Направляемое РНК уничтожение вируса JC человека и других полиомавирусов

1. Композиция для применения в устранении вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, содержащая:
по меньшей мере одну выделенную нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR), и
по меньшей мере одну РНК-проводник (пРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV.
2. Композиция по п. 1, где указанная по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определена как по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
3. Композиция по п. 2, где указанная по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных пРНК.
4. Композиция по п. 3, где указанная эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, выбрана из Cas9 (нуклеаза 9, ассоциированная с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками) дикого типа, Cas9, оптимизированной для человека, или никазного мутанта Cas9.
5. Композиция по п. 4, где указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой пРНК m1, указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой пРНК m2, и указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3, представляет собой пРНК m3.
6. Композиция по п. 5, где указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m2 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m3 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
7. Композиция по п. 1, где указанная эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, представляет собой Cpf1 (эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR из Prevotella и Francisella 1).
8. Способ устранения вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, включающий следующие стадии:
обработка клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR), и по меньшей мере одну РНК-проводник (пРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV; и
устранение JCV из клетки-хозяина.
9. Способ по п. 8, где по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определена как по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag), и данный способ дополнительно включает, после стадии обработки, стадию делетирования по меньшей мере сегмента ДНК JCV, расположенного в области, кодирующей T-Ag.
10. Способ по п. 9, где по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных пРНК.
11. Способ по п. 10, где эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, выбрана из Cas9 дикого типа, Cas9, оптимизированной для человека, или никазного мутанта Cas9.
12. Способ по п. 11, где пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой пРНК m1, пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой пРНК m2, и пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3, представляет собой пРНК m3.
13. Способ по п. 12, где спейсерная последовательность пРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m2 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m3 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
14. Способ по п. 8, где эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, представляет собой Cpf1.
15. Композиция вектора для применения в устранении вируса Джона Каннингема (JCV) из клетки-хозяина, инфицированной JCV, включающая:
по меньшей мере одну выделенную нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR), и
по меньшей мере одну РНК-проводник (пРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV,
причем указанные выделенные нуклеиновокислотные последовательности включены в по меньшей мере один экспрессионный вектор;
где указанный по меньшей мере один экспрессионный вектор индуцирует экспрессию указанной эндонуклеазы, ассоциированной с CRISPR, и указанной по меньшей мере одной пРНК в клетке-хозяине.
16. Композиция вектора по п. 15, где указанная по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определена как по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
17. Композиция вектора по п. 16, где указанная по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных пРНК.
18. Композиция вектора по п. 17, где указанная эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, выбрана из Cas9 дикого типа, Cas9, оптимизированной для человека, или никазного мутанта Cas9.
19. Композиция вектора по п. 18, где указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой пРНК m1, указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой пРНК m2, и указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3, представляет собой пРНК m3.
20. Композиция по п. 19, где указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m2 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m3 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
21. Композиция по п. 15, где указанная эндонуклеаза Cas9, ассоциированная с CRISPR, представляет собой Cpf1.
22. Композиция по п. 15, где указанный экспрессионный вектор выбран из группы, состоящей из лентивирусного экспрессионного вектора, лентивирусного экспрессионного вектора, индуцируемого лекарственным средством, аденовирусного вектора, вектора на основе аденоассоциированного вируса, ретровирусного вектора, вектора на основе вируса оспы и плазмидного вектора.
23. Композиция экспрессионного вектора по п. 15, где указанная эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, и указанная по меньшей мере одна пРНК включены в один экспрессионный вектор.
24. Композиция экспрессионного вектора по п. 15, где указанная эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, и указанная по меньшей мере одна пРНК включены в отдельные лентивирусные экспрессионные векторы.
25. Способ предупреждения инфекции вирусом Джона Каннингема (JCV) клеток пациента, подверженного риску инфекции JCV, включающий следующие стадии:
определение того, что пациент подвержен риску инфекции JCV;
воздействие на клетки пациента, подверженного риску инфекции JCV, эффективным количеством композиции экспрессионного вектора, включающей выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR), и по меньшей мере одну выделенную нуклеиновую кислоту, кодирующую по меньшей мере одну РНК-проводник (пРНК), включающую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV;
стабильное экспрессирование эндонуклеазы, ассоциированной с CRISPR, и по меньшей мере одной пРНК в клетках пациента; и
предупреждение инфекции JCV клеток пациента.
26. Способ по п. 25, где по меньшей мере одна пРНК, включающая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определена как по меньшей мере одна пРНК, включающая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
27. Фармацевтическая композиция, включающая:
по меньшей мере одну выделенную нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR); и
по меньшей мере одну выделенную нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую по меньшей мере одну РНК-проводник (пРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в геноме вируса Джона Каннингема (JCV);
причем указанные выделенные нуклеиновокислотные последовательности включены в по меньшей мере один экспрессионный вектор.
28. Фармацевтическая композиция по п. 27, где указанная по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV, дополнительно определена как по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).
29. Фармацевтическая композиция по п. 28, где указанная по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК JCV, кодирующей T-Ag, включает пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2 области, кодирующей T-Ag, пРНК, имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3 области, кодирующей T-Ag, или любую комбинацию указанных пРНК.
30. Фармацевтическая композиция по п. 29, где указанная эндонуклеаза, ассоциированная с CRISPR, выбрана из Cas9 дикого типа, Cas9, оптимизированной для человека, или никазного мутанта Cas9.
31. Фармацевтическая композиция по п. 30, где указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ1, представляет собой пРНК m1, указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ2, представляет собой пРНК m2, и указанная пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ТМ3, представляет собой пРНК m3.
32. Фармацевтическая композиция по п. 31, где указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m1 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 4; указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m2 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 5, 6, 7 или 8; и указанная спейсерная последовательность указанной пРНК m3 комплементарна последовательности-мишени, включающей SEQ ID NO: 9, 10, 11 или 12.
33. Фармацевтическая композиция по п. 27, где указанная эндонуклеаза Cas9, ассоциированная с CRISPR, представляет собой Cpf1.
34. Фармацевтическая композиция по п. 27, где указанный экспрессионный вектор выбран из группы, состоящей из лентивирусного экспрессионного вектора, лентивирусного экспрессионного вектора, индуцируемого лекарственным средством, аденовирусного вектора, вектора на основе аденоассоциированного вируса, ретровирусного вектора, вектора на основе вируса оспы и плазмидного вектора.
35. Способ лечения субъекта, имеющего расстройство, связанное с вирусом Джона Каннингема (JCV), включающий стадию введения субъекту эффективного количества фармацевтической композиции по п. 27.
36. Способ по п. 36, где расстройство, связанное с JCV, представляет собой прогрессирующую мультифокальную лейкоэнцефалопатию (PML).
37. Набор для лечения или профилактики инфекции вирусом Джона Каннингема (JCV), включающий:
отмеренное количество композиции, содержащей по меньшей мере одну выделенную нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR); и по меньшей мере одну нуклеиновокислотную последовательность, кодирующую одну или более чем одну РНК-проводник (пРНК), где каждая из указанной одной или более чем одной пРНК включает спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК JCV; и
один или более чем один элемент, выбранный из группы, состоящей из упаковочного материала, вкладыша в упаковку, содержащего инструкции для применения, стерильной жидкости, шприца и стерильного контейнера.
38. Набор по п. 37, где указанный экспрессионный вектор представляет собой лентивирусный экспрессионный вектор.
39. Способ устранения полиомавируса из клетки-хозяина, инфицированной полиомавирусом, включающий стадии:
обработки клетки-хозяина композицией, содержащей эндонуклеазу, ассоциированную с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками (CRISPR), и по меньшей мере одну РНК-проводник (пРНК), имеющую спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК полиомавируса; и
устранение полиомавируса из клетки-хозяина.
40. Способ по п. 39, где по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в ДНК полиомавируса, дополнительно определена как по меньшей мере одна пРНК, имеющая спейсерную последовательность, комплементарную последовательности-мишени в области ДНК полиомавируса, кодирующей большой Т-антиген (T-Ag).