если предприятие заключило договор займа суть которого следующее:

если предприятие заключило договор займа суть которого следующее: предприятие получает целевой заем денежными средствами, а возврат осуществляет услугой через определенное время.
будет ли в этом случае считаться, что это не договор займа, а договор возмездного оказания услуг? при этом денежные средства будут считаться авансом с которого предприятие должно будет уплатить ндс?

если сформулировали именно так, то да, это договор возмездного оказания услуг со всеми вытекающими последствиями.