AGRIS - 

2016

Semenov, A.N., All-Russia Research and Development Inst. of Vegetable Growing, Moscow Region

Изучали возможность применения SSR маркеров, характеризующихся высокой воспроизводимостью, мультиаллельностью, кодоминантным наследованием, для изучения уровня полиморфизма, выявляемого с их помощью на изолятах грибов р. Fusarium. С помощью 7 микросателлитных маркеров изучен полиморфизма 46 различных изолятов 3 видов (F. оxysporum (Fo), F. avenaceum (Fa) и F. poae (Fp)), полученных из почвы и/или растений в Ростовской области. Были использованы маркеры, показавшие возможность перекрестной амплификации на других видах Fusarium наравне с видами, на которых они были разработаны. Для каждого из видов наиболее информативными оказывались разные маркеры. Для F. оxysporum наиболее информативными были SSR маркеры MB10 (Н = 0,728, PIC = 0,693) и MB2 (Н = 0,514, PIC = 0,458), для F. avenaceum (Fa) - Fuz1 (Н = 0,682, PIC = 0,624), для F. poae (Fp) — MB10 (Н = 0,542, PIC = 0,458). Показана высокая эффективность использования микросателлитных маркеров для изучения меж- и внутривидового полиморфизма у представителей 3-х видов рода Fusarium. | The applicability of seven SSR markers to study levels of polymorphism, which can be detected by using them in Fusarium isolates have been under study. SSR markers are characterized by high reproducibility, multi allelic, codominant inheritance. The results of studies of polymorphism of 46 different isolates of the three species F. oxysporum (Fo), F. avenaceum (Fa) and F. poae (Fp), obtained from soil and/or plants in Rostov region are presented and discussed. The markers, which showed the possibility of cross-amplification in other species of Fusarium genus, were used. The most informative markers are different for each of fungi species. For the F. oxysporum the most informative SSR markers were MB10 (N = 0.728, PIC = 0.693) and MB2 (N = 0,514, PIC = 0,458), for F. avenaceum they were (Fa) - Fuz1 (N = 0,682, PIC = 0,624), for F. poae (Fp) they were MB10 (N = 0,542, PIC = 0,458). The high efficiency of the use of microsatellite markers to study inter- and intraspecific polymorphism among representatives of three Fusarium species is shown.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2016

Kosovskij, G.Yu. | Glazko, T.T. | Arkhipov, A.V. | Khovankina, A.V. | Babij, A.V. | Kornienko, E.V. | Kovalchuk, S.N. | Glazko, V.I., Center of Experimental Embriology and Reproductive Biotechnology, Moscow

The method inter-simple DNA sequence repeat (ISSR method) was used in the research. As ISSR markers in the current work, 6 microsatellites were used as primers in polymerase chain reaction (PCR) to evaluate genetic differentiation of dairy breeds and non-specialized cattle (holsteinized Black-and-White, Estonian Red, Ayrshire, Kazakh Whiteheaded, Tagil native cattle, Yakutian cattle, zeboid cattle, 10 animals of each breed). The most polymorphic spectra were obtained by (GAG) 6C and (AGC) 6G primers. The dendrogram built by ISSR-PCR evaluation of different cow breeds demonstrated the close link between discovered polymorphism of DNA fragments under study and the animals' differentiation by trend of productivity (dairy breed or non-specialized cattle). The presented data demonstrate that every cattle group has specific features in amplicon spectrum polymorphism as such the use of ISSR-PCR method would improve the selection and breeding of animals with desirable phenotypes and help consolidate the groups of cattle with respect to their breed affiliation. | В исследовании применен метод генотипирования по набору фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными микросателлитными повторами (ISSR метод). Шесть ISSR-маркеров использовались как праймеры в полимеразной цепной реакции (PCR) для оценки генетической дифференциации молочных и неспециализированных пород крупного рогатого скота (голштинизированная черно-пёстрая, эстонская красная, айрширская, казахская белоголовая, тагильская, якутская, зебувидный скот, по 10 голов от каждой породы). Наиболее полиморфные спектры были получены с использованием (GAG) 6C и (AGC) 6G праймеров. Дендрограммы, построенные путем ISSR-PCR оценки различных пород коров, выявили тесную связь между обнаруженным полиморфизмом фрагментов ДНК и дифференциацией животных по типу продуктивности (молочная порода или неспециализированный скот). Полученные данные свидетельствуют о том, что каждая группа крупного рогатого скота имеет специфические особенности полиморфизма изученных ампликонов, следовательно, использование метода ISSR-PCR позволит улучшить эффективность отбора и разведения животных с желательными фенотипами и поможет консолидировать группы скота в отношении их породной принадлежности.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2016

