AGRIS - 

Data provenance by Country

2022

Sermyagin, A.A. | Dotsev, A.V. | Abdel'manova, A.S. | Turbina, I.S. | Sölkner, J. | Zinov'eva, N.A.

The improvement of dairy cattle breeds is a process lasting decades and even centuries. The accumulated experience of breeders has made it possible to conserve some of them to this day, for example, as the red breeds of cattle. There has been studied the modern gene pool of Bestuzhev(BST), Suksun (SKS) and Red Gorbatov (RedGR) cattle in Russia on the basis of the use of genome-wide data and the search for regions in the genome subject to increased breeding pressure. The research used 35 thousand SNP markers for calculating linkage disequilibrium (LD) values between them in 86 heads of different red cattle breeds including Holstein (RedHL) ones. Only for 0.01% of pairs of polymorphisms with an LD level of more than 0.9, the mutations localized between them were studied and annotated. Comparison of LD in the context of breeds and chromosomes was carried out using multiple variance analysis. The distribution of LD blocks depending on the distance at which the paired SNPs are located by breeds showed that at a distance of 0-30 kb, significant differences (P less than 0.001) in average LD values were observed for the group of breeds: RedHL and RedGR (0.303-0.317), BST (0.275), SKS (0.251). For the Red Gorbatov there was an improvement by Holstein cattle. In the analysis for LD between SNPs on chromosomes the Bestuzhev cattle along with the Suksun cattle formed separate genetic groups. The variability of LD score was low in the genome of the Suksun breed. The effective population size for the studied breeds was largest for the Bestuzhev (n=113) and Suksun (n=84) cattle and smallest for the Red Gorbatov (n=79). The results of the search for breeding prints in the genome of Russian red cattle have been obtained, which have shown conjugacy with features of milk quality, fertility, meat productivity and health. | Совершенствование пород молочного скота представляет собой процесс длительностью в десятилетия и даже столетия. Накопленный селекционерами России опыт позволил сохранить часть из них, например, красные породы скота, до наших дней. Изучен современный генофонд бестужевской, суксунской и красной горбатовской пород на основе применения полногеномных данных и поиска регионов в геноме, подверженных повышенному селекционному давлению. В исследованиях использованы около 35 тыс. SNP-маркеров для расчета величины неравновесия по сцеплению (LD) между ними для 86 голов разных пород скота красного корня. Только для 0,01% пар полиморфизмов при уровне LD более 0,9 были изучены и аннотированы локализованные между ними мутации. Сравнение LD в разрезе пород и хромосом проводили с помощью множественного дисперсионного анализа. Распределение LD-блоков в зависимости от дистанции, на которой расположены парные SNP, по породам показало, что при расстоянии 0-30 kb достоверные различия (P меньше 0,001) по средним значениям LD наблюдались для группы пород: RedHL и RedGR (0,303-0,317), BST (0,275), SKS (0,251). Для красной горбатовской породы имело место улучшение голштинским скотом. Бестужевский скот наравне с суксунским при анализе величины LD между SNP на хромосомах образовывал обособленные генетические группы. Вариабельность показателя LD была невысокой в геноме животных суксунской породы. Эффективный размер численности популяций для изученных пород был наибольшим для бестужевской (n=113) и суксунской (n=84) пород и наименьшим - для красной горбатовской (n=79). Получены результаты по поиску отпечатков селекции в геноме красных пород скота России, которые показали сопряженность с признаками качества молока, фертильности, мясной продуктивности и здоровья.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation