AGRIS - 

Data provenance by Country

2018

Nalbandyan, A.A. | Bogomolov, M.A., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

Rhizomania is one of the most dangerous sugar beet diseases of viral etiology. In viral-infected plants great metabolic changes take place that lead to worsening of the beet root technological qualities (decrease of its mass and sugar content). The reliable way to prevent rhizomania is to use the disease-resistant varieties and hybrids of sugar beet The selection of which is advisable to perform by molecular genetics methods. During the work the technique of extracting total DNA from plant material and conditions of polymerase chain reaction conduction have been optimized. Further with the help of PCR-assay, 6 domestic and foreign sugar beet hybrids have been tested and assessed for the presence of the Rz1 and Rz2 genes responsible for resistance to beet vein necrotic yellowing (BVNY) virus ( virus. Sites of plant genome, linkedly inherited with the resistance genes, have been revealed using 5 random single-stranded RAPD primers: AB 6-15 and OP-AN9 linked to the gene Rz1, and AB 2-2, AB 3-3, AB 9-3 linked to the gene Rz2. Distribution range of the identified alleles' lengths varied from 100 to 2000 b.p. Thus, the Rz1 and Rz2 genes responsible for resistance to BVNY virus are present in all the samples of sugar beet plants tested, therefore, they may serve a feedstock for selection for resistance to rhizomania. The tested screening technique can be used by breeders for molecular selection also of other sugar beet hybrids characterized by resistance to this disease. | Ризомания является одним из опаснейших заболеваний сахарной свеклы вирусной этиологии. У зараженных вирусом растений происходят глубокие метаболические изменения, приводящие к ухудшению технологических качеств корнеплода, снижению его массы и сахаристости. Надежным способом профилактики ризомании является использование устойчивых к данному заболеванию сортов и гибридов сахарной свеклы, отбор которых целесообразно осуществлять молекулярно-генетическим методом. В ходе работы были оптимизированы методика экстракции суммарной ДНК из растительного материала и условия проведения полимеразно-цепной реакции. Далее при помощи ПЦР-анализа были протестированы и оценены 6 гибридов сахарной свеклы отечественной и зарубежной селекции на наличие генов устойчивости к вирусу некротического пожелтения жилок (НПЖС) Rz1 и Rz2. Участки генома растений, наследуемые сцепленно с генами устойчивости, были выявлены с использованием 5 произвольных одноцепочных RAPD-праймеров: АВ 6-15 и OP-AN9, сцепленных с геном Rz1 и АВ 2-2, АВ 3-3, АВ 9-3, сцепленных с геном Rz2. Диапазон распределения длин идентифицированных аллелей варьировал от 100 до 2000 п.н. Таким образом, гены устойчивости к вирусу НПЖС Rz1 и Rz2 присутствуют у всех протестированных образцов растений сахарной свеклы, следовательно, они могут служить исходным материалом для селекции на устойчивость к ризомании. Опробованная методика скрининга может использоваться селекционерами для молекулярного отбора и других гибридов сахарной свеклы, характеризующихся устойчивостью к этой болезни.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Afonyushkin, V.N., Siberia Federal Scientific Center of Agrobiotechnology, Novosibirsk Region (Russian Federation) | Shirshova, A.N. | Shamovskaya, D.V. | Plomod'yalov, D.N. | Kozlova, Yu.N., Russian Academy of Sciences. Siberian Branch, Novosibirsk (Russian Federation). Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine

In spite of applying specific prophylaxis the occurrence of avian infectious bronchitis (AIB) caused by Coronavirus is progressively increasing. It is difficult to use antiviral drugs for treatment this disease in commercial poultry breeding. The effectiveness of suppressing reproduction of the AIB virus in bronchi and trachea of 2-week broiler chickens with Triviron based on synthetic ribonuclease was studied. The broilers were treated with an aerosol of 1% solution of this drug 3 times with an interval of 1 day with exposure of 10, 20, 40 or 60 min in a dose of 3ml/m3. The control group included 7 chickens; each of 4 test groups included 6 chickens. A statistically significant decrease in the concentration of the agent after the treatment of the chicks was established within 40 min. To estimate the aerosol accessibility with a drop diameter of about 10 um, the dynamics of accumulation of aerosol particles of marker DNA molecules in the trachea and bronchi was studied. The yield of the growth curve of the concentration of DNA marker on the plateau in the trachea began after 20 min exposure of the aerosol with. After a 40 min exposure the concentration of marker DNA in the bronchi increased. The coincidence of the dynamics of accumulation of aerosol particles in the bronchi and trachea with data on the reduction in the concentration of the IBC virus at different exposure confirms the consistency of the developed model for evaluating the effect of Trivirone on the AIB virus in the body of broiler chickens. The preparation and the method of its application are recommended for the treatment and prevention of AIV in broiler chickens. | Несмотря на широкое применение специфической профилактики, частота встречаемости инфекционного бронхита кур (ИБК), вызываемого вирусом р. Coronavirus, увеличивается. Применять противовирусные средства при данном заболевании в условиях промышленного птицеводства затруднительно. Изучена эффективность подавления репродукции вируса ИБК в бронхах и трахее 2-недельных цыплят-бройлеров препаратом Тривирон на основе синтетической рибонуклеазы. Птицу обрабатывали аэрозолем 1%-ного раствора препарата аэрозольно 3 раза с интервалом в 1 сутки с экспозицией 10, 20, 40 или 60 мин. в дозе 3 мл/м3. В контрольную группу было включено 7 цыплят, в 4 опытные – по 6. Установили статистически достоверное снижение концентрации агента после обработки цыплят в течение 40 мин. Для оценки доступности аэрозоля с диаметром капель около 10 мкм изучили динамику накопления маркерных молекул ДНК, которые вводили аэрозольно, при разных экспозициях, в трахее и бронхах. Выход кривой роста концентрации маркерных молекул ДНК на плато в трахее начинался с 20-й минуты экспозиции аэрозоля. После 40-минутной экспозиции концентрация маркерных молекул ДНК в бронхах повысилась. Совпадение динамики накопления частиц аэрозоля в бронхах и трахее с данными о снижении концентрации вируса ИБК при разных сроках экспозиции подтверждает непротиворечивость разработанной модели оценки действия Тривирона на вирус ИБК в организме цыплят-бройлеров. Препарат и способ его применения рекомендованы для лечения и профилактики ИБК у цыплят-бройлеров.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Fedulova, T.P., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

The results of studying genetic diversity of sugar beet (SB) initial lines are presented. Using RAPD-PCR method, molecular-genetic peculiarities of parent components of SB hybrids have been revealed. The greatest polymorphism has been determined in primers for the PAWS 5 and PAWS 17 moderately repeated DNA sequences to detect differences between genotypes. According to results of DNA-amplification using the mentioned random primers, the specific RAPD-spectra characterizing initial parental forms and some hybrids have been revealed. On the basis of the obtained data, molecular-genetic formulas have been created that reflect genetic structure of individual SB materials. The obtained data on molecular-genetic certification can be used for rapid (within 2–3 hours) identification of the investigated breeding materials and protection of breeders' copyrights. Using primers for moderately retried DNA sequences of the family R 173 (PAWS 5, PAWS 6, PAWS 16, PAWS 17) in polymerase chain reaction has allowed revealing of DNA fragments flanked by inverted repeats of terminal positions of retrotransposons and to determine specific characteristics of SB breeding materials (initial parental components and some hybrids). For 21 genotypes of SB (11 initial lines and 10 hybrids) the genetical profiles allowing their identification and distinguishing have been obtained using RAPD-method; genetic formulas have been created. To study breeding materials, the primers PAWS 5 and PAWS 17 have been selected as the most polymorphic and perspective for genotyping. Study of genetic polymorphism of SB breeding materials using four individual RAPD-primers has allowed revealing 172 bands in electrophoretograms of PTSR-products' separation for initial breeding materials. The experiment results have been used to determine a level of divergence between the investigated lines by clustering method. Genetic (Euclidean) distances have been calculated that vary from 1.0 to 3.87. Genetic distances