СИСТЕМЫ И СПОСОБЫ ДЛЯ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИММУНООКРАШИВАЮЩЕЙ МАСКИ ДЛЯ СЕЛЕКТИВНОГО УЛУЧШЕНИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ISH-АНАЛИЗА

1. Реализуемый компьютером способ обработки данных изображения, представляющих биологические единицы в образце ткани, где компьютер содержит процессор, и способ включает:
получение при помощи процессора первого изображения образца ткани, содержащего сигналы от иммунофлуоресцентного (IF) морфологического маркера, где образец ткани окрашен IF морфологическим маркером;
получение при помощи процессора второго изображения того же самого образца ткани, содержащего сигналы от флуоресцентного зонда, где образец ткани гибридизован in situ с флуоресцентным зондом;
соотнесение при помощи процессора положений сигналов от IF морфологического маркера на первом изображении с положениями сигналов от флуоресцентного зонда на втором изображении с получением соотнесенного изображения;
классифицирование при помощи процессора каждой биологической единицы в образце ткани в один из по меньшей мере двух классов на основе средней интенсивности сигналов от IF морфологического маркера на первом изображении;
осуществление при помощи процессора анализа флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) образца ткани на втором изображении с получением таким образом результатов; и
фильтрование при помощи процессора результатов FISH-анализа с получением подмножества результатов, относящихся к биологическим единицам, классифицированным только в один из по меньшей мере двух классов.
2. Способ по п. 1, где по меньшей мере два класса включают эпителиальный и неэпителиальный.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий сегментирование при помощи процессора второго изображения для идентификации ядер в образце ткани на основе положений сигналов от флуоресцентного зонда на втором изображении.
4. Способ по п. 3, где каждая биологическая единица соотносится с соответствующими ядрами, идентифицированными в образце ткани.
5. Способ по п. 3, где сегментирование ядер включает применение при помощи процессора вейвлет-преобразования ко второму изображению.
6. Способ по п. 5, дополнительно включающий построение при помощи процессора разбиения Вороного и колец, формируемых по карте пороговых расстояний от ядер на втором изображении, на котором каждое соответствующее кольцо ограничено тем, что оно по меньшей мере частично окружает только одно ядро в образце ткани.
7. Способ по п. 6, где построение разбиения Вороного на втором изображении дает возможность формирования локальных фоновых областей из второго изображения с использованием ядер, идентифицированных в образце ткани, в качестве семян разбиения Вороного, усиленных при помощи маски, определяемой каждым кольцом.
8. Способ по п. 6, где IF морфологический маркер сконфигурирован для нацеливания на белок цитокератин (CK), и где способ дополнительно включает пороговую обработку первого изображения с использованием порогового значения в связи со способом пороговой обработки Оцу и оценку минимального уровня интенсивности эпителиальной области на первом изображении.
9. Способ по п. 8, дополнительно включающий изменение порогового значения в интерактивном режиме пользователем при обнаружении изменения в классификации каждой биологической единицы.
10. Способ по п. 8, где каждое ядро классифицируется как одно из эпителиального и неэпителиального путем вычисления средней цитокератиновой (CK) интенсивности в пределах кольца, окружающего ядро, и сравнения средней CK интенсивности с оцениваемым минимальным уровнем интенсивности эпителиальной области.
11. Способ по п. 1, где IF морфологический маркер включает краситель 4',6-диамидино-2-фенилиндол (DAPI).
12. Способ по п. 1, где IF морфологический маркер сконфигурирован для нацеливания на по меньшей мере один из белка цитокератин (CK) и белка рецептор эпидермального фактора роста человека 2 (HER2).
13. Способ по п. 1, где флуоресцентный зонд сконфигурирован для связывания с по меньшей мере одним из гена HER2 и центромерного повтора на хромосоме 17.
14. Долговременный машиночитаемый носитель, содержащий хранящиеся на нем исполняемые компьютером команды, которые при исполнении компьютером инициируют осуществление компьютером:
получения первого изображения образца ткани, содержащего сигналы от иммунофлуоресцентного (IF) морфологического маркера, где образец ткани окрашен IF морфологическим маркером;
получения второго изображения того же самого образца ткани, содержащего сигналы от флуоресцентного зонда, где образец ткани гибридизован in situ с флуоресцентным зондом;
соотнесения положений сигналов от IF морфологического маркера на первом изображении с положениями сигналов от флуоресцентного зонда на втором изображении с получением соотнесенного изображения;
классифицирования каждой биологической единицы в образце ткани в один из по меньшей мере двух классов на основе средней интенсивности сигналов от IF морфологического маркера на первом изображении;
анализа флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) образца ткани на втором изображении с получением таким образом результатов; и
фильтрования результатов FISH-анализа с получением подмножества результатов, относящихся к биологическим единицам, классифицированным только как эпителиальные.
15. Машиночитаемый носитель по п. 14, дополнительно содержащий исполняемые компьютером команды, которые при исполнении компьютером инициируют осуществление компьютером:
сегментирования второго изображения для идентификации ядер в образце ткани на основе положений сигналов от флуоресцентного зонда на втором изображении.
16. Система обработки данных изображения, представляющих биологические единицы в образце ткани, содержащая:
процессор;
устройство ввода, находящееся в электрической связи с процессором и сконфигурированное для получения данных изображения; и
запоминающее устройство, находящееся в электрической связи с процессором и содержащее исполняемые компьютером команды, которые при исполнении процессором инициируют осуществление процессором:
получения первого изображения образца ткани, содержащего сигналы от иммунофлуоресцентного (IF) морфологического маркера, где образец ткани окрашен IF морфологическим маркером;
получения второго изображения того же самого образца ткани, содержащего сигналы от флуоресцентного зонда, где образец ткани гибридизован in situ с флуоресцентным зондом;
соотнесения положений сигналов от IF морфологического маркера на первом изображении с положениями сигналов от флуоресцентного зонда на втором изображении с получением соотнесенного изображения;
классифицирования каждой биологической единицы в образце ткани в один из по меньшей мере двух классов на основе средней интенсивности сигналов от IF морфологического маркера на первом изображении;
анализа флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) образца ткани на втором изображении с получением таким образом результатов; и
фильтрования результатов FISH-анализа с получением подмножества результатов, относящихся к биологическим единицам, классифицированным только в один из по меньшей мере двух классов.
17. Система по п. 16, где по меньшей мере два класса включают эпителиальный и неэпителиальный.
18. Система по п. 16, где запоминающее устройство дополнительно содержит исполняемые компьютером команды, которые при исполнении процессором инициируют осуществление процессором сегментирования второго изображение для идентификации ядер в образце ткани на основе положений сигналов от флуоресцентного зонда на втором изображении.
19. Система по п. 18, где каждая биологическая единица соотносится с соответствующими ядрами, идентифицированными в образце ткани.
20. Система по п. 18, где запоминающее устройство дополнительно содержит исполняемые компьютером команды, которые при исполнении процессором инициируют осуществление процессором применения вейвлет-преобразования ко второму изображению для сегментирования ядер в образце ткани.
21. Система по п. 20, где запоминающее устройство дополнительно содержит исполняемые компьютером команды, которые при исполнении процессором инициируют осуществление процессором построения разбиения Вороного и колец, формируемых по карте пороговых расстояний от ядер на втором изображении, на котором каждое соответствующее кольцо ограничено тем, что оно по меньшей мере частично окружает только одно ядро в образце ткани.
22. Система по п. 20, где запоминающее устройство дополнительно содержит исполняемые компьютером команды, которые при исполнении процессором инициируют осуществление процессором формирования локальных фоновых областей из второго изображения с использованием ядер, идентифицированных в образце ткани, в качестве семян разбиения Вороного, усиленных при помощи маски, определяемой каждым кольцом.
23. Система по п. 16, где IF морфологический маркер включает краситель 4',6-диамидино-2-фенилиндол (DAPI).
24. Система по п. 16, где IF морфологический маркер сконфигурирован для нацеливания на по меньшей мере один из белка цитокератин (CK) и белка рецептор эпидермального фактора роста человека 2 (HER2).
25. Система по п. 16, где флуоресцентный зонд сконфигурирован для связывания с по меньшей мере одним из гена HER2 и центромерного повтора хромосомы 17.