ПРОТОЧНЫЕ ЯЧЕЙКИ

1. Проточная ячейка, содержащая субстрат; первый набор праймеров, присоединенных к первой области на субстрате, причем первый набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер; и второй набор праймеров, присоединенных ко второй области на субстрате, причем второй набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер.
2. Проточная ячейка по п. 1, в которой первая область включает вещество, имеющее первую функциональную группу; и вторая область включает вещество, имеющее вторую функциональную группу, которая отличается от первой функциональной группы.
3. Проточная ячейка по п. 1, дополнительно содержащая промежуток, отделяющий первый набор праймеров от второго набора праймеров.
4. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
A) субстрат включает впадины, разделенные промежуточными областями; и каждая из впадин включает:
первую область, расположенную на первой части; и вторую область, расположенную на второй части, факультативно:
i) дополнительно содержащая промежуток, отделяющий первую область от второй области; и/или
ii) в которой первая область и вторая область частично перекрываются; и/или
iii) в которой первая и вторая части имеют разную глубину; и/или
iv) в которой первая и вторая области представляют собой разные блоки блок-сополимера;
или
B) субстрат включает впадины, разделенные промежуточными областями; каждая из впадин включает первую область; и
вторая область расположена на по меньшей мере некоторых промежуточных областях.
5. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
первая область включает первый полимер, и первый набор праймеров привит к первому полимеру; и
вторая область включает второй полимер, и второй набор праймеров привит ко второму полимеру;
факультативно, при этом:
i) указанная проточная ячейка дополнительно содержит защитное покрытие на первом наборе праймеров и на первом полимере; и/или
ii) первый полимер представляет собой первый слой на субстрате; второй полимер представляет собой второй слой на первом слое; при этом указанная проточная ячейка дополнительно содержит: пассивирующую смолу на втором слое; и
элементы, заданные в пассивирующей смоле, втором полимере и первом полимере; и
каждый из первого и второго набора праймеров экспонирован на каждом из указанных элементов.
6. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
субстрат включает впадины, разделенные промежуточными областями;
при этом каждая из впадин включает:
первую часть, где расположена первая область; и
вторую часть; и
и указанная проточная ячейка дополнительно содержит шарик, расположенный во второй части, где вторая область находится на поверхности шарика.
7. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
i) расщепляемый первый праймер включает первый сайт расщепления, расщепляемый второй праймер включает второй сайт расщепления, причем первый и второй сайты расщепления относятся к одному типу; факультативно, при этом:
каждый из нерасщепляемого первого праймера, расщепляемого второго праймера, расщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера включает соответствующий линкер;
первый сайт расщепления первого расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера; и
второй сайт расщепления второго расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера;
или
ii) расщепляемый первый праймер включает первый сайт расщепления, расщепляемый второй праймер включает второй сайт расщепления, причем первый и второй сайты расщепления относятся к разным типам; факультативно, при этом:
каждый из нерасщепляемого первого праймера, расщепляемого второго праймера, расщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера включает соответствующий линкер;
первый сайт расщепления первого расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера; и
второй сайт расщепления второго расщепляемого праймера расположен вдоль его линкера.
8. Проточная ячейка по п. 1, в которой:
первый набор праймеров присоединен к первой опорной структуре;
первая область представляет собой первый сайт захвата, который присоединен к первой опорной структуре;
второй набор праймеров присоединен ко второй опорной структуре, отличной от первой опорной структуры; и
вторая область представляет собой второй сайт захвата, который присоединен ко второй опорной структуре.
9. Проточная ячейка, содержащая: первый субстрат;
первый набор праймеров, присоединенных к первому субстрату, причем первый набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер;
второй субстрат напротив первого субстрата; и
второй набор праймеров, присоединенных ко второму субстрату, причем второй набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер.
10. Набор, содержащий: проточную ячейку, включающую:
субстрат, включающий впадины, разделенные промежуточными областями;
первый полимерный слой в каждой из впадин, где некоторые функциональные группы первого полимерного слоя являются кэппированными;
первый набор праймеров, присоединенных к другим функциональным группам первого полимерного слоя в каждой из впадин; и
второй полимерный слой на промежуточных областях; и примирующую жидкость, включающую: жидкий носитель; и
второй набор праймеров, который отличается от первого набора праймеров.
11. Набор по п. 10, в котором:
первый набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер; и
второй набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер.
12. Способ, включающий:
введение матричной жидкости в проточную ячейку, включающую:
субстрат, включающий впадины, разделенные промежуточными областями;
первый полимерный слой в каждой из впадин, где экспонированные функциональные группы первого полимерного слоя являются кэппированными;
первый набор праймеров, присоединенных к первому полимерному слою в каждой из впадин, причем первый набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер;
и
второй полимерный слой на промежуточных областях;
при этом матрица из матричной жидкости амплифицируется с образованием кластера в по меньшей мере некоторых из впадин;
введение примирующей жидкости, включающей нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер, в проточную ячейку, при этом нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер прививаются ко второму полимерному слою; и
инициацию мостиковой амплификации от кластера к нерасщепляемому первому праймеру и расщепляемому второму праймеру, образуя, посредством этого, второй кластер на по меньшей мере некоторых промежуточных областях.
13. Способ, включающий:
введение матричной жидкости в проточную ячейку, включающую: субстрат, включающий впадины, разделенные промежуточными областями; первый полимерный слой в каждой из впадин;
первый набор праймеров, присоединенных к первому полимерному слою, причем первый набор праймеров включает расщепляемый первый праймер и нерасщепляемый второй праймер;
факультативный защитный покровный слой на первом полимерном слое и на первом наборе праймеров;
второй полимерный слой на промежуточных областях; и
второй набор праймеров, присоединенных ко второму полимерному слою, причем второй набор праймеров включает нерасщепляемый первый праймер и расщепляемый второй праймер;
при этом матрица из матричной жидкости амплифицируется с образованием кластера в по меньшей мере некоторых из впадин и на по меньшей мере некоторых из промежуточных областей; и
расщепление расщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера.
14. Проточная ячейка, содержащая: подложку,
структурированную смолу на указанной подложке, включающую первые впадины и вторые впадины, разделенные промежуточными областями, причем первые впадины имеют меньшие размеры отверстия, чем вторые впадины;
первый набор праймеров, присоединенных к по меньшей мере некоторым из первых впадин; и
функционализированный шарик, соответственно, расположенный в по меньшей мере некоторых из вторых впадин, включающий второй набор праймеров, присоединенных к поверхности сердцевинной структуры, где второй набор праймеров отличается от первого набора праймеров.
15. Проточная ячейка по п. 14, в которой:
a) сердцевинная структура функционализированного шарика выбрана из группы, состоящей из диоксида кремния, суперпарамагнитного материала, полистирола и акрилата; и/или
b) структурированная смола выбрана из группы, состоящей из смолы на основе полиэдрической олигомерной силсесквиоксановой смолы (POSS), эпоксисмолы, поли(этиленгликолевой) смолы, полиэфирной смолы, акриловой смолы, акрилатной смолы, метакрилатной смолы и их комбинаций; и/или
c) указанная проточная ячейка дополнительно содержит полимер в первых впадинах и во вторых впадинах, и при этом первый набор праймеров присоединен к полимеру в по меньшей мере некоторых из первых впадин; факультативно, при этом:
i) функционализированный шарик расположен на полимере в по меньшей мере некоторых из вторых впадин; или
ii) первый набор праймеров также присоединен к полимеру в по меньшей мере некоторых из вторых впадин; и функционализированный шарик расположен на первом наборе праймеров в по меньшей мере некоторых из вторых впадин;
и/или
d) первый набор праймеров включает первый праймер и модифицированный урацилом второй праймер; и второй набор праймеров включает модифицированный урацилом первый праймер и второй праймер.
16. Проточная ячейка, содержащая: подложку;
структурированную смолу на указанной подложке, причем указанная структурированная смола включает впадины, разделенные промежуточными областями;
первый набор праймеров, присоединенных к по меньшей мере некоторым впадинам; и
функционализированный шарик, расположенный в по меньшей мере некоторых впадинах таким образом, что по меньшей мере некоторые праймеры первого набора праймеров экспонированы, причем указанный функционализированный шарик включает второй набор праймеров, присоединенных к поверхности сердцевинной структуры, где второй набор праймеров отличается от первого набора праймеров.
17. Проточная ячейка по п. 16, в которой:
a) каждая из впадин включает первую часть с первым размером отверстия, который больше или равен диаметру функционализированного шарика, и вторую часть со вторым размером отверстия, который меньше, чем диаметр функционализированного шарика; и
указанный функционализированный шарик расположен в первой части каждой из по меньшей мере некоторых впадин; и/или
b) сердцевинная структура функционализированного шарика выбрана из группы, состоящей из диоксида кремния, суперпарамагнитного материала, полистирола и акрилата; и/или
c) структурированная смола выбрана из группы, состоящей из смолы на основе полиэдрической олигомерной силсесквиоксановой смолы (POSS), эпоксисмолы, поли(этиленгликолевой) смолы, полиэфирной смолы, акриловой смолы, акрилатной смолы, метакрилатной смолы и их комбинаций; и/или
d) указанная проточная ячейка дополнительно содержит полимер во впадинах; факультативно, при этом первый набор праймеров присоединен к части полимера, не занятой функционализированным шариком, также факультативно, при этом:
первый набор праймеров присоединен к полимеру во впадинах; и
функционализированный шарик расположен на некоторых других праймерах первого набора праймеров.
18. Способ, включающий:
селективное нанесение полимера во впадины структурированной смолы на подложке;
прививку первого набора праймеров к полимеру в по меньшей мере некоторых из впадин; и
до или после прививки первого набора праймеров отложение функционализированных шариков
i) в часть каждой из по меньшей мере некоторых впадин, или
ii) во вторые впадины, имеющие большие размеры отверстия, чем по меньшей мере некоторые из впадин,
причем указанные функционализированные шарики включают второй набор праймеров, присоединенных к поверхности сердцевинной структуры, где первый и второй наборы праймеров являются разными.
19. Способ по п. 18, в котором
i) перед отложением функционализированных шариков указанный способ дополнительно включает образование функционализированных шариков посредством присоединения второго набора праймеров к сердцевинной структуре; и/или
ii) часть каждой из по меньшей мере некоторых впадин имеет размер отверстия, который больше или равен диаметру каждого из функционализированных шариков;
указанные по меньшей мере некоторые из впадин включают вторую часть, взаимосвязанную с указанной частью, где вторая часть имеет второй размер отверстия, который меньше, чем диаметр каждого из функционализированных шариков; и
функционализированные шарики самоорганизуются в части каждой из по меньшей мере некоторых из впадин посредством исключения по размеру; и/или
iii) перед селективным нанесением полимера указанный способ дополнительно включает образование структурированной смолы на подложке посредством отложения смолы на подложке; и структурирования указанной смолы с использованием наноимпринтной литографии.
20. Проточная ячейка, содержащая: подложку;
структурированную смолу на подложке, включающую впадины, разделенные промежуточными областями;
блок-сополимер на структурированной смоле во впадинах, причем каждый блок блок-сополимера имеет блок-специфичную функциональную группу, которая отличается от блок-специфичной функциональной группы каждого другого блока указанного блок-сополимера; и
праймер, присоединенный к блок-специфичной функциональной группе по меньшей мере одного из блоков.
21. Проточная ячейка по п. 20, в которой структурированная смола выбрана из группы, состоящей из смолы на основе полиэдрической олигомерной силсесквиоксановой смолы (POSS), эпоксисмолы, поли(этиленгликолевой) смолы, полиэфирной смолы, акриловой смолы, акрилатной смолы, метакрилатной смолы и их комбинаций;
факультативно,
в которой структурированная смола представляет собой смолу на основе POSS, и при этом смола на основе POSS представляет собой сшитую эпокси POSS смолу; также, факультативно, в которой:
i) блок-сополимер включает:
первый блок, включающий акриламидный мономер, имеющий аминогруппу в качестве его блок-специфичной функциональной группы; и
второй блок, включающий азидоацетамидопентилакриламидный мономер, имеющий азидогруппу в качестве его блок-специфичной функциональной группы;
также, факультативно, где блок-сополимер представляет собой:
где R представляет собой атом водорода или концевую группу полимер-инициирующего соединения, n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000; или
ii) в которой блок-сополимер представляет собой:
где n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000.
22. Проточная ячейка по п. 20, в которой
A) структурированная смола представляет собой аморфный фторполимер, факультативно, при этом, блок-сополимер включает:
первый блок, включающий мономер, имеющий трифторметильную группу в качестве его блок-специфичной функциональной группы; и
второй блок, включающий мономер, имеющий функциональную группу для прививки праймера в качестве его блок-специфичной функциональной группы; или
B) блок-сополимер включает:
первый блок, включающий мономер, имеющий функциональную группу для прививки праймера в качестве его блок-специфичной функциональной группы; и
второй блок, включающий мономер для регулировки параметра взаимодействия для управления разделением фаз первого и второго блоков, факультативно, при этом:
функциональная группа для прививки праймера представляет собой азидогруппу; и
блок-специфичная функциональная группа мономера второго блока выбрана из группы, состоящей из аминогруппы, спиртовой группы, арильной группы и заряженной группы;
или
C) блок-сополимер представляет собой терполимер, включающий первый блок, второй блок и третий блок;
блок-специфичная функциональная группа первого блока присоединена к структурированной смоле;
блок-специфичная функциональная группа второго блока присоединена к праймеру;
и
блок-специфичная функциональная группа третьего блока присоединена к другому праймеру, отличному от указанного праймера, или к ферменту; или
D) блок-сополимер представляет собой терполимер, включающий первый блок, второй блок и третий блок;
блок-специфичная функциональная группа первого блока присоединена к структурированной смоле;
блок-специфичная функциональная группа второго блока присоединена к праймеру; и
блок-специфичная функциональная группа третьего блока влияет на свободную энергию поверхности блок-сополимера или влияет на стабильность блок-сополимера.
23. Проточная ячейка по п. 20, в которой:
i) впадины выбраны из группы, состоящей из лунок и бороздок; или
ii) каждый из структурированной смолы и блок-сополимера имеет свободную энергию поверхности в диапазоне от примерно 25 мН/м до примерно 50 мН/м.
24. Проточная ячейка, содержащая: подложку;
структурированную смолу на основе полиэдрического олигомерного силсесквиоксана (POSS) на подложке, включающую впадины, разделенные промежуточными областями;
сегрегированный блок-сополимер на структурированной смоле на основе POSS во впадинах, где один блок сегрегированного блок-сополимера имеет функциональную группу, присоединенную к структурированной смоле на основе POSS, и другой блок сегрегированного блок-сополимера имеет другую функциональную группу; и
праймер, присоединенный к другой функциональной группе.
25. Проточная ячейка по п. 24, в которой сегрегированный блок-сополимер выбран из группы, состоящей из:
i)
где n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000; и
ii)
где R представляет собой атом водорода или концевую группу полимер-инициирующего соединения, n варьирует от 1 до 10000, и m варьирует от 1 до 10000.
26. Способ, включающий:
структурирование смолы с образованием структурированной смолы, включающей впадины, разделенные промежуточными областями;
введение раствора, включающего блок-сополимер, на структурированную смолу, причем каждый блок указанного блок-сополимера имеет блок-специфичную функциональную группу, которая отличается от блок-специфичной функциональной группы каждого другого блока указанного блок-сополимера;
воздействие на данный раствор отжига парами растворителя, посредством чего разделяются фазы и осуществляется самоорганизация блок-сополимера во впадинах; и
прививку праймера к блок-специфичной функциональной группе по меньшей мере одного из блоков.
27. Способ по п. 26, в котором:
i) структурирование смолы включает наноимпринтную литографию; и/или
ii) раствор, включающий блок-сополимер, имеет параметр взаимодействия Флори-Хаггинса, варьирующий от примерно 0,04 до примерно 0,30; и/или
iii) перед прививкой указанный способ дополнительно включает воздействие процесса отверждения на структурированную смолу, включая самоорганизующийся блок-сополимер с разделенными фазами во впадинах.
28. Способ, включающий:
нанесение первого функционализированного слоя на субстрат;
структурирование первого функционализированного слоя, образуя посредством этого первую функционализированную область, покрытую фоторезистом;
нанесение второго функционализированного слоя на фоторезист и части субстрата;
отрыв фоторезиста и любого второго функционализированного слоя на нем;
удаление части второго функционализированного слоя, образуя посредством этого вторую функционализированную область, смежную с первой функционализированной областью; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
29. Способ по п. 28,
i) в котором удаление включает:
нанесение второго фоторезиста на первую функционализированную область и вторую часть второго функционализированного слоя, которая должна стать второй функционализированной областью; и
травление части второго функционализированного слоя; и/или
ii) в котором
а) субстрат включает смолу на подложке; смола включает впадины, разделенные промежуточными областями; первая функционализированная область находится на первой части каждой впадины; второй функционализированный слой находится на второй части каждой впадины и на промежуточных областях; и удаление включает отшлифовывание второго функционализированного слоя от промежуточных областей; или
b) субстрат включает смолу на подложке; смола включает многоуровневые впадины, разделенные промежуточными областями; первая функционализированная область находится на первом уровне каждой многоуровневой впадины; и, перед нанесением второго функционализированного слоя, указанный способ дополнительно включает: нанесение жертвенного слоя на фоторезист и части смолы; удаление жертвенного слоя с частей смолы; и удаление области смолы с многоуровневой впадины с созданием площади, которая является смежной с первой функционализированной областью; и второй функционализированный слой наносят на жертвенный слой на фоторезисте, на указанную площадь и на промежуточные области.
30. Способ, включающий:
нанесение первого фоторезиста на субстрат таким образом, что экспонируется первая часть субстрата;
нанесение первого функционализированного слоя на фоторезист и первую часть субстрата;
отрыв фоторезиста и любого первого функционализированного слоя на нем, образуя посредством этого первую функционализированную область на первой части субстрата;
нанесение второго фоторезиста на первую функционализированную область и на субстрат таким образом, что экспонируется вторая часть субстрата, смежная с первой функционализированной областью;
нанесение второго функционализированного слоя на второй фоторезист и вторую часть субстрата;
отрыв второго фоторезиста и любого второго функционализированного слоя на нем, образуя посредством этого вторую функционализированную область, смежную с первой функционализированной областью; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
31. Способ по п. 28 или 30, дополнительно включающий:
отложение, соответственно, первого самоорганизующегося монослоя на первую функционализированную область и второго самоорганизующегося монослоя на вторую функционализированную область;
при этом присоединение первого набора праймеров включает прививку нерасщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера к первому самоорганизующемуся монослою; и
при этом присоединение второго набора праймеров включает прививку расщепляемого первого праймера и нерасщепляемого второго праймера ко второму самоорганизующемуся монослою.
32. Способ, включающий:
нанесение первого функционализированного слоя на субстрат, включающий бороздки, разделенные промежуточными областями, и область жертвенного материала в первой части каждой из бороздок;
структурирование первого функционализированного слоя, образуя посредством этого первую функционализированную область, покрытую фоторезистом, во второй части каждой из бороздок;
удаление области жертвенного материала для экспонирования первой части каждой из бороздок;
нанесение второго функционализированного слоя на промежуточные области, на указанную первую часть и на фоторезист;
отрыв фоторезиста и любого второго функционализированного слоя на нем;
удаление любого второго функционализированного слоя с промежуточных областей, при этом вторая функционализированная область остается в первой части каждой из бороздок;
нанесение второго фоторезиста в структуре пространственно-разделенных полосок, которые по меньшей мере существенно перпендикулярны бороздкам;
удаление частей первых функционализированных областей и вторых функционализированных областей, которые экспонированы между пространственно разделенными полосками;
удаление второго фоторезиста; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первым функционализированным областям и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или вторым функционализированным областям, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
33. Способ по п. 32, в котором:
субстрат включает область второго жертвенного материала во второй части каждой из бороздок;
субстрат, область жертвенного материала и область второго жертвенного материала имеют разные скорости травления; и
перед нанесением первого функционализированного слоя указанный способ дополнительно включает удаление области второго жертвенного материала из второй части каждой из бороздок;
факультативно, где перед удалением области второго жертвенного материала указанный способ дополнительно включает образование области жертвенного материала и области второго жертвенного материала посредством следующего:
нанесение жертвенного материала на субстрат, включающий бороздки, разделенные промежуточными областями;
удаление части жертвенного материала таким образом, что область жертвенного материала остается непосредственно смежной с каждой боковой стенкой каждой из бороздок;
нанесение второго жертвенного материала на субстрат и на области жертвенного материала;
удаление части второго жертвенного материала таким образом, что область второго жертвенного материала остается непосредственно смежной с каждой из областей жертвенного материала; и
нанесение материала для заполнения любых пространств между областями второго жертвенного материала;
также, факультативно, в где субстрат представляет собой многослойный субстрат;
бороздки заданы в самом наружном слое многослойного субстрата; и
вещество и самый наружный слой являются одинаковыми.
34. Способ, включающий:
нанесение жертвенного материала на субстрат, включающий впадины, разделенные первыми промежуточными областями, где каждая впадина включает глубокую часть и мелкую часть, ограниченную частью в виде ступеньки, и где жертвенный слой частично заполняет глубокую часть;
последовательное удаление части жертвенного слоя и части субстрата для образования вторых промежуточных областей, которые по меньшей мере по существу выравниваются с остающейся частью жертвенного слоя, и для удаления части в виде ступеньки с образованием площади рядом с остающейся частью жертвенного слоя;
нанесение первого функционализированного слоя на вторые промежуточные области, остающуюся часть жертвенного слоя и указанную площадь;
нанесение фоторезиста на первый функционализированный слой;
удаление части фоторезиста и нижележащей части первого функционализированного слоя так, что экспонируются остающаяся часть жертвенного слоя и вторые промежуточные области, а часть первого функционализированного слоя, имеющая на ней вторую часть фоторезиста, остается на указанной площади;
удаление остающейся части жертвенного слоя с образованием второй площади рядом с частью первой функционализированной области;
нанесение второго функционализированного слоя на указанную площадь, образуя посредством этого вторую функционализированную область;
отрыв второй части фоторезиста, образуя, посредством этого, первую функционализированную область; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
35. Способ по п. 34, в котором:
второй функционализированный слой также наносят на вторую часть фоторезиста и вторые промежуточные области;
первую часть второго функционализированного слоя удаляют со второй частью фоторезиста; и
указанный способ дополнительно включает отшлифовывание второго функционализированного слоя от вторых промежуточных областей.
36. Способ, включающий:
отпечатывание многослойного субстрата, включающего: подложку;
первый функционализированный слой на подложке;
второй функционализированный слой на первом функционализированном слое; и
пассивирующий слой на втором функционализированном слое;
образуя посредством этого элементы, разделенные промежуточными областями пассивирующего слоя, где область каждого из первого и второго функционализированных слоев является экспонированной в каждом элементе;
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
37. Способ по любому из пп. 28, 30, 32, 34 или 36, в котором присоединение первого набора праймеров включает:
i) предварительную прививку нерасщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера к первому функционализированному слою перед включением первого функционализированного слоя в многослойный субстрат; и
присоединение второго набора праймеров включает предварительную прививку расщепляемого первого праймера и нерасщепляемого второго праймера ко второму функционализированному слою перед включением второго функционализированного слоя в многослойный субстрат; или
ii) прививку нерасщепляемого первого праймера и расщепляемого второго праймера к первой функционализированной области в каждой впадине; и
присоединение второго набора праймеров включает прививку расщепляемого первого праймера и нерасщепляемого второго праймера ко второй функционализированной области в каждой впадине.
38. Способ, включающий:
отпечатывание первой смолы с образованием впадины, включающей глубокую часть и мелкую часть, ограниченную частью в виде ступеньки, при этом первая смола расположена на жертвенном слое, который расположен на второй смоле;
травление первой части первой смолы и части жертвенного слоя, лежащего под глубокой частью, экспонируя посредством этого часть второй смолы;
травление части в виде ступеньки, экспонируя посредством этого вторую часть жертвенного слоя;
нанесение первого функционализированного слоя на часть второй смолы с образованием первой функционализированной области;
удаление второй части жертвенного слоя, экспонируя посредством этого вторую часть второй смолы;
нанесение второго функционализированного слоя на вторую часть второй смолы с образованием второй функционализированной области; и
присоединение первого набора праймеров к первому функционализированному слою или первой функционализированной области и второго набора праймеров ко второму функционализированному слою или второй функционализированной области, при этом первый набор праймеров отличается от второго набора праймеров.
39. Способ по п. 38, в котором:
В процессе нанесения второго функционализированного слоя указанный второй функционализированный слой откладывается на промежуточные области, окружающие впадину, и не откладывается на первую функционализированную область; и
указанный способ дополнительно включает отшлифовывание второго функционализированного слоя от промежуточных областей.
40. Способ, включающий:
присоединение первого набора праймеров к первой опорной структуре;
присоединение второго набора праймеров ко второй опорной структуре, при этом второй набор праймеров и вторая опорная структура отличаются от первого набора праймеров и первой опорной структуры; и
загрузку первой и второй опорных структур на поверхность субстрата, имеющую множество первых сайтов захвата для селективного присоединения к первым опорным структурам и множество вторых сайтов захвата для селективного присоединения ко вторым опорным структурам.