в коллективном договоре организации предусматривалось, что работодатель 

в коллективном договоре организации предусматривалось, что работодатель имеет право сокращать продолжительность ежегодного основного отпуска работникам, появившимся на рабочем месте в состоянии алкогольного опьянения и вследствие этого отстраненным от работы. 
могут ли трудовые отношения регулироваться коллективным договором?

да.

статья 9 тк рф.[quote] регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений в договорном порядке 

в соответствии с трудовым законодательством регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений может осуществляться путем заключения, изменения, дополнения работниками и работодателями коллективных договоров, соглашений, трудовых договоров.

коллективные договоры, соглашения, трудовые договоры[b] не могут[/b] содержать условий, ограничивающих права или снижающих уровень гарантий работников по сравнению с установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права. если такие условия включены в коллективный договор, соглашение или трудовой договор, то они не подлежат применению.[/quote]

здравствуйте.
да, могут. такой договор не должен противоречить обязательным требованиям трудового законодательства.
нельзя уменьшить продолжительность отпуска. за появление на рабочем месте в состоянии алкогольного опьянения работодатель может привлечь работника к дисциплинарной ответственности - сокращение отпуска такой мерой не является.
можно обратится в связи с этим с жалобой в трудовую инспекцию.