Этиология летальных пневмоний по результатам микробиологических и молекулярно-генетических исследований секционного материала

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Этиология летальных пневмоний по результатам микробиологических и молекулярно-генетических исследований секционного материала

Н.А. Кравченко1, О.Н. Яковенко1, В.В. Свистунов1, Е.И. Белинская1, Г.Ю. Коган1, О.Г. Карноухова1, Л.А. Степаненко1, О.И. Боброва1, Е.А. Сидорова2, Е.И. Андаев2, М.В. Афанасьев2, С.В. Балахонов2, А.Д. Ботвинкин1

1 ФБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

2 ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора

Проведено скрининговое исследование ткани легких от 30 умерших от пневмонии в стационарах Иркутска. Цель - сравнение результативности классических микробиологических методов и полиме-разной цепной реакции (ПЦР) для установления этиологии пневмоний с летальным исходом. При бактериологическом исследовании различные условно-патогенные бактерии и грибы рода Candida были обнаружены в 22 случаях, но только в одном штамм St. pneumoniae был выделен. ДНК пневмококка определена в 11 случаях с помощью ПЦР, дополнительно получена информация о нескольких серотипах пневмококка, ассоциированных с летальными пневмониями. С помощью ПЦР обнаружены N. meningitidis, вирусы гриппа A/Hl-swine и В. Оба метода позволяли обнаруживать ассоциации различных микроорганизмов. Комбинированное использование бактериологического метода и ПЦР целесообразно при расследовании случаев атипичных пневмоний и в сложных эпидемических ситуациях.

Ключевые слова:

пневмония, этиология, посмертное бактериологическое исследование, полимеразная цепная реакция

Etiology of lethal pneumonia by results of microbiological and molecular and genetic researches of sectional material

N.Â. Kravchenko1, О.N. Yakovenko1, V.V. Svistunov1, Е.I. Belinskaya1, G.Yu. Kogan1, О.G. Karnoukhova1, L.A. Stepanenko1, O.I. Bobrova1, E.Â. Sidorova2, E.I. Anadaev2, M.V. Aphanas'ev2, S.V. Balakhonov2, Â.D. Botvinkin1

1 Irkutsk State Medical University

2 Irkutsk Antiplaque Research Institute of Siberia and Far East

Screening post-mortal study of 30 samples of lung tissue from the hospital patients in Irkutsk. The aim is to compare the results of classic bacteriology methods and polymerase chain reaction (PCR) for verification of lethal pneumonia etiology. Using bacteriology methods different opportunistic bacteria and Candida were detected in 22 cases, but only one Streptococcus pneumonia strain was isolated. DNA of S. pneumoniae was detected in 11 cases by PCR and additionally several genotypes of S. pneumonia associated with lethal

Keywords:

pneumonia, etiology, post-mortal bacteriology

pneumonia were identified. Using PCR Neisseria meningitidis, influenza virus ^^-swine and influenza virus study, polymerase B also were detected. All samples were negative for coronaviruses. Associations of different pathogens were chain reaction confirmed by both methods. The combination of PCR and bacteriology methods would be useful for etiology verification of atypical pneumonia and in complicated epidemiologic situations.

Хорошо известно, что пневмония - полиэтиологич-ное заболевание, при этом спектр микроорганизмов может значительно варьировать на различных территориях и в разное время. Возбудителями пневмоний могут быть бактерии, вирусы, грибы и простейшие, однако микробиологически расшифровать диагноз удается лишь в 40-50% случаев [1]. Считается, что среди подтвержденных случаев, на долю пневмококков St. pneumoniae приходится 20-60%, стафилококков - 3-5%, грамотрицательных бактерий - 3-10%, вирусов - 2-15%. К менее распространенным возбудителям пневмонии относятся Moraxella catarrhalis, Ch. psittaci, N. meningitides, K. pneumonia и ряд других [2, 3]. Кроме того, при внебольничной пневмонии (ВП) может выявляться коинфекция двумя и более возбудителями; она может быть вызвана ассоциацией различных бактериальных возбудителей или их сочетанием с респираторными вирусами. Частота встречаемости ВП, вызванной ассоциацией возбудителей, варьирует от 3 до 40% [4].

Летальные пневмонии могут быть ассоциированы с любыми перечисленными микроорганизмами. Согласно результатам аутопсий, пневмония может быть либо основной причиной смерти, либо осложнением основного заболевания. Среди них отмечаются цереброваскулярные заболевания, болезни сердца и сосудов, хроническая алкогольная интоксикация, хроническая обструктивная болезнь легких и онкологические заболевания. Тяжестью течения и высокой летальностью характеризуются госпитальные пневмонии [5-7]. В последние годы особое внимание привлекают пневмонии, связанные с новыми ко-ронавирусами и вирусами гриппа, а также возможностью заноса этих вирусов международными путешественниками [8-11]. Таким образом, актуальность установления этиологии тяжело протекающих пневмоний обусловлена не только необходимостью корректировки этиотропного лечения, но и задачами профилактики и санитарной охраны территории.

Результативность этиологической расшифровки пневмонии зависит от сроков и техники отбора проб, методов исследования биологического материала, применения антибактериальной терапии, сопутствующей патологии, прижизненного или посмертного подтверждения диагноза и ряда других факторов. Современный период характеризуется широким применением молекулярно-генетических методов для уточнения этиологии различных болезней, в том числе пневмоний [12-14].

Цель исследования - сравнение результативности классических микробиологических методов и полимеразной цепной реакции (ПЦР) для установления этиологии пневмоний с летальным исходом.

Материал и методы

Проведено выборочное описательное исследование 30 проб биологического материала от умерших в стационарах г. Иркутска в 2014-2015 гг., у которых в качестве па-тологоанатомического диагноза значилась пневмония как причина смерти или как осложнение основного заболевания. По данным из историй болезни, клинический диагноз «пневмония» был зарегистрирован у 17 умерших, из них у 14 - внебольничная пневмония (J12-J18), у 3 - госпитальная пневмония. У 7 пациентов в качестве основного клинического диагноза указаны новообразования (С15-С39), у 6 пациентов - ВИЧ-инфекция (В20-В24).

Исследованы образцы секционного материала (ткань легких). Забор материала проводили стерильными инструментами в стерильные одноразовые пластиковые флаконы с закручивающимися крышками. Пробы для микробиологического исследования помещали в пробирки без консерванта и доставляли в термосе со льдом в лабораторию через 1-2 ч после вскрытия трупа. Для молекулярно-гене-тического исследования образцы фиксировали раствором 1% СТАВ (гексадецилтриметиламмонийбромид) в 50% растворе изопропилового спирта сразу же после отбора проб и хранили в условиях глубокой заморозки при температуре -65±5 °C.

Микробиологические исследования. Из ткани легкого в фарфоровых ступках на стерильном 0,9% растворе NaCL готовили 10% суспензию, которую использовали для посева на твердые питательные среды. Выделение возбудителей проводили путем секторного посева по методу GouLd на плотные питательные среды: питательный агар с дефи-бринированной кровью, желточно-солевой агар, среды Эндо и Сабуро с антибиотиком цефабол (цефуроксим). Для первичной идентификации грибов рода Candida использовали хромогенную среду CandidalD («BioMerieux», Франция). Идентификацию микроорганизмов выполняли на полуавтоматическом анализаторе «AutoScan4 System» («Siemens», USA) путем инокуляции микробной взвеси в сухую панель для идентификации грамположительных бактерий (MicroScan, тип PBPC20) и в сухую панель для идентификации грамотрицательных бактерий (MicroScan, тип NBC41) [15].

Полимеразная цепная реакция. Материал исследовали параллельно двумя разными методами.

1. ПЦР в реальном времени. Выделение нуклеиновых кислот (РНК/ДНК) проводили в 2 этапа из 150 мкл 10% суспензии гомогената ткани легкого. Сначала выполняли ацетофенольную очистку пробы от белков хозяина с помощью набора реагентов «Рибо-золь-С» (ФБУН ЦНИИЭ, г. Москва). На втором этапе с помощью набора «Рибо-преп»

(ООО «НекстБио», Москва) выделяли и очищали РНК. Элю-ция осадка проведена в 90 мкл. Для получения препаратов комплементарной ДНК (кДНК) на матрице РНК использовали набор «Реверта-L-lOO» (ФБУН ЦНИИЭ, Москва). Подготовленные пробы кДНК исследовали в режиме реального времени на спектр бактериальных и вирусных инфекций (S. pneumoniae, H. influenza, N. meningitidis, Influenza virus A (sub types H1N1, H3N2, H5N1, H1-swine)/B, SARS-Coronavirus) с применением тест-систем фирмы «АмплиСенс» с гибриди-зационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации в режиме реального времени на амплификаторе роторного типа Rotor-Gene-Q (Германия).

2. Мультиплексная ПЦР на пневмококк. Для экстракции нуклеиновых кислот из клинического материала использовали комплект реагентов «АмплиПрайм ДНК-сорб-В». Выявление капсульных форм и молекулярное типирование пневмококка проводили с помощью праймеров для детекции cpsA-локуса. Праймеры подобраны из библиотеки GenBank и синтезированы в ООО «НПФ «Синтол». На первом этапе для амплификации использовали праймеры cpsA-f (gca-gta-cag-cag-ttt-gtt-gga-ctg-acc) и cpsA-r (gaa-tat-ttt-cat-tat-cag-tcc-cag-tc), реагирующие с cpsA-локусом всех серотипов. При положительном результате полученные ампликоны подвергали молекулярно-генетическому типированию с прайме-рами к 39 серотипам пневмококка в серии мультиплексных ПЦР из 10 последовательных реакций со следующими наборами праймеров: 1) 23F, 6A/B/C, 19A; 2) 14, 19F, 15A/F, 23 A; 3) 3, 9V/A,18A/B/C/F, 35A/C/42; 4) 1,4, 9 L/N,10A; 5) 5, 7F/A/, 11 A/D, 13; 6) 2, 12F/A/44/46,17F, 20; 7) 8, 15B/C, 22A/F, 33 F/A/37; 8) 16F, 21, 35B, 38/25F/A; 9) 7C/B/40, 24A/B/F, 31, 34; 10) 10F/C/33C, 23B, 35F/47F, 39F. Амплификацию фрагментов генома S. pneumoniae проводили в реакционной смеси, содержащей готовую смесь для амплификации 5*ScreenMix-HS и по 10 пмоль каждого праймера в объеме 25 мкл. Реакцию проводили в амплификаторе «Терцик» («ДНК-Технология») по универсальному профилю амплификации, адаптированному для максимального выхода ПЦР - продукта всех исследуемых локусов генома: 94°С - 3 мин, 35 циклов: 94°С -15 с, 56°С - 10 с, 72°С - 15 с, 72°С - 10 мин, 22°С - хранение. Идентификацию продуктов ПЦР проводили в 2% агарозном геле с добавлением GeLRed.

Диагноз пневмоцистной пневмонии верифицировали во время вскрытия на основании морфологических критериев, а также в микропрепаратах, окрашенных реактивом Шиффа.

Статистическая обработка данных выполнена при помощи программы Medstatistic.ru. Для сравнения показателей, выраженных в процентах, рассчитывали доверительные интервалы с уровнем значимости 95% (95% ДИ).

Результаты и обсуждение

Всего за анализируемый период в патологоанатоми-ческом отделении, где был собран для исследования материал, было произведено 743 вскрытия, из них 39 (5,2%) вскрытий умерших от пневмонии. В исследованной выборке среди 30 умерших от пневмонии было 23 (77%) мужчины и 7 (23%) женщин. Возрастной диапазон - от 30 до 89 лет с преобладанием старших возрастных групп: доля возрастной группы старше 60 лет составила 53%, в возрасте от 40 до 59 лет - 27%, в возрасте от 30 до 39 лет - 20%.

При бактериологическом исследовании положительными из 30 проб оказались 22 (табл. 1). Пневмококк выделен лишь из одной пробы. Наиболее часто из ткани легких высевали стафилококки, в том числе в 4 случаях из 9 -в виде монокультуры. В 50% случаев из одной пробы выделяли по 2 и более различных микроорганизма, что было особенно характерно для энтеробактерий и грибов рода Candida.

Результаты ПЦР-исследования значительно отличались по частоте обнаружения пневмококка (табл. 2). С помощью ПЦР в реальном времени ДНК пневмококка определена в 10 пробах; в 8 случаях положительный результат получен при использовании праймеров для локуса cpsA для избирательной детекции капсульного варианта пневмококка. В 3 случаях отмечено расхождение результатов разных вариантов ПЦР. В итоге с помощью обеих методик генетический материал S. pneumoniae обнаружен в 11 пробах из 30 исследованных проб, в том числе положительной была проба, из которой пневмококк выделен на питательных средах. Различия в результативности ПЦР и бактериологического метода очевидны и по статистической значимости: 36,6% против 3,3% (p<0,05).

Дополнительно с помощью ПЦР получена информация о серотипах пневмококка, ассоциированных с летальными пневмониями. У 2 умерших выявлен серотип 14, у остальных -пневмококки серотипов 1, 4, 11A/D, 15A/F, 23А (по одному случаю); 1 образец не типировался использованным набором праймеров. Следует подчеркнуть, что 2 серотипа (23А, 11A/D) не входят в состав вакцин «Превенар» и «Пневмо

Таблица 1. Результаты бактериологического исследования секционного материала от умерших с диагнозом «пневмония»

Выделенные микроорганизмы | Число положительных проб |

| всего | в том числе в виде микст-инфекции |

I абс. I % (95% ДИ) I абс. 1 % (95% ДИ) I

Staphylococcus spp. 9 30

K. pneumonia 3 10

E. coli 3 10

Candida spp. 3 10

Enterobacter spp. 2 6,7

P. aeruginosa 1 3,3 (0-10,9) 0 0

S. pneumoniae 1 3,3 (0-10,9) 0 0

Всего положительных проб 22 73,3

Таблица 2. Результаты полимеразной цепной реакции секционного материала от умерших с диагнозом «пневмония»

Обнаруженные патогенные бактерии | Число положительных проб |

и вирусы всего | в том числе в виде микст-инфекции |

абс. I %

S. pneumoniae 11 36,6

N. meningitidis 2 6,7

Influenza A

Influenza B 1 3,3

SARS 0 0 0 0

H. influenzae 0 0 0 0

Всего положительных проб 16 53,3

Таблица 3. Сравнение результатов полимеразной цепной реакции и бактериологического исследования секционного материала от разных групп умерших с диагнозом «пневмония»

Патогены | Группы умерших с разными диагнозами Всего

госпитальная ВП + ВИЧ- ВП + прочие

пневмония инфекция онкология ВП

S. pneumoniae 0/0* 2/0* 2/1* 7/0* 11/1

N. meningitidis 0/0 0/0 1/0 1/0 2/0

Staphylococcus spp. 0/1 0/3 0/2 0/3 0/9

Enterobacter spp. 0/0 0/1 0/0 0/1 0/2

K. pneumonia 0/0 0/0 0/0 0/3 0/3

E. coli 0/1 0/0 0/1 0/1 0/3

Candida spp. 0/0 0/0 0/1 0/2 0/3

P. aeruginosa 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1

Influenza A(H1-swine) 0/0 0/0 0/0 2/0 2/0

Influenza типа B 0/0 0/0 1/0 0/0 1/0

Всего положительных проб 0/3 2/4 4/5 10/10 16/22

Всего исследовано проб 3 6 7 14 30

Примечание. В числителе указаны результаты ПЦР, в знаменателе - результаты бактериологического исследования; * - оценка значимости различий в тексте.

23», используемых в России. Спектр серотипов, выявленных при обследовании бактерионосителей пневмококка в Иркутске, существенно отличался: преобладали серотипы 6A/B/C (40,0%) и 19 F (12,0%), реже - 3,14, 9V/A, 18A/B/C/F, 23F, 15 В/С и 10 А [16]. Из этого набора среди умерших от пневмонии были обнаружены только пневмококки серотипа 14.

Кроме пневмококка, с помощью ПЦР в 2 пробах обнаружена ДНК менингококка, а также РНК пандемического вируса гриппа А/Hl-swine и вируса гриппа В. В 2 (6,7%) пробах выявлены бактериальные (S. pneumoniae + N. meningitidis) и бактериально-вирусные (S. pneumoniae + Influenza virus A/ Hl-swine) ассоциации (см. табл. 2).

Результаты исследования с использованием различных методов сравнивали по группам умерших в зависимости от диагноза и сопутствующей патологии (табл. 3). У 3 пациентов с госпитальной пневмонией в легких обнаружены типичные для таких пневмоний возбудители: P. aeruginosa, E. coli и S. aureus. У этих больных (возраст - от 50 до 63 лет) диагноз был установлен на 2-15-е сут пребывания пациентов в стационаре по поводу основного заболевания. Больные погибли через 7-13 сут после диагностирования пневмонии.

Умершие с ВП были разделены на 3 группы.

1-я группа - пациенты с подтвержденной ВИЧ-инфекцией. Из 6 пациентов с ВИЧ-инфекцией 5 поступили на лечение с диагнозом «пневмония»; у одного пациента

с клиническим диагнозом «токсический гепатит и туберкулез легких» при патологоанатомическом вскрытии диагноз «пневмония» выставлен как причина смерти. При лабораторном исследовании трупного материала в 2 случаях обнаружен S. pneumoniae в сочетании с другими бактериями (S. aureus, S. hominis, E. cloacae). У 2 умерших при патологоанатомическом вскрытии установлена пневмоцистная пневмония. В 2 случаях этиология пневмонии осталась неустановленной. Все умершие были молодыми людьми в возрасте 30-39 лет. Пациенты с пневмонией на фоне ВИЧ-инфекции были госпитализированы на 1-21-е сут от начала заболевания, ранее за медицинской помощью не обращались. Срок стационарного лечения составил 5-24 сут.

2-я группа - пациенты с тяжелой онкологической патологией в сочетании с пневмонией. Из 7 умерших в 2 случаях обнаружен S. pneumonia (монокультура и микст с N. meningitidis), в одном случае E. coli в сочетании с Candida, по одному случаю - S. aureus и вирус гриппа В. В одном случае этиология пневмонии не расшифрована. Все умершие в этой группы были старше 60 лет; у 5 из 7 пациентов был рак органов дыхания. Пациенты обратились за медицинской помощью на 5-14-е сут после появления симптомов пневмонии. Срок стационарного лечения составил 9-32 койко-дня.

Наблюдение 1. Пациентка, 79 лет, лечилась в хосписе с клиническим диагнозом «рак толстой кишки», хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ) в течение 32 дней, получала лечение: цефтриаксон в дозе 1,0 г - № 7, гентамицин - № 8. При патологоанатомическом исследовании установлен диагноз «рак анального канала с распространенными метастазами; левосторонняя нижнедолевая крупноочаговая пневмония». Из ткани легкого выделен микст E. coli в сочетании с Candida glabratae. По мнению ряда авторов, роль E. coli в развитии пневмонии достаточно спорна [5].

3-я группа - прочие пациенты с диагнозом «внебольнич-ная пневмония».

Среди 14 умерших из этой группы S. pneumoniae обнаружен в 7 (50%) случаях. Из них 4 случая пневмококковой пневмонии выявлены у пациентов, длительного злоупотребляющих алкоголем. В одном случае установлен микст S. pneumoniae с бактериями и грибами (S. hyicus, E. aerogenes, Candida krusei). Кроме того, в этой группе умерших обнаружены K. pneumonia (3 случая), вирус гриппа А (2 случая) и по 1 случаю - N. meningitidis и S. epidermidis. В группе преобладали мужчины (11), возраст варьировал в широких пределах - от 37 до 80 лет. Пациенты были госпитализированы в среднем на 5-7-е сут от начала заболевания. Срок стационарного лечения варьировал от 1 до 4 сут.

Наблюдение 2. Пациент, 49 лет, предъявлял жалобы на слабость и боли в околопупочной области в течение 12 ч. Был доставлен скорой медицинской помощью с диагнозом «острый панкреатит». В стационаре установлен клинический диагноз «внебольничная двусторонняя пневмония, инфекционно-токсический шок». Назначено лечение: цеф-триаксон в дозе 2,0 г, метрогил 500 мг 3 раза в сутки -1 сут. Тяжелое течение пневмонии привело к смерти пациента в 1-е сутки пребывания в стационаре. Из ткани легкого умершего выделен S. pneumoniae в сочетании с вирусом гриппа А.

Наблюдение 3. Пациентка, 39 лет, заболела после возвращения из Таиланда. Сопутствующие заболевания: вирусные гепатиты В и С, туберкулез, гранулематоз Веге-нера. Лечилась в поликлинике в течение 14 сут, принимала противовирусные препараты, по результатам рентгенологического обследования направлена на консультацию к фтизиатру, по заключению которого направлена в ГКБ № 1 с диагнозом «пневмония». Клинический диагноз «левосторонняя верхнедолевая внебольничная пневмония». Лечение цефтриаксоном и азитромицином, проводимое в течение 3 сут, оказалось неэффективным. Пациентка умерла, пато-логоанатомический диагноз «пневмония, гранулематоз Ве-генера». В ткани легкого умершей обнаружен вирус гриппа, тип А.

В итоге при использовании ПЦР в комплексе с классическими бактериологическими методами этиология пневмоний посмертно была установлена в 73% случаев. Пневмококк обнаружен в легких в общей сложности у каждого третьего умершего, преимущественно с помощью ПЦР. В группе из 13 больных с тяжелой сопутствующей патологией (ВИЧ-инфекция и онкологические заболевания) пневмококк обнаружен в 30,8% случаев, в группе остальных

больных, обозначенной как «прочие», - в 50% случаев. Статистические расчеты свидетельствуют о слабой значимости различий между этими группами (критерий х2 с поправкой Йейтса = 0,390; точный критерий Фишера = 0,440, p=0,06). Различия по этому признаку между больными с внутри-и внебольничной пневмонией также статистически не значимы (критерий х2 с поправкой Йейтса = 0,575; точный критерий Фишера = 0,279, p=0,06).

Несмотря на региональные особенности спектра патогенов, значение пневмококка как одного из основных этиологических агентов тяжелых пневмоний у разных категорий больных согласуется с результатами исследований в различных регионах [11, 17, 18]. В исследовании, ранее проведенном в Иркутске, с помощью бактериологических и бактериоскопических методов удельный вес пневмококковой пневмонии в структуре аутопсий составил 24%, E. coli и S. aureus - 13,9% случаев, E. aglomerans -7,7%, Edwardsiella spp. - 4,6%, P. vulgaris и Citrobacter spp. -по 3,8%, Enterobacter spp. и K. pneumonia - по 3,1% случаев. При этом в большинстве случаев наличие пневмококка было подтверждено только при микроскопии ткани легкого по морфологическим признакам [18]. В аналогичном исследовании в Смоленске пневмококки выделены от умерших в 12,9% случаев; K. pneumoniae, S. aureus составили 31,4% и 28,6% от всех выделенных изолятов соответственно [1].

Применение ПЦР позволило расширить спектр выявляемых патогенов за счет вирусов гриппа. В то же время с помощью бактериологических исследований выявлен широкий спектр условно-патогенных микроорганизмов. Ранее с помощью серологических методов (иммуноферментный анализ) у больных с пневмониями, находившихся на стационарном лечении в Иркутске и Чите, прижизненно обнаружены антитела IgM к аденовирусу, коксиелле Бернета, легионелле, хла-мидиям, микоплазме, вирусу гриппа В и респираторно-син-цитиальному вирусу [9].

Оба метода позволяли установить наличие микст-инфекции. В 8 (27%) пробах микроорганизмы не обнаружены - либо набор диагностических тестов не включал тех возбудителей, которые могли вызвать пневмонии, либо на отрицательный результат оказало влияние лечение антибиотиками. В этой группе в основном представлены пациенты, получавшие лечение на амбулаторно-поликлиниче-ском этапе в течение 3-7 сут и в дальнейшем лечившиеся в стационаре около 14 сут. Микробиологическое обследование этих пациентов в стационаре в период лечения не проводили.

Заключение

Таким образом, использование бактериологического метода в сочетании с ПЦР позволило получить дополнительную информацию при установлении причин летальных пневмоний в Иркутске. Комплексное лабораторное исследование материала от умерших целесообразно проводить в случаях атипичного течения пневмонии и при осложненном эпидемиологическом анамнезе (групповая заболеваемость, пребывание за границей и др.).

СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ

Кравченко Наталья Александровна - ассистент кафедры эпидемиологии ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России Е-таН: tasha_v_gorode@maiL.ru

Яковенко Ольга Николаевна - кандидат медицинских наук, доцент кафедры эпидемиологии ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

Свистунов Владимир Владимирович - кандидат медицинских наук, заведующий кафедрой патологической анатомии ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

Белинская Екатерина Игоревна - ассистент кафедры патологической анатомии ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

Коган Галина Юрьевна - заместитель директора НИИ биомедицинских технологий, ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

Карноухова Ольга Геннадьевна - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник НИИ биомедицинских технологий ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

Степаненко Лилия Александровна - кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник НИИ биомедицинских технологий ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

Боброва Олеся Ивановна - аспирант ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России Сидорова Елена Александровна - врач-вирусолог ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора

Андаев Евгений Иванович - доктор медицинских наук, заведующий лабораторией природно-очаговых вирусных инфекций ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора Афанасьев Максим Викторович - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник эпидемиологического отдела, ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора Балахонов Сергей Владимирович - доктор медицинских наук, профессор, директор ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора

Ботвинкин Александр Дмитриевич - доктор медицинских наук, профессор, проректор по научной работе ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России

ЛИТЕРАТУРА

1. Чучалин А.Г., Синопальников А.И., Козлов Р.С., Авдеев С.Н. и др. Клинические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике тяжелой внебольничной пневмонии у взрослых // Cosilium Medicum. 2015. № 3. С. 8-37.

2. Баранов А.А. Стрептококки и пневмококки. Ростов н/Д, 2013. 301 с.

3. Бартлетт Д. Инфекции дыхательных путей : пер. с англ. М.; СПб., 2000. 192 с.

4. Авдеев С.Н. Лечение внебольничной пневмонии // Рус. мед. журн. 2004. Т. 12, № 2. С. 70-73.

5. Верткин А.Л., Оралбекова Ж.М. Анализ летальных исходов при внебольничной пневмонии // Врач скорой помощи. 2012. № 7. С. 34-47.

6. Коган Г.Ю., Гымнинова И.С., Карноухова О.Г., Ботвинкин А.Д. и др. Летальная госпитальная инфекция, ассоциированная с полирезистентной к антибактериальным препаратам Klebsiella pneumonia // Сибир. мед. журн (Иркутск). 2010. № 8. С. 156-158.

7. Решедько Г.К., Рябикова Е.Л., Кречикова О.И. Резистентность к антибиотикам грамотрицательных возбудителей нозокомиальных инфекций в ОРИТ многопрофильных стационаров России // Клин. микробиология и антимикроб. химиотерапия. 2008. Т. 10, № 2. С. 96-112.

8. Рахманова А.Г., Лобзин Ю.В., Яковлев А.А., Комарова А.Я. Тяжелый острый респираторный синдром (Атипичная пневмония). СПб., 2004. 127 с.

9. Zaki A.M., van Boheemen S., Bestebroer T.M., Osterhaus A.D. et al. Isolation of a novel Coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia // N. Engl. J .Med. 2012. Vol. 367, N 19. P. 1814-1820.

10. Lau S.K., Chan J.F. Coronaviruses: emerging and re-emerging pathogens in humans and animals // Virol. J. 2015. Vol. 12. P. 209.

11. Peto L., Nadjm B., Horby P., Ngan T.T. et al. The bacterial aetiology of adult community-acquired pneumonia in Asia: a systematic review // Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 2014. Vol. 108, N 6. P. 326-337.

12. Мирсаяпова И.А., Мавзютов А.Р., Баймиев А.Х., Ишмухаме-това А.Ф. Полимеразная цепная реакция в диагностике внебольничной пневмонии // Клин. лаб. диагностика. 2011. № 9. С. 45.

13. Мирсаяпова И.А., Мавзютов А.Р., Баймиев А.Х. Разработка и использование тест-систем для молекулярно-генетической детекции минорных возбудителей внебольничной пневмонии // Журн. микробиол. 2011. № 6. С. 69-72.

14. Пхакадзе Т.Я., Дмитренко О.А. Оценка эффективности использования автоматизированной ПЦР-системы для выявления метициллин-резистентного и метициллинчувствительного золотистого стафилококка в клиническом материале травматолого-ортопедических больных // Клин. лаб. диагностика. 2013. № 12. С. 48-51.

15. Методические рекомендации Минздрава РСФСР от 19.12.1991 «Методы бактериологического исследования условно-патогенных микроорганизмов в клинической микробиологии». М., 1991. 16 с.

16. Степаненко Л.А., Ильина С.В., Боброва О.И., Джиоев Ю.П. и др. Оценка серологического разнообразия штаммов Streptococcus pneumoniae среди детей из организованных коллективов города Иркутска // Известия Иркутского гос. ун-та. Сер. «Биология. Экология». 2015. Т. 14, № 4. С. 2-8.

17. Ряпис Л.А., Брико Н.И. Проблема пневмококковых инфекций в России // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2010. № 1. С. 4-8.

18. Свистунов В.В., Цинзерлинг В.А. Этиология, особенности эпидемиологии, некоторые факторы риска и характеристика внелегочных

осложнений при крупозной пневмонии по материалам аутопсий // Сибир. мед. журн. (Иркутск). 2009. № 8. С. 94-97.

19. Прокопчук Т.С. Эпидемиологический мониторинг инфекционных заболеваний органов дыхания и нервной системы не установленной этиологии : автореф. дис. ... канд. мед. наук. Иркутск, 2007. 26 с.

REFERENCES

1. Chuchalin A.G., Sinopal'nikov A.I., Kozlov R.S., Avdeev S.N., et al. Clinical Recommendations for diagnosis, treatment and prevention of severe community-acquired pneumonia in adults. Consilium Medicum. 2015; Vol. 3: 8-37.

2. Baranov A.A. Streptococci and pneumococci. Rostov-on-Don. 2013: 301 p.

3. Bartlett D. Respiratory tract infection. Translation from English. Moscow; St. Petersburg, 2000: 192 p.

4. Avdeev S.N. Treatment of community-acquired pneumonia. Russkiy meditsinskiy zhurnal [Russian Medical Journal]. 2004; Vol. 12

5. Vertkin A.L., Oralbekova Zh.M. Analysis of lethal outcomes in outpatient pneumonia. Vrach skoroy pomoshchi [Emergency Doctor]. 2012; Vol. 7: 34-47.

6. Kogan G.Yu., Gymninova I.S., Karnoukhova O.G., Botvinkin A.D., et al. Lethal nosocomial infection associated with multiresistent Klebsiella pneumoniae. Sibirskiy meditsinskiy zhurnal

7. Reshed'ko G.K., Ryabikova E.L., Krechikova O.I., et al. Antimicrobial resistance patterns of gramnegative nosocomial pathogens in Russian ICUs. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya [Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy]. 2008; Vol. 10

8. Rakhmanova A.G., Lobzin Yu.V., Yakovlev A.A., Komarova A.Ya. Severe acute respiratory syndrome

9. Zaki A.M., van Boheemen S., Bestebroer T.M., Osterhaus A.D., et al. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. N Engl J Med. 2012; Vol. 367 (19): 1814-20.

10. Lau S.K., Chan J.F. Coronaviruses: emerging and re-emerging pathogens in humans and animals. Virol J. 2015; Vol. 12: 209.

11. Peto L., Nadjm B., Horby P., Ngan T.T., et al. The bacterial aetiology of adult community-acquired pneumonia in Asia: a systematic review. Trans R Soc Trop Med Hyg. 2014; Vol. 108 (6): 326-37.

12. Mirsayapova I.A., Mavzyutov A.R., Baymiev A.Kh., Ishmukhame-tova A.F. The polymerase chain reaction in diagnostics of community-acquired pneumonia. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika [Clinical Laboratory Services]. 2011; Vol. 9: 45.

13. Mirsayapova I.A., Mavzyutov A.R., Baymiev A.Kh. Development and use of test systems for molecular genetic detection of minor pathogens of community-acquired pneumonia. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunology]. 2011; Vol. 6: 69-72.

14. Pkhakadze T.Ya., Dmitrenko O.A. The evaluation of effectiveness of application of automated system of polymerase chain reaction to detect meticillin-resistant and meticillin-sensitive Staphylococcus aureus in clinical material from trauma orthopedic patients. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika [Clinical Laboratory Services]. 2013; Vol. 12: 48-51.

15. Methodical recommendations of the Ministry of Health of the RSFSR from 19.12.1991 «Methods of bacteriological examination of opportunistic microorganisms in clinical microbiology». Moscow, 1991: 16 p.

16. Stepanenko L.A., Il'ina S.V., Bobrova O.I., Dzhioev Yu.P., et al. Serological Variety of Streptococcus pneumoniae Strains among Children in the Organized Groups in the City of Irkutsk. Izvestiya Irkutskogo gosudarstvennogo universiteta [Bulletin of Irkutsk State University].

17. Ryapis L.A., Briko N.I. The problem of pneumococcal infections in Russia. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni [Epidemiology and Infectious Diseases]. 2010; Vol. 1: 4-8.

18. Svistunov V.V., Tsinzerling V.A. Etiology, risk factors and characteristics of extrapulmonary complications of croupous pneumonia based on the analysis. Sibirskiy meditsinskiy zhurnal

19. Prokopchuk T.S. Epidemiological monitoring of infectious diseases of the respiratory system and the nervous system is not installed etiology: Abstract of Diss. Irkutsk, 2007: 26 p.