Нужно ли учитывать отступы элементов от контейнера 960px?
===========================================================

 Если весь макет страницы расположен в контейнере(например 960px) и у многих элементов есть отступы от краев макета, то нужно ли их учитывать в декстопной версии или можно упустить. 

 В целом нужно.  

Но если отступы везде разные - я бы на вашем месте уточнил у заказчика, возможно это просто косяк криворукого дизайнера.