Может ли в данном случае быть заявителем - физическое лицо?

В форме Р14001 есть раздел - Сведения о заявителе
 Может быть заявителем: "04 - физическое лицо - участник общества с ограниченной ответственностью"?

Лучше поставить 01 - руководитель постоянно действующего органа.Он же будет подавать и не забудьте, что эту форму необходимо заверить у нотариуса.