МЕДИЦИНСКИЙ ПРОГНОЗ И ПРЕДСКАЗАНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ЛЕЧЕНИЯ, ИСПОЛЬЗУЯ АКТИВНОСТИ МНОЖЕСТВА КЛЕТОЧНЫХ СИГНАЛЬНЫХ ПУТЕЙ

1. Способ, включающий
вывод об активности двух или более клеточных сигнальных путей в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии одного или более целевых генов указанных клеточных сигнальных путей, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта, и
определение степени риска, которая указывает на риск возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени, где степень риска основана, по меньшей мере, частично на комбинации выведенных активностей,
где клеточные сигнальные пути содержат путь Wnt, путь ER, путь HH и/или путь AR,
ER
Wnt
HH
где клеточные сигнальные пути содержат путь ER, путь Wnt и путь HH, и где степень риска определяется таким образом, что указанный риск возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени уменьшается с увеличением P и увеличивается с увеличением max(P, P),
ER
Wnt
HH
где P, P и P означают выведенную активность пути ER, пути Wnt и пути HH соответственно.
2. Способ по п.1, в котором комбинация выведенных активностей содержит выражение
Wnt
HH
-α · PER + β · max(P, P),
где α и β представляют собой положительные постоянные масштабирующие коэффициенты, и указанный риск возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени монотонно увеличивается с увеличением значения экспрессии.
3. Способ по любому из пп.1 и 2, в котором вывод содержит
вывод об активности пути Wnt в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии одного или более, предпочтительно, по меньшей мере, трех целевых генов пути Wnt, измеренных в извлеченном образце ткани и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, выбранных из группы, состоящей из KIAA1199, AXIN2, RNF43, TBX3, TDGF1, SOX9, ASCL2, IL8, SP5, ZNRF3, KLF6, CCND1, DEFA6 и FZD7,
и/или
вывод об активности пути ER в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии одного или более, предпочтительно, по меньшей мере, трех целевых генов пути ER, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, выбранных из группы, состоящей из GREB1, PGR, XBP1, CA12, SOD1, CTSD, IGFBP4, TFF1, SGK3, NRIP1, CELSR2, WISP2 и AP1B1,
и/или
вывод об активности пути HH в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии одного или более, предпочтительно, по меньшей мере, трех целевых генов пути HH, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, выбранных из группы, состоящей из GLI1, PTCH1, PTCH2, IGFBP6, SPP1, CCND2, FST, FOXL1, CFLAR, TSC22D1, RAB34, S100A9, S100A7, MYCN, FOXM1, GLI3, TCEA2, FYN и CTSL1,
и/или
вывод об активности пути AR в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии одного или более, предпочтительно, по меньшей мере, трех целевых генов пути AR, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма субъекта, выбранных из группы, состоящей из KLK2, PMEPA1, TMPRSS2, NKX3_1, ABCC4, KLK3, FKBP5, ELL2, UGT2B15, DHCR24, PPAP2A, NDRG1, LRIG1, CREB3L4, LCP1, GUCY1A3, AR и EAF2.
4. Способ по п.3, в котором вывод дополнительно основан на
уровнях (20) экспрессии, по меньшей мере, одного целевого гена пути Wnt, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта, выбранного из группы, состоящей из NKD1, OAT, FAT1, LEF1, GLUL, REG1B, TCF7L2, COL18A1, BMP7, SLC1A2, ADRA2C, PPARG, DKK1, HNF1A и LECT2,
и/или
уровнях (20) экспрессии, по меньшей мере, одного целевого гена пути ER, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток и/или жидкости организма субъекта, выбранного из группы, состоящей из RARA, MYC, DSCAM, EBAG9, COX7A2L, ERBB2, PISD, KRT19, HSPB1, TRIM25, PTMA, COL18A1, CDH26, NDUFV3, PRDM15, ATP5J и ESR1,
и/или
уровнях (20) экспрессии, по меньшей мере, одного целевого гена пути HH, измеренных в извлеченном образце ткани. и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта, выбранного из группы, состоящей из BCL2, FOXA2, FOXF1, H19, HHIP, IL1R2, JAG2, JUP, MIF, MYLK, NKX2.2, NKX2.8, PITRM1 и TOM1,
и/или
уровнях (20) экспрессии, по меньшей мере, одного целевого гена пути AR, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта, выбранного из группы, состоящей из APP, NTS, PLAU, CDKN1A, DRG1, FGF8, IGF1, PRKACB, PTPN1, SGK1 и TACC2.
5. Способ по п.1, дополнительно содержащий
отнесение субъекта к, по меньшей мере, одной из множеств групп риска, связанных с разными указанными рисками возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени,
и/или
принятие решения о лечении, рекомендуемом для субъекта на основании, по меньшей мере, частично, указанном риске возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени.
6. Способ по п.1, содержащий
вывод об активности пути Wnt в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма у субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии двух, трех или более целевых генов из набора целевых генов пути Wnt, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта,
и/или
вывод об активности пути ER в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма у субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии двух, трех или более целевых генов из набора целевых генов пути ER, измеренных в извлеченном образце ткани и/или клеток и/или жидкости организма субъекта,
и/или
вывод об активности пути HH в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма у субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии двух, трех или более целевых генов из набора целевых генов пути HH, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта,
и/или
вывод об активности пути AR в ткани, и/или клетках, и/или жидкости организма у субъекта, сделанный на основании, по меньшей мере, уровней (20) экспрессии двух, трех или более целевых генов из набора целевых генов пути AR, измеренных в извлеченном образце ткани, и/или клеток, и/или жидкости организма субъекта,
7. Способ по пункту 6, в котором
набор целевых генов пути Wnt включает, по меньшей мере, девять, предпочтительно, по меньшей мере все целевые гены, выбранные из группы, состоящей из KIAA1199, AXIN2, RNF43, TBX3, TDGF1, SOX9, ASCL2, IL8, SP5, ZNRF3, KLF6, CCND1, DEFA6 и FZD7,
и/или
набор целевых генов пути ER включает, по меньшей мере, девять, предпочтительно, по меньшей мере все целевые гены, выбранные из группы, состоящей из GREB1, PGR, XBP1, CA12, SOD1, CTSD, IGFBP4, TFF1, SGK3, NRIP1, CELSR2, WISP2 и AP1B1,
и/или
набор целевых генов пути HH включает, по меньшей мере, девять, предпочтительно, по меньшей мере все целевые гены, выбранные из группы, состоящей из GLI1, PTCH1, PTCH2, IGFBP6, SPP1, CCND2, FST, FOXL1, CFLAR, TSC22D1, RAB34, S100A9, S100A7, MYCN, FOXM1, GLI3, TCEA2, FYN и CTSL1,
и/или
набор целевых генов пути AR включает, по меньшей мере, девять, предпочтительно, по меньшей мере, все целевые гены, выбранные из группы, состоящей из KLK2, PMEPA1, TMPRSS2, NKX3_1, ABCC4, KLK3, FKBP5, ELL2, UGT2B15, DHCR24, PPAP2A, NDRG1, LRIG1, CREB3L4, LCP1, GUCY1A3, AR и EAF2.
8. Способ по пункту 7, в котором
набор целевых генов пути Wnt дополнительно включает, по меньшей мере, один целевой ген, выбранный из группы, состоящей из NKD1, OAT, FAT1, LEF1, GLUL, REG1B, TCF7L2, COL18A1, BMP7, SLC1A2, ADRA2C, PPARG, DKK1, HNF1A и LECT2,
и/или
набор целевых генов пути ER дополнительно включает, по меньшей мере, один целевой ген, выбранный из группы, состоящей из RARA, MYC, DSCAM, EBAG9, COX7A2L, ERBB2, PISD, KRT19, HSPB1, TRIM25, PTMA, COL18A1, CDH26, NDUFV3, PRDM15, ATP5J и ESR1,
и/или
набор целевых генов пути HH дополнительно включает, по меньшей мере, один целевой ген, выбранный из группы, состоящей из BCL2, FOXA2, FOXF1, H19, HHIP, IL1R2, JAG2, JUP, MIF, MYLK, NKX2.2, NKX2.8, PITRM1 и TOM1,
и/или
набор целевых генов пути AR дополнительно включает, по меньшей мере, один целевой ген, выбранный из группы, состоящей из APP, NTS, PLAU, CDKN1A, DRG1, FGF8, IGF1, PRKACB, PTPN1, SGK1 и TACC2.
9. Способ по п.1, который дополнительно содержит объединение степени риска и/или, по меньшей мере, одной выведенной активности с одной или несколькими дополнительными степенями риска, полученными из одного или нескольких дополнительных прогностических тестов для получения объединенной степени риска, где объединенная степень риска указывает на риск возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени.
10. Способ по п.1, в котором клиническое событие представляет собой рак, в частности рак молочной железы.
11. Устройство, содержащее цифровой процессор (12), выполненный с возможностью осуществления способа согласно любому одному из пп.1-10.
12. Не меняющаяся во времени запоминающая среда, хранящая инструкции, которые могут исполняться цифровым процессорным устройством (12) для осуществления способа согласно любому одному из пп.1-10.
13. Компьютерная программа, содержащая средство программных кодов для обеспечения осуществления цифровым процессорным устройством (12) способа согласно любому одному из пп.1-10.
14. Сигнал, представляющий степень риска, который указывает на риск возникновения клинического события в течение определенного промежутка времени, причем степень риска получают в результате способа согласно любому одному из пп.1-10.