В дальнейшем фотки будут доступны только владельцу?

 

Можно считать, что да, так как только владелец устройства знает пароль. Как правило, устанавливает его как раз сам владелец Айфона. Все действия выполняются также им, поэтому все в его распоряжении. 

Можно поставить код прям на фото?

 

Нет. Такой функции компания не решила ввести еще. Однако, можно надеяться, что с новой версией iOS данная функция проявится. Существуют другие обходные варианты, которые также можно сделать. 

Какой способ лучший: стандартный или же через заметки?

 

Если пользователь хочет получить полную защиту данных, то ему однозначно подойдет способ с заметками. Если человек знает систему, то он автоматически сообразит с галереей.