AGRIS - 

Data provenance by Country

2022

Larton, Rostislav R. | Alimov, Azat M.

Introduction. In recent years, pathologies of the digestive and respiratory systems have often been recorded among cattle. The leading etiological factors of respiratory diseases are respiratory syncytial virus, viruses of parainfluenza and infectious rhinotracheitis. Respiratory viral infections cause great economic damage to dairy cattle breeding Considering the mixed course of viral respiratory infections, the development of simultaneous amplification of pathogen genomes specific fragments is of particular interest. Purpose. Simultaneous detection of genomes of pathogens of viral diarrhea, infectious rhinotracheitis and parainfluenza-3 by PCR in real time. Materials and methods. In this study, cultures of bovine embryonic kidney cells (BEK), bovine kidney cell line (NDBK) artificially infected with viruses, as well as biomaterial were used. For the detection of the genomes of the VD, IRT, and PI viruses, the most conservative sections of the viral genomes were selected: the genome fragment with the length of 4716−4846 bp in the HV genome for IRT agent, genome fragment with the length of 84−204 bp for VD agent, and genome fragment with the length of 2820−2910 bp for PI agent. To control amplification in Real-time mode (positive control), the design and synthesis of terminal plasmid DNA molecules containing amplifiable DNA sequences was performed. Research results, discussion. Samples from sick animals and pathological material were tested using the multiplex PCR in Real-time mode. The results obtained showed the high specificity and efficiency of the multiplex polymerase chain reaction for the indication and identification of pathogens. Conclusion. The developed set and mode of Real-time polymerase chain reaction allowed us to determine simultaneously 3 different genomes of causative agents of respiratory infections in cattle.

Show more [+]

Less [-]

Mari State University - Russian Federation

2022

Prikhod'ko, S.I. | Pisareva, I.N. | Kornev, K.P.

The causative agent of grape bacteriosis (Pierce's disease) Xylella fastidiosa is a quarantine object that is absent on the territory of the partner countries of the Eurasian Economic Union. For effective diagnostics, harmonization of methods with international and regional diagnostic protocols is required, and the need for import substitution of recommended reagents should also be taken into account. In the course of research conducted on the basis of the All-Russian Plant Quarantine Center, 5 PCR tests with components of domestic production were optimized and their main performance criteria were determined according to the EPPO standard 7/098 (4). In addition, the validation of the commercial kit "Phytoscreen" (Syntol LLC, Russia) was carried out. The results of the applicability assessment showed high sensitivity of PCR-RV in accordance with Harper et al. (2010), Li et al. (2013), and Ouyang et al. (2013), which amounted to 10E2 CFU/ml, high specificity (no false positive or non-specific reactions were detected), as well as 100% accuracy in the experiment under repeatability conditions and intermediate precision. These tests will be included in the guidelines for the diagnosis of X. fastidiosa as qualifying. An increase in the sensitivity of PCR according to Li et al. (2013), with a reaction mixture of 5x MasCFE TaqMIX -2025 (Dialat Ltd., Russia) compared with the data presented in the TPS report (2018) should also be noted. In addition, it has been found that PCR-RV by Francis et al. (2006) and classical PCR by Minsavage et al. (1994) have an analytical sensitivity of 100% at a target concentration of 10E3 CFU/ml and 10E4 CFU/ml, respectively. The selectivity of all PCR-RV was revealed, except for the commercial kit "Phytoscreen" in relation to a lavender extract, which was characterized by inhibition of amplification. | Возбудитель бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa – карантинный объект, отсутствующий на территории стран-партнеров Евразийского Экономического Союза. Для проведения эффективной диагностики требуется гармонизация методов с международными и региональными диагностическими протоколами, следует также учитывать необходимость импортозамещения рекомендуемых реагентов. В ходе исследований, проведенных на базе Всероссийского центра карантина растений, были оптимизированы 5 ПЦР-тестов с компонентами отечественного производства и определены их основные критерии эффективности согласно стандарту ЕОКЗР 7/098 (4). Дополнительно проведена валидация коммерческого набора "Фитоскрин" (ООО "Синтол", Россия). Результаты оценки применимости показали высокую чувствительность ПЦР-РВ в соответствии с Harper et al. (2010), Li et al. (2013), и Ouyang et al. (2013), которая составила 10E2 КОЕ/мл, высокую специфичность (не было обнаружено ложноположительных или неспецифичных реакций), а также 100%-ную в опыте прецизионность в условиях повторяемости и промежуточную прецизионность. Данные тесты войдут в методические рекомендации по диагностике X. fastidiosa как отборочные. Также следует отметить повышение чувствительности ПЦР по Li et al. (2013), с реакционной смесью 5х MasCFЕ TaqMIX -2025 ("Диалат Ltd.", Россия) по сравнению с данными, представленными в отчете TPS (2018). Кроме того, установлено, что ПЦР-РВ по Francis et al. (2006) и классическая ПЦР по Minsavage et al. (1994) имеют аналитическую чувствительность 100% при концентрации целевого объекта 10E3 КОЕ/мл и 10E4 КОЕ/мл соответственно. Выявлена селективность всех ПЦР-РВ, кроме коммерческого набора "Фитоскрин" по отношению к экстракту лаванды, который характеризовался ингибированием амплификации.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Zinnatov, Farit F. | Yakupov, Talgat R. | Zinnatova, Farida F. | Khisamov, Rifat R.

