ЛЕЧЕНИЕ ИЛИ ПРЕДОТВРАЩЕНИЕ РАЗВИТИЯ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ОПУХОЛЕЙ, СВЕРХЭКСПРЕССИРУЮЩИХ REG4 ИЛИ KIAA0101

1. Способ лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы у пациента, включающий введение указанному пациенту композиции, содержащей, по меньшей мере, одну малую интерферирующую РНК (siPHK), которая ингибирует экспрессию REG4 или KIAA0101.
2. Способ по п.1, где указанная siPHK содержит смысловую последовательность нуклеиновой кислоты и антисмысловую последовательность нуклеиновой кислоты, которая специфически гибридизуется с последовательностью REG4 или KIAA0101.
3. Способ по п.1, где злокачественная опухоль, которую необходимо вылечить, выбрана из группы, состоящей из рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, рака молочной железы и рака мочевого пузыря.
4. Способ по п.3, где рак поджелудочной железы представляет собой протоковую аденокарциному поджелудочной железы (PDAC).
5. Способ по п.1, где siPHK ингибирует экспрессию REG4, и злокачественная опухоль, которую необходимо вылечить, представляет собой PDAC.
6. Способ по п.1, где siPHK ингибирует экспрессию KIAA0101, и злокачественная опухоль, которую необходимо вылечить, представляет собой рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак молочной железы и рак мочевого пузыря.
7. Способ по п.2, где указанная siPHK содержит рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 32 в качестве целевой последовательности.
8. Способ по п.7, где указанная siPHK имеет общую формулу 5'-[A]-[B]-[A']-3', где [A] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности нуклеотидов SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 32,
[B] представляет собой рибонуклеотидную последовательность петли, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и
[A'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из комплементарной к [A] последовательности.
9. Двухцепочечная молекула, содержащая смысловую цепь и антисмысловую цепь, где смысловая цепь содержит рибонуклеотидную последовательность, соответствующую целевой последовательности SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 32, и где антисмысловая цепь содержит рибонуклеотидную последовательность, которая комплементарна указанной смысловой цепи, где указанная смысловая цепь и указанная антисмысловая цепь гибридизуются друг с другом с образованием указанной двухцепочечной молекулы, и где указанная двухцепочечная молекула при введении в клетку, экспрессирующую ген REG4 или KIAA0101, ингибирует экспрессию указанного гена.
10. Двухцепочечная молекула по п.9, где указанная целевая последовательность содержит, по меньшей мере, приблизительно 10 смежных нуклеотидов из нуклеотидных последовательностей SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 39.
11. Двухцепочечная молекула по п.10, где указанная целевая последовательность содержит от приблизительно 19 до приблизительно 25 смежных нуклеотидов из нуклеотидных последовательностей SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 39.
12. Двухцепочечная молекула по п.11, где указанная двухцепочечная молекула представляет собой один рибонуклеотидный транскрипт, содержащий смысловую цепь и антисмысловую цепь, связанные через одноцепочечную рибонуклеотидную последовательность.
13. Двухцепочечная молекула по п.10, где двухцепочечная молекула представляет собой олигонуклеотид из менее чем приблизительно 100 нуклеотидов в длину.
14. Двухцепочечная молекула по п.13, где двухцепочечная молекула представляет собой олигонуклеотид из менее чем приблизительно 75 нуклеотидов в длину.
15. Двухцепочечная молекула по п.14, где двухцепочечная молекула представляет собой олигонуклеотид из менее чем приблизительно 50 нуклеотидов в длину.
16. Двухцепочечная молекула по п.15, где двухцепочечная молекула представляет собой олигонуклеотид из менее чем приблизительно 25 нуклеотидов в длину.
17. Двухцепочечный полинуклеотид по п.16, где двухцепочечная молекула представляет собой олигонуклеотид длиной в диапазоне от приблизительно 19 до приблизительно 25 нуклеотидов.
18. Вектор, кодирующий двухцепочечную молекулу по п.10.
19. Вектор по п.18, где вектор кодирует транскрипт, обладающий вторичной структурой, и содержит смысловую цепь и антисмысловую цепь.
20. Вектор по п.19, где транскрипт дополнительно содержит одноцепочечную рибонуклеотидную последовательность, связанную с указанной смысловой цепью и указанной антисмысловой цепью.
21. Вектор, содержащий полинуклеотид, содержащий комбинацию нуклеиновой кислоты смысловой цепи и нуклеиновой кислоты антисмысловой цепи, где указанная нуклеиновая кислота смысловой цепи содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 32, и указанная нуклеиновая кислота антисмысловой цепи состоит из последовательности, комплементарной смысловой цепи.
22. Вектор по п.21, где указанный полинуклеотид имеет общую формулу 5'-[A]-[B]-[A']-3',
где [A] представляет собой нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 32,
[B] представляет собой нуклеотидную последовательность, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и
[A'] представляет собой нуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
23. Фармацевтическая композиция для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы, содержащая фармацевтически эффективное количество малой интерферирующей РНК (siPHK), которая ингибирует экспрессию REG4, в качестве активного ингредиента, и фармацевтически приемлемый носитель.
24. Фармацевтическая композиция по п.23, где siPHK содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 5 в качестве целевой последовательности.
25. Композиция по п.24, где siPHK имеет общую формулу
5'-[A]-[B]-[A']-3',
где [A] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 5,
[B] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и
[A'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
26. Фармацевтическая композиция для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, рака молочной железы и рака мочевого пузыря, содержащая фармацевтически эффективное количество малой интерферирующей РНК (siPHK), которая ингибирует экспрессию KIAA0101, в качестве активного ингредиента, и фармацевтически приемлемый носитель.
27. Фармацевтическая композиция по п.26, где siPHK содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 32 в качестве целевой последовательности.
28. Композиция по п.27, где siPHK имеет общую формулу
5'-[A]-[B]-[A']-3',
где [A] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 32;
[B] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и
[A'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, комплементарную [A].
29. Применение малой интерферирующей РНК (siPHK), которая ингибирует экспрессию REG4, для производства фармацевтической композиции для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы.
30. Применение по п.29, где siPHK содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 5 в качестве целевой последовательности.
31. Применение малой интерферирующей РНК (siPHK), которая ингибирует экспрессию KIAA0101, для производства фармацевтической композиции для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, рака молочной железы и рака мочевого пузыря.
32. Применение по п.31, где siPHK содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 32 в качестве целевой последовательности.
33. Способ лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы у пациента, включающий введение указанному пациенту антитела против REG4 или его фрагмента, который нейтрализует активность REG4.
34. Способ по п.33, где активность REG4, которую необходимо нейтрализовать, представляет собой активность, ускоряющую клеточную пролиферацию рака поджелудочной железы аутокринным/паракринным образом.
35. Способ по п.33, где рак поджелудочной железы представляет собой протоковую аденокарциному поджелудочной железы (PDAC).
36. Способ по п.33, где антитело против REG4 представляет собой моноклональное антитело.
37. Способ по п.33, где антитело содержит VH- и VL-цепь, причем каждая VH- и VL-цепь содержит аминокислотные последовательности CDR, обозначаемые CDR1, CDR2 и CDR3, разделенные аминокислотными последовательностями каркаса, аминокислотная последовательность каждой CDR в каждой VH- и VL-цепи представляет собой:
VH CDR1: SYWMH (SEQ ID NO: 20),
VH CDR2: NIYPGSGSTNYD (SEQ ID NO: 21),
VH CDR3: GGLWLRVDY (SEQ ID NO: 22),
VL CDR1: SASSSVSYMH (SEQ ID NO: 23),
VL CDR2: DTSKLAS (SEQ ID NO: 24), и
VL CDR3: QQWSSNPF (SEQ ID NO: 25).
38. Способ по п.36, где VH человека содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 18, и VL человека содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 19.
39. Фармацевтическая композиция для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы, где указанная композиция содержит фармацевтически эффективное количество антитела против REG4 или его фрагмент, которое нейтрализует активность REG4, в качестве активного ингредиента, и фармацевтически приемлемый носитель.
40. Фармацевтическая композиция по п.39, где рак поджелудочной железы представляет собой протоковую аденокарциному поджелудочной железы (PDAC).
41. Фармацевтическая композиция по п.39, где антитело против REG4 представляет собой моноклональное антитело.
42. Фармацевтическая композиция по п.39, где антитело содержит VH- и VL-цепь, причем каждая VH- и VL-цепь содержит аминокислотные последовательности CDR, обозначаемые CDR1, CDR2 и CDR3, разделенные аминокислотными последовательностями каркаса, аминокислотная последовательность каждой CDR в каждой VH- и VL-цепи представляет собой:
VH CDR1: SYWMH (SEQ ID NO: 20),
VH CDR2: NIYPGSGSTNYD (SEQ ID NO: 21),
VH CDR3: GGLWLRVDY (SEQ ID NO: 22),
VL CDR1: SASSSVSYMH (SEQ ID NO: 23),
VL CDR2: DTSKLAS (SEQ ID NO: 24), и
VL CDR3: QQWSSNPF (SEQ ID NO: 25).
43. Композиция по п.42, где VH человека содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 18, и VL человека содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 19.
44. Антитело, содержащее VH- и VL-цепь, причем каждая VH- и VL-цепь содержит аминокислотные последовательности CDR, обозначаемые CDR1, CDR2 и CDR3, разделенные аминокислотными последовательностями каркаса, аминокислотная последовательность каждой CDR в каждой VH- и VL-цепи представляет собой:
VH CDR1: SYWMH (SEQ ID NO: 20),
VH CDR2: NIYPGSGSTNYD (SEQ ID NO: 21),
VH CDR3: GGLWLRVDY (SEQ ID NO: 22),
VL CDR1: SASSSVSYMH (SEQ ID NO: 23),
VL CDR2: DTSKLAS (SEQ ID NO: 24), и
VL CDR3: QQWSSNPF (SEQ ID NO: 25).
45. Антитело по п.44, где VH человека содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 18, и VL человека содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 19.
46. Выделенный полинуклеотид, кодирующий антитело по п.44.
47. Вектор, содержащий полинуклеотид, кодирующий антитело по п.44.
48. Выделенная клетка-хозяин, содержащая вектор, содержащий полинуклеотид, кодирующий антитело по п.44.
49. Способ получения антитела, включающий культивирование клетки-хозяина по п.48 таким образом, что экспрессируется полинуклеотид, и выделение антитела из культуры клетки-хозяина.
50. Фармацевтическая композиция для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы, где композиция содержит полинуклеотид, кодирующий антитело по п.44, или содержащий его вектор.
51. Применение антитела или его фрагмента, которое связывается с белком, кодируемым REG4, для производства фармацевтической композиции для лечения или предотвращения развития рака поджелудочной железы.
52. Применение по п.51, где антитело содержит VH- и VL-цепь, причем каждая VH- и VL-цепь содержит аминокислотные последовательности CDR, обозначаемые CDR1, CDR2 и CDR3, разделенные аминокислотными последовательностями каркаса, аминокислотная последовательность каждой CDR в каждой VH- и VL-цепи представляет собой:
VH CDR1: SYWMH (SEQ ID NO: 20),
VH CDR2: NIYPGSGSTNYD (SEQ ID NO: 21),
VH CDR3: GGLWLRVDY (SEQ ID NO: 22),
VL CDR1: SASSSVSYMH (SEQ ID NO: 23),
VL CDR2: DTSKLAS (SEQ ID NO: 24), и
VL CDR3: QQWSSNPF (SEQ ID NO: 25).
53. Средство для лечения или для предотвращения развития злокачественной опухоли, или для того и другого вместе, содержащее в качестве активного ингредиента полипептид, который содержит QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; полипептид, функционально равнозначный данному полипептиду; или полинуклеотид, кодирующий данные полипептиды, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
54. Средство по п.53, где биологическая функция представляет собой активность в отношении клеточной пролиферации.
55. Средство по п.53, где полипептид состоит из 8-30 остатков.
56. Средство по п.53, где полипептид содержит аминокислотную последовательность VRPTPKWQKGIGEFFRLSPK/SEQ ID NO: 44 или TPKWQKGIGEFFRLSP/SEQ ID NO: 45.
57. Средство по п.53, где полипептид состоит из аминокислотной последовательности VRPTPKWQKGIGEFFRLSPK/SEQ ID NO: 44 или TPKWQKGIGEFFRLSP/SEQ ID NO: 45.
58. Средство по п.53, где активный ингредиент представляет собой полипептид, и указанный полипептид модифицирован проникающим через клеточную мембрану веществом.
59. Средство по п.58, где полипептид имеет следующую ниже общую формулу:
[R]-[D];
где [R] представляет собой проникающее через клеточную мембрану вещество, и [D] представляет собой аминокислотную последовательность из последовательности фрагмента, который содержит QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; или полипептид, функционально равнозначный данному полипептиду, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
60. Средство по п.58, где проникающее через клеточную мембрану вещество представляет собой любое вещество, выбранное из группы, состоящей из:
полиаргинина;
Tat / RKKRRQRRR/SEQ ID NO: 47;
пенетратина / RQIKIWFQNRRMKWKK/SEQ ID NO: 48;
буфорина II / TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK/SEQ ID NO: 49;
транспортана / GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL/SEQ ID NO: 50;
MAP (модельного амфипатического пептида) / KLALKLALKALKAALKLA/SEQ ID NO: 51;
K-FGF / AAVALLPAVLLALLAP/SEQ ID NO: 52;
Ku70 / VPMLK/SEQ ID NO: 53 или PMLKE/SEQ ID NO: 61;
Prion / MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP/SEQ ID NO: 54;
pVEC / LLIILRRRIRKQAHAHSK/SEQ ID NO: 55;
Pep-1 / KETWWETWWTEWSQPKKKRKV/SEQ ID NO: 56;
SynB1 / RGGRLSYSRRRFSTSTGR/SEQ ID NO: 57;
Pep-7 / SDLWEMMMVSLACQY/SEQ ID NO: 58; и
HN-1 / TSPLNIHNGQKL/SEQ ID NO: 59.
61. Средство по п.60, где полиаргинин представляет собой Arg 11 (SEQ ID NO: 60).
62. Средство по п.53, где злокачественная опухоль представляет собой любую опухоль, выбранную из группы, состоящей из рака поджелудочной железы, рака предстательной железы, рака молочной железы и рака мочевого пузыря.
63. Способ лечения или предотвращения развития злокачественной опухоли, или того и другого вместе, включающий стадию введения полипептида, содержащего QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; полипептида, функционально равнозначного данному полипептиду; или полинуклеотида, кодирующего данные полипептиды, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
64. Применение полипептида, содержащего QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; полипептида, функционально равнозначного данному полипептиду; или полинуклеотида, кодирующего данные полипептиды, в производстве фармацевтической композиции для лечения или предотвращения развития злокачественной опухоли, или того и другого вместе, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
65. Фармацевтическая композиция, содержащая полипептид, содержащий QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; или полипептид, функционально равнозначный данному полипептиду; и фармацевтически приемлемый носитель, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
66. Полипептид, содержащий QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; или аминокислотную последовательность полипептида, функционально равнозначного данному полипептиду, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
67. Полипептид по п.66, где биологическая функция представляет собой активность в отношении клеточной пролиферации.
68. Полипептид по п.66, где полипептид состоит из 8-30 остатков.
69. Полипептид по п.66, где полипептид содержит аминокислотную последовательность VRPTPKWQKGIGEFFRLSPK/SEQ ID NO: 44 или TPKWQKGIGEFFRLSP/SEQ ID NO: 45.
70. Полипептид по п.66, где полипептид состоит из аминокислотной последовательности VRPTPKWQKGIGEFFRLSPK/SEQ ID NO: 44 или TPKWQKGIGEFFRLSP/SEQ ID NO: 45.
71. Полипептид по п.66, где полипептид модифицирован проникающим через клеточную мембрану веществом.
72. Полипептид по п.71, имеющий следующую ниже общую формулу:
[R]-[D];
где [R] представляет собой проникающее через клеточную мембрану вещество, и [D] представляет собой аминокислотную последовательность из последовательности фрагмента, который содержит QKGIGEFF/SEQ ID NO: 46; или аминокислотную последовательность полипептида, функционально равнозначного полипептиду, содержащему указанную последовательность фрагмента, где полипептид не обладает биологической функцией пептида, состоящего из SEQ ID NO:40.
73. Полипептид по п.72, где проникающее через клеточную мембрану вещество представляет собой любое вещество, выбранное из группы, состоящей из:
полиаргинина;
Tat / RKKRRQRRR/SEQ ID NO: 47;
пенетратина / RQIKIWFQNRRMKWKK/SEQ ID NO: 48;
буфорина II / TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK/SEQ ID NO: 49;
транспортана / GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL/SEQ ID NO: 50;
MAP (модельного амфипатического пептида) / KLALKLALKALKAALKLA/SEQ ID NO: 51;
K-FGF / AAVALLPAVLLALLAP/SEQ ID NO: 52;
Ku70 / VPMLK/SEQ ID NO: 53 или PMLKE/SEQ ID NO: 61;
Prion / MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP/SEQ ID NO: 54;
pVEC / LLIILRRRIRKQAHAHSK/SEQ ID NO: 55;
Pep-1 / KETWWETWWTEWSQPKKKRKV/SEQ ID NO: 56;
SynB1 / RGGRLSYSRRRFSTSTGR/SEQ ID NO: 57;
Pep-7 / SDLWEMMMVSLACQY/SEQ ID NO: 58; и
HN-1 / TSPLNIHNGQKL/SEQ ID NO: 59.
74. Полипептид по п.73, где полиаргинин представляет собой Arg 11 (RRRRRRRRRRR/SEQ ID NO: 60).
75. Способ диагностики устойчивости к химиолучевой терапии злокачественной опухоли у пациента, который включает стадии:
(a) определения уровня экспрессии гена REG4 в полученном у пациента биологическом образце;
(b) сравнения определенного уровня экспрессии с контрольным уровнем, и
(c) определения, что пациент страдает злокачественной опухолью с устойчивостью к химиолучевой терапии или существует риск возникновения устойчивости к химиолучевой терапии, когда определенный уровень экспрессии увеличен по сравнению с нормальным контрольным уровнем.
76. Способ по п.75, где злокачественная опухоль представляет собой рак поджелудочной железы.