МОНИТОРИНГ ГЕННОЙ ТЕРАПИИ

1. Способ мониторинга генной терапии, включающий этап:
обнаружения в биологическом образце субъекта, получившего лечение интеграционной генной терапией, уровня или активности биомаркера, созданного в результате интеграции средства лечения интеграционной генной терапией, как суррогата одной или более характеристик статуса лечения генной терапией, причем одна или более характеристик статуса лечения генной терапией выбрана из группы, состоящей из уровня полезной нагрузки, активности полезной нагрузки, уровня интеграции средства лечения генной терапией в популяции клеток и их комбинаций.
2. Способ мониторинга доставки, уровня и/или активности полезной нагрузки у субъекта, получившего генно-интеграционную композицию, которая доставляет полезную нагрузку, включающий этап:
обнаружения в биологическом образце субъекта уровня или активности биомаркера, полученного в результате интеграции генно-интеграционной композиции, как суррогата доставки, уровня и/или активности полезной нагрузки.
3. Способ по п. 1 или 2, в котором полезная нагрузка представляет собой или включает пептид, экспрессируемый внутриклеточно.
4. Способ по п. 1 или 2, в котором полезная нагрузка представляет собой или включает пептид, экспрессируемый внеклеточно.
5. Способ по любому из пп. 1-4, в котором полезная нагрузка представляет собой или содержит пептид, обладающий свойственной клетке или несвойственной клетке активностью, которая способствует биологическому процессу для лечения медицинского состояния.
6. Способ по любому из пп. 1-5, в котором полезная нагрузка представляет собой или содержит пептид, который обычно экспрессируется в клетках печени.
7. Способ по любому из пп. 1-5, в котором полезная нагрузка представляет собой или содержит пептид, который эктопически экспрессируется в клетках печени.
8. Способ по любому из пп. 1-5, в котором полезная нагрузка представляет собой или содержит метилмалонил-КоА мутазу или человеческий фактор IX.
9. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором лечение интеграционной генной терапией или генно-интеграционная композиция обеспечивает интеграцию элемента нуклеиновой кислоты, содержащего последовательность, которая кодирует полезную нагрузку, в целевой сайт в геноме субъекта.
10. Способ по п. 9, в котором целевой сайт кодирует полипептид.
11. Способ по п. 10, в котором интеграция элемента нуклеиновой кислоты происходит на 5' или 3' конце гена, кодирующего полипептид.
12. Способ по п. 9, в котором целевой сайт кодирует альбумин.
13. Способ по любому из пп. 9-11, в котором интеграция элемента нуклеиновой кислоты не нарушает существенно экспрессию полипептида, кодируемого целевым сайтом.
14. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором биологический образец представляет собой или содержит волосы, кожу, кал, кровь, плазму, сыворотку, спинномозговую жидкость, мочу, слюну, слезы, стекловидное тело или слизь.
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором этап обнаружения включает иммунологический анализ или анализ амплификации нуклеиновой кислоты.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором биомаркер представляет собой или содержит детектируемый фрагмент, который после трансляции полипептида, кодируемого целевым сайтом, сливается с полипептидом, кодируемым целевым сайтом.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором биомаркер представляет собой или содержит детектируемый фрагмент, который после трансляции полипептида, кодируемого целевым сайтом, сливается с полипептидом, кодируемым полезной нагрузкой.
18. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором биомаркер содержит детектируемый фрагмент, представляющий собой пептид 2A или мотив расщепления фурином.
19. Способ по п.18, в котором пептид 2A выбран из группы, состоящей из P2A, T2A, E2A и F2A.
20. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором субъект получает однократную дозу средства лечения генной терапией или генно-интеграционной композиции.
21. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором этап детекции выполняется через 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или более недель после того, как субъект получил лечение генной терапией или генно-интеграционную композицию.
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором этап детекции выполняется в множественные временные точки после того, как субъект получил лечение генной терапией или генно-интеграционную композицию.
23. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором этап детекции выполняется в течение по меньшей мере 3 месяцев после того, как субъект получил лечение генной терапией или генно-интеграционную композицию.
24. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором субъект получает лечение генной терапией или генно-интеграционную композицию в младенческом возрасте.
25. Способ по любому из пп. 1-23, в котором субъект получает лечение генной терапией или генно-интеграционную композицию до достижения взрослого возраста.
26. Способ по любому из пп. 1-23, в котором субъект получает лечение генной терапией или генно-интеграционную композицию во взрослом возрасте.
27. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий мониторинг субъекта на предмет аутоиммунного ответа на генную терапию.
28. Способ определения одной или более характеристик статуса лечения генной терапией у субъекта, который получил лечение интеграционной генной терапией, включающий:
а) предоставление биологического образца от субъекта;
b) определение уровня биомаркера, при этом биомаркер образуется в результате интеграции средства генной терапии в геном субъекта; и
с) на основании определенного уровня биомаркера, установление одной или более характеристик статуса лечения генной терапией у субъекта, причем определенный уровень биомаркера соответствует одной или более характеристикам статуса лечения генной терапией.
29. Способ доставки средства лечения генной терапией нуждающемуся в нем субъекту, включающий следующие этапы:
а. введение субъекту средства лечения интеграционной генной терапией; и
b. определение в биологическом образце субъекта уровня биомаркера, который образуется в результате интеграции средства лечения генной терапией в геном субъекта.
30. Способ по п. 29, дополнительно включающий
введение субъекту дополнительного средства лечения, если уровень биомаркера ниже того, который указывает на достижение терапевтически эффективного количества средства интеграционной генной терапии.
31. Способ по любому из пп. 28-30, в котором лечение интеграционной генной терапией обеспечивает интеграцию элемента нуклеиновой кислоты, содержащего последовательность, которая кодирует полезную нагрузку, в целевой сайт в геноме субъекта.
32. Способ по п. 31, в котором целевой сайт кодирует полипептид.
33. Способ по п. 32, в котором интеграция элемента нуклеиновой кислоты происходит на 5' или 3' конце гена, кодирующего полипептид.
34. Способ по п. 31, в котором целевой сайт кодирует альбумин.
35. Способ по любому из пп. 31-33, в котором интеграция элемента нуклеиновой кислоты не нарушает существенно экспрессию полипептида, кодируемого целевым сайтом.
36. Способ по любому из пп. 28-35, в котором биологический образец представляет собой или содержит волосы, кожу, кал, кровь, плазму, сыворотку, спинномозговую жидкость, мочу, слюну, слезы, стекловидное тело или слизь.
37. Способ по любому из пп. 28-36, в котором этап определения включает иммунологический анализ или анализ амплификации нуклеиновой кислоты.
38. Способ по любому из пп. 28-37, в котором биомаркер содержит детектируемый фрагмент, который после трансляции полипептида, кодируемого целевым сайтом, сливается с полипептидом, кодируемым целевым сайтом.
39. Способ по любому из пп. 28-38, в котором биомаркер включает детектируемый фрагмент, который после трансляции полипептида, кодируемого целевым сайтом, сливается с полипептидом, кодируемым полезной нагрузкой.
40. Способ по любому из пп. 28-39, в котором биомаркер включает детектируемый фрагмент, представляющий собой пептид 2А.
41. Способ по п. 40, в котором пептид 2А выбран из группы, состоящей из P2A, T2A, E2A и F2A.
42. Способ по любому из пп. 28-41, в котором субъект получает однократную дозу средства лечения генной терапией.
43. Способ по любому из пп. 28-42, в котором этап детекции выполняется через 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или более недель после того, как субъект получил лечение генной терапией.
44. Способ по любому из пп. 28-43, в котором этап детекции выполняется во множественные временные точки после того, как субъект получил лечение генной терапией.
45. Способ по любому из пп. 28-44, в котором этап детекции выполняется в течение по меньшей мере 3 месяцев после того, как субъект получил лечение генной терапией.
46. Способ по любому из пп. 28-45, в котором субъект получает лечение генной терапией в младенческом возрасте.
47. Способ по любому из пп. 28-45, в котором субъект получает лечение генной терапией до достижения взрослого возраста.
48. Способ по любому из пп. 28-45, в котором субъект получает лечение генной терапией во взрослом возрасте.
49. Способ по любому из пп. 28-48, дополнительно включающий мониторинг субъекта на предмет аутоиммунного ответа на генную терапию.
50. Способ по любому из пп. 1-49, дополнительно включающий доставку субъекту дополнительного средства лечения, которое снижает или ингибирует экспрессию полезной нагрузки, доставленной средством лечения генной терапией, если уровень биомаркера превышает уровень, который указывает на оптимальный или безопасный уровень полезной нагрузки.