СПОСОБ АНАЛИЗА НАРУШЕНИЙ, СВЯЗАННЫХ С РАКОМ ЯИЧНИКОВ

1. Способ анализа нарушений, связанных с раком яичников, включающий определение в панели по меньшей мере из четырех последовательностей ДНК геномного статуса метилирования одного или нескольких CpG-динуклеотидов в каждой последовательности, где последовательности ДНК выбраны из группы последовательностей согласно SEQ ID NO:1-10 и/или SEQ ID NO:50-60.
2. Способ по п.1 выявления рака яичников у пациента, дополнительно включающий:
получение образца у пациента, который необходимо проанализировать.
3. Способ по п.1 или 2, дополнительно включающий:
определение геномного статуса метилирования одного или нескольких CpG-динуклеотидов в одной или нескольких последовательностях ДНК, выбранной из группы последовательностей согласно SEQ ID NO:11-49 и/или SEQ ID NO:61-100.
4. Способ по п.1, где статус метилирования определяют для панели по меньшей мере из десяти или панели по меньшей мере из двадцати последовательностей ДНК, выбранных из группы последовательностей согласно SEQ ID NO:1-100.
5. Способ по п.1, где геномный статус метилирования определяют для панели последовательностей согласно SEQ ID NO:1-10 и SEQ ID NO:50-60.
6. Способ по п.1, дополнительно включающий:
(a) введение одного или нескольких результатов анализа статуса метилирования в классификатор, который получают из многомерной диагностической модели,
(b) вычисление вероятности того, происходит ли образец от нормальной ткани или из ткани рака яичника и/или
(c) вычисление соответствующего p-значения для достоверности предсказания.
7. Способ по п.1, где геномный статус метилирования определяют посредством одного или нескольких способов, выбранных из группы
(a) бисульфитного секвенирования,
(b) пиросеквенирования,
(c) чувствительного к метилированию конформационного анализа одноцепочечной ДНК (MS-SSCA),
(d) высокоточного анализа кинетики плавления (HRM),
(e) чувствительной к метилированию однонуклеотидной достройки праймера (MS-SnuPE),
(f) специфичного для основания расщепления/MALDI-TOF,
(g) специфичной к метилированию ПЦР (MSP),
(h) основанных на микрочипах способов и
(i) расщепления Msp I.
8. Способ по п.1, где образец, который необходимо проанализировать, происходит из типа ткани, выбранной из группы тканей, такой как биопсия ткани из ткани, которую необходимо проанализировать, вагинальная ткань, язык, поджелудочная железа, печень, селезенка, яичник, мышцы, соединительная ткань, нервная ткань, ткань желудочно-кишечного тракта, опухолевая ткань, биологические жидкости, кровь, сыворотка, слюна и моча.
9. Способ по п.2, где рак яичника, подлежащий выявлению, является первичным злокачественным новообразованием.
10. Способ по п.1, где полученный геномный паттерн метилирования используют для предсказания терапевтического ответа на лечение рака яичников.
11. Набор молекул зондов для определения метилированного состояния цитозина в геномной ДНК, где набор содержит по меньшей мере десять молекул зондов и где каждая из молекул зондов специфична для последовательности ДНК, выбранной из группы последовательностей согласно SEQ ID NO:1-100.
12. Композиция или чип, содержащий молекулы нуклеиновых кислот с последовательностями, которые идентичны по меньшей мере 10 из последовательностей ДНК согласно SEQ ID NO:1-91, где композиция или чип содержит не более 100 различных молекул нуклеиновых кислот.
13. Композиция или чип по п.12, содержащий по меньшей мере 5 последовательностей с совокупным p-значением менее 0,001, предпочтительно менее 0,0001.