МЕТОДЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ, ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ ИДИОПАТИЧЕСКОГО ЛЕГОЧНОГО ФИБРОЗА

1. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию идиопатического легочного фиброза (ИЛФ) у пациента, включающий получение биологического образца от пациента, измерение в биологическом образце экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов, выбирают из любой из таблицы 2, таблицы 3, таблицы 4 или таблицы 5, где повышенный уровень экспрессии одного гена или комбинации генов или повышенный уровень экспрессии одного белка или комбинации белков является показателем прогноза сокращенного срока выживаемости по сравнению с медианой выживаемости, и в котором сниженный уровень экспрессии одного гена или комбинации генов или сниженный уровень экспрессии одного белка или комбинации белков, является показателем для прогноза увеличения выживаемости по сравнению с медианой выживаемости.
2. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов, или один белок или комбинацию белков выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММР3 и SAA4.
3. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79a, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3-48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK @, IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM.
4. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, Gli2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3.
5. Способ по п. 1, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из CHI3L1 (YKL-40), CCL11, CCL13, CCL17, CCL18, CXCL13, СОМР, ММР3, ММР7, SAA4 (конститутивного SAA), POSTN AND SPP1 (OPN).
6. Способ по п. 5, в котором один ген или комбинацию генов или один белок, или комбинацию белков выбирают из ММРЗ и SAA4 (конститутивного SAA).
7. Способ по п. 5, в котором один ген или комбинацию генов или один белок или комбинацию белков выбирают из YKL-40 и CCL18.
8. Способ по п. 5, включающий измерение уровня экспрессии CXCL13.
9. Способ по п. 5, включающий измерение уровня экспрессии ММР3.
10. Способ по п. 5, включающий измерение уровня экспрессии SAA4 (конститутивного SAA).
11. Способ по п. 5, в котором пациент проходит курс иммуномодулирующей терапии.
12. Способ по любому из пп. 1-11, в котором биологический образец выбирают из легочной ткани, сыворотки и плазмы.
13. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию ИЛФ у пациента, включающий получение биологического образца от пациента и определения общей исходной балльной оценки биомаркеров,
в котором определение исходной балльной оценки биомаркеров включает измерение уровня экспрессии белка, по меньшей мере одного из CXCL13, OPN, и СОМР и присвоение балльной оценки 0, если уровень экспрессии ниже медианы для CXCL13, OPN и СОМР, соответственно, и присвоение балльной оценки 1, если уровень экспрессии выше медианы для CXCL13, OPN и СОМР, соответственно, в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает измерение уровня экспрессии YKL-40, и присвоение балльной оценки 0, если уровень экспрессии ниже медианы для YKL-40, и присвоение балльной оценки 1, если уровень экспрессии выше медианы для YKL-40, и в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает добавление каждой индивидуальной балльной оценки, чтобы получить общую исходную балльную оценку биомаркеров,
в котором общая исходная балльная оценка биомаркеров, равная двум или выше, указывает на прогноз сокращенного срока выживаемости по сравнению со медианой выживаемости, и в котором общая исходная балльная оценка биомаркеров, равная нулю или единице, является показателем прогноза увеличенного срока выживаемости по сравнению со медианой выживаемости.
14. Способ по п. 13, в котором общая исходная балльная оценка биомаркера составляет два или выше, и пациента выбирают для лечения с кандидатным терапевтическим агентом в клиническом исследовании, в котором кандидатный терапевтический агент выбирают из анти-ИЛ-13-агента, анти-ИЛ-4-агента, комбинации анти-ИЛ-13/анти-ИЛ-4-агента, пирфенидона, анти-LOXL2-антитела (GS-6624), N-ацетилцистеина, анти-ΤΦΡ-β антитела (GC1008), анти-6βvα интегрин-антитела (STX-100), анти-ФРСТ-антитела (FG-3019), анти-CCL2-антитела (CNTO 888), аналога соматостатина (SOM230, октреотида), ингибитора ангиотензина II (лозартана), монооксида углерода, талидомида, тетратиомолибдата, доксициклина, миноциклина и ингибитора тирозинкиназы (BIBF1120).
15. Способ прогнозировании или оказания содействия прогнозированию ИЛФ у пациента, включающий получение биологического образца у пациента и определения общей исходной балльной оценки биомаркеров,
в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров включает измерение уровня экспрессии белка, по меньшей мере одного из ММР3 и СОМР и назначение оценки 0 баллов, если уровень экспрессии ниже медианы для ММР3 и СОМР, соответственно, и присвоение 1 балла, если уровень экспрессии выше медианы для ММР3 и СОМР, соответственно, в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает измерения уровня экспрессии белка YKL-40 и присвоения 0 баллов, если уровень экспрессии ниже медианы для YKL-40 и присвоения оценки 1 балл, если уровень экспрессии выше медианы для YKL-40, и в котором определение общей исходной балльной оценки биомаркеров дополнительно включает добавление каждой индивидуальной оценки, чтобы получить общую исходную балльную оценку биомаркеров,
в котором общей исходной балльной оценки биомаркера из одного или выше указывает на прогноза сокращения выживаемости по сравнению с медианой выживаемости и котором общая исходная балльная оценка биомаркеров, равная нулю, является показателем прогноза повышенной выживаемости по сравнению с медианой выживаемости.
16. Способ диагностики молекулярного подтипа ИЛФ у субъекта, причем способ включает измерение в биологическом образце, полученном от субъекта, экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММРЗ и SAA4, в котором повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или повышенная экспрессия одного белка или комбинации белков является показателем молекулярного подтипа ИЛФ.
17. Способ диагностики молекулярного подтипа ИЛФ у субъекта, причем способ включает измерение в биологическом образце, полученном от субъекта, экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), TNFRSF17 (ВСМА), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79a, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3-48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK@ (иммуноглобулин каппа локуса), IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM, в котором повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или повышенная экспрессия одного белка или комбинации белков, является показателем молекулярного подтипа ИЛФ.
18. Способ диагностики молекулярного подтипа ИЛФ у субъекта, причем способ включает измерение в биологическом образце, полученном от субъекта, экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, Gli2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3, в котором повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или повышенная экспрессия одного белка или комбинации белков, является показателем молекулярного подтипа ИЛФ.
19. Способ лечения ИЛФ у пациента, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ пациенту для лечения ИЛФ, при условии, что повышенная экспрессии одного гена или комбинации генов или экспрессия одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, была обнаружена в биологическом образце, полученном от пациента, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из MUCL1, MUC4, MUC20, PRR7, PRR15, SPRR1B, SPRR2D, KRT5, KRT6B, KRT13, KRT14, KRT15, KRT17, SERPINB3, SERPINB4, SERPINB5, SERPINB13, CLCA2, TRPV4, BBS5, ММР3 и SAA4.
20. Способ лечения ИЛФ у пациента, включающий введение эффективного количества терапевтического средства ИЛФ пациенту для лечения ИЛФ, при условии, что повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или экспрессия одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, была обнаружена в биологическом образце, полученном от пациента, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из CXCR3, CXCR5, CXCL13, CCR6, CCR7, CD19, CD20 (MS4A1), TNFRSF17 (ВСМА), BLK, BLNK, FCRLA, FCRL2, FCRL5, CD79A, CD79b, CD27, CD28, CD1a, CD1B, CD1C, CD1E, IGHV1-69, IGLJ3, IGJ, IGHV3 48, IGLV3-21, IGKV1-5, IGHG1, IGKC, IGLV6-57, IGK@ (иммуноглобулин каппа локуса), IGHA1, IGKV2-24, IGKV1D-8, IGHM.
21. Способ лечения ИЛФ у пациента, включающий введение эффективного количества терапевтического средства ИЛФ пациенту для лечения ИЛФ, при условии, что повышенная экспрессия одного гена или комбинации генов или экспрессия одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, была обнаружена в биологическом образце, полученном от пациента, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из COL1A1, COL1A2, COL5A2, COL12A1, COL14A1, COL15A1, COL16A1, COL18A1, CTHRC1, HGF, IGFBP7, SCGF (CLEC11A); LOXL1, LOXL2; GLI1, G1I2, SMO; SFRP2, DIO2, CDH11, POSTN и TGFB3.
22. Способ лечения пациента с ИЛФ, для которого ранее был определен прогноз сокращения срока выживаемости в соответствии со способом по любому из пп. 1-12, 13 или 15, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ.
23. Способ лечения пациента с ИЛФ, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ, при условии, что пациент имеет исходную балльную оценку, равную двум или выше, определенную в соответствии со способом по п. 13.
24. Способ лечения пациента с ИЛФ, включающий введение эффективного количества терапевтического агента ИЛФ, при условии, что пациент имеет исходную балльную оценку, равную единице или выше, определенной в соответствии со способом по п. 15.
25. Способ контроля прогрессирования заболевания у пациента с ИЛФ, включающий получение биологического образца от пациента в первой временной точке и одной или нескольких дополнительных временных точках, измерение в биологических образцах экспрессии одного гена или комбинации генов, или экспрессии одного белка или комбинации белков, кодируемых одним геном или комбинацией генов, в котором один ген или комбинацию генов выбирают из любой из таблицы 2, таблицы 3, таблицы 4 или таблицы 5, в котором изменение уровня экспрессии в первой временной точке до одной или более дополнительных временных точек является показателем прогрессирования заболевания.