have been determined, and clustering for 33 crossing combinations has been performed. | Изучали генетическое разнообразие исходных линий сахарной свеклы (СС). С использованием метода RAPD-PCR выявлены молекулярно-генетические особенности родительских компонентов гибридов СС. Наибольший полиморфизм установлен для праймеров (ПМ) к умеренно повторяющимся последовательностям ДНК PAWS 5 и PAWS 17 для выявления различий между генотипами. По результатам ДНК-амплификации с указанными ПМ выявлены специфические RAPD-спектры, характеризующие исходные родительские формы и некоторые гибриды. Составлены молекулярно-генетические формулы, отражающие генетическую структуру индивидуальных материалов СС. Полученные данные по молекулярно-генетической паспортизации могут быть использованы для быстрой (в течение 2–3 часов) идентификации исследованных селекционных материалов (СМ), защиты авторских прав селекционеров. Использование в полимеразной цепной реакции ПМ к умеренно повторяющимся последовательностям ДНК семейства R 173: PAWS 5, PAWS 6, PAWS 16, PAWS 17 выявило фрагменты ДНК, фланкированные инвертированными повторами терминальных участков ретротранспозонов и установило индивидуальные особенности СМ СС (исходных родительских компонентов и некоторых гибридов). Для 21 генотипа СС (11 исходных линий и 10 гибридов) с использованием RAPD-метода получены генетические профили, позволяющие их идентифицировать и различать, составлены генетические формулы. Для СМ, как наиболее полиморфные и перспективные для генотипирования, отобраны ПМ PAWS 5 и PAWS 17. Исследование генетического полиморфизма СМ СС с использованием 4 одиночных RAPD-ПМ позволило выявить 172 полосы на электрофореграммах разделения ПЦР-продуктов для исходных СМ. Результаты экспериментов использованы для определения уровня дивергенции между исследованными линиями методом кластеризации, были рассчитаны генетические расстояния (евклидовы), которые варьировали от 1,0 до 3,87. Все материалы кластеризовались на 2 группы. Определены генетические дистанции и проведена кластеризация для 33 комбинаций скрещиваний.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Getmantseva, L.V., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

Genome-Wide Association Studies (GWAS) are increasingly used in the investigation of the genetic architecture of the reproductive traits of pigs. Based on the results of these studies, there were identified 47 SNPs associated with the prolificacy of sows of European breeds (Large White, Yorkshire, Landrace), which are presented in the PigQTLdb database. The aim of this work is to develop a procedure for testing SNPs rs80867243 (SSC5), rs81379421 (SSC3), rs81236069 (SSC10) by PCR-RFLP and to evaluate their polymorphism in maternal pigs bred in the conditions of the Russian breeding industry. The research was carried out on Large White pigs (n = 60) and Landrace (n = 63). SNP positions were determined upon the last assembly of the pig genome (Sus scrofa 11.1) in the Ensembl database. The oligonucleotide primers and restriction endonucleases for identification of SNP by PCRRFLP were selected using Primer-BLAST and NEBcutter V2.0 programs, respectively. According to the results of molecular genetic studies, Landrace pigs are polymorphic in all investigated SNPs. The allele frequencies A and G for SNPs rs80867243, rs81379421 and rs81236069 were 0.81 and 0.19; 0.43 and 0.57; 0.21 and 0.79, respectively. In Large White pigs polymorphism was established for SNPs rs81379421 and rs81236069, the frequencies of alleles A and G were 0.07 and 0.93; 0.30 and 0.70, respectively. The methods of testing SNPs rs80867243, rs81379421 and rs81236069, which can be used in further studies on the pigs bred in breeding farms of the Russian Federation as well as in the study of associative connections of SNPs with reproductive traits are presented in the article. | Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) находят все большее применение при изучении генетической архитектуры репродуктивных признаков свиней. По результатам этих исследований установлено 47 SNPs, связанных с многоплодием свиноматок европейских пород (крупная белая, йоркшир, ландрас), которые представлены в базе данных PigQTLdb. Цель данной работы ‒ разработать методику тестирования SNPs rs80867243 (SSC5), rs81379421 (SSC3), rs81236069 (SSC10) методом ПЦР-ПДРФ и оценить их полиморфизм у свиней материнских пород, разводимых в условиях племенных хозяйств РФ. Исследования проводили на свиньях породы крупная белая (n = 60 гол.) и ландрас (n = 63 гол.). Позиции SNP определяли по последней сборке генома свиней (Sus scrofa 11.1) в базе данных Ensembl. Олигонуклеотидные праймеры и эндонуклеазы рестрикции для идентификации SNP методом ПЦР-ПДРФ подбирали с помощью программ Primer-BLAST и NEBcutter V2.0 соответственно. По результатам молекулярно-генетических исследований установлено, что свиньи породы ландрас полиморфны по всем исследуемым SNPs. Частоты аллелей A и G по SNPs rs80867243, rs81379421 и rs81236069 составили 0,81 и 0,19; 0,43 и 0,57; 0,21 и 0,79 соответственно. У свиней крупной белой породы установлено наличие полиморфизма по SNPs rs81379421 и rs81236069, частоты аллелей A и G составили 0,07 и 0,93; 0,30 и 0,70 соответственно. В работе представлены методики тестирования SNPs rs80867243, rs81379421 и rs81236069, которые могут быть использованы в дальнейших исследованиях на поголовье свиней, разводимых в племенных хозяйствах РФ, а также при изучении ассоциативных связей SNPs с воспроизводительными качествами.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Pochtovyj, A.A. | Krupin, P.Yu. | Divashuk, M.G. | Kocheshkova, A.A. | Sokolov, P.A. | Karlov, G.I., Russian State Agrarian Univ. Center for Molecular Biotechnology, Moscow

The DREB gene encodes the transcription factor DREB involved in the response of the plant to drought, salinity and heat. We studied the DREB1 orthologs in members of the genera Thinopyrum, Dasypyrum and Pseudoroegneria. Using primers designed on the basis of DREB1 conserved regions we amplified fragments of the DREB1 orthologs in Thinopyrum intermedium, Th. ponticum, Th. bessarabicum, Dasypyrum villosum, Pseudoroegneria spicata, and P. stipifolia. The obtained PCR products were cloned and sequenced. As a result, 30 unique sequences were shown to be highly homologous (92-98%) to the TaDREB genes of bread wheat. Between the sequences, we identified multiple single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and several large insertions/deletions. The resulting DNA sequences were translated in silico into hypothetical amino acid sequences. All nucleotide sequences found by us are capable of encoding a complete protein that has a DNA-binding domain specific for DREB AP2. Comparison of the amino acid sequences of the AP2 DNA-binding domain in the studied samples showed the presence of polymorphisms for individual amino acids. In all hypothetical amino acid sequences, except for one the sequence described, amino acids conserved for the DREB AP2-domain of cereals were found. We developed the CAPS marker P18_FokI, which in most cases can differentiate the DREB1 orthologs between wheat and wild relatives due to the presence of polymorphisms in the restriction sites, the fragment amplified from the genome of bread wheat has a size of about 570 bp. A DREB1 ortholog was localized in the homeological group 3 of Th. elongatum (3Je) using P18_FokI and a series of addition bread wheat lines with Th. elongatum chromosomes. | Ген DREB кодирует транскрипционный фактор DREB (dehydration-responsive element binding), участвующий в ответе растения на засуху, засоление, высокую температуру. В настоящей работе были получены последовательности ДНК генов-ортологов DREB1 у представителей родов Thinopyrum, Dasypyrum, Pseudoroegneria, а также разработан CAPS-маркер P18_FokI, которые позволяет различать ген пшеницы TaDREB1 и гены перечисленных видов. Проведена ПЦР с праймерами, соответствующими консервативным участкам гена DREB1, с целью амплификации фрагментов генов-ортологов DREB1 Thinopyrum intermedium, Th. ponticum, Th. bessarabicum, Dasypyrum villosum, Pseudoroegneria spicata, P. stipifolia, ПЦР-продукты клонированы и секвенированы. Получили 30 уникальных последовательностей с высокой степенью гомологии с генами TaDREB мягкой пшеницы (92-98%). Между выявленными последовательностями установлены множественные однонуклетидные полиморфизмы, обнаружены несколько крупных инсерций/делеций. Эти ДНК-последовательности были транслированы in silico в гипотетические аминокислотные последовательности. Все найденные нуклеотидные последовательности оказались способны кодировать полноценный белок, обладающий специфичным для DREB AP2 ДНК-связывающим доменом. Сравнение аминокислотных последовательностей AP2 ДНК-связывающего домена у изученных образцов показало наличие полиморфизмов по отдельным аминокислотам. Во всех гипотетических аминокислотных последовательностях, кроме одной, были выявлены консервативные для AP2-домена DREB-белков злаков аминокислоты. Был создан CAPS-маркер P18_FokI, который в большинстве случаев позволяет различать гены-ортологи DREB1 пшеницы и дикорастущих злаков благодаря наличию полиморфизмов по сайтам рестрикции; фрагмент, амплифицируемый с генома мягкой пшеницы, имеет размер около 570 п.н. Ген-ортолог DREB1 был локализован в третьей гомеологичной группе Th. elongatum 3Je с использованием P18_FokI и серии дополненных линий мягкой пшеницы с хромосомами Th. elongatum.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Nalbandyan, A.A. | Bezler, N.V., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

The aim of the work was to test and select genus-specific primer pairs for the reliable identification of nitrogen-fixing microorganisms - gram-negative bacteria of Azospirillum genus. In the work, the technique for extracting total DNA of bacterial isolates from their biomass (pure culture) has been modified. Experimental studies have been conducted on the selection of a genus-specific molecular marker for reliable identification. The conditions of the polymerase chain reaction (PCR) have been optimized. Amplification of total bacterial DNA with the primer Az16S-A F/Az16S-A R has revealed the presence of an amplicon measuring 640 bp in all studied numbers, which confirms that all three studied samples belong to Azospirillum genus. As a result of the experiments, the genus-specific primer Az16S-A F/Az16S-A R has been tested and selected, allowing isolating strains of Azospirillum genus in pure culture (3 strains). The obtained experimental data on the molecular marker allow the samples of the strains, whose affiliation to this genus is confirmed by PCR analysis, to serve as both positive and negative controls for further work with bacteria. | Целью работы являлось апробирование и подбор родоспецифических пар праймеров для достоверной идентификации азотфиксирующих микроорганизмов – грамотрицательных бактерий рода Azospirillum. В ходе работы была модифицирована методика экстракции суммарной ДНК изолятов бактерий из их биомассы – чистой культуры. Проводились экспериментальные исследования по подбору родоспецифического молекулярного маркера для надежной идентификации. Были оптимизированы и условия проведения полимеразно-цепной реакции (ПЦР). Амплификация суммарной ДНК бактерий с праймером Az16S-A F/Az16S-A R выявила у всех изучаемых номеров наличие ампликона размером в 640 п. н., что подтверждает принадлежность всех трех исследуемых образцов к роду Azospirillum. В результате проведенных экспериментов апробирован и отобран родоспецифический праймер Az16S-A F/Az16S-A R, позволивший выделить штаммы рода Azospirillum в чистой культуре (3 штамма). Полученные экспериментальные данные по молекулярному маркеру позволяют образцам штаммов, принадлежность которых к данному роду подтверждена ПЦР анализом, служить как положительным, так и отрицательным контролем при дальнейшей работе с бактериями

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Vaganova, A.N. | Frejlikhman, O.A. | Borisenko, S.V. | Roka, V.V. | Verbov, V.N., Research and Development Inst. of Epidemiology and Microbiology, Moscow

Ureaplasma diversum is an opportunistic pathogen of cattle, it is capable to colonize reproductive and respiratory systems. The most of ureaplasma carriage cases both in the reproductive and the respiratory tract are asymptomatic. Respiratory tract carriage is more specific for calves, while the ureaplasma carriage in the distal parts of the reproductive tract is more frequent in adult cattle. The purpose of the study was to compare the prevalence of U. diversum among heifers and cows of different ages within the single cattle-breeding farm. To assess U. diversum carriage frequency among cows and heifers smears from the surface of the mucous membranes of the vestibule of vagina were collected. Detection of U. diversum in the obtained clinical material was carried out by real-time PCR. As the result, the study found that the prevalence of carriage is significantly higher among the heifers (75%) than in adult cows (56.25%). At the same time, among adult cows the carrier frequency decreases significantly with increasing the number of calves. The results indicate a high significance of the contact pathway for the transmission of U. diversum, since the high frequency of the ureaplasma carriage in heifers that had not previously undergone insemination. In addition, they are consistent with data on the possibility of developing protective mechanisms against colonization with ureaplasmas. It is possible that the transferred diseases lead to the formation of weak immunity to repeated infection of U. diversum, therefore the frequency of carriage among young cows is higher than in older age groups. In addition, according to the obtained data, it is necessary to take into account the age structure of the group for assessment of the prevalence U. diversum carriage in the female cattle, since this factor may have a pronounced effect on the result of the epizootic examination. | Ureaplasma diversum — оппортунистический патоген крупного рогатого скота, способный к колонизации репродуктивной и респираторной систем. В большинстве случаев носительство уреаплазм как в репродуктивном, так и в респираторном тракте протекает бессимптомно. Носительство в респираторном тракте более характерно для молодняка, в то время как дистальные отделы репродуктивного тракта уреаплазмы заселяют преимущественно взрослых животных. Целью исследования было сравнение распространённости U. diversum среди нетелей и коров различного возраста в рамках одного животноводческого предприятия. Для оценки частоты распространения носительства U. diversum среди коров и нетелей у животных были отобраны мазки с поверхности слизистых оболочек преддверия влагалища. Выявление U. diversum в полученном клиническом материале проводилось методом ПЦР в реальном времени. В результате исследования было установлено, что распространённость носительства значительно выше среди нетелей (75%), чем среди взрослых коров (56,25%). При этом среди взрослых коров частота носительства значительно снижается с увеличением числа отёлов. Полученные результаты указывают на высокую значимость контактного пути передачи U. diversum, поскольку основная часть носителей уреаплазм являлась нетелями, которым ранее не проводилось осеменения. Кроме того, согласно полученным данным, при оценке распространённости носительства U. diversum среди коров следует учитывать возрастную структуру исследуемой выборки, поскольку этот фактор может оказать выраженное влияние на результат эпизоотологического исследования.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Kozyreva, N.G., The Ya.R. Kovalenko All-Russia Research and Development Inst. of Experimental Veterinary, Moscow

Presented are experimental data on the molecular diagnostics of retroviral infection induced by the bovine leukemia virus (BLV) using the PCR test system developed on the basis of the VIEV RAS multiplex PCR-RT. An analysis of 1189 blood samples of heifers from a farm of the Moscow region at the age of 0 to 3 months was carried out. Of them 710 animals were examined for virus carrying using the multiplex PCR-RT test system. Antibodies against BLV antigens were detected by the DPR method in the animal blood serum before taking colostrum. Antiviral DNA was isolated from 10 ml blood by kits "DNA-Sorb-V", "Ribo-Prep" (Russia). As positive PCR-RT control there was used DNA isolated from a freeze-dried preparation of positive control BLV antigen from the serological diagnostic kit by the DPR method. The OLIGO DNA/RNA primer analysis program, v.4.0 (W.Rychlik, 1989) and reference BLV genome sequence EF600696 were used at the stage of designing oligonucleotides. A tendency was revealed towards times reducing the perinatal contamination in the studied farm over a period. Clinical tests revealed a 3.2 times excess of relative sensitivity of the multiplex PCR-RT technique compared to the serological method (DPR) for investigation of young animals before talking colostrum. Refinement of the technique for the presented material shows a possibility of effectively using the designed oligonucleotides to detect BLV DNA by PCR-RT at perinatal infection in calves with early disease. | Приводятся экспериментальные данные по молекулярной диагностике ретровирусной инфекции, индуцируемой вирусом лейкоза крупного рогатого скота (ВЛКРС) с использованием разработанной на базе ФНЦ ВИЭВ тест-системы на основе полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ) в формате мильтиплекс. Проведен анализ 1189 образцов крови телок из хозяйства Московской области в возрасте от 0 дней до 3 мес. Из них 710 животных исследовали на вирусоносительство с использованием разработанной ПЦР-РВ тест-системы в формате мультиплекс. Антитела против антигенов ВЛКРС обнаруживали методом РДП с помощью набора ФГУП Курской биофабрики (Россия) в сыворотке крови животных до приема молозива. Провирусную ДНК выделяли из 100 мкл крови с помощью наборов "ДНК-Сорб-В", "Рибо-Преп" (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Россия). В качестве положительного контроля ПЦР-РВ использовали ДНК, выделенную из лиофилизированного препарата положительного контрольного антигена ВЛКРС из набора для серологической диагностики методом РДП. На этапе разработки дизайна олигонуклеотидов использовали программу OLIGO DNA/RNA primer analysis, v.4.0 (W.Rychlik, 1989) и референс-последовательность генома ВЛКРС - EF600696. Выявлена тенденция к снижению уровня перинатальной инфицированности в обследованном хозяйстве за определенный период в 3,0 раза. При проведении клинических испытаний обнаружено превышение в 3,2 раза относительной чувствительности методики ПЦР-РВ в формате мультиплекс по сравнению с серологическим методом (РДП) исследования молодняка до приема молозива. В процессе отработки методики на представленном материале показана возможность эффективного применения разработанных олигонуклеотидов для обнаружения ДНК ВЛКРС методом ПЦР-РВ при перинатальном заражении у телят на ранних стадиях заболевания.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Aleksandrov, O.S., Russian State Agrarian Univ., Moscow

Common hop is a valuable crop cultivated in many countries of the world. Hop-growing products are used in many branches of the national economy, primarily in bakery and brewing. In this connection, selection work and breeding of new hop varieties are conducted. To ensure correct results of this work, as well as to identify the variety of hop products, it is often necessary to make use of molecular marking. This paper describes the development of a new DNA marker to identify Saaz (a widely known Czech variety) and Istrinsky 15 (a Russian variety). The marker works by amplifying the target DNA fragment by means of PCR and subsequent hydrolysis of PCR-products with the BsuR I restriction enzyme. The length of the amplicon is 520 bp. The DNA marker has been tested in 45 samples from the collection of common hop varieties. The amplification of the target fragment has been observed in 8 samples - Istrinsky 15, Saaz, Marynka, Izabella, First Choice, Shinsu Wase, K 692266 and К 700216. After the restriction, most of the samples showed the same profile of the obtained fragments - 340, 240, 120, 90 and 80 bp. However, specific patterns of the restriction products have been detected for the Saaz and Istrinsky 15 varieties only. The pattern of Saaz has proved to be the simplest one as it includes 340 bp and 90 bp fragments only. The pattern of Istrinsky 15 includes the same 340 bp and 90 bp fragments as those of Saaz plus non-restricted fragments of PCR-products of 520 bp as well as a 500 bp fragment that has not been found in other varieties. | Продукция хмелеводства используется во многих отраслях народного хозяйства, прежде всего в хлебопечении и пивоварении. В связи с этим ведётся селекционная работа и выведение новых сортов хмеля. Для корректного ведения данной работы, а также для определения сортовой принадлежности хмелепродуктов часто необходимо прибегать к использованию молекулярного маркирования. Разработан новый ДНК-маркер для идентификации широко известного чешского сорта Saaz и сорта отечественной селекции Истринский 15. Работа маркера основана на амплификации целевого фрагмента ДНК методом ПЦР и последующего гидролиза ПЦР-продуктов с помощью эндонуклеазы рестрикции BsuR I. Длина амплифицируемого фрагмента составляет 520 п.о. Была проведена апробация разработанного ДНК-маркера на 45 образцах коллекции сортов хмеля обыкновенного. Было установлено, что амплификация целевого фрагмента наблюдается у 8 образцов - Истринский 15, Saaz, Marynka, Izabella, First Choice, Shinsu Wase, K 692266 и К 700216. После проведения рестрикции большинство образцов показало одинаковый профиль получаемых фрагментов - 340, 240, 120, 90 и 80 п.о. Однако специфический рисунок профиля продуктов рестрикции был выявлен для сортов Saaz и Истринский 15. Профиль Saaz был самым простым - содержал только фрагменты длиной 340 и 90 п.о. Профиль сорта Истринский 15 содержал те же фрагменты 340 и 90 п.о., характерные для Saaz, но имел и нерестрицированные фрагменты ПЦР-продукта длиной 520 п.о., а также фрагмент 500 п.о., не встречающийся ни у одного из сортов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Upadyshev, M.T., All-Russia Selection and Technological Inst. of Horticulture and Plant Breeding, Moscow

The prevalence of viral diseases of fruit and small fruit crops in Russia varies from 32 to 80% depending on the crop. The main ways to solve the problem of sanitation of horticultural crops from viruses in Russia are the creation of breeding and nursery centers and the introduction of a modern system of planting material certification. Virus diagnosis is an important task in breeding and nursery centers. Diagnosis is carried out by testing on indicators, using serological and molecular methods, electron microscopy. The methods of ELISA and PCR are increasingly used now. Modern methods of virus diagnostics must meet the requirements of high sensitivity, specificity, reliability, suitability for mass testing of samples. Diagnostic methods need to be adapted to the biological characteristics of specific cultures and types of viruses. For successful testing, the optimal timing and type of samples, the distribution of viruses in the plant, the composition of the extractive buffer, preventing the destruction of viruses, are of great importance. The optimal period of diagnosis of viruses on fruit and small fruit crops by ELISA in open ground in Central Russia is the period from the second half of May to the end of June. The advantage of PCR is the possibility of effective diagnosis of the virus in the tissues in the rest of the plants. Improvement of the PCR method should be carried out in the direction of increasing its productivity, reducing the stages, simplifying and improving the efficiency of procedures for the release of nucleic acids from plant material. Currently, All-Russian Research Horticultural Institute for Breeding, Cultivation and Nursery is working on the sanitation and identification of plants, which are free from malicious viruses: for 2011-2017 16 thousand analysis were made and 3 thousand of virus-free plants were selected. Diagnosis of viruses on fruit and small fruit crops is one of the most important stages in the breeding and nursery centers. | Распространенность вирусных болезней в условиях России варьирует от 32 до 80% в зависимости от культуры. Основными путями решения проблемы оздоровления садовых культур от вирусов являются создание селекционно-питомниководческих центров и внедрение современной системы сертификации посадочного материала. Важная задача этих центров - диагностика вирусов. Диагностика проводится путем тестирования на индикаторах, серологическими, молекулярными методами, электронной микроскопией. Все более широкое применение находят методы иммуноферментного анализа (ИФА) и полимеразной цепной реакции (ПЦР). Современные методы диагностики вирусов должны отвечать требованиям высокой чувствительности, специфичности, достоверности, пригодности для массового тестирования образцов. Методы диагностики необходимо адаптировать к биологическим особенностям конкретных культур и видам вирусов. Для успешного тестирования большое значение имеют оптимальные сроки отбора и вид образцов, распределение вирусов по растению, состав экстрагирующего буфера, предотвращающий разрушение вирусов. Оптимальным сроком диагностики вирусов на ягодных и плодовых культурах методом ИФА в условиях открытого грунта средней полосы России является период со второй половины мая до конца июня. Преимущество ПЦР - возможность эффективной диагностики вирусов в тканях, находящихся в состоянии покоя растений. Совершенствование метода ПЦР должно проводиться в направлении повышения его производительности, сокращения этапов, упрощения и повышения эффективности процедур выделения нуклеиновых кислот из растительного материала. Во Всероссийском селекционно-технологическом институте садоводства и питомниководства проводится работа по оздоровлению и выделению свободных от вредоносных вирусов растений: за 2011-2017 гг. выполнено 16 тыс. анализов на вирусы и отобрано 3 тыс. свободных от вирусов растений. Диагностика вирусов на плодовых и ягодных культурах является одним из самых важных этапов в работе селекционно-питомниководческих центров.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation