AGRIS - 

Data provenance by Country

2017

Fisinin, V.I., All-Russia Research and Technological Inst. of Poultry Breeding, Sergiev Posad

The high competition in the market of the world's poultry genetic material defines the importance of monitoring its origin and genetic consolidation. The aim of this work was to study polymorphism and genetic differentiation on microsatellite loci of turkeys' breeds of the Russian selection. The work was carried out at the North Caucasian Zonal Experimental Station for Poultry Breeding of North Caucasian Zonal Experimental Station for Poultry Breeding (Stavropol region). MLVA (multiple locus variable, number tandem repeats analysis) genotyping was performed on 12 VNTR loci (MNT9-MNT20). Blood samples were taken from turkeys of seven breeds: broad-chested white (n=12), North Caucasian bronze (n=12), North Caucasian white (n=9), North Caucasian silvery (n=15), Moscow white (n=12), Tikhoretsk black (n=10), Uzbek buff (n=8). 3 loci (MNT11, MNT15, MNT17) of 12 investigated VNTR loci were monomorphic, and 6 loci (MNT9, MNT10, MNT12, MNT14, MNT19 and MNT20) had two alleles each. For MNT16, 3 alleles were revealed, and only MNT13 and MNT18 produced 4 alleles each. 21 of 26 identified alleles have not been previously described or deposited in specialized international databases that specifies in originality of the investigated Russian turkey breeds. Phylogenetic analysis of genetic distances allowed to allocate two unequal clusters. The cluster I is formed by a part of broad-chested white genotypes and from all genotypes of Uzbek buff breed. The cluster II is formed by two large groups - C (genotypes of North Caucasian bronze, North Caucasian white and broad-chested white breeds) and D (genotypes of Tikhoretsk black, North Caucasian silvery and Moscow white breeds). The specifics of genetic differentiation of turkey breeds of the Russian selection are caused by history of their origin and participation of a gene pool of one breed in creation of the others. | В мировом птицеводстве жесткая конкуренция на рынке генетического материала определяет важность контроля его происхождения и генетической консолидированности. Цель настоящей работы заключалась в изучении полиморфизма и генетической дифференциации по микросателлитным локусам у пород индеек российской селекции. Исследования выполняли на породах, разводимых в Селекционно-генетическом центре Северо-Кавказской зональной опытной станции по птицеводству (Ставропольский край). MLVA (multiple locus variable, number tandem repeats analysis) генотипирование проводили по 12 VNTR-локусам (MNT9-MNT20). Пробы крови отбирали у индеек 7 пород: белой широкогрудой (n = 12), бронзовой северокавказской (n = 12), белой северокавказской (n = 9), серебристой северокавказской (n = 15), московской белой (n = 12), черной тихорецкой (n = 10), узбекской палевой (n = 8). Из 12 исследованных VNTR-локусов 3 оказались мономорфными (MNT11, MNT15, MNT17), в 6 было выявлено по 2 аллеля (MNT9, MNT10, MNT12, MNT14, MNT19 и MNT20). В локусе MNT16 обнаружили 3 и лишь в двух VNTR-локусах (MNT13 и MNT18) - по 4 аллеля. Из 26 выявленных аллелей 21 ранее не был описан и не аннотирован в специализированных международных базах данных, что указывает на генетическое своеобразие исследованных российских пород индеек. Филогенетический анализ с построением дендрограммы генетических дистанций позволил выделить два неравнозначных кластера. Первый кластер был образован частью генотипов белой широкогрудой и всеми генотипами узбекской палевой породы, второй сформировали 2 крупные группы - C (генотипы пород бронзовая северокавказская, белая северокавказская и белая широкогрудая) и D (генотипы пород черная тихорецкая, серебристая северокавказская и московская белая). Особенности генетической дифференциации пород индеек российской селекции обусловлены историей их происхождения и участием генофонда одних пород в создании других.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Karasev, E.S. | Chizhevskaya, E.P. | Simarov, B.V. | Provorov, N.A. | Andronov, E.E., All-Russia Research and Development Inst. of Agricultural Microbiology, St. Petersburg

