ВАКЦИНА ПРОТИВ РЕСПИРАТОРНО-СИНЦИТИАЛЬНОГО ВИРУСА (РСВ)

1. Последовательность мРНК, содержащая кодирующую область, которая кодирует по меньшей мере один антигенный пептид или белок, происходящий из слитого белка F, гликопротеина G, гидрофобного белка SH, матриксного белка М, нуклеопротеина N, большой полимеразы L, белка М2-1, белка М2-2, фосфопротеина Р, неструктурного белка NS1 или неструктурного белка NS2 респираторно-синцитиального вируса (РСВ), или его фрагмент, вариант или производное;
где содержание G/C в кодирующей области повышено по сравнению с содержанием G/C в кодирующей области мРНК дикого типа, и где кодируемая аминокислотная последовательность указанной GC-обогащенной мРНК предпочтительно не модифицирована по сравнению с аминокислотной последовательностью, кодируемой мРНК дикого типа.
2. Последовательность мРНК по п. 1, в которой кодирующая область кодирует полноразмерный белок слитого белка F, нуклеопротеина N или гликопротеина G респираторно-синцитиального вируса (РСВ).
3. Последовательность мРНК по одному из пп. 1 и 2, где антигенный пептид или белок происходит из «длинного» штамма РСВ АТСС VR-26.
4. Последовательность мРНК п. 1, дополнительно содержащая
а) структуру 5'-кэпа,
б) поли(А)-последовательность
в) и необязательно поли(С)-последовательность.
5. Последовательность мРНК по п. 4, в которой поли(А)-последовательность содержит последовательность, содержащую от примерно 25 до примерно 400 аденозиновых нуклеотидов, предпочтительно последовательность, содержащую от примерно 50 до примерно 400 аденозиновых нуклеотидов, более предпочтительно последовательность, содержащую от примерно 50 до примерно 300 аденозиновых нуклеотидов, еще более предпочтительно последовательность, содержащую от примерно 50 до примерно 250 аденозиновых нуклеотидов, наиболее предпочтительно последовательность, содержащую от примерно 60 до примерно 250 аденозиновых нуклеотидов.
6. Последовательность мРНК по п. 1, дополнительно содержащая по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля».
7. Последовательность мРНК по п. 6, в которой по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля» выбирают из следующих формул (I) или (II):
формула (I) (последовательность структуры типа «стебель-петля» без пограничных элементов стебля):
формула (II) (последовательность структуры типа «стебель-петля» с пограничными элементами стебля):
в которых:
пограничные элементы stem1 или stem2
N<sub>1-6</sub> обозначают непрерывную последовательность, состоящую из 1-6, предпочтительно 2-6, более предпочтительно 2-5, еще более предпочтительно 3-5, наиболее предпочтительно 4-5 или 5 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или их нуклеотидного аналога;
stem1 [N<sub>0-2</sub>GN<sub>3-5</sub>]
обозначает последовательность, обратно комплементарную или частично обратно комплементарную элементу stem2, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N<sub>0-2</sub> обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога;
в которой N<sub>3-5</sub> обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из А, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога, и в которой G обозначает гуанозин или его аналог и необязательно может быть заменен на цитидин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид цитидин в stem2 заменен на гуанозин;
последовательность петли [No-4(U/T)N<sub>0-4</sub>]
локализована между элементами stem1 и stem2 и обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5 нуклеотидов, более предпочтительно 4 нуклеотидов;
в которой N<sub>0-4</sub> каждый независимо друг от друга обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-4, предпочтительно 1-3, более предпочтительно 1-2 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; и в которой U/T обозначает уридин или необязательно тимидин;
stem2 [N<sub>3-5</sub>CN<sub>0-2</sub>]
обозначает последовательность, обратно комплементарную или частично обратно комплементарную элементу stem1, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N<sub>3-5</sub> обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога;
в которой N<sub>0-2</sub> обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G или С или его нуклеотидного аналога; и в которой С обозначает цитидин или его аналог и необязательно может быть заменен на гуанозин или его аналог при
условии, что комплементарный ему нуклеотид гуанозин в stem1 заменен на цитидин;
где
у элементов stem1 и stem2 может происходить спаривание оснований друг с другом с образованием обратно комплементарной последовательности, при этом между stem1 и stem2 может иметь место спаривание оснований, или
с образованием частично обратно комплементарной последовательности, при этом между stem1 и stem2 может иметь место неполное спаривание оснований.
8. Последовательность мРНК по п. 7, в которой по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля» выбирают по меньшей мере из одной из следующих формул (Ia) или (IIa):
формула (1а) (последовательность структуры типа «стебель-петля» без пограничных элементов стебля):
формула (IIa) (последовательность структуры типа «стебель-петля» с пограничными элементами стебля):
9. Последовательность мРНК по п. 1, дополнительно содержащая 3'UTR-элемент.
10. Последовательность мРНК по п. 9, в которой по меньшей мере один 3'UTR-элемент содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 3'UTR гена, образующего стабильную мРНК, или из его гомолога, фрагмента или варианта.
11. Последовательность мРНК по п. 10, в которой по меньшей мере один 3'UTR-элемент содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 3'UTR гена, выбранного из группы, состоящей из гена альбумина, гена α-глобина, гена β-глобина, гена тирозингидроксилазы, гена липоксигеназы и гена коллагена альфа, или из ее гомолога, фрагмента или варианта.
12. Последовательность мРНК по п. 11, в которой по меньшей мере один 3'UTR-элемент содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 3'UTR гена α-глобина, предпочтительно содержащего РНК-последовательность, соответствующую нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 29, ее гомолога, фрагмента или варианта.
13. Последовательность мРНК по одному из пп. 9-12, где последовательность мРНК содержит предпочтительно в 5'→3'-направлении:
а.) структуру 5'-кэпа, предпочтительно m7GpppN;
б.) кодирующую область, которая кодирует по меньшей мере один антигенный пептид или белок респираторно-синцитиального вируса (РСВ), предпочтительно происходящий из слитого белка F респираторно-синцитиального вируса (РСВ);
в.) 3'UTR-элемент, содержащий или состоящий из нуклеотидной последовательности, которая происходит из гена α-глобина, предпочтительно содержащего РНК-последовательность, соответствующую нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 29, ее гомолога, фрагмента или варианта;
г.) поли(А)-последовательность, предпочтительно содержащую 64 аденозина;
д.) поли(С)-последовательность, предпочтительно содержащую 30 цитозинов; и
е.) гистоновую структуру типа «стебель-петля», предпочтительно содержащую последовательность РНК, соответствующую нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 30.
14. Последовательность мРНК по п. 13, где последовательность мРНК содержит последовательность РНК, представленную в SEQ ID NO: 31.
15. Последовательность мРНК по п. 9, в которой по меньшей мере один 3'UTR-элемент содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 3'UTR гена альбумина позвоночных животных или из его варианта, предпочтительно из 3'UTR гена альбумина млекопитающих или его варианта, более предпочтительно из 3'UTR человеческого гена альбумина или из его варианта, еще более предпочтительно из 3'UTR человеческого гена альбумина, имеющего регистрационный номер GenBank NM_000477.5, или из ее фрагмента или варианта.
16. Последовательность мРНК по п. 15, в которой 3'UTR-элемент происходит из нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 25, предпочтительно из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта.
17. Последовательность мРНК по п. 1, содержащая дополнительно 5'UTR-элемент, который содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 5'UTR ТОР-гена, предпочтительно из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, предпочтительно лишенного 5'ТОР-мотива.
18. Последовательность мРНК по п. 17, в которой S'UTR-элемент содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 5'UTR ТОР-гена, кодирующего рибосомальный белок, предпочтительно из соответствующей последовательности РНК или из ее гомолога, фрагмента или варианта, предпочтительно лишенного 5'ТОР-мотива.
19. Последовательность мРНК по п. 18, в которой 5'UTR-элемент содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 5'UTR ТОР-гена, кодирующего белок большой рибосомной субъединицы (RPL), или из ее гомолога, фрагмента или варианта, предпочтительно лишенного 5'ТОР-мотива, и более предпочтительно содержит или состоит из последовательности РНК, соответствующей нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 23.
20. Последовательность мРНК по п. 19, где последовательность мРНК содержит предпочтительно в 5'→3'-направлении:
а.) структуру 5'-кэпа, предпочтительно m7GpppN;
б.) 5'UTR-элемент, который содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, которая происходит из 5'UTR ТОР-гена, предпочтительно содержит или состоит из последовательности РНК, соответствующей нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 23, ее гомолога, фрагмента или варианта;
в.) кодирующую область, которая кодирует по меньшей мере один антигенный пептид или белок респираторно-синцитиального вируса (РСВ), предпочтительно происходящий из слитого белка F респираторно-синцитиального вируса (РСВ);
г.) 3'UTR-элемент, содержащий или состоящий из нуклеотидной последовательности, которая происходит из гена, образующего стабильную мРНК, предпочтительно содержит или состоит из последовательности РНК, соответствующей нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 18, ее гомолога, фрагмента или варианта;
д.) поли(А)-последовательность, предпочтительно содержащую 64 аденозина;
е.) поли(С)-последовательность, предпочтительно содержащую 30 цитозинов; и
ж.) гистоновую структуру типа «стебель-петля», предпочтительно содержащую последовательность РНК, соответствующую нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 30.
21. Последовательность мРНК по п. 20, где последовательность мРНК содержит последовательность РНК, представленную в SEQ ID NO: 32 или 33.
22. Последовательность мРНК по любому из пп. 1, 4, 6, 9 и 17, где последовательность мРНК ассоциируют или включают в комплекс с катионным или поликатионным соединением или полимерным носителем, необязательно в массовом соотношении между мРНК и катионным или поликатионным соединением и/или полимерным носителем, выбранном из диапазона от примерно 6:1 до примерно 0,25:1 (мас./мас.), более предпочтительно от примерно 5:1 до примерно 0,5:1 (мас./мас.), еще более предпочтительно от примерно 4:1 до примерно 1:1 (мас./мас.) или от примерно 3:1 до примерно 1:1 (мас./мас.), и наиболее предпочтительно в соотношении от примерно 3:1 до примерно 2:1 (мас./мас.), или необязательно в соотношении азот/фосфат между мРНК и катионным или поликатионным соединением, и/или полимерным носителем, находящемся в диапазоне примерно 0,1-10, предпочтительно в диапазоне примерно 0,3-4 или 0,3-1 и наиболее предпочтительно в диапазоне примерно 0,5-1 или 0,7-1, и еще более предпочтительно в диапазоне примерно 0,3-0,9 или 0,5-0,9.
23. Последовательность мРНК по п. 22, где последовательность мРНК ассоциируют или включают в комплекс с катионным белком или пептидом, предпочтительно протамином.
24. Композиция, содержащая несколько или более одной последовательности мРНК, каждая по одному из пп. 1-23.
25. Фармацевтическая композиция, содержащая последовательность мРНК по одному из пп. 1-23 или композицию по п. 24 и необязательно фармацевтически приемлемый носитель.
26. Фармацевтическая композиция по п. 25, в которой последовательность мРНК образует комплекс по меньшей мере частично с катионным или поликатионным соединением и/или полимерным носителем, предпочтительно с катионными белками или пептидами и наиболее предпочтительно с протамином.
27. Фармацевтическая композиция по п. 26, в которой соотношение входящее в комплекс мРНК:свободная мРНК выбирают из диапазона от примерно 5:1 до примерно 1:10 (мас./мас.), более предпочтительно из диапазона от примерно 4:1 до примерно 1:8 (мас./мас.), еще более предпочтительно из диапазона от примерно 3:1 до примерно 1:5 (мас./мас.) или 1:3 (мас./мас.), и наиболее предпочтительно соотношение входящее в комплекс мРНК:свободная мРНК выбирают из соотношения, составляющего примерно 1:1 (мас./мас.).
28. Набор или набор компонентов, содержащий в качестве компонентов последовательность мРНК по одному из пп. 1-23, композицию по п. 24, фармацевтическую композицию по одному из пп. 25-27 и необязательно технические инструкции с информацией о введении и дозировке компонентов.
29. Применение последовательности мРНК по одному из пп. 1-23, композиции по п. 24, фармацевтической композиции по одному из пп. 25-27 и набора или набора компонентов по п. 28 в качестве лекарственного средства.
30. Применение последовательности мРНК по одному из пп. 1-23, композиции по п. 24, фармацевтической композиции по одному из пп. 25-27 и набора или набора компонентов по п. 28 для лечения или профилактики вызываемых РСВ инфекций.
31. Применение по п. 30, в котором лечение объединяют с введением иммуноглобулина против РСВ, прежде всего паливизумаба.
32. Способ лечения или профилактики вызываемых РСВ инфекций, включающий стадии, на которых:
а) получают последовательность мРНК по одному из пп. 1-23, композицию по п. 24, фармацевтическую композицию по одному из пп. 25-27 или набор или набор компонентов по п. 28;
б) вносят или вводят последовательность мРНК, композицию, фармацевтическую композицию или набор или набор компонентов в ткань или организм;
в) необязательно вводят иммуноглобулин против РСВ.