AGRIS - 

2020

Genel', L.S. | Galkin, M.L. | Rukavishnikov, A.M.

4 ill. | Summaries (En, Ru) | 6 ref. | 2 tables | Fresh cooled meat is an important source of animal protein in the human diet. It is necessary to improve known and to develop new methods and means of increasing its storage life with maintaining optimal consumer properties. There has been developed a theoretical approach to explaining the mechanism of interacting samples of fresh cooled meat with magnetic or electrostatic fields on an intracellular level, carried out experimental research. Samples of fresh cooled meat (pork, beef, chicken meat) were storage at t 4 deg. С and t 20 deg. С. Control samples were packed in a stretch film from polyvinylchloride (PVC); comparative ones – before PVC packing were treated with a liquid composition "PRAM" (a feed additive based on propylene glycol); experimental ones were prepared similarly to the comparative ones, but during storage they were exposed to constant magnetic field with induction of 0.7 T. For pork the acceptable storage life of experimental samples at t 4 deg. C could be increased to 40 days, for beef – to 33 days, for chicken meat – 26 days. In another experiment control and comparative samples were the same as in the preceding case, and experimental samples during storage were exposed to low electrostatic field with voltage between electrodes of 27 V. In this experiment the maximum effect was achieved for chicken meat (31 days of storage at t 4 deg. C), the minimum one – for pork (22 days). The differences between meat types in response to exposure to magnetic or electrostatic fields may be associated with a difference in the number of chromosomes (in pigs – 38, in cows – 60, in chickens – 78). The better storage property of fresh cooled meat under effect of said fields may take place due to stabilization of fluctuations in chromosomes, as they comprise formations of solenoid such as solenoids, water molecules and terminal tails. These structures are able of generating own magnetic and electrostatic fields, as well as perceiving the influence of external fileds. | Свежее охлажденное мясо - важный источник животного белка в рационе питания человека. Необходимо совершенствовать известные и разрабатывать новые способы и средства увеличения сроков его хранения при поддержании оптимальных потребительских свойств. Разработан теоретический подход к объяснению механизма взаимодействия образцов свежего охлажденного мяса с магнитными и электростатическими полями на внутриклеточном уровне, проведены экспериментальные исследования. Образцы свежего охлажденного мяса (свинины, говядины, курятины) хранили при t 4 град. С и t 20 град. С. Контрольные образцы упаковывали в стрейч-пленку из поливинилхлорида (ПВХ); сравнительные – перед упаковкой в ПВХ обрабатывали жидким составом "ПРАМ" (пищевая добавка на основе пропиленгликоля); опытные готовили аналогично сравнительным, но при хранении подвергали воздействию постоянного магнитного поля с индукцией 0,7 Тл. Для свинины приемлемый срок хранения опытных образцов при t 4 град. С удалось увеличить до 40 сут, для говядины – до 33, для курятины – до 26. В другом опыте контрольный и сравнительный образцы были такими же, как в предыдущем случае, а опытные образцы при хранении подвергали воздействию слабого электростатического поля при напряжении между электродами 27 В. В этом опыте максимальный эффект был достигнут для курятины (31 сут хранения при t 4 град. С), минимальный – для свинины (22 сут). Различия между видами мяса по реакции на воздействие магнитных и электростатических полей могут быть связаны с разницей в числе хромосом (у свиней их 38, у коров – 60, у кур - 78). Улучшение сохраняемости свежего охлажденного мяса под действием указанных полей может происходить за счет стабилизации флуктуаций в хромосомах, т.к. в их составе имеются образования типа соленоидов, молекулы воды и концевые хвосты. Эти структуры способны генерировать собственные магнитные и электрические поля, а также воспринимать влияние внешних полей.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Yulia V. Zakharova | Andrey S. Sukhikh | Lyudmila A. Levanova | Ekaterina Yu. Plotnikova

Aim. To estimate in vitro the effect of DNA isolated from the probiotic strain Bifidobacterium bifidum 791 on the cell concentration and adhesive properties of fecal isolates of bifidobacteria and opportunistic microorganisms of different species.Materials and methods. DNA was isolated from the probiotic strain Bifidobacterium bifidum 791. Biomass containing bifidobacteria was washed from the nutrient medium. The suspension of bacteria in the buffer solution was subjected to ultrasonic disintegration with a frequency of 40 kHz three times for 30 minutes, followed by centrifugation. The supernatants were combined and purified chromatographically on CL-4B Sepharose. B. breve, B. bifidum, B. infantis, Staphylococcus aureus, Escherichia coli lac-, Enterococcus faecalis, and Candida albicans were used as test cultures, isolated from the intestines of conditionally healthy adults. Results. The nucleic acid solution with a concentration of 3.54 |jg/ml did not affect the cell number of bifidobacteria (p = 0.61). The DNA content in the solution of 14.15-21.23 jg/ml increased the titers of B. bifidum and B. breve by 2 lg CFU/ml compared to the control (p = 0.01), but did not affect the titers of S. aureus, E. coli lac-, E. faecalis, C. albicans (p = 0.73). The DNA solution stimulated the self-aggregation of bifidobacteria in 1.5-2.0 times. The ability to autoaggregate under the influence of bifidobacterial DNA in S. aureus, E. faecalis, C. albicans did not change, in E. coli lacincreased 2.3 times (p = 0.05).Conclusion. A DNA solution of the probiotic strain B. bifidum 791 with a content 14.15-21.23 jg/ml stimulates the reproduction and autoaggregation of fecal B. breve, B. bifidum.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2020

O. P. Gavrilova | T. Yu. Gagkaeva | A. S. Orina | A. S. Markova | A. D. Kabashov | I. G. Loskutov

Background. The requirement for high-quality oat grain for food production leads to the need for studying the resistance of this cereal crop to harmful diseases and for the development of new productive cultivars.Materials and methods. A comparative characterization was performed among the breeding lines of naked oats from Nemchinovka Federal Research Center according to the parameters of microbiological purity of grain. The mycological method was applied for the analysis of infection in the oat grain, and fungal species composition was identified. The DNA amount of toxin-producing species from genus Fusarium Link in the grain was detected using the real-time PCR, and the amount of mycotoxins was measured by the enzyme immunoassay.Results. The fungi of Alternaria Nees, Fusarium, Cladosporium Link, Cochliobolus Drechsler, Epicoccum Link were associated with oat grain. Uniquely high infection of the grain by F. langsethiae Torp & Nirenberg (14%) was found under the natural conditions of the Central Region of Russia. The differences revealed among the analyzed breeding lines and cultivars in the DNA amount of F. langsethiae and F. sporotrichioides Sherb. were from 1.3×10-4 to 7.2×10-3 pg/ng in the total DNA, and from 5 to 1230 μg/kg in the content of T-2/ HT-2 toxins.Conclusion. All naked oat breeding lines were relatively resistant to Fusarium infection and proved the best as regards the mycotoxin contamination of the grain against the reference hulled cultivar ‘Yakov’. In the competitive variety trials, three lines – 66h2618, 54h2476 and 70h2613 – were characterized as relatively resistant to Fusarium disease, compared with the naked oat reference ‘Vyatsky golozerny’.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2020

Demurin, Ya.N. | Chebanova, Yu.V. | Borisenko, O.M. | Guchetl', S.Z. | Savichenko, D.L. | Efimenko, S.G. | Rubanova, O.A. | Shirokich, A.A. | Shamraj, V.D., The V.S. Pustovoyt All-Russia Research and Development Inst. of Oil–Producing Crops, Krasnodar

Summaries (Ru, En) | The creation and study of recombinant inbred lines is an effective method in breeding and genetic work with polygenic traits. A similar approach was used to indicate the content of oleic acid in sunflower seed oil. The experiments were carried out in the field and laboratory conditions in Krasnodar, in the period 2012–2020. To obtain recombinant inbred lines with different contents of oleic acid in seed oil, hybridization, self-pollination and disruptive selection were used for three reciprocal combinations LG27 x LG28, LG27 x VK678 and LG27 x LG26. The LG26 line has a high oleic phenotype, LG27 has a mid-oleic, VK678 has an increased oleic and LH28 has a low oleic. The analysis of the fatty acid composition of sunflower seed oil was carried out using the method of gas-liquid chromatography of methyl esters on Chrom-5 and Chromatek-Crystal 5000 instruments. Molecular genetic marking of high oleic sunflower samples was performed using two pairs of primers: F13/R5 and F4/R1. The initial parental lines LG28, VK678, LG27 and LG26 confirmed their belonging to their phenotypic classes. At the same time, with an increase in the oleic acid content from 29 to 88%, a significant decrease in the values of variability of the trait within classes CV from 14 to 1% was observed. The created recombinant inbred lines of sunflower F5 for crossing mid-oleic LG27 cover a wide range of oleic acid content from 30 to 92% in seed oil and are valuable material for further research. The full efficiency of using the molecular marker F4/R1 in the identification of high oleic mutations in lines with high oleic acid content in the phenotypic range of 87–92% has been proved. In this case, the mid-oleic LG27 and the mid-oleic developed recombinant inbred lines do not possess the Ol mutation. | Создание и изучение рекомбинантных инбредных линий является эффективным методом в селекционно-генетической работе с полигенными признаками. В исследовании подобный подход использован для признака содержания олеиновой кислоты в масле семян подсолнечника. Опыты проводили в полевых и лабораторных условиях в г. Краснодар в период 2012–2020 гг. Для получения рекомбинантных инбредных линий с различным количеством олеиновой кислоты в масле семян проводили скрещивание, самоопыление и дизруптивный отбор для трех реципрокных комбинаций ЛГ27 x ЛГ28, ЛГ27 x ВК678 и ЛГ27 x ЛГ26. Линия ЛГ26 обладает высокоолеиновым фенотипом, ЛГ27 – среднеолеиновым, ВК678 – повышенноолеиновым и ЛГ28 – низкоолеиновым.Анализ жирно-кислотного состава масла семян подсолнечника проводили с использованием метода газожидкостной хроматографии метиловых эфиров на приборах Хром-5 и Хроматэк-Кристалл 5000. Молекулярно-генетическое маркирование высокоолеиновых образцов подсолнечника проводили с использованием двух пар праймеров: F13/R5 и F4/R1. Исходные родительские линии ЛГ28, ВК678, ЛГ27 и ЛГ26 подтвердили принадлежность к своим фенотипическим классам. При этом с увеличением содержания олеиновой кислоты с 29 до 88%наблюдалось существенное снижение значений показателя изменчивости признака в пределах классов CVc 14 до 1%. Созданные рекомбинантные инбредные линии подсолнечника F5 при скрещиваниях среднеолеиновой ЛГ27 охватывают широкий интервал значений содержания олеиновой кислоты (от 30 до 92%) в масле семян и являются ценным материалом для дальнейших исследований. Доказана полная эффективность использования молекулярного маркера F4/R1 в идентификации мутации высокоолеиновости у линий с высоким содержанием олеиновой кислоты в фенотипическом интервале 87–92%. При этом полученные среднеолеиновые рекомбинантные инбредные линии и ЛГ27 не обладают мутацией Ol. | 3 tables | 2 ill.,27 ref.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Savichenko, D.L. | Guchetl', S.Z. | Golovatskaya, A.V., The V.S. Pustovoyt All-Russia Research and Development Inst. of Oil–Producing Crops, Krasnodar

Studying of sunflower lines resistant to broomrape race G, bred in the V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops (VNIIMK), Krasnodar, showed the genetic control of resistance is monogenic with incomplete dominance. The purpose of the research was to seek and analyze molecular markers for the genes of resistance to broomrape race G using PCR-methods. In our research we used six developed in VNIIMK lines-donors resistant to broomrape race G: RGP1, RGP2, RGB, RGL1, RGL2, RGA, and susceptible lines VK 101, VK 678, VK 680. We extracted DNA from the leaves of young sunflower plants using STAB-buffer. For PCR-analysis we used 17 pairs of primers of two types: SCAR (sequence characterized amplified region) and SSR (simple sequence repeat). Conditions of amplification are as recommended by authors of markers with experimental selection of a temperature for primers hybridization. Within the research we balanced involved into work SSR- and SCAR-loci using BLAST and a set of HanXRQr1.0. Due to these data we composed a physical map of loci location. After assessment of six resistant and three susceptible parental lines, seven markers demonstrated polymorphism by a length of locus DNA and two ones – by presence/absence of amplified fragment. For markers ORS 683 and ORS 1112 we observed a relation between loci polymorphism and susceptibility of parental lines to broomrape. This was certified with a presence of an allele of 364 n.p. length in ORS 683 and an absence of an allele of 375 n.p. length in ORS 1112. These markers were noted as primary ones for hybridological analysis in F1и F2 with selected pairs for crossing. Additional markers will be selected individually using obtained data on loci polymorphism. Thus, as a result of the research we created a physical map for the further markers selection, found hybrid combinations and markers from the studied ones for hybridological analysis. | Исследование линий, устойчивых к расе G заразихи, созданных на центральной экспериментальной базе ВНИИМК, показало генетический контроль устойчивости как моногенный с неполным доминированием. Целью работы являлся поиск и анализ молекулярных маркеров для генов устойчивости к расе G заразихи на основе применения методов ПЦР. Материалом исследования служили созданные во ВНИИМК 6 линий-доноров, устойчивых к расе G заразихи: RGP1, RGP2, RGB, RGL1, RGL2, RGA, а также восприимчивые линии ВК 101, ВК 678, ВК 680. Выделение ДНК проводилось из листьев молодых растений с использованием CTAB-буфера. Для ПЦР-анализа использовали 17 пар праймеров 2 типов: SCAR (sequence characterized amplified region) и SSR (simple sequence repeat). Условия амплификации рекомендованные авторами маркеров с экспериментальным подбором температуры гибридизации праймеров.В рамках исследования используемые в работе SSR и SCAR локусы с помощью инструмента BLAST были сопоставлены со сборкой HanXRQr1.0. По этим данным составлена физическая карта положения локусов. При оценке 6 устойчивых и 3 восприимчивых родительских линий полиморфизм по длине локуса ДНК показали 7 маркеров, а по наличию/отсутствию амплифицированного фрагмента – 2 маркера. У маркеров ORS 683 и ORS 1112 была отмечена связь полиморфизма локусов с восприимчивостью растений родительских линий к заразихе. У ORS 683 это выражалось наличием аллеля длиной 364 п.н., а у ORS 1112 – отсутствием аллеля длиной 375 п.н. Данные маркеры отмечены как основные для гибридологического анализа в F1 и F2 с выбранными парами для скрещиваний. Дополнительные маркеры будут подобраны индивидуально на основании полученных данных по полиморфизму локусов. Таким образом, в результате исследования была составлена физическая карта для дальнейшего подбора маркеров, выбраны гибридные комбинации и маркеры из числа изученных для гибридологического анализа.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2020

Rublenko N.

This article presents the results of the identiﬁ cation of the Salmonella genus as well as serovars Enteritidis and Typhimurium by a real-time polymerase chain reaction. We constructed three pairs of primers and ﬂ uorescent probes to simultaneously identify the Salmonella genus, serovars Enteritidis and Typhimurium in a qPCR. The speciﬁ city of the primers was evaluated on Salmonella strains of diﬀ erent serovars from the National Center for Strains of Microorganisms (UNCMS) strains of the State Scientiﬁ c Control Institute of Biotechnology and Strains of Microorganisms (SSCIBSM) and 46 Salmonella strains isolated from poultry. E. coli ATCC 25922, Bacillus cereus ATCC 11778, Listeria monocytogenes ATCC 19112 from UNCMS collection were used to check the speciﬁ city of the primers as heterologous samples. Bacterial DNA was extracted using a DNA Sorb B (Amplisens) kit, and realtime PCR was accomplished with the "Real-time PCR kit" (Syntol) on Bio-rad CFX. A series of 10-fold S. Typhimurium and S. Enteritidis DNA dilutions were studied to evaluate the sensitivity of the primers: 10-1-10-5. The analytical sensitivity of primers for detection of the genus Salmonella is: for S. Typhimurium - 0.25 ng/sample (Typhimurium) and S. Enteritidis - 0.27 ng/ sample (Enteritidis). The results of the studies conﬁ rmed the speciﬁ city of the primer set and the high sensitivity. No hybridization of primers with DNA samples of other bacteria found, in particular, the nonspeciﬁ c reaction products were absent. The primer sets for the detection of DNA of Enteritidis and Typhimurium serovars also has high speciﬁ city. If necessary, this set of primers can be used to perform a multiplex qPCR, that can simultaneously identify bacteria of the Salmonella genus and diﬀ erentiate Enteritidis and Typhimurium serovars.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2019

Ramazanova, S.А. | Antonova, Т.S., The V.S. Pustovoyt All-Russia Research and Development Inst. of Oil–Producing Crops, Krasnodar

One of the most dangerous diseases on sunflower is downy mildew. By now, there are known more than 45 physiological races of the pathogen in the world. The effective method to control the pathogen is to introduce dominant gens of resistance into host-plant. The modern technologies of genetic typing using DNA-markers allowing controlling these genes present at the each stage of breeding process. The aim of the research is to reveal DNA markers to identify genes controlling resistance to Plasmoparahalstedii, and to create a marker systemfor use insunflower breeding for complex resistance to various races of downy mildewcausative agent.We approbated nine STS and three SSR-markers of the gens Pl5, Pl6 and Pl8 well known from the literary sources, which control sunflower resistance to P. halstedii races with purpose to identify these genes in lines-differentiators of sunflower resistance which are included into the international test-set for P. halstedii races identification. We selected and tested a molecular STS-marker НАР3 which can be used for identification of Pl6 locus controlling sunflower complex resistance to downy mildew pathogen, races100, 300, 700, 703, 710, 330, 770 and 730. This marker can be used in marker-assisted sunflower breeding. | Одной из самых вредоносных болезней подсолнечника является ложная мучнистая роса. К настоящему времени в мире обнаружено более 45 физиологических рас патогена. Эффективным методом контроля над возбудителем болезни является введение доминантных генов устойчивости к нему в растение-хозяина. Современные технологии генотипирования с помощью ДНК-маркеров позволяют контролировать наличие этих генов на каждом этапе селекции. Цель работы – поиск ДНК-маркеров для идентификации генов, контролирующих устойчивость к Plasmoparahalstedii, и создание на их основе системы маркеров с последующим использованием ее в селекции подсолнечника на комплексную устойчивость к разным расам возбудителя ложной мучной росы. Апробированы известные из литературных источников девять STS и три SSR-маркера генов Pl5, Pl6 и Pl8, контролирующих устойчивость к расам P. halstedii, для идентификации этих генов у линий-дифференциаторов устойчивости подсолнечника, входящих в международный тест-набор для идентификации рас P. halstedii. Был отобран и апробирован молекулярный STS-маркер НАР3, пригодный для идентификации локуса Pl6, контролирующего устойчивость подсолнечника к расам 100, 300, 700, 703, 710, 330, 770 и 730возбудителяложной мучнистой росы. Маркер может использоваться в маркер-вспомогательной селекцииподсолнечника.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

T. Yu. Gagkaeva | O. P. Gavrilova | A. S. Orina | I. B. Ablova | L. A. Bespalova | Т. Ю. Гагкаева | О. П. Гаврилова | А. С. Орина | И. Б. Аблова | Л. А. Беспалова

Проведен анализ контаминации микромицетами зерна 17 сортов озимой пшеницы, выращенных в Краснодарском крае на естественном фоне инфекции. Кроме традиционной микологической оценки зараженности зерна грибами использовали методы, основанные на количественном выявлении метаболитов грибов, заведомо отсутствующих в растительной ткани. Определяли диапазоны содержаний в зерне пшеницы ДНК грибов Alternaria, Microdochium и Fusarium, а также количества образуемых ими микотоксинов. Установлено обильное присутствие грибов Alternaria в зерне всех сортов. Впервые в России проведено количественное выявление в зерне видов грибов Microdochium. Показано, что содержание ДНК M. nivale значительно превышает содержание ДНК M. majus. ДНК представителей рода Fusarium также выявлено в зерне всех сортов, однако показано, что F. graminearum преобладал в комплексе фузариевых грибов по сравнению с другими видами. Установлен значительный разброс содержаний вторичного метаболита F. graminearum – дезоксиниваленола (ДОН), – в зерне всех сортов. Максимальное количество этого метаболита выявлено в зерне восприимчивого сорта Бригада, а минимальное ‒ в зерне сортов Адель и Курс, которые обладали высокой относительной устойчивостью к патогенным грибам Fusarium. Доля ДНК F. graminearum в процентах от ДНК группы Fusarium, образующих трихотеценовые микотоксины, составляла от 6,1% до 100,9%. Этот показатель является индикатором устойчивости растений к заражению патогенами: значения выше 30% характерны для восприимчивых сортов. Выявлена достоверная положительная связь между контаминацией грибами F. sporotrichioides и M. nivale. В то же время, не установлена связь между наиболее обильно присутствующими в зерне грибами Alternaria и показателями его контаминации другими анализированными грибами. Результаты исследования показывают существенные различия реакции генотипов пшеницы на внедрение различных гетеротрофных грибов, и возможность использования количественных показателей для оценки устойчивости. Существенная вариабельность в зерне содержания маркерных метаболитов, присущих высокоагрессивным видам грибов, и стабильность этих показателей у сапротрофных организмов, может иметь принципиальное значение при выборе объективных количественных показателей оценки устойчивости растений к инфицированию патогенами. | Fungal contamination of 17 winter wheat varieties grown in the Krasnodar region under the natural infections was analyzed. In addition to the traditional mycological analysis of infection with fungi, methods based on the quantitative detection of metabolites inherent in fungi and absent in the host plant were used. For this purpose, the ranges of DNA contents of Alternaria, Fusarium and Microdochium fungi, as well as mycotoxins produced by these fungi were characterized in the grain. Abundant presence of Alternaria fungi was detected without a significant difference between the varieties. A quantitative detection of the Microdochium fungi in grain was carried out at the first time in Russia and it was shown that the content of M. nivale DNA was significantly exceeds the content of M. majus DNA. The dominant of F. graminearumin the complex of Fusarium fungi in comparison to other species and the significant range of the content of the metabolites produced by this pathogen were shown. The high variation of contents of marker metabolites inherent in highly aggressive species of fungi and the stability of these parameters for saprotrophic organisms can be of fundamental importance in the selection of objective for quantitative measurements of plants resistant to pathogens. The maximum amount of F.graminearum metabolites was found in the grains of susceptible Brigada. The minimum content of Fusarium metabolites was established in the grain of Adel and Kurs varieties, which are the relatively resistant to pathogenic Fusarium fungi. The proportion of F.graminearum DNA as a percentage of the DNA of Fusarium group forming trichothecene mycotoxins ranged from 6.1% to 100.9%. This value is an indicator of plant resistance to infection by pathogens. According to our observations, values above 30% are characteristic of susceptible varieties. A positive correlation was found between DNA contents of M.nivale and F. sporotrichioides fungi. Any significant relations between the most abundantly present fungi of Alternaria and the parameters of grain contamination by other analyzed fungi have not been revealed. Diversity of the reactions of wheat genotypes to the invasion of various heterotrophic fungi and the possibility of using objective quantitative assessment of resistance were shown.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

N.I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources - Russian Federation

2019

Deniskova, T.E. | Dotsev, A.V. | Petrov, S.N. | Fornara, M.S., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

The article presents the results of assessment of genetic diversity and Principal Component Analysis (PCA) in the resource sheep population, originated from crossing of fast-growing (Katahdin) and slow growing (Romanov) breeds for QTL mapping and search for candidate genes associated with growth rate. The study was conducted on 88 sheep from the resource population, including two unrelated families that have been reared in the Moscow region since 2017. Each family consists of a Katahdin ram (founder), Romanov's ewes (mothers), F1 hybrids, and two groups of backcrosses. All sheep were genotyped using a high-density DNA chip Illumina Ovine Infinium HD SNP BeadChip (600 thousand SNP markers). SNP markers were filtered in the PLINK v.1.90. PCA was performed in PLINK v.1.90 and visualized in R package ggplot2. The genetic diversity indices (Ho, uHe, Ar, FIS) were calculated in R package "diversity". It was established that both crosses had higher level of genetic diversity in comparison with the mother breed. F1 hybrids were characterized by the highest level of observed heterozygosity (Ho= 0.409-0.407), while Ho ranged from 0.382 to 0.396 for the backcrosses, respectively. The expected heterozygosity ranged from 0.329 to 0.356 in the groups from the resource population. Allelic richness was high in all studied groups (more than 1.849). PCA showed that the mated parent breeds were highly differentiated, as it should be in successful establishment of the resource population. The phenotypic characteristic of the backcrosses on live weight and nine body measurements at 9, 42 and 90 days is given. The coefficients of variation were the highest by live weight (17.0-19.0%), body length (15.5-22.3%) and oblique body length (16.2% and 22.7%) at 90 days. The results are intermediate and create a genotypic and phenotypic base to perform GWAS at the next stage of our study. | Представлены результаты оценки генетического разнообразия и анализа главных компонент (PCA) в ресурсной популяции овец, специально созданной на основе скрещивания быстрорастущей (катадин) и медленнорастущей (романовская) пород для картирования QTL, ассоциированных со скоростью роста. Исследование было проведено на 88 головах ресурсной популяции овец, включающих 2 неродственных семейства, разводимых на территории Московской области с 2017 г. Каждое семейство состоит из барана-родоначальника породы катадин, романовских маток (матери), межпородных кроссов F1 и 2-х групп возвратных кроссов. Все животные были генотипированы с помощью ДНК-чипа высокой плотности Illumina Ovine Infinium HD SNP BeadChip (600 тысяч SNP-маркеров). В программе PLINK v.1.90 была проведена фильтрация SNP-маркеров и выполнен анализ PCA с визуализацией в R пакете ggplot2. Параметры генетического разнообразия (Ho, uHe, Ar, FIS) рассчитаны в пакете R "diveRsity". Показано, что оба кросса превосходят исходную материнскую породу по уровню генетического разнообразия. Кроссы F1 характеризуются наивысшим уровнем наблюдаемой гетерозиготности (Ho= 0,409-0,407), в то время как Ho составила от 0,382 до 0,396 у возвратных кроссов соответственно. Ожидаемая гетерозиготность варьировала от 0,329 до 0,356 в группах овец, составляющих ресурсную популяцию. Показатель аллельного разнообразия был довольно высоким во всех группах (более 1,849). PCA показал, что подобранные родительские породы являются контрастными, как и должно быть при успешной закладке ресурсной популяции. Дана фенотипическая характеристика возвратных кроссов по живой массе и 9 промерам туловища в 9, 42 и 90 дней. Коэффициенты вариации были наиболее высокими по живой массе (17,0-19,0%), длине туловища (15,5-22,3%) и косой длине туловища (16,2 и 22,7%) в 90 дней. Полученные результаты являются промежуточными и создают генотипическую и фенотипическую базу для проведения GWAS на следующем этапе исследования.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2019

Klimenko, N.S. | Antonova, O.Yu. | Zheltova, V.V. | Fomina, N.A. | Kostina, L.I., The N.I. Vavilov All-Russia Inst. of Plant Genetic Resources, St. Petersburg

Potato Solanum tuberosum L. is infected by about 40 species of viruses, of which one of the most harmful is the potato virus Y (PVY). A number of genes conferring different types of PVY resistance have been identified in potato, of which Ry genes, conferring extreme resistance (the absence of accumulation of viruses in infected plants regardless of the virus strain), are most often involved in breeding programs in different countries. The search for effective markers of target genes remains relevant due to MAS prospects. This paper is the first report on the use of STM0003 marker associated with Rysto gene for screening Russian potato varieties; another marker, Ry364, was previously used once on a small sample of Russian varieties. The objective of this work was to screen 178 Russian varieties with three markers, STM0003, Ry364, and RYSC3 linked to Rysto, Rychc, and Ryadg genes which were introgressed into the breeding gene pool from wild species S. stoloniferum, S. chacoense, and from the Andean native varieties of S. tuberosum ssp. andigenum, respectively. As a result of the molecular screening, 39 (21.8%) of 178 varieties were selected for which diagnostic fragments of at least one of the three markers were revealed, including 7.3% varieties with STM0003 marker (Rysto), 11.7% varieties with Ry364 (Rychc), and 4.5% varieties with RYSC3 (Ryadg) marker. The results obtained indicate a low level of genetic defense against PVY of the analyzed cultivar subset among which 78.2% varieties have no markers linked to the Ry genes. We compared molecular screening results with published PVY resistance/susceptibility data. The marker STM0003 linked to the Rysto gene had the highest diagnostic value, as almost all varieties with this marker are highly resistant (immune) to PVY, while the Ry364298 and RYSC3 markers are not so efficient. | Картофель (Solanum tuberosum L.) поражают около 40 видов вирусов, из них одним из самых вредоносных является Y-вирус картофеля (Potato virus Y, PVY). У картофеля идентифицирован ряд генов, вовлеченных в контроль разных типов устойчивости к PVY, из них Ry гены, обусловливающие отсутствие накопления вирусных частиц в инфицированном растении независимо от штамма вируса, наиболее часто вовлекаются в селекционные программы в разных странах. В задачу исследования входил скрининг 178 сортов отечественной селекции по трем маркерам - STM0003, Ry364, RYSC3, сцепленным с генами Rysto, Rychc и Ryadg, которые были перенесены в селекционный генофонд от диких видов S. stoloniferum и S. chacoense, а также от андийских аборигенных сортов S. tuberosum ssp. andigenum. Для скрининга обширной выборки сортов отечественной селекции маркеры STM0003 и Ry364 привлечены впервые. В результате проведенного молекулярного скрининга в выборке из 178 сортов отобрано 39 (21,8%), у которых выявлены диагностические фрагменты как минимум одного из трех маркеров: у 7,3% сортов имеется маркер STM0003 гена Rysto, у 11,7% - маркер Ry364 гена Rychc и у 4,5% - маркер RYSC3 гена Ryadg. Полученные результаты указывают на невысокую генетическую защищенность изученной выборки от PVY: 78,2% из 178 сортов не имели ни одного из маркеров, сцепленных с Ry генами устойчивости к этому вирусу. Результаты молекулярного скрининга были сопоставлены с данными об устойчивости/восприимчивости сортов к PVY, взятыми из научных публикаций. Наибольшей диагностической ценностью обладает маркер STM0003, сцепленный с геном Rysto; фактически все сорта с этим маркером были высокоустойчивы (иммунны) к PVY, тогда как маркеры Ry364 и RYSC3 оказались не столь эффективны.

显示更多 [+]

显示较少 [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation