AGRIS - 

2017

Arismendy Morales, Juan Pablo | López Herrera, Albeiro | Echeverri Zuluaga, Julián

Los sistemas de lechería especializada son uno de los renglones más importantes en el sector agropecuario de Colombia y del mundo. Actualmente existen estrategias, tanto de manejo ambiental como de mejoramiento animal, que buscan optimizar la producción. El gen TLR6, como muchos relacionados con la inmunidad, está demostrando ser un candidato útil para los programas de selección asistida por marcadores moleculares (MAS). Mediante PCR-RFLP, se genotipificaron 432 vacas Holstein de 4 municipios del Norte de Antioquia para los polimorfismos C1859A y A1980G del gen TLR6. Se encontraron frecuencias alélicas de 57,87% para el alelo C y 42,13% para el alelo A de C1859A, y 57,99% para el alelo A y 42,01% para el alelo G de A1980G. Las frecuencias genotípicas de C1859A fueron 84,26% y 15,74% para CA y CC, respectivamente, y no se halló el genotipo AA para este polimorfismo; las frecuencias fenotípicas de A1980G fueron 25,93%, 64,12% y 9,95% para AA, GA y GG, respectivamente. Se utilizaron modelos mixtos de repeticiones con efecto aleatorio del animal para determinar asociación entre los genotipos y las características zootécnicas producción de leche, porcentajes de proteína y grasa, servicios por concepción, IEP y SCS. Ambos polimorfismos solo tuvieron efecto significativo (P<0,01) sobre la característica SCS, siendo el alelo C de C1859A y el alelo A de A 1980G los más favorables. El gen TLR6, mostró un efecto sobre el parámetro SCS de calidad de leche, como se espera por su role inmunológico en la respuesta contra bacterias, y puede ser postulado como marcador molecular para la selección en contra de enfermedades infecciosas de importancia en producción animal, como la mastitis. | Specialized dairy systems are one of the most important lines in the agricultural sector in Colombia and the world. Currently there are strategies, both of environmental management and animal breeding, seeking to optimize the production. TLR6 gene, as many others related to immunity, is proving to be a useful candidate for programs of Marker Assisted Selection (MAS). Four hundred thirty two Holstein cows from 4 municipalities of northern Antioquia were genotyped using PCR-RFLP for C1859A and A1980G polymorphism of TLR6 gene. Allelic frequencies of 57.87% were found for C allele and 42.13% for A allele of C1859A, and 57.99% for A allele and 42.01% for G allele of A1980G. Genotypic frequencies of C1859A were 84.26% and 15.74% for CA and CC, respectively, and no AA genotype for this polymorphism was found; phenotypic frequencies of A1980G were 25.93%, 64.12% and 9.95% for AA, GA and GG, respectively. Mixed models for repeated measures with random effect of the animal were used to determine the association between genotypes and milk yield, percentages of protein and fat, services per conception, calving interval, and SCS. Both polymorphisms were only significant (P<0.01) on the SCS feature, being C allele of C1859A and A allele of A1980G the most favorable. TLR6 gene showed an effect on quality milk trait SCS, as expected for its immunological role in the response against bacteria, and can be postulated as molecular marker for selection against infectious diseases of importance in animal production, such as mastitis.

Show more [+]

Less [-]

Universidad Nacional de Colombia - Colombia

2017

Estefanía Cardona-Villa | Juliana Martínez-Garro | Gloria Sierra-Hincapié | Yolanda TorresUniversidad CES-EIA,

El tabaquismo es un problema de salud pública dado que el consumo es cada vez mayor y presenta edades de inicio mástempranas; en relación con los procesos biológicos del tabaquismo se han identificado varios genes cuyas variantes hansido asociadas con este fenómeno. El objetivo de este estudio fue evaluar la relación entre los polimorfismos rs6801272 yrs680244 en los genes CYP2A6 y CHRNA5 respectivamente, con el consumo de tabaco. Para esto se realizó un estudio decasos (fumadores-exfumadores versus controles), controlando las variables edad y sexo, además de considerar la edadde inicio y el número de cigarrillos por día. El locus rs6801272 se encontró monomórfico en la población de estudio,presentando el alelo T asociado con el metabolismo normal de la nicotina; aunque el locus rs680244 se encontró polimórfico,no fue posible establecer la relación de esta variante genética con el consumo de cigarrillos (OR 3,2) o la capacidadde abandono (OR 5,3); tampoco fue posible establecer una correlación entre el genotipo y el número de cigarrillos pordía (R2= 0,001) o el genotipo y la edad de inicio (R2=0,015). En conclusión, no se detectó una relación entre las variantesgenéticas estudiadas y el consumo, la capacidad de abandono, el número de cigarrillos por día y la edad de inicio en lapoblación de Itagüí.

Show more [+]

Less [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2017

URBEN, A. F. | ROCHA, T. L. | HIRAGI, G. de O. | SANTOS, R. S. dos | ALVES, A. S. | VIANA, S. | SANTOS, J. N. B. dos

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Brazil

2017

Gorlov, I.F., Volga Research and Development Inst. of Production and Processing of Meat and Dairy Products, Volgograd

The results of molecular genetic studies of the gene pool of Angus cattle and Russian clod of breeds (Australian selection) showed that the gene pool of these populations has a fairly high similarity. However, for a number of genes there were certain differences. Thus, the AA genotype for the RORC gene was more often 12.6% found in the population of the Russian clod of breed, the genotype AG in the Angus breed population by 12.5%. There are no differences in the genotype of GG in the population. The genotype LL for the GH gene was found most often in populations with a difference of 2.25, while the VV genotype was less frequent with a difference of 3.3% between populations. For the gene GNR, the genotype often found in the gene pool of the population was more frequent than the AA genotype with the difference between the populations of 5.6% and most rarely the GG genotype with the difference between the populations of 1.8%. High in the populations was the occurrence of the AA genotype and the Lep gene (79.7 and 86.7%) and the CC gene Lep R (98.3 and 75.0%). Studies of conjugated genotypes in the GH/RORC genes showed that AA/AA genotype (18.4, 19.7%), AA/AG (17.5, 14.7%), AG/AA (13.3, 16.4%) and rarely GG/GG (2.5, 2.2%), GG/AG (8.8, 6.4%), and AG/GG (6.2, 7.2%). Most often, the desired genotypes of GG/AA, AG/AA and AA/AA were found in the cattle population of the Russian clod of breed. | Результаты молекулярно-генетических исследований генофонда скота ангусской и русской комолой пород (австралийской селекции) показали, что генофонд этих популяций имеет довольно высокое сходство. При этом по ряду генов имелись определенные различия. Так, генотип АА по гену RORC на 12,6% чаще встречался в популяции русской комолой породы, генотип АG у популяции ангусской породы на 12,5%. Различий по генотипу GG в популяции не установлено. Генотип LL по гену GH встречался в популяциях наиболее часто при разнице между ними 2,25, тогда как генотип VV реже с разницей между популяциями в 3,3%. По гену GНR, часто встречаемому в генофонде популяции, чаще встречался генотип АА с разницей между популяциями в 5,6% и наиболее редко генотип GG при разнице между популяциями 1,8 %. Высокой в популяциях была встречаемость генотипа АА и гена Leр (79,7 и 86,7%) и по СС гену Leр R (98,3 и 75,0%). Исследования сопряженных генотипов по генам GH/RORC показали, что в общих популяциях чаще встречался генотип АА/АА (18,4; 19,7%), АА/АG (17,5; 14,7%), АG/АА (13,3;16,4%) и редко GG/GG (2,5; 2,2%), GG/АG (8,8; 6,4%) и АG/GG (6,2; 7,2%). При этом наиболее часто желательные генотипы GG/АА, АG/АА и АА/АА встречались в популяции скота русской комолой породы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Popov, N.A. | Marzanova, N.S., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

The surveys of the Holstein cattle imported from abroad, as well as bred by domestic reproduction, 4831 heads in all, have been performed. The study was carried out at the farms of 9 regions of the RF: the Belgorod, Bryansk, Vladimir, Vologda, Voronezh, Kaluga, Moscow, Oryol and Tver regions. 134 type-specific alleles were identified in the EAB-locus genotypes. A comparative analysis of the alleles and their frequency characteristics has shown a significant difference between the groups of animals arrived before 1998 and delivered in the 21st century. The genetic distance between them was dm=0.165. Many alleles previously isolated from stud bulls in the current herds are found only in dams, while their frequencies fell by half. Despite enlarging the spectrum of alleles, the level of group homozygosity did not decrease and even increased by 0.45%. The frequency of the alleles, such as: G2Y2E'1Q', B1O3A'2P'2Q', G2O1Y2I'', and G2O1 significantly elevated. As an example, at one of the farms of the Moscow region the allelotype of the Holstein herd (n=248) was described. It was transposed through accumulation cross breeding the domestic Black-and-White cows with the Holstein stud bulls. The occurrence of the Kholmogory breed alleles along with the alleles of the same name for the Black-and-White and Holstein breeds was detected. The expediency of selection with the use of stud bulls having the marker alleles desired for the herd is indicated, while selection should be directed to the maintenance of the individual heterozygocity of the EAB-locus genotypes. An exception is made for special order mating. The attention is drawn to the use of both the Holstein gene pool, which is available at the breeding enterprises to be utilized in the Holstein selection programs for the herd and the regional population, and the bulls bred on the RF breeding farms to improve the cow milk ability and performance. | Проведены исследования крупного рогатого скота голштинской породы, поступавшего по импорту, а также отечественной репродукции, всего 4 831 гол. Исследования были проведены в хозяйствах 9 областей РФ: Белгородской, Брянской, Владимирской, Вологодской, Воронежской, Калужской, Московской, Орловской и Тверской. В генотипах ЕАВ-локуса выявлено 134 аллеля и типа. Сравнительный анализ аллелей и их частотных характеристик показал существенные различия между группами поступавших животных до 1998 г. и последующих завозов в XXI веке. Генетическое расстояние между ними составило dm=0,165. Многие из аллелей, которые выделяли раннее у быков-производителей, в современном поголовье обнаруживаются только среди маток, а величины их частот снизились вдвое. Несмотря на увеличение спектра аллелей, уровень групповой гомозиготности не снизился, а даже вырос на 0,45%. Значительно нарастили частоты аллели G2Y2E'1Q', B1O3A'2P'2Q', G2O1Y2I", G2O1. На примере одного из хозяйств Московской области приведен аллелотип стада (n=248) голштинской породы. Оно преобразовывалось путем поглотительного скрещивания коров отечественной черно-пестрой породы с быками-производителями голштинской породы. Наряду с присутствием аллелей, одноименных для черно-пестрой и голштинской пород, отмечено присутствие аллелей холмогорской породы. Указано на целесообразность отбора и использования быков-производителей с желательными для стада аллелями-маркёрами, а подбор следует направлять на поддержание индивидуальной гетерозиготности генотипов по ЕАВ-локусу. Исключения составляют заказные спаривания. Обращено внимание на использование в программах селекции со стадом и региональными популяциями голштинской породы, её генофонда, имеющегося в племенных заводах, а также быков-улучшателей молочности и экстерьера, выведенных в племенных хозяйствах РФ.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Suprun, I.I., North-Caucasian Federalal Center for Horticulture, Viticulture, Wine-making, Krasnodar

By using the polymorphism analysis of microsatellite loci, DNA certification and estimation of the degree of genetic similarity for a set of 20 modern peach varieties bred in Nikita botanical garden (Crimea) were performed. The studied varieties are in demand in horticulture, agroсlimatic conditions of the region and are valuable in breeding as sources of useful adaptive traits. To analyze the polymorphism of studied varieties 13 SSR-markers were used: BPPCT025, CPPCT044, BPPCT007, CPPCT006, UDP96-018, BPPCT023, UDP98-410, CPPCT040, UDP98-409, BPPCT017, BPPCT028, UDP98-412 and BPPCT002. Markers were divided into multiplex sets, which included 3-4 markers. Optimal combinations of SSR-markers made it possible to obtain easily interpreted results during fragment analysis. Among the used SSR markers the highest number of alleles (5) was found in markers BPPCT025 and CPPCT044, the least polymorphic markers were CPPCT040, UDP98-409, BPPCT028 (two alleles) and BPPCT002 (one allele). The remaining SSR-markers revealed 3-4 alleles per locus. Analysis of the obtained DNA fingerprints showed that all studied varieties have a unique allelic set. The most polymorphic SSR-markers are promising for use in the DNA certification of peach genetic resources. The cluster analysis revealed three main clusters, the distribution in which, in some cases, corresponds to the origin of the varieties. Genetic similarity data together with data on the origin of varieties can be used for planning of cross combinations when it is necessary to maximize the diversity level in the hybrid offspring. | С использованием анализа полиморфизма микросателлитных локусов выполнена ДНК-паспортизация и оценка степени генетического сходства выборки из 20 современных сортов персика селекции Никитского ботанического сада (Крым). Исследованные сорта являются востребованными в садоводстве в агроклиматических условиях региона и представляют селекционный интерес как источники полезных адаптивных признаков. Для анализа полиморфизма исследуемых сортов использовали 13 SSR-маркеров: BPPCT025, CPPCT044, BPPCT007, CPPCT006, UDP96-018, BPPCT023, UDP98-410, CPPCT040, UDP98-409, BPPCT017, BPPCT028, UDP98-412 и BPPCT002. Маркеры были распределены в мультиплексные наборы, включающие 3-4 маркера. Оптимальные сочетания SSR-маркеров позволили получать легко интерпретируемые результаты в ходе фрагментного анализа. Среди использованных SSR-маркеров наибольшее количество аллелей (5) было выявлено для маркеров BPPCT025 и CPPCT044, наименее полиморфными оказались маркеры CPPCT040, UDP 98-409, BPPCT028 (2 аллеля) и BPPCT002 (1 аллель). По остальным SSR-маркерам было выявлено по 3-4 аллеля на локус. Анализ полученных ДНК-фингерпринтов показал, что все изученные сорта обладают уникальным аллельным набором. Наиболее полиморфные SSR-маркеры перспективны для использования при ДНК-паспортизации генетических ресурсов персика. Выполненный кластерный анализ выявил 3 главных кластера, распределение в которых в ряде случаев согласуется с происхождением сортов. Данные о степени генетического сходства в совокупности с данными о происхождении сортов могут быть использованы для планирования комбинаций скрещиваний при необходимости получения максимального уровня разнообразия в гибридном потомстве.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Kovalyuk, N.V., North-Caucasian Research and Development Inst. of Livestock Breeding, Krasnodar

Many reproductive problems in cattle, may be determined by genetic factors. There are known mutations associated with lethal hereditary diseases. Thus, the point mutation in the UBE3B gene of the Ayrshire livestock is accompanied by developmental defects and increased embryonic mortality and mortality of young animals; point mutations in the APAF1 and SMC2 genes lead to embryonic mortality at different times, but in Holstein cattle. The mutations listed above are quite common in the populations of Ayrshire and Holstein cattle. Using OMIA database and Gene Bank capabilities, there are developed test systems based on AC-PCR (allele-specific PCR), which allow us to identify the carriers of haplotypes (carriers of mutations): AN1 in Ayrshire cattle, HH1 and HH3 in Holstein one. A general principle in the design of all test systems was that one of the primers was chosen for a conservative area that is not affected by the mutation, and the other differs only in the last nucleotide on the 3'end. One of these two primers contained a nucleotide identical to the normal allele, and another primer - nucleotide identical mutant allele. The developed test systems allowed genotyping the servicing bulls (n=57), intensively used or planned for use in the artificial insemination system of the Krasnodar Territory. It was found that among the 30 Ayrshire bulls - 5 (17%) were carriers of the haplotype AN1; of the 27 Holstein bulls - 1 (4%) was the carrier of the HH1 haplotype, and 6 (22%) - carriers of the haplotype HH3. Given the relatively high incidence of haplotype AH1 and HH3, it is advisable to monitor their distribution in regional subspecies of livestock. | Генетические факторы часто лежат в основе проблем с репродукцией крупного рогатого скота. Известны мутации, связанные с летальными наследственными заболеваниями. Точечная мутация в гене UBE3B айрширского скота сопровождается дефектами развития и увеличением смертности эмбриональной и молодняка. Точечные мутации в генах APAF1 и SMC2 голштинского скота приводят к эмбриональной смертности на разных сроках. Перечисленные мутации широко распространены в популяциях айрширского и голштинского скота. С использованием данных базы OMIA и возможностей Gene Bank разработаны тест-системы на основе аллель-специфичной ПЦР, позволяющие выявлять носителей мутаций: АН1 - айрширского, НН1 и НН3 - голштинского скота. Общим принципом при конструировании всех тест-систем было то, что один из праймеров подбирался для консервативной области, не затронутой мутацией, а 2 других различались лишь последним нуклеотидом на 3'-конце: один из них содержал нуклеотид, идентичный нормальному аллелю, а другой - мутантному. Разработанные тест-системы позволили генотипировать быков-производителей (n=57), интенсивно используемых или планируемых к использованию в системе искусственного осеменения Краснодарского края. Установлено, что среди 30 айрширских быков 5 (17%) оказались носителями гаплотипа АН1; из 27 голштинских быков 1 (4%) являлся носителем гаплотипа НН1, а 6 (22%) - носителями гаплотипа НН3. Учитывая довольно высокую частоту встречаемости гаплотипов АН1 и НН3, целесообразно вести контроль за их распространением в региональных субпопуляциях скота.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Kosyachenko, N.M. | Abramova, M.V. | Il'ina, A.V., Yaroslavl Research and Development Inst. of Livestock Breeding and Fodder Production, Yaroslavl region

The results of scientific research in the evaluation of the genotype of cattle by using complex selection indices are presented. The formation of farm signs in animals is affected by genetic factors as well as the environment in which the animal was grown and produced. The aim of the research was to study the degree of influence of breeding value of parents, their belonging to the genealogic line, productivity during 100 days of lactation and the genotype on EAB-locus on milk productivity for the 1-st lactation. The use of the method General Linear Models (GLM) showed alleles EAB-locus of the blood type maximally affecting the changeability of milk productivity of first-calf cows. It was stated that alleles BY(2)E'(3)G'P'Y', P(2)I', I(2) have positive connection with the productivity of Yaroslavl cattle breeds. Animals with these genotypes surpassed their herdmates by yields. The evaluation of the genotype was carried out in two variants depending on the factors of influence. By the results of the test the model was chosen which allowed precisely evaluating the proband on the base of the genotype on EAB-locus and the breeding value of the father. It was stated that the summary allele effect in the general genetic forming element is 47.2%. Prevailing effect on productivity is I5 (BY(2)E'(3)G'P'Y') and I6 (P(2)I') in alleles. For further evaluation and selection of animals it is recommended to use model I(1) on genotype I6. The precision of genotype evaluation on the variant offered should be in the range between 71–89%. The expected selection effect from the choice of replacement heifers on the model offered is 112%. | Представлены результаты научных исследований по оценке генотипа крупного рогатого скота с использованием комплексных селекционных индексов. На формирование хозяйственных признаков у животных оказывают влияние, как генетические факторы, так и среда, в которой животное выращивалось и продуцировало. Целью проведения исследований было изучить степень влияния племенной ценности родителей, принадлежности к генеалогической линии, продуктивности за 100 дней лактации и генотипа по ЕАВ-локусу на молочную продуктивность по 1-ой лактации. С применением метода General Linear Models (GLM) выявлены аллели ЕАВ-локуса групп крови, в максимальной степени влияющие на изменчивость молочной продуктивности коров-первотелок. Установлено, что положительную связь с продуктивностью у животных ярославской породы имеют аллели BY(2)E'(3)G'P'Y', P(2)I', I(2). Животные с этими генотипами превосходили своих сверстниц по надою. Оценка генотипа проводилась по двум вариантам, в зависимости от влияния факторов. В результате проверки гипотезы была отобрана модель, позволяющая наиболее точно оценить пробанда на основании генотипа по ЕАВ-локусу и племенной ценности отца. Установлено, что суммарный аллельный эффект в общей генетической составляющей равен 47,2%. Превалирующий эффект по продуктивности – у аллелей I5 (BY(2)E'(3)G'P'Y') и I6 (P(2)I'). Для дальнейшей оценки и отбора животных рекомендуется использовать модель I(1) по генотипу I6. Точность оценок генотипа по предложенному варианту находится в пределах 71–89%. Ожидаемый селекционный эффект от отбора ремонтных телок по предлагаемой модели составляет 112%.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Abdullaev, R.A. | Alpat'eva, N.V. | Karabistina, Yu.I. | Zvejnek, I.A., Federal Research Center All-Russia Inst. of Plant Genetic Resources named after N.I. Vavilov, St. Petersburg

Earing date in barley is determined by the genes controlling growth habit (VRN), weak photoperiodic sensitivity (Ppd) and earliness per se (eps). The collection of the N. I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources (VIR) comprises 282 cultivated barley accessions from Dagestan. The information on the adaptive value of the accessions is fragmentary, and only for the Ppd loci the allelic polymorphism was studied. During the years 2012–2014 the duration of the period between shooting and earing stages in 265 Dagestan barley accessions was studied in the two zones of European Russia, the Leningrad province and Dagestan. With the use of molecular markers the alleles of the VRN-H2 and VRN-H3 genes were identified in 229 (65 winter and 164 spring) landraces as well as in 34 varieties and lines. The sample was lesser due to the number of spring landraces (151 accessions) when the allelic state of the VRN-H1 gene was investigated. The accessions k-15008 and k-15013 were characterized by the highest development rate in South Dagestan. In Northwest Russia the early accession k-15027 was revealed. Twenty two groups with different allelic combinations of the Ppd and VRN genes were identified. Seven barley accessions were characterized by the unique allelic combinations. Fifty accessions were differentiated into 13 small (for 2–7 accessions) groups, 150 accessions were distributed among the two large groups Ppd-H1Ppd-H2vrn-H1Vrn-H2vrnH3 and ppd-H1Ppd-H2vrn-H1Vrn-H2vrnH3 each comprising 59 and 91 accessions correspondingly. The first barley group was the most late-ripening under the short-day photoperiod (Derbent) and predominantly (93%) included winter forms. The vast majority of barleys possessing the Ppd-H1ppd-H2 genotypes in combinations with recessive and dominant alleles of the VRN genes were more late-ripening under the short-day photoperiod in comparison with the carriers of the ppd-H1Ppd-H2 allelic combination. | Время колошения у ячменя определяется генами, контролирующими тип развития (VRN), слабую чувствительность к фотопериоду (Ppd) и собственно скороспелость (eps). В коллекции ВИР (Всероссийского института генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова) насчитывается 282 образца культурного ячменя из Дагестана, сведения об адаптивной ценности, которых фрагментарны, а аллельный полиморфизм у этих форм изучен нами лишь по локусам Ppd. В 2012–2014 гг. сравнили продолжительность периода всходы-колошение 265 образцов ячменя из Дагестана в контрастных по климатическим условиям зонах Европейской части России: Ленинградской обл. и Дагестане. С помощью молекулярных маркеров идентифицировали аллели генов VRN-H2 и VRN-H3 у 229 местных (65 озимых и 164 яровых) образцов, а также 34 сортов и линий (23 озимых и 11 яровых); при изучении аллельного состояния гена VRN-H1 выборка была несколько меньше за счет яровых местных форм (151 образец). В южном Дагестане наиболее высокой скоростью развития характеризовались образцы к-15008 и к-15013, в северо-западном регионе России выделен скороспелый образец к-15027. Выявили 22 группы с различными аллельными комбинациями генов Ppd и VRN. Семь образцов ячменя характеризовались уникальным сочетанием аллелей, 50 форм образовали 13 небольших (по 2–7 образцов) групп, 150 изученных форм распределились в 2 большие группы Ppd-H1Ppd-H2vrn-H1Vrn-H2vrnH3 и ppd-H1Ppd-H2vrn-H1Vrn-H2vrnH3, представленные 59 и 91 образцом соответственно. Первая группа ячменей оказалась самой позднеспелой в условиях короткого дня (г. Дербент) и преимущественно (93% образцов) представлена озимыми формами. Ячмени с сочетанием аллелей Ppd-H1ppd-H2 в комбинации и с рецессивными, и с доминантными аллелями VRN, в подавляющем большинстве были более позднеспелыми на коротком дне в сравнении с носителями сочетания аллелей ppd-H1Ppd-H2.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Koval'chuk, S.N. | Arkhipova, A.L. | Andrejchenko, I.N. | Kosovskij, G.Yu., Center of Experimental Embriology and Reproductive Biotechnology, Moscow

Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase 1(DGAT1) is a key enzyme in triacylglycerol synthesis. Among known allelic variants of bovine dgat1 gene, the non-synonymous mutation (replace GC with AA) at positions 10433/10434 (according to GenBank no. AJ318490 sequence) results in the nonhomologous substitution of amino acid residue 232 (A replaced with K). Numerous studies showed a strong association of the DGAT1 K232 allele with increasing saturated fat content in milk and beef. Therefore, dgat1 was considered as a candidate gene for control of milk and beef fat contents and composition. The aim of this work was to improve the method for identification of K and A allelic variants of dgat1 gene by shortening the duration of the procedure for genotyping cattle. In the developed method, two primers flanking 279-bp fragment of dgat1 gene and two allele-specific TagMan probes were used. Identification of A and K alleles was performed on basis of increasing Fam and Cy5 fluorescence, respectively. The developed method was validated with PCR- RFLP analysis of 50 DNA samples from holsteinized Black-and-White cows. The developed real-time PCR-base method requires less time (up to 1 hour) in comparison with PCR-RFLP analysis and could be used for rapid and effective identification of K and A allelic variants of DGAT1 in cattle. | Диацилглицерол-О-ацилтрансфераза 1 (DGAT1) является одним из ключевых ферментов биосинтеза триглицеридов. Среди известных аллельных вариантов гена dgat1 крупного рогатого скота мутация замены GC на AA в позиции 10433/10434 (согласно нумерации последовательности GenBankno. AJ318490) приводит к негомологичной замене 232-го аминокислотного остатка (замена A на K). Ряд исследований показал связь аллеля К с повышенным содержанием насыщенных жиров в молоке и мясе крупного рогатого скота. В связи с этим dgat1 рассматривается в качестве гена-кандидата для контроля количества и состава жира в молоке и мясе крупного рогатого скота. Цель работы – усовершенствование способа идентификации аллельных вариантов К и А гена dgat1 с целью сокращения длительности процедуры генотипирования крупного рогатого скота. В разработанном способе используются два праймера, фланкирующие участок гена dgat1 длиной 279 п.н. и два аллель-специфичных флуоресцентно-меченых зонда типа TaqMan. Идентификация аллелей А и К проводится по нарастанию флюоресценции по каналам Fam и Cy5, соответственно. Разработанный способ был валидирован ПЦР-ПДРФ−анализом на 50 образцах ДНК коров голштинизированной черно-пестрой породы. Разработанный способ на основе ПЦР в реальном времени позволяет значительно сократить время проведения анализа (до 1 ч) по сравнению с ПЦР-ПДРФ и может быть использован для быстрой и эффективной идентификации аллельных вариантов К и А DGAT1 у крупного рогатого скота.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation