Я разрабатываю пайплайн для анализа данных RNA-seq, и у меня есть несколько теорий для дальнейшего анализа, которые я планирую в дальнейшем проверить после выравнивания ридов с эталонным геномом с использованием Bowtie.  

Я хочу протестировать эту часть конвейера с уже выровненным набором ридов, независимо от первоначального эксперимента, я хочу просто воспроизвести некоторые данные для этой части пайплайна.  

Поскольку я новичок в RNA-seq, я хотел спросить вас, когда вы отправляетесь в GEO, чтобы загрузить некоторые данные RNA-seq, какие файлы следует загрузить?  

Я нашел файлы SRA в одной записи GEO. Должен ли я загрузить их все и затем преобразовать в формат sSAM? Какой тогда лучший инструмент для конвертации SRA в SAM.

Попробуйте посмотреть эти инструменты их должно быть достаточно для вашей работы:  

<https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25840>  

<http://www.internationalgenome.org/data>  

<ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/series/GSE25840/>