КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ХОЛЕСТАТИЧЕСКОГО ЗАБОЛЕВАНИЯ

1. Состав, содержащий множество жизнеспособных бактерий, причем состав содержит по меньшей мере одну бактериальную ОТЕ или вид, который может проявлять активность гидролазы в отношении первичной желчной кислоты или соли желчной кислоты, и фармацевтически приемлемый наполнитель.
2.  Состав по п.1, отличающийся тем, что последовательность 16S рДНК или ее фрагмент ОТЕ или вида по меньшей мере на 95% или по меньшей мере на 97% идентичны с последовательностью на Фиг. 16 или ее частью.
3. Состав по п.1, дополнительно содержащий по меньшей мере одну жизнеспособную бактериальную ОТЕ или вид, которые могут проявлять активность, выбранную из группы, состоящей из активности гидролазы в отношении вторичной желчной кислоты или соли желчной кислоты, имеющей специфичность, отличную от активности гидролазы в отношении первичной желчной кислоты или соли желчной кислоты, деконъюгации, окисления и дегидроксилирования.
4. Состав по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что состав содержит по меньшей мере две различные бактериальные ОТЕ или вида.
5. Состав по п. 1, отличающийся тем, что состав содержит две различные бактериальные ОТЕ или вида, и состав может проявлять окислительную и дигидроксилирующую активность.
6. Состав по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что состав содержит по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 , 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 40, 45 или 50 ОТЕ или видов бактерий, выбранных по меньшей мере из двух клад, представленных в таблице 1.
7. Состав по п. 6, отличающийся тем, что 16S рДНК каждой из ОТЕ или видов бактерий композиции из таблицы 1 имеет по меньшей мере 95% или 97% идентичность последовательности с по меньшей мере одной последовательностью на Фиг. 16 или ее частью.
8. Состав по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что состав содержит по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 40, или 50 ОТЕ или видов бактерий, выбранных по меньшей мере из двух клад, представленных в таблице 2.
9. Состав по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что состав содержит по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 40 или 50 ОТЕ или видов бактерий из части B или C таблицы 1, таблицы 2, таблицы 3.
10. Состав по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что состав содержит одну или более ОТЕ или видов бактерий из 5, 10, 15 или 20 клад, выбранных из группы, состоящей из: 1, 6, 86, 87, 90, 100, 101, 164, 195, 196, 197, 203, 204 и 297.
11. Состав по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что количество различных ОТЕ или видов в составе составляет менее 60, 50, 30, 20 или 15.
12. Состав по любому из пп. 1-11, отличающийся тем, что активность гидролазы соли желчной кислоты, деконъюгирования, окисления или дегидроксилирования одной или более бактериальных ОТЕ или видов из состава детектируют с использованием анализа на животных, анализа на клетках, анализа in vitro, путем секвенирования или использования комбинации этих типов анализов.
13. Состав по любому из пп. 1-12, отличающийся тем, что каждая бактериальная ОТЕ или вид из состава имеют метаболическую активность в отношении желчной кислоты или соли желчной кислоты, выбранной из группы, состоящей из гидролиза, деконъюгации, окисления или дегидроксилирования.
14. Терапевтический состав, содержащий состав по любому из пп. 1-13.
15. Терапевтический состав по п. 14, отличающийся тем, что жизнеспособные бактерии доставляются в тонкую кишку, в толстую кишку или в обе.
16. Способ лечения субъекта с диагнозом или риском развития холестатического заболевания или патологического состояния, включающий введение субъекту композиции из микроорганизмов, причем по меньшей мере одна бактериальная ОТЕ или вид в композиции из микроорганизмов может деконъюгировать первичную желчную кислоту или соль желчной кислоты.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что по меньшей мере одна ОТЕ или вид бактерий в композиции из микроорганизмов могут метаболизировать первичную желчную кислоту или соль до вторичной желчной кислоты или соли.
18. Способ по п. 16 или 17, отличающийся тем, что последовательность 16S рДНК ОТЕ по меньшей мере на 95% идентична (например, по меньшей мере на 98%, по меньшей мере на 99% или 100% идентична) последовательности, представленной на Фиг. 16 или ее части.
19. Способ лечения субъекта, у которого диагностировано или имеется риск развития холестатического заболевания или патологического состояния, включающий введение субъекту состава по любому из пп. 1-15.
20. Способ по любому из пп. 16-19, отличающийся тем, что у субъекта диагностируется или имеется риск развития общего холестаза (ОХ), первичного склерозирующего цирроза (ПСЦ), первичного билиарного цирроза (ПБЦ), прогрессирующего семейного внутрипеченочного холестаза (ПСВХ), неалкогольной жировой болезни печени (НАЖБП), неалкогольного стеатогепатита (НАСГ), холестаза беременных, холангита, гепатита, алкогольной болезни печени, гепатоцеллюлярной карциномы, цирроза печени, муковисцидоза, болезни «трансплантат против хозяина» (БТПХ) или закупорки внепеченочного желчного протока.
21. Способ по п. 20, отличающийся тем, что закупорка внепеченочного желчного протока возникает из-за камня в желчном пузыре, воспалительной стриктуры, рака или панкреатита.
22. Способ лечения субъекта с диагнозом или риском развития холестатического заболевания или патологического состояния и с использованием назначенной обетихолевой кислоты (ОХК), урсодезоксихолевой кислоты (УДХК) или производных обетихоловой кислоты или УДХК, причем способ включает введение субъекту
(i) композиции, содержащей одну или более из ХДХК, бактерии, обладающей активностью ГЖС, или соединения, которое может ингибировать одну или обе из них и/или активность; и
(ii) фармацевтически приемлемого наполнителя.
23. Композиция, содержащая гиохолевую кислоту или бактерию, которая может повышать концентрацию гиохолевой кислоты.
24. Способ лечения субъекта, у которого диагностировано или имеется риск развития холестатического заболевания или патологического состояния, причем способ включает введение субъекту УДХК и композиции, содержащей бактерию, которая обладает активностью ГЖС, но не повышает уровни литохолевой кислоты (ЛХК).
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что композиция дополнительно содержит бактерию, которая может метаболизировать первичную желчную кислоту или соль до вторичной желчной кислоты или соли.
26. Композиция, содержащая бактерию, которая имеет активность ГЖС, для применения при лечении субъекта, которого лечат УДХК, причем бактерия не повышает уровни ЛХК.
27. Композиция по п. 26, отличающаяся тем, что композиция дополнительно содержит бактерию, которая может метаболизировать первичную желчную кислоту или соль до вторичной желчной кислоты или соли.
28. Способ по любому из пп. 16-22, 24, и 25, дополнительно включающий введение субъекту ОХК или терапевтического агента.
29. Способ по любому из пп. 16-22, 24, и 25, отличающийся тем, что композиция из микроорганизмов непосредственно получена из фекалий человека, представляет собой разработанную композицию, содержит бактериальные споры или содержит спорообразующие бактерии.
30. Композиция, содержащая состав по любому из пп.1-15, для применения для лечения субъекта, у которого диагностировано или имеется риск развития холестатического заболевания или патологического состояния.
31. Способ идентификации видов бактерий для применения в композиции для изменения метаболизма желчных кислот у субъекта, включающий сравнение кодирующих белок последовательностей бактериального штамма с эталонными последовательностями в базе данных белков, которые катализируют желаемую активность в отношении желчных кислот, причем идентификация бактериального штамма, содержащего последовательность, гомологичную эталонной последовательности, указывает на идентификацию бактериального штамма для применения в указанной композиции.
32. Способ по п. 31, дополнительно включающий тестирование метаболической активности видов бактерий в отношении желчных кислот с использованием анализа in vitro или анализа на основе животной модели.
33. Способ по п. 31 или 32, отличающийся тем, что уровень гомологии последовательностей составляет по меньшей мере 75%, 80%, 85%, 90%, 93%, 95%, 97%, 98%, 99%, или 100% идентичности.