СПОСОБ ПРЕДСКАЗАНИЯ РЕЦИДИВА РАКА ЖЕЛУДКА

1. Способ предсказания рецидива рака желудка, включающий:
стадию получения меченых фрагментов маркерных генов посредством амплификации и мечения по меньшей мере частичного домена маркерных генов, являющихся специфическими для клеток рака желудка, содержащихся в образце для рака желудка, посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР);
стадию гибридизации зондов для детекции маркерных генов с мечеными фрагментами маркерных генов посредством приведения меченых фрагментов маркерных генов в контакт с носителем, на котором по меньшей мере один из зондов для детекции маркерных генов, детектирующих маркерные гены, и зонд растительного происхождения для отрицательного контроля иммобилизованы соответственно в предопределенных положениях;
стадию измерения количества меченных фрагментов маркерных генов в положениях, где иммобилизованы зонды для детекции маркерных генов, и в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля, после стадии гибридизации; и
стадию определения того, что образец для рака желудка является положительным, когда количество меченых фрагментов, измеренное в положениях, где иммобилизованы зонды для детекции маркерных генов, превышает первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, в котором иммобилизован зонд для отрицательного контроля,
где на стадии определения того, что образец для рака желудка является положительным, положительность образца для рака желудка определяют посредством использования маркерных генов, состоящих из 5 видов маркерных генов, включая CEA, TFF1, FABP1, CK20 и MUC2.
2. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 1,
где зонд для отрицательного контроля представляет собой цепь ДНК, происходящую из Arabidopsis thaliana, и представляет собой зонд для детекции гена Arabidopsis thaliana, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 1.
3. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 1 или 2,
где на носителе зонд для детекции CEA, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 2, зонд для детекции TFF1, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 3, зонд для детекции FABP1, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 4, зонд для детекции CK20, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 5, и зонд для детекции MUC2, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 6, иммобилизованы соответственно в предопределенных положениях в качестве зондов для детекции маркерных генов, и
на стадии получения меченых фрагментов маркерных генов, по меньшей мере частичные домены маркерных генов, содержащихся в образце для рака желудка, амплифицируют посредством полимеразной цепной реакции, с использованием праймеров для амплификации CEA, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 10 и 11, праймеров для амплификации TFF1, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 12 и 13, праймеров для амплификации FABP1, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 14 и 15, праймеров для амплификации CK20, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 16 и 17, и праймеров для амплификации MUC2, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 18 и 19.
4. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 3,
где на стадии определения того, что образец для рака желудка является положительным, среди количеств меченых фрагментов, измеренных в каждом из положения, где иммобилизован зонд для детекции CEA, положения, где иммобилизован зонд для детекции TFF1, положения, где иммобилизован зонд для детекции FABP1, положения, где иммобилизован зонд для детекции CK20, и положения, где иммобилизован зонд для детекции MUC2, когда количество меченых фрагментов, измеренное по меньшей мере в одном из положений, превышает первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля, определяют, что образец для рака желудка является положительным, и
когда количество меченых фрагментов, измеренное по меньшей мере в одном из положений, превышает первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля, определяют, что образец для рака желудка является положительным, и когда количество меченых фрагментов, измеренное по меньшей мере в одном из положений, превышает второй порог, меньший, чем первый порог, и является более низким, чем первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля, определяют, что образец для рака желудка является квазиположительным.
5. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 3,
где на стадии определения того, что образец для рака желудка является положительным, среди количеств меченых фрагментов, измеренных в каждом из положения, где иммобилизован зонд для детекции CEA, положения, где иммобилизован зонд для детекции TFF1, положения, где иммобилизован зонд для детекции FABP1, положения, где иммобилизован зонд для детекции CK20, и положения, где иммобилизован зонд для детекции MUC2, когда количество меченых фрагментов, измеренное по меньшей мере в одном из положений, превышает первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, в котором иммобилизован зонд для отрицательного контроля, определяют, что образец для рака желудка является положительным,
когда количество меченых фрагментов, измеренное по меньшей мере в одном из положений, превышает первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, в котором иммобилизован зонд для отрицательного контроля, или когда количество меченых фрагментов, измеренное по меньшей мере в двух из положений, превышает второй порог, меньший, чем первый порог, и является более низким, чем первый порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, в котором иммобилизован зонд для отрицательного контроля, определяют, что образец для рака желудка является положительным, и
когда количество меченых фрагментов, измеренное в одном из положений, превышает второй порог, основанный на количестве меченых фрагментов, измеренном в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля, и количество меченых фрагментов, измеренное в других положениях, является более низким, чем второй порог, определяют, что образец для рака желудка является слабо положительным.
6. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 1,
где на стадии получения меченых фрагментов маркерных генов, посредством амплификации по меньшей мере частичных доменов маркерных генов и одновременной амплификации по меньшей мере частичного домена происходящей из микроорганизма цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля посредством полимеразной цепной реакции, получают меченые фрагменты маркерных генов и меченые фрагменты цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля,
на стадии гибридизации, посредством приведения смеси, дополнительно содержащей меченые фрагменты цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля, в контакт с носителем, на котором дополнительно иммобилизован зонд для положительного контроля, комплементарно связывающий меченые фрагменты цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля, зонд для положительного контроля гибридизуют с мечеными фрагментами цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля, и
на стадии измерения количества меченых фрагментов, на основании количества меченых фрагментов, измеренного в положении, где иммобилизован зонд для положительного контроля, количество меченых фрагментов измеряют в каждом из положений, где иммобилизованы зонды для детекции маркерных генов, и положения, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля.
7. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 6,
где цепь нуклеиновой кислоты для положительного контроля представляет собой цепь ДНК λ,
зонд для положительного контроля представляет собой зонд для детекции цепи ДНК λ, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 9, и
на стадии получения меченых фрагментов маркерных генов, по меньшей мере частичные домены маркерных генов и по меньшей мере частичный домен цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля амплифицируют посредством полимеразной цепной реакции с использованием праймеров для амплификации ДНК λ, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 24 и 25.
8. Способ предсказания рецидива рака желудка по п. 1,
где на стадии получения меченых фрагментов маркерных генов, получают меченые фрагменты маркерных генов, меченные с помощью флуоресценции, и
на стадии измерения количества меченых фрагментов, интенсивность флуоресценции измеряют в каждом из положений, где иммобилизованы зонды для детекции маркерных генов, и в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля.
9. Набор для предсказания рецидива рака желудка, где набор включает:
носитель, на котором по меньшей мере один из зондов для детекции маркерных генов, детектирующих маркерные гены, специфические для клеток рака желудка, и зонд для отрицательного контроля иммобилизованы соответственно в предопределенных положениях,
где маркерные гены представляют собой 5 видов маркерных генов, состоящих из CEA, TFF1, FABP1, СК20 и MUC2, и
для предсказания рецидива рака желудка, по меньшей мере частичные домены маркерных генов, содержащихся в образце для рака желудка, амплифицируют и метят посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР); полученные меченые фрагменты маркерных генов гибридизуют с зондами для детекции маркерных генов; после гибридизации, количество меченых фрагментов маркерных генов измеряют в положениях, где иммобилизованы зонды для детекции маркерных генов, и в положении, где иммобилизован зонд для отрицательного контроля; и на основании количества меченых фрагментов маркерных генов, измеренного в положении, в котором иммобилизован зонд для отрицательного контроля, когда количество меченых фрагментов маркерных генов, измеренное в положениях, где иммобилизованы зонды для детекции маркерных генов, превышает первый порог, определяют, что образец для рака желудка является положительным.
10. Набор для предсказания рецидива рака желудка по п. 9,
где зонд для отрицательного контроля представляет собой цепь ДНК, происходящую из Arabidopsis thaliana, и представляет собой зонд для детекции гена Arabidopsis thaliana, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 1.
11. Набор для предсказания рецидива рака желудка по п. 9, дополнительно содержащий:
набор праймеров для амплификации CEA, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 10 и 11, набор праймеров для амплификации TFF1, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 12 и 13, набор праймеров для амплификации FABP1, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 14 и 15, набор праймеров для амплификации CK20, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 16 и 17, и набор праймеров для амплификации MUC2, обладающих последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 18 и 19, в качестве наборов праймеров для амплификации частичных доменов маркерных генов,
где на носителе, зонд для детекции CEA, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 2, зонд для детекции TFF1, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 3, зонд для детекции FABP1, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 4, зонд для детекции CK20, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 5, и зонд для детекции MUC2, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 6, иммобилизованы соответственно в предопределенных положениях в качестве зондов для детекции маркерных генов.
12. Набор для предсказания рецидива рака желудка по п. 11, дополнительно содержащий:
цепь нуклеиновой кислоты для положительного контроля, обладающую последовательностью генов, происходящих из микроорганизма; и
набор праймеров для амплификации цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля, амплифицирующих по меньшей мере частичный домен цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля,
где на носителе зонд для положительного контроля иммобилизован в предопределенном положении, и
зонд для положительного контроля комплементарно связывает по меньшей мере частичный домен цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля, амплифицированный посредством набора праймеров для амплификации цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля.
13. Набор для предсказания рецидива рака желудка по п. 12,
где цепь нуклеиновой кислоты для положительного контроля представляет собой цепь ДНК λ,
зонд для положительного контроля представляет собой зонд для детекции цепи ДНК λ, обладающий последовательностью оснований, представленной SEQ ID NO: 9, и
набор праймеров для амплификации цепи нуклеиновой кислоты для положительного контроля представляет собой праймеры для амплификации цепи ДНК λ, обладающие последовательностями оснований, представленными SEQ ID NO: 24 и 25.