AGRIS - 

Data provenance by Country

2018

Getmantseva, L.V., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

Genome-Wide Association Studies (GWAS) are increasingly used in the investigation of the genetic architecture of the reproductive traits of pigs. Based on the results of these studies, there were identified 47 SNPs associated with the prolificacy of sows of European breeds (Large White, Yorkshire, Landrace), which are presented in the PigQTLdb database. The aim of this work is to develop a procedure for testing SNPs rs80867243 (SSC5), rs81379421 (SSC3), rs81236069 (SSC10) by PCR-RFLP and to evaluate their polymorphism in maternal pigs bred in the conditions of the Russian breeding industry. The research was carried out on Large White pigs (n = 60) and Landrace (n = 63). SNP positions were determined upon the last assembly of the pig genome (Sus scrofa 11.1) in the Ensembl database. The oligonucleotide primers and restriction endonucleases for identification of SNP by PCRRFLP were selected using Primer-BLAST and NEBcutter V2.0 programs, respectively. According to the results of molecular genetic studies, Landrace pigs are polymorphic in all investigated SNPs. The allele frequencies A and G for SNPs rs80867243, rs81379421 and rs81236069 were 0.81 and 0.19; 0.43 and 0.57; 0.21 and 0.79, respectively. In Large White pigs polymorphism was established for SNPs rs81379421 and rs81236069, the frequencies of alleles A and G were 0.07 and 0.93; 0.30 and 0.70, respectively. The methods of testing SNPs rs80867243, rs81379421 and rs81236069, which can be used in further studies on the pigs bred in breeding farms of the Russian Federation as well as in the study of associative connections of SNPs with reproductive traits are presented in the article. | Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) находят все большее применение при изучении генетической архитектуры репродуктивных признаков свиней. По результатам этих исследований установлено 47 SNPs, связанных с многоплодием свиноматок европейских пород (крупная белая, йоркшир, ландрас), которые представлены в базе данных PigQTLdb. Цель данной работы ‒ разработать методику тестирования SNPs rs80867243 (SSC5), rs81379421 (SSC3), rs81236069 (SSC10) методом ПЦР-ПДРФ и оценить их полиморфизм у свиней материнских пород, разводимых в условиях племенных хозяйств РФ. Исследования проводили на свиньях породы крупная белая (n = 60 гол.) и ландрас (n = 63 гол.). Позиции SNP определяли по последней сборке генома свиней (Sus scrofa 11.1) в базе данных Ensembl. Олигонуклеотидные праймеры и эндонуклеазы рестрикции для идентификации SNP методом ПЦР-ПДРФ подбирали с помощью программ Primer-BLAST и NEBcutter V2.0 соответственно. По результатам молекулярно-генетических исследований установлено, что свиньи породы ландрас полиморфны по всем исследуемым SNPs. Частоты аллелей A и G по SNPs rs80867243, rs81379421 и rs81236069 составили 0,81 и 0,19; 0,43 и 0,57; 0,21 и 0,79 соответственно. У свиней крупной белой породы установлено наличие полиморфизма по SNPs rs81379421 и rs81236069, частоты аллелей A и G составили 0,07 и 0,93; 0,30 и 0,70 соответственно. В работе представлены методики тестирования SNPs rs80867243, rs81379421 и rs81236069, которые могут быть использованы в дальнейших исследованиях на поголовье свиней, разводимых в племенных хозяйствах РФ, а также при изучении ассоциативных связей SNPs с воспроизводительными качествами.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Goncharenko, G.M. | Grishina, N.B. | Khoroshilova, T.S. | Romanchuk, I.V., Siberia Federal Scientific Center of Agrobiotechnology, Novosibirsk Region

The use of genetic markers in addition to traditional selection methods in animal with desirable genotypes allows to increase the share of high productive animals in the next generations and ensures improvement of breeding efficiency. Genetic features of the Prikatun type of the Gorno-Altay semi-fine wool breed of sheep and the White downy goat breed in the Republic of Altay were studied by the method of immunogenetic and molecular genetic analysis. The frequency of antigenic factors was identified, and the index of genetic similarity between goats and sheep and their separate herds was calculated. Gene polymorphism of beta-lactoglobulin (BLG) and calpastatin (CAST) was revealed by the method of DNA diagnosis. Population and genetic characteristics of the herds was studied by the genes specified. Associative genotype relation to productivity and quality of the produce obtained was analyzed. The index of genetic similarity between the goats and the sheep was at the level of 0.713, between the separate herds of the goats the index was 0.861. The ratio of genotypes in the BLG gene determined by PCR analysis in the White downy goats was S1S1 – 16.1%; S1S2 – 50.6%; S2S2 – 33.3%. In the Prikatun type two genotypes were identified in this gene: BB with the frequency of 59.2%, and AB – 40.8%. Two different alleles were identified in the CAST gene of sheep (M and N). The genotype MM was the predominant variant in the CAST sheep gene, whose frequency was 88%. The frequency of occurrence of animals with NN genotype was 1%, MN – 11%. It was shown that the gene equilibrium in the herds was not broken, hi square criterion is 0.931. It was noted that heterozygous goats (S1S2) by BLG gene had a higher live weight by 0.30-0.61 kg compared to other variants of BLG gene (p under 0.05). It was also found that lambs with genotype MM of the CAST gene had a higher live weight by 5.5 kg than MN heterozygotes (p under 0.01). However, this difference was not revealed in other age and sex groups of animals. | Привлечение генетических маркеров в дополнение к традиционным методам отбора животных с желательными генотипами позволяет повысить долю животных с высокой продуктивностью в последующих поколениях и обеспечивает повышение эффективности селекционной работы. Изучены генетические особенности прикатунского типа горноалтайской полутонкорунной породы овец и алтайской белой пуховой породы коз в Республике Алтай методом иммуно- и молекулярно-генетического анализа. Выявлена частота антигенных факторов и рассчитан индекс генетического сходства между козами и овцами, а также отдельными стадами. Методом ДНК-диагностики выявлен полиморфизм генов бета-лактоглобулина и кальпастатина. Изучена популяционно-генетическая характеристика стад по указанным генам. Выявлены ассоциативные связи генотипов с продуктивностью и качеством получаемой продукции. Индекс генетического сходства между козами и овцами находился на уровне 0,713, между отдельными стадами коз – 0,861. Методом ПЦР-анализа определено соотношение генотипов в гене бета-лактоглобулина у коз белой пуховой породы: S1S1 – 16,1%, S1S2 – 50,6, S2S2 – 33,3%. В прикатунском типе в этом гене выявлено два генотипа: ВВ с частотой 59,2% и АВ – 40,8%. У овец в гене кальпастатин выявлено два разных аллеля (M и N). Преобладающим вариантом в гене кальпастатин овец является генотип ММ (88%), животных с NN генотипом – 1%, MN – 11%. При этом генное равновесие в стадах не нарушено, хи-квадрат равен 0,931. Отмечено, что козы (S1S2), гетерозиготные по гену бета-лактоглобулина, имели живую массу на 0,30–0,61 кг выше в сравнении с другими его вариантами (р меньше 0,05). У баранчиков с генотипом ММ гена кальпастатина живая масса была на 5,5 кг выше, чем у MN гетерозигот (р меньше 0,01), но в других половозрастных группах это различие не отмечено.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Кhatefov, Eh.B. | Kerv, Yu.A. | Bojko, V.N. | Golovina, M.A., The N.I. Vavilov All-Russia Inst. of Plant Genetic Resources, St. Petersburg

The problem of searching for new sources of selection-valuable features of maize (Zea mays L.) with a large genetic polymorphism requires breeders to create and improve the effectiveness of methods for obtaining the initial selection material. The aim of the research is to study the effectiveness of the method of re-diploidization of tetraploid populations to create a source material for hybrid selection. As a part of the research next tasks have been fulfilled: the evaluation of selection-valuable traits that are of importance in hybrid maize breeding, identification of sources and donors of genes controlling valuable phenotypic features, as well as determination of practical significance of the new initial material for the selection. To conduct the research, we used methods of decomposition of the triploid hybrid progeny between a tetraploid population with a broad genetic basis and a diploid line, with subsequent selection of re-diploid genotypes. The study of the lines and their topcrosses was carried out under the conditions of the foothill zone of Kabardino-Balkaria, where the combinational ability and the reaction to CMS (Cytoplasmic male sterility) of the "M" type of other quantitative and qualitative characteristics having a breeding value were investigated. As a result of the studies, new lines of re-diploid corn from tetraploid populations were distinguished, characterized by many selective-valuable features such as early ripeness, productivity, and high combinational ability. Donors of multi-earness had been created; they transmit the trait according to the incomplete type of inheritance in hybrid combinations (13 lines). New corn lines had been identified as fertility restorers (27 lines) and CMS fixers based on the "M" type of sterility (9 lines), eight hybrid combinations exceeding the grain yield standard by 0.75–3.27 t/ha with least significant difference (LSD05) = 0.23 t/ha were distinguished. The results of the studies are important for the development of the theoretical foundations of corn breeding, as well as for the creation of selectively valuable recombinants and donors of effective genes for hybrid breeding. The genetic polymorphism of the maize lines is expanded and enriched, which is of practical interest to breeders and researchers. Theoretical developments and the initial material are characterized by high grain productivity and resistance to biotic and abiotic stresses. The results of the work are important for the selection and private genetics of maize. | Цель исследований – изучение эффективности метода редиплоидизации тетраплоидных популяций кукурузы, как источника исходного селекционного материала для гибридной селекции. В процессе проведения исследований решены задачи по оценке селекционно ценных признаков, выделению источников и доноров генов, контролирующих ценные фенотипические признаки, определена практическая значимость нового исходного материала для селекции. В работе использованы методы разложения триплоидного гибридного потомства между тетраплоидной популяцией с широкой генетической основой и диплоидной линией с последующим отбором редиплоидных генотипов. Опыты проводили в предгорной зоне Кабардино-Балкарской Республики, где изучали комбинационную способность и реакцию на ЦМС (цитоплазматическую мужскую стерильность) "М" типа других селекционно ценных признаков. Выделенные новые линии редиплоидной кукурузы обладают такими селекционно ценными признаками, как: раннеспелость (12 линий), продуктивность (две линии) и высокая комбинационная способность (пять линий). Созданы доноры многопочатковости, передающие признак по неполному типу наследования в гибридных комбинациях (13 линий). Выделены новые линии кукурузы – восстановители фертильности (27 линий) и закрепители ЦМС на основе "М" типа стерильности (девять линий), выделено восемь гибридных комбинаций, превышающих по урожаю зерна стандарт на 0,75–3,27 т/га при НСР05 0,23 т/га. Результаты исследований имеют значение для разработки теоретических основ селекции кукурузы, а также создания селекционно ценных рекомбинантов и доноров эффективных генов для гибридной селекции. Расширен и обогащен генетический полиморфизм линий кукурузы, представляющий практический интерес для селекционеров и исследователей. Теоретические разработки и исходный материал характеризуются высокой зерновой продуктивностью и устойчивостью к биотическим и абиотическим стрессам. Результаты работы имеют значение для селекции и частной генетики кукурузы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Anisimova, I.N. | Alpat'eva, N.V., The N.I. Vavilov All-Russia Inst. of Plant Genetic Resources, St. Petersburg

The amplified sequences of the SFA8 gene from seven Helianthus annuus L. accessions and three accessions of wild Helianthus L. species from VIR collection were sequences. The intron of 258-303 bp length depending on the genotype was firstly found in the central part of the gene. The length of the first exon constitutes 99 bp, the second exon is of 210 bp length. The nucleotide and translated amino acid sequences are polymorphic among different genotypes. The line VIR 130 in which the two expressing SFA8 proteins, the normal polypeptide with isoelectric point (pI) approximately 6.0 (normal SFA8) and its allelic variant with pI 6.5 (variant SFA8) have been earlier revealed possesses two types of the SFA8 encoding sequence. In one sequence the substitution 108С-G is present that results in the substitution of the polar uncharged amino acid serine for the positively charged arginine and respectively in alteration of the protein charge and isoelectric point. The intron sequence is also polymorphic and characterized by the presence of indels of approximately 45 bp. The intron sequences of all accessions contain dinucleotides GT at the 5' end and AG at the 3' end which are characteristic for consensus sequences of splicing sites in the U2-type introns. The variants of the secondary structure of the SFA8 intron sequences of H. argophyllus Torr. and A. Gray and all the analyzed H. annuus genotypes are similar and differ from those of H. petiolaris Nutt. and H. giganteus L. The data on the SFA8 gene sequence polymorphism are important understanding the molecular mechanisms of genotypic differences in biochemical and functional properties of the protein, and he revealed differences in the intron secondary structure can be important for understanding expression patterns of the protein. | Секвенированы последовательности амплифицированных фрагментов гена SFA8 семи образцов Helianthus annuus L. и трех образцов диких видов рода Helianthus L. из коллекции ВИР. Впервые установлено, что в центральной части гена SFA8 находится интрон, длина которого у разных генотипов варьирует от 258 до 303 пн. Длина первого экзона составляет 99 пн., длина второго – 210 пн. Нуклеотидные и транслированные аминокислотные последовательности полиморфны у различных генотипов. Линия ВИР130, у которой ранее обнаружены два экспрессирующихся варианта белка – нормальный с изоэлектрической точкой (pI) 6,0 ("дикий тип") и его аллельный вариант с pI 6,5 ("вариантный белок") – имеет два варианта кодирующей последовательности. В одной из них присутствует замена 108С-G, приводящая к замене полярной незаряженной аминокислоты серина на положительно заряженный аргинин и, соответственно, изменению заряда белка и его изоэлектрической точки. Последовательность интрона также полиморфна и характеризуется наличием инделей длиной около 45 пн. У всех образцов последовательности интрона содержат динуклеотиды GT на 5' и AG на 3' конце, характерные для консенсусных последовательностей сайтов сплайсинга интроновU2-типа. Варианты вторичной структуры последовательностей интрона SFA8 H. argophyllus Torr. and A.Gray и всех проанализированных генотипов H. annuus сходны между собой, но отличаются от вариантов H. petiolaris Nutt. и H. giganteus L. Полученные данные о полиморфизме последовательностей гена SFA8 важны для объяснения молекулярных механизмов генотипических различий биохимических и функциональных свойств кодируемого белка, а выявленные различия вторичной структуры интрона − для понимания особенностей экспрессии этого белка.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Safina, N.Yu. | Yul'met'eva, Yu.R. | Shakirov, Sh.K., Tatarstan Research and Development Inst. of Agriculture, Kazan

The study was carried out among Holstein first calf heifers in the Republic of Tatarstan. DNA samples were separated from blood samples of 261 cows for identification and genotyping according to kappa-casein and prolactin genes by PCR-RFLP analysis method. Extraction of DNA was carried out with a ready-made kit "AmpliPrime DNA-Sorb B" according to the manufacturer's instructions. Genotyping of animals was carried out by the method of polymerase chain reaction (PCR), followed by hydrolysis of PCR products. We used restriction endonucleases Hinf I and Rsa I for genes CSN3 and PRL, respectively. Electrophoretic separation of PCR-RFLP products occurred on an agarose gel in the presence of 10xTBE buffer and ethidium bromide 10%. Fragments of the studied genes were visualized, fixed and documented using the video system Gel and Doc. the study made statistical calculations using data on milk yield for 305 days (according to I lactation) of the official electronic catalog "SELEX" containing information on the herd. Indicators of milk fat and protein in the studied population were recorded using the device "Klever-2M" from samples obtained during the control milkings.When considering the gene polymorphism as whole, cow-heifers with a complex CSN3AA – PRLAB genotype showed prominent results on milk yield (6648 kg), with a CSN3AA – PRLAA genotype – on percent fat content (3.84%), with a CSN3AB – PRLBB genotype – on percent protein (3.51%), with a CSN3BB – PRLAA genotype – on milk fat (265.2 kg), with a CSN3AA – PRLAB genotype - on milk protein content (210.6 kg). The study didn't detect PRLBB – CSN3BB genotype complex. | Исследование проводилось среди коров-первотелок голштинской породы в Республике Татарстан. Образцы ДНК были выделены из проб крови 261 головы коров. Экстрагирование ДНК осуществлялось готовым набором "АмплиПрайм ДНК-сорб В" согласно инструкции производителя. Генотипирование животных проводилось методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с последующим гидролизом ПЦР-продуктов. В работе применялись эндонуклеазы рестрикций Hinf I и Rsa I для генов CSN3 и PRL соответственно. Электрофоретическое разделение продуктов ПЦР-ПДРФ происходило в агарозном геле в присутствии 10хTBE буфера и этидиума бромида 10%. Фрагменты исследуемых генов визуализировали, фиксировали и документировали с помощью видеосистемы Gel and Doc. Выполнены статистические расчеты с использованием данных об удое за 305 дней (по I лактации) официальной электронной картотеки "СЕЛЭКС ", содержащей информацию о стаде. Показатели жира и белка молока изучаемого поголовья были зафиксированы при помощи аппарата "Клевер-2М " опытным путем из образцов, полученных во время контрольных доек. При рассмотрении полиморфизма генов в комплексе лучшие результаты по удою продемонстрировали первотелки с комплексным генотипом CSN3AA – PRLAB (6648 кг), по содержанию жира CSN3AA – PRLAA (3,84%), по содержанию белка CSN3AB – PRLBB (3,51%), по молочному жиру CSN3BB – PRLAA (265,2 кг), CSN3AA – PRLAB (210,6 кг) по молочному белку. Комплекса генотипов PRLBB – CSN3BB в данном исследовании не обнаружено.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Yaluga, V.L. | Prozherin, V.P., Arkhangelsk Research and Development Inst. of Agriculture

There are given the results of the study of the genetic structure of the population of the higher breeding group (HBG) of the Kholmogory breed simultaneously for the genes of milk proteins and hormones directly related to the indicators of milk productivity. Genotypes of CSN3, LGB, PRL, GH, LEP genes and their complexes using the PCR-RFLP method were determined in the Kholmogory cows (n=150) belonging to the leading breeding farms of the Archangelsk region. Alleles CSN3A (0.83), LGBB (0.593), PRLG (0.81), GHL (0.877), LEPA (0.857) were found to predominate. Identified were 9 complex genotypes CSN3/LGB, 13 - PRL/GH/LEP, 49 - CSN3/LGB/PRL/GH/LEP. The Kholmogory cows had the following genotypes of milk proteins: CSN3AA/LGBAB (32.7%), CSN3AA/LGBBV (26%). In general, the majority (50.7%) of animals had within the genotype 2 or 3 alleles B of milk protein genes, 38% of cows had 1 allele B. Most Kholmogory cows were carriers of the following genotypes of milk hormones - PRLGG/GHLL/LEPAA (38%), PRLAG/GHLL/LEPAA (20%). In the studied group of animals of 243 theoretically possible, 49 complex genotypes of CSN3/LGB/PRL/GH/LEP with different frequency were detected. In the Kholmogory cows (33.3%), the most common three genotypes were CSN3AA/LGBAB/PRLGG/GHLL/LEPAA, CSN3AA/LGBBB/PRLGG/GHLL/LEPAA, CSN3AA/LGBBB/PRLAG/GHLL/LEPAA, only they were effective for population and exceeded the information threshold of 5%. 23 complex genotypes out of 49 identified ones were single and occurred at a frequency of less than 1%. It should be noted that a total of 15% of cows possessed unique genotypes in the herd. Rare were 46 out of 49 genotypes, their frequency was less than 5%. Together, their frequency is 66.7%. | Приведены результаты исследования генетической структуры поголовья высшей селекционной группы (ВСГ) холмогорской породы одновременно по генам молочных белков и гормонов, напрямую связанных с показателями молочной продуктивности. У коров холмогорской породы (п=150), принадлежащих ведущим племенным хозяйствам Архангельской обл. были определены генотипы генов CSN3, LGB, PRL, GH, LEP и их комплексы с использованием метода ПЦР-ПДРФ. Установили, что у них преобладали аллели CSN3А (0,83), LGBВ (0,593), PRLG(0,81), GHL (0,877), LEPА (0,857). Выявили 9 комплексных генотипов CSN3/LGB, 13 - PRL/GH/LEP, 49 - CSN3/LGB/PRL/GH/LEP. Холмогорские коровы обладали следующими генотипами молочных белков - CSN3АА/LGBАВ (32,7%), CSN3АА/LGBВВ (26%). В целом более половины (50,7%) животных имели в составе генотипа 2 или 3 аллеля В генов молочных белков, 38% коров имели 1 аллель В. Большинство коров холмогорской породы оказались носителями следующих генотипов молочных гормонов - PRLGG/GHLL/LEPАА (38%), PRLАG/GHLL/LEPАА (20%). В исследованной группе животных из 243 теоретически возможных выявлено наличие 49 комплексных генотипов CSN3/LGB/PRL/GH/LEP, с различной частотой встречаемости. У холмогорских коров (33,3%) наиболее часто встречающимися тремя генотипами были CSN3АА/LGBАВ/PRLGG/GHLL/LEPAA, CSN3АА/LGBBВ/PRLGG/GHLL/LEPAA, CSN3АА/LGBBВ/PRLAG/GHLL/LEPAA, только они явились эффективными для популяции и превысили порог информативности 5%. 23 комплексных генотипа из 49 выявленных оказались единичными и встречались с частотой менее 1%. Следует отметить, что уникальными генотипами в стаде обладали в целом 15% коров. Редкими были 46 из 49 генотипов, частота их встречаемости менее 5%. В совокупности их частота составляет 66,7%.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Agakhanov, M.M. | Volkov, V.A. | Ul'yanich, P.S. | Abdullaev, K.M. | Kislin, E.N., The N.I. Vavilov All-Russia Inst. of Plant Genetic Resources, St. Petersburg

Ampelographical collection of the VIR experiment station in Dagestan comprises 320 accessions of grape cultivars and 25 ecotypes of wild grape species, that are highly polymorphic in their morphological traits. As for any other large germplasm collections, the problem of genetic identification of the accessions and their originality is critical for the ampelographical collection. Genome of Vitisvinifera L. contains many polymorphic microsatellite loci, their allele diversity could be used to reveal the genetic structure of the ex situ collection as well as for the identification of duplicates. The task of the study was to estimate the level of polymorphism of four microsatellite loci that were previously recommended for the genotyping purposes in grape. The grape collection of Dagestan experiment station of VIR was investigated. The analysis of microsatellite loci was based on PCR with the primers that were published previously. The size of alleles was estimated with Nanophor 05 sequencer (Syntol, Moscow). The results of the collection screening with the microsatellite markers were analyzed with Structure 2.3.4 software. The main characteristics of microsatellite loci (Polymorphic Information Content, heterozygosity) were determined using GenAlEx 6.2 program. The high level of polymorphism of the microsatellite loci VVS2, VVMD27, VVMD31, VVMD28 were detected when studying 221 accessions of the grape collection at the Dagestan experiment station. Heterozygosity of the loci was 0.50-0.83, the number of alleles per locus varied between 17 and 19, in total 70 alleles was detected. No relationship was detected between the allele combinations of accessions and their eco-geographical origin or any particular cultivar group. To reveal the genetic structure of the grape germplasm collection the larger number of SSR loci should be involved. | В ампелографической коллекции на филиале Дагестанская опытная станция ВИР (ДОС ВИР) сохраняются образцы 320 сортов культурного и 25 экотипов дикорастущего винограда, разнообразные по происхождению и морфологическим признакам. Как и для любой коллекции генетических ресурсов, вопрос генетической паспортизации образцов винограда является весьма актуальным. Геном Vitis vinifera L. содержит множество полиморфных микросателлитных локусов, аллельное разнообразие которых может быть использовано для выявления генетической структуры коллекции, а также идентификации дублетов. В задачу настоящего исследования входило оценить уровень полиморфизма четырех микросателлитных локусов, ранее рекомендованных для целей сортовой идентификации у винограда, на материале ампелографической коллекции (ДОС ВИР). Анализ микросателлитных локусов проводился на основе ПЦР с опубликованными праймерами, размеры амплифицированных аллелей оценивали с использованием генетического анализатора НАНОФОР 05 (ИАП РАН, Россия). Результаты анализа обрабатывали с использованием программы Structure 2.3.4. Основные показатели полиморфизма локусов (коэффициент информативности PIC, гетерозиготность) определяли с использованием программы GenAlEx 6.2. По результатам анализа полиморфизма четырех микросателлитных локусов VVS2, VVMD27, VVMD31, VVMD28, у 221 образца винограда коллекции ДОС ВИР отмечен высокий уровень гетерозиготности изученных локусов (0,50-0,83), число выявленных аллелей варьировало от 17 до 19, суммарно было выявлено 70 аллелей. Не удалось установить связь между комбинацией аллелей четырех микросателлитных локусов и принадлежностью образца к какой-либо эколого-географической группе или группе сортов. Для выявления генетической структуры коллекции необходимо вовлечение в анализ большего числа микросателлитных локусов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Fedulova, T.P., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

Object of the study are plants of parent forms of sugar and fodder beet and hybrids F1 obtained from their crossbreeding. Aim of the work is to determine polymorphism of SSR-markers characterizing genetic variability of the g. Beta beet breeding material and correlation between them and productivity. During the studies, crosses between genetically marked male-sterile plants of sugar beet and plants of fodder red and white beet have been made. As a result of experimental studies, genetic diversity of sugar and fodder beet breeding materials and hybrids produced with their participation characterized by polymorphism in 3 RAPD- and 3 SSR-markers has been determined. Transfer of several DNA fragments from parent forms to beet hybrids has been revealed. Possibility of using the studied specific RAPD- and SSR-markers for molecular marking and identification of Beta genus beet breeding material is discussed. Molecular-genetic structure of parent forms (MS-plants of sugar and fodder beet and F1 hybrid progeny obtained by their crossing) in the Sb11, Sb13, Sb15 microsatellite locus and OPAR16, OPAX10, OPP14 RAPD-locus has been determined. This allows the identification of beet breeding materials and hybrids. Specific PCR- product of 1000 b.p. in length for the 2113 MS-line in the Sb13 locus has been revealed that is one of the test-traits for certification of this genotype. It has been shown that maximum heterogeneity of sugar, fodder red and fodder white beet breeding materials is determined with the help of the ОРАХ10 primer. The ОРР14 RAPD-primer can be used for identification of the accession No. 12 (MS 2093) since, only when using it, the characteristic appearing as formation of the amplicon with the length of 900 b.p. has been detected. Presence of the specific for fodder beet amplicon with the length of 700 b.p. in the locus Sb11 has been detected that can be one of the marker characteristics for it certification. | Объект исследования - растения родительских форм сахарной, кормовой свеклы и гибриды F1, полученные от их скрещивания. Цель работы – установление полиморфизма SSR-маркеров, характеризующих генетическую изменчивость селекционных материалов свеклы р. Betа, их взаимосвязь с продуктивностью. В процессе исследований проводились скрещивания генетически маркированных мужско-стерильных растений сахарной свеклы с растениями кормовой красной и белой свеклы. В результате экспериментальных исследований установлено генетическое разнообразие селекционных материалов сахарной, кормовой свеклы и гибридов с их участием, характеризующееся полиморфизмом по 3-м RAPD и 3- м SSR-маркерам. Выявлена передача отдельных фрагментов ДНК от родительских форм гибридам свеклы. Обсуждается возможность использования изученных специфических RAPD и SSR-маркеров для молекулярного маркирования и идентификации селекционного материала свеклы р. Betа. Определена молекулярно-генетическая структура родительских форм (МС-растений сахарной, кормовой свеклы, и гибридного потомства F1 от их скрещивания) по микросателлитным локусам Sb11, Sb13, Sb15 и RAPD-локусам OPAR16, OPAX10, OPP14. Это позволяет проводить идентификацию селекционных материалов и гибридов свеклы. Выявлен специфический ПЦР-продукт длиной 1000 п.н. для МС линии 2113 по локусу Sb13, что является одним из тест-признаков при паспортизации данного генотипа. Установлено, что максимальная гетерогенность селекционных материалов сахарной, кормовой красной и кормовой белой свеклы обнаруживается с помощью праймера ОРАХ10. RAPD-праймер ОРР14 может использоваться для идентификации образца №12 (МС 2093), так как только с ним была обнаружена отличительная особенность, проявляющаяся в формировании ампликона с длиной 900 п.н. Обнаружено наличие специфического ампликона для кормовой свеклы длиной 700 п.н. по локусу Sb11, что может являться одним из маркерных признаков при её паспортизации.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation