АДАПТИЦИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ PHK

1. Способ модификации времени удерживания РНК на хроматографической колонке, где способ включает стадию адаптации последовательности РНК путем изменения количества нуклеотидов А и/или U в последовательности РНК относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК.
2. Способ по п. 1, где способ включает стадию определения количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК и стадию увеличения или уменьшения указанного количества нуклеотидов А и/или U для получения адаптированной последовательности РНК.
3. Способ по п. 1 или 2, где способ включает стадию замены нуклеотидов G и/или С в исходной последовательности РНК на нуклеотиды А и/или U.
4. Способ по одному из предыдущих пунктов, где способ включает стадию замены нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК на нуклеотиды G и/или С.
5. Способ по одному из предыдущих пунктов, где способ включает стадию интродукции дополнительных нуклеотидов, предпочтительно нуклеотидов G и/или С, более предпочтительно нуклеотидов А и/или U, в некодирующую область исходной последовательности РНК.
6. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором РНК содержит кодирующую область и в котором количество нуклеотидов А и/или U в последовательности РНК изменяют в кодирующей области.
7. Способ по п. 6, в котором аминокислотную последовательность, кодируемую кодирующей областью адаптированной последовательности РНК, не модифицируют относительно аминокислотной последовательности, кодируемой кодирующей областью исходной последовательности РНК.
8. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором время удерживания адаптированной РНК увеличивают путем повышения количества нуклеотидов А и/или U по меньшей мере на 2, предпочтительно по меньшей мере на 3, более предпочтительно по меньшей мере на 4, еще более предпочтительно по меньшей мере на 5, наиболее предпочтительно по меньшей мере на 10 относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК.
9. Способ по одному из пп. 1-7, в котором время удерживания адаптированной РНК уменьшают путем снижения количества нуклеотидов А и/или U по меньшей мере на 2, предпочтительно по меньшей мере на 3, более предпочтительно по меньшей мере на 4, еще более предпочтительно по меньшей мере на 5, наиболее предпочтительно по меньшей мере на 10 относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК.
10. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором хроматографическая колонка представляет собой колонку для ЖХВР.
11. Способ по п. 10, в котором хроматографическая колонка содержит обращенную фазу в качестве стационарной фазы.
12. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором хроматографическая колонка содержит материал, предпочтительно пористый материал, выбранный из группы, которая состоит из полистирола, неалкилированного полистирола, алкилированного полистирола, полистиролдивинилбензола, неалкилированного полистиролдивинилбензола, алкилированного полистиролдивинилбензола, силикагеля, силикагеля, модифицированного неполярными группами, силикагеля, модифицированного алкилсодержащими группами, выбранными из бутил-, октил- и/или октадецилсодержащих групп, силикагеля, модифицированного фенильными группами, или полиметакрилата.
13. Способ по одному из предыдущих пунктов, в котором хроматографическая колонка представляет собой колонку, состоящую из гранул, или монолитную колонку.
14. Способ очистки по меньшей мере одного вида РНК из смеси по меньшей мере двух видов РНК, где способ включает:
а) стадию адаптации последовательности по меньшей мере одного вида РНК путем изменения количества нуклеотидов А и/или U относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности; и
б) хроматографическую стадию, на которой адаптированный вид РНК отделяют по меньшей мере от одного другого вида РНК.
15. Способ по п. 14, в котором стадия а) включает модификацию времени удерживания РНК на хроматографической колонке по одному из пп. 1-13.
16. Способ по п. 14 или 15, в котором количество нуклеотидов А и/или U в адаптированном виде РНК отличается от количества нуклеотидов А и/или U по меньшей мере в одном другом виде РНК по меньшей мере на 2, предпочтительно по меньшей мере на 3, более предпочтительно по меньшей на мере 4, еще более предпочтительно по меньшей мере на 5, наиболее предпочтительно по меньшей мере на 10.
17. Способ по одному из пп. 14-16, в котором количество нуклеотидов А и/или U в адаптированном виде РНК отличается от количества нуклеотидов А и/или U по меньшей мере в одном другом виде РНК по меньшей мере на 20, предпочтительно по меньшей мере на 30, более предпочтительно по меньшей мере на 40, еще более предпочтительно по меньшей мере на 50, наиболее предпочтительно по меньшей мере на 60.
18. Способ по одному из пп. 14-17, который дополнительно содержит стадию определения идентичности и/или целостности по меньшей мере одного вида РНК.
19. Способ совместной очистки по меньшей мере двух видов РНК из смеси, содержащей по меньшей мере два вида РНК, где способ включает:
а) стадию адаптации последовательности по меньшей мере одного вида РНК путем изменения количества нуклеотидов А и/или U в последовательности РНК относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК; и
б) хроматографическую стадию, на которой по меньшей мере один вид РНК, имеющий адаптированную последовательность, и по меньшей мере один дополнительный вид РНК совместно очищают.
20. Способ по п. 19, в котором стадия а) включает определение требуемого количества нуклеотидов А и/или U, до которого адаптируют количество нуклеотидов А и/или U по меньшей мере в двух видах РНК, подлежащих совместной очистке.
21. Способ по п. 19 или 20, в котором количество нуклеотидов А и/или U в последовательностях каждого по меньшей мере из двух видов РНК, подлежащих совместной очистке, отличается не более чем на 20, более предпочтительно не более чем на 30, еще болеее предпочтительно не более чем на 40, наиболее предпочтительно не более чем на 50.
22. Способ по одному из пп. 19-21, в котором количество нуклеотидов А и/или U в последовательностях каждого по меньшей мере из двух видов РНК, подлежащих совместной очистке, отличается не более чем на 2, предпочтительно не более чем на 3, более предпочтительно не более чем на 4, еще более предпочтительно не более чем на 5, наиболее предпочтительно не более чем на 10.
23. Способ по одному из пп. 18-22, в котором по меньшей мере два вида РНК, подлежащих совместной очистке, элюируются в одной и той же фракции.
24. Способ гармонизации количеств нуклеотидов А и/или U в последовательностях по меньшей мере двух видов РНК, где способ включает адаптацию последовательности по меньшей мере одного вида РНК путем изменения количества нуклеотидов А и/или U в последовательности РНК относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК.
25. Способ по п. 24, дополнительно включающий один или несколько отличительных признаков по пп. 1-23.
26. Способ по п. 24 или 25, в котором количества нуклеотидов А и/или U в последовательностях каждого по меньшей мере из двух гармонизированных видов РНК отличаются друг от друга не более чем на 20, более предпочтительно не более чем на 30, еще более предпочтительно не более чем на 40, наиболее предпочтительно не более чем на 50.
27. Способ по одному из пп. 24-26, в котором количества нуклеотидов А и/или U в последовательностях каждого по меньшей мере из двух гармонизированных видов РНК отличаются друг от друга не более чем на 2, предпочтительно не более чем на 3, более предпочтительно не более чем на 4, еще более предпочтительно не более чем на 5, наиболее предпочтительно не более чем на 10.
28. Способ по одному из пп. 24-27, где способ включает адаптацию последовательностей по меньшей мере двух видов РНК путем изменения количества нуклеотидов А и/или U в последовательностях РНК относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходных последовательностях РНК.
29. Способ синтеза смеси, содержащей по меньшей мере два гармонизированных вида РНК, где способ включает
а) стадию, включающую гармонизацию количеств нуклеотидов А и/или U в последовательностях по меньшей мере двух видов РНК, где последовательность по меньшей мере одного вида РНК адаптируют путем изменения количества нуклеотидов А и/или U в последовательности РНК относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК; и
б) стадию синтеза по меньшей мере двух гармонизированных видов РНК.
30. Способ по п. 29, в котором стадия б) включает отдельный синтез по меньшей мере двух гармонизированных видов РНК.
31. Способ по п. 30, в котором стадия б) включает смешение по меньшей мере двух гармонизированных видов РНК.
32. Способ по п. 29, в котором стадия б) включает синтез по меньшей мере двух гармонизированных видов РНК в одной партии.
33. Способ по одному из пп. 29-32, в котором стадия б) включает стадию транскрипции in vitro.
34. Способ по одному из пп. 29-33, который дополнительно характеризуется одним из отличительных признаков по одному из пп. 1-28.
35. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28 или 29-34, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит по меньшей мере 30, предпочтительно по меньшей мере 50, более предпочтительно по меньшей мере 100, еще более предпочтительно по меньшей мере 200 нуклеотидов, наиболее предпочтительно по меньшей мере 500 нуклеотидов.
36. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК является моноцистронной/моноцистронным, бицистронной/бицистронным или полицистронной/полицистронным.
37. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34, 35 или 36, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК представляет собой кодирующую РНК, предпочтительно мРНК.
38. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-37, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит 5'-кэп-структуру.
39. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-38, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК представляет собой мРНК, содержащую кодирующую область, где кодирующая область исходной последовательности РНК содержит оптимизированную кодирующую последовательность, при этом оптимизированную кодирующую последовательность выбирают из кодирующей последовательности с увеличенным до максимума содержанием С, кодирующей последовательности с повышенным содержанием G/C, кодирующей последовательности с оптимизированным содержанием G/C, кодирующей последовательности с оптимизированными содержанием наиболее часто встречающихся человеческих кодонов, кодирующей последовательности с увеличенным до максимума CAI или любой их комбинации, и при этом кодируемую аминокислотную последовательность предпочтительно не модифицируют по сравнению с аминокислотной последовательностью, кодируемой соответствующей мРНК дикого типа.
40. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-39, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК представляет собой мРНК, содержащую кодирующую область, в которой по меньшей мере одна кодирующая область содержит нуклеотидную последовательность с оптимизированным содержанием G/C.
41. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-40, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля».
42. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-41, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит 3'-UTR.
43. Способ по п. 42, в котором 3'-UTR содержит поли(А)-последовательность и/или поли(С)-последовательность.
44. Способ по п. 42 или 43, в котором 3'-UTR содержит по меньшей мере один гетерологичный 3'-UTR-элeмeнт.
45. Способ по п. 44, в котором по меньшей мере один гетерологичный 3'-UTR-элемент содержит нуклеотидную последовательность, полученную из 3'-UTR гена, выбранного из группы, которая состоит из гена альбумина, гена альфа-глобина, гена бета-глобина, гена тирозингидроксилазы, гена липоксигеназы и гена альфа-цепи коллагена, или гомолог, фрагмент или вариант указанной нуклеотидной последовательности.
46. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-45, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит 5'-UTR.
47. Способ по п. 46, в котором 5'-UTR содержит по меньшей мере один гетерологичный 5'-UTR-элeмeнт.
48. Способ по п. 47, в котором по меньшей мере один гетерологичный 5'-UTR-элемент содержит нуклеотидную последовательность, полученную из 5'-UTR ТОР-гена, предпочтительно из соответствующей последовательности РНК, или ее гомолога, фрагмента или варианта, предпочтительно без 5'ТОР-мотива.
49. Способ по п. 47 или 48, в котором по меньшей мере один гетерологичный 5'-UTR-элемент содержит нуклеотидную последовательность, которая получена из 5'-UTR ТОР-гена, кодирующего рибосомальный белок, предпочтительно из соответствующей последовательности РНК или гомолога, фрагмента или варианта указанной нуклеотидной последовательности, предпочтительно без 5'ТОР-мотива.
50. Способ по одному из пп. 47-49, в котором по меньшей мере один гетерологичный 5'-UTR-элeмeнт содержит нуклеотидную последовательность, которая получена из 5'-UTR ТОР-гена, кодирующего белок большой субъединицы рибосомы (RPL), предпочтительно из RPL32 или RPL35A, или из гена, выбранного из группы, которая состоит из HSD17B4, АТР5А1, AIG1, СОХС6 или BCB7(MDR), или из гомолога, фрагмента или варианта одного из этих генов, предпочтительно без 5'ТОР-мотива.
51. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28 или 29-50, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит, предпочтительно в направлении 5'→3', следующие элементы:
а) 5'-кэп-структуру;
б) необязательно 5'-UTR-элeмeнт;
в) по меньшей мере одну кодирующую область;
г) 3'-UTR-элeмeнт;
д) необязательно поли(А)-последовательность, предпочтительно содержащую от 10 до 200, от 10 до 100, от 40 до 80 или от 50 до 70 адениновых нуклеотидов;
е) необязательно поли(С)-последовательность, предпочтительно содержащую от 10 до 200, от 10 до 100, от 20 до 70, от 20 до 60 или от 10 до 40 цитозиновых нуклеотидов;
ж) необязательно гистоновую структуру типа «стебель-петля»;
з) необязательно дополнительную поли(А)-последовательность; или фрагмент или вариант одной из указанных нуклеотидных последовательностей.
52. Способ по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28 или 29-51, в котором по меньшей мере одна РНК или по меньшей мере один вид РНК содержит по меньшей мере одну кодирующую область и в котором кодирующая область предпочтительно содержит нуклеотидную последовательность, представленную в одной из SEQ ID NO: 26-14079, 14080-16264, 16265-28640, 28641-30568, или фрагмент или вариант одной из указанных нуклеотидных последовательностей.
53. РНК, предпочтительно адаптированная РНК, которую можно получать способом по одному из пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-52.
54. Вектор, содержащий нуклеотидную последовательность, соответствующую РНК по п. 53, или кодирующую РНК по п. 53.
55. Композиция, содержащая по меньшей мере два вида РНК, в которой последовательность по меньшей мере одного вида РНК адаптирована путем изменения количества нуклеотидов А и/или U в последовательности по меньшей мере одного вида РНК относительно количества нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК.
56. Композиция по п. 55, в которой последовательность по меньшей мере одного вида РНК адаптирована с помощью способа, характеризующегося одним из отличительных признаков по пп. 1-13, 14-18, 19-23, 24-28, 29-34 или 35-52.
57. Композиция по п. 55 или 56, в котором количества нуклеотидов А и/или U в последовательностях по меньшей мере двух РНК гармонизированы, предпочтительно с использованием способа по одному из пп. 24-28.
58. Композиция по одному из пп. 55-57, где композиция содержит по меньшей мере один вид РНК, который содержит по меньшей мере одну кодирующую область, которая кодирует пептид или белок, имеющий происхождение из вируса гриппа, или фрагмент или вариант указанного пептида или белка.
59. Композиция по одному из пп. 55-58, в которой по меньшей мере один вид РНК кодирует гемагглютинин (НА) вируса гриппа и/или нейраминидазу (NA) вируса гриппа, или их фрагмент или вариант.
60. Композиция по одному из пп. 55-59, где композиция необязательно дополнительно содержит фармацевтически приемлемый носитель.
61. Композиция по одному из пп. 55-60, в которой РНК по меньшей мере одного вида РНК включена в комплекс или по меньшей мере частично включена в комплекс или ассоциирована с одним или несколькими катионным(и) или поликатионным(и) соединением(ями), предпочтительно выбранным(и) из катионного или поликатионного полимера, катионного или поликатионного полисахарида, катионного или поликатионного липида, катионного или поликатионного белка, катионного или поликатионного пептида или любой их комбинации.
62. Композиция по одному из пп. 55-61, в которой РНК по меньшей мере одного вида РНК включена в комплекс или ассоциирована с липидом, предпочтительно катионным или нейтральным липидом, предпочтительно образуя при этом липосомы, липоплексы, липидные наночастицы или нанолипосомы.
63. Вакцина, содержащая РНК по п. 53 или композицию по одному из пп. 55-62.
64. Вакцина по п. 63, представляющая собой поливалентную вакцину.
65. Композиция по одному из пп. 55-62 или вакцина по п. 63 или 64, дополнительно содержащая адъювант.
66. Вакцина по одному из пп. 63-65, представляющая собой вакцину против вируса гриппа, предпочтительно поливалентную вакцину против гриппа.
67. Набор или набор компонентов, содержащий РНК по п. 53, композицию по одному из пп. 55-62 или вакцину по одному из пп. 63-66, необязательно жидкий наполнитель для солюбилизации и необязательно технические инструкции с информацией о введении и дозах компонентов.
68. Композиция по одному из пп. 55-62, вакцина по одному из пп. 63-66 или набор или набор компонентов по п. 67, предназначенные для применения в качестве лекарственного средства.
69. Способ лечения или предупреждения нарушения, где способ включает введение индивидууму, который нуждается в этом, в терапевтически эффективном количестве композиции по одному из пп. 55-62, вакцины по одному из пп. 63-66 или набора или набора компонентов по п. 67.
70. Способ получения адаптированной РНК, где способ включат стадии, на которых
а) необязательно определяют общее количество нуклеотидов в исходной последовательности РНК;
б) определяют количество нуклеотидов А и/или U в исходной последовательности РНК;
в) определяют кодоны в исходной последовательности РНК, которые можно заменять по меньшей мере одним альтернативным кодоном без изменения кодируемой аминокислотной последовательности;
г) доводят количество нуклеотидов А и/или U в последовательности РНК до предварительно установленного количества нуклеотидов А и/или U путем замены по меньшей мере одного исходного кодона на альтернативный кодон, где альтернативный кодон кодирует такую же аминокислоту, что и исходный кодон, и дополнительно характеризуется более высоким содержанием нуклеотидов А и/или U; и
д) необязательно получают РНК, предпочтительно с помощью транскрипции in vitro.