СПОСОБ ПРЕДСКАЗАНИЯ ОТВЕТА НА ЛЕЧЕНИЕ

1. Способ предсказания ответа пациента на лечение ингибитором димеризации HER, заключающийся в том, что
а) оценивают в биологическом образце, взятом из организма пациента,
маркерный ген или комбинацию маркерных генов, выбранных из группы, включающей маркерные гены эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2 или
комбинацию маркерных генов, включающую маркерный ген амфирегулина и маркерный ген, выбранный из группы, включающей маркерный ген эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2, и
б) предсказывают ответ пациента на лечение ингибитором димеризации HER на основе оценки результатов, полученных на стадии а).
2. Способ по п.1, в котором стадия а) оценки маркерного гена или комбинации маркерных генов заключается в том, что
а1) оценивают уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов,
а2) определяют, находится ли уровень экспрессии, оцененный на стадии а1), выше или ниже порогового значения.
3. Способ по п.2, в котором определение порогового значение, которое выполняют до осуществления стадии а1) способа по п.2, заключающийся в том, что
1) оценивают уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в нескольких биологических образцах, взятых из организма пациентов до лечения ингибитором димеризации HER,
2) осуществляют лечение пациентов ингибитором димеризации HER,
3) устанавливают корреляцию ответа у пациентов, подвергавшихся лечению ингибитором димеризации HER, с уровнем экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов, определенным на стадии а), на основе чего определяют пороговое значение.
4. Способ по п.1, в котором биологический образец представляет собой сыворотку плазмы, плазму крови или опухолевую ткань.
5. Способ по п.1, в котором ингибитор димеризации HER ингибирует гетеродимеризацию HER2 с EGFR или HER3.
6. Способ по п.5, в котором ингибитор димеризации HER представляет собой антитело, предпочтительно антитело 2С4.
7. Способ по п.1, в котором пациент представляет собой пациента, страдающего раком, предпочтительно пациента, страдающего раком молочной железы, раком яичника, раком легкого или раком предстательной железы.
8. Способ по п.1, в котором комбинация маркерных генов включает:
маркерные гены трансформирующего фактора роста альфа и HER2, или
маркерные гены амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2.
9. Способ по п.1, в котором уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в образце оценивают путем определения уровня экспрессии маркерного белка или его фрагмента или комбинации маркерных белков или их фрагментов, кодируемых маркерным геном или комбинацией маркерных генов.
10. Способ по п.9, в котором уровень экспрессии маркерного белка или его фрагмента или комбинации маркерных белков или их фрагментов определяют с помощью реагента, который специфически связывается с маркерным белком или его фрагментом или комбинацией маркерных белков или их фрагментов.
11. Способ по п.10, в котором реагент выбирают из группы, включающей антитело, фрагмент антитела или производное антитела.
12. Способ по п.9, в котором уровень экспрессии определяют с помощью метода, выбранного из группы, включающей анализ белка, проточную цитометрию, иммуноцитохимию, иммуногистохимию, твердофазный иммуноферментный анализ, многоканальный твердофазный иммуноферментный анализ и варианты этих методов.
13. Способ по п.9, в котором фрагмент маркерного белка представляет собой внеклеточный домен маркерного белка Her 2.
14. Способ по п.13, в котором внеклеточный домен маркерного белка Her2 имеет молекулярную массу примерно 105000 Да.
15. Способ по п.9,
в котором аминокислотной последовательностью маркерного белка, представляющего собой амфирегулин, является аминокислотная последовательность, представленная в SEQ ID NO:1,
в котором аминокислотной последовательностью маркерного белка, представляющего собой эпидермальный фактор роста, является аминокислотная последовательность, представленная в SEQ ID NO:2,
в котором аминокислотной последовательностью маркерного белка, представляющего собой трансформирующий фактор роста альфа, является аминокислотная последовательность, представленная в SEQ ID NO:3, или
в котором аминокислотной последовательностью маркерного белка, представляющего собой HER2, является аминокислотная последовательность, представленная в SEQ ID NO:4.
16. Способ по п.2, в котором пороговое значение уровня в сыворотке
маркерного белка, представляющего собой трансформирующий фактор роста альфа, составляет от 2,0 до 5,0 пг/мл, предпочтительно примерно 3,5 пг/мл,
маркерного белка, представляющего собой эпидермальный фактор роста, составляет от 100 до 250 пг/мл, предпочтительно примерно 150 пг/мл, или
маркерного белка, представляющего собой амфирегулин, составляет от 6 до 15 пг/мл, предпочтительно примерно 12 пг/мл.
17. Способ по п.2, в котором пороговое значение уровня внеклеточного домена маркерного белка, представляющего собой Her2, в сыворотке составляет от 12 до 22 нг/мл, предпочтительно примерно 18 нг/мл.
18. Способ по п.2, в котором уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в биологическом образце оценивают путем определения уровня экспрессии транскрибируемого маркерного полинуклеотида, кодируемого маркерным геном, или фрагмента транскрибируемого маркерного полинуклеотида, или транскрибируемых маркерных полинуклеотидов, кодируемых комбинацией маркерных генов, или фрагментов транскрибируемого маркерного полинуклеотида.
19. Способ по п.18, в котором транскрибируемый маркерный полинуклеотид представляет собой кДНК, мРНК или hnPHK, или в котором транскрибируемые маркерные полинуклеотиды представляют собой кДНК, мРНК или hnPHK.
20. Способ по п.18, в котором стадия обнаружения дополнительно включает амплификацию транскрибируемого полинуклеотида или транскрибируемых полинуклеотидов.
21. Способ по п.20, в котором стадию обнаружения осуществляют с применением метода количественной полимеразной цепной реакции с использованием обратной транскриптазы.
22. Способ по п.18,
в котором уровень экспрессии маркерного гена оценивают путем обнаружения присутствия транскрибируемого маркерного полинуклеотида или его фрагмента в образце с помощью зонда, который гибридизуется с транскрибируемым маркерным полинуклеотидом или его фрагментом в строгих условиях гибридизации, или
в котором уровень экспрессии комбинации маркерных генов в образцах оценивают путем обнаружения присутствия транскрибируемых маркерных полинуклеотидов или их фрагментов в образце с помощью зондов, которые гибридизуются с транскрибируемыми маркерными полинуклеотидами или их фрагментами в строгих условиях гибридизации.
23. Способ по п.18,
в котором нуклеотидной последовательностью маркерного полинуклеотида амфирегулина является нуклеотидная последовательность, представленная в SEQ ID NO:5,
в котором нуклеотидной последовательностью маркерного полинуклеотида эпидермального фактора роста является нуклеотидная последовательность, представленная в SEQ ID NO:6,
в котором нуклеотидной последовательностью маркерного полинуклеотида трансформирующего фактора роста альфа является нуклеотидная последовательность, представленная в SEQ ID NO:7, или
в котором нуклеотидной последовательностью маркерного полинуклеотида HER2 является нуклеотидная последовательность, представленная в SEQ ID NO:8.
24. Применение зонда, который гибридизуется в строгих условиях с маркерным полинуклеотидом эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа или HER2, или антитела, которое связывается с маркерным белком, представляющим собой эпидермальный фактор роста, трансформирующий фактор роста альфа или HER2, для предсказания ответа у пациента на лечение ингибитором димеризации HER, или применение зонда, который гибридизуется в строгих условиях с маркерным полинуклеотидом амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа или HER2, или антитела, которое связывается с маркерным белком амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа или HER2, для отбора композиции, предназначенной для ингибирования прогрессирования заболевания у пациента.
25. Набор, который содержит зонд, гибридизующийся в строгих условиях с маркерным полинуклеотидом амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа или HER2, или антитело, обладающее способностью к связыванию с маркерным белком, представляющим собой амфирегулин, эпидермальный фактор роста, трансформирующий фактор роста альфа или HER2.
26. Способ отбора композиции, предназначенной для ингибирования прогрессирования заболевания у пациента, заключающийся в том, что:
а) аликвоты биологического образца, полученного из организма страдающего раком пациента, по отдельности подвергают воздействию нескольких тестируемых композиций;
б) сравнивают уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов, выбранных из группы, включающей маркерный ген амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2, в аликвотах биологического образца, приведенных в контакт с тестируемыми композициями, и уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов, выбранных из группы, включающей маркерный ген амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2, в аликвотах биологического образца, не приведенных в контакт с тестируемыми композициями,
в) отбирают одну из тестируемых композиций, которая изменяет уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в аликвоте, содержащей эту тестируемую композицию, по сравнению с аликвотой, не приведенной в контакт с тестируемой композицией, где критерием для отбора тестируемой композиции является наличие по меньшей мере 10%-ного различия между уровнем экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, приведенной в контакт с тестируемой композицией, и уровнем экспрессии соответствующего маркерного гена или комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, не приведенной в контакт с тестируемой композицией.
27. Способ выявления агента-кандидата, заключающийся в том, что:
а) приводят в контакт аликвоту биологического образца, полученного из организма страдающего раком пациента, с агентом-кандидатом и определяют уровень экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов, выбранных из группы, включающей маркерные гены амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2, в аликвоте,
б) определяют уровень экспрессии соответствующего маркерного гена или соответствующей комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, не приведенного в контакт с агентом-кандидатом,
в) выявляют действие агента-кандидата путем сравнения уровня экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, приведенного в контакт с агентом-кандидатом, с уровнем экспрессии соответствующего маркерного гена или соответствующей комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, не приведенного в контакт с агентом-кандидатом,
г) отбирают агент на основе выявленного действия, где критерием действия агента-кандидата является наличие по меньшей мере 10%-ного различия между уровнем экспрессии маркерного гена или комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, приведенной в контакт с агентом-кандидатом, и уровнем экспрессии соответствующего маркерного гена или комбинации маркерных генов в аликвоте биологического образца, не приведенной в контакт с агентом-кандидатом.
28. Способ по п.27, в котором агент-кандидат представляет собой агент-кандидат, обладающий ингибирующим действием.
29. Способ по п.27, в котором агент-кандидат представляет собой агент-кандидат, обладающий усиливающим действием.
30. Агент-кандидат, выявленный способом по одному из пп.27-29.
31. Фармацевтический препарат, содержащий агент по п.30.
32. Применение агента по п.30 для приготовления композиции, предназначенной для лечения рака.
33. Способ приготовления лекарственного средства, заключающийся в том, что осуществляют стадии способа по одному из пп.27-29 и
I) синтезируют агент-кандидат, идентифицированный на стадии в) или его аналог или производное в количестве, достаточном для введения индивидууму лекарственного средства в терапевтически эффективном количестве; и/или
II) объединяют предназначенный для лекарственного средства-кандидата агент-кандидат, идентифицированный на стадии в), или его аналог или производное с фармацевтически приемлемым носителем.
34. Применение маркерного белка или маркерного полинуклеотида, выбранных из группы, включающей маркерные белки или маркерные полинуклеотиды амфирегулина, эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2, для выявления агента-кандидата или для отбора композиции, предназначенной для ингибирования прогрессирования болезни у пациента.
35. Применение ингибитора димеризации HER для приготовления лекарственного средства, предназначенного для лечения страдающего раком человека, отличающееся тем, что лечение включает оценку в биологическом образце, взятом из организма пациента,
маркерного гена или комбинации маркерных генов, выбранных из группы, включающей маркерные гены эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2, или
комбинации маркерных генов, включающей маркерный ген амфирегулина и маркерный ген, выбранный из маркерных генов эпидермального фактора роста, трансформирующего фактора роста альфа и HER2.
36. Применение по п.35, в котором лечение включает осуществление оценки маркерного гена или комбинации маркерных генов по меньшей мере один раз или несколько раз в процессе лечения.
37. Применение по п.35, в котором оценивают уровень экспрессии маркерного гена или уровень экспрессии комбинации маркерных генов.
38. Применение по п.35, в котором ингибитор димеризации HER представляет собой антитело, предпочтительно антитело 2С4.
39. Применение по п.35, в котором пациент представляет собой пациента, страдающего раком молочной железы, раком яичника, раком легкого или раком предстательной железы.