Как защитить php файл после взлома сайта?

Всем привет! Не так давно на мой сайт был залит шелл WSO 2.5. Для тех кто не знает что это. Через этот шелл можно управлять всем, как через ftp. Конечно же я удалил этот шелл, но хочу обезопасить свой сайт на будущее.

Возник вопрос. Как защитить важные файлы, в случае взлома сайта? Например: на сайт попал шелл подобного типа, т.е через него можно смотреть, изменить, удалить и т.п. как сделать так, чтобы через браузер нельзя было ничего сделать этими файлами? Если поставить права, то их можно изменить с помощью php кода chmod. Какие ещё есть способы? Чтобы эти файлы можно было изменить только через ftp.