We applied modified phylogenetic analysis method of building meta-trees to study the evolutional patterns of various groups of symbiotic genes (nod-genes control the formation of nodules and nif/fix-genes control symbiotic nitrogen fixation). The method consists in the pairwise comparison of topologies and construction combined dendrograms ("meta-trees"), where the relative position of the two trees is a measure of corresponding gene phylogenies congruence. Homologues of 18 symbiotic genes (nodABCDIJN, nifABDEHKN, fixABC, fdxB) are present in each test organism (nine strains belong to the genera Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Rhizobium, Sinorhizobium and Neorhizobium). These genes were selected for the implementation of this method, as well as the gene 16S rRNA as a traditional taxonomic chromosome marker. We constructed and compared phylogenetic trees for all these genes and then calculated the pairwise similarity coefficients for their topologies. According to the obtained data, we built a meta-tree, and there were two statistically distinct gene clusters identified within. Cluster 1 includes mainly nif- and fix-genes and cluster 2 - mostly nod-genes, that is related to the data of separate localization of these gene groups in the rhizobial genomes. The exception is the arrangement of nifB and fixC genes with nodA in cluster 2, as well as co-localization of nodI and nifD in cluster 1. During the identified clusters structure analysis we found strong relationship between the relative gene position and the characteristics of their genome localization in nodule bacteria. Importantly, the differences between clusters 1 and 2 are not expressed less clearly than the differences between nod- and nif/fix-gene groups. | Для изучения закономерностей эволюции различных групп симбиотических генов (nod-генов, контролирующих образование клубеньков, nif/fix-генов, контролирующих симбиотическую азотфиксацию) был применен модифицированный нами метод филогенетического анализа - построение метадеревьев. Суть метода заключается в попарном сравнении топологий дендрограмм и построении комбинированных дендрограмм (метадеревьев), на которых относительное положение двух деревьев является мерой конгруэнтности филогений соответствующих генов. Для реализации данного метода были выбраны 18 симбиотических генов (nodABCDIJN, nifABDEHKN, fixABC, fdxB), гомологи которых присутствуют у каждого из исследуемых организмов (9 штаммов, относящихся к родам Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Rhizobium, Sinorhizobium и Neorhizobium), а также ген 16S рРНК - традиционный хромосомный таксономический маркер. Для каждого из этих генов были построены и сопоставлены филогенетические деревья, затем были рассчитаны коэффициенты попарного сходства их топологий. По полученным данным было построено "метадерево", в пределах которого были выявлены два статистически различающихся кластера генов. В кластер 1 вошли преимущественно nif- и fix-гены, а в кластер 2 - преимущественно nod-гены, что согласуется с данными о раздельной локализации этих групп генов в геномах ризобий. Исключением было расположение генов nifB и fixC в кластере 2 вместе с геном nodA, а также локализация гена nodI в кластере 1 вместе с геном nifD. При анализе структуры выявленных кластеров не было обнаружено строгой зависимости между относительным положением изучаемых генов и особенностями их локализации в геномах клубеньковых бактерий. Различия между кластерами 1 и 2 выражены не менее четко, чем различия между группами nod- и nif/fix-генов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Glotov, A.G. | Koteneva, S.V. | Glotova, T.I., Siberia Federal Scientific Center of Agrobiotechnology. Institute of Experimental Veterinary of Siberia and the Far East, Novosibirsk Region

Bovine viral diarrhea is a viral disease of cattle. Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is considered as prototype member of the Pestivirus genus. The disease is caused by two different viruses BVDV1 and BVDV2. Studies on genetic polymorphism of viruses in Russia are insufficient. The aim of this work was a phylogenetic analysis of two types of BVDV circulating in the big dairy farms in five regions of Siberia and Northern Kazakhstan based on the nucleotide sequence of highly conserved region of the genome, 5′-untranslated region (5'-UTR). Specific prevention on the disease was not carried out in these regions before. The local and imported cattle revealed the circulation of the six subtypes of BVDV1 (a, b, c, g, p, k), the presence of mixed subtypes: 1d/1n/1u and BVDV2. Predominant subtype was 1b. The number of BVDV1 was as follows: 1a, 1c, 1d/1n/1u and 1p at 3.85%; 1g – 15.38%, 1k – 7.69% and BVDV2 – 11.54%. Distribution of viruses had geographical differences. BVDV1b, BVDV1p, BVDV1g, BVDV1k and mixed subtypes 1d/1n/1u often detected in sick or persistently infected animals in farms with respiratory diseases. BVDV 1c was found in the serum of persistently infected heifer without clinical symptoms. BVDV1a and BVDV2 shed from animals with reproduction pathology, aborted fetuses and stillbirth calves. Results of the studies on the molecular epidemiology of BVDV can be used to select and to optimize control strategies and measures, and to make decisions on the vaccines usage in a particular region. | Вирусная диарея – болезнь слизистых оболочек (BVDV) – контагиозное заболевание крупного рогатого скота, вызываемое 2 прототипными членами рода Pestivirus:  BVDV1 и BVDV2. Исследование их генетического полиморфизма в России недостаточно. Целью работы был филогенетический анализ вирусов на основе секвенирования высококонсервативной области генома – 5'-нетранслируемого региона (5'-UTR), циркулирующих среди высокопродуктивного молочного скота в 5 регионах Сибири и в Северном Казахстане где на момент исследований специфическая профилактика болезни не проводилась. В результате от местного и завозного скота выделили 6 субтипов вируса первого типа (a, b, c, g, p, k), вируса второго типа, а в одном случае наличие смешанных субтипов BVDV1: 1d/1n/1u. Преобладающим субтипом являлся 1b (50% положительных проб). Количество субтипов BVDV1 было следующим: 1a, 1c, 1d/1n/1u и 1p по 3,85%; 1g – 15,38%, 1k – 7,69% и BVDV2 – 11,54%. Распространение типов и субтипов вирусов имело географические различия. BVDV1b, BVDV1p, BVDV1g, BVDV1k и смешанные субтипы 1d/1n/1u чаще выявляли у больных или персистентно инфицированных животных в хозяйствах, неблагополучных по респираторным болезням. BVDV 1c обнаружили в сыворотке крови одной персистентно инфицированной нетели без проявления клинических симптомов. Субтип 1а и тип 2 вируса установили у животных с патологией воспроизводства, у абортированных плодов и мертворожденных телят. Результаты исследования по молекулярной эпизоотологии вируса BVDV можно использовать для выбора и оптимизации стратегии контрольных мероприятий и решения вопроса о применении вакцин в конкретном регионе.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2016

Silantyeva, M. M.

This article contains an overview of some theoretical ideas of R. V. Kamelin in florology and florogenetics. The definition of key terms: flora, florogenetics method and management features of floristic zoning | Приводится обзор некоторых теоретических идей Р. В. Камелина в области флорологии и флорогенетики. Дается определение ключевых терминов: флора, флорогенетический метод, и точка зрения Р.В. Камелина на особенности флористического районирования

Show more [+]

Less [-]

Altai State University - Russian Federation

2015

Kimeklis, A.K. | Safronova, V.I. | Kuznetsova, I.G. | Sazanova, A.L. | Belimov, A.A. | Pinaev, A.G. | Chizhevskaya, E.P., All-Russia Research and Development Inst. of Agricultural Microbiology, St. Petersburg

В горах Армении, Дагестана и Северной Осетии были найдены и собраны образцы эндемичного бобового растения Vavilovia formosa (Stev.) Fed. с клубеньками, из которых впоследствии получены изоляты клубеньковых бактерий (ризобий). Были выбрали 19 штаммов быстрорастущих ризобий, выделенных из клубеньков 10 растений, чтобы определить их видовую принадлежность, выявить географическую изоляцию, а также охарактеризовать генетическую обособленность выделенных штаммов по отношению к ризобиям, имеющим других растений-хозяев из трибы Fabeae. Были просеквенированы один из фрагментов ITS (internally transcribed spacer) длиной 1000-1300 п.н. и фрагмент гена nodA длиной 666 п.н., а также проведен скрининг штаммов на наличие гена nodX, контролирующего хозяйскую специфичность ризобий. Выявлено, что все изученные штаммы принадлежат к виду Rhizobium leguminosarum (биовар viciae). ITS-дендрограмма выявила относительно высокую гетерогенность внутри группы изолятов, однако на nodA-дендрограмме они, напротив, формировали очень компактную группу. Вероятно, ген nodA, сцепленный с генами хозяйской специфичности у ризобий, может активно переноситься в популяциях R. leguminosarum, обеспечивая свободное комбинирование специфичности к вавиловии с различными вариантами бактериальной хромосомы. Сравнение генетических расстояний по ITS для изолятов из 3 регионов указывает на дивергенцию микросимбионтов вавиловии, связанную с географической изоляцией. Данные по генетическим расстояниям для гена nodA, а также присутствие гена nodX у всех изученных штаммов R. leguminosarum указывают на наличие хозяйской обособленности изученных штаммов внутри биовара viciae. Полученные корреляции происхождения штаммов со структурой гена nodA отражают наличие высокоспецифичных взаимодействий каждой группы штаммов R. leguminosarum со своими растениями-хозяевами, тогда как корреляции со структурой локуса ITS свидетельствуют об адаптации ризобий к почвенной среде обитания. | Three expeditions to the mountain regions of Armenia, Dagestan and North Ossetia succeeded in finding and collecting plants of Vavilovia formosa (Stev.) Fed. with its nodules, from which rhizobia isolates were obtained later. It was chosen nineteen fast-growing isolates, derived from ten plants' nodules, to identify their species affiliation, to trace geographical isolation and also to try to track down its genetic differences from rhizobia, which nodulate other plants of tribe Fabeae. To make this we sequenced internally transcribed spacer (ITS) fragment and nodA gene, and made screening of the isolates for the presence of nodX gene, which controls rhizobia host specificity. Results of ITS sequencing showed that all strains involved in the analysis belong to R. leguminosarum (bv. viciae) species. ITS-dendrogram shows relatively high heterogeneity of isolates, but on nodA-dendrogram they form a very compact group. Probably, nodA gene, chained with the genes of host specificity, can be easily transferred within the populations of R. leguminosarum, providing unlimited combinations of specificity to vavilovia with different variants of bacterial chromosome. Comparison of genetic distances based on ITS-sequences for the isolates derived from three regions shows tendency to geographic isolation between them. Data on nodA-based genetic distances along with the presence of nodX gene in the genomes of all R. leguminosarum strains in this study point out the presence of its host specificity within biovar viciae. It seems that correlation between strain origin and the genetic structure of nodA reflects presence of highly specific interactions among each group of R. leguminosarum strains with their plant-hosts, whereas correlations with the structure of ITS-loci reflect rhizobia adaptation to soil environment.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Imatdinov I.R. | Balysheva V.I. | Ponomarev V.N. | Kapustina O.V.

Возможность распространения лихорадки долины Рифт (ЛДР) в Азию и Европу в последние десятилетия вызывает серьезные опасения. Целью представляемой работы стало изучение молекулярно-биологических свойств аттенуированного вируса ЛДР штамм 1974-ВНИИВВиМ. Результаты исследований показали, что в перевиваемых культурах клеток почки сайги (ПС), почки зеленой мартышки (CV-1) и почки сирийского хомячка (ВНК-21/13) вирус накапливается в высоких титрах при инфекционной активности 8,23±0,21 lg MLD50/см3 и антигенной активности в реакции пассивной гемагглютинации в разведениях 1:64-1:128. Отработаны параметры культивирования вируса роллерным методом в культуре клеток ПС: скорость вращения культуральных бутылей — 12-15 об/ч, доза заражения — 0,01-0,001 MLD50/кл, рН 6,4-6,8 в первые 12 ч культивирования. Последующее поддержание рН в пределах 7,2-7,6 в течение 48-72 ч при 37 град. С обеспечивает получение вирусного сырья с высокой инфекционной и антигенной активностью. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей трех участков S- и M-сегментов вирусного генома позволил установить высокую степень родства штамма 1974-ВНИИВВиМ с известными штаммами Smithburn и Entebbe. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей генов, кодирующих гликопротеины Gn и Gc и нуклеопротеин N, показал, что большая часть замен в последовательностях указанных генов у штамма 1974-ВНИИВВиМ вируса ЛДР синонимичны и не приводят к изменению первичных аминокислотных последовательностей, вставки и делеции отсутствуют. В нуклеотидной последовательности, кодирующей гликопротеин Gn, нами выявлены 8 замен относительно аналогичной последовательности М-сегмента генома у вирулентного штамма Entebbe и 14 замен при сравнении с М-сегментом у штамма Smithburn. У штамма 1974-ВНИИВВиМ по сравнению с другими аттенуированными штаммами установлено низкое число значимых аминокислотных замен в антигенных компонентах вируса ЛДР. (Табл. 1. Ил. 3. Библ. 31) | In recent decades, a threat of spreading Rift Valley fever (RVF) to Asia and Europe raises serious concerns. This work was aimed at molecular and biological characterization of an attenuated RVF virus (RVFV) strain 1974-VNIIVViM. The results of the investigations showed that the virus accumulated in continuous cell cultures like saiga kidney (SK), Siberian mountain goat kidney (PSGK-60) and MDVK (calve kidney cell culture) at high titers with infectious (8.53±0.21 lg MICLD50/cm3) and antigenic (1:64 to 1:128 in the passive hemagglutination test) activity levels. We determined optimal regime of the virus growth in BHK-21/13 (Syrian hamster kidney cell culture) using a roller culture method: the culture bottle rotation speed of 12 to 15 r.p.h., the infection dosage of 0.01 to 0.001 MLD50/cell, the first 12 hours of the culture at pH = 6.4 to 6.8. Further, pH is maintained at 7.2 to 7.6 for 48 to 72 hours of culture at 37 deg С, which provides the raw virus production at high infectivity and antigenicity levels. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of 3 sites in S and/or M segments showed that it was closely related to strains Smithburn and Entebbe. Comparative analysis of nucleotide sequences of genes encoding glycoproteins Gn and Gc, and the nucleoprotein N, shows that most of the substitutions in the sequences of the genes of the RVFV strain 1974-VNIIVViM are synonymous and do not alter the primary amino acid sequence, with insertion and deletion missing. In the nucleotide sequence encoding glycoprotein Gn we found 8 substitutions relative to a similar sequence of M segment of a virulent strain Entebbe, and 14 substitutions when compared with M segment of strain Smithburn. A lower (as compared with other attenuated strains) amount of significant amino acid substitutions in RVFV antigenic components was revealed.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Gulyukin, A.M. | Shabejkin, A.A. | Zajkova, O.N. | Polyakova, I.V. | Zaberezhnyj, A.D., The Ya.R. Kovalenko All-Russia Research and Development Inst. of Experimental Veterinary, Moscow

The epizootic situation on rabies in the Republic of Tatarstan based on data of 2013-2014 is considered. Using the methods of molecular epizootology the species and number content of the animals with the laboratory-based confirmed infection was analyzed, and phylogenetic analyses of the rabies agents isolated in various regions of the republic was done. The sickness rate, coefficient of focality, and infection rate were calculated. These parameters were rather high, thus confirming the epidemic situation on rabies in Tatarstan. The G gene fragment of rabies field isolates from Tatarstan was sequenced and compared with similar fragment from reference strains. A comparative analysis showed no genomic differences in nucleotide and amino acid sequences between the field isolates. The difference in nucleotide sequence between field and reference strains was as high as 8%, while in their amino acid sequences no difference was found. This suggests high selective pressure on the amino acid structure of the analyzed fragments. Since live vaccines are widely used to control rabies in wild animals, it is necessary to check potential reversion of vaccine strains to the virulent one. In the enzootic area of Tatarstan rabies was determined to be eventual and natural focal infection. Nozoologic maps were developed in a computed geo-informational system and the vector of epidemic process in the Republic of Tatarstan within 2013-2014 was determined. | Рассмотрена эпизоотическая ситуация по бешенству в Республике Татарстан по данным за 2013-2014 гг. Методами молекулярной эпизоотологии проанализирован видовой и количественный состав животных с лабораторно подтвержденным заболеванием и проведен филогенетический анализ изолятов возбудителя из различных районов республики. Рассчитаны показатели: индекс заболеваемости, коэффициент очаговости и индекс неблагополучия. Они оказались достаточно высокими, что подтверждает факт неблагополучия Республики Татарстан по бешенству. Определена нуклеотидная последовательность фрагмента гена G полевых изолятов вируса бешенства из Республики Татарстан. При сравнении нуклеотидных и аминокислотных последовательностей исследуемых изолятов между собой практически не выявлено геномных отличий. При сравнении исследуемых проб с референтными штаммами было выявлено около 8% отличий в последовательности нуклеотидов, но при сравнении последовательностей аминокислот отличий не выявлено, что показывает селективное давление на структуру аминокислот, кодируемую в данном фрагменте. Так как главную роль в борьбе с бешенством играют регулирование численности и оральная иммунизация диких животных живой вакциной, возможна реверсия вакцинного штамма к вирулентному. Сделан вывод, что на территории Республики Татарстан бешенство является эвентуальным природно-очаговым заболеванием. В геоинформационной системе были созданы нозологические карты и определен вектор продвижения эпизоотии по территории республики в 2013-2014 гг.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Zhivotovsky, L.A.

The lecture presents genetic data on the evolution and phylogeny of salmonids (Salmonidae), with emphasis on Pacific salmon and trout. Published material on nucleotide sequences of various fragments of mitochondrial and nuclear DNA as well as on mobile genetic elements (SINE elements) are attracted; the arguments for autopolyploidy origin of salmonid fishes are given. The role of genomic changes in the evolution, particularly whole-genome tetraploidy, is discussed. The natural origin of the genetic history of Salmonidae is whole-genome duplication, WGD4, that had occurred soon after separation from Esociformes (from 70 to 96 billion years, according to different estimates). A phylogenetic tree of Salmonidae is presented, as a compromise of different partial phylogenetic schemes, with time estimates of the events based on molecular data and with ties to a stratigraphic scale. Here is presented a more detailed phylogeny of the subfamily Salmoninae, which suggests that Salvelinus is a sister genus to Pacific salmon and trout. The mutual status of Pacific salmon and trout and systematic position of masu salmon Oncorhynchus masou is considered. The morphological and molecular phylogenies are compared to each other, and their incomplete correspondence is discussed. The arguments are considered in favor of freshwater origin of the branch leading to Salmonidae, which goes back to the time before the separation between Esociformes and Salmonidae. The detailed structure of the material, characterization of major phylogenetic events in the history of salmonid fishes, discussion of ‘pluses’ and ‘minuses’ of different phylogenetic methods, a brief general description of Pacific salmon and trout, and a large list of literature makes this review useful for students and graduate students in various areas: ichthyology, paleontology, evolution, genetics

Show more [+]

Less [-]

Russian Federal Research Institute of Fisheries and Oceanography - Russian Federation

2014

Baranova, T.V., Voronezh State Univ.

Исследован участок ITS1-ITS2 (Internal Transcribed Spacer, между 18Sи 25S рибосомальными генами, включающий 5.8S ген) последовательностей ядерной ДНК рода Rhododendron L. Работа предусматривала проведение дополнительного анализа ITS1-ITS2 последовательностей, выявление филогенетических связей и обобщение данных по филогении видов рода Rhododendron L. по результатам исследований других авторов с использованием молекулярных и классических методов. Анализ последовательности рибосомального спейсера выявил низкую вариабельность между видами рода Rhododendron серии Dauricum. Rh. mucronulatum Turcz., Rh. dauricum L. и некоторые другие изучаемые виды имели идентичную нуклеотидную ITS1-ITS2 последовательность, указывающую на искусственность разделения их в отдельные виды. Обнаружены виды, отличающиеся друг от друга на 1–2 или несколько нуклеотидов, что дает возможность предполагать их филогенетическую общность и не исключает принадлежности к одной таксономической единице. По результатам анализа ITS1-ITS2 последовательностей выделено 16 групп видов со сходной последовательностью ITS1-ITS2. При сравнении морфологических описаний некоторых видов рода Rhododendron L. со сходной последовательностью ITS1-ITS2 отмечаются их небольшие различия. На основании результатов молекулярно-генетического анализа предполагается принадлежность Rhododendron dauricum L., Rh. ledebourii Pojark., Rh. sichotense Pojark. и Rh. mucronulatum Turcz. к одному виду. Установление филогенетических связей на основе последовательностей ITS1-ITS2 применимо только в отношении сильно обособленных видов рода Rhododendron L. Для уточнения филогенетических связей рода Rhododendron L. необходимо расширить сравнительный анализ ДНК-последовательности для других универсальных генов или сложных повторов (ретротранспозоны). | The first and second internal transcribed spacer (ITS1 and ITS2) regions of the ribosomal DNA and 5.8S rRNA gene from Rhododendron L. were analysed. This study reveals phylogenetic relationships and collation of data on the phylogeny of the genus Rhododendron L. according to the research of other authors using molecular and classical methods. Sequence analysis of ribosomal spacer showed low variability between species of the genus Rhododendron series of Dauricum. Rh. mucronulatum Turcz., Rh. dauricum L. and some other studied species had identical nucleotide ITS1-ITS2 sequence indicating the artificial division into separate species. Found species differing from each other by 1-2 or few nucleotides, which allows assuming their common phylogenetic affiliation or excluding one taxonomic unit. According to the analysis of ITS1-ITS2 sequences identified 16 groups of species with similar sequence ITS1-ITS2. When comparing the morphological descriptions of some species of the genus Rhododendron L. with a similar sequence of ITS1-ITS2 marked their small differences. Based on the results of molecular genetic analysis it has been assumed that Rhododendron dauricum L., Rh. ledebourii Pojark, Rh. sichotense Pojark and Rh. mucronulatum Turcz belong to the same species. The establishment of phylogenetic relations based on sequence ITS1-ITS2 is applicable only in respect of highly isolated species Rhododendron L. To clarify the phylogenetic relationships of the genus Rhododendron L. necessary to expand the comparative analysis of the DNA sequences of universal genes or complex repeats elements (retrotransposons).

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Babich, O.O., Kemerovo Inst. of Food Science and Technology

The results of the analysis of DNA sequences encoding L-phenylalanine ammonia-lyase (PAL) synthesis, performed to obtain universal primers complementary to conserved regions of the pal gene, are presented. The fragment of pal gene was amplified in organisms under study. Nucleotide sequence of the pal gene in microorganisms exhibiting L-phenylalanine ammonia-lyase activity was determined by DNA sequencing. The results of its comparison with the corresponding sequences of known species are presented. Phenotypic characteristics and biochemical properties of selected cultures were studied. A research aimed to choose a superproducer strain of L-phenylalanine ammonia-lyase was conducted. It was found that L-phenylalanine ammonia-lyase synthesis was the most active in the following strains: Aureobasidium pullulans Y863, Rhodosporidium infirmominiatum Y1569, Candida glabrata Y2813, Candida maltose Y242, Debaryomyces robertsiae Y3392, Rhodosporidium diobovatum Y1565, Rhodotorula lactose Y2770, Saccharomyces cerevisiae Y1127, Tilletiopsis washingtonensis Y1650, Torulopsis apicola Y566, Tremella foliacea Y1624, Rhodotorula rubra Y1193, and Debaryomyces castellii Y968. This allows recommending them for further research aimed to obtain the enzyme preparation of L-phenylalanine ammonia-lyase.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation