Могут ли другие программы для Андроида синхронизироваться с MSI Afterburner на ПК?

 

Нет, управление видеокартой на Windows через Afterburner возможно только с помощью одноимённой утилиты на Android.

MSI Afterburner на ПК увидит, что за ней «наблюдают» со смартфона?

 

Приложению нет разницы, управляют им с компьютера мышью и клавиатурой или со смартфона.