ХИМЕРНЫЙ АНТИГЕННЫЙ РЕЦЕПТОР (CAR) ПРОТИВ CD123 ДЛЯ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В ЛЕЧЕНИИ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ОПУХОЛЕЙ

1. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая химерный антигенный рецептор (CAR), где CAR содержит CD123-связывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, и где указанный CD123-связывающий домен содержит последовательность вариабельного домена тяжелой цепи, содержащую определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC), где указанный CD123-связывающий домен содержит последовательность вариабельного домена легкой цепи, содержащую определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC) и определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC), где
(a) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 490, 495, 500, 505, 510 и 515, соответственно;
(b) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 520, 525, 530, 535, 540 и 555, соответственно;
(c) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 361, 389, 417, 445, 473 и 47 соответственно.
2. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 1, где указанная молекула нуклеиновой кислоты кодирует CAR, содержащий
(i) аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333, или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333.
3. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 1, где указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты CAR, содержащий
(i) аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности любой из вариабельных областей тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274, или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274.
4. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где CD123-связывающий домен содержит
(i) аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 556-587;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций SEQ ID NO: 556-587; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с SEQ ID NO: 556-587.
5. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где CAR содержит трансмембранный домен, который содержит трансмембранный домен белка, выбранный из группы, состоящей из альфа-, бета- или дзета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и CD154.
6. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где
(i) трансмембранный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6, где аминокислотная последовательность содержит по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:6, или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:6; или
(ii) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая трансмембранный домен, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:17, или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
7. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где кодируемый CD123-связывающий домен соединен с трансмембранным доменом шарнирной областью.
8. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 7, где
(i) шарнирная область содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2 или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций, или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с ней; или
(ii) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая шарнирную область, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 13 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
9. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где внутриклеточный сигнальный домен содержит костимулирующий домен, который представляет собой функциональный сигнальный домен, получаемый из белка, выбранного из группы, состоящей из молекулы MHC I класса, TNF рецепторного белка, иммуноглобулиноподобного белка, цитокинового рецептора, интегрина, сигнальной молекулы, активирующей лимфоциты (белка SLAM), активирующего рецептора NK-клеток, BTLA, Toll-подобного рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), 4-1BB (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 альфа, CD8 бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a и лиганда, который специфически связывается с CD83.
10. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 9, где костимулирующий домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 или аминокислотная последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7.
11. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 9, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая костимулирующий домен, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:18 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
12. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где внутриклеточный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен 4-1BB и/или функциональный сигнальный домен CD3-дзета.
13. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 7 и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7 и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10.
14. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 и аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10, где последовательности, содержащие внутриклеточный сигнальный домен, экспрессируются в той же рамке считывания и в виде одной полипептидной цепи.
15. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая внутриклеточный сигнальный домен, содержит нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:18 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней, и/или нуклеотидную последовательность SEQ ID NO:20 или SEQ ID NO:21, или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
16. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, дополнительно содержащая лидерную последовательность, которая кодирует аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1.
17. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, которая кодирует CAR, содержащий
(i) аминокислотную последовательность любой из SEQ ID NO: 125-156;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций любой из SEQ ID NO: 125-156; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 125-156.
18. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих пунктов, содержащая нуклеотидную последовательность любой из SEQ ID NO: 66-97 или нуклеотидную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 66-97.
19. Полипептидная молекула, кодируемая молекулой нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18.
20. Полипептид химерного антигенного рецептора (CAR), где CAR содержит антитело или фрагмент антитела, который содержит CD123-связывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий костимулирующий домен и/или первичный сигнальный домен, и где указанный CD123-связывающий домен содержит последовательность вариабельного домена тяжелой цепи, содержащую определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC), где указанный CD123-связывающий домен содержит последовательность вариабельной области легкой цепи, содержащую определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC) и определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC), где
(a) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 490, 495, 500, 505, 510, и 515, соответственно;
(b) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 520, 525, 530, 535, 540, и 555, соответственно;
(c) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 361, 389, 417, 445, 473, и 47, соответственно.
21. Полипептид CAR по 20, содержащий
(i) аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333.
22. Полипептид CAR по любому из пп. 20 или 21, содержащий
(i) аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274.
23. Полипептид CAR по любому из пп. 20-22, содержащий
(i) аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 556-587;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций SEQ ID NO: 556-587; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с SEQ ID NO: 556-587.
24. Полипептид CAR по любому из пп. 20-23, где трансмембранный домен содержит трансмембранный домен из белка, выбранного из группы, состоящей из альфа-, бета- или дзета-цепи T-клеточного рецептора, CD28, CD3 эпсилон, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 и CD154.
25. Полипептид CAR по любому из пп. 20-24, где
(i) трансмембранный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6,
(ii) аминокислотная последовательность содержит по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:6, или
(iii) последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:6.
26. Полипептид CAR по любому из пп. 20-25, где CD123-связывающий домен соединен с трансмембранным доменом шарнирной областью.
27. Полипептид CAR по п. 26, где шарнирная область содержит SEQ ID NO:2 или последовательность с 95-99% идентичностью с ней.
28. Полипептид CAR по любому из пп. 20-27, где костимулирующий домен представляет собой функциональный сигнальный домен, получаемый из белка, выбранного из группы, состоящей из молекулы MHC I класса, TNF рецепторного белка, иммуноглобулиноподобного белка, цитокинового рецептора, интегрина, сигнальной молекулы, активирующей лимфоциты (белка SLAM), активирующего рецептора NK-клеток, BTLA, Toll-подобного рецептора, OX40, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), 4-1BB (CD137), B7-H3, CDS, ICAM-1, ICOS (CD278), GITR, BAFFR, LIGHT, HVEM (LIGHTR), KIRDS2, SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD19, CD4, CD8 альфа, CD8 бета, IL2R бета, IL2R гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a и лиганда, который специфически связывается с CD83.
29. Полипептид CAR по любому из пп. 20-28, где костимулирующий домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, или последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7.
30. Полипептид CAR по любому из пп. 20-28, где внутриклеточный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен 4-1BB и/или функциональный сигнальный домен CD3-дзета.
31. Полипептид CAR по любому из пп. 20-30, где внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 7 и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO:7, и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10; или аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:7, и/или аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10.
32. Полипептид CAR по любому из пп. 20-31, где внутриклеточный сигнальный домен содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7 и аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9 или SEQ ID NO:10, где аминокислотные последовательности, содержащие внутриклеточный сигнальный домен, экспрессируются в той же рамке считывания и в виде одной полипептидной цепи.
33. Полипептид CAR по любому из пп. 20-32, дополнительно содержащий лидерную последовательность, которая содержит аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1.
34. Полипептид CAR по любому из пп. 20-33, содержащий
(i) аминокислотную последовательность любой из SEQ ID NO: 125-156;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций любой из SEQ ID NO: 125-156; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с любой из SEQ ID NO: 125-156.
35. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18, которая представляет собой молекулу ДНК, молекулу РНК или их сочетание.
36. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 35, которая представляет собой иРНК, кодирующую полипептид CAR по пп. 20-34.
37. Вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты, для получения CAR по любому из пп. 1-18 или нуклеиновую кислоту, кодирующую полипептид CAR по любому из пп. 20-34, где вектор представляет собой ДНК-вектор или РНК-вектор.
38. Вектор экспрессии по п. 37, который выбран из группы, состоящей из плазмиды, лентивирусного вектора, аденовирусного вектора и ретровирусного вектора.
39. Вектор экспресии по п. 37 или 38, дополнительно содержащий промотор EF-1, содержащий последовательность SEQ ID NO: 11.
40. Эффекторная клетка иммунной системы для получения CAR, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36, или вектор экспрессии по любому из пп. 37-39.
41. Клетка по п. 40, где клетка дополнительно экспрессирует химерную молекулу, которая содержит первый полипептид, который содержит по меньшей мере часть ингибиторной молекулы, связанный со вторым полипептидом, который включает положительный сигнал от внутриклеточного сигнального домена, необязательно где химерная молекула содержит первый полипептид, который содержит по меньшей мере часть внеклеточного домена PD1, и второй полипептид, содержащий костимулирующий домен и первичный сигнальный домен.
42. Способ получения клетки эффекторной клетки иммунной системы, включающий введение в эффекторную клетку иммунной системы молекулу нуклеиновой кислоты по пп. 1-18 или 35-36 или вектор экспрессии по любому из пп. 37-39.
43. Способ получения популяции клеток, включающий введение РНК в клетку, где РНК содержит молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36, или нуклеиновую кислоту, кодирующую полипептид CAR по любому из пп. 20-34.
44. Способ обеспечения противоопухолевого иммунитета у млекопитающего, включающий введение млекопитающему эффективного количества популяции эффекторных клеток иммунной системы, содержащих молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или полипептид CAR по любому из пп. 20-34, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит Т-клетки и/или NK-клетки.
45. Способ по п. 44, где популяция эффекторных клеток содержит аутологичные T-клетки или аллогенные T-клетки.
46. Способ лечения млекопитающего, страдающего заболеванием, связанным с экспрессией CD123, включающий введение млекопитающему эффективного количество популяции эффекторных клеток иммунной системы, содержащих молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36 или полипептид CAR по любому из пп. 20-34, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит Т-клетки и/или NK-клетки.
47. Способ по п. 46, где заболевание, связанное с экспрессией CD123, представляет собой
(i) злокачественную опухоль или злокачественное новообразование,
(ii) предраковое состояние или
(ii) незлокачественную опухоль, связанную с показанием, ассоциированным с экспрессией CD123.
48. Способ по п. 46 или 47, где заболевание представляет собой гематологическую злокачественную опухоль или предлейкоз.
49. Способ по любому из пп. 46-48, где заболевание выбирают из одного или более из острого миелолейкоза (AML), острого лимфобластного лейкоза (ALL), острого лимфобластного B-клеточного лейкоза (B-клеточного острого лимфоидного лейкоза, BALL), острого лимфобластного T-клеточного лейкоза (T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (TALL), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, хронического лимфоцитарного лейкоза, хронического миелолейкоза (CML), волосатоклеточного лейкоза, лимфомы Ходжкина, гистиоцитоза, мастоцитоза, миелодисплазии, миелодиспластического синдрома, миелопролиферативной неоплазии, плазмоклеточной миеломы, неоплазии плазмоцитоидных дендритных клеток или их сочетания.
50. Способ по любому из пп. 44-49, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят в комбинации с один или более из
(i) средства, которое повышает эффективность клетки, содержащей нуклеиновую кислоту CAR или полипептид CAR;
(ii) средства, которое улучшает один или более побочных эффектов, связанных с введением клетки, содержащей нуклеиновую кислоту CAR или полипептид CAR; или
(iii) средства, которое лечит заболевание, связанной с экспрессией CD123.
51. Способ по любому из пп. 44-50, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит иРНК, кодирующую полипептид CAR по пп. 20-34.
52. Способ по любому из пп. 44-50, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит лентивирусный вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или кодирующую полипептид CAR по пп. 20-34.
53. Способ по п. 50, где указанное средство представляет собой ингибитор mTOR, и индивидууму вводят низкую иммуностимулирующую дозу ингибитора mTOR.
54. Способ по п. 53, где ингибитор mTOR представляет собой RAD001 или рапамицин.
55. Способ по п. 53 или 54, указанный ингибитор mTOR вводят в течение времени, достаточного для снижения доли PD-1-положительных T-клеток, увеличения доли PD-1-отрицательных T-клеток или увеличения отношения PD-1-отрицательных T-клеток/PD-1-положительных T-клеток в периферической крови индивидуума или в препарате T-клеток, выделяемых у индивидуума.
56. Способ по пп. 44-49, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят в комбинации со вторым терапевтическим средством или способом, выбранным из одного или более из химиотерапии, направленной терапии против злокачественной опухоли, онколитического лекарственного средства, цитотоксического средства, цитокина, хирургической операции, радиационной терапии, агониста костимулирующей молекулы, ингибитора молекулы иммунных контрольных точек, вакцины или иммунотерапия на основе второго CAR.
57. Способ по пп. 44-56, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят в комбинации с агонистом костимулирующей молекулы, выбранным из одного или более из лиганда OX40, CD2, CD27, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), ICOS (CD278), 4-1BB (CD137), GITR, CD30, CD40, BAFFR, HVEM, CD7, LIGHT, NKG2C, SLAMF7, NKp80, CD160, B7-H3 или CD83.
