ИНГИБИТОРЫ АКТИВИН-РЕЦЕПТОРОПОДОБНОЙ КИНАЗЫ
ACTIVIN RECEPTOR-LIKE KINASE INHIBITORS

[0001] Настоящее раскрытие относится к ингибиторам активин-рецептороподобной киназы-2 (ALK2).
[0002] Согласно настоящей заявке испрашивается приоритет в соответствии с находящейся на рассмотрении заявкой на выдачу патента США с серийным № 62/574200, поданной 18 октября 2017 года; которая включена в настоящий документ в полном своем объеме.
[0003] Активин-рецептороподобная киназа-2 (ALK2) кодируется геном рецептора активина А I типа (ACVR1). ALK2 представляет собой серин/треонинкиназу в пути морфогенетического белка кости (BMP) (Shore et al., Nature Genetics 2006, 38: 525-27). Она связывается с комплексами, содержащими морфогенетические белки кости (BMP), и отвечает за сигналы трансдукции BMP. Некоторые мутации в ALK2 вызывают конститутивную активность киназы и связаны с различными заболеваниями. Прогрессирующая оссифицирующая фибродисплазия (FOP) является редким, тяжелым изнурительным наследственным заболеванием, характеризующимся прогрессирующей гетеротопической оссификацией в участках вне скелета. У индивидуумов с этим заболеванием значительно снижается подвижность и сокращается продолжительность жизни. Современная терапия ограничена уменьшением отеков (обострений), которые характерны для данного заболевания.
[0004] Все больные FOP несут гетерозиготные, активирующие мутации в гене ACVR1. Кроме того, подавляющее большинство больных FOP имеют одинаковую мутацию R206H в ALK2. Трансгенные мыши, которые экспрессируют ALK2 R206H, повторяют ключевые признаки заболевания человека, включая мальформацию большого пальца на задних конечностях, воспалительную инфильтрацию и апоптоз мышечных клеток с последующим образованием гетеротопической кости посредством эндохондрального пути (Chakkalakal et al., J Bone Miner Res. 2012, 27(8): 1746-1756). Разработали второй созданный методом генной инженерии штамм мыши, который экспрессирует активированный вариант ALK2-Q207D в мышце и фенокопии ключевых признаков FOP человека. Обработка этих мышей ингибитором киназ рецептора BMP 1 типа приводила к ингибированию передачи сигнала SMAD и снижению эктопической оссификации и связанного с ними функционального нарушения (Fukuda et al., Genesis 2006, 44, 159-167). Другие мутации в ALK2, которые связаны с FOP, включают в себя без ограничения L196P, PF197-8L, R202I, R258S, R258G, G328A, G328W, G328E, G328R, G356D и R375P (Kaplan et al., Hum Mutat. 2009, 30(3): 379 - 390; Gregson et al., Bone 2011, 48:654-658; Kaplan et al., Am J Med Genet 2015, 167: 2265-2271; Petrie et al., PLoS One 2009, 4(3): e5005; Bocciardi et al., Eur J Hum Genetics 2009, 17:311-318; Pacifici and Shore, Cytokine & Growth Factor Reviews 2016, 27:93-104).
[0005] В некоторых случаях гетеротопическая оссификация (HO) также может быть индуцирована у людей с ALK2 дикого типа. Эти случаи могут включать в себя остеохондромы, серьезные хирургические вмешательства, травмы (такие как травмы головы или поражение ударной волной), длительную иммобилизацию или тяжелые ожоги. Изнурительная HO может возникать при таких заболеваниях, как наследственные множественные экзостозы. Ингибитор ALK2 потенциально может быть эффективной терапией для лечения FOP и других состояний, вызванных HO.
[0006] Диффузная глиома ствола головного мозга (DIPG) представляет собой редкую, агрессивную и, как правильно, фатальную детскую злокачественную опухоль ствола головного мозга без эффективных вариантов лечения. Из-за своего анатомического расположения и диффузного характера DIPG не может быть подвергнута хирургическому вмешательству. DIPG возникает исключительно у маленьких детей, а двухлетняя выживаемость составляет приблизительно менее 10%. Из-за своего расположения в стволе головного мозга DIPG создают давление на черепные нервы, что приводит к двоению в глазах, затруднению контроля за движением глаз, затруднению жевания и/или глотания, а также слабости в руках и или ногах, что приводит к потере способности двигаться и затруднению речи. По мере прогрессирования опухоли внутри черепа повышается давление, что вызывает сильные головные боли, тошноту/рвоту и усталость. В отличие от многих других видов злокачественных опухолей у детей в последние несколько десятилетий практически не было прогресса в улучшении методов лечения DIPG. Исторически, отсутствие понимания относительно движущих факторов DIPG препятствовало выявлению потенциальных новых вариантов лечения. Следовательно, медицинская потребность в методах лечения DIPG чрезвычайно высока. Недавняя геномная характеристика продемонстрировала, что приблизительно 25% опухолей DIPG обладают соматическими, гетерозиготными активирующими ALK2 мутациями. Мутации в ALK2, связанные с DIPG, включают в себя без ограничения R206H, G328V, G328W, G328E и G356D (Jones and Baker, Nature Rev Cancer 2014, 14:651-661).
[0007] Примечательно, что мутации ALK2, обнаруженные при DIPG, перекрываются с мутациями, обнаруженными при FOP, что указывает на потенциальную синергию между усилиями по разработке ингибиторов для двух заболеваний (например, посредством перекрывающегося скринингового воронкообразного графика и химических усилий). Выяснение того, что значительная часть DIPG содержит активирующие мутации ALK2, позволяет предположить, что ингибиторы ALK2 могут быть клинически полезны для больных DIPG.
[0008] Анемия при хроническом заболевании, воспалении или злокачественной опухоли может развиваться в условиях хронического воспалительного, инфекционного или опухолевого заболевания. При этой форме анемии воспалительные цитокины индуцируют печеночную экспрессию гепсидина, который подавляет биодоступность железа путем инактивации ферропортина. Гепсидин транскрипционно регулируется передачей сигнала морфогенетического белка кости (BMP). Ингибирование фосфорилирования BMP посредством ингибирования ALK2 может модулировать передачу сигнала, опосредованную BMP, тем самым снижая экспрессию гепсидина. Снижение экспрессии гепсидина может быть эффективной стратегией лечения анемии при хроническом заболевании, воспалении или злокачественной опухоли.
[0009] Настоящее раскрытие относится к ингибиторам ALK2 и мутантов ALK2, например, мутантов ALK2, определяемых в настоящем документе, например, к ингибиторам формулы (I) и их фармацевтически приемлемым солям и композициям. Настоящее раскрытие, кроме того, относится к способам применения соединений в соответствии с настоящим раскрытием и их фармацевтически приемлемых солей и композиций для ингибирования активности ALK2 или мутантов ALK2 в клетке или у больного. Настоящее раскрытие, кроме того, относится к способам применения соединений в соответствии с настоящим раскрытием и их фармацевтически приемлемых солей и композиций для лечения субъекта или больного, страдающего состоянием, опосредованным аберрантной активностью ALK2, например, по меньшей мере одной из прогрессирующей оссифицирующей фибродисплазии (FOP), или гетеротопической оссификации, или диффузной глиомы ствола головного мозга (DIPG), или анемии при хроническом заболевании, или анемии при воспалении, или анемии при злокачественной опухоли.
[0010] Согласно одному аспекту настоящее раскрытие относится к соединению формулы (I) или по меньшей мере его одной фармацевтически приемлемой соли:
1
2
3
4
где каждое кольцо A, R, R, R, R и n определены в настоящем изобретении.
[0011] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к фармацевтическим композициям, содержащим соединение формулы (I) или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.
[0012] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к способу лечения или облегчения прогрессирующей оссифицирующей фибродисплазии у субъекта. Согласно некоторым вариантам осуществления указанный способ предусматривает введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества соединения формулы (I) или его фармацевтически приемлемой соли или композиции. Согласно некоторым вариантам осуществления субъект имеет мутацию в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего по меньшей мере одну аминокислотную модификацию, выбранную из L196P, PF197-8L, R202I, R206H, Q207E, R258S, R258G, G328A, G328W, G328E, G328R, G356D и R375P.
[0013] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к способу лечения или облегчения диффузной глиомы ствола головного мозга у субъекта. Согласно некоторым вариантам осуществления указанный способ предусматривает введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества соединения формулы (I) или его фармацевтически приемлемой соли или композиции. Согласно некоторым вариантам осуществления субъект имеет мутацию в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего по меньшей мере одну аминокислотную модификацию, выбранную из R206H, G328V, G328W, G328E и G356D.
[0014] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к способу ингибирования аберрантной активности ALK2 у субъекта. Согласно некоторым вариантам осуществления указанный способ предусматривает введение указанному субъекту терапевтически эффективного количества соединения формулы (I) или его фармацевтически приемлемой соли или композиции. Согласно некоторым вариантам осуществления субъект имеет мутацию в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего по меньшей мере одну аминокислотную модификацию, выбранную из L196P, PF197-8L, R202I, R206H, Q207E, R258S, R258G, G328A, G328V, G328W, G328E, G328R, G356D и R375P.
[0015] Способы, описываемые в настоящем документе, могут дополнительно предусматривать различные стадии оценивания до, во время и/или после лечения соединением в соответствии с настоящим раскрытием. Согласно некоторым вариантам осуществления до, во время и/или после лечения соединением в соответствии с настоящим раскрытием способ, кроме того, предусматривает стадию оценивания, например, визуализации, гетеротопической оссификации у субъекта. Это может быть достигнуто с помощью спектроскопического анализа, например, анализа на основе магнитного резонанса, например, MRI, позитронно-эмиссионной томографии (PET), микрокомпьютерной томографии (μCT), или с помощью гистологии.
[0016] Согласно некоторым вариантам осуществления способы предусматривают оценивание уровня до лечения или исходного уровня гетеротопической оссификации у субъекта, например, с использованием спектроскопического анализа, например, анализа на основе магнитного резонанса, например, MRI, позитронно-эмиссионной томографии (PET), микрокомпьютерной томографии (μCT), или с помощью гистологии. Согласно некоторым вариантам осуществления способы, кроме того, предусматривают введение субъекту соединения в соответствии с настоящим раскрытием; оценивание уровня после лечения гетеротопической оссификации, например, с использованием спектроскопического анализа, например, анализа на основе магнитного резонанса, например, MRI, позитронно-эмиссионной томографии (PET), микрокомпьютерной томографии (μCT), или с помощью гистологии; сравнение уровня после лечения гетеротопической оссификации у субъекта с уровнем до лечения или исходным уровнем гетеротопической оссификации и определение необходимости продолжения лечения, например, с использованием спектроскопического анализа, например, анализа на основе магнитного резонанса, например, MRI, позитронно-эмиссионной томографии (PET), микрокомпьютерной томографии (μCT), или с помощью гистологии.
[0017] Согласно некоторым вариантам осуществления гетеротопической оссификации предшествует отек, например, длительный отек.
[0018] Используемые в настоящем документе термины «больной», «субъект», «индивидуум» и «реципиент» относятся либо к человеку, либо к не являющемуся человеком животному, страдающему или предположительно страдающему заболеванием или нарушением, связанным с аберрантной активностью ALK2 (т. е. аберрантной активностью ALK2 из-за мутации в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего аминокислотную модификацию) или аберрантной биологической активностью ALK2.
[0019] Используемые в настоящем документе термины «лечить», «лечение» и «процесс лечения» такого заболевания или нарушения относятся к облегчению по меньшей мере одного симптома заболевания или нарушения, описываемого в настоящем документе. Эти термины, при использовании вместе с состоянием, таким как прогрессирующая оссифицирующая фибродисплазия, относятся к одному или нескольким из контроля скорости роста гетеротропной кости; уменьшения боли и воспаления, связанного с развитием новой кости; продления ожидаемого времени выживания больного; уменьшения размера или количества поражений роста гетеротопической кости; поддержания или улучшения подвижности; предупреждения или лечения новых обострений; ингибирования развития новых поражений гетеротопической кости; обеспечения возможности хирургического вмешательства по поводу удаления существующих гетеротопических оссификаций для восстановления функции конечности и/или подвижности; увеличения выживаемости; увеличения выживаемости без прогрессирования заболевания; увеличения времени до прогрессирования; ингибирования отека, вызванного связанным с FOP повреждением, и/или улучшения качества жизни. При использовании вместе с состоянием, таким как диффузная глиома ствола головного мозга, эти термины относятся к одному или нескольким из препятствования росту глиомы, обеспечения уменьшения массы или объема глиомы, продления ожидаемого времени выживания больного, ингибирования роста глиальной ткани, уменьшения массы глиальной опухоли, уменьшения размера или количества метастатических поражений, ингибирования развития новых метастатических поражений, продления выживаемости, продления выживаемости без прогрессирования, продления времени до прогрессирования и/или повышения качества жизни.
[0020] Используемый в настоящем документе термин «терапевтический эффект» относится к полезному локальному или системному эффекту у животных, в частности, млекопитающих и более подробно людей, вызванному введением соединения или композиции в соответствии с настоящим раскрытием. Фразы «терапевтически эффективное количество» и «фармацевтически эффективное количество» используются взаимозаменяемо и означают такое количество соединения или композиции в соответствии с настоящим раскрытием, которое является эффективным для лечения заболевания или состояния, связанного с аберрантной активностью ALK2, при целесообразном соотношении пользы и риска. Терапевтически эффективное количество такого вещества будет варьировать, например, в зависимости от субъекта и состояния заболевания, подлежащего лечению, массы и возраста субъекта, тяжести состояния заболевания, способа введения и т. д., что специалист в данной области может без труда определить.
[0021] Используемая в настоящем описании «алифатическая группа» относится к неразветвленной цепи, разветвленной цепи или циклической углеводородной группе и включает в себя насыщенные и ненасыщенные группы, такие как алкильная группа, алкенильная группа или алкинильная группа.
[0022] Используемый в настоящем описании «алкенил» относится к алифатической группе, содержащей по меньшей мере одну двойную связь.
2
2
2
2
2
2
[0023] «Алкилен» относится к двухвалентному радикалу алкильной группы, например, -CH-, -CHCH- и -CHCHCH-.
[0024] Используемый в настоящем описании «алкинил» относится к неразветвленной или разветвленной углеводородной цепи, содержащей два-двенадцать атомов углерода, и характеризуется тем, что содержит одну или несколько тройных связей. Примеры алкинильных групп включают в себя без ограничения этинил, пропаргил и 3-гексинил. Один из углеродов тройной связи необязательно может быть точкой присоединения алкинильного заместителя.
1
12
1
10
1
6
[0025] «Алкил» или «алкильная группа» относится к моновалентному радикалу насыщенного неразветвленного или разветвленного углеводорода, такого как неразветвленная или разветвленная группа из 1-12, 1-10 или 1-6 атомов углерода, называемая в настоящем описании C-C алкил, C-C алкил и C-C алкил, соответственно. Пример алкильных групп включает в себя без ограничения метил, этил, пропил, изопропил, 2-метил-1-пропил, 2-метил-2-пропил, 2-метил-1-бутил, 3-метил-1-бутил, 2-метил-3-бутил, 2,2-диметил-1-пропил, 2-метил-1-пентил, 3-метил-1-пентил, 4-метил-1-пентил, 2-метил-2-пентил, 3-метил-2-пентил, 4-метил-2-пентил, 2,2-диметил-1-бутил, 3,3-диметил-1-бутил, 2-этил-1-бутил, бутил, изобутил, трет-бутил, пентил, изопентил, неопентил, гексил, гептил и октил.
