Как можно подать иск на магазин в данном случае?

В магазине1 есть товар за 10 тыс. руб. В магазине2 этот же товар за 13 тыс. руб.

 Магазин1 отказывается продавать товар. Возможно купить этот товар в магазине2 и предъявить иск к магазину1 о возмещении 3 тыс. руб?

Если магазин отказывается продать товар по той цене, которую вы хотите, а не по той, которую он выставил, то нет.  
 По общему правилу, у продавцов есть право свободно устанавливать по своей воле цену на предлагаемый к покупке товар.