ПРИМЕНЕНИЕ ПЭГИЛИРОВАННЫХ ИНТЕРФЕРОНОВ ТИПА III ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ГЕПАТИТА С
USING TYPE III PEGYLATED INTERFERONS FOR TREATING HEPATITIS C

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ
Установлено, что 3% всей популяции в мире, т.е. 130 миллионов человек, инфицированы гепатитом C. Stauber R.E. and Stadlbauer V., Journal of Clinical Virology, 36: 87-94 (2006). Большинство было инфицировано при парентеральном воздействии с использованием зараженных инъекций либо в случае применения инъекционных лекарственных средств, либо в случае инъекций или трансфузии зараженных продуктов крови, получаемых в виде части медицинской помощи пациенту. Современным стандартом лечения гепатита C является лечение пэгилированным интерфероном (ПЭГ-IFN) альфа (принимаемым один раз в неделю) в сочетании с пероральным рибавирином (принимаемым ежедневно). Heathcote J. and Main J., Journal of Viral Hepatitis, 12: 223-235 (2005).
Хроническая инфекция вирусом гепатита C (HCV) является лидирующей причиной цирроза, печеночной недостаточности и гепатоклеточной карциномы в США и во всем мире. Основной целью лечения является истребление вируса и предотвращение развития отдаленных осложнений. Успешное лечение определяют как достижение устойчивого вирусологического ответа (УВО), который подтверждается нерегистрируемыми уровнями РНК HCV по меньшей мере 6 месяцев после прекращения терапии (Pearlman B. L. Hepatitis C treatment update. Am. J. Med. 2004; 117(5): 344-352).
В случае пациентов, инфицированных HCV генотипа 1, наиболее широко распространенного генотипа в США, лечение заключается в еженедельном введении пэгилированного интерферона альфа (PEG-IFN-α) в сочетании с ежедневным приемом рибавирина в течение 48 недель. Две одобренные в настоящее время формы PEG-IFN-α представляют собой пэгинтерферон альфа-2a (PEGASYS) и пэгинтерферон альфа-2b (PEG-INTRON), которые оба ассоциированы с показателями УВО примерно 50% у пациентов, инфицированных HCV генотипа 1 (Seeff L.B. Natural history of chronic hepatitis C. Hepatology 2002A; 36(5 Suppl. 1): S35-46; Strader DB, Wright T, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C. Hepatology 2004; 39(4): 1147-1171). Для таких пациентов, у которых не удается достичь УВО, в настоящее время нет стандартного лечения.
Пациенты с рецидивами, которые составляют примерно 20% всех подвергаемых лечению пациентов, инфицированных HCV генотипа 1, представляют уникальную популяцию, в случае которой лечение ПЭГ-IFN-α является неудачным (Hadziyannis SJ, Sette H, Jr., Morgan TR, Balan V, Diago M, Marcellin P, Ramadori G, Bodenheimer H, Jr., Bernstein D, Rizzetto M, Zeuzem S, Pockros PJ, Lin A, Ackrill AM. Peginterferon-alpha2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C: a randomized study of treatment duration and ribavirin dose. Ann Intern Med 2004;140(5):346-355). Хотя такие пациенты имеют нерегистрируемые уровни РНК HCV в конце лечения, у них наблюдаются рецидивы с регистрируемыми уровнями РНК HCV менее чем через 6 месяцев (Hoofnagle JH, Seeff LB. Peginterferon and ribavirin for chronic hepatitis C. N. Engl. J. Med. 2006; 355(23): 2444-2451). Факторы, которые вносят вклад в рецидив, могут включать уменьшение дозы рибавирина, особенно в первые 24 недели лечения (Shiffman ML. Chronic hepatitis C: treatment of pegylated interferon/ribavirin nonresponders. Curr. Gastroenterol. Rep. 2006; 8(1): 46-52.). При повторном лечении с использованием основанной на IFN-α терапии у пациентов с рецидивами может наблюдаться снижение уровней РНК HCV, подобное снижению, наблюдаемому во время предшествующего курса терапии (Strader DB, Wright T, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C. Hepatology 2004; 39(4): 1147-1171), и в случаях, когда предшествующая терапия включала в себя использование непэгилированного IFN-α, может быть достигнут УВО при повторном лечении с использованием ПЭГ-IFN-α и рибавирина (Jacobson IM, et al, A randomized trial of pegylated interferon alpha-2b plus ribavirin in the retreatment of chronic hepatitis С Am J Gastroenterol 2005;100(11):2453-2462; Mathew A, et al., Sustained viral response to pegylated interferon alpha-2b and ribavirin in chronic hepatitis С refractory to prior treatment. Dig Dis Sci 2006;51(11):1956-1961; Shiffman ML., Chronic hepatitis C: treatment of pegylated interferon/ribavirin nonresponders. Curr Gastroenterol Rep 2006;8(1):46-52). Указанная картина неблагоприятного исхода и ответа на повторное лечение свидетельствует, что у пациентов с рецидивами сохраняется способность отвечать на основанную на интерфероне терапию, и следовательно, пациенты составляют уникальную популяцию, в которой можно исследовать потенциальные эффекты новых подобных интерферону молекул (Hoofnagle JH, Seeff LB. Peginterferon and ribavirin for chronic hepatitis C. N Engl J Med 2006;355(23):2444-2451; FDA CDER Antiviral Drugs Advisory Committee. Summary Minutes of the Antiviral Drugs Advisory Committee, October 19-20. 2006).
Лечение ПЭГ-IFN-α и рибавирином ассоциировано с существенными побочными эффектами. Основные токсические эффекты ПЭГ-IFN-α включают подобные гриппу симптомы; гематологические отклонения, включая нейтропению, тромбоцитопению и анемию; и нейропсихиатрические расстройства, обычно депрессию. Другие токсические эффекты включают желудочно-кишечные заболевания и дерматологические, аутоиммунные и сердечные состояния. Также сообщалось о повышении печеночных трансаминаз, в частотности при использовании пэгинтерферона альфа 2a (Gish RG. Treating hepatitis C: the state of the art. Gastroenterol Clin. North Am. 2004; 33(1 Suppl.): S1-9; Hoffmann-La Roche Inc. вкладыш в упаковку: PEGASYS пэгинтерферон альфа-2a). 2005B: 1-46). Рибавирин ассоциирован с рядом неблагоприятных эффектов, особенно с гемолитической анемией, которая в сочетании с миелосупрессивными эффектами IFN-α может представлять существенную клиническую проблему (Kowdley KV. Hematologic side effects of interferon and ribavirin therapy. J Clin Gastroenterol 2005;39(1 Suppl):S3-8; Strader DB, Wright T, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C. Hepatology 2004;39(4):1147-1171).
Токсические эффекты, ассоциированные с ПЭГ-IFN-α и рибавирином часто приводят к задержке исходной терапии, а также к снижению дозы и раннему прекращению лечения (Pearlman BL. Hepatitis C treatment update. Am. J. Med. 2004; 117(5): 344-352), все это уменьшает вероятность достижения УВО. Соблюдение терапии (определяемое как получение ≥80% назначенной дозы ПЭГ-IFN-α и ≥80% дозы рибавирина в ходе терапии) было ассоциировано с более высокими оценками УВО у пациентов с HCV генотипа 1 (McHutchison JG, et al., Adherence to combination therapy enhances sustained response in genotype-1-infected patients with chronic hepatitis С. Gastroenterology 2002;123(4):1061-1069).
С учетом ограничений по эффективности и токсичности современной терапии, сохраняется необходимость в усовершенствованных способах лечения HCV. Один из подходов заключается в разработке новых подобных интерферону молекул, которые по меньшей мере улучшают переносимость лечения, приводя к меньшим снижениям доз и более редкому прекращению лечения, и к более строгому соблюдению предписанной терапии, что затем может проявляться в повышенной эффективности. Применение интерферонов типа III может обеспечить такие терапевтические усовершенствования лечения HCV.
ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
I. ОПРЕДЕЛЕНИЯ
Термины «аминоконцевой» и «находящийся на карбоксильном конце» используют в настоящем описании для обозначения положений в полипептидах. В тех случаях, когда контекст это позволяет, такие термины используют в отношении к конкретной последовательности или части полипептида для обозначения близости или относительного положения. Например, некоторая последовательность, расположенная со стороны карбоксильного конца эталонной последовательности в полипептиде, расположена проксимально по отношению к карбоксильному концу эталонной последовательности, но не обязательно на карбоксильном конце полного полипептида.
Термин «средство против гепатита C» означает молекулу, при введении которой до, одновременно или после введения интерферона типа III (пэгилированного или непэгилированного) пациенту-человеку («комбинированная терапия») количество РНК HCV, присутствующей у подвергаемого комбинированной терапии пациента-человека, меньше, чем количество РНК HCV, присутствующей у пациента после получения лечения только интерфероном типа III отдельно. Интерферон типа III может быть введен до, одновременно или после введения, по меньшей мере, одного или нескольких из следующих средств против гепатита C: ингибиторов полимеразы и/или протеазы, агонистов A3AR, агонистов толл-подобных рецепторов, моноклональных антител, лекарственных средств из растительного сырья, антифосфолипидов, иммуномодуляторов, противовоспалительных лекарственных средств, тиазолидов, иммуностимуляторов широкого спектра, ингибиторов воспаления/фиброза, ингибиторов циклофилина, ингибиторов панкаспазы, HCV-иммуноглобулинов, противовирусных средств, противоинфекционных средств, ингибиторов РНК, ингибиторов глюкозидазы I, ингибиторов IRES, безафибратов, аналогов нуклеозидов, интерферона типа I или интерферона типа II. Необязательно, ингибитором полимеразы и/или протеазы может быть VCH-916 (Virochem), GS9190 (Gilead), GSK625433 (GlaxcoSmithKline), ITMN-191 (R-7227; InterMune), R7128 (Pharmasset/Roche), VCH-759 (Virochem), R1626 (Roche), TMC435350 (Medivir/Tibotec), SCH503034 (Boceprevir, Schering-Plough), A-831 (Arrow Therapeutics), валопицитабин (NM283, Idenix Pharmaceuticals) или VX950 (Telaprevir, Vertex). Необязательно, агонистом A3AR является CF102 (Can-Fite). Необязательно, агонистом толл-подобного рецептора является IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals), исаторибин (ANA971, Anadys Pharmaceuticals) или актилон (CPG10101, Coley Pharmaceutical Group). Необязательно, моноклональным антителом является AB68 (XTL bio). Необязательно, лекарственным средством из растительного сырья является PYN 17 (Phynova). Необязательно, антифосфолипидом является бавитуксимаб (ранее тарвацин; Peregrine). Необязательно, иммуномодулятором является NOV-205 (Novelos Therapeutics), оглуфанид динатрия (Implicit Bioscience) или тимальфазин (тимозин альфа 1; SciClone/Sigma-Tau). Необязательно, противовоспалительным средством является CTS-1027 (Conatus) или JBK-122 (Jenken Biosciences). Необязательно, тиазолидом является алиния (нитазоксанид; Romark Laboratories). Необязательно, иммуностимулятором широкого спектра является SCV-07 (SciClone). Необязательно, ингибитором воспаления/фиброза является MitoQ (митохинон; Antipodean Pharmaceuticals). Необязательно, ингибитором циклофилина является DEBIO-025 (Debio Pharm Group). Необязательно, ингибитором панкаспазы является PF-03491390 (ранее IDN-6556; Pfizer Pharmaceuticals). Необязательно, HCV-имуноглобулином является цивацир (Nabi). Необязательно, противовирусным средством является сувус (метиленовй синий, ранее BIVN-104 (виростат); Bioenvision). Необязательно, противоинфекционным средством является нитазоксанид (Alinia, Romark Pharmaceuticals). Необязательно, ингибитором глюкозидазы I является MX-3253 (целгосивир; Migenix). Необязательно, ингибитором IRES является VGX-410C (мифепристон; VGX Pharmaceuticals). Необязательно, безафибратом является гепаконда (гиаконда). Необязательно, аналогом нуклеозида является рибавирин (например, копегус Roches или ребетол Schering-Plough) или вирамидин (тарибавирин (пролекарство рибавирина); Valeant Pharmaceuticals). Необязательно, рибавирин или вирамидин вводят пациенту перорально один раз или дважды в сутки в дозе около 800-1200 мг. Необязательно, интерфероном типа I является интерферон альфа или пэгилированный интерферон альфа. Необязательно, интерфероном альфа или пэгилированным интерфероном альфа является пегасис (пэгилированный интерферон-альфа-2a или ПЭГ-IFN-α-2a; Roche), ПЭГ-интрон (пэгилированный интерферон-альфа-2b или ПЭГ-IFN-α-2b; Schering-Plough), белерофон (Nautilus Biotech), пероральный интерферон альфа (Amarillo Biosciences), BLX-883 (Locteron; Biolex Therapeutics/OctoPlus), мультиферон (Viragen), альбуферон (Human Genome Sciences), консенсусный интерферон (инферген; Three Rivers Pharma). Необязательно, интерфероном типа I является омега-интерферон (Intarcia Therapeutics). Необязательно, интерфероном типа II является интерферон гамма, например, Actimmune (Intermune).
Термин «вырожденная нуклеотидная последовательность» означает последовательность нуклеотидов, которая включает в себя один или несколько вырожденных кодонов (по сравнению с эталонной молекулой полинуклеотида, которая кодирует полипептид). Вырожденные кодоны содержат разные триплеты нуклеотидов, но кодируют один и тот же аминокислотный остаток (например, каждый из триплетов GAU и GAC кодирует Asp).
Термин «экспрессирующий вектор» используют для обозначения молекулы ДНК, линейной или кольцевой, которая содержит участок, кодирующий представляющий интерес полипептид, оперативно связанный с дополнительными участками, которые обеспечивают его транскрипцию. Такие дополнительные участки включают в себя последовательности промотора и терминатора, и также могут включать в себя одно или несколько начал репликации, один или несколько селектируемых маркеров, энхансер, сигнал полиаденилирования и т.д. Экспрессирующие векторы обычно получают из плазмидной или вирусной ДНК, или они могут содержать элементы и плазмид и вирусов.
