СПОСОБЫ И ФАРМАЦЕВТИЧЕСКИЕ КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ УСИЛЕНИЯ CD8+ T-КЛЕТОЧНЫХ ИММУННЫХ ОТВЕТОВ У СУБЪЕКТОВ, СТРАДАЮЩИХ ОТ РАКА

1. Способ увеличения количества инфильтрирующих опухоль CD8+ Т-клеток у пациента, страдающего от рака, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества ингибитора NRP-1.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что ингибитор NRP-1 представляет собой антитело, имеющее аффинность связывания с NRP-1, в частности антитело, которое связывается с доменом NRP-1, антитело, имеющее аффинность связывания с областью NRP-1, которая связывается с семафорином 3A или антитело, имеющее аффинность связывания с аминокислотной последовательностью от аминокислотного остатка в положении 1 до аминокислотного остатка в положении 280 SEQ ID NO: 1.
3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что антитело не ингибирует связывание VEGF с NRP-1.
4. Способ по п. 2, отличающийся тем, что анти-NRP1 антитело включает:
вариабельный домен легкой цепи, содержащий следующие аминокислотные последовательности области, определяющей комплементарность, (CDR): VL-CDR1 (RASQSISSYLA; SEQ ID NO: 3), VL-CDR2 (GASSRAS; SEQ ID NO: 4) и VL-CDR3 (QQYMSVPIT; SEQ ID NO: 5) и
вариабельный домен тяжелой цепи, содержащий следующие аминокислотные последовательности CDR: VH-CDR1 (GFSFSSEPIS; SEQ ID NO: 6), VH-CDR2 (SSITGKNGYTYYADSVKG; SEQ ID NO: 7) и VH-CDR3 (WGKKVYGMDV; SEQ ID NO: 8).
5. Способ по п. 2, отличающийся тем, что анти-NRP1 антитело включает последовательность вариабельного домена легкой цепи SEQ ID NO: 9 и/или последовательность вариабельного домена тяжелой цепи SEQ ID NO: 10.
6. Способ по п. 2, отличающийся тем, что анти-NRP1 антитело перекрестно конкурирует за связывание с изоформой NRP-1 с антителом, которое включает:
вариабельный домен легкой цепи, содержащий следующие аминокислотные последовательности области, определяющей комплементарность, (CDR): VL-CDR1 (RASQSISSYLA; SEQ ID NO: 3), VL-CDR2 (GASSRAS; SEQ ID NO: 4) и VL-CDR3 (QQYMSVPIT; SEQ ID NO: 5) и
вариабельный домен тяжелой цепи, содержащий следующие аминокислотные последовательности CDR: VH-CDR1 (GFSFSSEPIS; SEQ ID NO: 6), VH-CDR2 (SSITGKNGYTYYADSVKG; SEQ ID NO: 7) и VH-CDR3 (WGKKVYGMDV; SEQ ID NO: 8).
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что ингибитор NRP-1 состоит из полипептида, который включает c-домен NRP-1; полипептида, который содержит трансмембранный домен NRP-1, или полипептида, который содержит аминокислотную последовательность, которая варьируется от аминокислотного остатка в положении 1 до аминокислотного остатка в положении 280 SEQ ID NO: 1.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что ингибитор NRP-1 является ингибитором экспрессии NRP-1.
9. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества ингибитора NRP-1.
10. Способ по п. 9, включающий i) количественную оценку плотности CD8+ Т-клеток в образце опухолевой ткани, полученной от пациента; ii) сравнение плотности, количественно определенной на стадии i), с предварительно определенным референсным значением и iii) введение пациенту терапевтически эффективного количества ингибитора NRP-1.
11. Способ повышения эффективности ингибитора иммунной контрольной точки, вводимого пациенту как часть схемы лечения, включающий введение пациенту фармацевтически эффективного количества ингибитора NRP-1 в комбинации с ингибитором иммунной контрольной точки.
12. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективной комбинации ингибитора иммунной контрольной точки с ингибитором NRP-1, при этом введение комбинации приводит к повышенной терапевтической эффективности по сравнению с введением только ингибитора иммунной контрольной точки.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что ингибитор иммунной контрольной точки представляет собой антитело, выбранное из группы, состоящей из анти-CTLA4 антител, анти-PD-1 антител, анти-PD-L1 антител, анти-PD-L2 антител, анти-TIM-3 антител, анти-LAG3 антител, анти-B7H3 антител, анти-B7H4 антител, анти-BTLA антител и анти-B7H6 антител.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что анти-PD-1 антитело представляет собой ниволумаб или пембролизумаб.
15. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества мультиспецифического антитела, содержащего по меньшей мере один сайт связывания, который специфически связывается с PD-1, и по меньшей мере один сайт связывания, который специфически связывается с NRP-1.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что мультиспецифическое антитело представляет собой биспецифическое антитело.
17. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества ингибитора NRP-1 в комбинации с противораковой вакциной.
18. Способ прогнозирования того, достигнет ли пациент, страдающий от онкологического заболевания, ответа с помощью ингибитора иммунной контрольной точки, включающий i) определение уровня экспрессии NRP-1 или семафорина 3A в образце опухоли от пациента и ii) сравнение уровня экспрессии, определенного на стадии i), с заранее определенным референсным значением и iii) заключение о том, что пациент достигнет ответа с помощью ингибитора иммунной контрольной точки, когда уровень экспрессии, определенный на стадии i), ниже, чем заранее определенное референсное значение, или заключение, что пациент не достигнет ответа с помощью ингибитора иммунной контрольной точки, когда уровень экспрессии, определенный на стадии i), выше, чем заранее определенное референсное значение.
19. Способ по п. 18, который дополнительно включает определение уровня экспрессии CD8.
20. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий: i) определение уровня экспрессии NRP-1 или семафорина 3A в образце опухолевой ткани, полученном от пациента, ii) сравнение уровня экспрессии, определенного на стадии i), с заранее определенным референсным значением и iii) введение пациенту ингибитора иммунной контрольной точки, когда уровень экспрессии, определенный на стадии i), ниже, чем заранее определенное референсное значение.
21. Мультиспецифическое антитело, содержащее по меньшей мере один сайт связывания, который специфически связывается с PD-1, и по меньшей мере один сайт связывания, который специфически связывается с NRP-1.
22. Мультиспецифическое антитело по п. 21, которое представляет собой биспецифическое антитело.
23. Мультиспецифическое антитело по п. 21, содержащее первый сайт связывания, который специфически связывается с NRP-1, который включает вариабельный домен легкой цепи, содержащий следующие аминокислотные последовательности области, определяющей комплементарность, (CDR): VL-CDR1 (RASQSISSYLA; SEQ ID NO: 3), VL-CDR2 (GASSRAS; SEQ ID NO: 4) и VL-CDR3 (QQYMSVPIT; SEQ ID NO: 5) и вариабельный домен тяжелой цепи, содержащий следующие аминокислотные последовательности CDR: VH-CDR1 (GFSFSSEPIS; SEQ ID NO: 6), VH-CDR2 (SSITGKNGYTYYADSVKG; SEQ ID NO: 7) и VH-CDR3 (WGKKVYGMDV; SEQ ID NO: 8).
24. Мультиспецифическое антитело по п. 21, включающее первый сайт связывания, который специфически связывается с NRP-1 и который включает последовательность вариабельного домена легкой цепи (VL) SEQ ID NO: 9 и последовательность вариабельного домена тяжелой цепи (VH) SEQ ID NO: 10.
25. Мультиспецифическое антитело по п. 21, включающее второй сайт связывания, который специфически связывается с PD-1 и который включает домен VH SEQ ID NO: 11 и домен VL SEQ ID NO: 12.
26. Мультиспецифическое антитело по п. 21, включающее второй сайт связывания, который специфически связывается с PD-1 и который включает домен VH SEQ ID NO: 15 и домен VL SEQ ID NO: 16.
27. Мультиспецифическое антитело по п. 21, включающее:
первый сайт связывания, который специфически связывается с NRP-1 и который включает последовательность вариабельного домена легкой цепи (VL) SEQ ID NO: 9 и последовательность вариабельного домена тяжелой цепи (VH) SEQ ID NO: 10 и,
второй сайт связывания, который специфически связывается с PD-1 и который включает домен VH SEQ ID NO: 11 и домен VL SEQ ID NO: 12.
28. Мультиспецифическое антитело по п. 21, включающее:
первый сайт связывания, который специфически связывается с NRP-1 и который включает последовательность вариабельного домена легкой цепи (VL) SEQ ID NO: 9 и последовательность вариабельного домена тяжелой цепи (VH) SEQ ID NO: 10 и,
второй сайт связывания, который специфически связывается с PD-1 и который включает домен VH SEQ ID NO: 15 и домен VL SEQ ID NO: 16.
29. Мультиспецифическое антитело по п. 21 для применения при лечении рака.
30. Популяция клеток, сконструированная для экспрессии химерного антигенного рецептора (CAR), при этом экспрессия NRP-1 в указанных клетках подавлена.
31. Популяция клеток по п. 30, отличающаяся тем, что клетки выбраны из группы, состоящей из Т-клеток, таких как клетки, инфильтрирующие опухоль (TILs), CD4+ Т-клетки или CD8+ Т-клетки и стволовые клетки.
32. Популяция клеток по п. 30, отличающаяся тем, что экспрессия по меньшей мере одного белка иммунной контрольной точки также подавлена.
33. Способ получения клетки, экспрессирующей CAR, включающий стадии, состоящие из i) введения нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в клетку и ii) обеспечения контактирования клетки с эндонуклеазной системой для подавления экспрессии NRP-1.
34. Способ по п. 33, включающий стадии, состоящие из i) введения нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в клетку и ii) обеспечения контактирования клетки с белком Cas и по меньшей мере с одной молекулой направляющей РНК (gRNA), содержащей последовательность, нацеленную на NRP-1 и последовательность, которая способна связываться с белком Cas.
35. Способ по п. 34, который дополнительно включает обеспечение контактирования с клеткой по меньшей мере одной молекулы направляющей РНК, которая включает последовательность, нацеленную на ген, кодирующий белок иммунной контрольной точки (например, PD-1, CTLA-4…).
36. Способ лечения рака у нуждающегося в этом пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества популяции Т-клеток по п. 31.