AGRIS - 

Data provenance by Country

2023

Kornil'ev, G.V.

The paper presents the results of DNA profiling of 28 grape accessions with unidentified varietal affiliation, selected from the Magarach Ampelographic Collection, and provides microsatellite loci polymorphism assessment among them. Genotyping was performed using 9 nuclear (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) and 3 chloroplast (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR markers. For nuclear loci, 105 alleles were identified, the average number of alleles per locus (na) was 11.7; the average effective number of alleles (ne) is 7.23; Shannon information index (I) for the studied batch of samples was 2.13. The highest allele frequency was observed in samples with VVS2133 and VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232) alleles. The average value of actual heterozygosity Heto was 0.8333, expected heterozygosity Hetе was 0.8712. For chloroplast loci, 7 alleles were identified: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Also 4 chlorotypes were identified: A (1 sample), B (9), C (13), D (5). A dendrogram of genetic similarity was constructed using the UPGMA meth-od, which showed the presence of three clusters containing, respectively, 11, 11 and 6 samples. There was a uniform distribution of chlorotypes B and D over three clusters, and chlorotype C over two clusters. It is concluded that the results can be used to assess the genetic diversity of Magarach Ampelographic Collection. | Представлены результаты ДНК-профилирования 28 образцов винограда с неидентифицированной сортовой принадлежностью, собранные на ампелографической коллекции "Магарач", и приведена оценка полиморфизма их микросателлитных локусов. Генотипирование проводили по 9 ядерным (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) и 3 хлоро-пластным (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR-маркерам. По ядерным локусам выявлено 105 аллелей, среднее число аллелей на локус (na) составило 11,7; среднее значение эффективного числа аллелей (ne) – 7,23; информационный индекс Шеннона (I) для исследуемой выборки образцов – 2.13. Отмечена наибольшая частота встречаемости у образцов с аллелями VVS2133 и VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232). Среднее значение фактической гетерозиготности Heto составило 0.8333, ожидаемой гетерозиготности Hetе – 0.8712. По хлоропластным локусам выявлено 7 аллелей: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Идентифицированы 4 хлоротипа: A (1 образец), B (9), C (13), D (5). По методу UPGMA построена дендрограмма генетического сходства, которая показала наличие трёх кластеров, содержащих, соответственно, 11, 11 и 6 образцов. Отмечено равномерное распределение хлоротипов B и D по трём кластерам, хлоротипа С – по двум кластерам. Сделан вывод о возможности использования полученных для оценки генетического разнообразия ампелографической коллекции "Магарач".

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Selionova, M.I. | Trukhachev, V.I. | Ajbazov, A.-M.M. | Zinov'eva, N.A. | Belous, А.A.

There are presented the results of the search for candidate genes associated with the fat level and fatty acid composition of milk of Karachai goats on the basis of a genome-wide association analysis. The object of research is 167 lactating goats of the Karachai breed. Genotyping was performed using GoatSNP53K Beadchip DNA-chip and BeadStudio program, the milk component composition was investigated by infrared spectroscopy on a CombiFoss 7 DC automatic analyzer, association analysis was performed by multiple linear regression using PLINK 1.90 software package. There were identified 26 full genomic and 101 suggestive SNPs associated with fat and fatty acid content in milk of Karachai goats, with the highest number of 10, 8 and 14 SNPs detected on chromosomes 8, 16 and 25, respectively. Polymorphism snp16908-scaffold1766-616140 on chromosome 25, is common for 7 traits (fat content, long-, medium- and short-chain, palmitic, oleic fatty acids, trans-isomers of fatty acids), 3polymorphisms - snp18646-scaffold1882-539299, snp10469-scaffold1373-2167084 and snp33285-scaffold391-913110 on chromosomes 2, 3 and 8, respectively - for 5 traits (saturated fatty acids, medium- and short-chain, myristic and palmitic fatty acids), polymorphism snp3754-scaffold112-3973504 on chromosome 16 - for 2 traits (oleic and long-chain fatty acids). Structural annotation of genomic regions covering a +-0.20 Mb window from the identified SNPs revealed 22 candidate genes, for 11 of which biological functions were described in terms of gene ontology. The genes METTL8, INSIG1, CEMIP2, BAAT, PLPPR1, LACTB, FMO1, FMO2, ECI1, PGP and ABCA3 were found to regulate lipid metabolism and adipose tissue development and should be considered as potential DNA markers in Karachai goat breeding. | Приводятся