AGRIS - 

Data provenance by Country

2015

Saleh Basel

Ulva lactuca (Chlorophyta) green macroalgae has been successfully used as bioindicator for heavy metals pollution in ecosystems. Random amplified microsatellite polymorphism (RAMP) marker was employed to investigate genetic DNA pattern variability in green U. lactuca 5 days after exposure to Cu, Pb, Cd and Zn heavy metals stress. Genomic template stability (GTS%) value was employed as a qualitative DNA changes measurement based on RAMP technique. In this respect, estimated GTS% value was recorded to be 65.215, 64.630, 59.835 and 59.250% for Pb, Cu, Cd and Zn treatment, respectively. Moreover, genetic similarity (GS) induced by the above heavy metals was also evaluated to measure genetic distance between algae treated plants and their respective control. In this respect, estimated GS values generated by RAMP marker ranged between 0.576 (between control and Zn treatment) - 0.969 (for both case | between Pb and Cu and between Cd and Zn treatment) with an average of 0.842. Based upon data presented herein based on variant bands number (VB), GTS% and GS values | the present study could be suggested that Pb and Cu followed similar tendency at genomic DNA changes. Similar finding was also observed with Cd and Zn ions. Thereby, RAMP marker successfully highlighted DNA change patterns induced by heavy metals stress.

Show more [+]

Less [-]

Russian Academy of Sciences - Russian Federation

2015

Kalko G.V.

high - SSR, SNPs and DArT. So, microsatellites and SNPs have an advantage over a number of DNA markers. The positive property of microsatellite analysis is that for every gene locus it could be determined whether the individual is heterozygous or homozygous. It is advantage comparably with RAPD, AFLP and ISSR-PCR markers. Analysis of the range of 12-17 microsatellites is the most suitable for intraspecific population studies for population genetics of pine and spruce, particularly for the analysis of genetic diversity. SNPs are very promising markers with high density through the genome and low level of mutations per generation. This method is also very good for estimation of genetic diversity. It could be easily used for evaluation of functional and neutral variability. The preliminary choice of identifying SNPs or selection of SNPs from the databases and correct statistical estimate of data become a critical points. The markers of mitochondrial DNA, on the other hand, are most useful for phylogeographic and geographical research. The species of Pinaceae have three genomes inherited by different ways: the paternal chloroplast, the maternal mitochondrial and nuclear biparental. To obtain a reliable result in population studies of pine and spruce the various independently evolving markers, for example nuclear and mitochondria or nuclear and chloroplast should be used. It allows to study genetic diversity and genetic differentiation of pine and spruce populations more correctly. | относительно высокий - ISSR | intermediate - AFLP | средний - AFLP | В обзоре обсуждается использование ДНК-маркеров для оценки генетических ресурсов ели и сосны. Представлены некоторые классификации ДНК-маркеров, дан краткий экскурс в историю их появления и использования для популяционно-генетических исследований ели и сосны. Обсуждены положительные свойства и ограничения разных видов генетических маркеров. Рассмотрены тенденции в изменении востребованности различных ДНК-маркеров в последние двадцать лет. Отмечено, что разные виды маркеров выявляют различные уровни внутривидового полиморфизма: низкий показывают RAPD, RFLP и CAPS | The use of DNA markers for exploring the genetic resources of spruce and pine is discussed. Some classifications of DNA markers are considered. A brief historical review of appearance and using of different genetic markers for population genetic studies of spruce and pine is presented. The positive qualities and limitations of different types of these technics as a tools for exploring of population genetics of spruce and pine are discussed. The tendencies in changing of popularity of different DNA markers during last twenty years are noted. Different types of markers discover the differing levels of intraspecific polymorphism: low level show RAPD, RFLP and CAPS | высокий - SSR, SNPs и DArT. То есть, микросателлиты и SNPs имеют преимущество перед целым рядом ДНКмаркеров. Положительным свойством монолокусного анализа микросателлитов является то, что для каждого генного локуса возможно определить, является ли данная особь гетерозиготой или гомозиготой, в чем и заключается преимущество этих маркеров над RAPD, AFLP и ISSR-PCR. ДНК-анализ с помощью линейки из 12-17 микросателлитов наиболее подходит для внутривидовых популяционно-генетических исследований, особенно для анализа генетического разнообразия. SNPs имеют высокую плотность в геноме и низкий уровень мутаций на поколение. Они также перспективны для изучения генетического разнообразия, их легко использовать в оценке функциональной и нейтральной изменчивости. Однако критической становится предварительная стадия выявления SNP или отбора SNP из базы данных, а также статистическая обработка результатов. Маркеры митохондриальной ДНК наиболее информативны для филогеографических и географических исследований. Для получения надежного результата в популяционных исследованиях ели и сосны важно использовать несколько независимо эволюционирующих маркеров, например, ядерных и хлоропластных или ядерных и митохондриальных. Это позволит не только оценить генетическое разнообразие, но и более корректно определить дифференциацию в популяциях хвойных. | relatively high - ISSR

