СПОСОБ ДИАГНОСТИКИ, ПРОГНОЗИРОВНИЯ И ЛЕЧЕНИЯ ГЛИОМЫ

1. Способ лечения опухоли глиомы, включающий в себя
(а) измерение экспрессии набора GDM в образце опухоли;
(b) определение субклассификации опухоли PN, Prolif или Mes; и
(с) контактирование по меньшей мере с эффективным количеством терапевтического средства, выбранного на основе субклассификации;
где (I) опухоли с субклассификацией Prolif подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (а) антагониста Аkt, и/или антагониста Prolif, и/или антимитотического агента, и (b) неврального дифференцировочного агента; (II) опухоли с субклассификацией Mes подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (а) антагониста Аkt и/или Mes, и/или антиангиогенного средства, и (b) неврального дифференцировочного агента; и (III) опухоли с субклассификацией PN подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (1) антагониста PN и/или (2) неврального дифференцировочного агента необязательно в комбинации с одним или более из следующего: (3) антагониста Аkt, (4) антимитотического агента и (5) антиангиогенного средства.
2. Способ по п.1, в котором субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом с использованием иерархической кластеризации.
3. Способ по п.1, в котором субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом, используя кластеризацию средних k-значений.
4. Способ по п.1, в котором субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом, используя баллотировочную схему.
5. Способ по п.1, в котором субклассификацию проводят путем сравнения сходства экспрессии набора маркеров GDM между опухолью и рядом ранее классифицированных образцов глиом.
6. Способ по п.1, в котором антагонист PN выбран из группы, состоящей из [антагонистов любого из] маркеров PN, указанных в таблице А, за исключением DLL3, Nog, Olig1, Olig2, THR и ASCL1.
7. Способ по п.1, в котором антагонист Prolif выбран из группы, состоящей из антагонистов любого из маркеров Prolif, указанных в таблице А.
8. Способ по п.1, в котором антагонист Mes выбран из группы, состоящей из антагонистов любого из маркеров Mes, указанных в таблице А.
9. Способ по п.1, в котором антагонист Akt выбран из группы, состоящей из антагонистов akt1, akt2, akt3, антагонистов регуляторного или каталитического домена PIK3, PD1, FRAP, RPS6KB1, SGK, EGFR, IGFR и активаторов, стимуляторов или восстановителей PTEN, INPP5D или INPPL1.
10. Способ по п.1, в котором антимитотический агент выбран из группы, состоящей из темозоламида, BCNU, CCNU, ломустина, глиадела, этопозида, кармустина, иронотекана, топотекана, прокарбазина, цисплатина, карбоплатина, циклофосфамида, винкристина, доксорубицина, дактиномицина, блеомицина, пликамицина, метотрексата, цитарабина, паклитаксела, ауристатинов, маитанзиноидов.
11. Способ по п.1, в котором антиангиогенное средство выбрано из группы, состоящей из антагонистов VEGF, антитела против VEGF, антагонистов VEGFR1 и VEGFR2.
12. Способ по п.1, в котором невральный дифференцировочный агент выбран из группы, состоящей из MAP2, бета-тубулина, GAD65 и GAP43. Примеры невральных дифференцировочных агентов включают, но не ограничиваются этим, ретиноевую кислоты, вальпроевую кислоту и их производные (например, эфиры, соли, ретиноиды, ретинаты, вальпроаты и т.д.); гормон щитовидной железы или другие агонисты рецептора гормона щитовидной железы; ноггин; BDNF, NT 4/5 или другие агонисты рецептора NTRK2; веществ, повышающих экспрессию факторов транскрипции ASCL1, OLIG1; агонисты dll3, антагонисты Notch 1, 2, 3 или 4, ингибиторы гамма-секретазы, включая низкомолекулярные ингибиторы никастрина, Aph1A, Aph1B, Psen1, Psen2 и PSENEN, антагонист дельта-подобного лиганда (DLL)-1, антагонист дельта-подобного лиганда (DLL)-4, антагонист jagged 1, антагонист jagged 2, агонист numb и numb-подобный агонист.
13. Способ прогнозирования и/или диагностики глиомы, включающий в себя
(а) измерение экспрессии набора GDM;
(b) определение субклассификации PN, Prolif или Mes опухоли;
(с) прогнозирование или диагностику исхода заболевания;
где субклассификация Prolif или Mes указывает на худший прогноз или укороченное время выживаемости, а субклассификация PN указывает на лучший прогноз или удлиненное время выживаемости.
14. Способ по п.7, где субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом с использованием иерархической кластеризации.
15. Способ по п.7, где субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом с использованием кластеризации средних k-значений.
16. Способ по п.7, где субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов с использованием баллотировочной схемы.
17. Способ по п.7, где субклассификацию проводят путем сравнения сходства экспрессии набора маркеров GDM между опухолью и рядом ранее классифицированных образцов глиом.
18. Способ прогнозирования и/или диагностики глиомы, включающий в себя
(а) определение экспрессии опухолевых маркеров PTEN и DLL3 в образце опухоли; и
(b) прогнозирование и/или диагностику исхода заболевания на основе экспрессии маркеров опухоли;
где более высокая экспрессия обоих маркеров PTEN, и DLL3 указывает на лучший прогноз, или удлинение времени выживаемости, а более низкий уровень экспрессии PTEN, независимо от уровня экспрессии DLL3, указывает на худший прогноз, или укорочение времени выживаемости.
19. Способ мониторинга или диагностики глиомы, включающий в себя сравнение профиля экспрессии определяющих глиому маркеров («GDM») по меньшей мере в двух образцах опухоли от пациента, включающий в себя следующие стадии:
(а) измерение экспрессии GDM в первом образце опухоли в первой временной точке;
(b) измерение экспрессии GDM во втором образце опухоли во второй, более поздней временной точке;
(с) определение субклассификации PN, Prolif или Mes в первом и втором образцах;
где переход от субклассификации PN или Prolif к Mes от первого ко второму образцу опухоли указывает на увеличение тяжести или на прогрессирование указанной опухоли.
20. Способ снижения размера или роста глиомы, включающий в себя
(а) измерение экспрессии ряда GDM в образце опухоли;
(b) определение субклассификации PN, Prolif или Mes опухоли; и
(с) контактирование по меньшей мере с эффективным количеством терапевтического средства на основе субклассификации;
где (I) опухоли с субклассификацией Prolif подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (а) антагониста Аkt и/или антагониста Prolif, и/или антимитотического агента, и (b) неврального дифференцировочного агента; (II) опухоли с субклассификацией Mes подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (а) антагониста Аkt и/или Mes, и/или антиангиогенного средства, и (b) неврального дифференцировочного агента; и (III) опухоли с субклассификацией PN подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (1) антагониста PN и/или (2) неврального дифференцировочного агента необязательно в комбинации с одним или более из следующего: (3) антагониста Аkt, (4) антимитотического агента и (5) антиангиогенного средства; и где результатом является снижение размера или роста опухоли.
21. Способ по п.20, в котором субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом с использованием иерархической кластеризации.
22. Способ по п.20, в котором субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов глиом с использованием кластеризации средних k-значений.
23. Способ по п.20, в котором субклассификацию проводят путем сравнения опухоли с рядом образцов с использованием баллотировочной схемы.
24. Способ по п.20, в котором субклассификацию проводят путем сравнения сходства экспрессии набора маркеров GDM между опухолью и рядом ранее классифицированных образцов глиом.
25. Способ по п.20, в котором антагонист PN выбран из группы, состоящей из антагониста любого из маркеров PN, указанных в таблице А, за исключением DLL3, Nog, Olig1, Olig2, THR и ASCL1.
26. Способ по п.20, в котором антагонист Prolif выбран из группы, состоящей из антагонистов любого из маркеров Prolif, указанных в таблице А.
27. Способ по п.20, в котором антагонист Mes выбран из группы, состоящей из антагонистов любого из маркеров Mes, указанных в таблице А.
28. Способ по п.20, где антагонист Akt выбран из группы, состоящей из антагонистов akt1, akt2, akt3, антагонистов регуляторного или каталитического домена PIK3, PD1, FRAP, RPS6KB1, SGK, EGFR, IGFR и активаторов, стимуляторов или восстановителей PTEN, INPP5D или INPPL1.
29. Способ по п.20, где антиангиогенное средство выбрано из группы, состоящей из антагонистов VEGF, антител против VEGF, антагонистов VEGFR1 и VEGFR2.
30. Способ по п.20, где антимитотический агент выбран из группы, состоящей из темозоламида, BCNU, CCNU, ломустина, глиадела, этопозида, кармустина, иронотекана, топотекана, прокарбазина, цисплатина, карбоплатина, циклофосфамида, винкристина, доксорубицина, дактиномицина, блеомицина, пликамицина, метотрексата, цитарабина, паклитаксела, ауристатинов, маитанзиноидов.
31. Способ по п.20, где невральный дифференцировочный агент выбран из группы, состоящей из MAP2, бета-тубулина, GAD65 и GAP43, примеры невральных дифференцировочных агентов включают, но не ограничиваются этим, ретиноевую кислоту, вальпроевую кислоту и их производные (например, эфиры, соли, ретиноиды, ретинаты, вальпроаты и т.д.); гормон щитовидной железы или другие агонисты рецептора гормона щитовидной железы; ноггин; BDNF, NT 4/5 или другие агонисты рецептора NTRK2; вещества, повышающие экспрессию факторов транскрипции ASCL1, OLIG1; агонисты dll3, антагонисты Notch 1, 2, 3 или 4, ингибиторы гамма-секретазы, включая низкомолекулярные ингибиторы никастрина, Aph1A, Aph1B, Psen1, Psen2 и PSENEN, антагонист дельта-подобного лиганда (DLL)-1, антагонист дельта-подобного лиганда (DLL)-4, антагонист jagged 1, антагонист jagged 2, агонист numb или numb-подобный агонист.
32. Способ по п.20, в котором контактирование антагониста и/или агента приводит к гибели опухолевой клетки.
33. Способ по п.20, в котором антагонист PN, Prolif или Mes представляет собой (1) антитело против PN, Prolif или Mes, (2) антигенсвязывающий фрагмент антитела антитело против PN, Prolif или Mes, (3) PN-, Prolif- или Mes-связывающий олигопептид, (4) низкомолекулярный антагонист PN, Prolif или Mes или (5) антисмысловой олигонуклеотид PN, Prolif или Mes.
34. Способ по п.20, в котором антагонист PN, Prolif или Mes выбран из группы, состоящей из (1) антитела против PN, Prolif или Mes и (2) антигенсвязывающего фрагмента антитела против PN, Prolif или Mes.
35. Способ по п.20, в котором антагонист-антитело выбрано из группы, состоящей из моноклонального антитела, химерного антитела, гуманизированного антитела и одноцепочечного антитела.
36. Способ по п.20, в котором антитело или антигенсвязывающий фрагмент антитела конъюгированы с ингибирующим рост агентом или цитотоксическим препаратом.
37. Способ по п.20, в котором ингибирующий рост агент или цитотоксический препарат выбран из группы, состоящей из маитанзиноида, калихеамицина, антибиотика, радиоактивного изотопа и нуклеолитического фермента.
38. Способ терапевтического лечения млекопитающего с опухолью-глиомой, включающий в себя
(а) измерение экспрессии набора GDM в образце опухоли;
(b) определение субклассификации PN, Prolif или Mes опухоли; и
(с) контактирование по меньшей мере с эффективным количеством терапевтического средства на основе субклассификации;
где (I) опухоли с субклассификацией Prolif подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя введение млекопитающему терапевтически эффективных количеств (а) антагониста Аkt и/или антагониста Prolif, и/или антимитотического агента, и (b) неврального дифференцировочного агента; (II) опухоли с субклассификацией Mes подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (а) антагониста Аkt и/или Mes, и/или антиангиогенного средства, и (b) неврального дифференцировочного агента; и (III) опухоли с субклассификацией PN подвергаются лечению под действием комбинированной терапии, включающей в себя контактирование с эффективными количествами (1) антагониста PN и/или (2) неврального дифференцировочного агента необязательно в комбинации с одним или более из следующего: (3) антагониста Аkt, (4) антимитотического агента и (5) антиангиогенного средства; и где результатом является снижение размера или роста опухоли.
39. Способ по п.38, в котором введение антагониста или агента приводит к гибели опухоли-глиомы.
40. Способ по п.38, в котором антагонист или агент представляет собой антитело, антигенсвязывающий фрагмент антитела, олигопептид, низкомолекулярный антагонистили антисмысловой олигонуклеотид.
41. Способ по п.40, в котором антагонист-антитело выбрано из группы, состоящей из моноклонального антитела, химерного антитела, гуманизированного антитела и одноцепочечного антитела.
42. Способ по п.40, в котором антитело или антигенсвязывающий фрагмент антитела конъюгированы с ингибирующим рост агентом или цитотоксическим препаратом.
43. Способ по п.42, где ингибирующий рост агент или цитотоксический препарат выбран из группы, состоящей из маитанзиноида, калихеамицина, антибиотика, радиоактивного изотопа и нуклеолитического фермента.
44. Способ определения уровня экспрессии PN-, Prolif- или Mes-определяющих глиому маркеров («GDM») в образце, включающий в себя воздействие на образец PN-, Prolif- или Mes-связывающих агентов и определение уровня связывания каждого связывающего агента в образце, где уровень связывания указывает на уровень экспрессии, соответственно, PN-, Prolif- или Mes-GDM в образце.
45. Способ по п.44, где PN-, Prolif- или Mes-связывающий агент выбран из группы, состоящей из антитела против PN, Prolif или Mes; PN-, Prolif- или Mes-связывающего фрагмента антитела; PN-, Prolif- или Mes-связывающего олигопептида, низкомолекулярного антагониста PN, Prolif или Mes и антисмыслового олигонуклеотида PN, Prolif или Mes.
46. Способ по п.44, где антитело против PN, Prolif или Mes выбрано из группы, состоящей из моноклонального антитела, антигенсвязывающего фрагмента антитела, химерного антитела, гуманизированного антитела и одноцепочечного антитела.
47. Способ по п.45, где PN-, Prolif- или Mes-связывающий агент содержат детектируемую метку.
48. Способ прогнозирования времени выживаемости млекопитающего с опухолью глиомой, включающий в себя
(а) изъятие тестируемого образца опухоли;
(b) измерение уровня экспрессии PTEN и DLL3 в тестируемом образце и в ряду не менее чем тридцати (30) высокодифференцированных глиом от пациентов, для которых известно время выживаемости;
где более высокий уровень экспрессии обоих маркеров, и PTEN, и DLL3, в тестируемом образце указывает на статистически повышенную вероятность более длительной выживаемости по сравнению со средним показателем в стандартной популяции образцов, а более низкий уровень экспрессии одного из PTEN и DLL3 в тестируемом образце указывает на статистически повышенную вероятность более короткой выживаемости по сравнению со средним показателем в стандартной популяции образцов.
49. Способ диагностики тяжести опухоли глиомы у млекопитающего, включающий в себя
(а) контактирование тестируемого образца, содержащего ткань от млекопитающего, с
(i) первым реагентом, который является антителом, олигопептидом или небольшой органической молекулой, которые связываются с полипептидом PTEN; и
(ii) вторым реагентом, который является антителом, олигопептидом или небольшой органической молекулой, которые связываются с полипептидом DLL3;
(b) измерение уровня образования комплекса между первым и вторым реагентами, соответственно, с полипептидами PTEN и DLL3 в тестируемом образце,
где высокий уровень образования комплекса с обоими маркерами, и PTEN, и DLL3, указывает на наличие умеренной опухоли, а образование комплекса с одним из PTEN или DLL3 на низком уровне указывает на наличие большой опухоли.
50. Способ по п.49, в котором в первый и/или второй реагенты вводят детектируемую метку.
51. Способ по п.50, в котором первый и/или второй реагенты присоединены к твердой подложке.
52. Применение (а) GDM-полипептида PN, Prolif или Mes или (b) нуклеиновой кислоты, кодирующей (а), в производстве лекарственного препарата, пригодного для (i) терапевтического лечения или (ii) диагностического детектирования опухоли-глиомы.
53. Применение по п.52, где полипептид GDM представляет собой антитело, GDM-связывающий фрагмент антитела, GDM-связывающий олигопептид, низкомолекулярный антагонист GDM или антисмысловой олигонуклеотид GDM.
54. Применение по п.п.52 или 53, где антитело представляет собой моноклональное антитело, антигенсвязывающий фрагмент антитела, химерное антитело, гуманизированное антитело или одноцепочечное антитело.
55. Способ терапевтического лечения млекопитающего с опухолью-глиомой, включающий в себя контактирование с эффективными количествами неврального дифференцировочного агента в комбинации с одним или более из следующего: (1) антагониста Akt; (2) антимитотического агента и (3) антиангиогенного средства; и где результатом является снижение размера или роста опухоли.