УЛУЧШЕННЫЕ КОМПОЗИЦИИ НА ОСНОВЕ T-КЛЕТОК

1. Способ производства T-клеток, включающий
(a) активацию популяции T-клеток и стимуляцию популяции T-клеток к пролиферации, при этом стадии активации и стимуляции выполняют в присутствии ингибитора пути AKT/mTOR;
(b) трансдукцию T-клеток с помощью вирусного вектора, содержащего разработанный T-клеточный рецептор (TCR) или химерный антигенный рецептор (CAR);
(c) культивирование трансдуцированных T-клеток для пролиферации;
где стадии активации и стимуляции, выполненные в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR, приводят к поддержанию пролиферации трансдуцированных T-клеток по сравнению с пролиферацией трансдуцированных T-клеток, которых активировали и стимулировали в отсутствие ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
2. Способ по п. 1, где способ включает выделение мононуклеарных клеток периферической крови в качестве источника T-клеток.
3. Способ по п. 1, где активация T-клеток включает приведение T-клеток в контакт с антителом к CD3 или его CD3-связывающим фрагментом.
4. Способ по п. 1, где стимуляция T-клеток включает приведение T-клеток в контакт с антителом к CD28 или его CD28-связывающим фрагментом, B7-1 или его CD28-связывающим фрагментом или B7-2 или его CD28-связывающим фрагментом.
5. Способ по п. 1, где клетки трансдуцируют с помощью вирусного вектора перед пролиферацией T-клеток.
6. Способ по п. 1, где клетки трансдуцируют с помощью вирусного вектора после пролиферации T-клеток.
7. Способ по любому из пп. 1-6, где вектор представляет собой ретровирусный вектор.
8. Способ по любому из пп. 1-6, где вектор представляет собой лентивирусный вектор.
9. Способ по любому из пп. 1-6, где клетки содержат химерный антигенный рецептор (CAR).
10. Способ по п. 9, где CAR содержит
v
6
a) внеклеточный домен, который связывает антиген, выбранный из группы, включающей фолатный рецептор альфа, 5T4, αβ-интегрин, BCMA, B7-H3, B7-H6, CAIX, CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD70, CD79a, CD79b, CD123, CD138, CD171, CEA, CSPG4, EGFR, семейство EGFR, в том числе ErbB2 (HER2), EGFRvIII, EGP2, EGP40, EPCAM, EphA2, EpCAM, FAP, фетальный AchR, FRα, GD2, GD3, глипикан-3 (GPC3), HLA-A1+MAGE1, HLA-A2+MAGE1, HLA-A3+MAGE1, HLA-A1+NY-ESO-1, HLA-A2+NY-ESO-1, HLA-A3+NY-ESO-1, IL-11Rα, IL-13Rα2, лямбда-цепь, Lewis-Y, каппа-цепь, мезотелин, Muc1, Muc16, NCAM, лиганды NKG2D, NY-ESO-1, PRAME, PSCA, PSMA, ROR1, SSX, сурвивин, TAG72, TEM и VEGFR2;
b) трансмембранный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, включающей CD8α; CD4, CD28, CD45, PD-1 и CD152;
c) один или более внутриклеточных доменов передачи костимулирующего сигнала, выбранных из группы, включающей CD28, CD54 (ICAM), CD134 (OX40), CD137 (41BB), CD152 (CTLA4), CD273 (PD-L2), CD274 (PD-L1) и CD278 (ICOS); и
d) домен передачи сигнала CD3ζ.
11. Способ по п. 10, где внеклеточный домен содержит антитело или антиген-связывающий фрагмент, которые связывают антиген.
12. Способ по п. 10, где трансмембранный домен получен из CD8α или CD28.
13. Способ по п. 10, где один или более доменов передачи костимулирующего сигнала выбраны из группы, включающей CD28, CD134 и CD137.
14. Способ по п. 10, дополнительно предусматривающий полипептид шарнирной области.
15. Способ по п. 14, где полипептид шарнирной области содержит шарнирную область IgG1 или CD8α.
16. Способ по п. 10, дополнительно предусматривающий сигнальный пептид.
17. Способ по п. 16, где сигнальный пептид предусматривает сигнальный полипептид тяжелой цепи IgG1 или сигнальный полипептид CD8α.
18. Способ по любому из пп. 1-6, 10-17, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR выбран из группы, включающей BEZ235, LY294002, GDC-0941, BYL719, GSK2636771, TGX-221, AS25242, CAL-101, IPI-145, MK-2206, GSK690693, GDC-0068, A-674563, CCT128930, AZD8055, INK128, рапамицин, PF-04691502, эверолимус, BI-D1870, H89, PF-4708671, FMK, AT7867, NU7441, PI-103, NU7026, PIK-75, ZSTK474 и PP-121.
19. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой общий ингибитор PI3K, выбранный из группы, включающей BEZ235, LY294002 и GDC-0941.
20. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор PI3K, выбранный из группы, включающей BYL719, GSK2636771, TGX-221, AS25242, CAL-101 и IPI-145.
21. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой ингибитор PI3-K, ZSTK474.
22. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой общий ингибитор AKT, выбранный из группы, включающей MK-2206, GSK690693 и GDC-0068.
23. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор AKT1, A-674563.
24. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор AKT2, CCT128930.
25. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием DNA-PK.
26. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием PDK-1.
27. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием mTORC2.
28. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием HSP.
29. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой общий ингибитор mTOR, выбранный из группы, включающей AZD8055, INK128 и рапамицин.
30. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор mTORC1, выбранный из группы, включающей PF-04691502 и эверолимус.
31. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой ингибитор s6-киназы, выбранный из группы, включающей BI-D1870, H89, PF-4708671, FMK и AT7867.
32. Способ по п. 18, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой ингибитор DNA-PK, выбранный из группы, включающей NU7441, PI-103, NU7026, PIK-75 и PP-121.
33. Способ по любому из пп. 1-6, 10-17, 19-32, где популяция T-клеток, которых активировали и стимулировали в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR, характеризуется увеличенным количеством T-клеток, экспрессирующих один или более маркеров, выбранных из группы, включающей CD62L, CCR7, CD28, CD27, CD122 и CD127, по сравнению с популяцией T-клеток, которых активировали и стимулировали в отсутствие ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
34. Способ по п. 33, где популяция T-клеток, которых активировали и стимулировали в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR, не экспрессирует CD57 или KLRG1 или экспрессирует меньшее количество CD57 или KLRG1 по сравнению с популяцией T-клеток, которых активировали и стимулировали в отсутствие ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
35. Способ поддержания пролиферации и снижения дифференцировки повторно стимулированных T-клеток, экспрессирующих разработанный TCR или CAR, включающий
(a) приведение всей или части популяции пролиферирующих T-клеток, содержащих разработанный TCR или CAR, в контакт с антителом к CD3 или его CD3-связывающим фрагментом и антителом к CD28 или его CD28-связывающим фрагментом, которое стимулирует вспомогательную молекулу CD28 на поверхности T-клеток, тем самым осуществляя повторную стимуляцию активированных T-клеток к пролиферации;
где повторно стимулированные T-клетки характеризуются поддерживаемой пролиферацией и сниженной дифференцировкой по сравнению с пролиферацией T-клеток, которых стимулировали или повторно стимулировали в отсутствие ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
36. Способ по п. 35, где клетки содержат разработанный TCR.
37. Способ по п. 35, где клетки содержат CAR.
38. Способ по любому из пп. 35-37, где клетки содержат вирусный вектор, кодирующий разработанный TCR или CAR.
39. Способ по п. 38, где вектор представляет собой ретровирусный вектор.
40. Способ по п. 39, где вектор представляет собой лентивирусный вектор.
41. Способ по любому из пп. 37, 39, 40, где CAR содержит
v
6
a) внеклеточный домен, который связывает антиген, выбранный из группы, включающей фолатный рецептор альфа, 5T4, αβ-интегрин, BCMA, B7-H3, B7-H6, CAIX, CD19, CD20, CD22, CD30, CD33, CD44, CD44v6, CD44v7/8, CD70, CD79a, CD79b, CD123, CD138, CD171, CEA, CSPG4, EGFR, семейство EGFR, в том числе ErbB2 (HER2), EGFRvIII, EGP2, EGP40, EPCAM, EphA2, EpCAM, FAP, фетальный AchR, FRα, GD2, GD3, 'глипикан-3 (GPC3), HLA-A1+MAGE1, HLA-A2+MAGE1, HLA-A3+MAGE1, HLA-A1+NY-ESO-1, HLA-A2+NY-ESO-1, HLA-A3+NY-ESO-1, IL-11Rα, IL-13Rα2, лямбда-цепь, Lewis-Y, каппа-цепь, мезотелин, Muc1, Muc16, NCAM, лиганды NKG2D, NY-ESO-1, PRAME, PSCA, PSMA, ROR1, SSX, сурвивин, TAG72, TEM и VEGFR2;
b) трансмембранный домен, полученный из полипептида, выбранного из группы, включающей CD8α; CD4, CD28, CD45, PD-1 и CD152;
c) один или более внутриклеточных доменов передачи костимулирующего сигнала, выбранных из группы, включающей CD28, CD54 (ICAM), CD134 (OX40), CD137 (41BB), CD152 (CTLA4), CD273 (PD-L2), CD274 (PD-L1) и CD278 (ICOS); и
d) домен передачи сигнала CD3ζ.
42. Способ по п. 41, где внеклеточный домен содержит антитело или антиген-связывающий фрагмент, которые связывают антиген.
43. Способ по п. 41, где трансмембранный домен получен из CD8α или CD28.
44. Способ по п. 41, где один или более доменов передачи костимулирующего сигнала выбраны из группы, включающей CD28, CD134 и CD137.
45. Способ по п. 41, дополнительно предусматривающий полипептид шарнирной области.
46. Способ по п. 45, где полипептид шарнирной области содержит шарнирную область IgG1 или CD8α.
47. Способ по п. 41, дополнительно предусматривающий сигнальный пептид.
48. Способ по п. 47, где сигнальный пептид предусматривает сигнальный полипептид тяжелой цепи IgG1 или сигнальный полипептид CD8α.
49. Способ по любому из пп. 35-37, 39, 40, 42-48, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR выбран из группы, включающей BEZ235, LY294002, GDC-0941, BYL719, GSK2636771, TGX-221, AS25242, CAL-101, IPI-145, MK-2206, GSK690693, GDC-0068, A-674563, CCT128930, AZD8055, INK128, рапамицин, PF-04691502, эверолимус, BI-D1870, H89, PF-4708671, FMK, AT7867, NU7441, PI-103, NU7026, PIK-75, ZSTK474 и PP-121.
50. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой общий ингибитор PI3K, выбранный из группы, включающей BEZ235, LY294002 и GDC-0941.
51. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор PI3K, выбранный из группы, включающей BYL719, GSK2636771, TGX-221, AS25242, CAL-101 и IPI-145.
52. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой ингибитор PI3-K, ZSTK474.
53. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой общий ингибитор AKT, выбранный из группы, включающей MK-2206, GSK690693 и GDC-0068.
54. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор AKT1, A-674563.
55. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор AKT2, CCT128930.
56. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием DNA-PK.
57. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием PDK-1.
58. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием mTORC2.
59. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR ингибирует активацию AKT под действием HSP.
60. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой общий ингибитор mTOR, выбранный из группы, включающей AZD8055, INK128 и рапамицин.
61. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой селективный ингибитор mTORC1, выбранный из группы, включающей PF-04691502 и эверолимус.
62. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой ингибитор s6-киназы, выбранный из группы, включающей BI-D1870, H89, PF-4708671, FMK и AT7867.
63. Способ по п. 49, где ингибитор пути PI3K/AKT/mTOR представляет собой ингибитор DNA-PK, выбранный из группы, включающей NU7441, PI-103, NU7026, PIK-75 и PP-121.
64. Способ по любому из пп. 35-37, 39, 40, 42-48, 50-63, где популяция активированных T-клеток, которых повторно стимулировали в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR, характеризуется увеличенным количеством T-клеток, экспрессирующих один или более маркеров, выбранных из группы, включающей CD62L, CCR7, CD28, CD27, CD122 и CD127, по сравнению с популяцией T-клеток, которых активировали и стимулировали в отсутствие ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
65. Способ по п. 64, где популяция активированных T-клеток, которых повторно стимулировали в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR, не экспрессирует CD57 или KLRG1 или экспрессирует меньшее количество CD57 или KLRG1 по сравнению с популяцией T-клеток, которых активировали и стимулировали в отсутствие ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
66. Популяция T-клеток, содержащих вектор, содержащий разработанный TCR или CAR, где клетки были активированы и простимулированы к пролиферации в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR.
67. Популяция иммунных эффекторных клеток по п. 66, где иммунные эффекторные клетки включают T-клетки.
68. Популяция T-клеток, содержащих вектор, содержащий разработанный TCR или CAR, где клетки были активированы и простимулированы к пролиферации в присутствии ингибитора пути PI3K/AKT/mTOR и были повторно простимулированы путем приведения всей или части популяции пролиферирующих иммунных эффекторных клеток в контакт с антителом к CD3 или его CD3-связывающим фрагментом и антителом к CD28 или его CD28-связывающим фрагментом, который стимулирует вспомогательную молекулу CD28 на поверхности иммунных эффекторных клеток.
69. Популяция иммунных эффекторных клеток по п. 68, где иммунные эффекторные клетки включают T-клетки.
70. Композиция, содержащая популяцию иммунных эффекторных клеток по п. 66 или 68 и физиологически приемлемый наполнитель.
71. Способ лечения рака у субъекта, нуждающегося в этом, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества композиции по п. 70.
72. Способ по п. 71, где рак выбран из группы, включающей опухоль Вильмса, саркому Юинга, нейроэндокринную опухоль, глиобластому, нейробластому, меланому, рак кожи, рак молочной железы, рак толстой кишки, рак прямой кишки, рак предстательной железы, рак печени, рак почки, рак поджелудочной железы, рак легкого, рак желчевыводящей системы, рак шейки матки, рак эндометрия, рак пищевода, рак желудка, рак головы и шеи, медуллярную карциному щитовидной железы, рак яичника, глиому, лимфому, лейкоз, миелому, острый лимфобластный лейкоз, острый миелогенный лейкоз, хронический лимфолейкоз, хронический миелогенный лейкоз, лимфому Ходжкина, неходжкинскую лимфому и рак мочевого пузыря.
73. Способ по п. 71, где рак представляет собой рак поджелудочной железы, и внеклеточный связывающий домен связывает эпитоп PSCA или MUC1.
74. Способ по п. 71, где рак представляет собой рак мочевого пузыря, и внеклеточный связывающий домен связывает эпитоп PSCA или MUC1.
75. Способ по п. 71, где рак представляет собой мультиформную глиобластому, и внеклеточный связывающий домен связывает эпитоп EPHA2, EGFRvIII или CSPG4.
76. Способ по п. 71, где рак представляет собой рак легкого, и внеклеточный связывающий домен связывает эпитоп PSCA или GD2.
77. Способ по п. 71, где рак представляет собой рак молочной железы, и внеклеточный связывающий домен связывает эпитоп CSPG4 или HER2.
78. Способ по п. 71, где рак представляет собой меланому, и внеклеточный связывающий домен связывает эпитоп CSPG4 или GD2.
79. Способ по п. 71, где рак представляет собой B-клеточное новообразование, и связывающий домен связывает эпитоп BCMA.
80. Способ лечения гемобластоза у субъекта, нуждающегося в этом, предусматривающий введение субъекту терапевтически эффективного количества композиции по п. 69.
81. Способ по п. 80, где гемобластоз представляет собой B-клеточное новообразование, выбранное из группы, включающей множественную миелому (MM), хронический лимфолейкоз (CLL) или неходжкинскую лимфому (NHL).
82. Способ по п. 81, где MM выбрана из группы, включающей клинически выраженную множественную миелому, вялотекущую множественную миелому, плазмоцитарный лейкоз, несекреторную миелому, IgD-миелому, остеосклеротическую миелому, солитарную плазмацитому кости и экстрамедуллярную плазмацитому.
83. Способ по п. 81, где NHL выбрана из группы, включающей лимфому Беркитта, хронический лимфолейкоз/мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому (CLL/SLL), диффузную В-крупноклеточную лимфому, фолликулярную лимфому, иммунобластную крупноклеточную лимфому, лимфобластную лимфому из B-клеток-предшественников и лимфому из клеток мантийной зоны.