СПОСОБЫ АНАЛИЗА ОБРАЗЦОВ БЕЛКОВ НА ОСНОВЕ ИДЕНТИФИКАЦИИ С-КОНЦЕВЫХ ПЕПТИДОВ

1. Способ идентификации белка в образце белка, включающий стадии:
a) модификации карбоксильных групп белков в образце белка,
b) расщепления белков в образце белка на пептиды с помощью расщепляющего агента,
c) выделения из указанных пептидов C-концевых пептидов от N-концевых и внутренних пептидов,
d) проведения одной или нескольких стадий пептидной очистки выделенных C-концевых пептидов с тем, чтобы получить очищенные C-концевые пептиды,
e) определения или вычисления, по меньшей мере, одного физико-химического свойства, иного, чем масса, для очищенных C-концевых пептидов,
f) определения массы C-концевых пептидов при помощи МС,
g) сравнения массы и, по меньшей мере, одного иного физико-химического свойства очищенного C-концевого пептида с базой данных, содержащей массу и одно или несколько физико-химических свойств всех C-концевых пептидов, образованных с помощью указанного расщепляющего агента с тем, чтобы идентифицировать исходный белок очищенного C-концевого пептида.
2. Способ по п.1, в котором стадия (g) включает идентификацию для каждого из очищенных C-концевых пептидов, одного или нескольких C-концевых пептидов в базе данных с массой, соответствующей очищенному C-концевому пептиду, и, когда идентифицируется несколько пептидов для одного очищенного C-концевого пептида, сравнение физико-химического параметра очищенного C-концевого пептида с несколькими пептидами, идентифицируемыми в базе данных.
3. Способ по п.1, в котором образец белка получают из биологического вида и база данных содержит массу и физико-химические свойства всех C-концевых пептидов этого биологического вида, образованных с помощью указанного расщепляющего агента.
4. Способ по п.1, в котором белок идентифицируется одновременно в двух или более образцах, при этом способ включает
на стадии (a) осуществление модифицирования с помощью набора различных реагентов для мечения,
дополнительную стадию сбора двух или более образцов перед стадией (d),
перед стадией (f) идентификацию природы метки с тем, чтобы идентифицировать образец, из которого происходит пептид,
на стадии (g) сравнение массы и, по меньшей мере, одного иного физико-химического свойства очищенного C-концевого пептида с базой данных, содержащей массу и физико-химические свойства всех C-концевых пептидов, образованных с помощью указанного расщепляющего агента с тем, чтобы идентифицировать указанные C-концевые пептиды.
5. Способ по п.1, в котором, по меньшей мере, одно физико-химическое свойство определяется во время одной или нескольких стадий пептидной очистки.
6. Способ по п.1, в котором, по меньшей мере, одно физико-химическое свойство выбрано из группы из pI, времени удерживания при хроматографии с обращенной фазой и отношения УФ-поглощения при 280 и 214 нм.
7. Способ по п.1, в котором модификация на стадии a) осуществляется с использованием реакции карбодиимида с первичными аминами.
8. Способ по п.1, в котором выделение C-концевых пептидов на стадии (c) включает стадию взаимодействия карбоксильной группы N-концевых и внутренних пептидов с помощью опосредуемой карбодиимидом реакции с модифицированным биотином, несущим первичную аминогруппу.
9. Способ выделения C-концевых пептидов из образца белка, включающий стадии:
a) взаимодействия карбоксильных групп интактных белков, опосредуемого карбодиимидом, с первичными аминами,
b) расщепления интактных белков с помощью расщепляющего агента на пептиды,
c) взаимодействия карбоксильной группы N-концевых и внутренних пептидов, опосредуемого карбодиимидом с афинной меткой, несущей первичную аминогруппу.
d) связывания меченых пептидов с афинной матрицей и сбора несвязанных пептидов, причем указанные несвязанные пептиды представляют собой немеченые пептиды с выделением из пептидов, полученных на стадии (b), C-концевых пептидов из N-концевых и внутренних пептидов.
10. Способ по п.9, в котором афинная метка представляет собой биотин.
11. База данных C-концевых пептидов белков организма, расщепленных in silico с помощью расщепляющего агента, где каждый пептид характеризуется с помощью
идентификатора белка,
аминокислотного состава,
массы и
одного или нескольких физико-химических свойств.
12. База данных по п.11, где одно или несколько физико-химических свойств указанных C-концевых пептидов выбраны из группы, состоящей из вычисленного времени удерживания при хроматографии с обращенной фазой, общего заряда при данном pH и изоэлектрической точки указанных C-концевых пептидов.
13. База данных по п.11, где организм представляет собой человека.
14. База данных по п.11, где расщепляющий агент представляет собой трипсин.
15. База данных по п.11, где пептиды включают C-концевые пептиды, полученные в результате неполного расщепления с помощью указанного расщепляющего агента, при этом одно положение расщепления отсутствует.
16. Применение базы данных по п.11 для идентификации белков.
17. Устройство (100) для идентификации белков в одном или нескольких образцах на основе их C-концевых пептидов, которое содержит, по меньшей мере, один источник образца (101), узел модификации/мечения (102), по меньшей мере, с одним соответствующим источником модифицирующего агента/метки (103), узел расщепления (104), узел выделения C-концевых пептидов (105), узел разделения пептидов (106), устройство для анализа (107), для определения и/или регистрации одного или нескольких физико-химических свойств очищенного пептида, узел масс-спектрометра (108), схему контроля и устройство для анализа данных (109), и соединение с базой данных (111), содержащей массы всех C-концевых пептидов белков, расщепленных in silico с использованием расщепляющего агента, аннотированную физико-химическими свойствами C-концевых пептидов.