ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ И РАСПОЗНАВАНИЯ УСТОЙЧИВОГО К МЕТИЦИЛЛИНУ ЗОЛОТИСТОГО СТАФИЛОКОККА (STAPHYLOCOCCUS AUREUS) (MRSA) С MREJ ТИПА XXI

LGA251
1. Композиция для обнаружения устойчивого к метициллину Staphylococcus aureus (MRSA), содержащего нуклеиновые кислоты MREJ типа xxi, указанный S. aureus содержит элемент стафилококковой хромосомной кассеты mec (SCCmec), включая гомолог mecA (mecA), указанная кассета SCCmec встроена в хромосомную ДНК S. aureus, тем самым образуя полиморфную последовательность типа xxi области соединения на правом конце (MREJ), которая включает полиморфные последовательности на правом конце и хромосомную ДНК, примыкающую к указанным полиморфным последовательностям на правом конце, указанная композиция содержит:
первый праймер для амплификации, указанный первый праймер для амплификации имеет длину от 10 до 45 нуклеотидов, при этом указанный первый праймер для амплификации специфично гибридизуется при стандартных условиях ПЦР с полиморфными последовательностями на правом конце нуклеиновых кислот MREJ типа xxi.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный первый праймер для амплификации специфично гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1 или с комплементарной ей последовательностью при указанных стандартных условиях ПЦР.
3. Композиция по п. 1, которая дополнительно содержит:
второй праймер для амплификации, указанный второй праймер для амплификации имеет длину от 10 до 45 нуклеотидов, при этом указанный второй праймер для амплификации специфично гибридизуется при стандартных условиях ПЦР с хромосомными последовательностями S. aureus, расположенными в пределах 1 т.п.н. от точки встраивания элемента SCCmec в хромосомную ДНК, и при этом указанные первый и второй праймеры для амплификации совместно образуют ампликон области соединения на правом конце нуклеиновых кислот MREJ типа xxi при стандартных условиях ПЦР в случае присутствия MRSA, который содержит нуклеиновые кислоты MREJ типа xxi.
4. Композиция по п. 3, отличающаяся тем, что указанный второй праймер для амплификации специфично гибридизуется при стандартных условиях ПЦР с orfX.
5. Композиция по п. 3, которая дополнительно содержит зонд, причем указанный зонд специфично гибридизуется с указанным ампликоном нуклеиновых кислот MREJ типа xxi при стандартных условиях ПЦР.
6. Композиция по п. 1, которая дополнительно содержит пару праймеров, которые специфично гибридизуются с последовательностью mecA в пределах SEQ ID NO: 156 и позволяют амплифицировать указанную последовательность.
7. Композиция по п. 1, которая дополнительно содержит пару праймеров, которые специфично гибридизуются с последовательностью mecC в пределах SEQ ID NO: 157 и позволяют амплифицировать указанную последовательность.
8. Композиция по п. 1, которая дополнительно содержит пару праймеров, которые специфично гибридизуются с последовательностью nuc в пределах SEQ ID NO: 158 и позволяют амплифицировать указанную последовательность.
9. Композиция по п. 1, которая дополнительно содержит один или более дополнительных праймеров для амплификации, причем указанные один или более дополнительных праймеров для амплификации имеют длину от 10 до 45 нуклеотидов, и при этом указанные один или более дополнительных праймеров для амплификации специфично гибридизуются с одной или более полиморфными последовательностями на правом конце SCCmec из MRSA с MREJ типа с i по хх.
10. Композиция по п. 9, отличающаяся тем, что указанная одна или более полиморфных последовательностей на правом конце SCCmec выбраны из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO: с 5 по 29.
11. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный первый праймер для амплификации по меньшей мере на 80% идентичен последовательности SEQ ID NO: 2.
12. Композиция по п. 11, отличающаяся тем, что указанный второй праймер для амплификации по меньшей мере на 80% идентичен последовательности SEQ ID NO: 3.
13. Композиция по п. 12, которая дополнительно содержит зонд, при этом зонд по меньшей мере на 80% идентичен последовательности SEQ ID NO: 4 или 82.
14. Композиция по п. 9, отличающаяся тем, что указанный зонд включает молекулу источника флуоресценции и молекулу гасителя флуоресценции.
15. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что указанный первый праймер для амплификации находится в лиофилизированной форме.
LG251
16. Способ обнаружения устойчивого к метициллину Staphylococcus aureus (MRSA), содержащего нуклеиновые кислоты MREJ типа xxi, указанный S. aureus содержит элемент стафилококковой хромосомной кассеты mec (SCCmec), включая гомолог mecA (mecA), указанная кассета SCCmec встроена в хромосомную ДНК S. aureus, тем самым образуя полиморфную последовательность типа xxi области соединения на правом конце (MREJ), которая включает полиморфные последовательности на правом конце и хромосомную ДНК, примыкающую к указанным полиморфным последовательностям на правом конце, указанный способ включает:
обеспечение образца для тестирования;
осуществление контакта указанного образца с первым праймером для амплификации, указанный первый праймер для амплификации имеет длину от 10 до 45 нуклеотидов, при этом указанный первый праймер для амплификации специфично гибридизуется при стандартных условиях ПЦР с полиморфными последовательностями на правом конце последовательности MREJ типа xxi;
осуществление контакта указанного образца со вторым праймером для амплификации, имеющим длину от 10 до 45 нуклеотидов, при этом указанный второй праймер для амплификации гибридизуется при стандартных условиях ПЦР с геном orfX S. aureus, и при этом указанные первый и второй праймеры для амплификации вместе образуют ампликон последовательности области соединения на правом конце SCCmec (MREJ) из MRSA при стандартных условиях ПЦР в случае присутствия нуклеиновых кислот MREJ типа xxi; и
определение того, образовался или нет ампликон нуклеиновых кислот MREJ типа xxi после этапа осуществления контакта.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что первый праймер для амплификации специфично гибридизуется с областью MREP последовательности SEQ ID NO: 1 при указанных стандартных условиях ПЦР.
18. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный этап осуществление контакта дополнительно включает осуществление контакта указанного образца с одним или более дополнительными праймерами для амплификации, при этом указанные один или более дополнительных праймеров для амплификации имеют длину от 10 до 45
нуклеотидов, и при этом указанные один или более дополнительных праймеров для амплификации специфично гибридизуются с одной из полиморфных последовательностей на правом конце SCCmec из MRSA с MREJ типа с i по хх.
19. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный этап осуществления контакта дополнительно включает осуществление контакта указанного осуществление контакта образца с одной или более дополнительными парами праймеров для амплификации, при этом указанная одна или более дополнительных пар праймеров для амплификации специфично гибридизуются и позволяют получить ампликон последовательностей nuc при стандартных условиях ПЦР.
20. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный этап осуществления контакта включает осуществление мультиплексной ПЦР.
21. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный этап осуществления контакта включает осуществление ПЦР в реальном времени.
22. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный этап осуществление контакта дополнительно включает осуществление контакта указанного осуществление контакта образца с одной или более дополнительными парами праймеров для амплификации, при этом указанная одна или более дополнительных пар праймеров для амплификации специфично гибридизуются и позволяют получить ампликон последовательностей mecA и/или mecC при стандартных условиях ПЦР.