Как быть с обязательствами в ООО в данном случае?

Имеются ли в ООО какие-то обязательства (обязанности) в случае если одним из участников ООО является иностранное юр.лицо с долей участия 99% Уставного капитала?

Если юридическое лицо (ООО) зарегистрировано в установленном законом порядке, то оно имеет права, принимает на себя обязанности и несёт ответственность в т.ч. по своим обязательствам вне зависимости от учредителей. В соответствии с Гражданским кодексом РФ:  
 

> Статья 49. Правоспособность юридического лица  
>     
>  1. Юридическое лицо может иметь гражданские права, соответствующие целям деятельности, предусмотренным в его учредительном документе (статья 52), и нести связанные с этой деятельностью обязанности.  
>  (в ред. Федерального закона от 05.05.2014 N 99-ФЗ)  
>  
> 
>  Коммерческие организации, за исключением унитарных предприятий и иных видов организаций, предусмотренных законом, могут иметь гражданские права и нести гражданские обязанности, необходимые для осуществления любых видов деятельности, не запрещенных законом.  
>  В случаях, предусмотренных законом, юридическое лицо может заниматься отдельными видами деятельности только на основании специального разрешения (лицензии), членства в саморегулируемой организации или выданного саморегулируемой организацией свидетельства о допуске к определенному виду работ.  
>  (в ред. Федерального закона от 05.05.2014 N 99-ФЗ)  
>  
> 
>  2. Юридическое лицо может быть ограничено в правах лишь в случаях и в порядке, предусмотренных законом. Решение об ограничении прав может быть оспорено юридическим лицом в суде.  
>  (в ред. Федерального закона от 18.12.2006 N 231-ФЗ)  
>  
> 
>  3. Правоспособность юридического лица возникает с момента внесения в единый государственный реестр юридических лиц сведений о его создании и прекращается в момент внесения в указанный реестр сведений о его прекращении.  
>  Право юридического лица осуществлять деятельность, для занятия которой необходимо получение специального разрешения (лицензии), членство в саморегулируемой организации или получение свидетельства саморегулируемой организации о допуске к определенному виду работ, возникает с момента получения такого разрешения (лицензии) или в указанный в нем срок либо с момента вступления юридического лица в саморегулируемую организацию или выдачи саморегулируемой организацией свидетельства о допуске к определенному виду работ и прекращается при прекращении действия разрешения (лицензии), членства в саморегулируемой организации или выданного саморегулируемой организацией свидетельства о допуске к определенному виду работ.  
>  (п. 3 в ред. Федерального закона от 05.05.2014 N 99-ФЗ)  
>  
> 
>  4. Гражданско-правовое положение юридических лиц и порядок их участия в гражданском обороте (статья 2) регулируются настоящим Кодексом. Особенности гражданско-правового положения юридических лиц отдельных организационно-правовых форм, видов и типов, а также юридических лиц, созданных для осуществления деятельности в определенных сферах, определяются настоящим Кодексом, другими законами и иными правовыми актами.  
>  (п. 4 введен Федеральным законом от 05.05.2014 N 99-ФЗ, в ред. Федерального закона от 06.04.2015 N 80-ФЗ)  
>  
> 
>  5. К юридическим лицам, создаваемым Российской Федерацией на основании специальных федеральных законов, положения настоящего Кодекса о юридических лицах применяются постольку, поскольку иное не предусмотрено специальным федеральным законом о соответствующем юридическом лице.  
>  (п. 5 введен Федеральным законом от 03.07.2016 N 236-ФЗ)  
>  
> 
>