СПОСОБЫ УЛУЧШЕНИЯ ПРОДУКЦИИ МОЛОКА ПУТЕМ ВВЕДЕНИЯ МИКРОБНЫХ КОНСОРЦИУМОВ

1. Способ увеличения продукции молока или улучшения характеристик состава молока у жвачного животного, включающий введение жвачному животному эффективного количества композиции, содержащей:
a) очищенную микробную популяцию, содержащую:
i. очищенную популяцию бактерий, которая содержит бактерии с последовательностью нуклеиновой кислоты 16S, по меньшей мере приблизительно на 97% идентичной последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 1-30 и 2045-2103, и/или
ii. очищенную популяцию грибов, которая содержит грибы с последовательностью нуклеиновой кислоты ITS, по меньшей мере приблизительно на 97% идентичной последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 31-60 и 2104-2107; и
b) носитель, подходящий для введения жвачным животным,
причем у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается увеличение продукции молока или наблюдаются улучшенные характеристики состава молока по сравнению со жвачным животным, которому не вводили указанную композицию.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанное жвачное животное представляет собой корову.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная композиция стабильна в условиях окружающей среды на протяжении по меньшей мере одного дня.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная композиция представлена: в инкапсулированной форме, в форме таблетки, капсулы, пилюли, кормовой добавки, пищевого ингредиента, пищевой добавки, пищевого состава, дополнения к пище, предназначенного для потребления раствора, предназначенной для потребления распыляемой добавки, предназначенного для потребления твердого вещества, предназначенного для потребления геля, инъецируемой формы, суппозитория, болюса, жидкая форма для вливания, или их комбинаций.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная композиция инкапсулирована в полимере или углеводе.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что введение включает скармливание указанной композиции жвачному животному.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что введение включает инъецирование указанной композиции жвачному животному.
2
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция присутствует в указанной композиции в концентрации, составляющей по меньшей мере 10клеток.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит бактерии с последовательностью нуклеиновой кислоты 16S, которая по меньшей мере приблизительно на 97% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 1-30 и 2045-2103.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит грибы с последовательностью нуклеиновой кислоты ITS, которая по меньшей мере приблизительно на 97% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 31-60 и 2104-2107.
11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит бактерии с последовательностью нуклеиновой кислоты 16S, которая по меньшей мере приблизительно на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 1-30 и 2045-2103.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит грибы с последовательностью нуклеиновой кислоты ITS, которая по меньшей мере приблизительно на 99% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 31-60 и 2104-2107.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит бактерии с последовательностью нуклеиновой кислоты 16S, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 1-30 и 2045-2103.
14. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит грибы с последовательностью нуклеиновой кислоты ITS, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 31-60 и 2104-2107.
15. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит бактерии с последовательностью нуклеиновой кислоты 16S и грибы с последовательностью нуклеиновой кислоты ITS, которая по меньшей мере приблизительно на 97% идентична последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из последовательностей: SEQ ID NO: 1-60 и 2045-2107.
16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит бактерии с последовательностью нуклеиновой кислоты 16S, которая по меньшей мере приблизительно на 97% идентична последовательности SEQ ID NO: 28.
17. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит грибы с последовательностью нуклеиновой кислоты ITS, которая по меньшей мере приблизительно на 97% идентична последовательности SEQ ID NO: 32.
18. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит гриб Pichia, депонированный под номером NRRL Y-67249.
19. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная очищенная микробная популяция содержит только организмы, которые являются представителями группы, выбранной из:
Intestinimonas, Anaerolinea, Pseudobutyrivibrio, Olsenella, Eubacterium,
Catenisphaera, Faecalibacterium, Solobacterium, Blautia, Ralstonia, Coprococcus, Casaltella, Anaeroplasma, Acholeplasma, Aminiphilus, Mitsuokella, Alistipes, Sharpea, Oscillibacter, Neocallimastix, Odoribacter, Pichia, Tannerella, Candida, Hydrogenoanaerobacterium, Orpinomyces, Succinivibrio, Sugiyamaella, Ruminobacter, Lachnospira, Caecomyces, Sinimarinibacterium, Tremella, Hydrogenoanaerobacterium, Turicibacter, Clostridium_XlVa, Anaerolinea, Saccharofermentans, Butyricicoccus, Olsenella, Papillibacter, Clostridium_XIa, Pelotomaculum, Erysipelotrichaceae incertae sedis, Lachnospiracea incertae sedis, Solobacterium, Anaeroplasma, Ralstonia, Clostridium_sensu_stricto, Eubacterium, Rikenella, Lachnobacterium, Tannerella, Acholeplasma, Howardella, Selenomonas, Butyricimonas, Sharpea, Succinivibrio, Ruminobacter, Candida, Syntrophococcus, Pseudobutyrivibrio, Orpinomyces, Cyllamyces, Saccharomycetales, Phyllosticta, Ascomycota и Piromyces.
20. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается увеличение продукции молока, что приводит к измеримому увеличению выхода молока.
21. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается увеличение продукции молока и улучшенные характеристики состава молока, что приводит к измеримому увеличению количества энергетически-корректированного молока.
22. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается улучшенная характеристика состава молока, выбранная из группы, состоящей из: увеличения содержания молочного жира (жиров), увеличения содержания молочного белка (белков), увеличения содержания углеводов в молоке, увеличения содержания витаминов в молоке, увеличения содержания минеральных веществ в молоке, или их комбинаций.
23. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается увеличение по меньшей мере на 1% значения среднего для продукции: молочного жира (жиров), молочного белка (белков), энергетически-корректированного молока; или их комбинаций.
24. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается увеличение по меньшей мере на 10% значения среднего для продукции: молочного жира (жиров), молочного белка (белков), энергетически-корректированного молока; или их комбинаций.
25. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, наблюдается увеличение по меньшей мере на 20% значения среднего для продукции: молочного жира (жиров), молочного белка (белков), энергетически-корректированного молока; или их комбинаций.
26. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, дополнительно наблюдается:
по меньшей мере один улучшенный фенотипический признак, выбранный из группы, состоящей из: улучшенной эффективности утилизации корма, улучшенной перевариваемости, увеличения разложения полисахаридов и лигнина, увеличения концентрации жирной кислоты в рубце, pH-баланса в рубце, уменьшения выделения метана, уменьшения продукции навоза, улучшения потребления сухого вещества, улучшения эффективности утилизации азота, или их комбинаций.
27. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, дополнительно наблюдается: сдвиг в микробиоме рубца.
28. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, дополнительно наблюдается: сдвиг в микробиоме рубца,
при этом после введения указанной композиции увеличивается численность популяции микробов, присутствовавших в рубце до введения указанной композиции.
29. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, дополнительно наблюдается: сдвиг в микробиоме рубца,
при этом после введения указанной композиции уменьшается численность популяции микробов, присутствовавших в рубце до введения указанной композиции.
30. Способ по п. 1, отличающийся тем, что у жвачного животного, которому вводят эффективное количество указанной композиции, дополнительно наблюдается: сдвиг в микробиоме рубца,
при этом после введения указанной композиции увеличивается численность первой популяции микробов, присутствовавших в рубце до введения указанной композиции, и
при этом после введения указанной композиции уменьшается численность второй популяции микробов, присутствовавших в рубце до введения указанной композиции.
31. Микробный консорциум, содержащий по меньшей мере один микробный штамм, выбранный из таблицы 1 и/или таблицы 3.
32. Микробный консорциум, содержащий по меньшей мере один микробный штамм, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм содержит последовательность 16S рРНК, кодируемую последовательностью, выбранной из последовательностей SEQ ID NO:1-30 и 2045-2103, или последовательность ITS, выбранную из последовательностей SEQ ID NO:31-60 и 2104-2107.
33. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_32, Ascusf_45 и Ascusf_24.
34. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_1801, Ascusf_45 и Ascusf_24.
35. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_268, Ascusf_45 и Ascusf_24.
36. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_232, Ascusf_45 и Ascusf_24.
37. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_32, Ascusf_45 и Ascusf_249.
38. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_32, Ascusf_45 и Ascusf_353.
39. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_7, Ascusb_32, Ascusf_45 и Ascusf_23.
40. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_3138.
41. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusf_15.
42. Микробный консорциум по п. 32, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм включает Ascusb_3138 и Ascusf_15.
43. Микробный консорциум по любому из пп. 31-42, отличающийся тем, что указанный консорциум инкапсулирован.
44. Композиция, содержащая:
(a) микробный консорциум по любому из пп. 31-43, и
(b) приемлемый носитель.
45. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что указанный микробный консорциум инкапсулирован.
46. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что указанный инкапсулированный микробный консорциум содержит полимер, выбранный из сахаридного полимера, агарового полимера, агарозного полимера, белкового полимера и липидного полимера.
47. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что указанный приемлемый носитель выбран из группы, состоящей из: съедобного кормового материала, минеральной смеси, воды, гликоля, мелассы и кукурузного масла.
2-
15
48. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что указанный по меньшей мере один микробный штамм, образующий микробный консорциум, присутствует в указанной композиции в количестве 1010 клеток на грамм указанной композиции.
49. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что указанную композицию смешивают с кормом для домашнего скота.
50. Способ обеспечения по меньшей мере одного улучшенного признака у животного, включающий введение указанному животному композиции по п. 44.
51. Способ по п. 50, отличающийся тем, что указанное животное представляет собой жвачное животное.
52. Способ по п. 51, отличающийся тем, что указанное жвачное животное представляет собой корову.
53. Способ по п. 51, отличающийся тем, что введение включает инъецирование указанной композиции в рубец животного.
54. Способ по п. 50, отличающийся тем, что указанную композицию вводят по меньшей мере один раз в месяц.
55. Способ по п. 54, отличающийся тем, что указанную композицию вводят по меньшей мере один раз в неделю.
56. Способ по п. 55, отличающийся тем, что указанную композицию вводят по меньшей мере один раз в сутки.
57. Способ по п. 50, отличающийся тем, что введение осуществляют каждый раз при кормлении животного.
58. Способ по п. 50, отличающийся тем, что введение представляет собой анальное введение.
59. Способ по п. 58, отличающийся тем, что указанное анальное введение включает введение суппозитория, содержащего указанную композицию, в прямую кишку животного.
60. Способ по п. 50, отличающийся тем, что введение представляет собой оральное введение.
61. Способ по п. 60, отличающийся тем, что указанное оральное введение включает введение указанной композиции в комбинации с кормом для животного, водой, медикаментом или с вакциной.
62. Способ по п. 60, отличающийся тем, что указанное оральное введение включает нанесение указанной композиции в составе геля или вязкого раствора на часть тела животного, при этом указанное животное поглощает указанную композицию путем слизывания.
63. Способ по п. 50, отличающийся тем, что введение включает распыление указанной композиции на животное, при этом указанное животное поглощает указанную композицию.
64. Способ по п. 50, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один улучшенный признак выбран из группы, состоящей из: увеличения содержания жира в молоке, увеличения содержания углеводов в молоке, увеличения содержания белка в молоке, увеличения содержания витаминов в молоке, увеличения содержания минеральных веществ в молоке, увеличения объема молока, улучшенной эффективности утилизации корма и перевариваемости, увеличения разложения полисахаридов и лигнина, увеличения концентрации жирной кислоты в рубце, pH-баланса в рубце, уменьшения выделения метана, уменьшения продукции навоза, улучшения потребления сухого вещества, увеличения количества энергетически-корректированного молока (ЭКМ) по массе и/или объему; и улучшения эффективности утилизации азота; при этом указанное увеличение или уменьшение определяют путем сравнения с животным, которому не вводили указанную композицию.
65. Способ по п. 64, отличающийся тем, что указанное увеличение содержания жира в молоке представляет собой увеличение содержания триглицеридов, триацилглицеридов, диацилглицеридов, моноацилглицеридов, фосфолипидов, холестерина, гликолипидов и/или жирных кислот.
66. Способ по п. 64, отличающийся тем, что указанное увеличение содержания углеводов представляет собой увеличение содержания олигосахаридов, лактозы, глюкозы и/или галактозы.
67. Способ по п. 64, отличающийся тем, что указанное увеличение разложения полисахаридов представляет собой увеличение разложения лигнина, целлюлозы и/или гемицеллюлозы.
68. Способ по п. 64, отличающийся тем, что указанное увеличение концентрации жирной кислоты представляет собой увеличение концентрации уксусной кислоты, пропионовой кислоты и/или масляной кислоты.
69. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что у указанного по меньшей мере одного микробного штамма наблюдается повышенная полезность, которая не наблюдается, когда указанные штаммы присутствуют по отдельности, или когда указанные штаммы присутствуют во встречающихся в природе концентрациях.
70. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что для указанного по меньшей мере одного микробного штамма наблюдается синергический эффект в отношении обеспечения по меньшей мере одного улучшенного признака у животного.
71. Добавка к корму для жвачного животного, способная увеличивать желаемый фенотипический признак у жвачного животного, содержащая:
(a) микробный консорциум по любому из пп. 31-42, присутствующий в концентрации, не встречающейся в природе, и
(b) приемлемый носитель.
72. Добавка к корму для жвачного животного по п. 71, отличающаяся тем, что указанный микробный консорциум инкапсулирован.
73. Выделенный микробный штамм, выбранный из любого из микробных штаммов в таблице 1 и/или таблице 3.
