AGRIS - 

Data provenance by Country

2020

E. T. Ilnitskaya | M. V. Makarkina | S. V. Tokmakov | Е. Т. Ильницкая | М. В. Макаркина | С. В. Токмаков

Столовый виноград является ценным диетическим продуктом. Бессемянный виноград пользуется повышенным спросом у потребителя. По этой причине селекция бессемянных сортов – одно из востребованных направлений в современном виноградарстве, равно как и производство экологически безопасной продукции. Милдью (Plasmopara viticola (Berk. & M.A. Curtis) Berl. & De Toni) – одно из наиболее распространённых грибных заболеваний виноградной лозы. Большинство устойчивых к милдью форм винограда принадлежат к северо-американским видам – Vitis aestivalis Michx., V. berlandieri Planch., V. cinerea (Engelm. ex A. Gray) Engelm. ex Millard, V. riparia Michx., V. rupestris  Scheele и др. Поиск доноров генов устойчивости – актуальная задача. Один из наиболее эффективных генов устойчивости – Rpv3. Источником гена являются некоторые северо-американские виды винограда. Цель проводимой работы – выявление методом ДНК- маркерного анализа гена устойчивости к милдью Rpv3 в генотипах бессемянных сортов винограда. Объект исследования – сорта винограда с рудиментарным развитием семени в ягодах, имеющие в родословной северо-американские виды. В качестве положительного контроля использовали сорта Дунавски лазур, Сейв Виллар 12-375, несущие референсные аллели. В качестве отрицательного контроля использовали V. vinifera L. В исследовании использовали ДНК-маркеры UDV305 и UDV737, позволяющие идентифицировать аллельное состояние гена Rpv3. Работа проведена методом полимеразной цепной реакции. Разделение продуктов реакции – методом капиллярного электрофореза с использованием автоматического генетического анализатора ABI Prism 3130. Оценка результатов при помощи программного обеспечения GeneMapper и PeakScanner. В генотипах винограда Кишмиш запорожский, Леди Патриция, Ремейли сидлесс, Памяти Смирнова и Шаян выявлено наличие функциональных аллелей гена устойчивости к милдью Rpv3. Во всех сортах выявлен один гаплотип из семи известных – Rpv3299 - 279. Анализ родословных изученных сортов показал, что вероятными донорами гена являются родительские формы – гибриды Сейв Виллар и Зейбель. Формы винограда с идентифицированным геном Rpv3 могут быть использованы в селекции бессемянных сортов как доноры устойчивости к милдью. | Table grapes are a valuable dietary product. Seedless grapes are in high demand among consumers. For this reason, the breeding of seedless varieties is one of the popular trends in modern viticulture, along with the production of environmentally friendly products. Downy mildew (Plasmopara viticola (Berk. & M.A. Curtis) Berl. & De Toni) is one of the most common fungal diseases of the grapevine. Most downy mildew resistant grape accessions belong to North American species like Vitis aestivalis Michx., V. berlandieri Planch., V. cinerea (Engelm. ex A. Gray) Engelm. ex Millard, V. riparia Michx., V. rupestris  Scheele, etc. The search for donors of resistance genes is an urgent task. Rpv3 is one of the most significant resistance genes from a number of North American grape varieties. The aim of this work is to identify the downy mildew resistance gene Rpv3 in seedless grape varieties by means of DNA-marker analysis. The grape varieties with rudimentary development of seed in berries and with North American species in the pedigree were chosen as the object of the study. The varieties “Dunavski lazur” and “Seyve Villard 12-375” with reference alleles were used as the positive control, while V. vinifera L. was used as the negative control. UDV305 and UDV737 DNA-markers were used in this study to identify the allelic type of the Rpv3 gene. The work was performed using the polymerase chain reaction. The reaction products were separated by capillary electrophoresis using the ABI Prism 3130 automatic genetic analyzer. Evaluation of the results was done using the GeneMapper and PeakScanner software. Functional alleles of the downy mildew resistance gene Rpv3 were revealed in grape  varieties “Kishmish zaporozhskiy”, “Lady Patricia”, “Remaily seedless”, “Pamyati Smirnova” and “Shayan”. Rpv3299-279, one of the seven known haplotypes, was identified in all the varieties. The pedigree analysis of the studied varieties indicated that the parental forms – “Seyve Villard” and “Seibel” hybrids – are presumably the donors of the gene. Grape accessions with the identified Rpv3 gene can be used in seedless varieties breeding as donors of resistance to downy mildew.

Show more [+]

Less [-]

N.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources - Russian Federation

2020

Gruzdev, I.V. | Krupin, P.Yu. | Bol'shakova, L.S. | Divashuk, M.G. | Solov'ev, A.A., All-Russia Research and Development Inst. of Agricultural Biotechnology, Moscow

Presented are the results of studying the field resistance of a large number of spring triticale samples to brown rust pathogen under the natural infectious background of the Moscow pathogen population in 2012-2015, as well as the identification of some effective Lr-genes in these samples. The study has shown a high level of field resistance of spring triticale to brown rust. During the growing season of 2012, 34 of the studied samples had no symptoms of brown rust, in 2013, there were 15 such samples. In the field conditions of 2014 and 2015, brown rust infestation was not visually observed in the studied samples of spring triticale. Using PCR markers, 176 of the studied samples were used to identify some effective Lr-genes. During identification, a fragment matching the size of the fragment amplified in the almost isogenic wheat line of Thatcher cultivar carrying the Lr19 gene was amplified in 24 spring triticale samples; another 14 samples were heterogeneous for the Lr19 gene. Also, 15 of the studied samples contained an amplified fragment matching the size with a fragment of an almost isogenic wheat line of Thatcher cultivar carrying the Lr25 gene. No gene markers Lr9, Lr12, Lr24, Lr28, Lr29, Lr25, and L47 were identified in the studied samples. When comparing the results of field stability assessment and PCR analysis, the authors found out that the presence in the genomes of the studied images of the Lr19 and Lr25 genes identified using DNA markers does not significantly affect the field stability of samples under study conditions. The study has proved the high resistance potential of spring triticale to brown rust pathogens, and a promising source material has been also determined this way. In particular, samples of spring triticale k-1200, k-1715, k-1716, PI495820, PI520484, Pamyati Merezhko, PRAG 554/1, Solovey Kharkovsky have shown resistance to brown rust for four years of research and can be recommended for use in breeding to a high level of field resistance to brown rust in the central regions of the Non-Chernozem zone. Meanwhile, the study identified an insignificant variability of the studied samples of spring triticale by effective resistance genes to the pathogen of brown rust, and proved the necessity of the introgression of Lr genes in the triticale genome. | Summaries (En, Ru) | ill. | Изучали полевую устойчивость (ПУ)206 образцов яровой тритикале (ЯТ) к возбудителю бурой ржавчины (БР) в условиях естественного инфекционного фона московской популяции патогена в 2012-2015 гг., а также результаты идентификации у этих образцов некоторых Lr-генов. Показан высокий уровень ПУЯТ к БР. В условиях вегетационного периода 2012 г. у 34 образцов из числа изученных отсутствовали симптомы БР, в 2013 г. таких образцов было 15. В полевых условиях 2014 и 2015 гг. поражение БР изученных образцов ЯТ визуально не проявлялось. При помощи ПЦР-маркеров у 176 образцов из числа изученных проведена идентификация некоторых эффективных Lr-генов. В ходе идентификации у 24 образцов ЯТ амплифицирован фрагмент, совпадающий по размеру с фрагментом, амплифицированным у почти изогенной линии пшеницы сорта Thatcher, несущей ген Lr19, еще 14 были гетерогенны по гену Lr19. У 15 образцов амплифицирован фрагмент, совпадающий по размеру с фрагментом у почти изогенной линии пшеницы сорта Thatcher, несущей ген Lr25. Маркеров генов Lr9, Lr12, Lr24, Lr28, Lr29, Lr25, L47 у изученных образцов идентифицировано не было. При сопоставлении результатов оценки ПУ и ПЦР-анализа установлено, что наличие в геномах изученных образов, идентифицированных при помощи ДНК-маркеров генов Lr19 и Lr25, не оказывает существенного влияния на ПУобразцов в условиях исследования. Показан высокий потенциал ЯТ по ПУ к возбудителю БР, выделен перспективный исходный материал. Образцы ЯТ к-1200, к-1715, к-1716, PI495820, PI520484, Памяти Мережко, ПРАГ 554/1, Соловей харьковский показали устойчивость к БР на протяжении 4 лет исследования, они могут быть рекомендованы для использования в селекции на высокий уровень ПУ к БР в центральных районах Нечерноземной зоны. Установлено незначительное разнообразие изученных образцов ЯТ по эффективным генам устойчивости к возбудителю БР и обоснована необходимость изучения генетики устойчивости, а также интрогрессии Lr-генов в геном ЯТ. | ref.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Shibitov, S.K., All-Russia Research and Development Inst. of Fundamental and Applied Parasitology of Animals and Plants, Moscow

