СИСТЕМА ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ МОЛЕКУЛЯРНЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ, ПРИНИМАЮЩИХ УЧАСТИЕ В ВОСПАЛИТЕЛЬНОМ ПРОЦЕССЕ

1. Система для моделирования молекулярных взаимодействий, принимающих участие в воспалительном процессе у субъекта, включающая:
(I) блок обработки данных, включающий:
(а) базу данных, включающую множество наборов данных, каждый из которых включает:
(i) по меньшей мере один идентификатор молекулы, для которой предполагается участие в патологическом процессе,
(ii) данные по молекулярным взаимодействиям указанной молекулы с одной или более других молекул, и
(iii) по меньшей мере одну характеристику данных, выделенную для набора данных, где каждый набор данных связан по меньшей мере в одном отношении с другим набором данных в базе данных, основанной на молекулярных взаимодействиях;
где наборы данных сгруппированы в секции данных, включающие наборы данных, содержащих идентичные характеристики данных; и
где характеристики данных указывают на биологическую функцию молекулы в воспалительном процессе;
и
(б) алгоритм на основе компьютерной программы, включенный в блок обработки данных, который генерирует карту сети, основанную на множестве наборов данных в базе данных и который позволяет идентифицировать узлы в карте сети на основании предварительно определенных параметров; и
(II) блок визуализации, который позволяет определять молекулярные взаимодействия, принимающие участие в воспалительном процессе, в идентифицированных узлах.
2. Система по п. 1, где указанный воспалительный процесс включает устранение воспаления.
3. Система по п. 1 или 2, где указанную молекулу идентифицируют из ассоциированных с повреждением образ-распознающих молекул (DAMP) или из патоген-ассоциированных образ-распознающих молекул (РАМР).
4. Система по п. 3, где указанный DAMP и/или указанный РАМР получают на основе оценки публикаций в общедоступных научных базах данных с использованием алгоритма автоматической оценки, который идентифицирует молекулы, предположительно принимающие участие в воспалении.
5. Система по любому из пп. 1-4, где указанная биологическая функция молекулы в воспалительном процессе выбрана из группы, состоящей из дегрануляции тучных клеток, дифференциации макрофагов, дифференциации миелоидных клеток, дифференциации лимфоцитов, дифференциации иммунных клеток, регуляции гемопоэза, стимуляции врожденного иммунного ответа, путей передачи сигнала рецептора распознавания образов, продуцирования цитокинов, регуляции приобретенного иммунного ответа, опосредованного Т-клетками иммунного ответа, отбора Т-клеток, регуляции пролиферации В-клеток, регуляции секреции иммуноглобулинов, регуляции пролиферации Т-клеток, регуляции пролиферации лимфоцитов, устранения воспаления, регуляции экспрессии генов, модификации белков, развития кровеносных сосудов, иммунного ответа, гемопоэза, развития нейронов и транспорта белков.
6. Система по любому из пп. 1-5, где указанный алгоритм на основе компьютерной программы, включенный в блок обработки, который генерирует карту сети на основе множества наборов данных в базе данных и который позволяет идентифицировать узлы в карте сети, включает правила для приоритизации генов, определения степени узла, определения центральности по посредничеству, идентификации мотива, в частности идентификации петель обратной связи или прямой связи, и/или определения ассоциации с воспалением.
7. Система по любому из пп. 1-6, где транскриптомные данные, полученные у субъекта после введения лекарственного средства, также предоставлены в базе данных.
8. Система по п. 7, где транскриптомные данные используют для моделирования наборов данных в базе данных.
9. Система по п. 8, где наборы данных удаляют из базы данных, если не найдено совпадений между идентификатором молекулы в наборе данных и идентификатором молекулы в транскриптомных данных.
10. Система по любому из пп. 7-9, где указанным лекарственным средством является многокомпонентное лекарственное средство.
11. Система по п. 10, где указанным многокомпонентным лекарственным средством является траумель.
12. Система по любому из пп. 1-11, где блок визуализации включает алгоритм на основе компьютерной программы, который графически размещает узлы с высокой связью близко друг к другу и/или который идентифицирует для графического отображения только узлы, которые связаны внутримодулярно.
13. Способ моделирования молекулярных взаимодействий, принимающих участие в воспалительном процессе у субъекта, включающий:
(I) обеспечение блока обработки данных, включающего:
(а) базу данных, включающую множество наборов данных, каждый из которых включает:
(i) по меньшей мере один идентификатор молекулы, для которой предполагается участие в патологическом процессе,
(ii) данные по молекулярным взаимодействиям указанной молекулы с одной или более других молекул, и
(iii) по меньшей мере одну характеристику данных, выделенную для набора данных, где каждый набор данных связан по меньшей мере в одном отношении с другим набором данных в базе данных, основанной на молекулярных взаимодействиях;
где наборы данных сгруппированы в секции данных, включающие наборы данных, содержащих идентичные характеристики данных; и
где характеристики данных указывают на биологическую функцию молекулы в воспалительном процессе;
и
(б) алгоритм на основе компьютерной программы, включенный в блок обработки данных, который генерирует карту сети, основанную на множестве наборов данных в базе данных и который позволяет идентифицировать узлы в карте сети на основании предварительно определенных параметров; и
(II) генерирование карты сети, основанной на множестве наборов данных в базе данных, и идентификацию узлов в карте сети, основанной на предварительно определенных параметрах в ходе выполнения алгоритма на основе компьютерной программы, реализованного в блоке обработки данных; и
(III) определение молекулярных взаимодействий, принимающих участие в воспалительном процессе, в идентифицированных узлах с использованием блока визуализации, с помощью которого моделируются молекулярные взаимодействия, принимающие участие в воспалительном процессе у субъекта.
14. Способ по п. 13, где указанный воспалительный процесс включает устранение воспаления.
15. Способ по п. 13 или 14, где указанную молекулу идентифицируют из ассоциированных с повреждением образ-распознающих молекул (DAMP) или из патоген-ассоциированных образ-распознающих молекул (РАМР).
16. Способ по п. 15, где указанный DAMP и/или указанный РАМР получают на основе оценки публикаций в общедоступных научных базах данных с использованием алгоритма автоматической оценки, который идентифицирует молекулы, предположительно принимающие участие в воспалении.
17. Способ по любому из пп. 13-16, где указанная биологическая функция молекулы в воспалительном процессе выбрана из группы, состоящей из дегрануляции тучных клеток, дифференциации макрофагов, дифференциации миелоидных клеток, дифференциации лимфоцитов, дифференциации иммунных клеток, регуляции гемопоэза, стимуляции врожденного иммунного ответа, путей передачи сигнала рецептора распознавания образов, продуцирования цитокинов, регуляции приобретенного иммунного ответа, опосредованного Т-клетками иммунного ответа, отбора Т-клеток, регуляции пролиферации В-клеток, регуляции секреции иммуноглобулинов, регуляции пролиферации Т-клеток, регуляции пролиферации лимфоцитов, устранения воспаления, регуляции экспрессии генов, модификации белков, развития кровеносных сосудов, иммунного ответа, гемопоэза, развития нейронов и транспорта белков.
18. Способ по любому из пп. 13-17, где указанное генерирование карты сети на основе множества наборов данных в базе данных и идентификация узлов в карте сети включает приоритизацию генов, определение степени узла, определение центральности по посредничеству, идентификацию мотива, в частности идентификацию петель обратной связи или прямой связи, и/или определение ассоциации с воспалением.
19. Способ по любому из пп. 13-18, где транскриптомные данные, полученные от субъекта после введения лекарственного средства, также представлены в базе данных.
20. Способ по п. 19, где транскриптомные данные используют для моделирования наборов данных в базе данных.
21. Способ по п. 20, где наборы данных удаляют из базы данных, если не найдено совпадений между идентификатором молекулы в наборе данных и идентификатором молекулы в транскриптомных данных.
22. Способ по любому из пп. 19-21, где указанным лекарственным средством является многокомпонентное лекарственное средство.
23. Способ по п. 22, где указанным многокомпонентным лекарственным средством является траумель.
24. Способ по любому из пп. 13-23, где блок визуализации включает алгоритм на основе компьютерной программы, который графически размещает узлы с высокой связью близко друг к другу и/или который идентифицирует для графического отображения только узлы, которые связаны внутримодулярно.
25. Применение системы по любому из пп. 1-12 для моделирования молекулярных взаимодействий, принимающих участие в воспалительном процессе у субъекта.
26. Применение по п. 25, где моделирование молекулярных взаимодействий, принимающих участие в воспалительном процессе у субъекта, используют для определения действия лекарственного средства.