СПОСОБЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПОР

1. Способ идентификации отдельного нуклетотида, включающий:
(а) контактирование нуклеотида с трансмембранной белковой порой, обеспечивающее взаимодействие нуклеотида с порой, и
(b) измерение тока, проходящего через пору во время взаимодействия, и идентификацию таким образом нуклеотида.
2. Способ по п.1, в котором взаимодействие включает обратимое связывание нуклеотида с каналом поры.
3. Способ по п.1, в котором пора представляет собой α-гемолизин, последовательность которого приведена в SEQ ID NO: 2, или его вариант.
7
4. Способ по п.3, в котором вариант представляет собой (M113R).
5. Способ по п.1, в котором пора содержит молекулярный адаптер, облегчающий взаимодействие нуклеотида с порой.
7
6. Способ по п.5, в котором молекулярный адаптер представляет собой гептакис-6-амино-β-циклодекстрин (am-β-CD).
7. Способ по п.1, в котором отдельный нуклеотид представляет собой монофосфат, дифосфат или трифосфат.
8. Способ по п.1, в котором отдельный нуклеотид представляет собой рибонуклеотид.
9. Способ по п.8, включающий перед стадией (a) расщепление последовательности рибонуклеиновой кислоты (РНК) для получения отдельного нуклеотида.
10. Способ по п.1, в котором отдельный нуклеотид представляет собой дезоксирибонуклеотид.
11. Способ по п.10, дополнительно включающий перед стадией (a) расщепление последовательности дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) для получения отдельных нуклеотидов.
12. Способ по п.9, в котором несколько отдельных нуклеотидов из последовательности РНК или ДНК последовательно контактируют с порой таким образом, что может быть идентифицирована вся или часть последовательности.
13. Применение поры для идентификации отдельного нуклеотида.
14. Способ секвенирования последовательности нуклеиновой кислоты-мишени, включающий:
(a) ферментативное отщепление отдельного нуклеотида от одного конца последовательности-мишени с помощью процессивной экзонуклеазы;
(b) контактирование нуклеотида с трансмембранной белковой порой, обеспечивающее взаимодействие нуклеотида с порой;
(c) измерение тока, проходящего через пору во время взаимодействия, и идентификацию таким образом нуклеотида;
(d) повторение стадий (а)-(с) для того же конца последовательности нуклеиновой кислоты и определение таким образом последовательности нуклеиновой кислоты.
15. Набор для секвенирования нуклеиновой кислоты, включающий
циклодекстрин и
процессивную экзонуклеазу.
16. Набор по п.15, дополнительно включающий трансмембранную белковую пору.