Нужно ли оплачивать торговый сбор в данном случае?

И оба магазина меньше 50м2. Торговый сбор надо уплачивать один раз с общей площади или 2 раза за каждый магазин по-отдельности?

Здравствуйте, Роман!  
 

Это зависит от того, оформлены ли эти объекты на одного лицо и как они обособленны друг от друга.   
 

> Статья 415. Ставки сбора  
>  3. Ставка сбора, установленного по торговле через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала более 50 квадратных метров по каждому объекту организации торговли, а также по торговле, осуществляемой путем отпуска товаров со склада, устанавливается в расчете на 1 квадратный метр площади торгового зала и не может превышать расчетную сумму налога, подлежащую уплате в связи с применением патентной системы налогообложения в данном муниципальном образовании (городе федерального значения Москве, Санкт-Петербурге или Севастополе) на основании патента по розничной торговле, осуществляемой через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала не более 50 квадратных метров по каждому объекту организации торговли, выданного на три месяца, деленную на 50.  
>  
> 
>