Генeтическое разнообразие штаммов Coxiella burnetii, циркулирующих на территории России и сопредельных государств

Материалы X съезда ВНПОЭМП, Москва, 12-13 апреля 2012 г.

Инфекция и иммунитет

научно-исследовательского института позволило расшифровать причины и этиологию крупной вспышки ПТИ.

АЛГОРИТМ И РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ МАТЕРИАЛОВ ИЗ ОЧАГОВ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ В КРАСНОЯРСКОМ КРАЕ

Т.С. Остапова, Е.Е. Якименко, Л.С. Гурьева, Н.Ю. Панкова, Е.В. Василенко, И.Г. Попова

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Красноярском крае», г. Красноярск

Изменение свойств микроорганизмов в условиях антропогенной трансформации внешней среды сопровождается нарастанием патогенного потенциала некоторых видов микроорганизмов, появлением новых или эволюционно измененных возбудителей заболеваний. Это диктует необходимость совершенствования методов экспресс-индикации возбудителей и разработки новых методических подходов с использованием высокоспецифичных комбинированных схем бактериологического и молекулярно-генетического анализа. Вспышки острых кишечных инфекций представляют собой одну из наиболее острых проблем, с которыми приходится сталкиваться лабораториям в рутинной практике. На современном этапе в заболеваемости возрастает роль вирусных агентов. По данным литературы наиболее часто вызывающими вспышки патогенами являются норовирусы 2-го генотипа и ротавирусы. В соответствии с МУК 4.2.2746-10, использование метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) является обязательным. При этом минимальный спектр исследований материала от пострадавших при вспышках должен включать детекцию: норовирусов 2 генотипа, ротавирусов группы А, бактерий рода Shigella и энтероинвазивных E. coli (EIEC), бактерий рода Salmonella, термофильной группы бактерий рода Campylobacter. Параллельно применяются классические бактериологические методы выделения бактериальных возбудителей.

В 2010 г. в Красноярском крае отмечался рост кишечных инфекций, в том числе вирусной этиологии. От больных и контактных из очагов острых кишечных инфекций нами было исследовано 1827 проб фекалий. Установлено, что в структуре ПЦР на возбудителей острых кишечных инфекций преобладали исследования на норовирусы 2-го генотипа (40,3%), при этом в 26,2% была обнаружена РНК возбудителя. Количество положительных проб увеличилось в сравнении с 2009 годом на 3,9%, с 2008 годом — в 2,8 раза. Кодоминируют с норовирусами 2-го генотипа — ротавирусы, доля которых в ПЦР — 29,7%, при этом в 15,9% проб была обнаружена РНК ротавирусов. Ротавирусная инфекция поражает все возрастные группы населения, но преимущественно детей и характеризуется выраженной сезонностью и высокой контагиозностью. Продолжали оставаться единичными находки РНК астровиру-сов, из 202 исследований в 0,99%. Использование метода ПЦР позволило сократить количество случаев острых кишечных инфекций неустановленной этиологии.

Таким образом, следует отметить преимущество норовирусов 2-го генотипа и ротавирусов в формировании заболеваемости острыми кишечными инфекциями в Красноярском крае.

МИКРОБНЫЙ ПЕЙЗАЖ ИЕРСИНИЙ, ИЗОЛИРОВАННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ ЛЕНИНГРАДСКОЙ ВОЕННО-МОРСКОЙ БАЗЫ

A.Л. Панин1, В.Б. Сбойчаков1, Г.Я. Ценева2,

B.Н. Болехан1, М.Г. Муравьева1, С.В. Борисенко1

'ФГБВОУ ВПО «Военно-медицинская академия

им. С.М. Кирова» МО РФ, Санкт-Петербург;

2ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера,

Санкт-Петербург

Для характеристики иерсиний, выделенных в зоне ответственности санитарно-эпидемиологического учреждения Ленинградской военно-морской базы, рассмотрены два периода работы лабораторий — с 1979 по 2001 гг. (отдел особо опасных инфекций) и с 2003 по 2010 гг. (отделение лабораторного контроля). В первом периоде иерсинии изолировали из клинического и полевого материала, а также из объектов окружающей среды. Во втором периоде (в связи с реорганизацией отдела особо опасных инфекций в отделение лабораторного контроля) — только из объектов окружающей среды (преимущественно из смывов с овощей, продовольственной тары и мест их хранения).

В первом периоде изолировано 1365 культур иерсиний. Из них — 323 (23,7%) — Yersinia pseudotuberculosis; 784 (57,4%) — Y. enterocolitica; 21 (1,5%) — Y. intermedia; 181 (13,3%) — Y. kristensenii и 56 (4,1%) — Y. frederiksenii. Из клинического/ полевого материала/объектов окружающей среды получено соответственно 340/83/942 штаммов: Y. pseudotuberculosis — 292 (85,8%)/1 (1,2%)/30 (3,2%); Y. enterocolitica — 41 (12,1%)/53 (63,9%)/690 (73,3%); Y. intermedia — 1 (0,3%)/3 (3,6%)/17 (1,8%); Y. kristensenii — 4 (1,2%)/20 (24,1%)/157 (16,7%) и Y. frederiksenii — 2 (0,6%)/6 (7,2%)/48 (5,1%).

Во втором периоде изолировано 142 культуры, которые представлены следующими видами: 1 (0,7%) — Y. pseudotuberculosis; 84 (59,2%) — Y. enterocolitica; 6 (4,2%) — Y. intermedia; 39 (27,5%) — Y. kristensenii и 12 (8,5%) — Y. frederiksenii.

По результатам мониторингового наблюдения за пейзажем иерсиний можно сделать вывод о снижении доли возбудителя псевдотуберкулеза в общей структуре изолированных иерсиний на территории проводимых исследований и увеличении количества условно патогенных иерсиний. Так, если за первые 5 лет наблюдения выделенные Y. pseudotuberculosis из клинического материала составили 79% от всех видов иерсиний, то в последующие годы их находки стали единичными. С середины 80-х годов среди выделяемых культур иерсиний доминирует Y. еnterocolitica. Чаще выделяются представители других видов условно патогенных микроорганизмов — Y. intermedia, Y. kristensenii, Y. frederiksenii (в том числе от больных).

ГЕНEТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ШТАММОВ COXIELLA BURNETII, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ И СОПРЕДЕЛЬНЫХ ГОСУДАРСТВ

Ю.А. Панферова, Н.К. Токаревич

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург

Важность проблемы Ку-лихорадки определяется наличием большого числа природных и хозяйственных очагов этой инфекции на территории РФ

2012, Т. 2, № 1-2

Современное лабораторное обеспечение.

и сопредельных стран. Оперативное расследование вспышек заболевания для выявления источника инфекции и путей передачи возбудителя затруднительно без комплекса молекулярно-биологических методов, способных быстро и четко дифференцировать различные штаммы. Целью данного исследования являлось изучение генотипирование штаммов представительной коллекции коксиелл с помощью мультилокусного анализа VNTR (тандемных повторов варьирующей копийности).

Исследовано 14 штаммов из коллекции ФБУН НИИ Эпидемиологии и Микробиологии имени Пастера. Для VNTR-анализа были выбрано 6 локусов вариабельных тандемных повторов. В результате кластерного анализа 6 полученных генотипов были разделены на 2 кластера. Отмечено сходство генотипов российских штаммов (шесть из семи штаммов) с западноевропейским референс-штаммом (Henzerling), штаммом, выделенным на территории Монголии, и вакцинным штаммом М44. Указанные штаммы вошли в состав первого геномного кластера. В то же время, три штамма, выделенные на территории республик Средней Азии (Казахстан, Узбекистан), представляли три разных генотипа в составе двух кластеров. Из них один штамм (Казахстанский-4) относился к первому кластеру, объединяющему российские и западноевропейский штаммы, два штамма — к генетически дистанцированному второму кластеру. Второй кластер включает также единственный российский штамм (Ленинградский-2), выделенный в ходе вспышки Ку-лихорадки на текстильном предприятии, которая, по данным эпидемиологического анализа, имела завозной характер.

Согласно результатам VNTR-анализа, популяция C. burnetii, циркулирующая на территории России, представляет генетически мономорфную группу. В республиках Средней Азии выявлена генетическая гетерогенность популяции патогена, связанная с циркуляцией нескольких генотипов, в том числе сильно дистанцированных. В целом, для аллельных вариантов тандемных повторов характерна географическая привязанность. При высокой дискриминационной способности VNTR-анализа возможно выявление штаммов, проникших из удаленных регионов, что является важным аспектом молекулярно-эпидемиологического анализа.

ВЛИЯНИЕ ТРОФИЧЕСКОГО СТРЕССА НА ЖИЗНЕСПОСОБНОСТЬ БАКТЕРИЙ

Ю.Д. Пахомов, Л.П. Блинкова, М.Л. Альтшулер, О.В. Никифорова

ФГБУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова РАМН, Москва

Некультивируемые формы бактерий образуются под действием неблагоприятных факторов окружающей среды. Актуальность изучения условий формирования и реактивации некультивируемых форм связана с необходимостью выявления источников инфекции в природе, возбудителей в клиническом материале, с оценкой микробной загрязненности воды, воздуха, пищевых продуктов и определением жизнеспособности клеток после анабиоза в вакцинных, пробиотических и других биопрепаратах. Цель работы — изучение жизнеспособности микроорганизмов при длительной инкубации в трофически скудной среде обитания. В опытах использованы штаммы Klebsiella pneumoniae 1954, Proteus vulgaris

HX 19222, Enterobacter aerogenes ГИСК 418, Alcaligenes faecalis 415, E. coli M17, E. coli (col IE1). Суточные культуры, выращенные при 37°C на питательном бульоне, пересевали на солевую среду с 0,1 г/л дрожжевого экстракта, использованную ранее для образования форм покоя у Azospirillum (Mulyukin A.L. et al., 2000). Через 24 час. культивирования бактерии переносили в ту же среду с 5-кратно сниженным источником азота и инкубировали в течение 1 года в условиях комнатной температуры. Общую численность бактерий определяли в камере Горяева, жизнеспособность вегетирующих клеток — по количеству коло-ниеобразующих единиц (КОЕ/мл). Тотальное число жизнеспособных клеток, включая некультивируе-мые, подсчитывали в люминесцентном микроскопе после окраски проб набором красителей Live/Dead. Количество некультивируемых клеток, неспособных формировать колонии на традиционных средах, оценивали, сопоставляя результаты. Аналогично определяли показатели для E. coli M17 и (colIE1), инкубированных в течение 10 месяцев в искусственной морской воде при +4°C. Максимум КОЕ/мл (в зависимости от вида) на солевой среде был 107—109 (исходный уровень 105—107). Изменение количества микроорганизмов характеризовалось сукцессионной сменой популяций, выражавшейся в чередующихся периодах отмирания большей части клеток и роста. Через 1 год инкубации в солевой среде жизнеспособность клеток всех видов составила 103—106 КОЕ/ мл. Наибольшую выживаемость (около 99%) имели E. aerogenes и P. vulgaris. Количество жизнеспособных клеток K. pneumoniae и A. faecalis составляло 66,4 и 68,6%, соответственно. Общее число жизнеспособных клеток E. coli в искусственной морской среде через 10 мес. составило 64,6% для колициногенной культуры E. coli (colIE1) и 89,1% для пробиотического штамма E. coli M17. Возможно, спонтанный синтез колицина снижал число клеток продуцента. Таким образом, при инкубации бактерий в течение 1 года в среде с низким содержанием азота или в морской воде через 10 мес. процент живых клеток, не всегда способных формировать колонии на традиционных средах, оставался достаточно высоким.

ФЕНОМЕН МИКРОБНОГО РАСПОЗНАВАНИЯ «СВОЙ-ЧУЖОЙ» В МИКРОСИМБИОЦЕНОЗЕ ЧЕЛОВЕКА

Н.Б. Перунова

Федеральное государственное учреждение науки Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза Уральского отделения Российской академии наук, г. Оренбург

Микросимбиоценоз, являясь одним из векторов ассоциативного симбиоза человека, представляет собой открытую единую саморегулирующуюся систему, представляющую совокупность популяций микроорганизмов различных (автохтонных и аллох-тонных) видов, находящихся в сложных взаимосвязях, исход которых определяет гомеостаз хозяина (Бухарин О.В., 2011). Формирование микросимбио-ценоза обусловлено наличием системообразующего фактора, который, как показано ранее, определяется универсальными физиологическими функциями микросимбионтов: рост/размножение и персистен-ция (Бухарин О.В., Перунова Н.Б., 2010).

Изучение механизмов функционирования ми-кросимбиоценоза под контролем его системообразующего фактора, позволило выявить феномен