Ярославль, Нижний Новгород, Кострома…. Что выбрать на выходные, планирую поехать в октябре

Ярославль и Кострому можно осмотреть за один день сразу.

я бы посоветовала Кострому. Очень красивый и позитивный город, хотя все волжские города необыкновенно красивы. Один Ипатьевский монастырь - настоящая жемчужина. А еще там восхитительная набережная, сохранившиеся Торговые ряды, красавица-Пожарка, музеи, храмы... Мы были в апреле, за один день не обошли даже половину намеченного! В Кострому очень хочется вернуться!

Еще (если говорить о Ярославщине) посмотрите Ростов Великий + Борисоглебский, Углич + Мышкин. Их, пожалуй, можно объединить. Как раз на два выходных.
Удачи!