КОНСТРУКТЫ Т-КЛЕТОЧНОГО РЕЦЕПТОРА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Рекомбинантная нуклеиновая кислота, кодирующая Т-клеточный рецептор (TCR), содержащая конструкцию бета-цепи TCR и конструкцию альфа-цепи TCR, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом RAS человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA-A03:01, где мутантный эпитоп RAS человека характеризуется мутацией G12V.
2. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 3 (CDR3), имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 68, 84 и 388.
3. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где конструкция бета-цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 74, 90 и 394.
4. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1), имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 66, 82 и 386, и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 67, 83 и 387.
5. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где конструкция бета-цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 74, 90 и 394, или имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с аминокислотной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 74, 90 и 394.
6. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкция альфа-цепи TCR содержит CDR1, CDR2 и CDR3, где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 63, 79 и 383, CDR2 имеет аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 64, 80 и 384, a CDR3 имеет аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 65, 81 и 385.
7. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предыдущих пунктов, содержащая:
(a) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 72 или 73, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 68, и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 69 или 71, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 65.
8. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предыдущих пунктов, содержащая:
(a) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 88 или 89, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 84; и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 85 или 86, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 81.
9. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предыдущих пунктов, содержащая:
(a) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 392 или 393, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 388, и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 389 или 390, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 385.
10. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где конструкция альфа-цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71, 87 и 391, или имеющую по меньшей мере 80% идентичности последовательности аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 71, 87 и 391.
11. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 1, где TCR содержит: (а) бета-цепь, имеющую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 76, 92 и 396, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична группе, состоящей из SEQ ID NO: 76, 92 и 396, и (b) альфа-цепи, имеющей аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 75, 91 и 395, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 75, 91 и 395.
12. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где рекомбинантная нуклеиновая кислота представляет собой вектор.
13. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где эпитоп имеет длину от 8 до 25 аминокислот.
14. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где эпитоп связывается с МНС человека с большей аффинностью, чем соответствующий эпитоп дикого типа.
15. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где мутация отсутствует в нераковых клетках субъекта.
16. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, где нуклеиновая кислота функционально связана с промотором.
17. Т-клетка, содержащая рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из предшествующих пунктов, способная экспрессировать TCR, который специфически связывается с мутантным эпитопом RAS человека в комплексе с МНС человека.
18. Т-клетка по п. 17, где Т-клетка представляет собой CD4+ Т-клетку или CD8+ Т-клетку.
19. Т-клетка по п. 17, где Т-клетка получена от субъекта, имеющего мутацию RAS.
20. Фармацевтическая композиция, содержащая:
(a) рекомбинантную нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-16 или Т-клетку по любому из пп. 17-19; и
(b) фармацевтически приемлемый эксципиент или разбавитель.
21. Фармацевтическая композиция по п. 20 для применения при лечении рака, связанного с мутацией RAS G12V.
22. Применение фармацевтической композиции по п. 20 для лечения рака, связанного с мутацией RAS G12V.
23. Способ лечения субъекта, имеющего рак, связанный с мутантным RAS, включающий введение субъекту фармацевтической композиции по п. 20 или п. 21.
24. Способ по п. 23, где рак представляет собой рак, выбранный из группы, состоящей из аденокарциномы желчевыводящих путей, переходно-клеточной карциномы мочевого пузыря, карциномы молочной железы, аденокарциномы шейки матки, аденокарциномы толстой кишки, аденомы толстой кишки, нейробластомы (вегетативные ганглии), острого миелоидного лейкоза, хронического миелоидного лейкоза, хронического миеломоноцитарного лейкоза, ювенильного миеломоноцитарного лейкоза, острого лимфобластного лейкоза, лимфомы Буркитта, лимфомы Ходжкина, миеломы клеток плазмы, печеночно-клеточной карциномы, крупноклеточной карциномы, немелкоклеточной карциномы, протоковой карциномы, эндокринной опухоли, аденокарциномы простаты, базальноклеточной карциномы, плоскоклеточной карциномы, злокачественной меланомы, ангиосаркомы, лейомиосаркомы, липосаркомы, рабдомиосаркомы, миксомы, злокачественной фиброзной гистиоцитомы, плеоморфной саркомы, герминомы, семиномы, анапластической карциномы, фолликулярной карциномы, папиллярной карциномы и карциномы из клеток Гуртле.
25. Рекомбинантная нуклеиновая кислота, кодирующая Т-клеточный рецептор (TCR), содержащая конструкцию бета-цепи TCR и конструкцию альфа-цепи TCR, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA А02:01, аллелью HLA В07:02 или аллелью HLA В08:01, где мутантный эпитоп, кодируемый геном GATA3 человека, характеризуется мутацией со сдвигом рамки считывания в гене GATA3 человека.
26. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA А02:01, при этом конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 3 (CDR3), имеющую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 132.
27. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA А02:01, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1), имеющий аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 130, и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), имеющий аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 131.
28. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA А02:01, где конструкция бета-цепи TCR содержит аминокислотную последовательность вариабельной области, указанную в SEQ ID NO: 138, или по меньшей мере 80% идентичную аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 138.
29. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA А02:01, где конструкция альфа-цепи TCR содержит CDR1, CDR2 и CDR3, где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 127, CDR2 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 128, и CDR3 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 128 в SEQ ID NO: 129.
30. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 26-29, содержащая:
(a) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 136 или 137, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 132; и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 133 или 134, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 129.
31. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 26-30, где конструкция альфа-цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 135, или имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с аминокислотной последовательностью, указанной в SEQ ID NO: 135.
32. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA А02:01, где TCR содержит: (а) бета цепь, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 140, или аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 140, и (b) альфа-цепь, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 139 или последовательность аминокислот, которая по крайней мере на 80% идентична SEQ ID NO: 139.
33. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В07:02, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 3 (CDR3), имеющую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 194.
34. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В07:02, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1), имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 192, и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 193.
35. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В07:02, где конструкция бета-цепи TCR содержит аминокислотную последовательность вариабельной области, указанную в SEQ ID NO: 200, или имеющую по меньшей мере 80% идентичность аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 200.
36. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В07:02, при этом конструкция альфа-цепи TCR содержит CDR1, CDR2 и CDR3, где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 189, CDR2 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 190, и CDR3 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 191.
37. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 25, 33-36, содержащая:
(a) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 198 или 199, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 194; и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 195 или 196, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 191.
38. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 25, 33-37, где конструкция альфа-цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 197, или имеющую по меньшей мере 80% идентичность аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 197.
39. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В07:02, где TCR содержит: (а) бета-цепь, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 202, или аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 202, и (b) альфа-цепь, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 201 или последовательность аминокислот, которая по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 201.
40. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В08:01, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 3 (CDR3), имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 209.
41. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В08:01, где конструкция бета-цепи TCR содержит определяющую комплементарность область 1 (CDR1), имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 207, и определяющую комплементарность область 2 (CDR2), имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 208.
42. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В08:01, где конструкция бета-цепи TCR содержит аминокислотную последовательность вариабельной области, указанную в SEQ ID NO: 215, или имеющая по меньшей мере 80% идентичность аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 215.
43. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 25, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В08:01, где конструкция альфа-цепи TCR содержит CDR1, CDR2 и CDR3, где CDR1 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 204, CDR2 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 205, и CDR3 имеет аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 205 в SEQ ID NO: 206.
44. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 25, 40-43, содержащая:
(a) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с SEQ ID NO: 213 или 214, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 209; и
(b) последовательность, имеющую по меньшей мере 80% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 210 или 211, где последовательность содержит последовательность, кодирующую по меньшей мере SEQ ID NO: 206.
45. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 25, 40-44, где конструкция альфа-цепи TCR содержит вариабельную область, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 212, или имеющую по меньшей мере 80% идентичность последовательности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO: 212.
46. Рекомбинантная нуклеиновая кислота по п. 17, где TCR специфически связывается с мутантным эпитопом, кодируемым геном GATA3 человека в комплексе с МНС человека, кодируемым аллелью HLA В08:01, где TCR содержит: (а) бета цепь, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 217, или аминокислотную последовательность, по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 217, и (b) альфа-цепь, имеющую аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 216 или последовательность аминокислот, которая по крайней мере на 80% идентична SEQ ID NO: 216.
47. Фармацевтическая композиция, содержащая:
(a) рекомбинантная нуклеиновая кислота по любому из пп. 25-46; и
(b) фармацевтически приемлемый эксципиент или разбавитель.
48. Фармацевтическая композиция по п. 47 для лечения рака, связанного с мутацией сдвига рамки считывания в гене GATA3 человека.
49. Применение фармацевтической композиции по п. 47 для лечения рака, связанного с мутацией сдвига рамки считывания в гене GATA3 человека.
50. Способ лечения субъекта, имеющего рак, связанный с мутацией сдвига рамки считывания в гене GATA3 человека, включающий введение субъекту фармацевтической композиции по любому из пп. 47 или 48.
51. Способ по п. 50, где рак представляет собой рак молочной железы.
52. Способ по п. 51, где рак молочной железы устойчив к антиэстрогенной терапии, MSI рак груди, метастатический рак груди, Her2 отрицательный рак груди, Her2 положительный рак груди, ER отрицательный рак груди, ER положительный рак груди или любая их комбинация, рецидивирующий рак молочной железы, метастатический рак молочной железы или любая их комбинация.