ответе, пожалуйста, 
1. будет ли достаточным, при рассмотрении дела в суде,

ответе, пожалуйста, 
1. будет ли достаточным, при рассмотрении дела в суде, для доказательства факта переработки, пригласить свидетелей (сотрудников, в т.ч. бывших)?
2. могу ли я, обратиться с иском в суд по месту своей регистрации, или нужно обращаться в суд по месту регистрации фирмы?

не совсем понятно, чего вы желаете добиться и чего желаете требовать. если установить факт, то это можно сделать по месту своего проживания, если не имеется спора о праве, а если имеется спор между вами и фирмой, то иск нужно подавать по месту нахождения организации.