СПОСОБ ПРОВЕДЕНИЯ МУЛЬТИ-АНАЛИЗОВ РЕДКИХ КЛЕТОК, ЭКСТРАГИРОВАННЫХ ИЛИ ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБРАЗЦОВ ФИЛЬТРАЦИЕЙ

1. Способ идентификации, диагностики или обеспечения прогноза состояния, расстройства или заболевания, ассоциированного с редкими клетками, включающий:
(a) выделение или экстракцию редких клеток путем проведения биологического образца через фильтр и извлечение выделенных редких клеток на фильтре; где фильтр имеет размер пор, плотность пор и другие физические характеристики, которые позволяют удерживать редкие клетки, но которые не препятствуют прохождению других типов клеток;
(b) определение цитоморфологии выделенных или экстрагированных редких клеток, и/или иммуномечение выделенных редких клеток, и/или осуществление молекулярного анализа на выделенных редких клетках; и
(c) идентификацию, диагностику или обеспечение прогноза состояния, расстройства или заболевания и/или стадии состояния, расстройства или заболевания, ассоциированного с присутствием и/или количеством и/или характеристиками редких клеток на основании цитоморфологии, и/или иммуномечения и/или молекулярного анализа выделенных или экстрагированных редких клеток.
2. Способ по п. 1, в котором биологическим образцом является кровь, биологическая жидкость, слизь или образец, полученный из слизистой оболочки.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором образец, полученный из объекта, имеющего или предположительно имеющего или несущего плод с незлокачественным или неопухолевым состоянием или расстройством, включая генетическое заболевание или расстройство или заболевание, выбранное из группы, состоящей из воспалительного, дегенеративного, сердечнососудистого и инфекционного состояния, расстройства или заболевания.
4. Способ по п. 1 или 2, в котором биологический образец получают из объекта, который имеет злокачественную опухоль или незлокачественное пролиферативное состояние, расстройство или заболевание, или у которого подразумевается наличие или который имеет риск наличия незлокачественного пролиферативного состояния, расстройства или заболевания.
5. Способ по любому из пп. 1 или 2,
где биологический образец получают из объекта, у которого есть воспалительное и/или дегенеративное состояние, расстройство или заболевание, или у которого подразумевается наличие или имеется риск воспалительного и/или дегенеративного состояния, расстройства или заболевания; или
где биологический образец получен из объекта, который имеет сердечнососудистое состояние, расстройство или заболевание, или у которого подразумевается наличие или имеется риск наличия сердечнососудистого состояния, расстройства или заболевания, или
где биологический образец получают из объекта, у которого имеется инфекционное состояние, расстройство или заболевание, или у которого подразумевается наличие или имеется риск наличия инфекционного состояния, расстройства, или заболевания.
6. Способ по любому из пп. 1 или 2,
включающий (а) выделение или экстракцию редких клеток путем проведения биологического образца через поликарбонатный фильтр и извлечение выделенных или экстрагированных редких клеток на поликарбонатном фильтре; или
включающий (а) выделение или экстракцию редких клеток путем проведения биологического образца через PET (полиэтилен терефталат) фильтр и извлечение экстрагированных или выделенных редких клеток на PET (полиэтилен терефталат) фильтре.
7. Способ по любому из пп. 1 или 2, в котором редкие клетки, выделенные или экстрагированные фильтрацией, переносятся на подложку перед анализом как в (b) или для культивирования.
8. Способ по любому из пп. 1 или 2, в котором выделенные или экстрагированные редкие клетки культивируются перед (b).
9. Способ по любому из пп. 1 или 2,
в котором выделенные или экстрагированные редкие клетки фиксируются перед (b); или
где выделенные или экстрагированные редкие клетки окрашиваются или иммуноокрашиваются на фильтре перед (b).
10. Способ по любому из пп. 1 или 2, включающий (b) определение цитоморфологии выделенных или экстрагированных редких клеток.
11. Способ по любому из пп. 1 или 2, включающий (b) иммуномечение выделенных редких клеток.
12. Способ по любому из пп. 1 или 2, включающий (b) осуществление молекулярного анализа на выделенных редких клетках.
13. Способ по любому из пп. 1 или 2, включающий (b) молекулярный анализ ДНК, РНК, или микроРНК выделенных или экстрагированных редких клеток.
14. Способ по любому из пп. 1 или 2, включающий (b) молекулярный анализ белков, пептидов или полипептидов выделенных или экстрагированных редких клеток.
15. Способ обнаружения наличия или отсутствия редких клеток, включающий:
(а) выделение или экстракцию редких клеток путем проведения биологического образца через фильтр и извлечение выделенных редких клеток на фильтре; где фильтр имеет размер пор, плотность пор и другие физические характеристики, которые позволяют удерживать редкие клетки, но которые не препятствуют прохождению других типов клеток;
(b) необязательно, культивирование выделенных или экстрагированных редких клеток;
(c) необязательно, фиксирование или окрашивание выделенных или экстрагированных редких клеток или необязательно культивированных редких клеток;
(d) анализ выделенных или экстрагированных редких клеток из (а), (b) или (с) путем иммуномечения, и/или in situ молекулярного анализа и/или молекулярного анализа ДНК, РНК и/или микроРНК редких клеток, и/или молекулярного анализа белковых молекул редких клеток,
16. Способ по п. 15,
в котором выделенные или экстрагированные редкие клетки лизированы, и (d) включает обнаружение наличия или отсутствия мутаций ALK в лизированных редких клетках, где указанный способ дополнительно включает выбор лечения объекта, после эффективности лечения, или детекции устойчивости к лечению, основанном на наличии или отсутствии мутации ALK;
где выделенные или экстрагированные редкие клетки лизированы и (d) включает детекцию наличия или отсутствия K-RAS и/или EGFR мутации в лизированных редких клетках, где указанный способ дополнительно включает выбор лечения объекта, после эффективности лечения, или детекции устойчивости к лечению, основанном на наличии или отсутствии мутации K-RAS и/или EGFR;
где выделенные или экстрагированные редкие клетки лизированы и (d) включает детекцию наличия или отсутствия мутации B-RAF и/или HER2 в лизированных редких клетках, где указанный способ дополнительно включает выбор лечения объекта, после эффективности лечения, или детекции устойчивости к лечению, основанном на наличии или отсутствии мутаций B-RAF и/или HER2; или
где (d) включает анализ выделенных или экстрагированных редких клеток путем определения статуса эпителиально-мезенхимального перехода редких клеток; определение наличия у редких клеток сигнатуры генной экспрессии, ассоциированной с метастатическими или инвазивными клетками; или определения экспрессии редкими клетками детерминант, ассоциированных с метастазированием или инвазией.
17. Лечение персонализированной терапией, включающее повторение способа по п. 15 или 16 с использованием биологических образцов, полученных из одного и того же объекта в различные моменты времени;
где биологические образцы полученных от одного и того же пациента перед лечением и после лечения, в различные моменты времени в ходе лечения состояния, или в ходе различных схем лечения состояния, расстройства или заболевания, ассоциированного с редкими клетками;
где указанная персонализированная терапия может дополнительно включать (е) сравнение количества редких клеток между образцами, полученными в различные моменты времени для определения эффективности схемы лечения или для детекции устойчивости схемы лечения, где снижение относительного количества детектированных редких клеток указывает на относительную эффективность схемы лечения, и где увеличение относительного количества детектированных редких клеток указывает на устойчивость к лечению или неэффективность схемы лечения; и необязательно,
(f) выбор эффективного персонализированного таргетного лечения объекта на основании (е).
18. Способ по п. 15 или 16, дополнительно включающий оценку эффекта лекарственного средства-кандидата ил лечения-кандидата на молекулярные характеристики редких клеток, и выбор лекарственного средства или лечения, которое уменьшает количество редких клеток в объекте по сравнению с контролем, не получавшим лекарственного средства или лечения, и выбор лекарственного средства или лечения, которые уменьшают относительное количество редких клеток или модифицируют молекулярные или иммунологические характеристики редких клеток по сравнению с контролем.
19. Композиция, включающая одну или несколько редких клеток, выделенных или экстрагированных путем проведения биологического образца через фильтр и извлечение выделенных редких клеток на фильтре; где фильтр имеет размер пор, плотность пор или другие физические характеристики, которые позволяют удерживать редкие клетки, но которые не препятствуют прохождению других типов клеток.
20. Набор, содержащий, по меньшей мере, одно из:
один или несколько фильтров для экстракции или выделения редких клеток из биологической жидкости,
один или несколько буферов, разбавителей или других агентов для лечения биологической жидкости перед фильтрацией,
один или несколько буферов для суспендирования, отмывки или иной обработки редких клеток после того, как они были экстрагированы или выделены из биологической жидкости,
один или несколько трансферных буферов для переноса выделенных или экстрагированных редких клеток с фильтра на другую подложку,
один или несколько цитоморфологических и/или цитохимических окрашивающих реактивов или других клеточных красителей, или буферов для этого,
одно или несколько антител или других реактивов для иимуномечения редких клеток или буферов для этого,
один или несколько реактивов для in situ анализа редких клеток на фильтре или другой подложке,
один или несколько лизирующих агентов или лизирующих буферов для лизиса редких клеток,
одно или несколько антител или других реактивов для молекулярного анализа белков редких клеток, или буферов для этого.
один или несколько зондов, праймеров, нуклеотидов, ферментов или других реактивов для молекулярного анализа нуклеиновых кислот редких клеток, включая ПЦР,