КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЛЯ ИНДУКЦИИ CD8+ T-КЛЕТОК
COMPOSITIONS AND METHODS FOR INDUCING CD8+ T-CELLS

Область изобретения
Настоящее изобретение относится к композициям и способам для индукции и/или пролиферации CD8+ T-клеток. Настоящее изобретение также относится к способам лечения заболеваний, которые можно лечить посредством индукции и/или пролиферации CD8+T-клеток.
Уровень техники
Животные, включая людей, несут множество микробов (в совокупности называемых микробиотой) в анатомических местах, включая рот, пищевод, желудок, тонкую кишку, толстую кишку, слепую кишку, влагалище, кожу, полости носа, ухо и легкие. Микробиота человека отвечает за множество критических процессов, включая развитие иммунной системы, метаболизм углеводов, белков и ксенобиотиков, образование и регенерацию эпителия, накопление жира, выработку гормонов, выработку витаминов и защиту от патогенных инфекции, среди других (смотрите, например, LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2):160-168; Hooper et al. Science (2012) 336(6086):1268-1273; Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7):1066-1074). Модификация микробиоты человека, которая может быть вызвана рядом факторов, таких как использование антибиотиков, чрезмерная гигиена, диета, генетические предпосылки или сочетания вышеперечисленного, связана с рядом нежелательных эффектов, включая возникновение инфекционных заболеваний (например, C. difficile инфекции), воспалительных, аутоиммунные и аллергических заболеваний (например, язвенный колит, болезнь Крона, диабет I типа, пищевая аллергия, астма, ревматоидный артрит) и метаболических заболеваний (например, диабет типа II, метаболический синдром, ожирение, недоедание) и рак, среди прочего. Например, модификации микробиоты могут привести к потере толерантности к безвредным пищевым антигенам или условно-патогенным бактериальным антигенам, последующим чрезмерным воспалительным реакциям, метаболической дисрегуляции и повреждению кишечной ткани, что ставит под угрозу ее способность служить барьером между просветом кишки и системным кровообращением.
Манипуляции с иммунным ответом имеют большое значение при лечении рака и при вакцинации. Методы лечения рака, нацеленные на иммунную систему, достигли улучшения в показателях выживаемости. Однако большой процент пациентов не реагирует на иммунотерапию рака. Точно так же большие подгруппы населения (например, пожилые люди) не могут создать сильный иммунный ответ на вакцины.
Подходы к противодействию вредному воздействию модификаций микробиоты на здоровье ограничены, несмотря на роль, которую такие модификации играют в развитии патологии человека. Известно, что вмешательства, модулирующие микробиоту, включают антибиотики, пребиотики, пробиотики и трансплантаты фекальной микробиоты, каждое из которых имеет ограничения и потенциальные побочные эффекты. Необходимы дополнительные подходы для противодействия вредному воздействию модификации микробиома на здоровье человека. Кроме того, также необходимы подходы для стимулирования более сильных иммунных реакций на рак и вакцины.
Сущность изобретения
Авторы настоящего изобретения присоединились к Инновационному проекту поддержки инновационных исследований и разработок Японского агентства медицинских исследований и разработок (AMED) в 2016 году, чья тема исследований и разработок озаглавлена «Создание новых лекарственных препаратов с использованием кишечного бактериального штамма» (исследовательская программа AMED-LEAP), и в результате исследовательской программы AMED-LEAP было разработано настоящее изобретение.
Настоящее изобретение относится к композициям бактериальных штаммов и способов индукции и/или пролиферации CD8+ T-клеток посредством введения этих композиций. Настоящее изобретение также обеспечивает композиции и способы лечения заболеваний, которые можно лечить посредством индукции и/или пролиферации CD8+ T-клеток. Заболевания, которые можно лечить посредством индукции и/или пролиферации CD8+ T-клеток, включают инфекционные заболевания и рак.
Как раскрывается в настоящей заявке, впервые предложены композиции штаммов бактерий человеческого происхождения, которые активируют иммунную систему посредством индукции интерферон-гамма-продуцирующих CD8+ T-клеток (также называемых здесь IFNγ+CD8+ T клетки, CD8+ IFNγ+T клетки, CD8+ T клетки или CD8 положительные T-клетки). В то время как композиции на основе микробов для индукции пролиферации или накопления регуляторных Т-клеток (WO2011/152566) и композиция для индукции клеток Th17 (WO2015/156419) были ранее опубликованы, в настоящей заявке впервые сообщается о видах микробов, которые индуцируют IFNγ+CD8+ Т-клетки. IFNγ+CD8+ T-клетки играют важную роль в иммунной системе, в частности, в эпиднадзоре за инфекциями (например, вирусными инфекциями) и развитием раковых клеток. Композиции, обеспеченные в настоящей заявке, могут поэтому использоваться, например, в лечении инфекционных заболеваний и иммунотерапии рака.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую по существу из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides fluxus, Bacteroides uniformis, Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, Gemminger formicilis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Alistipes timonensis, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Parabacteroides sp.HGS0025, Eubacterum limosum, Parabacteroides sp. CAG:2 и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207,
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium,
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila,
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207,
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium,
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila,
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, or Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую по существу из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую из  Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую по существу из Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides fluxus, Bacteroides uniformis, Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, Gemminger formicilis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Parabacteroides sp.HGS0025, Eubacterum limosum, Parabacteroides sp. CAG:2 и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp.HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Subdoligranulum sp., и Eubacterum limosum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Subdoligranulum sp., и Eubacterum limosum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичную указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% гомологичную последовательности SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 99% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 99% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности с SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 99% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности с SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 99% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 99% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности с SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 99% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 99% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности с SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97%идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 95% идентичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальный штамм содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% идентичные указанным последовательностям SEQ ID NO. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 50% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 25% бактериальных штаммов принадлежит семейству Bacteroidaceae. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов принадлежит роду Bacteroides. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция не включает бактериальные штаммы, которые принадлежат отряду Bacteriodales.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов являются спорообразующими. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов находятся в форме споры. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов являются неспорообразующими. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция содержит только облигатно-анаэробные бактериальные штаммы. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов не имеют гена устойчивости к антибиотику. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ген устойчивости к антибиотикам делает бактериальный штамм устойчивым к ванкомицину. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальные штаммы представляют собой бактерии, встречающиеся у человека. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальные штаммы происходят из одного или более человеческих доноров. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция индуцирует пролиферацию и/или аккумулирование CD8+T-клеток.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция представляет собой фармацевтическую композицию. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция содержит фармацевтически приемлемый эксципиент. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для перорального применения. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для ректального введения. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для доставки в толстую кишку. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов лиофилизирован. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция находится в форме капсулы. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция дополнительно содержит рН-чувствительную композицию, содержащую один или более кишечнорастворимых полимеров.
Одним объектом настоящего изобретения является пищевой продукт, содержащий любую из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, и питательное вещество.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одно или более противораковых средств. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, противораковым средством является химиотерапевтическое средство. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, противораковым средством является средство противораковой иммунотерапии. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, средством противораковой иммунотерапии является ингибитор контрольных точек иммунного ответа. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит один или более цитокинов. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, цитокином является IL-2, IL-15, или IL-21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одно или более костимулирующих средств. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, костимулирующее средство представляет собой CD-28, OX-40, 4-1BB, или CD40 антитело.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одну или более вакцин. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, вакциной является вакцина на основе дендритных клеток. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция комбинируется с терапией адоптивного переноса клеток. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных T-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
Одним объектом настоящего изобретения является вакцина, содержащая любую из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, и антиген. В некоторых вариантах выполнения вакцин, обеспеченных в настоящей заявке, антиген представляет собой ВИЧ антиген. В некоторых вариантах выполнения вакцин, обеспеченных в настоящей заявке, антиген представляет собой антиген гепатита.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одно или более противовоспалительных средств. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, противовоспалительное средство представляет собой NSAID.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к присутствию одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не присутствовали в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к приживлению одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не были внедрены в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению количества бактерий бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению количества бактерий бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения является способ лечения заболевания у субъекта, включающий введение любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, субъекту в эффективном количестве для лечения заболевания. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с пролиферацией и/или аккумуляцией CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта до введения композиции. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200%, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект страдает от рака. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, раком является карцинома, глиома, мезотелиома, меланома, лимфома, лейкимия, аденокарцинома, рак молочной железы, рак яичников, рак шейки матки, глиобластома, множественная миелома, рак предстательной железы, Лимфома Беркита, рак головы и шеи, рак толстой кишки, рак ободочной кишки, немелкоклеточный рак легких, мелкоклеточный рак легких, рак пищевода, рак желудка, рак поджелудочной железы, гепатобилиарный рак, рак желчного пузыря, рак тонкого кишечника, рак прямой кишки, рак почек, рак мочевого пузыря, рак предстательной железы, рак полового члена, рак уретры, рак яичка, рак влагалища, рак матки, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечников, панкреотический эндокринный рак, карциноидный рак, рак костей, рак кожи, ретинобластома, Лимфома Ходжкина, неходжкинская лимфома, Саркома Капоши, многоочаговая болезнь Кастлемана, AIDS-связанная первичная эффузионная лимфома, нейроэктодермальная опухоль, или рабдомиосаркома. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, раком является рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, немелкоклеточный рак легких, уротелиальная карцинома, меланома, или почечно-клеточная карцинома. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект подвергается лучевой терапии.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одно или более противораковых средств. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, противораковое средство представляет собой средство противораковой иммунотерапии. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, средство противораковой иммунотерапии представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одного или более цитокинов. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, цитокин представляет собой IL-2, IL-15, или IL-21.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одного или более костимулирующих  средство. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, костимулирующее средство представляет собой CD-28, OX-40, 4-1BB, или CD40 антитело.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одной или более вакцин. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает применение терапии адоптивного переноса клеток. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных T-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект страдает от инфекционного заболевания. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, инфекционным заболеванием является бактериальная инфекция, вирусная инфекция, паразитическая инфекция, или грибковая инфекция. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, инфекционным заболеванием является вирусная инфекция. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, вирусная инфекция представляет собой ВИЧ. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, инфекцией является инфекция, вызванная вирусом гепатита.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект страдает от аутоиммунного заболевания или аллергического заболевания.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно включает одно или более противовоспалительных средств. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, противовоспалительным средством является NSAID. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, композиция может быть введена в виде одной или более доз.
Одним объектом настоящего изобретения является способ, который включает определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов в любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта, где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, композицию вводят субъекту.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект подвергается или будет подвергаться лечению рака.
Одним объектом настоящего изобретения является способ определения, стоит ли ожидать у субъекта положительного ответа на лечение рака, где способ включает определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов в любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта, где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, субъект не должен положительно реагировать на лечение рака.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, лечением рака является иммунотерапевтическое лечение рака.
Одним объектом настоящего изобретения является способ уменьшения риска вирусной инфекции у субъекта, где способ включает определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов в любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта, где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, композицию вводят субъекту, таким образом, уменьшая риск вирусной инфекции у человека.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования фекалий субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования 16S rДНК последовательностей фекалий субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения являются композиции и способы ля индукции активации CD8+ IFNγ-гамма продуцирующих T-клеток в желудочно-кишечном тракте.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композицию, содержащую бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательностям со следующими номерами доступа NCBI: LN998073, KR822463, CP011531, NR_112945, NZ-ACWW00000000, AB331897, AB261128, NZ-CAEG00000000, AB470343, AB595134, HE974920, NR_112933, AB490801, NZ-ACWB00000000, AY608696, CR626927, AB247141, NR_112935, AB249652, NR_113076 и AF139525. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные последовательностям, обеспеченным в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция, которая индуцирует или активирует CD8+IFNγ-продуцирующие T-клетки, причем композиция содержит (i) один или более очищенных бактериальных штаммов, собранных из экскрементов человека, которые обладают устойчивостью к ампициллину, или (ii) супернатант культуры согласно (i). В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция содержит (a) очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134,
Parabacteroides distasonis; HE974920,
Bacteroides cellulosilyticus; NR_112933,
Bacteroides clarus; AB490801,
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA; NZ-ACWB00000000,
Bacteroides salyersiae; AY608696,
Bacteroides fragilis; CR626927,
Bacteroides uniformis; AB247141,
Bacteroides eggerthii; NR_112935,
Clostridium sp. TM-40; AB249652,
Parabacteroides goldsteinii; NR_113076, и
Bacteroides sp. AR29; AF139525, или (b) один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rРНК последовательность на по меньшей мере 97% гомологичную 16S rРНК последовательности видов, выбранных из группы, состоящей из
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134,
Parabacteroides distasonis; HE974920,
Bacteroides cellulosilyticus; NR_112933,
Bacteroides clarus; AB490801,
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA; NZ-ACWB00000000,
Bacteroides salyersiae; AY608696,
Bacteroides fragilis; CR626927,
Bacteroides uniformis; AB247141,
Bacteroides eggerthii; NR_112935,
Clostridium sp. TM-40; AB249652,
Parabacteroides goldsteinii; NR_113076, и
Bacteroides sp. AR29; AF139525
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция содержит очищенную бактериальную смесь, содержащую (a) один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134, и
Parabacteroides distasonis; HE974920; или (b) один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rРНК последовательность видов, принадлежащих группе, состоящей из
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134, и
Parabacteroides distasonis; HE974920.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, CD8+ IFNγ-продуцирующие T-клетки экспрессируют CD103 или Гранзим B.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция активирует иммунную систему.
Одним объектом настоящего изобретения является способ активации иммунной системы, причем способ включает введение одной или более композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является способ активации CD8+ IFNγ-продуцирующих T-клеток, причем способ включает введение одной или более композиций, обеспеченных в настоящей заявке, субъекту.
Одним объектом настоящего изобретения является способ индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T клеток в кишечнике, включающий введение субъекту одной или более из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, где введение приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T клеток в кишечнике субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения является способ, способствующий лечению и/или пролиферации рака или вирусной инфекции, включающий введение субъекту одной или более из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, где введение предотвращает, лечит, помогает в лечении и/или предотвращает рак или вирусную инфекцию.
Одним объектом настоящего изобретения являются вакцинные композиции, которые индуцируют иммунный ответ против бактериальных штаммов любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является вакцинная композиция, содержащая антиген, происходящий из составляющих и/или метаболитов бактериальных видов любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает способ индукции иммунного ответа у субъекта, включающий введение субъекту любой из вакцин, обеспеченных в настоящей заявке, где введение приводит к индукции иммунного ответа у субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения являются иммуносупрессивные композиции.
Одним объектом настоящего изобретения являются композиция, содержащая химическое вещество, которое обладает антибактериальной активностью в отношении бактериальных видов любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, или химическое вещество, которое связывает физиологически активное вещество, декретируемое из бактериальных видов любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к подавлению активности CD8+ и IFNγ-продуцирующих T-клеток у субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения является способ подавления CD8+ и IFNγ-продуцирующих T-клеток у субъекта, причем способ включает введение одной или более композиций, обеспеченных в настоящей заявке, субъекту.
Одним объектом настоящего изобретения является способ профилактики, лечения или улучшения заболевания, происходящего в результате сверхактивации CD8+ и IFNγ-продуцирующих T-клеток у субъекта, причем способ включает введение субъекту любой одной или более из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, субъекту.
Одним объектом настоящего изобретения являются вещества, происходящие из бактериальных штаммов, раскрытых в настоящей заявке. Одним объектом настоящего изобретения является физиологически активное вещество, происходящее из бактериальных видов любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке. Одним объектом настоящего изобретения является бактериальный специфический антиген любого из бактериальных видов любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является антитело, которое специфически связывается с бактериальными видами любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является бактериально-специфическая нуклеотидная последовательность в любом из бактериальных видов композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения являются животные модели и наборы для тестирования.
Одним объектом настоящего изобретения является животная модель, содержащая нечеловеческое млекопитающее, где желудочно-кишечный тракт нечеловеческого млекопитающего был инокулирован бактериальными видами любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения животной модели, обеспеченной в настоящей заявке, нечеловеческое млекопитающее имеет заболевание, происходящее в результате неправильной регуляции CD8+ IFNγ-продуцирующих T-клеток.
Одним объектом настоящего изобретения является набор для оценки активации CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток, причем набор содержит: кишечные эпителиальные клетки, мононуклеарные клетки периферической крови и бактериальный вид любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения являются способы обнаружения CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток в желудочно-кишечном тракте. Одним объектом настоящего изобретения являются наборы для оценки активации CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, наборы включают кишечные эпителиальные клетки, периферические мононуклеарные клетки и вид бактерий любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является способ скрининга бактерий или физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, где вещество индуцирует активацию CD8+ IFNγ продуцирующих T клеток в желудочно-кишечном тракте, включающий (i) позволение нечеловеческому безмикробному животному потреблять физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, или бактерии, (ii) обнаружение количества или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте асептического животного, не являющегося человеком, где если обнаружена активация CD8+ IFNγ-продуцирующих Т клеток, физиологически активное вещество идентифицируется как вещество, способное активировать CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки.
Одним объектом настоящего изобретения является способ скрининга бактерий или физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, где вещество индуцирует пролиферацию или активацию CD8+ IFNγ продуцирующих T клеток в желудочно-кишечном тракте, включающий (i) добавление физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, к эпителиальным клеткам кишечника в системе, содержащей эпителиальные клетки кишечника и мононуклеарные клетки периферической крови; (ii) определение количества или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток в указанной системе, где, если обнаружена активация CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток, физиологически активное вещество идентифицируется как вещество, которое может активировать CD8+ IFNγ-продуцирующие T-клетки.
Одним объектом настоящего изобретения является способ скрининга вещества, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток в желудочно-кишечном тракте, включающий (i) добавление физиологически активного вещества, происходящего из бактерий, или бактерий, содержащихся в композиции, обеспеченной в настоящей заявке, к системе, содержащей эпителиальные клетки кишечника и мононуклеарные клетки периферической крови, (ii) добавление тестируемого вещества, (iii) обнаружение количества или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток в указанной системе, где, если количество или активность CD8+ IFNγ продуцирующих T клеток, обнаруживается как повышенное, тестируемое вещество идентифицируется как вещество, которое вызывает активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток.
Одним объектом настоящего изобретения является способ скрининга вещества, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток в желудочно-кишечном тракте, включающий (i) способ скрининга нечеловеческого животного, обеспеченного в настоящей заявке, (ii) обнаружения числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток в желудочно-кишечном тракте нечеловеческого животного, где если число или активность CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток, как определяют на вышеописанной стадии, увеличивается, тестируемое вещество идентифицируется как вещество, которое вызывает активацию CD8 + IFNγ-продуцирующих Т клеток.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция для стимуляции иммунитета, причем композиция содержит в качестве активного ингредиента, кишечную бактерию человека или физиологически активное вещество, происходящее из бактерии, полученной методами скрининга, обеспеченными в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция вызывает активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток.
Одним объектом настоящего изобретения является вакцинная композиция, содержащая, в качестве активного ингредиента, кишечные бактерии человека, полученный любым из методов скрининга, обеспеченных в настоящей заявке, или антиген, специфичный для указанной бактерии.
Одним объектом настоящего изобретения является способ скрининга вещества, имеющего активность индуцировать или обострять заболевание, вызванное CD8+ IFNγ-продуцирующими T клетками, включающий (i) допущение проглатывания трестируемого вещества нечеловеческим животным, обеспеченным в настоящей заявке, (ii) обнаружение степени связанного с заболеванием повреждения, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими T клетками у указанного нечеловеческого животного, где трестируемое вещество идентифицируется как вещество, которое индуцирует заболевание, вызванное CD8+ IFNγ-продуцирующими T клетками, когда степень повреждения, как определяют на вышеописанной стадии, увеличивается по сравнению с отсутствием добавления соединения или добавлением плацебо.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция для индукции или обострения заболевания, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими T клетками, где композиция содержит, в качестве активного ингредиента, вещество, полученное  любым одним из способов скрининга, обеспеченных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция, содержащая обработанный образец человеческих фекалий, где обработанный образец человеческих фекалий получают посредством контакта образца человеческих фекалий с ампициллином, и где обработанный образец человеческих фекалий индуцирует пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает способ лечения заболевания у субъекта, причем способ включает введение субъекту любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в эффективном количестве для лечения заболевания у субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, заболеванием является рак или инфекция  (например, вирусная инфекция).
Одним объектом настоящего изобретения является способ, включающий инокуляцию образца человеческих фекалий у безмикробных мышей, и определение индуцирует ли образец человеческих фекалий вызывает пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток.
Одним объектом настоящего изобретения является способ определения индуцирует ли образец человеческих фекалий пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ T клеток, включающий инокуляцию безмикробных мышей образцом человеческих фекалий, и определения индуцирует ли образец человеческих фекалий вызывает пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток. Одним объектом настоящего изобретения является способ определения донора человеческих фекалий, включающий инокуляцию безмикробных мышей образцом человеческих фекалий, и определения индуцирует ли образец человеческих фекалий вызывает пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток, где если образец фекалий индуцирует пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток, человеческий объект идентифицируется как донор человеческих фекалий.
Одним объектом настоящего изобретения является способ анализа уровней экспрессии маркера в лимфоцитах у субъекта, включающий анализ уровней экспрессии маркера, где маркер индуцируют путем введения субъекту любой из композиций, описанных в настоящей заявке, где маркером является CD44, gp70 MC38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящие из опухолевого антигена лиганд-специфические TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
Одним объектом настоящего изобретения являются наборы для анализа уровней экспрессии маркера в лимфоцитах у субъекта после индукции, где маркер индуцируют путем введения субъекту любой из композиций, описанных в настоящей заявке, где маркером является CD44, gp70 MC38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящие из опухолевого антигена  лиганд-специфические TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
Одним объектом настоящего изобретения являются способы скрининга бактерий  или физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, причем способ включает позволение нечеловеческому животному, несущему опухоль, поглотить физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, или  бактерий, обнаружение экспрессии маркера в лимфоцитах, выделенных из несущего опухоль нечеловеческого животного, где если обнаружено увеличение уровней экспрессии маркера, физиологически активное вещество идентифицируется как иммуностимулирующий агент для опухоли; и где маркером является CD44, gp70 MC38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящие из опухолевого антигена лиганд-специфические TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
Одним объектом настоящего изобретения являются сопутствующий диагностический способ для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, причем способ включает анализ уровней экспрессе маркера в  лимфоцитах до и после индукции посредством введения субъекту любой из композиций, описанных в настоящей заявке с совместным введением ингибитора или без него контрольных точек иммунного ответа, где если уровни экспрессии маркера в лимфоцитах субъекта увеличиваются на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнями экспрессии в лимфоцитах субъекта до введения композиции, совместное введение ингибитора и любой из композиций, описанных в настоящей заявке, субъекту, терапию продолжают, где если уровни экспрессии в лимфоцитах субъекта не увеличиваются по сравнению с уровнями экспрессии в лимфоцитах субъекта, совместное введение ингибитора и любой из композиций, описанных в настоящей заявке, прекращается или повторно анализируется после повторения введения любой из композиций, описанных в настоящей заявке, субъекту.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы дополнительно включают анализ уровней экспрессии происходящих из опухолевого антигена лиганд-специфических TCRβ в лимфоцитах, со специфическими антителами, которые связываются с происходящими из опухолевого антигена лиганд-специфическими TCRβ, или MHC мультимерами, которые связываются с происходящими из опухолевого антигена лиганд-специфическими TCRβ. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы используются в терапии  опухоли с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы дополнительно включают оценку PD-1 экспрессии в T-клетках у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы дополнительно включают оценку PD-L1 экспрессии в раковых клетках у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы дополнительно включают оценку CTLA-4 экспрессии в T-клетках у субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения являются наборы для осуществления сопутствующих диагностических способов, где набор содержит одну или более молекул для контроля за уровнями экспрессии маркера в лимфоцитах, где маркером является CD44, gp70 MC38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящий из опухолевого антигена лиганд-специфический TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
Одним объектом настоящего изобретения являются способы для оценки активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах, причем способ включает введение субъекту любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения являются наборы для оценки активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах, содержащие одну или более молекул маркера IFNγ и один или более бактериальных видов любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
Одним объектом настоящего изобретения являются способы идентификации иммуностимулирующего агента для опухоли, причем способ включает скрининг кишечных бактерий человека или физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, причем способ включает, (i) позволение нечеловеческому животному, имеющему опухоль, поглощать кишечные бактерии человека или физиологически активное вещество, полученное из кишечных бактерий человека, и (ii) обнаружение IFNγ в спленоцитах, выделенных из нечеловеческого животного несущего опухоль, где если обнаружена индукция IFNγ, кишечные бактерии человека или физиологически активное вещество идентифицируется как иммуностимулирующий агент для опухоли.
Одним объектом настоящего изобретения является сопутствующий диагностический способ для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где способ включает оценку активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах до и после индукции посредством введения субъекту любой из композиций, описанных в настоящей заявке, с совместным введением ингибитора или без него, где если степень продукции IFNγ в спленоцитах у субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению со степенью продукции IFNγ в спленоцитах у субъекта до введения композиции, совместное введение ингибитора и любой из композиций, описанных в настоящей заявке, субъекту продолжают, где если степень продукции IFNγ в спленоцитах субъекта не увеличивается, совместное введение ингибитора и любой из композиций, описанных в настоящей заявке, прекращается или повторно анализируется после повторного введения любой из композиций, описанных в настоящей заявке, субъекту.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способ дополнительно содержит анализ уровней экспрессии опухолевых антигенов мишени терапии в спленоцитах со специфическими антителами или MHC муьтимерами. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способ предназначен для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где опухолевым ингибитором является PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способ дополнительно содержит оценку PD-1 экспрессии в T-клетках у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способ дополнительно содержит оценку PD-1 экспрессии в раковых клетках у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способ дополнительно содержит оценку CTLA-4 экспрессии в T-клетках у субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения являются наборы для осуществления сопутствующих диагностических способов, описанных в настоящей заявке, включающих одну или более молекул IFNγ маркеров.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterium limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Ruminococcaceae bacterium, и Eubacterum limosum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
Каждое из ограничений изобретения может охватывать различные варианты выполнения настоящего изобретения. Следовательно, ожидается, что каждое из ограничений изобретения, касающихся какого-либо одного элемента или комбинации элементов, может быть включено в каждый аспект изобретения. Настоящее изобретение не ограничивается в своем применении деталями конструкции и расположения компонентов, изложенными в последующем описании или проиллюстрированными на чертежах. Настоящее изобретение допускает другие варианты выполнения настоящего изобретения и может быть применено на практике или осуществлено различными способами.
[Краткое описание чертежей]
Прилагаемые чертежи не предназначены для определения объема настоящего изобретения. Чертежи являются только иллюстративными и не требуются включения описание изобретения. Для ясности не каждый компонент может быть отмечен на каждом чертеже. На чертежах:
[Фиг. 1A-B]
Фиг. 1A и 1B показывают данные экспериментов с лимфоцитами, которые были выделены из собственной пластинки слизистой оболочки тонкого кишечника (SI) и ободочной кишки SPF и безмикробных (GF) мышей, и стимулированы с помощью PMA / иономицина в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 1A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 1B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. ** P <0.01 (T-тест Стьюдента).
[Фиг. 2A-B]
Фиг. 2A и 2B показывают данные экспериментов с лимфоцитами, которые были выделены из собственной пластинки слизистой оболочки тонкого кишечника  SPF и безмикробных мышей и стимулированы PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8, CD103, IFNγ и GzmB окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 2A) Экспрессия IFNγ и CD103 (верхний график) или GzmB (нижний график) гейтированными CD8 T клетками примерных мышей. (Фиг. 2B) Обобщенные данные процентов каждой фракции IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05 (T-тест Стьюдента).
[Фиг. 3A-B]
Фиг. 3A и 3B показывают данные экспериментов с лимфоцитами, которые были выделены из собственной пластинки слизистой оболочки тонкого кишечника (SI) и толстого (ободочного) кишечника SPF мышей, доставленных из разных лабораторных учреждений для животных и стимулировали PMA / иономицином в течение 3,5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 3A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 3B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05, ** P <0.01 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 4A-B]
Фиг. 4A и 4B показывают данные экспериментов, в которых после совместного содержания мышей SPF из Charles River Laboratories с CLEA Japan в течение 2 или 6 недель лимфоциты выделяли из собственной пластинки слизистой оболочки кишечника (SI) и толстой кишки и стимулировали PMA / иономицином в течение 3,5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 4A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 4B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05, ** P <0.01 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 5A-B]
Фиг. 5A и 5B показывают данные экспериментов с экскрементами  здоровых добровольцев (A ~ F), которые перорально вводили мышам без микробов индивидуально в безмикробных виниловых изоляторах. Через четыре недели лимфоциты выделяли из собственной пластинки слизистой оболочки толстой кишки и стимулировали PMA / иономицином в течение 3,5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 5A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 5B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. ** P <0.01 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 6A-B]
Фиг. 6A и 6B показывают данные экспериментов с содержимым слепой кишки мыши B №5, которое перорально вводили безмикробным мышам. Один день спустя их питьевая вода была заменена на ампициллин (AMP), метронидазол (MNZ), стрептомицин (STM) или тилозин (Tylo.) до конца эксперимента. Содержимое слепой кишки мыши B №5, обработанной 3% хлороформом, вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты выделяли из собственной пластинки слизистой оболочки толстой кишки и стимулировали PMA / иономицином в течение 3,5 часов. CD3, TCRβ, CD8, IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 6A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 6B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительными клетками в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 7A-B]
Фиг. 7А и 7В показывают данные 16S rRNA генных последовательностей микробиоты слепой кишки мышей, полученной на Фиг. 6А и 6В, которые были всесторонне проанализированы с использованием секвенатора следующего поколения. (Фиг. 7а) Изображение доли операционной таксономической единицы (OTU). На правом конце OTU, соответствующие выделенным штаммам мыши B # 5-AMP-2, показан зеленым цветом. (Фиг. 7B) Показана идентификация выделенных штаммов и гомологичное бактериальное название (ближайшая последовательность) и сходство (оценка S - ab).
[Фиг. 8A-B]
Фиг. 8A и 8B показывают данные для смеси 21 выделенных штаммов, которую перорально вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты, выделенные из собственной пластинки слизистой оболочки толстого кишечника и стимулировали PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 8A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 8B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. ** P <0.01 (T-тест Стьюдента).
[Фиг. 9A-B]
Фиг. 9A и 9B показывают данные для смеси 21 выделенных штаммов, которую перорально вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты, выделенные из собственной пластинки слизистой оболочки толстого кишечника и стимулировали PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8, CD103, IFNγ и GzmB окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 9A) Экспрессия IFNγ и CD103 (верхний график) или  GzmB (нижний график) гейтированными CD8 T клетками примерных мышей. (Фиг. 9B) Обобщенные данные процентов каждой фракции IFNγ положительных клеток  в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05, ** P <0.01 (T-тест Стьюдента).
[Фиг. 10A-B]
Фиг. 10A и 10B показывают данные для смеси из 21 штамма или 11 штаммов (смесь из 11 штаммов соответствует штаммам № 1-11; Смотрите Таблицу 1), которые перорально вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты, выделенные из собственной пластинки слизистой оболочки толстого кишечника и стимулировали PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 10A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 10B) Обобщенные данные процентов IFNγ положительных клеток в CD3, TCRβ и CD8+ клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. *** P <0.001, ****P <0.0001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 11]
Фиг. 11 показывает композиции смеси из  10 и смеси из 11 бактериальных штаммов, которые инокулировали в GF мышей (Смотрите Фиг. 12A и 12B).
[Фиг. 12A-B]
Фиг. 12A и 12B показывают данные, полученные для смесей из 11 или 10 штаммов (смотрите Фиг. 11), или смеси из 17 штаммов, которые являются известными Treg-индукторами, которые перорально вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты, выделенные из собственной пластинки слизистой оболочки толстого кишечника и стимулировали PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 12A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 12B) Обобщенные данные процентов CD8+ IFNγ+ клеток в CD3+ TCRβ+ клетках (слева), IFNγ+ клеток в CD8T клетках (в середине) и число CD8+ IFNγ+ клеток (справа). Каждая кривая показывает отдельную мышь. ** P <0.01, *** P <0.001, ****P <0.0001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 13]
Фиг. 13 показывает филогенетическое дерево, которое было построено из 16S rRNA  генных последовательностей 11 штаммов (см. Фиг. 11), их ближайших последовательностей и штаммов некоторых типов с использованием пакета MEGA v5.0 и метода соединения соседей. Также показаны штаммы, которые были инокулированы мышам GF в виде смеси из 7 или 4 штаммов (результаты экспериментов по инокуляции показаны на Фиг. 14A и 14B).
[Фиг. 14A-B]
Фиг. 14A и 14B показывают данные смесей из 11 штаммов, смесей из 7 или 4 штаммов, перечисленных на Фиг. 13, которые перорально вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты, выделенные из собственной пластинки слизистой оболочки толстого кишечника и стимулировали PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 14A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 14B) Обобщенные данные процентов CD8+ IFNγ+ клеток в CD3+ TCRβ+ клетках (слева), IFNγ+ клеток в CD8T клетках (по середине) и числа CD8+ IFNγ+ клеток (справа). Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 15]
Фиг. 15 показывает данные экспериментов с шестинедельными мышами SPF C57BL/6, которые были приобретены у Japan SLC и им вводили антибиотики (1 г/л ампициллина, 0,5 г/л ванкомицина, 1 г/л метронидазола и 1 г/л неомицина; «AVMN») в их питьевой воде. Затем мышам подкожно инъецировали в правый бок линию опухолевых клеток MC38 3х105 в день 0. Когда опухоли появились и прощупывались, лечение антибиотиками прекращали (день 2). Мышам инъецировали интраперитонеально 200 мкг анти-PD1 антитела (клон J43) на день 3, 5 и 9 (“+anti-PD1Ab”). Мышам вводили смесь из 11 штаммов 2 или 3 раза в неделю, включая 3, 5 и 9 день (“+11 mix”). Размер опухоли измеряли с помощью штангенциркуля, и объем опухоли определяли как длину × ширину2 × 0.5. ** P <0.01, *** P <0.001, **** P <0.0001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 16A-B]
Фиг. 16A и 16B показывают данные по лимфоцитам, выделенным из опухолевых клеток. На день 23 или 27, лимфоциты выделяли из опухолей и стимулировали PMA / иономицином в течение 4 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 16A) Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей. (Фиг. 16B) Обобщенные данные процентов CD8+ IFNγ+ клеток в CD3+ TCRβ+ клетках (слева), IFNγ+ клеток в CD8T клетках (по середине) и числа CD8+ IFNγ+ клеток (справа). Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 17A-B]
Фиг. 17A, 17B показывают данные по лимфоцитам, выделенным из опухолевых клеток. На день 23 или 27, лимфоциты выделяли из опухолей и стимулировали PMA / иономицином в течение 4 часов. CD3, TCRβ, CD8, gp70 MC38 пептид (KSPWFTTL (SEQ ID NO: 53))-специфические TCRβ, CD44, GzmB и IFNγ окрашивали антителами и пептид-H2Kb тетрамером, и анализировали посредством проточной цитометрии. (Фиг. 17A) Экспрессия gp70-специфических TCRβ, CD44, GzmB и IFNγ гейтированными CD3, TCRβ и CD8+ клетками примерных мышей. (Фиг. 17B). Обобщенные данные процентов каждой фракции  IFNγ положительных клеток в CD8T клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. ** P <0.01, *** P <0.001, **** P <0.0001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 18]
Фиг. 18 показывает данные по лимфоцитам, выделенным из опухолевых клеток. Влияние на IFNγ+CD4 T клетки показано на Фиг. 18.
[Фиг. 19]
Фиг. 19 показывает данные по лимфоцитам, выделенным из опухолевых клеток. На день 23 или 27, цельные спленоциты выделяли и высевали по 106 клеток на лунку и стимулировали 0,5 мкг/мл gp70 MC38 пептида (KSPWFTTL (SEQ ID NO: 53)) в течение 36 часов при 37°С. Пятна получали с применением набора Mouse IFNγ ELISPOT Ready-SET Go!R (eBioscience), и число пятен измеряли с применением анализатора Immunospot Series 4 и анализировали с применением программного обеспечения ImmunoSpot (Cellular Technology). Каждая кривая показывает отдельную мышь. “Нативная” означает мышь, которая не была обработана антибиотиками, которой не инъецировали MC38 клетки и которую не обрабатывали 11mix и анти-PD1 антителом. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 20]
Фиг. 20 показывает данные для 26 выделенных штаммов, включая 11 выбранных штаммов.
[Фиг. 21]
Фиг. 21 показывает данные для индукции GzmB+ IFNγ+ CD8 T клеток 11-mix бактериальными штаммами.
[Фиг. 22]
Фиг. 22 показывает, что более медленный рост опухоли сопровождался увеличенной инфильтрацией IFNγ+ CD8 T клеток в опухоль.
[Фиг. 23]
Фиг. 23 показывает, что комбинация αPD1 Ab и 11-mix бактериальных штаммов  ускоряет инфильтрацию цитотоксических GzmB + IFNγ + CD8 Т-клеток в опухоль.
[Фиг. 24]
Фиг. 24 показывает схему экспериментального плана, описанного в примере 4, относящегося к лечению с 11-mix и/или анти-CTLA-4 антителом.
[Фиг. 25]
Фиг. 25 показывает массу тела мышей, которые получали комбинацию αCTLA-4 Ab и 11-mix бактериальных штаммов (левая панель). Мыши, которые получали комбинацию αCTLA-4 Ab и 11-mix бактериальных штаммов, имели значительное снижение роста опухоли (правая панель) в эксперименте, представленном на Фиг. 24 (Пример 4).
[Фиг. 26]
Фиг. 26 показывает, что комбинация αCTLA-4 Ab и 11-mix бактериальных штаммов имела значительное влияние на выживаемость мышей в эксперименте, представленном на Фиг. 24 (Пример 4).
[Фиг. 27]
Фиг. 27 показывает график объема опухоли отдельных мышей, обработанных в экспериментах в Примере 4 (контроль, 11-mix; αCTLA-4 Ab; 11-mix + αCTLA-4 Ab).
[Фиг. 28]
Фиг. 28 показывает схему экспериментального плана, описанного в Примере 5, касающегося лечения с 11-mix или 4-mix и/или анти-PD-1 антителом.
[Фиг. 29]
Фиг. 29 показывает массу тела (левая панель) и объем опухоли (правая панель) мышей, которым вводили комбинацию αPD1 Ab и 4-mix бактериальных штаммов или αPD1 Ab и 11-mix бактериальных штаммов, а также различные контрольные группы.
[Фиг. 30]
Фиг. 30 показаны графики объема опухоли отдельных мышей, которых лечили в экспериментах из Примера  5 (11-mix; αPD-1 Ab; 11-mix + αPD-1 Ab). Объем опухоли не увеличивался у множества животных в группе, получавшей лечение с  11-mix + αPD-1 Ab (нижняя панель справа).
[Фиг. 31]
Фиг. 31 показаны графики выживания мышей, получавших лечение в экспериментах из Примера 5 (11-mix; αPD-1 Ab; 11-mix + αPD-1 Ab).
[Фиг. 32]
Фиг. 32 показаны графики объема опухоли отдельных мышей, которых лечили в экспериментах из Примера  5 (4-mix; αPD-1 Ab; 4-mix + αPD-1 Ab). Объем опухоли не увеличивался у множества животных в группе, получавшей лечение с  4-mix + αPD-1 Ab (нижняя панель справа).
[Фиг. 33]
Фиг. 33 показывает графики мышей, получавших лечение в экспериментах по Примеру 5. Выделена обработка с αPD-1 Ab, 11-mix + αPD-1 Ab, и 4-mix + αPD-1 Ab.
[Фиг. 34]
Фиг. 34 показаны данные для экспериментов с моделью меланомы Braf Pten (Пример 6). Вкратце, мышам вводили антибиотики («AVMN») от дня -3 до дня 2 и трансплантировали 7x105 клетки Braf Pten в день 0. В дни 3, 6 и 9 указанным группам мышей вводили антитело против PD1 (стрелки на шкале времени) и фекалии SLC SPF от мышей, свободных от специфических патогенов (SPF), полученных от Japan SLC (фекалии SLC SPF), с или без 11-mix (стрелки со звездочкой на шкале времени). Группам мышей, указанным как получавшие 11-mix, вводили 11-mix 2 или 3 раза в неделю. График показывает средний объем опухоли в каждый из моментов времени для групп мышей**** P<0.0001, *** P<0.001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 35]
Фиг. 35 показаны данные для экспериментов с моделью меланомы Braf Pten (Пример 6). Вкратце, мышам вводили антибиотики («AVMN») от дня -3 до дня 2 и трансплантировали 7×105 клетки Braf Pten в день 0. В дни 3, 6 и 9 указанным группам мышей вводили антитело против PD1 (стрелки на шкале времени) и фекалии SLC SPF от мышей, свободных от специфических патогенов (SPF), полученных от Japan SLC (фекалии SLC SPF), с или без 11-mix (стрелки со звездочкой на шкале времени). Группам мышей, указанным как получавшие 11-mix, вводили 11-mix 2 или 3 раза в неделю. График показывает среднюю площадь опухоли в каждый из моментов времени для групп мышей. **** P<0.0001, *** P<0.001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 36]
Фиг. 36 показывает данные для массы опухолей, полученных на день 22 и 24 у указанных групп мышей. * P<0.05 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 37A-C]
Фиг. 37A-37C показывают данные по лимфоцитам, выделенным из опухолевых клеток. На дни 22 и 24, лимфоциты выделили из опухолей. CD3, TCRβ, CD8, и IFNγ были окрашены антителами. Фиг. 37A показывает процент CD8+ IFNγ+ клеток в CD3+ TCRβ+ CD8α+ популяции клеток, выделенных из опухоли. Фиг. 37B показывает количество CD8+ IFNγ+ клеток, выделенных из опухолей. Фиг. 37C показывает количество CD8+ IFNγ+ клеток на грамм опухолей. ** P<0.01, * P<0.05 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 38]
Фиг. 38 показывает процент IFNγ+ клеток в популяции CD8T клеток, выделенных из опухолей. *** P<0.001, ** P<0.01, * P<0.05 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 39A-D]
Фиг. 39A-39D показывают данные по лимфоцитам, выделенным из опухолевых клеток. На дни 22 и 24, лимфоциты выделили из опухолей. CD3, TCRβ, CD8, IFNγ, GzmB, IL-17, и CD4 были окрашены антителами. Фиг. 39A показывает процент IFNγ+ GzmB+ клеток в CD3+ TCRβ+ CD8α+ популяции клеток, выделенных из опухоли. Фиг. 39B показывает процент Th1 клеток в CD3+ TCRβ+ CD4+ популяции клеток, выделенных из опухоли. Фиг. 39C показывает процент Th17 клеток в CD3+ TCRβ+ CD4+ популяции клеток, выделенных из опухоли. Фиг. 39D показывает процент Treg клеток в CD3+ TCRβ+ CD4+ популяции клеток, выделенных из опухоли.
[Фиг. 40]
Фиг. 40 схематически показывает план эксперимента, описанного в примере 7 (исследование дозирования).
[Фиг. 41A-C]
Фиг. 41A-41C показывают данные для лимфоцитов, выделенных у мышей в эксперименте, показанном на Фиг. 40 (Пример 7). CD3, TCRβ, CD8, и IFNγ были окрашены антителами. Фиг. 41A показывает процент CD8+ IFNγ+ клеток в CD3+ TCRβ+ CD8α+ популяции клеток, выделенных у указанных мышей. Фиг. 41B показывает количество CD8+ IFNγ+ клеток, выделенных у указанных мышей. Фиг. 41C показывает процент IFNγ+ клеток в популяции CD8T клеток, выделенных у указанных мышей.
[Фиг. 42A-C]
Фиг. 42A-42C показывают данные для лимфоцитов, выделенных у мышей в эксперименте, показанном на Фиг. 40 (Пример 7). CD3, TCRβ, CD8, IFNγ, CD103, IL-17, и CD4 были окрашены антителами. Фиг. 42A показывает процент IFNγ+ CD103+ клеток в CD3+ TCRβ+ CD8α+ популяции клеток, выделенных у указанных мышей. Фиг. 42B показывает процент Th17 клеток в CD3+ TCRβ+ CD4+ популяции клеток, выделенных у указанных мышей. Фиг. 42C показывает процент Th1 клеток в CD3+ TCRβ+ CD4+ популяции клеток, выделенных у указанных мышей.
[Фиг. 43A-C]
Фиг. 43A-43C и 44 показывают результаты экспериментов согласно Примеру 8. Эксперименты показывают, что BATF3 требуется для 11-mix, чтобы индуцировать  CD8-T клетки. BATF3 требуется для индукции Th17. Фиг. 43A показывает процент IFNγ+ в CD3+ TCRβ+ CD8α+ (CD8 T клетки) популяции клеток, выделенных у указанных мышей. Фиг. 43B показывает количество CD8+ IFNγ+ клеток. Фиг. 43C показывает процент Th17 клеток в CD3+ TCRβ+ CD4+ популяции клеток, выделенных у указанных мышей. **** P<0.0001, *** P<0.001, ** P<0.01, * P<0.05 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 44A-B]
Фиг. 44 показывает, что BATF3 требуется для 11-mix, чтобы индуцировать CD8-T клетки, как оценено посредством проточной цитометрии (Фиг. 44A), и процент IFNγ+ в CD3+ TCRβ+ CD8α+ (CD8 T клетках) популяции клеток, выделенных у указанных мышей (Фиг. 44B).
[Фиг. 45]
Фиг. 45-46 показывают результаты экспериментов согласно примеру 9. Эксперименты показывают, что 11-mix эффективна для лечения инфекций Listeria. Фиг. 45 показывает, что фекалии + 11-mix эффективно для лечения инфицированных мышей от Listeria, как оценено по уменьшению в количестве КОЕ Listeria в фекалиях.
[Фиг. 46]
Фиг. 46 показывает, что масса тела мышей, инфицированных Listeria, получавших фекалии и 11-mix, выше, чем лечение только фекалиями.
[Фиг. 47A-B]
Фиг. 47A и 47B показывают данные в отношении Примера 2. Смеси 11 штаммов, смесей 7 или 4 штаммов, перечисленных на Фиг. 13, перорально вводили безмикробным мышам. Через четыре недели лимфоциты, выделенные из собственной пластинки слизистой оболочки толстого кишечника и стимулировали PMA / иономицином в течение 3.5 часов. CD3, TCRβ, CD8 и IFNγ окрашивали антителами и анализировали посредством проточной цитометрии (Фиг. 47A). Экспрессия CD8 и IFNγ гейтированными CD3 и TCRβ положительными клетками примерных мышей показана на Фиг. 47B, как указано процентом IFNγ+ клеток в CD8T клетках. Каждая кривая показывает отдельную мышь. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (однофакторный ANOVA).
[Фиг. 48]
Фиг. 48 относится к примеру 10 и показывает, что влияние 11-mix на  индукцию CD8 у мышей, которым не ставили под сомнение иное, ограничено отделом кишечника/пищеварительного канала. (SI = тонкая кишка, CIEL = интраэпителиальные лимфоциты толстой кишки, LN = лимфатические узлы)
[Фиг. 49]
Фиг. 49 показывает, что частоты подмножеств DC в LP толстой кишке были лишь незначительно изменены колонизацией с 11-mix.
[Фиг. 50]
Фиг. 50-52 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, и что активация является самой сильной в течение первой недели активации. Нет активации класса клеток MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 50 и 51, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 52.
[Фиг. 51]
Фиг. 50-52 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, и что активация является самой сильной в течение первой недели активации. Нет активации класса клеток MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 50 и 51, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 52.
[Фиг. 52]
Фиг. 50-52 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, и что активация является самой сильной в течение первой недели активации. Нет активации класса клеток MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 50 и 51, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 52.
[Фиг. 53]
Фиг. 53 и 54 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, тогда как нет активации клеток класса MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 53, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 54, выраженные как CD3+ TCDRбета+ CD8альфа+ клетки.
[Фиг. 54]
Фиг. 53 и 54 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, тогда как нет активации клеток класса MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 53, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 54, выраженные как CD3+ TCDRбета+ CD8альфа+ клетки.
[Фиг. 55]
Фиг. 55 показывает, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения, о чем свидетельствует Ki67 статус, тогда как нет активации клеток класса MHC MLN.
[Фиг. 56]
Фиг. 56 и 57 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, о чем свидетельствует CD103+ статус, тогда как нет активации клеток класса MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 56, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 57, выраженные как CD3+ TCRбета+ CD8альфа+ IFNγгамма+ клетки.
[Фиг. 57]
Фиг. 56 и 57 показывают, что клетки класса MHC CLP активируются посредством введения 11-mix, о чем свидетельствует CD103+ статус, тогда как нет активации клеток класса MHC MLN. Отдельные измерения показаны на Фиг. 56, тогда как обобщенные данные приведены на Фиг. 57, выраженные как CD3+ TCRбета+ CD8альфа+ IFNγгамма+ клетки.
[Описание вариантов выполнения настоящего изобретения]
Подробное описание
Настоящее изобретение обеспечивает композиции и способы для индукции и/или пролиферации CD8+ T-клеток, и способы лечения заболеваний и состояний, которые можно лечить посредством индукции и/или пролиферации CD8+ T-клеток, включая инфекционные заболевания и рак.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов с уникальными биологическими свойствами. В одном варианте выполнения композиции  бактериальных штаммов, раскрытые в настоящей заявке, также упоминаемые как бактериальные композиции, могут индуцировать пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток. В одном варианте выполнения композиции   бактериальных штаммов, раскрытые в настоящей заявке, могут индуцировать  пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток.
В одном варианте выполнения бактерии композиций, раскрытых в настоящей заявке, могут быть идентифицированы по их 16S rРНК (или 16S rДНК) последовательности нуклеиновой кислоты. В общем бактерии классифицируются как принадлежащие к конкретному виду и/или роду на основе их 16S rРНК последовательности нуклеиновой кислоты. Бактерии, такие как бактерии, полученные из микробиомы, также могут быть классифицированы в филогенетические кластеры с другими близкородственными штаммами и видами. (Смотрите, например, Rajilic-Stojanovic, M., and de Vos, W.M. (2014). The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev 38, 996-1047). Способы определения идентичности специфических бактериальных видов на основе их 16S rРНК (или 16S rДНК) последовательности нуклеиновой кислоты  хорошо известны в данной области техники (смотрите, например, Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working, G. (2012). Evaluation of 16S rDNA-based community profiling for human microbiome research. PLoS One 7, e39315).
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, и SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, и SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, и SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, и SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47.  В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 или SEQ ID NO:36. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штамма, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие в качестве активного ингредиента бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26. Необходимо отметить, что для все композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальный штамм или бактериальные штаммы являются активным ингредиентом композиции.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-21. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие в качестве активного ингредиента бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-21.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-11. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие в качестве активного ингредиента бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-11.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:54-64. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие в качестве активного ингредиента бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:54-64.
Необходимо отметить, что для все композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы очищают. Таким образом, для примера настоящее изобретение обеспечивает очищенные бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26. Кроме того, для примера настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие  очищенные бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26. Описанные в настоящей заявке штаммы бактерий первоначально могли быть получены и очищены от микробиоты одного или более людей или получены из источников, отличных от микробиоты человека, включая почвенную и нечеловеческую микробиоту. Как обеспечено в настоящей заявке, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения бактерии, выделенные из микробиоты человека, нечеловеческой микробиоты, почвы или любого альтернативного источника, очищают перед использованием в композициях и способах, обеспеченных в настоящей заявке.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов содержат 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. Как раскрыто ранее, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы очищают. Таким образом, в одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более очищенных бактериальных штаммов, где один или более очищенных бактериальных штаммов содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. Как раскрыто ранее, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы очищают. Таким образом, в одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более очищенных бактериальных штаммов, где один или более очищенных бактериальных штаммов содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более очищенных бактериальных штаммов, где два или более очищенных бактериальных штамма содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. Как раскрыто ранее, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы являются активным ингредиентом композиции. Таким образом, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие в качестве активного ингредиента два или более очищенных бактериальных штаммов, где два или более очищенных бактериальных штамма содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие два или более очищенных бактериальных штаммов, где два или более очищенных бактериальных штамма содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. Как раскрыто ранее, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы являются активным ингредиентом композиции. Таким образом, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие в качестве активного ингредиента два или более очищенных бактериальных штаммов, где два или более очищенных бактериальных штамма содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26.
Одним объектом настоящего изобретения являются бактериальные штаммы и комбинации бактериальных штаммов, которые являются гомологичными и имеют высокий процент гомологии с бактериальными штаммами, содержащими 16S rДНК последовательности, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. Как раскрыто ранее, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы очищают. Бактериальные штаммы, раскрытые в настоящей заявке, которые имеют 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26, имеют высокий процент гомологии  (например, более 90%) или идентичности последовательности, с 16S rДНК последовательностями бактериальных штаммов, которые были описаны в различных базах данных (смотрите, например, the National Center for Biotechnology Information). В таблице 1 приводятся ближайшие известные виды по гомологии, когда 16S rДНК последовательности, содержащие SEQ ID NO:1-26, сравнивают с 16S rДНК последовательностями бактериальных видов, доступными в публичных базах данных.
В качестве примера, бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность с SEQ ID NO:1, раскрытый в настоящей заявке, имеет самую высокую гомологию с бактериальным штаммом Phascolarctobacterium faecium, как определено посредством NCBI Accession # LN998073 (имеющим 16S rДНК последовательность SEQ ID NO:27). Тогда как бактериальный штамм с SEQ ID NO:1 также имеет гомологию с другими опубликованными бактериальными штаммами, причем самая высокая гомология наблюдается с бактериальным штаммом вида Phascolarctobacterium faecium, как определено посредством NCBI Accession # LN998073. Следует понимать, что множество бактериальных штаммов, раскрытых внестоящей заявке, могут иметь самую высокую гомологию с одним и тем же видом.
Следует также понимать, что бактериальные штаммы, раскрытые в настоящей заявке, которые имеют 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26, также гомологичны с другими штаммами на основе их всей геномной последовательности или подгруппы их всей геномной последовательности.
Таким образом, следует также понимать, что в одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции и способы, содержащие бактериальные штаммы с близкогомологичными бактериальными штаммами, которые имеют 16S rДНК последовательность с последовательностью нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-26.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов относятся к видам, выбранным из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов относятся к видам, выбранным из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis; Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов относятся к видам, выбранным из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов относятся к видам, выбранным из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов, где один или более бактериальных штаммов относятся к видам, выбранным из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides fluxus, Bacteroides uniformis, Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, Gemminger formicilis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Parabacteroides sp.HGS0025, Eubacterum limosum, Parabacteroides sp. CAG:2 и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207;
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium;
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila,
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207;
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium;
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila,
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, состоящую из  Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp. HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides fluxus, Bacteroides uniformis, Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, Gemminger formicilis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Alistipes timonensis, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Parabacteroides sp.HGS0025, Eubacterum limosum, Parabacteroides sp. CAG:2 и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium varium, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Ruthenibacterium lactatiformans, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium sp. CAG:207, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides sp. D20, Ruminococcaceae bacterium cv2, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes senegalesis, Parabacteroides sp.HGS0025, Eubacterum limosum, и Parabacteroides sp. CAG:2. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Subdoligranulum sp., и Eubacterum limosum. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из  Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, очищенная бактериальная смесь содержит, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
Следует также отметить, что композиции могут включать множество штаммов конкретного вида. Таким образом, для иллюстрации, неограничивающий пример композиций, раскрытых в настоящей заявке, содержит один штамм Bacteroides salyersiae и два штамма Bacteroides uniformis.
Настоящее изобретение также охватывает композиции, содержащие бактериальные штаммы, которые являются близкими по гомологии и/или подпадают под виды Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
Таким образом, в одном варианте выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают два или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52.
Таким образом, в одном варианте выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают два или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52.
В одном варианте выполнения композиции согласно настоящему изобретению включают два или более очищенных бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают два или более очищенных бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают два или более бактериальных штамма, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают два или более очищенных бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции согласно настоящему изобретению включают два или более очищенных бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты,  выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с двумя или более очищенными бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с пятью или более очищенными бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты, выбранными из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с по меньшей мере десятью очищенными бактериальными штаммами, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композицию, состоящую из десяти очищенных бактериальных штаммов, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композицию, состоящую по существу из одиннадцати очищенных бактериальных штаммов, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. Как применяется в настоящей заявке, по существу состоящий из относится к композиции, которая не содержит дополнительных бактериальных штаммов.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из: SEQ ID NOs:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с двумя или более очищенными бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с пятью или более очищенными бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК на по меньшей мере 97% гомологичную последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с по меньшей мере десятью очищенными  бактериальными штаммами, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композицию, состоящую из десяти очищенных бактериальных штаммов, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композицию, состоящую по существу из десяти очищенных бактериальных штаммов, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-266. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с двумя или более очищенными  бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с пятью или более очищенными бактериальными штаммами, которые содержат 16S rДНК на по меньшей мере 97% идентичную последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с по меньшей мере десятью очищенными бактериальными штаммами, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композицию, состоящую из десяти очищенных бактериальных штаммов, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композицию, состоящую по существу из десяти очищенных бактериальных штаммов, где бактериальные штаммы содержат 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1-26, соответственно.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция, содержащая бактериальные штаммы, которые относятся к следующим бактериальным видам: Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum (смотрите, например, Таблицу 1). Следует также отметить, что множество бактериальных штаммов композиций, описанных в настоящей заявке, может иметь одинаковые родственные бактериальные виды. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с двумя или более очищенными бактериальными штаммами, содержащими 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательностям нуклеиновой кислоты, выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции с двумя или более очищенными бактериальными штаммами, содержащими 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательностям нуклеиновой кислоты,  выбранным из группы, состоящей из SEQ ID NO:27-52.
Одним объектом настоящего изобретения являются бактериальные штаммы с 16S rДНК последовательностями, которые имеют гомологичность последовательности нуклеиновой кислоты с любой из последовательностей бактериальных штаммов или видов, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальный штамм имеет гомологичность по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 81%, по меньшей мере 82%, по меньшей мере 83%, по меньшей мере 84%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 86%, по меньшей мере 87%, по меньшей мере 88%, по меньшей мере 89%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99%, по меньшей мере 99.5%, по меньшей мере 99.6%, по меньшей мере 99.7%, по меньшей мере 99.8%, по меньшей мере 99.9%, или до 100% с любым из штаммов или бактериальных видов, описанных в настоящей заявке, в определенной области или по всей последовательности. Специалисту в данной области техник очевидно, что “гомология” или “процент гомологии,” в контексте двух или более последовательностей нуклеиновой кислоты или аминопоследовательностей, относится к мере подобия между двумя или более последовательностями или их частью (частями). Гомология может существовать в области последовательности, которая составляет по меньшей мере около 50 нуклеотидов в длину или более, предпочтительно в области длиной от 100 до 500 или 1000 или более нуклеотидов. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения гомология существует по всей длине последовательности 16S rРНК или 16S rДНК или ее части.
Дополнительно или альтернативно, две или более последовательности могут быть оценены на идентичность между последовательностями. Термины "идентичные" или процент "идентичности" в контексте двух или более последовательностей нуклеиновых кислот или аминокислот, относятся к двум или более последовательностям или подпоследовательностям, которые являются одинаковыми (например, по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% или 99.9% идентичности) в определенной области или по всей длине последовательности, при сравнении и выравнивании для максимального соответствия по окну сравнения или определенной области, как измерено с использованием одного из следующих алгоритмов сравнения последовательностей или путем ручного выравнивания и визуального контроля. Необязательно, идентичность существует в области, которая составляет по меньшей мере около 50 нуклеотидов в длину, или более предпочтительно в области, которая составляет от 100 до 500 или 1000 или более нуклеотидов в длину. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, идентичность существует по всей длине последовательности 16S rРНК или 16S rДНК последовательности.
Дополнительно или альтернативно, две или более последовательности могут быть оценены на выравнивание между последовательностями. Термины "выравнивание" или процент "выравнивания" в контексте двух или более последовательностей нуклеиновых кислот или аминокислот, относятся к двум или более последовательностям или подпоследовательностям, которые являются одинаковыми. Две последовательности являются «по существу выровненными», если две последовательности имеют определенный процент аминокислотных остатков или нуклеотидов, которые являются одинаковыми (например, на по меньшей мере 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% (99%, 99,5%, 99,6%, 99,7%, 99,8% или 99,9% идентичны) в определенной области или по всей последовательности при сравнении и выравнивании для максимального соответствия по окну сравнения или определенной области, как измерено с использованием одного из следующие алгоритмы сравнения последовательностей или путем ручного выравнивания и визуального контроля. Необязательно, выравнивание существует в области, которая составляет по меньшей мере около 50 нуклеотидов в длину, или более предпочтительно в области, которая составляет от 100 до 500 или 1000 или более нуклеотидов в длину. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, идентичность существует по длине последовательности 16S rРНК или 16S rДНК.
Для сравнения последовательностей, как правило, одна последовательность действует в качестве ссылочной последовательности, с которой сравнивают трестируемые последовательности. Способы выравнивания последовательностей для сравнения хорошо известны в данной области техники. Смотрите, например, алгоритм локальной гомологии Смита и Ватермана (1970) Adv. Appl. Math. 2:482c ,алгоритм выравнивания по гомологии Нидлмана и Вунша, J. Mol. Biol. 48:443, 1970, способ поиска подобия Пирсона и Липмана. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444, 1988, компьютеризированные воплощения этих алгоритмов (GAP, BESTFIT, FASTA, и TFASTA в Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group. Madison. WI),или выравнивание в ручную или визуальный контроль (смотрите, например, Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)). Два примера алгоритмов, которые являются подходящими для определения процента идентичности последовательностей и подобия последовательностей, представляют собой алгоритмы BLAST и BLAST 2.0, которые описаны в Altschul et al., Nuc. Acids Res. 25:3389-3402, 1977; and Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990, соответственно.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие множество очищенных бактериальных штаммов. в одном варианте выполнения 16S rДНК последовательности очищенных бактериальных штаммов композиций сравнили с16S rДНК последовательностями известных бактериальных видов/штаммов в базе данных бактериального генома, чтобы идентифицировать ближайшие родственные бактериальные виды для  бактериальных штаммов, раскрытых в настоящей заявке, (смотрите, например, Таблицу 1 и Таблицу 3). Следует также отметить, что множество бактериальных штаммов композиций, раскрытых в настоящей заявке, могут иметь одни и те же  ближайшие родственные бактериальные штаммы. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов или видов с 16S rДНК последовательностями, которые имеют гомологию с последовательностью нуклеиновой кислоты любой из последовательностей, представленных SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, виды с 16S rДНК последовательностями и гомологией с последовательностью нуклеиновой кислоты любого из ближайших родственных видов любого из штаммов, описанных в настоящей заявке, соответствуют бактериальным штаммам с 16S rДНК последовательностью, представленной SEQ ID NO:27-52. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов или видов с 16S rДНК последовательностями, которые имеют гомологию с последовательности нуклеиновой кислоты любой из последовательностей, представленных SEQ ID NO:1-21. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, виды с 16S rДНК последовательностями с гомологией последовательности нуклеиновой кислоты любого из ближайших родственных видов любого из штаммов, описанных в настоящей заявке, соответствуют бактериальным штаммам с 16S rДНК последовательностями, представленными SEQ ID NO:27-47. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов или видов с 16S rДНК последовательностями, которые имеют гомологию с последовательности нуклеиновой кислоты любой из последовательностей, представленных SEQ ID NO:1-11. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, виды с 16S rДНК последовательностями с гомологией последовательности молекулы нуклеиновой кислоты любого из ближайших родственных видов любого из штаммов, описанных в настоящей заявке, соответствуют бактериальным штаммам с 16S rДНК последовательностями, представленными SEQ ID NO:27-37. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов или видов с 16S rДНК последовательностями, которые имеют гомологию с последовательности нуклеиновой кислоты любой из последовательностей, представленных SEQ ID NO:12-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, виды с 16S rДНК последовательностями с гомологией последовательности молекулы нуклеиновой кислоты любого из ближайших родственных видов любого из штаммов, описанных в настоящей заявке, соответствуют  бактериальным штаммам с 16S rДНК последовательностями, представленными SEQ ID NO:38-52. В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов или видов с 16S rДНК последовательностями, которые гомологичны последовательности нуклеиновой кислоты любой из последовательностей, представленных SEQ ID NO:12-21. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, виды с 16S rДНК последовательностями гомологией последовательности молекулы нуклеиновой кислоты любого из ближайших родственных видов любого из штаммов, описанных в настоящей заявке, соответствуют бактериальным штаммам с 16S rДНК последовательностями, представленными SEQ ID NO:38-47.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат по меньшей мере один бактериальный штамм (например, очищенный бактериальный штамм), описанный в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, которые содержат по меньшей мере один бактериальный штамм, содержат по меньшей мере один бактериальный штамм с 16S rДНК последовательностью, выбранной из одной из SEQ ID NO:1-26. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, которые содержат по меньшей мере один бактериальный штамм, содержат по меньшей мере один бактериальный штамм с 97% гомологичностью 16S rДНК последовательности, выбранной из любой из SEQ ID NO:1-26.  В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, которые содержат по меньшей мере один бактериальный штамм, содержат по меньшей мере один бактериальный штамм с 97% гомологичностью 16S rДНК последовательности, выбранной из любой из SEQ ID NO:1-26.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат два или более бактериальных штамма. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, или по меньшей мере 20 или более бактериальных штамма (например, очищенные бактериальные штаммы).
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 50% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 50% бактериальных штаммов принадлежит роду Bacteroides или Parabacteroides. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более штаммов принадлежит роду Bacteroides, и один или более штаммов принадлежит  роду Parabacteroides. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 25% бактериальных штаммов принадлежит семейству Bacteroidaceae. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов принадлежит роду Bacteroides. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов принадлежит роду Parabacteroides.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция не включает бактериальные штаммы, которые принадлежат отряду Bacteriodales.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 50% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 75% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, по меньшей мере 90% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают E. coli. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Bifidobacterium. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Bacillus. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Enterococcus. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Barnesiella. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают B. fragilis. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают B. thetaiotaomicron. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Akkermansia. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Proteobacteria. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Burkholderia. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают виды клостридий, принадлежащие  Cluster IV. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают Faecalibacterium. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, не включают виды клостридий, принадлежащие  Cluster XIVa. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции не содержат грибы, такие как вида Monilla.
Одним объектом настоящего изобретения являются очищенные фракции образца фекалий человека, которые могут индуцировать CD8 T клетки.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов представляют собой бактерия человеческого происхождения. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, все из бактериальных штаммов представляют собой бактерии, встречающиеся у человека. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальные штаммы происходят из одного или более человеческих доноров.
Бактериальные штаммы, применяемые в композициях, обеспеченных в настоящей заявке, в общем выделяют из микробиомы здоровых индивидуумов. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают штаммы, происходящие из одного индивидуума. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают штаммы, происходящие из множества индивидуумов. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы получают из множества индивидуумов, выделенных и выращенных индивидуально. Бактериальные композиции, которые выращивают индивидуально, затем могут быть объединены для обеспечения композиций согласно изобретению. Следует также отметить, что происхождение бактериальных штаммов композиций, обеспеченных в настоящей заявке, не ограничено микробиолог человека из здорового индивидуума. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы происходят из человека с микробиомом при дисбактериозе. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы происходят из нечеловеческих животных или окружающей среды (например, почвы или водной поверхности). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, комбинации бактериальных штаммов, обеспеченные в настоящей заявке, происходят из множества источников (например, человека и нечеловеческих животных).
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция включает одну или более анаэробных бактерий. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция включает только анаэробные бактерии. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция включает  одну или более факультативных анаэробных бактерий. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция включает только факультативные анаэробные бактерии. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция включает одну или более облигатных анаэробных бактерий. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция включает только облигатные анаэробных бактерий.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов не имеют ген устойчивости к антибиотику. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, бактериальные штаммы не имеют ген устойчивости к антибиотику, который придает бактериальному штамму устойчивость к ванкомицину.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиции не включают бактериальные штаммы, которые устойчивы к одному или более антибиотикам. Следует также отметить, что может быть желательно иметь механизм для удаления обеспеченных в настоящей заявке бактериальных композиций из организма после введения. Одним таким механизмом является удаление бактериальных композиций посредствам антибиотического лечения. Таким образом, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции не включают бактериальные штаммы, которые устойчивы к одному или более антибиотикам. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции не включают бактериальные штаммы, которые устойчивы к одному или более антибиотикам, выбранным из группы, состоящей из пенициллина, бензилпенициллина, ампициллина, сульбактама, амоксициллина, клавуланата, тазобактама, пиперациллина, цефметазола, ванкомицина, имипенема, меропенема, метронидазола и клиндамицина. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции не включают бактериальные штаммы, которые устойчивы к ванкомицину.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере четырем антибиотикам, которые эффективны в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере трем антибиотикам, которые эффективны в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере двум антибиотикам, которые эффективны в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере одному антибиотику, который эффективен в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают только бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере четырем антибиотикам, которые эффективны в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают только бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере трем антибиотикам, которые эффективны в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают только бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере двум антибиотикам, которые эффективны в отношении людей. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают только бактериальные штаммы, которые чувствительны к по меньшей мере один антибиотик, который эффективен в отношении людей. (“Антибиотик, который эффективен в отношении людей”, как применяется в настоящей заявке, представляет собой антибиотик, который применялся для успешного лечения бактериальных инфекций у людей).
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов являются спорообразующими. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов находятся в форме споры. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов являются неспорообразующими.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, описанные в настоящей заявке, содержат спорообразующие и неспорообразующие бактериальные штаммы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, описанные в настоящей заявке, содержат спорообразующие бактериальные штаммы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, описанные в настоящей заявке, содержат только спорообразующие бактериальные штаммы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, описанные в настоящей заявке, содержат только неспорообразующие бактериальные штаммы. Спорообразующие бактерии могут быть в форме спор (то есть в виде спор) или в вегетативной форме (то есть в виде вегетативных клеток). В форме спор бактерии обычно более устойчивы к условиям окружающей среды, таким как тепло, кислота, радиация, кислород, химические вещества и антибиотики. Напротив, в вегетативном или активно растущем состоянии бактерии более восприимчивы к таким условиям окружающей среды, чем в форме спор. Как правило, бактериальные споры способны прорастать из формы спор в вегетативное/активно растущее состояние при соответствующих условиях. Например, бактерии в форме спор могут прорасти, когда они введены в кишечник.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один (например, 1, 2, 3, 4, 5, или более) бактериальный штамм в композиции является спорообразующим. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один (например, 1, 2, 3, 4, 5, или более) бактериальный штамм в композиции находится в форме спор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один (например, 1, 2, 3, 4, 5, или более) бактериальный штамм в композиции является неспорообразующим. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один (например, 1, 2, 3, 4, 5, или более) бактериальный штамм в композиции находится в вегетативной форме (как раскрыто ранее, спорообразующие бактерии также могут быть в вегетативной форме). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один (например, 1, 2, 3, 4, 5, или более) бактериальный штамм в композиции находится в форме спор, и по меньшей мере один (например, 1, 2, 3, 4, 5, или более) бактериальный штамм в композиции находится в вегетативной форме. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один бактериальный штамм, который рассматривается как способный образовывать споры (т.е. спорообразующий), но присутствующий в композиции в вегетативной форме. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, по меньшей мере один бактериальный штамм, который рассматривается как способный образовывать споры, присутствует в композиции как в форме спор, так и в вегетативной форме.
Предполагается, что бактериальные штаммы композиций, обеспеченных в настоящей заявке, являются живыми и будут живы, когда они достигнут целевой области (например, кишечника). Бактериальные споры рассматриваются как живые в этом отношении. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения бактерии, которые вводятся в виде спор, могут прорасти в целевой области (например, кишечнике). Кроме того, следует понимать, что не все бактерии являются живыми, и композиции могут включать процент (например, по массе), который не является живым. Кроме того, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения композиции включают бактериальные штаммы, которые не являются живыми при введении или в то время, когда композиция достигает целевой области (например, кишечника). Предполагается, что неживые бактерии все еще могут быть полезны, предоставляя некоторые питательные вещества и метаболиты для других бактериальных штаммов в композиции.
В любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы очищают. В любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы выделяют. Любой бактериальный штамм, описанный в настоящей заявке, может быть выделен и/или очищен, например, из источника, такого как культура или образец микробиоты (например, фекалии). Бактериальные штаммы, применяемые в композициях, обеспеченных в настоящей заявке, в общем выделяют из микробиомы здоровых индивидуумов. Однако бактериальные штаммы также могут быть выделены из индивидуумов, которые не рассматриваются как нездоровые. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции включают штаммы, происходящие из множество индивидуумов. Как применяется в настоящей заявке, термин “выделенные” бактерии означит бактерии, которые были отделены от одного или более нежелательных компонентов, таких как другая бактерия или бактериальный штамм, одного или более компонентов питательной среды и/или одного или более компонентов образца, такого как фекальный образец. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения бактерии по существу выделены из источника, так что другие компоненты источника не обнаруживаются. Как также применяется в настоящей заявке, термин “очищенный” относится к бактериальному штамму или композиции, содержащей его, который был отделен от одного или более компонентов, таких как загрязнители. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальный штамм по существу свободен от загрязняющих веществ. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, один или более бактериальных штаммов композиции могут быть независимо очищены от одной или более других бактерий, полученных и/или присутствующих в культуре или образце, содержащем бактериальный штамм. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальный штамм выделяют или очищают из образца и затем культивируют в соответствующих условиях для репликации бактерий, например, в условиях анаэробной культуры. Бактерии, которые выращивают при соответствующих условиях для размножения бактерий, могут впоследствии быть выделены/очищены из культуры, в которой они выращены.
Одним объектом настоящего изобретения являются бактериальные штаммы и смеси бактериальных штаммов с уникальными биологическими свойствами. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция индуцирует пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ T-клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы композиций, обеспеченных в настоящей заявке, могут индуцировать пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ T-клеток, из-за синергизма между бактериальными штаммами. Таким образом, без ограничения конкретным механизмом, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, комбинация бактериальных штаммов композиций, обеспеченных в настоящей заявке, действует синкретически при индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток, потому что комбинация штаммов особенно хорошо подходит для генерации метаболитов и/или клеточных сигналов, которые стимулируют индукцию пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток. Бактериальные композиции могут делать это, например, путем использования питательных веществ в желудочно-кишечном тракте (например, толстой кишки или слепой кишки), и/или метаболических взаимодействий, которые приводят к метаболитам и/или клеточным сигналам, которые стимулируют индукцию пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток. Кроме того, без ограничения конкретным механизмом, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, комбинация бактериальных штаммов композиций, обеспеченных в настоящей заявке, действует синергетически при индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток, потому что комбинация штаммов является превосходной при имплантации определенных ниш в желудочно-кишечном тракте (например, толстой кишки или слепой кишки), что приведет к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток (например, путем обеспечения благоприятной микроокружения). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, комбинация бактериальных штаммов композиций, обеспеченных в настоящей заявке, действует синергетически при индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток, потому что комбинация штаммов особенно хорошо подходит для генерации метаболитов и/или клеточных сигналов, которые стимулируют индукцию пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток, и комбинация хорошо подходит для приживления в определенных нишах, что приводят к локализации метаболитов и/или клеточных сигналов в мишени для индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток
Лечение заболеваний
Рак
Одним объектом настоящего изобретения являются композиции и способы для лечения заболеваний у субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект страдает от рака. В одном варианте выполнения рак, который можно лечить в соответствии с композициями и способами, обеспеченными в настоящей заявке, включает, без ограничения к этому, следующее: карцинома, глиома, мезотелиома, меланома, лимфома, лейкимия, аденокарцинома, рак молочной железы, рак яичников, рак шейки матки, глиобластома, множественная миелома, рак предстательной железы, Лимфома Беркита, рак головы и шеи, рак толстой кишки, рак ободочной кишки, немелкоклеточный рак легких, мелкоклеточный рак легких, рак пищевода, рак желудка, рак поджелудочной железы, гепатобилиарный рак, рак желчного пузыря, рак тонкого кишечника, рак прямой кишки, рак почек, рак мочевого пузыря, рак предстательной железы, рак полового члена, рак уретры, рак яичка, рак влагалища, рак матки, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечников, панкреотический эндокринный рак, карциноидный рак, рак костей, рак кожи, ретинобластома, Лимфома Ходжкина, неходжкинская лимфома, Саркома Капоши, многоочаговая болезнь Кастлемана, AIDS-связанная первичная эффузионная лимфома, нейроэктодермальная опухоль, или рабдомиосаркома. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, раком является рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, немелкоклеточный рак легких, уротелиальная карцинома, меланома, или почечно-клеточная карцинома. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект подвергается лучевой терапии.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одного или более противораковых средств. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, противораковое средство представляет собой средство противораковой иммунотерапии.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, средство противораковой иммунотерапии представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, средство противораковой иммунотерапии представляет собой противораковую вакцину, которая усиливает реакцию иммунной системы субъекта на раковые клетки. Например, противораковые вакцины включают раковый антиген (антигены), которые действуют, чтобы индуцировать или стимулировать иммунный ответ против клеток, несущих раковый антиген (антигены). Иммунный ответ, индуцированный или стимулируемый, может включать антитело-опосредованный (гуморальный) иммунный ответ и/или Т-клеточный (клеточно-опосредованный) иммунный ответ. CD8+ T-клетки могут дифференцироваться в цитотоксические T-клетки, которые убивают клетки-мишени, несущие антиген, распознаваемый CD8+ T-клетками. Следовательно, индукция CD8+ Т-клеток может усиливать иммунный ответ на раковые антигены, обеспеченные в противораковой вакцине.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, средство противораковой иммунотерапии представляет собой CAR-T терапевтическое средство. Клетки CAR-T включают T-клетки, взятые у пациента, которые были генетически модифицированы для продуцирования химерных антигенных рецепторов (CAR) на их поверхности. CAR разработаны для распознавания специфического антигена на раковых клетках. После введения клеток CAR-T пациенту они распознают и убивают раковые клетки, которые экспрессируют специфический антиген на их поверхностях. Индукция CD8+ Т-клеток полезна для обеспечения клеток для превращения в клетки CAR-T.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одного или более цитокинов. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, цитокином является IL-2, IL-15, или IL-21.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одного или более костимулирующих  средств. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, костимулирующее средство представляет собой CD-28, OX-40, 4-1BB, или CD40 антитело.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение одной или более вакцин. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, способ дополнительно включает введение терапии адоптивного переноса клеток. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных T-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одно или более противораковых средств. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, противораковое средство представляет собой средство противораковой иммунотерапии. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, средство противораковой иммунотерапии представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, CTLA-4 ингибитор, IDO1 ингибитор, LAG3 ингибитор или TIM3 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, PD-1 ингибитор представляет собой ниволумаб. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, PD-1 ингибитор представляет собой пембролизумаб. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, PD-1 ингибитор представляет собой пидилузимаб. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-L-1 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, PD-L-1 ингибитор представляет собой атезолизумаб. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, PD-L-1 ингибитор представляет собой авелумаб. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, PD-L-1 ингибитор представляет собой дурвалумаб. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, CTLA-4 ингибитор представляет собой анти-CTLA-4 антитело. Примеры анти-CTLA-4 антител включают, без ограничения к этому, ипилимумаб, тремелимумаб (CP-675,206), 9H10, 4F10, и 9D9. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, CTLA-4 ингибитор представляет собой ипилимумаб. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, CTLA-4 ингибитор представляет собой тремелимумаб. Кроме того, необходимо отметить, что множество противораковых агентов  (например, ингибиторы контрольных точек иммунного ответа) могут быть включены в композиции и способы, раскрытые в настоящей заявке. Например, в неограничивающем примере,  композиции и способы, раскрытые в настоящей заявке, включают как PD-1 ингибитор, так и CTLA-4 ингибитор.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis, и PD-1 ингибитор.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis, и PD-L-1 ингибитор.
Одним объектом настоящего изобретения является композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis, и CTLA-4 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11, и PD-1 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11, и PD-L-1 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11, и CTLA-4 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11, и PD-1 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11, и PD-L-1 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11, и CTLA-4 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, и SEQ ID NO:64, и PD-1 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, и SEQ ID NO:64, и PD-L-1 ингибитор.
В одном варианте выполнения настоящее изобретение обеспечивает композиции, содержащие очищенную бактериальную смесь, содержащую бактериальные штаммы, содержащие 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, и SEQ ID NO:64, и CTLA-4 ингибитор.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно включает один или более цитокинов. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, цитокин представляет собой IL-2, IL-15, или IL-21. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одно или более костимулирующее средство. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, костимулирующее средство представляет собой CD-28, OX-40, 4-1BB, или CD40 антитело.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одну или более вакцин. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция объединена с терапией адоптивного переноса клеток. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных T-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
Инфекционное заболевание
В одном варианте выполнения настоящее изобретение включает композиции и способы лечения заболеваний у субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект страдает от инфекционного заболевания. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, инфекционным заболеванием является бактериальная инфекция, вирусная инфекция, паразитическая инфекция, или грибковая инфекция. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, инфекционным заболеванием является вирусная инфекция. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, вирусная инфекция представляет собой ВИЧ. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, инфекцией является инфекция, вызванная вирусом гепатита.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, могут применяться в качестве фармацевтической композиции для профилактики или лечения (снижения, частичного или полного, неблагоприятных эффектов) инфекционного заболевания, такого как бактериальная инфекция, вирусная инфекция, паразитическая инфекция, и  грибковая инфекция.
Бактериальные инфекции, которые можно лечить согласно способам, обеспеченным в настоящей заявке, включают, но без ограничения к этому, P. aeruginosa, E. coli, C. tetani, N. gonorrhoeae, C. botulinum, Klebsiella sp., Serratia sp., Pseudomanas sp., P. cepacia, Acinetobacter sp., S. epidermis, E. faecalis, S. pneumonias, S. aureus; S. mutans, Haemophilus sp., Neisseria Sp., N. meningitides, Bacteroides sp., Citrobacter sp., Branhamella sp., Salmonella sp., Shigella sp., S. pyogenes, Proteus sp., Clostridium sp., Erysipelothrix sp., Listeria sp., Pasteurella multocida, Streptobacillus sp., Spirillum sp., Fusospirocheta sp., Treponema pallidum, Borrelia sp., Actinomycetes, Mycoplasma sp., Chlamydia sp., Rickettsia sp., Spirochaeta, Borellia burgdorferi, Legionella sp., Mycobacteria sp, Ureaplasma sp, Streptomyces sp., Trichomoras sp., P. mirabilis; vibrio cholera, enterotoxigenic Escherichia coli, Clostridium difficile, Salmonella typhi, C. diphtheria, Mycobacterium leprae, Mycobacterium lepromatosi. Бактериальные инфекции, вызванные бактериями, устойчивыми к лекарственным средствам, которые можно лечить согласно способам, обеспеченным в настоящей заявке, включают, но без ограничения к этому, Clostridium perfringens; Clostridium botulinum; Clostridium tributrycum; Clostridium sporogenes; Escherichia coli; Pseudomonas aeruginosa, такие как резистентные к множеству лекарственных средств Pseudomonas aeruginosa; Ванкомицинорезистентные энтерококки (VRE); карбапенем-устойчивые энтеробактерии (CRE); Neisseria gonorrheae; акинетобактерии, резистентные к множеству лекарственных средств акинетобактерии; кампилобактеры; резистентные к множеству лекарственных средств кампилобактеры; кандида, флуконазол-резистентные кандида, энтеробактерии, продуцирующие бета-лактамазу расширеного спектра действия (ESBL); Salmonella, Salmonella Typhimurium, устойчивые к лекарственному средству нетифоидные Salmonella spp.; устойчивые к лекарственному средству Salmonella Typhi; устойчивые к лекарственному средству Shigella; Staphylococcus aureus, такие как метициллин-резистентные S. aureus или ванкомицин-резистентные S. aureus; устойчивые к лекарственному средству Streptococcus pneumoniae; устойчивые к лекарственному средству Tuberculosis; эритромицин-резистентные стрептококки группы А; клиндамицин-резистентные стрептококки группы B, и любые их комбинации.
Вирусные инфекции, которые можно лечить согласно способам, обеспеченным в настоящей заявке, включают, но без ограничения к этому,  пикорнавирусы, Калицивирусы, Тогавирусы, Флавивирусы, Коронавирусы, Рабдовирусы, Филовирусы, Парамиксовирусы, Ортомиксовирусы, Буньявирусы, аренавирусы, Реовирусы, Ретровирусы, Гепаднавирусы, Парвовирусы, Паповавирусы, Аденовирусы, семейство вирусов герпеса, поксвирус, ротавирус, вирус парагриппа, вирус A и B гриппа, вирус гепатита, сифилис, ВИЧ, вирус бешенства, вирус Эпштейна-Барр, и вирус простого герпеса.
Вирусные инфекции, которые можно лечить согласно способам, обеспеченным в настоящей заявке, включают, но без ограничения к этому,  Plasmodium falciparum, P. vivax, P. ovale, P. malaria, Toxoplasma gondii, Leishmania mexicana, L. tropica, L. major, L. aethiopica, L. donovani, Trypanosoma cruzi, T. brucei, Schistosoma mansoni, S. haematobium, S. japonium, Trichinella spiralis, Wuchereria bancrofti, Brugia malayli, Entamoeba histolytica, Enterobius vermiculoarus, Taenia solium, T. saginata, Trichomonas vaginatis, T. hominis, T. tenax; Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum, Pneumocytis carinii, Babesia bovis, B. divergens, B. microti, Isospore belli, L hominis, Dientamoeba jragiles, Onchocerca volvulus, Ascaris lumbricoides, Necator americanis, Ancylostoma duodenale, Strongyloides stercoralis, Capillaria philippinensis, Angiostrongylus cantonensis, Hymenolepis nana, Diphyllobothrium latum, Echinococcus granulosus, E. multilocularis, Paragonimus westermani, P. caliensis, Chlonorchis sinensis, Opisthorchis felineas, G. Viverini, Fasciola hepatica, Sarcoptes scabiei, Pediculus humanus, Phthirius pubis, и Dermatobia hominis.
Грибковые инфекции, которые можно лечить согласно способам, обеспеченным в настоящей заявке, включают, но без ограничения к этому, Cryptococcus neoformans, Blastomyces dermatitidis, Aiellomyces dermatitidis, Histoplasfria capsulatum, Coccidioides immitis, Candida species, включая C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. guilliermondii и C. krusei, Aspergillus species, включая A. fumigatus, Aflavus, A. niger, Rhizopusspecies, Rhizomucor species, Cunninghammella species, Apophysomyces species, включая A. saksenaea, A. mucor и A. absidia, Sporothrix schenckii, Paracoccidioides brasiliensis, Pseudallescheria boydii, Torulopsis glabrata; и Dermatophyres species.
Одним объектом настоящего изобретения является вакцина, содержащая любую из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, и антиген. В некоторых вариантах выполнения вакцин, обеспеченных в настоящей заявке, антиген представляет собой ВИЧ антиген. В некоторых вариантах выполнения вакцин, обеспеченных в настоящей заявке, антиген представляет собой антиген гепатита. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные композиции вводят в качестве адьюванта в комбинации с антигенным материалом. Антигенный материал может включать одну или более частей белковой оболочки, белкового ядра или функциональных белков и пептидов патогена или полного патогена (живого, убитого, инактивированного или аттенуированного) или может содержать один или множество эпитопов рака или антигенов рака. Антигенный материал может вводиться совместно, вводиться до или вводиться после бактериальной композиции. Бактериальная композиция также может вводиться с  существующими мукозальными вакцинами, такими как вакцины против гриппа (например, FluMist от Medlmmune или NASOVAC от Serum Institute of India), ротавирусные вакцины (например, RotaTeq от Merck или Rotarix от GlaxoSmithKline), вакцины против брюшного тифа (например, Vivotif от Crucell, Ty21A), вакцины против холеры (например, Orochol от Crucell, Shanchol от Shantha Biotechnics), вакцины против диареи путешественников (например, Dukoral от Crucell) и с антигенами живого аттенуированного штамма HI вируса гриппа A, живого аттенуированного штамма H3 вируса гриппа A, вируса гриппа B, живого аттенуированного вируса гриппа H1N1 (свиной грипп), живого аттенуированного ротавируса, моно- и многовалентного полиовируса, живого аттенуированного Salmonella Typhi, живого рекомбинантного Vibrio cholerae, лишенного субъединицы A токсина холеры, цельного убитого Vibrio cholerae 01 classic и биотипов El Tor с или без субъединицой B токсина холеры, антигенами рака, эпитопами рака и их комбинациями.
Аутоиммунное заболевание или аллергическое заболевание
В одном варианте выполнения настоящее изобретение включает композиции и способы для лечения заболеваний у субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект страдает от аутоиммунного заболевания или аллергического заболевания.
Композиции и способы согласно настоящему изобретению могут применяться для  профилактики или лечения аутоиммунного заболевания или аллергического заболевания. Аутоиммунное заболевание, которое можно лечить, включает, но без ограничения к этому, воспалительное заболевание кишечника, системную красную волчанку, ревматоидный артрит, рассеянный склероз, или Тиреоидит Хашимото. Аллергические заболевания, которые можно лечить, включают, но без ограничения к этому, пищевую аллергию, пальцевую аллергию или астму.
Дополнительные примеры аутоиммунного заболевания и аллергического заболевания, которые можно лечить согласно способам и композициям, обеспеченным в настоящей заявке, включают, без ограничения, отторжение при пересадке органов, как например воспалительное заболевание кишечника (IBD), неспецифический язвенный колит, болезнь Крона, трофические афты, аутоиммунные артриты, ревматоидный артрит, диабет типа I, рассеянный склероз, болезнь трансплантат против хозяина после трансплантации костного мозга, остеоартрит, ювенильный хронический артрит, артрит Лайма, псориатический артрит, реактивный артрит, spondy loarthropathy, системная красная волчанка, инсулинзависимый сахарный диабет, струмит, астма, псориаз, дерматит склеродермии, атопический дерматит, болезнь трансплантата против хозяина, острое или хроническое иммунное заболевание, связанное с трансплантацией органов, саркоидоз, атеросклероз, генерализованный тромбогеморрагический синдром, болезнь Кавасаки, болезнь Грейвса, нефротический синдром, синдромом хронической усталости, синдром Вегенера, болезнь Шенлейн-Геноха, микроскопический васкулит почек, хронический активный гепатит, увеит, септический щок, синдром токсического шока, септический синдром, кахексия, синдром приобретенного иммунодефицита, острый поперечный миелит, болезнь Хантингтона, болезнь Паркинсона, синдром Альцгеймера, инсульт, билиарный первичный цирроз печени, гемолитическая анемия, полигландулярная недостаточность типа I и полигландулярная недостаточность типа II, синдром Шмидта, взрослое (острое) респираторное заболевание, алопеция, гнездная алопеция, серонегативная артопатия, артропатия, синдром Рейтера, псориатическая артропатия, хламидия, иерсиния и сальмонелла-связанная артропатия, спондилоартропатия, атероматическое заболевание/артериосклероз, аллергический колит, атопическая аллергия, пищевые аллергии, такие как аллергия на арахис, аллергия на древесные орехи, аллергия на яйца, аллергия на молоко, аллергия на сою, аллергия на пшеницу, аллергия на морепродукты, аллергия на моллюсков или кунжутное семя, аутоиммунное буллезное заболевание, пузырчатка обыкновенная, эксфолиативная пузырчатка, пемфигоид, болезнь Iinear IgA, аутоиммунная гемолитическая анемия, аутоиммунная гемолятическая анемия с неполными тепловыми агглютининами, приобретенное злокачественное малокровие, ювенильное злокачественное малокровие, миальгический энцефалит/синдром хронической усталости, хронический кандидоз кожи и слизистых, гигантоклеточный артериит, первичный скоеродирующий гепатит, криптогенный аутоиммунный гепатит, иммунный приобретенный дефицит, заболевания, связанные с иммунным приобретенным дефицитом, гепатит C, общий вариабельный иммунодефицит (неклассифицируемая вариабельная гипогаммаглобулинемия), дилятационная кардиомиопатия, фиброзирующие болезни легких, криптогенный фиброзирующий альвеолит, поствоспалительный интерстициальный легочный процесс, интерстициальный пневмонит, связанное с заболеванием соединительной ткани интерстициальное заболевание легких, связанное со смешанным заболеванием соединительной ткани заболевание легких, связанное со системным склерозом интерстициальное заболевание легких, ревматоидный артрит-связанное интерстициальное заболевание легких, системная красная волчанка-связанное заболевание легких, болезнь Вагнера/полимиозит-связанное заболевание легких, синдром Сёгрена-связанное заболевание легких, анкилозирующий спондилит-связанное заболевание легких, васкулитная диффузная болезнь легких, гемосидероз-связанное заболевание легких, вызванное лекарственным средством интерстициальное заболевание легких, лучевой фиброз, облитерирующий бронхиолит, хронический эозинофильный пневмонит, лимфоцитарная инфильтративная болезнь легких, постинфекционная интерстициальная легочная болезнь, подагрический артрит, аутоиммунный гепатит, аутоиммунный гепатит типа-l (классический аутоиммунный или волчаночный гепатит), аутоиммунный гепатит типа-2 (анти-LKM антитело-опосредованный гепатит), аутоиммунно-опосредованная гипогликемия, устойчивость к инсулину типа B с папиллярно-пигментной дистрофией кожи, гипопаратиреоз, острое иммунное заболевание, связанное с трансплантацией органов, хроническое иммунное заболевание, связанное с трансплантацией органов, остеоартроз, первичный склерозирующий холангит, идиопатическая лейкопения, аутоиммунная нейтропения, почечное заболевание NOS, гломерулонефрит, микроскопический васкулит почек, дискоидная волчанка, эритематоз, мужское бесплодие идиопатическое или NOS, аутоиммунность спермы, рассеянный склероз (все подтипы), инсулинозависимый сахарный диабет, метастатическая офтальмия, легочная гипертензия, вторичная к заболеванию соединительной ткани, синдром Гудпасчера, легочное проявление нодозного полиартериита, острая ревматоидная лихорадка, анкилозирующий спондилоартрит, синдром Стилла, системный склероз, болезнь отсутствия пульса/артериит, болезнь Верльгофа, идиопатическая тромбоцитопения, аутоиммунное заболевание щитовидной железы, гипертиреоз, зобный аутоиммунный гипотиреоз (Тиреоидит Хашимото), атрофический аутоиммунный гипотиреоз, первичная микседема, белково-анафилактический увеит, первичный васкулит, витилиго, аллергический ринит (пыльцевая аллергия), анафилаксис, аллергия на домашних животных, аллергия на латекс, аллергия на лекарственное средство, аллергический риноконъюнктивит, эозинофильный эзофагит, гиперэозинофильный синдром, эозинофильный гастроэнтерит, кожная красная волчанка, эозинофильный эзофагит, гиперэозинофильный синдром, эозинофильный гастроэнтерит, и диарея.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения способов и композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция дополнительно содержит одно или более противовоспалительных средств. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения способов и композиций, обеспеченных в настоящей заявке, противовоспалительное средство представляет собой нестероидное противовоспалительное средство (NSAID). Примерные NSAID включают, но без ограничения к этому, аспирин, ибупрофен, напроксен, целекоксиб, рофекоксиб, диклофенак, дифлунизал, этодолак, фенопрофен, флурбипрофен, кетопрофен, кеторолак, мефенаминовая кислота, мелоксикам, набуметон, оксапрозин, пироксикам, сулиндак, толметин и их комбинации. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, NSAID представляет собой иммуноселективное противовоспалительное производное (ImSAID).
Лечение заболевания
Одним объектом настоящего изобретения являются композиции и способы для лечения заболевания у субъекта. В одном варианте выполнения, и без ограничения к этому, композиции, раскрытые в настоящей заявке, могут лечить заболевание, так как их введение приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, настоящее изобретение обеспечивает композиции и способы для лечения заболеваний у субъекта для заболеваний, которые можно лечить посредством индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения,  заболевания, которые можно лечить посредством индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток, представляют собой рак, инфекционное заболевание, аутоиммунное заболевание или аллергическое заболевание.
Одним объектом настоящего изобретения является способ лечения заболевания у субъекта, включающий введение любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, субъекту в эффективном количестве для лечения заболевания. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с пролиферацией и/или аккумуляцией CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта до введения композиции. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции. В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200%, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции.
Любая из композиций, описанных в настоящей заявке, может вводиться субъекту в терапевтически эффективном количестве или дозе терапевтически эффективного количества для лечения или профилактики заболевания (например, рака или инфекционного заболевания). Термины «лечить» или «лечение» относятся к уменьшению или облегчению одного или более симптомов, связанных с заболеванием (например, раком или инфекционным заболеванием). Термин «профилактика» или «предотвращение» охватывает профилактическое введение и может снизить частоту или вероятность возникновения заболевания (например, рака или инфекционного заболевания).  Например, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, введение композиций, обеспеченных в настоящей заявке, приводит к здоровой микробиоме, которая индуцирует пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ T-клеток, тем самым защищая субъект от рака и/или инфекционного заболевания.
Как применяется в настоящей заявке, «терапевтически эффективное количество» композиции, такой как фармацевтическая композиция, представляет собой любое количество, которое приводит к желаемому ответу или результату у субъекта, такому как описанные в настоящей заявке, включая, но без ограничения к этому, профилактику инфекции, иммунный ответ или усиленный иммунный ответ и/или улучшение лечения рака. Следует также отметить, что термин эффективное количество может быть выражен в количестве бактерий или КОЕ, подлежащих введению. Кроме того, следует понимать, что бактерии могут размножаться после введения. Таким образом, введение даже относительно небольшого количества бактерий может иметь терапевтические эффекты.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, терапевтически эффективное количество любой из композиций, описанных в настоящей заявке, представляет собой количество, достаточное для лечения заболевания, например, повышения выживаемости субъекта, подавления инфекции и/или лечения рака.
Любой из описанных в настоящей заявке способов может быть предназначен для лечения рака у субъекта. Как применяется в настоящей заявке, способы лечения рака включают ослабление или облегчение по меньшей мере одного симптома, связанного с раком, или замедление или реверсирование развития рака. Способ лечения рака может, например, устранить или уменьшить опухолевую нагрузку субъекта, уменьшить количество или репликацию раковых клеток и/или предотвратить, отсрочить или ингибировать метастазирование.
В настоящем документе также обеспечиваются способы лечения или профилактики инфекционного заболевания у субъекта. Как применяется в настоящей заявке, способы лечения инфекционного заболевания могут включать ослабление или облегчение по меньшей мере одного симптома, связанного с инфекцией, или замедление или реверсирование развитие инфекции. Способ лечения инфекционного заболевания может, например, устранить или уменьшить нагрузку инфекционного организма (например, бактерий, вирусов, грибков или паразитов) или ингибировать или уменьшить один или более симптомов инфекции. Как также применяется в настоящей заявке, термины «предотвращать», «предотвращение» и «предотвращая» включают введение композиции субъекту для уменьшения или задержки появления клинических или субклинических симптомов, осложнений, патологий или биохимических признаков инфекции или для уменьшения или подавления распространения/передачи инфекционного организма (например, бактерий, вирусов, грибков или паразита).
Настоящее изобретение относится к способам лечения заболевания или состояния у субъекта путем введения терапевтически эффективного количества любой из композиций, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения субъект представляет собой млекопитающих субъект, такой как человек, примат, не являющийся человеком, грызун, кролик, овца, свинья, собака, кошка, лошадь или корова. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, субъектом является человек.
Композиции и способы, описанные в настоящей заявке, могут быть использованы в сочетании с другими видами терапии (то есть комбинированное лечение), такими как дополнительные терапевтические агенты. Примеры дополнительной комбинаторной терапии включают, без ограничения к этому, хирургическое вмешательство, облучение, генную терапию и введение дополнительных терапевтических агентов, таких как химиотерапевтические средства, антибиотики, противовирусные препараты, противогрибковые, антипаразитарные, иммуномодулирующие агенты, противовоспалительные агенты. Как правило, комбинаторная терапия может вводиться одновременно или последовательно (в любом порядке) с помощью композиций и способов, описанных в настоящем документе. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, любую из композиций, описанных в настоящей заявке, вводят одновременно с одним или более дополнительными терапевтическими агентами, например, в однократной дозе или в нескольких дозах, которые вводят по существу в одно и то же время.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, описанные в настоящей заявке, вводят субъекту одновременно с одним или более дополнительными терапевтическими средствами. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, описанные в настоящей заявке, вводят субъекту с последующим введением одного или более дополнительных терапевтических средств. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, любую из композиций, описанных в настоящей заявке, вводят за по меньшей мере около 1 день, 2 дня, 3 дня, 4 дня, 5 дня, 6 дней, 1 неделю, 2 недели, 3 недели, 4 недели, 5 недель, 6 недель, 7 недель, 8 недель, 9 недель, 10 недель, 11 недель, 12 недель, 3 месяца, 4 месяца, 5 месяцев, 6 месяцев или более перед введением одного или более дополнительных терапевтических средств. Альтернативно, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, одно или более терапевтических средств вводят субъекту с последующим введением любой из композиций, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, один или более терапевтических средств вводят по меньшей мере за около 1 день, 2 дня, 3 дня, 4 дня, 5 дней, 6 дней, 1 неделю, 2 недели, 3 недели, 4 недели, 5 недель, 6 недель, 7 недель, 8 недель, 9 недель, 10 недель, 11 недель, 12 недель, 3 месяца, 4 месяца, 5 месяцев, 6 месяцев  или более перед введением любой из композиций, описанных в стоящей заявке.
Дополнительные способы
В объем настоящего изобретения также входят способы оценки присутствует ли  один или более бактериальных штаммов любой из композиций, описанных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если меньше, чем пороговое число бактериальных штаммов обнаруживается в кишечнике субъекта, любую из композиций, описанных в настоящей заявке, вводят субъекту для увеличения числа бактериальных штаммов в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способ дополнительно включает идентификацию субъекта в качестве кандидата для лечения заболевания, на основе числа бактериальных штаммов, обнаруженных в кишечнике.
Измерение уровней наборов биомаркеров также может быть полезным при оценке и лечении заболевания.
В общем, бактериальная популяция кишечника (например, наличие или отсутствие одного или более бактериальных штаммов) может быть определена путем оценки образца, полученного у субъекта, такого как образец кала.
В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ T-клеток в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к присутствию одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не присутствовали в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к приживлению одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не были внедрены в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению числа привитых бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению численности бактерий штаммов бактерий  введенной композиции в кишечнике субъекта. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, введение композиции субъекту приводит к увеличению привитых общих бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
Одним объектом настоящего изобретения является способ, который включает определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов в любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта, где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, композицию вводят субъекту.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, субъект подвергается или будет подвергаться лечению рака.
Одним объектом настоящего изобретения является способ определения должен ли субъект положительно реагировать на лечение рака, где способ включает определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов в любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта, где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, субъект не должен положительно реагировать на лечение рака.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, лечением рака является иммунотерапевтическое лечение рака.
Одним объектом настоящего изобретения является способ уменьшения риска вирусной инфекции у субъекта, где способ включает определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов в любой из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, в кишечнике субъекта, где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, композицию вводят субъекту, таким образом, уменьшая риск вирусной инфекции у человека.
В некоторых вариантах выполнения способов, обеспеченных в настоящей заявке, определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования фекалий субъекта.
Фармацевтические композиции
Одним объектом настоящего изобретения являются фармацевтические композиции, содержащие бактериальные штаммы и комбинации бактериальных штаммов, обеспеченны в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения композиций, обеспеченных в настоящей заявке, композиция представляет собой фармацевтическую композицию. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция содержит фармацевтически приемлемый эксципиент. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для перорального применения. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для ректального введения. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция составлена для доставки в толстую кишку. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, один или более бактериальных штаммов лиофилизирован. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция находится в форме капсулы. В некоторых вариантах выполнения фармацевтических композиций, обеспеченных в настоящей заявке, фармацевтическая композиция дополнительно содержит рН-чувствительную композицию, содержащую один или более кишечнорастворимых полимеров.
Любая из композиций, описанных в настоящей заявке, включая фармацевтические композиции и пищевые продукты, содержащие композиции, может содержать бактериальные штаммы в любой форме, например в водной форме, такой как раствор или суспензия, заключенная в полутвердую форму, в порошкообразной форме или лиофилизированной форме. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиция или бактериальные штаммы композиции лиофилизированы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, подгруппа бактериальных штаммов композиции лиофилизирована. Способы лиофилизации композиций, в частности композиций, содержащих бактерии, хорошо известны в данной области техники. Смотрите, например, US 3,261,761; US 4,205, 132; PCT публикации WO 2014/029578 и WO 2012/098358, которые включены в настоящую заявку в полном объеме посредством ссылки. Бактерии могут быть лиофилизированы в виде комбинации и/или бактерии могут быть лиофилизированы отдельно и объединены перед введением. Бактериальный штамм может быть объединен с фармацевтическим эксципиентом перед объединением его с другим бактериальным штаммом, или несколько лиофилизированных бактерий могут быть объединены, находясь в лиофилизированной форме, и смесь бактерий, сразу после объединения, может быть затем объединена с фармацевтическим эксципиентом. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальный штамм представляет собой лиофилизированный кек. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиции, содержащие один или более бактериальных штаммов,  представляют собой лиофилизированный кек.
Бактериальные штаммы композиции могут быть получены с использованием методов ферментации, хорошо известных в данной области техники. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения активные ингредиенты производятся с использованием анаэробных ферментеров, которые могут поддерживать быстрый рост видов анаэробных бактерий. Анаэробными ферментерами могут быть, например, реакторы с мешалкой или одноразовые волновые биореакторы. Культуральные среды, такие как среды BL и среды EG, или подобные версии этих сред, лишенные компонентов животного происхождения, могут использоваться для поддержки роста видов бактерий. Бактериальный продукт может быть очищен и сконцентрирован из ферментационного бульона традиционными способами, такими как центрифугирование и фильтрация, и может быть необязательно высушен и лиофилизирован способами, хорошо известными в данной области техники.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиция бактериальных штаммов может быть образована для введения в виде фармацевтической композиции. Термин «фармацевтическая композиция», как применяется в настоящей заявке, означает продукт, который получается в результате смешивания или объединения по меньшей мере одного активного ингредиента, такого как любые два или более очищенных бактериальных штамма, описанных в настоящей заявке, и одного или более неактивных ингредиентов, которые могут включать один или более фармацевтически приемлемый эксципиентов.
«Приемлемый» эксципиент относится к эксципиенту, который должен быть совместимым с активным ингредиентом и не вредным для субъекта, которому его вводят. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения фармацевтически приемлемый эксципиент выбирают на основе предполагаемого пути введения композиции, например, композиция для перорального или назального введения может содержать другой фармацевтически приемлемый эксципиент, чем композиция для ректального введения. Примеры эксципиентов включают безмикробную воду, физиологический раствор, растворитель, материал основы, эмульгатор, суспендирующий агент, поверхностно-активное вещество, стабилизатор, ароматизатор, ароматические вещества, наполнитель, среду, консервант, связующее, разбавитель, агент, регулирующий тоничность, успокаивающий агент, наполнитель, дезинтегрирующий агент, буферный агент, покрывающий агент, смазывающее вещество, краситель, подсластитель, загуститель и солюбилизатор.
Фармацевтические композиции может быть получено в соответствии со способами, хорошо известными и обычными в данной области техники (смотрите, например, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20th ed. 2000). Фармацевтические композиции, описанные в настоящей заявке, могут дополнительно содержать любые носители или стабилизаторы в форме лиофилизированной композиции или водного раствора. Приемлемые наполнители, носители или стабилизаторы могут включать, например, буферы, антиоксиданты, консерванты, полимеры, хелатообразующие реагенты и/или поверхностно-активные вещества. Фармацевтические композиции предпочтительно производятся в условиях GMP. Фармацевтические композиции могут применяться перорально, назально или парентерально, например, в форме капсул, таблеток, пилюль, саше, жидкостей, порошков, гранул, тонких гранул, препаратов, покрытых оболочкой, пеллет, пастилок, сублингвальных препаратов, жевательных таблеток, буккальных препаратов, паст, сиропов, суспензий, эликсиров, эмульсий, линиментов, мазей, пластырей, припарок, трансдермальных абсорбционных систем, лосьонов, ингаляций, аэрозолей, инъекций, суппозиторий и тому подобного.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактерии сформулированы для доставки в кишечник (например, тонкую кишку и/или толстую кишку). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения бактерии составлены с  энтеросолюбильным покрытием, которое увеличивает выживаемость бактерий в суровой среде желудка. Энтеросолюбильное покрытие представляет собой покрытие, которое устойчиво к действию желудочного сока в желудке, так что бактерии, которые в него  включены, будут проходить через желудок и в кишечник. Энтеросолюбильное покрытие  может легко растворяться при контакте с кишечными жидкостями, так что бактерии, содержащиеся в оболочке, будут высвобождаться в желудочно-кишечном тракте. Энтеросолюбильные покрытия могут состоять из полимера и сополимеров, хорошо известных в данной области техники, таких как коммерчески доступные EUDRAGIT (Evonik Industries). (смотрите, например, Zhang, AAPS PharmSciTech, 2016, 17 (1), 56-67).
Бактерии также могут быть составлены для ректальный доставки в кишечник (например, ободочную кишку). Таким образом, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные композиции могут быть составлены для доставки суппозиторием, колоноскопией, эндоскопией, сигмоидоскопией или клизмой. Фармацевтический препарат или препарат и, в частности, фармацевтический препарат для перорального введения, может включать дополнительный компонент, который обеспечивает эффективную доставку композиций согласно настоящему изобретению в кишечник (например, в толстую кишку). Могут быть использованы различные фармацевтические препараты, которые позволяют доставлять композиции в кишечник (например, в толстую кишку). Их примеры включают чувствительные к рН композиции, более конкретно, забуференные композиции саше или энтеросолюбильные полимеры, которые высвобождают свое содержимое, когда рН становится щелочным, после того, как энтеросолюбильные полимеры проходят через желудок. Когда рН-чувствительную композицию используют для приготовления фармацевтического препарата, рН-чувствительной композицией предпочтительно является полимер, порог значения рН для разложения композиции которого составляет от около 6,8 до около 7,5. Такой диапазон числовых значений представляет собой диапазон, в котором pH сдвигается в сторону щелочной стороны в дистальной части желудка, и, следовательно, является подходящим диапазоном для использования при доставке в толстую кишку. Кроме того, следует иметь в виду, что каждая часть кишечника (например, двенадцатиперстная кишка, тонкая кишка, подвздошная кишка, слепая кишка, толстая кишка и прямая кишка), имеет различную биохимическую и химическую среду. Например, части кишечника имеют разные значения рН, что позволяет осуществлять целевую доставку композициями, которые имеют специфическую чувствительность к рН. Таким образом, композиции, обеспеченные в настоящей заявке, могут быть составлены для доставки в кишечник или в определенные части кишечника (например, в двенадцатиперстную кишку, тонкую кишку, подвздошную кишку, слепую кишку, ободочную кишку и прямую кишку) путем обеспечения композиций  с соответствующей чувствительностью к рН. (Смотрите, например, Villena et al., Int J Pharm 2015, 487 (1-2): 314-9).
Другим вариантом выполнения фармацевтического препарата, пригодного для доставки композиций в кишечник (например, толстую кишку), является тот, который обеспечивает доставку в толстую кишку путем задержки высвобождения содержимого (например, бактериальных штаммов) на около 3-5 часов, что соответствует времени прохождения тонкого кишечника. В одном варианте выполнения фармацевтического препарат для отсроченного высвобождения, гидрогель используется в качестве оболочки. Гидрогель гидратируется и набухает при контакте с желудочно-кишечной жидкостью, в результате чего его содержимое эффективно высвобождается (выделяется преимущественно в толстой кишке). Дозированные лекарственные формы с отсроченным высвобождением включают содержащие лекарственное средство композиции, имеющие материал, который покрывает или избирательно покрывает лекарственное средство или активный ингредиент для введения. Примеры такого материала селективного покрытия включают in vivo разлагаемые полимеры, постепенно гидролизуемые полимеры, постепенно растворимые в воде полимеры и/или разлагаемые ферментом полимеры. Доступен широкий спектр материалов для покрытия для эффективной задержки высвобождения, и он включает, например, полимеры на основе целлюлозы, такие как гидроксипропилцеллюлоза, полимеры и сополимеры акриловой кислоты, такие как полимеры и сополимеры метакриловой кислоты, и виниловые полимеры и сополимеры, такие как поливинилпирролидон.
Дополнительные примеры фармацевтических композиций, которые обеспечивают доставку в кишечник (например, в толстую кишку), включают биоадгезивные композиции, которые специфически прилипают к слизистой оболочке толстой кишки (например, полимер, описанный в описании к патенту США № 6.368.586) и композиции, в которые включен протеазный ингибитор для защиты, в частности, биофармацевтического препарата в желудочно-кишечном тракте от разложения вследствие активности протеазы.
Другим примером системы, обеспечивающей доставку в кишечник (например, в ободочную кишку), является система доставки композиции в ободочную кишку путем изменения давления таким образом, что содержимое высвобождается с использованием изменения давления, вызванного образованием газа при ферментации бактерий в дистальной части желудка. Такая система не ограничена конкретным образом, и ее более конкретным примером является капсула, содержимое которой диспергировано в основе для суппозитория и которая покрыта гидрофобным полимером (например, этилцеллюлозой).
Еще одним примером системы, обеспечивающей доставку композиции в кишечник (например, в толстую кишку), является композиция, которая включает покрытие, которое может быть удалено ферментом, присутствующим в кишечнике (например, в толстой кишке), таким как например, углеводная гидролаза или углеводная редуктаза. Такая система не ограничена конкретным образом, и ее более конкретные примеры включают системы, в которых используются пищевые компоненты, такие как некрахмальные полисахариды, амилоза, ксантановая камедь и азополимеры.
Композиции, обеспеченные в настоящей заявке, также могут быть доставлены в определенные целевые области, такие как кишечник, путем доставки через отверстие (например, через носовую трубку) или посредством хирургического вмешательства. Кроме того, композиции, обеспеченные настоящей заявкой, которые предназначены для доставки в конкретную область (например, слепую кишку или ободочную кишку), могут вводиться с помощью трубки (например, непосредственно в тонкую кишку). Комбинация механических методов доставки, таких как трубки, с химическими методами доставки, такими как покрытия, специфичные для рН, позволяет доставлять композиции, обеспеченные настоящей заявкой, в желаемую целевую область (например, слепую кишку или ободочную кишку).
Композиции, содержащие бактериальные штаммы, составлены в фармацевтически приемлемые лекарственные формы обычными методами, известными в данной области техники. Режимы дозировки подбираются таким образом, чтобы обеспечить оптимальный желаемый ответ (например, профилактический или терапевтический эффект). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения лекарственная форма композиции представляет собой таблетку, пилюлю, капсулу, порошок, гранулы, раствор или суппозиторий. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтическая композиция составлена для перорального применения. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтическая композиция составлена так, что бактерии композиция, или их часть, остаются жизнеспособным после прохождения через желудок субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтическая композиция составлена для ректального введения， например, в виде суппозитория. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник или конкретную область кишечника (например, ободочную кишку) посредством обеспечения подходящего покрытия (например, pH-специфическое покрытие, покрытие, которое может быть разрушено специфическими ферментами целевой области, или покрытие, которое может связываться с рецепторами, присутствующими в целевой области).
Дозы активных ингредиентов в фармацевтических композициях могут варьировать таким образом, чтобы получить количество активного ингредиента, которое эффективно для достижения желаемого фармацевтического ответа для конкретного субъекта, композиции и способа введения, не будучи токсичным или не оказывая неблагоприятного воздействия на субъект. Выбранный уровень дозы зависит от множества факторов, включая активность конкретных используемых композиций, путь введения, время введения, продолжительность лечения, другие лекарственные средства, соединения и/или материалы, используемые в комбинации с конкретными применяемыми композициями, возраст, пол, вес, состояние, общее состояние здоровья и предыдущую историю болезни субъекта, которого лечат, и подобные факторы.
Врач, ветеринарный врач или другой обученный врач может начинать дозы фармацевтической композиции с уровней, меньших, чем те, которые требуются для достижения желаемого терапевтического эффекта, и постепенно увеличивать дозировку до достижения желаемого эффекта (например, лечение патогенной инфекции, снижение бактериальной нагрузки патогенной инфекции, снижение или ингибирование производства токсина). Как правило, эффективные дозы композиций, раскрытых в настоящей заявке, для профилактического лечения групп людей, как описано в настоящей заявке, варьируются в зависимости от многих различных факторов, включая пути введения, физиологическое состояние субъекта, является ли субъект человеком или животным, введения других лекарственных средств и желаемого  терапевтического эффекта. Дозировки необходимо титровать для оптимизации безопасности и эффективности. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, режим дозирования предполагает пероральное введение дозы любой из композиций, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, режим дозирования предполагает пероральное введение множества доз любой из композиций, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, композиция перорально вводится субъекту один раз, два раза, 3 раза, 4 раза, 5 раз, 6 раз, 7 раз, 8 раз, 9 раз, или по меньшей мере 10 раз.
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
3
4
6
2
3
4
5
06
7
8
9
10
11
12
13
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
,
Композиции, включая фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, включают композиции с диапазоном активных ингредиентов (например, живые бактерии, бактерии в формате споры). Количество бактерий в композиции может быть выражено в массе, числе бактерий и/или КОЕ (колониеобразующие единицы). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10 или более каждой из бактерий композиции на количество дозы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10 или более бактерий в общем на количество дозы. Далее необходимо отметить, что бактерии композиций могут присутствовать в различных количествах. Таким образом, например, в качестве неограничивающего примера, композиция может включать 10 бактерий A, 10бактерий B и 10 бактерий C. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 1, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10 или более КОЕ каждой из бактерий в композиции на количество дозы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат около 10 около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10 или более КОЕ в общем для всех из объединенных бактерий на количество дозы. Как раскрыто ранее, бактерии композиций могут присутствовать в различных количествах. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10 или более грамм каждой из бактерий в композиции на величину дозы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10, около 10 или более грамм в общем для всех из объединенных бактерий на количество дозы. В одном варианте выполнения настоящего изобретения, количество дозы составляет одно устройство для введения (например, одна таблетка, пилюля или капсула). В одном варианте выполнения настоящего изобретения, количество дозы представляет собой количество, которое вводят в конкретный период (например, один день или одна неделя).
13
2
13
3
13
4
13
5
13
6
13
7
13
8
13
9
13
10
13
11
13
12
13
12
2
12
3
12
4
12
5
12
6
12
7
12
8
12
9
12
10
12
11
12
11
2
11
3
13
4
13
5
13
6
13
7
11
8
11
9
11
10
11
10
2
10
3
10
4
10
5
10
6
10
7
10
8
10
9
10
9
2
9
3
9
4
9
5
9
6
9
7
9
8
9
8
2
8
3
8
4
8
5
8
6
8
7
8
7
2
7
3
7
4
7
5
7
6
7
6
2
6
3
6
4
6
5
6
5
2
5
3
5
4
5
4
2
4
3
4
3
2
3
2
13
2
13
3
13
4
13
5
13
6
13
7
13
8
13
9
13
10
13
11
13
12
13
12
2
12
3
12
4
12
5
12
6
12
7
12
8
12
9
12
10
12
11
12
11
2
11
3
13
4
13
5
13
6
13
7
11,
8
11
9
11
10
11
10
2
10
3
10
4
10
5
10
6
10
7
10
8
10
9
10
9
2
9
3
9
4
9
5
9
6
9
7
9
8
9
8
2
8
3
8
4
8
5
8
6
8
7
8
7
2
07
3
7
4
7
5
7
6
7
6
2
6
3
6
4
6
5
6
5
2
5
3
5
4
5
4
2
4
3
4
3,
2
3
2
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10и 10, или между 10 и 10 каждой из бактерий композиции на количество дозы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10 между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 1, между 10и 10, между 10 и 10,между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10 между 10 и 10, или между 10 и 10 бактерий в общем на количество дозы.
13
2
13
3
13
4
13
5
13
6
13
7
13
8
13
9
13
10
13
11
13
12
13
12
2
12
3
12
4
12
5
12
6
12
7
12
8
12
9
12
10
12
11
12
11
2
11
3
13
4
13
5
13
6
13
7
11
8
11
9
11
10
11
10
2
10
3
10
4
10
5
10
6
10
7
10
8
10
9
10
9
2
9
3
9
4
5
9
6
9
7
9
8
9
8
2
8
3
8
4
8
5
8
6
8
7
8
7
2
7
3
7
4
7
5
7
6
7
6
2
6
3
6
4
6
5
6
5
2
5
3
5
4
5
4
2
4
3
4
3
2
2
13
2
13
3
13
4
13
5
13
6
13
7
13
8
13
9
13
10
13
11
13
12
13
12
2
12
3
1
4
12
5
12
6
12
7
12
8
12
9
12
10
12
11
12
11
2
11
3
13
4
13
5
13
6
13
7
11
8
11
9
11
10
11
10
2
10
3
10
4
10
5
10
6
10
7
10
8
10
9
10
9
2
9
3
9
4
9
5
9
6
9
7
9
8
9
8
2
8
3
8
4
8
5
8
6
8
7
8
7
2
7
3
7
4
7
5
7
6
7
6
2
6
3
6
4
6
5
6
5
2
5
3
5
4
5
4
2
4
3
4
3
2
3
2
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 109, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 103, или между 10 и 10 КОЕ каждой из бактерий композиции на количество дозы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 102, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, или между 10 и 10 в общем КОЕ на количество дозы.
-7
-1
-6
-1
-5
-1
-4
-1
-3
-1
-2
-1
-7
-2
-6
-2
-5
-2
-4
-2
-3
-2
-7
-3
-6
-3
-5
-3
-4
-3
-7
-4
-6
-4
-5
-4
-7
-5
-6
-5
-7
-6
-7
-1
-6
-1
-5
-1
-4
-1
-3
-1
-2
-1
-7
-2
-6
-2
-5
-2
-4
-2
-3
-2
-7
-3
-6
-3
-5
-3
-4
-3
-7
-4
-6
-4
-5
-4
-7
-5
-6
-5
-7
-6
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, или между 10 и 10грамм каждой из бактерий в композиции на величину дозы. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, фармацевтические композиции, раскрытые в настоящей заявке, содержат между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10и 10, между 10и 10, между 10и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, между 10 и 10, или между 10 и 10грамм всех объединенных бактерий на величину дозы.
Одним объектом настоящего изобретения являются пищевой продукт, содержащий любую из композиций, обеспеченных в настоящей заявке, и питательное вещество. Также в объем настоящего изобретения входят пищевые продукты, содержащие любые бактериальных штаммов, описанные в настоящей заявке, и питательное вещество. Пищевые продукты, как правило, предназначены для потребления человеком или животным. Любые бактериальные штаммы, описанные в настоящей заявке, могут быть составлены в виде пищевого продукта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы составлены в виде пищевого продукта в форме спор. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактериальные штаммы составлены в виде пищевого продукта в вегетативной форме. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, пищевой продукт содержит как вегетативные бактерии, так и бактерии в форме спор. Композиции, раскрытые в настоящей заявке, могут использоваться в пищевых продуктах или напитках, таких как здоровая пища или напитки, продукты питания или напитки для младенцев, продукты питания или напитки для беременных женщин, спортсменов, пожилых людей или другой указанной группы, функциональная пища, напиток, пища или напиток для определенного состояния здоровья, диетическая добавка, пища или напиток для пациентов или корм для животных. Неограничивающие примеры пищевых продуктов и напитков включают различные напитки, такие как соки, освежающие напитки, чайные напитки, питьевые препараты, желейные напитки и функциональные напитки; алкогольные напитки, такие как пиво; содержащие углеводы продукты, такие как рисовые продукты, лапша, хлеб и паста; пастообразные продукты, такие как рыбная ветчина, колбасы, паста из морепродуктов; продукты в стерилизуемом пакете, такие как карри, продукты, заправленные густыми крахмалистыми соусами, супы; молочные продукты, такие как молоко, молочные напитки, мороженое, сыры и йогурты; ферментированные продукты, такие как ферментированные соевые пасты, йогурты, ферментированные напитки и маринады; бобовые продукты; различные кондитерские изделия, такие как западные кондитерские изделия, включая бискотти, печенье и тому подобное, японские кондитерские изделия, включая булочки с вареной фасолью, мягкие желе из адзуки и тому подобное, конфеты, жевательные резинки, жевательные конфеты, холодные десерты, включая желе, кремкарамель и замороженные десерты; продукты быстрого приготовления, такие как супы быстрого приготовления и супы из соевых бобов; продукты для микроволновой печи; и тому подобное. Кроме того, примеры также включают здоровую пищу и напитки, приготовленные в форме порошков, гранул, таблеток, капсул, жидкостей, паст и желе.
Пищевые продукты, содержащие бактериальные штаммы, описанные в настоящей заявке, могут быть получены с использованием способов, известных в данной области техники, и могут содержать такое же количество бактерий (например, по массе, количеству или КОЕ), что и фармацевтические композиции, обеспеченные в настоящей заявке. Выбор подходящего количества бактерий в пищевом продукте может зависеть от различных факторов, включая, например, размер порции пищевого продукта, частоту потребления пищевого продукта, специфические бактериальные штаммы, содержащиеся в пищевом продукте, количество воды в пищевом продукте, и/или дополнительные условия для выживания бактерий в пищевом продукте.
Примеры пищевых продуктов, которые могут быть составлены так, чтобы содержать любые бактериальные штаммы, описанные в настоящей заявке, включают, без ограничения к этому, питье, напиток, батончик, снек, молочный продукт, кондитерский продукт, зерновой продукт, готовый к употреблению продукт, питательный состав, такой как нутритивная поддержка, добавка к пище или напитку.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, субъект не получал дозу антибиотика перед введением бактериальной композиции. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, субъекту не вводили антибиотик за  по меньшей мере 1, по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 5, по меньшей мере 10, по меньшей мере 15, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 60, по меньшей мере 90, по меньшей мере 120, по меньшей мере 180 или по меньшей мере 360 дней перед введением композиций, обеспеченных в настоящей заявке,.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, субъекту может быть введена одна или более доз антибиотика до или одновременно с бактериальной композицией. Антибиотики могут назначаться по разным причинам. Например, антибиотики можно вводить для удаления видов бактерий из толстой кишки и/или кишечника до введения обеспеченных в настоящей заявке бактериальных композиций. Антибиотики могут также применяться для подавления нежелательных инфекций в случае лечения рака. В некоторых случаях антибиотики могут назначаться в качестве метода лечения инфекционного заболевания.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, субъекту вводят одну дозу антибиотика перед бактериальной композицией. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения субъекту вводят многократные дозы антибиотика перед бактериальной композицией. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения субъекту вводят по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или более доз антибиотика перед бактериальной композицией. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения субъекту вводят дозу антибиотика практически в то же время, что и бактериальную композицию. Примеры антибиотиков, которые можно вводить, включают, без ограничения к этому, канамицин, гентамицин, колистин, метронидазол, ванкомицин, клиндамицин, фидаксомицин и цефоперазон.
Диагностические прогностические способы
Настоящее изобретение также обеспечивает диагностические способы (например, сопутствующая диагностика) для использования при определении того, должен ли субъект получать лечение, такое как композиция, как описано в настоящей заявке, и/или любой из ингибиторов контрольных точек иммунного ответа, описанных в настоящей заявке. Такие способы могут быть использованы для диагностики заболевания, мониторинга развития заболевания, оценки эффективности лечения заболевания и/или выявления пациентов, подходящих для конкретного лечения.
Соответственно, способы, описанные в настоящей заявке, основаны на уровне маркера в образце (например, биологическом образце, содержащем лимфоциты), полученном у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения способы включают анализ наличия и/или уровня маркера в одном или более образцах, взятых у субъекта.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера в образце, полученном у субъекта, затем можно сравнить со ссылочным образцом или контрольным образцом для определения значения, указывающего на количество маркера в образце. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, значение для маркера получают путем сравнения уровня маркера в образце с уровнем другого маркера (например, внутреннего контроля или внутреннего стандарта) в образце. Значение маркера можно сравнить с эталонным значением, чтобы определить, есть ли у субъекта риск заболевания. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера сравнивают с заданным пороговым значением для маркера, отклонение о которого может указывать на заболевание. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение маркера выше контрольного уровня или значения, субъект может быть идентифицирован как имеющий или подверженный риску заболевания, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение маркера ниже контрольного уровня или значения, субъект может быть идентифицирован как имеющий или подверженный риску заболевания, как описано в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера в образце, взятом у субъекта, сравнивают с уровнем маркера в другом образце, полученном у того же субъекта, например, образце, полученном у того же субъекта, в другое время. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера в образце, взятом у субъекта, сравнивают с уровнем маркера в образце, полученном у субъекта в более ранее время, как например перед введением любой из композиций, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера в образце, взятом у субъекта, сравнивают с уровнем маркера в образце, полученном у субъекта в более позднее время, как например после введения любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение маркера выше в образце по сравнению с уровнем или значением маркера в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, субъекту вводят ингибитор контрольных точек иммунного ответа и композицию, описанную в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение маркера выше в образце по сравнению с уровнем или значением маркера в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, субъект продолжает терапию, включающую введение ингибитора контрольных точек иммунного ответа и композиции, описанной в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень значения маркера в образце увеличивается на по меньшей мере 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнем значения маркера в образце перед введением композиции, как описано в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение маркера не увеличено (например, равно или ниже) в образце по сравнению с уровнем или значением маркера в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, введение ингибитора контрольных точек иммунного ответа и композиции, описанной в настоящей заявке, прерывают. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение маркера не увеличено (например, равно или ниже) в образце по сравнению с уровнем или значением маркера в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, введение ингибитора контрольных точек иммунного ответа и композиции, описанной в настоящей заявке, повторно анализируют после введения композиции, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень и значение маркера в образце уменьшается на по меньшей мере 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнем значения маркера в образце перед введением композиции, как описано в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера определяют посредством анализа экспрессии маркера (например, уровня белка или нуклеиновой кислоты) и/или типа клетки, в которой экспрессируется маркер. Любой метод, известный в данной области техники, может быть использован для анализа экспрессии маркера и/или типа клеток, в которых экспрессируется маркер.
Настоящее изобретение также обеспечивает способы на основе уровня или степени продукции IFNγ в образце (например, биологическом образце, содержащем спленоциты), полученном у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы включают анализ присутствия и/или уровня продукции IFNγ в одном или более образцах, взятых у субъекта.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта, затем можно сравнить со ссылочным образцом или контрольным образцом для определения значения, указывающего на количество продукции IFNγ в образце. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, значение продукции IFNγ получают посредством сравнения уровень продукции IFNγ в образце с уровнем другой молекулы (например, внутренний контроль или внутренний стандарт) в образце. Значение продукции IFNγ можно сравнить с эталонным значением, чтобы определить, есть ли у субъекта риск заболевания. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень продукции IFNγ сравнивают с заданным пороговым значением для продукции IFNγ, отклонение от которого может указывать на то, что субъект имеет заболевание. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение продукции IFNγ выше чем ссылочный уровень или значение, субъект может быть идентифицирован как имеющий заболевание или риск заболевания, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение продукции IFNγ ниже чем ссылочный уровень или значение, субъект может быть идентифицирован как имеющий заболевание или риск заболевания, как описано в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень продукции IFNγ в образце, взятом у субъекта, сравнивают с уровнем продукции IFNγ в другом образце, полученном у того же субъекта, например, образце, полученном у того же субъекта, в другое время. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень продукции IFNγ в образце, взятом у субъекта, сравнивают с уровнем продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта в более ранее время, как например перед введением любой из композиций, описанных в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень продукции IFNγ в образце, взятом у субъекта, сравнивают с уровнем продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта в более позднее время, как например после введения любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение продукции IFNγ выше в образце по сравнению с уровнем или значением продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, субъекту вводят ингибитор контрольных точек иммунного ответа и композицию, описанную в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение продукции IFNγ выше в образце по сравнению с уровнем или значением продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, субъект продолжает терапию, включающую введение ингибитора контрольных точек иммунного ответа и композиции, описанной в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень или значение продукции IFNγ в образце увеличивается на  по меньшей мере 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнем значения продукции IFNγ в образце перед введением композиции, как описано в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение продукции IFNγ не увеличивается (например, равно или ниже) в образце по сравнению с уровнем или значением продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, введение  ингибитора контрольных точек иммунного ответа и композиции, описанной в настоящей заявке, прекращают. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, если уровень или значение продукции IFNγ не увеличивается (например, равен или ниже) в образце по сравнению с уровнем или значением продукции IFNγ в образце, полученном у субъекта, перед введением композиции, описанной в настоящей заявке, введение ингибитора контрольных точек иммунного ответа и композиции, описанной в настоящей заявке, повторно анализируют после введения композиции, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень или значение продукции IFNγ в образце уменьшается на по меньшей мере 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнем значения продукции IFNγ в образце перед введением композиции, как описано в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень продукции IFNγ определяют посредством анализа экспрессия IFNγ (например, уровня белка или нуклеиновой кислоты) и/или типа клетка, которая продуцирует IFNγ. Любой метод, известный в данной области техники, может быть использован для анализа экспрессии IFNγ и/или идентификации типа клетки, продуцирующей IFNγ.
Контрольный уровень также может быть заданным уровнем или порогом. Такой заданный уровень может представлять собой уровень маркера или продукции IFNγ в популяции субъектов, которые не имеют риска или не подвергаются риску целевого заболевания. Он также может представлять собой уровень маркера или продукции IFNγ в популяции субъектов, имеющих целевое заболевание.
Заданный уровень может принимать различные формы. Например, это может быть единичное пороговое значение, например, медиана или среднее значение. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения такой заданный уровень может быть установлен на основе сравнительных групп, таких как, когда известно, что одна определенная группа имеет целевое заболевание, а другая определенная группа не имеет целевого заболевания. Альтернативно, заданный уровень может быть диапазоном, например, диапазоном, представляющим уровни метаболита в контрольной популяции.
Как применяется в настоящей заявке, “повышенный уровень” или “увеличенный уровень” означает, что уровень маркера или продукции IFNγ выше чем ссылочное значение или уровень в другом образце, таком как образец, полученный у субъекта, перед введением любой из композиций, описанных в настоящей заявке. Оцененный уровень маркера или продукции IFNγвключает уровень маркера или продукции IFNγ, который, например, на 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% или более выше ссылочного значения или выше уровня в другом образце, взятом у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера или продукции IFNγ в тестовом образце в по меньшей мере 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 15, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 150, 200, 300, 400, 500, 1000, 10000 раз или более выше уровня в ссылочном образце или уровня в другом образце, взятом у субъекта.
Как применяется в настоящей заявке, “уменьшенный уровень” означает, что уровень маркера или продукции IFNγ ниже ссылочного значения или уровня в другом образце, таком как образец, полученный у субъекта, перед введением любой из композиций, описанных в настоящей заявке. Уменьшенный уровень маркера или продукции IFNγ включает уровень маркера или продукции IFNγ, который на, например, 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% или более ниже ссылочного значения или уровня в другом образце, взятом у субъекта. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, уровень маркера или продукции IFNγ в тестовом образце в по меньшей мере 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 15, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 150, 200, 300, 400, 500, 1000, 10000 раз или более ниже уровня маркера или продукции IFNγ в ссылочном образце или уровня в другом образце, взятом у субъекта.
Субъект, идентифицированный в способах, описанных в настоящем документе, может быть подвергнут подходящему лечению, такому как лечение комбинацией ингибиторов контрольных точек иммунного ответа и любой из композиций, как описано в настоящей заявке.
Описанные в настоящей заявке способы и наборы для анализа также могут применяться для оценки эффективности лечения заболевания, такого как описанные в настоящей заявке, с учетом корреляции между уровнем маркера или продукции IFNγ и такими заболеваниями. Например, множество биологических образцов может быть собрано у субъекта, в отношении которого проводят лечение, либо до и после лечения, либо в ходе курса лечения. Уровни маркера или продукции IFNγ могут указывать на то, является ли лечение эффективным.
Если субъект идентифицирован как не отвечающий на лечение, более высокую дозу и/или частоту дозировки композиции и/или ингибиторов контрольных точек иммунного ответа вводят идентифицированному субъекту. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения дозу или частоту дозировки терапевтического средства поддерживают, снижают или прекращают у субъекта, идентифицированного как отвечающего на лечение или не нуждающегося в дальнейшем лечении. Альтернативно, другое лечение может применяться для субъекта, который, как обнаружено, не отвечает на первое лечение.
В других вариантах выполнения настоящего изобретения значения маркера или продукции  IFNγ можно также могут применяться, чтобы идентифицировать заболевание, которое можно лечить, например, путем введения композиций, описанных в настоящей заявке.
Способы скрининга
Настоящее изобретение обеспечивает способы скрининга бактерий или физиологически активных веществ, происходящих из бактерий, для идентификации бактерий или их физиологически активных веществ, которые продуцируют желаемый ответ. Например, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы скрининга применяются для идентификации бактерий или физиологически активных веществ, происходящих из бактерий, которые индуцируют активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы скрининга применяются для идентификации бактерий или физиологически активных веществ, происходящих из бактерий, которые индуцируют активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы скрининга применяются для идентификации бактерий или физиологически активных веществ, происходящих из бактерий, в качестве иммуностимулирующего агента.
Настоящее изобретение также обеспечивает способы скрининга тестируемых веществ для идентификации веществ, которые индуцируют активацию индукции или обострения заболевания, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими T клетками.
В общем, способы скрининга могут быть осуществлены in vitro (например, применяв клетки) или in vivo (например, применяя нечеловеческие животные модели). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы включают контакт популяции клеток (например, клеток кишечного эпителия, мононуклеарных клеток периферической крови) с тестируемым веществом (например, бактериями или их физиологически активными веществами) и оценку ответа. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, ответом является число и/или активация желаемой популяции клеток (например, CD8+ IFNγ T клетки).
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, способы включают инокуляцию нечеловеческой животной модели тестируемым веществом (например, бактерии или их физиологически активные вещества) и оценку ответа. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, нечеловеческая животная модель потребляет тестируемое вещество. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, ответом является число и/или активация желаемой популяции клеток (например, CD8+ IFNγ T клетки). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, ответом является улучшение заболевания или его симптома, или индукция/обострение заболевания или его симптома.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, бактерии и/или физиологически активные вещества, происходящие из бактерий, идентифицированные в любом из способов скрининга, описанных в настоящей заявке, могут вводиться субъекту, например для лечения заболевания.
Наборы
Настоящее изобретение обеспечивает наборы для применения при оценки активации иммунной системы, например на основе степени или уровня продукции IFNγ в спленоцитах, включающие введение субъекту любой из композиций, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, образец может быть получен у субъекта до, в ходе, и/или после введения любой из композиций, описанных в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор содержит одну или более молекул для обнаружения и/или измерения количества продукции  IFNγ в образце. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, молекула, которая обнаруживает или измеряет количество продукции IFNγ может содержать один или более связывающих агентов, которые специфически связывается с IFNγ. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, связывающий агент представляет собой антитело, которое специфически связывается с. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, связывающий агент представляет собой часть репортерной системы, как например рецептор на клетке, который связывается с IFNγ и индуцирует экспрессию гена, кодирующего репортерную молекулу. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор также содержит стандарт или контрольный образец, с которым можно сравнить количество IFNγ в образце (образцах), полученных у субъекта.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор может быть предназначен для осуществления любого из сопутствующих диагностических способов, описанных в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор содержит одну или более молекул для обнаружения и/или измерения количества или присутствия любого из бактериальных видов, описанных в настоящей заявке, или его компонента. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, молекула, которая обнаруживает или измеряет количество бактериального штамма, может содержать один или более связывающих агентов, которые специфически связывается с бактериальным штаммом. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, связывающий агент специфически связывается с признаком одного или более бактериальных штаммов, который идентифицирует бактериальный штамм. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, связывающий агент представляет собой нуклеиновую кислоту, которая специфически связывается с последовательностью нуклеиновой кислоты одного или более бактериальных штаммов, описанных в настоящей заявке, как например специфическая 16S rРНК последовательность. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор также содержит стандарт или контрольный образец, с которым можно сравнить образец (образцы), полученные у субъекта.
Настоящее изобретение также обеспечивает наборы для применения для  определения способа лечения, например, опухолевой терапии, включая анализ  экспрессии маркера (например, CD44, CD8, IFNγ, GzmB, gp70 MC38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, или происходящий из антигена лиганд-специфический TCRβ), до, в ходе или во время введения любой из композиций, описанных в настоящей заявке. Настоящее изобретение также обеспечивает наборы, содержащие сопутствующие диагностические средства для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа (например, PD-1 ингибитор).
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор включает один или более компонентов для анализа или контроля уровней экспрессии  маркера, такого как CD44, CD8, IFNγ, GzmB, или происходящего из опухолевого антигена лиганд-специфического TCRβ. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, маркер анализирует посредство обнаружения  присутствия маркера, посредством измерения уровня (количества) маркера, и/или специфического клеточного типа, на котором маркер представлен. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, молекула, которая обнаруживает или измеряет количество маркера, может содержать один или более связывающих агентов, которые специфически связываются с маркером. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, связывающий агент представляет собой антитело, которое специфически связываются с маркером. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, связывающий агент представляет собой MHC мультимер, который специфически связываются с маркером.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, маркер анализируют путем обнаружения присутствия нуклеиновой кислоты, кодирующей маркер, путем измерения уровня (количества) нуклеиновой кислоты, кодирующей маркер, и/или определенного типа клеток, в которых экспрессируется нуклеиновая кислота, кодирующая маркер. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения набор включает один или более реагентов для выделения нуклеиновых кислот (например, РНК) из образца, полученного от субъекта.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, наборы дополнительно содержат детектирующий агент (например, антитело, связывающееся со связывающим агентом) для обнаружения связывания агента с мишенью (например, IFNγ, бактериальные виды) в образце. Детектирующий агент может быть конъюгирован с меткой. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения детектирующий агент представляет собой антитело, которое специфически связывается по меньшей мере с одним из связующих агентов. детектирующий агент связывающий агент содержит метку, которую  можно идентифицировать и, прямо или косвенно, связать с детектирующим агентом.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор может дополнительно содержать одно или более терапевтических средств и/или композиций для введения субъекту. Например, в некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор может включать один или более ингибиторов контрольных точек иммунного ответа (например, PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, CTLA-4 ингибитор). В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор может содержать композицию, содержащую один или более бактериальных штаммов, описанных в настоящей заявке.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, наборы могут быть использованы для скрининга бактерий или веществ, происходящих из бактерий, например, для активации CD8+ IFNγ-продуцирующих T клеток. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, наборы включают клетки, такие как клетки клеточной линии. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, клетки представляют собой клетки кишечного эпителия, мононуклеарные клетки периферической крови.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор или устройство дополнительно включает мембарну-носитель. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, мембрана-носитель представляет собой мембрану, такую как нитроцеллюлозная мембрана, поливинилфторидная (PVDF) мембрана или мембрана на основе ацетата целлюлозы. В некоторых примерах, иммунноанализ может быть в формате анализа или иммуннохроматографического анализа.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, мембрана-носитель представляет собой многолуночный планшет, такой как ELISA планшет. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, описанные здесь иммуноанализы можно проводить на платформах с высокой пропускной способностью. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, многолуночные планшеты, например, 24-, 48-, 96-, 384- и более-луночные планшеты, могут использоваться для анализов обнаружения с высокой пропускной способностью.
В наборе или устройстве обнаружения, один или более связывающих агентов могут быть иммобилизованы на мембране-носителе, которая может представлять собой мембрану, шарик, слайд, или многолуночный планшет. Выбор подходящей мембраны-носителя для иммуноанализа будет зависеть от различных факторов, таких как количество образцов и метод обнаружения сигнала, высвобождаемого из метки, конъюгированной со вторым агентом.
Набор также может содержать один или более буферов, как описано в настоящей заявке, но не ограничивается буфером для покрытия, блокирующим буфером, промывочным буфером и/или стоп-буфером.
В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения, набор может содержать инструкции по применению в соответствии с любым из описанных здесь способов. Инструкции, относящиеся к использованию набора, обычно включают информацию о количестве каждого компонента и подходящих условиях для выполнения методов анализа, описанных здесь. Компоненты в наборах могут быть в единичных дозах, объемных упаковках (например, многодозовых упаковках) или в субъединичных дозах. Инструкции, поставляемые в наборах согласно настоящему изобретению, обычно представляют собой письменные инструкции на этикетке или вкладыше в упаковку (например, лист бумаги, включенный в набор), но машиночитаемые инструкции (например, инструкции, хранящиеся на магнитном или оптическом диске для хранения) также приемлемы.
На этикетке или вкладыше в упаковку указано, что набор используется для оценки уровня активации иммунной системы, выбора лечения и/или диагностики. Инструкции могут быть предоставлены для осуществления на практике любого из способов, описанных а настоящей заявке.
Наборы согласно настоящему изобретению находятся в подходящей упаковке. Подходящая упаковка включает, но не ограничивается ими, флаконы, бутылки, банки, гибкую упаковку (например, герметичные майларовые или пластиковые пакеты) и тому подобное.
Наборы могут необязательно обеспечивать дополнительные компоненты, такие как интерпретирующая информация, такая как контрольный и/или стандартный или эталонный образец. Как правило, набор содержит контейнер и этикетку или вкладыш (-ы) упаковки на контейнере или связанные с ним. В некоторых вариантах выполнения настоящего изобретения настоящее изобретение обеспечивает изделия промышленного производства, содержащие содержимое наборов, описанных в настоящей заявке.
В приведенной ниже таблице 1 приведены идентифицирующие номера  последовательностей (SEQ ID NO), используемые в композициях экспериментов, раскрытых в настоящей заявке. Ближайшие бактериальные виды к указанному штамму представлены видами рода. Также предоставлена последовательность 16S rДНК, связанная с каждым видом рода, идентифицированным как наиболее близкий вид рода. Процент выравнивания представляет процент идентичности между последовательностью указанного штамма с последовательностью из ближайших видов рода и длиной выравнивания. Номер доступа к GenBank ближайших родственных видов указан в последнем столбце.
[Таблица 1]
Последовательности нуклеиновой кислоты 16S rДНК, или ее части, для бактериальных штаммов, описанных в настоящей заявке, приведены ниже:
SEQ ID NO:1 штамм 1 2G5_Phascolarctobacterium faecium_LN998073
GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTA
SEQ ID NO:2 штамм 2 1A6_ Fusobacterium ulcerans_KR822463
GATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATGCAAGTCTACTTGATCCTTCGGGTGAAGGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAAGAACTTGCCTTACAGACTGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGGATATTATGATTGGGTCGCATGATCTGATTATGAAAGCTATATGCGCTGTGAGAGAGCTTTGCGTCCCATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACGATGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGTGTGCACGAAGAAGTTTTTCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAGTCAGTGACGGTACCAACAGAAGAAGCGACGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGCGGCTTAGTAAGTCTGATGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATTGCGTTGGAAACTGCTAAACTAGAGTACTGGAGAGGTAGGCGGAACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCCTACTGGACAGATACTGACGCTAAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGCGCCCAAGCTAACGCGATAAGTAATCCGCCTGGGGAGTACGTACGCAAGTATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAACCTTACCAGCGTTTGACATCCCAAGAAGTTAACAGAGATGTTTTCGTGCCTCTTCGGAGGAACTTGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTTTCGTATGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCTGCGATGAGCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGTAGTACAGAGAGCTGCAAACCTGCGAGGGTAAGCTAATCTCATAAAACTATTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAAATCAGCTATGTTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGTTGCACCTGAAGTAACAGGCCTAACCGTAA
SEQ ID NO:3 штамм 3 1B11_Bacteroides dorei_CP011531
AGTTTGNNNTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGAT
SEQ ID NO:4 штамм 4 2G1_Bacteroides uniformis_NR_112945
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTAGAACTATTAAAGAATTTCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACCAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTGATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAG
SEQ ID NO:5 штамм 52B1_ Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA_NZ-ACWW00000000
GACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAGTTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGACCACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAAGGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGTACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTGAGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATTAGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTACGCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTATTAACAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAGCAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAACCGC
SEQ ID NO:6 штамм 6 2A6_Paraprevotella xylaniphila_AB331897
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATCCAACCTGCCCTTTACCCGGGGATAGCCTTCTGAAAAGGAAGTTTAATACCCGATGAATTCGTTTAGTCGCATGGCTNGATGAATAAAGATTAATTGGTAAAGGATGGGGATGCGTCCCATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGGAGGACGACGGCCCTACGGGTTGTAAACTCCTTTTATAAGGGGATAAAGTTGGCCATGTATGGCCATTTGCAGGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGCTGTCAAGTCAGCGGTCAAATGGCGCGGCTCAACCGCGTTCCGCCGTTGAAACTGGCAGCCTTGAGTATGCACAGGGTACATGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAGGAACTCCGATCGCGCAGGCATTGTACCGGGGCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAGGTGCGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCGCACAGTAAACGATGAATGCCCGCTGTCGGCGACATAGTGTCGGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATCGCAGGTGCATGGGCCGGAGACGGCCCTTTCCTTCGGGACTCCTGCGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCCCCTCCCCAGTTGCCACCGGGTAATGCCGGGCACTTTGGGGACACTGCCACCGCAAGGTGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTGCCCGGTGACGGTTGGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTGCCTGAAGTCCGTNNCCGCGA
SEQ ID NO:7 штамм 7 2F11_Parabacteroides johnsonii_AB261128
GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTAAGTAGCAATACTTATTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGATTAATACTCCATAAAACAGGGGTTCCGCATGGGACTATTTGTTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGTGGGACGTGTTCCATTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCAGACCGACCTTGAAAGAGGTTTTCTAGCAATAGCTGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCTAAACCATGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAA
SEQ ID NO:8 штамм 8 1E7_Alistipes sp. JC136_NZ-CAEG00000000
GATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGATTGAAGCTTGCTTCAGTTGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTATGCAACCTACCCATAACAGGGGGATAACACTGAGAAATCGGTACTAATATCCCATAACATCAAGAGGGGCATCCCTTTTGGTTGAAAACTCCGGTGGTTATGGATGGGCATGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGGGGGACTGAGAGGTTAACCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGCAAGTCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGCTCTATGAGTTGTAAACTGCTTTTGTACGAGGGTAAACCCGGATACGTGTATCCGGCTGAAAGTATCGTACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATTCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTTAGAGGTGAAATACCGGTGCTTAACACCGGAACTGCCTCTAATACTGTTGAGCTAGAGAGTAGTTGCGGTAGGCGGAATGTATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATCATACAGAACACCGATTGCNGAAGGCAGCTTACCAAACTATATCTGACGTTNGAGGCACGAAAGCGTGGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATAACTCGCTGTCGGCGATACACAGTCGGTGGCTAAGCGAAAGCGATAAGTTATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAAAGTTACTGACGATTCTGGAAACAGGATTTCCCTTCGGGGCAGGAAACTAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCCTACCGTTAGTTGCCATCAGGTCAAGCTGGGCACTCTGGCGGGACTGCCGGTGTAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGTAGGTACAGAGGGCAGCTACCCAGTGATGGGATGCGAATCTCGAAAGCCTATCTCAGTTCGGATTGGAGGCTGAAACCCGCCTCCATGAAGTTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGAAGCTGGGGGTGCCTGAAGTTCGTGAC
SEQ ID NO:9 штамм 9 1H9_Parabacteroides gordonii_AB470343
GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCAGGAAGTAGCAATACTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTCCCGCATGGGAATATTTGTTAAAGATTTATTGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTCGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGCAGGACGTGTCCTGTTTTGTATGTACCCTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGCTTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGAGGGCTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAAGTTGACCGGAGTGGAAACACTCTTTCTAGCAATAGCAATTTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCGAGCTGAGGACTCTAAAGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTNACCGCAAG
SEQ ID NO:10 штамм 10 1C1_Eubacterium limosum_AB595134
GACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGTTTTGATGGATCCTTCGGGTGACATTAGAACTGGAAAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATGGAAAGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAGTAAAGCCTTATATTATGGTTTTGTCGCATGGCAAGATCATGAAAACTCCGGTGCCATAGGATGGACCCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAACCGGTCTGAGAGGGCGAACGGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAATACCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTATTGGGGAAGAAGAATGACGGTACCCAATGAGGAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGACAAGCGTTGTCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTCTATTAAGTCTGATGTGAAAGGTACCGGCTCAACCGGTGAAGTGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTATTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAAATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAAACTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACGAGCCTAGAGATAGGAAGTTTCCTTCGGGAACAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGTAGACAATACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCTGAACAGAGGGCCGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAATCCCTTAAAACAGATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGCCTGTGAGAGAACCGTAAGGACTCAGCAGT
SEQ ID NO:11 штамм 11 2G9_Parabacteroides distasonis_HE974920
GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACAGGTAGCAATACCGGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTGCCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATGAAGCAGGGGCCCCGCATGGGGATATTTGCTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGATGAAGGTTCTATGGATCGTAAACCTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCGGGACGTGTCCCGTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTCTGTGGCTCAACCATAGAATTGCCGTTGAAACTGGGGGGCTTGAGTATGTTTGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCCAAGCCATTACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATCACTAGCTGTTTGCGATACACTGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTGATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATTCGGACCGAGGTGGAAACACCTTTTCTAGCAATAGCCGTTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGCCACTAGTTACTAACAGGTAAAGCTGAGGACTCTGGTGGGACTGCCAGCGTAAGCTGCGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCGTGGACAAAGGGAAGCCACCTGGCGACAGGGAGCGAATCCCCAAACCACGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACCCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCNGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCGA
SEQ ID NO:12 штамм 12 2B7_Bacteroides cellulosilyticus_NR_112933
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGACCTAGCAATAGGTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTACCGGTTATTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCGGATAGTATAACGAGAAGGCATCTTTTTGTTATTAAAGAATTTCGATAACCGATGGGGATGCGTTCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTGAGCCACGTGTGGCTTTTTGTATGTACCATACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACTATTAAGTCAGCTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTCGTCTTGAGTGCAGTAGAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATCTGAATAATTTGGAAACAGATTAGCCGTAAGGCAGATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACAGCGATGTGATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAAC
SEQ ID NO:13 штамм 13 2C1_Bacteroides clarus_AB490801
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGGTTGAAGCTTGCTTCAACCGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCGGATGGCATAGTTTTCCCGCATGGAATAACTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTTGGCCACGTGTGGTTTTTTGCATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGGTATTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTATCCTTGAGTGCAGCAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGAGTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACAATGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGACTGAGCTGGAAACAGTTCTTTCTTCGGACAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACCATCAGGTCATGCTGGGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCAAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAA
SEQ ID NO:14 штамм 14 1B4_Anaerostipes sp. 3_2_56FAA_NZ-ACWB00000000
GATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTAGGATTGAAGTTTTCGGATGGATTTCCTATATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAATCGCATGATTCAGTGTGAAAAGCCCTGGCAGTATAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAACAGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCATGGTAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCTTTTGAAACTGTCATGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTCACTGACACTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCNNNAGCGGTGGAGCATGTGGTTAATTCGAAGCACGCGAAG
SEQ ID NO:15 штамм 15 2A3_Bacteroides salyersiae_AY608696
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGGTGTAGCAATACACCGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATAACATGACCTCCTGGTTTTGTTATTAAAGAATTTCGGTAGAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACCGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTCTGCCACGTGTGGCATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACATGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGAAACTGCGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATATGCCGGAAACGGCATAGCCGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTGGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCCGCTACACAGCGATGTGATGCCAATCCCTAAAGCCCCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAAC
SEQ ID NO:16 штамм 16 2A12_Bacteroides fragilis_CR626927
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATAGCATAATGATTCCGCATGGTTTCATTATTAAAGGATTCCGGTAAAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCTAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTTATATAAGAATAAAGTGCAGTATGTATACTGTTTTGTATGTATTATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACTGGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGTCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGTGGAATGATGTGGAAACATGTCAGTGAGCAATCACCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTTATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTAACGGGTGACCGTATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAA
SEQ ID NO:17 штамм 17 1A2_Bacteroides uniformis_AB247141
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATATCTGAAAGGCATCTTTCAGCTATTAAAGAATTTCGGTCATTGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTTAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGATGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATGTTCTGGAAACAGATCAGCCGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTTATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGT
SEQ ID NO:18 штамм 18 2B11_Bacteroides eggerthii_NR_112935
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGATTGAAGCTTGCTTCAATCGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATAGCATAGTATTTCCGCATGGTTTCACTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCNTTAGATAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGGAGTATGCATACTCCTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGTGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGCGCCTTGAGTGCAGCATAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACACAGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGCGGAATGTAGTGGAAACATTACAGCCTTCGGGCCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACTATCAGGTCATGCTGAGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAGGAGC
SEQ ID NO:19 штамм 19 2D2_Clostridium sp. TM-40_AB249652
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGGACGCAATGCTTCGGCATTGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATAAGCAACCTGCCCCTGTGAGGGGGATAACTGCTGGAAACGGCAGCTAAGACCGCATATGCATACATGACGCATGTCGAGTATGTTAAATATCCCACGGGATAGCACAGGGATGGGCTTATGACGCATTAGCTAGCTGGTGAGGTAGAGGCTCACCAGGGCGACGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGGACGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGCGAAAGCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTCATTCGTGATGTAAACTTCTGTTATAAAGGAAGAACGGCGCCTGTAGGGAATGACAGGCGAGTGACGGTACTTTATGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCAGTGCAGGTCTGCGGTGAAAGCCCGAAGCTAAACTTCGGTAAGCCGTGGAAACCGCACAGCTAGAGAGCATCAGAGGATCGCGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCGGTCTGGGGTGCAGCTGACGCTCAGTCCCGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGGGTCAGACCTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATGGAGATAAAGGCTCTGGAGACAGAGAGATAGGTATATCTCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTTGCCAGTTGCCAGCATTAGGTTGGGGACTCTGGCGAGACTGCCTCTGCAAGGAGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGATCAGAGGGAGGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCGAAACCCAGAAACCCGTTCACAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCCAACCGCAA
SEQ ID NO:20 штамм 20 2E8_Parabacteroides goldsteinii_NR_113076
GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACGATGTAGCAATACATTGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGAATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTTCCACATGGAAATATTTGTTAAAGAATTATCGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCCACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTGAGGAACGTGTTCCTTTTTGTATGTACCATATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTTAATTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGTTGACTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGCTGTTTGCGATACACAGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATATTGACAGCTCTGGAAACAGAGTCTCTAGTAATAGCAATTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCGTGTGAGCGGATGCAAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTAACCGC
SEQ ID NO:21 штамм 21 1H8_Bacteroides sp. AR29_AF139525
GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATTTCAGTTTGCTTGCAAACTGGAGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATAATNAGACCGCATGGTCTTGTTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAACCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCAGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTTTTCCACGTGTGGAATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACAGTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGCTGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATTTGAATATATTGGAAACAGTATAGCCGTAAGGCAAATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGA
SEQ ID NO:22 штамм 22 >3F2-PREMIX.fasta
NNNNNNNNNTGCAGTCGAACGAAGCGATTTGAATGAAGTTTTCGGATGGATTTCAANTTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGNNCCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTATGGGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGGAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTACGGCTGGAGTGCTGGAGAGGCAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTCGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCACANNGGTGGAGCATGTGGTTATTCGAGCACGCGAAANCTTACCAGTCTTGNNNCCCCTGANGNNNNGTATGTCGCTNCTNNGNNNNGGN
SEQ ID NO:23 штамм 23 >1G1_3-PREMIX.fasta
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGGTTTCAATGAAGTTTTCGGATGGATTTGAAATTGACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGTCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGTACTGCTTTGGAAACTGTTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCACTGAAAACACTTTAACCGGTGTCCCTCTTCGGAGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCGAGTAGAGTCGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAAAGGAGCGATCTGGAGCAAACCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGNAGCTGCCGAANNNNNNN
SEQ ID NO:24 штамм 24 >1E6_27Fmod-PREMIX_Length_957
AGTTTGNNNNNGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTCAGATGAAGTTTTCGGATGGATTCTGAGATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTCAAGCTAGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAATAAGCACTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTTCCTTCGGGACAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCATTAAGATGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGACCCTGCGAAGGTGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCNNGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGNTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGNCCGAAGTCAGTGACCCAACCGAAAGGAGGGAGNTGCNGAAGNNGNNNNN
SEQ ID NO:25 штамм 25 >1F3_27Fmod-PREMIX.fasta
AGTTTGANNTTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACTCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCATCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGAAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCANTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGNNNNNNNNNNNNN
SEQ ID NO:26 штамм 26 1A1_27Fmod-PREMIX_Length_998
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGACCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCNTAAGGNNNNNCCNNNNNNA
SEQ ID NO:27 16S РНК последовательность, соответствующая LN998073
SEQ ID NO:28 16S РНК последовательность, соответствующая KR822463
SEQ ID NO:29 16S РНК последовательность, соответствующая CP011531
SEQ ID NO:30 16S РНК последовательность, соответствующая NR112945
SEQ ID NO:31 16S РНК последовательность, соответствующая KM098109
SEQ ID NO:32 16S РНК последовательность, соответствующая NR113078
SEQ ID NO:33 16S РНК последовательность, соответствующая NR041464
SEQ ID NO:34 16S РНК последовательность, соответствующая LT223566
SEQ ID NO:35 16S РНК последовательность, соответствующая NR112835
SEQ ID NO:36 16S РНК последовательность, соответствующая NR113248
SEQ ID NO:37 16S РНК последовательность, соответствующая NR041342
SEQ ID NO:38 16S РНК последовательность, соответствующая NR112933
SEQ ID NO:39 16S РНК последовательность, соответствующая NR112893
SEQ ID NO:40 16S РНК последовательность, соответствующая HE974918
SEQ ID NO:41 16S РНК последовательность, соответствующая NR043016
SEQ ID NO:42 16S РНК последовательность, соответствующая AB618791
SEQ ID NO:43 16S РНК последовательность, соответствующая AB215083
SEQ ID NO:44 16S РНК последовательность, соответствующая NR112935
SEQ ID NO:45 16S РНК последовательность, соответствующая AB249652
SEQ ID NO:46 16S РНК последовательность, соответствующая NR113076
SEQ ID NO:47 16S РНК последовательность, соответствующая NR112944
SEQ ID NO:48 16S РНК последовательность, соответствующая JX519760
SEQ ID NO:49 16S РНК последовательность, соответствующая AJ311620
SEQ ID NO:50 16S РНК последовательность, соответствующая EF564278
SEQ ID NO:51 16S РНК последовательность, соответствующая KT156811
SEQ ID NO:52 16S РНК последовательность, соответствующая HM008265
Дополнительные представляющие интерес последовательности приведены ниже:
SEQ ID NO:54 H81A6_16S_рибосомальная_РНК
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATGCAAGTCTACTTGATCCTTCGGGTGAAGGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAAGAACTTGCCTTACAGACTGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGGATATTATGATTGGGTCGCATGATCTGATTATGAAAGCTATATGCGCTGTGAGAGAGCTTTGCGTCCCATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACGATGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGTGTGCACGAAGAAGTTTTTCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAGTCAGTGACGGTACCAACAGAAGAAGCGACGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGCGGCTTAGTAAGTCTGATGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATTGCGTTGGAAACTGCTAAACTAGAGTACTGGAGAGGTAGGCGGAACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCCTACTGGACAGATACTGACGCTAAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGCGCCCAAGCTAACGCGATAAGTAATCCGCCTGGGGAGTACGTACGCAAGTATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAACCTTACCAGCGTTTGACATCCCAAGAAGTTAACAGAGATGTTTTCGTGCCTCTTCGGAGGAACTTGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTTTCGTATGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCTGCGATGAGCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGTAGTACAGAGAGCTGCAAACCTGCGAGGGTAAGCTAATCTCATAAAACTATTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAAATCAGCTATGTTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGTTGCACCTGAAGTAACAGGCCTAACCGTAAGGAGGGATGTTCCGAGGGTGTGATTAGCGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCGTACGGGAACGTGCGGATGGATCACCTCCTT
SEQ ID NO:55 H82F11_16S_ рибосомальная_РНК
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCATGGTAAGTAGCAATACTTATTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGATTAATACTCCATAAAACAGGGGTTCCGCATGGGACTATTTGTTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGTGGGACGTGTTCCATTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCAGACCGACCTTGAAAGAGGTTTTCTAGCAATAGCTGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCTAAACCATGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAAGGATCGGCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
SEQ ID NO:56 H82A6_16S_ рибосомальная_РНК
AATAAAGATTAATTGGTAAAGGATGGGGATGCGTCCCATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGGAGGACGACGGCCCTACGGGTTGTAAACTCCTTTTATAAGGGGATAAAGTTGGCCATGTATGGCCATTTGCAGGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGCAGTCAAGTCAGCGGTCAAATGGCGCGGCTCAACCGCGTTCCGCCGTTGAAACTGGCAGCCTTGAGTATGCACAGGGTACATGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAGGAACTCCGATCGCGCAGGCATTGTACCGGGGCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAGGTGCGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCGCACAGTAAACGATGAATGCCCGCTGTCGGCGACATAGTGTCGGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATCGCAGGTGCATGGGCCGGAGACGGCCCTTTCCTTCGGGACTCCTGCGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCCCCTCCCCAGTTGCCACCGGGTAATGCCGGGCACTTTGGGGACACTGCCACCGCAAGGTGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTGCCCGGTGACGGTTGGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTGCCTGAAGTCCGTGACCGCGAGGGTCGGCCTAGGGTAAAACCGGTGATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
SEQ ID NO:57 H82G9_16S_ рибосомальная_РНК
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACAGGTAGCAATACCGGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTGCCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATGAAGCAGGGGCCCCGCATGGGGATATTTGCTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGATGAAGGTTCTATGGATCGTAAACCTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCGGGACGTGTCCCGTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTCTGTGGCTCAACCATAGAATTGCCGTTGAAACTGGGGGGCTTGAGTATGTTTGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCCAAGCCATTACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATCACTAGCTGTTTGCGATACACTGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTGATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATTCGGACCGAGGTGGAAACACCTTTTCTAGCAATAGCCGTTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGCCACTAGTTACTAACAGGTAAAGCTGAGGACTCTGGTGGGACTGCCAGCGTAAGCTGCGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCGTGGACAAAGGGAAGCCACCTGGCGACAGGGAGCGAATCCCCAAACCACGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACCCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCGAGGATCGGCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
SEQ ID NO:58 H81E7_16S_ рибосомальная_РНК
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGATTGAAGCTTGCTTCAGTTGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTATGCAACCTACCCATAACAGGGGGATAACACTGAGAAATCGGTACTAATATCCCATAACATCAAGAGGGGCATCCCTTTTGGTTGAAAACTCCGGTGGTTATGGATGGGCATGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGGGGGACTGAGAGGTTAACCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGCAAGTCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGCTCTATGAGTTGTAAACTGCTTTTGTACGAGGGTAAACCCGGATACGTGTATCCGGCTGAAAGTATCGTACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATTCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTTAGAGGTGAAATACCGGTGCTTAACACCGGAACTGCCTCTAATACTGTTGAGCTAGAGAGTAGTTGCGGTAGGCGGAATGTATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATCATACAGAACACCGATTGCGAAGGCAGCTTACCAAACTATATCTGACGTTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATAACTCGCTGTCGGCGATACACAGTCGGTGGCTAAGCGAAAGCGATAAGTTATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAAAGTTACTGACGATTCTGGAAACAGGATTTCCCTTCGGGGCAGGAAACTAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCCTACCGTTAGTTGCCATCAGGTCAAGCTGGGCACTCTGGCGGGACTGCCGGTGTAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGTAGGTACAGAGGGCAGCTACCCAGTGATGGGATGCGAATCTCGAAAGCCTATCTCAGTTCGGATTGGAGGCTGAAACCCGCCTCCATGAAGTTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGAAGCTGGGGGTGCCTGAAGTTCGTGACCGCAAGGAGCGACCTAGGGCAAAACCGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
SEQ ID NO:59 H81C1_16S_ рибосомальная_РНК
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGTTTTGATGGATCCTTCGGGTGATATCAGAACTGGAAAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATGGAAAGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAGTAAAGCCTTATATTATGGTTTTGTCGCATGGCAAGATCATGAAAACTCCGGTGCCATAGGATGGACCCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAACCGGTCTGAGAGGGCGAACGGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAATACCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTATTGGGGAAGAAGAATGACGGTACCCAATGAGGAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGACAAGCGTTGTCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTCTATTAAGTCTGATGTGAAAGGTACCGGCTCAACCGGTGAAGTGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTATTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAAATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAAACTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACGAGCCTAGAGATAGGAAGTTTCCTTCGGGAACAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGTAGACAATACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCTGAACAGAGGGCCGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAATCCCTTAAAACAGATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGCCTGTGAGAGAACCGTAAGGACTCAGCAGTCGAAGGTGGGGCTAGTAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:60 H81B11_16S_ рибосомальная_РНК
ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGATCGCCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
SEQ ID NO:61 H81H9_16S_рибосомальная_РНК
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCAGGAAGTAGCAATACTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTCCCGCATGGGAATATTTGTTAAAGATTTATTGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTCGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGCAGGACGTGTCCTGTTTTGTATGTACCCTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGCTTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGAGGGCTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAAGTTGACCGGAGTGGAAACACTCTTTCTAGCAATAGCAATTTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCGAGCTGAGGACTCTAAAGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTAACCGCAAGGATCGGCCTAGGGTAAAACCGATGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
SEQ ID NO:62 H82B1_16S_ рибосомальная_РНК
AATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAGTTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGACCACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAAGGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGTACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTGAGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATTAGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTACGCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTATTAACAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAGCAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGCCGCCGAAGGTAAAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:63 H82G1_16S_ рибосомальная_РНК
ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTGGAACTATTAAAGAATTTCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTGATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAGCGCCCTAGGGTAAAACTGGTGATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
SEQ ID NO:64 H82G5_16S_рибосомальная_РНК
ATTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTATTAGGAGCCAGCCGTCTAAGGTGGGGCCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCC
Настоящее изобретение не ограничено в своем применении деталями конструкции и расположения компонентов, изложенными в последующем описании или проиллюстрированными на чертежах. Настоящее изобретение допускает другие варианты выполнения настоящего изобретения и может быть использовано на практике или выполнено различными способами. Кроме того, фразеология и терминология, используемые в данном документе, предназначены для целей описания и не должны рассматриваться как ограничивающие. Использование «включающий», «содержащий» или «имеющий», «состоящий из», «включает» и их вариантов в данном документе подразумевает включение элементов, перечисленных после, и их эквивалентов, а также дополнительных элементов.
Если иное не определено в настоящем документе, научные и технические термины, используемые в связи с настоящим изобретением, должны иметь значения, которые в общем понятны специалистам в данной области техники. Кроме того, если иное не требуется в контексте настоящего изобретения, термины в единственном числе включают множественное число, а термины во множественном числе включают единственное число. Способы и методики настоящего изобретения обычно выполняются в соответствии с обычными способами, хорошо известными в данной области техники. Как правило, номенклатуры, используемые в связи с описанными здесь методиками биохимии, энзимологии, молекулярной и клеточной биологии, микробиологии, вирусологии, клеточной или тканевой культуры, генетики и химии белков и нуклеинов, хорошо известны и широко используются в данной области техники. Способы и методики настоящего изобретения обычно выполняются в соответствии с обычными способами, хорошо известными в данной области техники, и как описано в различных общих и более конкретных ссылках, которые цитируются и обсуждаются в настоящем описании, если не указано иное.
Настоящее изобретение дополнительно иллюстрируется следующими примерами, которые никоим образом не должны рассматриваться как дополнительное ограничение. Полное содержание всех ссылок (включая литературные ссылки, выданные патенты, опубликованные патентные заявки и одновременно находящиеся на рассмотрении патентные заявки), процитированные в настоящей заявке, настоящим явно включены в качестве ссылки, в частности, для раскрытия информации посредством ссылки. Однако цитирование любой ссылки не предназначено для признания того, что ссылка является предшествующим уровнем техники.
[Примеры]
Пример 1: Идентификация бактериального коктейля, индуцирующего CD8+ T-клетки
Мыши C57BL/6, содержавшиеся в условиях отсутствия специфического патогена (SPF), которые обладают резидентной микробиотой, имеют обильные IFNγ+CD8+  T-клетки, тогда как в собственной пластинке слизистой оболочки кишечника безмикробной мыши было обнаружено небольшое количество IFNγ+CD8+  T-клеток (смотрите Фиг.1). Это указывает на то, что кишечная микробиота индуцирует накопление IFNγ + CD8 + T-клеток. Подмножество IFNγ+CD8+ T-клеток также экспрессировало CD103, а также ГранзимB (см. Фиг. 2A), предполагая, что подмножеством были резидентные тканевые T-клетки памяти. На Фиг. 3А показано, что заметно небольшое количество IFNγ+CD8+ Т-клеток было обнаружено у мышей C57BL/6, приобретенных у Charles River Laboratories Inc. и Japan SLC Inc., по сравнению с мышами SPF C57BL/, приобретенными у CLEA Japan Inc., и мышами, разводимыми в RIKEN. Когда мышей SPF C57BL/от Charles River Laboratories Inc. совместно размещали вместе с мышами CLEA в одной клетке, у мышей, приобретенных у Charles River Laboratories Inc., наблюдалось увеличение IFNγ+CD8+ T-клеток (Фиг. 4A и 4B). Этот факт убедительно подтверждает гипотезу о том, что в микробиоте мыши существуют специфические виды микроорганизмов, которые индуцируют и накапливают IFNγ + CD8 + T-клетки в кишечнике.
Затем было исследовано, содержит ли микробиота кишечника человека микробы, способные индуцировать IFNγ + CD8 + T-клетки. Образцы стула были отобраны у шести здоровых людей-добровольцев (A ~ F). Образцы вводили перорально индивидуально безмикробным мышам C57BL/6, содержащимся в стерильных изоляторах (по пять или шесть мышей на группу). Через четыре недели после пероральной инокуляции образцов стула мышей умерщвляли, а тонкую кишку и толстые кишки собирали и исследовали на наличие IFNγ + CD8 + T-клеток с помощью FACS.
Как показано на Фиг.5А и 5В, IFNγ + CD8 +T-клетки ободочной кишки наиболее заметно индуцировались у мышей, инокулированных образцом стула, взятым у донора В. Среди мышей, инокулированных образцом стула донора В, выбрали мышь, которая показала наиболее высокую частоту IFNγ + CD8 + T-клеток (далее называемую «мышь B # 5»). Для того чтобы сконцентрировать микробы, ответственные за индукцию IFNγ + CD8 + T-клеток, содержимое слепой кишки было собрано у мыши B # 5 и инокулировано в другую свободную от микробов мышь. Затем мышам перорально вводили питьевую воду с или без ампициллина, метронидазола, стрептомицина или тилозина (по пять мышей на группу). В качестве альтернативы содержимое слепой кишки мыши B # 5 обрабатывали 3% хлороформом и перорально инокулировали еще пяти безмикробным мышам («B # 5 + Chrolo»). На Фиг. 6А и 6В показано, что обработка ампициллином усиливает индукцию IFNγ + CD8 + T-клеток собственной пластинки слизистой оболочки  толстой кишки микробиотой мыши B # 5, тогда как обработка другими  антибиотиками или хлороформом снижают индукционную способность IFNγ+CD8+ T-клеток микробиотой мыши B#5.
На Фиг. 7А и 7В показан анализ операционной таксономической единицы (OTU) кишечного содержимого мышей, инокулированных микробиотой B # 5 мыши и получавших/не принимавших антибиотики или хлороформ. Содержимое слепой кишки собирали у двух мышей B#5 + AMP, которые демонстрировали наибольшую частоту IFNγ + CD8 + T-клеток (мышь B # 5 + AMP-2 и мышь B # 5 + AMP-3) и культивировали в анаэробной камере. Было отобрано 304 колонии, и в результате секвенирования гена 16S rРНК было выявлено 26 штаммов. Двадцать один штамм был выбран из 26 штаммов, за исключением 5 штаммов, которые были включены в микробиоту мышей B # 5 + Chrolo (поэтому, по прогнозам, они не являются необходимыми для индукции IFNγ + CD8 + T-клеток). Смесь из 21 штамма перорально инокулировали безмикробным мышам, и наблюдали сильную индукцию IFNγ + CD8 +  Т-клеток (фиг.8А и 8В). IFNγ + CD8 + Т-клетки, индуцированные 21 штаммом, также экспрессировали CD103, а часть IFNγ + CD8 + Т-клеток экспрессировала также Гранзим B (Фиг. 9A и 9B). Смесь из 11 штаммов с самой высокой корреляцией с IFNγ + CD8 + T-клетками инокулировали мышам GF. Смесь из 11 штаммов (11 mix) перорально вызывала сильную индукцию IFNγ + CD8 + Т-клеток, даже по сравнению со смесью из 21 штамма (21 mix) (Фиг.10А и 10В).
Идентификация бактериальных видов с самой высокой гомологией с каждым из штаммов в 11 mix представлена в Таблице 2 ниже.
[Таблица 2]
Пример 1A: Дальнейшая характеристика смеси из 11 штаммов (Композиция A)
Штаммы из Таблицы 2 были охарактеризованы далее посредством ресеквенирования 16S последовательностей и посредством секвенирования всего генома. Результаты дальнейшей характеризации приведены в Таблице 3.
[Таблица 3]
Пример 2: Дальнейшая характеризация бактериального коктейля, индуцирующего CD8+ T-клетки
Двадцать шесть штаммов, выделенных из содержимого слепой кишки мышей B # 5 + AMP, которые демонстрировали высокие частоты IFNγ + CD8 + T-клеток, показаны на Фиг.11. Среди 26 штаммов 11 штаммов («11 mix») положительно коррелированыли с частотой IFNγ + CD8 + T-клеток. Поэтому эти 11 штаммов были отобраны для дальнейших экспериментов, и смесь из 11 штаммов («11- mix») была инокулирована свободным от бактерий мышам (см. также таблицу 2). Колонизация смесью 11-mix привела к сильной индукции IFNγ + CD8 + T-клеток в ободочной кишке (Фиг. 10A, 10B, 12A и 12B), тогда как другие 10 штаммов («10-mix») слабо индуцировали IFNγ + CD8 + T-клетки по сравнению с уровнями, индуцированными смесью 11- mix (Фиг. 12А и 12В). Мыши, инокулированные смесью из 17 Treg-индуцирующих бактериальных штаммов (смотрите,  например, WO2013/080561; Atarashi et al., Nature (2013) 500 (7461): 232-236; Narushima et al. Gut Microbes (2014)5(3): 333-339) не аккумулировали IFNγ+CD8+ T клетки (Фиг. 12A и 12B).
Филогенетическое сравнение с использованием генных последовательностей 16S rРНК показало, что смесь из 11 штаммов (также называемая «11 mix») состоит из 7 штаммов, относящихся к Bacteroidales («7 штаммов»), и 4 штаммов не относящихся к Bacteroidales: 2 Clostridiales, 1 Fusobacteriales и 1 Selenomonadales («4 штамма») (смотрите Фиг.13 и Таблицу 4).
Инокуляция смесью из 4 штаммов, не относящихся к Bacteroidales («4-mix»), приводила к сильному накоплению IFNγ + CD8 + T-клеток ободочной кишки, по сравнению с уровнем IFNγ + CD8 +, T-клеток ободочной кишки, наблюдаемым у мышей, колонизированных смесью 11 mix. Напротив, колонизация 7 штаммами Bacteroidales («7-11 mix») слабо индуцировала IFNγ + CD8 + T-клетки (Фиг. 14A и 14B).
Повторение эксперимента показан на Фиг. 47, который показывает, что 11- mix более эффективна, чем 7- mix или 4- mix. Данные эксперимента, показанные на Фиг. 47, имеют сильную статистическую поддержку.
Идентификация бактериальных  видов с самой высокой гомологией каждым из штаммов в 4 mix представлена в Таблице 4 ниже.
[Таблица 4]
Пример 3: Противораковые характеристики бактериального коктейля, индуцирующего CD8+ T-клетки
5
Чтобы исследовать, может ли колонизация смесью 11 mix усиливать противоопухолевые иммунные ответы, была использована модель подкожной опухоли. Мышей SPF лечили смесью антибиотиков (1 г/л ампициллина, 0,5 г/л ванкомицина, 1 г/л метронидазола и 1 г/л неомицина) через питьевую воду со дня от 7 до 2 дня. Клеточную линию MC38 рака толстой кишки (3 × 10 клеток на мышь) подкожно инъецировали в правый бок мышей на день 0. Лечение антибиотиками прекращали на день 2, и мышам вводили посредством принудительного питания фекальную микробиоту от мышей SPF, смешанную с или без 11- mix в день 3. В группах лечения 11 mix мышам вводили посредством принудительного питания 11 mix два или три раза в неделю до конца эксперимента. В группах лечения анти-PD-1 антителом (Ab) мышам интраперитонеально вводили 200 мкг моноклонального анти-PD1 Ab  (клон J43) на 3, 5 и 9 день. Размер опухоли измеряли с помощью штангенциркуля, а объем опухоли определяли как длина × ширина 2 × 0,5.
Обработка только смесью 11 mix (то есть без Ab против PD1) значительно подавляла рост опухоли MC38 (см. Фиг. 15). Комбинация смеси 11 mix и анти-PD1 Ab показала самое сильное подавляющее влияние на рост опухолевых клеток (см. Фиг. 15). Лечение смесью 11 mix и анти-PD1 Ab приводило к повышенному накоплению IFNγ + CD8 + T-клеток в опухолевой массе MC38 (см. Фиг. 16A и 16B). Подмножество IFNγ + CD8 + T-клеток в опухолях экспрессировали T-клеточные рецепторы, специфичные для gp70p15E604-611 (KSPWFTTL; SEQ ID NO: 53), который является иммунодоминантным эпитопом MC38 (Фиг. 17A). Кроме того, подгруппа IFNγ + CD8 + T-клеток экспрессировала CD44 и Гранзим B, что позволяет предположить, что IFNγ + CD8 + T-клетки, накопленные в опухоли, включали специфичные для опухоли цитотоксические CD8 + T-клетки типа клеток памяти (см. Фиг. 17A и 17B). Эффект на IFNγ + CD4 T-клетки показан на Фиг. 18.
Пероральная инокуляция смесью 11 mix привела к увеличению числа IFNγ-продуцирующих спленоцитов даже при отсутствии стимуляции опухолевого антигена (см. Фиг. 19).
Эти результаты показывают, что обработка смесью 11 mix в комбинации с анти-PD1 Ab или без него системно активирует CD8 T-клетки, которые отвечают на опухолевые клетки.
Пример 4: Противораковые характеристики бактериального коктейля, индуцирующего CD8+ T-клетки, в комбинации с CTLA-4 ингибитором контрольных точек иммунного ответа
5
Чтобы выяснить, может ли колонизация 11- mix в комбинации с ингибитором контрольных точек иммунного ответа CTLA4 усиливать противоопухолевый иммунный ответ, была использована модель подкожной опухоли (Фиг. 24). Мышей обрабатывали смесью антибиотиков в течение 5 дней (от дня -21 до -16 дня) с последующим двухдневным периодом для вымывания антибиотиков. Клеточную линию рака толстой кишки MC38 (3 × 10 клеток на мышь) подкожно инъецировали мышам в правый бок на день -14. Животные были рандомизированы в следующие группы лечения:
Группа 1: Нет антибиотиков, нет лечения (обеспечивает контроль стандартного развития  MC38 опухолевой модели);
Группа 2: Предварительное лечение антибиотиками, нет лечения (обеспечивает контроль развития  MC38 опухолевой модели с предварительным лечением антибиотиками);
Группа 3: 11-mix монотерапия (обозначается как AAM1 на Фиг. 25 и 26);
Группа 8: анти-CTLA-4 антитело (9H10) и 11-mix (обозначается как AAM1 на Фиг. 25 и 26) комбинация;
Группа 9: анти-CTLA-4 антитело (9H10) монотерапия.
3
3
Обработку бактериальными коктейлями также начинали в день -14 и вводили раз в две недели 4 раза. Для групп, получавших ингибиторы контрольных точек иммунного ответа CTLA-4, лечение начинали, как только объем опухоли достигал приблизительно 100 мм (100-150 мм). Антитело против CTLA-4 вводили в дни 1, 4 и 7. Мышей оценивали по массе и выживаемости в течение всего эксперимента. Размер опухоли и объем были измерены.
Измерения опухоли
Группа мышей, которые получали анти-CTLA-4 антитело отдельно (группа 9), имела слегка сниженный рост опухоли по сравнению с контрольными мышами. Комбинация 11- mix (обозначенная как «AAM1» на Фиг. 25) и анти-CTLA-4 антитела (группа 8) значительно снижала рост опухоли по сравнению с 11- mix самой по себе и по сравнению с анти-CTLA-4 антителом самим по себе. Смотри Фиг. 25. Графики объема опухоли отдельных мышей показаны на Фиг. 27.
Выживаемость
Группа мышей, которые получали анти-CTLA-4-антитело, имела немного увеличенную выживаемость по сравнению с контрольными мышами. 11- mix сама по себе не оказала влияния на выживание. Комбинация 11- mix (называемая  «AAM1» на Фиг. 26) и анти-CTLA-4-антитела значительно увеличивала выживаемость обработанных мышей (группа 8). Смотри Фиг. 26.
Пример 5: Противораковые характеристики бактериального коктейля, индуцирующего CD8+ T-клетки, в комбинации с анти-PD1 антителом
05
Чтобы выяснить, может ли колонизация с использованием 4-mix или 11-mix в комбинации с ингибиторами контрольных точек иммунного ответа анти-PD1 усиливать противоопухолевые иммунные ответы в отсутствие предварительной обработки антибиотиками и предшествующего приживления, клеточную линию рака толстой кишки MC38 (3 × 1 клеток на мыши) подкожно вводили в правый бок мышей на день -14 (см. Фиг. 28). Животные были рандомизированы в следующие группы лечения:
Группа 1: без лечения;
Группа 3: 11-mix монотерапия (обозначенная как “AAM1” на Фиг. 28 и 29);
Группа 4: 4-mix монотерапия (обозначенная как “AAM2” на Фиг. 28 и 29);
Группа 5: анти -PD1 антитело (RMP1-14) монотерапия;
Группа 6: анти -PD1 антитело (RMP1-14) и 11-mix (обозначенная как “AAM1” на Фиг. 28 и 29) комбинация; и
Группа 7: анти-PD1 антитело (RMP1-14) и 4-mix (обозначенная как “AAM2” на Фиг. 28 и 29) комбинация.
Лечение было начато на день 1 (объем опухоли примерно 100-150 мм3). Обработку бактериальным коктейлем и антителом против PD1 проводили раз в две недели дважды. Мышей оценивали на массу и выживаемость в ходе эксперимента. Размер опухоли и объем были измерены.
Измерение опухоли
Обработка анти-PD1 антителом самим по себе или в комбинации с 4-mix или 11-mix привело к снижению роста опухоли по сравнению с отсутствием лечения . Фиг. 30 показывает кривые объема опухоли отдельных мышей, получавших лечение согласно эксперименту в Примере 5 (контроль, 11-mix; αPD-1 Ab; 11-mix + αPD-1 Ab). Объем опухоли не увеличивался у множества животных в группе, получавшей лечение с 11-mix + αPD-1 Ab (нижняя панель справа). Фиг. 32 показаны графики объема опухоли отдельных мышей, которых лечили в экспериментах из Примера  5 (контроль, 4-mix; αPD-1 Ab; 4-mix + αPD-1 Ab). Объем опухоли не увеличивался у множества животных в группе, получавшей лечение с 4-mix + αPD-1 Ab (нижняя панель справа).
Выживаемость
Данные по выживанию приведены на Фиг. 31 для контроля, 11- mix; PD-1 Ab; и 11- mix + PD-1 Ab группы. Комбинация 11- mix и αPD-1 Ab показала повышенную выживаемость по сравнению с 11- mix или αPD-1 Ab самим по себе.
Обобщенные данные по выживанию мышей в группах контроль, 4-mix; αPD-1 Ab; 4-mix + αPD-1 Ab, 11-mix, и 11-mix + αPD-1 Ab показаны на Фиг. 33. Как комбинация 4-mix и αPD-1 Ab, так и комбинация 11-mix и αPD-1 антитела показала повышенную выживаемость по сравнению с αPD-1 Ab самим по себе.
Пример 6: Противораковые характеристики бактериального коктейля, индуцирующего CD8+ T-клетки, в комбинации с анти-PD1 антителом на модели  меланомы
5
Мышиная модель приживления меланомы была использована для оценки эффективности 11- mix в комбинации с антителом PD-1 для лечения меланомы. Как показано на графике в Фиг. 34 и 35, мыши получали антибиотики (ампициллин, ванкомицин, метронидазол и неомицин: «AVMN») со дня от -3 до 2 дня. В день 0 мышам приживляли клетки меланомы Braf Pten 7x10. Мыши были сгруппированы в следующие группы лечения:
-Свободные от специфических патогенов (SPF) фекалии;
-SPF фекалии + анти-PD1 антитело;
-SPF фекалии + 11-mix; и
-SPF фекалии + 11-mix + анти -PD1 антитело.
На день 3, 6 и 9 мышам вводили фекалии SLC SPF от мышей, свободных от специфических патогенов (SPF), полученных у Japan SLC (SLC SPF фекалии), анти-PD1 антитело (стрелки на шкале времени на фиг. 34 и 35) и/или 11-mix (стрелки со звездочкой на шкале времени на рис. 34 и 35). 11-mix вводили указанным группам мышей 2 или 3 раза в неделю через желудочный зонд. Мыши, которые получали комбинацию анти-PD1 антитела и 11-mix, имели уменьшенный объем опухоли (Фиг. 34), площадь опухоли (Фиг. 35) и массу опухоли (Фиг. 36) по сравнению с другими группами мышей.
Лимфоциты выделили из опухолей, полученных у мышей на день 22 и 24, и окрасили с применением антител для клеточных маркеров, включая CD3, TCRβ, CD8, CD4, IFNγ, Гранзим, и IL-17. Обработка комбинацией 11-mix и анти-PD1 антитела привела к повышенному накоплению IFNγ+CD8+ T клеток в меланомной опухоли. Фиг. 37A-37C и 38. В этом эксперименте нет значительного различия в числе IFNγ+ GzmB+ клеток, Th1 клеток, Th17 клеток, или Treg клеток между группами мышей. Фиг. 39A-39D.
Результаты показывают, что обработка 11-mix в комбинации с анти-PD1 антителом системно активирует CD8 T клетки в меланома.
Пример 7: Индукция CD8 T-клеток в свободных от специфического патогенна  (SPF) мышах
Экспериментальные параметры были оценены для индукции CD8 Т-клеток с помощью 11- mix бактериального коктейля. Животные, использованные в этом исследовании, были свободными от специфических патогенов мышами (SPF-мыши) по сравнению с безмикробными мышами.
Как показано на Фиг. 40, мышей разделили на следующие группы лечения:
-11-mix мультикратная доза;
-AVMN + SPF фекалии;
-AVMN + SPF фекалии + 11-mix однократная доза; и
-AVMN + SPF фекалии + 11-mix мультикратная доза.
Указанные группы мышей получали антибиотики (ампициллин, ванкомицин, метронидазол и неомицин: «AVMN») в своей питьевой воде со дня -5 по день -1. Мышей инокулировали фекалиями SPF с или без 11- mix в день 0. Для групп, которые получали многократные дозы 11- mix, бактериальный коктейль также вводили в воду в дни 3, 7, 10, 14, 17. 21, 24 и 28.
Лимфоциты выделяли из мышей на 22 и 24 дни и окрашивали с использованием антител к клеточным маркерам, включая CD3, TCRβ, CD8, CD4, IFNγ, гранзим и IL-17. Мыши, которые получали предварительную обработку антибиотиком и многократные дозы 11-mix, показали повышенный уровень IFNγ + CD8 + T-клеток. Фиг. 41A-41C. Мыши, которые получали предварительную обработку антибиотиками и многократные дозы 11-mix, также имели повышенные уровни CD103 + IFNγ + клеток в популяции клеток CD8T (Фиг. 42A) и слегка повышенные уровни клеток Th17 (фиг. 42B). Не было значительного различия в количестве клеток Th1 между группами мышей. (Фиг. 42C). Эти данные показывают, что 11-mix может индуцировать CD8 + Т-клетки на сложном фоне: мыши, не имеющие специфических патогенов (по сравнению с безмикробными мышами).
Пример 8: Роль фактора транскрипции BATF3
11- mix вводили мышам, у которых есть фактор транскрипции BATF3, и мышам, у которых нет фактора транскрипции BATF3. Мыши, у которых нет фактора транскрипции BATF3, не чувствительны к индукции CD8 Т-клеток 11- mix. (Фиг. 43A и 43B). Вероятно, что дендритные клетки CD103-CD11b необходимы для стимуляции IFNγ-гамма-продуцирующих клеток CD8 и Th1. Индукция клеток Th17 с помощью коктейля 11 mix не зависит от статуса BAFT3. (Фиг. 43C). Фиг. 43 и 44 показывают результаты экспериментов из Примера 8. Эксперименты показывают, что BATF3 требуется для 11- mix для индукции клеток CD8-T. BATF3 не требуется для индукции Th17.
Пример 9: Лечений мышей, инфицированных Listeria.
Поскольку сообщалось, что IFNγg + CD8 + T-клетки играют критическую роль в контроле внутриклеточных патогенов, было оценено, может ли пероральное введение смеси 11 штаммов в режиме многократного дозирования повысить защитный иммунитет хозяина против инфекции Listeria monocytogenes. Мышей SPF лечили AVMN (ампициллин, ванкомицин, метронидазол, неомицин) в течение 5 дней в питьевой воде. После однодневного вымывания антибиотиков было проведено многократное пероральное введение 11-микс (4 раза). Для восстановления сложной микробиоты, фекальные микробиоты от мышей SPF были введены вместе с первым введением 11-mix. Затем мышей перорально инфицировали Listeria monocytogenes в день 0. Определяли КОЕ Listeria в фекалиях и массу тела мышей. Обработка 11- mix значительно снижала колонизацию Listeria monocytogenes в просвете кишечника (Фиг. 45) и поддерживала массу тела мышей (Фиг. 46). Таким образом, введение смеси штаммов 11 может обеспечить защитный иммунитет против внутриклеточного инфекционного патогена.
Пример 10: Локализация CD8 T-клеток, индуцированных 11-mix
Смесь 11- mix вводили нормальным здоровым мышам (то есть мышам, которые не испытывали других стрессов). Различные органы и компартменты у мышей исследовали на наличие CD8-положительных Т-клеток. Как показано на Фиг. 48, эффект индукции CD8- положительных Т-клеток смеси 11- mix ограничен кишечником / кишкой (SI = тонкая кишка, CIEL = интраэпителиальные лимфоциты ободочной кишки, LN = лимфатические узлы).
Пример 11: Селективная и временная активация подгрупп дендритных клеток  собственной пластинки слизистой оболочки.
Поскольку клетки CD8 можно активировать через определенные подклассы дендритных клеток, количество и состояние активации дендритных CD11b-CD103 + собственной пластинки слизистой оболочки исследовали после введения 11- mix. Как показано на Фиг. 49, введение 11- mix не изменило пропорцию подмножества дендритных клеток CD11b-CD103 + собственной пластинки слизистой оболочки.
Временный характер/ кинетика активации также была исследована. Мышей GF колонизировали смесью 11-mix в течение 1, 2, 3 и 4 недель. Частота LP и MLN дендритных клеток (DC)/ подмножеств макрофагов не была затронута колонизацией 11 mix. Однако экспрессия MHC класса I на DC LP ободочной кишки (но не на MLN DC), в частности на подмножестве LP CD103 + DC ободочной кишки (а именно Batf3-зависимом подмножестве DC), была значительно улучшена колонизацией с 11-mix. Повышенная регуляция экспрессии МНС класса I наиболее выражена через 1 неделю после колонизации. (См. Фиг. 50-54). Не ограничиваясь конкретным механизмом, вероятно, что индукция CD8-положительных Т-клеток в основном обусловлена пролиферацией, а не антиген-специфической дифференцирацией de novo.
Окрашивание Ki67 показало, что размножение CD8-положительных Т-клеток происходило через 1 неделю, сопровождаемое увеличением IFNγg + CD8 + T клеток в LP ободочной кишки (см. Фиг. 55). Окрашивание CD103 показало, что индуцированные IFNγg + CD8 + T клетки через 1 неделю после колонизации были в основном CD103-негативными, и что CD103 + IFNγg + CD8 T клетки (фенотип CD8 + T клеток памяти тканевой резидентности) постепенно увеличивался (см. Фиг. 56 и 57).
--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> Keio University School of Medicine
The University of Tokyo
<120> КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЛЯ ИНДУКЦИИ CD8+ T-КЛЕТОК
<130> P0745.70011WO00
<140> Not Yet Assigned
<141> 2017-12-21
<150> US 62/574,446
<151> 2017-10-19
<150> US 62/491,062
<151> 2017-04-27
<150> US 62/484,607
<151> 2017-04-12
<150> US 62/438,793
<151> 2016-12-23
<160> 64
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1440
<212> ДНК
<213> Phascolarctobacterium faecium
<400> 1
gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggagaatttt atttcggtag 60
aattcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc gtaggcaacc taccctttag acggggacaa 120
cattccgaaa ggagtgctaa taccggatgt gatcatcttg ccgcatggca ggatgaagaa 180
agatggcctc tacaagtaag ctatcgctaa aggatgggcc tgcgtctgat tagctagttg 240
gtagtgtaac ggactaccaa ggcgatgatc agtagccggt ctgagaggat gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa 360
tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg tgagtgatga aggatttcgg tctgtaaagc 420
tctgttgttt atgacgaacg tgcagtgtgt gaacaatgca ttgcaatgac ggtagtaaac 480
gaggaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg gcgagcgttg 540
tccggaatta ttgggcgtaa agagcatgta ggcggcttaa taagtcgagc gtgaaaatgc 600
ggggctcaac cccgtatggc gctggaaact gttaggcttg agtgcaggag aggaaagggg 660
aattcccagt gtagcggtga aatgcgtaga tattgggagg aacaccagtg gcgaaggcgc 720
ctttctggac tgtgtctgac gctgagatgc gaaagccagg gtagcgaacg ggattagata 780
ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt actaggtgta ggaggtatcg accccttctg 840
tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc tggggagtac ggccgcaagg ttgaaactca 900
aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg 960
aagaacctta ccaaggcttg acattgattg aacgctctag agatagagat ttcccttcgg 1020
ggacaagaaa acaggtggtg catggctgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa 1080
gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcctat gttaccagca agtaaagttg gggactcatg 1140
ggagactgcc agggacaacc tggaggaagg cggggatgac gtcaagtcat catgcccctt 1200
atgtcttggg ctacacacgt actacaatgg tcggaaacag agggaagcga agccgcgagg 1260
cagagcaaac cccagaaacc cgatctcagt tcggatcgca ggctgcaacc cgcctgcgtg 1320
aagtcggaat cgctagtaat cgcaggtcag catactgcgg tgaatacgtt cccgggcctt 1380
gtacacaccg cccgtcacac cacgaaagtt ggtaacaccc gaagccggtg aggtaaccta 1440
<210> 2
<211> 1392
<212> ДНК
<213> Fusobacterium ulcerans
<400> 2
gatgaacgct gacagaatgc ttaacacatg caagtctact tgatccttcg ggtgaaggtg 60
gcggacgggt gagtaacgcg taaagaactt gccttacaga ctgggacaac atttggaaac 120
gaatgctaat accggatatt atgattgggt cgcatgatct gattatgaaa gctatatgcg 180
ctgtgagaga gctttgcgtc ccattagtta gttggtgagg taacggctca ccaagacgat 240
gatgggtagc cggcctgaga gggtgaacgg ccacaagggg actgagacac ggcccttact 300
cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc aaaagtctga tccagcaatt 360
ctgtgtgcac gaagaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaagtcagtg 420
acggtaccaa cagaagaagc gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 480
tcgcaagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggcggctt agtaagtctg 540
atgtgaaaat gcggggctca accccgtatt gcgttggaaa ctgctaaact agagtactgg 600
agaggtaggc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatttgta ggaatgccga 660
tggggaagcc agcctactgg acagatactg acgctaaagc gcgaaagcgt gggtagcaaa 720
caggattaga taccctggta gtccacgccg taaacgatga ttactaggtg ttgggggtcg 780
aacctcagcg cccaagctaa cgcgataagt aatccgcctg gggagtacgt acgcaagtat 840
gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgac 900
gcaacgcgag gaaccttacc agcgtttgac atcccaagaa gttaacagag atgttttcgt 960
gcctcttcgg aggaacttgg tgacaggtgg tgcatggctg tcgtcagctc gtgtcgtgag 1020
atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccctttcgt atgttaccat cattaagttg 1080
gggactcatg cgagactgcc tgcgatgagc aggaggaagg tggggatgac gtcaagtcat 1140
catgcccctt atacgctggg ctacacacgt gctacaatgg gtagtacaga gagctgcaaa 1200
cctgcgaggg taagctaatc tcataaaact attcttagtt cggattgtac tctgcaactc 1260
gagtacatga agttggaatc gctagtaatc gcaaatcagc tatgttgcgg tgaatacgtt 1320
ctcgggtctt gtacacaccg cccgtcacac cacgagagtt ggttgcacct gaagtaacag 1380
gcctaaccgt aa 1392
<210> 3
<211> 1443
<212> ДНК
<213> Bacteroides dorei
<220>
<221> misc_признак
<222> (7)..(9)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 3
agtttgnnnt atggctcagg atgaacgcta gctacaggct taacacatgc aagtcgaggg 60
gcagcatggt cttagcttgc taaggctgat ggcgaccggc gcacgggtga gtaacacgta 120
tccaacctgc cgtctactct tggccagcct tctgaaagga agattaatcc aggatgggat 180
catgagttca catgtccgca tgattaaagg tattttccgg tagacgatgg ggatgcgttc 240
cattagatag taggcggggt aacggcccac ctagtcaacg atggataggg gttctgagag 300
gaaggtcccc cacattggaa ctgagacacg gtccaaactc ctacgggagg cagcagtgag 360
gaatattggt caatgggcga tggcctgaac cagccaagta gcgtgaagga tgactgccct 420
atgggttgta aacttctttt ataaaggaat aaagtcgggt atgcataccc gtttgcatgt 480
actttatgaa taaggatcgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaggatccg 540
agcgttatcc ggatttattg ggtttaaagg gagcgtagat ggatgtttaa gtcagttgtg 600
aaagtttgcg gctcaaccgt aaaattgcag ttgatactgg atgtcttgag tgcagttgag 660
gcaggcggaa ttcgtggtgt agcggtgaaa tgcttagata tcacgaagaa ctccgattgc 720
gaaggcagcc tgctaagctg caactgacat tgaggctcga aagtgtgggt atcaaacagg 780
attagatacc ctggtagtcc acacggtaaa cgatgaatac tcgctgtttg cgatatacgg 840
caagcggcca agcgaaagcg ttaagtattc cacctgggga gtacgccggc aacggtgaaa 900
ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggaggaaca tgtggtttaa ttcgatgata 960
cgcgaggaac cttacccggg cttaaattgc actcgaatga tccggaaacg gttcagctag 1020
caatagcgag tgtgaaggtg ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga ggtgtcggct 1080
taagtgccat aacgagcgca acccttgttg tcagttacta acaggtgatg ctgaggactc 1140
tgacaagact gccatcgtaa gatgtgagga aggtggggat gacgtcaaat cagcacggcc 1200
cttacgtccg gggctacaca cgtgttacaa tggggggtac agagggccgc taccacgcga 1260
gtggatgcca atccctaaaa cccctctcag ttcggactgg agtctgcaac ccgactccac 1320
gaagctggat tcgctagtaa tcgcgcatca gccacggcgc ggtgaatacg ttcccgggcc 1380
ttgtacacac cgcccgtcaa gccatgggag ccgggggtac ctgaagtgcg taaccgcgag 1440
gat 1443
<210> 4
<211> 1420
<212> ДНК
<213> Bacteroides uniformis
<400> 4
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatga acttagcttg 60
ctaagtttga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgatgactc 120
ggggatagcc tttcgaaaga aagattaata cccgatggca tagttcttcc gcatggtaga 180
actattaaag aatttcggtc atcgatgggg atgcgttcca ttaggttgtt ggcggggtaa 240
cggcccacca agccttcgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgaga 360
gtctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg actgccctat gggttgtaaa cttcttttat 420
acgggaataa agtgaggcac gtgtgccttt ttgtatgtac cgtatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggcgg acgcttaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactgggt gtcttgagta cagtagaggc aggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagcctg ctggactgta 720
actgacgctg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
accagtaaac gatgaatact cgctgtttgc gatatacagt aagcggccaa gcgaaagcgt 840
taagtattcc acctggggag tacgccggca acggtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc 900
ccgcacaagc ggaggaacat gtggtttaat tcgatgatac gcgaggaacc ttacccgggc 960
ttgaattgca actgaatgat gtggagacat gtcagccgca aggcagttgt gaaggtgctg 1020
catggttgtc gtcagctcgt gccgtgaggt gtcggcttaa gtgccataac gagcgcaacc 1080
cttatcgata gttaccatca ggtgatgctg gggactctgt cgagactgcc gtcgtaagat 1140
gtgaggaagg tggggatgac gtcaaatcag cacggccctt acgtccgggg ctacacacgt 1200
gttacaatgg ggggtacaga aggcagctac acggcgacgt gatgctaatc ccgaaagcct 1260
ctctcagttc ggattggagt ctgcaacccg actccatgaa gctggattcg ctagtaatcg 1320
cgcatcagcc acggcgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcaagcc 1380
atgaaagccg ggggtacctg aagtgcgtaa ccgcaaggag 1420
<210> 5
<211> 1410
<212> ДНК
<213> Subdoligranulum sp.
<400> 5
gacgaacgct ggcggcgcgc ctaacacatg caagtcgaac ggagctgttt tctctgaagt 60
tttcggatgg aagagagttc agcttagtgg cgaacgggtg agtaacacgt gagcaacctg 120
cctttcagtg ggggacaaca tttggaaacg aatgctaata ccgcataaga ccacagtgtc 180
gcatggcaca ggggtcaaag gatttatccg ctgaaagatg ggctcgcgtc cgattagcta 240
gatggtgagg taacggccca ccatggcgac gatcggtagc cggactgaga ggttgaacgg 300
ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360
acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtggagg aagaaggtct tcggattgta 420
aactcctgtc ccaggggacg ataatgacgg taccctggga ggaagcaccg gctaactacg 480
tgccagcagc cgcggtaaaa cgtagggtgc aagcgttgtc cggaattact gggtgtaaag 540
ggagcgcagg cggattggca agttgggagt gaaatctatg ggctcaaccc ataaattgct 600
ttcaaaactg tcagtcttga gtggtgtaga ggtaggcgga attcccggtg tagcggtgga 660
atgcgtagat atcgggagga acaccagtgg cgaaggcggc ctactgggca ctaactgacg 720
ctgaggctcg aaagcatggg tagcaaacag gattagatac cctggtagtc catgccgtaa 780
acgatgatta ctaggtgtgg gaggattgac cccttccgtg ccgcagttaa cacaataagt 840
aatccacctg gggagtacga ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900
caagcagtgg agtatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 960
atcggatgca tacctaagag attagggaag tccttcggga catccagaca ggtggtgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt 1080
atcgttagtt actacgcaag aggactctag cgagactgcc gttgacaaaa cggaggaagg 1140
tggggatgac gtcaaatcat catgcccttt atgacctggg ctacacacgt actacaatgg 1200
ctattaacag agagaagcga taccgcgagg tggagcaaac ctcacaaaaa tagtctcagt 1260
tcggatcgca ggctgcaacc cgcctgcgtg aagccggaat tgctagtaat cgcggatcag 1320
catgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac catgagagcc 1380
ggggggaccc gaagtcggta gtctaaccgc 1410
<210> 6
<211> 1418
<212> ДНК
<213> Paraprevotella xylaniphila
<220>
<221> misc_признак
<222> (180)..(180)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1411)..(1412)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 6
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatga acttagcttg 60
ctaagtttga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacgcgt atccaacctg ccctttaccc 120
ggggatagcc ttctgaaaag gaagtttaat acccgatgaa ttcgtttagt cgcatggctn 180
gatgaataaa gattaattgg taaaggatgg ggatgcgtcc cattagcttg ttggcggggt 240
aacggcccac caaggcgacg atgggtaggg gttctgagag gaaggtcccc cacattggaa 300
ctgagacacg gtccaaactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatgggcgc 360
gagcctgaac cagccaagta gcgtggagga cgacggccct acgggttgta aactcctttt 420
ataaggggat aaagttggcc atgtatggcc atttgcaggt accttatgaa taagcatcgg 480
ctaattccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaagatgcg agcgttatcc ggatttattg 540
ggtttaaagg gagcgtaggc gggctgtcaa gtcagcggtc aaatggcgcg gctcaaccgc 600
gttccgccgt tgaaactggc agccttgagt atgcacaggg tacatggaat tcgtggtgta 660
gcggtgaaat gcttagatat cacgaggaac tccgatcgcg caggcattgt accggggcat 720
tactgacgct gaggctcgaa ggtgcgggta tcaaacagga ttagataccc tggtagtccg 780
cacagtaaac gatgaatgcc cgctgtcggc gacatagtgt cggcggccaa gcgaaagcgt 840
taagcattcc acctggggag tacgccggca acggtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc 900
ccgcacaagc ggaggaacat gtggtttaat tcgatgatac gcgaggaacc ttacccgggc 960
ttgaatcgca ggtgcatggg ccggagacgg ccctttcctt cgggactcct gcgaaggtgc 1020
tgcatggttg tcgtcagctc gtgccgtgag gtgtcggctt aagtgccata acgagcgcaa 1080
cccccctccc cagttgccac cgggtaatgc cgggcacttt ggggacactg ccaccgcaag 1140
gtgcgaggaa ggtggggatg acgtcaaatc agcacggccc ttacgtccgg ggcgacacac 1200
gtgttacaat ggggggtaca gagggccgct gcccggtgac ggttggccaa tccctaaaac 1260
ccctctcagt tcggactgga gtctgcaacc cgactccacg aagctggatt cgctagtaat 1320
cgcgcatcag ccatggcgcg gtgaatacgt tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaag 1380
ccatgaaagc cgggggtgcc tgaagtccgt nnccgcga 1418
<210> 7
<211> 1419
<212> ДНК
<213> Parabacteroides johnsonii
<400> 7
gatgaacgct agcgacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatgg taagtagcaa 60
tacttattga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacgcgt atgcaactta cctatcagag 120
ggggatagcc cggcgaaagt cggattaata ctccataaaa caggggttcc gcatgggact 180
atttgttaaa gattcatcgc tgatagatag gcatgcgttc cattaggcag ttggcggggt 240
aacggcccac caaaccgacg atggataggg gttctgagag gaaggtcccc cacattggta 300
ctgagacacg gaccaaactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatggccga 360
gaggctgaac cagccaagtc gcgtgaagga tgaaggatct atggtttgta aacttctttt 420
ataggggaat aaagtgtggg acgtgttcca ttttgtatgt accctatgaa taagcatcgg 480
ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaggatgcg agcgttatcc ggatttattg 540
ggtttaaagg gtgcgtaggt ggtaatttaa gtcagcggtg aaagtttgtg gctcaaccat 600
aaaattgccg ttgaaactgg gttacttgag tgtgtttgag gtaggcggaa tgcgtggtgt 660
agcggtgaaa tgcatagata tcacgcagaa ctccaattgc gaaggcagct tactaaacca 720
taactgacac tgaagcacga aagcgtgggt atcaaacagg attagatacc ctggtagtcc 780
acgcagtaaa cgatgattac taggagtttg cgatacacag taagctctac agcgaaagcg 840
ttaagtaatc cacctgggga gtacgccggc aacggtgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggaggaaca tgtggtttaa ttcgatgata cgcgaggaac cttacccggg 960
tttgaacgta gtcagaccga ccttgaaaga ggttttctag caatagctga ttacgaggtg 1020
ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga ggtgtcggct taagtgccat aacgagcgca 1080
acccttatca ctagttacta acaggttaag ctgaggactc tggtgagact gccagcgtaa 1140
gctgtgagga aggtggggat gacgtcaaat cagcacggcc cttacatccg gggcgacaca 1200
cgtgttacaa tggcatggac aaagggcagc tacctggcga caggatgcta atctctaaac 1260
catgtctcag ttcggatcgg agtctgcaac tcgactccgt gaagctggat tcgctagtaa 1320
tcgcgcatca gccatggcgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcaa 1380
gccatgggag ccgggggtac ctgaagtccg taaccgcaa 1419
<210> 8
<211> 1414
<212> ДНК
<213> Alistipes sp. JC136
<220>
<221> misc_признак
<222> (699)..(699)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (731)..(731)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 8
gatgaacgct agcggcaggc ctaacacatg caagtcgagg ggcagcggga ttgaagcttg 60
cttcagttgc cggcgaccgg cgcacgggtg cgtaacgcgt atgcaaccta cccataacag 120
ggggataaca ctgagaaatc ggtactaata tcccataaca tcaagagggg catccctttt 180
ggttgaaaac tccggtggtt atggatgggc atgcgttgta ttagctagtt ggtgaggtaa 240
cggctcacca aggcgacgat acataggggg actgagaggt taacccccca cattggtact 300
gagacacgga ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgcaa 360
gtctgaacca gccatgccgc gtgcaggatg acggctctat gagttgtaaa ctgcttttgt 420
acgagggtaa acccggatac gtgtatccgg ctgaaagtat cgtacgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggattcaag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaagggt gcgtaggcgg tttgataagt tagaggtgaa ataccggtgc ttaacaccgg 600
aactgcctct aatactgttg agctagagag tagttgcggt aggcggaatg tatggtgtag 660
cggtgaaatg cttagagatc atacagaaca ccgattgcng aaggcagctt accaaactat 720
atctgacgtt ngaggcacga aagcgtgggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc 780
cacgcagtaa acgatgataa ctcgctgtcg gcgatacaca gtcggtggct aagcgaaagc 840
gataagttat ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga attgacgggg 900
gcccgcacaa gcggaggaac atgtggttta attcgatgat acgcgaggaa ccttacccgg 960
gcttgaaagt tactgacgat tctggaaaca ggatttccct tcggggcagg aaactaggtg 1020
ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga ggtgtcgggt taagtcccat aacgagcgca 1080
acccctaccg ttagttgcca tcaggtcaag ctgggcactc tggcgggact gccggtgtaa 1140
gccgagagga aggtggggat gacgtcaaat cagcacggcc cttacgtccg gggctacaca 1200
cgtgttacaa tggtaggtac agagggcagc tacccagtga tgggatgcga atctcgaaag 1260
cctatctcag ttcggattgg aggctgaaac ccgcctccat gaagttggat tcgctagtaa 1320
tcgcgcatca gccatggcgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcaa 1380
gccatggaag ctgggggtgc ctgaagttcg tgac 1414
<210> 9
<211> 1416
<212> ДНК
<213> Parabacteroides gordonii
<220>
<221> misc_признак
<222> (1408)..(1408)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 9
gatgaacgct agcgacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcagga agtagcaata 60
ctttgctggc gaccggcgca cgggtgagta acgcgtatgc aacctaccta tcagaggggg 120
ataacccggc gaaagtcgga ctaataccgc ataaaacagg ggtcccgcat gggaatattt 180
gttaaagatt tattgctgat agatgggcat gcgttccatt agatagttgg tgaggtaacg 240
gctcaccaag tcttcgatgg ataggggttc tgagaggaag gtcccccaca ctggtactga 300
gacacggacc agactcctac gggaggcagc agtgaggaat attggtcaat gggcgagagc 360
ctgaaccagc caagtcgcgt gaaggatgaa ggatctatgg ttcgtaaact tcttttatag 420
gggaataaag tgcaggacgt gtcctgtttt gtatgtaccc tatgaataag gatcggctaa 480
ctccgtgcca gcagccgcgg taatacggag gatccgagcg ttatccggat ttattgggtt 540
taaagggtgc gtaggtggct ttttaagtca gcggtgaaag tttgtggctc aaccataaaa 600
ttgccgttga aactggaggg cttgagtata tttgaggtag gcggaatgcg tggtgtagcg 660
gtgaaatgca tagatatcac gcagaactcc aattgcgaag gcagcttact aaactataac 720
tgacactgaa gcacgaaagc gtggggatca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780
agtaaacgat gattactagg agtttgcgat acacagtaag ctctacagcg aaagcgttaa 840
gtaatccacc tggggagtac gccggcaacg gtgaaactca aaggaattga cgggggcccg 900
cacaagcgga ggaacatgtg gtttaattcg atgatacgcg aggaacctta cccgggtttg 960
aacgtaagtt gaccggagtg gaaacactct ttctagcaat agcaatttac gaggtgctgc 1020
atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 1080
ttatctttag ttactaacag gtcgagctga ggactctaaa gagactgcca gcgtaagctg 1140
tgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta catccggggc gacacacgtg 1200
ttacaatggt ggggacaaag ggcagctacc tggcgacagg atgctaatct ccaaacccca 1260
tctcagttcg gatcgaagtc tgcaacccga cttcgtgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320
gcatcagcca tggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380
tgggagttgg gggtacctaa agtccgtnac cgcaag 1416
<210> 10
<211> 1419
<212> ДНК
<213> Eubacterium limosum
<400> 10
gacgaacgct ggcggtatgc ttaacacatg caagtcgaac gagaaggttt tgatggatcc 60
ttcgggtgac attagaactg gaaagtggcg aacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc 120
ctatggaaag gaatagcctc gggaaactgg gagtaaagcc ttatattatg gttttgtcgc 180
atggcaagat catgaaaact ccggtgccat aggatggacc cgcgtcccat tagctagttg 240
gtgagataac agcccaccaa ggcgacgatg ggtaaccggt ctgagagggc gaacggtcac 300
actggaactg agacacggtc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgcgcaa 360
tgggggcaac cctgacgcag caataccgcg tgagtgaaga aggttttcgg atcgtaaagc 420
tctgttattg gggaagaaga atgacggtac ccaatgagga agtcccggct aactacgtgc 480
cagcagccgc ggtaatacgt aggggacaag cgttgtccgg aatgactggg cgtaaagggc 540
gcgtaggcgg tctattaagt ctgatgtgaa aggtaccggc tcaaccggtg aagtgcattg 600
gaaactggta gacttgagta ttggagaggc aagtggaatt cctagtgtag cggtgaaatg 660
cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggcttg ctggacaaat actgacgctg 720
aggtgcgaaa gcgtggggag cgaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg 780
atgaatgcta ggtgttgggg aaactcagtg ccgcagttaa cacaataagc attccgcctg 840
gggagtacga ccgcaaggtt gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca caagcagcgg 900
agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac atcctctgac 960
gagcctagag ataggaagtt tccttcggga acagagagac aggtggtgca tggttgtcgt 1020
cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaacccc tgcctttagt 1080
tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccgtag acaatacgga ggaaggtggg 1140
gacgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta caatggtctg 1200
aacagagggc cgcgaagccg cgaggtgaag caaatccctt aaaacagatc ccagttcgga 1260
ttgcaggctg caactcgcct gcatgaagtt ggagttgcta gtaatcgcgg atcagaatgc 1320
cgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacga gagttggcaa 1380
cacccgaagc ctgtgagaga accgtaagga ctcagcagt 1419
<210> 11
<211> 1413
<212> ДНК
<213> Parabacteroides distasonis
<220>
<221> misc_признак
<222> (1387)..(1387)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 11
gatgaacgct agcgacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcacag gtagcaatac 60
cgggtggcga ccggcgcacg ggtgagtaac gcgtatgcaa cttgcctatc agagggggat 120
aacccggcga aagtcggact aataccgcat gaagcagggg ccccgcatgg ggatatttgc 180
taaagattca tcgctgatag ataggcatgc gttccattag gcagttggcg gggtaacggc 240
ccaccaaacc gacgatggat aggggttctg agaggaaggt cccccacatt ggtactgaga 300
cacggaccaa actcctacgg gaggcagcag tgaggaatat tggtcaatgg ccgagaggct 360
gaaccagcca agtcgcgtga gggatgaagg ttctatggat cgtaaacctc ttttataagg 420
gaataaagtg cgggacgtgt cccgttttgt atgtacctta tgaataagga tcggctaact 480
ccgtgccagc agccgcggta atacggagga tccgagcgtt atccggattt attgggttta 540
aagggtgcgt aggcggcctt ttaagtcagc ggtgaaagtc tgtggctcaa ccatagaatt 600
gccgttgaaa ctggggggct tgagtatgtt tgaggcaggc ggaatgcgtg gtgtagcggt 660
gaaatgcata gatatcacgc agaaccccga ttgcgaaggc agcctgccaa gccattactg 720
acgctgatgc acgaaagcgt ggggatcaaa caggattaga taccctggta gtccacgcag 780
taaacgatga tcactagctg tttgcgatac actgtaagcg gcacagcgaa agcgttaagt 840
gatccacctg gggagtacgc cggcaacggt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900
caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat gatacgcgag gaaccttacc cgggtttgaa 960
cgcattcgga ccgaggtgga aacacctttt ctagcaatag ccgtttgcga ggtgctgcat 1020
ggttgtcgtc agctcgtgcc gtgaggtgtc ggcttaagtg ccataacgag cgcaaccctt 1080
gccactagtt actaacaggt aaagctgagg actctggtgg gactgccagc gtaagctgcg 1140
aggaaggcgg ggatgacgtc aaatcagcac ggcccttaca tccggggcga cacacgtgtt 1200
acaatggcgt ggacaaaggg aagccacctg gcgacaggga gcgaatcccc aaaccacgtc 1260
tcagttcgga tcggagtctg caacccgact ccgtgaagct ggattcgcta gtaatcgcgc 1320
atcagccatg gcgcggtgaa tacgttcccg ggccttgtac acaccgcccg tcaagccatg 1380
ggagccnggg gtacctgaag tccgtaaccg cga 1413
<210> 12
<211> 1406
<212> ДНК
<213> Bacteroides cellulosilyticus
<400> 12
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatga cctagcaata 60
ggttgatggc gaccggcgca cgggtgagta acacgtatcc aacctaccgg ttattccggg 120
atagcctttc gaaagaaaga ttaataccgg atagtataac gagaaggcat ctttttgtta 180
ttaaagaatt tcgataaccg atggggatgc gttccattag tttgttggcg gggtaacggc 240
ccaccaagac atcgatggat aggggttctg agaggaaggt cccccacatt ggaactgaga 300
cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag tgaggaatat tggtcaatgg acgagagtct 360
gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg ccctatgggt tgtaaacttc ttttatatgg 420
gaataaagtg agccacgtgt ggctttttgt atgtaccata cgaataagga tcggctaact 480
ccgtgccagc agccgcggta atacggagga tccgagcgtt atccggattt attgggttta 540
aagggagcgt aggcggacta ttaagtcagc tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt 600
gcagttgata ctggtcgtct tgagtgcagt agaggtaggc ggaattcgtg gtgtagcggt 660
gaaatgctta gatatcacga agaactccga ttgcgaaggc agcttactgg actgtaactg 720
acgctgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa caggattaga taccctggta gtccacacag 780
taaacgatga atactcgctg tttgcgatat acagcaagcg gccaagcgaa agcattaagt 840
attccacctg gggagtacgc cggcaacggt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900
caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat gatacgcgag gaaccttacc cgggcttaaa 960
ttgcatctga ataatttgga aacagattag ccgtaaggca gatgtgaagg tgctgcatgg 1020
ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg cttaagtgcc ataacgagcg caacccttat 1080
ctttagttac taacaggtca tgctgaggac tctagagaga ctgccgtcgt aagatgtgag 1140
gaaggtgggg atgacgtcaa atcagcacgg cccttacgtc cggggctaca cacgtgttac 1200
aatggggggt acagaaggca gctacacagc gatgtgatgc taatcccaaa agcctctctc 1260
agttcggatt ggagtctgca acccgactcc atgaagctgg attcgctagt aatcgcgcat 1320
cagccacggc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aagccatgaa 1380
agccgggggt acctgaagtc cgtaac 1406
<210> 13
<211> 1415
<212> ДНК
<213> Bacteroides clarus
<400> 13
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcgggg ttgaagcttg 60
cttcaaccgc cggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgataactc 120
cgggatagcc tttcgaaaga aagattaata ccggatggca tagttttccc gcatggaata 180
actattaaag aatttcggtt atcgatgggg atgcgttcca ttaggcagtt ggcggggtaa 240
cggcccacca aaccgacgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgaga 360
gtctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg actgccctat gggttgtaaa cttcttttat 420
acgggaataa agttggccac gtgtggtttt ttgcatgtac cgtatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggcgg ggtattaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactggta tccttgagtg cagcagaggt gggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagctca ctggagtgta 720
actgacgctg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
acagtaaacg atgaatactc gctgttggcg atacaatgtc agcggccaag cgaaagcatt 840
aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 960
tgaattgcaa ctgactgagc tggaaacagt tctttcttcg gacagttgtg aaggtgctgc 1020
atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 1080
ttatctatag ttaccatcag gtcatgctgg ggactctatg gagactgccg tcgtaagatg 1140
tgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta cgtccggggc tacacacgtg 1200
ttacaatggg gggtacagaa ggcagctaca cggcgacgtg atgctaatcc caaaaacctc 1260
tctcagttcg gattggagtc tgcaacccga ctccatgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320
gcatcagcca cggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380
tgaaagccgg gggtacctga agtacgtaac cgcaa 1415
<210> 14
<211> 938
<212> ДНК
<213> Anaerostipes sp.
<220>
<221> misc_признак
<222> (884)..(884)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (899)..(901)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 14
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcattta ggattgaagt 60
tttcggatgg atttcctata tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tggggaacct 120
gccctataca gggggataac agctggaaac ggctgctaat accgcataag cgcacagaat 180
cgcatgattc agtgtgaaaa gccctggcag tataggatgg tcccgcgtct gattagctgg 240
ttggtgaggt aacggctcac caaggcgacg atcagtagcc ggcttgagag agtgaacggc 300
cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360
caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtattt cggtatgtaa 420
agctctatca gcagggaaga aaacagacgg tacctgacta agaagccccg gctaactacg 480
tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc cggaattact gggtgtaaag 540
ggtgcgtagg tggcatggta agtcagaagt gaaagcccgg ggcttaaccc cgggactgct 600
tttgaaactg tcatgctgga gtgcaggaga ggtaagcgga attcctagtg tagcggtgaa 660
atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc ttactggact gtcactgaca 720
ctgatgcacg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780
acgatgaata ctaggtgtcg gggccgtaga ggcttcggtg ccgcagcaaa cgcagtaagt 840
attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa gganttgacg gggaccgcnn 900
nagcggtgga gcatgtggtt aattcgaagc acgcgaag 938
<210> 15
<211> 1406
<212> ДНК
<213> Bacteroides salyersiae
<400> 15
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcatcaggg tgtagcaata 60
caccgctggc gaccggcgca cgggtgagta acacgtatcc aacctgccct ttactcgggg 120
atagcctttc gaaagaaaga ttaatacccg atggtataac atgacctcct ggttttgtta 180
ttaaagaatt tcggtagagg atggggatgc gttccattag gcagttggcg gggtaacggc 240
ccaccaaacc ttcgatggat aggggttctg agaggaaggt cccccacatt ggaactgaga 300
cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct 360
gaaccagcca agtagcgtga aggatgaccg ccctatgggt tgtaaacttc ttttatatgg 420
gaataaagtc tgccacgtgt ggcattttgt atgtaccata tgaataagga tcggctaact 480
ccgtgccagc agccgcggta atacggagga tccgagcgtt atccggattt attgggttta 540
aagggagcgt aggtggacat gtaagtcagt tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt 600
gcagttgaaa ctgcgtgtct tgagtacagt agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt 660
gaaatgctta gatatcacga agaactccga ttgcgaaggc agctcactgg actgcaactg 720
acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa caggattaga taccctggta gtccacacag 780
taaacgatga atactcgctg tttgcgatat acagtaagcg gccaagcgaa agcattaagt 840
attccacctg gggagtacgc cggcaacggt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900
caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat gatacgcgag gaaccttacc cgggcttaaa 960
ttgcaaatga atatgccgga aacggcatag ccgcaaggca tttgtgaagg tgctgcatgg 1020
ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg cttaagtgcc ataacgagcg caacccttat 1080
cttcagttac taacaggtca tgctgaggac tctggagaga ctgccgtcgt aagatgtgag 1140
gaaggtgggg atgacgtcaa atcagcacgg cccttacgtc cggggctaca cacgtgttac 1200
aatggggggt acagaaggcc gctacacagc gatgtgatgc caatccctaa agcccctctc 1260
agttcggatc gaagtctgca acccgacttc gtgaagctgg attcgctagt aatcgcgcat 1320
cagccacggc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aagccatggg 1380
agccgggggt acctgaagta cgtaac 1406
<210> 16
<211> 1417
<212> ДНК
<213> Bacteroides fragilis
<400> 16
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcatcagga agaaagcttg 60
ctttctttgc tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccctttactc 120
ggggatagcc tttcgaaaga aagattaata cccgatagca taatgattcc gcatggtttc 180
attattaaag gattccggta aaggatgggg atgcgttcca ttaggttgtt ggtgaggtaa 240
cggctcacca agccttcgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atgggcgcta 360
gcctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg aaggctctat gggtcgtaaa cttcttttat 420
ataagaataa agtgcagtat gtatactgtt ttgtatgtat tatatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggtgg actggtaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactgtca gtcttgagta cagtagaggt gggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagctca ctggactgca 720
actgacactg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
acagtaaacg atgaatactc gctgtttgcg atatacagta agcggccaag cgaaagcatt 840
aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 960
taaattgcag tggaatgatg tggaaacatg tcagtgagca atcaccgctg tgaaggtgct 1020
gcatggttgt cgtcagctcg tgccgtgagg tgtcggctta agtgccataa cgagcgcaac 1080
ccttatcttt agttactaac aggttatgct gaggactcta gagagactgc cgtcgtaaga 1140
tgtgaggaag gtggggatga cgtcaaatca gcacggccct tacgtccggg gctacacacg 1200
tgttacaatg gggggtacag aaggcagcta acgggtgacc gtatgctaat cccaaaagcc 1260
tctctcagtt cggatcgaag tctgcaaccc gacttcgtga agctggattc gctagtaatc 1320
gcgcatcagc cacggcgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcaagc 1380
catgggagcc gggggtacct gaagtacgta accgcaa 1417
<210> 17
<211> 1407
<212> ДНК
<213> Bacteroides uniformis
<400> 17
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcatcagga agaaagcttg 60
ctttctttgc tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgatgactc 120
ggggatagcc tttcgaaaga aagattaata cccgatggta tatctgaaag gcatctttca 180
gctattaaag aatttcggtc attgatgggg atgcgttcca ttaggttgtt ggcggggtaa 240
cggcccacca agccatcgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgaga 360
gtctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg actgccctat gggttgtaaa cttcttttat 420
acgggaataa agttaggcac gtgtgccttt ttgtatgtac cgtatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggcgg atgcttaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactgggt gtcttgagta cagtagaggc aggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagcttg ctggactgta 720
actgacgctg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
acagtaaacg atgaatactc gctgtttgcg atatacagta agcggccaag cgaaagcgtt 840
aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 960
taaattgcaa atgaatgttc tggaaacaga tcagccgcaa ggcatttgtg aaggtgctgc 1020
atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 1080
ttatcgatag ttaccatcag gttatgctgg ggactctgtc gagactgccg tcgtaagatg 1140
tgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta cgtccggggc tacacacgtg 1200
ttacaatggg gggtacagaa ggcagctaca cggcgacgtg atgctaatcc ctaaaacctc 1260
tctcagttcg gattggagtc tgcaacccga ctccatgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320
gcatcagcca cggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380
tgaaagccgg gggtacctga agtgcgt 1407
<210> 18
<211> 1420
<212> ДНК
<213> Bacteroides eggerthii
<220>
<221> misc_признак
<222> (220)..(220)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 18
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatga ttgaagcttg 60
cttcaatcga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgataactc 120
ggggatagcc tttcgaaaga aagattaata cccgatagca tagtatttcc gcatggtttc 180
actattaaag aatttcggtt atcgatgggg atgcgttccn ttagatagtt ggcggggtaa 240
cggcccacca agtcaacgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300
gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgaga 360
gtctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg actgccctat gggttgtaaa cttcttttat 420
acgggaataa agtggagtat gcatactcct ttgtatgtac cgtatgaata aggatcggct 480
aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540
tttaaaggga gcgtaggcgg gtgcttaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600
aattgcagtt gatactgggc gccttgagtg cagcataggt aggcggaatt cgtggtgtag 660
cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagctta ctggactgta 720
actgacgctg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780
acagtaaacg atgaatactc gctgttggcg atacacagtc agcggccaag cgaaagcatt 840
aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900
cgcacaagcg gaggaacatg tggtttaatt cgatgatacg cgaggaacct tacccgggct 960
taaattgcag cggaatgtag tggaaacatt acagccttcg ggccgctgtg aaggtgctgc 1020
atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 1080
ttatctatag ttactatcag gtcatgctga ggactctatg gagactgccg tcgtaagatg 1140
tgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta cgtccggggc tacacacgtg 1200
ttacaatggg gggtacagaa ggcagctacc tggcgacagg atgctaatcc ctaaaacctc 1260
tctcagttcg gattggagtc tgcaacccga ctccatgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320
gcatcagcca cggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380
tgaaagccgg gggtacctga agtacgtaac cgcaaggagc 1420
<210> 19
<211> 1408
<212> ДНК
<213> Clostridium sp.
<400> 19
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcggac gcaatgcttc ggcattgagt 60
ggcgaacggg tgagtaatac ataagcaacc tgcccctgtg agggggataa ctgctggaaa 120
cggcagctaa gaccgcatat gcatacatga cgcatgtcga gtatgttaaa tatcccacgg 180
gatagcacag ggatgggctt atgacgcatt agctagctgg tgaggtagag gctcaccagg 240
gcgacgatgc gtagccggcc tgagagggtg gacggccaca ctgggactga gacacggccc 300
agactcctac gggaggcagc agtagggaat tttcggcaat gggcgaaagc ctgaccgagc 360
aacgccgcgt gaaggaagaa gtcattcgtg atgtaaactt ctgttataaa ggaagaacgg 420
cgcctgtagg gaatgacagg cgagtgacgg tactttatga ggaagccacg gctaactacg 480
tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc gagcgttatc cggaatcatt gggcgtaaag 540
agggagcagg cggcagtgca ggtctgcggt gaaagcccga agctaaactt cggtaagccg 600
tggaaaccgc acagctagag agcatcagag gatcgcggaa ttccatgtgt agcggtgaaa 660
tgcgtagata tatggaggaa caccagtggc gaaggcggcg gtctggggtg cagctgacgc 720
tcagtcccga aagcgtgggg agcaaatagg attagatacc ctagtagtcc acgccgtaaa 780
cgatgagtgc taagtgttgg gggtcagacc tcagtgctgc agttaacgca ataagcactc 840
cgcctgagta gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag 900
cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac cttaccaggt cttgacatgg 960
agataaaggc tctggagaca gagagatagg tatatctcac acaggtggtg catggttgtc 1020
gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctgttgcca 1080
gttgccagca ttaggttggg gactctggcg agactgcctc tgcaaggagg aggaaggcgg 1140
ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg acctgggcta cacacgtgct acaatggacg 1200
gatcagaggg aggcgaagcc gcgaggtgga gcgaaaccca gaaacccgtt cacagttcgg 1260
actgcagtct gcaactcgac tgcacgaagc tggaatcgct agtaatcgcg aatcagcatg 1320
tcgcggtgaa tacgttctcg ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg agagttggta 1380
acacccgaag ccggtggccc aaccgcaa 1408
<210> 20
<211> 1413
<212> ДНК
<213> Parabacteroides goldsteinii
<400> 20
gatgaacgct agcgacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcacga tgtagcaata 60
cattggtggc gaccggcgca cgggtgagta acgcgtatgc aacctaccta tcagagggga 120
ataacccggc gaaagtcgga ctaataccgc ataaaacagg ggttccacat ggaaatattt 180
gttaaagaat tatcgctgat agatgggcat gcgttccatt agatagttgg tgaggtaacg 240
gctcaccaag tccacgatgg ataggggttc tgagaggaag gtcccccaca ctggtactga 300
gacacggacc agactcctac gggaggcagc agtgaggaat attggtcaat gggcgagagc 360
ctgaaccagc caagtcgcgt gaaggatgaa ggatctatgg tttgtaaact tcttttatat 420
gggaataaag tgaggaacgt gttccttttt gtatgtacca tatgaataag catcggctaa 480
ctccgtgcca gcagccgcgg taatacggag gatgcgagcg ttatccggat ttattgggtt 540
taaagggtgc gtaggtggtt aattaagtca gcggtgaaag tttgtggctc aaccataaaa 600
ttgccgttga aactggttga cttgagtata tttgaggtag gcggaatgcg tggtgtagcg 660
gtgaaatgca tagatatcac gcagaactcc gattgcgaag gcagcttact aaactataac 720
tgacactgaa gcacgaaagc gtggggatca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780
agtaaacgat gattactagc tgtttgcgat acacagtaag cggcacagcg aaagcgttaa 840
gtaatccacc tggggagtac gccggcaacg gtgaaactca aaggaattga cgggggcccg 900
cacaagcgga ggaacatgtg gtttaattcg atgatacgcg aggaacctta cccgggtttg 960
aacgcatatt gacagctctg gaaacagagt ctctagtaat agcaatttgc gaggtgctgc 1020
atggttgtcg tcagctcgtg ccgtgaggtg tcggcttaag tgccataacg agcgcaaccc 1080
ttatcactag ttactaacag gtcatgctga ggactctagt gagactgcca gcgtaagctg 1140
tgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta catccggggc gacacacgtg 1200
ttacaatggt ggggacaaag ggcagctacc gtgtgagcgg atgcaaatct ccaaacccca 1260
tctcagttcg gatcgaagtc tgcaacccga cttcgtgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320
gcatcagcca tggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380
tgggagttgg gggtacctaa agtccgtaac cgc 1413
<210> 21
<211> 1145
<212> ДНК
<213> Bacteroides sp.
<220>
<221> misc_признак
<222> (167)..(167)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 21
gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcattt cagtttgctt 60
gcaaactgga gatggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac gtatccaacc tgccgataac 120
tcggggatag cctttcgaaa gaaagattaa tacccgatgg tataatnaga ccgcatggtc 180
ttgttattaa agaatttcgg ttatcgatgg ggatgcgttc cattaggcag ttggtgaggt 240
aacggctcac caaaccttcg atggataggg gttctgagag gaaggtcccc cacattggaa 300
ctgagacacg gtccaaactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatgggcgc 360
aggcctgaac cagccaagta gcgtgaagga tgactgccct atgggttgta aacttctttt 420
atatgggaat aaagttttcc acgtgtggaa ttttgtatgt accatatgaa taaggatcgg 480
ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaggatccg agcgttatcc ggatttattg 540
ggtttaaagg gagcgtaggt ggacagttaa gtcagttgtg aaagtttgcg gctcaaccgt 600
aaaattgcag ttgatactgg ctgtcttgag tacagtagag gtgggcggaa ttcgtggtgt 660
agcggtgaaa tgcttagata tcacgaagaa ctccgattgc gaaggcagct cactggactg 720
caactgacac tgatgctcga aagtgtgggt atcaaacagg attagatacc ctggtagtcc 780
acacagtaaa cgatgaatac tcgctgtttg cgatatacag taagcggcca agcgaaagca 840
ttaagtattc cacctgggga gtacgccggc aacggtgaaa ctcaaaggaa ttgacggggg 900
cccgcacaag cggaggaaca tgtggtttaa ttcgatgata cgcgaggaac cttacccggg 960
cttaaattgc atttgaatat attggaaaca gtatagccgt aaggcaaatg tgaaggtgct 1020
gcatggttgt cgtcagctcg tgccgtgagg tgtcggctta agtgccataa cgagcgcaac 1080
ccttatcttt agttactaac aggtcatgct gaggactcta gagagactgc cgtcgtaaga 1140
tgtga 1145
<210> 22
<211> 965
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<220>
<221> misc_признак
<222> (1)..(9)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (57)..(57)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (156)..(157)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (861)..(861)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (879)..(880)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (913)..(913)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (927)..(929)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (937)..(937)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (939)..(942)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (953)..(953)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (956)..(957)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (959)..(962)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (965)..(965)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 22
nnnnnnnnnt gcagtcgaac gaagcgattt gaatgaagtt ttcggatgga tttcaanttg 60
actgagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg ggtaacctgc cccatacagg gggataacag 120
ttagaaatga ctgctaatac cgcataagac cacagnnccg catggtgcag gggtaaaaac 180
tccggtggta tgggatggac ccgcgtctga ttagcttgtt ggcggggtaa cggcccacca 240
aggcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc 300
ccaaactcct acgggaggca gcagtgggga atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca 360
gcgacgccgc gtgagtgatg aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa 420
atgacggtac ctgactaaga agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt 480
agggggcaag cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg ctgtgcaagt 540
ctggagtgaa agcccggggc tcaaccccgg gactgctttg gaaactgtac ggctggagtg 600
ctggagaggc aagcggaatt cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca 660
ccagtggcga aggcggcttg ctggacagta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag 720
caaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg atgaatgcta ggtgtcgggg 780
agcaaagctc ttcggtgccg ccgcaaacgc aataagcatt ccacctgggg agtacgttcg 840
caagaatgaa actcaaagga nttgacgggg accgcacann ggtggagcat gtggttattc 900
gagcacgcga aancttacca gtcttgnnnc ccctgangnn nngtatgtcg ctnctnngnn 960
nnggn 965
<210> 23
<211> 1457
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<220>
<221> misc_признак
<222> (1440)..(1440)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1451)..(1457)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 23
agtttgatta tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca agtcgagcga 60
agcggtttca atgaagtttt cggatggatt tgaaattgac ttagcggcgg acgggtgagt 120
aacgcgtggg taacctgcct tacactgggg gataacagtt agaaatgact gctaataccg 180
cataagcgca cagggccgca tggtccggtg tgaaaaactc cggtggtgta agatggaccc 240
gcgtctgatt aggtagttgg cggggtaacg gcccaccaag ccgacgatca gtagccgacc 300
tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360
agtggggaat attggacaat gggcgaaagc ctgatccagc gacgccgcgt gagtgaagaa 420
gtatttcggt atgtaaagct ctatcagcag ggaagaaaat gacggtacct gactaagaag 480
ccccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggat 540
ttactgggtg taaagggagc gtagacggtt tagcaagtct gaagtgaaag cccggggctc 600
aaccccggta ctgctttgga aactgttaga cttgagtgca ggagaggtaa gtggaattcc 660
tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 720
ggactgtaac tgacgttgag gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg 780
tagtccacgc cgtaaacgat gaatactagg tgtcgggggg caaagccctt cggtgccgcc 840
gcaaacgcaa taagtattcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900
tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960
ttaccaagtc ttgacatccc actgaaaaca ctttaaccgg tgtccctctt cggagcagtg 1020
gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080
aacgagcgca acccttatcc ttagtagcca gcgagtagag tcgggcactc tggggagact 1140
gccagggata acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgattt 1200
gggctacaca cgtgctacaa tggcgtaaac aaagggaggc aaaggagcga tctggagcaa 1260
accccaaaaa taacgtctca gttcggattg caggctgcaa ctcgcctgca tgaagctgga 1320
atcgctagta atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac 1380
cgcccgtcac accatgggag ttggtaacgc ccgaagtcag tgacccaacc gcaaggaggn 1440
agctgccgaa nnnnnnn 1457
<210> 24
<211> 1456
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<220>
<221> misc_признак
<222> (7)..(11)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1314)..(1315)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1358)..(1358)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1407)..(1407)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1440)..(1440)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1444)..(1444)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1449)..(1450)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1452)..(1456)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 24
agtttgnnnn ngctcaggat gaacgctggc ggcgtgccta acacatgcaa gtcgaacgaa 60
gcatttcaga tgaagttttc ggatggattc tgagatgact gagtggcgga cgggtgagta 120
acacgtggat aacctgcctc acactggggg acaacagtta gaaatgactg ctaataccgc 180
ataagcgcac agtaccgcat ggtacagtgt gaaaaactcc ggtggtgtga gatggatccg 240
cgtctgatta gccagttggc ggggtaacgg cccaccaaag cgacgatcag tagccgacct 300
gagagggtga ccggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360
gtggggaata ttgcacaatg ggcgaaagcc tgatgcagcg acgccgcgtg agtgaagaag 420
tatttcggta tgtaaagctc tatcagcagg gaagataatg acggtacctg actaagaagc 480
cccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggcaagcgt tatccggatt 540
tactgggtgt aaagggagcg tagacggcat ggcaagtctg aagtgaaaac ccagggctca 600
accctgggac tgctttggaa actgtcaagc tagagtgcag gagaggtaag tggaattcct 660
agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttactg 720
gactgtaact gacgttgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt 780
agtccacgcc gtaaacgatg agtgctaggt gttggggggc aaagcccttc ggtgccgtcg 840
caaacgcaat aagcactcca cctggggagt acgttcgcaa gaatgaaact caaaggaatt 900
gacggggacc cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct 960
taccaagtct tgacatcctc ttgaccggcg tgtaacggcg cctttccttc gggacaagag 1020
agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca 1080
acgagcgcaa cccttatcct tagtagccag cattaagatg ggcactctag ggagactgcc 1140
agggacaacc tggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgatttggg 1200
ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaagcgac cctgcgaagg tgagcaaatc 1260
tcaaaaataa cgtcccagtt cggactgtag tctgcaaccc gactacacga agcnngaatc 1320
gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgntc ccgggtcttg tacacaccgc 1380
ccgtcacacc atgggagtca gcaacgnccg aagtcagtga cccaaccgaa aggagggagn 1440
tgcngaagnn gnnnnn 1456
<210> 25
<211> 1455
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<220>
<221> misc_признак
<222> (8)..(9)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1419)..(1419)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1443)..(1455)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 25
agtttgannt tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgcct aacacatgca agtcgagcga 60
agcgctgttt tcagaatctt cggaggaaga ggacagtgac tgagcggcgg acgggtgagt 120
aacgcgtggg caacctgcct catacagggg gataacagtt agaaatgact gctaataccg 180
cataagcgca caggaccgca tggtgtagtg tgaaaaactc cggtggtatg agatggaccc 240
gcgtctgatt aggtagttgg tggggtaaag gcctaccaag ccgacgatca gtagccgacc 300
tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360
agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt gaaggaagaa 420
gtatttcggt atgtaaactt ctatcagcag ggaagaagat gacggtacct gagtaagaag 480
caccggctaa atacgtgcca gcagccgcgg taatacgtat ggtgcaagcg ttatccggat 540
ttactgggtg taaagggagc gtagacggat aggcaagtct ggagtgaaaa cccagggctc 600
aactctggga ctgctttgga aactgcagat ctggagtgcc ggagaggtaa gcggaattcc 660
tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 720
ggacggtgac tgacgttgag gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg 780
tagtccacgc cgtaaacgat gactactagg tgtcggtgtg caaagcacat cggtgccgca 840
gcaaacgcaa taagtagtcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900
tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960
ttacctggtc ttgacatccg gatgacgggc gagtaatgtc gccgtccctt cggggcatcc 1020
gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080
aacgagcgca acccttatct tcagtagcca gcatataagg tgggcactct ggagagactg 1140
ccagggagaa cctggaggaa ggtggggatg acgtcaaatc atcatgcccc ttatggccag 1200
ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca aagggaagcg agagggtgac ctgaagcgaa 1260
tcccaaaaat aacgtctcag ttcggattgt agtctgcaac tcgactacat gaagctggaa 1320
tcgctagtaa tcgcggatca gcatgccgcg gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc 1380
gcccgtcaca ccatgggagt cagtaacgcc cgaagccant gacccaacct tagaggaggg 1440
agnnnnnnnn nnnnn 1455
<210> 26
<211> 1458
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<220>
<221> misc_признак
<222> (1439)..(1439)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1445)..(1449)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<220>
<221> misc_признак
<222> (1452)..(1457)
<223> n представляет собой a, c, g, или t
<400> 26
agtttgatta tggctcagga tgaacgctgg cggcatgcct aatacatgca agtcgaacga 60
agtttcgagg aagcttgctt ccaaagagac ttagtggcga acgggtgagt aacacgtagg 120
taacctgccc atgtgtccgg gataactgct ggaaacggta gctaaaaccg gataggtata 180
cagagcgcat gctcagtata ttaaagcgcc catcaaggcg tgaacatgga tggacctgcg 240
gcgcattagc tagttggtga ggtaacggcc caccaaggcg atgatgcgta gccggcctga 300
gagggtaaac ggccacattg ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360
agggaatttt cgtcaatggg ggaaaccctg aacgagcaat gccgcgtgag tgaagaaggt 420
cttcggatcg taaagctctg ttgtaagtga agaacggctc atagaggaaa tgctatggga 480
gtgacggtag cttaccagaa agccacggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt 540
aggtggcaag cgttatccgg aatcattggg cgtaaagggt gcgtaggtgg cgtactaagt 600
ctgtagtaaa aggcaatggc tcaaccattg taagctatgg aaactggtat gctggagtgc 660
agaagagggc gatggaattc catgtgtagc ggtaaaatgc gtagatatat ggaggaacac 720
cagtggcgaa ggcggtcgcc tggtctgtaa ctgacactga ggcacgaaag cgtggggagc 780
aaataggatt agatacccta gtagtccacg ccgtaaacga tgagaactaa gtgttggagg 840
aattcagtgc tgcagttaac gcaataagtt ctccgcctgg ggagtatgca cgcaagtgtg 900
aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggtgga gtatgtggtt taattcgaag 960
caacgcgaag aaccttacca ggccttgaca tggaaacaaa taccctagag atagggggat 1020
aattatggat cacacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt 1080
taagtcccgc aacgagcgca acccttgtcg catgttacca gcatcaagtt ggggactcat 1140
gcgagactgc cggtgacaaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct 1200
tatggcctgg gctacacacg tactacaatg gcgaccacaa agagcagcga cacagtgatg 1260
tgaagcgaat ctcataaagg tcgtctcagt tcggattgaa gtctgcaact cgacttcatg 1320
aagtcggaat cgctagtaat cgcagatcag catgctgcgg tgaatacgtt ctcgggcctt 1380
gtacacaccg cccgtcaaac catgggagtc agtaataccc gaagccggtg gcataaccnt 1440
aaggnnnnnc cnnnnnna 1458
<210> 27
<211> 1217
<212> РНК
<213> Phascolarctobacterium faecium
<400> 27
agaggaccgg ccaggacgaa cgcggcggcg gccaacacag caagcgaacg gagaaacgga 60
gaacagggcg aacggggaga acgcgaggca accgcccaga cggggacaac accgaaagga 120
ggcaaaccgg aggacacggc cgcaggcagg agaagaaaga ggcccacaag aagcacgcaa 180
aggagggccg cgcgaagcag ggaggaacgg acaccaaggc gagacagagc cggcgagagg 240
agaacggcca cagggacgag acacggccca aacccacggg aggcagcagg gggaacccgc 300
aaggacgaaa gcgacggagc aacgccgcgg aggagaagga cggcgaaagc cggagacgaa 360
cggcagggga acaagcagca agacggagaa acgaggaagc cacggcaaca cggccagcag 420
ccgcggaaac gaggggcgag cggccggaaa gggcgaaaga gcagaggcgg caaaagcgag 480
cggaaaagcg gggccaaccc cgaggcgcgg aaacgaggcg aggcaggaga ggaaagggga 540
acccaggagc gggaaagcga gaagggagga acaccagggc gaaggcgccc ggacggcgac 600
gcgagagcga aagccaggga gcgaacggga agaaccccgg agccggccga aacgagggac 660
agggaggagg acgacccccg gccggagaac gcaaaagacc ccgccgggga gacggccgca 720
agggaaacca aaggaagacg ggggcccgca caagcgggga gagggaacga cgcaacgcga 780
agaaccacca aggcgacaga gaacgccaga gaagagcccc cggggacaag aaaacagggg 840
gcaggcgcgc agccggcgga gaggggaagc ccgcaacgag cgcaacccca ccagaccagc 900
aagaaagggg gaccagggag acgccaggga caaccggagg aaggcgggga gacgcaagca 960
cagccccagc gggcacacac gacacaaggc ggaaacagag ggaagcgaag ccgcgaggca 1020
gagcaaaccc cagaaacccg accagcggac gcaggcgcaa cccgccgcgg aagcggaacg 1080
cagaacgcag gcagcaacgc gggaaacgcc cgggccgaca caccgcccgc acaccacgaa 1140
agggaacacc cgaagccggg aggaaccaag gagccagccg caaggggggc cgagaggggg 1200
aagcgaacaa ggagccg 1217
<210> 28
<211> 1104
<212> РНК
<213> Fusobacterium ulcerans
<400> 28
gccaggagaa cgcgacagaa gcaacacagc aagcacgacc cggggaaggg gcggacgggg 60
agaacgcgaa agaacgccac agacgggaca acaggaaacg aagcaaaccg gaaagagggc 120
gcagacgaag aaagcaagcg cggagagagc gcgcccaaga ggggaggaac ggccaccaag 180
acgagaggga gccggccgag aggggaacgg ccacaagggg acgagacacg gcccacccac 240
gggaggcagc agggggaaag gacaaggacc aaaagcgacc agcaacgggc acgagaagcg 300
gaagaaaggc caggggaaga agcaggacgg accaacagaa gaagcgacgg caaaacggcc 360
agcagccgcg gaaacgagcg caagcgaccg gaagggcgaa agcgcgcagg cggcagaagc 420
gaggaaaagc ggggccaacc ccgagcggga aacgcaaaca gagacggaga ggaggcggaa 480
cacaaggaga gggaaacgag aagaggaagc cgaggggaag ccagccacgg acagaacgac 540
gcaaagcgcg aaagcgggga gcaaacagga agaacccgga gccacgccga aacgagaaca 600
ggggggggcg aacccagcgc ccaagcaacg cgaaagaacc gccggggaga cgacgcaaga 660
gaaaccaaag gaagacgggg acccgcacaa gcggggagca gggaacgacg caacgcgagg 720
aaccaccagc ggacacccaa gaagaacaga gagcggcccc ggaggaacgg gacagggggc 780
aggcgcgcag ccggcggaga ggggaagccc gcaacgagcg caacccccga gaccacaaag 840
ggggaccagc gagacgccgc gagagcagga ggaagggggg agacgcaagc acagccccaa 900
cgcgggcaca cacggcacaa gggagacaga gagcgcaaac cgcgagggaa gcaaccaaaa 960
acacagcgga gaccgcaacc gagacagaag ggaacgcaga acgcaaacag caggcgggaa 1020
acgccgggcg acacaccgcc cgcacaccac gagaggggca ccgaagaaca ggccaaccga 1080
aggagggagc cgagggggaa gcga 1104
<210> 29
<211> 1202
<212> РНК
<213> Bacteroides dorei
<400> 29
aacaagaaga ggaccggcca ggagaacgca gcacaggcaa cacagcaagc gaggggcagc 60
aggcagcgca aggcgaggcg accggcgcac ggggagaaca cgaccaaccg ccgcaccggc 120
cagcccgaaa ggaagaaacc aggagggaca gagcacagcc gcagaaaagg accggagacg 180
aggggagcgc caagaagagg cggggaacgg cccaccagca acgaggaagg ggcgagagga 240
aggcccccac aggaacgaga cacggccaaa cccacgggag gcagcaggag gaaaggcaag 300
ggcgaggccg aaccagccaa gagcggaagg agacgcccag gggaaaccaa aaggaaaaag 360
cgggagcaac ccggcagaca gaaaaggacg gcaacccggc cagcagccgc ggaaacggag 420
gaccgagcga ccggaaggga aagggagcga gaggagaagc agggaaaggc ggccaaccga 480
aaagcaggaa cggagcgagg caggaggcag gcggaacggg gagcgggaaa gcagaacacg 540
aagaacccga gcgaaggcag ccgcaagcgc aacgacagag gccgaaaggg ggacaaacag 600
gaagaacccg gagccacacg gaaacgagaa accgcggcga aacggcaagc ggccaagcga 660
aagcgaagac caccggggag acgccggcaa cgggaaacca aaggaagacg ggggcccgca 720
caagcggagg aacagggaac gagaacgcga ggaaccaccc gggcaaagca ccgaagaccg 780
gaaacggcag cagcaaagcg agggaagggc gcagggcgca gccggccgga gggcggcaag 840
gccaaacgag cgcaacccgg cagacaacag ggagcgagga ccgacaagac gccacgaaga 900
ggaggaaggg gggagacgca aacagcacgg cccacgccgg ggcacacacg gacaaggggg 960
gacagagggc cgcaccacgc gagggagcca acccaaaacc ccccagcgga cggagcgcaa 1020
cccgacccac gaagcggacg cagaacgcgc acagccacgg cgcgggaaac gcccgggccg 1080
acacaccgcc cgcaagccag ggagccgggg gaccgaaggc gaaccgcgag gacgcccagg 1140
gaaaacggga cggggcaagc gaacaaggag ccgaccggaa gggcggcgga acacccccgg 1200
ag 1202
<210> 30
<211> 1148
<212> РНК
<213> Bacteroides uniformis
<400> 30
cggccaggag aacgcagcac aggcaacaca gcaagcgagg ggcagcagaa cagcgcaagg 60
aggcgaccgg cgcacgggga gaacacgacc aaccgccgag accggggaag cccgaaagaa 120
agaaaacccg aggcaagccc gcaggagaac aaaagaacgg cacgagggga gcgccaaggg 180
ggcggggaac ggcccaccaa gcccgaggaa ggggcgagag gaaggccccc acaggaacga 240
gacacggcca aacccacggg aggcagcagg aggaaaggca aggacgagag cgaaccagcc 300
aagagcggaa ggagacgccc aggggaaacc aacgggaaaa aggaggcacg ggccgagacc 360
gagaaaagga cggcaacccg gccagcagcc gcggaaacgg aggaccgagc gaccggaagg 420
gaaagggagc gaggcggacg caagcaggga aaggcggcca accgaaaagc aggaacgggg 480
cgagacagag aggcaggcgg aacggggagc gggaaagcag aacacgaaga acccgagcga 540
aggcagcgcg gacgaacgac gcgagccgaa agggggacaa acaggaagaa cccggagcca 600
cacagaaacg agaaaccgcg gcgaaacaga agcggccaag cgaaagcgaa gaccaccggg 660
gagacgccgg caacgggaaa ccaaaggaag acgggggccc gcacaagcgg aggaacaggg 720
aacgagaacg cgaggaacca cccgggcgaa gcaacgaaga gggagacagc agccgcaagg 780
cagggaaggg cgcagggcgc agccggccgg agggcggcaa ggccaaacga gcgcaaccca 840
cgaagaccac aggagcgggg accgcgagac gccgcgaaga ggaggaaggg gggagacgca 900
aacagcacgg cccacgccgg ggcacacacg gacaaggggg gacagaaggc agcacacggc 960
gacggagcaa cccaaagccc ccagcggagg agcgcaaccc gacccagaag cggacgcaga 1020
acgcgcacag ccacggcgcg ggaaacgccc gggccgacac accgcccgca agccagaaag 1080
ccgggggacc gaaggcgaac cgcaaggagc gcccagggaa aacgggaggg gcaagcgaac 1140
aaggaacc 1148
<210> 31
<211> 1219
<212> РНК
<213> Subdoligranulum sp.
<400> 31
agaggaccgg ccaggacgaa cgcggcggcg cgccaacaca gcaagcgaac ggagcgccga 60
agcggaggaa gagagcagca gggcgaacgg ggagaacacg gagcaaccgc ccagggggga 120
caacaggaaa cgaagcaaac cgcaaagacc acaggcgcag gcacaggggc aaaggaaccg 180
cgaaagaggg ccgcgccgaa gcagagggag gaacggccca ccaggcgacg acggagccgg 240
acgagaggga acggccacag ggacgagaca cggcccagac ccacgggagg cagcaggggg 300
aaagcacaag ggggaaaccc gagcagcgac gccgcgggag gaagaaggcc ggagaaaccc 360
gcccagggga cgaaagacgg acccgggagg aagcaccggc aacacggcca gcagccgcgg 420
aaaacgaggg gcaagcggcc ggaaacgggg aaagggagcg caggcggagg caaggggagg 480
aaacagggcc aacccaaaag ccaaaacgca gcgaggggag aggaggcgga acccgggagc 540
ggggaagcga gaacgggagg aacaccaggg cgaaggcggc cacgggcaca acgacgcgag 600
gccgaaagca gggagcaaac aggaagaacc cggagccagc cgaaacgaga acagggggga 660
ggagaccccc cggccgcaga acacaaaaga accaccgggg agacgaccgc aagggaaacc 720
aaaggaagac gggggcccgc acaagcaggg agagggaacg aagcaacgcg aagaaccacc 780
aggcgacacg gagcaaccaa gagaagggaa gcccgggaca ccagacaggg ggcagggcgc 840
agccggcgga gaggggaagc ccgcaacgag cgcaacccac gagacacgca agaggaccag 900
cgagacgccg gacaaaacgg aggaaggggg gagacgcaaa cacagcccag accgggcaca 960
cacgacacaa ggcaaacaga gagaagcgaa ccgcgagggg agcaaaccca caaaaaagcc 1020
agcggacgca ggcgcaaccc gccgcggaag ccggaagcag aacgcggaca gcagccgcgg 1080
gaaacgcccg ggccgacaca ccgcccgcac accagagagc cggggggacc cgaagcggag 1140
caaccgaagg aggacgccgc cgaaggaaaa cgggaggggg aagcgaacaa ggagccgacg 1200
gaagggcggc ggacacccc 1219
<210> 32
<211> 1186
<212> РНК
<213> Paraprevotella xylaniphila
<400> 32
agaggaccgg ccaggagaac gcagcacagg caacacagca agcgaggggc agcagaacag 60
cgcaaggagg cgaccggcgc acggggagaa cgcgaccaac cgcccacgcg gggaagcccg 120
aaaggaagaa acccgagaac gagcgcaggc gagaaaaaga acagaaagga ggggagcgcc 180
caagcgggcg gggaacggcc caccaaggcg acgagggagg ggcgagagga aggcccccac 240
aggaacgaga cacggccaaa cccacgggag gcagcaggag gaaaggcaag ggcgcgagcc 300
gaaccagcca agagcgggag gacgacggcc cacggggaaa cccaaagggg aaaagggcca 360
gaggccagca ggaccagaaa agcacggcaa ccggccagca gccgcggaaa cggaagagcg 420
agcgaccgga agggaaaggg agcgaggcgg gcagcaagca gcggcaaagg cgcggccaac 480
cgcgccgccg gaaacggcag ccgagagcac agggacagga acggggagcg ggaaagcaga 540
acacgaggaa cccgacgcgc aggcagaccg gggcaacgac gcgaggccga agggcgggac 600
aaacaggaag aacccggagc cgcacagaaa cgagaagccc gcgcggcgac aaggcggcgg 660
ccaagcgaaa gcgaagcacc accggggaga cgccggcaac gggaaaccaa aggaagacgg 720
gggcccgcac aagcggagga acagggaacg agaacgcgag gaaccacccg ggcgaacgca 780
gggcagggcc ggagacggcc ccccgggacc cgcgaagggc gcagggcgca gccggccgga 840
gggcggcaag gccaaacgag cgcaaccccc cccccaggcc acgggaagcc gggcacgggg 900
acacgccacc gcaagggcga ggaagggggg agacgcaaac agcacggccc acgccggggc 960
gacacacgga caagggggga cagagggccg cgcccgggac ggggccaacc caaagccccc 1020
cagcggacgg agcgcaaccc gacccacgaa gcggacgcag aacgcgcaca gccaggcgcg 1080
ggaaacgccc gggccgacac accgcccgca agccagaaag ccggggggcc gaagccggac 1140
cgcgagggcg gccagggaaa accgggaggg gcaagcgaac aaggaa 1186
<210> 33
<211> 1165
<212> РНК
<213> Parabacteroides johnsonii
<400> 33
agaggaccgg ccaggagaac gcagcgacag gcaacacagc aagcgagggg cagcaggaag 60
agcaaacaga ggcgaccggc gcacggggag aacgcgagca acaccacaga gggggaagcc 120
cggcgaaagc ggaaaaccca aaaacagggg ccgcagggac agaaagacac gcgaagaagg 180
cagcgccaag gcagggcggg gaacggccca ccaaaccgac gaggaagggg cgagaggaag 240
gcccccacag gacgagacac ggaccaaacc cacgggaggc agcaggagga aaggcaaggc 300
cgagaggcga accagccaag cgcggaagga gaaggacagg gaaaccaagg ggaaaaaggg 360
ggacggccag agacccagaa aagcacggca acccggccag cagccgcgga aacggaggag 420
cgagcgaccg gaagggaaag gggcgagggg aaaagcagcg ggaaaggggc caaccaaaaa 480
gccggaaacg ggacgagggg aggaggcgga agcggggagc gggaaagcaa gaacacgcag 540
aacccaagcg aaggcagcac aaaccaaacg acacgaagca cgaaagcggg gacaaacagg 600
aagaacccgg agccacgcag aaacgagaac aggaggcgaa cacagaagcc acagcgaaag 660
cgaagaacca ccggggagac gccggcaacg ggaaaccaaa ggaagacggg ggcccgcaca 720
agcggaggaa cagggaacga gaacgcgagg aaccacccgg ggaacgagca gaccgaccga 780
aagaggccag caaagcgaac gagggcgcag ggcgcagccg gccggagggc ggcaaggcca 840
aacgagcgca acccacacag acaacaggca agcgaggacc gggagacgcc agcgaagcgg 900
aggaaggggg gagacgcaaa cagcacggcc cacaccgggg cgacacacgg acaaggcagg 960
acaaagggca gcaccggcga caggagcaac caaaccagcc agcggacgga gcgcaaccga 1020
cccggaagcg gacgcagaac gcgcacagcc aggcgcggga aacgcccggg ccgacacacc 1080
gcccgcaagc cagggagccg ggggaccgaa gccgaaccgc aaggacggcc agggaaaacg 1140
ggacggggca agcgaacaag gaacc 1165
<210> 34
<211> 1181
<212> РНК
<213> Alistipes sp
<400> 34
agaggaccgg ccaggagaac gcagcggcag gccaacacag caagcgaggg gcagcgggag 60
aagcgccaac gccggcgacc ggcgcacggg gcgaacgcga gcaaccaccc agaacagggg 120
gaaacacgag aaaggacaaa cccaaacaca aaggggcacc cgggaaaacc cggggcggag 180
ggcagcggaa gcgggggagg aacggccacc aaggcaacga acaaggggga cgagaggaac 240
cccccacagg acgagacacg gaccaaaccc acgggaggca gcaggaggaa aggcaaggac 300
gcaagcgaac cagccagccg cggcaggaag acggccagag gaaacgcgac agggaaacca 360
gaacgcgacg acgaaagaag acgaaaagga ccggcaaccc ggccagcagc cgcggaaacg 420
gagggccaag cgaccggaag ggaaaggggc gaggcggaga aagagaggga aaaccgggca 480
acaccggaac gcccaaacga gcagagaaag gcggaggsgg aagagggagc gggaaagcag 540
agacaacaga acaccgagcg aaggcagcac caagcacgac ggaggcacga aagcggggga 600
gcaaacagga agaacccgga gccacgcaga aacgagaaac cgcgcggcga acacagcggc 660
ggcaagcgaa agcgaaagac caccggggag acgcgcaaga agaaaccaaa ggaagacggg 720
ggcccgcaca agcggaggaa cagggaacga gaacgcgagg aaccacccgg gcgaaagacg 780
acgacggaaa caggaccccg gggcaggaaa cagggcgcag ggcgcagccg gccggagggc 840
gggaagccca aacgagcgca accccaccga ggccacaggc aagcgggcac cgacgggacg 900
ccgggaagcc gagaggaagg ggggagacgc aaacagcacg gcccacgccg gggcacacac 960
ggacaaggag gacagagggc agcacccgcg aagggagcga accgaaagcc accagcggac 1020
ggaggcgaaa cccgccccgg aagggacgca gaacgcgcac agccaggcgc gggaaacgcc 1080
cgggccgaca caccgcccgc aagccaggaa gcggggggcc gaagcggacc gcaaggagcg 1140
accagggcaa aaccgggacg gggcaagcga acaaggagcc g 1181
<210> 35
<211> 1157
<212> РНК
<213> Parabacteroides gordonii
<400> 35
agaggaccgg ccaggagaac gcagcgacag gcaacacagc aagcgagggg cagcaggaag 60
agcaaacgcg gcgaccggcg cacggggaga acgcgagcaa ccaccacaga gggggaaacc 120
cggcgaaagc ggacaaaccg caaaaacagg ggcccgcagg gaaagaaaga aagcgaagag 180
ggcagcgcca agaagggaag gaacggcacc aagcgcgagg aaggggcgag aggaaggccc 240
ccacacggac gagacacgga ccagacccac gggaggcagc aggaggaaag gcaagggcga 300
gagccgaacc agccaagcgc ggaaggagaa ggacaggcga aaccaaaggg aaaaaggcgg 360
acggccggag accagaaaag gacggcaacc cggccagcag ccgcggaaac ggaggaccga 420
gcgaccggaa gggaaagggg cgaggggaaa gcagcgggaa aggggccaac caaaaagccg 480
gaaacggaac gagaagagga ggcggaagcg gggagcggga aagcaagaac acgcagaacc 540
caagcgaagg cagcacaaac aaacgacacg aagcacgaaa gcgggggaca aacaggaaga 600
acccggagcc acgcagaaac gagaacagga ggcgaacaca gaagccacag cgaaagcgaa 660
gaaccaccgg ggagacgccg gcaacgggaa accaaaggaa gacgggggcc cgcacaagcg 720
gaggaacagg gaacgagaac gcgaggaacc acccggggaa cgcaggacag ccgaaagagg 780
accagcaaag ccagcgaggg cgcagggcgc agccggccgg agggcggcaa ggccaaacga 840
gcgcaaccca cagacaacag gcgcgaggac caaagagacg ccagcgaagc ggaggaaggg 900
gggagacgca aacagcacgg cccacaccgg ggcgacacac ggacaagggg ggacaaaggg 960
cagcacacag cgaggagcaa cccaaacccc accagcggac gaagcgcaac ccgaccggaa 1020
gcggacgcag aacgcgcaca gccaggcgcg ggaaacgccc gggccgacac accgcccgca 1080
agccagggag gggggaccaa agccgaaccg caaggacggc caggaaaacc gagacggggc 1140
aagcgaacca aggaacc 1157
<210> 36
<211> 1189
<212> РНК
<213> Eubacterium limosum
<400> 36
agaggaccgg ccaggacgaa cgcggcggag caacacagca agcgaacgag aagggaggac 60
ccggggacaa gaacggaaag ggcgaacggg gagaacgcgg ggaaccgccc aggaaaggaa 120
agcccgggaa acgggagaaa gccaaagggc gcaggcaaga cagaaaaccc gggccaagga 180
ggacccgcgc ccaagcaggg gagaaacagc ccaccaaggc gacgagggaa ccggcgagag 240
ggcgaacggc acacggaacg agacacggcc agacccacgg gaggcagcag ggggaaagcg 300
caagggggca acccgacgca gcaaaccgcg gaggaagaag gcggacgaaa gccgagggga 360
agaagaagac ggacccaaga ggaagcccgg caacacggcc agcagccgcg gaaacgaggg 420
gacaagcggc cggaagacgg gcgaaagggc gcgaggcggc aaagcgagga aaggaccggc 480
caaccgggaa ggcaggaaac ggagacgaga ggagaggcaa gggaaccagg agcgggaaag 540
cgagaaagga ggaacaccag ggcgaaggcg gcgcggacaa aacgacgcga gggcgaaagc 600
gggggagcga acaggaagaa cccggagcca cgccgaaacg agaagcaggg ggggaaacca 660
ggccgcagaa cacaaaagca ccgccgggga gacgaccgca agggaaacca aaggaagacg 720
gggacccgca caagcagcgg agcagggaac gaagcaacgc gaagaaccac caggcgacac 780
ccgacgagcc agagaaggaa gcccgggaac agagagacag ggggcagggc gcagccggcg 840
gagaggggaa gcccgcaacg agcgcaaccc cgccaggcca gcaaaggggc accagaggga 900
cgccgagaca aacggaggaa ggggggacga cgcaaacaca gccccagacc gggcacacac 960
ggcacaaggc gaacagaggg ccgcgaagcc gcgagggaag caaacccaaa acagacccag 1020
cggagcaggc gcaaccgccg cagaagggag gcagaacgcg gacagaagcc gcgggaagcg 1080
cccgggcgac acaccgcccg cacaccacga gagggcaaca cccgaagccg gagagaaccg 1140
caaggaccag cagcgaaggg gggcagaagg gggaagcgaa caaggaacc 1189
<210> 37
<211> 1190
<212> РНК
<213> Parabacteroides distasonis
<400> 37
agaggaccgg ccaggagaac gcagcgacag gcaacacagc aagcgagggg cagcggggga 60
gcaaacaccg ccggcgaccg gcgcacgggg agaacgcgag caacgccaca gagggggaaa 120
cccggcgaaa gcggacaaac cgcagaagca gggacccgca gggaaagcaa agacacgcga 180
agaaggcagc gccaaggcag ggcggggaac ggcccaccaa accgacgagg aaggggcgag 240
aggaaggccc ccacaggacg agacacggac caaacccacg ggaggcagca ggaggaaagg 300
caagggcgaa gccgaaccag ccaagcgcgg agggagaagg caggacgaaa cccaaaggga 360
aaaaggcggg acggcccgga gaccagaaaa ggacggcaac ccggccagca gccgcggaaa 420
cggaggaccg agcgaccgga agggaaaggg gcgaggcggc caagcagcgg gaaagcgggc 480
caaccaagaa gccggaaacg gggggcgaga ggaggcaggc ggaagcgggg agcgggaaag 540
caagaacacg cagaaccccg agcgaaggca gccgccaagc caacgacgcg agcacgaaag 600
cgggggacaa acaggaagaa cccggagcca cgcagaaacg agacacagcg gcgaacacga 660
agcggcacag cgaaagcgaa ggaccaccgg ggagacgccg gcaacgggaa accaaaggaa 720
gacgggggcc cgcacaagcg gaggaacagg gaacgagaac gcgaggaacc acccggggaa 780
cgcacggacc gaggggaaac acccagcaaa gccggcgagg gcgcagggcg cagccggccg 840
gagggcggca aggccaaacg agcgcaaccc gccacagaca acaggaggcg aggaccgggg 900
gacgccagcg aagcgcgagg aaggcgggga gacgcaaaca gcacggccca caccggggcg 960
acacacggac aaggcgggac aaagggaggc caccggcgac agggagcgaa ccccaaacca 1020
cgccagcgga cggagcgcaa cccgacccgg aagcggacgc agaacgcgca cagccaggcg 1080
cgggaaacgc ccgggccgac acaccgcccg caagccaggg agccggggga ccgaagccga 1140
accgaaagga cggccaggga aaacgggacg gggcaagcga acaaggaacc 1190
<210> 38
<211> 1141
<212> РНК
<213> Bacteroides cellulosilyticus
<400> 38
agaggaccgg ccaggagaac gcagcacagg caacacagca agcgaggggc agcagaccag 60
caaagggagg cgaccggcgc acggggagaa cacgaccaac caccggaccg ggaagcccga 120
aagaaagaaa accggaagaa acgagaaggc acgaaaagaa cgaaaccgag gggagcgcca 180
aggggcgggg aacggcccac caagacacga ggaaggggcg agaggaaggc ccccacagga 240
acgagacacg gccaaaccca cgggaggcag caggaggaaa ggcaaggacg agagcgaacc 300
agccaagagc ggaaggagac gcccagggga aaccaaggga aaaaggagcc acggggcgag 360
accaacgaaa aggacggcaa cccggccagc agccgcggaa acggaggacc gagcgaccgg 420
aagggaaagg gagcgaggcg gacaaagcag cggaaaggcg gccaaccgaa aagcaggaac 480
ggcgcgaggc agagaggagg cggaacgggg agcgggaaag cagaacacga agaacccgag 540
cgaaggcagc acggacgaac gacgcgagcc gaaaggggga caaacaggaa gaacccggag 600
ccacacagaa acgagaaacc gcggcgaaac agcaagcggc caagcgaaag caaagaccac 660
cggggagacg ccggcaacgg gaaaccaaag gaagacgggg gcccgcacaa gcggaggaac 720
agggaacgag aacgcgagga accacccggg caaagcacga aaaggaaaca gaagccgcaa 780
ggcagaggaa gggcgcaggg cgcagccggc cggagggcgg caaggccaaa cgagcgcaac 840
ccacagacaa caggcagcga ggaccagaga gacgccgcga agaggaggaa ggggggagac 900
gcaaacagca cggcccacgc cggggcacac acggacaagg ggggacagaa ggcagcacac 960
agcgaggagc aacccaaaag cccccagcgg aggagcgcaa cccgacccag aagcggacgc 1020
agaacgcgca cagccacggc gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc gcaagccaga 1080
aagccggggg accgaagccg aaccgcaagg agcggccagg gaaaacggaa ggggcaagcg 1140
a 1141
<210> 39
<211> 1155
<212> РНК
<213> Bacteroides clarus
<400> 39
gagaacgcag cacaggcaac acagcaagcg aggggcagcg ggggaagcgc caaccgccgg 60
cgaccggcgc acggggagaa cacgaccaac cgccgaaacc cgggaagccc gaaagaaaga 120
aaaccggagg caagcccgca ggaaaacaaa agaacggacg aggggagcgc caaggcaggg 180
cggggaacgg cccaccaaac cgacgaggaa ggggcgagag gaaggccccc acaggaacga 240
gacacggcca aacccacggg aggcagcagg aggaaaggca aggacgagag cgaaccagcc 300
aagagcggaa ggagacgccc aggggaaacc aacgggaaaa agagccacgg gggcagaccg 360
agaaaaggac ggcaacccgg ccagcagccg cggaaacgga ggaccgagcg accggaaggg 420
aaagggagcg aggcggggaa agcagggaaa ggcggccaac cgaaaagcag gaacggaccg 480
aggcagcaga gggggcggaa cggggagcgg gaaagcagaa cacgaagaac ccgagcgaag 540
gcagccacgg aggaacgacg cgagccgaaa gggggacaaa caggaagaac ccggagccac 600
acagaaacga gaaaccgcgg gcgaacaagc agcggccaag cgaaagcaaa gaccaccggg 660
gagacgccgg caacgggaaa ccaaaggaag acgggggccc gcacaagcgg aggaacaggg 720
aacgagaacg cgaggaacca cccgggcgaa gcaacgacgg aaggaaacag cccggacagg 780
gaagggcgca gggcgcagcc ggccggaggg cggcaaggcc aaacgagcgc aacccacgaa 840
gaccacaggc agcggggacc acgagacgcc gcgaagagga ggaagggggg agacgcaaac 900
agcacggccc acgccggggc acacacggac aaggggggac agaaggcagc acacggcgac 960
ggagcaaccc caaaaccccc agcggaggag cgcaacccga cccagaagcg gacgcagaac 1020
gcgcacagcc acggcgcggg aaacgcccgg gccgacacac cgcccgcaag ccagaaagcc 1080
gggggaccga agacgaaccg caaggagcgc cagggaaaac gggaggggca agcgaacaag 1140
gagccgaccg gaagg 1155
<210> 40
<211> 408
<212> РНК
<213> Anaerostipes caccae
<400> 40
gaccaagacg agggcggacg gggagaacgc gggggaaccg cccaacaggg ggaaacagcg 60
gaaacggcgc aaaccgcaaa gcgcacagaa cgcagacagg gaaaagcccg gcagaaggag 120
gcccgcgcga agcgggggag gaacggccac caaggcgacg acagagccgg cgagagagga 180
acggccacag ggacgagaca cggcccaaac ccacgggagg cagcaggggg aaagcacaag 240
ggggaaaccc gagcagcgac gccgcggagg aagaagacgg agaaagccac agcagggaag 300
aaaacagacg gaccgacaag aagccccggc aacacggcca gcagccgcgg aaacgagggg 360
gcaagcgacc ggaaacgggg aaaggggcga ggggcaggaa gcagaagg 408
<210> 41
<211> 1111
<212> РНК
<213> Bacteroides salyersiae
<400> 41
aggagaacgc agcacaggca acacagcaag cgaggggcac aggggagcaa acaccgcggc 60
gaccggcgca cggggagaac acgaccaacc gcccaccggg gaagcccgaa agaaagaaaa 120
cccgaggcaa acagaccccg ggaaaagaac ggagaggagg ggagcgccaa ggcagggcgg 180
ggaacggccc accaaacccg aggaaggggc gagaggaagg cccccacagg aacgagacac 240
ggccaaaccc acgggaggca gcaggaggaa aggcaagggc gagagccgaa ccagccaaga 300
gcggaaggag accgcccagg ggaaaccaag ggaaaaaggg gccacggggc agagaccaag 360
aaaaggacgg caacccggcc agcagccgcg gaaacggagg accgagcgac cggaagggaa 420
agggagcgag gggacagaag cagggaaagg cggccaaccg aaaagcagga aacgcggcga 480
gacagagagg gggcggaacg gggagcggga aagcagaaca cgaagaaccc gagcgaaggc 540
agccacggac gcaacgacac gagccgaaag ggggacaaac aggaagaacc cggagccaca 600
cagaaacgag aaaccgcggc gaaacagaag cggccaagcg aaagcaaaga ccaccgggga 660
gacgccggca acgggaaacc aaaggaagac gggggcccgc acaagcggag gaacagggaa 720
cgagaacgcg aggaaccacc cgggcaaagc aaagaaagcc ggaaacggca agccgcaagg 780
caggaagggc gcagggcgca gccggccgga gggcggcaag gccaaacgag cgcaacccac 840
cagacaacag gcagcgagga ccggagagac gccgcgaaga ggaggaaggg gggagacgca 900
aacagcacgg cccacgccgg ggcacacacg gacaaggggg gacagaaggc cgcacacagc 960
gaggagccaa cccaaagccc cccagcggac gaagcgcaac ccgaccggaa gcggacgcag 1020
aacgcgcaca gccacggcgc gggaaacgcc cgggccgaca caccgcccgc aagccaggga 1080
gccgggggac cgaagacgaa ccgcaaggag c 1111
<210> 42
<211> 1146
<212> РНК
<213> Bacteroides fragilis
<220>
<221> misc_признак
<222> (205)..(205)
<223> n представляет собой a, c, g, или u
<400> 42
agaggaccgg ccaggagaac gcagcacagg caacacagca agcgaggggc acaggaagaa 60
agcgccgcgg cgaccggcgc acggggagaa cacgaccaac cgcccaccgg ggaagcccga 120
aagaaagaaa acccgaagca aagaccgcag gcaaaaagga ccggaaagga ggggagcgcc 180
aaggggggag gaacggccac caagnccgag gaaggggcga gaggaaggcc cccacaggaa 240
cgagacacgg ccaaacccac gggaggcagc aggaggaaag gcaagggcgc agccgaacca 300
gccaagagcg gaaggagaag gccagggcga aaccaaaaga aaaaggcaga gaacggagaa 360
agaaaaggac ggcaacccgg ccagcagccg cggaaacgga ggaccgagcg accggaaggg 420
aaagggagcg aggggacgga agcagggaaa ggcggccaac cgaaaagcag gaacgcagcg 480
agacagagag ggggcggaac ggggagcggg aaagcagaac acgaagaacc cgagcgaagg 540
cagccacgga cgcaacgaca cgagccgaaa gggggacaaa caggaagaac ccggagccac 600
acagaaacga gaaaccgcgg cgaaacagaa gcggccaagc gaaagcaaag accaccgggg 660
agacgccggc aacgggaaac caaaggaaga cgggggcccg cacaagcgga ggaacaggga 720
acgagaacgc gaggaaccac ccgggcaaag cagggaagag ggaaacagca ggagcaacac 780
cgcggaaggg cgcagggcgc agccggccgg agggcggcaa ggccaaacga gcgcaaccca 840
cagacaacag gagcgaggac cagagagacg ccgcgaagag gaggaagggg ggagacgcaa 900
acagcacggc ccacgccggg gcacacacgg acaagggggg acagaaggca gcagcgggga 960
ccgagcaacc caaaagcccc cagcggacga agcgcaaccc gaccggaagc ggacgcagaa 1020
cgcgcacagc cacggcgcgg gaaacgcccg ggccgacaca ccgcccgcaa gccagggagc 1080
cgggggaccg aagacgaacc gcaaggacgc cagggaaaac gggacggggc aagcgaacaa 1140
ggaacc 1146
<210> 43
<211> 1150
<212> РНК
<213> Bacteroides uniformis
<400> 43
agaggaccgg ccaggagaac gcagcacagg caacacagca agcgaggggc acaggaagaa 60
agcgccgcgg cgaccggcgc acggggagaa cacgaccaac cgccgagacc ggggaagccc 120
gaaagaaaga aaacccgagg aacgaaaggc accagcaaaa gaacggcaga ggggagcgcc 180
aagggggcgg ggaacggccc accaagccac gaggaagggg cgagaggaag gcccccacag 240
gaacgagaca cggccaaacc cacgggaggc agcaggagga aaggcaagga cgagagcgaa 300
ccagccaaga gcggaaggag acgcccaggg gaaaccaacg ggaaaaagag gcacgggccg 360
agaccgagaa aaggacggca acccggccag cagccgcgga aacggaggac cgagcgaccg 420
gaagggaaag ggagcgaggc ggagcaagca gggaaaggcg gccaaccgaa aagcaggaac 480
ggggcgagac agagaggcag gcggaacggg gagcgggaaa gcagaacacg aagaacccga 540
gcgaaggcag cgcggacgaa cgacgcgagc cgaaaggggg acaaacagga agaacccgga 600
gccacacaga aacgagaaac cgcggcgaaa cagaagcggc caagcgaaag cgaagaccac 660
cggggagacg ccggcaacgg gaaaccaaag gaagacgggg gcccgcacaa gcggaggaac 720
agggaacgag aacgcgagga accacccggg caaagcaaag aagcggaaac agacagccgc 780
aaggcaggaa gggcgcaggg cgcagccggc cggagggcgg caaggccaaa cgagcgcaac 840
ccacgaagac cacaggagcg gggaccgcga gacgccgcga agaggaggaa ggggggagac 900
gcaaacagca cggcccacgc cggggcacac acggacaagg ggggacagaa ggcagcacac 960
gggacggagc aacccaaaac ccccagcgga ggagcgcaac ccgacccaga agcggacgca 1020
gaacgcgcac agccacggcg cgggaaacgc ccgggccgac acaccgcccg caagccagaa 1080
agccggggga ccgaaggcga accgcgagga gcgcccaggg aaaacgggag gggcaagcga 1140
acaaggaacc 1150
<210> 44
<211> 1154
<212> РНК
<213> Bacteroides eggerthii
<400> 44
agaggaccgg ccaggagaac gcagcacagg caacacagca agcgaggggc agcagagaag 60
cgccaacgag gcgaccggcg cacggggaga acacgaccaa ccgccgaaac cggggaagcc 120
cgaaagaaag aaaacccgaa gaagccgcag gcacaaaaga acggacgagg ggagcgccaa 180
gaagggcggg gaacggccca ccaagcaacg aggaaggggc gagaggaagg cccccacagg 240
aacgagacac ggccaaaccc acgggaggca gcaggaggaa aggcaaggac gagagcgaac 300
cagccaagag cggaaggaga cgcccagggg aaaccaacgg gaaaaaggga gagcaacccg 360
agaccgagaa aaggacggca acccggccag cagccgcgga aacggaggac cgagcgaccg 420
gaagggaaag ggagcgaggc ggggcaagca gggaaaggcg gccaaccgaa aagcaggaac 480
gggcgccgag gcagcaagga ggcggaacgg ggagcgggaa agcagaacac gaagaacccg 540
agcgaaggca gcacggacga acgacgcgag ccgaaagggg gacaaacagg aagaacccgg 600
agccacacag aaacgagaaa ccgcgggcga acacagcagc ggccaagcga aagcaaagac 660
caccggggag acgccggcaa cgggaaacca aaggaagacg ggggcccgca caagcggagg 720
aacagggaac gagaacgcga ggaaccaccc gggcaaagca gcggaagagg gaaacaacag 780
cccgggccgc ggaagggcgc agggcgcagc cggccggagg gcggcaaggc caaacgagcg 840
caacccacaa gacacaggca gcgaggacca ggagacgccg cgaagaggag gaagggggga 900
gacgcaaaca gcacggccca cgccggggca cacacggaca aggggggaca gaaggcagca 960
ccggcgacag gagcaacccg aaaaccccca gcggaggagc gcaacccgac ccagaagcgg 1020
acgcagaacg cgcacagcca cggcgcggga aacgcccggg ccgacacacc gcccgcaagc 1080
cagaaagccg ggggaccgaa gacgaaccgc aaggagcgcc agggaaaacg ggaggggcaa 1140
gcgaacaagg aacc 1154
<210> 45
<211> 1162
<212> РНК
<213> Clostridium sp.
<400> 45
acagcaagcg gacgcaagcc ggcagagggc gaacggggag aagacaaagc aaccgccccg 60
gagggggaaa cgcggaaacg gcagcaagac cgcaaggcaa gaggacgcag cgacagaaaa 120
cccacgggaa gcacagggag ggcagacgca agccagcggg aggaacggcc accagggcga 180
cgagcgagcc ggccgagagg gggacggcca cacgggacga gacacggccc agacccacgg 240
gaggcagcag agggaacggc aagggcgaaa gccgaccgag caacgccgcg gaaggaagaa 300
gcacggagaa accgagaagg aagaacggca gaggagggaa gccaggcgga cggaccagag 360
gaagccacgg caacacggcc agcagccgcg gaaacgaggg gcgagcgacc ggaacagggc 420
gaaagaggga gcaggcggca ggcaggcgcg ggaaagaccg gagcaaaccg gaagccggga 480
aaccgcacag cagagagcac agaggacgcg gaaccaggag cgggaaagcg agaaaggagg 540
aacaccaggg cgaaggcggc ggcgggggca gcgacgccag cccgaaagcg ggggagcaaa 600
aggaagaacc cagagccacg ccgaaacgag aggcaagggg gggcagaccc aggcggagaa 660
cgcaaaagca cccgccgaga gacgcgcaag aagaaaccaa aggaagacgg gggcccgcac 720
aagcggggag cagggaacga agcaacgcga agaaccacca ggcgacagga gaaaaggccc 780
ggagacaggg agaagaaacc acacaggggg cagggcgcag ccggcggaga ggggaagccc 840
gcaacgagcg caaccccggc caggccagca aggggggacc ggcgagacgc ccgcaaggag 900
gaggaaggcg gggagacgca aacacagccc cagaccgggc acacacggca caaggacgga 960
cagagggagg cgaagccgcg aggggagcga aacccagaaa cccgcacagc ggacgcagcg 1020
caaccgacgc acgaagcgga acgcagaacg cgaacagcag cgcgggaaac gccgggccga 1080
cacaccgccc gcacaccaga gagggaacac ccgaagccgg ggcccaaccg caaggaggga 1140
gcgcaagggg gacgagaggg gg 1162
<210> 46
<211> 1153
<212> РНК
<213> Parabacteroides goldsteinii
<400> 46
ggccaggaga acgcagcgac aggcaacaca gcaagcgagg ggcagcacga gagcaaacag 60
gggcgaccgg cgcacgggga gaacgcgagc aaccaccaca gaggggaaaa cccggcgaaa 120
gcggacaaac cgcaaaaaca ggggccacag gaaaagaaag aaacgcgaag agggcagcgc 180
caagaagggg aggaacggcc accaagccac gaggaagggg cgagaggaag gcccccacac 240
ggacgagaca cggaccagac ccacgggagg cagcaggagg aaaggcaagg gcgagagccg 300
aaccagccaa gcgcggaagg agaaggacag ggaaaccaag ggaaaaagga ggaacggccg 360
agaccaagaa aagcacggca acccggccag cagccgcgga aacggaggag cgagcgaccg 420
gaagggaaag gggcgagggg aaaagcagcg ggaaaggggc caaccaaaaa gccggaaacg 480
ggacgagaag aggaggcgga agcggggagc gggaaagcaa gaacacgcag aacccgagcg 540
aaggcagcac aaacaaacga cacgaagcac gaaagcgggg gacaaacagg aagaacccgg 600
agccacgcag aaacgagaac agcggcgaac acagaagcgg cacagcgaaa gcgaagaacc 660
accggggaga cgccggcaac gggaaaccaa aggaagacgg gggcccgcac aagcggagga 720
acagggaacg agaacgcgag gaaccacccg gggaacgcaa gacagccgga aacagagcca 780
gaaagcaagc gagggcgcag ggcgcagccg gccggagggc ggcaaggcca aacgagcgca 840
acccacacag acaacaggca gcgaggacca ggagacgcca gcgaagcgga ggaagggggg 900
agacgcaaac agcacggccc acaccggggc gacacacgga caagggggga caaagggcag 960
caccgggagc ggagcaaccc aaacccacca gcggacgaag cgcaacccga ccggaagcgg 1020
acgcagaacg cgcacagcca ggcgcgggaa acgcccgggc cgacacaccg cccgcaagcc 1080
agggaggggg gaccaaagcc gaaccgcaag gacggccagg gaaaaccgag acggggcaag 1140
cgaacaagga acc 1153
<210> 47
<211> 1125
<212> РНК
<213> Bacteroides thetaiotaomicron
<400> 47
caggagaacg cagcacaggc aacacagcaa gcgaggggca gcacaggcgc aaacggagag 60
gcgaccggcg cacggggaga acacgaccaa ccgccgaaac cggggaagcc cgaaagaaag 120
aaaacccgag gaaacagacc gcaggcgaaa agaacggacg aggggagcgc caaggcaggg 180
gaggaacggc caccaaaccc gaggaagggg cgagaggaag gcccccacag gaacgagaca 240
cggccaaacc cacgggaggc agcaggagga aaggcaaggg cgcaggccga accagccaag 300
agcggaagga gacgcccagg ggaaaccaag ggaaaaagcc acggggaaga gaccaagaaa 360
aggacggcaa cccggccagc agccgcggaa acggaggacc gagcgaccgg aagggaaagg 420
gagcgagggg acagaagcag ggaaaggcgg ccaaccgaaa agcaggaacg gcgcgagaca 480
gagagggggc ggaacgggga gcgggaaagc agaacacgaa gaacccgagc gaaggcagcc 540
acggacgcaa cgacacgagc cgaaaggggg acaaacagga agaacccgga gccacacaga 600
aacgagaaac cgcggcgaaa cagaagcggc caagcgaaag caaagaccac cggggagacg 660
ccggcaacgg gaaaccaaag gaagacgggg gcccgcacaa gcggaggaac agggaacgag 720
aacgcgagga accacccggg caaagcagaa aaggaaacag aagccgaagg caaaggaagg 780
gcgcagggcg cagccggccg gagggcggca aggccaaacg agcgcaaccc acagacaaca 840
ggcagcgagg accagagaga cgccgcgaag aggaggaagg ggggagacgc aaacagcacg 900
gcccacgccg gggcacacac ggacaagggg ggacagaagg cagcaccggg acaggagcaa 960
cccaaaagcc cccagcggac gaagcgcaac ccgaccggaa gcggacgcag aacgcgcaca 1020
gccaggcgcg ggaaacgccc gggccgacac accgcccgca agccagaaag ccgggggacc 1080
gaagacgaac cgcaaggagc gccagggaaa acggaagggg caagc 1125
<210> 48
<211> 420
<212> РНК
<213> Lachnospiraceae bacterium
<400> 48
gacgagcggc ggacggggag aacgcgggga accgcccaac agggggaaac agggaaacgg 60
cgcaaaccgc aaagcgcaca gaccgcagga ccgggaaaaa cccggggaga gaggacccgc 120
gcgaagcagg gggggaacgg ccaccaaggc gacgacagag ccgaccgaga ggggaccggc 180
cacagggacg agacacggcc caaacccacg ggaggcagca gggggaaagc acaaggggga 240
aacccgagca gcgacgccgc ggagcgagaa gacggagaaa gccacagcag ggaagaaaag 300
acggaccgac aagaagcccc ggcaacacgg ccagcagccg cggaaacgag ggggcaagcg 360
accggaacgg ggaaagggag cgagacggca ggcaagccag aggaaagccc ggggccaacc 420
<210> 49
<211> 1203
<212> РНК
<213> Clostridium hathewayi
<220>
<221> misc_признак
<222> (150)..(150)
<223> n представляет собой a, c, g, или u
<220>
<221> misc_признак
<222> (166)..(166)
<223> n представляет собой a, c, g, или u
<220>
<221> misc_признак
<222> (193)..(193)
<223> n представляет собой a, c, g, или u
<220>
<221> misc_признак
<222> (791)..(791)
<223> n представляет собой a, c, g, или u
<400> 49
ccaggagaac gcggcggcgg caacacagca agcgagcgaa gcggcaagaa gcggaggaga 60
aagacagcgg cggacgggga gaacgcgggg aaccgccaca cgggggaaac agagaaagac 120
gcaaaccgca aagcgcacag ggccgcaggn cggggaaaaa cccggnggga agaggacccg 180
cgcgaaggag ggnggggaac ggcccaccaa gccgacgaca gagccgaccg agaggggacc 240
ggccacaggg acgagacacg gcccaaaccc acgggaggca gcagggggaa aggacaaggg 300
cgaaagccga ccagcgacgc cgcggaggaa gaagacggag aaagccacag cagggaagaa 360
aagacggacc gacaagaagc cccggcaaca cggccagcag ccgcggaaac gagggggcaa 420
gcgaccggaa cggggaaagg gagcgagacg gagcaagcga aggaaagccc ggggccaacc 480
ccggacgcgg aaacgagacg aggcaggaga ggaagggaac caggagcggg aaagcgagaa 540
aggaggaaca ccagggcgaa ggcggcacgg acgaacgacg gaggccgaaa gcgggggagc 600
aaacaggaag aacccggagc cacgccgaaa cgagaaacag ggcggggggc aaagccccgg 660
gccgccgcaa acgcaaaaga ccaccgggga gacgcgcaag aagaaaccaa aggaagacgg 720
ggacccgcac aagcggggag cagggaacga agcaacgcga agaaccacca agcgacaccc 780
acgaaaacac naaccggacc cccggagcag ggagacaggg ggcagggcgc agccggcgga 840
gaggggaagc ccgcaacgag cgcaacccac cagagccagc gagagagcgg gcaccgggga 900
gacgccaggg aaaccggagg aaggggggag acgcaaacac agccccagag ggcacacacg 960
gcacaaggcg aaacaaaggg aggcaaagga gcgacggagc aaaccccaaa aaaacgccag 1020
cggagcaggc gcaaccgccg cagaagcgga acgcagaacg cgaacagaag cgcgggaaac 1080
gcccgggcga cacaccgccc gcacaccagg gagggaacgc ccgaagcagg acccaaccga 1140
aaggagggag cgccgaaggc gggacgaaac gggggaagcg aacaaggagc cgacggaagg 1200
gcg 1203
<210> 50
<211> 1177
<212> РНК
<213> Clostridium lavalense
<220>
<221> misc_признак
<222> (887)..(887)
<223> n представляет собой a, c, g, или u
<400> 50
gccaggagaa cgcggcggcg gccaacacag caagcgaacg aagcayagag aagcggagga 60
cgagagacga gggcggacgg ggagaacacg ggaaaccgcc cacacggggg acaacagaga 120
aagacgcaaa ccgcaaagcg cacagaccgc aggacaggga aaaacccggg gggagaggac 180
cgcgcgaagc cagggcgggg aacggcccac caaagcgacg acagagccga ccgagagggg 240
accggccaca gggacgagac acggcccaaa cccacgggag gcagcagggg gaaagcacaa 300
gggcgaaagc cgagcagcga cgccgcggag gaagaagacg gagaaagcca cagcagggaa 360
gaaagacgga ccgacaagaa gccccggcaa cacggccagc agccgcggaa acgagggggc 420
aagcgaccgg aacggggaaa gggagcgaga cggcaggcaa gcgaaggaaa acccagggcc 480
aacccgggac gcggaaacgc aagcagaggc aggagaggaa gggaaccagg agcgggaaag 540
cgagaaagga ggaacaccag ggcgaaggcg gcacggacga acgacggagg ccgaaagcgg 600
gggagcaaac aggaagaacc cggagccacg ccgaaacgag aggcaggggg ggggcaaagc 660
cccgggccgc gcaaacgcaa aagcacccac cggggagacg cgcaagaaga aaccaaagga 720
agacggggac ccgcacaagc ggggagcagg gaacgaagca acgcgaagaa ccaccaagcg 780
acacccgacc ggcggaacgg cgcccccggg acaagagaga cagggggcag ggcgcagccg 840
gcggagaggg gaagcccgca acgagcgcaa cccaccagag ccagcanrag agggcaccag 900
ggagacgcca gggacaaccg gaggaagggg ggagacgcaa acacagcccc agagggcaca 960
cacggcacaa ggcgaaacaa agggaagcga cccgcgaagg gagcaaacca aaaaaacgcc 1020
cagcggacga gcgcaacccg acacacgaag cggaacgcag aacgcgaaca gaagcgcggg 1080
aaacgcccgg gcgacacacc gcccgcacac cagggagcag caacgcccga agcaggaccc 1140
aaccgcaaga gagggagcgc cgaaggcggg gcaggaa 1177
<210> 51
<211> 1204
<212> РНК
<213> Ruminococcus sp
<400> 51
gaacgcggcg gcggccaaca cagcaagcga gcgaagcgcg cagaaccgga ggaagaggac 60
aggacgagcg gcggacgggg agaacgcggg gcaaccgccc aacaggggga aacagagaaa 120
gacgcaaacc gcaaagcgca caggaccgca gggagggaaa aacccgggga gagaggaccc 180
gcgcgaagga gggggggaaa ggccaccaag ccgacgacag agccgaccga gaggggaccg 240
gccacaggga cgagacacgg cccaaaccca cgggaggcag cagggggaaa gcacaagggg 300
gaaacccgag cagcgacgcc gcggaaggaa gaagacggag aaaccacagc agggaagaag 360
agacggaccg agaagaagca ccggcaaaac ggccagcagc cgcggaaacg agggcaagcg 420
accggaacgg ggaaagggag cgagacggaa ggcaagcgga ggaaaaccca gggccaaccc 480
gggacgcgga aacgcagacg gaggccggag aggaagcgga accaggagcg ggaaagcgag 540
aaaggaggaa caccagggcg aaggcggcac ggacgggacg acggaggccg aaagcggggg 600
agcaaacagg aagaacccgg agccacgccg aaacgagaca cagggcgggg caaagcacac 660
gggccgcagc aaacgcaaaa gagccaccgg ggagacgcgc aagaagaaac caaaggaaga 720
cggggacccg cacaagcggg gagcagggaa cgaagcaacg cgaagaacca ccggcgacac 780
cggagacggg cgagaagcgc cgccccgggg caccgagaca gggggcaggg cgcagccggc 840
ggagagggga agcccgcaac gagcgcaacc caccagagcc agcaaaaggg ggcaccggag 900
agacgccagg gagaaccgga ggaagggggg agacgcaaac acagccccag gccagggcac 960
acacggcaca aggcgaaaca aagggaagcg agaggggacc ggagcgaacc caaaaaaacg 1020
ccagcggaga gcgcaaccga cacagaagcg gaacgcagaa cgcggacagc agccgcggga 1080
aacgcccggg cgacacaccg cccgcacacc agggagcaga acgcccgaag ccaggaccca 1140
accagaggag ggagcgcgaa ggcgggacgg aaacggggga agcgaacaag gagccgacgg 1200
aagg 1204
<210> 52
<211> 1170
<212> РНК
<213> Clostridium innocuum
<400> 52
gaccggccag gagaacgcgg cggcagccaa acagcaagcg aacgaagcga ggaagcgccc 60
aaagagacag ggcgaacggg gagaacacga ggaaccgccc aggccgggaa acgcggaaac 120
ggagcaaaac cggaaggaac agagcgcagc cagaaaaagc gcccacaagg cggaacagga 180
ggaccgcggc gcaagcaggg gaggaacggc ccaccaaggc gagagcgagc cggccgagag 240
ggaaacggcc acagggacga gacacggccc aaacccacgg gaggcagcag agggaacgca 300
agggggaaac ccgaacgagc aagccgcgga ggaagaaggc cggacgaaag ccggaaggaa 360
gaacggccaa gaggaaagca gggaggacgg agcaccagaa agccacggca acacggccag 420
cagccgcgga aacgaggggc aagcgaccgg aacagggcga aaggggcgag gggcgacaag 480
cgagaaaagg caaggccaac cagaagcagg aaacggagcg gaggcagaag agggcgagga 540
accaggagcg gaaaagcgag aaaggaggaa caccagggcg aaggcggcgc cggcgaacga 600
cacgaggcac gaaagcgggg gagcaaaagg aagaacccag agccacgccg aaacgagaga 660
acaaggggag gaacaggcgc agaacgcaaa agcccgccgg ggagagcacg caagggaaac 720
caaaggaaga cgggggcccg cacaagcggg gagagggaac gaagcaacgc gaagaaccac 780
caggccgaca ggaaacaaaa cccagagaag ggggaaaagg acacacaggg ggcagggcgc 840
agccggcgga gaggggaagc ccgcaacgag cgcaacccgc gcagaccagc acaaggggga 900
ccagcgagac gccgggacaa accggaggaa ggggggagac gcaaacacag ccccaggccg 960
ggcacacacg acacaaggcg accacaaaga gcagcgacac aggaggaagc gaaccaaaag 1020
gcgccagcgg agaagcgcaa ccgaccagaa gcggaacgca gaacgcagac agcagcgcgg 1080
gaaacgccgg gccgacacac cgcccgcaaa ccagggagca gaaacccgaa gccggggcaa 1140
accgaaggag gagccgcgaa ggaggaccga 1170
<210> 53
<211> 8
<212> PRT
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 53
Lys Ser Pro Trp Phe Thr Thr Leu
1 5
<210> 54
<211> 1161
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 54
cgaagaggac cggccaggag aacgcgacag aagcaacaca gcaagcacga cccggggaag 60
gggcggacgg ggagaacgcg aaagaacgcc acagacggga caacaggaaa cgaagcaaac 120
cggaaagagg gcgcagacga agaaagcaag cgcggagaga gcgcgcccaa gaggggagga 180
acggccacca agacgagagg gagccggccg agaggggaac ggccacaagg ggacgagaca 240
cggcccaccc acgggaggca gcagggggaa aggacaagga ccaaaagcga ccagcaacgg 300
gcacgaagaa gcggaagaaa ggccagggga agaagcagga cggaccaaca gaagaagcga 360
cggcaaaacg gccagcagcc gcggaaacga gcgcaagcga ccggaagggc gaaagcgcgc 420
aggcggcaga agcgaggaaa agcggggcca accccgagcg ggaaacgcaa acagagacgg 480
agaggaggcg gaacacaagg agagggaaac gagaagagga agccgagggg aagccagcca 540
cggacagaac gacgcaaagc gcgaaagcgg ggagcaaaca ggaagaaccc ggagccacgc 600
cgaaacgaga acaggggggg gcgaacccag cgcccaagca acgcgaaaga accgccgggg 660
agacgacgca agagaaacca aaggaagacg gggacccgca caagcgggga gcagggaacg 720
acgcaacgcg aggaaccacc agcggacacc caagaagaac agagagcggc cccggaggaa 780
cgggacaggg ggcaggcgcg cagccggcgg agaggggaag cccgcaacga gcgcaacccc 840
cgagaccaca aagggggacc agcgagacgc cgcgagagca ggaggaaggg gggagacgca 900
agcacagccc caacgcgggc acacacggca caagggagac agagagcgca aaccgcgagg 960
gaagcaacca aaaacacagc ggagaccgca accgagacag aagggaacgc agaacgcaaa 1020
cagcaggcgg gaaacgccgg gcgacacacc gcccgcacac cacgagaggg gcaccgaaga 1080
acaggccaac cgaaggaggg agccgagggg gaagcgaggg ggaagcgaac aaggaccgac 1140
gggaacggcg gaggacaccc c 1161
<210> 55
<211> 1190
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 55
cgaagaggac cggccaggag aacgcagcga caggcaacac agcaagcgag gggcacagga 60
agagcaaaca gaggcgaccg gcgcacgggg agaacgcgag caacaccaca gagggggaag 120
cccggcgaaa gcggaaaacc caaaaacagg ggccgcaggg acagaaagac acgcgaagaa 180
ggcagcgcca aggcagggcg gggaacggcc caccaaaccg acgaggaagg ggcgagagga 240
aggcccccac aggacgagac acggaccaaa cccacgggag gcagcaggag gaaaggcaag 300
gccgagaggc gaaccagcca agcgcggaag gagaaggaca gggaaaccaa ggggaaaaag 360
ggggacggcc agagacccag aaaagcacgg caacccggcc agcagccgcg gaaacggagg 420
agcgagcgac cggaagggaa aggggcgagg ggaaaagcag cgggaaaggg gccaaccaaa 480
aagccggaaa cgggacgagg ggaggaggcg gaagcgggga gcgggaaagc aagaacacgc 540
agaacccaag cgaaggcagc acaaaccaaa cgacacgaag cacgaaagcg gggacaaaca 600
ggaagaaccc ggagccacgc agaaacgaga acaggaggcg aacacagaag ccacagcgaa 660
agcgaagaac caccggggag acgccggcaa cgggaaacca aaggaagacg ggggcccgca 720
caagcggagg aacagggaac gagaacgcga ggaaccaccc ggggaacgag cagaccgacc 780
gaaagaggca gcaaagcgaa cgagggcgca gggcgcagcc ggccggaggg cggcaaggcc 840
aaacgagcgc aacccacaca gacaacagga agcgaggacc gggagacgcc agcgaagcgg 900
aggaaggggg gagacgcaaa cagcacggcc cacaccgggg cgacacacgg acaaggcagg 960
acaaagggca gcaccggcga caggagcaac caaaccagcc agcggacgga gcgcaaccga 1020
cccggaagcg gacgcagaac gcgcacagcc aggcgcggga aacgcccggg ccgacacacc 1080
gcccgcaagc cagggagccg ggggaccgaa gccgaaccgc aaggacggcc agggaaaacg 1140
ggacggggca agcgaacaag gagccgaccg gaagggcggc ggaacacccc 1190
<210> 56
<211> 1061
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 56
aaaaagaaag gaaaggaggg gagcgcccaa gcgggcgggg aacggcccac caaggcgacg 60
agggaggggc gagaggaagg cccccacagg aacgagacac ggccaaaccc acgggaggca 120
gcaggaggaa aggcaagggc gcgagccgaa ccagccaaga gcgggaggac gacggcccac 180
ggggaaaccc aaaggggaaa agggccagag gccagcagga ccagaaaagc acggcaaccg 240
gccagcagcc gcggaaacgg aagagcgagc gaccggaagg gaaagggagc gaggcgggca 300
gcaagcagcg gcaaaggcgc ggccaaccgc gccgccggaa acggcagccg agagcacagg 360
gacaggaacg gggagcggga aagcagaaca cgaggaaccc gacgcgcagg cagaccgggg 420
caacgacgcg aggccgaagg gcgggacaaa caggaagaac ccggagccgc acagaaacga 480
gaagcccgcg cggcgacaag gcggcggcca agcgaaagcg aagcaccacc ggggagacgc 540
cggcaacggg aaaccaaagg aagacggggg cccgcacaag cggaggaaca gggaacgaga 600
acgcgaggaa ccacccgggc gaacgcaggg cagggccgga gacggccccc cgggacccgc 660
gaagggcgca gggcgcagcc ggccggaggg cggcaaggcc aaacgagcgc aacccccccc 720
ccaggccacc gggaagccgg gcacggggac acgccaccgc aagggcgagg aaggggggag 780
acgcaaacag cacggcccac gccggggcga cacacggaca aggggggaca gagggccgcg 840
cccgggacgg ggccaaccca aaacccccca gcggacggag cgcaacccga cccacgaagc 900
ggacgcagaa cgcgcacagc caggcgcggg aaacgcccgg gccgacacac cgcccgcaag 960
ccagaaagcc ggggggccga agccggaccg cgagggcggc cagggaaaac cgggaggggc 1020
aagcgaacaa ggagccgacc ggaagggcgg cggaacaccc c 1061
<210> 57
<211> 1219
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 57
cgaagaggac cggccaggag aacgcagcga caggcaacac agcaagcgag gggcagcaca 60
ggagcaaacc gggggcgacc ggcgcacggg gagaacgcga gcaacgccac agagggggaa 120
acccggcgaa agcggacaaa ccgcagaagc aggggccccg caggggaagc aaagacacgc 180
gaagaaggca gcgccaaggc agggcgggga acggcccacc aaaccgacga ggaaggggcg 240
agaggaaggc ccccacagga cgagacacgg accaaaccca cgggaggcag caggaggaaa 300
ggcaaggccg agaggcgaac cagccaagcg cggagggaga aggcaggacg aaacccaaag 360
ggaaaaaggc gggacggccc ggagaccaga aaaggacggc aacccggcca gcagccgcgg 420
aaacggagga ccgagcgacc ggaagggaaa ggggcgaggc ggccaagcag cgggaaagcg 480
ggccaaccaa gaagccggaa acggggggcg agaggaggca ggcggaagcg gggagcggga 540
aagcaagaac acgcagaacc ccgagcgaag gcagccgcca agccaacgac gcgagcacga 600
aagcggggga caaacaggaa gaacccggag ccacgcagaa acgagacaca gcggcgaaca 660
cgaagcggca cagcgaaagc gaaggaccac cggggagacg ccggcaacgg gaaaccaaag 720
gaagacgggg gcccgcacaa gcggaggaac agggaacgag aacgcgagga accacccggg 780
gaacgcacgg accgagggga aacacccagc aaagccggcg agggcgcagg gcgcagccgg 840
ccggagggcg gcaaggccaa acgagcgcaa cccgccacag acaacaggaa agcgaggacc 900
gggggacgcc agcgaagcgc gaggaaggcg gggagacgca aacagcacgg cccacaccgg 960
ggcgacacac ggacaaggcg ggacaaaggg aagccaccgg cgacagggag cgaaccccaa 1020
accacgccag cggacggagc gcaacccgac ccggaagcgg acgcagaacg cgcacagcca 1080
ggcgcgggaa acgcccgggc cgacacaccg cccgcaagcc agggagccgg gggaccgaag 1140
ccgaaccgcg aggacggcca gggaaaacgg gacggggcaa gcgaacaagg agccgaccgg 1200
aagggcggcg gaacacccc 1219
<210> 58
<211> 1205
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 58
aggagaggac cggccaggag aacgcagcgg caggccaaca cagcaagcga ggggcagcgg 60
gagaagcgcc aggccggcga ccggcgcacg gggcgaacgc gagcaaccac ccaaacaggg 120
ggaaacacga gaaacggaca aacccaaaca caagaggggc acccgggaaa acccggggag 180
gagggcagcg gaagcagggg aggaacggcc accaaggcga cgaacaaggg ggacgagagg 240
aaccccccac aggacgagac acggaccaaa cccacgggag gcagcaggag gaaaggcaag 300
gacgcaagcg aaccagccag ccgcggcagg agacggccag aggaaacgcg acgagggaaa 360
cccggaacgg accggcgaaa gacgacgaaa aggacggcaa cccggccagc agccgcggaa 420
acggaggaca agcgaccgga agggaaaggg gcgaggcggg aaagagaggg aaaaccgggc 480
aacaccggaa cgcccaaacg gagcagagag aggcggaggc ggaagaggga gcgggaaagc 540
agagacaaca gaacaccgag cgaaggcagc accaaacaac gacggaggca cgaaagcggg 600
ggagcaaaca ggaagaaccc ggagccacgc agaaacgaga aaccgcgcgg cgaacacagc 660
ggggcaagcg aaagcgaaag accaccgggg agacgcgcaa gaagaaacca aaggaagacg 720
ggggcccgca caagcggagg aacagggaac gagaacgcga ggaaccaccc gggcgaaaga 780
cgacgacgga aacaggaccc cggggcagga aacagggcgc agggcgcagc cggccggagg 840
gcgggaagcc caaacgagcg caaccccacc gaggccacag gcaagcgggc accggcggga 900
cgccgggaag ccgagaggaa ggggggagac gcaaacagca cggcccacgc cggggcacac 960
acggacaagg aggacagagg gcagcaccca ggagggagcg aaccgaaagc caccagcgga 1020
ggaggcgaaa cccgccccag aagggacgca gaacgcgcac agccaggcgc gggaaacgcc 1080
cgggccgaca caccgcccgc aagccaggaa gcggggggcc gaagcggacc gcaaggagcg 1140
accagggcaa aaccgggacg gggcaagcga acaaggagcc gaccggaagg gcggcggaac 1200
acccc 1205
<210> 59
<211> 1213
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 59
agagaggacc ggccaggacg aacgcggcgg agcaacacag caagcgaacg agaagggagg 60
acccggggaa cagaacggaa agggcgaacg gggagaacgc ggggaaccgc ccaggaaagg 120
aaagcccggg aaacgggaga aagccaaagg gcgcaggcaa gacagaaaac ccgggccaag 180
gaggacccgc gcccaagcag gggagaaaca gcccaccaag gcgacgaggg aaccggcgag 240
agggcgaacg gcacacggaa cgagacacgg ccagacccac gggaggcagc agggggaaag 300
cgcaaggggg caacccgacg cagcaaaccg cggaggaaga aggcggacga aagccgaggg 360
gaagaagaag acggacccaa gaggaagccc ggcaacacgg ccagcagccg cggaaacgag 420
gggacaagcg gccggaagac gggcgaaagg gcgcgaggcg gcaaagcgag gaaaggaccg 480
gccaaccggg aaggcaggaa acggagacga gaggagaggc aagggaacca ggagcgggaa 540
agcgagaaag gaggaacacc agggcgaagg cggcgcggac aaaacgacgc gagggcgaaa 600
gcgggggagc gaacaggaag aacccggagc cacgccgaaa cgagaagcag ggggggaaac 660
caggccgcag aacacaaaag caccgccggg gagacgaccg caagggaaac caaaggaaga 720
cggggacccg cacaagcagc ggagcaggga acgaagcaac gcgaagaacc accaggcgac 780
acccgacgag ccagagaagg aagcccggga acagagagac agggggcagg gcgcagccgg 840
cggagagggg aagcccgcaa cgagcgcaac cccgccaggc cagcaaaggg gcaccagagg 900
gacgccgaga caaacggagg aaggggggac gacgcaaaca cagccccaga ccgggcacac 960
acggcacaag gcgaacagag ggccgcgaag ccgcgaggga agcaaaccca aaacagaccc 1020
agcggagcag gcgcaaccgc cgcagaaggg aggcagaacg cggacagaag ccgcgggaag 1080
cgcccgggcg acacaccgcc cgcacaccac gagagggcaa cacccgaagc cggagagaac 1140
cgaaggacca gcagcgaagg ggggcagaag ggggaagcga acaaggagcc gacggaaggg 1200
cggcggacac ccc 1213
<210> 60
<211> 1193
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 60
agaagaggac cggccaggag aacgcagcac aggcaacaca gcaagcgagg ggcagcaggc 60
agcgcaaggc gaggcgaccg gcgcacgggg agaacacgac caaccgccgc accggccagc 120
ccgaaaggaa gaaaccagga gggacagagc acagccgcag aaaaggaccg gagacgaggg 180
gagcgccaag aagaggcggg gaacggccca ccagcaacga ggaaggggcg agaggaaggc 240
ccccacagga acgagacacg gccaaaccca cgggaggcag caggaggaaa ggcaagggcg 300
aggccgaacc agccaagagc ggaaggagac gcccagggga aaccaaaagg aaaaagcggg 360
agcaacccgg cagacagaaa aggacggcaa cccggccagc agccgcggaa acggaggacc 420
gagcgaccgg aagggaaagg gagcgagagg agaagcaggg aaaggcggcc aaccgaaaag 480
caggaacgga gcgaggcagg aggcaggcgg aacggggagc gggaaagcag aacacgaaga 540
acccgagcga aggcagccgc aagcgcaacg acagaggccg aaagggggac aaacaggaag 600
aacccggagc cacacggaaa cgagaaaccg cggcgaaacg gcaagcggcc aagcgaaagc 660
gaagaccacc ggggagacgc cggcaacggg aaaccaaagg aagacggggg cccgcacaag 720
cggaggaaca gggaacgaga acgcgaggaa ccacccgggc aaagcaccga agaccggaaa 780
cggcagcagc aaagcgaggg aagggcgcag ggcgcagccg gccggagggc ggcaaggcca 840
aacgagcgca acccggcaga caacagggag cgaggaccga caagacgcca cgaagaggag 900
gaagggggga gacgcaaaca gcacggccca cgccggggca cacacggaca aggggggaca 960
gagggccgca ccacgcgagg gagccaaccc aaaacccccc agcggacgga gcgcaacccg 1020
acccacgaag cggacgcaga acgcgcacag ccacggcgcg ggaaacgccc gggccgacac 1080
accgcccgca agccagggag ccgggggacc gaaggcgaac cgcgaggacg cccagggaaa 1140
acgggacggg gcaagcgaac aaggagccga ccggaagggc ggcggaacac ccc 1193
<210> 61
<211> 1191
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 61
cgaagaggac cggccaggag aacgcagcga caggcaacac agcaagcgag gggcagcagg 60
aagagcaaac gcggcgaccg gcgcacgggg agaacgcgag caaccaccac agagggggaa 120
acccggcgaa agcggacaaa ccgcaaaaac aggggcccgc agggaaagaa agaagcgaag 180
agggcagcgc caagaagggg aggaacggcc accaagccga ggaaggggcg agaggaaggc 240
ccccacacgg acgagacacg gaccagaccc acgggaggca gcaggaggaa aggcaagggc 300
gagagccgaa ccagccaagc gcggaaggag aaggacaggc gaaaccaagg ggaaaaaggc 360
aggacggccg gagacccaga aaaggacggc aacccggcca gcagccgcgg aaacggagga 420
ccgagcgacc ggaagggaaa ggggcgaggg gcaagcagcg ggaaaggggc caaccaaaaa 480
gccggaaacg gagggcgaga agaggaggcg gaagcgggga gcgggaaagc aagaacacgc 540
agaacccaag cgaaggcagc acaaacaaac gacacgaagc acgaaagcgg gggacaaaca 600
ggaagaaccc ggagccacgc agaaacgaga acaggaggcg aacacagaag ccacagcgaa 660
agcgaagaac caccggggag acgccggcaa cgggaaacca aaggaagacg ggggcccgca 720
caagcggagg aacagggaac gagaacgcga ggaaccaccc ggggaacgaa ggaccggagg 780
gaaacaccca gcaaagcaaa cgagggcgca gggcgcagcc ggccggaggg cggcaaggcc 840
aaacgagcgc aacccacaga caacaggcga gcgaggacca aagagacgcc agcgaagcgg 900
aggaaggggg gagacgcaaa cagcacggcc cacaccgggg cgacacacgg acaagggggg 960
acaaagggca gcaccggcga caggagcaac ccaaacccca ccagcggacg aagcgcaacc 1020
cgaccggaag cggacgcaga acgcgcacag ccaggcgcgg gaaacgcccg ggccgacaca 1080
ccgcccgcaa gccagggagg ggggaccaaa gccgaaccgc aaggacggcc agggaaaacc 1140
gagacggggc aagcgaacaa ggagccgacc ggaagggcgg cggaacaccc c 1191
<210> 62
<211> 1224
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 62
aagaagagga ccggccagga cgaacgcggc ggcgcgccaa cacagcaagc gaacggagcg 60
ccgaagcgga ggaagagagc agcagggcga acggggagaa cacggagcaa ccgcccaggg 120
gggacaacag gaaacgaagc aaaccgcaaa gaccacaggc gcaggcacag gggcaaagga 180
accgcgaaag agggccgcgc cgaagcagag ggaggaacgg cccaccaggc gacgacggag 240
ccggacgaga gggaacggcc acagggacga gacacggccc agacccacgg gaggcagcag 300
ggggaaagca caagggggaa acccgagcag cgacgccgcg ggaggaagaa ggccggagaa 360
acccgcccag gggacgaaag acggacccgg gaggaagcac cggcaacacg gccagcagcc 420
gcggaaaacg aggggcaagc ggccggaaac ggggaaaggg agcgcaggcg gaggcaaggg 480
gaggaaacag ggccaaccca aaagccaaaa cgcagcgagg ggagaggagg cggaacccgg 540
gagcggggaa gcgagaacgg gaggaacacc agggcgaagg cggccacggg cacaacgacg 600
cgaggccgaa agcagggagc aaacaggaag aacccggagc cagccgaaac gagaacaggg 660
gggaggagac cccccggccg cagaacacaa aagaaccacc ggggagacga ccgcaaggga 720
aaccaaagga agacgggggc ccgcacaagc agggagaggg aacgaagcaa cgcgaagaac 780
caccaggcga cacggagcaa ccaagagaag ggaagcccgg gacaccagac agggggcagg 840
gcgcagccgg cggagagggg aagcccgcaa cgagcgcaac ccacgagaca cgcaagagga 900
ccagcgagac gccggacaaa acggaggaag gggggagacg caaacacagc ccagaccggg 960
cacacacgac acaaggcaaa cagagagaag cgaaccgcga ggggagcaaa cccacaaaaa 1020
agccagcgga cgcaggcgca acccgccgcg gaagccggaa gcagaacgcg gacagcagcc 1080
gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc gcacaccaga gagccggggg gacccgaagc 1140
ggagcaaccg caaggaggac gccgccgaag gaaaacggga gggggaagcg aacaaggagc 1200
cgacggaagg gcggcggaca cccc 1224
<210> 63
<211> 1186
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 63
agaagaggac cggccaggag aacgcagcac aggcaacaca gcaagcgagg ggcagcagaa 60
cagcgcaagg aggcgaccgg cgcacgggga gaacacgacc aaccgccgag accggggaag 120
cccgaaagaa agaaaacccg aggcaagccc gcaggggaac aaaagaacgg cacgagggga 180
gcgccaaggg ggcggggaac ggcccaccaa gcccgaggaa ggggcgagag gaaggccccc 240
acaggaacga gacacggcca aacccacggg aggcagcagg aggaaaggca aggacgagag 300
cgaaccagcc aagagcggaa ggagacgccc aggggaaacc aacgggaaaa aggaggcacg 360
ggccgagacc gagaaaagga cggcaacccg gccagcagcc gcggaaacgg aggaccgagc 420
gaccggaagg gaaagggagc gaggcggacg caagcaggga aaggcggcca accgaaaagc 480
aggaacgggg cgagacagag aggcaggcgg aacggggagc gggaaagcag aacacgaaga 540
acccgagcga aggcagccgc ggacgaacga cgcgagccga aagggggaca aacaggaaga 600
acccggagcc acacagaaac gagaaaccgc ggcgaaacag aagcggccaa gcgaaagcga 660
agaccaccgg ggagacgccg gcaacgggaa accaaaggaa gacgggggcc cgcacaagcg 720
gaggaacagg gaacgagaac gcgaggaacc acccgggcga agcaacgaag agggagacag 780
cagccgcaag gcagggaagg gcgcagggcg cagccggccg gagggcggca aggccaaacg 840
agcgcaaccc acgaagacca cagggagcgg ggaccgcgag acgccgcgaa gaggaggaag 900
gggggagacg caaacagcac ggcccacgcc ggggcacaca cggacaaggg gggacagaag 960
gcagcacacg gcgacggagc aacccgaaag cccccagcgg aggagcgcaa cccgacccag 1020
aagcggacgc agaacgcgca cagccacggc gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc 1080
gcaagccaga aagccggggg accgaaggcg aaccgcaagg agcgcccagg gaaaacggga 1140
ggggcaagcg aacaaggagc cgaccggaag ggcggcggaa cacccc 1186
<210> 64
<211> 1241
<212> РНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> синтетический полинуклеотид
<400> 64
aggagaggac cggccaggac gaacgcggcg gcggccaaca cagcaagcga acggagaaac 60
ggagaacagg gcgaacgggg agaacgcgag gcaaccaccc agacggggac aacaccgaaa 120
ggaggcaaac cggaggacac gccgcaggca ggagaagaaa gaggcccaca agaagcacgc 180
aaaggagggc cgcgcgaagc agggaggaac ggacaccaag gcgagacaga gccggcgaga 240
ggagaacggc cacagggacg agacacggcc caaacccacg ggaggcagca gggggaaccc 300
gcaaggacga aagcgacgga gcaacgccgc ggaggagaag gacggcgaaa gccggagacg 360
aacggcaggg gaacaagcag caagacggag aaacgaggaa gccacggcaa cacggccagc 420
agccgcggaa acgaggggcg agcggccgga aagggcgaaa gagcagaggc ggcaaaagcg 480
agcggaaaag cggggccaac cccgaggcgc ggaaacgagg cgaggcagga gaggaaaggg 540
gaacccagga gcgggaaagc gagaagggag gaacaccagg gcgaaggcgc ccggacggcg 600
acgcgagagc gaaagccagg gagcgaacgg gaagaacccc ggagccggcc gaaacgaggg 660
acagggagga ggacgacccc cggccggaga acgcaaaaga ccccgccggg gagacggccg 720
caagggaaac caaaggaaga cgggggcccg cacaagcggg gagagggaac gacgcaacgc 780
gaagaaccac caaggcgaca gagaacgcca gagaagagac cccggggaca agaaaacagg 840
gggcaggcgc gcagccggcg gagaggggaa gcccgcaacg agcgcaaccc caccagacca 900
gcaagaaagg gggaccaggg agacgccagg gacaaccgga ggaaggcggg gagacgcaag 960
cacagcccca gcgggcacac acgacacaag gcggaaacag agggaagcga agccgcgagg 1020
cagagcaaac cccagaaacc cgaccagcgg acgcaggcgc aacccgccgc ggaagcggaa 1080
cgcagaacgc aggcagcaac gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc gcacaccacg 1140
aaagggaaca cccgaagccg ggaggaacca aggagccagc cgcaaggggg gccgagaggg 1200
ggaagcgaac aaggagccga cggaagggcg gcggacaccc c 1241
<---