АЛГОРИТМЫ ПРЕДСКАЗАНИЯ ИСХОДА У ПАЦИЕНТОВ С УЗЛОВОЙ ФОРМОЙ РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ ПОСЛЕ ХИМИОТЕРАПИИ

1. Способ предсказания исхода у пациента, страдающего от рака, причем указанный пациент был ранее диагностирован как имеющий узловую форму, при этом указанный способ содержит:
(a) определение в биологическом образце, полученном от указанного пациента, уровня экспрессии множества генов, выбранных из группы, состоящей из ACTG1, СА12, CALM2, CCND1, СНРТ1, CLEC2B, CTSB, CXCL13, DCN, DHRS2, EIF4B, ERBB2, ESR1, FBX028, GABRP, GAPDH, H2AFZ, IGFBP3, IGHG1, IGKC, KCTD3, KIAA0101, KRT17, MLPH, ММР1, NAT1, NEK2, NR2F2, OAZ1, PCNA, PDLIM5, PGR, PPIA, PRC1, RACGAP1, RPL37A, 30Х4, ТОР2А, UBE2C и VEGF; АВСВ1, ABCG2, ADAM15, AKR1C1, AKR1C3, АКТ1, BANF1, BCL2, BIRC5, BRMS1, CASP10, CCNE2, CENPJ, СНРТ1, EGFR, CTTN, ERBB3, ERBB4, FBLN1, FIP1L1, FLT1, FLT4, FNTA, GATA3, GSTP1, Herstatin, IGF1R, IGHM, KDR, KIT, CKRT5, SLC3 9А6, MAPK3, МАРТ, МК167, ММР7, МТА1, FRAP1, MUC1, MYC, NCOA3, NFIB, OLFM1, ТР53, PCNA, PI3K, PPERLD1, RAB31, RAD54B, RAF1, SCUBE2, STAU, TINF2, TMSL8, VGLL1, TRA@, TUBA1, TUBB, TUBB2A;
(b) определение на основе уровня экспрессии множества генов, определенных на стадии (а), показателя степени риска для каждого гена; и
(c) математическое объединение указанных показателей степени риска для получения объединенного показателя, где указанный объединенный показатель характеризует исход для указанного пациента.
2. Способ по п.1, в котором упомянутый объединенный показатель указывает на пользу лечения указанного пациента таксанами.
3. Способ по п.1 или 2, в котором для указанного объединенного показателя определяют одно, два или более пороговых значений и разделяют на группы высокой и низкой степени риска, группы высокой, промежуточной и низкой степени риска, или большее количество групп риска, используя пороговое значение для объединенного показателя.
4. Способ по п.1 или 2 дополнительно содержащий стадию математического объединения указанного объединенного показателя степени риска, полученного на стадии (с), с уровнем экспрессии по меньшей мере одного из генов, определенных на стадии (а), при этом результат объединения указывает на пользу от лечения указанного пациента таксанами.
5. Способ по п.1 или 2, в котором определяют уровень экспрессии множества генов, выбранных из группы, состоящей из CALM2, СНРТ1, CXCL13, ESR1, IGKC, MLPH, MMP1, PGR, PPIA, RACGAP1, RPL37A, ТОР2А и UBE2C.
6. Способ по п.1 или 2, котором указанное предсказание исхода представляет собой определение степени риска развития рецидива рака у указанного пациента в течение 5-10 лет или степени риска развития отдаленного метастаза в тот же период времени, или предсказания смерти или смерти после развития рецидива в течение 5-10 лет после хирургического удаления опухоли.
7. Способ по п.1 или 2, котором указанное предсказание исхода представляет собой классификацию указанного пациента в один из трех отдельных классов, где указанные классы соответствуют классу с "высокой степенью риска", классу с "промежуточной степенью риска" и классу с "низкой степенью риска".
8. Способ по п.1 или 2, в котором упомянутый рак представляет собой рак молочной железы.
9. Способ по п.1 или 2, в котором указанное определение уровней экспрессии происходит в фиксированном формалином, залитом парафином образце или в свежезамороженном образце.
10. Способ по п.1 или 2, включающий дополнительные стадии:
(d) классификации указанного образца в одну из по меньшей мере двух клинических категорий согласно клиническим данным, полученным от указанного пациента и/или указанного образца, где каждая категория назначается для по меньшей мере одного из указанных генов стадии (а); и
(e) определение для каждой клинической категории показателя степени риска;
где указанный объединенный показатель получают, математическим объединением указанных показателей степени риска для каждого пациента.
11. Способ по п.10, в котором указанные клинические данные содержат по меньшей мере уровень экспрессии одного гена.
12. Способ по п.11, в котором указанный уровень экспрессии гена представляет собой уровень экспрессии гена по меньшей мере одного из генов стадии (а).
13. Способ по п.10, в котором стадия (d), содержит применение дерева принятия решений.
14. Способ по п.10, в котором пациент ранее получал хирургическое лечение и лечение цитостатической химиотерапией.
15. Способ по п.14, в котором цитостатическая химиотерапия содержит введение таксанового соединения или соединения, полученного из таксана.