СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ РАКА

1. Способ идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, который включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию.
2. Способ идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, который включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию.
3. Способ по п.1 или 2, в котором стволовая мутация представляет собой вариант одиночного нуклеотида.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором мутации идентифицированы секвенированием Exome, РНК-seq, секвенированием целого генома и/или секвенированием панели генов-мишеней.
5. Способ по любому из предыдущих пунктов, который включает стадию оценки профиля аллелей HLA индивидуума для определения, будет ли пептид стволового неоантигена связываться с молекулой MHC индивидуума.
6. Способ идентификации Т-клетки, специфичной для стволового неоантигена, который включает стадии способа по любому из предшествующих пп. и следующую стадию:
iv) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать стволовой неоантиген, в качестве Т-клетки, специфичной для стволового неоантигена.
7. Способ получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген в опухоли, который включает стадии:
i) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать пептид стволового неоантигена; и
ii) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген.
8. Способ по п.7, где в стадии ii) указанные Т-клетки избирательно наращивают с использованием стволового неоантигена или пептида стволового неоантигена.
9. Способ по п.8, где указанные Т-клетки избирательно наращивают с использованием множества стволовых неоантигенов или пептидов стволовых неоантигенов, где каждый из указанных пептидов включает отличную стволовую мутацию.
10. Способ по п.9, где указанное множество пептидов включает от 2 до 100 пептидов.
11. Способ получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген в опухоли, который включает стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума способом, который включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию;
или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
c) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которая направлена на стволовой неоантиген.
12. Способ получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген в опухоли, который включает стадии:
i) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
ii) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген, где указанные Т-клетки наращивают путем совместного культивирования с антигенпрезентирующими клетками, которые представляют пептиды стволового неоантигена, происходящие из указанного стволового неоантигена.
13. Способ по п.12, в котором указанные антигенпрезентирующие клетки нагружены или пульсированы пептидом, происходящим из указанного стволового неоантигена.
14. Способ по п.12 или 13, в котором указанная Т-клетка, которая способна специфически узнавать пептид стволового неоантигена, идентифицируется способом по п.6.
15. Способ по любому из пп.6-14, где образец представляет собой образец опухоли, крови или ткани от индивидуума.
16. Способ по п.7, в котором стволовой неоантиген идентифицируют способом по любому из пп.1-5.
17. Способ по любому из пп.7-14, в котором популяция Т-клеток включает CD8+ Т-клетки, CD4+ Т-клетки или CD8+ и CD4+ T-клетки.
18. Способ по любому из пп.7-14, в котором предлагается, по меньшей мере, первая и вторая Т-клетки, где первая Т-клетка направлена на первый стволовой неоантиген, созданный первой стволовой мутацией, а вторая Т-клетка направлена на второй стволовой неоантиген, созданный второй стволовой мутацией.
19. Способ по любому из пп.7-18, в котором указанную популяцию Т-клеток обогащают увеличенным количеством Т-клеток, которые направлены на стволовые неоантигены, по сравнению с образцом, выделенным от индивидуума.
20. Композиция Т-клеток, которая включает Т-клетку, специфичную для стволового неоантигена.
21. Композиция Т-клеток по п.20, которая включает Т-клетки, селективно наращенные для направленности на один или более стволовых неоантигенов.
22. Композиция Т-клеток по п.20 или 21, которая включает, по меньшей мере, приблизительно 0,2%-5%, 5%-10%, 10-20%, 20-30%, 30-40%, 40-50%, 50-70% или 70-100% Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген.
23. Композиция Т-клеток, пригодная для лечения рака у индивидуума, которая включает Т-клетки, селективно наращенные для направленности на стволовые неоантигены, характерные для рака индивидуума.
24. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-23, в которой стволовой неоантиген идентифицирован способом по любому из пп.1-5.
25. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-23, в которой Т-клетку, специфичную для стволового неоантигена, получают или можно получить способом по п.6.
26. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-25, в которой Т-клетка, специфичная для стволового неоантигена, представляет собой Т-клетку, как определено в любом из пп.6-19.
27. Композиция Т-клеток, включающая популяцию Т-клеток, которая получена или может быть получена способом по любому из пп.7-19.
28. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-27, в которой Т-клетка, специфичная для стволового неоантигена, экспрессирует химерный рецептор антигена или TCR, который специфически связывается со стволовым неоантигеном или пептидом стволового неоантигена, или TCR с повышенной аффинностью, который специфически связывается со стволовым неоантигеном или пептидом стволового неоантигена.
29. Композиция Т-клеток по любому из пп.21-28 для применения при лечении рака.
30. Композиция Т-клеток для использования по п.29, в которой композиция Т-клеток используется в сочетании с ингибитором контрольных точек.
31. Композиция Т-клеток, включающая популяцию Т-клеток, которая способна направленно действовать на стволовой неоантиген в опухоли, который ранее идентифицирован следующим способом, для использования при лечении рака, где указанный способ включает стадии:
(a) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию;
или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
c) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которая направлена на стволовой неоантиген.
32. Композиция Т-клеток по любому из пп.21-31 для использования при получении лекарственного средства для лечения рака.
33. Способ лечения рака у индивидуума, который включает введение композиции Т-клеток по любому из пп.21-31 индивидууму.
34. Способ по п.33, который включает следующие стадии:
(i) выделения образца, содержащего Т-клетки, от индивидуума;
(ii) идентификации и наращивания популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген; и
(iii) введение клеток из (ii) индивидууму.
35. Способ лечения рака у индивидуума, где указанный способ включает:
(а) идентификацию стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) идентификацию Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген;
c) наращивание Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген; и
d) введение указанной популяции Т-клеток указанному индивидууму.
36. Способ по любому из пп.34-35, в котором образец представляет собой образец опухоли, крови или ткани от индивидуума.
37. Способ по любому из пп.33-36, в котором популяцию Т-клеток вводят в сочетании с ингибитором контрольных точек.
38. Способ получения композиции, включающей антигенпрезентирующую клетку и стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, где указанный способ включает:
(а) идентификацию стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) получение композиции, включающей указанный стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, и антигенпрезентирующую клетку.
39. Способ наращивания популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген, который включает стадии:
i) предоставления образца, включающего Т-клетку, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
ii) совместного культивирования популяции Т-клеток с композицией, включающей стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, и с антигенпрезентирующей клеткой, как определено в п.38.
40. Популяция Т-клеток, которую получают или можно получить способом по п.39.
41. Композиция, включающая антигенпрезентирующую клетку и стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена.
42. Способ по п.38 или 39 или композиция по п.41, где указанный антигенпрезентирующая клетка представляет собой дендритную клетку.
43. Композиция, включающая антигенпрезентирующую клетку и стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, которую получают или можно получить способом по п.38, 39 и 42.
44. Мультимер MHC, включающий пептид стволового неоантигена, где стволовой неоантиген идентифицирован способом по любому из пп.1-5.
45. Способ получения мультимера MHC, где указанный способ включает следующие стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
(b) получения пептида стволового неоантигена из указанного стволового неоантигена; и
(c) получения мультимера MHC, включающего указанный пептид стволового неоантигена.
46. Композиция, включающая мультимер МНС, который получают или можно получить способом по п.45.
47. Вакцина, включающая пептид или белок стволового неоантигена, или молекулу РНК или ДНК, кодирующую пептид или белок стволового неоантигена.
48. Вакцина по п.47, где указанный пептид стволового неоантигена идентифицирован способом по любому из пп.1-5.
49. Вакцина по п.47 или 48, которая находится в форме вакцины дендритных клеток, где дендритная клетка пульсирована или нагружена указанным пептидом стволового неоантигена или генетически модифицирована для экспрессии пептида стволового неоантигена или белка стволового неоантигена.
50. Вакцина по любому из пп.47-49, которая находится в форме фармацевтической композиции и которая включает фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель, наполнитель или адъювант.
51. Вакцина по любому из пп.47-50 для использования при лечении рака.
52. Способ лечения рака у индивидуума, включающий введение вакцины по любому из пп.47-50 указанному индивидууму.
52. Способ по п.52, дополнительно включающий стадию выявления индивидуума, который страдает раком.
53. Способ получения вакцины, включающей пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена, причем указанный способ включает стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
(b) получения пептида стволового неоантигена или белка стволового неоантигена из указанного стволового неоантигена; и
(c) получения вакцины, включающей указанный пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена.
54. Способ получения вакцины, включающей молекулу ДНК или РНК, кодирующую пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена, причем указанный способ включает стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
(b) получения вакцины, включающей молекулу ДНК или РНК, кодирующую указанный пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена.