НАЦЕЛЕННАЯ ПО ВРЕМЕНИ И ПРОСТРАНСТВУ ДИНАМИЧЕСКАЯ ДОСТАВКА АЗОТА С ПОМОЩЬЮ МОДИФИЦИРОВАННЫХ МИКРОБОВ

1. Способ обеспечения усваиваемого атмосферного азота для зернового растения, включающий:
-13
a. создание локуса множества внутриродовых модифицированных бактерий, которые, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 5,49×10 ммоль N на КОЕ в час; и
b. доставку в локус множества зерновых растений,
где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней указанного множества зерновых растений и снабжают зерновые растения усваиваемым N и где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
2. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час.
-13
3. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 4,03×10 ммоль N на КОЕ в час.
-12
4. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 25 фунтов (10 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
5. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 50 фунтов (20 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
6. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 75 фунтов (30 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
7. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 100 фунтов (40 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
8. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества зерновых растений, в целом, обеспечивает концентрацию в КОЕ на акр согласно Фигурам 31, 32, 33, 34 или 35.
13
9. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества зерновых растений, в целом, обеспечивает концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 20 дней.
13
10. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества зерновых растений, в целом, обеспечивает концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 30 дней.
13
11. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества зерновых растений, в целом, обеспечивает концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 60 дней.
12. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества зерновых растений в той же степени, в которой оно образует колонии на других корнях.
13. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества зерновых растений до более высокой степени, чем оно образует колонии на других корнях.
14. Способ по п.1, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после того, как вносится множество внутриродовых модифицированных бактерий и зерновых растений.
15. Способ по п.1, где междурядная подкормка, содержащая экзогенный азот, не вносится в указанный локус после того, как вносится множество внутриродовых модифицированных бактерий и зерновых растений.
16. Способ по п.1, дополнительно включающий, до стадий a) и b), внесение экзогенного азота в указанный локус.
17. Способ по п.1, дополнительно включающий, до стадий a) и b), внесение экзогенного азота в указанный локус и невнесение экзогенного азота в указанный локус после стадий a) и b).
18. Способ по любому из предыдущих пунктов, где указанное зерновое растение представляет собой кукурузу, рис, пшеницу, ячмень, сорго, просо, овес, рожь или тритикале.
19. Способ по п.1, где зерновое растение представляет собой растение кукурузы и множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии VT растения кукурузы.
20. Способ по п.1, где зерновое растение представляет собой растение кукурузы и множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R1 растения кукурузы.
21. Способ по п.1, где зерновое растение представляет собой растение кукурузы и множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R6 растения кукурузы.
22. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует 1% или более усваиваемого азота в индивидуальном зерновом растении указанного множества, экспонируемом для него.
23. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий способны усваивать атмосферный азот в присутствии экзогенного азота.
24. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
25. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит введенную контрольную последовательность, функционально связанную, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
26. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит гетерологичный промотор, функционально связанный, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
27. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в элемент, выбранный из группы, состоящей из: nifA, nifL, ntrB, ntrC, полинуклеотида, кодирующего глутаминсинтетазу, glnA, glnB, glnK, draT, amtB, полинуклеотида, кодирующего глутаминазу, glnD, glnE, nifJ, nifH, nifD, nifK, nifY, nifE, nifN, nifU, nifS, nifV, nifW, nifZ, nifM, nifF, nifB, nifQ, гена, ассоциируемого с биосинтезом фермента нитрогеназы, и их сочетаний.
28. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота, что дает в результате одно или несколько воздействий из: повышения экспрессирования или активности NifA или глутаминазы; уменьшения экспрессирования или активности NifL, NtrB, гена глутаминсинтетазы, glnB, GlnK, DraT, AmtB; уменьшения активности удаления аденилила GlnE; или уменьшения активности удаления уридилила у GlnD.
29. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL.
30. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
31. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
32. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, один ген из: мутировавшего гена nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL; мутировавшего гена glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR); мутировавшего гена amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB; и их сочетаний.
33. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
34. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR), и мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
35. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, вовлеченные в путь, выбранный из группы, состоящей из: продуцирования экзополисахаридов, продуцирования эндо-полигалатуроназы, продуцирования трегалозы и преобразования глутамина.
36. Способ по п.1, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, выбранные из группы, состоящей из: bcsii, bcsiii, yjbE, fhaB, pehA, otsB, treZ, glsA2 и их сочетаний.
37. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных вида бактерий.
38. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных штамма одних и тех же видов бактерий.
Rahnella aquatilis, Klebsiella variicola, Achromobacter spiritinus, Achromobacter marplatensis, Microbacterium murale, Kluyvera intermedia, Kosakonia pseudosacchari, Enterobacter sp., Azospirillum lipoferum, Kosakonia sacchari
39. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из:  и их сочетаний.
40. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий представляет собой множество эпифитных или ризосферических бактерий.
41. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из: бактерий, депонированных как NCMA 201701002, бактерий, депонированных как NCMA 201708004, бактерий, депонированных как NCMA 201708003, бактерий, депонированных как NCMA 201708002, бактерий, депонированных как NCMA 201712001, бактерий, депонированных как NCMA 201712002, и их сочетаний.
42. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 90% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
43. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 95% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
44. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 99% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
45. Способ по п.1, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, выбранных из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
46. Способ Triniti обеспечения усваиваемого атмосферного азота для растения кукурузы, который устраняет необходимость в дополнительном сезонном внесении экзогенного азота, включающий:
-13
a. создание локуса множества внутриродовых модифицированных бактерий, которые, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 5,49×10 ммоль N на КОЕ в час; и
b. доставку в локус множества растений кукурузы,
где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней указанного множества растений кукурузы и снабжает растения кукурузы усваиваемым N и где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней и где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы.
47. Способ по п.46, где экзогенный азот не вносится как междурядная подкормка.
-12
48. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час.
-13
49. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 4,03×10 ммоль N на КОЕ в час.
-12
50. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 25 фунтов (10 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
51. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 50 фунтов (20 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
52. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 75 фунтов (30 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
53. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 100 фунтов (40 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
54. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр согласно Фигурам 31, 32, 33, 34 или 35.
13
55. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 20 дней.
13
56. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 30 дней.
13
57. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 60 дней.
58. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в той же степени, в которой оно образует колонии на других корнях.
59. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в более высокой степени, чем оно образует колонии на других корнях.
60. Способ по п.46, дополнительно включающий, до стадий a) и b), внесение экзогенного азота в указанный локус.
61. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии VT растения кукурузы.
62. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R1 растения кукурузы.
63. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R6 растения кукурузы.
64. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует 1% или более усваиваемого азота в индивидуальном растении кукурузы из указанного множества, экспонируемом для него.
65. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий способны усваивать атмосферный азот в присутствии экзогенного азота.
66. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
67. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит введенную контрольную последовательность, функционально связанную, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
68. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит гетерологичный промотор, функционально связанный, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
69. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в элемент, выбранный из группы, состоящей из: nifA, nifL, ntrB, ntrC, полинуклеотида, кодирующего глутаминсинтетазу, glnA, glnB, glnK, draT, amtB, полинуклеотида, кодирующего глутаминазу, glnD, glnE, nifJ, nifH, nifD, nifK, nifY, nifE, nifN, nifU, nifS, nifV, nifW, nifZ, nifM, nifF, nifB, nifQ, гена, ассоциируемого с биосинтезом фермента нитрогеназы, и их сочетаний.
70. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота, что дает в результате одно или несколько воздействий из: повышения экспрессирования или активности NifA или глутаминазы; уменьшения экспрессирования или активности NifL, NtrB, гена глутаминсинтетазы, glnB, GlnK, DraT, AmtB; уменьшения активности удаления аденилила GlnE; или уменьшения активности удаления уридилила у GlnD.
71. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL.
72. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
73. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
74. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, один ген из: мутировавшего гена nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL; мутировавшего гена glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR); мутировавшего гена amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB; и их сочетаний.
75. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
76. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR), и мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
77. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, вовлеченные в путь, выбранный из группы, состоящей из: продуцирования экзополисахаридов, продуцирования эндо-полигалатуроназы, продуцирования трегалозы и преобразования глутамина.
78. Способ по п.46, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, выбранные из группы, состоящей из: bcsii, bcsiii, yjbE, fhaB, pehA, otsB, treZ, glsA2 и их сочетаний.
79. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных вида бактерий.
80. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных штамма одних и тех же видов бактерий.
Rahnella aquatilis, Klebsiella variicola, Achromobacter spiritinus, Achromobacter marplatensis, Microbacterium murale, Kluyvera intermedia, Kosakonia pseudosacchari, Enterobacter sp., Azospirillum lipoferum, Kosakonia sacchari
81. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из:  и их сочетаний.
82. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий представляет собой множество эпифитных или ризосферических бактерий.
83. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из: бактерий, депонированных как NCMA 201701002, бактерий, депонированных как NCMA 201708004, бактерий, депонированных как NCMA 201708003, бактерий, депонированных как NCMA 201708002, бактерий, депонированных как NCMA 201712001, бактерий, депонированных как NCMA 201712002, и их сочетаний.
84. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 90% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
85. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 95% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
86. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 99% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
87. Способ по п.46, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, выбранных из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
88. Способ повышения урожая кукурузы на один акр, включающий:
-13
a. создание локуса множества внутриродовых модифицированных бактерий, которые, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 5,49×10 ммоль N на КОЕ в час; и
b. доставку в локус множества растений кукурузы при плотности, по меньшей мере, 35000 семян на акр,
где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней указанного множества растений кукурузы и снабжает растения кукурузы усваиваемым N и где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней и где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы.
89. Способ по п.88, где экзогенный азот не вносится как междурядная подкормка.
-12
90. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час.
-13
91. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 4,03×10 ммоль N на КОЕ в час.
-12
92. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 25 фунтов (10 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
93. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 50 фунтов (20 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
94. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 75 фунтов (30 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
-12
95. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час и где указанное множество бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 100 фунтов (40 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
96. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр согласно Фигурам 31, 32, 33, 34 или 35.
13
97. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 20 дней.
13
98. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 30 дней.
13
99. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 60 дней.
100. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в той же степени, в которой оно образует колонии на других корнях.
101. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в более высокой степени, чем оно образует колонии на других корнях.
102. Способ по п.88, дополнительно включающий, до стадий a) и b), внесение экзогенного азота в указанный локус.
103. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии VT растения кукурузы.
104. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R1 растения кукурузы.
105. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R6 растения кукурузы.
106. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует 1% или более усваиваемого азота в индивидуальном растении кукурузы из указанного множества, экспонируемом для него.
107. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий способны усваивать атмосферный азот в присутствии экзогенного азота.
108. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
109. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит введенную контрольную последовательность, функционально связанную, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
110. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит гетерологичный промотор, функционально связанный, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
111. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в элемент, выбранный из группы, состоящей из: nifA, nifL, ntrB, ntrC, полинуклеотида, кодирующего глутаминсинтетазу, glnA, glnB, glnK, draT, amtB, полинуклеотида, кодирующего глутаминазу, glnD, glnE, nifJ, nifH, nifD, nifK, nifY, nifE, nifN, nifU, nifS, nifV, nifW, nifZ, nifM, nifF, nifB, nifQ, гена, ассоциируемого с биосинтезом фермента нитрогеназы, и их сочетаний.
112. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота, что дает в результате одно или несколько воздействий из: повышения экспрессирования или активности NifA или глутаминазы; уменьшения экспрессирования или активности NifL, NtrB, гена глутаминсинтетазы, glnB, GlnK, DraT, AmtB; уменьшения активности удаления аденилила у GlnE; или уменьшения активности удаления уридилила у GlnD.
113. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL.
114. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
115. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
116. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, один ген из: мутировавшего гена nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL; мутировавшего гена glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR); мутировавшего гена amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB; и их сочетаний.
117. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
118. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR), и мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
119. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, вовлеченные в путь, выбранный из группы, состоящей из: продуцирования экзополисахаридов, продуцирования эндо-полигалатуроназы, продуцирования трегалозы и преобразования глутамина.
120. Способ по п.88, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, выбранные из группы, состоящей из: bcsii, bcsiii, yjbE, fhaB, pehA, otsB, treZ, glsA2 и их сочетаний.
121. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных вида бактерий.
122. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных штамма одних и тех же видов бактерий.
Rahnella aquatilis, Klebsiella variicola, Achromobacter spiritinus, Achromobacter marplatensis, Microbacterium murale, Kluyvera intermedia, Kosakonia pseudosacchari, Enterobacter sp., Azospirillum lipoferum, Kosakonia sacchari
123. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из:  и их сочетаний.
124. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий представляет собой множество эпифитных или ризосферических бактерий.
125. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из: бактерий, депонированных как NCMA 201701002, бактерий, депонированных как NCMA 201708004, бактерий, депонированных как NCMA 201708003, бактерий, депонированных как NCMA 201708002, бактерий, депонированных как NCMA 201712001, бактерий, депонированных как NCMA 201712002, и их сочетаний.
126. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 90% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
127. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 95% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
128. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 99% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
129. Способ по п.88, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, содержащие последовательность нуклеиновых кислот, выбранных из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
130. Способ повышения урожая кукурузы на один акр в агрономически сложной почве, включающий:
-13
a. доставку в локус, расположенный в агрономически сложной почве, множества внутриродовых модифицированных бактерий, которые, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 5,49×10 ммоль N на КОЕ в час; и
b. доставку в локус, расположенный в агрономически сложной почве, множества растений кукурузы,
где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней указанного множества растений кукурузы и снабжает растения кукурузы усваиваемым N и
где указанная агрономически сложная почва включает почву, которая содержит, по меньшей мере, примерно 30% песка, и
где указанное множество растений кукурузы достигает увеличения урожая, по меньшей мере, 1 бушель на акр, по сравнению с контрольным множеством растений кукурузы, когда контрольное множество растений кукурузы получают в локусе.
131. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва включает, по меньшей мере, примерно 40% песка.
132. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва включает, по меньшей мере, примерно 50% песка.
133. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва включает меньше примерно, чем 30% сильта.
134. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва включает меньше примерно, чем 20% глины.
135. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва имеет pH примерно от 5 примерно до 8.
136. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва имеет pH примерно от 6,8.
137. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва имеет содержание органических веществ примерно от 0,40 примерно до 2,8.
138. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва имеет содержание органических веществ примерно от 1,42.
139. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва представляет собой супесь или суглинок.
140. Способ по п.130, где указанная агрономически сложная почва имеет, по меньшей мере, один из параметров почвы в примерном количестве, как приведено в Таблице 35.
141. Способ по п.130, где указанное множество растений кукурузы достигает увеличения урожая, по меньшей мере, 5 бушелей на акр, по сравнению с контрольным множеством растений кукурузы.
142. Способ по п.130, где указанное множество растений кукурузы достигает увеличения урожая, по меньшей мере, 10 бушелей на акр, по сравнению с контрольным множеством растений кукурузы.
143. Способ по п.130, где указанное контрольное множество растений кукурузы содержит экзогенный азот, внесенный в указанные растения после высевания указанного контрольного множества растений кукурузы.
144. Способ по п.130, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы.
145. Способ по п.130, где контрольное множество растений кукурузы получают в локусе без множества внутриродовых модифицированных бактерий.
146. Способ по п.130, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы, но при этом экзогенный азот вносится в контрольное множество растений кукурузы, указанное контрольное множество растений кукурузы не снабжают множеством внутриродовых модифицированных бактерий.
147. Способ по п.130, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы, но при этом экзогенный азот вносится в контрольное множество растений кукурузы, указанное контрольное множество растений кукурузы не снабжают множеством внутриродовых модифицированных бактерий, где указанное множество растений кукурузы с модифицированными бактериями достигает увеличения урожая, по меньшей мере, примерно 17 бушелей на акр, по сравнению с контрольным множеством растений кукурузы без указанных модифицированных бактерий.
148. Способ по п.130, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
149. Способ по п.130, где экзогенный азот не вносится как междурядная подкормка.
-12
150. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час.
-13
151. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 4,03×10 ммоль N на КОЕ в час.
152. Способ по п.130, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 25 фунтов (10 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
153. Способ по п.130, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 50 фунтов (20 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
154. Способ по п.130, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 75 фунтов (30 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
155. Способ по п.130, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 100 фунтов (40 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
156. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр согласно Фигурам 31, 32, 33, 34 или 35.
13
157. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 20 дней.
13
158. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 30 дней.
13
159. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 60 дней.
160. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в той же степени, в которой оно образует колонии на других корнях.
161. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в более высокой степени, чем оно образует колонии на других корнях.
162. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии VT растения кукурузы.
163. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R1 растения кукурузы.
164. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R6 растения кукурузы.
165. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует 1% или более усваиваемого азота в индивидуальном растении кукурузы из указанного множества, экспонируемом для него.
166. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий способно усваивать атмосферный азот в присутствии экзогенного азота.
167. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
168. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит введенную контрольную последовательность, функционально связанную, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
169. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит гетерологичный промотор, функционально связанный, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
170. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в элемент, выбранный из группы, состоящей из: nifA, nifL, ntrB, ntrC, полинуклеотида, кодирующего глутаминсинтетазу, glnA, glnB, glnK, draT, amtB, полинуклеотида, кодирующего глутаминазу, glnD, glnE, nifJ, nifH, nifD, nifK, nifY, nifE, nifN, nifU, nifS, nifV, nifW, nifZ, nifM, nifF, nifB, nifQ, гена, ассоциируемого с биосинтезом фермента нитрогеназы, и их сочетаний.
171. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота, что дает в результате одно или несколько воздействий из: повышения экспрессирования или активности NifA или глутаминазы; уменьшения экспрессирования или активности NifL, NtrB, гена глутаминсинтетазы, glnB, GlnK, DraT, AmtB; уменьшения активности удаления аденилила у GlnE; или уменьшения активности удаления уридилила у GlnD.
172. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL.
173. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
174. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
175. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, один ген из: мутировавшего гена nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL; мутировавшего гена glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR); мутировавшего гена amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB; и их сочетаний.
176. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
177. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR), и мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
178. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, вовлеченные в путь, выбранный из группы, состоящей из: продуцирования экзополисахаридов, продуцирования эндо-полигалатуроназы, продуцирования трегалозы и преобразования глутамина.
179. Способ по п.130, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, выбранные из группы, состоящей из: bcsii, bcsiii, yjbE, fhaB, pehA, otsB, treZ, glsA2 и их сочетаний
180. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных вида бактерий.
181. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных штамма одних и тех же видов бактерий.
Rahnella aquatilis, Klebsiella variicola, Achromobacter spiritinus, Achromobacter marplatensis, Microbacterium murale, Kluyvera intermedia, Kosakonia pseudosacchari, Enterobacter sp., Azospirillum lipoferum, Kosakonia sacchari
182. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из:  и их сочетаний.
183. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий представляет собой множество эпифитных или ризосферических бактерий.
184. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из: бактерий, депонированных как NCMA 201701002, бактерий, депонированных как NCMA 201708004, бактерий, депонированных как NCMA 201708003, бактерий, депонированных как NCMA 201708002, бактерий, депонированных как NCMA 201712001, бактерий, депонированных как NCMA 201712002, и их сочетаний.
185. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 90% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
186. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 95% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
187. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 99% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
188. Способ по п.130, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
189. Способ уменьшения разброса урожая кукурузы на акр сельскохозяйственных земель, включающий:
-13
a. создание локуса множества внутриродовых модифицированных бактерий, которые, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 5,49×10 ммоль N на КОЕ в час; и
b. доставку в локус множества растений кукурузы,
где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней указанного множества растений кукурузы и снабжает растения кукурузы усваиваемым N и
где стандартное отклонение среднего урожая кукурузы, измеренное на локусе, как измерено в бушелях на акр, ниже для множества растений кукурузы с колониями указанных внутриродовых модифицированных бактерий, по сравнению с контрольным множеством растений кукурузы, когда контрольное множество растений кукурузы получают в локусе.
190. Способ по п.189, где стандартное отклонение для множества растений кукурузы с колониями указанных внутриродовых модифицированных бактерий меньше на 19 бушелей на акр на акр, по сравнению с контрольным множеством растений кукурузы, когда указанное контрольное множество растений кукурузы не содержит колоний внутриродовых модифицированных бактерий.
191. Способ по п.189, где урожай множества растений кукурузы с колониями внутриродовых модифицированных бактерий находится в пределах отклонения 1-10% от урожая контрольного множества растений кукурузы, указанное контрольное множество растений кукурузы не содержит колоний внутриродовых модифицированных бактерий.
192. Способ по п.189, где указанное контрольное множество растений кукурузы содержит экзогенный азот, внесенный в указанные растения после высевания указанного контрольного множества растений кукурузы.
193. Способ по п.189, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы.
194. Способ по п.189, где контрольное множество растений кукурузы получают в локусе без множества внутриродовых модифицированных бактерий.
195. Способ по п.189, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы, но при этом экзогенный азот вносится в контрольное множество растений кукурузы, указанное контрольное множество растений кукурузы не снабжают множеством внутриродовых модифицированных бактерий.
196. Способ по п.189, где экзогенный азот не вносится в указанный локус после внесения множества внутриродовых модифицированных бактерий и растений кукурузы, но при этом экзогенный азот вносится в контрольное множество растений кукурузы, указанное контрольное множество растений кукурузы не снабжают множеством внутриродовых модифицированных бактерий, где урожай множества растений кукурузы с колониями внутриродовых модифицированных бактерий находится в пределах отклонения 1-10% от урожая контрольного множества растений кукурузы.
197. Способ по п.189, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
198. Способ по п.189, где экзогенный азот не вносится как междурядная подкормка.
-12
199. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 2,75×10 ммоль N на КОЕ в час.
-13
200. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий, каждая, продуцируют фиксированный N, по меньшей мере, примерно 4,03×10 ммоль N на КОЕ в час.
201. Способ по п.189, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 25 фунтов (10 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
202. Способ по п.189, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 50 фунтов (20 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
203. Способ по п.189, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 75 фунтов (30 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
204. Способ по п.189, где указанное множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 100 фунтов (40 кг) фиксированного N на акр в течение, по меньшей мере, примерно 10 дней - примерно 60 дней.
205. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр согласно Фигурам 31, 32, 33, 34 или 35.
13
206. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 20 дней.
13
207. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 30 дней.
13
208. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на поверхности корней множества растений кукурузы, в целом, концентрацию в КОЕ на акр примерно от 5×10 в течение, по меньшей мере, примерно 60 дней.
209. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в той же степени, в которой оно образует колонии на других корнях.
210. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий образует колонии на корневой поверхности периферических корней множества растений кукурузы в более высокой степени, чем оно образует колонии на других корнях.
211. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии VT растения кукурузы.
212. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R1 растения кукурузы.
213. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует, в целом, по меньшей мере, примерно 15 фунтов (6 кг) фиксированного N на акр до стадии R6 растения кукурузы.
214. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий продуцирует 1% или более усваиваемого азота в индивидуальном растении кукурузы из указанного множества, экспонируемом для него.
215. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий способны усваивать атмосферный азот в присутствии экзогенного азота.
216. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
217. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит введенную контрольную последовательность, функционально связанную, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
218. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит гетерологичный промотор, функционально связанный, по меньшей мере, с одним геном генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота.
219. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в элемент, выбранный из группы, состоящей из: nifA, nifL, ntrB, ntrC, полинуклеотида, кодирующего глутаминсинтетазу, glnA, glnB, glnK, draT, amtB, полинуклеотида, кодирующего глутаминазу, glnD, glnE, nifJ, nifH, nifD, nifK, nifY, nifE, nifN, nifU, nifS, nifV, nifW, nifZ, nifM, nifF, nifB, nifQ, гена, ассоциируемого с биосинтезом фермента нитрогеназы, и их сочетаний.
220. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное, по меньшей мере, в один ген или некодирующий полинуклеотид генетической или регуляторной сети усвоения или ассимиляции азота, что дает в результате одно или несколько воздействий из: повышения экспрессирования или активности NifA или глутаминазы; уменьшения экспрессирования или активности NifL, NtrB, гена глутаминсинтетазы, glnB, GlnK, DraT, AmtB; уменьшения активности удаления аденилила у GlnE; или уменьшения активности удаления уридилила у GlnD.
221. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL.
222. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
223. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
224. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, один ген из: мутировавшего гена nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL; мутировавшего гена glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR); мутировавшего гена amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB; и их сочетаний.
225. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR).
226. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит мутировавший ген nifL, который изменяется так, чтобы он содержал гетерологичный промотор, введенный в указанный ген nifL, и мутировавший ген glnE, что дает в результате усеченный белок GlnE, не содержащий домена удаления аденилила (AR), и мутировавший ген amtB, что дает в результате отсутствие экспрессирования указанного гена amtB.
227. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, вовлеченные в путь, выбранный из группы, состоящей из: продуцирования экзополисахаридов, продуцирования эндо-полигалатуроназы, продуцирования трегалозы и преобразования глутамина.
228. Способ по п.189, где каждый элемент множества внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, одно генетическое изменение, введенное в гены, выбранные из группы, состоящей из: bcsii, bcsiii, yjbE, fhaB, pehA, otsB, treZ, glsA2 и их сочетаний.
229. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных вида бактерий.
230. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит, по меньшей мере, два различных штамма одних и тех же видов бактерий.
Rahnella aquatilis, Klebsiella variicola, Achromobacter spiritinus, Achromobacter marplatensis, Microbacterium murale, Kluyvera intermedia, Kosakonia pseudosacchari, Enterobacter sp., Azospirillum lipoferum, Kosakonia sacchari
231. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из:  и их сочетаний.
232. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий представляет собой множество эпифитных или ризосферических бактерий.
233. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии, выбранные из: бактерий, депонированных как NCMA 201701002, бактерий, депонированных как NCMA 201708004, бактерий, депонированных как NCMA 201708003, бактерий, депонированных как NCMA 201708002, бактерий, депонированных как NCMA 201712001, бактерий, депонированных как NCMA 201712002, и их сочетаний.
234. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 90% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
235. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 95% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
236. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, которая имеет, по меньшей мере, примерно 99% идентичность последовательностей с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.
237. Способ по п.189, где множество внутриродовых модифицированных бактерий содержит бактерии с последовательностью нуклеиновых кислот, выбранной из SEQ ID NO: 177-260, 296-303 и 458-469.