СПОСОБЫ КЛАССИФИКАЦИИ ОПУХОЛЕЙ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ С РАЗБИЕНИЕМ НА ПОДТИПЫ

1. Способ (10) анализа нарушений, наблюдаемых при раке молочной железы, включающий определение статуса геномного метилирования одного или более динуклеотидов CpG в последовательности, выбранной из группы последовательностей, состоящей из SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:600, в котором осуществляют следующие стадии:
а. выбор (100) подгруппы признаков, содержащей, по меньшей мере, один пункт из классификационного списка на основе метилирования согласно SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:600;
b. определение (110) статуса метилирования одного или более динуклеотидов CpG в ДНК индивидуума, соответствующего подгруппе признаков; и
с. статистический анализ (120) классификационного списка на основе метилирования, таким образом, получая категорию рака молочной железы индивидуума.
2. Способ по п.1, в котором дополнительно осуществляют следующие стадии:
d. классификация (130) индивидуума как относящегося к одному из пяти основных подтипов рака молочной железы.
3. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют (110) для подгруппы последовательностей, где конкретную подгруппу выбирают из таблицы 2, 3А или 3В.
4. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют (110) для подгруппы последовательностей, определенной выбором (100) подгруппы признаков.
5. Способ по п.4, в котором выбор подгруппы признаков (100) представляет собой генетический алгоритм с иерархической кластеризацией.
6. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют (110) для подгруппы последовательностей, определенной по результату выбора (100) подгруппы признаков.
7. Способ по п.6, в котором итогом выполнения выбора (100) подгруппы признаков является расчет встречаемости каждого признака в подгруппах признаков и парных появлений последовательностей, выбранных из группы последовательностей, состоящей из SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:600.
8. Способ по п.7, в котором встречаемость каждого признака в подгруппах признаков и парные появления последовательностей имеют величину 45.
9. Способ по п.7, в котором встречаемость каждого признака в подгруппах признаков и парные появления последовательностей имеют величину 60.
10. Способ по п.1 или 2, в котором статус метилирования определяют (110) с помощью одного или более способов, выбранных из группы:
а. бисульфитное секвенирование;
b. пиросеквенирование;
c. чувствительный к метилированию одноцепочечный конформационный анализ (MS-SSCA);
d. анализ плавления высокого разрешения (HRM);
e. чувствительное к метилированию однонуклеотидное удлинение праймера (MS-SnuPE);
f. нуклеотид-специфическое расщепление/MALDI-TOF;
g. специфичная к метилированию ПЦР (MSP);
h. способы на основе микрочипов и
i. расщепление с помощью msp I.