Каковы общие недостатки zabbix?

 

Система не сможет без помощи вычислить, за какими параметрами нужно следить, а соответственно и предупредить о проблеме.  
Справочных опций мало, но для стандартных ситуаций будет достаточно.

Действительно ли нужно настроить для него целый другой сервер?

 

Если он работает под управлением одной из поддерживаемых операционных систем для сервера - определенно.