AGRIS - 

2020

Méndez, Silvana | Soria, Manuel E. | Palacios, Estuardo | Andrade, Omar | Bustamante, Jorge | Pesantez, José Luis | Vázquez, Juan | Guevara, Guillermo | Vallecillo, Antonio J.

ABSTRACT Holstein cattle account for most of the dairy production in Ecuador. However, there are no data on genetic parameters that describe the characteristics of the country's dairy herds. Therefore, the objective of this study was to analyze the genetic variability of registered Holstein cattle in Cuenca district, Ecuador. For this, the microsatellite markers CSRM60, INRA083, CSSM66, ETH3, HEL9, TGLA53, BM1818, LSTS006, BM2113, ETH225, TGLA122, ETH10, TGLA227, INRA032 and SPS115 were analyzed in 52 bovines, according to the guidelines on genetic characterization of domestic animal species suggested by FAO. It was found an average of 8.4 ± 1.88 alleles and a frequency of 0.08 ± 0.056 of null alleles. The observed and expected heterozygosity values reached 0.68 ± 0.13 and 0.82 ± 0.07, respectively. The polymorphic information content ranged between 0.70 and 0.88, while the inbreeding coefficient varied between -0.38 and 0.45. Of the 15 loci analyzed, only CSSM66 had a Hardy-Weinberg equilibrium and 4 of them showed a high level of inbreeding. It is concluded that the loci studied show high genetic variability and polymorphism. This provides ample information for paternity and identity studies. However, according to the consanguinity level, high genetic diversity should be considered when selecting bulls for artificial insemination programs. | RESUMEN La raza Holstein es la que más contribuye a la producción láctea en Ecuador. Sin embargo, no existen datos de parámetros genéticos que describan las características de los hatos lecheros del país. Por ello, el objetivo de este trabajo fue analizar la variabilidad genética de bovinos registrados de la raza Holstein en el cantón Cuenca, Ecuador. Para ello se analizaron los marcadores microsatélites CSRM60, INRA083, CSSM66, ETH3, HEL9, TGLA53, BM1818, LSTS006, BM2113, ETH225, TGLA122, ETH10, TGLA227, INRA032 y SPS115 en 52 bovinos, de acuerdo a lo sugerido por la FAO para la caracterización genética de poblaciones de animales domésticos. Se encontró en promedio 8,4 ± 1,88 alelos y una frecuencia de 0,08 ± 0,056 de alelos nulos. Los valores de heterocigosidad observada y esperada alcanzaron 0,68 ± 0,13 y 0,82 ± 0,07, respectivamente. El contenido de información polimórfica osciló entre 0,70 y 0,88, y el coeficiente de endogamia varió entre -0,38 y 0,45. De los 15 locis analizados, solamente el CSSM66 presentó equilibrio Hardy-Weinberg, y 4 de ellos mostraron un alto nivel de endogamia. Se concluye que los loci estudiados muestran una alta variabilidad genética y alto polimorfismo. Esto ofrece amplia información para los estudios de paternidad e identidad. No obstante, de acuerdo al nivel de consanguinidad debe considerarse la selección de una alta diversidad de toros para los programas de inseminación artificial.

Show more [+]

Less [-]

Scientific Electronic Library Online Chile - Chile

2020

Abdel'manova, A.S. | Volkova, V.V. | Dotsev, A.V. | Zinov'eva,N.A., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

Summaries (En, Ru) | Среди молочных пород крупного рогатого скота в России наиболее распространена черно-пестрая. Для повышения ее продуктивности активно используют производителей голштинской породы, что приводит к потере аллельных сочетаний, свойственных черно-пестрой породе. Цель работы – сравнение генофондов современной популяции крупного рогатого скота черно-пестрой породы с животными этой же породы, использовавшимися 30…40 лет назад, а также с современными представителями голштинской породы. Материалом для исследований служили ушные выщипы, кровь и сперма скота современных российских популяций черно-пестрой (BLWT, n = 25) и голштинской (HLST, n = 19) пород, а также животных черно-пестрой породы (BLWT_OLD, n = 13), сохранившихся в генетическом банке, которых ранее использовали в племенной работе. Животных генотипировали с использованием мультиплексной панели по 10 STR-маркерам (микросателлитным локусам). Продукты амплификации анализировали методом капиллярного электрофореза на ДНК-анализаторе 3130xlGeneticAnalizer. Статистическую обработку и визуализацию результатов проводили в программной среде R 3.5.0 с использованием дополнительных программ. Кластерный анализ показал дифференциацию популяции HLST от BLWT и BLWT_OLD. Высокая наблюдаемая (Но = 0,721 ± 0,036) и ожидаемая гетерозиготность (Не = 0,713 ± 0,026), а также аллельное разнообразие (Ar = 5,689 ± 0,395) BLWT указывают на длительное использование голштинского скота при ведении селекционной работы в породе. В некоторых локусах BLWT исчезли аллели, свойственные BLWT_OLD, и появились аллели, встречающиеся у HLST. Генетическое расстояние (Fst) уменьшилось с 0,099 между BLWT_OLD и HLST до 0,055 между BLWT и HLST. Племенная работа, направленная не только на повышение продуктивности, но и на поддержание биоразнообразия, поможет сохранить аллельные комбинации, свойственные черно-пестрой породе и отличающие ее от других молочных пород скота. | 3 ill. | 4 tables | 14 ref. | Among Russian dairy cattle breeds, Black-and-White is the most common. Stud bulls of Holstein breed are actively used to increase its productivity. This leads to the loss of allelic combinations characteristic for Black-and-White breed. The purpose of the study was to compare the gene pools of the modern Black-and-White cattle population with animals of the same breed used 30–40 years ago, as well as with modern animals of Holstein breed. The material used for the study was ear pluck, blood, and semen from cattle of modern Russian populations of Black-and-White (BLWT, n = 25) and Holstein (HLST, n = 19) breeds, as well as of animals of Black-and-White breed (BLWT_OLD, n = 13), preserved in the genetics bank, which were previously used in breeding. The groups of 10 animals were genotyped by STR markers using a multiplex panel (microsatellite loci). Amplification products were analyzed by capillary electrophoresis on 3130xl Genetic DNA-Analyzer. The results were statistically processed and visualized using the software environment R 3.5.0 with additional software. Cluster analysis showed the differentiation of the HLST population from BLWT and BLWT_OLD. The high observed (Ho = 0.721 ± 0.036) and expected heterozygosity (He = 0.713 ± 0.026), as well as BLWT allelic diversity (Ar = 5.689 ± 0.395) indicate the long-term breeding work in Holstein cattle. At some BLWT loci, the alleles characteristic of BLWT_OLD disappeared, whereas the alleles found in HLST appeared. Genetic distance (Fst) decreased from 0.099 between BLWT_OLD and HLST to 0.055 between BLWT and HLST. Breeding work aimed not only at increasing productivity but also at maintaining biodiversity, will help preserve the allelic combinations characteristic of Black-andWhite breed and distinguishing it from other dairy cattle breeds.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Bigaeva, A.V., The V.M. Gorbatov All-Russia Research and Development Inst. of Meat Industry, Moscow

The literature on the declared subject was reviewed. The dairy production of animals and the content of technologically important substances (proteins, fats and carbohydrates) directly depend on genetic and paratypical factors. The recent development of molecular genetical methods makes it possible to assess the cows and their milk by using DNA markers, like the genes of milk proteins, hormones and ferments. CSN3 (kappa-casein) is one of the most studied DNA markers to forecast the milk's quality. There are known its 15 alleles, but 2 (A and B) occur most frequently. Genotyping the cattle according to the CSN3 gene allows essentially accelerating the breeding process. Scientific studies, dedicated to the polymorphism of CSN3 gene, pay a lot attention to the alleles A and B of kappa-casein, which are common for the cattle. The results of numerous works on the influence of these alleles on technological traits of milk are controversial. It is partly explained by different conditions of experiments, carried out by Russian and foreign scientific groups. Most works show the positive influence of allele B on suitability for cheese making, and the allele A – on heat resistance. The accumulated pool of scientific data makes it possible to improve the breeding techniques, to seek new ways for the development of milk-processing industries, to increase the quality of dairy products. | Проведен обзор литературы по заявленной теме. Молочная продуктивность животных и содержание технологически важных веществ (белков, жиров и углеводов) напрямую зависят от двух основных факторов: генетических и паратипических. С развитием современных молекулярно-генетических методов анализа стала возможной оценка коров и получаемого от них молока с помощью ДНК-маркеров, таких, как гены белков молока, гормонов и ферментов. Один из наиболее изученных ДНК-маркеров прогнозируемого качества молока – ген каппа-казеина (CSN3). Известно 15 его аллелей, но наиболее часто встречаются 2 (А и В). Генотипирование животных по гену CSN3 позволяет существенно ускорить селекционный процесс. В исследованиях полиморфизма гена CSN3 особое внимание уделено широко распространенным у крупного рогатого скота аллелям А и В каппа-казеина. Полученные результаты исследований влияния этих аллелей на технологические свойства молока противоречивы. Отчасти это объясняется различными условиями экспериментов обособленных отечественных и зарубежных научных групп. В большинстве работ показано положительное влияние аллеля В на сыропригодность, а аллеля А – на термоустойчивость. Накопленный пул научных данных позволяет совершенствовать селекционные методики, изыскивать новые пути развития молокоперерабатывающих предприятий, повышать качество получаемой продукции.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Larkina, T.A. | Krutikova, A.A. | Peglivanyan, G.K. | Dement'eva, N.V., All-Russia Research and Development Inst. of Farm Animal Genetics and Breeding, St. Petersburg

Выявлено влияние полиморфных вариантов гена LCORL у многих видов с.-х. животных. Предполагается, что ген LCORL ассоциирован с размерами скелета у кур, но еще недостаточно изучен. Стоит задача найти новые полиморфные варианты в гене LCORL у генофондных пород. Цель исследования - поиск и анализ полиморфных вариантов в гене LCORL с помощью секвенирования по Сенгеру у пород различного типа продуктивности. Исследования проводили на базе лаборатории молекулярной генетики. Объектом эксперимента служили популяции 4 пород кур разного направления продуктивности биоресурсной коллекции "Генетическая коллекция редких и исчезающих пород кур": корниш, китайская шелковая, итальянская куропатчатая, пушкинская. Материалом для исследования послужил 61 образец ДНК, амплификацию проводили на приборе Thermal Cycler T100 (Bio-Rad, США). Последовательности нуклеотидов определяли на автоматическом секвенаторе Applied Biosystems 3500 (Thermo Fisher Scientific Inc., США) в лаборатории молекулярной генетики. Для секвенирования использовали набор реагентов Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, США). Биометрическая обработка данных выполнена с помощью программы Microsoft Excel. В проведенном исследовании выявлена генетическая изменчивость по полиморфным вариантам A30G, G82C, G236T, A342G, A450C, A503G, A508G в интроне гена LCORL популяций кур различного направления продуктивности. По замене A30G в популяции корниш 87% особей выборки носители генотипа АА. Совсем противоположная ситуация в породах итальянская куропатчатая, все особи – носители генотипа GG, а в китайской шелковой популяции 72% особей – носители GG. Эти породы значительно отличаются по экстерьерному профилю, таким образом представляет интерес изучение частоты встречаемости замены A30G. Полученные результаты позволяют предположить, что полиморфный вариант A30G гена LCORL можно рассматривать в качестве ДНК-маркера признака "размеры скелета" у кур. | The effect of polymorphic variants of the LCORL gene in many species of farm animals was revealed. It is believed that the LCORL gene is associated with skeleton sizes in chickens, but has not yet been adequately studied. The task is to find new polymorphic variants in the LCORL gene in gene pool breeds. The aim of the work is to search for and analyze polymorphic variants in the LCORL gene using Senger sequencing in breeds of various types of productivity. The studies were carried out on the basis of the laboratory of molecular genetics. The object of the experiment was populations of 4 breeds of chickens of different directions in productivity of the Biological Resource Collection "Genetic Collection of Rare and Endangered Breeds of Chickens": Kornish, Kitayskaya shelkovaya, Ital'yanskaya kuropatchataya, Pushkinskaya. 61 DNA samples served as the material for the study. Amplification was performed on a Thermal Cycler T100 instrument (Bio-Rad, USA). Nucleotide sequences were determined on an Applied Biosystems 3500 automated sequencer (Thermo Fisher Scientific Inc., USA) at the Laboratory of Molecular Genetics. The Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) was used for sequencing. Biometric data processing was performed using Microsoft Excel. The study revealed genetic variation in polymorphic variants A30G, G82C, G236T, A342G, A450C, A503G, and A508G in the intron of the LCORL gene of chicken populations of different directions of productivity. As to substitution of A30G in the Kornish population there were selectd the carriers of AA genotype. Entirely observe was in the Ital'yanskaya kuropatchataya breeds, all individuals were the carriers of GG genotype, in the Kitayskaya shelkovaya population 72% of individuals were the carriers of GG genotype. These breeds greatly differ in the exterior profile, thus the study of occurrence of A30G substitution. The results suggest that the polymorphic A30G variant of the LCORL gene can be considered as a DNA marker for the sign of "skeleton size" in chickens.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Mikhajlova, Yu.A. | Tamarova, R.V., Yaroslavl State Agricultural Academy

Summaries (En, Ru) | 5 ill. | Исследования проведены по проблеме повышения белковомолочности и улучшения технологических свойств коровьего молока и качества белковомолочных продуктов. Цель исследований – проследить наследование аллелей гена каппа-казеина дочерьми от быков-отцов с АВ и ВВ генотипами каппа-казеина, оценить белковомолочность коров, технологические свойства молока, выход и качество творога из молока коров ярославской породы с разными генотипами каппа-казеина. Основные исследования проводились в одном из племрепродукторов Ярославской области по ярославской породе с 2009 г., а в одном из племзаводов региона изучались технологические свойства молока коров, генотипированных по каппа-казеину, с 2012 г. В специализированной лаборатории ДНК-технологий были исследованы образцы крови по современной методике ДНК-тестирования каппа-казеина. Решающую роль играют быки-производители в наследовании признака белковомолочности. Было прогенотипировано 49 коров-дочерей от 11 быков-отцов преимущественно чистопородных ярославских животных. Установлено наследование с учётом генотипов каппа-казеина быков-отцов и дочернего потомства. Наследование аллельных вариантов гена каппа-казеина дочерьми от быков различное. Выявлены два препотентных быка-производителя, передающих с наибольшей частотой встречаемости В-аллельные варианты каппа-казеина дочерям (частота встречаемости 0,5). Получены данные выхода и качества белковомолочной продукции (творога) у В-аллельного варианта каппа-казеина на 14–29% выше, чем из молока коров с генотипом АА. Рентабельность производства творога из молока коров, имеющих в генотипе аллель В каппа-казеина, выше на 22–46%. Выявленные данные позволяют рекомендовать шире использовать ДНК-тестирование по генотипу каппа-казеина при селекции крупного рогатого скота по экономически ценным признакам – по содержанию белка и технологическим свойствам молока. | Research has been conducted on the problem of increasing protein and milking capacity and improving the technological properties of cow's milk and the quality of protein and dairy products. The goal of the research was to trace the inheritance of alleles of the kappa casein gene by daughters from bulls-fathers with AB and BB genotypes of kappa casein, to evaluate the protein and milking capacity of cows, the technological properties of milk, the yield and quality of cottage cheese from milk of cows of the Yaroslavl breed with different genotypes of kappa casein. The main researches have been conducted in a pedigree producing farm in the Yaroslavl region for the Yaroslavl breed since 2009 and in one of the stud farms of the region the technological properties of the milk of cows genotyped by kappa casein have been studied from 2012. In a specialized DNA technology laboratory o blood samples were examined according to the modern DNA testing technique of kappa casein. The decisive role is played by the servicing bulls in the inheritance of the sign of protein and milking capacity. 49 daughter cows from 11 father bulls of predominantly pure-bred Yaroslavl animals were genotyped. Inheritance has been established taking into account the kappa-casein genotypes of bull fathers and daughter offspring. The inheritance of the allelic variants of the kappa-casein gene by the daughters from the bulls is different. Two prepotent bull sires were identified transmitting B-allelic variants of kappa-casein to daughters with the highest frequency of occurrence (frequency of occurrence 0.5). The data on the yield and quality of protein and dairy products (cottage cheese) were obtained in the B-allelic variant of kappa-casein 14–29% higher than from milk of cows with genotype AA. The profitability of the production of cottage cheese from the milk of cows with the kappa casein allele B in the genotype is 22–46% higher. The identified data make it possible to recommend the wider use of DNA testing according to the genotype of kappa casein in the selection of cattle according to economically valuable features – according to the protein content and technological properties of milk. | 13 ref.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Milovanov, A.V., Kuban State Agrarian Univ., Krasnodar

Европейский культурный виноград Vitis vinifira L. - одна из наиболее распространенных с.-х. культур. Цель исследования - выявление, установление особенностей строения и сравнение аллелей гена VvMybA1 у двух аборигенных и двух интродуцированных в России сортов винограда. В качестве материала были выбраны два окрашенных (Каберне Кортис и Сыпун черный) и два неокрашенных (Шардоне и Сибирьковый) сорта винограда аборигенного и интродуцированного происхождения. Отбирали материал верхушечных листьев растений. ДНК выделяли согласно модифицированной CTAB-методике с добавлением меркаптоэтанола. Для проведения ПЦР и выделения искомых аллелей гена VvMybA1 использовали маркеры, которые позволяют идентифицировать сразу два аллеля - VvMybA1b и VvMybA1c. По результатам выравнивания сиквенсов в программе ClustalO была выявлена однонуклеотидная вставка у белоягодных сортов и замены нуклеотидов в разных позициях у сортов с окрашенной и неокрашенной ягодой. При сравнении с базой данных GenBank NCBI было установлено, что нуклеотидные последовательности аллелей гена VvMybA1 у окрашенных сортов характерны для сортов с ярко выраженной окраской ягод, а у неокрашенных потеря окраски, по-видимому, имела конкретную причину. Так, у сорта Шардоне выявлен аллель, для которого характерна вставка транспозона Gret-1, блокирующего нормальную экспрессию гена VvMybA1. У сорта Сибирьковый аллель гена VvMybA1 не функционален из-за блокировки транспозоном Gret-1. При изучении аминокислотной последовательности, транслируемой с нуклеотидной последовательности анализируемых аллелей, также обнаружены различия между группами окрашенных и неокрашенных сортов. В целом эти различия можно разделить на типичные для окрашенных и неокрашенных сортов, однако у сорта Сыпун черный была выявлена мутация, которая вызвала замену изолейцина на валин, но не повлияла на общую окраску ягод. | European cultivated grape Vitis vinifira L. is one of the most common agricultural crops grown by man since ancient times. The purpose of our study is to describe four alleles of the VvMybA1 gene in the 'Chardonnay', 'Sibirkovskii', 'Cabernet Cortis' and 'Sypun cherny' varieties. The leaves were collected for DNA extraction. DNA was isolated by CTAB method with mercaptoethanol. PCR was performed using primers and amplification parameters published in the literature. For PCR amplification and isolation of VvMybA1 gene alleles we used markers which allow simultaneous identification of two alleles, VvMybA1b and VvMybA1c. Alignment of sequences in the ClustalO program revealed structural features of the allele nucleotide sequences. In particular, a single nucleotide insert was found in white-berry varieties and nucleotide substitutions in different places in varieties with colored and uncolored berries. Further, comparing with the GenBank NCBI database found that the alleles of colored varieties have a structure characteristic for varieties with a pronounced color of berries, while uncolored varieties apparently have a specific reason for the loss of color. Thus, it was found that the 'Chardonnay' has an allele with the insertion of Gret-1 transposon which blocks the normal expression of VvMybA1 gene. It was also revealed that the 'Sibirkovky' also has the allele of VvMybA1 gene which is not functional due to the blocking by Gret-1 transposon. A study of the amino acid sequence also revealed differences between the groups of colored and uncolored varieties. These differences can be obviously divided into those characteristic of colored and uncolored varieties. However, a mutation was detected in 'Sypun cherny', which affected the replacement of the amino acid isoleucine with valine, but did not affect the overall color of the berries.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Aguilar-Trejo, Carlos Martín | Luna-Nevárez, Guillermo | Reyna-Granados, Javier Rolando | Zamorano-Algandar, Ricardo | Romo-Rubio, Javier Alonso | Sánchez-Castro, Miguel Ángel | Mark Enns, R. | Speidel, Scott E. | Thomas, Milton G. | Luna-Nevárez, Pablo

Resumen: El síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRS) es una enfermedad viral que afecta el comportamiento reproductivo de las cerdas generando severas pérdidas económicas. El objetivo del presente estudio fue identificar polimorfismos de nucleótido simple (SNP) asociados al número de lechones nacidos vivos al primer (LNV1) y segundo parto (LNV2) en cerdas reproductoras expuestas al virus del PRRS. El estudio incluyó 100 cerdas gestantes de la línea Landrace(–)/Yorkshire(¼), de las cuales 75 fueron infectadas con el virus del PRRS y 25 permanecieron libres de PRRS. Muestras sanguíneas individuales (6 a 8 gotas) se depositaron en tarjetas FTA y posteriormente procesadas para la extracción de ADN, el cual fue genotipado usando un dispositivo para perfil genómico con 10,000 SNP. Los genotipos resultantes se analizaron usando un modelo mixto multi-locus, el cual detectó tres SNP asociados a LNV1 y cinco SNP asociados a LNV2 (P<0.001). Los ocho SNP fueron validados utilizando un modelo asociativo de efectos mixtos, que incluyó los términos genotipo y edad de la madre como efectos fijos, y el padre como efecto aleatorio. Los efectos de sustitución alélica se estimaron con el modelo anterior incluyendo el término genotipo como covariable. Los SNP rs81276080, rs81334603 y rs80947173 se asociaron a LNV1 (P<0.001), mientras que los SNP rs81364943, rs80859829, rs80895640, rs80893794 y rs81245908 se asociaron a LNV2 (P<0.001). Sólo dos SNP se ubican en regiones funcionales y el resto tiene posición intergénica. En conclusión, estos resultados sugieren la existencia de variantes génicas asociadas al desempeño reproductivo de cerdas infectadas por el virus del PRRS. | Abstract The porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) is a viral disease that decreases the reproductive performance in breeding sows and leads to economic losses to the swine industry. The objective of the present study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNP) associated to the number of live-born piglets in the first (LBP1) and second birth (LBP2) in breeding sows exposed to PRRS virus. The study included 100 pregnant females of the Landrace(–)/ Yorkshire(¼) line, 75 of which were infected with the PRRS virus and 25 were free of PRRS. Individual blood samples (6-8 drops) were obtained and spotted onto FTA cards and subsequently processed for DNA extraction, which was genotyped using a 10,000 SNP chip for genomic profile. Resulting genotypes were analyzed using a multi-locus mixed model that detected three SNP associated to LBP1 and five SNP associated to LBP2 (P<0.001). These eight SNP were validated using an associative mixed effects model which included the terms genotype and age of dam as fixed effects, and sire as random effect. Allele substitution effects were estimated using the same model including the term genotype as covariate. The SNP rs81276080, rs81334603 and rs80947173 were associated to LBP1 (P<0.001), whereas the SNP rs81364943, rs80859829, rs80895640, rs80893794 and rs81245908 were associated to LBP2 (P<0.001). Only two SNP were in functional chromosomal regions and the remainder SNP were within an intergenic position. In conclusion, these results suggest the existence of gene variants associated with the reproductive performance of sows infected with the PRRS virus.

Show more [+]

Less [-]

Scientific Electronic Library Online Mexico - Mexico

2020

Krivosheev, G.Ya., 'Donskoy' Agrarian Scientific Center, Rostov region

Исследования по цитоплазматической мужской стерильности (ЦМС) у кукурузы важны, поскольку без ЦМС невозможно вести крупное промышленное семеноводство гибридной кукурузы. Цель исследований - определение реакции новых самоопыленных линий кукурузы в стерильной цитоплазме парагвайского типа, группировка линий по составу генов-восстановителей фертильности на основе оптимального количества анализирующих скрещиваний. Полевые опыты проводили в 2016-2019 гг. в Ростовской обл. Для получения гибридных комбинаций использован метод полных топкроссов (8 тестеров и 10 линий). Новые раннеспелые и среднеспелые самоопыленные линии кукурузы (I6), сгруппированы по составу аллелей генов-восстановителей фертильности парагвайского ("С") типа ЦМС на основе характера цветения тесткроссных гибридов F1. К 1-й группе отнесена линия СП 207 (генотип rf4rf4 rf5rf5 rf6rf6), 2-й - линия СП 209 (генотип rf4rf4 rf5rf5 Rf6Rf6), 3-й - линия СП 194 (генотип rf4rf4 Rf5Rf5 rf6rf6), 4-й - линия СП 198 (генотип Rf4Rf4 rf5rf5 rf6rf6), 5-й - линии СП 203 и СП 195 (генотип rf4rf4 Rf5Rf5 Rf6Rf6), 6-й - линия СП 206 (генотип Rf4Rf4 rf5rf5 Rf6Rf6), 7-й - линия СП 180 (генотип Rf4Rf4 Rf5Rf5 rf6rf6), 8-й - линии СП 210 и СП 197 (генотип Rf4Rf4 Rf5Rf5 Rf6Rf6). Наибольшую практическую ценность при переводе гибридов кукурузы на стерильную основу представляют линии: СП 207 - полный закрепитель стерильности, СП 210 и СП 197 - константные естественные восстановители фертильности. С целью оптимизации количества анализируемых скрещиваний для группировки линий кукурузы по составу аллелей генов-восстановителей фертильности парагвайского типа ЦМС необходимо использовать стерильные источники: КР 21С (IV группа), WF9C (V группа), LC (VI группа), W401C (VII группа). Минимальное количество анализаторов, позволяющее определить реакцию линии на парагвайский тип стерильности должно быть не менее двух. При этом требуется использовать стерильные источники определенных классов: КР 21С (группа IV) и Гб834 C (группа I). | It is extremely important to study cytoplasmic male sterility (CMS) in maize since it is impossible to conduct large-scale commercial seed production of hybridized maize without CMS. The purpose of the current study was to identify the response of the new self-pollinated maize lines in a sterile cytoplasm of the Paraguay type, to group the lines according to the composition of fertility restoring genes based on an optimal quantity of the analyzed crossings. The field trials were carried out in 2016-2019 in the "Agricultural research center "Donskoy" (SSE "ARC "Donskoy"). To obtain hybrid combinations, the method of full top-crosses, namely eight testers and ten lines, was used. The new early-ripening and mid-ripening self-pollinated maize lines (I6), developed in the ARC "Donskoy", were grouped according to the composition of the alleles of fertility restoring genes of the Paraguay ("C") type of CMS based on the flowering pattern of the test cross F1 hybrids. The first group included the line SP 207 (genotype rf4rf4 rf5rf5 rf6rf6); the second group included the line SP 209 (genotype rf4rf4 rf5rf5 Rf6Rf6); the third group included the line SP 194 (genotype rf4rf4 Rf5Rf5 rf6rf6); the fourth group included the line SP 198 (genotype Rf4Rf4 rf5rf5 rf6rf6); the fifth group included the lines SP 203 and SP 195 (genotype rf4rf4 Rf5Rf5 Rf6Rf6); the sixth group included the line SP 206 (genotype Rf4Rf4 rf5rf5 Rf6Rf6); the seventh group included the line SP 180 (genotype Rf4Rf4 Rf5Rf5 rf6rf6); the eighth group included the lines SP 210 and SP 197 (genotype Rf4Rf4 Rf5Rf5 Rf6Rf6). The lines SP 207, SP 210 and SP 197 were of the greatest practical value when converting maize hybrids to a sterile base: the line SP 207 was a complete sterility fixer; the lines SP 210 and SP 197 were constant natural fertility restorers. In order to optimize the quantity of the analyzed crossings for grouping the maize lines according to the composition of the alleles of fertility restoring genes of the Paraguay ("C") type of CMS, it was necessary to use such sterile sources as KR 21C (group IV), WF9C (group V), LC (group VI), W401C (group VII). The minimum quantity of analyzers to determine the response of the lines on the Paraguay type of CMS should be at least two. However, it was necessary to use sterile sources of certain classes, such as KR 21C (group IV) and Gb834 C (group I).

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

The genome of the allotetraploid species Coffea arabica L. was sequenced to assemble independently the two component subgenomes (putatively deriving from C. canephora and C. eugenioides) and to perform a genome-wide analysis of the genetic diversity in cultivated coffee germplasm and in wild populations growing in the center of origin of the species. We assembled a total length of 1.536 Gbp, 444 Mb and 527 Mb of which were assigned to the canephora and eugenioides subgenomes, respectively, and predicted 46,562 gene models, 21,254 and 22,888 of which were assigned to the canephora and to the eugeniodes subgenome, respectively. Through a genome-wide SNP genotyping of 736 C. arabica accessions, we analyzed the genetic diversity in the species and its relationship with geographic distribution and historical records. We observed a weak population structure due to lowfrequency derived alleles and highly negative values of Taijma’s D, suggesting a recent and severe bottleneck, most likely resulting from a single event of polyploidization, not only for the cultivated germplasm but also for the entire species. This conclusion is strongly supported by forward simulations of mutation accumulation. However, PCA revealed a cline of genetic diversity reflecting a west-toeast geographical distribution from the center of origin in East Africa to the Arabian Peninsula. The extremely low levels of variation observed in the species, as a consequence of the polyploidization event, make the exploitation of diversity within the species for breeding purposes less interesting than in most crop species and stress the need for introgression of new variability from the diploid progenitors.

Show more [+]

Less [-]

Centro agronómico tropical de investigación y enseñanza - Costa Rica