Как создать префаб из нескольких префабов?
============================================

 Есть несколько назовем их "подпрефабами" из них должен состоять полноценный префаб.  

Приведу на примере - есть префабы разные ходовые части, есть разные корпуса, разные орудия. Из них получаются например танки, то есть чтобы не штамповать все вариации есть части.  

Вопрос как это лучше реализовать - чтобы инициализировать объект из нескольких? 

 Можно так и сделать, собрать префабы из префабов, последние версии Юнити это позволяют.  

  

Если что не подходит, как вариант могу предложить использовать Scriptable Object и в нём "собрать" все возможные конфигурации, например в массиве, чтобы не плодить именно объекты префабы-префабов.