Introduction. Molecular genetics and its achievements make it possible to determine the variations of genes responsible for the economically valuable qualities of the dairy herd. The discovery of genetic diversity will enable dairy farming to take a different approach to the work of livestock breeders. The advantage of the molecular approach lies in the fact that we can identify the DNA profile of an individual at an early age, and this will greatly facilitate the work of breeders. Purpose. In accordance with this, in order to increase the efficiency of breeding work, we set a goal – to conduct a DNA analysis of polymorphic variants of protein metabolism genes in animals, such as: (CSN3) kappa-casein, beta-lactoglobulin (BLG) and prolactin (PRL), as well as to identify the relationship of their polymorphic variants with signs milk productivity. To achieve this goal, DNA samples were taken from a group of 69 cows. Research results. As a result of the studies carried out to identify the relationship of the polymorphism of the kappa-casein gene (CSN3) with milk productivity, the number of animals of the CSN3BB genotype with a significant superiority in the main indicators of milk value among the studied dairy cows (protein and fat) was identified. In a comprehensive study of the genotypes of the CSN3, BLG and PRL genes with milk productivity of cows, 15 different complex genotypes were identified, and the most common of them are combinations of genotypes: PRLAACSN3AABLGAA, PRLAACSN3AABLGAB, PRLAACSN3AABLGBB, and PRLABCSN3AABLGBB. The frequency of their occurrence was as follows: 12 %, 15 %, 16 % and 12 %, respectively. The analysis of the conducted studies revealed that the record milk protein (4.1 %), protein yield (304.9) and fat (349 kg) and at the same time the highest milk yield among the studied livestock (7424.5 kg) belongs to cows with the PRLAACSN3BBBLGAB genotype. It was decided to include newly identified animals-carriers of the desired complex complex genotypes in the breeding core for further obtaining highly productive offspring, which will increase the efficiency of dairy cattle breeding and the level of profitability of milk production.

Show more [+]

Less [-]

Mari State University - Russian Federation

2022

Fedorovich, S.V. | Suprun, I.I. | Stepanov, I.V.

Fruit crop virus has a negative effect on the timing of ripening and quality of fruit-bearing of plants. Virus free plants should be used for orchard set-up. Plum virus pox disease is a serious threat to horticulture because it has a wide range of host plants and able to spread in orchards in a short time. Methods for effective diagnosis of this virus are of high importance for the production of virus-free planting material. There are presented the results of testing and optimization of the method of plum virus pox disease diagnosis using reverse transcription PCR method, as well as the evaluation of its effectiveness in comparison with commercial kit using. Various tissues of PKSK 1, AI 1, VSL 1, and Gizela 5 rootstocks obtained in apical meristem culture and plum plants of Stanley cultivar ere used as the material. The concentration in the ratio of Oligo dT (Oligo(dT)15-primer) and Random (Random (dN)10-primer) primers added was optimized (1:2), in order to increase the yield of specific viral cDNA fragments. The primer pair of the amplification control was matched to the region of the gene encoding the small subunit of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase. For comparative evaluation, cDNA samples from plants obtained in vitro apical meristem culture and samples from symptomatic plants were used. After obtaining the preparation of total RNA, reverse transcription and amplification of the obtained cDNA were performed, followed by analysing the products on an agarose gel. No nonspecific amplification products and single-stranded DNA were observed in the samples. Amplification products of positive controls were observed in all samples examined. The studied method showed high efficiency compared to the standard method. | Вирус плодовых культур оказывает негативное влияние на сроки созревания и качество плодоношения растений. Для закладки садов необходимо использовать растения, свободные от вирусов. Вирус шарки сливы является серьёзной угрозой для садоводства, так как имеет широкий спектр растений – носителей и способен в короткие сроки распространяться в садовых насаждениях. Методы эффективной диагностики данного вируса имеют высокое значение для производства безвирусного посадочного материала. Представлены результаты апробации и оптимизации методики диагностики вируса шарки сливы с применением метода ПЦР с обратной транскрипцией, а также оценка его эффективности в сравнении с коммерческим набором. В качестве материала выступали различные ткани подвоев ПКСК 1, АИ 1, ВСЛ 1и Гизела 5, полученных в культуре апикальных меристем и растения сливы сорта Стенлей. Была оптимизирована концентрация в соотношении добавленных Oligo dT (Oligo(dT)15-primer) и Random (Random (dN)10–primer) праймеров (1:2), с целью увеличения выхода специфических фрагментов вирусной кДНК. Праймерная пара контроля амплификации подобрана к участку гена, кодирующего малую субъединицу рибулоза 1,5 – бисфосфат карбоксилазы/ оксигеназы. Для сравнительной оценки использовали пробы кДНК растений, полученных в культуре апикальных меристем in vitro и пробы симптомированных растений. После получения препарата тотальной РНК проводили обратную транскрипцию и амплификацию полученной кДНК с последующим анализом продуктов на агарозном геле. В образцах не наблюдались продукты неспецифической амплификации и одноцепочечной ДНК. Продукты амплификации положительного контроля наблюдались во всех исследованных образцах. Исследованный метод показал высокую эффективность в сравнении с контрольным.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Bardukov, N.V. | Svezhentseva, N.A. | Fornara, M.S. | Kostyunina, O.V.

The routine use of genotyping results for DNA markers is regulated by the Order of the Ministry of Agriculture of the Russian Federation in 2021, and it is carried out in a number of pig breeding enterprises. DNA markers of genes ESR1 (affects reproductive traits of pigs) and IGF2 (gene for insulin-like growth factor-2 associated with meat and fattening qualities of pigs) are among the most popular in practical work. Optimization of test systems and diagnostic kits in terms of reducing the cost and labor intensity, as well as increasing accuracy by leveling the subjectivity factor is characterized by practical significance. The progress achieved over the past decades in the field of polymorphism detection allows the use of alternative methods for the identification of genetic variants. One of these methods is real-time PCR (RT-PCR), which the authors used in the development of test systems for the analysis of polymorphism of the ESR and IGF2 genes. This article outlines the principles of creating test systems for detecting polymorphism of the above genes by RT-PCR. The design of the system provides for amplification and genotyping of DNA in both simplex and multiplex modes. The results of genotyping using the method are demonstrated. The proposed test systems provide for the use of reagents from domestic manufacturers, reduce time and material costs, and improve the accuracy of genotyping. Comparison of research results using the developed test system and those obtained using traditional genotyping methods (PCR-RFLP) showed 100% agreement. Thus, the proposed test systems for detecting polymorphism of the ESR1 and IGF2 genes by RT-PCR can be successfully used for genotyping pigs of various breeds. | Рутинное использование результатов генотипирования по ДНК-маркерам регламентировано Приказом Министерства сельского хозяйства РФ в 2021 г. и осуществляется в ряде племенных свиноводческих предприятий. Одними из наиболее востребованных в практической работе являются ДНК-маркеры генов ESR1 (оказывает влияние на репродуктивные признаки свиней) и IGF2 (ген инсулиноподобного фактора роста – 2, ассоциированный с мясными и откормочными качествами свиней). Оптимизация тест-систем и диагностикумов в части снижения себестоимости и трудоемкости, а также повышения точности за счет нивелирования фактора субъективности характеризуется практической значимостью. Прогресс, достигнутый за последние десятилетия в области детекции полиморфизмов, позволяет использовать альтернативные методы идентификации генетических вариантов. Одним из таких методов является ПЦР с детекцией результатов в режиме реального времени (ПЦР-РВ), который использовали при разработке тест-систем анализа полиморфизма генов ESR и IGF2. Изложены принципы создания тест-систем детекции полиморфизма вышеизложенных генов методом ПЦР-РВ, причем дизайн системы предусматривает амплификацию и генотипирование ДНК как симплексном, так и в мультиплексном режиме, и продемонстрированы результаты генотипирования с их использованием. Предложенные тест-системы предусматривают использование реактивов отечественных производителей, позволяют снизить временные и материальные затраты, повысить точность генотипирования. Сопоставление результатов исследований с использованием разработанной тест-системы и полученных посредством использования традиционных методов генотипирования (ПЦР-ПДРФ) продемонстрировали 100% совпадение. Таким образом, предложенные тест-системы детекции полиморфизма генов ESR1 и IGF2 методом ПЦР-РВ могут быть с успехом использованы для генотипирования свиней различных пород.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Zinnatov, Farit F. | Yakupov, Talgat R. | Zinnatova, Farida F. | Akhmetov, Takhir M.

A big challenge for the prosperity of dairy farming is the use of high-yielding cows whose milk meets the opti-mal quality requirements. The quality of milk and dairy products is determined not only by its nutritional value, but also by its safety for human health. Milk safety is determined by the level of bacterial contamination and the composition of somatic cells, which may indicate the presence of an inflammatory process in the mammary glands of cows – mastitis. Therefore, the question arises, is it possible to solve this problem due to the natural resistance of cows to mastitis? Today it is known that the gene encoding the production of lactoferrin can be a participant in such a mechanism. It is able to inhibit the growth and development of microbes in biological flu-ids. The goal of DNA was to test cows for the LTF gene by the PCR_RDLF method and to study the association of polymorphic variants of the gene with the performance indicators of the studied livestock. We have carried out DNA research of 311 cows. It was shown that the highest milk yield was possessed by animals with the het-erozygous LTFAB genotype of Ivanhoe's lines – 7172 kg of milk. As a result of a comparative analysis with the use of modern methods of DNA diagnostics, it was proved that the Holstein heifers mainly differed from the rest in terms of milk productivity, and in terms of the content of somatic cells in fresh milk in cows with the LTFAB genotype of the Ivanhoe and Sovering lines. Animals with the LTFAB genotype of the Aidial line are of great in-terest in terms of selection work to increase the productivity and profitability of dairy cattle breeding.

Show more [+]

Less [-]

Mari State University - Russian Federation

2021

Teshich, S. | Pakina, E.N. | Ignatov, A.N., Peoples' Friendship Univ. of Russia, Moscow

Салат посевной, латук посевной или салат латук (Lactuca sativa L.) – вид однолетних травянистых растений рода Латук семейства Астровые (Asteraceae), широко культивируемый повсеместно, в т.ч. в защищенном грунте по гидропонной технологии. Одним из распространенных патогенов салата является Pseudomonas cichorii – возбудитель бактериозов ряда культурных растений. Образцы были предоставлены коммерческой компанией – производителем салата, выращиваемого на проточной гидропонной линии в условиях минимального заражения микроорганизмами. Изучение фитопатогенных бактерий включало ряд этапов: выделение бактерий на полу-селективные питательные среды и получение чистой культуры бактерий; постановка теста на патогенность (вирулентность); изучение фенотипических свойств бактерий; определение таксономического положения выделенных штаммов молекулярными методами. Все исследования проводили в соответствии со стандартными методиками идентификации фитопатогенных бактерий. В результате получено подтверждение распространения вида Pseudomonas cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 в гидропонной культуре салата в РФ. По данным Европейско-средиземноморской организации по защите растений, P. cichorii был впервые описан в России в 1965 г. на основании микробиологических методов идентификации, однако выделенные изоляты сейчас не доступны в коллекциях для подтверждения этого вывода современными диагностическими методами. Двенадцать изолятов P. cichorii были изучены по комплексу биохимических признаков и 4 изолята (01, 04, 06 и 12), показавшие наибольшую агрессивность при проведении инокуляции растений-хозяев и табака, были использованы для секвенирования ДНК фрагмента гена 16S рРНК. Полученные фрагменты ДНК показали высокое сходство (99-100%) с последовательностями P. cichorii из Генбанка. Оценка вирулентности выделенных изолятов на ряде культурных растений, и однородность их биохимических признаков показали, что они представляют группу бактерий, специализированных на салате. | Lettuce (Lactuca sativa L.) is an annual herbaceous species of the genus Lettuce, Asteraceae family. As a vegetable crop, it is cultivated everywhere, including hydroponically. One of the common pathogens of lettuce is Pseudomonas cichorii, causing bacterial diseases of several other crops. The samples for the research were provided by a commercial manufacturer of lettuce grown on a flow-through hydroponic line under conditions of minimal microbial contamination. The study of phytopathogenic bacteria includes a number of stages, namely isolation of bacteria on semi-selective culture media and obtaining a pure culture of bacteria; setting a test for pathogenicity (virulence); studying the phenotypic properties of bacteria; determining the taxonomic position of the isolated strains by molecular methods. All studies were conducted in accordance with the standard methods of identification of phytopathogenic bacteria. As a result of the work, the distribution of the species Pseudomonas cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 in the hydroponic lettuce culture in the Russian Federation was confirmed. Although, according to the EPPO database, P. cichorii was first described in Russia in 1965 by microbiological methods, isolated bacteria are currently not available in microbiological collections to confirm this conclusion with appropriate diagnostic methods. Twelve isolates of P. cichoriiwere studied by a biochemical and phytopathological tests, and four isolates (01, 04, 06, and 12) that showed the greatest aggressiveness on host plants and tobacco leaves were identified by DNA sequencing of the 16S rRNA gene fragment. The obtained DNA fragments showed a high similarity (99-100%) with the sequences of P. cichoriifrom the Genebank. Evaluation of the virulence of the isolated isolates on a number of other cultivated plants, and the uniformity of their biochemical characteristics showed that they represent the lettuce specialized bacteria group.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Lyzhin, A.S. | Savel'eva, N.N., The I.V. Michurin Federal Research Center, Tambov Region

Monogenic scab resistance is an important trait of apple, useful to plant breeders. DNA markers provide a possibility to differentiate apple cultivars according to individual resistance determinants with high reliability and identify promising genotypes. The present study shows the results of the molecular genetic analysis of apple varieties, targeted at the Rvi2, Rvi4, Rvi6 and Rvi8 monogenic scab resistance loci. Biological material was represented by apple cultivars of different environmental and geographical origin. Total genomic DNA was extracted from fresh leaves using CTAB methods according to the DArT protocols. The Rvi6 gene was identified with two markers, VfC (STS) and AL07 (SCAR). The presence of the Rvi4 gene was detected with the multiallelic SCAR marker AD13. The Rvi2 and Rvi8 genes were diagnosed with the SCAR marker OPL19. The Rvi6 gene was identified in 54.4% of genotypes, of which 91.9% were heterozygous, and 8.1% (cvs. 'Svezhest', 'Freedom' and 'GoldRush') homozygous dominant for this locus. The marker AD13-SCAR was detected in 25.0% of the studied forms (the putative genotype for the resistance gene is Rvi4Rvi4 or Rvi4rvi4). The marker OPL19-SCAR (Rvi2 and Rvi8 genes) was present in 73.5% of the analyzed forms. At least one of the studied molecular markers was present in the genome of 86.8% of genotypes. The apple-tree cultivars 'Kandil Orlovsky', 'Krasulya', 'Sozvezdiye', 'Galarina', 'Priam', 'Redfree' and 'Witos' are characterized by the combination of markers VfC, AL07-SCAR, AD13-SCAR and OPL19-SCAR in one genotype (the putative genotype for the resistance genes is Rvi2(Rvi8)Rvi4Rvi6rvi6). Cvs. 'Antonovka zimnyaya', 'Antonovka krasnaya', 'Berkutovskoye', 'Geyzer', 'Pamyati Nesterova', 'Renet Simirenko', 'Terentyevka', 'Golden Delicious', and 'Telemon' presumably have a homozygous recessive genotype for the studied resistance loci. | 4 ill. | Summaries (En, Ru) | Моногенная устойчивость к парше – важный селекционный признак яблони. Использование ДНК-маркеров позволяет с высокой надежностью дифференцировать сорта яблони по отдельным детерминантам устойчивости и выявить перспективные генотипы. В представленном исследовании показаны результаты молекулярно-генетического анализа сортов яблони по локусам Rvi2, Rvi4, Rvi6, Rvi8 моногенной устойчивости к парше. Объектами исследования являлись сорта яблони различного эколого-географического происхождения. Экстракция геномной ДНК сортов яблони проводилась из молодых листьев согласно протоколу Diversity Arrays Technology P/L (DArT, 2014). Для идентификации гена Rvi6 использовали STS-маркер VfC и SCAR-маркер AL07, гена Rvi4 – мультиаллельный SCAR-маркер AD13, генов Rvi2 и Rvi8 – SCAR-маркер OPL19. Ген Rvi6 идентифицирован у 54,4% генотипов, из которых 91,9% являются гетерозиготами, а 8,1% (сорта 'Свежесть', 'Freedom', 'GoldRush') – доминантными гомозиготами по этому локусу. Маркер AD13-SCAR выявлен у 25,0% изучаемых форм (предполагаемый генотип по гену устойчивости – Rvi4Rvi4 или Rvi4rvi4). Маркер OPL19-SCAR (гены Rvi2 и Rvi8) присутствует у 73,5% проанализированных форм. У 86,8% генотипов присутствует хотя бы один из изучаемых молекулярных маркеров. Сорта яблони 'Кандиль орловский', 'Красуля', 'Созвездие', 'Galarina', 'Priam', 'Redfree', 'Witos' характеризуются сочетанием в одном генотипе маркеров VfC, AL07-SCAR, AD13-SCAR и OPL19-SCAR (предполагаемый генотип по генам устойчивости – Rvi2(Rvi8)Rvi4Rvi6rvi6). Сорта 'Антоновка зимняя', 'Антоновка красная, 'Беркутовское', 'Гейзер', 'Памяти Нестерова', 'Ренет Симиренко', 'Терентьевка', 'Golden Delicious', 'Telemon' предположительно имеют рецессивный гомозиготный генотип по изучаемым локусам устойчивости. | 22 ref. | 2 tables

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Guchetl', S.Z., The V.S. Pustovoyt All-Russia Research and Development Inst. of Oil–Producing Crops, Krasnodar

Summaries (Ru, En) | 5 ill.,16 ref. | Currently, sunflower varieties and hybrids with high content of oleic acid are very promising. Thus, it is necessary to develop and validate methods of molecular-genetic searching of mutation in high oleic oil of sunflower of the Russian breeding that can advance breeding process using marker-associated selection. As a material we used constant lines and F1 hybrids from the genetic collection of the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops (VNIIMK) which are differed by a content of oleic acid on seeds. We evolved genomic DNA from cotyledons of 5–7-days sunflower seedlings using SТАB-buffer. Amplification was done in thermal cycler S1000 (BioRad, США). We used 11 INDEL, HO-specific fragment и SSR-primers developed by foreign authors. In an experimental way, we selected optimal temperatures for hybridization (annealing) for all the primers combinations with DNA matrix. They were from 50 to 65 deg С. Sizes of amplified DNA fragments generally corresponded to the same ones the authors of these markers had. Genotyping of high oleic and linoleic sunflower samples was done using seven pairs of primers. Two loci (F13/R5иN1-1F/N1-1R) of the studied ones amplified in all genotypes independently of a presence of Ol mutation. This allows their using to exclude false negative results for mutation presence. Loci N1-2F/N2-1R, N1-3F/N2-1R,N1-3F/N2-2R,N1-3F/N2-3R F4/R1 are dominant and indicate Ol mutation in high oleic genotypes. These markers are easy to use and require only agar gel usage. The results presented in this article can be used for marker-assistant selection of parental mutant forms in development of hybrids basing on the genotypes differed with their fatty-acid composition. | Перспективными являются сорта и гибриды подсолнечника с высоким содержанием олеиновой кислоты. В связи с этим необходима разработка и валидация методов молекулярно-генетического выявления мутации высокоолеиновости масла в материале подсолнечника российской селекции, что способствовало бы ускорению селекционного процесса при помощи маркер-ассоциированного отбора. Материалом для исследования служили константные линии и гибриды F1 генетической коллекции ВНИИМК, отличающиеся по признаку содержания олеиновой кислоты в семенах. Геномную ДНК выделяли из семядольных листьев 5–7-дневных проростков подсолнечника с использованием СТАВ-буфера. Амплификацию выполняли в термоциклере. Использовали 11 INDEL, HO-specificfragment и SSR-праймеров, разработанных иностранными авторами. Экспериментальным путем были подобраны оптимальные температуры гибридизации (отжига) всех праймерных комбинаций с матрицей ДНК. Они составили от 50 до 65 град. С. Размеры амплифицированных фрагментов ДНК в основном соответствовали полученным авторами, разработавшими данные маркеры. Генотипированиевысокоолеиновых и линолевых образцов подсолнечника проводили с использованием семи пар праймеров. Из анализированных локусов – два (F13/R5 и N1-1F/N1-1R) амплифицируются у всех генотипов независимо от наличия мутации Ol. Это позволяет использовать их для исключения ложноотрицательных результатов на наличие мутации. Локусы N1-2F/N2-1R, N1-3F/N2-1R,N1-3F/N2-2R,N1-3F/N2-3RF4/R1 являются доминантными и маркируют наличие мутации Ol у высокоолеиновых генотипов. Данные маркеры просты в использовании и требуют применения только агарозных гелей. Представленные результаты могут быть использованы для маркер-сопутствующего отбора родительских мутантных форм при получении гибридов на основе генотипов, различающихся по жирно-кислотному составу. | 3 tables

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Yurova, E.A. | Fil'chakova, S.A. | Zhizhin, N.A., All-Russia Research and Development Inst. of Dairy Industry, Moscow

In dairy products of mixed raw material composition (from cow and goat milk, cow and sheep milk, etc.), identification parameters have not been established, and there are no generally accepted approaches to the analysis. The lack of methodological developments in the application of the PCR analysis method for assessing the composition of dairy products that have undergone heat treatment led to the need to develop a method for the extraction of high-quality DNA, which affects the PCR analysis in general. Methodological approaches to DNA extraction from thermally processed dairy products are considered. Model samples of whole milk powder mixes containing both cow's milk and goat's milk in various ratios were studied. Evaluation of the results was based on the application of real-time PCR analysis using primers targeting the mitochondrial 12S rRNA gene. The quality of the obtained DNA was assessed by monitoring the yield, purity and integrity of the obtained biological material. The used procedure allows defining an admixture of cow milk in goat milk at the level of 1.0% in increments of 0.1%. This method can be used to isolate the required amount of DNA, the quality of which allows real-time PCR analysis. | В молочных продуктах смешанного сырьевого состава (из молока коровьего и козьего, коровьего и овечьего и т.д.) не установлены идентификационные параметры и нет общепринятых подходов к выполнению анализа. Отсутствие методических наработок по применению метода ПЦР анализа для оценки состава молочной продукции, прошедшей термическую обработку, привело к необходимости разработки методики экстракции высококачественной ДНК, влияющей на проведение ПЦР-анализа в целом. Рассмотрены методические подходы по извлечению ДНК из термически обработанной молочной продукции. Исследованы модельные образцы смесей из молока сухого цельного, содержащих как коровье молоко, так и козье в различных соотношениях. Оценка результатов основывалась на применении ПЦР-анализа в реальном времени с использованием праймеров, нацеленных на митохондриальный ген 12S рРНК. Качество полученной ДНК оценивалось путем мониторинга выхода, чистоты и целостности полученного биологического материала. Используемая методика позволяет определять примесь коровьего молока в козьем молоке на уровне 1,0% с шагом 0,1%. Данным методом можно выделить необходимое количество ДНК, качество которой позволяет проводить ПЦР-анализ в реальном времени.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation