AGRIS - 

2016

Shajdullin, R.R. | Sibagatullin, F.S. | Sharafutdinov, G.S., Kazan State Agrarian Univ.

Analysis and generalization of information on bulls-producers, belonging to breeding enterprises of Tatarstan, was done. For this purpose, materials, tribal certificates of Tatarstan type bulls of Kholmogory breed (TTKB), black-motley and Holstein breeds were used. They were evaluated by DNA productivity markers: kappa-casein (CSN3), O-acyltransferase diacylglycerol (DGAT1), beta-lactoglobulin (LGB), prolactin (PRL), somatropin (GH), thyroglobulin (TG5), leptin (LEP). Among bulls-producers of TTKB and Holstein breed BB genotype of beta-lactoglobulin prevails (48.7% and 40.7%) and AA genotype of LGB locus is rarer, 17.9% and 18.6% respectively. Allele frequency in these breeds was almost the same and varied from 0.35 to 0.39 (allele A) and from 0.61 to 0.65 (allele B). In all groups of dairy breeds prevalence of LL genotype of GH locus was noted in somatotropin gene, with the highest frequency in Holstein cattle (84.2%). Bulls of the TTKB are noted by a high frequency of the allele C of the leptin gene, which varied from 1.0 in the Chiftein line of animals to 0.58 in the producers of the Sovering line. TTKB bulls have the highest frequency of heterozygous genotypes in most genes, thus in CSN3, the genotype AB is 34.2%, in PRL, genotype AB - 30.4%, in TG5, genotype TS - 35.9%, in LEP, genotype TC- 66.7%, and of homozygous genotypes in genes DGAT1, LGB, PRL, GH, LEP, genotypes AA (47.2%), BB (48.7%), BB (2.2%), VV (20.0%), SS (33.3%) respectively. The genetic equilibrium was violated in the diacylglycerol gene of O-acyltransferase in bulls of the TTKB (chi-square = 4.72, P is less than 0.05) and black-motley breed (chi-square = 3.91; P - less than 0.05), and in the somatropin gene only in the producers of the TTKB (chi-square = 5.42, P - less than 0.05). The conclusion is that desirable alleles of genes of milk-yield are more often seen in Chif, Houp and Aivengo branches and also in bulls of TTKB they are more often than among representatives of other breeds. | Проведен анализ и обобщение сведений о быках-производителях, принадлежащих племенным предприятиям Татарстана. Для этого использовались материалы, племенные свидетельства быков татарстанского типа холмогорской породы (ТТХП), черно-пестрой и голштинской породы, которые оценены по ДНК-маркерам продуктивности: каппа-казеину (CSN3), диацилглицерол О-ацилтрансферазы (DGAT1), бета-лактоглобулину (LGB), пролактину (PRL), соматропину (GH), тиреоглобулину (TG5), лептину (LEP). Среди быков-производителей ТТХП и голштинской породы преобладают носители генотипа ВВ бета-лактоглобулина, (48,7 и 40,7%), реже встречается генотип АА локуса LGB, 17,9 и 18,6% соответственно. Частота аллелей у данных пород была примерно одинаковой и колебалась от 0,35 до 0,39 (аллель А) и от 0,61 до 0,65 (аллель В). У всех групп молочных пород по гену соматропина отмечено преобладание генотипа LL локуса GH, с наибольшей частотой (84,2%) у голштинского скота. Быки ТТХП выделяются высокой частотой аллеля С гена лептина, которая варьировала от 1,0 у животных линии Чифтейна до 0,58 у производителей линии Соверинга. Быки ТТХП имеют наивысшую частоту гетерозиготных генотипов по большинству генам, так по CSN3 генотип АВ – 34,2%, по PRL генотипу АВ – 30,4%, по TG5 генотипу ТС – 35,9%, по LEP генотипу ТС – 66,7% и по гомозиготным генотипам по генам DGAT1, LGB, PRL, GH, LEP соответственно по генотипу АА (47,2%), ВВ (48,7%), ВВ (2,2%), VV (20,0%), СС (33,3%). Генетическое равновесие нарушено по гену диацилглицерол О-ацилтрансферазы у быков ТТХП (хи-квадрат= 4,72; Р меньше 0,05) и черно-пестрой породы (хи-квадрат= 3,91; Р меньше 0,05), а по гену соматропина только у производителей ТТХП (хи-квадрат= 5,42; Р меньше 0,05). Сделан вывод, что желательные аллели генов молочной продуктивности чаще встречаются в ветвях Чифа, Хоупа и Айвенго, а также у быков ТТХП чаще, чем среди представителей других пород.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Pikunova, AV. | Knyazev, S.D. | Bakhotskaya, A.Yu., All-Russia Research and Development Inst. of Fruit Crop Selection, Orel Region (Russian Federation) | Kochumova, A.A., Russian Academy of Agricultural Sciences, Moscow (Russian Federation). The N.I. Vavilov Inst. of Common Genetics

Genotyping of 27 black currant accessions from the collection of the All-Russian Research Institute of Breeding Fruit Crops on 14 microsatellite loci have been realized. Electrophoresis in 6% denaturing PAAG followed by staining with silver nitrate was used for separation of PCR products. All tested SSR loci, except MS06g03, have been found to be polymorphic. On average 4.9 alleles were amplified per locus. Three fragments have been amplified on DNA of some accessions at one SSR locus that is probably due to the duplication of these microsatellite loci in genome of these accessions. A total of 66% of all amplified fragments were rare alleles with a frequency of occurrence equal to or less than 0.2. Eight unique alleles have been found. The observed heterozygosity ranged from 0.259 (g2-H21) to 1 (e4-D03) and averaged 0.608. Combinations of alleles at one locus allowed to distinguish from 3 (g2-H21, e1-O21) to 15 (g2-G12) genotypes. The minimum set of four loci (e4-D03, g1-M07, g1-E03, g2-B20) allowed to distinguish all the tested accessions, i.e. unique multilocus profile has been found for each sample. Pairwise genetic similarity coefficients ranged from 0.11 (between Odzhebin and Sharovidnaya varieties) to 0.95 (between Govtva and Rtishchevskaya varieties) and averaged 0.346. Cluster analysis of genetic similarity has been done. The dendrogram shows a few clusters with high bootstrap support. Distribution of alleles between related varieties was consistent with the pedigrees in the most cases, but discrepancies between pedigrees and SSR data also were found. SSR markers are promising for evaluation of domestic gene pool of black currant on genetic diversity, and permit to develop methods for the identification and certification of black currant varieties. | Проведено генотипирование 27 сортообразцов черной смородины из коллекции Всероссийского НИИ селекции плодовых культур (ВНИИСПК) по 14 микросателлитным локусам. Использовали электрофоретическое разделение ПЦР-продуктов в 6% денатурирующем полиакриламидном геле (ПААГ) с последующим окрашиванием нитратом серебра. Все локусы, кроме MS06g03, оказались полиморфными (в среднем было амплифицировано 4,9 аллеля на локус). С ДНК некоторых сортообразцов в одном локусе амплифицировалось 3 фрагмента. Из 68 амплифицированных фрагментов 45 (66%) были редкими аллелями с частотой не более 0,2. Обнаружено 8 уникальных фрагментов, амплифицированных только на ДНК 1 из протестированных сортообразцов. Наблюдаемая гетерозиготность варьировала от 0,259 для локуса g2-H21 до 1 для локуса e4-D03 (в среднем составила 0,608). По сочетанию аллелей в локусе можно было различить от 3 (g2-H21, e1-O21) до 15 (g2-G12) генотипов. Минимальный набор из 4 локусов (e4-D03, g1-M07, g1-E03, g2-B20) позволил дифференцировать все протестированные сортообразцы, то есть для каждого образца был получен уникальный мультилокусный профиль. Коэффициенты попарного генетического сходства варьировали от 0,110 (между сортами Оджебин и Шаровидная) до 0,950 (между сортами Говтва и Ртищевская) и в среднем составили 0,346. Проведен кластерный анализ генетического сходства сортообразцов и построена дендрограмма, в которой выделились несколько кластеров с высокой бутстреп-поддержкой. В большинстве случаев распределение аллелей между родственными сортами не противоречило родословным, но были обнаружены и случаи расхождения сведений родословных и SSR-анализа. Протестированные маркеры перспективны для оценки генетического разнообразия отечественного генофонда черной смородины, а также для разработки методов идентификации и паспортизации ее сортов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Babij, A.V. | Koval'chuk, S.N. | Glazko, T.T. | Kosovskij, G.Yu. | Glazko, V.I., Center of Experimental Embriology and Reproductive Biotechnology, Moscow

Одной из актуальных задач с.-х. биотехнологий является подбор наиболее информативных ДНК-маркеров для полилокусного генотипирования (геномного сканирования) с.-х. видов. Целью исследования является разработка метода геномного сканирования пород крупного рогатого скота с использованием новых потенциальных ДНК-маркеров (хелитронов) для выявления геномных мишеней естественного отбора. Выполнено геномное сканирование крупного рогатого скота 3 пород (калмыцкой, айрширской и черно-пестрого голштинизированного скота) с использованием в качестве праймера консенсусной последовательности 3'-фланга хелитронов позвоночных. Полученные спектры продуктов амплификации содержали 16 фрагментов ДНК длиной от 300 до 2300 тыс. пар нуклеотидов. Выявлен высокий полиморфизм по наличию или отсутствию отдельных фрагментов ДНК у коров местной калмыцкой породы, следовательно, эта группа животных менее консолидирована и имеет менее "стандартизированный" генофонд по сравнению с заводскими породами (айрширская и черно-пестрая голштинизированная). Различия между заводскими породами выявлялись только по фрагментам ДНК длиной 1150-1200. Этот факт может объясняться высокой интенсивностью селекционной работы с высокомолочными заводскими породами. Подтверждена возможность использования ДНК-транспозона хелитрона в целях выявления генетических различий между породами с.-х. животных и медлу отдельными животными в пределах породы. | One of the urgent tasks of agricultural biotechnology is the selection of the most informative DNA markers for multi-locus genotyping (genome scanning) agricultural species. The purpose of the research is to develop a novel method of genome scanning cattle breeds using the new potential DNA markers (helitrons) to identify genomic targets of natural selection. The genome scanning 3 cattle breeds (Ayrshire, Kalmyk and holsteinized Black-and-White) was conducted by using as a primer the consensus sequence of the 3'-flang of vertebrate helitrons. The obtained spectra of amplification products comprised 16 DNA fragments of 300 to 2300 thousand nucleotide pairs long. The high polymorphism was revealed from the presence or the absence of individual DNA fragments in the native Kalmyk cows, therefore, this group of animals is less consolidated and has a less "standardized" genofond compared to the stud breeds (Ayrshire and holsteinized Black-and-White). The differences between the stud breeds were revealed only by DNA fragments of 1150-1200 long. This fact can be explained by high intensive breeding work with heavy dairy stud breeds. A possibility of using DNA transposon helitron for the purpose of revealing genetic differences between breeds of agricultural animals and between individual animals within a breed is confirmed.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Golovin, S.E., All-Russia Selection and Technological Inst. of Horticulture and Plant Breeding, Moscow (Russian Federation) | Kopina, M.B.

Soil contamination with homogenized in water mycelium Phytophthora cactorum was carried out to optimize the DNA extraction. After cultivation and homogenization leaves of raspberry were placed on a surface of a mycelium homogenizate and incubated at 15-18 deg. C for 3-5 days. The DNA was extracted from the sphacelous leaves in various ways. The optimal conditions for sample preparation were determined. The DNA extraction according to "Loewe" kits for diagnosis Ph. fragariae and Phytoplasma allows to produce DNA pathogen with acceptable purity (ratio of 260/280 ranged from 1.76 to 1.98; ratio of 260/230 ranged from 1.21 to 1.86). The positive results were obtained despite the fact that the concentration of the extracted DNA is substantially less in comparison with previously described methods (from 33.3 to 104.9 ng/ml) in the creation of "real time" PCR. To determine the optimal weight of infected bait tissue the model experiment was held on artificial infection of baits with Ph. citricola. It was showed that with the bait weight of 1 mg, 10 mg and 15 mg the number of samples without detection of fluorescence began to increase, which indicates a reduction in the specificity of the reaction. To obtain accurate results, it is necessary to select 5 mg of the sample on the boundary between healthy and diseased bait tissue and hold DNA extraction according to "Loewe" kit instruction for diagnosing Ph. fragariae. | Для определения оптимального метода выделения ДНК проводили заражение почвы гомогенизированным в воде мицелием Phytophthora cactorum. После культивирования и гомогенизации на поверхность гомогенизата мицелия помещали листья малины и инкубировали при 15-18 град. С в течение 3-5 дн. Из некротизированных листьев различными способами выделяли ДНК. Установлены оптимальные условия пробоподготовки. Выделение ДНК согласно инструкции к наборам "Loewe" для диагностики Ph. fragariae и Phytoplasma позволяет получать ДНК возбудителя приемлемой чистоты (соотношение 260/280 варьировало от 1,76 до 1,98; соотношение 260/230 составляло от 1,21 до 1,86). Несмотря на то, что концентрация выделенной ДНК значительно меньше по сравнению с ранее описанными методами (от 33,3 до 104,9 нг/мкл), при постановке ПЦР в реальном времени были получены положительные результаты. Для определения оптимальной массы зараженной ткани биоприманки, необходимой для выявления возбудителя фитофтороза, был проведен модельный опыт по искусственному заражению биоприманок видом Ph. citricola. Установлено, что при массе биоприманки 1 мг, 10 мг и 15 мг количество образцов с отсутствием детекции флуоресценции начинает увеличиваться, что свидетельствует о снижении специфичности реакции. Для получения достоверных результатов необходимо отбирать 5 мг образца на границе здоровой и пораженной ткани приманки и проводить выделение ДНК согласно инструкции к набору "Loewe" для диагностики Ph. fragariae.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Bespomestnykh, K.V., Kemerovo State Agrarian Inst.

Проведены исследования по созданию ПЦР-тест-системы для индикации и идентификации молочнокислых бактерий заквасок, применяемых в производстве кисломолочных продуктов. С целью выявления консервативных участков для закладки родоспецифичных и видоспецифичных праймеров были проанализированы нуклеотидные последовательности ДНК, кодирующей синтез 16S рРНК бактерий рода Lactobacillus, представленных в GenBank. Сконструированы новые родоспецифичные и видоспецифичные праймеры для идентификации бактерий рода Lactobacillus, имеющих значительные отличия от молочнокислых бактерий других родов и видов. Их теоретическая специфичность подтверждена экспериментально на бактериальных заквасках, концентратах и кисломолочных продуктах. Практически созданные праймеры обладают наибольшей степенью гомологии к участкам нуклеотидной последовательности ДНК 16S рРНК микроорганизмов L. delbrieckii subsp. bulgaricus и обладают высокой специфичностью. Они позволяют выявить различие определенного вида микроорганизма по отношению к другим бактериям и определить их количественное содержание в продукте. Оптимальные параметры амплификации гена 16S рРНК молочнокислых бактерий (температура, время инкубации, количество циклов): 95 град. С – 200 с – 1 цикл, [62 град. С – 50 с, 95 град. С – 20 с] – 25 циклов, 72 град. С – 120 с – 1 цикл. Результаты идентификации видов L. bulgaricus и других лактобактерий методом ПЦР сопоставимы с полученными с использованием классического биохимического метода на основе сахаролитической активности различных видов лактобацилл. Исследования, проведенные на широком спектре кисломолочных продуктов, экспериментально подтвердили более высокую специфичность и чувствительность ПЦР-тест-системы для идентификации молочнокислых бактерий, входящих в состав бактериальных заквасок. | This article presents the results of research on the development of a PCR-test-system for indication and identification of lactic acid bacteria containing in starter cultures used in dairy production. To identify conserved regions of nucleic acid sequences and for construction of the genus-specific species-specific primers the nucleotide sequence of DNA encoding synthesis of 16S rRNA of bacteria of the genus Lactobacillus submitted in GenBank were analyzed. New genus-specific and species-specific primers for the identification of bacteria of the genus Lactobacillus, with significant differences from other lactic acid bacteria genera and species were designed. Their theoretical specificity was confirmed experimentally on bacterial starter cultures, concentrates and fermented dairy products. In practice, created primers have the highest degree of homology to the nucleotide sequence of DNA of 16S rRNA for microorganisms L. delbrieckii subsp. bulgaricus and have high specificity. They can detect the difference of a particular species of microorganism with respect to other bacteria and to determine their quantitative content in the product. The optimal values for the 16S rRNA gene amplification of lactic acid bacteria (temperature, incubation time, number of cycles): 95 deg – 200 sec – 1 cycle; [62 deg – 50 sec, 95 deg – 20 sec] – 25 cycles; 72 deg – 120 sec – 1 cycle. The results of identification of L. bulgaricus and other Lactobacillus using polymerase chain reaction are comparable to the classical biochemical identification methods based on different species saccharolytic activity of lactobacilli. The studies carried out on the wide spectrum of fermented dairy products confirmed higher specificity and sensitivity of PCR-test-system for the identification of lactic acid bacteria included in bacterial starter cultures.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Dyshlyuk, L.S. | Golubtsova, Yu.V. | Novoselovа, M.V. | Shevyakova, K.A., Kemerovo Inst. of Food Science and Technology

Проводили извлечение ДНК с применением коммерческих наборов "ПРОБА-ЦТАБ" и "Сорб-ГМО-А" и дополнительной фенольной экстракцией. В качестве основных характеристик сравнения были выбраны продолжительность центрифугирования (мин), температура инкубации (град. C) и продолжительность процесса выделения (ч). В ходе исследований установлено, что с применением коммерческого набора "Сорб-ГМО-А" процесс выделения ДНК происходит быстрее (продолжительность экстракции составила 1,00±0,01 ч). Продолжительность центрифугирования в случае применения набора "Сорб-ГМО-А" составила 9,50±0,06 мин, температура инкубации 60,00±0,36 град. С, тогда как продолжительность центрифугирования при использовании фенола и набора "ПРОБА-ЦТАБ" составила 23,00±0,14 мин и 16,00±0,09 мин соответственно. На основе спектрофотометрического анализа объектов растительного происхождения и продуктов питания на их основе были определены концентрации выделенной ДНК (0,35-0,45 мг/г) и степень чистоты ДНК (при А260/280 - 1,76-2,03). | DNA extraction was performed using commercial kits "PROBA-CTAB", "Sorb-GMO-A" and the additional phenol extraction. Centrifugation time (min), incubation temperature (deg. C) and the time of separation (h) were selected as the main characteristics of the comparison. The studies found that by using a commercial kit "Sorb-GMO-A" DNA extraction process conducts faster (extraction time was 1.00 ± 0.01 h). Centrifugation time in case of using "Sorb-GMO-A" set was 9.50 ± 0.06 min, incubation temperature was 60.00 ± 0.36 deg. C whereas centrifugation duration when using phenol and the "PROBA-CTAB" set was 23.00±0.14 min and 16.00±0.09 min, respectively. Based on the spectrophotometric assay of objects of plant origin and food products on their basis, the concentrations of the extracted DNA (0.35-0.45 mg/g) and the purity of the DNA (with А260/280 – 1.76-2.03) were determined.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Khrabrova, L.A. | Blokhina, N.V. | Ust'yantseva, A.V., All-Russia Research and Development Inst. of Horse Breeding, Ryazan region

Previously, it was showed that homozygosity degree (HD) on microsatellite loci (ML) in Thoroughbred horse is not based directly on inbreeding degree (ID). Further it was investigated ID effects in Orlov Trotter breed on individual level. Analysis was carried out of relationship between 16 ML HD (AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, VHL20) and inbreeding indicator in 1194 individuals from 14 leading horse-breeding studs and farms in Russia, including 19 stallions, 688 mares and 316 foals. Data on LEX3 loci, localized in X-chromosome, were not taken into account to obtain comparable results on homo-/heterozygosity degree in different sex horses. It has been determined that HD in Orlov Trotters varies within wide range (from 0 up to 75.00%) and has normal distribution with positive asymmetry coefficient As=0.186 and small negative excess Ex=-0.039. Most wide variability on HD was indicated in mild inbreeding horses (Fx=0.1-1.0%). HD in outbred horses also varied significantly, from 0 (100% heterozygosity) to 56.30. Previously, similar trend in Thoroughbred horses was shown. Average tested horses ID amounted to 1.61% by Wright`s inbreeding coefficient (Fx) in 5 generations in pedigrees and in fact remained unchanged over past 4 decades. Average inbreeding coefficient in sires and mares reached 1.65% and 1.67%, respectively, while in young stock was 1.45% only. Changes dynamics in HD with increase of ID in all sex and age compared horses groups had unidirectional trend of slowly increasing. Significant