МУЛЬТИПЛЕКСИРОВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ SHERLOCK, ВЫЯВЛЯЮЩЕЕ С ВЫСОКОЙ ТОЧНОСТЬЮ ВИРУСНЫЕ ВАРИАНТЫ

1. Способ разработки зондов и праймеров к патогенам, включающий:
применение процесса решения проблемы покрытия набора к набору целевых геномных последовательностей для идентификации одной или более целевых последовательностей амплификации, причем одна или более целевых последовательностей амплификации являются высококонсервативными целевыми последовательностями, общими для набора исходных геномных последовательностей и целевого патогена; и
получение одного или более праймеров, одного или более зондов, или комбинации пары праймеров и зонда на основе одной или более целевых последовательностей амплификации.
2. Способ по п. 1, в котором набор исходных геномных последовательностей представляет геномные последовательности из набора из 10 или более вирусов.
3. Способ по п. 1, в котором набор праймеров идентифицируют по целевой температуре плавления от 58°С до 60°С.
4. Способ по п. 1, в котором идентифицируют предполагаемые ампликоны.
5. Способ по п. 3, в котором одну или более целевых последовательностей амплификации затем подвергают действию диагностического конструкторского руководства для получения одного или более праймеров, одного или более зондов, или комбинации пары праймеров и зонда.
6. Способ по п. 1, в котором набор исходных геномных последовательностей представляет геномные последовательности из двух или более вирусных патогенов.
7. Способ по п. 1, в котором полученные один или более праймеров, один или более зондов, или комбинация пары праймеров и зонда содержат последовательности для выявления пяти или более вирусов.
8. Способ выявления вируса в образце, включающий приведение в контакт образца с парой праймеров и зондом с выявляемой меткой, причем каждый один или более праймеров и/или зондов сконфигурированы на выявление вирусного вида или подвида.
9. Способ по п. 8, в котором один или более зондов содержат одну или более направляющих РНК, сконструированных для связывания с соответствующими целевыми молекулами.
10. Способ по п. 9, в котором одна или более направляющих РНК сконструированы для выявления однонуклеотидного полиморфизма в целевой РНК или ДНК, или сплайс-варианта РНК-транскрипта.
11. Способ по п. 8, в котором одна или более направляющих РНК сконструированы для связывания с одной или более целевыми молекулами, которые являются диагностическими в отношении болезненного состояния.
12. Способ по п. 8, в котором одна или более направляющих РНК сконструированы для различения между одним или более вирусными штаммами.
13. Способ по п. 12, в котором одна или более направляющих РНК включают в себя по меньшей мере 90 направляющих РНК.