Как обновлять CMS с открытым исходным кодом с помощью GitHub?
===============================================================

 Имеется сайт, созданный на CMS с открытым исходным кодом, в который регулярно вношу изменения под свои задачи.  

Как правильно с помощью GitHub обновлять CMS при выходе новой версии, чтобы не терять свои изменения в коде? 

 Я так понимаю, что выше Вам советовали самому не ковырять ядро CMS, тогда и обновления проще выполнять.  
  

При правильном подходе это делается так: есть сама CMS, которая регулярно обновляется, а есть расширения, которые пишутся под конкретный сайт, и которые обновляет разработчик сайта. И эти две сферы, в общем-то, не должны пересекаться. Тогда обновление самой CMS никоим образом не затрагивают вашего кода. Хотя, конечно, иногда приходится и код расширений менять, если меняется API работы с ядром, или структура БД и т.д.  
  

Если же без вмешательства в ядро CMS никак не получается, то вариант только один - делать форк этой CMS, и при выходе новой ее версии руками аккуратно мержить изменения, а потом уже на сайт заливать 

 Хранить в репозитории, только изменяемые вами файлы, потом просто копировать новую версию CMS и смотреть изменилось ли что-то в изменяемых вами файлах.  
  

А по-хорошему, попробовать не менять ядро CMS, а работать через встроенное API