74. Выделенный микробный штамм, выбранный из группы, состоящей из:
(a) Ascusb_7, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612011;
(b) Ascusb_32, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612007;
(c) Ascusb_82, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612012;
(d) Ascusb_119, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612009;
(e) Ascusb_1801, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612009;
(f) Ascusf_206, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612003;
(g) Ascusf_23, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612014;
(h) Ascusf_24, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612004;
(i) Ascusf_45, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612002;
(j) Ascusf_208, внесенного в депозитарий Бигелоу под номером доступа Patent201612003;
(k) Ascusb_3138, внесенного в депозитарий NRRL под номером доступа B-67248; и
(l) Ascusf_15, внесенного в депозитарий NRRL под номером доступа Y-67249.
75. Выделенный микробный штамм, содержащий последовательность полинуклеотидов с последовательностью, которая по меньшей мере на 90% идентична любой из последовательностей SEQ ID NO:1-60 и 2045-2107.
76. По существу чистая культура выделенного микробного штамма по любому из пп. 73-75.
77. Способ модуляции микробиома жвачного животного, включающий введение композиция по п. 45.
78. Способ по п. 77, отличающийся тем, что введение указанной композиции обеспечивает по меньшей мере один улучшенный признак у указанного жвачного животного.
79. Способ по п. 78, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один улучшенный признак выбран из группы, состоящей из:увеличениясодержания жира в молоке, увеличения содержания углеводов в молоке, увеличения содержания белка в молоке, увеличения содержания витаминов в молоке, увеличения содержания минеральных веществ в молоке, увеличения объема молока, улучшенной эффективности утилизации корма и перевариваемости, увеличения разложения полисахаридов и лигнина, увеличения концентрации жирной кислоты в рубце, pH-баланса в рубце, уменьшения выделения метана, уменьшения продукции навоза, улучшения потребления сухого вещества, увеличения количества энергетически-корректированного молока (ЭКМ) по массе и/или объему, и улучшения эффективности утилизации азота; при этом указанные увеличение или уменьшение определяют путем сравнения с животным, которому не вводили указанную композицию.
80. Способ по п. 79, отличающийся тем, что указанное увеличение содержания жира в молоке представляет собой увеличение содержания триглицеридов, триацилглицеридов, диацилглицеридов, моноацилглицеридов, фосфолипидов, холестерина, гликолипидов и/или жирных кислот.
81. Способ по п. 79, отличающийся тем, что указанное увеличение содержания углеводов представляет собой увеличение содержания олигосахаридов, лактозы, глюкозы и/или галактозы.
82. Способ по п. 79, отличающийся тем, что указанное увеличение разложения полисахаридов представляет собой увеличение разложения лигнина, целлюлозы и/или гемицеллюлозы.
83. Способ по п. 79, отличающийся тем, что указанное увеличение концентрации жирной кислоты представляет собой увеличение концентрации уксусной кислоты, пропионовой кислоты и/или масляной кислоты.
84. Способ по п. 78, отличающийся тем, что указанная модуляция микробиома представляет собой увеличение доли по меньшей мере одного микробного штамма указанного микробиома, при этом указанное увеличение измеряют относительно жвачного животного, которому не вводили указанный по меньшей мере один микробный штамм.
85. Способ по п. 78, отличающийся тем, что указанная модуляция микробиома представляет собой уменьшение доли микробных штаммов, присутствующих в указанном микробиоме перед введением указанной композиции, при этом указанное уменьшение измеряют относительно микробиома жвачного животного перед введением указанной композиции.
86. Способ увеличения устойчивости коров к колонизации патогенными микробами, включающий введение композиции по п. 44, согласно которому указанный патоген не способен колонизировать желудочно-кишечный тракт коровы.
87. Способ лечения коров от присутствия по меньшей мере одного патогенного микроба, включающий введение композиции по п. 44.
88. Способ по п. 87, отличающийся тем, что после введения указанной композиции относительная численность по меньшей мере одного патогенного микроба в желудочно-кишечном тракте уменьшается до значения относительной численности ниже 5%.
89. Способ по п. 88, отличающийся тем, что относительная численность по меньшей мере одного патогенного микроба в желудочно-кишечном тракте уменьшается до значения относительной численности ниже 1%.
90. Способ по п. 88, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один патогенный микроб не обнаруживается в желудочно-кишечном тракте.
91. Композиция по п. 44, отличающаяся тем, что указанный микробный консорциум содержит бактерии и/или грибы в форме спор, в форме вегетативных клеток и/или в лизированной форме.