Есть ли на atmega 328p дифференциальный вход ?

Если есть , то он также запускается как на attiny?

В этом МК нет операционного усилителя, соответственно и нет дифференциальных входов. В этом МК аналоговый сигнал после мультиплексора сразу поступает на устройство выборки-хранения в составе АЦП.