АНТИ-CLL1-СПЕЦИФИЧЕСКИЕ ОДНОЦЕПОЧЕЧНЫЕ ХИМЕРНЫЕ АНТИГЕННЫЕ РЕЦЕПТОРЫ (scCAR) ДЛЯ ИММУНОТЕРАПИИ РАКА

1. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор (анти-CLL1 CAR), который содержит по меньшей мере:
- внеклеточный лигандсвязывающий домен анти-CLL1,
- трансмембранный домен, и
- цитоплазматический сигнальный домен.
2. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по п. 1, дополнительно содержащий костимуляторный домен.
3. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по п. 1, дополнительно содержащий костимуляторный домен CD28 или 4-1ВВ.
4. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-3, в котором трансмембранный домен представляет собой трансмембранный домен CD8α.
5. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-4, дополнительно содержащий шарнирную область.
6. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-5, в котором указанный цитоплазматический сигнальный домен представляет собой активирующий Т-клетку домен.
7. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-6, где указанный химерный антигенный рецептор экспрессируется в форме единичного полипептида.
8. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-7, в котором указанный внеклеточный лигандсвязывающий домен происходит из моноклонального антитела к CLL1.
9. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по п. 8, в котором внеклеточный лигандсвязывающий домен содержит CDR из VH- и VL-доменов моноклонального(ых) антитела(л) к CLL1.
10. CLL1-специфический химерный антигенный рецептор по п. 9, в котором указанные CDR выбраны из SEQ ID NO: 109-190.
11. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-10, который имеет одну из полипептидных структур, выбранных из V1, V3 и V5, которые проиллюстрированы на фиг. 2, где указанная структура содержит внеклеточный лигандсвязывающий домен, который содержит VH и VL из моноклонального антитела к CLL1, шарнир, трансмембранный домен CD8α, цитоплазматический домен, включающий сигнальный домен CD3дзета и костимуляторный домен из 4-1ВВ.
12. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-11, в котором указанная структура V1 содержит шарнир FcγRIIIα и трансмембранный домен CD8α.
13. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-11, в котором указанная структура V3 содержит шарнир CD8α и трансмембранный домен CD8α.
14. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-11, в котором указанная структура V5 содержит шарнир IgG1 и трансмембранный домен CD8α.
15. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-14, в котором указанные VH и VL идентичны по меньшей мере на 80% полипептидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 11-34.
16. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-15, в котором костимуляторный домен из 4-1BB идентичен по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 8.
17. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-16, в котором указанный сигнальный домен CD3дзета идентичен по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 9.
18. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-12 или 15-17, в котором указанный шарнир FcγRIIIα идентичен по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 3.
19. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-11, 13 или 15-17, в котором указанный шарнир CD8α идентичен по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 4.
20. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-11 или 14-19, в котором указанный шарнир IgG1 идентичен по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 5.
21. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-20, в котором указанный трансмембранный домен CD8α идентичен по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 6.
22. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-21, который дополнительно содержит другой внеклеточный лигандсвязывающий домен, не обладающий специфичностью в отношении CLL1.
23. CLL1-специфический scCAR, имеющий структуру V1, по одному из пп. 1-12, 15-17 или 21-22, который содержит полипептидную последовательность, идентичную по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 35, 41, 47, 53, 59, 65, 71, 77, 83, 89, 95, 101 или 107.
24. CLL1-специфический scCAR, имеющий структуру V3, по одному из пп. 1-11, 13, 15-17 или 21-22, который содержит полипептидную последовательность, идентичную по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 37, 43, 49, 55, 61, 67, 73, 79, 85, 91, 97, 103 или 109.
25. CLL1-специфический scCAR, имеющий структуру V5, по одному из пп. 1-11, 14-19 или 21-22, который содержит полипептидную последовательность, идентичную по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 39, 45, 51, 57, 63, 69, 75, 81, 87, 93, 99, 105 или 111.
26. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-25, дополнительно содержащий сигнальный пептид.
27. CLL1-специфический scCAR по п. 26, в котором указанный сигнальный пептид имеет последовательность, идентичную по меньшей мере на 80% SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2.
28. CLL1-специфический scCAR по одному из пп. 1-27, в котором внеклеточный связывающий домен содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 МАт-специфических эпитопов.
