AGRIS - 

2020

Thinh, B.B., Far Eastern Federal Univ., Vladivostok

The term "DNA barcode" is used extensively in molecular taxonomy. Basically, this technique is based on the use of a DNA sequence (about 400–800 bp) as a standard to identify and determine the species relation of organisms quickly and accurately. Therefore, DNA barcodes not only help taxonomists in classifying and identifying species, but also improve their ability to control, understand and utilize biodiversity. In this study, the authors conducted identification of samples of Anoectochilus setaceus Blume collected in Thanh Hoa through the isolated sequence of ITS gene regions. Total DNA was extracted from young leaves of A. setaceus samples using CTAB method. The ITS gene segment was amplified by PCR and sequenced. This genetic sequence was analyzed, compared and used to establish a phylogenetic tree using BioEdit, BLAST and DNASTAR softwares. We isolated 4 sequences of the ITS gene region in 4 A. setaceus samples collected at Xuan Lien and Pu Luong of Thanh Hoa province; the ITS gene region was 667 nucleotide long. The findings identified the samples as the same species and showed 99% similarity to the ITS gene sequence of A. roxburghii (Wall.) Lindl. published in GenBank, GQ328774. This study also demonstrates that the method employing internal transcribed spacer (ITS) sequences is an effective tool to identify A. setaceus taxa. | Summaries (En, Ru) | 3 tables | 3 ill. | 23 ref. | Термин "DNA barcode" широко используется в молекулярной таксономии. По существу, этот метод основан на использовании последовательности ДНК (около 400–800 пн) в качестве стандарта для быстрой и точной идентификации и определения видовых отношений организмов. Таким образом, ДНК-штрихкоды помогают систематикам не только классифицировать и идентифицировать виды, но и контролировать, понимать и использовать биоразнообразие. В исследовании провели идентификацию образцов Anoectochilus setaceus Blume, собранных в провинции Тханьхоа, на основе анализа последовательностей ITS. Тотальную ДНК выделяли из молодых листьев образцов A. setaceus с использованием бромида цетилтриметиламмония (CTAB-метод). Сегмент гена ITS амплифицировали методом ПЦР и секвенировали. Эту генетическую последовательность анализировали, сравнивали и использовали для построения "филогенетичеческого древа" с помощью программ BioEdit, BLAST, DNASTAR. Выделены 4 последовательности генной области ITS из 4 образцов A. setaceus, собранных в Сюань Лиен и Пу Луонг провинции Тханьхоа; изученный ITS-регион имел длину 667 нуклеотидов. Полученные данные идентифицировали образцы как один и тот же вид и показали 99-процентное сходство с последовательностью ITS A. roxburghii (Wall.) Lindl., опубликованной в базе данных GenBank (GQ328774). Исследование также демонстрирует, что использование внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) является эффективным методом для идентификации образцов A. setaceus.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Zakharenko, A.M. | Navaz, M.A. | Chajka, V.V. | Zemchenko I.V., Far Eastern Federal Univ., Vladivostok

29 ref. | Кремниевые биоминералы расположены в виде аморфных структур в клетках и тканях растений, обеспечивая жесткость структуры и защитные функции. Форма и размеры фитолитов хорошо известны и являются полезным инструментом в таксономическом анализе. Впервые извлекли и изучили, с помощью световой микроскопии, сканирующей электронной микроскопии и рентгеноструктурного анализа (XRD) биоминералы кремнезема из 5 видов морских макроводорослей. Было обнаружено более 9 различных морфотипов фитолитов с размерами от не менее 10 до не менее 350 микрометров. Часть из этих фитолитов были из оксида кремния, другие из минералов на основе кальция. Гексагональные "сотовые" образования были зарегистрированы только у водоросли Laurencia tropica Yamada, а фитолиты пирамидальной формы были обнаружены только у красной водоросли Tichocarpus crinitus (S.G. Gmelin) Ruprecht. Рентгеноструктурный анализ показал, что они состоят из виргилита и гипса соответственно. Кремниевые фитолиты являются неотъемлемыми частями водорослей, и их морфологическая характеристика может служить основой для палеореконструкции и таксономического исследования бурых и красных водорослей в палеонтологических исследованиях окаменелостей, где вся органическая материя уже разложилась. | Silica biominerals are deposited as amorphous solid structures in plant cells and tissues, providing rigidity to different plant parts and assisting in defence. The shape and size of phytoliths are well established, it serves as a useful tool in taxonomic analyses. For the first time we extracted and studied silica biominerals of five marine macroalgae species, which we observed by light microscopy, scanning electron microscopy, and X-ray diffraction analysis (XRD). More than nine different morphotypes of phytoliths ranging from not less 10 to not less 350 micrometers in size were found. Some of them were phytoliths made of silica while others showed characteristics of different minerals of calcium. In our study, the "honeycomb" formations were only recorded in Laurencia tropica Yamada and pyramid tabular ones were found only in Tichocarpus crinitus (S.G. Gmelin) Ruprecht. The XRD analysis showed that they consisted of virgilite and gypsum substance, respectively. Silica phytoliths are intrinsic parts of the algae and their morphological characterization can provide the basis for palaeo-reconstruction and taxonomic investigation of brown and red algae in palaeontological studies of fossils where all organic matter has decayed. | Summaries (En, Ru) | 3 ill.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2014

Aleksandrova, E.N., All-Russia Research and Development Inst. of Irrigation Fishery, Moscow Region

The method of an evaluation and selection of natural populations as sources of wild spawners (SWS) of crayfish for the creation of brood stock in the crayfish hatcheries is described. This method allows making evaluation of such sources before the cultivation of crayfish begins. The elaboration of this method is shown on the example of the survey of populations of crayfish (Pontastacus sp.) from water bodies of basin of the river Msta (the Tver region). The exploitability of crayfish populations of was preliminarily estimated in terms of the following indicators: the state of population in terms of chronic infectious diseases; taxonomic belonging of the studied population to the certain crayfish species and its place in the system of regional metapopulation; commercial abundance of the population. If in terms of these indicators the population met the standards described in the astacologic literature the direct characteristics of wild spawners of a population reproductive kernel was made. To make assessment of the promising SWS on the basis of its suitability for crayfish cultivation, the temporary regional specification is being developed. The temporary regional specification was worked out using data integration about several SWS within 10 indicator indices. The numerical score is based on the comparison of average values of indicators among groups of mature males and females, stratified by the length of body, within each surveyed population with the relevant regional specifications indicators, and made in grades. The quality class of crayfish populations being surveyed is defined as a sum of deviations of its 10 indicators from the regional specification standards appraised by points. The results of breeding males and females of the studied populations in nurseries and their evaluation by sizes and productivity practically coincided with the data of the preliminary evaluation of quality of the SWS, made in the way as proposed. | Описан способ оценки и выбора природных популяций речных раков как источника диких производителей (ИДП) для создания маточных стад в питомниках. Способ позволяет оценивать этот источник до проведения работ по разведению речных раков. Разработка способа показана на примере данных исследования популяций речных раков (Pontastacus sp.) из водоемов бассейна верхнего течения р. Мста (Тверская обл.). Предварительно перспективность популяции оценивали по следующим показателям: состояние популяции в отношении хронических инфекционных заболеваний; таксономическая принадлежность обследуемой популяции к определенному виду речных раков и её место в системе региональной метапопуляции; промысловая численность популяции. Если по этим критериям популяция соответствовала стандартам, приведенным в астакологической литературе, -составляли непосредственную характеристику диких производителей репродукционного ядра популяции. Чтобы оценить перспективные ИДП для разведения речных раков с точки зрения их качества, на основе интеграции данных о нескольких ИДП в рамках 10 индикаторных показателей разрабатывается временный региональный норматив. Оценка в баллах проводится путем сравнения средних значений показателей каждой из обследованных популяций с соответствующими стандартами регионального норматива в рамках групп половозрелых самцов и самок, стратифицированных по размерам тела. Бонитировочный класс исследуемой популяции раков определяется по сумме отклонений её 10 показателей от стандартов регионального норматива, оцениваемой в баллах. Результаты разведения самцов и самок из исследованных популяций в питомнике и их оценки по размерам и продуктивности практически совпали с данными предварительной оценки качества ИДП предложенным способом.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation