в 2000 году заключил договор долевого строительства квартиры и заплатил 50% стоимости.

в 2000 году заключил договор долевого строительства квартиры и заплатил 50% стоимости. на основании этих документов подал документы в бухгалтерию предприятия по месту работы на предоставление налогового вычета. так как стоимость квартиры превышала размер полученной мною заработной платы, то я фактически освобождался от уплаты подоходного налога в течение 2000 года. сумма недоиспользованного вычета (налоговой льготы) в 2000 году по законодательству должна была перейти на 2001 год, вследствие чего я должен был продолжать пользоваться налоговой льготой до полного ее использования в пределах, установленной законом (5000 мрот) в течение 3 лет. однако бухгалтерия сообщила мне, что в связи с изменением налогового законодательства в этой части с 01.01.2001 года (теперь льгота предоставляется только после регистрации права собственности) я теряю право на предоставление льготы и таковая начиная с 01.01.2001 года больше мне предоставляться не будет, несмотря на то, что заявление мною было написано в 2000 году, т.е. до введения изменений.
 так как данная льгота предоставляется только раз в жизни и я не смог воспользоваться ею в полном объеме по причине изменения законодательства, возникает вопрос - будет ли мне предоставлено право продолжать пользоваться льготой после регистрации права собственности, или же бухгалтерия неправа и я должен продолжать пользоваться льготой, предоставленной мне по законодательству, действовавшему на момент возникновения права на льготу?

уважаемый владимир! 
изучая российское законодательство по поставленному вами вопросу пришел к интересному выводу:
ранее налоговая льгота, в пределах 5000 мрот сроком на 3 года, предоставлялась в соответствии с пп."в" п.6 ст.3 закона российской федерации от 07.12.91 n 1998-1 "о подоходном налоге с физических лиц". федеральным законом №-207-фз от 25.11.99 трехлетний срок был исключен, т.е. был убран временной барьер в течении которого вы могли использовать данную налоговую льготу.
с 01.01.01 вступила в силу глава 23 нк рф, которая предоставляет налоговый вычет в сумме не более 600 000 (шестисот тысяч) документально подтвержденных расходов на цели приобретения жилья, однако в силу федерального закона от 5 августа 2000 года n 118-фз закон рф от 07.12.91 n 1998-1 "о подоходном налоге с физических лиц" утратил силу с 1 января 2001 года, т.е. действие ранее предоставленной льготы прекрати-лось.
поскольку действие гл 23 нк рф распространяется на отношения возникшие после введения ее в действие, то формально получается, что льготой вы более не имеете права пользоваться.
однако, данный вывод противоречит ст.57 конституции рф и ч.2 ст.5 налогового кодекса рф в части придания обратной силы налоговому законодательству ухудшающему положение налогоплательщика, а соответственно являются недействительными. применительно к ч.7 ст.3 нк рф, декларирующей о том что все неустранимые сомнения и неясности налогового законодательства толкуются в пользу налогоплательщика, рекомендую вам обратиться в бухгалтерию с письменным заявлением и получи письменный отказ, по согласованию с руководителем предприятия (что бы не испортить с последним отношения) обжаловать действия бухгалтера в суде. вероятность того что суд признает отказ бухгалтера в предоставлении налогового вычета незаконным оценивается мной в 80-85%.