СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ ВОЛЧАНКИ

1. Способ оценки наличия риска развития волчанки у субъекта, где способ включает детекцию в биологическом образце, полученном от указанного субъекта, наличия генетического признака, указывающего на риск развития волчанки, где указанный генетический признак включает набор из одного или нескольких SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
2. Способ по п.1, где указанный набор SNP содержит приблизительно 1-10, 10-20, 20-30, 30-40 или 40-50 SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
3. Способ по п.1, где указанный набор SNP содержит 2 или более SNP, 3 или более SNP, 4 или более SNP, 5 или более SNP, 6 или более SNP, 7 или более SNP, 8 или более SNP, 9 или более SNP, 10 или более SNP, 11 или более SNP, 12 или более SNP, 13 или более SNP, 14 или более SNP, 15 или более SNP, 16 или более SNP, 17 или более SNP, 18 или более SNP, 19 или более SNP, или 20 или более SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
4. Способ по п.1, где указанный набор SNP включает 1-19 SNP, выбранных из таблицы 6.
5. Способ по п.1, где указанный набор SNP включает SNP BLK, выбранный из любого из SNP BLK, указанных в таблицах 7-10.
6. Способ по п.1, где указанный набор SNP включает SNP ITGAM, выбранный из любого из SNP ITGAM, указанных в таблицах 7-10.
7. Способ по п.6, где указанный набор SNP дополнительно включает SNP BLK, выбранный из любого из SNP BLK, указанных в таблицах 7-10.
8. Способ по п.1, где указанный набор SNP включает один или несколько SNP, выбранных из следующей группы SNP: rs2187668, rs10488631, rs7574865, rs9888739, rs13277113, rs2431697, rs6568431, rs10489265, rs2476601, rs2269368, rs1801274, rs4963128, rs5754217, rs6445975, rs3129860, rs10516487, rs6889239, rs2391592 и rs2177770.
9. Способ диагностики волчанки у субъекта, где способ включает детекцию в биологическом образце, полученном от указанного субъекта, наличия генетического признака, указывающего на волчанку, где указанный генетический признак включает набор из одного или нескольких SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
10. Выделенный полинуклеотид, содержащий (a) PRO-ассоциированный полинуклеотид или его фрагмент, длина которого составляет по меньшей мере приблизительно 10 нуклеотидов, где PRO-ассоциированный полинуклеотид или его фрагмент содержит генетическую вариацию в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), приведенного на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, или (b) полинуклеотид, комплементарный (a).
11. Выделенный полинуклеотид по п.10, где генетическая вариация находится в геномной ДНК, которая кодирует ген (или его регуляторную область), содержащий однонуклеотидный полиморфизм (SNP), приведенный на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
12. Выделенный полинуклеотид по п.11, где SNP находится в некодирующей области гена.
13. Выделенный полинуклеотид по п.11, где SNP находится в кодирующей области гена.
14. Выделенный полинуклеотид по п.10, где выделенный полинуклеотид представляет собой праймер.
15. Выделенный полинуклеотид по п.10, где выделенный полинуклеотид представляет собой олигонуклеотид.
16. Олигонуклеотид, который представляет собой (a) аллелеспецифический олигонуклеотид, который гибридизуется с областью PRO-ассоциированного полинуклеотида, содержащей генетическую вариацию в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, или (b) олигонуклеотид, комплементарный (a).
17. Олигонуклеотид по п.16, где SNP находится в геномной ДНК, которая кодирует ген (или его регуляторную область), содержащий однонуклеотидный полиморфизм (SNP), приведенный на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
18. Олигонуклеотид по п.17, где SNP находится в некодирующей области гена.
19. Олигонуклеотид по п.17, где SNP находится в кодирующей области гена.
20. Олигонуклеотид по п.16, где аллелеспецифический олигонуклеотид представляет собой аллелеспецифический праймер.
21. Набор, содержащий олигонуклеотид по п.16 и, необязательно, по меньшей мере один фермент.
22. Набор по п.21, где по меньшей мере один фермент представляет собой полимеразу.
23. Набор по п.21, где по меньшей мере один фермент представляет собой лигазу.
24. Микроматрица, содержащая олигонуклеотид по п.16.
25. Способ детекции отсутствия или наличия вариации в PRO-ассоциированном полинуклеотиде в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, причем способ включает (a) контактирование нуклеиновой кислоты, предположительно содержащей вариацию, с аллелеспецифическим олигонуклеотидом, который является специфичным к вариации, в условиях, пригодных для гибридизации аллелеспецифического олигонуклеотида с нуклеиновой кислотой; и (b) детекцию отсутствия или наличия аллелеспецифической гибридизации.
26. Способ по п.25, где вариация содержит SNP, как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
27. Способ амплификации нуклеиновой кислоты, содержащий вариацию в PRO-ассоциированном полинуклеотиде в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, причем способ включает (a) контактирование нуклеиновой кислоты с праймером, который гибридизуется с нуклеиновой кислотой в последовательности с 3'-стороны от вариации, и (b) удлинение праймера с образованием продукта амплификации, содержащего вариацию.
28. Способ по п.27, где вариация включает SNP, как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
29. Способ определения генотипа биологического образца млекопитающего, где способ включает детекцию в материале нуклеиновой кислоты, полученном из биологического образца, отсутствия или наличия вариации в PRO-ассоциированном полинуклеотиде в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
30. Способ по п.29, где вариация включает SNP, как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
31. Способ по п.29, где известно, что биологический образец содержит или предположительно содержит PRO или PRO-ассоциированный полинуклеотид, содержащий вариацию.
32. Способ по п.29, где биологический образец представляет собой пораженную ткань.
33. Способ по п.29, где детекция включает проведение процесса, выбранного из анализа удлинения праймеров, анализа удлинения аллелеспецифических праймеров, анализа включения аллелеспецифических нуклеотидов, анализа гибридизации аллелеспецифических олигонуклеотидов, анализа с 5'-нуклеазой, анализа с использованием молекулярных меток и анализа лигирования олигонуклеотидов.
34. Способ подклассификации волчанки у млекопитающего, где способ включает детекцию наличия вариации в PRO-ассоциированном полинуклеотиде в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, в биологическом образце, полученном от млекопитающего, где известно, что биологический образец содержит или предположительно содержит PRO или PRO-ассоциированный полинуклеотид, содержащий вариацию.
35. Способ по п.34, где вариация представляет собой генетическую вариацию.
36. Способ по п.35, где вариация включает SNP, как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
37. Способ по п.34, где детекция включает проведение процесса, выбранного из анализа удлинения праймеров, анализа удлинения аллелеспецифических праймеров, анализа включения аллелеспецифического нуклеотида, анализа гибридизации аллелеспецифических олигонуклеотидов, анализа с 5'-нуклеазой, анализа с использованием молекулярных меток и анализа лигирования олигонуклеотидов.
38. Способ предсказания ответа субъекта с волчанкой на лекарственное средство, где способ включает определение наличия у субъекта вариации в PRO-ассоциированном полинуклеотиде в нуклеотидном положении, соответствующем положению однонуклеотидного полиморфизма (SNP), как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, где наличие вариации указывает на то, что субъект будет отвечать на лекарственное средство.
39. Способ по п.38, где вариация представляет собой генетическую вариацию.
40. Способ по п.39, где вариация включает SNP, как указано на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
41. Способ диагностики или прогнозирования волчанки у субъекта, где способ включает детекцию наличия вариации в PRO или PRO-ассоциированном полинуклеотиде из биологического образца, полученного от субъекта, где:
(a) известно, что биологический образец содержит или предположительно содержит PRO или PRO-ассоциированный полинуклеотид, содержащий вариацию;
(b) вариация включает SNP или расположена в нуклеотидном положении, соответствующем SNP, указанном на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10; и
(c) наличие вариации обеспечивает диагноз или прогноз волчанки у субъекта.
42. Способ облегчения диагностики или прогнозирования волчанки у субъекта, где способ включает детекцию наличия вариации в PRO или PRO-ассоциированном полинуклеотиде из биологического образца, полученного от субъекта, где:
(a) известно, что биологический образец содержит или предположительно содержит PRO или PRO-ассоциированный полинуклеотид, содержащий вариацию;
(b) вариация включает SNP или расположена в нуклеотидном положении, соответствующем SNP, указанном на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10; и
(c) наличие вариации обеспечивает диагноз или прогноз состояния или симптома волчанки у субъекта.
43. Способ по п.41 или 42, где PRO-ассоциированный полинуклеотид кодирует PRO, который кодируется последовательностью в пределах области неравновесия по сцеплению.
44. Способ по п.43, где область неравновесия по сцеплению представляет собой одну из областей, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
45. Способ по п.41 или 42, где вариация находится в геномной ДНК, которая кодирует ген или его регуляторную область, и где соответствующий ген или его регуляторная область, содержат SNP, указанный на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
46. Способ по п.45, где SNP находится в некодирующей области гена.
47. Способ по п.45, где SNP находится в кодирующей области гена.
48. Способ идентификации лекарственного средства, эффективного для лечения волчанки в подгруппе пациентов, где способ включает установление корреляции средства с наличием генетической вариации в нуклеотидном положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP) в подгруппе пациентов, где SNP представляет собой один из SNP, приведенных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, тем самым идентифицируя средство в качестве эффективного средства для лечения волчанки в указанной подгруппе пациентов.
49. Способ лечения волчаночного состояния у субъекта, у которого, как известно, имеется генетическая вариация в нуклеотидном положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, где способ включает введение субъекту лекарственного средства, эффективного для лечения состояния.
50. Способ лечения субъекта, имеющего волчаночное состояние, где способ включает введение субъекту лекарственного средства, эффективного для лечения состояния у субъекта, который имеет генетическую вариацию в нуклеотидном положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
51. Способ лечения субъекта, имеющего волчаночное состояние, где способ включает введение субъекту лекарственного средства, которое является эффективным для лечения указанного состояния, как показано по меньшей мере в одном клиническим испытании, где средство вводили по меньшей мере пяти людям, каждый из которых имел генетическую вариацию в нуклеотидном положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
52. Способ по п.51, где по меньшей мере пять субъектов в совокупности имели два или более различных SNP в группе по меньшей мере из пяти субъектов.
53. Способ по п.51, где по меньшей мере пять субъектов имели указанные SNP во всей группе по меньшей мере из пяти субъектов.
54. Способ лечения субъекта с волчанкой из конкретной подгруппы пациентов с волчанкой, где подгруппа по меньшей мере частично характеризуется ассоциацией с генетической вариацией в нуклеотидном положении, соответствующем SNP, приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, и где способ включает введение субъекту эффективного количества лекарственного средства, которое одобрено в качестве лекарственного средства для указанной подгруппы.
55. Способ по п.54, где подгруппа имеет волчаночный нефрит.
56. Способ по п.54, где подгруппу составляют женщины.
57. Способ по п.54, где подгруппа имеет европейское происхождение.
58. Способ, включающий изготовление лекарственного средства против волчанки и упаковывание средства с инструкцией по введению средства субъекту, который имеет или предположительно имеет волчанку и который имеет генетическую вариацию в положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
59. Способ определения лекарственного средства для применения в подгруппе пациентов с волчанкой, где способ включает предоставление инструкции по введению лекарственного средства подгруппе пациентов, характеризующейся генетической вариацией в положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
60. Способ выпуска на рынок лекарственного средства для применения в подгруппе пациентов с волчанкой, где способ включает информирование целевой аудитории о применении лекарственного средства для лечения подгруппы пациентов, характеризующейся наличием у пациентов такой подгруппы генетической вариации в положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
61. Способ модулирования передачи сигнала через B-клеточный рецептор у субъекта, у которого, как известно, имеется генетическая вариация в нуклеотидном положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, где способ включает введение субъекту лекарственного средства, эффективного для модулирования передачи сигнала через B-клеточный рецептор.
62. Способ модулирования дифференцировки Th17-клеток у субъекта, у которого, как известно, имеется генетическая вариация в нуклеотидном положении, соответствующем однонуклеотидному полиморфизму (SNP), приведенному на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10, где способ включает введение субъекту лекарственного средства, эффективного для модулирования дифференцировки Th17-клеток.
63. Набор SNP, включающий генетический признак, указывающий на риск развития волчанки, где указанный набор SNP включает один или несколько SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
64. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает приблизительно 1-10, 10-20, 20-30, 30-40 или 40-50 SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
65. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает один или несколько SNP, выбранных из группы, состоящей из rs9888739, rs13277113, rs7574865, rs2269368, rs6889239, rs2391592 и rs21177770.
66. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает 2 или более SNP, 3 или более SNP, 4 или более SNP, 5 или более SNP, 6 или более SNP, 7 или более SNP, 8 или более SNP, 9 или более SNP, 10 или более SNP, 11 или более SNP, 12 или более SNP, 13 или более SNP, 14 или более SNP, 15 или более SNP, 16 или более SNP, 17 или более SNP, 18 или более SNP, 19 или более SNP, или 20 или более SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.
67. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает 1-19 SNP, выбранных из таблицы 6.
68. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает SNP BLK, выбранный из любого из SNP BLK, указанных в таблицах 7-10.
69. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает SNP ITGAM, выбранный из любого из SNP ITGAM, указанных в таблицах 7-10.
70. Набор SNP по п.69, где указанный набор SNP дополнительно включает SNP BLK, выбранный из любого из SNP BLK, указанных в таблицах 7-10.
71. Набор SNP по п.63, где указанный набор SNP включает один или несколько SNP, выбранных из следующей группы SNP: rs2187668, rs10488631, rs7574865, rs9888739, rs13277113, rs2431697, rs6568431, rs10489265, rs2476601, rs2269368, rs1801274, rs4963128, rs5754217, rs6445975, rs3129860, rs10516487, rs6889239, rs2391592 и rs2177770.
72. Набор SNP, включающий генетический признак, указывающий на волчанку, где указанный набор SNP включает один или несколько SNP, выбранных из любых SNP, указанных на фигурах 1-17 и в таблицах 1-10.