QTL УРОЖАЯ В РАСТЕНИЯХ ОГУРЦА

1. Культивированное растение Cucumis sativus var. sativus, содержащее фрагмент интрогрессии из огурца дикого типа или дикого родственника огурца на хромосоме 2 в гомозиготной или гетерозиготной форме, где указанный фрагмент интрогрессии обеспечивает увеличение урожая плодов огурца.
2. Растение по п. 1, где указанное увеличение урожая плодов огурца фенотипически выражается как значительно более высокое среднее количество плодов на растение (FrPP) линии растений, содержащей фрагмент интрогрессии, по сравнению с линией генетического контроля, не содержащей фрагмент интрогрессии, при выращивании в той же среде, и/или значительно более высокая средняя масса плода на растение (GrPP) линии растений, содержащей фрагмент интрогрессии, по сравнению с линией генетического контроля, не содержащей фрагмент интрогрессии, при выращивании в той же среде.
3. Растение по п. 1, где указанный фрагмент интрогрессии на хромосоме 2 является обнаруживаемым посредством анализа молекулярного маркера, который обнаруживает по меньшей мере 1, предпочтительно по меньшей мере 2 или 3, маркера, выбранных из группы, состоящей из:
a) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_01 в SEQ ID NO: 1;
b) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_02 в SEQ ID NO: 2;
c) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_03 в SEQ ID NO: 3;
d) генотип GT или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_04 в SEQ ID NO: 4;
e) генотип АС или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_05 в SEQ ID NO: 5;
f) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_06 в SEQ ID NO: 6;
g) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_07 в SEQ ID NO: 7;
h) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_08 в SEQ ID NO: 8;
i) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_09 в SEQ ID NO: 9;
j) генотип GT или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_10 в SEQ ID NO: 10;
k) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_11 в SEQ ID NO: 11;
l) любой специфичный для генома огурца дикого типа маркер между маркерами SNP_01 и SNP_11.
4. Растение по п. 1, дополнительно содержащее фрагмент интрогрессии на хромосоме 6 в гомозиготной или гетерозиготной форме, где указанный фрагмент интрогрессии обеспечивает увеличение урожая плодов огурца, и где указанный фрагмент интрогрессии на хромосоме 6 является обнаруживаемым посредством анализа молекулярного маркера, который обнаруживает по меньшей мере один, предпочтительно по меньшей мере 2 или 3, маркера, выбранных из группы, состоящей из:
a) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_12 в SEQ ID NO: 12;
b) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_13 в SEQ ID NO: 13;
c) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_14 в SEQ ID NO: 14;
d) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_15 в SEQ ID NO: 15;
e) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_16 в SEQ ID NO: 16;
f) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_17 в SEQ ID NO: 17;
g) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_18 в SEQ ID NO: 18;
h) генотип АС или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_19 в SEQ ID NO: 19;
i) генотип AC или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_20 в SEQ ID NO: 20;
j) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_21 в SEQ ID NO: 21;
k) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_22 в SEQ ID NO: 22;
l) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_23 в SEQ ID NO: 23;
m) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_24 в SEQ ID NO: 24;
n) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_25 в SEQ ID NO: 25;
о) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_26 в SEQ ID NO: 26;
р) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_27 в SEQ ID NO: 27;
q) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_28 в SEQ ID NO: 28;
r) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_29 в SEQ ID NO: 29;
s) генотип GT или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_30 в SEQ ID NO: 30;
t) любой специфичный для генома огурца дикого типа маркер между маркерами SNP_12 и SNP_30.
5. Растение по п. 1, где указанный фрагмент интрогрессии на хромосоме 2 является обнаруживаемым посредством анализа молекулярного маркера, который обнаруживает по меньшей мере 2, 3 или 4 последовательных маркера, выбранных из группы, состоящей из:
a) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_01 в SEQ ID NO: 1;
b) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_02 в SEQ ID NO: 2;
c) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_03 в SEQ ID NO: 3;
d) генотип GT или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_04 в SEQ ID NO: 4;
e) генотип АС или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_05 в SEQ ID NO: 5;
f) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_06 в SEQ ID NO: 6;
g) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_07 в SEQ ID NO: 7;
h) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_08 в SEQ ID NO: 8;
i) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_09 в SEQ ID NO: 9;
j) генотип GT или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_10 в SEQ ID NO: 10;
k) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_11 в SEQ ID NO: 11;
6. Растение по п. 4, где указанный фрагмент интрогрессии на хромосоме 6 является обнаруживаемым посредством анализа молекулярного маркера, который обнаруживает по меньшей мере 2, 3 или 4 последовательных маркера, выбранных из группы, состоящей из:
a) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_12 в SEQ ID NO: 12;
b) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_13 в SEQ ID NO: 13;
c) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_14 в SEQ ID NO: 14;
d) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_15 в SEQ ID NO: 15;
e) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_16 в SEQ ID NO: 16;
f) генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_17 в SEQ ID NO: 17;
g) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_18 в SEQ ID NO: 18;
h) генотип АС или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_19 в SEQ ID NO: 19;
i) генотип АС или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_20 в SEQ ID NO: 20;
j) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_21 в SEQ ID NO: 21;
k) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_22 в SEQ ID NO: 22;
l) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_23 в SEQ ID NO: 23;
m) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_24 в SEQ ID NO: 24;
n) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_25 в SEQ ID NO: 25;
о) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_26 в SEQ ID NO: 26;
р) генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_27 в SEQ ID NO: 27;
q) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_28 в SEQ ID NO: 28;
r) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_29 в SEQ ID NO: 29; и
s) генотип GT или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_30 в SEQ ID NO: 30.
7. Растение по п. 3, где обнаруживаются по меньшей мере 1, 2 или 3 маркера, выбранные из группы, состоящей из:
a) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_02 в SEQ ID NO: 2;
b) генотип АС или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_05 в SEQ ID NO: 5;
c) генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_07 в SEQ ID NO: 7;
d) генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_09 в SEQ ID NO: 9; и
e) генотип GT или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_10 в SEQ ID NO: 10.
8. Растение по п. 3, где по меньшей мере следующий маркер обнаруживается:
- генотип СТ или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_06 в SEQ ID NO: 6.
9. Растение по п. 8, где дополнительно обнаруживается по меньшей мере один из следующих маркеров:
- генотип АС или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_05 в SEQ ID NO: 5;
- генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_07 в SEQ ID NO: 7.
10. Растение по п. 4, где обнаруживаются по меньшей мере 1, 2 или 3 маркера, выбранные из группы, состоящей из:
- генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_12 в SEQ ID NO: 12;
- генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_13 в SEQ ID NO: 13;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_18 в SEQ ID NO: 18;
- генотип АС или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_19 в SEQ ID NO: 19;
- генотип АС или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_20 в SEQ ID NO: 20;
- генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_21 в SEQ ID NO: 21;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_22 в SEQ ID NO: 22;
- генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_23 в SEQ ID NO: 23;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_24 в SEQ ID NO: 24;
- генотип AG или GG для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_25 в SEQ ID NO: 25;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_26 в SEQ ID NO: 26;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_28 в SEQ ID NO: 28;
- генотип GT или ТТ для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_30 в SEQ ID NO: 30.
11. Растение по п. 4, где по меньшей мере 1, 2 или 3 маркера выбраны из группы, состоящей из:
- генотип AG или АА для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_13 в SEQ ID NO: 13;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_18 в SEQ ID NO: 18;
- генотип СТ или СС для маркера однонуклеотидного полиморфизма SNP_28 в SEQ ID NO: 28.
12. Растение по п. 1, где указанное растение является одним из следующих видов огурца: корнишоны, салатные огурцы, длинные огурцы, короткие огурцы, Европейские тепличные огурцы, огурцы типа Бейт-Альфа, огурцы типа oriental trellis, Азиатские огурцы.
13. Растение по п. 1, где указанным растением является гибрид простого скрещивания F1 или инбредная линия.
14. Растение по п. 1, где указанное растение является подходящим для одноразовой механической уборки урожая.
15. Растение по п. 1, где указанное растение не является растением огурца дикого типа или местным сортом, или где растением является культивированный огурец евразийской группы огурцов, восточноазиатской группы огурцов или группы огурцов Xishuangbanna.
16. Растение по п. 1, где указанное растение дает бессемянные плоды без опыления.
17. Растение по п. 1, где указанное растение является в основном или полностью женским.
18. Растение по п. 1, где указанное растение является однородным в отношении морфологических характеристик плодов, которые дает указанное растение.
19. Растение по п. 1, где растение дает плоды, которые на стадии зрелости, пригодной для потребления в пищу, имеют среднюю длину плода, равную по меньшей мере 10 см, и/или отношение длины к диаметру плода, равное 2 или более.
20. Растение по п. 1, где указанный фрагмент интрогрессии на хромосоме 2 представляет собой фрагмент, как обнаружено на хромосоме 2 в семенах, депонированных под номером доступа NCIMB42262, или более маленький фрагмент.
21. Растение по п. 1, где указанный фрагмент интрогрессии на хромосоме 2 равен или менее 10 Мб по размеру, предпочтительно равен или менее 8 Мб по размеру, более предпочтительно равен или менее 3 Мб по размеру.
22. Растение по п. 21, где указанный фрагмент интрогрессии составляет по меньшей мере 0.5 Мб или по меньшей мере 1 Мб по размеру.
23. Растение по любому из п.п. 1-22, где растением является неопределенный огурец.
24. Семена, из которых может быть выращено растение по любому из п.п. 1-23.
25. Плод огурца, собранный с растения по любому из п.п. 1-23.
26. Плод по п. 25, где указанный плод свободен от горечи на стадии съедобного плода.
27. Плод по п. 25 или 26, где указанный плод имеет тонкую кожу на стадии съедобного плода.
28. Растительная клетка, ткань или часть растения растения по любому из п.п. 1-23 или семени по п. 24, содержащая по меньшей мере одну ркомбинантную хромосому 2, где указанная рекомбинантная хромосома 2 содержит фрагмент интрогрессии из растения огурца дикого типа или дикого родственника огурца, и где указанный фрагмент интрогрессии содержит QTL, обеспечивающий увеличенный урожай плодов.
29. Применение рекомбинантной хромосомы 2, содержащей фрагмент интрогрессии из растения огурца дикого типа или дикого родственника огурца, причем указанный фрагмент интрогрессии содержит аллель, обеспечивающий увеличенный урожай плодов, для разведения сортов огурца, имеющих увеличенный урожай плодов, где указанная рекомбинантная хромосома 2 представляет собой рекомбинантную хромосому 2, как обнаружено в семенах, депонированных под номером доступа NCIMB 42262, или происходит из указанной рекомбинантной хромосомы 2.
30. Применение хромосомы 2, как обнаружено в семенах, депонированных под номером доступа NCIMB 42262, или в их потомстве, для получения культивированного растения огурца, содержащего фрагмент интрогрессии на указанной хромосоме 2, где указанный фрагмент интрогрессии обеспечивает увеличенный урожай плодов, по сравнению с растением огурца в качестве генетического контроля, не содержащим указанный фрагмент (фрагменты) интрогрессии.
31. Применение растений, выращенных из семян, депонированных под номером доступа NCIMB 42262, или их потомства, для получения культивированного растения огурца, имеющего увеличенный урожай плодов, где указанный увеличенный урожай плодов обеспечен фрагментом интрогрессии, полученным из хромосомы 2 указанных растений или потомства.
32. Способ идентификации культивированного растения С. sativus var. sativus, содержащего фрагмент интрогрессии на хромосоме 2, где указанный фрагмент интрогрессии представляет собой как обнаружено в NCIMB 42262, или более маленький фрагмент, полученный из него, включающий:
a) обеспечение популяции культивированных растений С. sativus var. sativus,
b) скрининг указанной популяции, используя анализ молекулярного маркера, который обнаруживает по меньшей мере один SNP маркер, выбранный из группы, состоящей из:
SNP_01 - SNP_11 для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2;
c) идентификацию и/или отбор растения, содержащего:
i) по меньшей мере 1 из SNP маркеров SNP_01 - SNP_11 для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2; или
ii) по меньшей мере 2, 3 или 4 последовательных маркера, выбранных из SNP_1 - SNP_11, для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2; или
iii) по меньшей мере 1, 2 или 3 маркера, выбранных из группы, состоящей из SNP_2, SNP_5, SNP_7, SNP_9 и SNP10, для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2; или
iv) по меньшей мере маркер SNP_06 и необязательно также маркер SNP_05 и/или SNP_07 для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2.
33. Способ получения F1 гибридных растений С. sativus, содержащих фрагмент интрогрессии, обеспечивающий увеличенный урожай плодов, включающий:
a) обеспечение первого инбредного растения огурца, содержащего рекомбинантную хромосому 2 в гомозиготной форме, имеющую фрагмент интрогрессии, содержащий аллель, обеспечивающий увеличенный урожай, где указанный фрагмент интрогрессии представляет собой такой как в NCIMB 42262 или более маленький фрагмент,
b) обеспечение второго инбредного растения огурца,
c) скрещивание указанного растения огурца по а) с указанным растением огурца по b),
d) сбор F1 гибридных семян из указанного кросса.
34. Способ получения потомства NCIMB 42262, причем указанный способ включает:
a) выращивание растения из семян, депонированных под номером доступа NCIMB 42262;
b) самоопыление указанного растения один или более раз или скрещивание указанного растения один или более раз с другим растением огурца с получением семян потомства;
c) скрининг указанных семян потомства или растений, выращенных из указанных семян, или частей семян или растений, используя анализ молекулярного маркера, который обнаруживает по меньшей мере один SNP маркер, выбранный из группы, состоящей из:
SNP_01 - SNP11 для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2,
d) идентификацию и/или отбор потомственного растения, содержащего:
i) по меньшей мере 1 из SNP маркеров SNP_01 - SNP_11 для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2; или
ii) по меньшей мере 2, 3, или 4 последовательных маркера, выбранных из SNP_1 - SNP_11, для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2; или
iii) по меньшей мере 1, 2 или 3 маркера, выбранных из группы, состоящей из SNP_2, SNP_5, SNP_7, SNP_9 и SNP10, для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2; или
iv) по меньшей мере маркер SNP_06 и необязательно также маркер SNP_05 и/или SNP_07 для обнаружения фрагмента интрогрессии на хромосоме 2.
35. Потомственное растение, полученное способом по п. 34.