как сказать .. ?
как сказать .. 

1. i study complicated\complex\ philosophy\psychology ? (i mean when the subject is really difficult to understand, so if you have an equivalent sentence i will be glad to hear)

2. when in fact i intend to say.. (=i mean to say)
for example: i usually say that this is a simple test when in fact(actually) i intend to say that this is an hard\difficult teat

 

не очень поняла смысл первого предложения, но сделаю предположение 
1. я изучаю углубленную философию/ психологию
2. когда на самом деле я имею в виду

1. я изучаю расширенный курс/продвинутый курс философии и психологии
2. когда на самом деле, я хотел/я намеревался/я планировал сказать

1. usually we don't say such, we use some about: i have complex course of philosophy (psychology) - у меня углубленный курс философии (психологии) or there is complex philosophy (psychology) course on the my faculty (in my curriculum, in my class, etc) - на моём факультете углубленный курс философии (психологии)
2. когда я действительно хочу сказать.

1. продвинутая философия (advanced). сложный раздел философии (a complex branch). запутанная, мудрёная философия (complicated).

if it is about a course, i'd say "у меня продвинутый курс философии", or "у меня углубленный курс философии", or "у меня расширенный (extended) курс философии".
it is is about a difficult branch/topic that you're learning today, i'd say "я учу сложную тему по философии", or "я сейчас прохожу сложный раздел философии".

2. "... в то время как на самом деле я имею в виду..."
"... но на самом деле я хочу сказать, что ..."
"я обычно говорю что это простой тест, но подразумеваю что на самом деле он сложный".

"хотеть сказать" is a useful and pretty common phrase, it means "to mean something":
"я хочу сказать, это хороший вопрос!" = "i mean, this is a good question!"
"что ты хочешь сказать?" = "what do you mean?" == also equal to: "что ты имеешь в виду?".