ИЗОФОРМЫ BARD1 ПРИ РАКЕ ЛЕГКОГО И КОЛОРЕКТАЛЬНОМ РАКЕ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Способ определения присутствия изоформы BARD1, специфичной для рака легкого и колоректального рака, в биологическом образце, полученном от субъекта, включающий этап определения в указанном образце по меньшей мере одной изоформы BARD1, специфичной для рака легкого и колоректального рака, выбранной из группы, включающей:
π-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 1, ее биологически активный фрагмент или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 1, и
κ-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 2, ее биологически активный фрагмент или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 2,
причем присутствие указанных изоформ BARD1, специфичных для рака легкого и колоректального рака, в образце от указанного субъекта является показателем того, что указанный субъект болен раком легкого и/или колоректального рака, имеет повышенный риск рака легкого и/или колоректального рака и/или имеет риск рецидива после лечения от рака легкого и/или колоректального рака.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный способ включает этап определения в указанном биологическом образце, π-изоформы BARD1, состоящей из SEQ ID NO: 1, и κ-изоформы BARD1, состоящей из SEQ ID NO: 2.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает определение в указанном биологическом образце по меньшей мере одной из изоформ BARD1, выбранной из группы, включающей:
π'-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 105, ее биологически активный фрагмент или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 105,
β-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 5, ее биологически активный фрагмент или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 5,
δ-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 6, ее биологически активный фрагмент или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 6, и
γ-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 7, ее биологически активный фрагмент или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 7,
β'-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 106, ее биологически активный фрагмент, или последовательность, характеризующуюся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 106.
4. Способ по п.3, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает определение в указанном биологическом образце π-изоформы BARD1, состоящей из SEQ ID NO: 1, κ-изоформы BARD1, состоящей из SEQ ID NO: 2, и β-изоформы BARD1, состоящей из SEQ ID NO: 5.
5. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный биологический образец выбран из группы, включающей биоптат, гистологический образец, образец жидкости легких, образец замороженной ткани, образец опухолевой ткани, образец фекалий, образец спинно-мозговой жидкости (СМЖ), циркулирующие опухолевые клетки (ЦОК) и образец крови.
6. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный субъект представляет собой человека.
7. Способ по п.1, в котором присутствие указанных изоформ BARD1 определяют с использованием антител, специфичных в отношении указанных изоформ BARD1.
8. Способ по п.7, отличающийся тем, что указанные антитела представляют собой комбинацию антител или их фрагментов, которые специфично связываются с различными эпитопами по меньшей мере одной из изоформ BARD1, содержащей аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты или последовательности, характеризующиеся по меньшей мере 95% гомологией c SEQ ID NO: 1-7, 105-106.
9. Способ по п.1, отличающийся тем, что присутствие указанных изоформ BARD1 определяют путем определения уровня мРНК, которая кодирует по меньшей мере одну из изоформ BARD1, содержащую аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты или последовательности, характеризующиеся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 1-7, 105-106.
10. Способ по п.1, отличающийся тем, что присутствие указанных изоформ BARD1 определяют путем определения присутствия аутоиммунных антител, специфичных в отношении указанных изоформ BARD1, в образце крови, полученном от субъекта, причем по меньшей мере четыре антигена, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 13-80, применяют для определения указанных аутоиммунных антител, специфичных в отношении указанных изоформ BARD1.
11. Способ по п.1, отличающийся тем, что присутствие указанных изоформ BARD1 определяют путем определения уровня мРНК, которая кодирует по меньшей мере одну из изоформ BARD1, содержащую аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты или последовательности, имеющие гомологию по меньшей мере 95% с SEQ ID NO: 1-7, 105-106, и
определения присутствия аутоиммунных антител, специфичных в отношении указанных изоформ BARD1, в образце крови, полученном от субъекта, причем по меньшей мере четыре антигена, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 13-80, применяют для определения указанных аутоиммунных антител, специфичных в отношении указанных изоформ.
12. Выделенный и/или очищенный полипептид, содержащий SEQ ID NO: 1, ее биологически активный фрагмент или последовательность, имеющую по меньшей мере 95% гомологию с SEQ ID NO: 1, для применения в качестве биомаркера в способе по п.1.
13. Выделенный и/или очищенный полипептид, содержащий SEQ ID NO: 2, ее биологически активный фрагмент, или последовательность, имеющую по меньшей мере 95% гомологию с SEQ ID NO: 2, для применения в качестве биомаркера в способе по п.1.
14. Пептид, выбранный из группы, включающей последовательности SEQ ID NO: 13-80, для применения в способе определения присутствия изоформ BARD1 по п.1.
15. Набор для определения присутствия изоформ BARD1, специфичных для рака легкого и колоректального рака, в образце, полученном от субъекта, содержащий:
по меньшей мере один полинуклеотидный праймер или зонд, причем указанный полинуклеотидный праймер или зонд специфичен в отношении полинуклеотида, который кодирует по меньшей мере одну из изоформ BARD1, содержащих аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты и/или последовательности, характеризующиеся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 1-7, 105-106, и/или
комбинацию антител или их фрагментов, которые специфично связываются с различными эпитопами по меньшей мере одной из изоформ BARD1, содержащей аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты и/или последовательности, характеризующиеся по меньшей мере 95% гомологией с SEQ ID NO: 1-7, 105-106, и/или
по меньшей мере один пептид, выбранный из группы, включающей SEQ ID NO: 13-80.
16. Способ дифференциации рака легкого и колоректального рака от онкологических заболеваний женских половых органов, включающий этап определения в биологическом образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одной из изоформ BARD1, специфичных для рака легкого и колоректального рака, выбранной из группы, включающей
π-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 1, ее биологически активный фрагмент, или последовательность, имеющую по меньшей мере 95% гомологию с SEQ ID NO: 1, и
κ-изоформу, содержащую SEQ ID NO: 2, ее биологически активный фрагмент, или последовательность, имеющую по меньшей мере 95% гомологию с SEQ ID NO: 2.
при этом присутствие указанных изоформ BARD1, специфичных для рака легкого и колоректального рака, является показателем того, что у пациента рак легкого и/или колоректальный рак.
17. Пептид, выбранный из группы, включающей последовательности SEQ ID NO: 13-80, для применения в качестве антигена в способе определения присутствия изоформ BARD1 в биологическом образце, полученном от субъекта, причем присутствие указанных изоформ BARD1 определяют путем детекции присутствия аутоиммунных антител, специфичных отношении указанных изоформ BARD1, и при этом присутствие указанных изоформ BARD1 в указанном образце является показателем того, что у указанного субъекта раком.
18. Антитело или его фрагмент, который связывается с эпитопом, представленным в SEQ ID NO: 144.
19. Антитело или его фрагмент по п.18 для применения в способе лечения и/или предотвращения рака легкого и колоректального рака.
20. Молекула рекомбинантной миРНК, которая связывается с одноцепочечной или двухцепочечной молекулой РНК, причем указанная одноцепочечная или двухцепочечная молекула РНК включает мРНК, которая кодирует по меньшей мере одну из изоформ BARD1, содержащую аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты и/или последовательность, имеющую по меньшей мере 95% гомологию с SEQ ID NO: 1-7, 105-106, в результате чего подавляется экспрессия указанных изоформ BARD1, для применения в способе лечения и/или предотвращения рака легкого и колоректального рака.
21. Модулятор биологической активности изоформ BARD1, содержащих аминокислотные последовательности, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO: 1-7, 105-106, их биологически активные фрагменты и/или последовательности, имеющие гомологию по меньшей мере 95% с SEQ ID NO: 1-7, 105-106, для применения в способе лечения и/или предотвращения рака легкого и колоректального рака.
22. Модулятор биологической активности изоформ BARD1 по п.21, отличающийся тем, что указанный модулятор представляет собой микроРНК, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO: 111-140.