должна ли организация уплачивать налог с продаж, если ее услуги оплачиваются 

должна ли организация уплачивать налог с продаж, если ее услуги оплачиваются физическими лицами путем перечисления средств на расчетный счет этой организации?

учитывая формулировку ст. 349 нк рф, не должна. но налоговые органы в ближайшее время обязательно будут заставлять уплачивать налог с продаж по таким перечислениям. где-то через полгода, может раньше, выйдет соответствующее постановление вас рф или конституционного суда рф, которое подтвердит такую трактовку закона. а до этих пор либо исполняйте требования налоговой, либо сразу судитесь.