СПОСОБЫ И СИСТЕМЫ ДЛЯ СРЕДСТВ ПЛАНИРОВАНИЯ ЭКСПЕРИМЕНТОВ ЦИФРОВОЙ ПЦР

1. Способ проектирования эксперимента цифровой ПЦР (цПЦР-эксперимента), включающий:
получение от пользователя выбора типа оптимизации;
получение от пользователя показателя точности для эксперимента;
получение от пользователя минимальной концентрации мишени в сайте реакции для эксперимента;
определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента для данного эксперимента на основе типа оптимизации; и
отображение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента для пользователя.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой максимизацию динамического диапазона.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой минимизацию количества субстратов, причем каждый субстрат содержит заранее определенное количество сайтов реакции.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой расчет коэффициента разведения.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой расчет нижнего предела обнаружения.
6. Способ по п. 1, который дополнительно включает:
получение от пользователя информации о рабочем растворе, используемом в эксперименте;
7. Способ по п. 6, который дополнительно включает:
определение коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси; и
отображение коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси для пользователя.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает динамический диапазон при одном разведении.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает минимальный и максимальный диапазон обнаружения при одном разведении.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает динамический диапазон при нескольких разведениях.
11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает минимальный и максимальный диапазон обнаружения при нескольких разведениях.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на волюметрической изменчивости.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на моделях ложноположительных и ложноотрицательных результатов.
14. Способ по п. 1, отличающийся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на ожидаемых выпадениях реакций.
15. Энергонезависимый машиночитаемый носитель, содержащий инструкции, которые могут быть выполнены процессором, в том числе инструкции по:
получению от пользователя выбора типа оптимизации;
получению от пользователя показателя точности для эксперимента;
получению от пользователя минимальной концентрации мишени в сайте реакции для эксперимента;
определению набора факторов планирования цПЦР-эксперимента на основе от типа оптимизации; и
отображению набора факторов планирования цПЦР-эксперимента для пользователя.
16. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой максимизацию динамического диапазона.
17. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой минимизацию количества субстратов, причем каждый субстрат содержит заранее определенное количество сайтов реакции.
18. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой расчет коэффициента разведения.
19. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что тип оптимизации представляет собой расчет нижнего предела обнаружения.
20. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что дополнительно содержит инструкции по:
получению от пользователя информации о рабочем растворе, используемом в эксперименте;
21. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 20, отличающийся тем, что дополнительно содержит:
определение коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси; и
отображение коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси для пользователя.
22. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает динамический диапазон при одном разведении.
23. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает минимальный и максимальный диапазон обнаружения при одном разведении.
24. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает динамический диапазон при нескольких разведениях.
25. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает минимальный и максимальный диапазон обнаружения при нескольких разведениях.
26. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на волюметрической изменчивости.
27. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на моделях ложноположительных и ложноотрицательных результатов.
28. Энергонезависимый машиночитаемый носитель по п. 15, отличающийся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на ожидаемых выпадениях реакций.
29. Система для разработки системы цифровой ПЦР, включающая:
процессор; и
память, содержащую инструкции, которые могут быть выполнены процессором, в том числе инструкции по:
получению от пользователя выбора типа оптимизации;
получению от пользователя показателя точности для эксперимента;
получению от пользователя минимальной концентрации мишени в сайты реакции для эксперимента;
определению набора факторов планирования цПЦР-эксперимента в зависимости от типа оптимизации; и
отображению набора факторов планирования цПЦР-эксперимента для пользователя.
30. Система по п. 29, отличающаяся тем, что тип оптимизации представляет собой максимизацию динамического диапазона.
31. Система по п. 29, отличающаяся тем, что тип оптимизации представляет собой минимизацию количества субстратов, причем каждый субстрат содержит заранее определенное количество сайтов реакции.
32. Система по п. 29, отличающаяся тем, что тип оптимизации представляет собой расчет коэффициента разведения.
33. Система по п. 29, отличающаяся тем, что тип оптимизации представляет собой расчет нижнего предела обнаружения.
34. Система по п. 29, дополнительно включающая инструкции по:
получению от пользователя информации о рабочем растворе, используемом в эксперименте;
35. Система по п. 34, дополнительно включающая инструкции по
определению коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси;
и отображению коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси для пользователя.
36. Система по п. 29, отличающаяся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает динамический диапазон при одном разведении.
37. Система по п. 29, отличающаяся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает минимальный и максимальный диапазон обнаружения при одном разведении.
38. Система по п. 29, отличающаяся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает динамический диапазон при нескольких разведениях.
39. Система по п. 29, отличающаяся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает минимальный и максимальный диапазон обнаружения при нескольких разведениях.
40. Система по п. 29, отличающаяся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на волюметрической изменчивости.
41. Система по п. 29, отличающаяся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на моделях ложных положительных и ложных отрицательных результатов.
42. Система по п. 29, отличающаяся тем, что определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента включает расчеты, основанные на ожидаемых выпадениях реакций.
43. Способ планирования эксперимента цифровой ПЦР (цПЦР-эксперимента), включающий:
получение от пользователя выбора типа данных о концентрации;
получение от пользователя информации о геноме для эксперимента;
получение от пользователя показателя нижнего предела обнаружения для эксперимента;
получение от пользователя желательного кратного изменения для эксперимента;
определение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента в зависимости от типа данных о концентрации; и
отображение набора факторов планирования цПЦР-эксперимента для пользователя.
44. Способ по п. 43, отличающийся тем, что набор факторов планирования цПЦР-эксперимента включает информацию о разведении аллеля дикого типа для эксперимента.
45. Способ по п. 43, отличающийся тем, что множество факторов планирования цПЦР-эксперимента включает количество субстратов, которое пользователь может использовать для эксперимента, причем каждый субстрат содержит известное количество сайтов реакции.
46. Способ по п. 43, отличающийся тем, что дополнительно включает:
получение от пользователя информации о рабочем растворе, используемом в эксперименте.
47. Способ по п. 46, отличающийся тем, что дополнительно включает:
определение коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси; и
отображение коэффициента разведения рабочего раствора до реакционной смеси для пользователя.