ROR1-СПЕЦИФИЧЕСКИЕ АНТИГЕНСВЯЗЫВАЮЩИЕ МОЛЕКУЛЫ

1. Специфическая в отношении подобного рецепторной тирозинкиназе орфанного рецептора 1 (ROR1) антигенсвязывающая молекула, содержащая последовательность аминокислот, представленную формулой (I): ,
где FW1 представляет собой каркасный участок
CDR1 представляет собой последовательность CDR
FW2 представляет собой каркасный участок
HV2 представляет собой гипервариабельную последовательность
FW3a представляет собой каркасный участок
HV4 представляет собой гипервариабельную последовательность
FW3b представляет собой каркасный участок
CDR3 представляет собой последовательность CDR
FW4 представляет собой каркасный участок; и или ее функциональный вариант.
2. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 1, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула не связывается с подобным рецепторной тирозинкиназе орфанным рецептором 2 (ROR2).
3. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 1 или 2, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула связывается как с ROR1 человека, так и с ROR1 мыши (mROR1).
4. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-3, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула связывается с дегликозилированным ROR1.
5. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-4, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула не связывается с линейной пептидной последовательностью, выбранной из
.
6. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-5, характеризующаяся тем, что
FW1 представляет собой каркасный участок размером 20-28 аминокислот CDR1 представляет собой последовательность CDR, выбранную из ;
FW2 представляет собой каркасный участок размером 6-14 аминокислот HV2 представляет собой гипервариабельную последовательность, выбранную из или  (SEQ ID NO: 8);
FW3a представляет собой каркасный участок размером 6-10 аминокислот HV4 представляет собой гипервариабельную последовательность, выбранную из  или ;
FW3b представляет собой каркасный участок размером 17-24 аминокислот CDR3 представляет собой последовательность CDR, выбранную из ;
FW4 представляет собой каркасный участок размером 7-14 аминокислот или ее функциональный вариант с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере 45%.
7. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 6, характеризующаяся тем, что FW1 выбран из:  или  FW2 выбирают из:  или  FW3a выбирают из:  или  FW3b выбирают из
или
и FW4 выбирают из:  или  или их функциональных вариантов с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере 45%.
8. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-7, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула содержит последовательность аминокислот, выбранную из
или ее функциональный вариант с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере 45%.
9. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1- 8, характеризующаяся тем, что указанная ROR1 -специфическая антигенсвязывающая молекула является гуманизированной.
10. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-8, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула деиммунизирована.
11. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-10, характеризующаяся тем, что указанная ROR1 -специфическая антигенсвязывающая молекула конъюгирована с детектируемой меткой, красителем, токсином, лекарственным средством, пролекарством, радионуклидом или биологически активной молекулой.
12. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-11, характеризующаяся тем, что указанная специфическая антигенсвязывающая молекула селективно взаимодействует с белком ROR1, имеющим константу аффинности приблизительно 0,01-50 нМ, предпочтительно 0,1-30 нМ, еще более предпочтительно 0,1-10 нМ.
13. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-12, характеризующаяся тем, что указанная специфическая антигенсвязывающая молекула способна опосредовать уничтожение экспрессирующих ROR1 опухолевых клеток.
14. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-12, характеризующаяся тем, что указанная специфическая антигенсвязывающая молекула способна ингибировать пролиферацию раковых клеток.
15. ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 1-12, характеризующаяся тем, что указанная специфическая антигенсвязывающая молекула способна подвергаться эндоцитозу после связывания с ROR1.
16. Рекомбинантный слитый белок, содержащий специфическую антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 1-15.
17. Рекомбинантный слитый белок по п. 16, в котором указанная специфическая антигенсвязывающая молекула слита с одним или более биологически активными белками.
18. Рекомбинантный слитый белок по п. 17, характеризующийся тем, что указанная специфическая антигенсвязывающая молекула слита с одним или более биологически активными белками одним или более линкерными доменами.
19. Рекомбинантный слитый белок по п. 17 или 18, характеризующийся тем, что по меньшей мере один биологически активный белок представляет собой иммуноглобулин, Fc-область иммуноглобулина, Fab-область иммуноглобулина, одноцепочечный Fv (scFv), диатело, триатело, тетратело, биспецифический рекрутер Т-клеток (BiTE), интеин, домен VNAR, однодоменное антитело (sdAb), домен VH или скаффолд-белок.
20. Рекомбинантный слитый белок по п. 19, характеризующийся тем, что по меньшей мере один биологически активный белок представляет собой Fc-область иммуноглобулина.
21. ROR1-специфический химерный антигенный рецептор (CAR), содержащий по меньшей мере одну ROR1-специфическую антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 1-10, слитую или конъюгированную по меньшей мере с одной трансмембранной областью и по меньшей мере одним внутриклеточным доменом.
22. Клетка, содержащая химерный антигенный рецептор по п. 21, предпочтительно представляющая собой сконструированную Т-клетку.
23. Нуклеиновая кислота, содержащая полинуклеотидную последовательность, которая кодирует специфическую антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 1-15, рекомбинантный слитый белок по любому из пп. 16-20 или химерный антигенный рецептор по п. 21.
24. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п. 23, необязательно дополнительно содержащий одну или более регуляторных последовательностей.
25. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п. 24.
26. Способ получения специфической антигенсвязывающей молекулы, рекомбинантного слитого белка или химерного антигенного рецептора, включающий культивирование или поддержание клетки-хозяина, содержащей нуклеиновую кислоту по п. 23, в условиях, обеспечивающих продуцирование указанной клеткой-хозяином указанной связывающей молекулы, необязательно дополнительно включающий выделение указанной связывающей молекулы.
27. Фармацевтическая композиция, содержащая специфическую антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 1-15, рекомбинантный слитый белок по любому из пп. 16-20 или химерный антигенный рецептор по п. 21.
28. Применение специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15, рекомбинантного слитого белка по любому из пп. 16-20 или химерного антигенного рецептора по п. 21 в терапии.
29. Применение по п. 28, где терапия представляет собое лечение рака.
30. Применение по п. 29, характеризующееся тем, что указанный рак представляет собой ROR1-положительный тип рака.
31. Применение по п. 29, характеризующееся тем, что указанный рак выбран из группы, включающей рак крови, такой как лимфомы и лейкозы, хронический лимфоцитарный лейкоз (ХЛЛ), мантийноклеточная лимфома (МКЛ), В-клеточный острый лимфобластный лейкоз (В-ОЛЛ), лимфома маргинальной зоны (MZL), неходжкинские лимфомы (NHL), острый миелоидный лейкоз (ОМЛ), и солидные опухоли, в том числе нейробластому, рак почек, рак легкого, рак толстой кишки, рак яичников, рак поджелудочной железы, рак молочной железы, рак кожи, рак матки, рак предстательной железы, рак щитовидной железы, рак головы и шеи, рак мочевого пузыря, рак желудка или рак печени.
32. Применение специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15, рекомбинантного слитого белка по любому из пп. 16-20 или химерного антигенного рецептора по п. 21 при получении медикамента для лечения заболевания у нуждающегося в этом пациента
33. Способ лечения заболевания у нуждающегося в лечении пациента, включающий введение указанному пациенту терапевтически эффективной дозы специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15, рекомбинантного слитого белка по любому из пп. 16-20 или химерного антигенного рецептора по п. 21, или фармацевтической композиции по п. 27.
34. Способ по п. 33, характеризующийся тем, что указанное заболевание представляет собой рак.
35. Способ по п. 34, характеризующийся тем, что указанный рак представляет собой ROR1-положительный тип рака.
36. Способ по п. 34, характеризующийся тем, что указанный рак выбирают из группы, включающей рак крови, такой как лимфомы и лейкозы, хронический лимфоцитарный лейкоз (ХЛЛ), мантийноклеточная лимфома (МКЛ), В-клеточный острый лимфобластный лейкоз (В-ОЛЛ), лимфома маргинальной зоны (MZL), неходжкинские лимфомы (NHL), острый миелоидный лейкоз (ОМЛ), и солидные опухоли, в том числе нейробластому, рак почек, рак легкого, рак толстой кишки, рак яичников, рак поджелудочной железы, рак молочной железы, рак кожи, рак матки, рак предстательной железы, рак щитовидной железы, рак головы и шеи, рак мочевого пузыря, рак желудка или рак печени
37. Способ анализа на присутствие целевого аналита в образце, включающий добавление меченой детектируемой меткой специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15 или рекомбинантного слитого белка по пп. 16-20 в образец и детекцию связывания указанной молекулы с целевым аналитом.
38. Способ визуализации сайта заболевания у субъекта, включающий введение субъекту меченой детектируемой меткой специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15 или меченого детектируемой меткой рекомбинантного слитого белка по любому из пп. 16-20.
39. Способ диагностики заболевания или медицинского состояния у субъекта, включающий введение специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15 или рекомбинантного слитого белка по пп. 16-20.
40. Антитело, фрагмент антитела или антигенсвязывающая молекула, которые конкурируют за связывание с ROR1 с ROR1-специфической антигенсвязывающей молекулой по любому из пп. 1-15.
41. Набор для диагностики рака или предрасположенности к раку у субъекта, или для прогнозирования состояния указанного субъекта, включающий средство детекции для определения концентрации антигена, присутствующего в образце, полученном от тестируемого субъекта, характеризующийся тем, что указанное средство детекции включает ROR1-специфическую антигенсвязывающую молекулу по любому из пп. 1-15, рекомбинантный слитый белок по любому из пп. 16-20, CAR по п. 21 или нуклеиновую кислоту по п. 23, каждый(ая) из которых необязательно дериватизирован(а), при этом присутствие антигена в образце указывает на то, что указанный субъект страдает раком.
42. Набор по п. 41, характеризующийся тем, что указанный антиген содержит белок ROR1, более предпочтительно - его внеклеточный домен.
43. Набор по п. 41, характеризующийся тем, что его применяют для идентификации присутствия или отсутствия ROR1-положительных клеток в образце или определения их концентрации в образце.
44. Набор по п. 41, характеризующийся тем, что указанный набор содержит положительный контроль и/или отрицательный контроль для сравнения в указанном анализе.
45. Набор по п. 41, характеризующийся тем, что указанный набор дополнительно содержит метку, которая может быть детектирована.
46. Способ диагностики рака или предрасположенности к раку у субъекта, или прогнозирования состояния указанного субъекта, включающий детекцию концентрации антигена, присутствующего в образце, полученном от субъекта, характеризующийся тем, что указанную детекцию обеспечивают с применением ROR1-специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15, рекомбинантного слитого белка по любому из пп. 16-20, CAR по п. 21 или последовательности нуклеиновой кислоты по п. 23, каждый(ая) из которых необязательно дериватизирован(а), при этом присутствие антигена в образце указывает на то, что указанный субъект страдает раком.
47. Способ уничтожения или ингибирования роста клетки, экспрессирующей ROR1, in vitro или у пациента, включающий введение в указанную клетку фармацевтически эффективного количества или фармацевтически эффективной дозы (i) ROR1-специфической антигенсвязывающей молекулы по любому из пп. 1-15, рекомбинантного слитого белка по любому из пп. 16-20, нуклеиновой кислоты по п. 23; или CAR или клетки по п. 24; или (ii) фармацевтической композиции по п. 27.
48. Способ по п. 47, характеризующийся тем, что указанная экспрессирующая ROR1 клетка представляет собой раковую клетку.
49. Способ по п. 47 или 48, характеризующийся тем, что указанный ROR1 представляет собой ROR1 человека.
50. Специфическая антигенсвязывающая молекула, содержащая последовательность аминокислот, представленную формулой (II):
,
где FW1 представляет собой каркасный участок;
CDR1 представляет собой последовательность CDR;
FW2 представляет собой каркасный участок;
HV2 представляет собой гипервариабельную последовательность;
FW3a представляет собой каркасный участок;
HV4 представляет собой гипервариабельную последовательность;
FW3b представляет собой каркасный участок;
CDR3 представляет собой последовательность CDR;
FW4 представляет собой каркасный участок;
X и Y представляют собой необязательные последовательности аминокислот,
при этом указанная специфическая антигенсвязывающая молекула конъюгирована с вторым фрагментом.
51. Специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 50, характеризующаяся тем, что X или Y независимо либо отсутствуют, либо выбраны из группы, содержащей иммуноглобулин, Fc-область иммуноглобулина, Fab-область иммуноглобулина, одноцепочечный Fv (scFv), диатело, триатело, тетратело, биспецифический рекрутер Т-клеток (BiTE), интеин, домен VNAR, однодоменное антитело (sdAb), домен VH или скаффолд-белок.
52. Специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 50 или 51, характеризующаяся тем, что конъюгация выполнена за счет остатка цистеина в последовательности аминокислот специфической антигенсвязывающей молекулы.
53. Специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 50 или 51, характеризующаяся тем, что указанная конъюгация выполнена за счет тиольного, аминокси- или гидразинильного фрагмента, включенного на N-конце или С-конце последовательности аминокислот указанной специфической антигенсвязывающей молекулы.
54. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 50-53, характеризующаяся тем, что указанный второй фрагмент выбран из группы, включающей иммуноглобулин, Fc-область иммуноглобулина, Fab-область иммуноглобулина, одноцепочечный Fv (scFv), диатело, триатело, тетратело, биспецифический рекрутер Т-клеток (BiTE), интеин, домен VNAR, однодоменное антитело (sdAb), домен VH или скаффолд-белок.
55. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 50-53, характеризующаяся тем, что указанный второй фрагмент выбран из группы, включающей детектируемую метку, краситель, токсин, лекарственное средство, пролекарство, радионуклид или биологически активную молекулу.
56. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 50-53 или 55, характеризующаяся тем, что указанный второй фрагмент представляет собой по меньшей мере один токсин, выбранный из группы, включающей
мейтансиноиды;
ауристатины;
антрациклины, предпочтительно полученные из PNU антрациклины;
производные аманитина, предпочтительно производные α-аманитина;
калихеамицины,
тубулизины;
дуокармицины;
радиоизотопы-например, альфа-излучающий радионуклид, такой как метка 227 Th и 225 Ас;
липосомы с токсической нагрузкой;
белковые токсины;
таксаны;
пирролбензодиазепины, и/или
индолинбензодиазепиновые псевдодимеры, и/или
ингибиторы сплайсосомы;
ингибиторы CDK11;
пиридинобензодиазепины.
57. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 50-56, характеризующаяся тем, что указанная специфическая антигенсвязывающая молекула представляет собой специфическую в отношении подобного рецепторной тирозинкиназе орфанного рецептора 1 (ROR1) антигенсвязывающую молекулу.
58. Специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 57, характеризующаяся тем, что указанная ROR1 -специфическая антигенсвязывающая молекула не связывается с подобным рецепторной тирозинкиназе орфанным рецептором 2 (ROR2).
59. Специфическая антигенсвязывающая молекула по п. 57 или 58, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула связывается как с ROR1 человека, так и с ROR1 мыши (mROR1).
60. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-59, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула связывается с дегликозилированным ROR1.
61. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-60, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула не связывается с линейной пептидной последовательностью, выбранной из
,
,
,
.
62. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-61, характеризующаяся тем, что
FW1 представляет собой каркасный участок размером 20-28 аминокислот
CDR1 представляет собой последовательность CDR, выбранную из  или ;
FW2 представляет собой каркасный участок размером 6-14 аминокислот
HV2 представляет собой гипервариабельную последовательность, выбранную из  или ;
FW3a представляет собой каркасный участок размером 6-10 аминокислот;
HV4 представляет собой гипервариабельную последовательность, выбранную из  или ;
FW3b представляет собой каркасный участок размером 17-24 аминокислот;
CDR3 представляет собой последовательность CDR, выбранную из  или ;
FW4 представляет собой каркасный участок размером 7-14 аминокислот;
или ее функциональный вариант, последовательность которого по меньшей мере на 45% идентична указанной.
63. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-62, характеризующаяся тем, что FW1 выбран из  или  выбирают из  или FW3a выбирают из  или  FW3b выбирают из  или  и FW4 выбирают из  или , или функциональных вариантов с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере 45%.
64. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-62, характеризующаяся тем, что указанная ROR1 -специфическая антигенсвязывающая молекула содержит последовательность аминокислот, выбранную из
или ее функционального вариант с идентичностью последовательности, составляющей по меньшей мере 45%.
65. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-64, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула является гуманизированной.
66. Специфическая антигенсвязывающая молекула по любому из пп. 57-64, характеризующаяся тем, что указанная ROR1-специфическая антигенсвязывающая молекула деиммунизирована.