Show more [+]

Less [-]

Saint Petersburg Forestry Research Institute - Russian Federation

2015

Pikunova, AV. | Knyazev, S.D. | Bakhotskaya, A.Yu., All-Russia Research and Development Inst. of Fruit Crop Selection, Orel Region (Russian Federation) | Kochumova, A.A., Russian Academy of Agricultural Sciences, Moscow (Russian Federation). The N.I. Vavilov Inst. of Common Genetics

Genotyping of 27 black currant accessions from the collection of the All-Russian Research Institute of Breeding Fruit Crops on 14 microsatellite loci have been realized. Electrophoresis in 6% denaturing PAAG followed by staining with silver nitrate was used for separation of PCR products. All tested SSR loci, except MS06g03, have been found to be polymorphic. On average 4.9 alleles were amplified per locus. Three fragments have been amplified on DNA of some accessions at one SSR locus that is probably due to the duplication of these microsatellite loci in genome of these accessions. A total of 66% of all amplified fragments were rare alleles with a frequency of occurrence equal to or less than 0.2. Eight unique alleles have been found. The observed heterozygosity ranged from 0.259 (g2-H21) to 1 (e4-D03) and averaged 0.608. Combinations of alleles at one locus allowed to distinguish from 3 (g2-H21, e1-O21) to 15 (g2-G12) genotypes. The minimum set of four loci (e4-D03, g1-M07, g1-E03, g2-B20) allowed to distinguish all the tested accessions, i.e. unique multilocus profile has been found for each sample. Pairwise genetic similarity coefficients ranged from 0.11 (between Odzhebin and Sharovidnaya varieties) to 0.95 (between Govtva and Rtishchevskaya varieties) and averaged 0.346. Cluster analysis of genetic similarity has been done. The dendrogram shows a few clusters with high bootstrap support. Distribution of alleles between related varieties was consistent with the pedigrees in the most cases, but discrepancies between pedigrees and SSR data also were found. SSR markers are promising for evaluation of domestic gene pool of black currant on genetic diversity, and permit to develop methods for the identification and certification of black currant varieties. | Проведено генотипирование 27 сортообразцов черной смородины из коллекции Всероссийского НИИ селекции плодовых культур (ВНИИСПК) по 14 микросателлитным локусам. Использовали электрофоретическое разделение ПЦР-продуктов в 6% денатурирующем полиакриламидном геле (ПААГ) с последующим окрашиванием нитратом серебра. Все локусы, кроме MS06g03, оказались полиморфными (в среднем было амплифицировано 4,9 аллеля на локус). С ДНК некоторых сортообразцов в одном локусе амплифицировалось 3 фрагмента. Из 68 амплифицированных фрагментов 45 (66%) были редкими аллелями с частотой не более 0,2. Обнаружено 8 уникальных фрагментов, амплифицированных только на ДНК 1 из протестированных сортообразцов. Наблюдаемая гетерозиготность варьировала от 0,259 для локуса g2-H21 до 1 для локуса e4-D03 (в среднем составила 0,608). По сочетанию аллелей в локусе можно было различить от 3 (g2-H21, e1-O21) до 15 (g2-G12) генотипов. Минимальный набор из 4 локусов (e4-D03, g1-M07, g1-E03, g2-B20) позволил дифференцировать все протестированные сортообразцы, то есть для каждого образца был получен уникальный мультилокусный профиль. Коэффициенты попарного генетического сходства варьировали от 0,110 (между сортами Оджебин и Шаровидная) до 0,950 (между сортами Говтва и Ртищевская) и в среднем составили 0,346. Проведен кластерный анализ генетического сходства сортообразцов и построена дендрограмма, в которой выделились несколько кластеров с высокой бутстреп-поддержкой. В большинстве случаев распределение аллелей между родственными сортами не противоречило родословным, но были обнаружены и случаи расхождения сведений родословных и SSR-анализа. Протестированные маркеры перспективны для оценки генетического разнообразия отечественного генофонда черной смородины, а также для разработки методов идентификации и паспортизации ее сортов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Babij, A.V. | Koval'chuk, S.N. | Glazko, T.T. | Kosovskij, G.Yu. | Glazko, V.I., Center of Experimental Embriology and Reproductive Biotechnology, Moscow

Одной из актуальных задач с.-х. биотехнологий является подбор наиболее информативных ДНК-маркеров для полилокусного генотипирования (геномного сканирования) с.-х. видов. Целью исследования является разработка метода геномного сканирования пород крупного рогатого скота с использованием новых потенциальных ДНК-маркеров (хелитронов) для выявления геномных мишеней естественного отбора. Выполнено геномное сканирование крупного рогатого скота 3 пород (калмыцкой, айрширской и черно-пестрого голштинизированного скота) с использованием в качестве праймера консенсусной последовательности 3'-фланга хелитронов позвоночных. Полученные спектры продуктов амплификации содержали 16 фрагментов ДНК длиной от 300 до 2300 тыс. пар нуклеотидов. Выявлен высокий полиморфизм по наличию или отсутствию отдельных фрагментов ДНК у коров местной калмыцкой породы, следовательно, эта группа животных менее консолидирована и имеет менее "стандартизированный" генофонд по сравнению с заводскими породами (айрширская и черно-пестрая голштинизированная). Различия между заводскими породами выявлялись только по фрагментам ДНК длиной 1150-1200. Этот факт может объясняться высокой интенсивностью селекционной работы с высокомолочными заводскими породами. Подтверждена возможность использования ДНК-транспозона хелитрона в целях выявления генетических различий между породами с.-х. животных и медлу отдельными животными в пределах породы. | One of the urgent tasks of agricultural biotechnology is the selection of the most informative DNA markers for multi-locus genotyping (genome scanning) agricultural species. The purpose of the research is to develop a novel method of genome scanning cattle breeds using the new potential DNA markers (helitrons) to identify genomic targets of natural selection. The genome scanning 3 cattle breeds (Ayrshire, Kalmyk and holsteinized Black-and-White) was conducted by using as a primer the consensus sequence of the 3'-flang of vertebrate helitrons. The obtained spectra of amplification products comprised 16 DNA fragments of 300 to 2300 thousand nucleotide pairs long. The high polymorphism was revealed from the presence or the absence of individual DNA fragments in the native Kalmyk cows, therefore, this group of animals is less consolidated and has a less "standardized" genofond compared to the stud breeds (Ayrshire and holsteinized Black-and-White). The differences between the stud breeds were revealed only by DNA fragments of 1150-1200 long. This fact can be explained by high intensive breeding work with heavy dairy stud breeds. A possibility of using DNA transposon helitron for the purpose of revealing genetic differences between breeds of agricultural animals and between individual animals within a breed is confirmed.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Kalko G.V.

high - SSR, SNPs and DArT. So, microsatellites and SNPs have an advantage over a number of DNA markers. The positive property of microsatellite analysis is that for every gene locus it could be determined whether the individual is heterozygous or homozygous. It is advantage comparably with RAPD, AFLP and ISSR-PCR markers. Analysis of the range of 12-17 microsatellites is the most suitable for intraspecific population studies for population genetics of pine and spruce, particularly for the analysis of genetic diversity. SNPs are very promising markers with high density through the genome and low level of mutations per generation. This method is also very good for estimation of genetic diversity. It could be easily used for evaluation of functional and neutral variability. The preliminary choice of identifying SNPs or selection of SNPs from the databases and correct statistical estimate of data become a critical points. The markers of mitochondrial DNA, on the other hand, are most useful for phylogeographic and geographical research. The species of Pinaceae have three genomes inherited by different ways: the paternal chloroplast, the maternal mitochondrial and nuclear biparental. To obtain a reliable result in population studies of pine and spruce the various independently evolving markers, for example nuclear and mitochondria or nuclear and chloroplast should be used. It allows to study genetic diversity and genetic differentiation of pine and spruce populations more correctly. | относительно высокий - ISSR | intermediate - AFLP | средний - AFLP | В обзоре обсуждается использование ДНК-маркеров для оценки генетических ресурсов ели и сосны. Представлены некоторые классификации ДНК-маркеров, дан краткий экскурс в историю их появления и использования для популяционно-генетических исследований ели и сосны. Обсуждены положительные свойства и ограничения разных видов генетических маркеров. Рассмотрены тенденции в изменении востребованности различных ДНК-маркеров в последние двадцать лет. Отмечено, что разные виды маркеров выявляют различные уровни внутривидового полиморфизма: низкий показывают RAPD, RFLP и CAPS | The use of DNA markers for exploring the genetic resources of spruce and pine is discussed. Some classifications of DNA markers are considered. A brief historical review of appearance and using of different genetic markers for population genetic studies of spruce and pine is presented. The positive qualities and limitations of different types of these technics as a tools for exploring of population genetics of spruce and pine are discussed. The tendencies in changing of popularity of different DNA markers during last twenty years are noted. Different types of markers discover the differing levels of intraspecific polymorphism: low level show RAPD, RFLP and CAPS | высокий - SSR, SNPs и DArT. То есть, микросателлиты и SNPs имеют преимущество перед целым рядом ДНКмаркеров. Положительным свойством монолокусного анализа микросателлитов является то, что для каждого генного локуса возможно определить, является ли данная особь гетерозиготой или гомозиготой, в чем и заключается преимущество этих маркеров над RAPD, AFLP и ISSR-PCR. ДНК-анализ с помощью линейки из 12-17 микросателлитов наиболее подходит для внутривидовых популяционно-генетических исследований, особенно для анализа генетического разнообразия. SNPs имеют высокую плотность в геноме и низкий уровень мутаций на поколение. Они также перспективны для изучения генетического разнообразия, их легко использовать в оценке функциональной и нейтральной изменчивости. Однако критической становится предварительная стадия выявления SNP или отбора SNP из базы данных, а также статистическая обработка результатов. Маркеры митохондриальной ДНК наиболее информативны для филогеографических и географических исследований. Для получения надежного результата в популяционных исследованиях ели и сосны важно использовать несколько независимо эволюционирующих маркеров, например, ядерных и хлоропластных или ядерных и митохондриальных. Это позволит не только оценить генетическое разнообразие, но и более корректно определить дифференциацию в популяциях хвойных. | relatively high - ISSR

Show more [+]

Less [-]

Saint Petersburg Forestry Research Institute - Russian Federation

2015

Shirokova N. V. | Kolosov Y. A. | Getmantseva L. V. | Raduk A. V. | Bakoev N. F.

Diagnosis by PCR-RFLP (polymerase chain reaction – polymorphism of the lengths of restriction fragments) is the standard analysis of point mutations for the diagnosis of allelic polymorphism of candidate genes related with productive qualities of farm animals. Along the length of the fragments (RFLP) make a conclusion about the absence or presence of the point mutation, and homozygosity or heterozygosity of the individual. The aim of our work was the optimization of protocols for conducting PCR-RFLP analysis for genotyping sheep for genes of the growth hormone gene differential growth factor and gene of calpastatin

Show more [+]

Less [-]

Kuban State Agrarian University - Russian Federation