при переговорах по покупке мною квартиры, выяснилось что в поэтажном плане 

при переговорах по покупке мною квартиры, выяснилось что в поэтажном плане покупаемой квартиры указано "что в квартире произведена неразрешенная перепланировка".
если я решу покупать эту квартиру, то могут ли возникнуть трудности при регистрации?

да, возникнут, так как при регистрации договора в мкр с вас потребуют поэтажный план и при наличии там неразрешённых перепланировок потребуют их зарегистрировать в бти.