ВАРИАНТЫ ВАРИАНТНОЙ АЛЬФА-АМИЛАЗЫ, ОБРАЗУЮЩЕЙ МАЛЬТОГЕКСАОЗУ

1. Вариантный полипептид α-амилазы, полученный из пептида родительской α-амилазы, содержащий по меньшей мере одну сочетаемую мутацию в продуктивном положении аминокислоты; где:
(i) сочетаемая мутация представляет собой замену остатка аминокислоты, присутствующего в родительской α-амилазе, другим остатком аминокислоты, который улучшает по меньшей мере одно желаемое свойство вариантной α-амилазы по сравнению с родительской α-амилазой, и при этом существенно не снижает экспрессию, активность или стабильность вариантной α-амилазы по сравнению с родительской α-амилазой,
(ii) продуктивное положение представляет собой положение в аминокислоте, в котором может быть проведена замена множеством различных остатков аминокислот, причем каждая из этих замен приводит к вариантной α-амилазе, которая соответствует требованиям (i), и
(iii) сочетаемая мутация соответствует мутациям, перечисленным в Списках A, B, C или D, или в Таблицах C или D, которые для нумерации используют SEQ ID №: 3.
2. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация продуцирует вариантную амилазу, минимальные показатели эффективности (PI) которой относительно родительской амилазы для (i) экспрессии белка, (ii) активности и (iii) стабильности или термостабильности моющего средства выше или равны 0,9, а PI любого одного из (i), (ii) или (iii) выше или равны 1,0.
3. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация продуцирует вариантную амилазу, минимальные показатели эффективности (PI) которой относительно родительской амилазы для (i) экспрессии белка, (ii) активности и (iii) стабильности или термостабильности моющего средства выше или равны 0,8, a PI любого одного из (i), (ii) или (iii) выше или равны 1,2.
4. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация продуцирует вариантную амилазу, минимальные показатели эффективности (PI) которой относительно родительской амилазы для (i) экспрессии белка, (ii) активности и (iii) стабильности или термостабильности моющего средства выше или равны 0,5, а PI любого одного из (i), (ii) или (iii) выше или равны 1,5.
5. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация имеет оценку пригодности, равную +++, ++++ или +++++, как приведено в Таблице B.
6. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация имеет оценку пригодности, равную ++++ или +++++, как приведено в Таблице В.
7. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация имеет оценку пригодности, равную +++++, как приведено в Таблице B.
8. Вариантная амилаза по п. 1, где сочетаемая мутация имеет оценку продуктивности, равную 1 или 2.
9. Вариантная амилаза по п. 1, включающая множество сочетаемых мутаций.
10. Вариантная амилаза по п. 1, дополнительно включающая делецию, соответствующую остатку, выбранному из группы, состоящей из Arg-181, Gly-182, His-183 и Gly-184, пользуясь нумерацией SEQ ID №: 3.
11. Вариантная амилаза по п. 1, дополнительно включающая делеции, соответствующие остаткам Arg-181 и Gly-182, пользуясь нумерацией SEQ ID №: 3.
12. Вариантная амилаза по п. 1, где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза имеет по меньшей мере 60% идентичность аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью SEQ ID №: 3 или SEQ ID №: 4, или где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза кодируются нуклеиновой кислотой, которая гибридизуется в жестких условиях с нуклеиновой кислотой с последовательностью SEQ ID №: 1 или SEQ ID №: 5.
13. Вариантная амилаза по п. 1, где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза имеет по меньшей мере 70% идентичность аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью SEQ ID №: 3 или SEQ ID №: 4, или где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза кодируются нуклеиновой кислотой, которая гибридизуется в жестких условиях с нуклеиновой кислотой с последовательностью SEQ ID №: 1 или SEQ ID №: 5.
14. Вариантная амилаза по п. 1, где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза имеет по меньшей мере 80% идентичность аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью SEQ ID №: 3 или SEQ ID №: 4, или где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза кодируются нуклеиновой кислотой, которая гибридизуется в жестких условиях с нуклеиновой кислотой с последовательностью SEQ ID №: 1 или SEQ ID №: 5.
15. Вариантная амилаза по п. 1, где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза имеет по меньшей мере 90% идентичность аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью SEQ ID №: 3 или SEQ ID №: 4, или где родительская α-амилаза или вариантная α-амилаза кодируются нуклеиновой кислотой, которая гибридизуется в жестких условиях с нуклеиновой кислотой с последовательностью SEQ ID №: 1 или SEQ ID №: 5.
16. Композиция, содержащая вариантную амилазу по любому из пп. 1-15.
17. Композиция по п. 16, где композиция эффективна для удаления крахмальных пятен с белья, посуды или текстиля.
18. Композиция по п. 16, дополнительно включающая поверхностно-активное вещество (ПАВ).
19. Композиция по п. 16, где композиция является композицией моющего средства.
20. Композиция по п. 16, где композиция является средством для стирки или добавкой для средства для стирки.
21. Композиция по п. 16, где композиция является моющим средством для ручного или машинного мытья посуды.
22. Композиция по п. 16, дополнительно включающая один или несколько дополнительных ферментов, выбранных из группы, состоящей из протеазы, гемицеллюлазы, целлюлазы, пероксидазы, липолитического фермента, металлолиполитического фермента, ксиланазы, липазы, фосфолипазы, эстеразы, пергидролазы, кутиназы, пектиназы, пектатлиазы, маннаназы, кератиназы, редуктазы, оксидазы, фенолоксидазы, липоксигеназы, лигниназы, пуллунаназы, танназы, пентосаназы, маланазы, β-глюканазы, арабиносидазы, гиалуронидазы, хондроитиназы, лакказы и амилазы, отличной от амилазы по любому из пп. 1-15.
23. Композиция по п. 16, где композиция предназначена для разжижения крахмала.
24. Композиция по п. 16, где композиция предназначена для осахаривания композиции, содержащей крахмал, для SSF после разжижения или прямого SSF без предварительного разжижения.
25. Композиция по п. 16, где композиция предназначена для получения сброженного напитка.
26. Композиция по п. 16, где композиция предназначена для получения выпечных пищевых изделий.
27. Композиция по п. 16, где композиция предназначена для расшлихтовки текстиля.
28. Способ удаления крахмальных пятен или загрязнений с поверхности, включающий:
приведение в контакт поверхности в присутствии водной композиции, содержащей эффективное количество вариантной амилазы по любому из пп. 1-15,
предоставление времени, достаточного для гидролиза крахмальных компонентов в крахмальном пятне с получением производного крахмала с меньшим размером молекул, которые растворяются в водной композиции, и
ополаскивание поверхности,
с удалением, таким образом, крахмального пятна с поверхности.
29. Способ по п. 28, где водная композиция дополнительно содержит ПАВ.
30. Способ по п. 28, где поверхность представляет собой текстильную поверхность.
31. Способ по п. 28, где поверхность находится на посуде.
32. Способ по п. 28, где поверхность представляет собой загрязненную твердую поверхность.
33. Способ по п. 28, где способ дополнительно включает по меньшей мере один дополнительный фермент, выбранный из группы, состоящей из протеазы, гемицеллюлазы, целлюлазы, пероксидазы, липолитического фермента, металлолиполитического фермента, ксиланазы, липазы, фосфолипазы, эстеразы, пергидролазы, кутиназы, пектиназы, пектатлиазы, маннаназы, кератиназы, редуктазы, оксидазы, фенолоксидазы, липоксигеназы, лигниназы, пуллунаназы, танназы, пентосаназы, маланазы, β-глюканазы, арабиносидазы, гиалуронидазы, хондроитиназы, лакказы и амилазы, отличной от амилазы по любому из пп. 1-15.
34. Способ осахаривания композиции, содержащей крахмал, с получением композиции, содержащей глюкозу, где способ включает:
(i) приведение в контакт раствора, содержащего крахмал, с эффективным количеством вариантной амилазы по любому из пп. 1-15, и
(ii) осахаривание раствора, содержащего крахмал, с получением композиции, содержащей глюкозу; где вариантная амилаза катализирует осахаривание раствора крахмала до глюкозы.
35. Способ по п. 34, где композиция, содержащая крахмал, включает разжиженный крахмал, клейстеризованный крахмал или зернистый крахмал.
36. Способ по п. 34, где осахаривание проводят в интервале температур от примерно 30°C до примерно 75°C.
37. Способ по п. 36, где интервал температур составляет 47°C-74°C.
38. Способ по п. 34, где осахаривание проводят в интервале значений pH, равном 2,0-7,5.
39. Способ по п. 38, где интервал значений pH составляет 3,5-5,5.
40. Способ по п. 39, где интервал значений pH составляет 3,5-4,5.
41. Способ по п. 34, дополнительно включающий ферментацию композиции глюкозы с получением продукта конца ферментации (EOF).
42. Способ по п. 41, где ферментация представляет собой одновременную реакцию осахаривания и ферментации (SSF).
43. Способ по п. 41, где ферментацию проводят в течение 48-70 часов при pH 2-8 в интервале температур 25°C-70°C.
44. Способ по п. 41, где продукт EOF содержит этанол.
45. Способ по п. 41, где продукт EOF содержит 8-18% (об./об.) этанола.
46. Способ по п. 41, где способ дополнительно включает приведение в контакт с амилазой браги и/или сусла.
47. Способ по п. 46, где способ дополнительно включает:
(a) приготовление браги;
(b) фильтрацию браги с получением сусла; и
(c) сбраживание сусла с получением сброженного напитка, где вариантную амилазу любого из пп. 1-15 вводят на:
(i) стадии браги (a) и/или
(ii) стадии сусла (b) и/или
(iii) стадии сусла (c).
48. Способ по п. 41, где продукт EOF содержит метаболит.
49. Способ по п. 48, где метаболит представляет собой лимонную кислоту, молочную кислоту, янтарную кислоту, глутамат натрия, глюконовую кислоту, глюконат натрия, глюконат кальция, глюконат калия, глюконо-дельта-лактон, эриторбат натрия, омега-3 жирную кислоту, бутанол, аминокислоту, лизин, итаконовую кислоту, 1,3-пропандиол или изопрен.
50. Способ по п. 34, дополнительно включающий введение в крахмальный раствор глюкоамилазы, гексокиназы, ксиланазы, глюкозоизомеразы, ксилозоизомеразы, фосфатазы, фитазы, пуллуланазы, β-амилазы, α-амилазы, которая не является вариантной α-амилазой, протеазы, целлюлазы, гемицеллюлазы, липазы, кутиназы, изоамилазы, окислительно-восстановительного фермента, эстеразы, трансферазы, пектиназы, альфа-глюкозидазы, бета-глюкозидазы или их комбинации.
51. Способ по п. 50, где глюкоамилазу вводят в количестве 0,1-2 единиц глюкоамилазы (GAU)/г сухого вещества.
52. Способ по п. 34, где амилаза экспрессируется и секретируется клеткой-хозяином.
53. Способ по п. 52, где композицию, содержащую крахмал, приводят в контакт с клеткой-хозяином.
54. Способ по п. 52, где клетка-хозяин дополнительно экспрессирует и выделяет глюкоамилазу или другой фермент.
55. Способ по п. 52, где клетка-хозяин способна сбраживать композицию.
56. Способ, содержащая глюкозу, полученную способом по любому из пп. 34-55.
57. Разжиженный крахмал, полученный способом по любому из пп. 34-55.
58. Сброженный напиток, полученный способом по любому из пп. 34-55.
59. Применение амилазы по любому из пп. 1-15 в получении композиции, содержащей глюкозу.
60. Применение амилазы по любому из пп. 1-15 в получении разжиженного крахмала.
61. Применение амилазы по любому из пп. 1-15 в получении сброженного напитка.
62. Применение амилазы по любому из пп. 1-15 в очищении крахмальных пятен.
63. Применение амилазы по любому из пп. 1-15 в расшлихтовке текстиля.
64. Способ по п. 34, сброженный напиток по п. 58, или применение по п. 61, где сброженный напиток или продукт конца ферментации выбирают из группы, состоящей из
(i) пива, выбранного из группы, состоящей из полностью солодового пива, пива, сваренного в соответствии с "Reinheitsgebot", эля, Индийского светлого эля (IPA), светлого пива, горького пива, хаппосю (вторичное пиво), третичного пива, сухого пива, безалкогольного пива, легкого пива, низкоалкогольного пива, низкокалорийного пива, портера, пива Бок, крепкого портера, солодового напитка, пива без алкоголя и безалкогольного солодового напитка; и
(ii) зерновых или солодовых напитков, выбранных из группы, состоящей из солодовых напитков с фруктовым вкусом, солодовых напитков со вкусом ликеров и солодовых напитков с кофейным вкусом.
65. Способ получения пищевой композиции, включающий объединение:
(i) одного или нескольких пищевых ингредиентов и
(ii) вариантной α-амилазы по любому из пп. 1-15,
где указанная вариантная α-амилаза катализирует гидролиз крахмальных компонентов, присутствующих в пищевых ингредиентах, с образованием глюкозы.
66. Способ по п. 65, где пищевую композицию выбирают из группы, состоящей из пищевого продукта, композиции для выпечки, пищевой добавки, продукта корма для животных, кормового продукта, кормовой добавки, растительного масла, мяса и жира.
67. Способ по п. 65, где один или несколько пищевых ингредиентов включают ингредиент или добавку для выпечки.
68. Способ по п. 65, где один или несколько пищевых ингредиентов выбирают из группы, состоящей из муки, амилазы, предотвращающей черствение, фосфолипазы, фосфолипида, мальтогенной альфа-амилазы или ее варианта, гомолога или мутантов, которые обладают активностью мальтогенной альфа-
амилазы, пекарской ксиланазы и липазы.
69. Способ по п. 65, где один или несколько пищевых ингредиентов выбирают из группы, состоящей из:
(i) мальтогенной альфа-амилазы из Bacillus stearothermophilus,
(ii) пекарской ксиланазы из Bacillus, Aspergillus, Thermomyces или Trichoderma,
(iii) гликолипазы из Fusarium heterosporum.
70. Способ по п. 65, в котором пищевая способ включает дрожжевое тесто или продукт из дрожжевого теста, предпочтительно продукт из дрожжевого теста, прошедший обработку.
71. Способ по п. 65, дополнительно включающий выпекание пищевой композиции с получением продукции выпечки.
72. Способ по п. 65, где способ дополнительно включает:
(i) получение крахмальной среды;
(ii) введение амилазы в крахмальную среду; и
(iii) применение тепла в крахмальной среде во время или после стадии (b) с получением продукта выпечки.
73. Способ расшлихтовки текстиля, включающий приведение в контакт композиции для расшлихтовки с аппретированным текстилем в течение времени, достаточного для расшлихтовки текстиля, где способ для расшлихтовки включает вариантную α-амилазу по любому из пп. 1-15.
74. Выделенный полинуклеотид, кодирующий полипептид по любому из пп. 1-15.
75. Вектор экспрессии, который включает полинуклеотид по п. 74.
76. Клетка-хозяин, содержащая вектор экспрессии по п. 75.