СПОСОБЫ РАЗДЕЛЕНИЯ, ХАРАКТЕРИСТИКИ И(ИЛИ) ИНДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ СПЕКТРОСКОПИИ

1. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма из тестируемого образца, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) селективный лизис клеток не микроорганизмов в тестируемом образце с получением лизированного образца;
(c) разделение микроорганизмов от других компонентов лизированного образца с образованием изолированного образца микроорганизмов;
(d) спектроскопическое исследование указанных изолированных микроорганизмов с получением спектроскопических измерений указанного микроорганизма и
(e) характеристику и/или идентификацию указанного микроорганизма в изолированном образце путем сравнения спектроскопических измерений со снятыми спектроскопическими измерениями известных микроорганизмов или предсказанными спектроскопическими свойствами известных микроорганизмов.
2. Способ по п.1, где стадии (с) и (d) осуществляют в герметично закрытом контейнере, и где стадия исследования (d) является неинвазивной.
3. Способ по п.1, где спектроскопические измерения являются результатом флуоресцентной спектроскопии и рамановской спектроскопии.
4. Способ по п.1, где спектроскопия выбрана из группы, состоящей из флуоресцентной спектроскопии, спектроскопии диффузного отражения, абсорбционной и трансмиссионной спектроскопии, инфракрасной спектроскопии, терагерцевой спектроскопии и любой их комбинации.
5. Способ по п.4, где флуоресцентную спектроскопию измеряют во фронтальном режиме.
6. Способ по п.1, где идентификация основана на собственной флуоресценции указанного микроорганизма.
7. Способ по п.6, где спектроскопия включает определение матрицы возбуждения-испускания (ЕЕМ).
8. Способ по п.7, где ЕЕМ сравнивают с базой данных ЕЕМ известных микроорганизмов.
9. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
10. Способ по п.1, где микроорганизмы характеризуют на основании одного или более чем одного измерения времени обнаружения, скорости роста, а также размера, формы, цвета и/или плотности осадка микроорганизма.
11. Способ по п.1, где указанные микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп, функциональных групп и групп собственной естественной флуоресценции.
12. Способ по п.1, где микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
13. Способ по п.1, где стадию селективного лизиса (b) осуществляют путем разрушения ультразвуком, осмотического шока, химической обработки или их комбинации.
14. Способ по п.1, где стадию селективного лизиса (b) осуществляют, используя раствор для лизиса, содержащий один или более чем один детергент.
12
9
7
15. Способ по п.14, где один или более чем один детергент выбран из группы, состоящей из Тритона Х-100, Тритона X-100-R, Тритона Х-114, NP-40, Genapol С-100, Genapol Х-100, Igepal CA 630, Ariasolve™ 200, Brij 96/97, CHAPS, октил-пара-D-глюкопиранозида, сапонина, нонаэтиленгликоля монододецилового эфира (CE, полидоценол), додецилсульфата натрия, N-лаурилсаркозина, дезоксихолата натрия, желчных солей, гексадецилтриметиламмония бромида, SB3-10, SB3-12, амидосульфобетаина-14, CBzO, Brij 98, Brij 58, Brij 35, Твин 80, Твин 20, Pluronic L64, Pluronic P84, не детергентных сульфобетаинов (NDSB 201), амфиполов (PMAL-C8) и метил-β-циклодекстрина.
12-18
9-10
16. Способ по п.14, где указанный детергент представляет собой полиоксиэтиленовый детергент, включающий структуру С/Е.
17. Способ по п.16, где полиоксиэтиленовый детергент выбран из группы, состоящей из Brij 97, Brij 96V, Genapol C-100, Genapol X-100 и полидоценола.
18. Способ по п.14, где указанный раствор для лизиса дополнительно содержит один или более чем один фермент, который включает смесь одной или более чем одной протеиназы и одной или более чем одной нуклеазы.
19. Способ по п.14, где указанный раствор для лизиса содержит один или более чем один буферный агент.
20. Способ по п.1, где стадию разделения (с) осуществляют путем фильтрования, которое приводит в результате к изолированному образцу микроорганизма.
21. Способ по п.1, где лизированный образец наслаивают на градиент плотности в указанном контейнере, и где контейнер центрифугируют с образованием осадка микроорганизмов.
22. Способ по п.21, где градиент плотности включает одно или более чем одно из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидина, сополимера метилового эфира ПЭГ и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости.
23. Способ по п.1, где тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.
24. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма из гемокультуры, включающий:
(a) получение образца из гемокультуры, о которой известно, что она содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) селективный лизис клеток не микроорганизмов в указанном образце с получением лизированного образца;
(c) наслаивание указанного лизированного образца на градиент плотности в герметичном контейнере;
(d) центрифугирование контейнера для разделения микроорганизмов от других компонентов указанного образца и образования осадка микроорганизмов;
(e) спектроскопическое исследование указанных изолированных микроорганизмов с получением спектроскопических измерений указанного микроорганизма и
(f) характеристику и/или идентификацию данного микроорганизма в изолированном образце путем сравнения спектроскопических измерений со снятыми спектроскопическими измерениями известных микроорганизмов или предсказанными спектроскопическими свойствами известных микроорганизмов.
25. Способ характеристики и/или идентификации микроорганизма, включающий:
(a) получение тестируемого образца, о котором известно, что он содержит или может содержать микроорганизмы;
(b) помещение указанного тестируемого образца в герметичный контейнер;
(c) разделение in situ микроорганизмов от других компонентов тестируемого образца с образованием изолированного образца микроорганизмов из микроорганизмов в указанном герметичном контейнере;
(d) спектроскопическое исследование указанных изолированных микроорганизмов in situ с получением спектроскопических измерений указанного микроорганизма и
(e) характеристику и/или идентификацию указанного микроорганизма в указанном изолированном образце путем сравнения спектроскопических измерений со снятыми спектроскопическими измерениями известных микроорганизмов или предсказанными спектроскопическими свойствами известных микроорганизмов.
26. Способ по п.1, где спектроскопические измерения являются результатом флуоресцентной спектроскопии и рамановской спектроскопии.
27. Способ по п.25, где спектроскопия выбрана из группы, состоящей из флуоресцентной спектроскопии, спектроскопии диффузного отражения, абсорбционной и трансмиссионной спектроскопии, инфракрасной спектроскопии, терагерцевой спектроскопии и любой их комбинации.
28. Способ по п.27, где идентификация основана на собственной флуоресценции указанного микроорганизма.
29. Способ по п.28, где спектроскопия включает определение матрицы возбуждения-испускания (ЕЕМ), и где указанную ЕЕМ сравнивают с базой данных ЕЕМ известных микроорганизмов.
30. Способ по п.25, где стадию разделения (с) осуществляют путем центрифугирования или фильтрования.
31. Способ по п.25, где образец наслаивают на градиент плотности в контейнере, и где контейнер центрифугируют с образованием осадка микроорганизмов.
32. Способ по п.25, где градиент плотности включает одно или более чем одно из коллоидного кремнезема, йодированных контрастных агентов, сахарозы, иммерсионного масла для микроскопа, минерального масла, силиконового масла, фторсиликонового масла, силиконового геля, метризоата-фиколла, диатризоата-декстрана, карбоксиметилцеллюлозы, гидроксипропилметилцеллюлозы, полиэтиленоксида (высокой молекулярной массы), Pluronic F127, Pluronic F68, полиакриловой кислоты, сшитого поливинилового спирта, сшитого поливинилпирролидина, сополимера метилового эфира ПЭГ и метакрилата, пектина, агарозы, ксантана, геллана, Phytagel, сорбита, фиколла, глицерина, декстрана, гликогена, хлорида цезия, перфторуглеродных жидкостей и/или гидрофторуглеродной жидкости.
33. Способ по п.25, где указанные микроорганизмы характеризуют на основании одной или более чем одной фенотипической и/или морфологической характеристики.
34. Способ по п.25, где указанные микроорганизмы характеризуют на основании одного или более чем одного измерения времени обнаружения, скорости роста, а также размера, формы, цвета и/или плотности осадка микроорганизма.
35. Способ по п.25, где микроорганизмы характеризуют по одной или более чем одной модели классификации, выбранной из группы, состоящей из групп по Граму, клинических групп по Граму, терапевтических групп, функциональных групп и групп собственной естественной флуоресценции.
36. Способ по п.25, где микроорганизмы идентифицируют на уровне рода, на уровне вида или на уровне штамма.
37. Способ по п.25 где тестируемый образец представляет собой образец культуры, о которой известно, что она содержит микроорганизмы.