НОВЫЕ СПОСОБЫ ФУНКЦИОНАЛЬНОГО АНАЛИЗА БОЛЬШОГО КОЛИЧЕСТВА ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫХ ДАННЫХ И ГРУПП ГЕНОВ, ИДЕНТИФИЦИРОВАННЫХ ИЗ УКАЗАННЫХ ДАННЫХ

1. Изделие для классификации образца ткани рака молочной железы, которое включает средство для измерения экспрессии генов в следующих дескрипторных группах:
(1) ERBB2, STARD3, GRB7, THRAP4, PPARBP;
(2) ESR1, GATA3, XBP1, TFF3, ACADSB;
(3) KRT5, KRT17, TRIM29, GABRP;
(4) KRT18, KRT8, PPP2CA, KRT8L2;
(5) PLAU, COL5A2, FAP, THY1;
(6) STAT1, UBE2L6, TAP1, LAP3 и
(7) SEACAM5, SEACAM6, SEACAM7,
где сверхэкспрессия большинства генов в дескрипторной группе показывает, что образец ткани является положительным для данной группы, и отсутствие сверхэкспрессии большинства генов в дескрипторной группе показывает, что образец ткани является отрицательным для данной группы; и
где комбинация положительных и/или отрицательных статусов дескрипторных групп образует генную сигнатуру для классификации образца ткани рака молочной железы.
2. Изделие по п.1, в котором средство для измерения экспрессии генов включает комплементарные олигонуклеотидные зонды или затравки.
3. Изделие по п.2, в котором комплементарные олигонуклеотидные зонды иммобилизованы на твердом носителе.
4. Изделие по п.3, в котором иммобилизованные комплементарные олигонуклеотидные зонды образуют олигонуклеотидную матрицу.
5. Изделие по п.2, в котором комплементарные олигонуклеотидные праймеры пригодны для выполнения полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-PCR).
6. Способ классификации образца ткани рака молочной железы, который включает:
(а) измерение экспрессии генов в образце ткани в следующих дескрпиторных группах:
(1) ERBB2, STARD3, GRB7, THRAP4, PPARBP;
(2) ESR1, GATA3, XBP1, TFF3, ACADSB;
(3) KRT5, KRT17, TRIM29, GABRP;
(4) KRT18, KRT8, PPP2CA, KRT8L2;
(5) PLAU, COL5A2, FAP, THY1;
(6) STAT1, UBE2L6, TAP1, LAP3 и
(7) SEACAM5, SEACAM6, SEACAM7;
(b) присвоение положительного или отрицательного статуса каждой из дескрипторных групп с учетом сверхэкспрессии большинства генов в группе; и
(с) использование комбинации положительных и/или отрицательных статусов дескрипторных групп для образования характерных генов для классификации образца ткани рака молочной железы.
7. Способ по п.6, в котором стадия а) включает реакцию гибридизации или амплификации нуклеотидов.
8. Способ по п.7, в котором реакция гибридизации нуклеотидов выполнена на твердом носителе.
9. Способ по п.8, в котором реакция гибридизации нуклеотидов выполнена на олигонуклеотидной матрице.
10. Способ по п.7, в котором реакция амплификации нуклеотидов является полимеразной цепной реакцией с обратной транскрипцией (RT-PCR).
11. Способ оценки инвазивности рака молочной железы, который включает:
а) получение образца ткани рака молочной железы у индивида, страдающего раком молочной железы;
b) классификацию указанного образца ткани способом по п.6;
с) оценку инвазивности рака молочной железы по результатам, полученным на стадии b).
12. Способ оценки клинического прогноза для индивида, страдающего раком молочной железы, который включает:
а) получение образца ткани рака молочной железы у индивида;
b) классификацию указанного образца ткани способом по п.6;
с) оценку клинического прогноза для индивида, страдающего раком молочной железы, по результатам, полученным на стадии b).
13. Способ определения курса лечения для индивида, страдающего раком молочной железы, который включает:
а) получение образца ткани рака молочной железы у индивида;
b) классификацию указанного образца ткани способом по п.6;
с) определение курса лечения для индивида, страдающего раком молочной железы, по результатам, полученным на стадии b).