СВЯЗАННЫЙ С РАКОМ ТОЛСТОГО КИШЕЧНИКА ГЕН ТОМ34

1. Способ диагностики рака толстого кишечника или предрасположенности к развитию рака толстого кишечника у субъекта, включающий определение уровня экспрессии TOM34 в полученном от пациента биологическом образце, где повышение уровня экспрессии в указанном образце по сравнению с нормальным контрольным уровнем указанного гена показывает, что указанный субъект страдает раком толстого кишечника или обладает риском его развития.
2. Способ по п.1, где уровень экспрессии в указанном образце, по меньшей мере, на 10% выше, чем нормальный контрольный уровень.
3. Способ по п.1, где уровень экспрессии гена определяют способом, выбранным из группы, состоящей из
a) выявления мРНК TOM34,
b) выявления белка, кодируемого TOM34, и
c) выявления биологической активности TOM34.
4. Способ по п.1, где указанный полученный от пациента биологический образец включает эпителиальную клетку.
5. Способ по п.1, где указанный полученный от пациента биологический образец включает клетку рака толстого кишечника.
6. Способ по п.1, где указанный полученный от пациента биологический образец включает эпителиальную клетку из клетки рака толстого кишечника.
7. Способ скрининга соединения для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанный способ включает стадии
a) контактирования тестируемого соединения с полипептидом, кодируемым полинуклеотидом TOM34;
b) выявления активности связывания между полипептидом и тестируемым соединением; и
c) выбора тестируемого соединения, которое связывается с полипептидом.
8. Способ скрининга соединения для лечения или профилактики рака толстого кишечника, включающий стадии
a) контактирования соединения-кандидата с клеткой, экспрессирующей TOM34; и
b) выбора соединения-кандидата, которое снижает уровень экспрессии TOM34 по сравнению с уровнем экспрессии TOM34, выявленным в отсутствие тестируемого соединения.
9. Способ по п.8, где указанная клетка включает клетку рака толстого кишечника.
10. Способ скрининга соединения для лечения или профилактики рака толстого кишечника, включающий стадии
a) контактирования тестируемого соединения с полипептидом, кодируемым полинуклеотидом TOM34;
b) обнаружения биологической активности полипептида стадии (a); и
c) выбора тестируемого соединения, которое подавляет биологическую активность полипептида, кодируемого полинуклеотидом TOM34, по сравнению с биологической активностью указанного полипептида, выявленного в отсутствие тестируемого соединения.
11. Способ скрининга соединения для лечения или профилактики рака толстого кишечника, включающий стадии
a) контактирования соединения-кандидата с клеткой, в которую введен вектор, содержащий участок регуляции транскрипции TOM34 и репортерный ген, который экспрессируется под контролем участка регуляции транскрипции;
b) определения экспрессии или активности указанного репортерного гена; и
c) выбора соединения-кандидата, которое снижает экспрессию или активность указанного репортерного гена.
12. Набор, содержащий реагент для обнаружения, который связывается с (a) TOM34, или (b) полипептидами, кодируемыми TOM34.
13. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий введение указанному субъекту антисмысловой композиции, причем указанная антисмысловая композиция включает нуклеотидную последовательность, комплементарную кодирующей последовательности TOM34.
14. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий введение указанному субъекту композиции siRNA, причем указанная композиция siRNA снижает экспрессию TOM34.
15. Способ по п.14, где указанная siRNA содержит смысловую цепь, включающую нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:52.
16. Способ по п.15, где указанная siRNA имеет общую формулу 5'-[A]-[B]-[A']-3', где [A] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:52, [B] представляет собой рибонуклеотидную последовательность петли, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и [A'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из последовательности, комплементарной [A].
17. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий стадию введения указанному субъекту фармацевтически эффективного количества антитела или его иммунологически активного фрагмента, которые связываются с белком TOM34.
18. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, включающий введение указанному субъекту вакцины, содержащей (a) полипептид, кодируемый нуклеиновой кислотой TOM34, (b) иммунологически активный фрагмент указанного полипептида или (c) полинуклеотид, кодирующий полипептид или указанный иммунологически активный фрагмент (b).
19. Способ по п.18, где указанный иммунологически активный фрагмент представляет собой любой или оба из (i) декапептида, включающего аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, и (ii) пептида, обладающего способностью индуцировать цитотоксические T-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, где 1, 2 или несколько аминокислот замещены или добавлены.
20. Способ индукции противоопухолевого иммунитета, причем указанный способ включает стадию контактирования с антигенпредставляющей клеткой полипептида, полинуклеотида, кодирующего полипептид, или вектора, включающего полинуклеотид, где полипептид кодируется TOM34, или иммунологически активного фрагмента указанного полипептида.
21. Способ по п.20, где указанный иммунологически активный фрагмент представляет собой любой или оба из (i) декапептида, включающего аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, и (ii) пептида, обладающего способностью индуцировать цитотоксические T-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, где 1, 2 или несколько аминокислот замещены или добавлены.
22. Способ по п.20, где способ дополнительно включает стадию введения антигенпредставляющей клетки субъекту.
23. Способ лечения или профилактики рака толстого кишечника у субъекта, где указанный способ включает стадию введения соединения, полученного способом по любому из пп.7-11.
24. Композиция для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанная композиция включает фармацевтически эффективное количество антисмыслового полинуклеотида или siRNA против полинуклеотида TOM34.
25. Композиция по п.24, где указанная siRNA включает смысловую цепь, включающую нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:52.
26. Композиция по п.25, где указанная siRNA имеет общую формулу 5'-[A]-[B]-[A']-3', где [A] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, соответствующую последовательности SEQ ID NO:48 или SEQ ID NO:56, [B] представляет собой рибонуклеотидную последовательность петли, состоящую из 3-23 нуклеотидов, и [A'] представляет собой рибонуклеотидную последовательность, состоящую из последовательности, комплементарной [A].
27. Композиция для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанная композиция включает фармацевтически эффективное количество антитела или его фрагмента, которые связываются с белком, кодируемым TOM34.
28. Композиция для лечения или профилактики рака толстого кишечника, причем указанная композиция включает в качестве активного ингредиента фармацевтически эффективное количество соединения, выбранного способом по любому из пп.7-11, и фармацевтически приемлемый носитель.
29. Декапептид, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7.
30. Пептид, обладающий способностью индуцировать цитотоксические T-клетки, где пептид содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7, где 1, 2 или несколько аминокислот замещены или добавлены.
31. Пептид по п.30, где вторая аминокислота с N-конца представляет собой фенилаланин, тирозин, метионин или триптофан.
32. Пептид по п.30, где C-концевая аминокислота представляет собой фенилаланин, лейцин, изолейцин, триптофан или метионин.
33. Фармацевтическая композиция для лечения или профилактики рака толстого кишечника, где указанная композиция включает фармацевтически эффективное количество пептида по п.29 или 30 в качестве активного ингредиента.