РНК-БИОМАРКЕРЫ КРОВИ ИШЕМИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНИ СЕРДЦА

1. Способ определения повышенной вероятности наличия или развития ишемической болезни сердца, включающий:
получение образца крови у субъекта;
извлечение РНК из образца крови;
количественное определение уровней РНК по меньшей мере в части извлеченной РНК;
вычисление уровней экспрессии множества транскриптов РНК в извлеченной РНК;
сравнение уровней экспрессии множества транскриптов ТРАИ РНК с контрольными уровнями экспрессии для тех же транскриптов РНК; а также
определение того, достоверно ли в целом отличаются указанные уровни экспрессии множества транскриптов РНК ТРАИ в извлеченной РНК от контрольных уровней экспрессии для тех же транскриптов РНК, при этом достоверная разница в уровнях экспрессии указывает на то, что у субъекта повышена вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что образец крови содержит цельную кровь.
3. Способ по п. 1, дополнительно включающий деплетирование рибосомальной РНК из извлеченной РНК перед количественным определением по меньшей мере части извлеченной РНК.
4. Способ по п. 3, отличающийся тем, что деплетирование рибосомальной РНК из извлеченной РНК включает обработку извлеченной РНК зондами, которые являются специфичными для рибосомальной РНК.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что множество транскриптов РНК включает в себя FOXP3, CD4, CD25, ETS1 и RUNX1, и при этом уровни экспрессии для каждого из FOXP3, CD4, CD25, ETS1 и RUNX1 являются сниженными, когда существует достоверная разница в уровнях экспрессии.
6. Способ по п. 5, отличающийся тем, что уровни экспрессии для каждого из FOXP3, CD4, CD25, ETS1 и RUNX1 являются сниженными в 1,5 и 2 раза, когда существует достоверная разница в уровнях экспрессии.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что множество транскриптов РНК включает в себя DGKA, DLG1, ICOSLG, IKZ14/Eos, SMYD3, TCF3 и TRIM28 и при этом уровни экспрессии для каждого из DGK, DLG1, ICOSLG, IKZF4/Eos, SMYD3, TCF3 и TRIM28 являются сниженными, когда существует достоверная разница в уровнях экспрессии.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что уровни экспрессии для каждого из DGKA, DLG1, ICOSLG, IKZF4/Eos, SMYD3, TCF3 и TRIM28 являются сниженными в 1,5 и 2 раза, когда существует достоверная разница в уровнях экспрессии.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что субъект является человеком.
10. Способ по п. 1, дополнительно включающий выбор субъекта, который был идентифицирован как имеющий один или большее количество факторов риска ишемической болезни сердца до получения образца крови от субъекта.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что указанные факторы риска выбирают из группы, состоящей из гипертензии, пожилого возраста, повышенного уровня холестерина и наличие ишемической болезни сердца в семейной истории.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный способ идентифицирует ишемическую болезнь сердца с положительной прогностической ценностью более 80%.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что указанный способ идентифицирует ишемическую болезнь сердца с положительной прогностической ценностью более 90%.
14. Способ по п. 1, дополнительно включающий лечение субъекта одним или большим количеством препаратов, выбранных из статина, аспирина, ингибитора АПФ, диуретика, лекарственного средства для контроля уровня глюкозы, или бета-блокатора, на основании определения того, что субъект имеет повышенную вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
15. Способ по п. 1, дополнительно включающий проведение субъекту коронарной ангиографии на основании определения того, что субъект имеет повышенную вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
16. Способ по п. 1, отличающийся тем, что контрольные уровни экспрессии определяют на основании эмпирических данных уровня экспрессии у индивидуумов, которые не имеют ишемической болезни сердца.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что индивидуумы, которые не имеют ишемической болезни сердца, идентифицированы как не имеющие ишемической болезни сердца посредством коронарной катетеризационной ангиографии.
18. Способ определения повышенной вероятности наличия или развития ишемической болезни сердца, включающий:
получение РНК, которая была извлечена из образца крови субъекта; определение уровней экспрессии множества биомаркеров в извлеченной РНК; сравнение уровней экспрессии множества биомаркеров в извлеченной РНК с уровнями экспрессии тех же биомаркеров из контроля; а также
определение того, достоверно ли в целом отличаются уровни экспрессии множества биомаркеров в извлеченной РНК от уровней экспрессии для тех же биомаркеров в контроле;
при этом по меньшей мере 20% из множества биомаркеров выбирают из группы, состоящей из AML1, CD4, CD3E, CD25, CTLA4, DGKA, DLG1 ETS1, FOXP3, ICOSLG, IKZF4/Eos, IL2RA, IL2RB, IL2RG, SMYD3, RUNX1, TCF3, TRIM28 и ZAP70.
19. Способ по п. 18, дополнительно включающий выполнение коронарной катетеризационной ангиографии, если уровни экспрессии множества биомаркеров достоверно отличаются от уровней экспрессии для тех же биомаркеров в контроле.
20. Способ по п. 18, отличающийся тем, что более 80% биомаркеров в отдельности характеризуются дифференцированным снижением уровня экспресии более чем в 1,5 раза.
21. Способ по п. 18, отличающийся тем, что указанный способ идентифицирует ишемическую болезнь сердца с положительной прогностической ценностью более 90%.
22. Способ по п. 18, дополнительно включающий лечение субъекта одним или большим количеством препаратов, выбранных из статина, аспирина, ингибитора АПФ, диуретика или бета-блокатора, на основании определения того, что субъект имеет повышенную вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
23. Способ по п. 18, отличающийся тем, что субъект является человеком.
24. Способ анализа образца РНК, полученного от субъекта, включающий: определение уровней экспрессии множества биомаркеров в образце РНК, при этом указанное множество биомаркеров содержит биомаркеры, для которых уровни экспрессии у индивидуумов с ишемической болезнью сердца отличаются от уровней экспрессии у индивидуумов без ишемической болезни сердца.
при этом уровень экспрессии указанного множества биомаркеров по сравнению с контролем указывает на то, что у субъекта повышена вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца,
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что образец РНК представляет собой образец РНК, который был выделен из цельной крови.
26. Способ по п. 24, отличающийся тем, что контроль представляет собой базу данных, содержащую уровни экспрессии множества биомаркеров у индивидуумов без ишемической болезни сердца.
27. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указаное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 8.
28. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 7.
29. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 6.
30. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 5.
31. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 4.
32. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 3.
33. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 2.
34. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит транскрипты, перечисленные в Таблице 6l.
35. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит по меньшей мере 50%, 60%, 70%, 80%, 90% и/или 95% транскриптов любых из биомаркеров, перечисленных в Таблицах 3-10.
36. Способ по п. 24, отличающийся тем, что по меньшей мере 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% и/или 95% от указанного множества биомаркеров характеризуются снижением уровня экспрессии по меньшей мере в 1,5 раза, когда у субъекта установлено повышение вероятности наличия или развития ишемической болезни сердца.
37. Способ по п. 24, отличающийся тем, что по меньшей мере 50%, 60%, 70%, 80%, 90% и/или 95% из указанного множества биомаркеров выбирают из любых биомаркеров, перечисленных в Таблицах 3-10.
38. Способ лечения субъекта, который был идентифицирован как имеющий один или большее количество факторов риска ишемической болезни сердца, включающий:
анализ образца РНК с помощью способа по п. 24; а также
введение лекарственного средства или проведение медицинской процедуры субъекту на основании определения того, что субъект имеет повышенную вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
39. Способ по п. 38, отличающийся тем, что указанные факторы риска выбирают из группы, состоящей из гипертензии, пожилого возраста, повышенного уровня холестерина и наличия ишемической болезни сердца в семейной истории.
40. Способ определения повышенной вероятности наличия или развития ишемической болезни сердца, включающий:
получение образца крови у субъекта;
извлечение белка из образца крови;
количественное определение уровней белка по меньшей мере в части извлеченного белка;
вычисление концентраций множества белков в извлеченном белке;
сравнение уровней экспрессии указанного множества белков с контрольными уровнями тех же белков; а также
определение того, являются ли в целом указанные уровни для множества белков в образце извлеченного белка достоверно отличающимися от контрольных уровней для тех же белков, при этом достоверная разница в уровнях белка указывает на то, что у субъекта повышена вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
41. Способ по п. 40, отличающийся тем, что указанное множество белков включает в себя AML1, CD4, CD3E, CD25, CTLA4, DGKA, DLG1, ETS1, FOXP3, ICOSLG, IKZF4/Eos, IL2RA, IL2RB, IL2RG, SMYD3, RUNX1, TCF3, TRIM28 и ZAP70.
42. Способ анализа образца белка, полученного от субъекта, включающий: определение уровней экспрессии множества биомаркеров в образце белка, при этом указанное множество биомаркеров содержит биомаркеры, для которых уровни экспрессии у индивидуумов с ишемической болезнью сердца отличаются от уровней экспрессии у индивидуумов без ишемической болезни сердца.
при этом уровень экспрессии указанного множества биомаркеров по сравнению с контролем указывает на то, что у субъекта повышена вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
43. Способ по п. 42, отличающийся тем, что указанное множество биомаркеров содержит по меньшей мере 50%, 60%, 70%, 80%, 90% и/или 95% белков, кодируемых любым из биомаркеров, перечисленных в Таблицах 3-10.
44. Способ по п. 42, отличающийся тем, что по меньшей мере 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% и/или 95% из указанного множества биомаркеров характеризуются снижением уровня экспрессии по меньшей мере в 1,5 раза, когда у субъекта установлено повышение вероятности наличия или развития ишемической болезни сердца.
45. Способ по п. 42, отличающийся тем, что по меньшей мере 50%, 60%, 70%, 80%, 90% и/или 95% из указанного множества биомаркеров выбирают из любых из биомаркеров, перечисленных в Таблицах 3-10.
46. Способ лечения субъекта, который был идентифицирован как имеющий один или большее количество факторов риска ишемической болезни сердца, включающий:
анализ образца белка с помощью способа по п. 42; а также
введение лекарственного средства или проведение медицинской процедуры субъекту на основании определения того, что субъект имеет повышенную вероятность наличия или развития ишемической болезни сердца.
47. Способ по п. 46, отличающийся тем, что указанные факторы риска выбирают из группы, состоящей из гипертензии, пожилого возраста, повышенного уровня холестерина и наличия ишемической болезни сердца в семейной истории.