УЛУЧШЕННЫЕ АМИНОКИСЛОТНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ, НАПРАВЛЕННЫЕ ПРОТИВ РЕСПИРАТОРНО-СИНЦИТИАЛЬНОГО ВИРУСА ЧЕЛОВЕКА (HRSV), И ПОЛИПЕПТИДЫ, ВКЛЮЧАЮЩИЕ ТАКИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ, ДЛЯ ПРОФИЛАКТИКИ И/ИЛИ ЛЕЧЕНИЯ ИНФЕКЦИЙ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ

1. Полипептид, который включает или, по существу, состоит из, по меньшей мере одной аминокислотной последовательности и/или одного или нескольких нанотел, которые направлены против и/или специфически связывают белок F hRSV, и, необязательно, также включает одну или несколько других аминокислотных связывающих единиц, необязательно соединенных через один или несколько пептидных линкеров, при этом, по меньшей мере, одна аминокислотная последовательность и/или одно или несколько нанотел выбраны из следующего:
a) SEQ ID NO: 138-141 и 154-157;
b) аминокислотные последовательности, которые имеют не более 3, предпочтительно, не более 2, предпочтительнее, не более 1 различия по аминокислотам с одной из SEQ ID NO: 138-141 и 154-157, при условии, что
i) аминокислотная последовательность имеет аспарагиновую кислоту (Asp, D) в позиции 1 (указанная позиция определена согласно нумерации по Кабату); и
ii) аминокислотная последовательность связывает белок F hRSV с одинаковой, примерно одинаковой или более высокой аффинностью (указанную аффинность измеряют методом поверхностного плазменного резонанса), и/или аминокислотная последовательность имеет одинаковую, примерно одинаковую или более высокую активность (как определено в данном описании) при сравнении с аминокислотной последовательностью без 3, 2 или 1 различия по аминокислотам.
2. Полипептид по п.1, при этом, по меньшей мере, одна аминокислотная последовательность и/или одно или несколько нанотел выбраны из следующего:
a) SEQ ID NO: 140-141 и 154-157;
b) аминокислотные последовательности, которые имеют не более 3, предпочтительно, не более 2, предпочтительнее, не более 1 различия по аминокислотам с одной из SEQ ID NO: 140-141 и 154-157, при условии, что
i) аминокислотная последовательность имеет пролин (Pro, P) в позиции 14, аргинин (Arg, R) в позиции 19, лейцин (Leu, L) в позиции 20 и лейцин (Leu, L) в позиции 108 (указанные позиции определены согласно нумерации по Кабату); и
ii) аминокислотная последовательность связывает белок F hRSV с одинаковой, примерно одинаковой или более высокой аффинностью (указанную аффинность измеряют методом поверхностного плазменного резонанса), и/или аминокислотная последовательность имеет одинаковую, примерно одинаковую или более высокую активность (как определено в данном описании) при сравнении с аминокислотной последовательностью без 3, 2 или 1 различия по аминокислотам.
3. Полипептид по п.1, при этом, по меньшей мере, одна аминокислотная последовательность и/или одно или несколько нанотел выбраны из следующего:
a) SEQ ID NO: 140-141 и 154-157;
b) аминокислотные последовательности, которые имеют не более 3, предпочтительно, не более 2, предпочтительнее, не более 1 различия по аминокислотам с одной из SEQ ID NO: 140-141 и 154-157, при условии, что
i) аминокислотная последовательность имеет пролил (Pro, P) в позиции 14, аргинин (Arg, R) в позиции 19, лейцин (Leu, L) в позиции 20 и лейцин (Leu, L) в позиции 108 и, кроме того, аргинин (Arg, R) в позиции 83, глутаминовую кислоту (Glu, E) в позиции 85 и/или глутамин (GLn, Q) в позиции 105 (указанные позиции определены согласно нумерации по Кабату); и
ii) аминокислотная последовательность связывает белок F hRSV с одинаковой, примерно одинаковой или более высокой аффинностью (указанную аффинность измеряют методом поверхностного плазменного резонанса), и/или аминокислотная последовательность имеет одинаковую, примерно одинаковую или более высокую активность (как определено в данном описании) при сравнении с аминокислотной последовательностью без 3, 2 или 1 различия по аминокислотам.
4. Полипептид по п.1, который включает или, по существу, состоит из, по меньшей мере, одной аминокислотной последовательности и/или нанотела с SEQ ID NO: 5, в которой мутированы один или несколько аминокислотных остатков, выбранных из следующего: Val5Leu, Ala14Pro, Ser19R, Ile20Leu, Glu44Gly, Ala74Ser, Gly78Leu, Ala83Arg, Asp85Glu, Arg105Gln, Gln108Leu и Gly54D, и в которой глутаминовая кислота в позиции 1 заменена на аспарагиновую кислоту.
5. Полипептид по п.1, который включает или, по существу, состоит из, по меньшей мере, одной аминокислотной последовательности и/или нанотела с SEQ ID NO: 5, в которой мутированы следующие аминокислотные остатки:
- Glu1Asp;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu и Gln108Leu;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu и Ala83Arg;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu и Asp85Glu;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu и Arg105Gln;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Ala83Arg и Asp85Glu;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Ala83Arg, Arg105Gln;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Asp85Glu и Arg105Gln; или
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Ala83Arg, Asp85Glu и Arg105Gln.
6. Полипептид по п.1, который представляет собой поливалентный полипептид.
7. Поливалентный полипептид по п.6, который представляет собой двухвалентный или трехвалентный полипептид.
8. Трехвалентный полипептид по п.7, который направлен против и/или специфически связывает белок F hRSV, выбранный из следующих полипептидов:
a) SEQ ID NO: 142-145 и 162-165;
b) полипептиды, которые имеют не более 3, предпочтительно, не более 2, предпочтительнее, не более 1 различия по аминокислотам с одной из SEQ ID NO: 142-145 и 162-165, при условии, что
i) первая аминокислотная последовательность или нанотело, содержащиеся в указанном полипептиде, имеют аспарагиновую кислоту (Asp, D) в позиции 1; и
ii) полипептид связывает белок F hRSV с одинаковой, примерно одинаковой или более высокой аффинностью (указанную аффинность измеряют методом поверхностного плазмонного резонанса), и/или полипептид имеет одинаковую, примерно одинаковую или более высокую активность (как определено в данном описании) при сравнении с полипептидом без 3, 2 или 1 различия по аминокислотам.
9. Трехвалентный полипептид по п.7, который направлен против и/или специфически связывает белок F hRSV, выбранный из следующих полипептидов:
a) SEQ ID NO: 144-145 и 162-165;
b) полипептиды, которые имеют не более 3, предпочтительно, не более 2, предпочтительнее, не более 1 различия по аминокислотам с одной из SEQ ID NO: 144-145 и 162-165, при условии, что
i) аминокислотная последовательность или нанотело, содержащиеся в указанном полипептиде, имеют пролин (Pro, P) в позиции 14, аргинин (Arg, R) в позиции 19, лейцин (Leu, L) в позиции 20 и лейцин (Leu, L) в позиции 108 (указанные позиции определены согласно нумерации по Кабату); и
ii) полипептид связывает белок F hRSV с одинаковой, примерно одинаковой или более высокой аффинностью (указанную аффинность измеряют методом поверхностного плазменного резонанса), и/или полипептид имеет одинаковую, примерно одинаковую или более высокую активность (как определено в данном описании) при сравнении с полипептидом без 3, 2 или 1 различия по аминокислотам.
10. Трехвалентный полипептид по п.7, который направлен против и/или специфически связывает белок F hRSV, выбранный из следующих полипептидов:
a) SEQ ID NO: 144-145 и 162-165;
b) полипептиды, которые имеют не более 3, предпочтительно, не более 2, предпочтительнее, не более 1 различия по аминокислотам с одной из SEQ ID NO: 144-145 и 162-165, при условии, что
i) аминокислотная последовательность или нанотело, содержащиеся в указанном полипептиде, имеют пролин (Pro, P) в позиции 14, аргинин (Arg, R) в позиции 19, лейцин (Leu, L) в позиции 20 и лейцин (Leu, L) в позиции 108, и кроме того, аргинин (Arg, R) в позиции 83, глутаминовую кислоту (Glu, E) в позиции 85 и/или глутамин (GLn, Q) в позиции 105 (указанные позиции определены согласно нумерации по Кабату); и
ii) полипептид связывает белок F hRSV с одинаковой, примерно одинаковой или более высокой аффинностью (указанную аффинность измеряют методом поверхностного плазменного резонанса), и/или полипептид имеет одинаковую, примерно одинаковую или более высокую активность (как определено в данном описании) при сравнении с полипептидом без 3, 2 или 1 различия по аминокислотам.
11. Трехвалентный полипептид по п.7, включающий или, по существу, состоящий из SEQ ID NO: 53, в которой первая глутаминовая кислота заменена на аспарагиновую кислоту и в которой, необязательно, в, по меньшей мере, одном (предпочтительно, в двух, предпочтительнее, во всех трех) нанотеле/нанотелах, которое(ые) образует(ют) часть SEQ ID NO: 53, мутированы один или несколько (например, два, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать или двенадцать) аминокислотных остатков, выбранных из следующих: Val5Leu, Ala14Pro, Ser19R, Ile20Leu, Glu44Gly, Ala74Ser, Gly78Leu, Ala83Arg, Asp85Glu, Arg105Gln, Gln108Leu и Gly54Asp.
12. Трехвалентный полипептид по п.7, включающий или, по существу, состоящий из SEQ ID NO: 53, в которой в, по меньшей мере, одном нанотеле, которое образует часть SEQ ID NO: 53, мутирован(ы) следующий(ие) аминокислотный(ые) остаток(тки):
- Glu1Asp;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu и Gln108Leu;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu и Ala83Arg;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu и Asp85Glu;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu и Arg105Gln;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Ala83Arg и Asp85Glu;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Ala83Arg, Arg105Gln;
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser9Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Asp85Glu и Arg105Gln; или
- Glu1Asp, Ala14Pro, Ser19Arg, Ile20Leu, Gln108Leu, Ala83Arg, Asp85Glu и Arg105Gln.
13. Трехвалентный полипептид по п.7, включающий или, по существу, состоящий из одной из SEQ ID NO: 142-145 и 162-165.
14. Аминокислотная последовательность и/или нанотело, которые направлены против и/или специфически связывают белок F hRSV, как описано в любом из пп.1-13.
15. Моновалентная конструкция, включающая или, по существу, состоящая из одной аминокислотной последовательности и/или одного нанотела по п.14.
16. Применение моновалентной конструкции по п.15 при получении поливалентного полипептида, такого как двухвалентный или трехвалентный полипептид по любому из пп.8-13.
17. Нуклеиновая кислота или нуклеотидная последовательность, которая кодирует полипептид по любому из пп.1-13, аминокислотную последовательность и/или нанотело по п.14 или моновалентную конструкцию по п.15.
18. Применение нуклеиновой кислоты или нуклеотидной последовательности по п.17, которая кодирует моновалентную конструкцию по п.15, для получения генетической конструкции, которая кодирует поливалентный полипептид по любому из п.1-13.
19. Хозяин или клетка-хозяин, которые экспрессируют или которые в подходящих условиях способны экспрессировать полипептид по любому из пп.1-13, аминокислотную последовательность и/или нанотело по п.14 или моновалентную конструкцию по п.15; и/или которые включают нуклеиновую кислоту или нуклеотидную последовательность по п.17.
20. Композиция, включающая полипептид по любому из пп.1-13, по меньшей мере, одну аминокислотную последовательность и/или нанотело по п.14 или моновалентную конструкцию по п.15 или нуклеиновую кислоту или нуклеотидную последовательность по п.17.
21. Композиция по п.20, которая представляет собой фармацевтическую композицию.
22. Фармацевтическая композиция, включающая полипептид по любому из пп.1-13, аминокислотную последовательность и/или нанотело по п.14 или моновалентную конструкцию по п.15 и носитель, подходящий для доставки в легкие.
23. Способ получения полипептида по любому из пп.1-13, аминокислотной последовательности и/или нанотела по п.14 или моновалентной конструкции по п.15 или композиции по любому из пп.20-22, включающий, по меньшей мере, стадии
а) экспрессии в подходящих клетке-хозяине или организме-хозяине или другой подходящей экспрессирующей системе нуклеиновой кислоты или нуклеотидной последовательности по п.17,
или
культивирования и/или поддержания хозяина или клетки-хозяина по п.19 в условиях, которые таковы, что указанные хозяин или клетка-хозяин экспрессируют и/или продуцируют полипептид по любому из пп.1-13, по меньшей мере, одну аминокислотную последовательность и/или нанотело по п.14 или моновалентную конструкцию по п.15 или композицию по любому из пп.20-22,
необязательно, с последующим
b) выделением и/или очисткой полипептида по любому из пп.1-13, аминокислотной последовательности и/или нанотела по п.14 или моновалентной конструкции по п.15, полученных таким образом.
24. Способ получения двухвалентного или трехвалентного полипептида по любому из пп.1-13, включающий, по меньшей мере, стадии соединения двух или более моновалентных аминокислотных последовательностей или моновалентных конструкций по п.15 и, например, одного или нескольких линкеров.
25. Способ предупреждения и/или лечения заражения hRSV, включающий введение субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтически активного количества полипептида по любому из пп.1-13, по меньшей мере, одной аминокислотной последовательности и/или напотела по п.14, или моновалентной конструкции по п.15, и/или композиции по любому из пп.20-22.
26. Способ предупреждения и/или лечения, по меньшей мере, одного заболевания выбранного из респираторного заболевания, инфекции верхних дыхательных путей, инфекции нижних дыхательных путей, бронхиолита (воспаления мелких дыхательных путей в легких), пневмонии, одышки, кашля, (рецидивирующего) стридора и астмы, включающий введение субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтически активного количества полипептида по любому из пп.1-13, по меньшей мере, одной аминокислотной последовательности и/или нанотела по п.14, или моновалентной конструкции по п.15, и/или композиции по любому из пп.20-22.
27. Полипептид по любому из пп.1-13, для предупреждения и/или лечения, по меньшей мере, одного заболевания, выбранного из респираторного заболевания, инфекции верхних дыхательных путей, инфекции нижних дыхательных путей, бронхиолита (воспаления мелких дыхательных путей в легких), пневмонии, одышки, кашля, (рецидивирующего) стридора и астмы
28. Аминокислотная последовательность и/или нанотело по п.14 для предупреждения и/или лечения, по меньшей мере, одного заболевания, выбранного из респираторного заболевания, инфекции верхних дыхательных путей, инфекции нижних дыхательных путей, бронхиолита (воспаления мелких дыхательных путей в легких), пневмонии, одышки, кашля, (рецидивирующего) стридора и астмы
29. Моновалентная конструкция по п.15 для предупреждения и/или лечения, по меньшей мере, одного заболевания, выбранного из респираторного заболевания, инфекции верхних дыхательных путей, инфекции нижних дыхательных путей, бронхиолита (воспаления мелких дыхательных путей в легких), пневмонии, одышки, кашля, (рецидивирующего) стридора и астмы
30. Композиция по любому из пп.20-22 для предупреждения и/или лечения, по меньшей мере, одного заболевания, выбранного из респираторного заболевания, инфекции верхних дыхательных путей, инфекции нижних дыхательных путей, бронхиолита (воспаления мелких дыхательных путей в легких), пневмонии, одышки, кашля, (рецидивирующего) стридора и астмы.
31. Фармацевтическое устройство, подходящее для доставки в легкие полипептида по любому из пп.1-13, аминокислотной последовательности и/или нанотела по п.14, или моновалентной конструкции по п.15, и/или подходящее при применении композиции, включающей их.
32. Фармацевтическое устройство по п.31, которое представляет собой ингалятор для жидкостей (например, суспензии тонких твердых частиц или капель), аэрозоль или ингалятор для сухого порошка, включающее полипептид по любому из пп.1-13 аминокислотную последовательность и/или нанотело по п.14, или моновалентную конструкцию по п.15.