Правомерно ли удержание НДС у подотчетника?

Добрый день.

 Вернувшись из командировки, сдал документы в бухгалтерию, (все оплачивал личными деньгами), оплаченные суммы мне вернули удержав из них НДС, т.к. не представлены счет-фактуры.В чеке есть выделенная строка НДС, и некоторые акты (например, гостиница) у меня без счет-фактуры, т.к. не было доверенности от организации и счет-фактуру отель отказался выписывать. Правомерно ли организация удержала суммы НДС из моей оплаты. 

 Например: оплата гостиницы 10 000 руб., в т.ч. НДС 1 525 руб.

 Мне произвели возврат в сумме 8 475 руб. 

Нет, неправомерно. Это вопиющее нарушение.  
 

Бывают ситуации, когда работодатель имеет право осуществлять удержание заработной платы по своей инициативе. В частности, это может происходить  при погашении задолженности работника перед работодателем в следующих случаях (ч. 2 ст. 137, ч. 1 ст. 238, ч. 1 ст. 248 ТК РФ): 

 — для возмещения неотработанного аванса, выданного в счет заработной платы;  
 — для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;  
 — для возврата сумм, излишне выплаченных вследствие счетных ошибок, а также в случае признания вины работника в невыполнении норм труда или простое;  
 — для возмещения работодателю причиненного работником ущерба в рамках привлечения его к материальной ответственности в пределах среднего месячного заработка;  
 — за неотработанные дни отпуска — при увольнении работника до окончания года, в счет которого он получил ежегодный оплачиваемый отпуск (за исключением увольнения, в частности, в связи с ликвидацией организации или сокращением численности или штата работников).  
 

Но то, о чем пишите Вы — это мало того что не предусмотрено никакими нормативно-правовыми актами, но и просто выходит за рамки разумного. Тот факт, что организация не сможет принять вычет по НДС без счета-фактуры в данной ситуации это никак не вина работника. Пусть связываются с гостиницей и просят прислать документы по почте.