В чем отличия способов?

 

Несмотря на то, что результат одинаковый, система будет намного чище. Методы мало чем отличаются. Пользователь может выбрать тот, что ему удобнее.

Что будет, если удалится важный встроенный файл?

 

Будет то, что система может работать некорректно. Восстановить их будет очень сложно, в том числе сложно выполнить BackUp.

Существуют ли другие подобные программы, что описаны выше?

 

Да, их много, но самыми популярными среди запросов являются вышеперечисленные.