какими латинскими буквами лучше всего нашу букву "я" написать, тчоб понятно было? "ja", или еще как-то?

 

ya или ja. 

опять же смотря кому понятно. "ya" скорее всего поймут большинство. видимо поэтому такое соответствие и установлено.

ja - именно так записывается местоимение "я" во многих славянских языках, пользующихся латиницей... и даже в кириллице так пишется у некоторых. у них в кириллице нет буквы я, и этот звук всгда записывается с помощью двух - ja (в сербском, македонском.... ) 
также во многих языках j - это именно й (а не ж, х, дж и т. п)

ia

если по правилам то "ya"

если фамилия оканчиваетися на ая - женская - пишут - ауа в паспорте зарубежном.

значит - уа

ya - принято при транслитерации

для немцев ja для англичан ya