УСТРОЙСТВО ПРЕДСКАЗАНИЯ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ, СПОСОБ ПРЕДСКАЗАНИЯ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ И КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ

1. Устройство предсказания взаимодействия, содержащее:
блок хранения данных и блок управления, причем
блок хранения данных содержит:
блок хранения данных структуры соединений, хранящий данные структуры соединений для структуры соединения; и
блок хранения данных структуры протеинов, хранящий данные структуры протеинов для структуры протеина; а
блок управления содержит:
блок получения данных структуры соединения, выполненный с возможностью получения данных структуры соединения для указанного соединения из блока хранения данных структуры соединений или предсказания и получения данных структуры соединения, не хранящихся в блоке хранения данных структуры соединений, с использованием способа предсказания структуры;
блок получения данных структуры протеина, выполненный с возможностью получения данных структуры возможного протеина, соответствующих данным структуры протеина для возможного протеина, служащего в качестве протеина, возможного для взаимодействия с указанным соединением из блока хранения данных структуры протеинов, или предсказания и получения данных структуры возможного протеина, не хранящихся в блоке хранения данных структуры протеинов, с использованием способа предсказания структуры;
блок определения предсказанного протеина, выполненный с возможностью вычисления множества сил связывания между возможным протеином и соединением с использованием множества способов моделирования стыковки на основе данных структуры соединения, получаемых блоком получения данных структуры соединения, и данных структуры возможного протеина, получаемых блоком получения данных структуры протеина, определения какой-либо из сил связывания или комбинации сил связывания в качестве предсказанной силы связывания, соответствующей окончательно предсказанной силе связывания, посредством всесторонней оценки сил связывания с использованием способа обучения и/или способа метаоценки и определения предсказанного протеина, соответствующего возможному протеину, предсказанному для взаимодействия с соединением; и
блок определения силы взаимодействия, выполненный с возможностью вычисления множества сил связывания с использованием множества способов моделирования силы связывания на основе данных структуры соединения, получаемых блоком получения данных структуры соединения, и данных структуры протеина для предсказанного протеина, определяемого блоком определения предсказанного протеина, и с возможностью определения предсказанной силы взаимодействия, соответствующей силе взаимодействия, указывающей, насколько сильно соединение, основанное на данных структуры соединения, взаимодействует с предсказанным протеином при наличии другого конкурентно действующего соединения, причем предсказанная сила взаимодействия, в конечном счете, предсказывается посредством всесторонней оценки сил связывания с использованием способа обучения и/или способа метаоценки.
2. Устройство предсказания взаимодействия по п. 1, в котором
блок хранения данных структуры протеинов хранит данные структуры протеина для упомянутого протеина в связи с сетевыми данными о внутриклеточной или интравитальной сети, содержащей позиционные данные о положении протеина в сети, а
блок управления дополнительно содержит:
блок предсказания влияния, выполненный с возможностью предсказания влияния упомянутого соединения на предсказанный протеин на основе предсказанной силы взаимодействия, определяемой блоком определения силы взаимодействия, и сетевых данных, хранящихся в блоке хранения данных структуры протеинов.
3. Устройство предсказания взаимодействия по п. 1 или 2, в котором
блок хранения данных дополнительно содержит:
блок хранения данных межмолекулярного взаимодействия, хранящий данные межмолекулярного взаимодействия о внутриклеточном или интравитальном межмолекулярном взаимодействии,
при этом блок определения предсказанного протеина и/или блок определения силы взаимодействия выполнены с возможностью всесторонней оценки с дополнительным использованием данных межмолекулярного взаимодействия, хранящихся в блоке хранения данных межмолекулярного взаимодействия.
4. Устройство предсказания взаимодействия по п. 1 или 2, в котором
блок хранения данных дополнительно содержит:
блок хранения данных подобия структуры протеинов, хранящий данные подобия структуры протеинов о подобии в структуре упомянутого протеина;
при этом блок определения предсказанного протеина и/или блок определения силы взаимодействия выполнены с возможностью всесторонней оценки с дополнительным использованием данных подобия структуры протеинов, хранящихся в блоке хранения данных подобия структуры протеинов.
5. Устройство предсказания взаимодействия по п. 1 или 2, в котором блок получения данных структуры протеина выполнен с возможностью предсказания и получения данных структуры возможного протеина посредством предсказания множества фрагментов данных структуры протеина с использованием способа предсказания структуры и всесторонней оценки фрагментов данных структуры протеина с использованием способа обучения и/или способа метаоценки.
6. Устройство предсказания взаимодействия по п. 1 или 2, в котором
блок хранения данных дополнительно содержит:
блок хранения генетических данных, хранящий генетические данные о гене индивидуума,
при этом блок получения данных структуры протеина выполнен с возможностью предсказания и получения данных структуры возможного протеина с использованием способа предсказания структуры на основе генетических данных, хранящихся в блоке хранения генетических данных.
7. Способ предсказания взаимодействия, выполняемый устройством предсказания взаимодействия, содержащим:
блок хранения данных и блок управления, причем
блок хранения данных содержит:
блок хранения данных структуры соединений, хранящий данные структуры соединений для структуры соединения; и
блок хранения данных структуры протеинов, хранящий данные структуры протеинов для структуры протеина;
при этом способ, исполняемый блоком управления, содержит:
этап получения данных структуры соединения, на котором получают данные структуры соединения для указанного соединения из блока хранения данных структуры соединений или предсказывают и получают данные структуры соединения, не хранящиеся в блоке хранения данных структуры соединений, с использованием способа предсказания структуры;
этап получения данных структуры протеина, на котором получают данные структуры возможного протеина, соответствующие данным структуры протеина для возможного протеина, служащего в качестве протеина, возможного для взаимодействия с указанным соединением, из блока хранения данных структуры протеинов или предсказывают и получают данные структуры возможного протеина, не хранящиеся в блоке хранения данных структуры протеинов, с использованием способа предсказания структуры;
этап определения предсказанного протеина, на котором вычисляют множество сил связывания между возможным протеином и соединением с использованием множества способов моделирования стыковки на основе данных структуры соединения, полученных на этапе получения данных структуры соединения, и данных структуры возможного протеина, полученных на этапе получения данных структуры протеина, определяют какую-либо из сил связывания или комбинацию сил связывания в качестве предсказанной силы связывания, соответствующей окончательно предсказанной силе связывания, посредством всесторонней оценки сил связывания с использованием способа обучения и/или способа метаоценки, и определяют предсказанный протеин, соответствующий возможному протеину, предсказанному для взаимодействия с соединением; и
этап определения силы взаимодействия, на котором вычисляют силы связывания с использованием множества способов моделирования силы связывания на основе данных структуры соединения, полученных на этапе получения данных структуры соединения, и данных структуры протеина для предсказанного протеина, определенного на этапе определения предсказанного протеина, и определяют предсказанную силу взаимодействия, соответствующую силе взаимодействия, указывающей, насколько сильно соединение, основанное на данных структуры соединения, взаимодействует с предсказанным протеином при наличии другого конкурентно действующего соединения, причем предсказанная сила взаимодействия, в конечном счете, предсказывается посредством всесторонней оценки сил связывания с использованием способа обучения и/или способа метаоценки.
8. Энергонезависимый материальный считываемый компьютером носитель данных, содержащий запрограммированные команды, вызывающие при их исполнении устройством предсказания взаимодействия, содержащим блок хранения данных, содержащий блок хранения данных структуры соединений, хранящий данные структуры соединений для структуры соединения, и блок хранения данных структуры протеинов, хранящий данные структуры протеинов для структуры протеина, и блок управления,
выполнение блоком управления:
этапа получения данных структуры соединения, на котором получают данные структуры соединения для указанного соединения из блока хранения данных структуры соединений или предсказывают и получают данные структуры соединения, не хранящиеся в блоке хранения данных структуры соединений, с использованием способа предсказания структуры;
этапа получения данных структуры протеина, на котором получают данные структуры возможного протеина, соответствующие данным структуры протеина для возможного протеина, служащего в качестве протеина, возможного для взаимодействия с указанным соединением, из блока хранения данных структуры протеинов или предсказывают и получают данные структуры возможного протеина, не хранящиеся в блоке хранения данных структуры протеинов, с использованием способа предсказания структуры;
этапа определения предсказанного протеина, на котором вычисляют множество сил связывания между возможным протеином и соединением с использованием множества способов моделирования стыковки на основе данных структуры соединения, полученных на этапе получения данных структуры соединения, и данных структуры возможного протеина, полученных блоком получения данных структуры протеина, определяют какую-либо из сил связывания или комбинацию сил связывания в качестве предсказанной силы связывания, соответствующей окончательно предсказанной силе связывания, посредством создания всесторонней оценки сил связывания с использованием способа обучения и/или способа метаоценки, и определяют предсказанный протеин, соответствующий возможному протеину, предсказанному для взаимодействия с соединением; и
этапа определения силы взаимодействия, на котором вычисляют силы связывания с использованием множества способов моделирования силы связывания на основе данных структуры соединения, полученных на этапе получения данных структуры соединения, и данных структуры протеина для предсказанного протеина, определенного на этапе определения предсказанного протеина, и определяют предсказанную силу взаимодействия, соответствующую силе взаимодействия, указывающей, насколько сильно соединение, основанное на данных структуры соединения, взаимодействует с предсказанным протеином при наличии другого конкурентно действующего соединения, причем предсказанная сила взаимодействия, в конечном счете, предсказывается посредством всесторонней оценки сил связывания с использованием способа обучения и/или способа метаоценки.