ОЦЕНКА АКТИВНОСТИ КЛЕТОЧНЫХ СИГНАЛЬНЫХ ПУТЕЙ С ПРИМЕНЕНИЕМ ВЕРОЯТНОСТНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ЭКСПРЕССИИ ЦЕЛЕВЫХ ГЕНОВ

1. Способ, включающий:
выведение активности одного или более клеточных сигнальных путей в ткани медицинского субъекта, основанное по меньшей мере на уровне(-ях) экспрессии (20) одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), измеренном в извлеченном образце ткани медицинского субъекта, при этом выведение включает:
выведение активности клеточного сигнального пути(-ей) в ткани медицинского субъекта посредством оценки по меньшей мере части вероятностной модели (40-1, …, 40-7), предпочтительно Байесовой сети (40-1, …, 40-7), представляющей клеточный сигнальный путь(-и) для ряда входных данных, включая по меньшей мере уровень(-и) экспрессии (20) одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), измеренный в извлеченном образце ткани медицинского субъекта;
оценку (46) уровня в ткани медицинского субъекта по меньшей мере одного элемента транскрипционного фактора (TF), при этом по меньшей мере один элемент TF управляет транскрипцией одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), при этом оценка основана по меньшей мере частично на условных вероятностях, связывающих по меньшей мере один элемент TF и уровень(-и) экспрессии (20) одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), измеренный в извлеченном образце ткани медицинского субъекта;
выведение активности клеточного сигнального пути(-ей), основанное на оцененном уровне транскрипционного фактора в образце ткани; и
определение, функционирует ли клеточный сигнальный путь(-и) неправильно в ткани медицинского субъекта, на основании выведенной активности клеточного сигнального пути(-ей) в ткани медицинского субъекта;
при этом выведение выполняется цифровым устройством обработки (12) с применением вероятностной модели (40-1, …, 40-7) клеточного сигнального пути(-ей).
2. Способ по п.1, в котором выведение включает:
оценку уровня (46) в ткани медицинского субъекта по меньшей мере одного элемента транскрипционного фактора (TF), представленного узлом TF вероятностной модели, при этом элемент TF управляет транскрипцией одного или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), и оценка основана по меньшей мере частично на условных вероятностях вероятностной модели (40-1, …, 40-7), связывающих узел TF и узлы в вероятностной модели, представляющие один или более целевых генов клеточного сигнального пути(-ей), измеренные в извлеченном образце ткани медицинского субъекта,
и в котором выведение предпочтительно выполнено с применением Байесовой сети (40-1, …, 40-7), содержащей узлы, представляющие информацию о сигнальном пути(-ях) и зависимостях условной вероятности между связанными узлами Байесовой сети.
3. Способ по п.1, в котором клеточный сигнальный путь(-и) включает путь Wnt, путь ER, путь AR и/или путь Hedgehog.
4. Способ по п.3, в котором выведение включает:
выведение активности пути Wnt в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) одного или более, предпочтительно по меньшей мере трех целевых генов пути Wnt, выбранных из группы, содержащей: KIAA1199, AXIN2, RNF43, TBX3, TDGF1, SOX9, ASCL2, IL8, SP5, ZNRF3, KLF6, CCND1, DEFA6 и FZD7.
5. Способ по п.3 или 4, в котором выведение (также) включает:
выведение активности пути ER в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) одного или более, предпочтительно по меньшей мере трех целевых генов пути ER, выбранных из группы, содержащей: CDH26, SGK3, PGR, GREB1, CA12, XBP1, CELSR2, WISP2, DSCAM, ERBB2, CTSD, TFF1 и NRIP1.
6. Способ по п.3 или 4, в котором выведение (также) включает:
выведение активности пути Hedgehog в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) одного или более, предпочтительно по меньшей мере трех целевых генов пути Hedgehog, выбранных из группы, содержащей: GLI1, PTCH1, PTCH2, IGFBP6, SPP1, CCND2, FST, FOXL1, CFLAR, TSC22D1, RAB34, S100A9, S100A7, MYCN, FOXM1, GLI3, TCEA2, FYN и CTSL1.
7. Способ по п.3 или 4, в котором выведение (также) включает:
выведение активности пути AR в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) одного или более, предпочтительно по меньшей мере трех целевых генов пути AR, выбранных из группы, содержащей: KLK2, PMEPA1, TMPRSS2, NKX3_1, ABCC4, KLK3, FKBP5, ELL2, UGT2B15, DHCR24, PPAP2A, NDRG1, LRIG1, CREB3L4, LCP1, GUCY1A3, AR и EAF2.
8. Способ по п.4, в котором выведение дополнительно основано на измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровнях экспрессии (20) по меньшей мере одного целевого гена пути Wnt, выбранного из группы, содержащей: NKD1, OAT, FAT1, LEF1, GLUL, REG1B, TCF7L2, COL18A1, BMP7, SLC1A2, ADRA2C, PPARG, DKK1, HNF1A и LECT2.
9. Способ по п.5, в котором выведение дополнительно основано на измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровнях экспрессии (20) по меньшей мере одного целевого гена пути ER, выбранного из группы, содержащей: AP1B1, ATP5J, COL18A1, COX7A2L, EBAG9, ESR1, HSPB1, IGFBP4, KRT19, MYC, NDUFV3, PISD, PRDM15, PTMA, RARA, SOD1 и TRIM25.
10. Способ по п.6, в котором выведение дополнительно основано на измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровнях экспрессии (20) по меньшей мере одного целевого гена пути Hedgehog, выбранного из группы, содержащей: BCL2, FOXA2, FOXF1, H19, HHIP, IL1R2, JAG2, JUP, MIF, MYLK, NKX2.2, NKX2.8, PITRM1 и TOM1.
11. Способ по п.7, в котором выведение дополнительно основано на измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровнях экспрессии (20) по меньшей мере одного целевого гена пути AR, выбранного из группы, содержащей: APP, NTS, PLAU, CDKN1A, DRG1, FGF8, IGF1, PRKACB, PTPN1, SGK1 и TACC2.
12. Способ по любому из пп.1-4, 8-11, включающий:
выведение активности пути Wnt в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) двух, трех или более целевых генов из множества целевых генов пути Wnt, и/или
выведение активности пути ER в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) двух, трех или более целевых генов из множества целевых генов пути ER, и/или
выведение активности пути Hedgehog в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) двух, трех или более целевых генов из множества целевых генов пути Hedgehog, и/или
выведение активности пути AR в ткани медицинского субъекта на основании по меньшей мере измеренных в извлеченном образце ткани медицинского субъекта уровней экспрессии (20) двух, трех или более целевых генов из множества целевых генов пути AR.
13. Способ по п.12, в котором
множество целевых генов пути Wnt содержит по меньшей мере девять, предпочтительно все целевые гены, выбранные из группы, содержащей: KIAA1199, AXIN2, RNF43, TBX3, TDGF1, SOX9, ASCL2, IL8, SP5, ZNRF3, KLF6, CCND1, DEFA6 и FZD7, и/или
множество целевых генов пути ER содержит по меньшей мере девять, предпочтительно все целевые гены, выбранные из группы, содержащей: CDH26, SGK3, PGR, GREB1, CA12, XBP1, CELSR2, WISP2, DSCAM, ERBB2, CTSD, TFF1 и NRIP1, и/или
множество целевых генов пути Hedgehog содержит по меньшей мере девять, предпочтительно все целевые гены, выбранные из группы, содержащей: GLI1, PTCH1, PTCH2, IGFBP6, SPP1, CCND2, FST, FOXL1, CFLAR, TSC22D1, RAB34, S100A9, S100A7, MYCN, FOXM1, GLI3, TCEA2, FYN и CTSL1, и/или
множество целевых генов пути AR содержит по меньшей мере девять, предпочтительно все целевые гены, выбранные из группы, содержащей: KLK2, PMEPA1, TMPRSS2, NKX3_1, ABCC4, KLK3, FKBP5, ELL2, UGT2B15, DHCR24, PPAP2A, NDRG1, LRIG1, CREB3L4, LCP1, GUCY1A3, AR и EAF2.
14. Способ по п.13, в котором
множество целевых генов пути Wnt также содержит по меньшей мере один целевой ген, выбранный из группы, содержащей: NKD1, OAT, FAT1, LEF1, GLUL, REG1B, TCF7L2, COL18A1, BMP7, SLC1A2, ADRA2C, PPARG, DKK1, HNF1A, и LECT2, и/или
множество целевых генов пути ER также содержит по меньшей мере один целевой ген, выбранный из группы, содержащей: AP1B1, ATP5J, COL18A1, COX7A2L, EBAG9, ESR1, HSPB1, IGFBP4, KRT19, MYC, NDUFV3, PISD, PRDM15, PTMA, RARA, SOD1 и TRIM25, и/или
множество целевых генов пути Hedgehog также содержит по меньшей мере один целевой ген, выбранный из группы, содержащей: BCL2, FOXA2, FOXF1, H19, HHIP, IL1R2, JAG2, JUP, MIF, MYLK, NKX2.2, NKX2.8, PITRM1 и TOM1, и/или
множество целевых генов пути AR также содержит по меньшей мере один целевой ген, выбранный из группы, содержащей: APP, NTS, PLAU, CDKN1A, DRG1, FGF8, IGF1, PRKACB, PTPN1, SGK1 и TACC2.
15. Устройство, содержащее цифровой процессор (12), сконфигурированный для выполнения способа по любому из пп.1-14, или постоянное запоминающее устройство, в котором хранятся инструкции, которые могут быть выполнены цифровым устройством (12) обработки с целью выполнения способа по любому из пп.1-14.