СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ HNL

1. Связывающее средство, способное к специфическому связыванию с полипептидным эпитопом HNL, где упомянутый полипептидный эпитоп содержит аминокислоты 141-156 HNL, определенного в SEQ ID NO: 1, или где упомянутый полипептидный эпитоп представляет собой конформационный эпитоп, охватываемый пептидом в соответствии с SEQ ID NO: 26, и причем, необязательно,
связывающее средство, содержащее по меньшей мере одну, две, три, четыре, пять, шесть связывающих эпитоп областей последовательности аминокислот, которые изображены в SEQ ID NO: 8-13, 14-19 и 20-25, или производные упомянутых связывающих эпитоп областей последовательности аминокислот при условии, что эпитоп HNL специфически связывается,
и при этом, необязательно, аффинность связывания составляет по меньшей мере 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 100% или больше по сравнению со специфичностью связывания, достигаемой со связывающими эпитоп областями последовательности аминокислот, которые изображены в SEQ ID NO: 8-13, 14-19 и 20-25.
2. Связывающее средство по п. 1, где упомянутое связывающее средство выбирают из антител, фрагментов или их производных, и причем, необязательно,
тяжелая цепь имеет последовательность, выбранную из группы последовательностей, изображенных в SEQ ID NO: 3, 5 и 7,
и легкая цепь имеет последовательность, выбранную из группы последовательностей, изображенных в SEQ ID NO: 2, 4 и 6,
или его производное при условии, что упомянутое производное специфически связывается с полипептидным эпитопом HNL, упомянутым в любом из предшествующих пунктов.
3. Диагностическая композиция, содержащая связывающее средство, определенное в п. 1 или 2.
4. Диагностический набор, содержащий контейнеры, содержащие связывающее средство, упомянутое в любом из предшествующих п.п., необязательно, инструкции по применению, буферы и устройство для анализа образцов крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты.
5. Способ диагностирования бактериальной инфекции или отличения бактериальной инфекции от вирусной инфекции, отличающийся тем, что образец крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученный от субъекта, который, как полагают, имеет бактериальную или вирусную инфекцию, анализируют на уровень HNL с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4, где упомянутый способ включает
a) инкубирование образца в присутствии упомянутого связывающего средства;
b) необязательно, смывание несвязанного материала образца;
c) измерение уровня HNL в образце от субъекта, который, как полагают, имеет бактериальную или вирусную инфекцию;
d) сравнение уровня HNL, измеренного на этапе c), с контрольным уровнем;
e) диагностирование бактериальной инфекции, когда уровень HNL на этапе c) значительно выше, чем уровень, детектированный в контрольных образцах (i) здоровых субъектов и (iii) пациентов, о которых известно, что они имеют вирусную инфекцию,
и где данный способ, необязательно, дополнительно включает
сравнение уровня HNL, измеренного на этапе c), с одним или несколькими контрольными образцами, полученными от
i) здоровых субъектов,
ii) субъектов, о которых известно, что они имеют бактериальную инфекцию, и
iii) субъектов, о которых известно, что они имеют вирусную инфекцию.
6. Способ исключения бактериальной инфекции у субъекта, включающий
a) измерение концентрации полипептида HNL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта, с использованием связывающего средства, определенного в п.п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п.п. 3 или 4; и
b) исключение бактериальной инфекции у субъекта, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное первое пороговое значение.
7. Способ исключения вирусной инфекции у субъекта, включающий
a) измерение концентрации полипептида HNL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта, с использованием связывающего средства, определенного в п.п. 1или 2, или диагностической композиции или набора по п.п. 3 или 4; и
b) исключение вирусной инфекции у субъекта, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное первое пороговое значение.
8. Способ подтверждения бактериальной инфекции у субъекта, включающий:
a) измерение концентрации полипептида HNL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта, с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4; и
b) подтверждение бактериальной инфекции у субъекта, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное первое пороговое значение.
9. Способ подтверждения вирусной инфекции у субъекта, включающий
a) измерение концентрации полипептида HNL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта, с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4; и
b) подтверждение вирусной инфекции у субъекта, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное первое пороговое значение.
10. Способ различения между бактериальной или смешанной инфекцией и вирусной инфекцией у субъекта, включающий:
a) измерение концентрации полипептида HNL с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4, и CRP, необязательно TRAIL, в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта;
b) применение предварительно определенной математической функции к концентрациям HNL и CRP и, необязательно, TRAIL, для вычисления балльной оценки;
c) сравнение балльной оценки с предварительно определенным эталонным значением.
11. Способ предоставления рекомендаций в отношении лечения субъекту, включающий:
a) измерение концентрации полипептида HNL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта, с использованием связывающего средства, определенного в п. 1или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4; и
b) рекомендацию субъекту принимать лечение антибиотиками, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение;
c) рекомендацию пациенту не принимать лечение антибиотиками, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение; или
d) рекомендацию пациенту принимать противовирусное лечение, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение,
и где данный способ, необязательно, дополнительно включает
на этапе a) дополнительное измерение концентрации полипептида TRAIL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта; и
b) рекомендацию субъекту принимать лечение антибиотиками, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение, и если концентрация TRAIL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение;
c) рекомендацию пациенту не принимать лечение антибиотиками, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение, и если концентрация полипептида TRAIL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение; или
d) рекомендацию пациенту принимать противовирусное лечение, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение, и если концентрация полипептида TRAIL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение.
12. Способ предоставления рекомендаций в отношении диагностического тестирования субъекту, включающий
a) измерение концентрации полипептида HNL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта, с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4; и
b) рекомендацию тестировать образец на присутствие бактерий, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение; или
c) рекомендацию тестировать образец на присутствие вируса, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение,
и где данный способ, необязательно, дополнительно включает
на этапе a) дополнительное измерение концентрации полипептида TRAIL в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта; и
b) рекомендацию тестировать образец на присутствие бактерий, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение, и если концентрация TRAIL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение;
c) рекомендацию тестировать образец на присутствие вируса, если концентрация полипептида HNL, определенная на этапе (a), ниже, чем предварительно определенное пороговое значение, и если концентрация полипептида TRAIL, определенная на этапе (a), выше, чем предварительно определенное пороговое значение.
13. Способ исключения инфекционного заболевания, предпочтительно бактериального или вирусного заболевания, у субъекта, включающий
a) измерение концентрации полипептида HNL с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4, и концентрации полипептида одного или нескольких полипептидов, выбранных из группы, состоящей из TRAIL, IP10, ILIRa или Mac-2BP, в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта;
b) применение предварительно определенной математической функции к измеренным концентрациям полипептидов для вычисления балльной оценки;
c) сравнение балльной оценки с предварительно определенным эталонным значением.
14. Способ идентификации типа инфекции, предпочтительно бактериальной или вирусной инфекции, у субъекта, включающий
a) измерение концентрации полипептида HNL с использованием связывающего средства, определенного в п. 1 или 2, или диагностической композиции или набора по п. 3 или 4 и уровней первой полипептидной детерминанты, выбранной из группы, состоящей из TRAIL, IL1RA, IP10, Mac-2BP, B2M, BCA-1, CHI3L1, эотаксина, IL1a, MCP, CD62L, VEGFR2, CHP, CMPK2, CORO1C, EIF2AK2, ISG15, RPL22L1, RTN3, CD112, CD134, CD182, CD231, CD235A, CD335, CD337, CD45, CD49D, CD66A/C/D/E, CD73, CD84, EGFR, GPR162, HLA-A/B/C, ITGAM, NRG1, RAP1B, SELI, SPINT2, SSEA1, неспецифически связанных с IgG молекул, IL1, I-TAC и TNFR1, в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта; и
b) измерение уровней второй детерминанты, выбранной из группы, состоящей из
(i) полипептидных детерминант TRAIL, IL1RA, IP10, Mac-2BP, B2M, BCA-1, CHI3L1, эотаксина, IL1a, MCP, CD62L, VEGFR2, CHP, CMPK2, CORO1C, EIF2AK2, ISG15, RPL22L1, RTN3, CD112, CD134, CD182, CD231, CD235A, CD335, CD337, CD45, CD49D, CD66A/C/D/E, CD73, CD84, EGFR, GPR162, HLA-A/B/C, ITGAM, NRG1, RAP1B, SELI, SPINT2, SSEA1, неспецифически связанных с IgG молекул, IL1, I-TAC и TNFR1;
(ii) полипептидных детерминант IFITM3, IFIT3, EIF4B, IFIT1, LOC26010, MBOAT2, MX1, OAS2, RSAD2, ADIPOR1, CD15, CD8A, IFITM1 и IL7;
(iii) полипептидных детерминант CRP, SAA, TREM-1, PCT, IL-8, TREM-1 и IL6; или
(iv) неполипептидных детерминант возраста, абсолютного количества нейтрофилов (ANC), абсолютного количества лимфоцитов (ALC), % нейтрофилов (Neu (%)), % лимфоцитов (Lym (%)), % моноцитов (Mono (%)), максимальной температуры, времени, прошедшего после симптомов, креатинина (Cr), калия (K), пульса и мочевины;
c) сравнение уровней HNL, первой и второй детерминант с эталонным значением, посредством чего идентифицируют тип инфекции у субъекта, причем измерение первой и/или второй детерминанты повышает точность идентификации типа инфекции по измерению HNL.
15. Способ идентификации типа инфекции, предпочтительно бактериальной или вирусной инфекции, у субъекта, включающий:
a) измерение концентрации полипептида HNL с использованием связывающего средства, определенного в п.п. 1или 2, или диагностической композиции или набора по п.п. 3 или 4, и уровней одной или нескольких полипептидных детерминант, выбранных из группы, состоящей из ABTB1, ADIPOR1, ARHGDIB, ARPC2, ATP6V0B, Clorf83, CD15, CES1, CORO1A, CSDA, EIF4B, EPSTI1, GAS 7, HERC5, IFI6, KIAA0082, IFIT1, IFIT3, IFITM1, IFITM3, LIPT1, IL7R, ISG20, LOC26010, LY6E, LRDD, LTA4H, MAN1C1, MBOAT2, NPM1, OAS2, PARP12, PARP9, QARS, RAB13, RAB31, RAC2, RPL34, PDIA6, PTEN, RSAD2, SART3, SDCBP, SMAD9, SOCS3, TRIM22, SART3, UBE2N, XAF1, ZBP1, CRP и MX1, в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, полученном от субъекта; и
b) сравнение уровней HNL и одной или нескольких полипептидных детерминант с эталонным значением, посредством чего идентифицируют тип инфекции у субъекта,
и где данный способ, необязательно,
дополнительно включает измерение одной или нескольких неполипептидных детерминант, выбранных из группы, состоящей из возраста, абсолютного количества нейтрофилов (ANC), абсолютного количества лимфоцитов (ALC), % нейтрофилов (Neu (%)), % лимфоцитов (Lym (%)), % моноцитов (Mono (%)), максимальной температуры, времени, прошедшего после симптомов, креатинина (Cr), калия (K), пульса и мочевины.
16. Устройство для диагностирования бактериальных инфекций в образце крови, плазмы, сыворотки, мочи, CSF, костного мозга, слюны или мокроты, содержащее отсек, содержащий связывающее средство по п. 1 или 2, причем упомянутый отсек подходит для приведения в контакт с упомянутым образцом, необязательно содержащее отсек, содержащий химический субстрат, способный к активированию нейтрофилов, присутствующих в образце, до последующего анализа, причем упомянутый отсек содержит отверстие, соединяющее его с упомянутым отсеком, содержащим связывающее средство, необязательно содержащее соединитель для соединения упомянутого устройства с другим устройством для забора образца крови у предполагаемого больного, и/или соединитель для объединения упомянутого устройства с компьютером и/или приспособлением для анализа химических, физических или биологических реакций в упомянутом устройстве, причем упомянутые реакции характерны для взаимодействия HNL и упомянутого связывающего средства, что, также необязательно, позволяет определять уровень HNL в упомянутом образце,
и где, необязательно, данное устройство
дополнительно содержит связывающее средство для одной или нескольких из дополнительных полипептидных детерминант, упомянутых в любом из п. 13, 14 или 15, причем упомянутые реакции характерны для взаимодействия полипептидных детерминант, и что, также необязательно, позволяет определять уровень упомянутых полипептидных детерминант в упомянутом образце, и где, необязательно, данное устройство
выбирают из устройств для исследования по месту лечения, тест-полосок, устройств для радиоиммуноанализа, ELISA, "сэндвич" иммуноанализа, иммунорадиометрического анализа, анализа диффузной преципитации в геле, иммунодиффузионного анализа, иммуноанализа in situ, предпочтительно с использованием коллоидного золота, ферментных или радиоизотопных меток, вестерн-блотов, преципитационного анализа, агглютинационного анализа, предпочтительно агглютинационного анализа в геле или гемагглютинационного анализа, иммунофлюоресцентного анализа, анализа на белок A, иммуноэлектрофоретического анализа и устройств для детектирования аналитов, которые используют магнитное разделение аналитов.