ЛЕЧЕНИЕ ЗАБОЛЕВАНИЙ, СВЯЗАННЫХ С NANOG, ПУТЕМ ИНГИБИРОВАНИЯ ПРИРОДНОГО АНТИСМЫСЛОВОГО ТРАНСКРИПТА NANOG

1. Способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG в биологической системе, включающий: осуществление контакта указанной системы с по меньшей мере одним антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом последовательность указанного по меньшей мере одного олигонуклеотида по меньшей мере на 50% идентична последовательности обратного комплемента природной антисмысловой последовательности полинуклеотида NANOG, с обеспечением тем самым модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG.
2. Способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG в биологической системе по п.1, включающий: осуществление контакта указанной биологической системы с по меньшей мере одним антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом последовательность указанного по меньшей мере одного олигонуклеотида по меньшей мере на 50% идентична последовательности обратного комплемента полинуклеотида, содержащего от 5 до 30 последовательных нуклеотидов в пределах нуклеотидов природного антисмыслового транскрипта 1-548 последовательности SEQ ID NO:2; с обеспечением тем самым модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG.
3. Способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro, включающий: осуществление контакта указанных клеток или тканей с по меньшей мере одним антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом последовательность указанного олигонуклеотида по меньшей мере на 50% идентична последовательности олигонуклеотида, являющегося антисмысловым для полинуклеотида NANOG; с обеспечением тем самым модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG в клетках или тканях пациента in vivo или in vitro.
4. Способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG в клетках или тканях пациента по п.3, включающий: осуществление контакта указанной биологической системы с по меньшей мере одним антисмысловым олигонуклеотидом длиной от 5 до 30 нуклеотидов, при этом последовательность указанного по меньшей мере одного олигонуклеотида по меньшей мере на 50% идентична последовательности обратного комплемента полинуклеотида, содержащего от 5 до 30 последовательных нуклеотидов в пределах нуклеотидов природного антисмыслового транскрипта 1-548 последовательности SEQ ID NO:2; с обеспечением тем самым модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG.
5. Способ модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG в биологической системе, включающий: осуществление контакта указанной системы с по меньшей мере одним антисмысловым олигонуклеотидом, который нацелен на участок природного антисмыслового олигонуклеотида для полинуклеотида NANOG; с обеспечением тем самым модулирования функции и/или экспрессии полинуклеотида NANOG.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что функция и/или экспрессия NANOG увеличиваются in vivo или in vitro по сравнению с контролем.
7. Способ по п.5, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один антисмысловой олигонуклеотид нацелен на природную антисмысловую последовательность для полинуклеотида NANOG.
8. Способ по п.5, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один антисмысловой олигонуклеотид нацелен на нуклеотидную последовательность, содержащую кодирующие и/или некодирующие нуклеотидные последовательности полинуклеотида NANOG.
9. Способ по п.5, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один антисмысловой олигонуклеотид нацелен на перекрывающиеся и/или неперекрывающиеся последовательности полинуклеотида NANOG.
10. Способ по п.5, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один антисмысловой олигонуклеотид содержит одну или более модификаций, выбранных из: по меньшей мере одного модифицированного остатка сахара, по меньшей мере одной модифицированной межнуклеозидной связи, по меньшей мере одного модифицированного нуклеотида и их комбинаций.
11. Способ по п.10, отличающийся тем, что указанные одна или более модификаций включают по меньшей мере один модифицированный остаток сахара, выбранный из: 2'-O-метоксиэтил-модифицированного остатка сахара, 2'-метокси-модифицированного остатка сахара, 2'-O-алкил-модифицированного остатка сахара, бициклического остатка сахара и их комбинаций.
12. Способ по п.10, отличающийся тем, что указанные одна или более модификаций включают по меньшей мере одну модифицированную межнуклеозидную связь, выбранную из: фосфотиоата, 2'-O-метоксиэтила (МОЭ), 2'-фтор, алкилфосфоната, фосфодитиоата, алкилфосфонотиоата, фосфорамидата, карбамата, карбоната, триэфирфосфата, ацетамидата, карбоксиметилового эфира и их комбинаций.
13. Способ по п.10, отличающийся тем, что указанные одна или более модификаций включают по меньшей мере один модифицированный нуклеотид, выбранный из: пептидо-нуклеиновой кислоты, закрытой нуклеиновой кислоты, арабинонуклеиновой кислоты (2'-дезокси-2'-фтор-β-D-арабинонуклеиновой кислоты, FANA), их аналога, производного и комбинаций.
14. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один олигонуклеотид содержит по меньшей мере одну из олигонуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NOS:3-6.
15. Способ модулирования функции и/или экспрессии гена NANOG в клетках или тканях млекопитающих in vivo или in vitro, включающий: осуществление контакта указанных клеток или тканей с по меньшей мере одним олигонуклеотидом малой интерферирующей РНК (миРНК) длиной от 5 до 30 нуклеотидов, причем указанный по меньшей мере один олигонуклеотид миРНК специфичен к антисмысловому полинуклеотиду для полинуклеотида NANOG, при этом последовательность указанного по меньшей мере одного олигонуклеотида миРНК по меньшей мере на 50% идентична последовательности комплемента по меньшей мере примерно пяти последовательных нуклеиновых кислот антисмысловой и/или смысловой молекулы нуклеиновой кислоты для полинуклеотида NANOG; и модулирование функции и/или экспрессии NANOG в клетках или тканях млекопитающих in vivo или in vitro.
16. Способ по п.15, отличающийся тем, что последовательность указанного олигонуклеотида по меньшей мере на 80% идентична последовательности из по меньшей мере примерно пяти последовательных нуклеиновых кислот, которая комплементарна антисмысловой и/или смысловой молекуле нуклеиновой кислоты для полинуклеотида NANOG.
17. Способ модулирования функции и/или экспрессии NANOG в клетках или тканях млекопитающих in vivo или in vitro, включающий: осуществление контакта указанных клеток или тканей с по меньшей мере одним антисмысловым олигонуклеотидом длиной примерно от 5 до 30 нуклеотидов, специфичным к некодирующим и/или кодирующим последовательностям смысловой и/или природной антисмысловой цепи полинуклеотида NANOG, при этом последовательность указанного по меньшей мере одного антисмыслового олигонуклеотида по меньшей мере на 50% идентична по меньшей мере одной нуклеотидной последовательности, соответствующей SEQ ID NOS:1 и 2; и модулирование функции и/или экспрессии NANOG в клетках или тканях млекопитающих in vivo или in vitro.
18. Синтетический модифицированный олигонуклеотид, содержащий по меньшей мере одну модификацию, при этом указанная по меньшей мере одна модификация выбрана из: по меньшей мере одного модифицированного остатка сахара; по меньшей мере одной модифицированной межнуклеотидной связи; по меньшей мере одного модифицированного нуклеотида и их комбинаций; при этом указанный олигонуклеотид представляет собой антисмысловое соединение, которое гибридизуется с и модулирует функцию и/или экспрессию гена NANOG in vivo или in vitro по сравнению с нормальным контролем, и при этом последовательность указанного олигонуклеотида по меньшей мере на 50% идентична последовательности из по меньшей мере примерно пяти последовательных нуклеиновых кислот, которая комплементарна антисмысловой и/или смысловой молекуле нуклеиновой кислоты для полинуклеотида NANOG и его аллелей, гомологов, изоформ, вариантов, производных, мутантов, фрагментов или их комбинаций.
19. Олигонуклеотид по п.18, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид имеет длину от 5 до 30 нуклеотидов и его последовательность по меньшей мере на 50% идентична последовательности обратного комплемента 5-30 последовательных нуклеотидов в пределах природного антисмыслового транскрипта гена NANOG.
20. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна модификация включает межнуклеотидную связь, выбранную из группы, состоящей из: фосфотиоата, алкилфосфоната, фосфодитиоата, алкилфосфонотиоата, фосфорамидата, карбамата, карбоната, триэфирфосфата, ацетамидата, карбоксиметилового эфира и их комбинаций.
21. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере одну фосфотиоатную межнуклеотидную связь.
22. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит остов из фосфотиоатных межнуклеотидных связей.
23. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере один модифицированный нуклеотид, при этом указанный модифицированный нуклеотид выбран из: пептидо-нуклеиновой кислоты, закрытой нуклеиновой кислоты, их аналога, производного и комбинаций.
24. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит множество модификаций, при этом указанные модификации включают модифицированные нуклеотиды, выбранные из: фосфотиоата, алкилфосфоната, фосфодитиоата, алкилфосфонотиоата, фосфорамидата, карбамата, карбоната, триэфирфосфата, ацетамидата, карбоксиметилового эфира и их комбинаций.
25. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит множество модификаций, при этом указанные модификации включают модифицированные нуклеотиды, выбранные из: пептидо-нуклеиновых кислот, закрытых нуклеиновых кислот, их аналогов, производных и комбинаций.
26. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит по меньшей мере один модифицированный остаток сахара, выбранный из: 2'-O-метоксиэтил-модифицированного остатка сахара, 2'-метокси-модифицированного остатка сахара, 2'-O-алкил-модифицированного остатка сахара, бициклического остатка сахара и их комбинаций.
27. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит множество модификаций, при этом указанные модификации включают модифицированные остатки сахаров, выбранные из: 2'-O-метоксиэтил-модифицированного остатка сахара, 2'-метокси-модифицированного остатка сахара, 2'-O-алкил-модифицированного остатка сахара, бициклического остатка сахара и их комбинаций.
28. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид имеет длину по меньшей мере примерно от 5 до 30 нуклеотидов и гибридизуется с антисмысловой и/или смысловой цепью полинуклеотида NANOG, при этом последовательность указанного олигонуклеотида по меньшей мере примерно на 60% идентична последовательности комплемента по меньшей мере примерно пяти последовательных нуклеиновых кислот антисмысловой и/или смысловой кодирующей и/или некодирующей нуклеотидной последовательности полинуклеотида NANOG.
29. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что последовательность указанного олигонуклеотида по меньшей мере примерно на 80% идентичен последовательности комплемента по меньшей мере примерно пяти последовательных нуклеиновых кислот антисмысловой и/или смысловой кодирующей и/или некодирующей нуклеотидной последовательности полинуклеотида NANOG.
30. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид гибридизуется с и модулирует экспрессию и/или функцию по меньшей мере одного полинуклеотида NANOG in vivo или in vitro по сравнению с нормальным контролем.
31. Олигонуклеотид по п.19, отличающийся тем, что указанный олигонуклеотид содержит последовательности, соответствующие SEQ ID NOS:3-6.
32. Фармацевтическая композиция, содержащая один или более олигонуклеотидов, специфичных к одному или более полинуклеотидам NANOG, по п.18 и фармацевтически приемлемое вспомогательное вещество.
33. Композиция по п.32, отличающаяся тем, что последовательности указанных олигонуклеотидов по меньшей мере примерно на 40% идентичны любой из нуклеотидных последовательностей, соответствующих SEQ ID NOS:3-6.
34. Композиция по п.32, отличающаяся тем, что указанные олигонуклеотиды содержат нуклеотидные последовательности, соответствующие SEQ ID NOS:3-6.
35. Композиция по п.34, отличающаяся тем, что олигонуклеотиды, соответствующие SEQ ID NOS:3-6, содержат одну или более модификаций или замен.
36. Композиция по п.35, отличающаяся тем, что указанные одна или более модификаций выбраны из: фосфотиоата, метилфосфоната, пептидо-нуклеиновой кислоты, закрытой нуклеиновой кислоты и их комбинаций.
37. Способ предотвращения или лечения заболевания, ассоциированного с по меньшей мере одним полинуклеотидом NANOG и/или по меньшей мере одним продуктом, кодируемым указанным полинуклеотидом, включающий: введение пациенту терапевтически эффективной дозы по меньшей мере одного антисмыслового олигонуклеотида, который связывается с природной антисмысловой последовательностью указанного по меньшей мере одного полинуклеотида NANOG и модулирует экспрессию указанного по меньшей мере одного полинуклеотида NANOG, с обеспечением тем самым предотвращения или лечения заболевания, ассоциированного с указанным по меньшей мере одним полинуклеотидом NANOG и/или по меньшей мере одним продуктом, кодируемым указанным полинуклеотидом.
38. Способ по п.37, отличающийся тем, что заболевание, ассоциированное с указанным по меньшей мере одним полинуклеотидом NANOG, выбрано из: заболевания или расстройства, ассоциированного с аномальными функцией и/или экспрессией NANOG, неврологического заболевания или расстройства, кожных изменений, ожога, сердечно-сосудистого заболевания или расстройства, диабета, остеоартрита, ревматоидного артрита, рака, генетического заболевания или расстройства (например, мышечной дистрофии Дюшена), неврологического заболевания или расстройства (например, болезни Паркинсона, болезни Альцгеймера, болезни Гентингтона, болезни Гоше), заболевания или расстройства, ассоциированного с потерей отдельного типа клеток или ткани, которые могут быть заменены на новые клетки/ткани, регенерированные из плюрипотентных стволовых клеток, заболевания или расстройства, ассоциированного с повреждением ДНК; заболевания или расстройства, ассоциированного с целостностью генома; заболевания или расстройства, ассоциированного с нарушением активации лимфоцитов и/или пролиферации; заболевания или расстройства, ассоциированного с нарушением эндотелиального ангиогенеза; заболевания или расстройства, ассоциированного с иммунной системой; заболевания или расстройства, ассоциированного с нарушением транскрипции фетальной киназы печени-1 (FLK1); заболевания или расстройства печени, расстройства или состояния, требующего терапии стволовыми клетками, врожденного заболевания или расстройства, метаболического заболевания или расстройства (например, диабета типа I), травмы (например, повреждение спинного мозга, ожоги и т.д.), ишемии и других заболеваний кровеносных сосудов, сердца, печени или почек, при которых требуется трансплантация.
39. Способ индукции апоптоза в биологической системе, включающий введение в указанную систему олигонуклеотида длиной от 5 до 30 нуклеотидов, который по меньшей мере на 50% идентичен от 5 до 30 последовательным нуклеотидам в обратном комплементе природного антисмыслового транскрипта для полинуклеотида NANOG.
40. Способ по п.39, отличающийся тем, что указанный природный антисмысловой транскрипт представляет собой последовательность, соответствующую SEQ ID NOS:2-6.
41. Способ по п.39, отличающийся тем, что указанная биологическая система представляет собой клетки или ткани пациента.
42. Способ индукции апоптоза в биологической системе, включающий введение в указанную биологическую систему олигонуклеотида длиной примерно от 5 до 30 нуклеотидов, где указанный олигонуклеотид активирует ген-мишень путем нацеливания на природный антисмысловой транскрипт гена, и где указанный олигонуклеотид по меньшей мере на 50% идентичен обратному комплементу природного антисмыслового транскрипта активируемого гена.
43. Способ идентификации и отбора по меньшей мере одного олигонуклеотида, селективного по отношению к природному антисмысловому транскрипту гена NANOG, выбранному в качестве полинуклеотида-мишени, для введения in vivo, включающий: идентификацию по меньшей мере одного олигонуклеотида, содержащего по меньшей мере пять последовательных нуклеотидов, которые по меньшей мере частично комплементарны полинуклеотиду, являющемуся антисмысловым для выбранного полинуклеотида-мишени; измерение температуры плавления гибрида антисмыслового олигонуклеотида и указанного полинуклеотида-мишени или полинуклеотида, являющегося антисмысловым для указанного выбранного полинуклеотида-мишени, в жестких условиях гибридизации; и отбор по меньшей мере одного олигонуклеотида для введения in vivo на основании полученной информации.
44. Способ восстановления поврежденной ДНК у пациента, включающий введение пациенту терапевтически эффективной дозы по меньшей мере одного антисмыслового олигонуклеотида, который связывается с природной антисмысловой последовательностью указанного по меньшей мере одного полинуклеотида NANOG и модулирует экспрессию указанного по меньшей мере одного полинуклеотида NANOG с обеспечением тем самым восстанавления поврежденной ДНК у указанного пациента.