Deniskova, T.E., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

A characteristic is given for the allele pool, genetic diversity of Pechora sheep and genetic relationships were determined with other sheep breeds using 11 microsatellite markers. The research was performed in the Center for Biotechnology and Molecular Diagnostics of L.K. Ernst All-Russian Institute of Animal Husbandry. Tissue of Pechora sheep (PECH, n = 50) were sampled from the genetic pool herd of the Pechora Experimental Station and one of the farms (the Komi Republic, Russia). Comparison groups were represented by Romanov (ROM, n=59), Tuvan short fat-tailed (TUV, n=50), Tsigai (TSIG, n=40), Altay mountain (ALT, n= 30) and Kuibyshev sheep (KUI, n =15). Microsatellite loci were analyzed by using ABI 3130xl genetic analyzer. Mean allele number and effective allele number per locus were 8.00±0.79 and 4.58±0.46, respectively, that was by 1.17 and 0.48 alleles less comparing to the mean values for the full sampling. Group PECH was characterized by moderate heterozygosis deficiency (9.2%). PECH sheep were genetically closest to KUI breed based on estimated Ney genetic distances and FST values: 0.106 and 0.026, respectively. The genetic clustering, performed for the most probable number of clusters k = 6 showed, that the mean value of membership in the own cluster was Q3/6 = 0.821±0.029. The values of the above-mentioned parameter in ROM, ALT, TSIG, TUV and KUI were Q2/6 = 0.827±0.037, Q6/6 = 0.763±0.039, Q5/6 = 0.665±0.041, Q4/6 = 0.491±0.054 and Q1/6 = 0.452±0.086, respectively. Analysis performed at the individual level showed, that 80% animals in PECH group were characterized by membership values in the own cluster not less than 75%. Thus, our research result indicated that Pechora sheep have their own unique allele pool and are genetically differentiated from the other sheep breeds of the same productive type. The data will be used in the breeding program for genetic improvement of Pechora sheep. | Дана характеристика аллелофонда и генетического разнообразия печорской породной группы овец, а также определены ее генетические взаимосвязи с различными породами овец по 11 микросателлитным маркерам. Работа выполнена в Центре биотехнологии и молекулярной диагностики животных Всероссийского института животноводства им. Л.К. Эрнста. Образцы тканей печорских овец (PECH, n=50) отобраны в генофондном стаде Печорской опытной станции и одном из фермерских хозяйств (Республика Коми, Россия). Для сравнения использовали овец романовской (ROM, n=59), тувинской короткожирнохвостой (TUV, n=50), цигайской (TSIG, n=40), горноалтайской (ALT, n=30) и куйбышевской (KUI, n=15) пород. Микросателлитные локусы анализировали на капиллярном генетическом анализаторе ABI 3130xl. Среднее число аллелей и число эффективных аллелей на локус в группе PECH составило 8,00±0,79 и 4,58±0,46, соответственно, что на 1,17 и 0,48 аллели меньше среднего значения во всей выборке. В группе PECH выявлен умеренный дефицит гетерозиготности (9,2%). Наибольшая генетическая близость установлена между PECH и KUI, как по дистанциям Нея, так и по значению индекса FST: 0,106 и 0,026, соответственно. Результаты генетического структурирования, выполненного для наиболее вероятного числа кластеров k=6, показали, что средняя величина членства в собственном кластере у печерских овец составила Q3/6=0,821±0,029, в то время как в группах ROM, ALT, TSIG, TUV и KUI – Q2/6=0,827±0,037, Q6/6=0,763±0,039, Q5/6=0,665±0,041, Q4/6=0,491±0,054 и Q1/6=0,452±0,086, соответственно. На индивидуальном уровне для 80% особей в группе PECH значение членства в собственном кластере Q было не менее 75%. Печорские овцы обладают собственным уникальным аллелофондом и генетически дифференцированы от овец сравниваемых групп, близких по направлению продуктивности. Полученные сведения важны для селекционно-племенной работы и дальнейшей генетической консолидации овец печорской породной группы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2016

Furaeva, N.S., Public corporation "Yaroslavskoe" by pedigree work", Yaroslavl Region

Analysis of polymorphism of 11 STR loci TGLA53, TGLA126, TGLA122, TGLA227, ETH3, ETH10, ETH225, BM1824, BM2113, SPS115, INRA23 in purebred sires of the Yaroslavl breed is presented. An average of 7.4 alleles per locus with a frequency of 0.01-0.71 had been identified. Locus SPS115 were characterized by the lowest number of alleles (4 alleles), and the loci TGLA122, TGLA227, BM2113 and TGLA53 - the highest number of alleles (10 alleles).The number of informative alleles whose frequency exceeds 5%, ranged in the studied loci from 3 to 6 and the average was 4.5 alleles at the locus. The maximum number of effective alleles recorded in the loci ETH225-5.2; BM2113-5.0; TGLA227-4.9 and TGLA122-4.8. In purebred bulls of the Yaroslavl breed 6 private genetic variants has been identified at the loci ETH225, BM2113, TGLA53, TGLA122 and TGLA227 with a frequency of from 0.01 to 0.3. The value of the expected level of heterozygosity ranged from 0.453 (locus SPS115) to 0.809 (locus ETH225), while observed heterozygosity ranged from 0.480 (locus SPS115) to 0.900 (TGLA122). The mean value of observed heterozygosity (0.727) was slightly higher than the expected value (0.715). The polymorphism information content (PIC) values were on average of 0.677. In 10 studied STR loci the PIC value is greater than 0.5. The maximum value of the polymorphism information content was observed in the locus ETH225-0.781. High PIC values were observed at the loci BM2113-0.775; TGLA227-0.769 and TGLA122-0.767, and the smallest at the SPS115-0.409 and BM1824-0.549. Thus, highly informative microsatellite loci can be used as markers for identification and evaluation of genetic heterogeneity of animals of the Yaroslavl breed. | Изучен полиморфизм 11-ти STR-локусов: TGLA53, TGLA126, TGLA122, TGLA227, ETH3, ETH10, ETH225, BM1824, BM2113, SPS115, INRA23 у чистопородных быков-производителей ярославской породы. Выявлено в среднем 7,4 аллеля на локус с частотой встречаемости 0,01-0,71. Локус SPS115 характеризовался наименьшим числом генетических вариантов (4 аллеля), а локусы TGLA122, TGLA227, TGLA53 и BM2113 - наибольшим количеством вариантов (по 10 аллелей на локус). Число информативных аллелей, частота которых превышает 5%, варьировало в изученных локусах от 3-х до 6-ти и в среднем составило 4,5 аллеля на локус. Максимальное количество эффективных аллелей зафиксировано в локусах ETH225 - 5,2; BM2113 - 5,0; TGLA227 - 4,9 и TGLA122 - 4,8. У чистопородных быков ярославской породы выявлено 6 приватных генетических вариантов в локусах ETH225, BM2113, TGLA53, TGLA122 и TGLA227 с частотой встречаемости от 0,01 до 0,3. Значение ожидаемого уровня гетерозиготности варьировало от 0,453 у SPS115 до 0,809 у ETH225, в то время как наблюдаемая гетерозиготность варьировала от 0,480 у SPS115 до 0,900 у TGLA122. Среднее значение наблюдаемой гетерозиготности - 0,727 - несколько превысило ожидаемое значение - 0,715. Показатель информативной ценности в среднем достиг 0,677, в 10 из 11 изученных STR-локусов значение PIC больше 0,5. Максимальная величина показателя информативной ценности отмечена у локуса ETH225 - 0,781. Высокие значения информативной ценности наблюдались у локусов BM2113 - 0,775; TGLA227 - 0,769 и TGLA122 - 0,767, а наименьшие у SPS115 - 0,409 и BM1824 - 0,549. Таким образом, высокая информативность микросателлитных локусов позволяет их использовать в качестве маркеров для идентификации и оценки генетической гетерогенности животных ярославской породы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2016

Fornara, M.S., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

The maintenance of biodiversity of honeybee is necessary for the development and improvement of beekeeping efficacy. The regional populations may be a significant reserve of biodiversity. The aim of this study was a characteristic of the allele pool and differentiation degree of the Primorskii population of the Far-Eastern honeybees using seven microsatellite loci (A024, A88, A113, AP043, HB-C16-05, HB-THE-03, HB-C16-01). Worker bees of the Far-Eastern population (DALN, n = 143) were used as a material for the study. The degree of their genetic differentiation was estimated by the values of the fixation index F(ST) at the pairwise comparison and by Ney's genetic distances N(D). The previously studied groups of the purebred Central Russian (SR, n = 61), Gray Mountain Caucasian (SGK, n = 70), Carnica (CAR, n = 30) and Carpathian races (KARP, n = 55) were used as the comparison groups. The purebred individuals were selected from the analyzed samples based on the values of the similarity coefficient (Q), which averaged 97.9 ± 0.2%, 98.0 ± 0.1%, 95.8 ± 0.4% and 98.1 ± 0.1%, respectively. The studied DALN group was characterized by a relatively high level of genetic diversity (11.14 ± 1.30 alleles per locus), which was comparable to the values in the KARP (12.43 ± 2.71), SR (11.29 ± 2.49) and CAR (10.00 ± 2.07) groups. In the DALN group we can observe the highest effective number of alleles: 4.94 against 3.19-4.51 in the other studied groups. The DALN group was characterized by the highest value of the deficiency of heterozygotes (F(IS) = 0.32) that was comparable with the values in the SR group (F(IS) = 0.31). The DALN group along with the SGK was characterized by a high level of genetic consolidation: based on the DNA analysis, about 96.5% individuals was assigned to own population, which can be considered as an indication of low gene flow with other studied races. Different origin of the Far-Eastern honey bees was confirmed by formation of their own independent branch at the phylogenetic tree. The research results allow us to conclude that the Far-Eastern honey bee can be considered as a separated race for inclusion in the pedigree register. | Поддержание биоразнообразия медоносной пчелы необходимо для развития и повышения продуктивности отрасли. Значительным его резервом могут быть региональные популяции. Цель работы – характеристика аллелофонда и степени дифференциации приморской популяции дальневосточной пчелы с использованием семи локусов микросателлитов (A024, A88, A113, AP043, HB-C16-05, HB-THE-03, HB-C16-01). Материалом для исследований служили рабочие пчёлы дальневосточной популяции (DALN, n = 143). Степень их генетической дифференциации оценивали по величинам индекса фиксации (FST) при парном сравнении и генетических дистанций Нея (ND). В качестве групп сравнения использовали чистопородных особей среднерусской (SR, n = 61), серой горной кавказской (SGK, n = 70), краинской (CAR, n = 30) и карпатской пород (KARP, n = 55), отобранных из выборок этих пчел на основании величин коэффициента подобия Q, которые в среднем составили 97,9±0,2%, 98,0±0,1%, 95,8±0,4% и 98,1±0,1%, соответственно. Для исследуемой выборки DALN был характерен относительно высокий уровень генетического разнообразия (11,14±1,30 аллелей на локус), сопоставимый с величинами этого показателя в группах KARP (12,43±2,71), SR (11,29±2,49) и CAR (10,00±2,07). В группе DALN установлено наибольшее эффективное число аллелей – 4,94 против 3,19-4,51 в других. У пчел DALN отмечен наибольший дефицит гетерозигот (FIS = 0,32), что сопоставимо с величиной аналогичного показателя в группе SR (FIS = 0,31). Выборка DALN, наряду с SGK, имела высокую степень генетической консолидации: к собственной популяции на основании данных ДНК-анализа были отнесены 96,5% особей, что можно рассматривать как указание на практически полное отсутствие обмена генами с изученными породами. Отличное от них происхождение дальневосточных пчёл подтверждено формированием последними самостоятельной ветви на генеалогическом древе. Дальневосточную пчелу можно рассматривать в качестве самостоятельной породы для включения в племенной регистр.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation