ДНК С ЗАМКНУТЫМИ КОНЦАМИ (зкДНК) И ПРИМЕНЕНИЕ В СПОСОБАХ УМЕНЬШЕНИЯ ИММУННОГО ОТВЕТА, СВЯЗАННОГО С ГЕННОЙ ТЕРАПИЕЙ ИЛИ ТЕРАПИЕЙ НУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТОЙ

Способ ингибирования иммунного ответа, при котором трансген экспрессируется в клетке, отличающийся тем, что указанный способ включает:
введение в указанную клетку композиции, содержащей невирусный бескапсидный ДНК-вектор с ковалентно замкнутыми концами (зкДНК-вектор), причем указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере одну гетерологичную нуклеотидную последовательность, функционально расположенную между двумя фланкирующими последовательностями инвертированных концевых повторов (ITR); и
введение в указанную клетку по меньшей мере одного ингибитора иммунного ответа.
Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный иммунный ответ представляет собой врожденный иммунный ответ.
Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор врожденного иммунного ответа.
Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор дополнительно кодирует указанный по меньшей мере один ингибитор иммунного ответа.
Способ по любому из пп. 1-4, отличающийся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа вводят отдельно от указанного зкДНК-вектора.
Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор инфламмасомы NLRP3, ингибитор инфламмасомы AIM2 или ингибитор каспазы-1.
Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор цикло-ГМФ-АМФ-синтазы (cGAS).
Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор Toll-подобного рецептора (TLR).
Способ по п. 8, отличающийся тем, что указанный ингибитор TLR представляет собой ингибитор TLR9.
Способ по любому из пп. 1-3 или 5, отличающийся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой рапамицин или аналог рапамицина.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы AIM2, кодируемый указанной зкДНК, представляет собой A151 из SEQ ID NO: 602 или его вариант, который ингибирует инфламмасому AIM2 или каспазу-1.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы NLRP3 или ингибитор инфламмасомы AIM2, или ингибитор каспазы-1, кодируемый указанной зкДНК, представляет собой миРНК, специфичную в отношении любого из: инфламмасомы NLRP3, инфламмасомы AIM2, или каспазы-1.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы NLRP3 или ингибитор инфламмасомы AIM2, или ингибитор каспазы-1, кодируемый указанной зкДНК, представляет собой киРНК, специфичную в отношении любого из: инфламмасомы NLRP3, инфламмасомы AIM2 или каспазы-1.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы NLRP3 или ингибитор инфламмасомы AIM2, или ингибитор каспазы-1, кодируемый указанной зкДНК, представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который связывает любой из: инфламмасомы NLRP3, инфламмасомы AIM2 или каспазы-1.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы NLRP3 или ингибитор инфламмасомы AIM2, или ингибитор каспазы-1, кодируемый указанной зкДНК, представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который связывается с любым из: инфламмасомы NLRP3, инфламмасомы AIM2 или каспазы-1.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы NLRP3 выбран из любого из: MCC950, 16673-34-0, Bay11-7082, глибенкламида или изоликвиритигенина.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор инфламмасомы AIM2 выбран из любого из: A151 (SEQ ID NO: 602), miR-223 или моноклонального антитела к ASC человека.
Способ по п. 6, отличающийся тем, что указанный ингибитор каспазы-1 выбран из любого из: белнаказана, шиконина, ацетилшиконина, пралнаказана, Z-VAD-FMK, Z-WEHD-FMK; Ac-YVAD-cmk, Ac-YVAD-CHO или партенолида.
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой белок ORF52 герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши, из SEQ ID NO: 882 или его вариант, который ингибирует cGAS, или ортолог ORF52 гаммагерпесвируса.
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой цитоплазматическую изоформу LANA (связанного с латентностью ядерного антигена) герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши, из SEQ ID NO: 883.
Способ по п. 20, отличающийся тем, что указанная цитоплазматическая изоформа LANA герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши, представляет собой LANAΔ161 (SEQ ID NO: 884).
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой миРНК, специфичную в отношении cGAS.
Способ по п. 22, отличающийся тем, что указанная миРНК, специфичная в отношении cGAS, выбрана из miR-25 (SEQ ID NO: 885) и miR-93 (SEQ ID NO: 886).
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой киРНК, специфичную в отношении cGAS.
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который связывает cGAS.
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой противомалярийный препарат.
Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный противомалярийный препарат представляет собой противомалярийный препарат на основе аминохинолина или аминоакридина.
Способ по п. 27, отличающийся тем, что указанный противомалярийный препарат выбран из хинакрина (QC), 9-амино-6-хлор-2-метоксиакридина (AMCA), гидроксихлорохина (HCQ) и хлорохина (CQ).
Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный ингибитор cGAS представляет собой низкомолекулярное соединение, которое связывается с каталитическим карманом cGAS.
Способ по п. 29, отличающийся тем, что указанное низкомолекулярное соединение, которое связывается с каталитическим карманом cGAS, выбрано из RU166365, RU281332, RU320521, RU320519, RU320461, RU320462, RU320520, RU320467 и RU320582.
Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанное низкомолекулярное соединение, которое связывается с каталитическим карманом cGAS, представляет собой RU320521.
Способ по п. 29, отличающийся тем, что указанное низкомолекулярное соединение, которое связывается с каталитическим карманом cGAS, выбрано из соединения 15, соединения 16, соединения 17, соединения 18, соединения 19 и PF-06928215.
Способ по п. 32, отличающийся тем, что указанное низкомолекулярное соединение, которое связывается с каталитическим карманом cGAS, представляет собой PF-06928215.
Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанный ингибитор TLR9 представляет собой олигонуклеотид, ингибирующий TLR9.
Способ по п. 34, отличающийся тем, что указанная олигонуклеотидная последовательность, ингибирующая TLR9, имеет один или более из следующих признаков (i) три последовательных нуклеотида G на 3´-конце; (ii) триплет CC(T) на 5´-конце; и (iii) расстояние между 5´-CC(T) и последующим триплетом GGG оптимально должно составлять 3-5 нуклеотидов в длину.
Способ по п. 34, отличающийся тем, что указанная олигонуклеотидная последовательность, ингибирующая TLR9, содержит последовательность TTAGGGn (SEQ ID NO: 888).
Способ по п. 34, отличающийся тем, что указанная олигонуклеотидная последовательность, ингибирующая TLR9, выбрана из ODN-2088 (TCCTGGCGGGGAAGT, SEQ ID NO: 889), ODN-2114 (TCCTGGAGGGGAAGT, SEQ ID NO: 890), поли(G) (GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG, SEQ ID NO: 891), ODN-A151 (TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG, SEQ ID NO: 892), G-ODN (CTCC-TATTGGGGGTTTCCTAT, SEQ ID NO: 893), IRS-869 (TCCTGGAGGGGTTGT, SEQ ID NO: 894), INH-1 (CCTGGATGGGAATTCCCATCCAGG, SEQ ID NO: 895), INH-4 (TTCCCATCCAGGCCTGGATGGGAA, SEQ ID NO: 896), IRS-661 (TGCTTGCAAGCTT-GCAAGCA, SEQ ID NO: 897), 4024 (TCCTGGATGGGAAGT, SEQ ID NO: 898), 4084F (CCTGGATGGGAA, SEQ ID NO: 899), INH-13 (CTTACCGCTGCACCTGGATGGGAA, SEQ ID NO: 900), INH-18 (CCTGGATGGGAACTTACCGCTGCA, SEQ ID NO: 901), а также IRS-954 TGCTCCTGGAGGGGTTGT, SEQ ID NO: 902) и AS1411 (GGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTGGTGG, SEQ ID NO: 903).
Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанный ингибитор TLR9 представляет собой миРНК, специфичную в отношении TLR9.
Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанный ингибитор TLR9 представляет собой киРНК, специфичную в отношении TLR9.
Способ по п. 9, отличающийся тем, что указанный ингибитор TLR9 представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который связывает TLR9.
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность функционально расположена между двумя фланкирующими последовательностями инвертированных концевых повторов дикого типа (WT-ITR).
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность функционально расположена между двумя фланкирующими последовательностями мутантных инвертированных концевых повторов (мутантные ITR).
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность функционально расположена между двумя фланкирующими последовательностями инвертированных концевых повторов, причем один ITR представляет собой WT-ITR, а один ITR представляет собой мутантный ITR.
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что указанные ITR представляют собой симметричные ITR.
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что указанные ITR представляют собой асимметричные ITR.
Способ по любому из пп. 1-45, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR происходят из вируса, выбранного из парвовируса, депендовируса и аденоассоциированного вируса (ААВ).
Способ по любому из пп. 1-46, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR являются симметричными или асимметричными.
Способ по п. 47, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR являются симметричными или по существу симметричными.
Способ по п. 47, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR являются асимметричными.
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR относятся к дикому типу, или оба из указанных ITR относятся к дикому типу.
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что указанные фланкирующие ITR происходят из разных вирусных серотипов.
Способ по любому из пп. 1-40, отличающийся тем, что по меньшей мере один из указанных ITR изменен относительно последовательности ITR ААВ дикого типа путем делеции, добавления или замены, что влияет на общую трехмерную конформацию указанного ITR.
Способ по п. 52, отличающийся тем, что один или более из указанных ITR происходят из серотипа ААВ, выбранного из ААВ1, ААВ2, ААВ3, ААВ4, ААВ5, ААВ6, ААВ7, ААВ8, ААВ9, ААВ10, ААВ11 и ААВ12.
Способ по любому из пп. 1-53, отличающийся тем, что один или более из указанных ITR являются синтетическими.
Способ по п. 53 или п. 54, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR не относятся к ITR дикого типа, или оба из указанных ITR не относятся к дикому типу.
Способ по любому из пп. 1-53, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены по меньшей мере в одной из областей ITR, выбранных из A, A´, B, B´, С, С´, D и D´.
Способ по п. 56, отличающийся тем, что указанная делеция, вставка и/или замена приводит к удалению всей или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями A, A´, B, B´, C или C´.
Способ по п. 56, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, что приводит к удалению всей или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями B и B´.
Способ по п. 56, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, что приводит к удалению всей или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями C и C´.
Способ по п. 56, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, что приводит к удалению части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями B и B´, и/или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями C и C´.
Способ по любому из пп. 1-53, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR содержат одну структуру «стебель-петля» в области, которая обычно содержит первую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями C и C´.
Способ по любому из пп. 1-53, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR содержат один стебель и две петли в области, которая обычно содержит первую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями C и C´.
Способ по любому из пп. 1-53, отличающийся тем, что один или оба из указанных ITR содержат один стебель и одну петлю в области, которая обычно содержит первую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями C и C´.
Способ по любому из пп. 1-63, отличающийся тем, что оба ITR изменяют так, что это приводит к общей трехмерной симметрии, когда указанные ITR инвертированы друг относительно друга.
Способ по любому из пп. 1-64, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность находится под контролем по меньшей мере одного регуляторного переключателя.
Способ по п. 65, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один регуляторный переключатель выбран из бинарного регуляторного переключателя, низкомолекулярного регуляторного переключателя, регуляторного переключателя «с кодом доступа», регуляторного переключателя на основе нуклеиновой кислоты, посттранскрипционного регуляторного переключателя, контролируемого излучением или контролируемого ультразвуком регуляторного переключателя, опосредуемого гипоксией регуляторного переключателя, регуляторного переключателя воспалительного ответа, активируемого сдвигом регуляторного переключателя и аварийного выключателя («kill switch»).
Способ по любому из пп. 1-66, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор и/или ингибитор иммунного ответа инкапсулирован.
Способ по любому из пп. 1-66, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор и/или ингибитор иммунного ответа находится в наноносителе.
Способ по п. 67, отличающийся тем, что указанный наноноситель содержит липидную наночастицу (ЛНЧ).
Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная зкДНК, при расщеплении рестрикционным ферментом, имеющим один сайт распознавания на указанном зкДНК-векторе, демонстрирует присутствие характерных полос линейной и непрерывной ДНК, по сравнению с линейными и прерывистыми контрольными ДНК, при анализе на неденатурирующем геле.
Способ по любому из пп. 1-4 и 5-9, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит промотор, функционально связанный с указанным по меньшей мере одним ингибитором иммунного ответа.
Способ по п. 71, отличающийся тем, что указанный промотор выбран из любого из промоторов в Таблице 1.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор дополнительно содержит энхансер, выбранный из любых энхансеров в Таблице 2.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит последовательность 5´-нетранслируемой области (UTR) и/или интрона, выбранную из любой из последовательностей в Таблице 2A.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит 3´-UTR, выбранную из любых последовательностей в Таблице 2B.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере одну последовательность поли(A), выбранную из любых последовательностей в Таблице 3.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере один промотор, функционально связанный с указанной по меньшей мере одной гетерологичной нуклеотидной последовательностью.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная композиция, содержащая указанный зкДНК-вектор, дополнительно содержит фармацевтически приемлемый носитель.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что увеличение количества указанного зкДНК-вектора, который вводят в клетку, повышает экспрессию указанного трансгена в указанной клетке.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная гетерологичная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует терапевтический трансген, и при этом целевой уровень экспрессии указанного трансгена представляет собой терапевтически эффективное количество.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность, при ее транскрипции или трансляции, корректирует аномальное количество эндогенного белка у субъекта.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность, при ее транскрипции или трансляции, корректирует аномальную функцию или активность эндогенного белка или пути у субъекта.
Способ по п. 81 или 82, отличающийся тем, что указанный субъект представляет собой пациента-человека, нуждающегося в лечении.
Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность кодирует или содержит нуклеотидную молекулу, выбранную из группы, состоящей из РНКи, киРНК, миРНК, днкРНК и антисмыслового олиго- или полинуклеотида.
Способ по любому из пп. 1-84, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность кодирует белок.
Способ по п. 85, отличающийся тем, что указанный белок представляет собой маркерный белок (например, репортерный белок).
Способ по любому из пп. 1-84, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность кодирует агонист или антагонист эндогенного белка или пути, ассоциированного с указанным заболеванием или нарушением.
Способ по любому из пп. 1-84, отличающийся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность кодирует антитело.
Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий совместное введение дополнительного ингибитора указанного иммунного ответа.
Способ по любому из пп. 1-89, отличающийся тем, что указанный зкДНК-вектор получен способом, включающим этапы: (a) инкубации популяции клеток насекомых, несущих экспрессионную конструкцию зкДНК, в присутствии по меньшей мере одного белка Rep, при этом указанная экспрессионная конструкция зкДНК кодирует указанный зкДНК-вектор в эффективных условиях и на протяжении времени, достаточного для того чтобы индуцировать продуцирование указанного зкДНК-вектора в указанных клетках насекомых; и (b) выделения указанного зкДНК-вектора из указанных клеток насекомых.
Способ по п. 90, отличающийся тем, что указанная экспрессионная конструкция зкДНК выбрана из зкДНК-плазмиды, зкДНК-бакмиды и зкДНК-бакуловируса.
Способ п. 90, отличающийся тем, что указанная клетка насекомого экспрессирует по меньшей мере один белок Rep.
Способ по п. 92, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один белок Rep происходит из вируса, выбранного из парвовируса, депендовируса и аденоассоциированного вируса (ААВ).
Способ по п. 93, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один белок Rep происходит из серотипа ААВ, выбранного из ААВ1, ААВ2, ААВ3, ААВ4, ААВ5, ААВ6, ААВ7, ААВ8, ААВ9, ААВ10, ААВ11 и ААВ12.
Экспрессионная конструкция зкДНК, которая кодирует указанный зкДНК-вектор, полученный с помощью способа по п. 90.
Экспрессионная конструкция зкДНК по п. 95, которая представляет собой зкДНК-плазмиду, зкДНК-бакмиду или зкДНК бакуловирус.
Клетка-хозяин, содержащая экспрессионную конструкцию зкДНК по п. 95 или п. 96.
Клетка-хозяин по п. 97, которая экспрессирует по меньшей мере один белок Rep.
Клетка-хозяин по п. 98, отличающаяся тем, что указанный по меньшей мере один белок Rep происходит из вируса, выбранного из парвовируса, депендовируса и аденоассоциированного вируса (ААВ).
Клетка-хозяин по п. 99, отличающаяся тем, что указанный по меньшей мере один белок Rep происходит из серотипа ААВ, выбранного из ААВ1, ААВ2, ААВ3, ААВ4, ААВ5, ААВ6, ААВ7, ААВ8, ААВ9, ААВ10, ААВ11 и ААВ12.
Клетка-хозяин по любому из пп. 97-100, которая представляет собой клетку насекомого.
Клетка-хозяин по п. 101, отличающаяся тем, что указанная клетка насекомого представляет собой клетку Sf9.
Способ получения зкДНК-вектора, включающий: (a) инкубацию клетки-хозяина по любому из пп. 97-102 в эффективных условиях и на протяжении времени, достаточного для того чтобы индуцировать продуцирование зкДНК-вектора; и (b) выделение указанной зкДНК из указанных клеток-хозяев.
Композиция, содержащая невирусный бескапсидный ДНК-вектор с ковалентно замкнутыми концами (зкДНК-вектор), где указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере одну гетерологичную нуклеотидную последовательность, функционально расположенную между двумя фланкирующими последовательностями инвертированных концевых повторов (ITR).
Композиция по п. 104, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор дополнительно кодирует указанный по меньшей мере один ингибитор иммунного ответа.
Композиция по п. 104 или п. 105, отличающаяся тем, что указанный иммунный ответ представляет собой врожденный иммунный ответ.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность функционально расположена между двумя фланкирующими последовательностями инвертированных концевых повторов дикого типа (WT-ITR).
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность функционально расположена между двумя фланкирующими последовательностями мутантных инвертированных концевых повторов (мутантных ITR).
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность функционально расположена между двумя фланкирующими последовательностями инвертированных концевых повторов, причем один ITR представляет собой WT-ITR и один ITR представляет собой мутантный ITR.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что указанные ITR представляют собой симметричные ITR.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что указанные ITR представляют собой асимметричные ITR.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR происходят из вируса, выбранного из парвовируса, депендовируса и аденоассоциированного вируса (ААВ).
Композиция по п. 112, отличающаяся тем, что указанные фланкирующие ITR являются симметричными или асимметричными.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что оба из указанных ITR относятся к дикому типу.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что указанные фланкирующие ITR происходят из разных вирусных серотипов.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что по меньшей мере один из указанных ITR изменен относительно последовательности ITR ААВ дикого типа путем делеции, добавления или замены, что влияет на общую трехмерную конформацию указанного ITR.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR происходят из серотипа ААВ, выбранного из ААВ1, ААВ2, ААВ3, ААВ4, ААВ5, ААВ6, ААВ7, ААВ8, ААВ9, ААВ10, ААВ11 и ААВ12.
Композиция по любому из пп. 104-117, отличающаяся тем, что один или более из указанных ITR являются синтетическими.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что оба из указанных ITR не относятся к дикому типу.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR модифицируют путем делеции, вставки и/или замены по меньшей мере в одной из областей ITR, выбранных из A, A´, B, B´, С, С´, D и D´.
Композиция по п. 120, отличающаяся тем, что указанная делеция, вставка и/или замена приводит к удалению всей или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями A, A´, B, B´, C или C´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, что приводит к удалению всей или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями B и B´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, что приводит к удалению всей или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями C и C´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR модифицированы путем делеции, вставки и/или замены, что приводит к удалению части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями B и B´, и/или части структуры «стебель-петля», обычно образуемой указанными областями C и C´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR содержат одну структуру «стебель-петля» в области, которая обычно содержит первую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями C и C´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR содержат один стебель и две петли в области, которая обычно содержит первую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями C и C´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что один или оба из указанных ITR содержат один стебель и одну петлю в области, обычно содержащей первую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями B и B´, и вторую структуру «стебель-петля», образуемую указанными областями C и C´.
Композиция по любому из пп. 104-106, отличающаяся тем, что оба ITR изменяют так, что это приводит к общей трехмерной симметрии, когда указанные ITR инвертированы друг относительно друга.
Композиция по любому из пп. 104-128, отличающаяся тем, что указанные ITR основаны на последовательностях из вируса, выбранного из парвовируса, депендовируса и аденоассоциированного вируса (ААВ).
Композиция по любому из пп. 104-129, отличающаяся тем, что по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность находится под контролем по меньшей мере одного регуляторного переключателя.
Композиция по п. 130, отличающаяся тем, что по меньшей мере один регуляторный переключатель выбран из бинарного регуляторного переключателя, низкомолекулярного регуляторного переключателя, регуляторного переключателя «с кодом доступа», регуляторного переключателя на основе нуклеиновой кислоты, посттранскрипционного регуляторного переключателя, контролируемого излучением или контролируемого ультразвуком регуляторного переключателя, опосредуемого гипоксией регуляторного переключателя, регуляторного переключателя воспалительного ответа, активируемого сдвигом регуляторного переключателя и аварийного выключателя.
Композиция по любому из пп. 104-131, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор инкапсулирован.
Композиция по любому из пп. 104-132, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор находится в наноносителе.
Композиция по п. 133, отличающаяся тем, что указанный наноноситель содержит липидную наночастицу (ЛНЧ).
Композиция по любому из пп. 104-134, отличающаяся тем, что указанная зкДНК, при расщеплении рестрикционным ферментом, имеющим один сайт распознавания на указанном зкДНК-векторе, демонстрирует присутствие характерных полос линейной и непрерывной ДНК, по сравнению с линейными и прерывистыми контрольными ДНК, при анализе на неденатурирующем геле.
Композиция по любому из пп. 104-135, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит промотор, функционально связанный с указанным по меньшей мере одним ингибитором иммунного ответа.
Композиция по любому из пп. 104-136, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит энхансер, выбранный из любых энхансеров в Таблице 2.
Композиция по любому из пп. 104-137, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит последовательность 5´-UTR и/или интрона, выбранную из любых последовательностей в Таблице 2A.
Композиция по любому из пп. 104-138, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит 3´-UTR, выбранную из любых последовательностей в Таблице 2B.
Композиция по любому из пп. 104-139, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере одну последовательность поли(A), выбранную из любых последовательностей в Таблице 3.
Композиция по любому из пп. 104-140, отличающаяся тем, что указанный зкДНК-вектор содержит по меньшей мере один промотор, функционально связанный с указанной по меньшей мере одной гетерологичной нуклеотидной последовательностью.
Композиция по любому из пп. 104-141, отличающаяся тем, что по меньшей мере один ITR содержит функциональный сайт концевого разрешения и сайт связывания Rep, и при этом один из указанных ITR содержит делецию, вставку или замену относительно другого ITR.
Композиция по любому из пп. 104-142, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна гетерологичная нуклеотидная последовательность оптимизирована по кодонам для экспрессии в эукариотической клетке.
Композиция по любому из пп. 104-143, дополнительно содержащая фармацевтически приемлемый носитель.
Композиция по любому из пп. 104-144, отличающаяся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор инфламмасомы NLRP3, ингибитор инфламмасомы AIM2 или ингибитор каспазы-1.
Композиция по любому из пп. 104-144, отличающаяся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор цикло-ГМФ-АМФ-синтазы (cGAS).
Композиция по любому из пп. 104-144, отличающаяся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой ингибитор Toll-подобного рецептора (TLR).
Композиция по п. 147, отличающаяся тем, что указанный ингибитор TLR представляет собой ингибитор TLR9.
Композиция по любому из пп. 104-144, отличающаяся тем, что указанный ингибитор иммунного ответа представляет собой рапамицин или аналог рапамицина.
Способ экспрессии ингибитора иммунного ответа в клетке, отличающийся тем, что указанный способ включает приведение указанной клетки в контакт с композицией по любому из пп. 104-149.
Способ по п. 150, отличающийся тем, что указанная клетка находится в условиях in vitro или in vivo.
Фармацевтическая композиция, содержащая композицию по любому из пп. 104-149.
Фармацевтическая композиция по п. 152, дополнительно содержащая ингибитор врожденного иммунного ответа.
Фармацевтическая композиция по п. 153, отличающаяся тем, что указанный ингибитор врожденного иммунного ответа изготовлен отдельно от указанного зкДНК-вектора.
Клетка, содержащая композицию по любому из пп. 104-149.
Набор, содержащий композицию по любому из пп. 104-149, фармацевтическую композицию по любому из пп. 152-154 или клетку по п. 155.