Модифицированные Cascade-рибонуклеопротеины и их применения

1. Способ модификации целевой нуклеиновой кислоты in situ в эукариотической клетке, включающий:
(а) приведение указанной целевой нуклеиновой кислоты в контакт с рибонуклеопротеином, содержащим CRISPR РНК (производное РНК и кластерных коротких палиндромных повторов, разделенных регулярными промежутками); и
(б) модификацию указанной целевой нуклеиновой кислоты в указанной эукариотической клетке.
2. Способ по п. 1, где указанная целевая нуклеиновая кислота содержит мотив, примыкающий к протоспейсеру, расположенный рядом с последовательностью, с которой гибридизуется CRISP РНК.
3. Способ по п. 2, где указанный мотив, примыкающий к протоспейсеру, маркирует точку в указанной целевой нуклеиновой кислоте, в которой происходит спаривание оснований с указанной CRISPR РНК.
4. Способ по п. 2, где указанный мотив, примыкающий к протоспейсеру, содержит 5′-ССТ-3′.
5. Способ по п. 2, где указанный мотив, примыкающий к протоспейсеру, содержит 5′-СТТ-3′.
6. Способ по п. 2, где указанный мотив, примыкающий к протоспейсеру, содержит 5′-САТ-3′.
7. Способ по п. 2, где указанный мотив, примыкающий к протоспейсеру, содержит 5′-СТС-3′.
8. Способ по п. 2, где указанный мотив, примыкающий к протоспейсеру, представляет собой 5′-ССТ-3′.
9. Способ по п. 1, где указанную CRISPR РНК получают путем экспрессии в генетически модифицированных клетках.
10. Способ по п. 1, где указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой двухцепочечную нуклеиновую кислоту.
11. Способ по п. 1, где указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой одноцепочечную ДНК.
12. Способ по п. 1, где указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой двухцепочечную ДНК.
13. Способ по п. 1, где указанная целевая нуклеиновая кислота представляет собой геномную ДНК.
14. Способ по п. 1, где спейсерный участок CRISPR РНК имеет по меньшей мере 50%-ную идентичность с целевой нуклеиновокислотной последовательностью.
15. Способ по п. 14, где спейсерный участок CRISPR РНК имеет 32 нуклеотида.
16. Способ по п. 1, где указанная модификация включает расщепление указанной целевой нуклеиновой кислоты.
17. Способ по п. 1, где указанная модификация включает негомологичное соединения концов молекулы дцДНК в клетке в нужном локусе для удаления по меньшей мере части нуклеотидной последовательности из этой молекулы ДЦДНК.
18. Способ по п. 1, где указанная модификация включает гомологичную рекомбинацию нуклеиновой кислоты в молекулу дцДНК в клетке в нужном локусе.
19. Способ по п. 1, где указанная клетка представляет собой клетку насекомого.
20. Способ по п. 1, где указанная клетка представляет собой клетку млекопитающего.
21. Способ по п. 20, где указанная клетка представляет собой стволовую клетку млекопитающего, не являющуюся стволовой клеткой человеческого эмбриона.
22. Способ по п. 20, где указанная клетка представляет собой клетку человека.
23. Способ по п. 22, где указанная клетка представляет собой стволовую клетку человека, не являющуюся стволовой клеткой человеческого эмбриона.
24. Способ по п. 1, где указанная клетка представляет собой клетку растения.
25. Способ по п. 1, где указанная клетка представляет собой дрожжевую клетку.
26. Способ по п. 1, где указанная клетка представляет собой клетку гриба.
27. Способ изменения экспрессии целевой нуклеиновой кислоты, включающий введение в эукариотическую клетку, содержащую молекулу ДНК, кодирующую указанную целевую нуклеиновую кислоту, сконструированной системы кластерных коротких палиндромных повторов, разделенных регулярными промежутками, содержащей один или более векторов, содержащих: (а) первую нуклеотидную последовательность, кодирующую РНК со сконструированными кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками, которая гибридизуется с целевой нуклеиновой кислотой, и б) вторую нуклеотидную последовательность, кодирующую пептид, ассоциированный с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками, где компоненты (а) и (б) находятся в одном векторе или в разных векторах этой системы, посредством чего указанная РНК нацеливается на указанную нуклеиновую кислоту, и указанный пептид, ассоциированный с кластерными короткими палиндромными повторами, разделенными регулярными промежутками, расщепляет указанную молекулу ДНК.