ВАРИАНТЫ ВИРУСА ГЕПАТИТА С

1. Выделенный полинуклеотид HCV, кодирующий протеазу NS3 HCV, ее биологически активный аналог или ее биологически активный фрагмент, где, по меньшей мере, один кодон, который соответствует кодону, выбранному из группы, состоящей из: кодонов 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 полинуклеотида HCV дикого типа, мутируют таким образом, что он кодирует аминокислоту, отличную от аминокислоты, кодируемой соответствующим кодоном полинуклеотида HCV дикого типа.
2. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где полинуклеотид HCV дикого типа включает последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1 или ее часть.
3. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где кодон, соответствующий кодону 36 полинуклеотида HCV дикого типа, не кодирует V.
4. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где кодон, соответствующий кодону 54 полинуклеотида HCV дикого типа, не кодирует T.
5. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где кодон, соответствующий кодону 155 полинуклеотида HCV дикого типа, не кодирует R.
6. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где кодон, соответствующий кодону 156 полинуклеотида HCV дикого типа, не кодирует A.
7. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где два кодона, соответствующие любым двум кодонам, выбранным из группы, состоящей из: кодонов 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 полинуклеотида HCV дикого типа, мутируют таким образом, что любой из двух кодонов кодирует аминокислоту, отличную от аминокислоты, кодируемой соответствующим кодоном полинуклеотида HCV дикого типа.
8. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где три кодона, соответствующие любым трем кодонам, выбранным из группы, состоящей из: кодонов 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 полинуклеотида HCV дикого типа, мутируют таким образом, что любой из трех кодонов кодирует аминокислоту, отличную от аминокислоты, кодируемой соответствующим кодоном полинуклеотида HCV дикого типа.
9. Выделенный полинуклеотид HCV по п.1, где кодоны, соответствующие кодонам 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 полинуклеотида HCV дикого типа, мутируют таким образом, что любой из четырех кодонов кодирует аминокислоту, отличную от аминокислоты, кодируемой соответствующим кодоном полинуклеотида HCV дикого типа.
10. Выделенный вариант HCV, содержащий полинуклеотид, кодирующий протеазу NS3 HCV, где, по меньшей мере, один кодон полинуклеотида, который соответствует кодону, выбранному из группы, состоящей из: кодонов 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 полинуклеотида HCV дикого типа, мутируют таким образом, что он кодирует аминокислоту, отличную от аминокислоты, кодируемой соответствующим кодоном полинуклеотида HCV дикого типа.
11. Выделенная протеаза HCV, включающая аминокислотную последовательность, в которой аминокислота, по меньшей мере, в одной позиции, выбранной из группы, состоящей из: 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 протеазы NS3 HCV дикого типа, является отличной от аминокислоты в каждой соответствующей позиции протеазы NS3 HCV дикого типа.
12. Протеаза HCV по п.11, где протеаза NS3 HCV дикого типа включает аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2 или ее часть.
13. Протеаза HCV по п.11, включающая биологически активный аналог протеазы NS3 HCV.
14. Протеаза HCV по п.11, включающая биологически активный фрагмент протеазы NS3 HCV.
15. Протеаза HCV по п.11, включающая кофактор NS4A.
16. Антитело против протеазы HCV, которое узнает протеазу NS3 HCV, включающую аминокислотную последовательность, в которой аминокислота, по меньшей мере, в одной позиции, выбранной из группы, состоящей из: 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 протеазы NS3 HCV дикого типа, является отличной от аминокислоты в каждой соответствующей позиции протеазы NS3 HCV дикого типа.
17. Нуклеотидный зонд или праймер, способные гибридизоваться в строгих условиях с последовательностью нуклеиновой кислоты полинуклеотида HCV по п.1.
18. Система экспрессии, включающая полинуклеотид HCV по п.1.
19. Система экспрессии по п.18, включающая вектор, где вектор содержит полинуклеотид HCV по п.1, функционально связанный с промотором.
20. Клетка-хозяин, трансфицированная, трансформированная или трансдуцированная вектором по п.19.
21. Система экспрессии по п.18, которая представляет собой систему дисплея мРНК.
22. Способ оценки лекарственной устойчивости или чувствительности к ингибитору протеазы HCV-инфекции у пациента, включающий:
a) отбор биологического образца у инфицированного HCV пациента; и
b) оценку того, содержит ли образец нуклеиновую кислоту, кодирующую протеазу NS3 HCV, которая включает аминокислотную последовательность, в которой аминокислота, по меньшей мере, в одной позиции, выбранной из группы, состоящей из: 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 протеазы NS3 HCV дикого типа, является отличной от аминокислоты в каждой соответствующей позиции протеазы NS3 HCV дикого типа.
23. Способ для направления лечения HCV-инфекции у пациента, включающий:
a) оценку лекарственной устойчивости или чувствительности к ингибитору протеазы у пациента по способу п.22;
b) оптимизацию режима лечения для пациента на основании лекарственной устойчивости или чувствительности, оцененных в a).
24. Способ выявления соединения-кандидата для лечения HCV-инфекции у пациента, включающий:
a) получение образца, инфицированного вариантом HCV по п.10;
b) анализ способности соединения-кандидата ингибировать активность варианта HCV в образце.
25. Способ по п.24, где активность варианта HCV представляет собой репликацию.
26. Способ выявления соединения-кандидата для лечения или профилактики HCV-инфекции у пациента, включающий:
a) получение РНК репликона, содержащую полинуклеотид по п.1;
b) определение, ингибирует ли соединение-кандидат репликацию РНК репликона из a).
27. Способ выявления соединения-кандидата для лечения HCV-инфекции у пациента, включающий:
a) получение выделенной протеазы NS3 HCV по п.11 и субстрата протеазы, где протеаза и субстрат находятся в клеточной системе или в бесклеточной системе;
b) приведение соединения-кандидата в контакт с протеазой NS3 HCV в присутствии субстрата; и
c) определение того, снижается ли активность протеазы NS3 HCV.
28. Способ оценки соединения-кандидата для лечения HCV-инфекции у пациента, включающий:
a) введение вектора, содержащего полинуклеотид по п.1 и ген индикатора, кодирующий индикатор, в клетку-хозяина;
b) культивирование клетки-хозяина; и
c) количественное определение индикатора в присутствии соединения-кандидата и в отсутствие соединения-кандидата.
29. Способ устранения или уменьшения заражения HCV в биологическом образце или медицинском, либо лабораторном оборудовании, включающий этап приведения соединения, выявленного по любому из пп.24-28, в контакт с биологическим образцом или медицинским, либо лабораторным оборудованием.
30. Способ лечения HCV-инфекции у пациента, включающий введение пациенту фармацевтически эффективного количества соединения, выявленного по любому из пп.24-28.
31. Способ выявления соединения, способного восстанавливать активность VX-950 в отношении протеазы NS3 HCV, которая стала устойчивой к VX-950, включающий:
a) приведение соединения-кандидата в контакт с протеазой NS3 HCV по п.1;
b) анализ способности VX-950 ингибировать активность протеазы из a).
32. Способ лечения HCV-инфекции у пациента, включающий введение пациенту фармацевтически эффективного количества соединения, выявленного по п.31.
33. Способ по п.32, где пациенту вводят соединение в сочетании с VX-950.
34. Способ по п.32, где соединение замещает VX-950 при лечении пациента.
35. Способ по п.34, где пациенту вводят VX-950 после того, как пациенту вводят соединение, и оно восстанавливает активность VX-950.
36. Способ выявления соединения, эффективного для снижения активности протеазы NS3 HCV, включающий:
a) получение трехмерной модели протеазы NS3 HCV по п.1;
b) разработку или выбор соединения;
c) оценку способности соединения связываться или взаимодействовать с протеазой из a).
37. Способ по п.36, дополнительно включающий оценку способности разработанного или выбранного соединения ингибировать активность протеазы NS3 HCV в анализе в бесклеточной или клеточной системе.
38. Способ по п.36, дополнительно включающий анализ способности разработанного или выбранного соединения ингибировать репликацию HCV в инфицированной клетке или образце.
39. Машиночитаемая среда для хранения данных, включающая материал для хранения информации, закодированный при помощи машиночитаемых данных, где машиночитаемые данные включают значения индексов для, по меньшей мере, двух признаков, связанных с вариантом HCV или биологическим образцом; где признаки выбирают из группы, состоящей из:
a) способности проявлять устойчивость к пониженной чувствительности в отношении ингибитора протеазы;
b) протеазы HCV, включающей аминокислотную последовательность, в которой аминокислота, по меньшей мере, в одной позиции, выбранной из группы, состоящей из: 36, 41, 43, 54, 148, 155 и 156 протеазы NS3 HCV дикого типа, является отличной от аминокислоты в каждой соответствующей позиции протеазы NS3 HCV дикого типа;
c) болезненности пациента или его способности к выздоровлению; и
d) измененной способности к репликации (повышенной или пониженной) варианта HCV.
40. Способ получения профиля вариантов HCV у инфицированного HCV пациента, включающий:
a) получение образца плазмы от пациента;
b) определение нуклеотидной последовательности протеазы HCV из, по меньшей мере, 2 вирионов HCV из образца плазмы.
41. Способ по п.40, где выявляют, по меньшей мере, 20 вирионов HCV.
42. Способ по п.40, где выявляют, по меньшей мере, 50 вирионов HCV.
43. Способ по п.40, где выявляют, по меньшей мере, 100 вирионов HCV.
44. Способ по п.40, где выявляют, по меньшей мере, 200 вирионов HCV.
45. Способ по п.40, где выявляют, по меньшей мере, 500 вирионов HCV.
46. Способ по п.40, где нуклеотидная последовательность протеазы HCV содержит последовательность полинуклеотида по п.1.
47. Способ по п.40, где пациента лечат ингибитором протеазы.
48. Способ по п.40, где, по меньшей мере, 2 образца плазмы получают от пациента в, по меньшей мере, две различные временные точки.
49. Способ определения присутствия варианта HCV в биологическом образце, включающий определение присутствия полинуклеотида по п.1 в биологическом образце.
50. Диагностический набор, включающий антитело по п.16.
51. Диагностический набор, включающий нуклеотидный зонд или праймер по п.17.