AGRIS - 

2023

Kornil'ev, G.V.

The paper presents the results of DNA profiling of 28 grape accessions with unidentified varietal affiliation, selected from the Magarach Ampelographic Collection, and provides microsatellite loci polymorphism assessment among them. Genotyping was performed using 9 nuclear (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) and 3 chloroplast (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR markers. For nuclear loci, 105 alleles were identified, the average number of alleles per locus (na) was 11.7; the average effective number of alleles (ne) is 7.23; Shannon information index (I) for the studied batch of samples was 2.13. The highest allele frequency was observed in samples with VVS2133 and VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232) alleles. The average value of actual heterozygosity Heto was 0.8333, expected heterozygosity Hetе was 0.8712. For chloroplast loci, 7 alleles were identified: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Also 4 chlorotypes were identified: A (1 sample), B (9), C (13), D (5). A dendrogram of genetic similarity was constructed using the UPGMA meth-od, which showed the presence of three clusters containing, respectively, 11, 11 and 6 samples. There was a uniform distribution of chlorotypes B and D over three clusters, and chlorotype C over two clusters. It is concluded that the results can be used to assess the genetic diversity of Magarach Ampelographic Collection. | Представлены результаты ДНК-профилирования 28 образцов винограда с неидентифицированной сортовой принадлежностью, собранные на ампелографической коллекции "Магарач", и приведена оценка полиморфизма их микросателлитных локусов. Генотипирование проводили по 9 ядерным (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) и 3 хлоро-пластным (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR-маркерам. По ядерным локусам выявлено 105 аллелей, среднее число аллелей на локус (na) составило 11,7; среднее значение эффективного числа аллелей (ne) – 7,23; информационный индекс Шеннона (I) для исследуемой выборки образцов – 2.13. Отмечена наибольшая частота встречаемости у образцов с аллелями VVS2133 и VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232). Среднее значение фактической гетерозиготности Heto составило 0.8333, ожидаемой гетерозиготности Hetе – 0.8712. По хлоропластным локусам выявлено 7 аллелей: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Идентифицированы 4 хлоротипа: A (1 образец), B (9), C (13), D (5). По методу UPGMA построена дендрограмма генетического сходства, которая показала наличие трёх кластеров, содержащих, соответственно, 11, 11 и 6 образцов. Отмечено равномерное распределение хлоротипов B и D по трём кластерам, хлоротипа С – по двум кластерам. Сделан вывод о возможности использования полученных для оценки генетического разнообразия ампелографической коллекции "Магарач".

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Б.В. Раевский | А.А. Ильинов