[0026] «Ароматический» при отношении к кольцу относится к полностью конъюгированному, ненасыщенному кольцу, которое содержит (4n + 2π) электронов и часто характеризуется структурными формулами, в которых показаны чередующиеся двойные и простые связи. Ароматические кольца включают в себя как арильные кольца (например, бензол), так и гетероарильные кольца (например, кольца, содержащие один или несколько гетероатомов, выбранных из N, O и S).
[0027] «Арил» относится к моноциклической, бициклической или полициклической углеводородной кольцевой системе, где по меньшей мере одно кольцо является ароматическим.
[0028] «Галоген» относится к радикалу любого галогена, например, -F, -Cl, -Br или -I.
[0029] «Карбоциклическая кольцевая система» относится к моноциклической, бициклической или полициклической углеводородной кольцевой системе, где каждое кольцо является или полностью насыщенным, или содержит одну или несколько единиц ненасыщения, но где ни одно кольцо не является ароматическим.
[0030] «Карбоциклил» относится к моновалентному радикалу карбоциклической кольцевой системе. Иллюстративные карбоциклильные группы включают в себя циклоалкильные группы (например, циклопентил, циклобутил, циклопентил, циклогексил и т. п.) и циклоалкенильные группы (например, циклопентенил, циклогексенил, циклопентадиенил и т. п.). Используемые в настоящем описании карбоциклилы представляют собой моновалентные радикалы частично насыщенных моноциклических, бициклических или полициклических углеводородных кольцевых систем, содержащих sp2 точку присоединения к остатку молекулы.
[0031] «Циклоалкил» относится к циклическим, бициклическим, трициклическим или полициклическим неароматическим углеводородным группам, содержащим от 3 до 12 атомов углерода. Любой замещаемый кольцевой атом может быть замещенным (например, одним или несколькими заместителями). Циклоалкильные группы могут содержать конденсированные или спирокольца. Конденсированные кольца представляют собой кольца, которые делят по меньшей мере два общих (углеродных) атома. Примеры циклоалкильных фрагментов включают в себя без ограничения циклопропил, циклогексил, метилциклогексил, адамантил и норборнил.
d
d
2
3
2
3
[0032] «Гетероалкил» относится к моновалентной, неразветвленной или разветвленной алкильной цепи, где одна метиленовая единица, за исключением метиленовой единицы, связанной с остатком молекулы, заменена -O-, -S- или -N(R), где R определен ниже. Для полной ясности фрагмент -CH-NH-CH будет представлять собой гетероалкил, но -NH-CH-CH не будет, поскольку NH группа связана с остатком молекулы.
[0033] «Гетероалкилен» относится к дивалентному радикалу гетероалкильной группы.
«Гетероароматическая кольцевая система» относится к моноциклической, бициклической или полициклической кольцевой системе, где по меньшей мере одно кольцо и ароматическое, и содержит по меньшей мере один гетероатом (например, N, O или S); и где никакие другие кольца не являются гетероциклилом (как определено ниже). В некоторых случаях кольцо, которое является ароматическим и содержит гетероатом, содержит 1, 2, 3 или 4 кольцевых гетероатома в таком кольце.
[0034] «Гетероарил» относится к моновалентному радикалу гетероароматической кольцевой системы. Иллюстративные гетероарильные группы включают в себя кольцевые системы, где (i) каждое кольцо содержит гетероатом и является ароматическим, например, имидазолил, оксазолил, тиазолил, триазолил, пирролил, фуранил, тиофенил, пиразолил, пиридинил, пиразинил, пиридазинил, пиримидинил, индолизинил, пуринил, нафтиридинил и птеридинил; (ii) каждое кольцо является ароматическим или карбоциклилом, по меньшей мере одно ароматическое кольцо содержит гетероатом и по меньшей мере одно другое кольцо представляет собой углеводородное кольцо или, например, индолил, изоиндолил, бензотиенил, бензофуранил, дибензофуранил, индазолил, бензимидазолил, бензтиазолил, хинолил, изохинолил, циннолинил, фталазинил, хиназолинил, хинокалинил, карбазолил, акридинил, феназинил, фенотиазинил, феноксазинил, пиридо[2,3-b]-1,4-оксазин-3-(4H)-он, 5,6,7,8-тетрагидрохинолил и 5,6,7,8-тетрагидроизохинолил; и (iii) каждое кольцо является ароматическим или карбоциклилом и по меньшей мере одно ароматическое кольцо делит гетероатом в начале мостика с другим ароматическим кольцом, например, 4H-хинолизинилом.
[0035] «Гетероциклическая кольцевая система» относится к моноциклической, бициклической и полициклической кольцевой системе, где по меньшей мере одно кольцо является насыщенным или частично ненасыщенным (но не ароматическим) и что кольцо содержит по меньшей мере один гетероатом. Гетероциклическая кольцевая система может быть присоединена к своей боковой группе при любом гетероатоме или атоме углерода, что приводит к стабильной структуре, и любой из кольцевых атомов может быть необязательно замещен. Гетероциклические кольцевые системы могут быть конденсированными кольцами или спирокольцами.
[0036] «Гетероциклил» относится к моновалентому радикалу гетероциклической кольцевой системы. Иллюстративные гетероциклилы включают в себя кольцевые системы, в которых (i) каждое кольцо является не ароматическим и по меньшей мере одно кольцо содержит гетероатом, например, тетрагидрофуранил, тетрагидропиранил, тетрагидротиенил, пирролидинил, пирролидонил, пиперидинил, пирролинил, декагидрохинолинил, оксазолидинил, пиперазинил, диоксанил, диоксоланил, диазепинил, оксазепинил, тиазепинил, морфолинил и хинуклидинил; (ii) по меньшей мере одно кольцо является не ароматическим и содержит гетероатом и по меньшей мере одно другое кольцо является ароматическим углеродным кольцом, например, 1,2,3,4-тетрагидрохинолинил, 1,2,3,4-тетрагидроизохинолинил; и (iii) по меньшей мере одно кольцо является не ароматическим и содержит гетероатом и по меньшей мере одно другое кольцо является ароматическим и содержит гетероатом, например, 3,4-дигидро-1H-пирано[4,3-c]пиридин и 1,2,3,4-тетрагидро-2,6-нафтиридин.
[0037] «Циано» относится к -CN радикалу.
[0038] «Гидрокси» или «гидроксил» относится к -OH.
[0039] Определенные соединения по настоящему раскрытию могут существовать в конкретных геометрических или стереоизомерных формах. Настоящее раскрытие рассматривает все такие соединения, включая цис- и транс-изомеры, R- и S-энантиомеры, диастереомеры, (D)-изомеры, (L)-изомеры, их рацемические смеси и их другие смеси, которые попадают в объем настоящего раскрытия. Дополнительные асимметрические атомы углерода могут присутствовать в заместителе, таком как алкильная группа. Предусмотрено, что все такие изомеры, а также их смеси включены в настоящее раскрытие. Таким образом, если раскрытое соединение названо или изображено при помощи структуры без определения стереохимии и содержит один или несколько хиральных центров, является понятным, что оно представляет все возможные стереоизомеры соединения, а также их энантиомерные смеси. Если раскрытое соединение названо или изображено при помощи структуры с определением стереохимии при каждом хиральном центре, является понятным, что оно представляет только соединение с обозначенной стереохимией при таких хиральных центрах. Тем не менее, если раскрытое соединение определяет стереохимию при некоторых, но не всех хиральных центрах, является понятным, что оно представляет все возможные стереоизомеры при не определенных хиральных центрах соединения, а также их энантиомерные смеси.
[0040] Если, например, конкретный энантиомер соединения по настоящему раскрытию является необходимым, он может быть получен асимметрическим синтезом или выведением при помощи хирального вспомогательнго вещества, где полученная диастереомерная смесь отделена, и вспомогательная группа отщеплена с получением чистых требуемых энантиомеров. Альтернативно, если молекула содержит основную функциональную группу, такую как амино, или кислотную функциональную группу, такую как карбоксил, диастереомерные соли образуются с соответствующей оптически активной кислотой или основанием с последующим расщеплением диастереомеров, таким образом образованных методом фракционной кристаллизации или хроматографическими способами, хорошо известными из области техники, и последующим восстановлением чистых энантиомеров.
[0041] «Энантиомерный избыток» или «% энантиомерного избытка» композиции может быть рассчитан с применением уравнения, показанного ниже. В примере, показанном ниже, композиция содержит 90% одного энантиомера, например, S энантиомера, и 10% другого энантиомера, т. e., R энантиомера.
э. и. = (90-10)/100 = 80%.
[0042] Таким образом, указано, что композиция, содержащая 90% одного энантиомера и 10% другого энантиомера, характеризуется энантиомерным избытком 80%.
[0043] Соединения или композиции, описанные в настоящем изобретении, могут содержать энантиомерный избыток по меньшей мере 50%, 75%, 90%, 95% или 99% одной формы соединения, например, S-энантиомера. Другими словами, такие соединения или композиции содержат энантиомерный избыток S энантиомера над R энантиомером.
2
3
13
14
[0044] Описанные в настоящем изобретении соединения также могут содержать неестественные пропорции атомных изотопов при одном или нескольких атомах, которые составляют такие соединения. Например, соединения могут быть радиомечеными радиоактивными изотопами, такими как, например, дейтерий (H), тритий (H), углерод-13 (C) или углерод-14 (C). Предусмотрено, что все изотопные вариации раскрытых в настоящем изобретении соединений, радиоактивных или нет, охватываются в пределах объема настоящего раскрытия. Кроме того, предусмотрено, что все таутомерные формы описанных в настоящем изобретении соединений находятся в пределах объема заявленного раскрытия.
[0045] Соединение может быть применимо в качестве свободного основания или в качестве соли. Иллюстративные соли включают в себя гидробромидные, гидрохлоридные, сульфатные, бисульфатные, фосфатные, нитратные, ацетатные, валератные, олеатные, пальмитатные, стеаратные, лауратные, бензоатные, лактатные, фосфатные, тозилатные, цитратные, малеатные, фумаратные, сукцинатные, тартратные, нафтолатные, мезилатные, глюкогептаноатные, лактобионатные и лаурилсульфонатные соли и т. п. (См., например, Berge et al. (1977) «Pharmaceutical Salts», J. Pharm. Sci. 66:1-19.)
[0046] Описанные в настоящем изобретении соединения настоящего раскрытия могут содержать «необязательно замещенные» фрагменты. В общем, термин «замещенный», предшествует ли ему термин «необязательно» или нет, означает, что один или несколько атомов водорода указанного фрагмента заменены подходящим заместителем. Если не отмечено иное, «необязательно замещенная» группа может содержать подходящий заместитель в каждом замещаемом положении группы, и если более одного положения в любой представленной структуре может быть замещено более, чем одним заместителем, выбранным из конкретной группы, заместитель может быть или таким же, или разным в каждом положении. Комбинации заместителей, предусмотренных в настоящем раскрытии, предпочтительно являются такими, что приводят к образованию стабильных или химически осуществимых соединений. Используемый в настоящем описании термин «стабильный» относится к соединениям, которые в основном не изменены, когда подвергаются условиям, что позволяют их получение, определимость и, в определенных вариантах осуществления, их восстановление, очистку и применение для одной или нескольких раскрытых в настоящем изобретении целей.
c
d
e
c
c
c
d
e
c
c
c
c
c
c
d
e
c
c
d
e
c
c
c
c
d
e
c
c
d
e
c
d
e
c
d
e
c
c
c
c
c
d
e
c
c
d
e
c
c
d
e
k
2
2
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
2
k
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
1
6
[0047] Подходящие заместители для необязательно замещенной алкильной, алкиленовой, карбоциклильной, гетероциклильной, арильной группы или гетероарильной группы включают в себя галоген, =O, -CN, -OR, -NRR, -S(O)R, -NRS(O)R, -S(O)NRR, -C(=O)OR, -OC(=O)OR, -OC(=O)R, -OC(=S)OR, -C(=S)OR, -O(C=S)R, -C(=O)NRR, -NRC(=O)R, -C(=S)NRR, -NRC(=S)R, -NR(C=O)OR, -O(C=O)NRR, -NR(C=S)OR, -O(C=S)NRR, -NR(C=O)NRR, -NR(C=S)NRR, -C(=S)R, -C(=O)R, C-C алкил, C-C галогеналкил, C-C гетероалкил, карбоциклил, (C-C алкилен)-карбоциклил, (C-C гетероалкилен)-карбоциклил, гетероциклил, (C-C алкилен)-гетероциклил, (C-C гетероалкилен)-гетероциклил, арил, (C-C алкилен)-арил, (C-C гетероалкилен)-арил, гетероарил, (C-C алкилен)-гетероарил или (C-C гетероалкилен)-гетероарил, где каждый указанный алкил, алкилен, гетероалкил, гетероалкилен, карбоциклил, гетероциклил, арил и гетероарил необязательно замещен одним или несколькими из галогена, OR, -NO, -CN, -NRC(=O)R, -NRR, -S(O)R, -C(=O)OR, -C(=O)NRR, -C(=O)R, C-C алкила, C-C галогеналкила или C-C гетероалкила, и где Rпредставляет собой водород, гидрокси, C-C алкил, C-C гетероалкил, карбоциклил, (C-C алкилен)-карбоциклил, (C-C гетероалкилен)-карбоциклил, гетероциклил, (C-C алкилен)-гетероциклил, (C-C гетероалкилен)-гетероциклил, арил, (C-C алкилен)-арил, (C-C гетероалкилен)-арил, гетероарил, (C-C алкилен)-гетероарил или (C-C гетероалкилен)-гетероарил, каждый из которых необязательно замещен одним или несколькими из галогена, гидрокси, C-Cалкила, C-C галогеналкила, C-C гетероалкила, карбоциклила, гетероциклила, арила или гетероарила; R и R каждый независимо выбран из водорода, C-C алкила и C-C гетероалкила; и k представляет собой 0, 1 или 2. Заявленное раскрытие не предусмотрено быть ограниченным любым способом перечнем заместителей вышеуказанного примера.
