СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ОЦЕНКИ КОЛИЧЕСТВА МИКРООРГАНИЗМОВ В ТАКСОНОМИЧЕСКОЙ ЕДИНИЦЕ В ОБРАЗЦЕ

1. Реализуемый с помощью компьютера способ оценки количества микроорганизмов в таксономической единице, присутствующей в образце, включающий:
обеспечение компьютерного процессора, выполненного с возможностью:
(a) оценки показателя ошибочной классификации для микроорганизмов в таксономической единице на основе смоделированных ридов с использованием известного генома микроорганизма;
(b) приема измеренного значения количества ридов в образце, классифицированных по списку таксономических единиц;
(c) корректировки принятого измеренного значения с использованием оцененного показателя ошибочной классификации для оценки количества ридов, относящихся к каждой таксономической единице в образце; и
(d) оценки количества микроорганизмов из таксономической единицы, присутствующей в образце, с использованием оцененного количества ридов, относящихся к каждой таксономической единице.
2. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, в котором компьютерный процессор также выполнен с возможностью корректировки оценки количества микроорганизмов посредством нормирования с использованием длины генома, умножения на коэффициент пересчета, основанного на гуанин-цитозиновом (ГЦ) составе геномов микроорганизмов в таксономической единице или с использованием того и другого.
3. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, в котором компьютерный процессор, выполненный с возможностью оценки показателя ошибочной классификации, выполнен с возможностью:
(а-1) моделирования ридов с использованием геномов микроорганизмов в таксономической единице с определенными эмпирическим путем длинами рида и показателями ошибки секвенирования или получения ридов последовательности из приема с известным составом микроорганизмов;
(а-2) выполнения алгоритма классификации рида на смоделированных ридах и
(а-3) определения процентного содержания смоделированных ридов, классифицированных по списку исследуемых таксономических единиц.
4. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, в котором компьютерный процессор, выполненный с возможностью корректировки принятого измеренного значения, выполнен с возможностью корректировки принятого измеренного значения с применением линейного метода наименьших квадратов для решения системы линейных уравнений, определенных оцененным показателем ошибочной классификации и количеством ридов из образца, которые классифицированы по списку таксономических единиц.
5. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, в котором образец содержит множество видов микроорганизмов, а показатель ошибочной классификации вычисляют для каждого из видов в образце.
6. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, в котором показатель ошибочной классификации вычисляют для каждого из видов в базе данных, содержащей информацию для множества видов микроорганизмов.
7. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 6, в котором принятое измеренное значение принимают для каждого из видов в базе данных, причем принятое измеренное значение корректируют для каждого из видов в базе данных.
8. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, который также включает прием данных секвенирования из образца.
9. Реализуемый с помощью компьютера способ по п. 1, в котором показатель ошибочной классификации оценивают для таксономических единиц, выбранных из одного или более исследуемых таксономических рангов.
10. Компьютерочитаемый носитель информации, содержащий исполняемые с помощью компьютера инструкции для оценки количества микроорганизмов в таксономической единице, присутствующей в образце, содержащий:
(a) исполняемые с помощью компьютера инструкции для оценки показателя ошибочной классификации для микроорганизмов в таксономической единице на основе смоделированных ридов с использованием известного генома микроорганизма;
(b) исполняемые с помощью компьютера инструкции для приема измеренного значения количества ридов в образце, классифицированных по списку таксономических единиц;
(c) исполняемые с помощью компьютера инструкции для корректировки принятого измеренного значения с использованием оцененного показателя ошибочной классификации для оценки количества ридов, относящихся к каждой таксономической единице в образце; и
(d) исполняемые с помощью компьютера инструкции для оценки количества микроорганизмов из таксономической единицы, присутствующей в образце, с использованием оцененного количества ридов, относящихся к каждой таксономической единице.
11. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, который также содержит исполняемые с помощью компьютера инструкции для корректировки оценки количества микроорганизмов посредством нормирования с использованием длины генома, умножения на коэффициент пересчета, основанного на гуанин-цитозиновом (ГЦ) составе геномов микроорганизмов в таксономической единице или с использованием того и другого.
12. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, в котором исполняемые с помощью компьютера инструкции для оценки показателя ошибочной классификации содержат:
(а-1) исполняемые с помощью компьютера инструкции для моделирования ридов с использованием геномов микроорганизмов в таксономической единице с определенными эмпирическим путем длинами рида и показателями погрешности секвенирования или приема показателей последовательности из образца с известным составом микроорганизмов;
(а-2) исполняемые с помощью компьютера инструкции для выполнения алгоритма классификации рида на смоделированных ридах; и
(а-3) исполняемые с помощью компьютера инструкции для определения процентного содержания смоделированных ридов, классифицированных по списку требуемых таксономических единиц.
13. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, в котором исполняемые с помощью компьютера инструкции для корректировки принятого измеренного значения содержат исполняемые с помощью компьютера инструкции для корректировки принятого измеренного значения путем применения линейного метода наименьших квадратов для решения системы линейных уравнений, определенной оцененным показателем ошибочной классификации и количеством ридов из образца, которые классифицированы по списку таксономических единиц.
14. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, в котором образец включает множество видов микроорганизмов, а исполняемые с помощью компьютера инструкции обеспечивают возможность вычисления показателя ошибочной классификации для каждого из видов в образце.
15. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, в котором исполняемые с помощью компьютера инструкции обеспечивают возможность вычисления показателя ошибочной классификации для каждого из видов в базе данных, содержащей данные для множества видов микроорганизмов.
16. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 15, в котором исполняемые с помощью компьютера инструкции обеспечивают возможность приема измеренного значения количества ридов для каждого из видов в базе данных,
причем исполняемые с помощью компьютера инструкции обеспечивают возможность корректировки принятого измеренного значения для каждого из видов в базе данных.
17. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, который также содержит исполняемые с помощью компьютера инструкции для приема данных секвенирования для образца.
18. Компьютерочитаемый носитель информации по п. 10, в котором показатель ошибочной классификации оценен для таксономических единиц, выбранных из одного или более исследуемых таксономических рангов.