СПОСОБЫ, КОМПОЗИЦИИ И КОМПОНЕНТЫ ДЛЯ РЕДАКТИРОВАНИЯ TGFBR2 ПОСРЕДСТВОМ CRISPR-CAS9 В T-КЛЕТКАХ ДЛЯ ИММУНОТЕРАПИИ

1. Система редактирования генома, содержащая: нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени из гена рецептора II трансформирующего фактора роста β (TGFBR2); и
направляемую РНК нуклеазу.
2. Система редактирования генома по п.1, где последовательность-мишень гена TGFBR2 содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 2 и 3.
3. Система редактирования генома по п.1, где последовательность-мишень гена TGFBR2 содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4-10.
4. Система редактирования генома по п.1, где нацеливающий домен имеет по меньшей мере 85% комплементарность с последовательностью-мишенью гена TGFBR2.
5. Система редактирования генома по п.1, где указанный нацеливающий домен имеет конфигурацию для образования двухцепочечного разрыва или одноцепочечного разрыва в пределах приблизительно 500 п.о., приблизительно 450 п.о., приблизительно 400 п.о., приблизительно 350 п.о., приблизительно 300 п.о., приблизительно 250 п.о., приблизительно 200 п.о., приблизительно 150 п.о., приблизительно 100 п.о., приблизительно 50 п.о., приблизительно 25 п.о., или приблизительно 10 п.о. от положения мишени в TGFBR2, таким образом, изменения указанного гена TGFBR2.
6. Система редактирования генома по п.5, где экспрессию гена TGFBR2 подвергают нокауту или нокдауну.
7. Система редактирования генома по любому из пп. 1-6, где указанная нРНК нацелена на кодирующую область или некодирующую область указанного гена TGFBR2, где указанная некодирующая область содержит промоторную область, энхансерную область, интрон, 3’-UTR, 5’-UTR или область сигнала полиаденилирования указанного гена TGFBR2.
8. Система редактирования генома по п.7, где указанная кодирующая область выбрана из экзона 3, экзона 4 и экзона 5.
9. Система редактирования генома по любому из пп. 1-8, где указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5036-5096.
10. Система редактирования генома по любому из пп. 1-9, где:
Cas9 S. pyogenes
указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой нуклеазу, и
указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из:
(a) SEQ ID NO: 5041;
(b) SEQ ID NO: 5042;
(c) SEQ ID NO: 5047;
(d) SEQ ID NO: 5050;
(e) SEQ ID NO: 5052;
(f) SEQ ID NO: 5092; и
(g) SEQ ID NO: 5093.
Cas9 S. pyogenes
11. Система редактирования генома по п.10, где: указанная нуклеаза узнает смежный с протоспейсером мотив (PAM) NGG;
система редактирования генома нацелена на TGFBR2;
и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5041-5042, 5047, 5050, 5052 и 5092-5093.
Cas9 S. aureus
12. Система редактирования генома по любому из пп. 1-9, где указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой нуклеазу.
нуклеаза Cas9 S. aureus
13. Система редактирования генома по п.12, где указанная  узнает PAM либо NNNRRT, либо NNNRRV, и система редактирования генома нацелена на TGFBR2.
14. Система редактирования генома по любому из пп. 1-13, где указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой мутантную нуклеазу Cas9.
15. Система редактирования генома по любому из пп. 1-14, где указанная нРНК представляет собой модульную нРНК или химерную нРНК.
16. Система редактирования генома по любому из пп. 1-15, где указанный нацеливающий домен имеет длину приблизительно 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 или 26 нуклеотидов.
17. Система редактирования генома по п.16, где указанный нацеливающий домен содержит по меньшей мере приблизительно 18 смежных нуклеотидов, которые являются комплементарными гену TGFBR2.
18. Система редактирования генома по любому из пп. 1-17, содержащая две, три или четыре нРНК.
19. Система редактирования генома по п.9, содержащая:
Cas9 S. pyogenes
по меньшей мере одну нуклеазу; и нРНК, содержащую комбинацию SEQ ID NO: 5042 и 5041 или комбинацию 5042 и 5092, или комбинацию SEQ ID NO: 5042 и 5093, или комбинацию SEQ ID NO: 5093 и 5041.
20. Система редактирования генома по любому из пп. 1-19 для применения в изменении указанного гена TGFBR2 в клетке.
21. Система редактирования генома по п.20, где указанная клетка происходит от субъекта, страдающего злокачественной опухолью.
22. Система редактирования генома по п.1, где экспрессию TGFBR2 уменьшают на 30% или более, относительно исходного измерения.
23. Система редактирования генома по п.22, где экспрессию белка TGFBR2 определяют посредством Вестерн-блоттинга или непрямого внутриклеточного окрашивания посредством проточной цитометрии.
24. Система редактирования генома по п.1, где мутацию сдвига рамки считывания вводят в ген TGFBR2.
25. Композиция, содержащая нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени гена TGFBR2.
26. Композиция по п.25, где последовательность-мишень гена TGRBR2 содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, 2 и 3.
27. Композиция по п.25, где последовательность-мишень гена TGRBR2 содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 4-10.
28. Композиция по п.25, где нацеливающий домен имеет по меньшей мере 85% комплементарность с последовательностью-мишенью гена TGRBR2.
29. Композиция по п.25, где указанный нацеливающий домен имеет длину приблизительно 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 или 26 нуклеотидов.
30. Композиция по п.29, где указанный нацеливающий домен содержит по меньшей мере приблизительно 18 смежных нуклеотидов, которые являются комплементарными гену TGFBR2
31. Композиция по п.25, где указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5036-5096.
32. Композиция по п.25 или 31, содержащая одну, две, три или четыре нРНК.
33. Композиция по любому из пп. 25-32, дополнительно содержащая нуклеазу Cas9.
Cas9 S. pyogenes
Cas9 S. aureus
34. Композиция по п.33, где указанная нуклеаза Cas9 представляет собой нуклеазу или нуклеазу.
35. Композиция по п.33, дополнительно содержащая одну или обе из нуклеазы Cas9 дикого типа и мутантной нуклеазы Cas9.
S. pyogenes
36. Композиция по п.33, где указанная молекула Cas9 представляет собой молекулу Cas9 , и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из:
(a) SEQ ID NO: 5041;
(b) SEQ ID NO: 5042;
(c) SEQ ID NO: 5047;
(d) SEQ ID NO: 5050;
(e) SEQ ID NO: 5052;
(f) SEQ ID NO: 5092; и
(g) SEQ ID NO: 5093.
Cas9 S. pyogenes
37. Композиция по п.36, где указанная нуклеаза узнает смежный с протоспейсером мотив (PAM) NGG, композиция нацелена на TGFBR2, и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 5041-5042, 5047, 5050, 5052, 5092 и 5093.
Cas9 S. aureus
38. Композиция по п.34, где указанная нуклеаза узнает PAM либо NNNRRT, либо NNNRRV, и композиция нацелена на TGFBR2.
39. Композиция по любому из пп. 25-38, содержащая:
Cas9 S. pyogenes
по меньшей мере одну нуклеазу; и нРНК, содержащую комбинацию SEQ ID NO: 5042 и 5041 или комбинацию 5042 и 5092, или комбинацию SEQ ID NO: 5042 и 5093, или комбинацию SEQ ID NO: 5093 и 5041.
40. Композиция по любому из пп. 25-39 для применения для уменьшения или прекращения указанной экспрессии гена TGFBR2 в клетке.
41. Композиция по п.40, где указанная клетка происходит от субъекта, страдающего от злокачественной опухоли.
42. Вектор, содержащий полинуклеотид, кодирующий нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени гена TGFBR2.
43. Вектор по п.42, где указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5036-5096.
44. Вектор по п.42 или 43, дополнительно содержащий полинуклеотид, кодирующий нуклеазу Cas9.
Cas9 S. pyogenes
Cas9 S. aureus
45. Вектор по п.44, где указанная нуклеаза Cas9 представляет собой нуклеазу или нуклеазу.
46. Вектор по п.44 или 45, где указанная нуклеаза Cas9 дополнительно содержит одну или обе из нуклеазы Cas9 дикого типа и мутантной нуклеазы Cas9.
Cas9 S. pyogenes
47. Вектор по п.44, где указанная нуклеаза Cas9 представляет собой нуклеазу, и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из:
(a) SEQ ID NO: 5041;
(b) SEQ ID NO: 5042;
(c) SEQ ID NO: 5047;
(d) SEQ ID NO: 5050;
(e) SEQ ID NO: 5052;
(f) SEQ ID NO: 5092; и
(g) SEQ ID NO: 5093.
нуклеаза Cas9 S. pyogenes
48. Вектор по п.47, где указанная  узнает смежный с протоспейсером мотив (PAM) NGG, вектор кодирует нРНК, нацеленную на TGFBR2, и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 5041-5042, 5047, 5050, 5052 и 5092-5093.
нуклеаза Cas9 S. aureus
49. Вектор по п.45, где указанная  узнает PAM либо NNNRRT, либо NNNRRV, и вектор кодирует нРНК, нацеленную на TGFBR2.
50. Вектор по любому из пп. 42-49, где вектор представляет собой вирусный вектор.
51. Вектор по п.50, где вирусный вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный (AAV) вектор или лентивирусный (LV) вектор.
52. Вектор по любому из пп. 42-51 для применения для уменьшения или прекращения указанной экспрессии гена TGFBR2 в клетке.
53. Вектор по п.52, где указанная клетка происходит от субъекта, страдающего от злокачественной опухоли.
54. Способ изменения экспрессии гена TGFBR2 в клетке, включающий введение в указанную клетку одного из:
(i) системы редактирования генома, содержащей нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени указанного гена TGFBR2, и направляемую РНК нуклеазу; или
(ii) вектора, содержащего полинуклеотид, кодирующий нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени указанного гена TGFBR2, и полинуклеотид, кодирующий направляемую РНК нуклеазу.
55. Способ по п.54, где указанное изменение включает нокаут указанной экспрессии гена TGFBR2 или нокдаун указанной экспрессии гена TGFBR2.
56. Способ по п.54 или 55, где указанная клетка происходит от субъекта, страдающего от злокачественной опухоли.
57. Способ по п.54, где нРНК и направляемая РНК нуклеаза содержатся в рибонуклеопротеиновом (RNP) комплексе.
58. Способ по п.57, включающий введение в клетку двух или более RNP комплексов, содержащих нРНК с различными нацеливающими доменами.
59. Способ по п.57, где RNP комплексы содержат ферментативно активные нуклеазы Cas9 (eaCas9).
60. Способ по п.59, где RNP комплексы содержат нуклеазы eaCas9, образующие двухцепочечные разрывы в нуклеиновой кислоте-мишени или одноцепочечные разрывы в нуклеиновой кислоте-мишени.
61. Способ по п.58, где два RNP комплекса, содержащие различные нРНК, применяют для образования одноцепочечных разрывов со смещением в гене TGFBR2 в клетке.
62. Клетка, содержащая систему редактирования генома по любому из пп. 1-24, композицию по любому из пп. 24-41 или вектор по любому из пп. 42-53.
63. Клетка по п.62, где указанная клетка экспрессирует TGFBR2.
64. Клетка по п.62 или 63, где указанная клетка представляет собой T-клетку или клетку естественного киллера (NK).
65. Клетка по п.64, дополнительно содержащая сконструированный T-клеточный рецептор (eTCR) или химерный рецептор антигена (CAR).
66. Клетка, измененная по любому из пп. 54-61.
67. Способ опосредованного направляемой РНК нуклеазой изменения экспрессии гена TGFBR2 в клетке, включающий:
a) приведение клетки в контакт с достаточным количеством нРНК, нацеленной на TGFBR2, и направляемой РНК нуклеазы; и
b) образование первого двухцепочечного разрыва ДНК около положения мишени в TGFBR2 в гене TGFBR2 в клетке, где первый двухцепочечный разрыв ДНК подвергается репарации посредством NHEJ, где указанная репарация изменяет экспрессию гена TGFBR2.
68. Способ по п.68, дополнительно включающий образование второго двухцепочечного разрыва ДНК около положения мишени в TGFBR2.
69. Способ по п.67, где первый двухцепочечный разрыв образуется в пределах приблизительно 500 п.о., приблизительно 450 п.о., приблизительно 400 п.о., приблизительно 350 п.о., приблизительно 300 п.о., приблизительно 250 п.о., приблизительно 200 п.о., приблизительно 150 п.о., приблизительно 100 п.о., приблизительно 50 п.о., приблизительно 25 п.о. или приблизительно 10 п.о. от положения мишени в TGFBR2.
70. Способ по п.68, где первый и второй двухцепочечные разрывы образуются в пределах приблизительно 500 п.о., приблизительно 450 п.о., приблизительно 400 п.о., приблизительно 350 п.о., приблизительно 300 п.о., приблизительно 250 п.о., приблизительно 200 п.о., приблизительно 150 п.о., приблизительно 100 п.о., приблизительно 50 п.о., приблизительно 25 п.о. или приблизительно 10 п.о. от положения мишени в TGFBR2.
71. Способ по п.67, где первый двухцепочечный разрыв образуется в кодирующей области или в некодирующей области указанного гена TGFBR2, где указанная некодирующая область содержит промоторную область, энхансерную область, интрон, 3’-UTR, 5’-UTR или область сигнала полиаденилирования указанного гена TGFBR2.
72. Способ по п.68, где первый и второй двухцепочечные разрывы образуются в кодирующей области или в некодирующей области указанного гена TGFBR2, где указанная некодирующая область содержит промоторную область, энхансерную область, интрон, 3’-UTR, 5’-UTR или область сигнала полиаденилирования указанного гена TGFBR2.
73. Способ по любому из пп. 67-72, где указанная кодирующая область выбрана из экзона 3, экзона 4 и экзона 5.
74. Способ по любому из пп. 67-73, где указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 5036-5096.
Cas9 S. pyogenes
75. Способ по любому из пп. 67-74, где указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой нуклеазу, и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из:
(a) SEQ ID NO: 5041;
(b) SEQ ID NO: 5042;
(c) SEQ ID NO: 5047;
(d) SEQ ID NO: 5050;
(e) SEQ ID NO: 5052;
(f) SEQ ID NO: 5092; и
(g) SEQ ID NO: 5093.
Cas9 S. aureus
76. Способ по любому из пп. 67-74, где указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой нуклеазу.
77. Способ по п.75 или 76, где указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой мутантную нуклеазу Cas9.
78. Способ по п.67, где репарация NHEJ образует вставку или делецию с частотой, большей или равной 20%.
79. Способ по п.78, где частота вставки или делеции больше или равна 30%, 40% или 50%.
80. Клетка, подвергнутая геномной инженерии, содержащая вставку или делецию поблизости от или внутри положения-мишени гена TGFBR2, где указанное положение-мишень содержит нуклеотидную последовательность, которая является комплементарной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 5036-5096.
81. Клетка по п.80, где вставка или делеция находится в пределах приблизительно 500 п.о., приблизительно 450 п.о., приблизительно 400 п.о., приблизительно 350 п.о., приблизительно 300 п.о., приблизительно 250 п.о., приблизительно 200 п.о., приблизительно 150 п.о., приблизительно 100 п.о., приблизительно 50 п.о., приблизительно 25 п.о. или приблизительно 10 п.о. от положения мишени в TGFBR2.
82. Клетка по п.80, где клетка представляет собой T-клетку или клетку NK.
83. Клетка по п.82, дополнительно содержащая eTCR или CAR.
84. Композиция, содержащая:
a. популяцию клеток, подвергнутых геномной инженерии, содержащих вставку или делецию поблизости от или внутри положения-мишени гена TGFBR2, где указанное положение-мишень содержит нуклеотидную последовательность, которая является комплементарной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из SEQ ID NO: 5036-5096; и
b. фармацевтически приемлемый буфер.
85. Композиция по п.84, где популяция клеток содержит T-клетки или клетки NK.
86. Композиция по п.85, где T-клетки или клетки NK дополнительно содержит eTCR или CAR.
87. Способ лечения злокачественной опухоли у субъекта, включающий введение субъекту модифицированных иммуноцитов, где модифицированные иммуноциты имеют уменьшенную экспрессию TGFBR2 и, необязательно, экспрессируют сконструированный T-клеточный рецептор (eTCR) или химерный рецептор антигена (CAR), где модифицированные иммуноциты имеют вставку или делецию поблизости от или внутри положения-мишени гена TGFBR2.
88. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты содержат T-клетки или клетки NK.
89. Способ по п.87, где eTCR или CAR имеет антигенную специфичность для клетки злокачественной опухоли.
90. Способ по п.87, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из: лейкоза, лимфомы, например, хронического лимфоцитарного лейкоза (CLL), острого лимфобластного лейкоза (ALL), неходжскинской лимфомы, острого миелоидного лейкоза, множественной миеломы, невосприимчивой фолликулярной лимфомы, лимфомы из клеток мантийной зоны, индолентной B-клеточной лимфомы, злокачественных новообразований B-клеток, злокачественных опухолей ободочной кишки, легкого, печени, молочной железы, предстательной железы, яичников, кожи, меланомы, злокачественных опухолей кости и мозга, рака яичника, эпителиальных злокачественных опухолей, почечноклеточной карциномы, аденокарциномы поджелудочной железы, лимфомы Ходжкина, карциномы шейки матки, колоректального рака, глиобластомы, нейробластомы, саркомы Юинга, медуллобластомы, остеосаркомы, синовиальной саркомы, мезотелиомы и/или любого типа злокачественной опухоли, экспрессирующей TGF-β.
91. Способ по п.88, где T-клетки представляют собой CD4+ и/или CD8+ T-клетки.
92. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты сохраняют или имеют увеличенную активность лизиса против клеток-мишеней злокачественной опухоли, по сравнению с немодифицированным иммуноцитом.
93. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты сохраняют или имеют увеличенную экспрессию гранзима B и/или интерферона-гамма в присутствии TGFβ, по сравнению с немодифицированными иммуноцитами.
94. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты сохраняют или имеют улучшенную персистенцию против повторной стимуляции антигеном, по сравнению с немодифицированными иммуноцитами.
95. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты сохраняют или имеют увеличенную экспрессию CD25, по сравнению с немодифицированными иммуноцитами.
96. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты сохраняют или имеют уменьшенную экспрессию PD-1, по сравнению с немодифицированными иммуноцитами.
97. Способ по п.87, где модифицированные иммуноциты сохраняют или имеют увеличенную пролиферацию, по сравнению с немодифицированными иммуноцитами.
98. Композиция, содержащая множество модифицированных T-клеток, где указанные модифицированные T-клетки имеют уменьшенную экспрессию гена TGFBR2, по сравнению с немодифицированными T-клетками.
99. Композиция по п.98, где модифицированные T-клетки имеют уровень экспрессии гена TGFBR2, составляющий приблизительно 50%, приблизительно 40%, приблизительно 30%, приблизительно 20%, приблизительно 10% или приблизительно 5% от уровня экспрессии TGFBR2 в немодифицированных T-клетках.
100. Композиция по п.98, где модифицированные T-клетки дополнительно имеют экспрессию eTCR или CAR.
101. Композиция по п.98, где T-клетки представляют собой CD4+ T-клетки и/или CD8+ T-клетки.
102. Композиция по п.98, где модифицированные T-клетки дополнительно отличаются обладанием:
a) увеличенной активностью лизиса против клеток-мишеней злокачественной опухоли, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
b) сохраненной или увеличенной экспрессией гранзима B и/или интерферона-гамма в присутствии TGFβ, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
c) сохраненной или увеличенной персистенцией против повторной стимуляции антигеном, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
d) сохраненной или увеличенной экспрессией CD25, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
e) сохраненной или уменьшенной экспрессией PD-1, по сравнению с немодифицированными T-клетками; и/или
f) сохраненной или увеличенной пролиферацией, по сравнению с немодифицированными T-клетками.
103. Композиция, содержащая множество модифицированных T-клеток, где указанные модифицированные T-клетки имеют уменьшенную экспрессию гена TGFBR2, по сравнению с немодифицированными T-клетками, указанные модифицированные T-клетки получены посредством приведения немодифицированных T-клеток в контакт с системой редактирования генома, содержащей:
нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени гена TGFBR2; и
направляемую РНК нуклеазу.
104. Композиция по п.103, где модифицированные T-клетки дополнительно трансдуцированы вектором, экспрессирующим eTCR или CAR.
105. Композиция по п.104, где вектор представляет собой вирусный вектор.
106. Композиция по п.105, где вирусный вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный (AAV) вектор или лентивирусный (LV) вектор.
Cas9 S. pyogenes
107. Композиция по п.103, где указанная направляемая РНК нуклеаза представляет собой нуклеазу, и указанный нацеливающий домен содержит нуклеотидную последовательность, которая является идентичной или отличается не более, чем на приблизительно 3 нуклеотида, от нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из:
(a) SEQ ID NO: 5041;
(b) SEQ ID NO: 5042;
(c) SEQ ID NO: 5047;
(d) SEQ ID NO: 5050;
(e) SEQ ID NO: 5052;
(f) SEQ ID NO: 5092; и
(g) SEQ ID NO: 5093.
108. Композиция, содержащая множество модифицированных T-клеток, где указанные модифицированные T-клетки имеют недостаточность передачи сигналов TGFBR2.
109. Композиция по п.108, где недостаточность передачи сигналов TGFBR2 опосредована экспрессией доминантно-негативной (DN) формы TGFBR2 в указанных модифицированных T-клетках.
110. Композиция по п.109, где модифицированные T-клетки дополнительно трансдуцируют вектором, экспрессирующим eTCR или CAR.
111. Композиция по п.110, где вектор представляет собой вирусный вектор.
112. Композиция по п.111, где вирусный вектор представляет собой аденоассоциированный вирусный (AAV) вектор или лентивирусный (LV) вектор.
113. Композиция по п.108, где T-клетки представляют собой CD4+ T-клетки и/или CD8+ T-клетки.
114. Композиция по п.108, где модифицированные T-клетки дополнительно отличаются обладанием:
a) увеличенной активностью лизиса против клеток-мишеней злокачественной опухоли, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
b) сохраненной или увеличенной экспрессией гранзима B и/или интерферона-гамма в присутствии TGFβ, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
c) сохраненной или увеличенной персистенцией против повторной стимуляции антигеном, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
d) сохраненной или увеличенной экспрессией CD25, по сравнению с немодифицированными T-клетками;
e) сохраненной или уменьшенной экспрессией PD-1, по сравнению с немодифицированными T-клетками; и/или
f) сохраненной или увеличенной пролиферацией, по сравнению с немодифицированными T-клетками.
115. Композиция по п.109, где модифицированные иммуноциты дополнительно имеют уменьшенную экспрессию TGFBR2 дикого типа.
116. Композиция по п.115, где экспрессию TGFBR2 дикого типа уменьшают посредством приведения модифицированных иммуноцитов в контакт с системой редактирования генома, содержащей:
нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени гена TGFBR2; и
направляемую РНК нуклеазу.
117. Рибонуклеопротеиновый (RNP) комплекс, содержащий нРНК, содержащую нацеливающий домен, который является комплементарным последовательности-мишени гена TGFBR2, и направляемую РНК нуклеазу.
118. RNP по п.117, где направляемая РНК нуклеаза представляет собой нуклеазу Cas9.
119. RNP по п.117, где RNP вводят в клетки посредством электропорации.