МЕТОД

1. Способ идентификации страдающего раком индивидуума, который является подходящим для лечения с использованием иммунных сверочных точек, где указанный способ включает:
определение числа клональных неоантигенов в одной или более раковых клетках у указанного индивидуума; и/или
определение отношения клональных:субклональных неоантигенов и/или фракции субклональных неоантигенов в более чем одной раковой клетке у указанного индивидуума; и/или
определение профиля экспрессии молекул иммунных сверочных точек в раковых клетках и/или в опухоль-инфильтрирующих иммунных клетках указанного индивидуума или типа опухоли,
где более высокое число клональных неоантигенов, и/или более высокое отношение клональных:субклональных неоантигенов, и/или более низкая (или низкая) фракция субклональных неоантигенов и/или дифференциальная экспрессия молекул иммунных сверочных точек по сравнению с контрольным образцом являются показателем ответа на лечение с использованием иммунных сверочных точек.
2. Способ по п.1 (iii), где определение профиля экспрессии молекул иммунных сверочных точек осуществляют с помощью анализа на дифференциальную экспрессию гена по всей транскриптоме для идентификации генов, ассоциированных с дифференциальной экспрессией иммунных сверочных точек.
3. Способ предсказания или определения прогноза у индивидуума с раком, где указанный способ включает:
определение числа клональных неоантигенов в одной или более раковых клетках у указанного индивидуума; и/или
определение отношения клональных:субклональных неоантигенов и/или фракции субклональных неоантигенов в более чем одной раковой клетке у указанного индивидуума,
где более высокое число клональных неоантигенов и/или более высокое отношение клональных:субклональных неоантигенов, или более низкая (или низкая) фракция субклональных неоантигенов являются показателем улучшения прогноза.
4. Способ лечения или профилактики рака у индивидуума, где указанный способ включает следующие стадии:
идентификацию индивидуума с раком, который является подходящим для лечения с использованием иммунных сверочных точек в соответствии со способом по п.п. 1 или 2; и
лечение указанного индивидуума с использованием иммунных сверочных точек.
5. Способ лечения или профилактики рака у индивидуума, который включает лечение индивидуума, страдающего раком, с использованием иммунных сверочных точек, где индивидуум был идентифицирован как индивидуум, имеющий:
более высокое число клональных неоантигенов; и/или
более высокое отношение клональных:субклональных неоантигенов или более низкую (или низкую) фракцию субклональных неоантигенов; и/или
дифференциальную экспрессию молекулы иммунных сверочных точек по сравнению с контрольным образцом.
6. Применение иммунных сверочных точек в способе лечения или профилактики рака у индивидуума, где указанный способ включает:
идентификацию индивидуума с раком, который является подходящим для лечения с использованием иммунных сверочных точек в соответствии со способом по п.п. 1 или 2; и
лечение указанного индивидуума с использованием иммунных сверочных точек.
7. Применение иммунных сверочных точек для лечения или профилактики рака у индивидуума, где индивидуум имеет:
более высокое число клональных неоантигенов; и/или
более высокое отношение клональных:субклональных неоантигенов или более низкую (или низкую) фракцию субклональных неоантигенов; и/или
дифференциальную экспрессию молекулы иммунных сверочных точек по сравнению с контрольным образцом.
8. Применение терапии с использованием иммунных сверочных точек для лечения или профилактики рака у индивидуума, где индивидуум имеет:
более высокое число клональных неоантигенов; и/или
более высокое отношение клональных:субклональных неоантигенов или более низкую (или низкую) фракцию субклональных неоантигенов; и/или
дифференциальную экспрессию молекулы иммунных сверочных точек по сравнению с контрольным образцом.
9. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по любому из предшествующих пунктов, где лечение с использованием иммунных сверочных точек осуществляют посредством взаимодействия с CTLA4, PD-1, PD-L1, Lag-3, Tim-3, TIGIT или BTLA.
10. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по п. 9, где средством для лечения с использованием иммунных сверочных точек являются пембролизумаб, ниволумаб, атезолизумаб или ипилимумаб.
11. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по любому из предшествующих пунктов, где рак выбран из рака мочевого пузыря, рака желудка, рака пищевода, рака молочной железы, рака прямой и ободочной кишки, рака шейки матки, рака яичника, рака эндометрия, рака почек (почечноклеточного рака), рака легких (мелкоклеточного рака, немелкоклеточного рака и мезотелиомы), рака головного мозга (глиомы, астроцитомы, глиобластомы), меланомы, лимфомы, рака тонкой кишки (двенадцатиперстной и тощей кишки), лейкоза, рака поджелудочной железы, гепатобилиарных опухолей, рака зародышевых клеток, рака предстательной железы, рака головы и шеи, рака щитовидной железы и саркомы.
12. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по п. 11, где рак представляет собой рак легких или меланому.
13. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по п. 12, где рак представляет собой немелкоклеточный рак легких (НМКРЛ).
14. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по любому из предшествующих пунктов, где индивидуумом является млекопитающее, а предпочтительно человек, кошки, собаки, лошади, ослы, овцы, свиньи, козы, коровы, мыши, крысы, кролики или морские свинки.
15. Способ лечения с использованием иммунных сверочных точек или его применение по п. 14, где индивидуумом является человек.