HD rise was noted only at inbreeding coefficient of 6.10% and more, on inbred depression margin for economically valuable traits. The coefficient of correlation between the HD of ML and the ID was 0.079 with the regression coefficient of 0.546. In all groups, it has been found an evident decline in the HD in Orlov Trotter horses when the inbreeding coefficient reached 5.1-6.0% due to complex inbreeding. | Ранее было показано, что у чистокровной верховой породы степень гомозиготности (СГ) по микросателлитным локусам (МЛ) не имеет прямой зависимости от степени инбридинга (СИ) в родословной. Далее было изучено влияние СИ на индивидуальном уровне у лошадей орловской рысистой породы. Проведен анализ взаимосвязи между СГ по 16 МЛ (AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, VHL20) и показателем инбридинга у 1194 особей из 14 хозяйств (ведущие конные заводы и племенные фермы) большинства регионов России (жеребцы-производители — 190 гол., матки — 688 гол., молодняк — 316 гол.). Данные по локусу LEX3, локализованному в Х-хромосоме, не учитывали, чтобы получить сопоставимые результаты по степени гомо-/гетерозиготности у лошадей разного пола. Было определено, что СГ орловских рысаков варьирует в широком интервале (от 0 до 75,0%) и имеет нормальное распределение при положительном коэффициенте асимметрии As=0,186 и не большом отрицательном эксцессе Ex=-0,039. Наибольший разброс показателей СГ зарегистрировали в группе лошадей с умеренным инбридингом (Fx=0,1-1,0%). СГ аутбредных лошадей также варьировала широко – от 0 до 56,3%. Ранее такая же закономерность была отмечена у лошадей чистокровной верховой породы. В среднем коэффициент инбридинга у протестированного поголовья составил 1,61% по Райту и практически не изменился за последние 40 лет. У продуцирующих жеребцов и маток он составил, соответственно, 1,65 и 1,67%, у рысистого молодняка — 1,45%. По мере увеличения коэффициента инбридинга СГ медленно возрастала во всех половозрастных группах лошадей. Заметное повышение СГ было выявлено только при СИ 6,10% и более (на границе инбредной депрессии по хозяйственно полезным признакам). Коэффициент корреляции между СГ МЛ и СИ составил 0,079, коэффициент регрессии — 0,546. Во всех исследованных группах орловских рысаков отмечалось снижение СГ при СИ 5,1-6,0%, что обусловлено применением комплексного инбридинга.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Sivolapov, A.I., Voronezh State Forestry Engineering Academy (Russian Federation) | Politov, D.V. | Belokon', M.M., Forest Protection Center of Voronezh Region (Russian Federation) | Belokon', Y.S., Russian Academy of Agricultural Sciences, Moscow (Russian Federation). The N.I. Vavilov Inst. of Common Genetics | Mashkina, O.S., Voronezh State Univ. (Russian Federation) | Tabatskaya, T.M. | Sivolapov, V.A.

One of authors of the article, Alexey I. Sivolapov, in 1976 selected two forms of gray poplar (Populus canescens Sm.) on floodplains of the Khoper and the Don rivers, registered for the first time in Russia as varieties and recommended for industrial cultivation. Allotriploid gray poplar Khopersky 1 in test cultures, situated on degraded black soils, in 26 years old, had a stock of 715 m3/ha. As a result of further comprehensive studies, it has been found that these forms are mixoploids, that contain in somatic tissue about 60–70%of triploid cells/ It has been revealed using cytologic analysis and genetic certification concerning come specifically selected microsatellites. Loci WPMS17, WPMS16, WPMS19, WPMS20 were used for composing of genotypes for 25 poplar samples. These loci can be recommended for using during certification of existing plantations, as well as new selected planting stock. The value of forms studied is a combination of high productivity, adaptability, and high processing quality of wood. Mathematical treatment of dendrometric indicators of poplar varieties has confirmed a significant effect of genotype on poplars' growth in diameter and height. Triploid poplars do not bear fruit, and breed by cuttings with difficulty, or do not breed at all; they can be propagated well in vitro only . This technology can be used for breeding commercially valuable forms and varieties of woody plants and creation of targeted forest plantations with prescribed properties of wood. For these purposes it is necessary identification and examination of markers-loci responsible for the individual economically valuable features of wood, which is possible using the methods of molecular genetic analysis. | Одним из авторов статьи (А.И. Сиволаповым) в 1976 году были отобраны 2 формы тополя сереющего (Populus canescens Sm.) в поймах рек Хопер и Дон, зарегистрированные впервые в России как сорта и рекомендованные для промышленного разведения. Аллотриплоидный тополь сереющий Хоперский 1 в испытательных культурах, размещенных на деградированном черноземе, в 26 лет имел запас 715 куб.м/га. В результате дальнейших комплексных исследований было установлено, что эти формы являются миксоплоидами с наличием в соматической ткани 60–70% триплоидных клеток, что было выявлено с помощью цитологического анализа и генетической паспортизации по отдельным, специально подобранным микросателлитным локусам. Составлены генотипы 25 образцов тополя по локусам WPMS17, WPMS16, WPMS19, WPMS20. Эти локусы могут быть рекомендованы для использования в паспортизации существующих плантаций и вновь отбираемого посадочного материала. Ценность изученных форм заключается в сочетании высокой продуктивности с адаптивностью и высокими техническими свойствами древесины. Математическая обработка дендрометрических показателей сортов тополей подтвердила значительное влияние генотипа тополей на их рост по диаметру и высоте. Триплоидные тополя не плодоносят и с трудом или совсем не размножаются черенкованием, но успешно поддаются размножению in vitro. Данная технология может применяться для размножения хозяйственно-ценных форм и сортов древесных растений и создания целевых лесных плантаций с заданными свойствами древесины. Для этого необходимо выявление и изучение локусов-маркеров, отвечающих за отдельные хозяйственно-ценные признаки древесины, что возможно с помощью методов молекулярно-генетического анализа.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Kudryashov, D.A. | Katorkin, S.A. | Aronova, E.V. | Burdinskaya, O.N. | Morgunov, Yu.P. | Gazaev, I.Kh. | Tsybanov, S.Zh. | Kolbasov, D.V., All-Russia Research and Development Inst. of Veterinary Virology and Microbiology, Vladimir region

Известно, что распространение вируса африканской чумы свиней (АЧС) происходит при алиментарной передаче возбудителя. При анализе комбикормов с использованием метода полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ) одно из требований заключается в тщательной очистке образцов от крупных частиц и различных химических примесей, которые могут ингибировать реакцию, изменять свойства сорбента и мембранных фильтров на стадии выделения нуклеиновых кислот. Разработали методику пробоподготовки с использованием мембранных фильтров для изучения возможности индикации ДНК вируса африканской чумы свиней в искусственно контаминированном комбикорме с помощью ПЦР. Для контаминации использовали кровь от свиньи, экспериментально зараженной вирусом АЧС (штамм Ставрополь 2009) с инфекционным титром 5,0 lg ГАЕ50/куб.см. Рабочие разведения вируссодержащего материала — 2,0; 3,0; 4,0 и 5,0 lg ГАЕ50/куб.см. Подготовка проб включала фильтрование через марлю, замораживание-оттаивание, низкоскоростное центрифугирование и разделение на фильтрах с диаметром пор 450 мкм. Последующее выделение ДНК вируса АЧС и ПЦР-РВ выполняли согласно инструкции по применению соответствующей разработанной тест-системы. Установлено, что в подготовленных предложенным способом пробах искусственно контаминированного комбикорма ДНК вируса АЧС выявляется в материале с титром вируса не менее 3,0 lg ГАЕ50/куб.см. Таким образом, включение в диагностическую схему рекомендуемой стадии подготовки проб, описанной выше, при анализе комбикорма позволяет получить очищенный от примесей и сконцентрированный материал, который может быть использован для дальнейших исследований на наличие ДНК вируса АЧС с помощью ПЦР-РВ. | For African swine fever (ASF) virus an alimentary transmission way is known to be characteristic. Under feed compound analysis by real-time PCR (RT-PCR), the samples must be free from large particles and chemical substances which can inhibit the polymerase reaction and influence the sorbent and membrane properties during nucleic acid isolation. We aimed to improve the feed compound processing technique by using membrane filters to prepare the samples for further RT-PCR indication of ASF virus. In the experiments, the feed was artificially contaminated by blood of a swine previously infected by the ASF virus Stavropol 2009 strain, the titer of 5.0 lg HAD50/cub.cm. Also the dilutions of 2.0, 3.0 and 4.0 HAD50/cub.cm were tested. During processing, the crud filtration, freezing-defrostation procedure, centrifugation and separation on membrane filters (450 mm) were applied. Then the ASF virus DNA isolation and PCR-RT were conducted using the developed test-system and procedure. It was found out that the ASF virus DNA can be detected by the proposed method in the feed compound when the titer of virus used for artificially contaminated is at least 3.0 lg HAD50/cub.cm. Thus, the modifying procedure of fodder sample preparation described hereinabove is effective to obtain purified and concentrated material for further ASF virus DNA analysis using PCR-RT.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2013

Rakina, Yu.А. | Valitov, F.R. | Dolmatova, I.Yu., Bashkir State Agrarian Univ., Ufa

Genetic marking at the DNA level enables to test male and female animals of any age. Alpha-lactalbumin (А-LA) is a Ca-binding protein important for transport of calcium and rich in amino acids, such as a building block cysteine. The А-LA polymorphic gene variants frequency in Black-and-White cattle breed was investigated. Different aged Black-and-White brood cows (n=444) of breeding stock were studied. A-LA genotyping was performed by PCR-RFLP method using endonuclease MhlI. In the studied DNA-probes there were 2 alpha-lactalbumin gene alleles - А-LAsup(А) and А-LAsup(В) were revealed and three genotypes were marked correspondingly - А-LAsup(АА), А-LAsup(АВ) and А-LAsup(ВВ). The highest milk yield was shown by the А-LAsup(ВВ) genotype cows (4991 kg), the highest fat and protein content was observed in the milk of the А-LAsup(АВ) genotype cows (correspondingly 3,54% and 3,48%), cows of 239 Poseidon line and 30587 A. Adam can be considered the same, their highest genotype frequency was 72% and 71,1% respectively. The most heat-resistant milk is from А-LAsup(АА) genotype cows (74.13, % of ethanol), the less heat-resistant milk is from the А-LAsup(ВВ) genotype cows (71.29% of ethanol). Rennet coagulation of milk is higher for the A-LAsup(АB) genotype cows (35.35 min), it is less for the A-LAsup(BB) genotype cows (33.81 min) (p0,05). Therefore, A gene variant of alpha-lactalbumin is proved to be associated with higher milk productivity and B gene variant - with higher content of fat and protein in milk. | Генетическое маркирование на уровне ДНК позволяет тестировать животных любого пола и возраста. Альфа-лактальбумин (А-LA) является кальций-связующим белком, который влияет на транспорт кальция и богат аминокислотами, такими как цистеин, который является строительным блоком. Изучена частота встречаемости полиморфных вариантов гена А-LA у крупного рогатого скота черно-пестрой породы. Материалом для исследования послужили племенные коровы маточного поголовья (n=444) разного возраста. Генотипирование по гену А-LA проводили методом ПЦР-ПДРФ с использованием эндонуклеазы MhlI. В изученных препаратах ДНК выявлено 2 аллеля гена альфа-лактоальбумина - А-LAsup(А) и А-LAsup(В) и, соответственно, отмечено наличие 3 генотипов - А-LAsup(АА), А-LAsup(АВ) и А-LAsup(ВВ). Установлено, что наибольшие надои молока были выявлены у коров с генотипом А-LAsup(ВВ) (4991 кг), а наиболее жирномолочными и белковомолочными оказались коровы с генотипом А-LAsup(АВ) (3,54% и 3,48% соответственно), к ним следует отнести коров линий Посейдона 239 и А.Адема 30587, у которых наибольшие показатели частоты генотипов (72% и 71,1% соответственно). Наиболее термоустойчивым является молоко животных с генотипом А-LAsup(АА) (74,13, % этанола), наименее - с генотипом А-LAsup(ВВ) (71,29% этанола). Сычужная свертываемость молока выше у коров с генотипом A-LAsup(АB) - 35,35 мин., меньше с генотипом A-LAsup(BB) - 33,81 мин. (p0,05). Исходя из этого следует отметить, что вариант А гена альфа-лактоальбумина достоверно ассоциирован с большей молочной продуктивностью, а вариант В - с повышенным содержанием жира и белка в молоке.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation