На холостых оборотах идет звук с коробки
========================================

Почему с коробки? Потому что когда нажимаешь сцепление звук пропадает. Звук похож на то как будто внутри коробки что то свободно гуляет

Вполне возможно. Даже у новых автомобилей ВАЗ часто бывают проблемы с муфтой (выжимным подшипником) сцепления и подшипниками первичного вала коробки передач (КПП). Более точно это выяснится при снятии КПП с автомобиля. Эти детали стоят недорого, но их замена весьма трудоемка.