AGRIS - 

2023

I. F. Gridyushko | O. Y. Vasilyuk | И. Ф. Гридюшко | О. Я. Василюк

Methods of molecular genetic analysis are widely used to assess the genetic structure and study the dynamics of population genetic processes in populations of animals, which will allow to preserve and improve the unique traits of the Belarusian Blackand-White breed of pigs. This paper contains materials of microsatellite analysis of the Belarusian Black-and-White breed at KSUP Plemzavod Lenino, SGC Vikhra and OJSC SGC Zarechye, carried out to determine heterozygosity or genetic diversity of the population, the degree of inbreeding of animals in the lines. The Belarusian Black and-White pigs have five loci (SO005, SO386, SO355, SO155 and SW857) out of nine with confirmed significant deviation from the state of genetic equilibrium. The greatest number of “private” alleles was identified among the animals bred in OJSC SGC Zarechye. Boars with determined “private” alleles at microsatellite loci reliably confirm their linear affiliation and are considered to be successors of the same-name lines. This gives reason to consider these alleles as marker alleles for these lines and use them in breed selection and preservation. | Для оценки генетической структуры и изучения динамики популяционногенетических процессов в популяциях животных широко используются методы молекулярно-генетического анализа использование которых позволит сохранить и совершенствовать уникальные особенности белорусской чёрно-пёстрой породы свиней. В статье представлены материалы микросателлитного анализа свиней белорусской чёрно-пёстрой породы в КСУП «Племзавод "Ленино"», СГЦ «Вихра» и ОАО «СГЦ "Заречье"», проводимого с целью определения гетерозиготности или генетического разнообразия популяции, степени инбридинга животных в линиях. Свиньи белорусской чёрно-пестрой породы имеют пять локусов (SO005, SO386, SO355, SO155 и SW857) из девяти с подтверждённым достоверным отклонением от состояния генетического равновесия. Наибольшее количество «приватных» аллелей идентифицировано среди животных, разводимых в ОАО «СГЦ "Заречье"». Хряки с установленными «приватными» аллелями в микросателлитных локусах достоверно подтверждают свою линейную принадлежность и являются продолжателями одноименных линий. Это даёт основание рассматривать эти аллели в качестве маркерных для данных линий и использовать в селекции и сохранении породы.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2023

Kornil'ev, G.V.

The paper presents the results of DNA profiling of 28 grape accessions with unidentified varietal affiliation, selected from the Magarach Ampelographic Collection, and provides microsatellite loci polymorphism assessment among them. Genotyping was performed using 9 nuclear (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) and 3 chloroplast (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR markers. For nuclear loci, 105 alleles were identified, the average number of alleles per locus (na) was 11.7; the average effective number of alleles (ne) is 7.23; Shannon information index (I) for the studied batch of samples was 2.13. The highest allele frequency was observed in samples with VVS2133 and VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232) alleles. The average value of actual heterozygosity Heto was 0.8333, expected heterozygosity Hetе was 0.8712. For chloroplast loci, 7 alleles were identified: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Also 4 chlorotypes were identified: A (1 sample), B (9), C (13), D (5). A dendrogram of genetic similarity was constructed using the UPGMA meth-od, which showed the presence of three clusters containing, respectively, 11, 11 and 6 samples. There was a uniform distribution of chlorotypes B and D over three clusters, and chlorotype C over two clusters. It is concluded that the results can be used to assess the genetic diversity of Magarach Ampelographic Collection. | Представлены результаты ДНК-профилирования 28 образцов винограда с неидентифицированной сортовой принадлежностью, собранные на ампелографической коллекции "Магарач", и приведена оценка полиморфизма их микросателлитных локусов. Генотипирование проводили по 9 ядерным (VVMD5, VVMD7, VVMD25, VVMD27, VVMD28, VVMD32, VrZAG62, VrZAG79, VVS2) и 3 хлоро-пластным (ccmp3, ccmp5, ccmp10) SSR-маркерам. По ядерным локусам выявлено 105 аллелей, среднее число аллелей на локус (na) составило 11,7; среднее значение эффективного числа аллелей (ne) – 7,23; информационный индекс Шеннона (I) для исследуемой выборки образцов – 2.13. Отмечена наибольшая частота встречаемости у образцов с аллелями VVS2133 и VVS2135 (p = 0.250), VVMD5238 (p = 0.232), VVMD7247 (p = 0.232), VVMD25239 (p = 0.250), VVMD27180 (p = 0.232), VVMD28236 (p = 0.143), VVMD32272 (p = 0.304), VrZAG62188 (p = 0.179), VrZAG79251 (p = 0.232). Среднее значение фактической гетерозиготности Heto составило 0.8333, ожидаемой гетерозиготности Hetе – 0.8712. По хлоропластным локусам выявлено 7 аллелей: ccmp3106, ccmp3107, ccmp5104, ccmp5105, ccmp10114, ccmp10115, ccmp10116. Идентифицированы 4 хлоротипа: A (1 образец), B (9), C (13), D (5). По методу UPGMA построена дендрограмма генетического сходства, которая показала наличие трёх кластеров, содержащих, соответственно, 11, 11 и 6 образцов. Отмечено равномерное распределение хлоротипов B и D по трём кластерам, хлоротипа С – по двум кластерам. Сделан вывод о возможности использования полученных для оценки генетического разнообразия ампелографической коллекции "Магарач".

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2023

V. M. Kuznetsov

Genotypes of the 11 DNA microsatellite loci of 84 bulls of seven breeds were used to evaluate 14 indicators of allelic diversity/differentiation. Traditional and multidimensional statistical methods were applied to the data matrices from the original and transformed estimates (11×14). Estimates of heterozygosity had coefficients of variability of 8-14 %, the number of alleles per locus and indicators of differentiation of breeds at the level of 20-26 %, fixation indices – 38-44 %. Statistically significant Kendall correlations (0.8-1.0) between indicators of allelic richness and heterozygosity, fixation indices, and differentiation indicators were established. The variability of the transformed estimates of diversity/differentiation indicators by loci was in the range of 6-32 %. Including by loci Eth3, Tgla122, Eth225, Bm2113 – 6-12 %, loci Inra23, Tgla126, Eth10 – 15-20 %, loci Tgla227, Sps115, Tgla53, Bm1824 – 28-32 %. The nonparametric Mann-Whitney-Wilcoxon test showed statistically significant differences in the medians of the Eth3 locus with the Bm2113 locus, the Tgla126 locus with the Eth3, Inra23, Tgla122, Eth225, Bm2113, Bm1824, Eth10 loci. The principal component analysis (PCA) identified two components with a total information content of 95,2 %. The first one took into account 59.4 % of the total variance, had the highest loads in intra-breed diversity data and was defined as an «alpha component». The second accounted for 35.8 % of the total variance, had the highest loads in inter-breed differentiation data and was defined as a «beta component». 2D-PCA-ordination showed that a characteristic grouping of loci took place for the analyzed breeds (samples), loci and measures of diversity. Loci Tgla227 and Tgla53 formed group A, group B – loci Tgla122, Eth225, Eth10, group C – loci Inra23, Bm2113 and Bm1824. The loci of the conditional group D (Eth3, Tgla126, Sps115) were defined as «untypical». Validation of ordination was confirmed by calculations on reduced data (dimension 11×7) and the method of non-metric multidimensional scaling (nMDS). The consistency of ordinations according to the Procrust test was 96 % (pperm <0.001). A similar classification of loci was obtained by cluster analysis (UPGMA) with butstrap probabilities of cluster: A – 73, B – 100, C – 73, D – 47 %. The distances and similarity indicators (S) between the profiles of loci and the «true» summary estimates for 11 loci were calculated. Loci Tgla126 and Sps115 had S ≈ 40 %, loci Tgla53 and Bm1824 – at the level of 60 %, loci Inra23, Tgla227 and Bm2113 – 70-75 %, loci Eth3, Tgla122, Eth225 and Eth10 – 84-88 %. The average absolute deviation of the estimates of diversity indicators for the four loci with S≥84 % from the «true» estimates was 3.4 %, for the four loci with S≤60 % – 12.4 %. According to component scores, a general diversity index, γLV, was calculated for each locus. Its correlation with the estimates of the Shannon/Sherwin′s γ-diversity with a 95 % probability value was in the range of 0.73-0.98, Kendall's rank correlation was  0.67 (pvalue = 0.005). The conducted research makes a certain contribution to the expansion of tools for processing molecular genetic data in the analysis of allelic diversity in subdivided populations.

Show more [+]

Less [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2022

Лемеш Lemesh, В.А. V.A. | Лагуновская Lagunovskaya, Е.В. E.V. | Сакович Sakovich, В.И. V.I. | Буракова Burakova, А.А. A.A. | Левчук Levchuk, А.Н. A.N. | Махно Makhno, Ю.А. Yu.A. | Никонова Nikonova, В.Н. V.N.

The article considers molecular and genetic analysis of flax (Linum usitatissimum) species using SSR markers. The material for the research was the variety of cultivated flax Pivdenna nich (L. usitatissimum) and 6 wild species (L. perenne, L. austriacum, L. squamulosum, L. tenue, L. hirsutum, L. thracium). Molecular and genetic analysis of the cultivated flax variety Pivdenna nich (L. usitatissimum) and the accessions of 6 wild flax species using 15 SSR markers showed that a number of SSR loci identified for cultivated flax L. usitatissimum were not identified in the wild species under study. The DNA passports of the variety Pivdenna nich and the accessions of 6 wild species of the genus Linum were prepared: L. perenne, L. austriacum, L. tenue, L. squamulosum, L. thracium, and L. hirsutum. / В статье представлены результаты молекулярно-генетического анализа видов льна (Linum usitatissimum) с использованием SSR-маркеров. Материалом для исследований служили сорт культурного льна Південна ніч (L. usitatissimum) и 6 диких видов (L. perenne, L. austriacum, L. squamulosum, L. tenue, L. hirsutum, L. thracium). Таким образом, получены новые данные об аллельном составе микросателлитных локусов у сорта культурного льна Південна ніч и 6 диких видов рода Linum и впервые осуществлена генетическая паспортизация сорта культурного льна Південна ніч и образцов диких видов льна с использованием 15 SSR-маркеров.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2022

Ramazanova, S.A. | Bad'yanov, E.V. | Ivanov, S.V. | Savichenko, V.G. | Guchetl', S.Z.

Resistance to the downy mildew pathogen Plasmopara halstedii (Farl.) Berlese et de Toni in sun-flower is controlled by the resistance gene Pl. The Plarg gene is currently promising in breeding for resistance as it is effective against all known races of the pathogen. This gene is introgressed from the wild species Helianthus argophyllus. Molecular markers and, in particular, simple microsatellite repeats (SSRs) allow to control the transfer and pyramiding of disease resistance genes. However, validation of the molecular marker is needed to prove its reliability. The microsatellite marker ORS 822 was tested to identify the Plarg gene. Two breeding line bred by the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops were involved. We used the hybrid combination of a susceptible sunflower line VK 925 and a resistant line RHA 419, a donor of the Plarg gene. We established that these lines differ from each other by the allelic state of this locus. Molecular analysis of the F1 generation showed that the microsatellite locus is inherited codominantly. We obtained the F2 generation by self-pollination and made a phytopathological evaluation of resistance to P. halstedii. Split analysis by phenotype showed that the actually observed segregation corresponded to the theoretically expected 3:1 model for monogenic inheritance of the trait. Based on the obtained data, we determined that the Plarg gene and microsatellite locus ORS 822 are linked with a recombination frequency of 0.26. As a result of this research, we concluded that this marker can be used to select homozygous resistant sunflower plants for resistance to downy mildew in marker-assisted selection. | Устойчивость к возбудителю ложной мучнистой росы Plasmopara halstedii (Farl.) Berlese et de Toni у подсолнечника контролируется генами устойчивости Pl. Ген Plarg в настоящее является перспективным в селекции на устойчивость, так как эффективен против всех известных рас патогена. Этот ген интрогрессирован из дикорастущего вида Helianthus argophyllus. Молекулярные маркеры и, в частности, простые микросателлитные повторы (SSR) позволяют контролировать перенос и пирамидирование генов устойчивости к болезням. Однако необходима валидация молекулярного маркера для доказательства его надежности. Для идентификации гена Plarg был апробирован микросателлитный маркер ORS 822. Исследование проводили на гибридной комбинации восприимчивой линии подсолнечника селекции ВНИИМК ВК 925 и устойчивой линии RHA 419, являющейся донором гена Plarg. Установлено, что эти линии отличаются друг от друга аллельным состоянием этого локуса. Молекулярный анализ поколения F1 показал, что микросателлитный локус наследуется кодоминантно. Путем самоопыления было получено поколение F2 и проведена фитопатологическая оценка устойчивости к P. halstedii. Анализ расщепления по фенотипу показал, что фактически наблюдаемое расщепление соответствовало теоретически ожидаемой модели 3:1 при моногенном наследовании признака. На основании полученных данных было определено, что ген Plarg и микросателлитный локус ORS 822 сцеплены с частотой рекомбинации 0,26. В результате проведенного исследования сделан вывод, что этот маркер можно использовать в маркер-ассоциированной селекции подсолнечника на устойчивость к возбудителю ложной мучнистой росы для отбора гомозиготных устойчивых растений.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Marzanova, S.N. | Khodarovich, Yu.M. | Devrishov, D.A. | Molodtsova, V.V. | Alekseev, Ya.I. | Konovalova, N.V. | Marzanov, N.S.

The milk proteins of ruminants are encoded by highly polymorphic genes. In recent years, interest in the genetic polymorphism of the main proteins of milk has increased, and the international program "Genome of Milk" has appeared. The aim of the study is to develop a test system for the detection of normal and mutant alleles in the CSN2 beta-casein locus and to carry out gene diagnostics of 4 alleles of this locus in 2 breeds of cattle using the technology of allele-specific TaqMan probes. For bioinformatic analysis, some of the materials were taken from the OMIA (Australia) and NCBI (USA) databases. Based on the developed methodology, the certification of the Kholmogory and Yaroslavl breeds belonging to the Black-and-White genealogical root was carried out. The source for the study was samples of whole blood of cows (n = 101). It has been shown that genotypes with "bad" CSN2A1 and CSN2B alleles are most common. The presence of such a state of genotypes in the studied breeds is associated with the lack of demand for A2-beta-casein milk. Cows lacked the CSN2A3 allele, which is rare in dairy breeds. The developed RT-PCR method for diagnosing normal and mutant alleles in the beta-casein locus makes it possible to form groups of pedigree stud bulls, replacement bulls, and bull-reproducing cows at the early stages of breeding work. The proposed DNA technology will provide an opportunity to lay the foundation for creating a high-quality cattle population in regions where representatives of different genealogical roots are bred. | Белки молока жвачных животных кодируются высоко полиморфными генами. В последние годы возрос интерес к генетическому полиморфизму основных белков молока, появилась международная программа "Геном молока". Цель исследования - разработка тест-системы для выявления нормальных и мутантных аллелей в локусе бета-казеина CSN2 и проведение генодиагностики 4-х аллелей этого локуса у 2-х пород крупного рогатого скота с использованием технологии аллельспецифичных TaqMan зондов. Для проведения биоинформативного анализа часть материалов были взяты из баз данных OMIA (Австралия) и NCBI (США). На основе разработанной методики проведена аттестация холмогорской и ярославской пород, принадлежащих чёрно-пёстрому генеалогическому корню. Источником для исследования служили образцы цельной крови коров (n = 101). Показано, чаще всего встречаются генотипы с "плохими" CSN2А1 и CSN2В аллелями. Наличие такого состояния генотипов у исследованных пород связано с невостребованностью А2-бета-казеинового молока. У коров отсутствовал редко встречаемый у молочных пород CSN2А3 аллель. Разработанный ПЦР-РВ-метод для диагностики нормальных и мутантных аллелей в локусе бета-казеина позволяет на ранних этапах селекционной работы формировать группы племенных быков-производителей, ремонтных бычков, быковоспроизводящих коров. Предложенная ДНК-технология даст возможность заложить основу для создания качественного поголовья крупного рогатого скота в регионах, где разводятся представители разных генеалогических корней.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

U. F. Kurylenko | I. A. Suprun | Ю. Ф. Куриленко | И. А. Супрун

By the ISSR-PCR method 7 populations of horses (Arabian breed, the Orlov Trotter, Trakehner, Novoaleksandrovskiy Thoroughbred Horse, Ukrainian horse breed, Przewalski horses) was studied and the most informative ISSR-marker systems was selected. It showed that the number of amplification products and their polymorphism varied considerably depending on the crustal microsatellite motif used as a primer. ISSR-S2 and S10 systems are the most informative for the analysis of DNA polymorphism in horses, on which about 20 amplified genomic loci observed interbreeding and inbreeding differentiation. | При использовании метода ISSR-PCR были подобраны наиболее информативные маркерные системы для оценки полиморфизма лошадей 7 популяций (арабской, орловской рысистой, тракененской, новоалександровской тяжеловозной, чистокровной верховой, украинской верховой пород, лошади Пржевальского). Выявлено, что количество продуктов амплификации и их полиморфизм значительно варьируют в зависимости от корового мотива микросателлитов, используемого в качестве праймера. ISSR-S2 и S10 системы являются наиболее информативными для анализа полиморфизма ДНК лошадей, по которым амплифицируется около 20 локусов генома и наблюдается межпородная и внутрипородная дифференциация.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2021

D'yachenko, E.A. | Kulakova, A.V. | Kochieva, E.Z. | Shchennikova, A.V., Russian Academy of Sciences, Moscow (Russian Federation). Bioengineering Centre

Мультилокусное NBS-маркирование позволяет эффективно охарактеризовать геном растения с точки зрения представленности и вариабельности семейства R-генов, продукты которых имеют NBS-домен. В работе NBS-маркирование было использовано для генотипирования 60 сортов и 5 перспективных селекционных клонов картофеля Solanum tuberosum отечественной и зарубежной селекции, а также образца родственного вида Solanum stoloniferum (в качестве внешней группы). С помощью 2 комбинаций праймер/фермент (NBS7/MseI и NBS9/MseI) было сгенерировано 204 NBS-фрагмента, включая 144 (70,6%) полиморфных и один уникальный для сорта Гала. Для каждого сорта был определен индивидуальный, специфичный спектр NBS-фрагментов. Анализ матрицы генетических расстояний между сортами показал, что исследуемая выборка сортов высокополиморфна (GD = 0,18-0,45 при среднем значении 0,33). Генетические расстояния внутри анализируемой выборки варьировали больше, чем между сортами S. tuberosum и образцом S. stoloniferum (0,27-0,40). Наиболее близкими оказались сорта селекции Всероссийского НИИ картофельного хозяйства им. А.Г. Лорха Солнечный/Памяти Рогачева (GD = 0,18) и Великан/Вымпел (GD = 0,19), а наиболее удаленными - сорта Чароит/Ред Скарлетт (GD = 0,45). Был проведен статистический анализ результатов NBS-маркирования, который позволил кластеризовать изучаемые образцы картофеля по различным признакам, связанным с родословной и устойчивостью к фитопатогенам. На дендрограмме и графиках, построенных с помощью программ PAST и Structure 2.3.4, наблюдалась слабая тенденция к группировке сортов по признакам устойчивости к Y вирусу картофеля (Potato virus Y, Potyvirus, Potyviridae) и вирусу скручивания листьев картофеля (Potato leafroll virus, Polerovirus, Luteoviridae). Продемонстрировано, что использованные в работе системы праймер/фермент для NBS-анализа могут быть применены в дальнейшем для исследования механизмов устойчивости сортов картофеля к биотическим стрессам. | The method of multilocus NBS-profiling makes it possible to efficiently characterize the plant genome in terms of the representativeness and variability of the NBS-domain containing R-genes. In the work, NBS-profiling was used for genotyping 60 and 5 promising selectin clones of potato Solanum tuberosum cultivars of mainly modern domestic breeding, as well as the related species Solanum stoloniferum (as an outgroup). Using 2 primer/enzyme combinations (NBS7/MseI and NBS9/MseI), 204 NBS fragments were generated, of which 144 (70.6%) were polymorphic and one fragment was unique to cv. Gala. For each cultivar, a specific spectrum of NBS fragments was determined. Analysis of genetic distance matrix revealed a high level of polymorphism (GD = 0.18-0.45 with an average value of 0.33) among the studied cultivars. Genetic distances within the analyzed cultivars varied more than between the cultivars and the accession of S. stoloniferum (GD = 0.27-0.40). The most related cultivars were Solnechny/Pamyati Rogacheva (GD = 0.18) and Velikan/Vympel (GD = 0.19) originated from Lorch Potato Research Institute, and the most distant cultivars were Charoito/Red Scarlett (GD = 0.45). Statistical analysis of NBS-profiling data clustered studied potato cultivars in accordance with the pedigree and resistance to phytopathogens. On the dendrogram and graphs generated using the PAST and Structure 2.3.4, a pronounced tendency to group cultivars by traits of resistance to the Potato virus Y (Potyvirus, Potyviridae) and the Potato leafroll virus (Polerovirus, Luteoviridae) was shown. The primer/enzyme systems used in the study for NBS-profiling can be applied to study the mechanisms of potato resistance to biotic stresses.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

V. S. Matyukov | V. G. Zainullin

In the population of Kholmogor cattle (n=824), gametic disequilibrium was studied for alleles of the polymorphic loci β-Lg (LGB), β-Cn (CSN2) and æ-Cn (CSN3). In purebred Kholmogor cattle, the β-casein polymorphism is determined by three alleles with the frequencies of CSN2А 1 – 0.368±0.0076, CSN2А 2 – 0.497±0.0078, CSN2B – 0.136±0.0056 and the frequencies of acasein of CSN3А – 0.689 ±0.0061, CSN3B – 0.311±0.0061, respectively. The beta-lactoglobulin polymorphism is controlled by two alleles LGBA and LGBB with a frequency of 0.237±0.0048 and 0.763±0.0048, respectively. In the population of breeding plants, the gametic disequilibrium was revealed according to the alleles of loci CSN2 and LGB; CSN2 and CSN3. The factor that caused the gametic disequilibrium was probably the initial difference between native Russian cattle and black-and-white cattle of Western Europe on the basis of which the Kholmogor breed gene pool was developed. The population showed an excess of haplotypes β-CnВæ-CnВ, β-CnВβ-LgВ (the "attraction" phase), apparently inherited mainly from native Russian cattle, and β-CnА 1æ-CnА, β-CnА 2β-LgА characteristic mainly for black-and-white cattle of Western Europe and a lack of β-CnВæ-CnА, β-CnВβ-LgА (the "repulsion" phase), probably due to the low frequency of these haplotypes in both initial breeds. The role of various factors in the occurrence and maintenance of gamete disequilibrium is discussed. It is suggested that for alleles of non-linked loci, longtime retention of gametic disequilibrium in population is most likely supported by selection

Show more [+]

Less [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2021

Ramazanova, S.А. | Savichenko, V.G. | Ustarkhanova, Eh.G. | Loginova, E.D. | Ramazanov, R.N. | Guchetl', A.Kh.

Соя – основная белковомасличная культура, имеющая большое экономическое значение. В настоящее время для характеристики новых сортов, заявленных на выдачу патента, все больше применяют современные методы, основанные на анализе микросателлитных (SSR) локусов ДНК. Цели исследования: провести поиск новых микросателлитных маркеров для оптимизации существующей технологии идентификации и паспортизации сортов сои, а также подобрать условия проведения ПЦР с ними и апробировать методику на 20 сортах мировой коллекции ВИР, репродуцированных в условиях Краснодарского края. Из литературных источников и библиотечных баз данных были выбраны семь микросателлитных локусов, показавших высокий уровень полиморфизма на образцах сои и локализованных в разных хромосомах. Были подобраны экспериментальным путем оптимальные температуры отжига для всех пар SSR-праймеров. Результаты амплификации ДНК 20 генотипов сои показали, что все семь изученных SSR-локусов полиаллельны. В целом было выявлено 22 аллеля, что в среднем составило 3,1 на локус. Эффективное число аллелей Ne для изученных генотипов сои варьировало от 1,69 до 2,27 и в среднем составило 2,01. Среднее значение индекса полиморфного информационного содержания (PIC) - 0,50. Все изученные образцы сои имеют уникальные наборы аллелей по изученным локусам. Установлено, что семь апробированных в исследовании локусов могут быть использованы при создании эффективной технологии для идентификации и паспортизации генотипов сои. | Soybean is the major protein-oil crop of a huge economic importance. Currently, to describe the new cultivars being applied for a patent there are used the modern methods based on an analysis of DNA microsatellite (SSR) loci. The purposes of this work were a search of the new microsatellite markers to optimize the existing technology of soybean cultivars certification and identification as well as selection optimal PCR analysis conditions and testing the new techique on 20 cultivars from the VIR world collection of plant genetic resources. Seven microsatellite loci demonstrated the high polymorphism level on soybean cultivars and located in the different chromosomes were chosen in the literary sources and librarian data bases. The optimal temperatures for annealing were selected empirically for all the pairs of SSR-markers. The results of DNA amplification of 20 soybean genotypes showed all seven studied SSR-loci were polyallel. In general, we revealed 22 alleles that on average are 3.1 per a locus. The effective allele number Ne for the studied soybean genotypes varied from 1.69 to 2.27 and on average was equal to 2.01. An average level of an index of the polymorphic information content (PIC) was 0.50. All the soybean cultivars examined have the unique sets of alleles by the studied loci. Seven approbated loci can be used in development of an effective technology for identification and certification of soybean genotypes.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation