Подскажите можно ли учесть переплату по усн за 3й квартал в 4м квартале настоящего года?

Если да, то как это отразить в декларации потом?

в рамках одного года можно однозначно. просто в 4 квартале заплатите меньше. Это не будет нарушением. Если вы заплатили раньше времени больше то тут нет никакого нарушения. Вот если наоборот в 4 квартале заплатить за 3 квартал - пеня.  

В декларации не отражаются никакие оплаты. Декларация никак не связана с тем платили вы налог УСН или нет. Там отражаются только начисленные суммы.