AGRIS - 

2022

Kosovskij, G.Yu. | Glazko, V.I. | Glazko, T.T.

The key problems of using genetics and genomic data for accelerated animal breeding using qualitative and quantitative traits are considered; the importance of regulatory networks for the control of the latter is discussed. The data on the origin of the domestic rabbit are presented, its uniqueness as a model for biological research and development of control methods for the purpose of directed management of the diversity of farm animal species is substantiated. The features of the genome organization of the domestic rabbit, the saturation of its genome with mobile genetic elements and related components of regulatory networks are discussed. The accumulated data on specific candidate genes for the control of economically valuable traits, distribution and variability of regulatory factors associated with non-coding RNAs make it possible to increase the preciseness control of genetic structures in animals and to accelerate the selection process. Currently, the genome of the domestic rabbit has been fully sequenced, its genomic sequences have been annotated, key genes for a small number of phenotypic characteristics have been identified, and the complexity of the organization of the transcriptome of the domestic rabbit has been described. It all provides us more possibilities to use marker-assisted selection and genome selection methods. | Рассматриваются ключевые проблемы использования генетических и геномных данных для ускоренной селекции с использованием качественных и количественных признаков; для контроля последних обсуждается важность регуляторных сетей. Представлены данные о происхождении домашнего кролика, обосновывается его уникальность в качестве модели для биологических исследований и разработок методов контроля в целях направленного управления разнообразием животных с.-х. видов. Обсуждаются особенности геномной организации домашнего кролика, насыщенность его генома мобильными генетическими элементами и связанными с ними компонентами регуляторных сетей. Накопленные данные о конкретных генах - кандидатах контроля хозяйственно ценных признаков, распределении и изменчивости регуляторных факторов, связанных с некодирующими РНК, позволяют увеличивать точность контроля индивидуальных генетических структур животных и способствовать ускорению селекционного процесса. В настоящее время геном домашнего кролика полностью секвенирован, аннотированы его геномные последовательности, выявлены ключевые гены для небольшого количества фенотипических характеристик, описана сложность организации транскриптома домашнего кролика. Все это открывает новые возможности использования методов маркер-вспомогательной и геномной селекции.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Koshkina, O.A. | Solov'eva, A.D. | Deniskova, Т.Е. | Kharzinova, V.R. | Zinov'eva, N.А.

The reindeer (Rangifer tarandus) is an important biological species that plays a key role in supporting livelihood of the peoples of the Far North of Russia. The aim of the research is to evaluate the genetic diversity, genetic structure, and phylogenetic relationships of domestic and wild populations of reindeer bred in the Russian Federation based on complete mitochondrial DNA CytB gene sequences and microsatellite loci polymorphism. The research was carried out in 2022. Cuts from reindeer antlers served as material. The sampling included wild reindeer from the tundra population (WLD), domestic reindeer from Nenets (NEN), Chukchi (CHU), and Even (EVN) breeds, as well as the Evenk Krasnoyarsk (EVK_KRA) and Yakut (EVK_YAK) populations. For the study of mtDNA, 123 unrelated individuals were selected. Microsatellite analysis was performed in 213 individuals of domestic breeds and 119 representatives of the wild population. An analysis of mtDNA CytB gene sequences showed that all studied populations were characterized by high haplotype diversity, 0.519 (CHU)-0.997 (WLD) and nucleotide diversity, 0.00238 (CHU)-0.00626 (WLD). According to mtDNA, a separate genetic structure of the studied reindeer populations has not been identified. An analysis of microsatellite variability showed that values of allelic richness ranged from 6.188 in CHU to 8.76 in WLD. In all 6 populations, the observed heterozygosity ranged from 0.566 (CHU) to 0.687 (EVK_YAK) and 0.693 (WLD). All the studied reindeer groups were characterized by a deficit of heterozygotes, as indicated by positive values of the fixation index, 0.11 (EVK_YAK)-0.262 (EVK_KRA). A genetic network structure analysis showed the differentiation of the Chukotka breed from the rest groups, as evidenced by the highest FST and JostD values, which varied from 0.203 and 0.488 for EVK_KRA to 0.212 and 0.564 for EVN, respectively. Based on both nuclear and mitochondrial markers, wild reindeer population showed higher genetic diversity compared to domestic populations. | Северный олень (Rangifer tarandus L., 1758) - важный биологический вид, играющий ключевую роль в жизни народов Крайнего Севера России. Цель исследования - оценка генетического разнообразия, генетической структуры и филогенетических взаимоотношений домашних и диких популяций северного оленя, разводимых на территории Российской Федерации, на основе полных последовательностей гена CytB митохондриальной ДНК и полиморфизма локусов микросателлитов. Исследования проводили в 2022 г. Материалом служили срезы с рогов северного оленя. Выборка включала диких северных оленей тундровой популяции (WLD), домашних оленей ненецкой (NEN), чукотской (CHU), эвенской (EVN) пород, а также красноярской (EVK_KRA) и якутской (EVK_YAK) популяций эвенкийской породы. Для исследования мтДНК были отобраны 123 неродственные особи. Микросателлитный анализ проводили у 213 особей домашних пород и 119 представителей дикой популяции. Анализ последовательностей гена CytB мтДНК показал, что все популяции характеризовались высоким гаплотипическим 0,519 (CHU)-0,997 (WLD) и нуклеотидным разнообразием 0,00238 (CHU)-0,00626 (WLD). По мтДНК обособленной генетической структуры исследуемых популяций северного оленя не выявили. При анализе микросателлитной изменчивости значения аллельного разнообразия находились в пределах от 6,188 у CHU до 8,76 у WLD. Во всех 6 популяциях наблюдаемая гетерозиготность варьировала от 0,566 (CHU) до 0,687 (EVK_YAK) и 0,693 (WLD). Все группы северного оленя характеризовались дефицитом гетерозигот, на что указывали положительные значения индекса фиксации FIS = 0,11 (EVK_YAK)-0,262 (EVK_KRA). Анализ структуры генетической сети показал дифференциацию чукотской породы от остальных, о чем свидетельствуют наивысшие показатели индекса FST и критерия JostD - от 0,203 и 0,488 у EVK_KRA до 0,212 и 0,564 у EVN. Как по ядерным, так и по митохондриальным маркерам популяция диких оленей отличалась от одомашненных популяций более высоким генетическим разнообразием.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation