СИНЕРГИЧЕСКИЕ БАКТЕРИАЛЬНЫЕ КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ

1. Композиция, содержащая терапевтически эффективное количество бактериальной композиции, содержащей по меньшей мере первый тип выделенной бактерии, способной образовывать спору, второй тип выделенной бактерии, способной образовывать спору, и необязательно третий тип выделенной бактерии, способной образовывать спору, причем первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактерий не являются идентичными, и при этом
(i) по меньшей мере два из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа могут синергически уменьшить и/или ингибировать рост и/или колонизацию по меньшей мере одним типом патогенных бактерий,
(ii) по меньшей мере один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен образовывать спору, причем по меньшей мере один из первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен уменьшить рост и/или колонизацию по меньшей мере одним типом патогенных бактерий, или
(iii) по меньшей мере первый тип и/или второй тип, и/или необязательный третий тип не являются спорами или их способность образовывать споры не установлена, причем по меньшей мере один из первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен уменьшить рост и/или колонизацию по меньшей мере одним типом патогенных бактерий.
2. Композиция, содержащая эффективное количество бактериальной композиции, содержащей по меньшей мере первый тип выделенной бактерии, второй тип выделенной бактерии и необязательно третий тип выделенной бактерии, отличающаяся тем, что:
(i) указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип независимо способны образовывать спору;
(ii) только один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен образовывать спору; или
(iii) ни один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа не способен образовывать спору,
при этом указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип не являются идентичными, причем указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип способны функционально заселять желудочно-кишечный тракт субъекта-человека, которому вводят указанную композицию.
3. Композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип выбраны из таблицы 1.
4. Композиция по любому из п. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанная композиция содержит комбинацию бактерий, описанных в любой строке таблицы 4а, таблицы 4b, таблицы 14, таблицы 15, таблицы 16, таблицы 17, таблицы 18, таблицы 19, таблицы 20 или таблицы 21.
5. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен уменьшать скорость размножения по меньшей мере одного типа патогенных бактерий, является цитотоксическим по отношению к по меньшей мере одному типу патогенных бактерий или является цитостатическим по отношению к по меньшей мере одному типу патогенных бактерий.
6. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанное функциональное заселение желудочно-кишечного тракта включает предотвращение, лечение, уменьшение степени тяжести или уменьшение одного или более симптомов дисбактериоза желудочно-кишечного тракта.
7. Композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанная патогенная бактерия выбрана из группы, состоящей из Yersinia, Vibrio, Treponema, Streptococcus, Staphylococcus, Shigella, Salmonella, Rickettsia, Orientia, Pseudomonas, Providencia, Proteus, Propionibacterium, Neisseria, Mycoplasma, Mycobacterium, Morganella, Listeria, Leptospira, Legionella, Klebsiella, Helicobacter, Haemophilus, Fusobacterium, Francisella, Escherichia, Ehrlichia, Enterococcus, Coxiella, Corynebacterium, Clostridium, Chlamydia, Chlamydophila, Campylobacter, Burkholderia, Brucella, Borrelia, Bordetella, Bifidobacterium, Bacillus, бактерий с множественной лекарственной устойчивостью, устойчивых к карбапенему Enterobacteriaceae (CRE), устойчивых Enterococci, вырабатывающих бета-лактамазы расширенного спектра действия (ESBL), и устойчивых к ванкомицину Enterococci (VRE).
8. Композиция по п. 1 или 2, отличающаяся тем, что указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактерий представляют собой споры, необязательно споры, способные к прорастанию.
9. Единичная стандартная доза, содержащая композицию по любому из пп. 1-8.
10. Набор, содержащий в одном или более контейнерах: первую очищенную популяцию первого типа бактериальных спор, по существу не содержащую жизнеспособных вегетативных бактериальных клеток; вторую очищенную популяцию второго типа бактериальных спор, по существу не содержащую жизнеспособных вегетативных бактериальных клеток; и необязательно третью очищенную популяцию третьего типа бактериальных спор, по существу не содержащую жизнеспособных вегетативных бактериальных клеток, причем указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактериальных спор не идентичны, и при этом указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактериальных спор, при совместной локализации в целевой области желудочно-кишечного тракта субъекта-человека, нуждающегося в этом, способны функционально заселять желудочно-кишечный тракт.
11. Фармацевтический состав, содержащий эффективное количество композиции по любому из пп. 1-8 и дополнительно содержащий эффективное количество антибактериального агента, противогрибкового агента, противовирусного агента и противопаразитарного агента.
12. Съедобный продукт, который представляет собой пищевой продукт или пищевую добавку, или напиток или добавку к напитку, содержащий первую очищенную популяцию первого типа бактериальных спор, вторую очищенную популяцию второго типа бактериальных спор и необязательно третью очищенную популяцию третьего типа бактериальных спор, при этом указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактериальных спор не являются идентичными, причем указанный съедобный продукт по существу не содержит жизнеспособных вегетативных бактериальных клеток и характеризуется тем, что указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактериальных спор, при введении субъекту-человеку, нуждающемуся в этом, способны функционально заселять желудочно-кишечный тракт субъекта, представляющего собой человека.
13. Композиция, содержащая по меньшей мере первый тип выделенной бактерии, второй тип выделенной бактерии и необязательно третий тип выделенной бактерии, которая характеризуется тем, что:
(i) указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип независимо способны образовывать спору;
(ii) только один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен образовывать спору, или
(iii) ни один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа не способен образовывать спору,
причем указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип не являются идентичными, и при этом по меньшей мере один из первого типа, второго типа и необязательного третьего типа оказывает ингибирующее действие на патогенную бактерию, присутствующую в желудочно-кишечном тракте субъекта, представляющего собой человека, для применения в соответствии со способом ингибирования патогенной бактерии так, что количество патогенных бактерий, присутствующих в желудочно-кишечном тракте, не увеличивается детектируемым образом или уменьшается детектируемым образом в течение определенного периода времени.
14. Композиция для применения по п. 13, отличающаяся тем, что у субъекта-человека диагностирован дисбактериоз желудочно-кишечного тракта.
15. Композиция для применения по п. 13, отличающаяся тем, что у указанного субъекта, представляющего собой человека диагностирована инфекция патогенной бактерией, выбранной из группы, состоящей из Yersinia, Vibrio, Treponema, Streptococcus, Staphylococcus, Shigella, Salmonella, Rickettsia, Orientia, Pseudomonas, Providencia, Proteus, Propionibacterium, Neisseria, Mycoplasma, Mycobacterium, Morganella, Listeria, Leptospira, Legionella, Klebsiella, Helicobacter, Haemophilus, Fusobacterium, Francisella, Escherichia, Ehrlichia, Enterococcus, Coxiella, Corynebacterium, Clostridium, Chlamydia, Chlamydophila, Campylobacter, Burkholderia, Brucella, Borrelia, Bordetella, Bifidobacterium, Bacillus, бактерий с множественной лекарственной устойчивостью, устойчивых к карбапенему Enterobacteriaceae (CRE), устойчивых Enterococci, вырабатывающих бета-лактамазы расширенного спектра действия (ESBL), и устойчивых к ванкомицину Enterococci (VRE).
16. Композиция для применения по любому из пп. 13, 14 или 15, отличающаяся тем, что указанную бактериальную композицию вводят одновременно, перед или после введения i) антибиотика, ii) пребиотика, или iii) комбинации i) и ii).
17. Бактериальная композиция по любому из пп. 1-8 для применения в соответствии со способом функционального заселения желудочно-кишечного тракта субъекта, представляющего собой человека.
18. Композиция для применения по п. 17, отличающаяся тем, указанное функциональное заселение желудочно-кишечного тракта включает предотвращение, лечение, уменьшение степени тяжести или уменьшение одного или более симптомов дисбактериоза желудочно-кишечного тракта.
19. Фармацевтический состав, содержащий эффективное количество композиции по любому из пп. 1-8 и дополнительно содержащий эффективное количество антимикробного агента, для применения в соответствии со способом уменьшения количества патогенных бактерий, присутствующих в желудочно-кишечном тракте субъекта-человека, так, что количество патогенных бактерий, присутствующих в желудочно-кишечном тракте субъекта, представляющего собой человека, снижается в течение приблизительно одного месяца введения фармацевтического состава.
20. Способ получения съедобного продукта, включающий комбинирование съедобного носителя с первой очищенной популяцией, содержащей по меньшей мере первый тип выделенной бактерии, второй очищенной популяцией, содержащей по меньшей мере второй тип выделенной бактерии, и необязательно третьей очищенной популяцией, содержащей по меньшей мере третий тип выделенной бактерии, который характеризуется тем, что:
(i) указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип независимо способны образовывать спору;
(ii) только один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа способен образовывать спору, или
(iii) ни один из указанного первого типа, второго типа и необязательного третьего типа не способен образовывать спору,
причем указанный первый тип, второй тип и необязательный третий тип бактерий не являются идентичными, и при этом указанный съедобный продукт по существу не содержит несъедобных материалов.
21. Композиция по любому из пп. 1-8 для применения в соответствии со способом уменьшения численности патогена в желудочно-кишечном тракте пациента.
22. Композиция по любому из пп. 1-8 для применения в соответствии со способом лечения диареи.
23. Композиция, содержащая сетевое сообщество, выбранное из таблицы 10.
24. Композиция, содержащая бактериальный гетеротример, выбранный из гетеротримера, определенного в таблице 4а, таблице 4b или таблице 12, причем указанный гетеротример может ингибировать рост патобионта в количественном исследовании CivSim.
25. Композиция, содержащая бактериальный гетеротример, выбранный из гетеротримера, определенного в таблице 14, таблице 15, таблице 16, таблице 17, таблице 18, таблице 19, таблице 20 или таблице 21, причем организмы указанного гетеротримера способны наращивать численность и/или приживляться в желудочно-кишечном тракте человека.