в учредительный документах наименование фирмы стоит большими буквами,

а при выписки документов первая большая, а остальные маленькие.насколько это неправильно и какие могут быть примененны штрафы?

пока не сталкивались, но лучше пишите, как в учредительных документах
а штраф около 5000 руб.

по идее надо писать как в учредительных. вы же и в банк подавали заявление и ваше название там тоже стоит большими буквами.