AGRIS - 

2016

Basonov Оrest А. | Кrasavtsev Yury F. | Коzminskaya Alisa S.

3) the developed model of forecasting the level of genomic mutations may be recommended for estimation of genetic burden in populations of agricultural animals and selection of animals with the lowest genetic burden. | 2) при формировании половозрастных групп следует учитывать различную резистентность и адаптивность у животных разного возраста | 2) in the formation of age-sex groups there should be considered various resistibility and adaptability of animals of different ages | Chromosomal anomalies (chromosomal and genomic mutations) is a convenient «object» of monitoring, it this case both mass examinations and selective screening (e.g., risk groups) are possible. The proposed models are based on the assessment of age variability of karyotype. In the retrospective analysis (30 years) of chromosomal variability there was used private and literature data on different breeds of pedigreed pigs of different age and direction of productivity. Modeling was carried out on the basis of basic averaged characteristics of cytogenetic parameters. A combination of measurements was presented in the form of the function (Y1 – level of karyotype variability) of age (X). Single-factor regression model was used in forecasting. Allowable approximation error was 5-10%. Evaluation of trends stability shows that the forecasted function is chosensuccessfully. The possibility of extrapolation beyond the observed values confirms the compliance of functions with biological essence of the described function. For approximation conduction we found the parameters (coefficients) on the assumption of the least square method (LSM) which allowed to determine the optimal sampled evaluation of parameters estimates, to minimize the sum of squared deviations between the observed values Y and the model (Y1). Confidence intervals for the desired evaluation of variable were determined by the formula: Y1±2σ. Based on the developed models there were established the values of the extremum of the function and corresponding argument and determined the 95% confidence interval (±tmy1). The presented models and obtained results allow to draw some conclusions: 1) the selection of repair is advisable to be carried out from full-grown sows (but not more than 6 farrowings) | Хромосомные аномалии (хромосомные и геномные мутации) – удобный «объект» мониторинга, при этом возможны как массовые обследования, так и селективный скрининг (например, групп риска). Предлагаемые модели основаны на оценке возрастной изменчивости кариотипа. При ретроспективном анализе (30 лет) хромосомной изменчивости использованы собственные и литературные данные по различным породам племенных свиней разного возраста и направления продуктивности. Моделирование проведено на основе базовых усредненных характеристик цитогенетических показателей. Совокупность измерений была представлена в виде функции (Y1 – уровень изменчивости кариотипа) возраста (X). Использована при прогнозировании однофакторная регрессионная модель. Допустимая ошибка аппроксимации составила 5-10%. Оценка стабильности тенденций показывает, что прогнозируемая функция выбрана удачно. Возможность экстраполяции за пределы наблюдаемых значений подтверждает соответствие функции биологической сути описываемой зависимости. Для проведения аппроксимации находили параметры (коэффициенты) исходя из метода наименьших квадратов (МНК), что позволило определить оптимальные выборочные оценки параметров, минимизировать сумму квадратов отклонений между наблюдаемыми значениями Y и моделью (Y1). Определялись и доверительные интервалы для искомых оценок переменной по формуле: Y1±2σ. На основе разработанных моделей установлены значения экстремума функции и соответствующего ему аргумента и определен 95% доверительный интервал (±tmy1). Представленные модели и полученные результаты позволяют сделать ряд выводов: 1) отбор на ремонт целесообразно проводить от полновозрастных маток (но не более 6 опоросов) | 3) разработанная модель прогнозирования уровня геномных мутаций может быть рекомендована для оценки генетического груза в популяциях с.-х. животных и выделения животных с наименьшей генетической отягощенностью.

Show more [+]

Less [-]

Ulyanovsk State Agrarian University named after P.A. Stolypin - Russian Federation

2016

Danilenko, D.M. | Komissarov, A.B. | Sintsova, K.S. | Fadeev, A.V. | Konovalova, N.I. | Petrova, P.A. | Eropkin, M.Yu. | Grudinin, M.P. | Palazyuk, S.V. | Aliev, A.S., St. Petersburg State Academy of Veterinary Medicine

There has been studied the influenza A virus circulation in hog-raising farms in the Leningrad, Pskov and Orenburg regions. The study was performed in 2013 – 2014. Nasal swabs were taken from 396 pigs aged 8 – 9 months. The following methods were used: molecular genetics (polymerase chain reaction, sequencing, phylogenetic analysis), isolation of influenza viruses in cell culture and chicken embryos, serological studies (hemagglutination inhibition test). The PCR permitted to identify and subtype influenza A virus in 41 swabs. This PCR-positive materials were used for isolation of influenza viruses and 8 viruses were isolated: 3 strains of A(H1N1)pdm09 subtype and 5 strains of А(H3N2) subtype. Antigenic analysis of these strains using hemagglutination inhibition test showed that all of them were antigenically similar to human influenza viruses that circulated in 2009 – 2010. The serology data were confirmed by sequencing and phylogenetic analysis of hemagglutinin and neuraminidase genes. Besides, 180 sera from swine were tested to analyze the presence of antibodies to influenza a viruses of А(H1N1), А(H1N1)pdm09, А(H2N2), А(H3N2), А(H5N1), А(H7N1), А(H9N2) subtypes. The antibodies to А(H1N1)pdm09 were detected in 7 sera, to А(H3N2) – in 1 serum. All other samples were seronegative for influenza A viruses. All isolated influenza viruses were deposited in a freeze-dried form to a collection of influenza viruses supported by the Research Institute of Influenza. | Изучена циркуляция вирусов гриппа А в свиноводческих хозяйствах Ленинградской, Псковской и Оренбургской областей. Обследование проводили в 2013 – 2014 гг. Назофарингеальные мазки были взяты у 396 свиней 8–9-месячного возраста. Использовали следующие методы исследования: молекулярно-генетические (полимеразная цепная реакция, секвенирование, филогенетический анализ), выделение вирусов гриппа на клеточной культуре и в куриных эмбрионах, серологические методы (реакция торможения гемагглютинирующей активности). В ходе проведения ПЦР удалось обнаружить вирус гриппа и определить его подтип в 41 образце, из которых впоследствии было выделено 8 вирусов гриппа типа А: 3 штамма подтипа A(H1N1)pdm09 и 5 штаммов подтипа A(H3N2). Антигенный анализ вирусов в реакции торможения гемагглютинирующей активности с крысиными антисыворотками показал, что все выделенные вирусы антигенно схожи с вирусами гриппа человека, циркулировавшими в 2009 – 2010 гг. Серологические данные были подтверждены филогенетическим анализом по генам гемагглютинина и нейраминидазы. Исследовали также 180 образцов сывороток крови от свиней на присутствие антител к вирусам гриппа подтипов А(H1N1), А(H1N1)pdm09, А(H2N2), А(H3N2), А(H5N1), А(H7N1), А(H9N2). Антитела к вирусам гриппа подтипа A(H1N1)pdm09 обнаружили в 7 образцах сывороток, в 1 образце найдены антитела к вирусу гриппа A(H3N2). Остальные образцы сывороток крови оказались серонегативными в отношении исследованных возбудителей. Все выделенные вирусы гриппа в лиофилизированном виде депонированы в коллекцию вирусов гриппа, которую поддерживает НИИ гриппа.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation