СПОСОБЫ, СВЯЗАННЫЕ С ГЛИКОЗИЛИРОВАНИЕМ КЛЕТОЧНОЙ ПОВЕРХНОСТИ

1. Способ определения одной или нескольких характеристик конфигурации гликозилирования гликопротеина, продуцируемого клеткой, включающий стадии
а) определения различия в конфигурации гликозилирования между
(i) первой конфигурацией гликозилирования поверхности при первом наборе условий для поверхности клетки, которая продуцирует интересующий гликопротеин; и
(ii) второй конфигурацией гликозилирования поверхности при втором наборе условий для поверхности клетки; и
b) на основе определенного различия установление одной или нескольких характеристик конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, продуцируемого клеткой.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что одна или более характеристик включает изменение в конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что стадия определения различия включает определение различия в сиалировании для первой и второй конфигураций гликозилирования поверхности.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что стадия установления одной или нескольких характеристик включает установление уровня сиалирования, присутствующего в конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина.
5. Способ по п.1, отличающийся тем, что
клеткой, продуцирующей интересующий гликопротеин, является культура клеток, продуцирующая интересующий гликопротеин;
первый набор условий соответствует первому моменту времени так, чтобы первой конфигурацией гликозилирования поверхности являлась конфигурация, присутствующая на поверхности клеток культуры в первый момент времени, и
второй набор условий соответствует второму моменту времени так, чтобы второй конфигурацией гликозилирования поверхности являлась конфигурация, присутствующая на поверхности клеток культуры во второй момент времени,
так, чтобы стадия установления одной или нескольких характеристик конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина включала установление изменения во времени конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина и, следовательно, позволяла оценить статус или качество производства.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что
клетка, продуцирующая интересующий гликопротеин, представляет собой культуру клеток, продуцирующих интересующий гликопротеин;
условия первого и второго наборов соответствуют различным наборам параметров роста, применимых к культуре клеток, продуцирующих интересующий гликопротеин так, чтобы установить желательные параметры роста для производства интересующего гликопротеина.
7. Способ по п.1, отличающийся тем, что стадия определения различия включает определение различия в характеристике, выбранной из группы, состоящей из степени заполнения сайта гликозилирования, идентичности связанных гликанов, относительных количеств связанных гликанов, полной или частичной композиции связанных гликанов, относительных количеств связанных гликанов и комбинации вышеуказанных характеристик.
8. Способ по п.1, отличающийся тем, что стадия определения включает высвобождение, по меньшей мере, одного гликана клеточной поверхности из клетки и анализ высвобожденного гликана.
9. Способ по п.8, отличающийся тем, что стадия высвобождения включает обработку клетки протеазой.
10. Способ по п.9, отличающийся тем, что стадия обработки включает обработку протеазой таким образом, что высвобождается, по меньшей мере, один гликопротеин, при этом обработка протеазой практически не повреждает клеточные мембраны.
11. Способ по п.1, отличающийся тем, что стадия определения не включает высвобождение гликанов из клеток.
12. Способ по п.8, отличающийся тем, что стадия высвобождения включает
a) отщепление одного или нескольких протеинсвязанных гликанов клеточной поверхности от гликопротеинов клеточной поверхности; и
b) исследование одного или нескольких отщепленных протеинсвязанных гликанов клеточной поверхности.
13. Способ по п.12, отличающийся тем, что протеинсвязанный гликан клеточной поверхности является N-связанным гликаном.
14. Способ по п.12, отличающийся тем, что протеинсвязанный гликан клеточной поверхности является О-связанным гликаном.
15. Способ по п.12, отличающийся тем, что протеинсвязанный гликан клеточной поверхности содержит, по меньшей мере, один остаток сиаловой кислоты.
16. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию регистрации информации об определенном различии или, по меньшей мере, об одной из конфигураций гликозилирования на материальном носителе.
17. Способ, включающий стадии
a) определения различия в конфигурации гликозилирования между
(i) первой конфигурацией гликозилирования поверхности, присутствующей на поверхности клеток в первой культуре клеток;
(ii) второй конфигурацией гликозилирования поверхности, присутствующей на поверхности клеток в культуре, при этом первая культура и вторая культура отличаются друг от друга, по меньшей мере, одним параметром; и
b) на основе определения различия, установление влияния, по меньшей мере, одного параметра для гликозилирования гликопротеинов, продуцируемых клетками в культуре.
18. Способ определения одной или нескольких характеристик конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, продуцируемого клеткой, включающий
a) получение клетки, которая продуцирует интересующий гликопротеин, при этом клетка имеет, по меньшей мере, один гликан клеточной поверхности, присоединенный к поверхности клетки так, что клетка приобретает конфигурацию гликозилирования клеточной поверхности;
b) определение, по меньшей мере, одной характеристики конфигурации гликозилирования клеточной поверхности; и
c) на основании определенной характеристики установление одной или нескольких характеристик конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, при этом определенная характеристика коррелируется с одной или более характеристиками конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина.
19. Способ определения одного или нескольких различий в конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, включающий
a) получение первой клетки, имеющей, по меньшей мере, первый гликан клеточной поверхности, присоединенный к поверхности первой клетки, которая продуцирует интересующий гликопротеин;
b) исследование, по меньшей мере, первого гликана клеточной поверхности;
c) получение второй клетки, имеющей, по меньшей мере, второй гликан клеточной поверхности, присоединенный к поверхности второй клетки, которая продуцирует интересующий гликопротеин;
d) исследование, по меньшей мере, второго гликана клеточной поверхности;
e) определение одного или более различий между первым гликаном клеточной поверхности и вторым гликаном клеточной поверхности; и
f) установление одного или более различий в конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, при этом определенное различие или различия между первым гликаном клеточной поверхности и вторым гликаном клеточной поверхности коррелируются с одним или более различиями в конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина.
20. Способ определения одной или более характеристик конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, включающий стадии
a) получения клетки, содержащей, по меньшей мере, один гликан клеточной поверхности, присоединенный к поверхности клетки, которая продуцирует интересующий гликопротеин; и
b) исследования, по меньшей мере, одного гликана клеточной поверхности; и
c) определения одной или более характеристик конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина, при этом, по меньшей мере, один исследованный гликан коррелируется с одной или более характеристиками конфигурации гликозилирования для интересующего гликопротеина.