АНАЛОГИ ГАЛИХОНДРИНА В
HALICHONDRIN B ANALOGUES

Область изобретения
Изобретение относится к аналогам галихондрина В, имеющим фармацевтическую активность. В некоторых вариантах осуществления аналоги имеют кристаллическую форму и/или дополнительно применимы в качестве синтетического промежуточного соединения в синтезе аналога Е7389 галихондрина В, соединения, имеющего сильные противораковые свойства.
Предшествующий уровень техники
S
Галихондрин В, сильный противораковый агент, первоначально был выделен из морской губки Halichondria okadai. Он обнаружен также в Axinella sp., Phakellia carteri и Lissondendryx sp. Галихондрин В проявляет in vitro ингибирование полимеризации тубулина, скопления микротрубочек, сшивки бета-тубулина, связывание GTR и винбластина с тубулином и зависимый от тубулина гидролиз GTR. Была также показана in vitro и in vivo противораковая активность.
Aicher и др. опубликовали общий синтез галихондрина В в 1992 г. См. Aicher, T.D. et al., J. Am. Chem. Soc. 114:3162-3164, и Zheng, W.J. et al., J. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 5551. Синтезы галихондрина В и различных аналогов описаны также в патентах США 6214865, 6365759, 6469182 и 6653341, в опубликованных патентных заявках США 2004/0198806 и 2006/0104984 и в опубликованной заявке РСТ WO 2005/118565, все они приобщены к сему ссылкой во всей их полноте.
Сущность изобретения
Данное изобретение относится к аналогам галихондрина В, имеющим фармацевтическую активность. Аналоги имеют кристаллическую форму и/или находят дополнительное применение в качестве синтетического промежуточного соединения в синтезе аналога Е7389 галихондрина В, соединения, имеющего сильные противораковые свойства. Соответственно, изобретение относится к кристаллической форме моногидрата ER-076349, кристаллической форме ER-809681, соединению ER-820057 или кристаллической форме ER-820057, соединению ER-818906 или кристаллической форме ER-818906, соединению ER-819531 или кристаллической форме ER-819531, соединению ER-111197 или кристаллической форме ER-111197. Изобретение также относится к фармацевтическим композициям, содержащим указанные соединения, и способам лечения рака введением этих соединений.
Краткое описание чертежей
Фиг.1-А представляет изображение ORTEP структуры монокристалла моногидрата ER-076349-00.
Фиг.1-В представляет диаграмму кристаллической упаковки моногидрата ER-076349 вдоль b-оси.
Фиг.1-С представляет порошковую рентгенограмму (XRPD) моногидрата ER-076349, кристаллизованного из изопропилового спирта.
Фиг.1-D представляет график рентгенограмм XRPD моногидрата ER-076349, кристаллизованного из различных растворителей.
Фиг.1-Е представляет график DSC моногидрата ER-076349, кристаллизованного из этанола.
Фиг.1-F представляет график DSC моногидрата ER-076349, кристаллизованного из изопропанола.
Фиг.1-G представляет график DSC моногидрата ER-076349, кристаллизованного из пропионитрила.
Фиг.2-А представляет изображение ORTEP структуры монокристалла сольвата моноацетонитрила ER-818906.
Фиг.2-В представляет диаграмму кристаллической упаковки сольвата моноацетонитрила ER-818906 вдоль с-оси.
Фиг.2-С представляет рентгенограмму XRPD сольвата моноацетонитрила ER-818906 (эпи-С20 диол).
Фиг.3-А представляет изображение ORTEP структуры монокристалла моногидрата ER-819531 (эпи-С23 диол).
Фиг.3-В представляет диаграмму кристаллической упаковки моногидрата ER-819531 (эпи-С23 диол) вдоль b-оси.
Фиг.3-С представляет рентгенограмму XRPD ER-819531 (эпи-С23 диол).
Фиг.4-А представляет рентгенограмму XRPD ER-820057 (эпи-С23 амин).
Фиг.5-А представляет изображение ORTEP структуры монокристалла моногидрата ER-111197 (эпи-С34 диол).
Фиг.5-В представляет диаграмму кристаллической упаковки моногидрата ER-111197 (эпи-С34 диол) вдоль а-оси.
Фиг.6-А представляет изображение ORTEP структуры монокристалла ER-809681 (эпоксид).
Фиг.6-В представляет диаграмму кристаллической упаковки ER-809681 (эпоксид) вдоль b-оси.
Фиг.6-С представляет рентгенограмму XRPD ER-809681 (эпоксид).
Фиг.6-D представляет рассчитанную рентгенограмму XRPD ER-809681 (эпоксид).
Подробное описание изобретения
Как описано в патенте США 6214865, аналог галихондрина В, ER-086526 (идентифицированный как соединение В-1939), является сильным противоопухолевым агентом. ER-086526 получают из промежуточного соединения диола, ER-076349 (идентифицированного как соединение В-1793). Патент США 6214865 описывает получение ER-076349 (В-1793), а также его применение при получении некоторых других аналогов галихондрина В.
Альтернативный путь синтеза ER-086526 через ER-076349 описан в опубликованной заявке РСТ WO 2005/118565. Согласно WO 2005/118565 ER-076349 превращают в ER-086526 следующим образом:
В способе по WO 2005/118565 ER-076349 подвергают реакции in situ до образования тозилата, ER-082892, который затем превращается in situ в эпоксид, ER-809681, перед образованием ER-086526, как показано на следующей схеме:
ER-076349 кристаллизуется из различных растворителей как моногидрат. Эпоксид, ER-809681, также может быть выделен как кристаллическое соединение. Кристаллический моногидрат ER-076349 (пример 1) и кристаллический ER-809681 (пример 6) представляют отдельные варианты осуществления данного изобретения.
В многостадийных синтезах, таких как описанные в патенте США 6214865 и WO 2005/118565, получают промежуточные продукты, и нежелательные побочные продукты или примеси могут быть перенесены далее по процессу с более ранних стадий. Часто стадии фильтрования, разделения и/или очистки вводят, чтобы удалить нежелательные побочные продукты или примеси. Включение таких стадий может не только увеличить затраты, но и снизить общий выход синтеза. Наличие кристаллического промежуточного соединения в многостадийном синтезе может быть направлено на решение указанных проблем. Кристаллическое промежуточное соединение предоставляет конкретные преимущества - промежуточное соединение высокой чистоты может снижать потребность в других стадиях очистки и снижать стоимость процесса синтеза. При получении ER-086526 наличие кристаллического моногидрата ER-076349 как промежуточного соединения высокой чистоты дает возможность отделить его эпимер С25. В основной массе кристаллического ER-076349 количество эпимера С25 обычно ниже 0,1% мас.
Данное изобретение относится также к кристаллическим формам некоторых диастереомеров ER-076349. Один или несколько диастереомеров являются распространенными примесями, встречающимися в многостадийном синтезе соединений, имеющих несколько хиральных атомов углерода. Полезно характеризовать различные диастереомеры, чтобы идентифицировать эпимерные примеси, которые появляются или могут появляться при получении желательного соединения. Идентификация эпимерной примеси может привести к усовершенствованиям процесса, чтобы уменьшить, исключить, определить или удалить примесь. Кристаллические формы различных эпимеров дают возможность специфической характеристики конкретного эпимера и его идентификации в синтезе. К тому же, кристаллизация конкретного эпимера может быть средством удаления его и тем самым очистки желательного соединения. Кристаллические формы эпимеров ER-076349 направлены на эти потребности в синтезе ER-086526. Кристаллические формы следующих соединений, родственных ER-076349, представляют дополнительные варианты осуществления данного изобретения: ER-809681, ER-820057, ER-818906, ER-819531 и ER-111197, все они проявляют противораковую активность. Эта группа соединений и кристаллических форм этих соединений вместе упоминаются как аналоги галихондрина В и индивидуально каждое из них рассматривается как аналог галихондрина В для целей данного раскрытия.
Существуют многочисленные типы подходов к лечению рака, которые могут быть использованы в сочетании с лечением аналогом галихондрина В по изобретению. Они включают, например, лечение химиотерапевтическими агентами (см. ниже), биологическими агентами (например, гормональными агентами, цитокинами (например, интерлейкинами, интерферонами, гранулоцитарным колониестимулирующим фактором (G-CSF), макрофаговым колониестимулирующим фактором (M-CSF) и гранулоцитарно-макрофаговым колониестимулирующим фактором (GM-CSF)), хемокинами, вакцинными антигенами и антителами), анти-ангиогенными агентами (например, ангиостатином и эндостатином), облучением и хирургическим путем.
Способы по изобретению могут использовать указанные подходы для лечения таких же типов рака, как те, для которых они известны как применяемые в медицине, а также других, которые могут быть определены специалистами в этой области. Кроме того, указанные подходы могут быть осуществлены в соответствии с параметрами (например, режимами и дозами), которые подобны тем, которые известны в медицине для их применения. Однако, как это понятно в данной области, может быть желательным приспосабливать некоторые из этих параметров из-за дополнительного применения аналога галихондрина В с указанными подходами. Например, если лекарство обычно вводят как единственный терапевтический агент, то при объединении с аналогом галихондрина В по изобретению может быть желательным снизить дозу лекарства, как это может быть установлено специалистами в этой области. Примеры способов по изобретению, а также композиций, которые могут быть использованы в этих способах, приведены ниже.
Химиотерапевтические лекарства нескольких различных типов, включая, например, антиметаболиты, антибиотики, алкилирующие агенты, растительные алкалоиды, гормональные агенты, антикоагулянты, тромболитические средства и другие натуральные продукты, наряду с прочим, могут быть использованы в сочетании с лечением галихондрином В по изобретению. Конкретные неограничительные примеры указанных классов лекарств, а также типов рака, которые можно лечить с их применением, являются следующими.
Антиметаболитные лекарства, с которыми могут быть использованы аналоги галихондрина В, включают, например, метотрексат, антагонисты пурина (например, меркаптопурин, тиогуанин, флударабин фосфат, кладрибин и пентостатин) и антагонисты пиримидина (например, гемцитабин, карецитабин, фторурацил (например, 5-FU), цитарабин и азацитидин). Применение указанных агентов для лечения конкретных типов рака хорошо известно в этой области и указанные агенты могут быть использованы в сочетании с аналогами галихондрина В для лечения этих и других типов рака. В качестве конкретных неограничительных примеров, аналог галихондрина В может быть использован с гемцитабином при лечении немелкоклеточной карциномы легких, рака поджелудочной железы или метастатического рака молочной железы. В дополнительном примере аналог галихондрина В может быть использован в сочетании с капецитабином для лечения рака молочной железы и колоректального рака.
Как отмечено выше, другой класс химиотерапевтических лекарств, с которыми могут быть использованы аналоги галихондрина В, включает противораковые антибиотики. К ним относятся, например, антрациклины (например, доксорубицин, эпирубицин, даунорубицин и идарубицин), адриамицин, дактиномицин, идарубинцин, пликамицин, митомицин и блеомицин. Как и с лекарствами, упомянутыми выше, применение указанных агентов для лечения конкретных типов рака хорошо известно в медицине и они могут быть использованы в сочетании с применением аналога галихондрина В для лечения указанных и других типов рака. В качестве конкретного неограничительного примера, антрациклин, такой как доксорубицин, может быть введен в сочетании с терапией галихондрином В для лечения рака молочной железы и поджелудочной железы. В качестве варианта, третий агент, циклофосфамид, может быть использован в этом способе.
Алкилирующие агенты образуют другой класс химиотерапевтических лекарств, которые могут быть введены в сочетании с аналогом галихондрина В по изобретению. Примеры таких лекарств включают прокарбазин, дакарбазин, алтретамин, цисплатин, карбоплатин и нитрозомочевины. Аналоги галихондрина В могут быть использованы с указанными агентами при лечении типов рака, для которых известно применение указанных агентов на практике, а также для лечения других типов рака. Например, аналог галихондрина В может быть использован в сочетании с карбоплатином при лечении немелкоклеточной карциномы легких или рака яичников.
Дополнительным типом химиотерапевтического лекарства, с которым аналоги галихондрина В могут быть введены по изобретению, являются растительные алкалоиды, такие как винбластин, винкристин, этопозид, тенипозид, топотекан, иринотекан, паклитаксел и доцетаксел. В качестве конкретных неограничительных примеров, аналог галихондрина В может быть использован в сочетании с иринотеканом для лечения колоректального рака или с топотеканом для лечения рака яичников или немелкоклеточного рака легких.
Дополнительными типами противораковых агентов, которые могут быть использованы в сочетании с лечением аналогом галихондрина В по изобретению, являются антикоагулянты и тромболитические агенты. Например, может быть использован гепарин (например, низкомолекулярный гепарин или гепарин сульфат) или варфарин. Применение указанных агентов при лечении пациентов путем, например, инъекции или перорального введения, хорошо известно на практике и поэтому они легко могут быть приспособлены специалистами в этой области для применения по данному изобретению.
В медицине известны различные пути введения противораковых лекарств, и они легко могут быть приспособлены для применения по изобретению. В случае одного или нескольких лекарств, которые должны быть введены в сочетании с аналогом галихондрина В, например, лекарства могут быть введены вместе в единой композиции или раздельно как часть всестороннего режима лечения. Для системного введения лекарства могут быть введены, например, внутривенным вливанием (непрерывным или болюсом). Соответствующее расписание и дозирование такого введения легко может быть определено специалистами в этой области на основе, например, предклинических исследований на животных и клинических исследований (например, исследований фазы I) на людях. Кроме того, могут быть использованы анализ лечения с применением подобных лекарств, а также контрольные факторы, такие как формула крови (например, подсчет нейтрофилов и тромбоцитов) и основные показатели состояния пациентов, как это хорошо понятно для специалистов.
Многие режимы, используемые для введения химиотерапевтических лекарств, предусматривают, например, внутривенное введение лекарства (лекарств) с последующим повторением этого лечения после периода времени (например, 1-4 недель), во время которого пациент оправляется от каких-либо вредных побочных эффектов лечения. Может быть желательным применять оба лекарства при каждом введении или, в качестве варианта, или так, чтобы некоторые (или все) лечебные мероприятия включали только одно лекарство (или подмножество лекарств).
2
2
В качестве конкретного неограничительного примера режима лечения, включенного в изобретение, аналог галихондрина В (например, 0,01-5 мг/м) может быть введен пациенту внутривенным вливанием в течение 0,5-3 часов с последующим внутривенным вливанием другого лекарства (например, гемцитабина, например, 500-900 мг/м) в течение 0,5-3 часов. Указанный курс лечения может быть повторен каждые 2-3 недели, как определено специалистами по его толерантности и эффективности. В варианте указанного способа лечение проводят обоими лекарствами в первый день, как указано выше, но затем сопровождают лечением с использованием только вторичного лекарства (например, гемцитабина) в течение обеспечивающих недель.
Далее, как хорошо известно на практике, лечение с применением способов по изобретению может быть проведено в сочетании с введением противорвотных средств, которые являются лекарствами, которые используют, чтобы уменьшить тошноту и рвоту, которые являются распространенными побочными эффектами химиотерапии рака. Примеры таких лекарств включают главные транквилизаторы (например, фенотиазины, такие как хлорпромазин и прохлорперазин), антагонисты допамина (например, метоклопрамид), антагонисты серотонина (например, ондансетрон и гранисетрон), каннабиноиды (например, дронабинол) и бензодиазепиновые седативные средства.
В дополнение к указанным выше типам рака способы и композиции по изобретению могут быть использованы для лечения следующих типов рака также, как и других: рак кожи (например, плоскоклеточная карцинома, базально-клеточная карцинома или меланома), простаты, головного мозга и нервной системы, головы и шеи, яичек, легких, печени (например, гепатома), почек, мочевого пузыря, желудочно-кишечного рака, рака костей, рака эндокринной системы (например, опухоли щитовидной железы и гипофиза) и рака лимфотической системы (например, лимфома Ходжкина и неходжкинская лимфома). Другие типы рака, которые можно лечить с применением способов по изобретению, включают фибросаркому, нейрэктодермальную опухоль, мезотелиому, эпидермоидную карциному и саркому Капоши.
Данное изобретение относится также к композициям, которые включают аналог галихондрина В в комбинации с дополнительным терапевтическим агентом (агентами), таким как какой-либо из указанных выше агентов. Лекарства в таких композициях предпочтительно приготовлены для введения пациентам (например,в физиологическом растворе) или, в качестве варианта, могут быть в форме, требующей дополнительной переработки перед введением. Например, композиция может содержать лекарства в лиофилизованной форме или в концентрированной форме, требующей разбавления. Составление лекарств для применения в химиотерапевтических способах может быть осуществлено с использованием стандартных методик (см., например, Remington's Pharmaceutical Sciences (18th edition). ed. A. Gennaro, 1990, Mack Publishing Co., Easton, Pa.).
ПРИМЕРЫ
Сбор данных рентгенографии и определения структуры монокристалла
Данные собирали с помощью дифрактометра на основе Bruker SMART APEX CCD (зарядное сдвоенное устройство), снабженного низкотемпературным аппаратом Oxford Cryostream, работающим при 193 К. Данные измеряли, используя омега-сканирования 0,3° на фрейм в течение 30 секунд, так что собирали полусферу. Всего было собрано 1271 фрейм с максимальным разрешением 0,76 Å. Первые 50 фреймов повторно собирали в конце сбора данных, чтобы отследить угасание. Параметры ячейки возвращали в исходное состояние, используя программное обеспечение SMART (SMART V 5.625 (NT) Software for the CCD Detector System; Bruker Analytical X-ray Systems, Madison, WI (2001)), и данные уточняли с помощью SAINT на всех наблюдаемых отображениях. Обработку данных проводили, используя программное обеспечение SAINT (SAINT V 6.22 (NT) Software for the CCD Detector System Bruker Analytical X-ray Systems, Madison, WI (2001), которое корректировало Lp и угасание. Структуры выясняли непосредственным методом с использованием программы SHELXS-97 (Sheldrick, G. M. SHELXS-90, Program for the Solution of Crystal Struture, University of Göttingen, Germany, 1990) и уточняли методом наименьших квадратов по F2, SHELXS-97 (Sheldrick, G. M. SHELXL-97, Program for the Refinement of Crystal Struture, University of Göttingen, Germany, 1997), включенным в SHELXTL-РС V 6.10 (SHELXTL 6.1 (PC-Version), Program library for Structure Solution and Molecular Graphics; Bruker Analytical X-ray Systems, Madison, WI (2000).
Процедура сбора данных порошковой рентгенографии (XRPD)
Небольшое количество кристаллического материала использовали для исследований дифракции XRPD, описанных ниже. Материал не дробили и поэтому могли иметь эффекты предпочтительной ориентации. Использовали кварцевую пластину на дифрактометре Scintag. Данные получали при нормальном условии порошковой дифракции с диапазоном 2 тэта 5-70 градусов с использованием излучения меди. Никакой поправки фона не применяли. В таблице 1 перечислены параметры приобретения данных.
Таблица 1
Условия измерения XRPD
Рентгеновский дифрактометр:
Scintag
Мишень:
Cu
Детектор:
литиевый смещенный диод
Напряжение на трубке:
40 кВ
Ток трубки:
30 мА
Щель:
DS 1,0, RS 0,3 мм, SS 2 мм трубка, 0,5 мм детектор
Скорость сканирования:
1°/мин
Шаг/образец:
0,02°
Диапазон сканирования:
5-70°
Держатель образца:
кварцевый держатель (25×25 мм)
Гониометр:
Theta-Theta, фиксированная горизонтальная основа, гониометр
Фильтр:
электронный
Монохроматор:
не использовали
Пример 1
Характеристика кристаллического моногидрата ER-076349
Рентгенограммы XRPD этанола, изопропанола (IPA), пропионитрила идентичны образцу ацетонитрил/вода. Характеристика в качестве моногидрата основана на этом сравнении. Рентгеновская единичная ячейка кристалла ацетонитрил/вода ясно показала наличие единственной молекулы воды.
А. Процедуры кристаллизации моногидрата ER-076349
Кристаллизация ER-076349 из этанола, изопропанола и пропионитрила (образец XRPD): ER-076349 растворяли в растворителе (5 об.). Раствору давали возможность испаряться при комнатной температуре, и кристалл, подходящий для тестирования XRPD, образовывался в течение 16-24 ч.
Кристаллизация ER-076349 из раствора ацетонитрил/вода (образец XRPD): ER-076349 растворяли в ацетонитриле (1 об.). К этому раствору медленно добавляли раствор ацетонитрил/вода (10 об., 2 части воды, 1 часть ацетонитрила); если раствор становился мутным, можно было добавить минимальное количество ацетонитрила. В раствор вносили затравку ER-076349 (0,004 вес.). Смесь перемешивали при комнатной температуре и растворитель выпаривали с потоком инертного газа, пока содержание цетонитрила не достигало ≤5%. Твердые вещества суспендировали в воде (5 об.) и смесь фильтровали. Отфильтрованные твердые вещества сушили в высоком вакууме и потоке инертного газа в течение 12-24 часов.
Кристаллизация ER-076349 из раствора ацетонитрил/вода (монокристалл): ER-076349 растворяли в ацетонитриле (5 об.). Затем добавляли воду (0,5 об.). Контейнер хранили при комнатной температуре и вентилировали для медленного испарения растворителя в течение 4 недель, и монокристалл, подходящий для ренгеновского исследования структуры, образовывался медленно.
В. Рентгеновское определение монокристалла моногидрата ER-076349
1
1
1
Бесцветный плоский кристалл с размерами 0,10×0,10×0,04 мм размещали на нейлоновой петле 0,2 нм, используя очень небольшое количество масла сходного оттенка. Структуру монокристалла, показанную на фиг.1-А, определяли, используя процедуру, описанную выше. В таблице 2 приведены данные кристалла и параметры уточнения структуры, использованные для определения структуры монокристалла моногидрата ER-076349. Структуру выясняли в пространственной группе Р222 (# 19) путем анализа систематических неупорядоченностей. Все неводородные атомы уточняли анизотропно. Атомы водорода рассчитывали геометрическими методами и уточняли как модель перекрывания. Кристалл, используемый для исследования методом дифракции, не обнаружил никакого разложения во время сбора данных. Все рисунки были сделаны при 50% эллипсоидах. Фиг.1-В представляет диаграмму кристаллической упаковки моногидрата ER-076349 вдоль b-оси, которая показывает наилучшую диаграмму водородного связывания внутри кристалла, пунктирные линии.
Таблица 2
Данные кристалла и уточнение структурыдля моногидрата ER-076349
Эмпирическая формула
С<sub>40</sub>Н<sub>59</sub>О<sub>13</sub>
Масса по формуле
747,87
Температура
193(2)К
Длина волны
0,71073 Å
Кристаллическая система
Орторомбическая
Пространственная группа
Р2(1)2(1)2(1)
Размеры единичной ячейки
а=9,9189(14)Å  α=90°b=11,3394(17)Å β=90°с=34,029(5)Å γ=90°
Объем
3827,3(10) Å<sup>3</sup>
Z
4
Плотность (рассчитанная)
1,298 Мг/м<sup>3</sup>
Коэффициент поглощения
0,096 мм<sup>-1</sup>
F(000)
1612
Размер кристалла
0,10×0,10×0,04 мм<sup>3</sup>
Диапазон тэта для сбора данных
1,20-26,39°
Пределы индексов
-10<=h<=12, -13<=k<=14,-32<=I<=42
Собранные отображения
23198
Независимые отображения
7808[R(int)=0,1131]
Полнота до тэта = 26,39°
99,9%
Поправка поглощения
нет
Метод уточнения
Полноматричные наименьшие квадраты по F<sup>2</sup>
Данные/ограничения/параметры
7808/0/482
Критерий согласия по F<sup>2</sup>
0,938
Конечные R индексы [I>2сигма(I)]
R1=0,0627, wR2=0,0911
R индексы (все данные)
R1=0,1693, wR2=0,1150
Абсолютный структурный параметр
-0,7(12)
Максимальные дифф. вершина и дырка
0,380 и -0,182 э.Å<sup>-3</sup>
С. Характеристика порошковой рентгенографией (XRPD) моногидрата ER-076349
Фиг.1-С представляет рентгенограмму XRPD моногидрата ER-076349, кристаллизованного из изопропилового спирта, как описано выше. В таблице 3 показаны пики с относительными интенсивностями на рентгенограмме XRPD.
Таблица 3
Пики XRPD моногидрата ER-076349
Положение (2θ)
Отн. инт.(%)
18,2
100,0%
20,8
91,0%
18,7
60,3%
20,3
59,6%
10,4
59,3%
22,2
51,2%
15,9
42,5%
13,0
37,4%
9,3
37,1%
14,2
35,5%
12,1
29,3%
11,9
28,3%
5,2
22,9%
Фиг.1-D представляет многоярусный график характерных рентгенограмм XRPD моногодрата ER-076349, полученного перекристаллизацией из различных растворителей, включая ацетонитрил и воду, этанол, изопропанол и пропионитрил. Для получения рентгенограмм использовали тот же способ, который описан выше.
Фиг.1-Е, 1-F и 1-G отображают термограммы дифференциальной сканирующей калориметрии (DSC) моногодрата ER-076349. Фиг.1-Е отображает график DSC ER-076349, кристаллизованного из раствора в этаноле. DSC показывает эндотермический пик при 160°С. Фиг.1-F отображает график DSC ER-076349, кристаллизованного из раствора в изопропаноле. DSC показывает эндотермический пик при 157°С. Фиг.1-G отображает график DSC ER-076349, кристаллизованного из раствора в пропионитриле. DSC показывает эндотермический пик при 161°С.
Пример 2
Характеристика ER-818906 (эпи-С20 диола), моно-ацетонитрил сольвата
А. Процедура кристаллизации для создания кристаллических образцов для рентгеновского исследования и XRPD
ER-818906(1 вес.) суспендировали в ацетонитриле (10 об.) и осторожно нагревали для гарантии полного растворения. Раствор выдерживали при комнатной температуре, и рост кристалла начинался через 30 минут. Образец монокристалла, пригодный для рентгеноструктурного анализа, образовывался через 16-24 часа. Химическая структура ER-818906 (эпи-С20 диола) показана ниже.
В. Рентгеновское определение монокристалла моно-ацетонитрил сольвата ER-818906 (эпи-С20 диола)
1
Бесцветный блок-кристалл с размерами 0,12 × 0,12 × 0,10 мм размещали на нейлоновой петле 0,2 нм, используя очень небольшое количество масла сходного оттенка. Структуру монокристалла, показанную на фиг.2-А, определяли, используя процедуру, описанную выше. В таблице 3 приведены данные кристалла и параметры уточнения структуры, использованные для определения структуры монокристалла моно-ацетонитрил сольвата ER-818906. Структуру выясняли в пространственной группе Р2 (# 4). Все неводородные атомы уточняли анизотропно. Атомы водорода рассчитывали геометрическими методами и уточняли как модель перекрывания. Flack параметр использовали для анализа кристалла. Если величина Flack параметра близка к нолю, абсолютная структура, заданная уточнением структурного элемента, является вероятно корректной; если величина близка к 1,0, тогда инвертированная структура (другой энантиомер) является вероятно корректной; если величина близка к 0,5, кристалл является вероятно рацемическим. См. Flack, H.D., Acta Cryst. A39, 1983, 876-881. Flack параметр был уточнен до 0,3(4). Хиральность указанного соединения подтверждали его синтетическим происхождением. Кристалл, используемый для исследования методом дифракции, не обнаружил никакого разложения во время сбора данных. Все рисунки сделаны при 50% эллипсоидах. Фиг.2-В представляет диаграмму кристаллической упаковки моно-ацетонитрил сольвата ER-818906 вдоль с-оси.
Таблица 3
Данные кристалла и уточнение структурыдля моно-ацетонитрил сольвата ER-818906
Эмпирическая формула
C<sub>42</sub>H<sub>61</sub>NO<sub>12</sub>
Масса по формуле
771,92
Температура
193(2)К
Длина волны
0,71073 Å
Кристаллическая система
моноклинная
Пространственная группа
Р2(1)
Размеры единичной ячейки
а=10,610(4)Å  α=90°b=17,114(7)Å β=94,341(7)°с=11,251(5)Å γ=90°
Объем
2036,9(15) Å<sup>3</sup>
Z
2
Плотность (рассчитанная)
1,259 Мг/м<sup>3</sup>
Коэффициент поглощения
0,091 мм<sup>-1</sup>
F(000)
832
Размер кристалла
0,12×0,12×0,10 мм<sup>3</sup>
Диапазон тэта для сбора данных
1,82 - 27,87°
Пределы индексов
-13<=h<=12, -22<=k<=22,-14<=I<=14
Собранные отображения
14960
Независимые отображения
9147[R(int)=0,0160]
Полнота до тэта = 27,87°
98,6%
Поправка поглощения
эмпирическая
Макс. и мин. трансмиссия
0,9909 и 0,9891
Метод уточнения
Полноматричные наименьшие квадраты по F<sup>2</sup>
Данные/ограничения/параметры
9147/1/501
Критерий согласия по F<sup>2</sup>
1,044
Конечные R индексы [I>2сигма(I)]
R1=0,0410, wR2=0,0881
R индексы (все данные)
R1=0,0473, wR2=0,0909
Абсолютный структурный параметр
0,3(6)
Максимальные дифф. вершина и дырка
0,222 и -0,199 э.Å<sup>-3</sup>
С. Характеристика порошковой рентгенографией (XRPD) моно-ацетонитрил сольвата ER-818906 (эпи-С20 диола)
Небольшое количество материала оставляли после удаления образца для исследования монокристалла в примере 2А. Рентгенограмму XRPD получали, как описано выше. Рентгенограмма XRPD показана на фиг.2-С. В таблице 4 показаны пики с относительными интенсивностями на рентгенограмме XRPD.
Таблица 4
Пики XRPD ER-818906 (эпи-С20 диол)
Положение (2θ)
Отн. инт.(%)
23,7
100,0
32,8
35,6
7,9
25,0
40,0
19,4
68,4
14,5
23,9
12,2
29,2
10,4
26,7
7,7
8,1
7,3
48,6
7.2
57,5
6,4
48,9
5,9
40,7
5,7
34,1
4,0
Пример 3
Характеристика моногидрата ER-819531 (эпи-С23 диола)
А. Процедура кристаллизации для качественного образца для XRPD
ER-819531(1 вес.)растворяли в ацетонитриле (10 об.) при комнатной температуре и температуру снижали до -20°С и выдерживали при этой температуре в течение 16 часов. Кластеры кристалла, пригодные для порошкового анализа XPRD, образовывались через 16 часов. Химическая структура ER-819531 (эпи-С23 диола) показана ниже.
В. Рентгеновское определение монокристалла моногидрата ER-819531 (эпи-С23 диола)
1
1
1
Часть образца ER-819531 растворяли в смеси ацетонитрила, нескольких капель толуола и одной капли воды. Этому затем давали возможность медленно испаряться в небольшом сосуде. Это имело результатом монокристаллы, один из которых выбирали для использования в этом исследовании. Бесцветный блок-кристалл с размерами 0,12×0,12×0,04 мм размещали на нейлоновой петле 0,2 нм, используя очень небольшое количество масла сходного оттенка. Структуру монокристалла, показанную на фиг.3-А, определяли, используя процедуру, описанную выше. В таблице 5 приведены данные кристалла и параметры уточнения структуры, использованные для определения структуры моногидрата ER-819531. Структуру выясняли в пространственной группе Р222 (# 19) путем анализа систематических неупорядоченностей. Все неводородные атомы уточняли анизотропно. Атомы водорода рассчитывали геометрическими методами и уточняли как модель перекрывания. Flack параметр использовали для анализа кристалла. Если величина Flack параметра близка к нолю, абсолютная структура, заданная уточнением структурного элемента, является вероятно корректной; если величина близка к 1,0, тогда инвертированная структура (другой энантиомер) является вероятно корректной; если величина близка к 0,5, кристалл является вероятно рацемическим. См. Flack, H.D., Acta Cryst. A39, 1983, 876-881. Flack параметр был уточнен до 0,50(16). Хиральность указанного соединения подтверждали его синтетическим происхождением. Кристалл, используемый для исследования методом дифракции, не обнаружил никакого разложения во время сбора данных. Все рисунки сделаны при 50% эллипсоидах. Фиг.3-В представляет диаграмму кристаллической упаковки вдоль b-оси, которая показывает водородную связь внутри кристалла, пунктирные линии.
Таблица 5
Данные кристалла и уточнение структурыдля моно-гидрата ER-819531
Эмпирическая формула
C<sub>40</sub>H<sub>60</sub>O<sub>13</sub>
Масса по формуле
748,88
Температура
193(2)К
Длина волны
0,71073 Å
Кристаллическая система
Орторомбическая
Пространственная группа
Р2(1)2(1)2(1)
Размеры единичной ячейки
а=9,6545(16)Å  α=90°b=11,6562(19)Å β=90°с=33,618(6)Å γ=90°
Объем
3783,1(11) Å<sup>3</sup>
Z
4
Плотность (рассчитанная)
1,315 Мг/м<sup>3</sup>
Коэффициент поглощения
0,097 мм<sup>-1</sup>
F(000)
1616
Размер кристалла
0,12×0,12×0,04 мм<sup>3</sup>
Диапазон тэта для сбора данных
1,85-23,25°
Пределы индексов
-10<=h<=10, -12<=k<=12,-37<=I<=25
Собранные отображения
18298
Независимые отображения
5420[R(int)=0,0866]
Полнота до тэта = 27,87°
100,0%
Поправка поглощения
Нет
Метод уточнения
Полноматричные наименьшие квадраты по F<sup>2</sup>
Данные/ограничения/параметры
5420/0/482
Критерий согласия по F<sup>2</sup>
1,025
Конечные R индексы [I>2сигма(I)]
R1=0,0670, wR2=0,1275
R индексы (все данные)
R1=0,1032, wR2=0,1421
Абсолютный структурный параметр
0,5(16)
Максимальные дифф. вершина и дырка
0,503 и -0,261 э.Å<sup>-3</sup>
С. Характеристика порошковой рентгенографией (XRPD) моногидрата ER-819531 (эпи-С23 диола)
Моногидрат ER-819531получали, как описано выше. Рентгенограмма XRPD показана на фиг.3-С. В таблице 6 показаны пики с относительными интенсивностями на рентгенограмме XRPD.
Таблица 6
Пики XRPD ER-819531 (эпи-С23 диол)
Положение (2θ)
Отн. инт.(%)
20,6
100,0%
17,2
91,9%
16,1
83,1%
24,4
77,9%
17,8
77,8%
22,1
76,4%
20,0
73,2%
15,2
71,9%
19,1
71,5%
32,1
70,8%
17,3
69,4%
18,6
69,4%
21,4
68,6%
28,2
67,5%
26,2
67,3%
22,7
62,6%
29,2
61,8%
13,1
55,8%
10,5
50,2%
12,3
41,6%
14,4
40,7%
9,6
27,8%
8,1
25,5%
Пример 4
Характеристика ER-820057 (эпи-С23 амина)
А. Получение кристаллического образца ER-820057
ER-820057растворяли в ацетонитриле (10 об.) при комнатной температуре и раствор выдерживали при комнатной температуре. Рост кристалла наблюдается спустя 2 часа. Кристаллический образец, подходящий для порошкового анализа XPRD, выделяли через 16-24 часа. Химическая структура ER-820057 (эпи-С23 амина) показана ниже.
В. Характеристика порошковой рентгенографией (XRPD) ER-820057 (эпи-С23 амина)
XRPD ER-820057осуществляли, как описано выше. Рентгенограмма XRPD показана на фиг.4-А. В таблице 7 показаны пики с относительными интенсивностями на рентгенограмме XRPD.
Таблица 7
Пики XRPD ER-820057 (эпи-С23 амин)
Положение (2θ)
Отн. инт.(%)
20,6
108,9%
15,9
100,0%
17,0
96,4%
18,5
93,9%
21,4
87,3%
20,0
85,8%
19,1
84,6%
24,4
84,3%
17,8
80,6%
21,9
74,8%
13,0
73,1%
15,0
66,1%
22,6
65,4%
24,0
63,3%
26,2
62,0%
27,3
60,1%
25,7
56,7%
25,1
55,2%
26,8
55,2%
10,6
50,3%
12,1
48,6%
11,9
45,2%
14,3
44,8%
9,6
36,0%
9,2
35,1%
10,9
31,3%
8,0
29,6%
Пример 5
Характеристика моногидрата ER-111197 (эпи-С34 диола)
А. Процедура кристаллизации для образования качественного для рентгенографии кристалла
ER-111197 (1 вес.) растворяли в ацетонитриле (8 об.). Добавляли воду (0,8 об.). Раствор оставляли испаряться при комнатной температуре в течение 2-3 дней. Если кристалл не формировался, раствор выпаривали до сухости и процедуру повторяли до образования кристалла. Химическая структура ER-111197 (эпи-С34 диола) показана ниже.
1
1
1
B. Рентгеновское определение монокристалла моногидрата ER-111197 (эпи-С34 диола) Бесцветный игольчатый кристалл с размерами 0,22 × 0,14 ×  0,04 мм размещали на нейлоновой петле 0,2 нм, используя очень небольшое количество масла сходного оттенка. Структуру монокристалла, показанную на фиг.5-А, определяли, используя процедуру, описанную выше. В таблице 8 приведены данные кристалла и параметры уточнения структуры, использованные для определения структуры монокристалла моногидрата ER-111197. Структуру выясняли в пространственной группе Р222 (# 19) путем анализа систематических неупорядоченностей. Все неводородные атомы уточняли анизотропно. Атомы водорода рассчитывали геометрическими методами и уточняли как модель перекрывания. Flack параметр использовали для анализа кристалла. Если величина Flack параметра близка к нолю, абсолютная структура, заданная уточнением структурного элемента, является вероятно корректной; если величина близка к 1,0, тогда инвертированная структура (другой энантиомер) является вероятно корректной; если величина близка к 0,5, кристалл является вероятно рацемическим. См. Flack, H.D., Acta Cryst. A39, 1983, 876-881. Flack параметр был уточнен до 0,3(13). Хиральность указанного соединения подтверждали его синтетическим происхождением. Кристалл, используемый для исследования методом дифракции, не обнаружил никакого разложения во время сбора данных. Все рисунки сделаны при 50% эллипсоидах. Фиг.5-В представляет диаграмму кристаллической упаковки вдоль а-оси, которая показывает водородную связь внутри кристалла, пунктирные линии.
Таблица 8
Данные кристалла и уточнение структуры для моно-гидрата ER-111197
Эмпирическая формула
C<sub>40</sub>H<sub>60</sub>NO<sub>13</sub>
Масса по формуле
748,88
Температура
193 (2)К
Длина волны
0,71073Е
Кристаллическая система
орторомбическая
Пространственная группа
Р2 (1)2(1)2(1)
Размеры единичной ячейки
a=9,907(3)Е α=90° b=11,212(4)E β=90° c=34,483(13)E γ=90°
Объем
3830(2) E<sup>3</sup>
Z
4
Плотность (рассчитанная)
1,299 Мг/м<sup>3</sup>
Коэффициент поглощения
0, 096 мм<sup>-1</sup>
F(000)
1616
Размер кристалла
0,22×0,14×0,04 мм<sup>3</sup>
Диапазон тэта для сбора данных
1,18-27,91°
Пределы индексов
-13<=h<=12, -14<=k<=13, -42<=I<=45
Собранные отображения
27456
Независимые отображения
9109[R(int)=0,0720]
Полнота до тэта=27,87°
99, 8%
Поправка поглощения
нет
Макс. и мин. трансмиссия
0,9962 и 0,9792
Метод уточнения
Полноматричные наименьшие квадраты по F<sup>2</sup>
Данные/ограничения/параметры
9109/0/482
Критерий согласия по F<sup>2</sup>
0, 893
Конечные R индексы [I>2 сигма(I)]
R1=0,0652, wR2=0,1453
R индексы (все данные)
R1=0,1398, wR2=0,1659
Абсолютный структурный параметр
0,3(13)
Максимальные дифф. вершина и дырка
0,911 и -0,346 э.Å<sup>-3</sup>
С. Имитированный спектр порошковой дифракции рентгеновских лучей (XRPD) моногидрата ER-111197 (эпи-С34 диола)
Имитированный спектр XRPD ER-111197, созданный на основе данных монокристалла, показан на фиг.5-С.
Пример 6
Характеристика ER-809681 (эпоксида)
А. Процедура кристаллизации для получения качественного кристалла для рентгеновского исследования
ER-809681-00 (50 мг)растворяли в дихлорметане (0,25 мл). Добавляли пентан (0,5 мл). Раствор перемешивали до тех пор, пока он не становился визуально гомогенным. Раствор медленно испаряли при комнатной температуре в течение 18 часов. Кристаллы, пригодные для рентгеновского кристаллографического исследования, собирали путем декантирования жидкого верхнего слоя. Химическая структура ER-809681 (эпоксида) показана ниже.
В. Рентгеновское определение монокристалла ER-809681 (эпоксида)
Метод рентгеновского определения монокристалла отличается от описанного выше и подробно изложен в следующем разделе.
40
56
11
a
1
1
1
3
Бесцветный блок-кристалл СНО, имеющий приблизительные размеры 0,30×0,10×0,10 мм, размещали на стекловолокне. Структура монокристалла показана на фиг.6-А. Все измерения производили на детекторе, формирующем изображение плоского участка Rigaku RAXIS RAPID с монохроматизированным графитом Cu-K излучением. Индексацию производили из 3 осцилляций длительностью по 15 секунд. Расстояние от кристалла до детектора было 127,40 мм. Константы ячейки и матрица ориентации для сбора данных соответствовали примитивной орторомбической ячейке с размерами: а=9,4700(3)Å; b=17,6327(5)Å; с=23,1790(6)Å; V=3870,47(19)Å. Для Z=4 F.W.=712,88, рассчитанная плотность была 1,223 г/см. Систематические неупорядоченности: h00:h±2n; 0k0:k±2n; 001:1±2n однозначно определяют, что пространственная группа была Р222 (# 19). Диаграмма кристаллической упаковки показана на фиг.6-В.
Данные собирали при температуре 23±1°С до максимальной величины 2θ 136,5°. Всего собирали 30 сканированных изображений. Охват данных делали, используя ω сканирования от 80,0 до 260,0° в шаге 30,0° при χ=54,0° и φ=15,0°. Частота облучений была 15,0 [с/°]. Второй охват осуществляли, используя ω сканирования от 80,0 до 260,0° в шаге 30,0° при χ=54,0° и φ=105,0°. Частота облучений была 15,0 [с/°]. Другой охват осуществляли, используя ω сканирования от 80,0 до 260,0° в шаге 30,0° при χ=54,0° и φ=180,0°. Частота облучений была 15,0 [с/°]. Другой охват осуществляли, используя ω сканирования от 80,0 до 260,0° в шаге 30,0° при χ=54,0° и φ=270,0°. Частота облучений была 15,0 [с/°]. Другой охват осуществляли, используя ω сканирования от 80,0 до 260,0° в шаге 30,0° при χ=0,0° и φ=0,0°. Частота облучений была 15,0 [с/°]. Расстояние от кристалла до детектора было 127,40 мм. Вывод данных осуществляли в виде 0,100 мм элементов изображения.
Обработка данных
int
a
-1
: Из 16412 отображений, которые были собраны, 934 были однозначными (R=0,043); эквивалентные отображения совмещали. Линейный коэффициент поглощения, µ, для Cu-K излучения равен 7,229 см. Применяли эмпирическую поправку поглощения, что имело результатом трансмиссионные факторы в пределах от 0,748 до 0,930. В данные вводили поправку на эффект Лоренца и влияние поляризации.
Выяснение и уточнение структуры:
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1/2
o
c
o
c
o
Структуру выясняли непосредственными методами (SHELX97: Sheldrick, G.M. (1997)) и раскрывали в подробностях, используя методику Фурье. См. DIRDIF99: Beurskens, P.T., Admiraal, G., Beurskens, G.,Bosman, W.P., de Gelder, R., Israel, R. and Smits, J.M.M. (1999), "The DIRDIF-99 program system, Thechnical Report of the Crystallography Laboratory," University of Nijmegen, The Netherlands. Неводородные атомы определяли анизотропно. Водородные атомы определяли, используя модель перекрывания. Конечный цикл уточнения методом полноматричных наименьших квадратов по F, отображенный как ∑w(F -F ), где w = массы наименьших квадратов, был основан на 7045 наблюдаемых отображениях и 461 переменном параметре. Это конвергировалось (наибольший сдвиг параметра был 0,01-кратным его esd) с невзвешенными и взвешенными факторами согласия: R1 = ∑||Fo| - |Fc||/∑|Fo| = 0,0630 и wR2 = [∑[w(F - F ))/∑w(F )] = 0,2168.
o
c
o
v
o
v
2
2
2
1/2
-
3
Стандартное отклонение наблюдения удельной массы было 1,10 со стандартным отклонением наблюдения удельной массы, рассчитанным как [∑w(F - F )/(N - N)], где N = число наблюдений, и N = число переменных. Максимальный и минимальный пики на конечной разностной карте Фурье соответствовали 0,20 и -0,28 е/Å, соответственно.
calc
Crystall/Structure 3.7.0
CrystallS Issue 10
Факторы рассеяния нейтральных атомов были взяты из Gromer and Waber, "International Tables for X-ray Crystallography", vol. IV, The Kynoch Press, Birmingham, England, Table 2.2 A (1974). Аномальные дисперсионные эффекты были включены в F (см. Ibers, J.A. & Hamilton, W.C., Acta Crystallogr., 17, 781 (1964) и величины для Δf и Δf' были взяты из Creagh, D.C. & McAuley, W.J., "International Tables for Crystallography", vol. C, (A.J.C. Wilson, ed.), Kluwer Academic Publishers, Boston, Table 4.2.6.8, pages 219-222 (1992). Величины для коэффициентов ослабления в массе были взяты из Creagh, D.C. & Hubbell, J.H., "International Tables for Crystallography", vol. C, (A.J.C. Wilson, ed.), Kluwer Academic Publishers, Boston, Table 4.2.4.3, pages 200-206 (1992). Все расчеты осуществляли, используя пакет кристаллографических компьютерных программ Crystall/Structure. См. : Crystall/Structure Analysis Package, Rigaku and Rigaku/MSC (2000-2005), 9009 New Trials Dr. The Woodlands TX 77381 USA; и : Watkin, D. J., Prout, C.K. Carruthers, J.R. & Betteridge, P.W., Chemical Crystallography Laboratory, Oxford, UK. (1996). Помимо этого были расчеты для уточнения, которые осуществляли, используя SHELX97: Sheldrick, G. M. (1997).
Данные кристалла:
Таблица 9
Эмпирическая формула
C<sub>40</sub>H<sub>56</sub>O<sub>11</sub>
Масса по формуле
712,88
Цвет и форма кристалла
бесцветный, блок
Размеры кристалла
0,30×0,10×0,10 мм
Кристаллическая система
орторомбическая
Тип пространственной решетки
примитивный
Индексируемые изображения
3 осцилляции @ 15,0 секунд
Позиция детектора
127,40 мм
Размер минимального элементаизображения
0,100 мм
Параметры пространственной решетки
а=9,4700(3)Åb=17,6327(5)Åс=23,1790(6)ÅV=3870,47(19)Å
Пространственная группа
Р2<sub>1</sub>2<sub>1</sub>2<sub>1</sub> (#19)
Величина Z
4
D<sub>calc</sub>
1,223 г/см<sup>3</sup>
F(000)
1536,00
µ(CuK<sub>a</sub>)
7,229 см<sup>-1</sup>
Измерения интенсивности:
Дифрактометр
Rigaku RAXIS-RAPID
Излучение
CuK<sub>a</sub> (λ=1,54187Å)монохроматизированное графитом
Отверстие детектора
460×256 мм
Изображения данных
30 экспозиций
Пределы ω осцилляций(χ=54,0, ϕ=15,0
80,0-260,0°
Частота облучений
15,0 с/°
Пределы ω осцилляций(χ=54,0, ϕ=105,0
80,0-260,0°
Частота облучений
15,0 с/°
Пределы ω осцилляций(χ=54,0, ϕ=180,0
80,0-260,0°
Частота облучений
15,0 с/°
Пределы ω осцилляций(χ=54,0, ϕ=270,0
80,0-260,0°
Частота облучений
15,0 с/°
Пределы ω осцилляций(χ=0,0, ϕ=0,0
80,0-260,0°
Частота облучений
15,0 с/°
Позиция детектора
127,40 мм
Размер минимального элементаизображения
0,100 мм
2θ<sub>max</sub>
136,5°
Число измеренных отображений
Общие: 16412Однозначные: 37266 (R<sub>int</sub>=0,043)
Поправки
Лоренц-поляризацияпоглощение(транс. факторы: 0,748-0,930)
Выяснение и уточнение структуры:
Выяснение структуры
непосредственные методы (SHELX97)
Уточнение
полноматричные наименьшие квадраты по F<sup>2</sup>
Минимизированная функция
∑w(Fo<sup>2</sup>-Fc<sup>2</sup>)<sup>2</sup>
Массы наименьших квадратов
w=1/[σ<sup>2</sup>(F<sub>o</sub> <sup>2</sup>)+(0,0877·P)<sup>2</sup>+1,4243·P],где P=(Max(F<sub>o</sub> <sup>2</sup>,0)+2F<sub>c</sub> <sup>2</sup>)/3
Отсечка 2θ<sub>max</sub>
136,5°
Аномальное рассеяние
Все неводородные атомы
Число наблюдений (все отображения)
7045
Число переменных
461
Отношение отображение/параметр
15,28
Остатки: R1 (I>2,00σ(I))
0,0630
Остатки: R (все отображения)
0,1326
Остатки: wR2 (все отображения)
0,2168
Индикатор критерия согласия
1,103
Макс. сдвиг/ошибка в конечном  цикле
0,014
Максимальный пик в конечной диф. Карте
0,20 е<sup>-</sup>/Å<sup>3</sup>
Минимальный пик в конечной диф. Карте
-0,28 е<sup>-</sup>/Å<sup>3</sup>
С. Характеристика порошковой рентгенографией (XRPD) ER-809681
Сборный метод XRPD для данного соединения отличается от метода, описанного выше, только диапазоном тэта сканирования, 2-70°. Картина XRPD показана на фиг.6-С.
<u>Таблица 10</u>
Пики XRPD ER-809681 (эпоксида)
Положение (2θ)
Отн. инт.(%)
16,2
100,0
15,8
60,3
13,9
45,3
19,9
40,8
9,3
39,1
22,1
36,8
20,7
34,9
17,1
33,4
6,5
33,0
21,8
32,3
18,1
26,0
21,4
22,0
14,4
21,2
10,2
21,0
18,9
19,6
15,4
19,4
12,2
15,1
D. Имитированный спектр XRPD
Имитированный спектр XRPD, полученный на основе данных монокристалла, показан на фиг.6-D.
Пример 7
Противораковая активность
50
Противораковую активность описанных выше соединений в описанных кристаллических формах определяли с помощью анализов ингибирования роста клеток, как описано в Liu, J. et al. Anticancer Research, 27:1509-1511 (2007). Данные активности, выраженные в IC нМ, описаны ниже в таблице 9. Саркому матки MES-SA и MES-SA/Dx5-Rx1 получали из Американской коллекции типовых культур и выращивали в рекомендуемых условиях.
Анализы ингибирования роста клеток.
3
600
405
Клетки высевали при 7,5×10 клеток/лунка в 96-луночные планшеты в рекомендуемую среду, дополненную 10% FBS и пенициллином, стрептомицином и L-глутамином. После 4 часов инкубации испытуемое соединение добавляли в каждую лунку, чтобы получить серии концентраций в пределах от 0 до 10 мкМ. Культуры инкубировали в течение 4 дней при 37°С. Рост клеток определяли, используя модификации (см. Finlay G. J., et al. "A semiautumated microculture method for investigating growth inhibitory effects of cytotoxic compounds on exponentially growing carcinoma cells." Anal Biochem 139:272-277, 1984) анализа микрокультуры на основе метиленового синего (См. Towle M. J., et al. "In vitro and in vivo anticancer activities of synthetic macrocyclic ketone analogues of halihondrin B." Cancer Res 61:1013-1021, 2001). Среду удаляли и клетки окрашивали 100 мкл метиленового синего (500 мкг/мл) в течение 45 мин. После промывания водой окрашенные клетки разбавляли в 100 мкл саркозина (мг/мл) в течение 90 мин с легким взбалтыванием. Планшеты считывали при А-А.
Подверженность соединения опосредуемой Р-гликопротеином мультилекарственной резистентности (MDR).
3
50
Использовали пару клеточных линий саркомы матки человека: MAS-SA, MDR отрицательную родительскую клеточную линию, и Dx5-Rx1, клеточную линию, полученную из MAS-SA после длительного воздействия доксорубицином. Эта сублиния экспрессирует Р-гликопротеин при высоких уровнях. Обе клеточные линии высевали при 7,5×10 клеток/лунка в McCoy'S SA, обогащенную 10% FBS и пенициллином, стрептомицином и L-глутамином, и рост клеток измеряли как указано выше. Отношением величин IC, полученных в родительской и резистентной клеточных линиях, выражали кратную резистентность и обеспечивали показание подверженности соединения опосредуемой Р-гликопротеином MDR против двух клеточных линий, которые сравнивали друг с другом.
Таблица 11
Кристаллическая форма
Пример
Данные активностиIC<sub>50</sub> нМ
ОтношениеDxR-Rx1/MES-SA
MES-SA
DxR-Rx1
ER-076349 моногидрат
1
0,03
6,5
217
ER-818906 (эпи-С20 диол)  моно-ацетонитрил сольват
2
0,96
75
78
ER-819531(эпи-С23 диол) моногидрат
3
1,4
330
236
ER-820057(эпи-С23 амин)
4
3,3
1000
303
ER-111197(эпи-С34 диол) моногидрат
5
0,23
43
186
ER-809681 (эпоксид)
6
0,23
2,81
12