СПОСОБЫ ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ ВОСПАЛИТЕЛЬНОГО ЗАБОЛЕВАНИЯ КИШЕЧНИКА

1. Способ предсказания ответа пациента, страдающего от желудочно-кишечного воспалительного заболевания, на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, включающий:
получение биологического образца от пациента,
измерение в образце уровня экспрессии мРНК, по меньшей мере, одного гена, где
ген выбран из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3 эпсилон,
сравнение уровня экспрессии мРНК, обнаруженного в образце, и контрольного уровня, и
предсказание, что пациент будет отвечать на терапию, когда измеренный уровень экспрессии мРНК повышен по сравнению с контрольным уровнем, и предсказание, что пациент не будет отвечать на терапию, когда измеренный уровень экспрессии мРНК снижен по сравнению с контрольным уровнем.
2. Способ предсказания восприимчивости пациента с желудочно-кишечным воспалительным заболеванием к лечению антагонистом интегрина бета7, включающий определение уровня экспрессии мРНК, по меньшей мере, одного гена, выбранного из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон, в биологическом образце от пациента, где повышенный уровень экспрессии мРНК по сравнению с контрольным уровнем указывает, что пациент с большей вероятностью ответит на лечение антагонистом интегрина бета7.
3. Способ идентификации пациента, страдающего от желудочно-кишечного воспалительного заболевания, который, вероятно, будет отвечать на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии мРНК, по меньшей мере, одного гена в биологическом образце от пациента, где, по меньшей мере, один ген выбран из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон;
(b) сравнение уровня экспрессии мРНК, измеренного на стадии (а), с контрольным уровнем; и
(c) идентификацию пациента, как пациента, который с большей вероятностью будет отвечать на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, когда измеренный в (а) уровень экспрессии мРНК выше контрольного уровня.
4. Способ лечения пациента, имеющего желудочно-кишечное воспалительное заболевание, включающий:
(a) измерение уровня экспрессии мРНК, по меньшей мере, одного гена в биологическом образце от пациента, где, по меньшей мере, один ген выбран из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон;
(b) сравнение измеренного в (а) уровня экспрессии мРНК с контрольным уровнем;
(c) идентификацию пациента, как пациента, который с большей вероятностью будет отвечать на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, если измеренный в (а) уровень экспрессии мРНК выше контрольного уровня; и
(d) введение терапии, если измеренный в (а) уровень экспрессии мРНК выше контрольного уровня, тем самым осуществляя лечение желудочно-кишечного воспалительного заболевания.
5. Способ по п. 4, в котором около 100 мг антагониста интегрина бета7 вводят подкожно один раз каждые четыре недели.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором пациентом является человек.
7. Способ по п. 6, в котором пациентом является пациент, у которого отсутствует адекватный ответ на агенты против ФНО (ФНО-IR).
8. Способ по п. 6, в котором желудочно-кишечное воспалительное заболевание представляет собой воспалительное заболевание кишечника.
9. Способ по п. 8, в котором воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит или болезнь Крона.
10. Способ по п. 9, в котором воспалительное заболевание кишечника представляет язвенный колит, и ответ выбирают из клинического ответа, заживления слизистой и ремиссии.
11. Способ по п. 6, в котором биологический образец выбирают из ткани кишечника и периферической цельной крови.
12. Способ по п. 6, в котором уровень экспрессии мРНК измеряют с помощью способа ПЦР.
13. Способ по п. 12, в котором способ ПЦР включает количественную ПЦР.
14. Способ по п. 6, в котором измерение включает амплификацию одной или более мРНК, выбранных из мРНК интегрина бета7, мРНК интегрина альфаЕ или
мРНК CD3эпсилон, и обнаружение амплифицированной мРНК, осуществляя, таким образом, измерение уровня амплифицированной мРНК.
15. Способ по п. 6, в котором контрольный уровень представляет собой медианное значение.
16. Способ лечения желудочно-кишечного воспалительного заболевания у пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества антагониста интегрина бета7,
где было определено, что в биологическом образце, полученном от пациента, экспрессируется повышенный уровень мРНК, по меньшей мере, одного гена, выбранного из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон,
или
где пациент был выбран для лечения на основе повышенных уровней экспрессии мРНК, по меньшей мере, одного гена, выбранного из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон, в биологическом образце, полученном от пациента.
17. Способ по п. 16, в котором около 100 мг антагониста интегрина бета7 вводят подкожно один раз каждые четыре недели.
18. Способ по п. 17, в котором пациентом является человек.
19. Способ по п. 18, в котором пациентом является пациент, у которого отсутствует адекватный ответ на агенты против ФНО (ФНО-IR).
20. Способ по п. 18, в котором желудочно-кишечное воспалительное заболевание представляет собой воспалительное заболевание кишечника.
21. Способ по п. 20, в котором воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит или болезнь Крона.
22. Способ по п. 18, в котором биологический образец выбирают из биопсии и периферической цельной крови.
23. Способ по п. 22, в котором уровень экспрессии мРНК измеряют с помощью способа ПЦР.
24. Способ по п. 23, в котором способ ПЦР включает количественную ПЦР.
25. Способ предсказания ответа пациента, страдающего от желудочно-кишечного воспалительного заболевания, на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, включающий:
получение биологического образца от пациента,
измерение количества клеток, экспрессирующих, по меньшей мере, один белок, выбранный из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон,
сравнение количества экспрессирующих клеток, измеренное в образце, с контрольным уровнем, и
предсказание, что пациент будет отвечать на терапию, когда измеренное количество экспрессирующих белок клеток было повышенным по сравнению с контрольным уровнем, и предсказание, что пациент не будет отвечать на терапию, когда измеренное количество экспрессирующих белок было снижено по сравнению с контрольным уровнем.
26. Способ предсказания восприимчивости пациента с желудочно-кишечным воспалительным заболеванием к лечению антагонистом интегрина бета7, включающий определение количества клеток, экспрессирующих, по меньшей мере, один белок, выбранный из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон, в биологическом образце от пациента, где повышенное количество экспрессирующих клеток по сравнению с контрольным уровнем идентифицирует пациента, как пациента, который, вероятно, будет отвечать на лечение антагонистом интегрина бета7.
27. Способ идентификации пациента, страдающего от желудочно-кишечного воспалительного заболевания, который, вероятно, ответит на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, включающий:
(a) измерение количества клеток, экспрессирующих, по меньшей мере, один белок в биологическом образце от пациента, где, по меньшей мере, один белок выбирают из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон;
(b) сравнение количества клеток, измеренного в (а), с контрольным уровнем; и
(c) идентификацию пациента, как пациента, который с большей вероятностью будет отвечать на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, если количество клеток, измеренное в (а), выше контрольного уровня.
28. Способ лечения пациента, имеющего желудочно-кишечное воспалительное заболевание, включающий:
(а) измерение количества клеток, экспрессирующих, по меньшей мере, один белок в биологическом образце от пациента, где, по меньшей мере, один белок выбирают из интегрина бета7, интегрина альфаЕ и CD3эпсилон;
(b) сравнение количества экспрессирующих клеток, измеренного в (а), с контрольным уровнем; и
(c) идентификацию пациента, как пациента, который с большей вероятностью будет отвечать на терапию, включающую антагонист интегрина бета7, если количество экспрессирующих клеток, измеренное в (a), выше контрольного уровня; и
(d) введение терапии, если количество экспрессирующих клеток, измеренное в (a), выше контрольного уровня, тем самым осуществляя лечение желудочно-кишечного воспалительного заболевания.
29. Способ по п. 28, в котором около 100 мг антагониста интегрина бета7 вводят подкожно один раз каждые четыре недели.
30. Способ по любому из пп 25-29, в котором пациентом является человек.
31. Способ по п. 30, в котором пациентом является пациент, у которого отсутствует адекватный ответ на агенты против ФНО (ФНО-IR).
32. Способ по п. 30, в котором желудочно-кишечное воспалительное заболевание представляет собой воспалительное заболевание кишечника.
33. Способ по п. 32, в котором воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит или болезнь Крона.
34. Способ по п. 33, в котором воспалительное заболевание кишечника представляет собой язвенный колит, и ответ выбирают из клинического ответа, заживления слизистой и ремиссии.
35. Способ по п. 30, в котором биологический образец представляет собой ткань кишечника.
36. Способ по п. 30, включающий измерение количества экспрессирующих клеток с помощью иммуногистохимического способа.
37. Способ по п. 30, в котором измерение включает контакт образца с агентом, который специфически связывается с белком интегрином бета7, белком интегрином альфаЕ или белком CD3эпсилон, и обнаружение количества образованного комплекса, и, таким образом, измерение количества экспрессирующих клеток.
38. Способ по п. 30, в котором количество экспрессирующих клеток в образце делят на общее количество клеток в образце.
39. Способ по п. 30, в котором определяют количество экспрессирующих клеток в поле зрения светового микроскопа под большим увеличением
40. Способ по п. 30, в котором контрольный уровень представляет собой медианное значение.
41. Способ по п. 10 или 34, в котором введение антагониста приводит к одному или нескольким из следующих результатов: (1) снижение на 3 балла и 30% снижение по сравнению с исходным значением MCS, и снижение на ≥1 балл в подшкале для оценки ректального кровотечения, или абсолютная оценка ректального кровотечения 0 или 1, (2) оценка по эндоскопической подшкале составляет 0 или 1, (3) MCS≤2, и ни одна из индивидуальных оценок по подшкалам не >1.
42. Способ по любому из пп. 1-5, 7-29 и 31-40, где антагонист интегрина бета7 представляет собой моноклональное анти-бета7 антитело.
43. Способ по п. 42, в котором анти-бета7 антитело выбрано из химерного антитела, человеческого антитела и гуманизированного антитела.
44. Способ по п. 43, в котором анти-бета7 антитело представляет собой фрагмент антитела.
45. Способ по п. 43, в котором анти-бета7 антитело включает шесть гипервариабельных участков (HVRs), где:
(i) HVR-L1 включает аминокислотную последовательность А1-А11, где А1-А11 представляет собой RASESVDTYLH (SEQ ID NO: 1); RASESVDSLLH (SEQ ID NO: 7), RASESVDTLLH (SEQ ID NO: 8) или RASESVDDLLH (SEQ ID NO: 9), или вариант SEQ ID NO: 1, 7, 8 или 9 (SEQ ID NO: 26), где аминокислота A2 выбрана из группы, состоящей из A, G, S, Т и V, и/или аминокислота A3 выбрана из группы, состоящей из S, G, I, K, N, Р, Q, R и Т, и/или А4 выбрана из группы, состоящей из Е, V, Q, A, D, G, Н, I, K, L, N и R, и/или аминокислота А5 выбрана из группы, состоящей из S, Y, A, D, G, Н, I, K, N, Р, R, Т и V, и/или аминокислота А6 выбрана из группы, состоящей из V, R, I, A, G, K, L, М и Q, и/или аминокислота А7 выбрана из группы, состоящей из D, V, S, А, Е, G, Н, I, K, L, N, Р, S и Т, и/или аминокислота А8 выбрана из группы, состоящей из D, G, N, Е, Т, Р и S, и/или аминокислота А9 выбрана из группы, состоящей из L, Y, I и М, и/или аминокислота А10 выбрана из группы, состоящей из L, A, I, М и V, и/или аминокислота A11 выбрана из группы, состоящей из Н, Y, F и S;
(ii) HVR-L2 включает аминокислотную последовательность В1-В8, где В1-В8 представляет собой KYASQSIS (SEQ ID NO: 2), RYASQSIS (SEQ ID NO: 20) или XaaYASQSIS (SEQ ID NO: 21, где Xaa представляет собой любую
аминокислоту), или вариант SEQ ID NO: 2, 20 или 21 (SEQ ID NO: 27), где аминокислота В1 выбрана из группы, состоящей из K, R, N, V, A, F, Q, Н, Р, I, L, Y и Хаа (где Хаа представляет собой любую аминокислоту), и/или аминокислота В4 выбрана из группы, состоящей из S и D, и/или аминокислота В5 выбрана из группы, состоящей из Q и S, и/или аминокислота В6 выбрана из группы, состоящей из S, D, L и R, и/или аминокислота В7 выбрана из группы, состоящей из I, V, Е и K;
(iii) HVR-L3 включает аминокислотную последовательность С1-С9, где С1-С9 представляет собой QQGNSLPNT (SEQ ID NO: 3) или вариант SEQ ID NO: 3 (SEQ ID NO: 28), где аминокислота С8 выбрана из группы, состоящей из N, V, W, Y, R, S, Т, A, F, Н, I, L и М;
(iv) HVR-H1 включает аминокислотную последовательность D1-D10, где D1-D10 представляет собой GFFITNNYWG (SEQ ID NO: 4);
(v) HVR-H2 включает аминокислотную последовательность Е1-Е17, где Е1-Е17 представляет собой GYISYSGSTSYNPSLKS (SEQ ID NO: 5) или вариант SEQ ID NO: 5 (SEQ ID NO: 29), где аминокислота Е2 выбрана из группы, состоящей из Y, F, V и D, и/или аминокислота Е6 выбрана из группы, состоящей из S и G, и/или аминокислота Е10 выбрана из группы, состоящей из S и Y, и/или аминокислота Е12 выбрана из группы, состоящей из N, Т, А и D, и/или аминокислота 13 выбрана из группы, состоящей из Р, Н, D и А, и/или аминокислота Е15 выбрана из группы, состоящей из L и V, и/или аминокислота Е17 выбрана из группы, состоящей из S и G; и
(vi) HVR-H3 включает аминокислотную последовательность F2-F11, где F2-F11 представляет собой MTGSSGYFDF (SEQ ID NO: 6) или RTGSSGYFDF (SEQ ID NO: 19); или включает аминокислотную последовательность F1-F11, где F1-F11 представляет собой AMTGSSGYFDF (SEQ ID NO: 16), ARTGSSGYFDF (SEQ ID NO: 17) или AQTGSSGYFDF (SEQ ID NO: 18), или вариант SEQ ID NOs: 6, 16, 17, 18 или 19 (SEQ ID NO: 30), где F2 представляет собой R, M, A, E, G, Q, S, и/или аминокислота F11 выбрана из группы, состоящей из F и Y.
46. Способ по п. 45, в котором анти-бета7 антитело включает последовательности трех гипервариабельных участков тяжелой цепи (HVR-H1-H3) и последовательности трех гипервариабельных участков легкой цепи (HVR-L1-L3), где:
(i) HVR-L1 включает SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8 или SEQ ID NO: 9;
(ii) HVR-L2 включает SEQ ID NO: 2;
(iii) HVR-L3 включает SEQ ID NO: 3;
(iv) HVR-H1 включает SEQ ID NO: 4;
(v) HVR-H2 включает SEQ ID NO: 5; и
(vi) HVR-H3 включает SEQ ID NO: 6, или SEQ ID NO: 16, или SEQ ID NO: 17, или SEQ ID NO: 19.
47. Способ по п. 46, в котором анти-бета7 антитело включает вариабельную легкую цепь, включающую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 24, и вариабельную тяжелую цепь, включающую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 31.
48. Способ по п. 47, в котором анти-бета7 антитело представляет собой этролизумаб.
49. Способ по любому из пп 1-5, 7-29 и 31-40, где антагонист интегрина бета7 представляет собой моноклональное анти-альфа-4/бета7 антитело.
50. Способ по п. 49, в котором анти-альфа-4/бета7 антитело выбрано из ведолизумаба и AMG 181.