СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ИЛИ ВЫЯВЛЕНИЯ РАКОВЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ ЛЕГКОГО

1. Композиция для определения множества аналитов для диагностики рака легкого, содержащая
(a) лиганд, выбранный из последовательности нуклеиновой кислоты, полинуклеотида или олигонуклеотида, способный специфически образовывать комплекс, гибридизироваться или идентифицировать мРНК-транскрипт гена из биологического образца млекопитающего; и
(b) дополнительный лиганд, выбранный из последовательности нуклеиновой кислоты, полинуклеотида или олигонуклеотида, способный специфически образовывать комплекс, гибридизироваться или идентифицировать миРНК из биологического образца млекопитающего;
причем каждый лиганд и дополнительный лиганд связывается с отличающимся транскриптом гена или миРНК, а комбинированные уровни экспрессии идентифицируемых транскриптов генов и миРНК образуют характерный профиль рака легкого или стадии рака легкого.
2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что транскрипты генов и миРНК выбраны из таблицы 1 или 2, или 3.
3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что транскрипты генов и миРНК выбраны из ранжированных номеров от 1 до 119 таблицы 1.
4. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что каждый указанный лиганд представляет собой праймер или пару праймеров для амплификации нуклеиновой кислоты, которые амплифицируют и выявляют нуклеотидную последовательность указанного транскрипта гена или миРНК, полинуклеотидный зонд, который гибридизируется с нуклеотидной последовательностью мРНК гена или миРНК, или антитело или фрагмент антитела, причем каждый лиганд является специфическим к по меньшей мере одной мРНК или одной миРНК из таблицы 1 или 2 или 3.
5. Композиция по п. 1, дополнительно содержащая подложку, на которой иммобилизированы указанные лиганды, микрочип, микрожидкостная карта, чип, ячейка или комплекс множества зондов, или набор, содержащий множество зондовых последовательностей, причем по меньшей мере одна указанная зондовая последовательность способна гибридизироваться с одной мРНК и по меньшей мере один зонд способен гибридизироваться с одной миРНК из мРНК- и миРНК-мишеней из таблицы 1, таблицы 2 или таблицы 3, или комплект, который дополнительно содержит дополнительные лиганды, которые способны гибридизироваться с той же мРНК или миРНК; или комплект, содержащий множество указанных лигандов, каждый из которых содержит набор полинуклеотидных или олигонуклеотидных праймеров-зондов, и при этом указанный комплект содержит и праймер, и зонд, причем каждый указанный набор праймеров-зондов амплифицирует отличающийся транскрипт гена или миРНК.
6. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что один или более полинуклеотидов или олигонуклеотидов или лигандов, связаны с выявляемой меткой.
7. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что она дает возможность выявления изменений в экспрессии, уровне экспрессии или активности одинаковых выбранных генов и миРНК в цельной крови субъекта, по сравнению с эталонными или контрольными показателями, причем указанные изменения коррелируют с первоначальным диагнозом рака легкого, стадией рака легкого, типом или классификацией рака легкого, рецидивом рака легкого, регрессией рака легкого, прогнозом рака легкого или ответной реакцией рака легкого на хирургическое или нехирургическое лечение.
8. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что она дает возможность выявления изменений в экспрессии одинаковых выбранных генов в крови субъекта, по сравнению с эталонной экспрессией или экспрессией в контроле, причем указанные изменения коррелируют с диагнозом или оценкой рака легкого.
9. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что лиганд представляет собой праймер РНК.
10. Композиция по п. 1, которая представляет собой набор или микрочип содержащий по меньшей мере два лиганда, при этом по меньшей мере один лиганд идентифицирует мРНК-транскрипт выбранного гена, экспрессия которого изменена, когда у субъекта имеется рак легкого, и по меньшей мере второй лиганд идентифицирует миРНК, экспрессия которой изменена, когда у субъекта имеется рак легкого.
11. Способ увеличения чувствительности и специфичности анализа для субъекта-млекопитающего, включающий идентификацию в биологической жидкости субъекта-млекопитающего изменений экспрессии комбинации по меньшей мере одной целевой мРНК и по меньшей мере одной целевой миРНК по сравнению с эталонным или контрольным уровнями экспрессии той же комбинации целевой мРНК и миРНК в том же биологическом образце.
12. Способ по п. 11, включающий использование композиции для определения множества аналитов по п. 1.
13. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанная диагностика или оценка включает одно или более из диагностики рака легкого, доброкачественного узла в легких, диагностики стадии рака легкого, диагностики типа или классификации рака легкого, диагностики или выявления рецидива рака легкого, диагностики или выявления регрессии рака легкого, прогноза рака легкого или оценки ответной реакции рака легкого на хирургическое или нехирургическое лечение, или диагностики ранней стадии рака легкого или диагностики рака легкого, которая представляет собой I или II стадию немелкоклеточного рака легкого; или отличающийся тем, что выбранные миРНК и мРНК различным образом экспрессируются при двух или более состояниях, выбранных из отсутствия заболевания легких без курения в анамнезе, отсутствия заболевания легких с курением в анамнезе, рака легкого, хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ), доброкачественных узлов в легких, рака легкого перед резекцией опухоли и рака легкого после резекции опухоли.
14. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанные изменения включают комбинацию повышения или понижения экспрессии одного или более выбранных транскриптов генов по сравнению с указанным эталоном или контролем, и повышения или понижения экспрессии одной или более выбранных миРНК по сравнению с указанным эталоном или контролем.
15. Способ по п. 11, отличающийся тем, что транскрипты генов и миРНК выбраны среди перечисленных в таблице 1 или таблице 2 или таблице 3.
16. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанному субъекту проводят хирургическую операцию резекции солидной опухоли или химиотерапию; и при этом указанный эталон или контроль содержит такие же выбранные транскрипты генов и миРНК, полученные у того же субъекта до операции или до терапии, и при этом изменения в экспрессии указанных выбранных транскриптов генов и миРНК коррелируют с рецидивом или регрессией рака.
17. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанный эталон или контроль включает по меньшей мере одного эталонного субъекта, причем указанный эталонный субъект выбран из группы состоящей из: (а) курильщика со злокачественным заболеванием, (b) курильщика с незлокачественным заболеванием, (с) бывшего курильщика с незлокачественным заболеванием, (d) здорового некурящего человека без заболеваний, (е) некурящего человека, имеющего хроническую обструктивную болезнь легких (ХОБЛ), (f) бывшего курильщика с ХОБЛ, (g) субъекта с солидной опухолью легкого перед хирургическим удалением указанной опухоли, (h) субъекта с солидной опухолью легкого после хирургического удаления указанной опухоли, (i) субъекта с солидной опухолью легкого перед терапией по поводу нее и (j) субъекта с солидной опухолью легкого во время или после терапии по поводу нее; причем указанный эталонный или контрольный субъект (a)-(j) является тем же испытуемым субъектом в более ранний момент времени; или при этом эталонный стандарт мРНК или миРНК представляет собой среднее, среднее значение, среднее числовое значение или диапазон средних числовых значений, числовой шаблон, графический шаблон или комбинированный профиль экспрессии миРНК и мРНК, полученный из эталонного субъекта или эталонной популяции.
18. Способ по п. 11, дополнительно включающий приведение в контакт биологического образца, взятого у субъекта, с диагностическим реактивом, который образует комплекс с и измеряет в образце уровни экспрессии выбранной мРНК, и приведение в контакт биологического образца, взятого у субъекта, с диагностическим реактивом, который образует комплекс с миРНК и измеряет в образце ее уровни экспрессии, причем комбинированные изменения в данных уровнях экспрессии являются диагностическим признаком рака или его стадии.
19. Способ получения диагностического реактива, включающий формирование профиля для классификации заболевания, включающего выявление комбинированных изменений в экспрессии выбранных последовательностей мРНК и миРНК, характерных для этого заболевания, в образце биологической жидкости субъекта-млекопитающего.
20. Способ увеличения чувствительности и специфичности анализа для различения субъектов с раком легкого и субъектов с доброкачественными узлами, включающий:
получение у субъекта биологической жидкости или образца ткани;
выявление наличия одной либо более целевой мРНК из таблицы 1, 2 или 3 в образце путем приведения в контакт образца с по меньшей мере одним лигандом, выбранным из последовательности нуклеиновой кислоты, полинуклеотида или олигонуклеотида, способного специфически образовывать комплекс, гибридизироваться или идентифицировать один или более целевых мРНК-транскриптов генов из таблицы 1, 2 или 3 из биологического образца млекопитающего; и
выявление наличия одной либо более целевой миРНК из таблицы 1, 2 или 3 в образце путем приведения в контакт образца с по меньшей мере одним лигандом, выбранным из последовательности нуклеиновой кислоты, полинуклеотида или олигонуклеотида, способного специфически образовывать комплекс, гибридизироваться или идентифицировать одну или более целевых миРНК из таблицы 1, 2 или 3 из биологического образца млекопитающего;
при этом каждый лиганд связывается с отличающейся целевой мРНК или целевой миРНК.