ПРЕПАРАТЫ И МЕТОДЫ, ПРЕДНАЗНАЧЕННЫЕ ДЛЯ ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОГО ЛЕЧЕНИЯ РАКА

1. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального B-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы у субъекта;
экспрессию уникального B-клеточного рецептора в клетке;
контактирование клетки с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора из библиотеки;
обнаружение связывания указанного уникального В-клеточного рецептора с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора, и таким образом идентификацию лиганда уникального В-клеточного рецептора; и
введение субъекту терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим средством.
2. Способ по п. 1, в котором предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора включает пептид, циклопептид, пептоид, циклопептоид, полисахарид, липид и небольшую молекулу.
3. Способ по п. 1, в котором уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора совместно экспрессируются в T-клетках.
4. Способ по любому из пп. 1-3, в котором клетка содержит CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.
5. Способ по п. 4, который включает установление активации T-клетки.
6. Способ по п. 5, в котором установление активации T-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.
7. Способ по любому из пп. 1-6, в котором субъект является субъектом, имеющим лимфому.
8. Способ по п. 7, в котором субъект является субъектом, имеющим один или более однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с лимфомой.
9. Способ по любому из пп. 1-8, в котором идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:
получение клеток из образца биопсии;
выделение РНк из клеток;
синтез cDNA из выделенной РНК; и
секвенирование cDNA.
10. Способ по любому из пп. 1-8, в котором идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной DNA.
11. Способ по любому из пп. 1-10, который осуществляется в течение 3 недель или меньше.
12. Способ по любому из пп. 1-11, в котором терапевтическое средство включает радиоактивный изотоп.
13. Способ по любому из пп. 1-11, в котором лиганд В-клеточного рецептора, соединенный с терапевтическим средством, содержит терапевтический CAR.
14. Способ по любому из пп. 1-11, в котором терапевтическое средство включает химиотерапевтическое средство.
15. Способ по любому из пп. 1-11, в котором терапевтическое средство включает иммунотерапию.
16. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального B-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы у субъекта;
коэкспрессию уникального B-клеточного рецептора и предполагаемого лиганда уникального В-клеточного рецептора из библиотеки в клетке;
контактирование клетки с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора из библиотеки;
обнаружение связывания указанного уникального В-клеточного рецептора с предполагаемым лигандом уникального В-клеточного рецептора, и таким образом идентификацию лиганда уникального В-клеточного рецептора; и
введение субъекту терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, связанного с терапевтическим средством.
17. Способ по п. 16, в котором уникальный В-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора коэкспрессируются в T-клетках.
18. Способ по п. 17, в котором T-клетка содержит CAR, включающий предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора.
19. Способ по п. 18, который включает установление активации T-клетки.
20. Способ по п. 19, в котором установление активации T-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.
21. Способ по любому из пп. 16-20, в котором субъект является субъектом, имеющим лимфому.
22. Способ по п. 21, в котором субъект является субъектом, имеющим один или более однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с лимфомой.
23. Способ по любому из пп. 16-22, в котором идентификация уникального В-клеточного рецептора включает:
получение клеток из образца биопсии;
выделение РНК из клеток;
синтез cDNA из выделенной РНК; и
секвенирование cDNA.
24. Способ по любому из пп. 16-22, в котором идентификация уникального В-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной DNA.
25. Способ по любому из пп. 16-24, который осуществляется в течение 3 недель или меньше.
26. Способ по любому из пп. 16-25, в котором терапевтическое средство включает радиоактивный изотоп.
27. Способ по любому из пп. 16-25, в котором лиганд В-клеточного рецептора, соединенный с терапевтическим средством, содержит терапевтический CAR.
28. Способ по любому из пп. 16-25, в котором терапевтическое средство включает химиотерапевтическое средство.
29. Способ по любому из пп. 16-25, в котором терапевтическое средство включает иммунотерапию.
30. Способ по любому из пп. 16-29, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из библиотеки полипептидов.
31. Способ по п. 30, в котором домен предполагаемого лиганда также содержит Fc участок.
32. Способ идентификации лиганда В-клеточного рецептора, включающий:
предоставление популяции T-клеток молекул нуклеиновой кислоты, кодирующих В-клеточный рецептор и библиотеку химерных антигенных рецепторов (CAR), при этом каждый CAR в пределах библиотеки содержит отличный от других домен предполагаемого лиганда;
коэкспрессию В-клеточного рецептора и библиотеки CAR в T-клетках;
измерение активации T-клеток, при этом домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CAR содержит лиганд В-клеточного рецептора, если T-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, является активированной; и
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR из активированной T-клетки; и
секвенирование домена предполагаемого лиганда из молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR из активированной T-клетки;
и таким образом идентификацию лиганда В-клеточного рецептора.
33. Способ по п. 32, в котором В-клеточный рецептор является рецептором из раковой клетки.
34. Способ по п. 33, в котором раковая клетка является клеткой лимфомы.
35. Способ по п. 34, в котором клетку лимфомы получают из опухоли от пациента.
36. Способ по п. 35, в котором пациент определяется как пациент, имеющий лимфому.
37. Способ по п. 36, в котором пациент определяется как пациент, имеющий один или более однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с лимфомой.
38. Способ по любому из пп. 32-37, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из 30 аминокислот или менее.
39. Способ по любому из пп. 32-38, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из библиотеки циклопептидов.
40. Способ по п. 39, в котором домен предполагаемого лиганда дополнительно содержит Fc участок.
41. Способ по любому из пп. 32-40, в котором CAR содержит трансмембранный домен.
42. Способ по п. 41, в котором трансмембранный домен содержит альфа, бета или дзета цепь T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
43. Способ по любому из пп. 32-42, в котором CAR содержит внутриклеточный участок.
44. Способ по п. 43, в котором внутриклеточный участок содержит молекулу MHC I класса, белок TNF рецептора, иммуноглобулин-подобный белок, рецептор цитокина, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, специфически связывающийся с CD83, и/или CD3 дзета.
45. Способ по любому из пп. 32-44, в котором CAR содержит шарнирный домен.
46. Способ по любому из пп. 32-45, в котором активация T-клетки измеряется увеличением экспрессии CD69 или CD25.
47. Способ по любому из пп. 32-45, в котором активация T-клетки измеряется увеличением экспрессии гена-репортера флуоресцентного белка под контролем Jun, NF-κB и/или Rel.
48. Способ по любому из пп. 32-47, дополнительно включающий лечение субъекта, имеющего лимфому лигандом В-клеточного рецептора, в котором:
В-клеточный рецептор экспрессируется в опухоли субъекта; и
лиганд В-клеточного рецептора соединен с терапевтическим средством.
49. Способ лечения лимфомы, включающий:
введение субъекту терапевтически эффективной дозы лиганда В-клеточного рецептора, соединенного с терапевтическим средством,
причем лиганд В-клеточного рецептора содержит домен предполагаемого лиганда, и при этом CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда, активирует T-клетку, в тех случаях, когда коэкспрессируется с В-клеточным рецептором клеток лимфомы.
50. Способ по п. 49, в котором терапевтическое средство включает радиоактивный изотоп.
51. Способ по п. 49, в котором лиганд В-клеточного рецептора, соединенный с терапевтическим средством, содержит терапевтический CAR.
52. Способ по п. 49, в котором терапевтическое средство включает химиотерапевтическое средство.
53. Способ по п. 49, в котором терапевтическое средство включает иммунотерапевтическое средство.
54. Способ по любому из пп. 49-53, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептидиз 30 аминокислот или менее.
55. Способ по любому из пп. 49-54, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из библиотеки циклопептидов.
56. Способ по п. 55, в котором домен предполагаемого лиганда также содержит Fc участок.
57. Способ по любому из пп. 49-56, в котором CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, содержит трансмембранный домен.
58. Способ по п. 57, в котором трансмембранный домен содержит альфа, бета или дзета цепь T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
59. Способ по любому из пп. 49-58, в котором CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, содержит внутриклеточный участок.
60. Способ по п. 59, в котором внутриклеточный участок содержит молекулу MHC I класса, белок TNF рецептора, иммуноглобулин-подобный белок, рецептор цитокина, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, лиганд, специфически связывающийся с CD83 и/или CD3 дзета.
61. Способ по любому из пп. 49-60, в котором CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает шарнирный домен.
62. Способ по любому из пп. 49-61, в котором активация T-клетки измеряется увеличением экспрессии CD69 или CD25.
63. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального B-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы у субъекта;
коэкспрессию уникального B-клеточного рецептора и химерного антигенного рецептора (CAR) из библиотеки CARs в T-клетке, при этом каждый CAR в библиотеке содержит отличный от других домен предполагаемого лиганда;
идентификацию лиганда В-клеточного рецептора путем идентификации активированной T-клетки, при этом домен предполагаемого лиганда CAR из библиотеки CARs содержит лиганд уникального B-клеточного рецептора, если T-клетка, экспрессирующая В-клеточный рецептор и CAR, является активированной; и
введение субъекту терапевтически эффективной дозы лиганда В-клеточного рецептора, соединенного с терапевтическим средством.
64. Способ по п. 63, в котором субъект определяется, как субъект, имеющий лимфому.
65. Способ по п. 64, в котором субъект определяется, как субъект, имеющий один или более однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с лимфомой.
66. Способ по любому из пп. 63-65, в котором идентификация уникального B-клеточного рецептора включает:
получение клеток из образца биопсии;
выделение РНК из клеток;
синтез cDNA из выделенной РНК; и
секвенирование cDNA.
67. Способ по любому из пп. 63-65, в котором идентификация уникального B-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной DNA.
68. Способ по любому из пп. 63-67, дополнительно включающий получение лиганда В-клеточного рецептора, соединенного с терапевтическим средством.
69. Способ по любому из пп. 63-68, который осуществляется в течение 3 недель или менее.
70. Способ по любому из пп. 63-69, в котором T-клетка активируется путем аутокринной активации CAR.
71. Способ по любому из пп. 63-70, в котором идентификация лиганда В-клеточного рецептора также включает:
выделение молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR из активированной T-клетки; и
секвенирование домена предполагаемого лиганда молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR из активированной T-клетки.
72. Способ по любому из пп. 63-71, в котором терапевтическое средство включает радиоактивный изотоп.
73. Способ по любому из пп. 63-71, в котором лиганд В-клеточного рецептора, соединенный с терапевтическим средством, содержит терапевтический CAR.
74. Способ по любому из пп. 63-71, в котором терапевтическое средство включает химиотерапию.
75. Способ по любому из пп. 63-71, в котором терапевтическое средство включает иммунотерапию.
76. Способ по любому из пп. 63-75, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из 30 аминокислот или менее.
77. Способ по любому из пп. 63-75, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из библиотеки циклопептидов.
78. Способ по п. 77, в котором домен предполагаемого лиганда содержит также Fc участок.
79. Способ по любому из пп. 63-78, в котором CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, содержит трансмембранный домен.
80. Способ по п. 79, в котором трансмембранный домен содержит альфа, бета или дзета цепь T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
81. Способ по любому из пп. 63-80, в котором CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, содержит внутриклеточный участок.
82. Способ по п. 81, в котором внутриклеточный участок содержит молекулу MHC I класса, белок TNF рецептора, иммуноглобулин-подобный белок, рецептор цитокина, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123 и/или лиганд, специфически связывающийся с CD83.
83. Способ по любому из пп. 63-82, в котором CAR, содержащий домен предполагаемого лиганда или терапевтический CAR, включает шарнирный домен.
84. Способ по любому из пп. 63-83, в котором активация T-клетки измеряется увеличением экспрессии CD69 или CD25.
85. Способ лечения лимфомы у субъекта, включающий:
идентификацию уникального В-клеточного рецептора, экспрессированного в клетках лимфомы субъекта;
коэкспрессирование уникального В-клеточного рецептора и предполагаемого лиганда уникального В-клеточного рецептора из библиотеки в клетке;
идентификацию указанного лиганда уникального В-клеточного рецептора с помощью способа обнаружения, при этом предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора является лигандом уникального В-клеточного рецептора, если он взаимодействует с уникальным В-клеточным рецептором; и
введение субъекту терапевтически эффективного количества лиганда В-клеточного рецептора, соединенного с терапевтическим средством.
86. Способ по п. 85, в котором уникальный B-клеточный рецептор и предполагаемый лиганд уникального В-клеточного рецептора коэкспрессируются в T-клетках.
87. Способ по п. 85 или 86, в котором клетка содержит CAR, содержащий предполагаемый уникальный лиганд В-клеточного рецептора.
88. Способ по п. 87, который включает установление активации T-клетки.
89. Способ по п. 88, в котором установление активации T-клетки включает измерение экспрессии CD69 или CD25.
90. Способ по любому из пп. 85-89, в котором субъект определяется как субъект, имеющий лимфому.
91. Способ по п. 90, в котором субъект определяется как субъект, имеющий один или более однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), связанных с лимфомой.
92. Способ по любому из пп. 85-91, в котором идентификация уникального B-клеточного рецептора включает:
получение клеток из образца биопсии;
выделение РНК из клеток;
синтез cDNA из выделенной РНК; и
секвенирование cDNA.
93. Способ по любому из пп. 85-91, в котором идентификация уникального B-клеточного рецептора включает клонирование и секвенирование циркулирующей внеклеточной DNA.
94. Способ по любому из пп. 85-93, который осуществляется в течение 3 недель или менее.
95. Способ по любому из пп. 85-94, в котором терапевтическое средство включает радиоактивный изотоп.
96. Способ по любому из пп. 85-94, в котором лиганд В-клеточного рецептора, соединенный с терапевтическим средством, содержит терапевтический CAR.
97. Способ по любому из пп. 85-94, в котором терапевтическое средство включает химиотерапию.
98. Способ по любому из пп. 85-94, в котором терапевтическое средство включает иммунотерапию.
99. Способ по любому из пп. 85-98, в котором домен предполагаемого лиганда содержит полипептид из библиотеки циклопептидов.
100. Способ по п. 99, в котором домен предполагаемого лиганда содержит также Fc участок.
101. Химерный антигенный рецептор (CAR), содержащий:
домен предполагаемого лиганда, который содержит полипептид из библиотеки циклопептидов;
трансмембранный домен; и
внутриклеточный участок.
102. Химерный антигенный рецептор по п. 101, который активирует T-клетку, когда коэкспрессируется с B-клеточным рецептором, при этом лиганд В-клеточного рецептора содержит домен предполагаемого лиганда.
103. Химерный антигенный рецептор по п. 101 или 102, в котором трансмембранный домен содержит альфа, бета или дзета цепь T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и/или CD154.
104. Химерный антигенный рецептор по любому из пп. 101-103, в котором внутриклеточный участок содержит молекулу MHC I класса, белок TNF рецептора, иммуноглобулин-подобный белок, рецептор цитокина, интегрин, сигнальную лимфоцит-активирующую молекулу (SLAM белок), активирующий рецептор NK клетки, BTLA, лиганд Toll-рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD25/CD18), 4-29B (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8альфа, CD8бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD423, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD129, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 304), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Lyl08), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD123, и/или лиганд, который специфически связывается с CD83.
105. Химерный антигенный рецептор по любому из пп. 101-104, который содержит шарнирный домен.
106. Химерный антигенный рецептор по любому из пп. 101-105, в котором лиганд В-клеточного рецептора содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 1.