AGRIS - 

2015

Pikunova, AV. | Knyazev, S.D. | Bakhotskaya, A.Yu., All-Russia Research and Development Inst. of Fruit Crop Selection, Orel Region (Russian Federation) | Kochumova, A.A., Russian Academy of Agricultural Sciences, Moscow (Russian Federation). The N.I. Vavilov Inst. of Common Genetics

Genotyping of 27 black currant accessions from the collection of the All-Russian Research Institute of Breeding Fruit Crops on 14 microsatellite loci have been realized. Electrophoresis in 6% denaturing PAAG followed by staining with silver nitrate was used for separation of PCR products. All tested SSR loci, except MS06g03, have been found to be polymorphic. On average 4.9 alleles were amplified per locus. Three fragments have been amplified on DNA of some accessions at one SSR locus that is probably due to the duplication of these microsatellite loci in genome of these accessions. A total of 66% of all amplified fragments were rare alleles with a frequency of occurrence equal to or less than 0.2. Eight unique alleles have been found. The observed heterozygosity ranged from 0.259 (g2-H21) to 1 (e4-D03) and averaged 0.608. Combinations of alleles at one locus allowed to distinguish from 3 (g2-H21, e1-O21) to 15 (g2-G12) genotypes. The minimum set of four loci (e4-D03, g1-M07, g1-E03, g2-B20) allowed to distinguish all the tested accessions, i.e. unique multilocus profile has been found for each sample. Pairwise genetic similarity coefficients ranged from 0.11 (between Odzhebin and Sharovidnaya varieties) to 0.95 (between Govtva and Rtishchevskaya varieties) and averaged 0.346. Cluster analysis of genetic similarity has been done. The dendrogram shows a few clusters with high bootstrap support. Distribution of alleles between related varieties was consistent with the pedigrees in the most cases, but discrepancies between pedigrees and SSR data also were found. SSR markers are promising for evaluation of domestic gene pool of black currant on genetic diversity, and permit to develop methods for the identification and certification of black currant varieties. | Проведено генотипирование 27 сортообразцов черной смородины из коллекции Всероссийского НИИ селекции плодовых культур (ВНИИСПК) по 14 микросателлитным локусам. Использовали электрофоретическое разделение ПЦР-продуктов в 6% денатурирующем полиакриламидном геле (ПААГ) с последующим окрашиванием нитратом серебра. Все локусы, кроме MS06g03, оказались полиморфными (в среднем было амплифицировано 4,9 аллеля на локус). С ДНК некоторых сортообразцов в одном локусе амплифицировалось 3 фрагмента. Из 68 амплифицированных фрагментов 45 (66%) были редкими аллелями с частотой не более 0,2. Обнаружено 8 уникальных фрагментов, амплифицированных только на ДНК 1 из протестированных сортообразцов. Наблюдаемая гетерозиготность варьировала от 0,259 для локуса g2-H21 до 1 для локуса e4-D03 (в среднем составила 0,608). По сочетанию аллелей в локусе можно было различить от 3 (g2-H21, e1-O21) до 15 (g2-G12) генотипов. Минимальный набор из 4 локусов (e4-D03, g1-M07, g1-E03, g2-B20) позволил дифференцировать все протестированные сортообразцы, то есть для каждого образца был получен уникальный мультилокусный профиль. Коэффициенты попарного генетического сходства варьировали от 0,110 (между сортами Оджебин и Шаровидная) до 0,950 (между сортами Говтва и Ртищевская) и в среднем составили 0,346. Проведен кластерный анализ генетического сходства сортообразцов и построена дендрограмма, в которой выделились несколько кластеров с высокой бутстреп-поддержкой. В большинстве случаев распределение аллелей между родственными сортами не противоречило родословным, но были обнаружены и случаи расхождения сведений родословных и SSR-анализа. Протестированные маркеры перспективны для оценки генетического разнообразия отечественного генофонда черной смородины, а также для разработки методов идентификации и паспортизации ее сортов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Babij, A.V. | Koval'chuk, S.N. | Glazko, T.T. | Kosovskij, G.Yu. | Glazko, V.I., Center of Experimental Embriology and Reproductive Biotechnology, Moscow

Одной из актуальных задач с.-х. биотехнологий является подбор наиболее информативных ДНК-маркеров для полилокусного генотипирования (геномного сканирования) с.-х. видов. Целью исследования является разработка метода геномного сканирования пород крупного рогатого скота с использованием новых потенциальных ДНК-маркеров (хелитронов) для выявления геномных мишеней естественного отбора. Выполнено геномное сканирование крупного рогатого скота 3 пород (калмыцкой, айрширской и черно-пестрого голштинизированного скота) с использованием в качестве праймера консенсусной последовательности 3'-фланга хелитронов позвоночных. Полученные спектры продуктов амплификации содержали 16 фрагментов ДНК длиной от 300 до 2300 тыс. пар нуклеотидов. Выявлен высокий полиморфизм по наличию или отсутствию отдельных фрагментов ДНК у коров местной калмыцкой породы, следовательно, эта группа животных менее консолидирована и имеет менее "стандартизированный" генофонд по сравнению с заводскими породами (айрширская и черно-пестрая голштинизированная). Различия между заводскими породами выявлялись только по фрагментам ДНК длиной 1150-1200. Этот факт может объясняться высокой интенсивностью селекционной работы с высокомолочными заводскими породами. Подтверждена возможность использования ДНК-транспозона хелитрона в целях выявления генетических различий между породами с.-х. животных и медлу отдельными животными в пределах породы. | One of the urgent tasks of agricultural biotechnology is the selection of the most informative DNA markers for multi-locus genotyping (genome scanning) agricultural species. The purpose of the research is to develop a novel method of genome scanning cattle breeds using the new potential DNA markers (helitrons) to identify genomic targets of natural selection. The genome scanning 3 cattle breeds (Ayrshire, Kalmyk and holsteinized Black-and-White) was conducted by using as a primer the consensus sequence of the 3'-flang of vertebrate helitrons. The obtained spectra of amplification products comprised 16 DNA fragments of 300 to 2300 thousand nucleotide pairs long. The high polymorphism was revealed from the presence or the absence of individual DNA fragments in the native Kalmyk cows, therefore, this group of animals is less consolidated and has a less "standardized" genofond compared to the stud breeds (Ayrshire and holsteinized Black-and-White). The differences between the stud breeds were revealed only by DNA fragments of 1150-1200 long. This fact can be explained by high intensive breeding work with heavy dairy stud breeds. A possibility of using DNA transposon helitron for the purpose of revealing genetic differences between breeds of agricultural animals and between individual animals within a breed is confirmed.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation