ЛЕЧЕНИЕ РАКА С ПРИМЕНЕНИЕМ ХИМЕРНОГО АНТИГЕННОГО РЕЦЕПТОРА В КОМБИНАЦИИ С ИНГИБИТОРОМ МОЛЕКУЛЫ, СПОСОБСТВУЮЩЕЙ ФЕНОТИПУ M2 МАКРОФАГА

1. Средство терапии CAR, содержащее клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, химерный антигенный рецептор (CAR), для применения в комбинации с ингибитором молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, в лечении субъекта, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, где CAR содержит домен, связывающий опухолевый антиген, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен.
2. Способ лечения субъекта, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, предусматривающий введение субъекту:
(i) средства терапии CAR, содержащего клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, химерный антигенный рецептор (CAR), где CAR содержит домен, связывающий опухолевый антиген, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен; и
(ii) ингибитора молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага.
3. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 1 или 2, где средство терапии CAR и ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, вводятся последовательно.
4. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–3, где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, вводится перед средством терапии CAR.
5. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–4, где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, и средство терапии CAR вводятся одновременно или параллельно.
6. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–5, где средство терапии CAR вводится в виде (а) одной инфузии или (b) множества инфузий (например, однократная доза разделена на множество инфузий), и где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, вводится в виде (а) однократной дозы или (b) многократных доз (например, первой и второй и необязательно одной или нескольких последующих доз).
7. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–6, где доза средства терапии CAR вводится после (например, через по меньшей мере 1 день, 2 дня, 3 дня, 4 дня, 5 дней, 6 дней, 7 дней, 1 неделю, 2 недели, 3 недели, 4 недели, 5 недель или больше) введения первой дозы ингибитора молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, например, но до введения второй дозы ингибитора.
8. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 1 или 5, где доза средства терапии CAR вводится параллельно (например, в течение 2 дней (например, в течение 2 дней, 1 дня, 24 часов, 12 часов, 6 часов, 4 часов, 2 часов или меньше)) с введением первой дозы ингибитора молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага.
9. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 6–8, где одна или несколько последующих доз ингибитора молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, вводится после второй дозы ингибитора молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага.
10. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–9, где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, вводится в более чем одной дозе, и при этом дозы вводятся два раза в день (BID), один раз в день, один раз в неделю, один раз в 14 дней или один раз в месяц.
11. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–10, где введение ингибитора молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, предусматривает многократные дозы, предусматривающие продолжительность по меньшей мере 7 дней, например, по меньшей мере 7 дней, 8 дней, 9 дней, 10 дней, 1 неделю, 2 недели, 3 недели, 4 недели, 5 недель, 6 недель, 1 месяц, 2 месяца, 3 месяца, 4 месяца, 5 месяцев, 6 месяцев, 7 месяцев, 8 месяцев или больше.
12. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–11, где средство терапии CAR вводится в дозе, составляющей по меньшей мере приблизительно 5×106, 1×107, 1,5×107, 2×107, 2,5×107, 3×107, 3,5×107, 4×107, 5×107, 1×108, 1,5×108, 2×108, 2,5×108, 3×108, 3,5×108, 4×108, 5×108, 1×109, 2×109 или 5×109 клеток, например, CAR–положительных клеток.
13. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–12, где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, представляет собой ингибитор IL–13, ингибитор IL–4, ингибитор IL–13Rα1, ингибитор IL–4Rα, ингибитор IL–10, ингибитор CSF–1, ингибитор TGF–бета, ингибитор JAK2, молекулу клеточной поверхности, оксид железа, низкомолекулярный ингибитор, ингибитор PI3K, ингибитор HDAC, ингибитор гликолитического пути, антиоксидант, нацеленный на митохондрии, или их комбинации.
14. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 13, где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, представляет собой малую молекулу, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, белок (например, слитый белок), нуклеиновую кислоту (например, shRNA или siRNA) или систему редактирования генов.
15. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 13, где ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.
16. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–15, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, связывает CD123.
17. Средство терапии CAR, содержащее клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, химерный антигенный рецептор (CAR), для применения в комбинации со средством нацеленной на опухоль терапии в лечении субъекта, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, где
(i) CAR содержит домен, связывающий опухолевый антиген, который связывает CD123 (CAR для CD123), трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен; и
(ii) средство нацеленной на опухоль терапии предусматривает второе средство терапии CAR, которое содержит клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, CAR, содержащий домен, связывающий опухолевый антиген, который связывается с опухолевым антигеном, отличным от CD123 (например, CAR, который связывается с антигеном солидной опухоли или антигеном гематологической опухоли, отличными от CD123),
где CAR для CD123 вводится в количестве и/или в течение времени, достаточных для того, чтобы привести к подавлению активности макрофагов М2.
18. Способ лечения субъекта, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, предусматривающий введение субъекту:
(i) средства терапии CAR, содержащего клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, химерный антигенный рецептор (CAR), где CAR содержит домен, связывающий опухолевый антиген, который связывает CD123 (CAR для CD123), трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен; и
(ii) средства нацеленной на опухоль терапии, где средство нацеленной на опухоль терапии предусматривает второе средство терапии CAR, которое содержит клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, CAR, содержащий домен, связывающий опухолевый антиген, который связывается с опухолевым антигеном, отличным от CD123 (например, CAR, который связывается с антигеном солидной опухоли или антигеном гематологической опухоли, отличными от CD123),
где CAR для CD123 вводят в количестве и/или в течение времени, достаточных для того, чтобы привести к подавлению активности макрофагов М2.
19. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 17 или 18, где подавление активности макрофагов М2 предусматривает подавление поляризации макрофага до фенотипа М2 и/или обращение фенотипа макрофага М2.
20. Средство терапии CAR для применения по любому из пп. 17–19, где домен, связывающий опухолевый антиген, второго средства терапии CAR связывается с CD19, мезотелином или EGFRviii.
21. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 16–20, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, который связывается с CD123, содержит область 1, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR1 HC), область 2, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR2 HC) и область 3, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR3 HC) с любой аминокислотной последовательностью тяжелой цепи CD123–связывающего домена, указанной в таблице 16, таблице 18, таблице 20, таблице 22, таблице 24, таблице 25, таблице 26, таблице 27 или таблице 28; и
область 1, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR1 LC), область 2, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR2 LC) и область 3, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR3 LC) с любой аминокислотной последовательностью легкой цепи CD123–связывающего домена, указанной в таблице 17, таблице 19, таблице 21, таблице 23, таблице 24, таблице 25, таблице 26, таблице 27 или таблице 28.
22. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 16–21, где CD123–связывающий домен содержит аминокислотную последовательность CD123–связывающего домена (например, scFv), указанную в таблице 26, таблице 27 или таблице 28.
23. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 16–22, где CAR содержит (например, состоит из) аминокислотную последовательность CAR, указанную в таблице 26 или таблице 27.
24. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–15, п. 17 или 18, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, связывает мезотелин.
25. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 24, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, содержит область 1, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR1 HC), область 2, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR2 HC) и область 3, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR3 HC) с любой аминокислотной последовательностью тяжелой цепи мезотелин–связывающего домена, указанной в таблице 2, таблице 3 или таблице 11; и
область 1, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR1 LC), область 2, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR2 LC) и область 3, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR3 LC) с любой аминокислотной последовательностью легкой цепи мезотелин–связывающего домена, указанной в таблице 2, таблице 4 или таблице 11.
26. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 24 или 25, где мезотелин–связывающий домен содержит аминокислотную последовательность мезотелин–связывающего домена (например, scFv), указанную в таблице 2 или таблице 11.
27. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 24–26, где CAR содержит (например, состоит из) аминокислотную последовательность CAR, указанную в таблице 11.
28. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–15, п. 17 или 18, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, связывает EGFRvIII.
29. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 28, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, содержит область 1, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR1 HC), область 2, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR2 HC) и область 3, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR3 HC) с любой аминокислотной последовательностью тяжелой цепи EGFRvIII–связывающего домена, указанной в таблице 5; и
область 1, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR1 LC), область 2, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR2 LC) и область 3, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR3 LC) с любой аминокислотной последовательностью легкой цепи EGFRvIII–связывающего домена, указанной в таблице 5.
30. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 28 или 29, где EGFRvIII–связывающий домен содержит аминокислотную последовательность EGFRvIII–связывающего домена (например, scFv), указанную в таблице 5.
31. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 28–30, где CAR содержит (например, состоит из) аминокислотную последовательность CAR, указанную в таблице 30.
32. Средство терапии CAR для применения или способ по пп. 1–15, п. 17 или 18, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, связывает CD19.
33. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 32, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, содержит область 1, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR1 HC), область 2, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR2 HC) и область 3, определяющую комплементарность, тяжелой цепи (CDR3 HC) с любой аминокислотной последовательностью тяжелой цепи CD19–связывающего домена, указанной в таблице 6, таблице 7 или таблице 9; и
область 1, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR1 LC), область 2, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR2 LC) и область 3, определяющую комплементарность, легкой цепи (CDR3 LC) с любой аминокислотной последовательностью легкой цепи CD19–связывающего домена, указанной в таблице 6, таблице 8 или таблице 9.
34. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 32 или 33, где CD19–связывающий домен содержит аминокислотную последовательность CD19–связывающего домена (например, scFv), указанную в таблице 6 или таблице 9.
35. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 32–34, где CD19–связывающий домен содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 83; SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85; SEQ ID NO: 86; SEQ ID NO: 87; SEQ ID NO: 88; SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 92, SEQ ID NO: 93, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 95, и SEQ ID NO: 112.
36. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из предыдущих пунктов, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, связывает антиген солидной опухоли.
37. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из предыдущих пунктов, где домен CAR, связывающий опухолевый антиген, связывает антиген, экспрессируемый опухолью, ассоциированной с опухоль–ассоциированными макрофагами (TAM) и/или супрессорными клетками миелоидного происхождения (MDSC).
38. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 36 или  37, где антиген солидной опухоли или антиген, экспрессируемый опухолью, ассоциированной с опухоль–ассоциированными макрофагами (TAM) и/или супрессорными клетками миелоидного происхождения (MDSC), представляет собой CD123, EGFRvIII, мезотелин, GD2, Tn–антиген, sTn–антиген, Tn–O–гликопептиды, sTn–O–гликопептиды, PSMA, CD97, TAG72, CD44v6, CEA, EPCAM, KIT, IL–13Ra2, легуман, GD3, CD171, IL–11Ra, PSCA, MAD–CT–1, MAD–CT–2, VEGFR2, LewisY, CD24, PDGFR–бета, SSEA–4, рецептор фолиевой кислоты альфа, ERBB (например, ERBB2), Her2/neu, MUC1, EGFR, NCAM, эфрин B2, CAIX, LMP2, sLe, HMWMAA, o–ацетил–GD2, рецептор фолиевой кислоты бета, TEM1/CD248, TEM7R, FAP, легумаин, E6 или E7 HPV, ML–IAP, CLDN6, TSHR, GPRC5D, ALK, полисиаловую кислоту, Fos–родственный антиген, нейтрофильную эластазу, TRP–2, CYP1B1, белок 17 сперматозоидов, бета–субъединицу хорионического гонадотропина человека, AFP, тироглобулин, PLAC1, globoH, RAGE1, MN–CA IX, обратную транскриптазу теломеразы человека, кишечную карбоксилэстеразу, mut hsp 70–2, NA–17, NY–BR–1, UPK2, HAVCR1, ADRB3, PANX3, NY–ESO–1, GPR20, Ly6k, OR51E2, TARP, GFRα4 или пептид любого из этих антигенов, представленный на MHC.
39. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из предыдущих пунктов, где внутриклеточный сигнальный домен содержит первичный сигнальный домен, содержащий стимулирующий домен CD3–дзета.
40. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из предыдущих пунктов, где внутриклеточный сигнальный домен содержит костимулирующий домен, который представляет собой внутриклеточный домен костимулирующего белка, выбранного из группы, состоящей из CD27, CD28, 4–1BB (CD137), OX40, GITR, CD30, CD40, ICOS, BAFFR, HVEM, ICAM–1, антигена–1, связанного с функцией лимфоцитов (LFA–1), CD2, CDS, CD7, CD287, LIGHT, NKG2C, NKG2D, SLAMF7, NKp80, NKp30, NKp44, NKp46, CD160, B7–H3 и лиганда, который специфично связывается с CD83.
41. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 40, где костимулирующий домен предусматривает внутриклеточный домен 4–1BB.
42. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 40, где костимулирующий домен предусматривает внутриклеточный домен CD28.
43. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 40–42, где внутриклеточный сигнальный домен содержит два костимулирующих домена, например, костимулирующий домен 4–1BB и костимулирующий домен CD28.
44. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из предыдущих пунктов, где заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, представляет собой рак.
45. Способ по п. 44, где рак представляет собой лимфому Ходжкина.
46. Способ по п. 44, где рак представляет собой солидный рак.
47. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из предыдущих пунктов, где клетка, содержащая CAR, содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую CAR.
48. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 47, где нуклеиновая кислота, кодирующая CAR, представляет собой лентивирусный вектор.
49. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 47 или 48, где нуклеиновая кислота, кодирующая CAR, вводится в клетки посредством лентивирусной трансдукции.
50. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 47–49, где нуклеиновая кислота, кодирующая CAR, представляет собой РНК, например, РНК, транскрибированную in vitro.
51. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 47–50, где нуклеиновая кислота, кодирующая CAR, вводится в клетки посредством электропорации.
52. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–51, где клетка представляет собой Т–клетку или NK–клетку.
53. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 52, где Т–клетка представляет собой аутологичную или аллогенную Т–клетку.
54. Средство терапии CAR для применения или способ по любому из пп. 1–53, где субъектом является млекопитающее, например, человек.
55. Средство терапии CAR для применения или способ по пп. 17–54, где средство терапии CAR для CD123 и средство нацеленной на опухоль терапии вводятся последовательно, одновременно или параллельно.
56. Средство терапии CAR для применения или способ по пп. 17–55, где средство терапии CAR для CD123 вводится до средства нацеленной на опухоль терапии.
57. Средство терапии CAR для применения или способ по п. 56, где средство терапии CAR для CD123 вводится за по меньшей мере 5 дней, по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 10 дней, по меньшей мере 15 дней, по меньшей мере 20 дней, по меньшей мере 1 месяц, по меньшей мере 2 месяца, по меньшей мере 3 месяца, по меньшей мере 4 месяца, по меньшей мере 5 месяцев, по меньшей мере 6 месяцев, по меньшей мере 7 месяцев, по меньшей мере 8 месяцев, по меньшей мере 9 месяцев или по меньшей мере 10 месяцев до введения средства нацеленной на опухоль терапии. .
58. Средство терапии CAR для применения или способ по пп. 17–57, где средство терапии CAR для CD123 вводится в виде (а) одной инфузии или (b) множества инфузий (например, однократная доза разделена на множество инфузий), и где средство нацеленной на опухоль терапии вводится в виде (а) однократной дозы или (b) многократных доз (например, первой и второй и необязательно одной или нескольких последующих доз).
59. Средство терапии CAR для применения или способ по пп. 17–58, где средство терапии CAR или средство нацеленной на опухоль терапии вводятся в дозе, составляющей по меньшей мере приблизительно 5×106, 1×107, 1,5×107, 2×107, 2,5×107, 3×107, 3,5×107, 4×107, 5×107, 1×108, 1,5×108, 2×108, 2,5×108, 3×108, 3,5×108, 4×108, 5×108, 1×109, 2×109 или 5×109 клеток, например, CAR–положительных клеток.
60. Средство терапии CAR для применения или способ по пп. 17–60, где средство терапии CAR и средство нацеленной на опухоль терапии составлены в виде фармацевтической композиции.
61. Фармацевтическая композиция, содержащая (i) клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, химерный антигенный рецептор (CAR), где CAR содержит домен, связывающий опухолевый антиген, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен; и (ii) ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага.
62. Фармацевтическая композиция, содержащая (i) клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток, содержащих, например экспрессирующих, химерный антигенный рецептор (CAR), где CAR содержит домен, связывающий опухолевый антиген, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен; и (ii) ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, для применения в лечении заболевания или нарушения.
63. Способ стимуляции опосредованного Т–клетками иммунного ответа на клетку солидной опухоли у млекопитающего, при этом способ предусматривает введение млекопитающему эффективного количества композиции по п. 61.
64. Способ обеспечения иммунитета в отношении солидной опухоли у млекопитающего, предусматривающий введение млекопитающему эффективного количества композиции по п. 61.
65. Способ лечения млекопитающего, имеющего заболевание, ассоциированное с экспрессией антигена солидной опухоли, при этом указанный способ предусматривает введение эффективного количества композиции по п. 61.
66. Способ по любому из пп. 63–65, где клетка, например, популяция иммунных эффекторных клеток, и ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, предусмотрены для раздельного введения (например, в двух отдельных композициях).
67. Способ по любому из пп. 63–65, где клетка, например, популяция иммунных эффекторных клеток, и ингибитор молекулы, способствующей фенотипу M2 макрофага, предусмотрены для одновременного введения (например, в одной композиции).