сложилась следующая ситуация - мы находимся в здании без заключения договора аренды.

сложилась следующая ситуация - мы находимся в здании без заключения договора аренды. до 2000 года действовал договор аренды, который ежегодно автоматически продлевался, арендная плата нами выплачивалась. в 2000 году нами был заключен договор аренды с правом выкупа, в котором не была определена арендная плата, но было указано, что она входит в стоимость выкупной цены и определяется в протоколе определения цены. такого протокола не было. в последствии вторая сторона отказывается от исполнения договора, хотя вся выкупная цена была выплачена, возвращает часть суммы (цены растут - посчитали, что мало запросили) и признает договор незаключенным. впоследствии никаких договоров между сторонами не заключалось.

согласно ст. 624 гк рф в законе или договоре аренды может быть предусмотрено, что арендованное имущество переходит в собственность арендатора по истечении срока аренды или до его истечения при условии внесения арендатором всей обусловленной договором выкупной цены.
таким образом, условие о выкупной цене является существенным условием договора аренды с правом выкупа.
в целом, поскольку арендовалось недвижимое имущество (здание), договор аренды должен предусматривать размер арендной платы. при отсутствии согласованного сторонами в письменной форме условия о размере арендной платы договор аренды здания или сооружения считается незаключенным (ст. 654 гк).
по условиям вопроса, протокол согласования (определения) цены так и не был составлен. в силу этого непонятно, каким образом и на основании каких документов определялась выкупная цена.
поскольку договор аренды с правом выкупа в данном случае считается незаключенным, вам желательно рассмотреть ранее действовавший договор аренды здания с точки зрения продления срока его действия по правилам п. 2 ст. 621 гк. 
в противном случае у вашей организации нет законных прав на пользование зданием.
поскольку договор аренды с правом выкупа считается незаключенным, отношения между сторонами по поводу возврата денежных средств должны регулироваться в соответствии с положениями главы 60 части второй гк (обязательства вследствие неосновательного обогащения).