С помощью 4-ядерных микросателлитных локусов осуществлена сравнительная оценка уровня генетического разнообразия Петрозаводской и Заонежской лесосеменных плантаций сосны обыкновенной I порядка и испытательных культур, созданных полусибсовыми семенными потомствами клонов с Петрозаводской лесосеменной плантации. Для выявления нуль-аллелей и исключения ошибок генотипирования использована программа Micro-Checker. Для изучения генетической структуры селекционных объектов с точки зрения пропорции редких и наиболее общих аллелей для каждого отобранного дерева определены коэффициенты генетической оригинальности. На лесосеменных плантациях и в испытательных культурах обнаружена значительная доля (27,3–37,0 %) наиболее редких и, напротив, невысокая доля наиболее типичных (3,3–14,8 %) аллелей для данной части ареала сосны. Для Петрозаводской лесосеменной плантации установлено наибольшее число (40) аллелей из всех выявленных (51). Тест на соответствие частот аллелей ожидаемым по Харди–Вайнбергу показал достоверный дефицит гетерозигот на обеих лесосеменных плантациях и в испытательных культурах. Все селекционные объекты характеризовались высоким уровнем аллельного и генетического разнообразия (среднее число аллелей на локус – 7,75–10,50; среднее эффективное число аллелей – 5,00–6,54; наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность соответственно – 0,60–0,70 и 0,63–0,71), обнаруженные отличия оказались статистически недостоверными. Результаты молекулярной дисперсии AMOVA (5 %) свидетельствуют об отсутствии значительной генетической дифференциации между селекционными объектами. Причина дефицита гетерозигот – не только наличие нуль-аллелей. В процессе селекции в итоге случайного отбора ограниченного числа генотипов (клонов) соотношение частот аллелей может не соответствовать соотношению в естественной популяции. Выявленный у селекционных объектов высокий уровень наиболее редких для данной части ареала сосны аллелей также можно объяснить влиянием отбора. Полученные результаты будут использованы при создании селекционных объектов повышенной генетической ценности. Для цитирования: Ильинов А.А., Раевский Б.В. Микросателлитные локусы в генетической оценке плюсовых деревьев Pinus sylvestris L. // Изв. вузов. Лесн. журн. 2023. № 3. С. 48–68. https://doi.org/10.37482/0536-1036-2023-3-48-68 | In this study, a comparative analysis was performed to estimate the genetic diversity levels of Pinus sylvestris L. in 49 seed orchards of I generation and progeny test plantings using 4-nucleus microsatellite loci. The seed orchards are located in the Petrozavodsk and Zaonezhye regions of the Republic of Karelia. The progeny trials were created by half-sibling seed progenies of the clones in the Petrozavodsk seed orchard. Micro-Checker software was used to identify null alleles and exclude genotyping errors. Coefficients of genetic originality were determined by examining the genetic structure of breeding objects in relation to the proportion between the rare and the dominant alleles for each selected tree. A major part of the rarest alleles (27.3–37.0 %) and a small fraction of the most common alleles (3.3–14.8 %) were detected for the distinct range of the pine trees in both seed orchards and test cultures. The largest number (40) of all identified alleles (51) was found in the Petrozavodsk seed orchard. The Hardy-Weinberg test comparing allele rates to expectational values showed a lack of heterozygotes in each category of the empirical substances. The selected material also had high levels of allelic and genetic diversity. The average number of alleles per locus ranged from 7.75 to 10.50. The average effective number was from 5.00 to 6.54. The observed heterozygosity varied from 0.60 to 0.70. The expected heterozygosity was 0.63–0.71. The numerical deviations were statistically insignificant. The AMOVA molecular dispersion result was 5 %, indicating the absence of significant genetic differentiation between the breeding objects. The heterozygote deficiency was caused not only by the presence of null alleles, but also by the selection. Namely, the set of alleles in the experimental material, randomly selected from a limited number of genotypes (clones), may differ from the natural population. The high level of the rarest alleles in the given range of the pine trees can also be explained as a selection effect. The results obtained in this study are important for creating breeding objects with higher genetic value. For citation: Ilinov A.A., Raevsky B.V. Genetic Evaluation by Microsatellite Loci of Pinus sylvestris L. Plus Trees. Lesnoy Zhurnal = Russian Forestry Journal, 2023, no. 3, pp. 48–68. (In Russ.). https://doi.org/10.37482/0536-1036-2023-3-48-68

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Northern (Arctic) Federal University - Russian Federation

2023

Гладких М.Ю. | Селионова М.И. | Зорин Д.Н. | Максименко М.А.

Целью данного исследования было изучение структуры популяции и генетического разнообразия породы собак московская сторожевая как одной из ценных отечественных служебных пород. Для сравнения были также использованы данные о собаках других отечественных пород: аборигенных – среднеазиатская овчарка, кавказская овчарка, южнорусская овчарка, ненецкая оленегонная лайка, заводских – восточноевропейская овчарка и русский черный терьер.В качестве параметров использовали результаты генотипирования по 21 STR-маркеру.Данные о московской сторожевой были разделены на две группы разных поколений для оценки динамики параметров генетической структуры.Показано, что московская сторожевая занимает промежуточное положение среди других пород по аллельному богатству. Также наблюдается снижение числа аллелей в 10 локусах, и только в 4 – произошло незначительное увеличение. Также в группе собак нового поколения отмечено возрастание гомозиготности по аллелям REN169O18, INU055, INU005, FH2054, REN162C04 и AHTh171.Необходимо определить причины изменения генетической структуры и разработать способы стабилизации генетического разнообразия, обеспечив оценку планируемого инбридинга не только на уровне анализа родословных, но и генетических профилей производителей.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Cifra Ltd - Russian Federation

2023

Shilov, I.A. | Velishaeva, N.S. | Aniskina, Yu.V. | Kolobova, O.S. | Shalaeva, T.V. | Borisenko, O.M. | Demurin, Ya.N. | Frolov, S.S.

The multiplex system for genetic identification of lines and hybrids of sunflower Helianthus annuus L. has been developed based on 7 microsatellite loci (ORS815, ORS394, HA140, HA432, ORS546, ORS1144, ORS78). The proposed technique includes onetube PCR of all loci followed by electrophoresis analysis of DNA fragments using the genetic analyzer. Based on experimental studying of nucleotide structure of each locus the primers designed so that amplified regions contained only short tandem repeat regions. The advantage of the proposed approach is the ability to standardize and automate the procedure using 96-well plates, which allows the possibility for high-throughput analyses. The nine hybrids as well as corresponding parent lines of sunflower selected by All-Russia Research Institute of Oilseed Crops named by V.S. Pustovoit - 'Ameli', 'Aris', 'Arneb', 'Clip', 'Surus', 'Taizar', 'Typhoon', 'Fakel', 'Factor' - were analyzed using above multiplex system. The DNA fragment lengths obtained for all loci appeared to be the same for each plant within corresponding line that confirmed the uniformity of all parent lines, while the total allele combinations for each line allowed to reliably distinguish among themselves. All analyzed sunflower hybrids appeared to be uniform. The DNA-profile of each hybrid contained the corresponding maternal and paternal alleles that confirmed the origin of hybrids from declared parent lines. The suggested multiplex system can be used for efficient identification of lines and hybrids of sunflower as well as it seems to be a promising tool for monitoring of seed production. | На основе 7 микросателлитных локусов (ORS815, ORS394, HA140, HA432, ORS546, ORS1144, ORS78) создана мультиплексная система генетической идентификации линий и гибридов подсолнечника Helianthus annuus L. Предлагаемая методика позволяет проводить полимеразную цепную реакцию (ПЦР) по всем локусам в одной пробирке с последующим электрофоретическим анализом фрагментов ДНК на генетическом анализаторе. На основании детального экспериментального исследования первичной структуры каждого локуса праймеры для амплификации спланированы так, что анализируемые фрагменты ДНК содержат только области тандемных повторов. К преимуществам предлагаемого подхода следует отнести возможность стандартизации и автоматизации анализа в формате 96-луночного планшета, что открывает возможность для проведения массовых анализов. Система апробирована на 9 гибридах селекции ВНИИ масличных культур (Амели, Арис, Арнеб, Клип, Сурус, Тайзар, Тайфун, Факел, Фактор), а также родительских линиях, участвовавших в их создании. Данные по размерам фрагментов ДНК по всем локусам оказались одинаковыми для всех индивидуальных растений в пределах линии, что подтверждает их однородность. Совокупные комбинации значений аллельных состояний позволяют различать линии между собой. Все исследованные гибриды продемонстрировали высокий уровень чистоты. Анализ цифровых ДНК-профилей гибридов показал присутствие в каждом из них соответствующих материнских и отцовских аллелей, что подтверждает происхождение гибридов от заявленных родительских форм. Предложенная методика лабораторного сопровождения селекции и семеноводства подсолнечника позволяет в короткие сроки провести генетическую идентификацию линий или гибридов, оценить их однородность, а также качество проведенной гибридизации.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Kornil'ev, G.V. | Risovannaya, V.I. | Polulyakh, A.A. | Chizhova, A.M. | Ryazankina, Ya.Yu.

The article presents genotyping results of 16 grape accessions of the ''Magarach'' Ampelographic Collection with indetermined status by 9 nuclear microsatellite markers (ssrVVMD5, ssrVVMD7, ssrVVMD25, ssrVVMD27, ssrVVMD28, ssrVVMD32, ssrVrZAG62, ssrVrZAG79, ssrVVS2). Extraction of genomic DNA was carried out using a CTAB buffer from an average sample of young leaves or green cambial tissue of shoots. The purity and amount of DNA were assessed spectrophotometrically using a ''Biophotometer plus'' instrument. The polymerase chain reaction was performed on a ''T100 Thermal Cycler'' (BioRad). The PCR mixture consisted of a 2.5x reaction mixture and primers with fluorescent labels FAM, TAMRA, and R6G produced by ''OOO Sintol''. The primers were combined into multiplexes in accordance with the size of the resulting amplicons and the annealing temperature. Fragment analysis of PCR products was performed on an ABI Prism 3130 genetic analyzer using Gene Mapper software. The varieties were identified by comparing the obtained DNA-profiles with the Vitis International Variety Catalog (VIVC) database. According to the genotyping results, accessions with indeterminate status are identified as varieties: 'Asyl Kara', 'Vasarga chernaya', 'Galbena de Odobeshti', 'Genusa Tsibil', 'Grec Rouge', 'Cruciulita', 'Marash Cherven', 'Muscat fleur d'oranger', 'Muscat Hamburg', 'Mtsvane Kakhuri', 'Negru Virtos', 'Ozirovka', 'Plavaie', 'Rkatsiteli', 'Saperavi', 'Tsolikouri'. Deviations in the obtained DNA-profiles from the data of VIVC database by 1-2 alleles were revealed for 8 studied samples, which, presumably, can be explained by population variability, and in some cases by somatic mutations. This study demonstrates the result of molecular-genetic approaches to identify grape varieties. | Представлены результаты генотипирования 16 образцов винограда с неопределенным статусом из Ампелографической коллекции ''Магарач'' по 9 ядерным микросателлитным маркерам (ssrVVMD5, ssrVVMD7, ssrVVMD25, ssrVVMD27, ssrVVMD28, ssrVVMD32, ssrVrZAG62, ssrVrZAG79, ssrVVS2). Экстрагирование геномной ДНК с помощью ЦТАБ-буфера проводили из усреднённой пробы молодых листьев или зелёной камбиальной ткани побегов. Чистоту и количество ДНК оценивали спектрофотометрирически на приборе ''Biophotometer plus''. Полимеразная цепная реакция выполнена на амплификаторе ''T100 Thermal Cycler'' (BioRad). В составе ПЦР-смеси использовали реакционную смесь 2.5х и праймеры с флуоресцентными метками FAM, TAMRA, R6G производства компании ''ООО Синтол''. Праймеры были объединены в мультиплексы в соответствии с размерами получаемых ампликонов и температурой отжига. Фрагментный анализ ПЦР-продуктов выполнен на генетическом анализаторе ABI Prism 3130 с использованием программного обеспечения Gene Mapper. Идентификацию сортов проводили путём сравнительного анализа полученных микросателлитных профилей с базой данных Vitis International Variety Catalogue (VIVC). По результатам генотипирования образцы с неопределённым статусом идентифицированы как сорта: Асыл кара, Васарга чёрная, Галбена де Одобешты, Генуса цибил, Грек руж, Кручулита, Мараш червен, Мускат венгерский, Мускат гамбургский, Мцване кахетинский, Негру выртос, Озировка, Плавай, Ркацители, Саперави, Цоликоури. Выявленные отличия полученных ДНК-профилей от данных базы VIVC по 1-2 аллелям, предположительно, можно объяснить популяционной изменчивость, а в некоторых случаях соматическими мутациями. Данное исследование демонстрирует результат молекулярно-генетического подхода для идентификации сортов винограда.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Suprun, I.I. | Al'-Nakib, E.A. | Tokmakov, S.V.

A relevant approach to English walnut (Juglans regia L.) breeding involves the search and selection of new promising genotypes in the areas where this species grows. The identification of the valuable breeding forms of English walnut among local seed populations facilitates the solution of breeding issues and replenishes the collections of genetic resources with valuable specimens. The prospects of using new forms to solve breeding problems by means of phenotypic evaluation and molecular genetic analysis have been assessed. The search for promising forms was carried out in 2022–2023 on the territory of settlements in the some districts of Krasnodar Krai. Economically valuable traits were recorded according to the "Program and Procedure for the Studying the Varieties of Fruit, Berry, and Nut Crops" guidance. To assess the genetic diversity level in the sample of new, promising forms of English walnut, SSR genotyping was carried out using seven microsatellite DNA markers: WGA001, WGA376, WGA069, WGA276, WGA009, WGA202, WGA089. The heterogeneous group of varieties and elite breeding forms of the North Caucasus Federal Scientific Center of Horticulture, Viticulture, and Winemaking (NCFSCHVW), representing the overall diversity of the collection, was also included in the studied sample. The comparison of the polymorphism level in the studied specimens for both individual markers and the entire marker sample suggests a relatively high heterogeneity of the new, promising forms studied. The use of UPGMA, PCoA, and analysis in STRUCTURE software allowed genetic relationships to be established between the new, promising forms and specimens from the NCFSCHVW genetic collection. The new forms were found not to form a separate cluster and to generally have an intermediate position between the three genotype groups in the gene pool collection. For the new forms, the effect of the Central Asian germplasm was established, which determines the presence of several valuable breeding traits. Conclusion is that it is reasonable to involve new promising of English walnut forms of high genetic diversity in breeding to enrich the local English walnut gene pool. | Актуальный подход в селекции ореха грецкого - поиск и отбор новых перспективных генотипов в местах произрастания этого вида. Выделение селекционно ценных форм ореха грецкого из местных семенных популяций даёт возможность ускорить решение селекционных задач и пополнить коллекции генетических ресурсов ценными образцами. Путем фенотипической оценки и молекулярно-генетического анализа оценивали перспективность использования новых форм для решения задач селекции. Поиск перспективных форм проводили в 2022-2023 гг. на территории населённых пунктов ряда районов Краснодарского края. Учёты хозяйственно ценных признаков вели согласно "Программе и методике сортоизучения плодовых, ягодных и орехоплодных культур". Для оценки уровня генетического разнообразия выборки новых, перспективных форм ореха грецкого было выполнено SSR-генотипирование с использованием семи микросателлитных ДНК-маркеров: WGA001, WGA376, WGA069, WGA276, WGA009, WGA202, WGA089. В изучаемую выборку вошла также гетерогенная группа сортов и элитных форм селекции ФГБНУ СКФНЦСВВ, представляющая общее разнообразие коллекции. Сравнение уровня полиморфизма, как отдельных маркеров, так и среднего показателя всей выборки маркеров у изученных образцов, позволяет говорить об относительно высокой гетерогенности новых перспективных форм, включённых в работу. Использование методов UPGMA, PCoA и анализа в программе STRUCTURE позволило установить генетические взаимосвязи между новыми перспективными формами и образцами из генетической коллекции СКФНЦСВВ. Новые формы не образовывали отдельного кластера и занимали в основном промежуточное положение между 3 гр. генотипов из коллекции генофонда. Для новых форм установлено влияние среднеазиатской генплазмы, что обуславливает наличие ряда селекционно ценных признаков. Сделан вывод о целесообразности внедрения в селекцию новых перспективных форм, отличающихся высоким генетическим разнообразием, для обогащения местного генофонда ореха грецкого.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Rzhevsky, S.G. | Kondratyeva, A.M. | Guseva, O.Yu.

Pedunculate oak (Quercus robur L.) is a forest-forming species in the European part of Russia and has a high economic value. However, at the same time, reproduction and cultivation of oak plantations causes significant difficulties. At present, a technique for clonal micropropagation of this species using nodal segments has been developed, but its application to old-growth trees causes difficulties. Therefore, it is relevant to search for alternative biotechnological approaches for the reproduction of adult oak material, including the production of regenerated plants through callus culture by indirect organogenesis or somatic embryogenesis. However, such a method of reproduction can lead to an intense manifestation of somaclonal variability, so its use should be accompanied by the control of the preservation of the genotype. This paper presents the result of the analysis of the preservation of the Q. robur genotype during the creation of callus cultures . Parts of green and semi-lignified shoots of a 200-year-old tree obtained during the growing season served as primary explants for obtaining oak callus cultures. To identify variability, two sets of molecular markers were used: microsatellite (SSR) and intermicrosatellite (ISSR). PCR was performed with the selected markers, and the amplification products were detected by agarose gel electrophoresis. As a result, the involved markers showed the complete identity of the genotypes of the original trees and callus tissues grown in in vitro culture. Thus, it has been shown that the cultivation of pedunculate oak calli has prospects for the conservation and reproduction of valuable tree genotypes.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Saint Petersburg Forestry Research Institute - Russian Federation

2022

Ramazanova, S.A. | Bad'yanov, E.V. | Savichenko, V.G. | Guchetl', S.Z. | Strel'nikov, E.A.

Downy mildew caused by oomycete Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. et de Toni is one of the most harmful diseases of sunflower. The Plarg locus, which provides resistance to all known races of P. halstedii, is currently promising for use in breeding. This gene is introgressed from the wild species Helianthus argophyllus. Microsatellite markers (SSRs) make it possible to control the transfer of genes controlling resistance in breeding material. However, validation of the marker is needed to prove its reliability in identifying genes. We selected the SSR markers ORS 662, ORS 509 and ORS 822 to identify the Plarg gene. We conducted validation of them using hybrid combinations of sunflower lines bred by the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops, VK 776 and VK 925, with sunflower line RHA 419, which is a donor of Plarg gene. It was preliminarily established that these lines differ from each other by the allelic state of these loci. A study of the F1 generation showed that all three microsatellite loci are inherited codominantly. The F2 generation obtained by self-pollination was analyzed by phytopathological methods for resistance to P. halstedii. Phenotype splitting analysis of both crossing combinations showed that the actually observed splitting corresponded to the theoretically expected 3:1 pattern in monogenic inheritance of the trait. Analysis of linkage of gene and microsatellite loci showed that the recombination frequencies in the RHA 419 x VK 776 cross was 0.11 for the ORS 662 locus, 0.23 for ORS 509 and 0.31 for ORS 822. And for the combination of RHA 419 x VK 925 cross this indicator was: for ORS 509 – 0.28, for ORS 662 – 0.34. Based on the obtained data, we concluded that three studied microsatellite loci should be used in marker-assisted selection of sunflower for resistance to downy mildew pathogen. | Ложная мучнистая роса, вызываемая оомицетом Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. et de Toni – одна из наиболее вредоносных болезней подсолнечника. Перспективным для использования в селекции является локус Plarg, обеспечивающий устойчивость ко всем известным расам P. halstedii. Этот ген интрогрессирован из дикорастущего вида Helianthus argophyllus. Микросателлитные маркеры (SSR) позволяют управлять переносом генов, контролирующих устойчивость в селекционном материале. Однако необходима валидация маркера для доказательства его надежности при выявлении генов. Для идентификации гена Plarg подобраны SSR-маркеры ORS 662, ORS 509 и ORS 822. Их валидацию проводили на гибридных комбинациях линий подсолнечника селекции ВНИИМК ВК 776 и ВК 925 с линией подсолнечника RHA 419, являющейся донором гена Plarg. Предварительно было установлено, что эти линии отличаются друг от друга аллельным состоянием этих локусов. Исследование поколения F1 показало, что все три микросателлитных локуса наследуются кодоминантно. Полученное путем самоопыления поколение F2 было проанализировано фитопатологическими методами на устойчивость к P. halstedii. Анализ расщепления по фенотипу в обеих комбинациях скрещиваний показал, что фактически наблюдаемое расщепление соответствовало теоретически ожидаемой модели 3:1 при моногенном наследовании признака. Анализ сцепления гена и микросателлитных локусов показал, что частоты рекомбинации в скрещивании RHA 419 x ВК 776 составили для локуса ORS 662 – 0,11, ORS 509 – 0,23 и ORS 822 – 0,31. В комбинации RHA 419 x ВК 925 этот показатель составил 0,28 для ORS 509 и, 0,34 для ORS 662. На основании полученных данных сделан вывод, что в маркер-ассоциированной селекции подсолнечника на устойчивость к возбудителю ложной мучнистой росы необходимо использовать три изученных микросателлитных локуса.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Matyukov, V.S. | Zharikov, Ya.A. | Kaneva, L.A.

Для оценки генетического разнообразия и структуры полутонкорунных овец печорской популяции генотипировали 59 овцематок генофондного стада по 12 полиморфным локусам STR. Всё генотипированное поголовье в соответствии с происхождением было разделено на 2 субпопуляции. В первую (1.1) вошли помеси, полученные от скрещивания животных печорской породной группы с породами ромни-марш и куйбышевская, во вторую (1.2) – помеси, произошедшие от скрещивания особей северной аборигенной, печорской породной группы и породы ромни-марш. Суммарно по 12-и локусам микросателлитов в обеих субпопуляциях выявили 94 аллеля, из них в первой 84 аллеля, второй – 80 аллелей. Наибольшее аллельное разнообразие установили по локусам INRA005, INRA023, наименьшее – MAF214, избыток гетерозигот – по локусам MAF065 и INRA063. В субпопуляции 1.1 положительные значения FIS зафиксировали по 5 локусам, в субпопуляции 1.2 – по 2 локусам. В субпопуляции 1.2 избыток гетерозигот был выше, чем в 1.1. Средние индексы FIS по 12 локусам микросателлитов в каждой из субпопуляций были отрицательными. Различия между субпопуляциями по значениям FIS, общему и эффективному числу аллелей на локус, уровню ожидаемой и наблюдаемой гетерозиготности не значимы. Генетическая дифференциация между субпопуляциями, оценённая с помощью FST, была равна 0,015, генетическая дистанция по Нею DN – 0,089. В субпопуляции 1.1 выявлено 12 приват-аллелей, в субпопуляции 1.2 – 8. Учитывая фенотипические, породные и генеалогические различия субпопуляций, выявленные приват-аллели в 1.2, по-видимому, характеризуют реликтовый аллелофонд северной аборигенной овцы. Приват-аллели субпопуляции 1.1 – аллелофонд куйбышевской породы. | To assess the genetic diversity and structure of semifine-wool sheep of the Pechora population, 59 ewes of the gene pool flock were genotyped for 12 polymorphic STR-loci. The entire genotyped livestock was divided into 2 subpopulations according to the origin. The first subpopulation (1.1) included crossbreeds obtained from crossing animals of the Pechora breed group with the Romney Marsh and Kuibyshev breeds. The second one (1.2) included crossbreeds derived from crossing individuals of the northern native Pechora breed group and the Romney Marsh breed. A total of 94 alleles were identified for 12 microsatellite loci in both subpopulations, of which 84 alleles were found in the first subpopulation, and 80 alleles in the second one. The highest allelic diversity was found for the INRA005 and INRA023 loci, the lowest for MAF214, and the excess of heterozygotes for the MAF065 and INRA063 loci. In subpopulation 1.1 positive FIS values were recorded at 5 loci, and in subpopulation 1.2 at 2 loci. In subpopulation 1.2 the excess of heterozygotes was higher than in 1.1. Average Fis indices for 12 microsatellite loci in each of the subpopulations were negative. Differences between subpopulations in Fis values, total and effective number of alleles per locus, level of expected and observed heterozygosity were not significant. The genetic differentiation between subpopulations, estimated using Fst was 0.015 while the genetic distance Nei Dn was 0.089. 12 private alleles were identified in subpopulation 1.1, and 8 were found in subpopulation 1.2. Considering the phenotypic, breed, and genealogical differences between the subpopulations, the identified private alleles in 1.2 seem to characterize the relict allele pool of the northern native sheep. The private alleles of subpopulation 1.1 were the allele pool of the Kuibyshev breed.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Kovalyuk, N.V. | Yakusheva, L.I. | Volchenko, A.E. | Shakhnazarova, Yu.Yu. | Alferova, E.V.

Изучена генетическая структура субпопуляций голштинской и джерсейской пород (n=2000) ряда хозяйств Краснодарского и Ставропольского краев по микросателлитным локусам: BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53. Определены количество гомозиготных и гетерозиготных животных по обозначенным выше локусам, наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность, индекс фиксации (Fis), породоспецифичные и часто встречающиеся аллели. Частота встречаемости уникальных для представленной выборки джерсейской породы аллельных вариантов локуса TGLA122 - аллель 181 составляет 0,4%, и TGLA227 - аллель 101 - 6,1%. У голштинских животных выявлены аллельные варианты, которые не встречались у джерсеев: для локуса ETH3 - аллели 127 (15,7%) и 129 (30,2%), локуса INRA023 - аллель 202 (17,6%), SPS115 - аллель 258 (1,2%), TGLA126 - аллель 119 (1,1%), TGLA122 - аллель 183 (7,1%), TGLA53 - аллели 158 (24,2%), 176 (8,5%), 184 (8,6%) и 186 (10,1%). Самая высокая частота встречаемости в группе джерсейских животных была у аллеля 135 локуса ВМ2113 (81,3%), а в группе голштинов - у аллеля 117 локуса TGLA126 (63,6%). У голштинского скота оказалось выше аллельное разнообразие. Среднее количество аллелей на локус у джерсеев составило 5,8±0,8, у голштинов - 9,0±1,7. Однако число информативных аллелей (т.е. встречающихся с частотой от 5% и выше) практически одинаково в обеих выборках (3,8 и 3,9 соответственно). Полученные профили можно использовать в популяционных исследованиях и в практической работе по отнесению тех или иных групп скота к голштинской или джерсейской породам. | The genetic structure of subpopulations of Holstein and Jersey breeds (n=2000) of a number of farms of Krasnodar and Stavropol territories was studied by microsatellite loci: BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53. The number of homozygous and heterozygous animals according to the loci indicated above, observed and expected heterozygosity, fixation index (Fis), breed-specific and frequently occurring alleles were determined. The occurrence frequency of allelic variants of the locus TGLA122 - allele 181, unique for the presented sample of the Jersey breed, is 0.4%, and TGLA227 - allele 101 is 6.1%. Holstein animals showed allelic variants that were not found in Jerseys: for the ETH3 locus - alleles 127 (15.7%) and 129 (30.2%), locus INRA023 - allele 202 (17.6%), SPS115 - allele 258 (1.2%), TGLA126 - allele 119 (1.1%), TGLA122 - allele 183 (7.1%), TGLA53 - alleles 158 (24.2%), 176 (8.5%), 184 (8.6%) and 186 (10.1%). The highest occurrence frequency in the Jersey group was in the allele 135 of the VM2113 locus (81.3%), and in the Holstein group - in the allele 117 of the TGLA126 locus (63.6%). The Holstein cattle had higher allelic diversity. Thus, the average number of alleles per locus in Jerseys was 5.8±0.8, and in Holsteins it was 9.0±1.7. However, the number of informative alleles (i.e. occurring with a frequency of 5% or higher) is almost the same in both samples (3.8 and 3.9, respectively). The obtained profiles can be used in population studies and in practical work on attributing certain groups of cattle to the Holstein or Jersey breeds.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation