СПОСОБЫ ЛЕЧЕНИЯ ОКУЛОФАРИНГЕАЛЬНОЙ МЫШЕЧНОЙ ДИСТРОФИИ (OPMD)

1. Способ лечения субъекта, страдающего окулофарингеальной мышечной дистрофией (OPMD), включающий введение указанному субъекту композиции, содержащей:
(а) нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, которая кодирует короткую микроРНК, образующую шпильку (shmiR); и
(b) конструкцию PABPN1, содержащую последовательность ДНК, кодирующую функциональный белок PABPN1, имеющую мРНК-транскрипт, на который не нацелена shmiR, кодируемая нуклеиновой кислотой; где композицию вводят прямой инъекцией в глоточную мышцу субъекта.
2. Способ ингибирования экспрессии белка PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, где указанный способ включает введение субъекту композиции, содержащей:
(a) конструкцию ddRNAi, содержащую нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, которая кодирует короткую микроРНК, образующую шпильку (shmiR); и
(b) конструкцию PABPN1, содержащую последовательность ДНК, кодирующую функциональный белок PABPN1, имеющую мРНК-транскрипт, на который не нацелена shmiR, кодируемая конструкцией ddRNAi; где композицию вводят прямой инъекцией в глоточную мышцу субъекта.
3. Способ по п.1 или 2, где у субъекта улучшается глотание после введения композиции прямой инъекцией в глоточную мышцу субъекта.
4. Способ по любому из пп.1-3, где композиция содержит экспрессионный вектор, содержащий конструкцию ddRNAi, конструкцию PABPN1 или их комбинацию.
5. Способ по п.4, где экспрессионный вектор содержит в направлении от 5’ к 3’ конструкцию ddRNAi и конструкцию PABPN1.
6. Способ по п.4, где экспрессионный вектор содержит в направлении от 5’к 3’ конструкцию PABPN1 и конструкцию ddRNAi.
7. Способ по любому из пп.4-6, где экспрессионный вектор представляет собой плазмиду или миникольцевую структуру.
8. Способ по любому из пп.4-7, где экспрессионный вектор представляет собой вирусный вектор, выбранный из группы, состоящей из вектора на основе аденоассоциированного вируса (AAV), ретровирусного вектора, аденовирусного вектора (AdV) и лентивирусного (LV) вектора.
9. Способ по любому из пп.4-8, где нуклеиновая кислота, конструкция ddRNAi и/или конструкция PABPN1 содержится/ содержатся в экспрессионной конструкции, и экспрессионная конструкция содержит инвертированные концевые повторы (ITR) серотипа AAV.
10. Способ по любому из пп.4-9, где серотипом AAV является AAV2, AAV8 или AAV9.
11. Способ по любому из пп.1-10, где последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, является кодон-оптимизированной, так что на ее мРНК-транскрипт не нацелена shmiR из конструкции ddRNAi.
12. Способ по любому из пп.1-11, где последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, представлена в SEQ ID NO: 73.
13. Способ по любому из пп.1-12, где последовательность ДНК, кодирующая функциональный белок PABPN1, функционально связана с промотором, входящим в конструкцию PABPN1, и расположенным выше последовательности ДНК, кодирующей функциональный белок PABPN1.
14. Способ по п.13, где промотор, содержащийся в конструкции PABPN1, представляет собой мышечно-специфический промотор.
15. Способ по любому из пп.1-14, где shmiR содержит:
эффекторную последовательность длиной по меньшей мере 17 нуклеотидов;
эффекторную комплементарную последовательность;
последовательность структуры «стебель-петля»; и
скелет первичной микроРНК (pri-miRNA);
где эффекторная последовательность по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте человеческого PABPN1.
16. Способ по п.15, где shmiR содержит эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна области соответствующей длины в последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 87.
17. Способ по п.15 или 16, где shmiR содержит эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте, представленной в любой из SEQ ID NO: 1-13.
18. Способ по любому из пп.1-17, где shmiR выбрана из группы, состоящей из:
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 15, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 14;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 16;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 19, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 18;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 21, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 20;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 23, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 22;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 25, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 24;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 27, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 26;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 29, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 28;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 30;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 32;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 35, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 34;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 37, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 36;
shmiR, содержащей эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 38.
19. Способ по любому из пп.1-18, где shmiR содержит в направлении от 5’к 3’:
5’-фланкирующую последовательность скелета pri-miRNA;
эффекторную комплементарную последовательность;
последовательность структуры «стержень-петля»;
эффекторную последовательность; и
3’-фланкирующую последовательность скелета pri-miRNA.
20. Способ по п.19, где последовательность структуры «стебель-петля» представляет собой последовательность, представленную в SEQ ID NO: 40.
21. Способ по пп.19 или 20, где скелет pri-miRNA представляет собой скелет pri-miR-30a.
22. Способ по любому из пп.19-21, где 5'-фланкирующая последовательность скелета pri-miRNA представлена в SEQ ID NO: 41, и 3'-фланкирующая последовательность скелета pri-miRNA представлена в SEQ ID NO: 42.
23. Способ по любому из пп.1-22, где shmiR содержит последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO: 43-55.
24. Способ по любому из пп. 1-23, где последовательность ДНК, кодирующая shmiR, представлена в любой из SEQ ID NO: 56-68.
25. Способ по любому из пп.1-24, включающий введение по меньшей мере двух нуклеиновых кислот, кодирующих shmiR, или введение конструкции ddRNAi, содержащей по меньшей мере две нуклеиновые кислоты, где каждая shmiR содержит эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна РНК-транскрипту, соответствующему белку PABPN1, который является причиной OPMD, и где каждая shmiR содержит разную эффекторную последовательность.
26. Способ по п.25, где каждая по меньшей мере из двух нуклеиновых кислот кодирует shmiR, содержащую эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте, представленной в одной из SEQ ID NO: 1, 2, 4, 7, 9, 10 и 13.
27. Способ по п.26, где по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбраны из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 15, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 14 (shmiR2);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 16 (shmiR3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 21, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 20 (shmiR5);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 27, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 26 (shmiR9);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 30 (shmiR13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 32 (shmiR14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 38 (shmiR17).
28. Способ по п.26, где по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбраны из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 56 (shmiR2);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 57 (shmiR3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 59 (shmiR5);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 62 (shmiR9);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 64 (shmiR13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 65 (shmiR14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 68 (shmiR17).
29. Способ по п. 26, где каждая по меньшей мере из двух нуклеиновых кислот кодирует shmiR, содержащую эффекторную последовательность, которая по существу комплементарна области соответствующей длины в РНК-транскрипте, представленной в одной из SEQ ID NO: 2, 9, 10 и 13.
30. Способ по п.26, где по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбраны из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 17, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 16 (shmiR3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 30 (shmiR13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 33, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 32 (shmiR14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 38 (shmiR17).
31. Способ по п. 26, где по меньшей мере две нуклеиновые кислоты выбраны из группы, состоящей из:
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 57 (shmiR3);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 64 (shmiR13);
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 65 (shmiR14); и
нуклеиновой кислоты, содержащей или состоящей из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 68 (shmiR17).
32. Способ по любому из пп.1-31, где указанная конструкция ddRNAi содержит:
(а) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 31, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 30 (shmiR13); и
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, кодирующей shmiR, содержащую эффекторную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 39, и эффекторную комплементарную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 38 (shmiR17).
33. Способ по п. 32, где указанная конструкция ddRNAi содержит:
(а) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 64 (shmiR13); и
(b) нуклеиновую кислоту, содержащую или состоящую из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 68 (shmiR17).
34. Способ по любому из пп. 1-33, где композиция дополнительно включает один или более фармацевтически приемлемых носителей.
35. Способ по любому из пп. 1-34, где глоточная мышца включает одно или более из нижнего констриктора глотки, среднего констриктора глотки, верхнего констриктора глотки, небно-глоточной мышцы, трубно-глоточной мышцы, шилоглоточной мышцы или любой их комбинации.