КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ ЦИРКУЛИРУЮЩЕГО БИОМАРКЕРА ИНТЕГРИНА БЕТА-3 И СПОСОБЫ ВЫЯВЛЕНИЯ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙ И ОЦЕНКИ ПРИСУТСТВИЯ ИЛИ ПРОГРЕССИИ ОПУХОЛИ, УСТОЙЧИВОСТИ К ЛЕКАРСТВЕННЫМ ПРЕПАРАТАМ И ОПУХОЛЕВОЙ СТВОЛОВОСТИ

1. Способ:
3
диагностики или обнаружения наличия интегрин β (CD61)-экспрессирующих опухолевых клеток, циркулирующих опухолевых клеток (СТС), злокачественных опухолевых клеток или стволовых злокачественных опухолевых клеток,
оценки прогрессии опухоли или злокачественного новообразования,
оценки метастатического потенциала злокачественного новообразования,
оценка стволовости опухолевой или злокачественной опухолевой клетки, или
оценки устойчивости к лекарственному средству в опухолевой или злокачественной опухолевой клетке или наличие клетки, устойчивой к ингибитору рецепторной тирозинкиназы,
включающий
(a) получение образца из индивидуума;
3
(b) (i) обнаружение наличия интегрина β в образце, или
(ii) обнаружение наличия внеклеточных везикул (EV), полученных из злокачественных опухолевых клеток, включая экзосомы и микровезикулы, в образце,
3
3
в котором обнаружение наличия интегрина β в образце, или обнаружение наличия в образце внеклеточных интегрин β-экспрессирующих внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток:
3
диагностирует или обнаруживает присутствие интегрин β (CD61)-экспрессирующей опухолевой клетки, циркулирующей опухолевой клетки (CTC), злокачественной опухолевой клетки или стволовой злокачественной опухолевой клетки в образце,
оценивает прогресс опухоли или злокачественного новообразования,
оценивает метастатический потенциал злокачественного новообразования,
оценивает стволововость опухолевой или злокачественной опухолевой клетки, или
оценивает устойчивость к лекарственным средствам в опухолевой или злокачественной опухолевой клетке или наличие клетки, устойчивой к ингибитору рецепторной тирозинкиназы.
3
3
3
v
3
3
2. Способ по п. 1, в котором обнаружение наличия интегрина β в образце, или обнаружение наличия в образце внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток или внеклеточных везикул, экспрессирующих интегрин β, включает обнаружение в образце наличия полипептида интегрина β, полипептида αβ или нуклеиновой кислоты, экспрессирующей интегрин β.
3
3
3
v
3
3. Способ по п. 1, в котором обнаружение наличия интегрина β в образце, или обнаружение наличия в образце внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток или внеклеточных везикул, экспрессирующих интегрин β, включает применения антитела или антигенсвязывающего фрагмента, или моноклонального антитела, которые специфически связывают полипептид интегрина β или полипептид αβ; или включает применение: иммунопреципитации, проточной цитометрии, функционального анализа, иммуногистохимии и/или иммунофлуоресценции.
4. Способ по п. 1, в котором образец включает образец крови, образец сыворотки, образец, полученный из крови, образец мочи, образец CSF или образец биопсии или образец ожиженной ткани; или образец включает образец человека или животного.
3
3
3
3
3
5. Способ по п. 1, в котором обнаружение наличия интегрина β в образце, или обнаружение наличия в образце внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток или внеклеточных везикул, экспрессирующих интегрин β, включает обнаружение наличия полипептида интегрина β, полипептида αvβ, или нуклеиновой кислоты, экспрессирующей интегрин β в опухолевой клетке или в или на циркулирующей опухолевой клетке (CTC) или в или на внеклеточной везикуле (EV),
где необязательно EV включает везикулу из клетки, фрагмент плазматической мембраны, циркулирующую микрочастицу или микровезикулу, экзосому или онкосому, и, необязательно, клетка представляет собой злокачественную опухолевую клетку или опухолевую клетку,
3
и, возможно, способ включает частично, по существу или полностью выделение опухолевой клетки, CTC или EV перед обнаружением наличия в образце интегрина β, или обнаружением наличия в образце внеклеточной везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток.
6. Способ по п. 1, в котором опухолевая или злокачественная опухолевая клетка представляют собой стволовую злокачественную опухолевую клетку, эпителиальную опухоль, клетку аденокарциномы, клетку рака молочной железы, клетку рака предстательной железы, клетку рака толстой кишки, клетку рака легкого или клетку рака поджелудочной железы.
7. Способ по п. 1, в котором
3
3
3
(а) обнаружение наличия в образце интегрина β (CD61) или интегрин β-экспрессирующих EV или СТС диагностирует или обнаруживает наличие опухоли или злокачественного новообразования у индивидуума, где необязательно опухоль или злокачественная опухоль в индивидууме не экспрессирует интегрин β (CD61);
3
3
(b) оценка прогрессии опухоли или злокачественного новообразования включает обнаружение наличия в образце интегрина β, или обнаружения наличия внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток в образце, в двух образцах, взятых в два разных момента времени, где увеличение интегрина β в более позднем образце диагностирует прогрессию опухоли или злокачественного новообразования;
3
3
(c) оценка метастатического потенциала злокачественного новообразования включает обнаружение наличия в образце интегрина β или внеклеточной везикулы (EV) из злокачественной опухолевой клетки или внеклеточной везикулы, экспрессирующей интегрин β, необязательно в или на EV из злокачественной опухолевой клетки или в или на CTC;
3
3
(d) оценка стволовости опухолевой или злокачественной опухолевой клетки, включает обнаружение наличия в образце интегрина β или внеклеточной везикулы (EV) из злокачественной опухолевой клетки или внеклеточной везикулы, экспрессирующей интегрин β, необязательно в EV из злокачественной опухолевой клети или в или на CTC; или
3
3
3
(е) оценка лекарственной устойчивости в опухолевой или злокачественной опухолевой клетке, включает обнаружение наличия в образце интегрина β, или внеклеточной везикулы (EV) из злокачественной опухолевой клетки или внеклеточной везикулы, экспрессирующей интегрин β, необязательно, обнаружение наличия интегрина βв или на EV из злокачественной опухолевой клетки, или в или на CTC,
3
3
и, необязательно оценка устойчивости к лекарственному средству в опухолевой или злокачественной опухолевой клетке, включает обнаружение наличия интегрина β в двух образцах, взятых в две различные временные точки, где увеличение интегрина β в более позднем образце диагностирует развитие или ухудшение лекарственной устойчивости.
3
8. Способ лечения или ослабления злокачественного новообразования или опухоли у индивидуума, нуждающегося в этом, или удаления или уменьшения количества интегрин β-экспрессирующих злокачественных опухолевых стволовых клеток in vivo, включающий:
3
удаление или уменьшение количества или уровней внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток, в том числе экзосом и микропузырьков, и/или циркулирующих опухолевых клеток (CTC), в том числе стволовых циркулирующих злокачественных опухолевых клеток, в том числе интегрин β-экспрессирующих стволовых злокачественных опухолевых клеток, в индивидууме, нуждающемся в этом,
3
который необязательно может представлять собой in vivo введение цитотоксического или цитостатического антитела или ex vivo удаление внеклеточных везикул (EV) из злокачественых опулевых клеток и/или циркулирующих опухолевых клеток (CTC) или интегрин β-экспрессирующих стволовых злокачественных опухолевых клеток, из крови или сыворотки или CSF или другого компонента организма,
где необязательно опухоль или злокачественная опухоль - это эпителиальная опухоль, аденокарцинома, рак молочной железы, рак толстой кишки, рак предстательной железы, рак легкого или рак поджелудочной железы,
3
3
и, необязательно, внеклеточные везикулы (EV) из злокачественных опухолевых клеток или СТС является интегрин β-экспрессирующими или интегрин β-содержащими EV или CTC
и, необязательно, EV включает везикулы, из клеток, фрагмент плазматической мембраны, циркулирующую микрочастицу или микровезикулу, экзосому или онкосому,
3
3
v
3
и, необязательно, удаление или уменьшение количества или уровней EV из злокачественных опухолевых клеток или CTC, или интегрин β-экспрессирующих стволовых злокачественных опухолевых клеток, у индивидуума, нуждающегося в этом, включает: использование антитела или антигенсвязывающего фрагмента или моноклонального антитела, которые специфически связываются с полипептидом интегрина β или полипептидом αβ; и, необязательно, удаление или уменьшение количества или уровней EV из злокачественных опухолевых клеток или CTC у индивидуума, нуждающегося в этом, включает физическое удаление EV или злокачественной опухоли или стволовой злокачественной опухолевой клетки, например, с помощью хроматографии, центрифугирования и/или фильтрации; или способа, описанного в US 20140056807 A1, или Morello et al Cell Cell. 2013 Nov 15; 12(22): 3526-3536,
3
и, необязательно, удаление или уменьшение количества или уровней EV или CTC из злокачественных опухолевых клеток, интегрин β-экспрессирующих стволовых злокачественных опухолевых клеток, у индивидуума, нуждающийся в этом, включает направленное уничтожение или разрушение клетки, и любой цитотоксический или цитостатический агент может быть конъюгирован с используемым антителом, например, низкомолекулярные цитотоксические агенты, такие как аналоги дуокармицина, майтанзиноиды, калихеамицин и ауристатины (например, антимикротрубочковый агент монометил ауристатин E или MMAE), которые могут быть конъюгированы с использованием любого линкера, например дисульфида, гидразона, группы-субстрата лизосомальной протеазы и нерасщепляемых линкеров; или радионуклид, например, Иттрий-90, для радиоиммунотерапии.
9. Набор, состав или продукт производства для
3
3
диагностики или обнаружения наличия, или выделения, интегрин β (CD61) -экспрессирующей опухолевой или злокачественной опухолевой клетки (СТС), внеклеточной везикулы (EV), в то числе экзосом и микропузырьков, или интегрин β (CD61) -экспресирующей циркулирующей стволовой злокачественной опухолевой клетки,
оценки прогрессии опухоли или злокачественного новообразования,
оценки метастатического потенциала злокачественного новообразования,
оценки стволовости опухолевой или злокачественной опухолевой клетки, или
оценки устойчивости к лекарственному средству в опухолевой или злокачественной опухолевой клетке или наличия клетки, устойчивой к ингибитору рецепторной тирозинкиназы,
включающие
3
v
3
(а) антитело или антигенсвязывающий фрагмент или моноклональное антитело, которые специфически связываются с полипептидом интегрина β или полипептидом αβ;
3
3
(b) хроматографическую колонку или фильтр для выделения или отделения или выделения или специфического связывания с или обнаружения: внеклеточной везикулы (EV) из злокачественной опухолевой клетки и/или циркулирующей опухолевой клетки (CTC) и, необязательно, EV или CTC представляют собой интегрин β-экспрессирующие или интегрин β-содержащие EV или CTC, где необязательно хроматографическая колонка или фильтр находятся в шприце; или
3
3
3
3
(с) предметное стекло (необязательно стеклянное) или тест-полоску, лунку (необязательно многолуночный планшет), матрицу (необязательно, антительную матрицу), гранулу (необязательно, латексную гранулу для анализа агглютинации или магнитную гранулу или гранулу для колориметрического анализа связывания с гранулами), ферментный иммуносорбентный анализ (ELISA), твердофазный иммуноферментный анализ (EIA), для выделения или отделения, или обнаружения: внеклеточной везикулы (EV) из злокачественной опухолевой клетки, и/или циркулирующей опухолевой клетки (СТС), необязательно, интегрин β (CD61)-экспрессирующей циркулирующей опухолевой или злокачественной опухолевой клетки (СТС), внеклеточной везикулы (EV), или интегрин β (CD61)-экспрессирующей циркулирующей злокачественной опухолевой или злокачественной опухолевой клетки, и, необязательно, EV или CTC представляют собой интегрин β-экспрессирующие или β- интегрин-содержащие EV или CTC,
и, необязательно, набор, состав или продукт производства любого из (а) - (с) дополнительно включает инструкции для осуществления способа по любому из пп. 1-7,
и, необязательно, EV включает везикулу из клетки, фрагмент плазматической мембраны, циркулирующую микрочастицу или микровезикулу, экзосому или онкосому.
10. Способ скрининга соединения для лечения или улучшения злокачественного новообразования или опухоли или для предотвращения или улучшения метастазирования или для уменьшения стволовости злокачественной опухолевой или опухолевой клетки, включающий:
(а) получение тестируемого соединения;
(b) введение тестируемого соединения индивидууму или животному, не являющемуся человеком, имеющему злокачественное новообразование или опухоль или введение тестируемого соединения in vitro в злокачественную опухолевую или опухолевую клетку или клетки;
3
3
(c) определение, обнаружение или измерение уровня внеклеточных везикул (EV) из злокачественных опухолевых клеток, включая экзосомы и микровезикулы, или EV, содержащих полипептид интегрина β или полипептид αvβ, до и после введения тестируемого соединения; или
3
3
определение, обнаружение или измерение количества или уровня EV из злокачественных опухолевых клеток, полученных из злокачественных опухолевых клеток, или EV, содержащих полипептид интегрина β или полипептид αvβ, путем введения тестируемого соединения в испытуемый образец (с испытуемым соединением) и контрольный образец (без испытуемого соединения),
3
3
где уменьшение количества или уровня EV из злокачественных опухолевых клеток, или EV, содержащих полипептид интегрина β или полипептид αvβ, после введения тестируемого соединения указывает на то, что соединение является эффективным для лечения или ослабления злокачественного новообразования или опухоли или для предотвращения или ослабления метастазов, или
3
3
где уменьшение количества или уровня EV из злокачественных опухолевых клеток, или EV, содержащих полипептид интегрина β или полипептид αvβ, в тестируемом образце по сравнению с контрольным образцом указывает на то, что соединение эффективно для лечения или ослабления злокачественного новообразования или опухоли или для предотвращения или ослабления метастазов,
и, необязательно, EV включает везикулу из клетки, фрагмент плазматической мембраны, циркулирующую микрочастицу или микровезикулу, экзосому или онкосому.