ИММУНОТЕРАПЕВТИЧЕСКИЕ КОМПОЗИЦИИ НА ОСНОВЕ ДРОЖЖЕЙ С BRACHYURY

1. Способ снижения, прекращения, обращения, замедления или профилактики метастатического прогрессирования злокачественной опухоли у индивидуума со злокачественной опухолью, которая претерпевает метастатическое прогрессирование, имеет риск метастатического прогрессирования или которая, по прогнозам, начала претерпевать метастатическое прогрессирование, иммунотерапевтической композиции, содержащей:
a) дрожжевой носитель; и
b) антиген злокачественной опухоли, содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury.
2. Способ по п.1, где экспрессия Brachyury не выявляется в злокачественной опухоли индивидуума в момент, когда композицию вводят впервые.
3. Способ по п.1, где экспрессия Brachyury выявляется в злокачественной опухоли индивидуума в момент, когда композицию вводят впервые.
4. Способ по п.1, где у индивидуума злокачественная опухоль стадии I.
5. Способ по п.1, где у индивидуума злокачественная опухоль стадии II.
6. Способ по п.1, где у индивидуума злокачественная опухоль стадии III.
7. Способ по п.1, где у индивидуума злокачественная опухоль стадии IV.
8. Способ профилактики или замедления возникновения экспрессирующей Brachyury злокачественной опухоли, включающий введение индивидууму иммунотерапевтической композиции, содержащей:
a) дрожжевой носитель; и
b) антиген злокачественной опухоли, содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury.
9. Способ по п.8, где злокачественная опухоль не выявлена у индивидуума.
10. Способ по п.9, где индивидуум имеет высокий риск развития злокачественной опухоли.
11. Способ по п.8, где индивидуум имеет предзлокачественный очаг повреждения.
12. Способ по п.8, где у индивидуума злокачественная опухоль, но в злокачественной опухоли не выявлены экспрессирующие Brachyury злокачественные клетки.
13. Способ по п.12, где злокачественная опухоль еще не является метастатической.
14. Способ по п.12, где злокачественная опухоль имеет высокий риск метастазирования.
15. Способ по п.12, где у индивидуума злокачественная опухоль стадии I.
16. Способ по п.12, где у индивидуума злокачественная опухоль стадии II.
17. Способ по п.1, где индивидуума лечат или лечили другим способом терапии злокачественной опухоли.
18. Способ по п.17, где терапия представляет собой химиотерапию.
19. Способ по п.17, где терапия представляет собой направленную терапию злокачественной опухоли.
20. Способ по п.17, где терапия представляет собой лучевую терапию.
21. Способ по п.17, где терапия представляет собой адоптивный перенос Т-клеток.
22. Способ по п.17, где терапия представляет собой введение одной или нескольких дополнительных иммунотерапевтических композиций.
23. Способ по п.22, где дополнительные иммунотерапевтические композиции содержат дрожжевой носитель и второй антиген злокачественной опухоли, который не включает антиген Brachyury.
24. Способ по п.23, где второй антиген злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из: мутантного Ras, карциноэмбрионального антигена (СЕА), MUC-1, EGFR, BCR-Abl, MART-1, MAGE-1, MAGE-3, GAGE, GP-100, MUC-2, PSMA, тирозиназы, TRP-1 (gp75), NY-ESO-1, TRP-2, TAG72, KSA, CA-125, PSA, HER-2/neu/c-erb/B2, hTERT, p73, B-RAF, белка аденоматозного полипоза толстого кишечника (АРС), Myc, белка фон Гиппеля-Ландау (VHL), Rb-1, Rb-2, рецептора андрогенов (AR), Smad4, MDR1, Flt-3, BRCA-1, BRCA-2, рах3-fkhr, ews-fli-1, HERV-H, HERV-K, TWIST, мезотелина и NGEP.
25. Способ по п.23, где второй антиген злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из: мутантного Ras, карциноэмбрионального антигена (СЕА) и MUC-1.
26. Способ уменьшения или профилактики устойчивости к химиотерапии или устойчивости к лучевой терапии опухолевых клеток пациента со злокачественной опухолью, включающий введение индивидууму, имеющему злокачественному опухоль и подвергаемому химиотерапии и/или лучевой терапии, иммунотерапевтической композиции, содержащей:
a) дрожжевой носитель; и
b) антиген злокачественной опухоли, содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury.
27. Способ по п.26, где Brachyury не выявляется в злокачественной опухоли индивидуума в момент, когда композицию вводят впервые.
28. Способ по п.26, где экспрессия Brachyury выявляется в злокачественной опухоли индивидуума в момент, когда композицию вводят впервые.
29. Способ лечения злокачественной опухоли, включающий:
a) введение индивидууму со злокачественной опухолью, в которой экспрессия Brachyury не была выявлена, первой иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и первый антиген злокачественной опухоли, который не содержит антиген Brachyury; и
b) введение индивидууму до, одновременно, последовательно или после введения первой иммунотерапевтической композиции второй иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и второй антиген злокачественной опухоли, содержащий антиген Brachyury.
30. Способ по п.29, дополнительно включающий на стадии (а) введение одной или нескольких дополнительных иммунотерапевтических композиций, где каждая из одной или нескольких дополнительных иммунотерапевтических композиций содержит дополнительный антиген злокачественной опухоли.
31. Способ по п.29 или 30, где антиген злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из: мутантного Ras, карциноэмбрионального антигена (СЕА), MUC-1, EGFR, BCR-Abl, MART-1, MAGE-1, MAGE-3, GAGE, GP-100, MUC-2, PSMA, тирозиназы, TRP-1 (gp75), NY-ESO-1, TRP-2, TAG72, KSA, CA-125, PSA, HER-2/neu/c-erb/B2, hTERT, p73, B-RAF, белка аденоматозного полипоза толстого кишечника (АРС), Myc, белка фон Гиппеля-Ландау (VHL), Rb-1, Rb-2, рецептора андрогенов (AR), Smad4, MDR1, Flt-3, BRCA-1, BRCA-2, рах3-fkhr, ews-fli-1, HERV-H, HERV-K, TWIST, мезотелина и NGEP.
32. Способ по п.29 или 30, где антиген злокачественной опухоли выбран из группы, состоящей из: мутантного Ras, карциноэмбрионального антигена (СЕА) и MUC-1.
33. Способ лечения злокачественной опухоли, включающий:
a) введение индивидууму со злокачественной опухолью первой иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и мутантный антиген Ras;
b) введение индивидууму согласно (а) второй иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и антиген, выбранный из группы, состоящей из карциноэмбрионального антигена (СЕА) и муцина-1 (MUC-1); и
c) введение индивидууму согласно (а) и (b) третьей иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и антиген Brachyury.
34. Способ по п.33, где стадии введения в (а), (b) и (с) являются одновременными.
35. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где способ снижает опухолевую нагрузку у индивидуума, увеличивает выживаемость индивидуума и/или ингибирует рост опухоли у индивидуума.
36. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где способ дополнительно включает хирургическое удаление опухоли из индивидуума.
37. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где злокачественная опухоль происходит из эпителиальных клеток.
38. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из: рака молочной железы, рака тонкого кишечника, рака желудка, рака поджелудочной железы, рака почки, рака мочевого пузыря, рака тела матки, рака яичника, рака яичка, рака легкого, рака толстого кишечника, рака предстательной железы, хронического лимфоцитарного лейкоза (CLL), трансформированных вирусом Эпштейна-Барр В-клеток, лимфомы Беркитта, лимфомы Ходжкина и их метастатических злокачественных опухолей.
39. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury представляет собой полноразмерный Brachyury человека.
40. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury не является полноразмерным Brachyury.
41. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
42. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит от по меньшей мере положения 1 или 2 вплоть до от положения 255 до С-конца SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
43. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит от по меньшей мере положения 1 или 2 вплоть до от положения 430 до С-конца SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
44. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит положения 246-254 SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
45. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:6, положения 2-435 SEQ ID NO:6 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:6.
46. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:18, положения 2-435 SEQ ID NO:18, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:18.
47. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:2, положения 2-435 SEQ ID NO:2 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:2.
48. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:6, положения 2-435 SEQ ID NO:6 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO:6.
49. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:18, положения 2-435 SEQ ID NO:18 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO:18.
50. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:2, положения 2-435 SEQ ID NO:2 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO:2.
51. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген злокачественной опухоли имеет длину по меньшей мере 25 аминокислот.
52. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury имеет длину по меньшей мере 25 аминокислот.
53. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген Brachyury имеет длину более 30 аминокислот.
54. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген злокачественной опухоли содержит два или более иммуногенных домена Brachyury.
55. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где антиген злокачественной опухоли представляет собой слитый белок.
56. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где слитый белок имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO:8, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:8.
57. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где слитый белок имеет аминокислотную последовательность, соответствующую SEQ ID NO:20, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:20.
58. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где дрожжевой носитель представляет собой целые дрожжи.
59. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где целые дрожжи являются убитыми.
60. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где целые дрожжи инактивированы нагреванием.
61. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где дрожжевой носитель экспрессирует антиген.
62. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где дрожжи представляют собой дрожжи из рода, выбранного из группы, состоящей из: Saccharomyces, Candida, Cryptococcus, Hansenula, Kluyveromyces, Pichia, Rhodotorula, Schizosaccharomyces и Yarrowia.
63. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где дрожжи представляют собой дрожжи из Saccharomyces.
64. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где дрожжи представляют собой дрожжи из Saccharomyces cerevisiae.
65. Способ по любому из пп.1-30 и 33-34, где композиция составлена в фармацевтически приемлемом эксципиенте, пригодном для введения индивидууму.
66. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury, где иммунотерапевтическая композиция содержит:
a) дрожжевой носитель;
b) антиген, экспрессируемый дрожжевым носителем и содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury, где антиген Brachyury содержит более 30 аминокислот аминокислотной последовательности, соответствующей SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:6 или SEQ ID NO:18; и
с) фармацевтически приемлемый эксципиент, пригодный для введения человеку.
67. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
68. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит от по меньшей мере положения 1 или 2 вплоть до от положения 255 до С-конца SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
69. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит от по меньшей мере положения 1 или 2 вплоть до от положения 430 до С-конца SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
70. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит положения 246-254 SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:18 или SEQ ID NO:2.
71. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:6, положения 2-435 SEQ ID NO:6 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:6.
72. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:18, положения 2-435 SEQ ID NO:18 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:18.
73. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:2, положения 2-435 SEQ ID NO:2 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:2.
74. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:6, положения 2-435 SEQ ID NO:6 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO:6.
75. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:18, положения 2-435 SEQ ID NO:18 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO:18.
76. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген Brachyury содержит SEQ ID NO:2, положения 2-435 SEQ ID NO:2 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO:2.
77. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.66, где антиген злокачественной опухоли представляет собой слитый белок.
78. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.77, где слитый белок имеет аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:8.
79. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.77, где слитый белок имеет аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO:20.
80. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-78, где дрожжевой носитель представляет собой целые дрожжи.
81. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-78, где целые дрожжи инактивированы нагреванием.
82. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury, содержащая:
a) цельные инактивированные дрожжи; и
b) слитый белок Brachyury, содержащий аминокислотную последовательность положений 2-435 SEQ ID NO:6, где экспрессия слитого белка Brachyury находится под контролем промотора CUP1;
где слитый белок Brachyury экспрессируется дрожжами; и
где композиция индуцирует ответ специфичных к Brachyury 1-клеток.
83. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.82, где слитый белок содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:8.
84. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury, содержащая:
a) цельные инактивированные дрожжи; и
b) слитый белок Brachyury, содержащий аминокислотную последовательность положений 2-435 SEQ ID NO:18, где экспрессия слитого белка Brachyury находится под контролем промотора CUP1;
где слитый белок Brachyury экспрессируется дрожжами; и
где композиция индуцирует ответ специфичных к Brachyury Т-клеток.
85. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по п.84, где слитый белок содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:20.
86. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-79 и 82-85, где дрожжевой носитель происходит из Saccharomyces.
87. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-79 и 82-85, где дрожжевой носитель происходит из Saccharomyces cerevisiae.
88. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-79 и 82-85 для применения для лечения заболевания.
89. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-79 и 82-85, где заболеванием является злокачественная опухоль.
90. Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-79 и 82-85, где заболевание связанного с инфекцией вирусом Эпштейна-Барр (EBV).
91. Способ лечения или профилактики заболевания или состояния, связанного с инфекцией вирусом Эпштейна-Барр (EBV), включающий введение индивидууму иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей с Brachyury по любому из пп.66-79 и 82-85.
92. Способ получения иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей с Brachyury, включающий:
4
a) культивирование дрожжей, которые трансформированы рекомбинантной молекулой нуклеиновой кислоты, кодирующей антиген Brachyury, под контролем промотора CUP1 в подходящей среде в отсутствие CuSO до тех пор, пока дрожжи не достигнут середины логарифмической фазы роста;
4
b) индукция экспрессии антигена Brachyury в дрожжах добавлением в среду CuSO;
c) культивирование дрожжей после стадии (b) в течение вплоть до 6-8 часов; и
d) сбор дрожжей.
93. Способ по п.92, где дрожжи на стадии (а) культивируют до плотности клеток от 1,0 до 2,0 Д.Е. на миллилитр общего объема культуры.
94. Способ по п.92, где дрожжи на стадии (а) культивируют до плотности клеток от 1,0 до 1,5 Д.Е. на миллилитр общего объема культуры.
95. Способ по п.92, где дрожжи культивируют на стадиях (а)-(с) в среде, где рН поддерживается на уровне рН 5,5 или выше.
96. Способ по п.92, дополнительно включающий инактивацию нагреванием дрожжей после стадии (d).
97. Способ по п.96, где дрожжи инактивируют нагреванием при приблизительно 56°С в течение приблизительно 1 часа.
98. Способ по любому из пп.92-97, дополнительно включающий составление дрожжей для инъекции с фармацевтически приемлемым эксципиентом.
99. Способ по любому из пп.92-97, где дрожжи происходят из Saccharomyces.
100. Способ по любому из пп.92-97, где дрожжи происходят из Saccharomyces cerevisiae.
101. Применение иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и антиген злокачественной опухоли, содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury, для снижения, прекращения, обращения или профилактики метастатического прогрессирования злокачественной опухоли у индивидуума со злокачественной опухолью.
102. Применение иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и антиген злокачественной опухоли, содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury, для профилактики или замедления возникновения экспрессирующей Brachyury злокачественной опухоли.
103. Применение иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и антиген злокачественной опухоли, содержащий по меньшей мере один антиген Brachyury, для снижения или профилактики устойчивости к химиотерапии или устойчивости к лучевой терапии опухолевых клеток у пациента со злокачественной опухолью.
104. Применение комбинации иммунотерапевтических композиций для лечения злокачественной опухоли, причем иммунотерапевтические композиции содержат:
a) первую иммунотерапевтическую композицию, содержащую дрожжевой носитель и первый антиген злокачественной опухоли, который не содержит антиген Brachyury; и
b) вторую иммунотерапевтическую композицию, содержащую дрожжевой носитель и второй антиген злокачественной опухоли, содержащий антиген Brachyury.
105. Применение комбинации иммунотерапевтических композиций для лечения злокачественной опухоли, причем иммунотерапевтические композиции содержат:
a) первую иммунотерапевтическую композицию, содержащую дрожжевой носитель и мутантный антиген Ras;
b) вторую иммунотерапевтическую композицию, содержащую дрожжевой носитель и антиген, выбранный из группы, состоящей из карциноэмбрионального антигена (СЕА) и муцина-1 (MUC-1); и
c) третью иммунотерапевтическую композицию, содержащую дрожжевой носитель и антиген Brachyury.