ОПТИМАЛЬНЫЕ ЛОКУСЫ СОИ

1. Рекомбинантная последовательность, где указанная рекомбинантная последовательность включает
негенную геномную последовательность сои длиной по меньшей мере 1 тпн, где указанная негенная последовательность является гипометилированной, может служить в качестве мишени, расположена проксимально к генной области в геноме сои и представляет подтверждение рекомбинации; и
целевую ДНК, где целевая ДНК вставлена в указанную негенную последовательность.
2. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная негенная последовательность включает следующие характеристики
a. уровень метилирования указанной негенной последовательности составляет 1% или меньше;
b. указанная негенная последовательность обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой последовательностью, содержащейся в геноме сои;
c. указанная негенная последовательность расположена в пределах 40 тпн области известной или предсказанной экспрессируемой кодирующей последовательности сои; и
d. указанная негенная последовательность демонстрирует частоту рекомбинации в геноме сои больше 0,01574 сМ/мпн.
3. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная негенная последовательность включает максимальную длину 5,73 тпн.
4. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная негенная последовательность включает 1% или меньше метилирования нуклеотидов.
5. Рекомбинантная последовательность по п. 4, где указанная негенная последовательность имеет длину от 1 тпн до 5,73 тпн и не содержит метилированных остатков цитозина.
6. Рекомбинантная последовательность по п. 5, где указанная негенная последовательность не выравнивается с более чем 40% идентичностью последовательности ни с одной другой последовательностью в геноме сои.
7. Рекомбинантная последовательность по п. 5, где указанная негенная последовательность представляет подтверждение рекомбинации с частотой рекомбинацией больше 0,01574 сМ/мпн.
8. Рекомбинантная последовательность по п. 5, где 40 тпн область нативного генома сои, включающая указанную негенную последовательность также включает по меньшей мере одну известную или предсказанную кодирующую последовательность сои или последовательность, включающую 2 тпн последовательность до и/или 1 тпн последовательность после известного гена сои.
9. Рекомбинантная последовательность по п. 8, где указанная известная или предсказанная кодирующая последовательность сои экспрессирует белок сои.
10. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная негенная последовательность не содержит метилированный полинуклеотид.
11. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где один конец указанной негенной последовательности расположен в пределах 40 тпн от экспрессируемого эндогенного гена.
12. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная целевая ДНК включает аналитический домен.
13. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная целевая ДНК не кодирует пептид.
14. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная целевая ДНК кодирует пептид.
15. Рекомбинантная последовательность по п. 14, где указанная целевая ДНК включает кассету экспрессии гена, включающую инсектицидный ген устойчивости, ген устойчивости к гербициду, ген эффективности использования азота, ген эффективности использования воды, ген пищевой ценности, ДНК-связывающий ген или селективный маркерный ген.
16. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанная рекомбинантная последовательность включает следующие характеристики
a. указанная негенная последовательность содержит меньше 1% метилирования ДНК;
b. указанная негенная последовательность демонстрирует частоту рекомбинации от 0,01574 до 83,52 сМ/мпн в геноме сои;
c. указанная негенная последовательность демонстрирует уровень занятости нуклеосомами генома сои от 0 до 0,494;
d. указанная негенная последовательность обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой последовательностью, содержащейся в геноме сои;
e. указанная негенная последовательность имеет относительное значение местоположения от 0 до 0,99682 отношения геномного расстояния от центромеры хромосомы сои;
f. указанная негенная последовательность имеет процентное содержание гуанина/цитозина в диапазоне от 14,36 до 45,9%;
g. указанная негенная последовательность расположена проксимально к генной последовательности; и
h. указанная негенная последовательность расположена в 1 мпн области геномной последовательности сои, которая включает одну или более дополнительных негенных последовательностей.
17. Растение сои, часть растения сои или клетка растения сои, включающая рекомбинантную последовательность по любому из пп. 1-16.
18. Растение сои, часть растения сои или клетка растения сои по п. 17, где указаная известная или предсказанная кодирующая последовательность сои экспрессируется на уровне от 0,000415 до 872,7198.
19. Рекомбинантная последовательность по п. 1, где указанную целевую ДНК и/или указанную негенную последовательность модифицируют во время вставки указанной целевой ДНК в указанную негенную последовательность.
20. Способ создания трансгенной растительной клетки, включающей целевую ДНК, направленную в одну негенную геномную последовательность сои, включающий
a. отбор оптимального негенного геномного локуса сои;
b. введение сайт-специфической нуклеазы в растительную клетку, где сайт-специфическая нуклеаза расщепляет указанную негенную геномную последовательность сои;
c. введение целевой ДНК в растительную клетку;
d. направление целевой ДНК в указанный негенный локус, где расщепление указанной негенной последовательности способствует интеграции полинуклеотидной последовательности в указанный негенный локус; и
e. отбор трансгенных растительных клеток, включающих целевую ДНК, направленную в указанный негенный локус.
21. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная целевая ДНК включает аналитический домен.
22. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная целевая ДНК не кодирует пептид.
23. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная целевая ДНК кодирует пептид.
24. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная целевая ДНК включает кассету экспрессии гена, включающую трансген.
25. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная сайт-специфическая нуклеаза выбрана из группы, состоящей из цинк-пальцевой нуклеазы, нуклеазы CRISPR, TALEN, хоуминг-эндонуклеазы или мегануклеазы.
26. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная целевая ДНК интегрируется в указанный негенный локус с помощью метода интеграции посредством направленной гомологией репарации.
27. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанная целевая ДНК интегрируется в указанный негенный локус с помощью метода интеграции посредством негомологичного соединения концов.
28. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанный выбранный негенный локус включает следующие характеристики
a. указанный негенный локус имеет меньше 1% метилирования ДНК в последовательности;
b. указанный негенный локус демонстрирует частоту рекомбинации от 0,001574 до 83,52 сМ/мпн в геноме сои;
c. указанный негенный локус демонстрирует уровень занятости нуклеосомами генома сои от 0 до 0,494;
d. указанный негенный локус обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой 1 тпн последовательностью, содержащейся в геноме сои;
e. указанный негенный локус имеет относительное значение местоположения от 0 до 0,99682 отношения геномного расстояния от центромеры хромосомы сои;
f. указанный негенный локус имеет процентное содержание гуанина/цитозина от 14,36 до 45,9%;
g. указанный негенный локус расположен проксимально к генной последовательности; и
h. 1 мпн область геномной последовательности сои, включающая указанный негенный локус, включает по меньшей мере одну вторую негенную последовательность.
29. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 28, где указанный негенный локус имеет длину по меньшей мере 1 тпн.
30. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 29, где известная или предсказанная кодирующая последовательность сои или последовательность, включающая 2 тпн область до и 1 тпн область после известного гена, расположена в пределах 40 тпн от указанного негенного локуса.
31. Способ создания трансгенной растительной клетки по п. 20, где указанную целевую ДНК и/или указанный негенный локус модифицируют во время указанной интеграции полинуклеотидной последовательности в указанный негенный локус этапа (d).
32. Рекомбинантная негенная геномная последовательность-мишень сои, включающая
негенную последовательность длиной по меньшей мере 1 тпн, выбранную из группы, состоящей из кластера 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, или последовательность, обладающую 99% идентичностью последовательности с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из кластера 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, и их соответствующие комплементарные последовательности, где указанные кластеры получены из статистического алгоритма PCA, включающего значения PCA, определенные в Таблице 6; и
целевую ДНК, вставленную в указанную негенную последовательность.
33. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 32, где указанная целевая ДНК включает аналитический домен.
34. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 32, где указанная целевая ДНК кодирует пептид.
35. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 32, где указанная целевая ДНК включает кассету экспрессии гена, включающую трансген.
36. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 32, где указанная целевая ДНК включает сайт-специфический участок расщепления.
37. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 36, где указанный сайт-специфический участок расщепления расщепляет нуклеаза.
38. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 37, где указанная нуклеаза выбрана из группы, состоящей из цинк-пальцевой нуклеазы, нуклеазы CRISPR, TALEN, хоуминг-эндонуклеазы или мегануклеазы.
39. Негенная геномная последовательность-мишень сои по п. 32, где указанная вставка указанной целевой ДНК в указанную негенную последовательность приводит к модификации указанной целевой ДНК и указанных негенных последовательностей.
40. Очищенная негенная геномная последовательность сои длиной по меньшей мере 1 тпн, где указанная негенная последовательность является гипометилированной, может служить в качестве мишени, расположена проксимально к генной области в геноме сои и представляет подтверждение рекомбинации.
41. Очищенная последовательность по п. 40, где указанная негенная последовательность включает следующие характеристики
a. уровень метилирования указанной негенной последовательности составляет 1% или меньше;
b. указанная негенная последовательность обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой последовательностью, содержащейся в геноме сои;
c. указанная негенная последовательность расположена в 40 тпн области известной или предсказанной экспрессируемой кодирующей последовательности сои; и
d. указанная негенная последовательность демонстрирует частоту рекомбинации в геноме сои больше 0,01574 сМ/мпн.
42. Очищенная последовательность по п. 40, где указанная негенная последовательность включает максимальную длину 5,73 тпн.
43. Очищенная последовательность по п. 40, где указанная последовательность включает следующие характеристики
a. указанная негенная последовательность содержит меньше 1% метилирования ДНК в своем нативном положении;
b. указанная негенная последовательность, в своем нативном положении, демонстрирует частоту рекомбинации от 0,01574 до 83,52 сМ/мпн в геноме сои;
c. указанная негенная последовательность демонстрирует уровень занятости нуклеосомами генома сои от 0 до 0,494 в своем нативном положении;
d. указанная негенная последовательность обладает менее чем 40% идентичностью последовательности с любой другой последовательностью, содержащейся в геноме сои;
e. указанная негенная последовательность имеет относительное значение местоположения от 0 до 0,99682 отношения геномного расстояния от центромеры хромосомы сои в своем нативном положении;
f. указанная негенная последовательность имеет процентное содержание гуанина/цитозина от 14,36 до 45,9%;
g. указанная негенная последовательность расположена в пределах 40 тпн от известной или предсказанной кодирующей последовательности сои или последовательности, включающей 2 тпн область до и 1 тпн область после известного гена, в своем нативном положении; и
h. указанная негенная последовательность расположена в 1 тпн области геномной последовательности сои, которая включает одну или более дополнительных негенных последовательностей в своем нативном положении.