МОДУЛЯЦИЯ СПЕЦИФИЧНОСТИ СТРУКТУРИРОВАННЫХ БЕЛКОВ

1. Пептидный лиганд, специфичный к человеческому калликреину, содержащий полипептид, включающий три реакционноспособные группы, разделенные двумя последовательностями петель, и молекулярный каркас, который образует ковалентные связи с указанными реакционноспособными группами полипептида таким образом, что две полипептидных петли образуются на указанном молекулярном каркасе, где указанные петли указанного пептидного лиганда содержат три, четыре или пять, но менее шести, аминокислот, и где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность FPYR.
2. Пептид по п.1, который включает последовательность CSFPYRCTHQDLC.
r
r
3. Пептидный лиганд по п.1, где первая петля содержит последовательность GxFPYRG.
4. Пептидный лиганд по п.3, где х представляет собой S или R.
5. Пептидный лиганд по п.1, где указанная реакционноспособная группа представляет собой цистеин.
6. Пептидный лиганд по п.1, который содержит один или более заместителей на основе неприродных аминокислот и устойчив к деградации под действием протеаз.
7. Полипептидный лиганд по п.6, где указанная модифицированная аминокислота выбрана из N-метиларгинина, гомоаргинина, гидроксипролина и гуанидилфенилаланина, и азетидинкарбоновой кислоты.
r
r
8. Пептидный лиганд по п.7, где указанный полипептид содержит первую петлю, которая включает мотив GxFPYRG, где R замещен N-метиларгинином; и/или R замещен гомоаргинином; и/или R замещен гуанидилфенилаланином; и где Pro замещен азетидинкарбоновой кислотой.
9. Способ получения мутантного полипептидного лиганда, специфичного к человеческому калликреину, с получением повышенного уровня активности связывания с мишенью по сравнению с таковой исходного полипептидного лиганда, где указанный исходный полипептидный лиганд содержит полипептид, включающий три реакционноспособные группы, разделенные двумя последовательностями петель, и молекулярный каркас, который образует ковалентные связи с указанными реакционноспособными группами полипептида так, что две полипептидные петли образуются на указанном молекулярном каркасе, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность FPYR, включающий стадии:
(а) для каждого из двух или более аминокислотных положений в каждой из указанных петлевых последовательностей получение n различных библиотек мутантов, где каждая библиотека состоит из исходных полипептидов, в которых одно из указанных аминокислотных положений в петлевой последовательности мутировано замещением одной из n различных аминокислот, отличных от исходных;
(b) скрининг каждой библиотеки на связывание с исходной мишенью и оценка каждой мутации;
(с) идентификация аминокислотных положений, в которых допускаются мутации;
(d) получение одного или более мутантных полипептидов, содержащих одну или более мутаций, расположенных в аминокислотных положениях, идентифицированных на стадии (с).
10. Способ по п.9, где стадия (d) включает получение библиотеки, содержащей полипептиды, которые включают мутации в двух или более аминокислотных положениях, идентифицированных на стадии (с), и скрининг библиотеки на полипептиды с повышенным уровнем активности связывания с мишенью.
11. Библиотека полипептидных лигандов, специфичных к человеческому калликреину, где полипептидные лиганды содержат полипептид, включающий три реакционноспособные группы, разделенные двумя последовательностями петель, и молекулярный каркас, который образует ковалентные связи с указанными реакционноспособными группами полипептида таким образом, что две полипептидных петли образуются на указанном молекулярном каркасе, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность FPYR, где указанная библиотека состоит из m различных мутантов полипептидного лиганда, в которых определенное аминокислотное положение в указанных петлевых последовательностях мутировано замещением одной из m различных аминокислот, где m равно по меньшей мере 2.
12. Набор библиотек полипептидных лигандов, специфичных к человеческому калликреину, где полипептидные лиганды содержат полипептид, включающий три реакционноспособные группы, разделенные двумя последовательностями петель, и молекулярный каркас, который образует ковалентные связи с указанными реакционноспособными группами полипептида таким образом, что две
полипептидные петли образуются на указанном молекулярном каркасе, где указанный полипептид содержит аминокислотную последовательность FPYR, где указанный набор включает две или более библиотеки полипептидных лигандов, где каждая из указанных библиотек полипептидных лигандов состоит из m различных мутантов полипептидного лиганда, в которых определенное аминокислотное положение в петлевых последовательностях мутировано замещением одной из m различных аминокислот.
13. Набор библиотек по п.12, где m равно от 2 до 20.