СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ РИСКА ВОЗНИКНОВЕНИЯ ГЛАУКОМЫ

1. Способ определения наличия или отсутствия риска глаукомы, включающий в себя стадии:
определения in vitro в образце субъекта аллеля и/или генотипа по однонуклеотидному полиморфизму, который локализован в 31-м основании последовательности оснований, при этом последовательность оснований представляет собой, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514, или комплементарную ей последовательность (стадия A), и
сравнения аллеля и/или генотипа, выявленного на стадии A, по меньшей мере, с одним аллелем и/или генотипом, содержащим аллель высокого риска, в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514 (стадия B),
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии A, представляет собой аллель высокого риска, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии A, представляет собой гомозиготный генотип, содержащий аллель высокого риска, или гетерозиготу, когда аллель высокого риска соответствует требованиям доминантной генетической модели, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии A, представляет собой гомозиготный генотип, содержащий аллель высокого риска, когда аллель высокого риска соответствует требованиям рецессивной генетической модели.
2. Способ по п.1, в котором риск глаукомы представляет собой риск возникновения глаукомы.
3. Способ по п.2, в котором последовательность оснований выбрана из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238.
4. Способ по п.3, в котором сравнение на указанной стадии B включает в себя отбор и комбинирование любых двух или более аллелей и/или генотипов, содержащих аллель высокого риска, в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238,
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии А, представляет собой любой из аллелей, выбранных для сравнения на указанной стадии B, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии А, является гомозиготой или гетерозиготой по любому одному из генотипов, выбранных для сравнения на указанной стадии B, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям доминантной генетической модели, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии А, является гомозиготой по любому одному из генотипов, выбранных для сравнения на указанной стадии B, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям рецессивной генетической модели.
5. Способ по п.4, в котором сравнение на указанной стадии B включает в себя отбор и комбинирование всех аллелей и/или генотипов, содержащих аллель высокого риска, в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238,
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии А, представляет собой любой из аллелей, выбранных для сравнения на указанной стадии B, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии А, является гомозиготой или гетерозиготой по любому из генотипов, выбранных для сравнения на указанной стадии B, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям доминантной генетической модели, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии А, является гомозиготой по любому из генотипов, выбранных для сравнения на указанной стадии B, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям рецессивной генетической модели.
6. Способ по п.2, дополнительно включающий в себя стадию прогнозирования уровня риска возникновения заболевания.
7. Способ по п.1, в котором глаукома представляет собой первичную открытоугольную глаукому (POAG) или глаукому с нормальным давлением (NTG).
8. Способ определения наличия или отсутствия риска глаукомы, включающий в себя стадии:
выявления in vitro в образце субъекта аллеля и/или генотипа по однонуклеотидному полиморфизму, который локализован в 31-м основании последовательности оснований молекулы нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты содержит, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514, или комплементарную ей последовательность (стадия C1), или
выявления in vitro в образце субъекта аллеля и/или генотипа по однонуклеотидному полиморфизму с использованием молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей последовательность оснований, включающую в себя, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:515-694, или комплементарную ей последовательность (стадия C2), и
сравнения аллеля и/или генотипа, выявленного на указанной стадии C1 или C2, по меньшей мере, с одной молекулой нуклеиновой кислоты, содержащей аллель и/или генотип, содержащий аллель высокого риска в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514 (стадия D),
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии C1 или C2, является аллелем высокого риска, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой гомозиготный генотип, содержащий аллель высокого риска, или гетерозиготу, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям доминантной генетической модели, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой гомозиготный генотип, содержащий аллель высокого риска, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям рецессивной генетической модели.
9. Способ по п.8, в котором риск глаукомы представляет собой риск возникновения глаукомы.
10. Способ по п.9, в котором последовательность оснований на указанных стадиях C1 и D выбрана из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238, или в котором последовательность оснований на указанной стадии C2 выбрана из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:515-535.
11. Способ по п.10, в котором сравнение на указанной стадии D включает в себя отбор и комбинирование любых двух или более молекул нуклеиновых кислот, содержащих аллель и/или генотип, содержащий аллель высокого риска, в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238,
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой аллель высокого риска в любой одной из молекул нуклеиновых кислот, выбранных для сравнения на указанной стадии D, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой гомозиготный или гетерозиготный генотип в любой одной из молекул нуклеиновых кислот, выбранных для сравнения на указанной стадии D, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям доминантной генетической модели, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой гомозиготный генотип в любой одной из молекул нуклеиновых кислот, выбранных для сравнения на указанной стадии D, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям рецессивной генетической модели.
12. Способ по п.11, в котором сравнение на указанной стадии D включает в себя отбор и комбинирование всех молекул нуклеиновых кислот, содержащих аллели и/или генотипы, содержащие аллель высокого риска, в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238,
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой аллель высокого риска в любой одной из молекул нуклеиновых кислот, выбранных для сравнения на указанной стадии D, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой гомозиготный или гетерозиготный генотип в любой одной из молекул нуклеиновых кислот, выбранных для сравнения на указанной стадии D, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям доминантной генетической модели, или
при этом наличие риска глаукомы определяют в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии C1 или C2, представляет собой гомозиготный генотип в любой одной из молекул нуклеиновых кислот, выбранных для сравнения на указанной стадии D, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям рецессивной генетической модели.
13. Способ по п.9, дополнительно включающий в себя стадию прогнозирования уровня риска возникновения заболевания.
14. Способ по любому из пп.8-13, в котором молекулу нуклеиновой кислоты используют в качестве зонда.
15. Способ по п.14, в котором молекула нуклеиновой кислоты имеет длину от 23 до 55 оснований.
16. Способ по п.14, в котором зонд является иммобилизованным зондом.
17. Способ по п.8, в котором глаукома представляет собой первичную открытоугольную глаукому (POAG) или глаукому с нормальным давлением (NTG).
18. Набор для определения наличия или отсутствия риска глаукомы, содержащий
молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514, или комплементарную ей последовательность, или ее частичную последовательность, при этом молекула нуклеиновой кислоты содержит однонуклеотидный полиморфизм, который локализован в 31-м основании последовательности оснований, и/или
молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую последовательность оснований, включающую в себя, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:515-694, или комплементарную ей последовательность,
при этом набор применим для выявления in vitro аллеля и/или генотипа по однонуклеотидному полиморфизму в образце субъекта.
19. Набор по п.18, в котором риск глаукомы представляет собой риск возникновения глаукомы.
20. Набор по п.19, в котором последовательность оснований выбрана из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-238, и/или из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:515-535.
21. Набор по п.20, в котором набор содержит любые две или более молекул нуклеиновых кислот, содержащих последовательность оснований, показанную в SEQ ID NO:203-238, или комплементарную ей последовательность, или ее частичную последовательность, и/или любые две или более молекул нуклеиновых кислот, содержащих последовательность оснований, показанную в SEQ ID NO:515-535, или комплементарную ей последовательность.
22. Набор по п.21, в котором набор содержит все молекулы нуклеиновых кислот, содержащих последовательность оснований, показанную в SEQ ID NO:203-238, или комплементарную ей последовательность, или ее частичную последовательность, и/или все молекулы нуклеиновых кислот, содержащих последовательность оснований, показанную в SEQ ID NO:515-535, или комплементарную ей последовательность.
23. Набор по п.19, для применения в дополнительном прогнозировании уровня риска возникновения заболевания.
24. Набор по любому из пп.18-23, в котором молекулу нуклеиновой кислоты используют в качестве зонда.
25. Набор по п.24, в котором молекула нуклеиновой кислоты имеет длину от 23 до 55 оснований.
26. Набор по п.24, в котором зонд является иммобилизованным зондом.
27. Набор по п.18, в котором глаукому представляет собой первичную открытоугольную глаукому (POAG) или глаукому с нормальным давлением (NTG).
28. Способ определения наличия или отсутствия риска глаукомы, включающий в себя следующие стадии:
стадия (i): экстракция молекулы нуклеиновой кислоты из образца от субъекта,
стадия (ii): выявление аллеля по однонуклеотидному полиморфизму, который локализован в 31-м основании последовательности оснований, при этом последовательность оснований представляет собой, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514, или комплементарную ей последовательность, в случае молекулы нуклеиновой кислоты, экстрагированной на указанной стадии (i), и
стадия (iii): определение наличия или отсутствия риска глаукомы на основании аллеля, выявленного на указанной стадии (ii).
29. Способ по п.28, в котором указанная стадия (iii) включает в себя стадию определения генотипа на основании аллеля, выявленного на указанной стадии (ii).
30. Способ по п.28 или 29, в котором указанная стадия (iii) включает в себя стадию определения того, является ли аллель, выявленный на указанной стадии (ii), аллелем высокого риска.
31. Способ по п.30, в котором указанная стадия (iii) включает в себя стадию определения того, что риск глаукомы является высоким в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии (ii), является аллелем высокого риска.
32. Применение молекулы нуклеиновой кислоты для определения риска глаукомы, при этом молекула нуклеиновой кислоты содержит, по меньшей мере, одну последовательность оснований, и последовательность оснований представляет собой последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514, или комплементарную ей последовательность, или ее частичную последовательность, при этом молекула нуклеиновой кислоты содержит аллель и/или генотип по однонуклеотидному полиморфизму, который локализован в 31-м основании последовательности оснований.
33. Способ диагностики глаукомы, включающий в себя стадии:
выявления in vitro в образце субъекта аллеля и/или генотипа по однонуклеотидному полиморфизму, который локализован в 31-м основании последовательности оснований, при этом последовательность оснований представляет собой, по меньшей мере, одну последовательность оснований, выбранную из группы, состоящей из последовательностей оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514, или комплементарную ей последовательность (стадия E), и
сравнения аллеля и/или генотипа, выявленного на указанной стадии E, по меньшей мере, с одним из аллелей и/или генотипов, содержащих аллель высокого риска, в последовательностях оснований, показанных в SEQ ID NO:203-514 (стадия F),
при этом у субъекта диагностируют глаукому в том случае, когда аллель, выявленный на указанной стадии E, является аллелем высокого риска, или
при этом у субъекта диагностируют глаукому в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии E, представляет собой гомозиготный генотип, содержащий аллель высокого риска, или гетерозиготу, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям доминантной генетической модели, или
при этом у субъекта диагностируют глаукому в том случае, когда генотип, выявленный на указанной стадии E, представляет собой гомозиготный генотип, содержащий аллель высокого риска, когда аллель высокого риска удовлетворяет требованиям рецессивной генетической модели.
34. Способ определения риска возникновения глаукомы, включающий в себя следующие стадии:
стадия (I): определение наличия или отсутствия риска возникновения глаукомы способом, который определен в п.3,
стадия (II): выяснение того, необходимо ли дополнительное определение риска, в том случае, когда наличие риска возникновения заболевания определяют на указанной стадии (I) благодаря наличию любого одного из однонуклеотидных полиморфизмов, и
стадия (III): дополнительное определение наличия или отсутствия риска возникновения глаукомы способом, который определен в п.5, в случае, когда на указанной стадии (II) выяснено, что необходимо дополнительное определение риска.