НОВЫЕ ЭУКАРИОТИЧЕСКИЕ КЛЕТКИ И СПОСОБЫ ИХ ПОЛУЧЕНИЯ ДЛЯ РЕКОМБИНАНТНОЙ ЭКСПРЕССИИ ПРЕДСТАВЛЯЮЩЕГО ИНТЕРЕС ПРОДУКТА

1. Выделенная эукариотическая клетка, в которой ингибируется функция продукта экспрессии гена C12orf35.
2. Выделенная эукариотическая клетка по п.1, где функция продукта экспрессии гена C12orf35 ингибируется благодаря снижению или блокированию функциональной экспрессии гена C12orf35 в указанной клетке.
3. Выделенная эукариотическая клетка по п.2, где функциональная экспрессия гена C12orf35 снижается или блокируется посредством нокаута гена, мутации гена, делеции гена, сайленсинга гена или любых их комбинаций.
4. Выделенная эукариотическая клетка по п.3, где ген C12orf35 имеет одну или более мутаций, способствующих образованию нефункционального или низкофункционального продукта экспрессии.
5. Выделенная эукариотическая клетка по п.3 или 4, где по меньшей мере одна копия или все копии гена C12orf35 были делетированы или функционально инактивированы в геноме эукариотической клетки.
6. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-5, где эукариотической клеткой является клетка многоклеточных, клетка позвоночного или клетка млекопитающего.
7. Выделенная эукариотическая клетка по п.6, где эукариотической клеткой является клетка млекопитающего.
8. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-7, где часть хромосомы является делетированной, и где делетированная часть содержит ген C12orf35.
9. Выделенная эукариотическая клетка по п.8, где:
a) эукариотической клеткой является клетка хомячка, и по меньшей мере часть теломерной области хромосомы 8 является делетированной, где указанная делетированная часть содержит ген C12orf35; или
b) эукариотической клеткой является мышиная клетка, и по меньшей мере часть теломерной области хромосомы 6 является делетированной, где указанная делетированная часть содержит ген C12orf35.
10. Выделенная эукариотическая клетка по п.9, обладающая одним или более из нижеследующих свойств:
a) делетированная теломерная область содержит ген C12orf35 и один или более генов, выбранных из группы, состоящей из генов Bicd1, Amn1, метилтрансферазо-подобного белка 20, Dennd5b, FAM60A, Caprin2, Ipo8 и RPS4Y2;
b) делеция индуцируется хромосомным разрывом, и точка разрыва расположена со стороны центромеры по отношению к гену Ipo8, а предпочтительно, в гене Tmtc1;
c) по меньшей мере часть теломерной области делетирована в обеих хромосомах соответствующей хромосомной пары, где делетированные части содержат ген C12orf35.
11. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-10, обладающая одним или более из нижеследующих свойств:
a) эукариотической клеткой является клетка грызуна,
b) эукариотической клеткой является клетка хомячка, а предпочтительно, клетка CHO,
c) эукариотическая клетка экспрессирует эндогенный DHFR и фолатный рецептор, и/или
d) эукариотическая клетка представляет собой клеточный клон или клеточную линию.
12. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-11, где ген C12orf35 представляет собой ген, кодирующий белок, последовательность которого по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98% или по меньшей мере на 99% гомологична или идентична одной или более аминокислотным последовательностям, представленным в SEQ ID NO:1-7, или аминокислотным последовательностям белка, кодируемого последовательностью SEQ ID NO:8.
13. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-12, где в указанной клетке дополнительно ингибируется функция белка FAM60A, предпочтительно, путем снижения или блокирования функциональной экспрессии гена FAM60A.
14. Выделенная эукариотическая клетка по п. 13, где белок FAM60A имеет последовательность, которая по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 85%, по меньшей мере на 90%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98% или по меньшей мере на 99% гомологична или идентична одной или более аминокислотным последовательностям, представленным в SEQ ID NO:11-18.
15. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-14, где:
a) функциональная экспрессия гена C12orf35 в указанной клетке снижается или блокируется, и где такое снижение или блокирование приводит к повышению волюметрической продуктивности представляющего интерес рекомбинантного продукта по сравнению с с соответствующей клеткой, в которой функциональная экспрессия гена C12orf35 не была снижена или блокирована; и/или
b) геном эукариотической клетки модифицируют для ингибирования функции продукта экспрессии гена C12orf35 в указанной клетке.
16. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-15, где клетка содержит по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, а предпочтительно, гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт и интегрированный в геном эукариотической клетки.
17. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-16, обладающая одним или более из нижеследующих свойств:
a) эукариотическая клетка содержит интегрированный в ее геном по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, и по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий селективный маркер или репортерный полипептид, где указанные гетерологичные полинуклеотиды присутствуют в одном и том же экспрессионном векторе или в различных экспрессионных векторах;
b) эукариотическая клетка содержит гетерологичный полинуклеотид, кодирующий фолатный рецептор в качестве селективного маркера, и/или гетерологичный полинуклеотид, кодирующий дигидрофолат-редуктазу (DHFR) в качестве селективного маркера;
c) клетка содержит по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, где представляющим интерес продуктом является полипептид;
d) клетка содержит по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, где представляющим интерес продуктом является полипептид, а эукариотическая клетка секретирует указанный представляющий интерес полипептид в клеточную культуральную среду; и/или
e) клетка содержит по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, где представляющим интерес продуктом является полипептид, выбранный из терапевтического полипептида и диагностического полипептида.
18. Выделенная эукариотическая клетка по одному или более из пп.1-15, где эукариотическая клетка не содержит гетерологичного полинуклеотида, кодирующего представляющий интерес продукт.
19. Способ отбора клетки-хозяина, которая рекомбинантно экспрессирует представляющий интерес продукт, где указанный способ включает:
(a) получение эукариотических клеток по одному или более из пп.1-17 в качестве клеток-хозяев, где указанные клетки-хозяева содержат по меньшей мере один гетерологинный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт; и
(b) отбор одной или более клеток-хозяев, экспрессирующих представляющий интерес продукт.
20. Способ по п.19, где стадия (a) включает трансфекцию эукариотических клеток по п.18 по меньшей мере одним полинуклеотидом, кодирующим представляющий интерес продукт, с получением эукариотических клеток, содержащих по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт.
21. Способ по п.19 или 20, имеющий одну или более из следующих характерных особенностей:
a) эукариотическими клетками являются клетки млекопитающих;
b) указанные клетки-хозяева, используемые в стадии (a), дополнительно содержат по меньшей мере один гетерологичный полинуклеотид, кодирующий селективный маркер, а стадия (b) включает культивирование указанного множества клеток-хозяев в условиях отбора, подходящих для селективного маркера;
c) гетерологичные полинуклеотиды вводят в эукариотические клетки путем трансфекции одним или более экспрессионными векторами;
d) представляющим интерес рекомбинантным продуктом является полипептид;
e) стадия (b) включает проведение множества стадий отбора;
f) стадия (b) включает проведение отбора на основе проточной цитометрии;
g) выбранные клетки-хозяева рекомбинантно экспрессируют молекулу иммуноглобулина.
22. Способ по одному или более из пп.19-21, где указанные клетки-хозяева, используемые в стадии (a), включают по меньшей мере два гетерологичных полинуклеотида, каждый из которых кодирует селективный маркер, где первым селективным маркером является фолатный рецептор, а вторым селективным маркером является является DHFR, и где стадия (b) включает культивирование указанного множества клеток-хозяев в селективной культуральной среде, содержащей фолат в лимитирующей концентрации и ингибитор DHFR.
23. Способ рекомбинантного продуцирования представляющего интерес продукта, где указанный способ включает использование эукариотической клетки по одному или более из пп. 1-18 в качестве клетки-хозяина для рекомбинантной экспрессии представляющего интерес продукта.
24. Способ по п.23, включающий введение в эукариотическую клетку по п.18 полинуклеотида, кодирующего представляющий интерес продукт, и полинуклеотида, кодирующего селективный маркер, и отбор по меньшей мере одной клетки-хозяина в качестве продуцента, экспрессирующего представляющий интерес продукт.
25. Способ по п.23 или 24, включающий:
(a) культивирование клеток-хозяев, содержащих гетерологичный полинуклеотид, кодирующий представляющий интерес продукт, в условиях, стимулирующих экспрессию представляющего интерес продукта;
(b) выделение представляющего интерес продукта из клеточной культуральной среды и/или из указанных клеток-хозяев; и
(c) необязательную обработку выделенного представляющего интерес продукта.
26. Способ по одному или более из пп.23-25, где для получения продукта используют эукариотическую клетку, в которой, кроме того, ингибируется функция FAM60A, предпочтительно, посредством снижения или блокирования функциональной экспрессии гена FAM60A.
27. Способ по одному или более из пп.23-26, имеющий одну или более из следующих характерных особенностей:
a) эукариотической клеткой является клетка многоклеточных, клетка позвоночного или клетка млекопитающего;
b) эукариотической клеткой является клетка млекопитающего, а предпочтительно, клетка грызуна;
c) представляющим интерес продуктом является полипептид;
d) представляющим интерес продуктом является полипептид, а клетка-хозяин секретирует представляющий интерес полипептид в клеточную культуральную среду.
28. Способ получения эукариотической клетки по одному или более из пп.1-18, где указанный способ включает ингибирование функции продукта экспрессии гена C12orf35 в указанной клетке.
29. Способ по п. 28, включающий снижение или блокирование функциональной экспрессии гена C12orf35 и, тем самым, ингибирование функции продукта экспрессии гена C12orf35 в эукариотической клетке.
30. Способ анализа эукариотических клеток на возможность их использования в качестве клеток-хозяев для рекомбинантной экспрессии представляющего интерес продукта, где указанный способ включает прямой или непрямой анализ на ингибирование функции продукта экспрессии эндогенного гена C12orf35 в указанных клетках.
31. Способ по п.30, где прямой анализ включает анализ на снижение или блокирование функциональной экспрессии гена C12orf35 в указанных клетках.
32. Способ по п.30 или 31, где перед проведением анализа, эукариотические клетки обрабатывают агентом, индуцирующим хромосомный разрыв, и где указанный анализ проводят для того, чтобы определить, может ли обработка указанным агентом приводить к делеции части хромосомы, включающей ген C12orf35.
33. Способ по одному или более из пп.30-32, где эукариотическими клетками являются клетки хомячка, и где указанный способ включает анализ на блокирование или снижение экспрессии одного или более генов, расположенных в теломерной области хромосомы 8 и выбранных из группы, состоящей из гена Tmtc1 и генов, расположенных со стороны теломеры по отношению к гену Tmtc1, и анализ на снижение или блокирование экспрессии гена C12orf35 в указанных клетках.
34. Способ по одному или более из пп.30-32, который также включает прямой или непрямой анализ на ингибирование функции FAM60A в указанных клетках.
35. Способ по одному или более из пп.30-34, где, перед проведением анализа, эукариотические клетки трансфецируют гетерологичным полинуклеотидом, кодирующим представляющий интерес продукт, и гетерологичным полинуклеотидом, кодирующим селективный маркер, и где, перед проведением анализа, осуществляют по меньшей мере одну стадию отбора для идентификация успешно трансфецированных клеток-хозяев.
36. Способ по одному или более из пп.30-35, где множество клеточных клонов анализируют для дифференциации стабильных и нестабильных и/или высоко- и низкопродуктивных клеточных клонов, и где один или более клеточных клонов отбирают в качестве продуктивного клона, в котором снижается или блокируется экспрессия гена C12orf35 и, необязательно, гена FAM60A.