могут ли возникнуть проблемы при регистрации брака, если я и мой будущий супруг 

могут ли возникнуть проблемы при регистрации брака, если я и мой будущий супруг прописаны в разных местах и пока нет возможности прописаться в одной квартире (снимаем квартиру)?

подобных запретов или ограничений на заключение брака не имеется.