29. Полипептид по одному из пп. 1-28, в котором внеклеточный связывающий домен содержит 1, 2, 3 или 4 МАт-специфических эпитопа.
30. Полипептид по одному из пп. 1-29, в котором внеклеточный связывающий домен содержит 2, 3 или 4 МАт-специфических эпитопа.
31. Полипептид по одному из пп. 1-30, в котором внеклеточный связывающий домен содержит следующую последовательность:
1
1
2
x
x
V-L-V-(L)-эпитоп1-(L)-;
1
1
2
x
x
x
V-L-V-(L)-эпитоп1-(L)-эпитоп2-(L)-;
1
1
2
x
x
x
x
V-L-V-(L)-эпитоп1-(L)-эпитоп2-(L)-эпитоп3-(L)-;
x
x
1
1
2
(L)-эпитоп1-(L)-V-L-V;
x
x
x
1
1
2
(L)-эпитоп1-(L)-эпитоп2-(L)-V-L-V;
x
x
x
1
1
2
эпитоп1-(L)-эпитоп2-(L)-эпитоп3-(L)-V-L-V;
x
x
1
1
2
x
x
(L)-эпитоп1-(L)-V-L-V-(L)-эпитоп2-(L);
x
x
1
1
2
x
x
x
(L)-эпитоп1-(L)-V-L-V-(L)-эпитоп2-(L)-эпитоп3-(L)-;
x
x
1
1
2
x
x
x
x
(L)-эпитоп1-(L)-V-L-V-(L)-эпитоп2-(L)-эпитоп3-(L)-эпитоп4-(L)-;
x
x
x
1
1
2
x
x
(L)-эпитоп1-(L)-эпитоп2-(L)-V-L-V-(L)-эпитоп3-(L)-;
x
x
x
1
1
2
x
x
x
(L)-эпитоп1-(L)-эпитоп2-(L)-V-L-V-(L)-эпитоп3-(L)-эпитоп4-(L)-;
1
x
x
2
V-(L)-эпитоп1-(L)-V;
1
x
x
2
x
x
V-(L)-эпитоп1-(L)-V-(L)-эпитоп2-(L);
1
x
x
2
x
x
x
V-(L)-эпитоп1-(L)-V-(L)-эпитоп2-(L)-эпитоп3-(L);
1
x
x
2
x
x
x
x
V-(L)-эпитоп1-(L)-V-(L)-эпитоп2-(L)-эпитоп3-(L)-эпитоп4-(L);
x
x
1
x
x
2
(L)-эпитоп1-(L)-V-(L)-эпитоп2-(L)-V; или
x
x
1
x
x
2
x
x
(L)-эпитоп1-(L)-V-(L)-эпитоп2-(L)-V-(L)-эпитоп3-(L);
где:
1
L
2
H
1
H
2
L
V обозначает V и V обозначает V или V обозначает V и V обозначает V;
1
H
L
L обозначает линкер, который можно применять для связи V-цепи с V-цепью;
L обозначает линкер, содержащий глициновые и сериновые остатки, и каждый из присутствующих во внеклеточном связывающем домене L может быть идентичен или отличаться от другого L, присутствующего в том же самом внеклеточном связывающем домене, и
x обозначает 0 или 1 и каждый из присутствующих x выбирают независимо от других; и
эпитоп 1, эпитоп 2 и эпитоп 3 представляют собой МАт-специфические эпитопы, и они могут быть идентичными или различными.
32. Полипептид по п. 31, в котором внеклеточный связывающий домен содержит следующую последовательность:
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
1
1
2
V-L-V-L-эпитоп1; V-L-V-L-эпитоп1-L; V-L-V-L-эпитоп1-L-эпитоп2; V-L-V-L-эпитоп1-L-эпитоп2-L; V-L-V-L-эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3; V-L-V-L-эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3-L; V-L-V-эпитоп1; V-L-V-эпитоп1-L; V-L-V-эпитоп1-L-эпитоп2; V-L-V-эпитоп1-L-эпитоп2-L; V-L-V-эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3; V-L-V-эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3-L; эпитоп1-V-L-V; эпитоп1-L-V-L-V; L-эпитоп1-V-L-V; L-эпитоп1-L-V-L-V; эпитоп1-L-эпитоп2-V-L-V; эпитоп1-L-эпитоп2-L-V-L-V; L-эпитоп1-L-эпитоп2-V-L-V; L-эпитоп1-L-эпитоп2-L-V-L-V; эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3-V-L-V; эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3-L-V-L-V; L-эпитоп1-L-эпитоп2-L-эпитоп3-V-L-V; L-эпитоп-L-эпитоп2-L-эпитоп3-L-V-L-V; V-L-эпитоп1-L-V; L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L-V; V-L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L; V-L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L-эпитоп3; V-L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-эпитоп3; V-L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L-эпитоп3-эпитоп4; L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L-V-L-эпитоп3-L; эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L-V-L-эпитоп3-L; L-эпитоп1-L-V-L-эпитоп2-L-V-L-эпитоп3; L-эпитоп1-L-V-L-V-L-эпитоп2-L; L-эпитоп1-L-V-L-V-L-эпитоп2-L-эпитоп3; L-эпитоп1-L-V-L-V-L-эпитоп2-эпитоп3 или эпитоп1-L-V-L-V-L-эпитоп2-L-эпитоп3-эпитоп4,
где:
1
L
2
H
1
H
2
L
V обозначает V и V обозначает V или V обозначает V и V обозначает V;
1
H
L
L обозначает любой линкер, который можно применять для связи V-цепи с V-цепью;
L обозначает линкер, содержащий глициновые и сериновые остатки, и каждый из присутствующих во внеклеточном связывающем домене L может быть идентичен или отличаться от другого L в том же самом внеклеточном связывающем домене, и
эпитоп 1, эпитоп 2 и эпитоп 3 представляют собой МАт-специфические эпитопы, и они могут быть идентичными или различными.
1
33. Полипептид по п. 31 или 32, в котором L обозначает линкер, содержащий глицин и/или серии.
1
n
n
34. Полипептид по п. 33, в котором L обозначает линкер, содержащий аминокислотную последовательность (Gly-Gly-Gly-Ser) или (Gly-Gly-Gly-Gly-Ser), где n обозначает 1, 2, 3, 4 или 5.
1
4
4
4
3
35. Полипептид по п. 34, в котором L обозначает линкер, содержащий аминокислотную последовательность (GLySer) или (GLySer).
36. Полипептид по одному из вариантов осуществления изобретения 31-35, в котором L обозначает линкер, содержащий глицин и/или серии.
37. Полипептид по п. 36, в котором L обозначает линкер, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из SGG, GGS, SGGS, SSGGS, GGGG, SGGGG, GGGGS, SGGGGS, GGGGGS, SGGGGGS, SGGGGG, GSGGGGS, GGGGGGGS, SGGGGGGG, SGGGGGGGS или SGGGGSGGGGS.
38. Полипептид по п. 37, в котором L обозначает SGGGG, GGGGS или SGGGGS.
39. Полипептид по одному из пп. 31-38, в котором эпитоп 1, эпитоп 2, эпитоп 3 и эпитоп 4 независимо выбирают из МАт-специфических эпитопов, которые специфически распознаются ибритумомабом, тиоксетаном, муромонабом-CD3, тозитумомабом, абциксимабом, базиликсимабом, брентуксимабом ведотином, цетуксимабом, инфликсимабом, ритуксимабом, алемтузумабом, бевацизумабом, цертолизумаба пеголом, даклизумабом, экулизумабом, эфализумабом, гемтузумабом, натализумабом, омализумабом, паливизумабом, ранибизумабом, тоцилизумабом, трастузумабом, ведолизумабом, адалимумабом, белимумабом, канакинумабом, деносумабом, голимумабом, ипилимумабом, офатумумабом, панитумумабом, QBEND-10, алемтузумабом или устекинумабом.
40. Полипептид по одному из пп. 31-38, в котором эпитоп 1, эпитоп 2, эпитоп 3 и эпитоп 4 независимо выбраны из МАт-специфических эпитопов, которые имеют аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 193, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 195, SEQ ID NO: 196, SEQ ID NO: 197, SEQ ID NO: 198 или SEQ ID NO: 199.
41. Полипептид по одному из пп. 31-40, в котором эпитоп 1 представляет собой МАт-специфический эпитоп, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 113.
42. Полипептид по одному из пп. 31-41, в котором эпитоп 2 представляет собой МАт-специфический эпитоп, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 113.
43. Полипептид по одному из пп. 31-42, в котором эпитоп 3 представляет собой МАт-специфический эпитоп, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 198 или SEQ ID NO: 199.
44. Полипептид по одному из пп. 31-43, в котором эпитоп 4 представляет собой МАт-специфический эпитоп, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 113.
45. Полинуклеотид, кодирующий химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-44.
46. Экспрессионный вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п. 45.
47. Сконструированная лимфоидная иммунная клетка, экспрессирующая на поверхности клеточной мембраны анти-CLL1 CAR по одному из пп. 1-44.
48. Сконструированная лимфоидная иммунная клетка по п. 41, происходящая из воспалительных Т-лимфоцитов, цитотоксических Т-лимфоцитов, регуляторных Т-лимфоцитов или хелперных Т-лимфоцитов.
49. Сконструированная иммунная клетка по п. 47 или 48, предназначенная для применения в терапии.
50. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 41-43, предназначенная для применения в терапии, где пациент представляет собой человека.
51. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 47-50, предназначенная для применения в терапии, где состояние представляет собой предзлокачественное или злокачественное связанное с раком состояние, отличающееся присутствием экспрессирующих CLL1 клеток.
52. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 47-51, предназначенная для применения в терапии, где состояние представляет собой состояние, отличающееся избыточным количеством экспрессирующих CLL1 клеток.
53. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 51-52, предназначенная для применения в терапии, где состояние представляет собой связанное с гематологическим раком состояние.
54. Сконструированная иммунная клетка по п. 53, предназначенная для применения в терапии, где связанное с гематологическим раком состояние представляет собой лейкоз.
55. Сконструированная иммунная клетка по п. 54, предназначенная для применения в терапии, где лейкоз представляет собой острый миелогенный лейкоз (AML).
56. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 47-55, где экспрессия TCR подавляется в указанной иммунной клетке.
57. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 47-55, где экспрессия по меньшей мере одного белка ГКГС, предпочтительно β2m или HLA, ингибируется или подавляется в указанной иммунной клетке.
58. Сконструированная иммунная клетка по одному из пп. 47-57, где указанная клетка изменена в результате мутации для придания устойчивости по меньшей мере к одному иммуносупрессорному или химиотерапевтическому лекарственному средству.
59. Способ ослабления клетки гематологического рака, включающий приведение в контакт указанной клетки со сконструированной клеткой по одному из пп. 47-58 в количестве, эффективном для ослабления указанной раковой клетки.
60. Способ конструирования иммунной клетки, включающий:
(а) получение иммунной клетки,
(б) экспрессию на поверхности указанной клетки по меньшей мере одного CLL1-специфического одноцепочечного химерного антигенного рецептора по одному из пп. 1-44.
61. Способ конструированная иммунной клетки по п. 60, включающий:
(а) получение иммунной клетки,
(б) интродукцию в указанную клетку по меньшей мере одного полинуклеотида, который кодирует указанный CLL1-специфический одноцепочечный химерный антигенный рецептор,
(в) экспрессию указанного полинуклеотида в указанной клетке.
62. Способ конструированная иммунной клетки по п. 61, включающий:
(а) получение иммунной клетки,
(б) интродукцию в указанную клетку по меньшей мере одного полинуклеотида, который кодирует указанный CLL1-специфический одноцепочечный химерный антигенный рецептор,
(в) интродукцию по меньшей мере одного другого химерного антигенного рецептора, не специфического в отношении CLL1.
63. Способ лечения индивидуума, который нуждается в этом, включающий:
(а) получение иммунной клетки, экспрессирующей на поверхности анти-CLL1-специфический одноцепочечный химерный антигенный рецептор по одному из пп. 1-44;
(б) введение указанных иммунных клеток указанному пациенту.
64. Способ по п. 63, в котором иммунную клетку получают из организма донора.
65. Способ по п. 63, в котором указанную иммунную клетку получают из организма самого пациента.