Способ определения индивидуального генетического риска развития ишемического инсульта

1. Способ определения генетического риска развития ишемического инсульта, основанный на определении однонуклеотидных полиморфизмов, включающий:
(а) выделение полногеномной ДНК обследуемого пациента;
(б) определение в образце ДНК аллелей однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), относящихся к следующим группам генов:
«Гемостаз» (Г-ИИ), - группа генов, имеющих отношение к гемостазу и тромбообразованию, включающая гены: F2 (rs1799963), F5 (rs6025), F7 (rs6046), F13A1 (rs5958), SERPINE1 (rs1799768), FGB (rs1800790), GP1BA (rs6065) и ITGB3 (rs5918),
«Липидный обмен» (ЛО-ИИ) - группа генов, имеющих отношение к метаболизму, включающая гены и локусы: АРОЕ (rs429358), APOE (rs7412), APOA5 (rs662799), LPA (rs10455872), LPL (rs328), MTHFR (rs1801133), PON1 (rs662) и 9p21.3(rs2383207),
«Клеточные взаимодействия» (В-КЛ-ИИ), - группа генов, участвующих в межклеточном взаимодействиями, включающая гены: CELSR1 (rs6007897), ICAM1 (rs1799969), IL1B (rs1694), LTA (rs909253), LTC4S (rs730012), LTC4S (rs3776944) и SELE (rs5355),
«Инсульт-1» (ИИ-1), - группа SNP, которая является индикатором показателя отношения шансов заболеть инсультом, полученные при сопоставлении больных с кардиогенным эмболическим инсультом и лиц, без указаний на инсульт в анамнезе, включающая гены и локусы: CELSR1 (rs4044210), NOS3 (rs1799983), PDE4D (rs702553), 16q22.3 (rs7193343), 16q22.3 (rs12932445), 22q12.3 (rs5998322), 6p21.1 (rs556512) и 4q25 (rs2200733),
«Инсульт-2» (ИИ-2) - группа SNP, которая является индикатором показателя отношения шансов заболеть инсультом, полученные при сопоставлении больных с атеротромботическим инсультом и лиц, без указаний на инсульт в анамнезе, включающая гены и локусы: LPL (rs328), AGTR1 (rs5186), HDAC9 (rs11984041), LPA (rs10455872), 9р21.3 (rs1537378), 6p21.1 (rs556621), 22q12.3 (rs4479522) и 4q25 (rs1906591),
«Артериальная гипертензия» (АГ) - группа SNP, значимо ассоциированных с развитием артериальной гипертонии в виде одного из клинических факторов риска развития инсульта, включающая гены и локусы 12р12 (rs7961152), 12q23 (rs11110912), 13q21 (rs1937506), 15q26 (rs2398162), 1q43 (rs2820037), 8q24 (rs6997709), FGF5 (rs16998073), MTHFR (rs17367504), NOS3 (rs3918226), CSK (rs1378942) и c10orfl07 (rs1530440);
(в) определение индивидуального генетического риска развития инсульта на основании анализа выявленных аллелей в тестируемых SNP, при котором:
(i) рассчитывают средний популяционного риск (APR) для каждого SNP по формуле:
1
1
2
2
3
3
APR=F×OR+F×OR+F×OR, где
1
F - частоты гомозигот по «дикому» аллелю,
2
F - частоты гетерозигот,
3
F - частоты гомозигот по мутантному аллелю,
1
OR - показатель отношения шансов для гомозиготного генотипа по дикому аллелю, равный 1,
2
OR - показатель отношения шансов для гетерозиготного генотипа,
3
OR - показатель отношения шансов для гомозиготного генотипа по мутантному аллелю;
(ii) рассчитывают относительные риски (RR) по каждому SNP исходя из генотипа исследуемого пациента по следующим формулам:
для гомозиготного генотипа по дикому аллелю: RR=1/APR,
2
для гетерозиготного генотипа: RR=OR/APR,
3
для гомозиготного генотипа по мутантному аллелю RR=OR/APR;
(iii) рассчитывают обобщенные относительные риски (GRR), обусловленные комбинацией аллелей в генах, объединенных в упомянутые группы по формуле:
комбинации
1
2
3
i
GRR=RR×RR×RR…×RR,
1
i
где RR…RR - относительные риски по каждому SNP, включенному в соответствующую группу;
комбинации
комбинации
комбинации
(г) оценку индивидуального генетического риска развития инсульта по каждой из упомянутых групп генов на основании значений обобщенных относительных рисков GRR: при значении GRR<1 риск является пониженным по отношению к среднему обобщенному относительному риску популяции и при значении GRR>1 риск является повышенным по отношению к указанному среднему значению.
комбинации
2. Способ по п. 1, в котором, исходя из полученных значений обобщенных относительных рисков GRR, степень генетического риска по каждой из упомянутой групп генов относят к одной из категорий: «низкий риск», «пониженный риск», «средний риск», «повышенный риск», «высокий риск» и «очень высокий риск» следующим образом:
комбинации
для группы Г-ИИ: при значении GRR 0,43-0,76 устанавливают категорию «низкий риск», при 0,76-0,89 - «пониженный риск», при 0,89-1,02 - «средний риск», при 1,02-1,23 - «повышенный риск», при 1,23-1,55 - «высокий риск», при >1,5 5 - «очень высокий риск»;
комбинации
для группы ЛО-ИИ: при значении GRR 0,64-0,79 устанавливают категорию «низкий риск», при 0,79-0,85 - «пониженный риск», при 0,85-0,91 «средний риск», при 0,91-1,15 - «повышенный риск», при 1,15-1,75 - «высокий риск», при >1,75 - «очень высокий риск»;
комбинации
для группы В-КЛ-ИИ: при значении GRR 0,30-0,53 устанавливают категорию «низкий риск», при 0,53-0,66 - «пониженный риск», при 0,66-0,83 «средний риск», при 0,83-1,16 - «повышенный риск», при 1,16-2,30 - «высокий риск», при >2,30 - «очень высокий риск»;
комбинации
для группы ИИ-1: при значении GRR в диапазоне 0,58-0,70 устанавливают категорию «низкий риск», при 0,70-0,78 - «пониженный риск», при 0,78-0,93 - «средний риск», при 0,93-1,22 - «повышенный риск», при 1,22-1,83 - «высокий риск», при >1,83 - «очень высокий риск»;
комбинации
для группы ИИ-2: при значении GRR 0,21-0,53 устанавливают категорию «низкий риск», при 0,53-0,77 - «пониженный риск», при 0,77-0,96 - «средний риск», при 0,96-1,34 - «повышенный риск», при 1,34-2,16 - «высокий риск», при >2,16 - «очень высокий риск»;
комбинации
для группы АГ: при значении GRR 0,18-0,65 устанавливают категорию «низкий риск», при 0,65-0,81 - «пониженный риск», при 0,81-0,99 - «средний риск», при 0,99-1,27 - «повышенный риск», при 1,27-1,84 - «высокий риск», при >1,84 - «очень высокий риск».
комбинации
комбинации
3. Способ по п. 2, в котором оценка генетического риска производится на основании предполагаемого распределения значений GRR по каждой из групп генов в соответствии с рассчитанными значениями обобщенных показателей генетически обусловленного риска путем разбиения области возможных значений GRR на 5 диапазонов, по 20% персентилей: 1-й диапазон «низкого риска» - 20%; 2-й диапазон «пониженного риска» - 20%; 3-й диапазон «среднего риска» - 20%; 4-й диапазон «повышенного риска» - 20% и 5-й диапазон, включающий области «высокого риска» - 15% и «очень высокого риска» - 5%.
комбинации
комбинации
комбинации
4. Способ по п. 2 или 3, в котором результаты оценки генетического риска представляют в виде лепестковой диаграммы в которой на шести осях, соответствующих упомянутым шести группам генов и образованных лучами, проведенными из центра правильного шестиугольника к его вершинам, откладывают шкалы значений GRR наносят линии, соединяющие точки на шкалах, соответствующие граничным значениям GRR для каждой из упомянутых категорий риска в соответствующей группе, и формируют индивидуальный профиль генетической предрасположенности пациента путем нанесения на шкалы точек, соответствующих рассчитанным значениям GRR для данного пациента и соединения этих точек линиями.
5. Способ по любому из пп. 1-3, в котором полногеномную ДНК выделяют из клеток крови или буккального эпителия.
6. Способ по любому из пп. 1-3, в котором выявление наличия аллельных однонуклеотидных полиморфизмов осуществляют методом ПЦР в реальном времени или с помощью пиросеквенирования.