АНТИТЕЛА АНТИ-PD-L1 И СПОСОБЫ ИХ ДИАГНОСТИЧЕСКОГО ПРИМЕНЕНИЯ

1. Выделенное антитело, которое специфически связывается с PD-L1, причем указанное антитело связывается с эпитопом, содержащим аминокислотные остатки 279-290 полипептида PD-L1 человека (SEQ ID NO: 1).
2. Антитело по п. 1, отличающееся тем, что указанное антитело содержит следующие гипервариабельные области (HVR):
(a) HVR-H1, содержащую аминокислотную последовательность SNGLT (SEQ ID NO: 2);
(b) HVR-H2, содержащую аминокислотную последовательность TINKDASAYYASWAKG (SEQ ID NO: 3); и
(c) HVR-H3, содержащую аминокислотную последовательность IAFKTGTSI (SEQ ID NO: 4).
3. Антитело по п. 2, дополнительно содержащее следующие каркасные области (FR) вариабельного домена тяжелой цепи:
(a) FR-H1, содержащую аминокислотную последовательность QSLEESGGRLVKPDETLTITCTVSGIDLS (SEQ ID NO: 5);
(b) FR-H2, содержащую аминокислотную последовательность WVRQAPGEGLEWIG (SEQ ID NO: 6);
(c) FR-H3, содержащую аминокислотную последовательность RLTISKPSSTKVDLKITSPTTEDTATYFCGR (SEQ ID NO: 7); и
(d) FR-H4, содержащую аминокислотную последовательность WGPGTLVTVSS (SEQ ID NO: 8).
4. Антитело по п. 2 или 3, дополнительно содержащее следующие HVR:
(a) HVR-L1, содержащую аминокислотную последовательность QASESVYSNNYLS (SEQ ID NO: 9);
(b) HVR-L2, содержащую аминокислотную последовательность LASTLAS (SEQ ID NO: 10); и
(c) HVR-L3, содержащую аминокислотную последовательность IGGKSSSTDGNA (SEQ ID NO: 11).
5. Антитело по п. 4, дополнительно содержащее следующие FR вариабельного домена легкой цепи:
(a) FR-L1, содержащую аминокислотную последовательность AIVMTQTPSPVSAAVGGTVTINC (SEQ ID NO: 12);
(b) FR-L2, содержащую аминокислотную последовательность WFQQKPGQPPKLLIY (SEQ ID NO: 13);
(c) FR-L3, содержащую аминокислотную последовательность GVPSRFKGSGSGTQFTLTISGVQCDDAATYYC (SEQ ID NO: 14); и
(d) FR-L4, содержащую аминокислотную последовательность FGGGTEVVVR (SEQ ID NO: 15
6. Антитело по п. 1, отличающееся тем, что указанное антитело содержит следующие HVR:
(a) HVR-L1, содержащую аминокислотную последовательность QASESVYSNNYLS (SEQ ID NO: 9);
(b) HVR-L2, содержащую аминокислотную последовательность LASTLAS (SEQ ID NO: 10); и
(c) HVR-L3, содержащую аминокислотную последовательность IGGKSSSTDGNA (SEQ ID NO: 11).
7. Антитело по п. 6, дополнительно содержащее следующие FR вариабельного домена легкой цепи:
(a) FR-L1, содержащую аминокислотную последовательность AIVMTQTPSPVSAAVGGTVTINC (SEQ ID NO: 12);
(b) FR-L2, содержащую аминокислотную последовательность WFQQKPGQPPKLLIY (SEQ ID NO: 13);
(c) FR-L3, содержащую аминокислотную последовательность GVPSRFKGSGSGTQFTLTISGVQCDDAATYYC (SEQ ID NO: 14); и
(d) FR-L4, содержащую аминокислотную последовательность FGGGTEVVVR (SEQ ID NO: 15).
8. Антитело по п. 1, содержащее (а) последовательность VH, обладающую, по меньшей мере, 95% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 16; (b) последовательность VL, обладающую, по меньшей мере, 95% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 17; или (с) последовательность VH, аналогичную последовательности, описанной в (а), и последовательность VL, аналогичную последовательности, описанной в (b).
9. Антитело по п. 8, содержащее последовательность VH SEQ ID NO: 16.
10. Антитело по п. 8, содержащее последовательность VL SEQ ID NO: 17.
11. Выделенное антитело, которое специфически связывается с PD-L1, причем указанное антитело содержит следующие HVR:
(a) HVR-H1, содержащую аминокислотную последовательность SNGLT (SEQ ID NO: 2);
(b) HVR-H2, содержащую аминокислотную последовательность TINKDASAYYASWAKG (SEQ ID NO: 3);
(c) HVR-H3, содержащую аминокислотную последовательность IAFKTGTSI (SEQ ID NO: 4);
(d) HVR-L1, содержащую аминокислотную последовательность QASESVYSNNYLS (SEQ ID NO: 9);
(e) HVR-L2, содержащую аминокислотную последовательность LASTLAS (SEQ ID NO: 10); и
(f) HVR-L3, содержащую аминокислотную последовательность IGGKSSSTDGNA (SEQ ID NO: 11).
12. Антитело по п. 11, отличающееся тем, что указанное антитело дополнительно содержит следующие FR вариабельного домена тяжелой цепи и вариабельного домена легкой цепи:
(a) FR-H1, содержащую аминокислотную последовательность QSLEESGGRLVKPDETLTITCTVSGIDLS (SEQ ID NO: 5);
(b) FR-H2, содержащую аминокислотную последовательность WVRQAPGEGLEWIG (SEQ ID NO: 6);
(c) FR-H3, содержащую аминокислотную последовательность RLTISKPSSTKVDLKITSPTTEDTATYFCGR (SEQ ID NO: 7);
(d) FR-H4, содержащую аминокислотную последовательность WGPGTLVTVSS (SEQ ID NO: 8);
(e) FR-L1, содержащую аминокислотную последовательность AIVMTQTPSPVSAAVGGTVTINC (SEQ ID NO: 12);
(f) FR-L2, содержащую аминокислотную последовательность WFQQKPGQPPKLLIY (SEQ ID NO: 13);
(g) FR-L3, содержащую аминокислотную последовательность GVPSRFKGSGSGTQFTLTISGVQCDDAATYYC (SEQ ID NO: 14); и
(h) FR-L4, содержащую аминокислотную последовательность FGGGTEVVVR (SEQ ID NO: 15).
13. Антитело по п. 11 или 12, отличающееся тем, что указанное антитело содержит последовательность VH из SEQ ID NO: 16 и последовательность VL из SEQ ID NO: 17.
14. Выделенное антитело, которое конкурирует за связывание с PD-L1 с антителом по любому из пп. 1-13.
15. Выделенное антитело, которое связывается с тем же эпитопом, что и антитело по любому из пп. 1-13.
16. Антитело по любому из пп. 1-15, отличающееся тем, что указанное антитело представляет собой моноклональное антитело.
17. Антитело по п. 16, отличающееся тем, что моноклональное антитело представляет собой кроличье моноклональное антитело.
18. Антитело по любому из пп. 1-15, отличающееся тем, что указанное антитело представляет собой антитело IgG.
19. Антитело по любому из пп. 1-15, отличающееся тем, что указанное антитело представляет собой фрагмент антитела, который специфически связывает PD-L1.
2
20. Антитело по п. 19, отличающееся тем, что фрагмент антитела выбирают из группы, состоящей из Fab, одноцепочечного вариабельного фрагмента (ScFv), Fv, Fab', Fab'-SH, F(ab') и диатела.
21. Выделенная нуклеиновая кислота, кодирующая выделенное антитело по любому из пп. 1-20.
22. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту по п. 21.
23. Клетка-хозяин, содержащая вектор по п. 22.
24. Иммуноконъюгат, содержащий антитело по любому из пп. 1-20.
25. Антитело по любому из пп. 1-20 для применения в обнаружении наличия или уровня экспрессии PD-L1 в биологическом образце.
26. Антитело по п. 25, отличающееся тем, что обнаружение осуществляют с помощью иммуногистохимии (ИГХ), иммунофлуоресценции (ИФ), проточной цитометрии, твердофазного иммуноферментного анализ (твердофазного ИФА) или иммуноблоттинга.
27. Антитело по п. 26, отличающееся тем, что обнаружение осуществляют с помощью ИГХ.
28. Антитело по любому из пп. 25-27, отличающееся тем, что образец содержит фиксированную ткань.
29. Антитело по п. 28, отличающееся тем, что фиксированная ткань представляет собой фиксированную формалином и заключенную в парафин (ФФЗП) ткань.
30. Антитело по любому из пп. 25-29, отличающееся тем, что образец получают от субъекта, имеющего или подверженного риску рака или иммунной дисфункции.
31. Антитело по п. 30, отличающееся тем, что иммунная дисфункция представляет собой T-клеточное дисфункциональное нарушение.
32. Антитело по п. 31, отличающееся тем, что T-клеточное дисфункциональное нарушение представляет собой неразрешенную острую инфекцию, хроническую инфекцию или невосприимчивость опухоли.
33. Способ обнаружения наличия или уровня экспрессии PD-L1 в биологическом образце, включающий стадию, в которой приводят в контакт биологический образец с антителом по любому из пп. 1-20 и обеспечивают обнаружение наличия связанного антитела.
34. Способ по п. 33, отличающийся тем, что обнаружение осуществляют с помощью ИГХ, ИФ, проточной цитометрии, твердофазного ИФА или иммуноблоттинга.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что обнаружение осуществляют с помощью ИГХ.
36. Способ по любому из пп. 33-35, отличающийся тем, что образец содержит фиксированную ткань.
37. Способ по п. 36, отличающийся тем, что фиксированная ткань представляет собой ФФЗП-ткань.
38. Способ по любому из пп. 33-37, отличающийся тем, что образец получают от субъекта, имеющего или подверженного риску рака или иммунной дисфункции.
39. Способ по п. 38, отличающийся тем, что иммунная дисфункция представляет собой T-клеточное дисфункциональное нарушение.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что T-клеточное дисфункциональное нарушение представляет собой неразрешенную острую инфекцию, хроническую инфекцию или невосприимчивость опухоли.
41. Способ по п. 38 отличающийся тем, что образец получают от субъекта, имеющего рак.
42. Способ по любому из пп. 33-41, отличающийся тем, что наличие или уровень экспрессии PD-L1 в образце указывает на то, что субъект, вероятно, будет отвечать на противораковую терапию.
43. Способ по любому из пп. 33-41, отличающийся тем, что наличие или уровень экспрессии PD-L1 в образце указывает на то, что субъект с большей вероятностью будет отвечать на противораковую терапию.
44. Способ по любому из пп. 33-41, отличающийся тем, что наличие или уровень экспрессии PD-L1 в образце указывает на вероятность того, что противораковая терапия у субъекта будет эффективной.
45. Способ по любому из пп. 41-44, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает выбор противораковой терапии для субъекта на основании наличия или уровня экспрессии PD-L1 в образце.
46. Способ по любому из пп. 41-45, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает введение субъекту терапевтически эффективного количества противоракового препарата.
47. Способ по любому из пп. 38 и 41-46, отличающийся тем, что рак выбирают из группы, состоящей из немелкоклеточного рака легкого, плоскоклеточного рака, мелкоклеточного рака легкого, рака органов брюшной полости, гепатоцеллюлярного рака, рака органов желудочно-кишечного тракта, рака поджелудочной железы, глиомы, рака шейки матки, рака яичника, рака печени, рака мочевого пузыря, гепатомы, рака молочной железы, рака ободочной кишки, колоректального рака, карциномы эндометрия или матки, карциномы слюнных желез, рака почки, рака печени, рака предстательной железы, рака вульвы, рака щитовидной железы, карциномы печени, лейкоза и рака головы и шеи.
48. Способ по п. 47, отличающийся тем, что рак представляет собой немелкоклеточный рак легкого (НМКРЛ).
49. Способ по п. 48, отличающийся тем, что НМКРЛ представляет собой аденокарциному легкого или плоскоклеточную карциному легкого.
50. Способ по любому из пп. 38 и 41-49, отличающийся тем, что образец представляет собой опухолевый образец.
51. Способ по п. 50, отличающийся тем, что опухолевый образец включает проникающие в опухоль иммунные клетки, опухолевые клетки, стромальные клетки или любую их комбинацию.
52. Способ по п. 51, отличающийся тем, что опухолевый образец имеет обнаруживаемый уровень экспрессии PD-L1 в иммунных клетках, проникающих в опухоль, которые составляют около 1% или более площади опухолевого образца.
53. Способ по п. 52, отличающийся тем, что опухолевый образец имеет обнаруживаемый уровень экспрессии PD-L1 в иммунных клетках, проникающих в опухоль, которые составляют около 5% или более площади опухолевого образца.
54. Способ по п. 53, отличающийся тем, что опухолевый образец имеет обнаруживаемый уровень экспрессии PD-L1 в иммунных клетках, проникающих в опухоль, которые составляют около 10% или более площади опухолевого образца.
55. Способ по любому из пп. 50-54, отличающийся тем, что опухолевый образец имеет обнаруживаемый уровень экспрессии PD-L1 в около 1% или более опухолевых клеткок в опухолевом образце.
56. Способ по п. 55, отличающийся тем, что опухолевый образец имеет обнаруживаемый уровень экспрессии PD-L1 в около 5% или более опухолевых клеткок в опухолевом образце.
57. Способ по п. 56, отличающийся тем, что опухолевый образец имеет обнаруживаемый уровень экспрессии PD-L1 в около 10% или более опухолевых клеткок в опухолевом образце.
58. Способ по любому из пп. 46-57, отличающийся тем, что противораковый препарат содержит антагонист, связывающий ось PD-1.
59. Способ по п. 58, отличающийся тем, что антагонист, связывающий ось PD-1, выбирают из группы, состоящей из антагониста, связывающего PD-L1, антагониста, связывающего PD-1, и антагониста, связывающего PD-L2.
60. Способ по п. 59, отличающийся тем, что антагонист, связывающий ось PD-1, представляет собой антагонист, связывающий PD-L1.
61. Способ по п. 60, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-L1, ингибирует связывание PD-L1 с одним или более его партнерами по связыванию лиганда.
62. Способ по п. 61, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-L1, ингибирует связывание PD-L1 с PD-1.
63. Способ по п. 61, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-L1, ингибирует связывание PD-L1 с В7-1.
64. Способ по любому из пп. 61-63, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-L1, ингибирует связывание PD-L1 с как PD-1, так и с В7-1.
65. Способ по любому из пп. 60-64, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-L1, представляет собой антитело.
66. Способ по п. 65, отличающийся тем, что антитело выбирают из группы, состоящей из: YW243.55.S70, MPDL3280A (атезолизумаб), MDX-1105, MEDI4736 (дурвалумаб) и MSB0010718C (авелумаб).
67. Способ по п. 59, отличающийся тем, что антагонист, связывающий ось PD-1, представляет собой антагонист, связывающий PD-1.
68. Способ по п. 67, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-1, ингибирует связывание PD-1 с одним или более его партнерами по связыванию лиганда.
69. Способ по п. 68, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-1, ингибирует связывание PD-1 с PD-L1.
70. Способ по п. 68, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-1, ингибирует связывание PD-1 с PD-L2.
71. Способ по любому из пп. 68-70, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-1, ингибирует связывание PD-1 как с PD-L1, так и с PD-L2.
72. Способ по любому из пп. 67-71, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-1, представляет собой антитело.
73. Способ по п. 72, отличающийся тем, что антитело выбирают из группы, состоящей из: MDX 1106 (ниволумаб), МК-3475 (пембролизумаб), СТ-011 (пидилизумаб), MEDI-0680 (АМР-514), PDR001, REGN2810 и BGB-108.
74. Способ по любому из пп. 67-71, отличающийся тем, что антагонист, связывающий PD-1, представляет собой Fc-слитый белок.
75. Способ по п. 74, отличающийся тем, что Fc-слитый белок представляет собой АМР-224.
76. Способ по любому из пп. 46-75, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает стадию, в которой пациенту вводят эффективное количество второго терапевтического агента.
77. Способ по п. 76, отличающийся тем, что второй терапевтический агент выбирают из группы, состоящей из цитотоксического агента, агента, ингибирующего рост, агента лучевой терапии, антиангиогенного агента, а также их комбинаций.
78. Способ по любому из пп. 33-77, отличающийся тем, что субъект является человеком.