После отключения аккумулятора будут ли ошибки BMW E60/E61
=========================================================

а можно ли просто снять зарядить аккумулятор и поставить обратно? Ошибки не повылазят?

Здравствуйте, Уважаемый!  
Судя по отзывам, ошибки могут появиться (например по полному приводу), но через некоторый пробег они сами пропадают, так же может потребоваться покрутить руль в стороны от упора до упора.