The purpose of the research is studying opisthorchosis occurrence in non-commercial fish in the rivers and lakes of Tver, Moscow, Kaluga and Yaroslavl Regions. It was developed a comprehensive approach in the diagnostics of opisthorchosis involving morphological, molecular and genetic methods and the bioassay method. The work was done in 2014–2018. 90 specimens of non-commercial fish were studied which were caught by recreational fishing in three rivers and three lakes of the central part of Russia. A metacercaria (MC) was isolated using fish muscles digested in a simulated gastric fluid. For a differentiated diagnostics of the MC of trematodes, a comprehensive approach was applied using the methods of morphology determination by a light microscope and professional descriptions published in special literature, a method of bioassay on golden hamster in a vivarium, and by a polymerase chain reaction (PCR). For this purpose, species-specific primers and standard commercial sets published earlier were used to extract and amplify a DNA. The reaction was detected in a 1.5% agarose gel. According to the results of the completed studies, the roach from the Desna River (the Moscow Region), the Nara River (the Kaluga Region), and the roach and the silver bream from the Volga River (the Tver Region) were infected with MC Opisthorchis felineus (evidenced by the PCR). The roach, white beam and tench from the Istra Reservoir, Lake Beloye and Lake Nero were free from MC O. felineus. A bioassay test was positive when hamsters were fed with MC from muscles of the roach caught in the Desna. In other cases, the bioassay tests were negative irrespective of the PCR positive in the roach from the Nara and the roach and silver bream from the Volga. Thus, the central part of Russia currently has pestholes of opisthorchosis O. felineus in the small rivers (the Desna, the Nara) and in the Volga in and around the Tver Region. The infection intensity in the roach in the small rivers decreases with age and proceeds as a mono infection, whereas the roach and the silver beam in the Volga were infected with MC of several types of trematodes, and MC O. felineus in such types can be confirmed by the PCR as a bioassay at low concentrations of MC of opisthorchid flukes provides little information. The roach and the tench in Lake Beloye on the east of Moscow were free from all MC of trematodes, whereas some few MC of trematodes that are nonpathogenic for a human being and carnivore were detected in the roach and the silver beam in the Istra Reservoir (Moscow Region). Very few MC of nonpathogenic trematodes were found in Lake Nero (Yaroslavl Region). | Изучили распространение описторхоза у непромысловых рыб в реках и озерах Тверской, Московской, Калужской и Ярославской областей. Отработали метод комплексной диагностики, применяя морфологические, молекулярно-генетические методы и метод биологической пробы (БП). Исследование проводили в 2014-2018 гг. на 90 экз. непромысловой рыбы, выловленной любительским методом в 3-х реках и 3-х озерах. Метацеркарий (МЦ) выделяли перевариванием мышц рыбы в искусственном желудочном соке. Для дифференциальной диагностики МЦ трематод использовали методы морфологического определения при помощи светового микроскопа и специальной литературы, БП в условиях вивария на золотистых хомяках и с помощью ПЦР, использовали видоспецифичные праймеры и стандартные коммерческие наборы для выделения и амплификации ДНК; детекцию реакции проводили в 1,5%-ном агарозном геле. Выявили: плотва из р. Десна (Московская обл.), р. Нара (Калужская обл.), плотва и густера из р. Волга (Тверская обл.) заражены МЦ Opisthorchis felineus (подтверждено ПЦР). Плотва, густера и линь из Истринского водохранилища, озер Белого и Неро были свободны от МЦ O. felineus. БП на хомяках была положительной при скармливании МЦ из мышц плотвы, выловленной в р. Десна. В остальных случаях БП были отрицательными, несмотря на положительную ПЦР в плотве из р. Нара и плотве и густере из р. Волга. В Центральной России есть очаги описторхоза O. felineus на малых реках (Десна, Нара) и на р. Волге в р-не Тверской обл. Интенсивность инвазии у плотвы в малых реках с возрастом уменьшается и протекает в виде моноинвазии, а в р. Волге плотва и густера заражены МЦ нескольких видов трематод. Это следует подтверждать ПЦР, т.к. БП при низких концентрациях МЦ описторхид малоинформативна. В оз. Белое плотва и линь были свободны от всех МЦ трематод, а в Истринском водохранилище у плотвы и густеры выявляли незначительное число непатогенных для человека и плотоядных МЦ трематод. В оз. Неро Ярославской обл. встречались единичные МЦ непатогенных трематод.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Nalbandyan, A.A., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

The root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) are such sugar beet (SB) pathogens that provoke beet head rots and root-knot formation leading to significant yield losses. Selection and use of genetically resistant SB cultivated forms in crosses can result in reduction of application volumes of chemicals against nematodes that would reduce the production costs and environment pollution load. The most reliable strategy is selection of resistant SB varieties and hybrids on. In this connection, SB breeding material testing for presence of genes of resistance to nematodes is topical. The results of molecular-genetic testing of domestic and foreign SB breeding material for presence/absence of the R6m-1 dominant gene of nematode resistance (located in the first chromosome) have been presented. As a result of PCR-analysis carried out using the primer Nem 06 F/R six SB genotypes have been selected that are characterized by presence of 600 b.p. long being specific for the gene R6m-1. They can be used as a starting material in breeding for disease resistance. Two specimens appeared to be homozygous as to R6m-1 gene. The approach as used for screening nematode-resistant hybrids may be successfully used in practice. | Галловые нематоды (Meloidogyne spp.) являются патогенами СС, которые провоцируют гнили головок корнеплодов и образование корневых галлов, что приводит к значительным потерям урожая. Отбор и использование культурных генетически устойчивых форм СС в скрещиваниях может привести к сокращению объемов применения химических препаратов против нематод, что снизит издержки производства и нагрузку на окружающую среду. Наиболее верная стратегия – это селекция устойчивых сортов и гибридов СС. В связи с этим тестирование селекционных материалов СС на наличие генов устойчивости к нематодозам является актуальным. Приведены результаты молекулярно-генетического тестирования селекционного материала СС отечественной и зарубежной селекции на наличие/отсутствие доминантного гена устойчивости к корневым нематодам R6m-1, локализованного на первой хромосоме. В результате ПЦР-анализа, проведенного с использованием праймера Nem 06 F/R, выделены 6 генотипов СС, характеризующиеся наличием ампликона длиной 600 п.н., характерного для гена R6m-1. Их можно будет использовать как исходный материал при селекции на устойчивость к болезням. Два образца оказались гомозиготны по гену R6m-1. Примененный подход к скринингу устойчивых к нематодам гибридов может успешно использоваться на практике.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Grin', S.A. | Matveeva, I.N. | Bogomolova, O.A. | Fedorov, Yu.N. | Popova, V.M., All-Russia Research and Development and Design and Technological Inst. of Biological Industry, Moscow Region (Russian Federation) | Kryukova, E.N. | Litenkova, I.Yu.

The study of the blood serum of 88 pigs of different age groups of two pig-breeding complexes revealed specific antibodies to swine circovirus type 2 (PCV2), which is evidence of virus circulation. The average titer of serum antibodies in weaning piglets (40 days of life) was 1:2020, pig suckers (20 days of life) – 1:3120; at repair pigs (175 days of life) – 1:5124; fattening piglets (180 days of life) – 1:5300. In animals of the main herd (sows) the percentage of seroprevalence was 95%. With the age of piglets, an increase in the titer of antibodies to PCV2 was revealed, which indicates infection of young animals with the virus after a decrease in the level of colostral antibodies below the protective one. Real-time PCR was used for quantitative detection of the PCV2 genome in blood serum and pig tissue, which revealed a high viral load: more than 10E5 copies of virus/cm3 DNA in blood serum. Taking into account the period of viremia and clinical manifestation of circovirus infection in the range of 21–40 day-old pigs, preventive immunization against this infection was recommended. Under experimental conditions, a high antigenic activity of the experimental series of whole-virion inactivated emulsified vaccine against circovirus infection was established: 3 weeks after vaccination the average titer of serum antibodies to PCV2 of the same age group was 1:3079 in ELISA. The intensity of immunity with a single vaccination remained within 4 months (follow-up period). Taking into account the correlation between the level of specific antibodies and resistance of pigs to PCV2 infection, there is reason to believe about the prospects of the use of domestic whole-virion inactivated emulsified vaccine in the system of immunoprophylaxis of this infection. | При исследовании сыворотки крови 88 свиней разных возрастных групп из двух свиноводческих комплексов были выявлены специфические антитела к цирковирусу свиней 2 типа (PCV2), что свидетельствует о циркуляции вируса. Средний титр сывороточных антител у поросят на доращивании (40-дневных) составил 1:2020, у поросят-сосунов (20-дневных) – 1:3120; у ремонтных свинок (175-дневных) – 1:5124; у поросят на откорме (180-дневных) – 1:5300. У животных основного стада (свиноматки) процент серопревалентности составила 95%. С возрастом поросят установлено нарастание титра антител к PCV2, что говорит об инфицировании молодняка вирусом после снижения уровня колостральных антител ниже протективного. Для количественного обнаружения генома ЦВС-2 в сыворотке крови и тканях животных использовали ПЦР в реальном времени, которая позволила выявить высокую вирусную нагрузку: более 10E5 копий ДНК вируса/см3 сыворотки крови. Учитывая период виремии и клиническое проявление цирковирусной инфекции у 21 – 40-дневных поросят, была рекомендована профилактическая иммунизация против этой инфекции. В экспериментальных условиях установлена высокая антигенная активность опытной серии цельновирионной инактивированной эмульгированной вакцины против цирковирусной инфекции: через 3 недели после иммунизации средний титр сывороточных антител к PCV2 одной возрастной группы составил в ИФА 1:3079. Напряженный иммунитет при однократной вакцинации сохранялся до 4 месяцев (срок наблюдения). Учитывая корреляцию между уровнем специфических антител и устойчивостью свиней к инфекции PCV2, есть основание полагать, что отечественная цельновирионная инактивированная эмульгированная вакцина будет перспективна при применении в системе иммунопрофилактики этой инфекции.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Lajshev, K.A., Northwest Center for Interdisciplinary Studies of Food Security Problems, St. Petersburg

Necrobacteriosis is an infectious disease that affects many species of domestic and wild mammals, birds, and humans. The purpose of the study was to characterize the distinctive features of rumen microbiota in the reindeer with the clinical manifestations of necrobacteriosis. The study was carried out on calves (4-6 months) and adults (3-6 years) animals, including clinically healthy individuals and those with necrobacteriosis. Samples of the rumen content were collected during the summer-autumn period in 2017 (n = 3 from each age group) in the Yamalo-Nenets Autonomous District. The total number of bacteria and fungi of the class Neocallimastigales was analyzed by quantitative PCR, the composition of the bacterial community was analyzed by T-RFLP method. In individuals with clinical manifestations of necrobacteriosis, a significantly higher content of fusobacteria was detected, 1.79-fold in adults, and 2.65-fold in calves. In sick animals of both age groups, there was a significantly higher presence of bacteria of the genus Staphylococus and the family Pseudomonadaceae, some species of which may cause purulent-necrotic lesions of animals. The 4-6 month old calves showed a significant increase in the content of family Campylobacteriaceae and family Enterobacteriaceae compared to clinically healthy animals. At the same time healthy individuals showed a greater number of cellulolytic and acid-utilizing bacteria. In general, the rumen microbiome of calves with clinical signs of necrobacteriosis is characterized by large changes compared to the adult animals. In addition, a significant decrease of cellulolytic chytridiomycetes of the class Neocallimastigales was detected in the rumen of this animal group. In this regard, the identified patterns may be due to the physiological features of this stage of animal development in Rangifer tarandus. | Некробактериоз - инфекционное заболевание, поражающее многие виды домашних и диких млекопитающих, птиц, человека. Цель исследования - характеристика микробиоты рубца северного оленя при некробактериозе с использованием молекулярных методов. Объектом исследования были северные олени ненецкой породы (здоровые и с признаками некробактериоза), в том числе телята (4-6 мес) и взрослые животные (3-6 лет). Образцы содержимого рубца отбирали в летне-осенний период в 2017 г. (n = 3 для каждой возрастной группы) в Ямало-Ненецком автономном округе. Общее число бактерий и грибов класса Neocallimastigales анализировали методом количественной ПЦР, состав бактериального сообщества - методом Т-RFLP. У особей с клиническими проявлениями некробактериоза детектировано достоверно более высокое содержание фузобактерий: у взрослых оленей в 1,79 раза, у телят - в 2,65 раза. У больных животных обеих возрастных групп отмечали более значительное присутствие бактерий р. Staphylocoссus и сем. Pseudomonadaceae, часть видов которых могут становиться причиной гнойно-некротических поражений. У 4-6-месячных телят выявлено достоверное увеличение численности кампилобактерий (сем. Сampylobacteriaceae) и энтеробактерий (сем. Enterobacteriaceae) по сравнению с клинически здоровыми животными. При этом у здоровых особей обнаружено больше целлюлозолитических бактерий класса Clostridia (в т. ч. представителей сем. Lachnospiraceae, Eubacteriaceae и Clostridiaceae), филума Bacteroidetes и бактерий порядка Negativicutes, ферментирующих кислоты. В целом микробиом рубца телят с клиническими признаками некробактериоза характеризовался большими изменениями по сравнению со взрослыми животными. Также в рубце животных из этой группы было выявлено снижение численности целлюлозолитических грибов-хитридиомицетов класса Neocallimastigales. Выявленные закономерности могут быть обусловлены физиологическими особенностями данной стадии развития северного оленя.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

S. O. Baturin | E. A. Filipenko | С. О. Батурин | Е. А.  Филипенко

Taxonomic relationship between Fragaria L. and Potentilla L. representatives is actively discussed today in the context of phylogenetic analysis by molecular markers and hybridization results. According to the data published, crosses between F. х ananassa Duch. (8x) х P anserina L. (4x) produce haploids, parthenogenetic seedlings (8x) and aneuploids. No viable progenies have been obtained. Our long-standing research in F. х ananassa х P anserina hybridization was targeted at obtaining 8x agamospermic progenies and studying their genetic variability. In one of the experiments, when P. anserina pollen was used in crosses, along with 2n = 56 matromorphous seedlings, an absolutely sterile seedling No. 89-3 was produced, which insignificantly differed from F. х ananassa by its phenotype, thus matching the Fragaria type. Chromosome number in root apical meristem cells appeared to be 2n = 6x = 42, being intermediate between the crossed parental forms. The absence of any morphological traits of the pollen parent (P. anserine) showed the need to make molecular genetic analysis in order to prove its hybrid origin. Methods. To trace its origin, the techniques of Polygalacturonase Inhibitor Proteins (PGIPs) PCR and Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) PCR analysis of internal transcribed spacer (ITS) were applied to F. х ananassa х P anserina seedlings. The study showed that seedling No. 89-3 and the parthenogenetic progenies are identical and correspond to the mother form (F. х ananassa). Hence, eliminating 14 chromosomes of F. х ananassa and 14 chromosomes of P. anserina during the first divisions of a zygote (2n = 70) should be considered as the most likely scenario for the 2n = 42 chromosome number development in the studied No. 89-3, so the genetic material of P. anserina was absent in the embryo’s somatic cells. Development of aneuploids and parthenogenetic seedlings (8x) in the crosses of F. х ananassa х P anserina makes it possible to study additional mechanisms of variability appearing in the Fragaria genus. Reproductive isolation of an aneuploid, due to its complete sterility, limits its use solely to a cover plant’s role. In addition, its herbage biomass may be used for making fermented tea. | В настоящее время таксономическое родство представителей Fragaria L. и Potentilla L. активно обсуждается на основе филогенетического анализа по молекулярным маркерам и результатам гибридизации. Согласно опубликованным сведениям при скрещивании F. х ananassa Duch. (8x) х P anserina L. (4х) возникают гаплоиды, 8х-потомки партеногенетического происхождения и анеуплоиды. Жизнеспособных гибридов не было получено. Нами проводились многолетние исследования по гибридизации F. х ananassa х P anserina с целью получения 8х-агамоспермного потомства и изучения в этом потомстве характера генетической изменчивости. В одном из экспериментов при использовании в скрещиваниях пыльцы P. anserina, наряду с матроморфными потомками с 2n = 56 был получен один сеянец (№ 89-3), который являлся полностью стерильным, фенотипически незначительно отличался от F. х ananassa, т. е. соответствовал Fragaria-типу. Подсчет чисел хромосом в клетках корневой меристемы этого сеянца показал 2n = 6x = 42 промежуточное число хромосом между скрещиваемыми родительскими формами. Отсутствие каких-либо морфологических признаков опылителя (P. anserina) инициировало нас на проведение молекулярно-генетического анализа, чтобы окончательно прояснить его происхождение. Проведен RFLP-анализ гена ингибитора полигалактуроназы, а также ITS внутреннего транскрибируемого спейсера, входящего в состав кластера генов, кодирующих рРНК, который показал, что сеянец № 89-3 и партеногенетические потомки по молекулярным маркерам соответствовали материнской форме F. х ananassa, т. е. сеянец № 89-3 является анеуплоидом. В связи с этим наиболее вероятным сценарием формирования у исследуемого образца № 89-3 хромосомного набора 2n = 42 следует считать элиминацию 14 хромосом P. anserina и 14 хромосом F. х ananassa во время первых делений гибридного зародыша (2n = 70), который возник в результате оплодотворения нередуцированной яйцеклетки F. х ananassa (n = 56) редуцированным спермием P. anserina (n = 14). В итоге это событие исключило геномный материал лапчатки в соматических клетках сеянца. Появление анеуплоидов и партеногенетических 8х-потомков при скрещиваниях F. х ananassa х P anserina, позволяет изучать дополнительные механизмы формирования изменчивости в роде Fragaria. Репродуктивная изоляция анеуплоида, ввиду его полной стерильности, позволяет использовать его лишь как почвопокровное растение. Кроме того, его фитомасса может быть пригодна для производства ферментированных чайных напитков

Show more [+]

Less [-]

N.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources - Russian Federation

2019

Nalbandyan, A.A. | Fedulova, T.P. | Kozlovskaya, V.F., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

It is extremely important for breeders not only to breed highly productive sugar beet varieties, but also to prevent productivity losses due biotic stress factors. The crop is constantly exposed to pathogenic microorganisms. The development of molecular markers is associated with the transfer of target genes to the genotypes of the best-performing breeding accessions. Breeding using a marker assisted selection (MAS) can reduce labor and time consumption when compared to conventional breeding procedures. Rizomania, powdery mildew and fusarium – the diseases that significantly reduce sugar beet yield. The results of sugar beet breeding accessions DNA analysis to identify genes for resistance to rhizomania (Rz1 and Rz2), powdery mildew (Pm), and fusarium (SE2 and SP2) are presented. 7 pairs of specific primers were employed. Selection samples characterized by the presence of the desired loci are identified. All the studied sugar beet samples (origin: Russia, Ukraine, Germany, Latvia, Bulgaria, Kyrgyzstan) were found to be carriers of R-genes or loci linked to phytopathogen resistance genes. PCR fragments characteristic of these loci were detected. Maximum polymorphism is characteristic of loci amplified by primers AB 6-15 and OP-AN9, linked to the Rz1 gene and AB 2-2, linked to the Rz2 gene. To identify the relationship of the SE2 and SP2 genes for sugar beet resistance to the fusarium root rot, experiments were carried out using molecular markers EBS085 and BB2714 proposed by foreign authors. For the first time, FusA F/R markers and a primer for identifying the dominant powdery mildew resistance gene, Pm6 using the Primer-BLAST and BLAST program, respectively, based on information from the international database PubMed were designed and used in this work. A primer was tested to identify the dominant R-gene Pm36 and it was found that it uniquely identifies a locus with a characteristic molecular mass of 1000 bp. all of six sugar beet accessions. | Крайне важным является создание высоко урожайных сортов сахарной свеклы устойчивых к биотическим стресс-факторам. Культура постоянно подвергается воздействию многих патогенных микроорганизмов. Разработка молекулярных маркеров связана с переносом целевых генов в генотипы лучших по урожайности селекционных образцов. Отбор с помощью маркера (MAS) может снизить затраты труда и времени по сравнению с традиционными методами селекции. Ризомания, мучниста роса и фузариоз – болезни, которые существенно снижают урожайность сахарной свеклы. Представлены результаты ДНК-анализа селекционных материалов сахарной свеклы по выявлению генов устойчивости к ризомании (Rz1 и Rz2), мучнистой росе (Pm) и фузариозу (SE2 и SP2). В работе использованы 7 пар специфических праймеров. Выделены селекционные образцы, характеризующиеся наличием искомых локусов. Все исследуемые образцы растений сахарной свеклы (страны происхождения - Россия, Украина, Германия, Латвия, Болгария, Киргизия) оказались носителями R-генов или локусов, наследуемых сцепленно с генами устойчивости к фитопатогенам. Обнаружены ПЦР-фрагменты, характерные для данных локусов. Максимальный полиморфизм характерен для локусов, амплифицированных праймерами АВ 6-15 и OP-AN9, сцепленных с геном Rz1 и АВ 2-2, сцепленного с геном Rz2. Для выявления связи генов SE2 и SP2 с устойчивостью сахарной свеклы к фузариозной корневой гнили были проведены эксперименты с использованием молекулярных маркеров EBS085 и BB2714, предложенные иностранными авторами. Впервые применялся маркер FusA F/R, сконструированный в настоящем исследовании по программе Primer-BLAST, на основе информации международной базы PubMed. Протестирован праймер для выявления доминантного R-гена Pm36 на устойчивость к мучнистой росе. Праймер также был разработан в системе BLAST, на основе информации международной базы PubMed. Данный молекулярный маркер позволил четко выявить локус с характерной молекулярной массой 1000 п.н. у всех 6 образцов сахарной свеклы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Prikhod'ko, Yu.N. | Zhivaeva, T.S. | Shnejder, Yu.A., All-Russia Research and Development Inst. of Plant Quarantine, Moscow Region

There are known ten strains of the Plum pox virus (PPV), seven of which are widely distributed in the Russian Federation, namely D, M. Rec, W, C, CV, and CR, with the prevalence of D and W strains. A characteristic feature of the Plum pox virus population in the Russian Federation is the wide occurrence of W, C and CR strains, that are extremely rare or not found at all in other regions of the world. Screening tests for detection of the complex of PPV strains by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and polymerase chain reaction (PCR) were carried out. It has been established that effective detection of PPV-D, PPV-M, PPV-Rec, PPV-C, PPV-CR, PPV-EA, PPV-W and PPV-T strains is achieved using PPV-ELISA test systems with polyclonal antibodies provided by ACD, Adgen, Agdia, Bioreba, DSMZ and Loewe companies. Monoclonal antibodies 5B-IVIA do not allow to diagnose isolates related to the strain PPV-CR. For universal detection of isolates of all PPV strains, it is necessary to use a real-time PCR kit for PPV (Syntol), a FLASH-PCR kit for PPV (Agrodiagnostica) or conventional PCR with one of the following primer pairs: P1/P2, s1/as2 or 3'NCP sense/3'NCP antisense. | Из 10 известных штаммов вируса шарки слив (PPV) в Российской Федерации распространено 7 штаммов – D, M. Rec, W, C, CV и CR с преобладанием штаммов D и W. Характерной особенностью популяции вируса шарки слив в Российской Федерации является широкое распространение штаммов W, С и CR, исключительно редких или вовсе не обнаруженных в других регионах мира. Проведена отработка скрининговых тестов выявления комплекса штаммов PPV методами иммуноферментного анализа (ИФА) и полимеразной цепной реакции (ПЦР). Установлено, что эффективное выявление штаммов PPV-D, PPV-M, PPV-Rec, PPV-С, PPV-CR, PPV-EA, PPV-W и PPV-T достигается при использовании тест-систем для ИФА к PPV на основе поликлональных антител фирм ACD, Adgen, Agdia, Bioreba, DSMZ и Loewe. Моноклональные антитела 5B-IVIA не позволяют диагностировать изоляты, относящиеся к штамму PPV-CR. Для универсального выявления изолятов всех штаммов PPV необходимо использовать набор для ПЦР в реальном времени к PPV фирмы Синтол, набор для FLASH-ПЦР к PPV фирмы Агродиагностика или классическую ПЦР с одной из следующих пар праймеров: Р1/Р2, s1/as2 или 3'NCP sense/3'NCP antisense.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Sal'nikov, N.I. | Zhivoderov, S.P. | Yanzhieva, D.V. | Kol'tsov, A.Yu. | Usadov, T.R. | Sukher, M.M. | Morgunov, Yu.P. | Lunitsin, A.V., All-Russia Research and Development Inst. of Veterinary Virology and Microbiology, Pokrov

Peste des petits ruminants (PPR) is a highly contagious transboundary infection disease of small ruminants, characterized by fever, anorexia, ocular and nasal discharge, erosions and ulcers in digestive mucosa, diarrhoea and marked leucopoenia with immunosuppression. This article presents data on the development of a test system for detecting the PPR virus genome by reverse transcription Real-Time PCR. This technique is based on the amplification of a fragment (148 bp) of hemagglutinin gene of PPR virus using the original oligonucleotide primers and fluorescent-labeled hybridization probe. Analytical specificity of the developed test system was evaluated by testing the strains of PPR virus, rinderpest virus, bluetongue virus, as well as biological samples from clinically healthy animals and intact cell cultures. Positive results were obtained only with samples containing PPR virus (strains Epizootichesky, Nigeria 75/1 and 45G37/35-K). The analytical sensitivity of the developed test-system, determined using tenfold serial dilutions of cultural virus-containing material, is 0.83±0.22 lg TCID50/ml. To create a positive amplification control, a fragment of hemagglutinin gene synthesized usign Real-Time PCR was cloned in plasmid pTZ57 R/T in Escherichia coli. To assess the practical suitability of the developed test system for the diagnosis of PPR, the blood samples from sheep experimentally infected with PPR virus (strain Epizootichesky) were tested. As a result, the PPR virus genome was detected in blood samples from day 5 to day 12 after infection. Since transportation of biological samples over long distances may require during survey, we have developed "dry" blood method to collect and store blood samples. It has been shown that "dry" blood drops are stable at room temperature for a month and can be used in Real-Time PCR testing. | Чума мелких жвачных животных (ЧМЖЖ) - высококонтагиозная трансграничная инфекционная болезнь мелких жвачных, характеризующаяся лихорадкой, анорексией, истечениями из глаз и носа, язвами в слизистой оболочке пищеварительного тракта, диареей, а также лейкопенией с иммуносупрессией. Представлены данные по разработке тест-системы для выявления генома вируса ЧМЖЖ методом ОТ-ПЦР в реальном времени. Методика основана на амплификации фрагмента гена гемагглютинина размером 148 п.н. с использованием оригинальных олигонуклеотидных праймеров, а также флуоресцентно меченного гибридизационного зонда. Аналитическую специфичность разработанной тест-системы оценивали при исследовании панели образцов биоматериала, содержащих штаммы вируса ЧМЖЖ, чумы крупного рогатого скота, блютанга, а также образцов биоматериала от клинически здоровых животных и интактных культур клеток. При этом положительные результаты получены только при исследовании образцов, содержащих штаммы вируса ЧМЖЖ (Эпизоотический, Nigeria 75/1 и 45G37/35-K). Аналитическая чувствительность разработанной тест-системы, определенная с использованием последовательных 10-кратных разведений культурального вирусосодержащего материала, составила 0,83±0,22 lg ТЦД50/см3. Положительным контролем амплификации в разработанной тест-системе служил фрагмент гена гемагглютинина вируса ЧМЖЖ, который клонировали в составе плазмидного вектора pTZ57 R/T в клетках Escherichia coli. Для оценки практической пригодности разработанной тест-системы исследовали образцы крови, отобранные от овец, экспериментально инфицированных штаммом Эпизоотический вируса ЧМЖЖ. В результате геном вируса ЧМЖЖ был выявлен в пробах крови, отобранных с 5-х по 12-е сут после заражения. Для транспортировки образцов биоматериала на дальние расстояния нами предложена методика "сухой" капли для отбора и хранения проб крови на бумажном носителе.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation