КОНЪЮГАТЫ АНТИТЕЛА К STAPHYLOCOCCUS AUREUS С РИФАМИЦИНОМ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Соединение конъюгата антитело-антибиотик, содержащее антитело против тейхоевой кислоты клеточной стенки (WTA), ковалентно присоединенное с помощью расщепляемого протеазой непептидного линкера к антибиотику типа рифамицина.
2. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, имеющее формулу:
где
Ат представляет собой антитело против тейхоевой кислоты клеточной стенки;
PML представляет собой расщепляемый протеазой непептидный линкер, имеющий формулу:
где Str представляет собой растягивающую единицу; РМ представляет собой пептидомиметическую единицу, и Y представляет собой спейсерную единицу;
abx представляет собой антибиотик рифамицинового типа; и
Р представляет собой целое число от 1 до 8.
3. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, где антибиотик рифамицинового типа представляет собой антибиотик типа рифалазила.
4. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, где антибиотик типа рифамицина содержит четвертичный амин, присоединенный к расщепляемому протеазой непептидному линкеру.
5. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, имеющее формулу I:
где
пунктирные линии обозначают необязательную связь;
1
12
3
R представляет собой Н, C-C алкил, или С(O)СН;
1
R представляет собой ОН;
2
3
1
12
1
12
2
20
6
20
3
12
R представляет собой СН=N-(гетероциклил), причем гетероциклил необязательно замещен одной или более группами, независимо выбранными из С(O)СН, С-С алкил, С-С гетероарил, С-С гетероциклил, С-С арил, и С-С карбоциклил;
1
2
1
12
или R и R образуют пяти- или шестичленный конденсированный гетероарил или гетероциклил и необязательно образуют спиро или конденсированный шестичленный гетероарил, гетероциклил, арил или карбоциклическое кольцо, где спиро или конденсированный шестичленный гетероарил, гетероциклил, арил или карбоциклическое кольцо необязательно замещены Н, F, Cl, Br, I, С-С алкилом или ОН;
2
1
2
PML представляет собой расщепляемый протеазой непептидный линкер, присоединенный к R или конденсированный гетероарил, или гетероциклил, образованный R и R; и
Ат представляет собой антитело против тейхоевой кислоты клеточной стенки (WTA).
6. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 5, имеющее формулу:
где
3
1
12
R независимо выбран из Н и С-С алкила;
n равно 1 или 2;
4
1
12
R выбран из Н, F, Cl, Br, I, С-С алкила, и ОН; и
1
12
Z выбран из NH, N(C-C алкил), О и S.
7. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, имеющее формулу:
где
5
1
12
R выбран из Н и С-С алкил; и
n равен 0 или 1.
8. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, имеющее формулу:
где
5
1
12
R выбран из Н и С-С алкила; и
n равен 0 или 1.
9. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, имеющее формулу:
где
5
1
12
R независимо выбран из Н и С-С алкила; и
n равен 0 или 1.
10. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, имеющее формулу:
где
3
1
12
R независимо выбран из Н и С-С алкила; и
n равно 1 или 2;
11. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 10, имеющее формулу:
.
12. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, где Str имеет формулу:
6
1
12
1
12
1
12
2
2
r
2
2
r
2
2
r
2
1
12
2
где R выбирают из группы, состоящей из С-С алкилена, С-С алкилен-С(=O), С-С алкилен-NH, (CHCHO), (CHCHO)-С(=O), (CHCHO)-СН, и С-С алкилен-NHC(=O)CHCH(тиофен-3-ил), где r представляет собой целое число от 1 до 10.
6
2
5
13. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 12, где R представляет собой (СН).
14. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, где РМ имеет формулу:
7
8
3
7
где R и R вместе образуют С-С циклоалкильное кольцо и
3
2
6
5
2
2
2
2
2
2
2
2
2
3
3
2
2
2
2
АА представляет собой боковую цепь аминокислоты, выбранную из Н, -СН, -СН(СН), -CHCHCHCHNH, -CHCHCHNHC(NH)NH, -СНСН(СН)СН, и -CHCHCHNHC(O)NH.
15. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, где Y содержит пара-аминобензил или пара-аминобензилоксикарбонил.
16. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 2, имеющее формулу:
.
17. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 16, имеющее формулу:
.
18. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 15, имеющее формулу:
19. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 18, имеющее формулу:
.
20. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 15, выбранное из формул:
и
.
21. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 16, выбранное из формул:
;
;
;
;
;
и
.
22. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, где антитело представляет собой анти-WTAα моноклональное антитело.
23. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 22, где антитело против тейхоевой кислоты клеточной стенки (WTA) представляет собой выделенное моноклональное антитело, содержащее легкую (L) цепь и тяжелую (Н) цепь, причем L-цепь содержит CDR L1, CDR L2, и CDR L3, и причем Н-цепь содержит, CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3, причем CDR L1, CDR L2, и CDR L3 и CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3 содержат аминокислотные последовательности CDR каждого из Ат 4461 (SEQ ID NO.1-6), 4624 (SEQ ID NO.7-12), 4399 (SEQ ID NO.13-18), и 6267 (SEQ ID NO.19-24), соответственно, как продемонстрировано в таблицах 1А и 1В.
24. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 22, где антитело против тейхоевой кислоты клеточной стенки (WTA) содержит вариабельный участок тяжелой цепи (VH), причем VH содержит по меньшей мере 95% идентичности последовательности по длине VH участка, выбранного из VH последовательности SEQ ID NO.26, SEQ ID NO.28, SEQ ID NO.30, SEQ ID NO.32 антител 4461, 4624, 4399, и 6267, соответственно.
25. Конъюгат антитело-антибиотик по п. 24, дополнительно содержащий вариабельный участок L-цепи (VL), причем VL содержит по меньшей мере 95% идентичности последовательности по длине VL участка, выбранного из VL последовательности SEQ ID NO.25, SEQ ID NO.27, SEQ ID NO.29, SEQ ID NO.31 антител 4461, 4624, 4399, и 6267, соответственно.
26. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, где антитело представляет собой анти-WTAβ моноклональное антитело.
27. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит легкую цепь и Н-цепь, причем L-цепь содержит CDR L1, CDR L2, и CDR L3, и причем Н-цепь содержит CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3, причем CDR L1, CDR L2, и CDR L3 и CDR H1, CDR Н2 и CDR Н3 содержат аминокислотные последовательности соответствующих CDR каждого из Ат, продемонстрированных на Фиг. 12 (SEQ ID NO.33-110).
28. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит вариабельный участок L-цепи (VL), причем VL содержит по меньшей мере 95% идентичности последовательности по длине VL участка, выбранного из VL последовательности, соответствующей каждому из антител 6078, 6263, 4450, 6297, 6239, 6232, 6259, 6292, 4462, 6265, 6253, 4497 и 4487 соответственно, как продемонстрировано на Фиг. 15А-1, 15А-2, 15А-3 в положениях 1-107 по Кабат.
29. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 28, где анти-WTAβ антитело дополнительно содержит вариабельный участок тяжелой цепи (VH), причем VH содержит по меньшей мере 95% идентичности последовательности по длине VH участка, выбранного из VH последовательности, соответствующей каждому из антител 6078, 6263, 4450, 6297, 6239, 6232, 6259, 6292, 4462, 6265, 6253, 4497 и 4487 соответственно, как продемонстрировано на Фиг. 15В-1 до 15В-6 в положениях 1-113 по Кабат.
1
30. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 29, где VL содержит последовательность SEQ ID NO.111, и VH содержит последовательность SEQ ID NO.112, где X представляет собой Q или Е и X представляет собой М, I или V.
31. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где легкая цепь антитела содержит сконструированный цистеин и содержит последовательность SEQ ID NO.115, и Н-цепь содержит SEQ ID NO.116, где X представляет собой М, I или V.
32. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где легкая цепь антитела содержит последовательность SEQ ID NO.113, и Н-цепь содержит сконструированный цистеин и содержит SEQ ID NO.117, где X представляет собой М, I или V.
33. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где легкая цепь антитела содержит сконструированный цистеин и содержит последовательность SEQ ID NO.115, и Н-цепь содержит сконструированный цистеин и содержит SEQ ID NO.117, где X представляет собой М, I или V.
34. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит VH и VL, причем VH содержит по меньшей мере 95% идентичности последовательности по длине VH SEQ ID NO.156, и VL содержит по меньшей мере 95% идентичности последовательности по длине VL последовательности SEQ ID NO.119.
35. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит VH, содержащий последовательность SEQ ID NO.156, и VL, содержащий последовательность SEQ ID NO.119.
36. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит L-цепь, содержащую последовательность SEQ ID NO.121 и Н-цепь, содержащую последовательность SEQ ID NO.124.
37. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит L-цепь, содержащую последовательность SEQ ID NO.123, и Н-цепь, содержащую последовательность SEQ ID NO.157.
38. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 26, где анти-WTAβ антитело содержит L-цепь, содержащую последовательность SEQ ID NO.123, и Н-цепь, содержащую последовательность SEQ ID NO.124.
39. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, где антитело содержит: I) CDR L-цепи и Н-цепи SEQ ID NO 99-104 или CDR L-цепи и Н-цепи SEQ ID NO.33-38; или ii) VL SEQ ID NO.119 или SEQ ID NO.123 в паре с VH SEQ ID NO.120 или SEQ ID NO.156; или iii) VL SEQ ID NO.111 в паре с VH SEQ ID NO.112.
40. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, где антитело против тейхоевой кислоты клеточной стенки (WTA) связывается со Staphylococcus aureus.
2
41. Соединение конъюгата антитело-антибиотик по любому из предшествующих пунктов, где антитело представляет собой F(ab) или F(ab').
42. Фармацевтическая композиция, содержащая соединение конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, и фармацевтически приемлемый носитель, глидант, разбавитель или вспомогательное вещество.
43. Способ лечения бактериальной инфекции у пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества соединения конъюгата антитело-антибиотик по п. 1.
44. Способ уничтожения внутриклеточного Staph aureus в клетках пациента, инфицированного Staph aureus, без уничтожения клеток-хозяев путем введения конъюгата анти-WTA-антибиотик по п. 1.
45. Процесс получения соединения конъюгата антитело-антибиотик по п. 1, включающий конъюгирование антибиотика рифамицинового типа с антителом против тейхоевой кислоты клеточной стенки (WTA).
46. Набор для лечения бактериальной инфекции, содержащий
а) фармацевтическую композицию по п. 23; и
Б) инструкции по использованию.
47. Промежуточное соединение антибиотик-линкер, имеющее формулу II:
где:
пунктирные линии обозначают необязательную связь;
1
12
3
R представляет собой Н, С-С алкил, или С(O)СН;
1
R представляет собой ОН;
2
3
1
12
1
12
2
20
6
20
3
12
R представляет собой СН=N-(гетероциклил), причем гетероциклил необязательно замещен одной или более группами, независимо выбранными из С(O)СН, С-С алкил, С-С гетероарил, С-С гетероциклил, С-С арил, и С-С карбоциклил;
1
2
1
12
или R и R образуют пяти- или шестичленный конденсированный гетероарил или гетероциклил и необязательно образуют спиро или конденсированный шестичленный гетероарил, гетероциклил, арил или карбоциклическое кольцо, где спиро или конденсированный шестичленный гетероарил, гетероциклил, арил или карбоциклическое кольцо необязательно замещены Н, F, Cl, Br, I, С-С алкилом или ОН;
2
1
2
PML представляет собой расщепляемый протеазой непептидный линкер, присоединенный к R или конденсированный гетероарил или гетероциклил, образованный R и R, и имеющий формулу:
где Str представляет собой растягивающую единицу; РМ представляет собой пептидомиметическую единицу, и Y представляет собой спейсерную единицу; и
X представляет собой реакционноспособную функциональную группу, выбранную из малеимида, тиола, амино, бромида, бромацетамида, иодацетамида, п-толуолсульфоната, иодида, гидроксила, карбоксила, пиридилдисульфида и N-гидроксисукцинимида.
48. Промежуточное соединение антибиотик-линкер по п. 47, где X является
или .
49. Промежуточное соединение антибиотик-линкер по п. 47, имеющее формулу:
где
3
1
12
R независимо выбран из Н и С-С алкила;
n равно 1 или 2;
4
1
12
R выбран из Н, F, Cl, Br, I, С-С алкила, и ОН; и
1
12
Z выбран из NH, N(C-C алкил), О и S.
50. Промежуточное соединение антибиотик-линкер по п. 47, имеющее формулу:
.
51. Промежуточное соединение антибиотик-линкер по п. 47, выбранное из формул:
;
;
;
;
; и
.
52. Способ по п. 43, где пациент инфицирован бактериями типа Staphylococcal.
53. Способ по п. 52, где пациент инфицирован Staphylococcus aureus.
54. Способ по п. 43, где соединение конъюгата антитело-антибиотик вводят пациенту в дозе в диапазоне от около 50 мг/кг до 100 мг/кг.