Как создать веб приложение в виде war файла?

Visiterr, Во-первых war-ник - это обычный zip архив, только с немного другим расширением.
В этом архиве в определенном месте лежат определенные файлы (Как минимум web.xml).

Обычно их создают с помощью IDE (NetBeans, Eclipse, Intelilj IDEA) либо каких-то build tool-ов (ant, maven, gradle).
Если очень захотитеть, то можно и руками собрать соответствующий архив, но это муторно, и так обычно никто не делает.

Дальнейшие действия зависят от того, какой из способов сборки вы выберите.

1