БАКТЕРИОФАГИ, ФАГОВЫЕ ПЕПТИДЫ И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Выделенный бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 560, SEQ ID NO: 781 или SEQ ID NO: 1074.
2. Фармацевтическая композиция, содержащая бактериофаг по п.1 и фармацевтически приемлемый носитель.
3. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении Klebsiella pneumoniae.
4. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Klebsiella pneumoniae.
5. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 781, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении Klebsiella pneumoniae.
6. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 781, и дополнительно также один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Klebsiella pneumoniae.
7. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 2, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных против Acinetobacter baumannii.
8. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 2, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Acinetobacter baumannii.
9. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 3, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении Escherichia coli.
10. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 3, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Escherichia coli.
11. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 4, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении Pseudomonas aeruginosa.
12. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 4, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Pseudomonas aeruginosa.
13. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 560, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении Staphylococcus aureus.
14. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 560, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Staphylococcus aureus.
15. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1074, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных против Staphylococcus aureus.
16. Фармацевтическая композиция по п.2, которая содержит бактериофаг, имеющий геном, который содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1074, и дополнительно содержит один или более дополнительных штаммов бактериофага, эффективных в отношении бактерий, отличных от Staphylococcus aureus.
17. Белок лизин, выделенный из бактериофагов F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 или 125/10, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении одного или более штаммов Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa и Staphylococcus aureus.
18. Выделенный лизин по п.17, который имеет аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1261 или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении одного или более штаммов Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa и Staphylococcus aureus.
19. Выделенный первый белок, содержащий последовательность, которая по меньшей мере на 85% идентична последовательности второго белка такого же размера, причем первый белок обладает антибактериальной или антимикробной активностью в отношении одного или более штаммов Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa и/или Staphylococcus aureus и второй указанный белок имеет аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1261 или ее фрагмент.
20. Первый выделенный белок по п.19, у которого последовательность по меньшей мере на 95% идентична последовательности указанного второго белка.
21. Фрагмент по п.17, который представляет собой домен CHAP, выделенный из полипептида, содержащего аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557 или SEQ ID NO: 598.
22. Хвостовой белок, выделенный из бактериофагов F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10 или F125/10, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие биологической активностью, связанной с бактериофагом, из которого они выделены.
23. Выделенный хвостовой белок по п.22, который имеет аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NO: 999-1004, SEQ ID NO: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие биологической активностью, связанной с бактериофагом, из которого они выделены или получены.
24. Первый выделенный белок, последовательность которого по меньшей мере на 85% идентична последовательности второго белка того же размера, при этом указанный первый белок обладает биологической активностью, связанной с бактериофагами F387/08, F391/08, F394/08, F488/08, F510/085, F44/10 или F125/10, и указанный второй белок имеет аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NO: 999-1004, SEQ ID NO: 1053-1060, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266 или ее фрагмент.
25. Первый выделенный белок по п.24, последовательность которого по меньшей мере на 95% идентична последовательности указанного второго белка.
26. Фармацевтическая композиция, содержащая выделенный белок по п.17 или 22 и фармацевтически приемлемый носитель.
27. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NO: 999-1004 или SEQ ID NO: 1053-1060 или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Klebsiella pneumonia, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении Klebsiella pneumoniae.
28. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32-35, SEQ ID NO: 789, SEQ ID NO: 796-800, SEQ ID NO: 806, SEQ ID NO: 854, SEQ ID NO: 999-1004 или SEQ ID NO: 1053-1060, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Klebsiella pneumonia, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении бактерий, отличных от Klebsiella pneumoniae.
29. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью против Acinetobacter baumannii, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении Acinetobacter baumannii.
30. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Acinetobacter baumannii, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении бактерий, отличных от Acinetobacter baumannii.
31. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239- 245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Eschirichia coli, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении Eschirichia coli.
32. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 231, SEQ ID NO: 232, SEQ ID NO: 235, SEQ ID NO: 239-245, SEQ ID NO: 248, SEQ ID NO: 249, SEQ ID NO: 252, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 433-437, SEQ ID NO: 489-496, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Eschirichia coli, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении бактерий, отличных от Eschirichia coli.
33. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO; 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Pseudomonas aeruginos, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении Pseudomonas aeruginosa.
34. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO; 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO: 557, SEQ ID NO: 544, SEQ ID NO: 545, SEQ ID NO: 549, SEQ ID NO: 551, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Pseudomonas aeruginosa, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении бактерий, отличных от Pseudomonas aeruginosa.
35. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1261, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Staphylococcus aureus, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении Staphylococcus aureus.
36. Фармацевтическая композиция по п.26, которая содержит выделенный белок, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 629, SEQ ID NO: 686, SEQ ID NO: 1216, SEQ ID NO: 1261, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1217, SEQ ID NO: 1250 или SEQ ID NO: 1266, или его фрагмент, вариант или производное, обладающие антибактериальной или антимикробной активностью в отношении Staphylococcus aureus, и дополнительно содержит один или более бактериофагов или дополнительных белков, эффективных в отношении бактерий, отличных от Staphylococcus aureus.
37. Фармацевтическая композиция, содержащая по меньшей мере четыре фага, выбранные из группы, состоящей из фагов F391/08, F394/08, F488/08, F510/08, F44/10, F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 и F1245/05.
38. Фармацевтическая композиция по п.37, которая содержит меньшей мере четыре фага, выбранные из группы, состоящей из фагов F44/10, F391/08, F387/08, F488/08, F510/08 и/или F770/05.
39. Фармацевтическая композиция по п.38, которая содержит фаг F44/10.
40. Фармацевтическая композиция по пп.37, 38 или 39, которая содержит фаги F394/08 и/или F1245/05.
41. Фармацевтическая композиция по пп.37, 38 или 39, которая составлена для топического нанесения.
42. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую белок по п.17 или 22.
43. Способ лечения или профилактики бактериальной инфекции у субъекта, нуждающегося в этом, включающий введение указанному субъекту терапевтического количества фармацевтической композиции по пп.2, 26 или 37.
44. Способ по п.43, где указанная бактериальная инфекция является инфекцией, вызванной одним или более из Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa и Staphylococcus aureus.
45. Способ по п.43, где указанная бактериальная инфекция является инфекцией, вызванной бактерией, отличной от Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa и Staphylococcus aureus.
46. Способ по п.43, в котором инфекция является нозокомиальной.
47. Способ по п.43, в котором инфекция, подвергаемая лечению, является кожной инфекцией.
48. Способ по п.47, в котором инфекция, подвергаемая лечению, является инфекцией, вызванной диабетической язвой стопы.
49. Способ по п.43 или 48, в котором композиция вводится топическим путем.
50. Способ по п.43, в котором указанным субъектом является млекопитающее.
51. Способ по п.50, в котором указанным млекопитающим является человек.
52. Способ диагностики возбудителя бактериальной инфекции, включающий
(i) культивирование образца ткани, отобранного у пациента,
(ii) приведение в контакт культуры со стадии (i) с бактериофагом или белком по пп.1, 17 или 22,
(iii). мониторинг наличия роста или лизиса культуры, при этом наличие лизиса культуры показывает, что культура содержит вид или штамм бактерий, которые известны как чувствительные к бактериофагу или полипептиду, использованному на стадии (ii).
53. Способ по п.52, в котором образец ткани представляет собой образец крови, мочи, биоптат ткани или мазок, отобранный у пациента.
54. Способ уменьшения или ингибирования колонизации или роста бактерий на поверхности, включающий приведение указанной поверхности в контакт с бактериофагом или полипептидом по пп.1, 17 или 22.
55. Способ по п.54, в котором указанная поверхность представляет собой кожу или мембрану слизистой оболочки млекопитающего.
56. Способ по п.55, в котором указанным млекопитающим является человек.
57. Способ по п.54, в котором указанная поверхность представляет собой поверхность больничных инструментов или предмета больничного оборудования.
58. Способ по п.57, в котором указанные инструменты или оборудование являются хирургическими инструментами или предметом хирургического оборудования.