AGRIS - 

2023

Slovareva, O.Yu. | Muvingi, M. | Yaremko, A.B. | Igonin, V.N. | Rubets, V.S.

Влажные и умеренно теплые условия летнего периода в Центральном регионе России идеально подходят для развития бактериозов. Работа посвящена выявлению и идентификации бактерий в образцах зерновых культур, возделывавшихся на Тимирязевской полевой опытной станции (г. Москва) в 2020 г. Идентификацию бактерий проводили посредством секвенирования ампликонов, полученных в результате ПЦР с парами праймеров PSF/PSR, SyD1/SyD2 и 8UA/519B и сравнения полученных последовательностей с помощью сервиса BLAST с последовательностями, размещенными в GenBank (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov). В результате собраны 55 образцов зерновых культур, выделен и идентифицирован 171 бактериальный изолят, в том числе до вида идентифицированы 34 изолята. Бактериальное разнообразие представлено 14 видами. Среди них - фитопатогены Pantoea ananatis, Clavibacter michiganensis, Rhodococcus fascians, Pseudomonas trivialis, Pseudomonas viridiflava и Pseudomonas syringae. Наибольшая частота встречаемости - 70,9% отмечена у видов, относящихся к роду Pseudomonas. Также высокой частотой встречаемости характеризуются представители родов Frigoribacterium (36,4%), Clavibacter (16,4%), Arthrobacter (12,7%) и Rhodococcus (10,9%). Результаты исследования могут быть использованы при разработке быстрых и достоверных способов диагностики особо опасных и значимых для экспорта зерна видов бактерий. Кроме того, в процессе исследования выделены бактерии, принадлежащие определенным родам, но не относящиеся ни к одному из известных видов, что делает их перспективными для дальнейшего изучения и возможности описания новых видов - представителей микробиоты зерновых культур. | Humid and moderately warm summer conditions in the Central region of Russia are ideal for the development of bacteriosis. The work is devoted to the detection and identification of bacteria in samples of grain crops that were cultivated at the Timiryazevskaya field experimental station (Moscow) in 2020. Bacteria were identified by sequencing the amplicons obtained by PCR with primer pairs PSF/PSR, SyD1/SyD2, and 8UA/519B and comparing the resulting sequences using the BLAST service with sequences posted in GenBank (https://blast.ncbi.nlm. nih.gov). As a result, 55 samples of grain crops were collected, 171 bacterial isolates were isolated and identified, including 34 isolates identified to species. Bacterial diversity is represented by 14 species. Among them, there are phytopathogens Pantoea ananatis, Clavibacter michiganensis, Rhodococcus fascians, Pseudomonas trivialis, Pseudomonas viridiflava and Pseudomonas syringae. The highest frequency of occurrence, 70.9%, was noted in species belonging to the genus Pseudomonas. Representatives of the genera Frigoribacterium (36.4%), Clavibacter (16.4%), Arthrobacter (12.7%) and Rhodococcus (10.9%) also have a high frequency of occurrence. The results of the study can be used in the development of fast and reliable methods for diagnosing especially dangerous and important bacterial species for grain export. In addition, during the study, bacteria were isolated that belong to certain genera, but do not belong to any of the known species, which makes them promising for further study to describe new species in the microbiota of grain crops.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

Glotova, T.I. | Koteneva, S.V. | Nefedchenko, A.V. | Glotov, A.G.

The results of the study of specific features of distribution and clinical manifestation of bovine cryptosporidiosis in association with pathogens of viral and bacterial nature are presented. From 2014 to 2023, 666 samples of biomaterial (tracheal mucosa, lungs, mediastinal and mesenteric lymph nodes, contents of rennet and intestine) collected from fallen and forcefully killed calves under 6 months of age with signs of enteritis and respiratory diseases were examined. There were surveyed 94 farms of 6 regions, 2 territories of the Siberian region and the Republic of Kazakhstan. The findings confirm the widespread prevalence of Cryptosporidium in calves. Cryptosporidium parvum oocysts were most frequently detected and were present in 34 (5.1%) samples of biological material from calves in 22 (23.4%) of the surveyed farms. It was found that oocysts were rarely (22.7%) present in monovariant in animals, more often (77.3%) they were found in associations with viruses and bacteria during outbreaks of viral-bacterial infections. Young animals under 30 days of age are most susceptible to infection. Newborn calves are most susceptible to infection with oocysts, and those animals that have had the disease became lifelong sources of the pathogen for susceptible animals. Cryptosporidiosis is an independent disease and runs independently of the presence of viruses and bacteria in the body and has no synergistic interaction with them, but the presence and multiplication in the body of animals of this pathogen contributes to the severity of the course of enteritis in calves and leads to difficulties in the treatment and prevention measures. The presence of Cryptosporidium in animals should be considered when carrying out complex anti-epizootic measures. | Представлены результаты исследования особенностей распространения и клинического проявления криптоспоридиоза крупного рогатого скота в ассоциации с возбудителями вирусной и бактериальной природы. С 2014 по 2023 г. исследовали 666 проб биоматериала (слизистая оболочка трахеи, легкие, средостенный и брыжеечный лимфатические узлы, содержимое сычуга и кишечника), отобранных от павших и вынужденно убитых телят в возрасте до 6 мес с признаками энтеритов и респираторных болезней. Обследовали 94 хозяйства шести областей, двух краев Сибирского региона и Республики Казахстан. Результаты исследований подтверждают широкое распространение криптоспоридий среди телят. Чаще всего выявлялись ооцисты Cryptosporidium parvum, которые присутствовали в 34 (5,1%) пробах биологического материала от телят в 22 (23,4%) обследованных хозяйствах. Установлено, что ооцисты в моноварианте у животных присутствовали редко (22,7%), чаще (77,3%) обнаруживались в ассоциациях с вирусами и бактериями во время вспышек вирусно-бактериальных инфекций. К инфицированию наиболее восприимчив молодняк до 30-дневного возраста. Новорожденные телята наиболее чувствительны к заражению ооцистами, а переболевшие животные становятся пожизненными источниками возбудителя для восприимчивых животных. Криптоспоридиоз является самостоятельным заболеванием и протекает независимо от наличия вирусов и бактерий в организме и не имеет с ними синергетического взаимодействия, однако наличие и размножение в организме животных этого возбудителя способствует усилению тяжести течения энтеритов у телят и приводит к трудностям в проведении лечебно-профилактических мероприятий. Присутствие криптоспоридий в организме животных необходимо учитывать при проведении комплексных противоэпизоотических мероприятий.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Rozhkova, I.V. | Begunova, A.V. | Krysanova, Yu.I.

Представлены результаты исследований антагонистической активности смеси пробиотических культур Lactobacillus reuteri LR1, L. rhamnosus F, L. helveticus H-9 в зависимости от соотношения в ней штаммов, а также данные, по сравнительной оценке, указанных монокультур и многоштаммовой закваски с их использованием. Антагонистическую активность определяли методом совместного культивирования по отношению к Escherichia coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus АТСС 6538, Salmonella typhimurium АТСС 14028. Антагонистическая активность смеси пробиотических культур варьируется в зависимости от соотношения в ней штаммов и вида тест-культуры условно-патогенных микроорганизмов. Увеличение количества L. reuteri LR1 в ассоциации приводит к повышению степени подавления роста E. coli ATCC 25922, а увеличение количества L. rhamnosus F не влияет на этот показатель. Антагонистический эффект по отношению к S. aureus ATCC 6538 не изменяется при увеличении количества L. reuteri LR1 и L. rhamnosus F. Степень подавления роста Salmonella typhimurium АТСС 14028 незначительно повышалась при увеличении количества L. rhamnosus F, а увеличение количества L. reuteri LR1 не оказывало заметного влияния. Разработанная ассоциация, состоящая из L. helveticus H-9, L. reuteri LR1, L. rhamnosus F в соотношении 1:6:1, значительно усилила антагонистическую активность по отношению к E. coli ATCC 25922. Степень подавления роста этой тест-культуры через 24 ч составила 50,4%, что выше активности монокультур, входящих в ее состав. Для монокультур этот показатель через 24 ч составлял 35,3, 29,1 и 29,9% соответственно. Антагонистический эффект ассоциации по отношению к S. typhimurium АТСС 14028 и S. aureus ATCC 6538 был слабее, чем антагонистический эффект составляющих ее монокультур. | The article presents the results the antagonistic activity study in a mixture of probiotic cultures Lactobacillus reuteri LR1, L. rhamnosus F, L. helveticus H-9 depending on the strain ratio, as well as data on the comparative assessment of the indicated monocultures and multi-strain starter cultures based on them. Antagonistic activity was determined by the method of co-cultivation in relation to E. coli ATCC 25922, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Salmonella typhimurium ATCC 14028. The antagonistic activity of a mixture of probiotic cultures varies depending on the strain ratio in it and the type of test culture of opportunistic microorganisms. An increase in the amount of L. reuteri LR1 in association leads to an increase in the degree of growth suppression in E. coli ATCC 25922, while an increase in L. rhamnosus F amount does not affect this indicator. The antagonistic effect against S. aureus ATCC 6538 does not change with an increase in the amount of L. reuteri LR1 and L. rhamnosus F had a noticeable effect. The developed association consisting of L. helveticus H-9, L. reuteri LR1, L. rhamnosus F in the ratio of 1:6:1 significantly increased the antagonistic activity against E. coli ATCC 25922. The degree of growth suppression of this test culture after 24 h was 50.4%, which is higher than the activity of each monocultures included in the composition. For monocultures, this indicator after 24 hours is 35.3, 29.1 and 29.9%, respectively. The antagonistic effect of the association with respect to S. typhimurium ATCC 14028 and S. aureus ATCC 6538 was weaker than the antagonistic effect of its constituent monocultures.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Terletskij, V.P. | Lazarev, A.M. | Novikova, I.I. | Bojkova, I.V. | Zejruk, V.N.

Microorganisms known as producers of biological products and destructors of hydrocarbons are characterized by high spontaneous variability. It can lead to a change in their activity; therefore, during stabilizing selection, it is necessary to confirm periodically strain affiliation. The purpose of the research is assessment of the genetic diversity of bacteria of several genera for the selection of the most effective antagonist strains and destructor strains. The genotyping method used is based on the use of two endonuclease restrictions to cleave the genomic DNA of a bacterium. Present in the reaction mixture DNA polymerase (Taq) provides labeling of DNA fragments with biotinylated deoxycytosine triphosphate (Bio-dCTP). Genotyping of two closely related strains of Pectobacterium atrosepticum makes it possible to recognize about 50 DNA fragments, more than 20% of which are specific to one of the compared strains. 2 pairs of restriction endonucleases namely XbaI/DraI and XbaI/Eco24I were used; the results obtained indicate the same discriminative ability of enzymes when comparing P. atrosepticum strains D822 and G784 by genetic profiles. When genotyping Pseudomonas bacteria, the BcuI/Eco32I pair was optimal, for Bs, the first restrictase was — SgsI (39 cleavage sites), the second (reduces the size of the resulting DNA fragments) - Eco32I. The genetic profiles of microorganisms of the genera Pectobacterium and Pseudomonas, characterizing the individuality of each strain, were obtained by the DSST method. Significant genetic differences between Ps species fluorescens and Ps. marginalis were noted. At the same time, identical DNA fragments were identified, which indicates the generic phylogenetic proximity of these species. Based on the results of genotyping of Pseudomonas biodestructors, a collection of strains that utilize difficult-to-oxidize compounds, including heavy fractions of oil and polyaromatic hydrocarbons, has been formed, which makes it possible to form associations of destructor strains for the disposal of specific pollutants. | Микроорганизмы - продуценты биопрепаратов и деструкторы углеводородов характеризуются высокой спонтанной вариабельностью, что может приводить к изменению их активности, поэтому при стабилизирующем отборе необходимо периодически подтверждать их штаммовую принадлежность. Цель исследований - оценка генетического разнообразия бактерий нескольких родов для отбора наиболее эффективных штаммов-антагонистов и штаммов-деструкторов. Примененный метод генотипирования основан на использовании двух эндонуклеаз рестрикции для расщепления геномной ДНК бактерии. Присутствующая в реакционной смеси ДНК-полимераза (Taq) обеспечивает мечение фрагментов ДНК биотинилированным дезоксицитозинтрифосфатом (Bio-dCTP). Генотипирование двух близкородственных штаммов Pectobacterium atrosepticum позволяет распознать около 50 фрагментов ДНК, более 20% которых специфичны для одного из сравниваемых штаммов. Использовали 2 пары эндонуклеаз рестрикции - XbaI/DraI и XbaI/Eco24I; полученные результаты указывают на одинаковую дискриминационную способность ферментов при сопоставлении штаммов P. atrosepticum Д822 и Г784 по генетическим профилям. При генотипировании бактерий рода Pseudomonas оптимальной была пара BcuI/Eco32I, для Bs первая рестриктаза - SgsI (39 сайтов расщепления), вторая (уменьшает размер получаемых фрагментов ДНК) - Eco32I. Методом ДРИМ получены генетические профили микроорганизмов родов Pectobacterium и Pseudomonas, характеризующие индивидуальность каждого штамма. Отмечены существенные генетические различия между видами Ps. fluorescens и Ps. marginalis. При этом выявлены идентичные фрагменты ДНК, что указывает на родовую филогенетическую близость этих видов. По результатам генотипирования биодеструкторов рода Pseudomonas сформирована коллекция штаммов, утилизирующих трудноокисляемые соединения, включая тяжелые фракции нефти и полиароматические углеводороды, что позволяет составлять ассоциации штаммов-деструкторов для утилизации конкретных загрязнителей.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Moiseeva, K.A. | Tarlavin, N.V. | Veretennikov, V.V. | Sukhinin, A.A., St. Petersburg State Univ. of Veterinary Medicine

There was studied the bacterial composition of the rumen microbiome of cows in order to differentiate Clostridium bacteria in the rumen contents, depending on the productivity and type of feeding. The rumen microbiome of cows directly affects the physiological parameters of both dairy herd and fattening cows. Some enterotoxinproducing gram-positive obligate anaerobic bacteria of the Clostridia class are often the cause of the development of histotoxic infections. However, most clostridia are not causative agents of infectious diseases, but are involved in metabolic processes in the rumen, contributing to the maintenance of vital activity and contributing to an increase in agricultural production. The NGS-sequencing method used in the study of the rumen microbiome of 2 groups of cows - fattening cows and dairy cows - has great diagnostic value. The taxonomic affiliation of microorganisms to genus was determined using the RDP Classifier program. In the study of samples obtained from fattening cows, the most common representative of the Ruminococcaceae family, the bacterium Clostridium viride, the content of which reached 2.6% of all microorganisms found in the contents of the rumen of cows. This bacterium has ammonia, acetate, propionate, butyrate and valerate as fermentation products (depending on the growth substrate), which is of great importance for the physiological parameters of cattle, since it affects the growth and development of rumen villi. In samples obtained from dairy cows, the number of these bacteria reached 2.1% of all detected microorganisms. | Изучали бактериальный состав микробиома рубца коров с целью дифференциации бактерий вида Clostridium в содержимом рубца, в зависимости от продуктивности и типа кормления. Микробиом рубца коров напрямую влияет на физиологические показатели как коров дойного стада, так и коров на откорме. Некоторые энтеротоксинпродуцирующие грамположительные облигатно анаэробные бактерии класса Clostridia нередко являются причиной развития гистотоксических инфекций. Однако, большинство клостридий не являются возбудителями инфекционных болезней, а участвуют в обменных процессах, протекающих в рубце, способствуя поддержанию жизнедеятельности и способствуя увеличению с.-х. продукции. Большой диагностической ценностью обладает метод NGS-секвенирования, используемый в исследовании микробиома рубца двух групп коров – коров на откорме и коров дойного стада. Таксономическую принадлежность микроорганизмов до рода определяли в программе RDP Classifier. При исследовании образцов, полученных от коров на откорме, наиболее часто встречался представитель семейства Ruminococcaceae, бактерия Clostridium viride, содержание которой достигало 2,6% от всех микроорганизмов, обнаруженных в содержимом рубца коров. Данная бактерия имеет в качестве продуктов ферментации (в зависимости от субстрата роста) аммиак, ацетат, пропионат, бутират и валерат, что имеет большое значение для физиологических показателей крупного рогатого скота, поскольку влияет на рост и развитие ворсинок рубца. В образцах, полученных от дойных коров, количество этих бактерий достигало 2,1% от всех обнаруженных микроорганизмов.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Tyshchenko, V.I.

The material presents data on the identification of bacterial strains isolated from turkeys and chicken. We used isolates of Pseudomonas, Acinetobacter and Escherichia coli. The latter were isolated from turkeys, and two previous ones from chickens. In-silico search made it possible to propose a number of enzymes for genotyping isolates of Acinetobacter, and genotyping of isolates of Pseudomonas and E. coli was carried out using previously selected enzymes. The enzymes SgsI and Eco47III, which show 100% activity in one buffer, have been shown to have optimal combination for Acinetobacter. Pseudomonas were genotyped using a pair of BcuI/StuI enzymes, two genetically different strains were identified, two isolates were identical (organs of one individual). In 21 isolates of E.coli, 17 strains were identified using the XbaI/PstI pair of enzymes, and 16 strains were identified using the XhoI/BsuRI pair. The discrimination index showing the ability of the method to separate strains was not used, since it can only be used on isolates that are not epidemiologically related. In this case, turkeys were kept in the same farm facilities, the sampling was carried out at the same time, therefore, the possibility of re-infection of the bird cannot be ruled out.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Cifra Ltd - Russian Federation

2020

Lenchenko, E.M. | Stepanov, D.V.

Учет количества микроорганизмов, выделенных из пищевого сырья, проводили общепринятым методом серийных разведений и методом разделенного импеданса с применением анализатора "БакТрак 4300", предназначенного для ускоренного подсчета мезофильных аэробных и факультативно-анаэробных микроорганизмов. При количественном учете микроорганизмов в пробах пищевого сырья (n=82) было выявлено несоответствие микробиологических показателей безопасности, превышение КМАФАнМ в 23 (28,0%) пробах пищевого сырья, из которых проб говядины – 11 (47,2%); мяса субпродуктов и полуфабрикатов птицы – 12 (20,3%). На основе сравнительной оценки ростообеспечивающих и селективных свойств апробированы и подобраны эффективные диагностические среды и тест-системы для дифференциации микроорганизмов сходных видов. Из числа изолятов, выделенных из пищевого сырья (n=122), идентифицировано 36 культур микроорганизмов: Salmonella spp. – 10 (13,1%) культур микроорганизмов; бактерий группы кишечной палочки – 25 (24,3%); Listeria monocytogenes – 1 (1,3%). Оптимизация процедуры подготовки образцов к исследованию и исключение рутинных стадий подсчета колоний значительно увеличивают число проводимых анализов, сокращают сроки исследований и материальные затраты. За счет простоты операций и минимума ручного труда увеличиваются производительность, повышается безопасность работы, снижаются затраты рабочего времени персонала, исключаются субъективные факторы. Преимущество использования анализатора заключается также в количественном определении общего числа дрожжей и плесеней в исследуемых образцах через 3 сут, тогда как общепринятым способом указанные показатели можно определить только через 5 сут. | CSAL | The number of microorganisms was recorded by the conventional serial dilution method and by the parted impedance method using an analyzer BakTruck 4300 for accelerated calculation the amount of mesophilic aerobic and facultative anaerobic microorganisms. A quantitative analysis of microorganisms of food samples (n = 82) revealed a mismatch of microbiological safety indicators, excess QMAFAnM: 23 (28.0%) samples food raw materials, of which 11 beef samples (47.2%); meat of offal and semi-finished poultry – 12 (20.3%). Based on a comparative assessment of growth-supporting and selective properties, effective diagnostic environments and test systems for differentiating similar types of micro-organisms have been tested and selected. From the number of isolates allocated from food raw materials (n = 122), 36 microbial cultures were identified: Salmonella spp. – 10 (13.1%) microbial cultures; coliforms – 25 (24.3%); Listeria monocytogenes – 1 (1.3%). Optimization of sample preparation for research and elimination of routine stages of colony counting significantly increases the number of performed analyses, saves research time and material costs. Due to the simplicity of operations and a minimum of manual labor, productivity and security are increased, labor costs of staff time are reduced, and subjective factors are excluded. The advantages are also in quantitative indicators of the total number of yeast and molds in the studied samples within 72 hours, whereas in the conventional method, the indicators are presented only after 5 days.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Selivanova, G.A. | Smirnov, M.A., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

High keeping quality of sugar beet roots is a complex, multifactor issue due to influence of a big group of factors: varietal characteristics, soil-environmental conditions, fertilizer application system, storage technology, etc. The main disease of beet root crops during after-harvesting storage is the clamp rot caused by microscopic fungi (Botrytis cinerea, Fusarium, Penicillium, etc.) and bacteria. In the work, the weather conditions' influence on keeping quality of sugar beet mother roots during long-term storage is discussed. As a result of the investigations conducted, dominant species of pathogenic macro- and pathogenic fungi of mother roots, peculiarities of change in their frequency of occurrence depending on weather conditions during vegetation of sugar beet of the first year of life have been revealed. It has been shown that fungi and bacteria species dominating in composition of mother roots' clamp rot causative agents are in direct dependence on temperature and rainfalls during intensive growth and development of the crop. It has been found that droughty conditions of sugar beet vegetation can result in mother roots infecting with Fusarium species (F. gibbosumv. acuminatum, F. avenaceumv. herbarum and F. sporotrichioides Sherb.) and bacteria. In the years with sufficient precipitations and optimal daily-average air temperature, pathogens causing the clamp rot are represented mainly by Penicillium (P. expansum (Link) Thom. and P. notatum West) and B. cinerea. To increase storage ability of mother roots, use of scientifically proved irrigation and fertilizer application systems is the most expedient under conditions of the Central Black-Earth Region. | Сохраняемость корнеплодов сахарной свеклы – сложная, многофакторная задача из-за влияния большой группы факторов: сортовые особенности, почвенно-климатические условия, система применения удобрений, технология хранения и другие. Главным заболеванием корнеплодов во время послеуборочного хранения является кагатная гниль, вызываемая микроскопическими грибами (Botrytis cinerea, Fusarium, Penicillium и др.) и бактериями. В работе обсуждается влияние погодных условий на сохраняемость маточной сахарной свеклы при длительном хранении. В результате проведенных исследований выявлены доминирующие виды патогенной макро- и микобиоты маточных корнеплодов, особенности изменения их частоты встречаемости в зависимости от погодных условий вегетации сахарной свеклы первого года жизни. Показано, что виды грибов и бактерии, доминирующие в составе кагатной гнили маточных корнеплодов, находятся в прямой зависимости от температуры и количества выпавших атмосферных осадков в период интенсивного роста и развития культуры. Установлено, что засушливые условия вегетации сахарной свеклы могут привести к инфицированию маточных корнеплодов видами Fusarium (F. gibbosumv. acuminatum, F. avenaceumv. herbarum и F. sporotrichioides Sherb.) и бактериями. В годы с достаточным увлажнением и оптимальной среднесуточной температурой воздуха возбудители кагатной гнили представлены преимущественно пенициллами (P. expansum (Link) Thom. и P. notatum West) и B. cinerea. Наиболее целесообразным для повышения лежкоспособности маточных корнеплодов в производственных условиях ЦЧР является применение научно-обоснованных систем орошения и удобрений культуры.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Kononenko, A.B. | Bannikova, D.A. | Britova, S.V. | Pavlova, I.B. | Nabiullina, D.N. | Savinova, E.P, All-Russia Research and Development Inst. of Veterinary Sanitation, Hygiene and Ecology, Moscow

The aim of the work is monitoring the formation of biofilms by opportunistic and pathogenic microorganisms. The cultures of the genera Salmonella, Escherichia, Yersinia, Proteus, Citrobacter, Enterobacter, Prtovidenzia, Morganella, Klebsiella, Cronobacter, Pseudomonas, Bacillus, Staphylococcus were used in the work. The studied microorganisms were cultured in polystyrene 96-well plates. For this purpose, a daily culture of microorganisms was introduced into the wells with meat-peptone broth, having previously established a concentration of 10E4 mc/ml, and incubated for 24-96 h at temperature of 37 deg C. Then the medium with plankton cells was removed from the wells. 200 μl of filtered 0.1% crystal violet solution was poured into the wells of the plate and the plates were kept for 10-15 min at room temperature. Then dye was removed from the wells. Unbound dye was thoroughly washed with saline or distilled water. The plates were turned over on filter paper and dried. The presence and density of biomatrix (biofilm) was determined visually by the intensity of staining the surfaces of plates. Then, for the extraction of paint from the film, 200 μl of 96% ethanol was added to the wells and the optical density was measured on KFK-3KM spectrophotometer at a wavelength of 590 nm. The results of the experiments allowed asserting that within 48 h of cultivation microorganisms form a mature biofilm, which can serve as a model for studying the process of biofilm formation. Biofilm of microorganisms of different taxonomic groups differs in density. In addition, even bacteria belonging to the same genus, under the same conditions, can form a biofilm, the density of which differs by 30-60%. | Цель работы: осуществить мониторинг образования биопленок условно-патогенными и патогенными микроорганизмами. В работе использовали культуры родов Salmonella, Escherichia, Yersinia, Proteus, Citrobacter, Enterobacter, Providencia, Morganella, Klebsiella, Cronobacter, Pseudomonas, Bacillus, Staphylococcus. Изучаемые микроорганизмы культивировали в полистироловых 96-луночных планшетах. Для этого в лунки с мясо-пептонным бульоном вносили суточную культуру микроорганизмов, предварительно установив концентрацию 10E4 м.к/мл, и инкубировали в течение 24…96 ч при температуре 37 град. С. Затем удаляли из лунок среду с планктонными клетками. В лунки планшета вносили по 200 мкл отфильтрованного 0,1%-го раствора кристаллического фиолетового и выдерживали планшеты в течение 10…15 мин при комнатной температуре. Затем удаляли из лунок краситель. Не связавшийся краситель тщательно смывали физиологическим раствором или дистиллированной водой. Планшеты переворачивали на фильтровальную бумагу и высушивали. Наличие и плотность биоматрикса (биопленки) определяли визуально по интенсивности окрашивания поверхности планшета. Затем для экстракции краски из пленки в лунки добавляли по 200 мкл 96%-го этанола и измеряли оптическую плотность на спектрофотометре КФК -3КМ при длине волны 590 нм. Результаты проведенных экспериментов позволили утверждать, что в течение 48 ч культивирования микроорганизмы формируют зрелую биопленку, которая может служить моделью для изучения процесса биопленкообразования. Биопленка микроорганизмов различных таксономических групп различается по плотности. Помимо этого даже бактерии, относящиеся к одному роду, в одинаковых условиях могут образовывать биопленку, плотность которой различается на 30…60%.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Terletskiy, V.P. | Novikova, O.B. | Tyshchenko, V.I. | Shinkarenko, L.A.

The article presents modern ideas about the genotyping of pathogens of a bacterial nature as an element in preventive veterinary medicine. Identification of bacterial strains allows one to effectively identify the spread of infection and find pathogen sources in the environment. This knowledge makes it possible to break up the epizootic chain and prevent the further spread of infection. The questions of various methods of genotyping are considered along with their advantages and disadvantages. The results of the genotyping of certain species of microorganisms previously carried out by the authors are presented the methodological details of the proposed method of bacterial genotyping based on the idea of double digest and selective label of DNA fragments (DDSL) are examined in detail. The use of databases of sequenced bacterial genomes and computer programs that theoretically model the digestion of genomic DNA by restriction endonucleases, allows one to propose this approach for genotyping Campylobacter bacteria in the same way as was done earlier when genotyping bacteria of the Escherichia coli group, Salmonella spp. and Pseudomonas aeruginosa. The proposed method is based on the use of two restriction endonucleases at the same time, one of which produces 3recessed ends of DNA fragments of a pathogen that can include labeled deoxynucleoside triphosphate, and an enzyme that produces 3protruding or blunt ends that are not capable of including labels. Ultimately, 2050 clearly visible labeled DNA fragments will be detected, the number and distribution of which is characteristic for each bacterial strain. Online service allows to simulate DNA cleavage in order to select endonucleases which can be recommended for Campylobacter genotyping.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Cifra Ltd - Russian Federation