ПУТЕСПЕЦИФИЧНЫЕ МАРКЕРЫ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ СИНДРОМА РАЗДРАЖЕННОГО КИШЕЧНИКА

1. Способ вспомогательной диагностики синдрома раздраженного кишечника (IBS) и/или его клинического подтипа у пациента, который включает:
(a) определение в образце панели маркеров, исключающих диагноз воспалительной болезни кишечника и целиакии (CD); и
(b) определение в образце панели маркеров, включающих (допускающих) диагноз IBS.
2. Способ по п. 1, который включает получение одного или нескольких из следующих показателей (a)-(h):
(a) определение в образце, полученном от данного пациента, наличия или отсутствия антител типа IgA против глиадина, антител типа IgG против глиадина, антител против тканевой трансглутаминазы (tTG) и антител против эндомизия, получая показатель целиакии (CD);
(b) определение в данном образце наличия или уровня или генотипа по крайней мере каждого из следующих маркеров, получая показатель воспалительной болезни кишечника (IBD):
(i) наличия или уровня каждого из серологических маркеров ASCA-A, ASCA-G, ANCA, pANCA, антител против OmpC, антител против CBir1, антител против FlaX и антител против A4-Fla2;
(ii) наличия или уровня каждого из маркеров воспаления VEGF, ICAM, VCAM, SAA и CRP; и
(iii) генотипа каждого из генетических маркеров ATG16L1, ЕСМ1, NKX2-3 и STAT3;
(c) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера типа антител к бактериальным антигенам, получая показатель микробиома;
(d) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера тучных клеток, получая показатель тучных клеток;
(e) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера воспалительных клеток, получая показатель воспаления;
(f) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера мальабсорбции желчных кислот (ВАМ), получая показатель ВАМ;
(g) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного кинуренинового маркера, получая показатель окислительного стресса;
(h) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного серотонинового маркера, получая серотониновый показатель;
(i) применение к данному показателю CD дерева принятия решений или набора правил для получения решения, является ли данный образец образцом CD или не является образцом CD;
(j) если данный образец не является образцом CD, то применяется статистический метод "случайного леса" к данному показателю IBD для получения решения, является ли данный образец образцом IBD или не является образцом IBD;
(k) если данный образец не является образцом IBD, то применяется статистический алгоритм к одному или нескольким из следующего: данному показателю микробиома, данному показателю тучных клеток, данному показателю воспаления, данному показателю ВАМ, данному показателю окислительного стресса и данному серотониновому показателю, получая показатель заболевания; и
(l) определение диагноза IBS у данного пациента на основе статистического алгоритма, генерирующего вероятность наличия IBS, исходя из показателя заболевания и диагностической модели, включающей в себя показатель микробиома, показатель тучных клеток, показатель воспаления, показатель мальабсорбции желчных кислот, показатель окислительного стресса и серотониновый показатель из ретроспективной когорты пациентов.
a
3. Способ по п. 2, в котором по меньшей мере один маркер типа антител к бактериальным антигенам выбран из группы, состоящей из антител против Fla1, антител против Fla2, антител против FlaA, антител против FliC, антител против FliC2, антител против FliC3, антител против YBaN1, антител против.EcFliC, антител против EcОFliC, антител против SeFljB, антител против CjFlaA, антител против CjFlaB, антител против SƒFliC, антител против CjCgtA, антител против Cjdmh, антител против CjGT-A, антител против -EcYidX, антител против EcEra, антител против EcFrvX, антител против EcGabT, антител против EcYedK, антител против EcYbaN, антител против EcYhgN, антител против RtMaga, антител против RbCpaF, антител против RgPilD, антител против LaFrc, антител против LEno, антител против LjEFTu, антител против BƒOmpA, антител против PrOmpA, антител против Cp10bA, антител против CpSpA, антител против EƒSant, антител против LmOsp, антител против SƒЕТ-2, антител против Cpatox, антител против Cpbtox, антител против EcSta2, антител против EcOStx2A, антител против CjCdtB/C, антител против CdtcdA/B и их комбинаций.
4. Способ по п. 2, в котором по меньшей мере один маркер тучных клеток выбран из группы, состоящей из β-триптазы, гистамина, простагландина Е2 (PGE2) и их комбинаций.
5. Способ по п. 2, в котором по меньшей мере один маркер воспаления выбран из группы, состоящей из CRP, ICAM, VCAM, SAA, GROα и их комбинаций.
6. Способ по п. 2, в котором по меньшей мере один маркер мальабсорбции желчных кислот выбран из группы, состоящей из 7α-гидрокси-4-холестен-3-она, FGF19 и их комбинаций.
7. Способ по п. 2, в котором по меньшей мере один кинурениновый маркер выбран из группы, состоящей из кинуренина (K), кинуреновой кислоты (KyA), антраниловой кислоты (АА), 3-гидроксикинуренина (3-HK), 3-гидроксиантраниловой кислоты (3-НАА), ксантуреновой кислоты (ХА), хинолиновой кислоты (QA), триптофана, 5-гидрокситриптофана (5-НТР) и их комбинаций.
8. Способ по п. 2, в котором по меньшей мере один серотониновый маркер выбран из группы, состоящей из серотонина (5-НТ), 5-гидроксииндолуксусной кислоты (5-HIAA), серотонин-О-сульфата, серотонин-О-фосфата и их комбинаций.
9. Способ по п. 2, в котором диагностическая модель создается с использованием ретроспективной когорты с известными исходами IBS и здоровых контролей.
10. Способ по п. 2, в котором диагностическая модель создается с использованием ретроспективной когорты с известными исходами клинического подтипа IBS и здоровых контролей.
11. Способ по п. 2, который дополнительно включает квалифицирование диагноза IBS как IBS с запором (IBS-C), IBS с диареей (IBS-D), смешанный IBS (IBS-M), перемежающийся IBS (IBS-A) или постинфекционный (IBS-PI).
12. Способ по п. 2, в котором уровень данного маркера типа антител к бактериальным антигенам, данного маркера тучных клеток, данного маркера воспалительных клеток, данного маркера ВАМ, данного кинуренинового маркера или данного серотонинового маркера определяется независимо методом гибридизации, амплификационным методом, методом иммуноанализа, иммуногистохимическим методом или методом на основе подвижности.
13. Способ по п. 12, в котором метод гибридизации включает метод ELISA или CEER™.
14. Способ по п. 2, в котором образец выбран из группы, состоящей из цельной крови, плазмы, сыворотки, слюны, мочи, кала, слез, других жидких сред организма, образцов ткани и их клеточных экстрактов.
15. Способ по п. 14, в котором образец представляет собой сыворотку.
16. Способ по п. 2, в котором измеряются по меньшей мере два показателя, выбранные из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
17. Способ по п. 16, в котором измеряются по меньшей мере три показателя, выбранные из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
18. Способ по п. 16, в котором измеряются по меньшей мере четыре показателя, выбранные из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
19. Способ по п. 16, в котором измеряются по меньшей мере пять показателей, выбранных из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
20. Способ по п. 16, в котором измеряются все представители следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
21. Способ вспомогательной диагностики синдрома раздраженного кишечника (IBS) и/или его клинического подтипа у пациента, который включает получение одного или нескольких из следующих показателей (a)-(f):
(a) определение в образце, полученном от данного пациента, уровня по меньшей мере одного маркера типа антител к бактериальным антигенам, получая показатель микробиома;
(b) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера тучных клеток, получая показатель тучных клеток;
(c) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера воспалительных клеток, получая показатель воспаления;
(d) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного маркера мальабсорбции желчных кислот (ВАМ), получая показатель ВАМ;
(e) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного кинуренинового маркера, получая показатель окислительного стресса;
(f) определение в данном образце уровня по меньшей мере одного серотонинового маркера, получая серотониновый показатель;
(g) применение статистического алгоритма к данному показателю микробиома, данному показателю тучных клеток, данному показателю воспаления, данному показателю ВАМ, данному показателю окислительного стресса и данному серотониновому показателю, получая показатель заболевания; и
(h) определение диагноза IBS у данного пациента на основе статистического алгоритма, генерирующего вероятность наличия IBS, исходя из показателя заболевания и диагностической модели, включающей в себя показатель микробиома, показатель тучных клеток, показатель воспаления, показатель мальабсорбции желчных кислот, показатель окислительного стресса и серотониновый показатель из ретроспективной когорты.
a
22. Способ по п. 21, в котором по меньшей мере один маркер типа антител к бактериальным антигенам выбран из группы, состоящей из антител против Fla1, антител против Fla2, антител против FlaA, антител против FliC, антител против FliC2, антител против FliC3, антител против YBaN1, антител против EcFliC, антител против EcOFliC, антител против SeFljB, антител против CjFlaA, антител против CjFlaB, антител против SƒFliC, антител против CjCgtA, антител против Cjdmh, антител против CjGT-A, антител против EcYidX, антител против EcEra, антител против EcFrvX, антител против EcGabT, антител против EcYedK, антител против EcYbaN, антител против EcYhgN, антител против RtMaga, антител против RbCpaF, антител против RgPilD, антител против LaFrc, антител против LEno, антител против LjEFTu, антител против BƒOmpA, антител против PrOmpA, антител против Cp10bA, антител против CpSpA, антител против EƒSant, антител против LmOsp, антител против SƒET-2, антител против Cpatox, антител против Cpbtox, антител против EcSta2, антител против EcOStx2A, антител против CjCdtB/C, антител против CdtcdA/B и их комбинаций.
23. Способ по п. 21, в котором по меньшей мере один маркер тучных клеток выбран из группы, состоящей из β-триптазы, гистамина, простагландина Е2 (PGE2) и их комбинаций.
24. Способ по п. 21, в котором по меньшей мере один маркер воспаления выбран из группы, состоящей из CRP, ICAM, VCAM, SAA, GROα и их комбинаций.
25. Способ по п. 21, в котором по меньшей мере один маркер мальабсорбции желчных кислот выбран из группы, состоящей из 7α-гидрокси-4-холестен-3-она, FGF19 и их комбинаций.
26. Способ по п. 21, в котором по меньшей мере один кинурениновый маркер выбран из группы, состоящей из кинуренина (K), кинуреновой кислоты (KyA), антраниловой кислоты (АА), 3-гидроксикинуренина (3-HK), 3-гидроксиантраниловой кислоты (3-НАА), ксантуреновой кислоты (ХА), хинолиновой кислоты (QA), триптофана, 5-гидрокситриптофана (5-НТР) и их комбинаций.
27. Способ по п. 21, в котором по меньшей мере один серотониновый маркер выбран из группы, состоящей из серотонина (5-НТ), 5-гидроксииндолуксусной кислоты (5-HIAA), серотонин-О-сульфата, серотонин-О-фосфата и их комбинаций.
28. Способ по п. 21, в котором диагностическая модель создается с использованием ретроспективной когорты с известными исходами IBS и здоровых контролей.
29. Способ по п. 21, в котором диагностическая модель создается с использованием ретроспективной когорты с известными исходами клинического подтипа IBS и здоровых контролей.
30. Способ по п. 21, который дополнительно включает квалифицирование диагноза IBS как IBS с запором (IBS-C), IBS с диареей (IBS-D), смешанный IBS (IBS-M), перемежающийся IBS (IBS-A) или постинфекционный (IBS-PI).
31. Способ по п. 21, в котором уровень данного маркера типа антител к бактериальным антигенам, данного маркера тучных клеток, данного маркера воспалительных клеток, данного маркера ВАМ, данного кинуренинового маркера или данного серотонинового маркера определяется независимо методом гибридизации, амплификационным методом, методом иммуноанализа, иммуногистохимическим методом или методом на основе подвижности.
32. Способ по п. 31, в котором метод гибридизации включает метод ELISA или CEER™.
33. Способ по п. 21, в котором измеряются по меньшей мере два показателя, выбранные из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
34. Способ по п. 33, в котором измеряются по меньшей мере три показателя, выбранные из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
35. Способ по п. 33, в котором измеряются по меньшей мере четыре показателя, выбранные из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
36. Способ по п. 33, в котором измеряются по меньшей мере пять показателей, выбранных из следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.
37. Способ по п. 33, в котором измеряются все представители следующей группы: показателя микробиома, показателя тучных клеток, показателя воспаления, показателя мальабсорбции желчных кислот, показателя окислительного стресса и серотонинового показателя.