[0048] Согласно одному аспекту настоящее раскрытие относится к соединению формулы (I):
или его фармацевтически приемлемой соли, где:
кольцо A выбрано из моноциклического арила, моноциклического гетероарила, хинолинила и бициклического гетероциклила, где только одно кольцо указанного бициклического гетероциклила является ароматическим;
1
8
8
8
8
8
9
1
4
1
4
1
4
1
4
1
4
2
1
4
p
1
4
1
4
1
4
1
4
2
1
4
2
1
4
2
3
8
3
8
0
4
3
8
0
4
3
8
0
4
0
4
0
4
0
4
каждый R независимо выбран из галогена, циано, оксо, C-C алкила, -O-(C-C алкил), -C(O)-(C-C алкил), -C(O)-O-(C-C алкил), -C(O)-N(R)-(C-C алкил), -N(R), -N(R)-C(O)-(C-C алкил), -S(O)-(C-C алкил), -O-(C-C алкилен)-C(O)-O-(C-C алкил), -O-(C-C алкилен)-N(R), -O-(C-C алкилен)-C(O)-N(R), -Si(R)(C-C алкил), C-C карбоциклила, -C(O)-(C-C карбоциклил), -O-(C-C алкилен)-(C-C карбоциклил), -O-(C-C алкилен)-C(O)-(C-C карбоциклил), -(C-C алкилен)-арила, -O-(C-C алкилен)-арила, гетероциклила, -C(O)-гетероциклила, -O-(C-C алкилен)-гетероциклила и -O-(C-C алкилен)-C(O)-гетероциклила, где:
1
1
4
любая указанная алкильная или указанная алкиленовая часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, циано, гидроксила и -O-(C-C алкил); и
1
8
8
1
4
1
4
1
4
2
1
4
любая указанная карбоциклильная, указанная арильная или указанная гетероциклильная часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, C-C алкила, C-C галогеналкила, циано, гидроксила, -O-(C-C алкил), гетероциклила, -N(R) и -N(R)-C(O)-O-(C-C алкил);
2
R представляет собой связь или -O-;
3
1
6
0
6
3
8
0
6
R выбран из C-C алкила, -(C-C алкилен)-(C-C карбоциклил) и -(C-C алкилен)-(моноциклический O- или S-содержащий гетероциклил), где:
атом углерода указанного моноциклического гетероциклила является точкой присоединения указанного моноциклического гетероциклила;
3
1
4
1
4
3
8
p
1
4
любая указанная алкильная или указанная алкиленовая часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, циано, гидроксила, C-C алкила, -O-(C-C алкил), -O-(C-C циклоалкил) и -S(O)-(C-C алкил); и
3
1
4
1
4
1
4
1
4
1
4
1
4
p
1
4
1
4
любая указанная карбоциклильная или указанная гетероциклильная часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, циано, оксо, гидроксила, C-C алкила, C-C галогеналкила, -O-(C-C алкил), -O-(C-C галогеналкил), -C(O)-(C-C алкил), -C(O)-O-(C-C алкил), -S(O)-(C-C алкил), -O-фенила, -(C-C алкил)-фенила и морфолин-4-ила;
4
1
4
2
4
2
4
3
6
1
4
R выбран из водорода, C-C алкила, C-C алкенила, C-C алкинила, C-C циклоалкила, -C(O)-(C-Cалкил), галогена и циано, где:
4
любая указанная алкильная часть R является необязательно замещенной гидроксилом;
8
8
1
4
каждый R независимо выбран из водорода и C-C алкила, или два R вместе с атомом азота, с которым они соединены, образуют гетероциклил;
9
1
4
каждый R независимо выбран из водорода, C-C алкила и гидроксила;
n представляет собой 0, 1, 2, 3, 4, 5 или 6; и
p представляет собой 0, 1 или 2.
[0049] Согласно некоторым вариантам осуществления p представляет собой 0. Согласно некоторым вариантам осуществления p представляет собой 1. Согласно некоторым вариантам осуществления p представляет собой 2. Согласно некоторым вариантам осуществления p представляет собой 1 или 2.
[0050] Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 0. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 1. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 2. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 3. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 4. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 5. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 6. Согласно некоторым вариантам осуществления n представляет собой 1, 2 или 3.
4
[0051] Согласно некоторым вариантам осуществления R представляет собой циано, метил, хлор, бром, фтор, бут-2-инил или бутан-2-онил.
[0052] Согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из 6-членного моноциклического арила, 5-членного гетероарила, 6-членного моноциклического гетероарила, 9-членного бициклического гетероциклила и 10-членного бициклического гетероциклила.
[0053] Например, согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из фенила, пирролила, пиразолила, имидазолила, тиазолила, изотиазолила, оксазолила, изоксазолила, тиофенила, 1,2,4-тиадиазолила, 1,3,4-тиадиазолила, 1,2,3-триазолила, пиридинила, пиримидинила, пиразинила,  и
[0054] Например, согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из:
где:
p
X выбран из O, N и S(O);
Y представляет собой CH или N;
W выбран из CH, N, S и O;
Z выбран из CH, NH, S и O; и
p представляет собой 0, 1 или 2.
[0055] Согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из
и , где:
1B
8
1
4
1
4
1
4
3
6
1
4
1
4
p
1
4
3
6
R выбран из водорода, галогена, циано, C-C алкила, -O-(C-C алкил), -C(O)-(C-C алкил), -C(O)-(C-C циклоалкил), -C(O)-O-(C-C алкил), -N(R)-C(O)-(C-C алкил), -S(O)-(C-Cалкил), C-C циклоалкила и 3-6-членного гетероциклила, где:
1B
любая указанная алкильная часть R является необязательно замещенной одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена и циано;
1B
8
2
1
4
1
4
любая указанная циклоалкильная или указанная гетероциклильная часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, -N(R), C-C алкила, гетероциклила и C-C галогеналкила;
p представляет собой 0, 1 или 2; и
1B
1B
если R представляет собой водород, тогда n1 представляет собой 0, 1, 2, 3, 4, 5 или 6, и если R не представляет собой водород, тогда n1 представляет собой 0, 1, 2, 3, 4 или 5.
[0056] Согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из:
где:
1B
1
4
3
6
0
4
p
1
4
R выбран из C-C алкила, C-C циклоалкила, -(C-C алкилен)-арила, гетероциклила и -S(O)-(C-Cалкил), где:
1B
любая указанная алкильная часть R является необязательно замещенной одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена и циано;
p представляет собой 0, 1 или 2;
1
8
1
4
3
6
2
каждый R независимо выбран из C-C алкила, C-C циклоалкила, галогена, циано и -N(R), где:
1B
любая указанная алкильная часть R является необязательно замещенной одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена и циано;
8
1
4
каждый R независимо выбран из C-C алкила; и
1B
1B
если R представляет собой водород, тогда n1 представляет собой 0, 1, 2, 3, 4, 5 или 6, и если R не представляет собой водород, тогда n1 представляет собой 0, 1, 2, 3, 4 или 5.
[0057] Согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из:
1
1
1
4
3
6
1
4
Согласно некоторым неограничивающим вариантам осуществления каждый R независимо выбран из C-C алкила, C-C циклоалкила, -O-(C-C алкил), -C(O)-гетероциклила и циано, где любая указанная алкильная часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, гидроксила и циано.
[0058] Согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из:
1
1
4
Согласно некоторым неограничивающим вариантам осуществления каждый R независимо выбран из C-C алкила, необязательно замещенного одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, гидроксила и циано.
[0059] Согласно некоторым вариантам осуществления кольцо A выбрано из
1
1
1
4
Согласно некоторым неограничивающим вариантам осуществления каждый R независимо выбран из C-C алкила и циано, где любая указанная алкильная часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, гидроксила и циано.
1
1
4
1
4
2
1
4
1
4
1
4
3
6
3
6
3
2
3
2
3
0
4
[0060] Согласно некоторым вариантам осуществления каждый R независимо выбран из тетрагидропиранила, тетрагидрофуранила, 3,6-дигидро-2H--пиранила, пиперидинила, пиперазинила, оксетанила, циано, C-C алкила, -S(O)-(C-C алкил), -S(O)-(C-C алкил), -C(O)-(C-C алкил), -C(O)-гетероциклила, -O-(C-C алкил), галогена, C-C циклоалкила, -O-(C-C циклоалкил), -N(CH), Si(CH)OH, -NH-C(O)-CH, -O-(C-C алкилен)-арила и морфолинила, где:
1
4
1
4
1
4
указанный пиперидинил необязательно замещен одним заместителем, выбранным из морфолинила, -O-(C-C алкил), C-C алкила и C-C галогеналкила или один или два заместителя независимо выбраны из галогена;
1
4
указанный тетрагидропиранил или тетрагидрофуранил необязательно замещен одним заместителем, выбранным из гидроксила и -O-(C-C алкил);
1
4
указанный оксетанил необязательно замещен одним заместителем, выбранным из C-C алкила;
1
4
указанный пиперазинил необязательно замещен одним заместителем, выбранным из C-C алкила и галогена;
1
любая указанная циклоалкильная часть R необязательно замещен одним заместителем, выбранным из циано и гидроксила;
1
1
4
любая указанная алкильная часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, циано, гидроксила и -O-(C-C алкил).
3
1
6
0
3
3
6
0
3
[0061] Согласно некоторым вариантам осуществления R выбран из C-C алкила, -(C-C алкилен)-(C-C карбоциклил) и -(C-C алкилен)-(моноциклический O- или S-содержащий гетероциклил), где:
3
любая указанная алкильная или указанная алкиленовая часть R необязательно замещена одним-пятью заместителями, независимо выбранными из галогена, циано и гидроксила; и
3
1
4
1
4
1
4
1
4
1
4
1
4
p
1
4
1
4
любая указанная карбоциклильная или указанная гетероциклильная часть R необязательно замещена одним-четырьмя заместителями, независимо выбранными из галогена, циано, гидроксила, C-C алкила, C-C галогеналкила, -O-(C-C алкил), -O-(C-C галогеналкил), -C(O)-(C-C алкил), -C(O)-O-(C-C алкил), -S(O)-(C-C алкил), -O-фенила, -(C-C алкил)-фенила и морфолин-4-ила.
3
3
1
1
1
2
1
2
1
2
1
2
[0062] Например, согласно некоторым вариантам осуществления R выбран из циклобутила, циклопропила, циклогексанила, оксетанила, тиетанила, тетрагидрофуранила и тетрагидропиранила. Согласно некоторым вариантам осуществления R выбран из -(C алкилен)-тетрагидропиранила, -(C алкилен)-тетрагидрофуранила, -(C или C алкилен)-оксетанила, -(C или C алкилен)-циклопропила, -(C или C алкилен)-циклобутила и -(C или C алкилен)-циклооксанила. Согласно некоторым вариантам осуществления указанная циклопропильная, указанная циклобутильная или указанная циклогексанильная группа независимо замещена одним-четырьмя заместителями, независимо выбранными из галогена, гидроксила и циано.
3
3
3
3
1
1
4
[0063] Согласно некоторым вариантам осуществления R выбран из циклобутила, циклопропила и циклогексанила, где указанный циклобутил, указанный циклопропил или указанный циклогексанил независимо замещен одной-четырьмя галогеновыми группами. Согласно некоторым вариантам осуществления R выбран из циклобутила, циклопропила и циклогексанила, где указанный циклобутил, указанный циклопропил или указанный циклогексанил замещен одной циано или гидроксильной группой. Согласно некоторым вариантам осуществления Rвыбран из оксетанила и -(C алкилен)-оксетанила, где указанная оксетанильная часть R замещена C-C алкилом.
3
3
1
6
1
6
[0064] Согласно некоторым вариантам осуществления R представляет собой C-C алкил. Согласно некоторым вариантам осуществления R представляет собой C-C алкил, независимо замещенный одной-четырьмя галогеновыми группами.
[0065] Согласно некоторым вариантам осуществления соединением является соединение формулы (I), выбранное из соединений таблицы 1.
[0066] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к фармацевтической композиции, содержащей соединение формулы (I) (например, соединение таблицы 1) или его фармацевтически приемлемую соль и фармацевтически приемлемый носитель.
[0067] В таблице 1 ниже показаны структуры соединений, описанных в настоящем изобретении.
[0068] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к способу лечения или облегчения прогрессирующей оссифицирующей фибродисплазии у субъекта, предусматривающему введение субъекту фармацевтически эффективного количества соединения, описываемого в настоящем документе (например, соединения в таблице 1), или его фармацевтически приемлемой соли, или его фармацевтической композиции.
[0069] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к способу лечения или облегчения диффузной глиомы ствола головного мозга у субъекта, предусматривающему введение субъекту фармацевтически эффективного количества соединения, описываемого в настоящем документе (например, соединения в таблице 1), или его фармацевтически приемлемой соли, или его фармацевтической композиции.
[0070] Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к способу ингибирования аберрантной активности ALK2 у субъекта, предусматривающему введение субъекту терапевтически эффективного количества соединения, описываемого в настоящем документе (например, соединения в таблице 1), или его фармацевтически приемлемой соли, или его фармацевтической композиции.
[0071] Фармацевтически приемлемые соли таких соединений также рассматриваются для применений, описанных в настоящем изобретении.
[0072] «Фармацевтически приемлемая соль» относится к любой соли соединения настоящего раскрытия, которая сохраняет свои биологические свойства, и которая не является токсичной или иным образом нежелательной для фармацевтического применения. Фармацевтически приемлемые соли могут быть получены из различных органических и неорганических противоионов. Такие соли включают в себя одну или несколько из: (1) кислотно-аддитивных солей, образованных с органическими или неорганическими кислотами, такими как хлористоводородная, бромистоводородная, серная, азотная, фосфорная, сульфамовая, уксусная, трифторуксусная, трихлоруксусная, пропионовая, гексановая, циклопентилпропионовая, гликолевая, глутаровая, пировиноградная, молочная, малоновая, сукциновая, сорбиновая, аскорбиновая, яблочная, малеиновая, фумаровая, виннокаменная, лимонная, бензойная, 3-(4-гидроксибензоил)бензойная, пикриновая, коричная, миндальная, фталевая, лауриновая, метансульфоновая, этансульфоновая, 1,2-этандисульфоновая, 2-гидроксиэтансульфоновая, бензолсульфоновая, 4-хлорбензолсульфоновая, 2-нафталинсульфоновая, 4-толуолсульфоновая, камфорная, камфорсульфоновая, 4-метилбицикло[2.2.2]-окт-2-ен-1-карбоновая, глюкогептоновая, 3-фенилпропионовая, триметилуксусная, трет-бутилуксусная, лаурилсерная, глюконовая, бензойная, глутамовая, гидроксинафтойная, салициловая, стеариновая, циклогексилсульфамовая, хининовая, муконовая кислота и подобные кислоты; или (2) солей, образованных, если кислотный протон, присутствующий в исходном соединении, или (a) заменен ионом металла, например, ионом щелочного металла, ионом щелочноземельного металла или ионом алюминия, или гидроксидами щелочного металла или щелочноземельного металла, такими как гидроксид натрия, калия, кальция, магния, алюминия, лития, цинка и бария, аммонием, или (b) согласован с органическим основанием, таким как алифатические, алициклические или ароматические органические амины, такие как аммиак, метиламин, диметиламин, диэтиламин, пиколин, этаноламин, диэтаноламин, триэтаноламин, этилендиамин, лизин, аргинин, орнитин, холин, N,N'-дибензилэтилендиамин, хлорпрокаин, диэтаноламин, прокаин, N-бензилфенэтиламин, N-метилглюкаминпиперазин, трис(гидроксиметил)-аминометан, тетраметиламмония гидроксид и т. п. Фармацевтически приемлемые соли дополнительно включают в себя только в качестве примера натрий, калий, кальций, магний, аммоний, тетраалкиламмоний и т. п., и если соединение содержит основную функциональную группу, соли нетоксичных органических или неорганических кислот, такие как гидрохлорид, гидробромид, тартрат, мезилат, безилат, ацетат, малеат, оксалат и т. п. Фармацевтически приемлемая соль согласно раскрытию включает в себя по меньшей мере одну соль и также может быть смесями более одной соли.
