ПОЛИПЕПТИДНЫЕ КОНСТРУКЦИИ ЛИЗИН-ПРОТИВОМИКРОБНЫЙ ПЕПТИД (AMP), ЛИЗИНЫ, ВЫДЕЛЕННЫЕ ПОЛИНУКЛЕОТИДЫ, КОДИРУЮЩИЕ ИХ, А ТАКЖЕ ВАРИАНТЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

1. Полипептидная конструкция лизин-противомикробный пептид (AMP), содержащая:
(а) первый компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) лизина, выбранного из группы, состоящей из GN76 (SEQ ID NO: 203), GN4 (SEQ ID NO: 74), GN146 (SEQ ID NO: 78), GN14 (SEQ ID NO: 124), GN37 (SEQ ID NO: 84), необязательно с одиночной мутацией, повышающей pI, GN76 (SEQ ID NO: 203), GN316 (SEQ ID NO: 22), необязательно с одиночной точечной мутацией, лизина Pap2_gp17 (SEQ ID NO: 96), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN202 (SEQ ID NO: 118), GN425 (SEQ ID NO: 58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN485 (SEQ ID NO: 68), GN123 (SEQ ID NO: 173) и GN121 (SEQ ID NO: 175); или
(ii) полипептида, обладающего активностью лизина и имеющего по меньшей мере 80% идентичность последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 203, 74, 78, 124, 84, 22, 96, 26, 56, 118, 58, 60, 64, 66, 28, 68, 173 или 175; или
(iii) активного фрагмента указанного лизина; и
(b) второй компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) по меньшей мере одного противомикробного пептида (AMP), выбранного из группы, состоящей из Chp1 (SEQ ID NO: 133), Chp2 (SEQ ID NO: 70), CPAR39 (SEQ ID NO: 135), Chp3 (SEQ ID NO: 137), Chp4 (SEQ ID NO: 102), Chp6 (SEQ ID NO: 106), Chp7 (SEQ ID NO: 139), Chp8 (SEQ ID NO: 141), Chp9 (SEQ ID NO: 143), Chp10 (SEQ ID NO: 145), Chp11 (SEQ ID NO: 147), Chp12 (SEQ ID NO: 149), Gkh1 (SEQ ID NO: 151), Gkh2 (SEQ ID NO: 90), Unp1 (SEQ ID NO: 153), Ecp1 (SEQ ID NO: 155), Ecp2 (SEQ ID NO: 104), Tma1 (SEQ ID NO: 157), Osp1 (SEQ ID NO: 108), Unp2 (SEQ ID NO: 159), Unp3 (SEQ ID NO: 161), Gkh3 (SEQ ID NO: 163), Unp5 (SEQ ID NO: 165), Unp6 (SEQ ID NO: 167), Spi1 (SEQ ID NO: 169), Spi2 (SEQ ID NO: 171), Ecp3 (SEQ ID NO: 177), Ecp4 (SEQ ID NO: 179), ALCES1 (SEQ ID NO: 181), AVQ206 (SEQ ID NO: 183), AVQ244 (SEQ ID NO: 185), CDL907 (SEQ ID NO: 187), AGT915 (SEQ ID NO: 189), HH3930 (SEQ ID NO: 191), Fen7875 (SEQ ID NO: 193), SBR77 (SEQ ID NO: 195), Bdp1 (SEQ ID NO: 197), LVP1 (SEQ ID NO: 199), Lvp2 (SEQ ID NO: 201), фрагмента эскулентина (SEQ ID NO: 80), RI12 (SEQ ID NO: 88), TI15 (SEQ ID NO: 94), RI18 (SEQ ID NO: 92), FIRL (SEQ ID NO: 114), фрагмента ЛПС-связывающего белка (SEQ ID NO: 76), RR12Whydro (SEQ ID NO: 110), производного пептида RI18 (SEQ ID NO: 131) и катионного пептида (SEQ ID NO: 120), или
(ii) полипептида, обладающего активностью AMP, причем указанный полипептид по меньшей мере на 80% идентичен по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 133, 70, 135, 137, 102, 106, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 90, 153, 155, 104, 157, 108, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 80, 88, 94, 92, 114, 76, 110, 131 и 120,
причем указанная полипептидная конструкция лизин-AMP обладает по меньшей мере одним видом активности, выбранным из ингибирования роста бактерий P. aeruginosa, уменьшения количества бактерий P. aeruginosa и/или уничтожения P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека.
2. Полипептидная конструкция лизин-AMP по п. 1, характеризующаяся тем, что указанный первый компонент выбран из группы, состоящей из GN394 (SEQ ID NO: 48), GN396 (SEQ ID NO: 50), GN408 (SEQ ID NO: 52) и GN418 (SEQ ID NO: 54).
3. Полипептидная конструкция лизин-AMP по п. 1 или 2, характеризующаяся тем, что указанная конструкция дополнительно содержит по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент для поддержания по меньшей мере части структуры указанного первого и/или второго компонента в указанной конструкции по существу такой же, как в неконъюгированном лизине и/или AMP.
4. Полипептидная конструкция лизин-AMP по п. 3, характеризующаяся тем, что указанный по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент представляет собой пептид.
5. Полипептидная конструкция лизин-AMP по п. 4, характеризующаяся тем, что указанный пептид выбран из группы, состоящей из TAGGTAGG (SEQ ID NO: 72), IGEM (BBa_K1485002) (SEQ ID NO: 82), PPTAGGTAGG (SEQ ID NO: 98), IGEM +PP (остатки 44-58 SEQ ID NO: 16) и AGAGAGAGAGAGAGAGAS (SEQ ID NO: 122).
6. Полипептидная конструкция лизин-AMP по любому из пп. 1-5, характеризующаяся тем, что указанный лизин GN37 (SEQ ID NO: 84) содержит одиночную мутацию, повышающую pI, и указанный GN316 (SEQ ID NO: 22) содержит одиночную точечную мутацию, при этом указанный GN37 (SEQ ID NO: 84) с одиночной мутацией, повышающей pI, представляет собой GN217 (SEQ ID NO: 8), и при этом указанный GN316 (SEQ ID NO: 22) с одиночной точечной мутацией выбран из группы, состоящей из GN396 (SEQ ID NO: 50), GN408 (SEQ ID NO: 52), GN418 (SEQ ID NO: 54) и GN394 (SEQ ID NO: 48).
7. Полипептидная конструкция лизин-AMP по любому из пп. 1-5, характеризующаяся тем, что указанная полипептидная конструкция лизин-AMP содержит (i) полипептидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из GN168 (SEQ ID NO: 2), GN176 (SEQ ID NO: 4), GN178 (SEQ ID NO: 6) GN218 (SEQ ID NO: 10), GN223 (SEQ ID NO: 12), GN239 (SEQ ID NO: 14), GN243 (SEQ ID NO: 16), GN280 (SEQ ID NO: 18), GN281 (SEQ ID NO: 20), GN349 (SEQ ID NO: 30), GN351 (SEQ ID NO: 32), GN352 (SEQ ID NO: 34), GN353 (SEQ ID NO: 36), GN357 (SEQ ID NO: 38), GN359 (SEQ ID NO: 40), GN369 (SEQ ID NO: 42), GN370 (SEQ ID NO: 44), GN371 (SEQ ID NO: 46), GN428 (SEQ ID NO: 60) и GN93 (SEQ ID NO: 62), или (ii) полипептид, обладающий активностью лизина и по меньшей мере 80% идентичностью по меньшей мере с одной из SEQ ID NO: 2, 4 ,6, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 60 и 62.
8. Выделенный полипептид, содержащий лизин, выбранный из группы, состоящей из лизина GN217 (SEQ ID NO: 8), лизина GN394 (SEQ ID NO: 48), лизина GN396 (SEQ ID NO: 50), лизина GN408 (SEQ ID NO: 52), лизина GN418 (SEQ ID NO: 54) и GN486 (SEQ ID NO: 66) или активного фрагмента указанного лизина, причем указанный лизин или его активный фрагмент обладает по меньшей мере одним видом активности, выбранным из ингибирования роста бактерий P. aeruginosa, уменьшения количества бактерий P. aeruginosa и/или уничтожения P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека.
9. Выделенный полинуклеотид, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептидную конструкцию лизин-противомикробный пептид (AMP), причем указанная молекула нуклеиновой кислоты содержит:
(а) первую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую первый компонент, содержащий:
(i) лизин, выбранный из группы, состоящей из GN76 (SEQ ID NO: 203), GN4 (SEQ ID NO: 74), GN146 (SEQ ID NO: 78), GN14 (SEQ ID NO: 124), GN37 (SEQ ID NO: 84), необязательно с одиночной мутацией, повышающей pI, GN316 (SEQ ID NO: 22), необязательно с одиночной точечной мутацией, лизина Pap2_gp17 (SEQ ID NO: 96), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN202 (SEQ ID NO: 118), GN425 (SEQ ID NO: 58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN485 (SEQ ID NO: 68), GN123 (SEQ ID NO: 173) и GN121 (SEQ ID NO: 175); или
(ii) полипептид, обладающий активностью лизина, причем указанный полипептид по меньшей мере на 80% идентичен по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 203, 74, 78, 124, 84, 22, 96, 26, 56, 118, 58, 60, 64, 66, 28, 68, 173 или 175; или
(iii) активный фрагмент указанного лизина;
(b) вторую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую второй компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) по меньшей мере одного противомикробного пептида (AMP), выбранного из группы, состоящей из Chp1 (SEQ ID NO: 133), Chp2 (SEQ ID NO: 70), CPAR39 (SEQ ID NO: 135), Chp3 (SEQ ID NO: 137), Chp4 (SEQ ID NO: 102), Chp6 (SEQ ID NO: 106), Chp7 (SEQ ID NO: 139), Chp8 (SEQ ID NO: 141), Chp9 (SEQ ID NO: 143), Chp10 (SEQ ID NO: 145), Chp11 (SEQ ID NO: 147), Chp12 (SEQ ID NO: 149), Gkh1 (SEQ ID NO: 151), Gkh2 (SEQ ID NO: 90), Unp1 (SEQ ID NO: 153), Ecp1 (SEQ ID NO: 155), Ecp2 (SEQ ID NO: 104), Tma1 (SEQ ID NO: 157), Osp1 (SEQ ID NO: 108), Unp2 (SEQ ID NO: 159), Unp3 (SEQ ID NO: 161), Gkh3 (SEQ ID NO: 163), Unp5 (SEQ ID NO: 165), Unp6 (SEQ ID NO: 167), Spi1 (SEQ ID NO: 169), Spi2 (SEQ ID NO: 171), Ecp3 (SEQ ID NO: 177), Ecp4 (SEQ ID NO: 179), ALCES1 (SEQ ID NO: 181), AVQ206 (SEQ ID NO: 183), AVQ244 (SEQ ID NO: 185), CDL907 (SEQ ID NO: 187), AGT915 (SEQ ID NO: 189), HH3930 (SEQ ID NO: 191), Fen7875 (SEQ ID NO: 193), SBR77 (SEQ ID NO: 195), Bdp1 (SEQ ID NO: 197), LVP1 (SEQ ID NO: 199), Lvp2 (SEQ ID NO: 201), фрагмента эскулентина (SEQ ID NO: 80), RI12 (SEQ ID NO: 88), TI15 (SEQ ID NO: 94), RI18 (SEQ ID NO: 92), FIRL (SEQ ID NO: 114), фрагмента ЛПС-связывающего белка (SEQ ID NO: 76), RR12Whydro (SEQ ID NO: 110), производного пептида RI18 (SEQ ID NO: 131) и катионного пептида (SEQ ID NO: 120) или
(ii) полипептида, обладающего активностью AMP, причем указанный полипептид по меньшей мере на 80% идентичен по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 133, 70, 135, 137, 102, 106, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 90, 153, 155, 104, 157, 108, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 80, 88, 94, 92, 114, 76, 110, 131 и 120,
при этом указанная полипептидная конструкция лизин-AMP обладает по меньшей мере одним видом активности, выбранным из ингибирования роста бактерий P. aeruginosa, уменьшения количества бактерий P. aeruginosa и/или уничтожения P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека.
10. Выделенный полинуклеотид по п. 9, характеризующийся тем, что указанная молекула нуклеиновой кислоты дополнительно содержит (c) третью молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую третий компонент, содержащий по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент, причем указанный по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент поддерживает по меньшей мере часть структуры указанного первого и/или второго компонента в указанной конструкции по существу такой же, как в неконъюгированном лизине и/или AMP.
11. Выделенный полинуклеотид по п. 10, характеризующийся тем, что указанный по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент содержит пептид.
12. Выделенный полинуклеотид по п. 11, характеризующийся тем, что указанный пептид выбран из группы, состоящей из TAGGTAGG (SEQ ID NO: 72), IGEM (BBa_K1485002) (SEQ ID NO: 82), PPTAGGTAGG (SEQ ID NO: 98), IGEM +PP (остатки 44-58 SEQ ID NO: 16) и AGAGAGAGAGAGAGAGAS (SEQ ID NO: 122).
13. Выделенный полинуклеотид по любому из пп. 9-12, характеризующийся тем, что указанный GN37 (SEQ ID NO: 84) содержит одиночную мутацию, повышающую pI, и указанный GN316 (SEQ ID NO: 22) содержит одиночную точечную мутацию, при этом указанный GN37 (SEQ ID NO: 84) с одиночной мутацией, повышающей pI, представляет собой GN217 (SEQ ID NO: 8), и при этом указанный GN316 (SEQ ID NO: 22) с одиночной точечной мутацией выбран из группы, состоящей из GN396 (SEQ ID NO: 50), GN408 (SEQ ID NO: 52), GN418 (SEQ ID NO: 54) и GN394 (SEQ ID NO: 48).
14. Выделенный полинуклеотид по любому из пп. 9-12, характеризующийся тем, что указанная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая указанную полипептидную конструкцию лизин-AMP:
(i) выбрана из группы, состоящей из GN168 (SEQ ID NO: 2), GN176 (SEQ ID NO: 4), GN178 (SEQ ID NO: 6), GN218 (SEQ ID NO: 10), GN223 (SEQ ID NO: 12), GN239 (SEQ ID NO: 14), GN243 (SEQ ID NO: 16), GN280 (SEQ ID NO: 18), GN281 (SEQ ID NO: 20), GN349 (SEQ ID NO: 30), GN351 (SEQ ID NO: 32), GN352 (SEQ ID NO: 34), GN353 (SEQ ID NO: 36), GN357 (SEQ ID NO: 38), лизина GN359 (SEQ ID NO: 40), лизина GN369 (SEQ ID NO: 42), лизина GN370 (SEQ ID NO: 44), лизина GN371 (SEQ ID NO: 46) и лизина GN93 (SEQ ID NO: 62); или
(ii) представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид, обладающий активностью лизина и имеющий по меньшей мере 80% идентичность последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46 или 62.
15. Выделенная полинуклеотидная последовательность, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую лизин, выбранный из группы, состоящей из лизина GN217 (SEQ ID NO: 8), лизина GN394 (SEQ ID NO: 48), лизина GN396 (SEQ ID NO: 50), лизина GN408 (SEQ ID NO: 52), лизина GN418 (SEQ ID NO: 54) и GN486 (SEQ ID NO: 66) или активного фрагмента указанного лизина, причем указанный лизин или его активный фрагмент ингибирует рост бактерий P. aeruginosa, уменьшает количество бактерий P. aeruginosa и/или приводит к уничтожению P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека.
16. Выделенный полинуклеотид по любому из пп. 9-15, характеризующийся тем, что указанный выделенный полинуклеотид содержит ДНК.
17. Выделенный полинуклеотид по любому из пп. 9-15, характеризующийся тем, что указанный выделенный полинуклеотид содержит кДНК.
18. Рекомбинантный вектор, содержащий выделенную полинуклеотидную последовательность по любому из пп. 9-17.
19. Рекомбинантный вектор по п. 18, характеризующийся тем, что указанная выделенная полинуклеотидная последовательность функционально связана с гетерологичным промотором.
20. Рекомбинантный вектор по любому из пп. 18-19, характеризующийся тем, что указанный рекомбинантный вектор представляет собой рекомбинантный вектор экспрессии.
21. Выделенная клетка-хозяин, содержащая рекомбинантный вектор по любому из пп. 18-20.
22. Фармацевтическая композиция, содержащая выделенный лизин и/или полипептидную конструкцию лизин-противомикробный пептид (AMP) и фармацевтически приемлемый носитель, причем указанный выделенный лизин содержит по меньшей мере один из:
(i) GN121 (SEQ ID NO: 175), GN123 (SEQ ID NO: 173), GN217 (SEQ ID NO: 8), варианта GN316 (SEQ ID NO: 24), GN316 (SEQ ID NO: 22), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN394 (SEQ ID NO: 48), GN396 (SEQ ID NO: 50), GN408 (SEQ ID NO: 52), GN418 (SEQ ID NO: 54), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN425 (SEQ ID NO:58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN485 (SEQ ID NO: 68), лизина PaP2_gp17 (SEQ ID NO: 96),
(ii) активного фрагмента указанного лизина, или
(iii) полипептида, обладающего активностью лизина и по меньшей мере 80% идентичностью последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 175, 173, 8, 24, 22, 26, 28, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 64, 66, 68 или 96;
причем указанная полипептидная конструкция лизин-AMP содержит:
(а) первый компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) лизина, выбранного из группы, состоящей из GN76 (SEQ ID NO: 203), GN4 (SEQ ID NO: 74), GN146 (SEQ ID NO: 78), GN14 (SEQ ID NO: 124), GN37 (SEQ ID NO: 84), необязательно с одиночной мутацией, повышающей pI, GN316 (SEQ ID NO: 22), необязательно с одиночной точечной мутацией, лизина Pap2_gp17 (SEQ ID NO: 96), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN202 (SEQ ID NO: 118), GN425 (SEQ ID NO: 58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN485 (SEQ ID NO: 68), GN123 (SEQ ID NO: 173) и GN121 (SEQ ID NO: 175); или
(ii) полипептида, обладающего активностью лизина и имеющего по меньшей мере 80% идентичность последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 203, 74, 78, 124, 84, 22, 26, 56, 118, 58, 60, 64, 66, 28, 68, 173 или 175; или
(iii) активного фрагмента указанного лизина; и
(b) второй компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) по меньшей мере одного противомикробного пептида (AMP), выбранного из группы, состоящей из Chp1 (SEQ ID NO: 133), Chp2 (SEQ ID NO: 70), CPAR39 (SEQ ID NO: 135), Chp3 (SEQ ID NO: 137), Chp4 (SEQ ID NO: 102), Chp6 (SEQ ID NO: 106), Chp7 (SEQ ID NO: 139), Chp8 (SEQ ID NO: 141), Chp9 (SEQ ID NO: 143), Chp10 (SEQ ID NO: 145), Chp11 (SEQ ID NO: 147), Chp12 (SEQ ID NO: 149), Gkh1 (SEQ ID NO: 151), Gkh2 (SEQ ID NO: 90), Unp1 (SEQ ID NO: 153), Ecp1 (SEQ ID NO: 155), Ecp2 (SEQ ID NO: 104), Tma1 (SEQ ID NO: 157), Osp1 (SEQ ID NO: 108), Unp2 (SEQ ID NO: 159), Unp3 (SEQ ID NO: 161), Gkh3 (SEQ ID NO: 163), Unp5 (SEQ ID NO: 165), Unp6 (SEQ ID NO: 167), Spi1 (SEQ ID NO: 169), Spi2 (SEQ ID NO: 171), Ecp3 (SEQ ID NO: 177), Ecp4 (SEQ ID NO: 179), ALCES1 (SEQ ID NO: 181), AVQ206 (SEQ ID NO: 183), AVQ244 (SEQ ID NO: 185), CDL907 (SEQ ID NO: 187), AGT915 (SEQ ID NO: 189), HH3930 (SEQ ID NO: 191), Fen7875 (SEQ ID NO: 193), SBR77 (SEQ ID NO: 195), Bdp1 (SEQ ID NO: 197), LVP1 (SEQ ID NO: 199), Lvp2 (SEQ ID NO: 201), фрагмента эскулентина (SEQ ID NO: 80), RI12 (SEQ ID NO: 88), TI15 (SEQ ID NO: 94), RI18 (SEQ ID NO: 92), FIRL (SEQ ID NO: 114), фрагмента ЛПС-связывающего белка (SEQ ID NO: 76), RR12Whydro (SEQ ID NO: 110), производного пептида RI18 (SEQ ID NO: 131) и катионного пептида (SEQ ID NO: 120), или (ii) полипептида, обладающего активностью AMP, причем указанный полипептид по меньшей мере на 80% идентичен по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 133, 70, 135, 137, 102, 106, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 90, 153, 155, 104, 157, 108, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 80, 88, 94, 92, 114, 76, 110, 131 и 120,
при этом указанная фармацевтическая композиция ингибирует рост бактерий P. aeruginosa, уменьшает количество бактерий P. aeruginosa и/или приводит к уничтожению P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека.
23. Фармацевтическая композиция по п. 22, характеризующаяся тем, что указанная полипептидная конструкция лизин-AMP дополнительно содержит по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент для поддержания по меньшей мере части структуры указанного первого и/или второго компонента в указанной конструкции по существу такой же, как в неконъюгированном лизине и/или AMP.
24. Фармацевтическая композиция по п. 23, характеризующаяся тем, что указанный по меньшей мере один стабилизирующий структуру компонент представляет собой пептид.
25. Фармацевтическая композиция по п. 24, характеризующаяся тем, что указанный пептид выбран из группы, состоящей из TAGGTAGG (SEQ ID NO: 72), IGEM (BBa_K1485002) (SEQ ID NO: 82), PPTAGGTAGG (SEQ ID NO: 98), IGEM +PP (остатки 44-58 SEQ ID NO: 16) и AGAGAGAGAGAGAGAGAS (SEQ ID NO: 122).
26. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 22-25, характеризующаяся тем, что указанный лизин выбран из группы, состоящей из GN316 (SEQ ID NO: 22), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN425 (SEQ ID NO:58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN485 (SEQ ID NO: 68), лизина PaP2_gp17 (SEQ ID NO: 96) и активного фрагмента указанного лизина.
27. Фармацевтическая композиция по п. 26, характеризующаяся тем, что указанный лизин или его активный фрагмент содержит по меньшей мере одну аминокислотную замену относительно SEQ ID NO: 22, 26, 28, 56, 58, 60, 64, 68 или 96.
28. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 22-27, характеризующаяся тем, что указанная полипептидная конструкция лизин-AMP содержит полипептидную последовательность, выбранную из по меньшей мере одного из: GN168 (SEQ ID NO: 2), GN176 (SEQ ID NO: 4), GN178 (SEQ ID NO: 6) GN218 (SEQ ID NO: 10), GN223 (SEQ ID NO: 12), GN239 (SEQ ID NO: 14), GN243 (SEQ ID NO: 16), GN280 (SEQ ID NO: 18), GN281 (SEQ ID NO: 20), GN349 (SEQ ID NO: 30), GN351 (SEQ ID NO: 32), GN352 (SEQ ID NO: 34), GN353 (SEQ ID NO: 36), GN357 (SEQ ID NO: 38), GN359 (SEQ ID NO: 40), GN369 (SEQ ID NO: 42), GN370 (SEQ ID NO: 44), GN371 (SEQ ID NO: 46), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN93 (SEQ ID NO: 62), или полипептидную последовательность, обладающую активностью лизина и по меньшей мере 80% идентичностью по меньшей мере с одной из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 60 и 62.
29. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 22-28, характеризующаяся тем, что указанная фармацевтическая композиция изготовлена в виде раствора, суспензии, эмульсии, порошка для ингаляции, аэрозоля или спрея.
30. Фармацевтическая композиция по любому из пп. 22-29, характеризующаяся тем, что указанная фармацевтическая композиция дополнительно содержит антибиотик, подходящий для лечения грамотрицательных бактерий.
31. Способ лечения бактериальной инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями, причем указанные грамотрицательные бактерии включают P. aeruginosa и необязательно один или более дополнительных видов грамотрицательных бактерий, при этом указанный способ включает:
введение субъекту, у которого диагностирована, который подвержен риску или который демонстрирует симптомы бактериальной инфекции, фармацевтической композиции по любому из пп. 22-30.
32. Способ по п. 31, характеризующийся тем, что указанная бактериальная инфекция представляет собой местную или системную патогенную бактериальную инфекцию.
33. Способ предотвращения или лечения бактериальной инфекции, включающий:
совместное введение субъекту, у которого диагностирована, который подвержен риску или который демонстрирует симптомы бактериальной инфекции, комбинации первого эффективного количества фармацевтической композиции по любому из пп. 22-29, и
второго эффективного количества антибиотика, подходящего для лечения инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями.
34. Способ повышения эффективности антибиотика, подходящего для лечения инфекции, вызванной грамотрицательными бактериями, включающий:
совместное введение указанного антибиотика в комбинации с композицией, содержащей эффективное количество выделенного лизина и/или полипептидной конструкции лизин-противомикробный пептид (AMP),
причем указанный выделенный лизин содержит по меньшей мере один из:
(i) GN121 (SEQ ID NO: 175), GN123 (SEQ ID NO: 173), GN217 (SEQ ID NO: 8), варианта GN316 (SEQ ID NO: 24), GN316 (SEQ ID NO: 22), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN394 (SEQ ID NO: 48), GN396 (SEQ ID NO: 50), GN408 (SEQ ID NO: 52), GN418 (SEQ ID NO: 54), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN425 (SEQ ID NO:58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN485 (SEQ ID NO: 68), лизина PaP2_gp17 (SEQ ID NO: 96), или
(ii) активного фрагмента указанного лизина, или
(iii) полипептида, обладающего активностью лизина и по меньшей мере 80% идентичностью последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 175, 173, 8, 24, 22, 26, 28, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 64, 66, 68 или 96;
причем указанная полипептидная конструкция лизин-AMP содержит:
(а) первый компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) лизина, выбранного из группы, состоящей из GN76 (SEQ ID NO: 203), GN4 (SEQ ID NO: 74), GN146 (SEQ ID NO: 78), GN14 (SEQ ID NO: 124), GN37 (SEQ ID NO: 84), необязательно с одиночной мутацией, повышающей pI, GN316 (SEQ ID NO: 22), необязательно с одиночной точечной мутацией, лизина Pap2_gp17 (SEQ ID NO: 96), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN202 (SEQ ID NO: 118), GN425 (SEQ ID NO: 58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN485 (SEQ ID NO: 68), GN123 (SEQ ID NO: 173) и GN121 (SEQ ID NO: 175); или
(ii) полипептида, обладающего активностью лизина и имеющего по меньшей мере 80% идентичность последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 203, 74, 78, 124, 84, 22, 96, 26, 56, 118, 58, 60, 64, 66, 28, 68, 173 или 175; или
(iii) активного фрагмента указанного лизина; и
(b) второй компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) по меньшей мере одного противомикробного пептида (AMP), выбранного из группы, состоящей из Chp1 (SEQ ID NO: 133), Chp2 (SEQ ID NO: 70), CPAR39 (SEQ ID NO: 135), Chp3 (SEQ ID NO: 137), Chp4 (SEQ ID NO: 102), Chp6 (SEQ ID NO: 106), Chp7 (SEQ ID NO: 139), Chp8 (SEQ ID NO: 141), Chp9 (SEQ ID NO: 143), Chp10 (SEQ ID NO: 145), Chp11 (SEQ ID NO: 147), Chp12 (SEQ ID NO: 149), Gkh1 (SEQ ID NO: 151), Gkh2 (SEQ ID NO: 90), Unp1 (SEQ ID NO: 153), Ecp1 (SEQ ID NO: 155), Ecp2 (SEQ ID NO: 104), Tma1 (SEQ ID NO: 157), Osp1 (SEQ ID NO: 108), Unp2 (SEQ ID NO: 159), Unp3 (SEQ ID NO: 161), Gkh3 (SEQ ID NO: 163), Unp5 (SEQ ID NO: 165), Unp6 (SEQ ID NO: 167), Spi1 (SEQ ID NO: 169), Spi2 (SEQ ID NO: 171), Ecp3 (SEQ ID NO: 177), Ecp4 (SEQ ID NO: 179), ALCES1 (SEQ ID NO: 181), AVQ206 (SEQ ID NO: 183), AVQ244 (SEQ ID NO: 185), CDL907 (SEQ ID NO: 187), AGT915 (SEQ ID NO: 189), HH3930 (SEQ ID NO: 191), Fen7875 (SEQ ID NO: 193), SBR77 (SEQ ID NO: 195), Bdp1 (SEQ ID NO: 197), LVP1 (SEQ ID NO: 199), Lvp2 (SEQ ID NO: 201), фрагмента эскулентина (SEQ ID NO: 80), RI12 (SEQ ID NO: 88), TI15 (SEQ ID NO: 94), RI18 (SEQ ID NO: 92), FIRL (SEQ ID NO: 114), фрагмента ЛПС-связывающего белка (SEQ ID NO: 76), RR12Whydro (SEQ ID NO: 110), производного пептида RI18 (SEQ ID NO: 131) и катионного пептида (SEQ ID NO: 120) или
(ii) полипептида, обладающего активностью AMP, причем указанный полипептид по меньшей мере на 80% идентичен по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 133, 70, 135, 137, 102, 106, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 90, 153, 155, 104, 157, 108, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 80, 88, 94, 92, 114, 76, 110, 131 и 120,
причем указанная композиция обладает по меньшей мере одним видом активности, выбранным из ингибирования роста бактерий P. aeruginosa, уменьшения количества бактерий P. aeruginosa и/или уничтожения P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека, и
при этом введение указанной комбинации является более эффективным в ингибировании роста или уменьшении количества, или уничтожении грамотрицательных бактерий в присутствии или в отсутствие, или как в присутствии, так и в отсутствие сыворотки человека, чем введение либо указанного антибиотика, либо указанного лизина, либо указанной полипептидной конструкции лизин-AMP по отдельности.
35. Способ ингибирования роста или уменьшения количества, или уничтожения по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий, причем указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий представляет собой P. aeruginosa и необязательно один или более дополнительных видов грамотрицательных бактерий, при этом указанный способ включает:
приведение указанных бактерий в контакт с композицией, содержащей эффективное количество выделенного лизина и/или полипептидной конструкции лизин-противомикробный пептид (AMP),
при этом указанный выделенный лизин содержит по меньшей мере один из:
(i) GN121 (SEQ ID NO: 175), GN123 (SEQ ID NO: 173), GN217 (SEQ ID NO: 8), варианта GN316 (SEQ ID NO: 24), GN316 (SEQ ID NO: 22), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN394 (SEQ ID NO: 48), GN396 (SEQ ID NO: 50), GN408 (SEQ ID NO: 52), GN418 (SEQ ID NO: 54), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN425 (SEQ ID NO:58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN485 (SEQ ID NO: 68), лизина PaP2_gp17 (SEQ ID NO: 96), или
(ii) активного фрагмента указанного лизина, или
(iii) полипептида, обладающего активностью лизина и по меньшей мере 80% идентичностью последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 175, 173, 8, 24, 22, 26, 28, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 64, 66, 68 или 96;
причем указанная полипептидная конструкция лизин-AMP содержит:
(а) первый компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) лизина, выбранного из группы, состоящей из GN76 (SEQ ID NO: 203), GN4 (SEQ ID NO: 74), GN146 (SEQ ID NO: 78), GN14 (SEQ ID NO: 124), GN37 (SEQ ID NO: 84), необязательно с одиночной мутацией, повышающей pI, GN316 (SEQ ID NO: 22), необязательно с одиночной точечной мутацией, лизина Pap2_gp17 (SEQ ID NO: 96), GN329 (SEQ ID NO: 26), GN424 (SEQ ID NO: 56), GN202 (SEQ ID NO: 118), GN425 (SEQ ID NO: 58), GN428 (SEQ ID NO: 60), GN431 (SEQ ID NO: 64), GN486 (SEQ ID NO: 66), GN333 (SEQ ID NO: 28), GN485 (SEQ ID NO: 68), GN123 (SEQ ID NO: 173) и GN121 (SEQ ID NO: 175); или
(ii) полипептида, обладающего активностью лизина и имеющего по меньшей мере 80% идентичность последовательности с полипептидной последовательностью по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 203, 74, 78, 124, 84, 22, 96, 26, 56, 118, 58, 60, 64, 66, 28, 68, 173 или 175; или
(iii) активного фрагмента указанного лизина; и
(b) второй компонент, содержащий полипептидную последовательность:
(i) по меньшей мере одного противомикробного пептида (AMP), выбранного из группы, состоящей из Chp1 (SEQ ID NO: 133), Chp2 (SEQ ID NO: 70), CPAR39 (SEQ ID NO: 135), Chp3 (SEQ ID NO: 137), Chp4 (SEQ ID NO: 102), Chp6 (SEQ ID NO: 106), Chp7 (SEQ ID NO: 139), Chp8 (SEQ ID NO: 141), Chp9 (SEQ ID NO: 143), Chp10 (SEQ ID NO: 145), Chp11 (SEQ ID NO: 147), Chp12 (SEQ ID NO: 149), Gkh1 (SEQ ID NO: 151), Gkh2 (SEQ ID NO: 90), Unp1 (SEQ ID NO: 153), Ecp1 (SEQ ID NO: 155), Ecp2 (SEQ ID NO: 104), Tma1 (SEQ ID NO: 157), Osp1 (SEQ ID NO: 108), Unp2 (SEQ ID NO: 159), Unp3 (SEQ ID NO: 161), Gkh3 (SEQ ID NO: 163), Unp5 (SEQ ID NO: 165), Unp6 (SEQ ID NO: 167), Spi1 (SEQ ID NO: 169), Spi2 (SEQ ID NO: 171), Ecp3 (SEQ ID NO: 177), Ecp4 (SEQ ID NO: 179), ALCES1 (SEQ ID NO: 181), AVQ206 (SEQ ID NO: 183), AVQ244 (SEQ ID NO: 185), CDL907 (SEQ ID NO: 187), AGT915 (SEQ ID NO: 189), HH3930 (SEQ ID NO: 191), Fen7875 (SEQ ID NO: 193), SBR77 (SEQ ID NO: 195), Bdp1 (SEQ ID NO: 197), LVP1 (SEQ ID NO: 199), Lvp2 (SEQ ID NO: 201), фрагмента эскулентина (SEQ ID NO: 80), RI12 (SEQ ID NO: 88), TI15 (SEQ ID NO: 94), RI18 (SEQ ID NO: 92), FIRL (SEQ ID NO: 114), фрагмента ЛПС-связывающего белка (SEQ ID NO: 76), RR12Whydro (SEQ ID NO: 110), производного пептида RI18 (SEQ ID NO: 131) и катионного пептида (SEQ ID NO: 120) или
(ii) полипептида, обладающего активностью AMP, причем указанный полипептид по меньшей мере на 80% идентичен по меньшей мере одной из SEQ ID NO: 133, 70, 135, 137, 102, 106, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 90, 153, 155, 104, 157, 108, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 80, 88, 94, 92, 114, 76, 110, 131 и 120, и
при этом указанная композиция обладает по меньшей мере одним видом активности, выбранным из ингибирования роста бактерий P. aeruginosa, уменьшения количества бактерий P. aeruginosa и/или уничтожения P. aeruginosa в отсутствие и/или в присутствии сыворотки человека.
36. Способ по любому из пп. 31, 32 и 35, характеризующийся тем, что указанный один или более дополнительных видов грамотрицательных бактерий выбраны из группы, состоящей из Klebsiella spp., Enterobacter spp., Escherichia coli, Citrobacter freundii, Salmonella typhimurium, Yersinia pestis и Franciscella tulerensis.
37. Способ по п. 33 или 34 или фармацевтическая композиция по п. 30, характеризующиеся тем, что указанный антибиотик выбран из одного или более из цефтазидима, цефепима, цефоперазона, цефтобипрола, ципрофлоксацина, левофлоксацина, аминогликозидов, имипенема, меропенема, дорипенема, гентамицина, тобрамицина, амикацина, пиперациллина, тикарциллина, пенициллина, рифампицина, полимиксина B и колистина.
38. Полипептидная конструкция лизин-AMP, выделенный полипептид, выделенный полинуклеотид, рекомбинантный вектор, клетка-хозяин, фармацевтическая композиция или способы по любому из предшествующих пунктов, причем указанный по меньшей мере один вид активности дополнительно включает ингибирование роста или уменьшение количества по меньшей мере одного вида грамотрицательных бактерий в дополнение к P. aeruginosa.
39. Полипептидная конструкция лизин-AMP, выделенный полипептид, выделенный полинуклеотид, рекомбинантный вектор, клетка-хозяин, фармацевтическая композиция или способ по п. 35, причем указанный по меньшей мере один вид грамотрицательных бактерий в дополнение к P. aeruginosa выбран из группы, состоящей из Klebsiella spp., Enterobacter spp., Escherichia coli, Citrobacter freundii, Salmonella typhimurium, Yersinia pestis и Franciscella tulerensis.
40. Полипептидная конструкция лизин-AMP, выделенный полипептид, выделенный полинуклеотид, рекомбинантный вектор, клетка-хозяин, фармацевтическая композиция или способы по любому из предшествующих пунктов, причем указанная полипептидная конструкция лизин-AMP или указанный выделенный полипептид повторно сенсибилизирует P. aeruginosa к антибиотику.
41. Полипептидная конструкция лизин-AMP, выделенный полипептид, выделенный полинуклеотид, рекомбинантный вектор, клетка-хозяин, фармацевтическая композиция или способы по п. 40, причем указанный антибиотик представляет собой карбапенем.