СПОСОБЫ ПОЛУЧЕНИЯ КОМПОЗИЦИЙ ГЕННО-ИНЖЕНЕРНЫХ КЛЕТОК И РОДСТВЕННЫХ КОМПОЗИЦИЙ

1. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей подобные «необученным» CD4+ Т-клетки, со второй композицией клеток, содержащей подобные «необученным» CD8+ T-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно.
2. Способ по п. 1, в котором первую композицию клеток получают путем выделения CD4+ T-клеток из биологического образца, полученного от субъекта, и/или вторую композицию клеток получают путем выделения CD8+ T-клеток из биологического образца, полученного от субъекта.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором до объединения способ включает определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания подобных «необученным» CD4+ Т-клеток в первой композиции и/или количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания подобных «необученным» CD8+ Т-клеток во второй композиции.
4. Способ по п. 2, в котором до объединения способ включает определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания подобных «необученным» CD4+ Т-клеток и/или количества, количества на объем, количество на вес и/или процентного содержания подобных «необученным» CD8+ Т-клеток в биологическом образце от субъекта.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором отношение подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ Т-клеткам в биологическом образце от субъекта.
6. Способ получения композиции клеток, включающий:
определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания подобных «необученным» CD4+ Т-клеток и подобных «необученным» CD8+ Т-клеток в биологическом образце, полученном от субъекта, или в одном или более полученных от него образцов; и
получение входной композиции клеток, содержащей CD4+ T-клетки и CD8+ T-клетки, в которой отношение подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 2,2:1 и 0,8:1, включительно, причем указанное отношение во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
7. Способ по любому из пп. 1-6, дополнительно включающий приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки во входной композиции клеток.
8. Способ получения композиции клеток, включающий:
приведение входной композиции клеток, содержащей подобные «необученным» CD4+ T-клетки и подобные «необученным» CD8+ T-клетки из биологического образца от субъекта, в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции,
причем отношение подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам, присутствующее во входной композиции клеток, находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно.
9. Способ по п. 7 или 8, дополнительно включающий стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферация клеток.
10. Способ получения композиции клеток, включающий
объединение первой композиции клеток, содержащей подобные «необученным» CD4+ T-клетки, со второй композицией клеток, содержащей подобные «необученным» CD8+ T-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение подобных «необученным» CD4+ Т-клеток к подобным «необученным» CD8+ Т-клеткам находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно;
приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции; и
стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферации клеток.
11. Способ по любому из пп. 1-10, в котором подобные «необученным» CD4+ и/или подобные «необученным» CD8+ клетки:
являются поверхностно-позитивными по маркеру, выбранному из группы, состоящей из CD45RA, CD27, CD28 и CCR7; и/или
являются поверхностно-негативными по маркеру, выбранному из группы, состоящей из CD25, CD45RO, CD56, CD62L и KLRG1; и/или
характеризуются низкой экспрессией CD95; и/или
являются негативными по внутриклеточной экспрессии цитокина, выбранного из группы, состоящей из IL-2, IFN-γ, IL-4, IL-10.
12. Способ по любому из по пп. 1-11, в котором подобные «необученным» CD4+ и/или подобные «необученным» CD8+ клетки:
являются поверхностно-позитивными по маркеру активации Т-клеток, выбранному из группы, состоящей из CD45RA, CD27, CD28 и CCR7; и/или
являются поверхностно-негативными по маркеру, выбранному из группы, состоящей из CD45RO, CD56, CD62L и KLRG1; и/или
характеризуются низкой экспрессией CD95.
13. Способ по любому из пп. 1-12, в котором подобные «необученным» CD4+ и/или подобные «необученным» CD8+ клетки являются поверхностно-позитивными по CD45RA и CCR7.
14. Способ по любому из пп. 1-12, в котором подобные «необученным» CD4+ и/или подобные «необученным» CD8+ клетки являются поверхностно-позитивными по CD27 и CCR7.
15. Способ по любому из пп. 1-14, в котором подобные «необученным» CD4+ и подобные «необученным» клетки CD8+ являются поверхностно-позитивными по CD45RA, CD27 и CCR7 и поверхностно-негативными по CD45RO.
16. Способ по любому из пп. 1-12, в котором подобные «необученным» CD4+ и/или подобные «необученным» CD8+ клетки являются поверхностно-позитивными по CCR7 и поверхностно-негативными по CD62L.
17. Способ по любому из пп. 3-16, в котором количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание подобных «необученным» CD4+ Т-клеток и/или количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание подобных «необученным» CD8+ Т-клеток определяется с помощью проточной цитометрии.
18. Способ по любому из пп. 8-17, в котором отношение подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам было отрегулировано по сравнению с отношением подобных «необученным» CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
19. Способ по любому из пп. 1-18, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением подобных «необученным» CD4+ клеток к подобным «необученным» CD8+ клеткам, находящимся между или приблизительно между 0,8:1 и 2,0:1, 0,8:1 и 1,6:1, 0,8:1 и 1,4:1, 0,8:1 и 1,2:1, 1,5:1 и 2:1, 1,6:1 и 1,8:1 или 1,0:1 и 1,2:1, включительно каждое отношение.
20. Способ по любому из пп. 1-19, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением подобных «необученным» CD4+ клеток к подобным «необученным» CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 2:1, 1,9:1, 1,8:1, 1,7:1, 1,69:1, 1,6:1, 1,5:1, 1,4:1, 1,3:1, 1,2:1, 1,1:1 или 1,0:1.
21. Способ по любому из пп. 1-20, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением подобных «необученным» CD4+ клеток к подобным «необученным» CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,1:1.
22. Способ по любому из пп. 1-20, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением подобных «необученным» CD4+ клеток к подобным «необученным» CD8+ клеткам, которые являются поверхностно-позитивными по CD45RA и CCR7, составляющим или приблизительно составляющим 1,1:1.
23. Способ по любому из пп. 1-20, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением подобных «необученным» CD4+ клеток к подобным «необученным» CD8+ клеткам, которые являются поверхностно-позитивными по CD45RA и CD27, составляющим или приблизительно составляющим 1,69:1.
24. Способ по любому из пп. 1-20, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением подобных «необученным» CD4+ клеток к подобным «необученным» CD8+ клеткам, которые являются поверхностно-позитивными по CD27 и CDR7, составляющим или приблизительно составляющим 1,69:1.
25. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клетки, со второй композицией клеток, содержащей CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ Т-клеткам находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно.
26. Способ по п. 25, в котором первую композицию клеток получают путем выделения CD4+ T-клеток из биологического образца, полученного от субъекта, и/или вторую композицию клеток получают путем выделения CD8+ T-клеток из биологического образца, полученного от субъекта.
27. Способ по п. 25 или 26, в котором до объединения способ включает определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток в первой композиции и/или количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеток во второй композиции клеток.
28. Способ по любому из пп. 25-27, в котором до объединения способ включает определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток и/или количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеток в биологическом образце от субъекта.
29. Способ по любому из пп. 25-28, в котором отношение CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ Т-клеткам во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением CCR7+ CD45RA+ CD4+ Т-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ Т-клеткам в биологическом образце от субъекта.
30. Способ получения композиции клеток, включающий:
определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CCR7+ CD45RA+ CD4+ Т-клеток и CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеток в биологическом образце, полученном от субъекта, или в одном или более полученных от него образцов; и
получение входной композиции клеток, содержащей CD4+ T-клетки и CD8+ T-клетки, в которой отношение CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 2,2:1 и 0,8:1, включительно, причем указанное отношение во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
31. Способ по п. 30, дополнительно включающий приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки во входной композиции клеток.
32. Способ получения композиции клеток, включающий:
приведение входной композиции клеток, содержащей CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клетки и CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клетки из биологического образца от субъекта, в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции,
причем отношение CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеткам, присутствующее во входной композиции клеток, находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно.
33. Способ по п. 32, дополнительно включающий стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферация клеток.
34. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клетки, со второй композицией клеток, содержащей CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно;
приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции; и
стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферации клеток.
35. Способ по любому из пп. 25-34, в котором количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток и/или количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеток определяется с помощью проточной цитометрии.
36. Способ по любому из пп. 32-35, в котором отношение CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ Т-клеткам было отрегулировано по сравнению с отношением CCR7+ CD45RA+ CD4+ T-клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
37. Способ по любому из пп. 25-36, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CCR7+ CD45RA+ CD4+ клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ клеткам, находящимся между или приблизительно между 0,8:1 и 2,0:1, 0,8:1 и 1,6:1, 0,8:1 и 1,4:1, 0,8:1 и 1,2:1 или 1,0:1 и 1,2:1, включительно каждое отношение.
38. Способ по любому из пп. 25-37, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CCR7+ CD45RA+ CD4+ клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,5:1, 1,4:1, 1,3:1, 1,2:1, 1,1:1 или 1,0:1.
39. Способ по любому из пп. 25-38, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CCR7+ CD45RA+ CD4+ клеток к CCR7+ CD45RA+ CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,1:1.
40. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей CD27+ CCR7+ CD4+ Т-клетки, со второй композицией клеток, содержащей CD27+ CCR7+ CD8+ Т-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 1,2:1 и 2,4:1, включительно.
41. Способ по п. 40, в котором первую композицию клеток получают путем выделения CD4+ T-клеток из биологического образца, полученного от субъекта, и/или вторую композицию клеток получают путем выделения CD8+ T-клеток из биологического образца, полученного от субъекта.
42. Способ по п. 40 или 41, в котором до объединения способ включает определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток в первой композиции и/или количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CD27+ CCR7+ CD8+ Т-клеток во второй композиции клеток.
43. Способ по любому из пп. 40-42, в котором до объединения способ включает определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток и/или количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеток в биологическом образце от субъекта.
44. Способ по любому из пп. 40-43, в котором отношение CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеткам во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением CD27+ CCR7+ CD4+ Т-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ Т-клеткам в биологическом образце от субъекта.
45. Способ получения композиции клеток, включающий:
определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток и CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеток в биологическом образце, полученном от субъекта, или в одном или более полученных от него образцов; и
получение входной композиции клеток, содержащей CD4+ T-клетки и CD8+ T-клетки, в которой отношение CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 2,2:1 и 0,8:1, включительно, причем указанное отношение во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
46. Способ по любому из пп. 40-45, дополнительно включающий приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки во входной композиции клеток.
47. Способ получения композиции клеток, включающий:
приведение входной композиции клеток, содержащей CD27+ CCR7+ CD4+ T-клетки и CD27+ CCR7+ CD8+ T-клетки из биологического образца от субъекта, в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции,
причем отношение CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеткам, присутствующее во входной композиции клеток, находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно.
48. Способ по п. 47, дополнительно включающий стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферация клеток.
49. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей CD27+ CCR7+ CD4+ T-клетки, со второй композицией клеток, содержащей CD27+ CCR7+ CD8+ T-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 0,8:1 и 2,2:1, включительно;
приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции; и
стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферации клеток.
50. Способ по любому из пп. 40-49, в котором количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток и/или количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеток определяется с помощью проточной цитометрии.
51. Способ по любому из пп. 40-50, в котором отношение CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеткам было отрегулировано по сравнению с отношением CD27+ CCR7+ CD4+ T-клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
52. Способ по любому из пп. 40-51, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CD27+ CCR7+ CD4+ клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ клеткам, находящимся между или приблизительно между 0,8:1 и 2,0:1, 0,8:1 или 1,6:1, 0,8:1 и 1,4:1, 0,8:1 и 1,2:1 или 1,0:1 и 1,2:1, включительно каждое отношение.
53. Способ по любому из пп. 40-52, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CD27+ CCR7+ CD4+ клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,5:1, 1,4:1, 1,3:1, 1,2:1, 1,1:1 или 1,0:1.
54. Способ по любому из пп. 40-53, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CD27+ CCR7+ CD4+ клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,1:1.
55. Способ по любому из пп. 40-53, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CD27+ CCR7+ CD4+ клеток к CD27+ CCR7+ CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,69:1.
56. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей CD62L-CCR7+ CD4+ Т-клетки, со второй композицией клеток, содержащей CD62L-CCR7+ CD8+ Т-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток к CD62L-CCR7+ CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 0,5:1 и 2:1, включительно.
57. Способ получения композиции клеток, включающий:
определение количества, количества на объем, количества на вес и/или процентного содержания CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток и CD62L-CCR7+ CD8+ T-клеток в биологическом образце, полученном от субъекта, или в одном или более полученных от него образцов; и
получение входной композиции клеток, содержащей CD4+ T-клетки и CD8+ T-клетки, в которой отношение CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 0,5:1 и 2:1, включительно, причем указанное отношение во входной композиции клеток регулируется или изменяется по сравнению с отношением CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток к подобным «необученным» CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
58. Способ по п. 56 или 57, дополнительно включающий приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки во входной композиции клеток.
59. Способ получения композиции клеток, включающий:
объединение первой композиции клеток, содержащей CD62L-CCR7+ CD4+ T-клетки, со второй композицией клеток, содержащей CD62L-CCR7+ CD8+ T-клетки, для получения входной композиции клеток, в которой отношение CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток к CD62L-CCR7+ CD8+ T-клеткам находится между или приблизительно между 0,5:1 и 2:1, включительно;
приведение входной композиции клеток в контакт с агентом, включающим молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую рекомбинантный рецептор, в условиях для введения нуклеиновой кислоты, кодирующей рекомбинантный рецептор, в клетки в композиции; и
стимуляцию клеток до, во время и/или после указанного контакта, при этом стимуляция включает инкубацию клеток в присутствии одного или более стимулирующих агентов, причем стимуляция приводит к активации и/или пролиферации клеток.
60. Способ по п. 58 или 59, в котором количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание CD62L- CCR7+ CD4+ Т-клеток и/или количество, количество на объем, количество на вес и/или процентное содержание CD62L-CCR7+ CD8+ Т-клеток определяется с помощью проточной цитометрии.
61. Способ по любому из пп. 57-60, в котором отношение CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток к CD62L-CCR7+ CD8+ T-клеткам было отрегулировано по сравнению с отношением CD62L-CCR7+ CD4+ T-клеток к CD62L- CCR7+ CD8+ T-клеткам в биологическом образце от субъекта.
62. Способ по любому из пп. 57-61, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CD62L-CCR7+ CD4+ клеток к CD62L-CCR7+ CD8+ клеткам, находящимся между или приблизительно между 0,5:1 и 1,5:1, 1:1 и 2:1, 0,75:1 и 1,5:1 или 0,8:1 и 1,2:1, включительно каждое отношение.
63. Способ по любому из пп. 57-62, в котором входная композиция клеток характеризуется отношением CD62L-CCR7+ CD4+ клеток к CD62L-CCR7+ CD8+ клеткам, составляющим или приблизительно составляющим 1,2:1, 1,1:1, 1,0:1, 0,9:1 или 0,8:1.
64. Способ по любому из пп. 2-9, 18-24, 26-33, 35-39, 41-48, 51-54, 57-58 или 61-63, в котором биологический образец представляет собой или получают из образца крови, плазмы или сыворотки.
65. Способ по любому из пп. 2-9, 18-24, 26-33, 35-39, 41-48, 51-54, 57-58 или 61-64, в котором биологический образец представляет собой или включает образец цельной крови, образец лейкоцитарной пленки, образец мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC), образец нефракционированных Т-клеток, образец лимфоцитов, образец лейкоцитов, продукт афереза, или продукт лейкафереза.
66. Способ по любому из пп. 2-9, 18-24, 26-33, 35-39, 41-48, 51-54, 57-58 или 61-65, в котором биологический образец представляет собой или получают из образца для афереза или лейкафереза.
67. Способ по любому из пп. 2-9, 18-24, 26-33, 35-39, 41-48, 51-54, 57-58 или 61-66, в котором субъектом является человек.
7
9
7
9
8
8
8
8
68. Способ по любому из пп. 1-67, в котором входная композиция клеток содержит от или приблизительно от 1×10до 5×10 всех клеток или всех T-клеток, от или приблизительно от 5×10до 1×10 всех клеток или всех T-клеток, от или приблизительно от 1×10 до 5×10 всех клеток или всех T-клеток, или от или приблизительно от 2×10до 5×10 всех клеток или всех T-клеток, или жизнеспособных популяций любых из вышеперечисленных.
8
8
8
8
8
69. Способ по любому из пп. 1-68, в котором входная композиция клеток содержит по крайней мере или по крайней мере приблизительно 1×10, 2×10, 3×10, 4×10 или 5×10 всех клеток или всех T-клеток, или жизнеспособных популяций любых из вышеперечисленных.
70. Способ по любому из пп. 9-24, 33-39, 48-54, 59-69, в котором один или более стимулирующих агентов способен к активации Т-клеток, CD4+ Т-клеток и/или CD8+ Т-клеток; способен к индукции сигнала через TCR комплекс; и/или способен к вызову пролиферации Т-клеток, CD4+ Т-клеток и/или CD8+ Т-клеток.
71. Способ по любому из пп. 9-24, 33-39, 48-54, 59-70, в котором один или более стимулирующих агентов включает первичный агент, который связывается с членом TCR комплекса, который необязательно специфически связывается с CD3.
72. Способ по п. 71, в котором один или более стимулирующих агентов дополнительно включает вторичный агент, который специфически связывается с костимулирующей молекулой Т-клеток.
73. Способ по п. 72, в котором костимулирующая молекула выбрана из группы, состоящей из CD28, CD137 (4-1-BB), OX40 или ICOS.
74. Способ по п. 72 или 73, в котором первичные и вторичные агенты включают антитела, причем, необязательно, один или более стимулирующих агентов предусматривают инкубацию с антителом против CD3 и антителом против CD28.
75. Способ по любому из вариантов осуществления 9-24, 33-39, 48-54, 59-74, в котором один или более стимулирующих агентов присутствуют на поверхности твердой подложки, необязательно шарика.
76. Способ по п. 75, в котором один или более стимулирующих агентов присутствуют на поверхности шарика, и шарик представляет собой парамагнитный шарик.
77. Способ по любому из пп. 9-24, 33-39, 48-54, 59-76, в котором один или более одного стимулирующего агента выбран из группы, состоящей из CD3-связывающих молекул; CD28-связывающих молекул; рекомбинантного IL-2; рекомбинантного IL-15 и рекомбинантного IL-7, вакцины, содержащей антиген, специфически распознаваемый рецептором антигена, и антиидиотипического антитела, которое специфически связывается с рецептором антигена, или их комбинаций.
78. Способ по любому из пп. 9-24, 33-39, 48-54, 59-77, в котором инкубацию проводят в течение от 2 до 15 дней, от 2 до 12 дней, от 2 до 12 дней, от 2 до 8 дней, от 2 до 6 дней, от 2 до 4 дней, от 4 до 12 дней, от 4 до 10 дней, от 4 до 8 дней, от 4 до 6 дней, от 6 до 12 дней, от 6 до 10 дней, от 6 до 8 дней, от 8 до 12 дней, от 8 до 10 дней или от 10 до 12 дней.
79. Способ по любому из пп. 9-24, 33-39, 48-54, 59-78, в котором инкубацию проводят в течение по крайней мере, или приблизительно по крайней мере, или 4 дней, 6 дней, 8 дней, 10 дней или 12 дней.
80. Способ по любому из пп. 7-24, 31-40, 46-55 или 59-79, в котором агент, включающий молекулу нуклеиновой кислоты, представляет собой вирусный вектор или представляет собой транспозон.
81. Способ по п. 80, в котором агент, включающий молекулу нуклеиновой кислоты, представляет собой вирусный вектор, а вирусный вектор представляет собой ретровирусный вектор.
82. Способ по п. 81, в котором вирусный вектор представляет собой лентивирусный вектор или гаммаретровирусный вектор.
83. Способ по любому из вариантов осуществления 7-24, 31-39, 46-54 или 58-82, в котором рекомбинантный рецептор способен связываться с антигеном-мишенью, который связан с клеткой или тканью заболевания, нарушения или состояния, является специфическим для них и/или экспрессируется в них.
84. Способ по п. 83, в котором заболевание, нарушение или состояние представляет собой инфекционное заболевание или расстройство, аутоиммунное заболевание, воспалительное заболевание или опухоль или рак.
85. Способ по п. 83 или 84, в котором антиген-мишень представляет собой опухолевый антиген.
86. Способ по любому из пп. 83-85, в котором антиген-мишень выбран из числа рецептора-сироты 1 типа рецепторных тирозинкиназ (ROR1), антигена созревания В-клеток (BCMA), карбоангидразы 9 (CA9, также известной как CAIX или G250), Her2/neu (рецепторной тирозинкиназы erbB2), CD19, CD20, CD22, мезотелина (MSLN), раково-эмбрионального антигена (CEA) и поверхностного антигена вируса гепатита B, антитела против фолатного рецептора, CD23, CD24, CD30, CD33, CD38, CD44, хондроитинсульфат-протеогликана 4 (CSPG4), EGFR, эпителиального гликопротеина 2 (EPG-2), эпителиального гликопротеина 40 (EPG-40), рецептора-А2 эфрина (EPHa2), Her3 (erb-B3), Her4 (erb-B4), димеров erbB, мутации рецептора эпидермального фактора роста типа III (EGFR vIII), фолат-связывающего белка (FBP), подобного Fc-рецептору рецептора 5 (FCRL5, также известного как гомолог 5 Fc-рецептора или FCRH5), фетального ацетилхолинового рецептора (фетального AchR), ганглиозида GD2, ганглиозида GD3, лейкоцитарного антигена A1 человека (HLA-A1), лейкоцитарного антигена A2 человека (HLA-A2), рецептора-альфа IL-22 (IL-22Ra), рецептора, содержащего домен вставки киназы (kdr), легкой цепи каппа, члена А семейства белков, богатых повторами лейцина 8, (LRRC8A), Lewis Y, молекулы адгезии клеток L1 (L1-CAM), связанного с меланомой антигена А1 (MAGE)-A1, MAGE-A3, MAGE-A6, MAGE-A10, преимущественно экспрессируемого антигена меланомы (PRAME), сурвивина, опухолевого гликопротеина 72 (TAG72), B7-H3, B7-H6, рецептора-альфа 2 IL-13 (IL-13Ra2), высокомолекулярного связанного с меланомой антигена человека (HMW-MAA), CD171, фолатного рецептора-альфа, CD44v7/8, интегрина αvβ6 (интегрина avb6), 8H9, молекулы адгезии нервных клеток (NCAM), рецептора фактора роста эндотелия сосудов (рецепторов VEGF или VEGFR), гликопротеина трофобластов (TPBG, также известного как 5T4), лигандов NKG2D, CD44v6, двойного антигена, антигена рака яичек, цитомегаловируса (CMV) мышей, муцина 1 (MUC1), MUC16, антигена стволовых клеток предстательной железы (PSCA), специфического для предстательной железы мембранного антигена (PSMA), лигандов члена D группы 2 природных киллеров (NKG2D), антигена 1B рака/яичка (CTAG, также известного как NY-ESO-1 и LAGE-2), мелана A (MART-1), гликопротеина 100 (gp100), глипикана-3 (GPC3), сопряженного с G-белком рецептора 5D (GPRC5D), онкофетального антигена, TAG72, родственного тирозиназе белка 1 (TRP1, также известного как TYRP1 или gp75), родственного тирозиназе белка 2 (TRP2, также известного как допахром-таутомераза, допахром-дельта-изомераза или DCT), рецептора 2 фактора роста эндотелия сосудов (VEGF-R2), раково-эмбрионального антигена (CEA), рецептора эстрогена, рецептора прогестерона, специфического для предстательной железы антигена, эфрина B2, CD123, CD133, c-Met, O-ацетилированного GD2 (OGD2), эпитопа CE7 L1-CAM, белка опухоли Вильмса 1 (WT-1), циклина, циклина A2, лиганда 1 хемокина, содержащего мотив C-C (CCL-1), CD138, специфического для патогена антигена или экспрессируемого патогеном антигена и антигена, связанного с универсальной меткой.
87. Способ по любому из пп. 7-24, 31-39, 46-55 и 58-86, в котором рекомбинантный рецептор представляет собой или включает функциональный рецептор антигена, не являющийся TCR, или TCR или его антигенсвязывающий фрагмент.
88. Способ по любому из пп. 7-24, 31-39, 46-55 или 58-86, в котором рекомбинантный рецептор представляет собой химерный рецептор антигена (CAR).
89. Способ по п. 88, в котором химерный рецептор антигена содержит экстраклеточный домен, включающий антигенсвязывающий домен, который специфически связывается с антигеном, и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий ITAM.
90. Способ по п. 89, в котором антигенсвязывающий домен представляет собой или включает антитело или фрагмент антитела, который необязательно является одноцепочечным фрагментом.
91. Способ по п. 89 или 90, в котором внутриклеточный сигнальный домен представляет собой или включает внутриклеточный сигнальный домен цепи CD3, необязательно цепи CD3-дзета (CD3ζ), или ее сигнальную часть.
92. Способ по любому из пп. 89-91, в котором внутриклеточная сигнальная область дополнительно включает костимулирующую сигнальную область.
93. Способ по п. 92, в котором костимулирующая сигнальная область включает внутриклеточный сигнальный домен костимулирующей молекулы Т-клеток или ее сигнальную часть.
94. Способ по п. 92 или 93, в котором костимулирующая сигнальная область включает внутриклеточный сигнальный домен CD28, 4-IBB или ICOS или их сигнальную часть.
95. Способ по любому из пп. 88-93, в котором
CAR включает специфический для антигена scFv, трансмембранный домен, цитоплазматический сигнальный домен, происходящий из костимулирующей молекулы, который необязательно представляет собой или включает сигнальный домен 4-1BB, или цитоплазматический сигнальный домен, происходящий из первичной сигнальной ITAM-содержащей молекулы, который необязательно представляет собой или включает сигнальный домен CD3-дзета, и необязательно дополнительно включает спейсер между трансмембранным доменом и scFv;
CAR включает, по порядку, специфический для антигена scFv, трансмембранный домен, цитоплазматический сигнальный домен, происходящий из костимулирующей молекулы, который необязательно представляет собой или включает сигнальный домен 4-IBB, и цитоплазматический сигнальный домен, происходящий из первичной сигнальной ITAM-содержащей молекулы, который необязательно является сигнальным доменом CD3-дзета; или
CAR включает, по порядку, специфический для антигена scFv, спейсер, трансмембранный домен, цитоплазматический сигнальный домен, происходящий из костимулирующей молекулы, который необязательно является сигнальным доменом 4-1BB, и цитоплазматический сигнальный домен, происходящий из первичной сигнальной ITAM-содержащей молекулы, который необязательно представляет собой или включает сигнальный домен CD3-дзета.
96. Способ по любому из пп. 2-9, 11-24, 26-33, 35-39, 41-48, 51-55, 57-58 и 61-95, в котором у субъекта имеется заболевание или состояние, причем необязательно рекомбинантный рецептор специфически распознает или специфически связывается с антигеном, связанным с заболеванием или состоянием или экспрессируемым или присутствующим на клетках заболевания или состояния.
97. Способ по любому из пп. 1-96, который дает выходную композицию, в которой отношение экспрессирующих рекомбинантный рецептор CD4+ Т-клеток к экспрессирующим рекомбинантный рецептор CD8+ Т-клеткам, необязательно отношение их жизнеспособных клеток, отличается не более чем на 20%, или не более чем на 10%, или не более чем на 5% от среднего значения указанного отношения во множестве композиций Т-клеток, полученных этим способом, и/или отличается от такого среднего значения не более чем на одно среднеквадратичное отклонение.
98. Способ по любому из пп. 1-97, который дает выходную композицию, в которой отношение экспрессирующих рекомбинантный рецептор CD4+ Т-клеток к экспрессирующим рекомбинантный рецептор CD8+ Т-клеткам, необязательно отношение их жизнеспособных клеток, находится между или приблизительно между 0,5:1 и 2:1, или 0,8:1 и 1,6:1, или 1:1 и 1,5:1, включительно каждое отношение.
99. Способ по п. 97 или 98, в котором отношение экспрессирующих рекомбинантный рецептор CD4+ Т-клеток к экспрессирующим рекомбинантный рецептор CD8+ Т-клеткам, необязательно отношение их жизнеспособных клеток, в выходной композиции составляет или приблизительно составляет 1,2:1, 1,1:1, 1:1, 0,9:1 или 0,8:1.
100. Способ по любому из пп. 97-99, в котором отношение экспрессирующих рекомбинантный рецептор CD4+ T-клеток к экспрессирующим рекомбинантный рецептор CD8+ T-клеткам, необязательно отношение их жизнеспособных клеток, в выходной композиции составляет или приблизительно составляет 1:1.
101. Выходная композиция, полученная способом по любому из пп. 1-100.
102. Фармацевтическая композиция, содержащая выходную композицию по п. 101.
103. Фармацевтическая композиция по п. 102, дополнительно содержащая фармацевтический носитель.
104. Способ лечения, включающий введение являющемуся млекопитающим субъекту выходной композиции, полученной способом по любому из пп. 1-100, или фармацевтической композиции по п. 102 или 103.
105. Способ по п. 104, в котором клетки получены от субъекта, которому эти клетки вводят.