СПОСОБ ПРЕДСКАЗАНИЯ РЕЦИДИВА РАКА МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ ПРИ ЭНДОКРИННОМ ЛЕЧЕНИИ

1. Способ предсказания исхода рака молочной железы в положительной по рецептору эстрогена и отрицательной по HER2 опухоли у пациента с раком молочной железы, причем указанный способ включает:
(a) определение в образце опухоли от указанного пациента уровней экспрессии РНК по меньшей мере 2 из следующих 9 генов: UBE2C, BIRC5, RACGAP1, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST и MGP;
(b) математическое комбинирование величин уровня экспрессии для генов указанного набора, причем эти величины определяют в образце опухоли с получением комбинированного показателя, где указанный комбинированный показатель указывает на прогноз у указанного пациента.
2. Способ по п.1, включающий:
определение в образце опухоли от указанного пациента уровней экспрессии РНК по меньшей мере 3, 4, 5 или 6 из следующих 9 генов: UBE2C, BIRC5, RACGAP1, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST и MGP.
3. Способ по п.1 или 2, включающий:
(a) определение в образце опухоли от указанного пациента уровней экспрессии РНК следующих 8 генов: UBE2C, RACGAP1, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST и MGP;
(b) математическое комбинирование величин уровня экспрессии для генов указанного набора, причем эти величины определяют в образце опухоли с получением комбинированного показателя, где указанный комбинированный показатель указывает на прогноз у указанного пациента.
4. Способ по п.1 или 2, включающий:
(a) определение в образце опухоли от указанного пациента уровней экспрессии РНК следующих 8 генов: UBE2C, BIRC5, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST и MGP;
(b) математическое комбинирование величин уровня экспрессии для генов указанного набора, причем эти величины определяют в образце опухоли с получением комбинированного показателя, где указанный комбинированный показатель указывает на прогноз у указанного пациента.
5. Способ по п.4, где
BIRC5 может быть заменен UBE2C, или TOP2A, или RACGAP1, или AURKA, или NEK2, или E2F8, или PCNA, или CYBRD1, или DCN, или ADRA2A, или SQLE, или CXCL12, или EPHX2, или ASPH, или PRSS16, или EGFR, или CCND1, или TRIM29, или DHCR7, или PIP, или TFAP2B, или WNT5A, или APOD, или PTPRT при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
UBE2C может быть заменен BIRC5, или RACGAP1, или TOP2A, или AURKA, или NEK2, или E2F8, или PCNA, или CYBRD1, или ADRA2A, или DCN, или SQLE, или CCND1, или ASPH, или CXCL12, или PIP, или PRSS16, или EGFR, или DHCR7, или EPHX2, или TRIM29 при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
DHCR7 может быть заменен AURKA, BIRC5, UBE2C, или любым другим геном, который может заменять BIRC5, или UBE2C при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
в то время как STC2 может быть заменен INPP4B, или IL6ST, или SEC14L2, или MAPT, или CHPT1, или ABAT, или SCUBE2, или ESR1, или RBBP8, или PGR, или PTPRT, или HSPA2, или PTGER3 при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
AZGP1 может быть заменен PIP, или EPHX2, или PLAT, или SEC14L2, или SCUBE2, или PGR при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
RBBP8 может быть заменен CELSR2, или PGR, или STC2, или ABAT, или IL6ST при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
IL6ST может быть заменен INPP4B, или STC2, или MAPT, или SCUBE2, или ABAT, или PGR, или SEC14L2, или ESR1, или GJA1, или MGP, или EPHX2, или RBBP8, или PTPRT, или PLAT при условии, что после замены выбирают 8 различных генов; и
MGP может быть заменен APOD, или IL6ST, или EGFR при условии, что после замены выбирают 8 различных генов.
6. Способ по п.1, где указанному пациенту проведена эндокринная терапия, или ему предполагают проводить эндокринную терапию.
7. Способ по п.6, где указанная эндокринная терапия включает тамоксифен или ингибитор ароматазы.
8. Способ по п.1, где предсказывают риск развития рецидива рака молочной железы или связанной с раком смерти.
9. Способ по п.1, где указанный уровень экспрессии определяют в качестве уровня экспрессии матричной РНК.
10. Способ по п.8, где указанный уровень экспрессии определяют с помощью по меньшей мере одного из:
способ на основе ПЦР,
способ на основе микроматрицы, и
способ на основе гибридизации.
11. Способ по п.1, где указанное определение уровней экспрессии проводят в фиксированном в формалине погруженном в парафин образце опухоли или в свежезамороженном образце опухоли.
12. Способ по п.1, где уровень экспрессии по меньшей мере одного маркерного гена определяют в качестве профиля экспрессии относительно по меньшей мере одного эталонного гена или относительно вычисленной средней величины экспрессии.
13. Способ по п.1, где указанная стадия математического комбинирования включает стадию применения алгоритма к величинам, характеризующим уровни экспрессии данных генов.
14. Способ по п.13, где указанный алгоритм представляет собой линейную комбинацию указанных величин, характерных для уровней экспрессии данных генов.
15. Способ по п.14, где значение характерной величины уровня экспрессии умножают на коэффициент.
16. Способ по п.1, где один, два или более пороговых значений определяют для указанного комбинированного показателя, которые отделяют в группы высокого и низкого риска, высокого, промежуточного и низкого риска, или на большее количество групп риска путем применения порога к комбинированному показателю.
17. Способ по п.1, где высокий комбинированный показатель указывает на пользу цитотоксической химиотерапии.
18. Способ по п.1, где информация в отношении статуса узлов у пациента перерабатывается на стадии математического комбинирования величин уровня экспрессии для генов с получением комбинированного показателя.
19. Способ по пп.17 и 18, где указанная информация, касающаяся статуса узлов, представляет собой числовую величину, если указанный статус является отрицательным, и указанная информация представляет собой отличающуюся числовую величину, если указанный статус узлов является положительным, и отличающуюся или идентичную числовую величину, если указанный статус узлов является неизвестным.
20. Набор для выполнения способа по любому из пп.1-19, причем указанный набор содержит набор олигонуклеотидов, способных специфично связывать последовательности или связываться с последовательностями фрагментов генов в комбинации генов, где
указанная комбинация содержит по меньшей мере два из 9 генов: UBE2C, BIRC5, RACGAP1, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST и MGP.
21. Носитель данных, содержащий компьютерный программный продукт, способный обрабатывать величины, характерные для уровней экспрессии набора генов, математически комбинируя указанные величины с получением комбинированного показателя, где указанный комбинированный показатель указывает на эффективность эндокринной терапии у указанного пациента, согласно способам по любому из пп.1-17.