СПОСОБ И УСТРОЙСТВО ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ АНАЛИЗА

1. Способ проведения анализа, включающий стадии:
обеспечения платформы, выполненной с возможностью иммобилизации первого партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
связывания или иммобилизации указанного первого партнера связывания на указанном одном или более чем одном отдельном участке на указанной поверхности указанной платформы; и
последовательного распределения ряда реагентов по каждому указанному отдельному участку из точки, находящейся снаружи указанной платформы, где после одной или более чем одной или всех указанных стадий распределения указанную платформу вращают таким образом, чтобы удалить, по существу, под действием центробежных сил любой остаточный или непрореагировавший указанный реагент из каждого указанного отдельного участка, где указанный анализ представляет собой пиросеквенирование.
2. Способ по п.1, где указанная платформа является, по существу, круглой.
3. Способ по п.2, где указанные отдельные участки распределены по периферии указанной круглой платформы.
4. Способ по п.3, где от примерно 2 до 500 отдельных участков распределены по периферии указанной платформы.
5. Способ по любому из пп.2-4, где диаметр указанной платформы составляет от примерно 50 до 500 мм, и толщина указанной платформы составляет от примерно 1 до 4 мм.
6. Способ по п.1, где указанные отдельные участки являются, по существу, плоскими или представляют собой, по существу, неглубокие лунки, имеющие объем от примерно 0,5 до 100 мкл или глубину лунки от примерно 0,5 до 3 мм.
7. Способ по п.1, где указанные отдельные участки являются относительно выступающими по сравнению с поверхностью указанной платформы, выполненной с возможностью вращения.
8. Способ по п.1, где диаметр указанных отдельных участков составляет от примерно 1 до 5 мм.
9. Способ по п.1, где указанная платформа изготовлена из пластмассового материала, выбранного из группы, состоящей из поликарбоната, полистирола, высокопрочного полистирола, полиэтилена и полипропилена, или изготовлена из стекла или кварца.
10. Способ по п.1, где указанный один или более чем один отдельный участок представляет собой покрытие на указанной платформе, выполненное с возможностью иммобилизации указанного первого партнера связывания.
11. Способ по п.1, где указанный первый партнер связывания химически адсорбирован или присоединен ковалентными, или ионными, или водородными связями к указанной поверхности указанной платформы, или ван-дер-ваальсовы силы удерживают указанный первый партнер связывания на указанной поверхности указанной платформы.
12. Способ по п.1, дополнительно включающий желоб, расположенный по периферии указанной платформы для приема отработанных текучих сред, которые отводят под действием центробежных сил или центрифугируют с поверхности указанной платформы во время ее вращения.
13. Способ по п.1, где первый из ряда реагентов содержит второй партнер связывания с первым партнером связывания, а последующие реагенты выбраны из промывающих реагентов и/или реагентов для отмывки.
14. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию анализа во время и/или после каждой указанной стадии приведения в контакт.
15. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию вращения указанной платформы со скоростью от примерно 10 до 200 об/мин во время распределения указанных реагентов и вращения указанной платформы со скоростью от примерно 400 до 1000 об/мин для удаления, по существу, под действием центробежных сил указанных реагентов из указанных отдельных участков.
16. Набор для использования в способе по любому из пп.1-15 для проведения анализа, содержащий выполненную с возможностью вращения платформу, которая выполнена с возможностью иммобилизации первого партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы, и один или более чем один реагент для указанного анализа, где указанный анализ представляет собой пиросеквенирование.
17. Устройство для использования в способе по любому из пп.1-15 для проведения анализа, содержащее:
устройство для вращения платформы, выполненной с возможностью вращения с заранее определенной регулируемой скоростью вращения, выбираемой пользователем, где указанная платформа выполнена с возможностью иммобилизации первого партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
возможно, устройство для распределения указанного первого партнера связывания по указанному одному или более чем одному отдельному участку на указанной поверхности указанной платформы для иммобилизации указанного первого партнера связывания на указанных отдельных участках;
устройство для распределения реагентов для контакта с указанными отдельными участками; и
возможно, устройство для распределения промывающего реагента.
18. Способ проведения анализа, включающий стадии:
обеспечения платформы, выполненной с возможностью селективной иммобилизации второго партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
селективного связывания или иммобилизации указанного второго партнера связывания на указанном одном или более чем одном отдельном участке на указанной поверхности указанной платформы; и
последовательного распределения ряда реагентов по каждому указанному отдельному участку из точки, находящейся снаружи указанной платформы, где после одной или более чем одной или всех указанных стадий распределения указанную платформу вращают таким образом, чтобы удалить, по существу, под действием центробежных сил любой остаточный или непрореагировавший указанный реагент из указанного целевого участка, где указанный анализ представляет собой пиросеквенирование.
19. Способ по п.18, где указанная платформа является, по существу, круглой.
20. Способ по п.19, где указанные отдельные участки распределены по периферии указанной круглой платформы.
21. Способ по п.20, где от примерно 2 до 500 отдельных участков распределены по периферии указанной платформы.
22. Способ по любому из пп.19-21, где диаметр указанной платформы составляет от примерно 50 до 500 мм, и толщина указанной платформы составляет от примерно 1 до 4 мм.
23. Способ по п.18, где указанные отдельные участки являются, по существу, плоскими или представляют собой, по существу, неглубокие лунки, имеющие объем от примерно 0,5 до 100 мкл или глубину лунки от примерно 0,5 до 3 мм.
24. Способ по п.18, где указанные отдельные участки являются относительно выступающими по сравнению с поверхностью указанной платформы, выполненной с возможностью вращения.
25. Способ по п.18, где диаметр указанных отдельных участков составляет от примерно 1 до 5 мм.
26. Способ по п.18, где указанная платформа изготовлена из пластмассового материала, выбранного из группы, состоящей из поликарбоната, полистирола, высокопрочного полистирола, полиэтилена и полипропилена, или изготовлена из стекла или кварца.
27. Способ по п.18, где указанный один или более чем один отдельный участок представляет собой покрытие на указанной платформе, выполненное с возможностью иммобилизации указанного первого партнера связывания.
28. Способ по п.18, где указанный первый партнер связывания химически адсорбирован или присоединен ковалентными, или ионными, или водородными связями к указанной поверхности указанной платформы, или ван-дер-ваальсовы силы удерживают указанный первый партнер связывания на указанной поверхности указанной платформы.
29. Способ по п.18, дополнительно включающий желоб, расположенный по периферии указанной платформы для приема отработанных текучих сред, которые отводят под действием центробежных сил или центрифугируют с поверхности указанной платформы во время ее вращения.
30. Способ по п.18, где указанный второй партнер связывания способен связываться или взаимодействовать с первым партнером связывания, уже присоединенным к указанной поверхности указанной платформы.
31. Способ по п.18, где последующие реагенты выбраны из промывающих реагентов и/или реагентов для отмывки.
32. Способ по п.18, дополнительно включающий стадию анализа во время и/или после каждой указанной стадии приведения в контакт.
33. Способ по п.18, дополнительно включающий стадию вращения указанной платформы со скоростью от примерно 10 до 200 об/мин во время распределения указанных реагентов и вращения указанной платформы со скоростью от примерно 400 до 1000 об/мин для удаления, по существу, под действием центробежных сил реагентов из указанных целевых участков.
34. Набор для использования в способе по любому из пп.18-33 для проведения анализа, содержащий выполненную с возможностью вращения платформу, которая выполнена с возможностью селективной иммобилизации второго партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы, и один или более чем один реагент для указанного анализа, где указанный анализ представляет собой пиросеквенирование.
35. Устройство для использования в способе по любому из пп.18-33 для проведения анализа, содержащее:
устройство для вращения платформы, выполненной с возможностью вращения, с заранее определенной регулируемой скоростью вращения, выбираемой пользователем, где указанная платформа выполнена с возможностью селективной иммобилизации второго партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
возможно, устройство для распределения указанного второго партнера связывания по указанному одному или более чем одному отдельному участку на указанной поверхности указанной платформы для селективной иммобилизации указанного второго партнера связывания на указанных отдельных участках;
устройство для распределения реагентов для контакта с указанными отдельными участками; и
возможно, устройство для распределения промывающего реагента.
36. Способ проведения секвенирования цепи нуклеиновой кислоты, включающий стадии:
обеспечения платформы, выполненной с возможностью иммобилизации партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
связывания или иммобилизации указанного партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты на указанном отдельном участке и затем селективного связывания или иммобилизации цепи нуклеиновой кислоты на указанном отдельном участке;
возможно, денатурации и удаления любой комплементарной цепи нуклеиновой кислоты, отжига праймера для секвенирования на отдельном участке; и
последовательного распределения ряда реагентов, содержащих нуклеотиды А, Т, G и/или С или соответствующие подходящие аналоги нуклеотидов, по каждому указанному отдельному участку из точки, находящейся снаружи указанной платформы, где после каждой или любой из указанных стадий распределения указанную платформу вращают таким образом, чтобы удалить, по существу, под действием центробежных сил, по существу, любой остаточный или непрореагировавший реагент из указанного отдельного участка.
37. Способ по п.36, где указанная цепь нуклеиновой кислоты представляет собой ДНК или РНК или их модифицированную форму.
38. Способ по п.36 или 37, где цепь нуклеиновой кислоты биотинилирована, и партнер связывания цепи нуклеиновой кислоты содержит авидин, или стрептавидин или аналог для связывания биотинилированной цепи нуклеиновой кислоты.
39. Способ по п.36, где каждый указанный отдельный участок последовательно приводят в контакт с рядом реагентов, содержащих нуклеотиды А, Т, G и/или С.
40. Способ по п.39, где указанная стадия последовательного приведения в контакт включает:
а) раздельное и последовательное добавление каждого нуклеотида или его аналога в любом желаемом или заранее определенном порядке, или
б) добавление нуклеотидов A+T+G+C или их любого заранее определенного или желаемого неполного сочетания в виде смеси и повторное добавление этой смеси и так далее.
41. Способ по п.36, дополнительно включающий стадию анализа указанной цепи нуклеиновой кислоты во время и/или после каждой указанной стадии приведения в контакт.
42. Способ по п.41, где указанный анализ включает детектирование соседней пары оснований в указанной цепи нуклеиновой кислоты путем корреляции между выходящим потоком света и числом нуклеотидов, которые были включены в цепь нуклеиновой кислоты.
43. Способ по п.36, где указанную платформу вращают со скоростью от примерно 10 до 200 об/мин во время распределения реагентов и указанного фермента, так чтобы не удалить реагенты, добавляемые к указанному целевому участку, и указанную платформу вращают со скоростью от примерно 400 до 1000 об/мин во время распределения указанного промывающего реагента.
44. Способ по п.36, где указанная стадия денатурации включает нагревание цепи нуклеиновой кислоты для денатурирующего воздействия или воздействие на цепь нуклеиновой кислоты повышенным рН.
45. Способ по п.36, включающий стадию, где после того как указанная цепь нуклеиновой кислоты денатурирована комплементарную цепь удаляют путем осуществления стадии промывки промывающим реагентом.
46. Способ по п.36, где каждый указанный целевой участок готовят для каждого указанного последующего реагента, по существу, посредством сушки указанного целевого участка с помощью вращения указанной платформы для удаления под действием центробежных сил любых остаточных реагентов, так чтобы, по существу, не было загрязнения указанного целевого участка реагентом.
47. Способ по п.36, где указанный анализ представляет собой пиросеквенирование.
48. Набор для использования в способе по любому из пп.36-47 для проведения секвенирования цепи нуклеиновой кислоты, содержащий выполненную с возможностью вращения платформу, которая выполнена с возможностью иммобилизации партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы, и один или более чем один реагент для секвенирования указанной цепи нуклеиновой кислоты.
49. Применение набора по п.48 для проведения секвенирования цепи нуклеиновой кислоты.
50. Применение набора по п.49, где указанный анализ представляет собой пиросеквенирование.
51. Устройство для использования в способе по любому из пп.36-47 для секвенирования цепи нуклеиновой кислоты, содержащее:
устройство для вращения платформы, выполненной с возможностью вращения, с заранее определенной регулируемой скоростью вращения, выбираемой пользователем, где указанная платформа выполнена с возможностью иммобилизации партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
возможно, устройство для распределения партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты по указанным отдельным участкам для иммобилизации указанного партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты на указанных отдельных участках;
возможно, устройство для распределения цепи нуклеиновой кислоты по указанным отдельным участкам для селективной иммобилизации указанной цепи нуклеиновой кислоты на указанных отдельных участках;
возможно, устройство для денатурации и, возможно, удаления любой комплементарной цепи нуклеиновой кислоты;
устройство для распределения нуклеотидов А, Т, G и/или С или их соответствующих аналогов или их комбинаций для контакта с указанными отдельными участками;
устройство для распределения промывающего реагента и,
возможно, устройство для распределения одного или более чем одного ферментного раствора.
52. Способ проведения секвенирования цепи нуклеиновой кислоты, включающий стадии:
обеспечения платформы, выполненной с возможностью селективной иммобилизации цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
селективного связывания или иммобилизации цепи нуклеиновой кислоты на указанном отдельном участке;
возможно, денатурации и удаления любой комплементарной цепи нуклеиновой кислоты, отжига праймера для секвенирования на отдельном участке; и
последовательного распределения ряда реагентов, содержащих нуклеотиды А, Т, G и/или С или соответствующие подходящие аналоги нуклеотидов, по каждому указанному отдельному участку из точки, находящейся снаружи указанной платформы, где после каждой или любой из указанных стадий приведения в контакт указанную платформу вращают таким образом, чтобы удалить по существу под действием центробежных сил любой остаточный или непрореагировавший указанный реагент из указанного отдельного участка.
53. Способ по п.52, где партнер связывания цепи нуклеиновой кислоты уже иммобилизирован на отдельном участке, и где указанная цепь нуклеиновой кислоты селективно связывается с указанным партнером связывания цепи нуклеиновой кислоты.
54. Способ по п.53, где указанная цепь нуклеиновой кислоты представляет собой ДНК или РНК или их модифицированную форму.
55. Способ по п.54, где цепь нуклеиновой кислоты биотинилирована, и первый партнер связывания содержит авидин, или стрептавидин, или аналог для связывания биотинилированной цепи нуклеиновой кислоты.
56. Набор для использования в способе по любому из пп.52-55, содержащий выполненную с возможностью вращения платформу, которая выполнена с возможностью селективной иммобилизации цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы, и один или более чем один реагент для секвенирования указанной цепи нуклеиновой кислоты.
57. Применение набора по п.56 для проведения секвенирования цепи нуклеиновой кислоты.
58. Устройство для использования в способе по любому из пп.52-55 для секвенирования цепи нуклеиновой кислоты, содержащее:
устройство для вращения платформы, выполненной с возможностью вращения, с заранее определенной регулируемой скоростью вращения, выбираемой пользователем, где указанная платформа выполнена с возможностью селективной иммобилизации цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы;
возможно, устройство для распределения цепи нуклеиновой кислоты по указанным отдельным участкам для иммобилизации указанной цепи нуклеиновой кислоты на указанных отдельных участках;
возможно, устройство для денатурации и, возможно, удаления любой комплементарной цепи нуклеиновой кислоты;
устройство для распределения нуклеотидов А, Т, G и/или С, или их соответствующих аналогов, или их комбинаций для контакта с указанными отдельными участками;
устройство для распределения промывающего реагента; и
возможно, устройство для распределения одного или более чем одного ферментного раствора.
59. Платформа для использования в способе по любому из пп.1-15, выполненная с возможностью иммобилизации первого партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы.
60. Платформа для использования в способе по любому из пп.18-33, выполненная с возможностью селективной иммобилизации второго партнера связывания на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы.
61. Платформа для использования в способе по любому из пп.36-47, выполненная с возможностью иммобилизации партнера связывания цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы.
62. Платформа для использования в способе по любому из пп.52-55, выполненная с возможностью селективной иммобилизации цепи нуклеиновой кислоты на одном или более чем одном отдельном участке на поверхности указанной платформы.