Как в данном случае поступить с долями компании?

Круто! 

  Можно ли сделать не «ООО» , а ИП, с учетом внесения нашей доли и инвестора. Что бы в случае чего мы были защищены.

Здравствуйте!  
 

ИП ведет свою деятельность самостоятельно, без участия других лиц. Поэтому в одном ИП невозможно участвовать вдвоем, в числе и в качестве инвестора. Можно создать два ИП и заключить договор простого товарищества.   
 

> Статья 1041. Договор простого товарищества  
>     
>  
> 
>  1. По договору простого товарищества (договору о совместной деятельности) двое или несколько лиц (товарищей) обязуются соединить свои вклады и совместно действовать без образования юридического лица для извлечения прибыли или достижения иной не противоречащей закону цели.  
>  2. Сторонами договора простого товарищества, заключаемого для осуществления предпринимательской деятельности, могут быть только индивидуальные предприниматели и (или) коммерческие организации.  
>  
> 
>