ЛЕЧЕНИЕ ПИГМЕНТНОГО РЕТИНИТА

ORF15
ORF15
1. Полинуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую изоформу ORF15 регулятора ГТФазы пигментного ретинита (RPGR), при этом кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность была кодон-оптимизирована для повышения точности репликации последовательности.
ORF15
2. Полинуклеотид по п. 1, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность была кодон-оптимизирована для уменьшения числа пуриновых нуклеотидов в сравнении с последовательностью дикого типа.
ORF15
ORF15
3. Полинуклеотид по п. 1 или 2, отличающийся тем, что закодированный белок RPGR представляет собой человеческий RPGR.
ORF15
4. Полинуклеотид по любому из пунктов 1-3, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность не содержит пуриновые нуклеотиды в положениях, соответствующих нуклеотидам 33, 58, 59, 114, 123, 129, 181, 182, 213, 219, 226, 227, 237, 267, 285, 306, 309, 315, 324, 330, 339, 400, 401, 444, 456, 478, 480, 510, 594, 606, 618, 639, 697, 726, 744, 777, 807, 852, 877, 879, 888, 891, 921, 930, 960, 1042, 1050, 1116, 1140, 1183, 1184, 1194, 1197, 1221, 1249, 1251, 1257, 1273, 1276, 1281, 1290, 1293, 1357, 1372, 1373, 1413, 1446, 1452, 1464, 1474, 1475, 1482, 1519, 1520, 1542, 1584, 1590, 1599, 1608, 1653, 1668, 1674, 1689, 1692, 1734, 1761, 1776, 1788, 1803, 1824, 1845, 1854, 1881, 1893, 1902, 1909, 1910, 1929, 1932, 1960, 1987, 1988, 1992, 1998, 2020, 2031, 2047, 2049, 2062, 2067, 2076, 2121, 2167, 2169, 2190, 2193, 2208, 2229, 2259, 2283, 2298, 2323, 2343, 2346, 2361, 2373, 2382, 2388, 2403, 2409, 2410, 2412, 2448, 2457, 2472, 2476, 2478, 2505, 2520, 2547, 2574, 2622, 2634, 2661, 2673, 2706, 2712, 2763, 2775, 2796, 2811, 2817, 2832, 2838, 2871, 2886, 2892, 2898, 2910, 2922, 2931, 2937, 2958, 2970, 2997, 3033, 3039, 3069, 3075, 3117, 3129, 3156, 3166, 3235, 3246, 3273, 3285, 3306, 3321, 3369, 3399, 3405 и/или 3438 в SEQ ID NO: 2.
ORF15
5. Полинуклеотид по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность не содержит пуриновые нуклеотиды в положениях, соответствующих нуклеотидам 1689 и/или 3438 в SEQ ID NO: 2.
ORF15
6. Полинуклеотид по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность содержит нуклеотид T в положении, соответствующем положению 3405 в SEQ ID NO: 2.
ORF15
7. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность не содержит пуриновые нуклеотиды по меньшей мере в 2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180 или во всех из нуклеотидных положений, перечисленных в п. 4.
ORF15
8. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность не содержит пуриновые нуклеотиды по меньшей мере во всех из нуклеотидных положений, перечисленных в п. 4.
ORF15
9. Полинуклеотид по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из:
(a) нуклеотидной последовательности, кодирующей аминокислотную последовательность, которая имеет по меньшей мере 80% идентичности с SEQ ID NO: 1; и/или
(b) нуклеотидной последовательности, которая имеет по меньшей мере 80% идентичности с SEQ ID NO: 3; или
(c) нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 3.
10. Полинуклеотид по п. 9(a), при этом указанная аминокислотная последовательность имеет по меньшей мере 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100% идентичности с SEQ ID NO: 1.
ORF15
11. Полинуклеотидная последовательность по любому из предшествующих пунктов, при этом кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность содержит один или более нуклеотидов, выбранных из: C в положении, соответствующем положению 30 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 33 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 966 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 969 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1011 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1014 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1029 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 1299 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 1689 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3363 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 3405 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3408 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3409 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3410 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3432 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 3438 в SEQ ID NO: 2, и A в положении, соответствующем положению 3456 в SEQ ID NO: 2.
ORF15
12. Полинуклеотидная последовательность по любому из предшествующих пунктов, при этом кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность содержит один или более нуклеотидов, выбранных из: C в положении, соответствующем положению 30 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 33 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 48 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 57 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 60 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 69 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 72 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 171 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 189 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 441 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 537 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 546 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 786 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 792 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 966 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 969 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 990 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1011 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1014 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1029 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 1299 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 1689 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3355 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3357 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3363 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 3403 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 3404 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 3405 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3408 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3409 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3410 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3432 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 3438 в SEQ ID NO: 2, и A в положении, соответствующем положению 3456 в SEQ ID NO: 2.
ORF15
13. Полинуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую изоформу ORF15 регулятора ГТФазы пигментного ретинита (RPGR) или ее функциональный вариант, имеющий по меньшей мере 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100% идентичности с SEQ ID NO: 1, при этом нуклеотидная последовательность содержит один или более нуклеотидов, выбранных из: C в положении, соответствующем положению 30 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 33 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 966 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 969 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1011 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1014 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1029 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 1299 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 1689 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3363 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 3405 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3408 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3409 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3410 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3432 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 3438 в SEQ ID NO: 2, и A в положении, соответствующем положению 3456 в SEQ ID NO: 2.
ORF15
14. Полинуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую изоформу ORF15 регулятора ГТФазы пигментного ретинита (RPGR) или ее функциональный вариант, имеющий по меньшей мере 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100% идентичности с SEQ ID NO: 1, при этом нуклеотидную последовательность выбирают из группы, состоящей из:
(a) нуклеотидной последовательности, которая имеет по меньшей мере 80% идентичности с SEQ ID NO: 3, при этом указанная последовательность содержит один или более нуклеотидов, выбранных из: C в положении, соответствующем положению 30 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 33 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 48 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 57 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 60 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 69 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 72 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 171 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 189 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 441 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 537 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 546 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 786 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 792 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 966 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 969 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 990 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1011 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1014 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 1029 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 1299 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 1689 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3355 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3357 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3363 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 3403 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 3404 в SEQ ID NO: 2, T в положении, соответствующем положению 3405 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3408 в SEQ ID NO: 2, A в положении, соответствующем положению 3409 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3410 в SEQ ID NO: 2, G в положении, соответствующем положению 3432 в SEQ ID NO: 2, C в положении, соответствующем положению 3438 в SEQ ID NO: 2, и A в положении, соответствующем положению 3456 в SEQ ID NO: 2; или/и
(b) нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 3.
ORF15
ORF15
15. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность функционально связана с полинуклеотидом, содержащим элемент промотора, который способен управлять экспрессией RPGR или его функционального варианта в палочковидных и колбочковидных фоторецепторных клетках человека.
ORF15
16. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность функционально связана с промотором родопсин-киназы (GRK1), предпочтительно промотором GRK1 человека.
17. Полинуклеотид по п. 16, отличающийся тем, что указанный промотор GRK1 содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 7 или функциональный вариант, имеющий по меньшей мере 90 или 95% идентичности с ней.
ORF15
18. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что кодирующая RPGR нуклеотидная последовательность содержит менее 165 динуклеотидов CpG и/или содержит не более двух CpG-островков.
ORF15
19. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, имеющий по существу такую же, или повышенную, точность репликации в сравнении с эквивалентным полинуклеотидом, содержащим человеческий RPGR дикого типа с SEQ ID NO: 2.
ORF15
20. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, имеющий повышенную стабильность и/или менее подверженный мутациям, возникающим в процессе циклов репликации полинуклеотида, в сравнении с эквивалентным полинуклеотидом, содержащим человеческий RPGR дикого типа с SEQ ID NO: 2.
ORF15
21. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, обеспечивающий более высокие скорости трансляции и/или экспрессии белка в сравнении с эквивалентным полинуклеотидом, содержащим человеческий RPGR дикого типа с SEQ ID NO: 2.
ORF15
22. Полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов, способствующий уменьшению или предотвращению образования альтернативно сплайсированных вариантов и/или укороченных белков в сравнении с эквивалентным полинуклеотидом, содержащим человеческий RPGR дикого типа с SEQ ID NO: 2.
23. Вирусный вектор, содержащий полинуклеотид по любому из предшествующих пунктов.
24. Вирусный вектор по п. 23, представляющий собой аденоассоциированный вирусный (AAV), ретровирусный, лентивирусный или аденовирусный вектор.
25. Вирусный вектор по п. 23 или 24, представляющий собой AAV вектор.
26. Вирусный вектор по любому из пп. 23-25, имеющий форму вирусной частицы.
27. Вирусный вектор по п. 26, представляющий собой транскапсидированный AAV вектор.
28. Вирусный вектор по п. 26, содержащий геном AAV2 и капсидные белки AAV5 (AAV2/5) или AAV8 (AAV2/8).
