КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ХРАНЕНИЯ ОБРАЗЦОВ МОЧИ И ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК

1. Композиция для хранения образца мочи, полученного от субъекта, причем композиция содержит pH буфер, хелатирующий агент и поверхностно-активное вещество.
2. Композиция по п. 1, в которой рН буфер составлен для регулирования pH композиции в пределах предварительно выбранного диапазона.
3. Композиция по п. 1, в которой рН буфер содержит уксусную кислоту и соль уксусной кислоты.
4. Композиция по п. 3, в которой соль уксусной кислоты представляет собой ацетат натрия.
5. Композиция по п. 2, в которой предварительно выбранный диапазон pH составляет от около 5,0 до около 6,5.
6. Композиция по п. 5, в которой pH композиции составляет около 6,0.
7. Композиция по п. 4, в которой ацетат натрия имеет концентрацию от около 0,5 до около 1,0 моль/л.
8. Композиция по п. 1, в которой хелатирующий агент представляет собой аминополикарбоновую кислоту
9. Композиция по п. 8, в которой хелатирующий агент представляет собой этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА).
10. Композиция по п. 8, в которой ЭДТА имеет концентрацию от около 10 до около 25 ммоль/л.
11. Композиция по п. 1, в которой поверхностно-активное вещество представляет собой анионное поверхностно-активное вещество.
12. Композиция по п. 11, в которой анионное поверхностно-активное вещество представляет собой додецилгидросульфат.
13. Композиция по п. 11, в которой соль представляет собой натриевую соль, и анионное поверхностно-активное вещество представляет собой додецилсульфат натрия (ДСН).
14. Композиция по п. 1, в которой ДСН имеет концентрацию от около 5% до около 10% (мас./об.).
15. Композиция по п. 1, в которой композиция не содержит консерванта, фиксатора клеток или гасителя формальдегида.
16. Обработанный образец мочи для хранения, причем обработанный образец мочи содержит образец мочи, взятый у субъекта, рН буфер, хелатирующий агент и поверхностно-активное вещество.
17. Обработанный образец мочи для хранения по п. 16, в котором рН буфер составлен для регулирования pH композиции в пределах предварительно выбранного диапазона.
18. Обработанный образец мочи для хранения по п. 16, в котором рН буфер содержит уксусную кислоту и соль уксусной кислоты.
19. Обработанный образец мочи для хранения по п. 18, в котором соль уксусной кислоты представляет собой ацетат натрия.
20. Обработанный образец мочи для хранения по п. 17, в котором предварительно выбранный диапазон pH составляет от около 5,0 до около 6,5.
21. Обработанный образец мочи для хранения по п. 20, в котором pH композиции составляет около 6,0.
22. Обработанный образец мочи для хранения по п. 19, в котором ацетат натрия в обработанном образце мочи имеет концентрацию от около 0,05 до около 0,1 моль/л.
23. Обработанный образец мочи для хранения по п. 1, в котором хелатирующий агент представляет собой аминополикарбоновую кислоту.
24. Обработанный образец мочи для хранения по п. 23, в котором хелатирующий агент представляет собой этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА).
25. Обработанный образец мочи для хранения по п. 24, в котором ЭДТА имеет концентрацию от около 1 до около 2,5 ммоль/л.
26. Обработанный образец мочи для хранения по п. 16, в котором поверхностно-активное вещество представляет собой анионное поверхностно-активное вещество.
27. Обработанный образец мочи для хранения по п. 26, в котором анионное поверхностно-активное вещество представляет собой додецилгидросульфат.
28. Обработанный образец мочи для хранения по п. 26, в котором соль представляет собой натриевую соль, и анионное поверхностно-активное вещество представляет собой доцецилсульфат натрия (ДСН).
29. Обработанный образец мочи для хранения по п. 16, в котором ДСН имеет концентрацию от около 0,5% до около 1,5% (мас./об.).
30. Обработанный образец мочи по п. 16, в котором обработанный образец мочи не содержит консерванта, фиксатора клеток или гасителя формальдегида.
31. Способ получения обработанного образца мочи для хранения, включающий смешивание образца мочи, взятого у субъекта, с рН буфером, хелатирующим агентом и поверхностно-активным веществом или с композицией по любому из пп. 1-15.
32. Способ по п. 31, в котором рН буфер содержит уксусную кислоту и ацетат натрия.
33. Способ по п. 32, в котором ацетат натрия в обработанном образце мочи имеет концентрацию от около 0,05 до около 0,1 моль/л.
34. Способ по п. 31, в котором хелатирующий агент представляет собой ЭДТА.
35. Способ по п. 34, в котором ЭДТА в обработанном образце мочи имеет концентрацию от около 1 до около 2,5 ммоль/л.
36. Способ по п. 31, в котором поверхностно-активное вещество представляет собой ДСН.
37. Способ по п. 36, в котором ДСН в обработанном образце мочи имеет концентрацию от около 0,5% до около 1,5% (мас./об.).
38. Способ хранения образца мочи, взятого у субъекта, включающий смешивание образца мочи, взятого у субъекта, с рН буфером, хелатирующим агентом и поверхностно-активным веществом для получения образца мочи, готового для хранения.
39. Способ по п. 38, в котором рН буфер, хелатирующий агент и поверхностно-активное вещество предоставляются в виде смеси перед их смешиванием с образцом мочи, взятым у субъекта.
40. Способ по п. 39, в котором рН буфер составлен для регулирования pH композиции в пределах предварительно выбранного диапазона.
41. Способ по п. 38, в котором рН буфер содержит уксусную кислоту и соль уксусной кислоты.
42. Способ по п. 41, в котором соль уксусной кислоты представляет собой ацетат натрия.
43. Способ по п. 40, в котором предварительно выбранный диапазон pH составляет от около 5,0 до около 6,5.
44. Способ по п. 43, в котором pH композиции составляет около 6,0.
45. Способ по п. 42, в котором ацетат натрия в образце мочи, готовом для хранения, имеет концентрацию от около 0,05 до около 0,1 моль/л.
46. Способ по п. 38, в котором хелатирующий агент представляет собой аминополикарбоновую кислоту.
47. Способ по п. 46, в котором хелатирующий агент представляет собой этилендиаминтетрауксусную кислоту (ЭДТА).
48. Способ по п. 47, в котором ЭДТА в образце мочи, готовом для хранения, имеет концентрацию от около 1 до около 2,5 ммоль/л.
49. Способ по п. 38, в котором поверхностно-активное вещество представляет собой анионное поверхностно-активное вещество.
50. Способ по п. 49, в котором анионное поверхностно-активное вещество представляет собой додецилгидросульфат.
51. Способ по п. 50, в котором соль представляет собой натриевую соль, и анионное поверхностно-активное вещество представляет собой додецилсульфат натрия (ДСН).
52. Способ по п. 51, в котором ДСН в образце мочи, готовом для хранения, имеет концентрацию от около 0,5% до около 1,5% (мас./об.).
53. Способ по п. 38, в котором образец мочи, готовый для хранения, не содержит консерванта, фиксатора клеток или гасителя формальдегида.
54. Способ по п. 38, в котором образец мочи, взятый у субъекта, содержит клетки субъекта и по меньшей мере один вирусный патоген, и как клетки, так и вирусный патоген лизированы после того, как образец мочи подготовлен для хранения.
55. Способ по п. 54, в котором вирусный патоген представляет собой вирус папилломы человека (HPV - англ.: Human papillomavirus).
56. Способ по п. 38, включающий хранение образца, готового для хранения, при 4°C.
57. Способ по п. 38, включающий хранение образца, готового для хранения, при комнатной температуре.
58. Способ по п. 56, в котором содержание ДНК в образце мочи стабильно после хранения от 15 до 30 дней.
59. Способ по п. 57, в котором содержание ДНК в образце мочи стабильно после хранения от 1 до 2 недель.
60. Способ обнаружения присутствия или отсутствия одного или более аналитов в образце мочи, взятом у субъекта, причем способ включает использование обработанного образца мочи по любому из пп. 16-30.
61. Способ по п. 60, в котором аналит представляет собой вирус.
62. Способ по п. 61, в котором вирус представляет собой HPV.
63. Способ по п. 61, в котором обнаружение аналита включает обнаружение ДНК вируса.
64. Набор для выделения ДНК из образца мочи субъекта, причем набор содержит раствор для лизирования, магнитные наночастицы, протеазу, первый промывочный буфер, второй промывочный буфер, буфер для элюирования или любую их комбинацию.
65. Набор по п. 64, в котором раствор для лизирования содержит изотиоцианат гуанидиния, Тритон Х-100, Трис-HCl, ЭДТА или любую их комбинацию.
66. Набор по п. 65, в котором изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию от около 2 до около 6 М, Тритон X-100 имеет концентрацию от около 1 до около 5%, Трис-HCl имеет концентрацию от около 20 до около 50 мМ, раствор для лизирования имеет pH около 6,5, ЭДТА имеет концентрацию от около 10 до около 50 мМ, или любая их комбинация.
67. Набор по п. 66, в котором раствор для лизирования содержит изотиоцианат гуанидиния, Тритон Х-100, Трис-HCl и ЭДТА.
68. Набор по п. 66, в котором раствор для лизирования дополнительно содержит изопропанол.
69. Набор по п. 68, в котором дозировка изопропанола составляет от около 50% до около 200% (об./об.).
70. Набор по п. 69, в котором изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию от около 1 до около 2 М, Тритон X-100 имеет концентрацию от около 1 до около 2%, Трис-HCl имеет концентрацию от около 5 до около 10 мМ, раствор для лизирования имеет pH около 6-7, ЭДТА имеет концентрацию от около 3 до около 5 мМ, изопропанол имеет объем от около 50% до около 80% раствора для лизирования, или любая их комбинация.
2
71. Набор по п. 64, в котором магнитные наночастицы имеют внутренний слой ядра и внешний слой оболочки, причем внутренний слой ядра состоит из магнитных наночастиц типа ядро-оболочка, при этом внешний слой оболочки состоит из SiO.
72. Набор по п. 71, в котором магнитные наночастицы имеют диаметр от около 100 до 1000 нм, и концентрацию около 50 мг/мл.
73. Набор по п. 72, в котором магнитные наночастицы имеют объем около 10-20 мкл.
74. Набор по п. 64, в котором первый промывочный буфер содержит изотиоцианат гуанидиния, Трис-HCl, NaCl и этанол.
75. Набор по п. 74, в котором изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию около 50 мМ.
76. Набор по п. 74, в котором Трис-HCl имеет концентрацию от около 20 до 50 мМ.
77. Набор по п. 76, в котором первый промывочный буфер имеет рН около 5,0.
78. Набор по п. 74, в котором NaCl имеет концентрацию от около 50 до 200 мМ.
79. Набор по п. 74, в котором этанол имеет концентрацию от около 40% до 60% (об./об.).
80. Набор по п. 64, в котором второй промывочный буфер содержит Трис-HCl и этанол.
81. Набор по п. 80, в котором Три-HCl во втором промывочном буфере имеет концентрацию от около 10 до 50 мМ, и второй промывочный буфер имеет рН около 6,0.
82. Набор по п. 80, в котором этанол имеет концентрацию от около 70% до 80% (об./об.).
83. Набор по п. 64, в котором буфер для элюирования представляет собой буфер Трис-ЭДТА, имеющий рН около 8,0.
84. Набор по п. 64, в котором протеаза представляет собой протеазу K.
85. Набор по п. 84, в котором протеаза К имеет концентрацию от около 10 до 20 мг/мл.
86. Набор по п. 85, в котором протеаза К имеет концентрацию около 2,5-25 мкг.
87. Способ выделения ДНК из образца мочи субъекта включающий применение набора по любому из пп. 64-86.
88. Способ выделения ДНК из образца мочи субъекта, включающий:
приведение в контакт образца мочи с магнитными наночастицами и протеазой для получения предварительно обработанного образца мочи;
лизирование предварительно обработанного образца мочи, полученного на стадии (1), в растворе для лизирования с получением лизированного образца мочи;
промывку магнитных наночастиц, полученных на стадии (2), первым промывочным буфером;
промывку магнитных наночастиц, полученных на стадии (3), вторым промывочным буфером;
сбор магнитных наночастиц в образце мочи, полученном на стадии (4); и
смывание ДНК из собранных магнитных наночастиц, полученных на стадии (5), с помощью буфера для элюирования с получением выделенной ДНК.
89. Способ по п. 88, в котором раствор для лизирования содержит изотиоцианат гуанидиния, Тритон X 100, Трис-HCl, ЭДТА и изопропанол,
причем изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию от около 1 до около 2 М;
при этом Тритон X 100 имеет концентрацию от около 1 до 2%;
при этом Трис-HCl имеет концентрацию от около 5 до 10 мМ, и раствор для лизирования имеет pH около 6-7;
при этом ЭДТА имеет концентрацию от около 3 до около 5 мМ;
и
при этом изопропанол имеет объем от около 50% до 80% (об./об.) раствора для лизирования.
2
90. Способ по п. 88, в котором магнитные наночастицы имеют внутренний слой ядра и внешний слой оболочки, причем внутренний слой ядра состоит из магнитных наночастиц типа ядро-оболочка, причем внешний слой оболочки состоит из SiO и магнитные наночастицы имеют диаметр от около 100 до 1000 нм и концентрацию около 50 мг/мл.
91. Способ по п. 88, в котором первый промывочный буфер содержит изотиоцианат гуанидиния, Трис-HCl, NaCl и этанол,
причем изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию от около 50 до около 100 мМ;
при этом Трис-HCl имеет концентрацию от около 20 до 50 мМ, при этом первый промывочный буфер имеет pH около 5,0;
при этом NaCl имеет концентрацию от около 50 до около 200 мМ;
при этом этанол имеет концентрацию от около 40% до 60% (об./об.).
92. Способ по п. 88, в котором второй промывочный буфер содержит Трис-HCl и этанол,
причем Tрис-HCl во втором промывочном буфере имеет концентрацию от около 10 до около 50 мМ,
при этом второй промывочный буфер имеет рН около 6,0, и
при этом этанол имеет концентрацию от около 70% до 80% (об./об.).
93. Способ по п. 88, в котором буфер для элюирования представляет собой буфер Трис-ЭДТА, имеющий рН около 8,0.
94. Способ по п. 88, в котором протеаза представляет собой протеазу K, причем протеаза K имеет концентрацию от около 10 до около 20 мг/мл.
95. Способ по п. 88, в котором стадия (1) включает
(а) приведение в контакт образца мочи с магнитными наночастицами с образованием смеси;
(b) центрифугирование смеси или использование устройства для магнитной сепарации для образования осадка и надосадочной жидкости;
(c) приведение в контакт осадка с протеазой с образованием реакционной системы; и
(d) нагревание реакционной системы в подходящих условиях в течение заданного времени.
96. Способ по п. 88, в котором стадии (3), (4) и/или (6) включают применение магнитной рамки или прибора для автоматического выделения нуклеиновой кислоты.
97. Способ обнаружения присутствия или отсутствия аналита в образце мочи, взятом у субъекта, причем способ включает применение ДНК, выделенной из образца мочи, с применением набора по любому из пп. 85-86.
98. Способ по п. 97, в котором аналит представляет собой вирус.
99. Способ по п. 98, в котором вирус представляет собой HPV.
100. Способ по п. 98, в котором обнаружение аналита включает обнаружение ДНК вируса.
101. Способ обнаружения присутствия или отсутствия аналита в образце мочи, взятом у субъекта, причем способ включает:
применение обработанного образца мочи по любому из пп. 16-30; и
выделение ДНК из обработанного образца мочи, включающее:
(а) приведение в контакт образца мочи с магнитными наночастицами и протеазой для получения предварительно обработанного образца мочи;
(b) лизирование предварительно обработанного образца мочи, полученного на стадии (a), в растворе для лизирования с получением лизированного образца мочи;
(с) промывку магнитных наночастиц, полученных на стадии (b), первым промывочным буфером;
(d) промывку магнитных наночастиц, полученных на стадии (с), вторым промывочным буфером;
(е) сбор магнитных наночастиц в образце мочи, полученном на стадии (d); и
(f) смывание ДНК из собранных магнитных наночастиц, полученных на стадии (e), с помощью буфера для элюирования с получением выделенной ДНК.
102. Способ по п. 101, в котором раствор для лизирования содержит изотиоцианат гуанидиния, Тритон X 100, Трис-HCl, ЭДТА и изопропанол,
причем изотиоцианат гуанидиния имеет концентрацию от около 1 до около 2 М;
при этом Тритон X 100 имеет концентрацию от около 1 до 2%;
при этом Трис-HCl имеет концентрацию от около 5 до 10 мМ, и раствор для лизирования имеет pH около 6-7;
при этом ЭДТА имеет концентрацию от около 3 до около 5 мМ;
и
при этом изопропанол имеет объем от около 50% до 80% (об./об.) раствора для лизирования.