СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА ИЗ ОБРАЗЦА КАЛА ЧЕЛОВЕКА С ПОМОЩЬЮ КОЛИЧЕСТВЕННОЙ ПЦР, ПРАЙМЕРОВ И НАБОРА

1. Способ скрининга колоректального рака (CRC) и/или аденоматозных полипов у субъекта-человека, который включает:
i. количественное определение по меньшей мере одной последовательности бактериального гена 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10, или комплементарной ей последовательности рРНК из образца кала от указанного субъекта; и
ii. диагностику, раннее обнаружение, определение повторного возникновения, определение риска развития или прогнозирование CRC и/или полипов у субъекта-человека, определение необходимости проведения колоноскопии у указанного субъекта-человека, определение прогноза, при этом указанный субъект-человек представляет собой пациента, у которого диагностирован CRC и/или полипы, или проведение терапии у пациента с CRC и/или полипами, исходя из количественно определенных уровней по меньшей мере одной из указанных последовательностей.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный способ включает количественное определение 2, 3 или 4 из указанных последовательностей бактериального гена, предпочтительно всех 4 последовательностей бактериального гена.
3. Способ по любому из пп. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает после стадии i) сравнение уровней в образце от субъекта с уровнями в контрольном образце, при этом отклонение от уровней в указанном контрольном образце свидетельствует о CRC и/или аденоматозных полипах.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что на стадии i) количественно определен уровень по меньшей мере двух из указанных последовательностей бактериального гена и по меньшей мере одно из соотношений между количественно определенным уровнями указанных последовательностей, и дополнительно включает сравнение по меньшей мере одного из указанных соотношений у указанного субъекта с соотношением в контрольном образце, при этом отклонение соотношения от указанного контрольного образца свидетельствует о CRC и/или аденоматозных полипах.
5. Способ по любому из пп.1-4, отличающийся тем, что перед количественным определением указанных последовательностей бактериального гена из образца кала осуществляют экстракцию ДНК, применяя физическое разрушение образца любыми средствами, и очистку ДНК на колонках с кремниевой мембраной.
6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, количественное определение указанных последовательностей бактериального гена выполняют с помощью количественной ПЦР.
7. Способ по любому из пп.1-6, включающий:
(a) определение с помощью количественной ПЦР из указанного образца кала человека уровней по меньшей мере одной последовательности бактериального гена 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10, при этом уровни SEQ ID NO: 1 определены с использованием праймеров по меньшей мере с 90% идентичностью SEQ ID NO: 2-13, уровни SEQ ID NO: 4 определены с использованием праймеров по меньшей мере с 90% идентичностью SEQ ID NO: 5-6, уровни SEQ ID NO: 7 определены с использованием праймеров по меньшей мере с 90% идентичностью SEQ ID NO: 8-9 и уровни SEQ ID NO: 10 определены с использованием праймеров по меньшей мере с 90% идентичностью SEQ ID NO: 11-12; и/или
(b) определение с помощью количественной ПЦР из указанного образца кала человека уровней по меньшей мере двух последовательностей бактериального гена 16S рДНК, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10, как указано на стадии а), и определение по меньшей мере одного из соотношений, выбранных из группы, состоящей из SEQ ID NO: 10/SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7/SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 4/SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 7/SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 7/SEQ ID NO: 10 и SEQ ID NO: 10/SEQ ID 1.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что концентрация SEQ ID NO: 1 определена с использованием праймеров с последовательностью SEQ ID NO: 2-13, концентрация SEQ ID NO: 4 определена с использованием праймеров с последовательностью SEQ ID NO: 5-6; концентрация SEQ ID NO: 7 определена с использованием праймеров с последовательностью SEQ ID NO: 8-9; и концентрация SEQ ID NO: 10 определена с использованием праймеров с последовательностью SEQ ID NO: 11-12.
9. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что указанный способ представляет собой способ скрининга CRC и включает количественное определение SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10.
10. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что указанный способ представляет собой способ скрининга аденоматозных полипов и включает количественное определение SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4/SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 7/SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7/SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 10/SEQ ID NO: 4 и SEQ ID NO:
10/SEQ ID 1.
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает обнаружение и/или количественное определение одного или нескольких молекулярных биомаркеров, которые, как известно, свидетельствуют о CRC.
12. Способ по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает хранение результатов способа на машиночитаемом носителе.
13. Применение по меньшей мере одной последовательности бактериального гена 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10, или комплементарной ей последовательности рРНК в качестве биомаркера для диагностики, раннего обнаружения, определения повторного возникновения, определения риска развития или прогноза CRC и/или полипов у субъекта-человека; или определение необходимости проведения колоноскопии у указанного субъекта-человека; или определение прогноза, при этом указанный субъект-человек представляет собой пациента, диагностированного с CRC и/или полипами; или проведение терапии у пациента с CRC и/или полипами, при этом указанные последовательности бактериального гена количественно определены из образца кала указанного субъекта-человека.
14. Набор, включающий:
a. реагент, выбранный из группы, состоящей из:
i. нуклеиновокислотных зондов, способных к специфической гибридизации по меньшей мере с одной последовательностью 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10, или комплементарной ей последовательностью рРНК; или
ii. пары нуклеотидных праймеров, способных к специфической амплификации по меньшей мере одной последовательности 16S рДНК, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 7 и SEQ ID NO: 10; и
b. инструкции по количественному определению уровней одной или нескольких из указанных последовательностей из образца кала человека в соответствии со способом по любому из пп. 1-12.
15. Нуклеотидная последовательность, выбранная из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11 и SEQ ID NO: 12; или обладающая по меньшей мере 90% идентичностью с указанными последовательностями.