МОЛЕКУЛЫ РНК, ВКЛЮЧАЮЩИЕ НЕКАНОНИЧЕСКИЕ ПАРЫ ОСНОВАНИЙ

1. Химерная молекула рибонуклеиновой кислоты (РНК), включающая область двухцепочечной РНК (дцРНК), которая включает первую смысловую рибонуклеотидную последовательность длиной по меньшей мере 50 последовательных нуклеотидов и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность длиной по меньшей мере 50 последовательных нуклеотидов, причем первая смысловая рибонуклеотидная последовательность и первые антисмысловые рибонуклеотидные последовательности способны к гибридизации друг с другом с формированием области дцРНК, где:
i) первая смысловая рибонуклеотидная последовательность состоит из ковалентно связанных, в порядке 5'→3', первого 5'-рибонуклеотида, первой последовательности РНК и первого 3' рибонуклеотида,
ii) первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность состоит из ковалентно связанных, в порядке 5'→3', второго 5'-рибонуклеотида, второй последовательности РНК и второго 3'-рибонуклеотида,
iii) первый 5'-рибонуклеотид спарен со вторым 3'-рибонуклеотидом с формированием концевой пары оснований области дцРНК,
iv) второй 5'-рибонуклеотид спарен с первым 3'-рибонуклеотидом с формированием концевой пары оснований области дцРНК,
v) от 5% до 40% рибонуклеотидов первой смысловой рибонуклеотидной последовательности и первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательности, в общей сложности, спарены с образованием неканонической пары оснований,
vi) область дцРНК не включает 20 последовательных канонических пар оснований,
in vitro
vii) молекула РНК способна процессироваться в эукариотической клетке или , причем первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность расщепляется с получением коротких молекул антисмысловой РНК (асРНК) длиной 20-24 рибонуклеотида,
viii) молекула РНК и/или по меньшей мере некоторые молекулы асРНК способны снижать экспрессию или активность молекулы РНК-мишени в эукариотической клетке, и
in vitro
ix) молекула РНК может быть получена ферментативно при транскрипции  и/или в клетке.
2. Химерная молекула РНК по п.1, где первая смысловая рибонуклеотидная последовательность ковалентно связана с первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательностью посредством первой соединительной рибонуклеотидной последовательности, которая включает последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида или от 4 до 1000 рибонуклеотидов, или от 4 до 200 рибонуклеотидов, или от 4 до 50 рибонуклеотидов или по меньшей мере 10 рибонуклеотидов, или от 10 до 1000 рибонуклеотидов, или от 10 до 200 рибонуклеотидов, или от 10 до 50 рибонуклеотидов, причем первая соединительная рибонуклеотидная последовательность ковалентно связана либо со вторым 3'-рибонуклеотидом и первым 5'-рибонуклеотидом, либо, предпочтительно, с первым 3'-рибонуклеотидом и вторым 5'-рибонуклеотидом, в результате чего последовательности содержатся в одной непрерывной цепи РНК.
3. Химерная молекула РНК по п.2, где последовательность петли в молекуле РНК включает одну или более связывающих последовательностей, которые комплементарны молекуле РНК, которая является эндогенной для эукариотической клетки, и/или последовательность петли в молекуле РНК включает открытую рамку считывания, кодирующую полипептид или функциональный полинуклеотид.
4. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-4, где от 5% до 40% рибонуклеотидов первой смысловой рибонуклеотидной последовательности и первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательности дцРНК, в общей сложности, спарены с образоованием пар оснований G:U.
5. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-4, где первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность полностью комплементарна области РНК-мишени, и первая смысловая рибонуклеотидная последовательность отличается по последовательности от области РНК-мишени заменой нуклеотидов C в области РНК-мишени нуклеотидами U.
6. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-5, которая включает вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность, и первая смысловая рибонуклеотидная последовательность и первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность связаны первой соединительной рибонуклеотидной последовательности, включающей последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида, причем первая соединительная рибонуклеотидная последовательность ковалентно связана с первым 3'-рибонуклеотидом и вторым 5'-рибонуклеотидом, и молекула РНК дополнительно включает вторую соединительную рибонуклеотидную последовательность, которая включает последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида и ковалентно связанную со вторым 3'-рибонуклеотидом и второй смысловой рибонуклеотидной последовательностью.
7. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-5, которая включает вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, и первая смысловая рибонуклеотидная последовательность и первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность связаны первой соединительной рибонуклеотидной последовательности, включающей последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида, причем первая соединительная рибонуклеотидная последовательность ковалентно связана со вторым 3'-рибонуклеотидом и первым 5'-рибонуклеотидом, и молекула РНК дополнительно включает вторую соединительную рибонуклеотидную последовательность, которая включает последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида и ковалентно связанную со вторым 3'-рибонуклеотидом и второй антисмысловой рибонуклеотидной последовательностью.
8. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-5, которая включает вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность, и вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, где вторая смысловая рибонуклеотидная последовательность и вторые антисмысловые рибонуклеотидные последовательности способны к гибридизации друг с другом с формированием второй области дцРНК, и первая смысловая рибонуклеотидная последовательность и первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность соединены первой соединительной рибонуклеотидной последовательностью, включающей последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида, причем первая соединительная рибонуклеотидная последовательность ковалентно связана с первым 3'-рибонуклеотидом и вторым 5'-рибонуклеотидом, и молекула РНК необязательно включает вторую соединительную рибонуклеотидную последовательность, которая включает последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида и ковалентно связанную со вторым 3'-рибонуклеотидом и второй смысловой рибонуклеотидной последовательностью или ковалентно связывающую вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность.
9. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-5, которая включает вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, и первая смысловая рибонуклеотидная последовательность и первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность связана первой соединительной рибонуклеотидной последовательности, включающей последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида, причем первая соединительная рибонуклеотидная последовательность ковалентно связана со вторым 3'-рибонуклеотидом и первым 5'-рибонуклеотидом, и молекула РНК дополнительно включает вторую соединительную рибонуклеотидную последовательность, которая включает последовательность петли длиной по меньшей мере 4 нуклеотида и ковалентно связанную с первыми 3' рибонуклеотидами и второй антисмысловой рибонуклеотидной последовательностью, или ковалентно связывающую вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность.
10. Химерная молекула РНК по любому из пп.6-9, где вторая смысловая рибонуклеотидная последовательность и вторая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность включают по меньшей мере по 20 последовательных нуклеотидов.
11. Химерная молекула РНК по любому из пп.6-10, где первые и вторые смысловые рибонуклеотидные последовательности ковалентно связаны промежуточной рибонуклеотидной последовательностью, которая не является родственной по последовательности с молекулой РНК-мишени, или связанной в последовательности с молекулой РНК-мишени, или первые и вторые смысловые рибонуклеотидные последовательности ковалентно связаны без промежуточной рибонуклеотидной последовательности.
12. Химерная молекула РНК по любому из пп.6-11, где первые и вторые антисмысловые рибонуклеотидные последовательности ковалентно связаны промежуточной рибонуклеотидной последовательностью, которая не является родственной по последовательности с комплементом молекулы РНК-мишени, или является родственной по последовательности с комплементом молекулы РНК-мишени, или первые и вторые антисмысловые рибонуклеотидные последовательности ковалентно связаны без промежуточной рибонуклеотидной последовательности.
in vitro
13. Химерная молекула РНК по любому из пп.6-12, где от 5% до 40% рибонуклеотидов во второй смысловой рибонуклеотидной последовательности и второй антисмысловой рибонуклеотидной последовательности, в общей сложности, либо спарены с образованием неканонической пары оснований, либо не спарены, предпочтительно спарены с образованием пар оснований G:U, где вторая область дцРНК не включает 20 последовательных канонических пар оснований, и где молекула РНК способна процессироваться в эукариотической клетке или , причем вторая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность расщепляется с получением коротких молекул антисмысловой РНК (асРНК) длиной 20-24 рибонуклеотида.
14. Химерная молекула РНК по любому из пп.6-13, где каждая соединительная рибонуклеотидная последовательность независимо имеет длину от 4 до приблизительно 2000 нуклеотидов, предпочтительно от 4 до приблизительно 1200 нуклеотидов, более предпочтительно от 4 до приблизительно 200 нуклеотидов и наиболее предпочтительно от 4 до приблизительно 50 нуклеотидов.
15. Химерная молекула РНК по любому из пп.6-14, дополнительно включающая 5'-лидерную последовательность и/или 3'-трейлерную последовательность.
16. Химерная молекула РНК, включающая первый РНК-компонент и второй РНК-компонент, ковалентно связанный с первым РНК-компонентом,
где первый РНК-компонент включает первую область двухцепочечной РНК (дцРНК), которая включает первую смысловую рибонуклеотидную последовательность и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, которые способны к гибридизации друг с другом, с формированием первой области дцРНК и первой промежуточной рибонуклеотидной последовательности по меньшей мере из 4 нуклеотидов, ковалентно связывающую первую смысловую рибонуклеотидную последовательность и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность,
где второй РНК-компонент включает вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность, вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую промежуточную рибонуклеотидную последовательность по меньшей мере из 4 рибонуклеотидов, ковалентно связывающую вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, где вторая смысловая рибонуклеотидная последовательность гибридизуется со второй антисмысловой рибонуклеотидной последовательностью в молекуле РНК,
где в первом РНК-компоненте:
i) первая смысловая рибонуклеотидная последовательность состоит по меньшей мере из 20 последовательных рибонуклеотидов, ковалентно связанных, в порядке 5'→3', первого 5'-рибонуклеотидам, первой последовательности РНК и первым 3' рибонуклеотидам,
ii) первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность состоит по меньшей мере из 20 последовательных рибонуклеотидов, ковалентно связанных, в порядке 5'→3', второго 5'-рибонуклеотида, второй последовательности РНК и второго 3'-рибонуклеотида,
iii) первый 5'-рибонуклеотид спарен со вторым 3'-рибонуклеотидом,
iv) второй 5'-рибонуклеотид спарен с первым 3'-рибонуклеотидом,
v) от 5% до 40% рибонуклеотидов первой смысловой рибонуклеотидной последовательности и первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательности, в общей сложности, либо спарены с образованием неканонической пары оснований, и
vi) первая дцРНК область не включает 20 последовательных канонических пар оснований,
in vitro
где химерная молекула РНК способна процессироваться в эукариотической клетке или , причем первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность расщепляется с получением короткой молекулы антисмысловой РНК (асРНК) длиной 20-24 рибонуклеотидов, и где
(a) химерная молекула РНК или по меньшей мере некоторые молекулы асРНК или и то, и другое, способны снижать экспрессию или активность молекулы РНК-мишени в эукариотической клетке, или
(b) первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность включает последовательность по меньшей мере из 20 последовательных рибонуклеотидов, которая по меньшей мере на 50% идентична по последовательности, предпочтительно по меньшей мере на 90% или 100% идентична по последовательности области комплемента молекулы РНК-мишени, или
(c) и (a), и (b).
17. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-16, где по меньшей мере все 20 последовательных рибонуклеотидов первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательности способны спариваться с нуклеотидами первой области молекулы РНК-мишени.
18. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-17, где молекула РНК включает две или больше антисмысловых рибонуклеотидных последовательностей, и смысловые рибонуклеотидные последовательности, спаренные с ними, где каждая из антисмысловых последовательностей комплементарна, предпочтительно полностью комплементарна, области молекулы РНК-мишени.
19. Химерная молекула РНК по п.18, где две или больше антисмысловых рибонуклеотидных последовательностей комплементарны различным областям одной и той же молекулы РНК-мишени.
20. Химерная молекула РНК по п.18, где две или больше антисмысловых рибонуклеотидных последовательности комплементарны областям разных молекул РНК-мишеней.
21. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-20, которая включает структуру шпилечной РНК (шРНК), имеющую 5'-конец, смысловую рибонуклеотидную последовательность, которая имеет длину по меньшей мере 50 нуклеотид, антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, которая полностью спарена со смысловой рибонуклеотидной последовательностью на протяжении по меньшей мере 21 последовательного нуклеотида, промежуточную последовательность петли и 3'-конец.
22. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-20, которая включает одну цепь рибонуклеотидов, имеющую 5'-конец, по меньшей мере одну смысловую рибонуклеотидную последовательность, которая имеет длину по меньшей мере 50 нуклеотид, антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, которая полностью спарена с каждой смысловой рибонуклеотидной последовательностью на протяжении по меньшей мере 21 последовательного нуклеотида, по меньшей мере две последовательности петли и 3'-конец.
23. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-22, где от приблизительно 10% до приблизительно 30%, от приблизительно 15% до приблизительно 30% или от приблизительно 16% до приблизительно 25% рибонуклеотидов смысловой рибонуклеотидной последовательности и антисмысловой рибонуклеотидной последовательности, в общей сложности, спарены с образованием неканонической пары оснований, предпочтительно спарены с образованием пар оснований G:U.
24. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-23, где по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 97% или 100% неканонических пар оснований являются парами оснований G:U.
25. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-24, где меньше 25%, меньше 20%, меньше 15%, меньше 10%, меньше 5%, меньше 1% или ни один рибонуклеотид в области дцРНК не спарены.
26. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-25, где от каждого из четырех до каждого из шести рибонуклеотидов в области дцРНК образуют неканоническую пару оснований или не образуют пару оснований, предпочтительно образуют пару оснований G:U.
27. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-26, где область дцРНК не включает 8 последовательных канонических пар оснований.
28. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-27, где область дцРНК включает по меньшей мере 8 последовательных канонических пар оснований, предпочтительно по меньшей мере 8, но не больше 12 последовательных канонических пар оснований.
29. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-28, где все рибонуклеотиды в области дцРНК, или в каждой области дцРНК, спарены с образованием канонической пары оснований или неканонической пары оснований.
30. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-28, где один или более рибонуклеотидов смысловой рибонуклеотидной последовательности и/или один или более рибонуклеотидов антисмысловой рибонуклеотидной последовательности не спарены.
31. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-30, где антисмысловая последовательность РНК меньше чем на 100% идентична или приблизительно на 80-99,9% идентична, или приблизительно на 90-98% идентична, или приблизительно на 95-98% идентична по последовательности комплементу области молекулы РНК-мишени.
32. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-30, где антисмысловая последовательность РНК на 100% идентична по последовательности области молекулы РНК-мишени.
33. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-32, где смысловая и/или антисмысловая рибонуклеотидная последовательность, предпочтительно обе, имеет длину приблизительно 100, по меньшей мере приблизительно 200, по меньшей мере приблизительно 300, по меньшей мере приблизительно 400, по меньшей мере приблизительно 500, по меньшей мере приблизительно 600, по меньшей мере приблизительно 700, по меньшей мере приблизительно 800, по меньшей мере приблизительно 900, по меньшей мере приблизительно 1000 или от приблизительно 100 до приблизительно 1000, или от 50 до приблизительно 1000 нуклеотидов, или от 50 до приблизительно 500 нуклеотидов.
34. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-33, где количество рибонуклеотидов в смысловой рибонуклеотидной последовательности составляет от приблизительно 90% до приблизительно 110% от количества рибонуклеотидов в антисмысловой рибонуклеотидной последовательности.
35. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-34, где количество рибонуклеотидов в смысловые рибонуклеотидные последовательности совпадает с количеством рибонуклеотидов в антисмысловой рибонуклеотидной последовательности.
36. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-35, где химерная молекула РНК дополнительно включает 5'-удлиняющую последовательность, которая ковалентно связана с первым 5'-рибонуклеотидом, и/или 3'-удлиняющую последовательность, которая ковалентно связана со вторым 3'-рибонуклеотидом.
37. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-36, где химерная молекула РНК дополнительно включает 5'-удлиняющую последовательность, которая ковалентно связана со вторым 5'-рибонуклеотидом, и/или 3'-удлиняющую последовательность, которая ковалентно связана с первым 3'-рибонуклеотидом.
38. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-37, которая включает две или более областей дцРНК, которые являются одинаковыми или разными.
39. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-38, где при экспрессии в эукариотической клетке образуется больше молекул асРНК, которые имеют длину 22 и/или 20 рибонуклеотидов по сравнению с процессингом аналогичной молекулы РНК, имеющей соответствующую область дцРНК, которая полностью спарена с образованием канонических пар оснований.
40. Выделенный и/или экзогенный полинуклеотид, кодирующий химерную молекулу РНК по любому из пп.1-39.
41. Полинуклеотид по п.40, который является ДНК конструкцией.
in vitro
42. Полинуклеотид по п.40 или по п.41, который функционально связан с промотором, способным направлять экспрессию молекулы РНК в клетке-хозяине или .
in vitro
43. Полинуклеотид по п.42, где промотор является промотором РНК-полимеразы, таким как промотор РНК-полимеразы III, промотор РНК-полимеразы II или промотор, который функционирует .
in vitro
44. Полинуклеотид по любому из пп.40-43, который кодирует молекулу-предшественник РНК, включающую интрон, предпочтительно в 5'-удлиняющей последовательности или по меньшей мере в одной последовательности петли, где интрон может быть удален при сплайсинге во время транскрипции полинуклеотида в клетке-хозяине или .
45. Вектор, включающий полинуклеотид по любому из пп.40-44.
46. Вектор по п.45, который является вирусным вектором.
47. Клетка-хозяин, включающая одно или более, или все из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или вектора по п.45 или по п.46.
48. Клетка-хозяин по п.47, которая является бактериальной клеткой, клеткой гриба, такой как дрожжевая клетка, клеткой растения или клеткой животного, предпочтительно клеткой растения.
49. Клетка-хозяин по п.47 или 48, которая является мертвой и/или неспособна к воспроизводству.
50. Полинуклеотид по п.42 или 43 или клетка-хозяин по любому из пп.47-49, который кодирует и/или включает химерную молекулу РНК по любому из пп.1-39, где промоторная область полинуклеотида имеет более низкий уровень метилирования, такой как меньше чем приблизительно 50%, меньше чем приблизительно 40%, меньше чем приблизительно 30% или меньше чем приблизительно 20%, по сравнению с промотором соответствующего полинуклеотида, кодирующего молекулу РНК, имеющую соответствующую область дцРНК, которая полностью спарена с образованием канонических пар оснований.
51. Клетка-хозяин по п.50, предпочтительно клетка растения или клетка гриба, включающая химерную молекулу РНК и/или малые молекулы РНК, полученные в результате процессинга химерной молекулы РНК, где химерная молекула РНК включает, в порядке 5'→3', первую смысловую рибонуклеотидную последовательность, первую соединительную рибонуклеотидную последовательность, которая включает последовательность петли, и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность.
52. Клетка-хозяин по любому из пп.47-51, которая является эукариотической клеткой и которая включает по меньшей мере две копии полинуклеотида, кодирующего химерную молекулу РНК по любому из пп.1-39, и где:
i) уровень снижения экспрессии или активности молекулы РНК-мишени в эукариотической клетке является приблизительно таким же или больше, чем уровень снижения экспрессии или активности молекулы РНК-мишени, если клетка содержала одну копию полинуклеотида, и/или
ii) уровень снижения экспрессии или активности молекулы РНК-мишени в эукариотической клетке является более низким по сравнению с соответствующей клеткой, включающей молекулу РНК, которая имеет соответствующую область дцРНК, которая полностью спарена с образованием канонических пар оснований.
53. Не относящийся к человеку организм, включающий одно или более, или все из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46 или клетки-хозяина по любому из пп.47-52.
54. Не относящийся к человеку организм по п.53, который является трансгенным не относящимся к человеку организмом, предпочтительно растением или грибом, включающим полинуклеотид по любому из пп.40-44 или 50.
55. Не относящийся к человеку организм по п.54, где полинуклеотид стабильно интегрирован в геном организма.
56. Способ получения химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, включающий экспрессию полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50 в клетке-хозяине или бесклеточной системе экспрессии.
57. Способ по п.56, который дополнительно включает, по меньшей мере, частичную очистку молекулы РНК.
58. Способ получения не относящегося к человеку организма по п.54 или 55, включающий введение полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50 в клетку таким образом, чтобы он стабильно интегрировался в геном клетки, и создание не относящегося к человеку организма из клетки.
59. Экстракт клетки-хозяина по любому из пп.47-52, где экстракт включает одно или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, или полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50.
60. Композиция, включающая одно или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52 или экстракта по п.59, и один или более подходящих носителей.
61. Композиция по п.60, которая является фармацевтической композицией.
62. Композиция по п.60, подходящая для нанесения на растения, растущие в полевых условиях.
63. Композиция по любому из пп.60-62, которая дополнительно включает по меньшей мере одно соединение, которое улучшает стабильность одного или более из химерной молекулы РНК, молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, и полинуклеотида, и/или которое способствует захвату молекулы РНК, химерной молекулы РНК или полинуклеотида клеткой организма.
64. Композиция по п.63, где соединение является активатором трансфекции.
65. Способ снижения или даунрегуляции уровня и/или активности молекулы РНК-мишени в клетке или организме, включающий доставку в клетку или организм одного или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52, экстракта по п.59 или композиции по любому из пп.60-64.
66. Способ по п.65, где химерная молекула РНК и/или малые молекулы РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, контактируют с клеткой или организмом, предпочтительно клеткой растения, растением, грибом или насекомым, при наружном нанесении на клетку или организм, или при предоставлении в пище для организма.
67. Способ снижения ущерба, наносимого вредителем или патогеном не относящемуся к человеку организму, включающий доставку вредителю или патогену, или контакт вредителя или патогена с одним или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52, экстракта по п.59 или композиции по любому из пп.60-64.
68. Способ контроля, не относящегося к человеку организма, включающий доставку не относящемуся к человеку организму одного или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52, экстракта по п.59 или композиции по любому из пп.60-64, где молекула РНК, малые молекулы РНК оказывают вредное воздействие на не относящийся к человеку организм.
69. Способ по п.68, где не относящийся к человеку организм является членистоногим или растением.
70. Способ по п.69, где не относящийся к человеку организм по любому из пп.53-55 является растением, и членистоногое поедает растение или его часть.
71. Способ предотвращения или лечения заболевания у субъекта, включающий введение субъекту одного или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52, экстракта по п.59 или композиции по любому из пп.60-64, где химерная молекула РНК и/или малые молекулы РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК оказывают благоприятное действие по меньшей мере на один симптом заболевания.
72. Способ по п.71, где химерную молекулу РНК, полинуклеотид, вектор или композицию применяют наружно или вводят перорально или путем инъекции.
73. Способ по п.71 или 72, где субъектом является позвоночное животное.
74. Способ по п.73, где позвоночным животным является млекопитающее, такое как человек.
75. Химерная молекула РНК по любому из пп.1-39, малые молекулы РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотид по любому из пп.40-44 или 50, вектор по п.45 или 46, клетка-хозяин по любому из пп.47-52, экстракт по п.59 или композиция по любому из пп.60-64 для применения в предупреждении или лечении заболевания у субъекта, где химерная молекула РНК и/или малые молекулы РНК, полученные в результате процессинга химерной молекулы РНК, оказывают благоприятное действие по меньшей мере на один симптом заболевания.
76. Применение химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52, экстракта по п.59 или композиции по любому из пп.60-64 для производства лекарственного средства для предупреждения или лечения заболевания у субъекта, где химерная молекула РНК и/или малые молекулы РНК, полученные в результате процессинга химерной молекулы РНК, оказывают благоприятное действие по меньшей мере на один симптом заболевания.
77. Набор, включающий одно или более из химерной молекулы РНК по любому из пп.1-39, малых молекул РНК, полученных в результате процессинга химерной молекулы РНК, полинуклеотида по любому из пп.40-44 или 50, вектора по п.45 или 46, клетки-хозяина по любому из пп.47-52, экстракта по п.59 или композиции по любому из пп.60-64.
78. Химерная молекула рибонуклеиновой кислоты (РНК), включающая область двухцепочечной РНК (дцРНК), которая включающая первую смысловую рибонуклеотидную последовательность длиной по меньшей мере 20 последовательных нуклеотидов и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность длиной по меньшей мере 20 последовательных нуклеотидов, причем первая смысловая рибонуклеотидная последовательность и первые антисмысловые рибонуклеотидные последовательности способны к гибридизации друг с другом с формированием области дцРНК, где:
i) первая смысловая рибонуклеотидная последовательность состоит из ковалентно связанных, в порядке 5'→3', первого 5'-рибонуклеотида, первой последовательности РНК и первого 3'-рибонуклеотида,
ii) первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность состоит из ковалентно связанных, в порядке 5'→3', второго 5'-рибонуклеотида, второй последовательности РНК и второго 3'-рибонуклеотида,
iii) первый 5'-рибонуклеотид спарен со вторым 3'-рибонуклеотидом с формированием концевой пары оснований области дцРНК,
iv) второй 5'-рибонуклеотид спарен с первым 3'-рибонуклеотидо с формированием концевой пары оснований области дцРНК,
v) от приблизительно 5% до приблизительно 40% рибонуклеотидов первой смысловой рибонуклеотидной последовательности и первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательности, в общей сложности, спарены с образованием неканонической пары оснований или не спарены,
vi) область дцРНК не включает 20 последовательных канонических пар оснований,
in vitro
vii) молекула РНК способна процессироваться в эукариотической клетке или , причем первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность расщепляется с получением коротких молекул антисмысловой РНК (асРНК) длиной 20-24 рибонуклеотидов,
viii) молекула РНК и/или по меньшей мере некоторые молекулы асРНК способны снижать экспрессию или активность молекулы РНК-мишени в эукариотической клетке, и
in vitro
ix) молекула РНК способна образовываться ферментативно в результате транскрипции  и/или в клетке.
79. Химерная молекула РНК по п.78, дополнительно включающая признаки, определенные в любом одном или более из пп.2-15 или пп.17-39.
80. Химерная молекула РНК, включающая первый РНК-компонент и второй РНК-компонент, который ковалентно связан с первым РНК-компонентом,
где первый РНК-компонент включает первую область двухцепочечной РНК (дцРНК), которая включает первую смысловую рибонуклеотидную последовательность и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, которые способны к гибридизации друг с другом с формированием первой области дцРНК, и первую промежуточную рибонуклеотидную последовательность по меньшей мере из 4 нуклеотидов, которая ковалентно соединяет первую смысловую рибонуклеотидную последовательность и первую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность,
где второй РНК-компонент включает вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность, вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую промежуточную рибонуклеотидную последовательность по меньшей мере из 4 рибонуклеотидов, которая ковалентно соединяет вторую смысловую рибонуклеотидную последовательность и вторую антисмысловую рибонуклеотидную последовательность, где вторая смысловая рибонуклеотидная последовательность гибридизуется со второй антисмысловой рибонуклеотидной последовательностью в молекуле РНК,
где в первом РНК-компоненте:
i) первая смысловая рибонуклеотидная последовательность состоит по меньшей мере из 20 последовательных рибонуклеотидов, ковалентно связанных в порядке 5'→3', первого 5'-рибонуклеотида, первой последовательности РНК и первого 3'-рибонуклеотида,
ii) первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность состоит по меньшей мере из 20 последовательных рибонуклеотидов, ковалентно связанных в порядке 5'→3', второго 5'-рибонуклеотида, второй последовательности РНК и второго 3'-рибонуклеотидам,
iii) первый 5'-рибонуклеотид спарен со вторым 3'-рибонуклеотидом,
iv) второй 5'-рибонуклеотид спарен с первым 3'-рибонуклеотидом,
v) от 5% до 40% рибонуклеотидов первой смысловой рибонуклеотидной последовательности и первой антисмысловой рибонуклеотидной последовательности, в общей сложности, спарены с образованием неканонической пары оснований или не спарены, и
vi) первая область дцРНК не включает 20 последовательных канонических пар оснований,
in vitro
где химерная молекула РНК способна процессироваться в эукариотической клетке или , причем первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность расщепляется с получением коротких молекул антисмысловой РНК (асРНК) длиной 20-24 рибонуклеотидов, и где:
(a) химерная молекула РНК и/или по меньшей мере некоторые молекулы асРНК способны снижать экспрессию или активность молекулы РНК-мишени в эукариотической клетке, или
(b) первая антисмысловая рибонуклеотидная последовательность включает последовательность по меньшей мере из 20 последовательных рибонуклеотидов, которая по меньшей мере на 50% идентична по последовательности, предпочтительно по меньшей мере на 90% или 100% идентична по последовательности, области комплемента молекулы РНК-мишени, или
и (a), и (b).
81. Химерная молекула РНК по п.80, дополнительно включающая признаки, определенные в любом одном или более из пп.17-39.