результаты исследований по поиску генов-кандидатов, связанных с уровнем жира и жирнокислотным составом молока коз карачаевской породы на основе полногеномного анализа ассоциаций. Объект исследований - 167 лактирующих коз карачаевской породы. Генотипирование выполняли с использованием ДНК-чипа GoatSNP53K Beadchip и программы BeadStudio, компонентный состав молока исследовали ИК-спектроскопией на автоматическом анализаторе CombiFoss 7 DC, ассоциативный анализ проводили множественной линейной регрессией с помощью программного пакета PLINK 1.90. Идентифицированы 26 полногеномных и 101 суггестивный SNP, связанные с содержанием жира и жирных кислот в молоке карачаевских коз, при этом наибольшее их число - 10, 8 и 14 SNP - выявлено на хромосомах 8, 16 и 25 соответственно. Полиморфизм snp16908-scaffold1766-616140 на хромосоме 25 является общим для 7 признаков (массовая доля жира, длинно-, средне- и короткоцепочечные, пальмитиновая, олеиновая жирные кислоты, трансизомеры жирных кислот), 3 полиморфизма - snp18646-scaffold1882-539299, snp10469-scaffold1373-2167084 и snp33285-scaffold391-913110 на хромосомах 2, 3 и 8 соответственно - для 5 признаков (насыщенные, средне- и короткоцепочечные, миристиновая и пальмитиновая жирные кислоты), полиморфизм snp3754-scaffold112-3973504 на хромосоме 16 - для 2 признаков (олеиновая и длинноцепочечные жирные кислоты). Структурная аннотация геномных регионов, покрывающих окно +-0,20 Mb от идентифицированных SNP, выявила 22 гена-кандидата, для 11 из которых описаны биологические функции в терминах генной онтологии. Установлено, что гены METTL8, INSIG1, CEMIP2, BAAT, PLPPR1, LACTB, FMO1, FMO2, ECI1, PGP и ABCA3 регулируют процессы липидного обмена и развития жировой ткани, и их следует рассматривать в качестве потенциальных ДНК-маркеров в селекции коз карачаевской породы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Kovalenko, N.M. | Zeleneva, Yu.V. | Sudnikova, V.P.

The introduction of disease-resistant varieties into grain production is an economically beneficial and environmentally friendly method of plant protection that increases the efficiency of chemical and agrotechnical measures. The purpose of the work was to investigate the race composition of Pyrenophora tritici-repentis isolates from the Tambov population of 2022, to assess the resistance of winter common wheat varieties cultivated in the Tambov region to the yellow spot pathogen, and to identify their dominant/recessive allele of the Tsn1 gene. A set of 28 varieties of winter common wheat (Triticum aestivum L.) was the research material. Among the Pyrenophora tritici-repentis isolates from winter bread wheat of the Tambov Province, three races were common, of which race 4 did not produce the toxins PtrToxA, PtrToxB and PtrToxC, race 3 produced the toxin PtrToxC, and race 1 did not produce PtrToxA and PtrToxC. Races 8 (PtrToxA, PtrToxB and PtrToxC) and 2 (PtrToxA) were classified as rare. We did not find races 5 (PtrToxB), 6 (PtrToxB and PtrToxC) and 7 (PtrToxA and PtrToxB) in the population. Race 3, producing the ToxC gene encoded exotoxin, was the most abundant in the P. tritici-repentis population of the Tambov Province; races producing PtrToxA were less frequent. Practically, seven varieties, the 'Lipetskaya Zvezda', 'Moskovskaya 56', 'Moskovskaya 40', 'Bezenchukskaya 380', 'Biryuza', 'Inna', 'Odesskaya 200' approved for the Tambov Province by the State Register of Breeding Achievements, and the 'Dominanta' variety approved for the North Caucasus and Ural regions are of the greatest interest. These varieties demonstrated the highest resistance to P. tritici-repentis in field and laboratory tests. Molecular screening also confirmed their resistance to PtrToxA. Carriers of the identified recessive allele of the tsn1 gene which determines resistance to the PtrToxA toxin of P. tritici-repentis are recommended for breeding programs to increase wheat plant resistance to tan spot. | Внедрение в с.-х. производство устойчивых к болезням сортов - экономически выгодный и экологически безопасный метод защиты растений, повышающий эффективность химических и агротехнических мероприятий. Цель работы - проанализировать коллекцию изолятов Pyrenophora tritici-repentis из тамбовской популяции 2022 г. по расовому составу, оценить устойчивость сортов озимой мягкой пшеницы к возбудителю желтой пятнистости, а также идентифицировать в генотипе сортов доминантный/рецессивный аллель гена Tsn1. Материалом для исследований служили 28 сортов озимой мягкой пшеницы (Triticum aestivum L.). Среди изолятов P. tritici-repentis, выделенных из образцов озимой мягкой пшеницы на территории Тамбовской области, были распространены три расы, из которых раса 4 не продуцировала токсины PtrToxA, PtrToxB и PtrToxС, раса 3 продуцировала токсин PtrToxС, раса 1 - PtrToxA и PtrToxС. К редким были отнесены расы 8 (PtrToxA, PtrToxB и PtrToxС) и 2 (PtrToxA). Расы 5 (PtrToxB), 6 (PtrToxB и PtrToxС) и 7 (PtrToxA и PtrToxB) в популяции отсутствовали. Раса 3, продуцирующая экзотоксин, кодируемый геном ToxС, имела наибольшую представленность в популяции P. tritici-repentis на территории Тамбовской области, реже отмечали расы, продуцирующие PtrToxА. С практической точки зрения наибольший интерес представляли семь сортов озимой мягкой пшеницы, допущенных согласно Реестру селекционных достижений к возделыванию на территории Тамбовской области, - Липецкая звезда, Московская 56, Московская 40, Безенчукская 380, Бирюза, Инна, Одесская 200, а также сорт Доминанта, допущенный в Северо-Кавказском и Уральском регионах. Эти сорта продемонстрировали самую высокую устойчивость к фитопатогену в полевых и лабораторных условиях и подтвердили невосприимчивость к PtrToxА при молекулярном скрининге.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Safina, N.Yu. | Fattakhova, Z.F. | Gajnutdinova, Eh.R. | Shakirov, Sh.K.

The paper presents the results obtained in 2019-2022. The associations of the coenzyme Q9 (COQ9) gene polymorphism, which affects the energy and metabolic processes in the body, with traits of the reproductive qualities in Holstein heifers have been under study. The experimental population was selected among healthy animal analogues, 251 heads in total. DNA testing of allelic polymorphism G to A (guanine to adenine) of the COQ9 gene, which results in changes in oxidative phosphorylation, that affects the respiratory function of mitochondria, was carried out by PCR-RFLP. Two alleles (A - 0.604; G - 0.396) and three genotypes (AA - 36.6%; AG - 48.2%; GG - 15.5%) have been identified, in the COQ9 - BstMB I gene locus, that indicates the population has genetic biodiversity. The chi-square criterion takes on a value well below the critical value (0.05). The population is in genetic equilibrium according to the Hardy-Weinberg law. The traits of the reproductive ability in 251cows of different genetic groups of the COQ9 gene have been studied. An analysis of the relationship between fertility rates and genotypes of the COQ9 gene showed that individuals with the COQ9AA genotype were characterized by increased live weight during insemination and at calving. Animals with the COQ9AG genotype were characterized by a later age of the first fruitful insemination, while the number of sperm doses spent on them was minimal. The same group of heifers had the shortest calving interval, open day and service period and, as a result, a greater yield of live calves, a high fertility index of Dohi and a reproductive ability coefficient. The data presented in the research prove the influence of genetic factors on the reproductive qualities of cattle, which makes it possible to develop systems for managing the farm animal performance based on the use of molecular genetics methods. | Исследования проводили в 2019-2022 г. с целью изучения ассоциаций полиморфизма гена коэнзим Q9 (COQ9), влияющего на энергетические и метаболические процессы в организме, с показателями репродуктивных качеств коров-первотелок голштинской породы. Опытное поголовье (251 гол.) подбирали из животных-аналогов, содержавшихся в равных условиях в хозяйстве, благополучном по инфекционным и инвазионным заболеваниям. ДНК-тестирование аллельного полиморфизма G - A (гуанин - аденин) гена COQ9, вследствие которого происходят изменения в окислительном фосфорилировании, что отражается на дыхательной функции митохондрий, осуществляли методом ПЦР-ПДРФ. В локусе гена COQ9 - BstMB I идентифицированы два аллеля (A - 0,604; G - 0,396) и три генотипа (AA - 36,6%; AG - 48,2%; GG - 15,5%), что свидетельствует о генетическом биоразнообразии популяции. Хи-квадрат принимает значение намного ниже критического (0,05). Популяция находится в генетическом равновесии согласно закону Харди-Вайнберга. Изучены признаки воспроизводительной способности коров-первотелок разных генетических групп по гену COQ9. По результатам анализа взаимосвязей показателей фертильности и генотипов гена COQ9 особи с генотипом COQ9AA отличались повышенной живой массой во время осеменения и при отеле. Животные с генотипом COQ9AG характеризовались поздним возрастом первого плодотворного осеменения, при этом количество затраченных спермодоз было наименьшим. Первотелки группы COQ9AG отличались самым непродолжительным межотёльным, сухостойным и сервис-периодом, и, как следствие, большим выходом живых телят, высоким индексом Дохи и коэффициентом воспроизводительной способности. Влияние генетических факторов на репродуктивные качества крупного рогатого скота позволяют разрабатывать системы управления продуктивностью с.-х. животных на основе применения молекулярно-генетических методов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Pozovnikova, M.V. | Larkina, T.A. | Vakhrameev, A.B. | Fedorova, Z.L. | Rejnbakh, N.R. | Ryabova, A.E. | Dement'eva, N.V.

The aim of the study was to analyze the association of polymorphic variants of the LCORL gene for SNP A503G with egg quality in chickens of the Pushkin and Tsarskoye Selo breeds. The sample consisted of dual-use chickens of the Pushkin (n=107) and Tsarskoye Selo (n=90) breeds hatched in 2021 and kept in individual cages. The birds are a part of the bioresource collection "Genetic Collection of Rare Endangered Chicken Breedss" held by All-Russian Research Institute of Genetics and Breeding of Farm Animals (Pushkin, St. Petersburg). The poultry were genotyped by PCR-RFLP. Biophysical properties of the eggs were evaluated in hens at 35 weeks of age. A comparative analysis of the qualitative characteristics of the eggs revealed some differences between the breeds. For example, the eggs of the Pushkin hens differed from the eggs of the Tsarskoye Selo hens in high egg weight (p not more than 0.001) and shell (p not more than 0.01), shell thickness (p not more than 0.01), PPF values (p not more than 0.01), but had a thinner shell membrane (p not more than 0.01). The analysis of the SNP A503G association with the LCORL gene showed that the eggs from the Pushkin chickens with the AG genotype had high mean values for shell thickness (p less than 0.001), shell weight (p less than 0.05) and yolk weight (p less than 0.01). For Tsarskoye Selo chickens, significant associations were obtained for chickens with the AG genotype on the basis of yolk weight (p less than 0.05). | Цель исследований - анализ связи полиморфных вариантов гена LCORL по SNP A503G у кур пород пушкинская и царскосельская с качественными показателями яйца. Выборку составили куры комбинированного направления продуктивности пушкинской (n = 107) и царскосельской (n = 90) пород 2021 г. вывода. Птица содержалась в индивидуальных клетках на базе биоресурсной коллекции ВНИИГРЖ "Генетическая коллекция редких исчезающих пород кур" (г. Пушкин, Санкт-Петербург). Генотипирование птицы осуществляли методом ПЦР-ПДРФ. Оценку биофизических качеств яиц проводили у кур в возрасте 35 нед. Сравнительный анализ качественных характеристик яиц выявил межпородные различия. Так, яйца кур пушкинской породы по сравнению с яйцами кур царскосельской породы отличались высокой массой яйца (p не более 0,001) и скорлупы (p не более 0,01), толщиной скорлупы (p не более 0,01), значениями ППФ (p не более 0,01), но имели более тонкую подскорлупную оболочку (p не более 0,01). Анализ связи SNP A503G гена LCORL показал, что яйцо, полученное от кур пушкинской породы с генотипом AG, отличалось высокими средними значениями толщины скорлупы (р меньше 0,001), массы скорлупы (р меньше 0,05) и массы желтка (р меньше 0,01). Для кур царскосельской породы значимые ассоциации получены для особей с генотипом AG по признаку массы желтка (p меньше 0,05). Основываясь на полученных данных, SNP A503G гена LCORL можно рекомендовать в качестве ДНК-маркера при селекции кур пушкинской и царскосельской пород для получения яиц с высокой массой желтка.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Krivoruchko, A.Yu. | Likhovid, A.A. | Kanibolotskaya, A.A. | Saprikina, T.Yu. | Kukharuk, M.Yu. | Yatsyk, O.A.