[0073] Фармацевтические композиции настоящего раскрытия включают в себя одно или несколько соединений по настоящему раскрытию и один или несколько фармацевтически приемлемого(ых) носителя(ей). Термин «фармацевтически приемлемый носитель» относится к фармацевтически приемлемому веществу, композиции или несущей среде, такой как жидкий или твердый наполнитель, разбавитель, вспомогательное вещество, растворитель или обволакивающее вещество, включенные в перенос или транспортировку любой рассматриваемой композиции или ее компонента. Каждый носитель может быть «приемлемым» в смысле, что он совместимый с рассматриваемой композицией и ее компонентами и не вредный для пациента. Некоторые примеры веществ, которые могут служить в качестве фармацевтически приемлемых носителей, включают в себя: (1) сахара, такие как лактоза, глюкоза и сахароза; (2) крахмалы, такие как кукурузный крахмал и картофельный крахмал; (3) целлюлозу и ее производные, такие как карбоксиметилцеллюлоза натрия, этилцеллюлоза и ацетат целлюлозы; (4) порошкообразная трагакантовая камедь; (5) солод; (6) желатин; (7) тальк; (8) наполнители, такие как какао-масло и восковые свечи; (9) масла, такие как арахисовое масло, хлопковое масло, сафлоровое масло, кунжутное масло, оливковое масло, кукурузное масло и соевое масло; (10) гликоли, такие как пропиленгликоль; (11) полиолы, такие как глицерин, сорбит, маннит и полиэтиленгликоль; (12) сложные эфиры, такие как этилолеат и этиллаурат; (13) агар; (14) буферные средства, такие как гидроксид магния и гидроксид алюминия; (15) альгиновую кислоту; (16) апирогенную воду; (17) изотонический солевой раствор; (18) раствор Рингера; (19) этиловый спирт; (20) фосфатно-буферные растворы; и (21) другие нетоксичные совместимые вещества, используемые в фармацевтических составах.
[0074] Композиции настоящего раскрытия могут быть введены перорально, парентерально, ингаляционным распылением, местно, ректально, назально, буккально, вагинально или путем внедренного резервуара. Используемый в настоящем описании термин «парентеральный» включает в себя подкожную, внутривенную, внутримышечную, внутрисуставную, внутрисиновильную, внутригрудинную, внутриоболочечную, внутрипеченочную, внутриочаговую и внутричерепную инъекцию или методики вливания. Согласно некоторым вариантам осуществления композиции настоящего раскрытия вводили перорально, внутрибрюшинно или внутривенно. Стерильные инъецируемые формы композиций по настоящему раскрытию могут быть водной или масляной суспензией. Такие суспензии могут быть составлены согласно методикам, известным из области техники, с применением подходящих диспергирующих или смачивающих средств и суспендирующих средств. Стерильный инъецируемый препарат также может быть стерильным инъецируемым раствором или суспензией в нетоксичном парентерально приемлемом разбавителе или растворителе, например, в виде раствора в 1,3-бутандиоле. Среди приемлемых несущих средств и растворителей, которые могут быть использованы, являются вода, раствор Рингера и изотонический раствор хлорида натрия. Кроме того, стерильные, жирные масла являются традиционно используемыми в виде растворители или суспендирующей среды.
[0075] Для этой цели любое легкое жирное масло может быть использовано, включая синтетические моно- или диглицериды. Жирные кислоты, такие как масляная кислота и ее глицеридные производные, являются применимыми при получении инъекционных растворов, как и природные фармацевтически приемлемые масла, такие как оливковое масло или касторовое масло, особенно в их полиэтоксилированных вариантах. Такие масляные растворы или суспензии также могут содержать длинноцепочечный спиртовой разбавитель или диспергатор, такой как карбоксиметилцеллюлоза, или подобные диспергирующие средства, которые обычно используются в составе фармацевтически приемлемых лекарственных форм, включая эмульсии и суспензии. Другие обычно используемые поверхностно-активные вещества, такие как Tween, Spans и другие эмульгирующие средства или усилители биологической активности, которые обычно использовали при изготовлении фармацевтически приемлемых твердых, жидких или других лекарственных форм, также могут быть использованы в целях состава.
[0076] Фармацевтически приемлемые композиции по настоящему раскрытию могут быть перорально введены в любой перорально приемлемой лекарственной форме, включая без ограничения капсулы, таблетки, водные суспензии или растворы. В случае таблеток для перорального применения обычно используемые несущие среды включают в себя лактозу и кукурузные крахмал. Смазывающие средства, такие как стеарат магния, типично добавляли. Для перорального введения в форме капсулы применимые разбавители включают в себя лактозу и сухой кукурузный крахмал. Если водные суспензии необходимы для перорального применения, активный ингредиент объединяли с эмульгирующими и суспендирующими средствами. При необходимости также могут быть добавлены подслащивающие, ароматизирующие или красящие средства.
[0077] Альтернативно, фармацевтически приемлемые композиции настоящего раскрытия могут быть введены в форме суппозиториев для ректального введения. Они могут быть получены смешиванием средства с подходящим нераздражающим наполнителем, который является твердым при комнатной температуре, но жидким при ректальной температуре, и, таким образом, будет таять в прямой кишке для высвобождения лекарственного средства. Такие вещества включают в себя какао-масло, пчелиный воск и полиэтиленгликоли.
[0078] Фармацевтически приемлемые композиции настоящего раскрытия также могут быть введены местно, особенно, если цель лечения включает в себя области или органы, легко доступные местным введением, включая заболевания глаза, кожи или нижний отдел пищеварительного тракта. Подходящие местные составы являются легко получаемыми для каждой из этих областей или органов. Местное введение в нижний отдел пищеварительного тракта может быть выполнено в виде состава в ректальном суппозитории (см. выше) или в подходящем составе для клизмы. Местные трансдермальные пластыри также могут быть использованы.
[0079] Для местных применений фармацевтически приемлемые композиции могут быть составлены в виде подходящей мази, содержащей активный компонент, суспендированный или растворенный в одной или нескольких несущих сред. Несущие среды для местного введения соединений по настоящему раскрытию включают в себя без ограничения минеральное масло, жидкий вазелин, белый вазелин, пропиленгликоль, полиоксиэтилен, пролиоксипропиленовое соединение, эмульгирующий воск и воду. Альтернативно, фармацевтически приемлемые композиции могут быть составлены в виде подходящего лосьона или крема, содержащего активные компоненты, суспендированные или растворенные в одном или нескольких фармацевтически приемлемых несущих средах. Подходящие несущие среды включают в себя без ограничения минеральное масло, сорбитанмоностеарат, полисорбат 60, воск сложных цетиловых эфиров, цетеариловый спирт, 2-октилдодеканол, бензиловый спирт и воду.
[0080] Фармацевтически приемлемые композиции настоящего раскрытия также могут быть введены назальным аэрозолем или ингаляцией. Такие композиции получали согласно методикам, хорошо известным в области фармацевтического состава, и могут быть получены в виде растворов в солевом растворе с использованием бензилового спирта или других подходящих консервантов, ускорителей абсорбции для усиления биологической доступности, фторуглеродов и/или других традиционных солюбилизирующих или диспергирующих средств.
[0081] Количество соединений по настоящему раскрытию, которые могут быть объединены с носителем с получением композиции в единой дозированной форме, будет варьировать в зависимости от хозяина, которого лечили, конкретного способа введения и других факторов, установленных лицом, которое вводило единую дозированную форму.
50
50
50
50
[0082] Токсичность и терапевтическая эффективность соединений в соответствии с настоящим раскрытием, в том числе фармацевтически приемлемых солей и дейтерированных вариантов, могут быть определены стандартными фармацевтическими процедурами в клеточных культурах или у экспериментальных животных. LD представляет собой дозу, летальную для 50% популяции. ED представляет собой дозу, терапевтически эффективную для 50% популяции. Отношение доз с токсическим и терапевтическим эффектами (LD/ED) представляет собой терапевтический индекс. Соединения, которые демонстрируют большие терапевтические индексы являются предпочтительными. Хотя могут быть использованы соединения, которые демонстрируют токсические побочные эффекты, при этом следует позаботиться о разработке системы доставки, которая направляет такие соединения на участок пораженной ткани, чтобы минимизировать потенциальное повреждение неинфицированных клеток и, таким образом, уменьшить побочные эффекты.
50
50
[0083] Данные, полученные из анализов клеточных культур и исследований на животных, могут быть использованы в составлении диапазона дозировки для применения у людей. Дозировка таких соединений может находиться в диапазоне циркулирующих концентраций, которые включают в себя ED с небольшой токсичностью или отсутствием токсичности. Дозировка может варьировать в этом диапазоне в зависимости от используемой дозированной формы и используемого пути введения. Для любого соединения терапевтически эффективная доза может быть оценена изначально по анализам клеточных культур. Доза может быть составлена по животным моделям для достижения диапазона циркулирующих концентрации в плазме, которые включает в себя IC (т. е. концентрацию тестируемого соединения, которая достигает полумаксимального ингибирования симптомов), определяемую в клеточной культуре. Такая информация может быть использованы для более точного определения применимых доз для людей. Содержания в плазме могут быть измерены, например, с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии.
[0084] Также следует учитывать, что конкретные дозировка и режим лечения для какого-либо конкретного больного будут зависеть от ряда факторов, в том числе без ограничения от активности конкретного используемого соединения, возраста, массы тела, общего состояния здоровья, пола, рациона, времени введения, скорости выведения, комбинации лекарственных средств, мнения лечащего врача и тяжести конкретного заболевания, подлежащего лечению. Количество соединения в соответствии с настоящим раскрытием в композиции также будет зависеть от конкретного соединения в композиции.
[0085] Мутации в ALK2 вызывают неадекватную активность киназы и связаны с различными заболеваниями. Настоящее раскрытие относится к соединениям, которые ингибируют мутантный ген ALK2, например, мутантный ген ALK2, который приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего аминокислотную модификацию. Согласно другому аспекту настоящее раскрытие относится к соединениям, которые ингибируют как белок ALK2 дикого типа (WT), так и мутантные формы белка ALK2. Для целей настоящего раскрытия информация о последовательности для ALK2 находится на веб-странице (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) Национального центра биологической информация (NCBI) под названием рецептор активина А 1 типа ACVR1 [Homo sapiens (человек)]; ID гена в базе данных Entrez (NCBI): 90. Она также известна как FOP; ALK2; SKR1; TSRI; ACTRI; ACVR1A; ACVRLK2, при этом указанная информация о последовательностях включена в настоящий документ посредством ссылки.
[0086] Согласно некоторым вариантам осуществления настоящее раскрытие относится к способу ингибирования аберрантной активности ALK2 у субъекта, предусматривающему стадию введения субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтически эффективного количества по меньшей мере одного соединения или фармацевтической композиции, описываемых в настоящем документе. Согласно некоторым вариантам осуществления аберрантная активность ALK2 вызывается мутацией в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего аминокислотную модификацию, выбранную из одной или нескольких из L196P, PF197-8L, R202I, R206H, Q207E, R258S, R258G, G328A, G328V, G328W, G328E, G328R, G356D и R375P. Согласно некоторым вариантам осуществления фермент ALK2 имеет аминокислотную модификацию R206H.
[0087] Благодаря своей активности против ALK2 соединения, описываемые в настоящем документе, могут быть использованы для лечения больного с состоянием, связанным с аберрантной активностью ALK2. Согласно некоторым вариантам осуществления состояние, связанное с аберрантной активностью ALK2, представляет собой прогрессирующую оссифицирующую фибродисплазию. Диагноз FOP основывается на наличии врожденных мальформаций больших пальцев стопы (hallux valgus) и образовании фиброзных узелков в мягких тканях. Узелки могут трансформироваться или не могут трансформироваться в гетеротопическую кость. Такие поражения мягких тканей зачастую сначала отмечают в области головы, на затылке. Приблизительно 97% больных FOP имеют одинаковую c.617G>A, мутацию R206H в гене ACVR1 (Alk2). Существует генетический тест, доступный через Университет Пенсильвании (Kaplan et al., Pediatrics 2008, 121(5): e1295-e1300).
[0088] Другие распространенные врожденные аномалии включают в себя мальформации больших пальцев кисти, короткие широкие шейки бедра, остеохондромы большеберцовой кости и слитые фасеточные суставы шейного отдела позвоночника. Слитые фасеточные суставы на шее часто заставляют малышей скользить на ягодицах, а не ползать. FOP обычно неправильно диагностируют (приблизительно 80%; злокачественная опухоль или фиброматоз), и пациенты часто подвергаются несоответствующим диагностическим процедурам, таким как биопсии, которые обостряют заболевание и вызывают постоянную нетрудоспособность.
[0089] Согласно некоторым вариантам осуществления настоящее раскрытие относится к способу лечения или облегчения прогрессирующей оссифицирующей фибродисплазии у субъекта, при этом указанный способ предусматривает введение указанному субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтически эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описываемых в настоящем документе.
[0090] Согласно некоторым вариантам осуществления состояние, связанное с аберрантной активностью ALK2, представляет собой прогрессирующую оссифицирующую фибродисплазию (FOP), и субъект имеет мутацию в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего аминокислотную модификацию, выбранную из одной или нескольких из L196P, PF197-8L, R202I, R206H, Q207E, R258S, R258G, G328A, G328W, G328E, G328R, G356D и R375P. Согласно некоторым вариантам осуществления фермент ALK2 имеет аминокислотную модификацию R206H.
[0091] Настоящее раскрытие включает в себя способы идентификации и/или диагностирования больных для лечения одним или несколькими из соединений или фармацевтических композиций, описываемых в настоящем документе. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящее раскрытие относится к способу выявления состояния, связанного с аберрантной активностью ALK2, например, FOB, у субъекта, при этом способ предусматривает (a) получение образца, например, плазмы, от субъекта, например, больного человека; и (b) выявление присутствия в образце одной или нескольких мутаций в гене ALK2, описываемых в настоящем документе. Согласно другому варианту осуществления настоящее раскрытие относится к способу диагностирования состояния, связанного с аберрантной активностью ALK2, у субъекта, при этом способ предусматривает (a) получение образца от субъекта; (b) выявление присутствия в образце одной или нескольких мутаций в гене ALK2, описываемых в настоящем документе, с использованием способа выявления, описываемого в настоящем документе; и (c) диагностирование у субъекта состояния при выявлении присутствия одной или нескольких мутаций. Способы выявления мутации включают в себя без ограничения способы на основе гибридизации, способы на основе амплификации, микроматричный анализ, анализ проточной цитометрии, секвенирование ДНК, секвенирование следующего поколения (NGS), удлинение праймера, ПЦР, in situ гибридизацию, дотблоттинг и саузернблоттинг. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящее раскрытие относится к способу диагностирования и лечения состояния, связанного с аберрантной активностью ALK2, у субъекта, при этом способ предусматривает (a) получение образца от субъекта; (b) выявление присутствия в образце одной или нескольких мутаций в гене ALK2, описываемых в настоящем документе, с использованием способа выявления, описываемого в настоящем документе; (c) диагностирование у субъекта состояния при выявлении присутствия одной или нескольких мутаций; и (d) введение эффективного количества одного или нескольких соединений или фармацевтической композиции, описываемых в настоящем документе, больному с диагнозом. Согласно некоторым вариантам осуществления настоящее раскрытие относится к способу лечения состояния, связанного с аберрантной активностью ALK2, у субъекта, при этом указанный способ предусматривает (a) определение, установление или получение информации о том, что указанный субъект имеет одну или несколько мутаций в гене ALK2, описываемых в настоящем документе; (b) идентификацию субъекта как отвечающего на одно или несколько соединений или на фармацевтическую композицию, описываемые в настоящем документе; и (c) введение эффективного количества одного или нескольких соединений или фармацевтических композиций субъекту.
[0092] Согласно некоторым вариантам осуществления состояние, связанное с аберрантной активностью ALK2, представляет собой опухоль головного мозга, например, глиальную опухоль. Согласно некоторым вариантам осуществления глиальная опухоль представляет собой диффузную глиому ствола головного мозга (DIPG). Согласно некоторым вариантам осуществления настоящее раскрытие относится к способу лечения или облегчения диффузная глиома ствола головного мозга у субъекта, нуждающегося в этом, при этом указанный способ предусматривает введение указанному субъекту фармацевтически эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описываемых в настоящем документе.
[0093] Согласно некоторым вариантам осуществления состояние, связанное с аберрантной активностью ALK2, представляет собой диффузную глиому ствола головного мозга, и субъект имеет мутацию в гене ALK2, которая приводит к экспрессии фермента ALK2, имеющего по меньшей мере одну аминокислотную модификацию, выбранную из R206H, G328V, G328W, G328E и G356D. Согласно некоторым вариантам осуществления фермент ALK2 имеет аминокислотную модификацию R206H.
[0094] Согласно некоторым вариантам осуществления состояние, связанное с аберрантной активностью ALK2, представляет собой анемию, связанную с воспалением, злокачественной опухолью или хроническим заболевание.
[0095] Согласно некоторым вариантам осуществления состояние, связанное с аберрантной активностью ALK2, представляет собой вызванную травмой или хирургическим вмешательством гетеротопическую оссификацию.
[0096] Согласно некоторым вариантам осуществления соединение в соответствии с настоящим раскрытием вводят совместно (либо как часть комбинированной дозированной формы, либо как отдельную дозированную форму, вводимую до, одновременно или после введения) со вторым терапевтическим средством, применимым в лечении заболевания, подлежащего лечению, например, FOP. Согласно некоторым вариантам осуществления соединение в соответствии с настоящим раскрытием вводят совместно со стероидом (например, преднизоном) или другими противоаллергическими средствами, такими как омализумаб.
[0097] Согласно некоторым вариантам осуществления соединение в соответствии с настоящим раскрытием вводят совместно с агонистом RAR-γ или антителом против активина-А для лечения заболевания, подлежащего лечению, например, FOP. Согласно некоторым вариантам осуществления агонист RAR-γ, подлежащий совместному введению, представляет собой паловаротен. Согласно некоторым вариантам осуществления антитело против активина-А, подлежащее совместному введению, представляет собой REGN2477.
[0098] Согласно некоторым вариантам осуществления соединение в соответствии с настоящим раскрытием вводят совместно с нацеливающимися на тучные клетки терапевтическими средствами, применимыми в лечении FOP. Согласно некоторым вариантам осуществления соединение в соответствии с настоящим раскрытием вводят совместно с ингибитором тучных клеток, в том числе без ограничения ингибитором KIT. Согласно некоторым вариантам осуществления ингибитор тучных клеток, подлежащий совместному введению, выбран из кромолина натрия (или кромогликата натрия), брентуксимаба (ADCETRIS), ибрутиниба (IMBRUVICA), омализумаба (XOLAIR), противолейкотриеновых средств (например, монтелукаста (SINGULAIR) или зилейтона (ZYFLO или ZYFLO CR)) и ингибиторов KIT (например, иматиниба (GLEEVEC), мидостаурина (PKC412A), маситиниба (MASIVET или KINAVET), BLU-285, DCC-2618, PLX9486).
[0099] Соединения по настоящему раскрытию, включая их соли и N-оксиды, могут быть получены с применением известных методик органического синтеза и могут быть синтезированы согласно любому из многих возможных путей синтеза, представленных в схемах ниже. Реакции для получения соединений по настоящему изобретению могут быть проведены в подходящих растворителях, которые могут быть быстро выбраны специалистом в области органического синтеза. Подходящие растворители могут быть существенно не реакционноспособными по отношению к исходным веществам (реагентам), промежуточным соединениям или продуктам при температурах, при которых проводили реакции, например, температурах, которые могут быть в диапазоне от температуры замерзания растворителя до температуры кипения растворителя. Представленная реакция может быт проведена в одном растворителе или в смеси более одного растворителя. В зависимости от конкретной стадии реакции подходящие растворители для конкретной стадии реакции могут быть выбраны специалистом настоящей области техники.
[00100] Получение соединений настоящего изобретения может включать в себя введение и снятие защиты с различных химических групп. Необходимость в защите и снятии защиты и выборе соответствующих защитных групп может быть быстро установлена специалистом настоящей области техники. Химия защитных групп может быть представлена, например, в Wuts and Greene, Protective Groups in Organic Synthesis, 4th ed., John Wiley & Sons: New Jersey, (2006), что включено в настоящее изобретении путем ссылки во всей полноте.
1
13
[00101] За реакциями могли наблюдать при помощи любого подходящего способа, известного из области техники. Например, за образованием продукта могли наблюдать при помощи спектроскопических способов, таких как спектроскопия ядерно-магнитного резонанса (ЯМР) (например, H или C), инфракрасная (IR) спектроскопия, спектрофотометрия (например, УФ-видимый), масс-спектрометрия (MS) или хроматографическими способами, такими как высокоэффективная жидкостная хроматография (HPLC) или тонкослойная хроматография (TLC).
LC-MS/HPLC
[00102] : Если не отмечено иное, все данные жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (LC-MS) (образец анализировали на чистоту и особенность) получали при помощи одного из следующих приборов и подвижных фаз:
[00103] Agilent модель-1260 LC система (или модель 1200) с применением масс-спектрометра Agilent модели 6120 (или 1956) с применением ионизации ES-API, оборудованная колонкой с обращенной фазой Agilent Poroshel 120 (EC-C18, размер частиц 2,7 мкм, размеры 3,0×50 мм) при 22,4 градусов Цельсия. Подвижная фаза состояла из смеси растворителей 0,1% муравьиной кислоты в воде и 0,1% муравьиной кислоты в ацетонитриле. Использовали постоянный ингредиент от 95% водной/5% органической до 5% водной/95% органической подвижной фазы в течение 4 минут. Скорость потока была постоянной приблизительно 1 мл/мин.
4
3
[00104] LC-MS: основная подвижная фаза: A: вода (10 мM NHHCO) B: ACN; градиент: 5% B увеличение до 95% B за 1,2 мин, 95% B в течение 1,3 мин, снова до 5% B за 0,01 мин; скорость потока: 2 мл/мин; колонка: XBridge, 3,5 мкм, 50×4,6 мм; температурный режим термостата: 50°C. Кислотная подвижная фаза: A: вода (0,01% TFA) B: CAN (0,01% TFA); градиент: 5% B увеличение до 95% B за 1,2 мин, 95% B в течение 1,3 мин, снова до 5% B за 0,01 мин; скорость потока: 2 мл/мин; колонка: Sunfire, 3,5 мкм, 50×4,6 мм; температурный режим термостата: 50°C.
4
3
[00105] HPLC: основная подвижная фаза: A: вода (10 мM NHHCO) B: ACN; градиент: 5% B увеличение до 95% B за 1,2 мин, 95% B в течение 1,3 мин, снова до 5% B за 0,01 мин; скорость потока: 2 мл/мин; колонка: XBridge, 3,5 мкм, 50×4,6 мм; температурный режим термостата: 50°C. Кислотная подвижная фаза: A: вода (0,01% TFA) B: ACN (0,01% TFA); градиент: 0 мин 5% B, 3 мин 5% B, 10 мин 95% B, 15 мин 95% B; скорость потока: 1,2 мл/мин; колонка: Eclipse XDB-C18, 4,6×150 мм, 5 мкм; температурный режим термостата: 40°C.
Преп.-LC-MS, способ 1
[00106] : Препаративную HPLC проводили на препаративной системе Shimadzu Discovery VP, оборудованной колонкой с обращенной фазой Luna 5u C18(2) 100A, упакованной AXIA, 250 × 21,2 мм при 22,4 градусов Цельсия. Подвижная фаза состояла из смеси растворителя 0,1% муравьиной кислоты в воде и 0,1% муравьиной кислоты в ацетонитриле. Использовали постоянный ингредиент от 95% водной/5% органической до 5% водной/95% органической подвижной фазы за 25 минут. Скорость потока была постоянно приблизительно 20 мл/мин. Реакции, проведенные под микроволновым облучением, проводили таким образом в микроволновом блоке Biotage Initiator.
Преп. LC-MS, способ 2:
[00107]
[00108] MS способ: капилляр (кв): 3,5; конус (v): 20; экстрактор (v): 3; радиочастотные линзы (v): 0,5; темп. источника (°C): 100°; темп. при опустошении (°C): 400.
3
2
[00109] Способ ввода: растворитель: CHOH, HO, 0,001 TFA/5-95 NH3/CAN/5-95 TFA/CAN; градиент: 10-70; время записи: 3,5 мин; скорость потока: 60 мл/мин.
[00110] Фракционный способ: триггер фракции: масс.; задержка деление/собирание (сек): 10,5; максимальное заполнение пробирки (%) 85; определение положительного иона--мин. порог интенсивности (mit): 2000000; id колонки: X-bridge, C18, 20 мм×50 мм, 10 мкм.
Хиральная HPLC
[00111] : Препаративную HPLC для расщепления хиральных смесей проводили на следующих приборах с применением одной из колонок и группы общих условий, изложенных ниже.
Подробности SFC:
[00112]
[00113] Прибор: SFC-80 (Thar, Waters) или SFC-200 (Thar, Waters)
Колонка: AD-H 20×250 мм, 5 мкм (Daicel)
Температура колонки: 35°C
2
4
Подвижная фаза: CO/метанол (0,1% NHOH) = 40/60-90/10
Скорость потока: 80-180 г/мин
Избыточное давление: 100 бар
Длина волны детектора: 214-360 нм
Подробности HPLC:
[00114]
[00115] Прибор: Gilson-281
Колонка: AD-H 20×250, 10 мкм (Daicel)
Подвижная фаза: гексан (0,1% DEA): EtOH (0,1% DEA)=0/100-100/0
[00116] Температура колонки: 40°C
Объем вводимой пробы: 1 мл
Длина волны детектора: 214-360 нм
Колонка:
[00117]
AD-H
DAICEL
10 мкм
Φ2,5 см*2
Φ5,0 см*2
OD-H
Φ2,5 см*2
Φ5,0 см*1
OJ-H
Φ2,5 см*2
Φ5,0 см*1
AS-H
Φ2,5 см*1
Φ5,0 см*1
OZ-H
Φ2,5 см*1
Φ5,0 см*1
AY-H
Φ2,5 см*2
Φ5,0 см*1
IC
Φ2,5 см*1
IA
Φ2,5 см*1
RegisCell
Φ2,5 см*1
(R,R)-Whelk-O1
Φ2,5 см*1
Φ5,0 см*1
Cellulose-SC
Φ2,5 см*1
Amylose-C
Φ2,5 см*1
Силикагелевая хроматография:
[00118]  силикагелевую хроматографию проводили или на блоке Teledyne Isco CombiFlash Rf или блоке Biotage Isolera Four.
Протонный ЯМР
1
6
[00119] : Если не отмечено иное, все спектры H ЯМР получали на приборе Varian 400MГц Unity Inova 400 MГц ЯМР (время обнаружения = 3,5 секунды с задержкой 1 секунда; 16 - 64 скана)., Bruker, AVANCE III 500MГц UltraShield-Plus цифровом ЯМР спектрометре или Bruker, AVANCE III 400MГц UltraShield-Plus цифровом ЯМР спектрометре. Если представлены характеристики, все протоны сообщались в DMSO-d растворителе как частей на миллион (ppm) по отношению к остаточному DMSO (2,50 ppm).
Примеры
[00120] Следующие примеры предусмотрены быть иллюстративными и не подразумеваются ни в коем случае быть ограничивающими.
[00121] Подразумевается, что на схемах ниже представлено базовое руководство по отношению к получению соединений по настоящему изобретению. Специалисту настоящей области техники будет понятно, что получения, показанные на схемах, могут быть модифицированы или оптимизированы с применением общего знания органической химии для получения различных соединений настоящего изобретения.
Протокол синтеза A
A
B
B
C
D
D
E
F
F
G
F
H
G
H
H
I
J
I
[00122] Пирролопиридин  может быть защищен сульфонильной группой с получением промежуточного соединения . Промежуточное соединение  может быть функционализировано пиперазином  реакцией замещения с получением промежуточного соединения . Промежуточное соединение  может быть защищено группой, такой как Boc (промежуточное соединение ), а затем особым образом галогенировано с получением промежуточного соединения . Промежуточное соединение  может подвергаться реакции обмена галогена-металла с получением промежуточного соединения  в виде промежуточного соединения, содержащего боронат или олово. Промежуточное соединение  также может быть соединено с боронатом, сложным боронатным эфиром, триалкилоловом или алкилцинковым реагентом путем опосредованной палладием реакцией сочетания, например, сочетания Сузуки, Штилле или Негиши, с получением промежуточного соединения . Такие превращения также возможны для промежуточного соединения  для подвергания с получением промежуточного соединения . Снятием защитных групп (de-Boc) с соединения  с последующей реакцией кеппирования, такой как образование амидной связи или образование карбамата, получали промежуточное соединение . Конечные соединения могут быть получены снятием защитных групп (сульфонильная группа) с промежуточного соединения . Как показано ниже, соединения 20, 262 и 410 таблиц 1, 2, и 3 получали с применением протокола синтеза A.
Пример 1. Синтез трет-бутил-4-(2-йод-1-(фенилсульфонил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
Стадия 1. Синтез 4-хлор-1-(фенилсульфонил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридина
[00123]
A
A
B
2
3
2
4
Соединение  (50 г, 0,3276 моль, 1 эквив.), 500 мл дихлорметана (DCM), триэтиламин (TEA) (50 г, 0,4941 моль, 1,5 эквив.) и диметиламинопиридин (DMAP) (4 г, 0,0327 моль, 0,1 эквив.) объединяли в круглодонной колбе объемом 1 л (RBF) при 20°C. Смесь затем охлаждали до 10°C, а затем по каплям добавляли BsCl (70 г, 0,3963 моль, 1,2 эквив.) при 10-20°C. После перемешивания при 20°C в течение 18 часов при помощи LC-MS наблюдали соотношение /BsCl/=0/8/84. Реакционную смесь разбавляли в 250 мл воды. Органическую фазу отделяли и промывали 250 мл нас. NaCO, 250 мл воды и 250 мл солевого раствора. Органический слой сушили над NaSO, концентрировали и переводили во взвесь при помощи петролейного эфира с получением 83 г указанного продукта (99% чистоты, 86% выход).
Стадия 2 и 3. Синтез трет-бутил-4-(1-(фенилсульфонил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00124]
B
C
2
4
2
4
[00125] Соединение  (27 г, 0,0631 моль, 1,0 эквив.), соединение  (24 г, 0,2786 моль, 3,0 эквив.) и 190 мл N-метилпирролидона (NMP) добавляли к 500 мл RBF при 15°C. Смесь нагревали до 140°C и перемешивали в течение 3 часов. При помощи LC-MS наблюдали соотношение B/D 0/83. Смесь охлаждали до 15°C и перемешивали в течение дополнительных 18 часов. Нерастворимое твердое вещество затем отфильтровывали и добавляли по каплям BocO (85 г, 0,3895 моль, 4,2 эквив.) при 10-25°C. Смесь перемешивали в течение 18 часов при 15°C; при помощи LS-MS наблюдали соотношение D/E 0/81. 540 мл этилацетата затем добавляли к смеси, а затем фильтровали. Фильтрат промывали трижды 200 мл воды и полученную органическую фазу промывали водн. NaHSO (12,5 г в 150 мл воды) и водой (200 мл). Органический слой сушили над NaSO и концентрировали с получением неочищенного продукта. Неочищенный продукт растворяли 150 мл DCM с последующим добавлением по каплям 750 мл петролейного эфира при 15°C в течение 30 минут. Раствор затем перемешивали в течение 30 минут при 15°C с образованием осадка. 21 г указанного продукта в виде белого твердого вещества получали с последующей фильтрацией (99% чистоты, 51% выход (две стадии)).
Стадия 4. Синтез трет-бутил-4-(2-йод-1-(фенилсульфонил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00126]
2
2
2
3
4
22
25
4
4
+
[00127] Диизопропиламид лития (LDA) (2 M, 62 мл, 124 ммоль) добавляли по каплям к смеси трет-бутил-4-(1-(фенилсульфонил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (50 г, 113 ммоль) в THF (600 мл) при -78°C. Смесь перемешивали при -78°C в течение 1 ч. I(31 г, 122 ммоль) в THF (100 мл) добавляли при -78°C и смесь перемешивали при -78°C в течение 1 ч. Смесь нагревали до 0°C и перемешивали в течение 0,5 ч. Реакцию гасили водн. NaSO и водн. NHCl, экстрагировали этилацетатом. Концентрировали и очищали методом хроматографии на силикагеле (петролейный эфир:этилацетат = 1:1) с получением указанного продукта (45 г, 70%) в виде светло-желтого твердого вещества. MS (ES+) CHINOS необходимо: 568, получено: 569 [M+H].
Пример 2. Синтез оксетан-3-ил-4-(2-(4-(трифторметил)тиазол-2-ил)-1
-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
H
Стадия 1. Синтез оксетан-3-ил-4-(1-(фенилсульфонил)-2-(трибутилстаннил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00128]
H
3
2
4
33
48
4
5
+
[00129] н-BuLi (21,2 ммоль, 2,5 M) добавляли к раствору оксетан-3-ил-4-(2-йод-1-(фенилсульфонил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (10 г, 17,6 ммоль) в THF (150 мл) при -78°C. После перемешивания при -78°C в течение 1 ч добавляли BuSnCl (6,9 г, 21,2 ммоль). Реакционную смесь перемешивали при -78°C еще в течение 1 ч, а затем перемешивали при комнатной температуре всю ночь. Реакционную смесь экстрагировали этилацетатом (200 мл), промывали солевым раствором, сушили над NaSO, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали методом хроматографии на силикагеле (петролейный эфир:этилацетат = 10:3) с получением указанного продукта (5 г, 92%), выход: 39%. MS (ES+) CHNOSSn необходимо: 731, получено 732 [M+H].
Стадия 2. Синтез оксетан-3-ил-4-(1-(фенилсульфонил)-2-(4-(трифторметил)тиазол-2-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00130]
H
3
4
2
2
25
22
3
5
5
2
+
[00131] Смесь оксетан-3-ил-4-(1-(фенилсульфонил)-2-(трибутилстаннил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (250 мг, 342 мкмоль), 2-бром-4-(трифторметил)тиазола (120 мг, 513 мкмоль), CuI (65 мг, 342 ммоль) и Pd(PPh) (197 мг, 171 мкмоль) в толуоле (10 мл) дегазировали N, а затем перемешивали при 100°C в течение 16 ч в атмосфере N. Смесь охлаждали до комнатной температуры и концентрировали. Остаток сразу очищали методом хроматографии на силикагеле (этилацетат:петролейный эфир = 3:10) с получением указанного продукта (70 мг, выход 35%) в виде светло-желтого твердого вещества. MS (ES+) CHFNOS необходимо: 593, получено: 594 [M+H].
Стадия 3. Синтез оксетан-3-ил-4-(2-(4-(трифторметил)тиазол-2-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00132]
H
19
18
3
5
3
+
[00133] Тетрабутиламмония фторид гидрат (TBAF) (2 мл, 1 M, 2,0 ммоль) добавляли к раствору оксетан-3-ил-4-(1-(фенилсульфонил)-2-(4-(трифторметил)тиазол-2-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (70 мг, 118 мкмоль) в THF (5 мл). Реакционную смесь перемешивали при 60°C в течение 6 ч. При помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Смесь разбавляли DCM, промывали водой и солевым раствором, затем концентрировали. Остаток сразу очищали на колонке с силикагелем (MeOH:DCM = 1:15) и методом преп.-HPLC с получением указанного продукта (13,9 мг, выход 26%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHFNOS необходимо: 453, получено: 454 [M+H].
Пример 3. Синтез 2,2-дифторциклобутил-4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
Стадия 1. Синтез 2-(бензилокси)циклобутанона
[00134]
[00135] 1,2-Бис((триметилсилил)окси)циклобут-1-ен (1 г, 4,33 ммоль) добавляли к раствору фенилметанола (561 мг, 5,19 ммоль) в 4 M HCl/диоксане (2 мл) при комнатной температуре. Реакционную смесь нагревали до 80°C в течение 4 ч. После концентрирования остаток очищали методом хроматографии на силикагеле (петролейный эфир:этилацетат = 10:1) с получением указанного продукта (0,3 г, 39%) в виде бесцветного масла.
Стадия 2. Синтез ((2,2-дифторциклобутокси)метил)бензола
[00136]
3
[00137] Смесь 2-(бензилокси)циклобутанона (0,3 г, 1,70 ммоль) в DCM охлаждали до 0°C и добавляли диэтиламиносеры трифторид (DAST) (548 мг, 3,40 ммоль). После перемешивания при комнатной температуре в течение 4 ч реакционную смесь разбавляли DCM и промывали водн. NaHCO и солевым раствором. Органические экстракты сушили, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали методом хроматографии на силикагеле (петролейный эфир:этилацетат = 20:1) с получением указанного продукта (60 мг, 18%) в виде бесцветного масла.
Стадия 3. Синтез 2,2-дифторциклобутанола
[00138]
2
[00139] Суспензионную смесь ((2,2-дифторциклобутокси)метил)бензола (60 мг, 0,3027 ммоль) и 10% Pd/C (100 мг) в диэтиловом эфире перемешивали в атмосфере H в течение 15 ч. После фильтрации остаток использовали на следующей стадии в виде раствора эфира.
Стадия 4. Синтез 2,2-дифторциклобутил-1H-имидазол-1-карбоксилата
[00140]
8
8
2
2
2
+
[00141] Смесь 2,2-дифторциклобутанола (вышеуказанный эфирный раствор, допустимо 0,3027 ммоль) и CDI (50 мг, 0,305 ммоль) в DCM перемешивали при комнатной температуре в течение 4 ч. Полученный раствор использовали на следующей стадии без дополнительной очистки. MS (ES+) CHFNOнеобходимо: 202, получено 203 [M+H].
Стадия 5. Синтез 2,2-дифторциклобутил-4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00142]
H
H
H
20
22
2
6
2
+
[00143] Триэтиламин (60,0 мг, 0,5934 ммоль) добавляли к смеси 2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-4-(пиперазин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридина гидрохлорида (94,5 мг, 0,2967 ммоль) в DCM и перемешивали в течение 10 мин при комнатной температуре, а затем добавляли раствор 2,2-дифторциклобутил-1-имидазол-1-карбоксилата (60 мг, 0,2967 ммоль) в DCM. После перемешивания при комнатной температуре в течение 15 ч реакционную смесь разбавляли DCM и промывали водой. Органический слой сушили, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали методом хроматографии на силикагеле (DCM:MeOH = 10:1), а затем очищали методом преп.-HPLC с получением указанного продукта (14,4 мг, 12%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHFNOнеобходимо: 416, получено 417 [M+H].
Пример 4. Синтез циклобутил(4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-ил)метанона
Стадия 1. Синтез 2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-4-(пиперазин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридина
[00144]
1
[00145] К соединению  (200 мг, 0,45 ммоль) добавляли MeOH/HCl (5 мл). Смесь перемешивали при 30°С в течение 5 часов. Смесь концентрировали под вакуумом с получением заданного соединения.
Стадия 2. Синтез циклобутил(4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-ил)метанона
[00146]
2
[00147] Циклобутанкарбоновую кислоту (14 мг, 0,14 ммоль), N-метилморфолин (NMM) (61 мг, 0,60 ммоль) и HBTU (49 мг, 0,13 ммоль) добавляли к смеси соединения  (50 мг, 0,12 ммоль) в DMF (1,5 мл). Смесь перемешивали при 25°С в течение 5 часов. Смесь использовали сразу на следующей стадии.
Стадия 3. Синтез циклобутил(4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-ил)метанона
[00148]
3
[00149] KOH (10 экв.) добавляли к соединению  (1,0 экв.) в 2 мл MeOH. Смесь перемешивали при комнатной температуре в течение 3 часов. Уксусную кислоту добавляли к смеси для доведения значения pH до 7 и смесь очищали методом преп.-HPLC с получением заданного соединения.
Протокол синтеза B
H
H
K
K
L
M
L
[00150] Промежуточное соединение  получали с применением способов, описанных в протоколе синтеза A. Промежуточное соединение  может быть дополнительно функционализировано галогенированием, после галогенирования проводили опосредованную палладием реакцию сочетания (например, сочетание Сузуки, Штилле, Соногашира или Негиши), или металлированием, после которого проводили реакцию с электрофилом с получением промежуточного соединения . Снятием защитных групп с (de-Boc) с последующей реакцией кеппирования, такой как образование амидной связи или образование карбамата, получали промежуточное соединение . Конечные соединения  могут быть получены снятием защитных групп (сульфонильная группа) с промежуточного соединения . Как показано ниже, соединения 132, 258 и 267 таблиц 1, 2 и 3 получали с применением протокола синтеза B.
Пример 5. Синтез (1r,3r)-3-фторциклобутил-4-(3-фтор-2-(1-метил-1
-пиразол-4-ил)-1
-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
H
H
Стадия 1. Синтез (трет-бутил-4-(3-фтор-2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00151]
H
H
3
20
25
6
2
+
[00152] N-Фтор-N-(фенилсульфонил)бензолсульфонамид (82,4 мг, 0,2614 ммоль) добавляли к раствору трет-бутил-4-(2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (100 мг, 0,2614 ммоль) в DCM. После перемешивания при комнатной температуре в течение 15 ч реакционную смесь разбавляли DCM и промывали водн. NaHCO. Органический слой сушили, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали методом хроматографии на силикагеле (DCM:MeOH = 20:1) с получением указанного продукта (30 мг, 40% чистоты, 12%) в виде желтого твердого вещества. MS (ES+) CHFNOнеобходимо: 400, получено 401 [M+H].
Стадия 2. Синтез 3-фтор-2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-4-(пиперазин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридина
[00153]
H
H
15
17
6
+
[00154] 4 M HCl/диоксана добавляли к раствору трет-бутил-4-(3-фтор-2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (60 мг, 0,1498 ммоль) в DCM. После перемешивания при комнатной температуре в течение 3 ч реакционную смесь концентрировали с получением указанного продукта (неочищенная HCl соль, 45 мг, количественно) в виде желтого твердого вещества. MS (ES+) CHFNнеобходимо: 300, получено 301 [M+H].
Стадия 3. Синтез (1r,3r)-3-фторциклобутил-4-(3-фтор-2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00155]
H
H
20
22
2
6
2
+
[00156] CDI (72,8 мг, 0,4494 ммоль) добавляли к раствору (1r,3r)-3-фторциклобутанола (40,4 мг, 0,4494 ммоль) в DCM (3 мл). После перемешивания в течение 6 ч при комнатной температуре полученный раствор добавляли к смеси 3-фтор-2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-4-(пиперазин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридина (45 мг, 0,1498 ммоль) и TEA (30 мг, 0,30 ммоль) в DCM. После перемешивания при комнатной температуре еще 15 ч реакционную смесь разбавляли DCM и промывали водой. Органический слой сушили, фильтровали и концентрировали. Полученный осадок промывали MeOH с получением указанного продукта (34,8 мг, 56%) в виде желтого твердого вещества. MS (ES+) CHFNOнеобходимо: 416, получено 417 [M+H].
Пример 6. Синтез этил-4-(3-циано-2-(1-(дифторметил)-1
-пиразол-4-ил)-1
-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
H
H
Стадия 1. Синтез трет-бутил-4-(2-(1-(дифторметил)-1H-пиразол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00157]
H
H
2
3
2
2
2
26
38
2
6
3
+
[00158] Смесь 1-(дифторметил)-4-йод-1-пиразола (200 мг, 819 мкмоль) и (4-(4-(трет-бутоксикарбонил)пиперазин-1-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-2-ил)бороновой кислоты (390 мг, 819 мкмоль), NaCO (259 мг, 2,45 ммоль) и Pd(dppf)Cl (60 мг, 82 мкмоль) в THF (20 мл)/HO (2 мл) перемешивали при 75°C в атмосфере N еще 1 ч. При помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Реакционную смесь охлаждали, концентрировали и сразу очищали на колонке с силикагелем (этилацетат/петролейный эфир = 1/5-5/1) с получением указанного соединения (312 мг, выход 69%) в виде бесцветного масла. MS (ES+) CHFNOSi необходимо: 548, получено 549 [M+H].
Стадия 2. Синтез трет-бутил-4-(3-бром-2-(1-(дифторметил)-1H-пиразол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00159]
H
H
26
37
2
6
3
+
[00160] N-Бромсукцинимид (NBS) (101 мг, 568 мкмоль) добавляли к раствору трет-бутил-4-(2-(1-(дифторметил)-1-пиразол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (312 мг, 568 мкмоль) в DCM (20 мл) при комнатной температуре, а затем перемешивали при к. т. в течение 1 ч. При помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Реакционную смесь концентрировали, а остаток сразу очищали на колонке с силикагелем (этилацетат/петролейный эфир = 1/5-5/1) с получением указанного соединения (281 мг, выход 79%) в виде бесцветного масла. MS (ES+) CHBrFNOSi необходимо: 626, 628, получено 627, 629 [M+H].
Стадия 3. Синтез трет-бутил-4-(3-циано-2-(1-(дифторметил)-1H-пиразол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00161]
H
H
3
4
27
37
2
7
3
+
[00162] Смесь трет-бутил-4-(3-бром-2-(1-(дифторметил)-1-пиразол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (281 мг, 447 мкмоль), дицианоцинка (104 мг, 894 мкмоль) и Pd(PPh) (51,6 мг, 44,7 мкмоль) в DMA (2 мл) перемешивали при 120°C в течение 1 ч. При помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Реакционную смесь охлаждали и концентрировали. Остаток очищали на колонке с силикагелем (этилацетат/петролейный эфир = 3/10-3:1) с получением указанного соединения (223 мг, выход 86%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHFNOSi необходимо: 573, получено 574 [M+H].
Стадия 4. Синтез 2-(1-(дифторметил)-1H-пиразол-4-ил)-4-(пиперазин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-3-карбонитрила
[00163]
H
H
16
15
2
7
+
[00164] TFA (1 мл) добавляли к раствору трет-бутил-4-(3-циано-2-(1-(дифторметил)-1-пиразол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (225 мг, 392 мкмоль) в DCM (2 мл) при комнатной температуре, а затем перемешивали в течение 16 ч. При помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Реакционную смесь концентрировали с получением неочищенного продукта (130 мг) в виде желтого масла. MS (ES+) CHFN необходимо: 343, получено 344 [M+H].
Стадия 5. Синтез этил-4-(3-циано-2-(1-(дифторметил)-1H-пиразол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00165]
H
H
19
19
2
7
2
+
[00166] Этилхлорформиат (38 мг, 348 мкмоль) добавляли к раствору 2-(1-(дифторметил)-1-пиразол-4-ил)-4-(пиперазин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-3-карбонитрила (60 мг, 174 мкмоль) и триэтиламина (522 мг, 522 мкмоль) в DMF (2 мл), а затем перемешивали при комнатной температуре в течение 1 ч. При помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Реакционную смесь концентрировали и очищали методом преп.-HPLC с получением указанного соединения (33,1 мг, 45%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHFNO необходимо: 415, получено 416 [M+H].
Пример 7. Синтез этил-4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1
-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
H
Стадия 1. Синтез трет-бутил-4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00167]
H
H
3
2
2
3
29
32
6
4
+
[00168] Смесь трет-бутил-4-(3-бром-2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (600 мг, 1,0 ммоль), триметил(проп-1-ин-1-ил)силана (560 мг, 5,0 ммоль), Pd(t-BuP) (100 мг, 0,20 ммоль), CuI (38 мг, 0,20 ммоль), триэтиламина (500 мг, 5,0 ммоль) и KCO (408 мг, 3,0 ммоль) в DMF (10 мл) дегазировали азотом, а затем перемешивали при 100°C в течение 3 часов. Реакционную смесь выпаривали досуха. Остаток очищали методом колоночной флеш-хроматографии (петролейный эфир:этилацетат = 10:1-1:5) с получением указанного соединения (200 мг, выход 35%) в виде желтого твердого вещества. MS (ES+) CHNOS необходимо: 560, получено 561 [M+H].
Стадия 2. Синтез 2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-4-(пиперазин-1-ил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридина
[00169]
H
H
24
24
6
2
+
[00170] TFA (1 мл) добавляли к раствору трет-бутил-4-(2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (200 мг, 0,35 ммоль) в DCM (3 мл), а затем перемешивали при комнатной температуре в течение 4 часов. При помощи LC-MS наблюдали полное израсходование исходного вещества. Реакционную смесь выпаривали досуха с получением неочищенного продукта без дополнительной очистки. MS (ES+) CHNOS необходимо: 460, получено 461 [M+H].
Стадия 3. Синтез этил-4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00171]
H
H
27
28
6
4
+
[00172] Этилхлорформиат (57 мг, 0,53 ммоль) добавляли к раствору 2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-4-(пиперазин-1-ил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридина (неочищенного, 0,35 ммоль) и триэтиламина (350 мг, 3,5 ммоль) в DCM (3 мл), а затем перемешивали при комнатной температуре в течение 2 часов. Реакционную смесь разбавляли DCM и промывали водой и солевым раствором. Органический слой выпаривали насухо с получением неочищенного продукта без дополнительной очистки. MS (ES+) CHNOS необходимо: 532, получено 533 [M+H].
Стадия 4. Синтез этил-4-(2-(1-метил-1H-пиразол-4-ил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00173]
H
H
21
24
6
2
+
[00174] TBAF (1,0 M в THF, 1,0 мл, 1,0 ммоль) добавляли к раствору этил-4-(2-(1-метил-1-пиразол-4-ил)-1-(фенилсульфонил)-3-(проп-1-ин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (неочищенного, предположительно 0,35 ммоль) в THF (2 мл), а затем перемешивали при 60°C в течение 2 часов. Реакционную смесь охлаждали, концентрировали и сразу очищали методом преп.-HPLC с получением указанного соединения (23 мг, выход 16%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHNO необходимо: 392, получено: 393 [M+H].
Протокол синтеза C
E
E
N
P
P
Q
R
R
I
J
I
[00175] Промежуточное соединение  получали с применением способов, описанных в протоколе синтеза A. С промежуточного соединения могут быть селективно сняты защитные группы с получением промежуточного соединения , а затем повторно вводили защитные группы с получением промежуточного соединения . Промежуточное соединение  может быть дополнительно функционализировано металлированием/борилированием с получением промежуточного соединения  бороновой кислоты/сложного эфира. Промежуточное соединение Q может быть дополнительно функционализировано опосредованной палладием реакцией сочетания (например, сочетание Сузуки, Штилле, Соногашира или Негиши) с получением промежуточного соединения . Двойное снятие защитных групп с соединения с последующей реакцией кеппирования, такой как образование амидной связи или образование карбамата, получали промежуточное соединение . Конечные соединения  могут быть получены замещением, галогенированием или другими реакциями кеппирования промежуточного соединения . Как показано ниже, соединение 205 таблиц 1, 2 и 3 получали с применением протокола синтеза C.
Пример 8. Синтез (1r,3r)-3-(4-(2-(2-метилтиазол-4-ил)-1
-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбонил)циклобутанкарбонитрила
H
Стадия 1. Синтез трет-бутил-трет-бутил-4-(1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00176]
H
16
22
4
2
+
[00177] Гидроксид натрия (170 мл, 2,0 M) добавляли к раствору трет-бутил-4-(1-(фенилсульфонил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (50 г, 112,0 ммоль) в MeOH (170 мл). Затем полученную смесь нагревали при 70°C в течение 16 часов. После охлаждения до комнатной температуры твердый осадок собирали фильтрацией, который затем сушили с получением указанного соединения(30,0 г, 89%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHNO необходимо: 302, получено: 303 [M+H].
Стадия 2. Синтез трет-бути- 4-(1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00178]
H
2
2
2
4
22
36
4
3
+
[00179] Гидрид натрия (1,18 г, 49,5 ммоль) медленно добавляли к раствору трет-бутил-4-(1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (10 г, 33 ммоль) в DMF (150 мл) и перемешивали при 0°C в течение 30 минут. Добавляли 2-(триметилсилил)этоксиметилхлорид (SEMCl) (5,5 г, 33 ммоль), а затем перемешивали в течение еще 2 часов. При помощи LC-MS наблюдали в основном прозрачную реакционную смесь. Реакцию гасили HO и экстрагировали EtOAc. Органический слой промывали HO и солевым раствором, сушили над NaSO, а затем концентрировали с получением неочищенного продукта, который очищали методом флеш-хроматографии на силикагеле с элюированием петролейным эфиром/этилацетатом (3: 1) с получением указанного соединения (12,0 г, 84%) в виде желтого твердого вещества. MS (ES+) CHNOSi необходимо: 432, получено: 433 [M+H].
Стадия 3. Синтез 4-(4-(трет-бутоксикарбонил)пиперазин-1-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-2-илбороновой кислоты
[00180]
H
4
2
4
22
37
4
5
+
[00181] LDA (29,5 г, 276 ммоль, 2,0 M) добавляли по каплям к раствору трет-бутил- 4-(1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (23 г, 53,1 ммоль) в сухом THF (300 мл) при -7°C, а затем перемешивали при -78°C в течение 30 минут. Затем по каплям добавляли триизопропилборат (64,8 г, 345,0 ммоль) при -78°C. Далее реакционную смесь перемешивали при -78°C еще 1 час, при помощи LC-MS наблюдали завершение реакции. Удаляли холодную баню. Реакцию гасили водным NHCl и экстрагировали EA. Органический слой промывали водой и солевым раствором, сушили над NaSO, а затем концентрировали с получением указанного соединения (17,66 г, 70%) в виде желтого твердого вещества. MS (ES+) CHBNOSi необходимо: 476, получено: 477 [M+H].
Стадия 4. Синтез трет-бутил-4-(2-(2-метилтиазол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата
[00182]
H
2
2
26
39
5
3
+
[00183] Смесь 4-бром-2-метилтиазола (600 мг, 3,36 ммоль), (4-(4-(этоксикарбонил)пиперазин-1-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-2-ил)бороновой кислоты (1,60 г, 3,36 ммоль), Pd(dppf)Cl (245 мг, 336 мкмоль) и триэтиламина (1,01 г, 10,0 ммоль) в диоксане (20 мл) и HO (5 мл) перемешивали при 70°C в течение 2 ч. После этого реакционную смесь охлаждали и концентрировали. Остаток очищали на колонке с силикагелем (петролейный эфир/этилацетат = 2/1) с получением указанного соединения в виде желтого твердого вещества (1,5 г, 84%). MS (ES+) CHNOSSi необходимо: 529, получено: 530 [M+H].
Стадия 5. Синтез 2-метил-4-(4-(пиперазин-1-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-2-ил)тиазола
[00184]
H
3
15
17
5
+
[00185] TFA (5 мл) добавляли к раствору трет-бутил-4-(2-(2-метилтиазол-4-ил)-1-((2-(триметилсилил)этокси)метил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбоксилата (1,5 г, 2,83 ммоль) в DCM (5 мл), а затем раствор перемешивали при 40°C в течение 12 ч. Далее раствор концентрировали при 40-50°C. Остаток очищали на колонке с обращенной фазой, а затем растирали в порошок с CHOH (15 мл) с получением указанного соединения в виде белого твердого вещества (620 мг, 73%). MS (ES+) CHNS необходимо: 299, получено: 300 [M+H].
Стадия 6. Синтез (1s,3s)-3-(4-(2-(2-метилтиазол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбонил)циклобутил-4-метилбензолсульфоната
[00186]
H
27
29
5
4
2
+
[00187] HATU (306 мг, 805 мкмоль) добавляли к смеси 2-метил-4-(4-(пиперазин-1-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-2-ил)тиазола (201 мг, 671 мкмоль), (1s,3s)-3-(тозилокси)циклобутанкарбоновой кислоты (200 мг, 738 мкмоль) и DIEA (260 мг, 2,01 ммоль) в DMF (5 мл), а затем перемешивали при комнатной температуре в течение 16 ч. Реакционную смесь разбавляли этилацетатом и промывали водой и солевым раствором. Органический слой сушили, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали на колонке с силикагелем (MeOH/EtOAc = 1/10) с получением указанного соединения (226 мг, 55%) в виде бесцветного масла. MS (ES+) CHNOS необходимо: 551, получено 552 [M+H].
Стадия 7. Синтез (1r,3r)-3-(4-(2-(2-метилтиазол-4-ил)-1H-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбонил)циклобутанкарбонитрила
[00188]
H
3
21
22
6
+
Тетраэтиламмония цианид (32 мг, 2,05 мкмоль) добавляли к смеси (1s,3s)-3-(4-(2-(2-метилтиазол-4-ил)-1-пирроло[2,3-b]пиридин-4-ил)пиперазин-1-карбонил)циклобутил-4-метилбензолсульфоната (226 мг, 409 мкмоль) в CHCN (10 мл), а затем перемешивали при 80°C в течение 16 ч. Реакционную смесь охлаждали и концентрировали. Остаток сразу очищали методом преп.-HPLC с получением указанного соединения (44,3 мг, 36%) в виде белого твердого вещества. MS (ES+) CHNOS необходимо: 406, получено 407 [M+H].
Пример 9. Синтез других иллюстративных соединений
[00189] В таблице 2 указано, что протокол синтеза A, B или C, описанный в настоящем раскрытии, использовали для синтеза различных соединений, описываемых в настоящем документе. Пустые значения указывают на то, что использовали схему синтеза, отличную от таковой для протоколов синтеза A, B или C, и что схема синтеза для такого соединения изложена в примерах.
Таблица 2. Протоколы синтеза, используемые для иллюстративных соединений
№
Протокол синтеза
1
A
2
A
3
A
4
A
5
A
6
A
7
A
8
A
9
A
10
A
11
A
12
A
13
A
14
A
15
A
16
A
17
A
18
A
19
A
20
A
21
A
22
A
23
A
24
A
25
A
26
A
27
A
29
A
30
A
31
A
32
A
33
A
34
A
35
A
36
A
37
A
38
B
39
A
40
A
41
A
42
A
43
A
44
A
45
A
46
A
47
A
48
A
49
A
50
B
51
A
52
A
53
A
54
A
55
B
56
A
57
A
58
A
59
A
60
A
61
A
62
A
63
A
64
A
65
A
66
A
67
A
68
B
69
A
70
A
71
A
72
A
73
A
74
A
75
A
76
A
77
A
78
A
79
A
80
A
81
A
82
A
83
A
84
A
85
A
86
A
87
A
88
A
89
A
90
A
91
A
92
A
93
A
94
A
95
A
96
A
97
A
98
A
99
B
100
A
101
A
102
A
103
A
104
A
105
A
106
A
107
A
108
A
109
A
110
A
111
B
112
A
113
A
114
A
115
B
116
A
117
A
118
A
119
A
120
A
121
B
122
A
123
C
124
A
125
A
126
A
127
A
128
A
129
B
130
B
131
A
132
B
133
A
134
A
135
A
136
B
137
B
138
A
139
A
140
B
141
A
142
A
143
A
144
A
145
A
146
A
147
A
148
B
149
A
150
A
151
A
152
A
153
A
154
A
155
A
156
A
157
A
158
A
159
A
160
A
161
A
162
A
163
A
164
A
165
A
166
A
167
A
168
A
169
A
170
A
171
A
172
A
173
A
174
A
175
A
177
A
178
B
179
A
180
A
181
A
182
A
183
A
184
A
185
A
186
B
187
B
188
A
189
A
190
A
191
A
192
A
194
A
195
A
196
A
197
A
198
A
199
B
200
B
201
B
202
A
203
A
204
A
205
C
206
A
207
B
208
B
209
A
210
A
211
A
212
A
213
A
214
A
215
B
216
B
217
B
218
A
219
A
220
A
221
A
222
A
223
A
224
A
225
A
226
A
227
A
228
B
229
A
230
A
231
A
232
A
233
A
234
A
235
A
236
A
237
B
238
A
239
A
240
A
241
A
242
A
243
A
244
A
245
B
246
A
247
A
248
A
249
A
250
A
251
A
252
A
253
A
254
A
255
B
256
B
257
B
258
B
259
A
260
A
261
A
262
A
263
A
264
A
265
A
266
A
267
B
268
A
269
A
270
A
271
A
272
A
273
A
274
B
275
A
276
B
277
A
278
A
279
A
280
A
281
A
282
A
283
A
284
B
285
B
286
A
287
A
288
B
289
B
290
B
291
A
292
A
293
B
294
B
295
B
296
B
297
B
299
C
300
A
301
A
302
A
303
B
304
A
305
A
306
A
307
A
308
B
309
A
310
A
311
A
312
A
313
A
314
A
315
A
316
A
317
A
318
B
319
A
320
B
321
B
322
A
323
A
324
A
325
A
326
A
327
A
328
A
329
A
330
B
331
B
332
B
333
A
334
A
335
A
336
A
337
B
338
A
339
B
340
B
341
B
342
B
343
A
344
B
345
A
346
A
347
B
348
A
349
A
350
B
351
A
352
A
353
A
354
A
355
A
356
B
357
B
358
A
359
A
360
B
361
A
362
A
363
B
364
A
365
B
366
B
367
B
368
B
369
B
370
B
371
A
372
A
373
A
374
B
375
B
376
B
377
A
378
A
379
A
380
A
381
A
382
A
383
A
384
A
385
A
386
A
387
A
388
A
389
A
390
A
391
B
392
A
393
A
394
B
395
B
396
A
397
B
398
A
399
A
400
A
401
A
402
A
403
A
404
B
405
A
406
A
407
B
408
A
409
A
410
A
412
B
413
B
414
B
415
A
416
A
417
A
418
A
420
A
421
A
422
A
423
A
424
A
425
A
426
B
427
A
428
A
429
A
430
A
431
A
432
A
433
A
434
B
436
A
437
A
438
A
439
A
440
B
441
B
442
A
443
B
444
A
445
A
446
A
447
A
448
A
449
B
450
A
451
A
452
A
453
A
454
A
455
A
456
A
457
A
458
A
459
A
460
A
461
A
462
A
463
A
464
A
465
B
466
A
467
A
468
A
469
A
470
B
471
A
472
A
473
A
474
A
475
A
476
A
477
A
478
A
479
A
Пример 10. Анализы связывания ALK
[00190] Анализы связывания выполняли с использованием технологии LANTHASCREEN (ThermoFisher Scientific). LANTHASCREEN представляет собой анализ конкурентного связывания с замещением, при котором предполагаемую занятость сайта связывания в устойчивом состоянии измеряют с использованием считывания переноса энергии флуоресценции с разрешением по времени (TR-FRET) между флуоресцентным индикатором и меченным европием (Eu) антителом, специфическим в отношении киназы, или меткой экспрессии (например, GST), представляющими интерес. Замещение индикатора соединением в соответствии с настоящим раскрытием уменьшает TR-FRET и является прямо пропорциональным TR-FRET между индикатором и антителом. Индикатор использовали при концентрации, равной или близкой к его Kd для киназы. Меченное Eu антитело обычно использовали в избытке для обеспечения отбора образцов всего компетентного белка, способного связывать индикатор.
[00191] Для данных анализов использовали мутантную ALK2, меченную на N-конце с помощью GST (ALK2 R206H Carna Bioscience (09-148) или ALK2 R206H ThermoFisher (PV6232)), меченное Eu антитело против GST (ThermoFisher) и Kinase Tracer 178 (ThermoFisher).
ex
em
em
[00192] Во всех случаях киназу (2-5 нM) смешивали со смесью меченного Eu антитела (4-10 нM) и индикатор (50 нM) инкубировали с титрованиями тестируемого соединения, приготовленными в 100% DMSO (конечный 1% DMSO) в течение 30 минут при комнатной температуре. Все реагенты и соединения растворяли в Kinase Buffer A (ThermoFisher) для достижения конечной концентрации. Планшеты считывали на многоканальном устройстве для считывания планшетов EnVision PerkinElmer или на устройстве для считывания планшетов BioTek Synergy Neo, и сигнал в анализе представляли в виде отношения эмиссии TR-FRET (λ 330 нм, λ 662 нм и λ 665 нм). Это считывание нормализовали к 0% и 100% ингибированных контрольных лунок, наносили на график в зависимости от концентрации ингибитора и подгоняли к 4-параметрической кривой логарифм дозы-ответ.
50
50
50
[00193] Результаты данного анализа показаны в таблице 3 в колонке, обозначенной «Анализ связывания», при этом «А» представляет собой IC, которая меньше или равна 10 нМ; «B» представляет собой IC, которая больше 10 нМ и меньше или равна 50 нМ; и «C» представляет собой IC, которая больше 50 нМ. Пустые значения в таблице указывают на то, что конкретное соединение не тестировали в данном анализе.
Пример 11. Клеточный анализ активности ALK2-R206H в клетке
A.
Линия клеток HEK293-ALK2-R206H
[00194] Стабильную линию клеток на основе HEK293 (ATCC, № по каталогу CRL1573), экспрессирующую кДНК ALK2 R206H человека (синтезировали с помощью GeneScript, Piscataway, NJ) и метку FLAG на С-конце, создавали трансдукцией лентивирусом и последующим отбором с помощью бластидина (Life) Technologies, № по каталогу A1113902) при 10 мкг/мл в течение > 2 недель. Эта линия клеток была названа HEK293-ALK2-R206H.
B.
Измерение фосфорилирования Smad1-Ser463/Ser465 с помощью AlphaLISA
4
2
[00195] Клетки HEK293-ALK2-R206H выращивали, собирали, а затем повторно суспендировали бессывороточной не содержащей феноловый красный среде DMEM с высоким содержанием глюкозы (Life Technologies, № по каталогу 31053). Среда также содержала 50 единиц/мл пенициллина и 50 мкг/мл стрептомицина (Life Technologies, № по каталогу 15070-063). Затем клетки HEK293-ALK2-R206H высевали в белые непрозрачные 384-луночные микропланшеты (2 × 10/лунка) (OptiPlate-384, PerkinElmer, Waltham, MA, № по каталогу 6007299) на протяжении ночи (> 16 часов) при 37°C, 5% CO для применения в анализе.
[00196] Тестируемые соединения сначала разбавляли до 4 мM или 0,4 мM, а затем серийно разбавляли в 3 раза до 10 разных концентраций с использованием DMSO. Каждую концентрацию соединения дополнительно разбавляли в 40 раз не содержащей феноловый красный DMEM (Life Technologies, № по каталогу 31053). Затем 2 мкл разбавленных соединений распределяли в содержащие клетки HEK293-ALK2-R206H лунки микропланшетов в двух повторностях. Таким путем каждое соединение тестировали в 10 дозах (3-кратное серийное разведение с максимальной концентрацией, составляющей 10 мкM или 1 мкM). Обработку жидкостей выполняли с использованием Bravo Automated Liquid Handling Platform (Agilent Technologies). DMSO без соединения использовали в качестве отрицательного контроля. Положительным контролем служил 1 мкM LDN193189, известный морфогенетический белок кости (ингибитор BMP).
50
[00197] После 2-3 часов инкубации с тестируемым соединением или контролем клетки лизировали и сигнал проявляли с использованием набора для клеточного анализа киназы ALPHASCREEN SUREFIRE SMAD1 (p-Ser463/465) (PerkinElmer, № по каталогу TGRSM1S10K) согласно протоколу, рекомендованному изготовителем. Микропланшеты считывали с использованием устройства для считывания планшетов ENVISION Perkin Elmer (эмиссия 520-620 нM). Сигнал отражал содержание фосфо-Ser/463/465-Smad1 в лизате. Необработанные данные наносили на график с использованием отрицательного в виде DMSO и положительного в виде LDN193189 контролей как 0% и 100% ингибирование, соответственно. Использовали 10-точечную кривую доза-ответ для вычисления значений IC.
50
50
50
[00198] Результаты данного анализа показаны в таблице 3 в колонке, обозначенной «Клеточный анализ», при этом «А» представляет собой IC, которая меньше или равна 100 нM; «B» представляет собой IC, которая больше 100 нМ и меньше или равна 500 нМ; «C» представляет собой IC, которая больше 500 нМ. Пустые значения в таблице указывают на то, что конкретное соединение не тестировали в данном анализе.
[00199] В таблице 3 используют следующие обозначения.
[00200] Для данных в колонке «Анализ связывания»: ≤ 10 нM = A; ≥ 10-50 нM = B; > 50 нM = C; и пустые значения в таблице указывают на то, что конкретное соединение не тестировали в данном анализе.
[00201] Для данных в колонке «Линия клеток»: ≤ 100 нM = A; ≥ 100-500 нM = B; > 500 нM = C; и пустые значения в таблице указывают на то, что конкретное соединение не тестировали в данном анализе.
Таблица 3. Ингибиторная активность в отношении ALK2 иллюстративных соединений в соответствии с настоящим раскрытием
№
Анализ связывания
Линия клеток
1
B
C
2
A
C
3
B
4
B
5
B
6
A
B
7
A
A
8
A
B
9
A
10
B
11
A
B
12
A
B
13
A
B
14
C
15
B
16
B
17
B
18
B
19
A
B
20
A
21
A
B
22
B
23
A
B
24
A
B
25
A
26
A
B
27
A
29
A
A
30
A
A
31
B
32
B
B
33
B
B
34
A
B
35
A
B
36
A
37
A
A
38
A
A
39
A
B
40
A
B
41
A
B
42
B
43
C
44
B
45
A
A
46
A
A
47
A
48
A
B
49
A
B
50
A
A
51
A
B
52
B
B
53
A
A
54
A
B
55
A
B
56
A
B
57
A
58
C
59
A
B
60
A
B
61
A
62
B
63
B
64
A
B
65
A
A
66
A
B
67
A
B
68
A
A
69
A
A
70
A
A
71
A
B
72
B
73
A
74
B
75
A
A
76
A
A
77
A
A
78
A
79
A
80
A
81
B
82
A
C
83
B
84
B
85
A
86
A
A
87
B
88
A
89
A
A
90
A
A
91
A
B
92
A
93
A
A
94
A
95
A
96
A
A
97
A
B
98
A
B
99
A
100
A
B
101
B
102
A
B
103
A
B
104
A
B
105
A
B
106
B
107
B
108
B
109
A
A
110
B
111
A
B
112
A
A
113
A
A
114
A
A
115
A
A
116
A
A
117
A
A
118
A
B
119
C
120
A
B
121
A
A
122
A
B
123
A
B
124
A
A
125
A
A
126
A
A
127
B
B
128
A
B
129
A
A
130
A
A
131
B
C
132
A
A
133
A
B
134
A
B
135
A
B
136
A
A
137
A
A
138
A
139
A
A
140
A
A
141
A
142
A
143
A
144
A
C
145
A
A
146
A
A
147
A
A
148
A
B
149
A
B
150
A
B
151
A
B
152
A
B
153
A
B
154
A
155
A
C
156
A
157
C
158
A
159
A
A
160
A
A
161
A
A
162
A
A
163
A
164
A
165
B
166
B
167
A
A
168
A
169
A
A
170
A
A
171
A
B
172
A
B
173
A
B
174
A
B
175
A
B
177
A
A
178
A
B
179
A
B
180
A
B
181
A
182
B
183
A
A
184
A
185
A
B
186
A
B
187
A
A
188
A
A
189
A
A
190
A
A
191
A
B
192
A
B
194
A
A
195
A
A
196
B
197
A
A
198
A
B
199
A
A
200
A
A
201
A
A
202
A
A
203
A
A
204
A
B
205
A
A
206
B
207
A
A
208
A
A
209
A
B
210
A
B
211
C
212
A
A
213
A
B
214
A
B
215
A
B
216
A
217
A
218
A
A
219
A
A
220
B
C
221
A
B
222
A
223
B
224
A
C
225
A
B
226
B
227
A
B
228
A
A
229
A
230
A
231
A
A
232
A
A
233
A
B
234
A
B
235
A
236
A
237
A
238
A
239
C
240
B
241
A
A
242
A
A
243
A
A
244
A
A
245
A
A
246
A
247
A
248
A
A
249
A
A
250
A
A
251
A
B
252
A
A
253
B
254
A
B
255
A
A
256
A
A
257
A
A
258
A
A
259
A
B
260
A
A
261
A
262
A
A
263
A
A
264
A
A
265
A
A
266
A
A
267
A
A
268
A
A
269
A
A
270
A
A
271
A
A
272
A
A
273
A
B
274
A
A
275
A
A
276
A
A
277
A
A
278
A
A
279
A
A
280
A
A
281
A
B
282
A
A
283
A
B
284
A
A
285
A
A
286
A
B
287
A
B
288
A
A
289
A
A
290
A
A
291
A
A
292
A
B
293
A
294
A
A
295
A
A
296
A
A
297
A
A
299
A
A
300
A
B
301
A
B
302
A
A
303
A
A
304
A
A
305
A
B
306
A
307
A
B
308
A
A
309
C
310
A
A
311
A
A
312
A
A
313
A
B
314
A
315
A
A
316
A
A
317
A
B
318
A
319
B
320
A
B
321
A
A
322
A
A
323
A
A
324
A
B
325
A
A
326
A
A
327
A
328
A
A
329
A
A
330
A
A
331
A
A
332
A
B
333
A
B
334
A
B
335
A
A
336
A
B
337
A
A
338
B
339
B
340
A
A
341
A
A
342
A
A
343
A
A
344
A
A
345
A
A
346
A
347
A
A
348
A
C
349
A
A
350
A
A
351
A
B
352
A
B
353
B
354
A
A
355
A
A
356
A
A
357
A
A
358
A
B
359
A
A
360
A
361
B
362
A
A
363
A
A
364
B
365
A
A
366
A
A
367
A
A
368
A
A
369
A
A
370
A
A
371
A
A
372
A
A
373
B
374
A
A
375
A
A
376
A
A
377
A
A
378
A
B
379
A
380
A
A
381
A
A
382
A
A
383
A
A
384
B
385
A
A
386
A
A
387
A
A
388
A
B
389
A
A
390
A
A
391
A
392
A
A
393
C
394
A
A
395
A
A
396
A
A
397
A
A
398
A
A
399
A
B
400
A
401
A
A
402
A
403
A
A
404
B
405
A
406
B
407
A
A
408
A
B
409
A
410
B
412
A
A
413
A
A
414
A
A
415
A
B
416
A
A
417
A
A
418
A
A
420
A
B
421
A
A
422
A
A
423
A
A
424
A
A
425
A
A
426
A
B
427
A
A
428
A
A
429
A
A
430
A
431
A
A
432
A
A
433
A
A
434
A
A
436
A
A
437
A
A
438
A
A
439
A
A
440
A
A
441
A
A
442
A
A
443
A
444
A
A
445
A
A
446
A
A
447
A
A
448
A
449
A
A
450
A
B
451
A
A
452
A
A
453
A
A
454
B
455
A
A
456
A
A
457
A
458
A
A
459
A
A
460
A
A
461
A
B
462
A
A
463
A
464
A
B
465
A
466
A
A
467
A
A
468
A
A
469
A
A
470
A
A
471
A
472
A
A
473
A
A
474
A
A
475
A
A
476
A
A
477
A
A
478
A
A
479
A
A
Включение путем ссылки
[00202] Все публикации и патенты, упомянутые в настоящем изобретении, тем самым включены при помощи ссылки в своей полноте как если бы каждая отдельная публикация или патент была конкретно и отдельно отмечена как включенная путем ссылки.
Эквиваленты
[00203] В формуле изобретения формы единственного числа могут означать один или более одного, если не отмечено противоположное или иным образом не очевидно из контекста. Пункты формулы изобретения или описания, которые включают в себя «или» между одним или несколькими членами группы, рассматриваются удовлетворительными, если один, более чем один или все члены группы присутствуют в, используются в или иным образом имеют отношение к представленному продукту или процессу, если не отмечено противоположное или иным образом не очевидно из контекста. Настоящее раскрытие включает в себя варианты осуществления, в которых точно один член группы присутствует в, используется в или иным образом имеет отношение к представленному продукту или процессу. Настоящее раскрытие включает в себя варианты осуществления, в которых более чем один или все члены группы присутствуют в, используются в или иным образом имеют отношение к представленному продукту или процессу.
[00204] Более того, настоящее раскрытие охватывает все вариации, комбинации и перестановки, в которых одно или более ограничений, элементов, поправок и описательных терминов одного или нескольких изложенных пунктов формулы изобретения введены в другой пункт формулы изобретения. Например, любой пункт формулы изобретения, который является зависимым от другого пункта формулы изобретения, может быть модифицирован, чтобы включать в себя одно или более ограничений, представленных в любом другом пункте формулы изобретения, который является зависимым от того же основного пункта формулы изобретения. Если элементы представлены как перечни, например, в формате группы Маркуша, каждая подгруппа элементов также является раскрытой, и любой(ые) элемент(ы) может(гут) быть удален(ы) из группы. Следует понимать, что, как правило, если раскрытие или аспекты настоящего раскрытия упомянуто/упомянуты как содержащие конкретные элементы и/или признаки, определенные варианты осуществления настоящего раскрытия или аспекты настоящего раскрытия состоят, или в основном состоят, из таких элементов и/или признаков. В целях упрощения, такие варианты осуществления не были конкретно дословно изложены в настоящем описании. Если представлены диапазоны, конечные точки включены. Более того, если не отмечено иное или иным образом не очевидно из контекста и является понятным специалисту настоящей области техники, значения, которые выражены как диапазоны, могут принимать любое конкретное значение или поддиапазон в указанных диапазонах в различных вариантах осуществления настоящего раскрытия, с точностью до десятых единицы нижнего предела диапазона, если в контексте четко не указано иное.
[00205] Специалистам настоящей области техники будет понятно или они смогут установить с применением не более чем рутинных экспериментов, что многие эквиваленты конкретных вариантов осуществления раскрытия описаны и заявлены в настоящем изобретении. Предусмотрено, что такие эквиваленты охватываются следующей формулой изобретения.