ФАРМАКОДИНАМИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ, ИНДУЦИРОВАННЫЕ ИНТЕРФЕРОНОМ АЛЬФА2009125616 06.12.2006

1. Способ лечения пациента с заболеванием или расстройством, опосредованным интерфероном I типа (ИФН I типа) или интерфероном альфа (ИФНα), включающий:
введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα,
причем пациент включает профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα;
и указанный агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий выявление нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
3. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
4. Способ по п. 1, в котором агент является биологическим агентом.
5. Способ по п. 4, в котором агент является антителом.
6. Способ по п. 5, в котором антителом является антитело MEDI-545.
7. Способ по п. 5, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.
8. Способ по п. 1, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.
9. Способ по п. 5, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,03-30 мг/кг.
10. Способ по п. 9, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,3-3 мг/кг.
11. Способ по п. 10, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.
12. Способ по одному из пп. 9-11, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 10%.
13. Способ по п. 12, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 20%.
14. Способ по п. 13, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 30%.
15. Способ по п. 14, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 40%.
16. Способ по п. 15, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 50%.
17. Способ по п. 1, в котором ИФН I типа или ИФНα-опосредованное заболевание или расстройство является волчанкой, псориазом, васкулитом, саркоидозом, синдромом Шегрена или идиопатическим воспалительным миозитом.
18. Способ по п. 17, в котором ИФН I типа или ИФНα-опосредованное заболевание или расстройство является волчанкой.
19. Способ по п. 17, в котором ИФН I типа или ИФНα-опосредованное заболевание или расстройство является псориазом.
20. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия, меньшей мере, ИФНα подтипов 1, 2, 8 и 14.
21. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает транскрипты генов ФД маркеров.
22. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает полипептиды, экспрессированные с генов ФД маркеров.
23. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
24. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
25. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
26. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
27. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
28. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
29. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
30. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
31. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
32. Способ по п.1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
33. Способ по п. 32, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.
34. Способ по п. 33, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов OAS2 и OAS1.
35. Способ по одному из п.п. 3 или 23-33, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
36. Способ по п. 1, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
37. Способ по п. 22, в котором полипептиды выявляют по повышенным уровням в сыворотке.
38. Способ по п. 37, в котором к полипептидам относятся раковый антиген 125, ферритин, тканевый фактор и ММР-3.
39. Способ по п. 22, в котором полипептиды выявляют по пониженным уровням в сыворотке.
40. Способ по п. 39, в котором полипептиды включают EGF, тромбопоэтин и лиганд CD40.
41. Способ лечения пациента с аутоиммунным заболеванием, содержащего умеренный или сильный профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включающий:
введение агента, который связывает и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα,
в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
42. Способ по п. 41, дополнительно включающий выявление нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
43. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
44. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
45. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, MX1, MX2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
46. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
47. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
48. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
49. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
50. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
51. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
52. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
53. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44 и IFI27.
54. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.
55. Способ по п. 41, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия по меньшей мере подтипов ИФНα 1, 2, 8, и 14.
56. Способ по п. 41, в котором агент является биологическим агентом.
57. Способ по п. 41, в котором агент является антителом.
58. Способ по п. 57, в котором антителом является антитело MEDI-545.
59. Способ по п. 57, в котором антитело является специфичным для одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.
60. Способ по п. 41, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.
61. Способ по п. 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно от 0,03 до 30 мг/кг.
62. Способ по п. 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно от 0,3 до 3 мг/кг.
63. Способ по п. 57, в котором антитело вводят в дозе, примерно от 0,03 до 1 мг/кг.
64. Способ по п. 41, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 10%.
65. Способ по п. 64, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 20%.
66. Способ по п. 65, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 30%.
67. Способ по п. 66, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 40%.
68. Способ по п. 67, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα по меньшей мере на 50%.
69. Способ по п. 41, в котором аутоиммунным заболеванием пациента является волчанка, псориаз, васкулит, саркоидоз, синдром Шегрена или идиопатический воспалительный миозит.
70. Способ по п. 69, в котором пациентом является больной волчанкой.
71. Способ по п. 69, в котором пациентом является больной псориазом.
72. Способ нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента, нуждающегося в этом, включающий:
введение агента, который связывается и модулирует действие ИФН I типа или ИФНα в отношении пациента,
в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα у пациента.
73. Способ по п. 72, дополнительно включающий обнаружение нейтрализации профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента.
74. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1 IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
75. Способ по п. 72, в котором агентом является биологический агент.
76. Способ по п. 75, в котором агентом является антитело.
77. Способ по п. 76, в котором антителом является MEDI-545.
78. Способ по п. 76, в котором антитело специфично в отношении одного или нескольких ИФН I типа или ИФНα подтипов, но не является антителом MEDI-545.
79. Способ по п. 72, в котором введение агента облегчает один или несколько симптомов заболевания или расстройства.
80. Способ по п. 76, в котором антитело вводят в дозе примерно 0,03-30 мг/кг.
81. Способ по п. 80, в котором антитело вводят в дозе 0,3-3 мг/кг.
82. Способ по п. 81, в котором антитело вводят в дозе 0,03-1 мг/кг.
83. Способ по одному из пп. 80-82, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 10%.
84. Способ по п. 83, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере 20%.
85. Способ по п. 84, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα у пациента по меньшей мере на 30%.
86. Способ по п. 85, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 40%.
87. Способ по п. 86, в котором агент нейтрализует профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, у пациента по меньшей мере на 50%.
88. Способ по п. 72, в котором пациент болен волчанкой, псориазом, васкулитом, саркоидозом, синдромом Шегрена или идиопатическим воспалительным миозитом.
89. Способ по п. 88, в котором пациент болен волчанкой.
90. Способ по п. 88, в котором пациент болен псориазом.
91. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия по меньшей мере ИФНα подтипов 1, 2, 8 и 14.
92. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает транскрипты генов ФД маркеров.
93. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает полипептиды, экспрессированные с генов ФД маркеров.
94. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIP А, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
95. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
96. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
97. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
98. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
99. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
100. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
101. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
102. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
103. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
104. Способ по п. 103, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1 и IFIT1.
105. Способ по одному из п.п. 74 или 94-104, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
106. Способ по п. 72, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
107. Способ по п. 93, в котором выявляют повышенные уровни полипептидов в сыворотке.
108. Способ по п. 107, в котором полипептиды включают раковый антиген 125, ферритин, таневый фактор и ММР-3.
109. Способ по п. 93, в котором выявляют пониженные уровни полипептидов в сыворотке.
110. Способ по п. 109, в котором полипептиды включают EGF, тромбопоэтин и лиганд CD40.
111. Способ мониторинга или прогнозирования прогрессирования аутоиммунного заболевания у пациента, включающий:
получение первого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в первом образце, взятом у пациента.
112. Способ по п. 111, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, является сильным профилем, а прогноз пациента заключается в прогрессировании заболевания.
113. Способ по п. 112, в котором аутоиммунным заболеванием является СКВ, а прогрессирование СКВ заключается во внезапном обострении болезни.
114. Способ по п. 111, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, является слабым профилем, а прогноз пациента заключается в регрессе заболевания.
115. Способ по п. 111, дополнительно включающий:
получение второго профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, во втором образце, взятом у пациента,
причем повышение числа или уровня ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, во втором профиле экспрессии относительно первого профиля экспрессии прогнозирует прогрессирование заболевания, или
а понижение числа или уровня ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, во втором профиле экспрессии относительно первого профиля экспрессии прогнозирует регресс заболевания.
116. Способ мониторинга прогрессирования заболевания у пациента, подвергаемого лечению терапевтическим агентом, который связывает и модулирует действие ИФНα, включающий:
получение первого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в первом образце, взятом у пациента,
введение терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα,
получение второго профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, во втором образце, взятом у пациента, и
сравнение первого и второго профилей экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα,
причем изменение в первом или втором профилях экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, свидетельствует об уровне эффективности терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα.
117. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
118. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
119. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
120. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
121. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, MX1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
122. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
123. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
124. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
125. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
126. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
127. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
128. Способ по п. 116, в котором изменение является снижением повышенной регуляции экспрессии уровней активности генов.
129. Способ по п. 116, в котором заболевание является волчанкой, идиопатическим воспалительным миозитом, синдромом Шегрена, васкулитом, саркоидозом и псориазом.
130. Способ по п. 116, в котором заболеванием является волчанка.
131. Способ по п. 116, в котором терапевтическим агентом является низкомолекулярное соединение или биологический агент.
132. Способ по п. 131, в котором биологический агент является антителом.
133. Способ по п. 132, в котором антителом является антитело MEDI-545.
134. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, получают перед введением терапевтического агента.
135. Способ по п. 116, в котором первый профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, получают во время введения терапевтического агента.
136. Способ по п. 116, в котором первым и вторым образцом является цельная кровь или сыворотка.
137. Способ по п. 116, дополнительно включающий получение третьего профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в третьем образце, взятом у пациента.
138. Способ по п. 137, дополнительно включающий получение четвертого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в четвертом образце, взятом у пациента.
139. Способ по п. 138, дополнительно включающий получение пятого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в пятом образце, взятом у пациента.
140. Способ по п. 139, дополнительно включающий получение шестого профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в шестом образце, взятом у пациента.
141. Способ по п. 116, в котором второй образец отбирают по меньшей мере через неделю по меньшей мере через 2 недели, по меньшей мере через 3 недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через 2 месяца после введения терапевтического агента.
142. Способ по п. 137, в котором третий образец отбирают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через 2 недели, по меньшей мере через 3 недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через 2 месяца после отбора второго образца.
143. Способ по п. 138, в котором четвертый образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после получения третьего образца.
144. Способ по п. 139, в котором пятый образец получают по меньшей мере через 2 суток, по меньшей мере через 5 суток, по меньшей мере через неделю, по меньшей мере через две недели, по меньшей мере через три недели, по меньшей мере через месяц или по меньшей мере через два месяца после получения четвертого образца.
145. Способ по п. 116, в котором изменение заключается в снижении повышенной регуляции экспрессии или действия гена.
146. Способ по п. 145, в котором снижение составляет по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 25%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 45%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99% или 100%.
147. Способ определения пациента в качестве кандидата для применения терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα, включающий:
определение наличия или отсутствия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в образце, взятом от пациента,
причем определение наличия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, выявляет пациента в качестве кандидата для применения терапевтического агента, который связывает и модулирует действие ИФНα.
148. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
149. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
150. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
151. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
152. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
153. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
154. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
155. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и MX1.
156. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
157. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
158. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
159. Способ по п. 147, в котором у пациентов было диагностировано расстройство, выбранное из группы, включающей волчанку, идиопатический воспалительный миозит, синдромом Шегрена, васкулит, саркоидоз и псориаз.
160. Способ по п. 159, в котором расстройством является волчанка.
161. Способ по п. 147, в котором терапевтическим агентом является низкомолекулярное соединение или биологический агент.
162. Способ по п. 161, в котором биологическим агентом является антитело.
163. Способ по п. 162, в котором антителом является MEDI-545.
164. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия генов включает по меньшей мере двухкратное увеличение экспрессии одного или нескольких генов.
165. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия генов включает по меньшей мере трехкратное увеличение экспрессии одного или нескольких генов.
166. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней иРНК одного или нескольких генов.
167. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней белков одного или нескольких генов.
168. Способ по одному из пп. 148-158, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение ферментативной активности белка, экспрессированного с одного или нескольких генов.
169. Способ по п. 147, в котором образец является цельной кровью.
170. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает пониженную регуляцию экспрессии или активности генов NOG, SLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
171. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3.
172. Способ по п. 147, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, маркеров включает пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40.
173. Способ диагностики у пациента расстройства, связанного с повышенными уровнями ИФНα, включающий:
выявление наличия или отсутствия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, в образце, взятом от пациента,
причем выявление наличия профиля экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, выявляет у пациента расстройство, связанное с повышенными уровнями ИФНα.
174. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
175. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1.
176. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
177. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
178. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
179. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
180. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, МХ1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
181. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
182. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
183. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
184. Способ по п. 173, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
185. Способ по п. 173, в котором расстройством является волчанка, идиопатический воспалительный миозит, синдром Шегрена, васкулит, саркоидоз или псориаз.
186. Способ по п. 185, в котором расстройством является волчанка.
187. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия представляет по меньшей мере двухкратное повышение экспрессии или действия одного или нескольких генов.
188. Способ по п. 187, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает по меньшей мере трехкратное повышение экспрессии или действия одного или нескольких генов.
189. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней иРНК одного или нескольких генов.
190. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение уровней белков одного или нескольких генов.
191. Способ по одному из пп. 174-184, в котором повышенная регуляция экспрессии или действия включает повышение ферментативного действия белка, экспрессируемого одним или несколькими генами.
192. Способ по одному из пп. 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
193. Способ по одному из п.п. 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3.
194. Способ по одному из п.п. 174-184, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФН I типа или ИФНα, дополнительно включает пониженные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40.
195. Способ идентификации терапевтического агента-кандидата для лечения ИФНα-опосредованных расстройств, включающий:
контакт клеток, включающих профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, с агентом, и
определение наличия или отсутствия изменения в профиле экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, клеток,
причем наличие изменения, представляющего уменьшение пониженной регуляции генов профиля экспрессии маркера, индуцируемого ИФНα, выявляет агента в качестве терапевтического агента-кандидата.
196. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα-индуцируемых, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2 и IFI44.
197. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5 и OAS1.
198. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2 и FCHO2.
199 Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1 и EPSTI1.
200. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ФД маркеров, индуцируемых ИФНα, включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2 и ISG15.
201. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, МХ1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15 и IFI27.
202. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, 0AS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1 и USP18.
203. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, СЕАСАМ1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
204. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1 и МХ1.
205. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, МХ1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18.
206. Способ по п. 195, в котором профиль экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышенную регуляцию экспрессии или действия генов IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27.
207. Способ по п. 195, в котором клетки, полученные от пациента, заболевание которого связано с повышенными уровнями ИФНα.
208. Способ по п. 195, в котором клетки являются клетками, обработанными ИФНα для индукции профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
209. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров по меньшей мере в два раза выше относительно экспрессии одного или нескольких генов профиля.
210. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров по меньшей мере в три раза выше относительно экспрессии одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
211. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышение уровней иРНК одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
212. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышение уровней белков одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
213. Способ по п. 195, в котором повышенная регуляция генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров включает повышение ферментативной активности белков, экспрессируемого с одного или нескольких генов профиля экспрессии ИФНα-индуцируемых ФД маркеров.
214. Способ по одному из пп. 196-206, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров дополнительно включает пониженную регуляцию экспрессии или действия генов NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1, и
в котором наличие изменения, представляющего повышение экспрессии или действия генов с пониженной регуляцией, свидетельствует о том, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.
215. Способ по одному из пп. 196-206, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов ракового антигена 125, ферритина, тканевого фактора и ММР-3, и
в котором наличие изменения, представляющего понижение в сыворотке уровней полипептида, означает, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.
216. Способ по одному из пп. 196-206, в котором профиль экспрессии ИФН I типа или ИФНα-индуцируемых ФД маркеров дополнительно включает повышенные уровни в сыворотке полипептидов EGF, тромбопоэтина и лиганда CD40,
в котором наличие изменения, представляющего повышение в сыворотке уровней полипептида, означает, что агент является терапевтическим агентом-кандидатом.
217. Набор зондов, включающий:
полинуклеотиды, которые специфически выявляют экспрессию какого-либо из наборов генов:
(а) МХ1, LY6E, IFI27, OAS1, IFIT1, IFI6, IFI44L, ISG15, LAMP3, OASL, RSAD2, и IFI44, или
(б) IFI27, SIGLEC1, RSAD2, IFI6, IFI44L, IFI44, USP18, IFIT2, SAMD9L, BIRC4BP, DNAPTP6, OAS3, LY6E, IFIT1, LIPA, LOC129607, ISG15, PARP14, МХ1, OAS2, OASL, CCL2, HERC5, OAS1, или
(в) IFIT1, IFIT3, IRF7, IFI6, IL6ST, IRF2, LY6E, MARCKS, МХ1, МХ2, OAS1, EIF2AK2, ISG15, STAT2, OAS3, IFI44, IFI44L, HERC5, RAB8B, LILRA5, RSAD2, и FCHO2, или
(г) SERPING1, IFIT2, IFIT3, IFI6, LY6E, МХ1, OAS1, ISG15, IFI27, OAS3, IFI44, LAMP3, DNAPTP6, ETV7, HERC5, OAS2, USP18, XAF1, RTP4, SIGLEC1, и EPSTI1, или
(д) RTP4, RSAD2, HERC5, SIGLEC1, USP18, LY6E, ETV7, SERPING1, IFIT3, OAS1, HSXIAPAF1, G1P3, МХ1, OAS3, IFI27, DNAPTP6, LAMP3, EPSTI1, IFI44, OAS2, IFIT2, и ISG15, или
(е) LAMP3, SIGLEC1, DNAPTP6, IFIT2, ETV7, RTP4, SERPING1, HERC5, XAF1, MX1, EPSTI1, OAS2, OAS1, OAS3, IFIT3, IFI6, USP18, RSAD2, IFI44, LY6E, ISG15, и IFI27, или
(ж) DNAPTP6, EPSTI1, HERC5, IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, IFIT1, IFIT3, ISG15, LAMP3, LY6E, MX1, OAS1, OAS2, OAS3, PLSCR1, RSAD2, RTP4, SIGLEC1, и USP18, или
(з) SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, ZC3HAV1, ETV6, DAPP1, ИЛ1RN, CEACAM1, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1, и MX1, или
(и) SAMD9L, IFI6, IFI44, IFIT2, OAS1, IFI27, OAS3, IFI44L, HERC5, IFIT1, EPSTI1, ISG15, SERPING1, OASL, GBP1, и MX1, или
(к) IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L, IFI27, MX1, IFIT1, ISG15, LAMP3, OAS3, OAS1, EPSTI1, IFIT3, OAS2, SIGLEC1 и USP18, или
(л) IFI6, RSAD2, IFI44, IFI44L и IFI27, или
(м) NOGSLC4A1, PRSS33 и FEZ1.
218. Набор, включающий какой-либо из наборов зондов, перечисленных в п. 217.
219. Способ выявления действия ИФН в образце, включающий:
инкубирование клеток, включающих полинуклеотидную последовательность, представляющую репортерный ген под контролем элемента ответа, простимулированного интерфероном, с образцом, и
выявление экспрессии репортерного гена,
причем экспрессия репортерного гена служит показателем действия ИФН в образце.
220. Способ по п. 219, в котором клетки являются клетками HEK293H.
221. Способ по п. 219, в котором репортерный ген является геном люциферазы, хлорамфениколацетилтрансферазы, β-галактозидазы, зеленого флюоресцирующего белка, β-глюкоронидазы или секретируемой плацентарной щелочной фосфатазы.
222. Способ по п. 221, в котором репортерным геном является ген люциферазы.
223. Способ по п. 222, в котором люциферазой является люцифераза из Gaussia princeps.
224. Способ по п. 219, дополнительно включающий количественное определение уровня экспрессии репортерного гена
225. Способ по п. 224, дополнительно включающий корреляцию уровня экспрессии репортерного гена с уровнем действия ИФН в образце.