вопрос о факультете программиста

в чем разница между программирование в компьютерных системах и программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем? на какой лучше? 

зависит не от названия, а учебного заведения и программы. поинтересуйтесь, какие кафедры есть, какие задачи решаются, какие предметы дают. 
лучше там, где интереснее вам лично, а не какое название лучше.

особой разницы нет - второй факультет наверно более разносторонний