«Фиксированная» доза терапевтического средства в настоящем описании относится к дозе, которую вводят пациенту-человеку, независимо от массы (WT) или площади поверхности тела (BSA) пациента. Поэтому фиксированную дозу не приводят в виде дозы в мкг/кг или мг/кг, а указывают в виде абсолютного количества интерферона типа III, пэгилированного интерферона типа III или средства против гепатита C.
Термин «изолированный» в отношении полинуклеотида означает, что полинуклеотид был извлечен из своей природной генетической среды и, таким образом, освобожден от других посторонних или нежелательных кодирующих последовательностей и находится в форме, подходящей для применения в системах продуцирования генетически сконструированных белков. Такие изолированные молекулы представляют собой молекулы, которые отделены от их природного окружения, и представляют собой кДНК и геномные клоны. Изолированные молекулы ДНК согласно настоящему изобретению не содержат других генов, с которыми они обычно ассоциированы, но могут включать в себя встречающиеся в природе 5'- и 3'-нетранслируемые области, такие как промоторы и терминаторы. Идентификация ассоциированных областей будет очевидна специалисту в данной области (см., например, Dynan and Tijan, Nature 316: 774-78, 1985).
«Изолированный» полипептид или белок представляет собой полипептид или белок, который находится в других условиях, отличных от его природного окружения, таких как условия вне крови и ткани животных. В предпочтительной форме изолированный полипептид по существу не содержит других полипептидов, в частности, других полипептидов животного происхождения. Предпочтительно получение полипептидов в высоко очищенной форме, т.е. очищенных более чем на 95%, более предпочтительно, больше чем на 99%. При использовании в данном контексте термин «изолированный» не исключает присутствия такого же полипептида в альтернативных физических формах, таких как димеры, или в альтернативно гликозилированных или дериватизованных формах.
«Ударная» доза в настоящем описании в общем относится к начальной дозе терапевтического средства, например, интерферона типа III, пэгилированного интерферона типа III или средства против гепатита C, вводимой пациенту, и за ударной дозой следует одна или несколько поддерживающих доз. Обычно вводят одну ударную дозу, но в данном случае предусмотрено несколько ударных доз. Обычно количество вводимых ударных доз превышает количество вводимых поддерживающих доз и/или ударные дозы вводят более часто, чем поддерживающие дозы, для того чтобы достичь требуемой равновесной концентрации терапевтического средства раньше, чем можно достигать с использованием поддерживающих доз.
«Поддерживающая» доза в настоящем описании относится к одной или нескольким дозам терапевтического средства, например, интерферона типа III, пэгилированного интерферона типа III или средства против гепатита C, вводимого пациенту в течение периода лечения. Поддерживающие дозы можно вводить при лечении с определенными интервалами, например, примерно дважды в неделю, каждую неделю, примерно каждые 2 недели, примерно каждые 3 недели или примерно каждые 4 недели.
Термин «оперативно связанный» в отношении к участкам ДНК указывает, что участки расположены таким образом, что они функционируют взаимосвязано в достижении целей, для которых они предназначены, например, транскрипция инициируется в промоторе и продолжается вдоль кодирующего участка до терминатора.
«Полинуклеотид» представляет собой однонитевой или двунитевой полимер из дезоксирибонуклеотидных или рибонуклеотидных оснований, считываемый, начиная с 5'-конца к 3'-концу. Полинуклеотиды включают РНК и ДНК и могут быть выделены из природных источников, синтезированы in vitro или получены в результате комбинирования природных и синтетических молекул. Размеры полинуклеотидов выражают в парах оснований (сокращенно «п.о.»), нуклеотидах («н.») или тысячах оснований («т.о.»). Там, где позволяет контекст, последние два термина могут описывать полинуклеотиды, которые являются однонитевыми или двунитевыми. В том случае, когда термин применяют по отношению к двунитевым молекулам, его используют для обозначения общей длины, и будет понятно, что он эквивалентен термину «пары оснований». Специалистам в данной области будет понятно, что две нити двунитевого полинуклеотида могут немного отличаться по длине, и что его концы могут быть ступенчатыми в результате ферментативного расщепления; таким образом, не все нуклеотиды в двунитевой полинуклеотидной молекуле могут быть спарены.
«Полипептид» является полимером, состоящим из аминокислотных остатков, связанных пептидными связями, полученный либо естественным образом, либо синтетически. Полипептиды длиной менее чем примерно 10 аминокислотных остатков обычно называют «пептидами».
Фраза «предыдущее лечение» относится к введению предшествующей комбинированной терапии, которая включала в себя пэгилированный интерферон альфа (например, пэгинтерферон альфа-2a (PEGASYS) или пэгинтерферон альфа-2b (PEG-INTRON)) и аналог нуклеозида (например, рибавирин или вирамидин) пациенту-человеку, инфицированному вирусом гепатита C, при этом указанная предшествующая комбинированная терапия приводит к элиминации вируса гепатита C, т.е., к нерегистрируемому уровню РНК вируса гепатита C. Спустя примерно шесть (6) месяцев после указанного предшествующего лечения пациента подвергают тестированию, чтобы определить, имеется ли рецидив появления вируса гепатита C (т.е. регистрируемый уровень РНК HCV больше или равен 100000 международных единиц в миллилитре). Такие пациенты составляют субпопуляцию «отвечающих HCV-пациентов/HCV-пациентов с рецидивами».
Термин «промотор» используют в настоящем описании в его известном в данной области значении для обозначения части гена, содержащей последовательности ДНК, которые предназначены для связывания РНК-полимеразы и инициации транскрипции. Промоторные последовательности обычно, но не всегда, находятся в 5'-некодирующих областях генов.
«Белок» представляет собой макромолекулу, содержащую одну или несколько полипептидных цепей. Белок также может содержать непептидные компоненты, такие как углеводные группы. Углеводы и другие непептидные заместители могут быть добавлены к белку в клетке, в которой белок продуцируется, и могут варьировать в зависимости от типа клетки. Белки определяют в настоящем описании на основе структур их основной аминокислотной цепи; заместители, такие как углеводные группы, обычно не указывают, но тем не менее, они могут присутствовать.
Термин «рецептор» означает ассоциированный с клеткой белок, который связывается с биологически активной молекулой (т.е., лигандом) и опосредует влияние лиганда на клетку. Связанные с мембранами рецепторы характеризуются многопептидной структурой, содержащей внеклеточный связывающий лиганд домен и внутриклеточный эффекторный домен, который обычно вовлечен в сигнальную трансдукцию. Связывание лиганда с рецептором приводит взаимодействие между эффекторным доменом и другой молекулой (молекулами) в клетке. Такое взаимодействие в свою очередь приводит к изменению метаболизма в клетке. Метаболические события, которые связаны с взаимодействиями рецептор-лиганд, включают в себя транскрипцию гена, фосфорилирование, дефосфорилирование, увеличение продукции циклического АМФ, мобилизацию клеточного кальция, мобилизацию мембранных липидов, адгезию клеток, гидролиз инозитсодержащих липидов и гидролиз фосфолипидов. В общем, рецепторы могут быть связанными с мембраной, цитозольными или ядерными; мономерными (например, рецептор тиреотропина, бета-адренергический рецептор) или мультимерными (например, рецептор PDGF, рецептор гормона роста, рецептор IL-3, рецептор GM-CSF, рецептор G-CSF, рецептор эритропоэтина и рецептор IL-6).
Термин «сигнальная последовательность секреции» означает последовательность ДНК, которая кодирует полипептид («секреторный пептид»), который в виде компонента более крупного полипептида направляет более крупный полипептид по секреторному пути клетки, в которой он синтезируется. Обычно более крупный полипептид расщепляется с удалением секреторного пептида во время прохождения по секреторному пути.
«Лечение» или «осуществление лечения» относится как к терапевтическому лечению, так и к профилактическим или превентивным мерам. Нуждающимися в лечении являются те, кто уже инфицирован вирусом гепатита C, а также те, у которых необходимо предотвратить заболевание гепатитом C. Следовательно, у пациента, которого необходимо лечить согласно настоящему изобретению, может быть диагностировано наличие гепатита C, или он может быть предрасположен или чувствителен к такому заболеванию.
«zcyto20» является прежним обозначением «IL-28A», а IL-28A является прежним обозначением «интерферона лямбда-2» (IFN-λ2). См., например, патенты США № 7038032, 6927040, 7135170, 7157559, 7351689 и публикации WIPO № WO 05/097165, WO 07/012033, WO 07/013944 и WO 07/041713, которые все включены в настоящее описание в виде ссылки в полном объеме. Zcyto20, IFN-λ2 и IL-28A используют в настоящем описании взаимозаменяемо. Полипептиды IFN-λ2 согласно настоящему изобретению включают, например, полипептиды с SEQ ID NO:2, 4, 6, 8, 10 и 12.
«zcyto21» является прежним обозначением «IL-29», а IL-29 является прежним обозначением «интерферона лямбда-1» (IFN-λ1). См., например, патенты США № 7038032, 6927040, 7135170, 7157559, 7351689 и публикации WIPO № WO 05/097165, WO 07/012033, WO 07/013944 и WO 07/041713, которые все включены в настоящее описание в виде ссылки в полном объеме. Zcyto21, IFN-λ1 и IL-29 используют в настоящем описании взаимозаменяемо. Полипептиды IFN-λ1 согласно настоящему изобретению, включают, например, полипептиды с SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 и 123.
«zcyto22» является прежним обозначением «IL-28B», а IL-28B является прежним обозначением «интерферона лямбда-3» (IFN-λ3). См., например, патенты США № 7038032, 6927040, 7135170, 7157559, 7351689 и публикации WIPO № WO 05/097165, WO 07/012033, WO 07/013944 и WO 07/041713, которые все включены в настоящее описание в виде ссылки в полном объеме. Zcyto22, IFN-λ3 и IL-28B используют в настоящем описании взаимозаменяемо. Полипептиды IFN-λ3 согласно настоящему изобретению включают, например, полипептиды с SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 и 32.
«zcytor19» является прежним обозначением α-субъединицы рецептора IL-28 или IL-28RA, который показан в SEQ ID NO: 111. Полинуклеотиды, кодирующие zcytor19 или IL-28RA, и полипептиды zcytor19 или IL-28RA описаны в заявке PCT WO 02/20569, принадлежащей Schering, Inc., и в WO 02/44209, переуступленной ZymoGenetics, Inc., обе публикации включены в настоящее описание в виде ссылки в полном объеме. «Рецептор IL-28» означает α-субъединицу IL-28 (полипептид SEQ ID NO: 111) и субъединицу CRF2-4 (полипептид SEQ ID NO: 113), образующие гетеродимерный рецептор.
II. ИНТЕРФЕРОНЫ ТИПА III
Интерфероны лямбда представляют собой недавно описанное семейство цитокинов, родственных как интерферонам типа-1, так и представителям семейства IL-10. Семейство, классифицируемое как интерфероны «типа III», состоит из трех недавно идентифицированных цитокинов, имеющих структуру четырехспирального пучка, названных IFN-λ1, IFN-λ2 и IFN-λ3 (также называемых IL-29 или zcyto21, IL-28A или zcyto20 и IL-28B или zcyto22, соответственно). Jordan WJ et al., Genes and Immunity, 8:13-20 (2007). Все три интерферона лямбда передают сигнал через гетеродимерный рецепторный комплекс, состоящий из рецепторов цитокинов класса II IL-28RA (также известного как рецептор-альфа IL-28) и CRF2-4 (также известного как IL-10RB или IL-10R2). Рецептор IL-28 полностью отличается от рецептора, используемого интерферонами типа I.
IFN-λ1 является представителем недавно описанного семейства интерферонов типа III (Kotenko SV et al., «IFN-lambdas mediate antiviral protection through a distinct class II cytokine receptor complex», Nat. Immunol. 2003; 4(1): 69-77; Sheppard P et al., «IL-28, IL-29 and their class II cytokine receptor IL-28R», Nat. Immunol. 2003; 4(1): 63-68)), обладающих функциональным сходством с интерферонами типа I, которые включают IFN-α и IFN-β (Ank, et al., Journal of Virology, «Lambda interferon (IFN-lambda), a type III IFN, is induced by viruses and IFNs and displays potent antiviral activity against select virus infections in vivo», 2006; 80(9); 4501-4509). Подобно IFN-α (который является интерфероном типа I) интерфероны типа III индуцируются в ответ на вирусную инфекцию и стимулируют внутриклеточный ответ, в который вовлечено фосфорилирование передающего сигнал активатора транскрипции (STAT) белков и индукция отвечающих на интерферон генов, также известных как стимулируемые интерфероном гены (ISG). ISG кодируют белки, вовлеченные в противовирусные ответы и иммунную стимуляцию, включая белок киназы R (PkR), резистентность к миксовирусам (Mx), 2'5'-олигоаденнилатсинтетазу (OAS) и β2-микроглобулин (B2M) (Samuel CE. Antiviral actions of interferons. Clin Microbiol Rev 2001;14(4):778-809; Stark GR, Kerr IM, Williams BR, Silverman RH, Schreiber RD. How cells respond to interferons. Annu Rev Biochem 1998;67:227-264).
Экспрессия рецептора IL-28 для интерферонов типа III больше ограничена, чем экспрессия рецептора IFN-α. Например, в то время как все типы клеток в печени экспрессируют рецептор IFN-α, рецептор IL-28 для интерферонов типа III встречается только на гепатоцитах. Подобным образом в периферической крови высокие уровни рецептора IL-28 для интерферонов типа III выявляются только на B-клетках, тогда как все лейкоциты периферической крови (PBL), включая B-, T- и NK-клетки, нейтрофилы и моноциты, экспрессируют рецептор IFN-α. В соответствии с указанной картиной экспрессии рецепторов обработка PBL интерферонами типа III приводит к низким уровням фосфорилирования STAT-1 в B-клетках, но не приводит к фосфорилированию в других PBL. Такой эффект отличается от эффекта IFN-α, который индуцирует фосфорилирование STAT-1 во всех тестируемых PBL.
