СПОСОБ И КОМПОЗИЦИЯ ДЛЯ АНАЛИЗА КЛЕТОЧНЫХ КОМПОНЕНТОВ

1. Способ анализа одного или более аналитов множества единичных клеток, где способ включает:
(a) обеспечение наличия множества элементов, сохраняющий связность (CE);
(b) компартментализацию CE с получением множества первых компартментов, где каждый компартмент содержит множество CE;
(c) обеспечение наличия набора первых репортерных групп в аналите каждого CE в каждом из множества первых компартментов, где каждая первая репортерная группа в наборе первых репортерных групп, представленных в аналите каждого первого компартмента, отличается от первых репортерных групп, представленных в первом аналите каждого из других первых компартаментов;
(d) объединение CE, содержащих первые репортерные группы во второй компортамент или компартменты;
(e) расщепление CE, содержащих первые репортерные группы во множество третьих компаратментов;
(f) обеспечение наличия набора вторых репортерных групп в аналите каждого CE в каждом из множества третьих компартментов, где каждая вторая репортерная группа в наборе вторых репортерных групп, представленных в аналите каждого третьего компартмента, отличается от вторых репортерных групп, представленных во втором аналите каждого из других третьих компартментов;
(g) объединение CE, содержащих первые и вторые репортерные группы;
(h) анализ аналитов, содержащих репортерные группы каждого компартмента, где в результате такого анализа обнаруживается единичная клетка, которая является источником каждого аналита.
2. Способ по п. 1, где CE представляет собой клетку, погруженную клетку, консервированную клетку или клетки, зафиксированную клетку, транспозон или модифицированную транспозазой клетку.
3. Способ по п. 1 или 2, где первую репортерную группу вводят с помощью лигирования или транспозонной последовательности.
4. Способ по любому из пп. 1-3, где стадии (b)-(f) повторяют с использованием одного или более наборов дополнительных репортерных групп.
5. Способ по п. 4, где дополнительные репортерные группы отличаются от первых и вторых репортерных групп.
6. Способ по любому из пп. 1-5, где аналит представляет собой ДНК, РНК или белок или их комбинацию.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где каждый набор репортерных групп используют для идентификации другого аналита.
8. Способ по любому из пп. 1-6, где каждый набор репортерных групп используют для идентификации того же аналита.
9. Способ по любому из пп. 1-8, где первые репортерные группы используют для идентификации источника образца для каждой единичной клетки.
10. Способ по любому из пп.1-9, где выявление аналитов из того же CE осуществляют одновременно.
11. Композиция, содержащая множество элементов, сохраняющий связность (CE), где каждый CE содержит множество аналитов; где аналиты каждого CE являются компонентами единичной клетки или ядра, где по меньшей мере некоторые из аналитов каждого CE содержат первую и вторую репортерную группу CE.
12. Композиция по п. 11, где CE представляет собой клетку, погруженную клетку, консервированную клетку или клетки, зафиксированную клетку, транспозон или модифицированную транспозазой клетку.
13. Композиция по п. 11 или 12, где каждый CE содержит два или более аналитов различных видов, где по меньшей мере некоторый из каждого из аналитов различных видов содержит репортерные группы, где комбинация репортерных групп и/или данных секвенирования аналита обеспечивает идентификацию аналита.
14. Композиция по п. 13, где различные виды аналитов выбирают из группы, состоящей из ДНК, РНК, кДНК, белка, липидов, углеводов, клеточных органелл, продуктов метаболизма клетки, нуклеиновой кислоты из единичной клетки или нуклеиновой кислоты или белка из единичной клетки и дополнительно модифицированную.
15. Композиция по любому из пп. 11-14, где аналит, который содержит первую репортерную группу, представляет собой нуклеиновую кислоту.
16. Композиция по п. 15, где нуклеиновая кислота содержит:
(i) ДНК; необязательно где ДНК содержит геномную ДНК; или
(ii) РНК или кДНК; или
(iii) сохраняющий связность транспозон, где сохраняющий связность транспозон содержит уникальную последовательность, репортерную группу или метку.
17. Композиция по любому из пп. 11-16, дополнительно содержащая кодирующую последовательность ДНК, которая кодирует репортерные группы, необязательно где кодирующая последовательность ДНК включает плазмиду.
18. Композиция по п.11, где аналит, который содержит первую репортерную группу, представляет собой ДНК, РНК, белок или их комбинацию.
19. Композиция по любому из пп. 11-18, где CE содержат дополнительные наборы репортерных групп, где дополнительные наборы репортерных групп отличаются от первой репортерной группы и, необязательно, в случае присутствия, от вторых репортерных групп.
20. Композиция по п. 11, где аналит, который содержит первую репортерную группу, представляет собой мРНК или кДНК.
21. Композиция по п. 20, где:
(i) CE содержат твердую подложку, способную иммобилизировать мРНК или кДНК, необязательно где твердая подложка содержит олигонуклеотидные (dT) зонды, иммобилизированные на твердой подложке; и/или
(ii) первая репортерная группа содержит первую последовательность штрих-кода; и/или
(iii) вторая репортерная группа содержит вторую последовательность штрих-кода.
22. Композиция по п. 11, где
(i) первая репортерная группа идентифицирует тип образца или идентификацию образца; или
(ii) каждая из первой и второй репортерной группы идентифицирует источник аналитов; или
(iii) комбинация репортерных групп идентифицирует источник аналитов; или
(iv) где данные секвенирования каждого аналита обеспечивает идентификацию аналита.
23. Композиция по любому из пп. 11-22, где единичная клетка связана с заболеванием, необязательно где единичная клетка связана с раковым заболеванием или генетическим заболеванием.
24. Композиция по любому из пп.11-23, где единичная клетка или клетки подвергаются лизису.
25. Композиция по любому из пп. 11-24, где CE подвергают компартментализации.
26. Набор, содержащий
(a) набор штрих-кодирующих реагентов для уникальной метки компартментов и осуществления комбинаторного индексирования разделения-объединения клеток или ядер,
(b) лигазу для присоединения репортерной группы, и
(c) транспосомы для модификации нуклеиновых кислот клеток или ядер.
27. Набор по п. 26, где штрих-кодирующие реагенты включают олиглнуклеотиды, снабженные штрих-кодами.
28. Композиция, содержащая множество лизированных единичных клеток или ядер, где каждая лизированная единичная клетка или ядро содержит множество нуклеиновых кислот, где по меньшей мере некоторые нуклеиновые кислоты каждой лизированной единичной клетки или ядра содержит первую репортерную группу, где две или более лизированных клеток или ядра присутствуют в компартменте, и нуклеиновые кислоты присутствуют на твердой подложке, обеспечивающей CE, где нуклеиновые кислоты модифицированы второй репортерной группой, где комбинация репортерных групп нуклеиновых кислот является уникальной по отношению к каждой единичной клетке или ядру.
29. Композиция по п. 28, где компартмент представляет собой каплю или микролунку.
30. Композиция по п. 28, где твердая подложка представляет собой гранулу или гранулу, содержащую метку.
31. Композиция по п. 30, где гранула имеет размер приблизительно 10-200 мкм.