СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ПРИСУТСТВИЯ ИЛИ ОТСУТСТВИЯ АГРЕССИВНОГО РАКА ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

1. Способ на основе составленной с избыточностью комбинации данных для проверки присутствия или отсутствия агрессивного рака предстательной железы (РСа) у индивидуума, включающий этапы:
1) получения у указанного индивидуума по меньшей мере одного биологического образца;
2) анализа в указанном биологическом образце
a. категории биомаркеров РСа посредством определения присутствия или концентрации каждого из множества биомаркеров РСа из указанной категории биомаркеров РСа; и
b. категории SNP, ассоциированных с РСа, (SNPpc), посредством определения присутствия или отсутствия каждого из множества SNPpc из указанной категории SNPpc;
3) комбинирования данных, относящихся к указанной категории биомаркеров РСа, с получением комбинированного значения для биомаркеров, представляющего ассоциированный с биомаркерами РСа риск развития РСа;
4) комбинирования данных, относящихся к указанной категории SNPpc, с получением комбинированного значения для SNPpc, представляющего ассоциированный с SNPpc риск развития РСа, где способ при получении комбинированного значения для SNPpc позволяет пренебречь подмножеством по меньшей мере из 5% SNPpc из категории SNPpc;
5) комбинирования комбинированного значения для биомаркеров и комбинированного значения для SNPpc с получением общего комбинированного значения;
6) определения корреляции указанного общего комбинированного значения с присутствием или отсутствием агрессивного РСа у указанного индивидуума посредством сравнения указанного общего комбинированного значения с предопределенным пороговым значением, установленным с использованием контрольных образцов диагноза известного агрессивного РСа и заболевания с доброкачественным течением.
2. Способ по п. 1, где этап 2(a) включает определение присутствия или концентрации по меньшей мере частично избыточных биомаркеров РСа и где по меньшей мере один, например, два, биомаркера РСа выбраны из группы, состоящей из (i) PSA, (ii) общего PSA (tPSA), (iii) интактного PSA (iPSA), (iv) свободного PSA (fPSA) и (v) hK2.
3. Способ по п. 2, где способ при получении указанного комбинированного значения для биомаркеров позволяет пренебречь подмножеством по меньшей мере из одного из указанных биомаркеров РСа (i)-(v) из категории биомаркеров РСа, такого как подмножество из одного, двух, трех или четырех из указанных биомаркеров РСа (i)-(v).
4. Способ по п. 1, где способ при получении комбинированного значения для SNPpc позволяет пренебречь по меньшей мере 10%, например, 15%, например, 20%, например, 30% из SNPpc из категории SNPpc.
5. Способ по п. 1, где данные, относящиеся к указанной категории биомаркеров РСа, комбинируют в соответствии с предопределенным уравнением с получением указанного комбинированного значения для биомаркеров.
6. Способ по п. 1, где данные, относящиеся к указанной категории SNPpc, комбинируют в соответствии с предопределенным уравнением с получением указанного комбинированного значения для SNPpc.
7. Способ по п. 1, где указанное комбинированное значение для биомаркеров и указанное комбинированное значение для SNPpc комбинируют в соответствии с предопределенным уравнением с получением указанного общего комбинированного значения.
8. Способ по п. 1, дополнительно включающий рекомендацию биопсии индивидууму, если общее комбинированное значение превышает пороговое значение.
9. Способ по п. 1, дополнительно включающий рекомендацию индивидууму изменить привычную диету для потери массы, достижения значения BMI ниже 30, регулярной физической нагрузки и/или прекращения курения, если общее комбинированное значение превышает пороговое значение.
10. Способ по п. 1, где SNPpc включают по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
11. Способ по п. 1, дополнительно включающий анализ категории SNP, ассоциированных с концентрацией биомаркеров РСа, (SNPbm), посредством определения присутствия или отсутствия по меньшей мере одного SNPbm; посредством комбинации данных, относящихся к указанным SNPbm, с получением комбинированного значения для SNPbm и включением указанного комбинированного значения для SNPbm в указанное общее комбинированное значение.
12. Способ по п. 11, где по меньшей мере один SNPbm включает по меньшей мере один из rs3213764, rs1354774, rs1227732, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
13. Способ по п. 1, дополнительно включающий анализ категории SNP, ассоциированных с индексом массы тела указанного индивидуума, (SNPbmi), посредством определения присутствия или отсутствия по меньшей мере одного SNPbmi; посредством комбинации данных, относящихся к указанным SNPbmi, с получением комбинированного значения для SNPbmi и включением указанного комбинированного значения для SNPbmi в указанное общее комбинированное значение.
14. Способ по п. 13, где по меньшей мере один SNPbmi включает по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
15. Способ по п. 1, дополнительно включающий сбор у указанного индивидуума семейного анамнеза в отношении РСа, истории лечения и данных физического обследования; где указанный семейный анамнез, историю лечения и/или данные физического обследования включают в комбинированные данные, получая указанное общее комбинированное значение.
16. Способ по п. 2, дополнительно включающий анализ дополнительной категории биомаркеров РСа посредством определения присутствия или концентрации одного или каждого из множества биомаркеров РСа из указанной дополнительной категории биомаркеров; комбинации данных, относящихся к указанной дополнительной категории биомаркеров РСа, с получением дополнительного комбинированного значения для биомаркеров для указанной дополнительной категории биомаркеров РСа и включением указанного дополнительного комбинированного значения для биомаркеров в общее комбинированное значение; где комбинация данных для получения дополнительного комбинированного значения для биомаркеров составлена с избыточностью, где дополнительная категория биомаркеров РСа содержит более одного биомаркера РСа.
17. Способ по п. 16, где дополнительная категория биомаркеров РСа содержит биомаркер MIC-1 и необязательно другие родственные MIC-1 биомаркеры или биомаркер MSMB и необязательно другие родственные MSMB биомаркеры.
18. Способ по п. 1, где указанный биологический образец представляет собой образец крови.
19. Способ по п. 12, где указанное общее комбинированное значение рассчитывают способом, в котором используют неаддитивный эффект SNPbm и соответствующей концентрации биомаркеров РСа.
20. Способ по п. 1, где значение BMI указанного индивидуума составляет 25.
21. Способ по п. 1, где определение присутствия или отсутствия указанного SNPs проводят с использованием масс-спектрометрии MALDI.
22. Способ по п. 1, где определение присутствия или концентрации указанных биомаркеров РСа проводят с использованием технологии микропанелей.
23. Способ по п. 1, где определение присутствия или отсутствия SNP включает определение количества аллелей указанного SNP.
24. Устройство для анализа для проведения этапов 2а и 2b по п. 1, содержащее твердую фазу с иммобилизованными на ней по меньшей мере двумя различными категориями лигандов, где:
- первая категория указанных лигандов специфически связывается с биомаркером РСа и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества различных биомаркеров РСа, предпочтительно по меньшей мере одним из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2 и необязательно MSMB и/или MIC-1; и
- вторая категория указанных лигандов специфически связывается с SNPpc и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества различных SNPpc, таких как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 или rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
25. Устройство для анализа по п. 24 для проведения способа по п. 11, где твердая фаза дополнительно содержит третью категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbm и включает один или множество различных лигандов, специфически связывающихся с одним или каждым из множества различных SNPbm, таких как по меньшей мере один из rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
26. Устройство для анализа по п. 24 или 25 для проведения способа по п. 13, где твердая фаза дополнительно содержит четвертую категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbmi и включает один или множество различных лигандов, специфически связывающихся с одним или множеством из различных SNPbmi, таких как по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
27. Набор для тестирования для проведения этапов 2а и 2b по п. 1, содержащий устройство для анализа по п. 24 и по меньшей мере две категории детектирующих молекул, где:
- первая категория указанных детектирующих молекул способна к детекции биомаркера РСа, предпочтительно по меньшей мере одного из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2 и необязательно MSMB и/или MIC-1; и
- вторая категория указанных детектирующих молекул способна к детекции SNPpc, таких как по меньшей мере один из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 или rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
28. Набор для тестирования по п. 27, содержащий устройство для анализа по п. 25 и третью категорию детектирующих молекул, способных к детекции SNPbm, таких как по меньшей мере один из rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
29. Набор для тестирования по п. 27 или 28, содержащий устройство для анализа по п. 26 и четвертую категорию детектирующих молекул, способных к детекции SNPbmi, таких как по меньшей мере один из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
30. Устройство для анализа, содержащее твердую фазу с иммобилизованными на ней по меньшей мере двумя различными категориями лигандов, где:
- первая категория указанных лигандов специфически связывается с биомаркерами РСа и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества различных биомаркеров РСа, выбранных по меньшей мере из одного из PSA, iPSA, tPSA, fPSA и hK2 и необязательно MSMB и/или MIC-1; и
- вторая категория указанных лигандов специфически связывается с SNPpc и включает множество различных лигандов, специфически связывающихся с каждым из множества различных SNPpc, выбранных по меньшей мере одного из rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449 или rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 и rs138213197.
31. Устройство для анализа по п. 30, где твердая фаза дополнительно содержит третью категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbm и включает один или множество различных лигандов, специфически связывающихся с одним или каждым из множества различных SNPbm, выбранных по меньшей мере одного из rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663 и rs1054564.
32. Устройство для анализа по пп. 30 или 31, где твердая фаза дополнительно содержит четвертую категорию иммобилизованных лигандов, которая специфически связывается с SNPbmi и включает один или множество различных лигандов, специфически связывающихся с одним или каждым из множества различных SNPbmi, выбранных по меньшей мере одного из rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397 и rs1558902.
33. Компьютерный программный продукт, непосредственно загружаемый во внутреннюю память цифрового компьютера, характеризующийся тем, что указанный компьютерный программный продукт включает средства программного кода для выполнения по меньшей мере этапов 3, 4 и 5 по п. 1, таких как этапы 1-6 по п. 1.
34. Компьютерный программный продукт по п. 33, дополнительно включающий средства программного кода для проведения способа по п. 11.
35. Компьютерный программный продукт по п. 33 или 34, дополнительно включающий средства программного кода для проведения способа по п. 13.
36. Устройство, содержащее устройство для анализа по п. 30 и компьютерный программный продукт по п. 33, или устройство для анализа по п. 31 и компьютерный программный продукт по п. 34, или устройство для анализа по п. 32 и компьютерный программный продукт по п. 35.