Настоящее изобретение относится к молекулам полинуклеотидов, включая молекулы ДНК и РНК, которые кодируют полипептид IL-29 или IFN-λ1. Например, в настоящем изобретении предлагаются вырожденные нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептиды IL-29, которые описаны в настоящей публикации. Специалистам в данной области будет понятно, что с точки зрения вырожденности генетического кода возможная значительная изменчивость последовательностей таких полинуклеотидных молекул. Полипептиды IL-29 или IFN-λ1 согласно настоящему изобретению включают, например, полипептиды с SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 и 123, которые кодируются полинуклеотидами IL-29 или IFN-λ1, показанными в SEQ ID NO: 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 114, 116, 118, 120 и 122, соответственно.
Настоящее изобретение также относится к молекулам полинуклеотидов, включая молекулы ДНК и РНК, которые кодируют полипептид IL-28A или IFN-λ2. Например, в настоящем изобретении предлагаются вырожденные нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептиды IL-28A, которые описаны в настоящей публикации. Специалистам в данной области будет понятно, что с точки зрения вырожденности генетического кода возможна значительная изменчивость последовательностей указанных молекул полинуклеотидов. Полипептиды IL-28A или IFN-λ2 согласно настоящему изобретению включают, например, полипептиды с SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 и 12, которые кодируются полинуклеотидами IL-28A, которые показаны в SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9 и 11, соответственно.
Настоящее изобретение также относится к молекулам полинуклеотидов, включая молекулы ДНК и РНК, которые кодируют полипептид IL-28B или IFN-λ3. Например, в настоящем изобретении предлагаются вырожденные нуклеотидные последовательности, кодирующие полипептиды IL-28B, которые описаны в настоящей публикации. Специалистам в данной области будет понятно, что с точки зрения вырожденности генетического кода возможна значительная изменчивость последовательностей указанных молекул полинуклеотидов. Полипептиды IL-28B или IFN-λ3 согласно настоящему изобретению включают, например, полипептиды с SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 и 32, которые кодируются полинуклеотидами IL-28B, которые показаны в SEQ ID NO: 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29 и 31, соответственно.
В таблице 1 указаны однобуквенные коды, используемые для обозначения вырожденных положений нуклеотидов. «Расшифровка» означает нуклеотиды, обозначенные буквенным кодом. «Комплемент» указывает код комплементарного нуклеотида(ов). Например, код Y означает либо C, либо T, и его комплемент R означает A или G, при этом A комплементарен T, а G комплементарен C.
Вырожденные кодоны, охватывающие все возможные кодоны для данной аминокислоты, указаны в таблице 2.
Специалисту в данной области будет понятно, что некоторая неопределенность вводится в определение вырожденного кодона, представляющего все возможные кодоны, кодирующие каждую аминокислоту. Например, вырожденный кодон для серина (WSN) в некоторых случаях может кодировать аргинин (AGR), а вырожденный кодон для аргинина (MGN) в некоторых случаях может кодировать серин (AGY). Сходная взаимосвязь существует между кодонами, кодирующими фенилаланин и лейцин. Таким образом, некоторые полинуклеотиды, подпадающие под вырожденную последовательность, могут кодировать варианты аминокислотных последовательностей, но специалист в данной области легко может идентифицировать такие варианты последовательностей при обращении к аминокислотным последовательностям IL-28A, IL-28B и IL-29, которые описаны в настоящей публикации. Варианты последовательностей можно легко тестировать в отношении функциональности, как описано в настоящей публикации.
+
+
Изолированные полинуклеотиды согласно настоящему изобретению включают, например, ДНК и РНК. Способы получения ДНК и РНК хорошо известны в данной области. В общем, РНК выделяют из ткани или клетки, которая продуцирует большие количества РНК IL-28A, IL-28B или IL-29. Такие ткани и клетки идентифицируют с использованием Нозерн-блоттинга (Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 5201, 1980) или посредством скрининга кондиционированной среды от разных типов клеток в отношении активности на клетках-мишенях или тканях-мишенях. После идентификации активности или продуцирующей РНК клетки или ткани может быть получена суммарная РНК с использованием экстракции изотиоцианатом гуанидиния с последующим выделением центрифугированием в градиенте CsCl (Chirgwin et al., Biochemistry 18: 52-94, 1979). Поли-(A)-РНК получают из суммарной РНК, используя способ, описанный Aviv и Leder (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 69: 1408-12, 1972). Комплементарную ДНК (кДНК) получают на основе поли(A)-РНК, используя известные способы. Альтернативно может быть выделена геномная ДНК. Затем идентифицируют и выделяют полинуклеотиды, кодирующие полипептиды IL-28A, IL-28B или IL-29, например, с помощью гибридизации или ПЦР.
Полноразмерный клон, кодирующий полипептид IL-28A, IL-28B или IL-29, может быть получен обычными способами клонирования. См. патент США № 7157559 и WO 07/041713. Предпочтительны клоны комплементарной ДНК (кДНК), хотя в случае некоторых применений (например, экспрессия в трансгенных животных) может быть предпочтительным использование геномного клона или модификация клона кДНК так, чтобы он включал в себя, по меньшей мере, один геномный интрон. Способы получения клонов кДНК и геномных клонов хорошо известны и входят в средний уровень компетентности в данной области, и к таким способам относится применение последовательности, описанной в настоящей публикации, или ее частей в качестве зондов или праймеров для библиотеки. Библиотеки экспрессии можно исследовать, используя в качестве зондов антитела к фрагментам рецепторов IL-28, или другие специфичные партнеры для связывания.
В настоящее изобретение включены аллельные варианты IL-28A, IL-28B и IL-29. Аллельные варианты таких последовательностей могут быть клонированы благодаря зондированию библиотек кДНК или геномных библиотек от разных людей стандартными способами. Аллельные варианты последовательности ДНК включают варианты, содержащие молчащие мутации, и варианты, в которых мутации приводят к изменениям аминокислотной последовательности в дополнение к цистеиновым мутациям, и они входят в объем настоящего изобретения, также как белки, которые представляют собой аллельные варианты, например, SEQ ID NO: 2 (IL-28A), 14 (IL-28B) и 34 (IL-29). кДНК, образованные на основе альтернативно сплайсированных мРНК, которые сохраняют свойства полипептидов IL-28A, IL-28B или IL-29, входят в объем настоящего изобретения, также как полипептиды, кодируемые такими кДНК и мРНК. Аллельные варианты и варианты сплайсинга таких последовательностей могут быть клонированы с использованием зондирования библиотек кДНК или геномных библиотек от разных людей или тканей стандартными способами, известными в данной области, и могут быть введены мутации в полинуклеотиды, кодирующие цистеины или остатки цистеина, как описано в настоящей публикации.
Полипептиды IL-28A, IL-28B или IL-29, имеющие по существу сходную степень идентичности последовательностей, характеризуются наличием одной или нескольких аминокислотных замен, делеций или добавлений. Такие изменения предпочтительно являются минорными, то есть являются консервативными аминокислотными заменами (см. таблицу 3) и другими заменами, которые существенно не влияют на фолдинг или активность полипептида: небольшие делеции, обычно от одной до примерно 30 аминокислот; и удлинения на амино- или карбоксильном конце, такие как аминоконцевой остаток метионина, или небольшой линкерный пептид примерно до 20-25 остатков.
Таблица 3
Консервативные аминокислотные замены
Основные:
аргинин
лизин
гистидин
Кислые:
глутаминовая кислота
аспарагиновая кислота
Полярные:
глутамин
аспарагин
Гидрофобные:
лейцин
изолейцин
валин
Ароматические:
фенилаланин
триптофан
тирозин
Небольшие:
глицин
аланин
серин
треонин
метионин
Могут быть определены аминокислотные остатки, которые составляют области или домены, которые являются важными для поддержания структурной целостности. В таких областях могут быть определены конкретные остатки, которые будут более или менее допустимы с точки зрения изменения и сохранения общей третичной структуры молекулы. Способы анализа структуры последовательности включают без ограничения выравнивание нескольких последовательностей с высокой идентичностью аминокислоты или нуклеотида, анализ склонности к образованию вторичной структуры, бинарных картин, комплементарной упаковки и внутренних полярных взаимодействий (Barton, Current Opin. Struct. Biol. 5: 372-376, 1995 и Cordes et al., Current Opin. Struct. Biol. 6: 3-10, 1996). В общем, при конструировании модификаций в молекулах или идентификации специфичных фрагментов определение структуры будет сопровождаться оценкой активности модифицированных молекул.
Изменения аминокислотной последовательности осуществляют в полипептидах IL-28A, IL-28B и IL-29 так, чтобы минимизировать нарушение структуры более высокого порядка, важной для биологической активности. Например, когда полипептид IL-28A, IL-28B и IL-29 образует одну или несколько спиралей, изменения аминокислотных остатков будет осуществлено так, чтобы не нарушить геометрию спиралей и другие компоненты молекулы, где изменения конформации ослабят важную функцию, например, связывание молекулы с ее связывающими партнерами. Эффекты изменений аминокислотной последовательности можно предсказать, например, с помощью компьютерного моделирования, как описано выше, или определить с помощью анализа кристаллической структуры (см., например, Lapthorn et al., Nat. Struct. Biol. 2: 266-268, 1995). В других способах, которые хорошо известны в данной области, сравнивают фолдинг варианта белка со стандартной молекулой (например, нативным белком). Например, можно осуществить сравнение картины распределения цистеинов в варианте белка и стандартной молекуле. Масс-спектрометрия и химическая модификация с использованием восстановления и алкилирования обеспечивают способы определения остатков цистеина, которые ассоциированы с дисульфидными связями или являются свободными от таких ассоциаций (Bean et al., Anal. Biochem. 201: 216-226, 1992; Gray, Protein Sci. 2: 1732-1748, 1993; и Patterson et al., Anal. Chem. 66: 3727-3732, 1994). Обычно полагают, что если модифицированная молекула не имеет такой же картины распределения цистеинов, как стандартная молекула, то может быть затронут фолдинг. Другим хорошо известным и общепринятым способом измерения фолдинга является круговой дихроизм (CD). Измерение и сравнение CD-спектров, полученных для модифицированной молекулы и стандартной молекулы, является стандартной процедурой (Johnson, Proteins 7: 205-214, 1990). Кристаллография является другим хорошо известным способом анализа фолдинга и структуры. Ядерный магнитный резонанс (ЯМР), картирование пептидов расщеплением и картирование эпитопов также представляют собой известные способы анализа фолдинга и структурного сходства между белками и полипептидами (Schaanan et al., Science 257:961-964, 1992).
Может быть получен профиль гидрофильности Хоппа/Вудса последовательностей полипептидов IL-28A, IL-28B и IL-29, которые показаны для IL-28A (SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 и 12), IL-28B (SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 и 32) и IL-29 (SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 и 123) (Hopp et al, Proc. Natl. Acad. Sci.78: 3824-3828. 1981; Hopp, J. Immun. Meth. 88: 1-18, 1986 и Triquier et al., Protein Engineering 11: 153-169, 1998). Профиль основан на скользящем окне из шести остатков. Скрытые остатки G, S и T и экспонированные остатки H, Y и W игнорировали. Специалистам в данной области будет понятно, что гидрофильность или гидрофобность необходимо будет учитывать при конструировании модификаций в аминокислотной последовательности полипептида IL-28A, IL-28B и IL-29, так, чтобы не нарушить общий структурный и биологический профили. Особый интерес для замены представляют гидрофобные остатки, выбранные из группы, состоящей из Val, Leu и Ile, или из группы, состоящей из Met, Gly, Ser, Ala, Tyr и Trp.
Идентичность важных аминокислот также может быть установлена на основе анализа сходства последовательностей между IFN-α и представителями семейства IL-28A, IL-28B и IL-29, как описано в патенте США № 7157559. Используя такие способы как анализ «FASTA», описанные ранее, идентифицируют области высокого сходства в семействе белков и используют для анализа аминокислотной последовательности в случае консервативных областей. Альтернативный способ идентификации варианта полинуклеотида на основе структуры заключается в определении того, может ли молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая возможный вариант гена IL-28A, IL-28B и IL-29, гибридизоваться с молекулой нуклеиновой кислоты, которая обсуждается выше.
Другие способы идентификации важных аминокислот в полипептидах согласно настоящему изобретению представляют собой способы, известные в данной области, такие как сайт-специфичный мутагенез или мутагенез на основе сканирования аланином (Cunningham and Wells, Science 244:1081 (1989), Bass et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 88:4498 (1991), Coombs and Corey, "Site-Directed Mutagenesis and Protein Engineering," in Proteins: Analysis and Design, Angeletti (ed.), pages 259-311 (Academic Press, Inc. 1998)). В случае последнего способа одиночные аланиновые мутации вводят в каждый остаток в молекуле и полученные мутантные по цистеину молекулы тестируют в отношении биологической или биохимической активности, как описано ниже, чтобы идентифицировать аминокислотные остатки, которые являются критическими для активности молекулы. См. также Hilton et al., J. Biol. Chem. 271: 4699 (1996).
nd
Полипептиды IL-28A, IL-28B и IL-29 согласно настоящему изобретению могут быть получены обычными способами с использованием клеток, содержащих экспрессирующий вектор, кодирующий полипептид. В используемом в настоящем изобретении смысле клетки, содержащие экспрессирующий вектор, включают клетки, которые были непосредственно подвергнуты обработке посредством введения экзогенных молекул ДНК, и их потомство, которое содержит введенную ДНК. Подходящими клетками-хозяевами являются такие типы клеток, которые могут быть трансформированы или трансфицированы экзогенной ДНК и выращены в культуре, и такими клетками являются бактерии, клетки грибов и культивируемые клетки высших эукариот. Способы обработки клонированных молекул ДНК и введения экзогенной ДНК в различные клетки-хозяева описаны в Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2 ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989, и Ausubel et al., eds., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., NY, 1987.
В другом аспекте настоящее изобретение относится к экспрессирующему вектору, содержащему следующие оперативно связанные элементы: промотор транскрипции; участок ДНК, кодирующий полипептид IL-28A, IL-28B или IL-29, который описан в настоящей публикации; и терминатор транскрипции.
Настоящее изобретение также относится к экспрессирующему вектору, содержащему изолированную и очищенную молекулу ДНК, включающую в себя следующие оперативно связанные элементы: промотор транскрипции; участок ДНК, кодирующий полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из IL-28A (SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 и 12), IL-28B (SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 и 32) и IL-29 (SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 и 123); и терминатор транскрипции. Молекула ДНК может дополнительно содержать последовательность сигнала секреции, оперативно связанную с таким участком ДНК. Кодируемый полипептид может дополнительно содержать аффинную метку, которая описана в настоящей публикации. Настоящее изобретение также относится к культивируемой клетке, содержащей экспрессирующий вектор, который описан в настоящей публикации. Кодируемый полипептид обладает противовирусной активностью, например, против гепатита B и/или гепатита C.
В другом аспекте настоящее изобретение относится к культивируемой клетке, содержащей экспрессирующий вектор, который описан в настоящей публикации.
В другом аспекте настоящее изобретение относится к способу получения белка, включающему в себя культивирование клетки, содержащей экспрессирующий вектор, который включает в себя следующие оперативно связанные элементы: промотор транскрипции; участок ДНК, кодирующий полипептид IL-28A, IL-28B или IL-29, который описан в настоящей публикации; и терминатор транскрипции, в условиях, в которых участок ДНК экспрессирует; и извлечение полипептида, кодируемого участком ДНК.
В общем, последовательность ДНК, кодирующая полипептид IL-28A, IL-28B и IL-29, в экспрессирующем векторе оперативно связана с другими генетическими элементами, необходимыми для ее экспрессии, обычно включая промотор и терминатор транскрипции. Обычно вектор также может содержать один или несколько селектируемых маркеров и одно или несколько начал репликации, хотя специалистам в данной области будет понятно, что в некоторых системах селектируемые маркеры могут находиться в отдельных векторах, и репликация экзогенной ДНК может быть обеспечена за счет интеграции в геном клетки-хозяина. Выбор промоторов, терминаторов, селектируемых маркеров, векторов и других элементов является предметом обычного конструирования, которое соответствует среднему уровню компетентности в данной области. Многие такие элементы описаны в литературе и доступны из коммерческих источников.
Чтобы направить полипептид IL-28A, IL-28B и IL-29 в секреторный путь клетки-хозяина, в экспрессирующий вектор помещают последовательность сигнала секреции (также известную как лидерная последовательность, препропоследовательность или препоследовательность). Последовательностью сигнала секреции могут быть SEQ ID NO: 119 или 121, описанные в патенте США № 7157559, аминокислотные остатки 1-21 SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 7, описанные в патенте США № 7038032, или такая последовательность может быть получена из другого секретируемого белка, известного специалисту в данной области (например, t-PA; см. патент США № 5641655) или синтезирована de novo. Последовательность сигнала секреции оперативно связана с последовательностью ДНК IL-28A, IL-28B и IL-29, т.е. две последовательности связаны в правильной рамке считывания и расположены так, чтобы направлять ново синтезированный полипептид в путь секреции клетки-хозяина. Последовательность сигнала секреции обычно расположена с 5'-стороны от последовательности ДНК, кодирующей представляющий интерес полипептид, хотя некоторые сигнальные последовательности могут быть расположены в любом месте представляющей интерес последовательности ДНК (см., например, Welch с соавторами, патент США № 5037743; Holland с соавторами, патент США № 5143830).
rd
Широкое множество подходящих клеток-хозяев или культивируемых клеток включает без ограничения грамотрицательные прокариотические организмы-хозяева. Подходящими штаммами E. coli являются W3110, полученные из K12 штаммы MM294, TG-1, JM-107, BL21 и UT5600. Другими подходящими штаммами являются: BL21(DE3), BL21(DE3)pLysS, BL21(DE3)pLysE, DH1, DH4I, DH5, DH5I, DH5IF', DH5IMCR, DH10B, DH10B/p3, DH11S, C600, HB101, JM101, JM105, JM109, JM110, K38, RR1, Y1088, Y1089, CSH18, ER1451, ER1647, E. coli K12, E. coli K12 RV308, E. coli K12 C600, E. coli HB101, E. coli K12 C600 R.sub.k-M.sub.k-, E. coli K12 RR1 (см., например, Brown (ed.), Molecular Biology Labfax (Academic Press 1991)). Кроме того, ZGOLD1 и ZGOLD5 являются подходящими клетками-хозяевами для экспрессии полипептидов IL-28A, IL-28B и IL-29 согласно настоящему изобретению (см. публикацию патента США No. 2008-0096252, которая включена в настоящее описание в виде ссылки в полном объеме). Другие грамотрицательные прокариотические хозяева могут включать Serratia, Pseudomonas, Caulobacter. Прокариотические хозяева могут включать грамположительные организмы, такие как Bacillus, например, B. subtilis и B. thuringienesis, и B. thuringienesis var. israelensis, а также Streptomyces, например, S. lividans, S. ambofaciens, S. fradiae и S. griseofuscus. Подходящими штаммами Bacillus subtilus являются BR151, YB886, MI119, MI120 и B170 (см., например, Hardy, «Bacillus Cloning Methods», в DNA Cloning: A Practical Approach. Glover (ed.) (IRL Press 1985)). Стандартные способы размножения векторов в прокариотических хозяевах хорошо известны специалистам в данной области (см., например, Ausubel et al. (eds.), Short Protocols in Molecular Biology, 3 Edition (John Wiley and Sons 1995); Wu et al, Methods in Gene Biotechnology (CRC Press, Inc. 1997)). В одном варианте, в способах согласно настоящему изобретению используют IL-28A, IL-28B и IL-29, экспрессированные в штамме W3110, который был депонирован в Американской коллекции типов культур (ATCC) с номером ATCC 27325.
Когда необходимо крупномасштабное получение IL-28A, IL-28B и IL-29 с использованием системы экспрессии согласно настоящему изобретению, можно использовать периодическую ферментацию. Обычно периодическая ферментация на первой стадии включает в себя получение колбы с инокулятом посредством выращивания штаммов E. coli, экспрессирующих IL-28A, IL-28B и IL-29, в подходящей среде во встряхиваемой колбе для культивирования, чтобы обеспечить рост до оптической плотности (OD) от 5 до 20 при 600 нм. Подходящая среда может содержать азот от такого источника(ов), как сульфат аммония, фосфат аммония, хлорид аммония, дрожжевой экстракт, гидролизованные животные белки, гидролизованные растительные белки или гидролизованные казеины. Источником фосфата может быть фосфат калия, фосфат аммония, фосфорная кислота или фосфат натрия. Другими компонентами могут быть хлорид магния или сульфат магния, сульфат железа или хлорид железа и другие микроэлементы. В ростовую среду могут быть добавлены углеводы, такие как фруктоза, глюкоза, галактоза, лактоза и глицерин, чтобы улучшить рост. Альтернативно можно использовать периодическую культуру с подпиткой для получения высокого выхода IL-28A, IL-28B и IL-29. Штаммы E. coli, продуцирующие IL-28A, IL-28B и IL-29, выращивают в условиях, подобных условиям, описанным для выращивания в сосуде на первой стадии, используемом для посева в случае периодической ферментации.
Общие способы получения конъюгатов, содержащих IL-28A, IL-28B или IL-29, и остатки водорастворимых полимеров известны в данной области. См., например, Karasiewicz с соавторами, патент США № 5382657, Greenwald с соавторами, патент США № 5738846, Nieforth et al., Clin. Pharmacol. Ther. 59: 636 (1996), Monkarsh et al., Anal. Biochem. 247: 434 (1997). Пэгилированные виды могут быть отделены от неконъюгированных полипептидов IL-28A, IL-28B и IL-29 с использованием стандартных способов очистки, таких как диализ, ультрафильтрация, ионообменная хроматография, аффинная хроматография, эксклюзионная хроматография по размеру и тому подобные.
В WO 07/041713 раскрыты способы производства полипептидов IL-29 (например, SEQ ID NO: 106). В частности, в WO 07/041713 описана экспрессия, ферментация, извлечение, солюбилизация телец включения, осветление и концентрирование подвергнутых повторному фолдингу IL-29 или IFN λ-1, очистка, пэгилирование и очистка пэгилированных IL-29 или IFN λ-1; и указанная публикация включена в настоящее описание в виде ссылки для всех целей.
Подходящими водорастворимыми полимерами являются полиэтиленгликоль (ПЭГ), монометокси-ПЭГ, моно(C1-C10)алкокси-ПЭГ, арилокси-ПЭГ, поли(N-винилпирролидон)ПЭГ, трезилмонометокси-ПЭГ, монометокси-ПЭГ-пропиональдегид, ПЭГ-пропиональдегид, бис-сукцинимидилкарбонат-ПЭГ, гомополимеры пропиленгликоля, сополимер полипропиленоксид/этиленоксид, полиоксиэтилированные полиолы (например, глицерин), монометокси-ПЭГ-бутиральдегид, ПЭГ-бутиральдегид, монометокси-ПЭГ-ацетальдегид, ПЭГ-ацетальдегид, метоксил-ПЭГ-сукцинимидилпропионат, метоксил-ПЭГ-сукцинимидилбутаноат, поливиниловый спирт, декстран, целлюлоза или другие основанные на углеводах полимеры. Подходящий ПЭГ может иметь молекулярную массу примерно от 600 до примерно 60000, включая, например, 5000 дальтон, 12000 дальтон, 20000 дальтон, 30000 дальтон и 40000 дальтон, который может быть линейным или разветвленным. Конъюгат IL-28A, IL-28B и IL-29 также может содержать смесь таких водорастворимых полимеров. В патенте США № 7157559 и WO 07/041713 описаны различные типы ПЭГ и способ конъюгирования таких ПЭГ с IL-28A, IL-28B и IL-29 и способ очистки конъюгатов ПЭГ-IL-28A, ПЭГ-IL-28B и ПЭГ-IL-29.
TM
TM
TM
Клинически диагностические тесты в случае HCV включают серологические анализы антител и молекулярные тесты в отношении вирусных частиц. Доступны ферментные иммуноанализы (Vrielink et al., Transfusion 37: 845-849, 1997), но может требоваться подтверждение с использованием дополнительных тестов, таких как анализ на основе иммуноблоттинга (Pawlotsky et al., Hepatology 27: 1700-1702, 1998). В качественных и количественных анализах обычно используют методику полимеразной цепной реакции, и такие анализы предпочтительны для оценки виремии и ответа на лечение (Poynard et al., Lancet 352: 1426-1432, 1998; McHutchinson et al., N. Engl. J. Med. 339: 1485-1492, 1998). Имеется несколько коммерческих тестов, таких как количественная ОТ-ПЦР (Amplicor HCV Monitor, Roche Molecular Systems, Branchburg, NJ) и анализ амплификации сигнала разветвленной ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) (Quantiplex HCV RNA Assay [bDNA], Chiron Corp., Emeryville, CA). РНК HCV у пациента может быть оценена количественно (например, через шесть месяцев после «предшествующего лечения», чтобы определить, имеется ли у пациента рецидив появления вируса) в международных единицах в миллилитре, например, с использованием коммерчески доступных ПЦР-анализов в режиме реального времени (например, анализ HCV Abbott RealTime и анализ HCV Roche Cobas TaqMan). См. Halfon et al., Journal of Clinical Microbiology, 44(7): 2507-2511 (июль 2006 г.). В неспецифичном лабораторном тесте инфекции HCV измеряют уровень аланин аминотрансферазы (ALT), и такой тест является дешевым и легко доступным (National Institutes of Health Consensus Development Conference Panel, Hepatology 26 (Suppl. 1): 2S-10S, 1997). Гистологическую оценку биопсии печени обычно считают наиболее точным способом определения прогрессирования инфекции HCV (Yano et al., Hepatology 23: 1334-1340, 1996). Обзор клинических тестов для HCV см. в Lauer et al., N. Engl. J. Med. 345: 41-52, 2001.
Множество анализов, известных специалистам в данной области, можно использовать для выявления антител, которые специфично связываются с пэгилированными или непэгилированными полипептидами IL-28A, IL-28B и IL-29. Примеры анализов подробно описаны в публикации «Using Antibodies: A Laboratory Manual», Harlow and Lane (Eds.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999. Типичные примеры таких анализов включают: параллельный иммуноэлектрофорез, радиоиммуноанализы, радиоиммунопреципитации, твердофазные иммуноферментные анализы (ELISA), дот-блот-анализы, Вестерн-блот-анализы, анализы ингибирования или конкурентные анализы и анализы типа «сэндвич».
III. ПРИМЕНЕНИЕ ИНТЕРФЕРОНОВ ТИПА III
th
В случае фармацевтического применения полипептиды IL-28A, IL-28B и IL-29, которые необязательно, могут быть конъюгированы с полиэтиленгликолем, вводят пациенту-человеку способами, известными специалисту в данной области, такими как внутривенное введение, например, в виде болюса или непрерывной инфузии в течение определенного периода времени, внутримышечным, внутрибрюшинным, интрацереброспинальным, подкожным, внутрисуставным, интрасиновиальным, интретекальным, пероральным, местным или ингаляционным путями. В общем, фармацевтические препараты будут включать в себя пэгилированный или непэгилированный полипептид IL-28A, IL-28B или IL-29 в сочетании с фармацевтически приемлемым наполнителем, таким как физиологический раствор, забуференный физиологический раствор, 5% декстроза в воде или тому подобные. Препараты дополнительно могут включать в себя один или несколько эксципиентов, консервантов, солюбилизаторов, буферных средств, альбумин, чтобы предотвратить потерю белка на поверхности вирусов и т.д. Способы приготовления препаратов хорошо известны в данной области и описаны, например, в Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, PA, 19 ed., 1995. В общем, «терапевтически эффективное количество» означает количество IL-28A, IL-28B и IL-29, достаточное для получения клинически значимого изменения состояния, подвергаемого лечению, такого как клинически значимое изменение вирусной нагрузки (например, может быть определено количество РНК HCV, как в примере 1 с использованием полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией ((«ОТ-ПЦР») Taqman, как описано, например, в Kleiber et al., "Performance Characteristics of a Quantitative, Homogenous TaqMan RT-PCT Test for HCV RNA", Journal of Molecular Diagnostics, 2(3): 158-166 (August 2000); и Morris et al., "Rapid Reverse Transcription-PCT Detection of Hepatitis С Virus RNA in Serum by Using the TazMan Fluorogenic Detection System," Journal of Clinical Microbiology. 34(12):2933-2936 (Dec. 1996)) или иммунной функции, значимого уменьшения процента смертности или значимого увеличения гистологической оценки.
В случае профилактики или лечения гепатита C фиксированная доза пэгилированного интерферона типа III может зависеть от тяжести и течения заболевания, от того, вводят ли пэгилированный интерферон типа III с профилактическими или терапевтическими целями, от предыдущей терапии или предшествующего лечения пациента, истории болезни пациента и ответа на пэгилированный интерферон типа III и решения лечащего врача. Фиксированную дозу соответствующим образом вводят пациенту единовременно или в виде серии введений. Предпочтительно фиксированная доза находится в диапазоне примерно от 20 мкг до примерно 800 мкг пэгилированного интерферона типа III. Например, фиксированная доза может составлять примерно 60-80 мкг, примерно 80-100 мкг, примерно 100-120 мкг, примерно 120-140 мкг, примерно 140-160 мкг, примерно 160-180 мкг, примерно 180-200 мкг, примерно 200-220 мкг, примерно 220-240 мкг, примерно 240-260 мкг, примерно 260-280 мкг или примерно 280-300 мкг пэгилированного интерферона типа III.
В том случае, когда вводят серию фиксированных доз, такое введение может включать в себя, например, примерно одну дозу в неделю, примерно две дозы в неделю, примерно три дозы в неделю, примерно одну дозу через день, примерно одну дозу каждые три дня, примерно одну дозу каждую неделю, примерно одну дозу каждые две недели, примерно каждые 3 недели или примерно каждые 4 недели. Фиксированные дозы можно продолжать вводить, например, вплоть до выведения вируса гепатита или вплоть до момента, когда вирус невозможно выявить, до появления неблагоприятного эффекта или другого момента времени, который определяет лечащий врач. Например, можно вводить примерно от двух, трех или четырех примерно до 48-52 или примерно до 100 или более фиксированных доз.
В одном варианте вводят одну или несколько ударных доз пэгилированного интерферона типа III с последующим введением одной или нескольких поддерживающих доз пэгилированного интерферона типа III. В другом варианте пациенту вводят несколько одинаковых фиксированных доз.
В другом варианте лечение пациента может дополнительно включать в себя в дополнение к пэгилированному интерферону типа III, по меньшей мере, одно средство против гепатита C. Необязательно, средство против гепатита C выбрано из группы, состоящей из ингибиторов полимеразы и/или протеазы, агонистов A3AR, агонистов толл-подобных рецепторов, моноклональных антител, лекарственных средств из растительного сырья, антифосфолипидов, иммуномодуляторов, противовоспалительных лекарственных средств, тиазолидов, иммуностимуляторов широкого спектра, ингибиторов воспаления/фиброза, ингибиторов циклофилина, ингибиторов панкаспазы, HCV-иммуноглобулинов, противовирусных средств, противоинфекционных средств, ингибиторов РНК, ингибиторов глюкозидазы I, ингибиторов IRES, безафибратов, аналогов нуклеозидов, интерферонов типа I или интерферонов типа II. Ингибитором полимеразы и/или протеазы может быть, например, VCH-916 (Virochem), GS9190 (Gilead), GSK625433 (GlaxcoSmithKline), ITMN-191 (R-7227; InterMune), R7128 (Pharmasset/Roche), VCH-759 (Virochem), R1626 (Roche), TMC435350 (Medivir/Tibotec), SCH503034 (Boceprevir, Schering-Plough), A-831 (Arrow Therapeutics), валопицитабин (NM283, Idenix Pharmaceuticals) или VX950 (Telaprevir, Vertex). Агонистом A3AR может быть, например, CF102 (Can-Fite). Агонистом толл-подобного рецептора может быть, например, IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals), исаторибин (ANA971, Anadys Pharmaceuticals) или актилон (CPG10101, Coley Pharmaceutical Group). Моноклональным антителом может быть, например, AB68 (XTL bio). Лекарственным средством из растительного сырья может быть, например, PYN17 (Phynova). Антифосфолипидом может быть, например, бавитуксимаб (ранее тарвацин; Peregrine). Иммуномодулятором может быть, например, NOV-205 (Novelos Therapeutics), оглуфанид динатрия (Implicit Bioscience) или тимальфазин (тимозин альфа 1; SciClone/Sigma-Tau). Противовоспалительным средством может быть, например, CTS-1027 (Conatus) или JBK-122 (Jenken Biosciences). Тиазолидом может быть, например, алиния (нитазоксанид; Romark Laboratories). Иммуностимулятором широкого спектра может быть, например, SCV-07 (SciClone). Ингибитором воспаления/фиброза может быть, например, MitoQ (митохинон; Antipodean Pharmaceuticals). Ингибитором циклофилина может быть, например, DEBIO-025 (Debio Pharm Group). Ингибитором панкаспазы может быть, например, PF-03491390 (ранее IDN-6556; Pfizer Pharmaceuticals). HCV-имуноглобулином может быть, например, цивацир (Nabi). Противовирусным средством может быть, например, сувус (метиленовый синий, ранее BIVN-104 (виростат); Bioenvision). Необязательно, противоинфекционным средством является нитазоксанид (Alinia, Romark Pharmaceuticals). Ингибитором глюкозидазы I может быть, например, MX-3253 (целгосивир; Migenix). Ингибитором IRES может быть, например, VGX-410C (мифепристон; VGX Pharmaceuticals). Безафибратом может быть, например, гепаконда (гиаконда). Аналогом нуклеозида может быть, например, рибавирин (например, копегус Roches или ребетол Schering-Plough) или вирамидин (тарибавирин (пролекарство рибавирина); Valeant Pharmaceuticals). Необязательно, рибавирин или вирамидин вводят пациенту перорально один раз или дважды в сутки в дозе около 800-1200 мг. Интерфероном типа I может быть, например, интерферон альфа или пэгилированный интерферон альфа. Необязательно, интерфероном альфа или пэгилированным интерфероном альфа является пегасис (пэгилированный интерферон-альфа-2a или ПЭГ-IFN-α-2a; Roche), ПЭГ-интрон (пэгилированный интерферон-альфа-2b или ПЭГ-IFN-α-2b; Schering-Plough), белерофон (Nautilus Biotech), пероральный интерферон альфа (Amarillo Biosciences), BLX-883 (Locteron; Biolex Therapeutics/OctoPlus), мультиферон (Viragen), альбуферон (Human Genome Sciences), консенсусный интерферон (инферген; Three Rivers Pharma). Интерфероном типа I может быть, например, омега-интерферон (Intarcia Therapeutics). Необязательно, интерфероном типа II является интерферон гамма, например, Actimmune (Intermune). Полиэтиленгликоль (ПЭГ) в пэгилированном интерфероне типа III может представлять собой, например, мПЭГ-пропиональдегид с молекулярной массой 20 кД, 30 кД или 40 кД. мПЭГ-пропиональдегид 20 кД, 30 кД или 40 кД может быть конъюгирован, например, с N-концом полипептида интерферона типа III.
Подходящими дозами для любого из указанных выше совместно вводимых средств являются дозы, используемые в настоящее время, и такие дозы могут быть снижены благодаря комбинированному действию (синергии) средства против гепатита C и пэгилированного интерферона типа III.
В качестве иллюстрации фармацевтические препараты могут поставляться в виде набора, содержащего емкость, которая содержит пэгилированный или непэгилированный полипептид IL-28A, IL-28B или IL-29 согласно настоящему изобретению. Набор может дополнительно содержать средство против гепатита C, которое описано в настоящей публикации. Терапевтические полипептиды могут быть представлены в форме инъекционного раствора, содержащего однократную или многократные дозы, или в виде стерильного порошка, который может быть перерастворен перед инъекцией. Альтернативно, такой набор может включать в себя распылитель сухого порошка, аппарат, создающий жидкий аэрозоль, или ингалятор для введения терапевтического полипептида. Такой набор может дополнительно содержать письменную информацию о показаниях и применении фармацевтического препарата. Кроме того, в такую информацию может быть включено указание о том, что препарат пэгилированного или непэгилированного полипептида IL-28A, IL-28B или IL-29 противопоказан пациентам с известной гиперчувствительностью к пэгилированному или непэгилированному полипептиду IL-28A, IL-28B и/или IL-29.
Настоящее изобретение относится к способу лечения пациента-человека, который инфицирован или для которого существует риск инфекции вирусом гепатита C, включающему в себя введение пациенту-человеку терапевтически эффективного количества пэгилированного интерферона типа III или интерферона типа III. Необязательно, доза может представлять собой одну дозу в неделю, две дозы в неделю, три дозы в неделю, одну дозу через день, одну дозу каждые три дня или одну дозу каждые две недели. Необязательно, пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III может представлять собой полипептид IL-28A, полипептид IL-28B или полипептид IL-29. Полипептид IL-28A может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 или 12. Полипептид IL-28B может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 или 32. Полипептид IL-29 может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 или 123. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить парентерально, например путем инъекции или инфузии. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить внутривенно, внутримышечно, подкожно, интрадермально или внутрибрюшинно. Необязательно, пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III вводят пациенту-человеку в количестве, выбранном из группы, состоящей из количества меньше чем 0,5 мкг/кг, от 0,5 до 1,0 мкг/кг, от 1,0 до 1,5 мкг/кг, от 1,5 до 2,0 мкг/кг, от 2,0 до 2,5 мкг/кг, от 2,5 до 3,0 мкг/кг, от 3,0 до 3,5 мкг/кг, от 3,5 до 4,0 мкг/кг, от 4,0 до 4,5 мкг/кг, от 4,5 до 5,0 мкг/кг, от 5,0 до 5,5 мкг/кг, от 5,5 до 6,0 мкг/кг, от 6,0 до 6,5 мкг/кг, от 6,5 до 7,0 мкг/кг, от 7,0 до 7,5 мкг/кг, от 7,5 до 8,0 мкг/кг, от 8,0 до 8,5 мкг/кг, от 8,5 до 9,0 мкг/кг, от 9,0 до 9,5 мкг/кг, от 9,5 до 10,0 мкг/кг, больше 10,0 мкг/кг, фиксированной дозы примерно 60-80 мкг, фиксированной дозы примерно 80-100 мкг, фиксированной дозы примерно 100-120 мкг, фиксированной дозы примерно 120-140 мкг, фиксированной дозы примерно 140-160 мкг, фиксированной дозы примерно 160-180 мкг, фиксированной дозы примерно 180-200 мкг, фиксированной дозы примерно 200-220 мкг, фиксированной дозы примерно 220-240 мкг, фиксированной дозы примерно 240-260 мкг, фиксированной дозы примерно 260-280 мкг, и фиксированной дозы примерно 280-300 мкг.
Необязательно, пациент, имеющий HCV, выбран из субпопуляции пациентов с гепатитом C, состоящей из не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C генотипа I; не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C любого генотипа (например, 1a, 1b, 1c, 2a, 2b, 2c, 3a, 3b, 4a, 4b, 4c, 4d, 4e, 5a, 6a, 7a, 7b, 8a, 8b, 9a, 10a и 11a); пациентов, коинфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ); пациентов, которые не переносят пэгилированный интерферон альфа, интерферон альфа или любой другой пэгилированный или непэгилированный интерферон типа I; пациентов, которым противопоказано лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I; пациентов, которые ожидают или перенесли трансплантацию печени; пациентов с декомпенсированным заболеванием печени; пациентов, которые ранее не отвечали на лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I, либо в виде единственного средства, либо в сочетании с рибавирином или любым другим средством против гепатита C, включая пациентов, которые были совсем не отвечающими, отвечающими/имеющими рецидивы заболевания или пациентов с вирусологическим прорывом; пациентов, которые не поддавались предыдущему лечению пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I либо в виде отдельного средства, либо в сочетании с рибавирином или любыми другими средствами против гепатита C; пациентов с определенным базовым уровнем РНК гепатита C; и пациентов с циррозом. Необязательно, продолжительность лечения составляет 8-12 недель, 12-16 недель, 16-20 недель, 20-24 недели, 24-28 недель, 28-32 недели, 32-36 недель, 36-40 недель, 40-44 недели, 44-48 недель, 48-52 недели или больше 52 недель. Необязательно, лечение может дополнительно включать в себя, по меньшей мере, одно средство против гепатита C. Необязательно, средство против гепатита C выбрано из группы, состоящей из ингибиторов полимеразы и/или протеазы, агонистов A3AR, агонистов толл-подобных рецепторов, моноклональных антител, лекарственных средств из растительного сырья, антифосфолипидов, иммуномодуляторов, противовоспалительных лекарственных средств, тиазолидов, иммуностимуляторов широкого спектра, ингибиторов воспаления/фиброза, ингибиторов циклофилина, ингибиторов панкаспазы, HCV-иммуноглобулинов, противовирусных средств, противоинфекционных средств, ингибиторов РНК, ингибиторов глюкозидазы I, ингибиторов IRES, безафибратов, аналогов нуклеозидов, интерферонов типа I или интерферонов типа II. Ингибитором полимеразы и/или протеазы может быть, например, VCH-916 (Virochem), GS9190 (Gilead), GSK625433 (GlaxcoSmithKline), ITMN-191 (R-7227; InterMune), R7128 (Pharmasset/Roche), VCH-759 (Virochem), R1626 (Roche), TMC435350 (Medivir/Tibotec), SCH503034 (Boceprevir, Schering-Plough), A-831 (Arrow Therapeutics), валопицитабин (NM283, Idenix Pharmaceuticals) или VX950 (Telaprevir, Vertex). Агонистом A3AR может быть, например, CF102 (Can-Fite). Агонистом толл-подобного рецептора может быть, например, IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals), исаторибин (ANA971, Anadys Pharmaceuticals) или актилон (CPG10101, Coley Pharmaceutical Group). Моноклональным антителом может быть, например, AB68 (XTL bio). Лекарственным средством из растительного сырья может быть, например, PYN17 (Phynova). Антифосфолипидом может быть, например, бавитуксимаб (ранее тарвацин; Peregrine). Иммуномодулятором может быть, например, NOV-205 (Novelos Therapeutics), оглуфанид динатрия (Implicit Bioscience) или тимальфазин (тимозин альфа 1; SciClone/Sigma-Tau). Противовоспалительным средством может быть, например, CTS-1027 (Conatus) или JBK-122 (Jenken Biosciences). Тиазолидом может быть, например, алиния (нитазоксанид; Romark Laboratories). Иммуностимулятором широкого спектра может быть, например, SCV-07 (SciClone). Ингибитором воспаления/фиброза может быть, например, MitoQ (митохинон; Antipodean Pharmaceuticals). Ингибитором циклофилина может быть, например, DEBIO-025 (Debio Pharm Group). Ингибитором панкаспазы может быть, например, PF-03491390 (ранее IDN-6556; Pfizer Pharmaceuticals). HCV-имуноглобулином может быть, например, цивацир (Nabi). Противовирусным средством может быть, например, сувус (метиленовый синий, ранее BIVN-104 (виростат); Bioenvision). Необязательно, противоинфекционным средством является нитазоксанид (Alinia, Romark Pharmaceuticals). Ингибитором глюкозидазы I может быть, например, MX-3253 (целгосивир; Migenix). Ингибитором IRES может быть, например, VGX-410C (мифепристон; VGX Pharmaceuticals). Безафибратом может быть, например, гепаконда (гиаконда). Аналогом нуклеозида может быть, например, рибавирин (например, копегус Roches или ребетол Schering-Plough) или вирамидин (тарибавирин (пролекарство рибавирина); Valeant Pharmaceuticals). Необязательно, рибавирин или вирамидин вводят пациенту перорально один раз или дважды в сутки в дозе около 800-1200 мг. Интерфероном типа I может быть, например, интерферон альфа или пэгилированный интерферон альфа. Необязательно, интерфероном альфа или пэгилированным интерфероном альфа является пегасис (пэгилированный интерферон-альфа-2a или ПЭГ-IFN-α-2a; Roche), ПЭГ-интрон (пэгилированный интерферон-альфа-2b или ПЭГ-IFN-α-2b; Schering-Plough), белерофон (Nautilus Biotech), пероральный интерферон альфа (Amarillo Biosciences), BLX-883 (Locteron; Biolex Therapeutics/OctoPlus), мультиферон (Viragen), альбуферон (Human Genome Sciences), консенсусный интерферон (инферген; Three Rivers Pharma). Интерфероном типа I может быть, например, омега-интерферон (Intarcia Therapeutics). Необязательно, интерфероном типа II является интерферон гамма, например, Actimmune (Intermune). Полиэтиленгликоль (ПЭГ) в пэгилированном интерфероне типа III может представлять собой, например, мПЭГ-пропиональдегид с молекулярной массой 20 кД, 30 кД или 40 кД. мПЭГ-пропиональдегид 20 кД, 30 кД или 40 кД может быть конъюгирован, например, с N-концом полипептида интерферона типа III.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения пациента, который инфицирован или для которого существует риск инфекции вирусом гепатита C, включающему в себя введение пациенту терапевтически эффективного количества фармацевтического препарата, содержащего пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III и фармацевтически приемлемый носитель. Необязательно, доза может представлять собой одну дозу в неделю, две дозы в неделю, три дозы в неделю, одну дозу через день, одну дозу каждые три дня или одну дозу каждые две недели. Необязательно, интерферон типа III может представлять собой полипептид IL-28A, полипептид IL-28B или полипептид IL-29. Полипептид IL-28A может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 или 12. Полипептид IL-28B может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 или 32. Полипептид IL-29 может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 или 123. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить парентерально, например путем инъекции или инфузии. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить внутривенно, внутримышечно, подкожно, интрадермально или внутрибрюшинно. Необязательно, пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III вводят человеку в количестве, выбранном из группы, состоящей из количества меньше чем 0,5 мкг/кг, от 0,5 до 1,0 мкг/кг, от 1,0 до 1,5 мкг/кг, от 1,5 до 2,0 мкг/кг, от 2,0 до 2,5 мкг/кг, от 2,5 до 3,0 мкг/кг, от 3,0 до 3,5 мкг/кг, от 3,5 до 4,0 мкг/кг, от 4,0 до 4,5 мкг/кг, от 4,5 до 5,0 мкг/кг, от 5,0 до 5,5 мкг/кг, от 5,5 до 6,0 мкг/кг, от 6,0 до 6,5 мкг/кг, от 6,5 до 7,0 мкг/кг, от 7,0 до 7,5 мкг/кг, от 7,5 до 8,0 мкг/кг, от 8,0 до 8,5 мкг/кг, от 8,5 до 9,0 мкг/кг, от 9,0 до 9,5 мкг/кг, от 9,5 до 10,0 мкг/кг, больше 10,0 мкг/кг, фиксированной дозы примерно 60-80 мкг, фиксированной дозы примерно 80-100 мкг, фиксированной дозы примерно 100-120 мкг, фиксированной дозы примерно 120-140 мкг, фиксированной дозы примерно 140-160 мкг, фиксированной дозы примерно 160-180 мкг, фиксированной дозы примерно 180-200 мкг, фиксированной дозы примерно 200-220 мкг, фиксированной дозы примерно 220-240 мкг, фиксированной дозы примерно 240-260 мкг, фиксированной дозы примерно 260-280 мкг, и фиксированной дозы примерно 280-300 мкг. Необязательно, пациент, имеющий HCV, выбран из субпопуляции пациентов с гепатитом C, состоящей из не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C генотипа I; не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C любого генотипа; пациентов, коинфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ); пациентов, которые не переносят пэгилированный интерферон альфа, интерферон альфа или любой другой пэгилированный или непэгилированный интерферон типа I; пациентов, которым противопоказано лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I; пациентов, которые ожидают или перенесли трансплантацию печени; пациентов с декомпенсированным заболеванием печени; пациентов, которые ранее не отвечали на лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I, либо в виде единственного средства, либо в сочетании с рибавирином или любым другим средством против гепатита C, включая пациентов, которые были совсем не отвечающими, отвечающими/имеющими рецидивы заболевания или пациентов с вирусологическим прорывом; пациентов, которые не поддавались предыдущему лечению пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I либо в виде единственного средства, либо в сочетании с рибавирином или любыми другими средствами против гепатита C; пациентов с определенным базовым уровнем РНК гепатита C; и пациентов с циррозом. Необязательно, продолжительность лечения составляет 8-12 недель, 12-16 недель, 16-20 недель, 20-24 недели, 24-28 недель, 28-32 недели, 32-36 недель, 36-40 недель, 40-44 недели, 44-48 недель, 48-52 недели или больше 52 недель. Необязательно, лечение может дополнительно включать в себя, по меньшей мере, одно средство против гепатита C. Необязательно, средство против гепатита C выбрано из группы, состоящей из ингибиторов полимеразы и/или протеазы, агонистов A3AR, агонистов толл-подобных рецепторов, моноклональных антител, лекарственных средств из растительного сырья, антифосфолипидов, иммуномодуляторов, противовоспалительных лекарственных средств, тиазолидов, иммуностимуляторов широкого спектра, ингибиторов воспаления/фиброза, ингибиторов циклофилина, ингибиторов панкаспазы, HCV-иммуноглобулинов, противовирусных средств, противоинфекционных средств, ингибиторов РНК, ингибиторов глюкозидазы I, ингибиторов IRES, безафибратов, аналогов нуклеозидов, интерферонов типа I или интерферонов типа II. Ингибитором полимеразы и/или протеазы может быть, например, VCH-916 (Virochem), GS9190 (Gilead), GSK625433 (GlaxcoSmithKline), ITMN-191 (R-7227; InterMune), R7128 (Pharmasset/Roche), VCH-759 (Virochem), R1626 (Roche), TMC435350 (Medivir/Tibotec), SCH503034 (Boceprevir, Schering-Plough), A-831 (Arrow Therapeutics), валопицитабин (NM283, Idenix Pharmaceuticals) или VX950 (Telaprevir, Vertex). Агонистом A3AR может быть, например, CF102 (Can-Fite). Агонистом толл-подобного рецептора может быть, например, IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals), исаторибин (ANA971, Anadys Pharmaceuticals) или актилон (CPG10101, Coley Pharmaceutical Group). Моноклональным антителом может быть, например, AB68 (XTL bio). Лекарственным средством из растительного сырья может быть, например, PYN17 (Phynova). Антифосфолипидом может быть, например, бавитуксимаб (ранее тарвацин; Peregrine). Иммуномодулятором может быть, например, NOV-205 (Novelos Therapeutics), оглуфанид динатрия (Implicit Bioscience) или тимальфазин (тимозин альфа 1; SciClone/Sigma-Tau). Противовоспалительным средством может быть, например, CTS-1027 (Conatus) или JBK-122 (Jenken Biosciences). Тиазолидом может быть, например, алиния (нитазоксанид; Romark Laboratories). Иммуностимулятором широкого спектра может быть, например, SCV-07 (SciClone). Ингибитором воспаления/фиброза может быть, например, MitoQ (митохинон; Antipodean Pharmaceuticals). Ингибитором циклофилина может быть, например, DEBIO-025 (Debio Pharm Group). Ингибитором панкаспазы может быть, например, PF-03491390 (ранее IDN-6556; Pfizer Pharmaceuticals). HCV-имуноглобулином может быть, например, цивацир (Nabi). Противовирусным средством может быть, например, сувус (метиленовый синий, ранее BIVN-104 (виростат); Bioenvision). Необязательно, противоинфекционным средством является нитазоксанид (Alinia, Romark Pharmaceuticals). Ингибитором глюкозидазы I может быть, например, MX-3253 (целгосивир; Migenix). Ингибитором IRES может быть, например, VGX-410C (мифепристон; VGX Pharmaceuticals). Безафибратом может быть, например, гепаконда (гиаконда). Аналогом нуклеозида может быть, например, рибавирин (например, копегус Roches или ребетол Schering-Plough) или вирамидин (тарибавирин (пролекарство рибавирина); Valeant Pharmaceuticals). Необязательно, рибавирин или вирамидин вводят пациенту перорально один раз или дважды в сутки в дозе около 800-1200 мг. Интерфероном типа I может быть, например, интерферон альфа или пэгилированный интерферон альфа. Необязательно, интерфероном альфа или пэгилированным интерфероном альфа является пегасис (пэгилированный интерферон-альфа-2a или ПЭГ-IFN-α-2a; Roche), ПЭГ-интрон (пэгилированный интерферон-альфа-2b или ПЭГ-IFN-α-2b; Schering-Plough), белерофон (Nautilus Biotech), пероральный интерферон альфа (Amarillo Biosciences), BLX-883 (Locteron; Biolex Therapeutics/OctoPlus), мультиферон (Viragen), альбуферон (Human Genome Sciences), консенсусный интерферон (инферген; Three Rivers Pharma). Интерфероном типа I может быть, например, омега-интерферон (Intarcia Therapeutics). Необязательно, интерфероном типа II является интерферон гамма, например, Actimmune (Intermune). Полиэтиленгликоль (ПЭГ) в пэгилированном интерфероне типа III может представлять собой, например, мПЭГ-пропиональдегид с молекулярной массой 20 кД, 30 кД или 40 кД. мПЭГ-пропиональдегид 20 кД, 30 кД или 40 кД может быть конъюгирован, например, с N-концом полипептида интерферона типа III.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения пациента-человека, имеющего рецидивирующую инфекцию гепатитом C генотипа I после предыдущего лечения, включающему в себя введение пациенту-человеку терапевтически эффективного количества пэгилированного интерферона типа III или интерферона типа III. Необязательно, доза может представлять собой одну дозу в неделю, две дозы в неделю, три дозы в неделю, одну дозу через день, одну дозу каждые три дня или одну дозу каждые две недели. Необязательно, интерферон типа III может представлять собой полипептид IL-28A, полипептид IL-28B или полипептид IL-29. Полипептид IL-28A может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 или 12. Полипептид IL-28B может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 или 32. Полипептид IL-29 может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 или 123. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить парентерально, например, путем инъекции или инфузии. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить внутривенно, внутримышечно, подкожно, интрадермально или внутрибрюшинно. Необязательно, пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III вводят человеку в количестве, выбранном из группы, состоящей из количества меньше чем 0,5 мкг/кг, от 0,5 до 1,0 мкг/кг, от 1,0 до 1,5 мкг/кг, от 1,5 до 2,0 мкг/кг, от 2,0 до 2,5 мкг/кг, от 2,5 до 3,0 мкг/кг, от 3,0 до 3,5 мкг/кг, от 3,5 до 4,0 мкг/кг, от 4,0 до 4,5 мкг/кг, от 4,5 до 5,0 мкг/кг, от 5,0 до 5,5 мкг/кг, от 5,5 до 6,0 мкг/кг, от 6,0 до 6,5 мкг/кг, от 6,5 до 7,0 мкг/кг, от 7,0 до 7,5 мкг/кг, от 7,5 до 8,0 мкг/кг, от 8,0 до 8,5 мкг/кг, от 8,5 до 9,0 мкг/кг, от 9,0 до 9,5 мкг/кг, от 9,5 до 10,0 мкг/кг, больше 10,0 мкг/кг, фиксированной дозы примерно 60-80 мкг, фиксированной дозы примерно 80-100 мкг, фиксированной дозы примерно 100-120 мкг, фиксированной дозы примерно 120-140 мкг, фиксированной дозы примерно 140-160 мкг, фиксированной дозы примерно 160-180 мкг, фиксированной дозы примерно 180-200 мкг, фиксированной дозы примерно 200-220 мкг, фиксированной дозы примерно 220-240 мкг, фиксированной дозы примерно 240-260 мкг, фиксированной дозы примерно 260-280 мкг, и фиксированной дозы примерно 280-300 мкг. Необязательно, продолжительность лечения составляет 8-12 недель, 12-16 недель, 16-20 недель, 20-24 недели, 24-28 недель, 28-32 недели, 32-36 недель, 36-40 недель, 40-44 недели, 44-48 недель, 48-52 недели или больше 52 недель. Необязательно, лечение может дополнительно включать в себя, по меньшей мере, одно средство против гепатита C. Необязательно, средство против гепатита C выбрано из группы, состоящей из ингибиторов полимеразы и/или протеазы, агонистов A3AR, агонистов толл-подобных рецепторов, моноклональных антител, лекарственных средств из растительного сырья, антифосфолипидов, иммуномодуляторов, противовоспалительных лекарственных средств, тиазолидов, иммуностимуляторов широкого спектра, ингибиторов воспаления/фиброза, ингибиторов циклофилина, ингибиторов панкаспазы, HCV-иммуноглобулинов, противовирусных средств, противоинфекционных средств, ингибиторов РНК, ингибиторов глюкозидазы I, ингибиторов IRES, безафибратов, аналогов нуклеозидов, интерферонов типа I или интерферонов типа II. Ингибитором полимеразы и/или протеазы может быть, например, VCH-916 (Virochem), GS9190 (Gilead), GSK625433 (GlaxcoSmithKline), ITMN-191 (R-7227; InterMune), R7128 (Pharmasset/Roche), VCH-759 (Virochem), R1626 (Roche), TMC435350 (Medivir/Tibotec), SCH503034 (Boceprevir, Schering-Plough), A-831 (Arrow Therapeutics), валопицитабин (NM283, Idenix Pharmaceuticals) или VX950 (Telaprevir, Vertex). Агонистом A3AR может быть, например, CF102 (Can-Fite). Агонистом толл-подобного рецептора может быть, например, IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals), исаторибин (ANA971, Anadys Pharmaceuticals) или актилон (CPG10101, Coley Pharmaceutical Group). Моноклональным антителом может быть, например, AB68 (XTL bio). Лекарственным средством из растительного сырья может быть, например, PYN17 (Phynova). Антифосфолипидом может быть, например, бавитуксимаб (ранее тарвацин; Peregrine). Иммуномодулятором может быть, например, NOV-205 (Novelos Therapeutics), оглуфанид динатрия (Implicit Bioscience) или тимальфазин (тимозин альфа 1; SciClone/Sigma-Tau). Противовоспалительным средством может быть, например, CTS-1027 (Conatus) или JBK-122 (Jenken Biosciences). Тиазолидом может быть, например, алиния (нитазоксанид; Romark Laboratories). Иммуностимулятором широкого спектра может быть, например, SCV-07 (SciClone). Ингибитором воспаления/фиброза может быть, например, MitoQ (митохинон; Antipodean Pharmaceuticals). Ингибитором циклофилина может быть, например, DEBIO-025 (Debio Pharm Group). Ингибитором панкаспазы может быть, например, PF-03491390 (ранее IDN-6556; Pfizer Pharmaceuticals). HCV-имуноглобулином может быть, например, цивацир (Nabi). Противовирусным средством может быть, например, сувус (метиленовый синий, ранее BIVN-104 (виростат); Bioenvision). Необязательно, противоинфекционным средством является нитазоксанид (Alinia, Romark Pharmaceuticals). Ингибитором глюкозидазы I может быть, например, MX-3253 (целгосивир; Migenix). Ингибитором IRES может быть, например, VGX-410C (мифепристон; VGX Pharmaceuticals). Безафибратом может быть, например, гепаконда (гиаконда). Аналогом нуклеозида может быть, например, рибавирин (например, копегус Roches или ребетол Schering-Plough) или вирамидин (тарибавирин (пролекарство рибавирина); Valeant Pharmaceuticals). Необязательно, рибавирин или вирамидин вводят пациенту перорально один раз или дважды в сутки в дозе около 800-1200 мг. Интерфероном типа I может быть, например, интерферон альфа или пэгилированный интерферон альфа. Необязательно, интерфероном альфа или пэгилированным интерфероном альфа является пегасис (пэгилированный интерферон-альфа-2a или ПЭГ-IFN-α-2a; Roche), ПЭГ-интрон (пэгилированный интерферон-альфа-2b или ПЭГ-IFN-α-2b; Schering-Plough), белерофон (Nautilus Biotech), пероральный интерферон альфа (Amarillo Biosciences), BLX-883 (Locteron; Biolex Therapeutics/OctoPlus), мультиферон (Viragen), альбуферон (Human Genome Sciences), консенсусный интерферон (инферген; Three Rivers Pharma). Интерфероном типа I может быть, например, омега-интерферон (Intarcia Therapeutics). Необязательно, интерфероном типа II является интерферон гамма, например, Actimmune (Intermune). Полиэтиленгликоль (ПЭГ) в пэгилированном интерфероне типа III может представлять собой, например, мПЭГ-пропиональдегид с молекулярной массой 20 кД, 30 кД или 40 кД. мПЭГ-пропиональдегид 20 кД, 30 кД или 40 кД может быть конъюгирован, например, с N-концом полипептида интерферона типа III.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения пациента, имеющего рецидивирующую инфекцию гепатитом C генотипа I после предыдущего лечения, включающему в себя введение пациенту терапевтически эффективного количества фармацевтического препарата, содержащего пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III и фармацевтически приемлемый носитель. Необязательно, доза может представлять собой одну дозу в неделю, две дозы в неделю, три дозы в неделю, одну дозу через день, одну дозу каждые три дня или одну дозу каждые две недели. Необязательно, пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III может представлять собой полипептид IL-28A, полипептид IL-28B или полипептид IL-29. Полипептид IL-28A может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10 или 12. Полипептид IL-28B может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30 или 32. Полипептид IL-29 может представлять собой, например, полипептид с SEQ ID NO: 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 115, 117, 119, 121 или 123. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить парентерально, например путем инъекции или инфузии. Пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III можно вводить внутривенно, внутримышечно, подкожно, интрадермально или внутрибрюшинно. Необязательно, пэгилированный интерферон типа III или интерферон типа III вводят человеку в количестве, выбранном из группы, состоящей из количества меньше чем 0,5 мкг/кг, от 0,5 до 1,0 мкг/кг, от 1,0 до 1,5 мкг/кг, от 1,5 до 2,0 мкг/кг, от 2,0 до 2,5 мкг/кг, от 2,5 до 3,0 мкг/кг, от 3,0 до 3,5 мкг/кг, от 3,5 до 4,0 мкг/кг, от 4,0 до 4,5 мкг/кг, от 4,5 до 5,0 мкг/кг, от 5,0 до 5,5 мкг/кг, от 5,5 до 6,0 мкг/кг, от 6,0 до 6,5 мкг/кг, от 6,5 до 7,0 мкг/кг, от 7,0 до 7,5 мкг/кг, от 7,5 до 8,0 мкг/кг, от 8,0 до 8,5 мкг/кг, от 8,5 до 9,0 мкг/кг, от 9,0 до 9,5 мкг/кг, от 9,5 до 10,0 мкг/кг, больше 10,0 мкг/кг, фиксированной дозы примерно 60-80 мкг, фиксированной дозы примерно 80-100 мкг, фиксированной дозы примерно 100-120 мкг, фиксированной дозы примерно 120-140 мкг, фиксированной дозы примерно 140-160 мкг, фиксированной дозы примерно 160-180 мкг, фиксированной дозы примерно 180-200 мкг, фиксированной дозы примерно 200-220 мкг, фиксированной дозы примерно 220-240 мкг, фиксированной дозы примерно 240-260 мкг, фиксированной дозы примерно 260-280 мкг, и фиксированной дозы примерно 280-300 мкг. Необязательно, продолжительность лечения составляет 8-12 недель, 12-16 недель, 16-20 недель, 20-24 недели, 24-28 недель, 28-32 недели, 32-36 недель, 36-40 недель, 40-44 недели, 44-48 недель, 48-52 недели или больше 52 недель. Необязательно, лечение может дополнительно включать в себя, по меньшей мере, одно средство против гепатита C. Необязательно, средство против гепатита C выбрано из группы, состоящей из ингибиторов полимеразы и/или протеазы, агонистов A3AR, агонистов толл-подобных рецепторов, моноклональных антител, лекарственных средств из растительного сырья, антифосфолипидов, иммуномодуляторов, противовоспалительных лекарственных средств, тиазолидов, иммуностимуляторов широкого спектра, ингибиторов воспаления/фиброза, ингибиторов циклофилина, ингибиторов панкаспазы, HCV-иммуноглобулинов, противовирусных средств, противоинфекционных средств, ингибиторов РНК, ингибиторов глюкозидазы I, ингибиторов IRES, безафибратов, аналогов нуклеозидов, интерферонов типа I и интерферонов типа II. Ингибитором полимеразы и/или протеазы может быть, например, VCH-916 (Virochem), GS9190 (Gilead), GSK625433 (GlaxcoSmithKline), ITMN-191 (R-7227; InterMune), R7128 (Pharmasset/Roche), VCH-759 (Virochem), R1626 (Roche), TMC435350 (Medivir/Tibotec), SCH503034 (Boceprevir, Schering-Plough), A-831 (Arrow Therapeutics), валопицитабин (NM283, Idenix Pharmaceuticals) или VX950 (Telaprevir, Vertex). Агонистом A3AR может быть, например, CF102 (Can-Fite). Агонистом толл-подобного рецептора может быть, например, IMO-2125 (Idera Pharmaceuticals), исаторибин (ANA971, Anadys Pharmaceuticals) или актилон (CPG10101, Coley Pharmaceutical Group). Моноклональным антителом может быть, например, AB68 (XTL bio). Лекарственным средством из растительного сырья может быть, например, PYN17 (Phynova). Антифосфолипидом может быть, например, бавитуксимаб (ранее тарвацин; Peregrine). Иммуномодулятором может быть, например, NOV-205 (Novelos Therapeutics), оглуфанид динатрия (Implicit Bioscience) или тимальфазин (тимозин альфа 1; SciClone/Sigma-Tau). Противовоспалительным средством может быть, например, CTS-1027 (Conatus) или JBK-122 (Jenken Biosciences). Тиазолидом может быть, например, алиния (нитазоксанид; Romark Laboratories). Иммуностимулятором широкого спектра может быть, например, SCV-07 (SciClone). Ингибитором воспаления/фиброза может быть, например, MitoQ (митохинон; Antipodean Pharmaceuticals). Ингибитором циклофилина может быть, например, DEBIO-025 (Debio Pharm Group). Ингибитором панкаспазы может быть, например, PF-03491390 (ранее IDN-6556; Pfizer Pharmaceuticals). HCV-имуноглобулином может быть, например, цивацир (Nabi). Противовирусным средством может быть, например, сувус (метиленовый синий, ранее BIVN-104 (виростат); Bioenvision). Необязательно, противоинфекционным средством является нитазоксанид (Alinia, Romark Pharmaceuticals). Ингибитором глюкозидазы I может быть, например, MX-3253 (целгосивир; Migenix). Ингибитором IRES может быть, например, VGX-410C (мифепристон; VGX Pharmaceuticals). Безафибратом может быть, например, гепаконда (гиаконда). Аналогом нуклеозида может быть, например, рибавирин (например, копегус Roches или ребетол Schering-Plough) или вирамидин (тарибавирин (пролекарство рибавирина); Valeant Pharmaceuticals). Необязательно, рибавирин или вирамидин вводят пациенту перорально один раз или дважды в сутки в дозе около 800-1200 мг. Интерфероном типа I может быть, например, интерферон альфа или пэгилированный интерферон альфа. Необязательно, интерфероном альфа или пэгилированным интерфероном альфа является пегасис (пэгилированный интерферон-альфа-2a или ПЭГ-IFN-α-2a; Roche), ПЭГ-интрон (пэгилированный интерферон-альфа-2b или ПЭГ-IFN-α-2b; Schering-Plough), белерофон (Nautilus Biotech), пероральный интерферон альфа (Amarillo Biosciences), BLX-883 (Locteron; Biolex Therapeutics/OctoPlus), мультиферон (Viragen), альбуферон (Human Genome Sciences), консенсусный интерферон (инферген; Three Rivers Pharma). Интерфероном типа I может быть, например, омега-интерферон (Intarcia Therapeutics). Необязательно, интерфероном типа II является интерферон гамма, например, Actimmune (Intermune). Полиэтиленгликоль (ПЭГ) в пэгилированном интерфероне типа III может представлять собой, например, мПЭГ-пропиональдегид с молекулярной массой 20 кД, 30 кД или 40 кД. мПЭГ-пропиональдегид 20 кД, 30 кД или 40 кД может быть конъюгирован, например, с N-концом полипептида интерферона типа III.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения пациента-человека, который инфицирован или для которого существует риск инфекции вирусом гепатита C, включающему в себя подкожное введение пациенту-человеку примерно 1,5-5,0 мкг/кг пэгилированного полипептида, при этом полипептид содержит аминокислотные остатки 1-176 SEQ ID NO: 106, и при этом остатком полиэтиленгликоля является мПЭГ-пропиональдегид. Необязательно, мПЭГ-пропиональдегид имеет молекулярную массу примерно 20 кД, 30 кД или 40 кД. Необязательно, мПЭГ-пропиональдегид является линейным. Необязательно, способ дополнительно включает в себя введение аналога нуклеозида до, одновременно или после введения пэгилированного полипептида. Необязательно, пациент выбран из субпопуляции пациентов с гепатитом C, состоящей из не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C генотипа I; не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C любого генотипа (например, 1a, 1b, 1c, 2a, 2b, 2c, 3a, 3b, 4a, 4b, 4c, 4d, 4e, 5a, 6a, 7a, 7b, 8a, 8b, 9a, 10a и 11a); пациентов, коинфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ); пациентов, которые не переносят пэгилированный интерферон альфа, интерферон альфа или любой другой пэгилированный или непэгилированный интерферон типа I; пациентов, которым противопоказано лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I; пациентов, которые ожидают или перенесли трансплантацию печени; пациентов с декомпенсированным заболеванием печени; пациентов, которые ранее не отвечали на лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I, либо в виде единственного средства, либо в сочетании с рибавирином или любым другим средством против гепатита C, включая пациентов, которые были совсем не отвечающими, отвечающими/имеющими рецидивы заболевания или пациентов с вирусологическим прорывом; пациентов, которые не поддавались предыдущему лечению пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I либо в виде отдельного средства, либо в сочетании с рибавирином или любыми другими средствами против гепатита C; пациентов с определенным базовым уровнем РНК гепатита C; и пациентов с циррозом. Необязательно, продолжительность лечения составляет менее 20 недель, 20 недель, 24 недели, 28 недель, 32 недели, 36 недель, 40 недель, 44 недели, 48 недель, 52 недели или больше 52 недель.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения пациента-человека, который инфицирован или для которого существует риск инфекции вирусом гепатита C, включающему в себя подкожное введение пациенту-человеку фармацевтического препарата, содержащего примерно 1,5-5,0 мкг/кг пэгилированного полипептида и фармацевтически приемлемый носитель, при этом полипептид содержит аминокислотные остатки 1-176 SEQ ID NO: 106, и при этом пэгилированный полипептид пэгилирован мПЭГ-пропиональдегидом. Необязательно, мПЭГ-пропиональдегид имеет молекулярную массу примерно 20 кД, 30 кД или 40 кД. Необязательно, мПЭГ-пропиональдегид является линейным. Необязательно, способ дополнительно включает в себя введение аналога нуклеозида до, одновременно или после введения пэгилированного полипептида. Необязательно, пациент выбран из субпопуляции пациентов с гепатитом C, состоящей из не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C генотипа I; не получавших лекарственной терапии пациентов с гепатитом C любого генотипа; пациентов, коинфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ); пациентов, которые не переносят пэгилированный интерферон альфа, интерферон альфа или любой другой пэгилированный или непэгилированный интерферон типа I; пациентов, которым противопоказано лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I; пациентов, которые ожидают или перенесли трансплантацию печени; пациентов с декомпенсированным заболеванием печени; пациентов, которые ранее не отвечали на лечение пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I, либо в виде единственного средства, либо в сочетании с рибавирином или любым другим средством против гепатита C, включая пациентов, которые были совсем не отвечающими, отвечающими/имеющими рецидивы заболевания или пациентов с вирусологическим прорывом; пациентов, которые не поддавались предыдущему лечению пэгилированным интерфероном альфа, интерфероном альфа или любым другим пэгилированным или непэгилированным интерфероном типа I либо в виде отдельного средства, либо в сочетании с рибавирином или любыми другими средствами против гепатита C; пациентов с определенным базовым уровнем РНК гепатита C; и пациентов с циррозом. Необязательно, продолжительность лечения составляет менее 20 недель, 20 недель, 24 недели, 28 недель, 32 недели, 36 недель, 40 недель, 44 недели, 48 недель, 52 недели или больше 52 недель.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения отвечающего пациента/пациента с рецидивами, инфицированного вирусом гепатита C, включающему в себя подкожное введение пациенту примерно 1,5-5,0 мкг/кг пэгилированного полипептида, при этом полипептид содержит аминокислотные остатки 1-176 SEQ ID NO: 106, и при этом пэгилированный полипептид пэгилирован мПЭГ-пропиональдегидом, имеющим молекулярную массу примерно 20 кД. Необязательно, продолжительность лечения составляет менее 20 недель, 20 недель, 24 недели, 28 недель, 32 недели, 36 недель, 40 недель, 44 недели, 48 недель, 52 недели или больше 52 недель.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения отвечающего пациента-человека/пациента-человека с рецидивами, инфицированного вирусом гепатита C, включающему в себя подкожное введение пациенту фармацевтического препарата, содержащего примерно 1,5-5,0 мкг/кг пэгилированного полипептида и фармацевтически приемлемый носитель, при этом полипептид содержит аминокислотные остатки 1-176 SEQ ID NO: 106, и при этом пэгилированный полипептид пэгилирован остатком полиэтиленгликоля. Необязательно, остатком полиэтиленгликоля является мПЭГ-пропиональдегид с молекулярной массой примерно 20 кД. Необязательно, продолжительность лечения составляет менее 20 недель, 20 недель, 24 недели, 28 недель, 32 недели, 36 недель, 40 недель, 44 недели, 48 недель, 52 недели или больше 52 недель.
Настоящее изобретение также относится к способу лечения не получавшего лекарственной терапии пациента, который инфицирован или для которого существует риск инфекции вирусом гепатита C, включающему в себя подкожное введение пациенту фармацевтического препарата, содержащего примерно 1,5-5,0 мкг/кг пэгилированного полипептида и фармацевтически приемлемый носитель, при этом полипептид содержит аминокислотные остатки 1-176 SEQ ID NO: 106, и при этом пэгилированный полипептид пэгилирован мПЭГ-пропиональдегидом. Необязательно, мПЭГ-пропиональдегид имеет молекулярную массу примерно 20 кД, 30 кД или 40 кД. Необязательно, мПЭГ-пропиональдегид является линейным. Необязательно, способ дополнительно включает в себя введение аналога нуклеозида до, одновременно или после введения фармацевтического препарата.
IV. ИЗДЕЛИЯ ПРОИЗВОДСТВА
TM
В другом варианте осуществления изобретения предлагается изделие производства, содержащее вещества, применимые для лечения гепатита C, которые описаны выше. Изделие производства включает в себя флакон с находящейся в нем фиксированной дозой пэгилированного интерферона типа III и необязательно, вкладыш в упаковку. Флакон может быть сделан из различных материалов, таких как стекло или пластик, и может быть герметично закрыт пробкой, прокалываемой шприцем. Например, флакон может представлять собой форменный стеклянный флакон Vitrum типа I, содержащий дозу, которая описана выше, с пробкой, покрытой фторполимером DAIKYO GREY и 20-миллимитровым съемным алюминиевым колпачком с отверстием. Изделие производства дополнительно может включать в себя другие вещества, желательные с коммерческой точки зрения и с точки зрения пользователя, включая другие буферы, разбавители, фильтры, иглы и шприцы и т.д.
Изделие производства предпочтительно дополнительно содержит вкладыш в упаковку. Вкладыш в упаковку может содержать инструкции по введению дозы пациенту с гепатитом C.
Следующие далее примеры предлагаются для дополнительной иллюстрации различных конкретных и предпочтительных вариантов и способов. Однако следует понимать, что может быть осуществлено множество изменений и модификаций, не выходя за рамки объема настоящего изобретения, таким образом, подразумевается, что объем изобретения не ограничен примерами.
ПРИМЕРЫ
Пример 1 - Клинические испытания на человеке, в которых проводилось исследование ПЭГ-rIL-29 у пациентов или субъектов с хронической инфекцией вирусом гепатита C генотипа 1, которые имели рецидивы после предыдущего лечения пэгилированным IFN-α и рибавирином
Осуществляли состоящее из 3 частей исследование (фаза 1b), основанное на использовании возрастающих доз и схем дозирования ПЭГ-rIL-29 (SEQ ID NO: 106, конъюгированная с мПЭГ-пропиональдегидом с молекулярной массой 20 кД, которая получена и очищена, как описано в WO 07/041713, представляла собой пэгилированный полипептид, используемый в настоящем примере 1), вводимого подкожно (п/к) в виде единственного средства и в сочетании с рибавирином (RBV), у субъектов с хронической инфекцией вирусом гепатита C генотипа 1, которые имели рецидивы после лечения, основанного на интерфероне-альфа (части 1 и 2), или которые не получали лекарственной терапии (часть 3). В части 1 исследования оценивали возрастающие дозы единственного средства ПЭГ-rIL-29, вводимого либо один раз каждые две недели (Q2W), либо еженедельно (QW) в течение 4 недель. В частях 2 и 3 данного исследования оценивали возрастающие дозы ПЭГ-rIL-29, вводимого еженедельно в сочетании с ежедневным получением рибавирина в течение 4 недель. Оцениваемые в исследовании параметры включали уровни РНК HCV, регистрацию неблагоприятных эффектов и различные лабораторные измерения. Образцы для определения наличия анти-ПЭГ-rIL-29-антител собирали до 59 дня. Фармакокинетические оценки включали в себя уровни в сыворотке ПЭГ-rIL-29.
Дни дозирования ПЭГ-rIL-29 и дни проводимых в исследовании оценок указаны в таблице 4.
Каждая группа состоит из 6 субъектов, которые могут быть оценены. Чтобы считать, что субъект может быть оценен, такой субъект должен полностью осуществить все визиты, на которых проводили исследование, до 29 дня (группы введения каждые 2 недели) или до 36 дня (группы с еженедельным введением), если только причиной отсутствия исследования не является связанная с ПЭГ-rIL-29 токсичность. Уровень дозы или схема дозирования считаются непереносимыми, если 2 или больше субъектов испытывают ограничивающую дозу токсичность (DLT), или 2 или больше субъектов неспособны получить все запланированные дозы вследствие со связанной с лечением токсичностью.
Подробное описанное подвергнутых оценке групп с дополнительным указанием набираемых в настоящее время групп представлено в таблице 5.
Таблица 5
Уровень дозы и схемы дозирования ПЭГ-rIL-29, подвергнутые оценке до настоящего времени
Уровень дозы
Количество субъектов, подвергнутых лечению
Часть 1
1,5 мкг/кг Q2W (Группа 1)
6
3,0 мкг/кг Q2W (Группа 2)
6
1,5 мкг/кг QW (Группа 3)
6
3,0 мкг/кг QW (Группа 4)
6
Часть 2
0,5 мкг/кг QW + ежедневно RBV (Группа 7)
4, набор в группу исследования
0,75 мкг/кг QW + ежедневно RBV (Группа 6)
3, набор в группу исследования
1,5 мкг/кг QW + ежедневно RBV (Группа 5)
7<sup>1</sup>
2,25 мкг/кг QW + ежедневно RBV (Группа 8)
4, набор в группу исследования
Часть 3
1,5 мкг/кг QW + ежедневно RBV (Группа 9)
2, набор в группу исследования
Q2W = каждые 2 недели; QW = еженедельно; RVB = рибавирин.
<sup>1</sup> Один субъект, который вынужден был прекратить прием исследуемого лекарственного средства (что не было связано с SAE) после 8 дня, был заменен
Демографические данные о субъектах и характеристики исходного уровня суммированы в таблицах 7 и 8.
Противовирусная активность
Противовирусную активность, определяемую в виде снижения РНК HCV от исходного уровня >1-log в любой временной точке исследования, наблюдали при всех уровнях доз, исследованных до настоящего времени. Как показано в таблице 6, еженедельное дозирование ассоциировано с более значительным и более стойким снижением уровня РНК HCV, чем введение доз каждые 2 недели, при этом среднее максимальное снижение составляло > 3 log от исходного уровня в случае всех групп, получавших лечение еженедельно, независимо от уровня дозы или сочетания с рибавирином. У трех субъектов (субъекты 502-0065, 502-0070 и 507-0071), которых лечили в группе, получавшей 3,0 мкг/кг еженедельно, достигали нерегистрируемых уровней РНК HCV до 29 дня. Вирусные нагрузки исходного уровня для трех субъектов (502-0065, 507-0071 и 502-0070) составляли 16400, 213000 и 1000000 межд. ед./мл, соответственно.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Примечание: L = ниже нижнего предела нормированной области значений, H = выше верхнего предела нормированной области значений, M = отсутствие диапазона нормированных значений, U = полученные единицы неизвестны.
Если пометка = M или U, то полученный результат не преобразовывали в нормированный результат. Показан полученный результат.
Цифры после пометки L/H указывают степени выраженности на основе критериев классификации CTCAE.
Полное описание патентов, патентных документов и публикаций, цитированных в настоящем описании, включено в виде ссылки в полном объеме, так же как в случае, когда каждый из документов включен по отдельности. Различные модификации и изменения настоящего изобретения будут понятны специалистам в данной области и могут быть осуществлены, не выходя за рамки объема и не отходя от сути настоящего изобретения. Следует понимать, что подразумевается, что настоящее изобретение неправильно ограничивать иллюстративными вариантами и примерами, приведенными в настоящем описании, и что такие примеры и варианты представлены только с целью примера в объеме изобретения, ограниченного только формулой изобретения, приведенной в настоящем описании далее.