AGRIS - 

2018

Shendakov, A.I., Orel State Argarian Univ.

The aim of the research was to compare the breeding value of the Holstein sires from the German population, which were genomically evaluated and evaluated by daughters. The scientific article presents the effect of genomic analysis of breeding value of Вlack-and-White and Red-and-White Holstein sires in comparison with the evaluation by daughters. Comparison of the values of the RZG, RZM, RZE, RZS, RZN, RZD, RZKd, RZR, RZFit and RZRobot indices in performing genomic evaluation and evaluation by daughters was made, and standard deviations and variation coefficients of indices were analyzed. It was determined that the Вlack-and-White Holstein sires had all the indices studied for genomic evaluation (n=432) higher than those for the evaluation by daughters (n=467) – from 2.5 (RZD) to 14.7 (RZFit) and 15.9 (RZG). All the distinctions were true at p less than 0.001. Almost all indices of breeding value of the Red-and-White Holstein sires who were genomically evaluated (n=118) were higher than those indices of breeding value evaluated by daughters (n=146). The differences were from 1.4 (RZKd) to 15.6 (RZG). The exception was the RZRobot index, which was lower for the genomic evaluation. The genomic evaluation contributed to the strengthening of the desired correlations between the indices, and the "evaluation method" factor gave 9.5 to 17.2% of the determination. It was concluded that the assessment of the breeding value of Holstein sires gives a positive result, but not all indices of breeding value for genomic evaluation can outperform similar indices when evaluated by daughters. The genomic evaluation is less effective by those traits and indices, which are more influenced by environmental factors. | Целью исследований являлось сравнение племенной ценности голштинских быков-производителей немецкого происхождения, прошедших геномную оценку и оценку по дочерям. Рассмотрены вопросы эффективности геномного анализа племенной ценности чёрно-пёстрых голштинских и красно-пёстрых голштинских быков-производителей в сравнении с оценкой по дочерям. Дано сравнение величин индексов RZG, RZM, RZE, RZS, RZN, RZD, RZKd, RZR, RZFit и RZRobot при геномной оценке и оценке по дочерям, проанализированы стандартные отклонения и коэффициенты вариации индексов. Определено, что у чёрно-пёстрых голштинских быков-производителей все изученные индексы при геномной оценке (n=432) были выше, чем при оценке по дочерям (n=467), от 2,5 (по RZD) до 14,7 (по RZFit) и 15,9 (по RZG). Все отличия были достоверны при p меньше 0,001. У красно-пёстрых голштинских быков-производителей, прошедших геномную оценку (n=118), почти все индексы племенной ценности были выше, чем у быков-производителей, оцененных по дочерям (n=146). Отличия составили от 1,4 (по RZKd) до 15,6 (по RZG). Исключение составил индекс RZRobot, который был ниже при геномной оценке. Геномная оценка способствовала усилению желательных корреляций между индексами, а фактор "метод оценки" дал от 9,5 до 17,2% силы влияния. Сделан вывод, что оценка племенной ценности голштинских быков-производителей даёт положительный результат, однако не все индексы племенной ценности при геномной оценке могут превосходить аналогичные индексы при оценке по дочерям. Геномная оценка менее эффективна по тем признакам и индексам, которые в большей мере подвержены влиянию паратипических факторов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Strekozov, N.I., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

There is considered the role of bulls' evaluation through progeny and genome for breeding of Simmental breed from Austria and Germany. On basis of bulls catalogues for 2001-2017 from these countries, 21 lines of Simmental breed were estimated bred in the uniform breed association. It is shown that for recent years the role of genomic bulls, which are already used in selections up to 38%, has increased. The best bulls with breeding value equal to or higher estimated breeding evaluation of progeny are selected. 2 to 5 young bulls are used per a part of heifer population, not more than 25-50% of stock. Taking into account the lower reliability of genomic evaluation, genomic bulls having an overall assessment of 140 points or more are used. Upon receipt of progeny evaluation, such bulls have total score of 125 points and above. It has been found that the bulls reduce theirs rating in repeated evaluation for 2 years by 10% and for 5 years by 22%. Therefore, the rank of the best bulls by the first evaluation year changes and for the third evaluation the best bulls of first top list are not always included in 10% of leading bulls in 3-4 years. | Рассмотрена роль оценки быков по потомству и геному при разведении симментальской породы Австрии и Германии. На основе каталогов быков за 2001-2017 гг. оценили 21 линию породы, которая разводится в единой породной ассоциации. Показано, что в последние годы возросла роль геномных быков, которых уже используют в подборах до 38%. Отбирают для разведения лучших молодых быков с геномной оценкой, равной или выше племенной оценки используемых для осеменения оцененных быков-производителей. Используют 2-5 молодых быков на ограниченном поголовье коров и телок (до 25-50% стада). Учитывая более низкую достоверность геномной оценки, используют геномных быков с общей оценкой 140 пунктов и более. При получении оценки по потомству такие быки имеют общую оценку 125 пунктов и выше. Установили, что быки-производители при повторных оценках снижают ее по 2 годам на 10%, а по 5 - на 22%. Поэтому ранг лучших быков по 1 году оценки изменяется и по третьей оценке, первые лучшие быки топ-списка не всегда входят в 10% быков-лидеров через 3-4 года.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Saksa, E.I., All-Russia Research and Development Inst. of Farm Animal Genetics and Breeding, St. Petersburg

Shown is the efficiency of use of bulls evaluated by various methods for improvement of herds with average cow milk yield of 8000 to 12000 kg per cow. Results of simultaneous calculation of breeding value in bulls, which were genomically evaluated in the USA and Canada, demonstrated that sires evaluated in Canada by their own comparison base exceeded milk breeding value of bulls evaluated in the USA by the national comparison base. Using genomic evaluations and evaluation by progeny tests in Russian animal breeding one should take into account a difference of bull breeding values in the USA and Canada. Use of semen of the same genomic bulls during period of 2014 till 2017 demonstrated that among 25 sires with genomic evaluation in the USA one sire maintained its superiority by 95.7% and three sires improved milk yield breeding value by 4.4-35.9%. Among Canadian genomic bulls evaluated in 2017, 6 sires maintained 80.7-97.6% of the breeding value in comparison with that of 2014. Use of genomic bulls demonstrated that best progeny tested sires were also among the best in genomic evaluation. In sire selection one should take into account the superiority by productive traits of daughters of given bulls, change in breeding values which took place during years after first genomic scoring. Comparison of results for the same 18 sires genomically evaluated in the USA and which were progeny tested in the USA and Leningrad region, resulted in correlation coefficients between EBV BLUP score and "daughter-contemporaries" score by milk yield about 0.55, by fat content - 0.72, by protein content - 0.72. Loss in efficiency of cow breeding for milk yield because of ignoring BLUP method may reach 45%. In order to achieve higher accuracy in evaluation of sire heritable traits and efficiency of their selection, the genetic evaluation by BLUP method should be introduced into breeding of dairy cattle. | Показана эффективность использования быков, оцененных разными методами, при совершенствовании стад с удоем 8000-12000 кг молока на 1 корову. Результаты одновременной оценки племенной ценности быков, оцененных по геному в США и Канаде, показали, что производители, оцененные в Канаде на основе собственной базы сравнения, в разы превышают показатель племенной ценности по удою быков, оцененных в США на основе своей национальной базы сравнения. В России при использовании геномных оценок и оценок по качеству потомства в селекции необходимо учитывать разницу в оценке племенной ценности быков США и Канады. Использование семени одних и тех же геномно оцененных быков (2014-2017 гг.) показало, что из 25 производителей, оцененных по геному в США, 1 бык на 95,7% сохранил превосходство, и 3 быка улучшили показатель племенной ценности по удою на 4,4-35,9%. Из быков, оцененных в Канаде в 2017, по сравнению с 2014 г., 6 производителей сохранили показатель племенной ценности на уровне 80,7-97,6%. При использовании оцененных по геному быков, наилучшие результаты при оценке по качеству потомства получены от производителей, имеющих высокую геномную оценку. При отборе быков следует учитывать уровень превосходства по продуктивности дочерей конкретных быков, изменение племенной ценности за годы, прошедшие после первой геномной оценки. При сопоставлении результатов одних и тех же 18 быков, оцененных по геному в США, по качеству потомства в США и в Ленинградской области, коэффициенты корреляции между оценкой методами EBV BLUP и "Дочери-сверстницы" были по удою на уровне 0,55, по содержанию жира в молоке - 0,72, белка - 0,72. Потери в эффективности селекции коров по удою при игнорировании метода BLUP могут достигать 45,0%. Для повышения точности оценки наследственных качеств быков и эффективности их отбора необходимо внедрить в практическую селекцию молочного скота генетическую оценку методом BLUP.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Smaragdov, M.G., All-Russia Research and Development Inst. of Farm Animal Genetics and Breeding, St. Petersburg

With the help of Hudson's Fst statistics, an analysis of inter-herd genetic differences of cows of Holsteinized Blackand-White cattle from six breeding farms of Leningrad region was carried out. The average milk yield was from 8086 to 10166 kg. For each herd 45–75 cows were randomly selected, totally there were 367 cows. DNA for genotyping was isolated from the blood using a phenol-chloroform method. The animals were genotyped by Illumina Bovine SNP50 v.2 array. SNPs editing was carried out according to the following criteria: minor alleles frequency (MAF) was less than 0.01, the proportion of errors in genotyped SNPs was less than 5%, the reliability of matching SNPs genotypes with Hardy-Weinberg distribution (p was less than 0.0001). As a result of editing, there are 41210 SNPs. Genotyped cows were divided into two sample groups. In sample I, 15 unique combinations of pairs of herds were formed, included all animals. In sample II cows, born from the same bulls-producers, were removed from each pair of herds. When pairs of herds were compared in sample I, the values of the fixation index for inter-herd genetic differences Fst were in the range of 0.0020–0.0120, on average it was 0.0057 ± 0.0001, which is usually less than the known inter-species Fst values (0.002–0.373). When pairs of herds were compared in sample II, the values of Fst were in the range from 0.0030 to 0.0150, on average it was 0.0069 ± 0.0001. The use of the same bulls in the herds, as a rule, leads to a decrease in the Fst values and, consequently, to a decrease in inter-herd genetic differences. On the average, the decrease was 0.0012 ± 0.0001. SNPs genotyping of the cows makes it possible to identify inter-herd genetic differences at the molecular level; Hudson's statistics can be used to assess genetic differences in other farm animals. | С помощью Fst-статистики Р. Хадсона выполнен анализ межстадных генетических различий коров из 6 племенных заводов голштинизированного черно-пестрого скота Ленинградской области со средними удоями от 8086 до 10166 кг. Из каждого стада случайным образом отбирали от 45 до 75 коров, всего в опыт было взято 367 животных. ДНК для генотипирования выделяли из крови с помощью фенол-хлороформного метода. Животные были генотипированы чипом Illumina BovineSNP50 v.2. Редактирование SNPs осуществляли по следующим критериям: минорная частота аллелей MAF меньше 0,01, доля ошибок при генотипировании SNPs менее 5%, достоверность соответствия генотипов SNPs распределению Харди – Вайнберга (р менее 0,0001). В результате редактирования осталось 41210 SNPs. Генотипированных коров разделили на две выборки. В выборке I сформировали 15 уникальных сочетаний пар стад, включавших всех животных. В выборке II из каждой пары стад удалили коров, рожденных от одних и тех же быков-производителей. При парном сравнении стад в выборке I значения индекса фиксации межстадных генетических различий Fst находились в интервале 0,0020-0,0120, в среднем – 0,0057± 0,0001, что, как правило, меньше известных межпородных значений Fst (0,002-0,373). При парном сравнении стад в выборке II значения Fst находились в интервале от 0,0030 до 0,0150, в среднем – 0,0069 ± 0,0001. Использование одних и тех же быков-производителей в стадах, как правило, приводит к уменьшению значений Fst. и, следовательно, к уменьшению межстадных генетических различий. В среднем уменьшение составило 0,0012 ± 0,0001. SNPs генотипирование коров позволяет на молекулярном уровне выявить меж- стадные генетические различия, Fst-статистика Р. Хадсона может быть использована для оценки генетических различий животных.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation