АНТИТЕЛА, СПЕЦИФИЧЕСКИЕ К ГЛИКОЗИЛИРОВАННОМУ APOJ, И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Антитело, которое специфически связывается с гликозилированным ApoJ, но не связывается с негликозилированным ApoJ, в котором:
(i)  антитело специфически распознает эпитоп, который содержит участок N-гликозилирования в составе ApoJ и в котором упомянутый участок гликозилирования содержит остатки Asn, выбранные из группы, состоящей из остатков Asn в положениях 86, 103, 145, 291, 317, 354 или 374 по отношению к последовательности предшественника ApoJ согласно записи в базе данных NCBI с учетным номером NP_001822.3; или
(ii)  антитело специфически распознает или было получено с использованием пептида, выбранного из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO 118, 119, 120, 121, 122, 123 или 124, в котором пептиды модифицированы остатками N-ацетилглюкозамина в остатках Asn в положении 5 в последовательности SEQ ID NO 118, в положении 5 в последовательности SEQ ID NO 119, в положении 5 в последовательности SEQ ID NO 120, в положении 6 в последовательности SEQ ID NO 121, в положении 5 в последовательности SEQ ID NO 122, в положении 5 в последовательности SEQ ID NO 123 или в положении 5 в последовательности SEQ ID NO 124.
2. Антитело по п. 1, в котором гликозилированный ApoJ представляет собой гликозилированный ApoJ, содержащий остатки N-ацетилглюкозамина (GlcNAc), или гликозилированный ApoJ, содержащий остатки N-ацетилглюкозамина (GlcNAc) и сиаловой кислоты.
3. Антитело по п. 1, содержащее:
область, определяющую комплементарность, 1 легкой цепи (VL-CDR1), содержащую аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO 1, 6, 11, 16, 21, 26, 31, 36, 41, или ее функционально эквивалентный вариант;
область, определяющую комплементарность, 2 легкой цепи (VL-CDR2), содержащую любую из аминокислотных последовательностей QAS, KAS, RAS, SAS, DAS или ее функционально эквивалентный вариант;
область, определяющую комплементарность, 3 легкой цепи (VL-CDR3), содержащую аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO 2, 7, 12, 17, 22, 27, 32, 37, 42, или ее функционально эквивалентный вариант;
область, определяющую комплементарность, 1 тяжелой цепи (VL-CDR1), содержащую аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO 3, 8, 13, 18, 23, 28, 33, 38, 43, или ее функционально эквивалентный вариант;
область, определяющую комплементарность, 2 тяжелой цепи (VL-CDR2), содержащую аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO 4, 9, 14, 19, 24, 29, 34, 39, 44, или ее функционально эквивалентный вариант;
область, определяющую комплементарность, 3 тяжелой цепи (VL-CDR3), содержащую аминокислотную последовательность, приведенную в любой из SEQ ID NO 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, или ее функционально эквивалентный вариант.
4. Антитело по п. 3, в котором:
(i)   VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 6, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность KAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность приведенную в SEQ ID NO 7,
(ii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 1, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность QAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 2,
(iii)   VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 11, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность RAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 12
(iv)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 16, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность QAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 17,
(v)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 21, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность SAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 22,
(vi)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 26, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность DAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 27,
(vii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 31, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность SAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 32,
(viii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 36, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность KAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 37
(ix)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 41, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность KAS, а VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 42,
(x)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 8, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 9, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 10,
(xi)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 3, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 4, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 5,
(xii)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 13, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 14, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 15,
(xiii)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 18, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 19, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 20,
(xiv)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 23, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 24, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 25,
(xv)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 28, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 29, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 30,
(xvi)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 33, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 34, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 35,
(xvii)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 38, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 39, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 40, или
(xviii)  VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 43, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 44, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 45.
5. Антитело по п. 4, в котором:
(i)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 6, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность KAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 7, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 8, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 9, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 10,
(ii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 1, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность QAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 2, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 3, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 4, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 5,
(iii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 1, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность RAS, при этом VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 12, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 13, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 14, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 15,
(iv)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 16, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность QAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 17, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 18, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 19, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 20,
(v)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 21, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность SAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 22, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 23, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 24, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 25,
(vi)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 26, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность DAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 27, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 28, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 29, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 30,
(vii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 31, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность SAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 32, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 33, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 34, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 35,
(viii)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 36, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность KAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 37, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 38, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 39, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 40,
(ix)  VL-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 41, VL-CDR2 содержит аминокислотную последовательность KAS, VL-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 42, VH-CDR1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 43, VH-CDR2 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 44, а VH-CDR3 содержит аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO 45.
6. Антитело по п. 1, дополнительно содержащее одну или более из следующего:
(i)  аминокислотная последовательность каркасной области 1 легкой цепи (VL-FR1) по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 46, 54, 62, 70, 78, 86, 94, 102 или 110,
(ii)  аминокислотная последовательность каркасной области 2 легкой цепи (VL-FR2) по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 47, 55, 63, 71, 79, 87, 95, 103 или 111,
(iii)  аминокислотная последовательность каркасной области 3 легкой цепи (VL-FR3) по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 48, 56, 64, 72, 80, 88, 96, 104 или 112, а
(iv)  аминокислотная последовательность каркасной области 4 легкой цепи (VL-FR4) по меньшей мере на 90% идентична аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 49, 57, 65, 73, 81, 89, 97, 105 или 113.
7. Антитело по п. 1, дополнительно содержащее одну или более из следующего:
(i)  аминокислотную последовательность каркасной области 1 тяжелой цепи (VH-FR1), по меньшей мере на 90% идентичную аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 50, 58, 66, 74, 82, 90, 98, 106 или 114,
(ii)  аминокислотную последовательность каркасной области 2 тяжелой цепи (VH-FR2), по меньшей мере на 90% идентичную аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 51, 59, 67, 75, 83, 91, 99, 107 или 115,
(iii)  аминокислотную последовательность каркасной области 3 тяжелой цепи (VH-FR3), по меньшей мере на 90% идентичную аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 52, 60, 68, 76, 84, 92, 100, 108 или 116, и
(iv)  аминокислотную последовательность каркасной области 4 тяжелой цепи (VH-FR4), по меньшей мере на 90% идентичную аминокислотной последовательности, приведенной в любой из SEQ ID NO 53, 61, 69, 77, 85, 93, 101, 109 или 117.
8.  Антитело по п. 1, содержащее:
i) домен легкой цепи, определенный аминокислотной последовательностью, приведенной в любой из SEQ ID NO 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132 или 133, и/или
ii) домен тяжелой цепи, определенный аминокислотной последовательностью, приведенной в любой из SEQ ID NO 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141 или 142.
9. Антитело по п. 1, в котором соответствующие области VL-FWR1, VL-CDR1, VL-FWR2, VL-CDR2, VL-FWR3, VL-CDR3, VL-FWR4, VH-FWR1, VH-CDR1, VH-FWR2, VH-CDR2, VH-FWR3, VH-CDR3 и VH-FWR4 каждого антитела содержат аминокислотные последовательности, приведенные в таблице 1.
10.  Антитело по п. 1, которое содержит по меньшей мере одну каркасную область, производную от каркасной области человеческого антитела, которая является гуманизированной или сверхгуманизированной.
2
11.  Антитело по п. 1, в котором антитело представляет собой Fab, F(ab), однодоменное антитело, одноцепочечный фрагмент антитела (scFv) или нанотело.
12.  Антитело по любому из пп. 1-11, в котором антитело связано с обнаруживаемой меткой.
13. Антитело по п. 12, в котором метка может быть определена посредством изменения по меньшей мере одного из ее физических, химических, электрических или магнитных свойств.
14.  Полинуклеотид, выбранный из группы, состоящей из:
(i)  полинуклеотида, кодирующего антитело по любому из пп. 1-11, в котором антитело представляет собой однодоменное антитело, одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv) или нанотело,
(ii)  полинуклеотида, кодирующего вариабельную область тяжелой цепи согласно таблице 1,
(iii)  полинуклеотида, кодирующего вариабельную область легкой цепи согласно таблице 1,
(iv)  полицистронного полинуклеотида, кодирующего вариабельную область легкой цепи согласно таблице 1 и вариабельную область тяжелой цепи согласно таблице 1.
15. Экспрессионный вектор, содержащий полинуклеотид по п. 14.
16. Клетка-хозяин, содержащая полинуклеотид по п. 14 или экспрессионный вектор по п. 15.
17. Композиция, содержащая по меньшей мере два антитела по любому из пп. 1-13.
18. Композиция по п. 17, в которой одно из антител представляет собой антитело Ag2G-17.
19. Композиция по п. 18, в котором композиция содержит:
(i)  антитела Ag2G-17 и Ag6G-1;
(ii)  антитела Ag2G-17 и Ag6G-11;
(iii)  антитела Ag2G-17 и Ag7G-19;
(iv)  антитела Ag2G-17 и Ag1G-11;
(v)  антитела Ag2G-17 и Ag7G-17;
(vi)  антитела Ag2G-17 и Ag4G-6;
(vii) антитела Ag2G-17 и Ag3G-4; или
(viii) антитела Ag2G-17 и Ag5G-17.
20. Способ определения гликозилированного ApoJ в образце, содержащий этапы:
(i) приведения образца в контакт с антителом по любому из пп. 1-13 или с композицией по любому из пп. 17-19 при условиях, достаточных для образования комплекса между антителом и гликозилированным ApoJ, присутствующим в образце;
(ii) определения количества комплекса, образованного на этапе (i).
21. Способ по п. 20, в котором определение комплекса на этапе (ii) осуществляется с использованием антитела к ApoJ.
22. Способ по любому из пп. 20 или 21, в котором антитело, используемое на этапе (i), или антитела в составе композиции, используемой на этапе (i), являются иммобилизованными.
23. Способ диагностики ишемии или ишемического повреждения тканей у пациента, содержащий определение в образце упомянутого пациента уровней гликозилированного ApoJ с использованием антитела по любому из пп. 1-13, композиции по любому из пп. 17-19 или с использованием способа по любому из пп. 20-22, в котором сниженные уровни гликозилированного ApoJ по отношению к опорному значению показывают, что пациент страдает ишемией или ишемическим повреждением тканей.
24. Способ по п. 23, в котором ишемия представляет собой ишемию миокарда.
25. Способ по п. 24, в котором ишемия миокарда представляет собой острую ишемию миокарда или микрососудистую стенокардию.
26. Способ по любому из пп. 23-25, в котором пациент предположительно перенес ишемическое событие.
27. Способ по п. 26, в котором определение осуществляется в течение первых 6 часов после начала предполагаемого ишемического события, до повышения уровней, по меньшей мере, одного маркера некроза и/или до получения пациентом любого лечения для предполагаемого ишемического события.
28.  Способ прогнозирования прогрессирования ишемии у пациента, испытывающего ишемическое событие, или определения прогноза клинического течения у пациента, испытывающего ишемическое событие, содержащему определение в образце упомянутого пациента уровней гликозилированного ApoJ с использованием антитела по любому из пп. 1-13, композиции по любому из пп. 17-19 или с использованием способа по любому из пп. 20-22, в котором сниженные уровни гликозилированного ApoJ по отношению к опорному значению показывают развитие ишемии или неблагоприятный прогноз для пациента.
29.  Способ по п. 28, в котором ишемическое событие представляет собой миокардиальное ишемическое событие.
30.  Способ по п. 29, в котором миокардиальное ишемическое событие представляет собой инфаркт миокарда с подъемом сегмента ST.
31.  Способ по любому из пп. 29 или 30, в котором прогноз для пациента определяется как риск рецидива в течение 6 месяцев, риск больничной смертности или риск смертности в течение 6 месяцев.
32.  Способ определения риска развития рецидивирующего ишемического события у пациента, страдающего стабильной ишемической болезнью сердца, содержащему определение в образце упомянутого пациента уровней гликозилированного ApoJ с использованием антитела по любому из пп. 1-13, композиции по любому из пп. 17-19 или с использованием способа по любому из пп. 20-22, в котором сниженные уровни гликозилированного ApoJ по отношению к опорному значению показывают, что пациент подвержен повышенному риску развития рецидивирующего ишемического события.
33.  Способ по п. 32, в котором пациент, страдающий стабильной ишемической болезнью, перенес острый коронарный синдром перед стабильной ишемической болезнью сердца.
34. Способ по п. 33, в котором рецидивирующее ишемическое событие представляет собой острый коронарный синдром, инсульт или преходящее ишемическое событие.
35.  Применение антитела по любому из пп. 1-13 или композиции по любому из пп. 17-19 для диагностики ишемии или ишемического повреждения тканей у пациента, для определения прогрессирования ишемии у пациента, перенесшего ишемическое событие, для определения прогноза у пациента, перенесшего ишемическое событие, или для определения риска возникновения рецидивирующего ишемического события у пациента, страдающего стабильной ишемической болезнью.