Ответы Mail.ru: Что будет, если откажут в медкнижке?

Могут ( это значит, что не обязательно ) возникнуть следующие возможные последствия :

Ограничения в работе.
Обязательное лечение: Работодатель может потребовать от вас пройти лечение и получить медицинское заключение о выздоровлении, прежде чем вернуть вас на работу.
Увольнение ( в редких случаях ).

Вообще, обратитесь к консультанту по трудовому праву.