AGRIS - 

Data provenance by Country

2020

Guchetl', S.Z., The V.S. Pustovoyt All-Russia Research and Development Inst. of Oil–Producing Crops, Krasnodar

Summaries (Ru, En) | 5 ill.,16 ref. | Currently, sunflower varieties and hybrids with high content of oleic acid are very promising. Thus, it is necessary to develop and validate methods of molecular-genetic searching of mutation in high oleic oil of sunflower of the Russian breeding that can advance breeding process using marker-associated selection. As a material we used constant lines and F1 hybrids from the genetic collection of the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops (VNIIMK) which are differed by a content of oleic acid on seeds. We evolved genomic DNA from cotyledons of 5–7-days sunflower seedlings using SТАB-buffer. Amplification was done in thermal cycler S1000 (BioRad, США). We used 11 INDEL, HO-specific fragment и SSR-primers developed by foreign authors. In an experimental way, we selected optimal temperatures for hybridization (annealing) for all the primers combinations with DNA matrix. They were from 50 to 65 deg С. Sizes of amplified DNA fragments generally corresponded to the same ones the authors of these markers had. Genotyping of high oleic and linoleic sunflower samples was done using seven pairs of primers. Two loci (F13/R5иN1-1F/N1-1R) of the studied ones amplified in all genotypes independently of a presence of Ol mutation. This allows their using to exclude false negative results for mutation presence. Loci N1-2F/N2-1R, N1-3F/N2-1R,N1-3F/N2-2R,N1-3F/N2-3R F4/R1 are dominant and indicate Ol mutation in high oleic genotypes. These markers are easy to use and require only agar gel usage. The results presented in this article can be used for marker-assistant selection of parental mutant forms in development of hybrids basing on the genotypes differed with their fatty-acid composition. | Перспективными являются сорта и гибриды подсолнечника с высоким содержанием олеиновой кислоты. В связи с этим необходима разработка и валидация методов молекулярно-генетического выявления мутации высокоолеиновости масла в материале подсолнечника российской селекции, что способствовало бы ускорению селекционного процесса при помощи маркер-ассоциированного отбора. Материалом для исследования служили константные линии и гибриды F1 генетической коллекции ВНИИМК, отличающиеся по признаку содержания олеиновой кислоты в семенах. Геномную ДНК выделяли из семядольных листьев 5–7-дневных проростков подсолнечника с использованием СТАВ-буфера. Амплификацию выполняли в термоциклере. Использовали 11 INDEL, HO-specificfragment и SSR-праймеров, разработанных иностранными авторами. Экспериментальным путем были подобраны оптимальные температуры гибридизации (отжига) всех праймерных комбинаций с матрицей ДНК. Они составили от 50 до 65 град. С. Размеры амплифицированных фрагментов ДНК в основном соответствовали полученным авторами, разработавшими данные маркеры. Генотипированиевысокоолеиновых и линолевых образцов подсолнечника проводили с использованием семи пар праймеров. Из анализированных локусов – два (F13/R5 и N1-1F/N1-1R) амплифицируются у всех генотипов независимо от наличия мутации Ol. Это позволяет использовать их для исключения ложноотрицательных результатов на наличие мутации. Локусы N1-2F/N2-1R, N1-3F/N2-1R,N1-3F/N2-2R,N1-3F/N2-3RF4/R1 являются доминантными и маркируют наличие мутации Ol у высокоолеиновых генотипов. Данные маркеры просты в использовании и требуют применения только агарозных гелей. Представленные результаты могут быть использованы для маркер-сопутствующего отбора родительских мутантных форм при получении гибридов на основе генотипов, различающихся по жирно-кислотному составу. | 3 tables

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Kovalyuk, N.V., Krasnodar Research Center for Animal Breeding and Veterinary

In 2018, a new genetic anomaly of Holstein cattle in the SDE2 gene (g.29773628A-G; rs434666183) was discovered by the method of identification of regions with loss of homozygosity. In the heterozygous state, it leads to the carrier of the haplotype HH6, in the homozygous state, it causes a slowdown in the growth of the embryo and spontaneous abortion before the 56th day of pregnancy. The originator of this anomaly is considered to be the Holstein sire MOUNTAIN USAM000002070579 born in 1987. The frequency of occurrence in the modern Holstein population of carriers of the HH6 haplotype is about 1.2%. The frequency of occurrence of carriers of the haplotype HN6 among Holstein cows and sires used in the system of artificial insemination of the Krasnodar territory was established. There are presented the sequences of primers and the method of genotyping. It was found that the frequency of occurrence of carriers of the HH6 haplotype in the genotyped group (60 cows and 63 bulls) was less than 1% (0.8%). The problem of spreading the carrier haplotype HH6 for dairy cattle in the Krasnodar territory is currently not acute, but testing for the presence of haplotype HH6 is desirable to include together with testing for the presence of other haplotypes of Holstein cattle (HH1, HH2, HH3, HH4, HH5, HSD) in the list of mandatory genetic testing of breeding animals in order to prevent the further spread of mutations in the SDE2 gene. | В 2018 г. методом идентификации регионов с потерей гомозиготности открыта новая генетическая аномалия крупного рогатого скота голштинской породы в гене SDE2 (g.29773628A-G; rs434666183). В гетерозиготном состоянии она приводит к носительству гаплотипа НН6, в гомозиготном - вызывает замедление роста эмбриона и самопроизвольный аборт до 56 дня стельности. Родоначальником этой аномалии считают голштинского производителя MOUNTAIN USAM000002070579 1987 г. р. Частота встречаемости в современной голштинской популяции носителей НН6 гаплотипа составляет около 1,2%. Была установлена частота встречаемости носителей гаплотипа НН6 среди коров и быков-производителей голштинской породы, используемых в системе искусственного осеменения Краснодарского края. Приведены последовательности праймеров и методика генотипирования. Установлено, что частота встречаемости носителей гаплотипа НН6 в генотипированной группе (60 коров и 63 быка-производителя) составила менее 1% (0,8%). Проблема распространения носительства гаплотипа НН6 для молочного скотоводства Краснодарского края в настоящее время не является острой, однако тестирование на наличие гаплотипа НН6 желательно включить вместе с тестированием на наличие других гаплотипов голштинского скота (НН1, НН2, НН3, НН4, НН5, НСD) в список обязательных генетических тестирований племенных животных с целью не допустить распространения мутации в гене SDE2 в дальнейшем.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Milovanov, A.V., Kuban State Agrarian Univ., Krasnodar

Европейский культурный виноград Vitis vinifira L. - одна из наиболее распространенных с.-х. культур. Цель исследования - выявление, установление особенностей строения и сравнение аллелей гена VvMybA1 у двух аборигенных и двух интродуцированных в России сортов винограда. В качестве материала были выбраны два окрашенных (Каберне Кортис и Сыпун черный) и два неокрашенных (Шардоне и Сибирьковый) сорта винограда аборигенного и интродуцированного происхождения. Отбирали материал верхушечных листьев растений. ДНК выделяли согласно модифицированной CTAB-методике с добавлением меркаптоэтанола. Для проведения ПЦР и выделения искомых аллелей гена VvMybA1 использовали маркеры, которые позволяют идентифицировать сразу два аллеля - VvMybA1b и VvMybA1c. По результатам выравнивания сиквенсов в программе ClustalO была выявлена однонуклеотидная вставка у белоягодных сортов и замены нуклеотидов в разных позициях у сортов с окрашенной и неокрашенной ягодой. При сравнении с базой данных GenBank NCBI было установлено, что нуклеотидные последовательности аллелей гена VvMybA1 у окрашенных сортов характерны для сортов с ярко выраженной окраской ягод, а у неокрашенных потеря окраски, по-видимому, имела конкретную причину. Так, у сорта Шардоне выявлен аллель, для которого характерна вставка транспозона Gret-1, блокирующего нормальную экспрессию гена VvMybA1. У сорта Сибирьковый аллель гена VvMybA1 не функционален из-за блокировки транспозоном Gret-1. При изучении аминокислотной последовательности, транслируемой с нуклеотидной последовательности анализируемых аллелей, также обнаружены различия между группами окрашенных и неокрашенных сортов. В целом эти различия можно разделить на типичные для окрашенных и неокрашенных сортов, однако у сорта Сыпун черный была выявлена мутация, которая вызвала замену изолейцина на валин, но не повлияла на общую окраску ягод. | European cultivated grape Vitis vinifira L. is one of the most common agricultural crops grown by man since ancient times. The purpose of our study is to describe four alleles of the VvMybA1 gene in the 'Chardonnay', 'Sibirkovskii', 'Cabernet Cortis' and 'Sypun cherny' varieties. The leaves were collected for DNA extraction. DNA was isolated by CTAB method with mercaptoethanol. PCR was performed using primers and amplification parameters published in the literature. For PCR amplification and isolation of VvMybA1 gene alleles we used markers which allow simultaneous identification of two alleles, VvMybA1b and VvMybA1c. Alignment of sequences in the ClustalO program revealed structural features of the allele nucleotide sequences. In particular, a single nucleotide insert was found in white-berry varieties and nucleotide substitutions in different places in varieties with colored and uncolored berries. Further, comparing with the GenBank NCBI database found that the alleles of colored varieties have a structure characteristic for varieties with a pronounced color of berries, while uncolored varieties apparently have a specific reason for the loss of color. Thus, it was found that the 'Chardonnay' has an allele with the insertion of Gret-1 transposon which blocks the normal expression of VvMybA1 gene. It was also revealed that the 'Sibirkovky' also has the allele of VvMybA1 gene which is not functional due to the blocking by Gret-1 transposon. A study of the amino acid sequence also revealed differences between the groups of colored and uncolored varieties. These differences can be obviously divided into those characteristic of colored and uncolored varieties. However, a mutation was detected in 'Sypun cherny', which affected the replacement of the amino acid isoleucine with valine, but did not affect the overall color of the berries.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation