуществляли в соответствии с протоколом, рекомендованным производителем. Каждый образец полноразмерной РНК (5 мкг) метили Cy5-dCTP (Amersharm, Piscataway, NJ) путем проведения реакции обратной транскрипции с использованием обратной транскриптазы Superscript II (Invitrogen, Carlsbad, California). Затем смесь меченой кДНК концентрировали путем преципитации этанолом. 30 мкл концентрированных Cy5-меченых кДНК суспендировали в растворе для гибридизации (GenoCheck, Korea). Меченые кДНК локализовали на микромассиве, а затем помещали в камеру для гибридизации MAUI Mixer X4 (BioMicro Systems, Salt Lake City, UT). Гибридизацию на предметных стеклах осуществляли с использованием 12-секционных систем MAUI (BioMicro Systems, Salt Lake City, UT) при 42°C в течение 12 часов. Гибридизованные предметные стекла промывали при комнатной температуре в 2 X SSC, 0,1% ДСН в течение 2 минут, 1X SSC в течение 3 минут, а затем 0,2 X SSC в течение 2 минут. Предметные стекла центрифугировали при 1000g в течение 20 секунд, а затем сушили.
4) Сканирование предметных стекол, нормализация и анализ данных
(R)
Массивы сканировали с использованием сканера GenePix 4000B (Molecular Devices Corporation, Union City, CA), и данные получали с помощью компьютерной программы NimbleScan 2.4. Нормализацию массивов осуществляли методом уточнения среднего и нормализации квантилей (Amaratunga, D., and J. Cabrera. 2001. Statistical analysis of viral microchip data. J. Am. Stat. Assoc. 96:1161-1170). Нормализованные величины экспрессии для отдельных зондов использовали в целях получения величин экспрессии для данной ОРС методом RMA (надежным методом вычисления средних с использованием множества массивов), ранее описанным Irizarry et al. (Karl, D. M. 1995. The microbiology of deep-sea hydrothermal vents. CRC Press, Boca Raton, FL). И наконец, n-кратные изменения отношений определяли с использованием RMA-обработанных величин экспрессии (RMA-запрос), полученных для конкретного гена в образце. Анализ данных осуществляли с использованием программы GeneSpring GX 7.3.1 (Agilent Technologies, CA). Программы-фильтры для кратных изменений требуют, чтобы стимулируемые гены составляли по меньшей мере 200% от контролей, а ингибируемые гены составляли менее 50% от контролей. Данные были объединены в группы генов с аналогичным поведением в экспериментах, проводимых с использованием GeneSpring GX 7.3.1 (Agilent technologies, CA). Для разделения генов с аналогичными паттернами был использован алгоритм, разработанный на основе евклидова расстояния и усреднения связей.
5) Количественная оценка, проводимая с помощью ОТ-ПЦР
T.onnurineus
Геноспецифические праймеры были сконструированы на основе геномной последовательности NA1 (Genbank рег. №: CP000855). (см. выше таблицу 3).
rTaq
T1
cha”,
кДНК синтезировали из 350 нг всей РНК с использованием обратной транскриптазы, SuperScrip II (Invitrogen, Carlsbad, California), в соответствии с протоколом, рекомендованным производителем. ПЦР-реакции осуществляли с использованием ДНК-полимеразы (Takara) в термоячейке (Biometra). Реакции проводили в 50 мкл смеси, содержащей кДНК для реакции первой цепи, 10 пмоль праймеров, 250 мкМ dNTP и буфер от производителя. Кроме того, реакции ПЦР-амплификации проводили в следующих условиях: денатурация в течение 2 минут при 94°С, а затем 25 циклов денатурации (30 секунд при 94°С), отжига (30 секунд при 56°С) и удлинения (1 минута при 72°С). ПЦР-продукты анализировали с помощью электрофореза на 0,8% агарозном геле. Уровни экспрессии измеряли с использованием GelPro32.EXE v4.6 (Media Cybernetics, Inc.). Шаперонинкодирующий ген, обозначенный “использовали в качестве контроля для нормализации уровней экспрессии.
6) Нарушение гена-мишени
in vivo T. onnurineus
Mfh
kodakaraensis
mfh1
mfh2,
T. onnurineus
Flk-mfh1
Flk-mfh2.
Hinc
mfh
Ivs-mfh2)
Escherichia coli
:
mfh2:
T. onnurineus
Thermococcus kodakaraensis
Thermococcus kodakaraensis.
hmg
gdh
Pfu
gdh
Pfu
gdh
Pfu
gdh
Pfu
Для анализа функции гидрогеназ мутанты инсерционной инактивации крупной субъединицы гидрогеназы конструировали с использованием системы нарушения генов, используемой для гипертермофильной архебактерии Т. KOD1 (Sapra, R., K. Bagramyan, and M. W. W. Adams. 2003. A simple energy-conserving system: Proton reduction coupled to proton translocation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:7545-7550). В частности, ДНК-фрагменты, содержащие фланкирующую область крупных субъединиц ((TON_0276 и TON_1569) каждой из гидрогеназ  и  амплифицировали из геномной ДНК NA1 с использованием наборов праймеров (таблица 3) для или Каждый из амплифицированных фрагментов гидролизовали ферментом IIи лигировали в pUC118. Затем матрицу (рекомбинантную плазмиду Flk-Mfh1_pUC118 или Flk-2_pUC118) подвергали обратной ПЦР с использованием набора праймеров (Ivs-Mfh1 или (таблица 3), после чего лигировали в кластер P-hmg (Sapra, R., K. Bagramyan, and M. W. W. Adams. 2003. A simple energy-conserving system: Proton reduction coupled to proton translocation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:7545-7550). Лигированный продукт переносили в клетки DH5α. Рекомбинантные плазмиды (Mfh1:P-hmg и :P-hmg) получали с использованием мининабора для плазмид (Qiagen, Hilden, Germany). И наконец, плазмиды переносили в NA1 с применением слегка модифицированного метода Sato et al. (Sato, Т., Т. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2003. Targeted gene disruption by homologous recombination in the hyperthermophilic archaeon KOD1. J. Bacteriol. 185:210-220., Sato, Т., Т. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2005. Improved and versatile transformation system allowing multiple genetic manipulations of the hyperthermophilic archaeon Appl. Environ. Microbiol. 71:3889-3899). Трансформанты скринировали в среде ASW-YT-S в присутствии 10 мкМ симвастатина, и присутствие гена-мишени может быть подтверждено путем анализа на присутствие кластера P- в области-мишени.
7) Влияние кинетики на рост микроорганизмов и продуцирование водорода
Рост микроорганизмов наблюдали визуально. Образцы разводили в стерильной воде, содержащей морскую соль (30,0 г/л), формалин (2,5%) и 4',6'-диамидино-2-фенилиндол (0,01%) (Sato, Т., Т. Fukui, H. Atomi, and T. Imanaka. 2005. Improved and versatile transformation system allowing multiple genetic manipulations of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis. Appl. Environ. Microbiol. 71:3889-3899). Разведенные образцы фильтровали через черный поликарбонатный фильтр (размер пор: 0,2 мкм; Whatman), а затем анализировали на оптическом фазово-контрастном микроскопе (Zeiss Axioplan). Состав газа водорода определяли на газовом хроматографе HP 5890 серии II (Hewlett Packard), снабженном колонкой с молекулярными ситами HP-PLOT (Agilent) и детектором TCD. В качестве газа-носителя использовали аргон. Температура печи составляла 40°C. 10 мкл газового образца для анализа брали с помощью газонепроницаемого шприцачерез бутилкаучуковую пробку. Состав детектируемого газа водорода определяли путем сравнения площади пика с площадью пика калибровочной кривой, построенной с помощью регрессионного анализа с использованием стандартного газа, содержащего 40% водорода в азоте.
(2) Результаты теста
T. onnurineus
1) Гидрогеназы NA1
Т
onnurineus
Thermococcales
Thermococcales
Rhodospirillum rubrum
Thermococcales
T. barophilus
Thermococcus
T. onnurineus
T. litoralis
Т. barophilus
Thermococcus
Pyrococcus abyssi
+
+
Предварительный геномный анализ . NA1 указывал на присутствие восьми кластеров генов гидрогеназы (Porter, K. G. and Y. S. Feig. 1980. The use of DAPI for identifying and counting microflora. Limnol. Oceanogr. 25:943-948), которые включают пять мембраносвязанных [NiFe]-гидрогеназ (Mbh, TON_1583-1595; Mbx, TON_0486-0498; Mfh1, TON_0273-0278; Mfh2, TON_1566-1573; и Mch, TON_1021-1024), и три цитоплазматических [NiFe]-гидрогеназ (Fru, TON_1559-1562; Sulf I, TON_0533-0544; и Sulf II, TON_0051-0055). В результате проведения сравнительного анализа кластеров генов гидрогеназы и штаммов , секвенирование генома которых было завершено, было обнаружено, что кластеры, Mbh, Mbx, Sulf I и Sulf II присутствовали в избытке в других штаммах (см. Fox, J. D., R. L. Kerby, G. P. Roberts, and P. W. Ludden. 1996. Characterization of the CO-induced, СО-tolerant hydrogenase from and the gene encoding the large subunit of the enzyme. J. Bacteriol. 178:1515-1524). С другой стороны, кластеры, гомологичные кластерам Mfh1, Mfh2 или Mch, встречаются очень редко, и эти кластеры были обнаружены в штаммах , у которых были недавно определены последовательности геномов, а именно, такие как MP (гомологи Mfh1 и Mch), sp. AM4 (гомологи Mfh1 и Mch). В частности, сравнительный анализ кластеров Mfh1 и Mfh2 в NA1 показал, что организация генов в обоих кластерах почти аналогична организации генов в (Wu, M., Q. Ren, A. S. Durkin, S. C. Daugherty, L. M Brinkac, R. J. Dodson, R. Madupu, S. A. Sullivan, J. F. Kolonay, W. C. Nelson, L. J. Tallon, К. М. Jones, L. E. Ulrich, J. M. Gonzalez, I. B. Zhulin, F. T. Robb, and J. A. Eisen. 2005. Life in hot carbon monoxide: the complete genome sequence of Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901. PLoS Genet. 1:е65), MP (неопределенная последовательность, GenBank рег. № ABSF00000000), sp. AM4 (неопределенная последовательность, GenBank рег. № ABXN00000000) и (GenBank рег. № AL096836). Генные кластеры состоят из формиатдегидрогеназной единицы (FDH), преобразующей энергию гидрогеназной единицы (ECH) и H/Na-Mnh-единицы. Помимо FDH, ассоциированных с мембраносвязанными гидрогеназами, в геноме было обнаружено по меньшей мере два FDH-репликата, которые не кластеризуются в мембраносвязанные [NiFe]-гидрогеназы.
2) Экспрессия генов гидрогеназы в формиатсодержащей среде для культивирования
T. onnurineus
Как показано на фиг.11, NA1 может расти в присутствии экзогенного формиата, используемого в качестве субстрата, и рост этого штамма в высокой степени коррелирует с продуцированием водорода. В среде 1, в которую был добавлен формиат, количество газа водорода и число клеток увеличивалось по мере увеличения времени культивирования. Для того чтобы идентифицировать гидрогеназы, ответственные за продуцирование водорода в формиатсодержащей среде, был проведен анализ на микромассивах, целью которого было сравнение уровней экспрессии мРНК в генных кластерах гидрогеназы в случае культивирования в формиатсодержащей среде с уровнями экспрессии мРНК в случае культвирования в комплексной среде (YPS). Как показано ниже в таблицах 6 и 7 и на фиг.12А, уровни экспрессии мРНК в 10 ОРС из 20 ОРС в кластере fdh2-mfh2-mnh2 (обозначенном выше “Hyg4-III”) значительно (по меньшей мере в два раза) повышались в формиатсодержащей среде по сравнению со средой YPS. Кроме того, уровни экспрессии 6 ОРС в кластере codh-mch-mnh3 (обозначенном выше “Hyg4-II”) также повышались только в формиатсодержащей среде, включающей 3,0 г дрожжевого экстракта. Кроме того, уровни экспрессии ОРС в кластере fdh2-mfh2-mnh2 варьировались в зависимости от количества дрожжевого экстракта, что дает основание предположить, что количество дрожжевого экстракта коррелирует с ингибированием или активацией катаболизма в индуцированном формиатом метаболизме (таблицы 6 и 7). С другой стороны, уровни экспрессии ОРС в других кластерах генов гидрогеназы были относительно постоянными (mbx, frh и mch) или снижались (mbh, sulfI и mfh1). Интересно отметить, что уровни экспрессии большинства генов (25 генов из 29 ОРС) в кластере fdh1-mfh1-mnh1 (обозначенном выше Hyg4-I) снижались, что дает основание предположить, что экзогенный формиат может усиливать экспрессию fdh2-mfh2-mnh2, но ингибировать экспрессию fdh1-mfh1-mnh1. Результаты количественного OT-ПЦР-анализа, проводимого для крупной субъединицы каждого из кластеров генов гидрогеназы, также соответствовали результатам, полученным с использованием микромассивов. Амплификация крупной субъединицы (TON_1569) гидрогеназы mfh2 в формиатсодержащей среде проходила быстрее, по меньшей мере за два цикла, чем в среде YPS (см. фиг.12B). Полученные результаты дают основание предположить, что кластер fdh2-mfh2-mnh2 может быть восприимчивым к формиату. Интересно отметить, что только кластер fdh2-mfh2-mnh2 имеет ген, идентифицированный как ген предполагаемого переносчика формиата (TON_1573), и его функция заключается во введении формиата.
Таблица 6
Уровни экспрессии ОРС каждого из кластеров генов гидрогеназыв формиатсодержащей среде по сравнению с уровнем экспрессиив среде YPS
Генный кластер и ОРС
Аннотация
М+формиат + 0,5 г YE/YPS
M+формиат+3 г YE/YPS
Кластер<i></i>гидрогеназы<i> sulfII</i>
TON_0051
Гипотетический белок
2,102325
1,996031
TON_0052
Альфа-субъединица гидрогеназы
1,203768
0,802758
TON_0053
Дельта-цепь сульфгидрогеназы II
1,065323
1,367881
TON_0054
Гамма-субъединица гидрогеназы
0,737077
0,849314
TON_0055
Бета-цепь сульфгидрогеназы II
0,867926
0,808351
Кластер <i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0261
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypA
0,727489
0,848653
TON_0262
АТФаза, участвующая в распределении семейства ParA/MinD, Mrp-гомолога в хромосоме
0,810405
0,474952
TON_0263
Протеаза, участвующая в созревании гидрогеназы HycI
0,929162
1,474294
TON_0264
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, участвующий в биосинтезе белка А
0,483945
0,66368
TON_0265
Нуклеотидилтрансфераза, предполагаемая
0,316634
0,585297
TON_0266
Компонент F или формиат-водород-лиаза
0,318627
0,458616
TON_0267
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,450192
1,592257
TON_0268
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
0,575413
0,478743
TON_0269
Предполагаемая субъединица MnhB антипорта мультисубъединицы Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,575645
0,850024
TON_0270
Гипотетический белок
0,754546
0,615634
TON_0271
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,658151
0,60018
TON_0272
Предполагаемая субъединица MnhF антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,265459
0,481402
TON_0273
Гипотетический белок
0,251284
0,533794
TON_0274
Компонент I или формиат-водород-лиаза
0,769351
0,759056
TON_0275
Субъединица 6 формиат-водород-лиазы
0,542026
0,622878
TON_0276
Компонент G или формиат-водород-лиаза
0,358736
0,446038
TON_0277
Компонент С или формиат-водород-лиаза
0,741095
0,623746
TON_0278
Компонент В или формиат-водород-лиаза
0,741675
0,678797
TON_0279
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
0,817573
0,613605
TON_0280
Оксидоредуктаза, содержащая железо-серу
0,77206
0,704646
TON_0281
Формиат-дегидрогеназа fdhA, альфа-субъединица
0,366492
0,363246
TON_0282
Предполагаемый регулятор транскрипции
1,517388
1,556418
TON_0283
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypC
1,601742
1,508267
TON_0284
Гипотетический белок hypD, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы длиной 367 аминокислот
1,092018
0,699213
TON_0285
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypD
1,045483
0,489843
TON_0286
Белок, участвующий в созревании гидрогеназы HypF
0,529731
0,665571
TON_0287
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы HypE
0,770546
0,834498
TON_0288
Гипотетический белок
0,798203
2,193867
TON_0289
Цистеин-десульфураза
0,972411
0,894363
Кластер гидрогеназы <i>mbx</i>
TON_0486
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
0,912618
0,560754
TON_0487
NADH-дегидрогеназа I, nuoD, субъединица D
0,947824
0,64502
TON_0488
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,74442
0,331352
TON_0489
NADH-дегидрогеназа I, nuoB, субъединица В
0,761859
0,54662
TON_0490
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,514819
0,256304
TON_0491
Гипотетический белок длиной 617 аминокислот
0,445818
0,43555
TON_0492
Субъединица MbxH
0,786868
0,427415
TON_0493
Предполагаемый антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы
0,67054
0,631248
TON_0494
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,682815
1,042934
TON_0495
Субъединица MbxD
0,886482
0,784067
TON_0496
Субъединица MbxC
0,74959
0,923091
TON_0497
Субъединица MbxB
0,905817
0,796591
TON_0498
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая мультисубъединица
0,841502
0,512737
Кластер гидрогеназы <i>sulfI</i>
TON_0533
Ответственная за созревание гидрогеназо-специфическая эндопептидаза
0,736449
1,021127
TON_0534
NiFe-гидрогеназа цитозоля, альфа-субъединица
0,650022
0,677196
TON_0535
NiFe-гидрогеназа цитозоля, дельта-субъединица
0,741138
0,667442
TON_0536
Гидрогеназа (гамма-субъединица)
0,576788
0,558566
TON_0537
Бета-субъединица сульфгидрогеназы
0,624364
0,629266
TON_0538
Предполагаемый переносчик формиата
0,714736
0,690887
TON_0539
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
0,852292
1,341748
TON_0540
Белок оксидоредуктазы, содержащий железо-серу
1,063573
0,561844
TON_0541
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
0,811281
0,78328
TON_0542
Оксидоредуктаза, родственная бета-цепи глутамат-синтазы
0,812768
0,926217
TON_0543
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
0,983984
1,160664
TON_0544
Алкоголь-дегидрогеназа
1,029043
0,862232
<i>Кластер codh-mch-mnh3</i>
TON_1016
Предполагаемый регулятор транскрипции семейства ModE
1,219563
1,440116
TON_1017
Домен, связывающийся с 4Fe-4S-ферроредоксином, содержащим железо-серу
1,537494
2,172151
TON_1018
Монооксид углерода-дегидрогеназа, каталитическая субъединица
1,420438
1,274753
TON_1019
Предполагаемый АТФ-связывающий белок
0,698035
0,930505
TON_1020
Гипотетический белок
1,971922
3,839171
TON_1021
Компонент В или формиат-водород-лиаза
0,972559
1,151527
TON_1022
NADH-дегидрогеназа дыхательной цепи, субъединица 1
1,771932
1,186361
TON_1023
Компонент G или формиат-водород-лиаза
1,863412
4,045911
TON_1024
NADH-дегидрогеназа (убихинон), 20 кДа-субъединица
1,353224
3,47523
TON_1025
антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
0,923065
2,35011
TON_1026
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,964696
0,621115
TON_1027
Гипотетический белок
0,932259
0,97379
TON_1028
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,916306
1,019604
TON_1029
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
1,207926
0,928939
TON_1030
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,712484
2,238387
TON_1031
Компонент F или формиат-водород-лиаза
0,955361
2,246413
<i>Кластер frh(F</i><sub>420</sub><i>-восстанавливающая гидрогеназа)гидрогеназы</i>
TON_1559
Альфа-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
1,183388
0,530475
TON_1560
Гамма-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
1,415197
1,018573
TON_1561
Нитрит/сульфит-редуктаза, связывающаяся с 4Fe-4S-ферредоксином, содержащим железо-серу
1,355412
1,07094
TON_1562
Формиат-дегидрогеназа, субъединица FdhD
1,00278
0,973292
<i>Кластер fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1563
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
4,251498
2,533032
TON_1564
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
3,005736
1,806787
TON_1565
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
2,572148
1,499477
TON_1566
NADH-дегидрогеназа (хинон)
1,807319
0,972802
TON_1567
Компонент В или формиат-водород-лиаза
3,431877
1,536872
TON_1568
Компонент С или формиат-водород-лиаза
2,936933
1,620744
TON_1569
Компонент G или формиат-водород-лиаза
3,631759
1,932512
TON_1570
Формиат-водород-лиаза, субъединица 6
2,69592
2,206621
TON_1571
Компонент I или формиат-водород-лиаза
2,061174
1,799012
TON_1572
Гипотетический белок
1,247346
1,037087
TON_1573
Предполагаемый переносчик формиата
2,315563
1,228123
TON_1574
антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
3,337596
2,209765
TON_1575
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
1,446144
0,801728
TON_1576
Гипотетический белок
1,558306
0,954677
TON_1577
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
1,43188
1,026239
TON_1578
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
1,656445
1,198853
TON_1579
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
1,382536
1,135341
TON_1580
Компонент F или формиат-водород-лиаза
1,804806
1,031391
TON_1581
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, ответственный за биосинтез белка А
1,42751
1,994937
TON_1582
Гипотетический белок
1,086162
0,6947
<i>Кластер гидрогеназы mbh</i>
TON_1583
Субъединица MbhB
0,67072
0,367439
TON_1584
Субъединица MbhC
0,715606
0,384515
TON_1585
Субъединица MbhD
0,649744
0,488634
TON_1586
Субъединица MbhE
0,579611
0,376248
TON_1587
Субъединица MbhF
0,660332
0,683508
TON_1588
Субъединица MbhG
0,667072
0,521087
TON_1589
Субъединица MbhH
0,439735
0,343741
TON_1590
Субъединица MbhI
0,555557
0,42006
TON_1591
NiFe-гидрогеназа, небольшая субъединица
0,278923
0,289092
TON_1592
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 1
0,497784
0,493123
TON_1593
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 2
0,355
0,852904
TON_1594
Субъединица MbhM
0,373076
0,289584
TON_1595
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
0,421286
0,597661
М - среда 1; СО - монооксид углерода; YE - дрожжевой экстракт
Таблица 7
Иерархическая кластеризация 112 ОРС, включая кластеры гидрогеназы от <i>Т.</i><i>onnurineus </i>NA1
Генный кластер и ОРС
Аннотация
М+формиат+0,5г YE/YPS
М+формиат +1г YE/YPS
Генный кластер и ОРС
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0262
АТФаза, участвующая в распределении хромосом, Mrp-гомолог
0,810405
0,474952
<i>Mbx</i>
TON_0498
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая мультисубъединица
0,841502
0,512737
<i>Mbx</i>
TON_0489
NADH-дегидрогеназа I, nuoB, субъединица В
0,761859
0,54662
<i>Mbx</i>
TON_0492
Субъединица MbxH
0,786868
0,427415
<i>Mbx</i>
TON_0486
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
0,912618
0,560754
<i>Mbx</i>
TON_0487
NADH-дегидрогеназа I, nuoD, субъединица D
0,947824
0,64502
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1026
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,964696
0,621115
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0285
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypD
1,045483
0,489843
<i>sulfI</i>
TON_0540
Белок оксидоредуктазы, содержащий железо-серу
1,063573
0,561844
<i>Frh</i>
TON_1559
Альфа-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
1,183388
0,530475
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0269
Предполагаемая субъединица MnhB антипорта мультисубъединицы Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,575645
0,850024
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0270
Гипотетический белок
0,754546
0,615634
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0277
Компонент С или формиат-водород-лиаза
0,741095
0,623746
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0279
NADH-убихинон-оксидоредуктаза
0,817573
0,613605
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0280
Оксидоредуктаза, содержащая железо-серу
0,77206
0,704646
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0278
Компонент В или формиат-водород-лиаза
0,741675
0,678797
<i>sulfI</i>
TON_0535
NiFe-гидрогеназа цитозоля, дельта-субъединица
0,741138
0,667442
<i>sulfI</i>
TON_0538
Предполагаемый переносчик формиата
0,714736
0,690887
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0271
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,658151
0,60018
<i>mbx</i>
TON_0493
Предполагаемый антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы
0,67054
0,631248
<i>sulfI</i>
TON_0537
Бета-субъединица сульфгидрогеназы
0,624364
0,629266
<i>sulfI</i>
TON_0534
NiFe-гидрогеназа цитозоля, альфа-субъединица
0,650022
0,677196
<i>mbh</i>
TON_1587
Субъединица MbhF
0,660332
0,683508
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0264
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, участвующий в биосинтезе белка А
0,483945
0,66368
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0275
Субъединица 6 формиат-водород-лиазы
0,542026
0,622878
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0286
Белок, участвующий в созревании гидрогеназы HypF
0,529731
0,665571
<i>mbh</i>
TON_1595
Субъединица, связывающаяся с 4Fe-4S-кластером
0,421286
0,597661
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0268
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
0,575413
0,478743
<i>mbh</i>
TON_1592
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 1
0,497784
0,493123
<i>sulfI</i>
TON_0536
Гидрогеназа (гамма-субъединица)
0,576788
0,558566
<i>mbh</i>
TON_1585
Субъединица MbhD
0,649744
0,488634
<i>mbh</i>
TON_1588
Субъединица MbhG
0,667072
0,521087
<i>SufII</i>
TON_0055
Бета-цепь сульфгидрогеназы II
0,867926
0,808351
<i>mbx</i>
TON_0495
Субъединица MbxD
0,886482
0,784067
<i>mbx</i>
TON_0497
Субъединица MbxB
0,905817
0,796591
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0274
Компонент I или формиат-водород-лиаза
0,769351
0,759056
<i>sulfI</i>
TON_0541
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
0,811281
0,78328
<i>sufII</i>
TON_0054
Гамма-субъединица гидрогеназы
0,737077
0,849314
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0261
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypA
0,727489
0,848653
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0287
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы HypE
0,770546
0,834498
<i>mbx</i>
TON_0496
Субъединица MbxC
0,74959
0,923091
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1019
Предполагаемый АТФ-связывающий белок
0,698035
0,930505
<i>sulfI</i>
TON_0542
Оксидоредуктаза, родственная бета-цепи-глутамат-синтазы
0,812768
0,926217
<i>mbx</i>
TON_0494
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,682815
1,042934
<i>sulfI</i>
TON_0533
Ответственная за созревание гидрогеназо-специфическая эндопептидаза
0,736449
1,021127
<i>sulfI</i>
TON_0543
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
0,983984
1,160664
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1021
Компонент В или формиат-водород-лиаза
0,972559
1,151527
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0289
Цистеин-десульфураза
0,972411
0,894363
<i>sulfI</i>
TON_0544
Алкоголь-дегидрогеназа
1,029043
0,862232
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1027
Гипотетический белок
0,932259
0,97379
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1028
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
0,916306
1,019604
<i>frh</i>
TON_1562
Формиат-дегидрогеназа, субъединица FdhD
1,00278
0,973292
<i>sufII</i>
TON_0052
Альфа-субъединица гидрогеназы
1,203768
0,802758
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0284
Гипотетический белок hypD, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы длиной 367 аминокислот
1,092018
0,699213
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1582
Гипотетический белок
1,086162
0,6947
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1575
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
1,446144
0,801728
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0267
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,450192
1,592257
<i>mbh</i>
TON_1593
NiFe-гидрогеназа, крупная субъединица 2
0,355
0,852904
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0265
Нуклеотидилтрансфераза, предполагаемая
0,316634
0,585297
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0272
Предполагаемая субъединица MnhF антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
0,265459
0,481402
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0273
Гипотетический белок
0,251284
0,533794
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0266
Компонент F или формиат-водород-лиаза
0,318627
0,458616
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0276
Компонент G или формиат-водород-лиаза
0,358736
0,446038
<i>mbx</i>
TON_0491
Гипотетический белок длиной 617 аминокислот
0,445818
0,43555
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0281
Формиат-дегидрогеназа fdhA, альфа-субъединица
0,366492
0,363246
<i>mbh</i>
TON_1589
Субъединица MbhH
0,439735
0,343741
<i>mbh</i>
TON_1594
Субъединица MbhM
0,373076
0,289584
<i>mbh</i>
TON_1591
NiFe-гидрогеназа, небольшая субъединица
0,278923
0,289092
<i>mbx</i>
TON_0490
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,514819
0,256304
<i>mbx</i>
TON_0488
Субъединица NADH-дегидрогеназы
0,74442
0,331352
<i>mbh</i>
TON_1583
Субъединица MbhB
0,67072
0,367439
<i>mbh</i>
TON_1584
Субъединица MbhC
0,715606
0,384515
<i>mbh</i>
TON_1586
Субъединица MbhE
0,579611
0,376248
<i>mbh</i>
TON_1590
Субъединица MbhI
0,555557
0,42006
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0288
Гипотетический белок
0,798203
2,193867
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1030
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
0,712484
2,238387
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1025
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
0,923065
2,35011
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1031
Компонент F или формиат-водород-лиаза
0,955361
2,246413
<i>sufII</i>
TON_0051
Гипотетический белок
2,102325
1,996031
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1571
Компонент I или формиат-водород-лиаза
2,061174
1,799012
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1017
Домен, связывающийся с 4Fe-4S-ферроредоксином, содержащим железо-серу
1,537494
2,172151
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1581
Молибдоптерин-гуанин-динуклеотид, ответственный за биосинтез белка А
1,42751
1,994937
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0263
Протеаза, участвующая в созревании гидрогеназы HycI
0,929162
1,474294
<i>sulfI</i>
TON_0539
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
0,852292
1,341748
<i>sufII</i>
TON_0053
Дельта-цепь сульфгидрогеназы II
1,065323
1,367881
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1016
Предполагаемый регулятор транскрипции семейства ModE
1,219563
1,440116
<i>fdh1-mfh1-nmh1</i>
TON_0282
Предполагаемый регулятор транскрипции
1,517388
1,556418
<i>fdh1-mfh1-mnh1</i>
TON_0283
Белок, участвующий в экспрессии/образовании гидрогеназы hypC
1,601742
1,508267
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1018
Монооксид углерода-дегидрогеназа, каталитическая субъединица
1,420438
1,274753
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1022
NADH-дегидрогеназа дыхательной цепи, субъединица 1
1,771932
1,186361
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1578
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
1,656445
1,198853
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1029
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF67
1,207926
0,928939
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1572
Гипотетический белок
1,247346
1,037087
<i>frh</i>
TON_1560
Гамма-субъединица кофермент F420-гидрогеназы
1,415197
1,018573
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1577
Антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup> мультисубъединицы, предполагаемая субъединица MnhB
1,43188
1,026239
<i>frh</i>
TON_1561
Нитрит/сульфит-редуктаза, связывающаяся с 4Fe-4S- ферредоксином, содержащим железо-серу
1,355412
1,07094
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1579
Предполагаемый интегральный мембранный белок семейства DUF68
1,382536
1,135341
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1566
NADH-дегидрогеназа (хинон)
1,807319
0,972802
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1580
Компонент F или формиат-водород-лиаза
1,804806
1,031391
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1576
Гипотетический белок
1,558306
0,954677
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1020
Гипотетический белок
1,971922
3,839171
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1023
Компонент G или формиат-водород-лиаза
1,863412
4,045911
<i>codh-mch-mnh3</i>
TON_1024
NADH-дегидрогеназа (убихинон), 20 кДа-субъединица
1,353224
3,47523
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1563
Предполагаемая формиат-дегидрогеназа, альфа-субъединица
4,251498
2,533032
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1564
Белок, связывающийся с 4Fe-4S-кластером
3,005736
1,806787
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1568
Компонент С или формиат-водород-лиаза
2,936933
1,620744
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1567
Компонент В или формиат-водород-лиаза
3,431877
1,536872
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1570
Формиат-водород-лиаза, субъединица 6
2,69592
2,206621
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1569
Компонент G или формиат-водород-лиаза
3,631759
1,932512
<i>fdh2-nfh2-mnh2</i>
TON_1574
антипорт Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>, предполагаемая субъединица MnhF
3,337596
2,209765
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1565
Субъединица антипорта Na<sup>+</sup>/H<sup>+</sup>
1,446144
0,801728
<i>fdh2-mfh2-mnh2</i>
TON_1573
Предполагаемый переносчик формиата
2,315563
1,228123
3) Нарушение гена и анализ фенотипов мутантов по нарушению
T. onnurineus
hmg
hmg
hmg
(
mfh1
mfh2
),
T. kodakaraensis
T. onnurineus
2
gdh
Pfu
gdh
Pfu
gdh
Pfu
TNA1
TNA1
Δ
Δ
Транскриптомный анализ дает основание предположить, что Mfh2 может играть важную роль в продуцировании водорода в присутствии экзогенного формиата в NA1. Однако в связи с активацией нескольких ОРС кластера codh-mch-mnh3 в формиатсодержащей среде или в связи с высоким уровнем экспрессии других генов гидрогеназ, таких как Mbx или Frh, возникает вопрос, может ли сам Mfh2 участвовать в продуцировании водорода в присутствии экзогенного формиата и могут ли другие гидрогеназы действовать по альтернативному пути для Mfh2посредством образования комплексов в комбинации с формиатдегидрогеназами или рециклинга электронных носителей, таких как FADH или NADH. Таким образом, авторами настоящего изобретения были сконструированы мутанты по нарушению крупной субъединицы гидрогеназы Mfh1 (TON_0276) или Mfh2 (TON_1569). Метод конструирования мутантов по нарушению проиллюстрирован на фиг.13A. Крупную субъединицу каждого из кластеров гена гидрогеназы Mfh1 и Mfh2 подвергали нарушению путем инсерционной инактивации кластера P- посредством гомологичной рекомбинации в области мишени, что приводило к сверхэкспрессии гена hmg-CoA. Нарушение гена-мишени подтверждали путем анализа на присутствие кластера P- с помощью ПЦР-амплификации после скрининга групп-кандидатов в среде YPS, в которую было добавлено 10 мкМ симвастатина (фиг.13B). Так, например, P- может быть амплифицирован в группах-кандидатах с нарушением и тогда как амплификация крупных субъединиц Mfh2или Mfh2не происходила. Полученные результаты показали, что нарушение гена-мишени происходило точно в нужном локусе гена-мишени и что такая система нарушения генов, сообщаемая микроорганизму KOD1 (Sapra, R., K. Bagramyan и M. W. W. Adams. 2003. A simple energy-conserving system: Proton reduction coupled to proton translocation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:7545-7550), может быть также применена к NA1.
Δ
Δ
Δ
Δ
Δ
Δ
Δ
Δ
mfh1
mfh2
mfh1
,
mfh2
mch
mfh1
mch
mfh2
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
TNA1
Поскольку мутанты с нарушением и  могут быть получены в среде YPS, то очевидно, что Mfh1 и Mfh2 не играют важной роли в метаболическом поглощении среды YPS. Изменения в росте и морфологии мутантных штаммов гидрогеназы Mfh1, Mfh2 и Mch ( и ) показали, что эти гены необязательно должны присутствовать в среде YPS (фиг.14). Кроме того, штаммы  и  обладают способностью расти и продуцировать водород в формиатсодержащей среде на уровне, аналогичном уровню, наблюдаемому для штамма дикого типа (фиг.11 и 14). Полученные данные показали, что генные кластеры не способны продуцироваться в среде, в которую был введен экзогенный формиат. С другой стороны, мутант  не обладает способностью к росту и не продуцирует водород (фиг.14). Полученные результаты в целом показали, что при подаче формиата в качестве субстрата в росте и продуцировании водорода участвует только гидрогеназа Mfh2.
ПРОМЫШЛЕННОЕ ПРИМЕНЕНИЕ
Как описано выше, новые гидрогеназы согласно изобретению могут продуцировать большое количество водорода благодаря их специфической восприимчивости к различным субстратам, таким как монооксид углерода, формиат или крахмал. В соответствии со способами получения водорода согласно изобретению большое количество водорода может быть получено просто путем культивирования вышеописанного штамма в специфических условиях культивирования. Таким образом, способы согласно изобретению имеют преимущества, заключающиеся в том, что они являются экономически более выгодными и более эффективными, чем известные способы получения водорода, и могут быть применены для получения водорода даже при высоких температурах.