AGRIS - 

Data provenance by Country

2014

Dyshlyuk, L.S. | Golubtsova, Yu.V. | Novoselovа, M.V. | Shevyakova, K.A., Kemerovo Inst. of Food Science and Technology

Проводили извлечение ДНК с применением коммерческих наборов "ПРОБА-ЦТАБ" и "Сорб-ГМО-А" и дополнительной фенольной экстракцией. В качестве основных характеристик сравнения были выбраны продолжительность центрифугирования (мин), температура инкубации (град. C) и продолжительность процесса выделения (ч). В ходе исследований установлено, что с применением коммерческого набора "Сорб-ГМО-А" процесс выделения ДНК происходит быстрее (продолжительность экстракции составила 1,00±0,01 ч). Продолжительность центрифугирования в случае применения набора "Сорб-ГМО-А" составила 9,50±0,06 мин, температура инкубации 60,00±0,36 град. С, тогда как продолжительность центрифугирования при использовании фенола и набора "ПРОБА-ЦТАБ" составила 23,00±0,14 мин и 16,00±0,09 мин соответственно. На основе спектрофотометрического анализа объектов растительного происхождения и продуктов питания на их основе были определены концентрации выделенной ДНК (0,35-0,45 мг/г) и степень чистоты ДНК (при А260/280 - 1,76-2,03). | DNA extraction was performed using commercial kits "PROBA-CTAB", "Sorb-GMO-A" and the additional phenol extraction. Centrifugation time (min), incubation temperature (deg. C) and the time of separation (h) were selected as the main characteristics of the comparison. The studies found that by using a commercial kit "Sorb-GMO-A" DNA extraction process conducts faster (extraction time was 1.00 ± 0.01 h). Centrifugation time in case of using "Sorb-GMO-A" set was 9.50 ± 0.06 min, incubation temperature was 60.00 ± 0.36 deg. C whereas centrifugation duration when using phenol and the "PROBA-CTAB" set was 23.00±0.14 min and 16.00±0.09 min, respectively. Based on the spectrophotometric assay of objects of plant origin and food products on their basis, the concentrations of the extracted DNA (0.35-0.45 mg/g) and the purity of the DNA (with А260/280 – 1.76-2.03) were determined.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Khrabrova, L.A. | Blokhina, N.V. | Ust'yantseva, A.V., All-Russia Research and Development Inst. of Horse Breeding, Ryazan region

Previously, it was showed that homozygosity degree (HD) on microsatellite loci (ML) in Thoroughbred horse is not based directly on inbreeding degree (ID). Further it was investigated ID effects in Orlov Trotter breed on individual level. Analysis was carried out of relationship between 16 ML HD (AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, VHL20) and inbreeding indicator in 1194 individuals from 14 leading horse-breeding studs and farms in Russia, including 19 stallions, 688 mares and 316 foals. Data on LEX3 loci, localized in X-chromosome, were not taken into account to obtain comparable results on homo-/heterozygosity degree in different sex horses. It has been determined that HD in Orlov Trotters varies within wide range (from 0 up to 75.00%) and has normal distribution with positive asymmetry coefficient As=0.186 and small negative excess Ex=-0.039. Most wide variability on HD was indicated in mild inbreeding horses (Fx=0.1-1.0%). HD in outbred horses also varied significantly, from 0 (100% heterozygosity) to 56.30. Previously, similar trend in Thoroughbred horses was shown. Average tested horses ID amounted to 1.61% by Wright`s inbreeding coefficient (Fx) in 5 generations in pedigrees and in fact remained unchanged over past 4 decades. Average inbreeding coefficient in sires and mares reached 1.65% and 1.67%, respectively, while in young stock was 1.45% only. Changes dynamics in HD with increase of ID in all sex and age compared horses groups had unidirectional trend of slowly increasing. Significant HD rise was noted only at inbreeding coefficient of 6.10% and more, on inbred depression margin for economically valuable traits. The coefficient of correlation between the HD of ML and the ID was 0.079 with the regression coefficient of 0.546. In all groups, it has been found an evident decline in the HD in Orlov Trotter horses when the inbreeding coefficient reached 5.1-6.0% due to complex inbreeding. | Ранее было показано, что у чистокровной верховой породы степень гомозиготности (СГ) по микросателлитным локусам (МЛ) не имеет прямой зависимости от степени инбридинга (СИ) в родословной. Далее было изучено влияние СИ на индивидуальном уровне у лошадей орловской рысистой породы. Проведен анализ взаимосвязи между СГ по 16 МЛ (AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, VHL20) и показателем инбридинга у 1194 особей из 14 хозяйств (ведущие конные заводы и племенные фермы) большинства регионов России (жеребцы-производители — 190 гол., матки — 688 гол., молодняк — 316 гол.). Данные по локусу LEX3, локализованному в Х-хромосоме, не учитывали, чтобы получить сопоставимые результаты по степени гомо-/гетерозиготности у лошадей разного пола. Было определено, что СГ орловских рысаков варьирует в широком интервале (от 0 до 75,0%) и имеет нормальное распределение при положительном коэффициенте асимметрии As=0,186 и не большом отрицательном эксцессе Ex=-0,039. Наибольший разброс показателей СГ зарегистрировали в группе лошадей с умеренным инбридингом (Fx=0,1-1,0%). СГ аутбредных лошадей также варьировала широко – от 0 до 56,3%. Ранее такая же закономерность была отмечена у лошадей чистокровной верховой породы. В среднем коэффициент инбридинга у протестированного поголовья составил 1,61% по Райту и практически не изменился за последние 40 лет. У продуцирующих жеребцов и маток он составил, соответственно, 1,65 и 1,67%, у рысистого молодняка — 1,45%. По мере увеличения коэффициента инбридинга СГ медленно возрастала во всех половозрастных группах лошадей. Заметное повышение СГ было выявлено только при СИ 6,10% и более (на границе инбредной депрессии по хозяйственно полезным признакам). Коэффициент корреляции между СГ МЛ и СИ составил 0,079, коэффициент регрессии — 0,546. Во всех исследованных группах орловских рысаков отмечалось снижение СГ при СИ 5,1-6,0%, что обусловлено применением комплексного инбридинга.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Milovanov A. V. | Troshin L. P.

This review article highlights a new method of DNA extraction from herbarium leaves of grapes for use in PCR-analysis

Show more [+]

Less [-]

Kuban State Agrarian University - Russian Federation

2014

Sivolapov, A.I., Voronezh State Forestry Engineering Academy (Russian Federation) | Politov, D.V. | Belokon', M.M., Forest Protection Center of Voronezh Region (Russian Federation) | Belokon', Y.S., Russian Academy of Agricultural Sciences, Moscow (Russian Federation). The N.I. Vavilov Inst. of Common Genetics | Mashkina, O.S., Voronezh State Univ. (Russian Federation) | Tabatskaya, T.M. | Sivolapov, V.A.

One of authors of the article, Alexey I. Sivolapov, in 1976 selected two forms of gray poplar (Populus canescens Sm.) on floodplains of the Khoper and the Don rivers, registered for the first time in Russia as varieties and recommended for industrial cultivation. Allotriploid gray poplar Khopersky 1 in test cultures, situated on degraded black soils, in 26 years old, had a stock of 715 m3/ha. As a result of further comprehensive studies, it has been found that these forms are mixoploids, that contain in somatic tissue about 60–70%of triploid cells/ It has been revealed using cytologic analysis and genetic certification concerning come specifically selected microsatellites. Loci WPMS17, WPMS16, WPMS19, WPMS20 were used for composing of genotypes for 25 poplar samples. These loci can be recommended for using during certification of existing plantations, as well as new selected planting stock. The value of forms studied is a combination of high productivity, adaptability, and high processing quality of wood. Mathematical treatment of dendrometric indicators of poplar varieties has confirmed a significant effect of genotype on poplars' growth in diameter and height. Triploid poplars do not bear fruit, and breed by cuttings with difficulty, or do not breed at all; they can be propagated well in vitro only . This technology can be used for breeding commercially valuable forms and varieties of woody plants and creation of targeted forest plantations with prescribed properties of wood. For these purposes it is necessary identification and examination of markers-loci responsible for the individual economically valuable features of wood, which is possible using the methods of molecular genetic analysis. | Одним из авторов статьи (А.И. Сиволаповым) в 1976 году были отобраны 2 формы тополя сереющего (Populus canescens Sm.) в поймах рек Хопер и Дон, зарегистрированные впервые в России как сорта и рекомендованные для промышленного разведения. Аллотриплоидный тополь сереющий Хоперский 1 в испытательных культурах, размещенных на деградированном черноземе, в 26 лет имел запас 715 куб.м/га. В результате дальнейших комплексных исследований было установлено, что эти формы являются миксоплоидами с наличием в соматической ткани 60–70% триплоидных клеток, что было выявлено с помощью цитологического анализа и генетической паспортизации по отдельным, специально подобранным микросателлитным локусам. Составлены генотипы 25 образцов тополя по локусам WPMS17, WPMS16, WPMS19, WPMS20. Эти локусы могут быть рекомендованы для использования в паспортизации существующих плантаций и вновь отбираемого посадочного материала. Ценность изученных форм заключается в сочетании высокой продуктивности с адаптивностью и высокими техническими свойствами древесины. Математическая обработка дендрометрических показателей сортов тополей подтвердила значительное влияние генотипа тополей на их рост по диаметру и высоте. Триплоидные тополя не плодоносят и с трудом или совсем не размножаются черенкованием, но успешно поддаются размножению in vitro. Данная технология может применяться для размножения хозяйственно-ценных форм и сортов древесных растений и создания целевых лесных плантаций с заданными свойствами древесины. Для этого необходимо выявление и изучение локусов-маркеров, отвечающих за отдельные хозяйственно-ценные признаки древесины, что возможно с помощью методов молекулярно-генетического анализа.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Golubtsova, Yu.V., Kemerovo Inst. of Food Science and Technology

A general description of molecular genetic markers is given. The classification of DNA markers used for identification of raw materials of plant origin is presented. The most appropriate method for identifying raw materials derived from fruit and berries is chosen using study reports. The use of PCR for determining the quantitative and qualitative composition of the raw materials is considered. DNA regions used for PCR diagnostics of raw material derived from fruit and berries are characterized. The significance of amplification for a PCR test is outlined. The optimal PCR conditions have been selected and the advantages of this method have been found in the study. Amplification profiles of DNA from the samples have been analyzed using different primers. Experiments with different primers allowing the identification of the raw material were carried out. The possibility of using a complex including a common gene and a variable gene for the identification of raw materials derived from fruit and berries has been considered. The sequence of DNA regions has been analyzed. The possibility of using a ribosomal RNA gene for generic and interspecific differentiation of DNA samples has been demonstrated. The significance of oligonucleotide primers and PCR product length for the reliability of the whole genotyping system has been elucidated. A scheme of PCR-based DNA profiling has been developed. Two types of the procedure were compared and the most appropriate type was chosen according to cost efficiency. Application of PCR to identify the source of plant DNA found in foodstuffs is currently presented only in Russia, because the normative documents, test systems, and most importantly, the protocols themselves are mostly under development, while in other countries the research in this field of food industry has been going on for over 10 years.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Kudryashov, D.A. | Katorkin, S.A. | Aronova, E.V. | Burdinskaya, O.N. | Morgunov, Yu.P. | Gazaev, I.Kh. | Tsybanov, S.Zh. | Kolbasov, D.V., All-Russia Research and Development Inst. of Veterinary Virology and Microbiology, Vladimir region

Известно, что распространение вируса африканской чумы свиней (АЧС) происходит при алиментарной передаче возбудителя. При анализе комбикормов с использованием метода полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ) одно из требований заключается в тщательной очистке образцов от крупных частиц и различных химических примесей, которые могут ингибировать реакцию, изменять свойства сорбента и мембранных фильтров на стадии выделения нуклеиновых кислот. Разработали методику пробоподготовки с использованием мембранных фильтров для изучения возможности индикации ДНК вируса африканской чумы свиней в искусственно контаминированном комбикорме с помощью ПЦР. Для контаминации использовали кровь от свиньи, экспериментально зараженной вирусом АЧС (штамм Ставрополь 2009) с инфекционным титром 5,0 lg ГАЕ50/куб.см. Рабочие разведения вируссодержащего материала — 2,0; 3,0; 4,0 и 5,0 lg ГАЕ50/куб.см. Подготовка проб включала фильтрование через марлю, замораживание-оттаивание, низкоскоростное центрифугирование и разделение на фильтрах с диаметром пор 450 мкм. Последующее выделение ДНК вируса АЧС и ПЦР-РВ выполняли согласно инструкции по применению соответствующей разработанной тест-системы. Установлено, что в подготовленных предложенным способом пробах искусственно контаминированного комбикорма ДНК вируса АЧС выявляется в материале с титром вируса не менее 3,0 lg ГАЕ50/куб.см. Таким образом, включение в диагностическую схему рекомендуемой стадии подготовки проб, описанной выше, при анализе комбикорма позволяет получить очищенный от примесей и сконцентрированный материал, который может быть использован для дальнейших исследований на наличие ДНК вируса АЧС с помощью ПЦР-РВ. | For African swine fever (ASF) virus an alimentary transmission way is known to be characteristic. Under feed compound analysis by real-time PCR (RT-PCR), the samples must be free from large particles and chemical substances which can inhibit the polymerase reaction and influence the sorbent and membrane properties during nucleic acid isolation. We aimed to improve the feed compound processing technique by using membrane filters to prepare the samples for further RT-PCR indication of ASF virus. In the experiments, the feed was artificially contaminated by blood of a swine previously infected by the ASF virus Stavropol 2009 strain, the titer of 5.0 lg HAD50/cub.cm. Also the dilutions of 2.0, 3.0 and 4.0 HAD50/cub.cm were tested. During processing, the crud filtration, freezing-defrostation procedure, centrifugation and separation on membrane filters (450 mm) were applied. Then the ASF virus DNA isolation and PCR-RT were conducted using the developed test-system and procedure. It was found out that the ASF virus DNA can be detected by the proposed method in the feed compound when the titer of virus used for artificially contaminated is at least 3.0 lg HAD50/cub.cm. Thus, the modifying procedure of fodder sample preparation described hereinabove is effective to obtain purified and concentrated material for further ASF virus DNA analysis using PCR-RT.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2013

Ryadchikov V. G. | Plotnikov V. K. | Polezhaev S. L. | Omarov M. O.

