AGRIS - 

Data provenance by Country

2023

Kornil'ev, G.V.

The paper presents the results of DNA profiling of 28 grape accessions with unidentified varietal affiliation, selected from the Magarach Ampelographic Collection, and provides microsatellite loci polymorphism assessment among them. Genotyping was performed using 9 nuclear (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) and 3 chloroplast (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR markers. For nuclear loci, 105 alleles were identified, the average number of alleles per locus (na) was 11.7; the average effective number of alleles (ne) is 7.23; Shannon information index (I) for the studied batch of samples was 2.13. The highest allele frequency was observed in samples with VVS2133 and VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232) alleles. The average value of actual heterozygosity Heto was 0.8333, expected heterozygosity Hetе was 0.8712. For chloroplast loci, 7 alleles were identified: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Also 4 chlorotypes were identified: A (1 sample), B (9), C (13), D (5). A dendrogram of genetic similarity was constructed using the UPGMA meth-od, which showed the presence of three clusters containing, respectively, 11, 11 and 6 samples. There was a uniform distribution of chlorotypes B and D over three clusters, and chlorotype C over two clusters. It is concluded that the results can be used to assess the genetic diversity of Magarach Ampelographic Collection. | Представлены результаты ДНК-профилирования 28 образцов винограда с неидентифицированной сортовой принадлежностью, собранные на ампелографической коллекции "Магарач", и приведена оценка полиморфизма их микросателлитных локусов. Генотипирование проводили по 9 ядерным (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) и 3 хлоро-пластным (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR-маркерам. По ядерным локусам выявлено 105 аллелей, среднее число аллелей на локус (na) составило 11,7; среднее значение эффективного числа аллелей (ne) – 7,23; информационный индекс Шеннона (I) для исследуемой выборки образцов – 2.13. Отмечена наибольшая частота встречаемости у образцов с аллелями VVS2133 и VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232). Среднее значение фактической гетерозиготности Heto составило 0.8333, ожидаемой гетерозиготности Hetе – 0.8712. По хлоропластным локусам выявлено 7 аллелей: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Идентифицированы 4 хлоротипа: A (1 образец), B (9), C (13), D (5). По методу UPGMA построена дендрограмма генетического сходства, которая показала наличие трёх кластеров, содержащих, соответственно, 11, 11 и 6 образцов. Отмечено равномерное распределение хлоротипов B и D по трём кластерам, хлоротипа С – по двум кластерам. Сделан вывод о возможности использования полученных для оценки генетического разнообразия ампелографической коллекции "Магарач".

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Ramazanova, S.A. | Bad'yanov, E.V. | Ivanov, S.V. | Savichenko, V.G. | Guchetl', S.Z.

Resistance to the downy mildew pathogen Plasmopara halstedii (Farl.) Berlese et de Toni in sun-flower is controlled by the resistance gene Pl. The Plarg gene is currently promising in breeding for resistance as it is effective against all known races of the pathogen. This gene is introgressed from the wild species Helianthus argophyllus. Molecular markers and, in particular, simple microsatellite repeats (SSRs) allow to control the transfer and pyramiding of disease resistance genes. However, validation of the molecular marker is needed to prove its reliability. The microsatellite marker ORS 822 was tested to identify the Plarg gene. Two breeding line bred by the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops were involved. We used the hybrid combination of a susceptible sunflower line VK 925 and a resistant line RHA 419, a donor of the Plarg gene. We established that these lines differ from each other by the allelic state of this locus. Molecular analysis of the F1 generation showed that the microsatellite locus is inherited codominantly. We obtained the F2 generation by self-pollination and made a phytopathological evaluation of resistance to P. halstedii. Split analysis by phenotype showed that the actually observed segregation corresponded to the theoretically expected 3:1 model for monogenic inheritance of the trait. Based on the obtained data, we determined that the Plarg gene and microsatellite locus ORS 822 are linked with a recombination frequency of 0.26. As a result of this research, we concluded that this marker can be used to select homozygous resistant sunflower plants for resistance to downy mildew in marker-assisted selection. | Устойчивость к возбудителю ложной мучнистой росы Plasmopara halstedii (Farl.) Berlese et de Toni у подсолнечника контролируется генами устойчивости Pl. Ген Plarg в настоящее является перспективным в селекции на устойчивость, так как эффективен против всех известных рас патогена. Этот ген интрогрессирован из дикорастущего вида Helianthus argophyllus. Молекулярные маркеры и, в частности, простые микросателлитные повторы (SSR) позволяют контролировать перенос и пирамидирование генов устойчивости к болезням. Однако необходима валидация молекулярного маркера для доказательства его надежности. Для идентификации гена Plarg был апробирован микросателлитный маркер ORS 822. Исследование проводили на гибридной комбинации восприимчивой линии подсолнечника селекции ВНИИМК ВК 925 и устойчивой линии RHA 419, являющейся донором гена Plarg. Установлено, что эти линии отличаются друг от друга аллельным состоянием этого локуса. Молекулярный анализ поколения F1 показал, что микросателлитный локус наследуется кодоминантно. Путем самоопыления было получено поколение F2 и проведена фитопатологическая оценка устойчивости к P. halstedii. Анализ расщепления по фенотипу показал, что фактически наблюдаемое расщепление соответствовало теоретически ожидаемой модели 3:1 при моногенном наследовании признака. На основании полученных данных было определено, что ген Plarg и микросателлитный локус ORS 822 сцеплены с частотой рекомбинации 0,26. В результате проведенного исследования сделан вывод, что этот маркер можно использовать в маркер-ассоциированной селекции подсолнечника на устойчивость к возбудителю ложной мучнистой росы для отбора гомозиготных устойчивых растений.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Marzanova, S.N. | Khodarovich, Yu.M. | Devrishov, D.A. | Molodtsova, V.V. | Alekseev, Ya.I. | Konovalova, N.V. | Marzanov, N.S.

The milk proteins of ruminants are encoded by highly polymorphic genes. In recent years, interest in the genetic polymorphism of the main proteins of milk has increased, and the international program "Genome of Milk" has appeared. The aim of the study is to develop a test system for the detection of normal and mutant alleles in the CSN2 beta-casein locus and to carry out gene diagnostics of 4 alleles of this locus in 2 breeds of cattle using the technology of allele-specific TaqMan probes. For bioinformatic analysis, some of the materials were taken from the OMIA (Australia) and NCBI (USA) databases. Based on the developed methodology, the certification of the Kholmogory and Yaroslavl breeds belonging to the Black-and-White genealogical root was carried out. The source for the study was samples of whole blood of cows (n = 101). It has been shown that genotypes with "bad" CSN2A1 and CSN2B alleles are most common. The presence of such a state of genotypes in the studied breeds is associated with the lack of demand for A2-beta-casein milk. Cows lacked the CSN2A3 allele, which is rare in dairy breeds. The developed RT-PCR method for diagnosing normal and mutant alleles in the beta-casein locus makes it possible to form groups of pedigree stud bulls, replacement bulls, and bull-reproducing cows at the early stages of breeding work. The proposed DNA technology will provide an opportunity to lay the foundation for creating a high-quality cattle population in regions where representatives of different genealogical roots are bred. | Белки молока жвачных животных кодируются высоко полиморфными генами. В последние годы возрос интерес к генетическому полиморфизму основных белков молока, появилась международная программа "Геном молока". Цель исследования - разработка тест-системы для выявления нормальных и мутантных аллелей в локусе бета-казеина CSN2 и проведение генодиагностики 4-х аллелей этого локуса у 2-х пород крупного рогатого скота с использованием технологии аллельспецифичных TaqMan зондов. Для проведения биоинформативного анализа часть материалов были взяты из баз данных OMIA (Австралия) и NCBI (США). На основе разработанной методики проведена аттестация холмогорской и ярославской пород, принадлежащих чёрно-пёстрому генеалогическому корню. Источником для исследования служили образцы цельной крови коров (n = 101). Показано, чаще всего встречаются генотипы с "плохими" CSN2А1 и CSN2В аллелями. Наличие такого состояния генотипов у исследованных пород связано с невостребованностью А2-бета-казеинового молока. У коров отсутствовал редко встречаемый у молочных пород CSN2А3 аллель. Разработанный ПЦР-РВ-метод для диагностики нормальных и мутантных аллелей в локусе бета-казеина позволяет на ранних этапах селекционной работы формировать группы племенных быков-производителей, ремонтных бычков, быковоспроизводящих коров. Предложенная ДНК-технология даст возможность заложить основу для создания качественного поголовья крупного рогатого скота в регионах, где разводятся представители разных генеалогических корней.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Onishchenko, Olga N.

Introduction. The article presents the results of a study of the polymorphism of the growth differential factor gene (GDF9) in rams of the Russian Merino meat breed in the conditions of the farms of the Lenin stud farm and the Rodina collective farm of the Arzgirsky and Apanasenkovsky districts of the Stavropol Territory. The purpose of this article: determination of the polymorphism of the differential growth factor gene - GDF9, in sires of the Russian meat merino breed using the PCR-RFLP method. Materials and methods. Molecular genetic studies were carried out on the basis of the laboratory of immunogenetics and DNA technologies of VNIIOK, a branch of the Federal State Budgetary Scientific Institution “North Caucasian FSAC”. Today, one of the promising marker genes for sheep fertility is the growth differential factor gene (GDF9). Results. According to the data obtained, the nature of the manifestation of polymorphic variants of the GDF9 gene suggests the possibility of their further use in the organization of studies aimed at identifying the relationship between the level of productivity and the detected genotypes. Modern molecular genetic studies make it possible to improve the accuracy of assessing and predicting the productive qualities of animals. Conclusion. Analysis of PCR diagnostics shows that the GDF9 gene polymorphism is represented by alleles which have different frequencies of occurrence, namely 0.29 and 0.71. Homozygous genotypes are present in the studied group of animals – 28.6 % and 71.4 %, which cannot be said about the heterozygous genotype, which is absent in rams of this sample. The result of the DNA diagnostics of a sample of rams indicates the average degree of homozygosity (Ca) of the GDF9 gene, which was 59.18 % in the locus. The main factors, such as the low number of desirable alleles (Na), the complete absence of heterozygotes in the GDF9 gene loci, the low levels of expected (Hex) and the absence of observed (Hobs) heterozygosity of the GDF9 gene, as well as indicators of genetic variability (V), indicate a change in the genetic balance. The data obtained on the presence of allelic variants of the gene (GDF9) in the considered sample of animals indicate the potential use of the considered gene in marker selection.

Show more [+]

Less [-]

Mari State University - Russian Federation

2021

D'yachenko, E.A. | Kulakova, A.V. | Kochieva, E.Z. | Shchennikova, A.V., Russian Academy of Sciences, Moscow (Russian Federation). Bioengineering Centre

Мультилокусное NBS-маркирование позволяет эффективно охарактеризовать геном растения с точки зрения представленности и вариабельности семейства R-генов, продукты которых имеют NBS-домен. В работе NBS-маркирование было использовано для генотипирования 60 сортов и 5 перспективных селекционных клонов картофеля Solanum tuberosum отечественной и зарубежной селекции, а также образца родственного вида Solanum stoloniferum (в качестве внешней группы). С помощью 2 комбинаций праймер/фермент (NBS7/MseI и NBS9/MseI) было сгенерировано 204 NBS-фрагмента, включая 144 (70,6%) полиморфных и один уникальный для сорта Гала. Для каждого сорта был определен индивидуальный, специфичный спектр NBS-фрагментов. Анализ матрицы генетических расстояний между сортами показал, что исследуемая выборка сортов высокополиморфна (GD = 0,18-0,45 при среднем значении 0,33). Генетические расстояния внутри анализируемой выборки варьировали больше, чем между сортами S. tuberosum и образцом S. stoloniferum (0,27-0,40). Наиболее близкими оказались сорта селекции Всероссийского НИИ картофельного хозяйства им. А.Г. Лорха Солнечный/Памяти Рогачева (GD = 0,18) и Великан/Вымпел (GD = 0,19), а наиболее удаленными - сорта Чароит/Ред Скарлетт (GD = 0,45). Был проведен статистический анализ результатов NBS-маркирования, который позволил кластеризовать изучаемые образцы картофеля по различным признакам, связанным с родословной и устойчивостью к фитопатогенам. На дендрограмме и графиках, построенных с помощью программ PAST и Structure 2.3.4, наблюдалась слабая тенденция к группировке сортов по признакам устойчивости к Y вирусу картофеля (Potato virus Y, Potyvirus, Potyviridae) и вирусу скручивания листьев картофеля (Potato leafroll virus, Polerovirus, Luteoviridae). Продемонстрировано, что использованные в работе системы праймер/фермент для NBS-анализа могут быть применены в дальнейшем для исследования механизмов устойчивости сортов картофеля к биотическим стрессам. | The method of multilocus NBS-profiling makes it possible to efficiently characterize the plant genome in terms of the representativeness and variability of the NBS-domain containing R-genes. In the work, NBS-profiling was used for genotyping 60 and 5 promising selectin clones of potato Solanum tuberosum cultivars of mainly modern domestic breeding, as well as the related species Solanum stoloniferum (as an outgroup). Using 2 primer/enzyme combinations (NBS7/MseI and NBS9/MseI), 204 NBS fragments were generated, of which 144 (70.6%) were polymorphic and one fragment was unique to cv. Gala. For each cultivar, a specific spectrum of NBS fragments was determined. Analysis of genetic distance matrix revealed a high level of polymorphism (GD = 0.18-0.45 with an average value of 0.33) among the studied cultivars. Genetic distances within the analyzed cultivars varied more than between the cultivars and the accession of S. stoloniferum (GD = 0.27-0.40). The most related cultivars were Solnechny/Pamyati Rogacheva (GD = 0.18) and Velikan/Vympel (GD = 0.19) originated from Lorch Potato Research Institute, and the most distant cultivars were Charoito/Red Scarlett (GD = 0.45). Statistical analysis of NBS-profiling data clustered studied potato cultivars in accordance with the pedigree and resistance to phytopathogens. On the dendrogram and graphs generated using the PAST and Structure 2.3.4, a pronounced tendency to group cultivars by traits of resistance to the Potato virus Y (Potyvirus, Potyviridae) and the Potato leafroll virus (Polerovirus, Luteoviridae) was shown. The primer/enzyme systems used in the study for NBS-profiling can be applied to study the mechanisms of potato resistance to biotic stresses.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Ramazanova, S.А. | Savichenko, V.G. | Ustarkhanova, Eh.G. | Loginova, E.D. | Ramazanov, R.N. | Guchetl', A.Kh.

Соя – основная белковомасличная культура, имеющая большое экономическое значение. В настоящее время для характеристики новых сортов, заявленных на выдачу патента, все больше применяют современные методы, основанные на анализе микросателлитных (SSR) локусов ДНК. Цели исследования: провести поиск новых микросателлитных маркеров для оптимизации существующей технологии идентификации и паспортизации сортов сои, а также подобрать условия проведения ПЦР с ними и апробировать методику на 20 сортах мировой коллекции ВИР, репродуцированных в условиях Краснодарского края. Из литературных источников и библиотечных баз данных были выбраны семь микросателлитных локусов, показавших высокий уровень полиморфизма на образцах сои и локализованных в разных хромосомах. Были подобраны экспериментальным путем оптимальные температуры отжига для всех пар SSR-праймеров. Результаты амплификации ДНК 20 генотипов сои показали, что все семь изученных SSR-локусов полиаллельны. В целом было выявлено 22 аллеля, что в среднем составило 3,1 на локус. Эффективное число аллелей Ne для изученных генотипов сои варьировало от 1,69 до 2,27 и в среднем составило 2,01. Среднее значение индекса полиморфного информационного содержания (PIC) - 0,50. Все изученные образцы сои имеют уникальные наборы аллелей по изученным локусам. Установлено, что семь апробированных в исследовании локусов могут быть использованы при создании эффективной технологии для идентификации и паспортизации генотипов сои. | Soybean is the major protein-oil crop of a huge economic importance. Currently, to describe the new cultivars being applied for a patent there are used the modern methods based on an analysis of DNA microsatellite (SSR) loci. The purposes of this work were a search of the new microsatellite markers to optimize the existing technology of soybean cultivars certification and identification as well as selection optimal PCR analysis conditions and testing the new techique on 20 cultivars from the VIR world collection of plant genetic resources. Seven microsatellite loci demonstrated the high polymorphism level on soybean cultivars and located in the different chromosomes were chosen in the literary sources and librarian data bases. The optimal temperatures for annealing were selected empirically for all the pairs of SSR-markers. The results of DNA amplification of 20 soybean genotypes showed all seven studied SSR-loci were polyallel. In general, we revealed 22 alleles that on average are 3.1 per a locus. The effective allele number Ne for the studied soybean genotypes varied from 1.69 to 2.27 and on average was equal to 2.01. An average level of an index of the polymorphic information content (PIC) was 0.50. All the soybean cultivars examined have the unique sets of alleles by the studied loci. Seven approbated loci can be used in development of an effective technology for identification and certification of soybean genotypes.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Abdel'manova, A.S. | Volkova, V.V. | Dotsev, A.V. | Zinov'eva,N.A., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

Summaries (En, Ru) | Среди молочных пород крупного рогатого скота в России наиболее распространена черно-пестрая. Для повышения ее продуктивности активно используют производителей голштинской породы, что приводит к потере аллельных сочетаний, свойственных черно-пестрой породе. Цель работы – сравнение генофондов современной популяции крупного рогатого скота черно-пестрой породы с животными этой же породы, использовавшимися 30…40 лет назад, а также с современными представителями голштинской породы. Материалом для исследований служили ушные выщипы, кровь и сперма скота современных российских популяций черно-пестрой (BLWT, n = 25) и голштинской (HLST, n = 19) пород, а также животных черно-пестрой породы (BLWT_OLD, n = 13), сохранившихся в генетическом банке, которых ранее использовали в племенной работе. Животных генотипировали с использованием мультиплексной панели по 10 STR-маркерам (микросателлитным локусам). Продукты амплификации анализировали методом капиллярного электрофореза на ДНК-анализаторе 3130xlGeneticAnalizer. Статистическую обработку и визуализацию результатов проводили в программной среде R 3.5.0 с использованием дополнительных программ. Кластерный анализ показал дифференциацию популяции HLST от BLWT и BLWT_OLD. Высокая наблюдаемая (Но = 0,721 ± 0,036) и ожидаемая гетерозиготность (Не = 0,713 ± 0,026), а также аллельное разнообразие (Ar = 5,689 ± 0,395) BLWT указывают на длительное использование голштинского скота при ведении селекционной работы в породе. В некоторых локусах BLWT исчезли аллели, свойственные BLWT_OLD, и появились аллели, встречающиеся у HLST. Генетическое расстояние (Fst) уменьшилось с 0,099 между BLWT_OLD и HLST до 0,055 между BLWT и HLST. Племенная работа, направленная не только на повышение продуктивности, но и на поддержание биоразнообразия, поможет сохранить аллельные комбинации, свойственные черно-пестрой породе и отличающие ее от других молочных пород скота. | 3 ill. | 4 tables | 14 ref. | Among Russian dairy cattle breeds, Black-and-White is the most common. Stud bulls of Holstein breed are actively used to increase its productivity. This leads to the loss of allelic combinations characteristic for Black-and-White breed. The purpose of the study was to compare the gene pools of the modern Black-and-White cattle population with animals of the same breed used 30–40 years ago, as well as with modern animals of Holstein breed. The material used for the study was ear pluck, blood, and semen from cattle of modern Russian populations of Black-and-White (BLWT, n = 25) and Holstein (HLST, n = 19) breeds, as well as of animals of Black-and-White breed (BLWT_OLD, n = 13), preserved in the genetics bank, which were previously used in breeding. The groups of 10 animals were genotyped by STR markers using a multiplex panel (microsatellite loci). Amplification products were analyzed by capillary electrophoresis on 3130xl Genetic DNA-Analyzer. The results were statistically processed and visualized using the software environment R 3.5.0 with additional software. Cluster analysis showed the differentiation of the HLST population from BLWT and BLWT_OLD. The high observed (Ho = 0.721 ± 0.036) and expected heterozygosity (He = 0.713 ± 0.026), as well as BLWT allelic diversity (Ar = 5.689 ± 0.395) indicate the long-term breeding work in Holstein cattle. At some BLWT loci, the alleles characteristic of BLWT_OLD disappeared, whereas the alleles found in HLST appeared. Genetic distance (Fst) decreased from 0.099 between BLWT_OLD and HLST to 0.055 between BLWT and HLST. Breeding work aimed not only at increasing productivity but also at maintaining biodiversity, will help preserve the allelic combinations characteristic of Black-andWhite breed and distinguishing it from other dairy cattle breeds.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Guchetl', S.Z., The V.S. Pustovoyt All-Russia Research and Development Inst. of Oil–Producing Crops, Krasnodar

Summaries (Ru, En) | 5 ill.,16 ref. | Currently, sunflower varieties and hybrids with high content of oleic acid are very promising. Thus, it is necessary to develop and validate methods of molecular-genetic searching of mutation in high oleic oil of sunflower of the Russian breeding that can advance breeding process using marker-associated selection. As a material we used constant lines and F1 hybrids from the genetic collection of the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops (VNIIMK) which are differed by a content of oleic acid on seeds. We evolved genomic DNA from cotyledons of 5–7-days sunflower seedlings using SТАB-buffer. Amplification was done in thermal cycler S1000 (BioRad, США). We used 11 INDEL, HO-specific fragment и SSR-primers developed by foreign authors. In an experimental way, we selected optimal temperatures for hybridization (annealing) for all the primers combinations with DNA matrix. They were from 50 to 65 deg С. Sizes of amplified DNA fragments generally corresponded to the same ones the authors of these markers had. Genotyping of high oleic and linoleic sunflower samples was done using seven pairs of primers. Two loci (F13/R5иN1-1F/N1-1R) of the studied ones amplified in all genotypes independently of a presence of Ol mutation. This allows their using to exclude false negative results for mutation presence. Loci N1-2F/N2-1R, N1-3F/N2-1R,N1-3F/N2-2R,N1-3F/N2-3R F4/R1 are dominant and indicate Ol mutation in high oleic genotypes. These markers are easy to use and require only agar gel usage. The results presented in this article can be used for marker-assistant selection of parental mutant forms in development of hybrids basing on the genotypes differed with their fatty-acid composition. | Перспективными являются сорта и гибриды подсолнечника с высоким содержанием олеиновой кислоты. В связи с этим необходима разработка и валидация методов молекулярно-генетического выявления мутации высокоолеиновости масла в материале подсолнечника российской селекции, что способствовало бы ускорению селекционного процесса при помощи маркер-ассоциированного отбора. Материалом для исследования служили константные линии и гибриды F1 генетической коллекции ВНИИМК, отличающиеся по признаку содержания олеиновой кислоты в семенах. Геномную ДНК выделяли из семядольных листьев 5–7-дневных проростков подсолнечника с использованием СТАВ-буфера. Амплификацию выполняли в термоциклере. Использовали 11 INDEL, HO-specificfragment и SSR-праймеров, разработанных иностранными авторами. Экспериментальным путем были подобраны оптимальные температуры гибридизации (отжига) всех праймерных комбинаций с матрицей ДНК. Они составили от 50 до 65 град. С. Размеры амплифицированных фрагментов ДНК в основном соответствовали полученным авторами, разработавшими данные маркеры. Генотипированиевысокоолеиновых и линолевых образцов подсолнечника проводили с использованием семи пар праймеров. Из анализированных локусов – два (F13/R5 и N1-1F/N1-1R) амплифицируются у всех генотипов независимо от наличия мутации Ol. Это позволяет использовать их для исключения ложноотрицательных результатов на наличие мутации. Локусы N1-2F/N2-1R, N1-3F/N2-1R,N1-3F/N2-2R,N1-3F/N2-3RF4/R1 являются доминантными и маркируют наличие мутации Ol у высокоолеиновых генотипов. Данные маркеры просты в использовании и требуют применения только агарозных гелей. Представленные результаты могут быть использованы для маркер-сопутствующего отбора родительских мутантных форм при получении гибридов на основе генотипов, различающихся по жирно-кислотному составу. | 3 tables

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Il'nitskaya, E.T. | Pyata, E.G. | Makarkina, M.V. | Marmorshtejn, A.A., North-Caucasian Federal Scientific Center of Horticulture and Viticulture, Krasnodar

Бессемянность у винограда является особой формой стерильности и характеризуется полным отсутствием семян в ягоде или наличием их зачатков. Проведено фенотипическое и генетическое изучение 20 бессемянных сортов винограда, произрастающих в Анапской ампелографической коллекции. Проявление степени бессемянности может зависеть от условий произрастания и климатических особенностей при формировании урожая. В погодно-климатических условиях 2019 г., которые характеризовались повышенным температурным режимом, определена степень бессемянности ягод изучаемых сортов. Генетические исследования выполнены на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР), с разделением продуктов реакции методом капиллярного электрофореза и с использованием автоматического генетического анализатора. В работе использован ДНК-маркер p3-VvAGL11, тесно сцепленный с локусом VvAGL11, влияющим на формирование бессемянности у винограда. Массу рудиментов определяли путём извлечения зачатков семян из ягод и их дегидратации в сушильном шкафу до конечной неизменяемой массы. В сортах Кишмиш Согдиана, Remaily Seedless и Кишмиш Круглый рудименты практически отсутствовали. В условиях вегетации 2019 г. наибольшая масса рудиментов в ягоде (свыше 14,1 мг) отмечена у сортов Памяти Смирнова, Янги Ер, Vanessa Seedless, Кишмиш Лучистый. Кроме степени развитости рудиментов семени, у бессемянных столовых сортов винограда важным показателем является и размер ягоды, что в целом влияет на потребительский выбор того или иного сорта. По средней массе ягоды выделился сорт Кишмиш Лучистый (5,05 г), наименьшая масса ягоды отмечена у сортов Розовый Бисер, Кишмиш Сиех, Кишмиш Круглый, Кишмиш Крупный, Бессемянный Ранний (менее 1,5 г). При ДНК-анализе с использованием маркера p3-VvAGL11 во всех генотипах обнаружено наличие ПЦР-продукта размером 198 пар нуклеотидов, что соответствует литературным данным о корреляции данного размера ПЦР-продукта с бессемянностью ягод. | Summaries (En, Ru) | 2 tables | The phenomenon of seedlessness in grapes is a special form of sterility and it is characterized by the complete absence of seeds in the berry or the presence of their primordia. A phenotypic and genetic studies of 20 varieties of seedless grape growing at the Anapa ampelographic collection were carried out. The manifestation of the degree of seedlessness may depend on growing conditions and climatic peculiarities during crop formation. In the weather and climate conditions of 2019, which were characterized by an increased temperature regime, the degree of seedless berries of the studied varieties was determined. Genetic studies were performed on the basis of polymerase chain reaction (PCR) with the separation of reaction products by capillary electrophoresis using the automatic genetic analyzer ABI Prism 3130. The DNA-marker p3-VvAGL11, closely linked to the VvAGL11 locus, which influences to the formation of seedlessness in grapes, was used in the work. The mass of rudiments was determined by extracting seed primordia from berries and their dehydration in a drying cabinet to final unchanged mass of rudiments. In the varieties Kishmish Sogdiana, Remaily Seedless and Kishmish Kruglyi rudiments were practically absent. The greatest mass of rudiments in the berry (over 14.1 mg) was observed in the varieties Pamyati Smirnova, Yangi Yer, Vanessa Seedless, Kishmish Luchistyi. In addition to the degree of development of seed rudiments, in seedless table grape varieties, an important indicator is the size of the berry, which generally affects the consumer choice of a particular variety. By the average weight of the berry, Kishmish Luchistyi variety (5.05 g) was distinguished. The smallest mass of berries observed in varieties Rozovyi Biser, Kishmish Siyekh, Kishmish Kruglyi, Kishmish Krupnyi, Bessemyannyi Ranniy (less than 1.5 g). DNA analysis using the p3-VvAGL11 marker revealed in all genotypes the presence of a PCR-product with a size of 198 nucleotide pairs, which corresponds to published data on the correlation of this size of the PCR-product with seedless berries. | 9 ref.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Milovanov, A.V., Kuban State Agrarian Univ., Krasnodar

Европейский культурный виноград Vitis vinifira L. - одна из наиболее распространенных с.-х. культур. Цель исследования - выявление, установление особенностей строения и сравнение аллелей гена VvMybA1 у двух аборигенных и двух интродуцированных в России сортов винограда. В качестве материала были выбраны два окрашенных (Каберне Кортис и Сыпун черный) и два неокрашенных (Шардоне и Сибирьковый) сорта винограда аборигенного и интродуцированного происхождения. Отбирали материал верхушечных листьев растений. ДНК выделяли согласно модифицированной CTAB-методике с добавлением меркаптоэтанола. Для проведения ПЦР и выделения искомых аллелей гена VvMybA1 использовали маркеры, которые позволяют идентифицировать сразу два аллеля - VvMybA1b и VvMybA1c. По результатам выравнивания сиквенсов в программе ClustalO была выявлена однонуклеотидная вставка у белоягодных сортов и замены нуклеотидов в разных позициях у сортов с окрашенной и неокрашенной ягодой. При сравнении с базой данных GenBank NCBI было установлено, что нуклеотидные последовательности аллелей гена VvMybA1 у окрашенных сортов характерны для сортов с ярко выраженной окраской ягод, а у неокрашенных потеря окраски, по-видимому, имела конкретную причину. Так, у сорта Шардоне выявлен аллель, для которого характерна вставка транспозона Gret-1, блокирующего нормальную экспрессию гена VvMybA1. У сорта Сибирьковый аллель гена VvMybA1 не функционален из-за блокировки транспозоном Gret-1. При изучении аминокислотной последовательности, транслируемой с нуклеотидной последовательности анализируемых аллелей, также обнаружены различия между группами окрашенных и неокрашенных сортов. В целом эти различия можно разделить на типичные для окрашенных и неокрашенных сортов, однако у сорта Сыпун черный была выявлена мутация, которая вызвала замену изолейцина на валин, но не повлияла на общую окраску ягод. | European cultivated grape Vitis vinifira L. is one of the most common agricultural crops grown by man since ancient times. The purpose of our study is to describe four alleles of the VvMybA1 gene in the 'Chardonnay', 'Sibirkovskii', 'Cabernet Cortis' and 'Sypun cherny' varieties. The leaves were collected for DNA extraction. DNA was isolated by CTAB method with mercaptoethanol. PCR was performed using primers and amplification parameters published in the literature. For PCR amplification and isolation of VvMybA1 gene alleles we used markers which allow simultaneous identification of two alleles, VvMybA1b and VvMybA1c. Alignment of sequences in the ClustalO program revealed structural features of the allele nucleotide sequences. In particular, a single nucleotide insert was found in white-berry varieties and nucleotide substitutions in different places in varieties with colored and uncolored berries. Further, comparing with the GenBank NCBI database found that the alleles of colored varieties have a structure characteristic for varieties with a pronounced color of berries, while uncolored varieties apparently have a specific reason for the loss of color. Thus, it was found that the 'Chardonnay' has an allele with the insertion of Gret-1 transposon which blocks the normal expression of VvMybA1 gene. It was also revealed that the 'Sibirkovky' also has the allele of VvMybA1 gene which is not functional due to the blocking by Gret-1 transposon. A study of the amino acid sequence also revealed differences between the groups of colored and uncolored varieties. These differences can be obviously divided into those characteristic of colored and uncolored varieties. However, a mutation was detected in 'Sypun cherny', which affected the replacement of the amino acid isoleucine with valine, but did not affect the overall color of the berries.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation