ПРОФИЛИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С БЕЗЖИРОВЫМ ФЕНОТИПОМ, И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Комбинация, содержащая множество полинуклеотидов или экспрессируемых из них белков, которые дифференциально экспрессируются в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, являющийся результатом одной или нескольких стимулирующих безжировой фенотип обработок, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка, и (3) увеличение физических упражнений, где полинуклеотиды выбираются из генов, кодирующих белки, перечисленные в Таблице 6 или Таблице 10 или в их фрагментах.
2. Комбинация по п.1, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются при каждой обработке, стимулирующей безжировой фенотип, содержащей (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка, и (3) увеличение физических упражнений, и полинуклеотиды, выбранные из генов кодирующих белки, перечисленные в Таблице 6, или в ее фрагментах.
3. Комбинация по п.2, в которой полинуклеотиды выбираются из генов, кодирующих белки, которые перечислены в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6 и выбраны из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F и Таблицы 6G, или из их фрагментов.
4. Комбинация по п.2 в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются в жировой ткани и кодируют белки, вовлеченные в функции, выбранные из пути биосинтеза холестерина, пути статина, липогенеза, апоптоза, подвижности клеток, митохондриального бетаокисления жирных кислот, биосинтеза жирных кислот, метаболизма жирных кислот, гликолиза, регуляции клеточной пролиферации, воспаления, иммунного ответа и ответа на стресс, развития многоклеточного организма и регуляции апоптоза.
5. Комбинация по п.2, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются в печени и кодируют белки, вовлеченные в функции, выбранные из сигнального пути PPAR и метаболизма жирных кислот.
6. Комбинация по п.2, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются в мышцах и кодируют белки, вовлеченные в метаболизм липидов.
7. Комбинация по п.1, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются при обработке, стимулирующей безжировой фенотип, содержащей потребление диеты с высоким содержанием белка, а полинуклеотиды, выбираются из генов кодирующих белки, перечисленные в Таблице 10, или в ее фрагментах.
8. Комбинация по п.7, в которой полинуклеотиды выбираются из генов, кодирующих белки, которые перечислены в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10 и выбраны из: Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G, или из их фрагментов.
9. Комбинация по п.7, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются в жировой ткани и кодируют белки, вовлеченные в функции, выбранные из иммунного ответа, воспалительного ответа, ответа на стресс, хемотаксиса, ответа на развернутые белки, защитного ответа, клеточной активации, активации лимфоцитов, локомоторного поведения, процесса метаболизма липидов, процесса биосинтеза липидов, процесса биосинтеза стероидов, процесса метаболизма холестирина, процесса метаболизма стероидов, гликолиза, процесса метаболизма глюкозы, развития органов, развития мышц, положительной регуляции клеточной пролиферации, ангиогенеза, морфогенеза кровеносных сосудов, анитапоптоза, сокращения мышц, транспорта фосфатов, сборки белковых комплексов, кальций-опосредованной сигнальной системы, регуляции активности ГТФаз, гликозирования аминокислот белков, регуляции формы клеток, сигнальной сети «NetPath 12» В-клеточных рецепторов Rattus norvegicus (Rn), сигнальной сети «NetPath II» Т-клеточных рецепторов Rn, сигнальной сети «NetPath 16» Rn IL-4, сигнальной сети «NetPath 19» Rn IL-7, синтеза эйказаноидов Rn, сигнальной системы инсулина в Rn, биосинтеза холестерина в Rn, синтеза жирных кислот в Rn «BiGCaT», цикла Кребса-трикарбоновых кислот в Rn, бета-окисления жирных кислот в митохондриях Rn, сокращения поперечно полосатых мышц в Rn, трансэндотелиальной миграции лейкоцитов, сигнального пути Т-клеточного рецептора, плотных контактов, сигнальный путь В-клеточного рецептора, каскады комплемента и коагуляции, сигнального пути Fс-эпсилон-RI, сигнального пути толл-подобных рецепторов, сигнального пути PPAR, биосинтеза стероидов, гликолиза/глюконеогенеза, метаболизма арахидоновой кислоты, метаболизма пирувата и метаболизма рибофлавина.
10. Комбинация по п.7, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются в печени и кодируют белки, вовлеченные в функции, выбранные из:
процесса метаболизма липидов, процесса метаболизма жирных кислот, процесса биосинтеза липидов, процесса метаболизма стероидов, протеолиз, процесса метаболизма углеводов, процесса метаболизма глюкозы, глюконеогенеза, процесса метаболизма аминокислот, процесса метаболизма аминов, процесса метаболизма азотсодержащих соединений, процесса метаболизма одноглеродных соединений, процесса метаболизма ксенобиотиков, транспорта ионов натрия, развития многоклеточного организма, регуляции клеточного роста, миелинизации, регуляции прохождения клеточного цикла, процессирования и презентирования антигена, липогенеза в Rn, синтеза жирных кислот в Rn «BiGCaT», гликолиза и глюконеогенеза в Rn, ядерных рецепторов в метаболизме рецепторов и токсичности в Rn, бета-окисления жирных кислот 1 в Rn «BiGCaT», омега-окисления жирных кислот в Rn «BiGCaT», сигнального пути PPAR, метаболизма ксенобиотиков посредством цитохрома Р450, метаболизма жирных кислот, метаболизма аланина и аспартата, метаболизма аргинина и пролина, метаболизма пирувата, метаболизма глутамата, метаболизма азота, метаболизма цистеина, и метаболизма тирозина.
11. Комбинация по п.7, в которой полинуклеотиды дифференциально экспрессируются в мышце и кодируют белки, вовлеченные в функции выбранные из иммунного ответа, защитного ответа, воспалительного ответа, и циркадных упражнений Rn.
12. Комбинация по п.1, в которой обработка, стимулирующая безжировой фенотип, проводится в течение, по меньшей мере, одной недели.
13. Комбинация по п.1, в которой обработка, стимулирующая безжировой фенотип, проводится в течение, по меньшей мере, четырех недель.
14. Комбинация по п.1, в которой обработка, стимулирующая безжировой фенотип, проводится в течение, по меньшей мере, восьми недель.
15. Комбинация по п.1, в которой полинуклеотиды являются собачьими и кошачьими полинуклеотидами.
16. Композиция, содержащая два или большее количество зондов для обнаружения дифференциальной экспрессии генов в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, который является результатом одной или нескольких стимулирующих безжировой фенотип обработок, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка и (3) увеличенные физические упражнения, где зонды содержат:
a) полинуклеотиды, которые специфически гибридизуются двумя или несколькими генами, кодирующими белки, перечисленные в Таблице 6 или в Таблице 10, или с их фрагментами; или
b) полипептидсвязывающие агенты, которые специфически связываются с двумя или несколькими полипептидами, выбранными из белков, перечисленных в Таблице 6 или Таблице 10, или с их фрагментами.
17. Композиция по п.16, в которой полипептидсвязывающие агенты являются антителами.
18. Композиция по п.16, в которой зонды специфически гибридизуются с генами, кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6 выбираются из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F, и Таблицы 6G, или из их фрагментов, или специфически связываются с полипептидами, которые включают белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6, выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F, и Таблицы 6G, или с их фрагментами.
19. Композиция по п.16, в которой зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, которые включают белки, перечисленные в Таблице 7, Таблице 8 или Таблице 9.
20. Композиция по п.16, в которой зонды специфически гибридизуются с генами, кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10 выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G, или из фрагментов, или специфически связываются с полипептидами, которые включают белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10 выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G, или с их фрагментами.
21. Композиция по п.16, в которой зонды специфически гибридизуются с, или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, которые включают белки, перечисленные в Таблице 11, Таблице 12 или Таблице 13.
22. Композиция по п.16, в которой зонды специфически гибридизуются или связываются с собачьими или кошачьими полинуклеотидами или полипептидами.
23. Устройство, включающее твердую подложку, к которой прикрепляется эррэй, содержащий множество зондов для обнаружения дифференциальной экспрессии генов в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, который является результатом одной или нескольких стимулирующих безжировой фенотип обработок, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка и (3) увеличенные физические упражнения, где зонды содержат:
a) полинуклеотиды, которые специфически гибридизуются с двумя или несколькими генами, кодирующими белки, перечисленные в Таблице 6 или в Таблице 10, или их фрагментами; или
b) полипептидсвязывающие агенты, которые специфически связываются с двумя или несколькими полипептидами, выбранными из белков, перечисленных в Таблице 6 или Таблице 10, или в их фрагментах.
24. Устройство по п.23, в котором полипептидсвязывающие агенты являются антителами.
25. Устройство по п.23, в котором зонды специфически гибридизуются с генами/кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6 выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы - 6F, и Таблицы " 6G, или из их фрагментов, или специфически связываются с полипептидами, которые включают белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6, выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F, и Таблицы 6G или из их фрагментов.
26. Устройство по п.23, в котором зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, включающие белки, перечисленные в Таблице 7, Таблице 8 или Таблице 9.
27. Устройство по п.23, в которой зонды специфически гибридизуются с генами кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10, выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G, или из их фрагментов, или специфически связываются с полипептидами, которые включают белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10, выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G или из их фрагментов.
28. Устройство по п.23, в котором зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, включающие белки, перечисленные в Таблице 11, Таблице 12 или Таблице 13.
29. Способ обнаружения дифференциальной экспрессии одного или нескольких генов, дифференциально экспрессирующихся в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, являющийся результатом одной или нескольких стимулирующих безжировой фенотип обработок, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка, и (3) увеличенные физические упражнения по сравнению с нормальными животными, включающими:
a) обеспечение зондами, содержащими (i) полинуклеотиды, которые специфически гибридизуются с двумя или несколькими генами, кодирующими белки перечисленные в Таблице 6 или Таблице 10, или с их фрагментами; или (ii) полипептидсвязывающие агенты, которые специфически связываются с двумя или несколькими полипептидами, выбранными из белков перечисленных в Таблице 6 или Таблице 10, или с их фрагментами;
b) добавление зондов к образцу, содержащему мРНК или белки из животного, демонстрирующего безжировой фенотип, таким образом, который позволяет гибридизацию или связывание зондов с мРНК или белками в образце, тем самым формируя комплексы гибридизации или связывания в образце;
c) необязательно добавление зондов к другому образцу, содержащему мРНК или белки из нормального животного, демонстрирующего безжировой фенотип, таким образом, который позволяет гибридизацию или связывание зондов с мРНК или белками в образце, тем самым формируя комплексы гибридизации или связывания в образце;
d) обнаружение комплексов гибридизации в образце или образцах; и
e) сравнение комплексов гибридизации или связывания из первого образца с комплексами гибридизации или связывания из стандарта или необязательно из другого образца, где, по меньшей мере, одно различие между степенью гибридизации или связывания в образце по сравнению со стандартом или необязательно другим образцом указывают на дифференциальную экспрессию одного или нескольких генов, дифференциально экспрессирующихся в животных, демонстрирующих безжировой фенотип.
30. Способ по п.29, в котором зонды специфически гибридизуются с генами, кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6, выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F и Таблицы 6G, или с их фрагментами, или специфически связываются с полипептидами, которые содержат белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6, выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F и Таблицы 6G или с их фрагментами.
31. Способ по п.29, в котором зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, которые содержат белки, перечисленные в Таблице 7, Таблице 8 или Таблице 9.
32. Способ по п.29, в котором зонды специфически гибридизуются с генами, кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10, выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F и Таблицы 10G, или с их фрагментами, или специфически связываются с полипептидами, которые содержат белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10, выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F и Таблицы 10G, или с их фрагментами.
33. Способ по п.29, в котором зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, которые содержат белки, перечисленные в Таблице 11, Таблице 12 или Таблице 13.
34. Способ по п.29, в котором зонды специфически гибридизуются или связываются с собачьими или кошачьими полинуклеотидами или полипептидами.
35. Способ по п.29, в котором зонды прикреплены к субстрату.
36. Способ по п.35, в котором зонды находятся в микроматрице.
37. Способ по п.29, в котором обнаружение осуществляется с интервалами и применяется при попытке стимулировать безжировой фенотип в животном для мониторинга прогресса животного.
38. Способ определения, способно ли тестовое вещество быть полезным при стимуляции безжирового фенотипа, при введении животному, включающий:
a) определение первого профиля экспрессии генов путем измерения продуктов транскрипции или трансляции двух или нескольких полинуклеотидов, выбранных из генов, кодирующих белки, перечисленные в Таблице 6 или Таблице 10, или их фрагментов, в тестовой системе в отсутствии тестового вещества;
b) определение второго профиля экспрессии генов измерением продуктов транскрипции или трансляции двух или нескольких полинуклеотидов, выбранных из генов, кодирующих белки, перечисленные в Таблице 6 или Таблице 10, или их фрагментов, в тестовой системе в присутствии тестового вещества; и
c) сравнение первого профиля экспрессии генов со вторым профилем экспрессии генов, где изменение во втором профиле экспрессии генов по сравнению с первым профилем экспрессии генов указывает на то, что тестовое вещество способно быть полезным при стимуляции безжирового фенотипа при введении животному.
39. Способ по п.38, дополнительно включающий сравнение, по меньшей мере, второго профиля экспрессии генов с эталонным профилем генной экспрессии, который получен путем измерения продуктов транскрипции или трансляции двух или нескольких полинуклеотидов, выбранных из генов кодирующих белки, перечисленные в Таблице 6 или Таблице 10, или их фрагментов, в тестовой системе в присутствии эталонного вещества, известного своей способностью стимулировать безжировой фенотип при введении животным.
40. Способ по п.38, в котором тестовая система включает популяцию культивируемых клеток.
41. Способ по п.38, в котором тестовая система включает животных.
42. Способ по п.38, в котором зонды специфически гибридизуются с генами, кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6 выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F, и Таблицы 6G, или из их фрагментов, или специфически связываются с полипептидами, которые содержат белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 6 выбранные из Таблицы 6А, Таблицы 6 В, Таблицы 6С, Таблицы 6D, Таблицы 6Е, Таблицы 6F, и Таблицы 6G или из их фрагментов.
43. Способ по п.38, в котором зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, которые содержат белки, перечисленные в Таблице 7, Таблице 8 или Таблице 9.
44. Способ по п.38, в котором зонды специфически гибридизуются с генами, кодирующими белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах таблицы 10 выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G, или из их фрагментов, или специфически связываются с полипептидами, которые содержат белки, перечисленные в тканеспецифичных подгруппах Таблицы 10, выбранные из Таблицы 10А, Таблицы 10В, Таблицы 10С, Таблицы 10D, Таблицы 10Е, Таблицы 10F, и Таблицы 10G или с их фрагментами.
45. Способ по п.38, в котором зонды специфически гибридизуются с или специфически связываются с полинуклеотидами, кодирующими белки, или полипептиды, которые содержат белки, перечисленные в Таблице 11, Таблице 12 или Таблице 13.
46. Способ по п.38, в котором зонды прикреплены к субстрату.
47. Способ по п.46, в котором зонды находятся в микроматрице.
48. Способ по п.38, в котором образец включает мРНК или белки из собак и кошек.
49. Вещество, определенное способом по п.38, как способное стимулировать безжировой фенотип при введении животному.
50. Компьютерная система, содержащая информацию, выявляющую уровни экспрессии одного или нескольких полинуклеотидов, которые дифференциально экспрессируются в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, являющийся результатом одной или нескольких обработок, стимулирующих безжировой фенотип, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка, и (3) увеличенные физические упражнения, где полинуклеотиды выбираются из генов, кодирующих белки перечисленные в любой из Таблиц 6-13, или их фрагментов, и пользовательский интерфейс, который позволяет пользователю получить доступ или обрабатывать информацию в базе данных.
51. Набор, включающий в отдельных контейнерах в одной упаковке, или в отдельных контейнерах в виртуальной упаковке, два или большее количество зондов для обнаружения дифференциальной экспрессии генов в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, являющийся результатом одной или нескольких стимулирующих безжировой фенотип обработок, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка и (3) увеличенные физические упражнения, где зонды содержат: (а) полинуклеотиды, которые специфически гибридизуются с двумя или несколькими генами кодирующими, белки перечисленные в любой из Таблиц 6-13, или с их фрагментами; или (b) полипептидсвязывающие агенты, которые специфически связываются с двумя или несколькими полипептидами, выбранными из белков, перечисленных в любой из таблиц 6-13, или с их фрагментами; и где набор дополнительно включает, по меньшей мере, одну (1) инструкцию для объяснения того, как применять зонды в анализе генной экспрессии для обнаружения дифференциальной экспрессии генов в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, явлющийся результатом одной или нескольких обработок, стимулирующих безжировой фенотип, содержащих (1) введение CLA, (2) потребление диеты с высоким содержанием белка, и/или (3) увеличенные физические упражнения, (2) реактивы и оборудование для применения зондов, и (3) композицию, известную своей способностью индуцировать безжировой фенотип при регулярном приеме внутрь.
52. Набор по п.51, в котором зонды прикреплены к твердой подложке в определенных местах.
53. Набор по п.51, в котором полипептидсвязывающие агенты являются антителами.
54. Набор по п.51, в котором вещество известное по индукции безжирового фенотипа является CLA.
55. Средства передачи информации о или инструкции для одного или нескольких из перечисленного (1) применения полинуклеотидов кодирующих белки, перечисленные в любой из Таблиц 6-13, или белки, кодируемые посредством этого, или в их фрагментах, для обнаружения экспрессии генов, дифференциально экспрессирующихся в животных, демонстрирующих безжировой фенотип; (2) применение полинуклеотидов, кодирующих белки, перечисленные в любой из Таблиц 6-13, или белки, кодируемые посредством этого, или их фрагменты, для измерения эффекта тестового вещества на экспрессию генов дифференциально экспрессирующихся в животных, демонстрирующих безжировой фенотип; (3) применение полинуклеотидов, кодирующих белки, перечисленные в любой из Таблиц 6-13, или белки, кодируемые посредством этого, или в их фрагментах для скринирования тестового вещества для определения его способности модулировать экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся в безжировом фенотипе; (4) применение полинуклеотидов, кодирующих белки, перечисленные в любой из таблиц 6-13, или белки кодируемые посредством этого, или их фрагменты для модулирования экспрессии одного или нескольких генов, дифференциально экспрессирующихся в безжировом фенотипе; (5) применение компьютерной системы, содержащей базу данных, содержащую информацию, выявляющую уровни экспрессии одного или нескольких полинуклеотидов, которые дифференциально экспресссируются в животных, демонстрирующих безжировой фенотип, где полинуклеотиды выбираются из генов, кодирующих белки, перечисленные в любой из Таблиц 6-13, или их фрагменты; и (6) введение веществ, выявленных по их способности вызывавать дифференциальную экспрессию одного или нескольких генов, кодирующих белки, перечисленные в любой из Таблиц 6-13, как способные быть полезными при стимуляции безжирового фенотипа при введении животному; где средства содержат один или несколько документов, цифровой носитель, оптический носитель, аудиопрезентацию или визуальное отображение, содержащее информацию или инструкции.
56. Средства по п.55, выбранные из группы, состоящей из отображаемого вэбсайта, информационного киоска, брошюры, этикетки, листка-вкладыша, рекламы, раздаточного информационного материала, аудиоленты с публичным заявлением, видиоленты, DVD, CD, машиночитаемого чипа, машиночитаемой карты, машиночитаемого диска, компьютерной памяти или любой их комбинации.