AGRIS - 

2021

Lucob-Agustin, N. | Cruz, A.S. | Lipio, P.L.G. | Cabral, M.C.J. | Mananghaya, T.E. | Suralta, R.R. | Niones, J.M.

Phenotypic root plasticity is a crucial trait for stable growth, adaptability, and productivity under abiotic-stressed growing environments. However, the genetic determinants and mechanisms controlling the trait are largely unknown, thus limiting its breeding application. We previously found 17 single nucleotide polymorphism (SNPs) significantly associated with phenotypic root plasticity traits  particularly, total root length (TRL), total nodal root length (TNRL), and total lateral root length (TLRL)  under moderate and severe drought using selected Philippine rice germplasm by employing the genome-wide association studies (GWAS) approach. Here, we present around 92 candidate genes using these SNP data. The genes were derived from various functional categories and drought intensity dependent. These were further narrowed via Gene Ontology and gene expression profile at root apical regions using databases to those whose putative functions were likely to be associated with root development in response to drought stress. Sixteen more interesting known or novel genes were selected and discussed. When these genes are validated, they can help improve rice adaptation to water-limited environments.

Show more [+]

Less [-]

University Library, University of the Philippines at Los Baños - Philippines

2021

Lejbova, V.B., Nizhnij Novgorod State Engineering and Economic Univ.

The purpose of the work is to analyze the dynamics of the biochemical parameters of blood in the interlactation (dry) period in connection with the duration of the service period in the subsequent lactation in cows with different genotypes of the SCD1 gene according to rs41255693. The studies were carried out on Holstein cows with an average milk yield of 9807±606 kg for 305 days of lactation. Animal genotypes (n = 23) were determined by PCR-RFLP: CC genotype (n = 9) and CT genotype (n = 14). Blood biochemical parameters were analyzed with an interval in the calving date of no more than 20 days: the CC genotype (n = 6) and CT genotype (n = 6). In cows with the CC genotype in the first month of the dry period, the concentration of total cholesterol in the blood was higher (p less than 0.05), and aspartate aminotransferase (AST) activity tended to increase (p = 0.08) as compared with animals with the CT genotype. 30-10 days before calving, the total cholesterol content and AST activity in cows decreased (p less than 0.05 and p = 0.055, respectively), while in animals with the CT genotype they did not change. Correlation analysis showed that the metabolic links in the individuals of the comparable genotypes had differences in force and orientation. The number of correlation links was 3 times more in cows with the CC genotype. The distribution of the animals in groups depending on a genotype and service period has shown that a service period of more than 100 days is observed 2.3 times more frequent in cows with the genotype CC. The dynamics of metabolic processes and the peculiarities of the relationships between metabolic components in cows with the CC genotype are less preferable than in animals with the CT genotype, which may be associated with an increased frequency of occurrence of a longer service period in cows with the CC genotype. | Цель работы - анализ динамики биохимических показателей крови в сухостойный период в связи с продолжительностью сервис-периода в последующую лактацию у коров с различными генотипами гена SCD1 по rs41255693. Исследования проводили на коровах голштинской породы со средним удоем 9807± 606 кг за 305 дней лактации. Генотипы животных (п = 23) устанавливали методом ПЦР-ПДРФ: генотип СС (п = 9) и генотип СТ (п = 14). Биохимические показатели крови анализировали у коров с интервалом в дате отела не более 20 суток: генотип СС (п = 6) и генотип СТ (п = 6). У коров с генотипом СС в первый месяц сухостойного периода концентрация общего холестерина (ОХ) в крови была выше (p меньше 0,05), а активность аспартатаминотрансферазы (АСТ) имела тенденцию повышения (р = 0,08) по сравнению с животными с генотипом СТ. За 30-10 суток до отела содержание ОХ и активность АСТ у коров снизились (p меньше 0,05 и р = 0,055 соответственно), а у животных с генотипом СТ они не изменились. Корреляционный анализ показал, что метаболические связи у особей сравниваемых генотипов имели различия по силе и направленности. Число корреляционных связей было в 3 раза больше у коров с генотипом СТ. Распределение животных по группам в зависимости от генотипа и сервис-периода показало, что сервис-период продолжительностью более 100 дней в 2,3 раза чаще встречается у коров с генотипом СС. Динамика обменных процессов и особенности взаимосвязей компонентов метаболизма у коров с генотипом СС являются менее предпочтительными, чем у животных с генотипом СТ, что может быть связано с повышенной частотой встречаемости более длинного сервис-периода у коров с генотипом СС.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Barkova, O.Yu. | Krutikova, A.A. | Dement'evа, N.V.

Dysferlin refers to proteins involved in the repair of the muscle membrane. It is assumed that some mononucleotide substitutions in the dysferlin gene (DYSF) are associated with the formation of muscle mass in poultry. The aim of this work was to study single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the dysferlin gene in chicken gene pools and to identify possible associations of DYSF gene polymorphisms with economically valuable traits. The study material was meat of (Cornish) chickens, laying hen (Russkaya Belaya, Rhode Island, Avrora, Austrolorp Chernobelaya, Leningradskaya sittsevaya) and decorative breeds (Russkaya Khokhlataya, Brahma svetlays, Golosheinaya). DNA was isolated from blood collected from the axillary vein by phenol extraction. Illumina Chicken 60K SNP iSelect BeadChip chip (Illumina, Inc., USA) was used to analyze the rs16455118 polymorphism. Genotyping of 185 hens revealed a single nucleotide polymorphism SNP rs16455118. It was found that the allele frequencies shifted towards an increase in heterozygous genotypes of AC in decorative chickens while the AA genotype was present in the minority. In laying hen, the homozygous genotype AA had the highest frequency of occurrence, the CC genotype was small in number, and it was completely absent in the population of chickens of the Aurora breed. The Cornish meat breed had a more even distribution of genotypes as compared to decorative and laying hens. Sequencing of the 237 bp dysferlin gene region located on chromosome 4 in Russkaya Belaya chickens identified 4 mononucleotide substitutions in the intron 32 mononucleotide substitutions G/A (rs317801013), C/A (rs16455118), A/G (rs318045896) corresponded to those in the publicly available chicken genome in the databases NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP) and ENSEMBL (https://www.ensembl.org/index.html). The mononucleotide polymorphism T/G at 90672805 has been detected for the first time. | Дисферлин относится к белкам, участвующим в репарации мышечной мембраны. Предполагается, что некоторые мононуклеотидные замены в гене дисферлина (DYSF) связаны с формированием мышечной массы у домашней птицы. Цель работы - изучение мононуклеотидных полиморфизмов (SNPs) гена дисферлина у генофондных пород кур и выявление возможных ассоциаций полиморфизмов гена DYSF с хозяйственно ценными характеристиками. Материалом для исследования служили куры мясного (корниш), яичного направления (русская белая, род-айланд, аврора, австролорп черно-пестрый, ленинградская ситцевая) и декоративные породы (русская хохлатая, брама светлая, голошейная). ДНК выделяли фенольным методом из крови, взятой из подкрыльцовой вены. Для анализа полиморфизма rs16455118 пользовались базой данных, полученной в результате генотипирования с применением чиповой технологии Illumina Chicken 60K SNP iSelect BeadChip ("Illumina, Inc.", США). В результате генотипирования 185 кур был выявлен мононуклеотидный полиморфизм rs16455118. Наблюдали смещение частоты встречаемости аллелей в сторону увеличения гетерозиготных генотипов АС у кур декоративного направления, генотип АА присутствовал в меньшинстве. У кур яичного направления наибольшую частоту встречаемости имел гомозиготный генотип АА, генотип СС был малочисленным, а у популяции кур породы аврора полностью отсутствовал. Мясная порода корниш имела более равномерное распределение генотипов в сравнении с декоративными и яичными. Мы секвенировали участок гена дисферлина размером 237 п.н., расположенный на 4-й хромосоме у кур породы русская белая, и обнаружили 4 мононуклеотидные замены, находящиеся в 32-м интроне. Мононуклеодидные замены G/A (rs317801013), С/А (rs16455118), A/G (rs318045896) соответствовали заменам в геноме кур, зарегистрированным в международных генетических базах данных NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP) и ENSEMBL (https://www.ensembl.org/index.html). Мононуклеотидный полиморфизм T/G в позиции 90672805 выявлен впервые.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Shornikov, D.G. | Matushkina, O.V. | Pronina, I.N. | Shamshin, I.N. | Lyzhin, A.S. | Matushkin, S.A. | Kruzhkova, L.V.

Исследования проводили с целью оценки влияние модифицирующего действия питательной среды и условий культивирования на геном микрорастений плодовых и ягодных культур. В качестве биологических объектов исследования использовали линии клоновых подвоев яблони – 54-118, 62-396, культивируемые in vitro 1, 3, 6, 10 лет, а также каллусные ткани и микропобеги, полученные методом адвентивного органогенеза и методом регенерации из апикальных меристем, линии и каллусные ткани клонового подвоя груши ПГ-12, культивируемые in vitro в течение 4, 10, 18 лет, линии cортов малины Яркая и Оранжевое чудо, культивируемые в условиях in vitro 1, 2, 3 года. Анализ генетического полиморфизма культивируемых in vitro микрорастений осуществляли с использованием 8 микросателлитных маркеров CH03d07, CH03d01, CH03d08, CH02c02b (яблоня и груша), RhM001, RhM011, RiM015, RiM019 (малина). Для клонового подвоя яблони 54-118 идентифицировано 9 фрагментов, из которых 3 (33,3%) оказались полиморфными. Наибольшее количество полиморфных фрагментов отмечено для локуса CH03d07 (4 фрагмента). Для клонового подвоя яблони 62-396 суммарно выявлено 14 фрагментов по 4 изучаемым локусам. Из них полиморфными были 4 фрагмента (28,6%). Наибольшее количество полиморфных фрагментов отмечено для локуса CH03d08 (4 фрагмента). Для клонового подвоя груши ПГ-12 общее количество фрагментов по изучаемым локусам было равно 11, в том числе 3 полиморфных (27,3%). Для сортов малины Оранжевое чудо и Яркая идентифицировано 10 фрагментов. При этом уникальных фрагментов не выявлено. Результаты анализа SSR-локусов у плодовых и ягодных растений свидетельствуют о высоком уровне генетической стабильности в процессе культивирования in vitro независимо от использованной модели размножения и сроков культивирования. | The paper aimed to assess the modifying effect of nutrient medium and cultivation conditions on the genome of microplants of fruit and berry crops. As biological objects of the study, we used lines of apple clonal rootstocks 54-118 and 62-396 cultivated in vitro for 1, 3, 6, and 10 years, as well as callus tissues and microshoots obtained by the method of adventive organogenesis and by the method of regeneration from apical meristems; lines, and callus tissues of PG-12 pear clonal rootstock cultivated in vitro for 4, 10, and 18 years; and lines of raspberry varieties Yarkaya and Oranzhevoye Chudo, cultivated in vitro for 1, 2, and 3 years. Genetic polymorphism of microplants cultivated in vitro was analyzed using eight microsatellite markers CH03d07, CH03d01, CH03d08, CH02c02b (apple and pear), RhM001, RhM011, RiM015, and RiM019 (raspberry). For 54-118 clonal rootstock of apple tree, we identified nine fragments, three of which (33.3%) turned out to be polymorphic. The largest number of polymorphic fragments was observed for CH03d07 locus (four fragments). For 62-396 clonal rootstock of apple tree, we identified 14 fragments at the four studied loci; four fragments were polymorphic (28.6%). The largest number of polymorphic fragments was noted for CH03d08 locus (four fragments). For PG-12 pear clonal rootstock, the total number of fragments at the studied loci was 11, including three polymorphic fragments (27.3%). For raspberry varieties Oranzhevoye Chudo and Yarkaya, we identified 10 fragments. At the same time, we did not identify any unique fragments. The results of the analysis of SSR loci in fruit and berry plants indicated a high level of genetic stability during in vitro cultivation, regardless of the reproduction model used and the cultivation time.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Dolzhikova, M.A. | Pavlenko, A.A. | Pikunova, A.V. | Golyaeva, O.D.

В исследованиях изучены генотипы 46 сортов смородины красной (Ribes rubrum) коллекции Всероссийского НИИ селекции плодовых культур (ВНИИСПК) по 14 микросателлитным локусам. Данные получены методом детекции - фрагментного анализа с помощью капиллярного электрофореза. Выделены сорта с редкими, уникальными аллелями и сочетаниями аллелей. В большинстве случаев у каждого генотипа для конкретного локуса было выявлено не более двух фрагментов, но в некоторых локусах у образцов амплифицировались три фрагмента (Орловчанка, Константиновская, Надежда - e3-B02; Мармеладница - g2-G12; Надежда - g2-J08; Светлица, Татьянина - g1-L12). Профили сортообразцов Cascad и Red cross идентичны друг другу, хотя и отличаются от остальных. Сорта Красный крест (Red cross) [(Вишневая (Сherry) x Белый виноград (White Grape)] и Каскад (Cascad) [(свободное опыление сорта Диплом (Вишневая x Белый виноград)] были выведены в США и имеют общих предков. Можно предположить, что в коллекции под разными названиями присутствует один и тот же генотип или, что данные пары сортов настолько схожи, что полиморфизма проанализированных локусов недостаточно для их различия. Для недопущения сдвига размера аллелей подобраны и предложены контрольные сорта, районированные на территории РФ - Газель (оригинатор ВНИИСПК: Чулковская x Маарсес Проминент) и Валентиновка (оригинатор ВНИИСПК: Роте Шпетлезе x Йонкер ван Тетс). Полученные данные о полиморфизме микросателлитных локусов смородины красной могут быть использованы для дальнейшей идентификации. | Research Institute of Fruit Crops Breeding (VNIISPK) Collection were studied for 14 microsatellite locus. The data were obtained by the detection method of - fragment analysis using capillary electrophoresis. Varieties with rare, unique alleles and combinations of alleles have been identified. In most cases, no more than two fragments were identified for each genotype for a specific locus, but 3 fragments at some loci were amplified in the samples (Orlovchanka, Konstantinovskaya, Nadezhda - e3-B02; Marmeladnitsa - g2-G12; Nadezhda - g2-J08; Svetlitsa, Tatianina - g1-L12). The profiles of the cultivars Cascad and Red cross are identical to each other, although they differ from the others. The Red cross [(Cherry x White Grape] and Cascad [(free pollination of the variety Diploma (Cherry x White grape)]] varieties were developed in the USA and have common ancestors. It can be assumed the collection under different names contains the same genotype or that these pairs of varieties are so similar that the polymorphism of the analyzed loci is not enough to distinguish them. To prevent a shift in the size of alleles control varieties were selected and proposed, zoned in the territory of the Russian Federation - Gazelle (originator of VNIISPK: Chulkovskaya x Maarses Prominent) and Valentinovka (originator of VNIISPK: Rote Shpetlese x Jonker van Tets). The data obtained on the polymorphism microsatellite loci Red currant can be used for further identification.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2021

Libayao, C.F. | Manuel, Ma.C.C. | Ocampo, E.T.M. | Lalusin, A.G.

Fifty-three sugarcane accessions from Aklan, Iloilo, Cagayan, Nueva Vizcaya, Isabela, and Bohol [Philippines] were characterized using forty-two morphometric parameters and forty microsatellite markers. Twenty-six morphological characters using the Shannon-Weaver diversity index showed high variability (H' = 0.76) and were able to characterize the fifty-three sugarcane accessions. Cluster analysis of morphological traits based on sequential agglomerative hierarchical test and Euclidean distance revealed two groupings at 0.3 coefficient of dissimilarity. The clustering of some accessions was irrespective of their geographical origin indicating a high degree of phenotypic similarity in some accessions. Out of the forty microsatellite markers, twenty-five (63%) have a PIC value greater than 0.5 with Sach 53 showing the highest at 0.89. This implies that these markers are suitable for sugarcane genetic diversity studies as they can detect a high number of discernable alleles. Molecular cluster analysis generated using Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) and Jaccard distance showed two clusters at 0.4 coefficient of dissimilarity. In cluster I, twenty-one accessions from Aklan and Iloilo grouped indicating genetic similarity. Aklan and Iloilo provinces are both located in the same geographic island in Western Visayas, hence, the observed grouping in cluster I. On the other hand, thirty-two sugarcane accessions from Northern Luzon (Cagayan, Nueva Vizcaya, and Isabela), Iloilo, Aklan, and Bohol were grouped in cluster II. The observed clustering of accessions from different regions implies the extensive distribution of sugarcane germplasm to the different parts of the Philippines.

Show more [+]

Less [-]

University Library, University of the Philippines at Los Baños - Philippines