Ответы Mail.ru: В чем разница между графическими оболочками Линукс (кроме интерфейса)?

Не "оболочка", а среда окружения рабочего стола (DE). Термин "оболочка" имеет для Линукса вполне определённое и совсем другое значение

Интерфейс как раз самое незначительное, различные DE могут иметь графический интерфейс настраиваемый или иметь прибитый гвоздями, как в Виндовс

На чём они написаны - простой логичный Qt или мутный громоздкий GTK+
Настраиваемость. KDE, например, можно изобразить хоть MacOS, хоть то, чего не может быть, хотя по дефолту выглядит как Windows. Cinnamon или MATE настроить никак, XFCE можно, но не так широко, как KDE. Gnome имеет варианты преднастроек, поскольку в чистом виде неюзабельное убожество: "deepin" изображает Windows, "ubuntu" изображает покойную Unity, "budgie" изображает MacOS, "flashback" изображает XFCE
Нативные приложения. В KDE их вагон, в Gnome поменьше, в XFCE ещё поменьше, про остальные и говорить не о чем. Понятно, что если не хватает функционала в "родных" приложениях, ничто не мешает поставить приложение из другой DE. Но тут начинаются приколы нашего городка. Если в KDE поставить приложения из Gnome или XFCE не проблема, там предусмотрена поддержка GTK+, то наоборот будет геморрой, они потянут за собой гору зависимостей. При современных объёмах дисков это уже не так важно, но, тем не менее