Можно ли подать в суд, если с момента преступления прошло два года?

Работаю мастером в нефтяной промышленности с 2015 года. По началу были ошибки в работе говоря на слэнге "косяки" и в 2015 году за один такой косяк пришлось перечислить на карточку начальнику сумму 10000 рублей чтобы он меня не уволил.

Подскажите могу ли я сейчас подать на него в суд хотя прошло уже 2 года? Спасибо...

Если сможете доказать поборы(но это маловероятно и сложно). В принципе, вы можете обыграть ситуацию как ошибочные перечисленные денежные средства и обратится по поводу неосновательного обогащения — срок давности три года:

Гражданский кодекс Российской Федерации

Статья 1102. Обязанность возвратить неосновательное обогащение  
1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.  
2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того, явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли.