Как быть, если пропущен срок подачи иска после претензии?

Добрый день. Подскажите пожалуйста: Был подан иск, но судья отказал в принятии из-за того, что нужно было подавать мировому судье. В этот момент закончился срок подачи иска (три месяца после претензии). Что делать? 

 И, еще, иск к налоговой об отмене срока давности и возврата переплаченной суммы, цена иска 27 000 руб., госпошлину 300 руб. уже заплатил или нужно было платить как по имущественному спору?

Не переживайте согласно ст.202 ГК РФ течение срока исковой давности приостанавливается: если стороны прибегли к предусмотренной законом процедуре разрешения спора во внесудебном порядке (процедура медиации, посредничество, административная процедура и т.п.), течение срока исковой давности приостанавливается на срок, установленный законом для проведения такой процедуры, а при отсутствии такого срока — на шесть месяцев со дня начала соответствующей процедуры.  
 Соответственно на момент рассмотрения дела в районном суде срок приостановился, сейчас не пропустите подавайте в мировой суд и обязательно приложите определение районного суда.  
 Если Вам помог мой ответ оцените его пожалуйста.