ОСНОВАННЫЕ НА HLA СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

Способ отбора пептидных последовательностей для приготовления вакцинной композиции, включающий:
(а) обработку информации об аминокислотных последовательностях множества пептидных последовательностей-кандидатов, экспрессируемых раковыми клетками одного субъекта-человека, с использованием модели прогнозирования презентации HLA-пептида с помощью машинного обучения для генерации множества прогнозов презентации,
где каждый прогнозов презентации из указанного множества прогнозов презентации указывает на вероятность того, что пептидная последовательность множества пептидных последовательностей-кандидатов связывается с белком MHC указанного одного субъекта-человека;
где модель прогнозирования презентации HLA-пептида с помощью машинного обучения обучают с использованием обучающих данных, содержащих информацию о последовательностях последовательностей обучающих пептидов, идентифицированных с помощью масс-спектрометрии, для представления рекомбинантным белком MHC, экспрессированным в обучающих клетках,
где рекомбинантный белок MHC включается в клеточную мембрану обучающих клеток при экспрессии, и где:
(i) обучающие клетки не экспрессируют эндогенный МНС, или
(ii) рекомбинантные белки МНС содержат последовательность аффинного пептида-акцептора;
и
(b) отбор, на основании по меньшей мере множества прогнозов презентации, пептидной последовательности из множества пептидных последовательностей, которая, как предсказывают, будет презентирована белком МНС указанного одного человека, где одна или более отобранных пептидных последовательностей предназначены для приготовления вакцинной композиции, содержащей полипептид с одной или более отобранными пептидными последовательностями или полинуклеотид, кодирующий указанный полипептид.