AGRIS - 

Data provenance by Country

2021

Il'nitskaya, E.T. | Makarkina, M.V., North-Caucasian Federal Scientific Center of Horticulture and Viticulture, Krasnodar

Цель исследований – ДНК-паспортизация сорта винограда Авасирхва на основе анализа полиморфизма микросателлитных локусов. Объект исследования:растения винограда, произрастающие в частных подворьях Абхазии. Фенотип растений соответствовал ампелографическому описанию сорта. ДНК выделяли из молодых листьев верхушек побегов методом на основе применения ЦTAБ ((цетилтриметиламмоний бромид)-буфер). Генотипирование выполнено методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с разделением продуктов реакции методом капиллярного электрофореза. Использовали высокополиморфныеSSR-маркеры, рекомендованные для сортовой идентификации винограда (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79). Оценка размера амплифицированных фрагментов проведена с использованием автоматического генетического анализатора ABIPrism 3130 и специального программного обеспечения GeneMapper и PeakScanner, в качестве референсного генотипа использовали сорт винограда Пино Нуар. Проанализированные образцы 4растений сорта Авасирхва показали идентичный ДНК-профиль. По результатам микросателлитного анализа составлен ДНК-паспорт сорта винограда Авасирхва: VVS2141 145 VVMD5234 242 VVMD7239 249, VVMD25239 249, VVMD27184 190, VVMD28234 248, VVMD32248 262, VrZAG62200 204, VrZAG79251 257. Полученный ДНК-профиль был проверен в международной базе данных Vitis International Variety Catalogue (VIVC), совпадений с известными генотипами не выявлено. По результатам микросателлитного анализа методом главных координат была выполнена оценка генетических взаимосвязей сортов Авасирхва с ранее генотипированнымиабхазскими сортами Качич, Ажижкваква и 9 аборигенными сортами винограда Грузии (наиболее близкого региона виноградарства). ДНК-паспорт генотипаАвасирхва может быть использован для идентификации растений винограда при необходимости уточнения их сортовой принадлежности. | The research aimed to DNA pasportization of Avasirkhva grapevine using microsatellite polymorphism data. The study objects were grape plants growing in private farmsteads of Abkhasia. The plant phenotype corresponded to the variety's ampelographic description. DNA was isolated from young shoot tip leaves with a CTAB-based protocol. Genotyping was performed with polymerase chain reaction (PCR) followed by capillary fragment separation. High polymorphic SSR loci (VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, and VrZAG79) recommended for grapevine varietal identification were used as markers. The amplicon size was estimated with an ABI Prism 3130 automated genetic analyzer using the GeneMapper and PeakScanner software and Pinot Noir as a reference variety genotype. 4 samples exhibited an identical microsatellite profile. The microsatellite assay-based genetic passport of the Avasirkhva variety is as follows: VVS2141 145 VVMD5234 242 VVMD7239 249, VVMD25239 249, VVMD27184 190, VVMD28234 248, VVMD32248 262, VrZAG62200 204, and VrZAG79251 257. The obtained DNA profile was checked in the international database Vitis International Variety Catalogue (VIVC), no coincidences with known genotypes were revealed. A Principal Coordinate Analysis of microsatellite data was used to infer the genetic relationships between Avasirkhva and the Abkhasian varieties Kachich and Azhizhkvakva genotyped in our earlier studies, as well as 9 native grapevines of Georgia, the nearest viticultural area. The Avasirkhva genetic passport can be used in grapevine genotyping studies to clarify the varietal identity.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Prikhod'ko, S.I. | Pisareva, I.N. | Kornev, K.P. | Bondarenko, G.N. | Valeeva, N.G., All-Russian Center for Plant Quarantine, Moscow Region

Возбудитель бактериоза винограда (болезнь Пирса) XylellafastidiosaWellsetal. является одной из самых опасных и вредоносных фитопатогенных бактерий, поражающих широкий спектр растений, относящихся как к важным с.-х. культурам, так и к декоративным растениям. Бактерия колонизирует ткани ксилемы растения и распространяется насекомыми-переносчиками, питающимися ксилемным соком. Переносчиками X. fastidiosa являются насекомые, отряда Hemiptera, подотряда Auchenorrhyncha, семейств Cicadellidae, Cercopidae, Aphrophoridae и Cicadidae. По данным анализа фитосанитарного риска, проведенного специалистами Всероссийского НИИ карантина растений (ВНИИКР) в 2014 г., был определен высокий уровень опасности интродукции и адаптации X. fastidiosa на территории Российской Федерации. Крымский полуостров является зоной возможной интродукции возбудителя болезни Пирса в связи с климатическими условиями региона, наличием большого количества основных растений-хозяев, а также насекомых-переносчиков. С 2018 по 2020 гг. в ВНИИКР проводилась оценка фитосанитарного состояния территории Республики Крым в рамках научно-исследовательской работы. Для исследований отбирались образцы вегетативных частей винограда, косточковых культур (персик, вишня, слива, черешня, миндаль), некоторых эфиромасличных и декоративных кустарниковых и древесных растений. Исследования отобранных образцов проходили в соответствии с международными диагностическими стандартами. Оценка фитосанитарного состояния насаждений в Республике Крым в течение 3 лет показала отсутствие возбудителя X. fastidiosa на данной территории. Были апробированы 2 различные методики подготовки проб и выделения ДНК из разных субстратов. Проведение теста на основе ПЦР 'в реальном времени' показало его высокую специфичность, так как ложноположительных или неспецифических результатов тестирования получено не было. | Xylella fastidiosa Wells et al. causes grapevine bacteriosis and is among most hazardous malicious bacterial phytopathogens affecting a wide variety of important crops and ornamental plants. The agent colonizes plant xylem tissues and is transmited with insects feeding on xylem sap. The insect vectors of X. fastidiosa belong to the order Hemiptera, suborder Auchenorrhyncha, the families Cicadellidae, Cercopidae, Aphrophoridae and Cicadidae. A phytosanitary control survey conducted by the All-Russian Research Institute for Plant Quarantine in 2014 identified a high risk of X. fastidiosa introduction and adaptation in the Russian Federation. The Crimean Peninsula is a potential introduction area of the Pierce's disease agent due to suitable climatic conditions, the ample availability of major host plants, as well as insect vectors. During a research monitoring in 2018-2020, the Institute assessed the phytosanitary status of the Crimean territory. The survey sampled vegetative parts of grapevines, stone fruits (peach, cherry, plum, merry, almond), selected essential-oil and ornamental shrubs and trees. Diagnostic procedures were performed in accordance with the international standards. A 3-year phytosanitary survey of the Crimean plantations revealed no presence of X. fastidiosa. 2 protocols of sample preparation and DNA extraction from various substrates have been tested. A real-time PCR-based protocol was proved to be highly specific, as no false positive and nonspecific resting results were obtained.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation