Есть ли принципиальное отличие в том, как задать hostname сервера?

 

В целом, нет. Вы можете как отредактировать файл hostname, так и воспользоваться утилитой hostnamectl. Единственное, напомню, что нужно не забыть проверить файл hosts и изменить имя сервера в том числе и там.

Зачем отключать ipv6 в на сервере debian?

 

Отключать ipv6 или нет, решать вам. Я придерживаюсь следующего принципа в настройке серверов - отключать или удалять все то, что не используется. Это уменьшает вероятность получить баг или уязвимость в компоненте. 

Почему команда ifconfig во многих дистрибутивах объявлена deprecated и отсутствует в системе?

 

В этом статусе она находится последние лет 10 и тем не менее продолжает использоваться. Насколько я понимаю, заменившая ifconfig команда ip является более функциональная и заменяет сразу несколько старых сетевых утилит, таких как ifconfig, netstat, route и т.д. Отказ от ifconfig в пользу ip - попытка внедрить универсальную и самодостаточную утилиту для работы с сетью. 

Как настроить proxy в debian?

 

На этот вопрос нет однозначного ответа, так как proxy настраивается на уровне отдельных приложений, а не системы. Какому приложению нужен доступ в интернет через прокси, тому и настраивается. А как это делать, зависит от самого приложения и его возможностей. Есть те, кто работу через прокси не поддерживают вообще.