КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ МОДУЛЯЦИИ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК

1. Способ модулирования метилирования ДНК одного или более промоторов генов у индивидуума, включающий:
введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей соединение формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий определение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
3. Способ по п.2, где определение статуса метилирования одного или более промоторов генов включает сравнение статуса метилирования одного или более промоторов генов в пораженной ткани индивидуума со статусом метилирования одного или более промоторов генов в непораженной ткани индивидуума.
4. Способ по п.2, где определение статуса метилирования одного или более промоторов генов включает измерение процента метилирования одного или более промоторов.
5. Способ по п.1, где перед стадией введения один или более промоторов генов являются метилированными на повышенном уровне.
6. Способ по п.1, где после стадии введения проводят изменение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
7. Способ по п.6, где изменение статуса метилирования включает снижение процента метилирования одного или более промоторов генов.
8. Способ по п.6, где, если не получают желаемый статус метилирования, то способ дополнительно включает повторение введения эффективного количества композиция.
9. Способ по п.6, где желаемый статус метилирования представляет собой снижение процента метилирования одного или более промоторов генов.
10. Способ по п.8, дополнительно включающий определение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
11. Способ по п.1, где композиция ингибирует экспрессию одной или более ДНК-метилтрансфераз.
12. Способ по п.1, где композиция ингибирует экспрессию одной или более гистондеацетилаз.
13. Способ по п.1, где композиция ингибирует экспрессию одной или более пролилгидроксилаз.
14. Способ по п.1, где введение включает интраперитонеальное введение.
15. Способ по п.1, где введение включает пероральное введение.
16. Способ по п.1, где введение включает внутривенное введение.
Adenomatous polyposis coli
17. Способ по п.1, где один или более промоторов генов включают промотор гена десмоплакина (DSP), промотор гена c-myc, промотор ингибитора циклинзависимой киназы 1C (CDKN1C), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2A (CDKN2A), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2B (CDKN2B), промотор полипептида 1 цитохрома P450, семейство 1, подсемейство B (CYP1B1), промотор, удаленный при раке печени 1 (DLC1), промотор E-кадгерина (CDH1), промотор ломкой гистидиновой триады (FHIT), промотор H-кадгерина (CDH13), промотор O-6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (MGMT), промотор опиоид-связывающего белка/подобной молекулы клеточной адгезии (OPCML), промотор спаренных боксов 5 (PAX5), промотор, содержащий домен PR 2, с доменом ZNF (PRDM2), промотор гена белка, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1), промотор  (APC), промотор представителя 1 семейства A, связывающего предшественник амилоида бета A4 (APBA1)), промотор молекулы клеточной адгезии 1 (CADM1), промотор лиганда 12 хемокина (мотив C-X-C) (CXCL12), промотор метилентетрагидрофолатредуктазы (NAD(P)H) (MTHFR), промотор гомолога 1 mutL, промотор неполипозного типа 2 (MLH1), промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 2 (RalGDS/AF-6) (RASSF2), промотор секретируемого связанного с ожогом белка 1 (SFRP1), промотор фактора транскрипции 21 (TCF21) или промотор фактора роста эндотелия сосудов A (VEGF-A).
18. Способ по п.1, где один или более промоторов генов включают промотор гена рецептора эстрогена (ER), промотор гена рака молочной железы 1 (BRCA1), промотор гена эпителиального кадгерина (E-cad), промотор гена TMS1, промотор гена связывающего инсулиноподобный фактор роста белка 7 (IGFBP7), промотор p16, промотор гена рецептора ретиноевой кислоты (RARβ2) или промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1).
19. Способ по п.1, где индивидуум не является здоровым.
20. Способ по п.1, где индивидуум страдает злокачественной опухолью.
21. Способ по п.19, где злокачественная опухоль представляет собой рак молочной железы, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP).
22. Способ по п.19, где рак молочной железы представляет собой тройной негативный рак молочной железы.
23. Способ по п.19, где злокачественная опухоль представляет собой меланому, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP).
24. Способ по п.19, где злокачественная опухоль представляет собой рак шейки матки, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP) или промотор c-Myc.
Adenomatous polyposis coli
25. Способ по п.19, где злокачественная опухоль представляет собой рак легких, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP), промотор  (APC), промотор представителя 1 семейства A, связывающего предшественник амилоида бета A4 (APBA1)), промотор молекулы клеточной адгезии 1 (CADM1), промотор E-кадгерина (CDH1), промотор H-кадгерина (CDH13), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 1C (CDKN1C), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2A (CDKN2A), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2B (CDKN2B), промотор лиганда 12 хемокина (мотив C-X-C) (CXCL12), промотор полипептида 1 цитохрома P450, семейство 1, подсемейство B (CYP1B1), промотор, удаленный при раке печени 1 (DLC1), промотор ломкой гистидиновой триады (FHIT), промотор O-6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (MGMT), промотор гомолога 1 mutL при раке толстого кишечника неполипозного типа 2 (MLH1), промотор метилентетрагидрофолатредуктазы (NAD(P)H) (MTHFR), промотор опиоид-связывающего белка/подобной молекулы клеточной адгезии (OPCML), промотор спаренных боксов 5 (PAX5), промотор, содержащий домен PR 2, с доменом ZNF (PRDM2), промотор гена белка, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1), промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 2 (RalGDS/AF-6) (RASSF2), промотор секретируемого связанного с ожогом белка 1 (SFRP1) или промотор фактора транскрипции 21 (TCF21).
26. Способ по п.19, дополнительно включающий введение одного или более средств против злокачественной опухоли.
27. Способ модулирования метилирования ДНК одного или более промоторов генов у индивидуума, включающий:
идентификацию индивидуума, нуждающегося в лечении, путем определения статуса метилирования одного или более промоторов генов; и
введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей соединение формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль.
28. Способ по п.27, где определение статуса метилирования одного или более промоторов генов включает сравнение статуса метилирования одного или более промоторов генов в пораженной ткани индивидуума со статусом метилирования одного или более промоторов генов в непораженной ткани индивидуума.
29. Способ по п.27, где определение статуса метилирования одного или более промоторов генов включает измерение процента метилирования одного или более промоторов.
30. Способ по п.27, где перед стадией введения один или более промоторов генов являются метилированными на повышенном уровне.
31. Способ по п.27, где после стадии введения проводят изменение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
32. Способ по п.31, где изменение статуса метилирования представляет собой снижение процента метилирования одного или более промоторов.
33. Способ по п.31, где, если не получают желаемый статус метилирования, то способ дополнительно включает повторение введения эффективного количества композиция.
34. Способ по п.33, дополнительно включающий определение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
35. Способ по п.27, где индивидуум не является здоровым.
36. Способ по п.27, где индивидуум страдает злокачественной опухолью.
37. Способ по п.35, где пораженная ткань представляет собой опухоль или злокачественную опухоль, и где непораженная ткань не является опухолью или злокачественной опухолью.
38. Способ по п.27, где композиция ингибирует экспрессию одной или более ДНК-метилтрансфераз.
39. Способ по п.27, где композиция ингибирует экспрессию одной или более гистондеацетилаз.
40. Способ по п.27, где композиция ингибирует экспрессию одной или более пропилгидроксилаз.
41. Способ по п.27, где введение включает интраперитонеальное введение.
42. Способ по п.27, где введение включает пероральное введение.
43. Способ по п.27, где введение включает внутривенное введение.
Adenomatous polyposis coli
44. Способ по п.27, где один или более промоторов генов включают промотор гена десмоплакина (DSP), промотор гена c-myc, промотор ингибитора циклинзависимой киназы 1C (CDKN1C), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2A (CDKN2A), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2B (CDKN2B), промотор полипептида 1 цитохрома P450, семейство 1, подсемейство B (CYP1B1), промотор, удаленный при раке печени 1 (DLC1), промотор E-кадгерина (CDH1), промотор ломкой гистидиновой триады (FHIT), промотор H-кадгерина (CDH13), промотор O-6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (MGMT), промотор опиоид-связывающего белка/подобной молекулы клеточной адгезии (OPCML), промотор спаренных боксов 5 (PAX5), промотор, содержащий домен PR 2, с доменом ZNF (PRDM2), промотор гена белка, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1), промотор  (APC), промотор представителя 1 семейства A, связывающего предшественник амилоида бета A4 (APBA1)), промотор молекулы клеточной адгезии 1 (CADM1), промотор лиганда 12 хемокина (мотив C-X-C) (CXCL12), промотор метилентетрагидрофолатредуктазы (NAD(P)H) (MTHFR), промотор гомолога 1 mutL неполипозного типа 2 (MLH1), промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 2 (RalGDS/AF-6) (RASSF2); промотор секретируемого связанного с ожогом белка 1 (SFRP1), промотор фактора транскрипции 21 (TCF21) или промотор фактора роста эндотелия сосудов A (VEGF-A).
45. Способ по п.27, где один или более промоторов генов включает промотор гена рецептора эстрогена (ER), промотор гена рака молочной железы 1 (BRCA1),промотор гена эпителиального кадгерина (E-cad), промотор гена TMS1, промотор гена связывающего инсулиноподобный фактор роста белка 7 (IGFBP7), промотор p16, промотор гена рецептора ретиноевой кислоты (RARβ2) или промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1).
46. Способ по п.35, где злокачественная опухоль представляет собой рак молочной железы, и один или более промоторов генов включает промотор десмоплакина (DSP).
47. Способ по п.46, где злокачественная опухоль представляет собой тройной негативный рак молочной железы.
48. Способ по п.35, где злокачественная опухоль представляет собой меланому, и один или более промоторов генов включает промотор десмоплакина (DSP).
49. Способ по п.35, где злокачественная опухоль представляет собой рак шейки матки, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP) или промотор c-Myc.
Adenomatous polyposis coli
50. Способ по п.35, где злокачественная опухоль представляет собой рак легких, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP), промотор  (APC), промотор представителя 1 семейства A, связывающего предшественник амилоида бета A4 (APBA1)), промотор молекулы клеточной адгезии 1 (CADM1), промотор E-кадгерина (CDH1), промотор H-кадгерина (CDH13), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 1C (CDKN1C), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2A (CDKN2A), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2B (CDKN2B), промотор лиганда 12 хемокина (мотив C-X-C) (CXCL12), промотор полипептида 1 цитохрома P450, семейство 1, подсемейство B (CYP1B1), промотор, удаленный при раке печени 1 (DLC1), промотор ломкой гистидиновой триады (FHIT), промотор O-6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (MGMT), промотор гомолога 1 mutL при раке толстого кишечника неполипозного типа 2 (MLH1), промотор метилентетрагидрофолатредуктазы (NAD(P)H) (MTHFR), промотор опиоид-связывающего белка/подобной молекулы клеточной адгезии (OPCML), промотор спаренных боксов 5 (PAX5), промотор, содержащий домен PR 2, с доменом ZNF (PRDM2), промотор гена белка, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1), промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 2 (RalGDS/AF-6) (RASSF2), промотор секретируемого связанного с ожогом белка 1 (SFRP1) или промотор фактора транскрипции 21 (TCF21).
51. Способ по п.35, дополнительно включающий введение одного или более средств против злокачественной опухоли.
52. Способ лечения индивидуума, у которого диагностировали или у которого подозревают заболевание или нарушение, характеризующееся повышенным уровнем метилирования ДНК, включающий:
введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей соединение формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль.
53. Способ по п.52, дополнительно включающий определение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
54. Способ по п.53, где определение статуса метилирования одного или более промоторов генов включает измерение процента метилирования одного или более промоторов генов.
55. Способ по п.53, где определение статуса метилирования одного или более промоторов генов включает сравнение статуса метилирования одного или более промоторов генов в пораженной ткани индивидуума со статусом метилирования одного или более промоторов генов в непораженной ткани у индивидуума.
56. Способ по п.52, где перед стадией введения один или более промоторов генов являются метилированными на повышенном уровне.
57. Способ по п.52, где после стадии введения проводят изменение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
58. Способ по п.57, где изменение статуса метилирования включает снижение процента метилирования одного или более промоторов генов.
59. Способ по п.57, где, если не получают желаемый статус метилирования, то способ дополнительно включает повторение введения эффективного количества композиции.
60. Способ по п.59, где желаемый статус метилирования включает снижение процента метилирования одного или более промоторов генов.
61. Способ по п.59, дополнительно включающий определение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
62. Способ по п.52, где композиция ингибирует экспрессию одной или более ДНК-метилтрансфераз.
63. Способ по п.52, где композиция ингибирует экспрессию одной или более гистондеацетилаз.
64. Способ по п.52, где композиция ингибирует экспрессию одной или более пролилгидроксилаз.
65. Способ по п.52, где введение включает интраперитонеальное введение.
66. Способ по п.52, где введение включает пероральное введение.
67. Способ по п.52, где введение включает внутривенное введение.
68. Способ по п.52, где заболевание или нарушение, характеризующееся повышенным уровнем метилирования ДНК, не является злокачественной опухолью.
69. Способ по п.52, где индивидуум не является здоровым.
70. Способ по п.52, где индивидуум страдает злокачественной опухолью.
71. Способ по п.69, где злокачественная опухоль представляет собой рак молочной железы, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP).
72. Способ по п.71, где злокачественная опухоль представляет собой тройной негативный рак молочной железы.
73. Способ по п.69, где злокачественная опухоль представляет собой меланому, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP).
74. Способ по п.69, где злокачественная опухоль представляет собой рак шейки матки, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP) или промотор c-Myc.
Adenomatous polyposis coli
75. Способ по п.69, где злокачественная опухоль представляет собой рак легких, и один или более промоторов генов включают промотор десмоплакина (DSP), промотор  (APC), промотор представителя 1 семейства A, связывающего предшественник амилоида бета A4 (APBA1)), промотор молекулы клеточной адгезии 1 (CADM1), промотор E-кадгерина (CDH1), промотор H-кадгерина (CDH13), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 1C (CDKN1C), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2A (CDKN2A), промотор ингибитора циклинзависимой киназы 2B (CDKN2B), промотор лиганда 12 хемокина (мотив C-X-C) (CXCL12), промотор полипептида 1 цитохрома P450, семейство 1, подсемейство B (CYP1B1), промотор, удаленный при раке печени 1 (DLC1), промотор ломкой гистидиновой триады (FHIT), промотор O-6-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (MGMT), промотор гомолога 1 mutL при раке толстого кишечника неполипозного типа 2 (MLH1), промотор метилентетрагидрофолатредуктазы (NAD(P)H) (MTHFR), промотор опиоид-связывающего белка/подобной молекулы клеточной адгезии (OPCML), промотор спаренных боксов 5 (PAX5), промотор, содержащий домен PR 2, с доменом ZNF (PRDM2), промотор гена белка, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 1 (RalGDS/AF-6) (RASSF1), промотор гена, содержащего домен, гомологичный Ras представителя семейства 2 (RalGDS/AF-6) (RASSF2), промотор секретируемого связанного с ожогом белка 1 (SFRP1) или промотор фактора транскрипции 21 (TCF21).
76. Способ по п.69, дополнительно включающий введение одного или более средств против злокачественной опухоли.
77. Способ снижения экспрессии c-myc у индивидуума, включающий:
введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей соединение формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль.
78. Способ по п.77, дополнительно включающий изменение статуса метилирования промотора c-myc.
79. Способ по п.77, дополнительно включающий определение статуса метилирования промотора c-myc.
80. Способ по п.79, где определение статуса метилирования промотора c-myc включает измерение процента метилирования промотора c-myc.
81. Способ по п.77, где перед стадией введения промотор c-myc является метилированным на повышенном уровне.
82. Способ по п.77, где после стадии введения проводят изменение статуса метилирования промотора c-myc.
83. Способ по п.82, где изменение статуса метилирования промотора c-myc включает снижение процента метилирования промотора c-myc.
84. Способ по п.77, где индивидуум не является здоровым.
85. Способ по п.77, где индивидуум страдает злокачественной опухолью.
86. Способ по п.84, где злокачественная опухоль представляет собой рак шейки матки.
87. Способ по п.77, где снижение экспрессии c-myc ингибирует метастазы у индивидуума.
88. Способ по п.77, где композиция ингибирует экспрессию одной или более ДНК-метилтрансфераз.
89. Способ по п.77, где композиция ингибирует экспрессию одной или более гистондеацетилаз.
90. Способ по п.77, где композиция ингибирует экспрессию одной или более пролилгидроксилаз.
91. Способ повышения экспрессии десмоплакина у индивидуума, включающий:
введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей соединение формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль.
92. Способ по п.91, дополнительно включающий изменение статуса метилирования промотора десмоплакина.
93. Способ по п.91, дополнительно включающий определение статуса метилирования промотора десмоплакина.
94. Способ по п.93, где определение статуса метилирования промотора десмоплакина включает измерение процента метилирования промотора десмоплакина.
95. Способ по п.91, где экспрессия гена десмоплакин является повышенной.
96. Способ по п.91, где экспрессия белка десмоплакина является повышенной.
97. Способ по п.91, где индивидуум не является здоровым.
98. Способ по п.91, где индивидуум страдает злокачественной опухолью.
99. Способ по п.97, где злокачественная опухоль представляет собой рак молочной железы.
100. Способ по п.99, где рак молочной железы представляет собой тройной негативный рак молочной железы.
101. Способ по п.97, где злокачественная опухоль представляет собой меланому.
102. Способ по п.97, где злокачественная опухоль представляет собой рак шейки матки.
103. Способ по п.97, где злокачественная опухоль представляет собой рак легких.
104. Способ по п.97, дополнительно включающий введение одного или более средств против злокачественной опухоли.
105. Способ по п.91, где введение включает интраперитонеальное введение.
106. Способ по п.91, где введение включает пероральное введение.
107. Способ по п.91, где введение включает внутривенное введение.
108. Способ по п.91, где повышение экспрессии десмоплакина ингибирует метастазы у индивидуума.
109. Способ ингибирования метастаз у индивидуума, включающий:
введение индивидууму эффективного количества композиции, содержащей соединение формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль; и
модулирование статуса метилирования ДНК одного или более промоторов генов.
110. Способ по п.109, где модулирование статуса метилирования ДНК одного или более промоторов генов включает изменение статуса метилирования одного или более промоторов генов.
111. Способ по п.110, где изменение метилирования одного или более промоторов генов включает снижение процента метилирования одного или более промоторов.
112. Способ по п.109, где один или более гены включают ген десмоплакина.
113. Способ по п.109, где экспрессия гена десмоплакина является повышенной.
114. Способ по п.109, где экспрессия белка десмоплакина является повышенной.
115. Способ по п.109, где индивидуум не является здоровым.
116. Способ по п.109, где индивидуум страдает злокачественной опухолью.
117. Способ по п.115, где злокачественная опухоль представляет собой рак молочной железы.
118. Способ по п.117, где рак молочной железы представляет собой тройной негативный рак молочной железы.
119. Способ по п.115, где злокачественная опухоль представляет собой меланому.
120. Способ по п.115, где злокачественная опухоль представляет собой рак шейки матки.
121. Способ по п.115, где злокачественная опухоль представляет собой рак легких.
122. Способ по п.115, дополнительно включающий введение одного или более средств против злокачественной опухоли.
123. Композиция для лечения злокачественной опухоли, содержащая эффективное количество соединения формулы:
или его фармацевтически приемлемую соль и одно или более химиотерапевтических средств.