КОНСТРУКЦИИ НУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТЫ И СПОСОБЫ ИХ ИЗГОТОВЛЕНИЯ

1. Матрица нуклеиновой кислоты для бесклеточного изготовления in vitro конструкций одноцепочечной нуклеиновой кислоты с изолированными концами, содержащая последовательность, кодирующую следующие элементы от 5' к 3':
i) первый процессинговый мотив, смежный с
ii) первым конформационным мотивом,
iii) представляющую интерес последовательность,
iv) второй конформационный мотив, смежный со
v) вторым процессинговым мотивом,
причем процессинговый мотив включает последовательности, способные образовывать участок спаренных оснований, включающий сайт распознавания для эндонуклеазы и ассоциированный сайт расщепления, и при этом указанный конформационный мотив включает по меньшей мере одну последовательность, способную образовывать внутримолекулярные водородные связи.
2. Матрица нуклеиновой кислоты по п. 1, отличающаяся тем, что указанный сайт расщепления внутри процессингового мотива является смежным с конформационным мотивом.
3. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанный сайт расщепления для эндонуклеазы внутри процессингового мотива находится у концевой пары оснований участка спаренных оснований.
4. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что конформационный мотив включает последовательность, способную образовывать внутримолекулярные водородные связи, которые защищают концевой нуклеотид на конце указанной конструкции одноцепочечной нуклеиновой кислоты.
5. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанная конструкция одноцепочечной нуклеиновой кислоты включает любое одно или более из следующего:
i) аптамер;
ii) каталитическая нуклеиновая кислота;
iii) направляющая последовательность для редактирования генов;
6. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанные внутримолекулярные водородные связи образуются между нуклеотидными основаниями в последовательности указанного конформационного мотива и необязательно позволяют указанному конформационному мотиву принять конформацию.
7. Матрица нуклеиновой кислоты по п. 6, отличающаяся тем, что указанные внутримолекулярные водородные связи между нуклеотидными основаниями включают пары оснований по Уотсону-Крику, пары оснований по Хугстину или неканоническое спаривание оснований.
8. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что конформационный мотив может представлять собой последовательность, которая способна принимать одну или комбинацию двух или более из следующих конформаций:
i) квадруплекс;
ii) шпилька;
iii) крестообразная;
iv) «петля на стебле»; и/или
v) псевдоузел.
9. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанный изолированный конец включает внутримолекулярное спаривание оснований концевого нуклеотида.
10. Матрица нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанный изолированный конец включает включение концевого нуклеотида в структуру ITR с двухцепочечной областью D.
11. Способ изготовления молекул одноцепочечной нуклеиновой кислоты с изолированными концами, включающий:
(a) амплификацию кольцевой матрицы с использованием полимеразы, способной к амплификации по типу катящегося кольца, причем указанная матрица содержит последовательность, кодирующую следующие элементы:
i) первый процессинговый мотив, смежный с
ii) первым конформационным мотивом,
iii) представляющую интерес последовательность,
iv) второй конформационный мотив, смежный со
v) вторым процессинговым мотивом,
причем процессинговый мотив включает последовательности, способные образовывать участок спаренных оснований, включающий сайт распознавания для эндонуклеазы, содержащий сайт расщепления, и при этом указанный конформационный мотив включает по меньшей мере одну последовательность, способную образовывать внутримолекулярные водородные связи, при этом указанная амплификация продуцирует конкатемер нуклеиновой кислоты, и
(b) процессинг указанного конкатемера нуклеиновой кислоты с использованием одной или более эндонуклеаз, которые распознают сайты расщепления в одном или более из указанных процессинговых мотивов.
12. Способ изготовления молекул одноцепочечной нуклеиновой кислоты с изолированными концами по п. 11, отличающийся тем, что указанная матрица описана в любом из пп. 1-10.
13. Конкатемер одноцепочечной нуклеиновой кислоты с двумя или более повторами звена последовательности, причем указанное звено последовательности содержит следующие элементы:
i) первый процессинговый мотив, смежный с
ii) первым конформационным мотивом,
iii) представляющую интерес последовательность,
iv) второй конформационный мотив, смежный со
v) вторым процессинговым мотивом,
причем процессинговый мотив включает последовательности, способные образовывать участок спаренных оснований, включающий сайт распознавания для эндонуклеазы и ассоциированный сайт расщепления, и при этом указанный конформационный мотив включает по меньшей мере одну последовательность, способную образовывать внутримолекулярные водородные связи.
14. Молекула одноцепочечной линейной нуклеиновой кислоты с изолированными концами, отличающаяся тем, что по меньшей мере один изолированный конец образует G-квадруплекс.
15. Молекула одноцепочечной линейной нуклеиновой кислоты с изолированными концами, отличающаяся тем, что по меньшей мере один изолированный конец образует структуру ITR с двухцепочечным участком D.