СПОСОБ, ЧИП И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

1. Способ диагностики или определения патологического состояния, ассоциированного с раком поджелудочной железы, включающий стадии или состоящий из таковых:
(a) получения образца от индивидуума, подлежащего исследованию; и
(b) определения характеристики по биомаркерам исследуемого образца путем измерения наличия и/или количества одного или нескольких биомаркеров в исследуемом образце, выбранных из группы, определенной в Таблице А;
причем наличие и/или количество в исследуемом образце одного или нескольких биомаркеров, выбранных из группы, определенной в Таблице А, указывает на заболевание, ассоциированное у индивидуума с раком поджелудочной железы.
2. Способ по п. 1, в котором патологическое состояние, ассоциированное с раком поджелудочной железы, выбирают из группы, состоящей из:
(i) диагностики и/или определения стадии раннего рака поджелудочной железы;
(ii) диагностики и/или определения стадии рака поджелудочной железы; и
3. Способ по любому из пп. 1-2, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в Таблице А, например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84 или 85 биомаркеров, приведенных в таблице А.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором патологическим состоянием, ассоциированным с раком поджелудочной железы, является ранний рак поджелудочной железы.
5. Способ по п. 4, в котором способ предназначен для диагностики рака поджелудочной железы I стадии или II стадии.
6. Способ по п. 5, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в:
(i) Таблице А (I), например, по меньшей мере 2, 3, 4 или 5 биомаркеров, приведенных в Таблице А (I);
(ii) Таблице А (III), например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 биомаркеров, приведенных в Таблице А (III);
(iii) Таблице А (V), например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 биомаркеров, приведенных в Таблице А (V); и
(iv) Таблице А (XI), например, по меньшей мере, 2 или 3 биомаркеров, приведенных в Таблице А (XI).
7. Способ по п. 5 или 6, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в:
(i) Таблице А (II), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 или 16 биомаркеров, приведенных в Таблице А (II);
(ii) Таблице А (IV), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 биомаркеров, приведенных в Таблице А (IV);
(iii) Таблице А (VI), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 биомаркеров, приведенных в Таблице А (VI); и
(iv) Таблице А (XII), например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 биомаркеров, приведенных в Таблице А (ХII).
8. Способ по п. 4, в котором указанный способ предназначен для диагностики рака поджелудочной железы I стадии.
9. Способ по п. 8, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в:
(i) Таблице A (I), например, по меньшей мере 2, 3, 4 или 5 биомаркеров, приведенных в Таблице А (I);
(ii) Таблице А (III), например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 биомаркеров, приведенных в Таблице А (III);
(iii) Таблице А (VII).
10. Способ по п. 8 или 9, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в:
(i) Таблице А (II), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 или 16 биомаркеров, приведенных в Таблице А (II);
(ii) Таблице А (IV), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 биомаркеров, приведенных в Таблице А (IV); и
(iii) Таблице А (VIII), например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 биомаркеров, приведенных в Таблице А (VIII).
11. Способ по п. 4, в котором указанный способ предназначен для диагностики рака поджелудочной железы II стадии.
12. Способ по п. 11, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в:
(iv) Таблице А (I), например, по меньшей мере 2, 3, 4 или 5 биомаркеров, приведенных в Таблице А (I);
(v) Таблице А (V), например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5 или 6 биомаркеров, приведенных в Таблице А (V);
(vi) Таблице А (IX).
13. Способ по п. 11 или 12, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или более биомаркеров, приведенных в:
(iv) Таблице А (II), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 или 16 биомаркеров, приведенных в Таблице А (II);
(v) Таблице A (VI), например, по меньшей мере, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 или 13 биомаркеров, приведенных в Таблице А (VI); и
(vi) Таблице А (X), например, по меньшей мере 2, 3 или 4 биомаркеров, приведенных в Таблице А (X).
14. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором патологическим состоянием, ассоциированным с раком поджелудочной железы, является рак поджелудочной железы.
15. Способ по п. 14, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или большего количества биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из СНР-1, МАРKK 2, UBP7, PRD14, STAT1, AGAP-2, PGAM5, LUM, PTPRO и USP07, например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 из этих биомаркеров.
16. Способ по п. 14 или 15, в котором стадия (b) включает или состоит из измерения наличия и/или количества 1 или большего количества биомаркеров, выбранных из группы, состоящей из Аро-А1, ВТК, C1q, С5, CDK-2, IgM, IL-11, IL-12, IL-6, JAK3, МАРК8, МСР-1, MUC-1, пропердина, VEGF, С3, ICAM-1, IL-13, АТР-5 В, С4, Her2/ErB-2, IL-7, IL-3, IL-8, GM-CSF, IL-9, LDL и ORP3, например, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 или 29 из этих биомаркеров.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, в которых стадия (b) включает измерение наличия и/или количества всех биомаркеров, приведенных в Таблице А.
18. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий или состоящий из стадий:
c) получения одного или нескольких контрольных образцов от:
i. индивидуума, не страдающего раком поджелудочной железы; и/или
ii. индивидуума, пораженного раком поджелудочной железы, образец которого находился на другой стадии по сравнению с исследуемым образцом;
d) определения характеристики по биомаркерам одного или нескольких контрольных образцов путем измерения наличия и/или количества в контрольном образце одного или большего количества биомаркеров, измеренных на стадии (b);
причем указанное патологическое состояние, ассоциированное с раком поджелудочной железы, идентифицируется в том случае, если наличие и/или количество одного или нескольких биомаркеров в исследуемом образце, измеренных на стадии (b), отличается от наличия и/или количества одного или нескольких биомаркеров в контрольном образце, измеренных на стадии (d).
19. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий или состоящий из стадий:
e) получения одного или нескольких контрольных образцов от;
i: индивидуума, пораженного раком поджелудочной железы (т.е., положительного контроля); и/или
ii: индивидуума, пораженного раком поджелудочной железы, образец которого находился на той же стадии, что и исследуемый образец;
f) определения характеристики по биомаркерам контрольного образца путем измерения наличия и/или количества в контрольном образце одного или нескольких биомаркеров, измеренных на стадии (b);
причем патологическое состояние, ассоциированное с раком поджелудочной железы, идентифицируют в том случае, если наличие и/или количество одного или нескольких биомаркеров в исследуемом образце, измеренных на стадии (b), соответствует наличию и/или количеству одного или нескольких биомаркеров в контрольном образце, измеренных на стадии (f).
20. Способ по любому из пп. 18-19, в котором индивидуум, от которого получали один или несколько контрольных образцов, во время получения образца не был поражен нераковым заболеванием или состоянием поджелудочной железы, например, острым панкреатитом, хроническим панкреатитом, аутоиммунным панкреатитом и внутрипротоковой папиллярной муцинозной неоплазией (ВПМН) поджелудочной железы.
21. Способ по любому из пп. 18-20, в котором индивидуум, от которого получали один или несколько контрольных образцов, во время получения образца не был поражен никаким заболеванием или состоянием поджелудочной железы.
22. Способ по п. 18, в котором индивидуум, не пораженный раком поджелудочной железы, во время получения образца не был поражен никаким заболеванием или состоянием.
23. Способ по п. 18, в котором индивидуум, не пораженный раком поджелудочной железы, является здоровым индивидуумом.
24. Способ по любому из пп. 18-23, в котором один или несколько индивидуумов, пораженных раком поджелудочной железы, поражены раком поджелудочной железы, выбранным из группы, состоящей из аденокарциномы (например, протоковой аденокарциномы поджелудочной железы или тубулярной папиллярной аденокарциномы поджелудочной железы), саркомы поджелудочной железы, злокачественной серозной цистаденомы, аденосквамозной карциномы, перстневидно-клеточной карциномы, гепатоидной карциномы, коллоидной карциномы, недифференцированной карциномы и недифференцированных карцином с остеокластподобными гигантскими клетками.
25. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором рак поджелудочной железы представляет собой аденокарциному поджелудочной железы (например, протоковую аденокарциному поджелудочной железы).
26. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором указанный способ повторяют.
27. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором указанный способ повторяют и в котором на стадии (а) образец, подлежащий исследованию, извлекают в другое время по отношению к предыдущему повтору способа.
28. Способ по п. 26 или 27, в котором способ повторяют с использованием исследуемого образца, взятого в другой период времени по отношению к используемому (используемым) предыдущему (предыдущим) исследуемому (исследуемым) образцу (образцам).
29. Способ по п. 27 или 28, в котором способ повторяют с использованием исследуемого образца, взятого между 1-м днем и 104-м неделей по отношению к предыдущему (предыдущим) исследуемому (исследуемым) образцу (образцам), использованному, например, между 1-й неделей и 100-й неделей, между 1-й неделей и 90-й неделей, между 1-й неделей и 80-й неделей, между 1-й неделей и 70-й неделей, между 1-й неделей и 60-й неделей, между 1-й неделей и 50-й неделей, между 1-й неделей и 40-й неделей, между 1-й неделей и 30-й неделей, между 1-й неделей и 20-й неделей, между 1-й неделей и 10-й неделей, между 1-й неделей и 9-й неделей, между 1-й неделей и 8-й неделей, между 1-й неделей и 7-й неделей, между 1-й неделей и 6-й неделей, между 1-й неделей и 5-й неделей, между 1-й неделей и 4-й неделей, между 1-й неделей и 3-й неделей или между 1-й неделей и 2-й неделей.
30. Способ по п. 27 или 28, в котором указанный способ повторяют с использованием исследуемого образца, взятого в каждый период из группы, состоящей из 1 дня, 2 дней, 3 дней, 4 дней, 5 дней, 6 дней, 7 дней, 10 дней, 2 недель, 3 недель, 4 недель, 5 недель, 6 недель, 7 недель, 8 недель, 9 недель, 10 недель, 15 недель, 20 недель, 25 недель, 30 недель, 35 недель, 40 недель, 45 недель, 50 недель, 55 недель, 60 недель, 65 недель, 70 недель, 75 недель, 80 недель, 85 недель, 90 недель, 95 недель, 100 недель, 104 недели, 105 недель, 110 недель, 115 недель, 120 недель, 125 недель и 130 недель.
31. Способ по любому из пп. 26-30, в котором указанный способ повторяют по меньшей мере один раз, например, 2 раза, 3 раза, 4 раза, 5 раз, 6 раз, 7 раз, 8 раз, 9 раз, 10 раз, 11 раз, 12 раз, 13 раз, 14 раз, 15 раз, 16 раз, 17 раз, 18 раз, 19 раз, 20 раз, 21 раз, 22 раза, 23 раза, 24 раза или 25 раз.
32. Способ по любому из пп. 26-30, в котором указанный способ повторяют непрерывно.
33. Способ по любому из пп. 26-30, в котором способ повторяют до тех пор, пока рак поджелудочной железы не диагностируют у индивидуума с помощью стандартных клинических способов.
34. Способ по любому из пп. 26-30, в котором в каждом повторе используют исследуемый образец, взятый у одного и того же индивидуума.
35. Способ по любому из пп. 1-34, в котором стадия (b) включает измерение экспрессии белка или полипептида одного или нескольких биомаркеров.
36. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором стадию (b), (d) и/или стадию (f) осуществляют с помощью одного или нескольких первых связывающих агентов, способных связываться с биомаркером, приведенным в таблице А.
37. Способ по п. 36, в котором указанный первый связывающий агент содержит или состоит из антитела или его антигенсвязывающего фрагмента.
38. Способ по п. 37, в котором указанные антитело или его антигенсвязывающий фрагмент представляет собой рекомбинантное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.
39. Способ по п. 37 или 38, в котором антитело или его антигенсвязывающий фрагмент выбирают из группы, состоящей из: scFv; Fab; связывающего домена иммуноглобулиновой молекулы.
40. Способ по любому из пп. 36-39, в котором первый связывающий агент иммобилизуют на поверхности.
41. Способ по любому из пп. 36-40, в котором один или несколько биомаркеров в исследуемом образце метят детектируемым фрагментом.
42. Способ по любому из пп. 36-41, в котором один или несколько биомаркеров в контрольном (контрольных) образце (образцах) метят детектируемым фрагментом.
43. Способ по п. 41 или 42, в котором детектируемый фрагмент выбирают из группы, состоящей из: флуоресцентного фрагмента; люминесцентного фрагмента; хемилюминесцентного фрагмента; радиоактивного фрагмента; ферментативного фрагмента.
44. Способ по п. 41 или 42, в котором детектируемым фрагментом является биотин.
45. Способ по любому из пп. 36-44, в котором стадию (b), (d) и/или стадию (f) осуществляют с использованием анализа, включающего второй связывающий агент, способный связываться с одним или несколькими биомаркерами, при этом второй связывающий агент содержит детектируемый фрагмент.
46. Способ по п. 45, в котором второй связывающий агент содержит или состоит из антитела или его антигенсвязывающего фрагмента.
47. Способ по п. 46, в котором указанные антитело или его антигенсвязывающий фрагмент представляют собой рекомбинантное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.
48. Способ по п. 46 или 47, в котором указанные антитело или его антигенсвязывающий фрагмент выбирают из группы, состоящей из scFv; Fab; связывающего домена иммуноглобулиновой молекулы.
49. Способ по любому из пп. 46-48, в котором детектируемый фрагмент выбирают из группы, состоящей из: флуоресцентного фрагмента; люминесцентного фрагмента; хемилюминесцентного фрагмента; радиоактивного фрагмента; ферментативного фрагмента.
50. Способ по п. 49, в котором детектируемым фрагментом является флуоресцентный фрагмент (например, краситель Alexa Fluor, например, Аlеха647).
51. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором указанный способ включает или состоит из ИФА (иммуноферментный анализ).
52. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором стадию (b), (d) и/или стадию (f) осуществляют с использованием чипа.
53. Способ по п. 52, в котором чип представляет собой чип на основе гранул.
54. Способ по п. 53, в котором чип представляет собой поверхностный чип.
55. Способ по любому из пп. 52-54, в котором чип выбирают из группы, состоящей из: макрочипа; микрочипа; наночипа.
56. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором указанный способ включает:
(i) маркировку биомаркеров, присутствующих в образце, биотином;
(ii) приведение в контакт меченых биотином белков с чипом, содержащим множество scFv, иммобилизованных в отдельных участках на его поверхности, при этом указанные scFv, имеют специфичность к одному или нескольким белкам в таблице А;
(iii) приведение в контакт иммобилизованного scFv со стрептавидиновым конъюгатом, содержащим флуоресцентный краситель; и
(iv) выявление наличия красителя в отдельных участках на поверхности чипа,
причем экспрессия красителя на поверхности чипа указывает на экспрессию биомаркера из Таблицы III в образце.
57. Способ по любому из пп. 1-34, в котором стадия (b), (d) и/или (f) включает измерение экспрессии молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей один или несколько биомаркеров.
58. Способ по п. 57, в котором молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу к ДНК или молекулу мРНК.
59. Способ по п. 58, в котором молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу мРНК.
60. Способ по пп. 57, 58 или 59, в котором измерение экспрессии одного или нескольких указанных биомаркеров на стадии (b), (d) и/или (f) осуществляют с помощью способа, выбранного из группы, состоящей из саузерн-гибридизации, нозерн-гибридизации, полимеразной цепной реакции (ПЦР), ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), количественной ПЦР в реальном времени (qRT-ПЦР), наночипа, микрочипа, макрочипа, авторадиографии и гибридизации in situ.
61. Способ по любому из пп. 57-60, в котором измерение экспрессии одного или нескольких биомаркеров на стадии (b) определяют с использованием ДНК-микрочипа.
62. Способ по любому из пп. 57-61, в котором измерение экспрессии одного или нескольких биомаркеров на стадии (b), (d) и/или (f) осуществляют с использованием одного или нескольких связывающих фрагментов, каждый из которых в отдельности способен избирательно связываться с молекулой нуклеиновой кислоты, кодирующей один из биомаркеров, идентифицированных в таблице А.
63. Способ по п. 62, в котором каждый из указанных одного или несколько связывающих фрагментов содержат или состоят из молекулы нуклеиновой кислоты.
64. Способ по п. 63, в котором каждый из указанных одного или нескольких связывающих фрагментов содержит или состоит из ДНК, РНК, PNA, LNA, GNA, TNA или РМО.
65. Способ по п. 63 или 64, в котором каждый из указанных одного или нескольких связывающих фрагментов содержит или состоит из ДНК.
66. Способ по любому из пп. 63-65, в котором один или несколько связывающих фрагментов составляют от 5 до 100 нуклеотидов в длину.
67. Способ по любому из пп. 63-65, в котором одна или несколько молекул нуклеиновой кислоты составляют от 15 до 35 нуклеотидов в длину.
68. Способ по любому из пп. 63-67, в котором связывающий фрагмент содержит детектируемый фрагмент.
69. Способ по п. 68, в котором детектируемый фрагмент выбирают из группы, состоящей из: флуоресцентного фрагмента; люминесцентного фрагмента; хемилюминесцентного фрагмента; радиоактивного фрагмента (например, радиоактивного атома); или ферментативного фрагмента.
70. Способ по п. 69, в котором детектируемый фрагмент содержит или состоит из радиоактивного атома.
71. Способ по п. 70, в котором радиоактивный атом выбирают из группы, состоящей из технеция-99m, йода-123, йода-125, йода-131, индия-111, фтора-19, углерода-13, азота-15, кислорода-17, фосфора-32, серы-35, дейтерия, трития, рения-186, рения-188 и иттрия-90.
72. Способ по п. 69, в котором детектируемый фрагмент связывающего фрагмента представляет собой флуоресцентный фрагмент.
73. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором образец, полученный на стадии (а), (с) и/или (е), выбирают из группы, состоящей из нефракционированной крови, плазмы, сыворотки, тканевой жидкости, ткани поджелудочной железы, молока, желчи и мочи.
74. Способ по п. 73, в котором образец, полученный на стадии (а), (с) и/или (е), выбирают из группы, состоящей из нефракционированной крови, плазмы и сыворотки.
75. Способ по п. 73 или 74, в котором образец, полученный на стадии (а), (с) и/или (е), представляет собой сыворотку.
76. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором точность прогноза способа, определяемая величиной ROC AUC, составляет по меньшей мере 0,50, например, по меньшей мере 0,55, 0,60, 0,65, 0,70, 0,75, 0,80, 0,85, 0,90, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98 или по меньшей мере 0,99.
77. Способ по п. 76, в котором точность прогноза способа, определяемая величиной ROC AUC, составляет по меньшей мере 0,70.
78. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором в случае, когда у человека диагностируют рак поджелудочной железы, способ включает стадию:
(g) предоставления индивидууму терапии рака поджелудочной железы.
79. Способ по п. 78, в котором терапию рака поджелудочной железы выбирают из группы, состоящей из хирургического вмешательства, химиотерапии, иммунотерапии, химиоиммунотерапии и термохимиотерапии.
80. Чип для определения наличия рака поджелудочной железы у индивидуума, содержащий один или несколько связывающих агентов как определено в любом из пп. 36-51 и пп. 64-72.
81. Чип по п. 80, отличающийся тем, что указанные один или несколько связывающих агентов способны связываться со всеми из белков, определенных в Таблице А.
82. Применение одного или нескольких биомаркеров, выбранных из группы, определенной в таблице А, в качестве биомаркера для определения наличия рака поджелудочной железы у индивидуума.
83. Применение по п. 82, в котором все из белков, определенных в таблице А, используют в качестве диагностического маркера для определения наличия рака поджелудочной железы у индивидуума.
84. Применение одного или нескольких связывающих фрагментов как определено в любом из пп. 36-51 и пп. 64-72 для определения наличия рака поджелудочной железы у индивидуума.
85. Применение по п. 84, в котором используют биомаркеры для всех белков, определенных в таблице А.
86. Набор для определения наличия рака поджелудочной железы, содержащий:
A) один или более связывающих агентов, как определено в любом из пп. 36-51 и пп. 64-72, или чип по пп. 80-81;
B) инструкции для осуществления способа, как определено в любом из пп. 1-79.
87. Способ лечения рака поджелудочной железы у индивидуума, включающий стадии:
(a) диагностики рака поджелудочной железы в соответствии со способом, определенным в любом из пп. 1-79; и
(b) предоставления индивидууму терапии рака поджелудочной железы.
88. Способ по п. 87, где терапию рака поджелудочной железы выбирают из группы, состоящей из хирургического вмешательства (например, резекции), химиотерапии, иммунотерапии, химиоиммунотерапии и термохимиотерапии.