Способ исключения заболеваний рак почки, рак молочной железы, рак желудка и рак легких на ранних стадиях с помощью определения сайта A(5mC)GC в 11 хромосоме в положении 65647267-65647270 в образцах ДНК крови методом GLAD-ПЦР анализа

1. Способ исключения злокачественного поражения почки, молочной железы, легких и желудка на ранних стадиях заболевания посредством а) определения в препарате ДНК, полученном из крови пациента, концентрации сайта A(5mC)GC, находящегося в 11 хромосоме в положении 65647267-65647270, методом GLAD-ПЦР анализа, б) определения молярной концентрации геномной ДНК в исследуемом образце; в) установлении доли метилированного сайта в положении 65647267-65647270, определяемой путем деления величины, полученной в пункте а) на величину, полученную в пункте б) и выраженную в процентах, по значению доли метилированного сайта делается заключение об отсутствии злокачественного поражения почки, молочной железы, легких и желудка на ранних стадиях;
при этом на шаге а) ходе GLAD-ПЦР анализа используются:
i) геномный праймер и флюоресцентно-меченый зонд, структура которых определяется структурой геномной ДНК в окрестности исследуемого сайта A(5mC)GC в 11 хромосоме в положении 65647267-65647270;
ii) гибридный праймер, включающий 2 части: структура первой части комплементарна используемому в GLAD-ПЦР универсальному адаптеру, структура второй части комплементарна ДНК в точке гидролиза.
2. Способ по п.1, в котором для определения концентрации сайта A(5mC)GC, находящегося в 11 хромосоме в положении 65647267-65647270, методом GLAD-ПЦР анализа используются следующие олигонуклеотидные праймеры и флуоресцентно-меченый зонд:
p: 5' FAM-CCACCGCCCGAGGGATGAAGACC-BHQ1 3' (23)
g: 5' TGGTGCCCTCGGGTAAGCG 3' (19)
h: 5’-CCTGCTCTTTCATCGGTGT-3’ (19)
g
z
h
где g - геномный праймер (enome); p - флуоресцентно-меченый зонд (ond); h - гибридный праймер (ybrid); FAM - флуоресцеин; BHQ1 - гаситель флуоресценции (Black Hole Quencher 1).
3. Способ по п. 1, в котором концентрация геномной ДНК на шаге б) определяется путем определения количества копий фрагмента ДНК гена URB1, находящегося в 21-й хромосоме в положении 32334235 - 32334314, методом ПЦР в реальном времени.