КОМПЛЕКСНЫЕ ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ АНАЛИЗЫ ДЛЯ ТЕРАПИИ РАКА

1. Способ идентификации пациента, которому показана противораковая терапия, включающий (a) получение образца ткани у пациента; (b) определение уровней экспрессии в образце ткани комбинации биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; (c) классификацию уровней экспрессии по сравнению с уровнями экспрессии генов в нормальной ткани в соответствующем наборе биомаркеров; и (d) идентификацию пациента как пациента, которому показана противораковая терапия, если образец, взятый у пациента, классифицируется как имеющий измененные уровни экспрессии генов в наборе биомаркеров.
2. Способ по п.1, в котором образец ткани включает образец периферической крови, опухолевую ткань или возможную опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец, взятый с помощью аспирации тонкой иглой, образец костного мозга, образец лимфатического узла, образец мочи, образец асцита, образец лаважа, образец соскоба пищевода, образец смыва с мочевого пузыря или легкого, образец спинномозговой жидкости, образец цереброспинальной жидкости, аспирационный протоковый образец, образец выделений из соска, образец плеврального выпота, образец свежезамороженной ткани, образец ткани, заключенный в парафин, или экстрагированный или обработанный образец, полученный из образца периферической крови, опухолевой ткани или возможной опухоли, тонкого цитологического образца, образца, взятого с помощью аспирации тонкой иглой, образца костного мозга, образца лимфатического узла, образца мочи, образца асцита, образца лаважа, образца соскоба пищевода, образца смыва с мочевого пузыря или легкого, образца спинномозговой жидкости, образца цереброспинальной жидкости, аспирационного протокового образца, образца выделений из соска, образца плеврального выпота, образца свежезамороженной ткани, образца ткани, заключенного в парафин.
3. Способ по п.2, в котором образец периферической крови берут у пациента, страдающего раком, выбранным из группы, состоящей из карциномы легкого и лейкоза/лимфомы.
4. Способ по п.2, в котором образец ткани представляет собой фиксированный в парафине образец ткани, образец, взятый с помощью аспирации тонкой иглой или свежезамороженный образец ткани.
5. Способ по п.1, в котором стадию определения (b) осуществляют in situ гибридизацией.
6. Способ идентификации пациента, которому показана терапия ингибитором семейства Bcl-2, включающей (a) получение образца ткани рака легкого у пациента; (b) детекция уровня экспрессии в образце ткани; причем дифференциальная экспрессия комбинаций биомаркеров, приведенных в таблицах 1 или 2, является показателем того, что пациенту показана терапия ингибитором семейства Bcl-2.
7. Способ идентификации пациента, которому показана терапия ингибитором семейства Bcl-2, включающий (a) получение образца ткани лейкоза/лимфомы у пациента; (b) определение уровней экспрессии в образце ткани комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 3, 4, 5 или 6; (c) классификацию уровня относительно уровней экспрессии генов в нормальной ткани в наборе биомаркеров; и (d) идентификацию пациента как пациента, которому показана терапия ингибитором семейства Bcl-2, если образец, взятый у пациента, классифицируется как имеющий измененные уровни экспрессии в наборе биомаркеров.
8. Способ по п.7, в котором стадию определения (b) осуществляют с помощью PCR.
9. Способ по п.7, в котором стадию определения (b) осуществляют с помощью анализа матрицы нуклеиновых кислот.
10. Способ по п.7, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((2-(4-хлорфенил)-5,5-диметил-1-циклогекс-1-ен-1-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(морфолин-4-ил)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-((трифторметил)сульфонил)бензолсульфонамида.
11. Способ по п.7, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((4'-хлор (1,1'-бифенил)-2-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(диметиламино)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-нитробензолсульфонамида.
12. Способ по п.7, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показана терапия антисмысловыми соединениями, для связывания одного из веществ: Bcl-2, Bcl-w и Bcl-xl.
13. Способ по п.7, в котором противораковая терапия предусматривает применение ингибитора семейства Bcl-2 в комбинации с химиотерапией.
14. Способ по п.13, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((2-(4-хлорфенил)-5,5-диметил-1-циклогекс-1-ен-1-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(морфолин-4-ил)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-((трифторметил)сульфонил)бензолсульфонамида.
15. Способ по п.3, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((4'-хлор( 1,1,1'-бифенил)-2-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(диметиламино)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-нитробензолсульфонамида.
16. Способ контроля состояния пациента, получающего терапию ингибитором семейства Bcl-2, включающий (a) получение образца периферической крови от пациента; (b) измерение уровней экспрессии в образце периферической крови комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; и (c) определение уровня экспрессии относительно исходного уровня, в крови комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6.
17. Способ по п.1, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((2-(4-хлорфенил)-5,5-диметил-1-циклогекс-1-ен-1-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(морфолин-4-ил)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-((трифторметил)сульфонил)бензолсульфонамида.
18. Способ по п.16, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((4'-хлор(1,1'-бифенил)-2-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(диметиламино)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-нитробензолсульфонамида.
19. Компьютерная система, содержащая (a) базу данных, содержащую информацию, позволяющую идентифицировать уровень экспрессии в ткани рака легкого набора генов, приведенного в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; и (b) интерфейс пользователя для обзора информации.
20. Компьютерная система по п.19, в которой база данных также включает информацию о генных последовательностях.
21. Компьютерная система по п.19, в которой база данных также включает информацию, идентифицирующую уровень экспрессии генов в нормальной ткани.
22. Компьютерная система по п.19, в которой база данных также включает информацию, идентифицирующую уровень экспрессии генов в ткани раковой опухоли легкого.
23. Компьютерная система по любому из пп.19-22, также содержащая данные об описательной информации из внешней базы данных, которая позволяет провести корреляцию упомянутых генов с данными внешней базы данных.
24. Способ применения компьютерной системы по любому из пп.19-22 для представления информации, идентифицирующей уровень экспрессии в ткани или клетке комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6, включающий в себя (a) сравнение уровня экспрессии комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6, в ткани или клетки уровня экспрессии гена с данными базы данных.