ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЕ АНАЛИЗЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ СТИЛБАЗИУМА

1. Анализ для определения наличия, отсутствия или жизнеспособности клетки, вещества, подлежащего обнаружению при анализе, нуклеиновой кислоты или микроорганизма в образце, где указанный анализ включает комбинирование образца с помечающим реагентом, чтобы образовать меченую клетку, вещество, подлежащее обнаружению при анализе, нуклеиновую кислоту или микроорганизм, указанный помечающий реагент содержит краситель, который окрашивает клетку, вещество, подлежащее обнаружению при анализе, нуклеиновую кислоту или микроорганизм, чтобы предоставить окрашенный образец, содержащий окрашенную клетку, вещество, подлежащее обнаружению при анализе, нуклеиновую кислоту или микроорганизм, в котором указанный краситель представляет собой соединение формулы I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
наблюдение аккумуляции окрашенных клеток, вещества, подлежащего обнаружению при анализе, нуклеиновой кислоты или микроорганизма.
2. Анализ по п.1, в котором указанный краситель инкапсулирован или пегилирован.
5
2
n
6
6
3. Анализ по п.1, в котором R представляет собой (CH)-MR, где n - число от 1 до 6, M - металлоорганическое соединение, выбранное из группы, состоящей из соединений олова, кремния и германия, и где R выбрана из группы, состоящей из пропила, бутила и алкила, замещенного или незамещенного.
4. Анализ по п.1, в котором соединение формулы I имеет следующую структуру:
5. Анализ по п.1, в котором соединение формулы I имеет следующую структуру:
6. Анализ по п.1, в котором соединение формулы I имеет следующую структуру:
7. Зонд, содержащий лиганд или антитело и соединение формулы I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
в котором указанное соединение связано с лигандом или антителом химической связью.
8. Зонд по п.7, в котором лиганд является олигонуклеотидом.
9. Зонд по п.8, в котором олигонуклеотид является олигомером ДНК.
10. Зонд по п.9, в котором атом фосфора в олигомере ДНК присоединен к красителю.
11. Зонд по п.8, в котором указанный олигонуклеотид имеет последовательность, комплементарную по отношению к специфической последовательности в нуклеиновой кислоте - мишени, содержащей данную специфическую последовательность.
12. Способ выбора вещества, подлежащего обнаружению при анализе, которое связывается с соединением формулы I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
в котором указанное связывание увеличивает интенсивность флуоресценции соединения указанной формулы I, где указанный способ включает следующие стадии:
(a) предоставление популяции веществ, определяемых при анализе;
(b) выбор указанных веществ, определяемых при анализе, которые связываются с соединением указанной формулы I;
(c) приведение указанных веществ, определяемых при анализе, которые связываются с соединением указанной формулы I, в соприкосновение с соединением указанной формулы I; и
(d) выбор указанных веществ, определяемых при анализе, которые при связывании с соединением указанной формулы I увеличивают интенсивность флуоресценции вещества, определяемого при анализе.
13. Способ по п.12, в котором указанное вещество, подлежащее обнаружению при анализе, является ДНК.
14. Способ по п.12, в котором указанное вещество, подлежащее обнаружению при анализе, является РНК.
15. Способ по п.12, в котором указанное вещество, подлежащее обнаружению при анализе, является небольшой молекулой.
16. Способ по п.12, в котором указанное вещество, подлежащее обнаружению при анализе, является микроорганизмом.
17. Способ по п.12, в котором указанное вещество, подлежащее обнаружению при анализе, является клеткой.
18. Способ определения способности нуклеиновой кислоты, представляющей интерес, к взаимодействию с белком, представляющим интерес, в клетке или в образце in vitro, где указанный способ включает следующие стадии:
(a) экспрессию в указанной клетке или в указанном образце слитой нуклеиновой кислоты, содержащей указанную нуклеиновую кислоту, представляющую интерес, связанной ковалентными связями с аптамером нуклеиновой кислоты, который связывается с первым соединением формулы I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
(b) экспрессию в указанной клетке или в указанном образце слитого белка, содержащего указанный белок, представляющий интерес, связанный ковалентными связями с обнаруживаемым белком, который связывается со вторым соединением формулы I, при этом длина волны эмиссии указанного первого соединения формулы I отличается от длины волны эмиссии указанного второго соединения формулы I, и длина волны эмиссии указанного первого соединения формулы I индуцирует флуоресценцию указанного второго соединения формулы I, или длина волны эмиссии указанного второго соединения формулы I индуцирует флуоресценцию указанного первого соединения формулы I;
(c) приведение указанной клетки или указанного образца в соприкосновение c i) указанным первым соединением формулы I и указанным вторым соединением формулы I, ii) одним лишь указанным первым соединением формулы I, iii) или одним лишь указанным вторым соединением формулы I, посредством чего аптамер указанной нуклеиновой кислоты связывается с указанным первым соединением формулы I и увеличивает интенсивность его флуоресценции, и посредством чего указанный обнаруживаемый белок связывается с указанным вторым соединением формулы I и увеличивает интенсивность его флуоресценции; и
(d) измерение указанной интенсивности флуоресценции указанного первого соединения формулы I в присутствии и отсутствии указанного второго соединения формулы или измерение указанной интенсивности флуоресценции указанного второго соединения формулы I в присутствии и отсутствии указанного первого соединения формулы I, посредством чего определяется взаимодействие указанной нуклеиновой кислоты, представляющей интерес, с указанным белком, представляющим интерес, если происходит передача резонансной энергии флуоресценции между указанным первым соединением формулы I и указанным вторым соединением формулы I.
19. Способ по п.18, дополнительно включающий:
(a) экспрессию в указанной клетке или в указанном образце слитого белка, содержащего указанный белок, представляющий интерес, связанный ковалентными связями с обнаруживаемым белком с собственной флуоресценцией, при этом длина волны эмиссии указанного соединения формулы I отличается от длины волны эмиссии обнаруживаемого белка, и длина волны эмиссии указанного соединения формулы I индуцирует флуоресценцию указанного обнаруживаемого белка или длина волны эмиссии обнаруживаемого белка индуцирует флуоресценцию указанного соединения формулы I;
(b) приведение указанной клетки или указанного образца в соприкосновение c указанным соединением формулы I, посредством чего аптамер указанной нуклеиновой кислоты связывается с указанным соединением формулы I и увеличивает интенсивность его флуоресценции; и
(c) измерение указанной интенсивности флуоресценции указанного обнаруживаемого белка или измерение указанной интенсивности флуоресценции указанного обнаруживаемого белка в присутствии и отсутствии указанного соединения формулы I, посредством чего определяется взаимодействие указанной нуклеиновой кислоты, представляющей интерес, с указанным белком, представляющим интерес, если происходит передача резонансной энергии флуоресценции между указанным соединением формулы I и указанным обнаруживаемым белком.
20. Способ определения наличия или отсутствия одного или нескольких одного или нескольких соединений-мишеней в образце, в котором указанное соединение является флуоресцентной молекулой соединения формулы I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
данный способ включает следующие стадии:
предоставление нескольких электрофоретических зондов, специфических для одного или нескольких соединений-мишеней, каждый электрофоретический зонд имеет группу, связываемую с мишенью;
комбинирование с образцом нескольких электрофоретических зондов, таких, чтобы в присутствии соединения-мишени образовывался комплекс между каждым соединением-мишенью и специфическими для него одним или несколькими электрофоретическими зондами; и
отделение и идентификацию соединений для определения наличия или отсутствия одного или нескольких соединений-мишеней.
21. Набор для окрашивания клеток, веществ, подлежащих обнаружению при анализе, нуклеиновых кислот или микроорганизмов в образце, содержащий:
(a) смесь для окрашивания, которая содержит один или несколько красителей, для образования комбинированной смеси, в которой по меньшей мере один краситель имеет формулу I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
(b) инструкции для комбинирования указанного красителя или красителей с образцом, который содержит клетки, вещества, подлежащих обнаружению при анализе, нуклеиновые кислоты и/или микроорганизмы; указанные инструкции содержат
i) комбинирование образца клеток, веществ, подлежащих обнаружению при анализе, нуклеиновых кислот и/или микроорганизмов со смесью для окрашивания, содержащей по меньшей мере один краситель или красители, чтобы образовать комбинированную смесь; и
ii) инкубирование комбинированной смеси в течение времени, достаточного для связывания красителя в смеси для окрашивания с клетками, веществами, подлежащими обнаружению при анализе, нуклеиновыми кислотами или микроорганизмами в смешанном образце, чтобы образовать окрашенный комплекс клеток, веществ, подлежащих обнаружению при анализе, нуклеиновых кислот или микроорганизмов, который предоставляет обнаруживаемый оптический отклик при облучении.
22. Набор по п.21, в котором указанный набор используется для клеточной дифференцировки.
23. Соединение формулы I:
1
2
3
4
в которой группы NRR и NRR находятся в орто-, мета- или параположениях;
-
X представляет собой анионоактивную соль;
1
2
3
4
1-10
1
2
3
4
R, R, R или R независимым образом выбраны из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), или в которой R и R или R и R взяты совместно с атомом азота, к которому они присоединены с образованием пирролидиновых или пиперидиновых колец;
5
1-10
R выбран из группы, состоящей из метила, этила, C алкила (линейного или разветвленного), алкенов (линейных или разветвленных), алкинов, н-пропила, изопропила, н-бутила, изобутила, металлоорганического соединения, группы полиалкиленгликоля, замещенных и незамещенных арильных групп и замещенных и незамещенных бензильных групп; и
указанное соединение инкапсулировано или пегилировано.
24. Соединение по п.23, в котором указанное инкапсулированное или пегилированное соединение растворимо в воде.
25. Соединение по п.23, в котором указанное соединение флуоресцирует в интервале от примерно 400 до 700 нм.