ЗОНД И СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ ПОЛИМОРФИЗМА, ИСПОЛЬЗУЯ ТАКОВОЙ

1. Зонд для детекции полиморфизма V600 в гене BRAF, причем зонд содержит следующий флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1:
(Р1) олигонуклеотид, по меньшей мере, на 80% идентичный последовательности оснований длиной от 10 до 50 оснований, включающей основания 228-237 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1, где основание, соответствующее основанию 237, представляет собой цитозин, меченный флуоресцентным красителем, и олигонуклеотид распознает полиморфизм, по меньшей мере, в одном из оснований 228-230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, при условии, что олигонуклеотид отличается от олигонуклеотида с последовательностью, приведенной в SEQ ID NO:7 или 19.
2. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1 представляет собой следующий флуоресцентно меченый олигонуклеотид Р1':
(P1') олигонуклеотид, по меньшей мере, на 80% идентичный последовательности основания длиной от 10 до 50 основания, включающей основания 228-237 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, где основание, соответствующее основанию 237, представляет собой цитозин; по меньшей мере, два из основания, соответствующих основаниям 228-230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, отличаются от указанных в SEQ ID NO:1; и цитозин, соответствующий основанию 237, метят флуоресцентным красителем.
3. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид имеет основание, меченное флуоресцентным красителем по какому-либо из положений 1-3 от 3'-конца.
4. Зонд по п.1, где флуоресцентно меченый олигонуклеотид имеет основание, меченное флуоресцентным красителем на 3'-конце.
5. Зонд по п.1, где интенсивность флуоресценции флуоресцентно меченого олигонуклеотида при гибридизации с последовательностью-мишенью снижается или возрастает по сравнению с отсутствием гибридизации с последовательностью-мишенью.
6. Зонд по п.1, где интенсивность флуоресценции флуоресцентно меченого олигонуклеотида при гибридизации с последовательностью-мишенью снижается по сравнению с отсутствием гибридизации с последовательностью-мишенью.
7. Зонд по п.1, где длина флуоресцентно меченого олигонуклеотида составляет 10-40 оснований.
8. Зонд по п.1, где длина флуоресцентно меченого олигонуклеотида составляет 10-30 оснований.
9. Зонд по п.1, который представляет собой зонд для анализа графика плавления.
10. Зонд по п.1, где основание, соответствующее основанию 228 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1, представляет собой гуанин или аденин; основание, соответствующее основанию 229 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, представляет собой аденин или гуанин; и основание, соответствующее основанию 230 последовательности основания, указанной в SEQ ID NO:1, представляет собой гуанин или тимин.
11. Способ определения полиморфизма в локусе V600 гена BRAF, который включает применение зонда по п.1.
12. Способ по п.11, включающий стадии:
(I) приведения зонда по п.1 в контакт с одноцепочечной нуклеиновой кислотой, содержащейся в образце, для гибридизации указанного флуоресцентно меченого олигонуклеотида с одноцепочечной нуклеиновой кислотой, таким образом, получая гибрид;
(II) диссоциации гибрида путем изменения температуры образца, содержащего гибрид, для измерения изменения флуоресцентного сигнала, вызванного диссоциацией гибрида;
(III) определения величины Tm, которая представляет собой температуру диссоциации гибрида, исходя из изменения флуоресцентного сигнала; и
(IV) определения, исходя из величины Tm, наличия мутации в локусе V600 гена BRAF.
13. Способ по п.11, дополнительно включающий амплификацию нуклеиновой кислоты перед или одновременно с получением гибрида.
14. Способ оценки эффективности лекарственного средства, включающий стадии:
определения мутации в локусе V600 гена BRAF с помощью способа по п.11; и
определения толерантности в отношении лекарственного средства или эффективности лекарственного средства на основе наличия или отсутствия детектированной мутации, где предпочтительно указанное лекарственное средство выбирают из молекулярно нацеленного терапевтического агента, лекарственного средства против злокачественной меланомы и противоракового агента.
15. Реагент для определения полиморфизма, причем реагент содержит зонд по п.1.
16. Набор для определения полиморфизма, причем набор содержит:
зонд по п.1; и
праймер, способный осуществить амплификацию, используя в качестве матрицы область последовательности оснований, указанную в SEQ ID NO:1, содержащий последовательность, с которой указанный зонд гибридизуется.
17. Набор по п.16, где указанный праймер способен осуществить амплификацию, используя в качестве матрицы область длиной 50-1000 оснований, включающую основания 228-230 последовательности оснований, указанной в SEQ ID NO:1.
18. Применение реагента или набора по п.15 или 16 для детекции полиморфизма в гене BRAF.