НУКЛЕИНОВЫЕ КИСЛОТЫ ДЛЯ ИНГИБИРОВАНИЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА-МИШЕНИ, СОДЕРЖАЩИЕ ФОСФОДИТИОАТНЫЕ СВЯЗИ

1. Нуклеиновая кислота для ингибирования экспрессии гена-мишени в клетке, содержащая по меньшей мере одну дуплексную область, которая содержит по меньшей мере часть первой цепи и по меньшей мере часть второй цепи, которая по меньшей мере частично комплементарна указанной первой цепи, причем указанная первая цепь по меньшей мере частично комплементарна по меньшей мере части РНК, транскрибированной с указанного гена-мишени, при этом указанные первая и/или вторая цепи содержат фосфодитиоатную связь между по меньшей мере двумя нуклеотидами.
2. Нуклеиновая кислота по п. 1, отличающаяся тем, что указанная первая цепь не содержит фосфодитиоатную связь между любыми из двух, трех или четырех концевых нуклеотидов на 5'-конце.
3. Нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, содержащая фосфодитиоатную связь между каждым из двух, трех или четырех концевых нуклеотидов на 3'-конце указанной первой цепи и/или содержащая фосфодитиоатную связь между каждым из двух, трех или четыре концевых нуклеотидов на 3'-конце указанной второй цепи и/или фосфодитиоатную связь между каждым из двух, трех или четырех концевых нуклеотидов на 5'-конце указанной второй цепи.
4. Нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота содержит фосфотиоатную связь между каждым из трех концевых 3' нуклеотидов и/или между каждым из трех концевых 5' нуклеотидов на указанной первой цепи и/или между каждым из трех 3' концевых нуклеотидов и/или между каждым из трех 5' нуклеотидов указанной второй цепи, если на этом конце не присутствует фосфодитиоатная связь.
5. Нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанная первая цепь и указанная вторая цепь представляют собой отдельные цепи.
6. Нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанная по меньшей мере одна дуплексная область состоит из 17-25 пар нуклеотидных оснований.
7. Нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что один или более нуклеотидов в указанной первой и/или второй цепи модифицированы с образованием модифицированных нуклеотидов.
8. Нуклеиновая кислота по любому из предшествующих пунктов, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота конъюгирована с лигандом.
9. Нуклеиновая кислота по п. 8, отличающаяся тем, что указанный лиганд содержит (i) одну или более групп N-ацетилгалактозамина (GalNAc) или их производных, и (ii) линкер, причем с помощью указанного линкера конъюгируют по меньшей мере одну группу GalNAc или ее производное с указанной нуклеиновой кислотой.
10. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 8, 9, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота конъюгирована с лигандом, содержащим соединение формулы (I):
в которой:
S представляет собой сахарид, при этом предпочтительно указанный сахарид представляет собой N-ацетилгалактозамин;
1
3
6
2
2
m
2
2
X представляет собой С-С алкилен или (-СН-СН-O)(-СН)-, где m равно 1, 2 или 3;
Ρ представляет собой фосфат или модифицированный фосфат, предпочтительно незамещенный фосфат;
2
2
n
2
X представляет собой алкилен или простой алкиленовый эфир формулы (-СН)-O-СН-, где n=1-6;
А представляет собой блок разветвления;
3
X представляет собой мостиковый блок;
3
при этом нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-7 конъюгирована с X за счет фосфата или модифицированного фосфата, предпочтительно незамещенного фосфата.
11. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 8, 9, отличающаяся тем, что указанная первая цепь РНК представляет собой соединение формулы (X):
в которой b равно 0 или 1; и
указанная вторая цепь РНК представляет собой соединение формулы (XI):
в которой:
c и d независимо равны 0 или 1;
1
2
Ζ и Z представляют собой части РНК указанных первой и второй цепей РНК, соответственно;
Υ представляет собой О или S, предпочтительно О;
n равно 0, 1, 2 или 3; и
1
L представляет собой линкер, к которому присоединен лиганд; и
при этом b + с + d равно 2 или 3.
12. Нуклеиновая кислота для ингибирования экспрессии гена-мишени в клетке, содержащая по меньшей мере одну дуплексную область, которая содержит по меньшей мере часть первой цепи и по меньшей мере часть второй цепи, которая по меньшей мере частично комплементарна указанной первой цепи, причем указанная первая цепь по меньшей мере частично комплементарна по меньшей мере части РНК, транскрибированной с указанного гена-мишени,
при этом указанная нуклеиновая кислота содержит фосфодитиоатные связи между двумя концевыми нуклеотидами на 3'-конце указанной первой цепи,
при этом указанная нуклеиновая кислота содержит фосфодитиоатную связь между двумя концевыми нуклеотидами на 3'-конце и между двумя концевыми нуклеотидами на 5'-конце указанной второй цепи, и
при этом указанная первая цепь содержит связь, отличную от фосфодитиоатной связи, между двумя, тремя или четырьмя концевыми нуклеотидами на 5'-конце.
13. Нуклеиновая кислота по п. 12, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота конъюгирована с лигандом, содержащим соединение формулы (I):
в которой:
S представляет собой сахарид, при этом предпочтительно указанный сахарид представляет собой N-ацетилгалактозамин;
1
3
6
2
2
m
2
2
X представляет собой С-С алкилен или (-СН-СН-O)(-СН)-, где m равно 1, 2 или 3;
Ρ представляет собой фосфат или модифицированный фосфат, предпочтительно незамещенный фосфат;
2
2
n
2
X представляет собой алкилен или простой алкиленовый эфир формулы (-СН)-O-СН-, где n=1-6;
А представляет собой блок разветвления;
3
X представляет собой мостиковый блок;
3
при этом нуклеиновая кислота по п. 12 конъюгирована с X за счет фосфата или модифицированного фосфата.
14. Нуклеиновая кислота по п. 12, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота конъюгирована с лигандом, причем указанная первая цепь РНК представляет собой соединение формулы (XV):
в которой b равно 0 или 1; и
указанная вторая цепь РНК представляет собой соединение формулы (XVI):
в которой c и d независимо равны 0 или 1;
при этом:
1
2
Ζ и Z представляют собой части РНК указанных первой и второй цепей РНК, соответственно;
Υ представляет собой О или S, предпочтительно О;
1
R представляет собой Η или метил;
n равно 0, 1, 2 или 3; и
L является одинаковым или различным в формулах (XV) и (XVI) и выбран из группы, состоящей из:
2
q
-(CH), где q=2-12;
2
r
-(СН)-С(O)-, где r=2-12;
2
2
s
2
-(CH-CH-O)-CH-C(O)-, где s=1-5;
2
t
2
t
-(CH)-CO-NH-(CH)-NH-C(O)-, где t независимо представляет собой 1-5;
2
u
2
u
-(CH)-CO-NH-(CH)-C(O)-, где и независимо представляет собой 1-5; и
2
v
-(CH)-NH-C(O)-, где v представляет собой 2-12; и
при этом концевой С(О), если он присутствует, присоединен к группе ΝΗ;
и при этом b + с + d равно 2 или 3.
15. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 12-14, отличающаяся тем, что указанная первая цепь РНК имеет концевой 5'-(Е)-винилфосфонатный нуклеотид на своем 5' конце и при этом указанный концевой 5'-(Е)-винилфосфонатный нуклеотид предпочтительно соединен со вторым нуклеотидом в указанной первой цепи за счет фосфодиэфирной связи.
16. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 12-15, отличающаяся тем, что нуклеотиды указанной первой цепи модифицированы с применением первой модификации на нуклеотидах в нечетных положениях и модифицированы с применением второй модификации на нуклеотидах в четных положениях, а нуклеотиды указанной второй цепи модифицированы на нуклеотидах в нечетных положениях с применением второй модификации и модифицированы с применением первой модификации на нуклеотидах в четных положениях, причем указанная первая цепь пронумерована от 5' к 3', при этом самый крайний 5'-нуклеотид представляет собой нуклеотид номер 1 первой цепи, и вторая цепь пронумерована от 3' к 5', при этом самый крайний 3'-нуклеотид представляет собой нуклеотид номер 1 второй цепи, при этом указанная первая модификация предпочтительно представляет собой 2'ОМе, при этом указанная вторая модификация предпочтительно представляет собой 2'-фтор, и при этом указанная нуклеиновая кислота предпочтительно имеет тупые концы на обоих концах.
17. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 12-15, отличающаяся тем, что нуклеотиды в положениях 2 и 14 с 5'-конца указанной первой цепи модифицированы с применением 2'-фтор-модификации, и нуклеотиды на указанной второй цепи, которые соответствуют положению 11 или 13, или 11 и 13, или 11-13 указанной первой цепи модифицированы с применением 2'-фтор-модификации, и при этом предпочтительно остальные нуклеотиды модифицированы с применением 2'-ОМе-модификации.
18. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 12-17, отличающаяся тем, что все связи между нуклеотидами обеих цепей, кроме связи между двумя концевыми нуклеотидами на 3'-конце указанной первой цепи и связей между двумя концевыми нуклеотидами на 3'-конце и 5'-конце указанной второй цепи, представляют собой незамещенные фосфатные связи.
19. Композиция, содержащая нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-18 и необязательно носитель для доставки и/или физиологически приемлемое вспомогательное вещество, и/или носитель, и/или разбавитель, и/или буфер, и/или консервант, для применения в качестве лекарственного средства.
20. Фармацевтическая композиция, содержащая нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-18 и дополнительно содержащая носитель для доставки, предпочтительно липосомы, и/или физиологически приемлемое вспомогательное вещество, и/или носитель, и/или разбавитель.
21. Применение нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или фармацевтической композиции по п. 20 при предотвращении или лечении заболевания, нарушения или синдрома.
22. Способ предотвращения или лечения заболевания, нарушения или синдрома, включающий введение композиции, содержащей нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-18 или композиции по пп. 19, 20, индивидууму, нуждающемуся в лечении, при этом предпочтительно указанную нуклеиновую кислоту или композицию вводят указанному субъекту подкожно, внутривенно или с применением любых других путей применения, таких как пероральный, ректальный или внутрибрюшинный.