58. Способ по пп. 44-56, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят в комбинации с ингибитором молекулы иммунных контрольных точек, выбранным из одного или более из PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM-1, CEACAM-3, CEACAM-5, LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 или CD270), KIR, A2aR, MHC I класса, MHC II класса, GAL9, аденозина, или TGFR.
59. Способ по п. 56, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят в комбинации с ингибитором PD-1, ингибитором TIM-3, ингибитором CEACAM-1 или их сочетанием.
60. Способ по п. 56, где ингибитор PD-1 и ингибитор TIM-3 вводят в комбинации.
61. Способ по п. 56, где ингибитор TIM-3 и ингибитор CEACAM-1 вводят в комбинации.
62. Способ по любому из пп. 56-61, где агонист или ингибитор представляет собой молекулу антитела.
63. Способ по любому из пп. 56-62, где ингибитор вводят после введения популяции эффекторных клеток иммунной системы.
64. Способ по п. 63, где ингибитор вводят приблизительно через 3-7 суток после введения популяции эффекторных клеток иммунной системы.
65. Способ по пп. 44-49, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят в комбинации с ингибитором CD19.
66. Способ по п. 65, где ингибитор CD19 представляет собой экспрессирующую CD19 CAR клетку или молекулу антителу против CD19.
67. Способ по любому из пп. 46-66, где заболевание представляет собой CD19-отрицательную злокачественную опухоль.
68. Способ по п. 67, где CD19-отрицательная злокачественная опухоль представляет собой CD19-отрицательную рецидивирующую злокачественную опухоль.
69. Способ профилактики CD19-отрицательного рецидива у млекопитающего, включающий введение млекопитающему эффективного количества популяции эффекторных клеток иммунной системы, содержащих нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-18 или 35-36 или полипептид по любому из пп. 20-34, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит Т-клетки и/или NK-клетки.
70. Способ по п. 69, дополнительно включающий введение ингибитора CD19.
71. Способ по любому из пп. 46-70, где заболевание представляет собой лейкоз.
72. Способ по любому из пп. 65-71, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят после введения ингибитора CD19.
73. Способ по любому из пп. 65-71, где популяцию эффекторных клеток иммунной системы вводят одновременно с ингибитором CD19.
74. Способ по любому из пп. 44-71 или 73, где популяция эффекторных клеток иммунной системы экспрессирует CD19 CAR и CD123 CAR.
75. Способ по п. 73 или 74, где CD19 CAR или CD123 CAR содержит расщепленный внутриклеточный сигнальный домен, таким образом, что полная активация популяции эффекторных клеток иммунной системы происходит, когда CD19 CAR и CD123 CAR связываются с CD19+CD123+ клеткой-мишенью, по сравнению с активацией, когда CD19 CAR и CD123 CAR связываются с клеткой-мишенью, которая экспрессирует один из CD19 или CD123.
76. Способ по п. 75, где CD123 CAR содержит костимулирующий домен и CD19 CAR содержит первичный сигнальный домен.
77. Способ по любому из пп. 44-52, дополнительно включающий введение истощающего T-клетки средства после лечения популяцией эффекторных клеток иммунной системы, таким образом, истощая клетку.
78. Способ уменьшения или истощения экспрессирующих CD123 CAR клеток после терапии CAR, включающий введение млекопитающему истощающего T-клетки средства после лечения млекопитающего популяцией эффекторных клеток иммунной системы, содержащих молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36 или полипептид CAR по любому из пп. 19-34, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит Т-клетки и/или NK-клетки, таким образом, снижая число экспрессирующих CD123 CAR клеток или истощая экспрессирующую CD123 CAR клетку.
79. Способ по п. 77 или 78, где истощающее T-клетки средство вводят через одну, две, три, четыре или пять недель после введения популяции эффекторных клеток иммунной системы.
80. Способ по любому из пп. 77-79, где млекопитающее страдает лейкозом.
81. Способ по любому из пп. 77-80, где истощающее T-клетки средство представляет собой ингибитор CD52.
82. Способ по п. 81, где ингибитор CD52 представляет собой антитело против молекулы CD52.
83. Способ по любому из пп. 77-82, где популяция эффекторных клеток иммунной системы экспрессирует полипептид CD123 CAR и белок-мишень, распознаваемый истощающим T-клетки средством.
84. Способ по п. 83, где белок-мишень представляет собой CD20.
85. Способ по п. 84, где истощающее T-клетки средство представляет собой антитело против CD20.
86. Способ по п. 83-85, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит нуклеиновую кислоту, содержащую нуклеиновую кислоту CD123 CAR, и нуклеиновую кислоту, кодирующую белок-мишень.
87. Способ по любому из пп. 44-86, дополнительно включающий трансплантацию клетки или костного мозга млекопитающему.
88. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36, полипептид по любому из пп. 20-34, вектор по любому из пп. 37-39 или клетка по п. 40 для применения в качестве лекарственного средства.
89. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36, полипептид по любому из пп. 20-34, вектор по любому из пп. 37-39 или клетка по п. 40 для применения в лечении заболевания, связанного с экспрессией CD123.
90. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или 35-36, полипептид по любому из пп. 20-34, вектор по любому из пп. 37-39 или клетка по п. 40 для применения в лечении злокачественной опухоли.
91. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты по п. 89, где заболевание выбирают из AML, ALL, B-ALL, T-ALL, B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, хронического лимфоцитарного лейкоза, CML, волосатоклеточного лейкоза, лимфомы Ходжкина, мастоцитоза, миелодиспластического синдрома, миелопролиферативной неоплазии, плазмоклеточной миеломы, неоплазии из плазмоцитоидных дендритных клеток или их сочетания.
92. Популяция эффекторных клеток иммунной системы для получения CAR по п. 40, дополнительно экспрессирующая химерную молекулу, которая содержит первый полипептид, который содержит по меньшей мере участок ингибирующей молекулы, связанный со вторым полипептидом, который содержит положительный сигнал от внутриклеточного сигнального домена.
93. Популяция клеток по п. 92, где химерная молекула содержит первый полипептид, который содержит по меньшей мере участок PD1, и второй полипептид, содержащий костимулирующий домен и первичный сигнальный домен.
94. Способ воздействия на индивидуума перед трансплантацией клеток, включающий введение индивидууму эффективного количества клетки, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты CAR по любому из пп. 1-18 или 35-36 или полипептид по любому из пп. 20-34, где популяция эффекторных клеток иммунной системы содержит Т-клетки и/или NK-клетки.
95. Способ по п. 94, где трансплантация клеток представляет собой трансплантация стволовых клеток или трансплантацию костного мозга.
96. Способ по п. 94 или 95, где кондиционирование индивидуума перед трансплантацией клеток включает снижение числа экспрессирующих CD123 клеток у индивидуума.
97. Выделенный CD123 связывающий домен, содержащий последовательность вариабельного домена тяжелой цепи, содержащую определяющую комплементарность область 1 тяжелой цепи (CDR1 HC), определяющую комплементарность область 2 тяжелой цепи (CDR2 HC) и определяющую комплементарность область 3 тяжелой цепи (CDR3 HC), где указанный CD123-связывающий домен содержит последовательность вариабельного домена легкой цепи, содержащую определяющую комплементарность область 1 легкой цепи (CDR1 LC), определяющую комплементарность область 2 легкой цепи (CDR2 LC) и определяющую комплементарность область 3 легкой цепи (CDR3 LC), где
(a) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 490, 495, 500, 505, 510 и 515, соответственно;
(b) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 520, 525, 530, 535, 540 и 555, соответственно;
(c) указанные последовательности HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2 и LC CDR3 содержат аминокислотные последовательности SEQ ID NO: 361, 389, 417, 445, 473 и 47, соответственно.
98. Выделенный CD123 связывающий домен по п. 97, где указанный CD123 связывающий домен содержит
(i) аминокислотную последовательность вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333, или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью вариабельной области легкой цепи SEQ ID NO: 302-333.
99. Выделенный CD123 связывающий домен по п. 97, где указанный CD123 связывающий домен содержит
(i) аминокислотную последовательность вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций аминокислотной последовательности вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274, или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью вариабельной области тяжелой цепи SEQ ID NO: 243-274.
100. Выделенный CD123 связывающий домен по п. 97, где CD123-связывающий домен содержит
(i) аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 556-587;
(ii) аминокислотную последовательность, содержащую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 30, 20 или 10 модификаций SEQ ID NO: 556-587; или
(iii) аминокислотную последовательность с 95-99% идентичностью с SEQ ID NO: 556-587.