ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ДАННЫХ С ПРИМЕНЕНИЕМ МНОГООБРАЗИЯ И ГИПЕРПЛОСКОСТИ

1. Способ анализа биологических данных, при этом биологические данные содержат значения экспрессии множества полипептидов в крови субъекта, при этом способ включает:
использование аппаратного обрабатывающего устройства для выполнения компьютерных программных инструкций, хранимых на машиночитаемом носителе, при этом указанные компьютерные программные инструкции включают:
1
компьютерные программные инструкции для вычисления расстояния между сегментом кривой и осью, образованной направлением, при этом указанное расстояние, вычисляемое в точке вдоль указанной кривой, образовано кооридинатой δ вдоль указанного направления; и
компьютерные программные инструкции для коррелирования указанного расстояния с присутствием, отсутствием или вероятностью того, что субъект имеет бактериальную инфекцию;
1
0
1
1
1
1
0
1
при этом указанная координата образована комбинацией указанных значений экспрессии, при этом, по меньшей мере, 90% указанного сегмента заключено между нижней ограничивающей прямой f(δ)-ε и верхней ограничивающей прямой f(δ)+ ε, при этом указанный f(δ) равняется 1/(1+ехр(δ)), и при этом каждый из указанных ε и ε составляет менее 0,5.
2. Способ по п. 1, в котором указанные значения экспрессии измеряют с помощью измерительной системы, выполняющей, по меньшей мере, один вид автоматизированного анализа, выбранный из группы, состоящей из автоматизированного анализа ELISA, автоматизированного иммуноанализа и автоматизированного функционального анализа, при этом способ включает получение указанных биологических данных от указанной измерительной системы.
3. Способ по любому из пп. 1 или 2, в котором указанная комбинация указанных значений экспрессии включает линейную комбинацию указанных значений экспрессии.
4. Способ по любому из пп. 1-3, дополнительно включающий получение указанной вероятности на основе указанного расстояния, сравнение указанной вероятности с предварительно определенным пороговым значением и лечение указанной бактериальной инфекции у субъекта, если указанная вероятность превышает указанное предварительно определенное пороговое значение.
5. Способ анализа биологических данных, при этом биологические данные содержат значения экспрессии множества полипептидов в крови субъекта, при этом способ включает:
использование аппаратного обрабатывающего устройства для выполнения компьютерных программных инструкций, хранимых на машиночитаемом носителе, при этом указанные компьютерные программные инструкции включают:
0
1
компьютерные программные инструкции для вычисления первого расстояния между сегментом кривой поверхности и плоскостью, образованной первым направлением и вторым направлением, при этом указанное первое расстояние вычисляют в точке на указанной поверхности, образованной первой координатой δ вдоль указанного первого направления и второй координатой δ вдоль указанного второго направления; и
компьютерные программные инструкции для коррелирования указанного первого расстояния с присутствием, отсутствием или вероятностью того, что субъект имеет бактериальную инфекцию;
0
1
0
0
1
1
0
1
1
0
1
0
1
при этом каждая из указанных координат образована различной комбинацией указанных значений экспрессии, при этом, по меньшей мере, 90% указанного сегмента заключено между нижней ограничивающей поверхностью f(δ,  δ)- ε и верхней ограничивающей поверхностью f(δ, δ)+ ε, при этом указанная f(δ, δ) равняется exp(δ)/(1+exp(δ)+exp(δ)), и при этом каждый из указанных ε и ε составляет менее 0,5.
6. Способ по п. 5, в котором указанные значения экспрессии измеряют с помощью измерительной системы, выполняющей, по меньшей мере, один вид автоматизированного анализа, выбранный из группы, состоящей из автоматизированного анализа ELISA, автоматизированного иммуноанализа и автоматизированного функционального анализа, при этом способ включает получение указанных биологических данных от указанной измерительной системы.
7. Способ по любому из пп. 5-6, в котором, по меньшей мере, для одной из указанных координат указанная комбинация указанных значений экспрессии включает линейную комбинацию указанных значений экспрессии.
8. Способ по любому из пп. 5-7, дополнительно включающий получение указанной вероятности на основе указанного первого расстояния, сравнение указанной вероятности с предварительно определенным пороговым значением и лечение указанной бактериальной инфекции у субъекта, если указанная вероятность превышает указанное предварительно определенное пороговое значение.
9. Способ по любому из пп. 5-8, дополнительно включающий вычисление второго расстояния между сегментом второй кривой поверхности и указанной плоскости; и
определение корреляции указанного второго расстояния с присутствием, отсутствием или вероятностью того, что субъект имеет вирусную инфекцию;
0
1
2
0
1
3
0
1
0
0
1
2
3
при этом, по меньшей мере, 90% указанного сегмента указанной второй поверхности заключено между второй нижней ограничивающей поверхностью g(δ, δ)- ε и второй верхней ограничивающей поверхностью g(δ, δ)+ ε, при этом указанная g(δ, δ) равняется ехр(δ)/(1+ехр(δ)+ехр(δ)), и при этом каждый из ε и ε составляет менее 0,5.
10. Способ по п. 9, дополнительно включающий получение указанной вероятности на основе указанного второго расстояния, сравнение указанной вероятности со вторым предварительно определенным пороговым значением и лечение у субъекта указанной вирусной инфекции, если указанная вероятность превышает указанное второе предварительно определенное пороговое значение.
11. Способ по п. 9, дополнительно включающий получение указанной вероятности того, что субъект имеет бактериальную инфекцию, на основе указанного первого расстояния, получение указанной вероятности того, что субъект имеет вирусную инфекцию, на основе указанного второго расстояния, сравнение каждой из указанных вероятностей с соответствующим предварительно определенным пороговым значением и, если каждая из указанных вероятностей находится ниже указанного соответствующего предварительно определенного порогового значения, определение того, что пациент вероятно имеет неинфекционное заболевание.
12. Способ по любому из пп. 1-11, в котором каждое из указанных множеств полипептидов выбрано из группы, состоящей из CRP, IP-10, TRAIL, IL1ra, РСТ и SAA.
13. Способ по любому из пп. 1-11, в котором указанное множество полипептидов включает, по меньшей мере, три полипептида.
14. Способ по любому из пп. 1-11, в котором указанное множество полипептидов включает, по меньшей мере, три полипептида, выбранных из группы, состоящей из CRP, IP-10, TRAIL, IL1ra, РСТ и SAA
15. Способ по любому из пп. 1-11, в котором указанное множество полипептидов включает, по меньшей мере, CRP и TRAIL
16. Способ по любому из пп. 1-11, в котором указанное множество полипептидов включает, по меньшей мере, CRP, TRAIL и IP-10
17. Способ по любому из пп. 1-16, дополнительно включающий генерирование выходных данных по указанной вероятности, при этом указанные выходные данные представлены графически.
18. Способ по любому из пп. 1-17, дополнительно включающий определение указанных значений экспрессии, и при этом, по меньшей мере, одно из указанных значений экспрессии определяется с помощью электрофореза или иммунохимического анализа.
19. Компьютерный программный продукт, включающий машиночитаемый носитель данных, на котором хранятся программные инструкции, которые при чтении аппаратным обрабатывающим устройством заставляют аппаратное обрабатывающее устройство получать значения экспрессии множества полипептидов в крови субъекта, который имеет неизвестное заболевание, и выполнять способ по любому из пп. 1-7, 9 и 11-18.
20. Способ предсказания прогноза заболевания, включающий измерение уровня белка TRAIL в сыворотке у субъекта с заболеванием, при этом если уровень TRAIL находится ниже предварительно определенного уровня, то прогноз является более негативным, чем у субъекта с заболеванием с уровнем белка TRAIL в сыворотке выше предварительно определенного уровня.
21. Способ по п. 20, в котором заболевание представляет собой инфекционное заболевание.
22. Способ по п. 20, в котором заболевание представляет собой неинфекционное заболевание.
23. Способ по п. 20, в котором указанный предварительно определенный уровень составляет менее 20 пг/мл.
24. Способ определения курса лечения для заболевания у субъекта, включающий измерение уровня белка TRAIL в сыворотке у субъекта, при этом если уровень TRAIL находится ниже предварительно определенного уровня, то субъекта подвергают последнему оставшемуся эффективному виду лечения.
25. Способ по п. 24, в котором указанный предварительно определенный уровень составляет менее 20 пг/мл.
26. Способ определения типа инфекции у субъекта-женщины детородного возраста, при этом способ включает сравнение уровня белка TRAIL в сыворотке у субъекта с предварительно определенным пороговым значением, при этом указанное предварительно определенного пороговое значение соответствует уровню белка TRAIL в сыворотке здорового субъекта-женщины детородного возраста или группы здоровых субъектов-женщин детородного возраста, при этом разница между указанным уровнем белка TRAIL в сыворотке и указанным предварительно определенным пороговым значением свидетельствует о типе инфекции.
27. Способ определения типа инфекции у субъекта-мужчины детородного возраста, при этом способ включает сравнение уровня белка TRAIL в сыворотке у субъекта с предварительно определенным пороговым значением, при этом указанное предварительно определенного пороговое значение соответствует уровню белка TRAIL в сыворотке здорового субъекта-мужчины детородного возраста или группы здоровых субъектов-мужчин детородного возраста, при этом разница между указанным уровнем белка TRAIL в сыворотке и указанным предварительно определенным пороговым значением свидетельствует о типе инфекции.
28. Способ по п. 26 или 27, в котором если указанный уровень белка TRAIL в сыворотке превышает указанный предварительно определенный пороговый уровень, то тип инфекции является вирусным.
29. Способ по п. 26 или 27, в котором если указанный уровень белка TRAIL в сыворотке превышает указанный предварительно определенный пороговый уровень, то тип инфекции не является бактериальным.
30. Способ по п. 26 или 27, в котором если указанный уровень белка TRAIL в сыворотке находится ниже указанного предварительно определенного порогового уровня, то тип инфекции является бактериальным.
31. Способ по п. 26 или 27, в котором если указанный уровень белка TRAIL в сыворотке находится ниже указанного предварительно определенного порогового уровня, то тип инфекции не является вирусным.