НОВЫЙ МЕТОД КОЛИЧЕСТВЕННОГО ОПРЕДЕЛЕНИЯ БЕЛКОВ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЕЙ

1. Способ количественного определения целевого белка в образцу, включающий следующие этапы:
а) обработку образца для получения пептидов,
б) количественную оценку по меньшей мере одного протеотипического пептида, полученного из целевого белка, с помощью методики масс-спектрометрии, в которой:
1
i) протеотипический пептид ионизируют для получения ионов-предшественников, которые фильтруют в соответствии с их массой m/z, и выбирают данный ион-предшественник с массой (m/z) в соответствии с целевым искомым белком,
ii) выбранный ион-предшественник фрагментируют до фрагментных ионов первого поколения,
2
iii) полученные фрагментные ионы первого поколения фильтруют в соответствии с их массой m/z и выбирают данный фрагментный ион первого поколения с массой (m/z) в соответствии с целевым искомым белком,
iv) выбранный фрагментный ион первого поколения фрагментируют до фрагментных ионов второго поколения,
v) выявляют по меньшей мере часть фрагментных ионов второго поколения, чтобы получить ряд количественных измерений,
vi) выбирают по меньшей мере одно количественное измерение, связанное с ионом второго поколения и коррелирующее с количеством полученного протеотипического пептида и с количеством целевого белка в образце,
2
характеризующийся тем, что выбранный фрагментный ион первого поколения с массой (m/z) является двухзарядным пептидом, который содержит пролин и/или гистидин в позиции 1.
1
2. Способ по п.1, характеризующийся тем, что выбранный ион-предшественник с массой (m/z) является двухзарядным пептидом, который содержит количество n от 6 до 15 аминокислот, и который имеет по меньшей мере один пролин в позициях со 2 по n-2 и/или один гистидин в позициях с 1 по n-2.
1
3. Способ по п.2, характеризующийся тем, что выбранный ион-предшественник с массой (m/z) содержит по меньшей мере два пролина или один пролин и один гистидин.
4. Способ по п.1, характеризующийся тем, что количественной оценке созданных пептидов масс-спектрометрией предшествует разделение пептидов, полученных на этапе а), с помощью хроматографии или электрофореза.
5. Способ по п.4, характеризующийся тем, что разделение с помощью хроматографии использует разделение путем обращенно-фазовой хроматографии.
6. Способ по п.1, характеризующийся тем, что количественная оценка созданных пептидов путем масс-спектрометрии осуществляется с помощью масс-спектрометра, содержащего тройной квадруполь.
7. Способ по п.1, характеризующийся тем, что количественная оценка созданных пептидов путем масс-спектрометрии осуществляется с помощью масс-спектрометра, содержащего ионную ловушку.
8. Способ по п.1, характеризующийся тем, что обработка образца осуществляется путем расщепления протеазным ферментом, например трипсином.
9. Способ по п.1, характеризующийся тем, что на этапе v) интенсивность тока, индуцированного по меньшей мере частью фрагментных ионов второго поколения, оценивается как функция времени, и сигнал, полученный за данный период времени, разбивается на масс-спектр различных присутствующих ионов в соответствии с их массой m/z, чтобы получить массовый пик, связанный с каждым из ионов второго поколения, выявленных в данный период времени, и воссоздается сигнал, соответствующий току по меньшей мере одного выбранного иона второго поколения, а интенсивность соответствующего измеряемого тока подвергается количественному измерению, выбранному в этапе vi).
10. Способ по п.9, характеризующийся тем, что на этапе vi) выбирается количественное измерение, связанное с фрагментным ионом второго поколения с наиболее интенсивным пиком m/z в течение данного периода времени.
11. Способ по п.9, характеризующийся тем, что на этапе vi) корреляция осуществляется на основании суммы по меньшей мере двух количественных измерений, каждое из которых связано с фрагментными ионами второго поколения, имеющими наиболее интенсивные пики m/z за определенный период времени.
12. Способ по п.1, характеризующийся тем, что корреляция, проводимая на этапе vi), осуществляется с помощью калибровочной кривой.
13. Способ по п.1, характеризующийся тем, что корреляция, проводимая на этапе vi), осуществляется с помощью внутренней калибровки с тяжелым пептидом.