ОПИСАНИЕ ХАРАКТЕРИСТИК МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ MALDI-TOF

1. Способ получения зоны характеризации аналитической пластины для проведения по меньшей мере одной характеризации популяции по меньшей мере одного микроорганизма в присутствии по меньшей мере одного антимикробного агента, где указанная характеризация включает анализ методом масс-спектрометрии, в течение которого популяция по меньшей мере одного микроорганизма, нанесенного на аналитическую зону, подвергается по меньшей мере одной стадии ионизации путем бомбардировки аналитической зоны лазерным лучом в соответствии с методом масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией, известной как MALDI;
способ получения аналитической зоны, отличающийся тем, что включает последовательно следующие стадии:
- стадию, заключающийся в предоставлении аналитической пластины для характеризации с помощью метода MALDI, где пластина включает по меньшей мере одну аналитическую зону, несущую антимикробный агент;
-стадию нанесения популяции по меньшей мере одного микроорганизма на указанную аналитическую зону в контакт с антимикробным агентом;
-стадию инкубации, состоящую в поддержании аналитической пластины в условиях и в течение времени, достаточного для того, чтобы позволить взаимодействовать присутствующим антимикробному агенту и микроорганизму; и
- стадию нанесения на аналитическую зону матрицы, которая пригодна для метода MALDI .
2. Способ получения по п. 1, отличающийся тем, что наносится популяция одного характеризуемого микроорганизма.
3. Способ получения по п. 1 или 2, отличающийся тем, что нанесенную(ые) популяция(ии) микроорганизма(ов) получают без предварительной стадии контакта с антимикробным агентом.
4. Способ получения по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что популяцию(ии) микроорганизма(ов) получают после стадии концентрирования, обогащения и/или очистки и/или соответствует колонии или части колонии полученной после роста на подходящей среде, в частности, гелевой среды.
5. Способ получения по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что антимикробный агент выбран таким образом, чтобы позволить идентифицировать устойчивость из-за выработки бета-лактамазы, и, в частности, карбапенемазы.
6. Способ получения по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что антимикробный агент представляет собой антибиотик, предпочтительно выбранный из пенициллинов, цефалоспоринов, цефамицинов, карбапенемов, монобактамов и, в частности, из числа ампициллина, амоксициллина, тикарциллина, пиперациллина, цефалотина, цефуроксима, цефокситина, цефиксима, цефотаксима, цефтазидима, цефтриаксона, цефподоксима, цефепима, азтреонама, эртапенема, имипенема, меропенема и фаропенема.
7. Способ получения по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что включает стадии функционализации, для того, чтобы получить аналитическую пластину для характеризации с помощью метода MALDI, содержащей, по меньшей мере, одну аналитическую зону, несущую антимикробный агент, где указанная стадия функционализации, предпочтительно проведена путем нанесения водного раствора антимикробного агента с последующей сушкой.
8. Способ получения по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что функционализированная аналитическая(ие) зона(ы) несет(ут) один антимикробный агент.
9. Способ характеризации популяции, по меньшей мере, одного микроорганизма, где характеризация включает, по меньшей мере, определение присутствия или отсутствия популяции микроорганизма, который устойчив, по меньшей мере, к одному антимикробному агенту;
данный способ отличается тем, что включает последовательно следующие стадии:
- подготовки, по меньшей мере, одной зоны характеризации аналитической пластины в соответствии со способом получения по любому из пп. 1-8;
- применения времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией, известной как MALDI-TOF для по меньшей мере однократного анализа популяции микроорганизма, нанесенной на зону характеризации, для того, чтобы иметь возможность сделать вывод находится ли популяция микроорганизма, который устойчив к антимикробному агенту, в зоне характеризации.
10. Способ характеризации по п. 9, отличающийся тем, что анализ с помощью масс-спектрометрии с использованием метода MALDI-TOF для того, чтобы сделать вывод, присутствует ли в зоне характеризации популяция микроорганизма, который устойчив к антибактериальному агенту, состоит из верификации присутствия антимикробного агента и/или продукта деградации антимикробного агента.
11. Способ характеризации по п. 9 или 10, отличающийся тем, что дополнительно включает характеризацию, идентифицирующую семейство, род, или, что предпочтительнее, вид популяции микроорганизма, нанесенного на зону характеризации.
12. Способ характеризации по любому из пп. 9-11, отличающийся тем, что:
идентифицируют семейство, род или, что предпочтительнее, вид популяции микроорганизма, нанесенного на зону характеризации, путем проведения первого анализа масс-спектрометрией типа MALDI, соответствующего первой стадии ионизации зоны характеризации, и с использованием первой калибровки для анализа; и
определяют возможное присутствие в зоне характеризации популяции микроорганизма, который устойчив к антимикробному агенту, путем проведения второго анализа методом масс-спектрометрии с использованием метода MALDI-TOF, соответствующего второй стадии ионизации той же зоны характеризации, и с помощью второй калибровки для анализа.
13. Способ характеризации по п. 11 или 12, отличающийся тем, что определение семейства, рода, или, что предпочтительнее, вида популяции микроорганизма и определения того, возможно ли присутствие антимикробного агента, касается того же микроорганизма.
14. Способ характеризации популяции по меньшей мере одного микроорганизма, где характеризация, включает по меньшей мере:
идентификацию семейства, рода, или, что предпочтительнее, вида популяции микроорганизма, путем проведения первого анализа методом масс-спектрометрии с использованием метода MALDI, соответствующего первой стадии ионизации зоны характеризации, включающей популяцию микроорганизма(ов), антимикробный агент и матрицу, подходящую для метода MALDI;
определение присутствия популяции микроорганизма, который устойчив, по меньшей мере, к одному антимикробному агенту, путем проведения второго анализа методом масс-спектрометрии с использованием метода MALDI, соответствующего второй стадии ионизации зоны характеризации, включающей популяцию по меньшей мере одного микроорганизма, антимикробный агент и матрицу, подходящую для метода MALDI;
способ отличается тем, что:
- первый анализ и второй анализ, соответственно, осуществляются с помощью отдельной первой стадии и отдельной второй стадии ионизации одной и той же зоны характеризации, включающей популяцию по меньшей мер, одного микроорганизма, и антимикробный агент;
- первый анализ использует первую калибровку, а второй анализ использует вторую калибровку, которая отличается от первой калибровки.
15. Способ характеризации по п. 14, отличающийся тем, что наносимая популяция включает один характеризуемый микроорганизм.
16. Способ характеризации по п. 14 или 15, отличающийся тем, что в нем используется способ получения зоны характеризации аналитической пластины по любому из пп. 1-8.
17. Аналитическая пластина предназначена для приема популяции по меньшей мере одного микроорганизма, подлежащего характеризации на аналитической зоне, с помощью масс-спектрометрии с использованием метода MALDI, при этом пластина отличается тем, что она включает антимикробный агент, который нанесен, в частности, в виде твердого слоя на указанную аналитическую зону аналитической пластины, образуя аналитическую зону, которая называется функционализированной.
18. Аналитическая пластина по п. 17, отличающаяся тем, что функционализированную аналитическую зону получают путем нанесения водного раствора антимикробного агента с последующей сушкой.
19. Аналитическая пластина по п. 17 или 18, отличающаяся тем, что антимикробный агент иммобилизован на аналитической зоне путем электростатического, ионного, ковалентного или аффинного связывания или, что предпочтительнее, с помощью адгезивного агента, например, выбранного из полимеров, которые растворимы в воде.
20. Аналитическая пластина по любому из пп. 17 и 19, отличающаяся тем, что пластина образована из полимера, такого как полипропилен, который может содержать электропроводный материал, такой как сажа, причем указанный полимер покрывают слоем из нержавеющей стали.
21. Аналитическая пластина по любому из пп. 17-20, отличающаяся тем, что пластина содержит множество функционализованных аналитических зон, каждая из которых несет антимикробный агент.
22. Аналитическая пластина по любому из пп. 17-21, отличающийся тем, что пластина содержит по меньшей мере первую функционализированную аналитическую зону, несущую первый антимикробный агент, и вторую функционализированную аналитическую зону, которая отличается от первой зоны, несущую второй антимикробный агент, который отличен от первого антимикробного агента.
23. Аналитическая пластина по любому из пп. 17-22, отличающаяся тем, что одна или каждая функционализированная аналитическая зона несет один антимикробый агент.
24. Аналитическая пластина по любому из пп. 17-23, отличающийся тем, что она включает одну эталонную аналитическую зону, предназначенную для последующего приема популяции эталонного микроорганизма и тем, что поверхность эталонной аналитической зоны свободна от антимикробного агента.
25. Аналитическая пластина по любому из пп. 17-24, отличающийся тем, что она упакована в герметично закрытую упаковку.
26. Применение аналитической пластины по любому из пп. 17-25, в способе характеризации по любому из пп. 9-16.