Despite a large number of studies, methods of genomic and marker-associated selection are still not used in sheep breeding at an economically significant level. One of the important directions is the identification of genomic loci associated with indicators of interbreed variability, which can also be used as markers of animal breed. The research purpose is to search for polymorphisms in the Stavropol breed rams using Illumina 600K BeadChip biochips for the subsequent development of a panel for genotyping by sequencing using AgriSeq technology. The object of the study was rams aged 12 months (n=50). Primary processing of the results and their analysis, determination of the frequency of occurrence of polymorphisms, and assessment of the distribution of SNPs across genomic regions were performed in the Genome Studio 2.0 programme. The genome assembly Ovis_Aries_3.1 was used for SNP mapping. Single nucleotide polymorphisms were identified with a frequency of occurrence of homozygotes, both common and mutant variants, in the range of 0.2850-0.3149. Heterozygous variants of these substitutions were observed with a frequency of 0.381± 0.011. A total of 573 polymorphisms met the selected criteria. The detected SNPs were located along the entire length of the genotyped DNA region. The largest number of them were on chromosomes 1, 2, 3, 5 and X. The fewest polymorphisms were detected on chromosomes 18, 20, 21 and 24. The established set of substitutions will make it possible to effectively accurately identify animals in the process of breeding work, to take into account inbreeding in the population, etc. The proposed set of SNPs can be recommended for use in genotyping by next generation sequencing and customisation of SNP biochips. | Несмотря на достаточно большое количество исследований, методы геномной и маркер-ассоциированной селекции до сих пор не применяют в овцеводстве на хозяйственно значимом уровне. Одно из важных направлений – выявление локусов генома, связанных с показателями межпородной изменчивости, которые также можно будет использовать в качестве маркеров породной принадлежности животных. Цель исследований – поиск полиморфизмов у баранов ставропольской породы с использованием биочипов Illumina 600K BeadChip для последующей разработки панели для генотипирования секвенированием по технологии AgriSeq. Объектом исследования служили баранчики в возрасте 12 месяцев (n=50). Первичную обработку результатов и их анализ, определение частоты встречаемости полиморфизмов, оценку распределения SNP по регионам генома выполняли в программе Genome Studio 2.0. Для картирования SNP использовали сборку генома Ovis_Aries_3.1. Выявлены однонуклеотидные полиморфизмы с частотой встречаемости гомозигот, как распространенных, так и мутантных вариантов в диапазоне 0,2850…0,3149. Гетерозиготные варианты этих замен отмечали с частотой 0,381± 0,011. Всего выбранным критериям полиморфизмов соответствовало 573. Обнаруженные SNP были расположены по всей длине генотипируемой области ДНК. Наибольшее их количество находилось на 1, 2, 3, 5 и Х хромосомах. Меньше всего полиморфизмов выявлено на 18, 20, 21 и 24 хромосомах. Установленный набор замен позволит эффективно точно идентифицировать животных в процессе селекционной работы, проводить учет инбридинга в популяции и др. Предложенный набор SNP можно рекомендовать для использования в генотипировании секвенированием нового поколения и кастомизации SNP-биочипов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Vetokh, A.N. | Dzhagaev, A.Yu. | Belous, A.A. | Volkova, N.A. | Zinov'eva, N.A.

Meat color characteristics are one of the most important quality parameters, which largely determines consumer demand for such products. Special scales are used to assess the meat quality based on its color spectrum. The L*a*b* scale is common the effectiveness of which has been shown in meat livestock farming. The aim of research was to search for SNPs and identify genes associated with meat color in chickens. For the research, an F2 model resource population chickens (n = 260, vivarium of the Ernst Federal Research Center for Animal Husbandry, 2021-2023) were obtained by crossing two chicken breeds contrasting in meat quality, the Russian White (slow growth) and Cornish (fast growth). The poultry of F2 resource population was genotyped using high-density Illumina Chicken iSelect BeadChip 60k (Illumina, Inc., USA). At the age of 9 weeks, birds were slaughtered. The spectra of breast meat were measured according to the L*a*b* color scale using a portable spectrophotometer CM-700d (Konica Minolta, Japan). Based on the genotype and phenotype data, genome-wide association studies were carried out using PLINK 1.9 software with accepted restrictions (geno 0.1, mind 0.1, maf 0.03). The chickens of F2 resource population was characterized by a high coefficient of variability in the green (a*) and blue (b*) spectrum of meat color, from 19.99% to 97.23%. According to the L parameter, chickens showed relatively low variability not exceeding 9.75%. Based on the GWAS analysis, 60 significant SNPs were identified, including those associated with the color spectrum L* (28 SNPs), a* (48 SNPs), and b* (4 SNPs). These SNPs were located on chromosomes GGA1 (10 SNPs), GGA2 (3 SNPs), GGA3 (18 SNPs), GGA7 (2 SNPs), GGA8 (4 SNPs), GGA10 (2 SNPs), GGA12 (7 SNPs), GGA13 (9 SNPs), GGA17 (4 SNPs), and GGA18 (1 SNP). There were identified 270 candidate genes associated with the studied traits, including 30 genes that contain the identified SNPs. | Одним из наиболее важных признаков качества мяса служит его цветовая характеристика, которая во многом определяет потребительский спрос. Качество мяса оценивают по его цветовому спектру по специальным шкалам. В частности, широко применяется шкала L*a*b*, эффективность которой показана во многих отраслях мясного животноводства. Цель работы - поиск SNPs и идентификация генов, ассоциированных с показателем цвета мяса у кур. Объектом изучения были куры F2 модельной ресурсной популяции (n = 260). Для получения популяции использовали две контрастные по мясным качествам породы кур - русскую белую (медленный рост) и корниш (быстрый рост). Генотипирование полученной птицы проводили с использованием чипов высокой плотности Illumina Chicken iSelect BeadChip 60k. В возрасте 9 нед после экспериментального убоя птицы измерили характеристики мяса грудки по цветовой шкале L*a*b* с использованием портативного спектрофотометра CM-700d (Konica Minolta, Япония). На основании полученных данных гено- и фенотипирования выполнили полногеномные ассоциативные исследования, использовав программное обеспечение PLINK 1.9 с принятыми ограничениями (geno 0,1; mind 0,1; maf 0,03). F2 ресурсная популяция кур характеризовалась высоким коэффициентом изменчивости по показателям зеленого (a*) и голубого (b*) участков спектров цвета мяса (от 19,99% до 97,23%). По показателю L вариабельность в исследованной популяции была относительно низкой (коэффициент изменчивости не превышал 9,75%). На основании проведенного GWAS-анализа выявлено 60 значимых SNPs, в том числе ассоциированных с цветовым спектром: по L* - 28 SNPs, по a* - 48 SNPs, по b* - 4 SNPs. Указанные SNPs локализованы на хромосомах GGA1 (10 SNPs), GGA2 (3 SNPs), GGA3 (18 SNPs), GGA7 (2 SNPs), GGA8 (4 SNPs), GGA10 (2 SNPs), GGA12 (7 SNPs), GGA13 (9 SNPs), GGA17 (4 SNPs) и GGA18 (1 SNP). Идентифицированы 270 генов-кандидатов, связанных с изученными признаками, в 30 из этих генов были локализованы выявленные SNPs.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Bajmishev, M.Kh. | Bajmishev, Kh.B. | Ukhtverov, A.M. | Samorodova, A.A.

The research purpose is to determine the relationship of the reproductive function of the cows of different genotypes with blood parameters. To conduct the research, two groups of Holstein cows of 25 heads each were formed, analogues in calving age, live weight, productivity. The first group of cows comprises cows of the Reflection Sovering line, the second group - the Vis Back Ideal line. The indicators of blood and reproductive function in cows of the investigated groups were studied by the conventional methods adopted in biology and animal science. It has been found that morphological, biochemical, enzymatic blood indices of the cows, depending on the linear belonging, are not the same. In the Reflection Sovering line cows, the blood content of hemoglobin is by 9.88 g/L, platelets – by 168.58*10Е9 L, segmentonuclear neutrophils – by 1.98%, monocytes – by 1.24%, total protein – by 7.95 g/L, total calcium – by 0.43 mmol/L, glucose – by 0.51 mmol more than in the cows of the Vis Back Ideal lines. Vis Back Ideal cows, compared with the cows of the Reflection Sovering line, have higher beta-globulin content by 2.35%, AsAT and AlAT enzymes – by 7.38 and 5.93 u/L, respectively. The indicators of the reproductive function of the Reflection Sovering line cows for the duration of fetal excretion, cases of retention of the afterbirth, the end of uterine involution, the timing of fruitful insemination were lower, and the conception rate of the cows after calving was higher, compared with the group of the cows of the Vis Back Ideal lines. | Цель исследований – определение взаимосвязи воспроизводительной функции коров разных генотипов с показателями крови. Для проведения исследований было сформировано две группы коров голштинской породы по 25 голов в каждой, аналогов по возрасту в отелах, живой массе, продуктивности. В первую группу включили коров линии Рефлекшн Соверинг, во вторую - линии Вис Бэк Айдиал. Показатели крови и воспроизводительной функции у коров исследуемых групп изучали общепринятыми методами, принятыми в биологии и зоотехнии. Установлено, что морфологические, биохимические, ферментативные показатели крови коров в зависимости от линейной принадлежности не одинаковы. У коров линии Рефлекшн Соверинг содержание в крови гемоглобина на 9,88 г/л, тромбоцитов – на 168,58*10Е9 л, сегментоядерных нейтрофилов – на 1,98%, моноцитов – на 1,24%, общего белка – на 7,95 г/л, общего кальция – на 0,43 ммоль/л, глюкозы – на 0,51 ммоль больше, чем у коров линий Вис Бэк Айдиал. У коров линии Вис Бэк Айдиал, по сравнению с коровами линии Рефлекшн Соверинг, выше показатели содержания бета-глобулинов на 2,35%, ферментов АсАТ и АлАТ – на 7,38 и 5,93 ед. л, соответственно. Показатели воспроизводительной функции коров линии Рефлекшн Соверинг по продолжительности выведения плода, случаям задержания последа, окончанию инволюции матки, срокам плодотворного осеменения были ниже, а по оплодотворяемости коров после отела выше по сравнению с группой коров линий Вис Бэк Айдиал.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Shajdullin, R.R. | Zagidullin, L.R. | Akhmetov, T.M. | Tyul'kin, S.V. | Ravilov, R.Kh.

On Black-and-White (n=151) and Kholmogory (n=160) first-calf heifers, the interrelationship between indicators of milk productivity in animals with different genotypes for the somatotropin (GH) and prolactin (PRL) genes was studied. A positive correlation was found between the weight fractions of milk fat and protein in cows of both breeds with different GH and PRL genotypes. The indicators were significant in homozygous animals for the somatotropin gene - r=0.26-0.99; P less than 0.001 (Black-and-White breed) and r=0.18-0.58; P less than 0.05-0.01 (Kholmogory breed), and for the prolactin gene - in first-calf heifers of both breeds carrying allele A in their genome (r=0.16-0.40; P less than 0.05-0.001 and r =0.15-0.24; P less than 0.05). A significant and positive relationship was found between the weight fraction of fat in milk and milk fat in Black-and-White animals with allele L of somatotropin - r=0.38-0.46 (P less than 0.001), and Kholmogory animals - r=0.34 (Р less than 0.001), as well as between milk protein content indicators (r=0.32; P less than 0.001) and (r=0.24-0.32; (P less than 0.01-0.001). A similar correlation was found in Black-and-White cows carrying allele A of the prolactin gene in their genome: weight fraction of fat - milk fat (r=0.36-0.56; P less than 0.001), weight fraction of protein - milk protein (r= 0.27-0.34; pless than 0.01-0.001); in individuals of the Kholmogory breed - r=0.24-0.38 (P less than 0.001) and r=0.27-0.37 (P less than 0.001), respectively, according to the above indicators. A close correlation was established between milk yield and the amount of milk fat (r=0.82-0.99; P less than 0.05-0.001), as well as milk yield and the amount of milk protein (r=0.94-0.98; P less than 0.01-0.001) in all animals with the analyzed genotypes. The assessment of the correlation between the main indicators of milk productivity of cows with different genotypes made it possible to determine the best of them, which combine high milk fat content and milk protein content, in order to use this to increase the efficiency of selection by the main breeding traits under the conditions of these farms. | На первотелках черно-пестрой (n = 151) и холмогорской пород (n = 160) изучена взаимосвязь между показателями молочной продуктивности у животных с разными генотипами по генам соматотропина (GH) и пролактина (PRL). Выявлена положительная корреляция между массовыми долями молочного жира и белка у коров обеих пород с разными генотипами GH и PRL. Показатели были достоверными у гомозиготных животных по гену соматотропина - r=0,26-0,99; Р меньше 0,001 (черно-пестрая порода) и r=0,18-0,58; Р меньше 0,05-0,01 (холмогорская порода), а по гену пролактина - у первотелок обеих пород, несущих в своем геноме аллель А (r=0,16-0,40; Р меньше 0,05-0,001 и r=0,15-0,24; Р меньше 0,05). Обнаружена достоверная и положительная зависимость между массовой долей жира в молоке и молочным жиром у животных черно-пестрой породы, имеющих аллель L соматотропина - r=0,38-0,46 (Р меньше 0,001), и холмогорской породы - r=0,34 (Р меньше 0,001), а также между показателями белковомолочности (r=0,32; Р меньше 0,001) и (r=0,24-0,32; Р меньше 0,01-0,001). Аналогичная корреляция выявлена у коров черно-пестрой породы, несущих в своем геноме аллель А гена пролактина: массовая доля жира - молочный жир (r=0,36-0,56; Р меньше 0,001), массовая доля белка - молочный белок (r=0,27-0,34; Р меньше 0,01-0,001); у особей холмогорской породы - r=0,24-0,38 (Р меньше 0,001) и r=0,27-0,37 (Р меньше 0,001) соответственно по вышеназванным показателям. Установлена тесная корреляционная связь между удоем и количеством молочного жира (r=0,82-0,99; Р меньше 0,05-0,001), а также удоем и количеством молочного белка (r=0,94-0,98; Р меньше 0,01-0,001) у всех животных с анализируемыми генотипами. Проведенная оценка корреляции между основными показателями молочной продуктивности коров с разными генотипами позволила определить лучшие из них, которые сочетают высокие жирномолочность и белковомолочность, чтобы использовать это для повышения эффективности отбора по основным селекционным признакам в условиях данных хозяйств.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Safaryan, E.Yu. | Krivoruchko, A.Yu. | Kanibolotskaya, A.A. | Shelud'ko, P.A.

Genome-Wide Association Study (GWAS) is widely used in the field of genetics and breeding of farm animals. GWAS is based on determining the relationship between some animal parameter and a single nucleotide polymorphism. The research aimed to identify new candidate genes that affect live weight at birth and at the age of 1 year in Russian beef merino rams. The objects of the study were clinically healthy lambs during the neonatal period and at 12 months of age (n = 50). The experimental work was carried out under the conditions of the Stavropol Territory. Animal genotyping was performed using Ovine Infinium HD BeadChip 600K DNA biochips, according to the manufacturer's protocol. Quality control of genotyping was carried out using PLINK V.1.07 software. 2 replacements associated with live weight at birth and 7 replacements associated with live weight of one-year-old rams were discovered. The localization of the analysed SNPs made it possible to identify 8 candidate genes that affect the parameters of meat performance, located on different chromosomes (SOCS6, ENSOARG00000026317, AMOTL2, C1QL2, GNPDA1, USH2A, SLC1A2, ENSOARG00000014102). The protein products of these genes are involved in important intracellular and physiological processes. Further studies will confirm the influence of the proposed candidate genes on the phenotype, as well as examine their structures in detail, to study mutations that cause changes in the phenotype in Russian Merino meat rams. | Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS, Genome-Wide Association Study) широко применяют в области генетики и селекции с.-х. животных. В основе GWAS лежит определение связи между каким-либо параметром животного и однонуклеотидным полиморфизмом. Цель исследований – выявление новых генов-кандидатов, влияющих на живую массу при рождении и в возрасте 1 год у баранчиков породы российский мясной меринос. Объектом исследования служили клинически здоровые баранчики в период новорожденности и в 12-и месячном возрасте (n = 50). Экспериментальную работу проводили в условиях Ставропольского края. Генотипирование животных выполняли с использованием ДНК-биочипов Ovine Infinium HD BeadChip 600K, согласно протоколу производителя. Контроль качества генотипирования осуществляли с использованием программного обеспечения PLINK V.1.07. Обнаружены 2 замены, связанные с живой массой при рождении и 7 замен, связанных с живой массой годовалых баранчиков. Локализация анализируемых SNP позволила выявить 8 генов-кандидатов, влияющих на параметры мясной продуктивности, расположенных на разных хромосомах (SOCS6, ENSOARG00000026317, AMOTL2, C1QL2, GNPDA1, USH2A, SLC1A2, ENSOARG00000014102). Белковые продукты этих генов участвуют в важных внутриклеточных и физиологических процессах. Дальнейшие исследования позволят подтвердить влияние предложенных генов-кандидатов на фенотип, а также детально рассмотреть их структуры, с целью изучения мутаций, вызывающих изменения фенотипа у баранчиков породы российский мясной меринос.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation