НОВОЕ АНТИТЕЛО ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ И(ИЛИ) ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РАКА

1. Связывающий белок или его функциональный фрагмент, или производное, который на опухолях i) специфично связывается с независимой от лиганда активированной формой cMet, характеризующийся тем, что:
i) он не связывается с неактивированной и/или зависимой от лиганда активированной формой(ами) cMet; и, возможно,
ii) он не блокирует связывание лиганда - HGF (фактор роста гепатоцитов) с cMet; и, возможно,
iii) он взаимодействует со внеклеточной областью cMet между аминокислотными остатками 1 и 950.
2. Связывающий белок или его функциональный фрагмент, или производное по п.1, характеризующийся тем, что он состоит из выделенного антитела или его функционального фрагмента, или производного, выбранного из группы, состоящей из:
а) антитела или его функционального фрагмента, или производного, содержащего:
- легкую цепь, содержащую следующие три CDR, как определено согласно IGMT, соответственно CDR-L1, имеющую последовательность SEQ ID No. 1, CDR-L2, имеющую последовательность SEQ ID No. 2, и CDR-L3, имеющую последовательность SEQ ID No. 3; и
- тяжелую цепь, содержащую следующие три CDR, как определено согласно IGMT, соответственно CDR-H1, имеющую последовательность SEQ ID No. 4, CDR-Н2, имеющую последовательность SEQ ID No. 5, и CDR-H3, имеющую последовательность SEQ ID No. 6; и
б) антитела или его функционального фрагмента, или производного, содержащего:
- легкую цепь, содержащую следующие три CDR, как определено согласно IGMT, соответственно CDR-L1, имеющую последовательность SEQ ID No. 9, CDR-L2, имеющую последовательность SEQ ID No. 10, и CDR-L3, имеющую последовательность SEQ ID No. 11; и
- тяжелую цепь, содержащую следующие три CDR, как определено согласно IGMT, соответственно CDR-H1, имеющую последовательность SEQ ID No. 12, CDR-H2, имеющую последовательность SEQ ID No. 13, и CDR-H3, имеющую последовательность SEQ ID No. 14.
3. Связывающий белок или его функциональный фрагмент, или производное по п.2, характеризующееся тем, что оно выбрано из группы, состоящей из:
а) антитела или его функционального фрагмента, или производного, содержащего вариабельный домен легкой цепи последовательности, имеющей аминокислотную последовательность SEQ ID No. 7, и вариабельный домен тяжелой цепи последовательности, имеющей аминокислотную последовательность SEQ ID No. 8; и
б) антитела или его функционального фрагмента, или производного, содержащего вариабельный домен легкой цепи последовательности, имеющей аминокислотную последовательность SEQ ID No. 15, и вариабельный домен тяжелой цепи последовательности, имеющей аминокислотную последовательность SEQ ID No. 16.
4. Мышиная гибридома, способная секретировать связывающий белок по п.2 или 3, выбранная из гибридомы, депонированной в CNCM, Institut Pasteur, Париж, 18 ноября 2009 года под номером I-4247, и гибридомы, депонированной в CNCM, Institut Pasteur, Париж, 18 ноября 2009 года под номером I-4246.
5. Моноклональное антитело, происходящее из гибридомы I-4247 или I-4246, или ее подклона, которое на опухолях i) специфично связывается с независимой от лиганда активированной формой cMet, но ii) не связывается с неактивированной и/или зависимой от лиганда активированной формой(ами) cMet.
6. Выделенная нуклеиновая кислота, характеризующаяся тем, что она выбрана из следующих нуклеиновых кислот:
а) нуклеиновой кислоты, ДНК или РНК, кодирующей связывающий белок по любому из пп.1-3;
б) нуклеиновой кислоты, ДНК или РНК, кодирующей антитело по п.5;
в) нуклеиновой кислоты, содержащей последовательность ДНК, содержащую последовательности SEQ ID No. 27-32 или 35-40;
г) нуклеиновой кислоты, содержащей последовательность ДНК, содержащую последовательности SEQ ID No. 33, 34, 41 или 42;
д) соответствующей РНК нуклеиновых кислот нуклеиновых кислот, как определено в в) или г); и
е) нуклеиновых кислот, комплементарных нуклеиновым кислотам, как определено в а), б), в) и г).
7. Применение связывающего белка по любому из пп.1-3 или его функционального фрагмента, или производного для идентификации независимой от лиганда активированной формы cMet.
8. Применение антитела по п.5 или его функционального фрагмента, или производного для идентификации независимой от лиганда активированной формы cMet.
9. Способ различения между независимой от лиганда активированной формой cMet и другими формами cMet, включая неактивированные или зависимые от лиганда активированные формы cMet, в образце, который включает стадии:
а) приведения в контакт указанного образца со связывающим белком по любому из пп.1-3 или антителом по п.5 или с его функциональным фрагментом, или производным и
б) детектирования связывания указанного связывающего белка или антитела с образцом.
10. Применение связывающего белка по любому из пп.1-3; или его функционального фрагмента, или производного для диагностики in vitro онкогенного расстройства, ассоциированного с независимой от лиганда активацией cMet, или определения посредством иммуномечения прогноза развития онкогенного расстройства, ассоциированного с независимой от лиганда активацией cMet.
11. Применение антитела по п.5 или его функционального фрагмента, или производного для диагностики in vitro онкогенного расстройства, ассоциированного с независимой от лиганда активацией cMet, или определения посредством иммуномечения прогноза развития онкогенного расстройства, ассоциированного с независимой от лиганда активацией cMet.
12. Способ детектирования иммуномечением присутствия и/или локализации опухоли, экспрессирующей независимую от лиганда активированную форму cMet, у субъекта, где указанный способ включает стадии:
а) приведения в контакт образца от субъекта со связывающим белком по любому из пп.1-3 или антителом по п.5 или с его функциональным фрагментом, или производным и
б) детектирования связывания указанного связывающего белка или антитела с образцом.
13. Способ определения посредством иммуномечения уровня экспрессии независимой от лиганда активированной формы cMet в опухоли, экспрессирующей cMet, от субъекта, где указанный способ включает стадии:
а) приведения в контакт образца от субъекта со связывающим белком по любому из п.п.1-3 или антителом по п.5 или с его функциональным фрагментом, или производным и
б) количественного измерения уровня связывания связывающего белка или антитела с независимой от лиганда активированной формой cMet в указанном образце.
14. Способ по п.13, где уровень экспрессии независимой от лиганда активированной формы cMet измеряют посредством иммуногистохимии (IHC).
15. Способ диагностики посредством иммуномечения опухоли, экспрессирующей независимую от лиганда активированную форму cMet, или определения посредством иммуномечения прогноза развития опухоли, экспрессирующей независимую от лиганда активированную форму cMet, у субъекта, где указанный способ включает стадии:
а) определения уровня экспрессии независимой от лиганда активированной формы cMet по п.13 и
б) сравнения уровня экспрессии стадии а) с контрольным уровнем экспрессии независимой от лиганда активированной формы cMet из нормальной ткани.
16. Способ определения посредством иммуномечения статуса независимой от лиганда активированной формы cMet опухоли субъекта, где указанный способ включает стадии:
а) определения уровня экспрессии независимой от лиганда активированной формы cMet по п.13,
б) бальной оценки указанной опухоли в отношении уровня экспрессии независимой от лиганда активированной формы cMet и
в) сравнения указанной бальной оценки с бальной оценкой, полученной от контрольного образца.
17. Способ определения того, является ли онкогенное расстройство чувствительным к лечению связывающим белком или антителом против независимой от лиганда активированной формы cMet или его фрагментом, или производным, где указанный способ включает стадии:
а) определения посредством иммуномечения статуса независимой от лиганда активированной формы cMet опухоли субъекта по п.13 и
б) определения того, что, если статус представляет собой независимую от лиганда активированную форму cMet(+), онкогенное расстройство является чувствительным к лечению связывающим белком или антителом против независимой от лиганда активированной формы cMet или его фрагментом, или производным.
18. Набор, содержащий по меньшей мере связывающий белок по любому из пп.1-3 или антитело по п.5 или его функциональный фрагмент, или производное, причем указанный связывающий белок или антитело являются мечеными.
19. Набор по п.18 для детектирования посредством иммуномечения присутствия и/или локализации у субъекта опухоли, экспрессирующей независимую от лиганда активированную форму cMet, причем указанный набор дополнительно содержит реактив, полезный для детектирования степени связывания между указанным меченым связывающим белком или антителом и независимой от лиганда активированной формой cMet.
20. Связывающий белок или его функциональный фрагмент, или производное, включая антитело, характеризующийся тем, что он перекрестно конкурирует за связывание с независимой от лиганда активированной формой cMet со связывающим белком по любому из пп.1-3 или антителом по п.5.
21. Применение связывающего белка по любому из пп.1-3 или его функционального фрагмента, или производного для идентификации связывающих белков, включая антитела, способных специфично связываться с независимой от лиганда активированной формой cMet.
22. Применение антитела по п.5 или его функционального фрагмента, или производного для идентификации связывающих белков, включая антитела, способных специфично связываться с независимой от лиганда активированной формой cMet.
23. Способ идентификации партнера связывания с независимой от лиганда активированной формой cMet, характеризующийся тем, что он содержит стадии:
а) приведения в контакт независимой от лиганда активированной формы cMet со связывающим белком по любому из пп.1-3 или антителом по п.5, или его функциональным фрагментом, или производным;
б) приведения в контакт комплекса а) с библиотекой соединений,
в) идентификации соединения, которое разрушает комплекс а).
24. Способ очистки независимой от лиганда активированной формы cMet, характеризующийся тем, что он включает следующие стадии:
а) инкубирование связывающего белка по любому из пп.1-3 или антитела по п.5, или его функционального фрагмента, или производного с образцом при условиях, обеспечивающих специфичное связывание указанного связывающего белка или антитела и независимой от лиганда активированной формы cMet; и
б) отделение связывающего белка или антитела от образца и получение очищенной независимой от лиганда активированной формы cMet.
25. Комплекс, образованный связыванием связывающего белка по любому из пп.1-3 или антитела по п.5, или его функционального фрагмента, или производного и независимой от лиганда активированной формы cMet.
26. Применение связывающего белка по любому из пп.1-3, или его функционального фрагмента, или производного в качестве носителя, предназначенного для специфичного направления биологически-активного соединения в клетки, экспрессирующие независимую от лиганда активированную форму cMet.
27. Применение антитела по п.5 или его функционального фрагмента, или производного в качестве носителя, предназначенного для специфичного направления биологически-активного соединения в клетки, экспрессирующие независимую от лиганда активированную форму cMet.
28. Способ генерации антитела или его функционального фрагмента, или производного, которое i) специфично связывается с независимой от лиганда активированной формой cMet, но ii) не связывается с неактивированной и/или зависимой от лиганда активированной формой(ами) cMet, причем указанный способ характеризуется тем, что он включает стадии:
а) иммунизации животного трансфицированными или опухолевыми линиями клеток, экспрессирующими белок cMet или его фрагмент;
б) удаления из животного клеток, продуцирующих антитела;
в) слияния указанных клеток, продуцирующих антитела, с миеломными клетками так, чтобы получить гибридомные клетки;
г) проведения скрининга так, чтобы отобрать гибридомные клетки, которые продуцируют антитело, которое i) специфично связывается с независимой от лиганда активированной формой cMet, но ii) не связывается с неактивированной и/или зависимой от лиганда активированной формой(ами) cMet;
д) культивирования отобранной гибридомы в культуре клеток, которая продуцирует антитело; и
е) удаления антитела из культуры клеток.
29. Способ по п.28, характеризующийся тем, что скрининг стадии г) заключается в IHC (иммуногистохимия) скрининге, причем указанный IHC скрининг предпочтительно включает стадии:
а) отбора срезов ткани из опухолей, которые экспрессируют разные формы cMet, б) проведения IHC окрашивания одновременно на срезах разных тканей со стадии а) с использованием гибридомных клеток по п.28, стадия в),
в) отбора гибридомных клеток, имеющих специфичную реактивность на срезах тканей, которые экспрессируют независимую от лиганда активированную форму cMet, и не имеющих реактивность на других срезах тканей.