29. AAV вектор по п. 25 или 26, представляющий собой AAV вектор, содержащий геном AAV2 и/или капсидный белок AAV8.
30. Система продуцирования вирусного вектора, содержащая набор полинуклеотидов, кодирующих компоненты, необходимые для продуцирования вирусного вектора, при этом геном вирусного вектора содержит полинуклеотид по любому из пунктов 1-22.
31. Конструкция ДНК для применения в системе продуцирования вирусного вектора по п. 30, содержащая полинуклеотид по любому из пп. 1-22.
32. Клетка, продуцирующая вирусный вектор, которая содержит полинуклеотид по любому из пп. 1-22, систему продуцирования вирусного вектора по п. 30 или конструкцию ДНК по п. 31.
33. Способ продуцирования вирусного вектора, включающий введение полинуклеотида по любому из пп. 1-22 в клетку и культивирование клетки в условиях, подходящих для продуцирования вирусного вектора.
34. Вирусный вектор, получаемый с применением продуцирующей вирусный вектор клетки по п. 32 или способа по п. 33.
35. Клетка, трансфицированная полинуклеотидом по любому из пунктов 1-22 или трансдуцированная вирусным вектором по любому из пп. 23-29 или 34.
36. Способ по п. 33 или клетка по п. 35, при этом указанная клетка представляет собой клетку HEK293 или HEK293T.
37. Фармацевтическая композиция, содержащая полинуклеотид по любому из пп. 1-22, вирусный вектор по любому из пп. 23-29 или 34, или клетку по п. 35 в сочетании с фармацевтически приемлемым носителем, разбавителем или эксципиентом.
38. Применение полинуклеотида по любому из пп. 1-22 или вирусного вектора по любому из пп. 23-29 или 34 для лечения или предотвращения пигментного ретинита.
39. Применение полинуклеотида по любому из пп. 1-22 или вирусного вектора по любому из пунктов 23-29 или 34 для уменьшения гибели фоторецепторных клеток у субъекта, страдающего от, или имеющего риск развития, пигментного ретинита.
40. Применение по п. 38 или 39, при этом пигментный ретинит представляет собой X-связанный пигментный ретинит.
41. Применение по любому из пп. 38-40, при этом вирусный вектор вводят в глаз субъекта субретинальной, прямой ретинальной или интравитреальной инъекцией.
42. Применение по любому из пп. 38-41, при этом субретинальная инъекция включает этапы:
(a) введения раствора субъекту субретинальной инъекцией в количестве, эффективном для по меньшей мере частичного отслоения сетчатки, с образованием субретинального пузыря, при этом раствор не содержит полинуклеотид или вирусный вектор; и
(b) введения лекарственной композиции субретинальной инъекцией в пузырь, образованный на этапе (a), при этом лекарственная композиция содержит полинуклеотид или вирусный вектор.
43. Применение по любому из пп. 38-42, при этом вирусный вектор вводят субъекту одной дозой.
44. Применение по любому из пп. 38-43, при этом дегенерация фоторецепторных клеток вследствие пигментного ретинита по существу предотвращается на всем протяжении жизни субъекта.
45. Применение по любому из пп. 38-44, при этом зрительная функция по существу восстанавливается или сохраняется в получающем лечение глазу.
46. Способ лечения или предотвращения пигментного ретинита, включающий введение полинуклеотида по любому из пп. 1-22 или вирусного вектора по любому из пп. 23-29 или 34 субъекту, который нуждается в этом.
47. Способ уменьшения гибели фоторецепторных клеток у субъекта, страдающего от, или имеющего риск развития, пигментного ретинита, включающий введение полинуклеотида по любому из пп. 1-22 или вирусного вектора по любому из пп. 23-29 или 34 субъекту.
48. Применение полинуклеотида по любому из пп. 1-22 или вирусного вектора по любому из пп. 23-29 или 34 для:
ORF15
ORF15
(a) уменьшения или предотвращения образования альтернативно сплайсированных вариантов и/или укороченных белков RPGR в сравнении с вектором или полинуклеотидом, содержащим ген RPGR дикого типа, и/или
ORF15
ORF15
(b) повышения стабильности и/или точности репликации нуклеотидной последовательности, содержащей ген RPGR, в сравнении с нуклеотидной последовательностью, содержащей ген RPGR дикого типа, и/или
ORF15
ORF15
(c) повышения скоростей трансляции и/или экспрессии белка RPGR в сравнении с вектором или полинуклеотидом, содержащим ген RPGR дикого типа, и/или
ORF15
ORF15
(d) увеличения продуцирования кодирующей RPGR нуклеотидной последовательности в сравнении с нуклеотидной последовательностью, содержащей ген RPGR дикого типа.