моей дочери по ошибке за полугодие поставили оценку 4 (хотя средняя оценка 4,5).

 

это не юридический вопрос.

ребенок спросил у учителя как ему исправить оценку, но учитель отказал, в праве ли учитель отказать ученику в исправлении оценки.

 

вправе отказать.
это же не итоговая экзаменационная оценка, как понимаю..

ребенку в журнал поставил карандашом оценку замещающий учитель.

 

очевидно - нарушения ведения школьного журнала. 
 недопустимы ни исправления оценок, ни проставления карандашом оценок. 
 жалуйтесь в департамент образования.

мне 10 классе поставили оценку неудовлетворительно, эта оценка была исправлена учителю,

 

да, можете доказать.

как наказать учителя если учитель завышает оценки.

 

написать коллективное письмо от родителей (родительского комитета) в отдел образования в орган вашего муниципального учреждения.