скажите, пожалуйста, что делать продавцу, если деньги за квартиру он не получил,

скажите, пожалуйста, что делать продавцу, если деньги за квартиру он не получил, так как их похитило агентство, которому покупатель сдал их на хранение перед нотариатом. покупатель этот факт признает.

в данном случае, если согласно договора расчеты между сторонами произведены, есть смысл подать заявление в органы мвд о факте мошенничества.
в данной ситуации необходимо выяснить, где хранило агентство деньги - в офисе или в банке?

как видно из контекста вопроса, договор купли-продажи квартиры уже заключен. для ответа на ваш вопрос необходимо выяснить:
1) зарегистрирован ли договор, 2) какая цена квартиры фигурирует в договоре, 3) какой порядок оплаты цены (до нотариата или после регистрации и) согласован в договоре. если в договоре указана реальная цена и порядок оплаты (что маловероятно), то вы имеете право потребовать расторжения неоплаченного договора. если, согласно договору, "оплата произведена в полном объеме до подписания договора"-предстоит признавать сделку притворной (занижение сторонами цены) и также пытаться расторгать по неоплате. перспективы - сомнительные. в санкт-петербурге имеется некоторая практика по искам о признании подобных сделок недействительными (как совершенных под влиянием обмана или заблуждения). насколько мне известно, во всех таких исках было отказано. кроме того, продавец вряд ли был связан отношениями с агентством по поводу поручения последнему получить денежные средства от покупателя. иск к агентству, вероятно, не уместен и практически бесполезен.

если продавец - вы, то вам необходимо обратиться в суд с иском к агентству об обязании совершить сделку. этот иск будет обусловлен тем, что договор хранения - это сделка, у которой есть ряд существенных условий, одним из которых является временной период хранения денежных сумм. вам необходимо внимательно изучить договор хранения и посмотреть, в какой момент агентство обязано деньги вернуть. 
могу вам посоветовать обратиться непосредственно к адвокату со всем пакетом документов. в таком случае вы сможете получить более развернутую консультацию.