СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ТЕРАПЕВТИЧЕСКОЙ ЭФФЕКТИВНОСТИ ЛЕЧЕНИЯ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ И ПРОГНОЗА ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ

1. Способ определения
(i) отвечает ли пациент с онкологическим заболеванием, имеющий опухоль, положительную по опухолевому антигену, на лечение с применением антитела против опухолевого антигена и/или
(ii) будет ли у пациента с онкологическим заболеванием период выживаемости без прогрессирования, предпочтительно у пациента с онкологическим заболеванием, имеющего опухоль, положительную по опухолевому антигену,
причем указанный способ включает определение генотипа для одного или нескольких однонуклеотидных полиморфизмов, выбранных из группы, состоящей из FCGR2A rs1801274, MUC1 rs4072037, IL-10 rs1800896, DNMT3A rs1550117, SMAD4 rs12456284, EGF rs4444903, CDH1 rs16260, ERCC1 rs11615 и FCGR3A rs396991 в образце, полученном из пациента.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [CT] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что наличие гомозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [TT] и/или гомозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [CC] указывает на повышение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером лечения антителом и/или повышение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа MUC1 rs4072037 [AA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером лечения антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа MUC1 rs4072037 [GG] указывает на повышение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или повышение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа IL-10 rs1800896 [GG] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа DNMT3A rs1550117 [GA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа SMAD4 rs12456284 [GA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа EGF rs4444903 [AA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа CDH1 rs16260 [AA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа ERCC1 rs11615 [TT] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа FCGR3A rs396991 [TG] и/или гомозиготного генотипа FCGR3A rs396991 [TT] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
13. Способ по любому из пп. 1-12, отличающийся тем, что опухолевым антигеном является белок CLDN18.2.
14. Способ определения
(i) является ли пациент с онкологическим заболеванием, имеющий CLDN18.2-положительную опухоль, респондером на лечение антителом против белка CLDN18.2 и/или
(ii) будет ли у пациента с онкологическим заболеванием, предпочтительно пациента с онкологическим заболеванием, имеющего CLDN18.2-положительную опухоль, период выживаемости без прогрессирования,
причем указанный способ включает определение генотипа для одного или нескольких однонуклеотидных полиморфизмов, выбранных из группы, состоящей из FCGR2A rs1801274, MUC1 rs4072037, IL-10 rs1800896, DNMT3A rs1550117, SMAD4 rs12456284, EGF rs4444903, CDH1 rs16260, ERCC1 rs11615 и FCGR3A rs396991 в образце, полученном от пациента.
15. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [CT] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
16. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [TT] и/или гомозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [CC] указывает на повышение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не будет респондером на лечение антителом и/или повышение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
17. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа MUC1 rs4072037 [AA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
18. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа MUC1 rs4072037 [GG] указывает на повышение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не будет респондером на лечение антителом и/или повышение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
19. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа IL-10 rs1800896 [GG] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
20. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа DNMT3A rs1550117 [GA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
21. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа SMAD4 rs12456284 [GA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
22. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа EGF rs4444903 [AA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
23. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа CDH1 rs16260 [AA] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
24. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа ERCC1 rs11615 [TT] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
25. Способ по п. 14, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа FCGR3A rs396991 [TG] и/или гомозиготного генотипа FCGR3A rs396991 [TT] указывает на снижение риска того, что пациент с онкологическим заболеванием не является респондером на лечение антителом и/или на снижение риска того, что у пациента с онкологическим заболеванием не будет периода выживаемости без прогрессирования.
26. Способ по любому из пп. 1-25, отличающийся тем, что антитело действует путем рекрутирования иммунной системы пациента для уничтожения опухолевых клеток.
27. Способ по любому из пп. 1-26, отличающийся тем, что антитело действует через антителозависимую клеточно-опосредованную цитотоксичность (ADCC) и/или комплементарно-зависимую цитотоксичность (CDC).
28. Способ по любому из пп. 1-27, отличающийся тем, что антитело представляет собой моноклональное антитело.
29. Способ по любому из пп. 1-28, отличающийся тем, что антитело содержит тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность, представленную с помощью SEQ ID NO: 17 или 51, или ее фрагмент, и легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность, представленную с помощью SEQ ID NO: 24, или ее фрагмент.
30. Способ по любому из пп. 1-29, отличающийся тем, что невосприимчивость к лечению антителом включает относительное снижение одного или нескольких из числа выживаемости, выживаемости без прогрессирования, безрецидивной выживаемости, отсроченной безрецидивной выживаемости и стабильного заболевания.
31. Способ лечения пациент с онкологическим заболеванием, причем указанный способ включает
а. оценку того, является ли пациент с онкологическим заболеванием респондером на лечение антителом с помощью способа по любому из пп. 1-30 и
b. (i) лечение пациента с онкологическим заболеванием антителом, если пациент имеет сниженный риск отсутствия ответа на лечение антителом или (ii) отсутствие лечения пациента с онкологическим заболеванием антителом и/или лечение пациента с онкологическим заболеванием с использованием схемы лечения, которая включает лечение, которое отличается от лечения антителом, если пациент имеет повышенный риск того, что он не будет отвечать на лечение антителом.
32. Способ по п. 31, отличающийся тем, что схема лечения включает лечение, не зависящее от иммунной системы пациента.
33. Способ по п. 31 или 32, отличающийся тем, что схема лечения не включает лечение антителом, действующим посредством рекрутирования иммунной системы пациента для уничтожения опухолевых клеток.
34. Способ по любому из пп. 31-33, отличающийся тем, что схема лечения включает хирургическую операцию, химиотерапию и/или радиацию.
35. Способ по любому из пп. 31-34, отличающийся тем, что схема лечения включает лечение низкомолекулярным ингибитором опухолевого антигена и/или конъюгатом антитело-лекарственное средство, где антитело направлено против опухолевого антигена.
36. Способ по п. 35, отличающийся тем, что конъюгат антитело-лекарственное средство представляет собой антитело, связанное с радиоактивным, химиотерапевтическим или токсиновым компонентом.
37. Способ по п. 35 или 36, отличающийся тем, что конъюгат антитело-лекарственное средство представляет собой антитело, связанное с цитостатическим или цитотоксическим соединением.
38. Способ оценки клинического исхода для пациент с онкологическим заболеванием, причем указанный способ включает определение генотипа для одного или нескольких однонуклеотидных полиморфизмов, выбранных из группы, состоящей из FCGR2A rs1801274, MUC1 rs4072037, IL-10 rs1800896, DNMT3A rs1550117, SMAD4 rs12456284, EGF Rs4444903, CDH1 rs16260, ERCC1 rs11615 и FCGR3A rs396991 в образце, полученном от пациента.
39. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [CT] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
40. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [TT] и/или гомозиготного генотипа FCGR2A rs1801274 [CC] указывает на повышение риска неблагоприятного клинического исхода.
41. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа MUC1 rs4072037 [AA] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
42. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа MUC1 rs4072037 [GG] указывает на повышение риска неблагоприятного клинического исхода.
43. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа IL-10 rs1800896 [GG] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
44. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа DNMT3A rs1550117 [GA] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
45. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа SMAD4 rs12456284 [GA] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
46. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа EGF rs4444903 [AA] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
47. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа CDH1 rs16260 [AA] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
48. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гомозиготного генотипа ERCC1 rs11615 [TT] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
49. Способ по п. 38, отличающийся тем, что присутствие гетерозиготного генотипа FCGR3A rs396991 [TG] и/или гомозиготного генотипа FCGR3A rs396991 [TT] указывает на снижение риска неблагоприятного клинического исхода.
50. Способ по любому из пп. 38-49, отличающийся тем, что оценка клинического исхода для пациент с онкологическим заболеванием включает прогнозирование вероятности одного или нескольких из числа выживаемости, выживаемости без прогрессирования, выживаемости без рецидива, отсроченной безрецидивной выживаемости и стабильного заболевания.
51. Способ по любому из пп. 39-49, отличающийся тем, что неблагоприятный клинический исход включает относительное снижение одного или нескольких из выживаемости, выживаемости без прогрессирования, выживаемости без рецидива, отсроченной выживаемости без рецидива и стабильного заболевания.
52. Способ по любому из пп. 38-51, отличающийся тем, что пациент имеет антигенположительную опухоль и получает лечение антителом против опухолевого антигена.
53. Способ по любому из пп. 1-52, отличающийся тем, что образец представляет собой образец, содержащий ДНК.
54. Способ по п. 53, отличающийся тем, что ДНК экстрагирована из образца организма пациента.
55. Способ по п. 53 или 54, отличающийся тем, что ДНК была экстрагирована из крови.
56. Способ по любому из пп. 1-55, отличающийся тем, что опухоль представляет собой солидную опухоль.
57. Способ по любому из пп. 1-56, отличающийся тем, что опухоль представляет собой гастроэзофагеальную опухоль.
58. Способ по любому из пп. 1-57, отличающийся тем, что опухоль представляет собой прогрессирующую аденокарциному желудка или нижнего пищевода.
59. Способ по любому из пп. 1-58, отличающийся тем, что злокачественное новообразование представляет собой гастроэзофагеальный рак.
60. Способ по любому из пп. 1-59, отличающийся тем, что злокачественное новообразование представляет собой прогрессирующую аденокарциному желудка или нижнего пищевода.