СПОСОБ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО МОНИТОРИНГА ЦИРКУЛИРУЮЩИХ ШТАММОВ Bordetella pertussis

1. Способ молекулярно-генетического мониторинга циркулирующих штаммов Bordetella pertussis,предусматривающий выравнивание нуклеотидных последовательностей с помощью алгоритмов динамического программирования, введение секвенированных нуклеотидных последовательностей фрагментов генов B.pertussis,приведение данных к единому формату XML, вычисление попарных расстояний по алгоритму Нидлмана-Вунша и последующее рекурсивное построение дерева присоединения ближайших соседей, в ходе которого, узлы с наименьшим взаимным расстоянием исключаются из дальнейшего расчета, а на их место добавляется общий узел, дальнейшее выравнивание последовательностей по NJT с использованием алгоритма Нидлмана-Вунша и построение минимального остовного дерева на основе полученных данных по алгоритму Прима-Дейкстры.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что после построения минимального остовного дерева проводится анализ графа с целью определения филогенетических взаимосвязей между исследуемыми штаммами B.pertussis,выявления направления дальнейшего хода гипотетической эволюции возбудителя и оценки клонального состава популяции.