In the article, there are the results of comparative studies of the effect of diets with imbalance lysine and tryptophan on the growth, appetite and tissue components of the protein-synthesizing system of Wistar rats and pigs

Show more [+]

Less [-]

Kuban State Agrarian University - Russian Federation

2013

Milovanov A. V. | Troshin L. P.

In the present article, the new method of DNA extraction from fresh and herbarium leafs of grape to their subsequent sequencing was described

Show more [+]

Less [-]

Kuban State Agrarian University - Russian Federation

2013

Ryadchikov V. G. | Plotnikov V. K.

This review covers the advances of the molecular biology in the study of gene expression characteristics of animals in the amino acid imbalance

Show more [+]

Less [-]

Kuban State Agrarian University - Russian Federation

2013

Rakina, Yu.А. | Valitov, F.R. | Dolmatova, I.Yu., Bashkir State Agrarian Univ., Ufa

Genetic marking at the DNA level enables to test male and female animals of any age. Alpha-lactalbumin (А-LA) is a Ca-binding protein important for transport of calcium and rich in amino acids, such as a building block cysteine. The А-LA polymorphic gene variants frequency in Black-and-White cattle breed was investigated. Different aged Black-and-White brood cows (n=444) of breeding stock were studied. A-LA genotyping was performed by PCR-RFLP method using endonuclease MhlI. In the studied DNA-probes there were 2 alpha-lactalbumin gene alleles - А-LAsup(А) and А-LAsup(В) were revealed and three genotypes were marked correspondingly - А-LAsup(АА), А-LAsup(АВ) and А-LAsup(ВВ). The highest milk yield was shown by the А-LAsup(ВВ) genotype cows (4991 kg), the highest fat and protein content was observed in the milk of the А-LAsup(АВ) genotype cows (correspondingly 3,54% and 3,48%), cows of 239 Poseidon line and 30587 A. Adam can be considered the same, their highest genotype frequency was 72% and 71,1% respectively. The most heat-resistant milk is from А-LAsup(АА) genotype cows (74.13, % of ethanol), the less heat-resistant milk is from the А-LAsup(ВВ) genotype cows (71.29% of ethanol). Rennet coagulation of milk is higher for the A-LAsup(АB) genotype cows (35.35 min), it is less for the A-LAsup(BB) genotype cows (33.81 min) (p0,05). Therefore, A gene variant of alpha-lactalbumin is proved to be associated with higher milk productivity and B gene variant - with higher content of fat and protein in milk. | Генетическое маркирование на уровне ДНК позволяет тестировать животных любого пола и возраста. Альфа-лактальбумин (А-LA) является кальций-связующим белком, который влияет на транспорт кальция и богат аминокислотами, такими как цистеин, который является строительным блоком. Изучена частота встречаемости полиморфных вариантов гена А-LA у крупного рогатого скота черно-пестрой породы. Материалом для исследования послужили племенные коровы маточного поголовья (n=444) разного возраста. Генотипирование по гену А-LA проводили методом ПЦР-ПДРФ с использованием эндонуклеазы MhlI. В изученных препаратах ДНК выявлено 2 аллеля гена альфа-лактоальбумина - А-LAsup(А) и А-LAsup(В) и, соответственно, отмечено наличие 3 генотипов - А-LAsup(АА), А-LAsup(АВ) и А-LAsup(ВВ). Установлено, что наибольшие надои молока были выявлены у коров с генотипом А-LAsup(ВВ) (4991 кг), а наиболее жирномолочными и белковомолочными оказались коровы с генотипом А-LAsup(АВ) (3,54% и 3,48% соответственно), к ним следует отнести коров линий Посейдона 239 и А.Адема 30587, у которых наибольшие показатели частоты генотипов (72% и 71,1% соответственно). Наиболее термоустойчивым является молоко животных с генотипом А-LAsup(АА) (74,13, % этанола), наименее - с генотипом А-LAsup(ВВ) (71,29% этанола). Сычужная свертываемость молока выше у коров с генотипом A-LAsup(АB) - 35,35 мин., меньше с генотипом A-LAsup(BB) - 33,81 мин. (p0,05). Исходя из этого следует отметить, что вариант А гена альфа-лактоальбумина достоверно ассоциирован с большей молочной продуктивностью, а вариант В - с повышенным содержанием жира и белка в молоке.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation