СПОСОБЫ НА ОСНОВЕ ДЕТЕКТИРОВАНИЯ ОЧАГОВ RAD51 В ОПУХОЛЕВЫХ КЛЕТКАХ

1. Способ прогнозирования ответа пациента, у которого диагностировано онкологическое заболевание, на противоопухолевую терапию, включающий:
i) определение уровня клеток с очагами RAD51 в образце, содержащем опухолевые клетки, выделенные у указанного пациента, где пациент не получал за 24 часа до выделения образца химиотерапию, выбранную из группы, состоящей из AC, FEC, ECF и навельбина/эпирубицина, и где образец не обрабатывали способом, который индуцирует повреждение ДНК, перед определением уровня клеток с очагами RAD51, и
ii) сравнение уровня, полученного на стадии i), с эталонным значением, где:
- уровень клеток с очагами RAD51 ниже, чем указанное эталонное значение, указывает на то, что пациент, по прогнозам, ответит на противоопухолевую терапию, или
- уровень клеток с очагами RAD51, равный или превышающий указанное эталонное значение, указывает на то, что пациент, по прогнозам, не ответит на противоопухолевую терапию.
2. Способ выбора индивидуальной терапии для пациента, у которого диагностировано онкологическое заболевание, включающий:
i) определение уровня клеток с очагами RAD51 в образце, содержащем опухолевые клетки, выделенные от указанного пациента, где пациент не получал за 24 часа до выделения образца химиотерапию, выбранную из группы, состоящей из AC, FEC, ECF и навельбина/эпирубицина, и где образец не обрабатывали способом, который вызывает повреждение ДНК, перед определением уровня клеток с очагами RAD51, и
ii) сравнение уровня, полученного на стадии i), с эталонным значением, где:
- уровень клеток с очагами RAD51 ниже, чем указанное эталонное значение, указывает на то, что выбранная терапия включает агенты, специфичные для лечения опухолей с дефицитом ответа на повреждение ДНК, или
- уровень клеток с очагами RAD51, равным или превышающим указанное эталонное значение, указывает на то, что выбранная терапия не содержит агентов, специфичных для лечения опухолей с дефицитом ответа на повреждение ДНК.
3. Способ классификации пациента, у которого диагностировано онкологическое заболевание, в когорту пациентов, включающий:
i) определение уровня клеток с очагами RAD51 в образце, содержащем опухолевые клетки, выделенные от указанного пациента, где пациент не получал за 24 часа до выделения образца химиотерапию, выбранную из группы, состоящей из AC, FEC, ECF и навельбина/эпирубицина, и где образец не обрабатывали способом, который индуцирует повреждение ДНК, перед определением уровня клеток с очагами RAD51, и
ii) сравнение уровня, полученного на стадии i), с эталонным значением, где:
- пациента классифицируют в когорту, отличающуюся ответом на противоопухолевую терапию, если уровень клеток с очагами RAD51 ниже, чем указанное эталонное значение, или
- пациента классифицируют в когорту, отличающуюся отсутствием ответа на противоопухолевую терапию, если уровень клеток с очагами RAD51 выше, чем указанное эталонное значение.
4. Способ прогнозирования способности опухоли пациента, у которого диагностировано онкологическое заболевание, к репарации ДНК с помощью гомологичной рекомбинации:
i) определение уровня клеток с очагами RAD51 в образце опухоли, где опухоль была выделена у пациента, который не получал за 24 часа до выделения опухоли химиотерапию, выбранную из группы, состоящей из AC, FEC, ECF и навельбина/эпирубицина, и где образец не обрабатывали способом, который индуцирует повреждение ДНК, перед определением уровня клеток с очагами RAD51, и
ii) сравнение уровня, полученного на стадии i), с эталонным значением, где:
- уровень клеток с очагами RAD51 ниже, чем указанное эталонное значение, указывает на то, что опухоль способна к репарации ДНК путем гомологичной рекомбинации, или
- уровень клеток с очагами RAD51, равный или превышающий указанное эталонное значение, указывает на то, что опухоль не способна к репарации ДНК путем гомологичной рекомбинации.
5. Способ по любому из пп.1-4, отличающийся тем, что уровень клеток с очагами RAD51 в образце определяют как относительный уровень клеток с очагами RAD51 по отношению к:
- количеству опухолевых клеток в образце,
- количеству клеток в образце, которые пролиферируют,
- количеству клеток в образце, которые демонстрируют повреждение ДНК, предпочтительно двухцепочечные разрывы ДНК, и - количеству клеток в образце, которые пролиферируют и демонстрируют повреждение ДНК, предпочтительно двухцепочечные разрывы ДНК.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что количество клеток в образце, которые пролиферируют, определяют путем определения экспрессии белка, выбранного из списка, состоящего из Геминина, KI-67, ядерного антигена пролиферирующих клеток, Циклина А2.
7. Способ по п.6, отличающийся тем, что выбранный белок представляет собой Геминин.
8. Способ по п.5, отличающийся тем, что количество клеток в образце, которые демонстрируют двухцепочечные разрывы ДНК, определяют по экспрессии в ядре белка, выбранного из списка, состоящего из γH2AX, белка репликации A (pRPA), p53-связывающего белка 1 (53BP1), белка репарации двухцепочечного разрыва (MRE11).
9. Способ по п.8, отличающийся тем, что выбранный белок представляет собой γH2AX.
10. Способ по любому из предыдущих пп., отличающийся тем, что образец выделяют из крови, слюны, спинномозговой жидкости, мочи, стула, костного мозга, аспирата соска или биопсии солидной опухоли.
11. Способ по любому из предыдущих пп., отличающийся тем, что образец представлен в виде фиксированной ткани, ткани, залитой в парафин, гистологического препарата, клеточной суспензии, клеточного осадка, клеточного препарата и/или замороженной биопсии солидной опухоли.
12. Способ по любому из предыдущих пп., отличающийся тем, что определение очагов RAD51, определение маркеров пролиферирующих клеток и/или определение маркеров клеток, которые демонстрируют двухцепочечные разрывы ДНК, определяют с помощью иммунофлюоресценции или иммуногистохимии.
13. Способ по любому из пп.1, 2 и 5-11, отличающийся тем, что противоопухолевая терапия включает применение хирургического вмешательства.
14. Способ по любому из пп.1, 2 и 5-11, отличающийся тем, что противоопухолевая терапия включает применение по меньшей мере одного способа, который индуцирует повреждение ДНК, и/или агента или комбинации агентов, которые нацелены на ответ опухолевых клеток на повреждения ДНК.
15. Способ по п.14, отличающийся тем, что агент, который нацелен на ответ на повреждение ДНК, представляет собой ингибитор PARP.
16. Способ по п.14, отличающийся тем, что агент, который нацелен на ответ на повреждение ДНК, выбирают из группы, состоящей из химиотерапии и лучевой терапии.
17. Способ по любому из пп.1, 2 и 5-11, отличающийся тем, что противоопухолевая терапия включает иммунотерапию.
18. Способ по любому из предыдущих пп., отличающийся тем, что опухолевые клетки характеризуются потерей функции по меньшей мере одного белка, вовлеченного в ответ клетки на повреждение ДНК.
19. Способ по п.18, отличающийся тем, что по меньшей мере один белок, вовлеченный в ответ на повреждение ДНК, выбран из группы, состоящей из BRCA1, BRCA2 и/или PALB2.
20. Способ по любому из предыдущих пп., отличающийся тем, что онкологическое заболевание, диагностированное у пациента, выбирают из списка, включающего рак молочной железы, рак яичников, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак легких, колоректальный рак, рак желудка/желудочно-кишечного тракта, рак эндометрия/матки/шейки матки, рак мочевого пузыря, рак головы и шеи, саркому, холангиокарциному, глиобластому, лейкоз, множественную миелому, лимфому.
21. Способ по любому из предыдущих пп., отличающийся тем, что пациент, у которого был выделен образец, не получал никакой противоопухолевой терапии до того, как образец был выделен.
22. Способ по любому из пп.1-20, отличающийся тем, что пациент, у которого был выделен образец, получал противоопухолевую терапию перед выделением образца, причем противоопухолевая терапия отличается от химиотерапии, выбранной из группы, состоящей из AC, FEC, ECF и навельбина/эпирубицина, если пациент получал противоопухолевую терапию за 24 часа до выделения образца.
23. Способ по п.22, отличающийся тем, что противоопухолевая терапия представляет собой противоопухолевую терапию, ответ на которую определяют в способе по любому из пп.1, 5-20.
24. Лекарственное средство для применения при лечении онкологического заболевания у пациента, отличающееся тем, что пациент был идентифицирован как отвечающий на указанное лекарственное средство способом, как определено по любому из пп.1 и 5-23.
25. Лекарственное средство для применения по п.24, отличающееся тем, что лекарственное средство содержит агент-ингибитор PARP.
26. Лекарственное средство для применения по п.25, отличающееся тем, что ингибитор PARP выбран из списка, состоящего из олапариба, велипариба, талазопариба, рукапариба, нирапариба, CEP-8983, E7016 и BGB-290.
27. Лекарственное средство для применения по п.24, отличающееся тем, что лечение состоит из иммунотерапии.
28. Лекарственное средство для применения по п.24, отличающееся тем, что лечение состоит из хирургического вмешательства.
29. Лекарственное средство для применения по любому из пп.24-28, отличающееся тем, что лечение, в дополнение к введению лекарственного средства, включает хирургическое вмешательство, иммунотерапию, химиотерапию, лучевую терапию или их комбинацию, и где пациент был идентифицирован как отвечающий на указанное лекарственное средство способом, как определено по любому из пп.1 и 5-20.
30. Лекарственное средство для применения при лечении онкологического заболевания у пациента, где лечение выбрано способом, как определено по любому из пп.2 и 5-23.
31. Лекарственное средство для применения по п.30, отличающееся тем, что лекарственное средство содержит агент-ингибитор PARP.
32. Лекарственное средство для применения по п.31, отличающееся тем, что агент-ингибитор PARP выбран из списка, состоящего из олапариба, велипариба, талазопариба, рукапариба, нирапариба, CEP-8983, E7016 и BGB-290.
33. Лекарственное средство для применения по п.30, отличающееся тем, что лечение состоит из иммунотерапии.
34. Лекарственное средство для применения по п.30, отличающееся тем, что лечение состоит из хирургического вмешательства.
35. Лекарственное средство для применения по любому из пп.30-34, отличающееся тем, что лечение, в дополнение к введению лекарственного средства, включает хирургическое вмешательство, иммунотерапию, химиотерапию, лучевую терапию или их комбинацию, и где лечение было разработано способом, как определено по любому из пп.2 и 5-20.
36. Применение набора в способе по любому из пп.1-23, отличающееся тем, что набор содержит антитело, способное специфически распознавать белок RAD51.
37. Применение по п.36, отличающееся тем, что набор дополнительно содержит антитело, выбранное из группы, состоящей из антитела, способного специфически распознавать белок Геминин, и антитела, способного специфически распознавать белок γH2AX, или их комбинацию.