ТЕСТ-СИСТЕМА ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ВИРУСА ГЕПАТИТА С

1. Тест-система для генотипирования вируса гепатита С, представляющая собой процедуру идентификации генотипа и подтипа ВГС, включающую следующие стадии:
(а) обратную транскрипцию, совмещенную с ПЦР (ОТ-ПЦР), с использованием вирусной РНК в качестве матрицы и первой пары праймеров, специфичных к фрагменту 5'-нетранслируемой области генома ВГС;
(б) асимметричную амплификацию фрагмента 5'-нетранслируемой области генома ВГС с использованием в качестве матрицы продукта ОТ-ПЦР, полученного на стадии (а), второй пары специфичных праймеров и смеси четырех дезоксинуклеозидтрифосфатов, в которой один из четырех дезоксинуклеозидтрифосфатов является флуоресцентно меченым, в качестве субстрата, с получением преимущественно одноцепочечного флуоресцентно меченого фрагмента;
(в) обеспечение олигонуклеотидного микрочипа для идентификации генотипа и подтипа ВГС, представляющего собой подложку, содержащую множество дискретных элементов, в каждом из которых иммобилизован уникальный олигонуклеотидный зонд, имеющий последовательность, комплементарную последовательности одноцепочечного фрагмента, полученного на стадии (б), и выбранную из группы, включающей: а) генотипспецифичные для каждого из генотипов ВГС последовательности фрагмента 5'-нетранслируемой области и б) подтипспецифичные для каждого из подтипов ВГС последовательности фрагмента 5'-нетранслируемой области;
(г) гибридизацию амплифицированного меченого продукта, полученного на стадии (б), на олигонуклеотидном микрочипе с образованием дуплексов с иммобилизованными зондами в условиях, обеспечивающих разрешение в один нуклеотид между образующимися в результате гибридизации совершенными и несовершенными дуплексами;
(д) регистрацию и интерпретацию результатов гибридизации.
2. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что на стадии (а) используют первую пару специфичных праймеров, последовательности которых представлены SEQ ID NO:53 и 54.
3. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что на стадии (б) используют вторую пару специфичных праймеров, последовательности которых представлены SEQ ID NO:55 и 56.
4. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что на стадии (б) один из праймеров второй пары используют, по меньшей мере, в десятикратном молярном избытке по отношению ко второму праймеру.
5. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что на стадии (б) в качестве флуоресцентно меченого дезоксинуклеозидтрифосфата используют флуоресцентно меченый дезоксиуридинтрифосфат.
6. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что биологический микрочип представляет собой микрочип на основе гидрогелевых ячеек, полученный способом химически или фотоиндуцируемой сополимеризации.
7. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что микрочип содержит набор иммобилизованных олигонуклеотидов, последовательности которых представлены SEQ ID NO:1-52.
8. Тест-система по п.1, характеризующаяся тем, что регистрацию результатов на стадии (д) проводят с помощью портативного анализатора флуоресценции и программного обеспечения, что позволяет использовать программную обработку интенсивностей сигналов с последующей интерпретацией результатов.
9. Тест-система по п.1, в которой интерпретацию зарегистрированных результатов на стадии (д) проводят в два этапа: на первом этапе анализируют сигналы в элементах микрочипа, содержащих олигонуклеотидные зонды, специфичные к генотипам ВГС, тем самым идентифицируя генотип исследуемого образца; в случае идентификации генотипа на втором этапе анализируют только элементы микрочипа, содержащие олигонуклеотидные зонды, специфичные к подтипам идентифицированного генотипа, независимо от наличия сигналов в элементах, содержащих зонды, специфичные к подтипам других генотипов.
10. Тест-система по п.1, дополнительно предназначенная для оценки и прогнозирования тяжести протекания заболевания (острый/хронический цирроз, вероятность развития рака печени), определения терапевтической дозы лекарственных препаратов и длительности курса терапии, и/или эпидемиологического генотипирования на основе проведенной интерпретации результатов гибридизации.