Как избежать проблем с ФНС?

Здравствуйте. Если ИП УПС 6% занимается производством древесного угля , часть продукции реализует оптом от себя и часть продает ООО ОСНО для оптовой реализации с НДС, т.е. покупатели разные ЮЛ. 
 Кроме того, ИП УПС 6% занимается производством на арендуемых активах у собственного супруга ФЛ, который является единственным учредителем и директором вышеупомянутого ООО на ОСНО, т.е. налицо -аффилированность лиц. Вопросы: какой ОКВЭД должен быть у ООО - оптовая продажа? Законна ли будет продажа по диллерскому договору или как то еще? Какие-то нарушения еще просматриваются?

Здравствуйте, Татьяна!  
 

Аффилированность лиц  - это лишь повод для налоговой поискать, нет ли в сделках данных лиц необоснованной налоговой выгоды. В данных сделках с учетом применяемых систем налогообложения никакой необоснованной налоговой выгоды не усматривается.  
 

Если ИП на УСН выставляет счет-фактуру, то он обязан уплатить НДС в бюджет в соответствии со ст. 173 НК РФ: 

> 5. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется следующими лицами в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога: 
> 
> 1) лицами, не являющимися налогоплательщиками, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога; 
> 
> 

Для оптовой торговли древесным углем подходит ОКВЭД:  
 

> 46.71.1 Торговля оптовая твердым топливом

Продажа по дилерскому договору абсолютно законна. Никаких нарушений в описанной Вами схеме нет.