AGRIS - 

2018

Petrov, S.N. | Kharzinova, V.R. | Gladyr', E.A., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

Panels of microsatellite markers, which are also known as STRs (short tandem repeats), are widely used for the parentage control, as well as an assessment of the allele pool state and the genetic structure of breeds and populations of farm animals. However, the studies of Russian goat breeds using this type of DNA markers have not been carried out to date. The goal of this work was to develop a multiplex panel for goat microsatellites analysis and to evaluate its information capacity. This work was carried out in 2018. The studied sample set included three breeds of goats: Soviet Wool (n = 32, the Republic of Tuva), Saanen (n=42, Leningrad region) and Alpine (n=23, Ekaterinburg). The developed panel consisted of 8 STR-loci (INRA006, ILSTS087, CSRD247, OarFCB020 INRA023, MCM527, SRCRSP024, and ILSTS011) and the amelogenin locus for sex identification. Ear tissue samples were used as biological material. Polymorphism of nine markers, grouped into one panel, was determined by the authors' protocol using ABI 3130xl DNA analyzer (USA). Statistical analysis was performed in MS Excel 2007 with GenAIEx v. 6.5 plugin. All microsatellite loci, included in the panel, were polymorphic. The number of alleles in the loci varied from 4 (OARFCB20) in Alpine goats to 11 (ILSTS087 and CSRD247) in Soviet Wool goats. The probability of matching genotypes of individuals (PI) was practically excluded; the probability of exclusion as parents if the genotypes of both were known (РХ1) was more than 99% for all breeds. Soviet Wool goats had the highest level of genetic diversity, estimated by the average number of alleles and the average number of effective alleles per locus and by Shannon index: 8.63±0.63, 4.65±0.42 and 1.73±0.08, respectively. The obtained results confirmed the high information capacity of the developed STR panel, both for the parentage control and for the estimation of the biodiversity of goat breeds. | Панели микросателлитов, известных также под названием STR-маркеров (short tandem repeats), находят широкое применение для контроля достоверности происхождения, оценки состояния аллелофонда, генетической структуры пород и популяций с.-х. животных. Исследования российских пород коз с их использованием ранее не проводили. Цель работы– разработка мультиплексной панели анализа микросателлитов коз и оценка ее информативности. Исследование проводили в 2018 г. Выборка включала коз пород советская шерстная (n=32, Республика Тыва), зааненская (n=42, Ленинградская область) и альпийская (n=23, Екатеринбург). Разработанная панель состоит из 8 STR-локусов: INRA006, ILSTS087, CSRD247, OarFCB020 INRA023, MCM527, SRCRSP024 и ILSTS011 и локуса амелогенина для идентификации половой принадлежности. В качестве биологического материала использовали образцы ткани уха. Полиморфизм девяти маркеров, сформированных в одну панель, определяли по собственным методикам на ДНК-анализаторе ABI3130xl (США). Статистическую обработку результатов проводили с использованием пакета MS Excel 2007 с плагином GenAIEx v. 6.5. Все микросателлитные локусы, включенные в панель, оказались полиморфными. Число аллелей в локусах варьировало от 4 (OARFCB20) у альпийских коз до 11 (ILSTS087 и CSRD247) у коз советской шерстной породы. Вероятность совпадения генотипов индивидуумов (PI) была практически исключена, вероятность исключения в качестве родителей, если генотипы обоих известны (РХ1) для всех пород была выше 99%. Козы советской шерстной породы имели наибольший уровень генетического разнообразия среди обследованных групп, оцененный по среднему числу аллелей, среднему числу эффективных аллелей в расчете на локус и индексу Шеннона (8,63±0,63, 4,65±0,42 и 1,73±0,08 соответственно), и генетически относились к собственной породе. Полученные результаты подтвердили высокую информативность разработанной STR-панели, как для контроля достоверности происхождения, так и для оценки биоразнообразия пород коз.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Domblides, A.S. | Domblides, E.A. | Bondareva, L.L. | Pivovarov, V.F., All-Russia Research and Development Inst. of Vegetable Crop Selection and Seed Growing, Moscow Region

It is important to reveal the genetic base of breeding genetic material used for development of new breeding accessions among diverse Brassica oleracea L. (CC, 2n = 18). Classification of a collection with DNA markers enables to reveal valuable genotypes and establish their breeding records that allow developing the new accessions with sustainable economically valuable traits. The use of microsatellite markers (SSR) in B. oleracea L. has shown high efficiency in discovering genetic polymorphism between varieties and within varieties as well. In this study, 16 primer pairs have been taken to amplify microsatellite loci of genomic DNA in national 24 breeding accessions of cabbage. On the basis of the data obtained the dendrogram has been constructed with use of Jaccard's coefficient. All loci studied were high informative, where 14 out of 16 had a PIC more than 0.5. As a result, the level of genetic polymorphism has reached 85.7%. The large cluster of head cabbages consists of 3 subclusters: mid-maturing and early-maturing accessions of white head cabbage, red head and savoy cabbages, late-maturing and midmaturing accessions of white head cabbage, respectively. Maximum genetic distance in the cluster of head cabbages was obtained between head cabbage 'Slava 231' and 'Vertu 1340' with genetic similarity 44.7%. The 2 varieties of red head cabbage 'Gako 741' and 'Kamennaya Golovka 447' were genetically similar at 71.1%. The most genetically closest varieties were 'Zimovka 1474' and 'Podarok' ( similarity 86.5%). Information on topologic differentiation obtained from cluster analysis can be the basis for Marker Assisted Selection. | Для получения новых селекционных форм среди разнообразных представителей вида Brassica oleracea L. (CC, 2n = 18) необходимо знать генетическую основу используемого селекционного материала. Классификация коллекций с использованием ДНК маркеров позволяет выделить ценные генотипы и установить их родословные, чтобы в дальнейшем получать новые формы с набором ценных признаков. Использование микросателлитных маркеров (SSR) в виде B. oleracea L. показало высокую эффективность по выявлению полиморфизма между разновидностями, между сортами и внутри сортов. В данной работе было взято 16 пар праймеров для амплификации микросателлитных локусов геномной ДНК 24 отечественных селекционных образцов капусты. Все оцененные локусы характеризовались высокой информативностью: 14 из 16 имели уровень PIC больше 0,5. На основе полученных данных была построена дендрограмма на основе коэффициента Джаккарда. В результате оценку генетического разнообразия проводили по 91 полученной микросателлитной аллели, где уровень наблюдаемого полиморфизма составил 85,7%. Большой кластер кочанных капуст состоял из 3 подкластеров: в первом – среднеспелые и скороспелые образцы капусты белокочанной, во втором – краснокочанная и савойская капуста, в третьем – позднеспелые и среднеспелые образцы капусты белокочанной. Максимальное генетическое расстояние в кластере кочанных капуст с генетической схожестью всего 44,7% было обнаружено между капустой белокочанной Слава 231 и капустой савойской Вертю 1340. Сорта капусты краснокочанной Гако 741 и Каменная головка, принадлежащие к разным сортотипам, были генетически сходны между собой на 71,1%. Наиболее генетически близкими оказались сорта капусты белокочанной Зимовка 1474 и Подарок (схожесть 86,5%). Информация о топологической дифференциации коллекции капусты, полученная в результате кластерного анализа, является основой маркер-вспомогательной селекции).

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Agakhanov, M.M. | Volkov, V.A. | Ul'yanich, P.S. | Abdullaev, K.M. | Kislin, E.N., The N.I. Vavilov All-Russia Inst. of Plant Genetic Resources, St. Petersburg

Ampelographical collection of the VIR experiment station in Dagestan comprises 320 accessions of grape cultivars and 25 ecotypes of wild grape species, that are highly polymorphic in their morphological traits. As for any other large germplasm collections, the problem of genetic identification of the accessions and their originality is critical for the ampelographical collection. Genome of Vitisvinifera L. contains many polymorphic microsatellite loci, their allele diversity could be used to reveal the genetic structure of the ex situ collection as well as for the identification of duplicates. The task of the study was to estimate the level of polymorphism of four microsatellite loci that were previously recommended for the genotyping purposes in grape. The grape collection of Dagestan experiment station of VIR was investigated. The analysis of microsatellite loci was based on PCR with the primers that were published previously. The size of alleles was estimated with Nanophor 05 sequencer (Syntol, Moscow). The results of the collection screening with the microsatellite markers were analyzed with Structure 2.3.4 software. The main characteristics of microsatellite loci (Polymorphic Information Content, heterozygosity) were determined using GenAlEx 6.2 program. The high level of polymorphism of the microsatellite loci VVS2, VVMD27, VVMD31, VVMD28 were detected when studying 221 accessions of the grape collection at the Dagestan experiment station. Heterozygosity of the loci was 0.50-0.83, the number of alleles per locus varied between 17 and 19, in total 70 alleles was detected. No relationship was detected between the allele combinations of accessions and their eco-geographical origin or any particular cultivar group. To reveal the genetic structure of the grape germplasm collection the larger number of SSR loci should be involved. | В ампелографической коллекции на филиале Дагестанская опытная станция ВИР (ДОС ВИР) сохраняются образцы 320 сортов культурного и 25 экотипов дикорастущего винограда, разнообразные по происхождению и морфологическим признакам. Как и для любой коллекции генетических ресурсов, вопрос генетической паспортизации образцов винограда является весьма актуальным. Геном Vitis vinifera L. содержит множество полиморфных микросателлитных локусов, аллельное разнообразие которых может быть использовано для выявления генетической структуры коллекции, а также идентификации дублетов. В задачу настоящего исследования входило оценить уровень полиморфизма четырех микросателлитных локусов, ранее рекомендованных для целей сортовой идентификации у винограда, на материале ампелографической коллекции (ДОС ВИР). Анализ микросателлитных локусов проводился на основе ПЦР с опубликованными праймерами, размеры амплифицированных аллелей оценивали с использованием генетического анализатора НАНОФОР 05 (ИАП РАН, Россия). Результаты анализа обрабатывали с использованием программы Structure 2.3.4. Основные показатели полиморфизма локусов (коэффициент информативности PIC, гетерозиготность) определяли с использованием программы GenAlEx 6.2. По результатам анализа полиморфизма четырех микросателлитных локусов VVS2, VVMD27, VVMD31, VVMD28, у 221 образца винограда коллекции ДОС ВИР отмечен высокий уровень гетерозиготности изученных локусов (0,50-0,83), число выявленных аллелей варьировало от 17 до 19, суммарно было выявлено 70 аллелей. Не удалось установить связь между комбинацией аллелей четырех микросателлитных локусов и принадлежностью образца к какой-либо эколого-географической группе или группе сортов. Для выявления генетической структуры коллекции необходимо вовлечение в анализ большего числа микросателлитных локусов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2018

Fedulova, T.P., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

Object of the study are plants of parent forms of sugar and fodder beet and hybrids F1 obtained from their crossbreeding. Aim of the work is to determine polymorphism of SSR-markers characterizing genetic variability of the g. Beta beet breeding material and correlation between them and productivity. During the studies, crosses between genetically marked male-sterile plants of sugar beet and plants of fodder red and white beet have been made. As a result of experimental studies, genetic diversity of sugar and fodder beet breeding materials and hybrids produced with their participation characterized by polymorphism in 3 RAPD- and 3 SSR-markers has been determined. Transfer of several DNA fragments from parent forms to beet hybrids has been revealed. Possibility of using the studied specific RAPD- and SSR-markers for molecular marking and identification of Beta genus beet breeding material is discussed. Molecular-genetic structure of parent forms (MS-plants of sugar and fodder beet and F1 hybrid progeny obtained by their crossing) in the Sb11, Sb13, Sb15 microsatellite locus and OPAR16, OPAX10, OPP14 RAPD-locus has been determined. This allows the identification of beet breeding materials and hybrids. Specific PCR- product of 1000 b.p. in length for the 2113 MS-line in the Sb13 locus has been revealed that is one of the test-traits for certification of this genotype. It has been shown that maximum heterogeneity of sugar, fodder red and fodder white beet breeding materials is determined with the help of the ОРАХ10 primer. The ОРР14 RAPD-primer can be used for identification of the accession No. 12 (MS 2093) since, only when using it, the characteristic appearing as formation of the amplicon with the length of 900 b.p. has been detected. Presence of the specific for fodder beet amplicon with the length of 700 b.p. in the locus Sb11 has been detected that can be one of the marker characteristics for it certification. | Объект исследования - растения родительских форм сахарной, кормовой свеклы и гибриды F1, полученные от их скрещивания. Цель работы – установление полиморфизма SSR-маркеров, характеризующих генетическую изменчивость селекционных материалов свеклы р. Betа, их взаимосвязь с продуктивностью. В процессе исследований проводились скрещивания генетически маркированных мужско-стерильных растений сахарной свеклы с растениями кормовой красной и белой свеклы. В результате экспериментальных исследований установлено генетическое разнообразие селекционных материалов сахарной, кормовой свеклы и гибридов с их участием, характеризующееся полиморфизмом по 3-м RAPD и 3- м SSR-маркерам. Выявлена передача отдельных фрагментов ДНК от родительских форм гибридам свеклы. Обсуждается возможность использования изученных специфических RAPD и SSR-маркеров для молекулярного маркирования и идентификации селекционного материала свеклы р. Betа. Определена молекулярно-генетическая структура родительских форм (МС-растений сахарной, кормовой свеклы, и гибридного потомства F1 от их скрещивания) по микросателлитным локусам Sb11, Sb13, Sb15 и RAPD-локусам OPAR16, OPAX10, OPP14. Это позволяет проводить идентификацию селекционных материалов и гибридов свеклы. Выявлен специфический ПЦР-продукт длиной 1000 п.н. для МС линии 2113 по локусу Sb13, что является одним из тест-признаков при паспортизации данного генотипа. Установлено, что максимальная гетерогенность селекционных материалов сахарной, кормовой красной и кормовой белой свеклы обнаруживается с помощью праймера ОРАХ10. RAPD-праймер ОРР14 может использоваться для идентификации образца №12 (МС 2093), так как только с ним была обнаружена отличительная особенность, проявляющаяся в формировании ампликона с длиной 900 п.н. Обнаружено наличие специфического ампликона для кормовой свеклы длиной 700 п.н. по локусу Sb11, что может являться одним из маркерных признаков при её паспортизации.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Fenchenko, N.G. | Khajrullina, N.I. | Shamsutdinov, D.Kh., Bashkir Research and Development Inst. of Agriculture, Ufa

Scientific research was conducted in the conditions of breeding farm and agrofirm for breeding of Simmental and Black-and-Motley cattle in the Republic of Bashkortostan. Studies of DNA of microsatellites and qualitative indicators of milk productivity were carried out on the basis of selected blood and milk samples of experimental animals. The aim of the research was a comparative analysis of the genetic diversity of Black-and-Motley and Simmental cattle on the basis of microsatellite analysis. The animals were formed into groups according to the principle of analogues, taking into account the age, the calving date, mothers' productivity, the linear origin in the amount of 200 animals. Interbred genetic differences were studied using the methods of zootechnical and molecular-genetic analysis. It was found that from 11 determined loci the experimental animals had six: BM 1824, BM 2113, ETN 10, ETN 35, SPS 115, TGLA 122. The frequency of occurrence of each of microsatellite loci alleles which Black-and-Motley and Simmental bulls-producers' daughters had was determined. Analysis of the genealogical structure of the herd showed that there was a specific tendency that determines the relation between the frequency of occurrence of certain allelic variants of microsatellite DNA loci and animal productivity indicators, taking into account their linearity. Comparative genetic analysis showed that there were significant differences in occurrence frequency of certain microsatellite loci alleles in terms of breeds, lines and bulls-producers. Tendencies that determine the relation between the frequencies of occurrence of certain variants of microsatellite DNA loci and milk yield for 305 days of lactation, fat mass fraction in milk, and live weight of offspring from bulls-producers of different genotypes were found. | Научные исследования проводили в условиях племрепродуктора и агрофирмы по разведению симментальского и чёрно-пёстрого скота в Республике Башкортостан. Изучение ДНК микросателлитов и качественных показателей молочной продуктивности проводили на основе отобранных образцов крови и молока подопытных животных. Целью исследований был сравнительный анализ генетического разнообразия черно-пестрого и симментальского скота на основе микросателлитного анализа. Животных в группы формировали по принципу аналогов, с учетом возраста, даты отела, продуктивности матерей, линейного происхождения в количестве 200 голов. Межпородные генетические различия изучали методами зоотехнического и молекулярного-генетического анализа. Установлено, что из 11 определяемых у крупного рогатого скота локусов у подопытных животных имелось 6: ВМ 1824, ВМ 2113, ЕТН 10, ЕТН 35, SPS 115, TGLA 122. Определена частота встречаемости каждого из аллелей микросателлитных локусов дочерей быков-производителей линий черно-пестрой и симментальской пород. Анализ генеалогической структуры стада показал, что прослеживается определенная тенденция, определяющая взаимосвязь между частотой встречаемости определенных аллельных вариантов микросателлитных локусов ДНК и показателями продуктивности животных с учетом их линейной принадлежности. Сравнительный генетический анализ показал, что имеются существенные различия по частоте встречаемости отдельных аллелей микросателлитных локусов по породам, линиям и быкам производителям. Выявлены тенденции, определяющие взаимосвязь между частотами встречаемости определенных вариантов микросателлитных локусов ДНК с уровнем удоя за 305 дней лактации, массовой долей жира в молоке и живой массой потомства быков-производителей разного генотипа.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Shirokova, N.V. | Getmantseva, L.V. | Kolosov, Yu.А. | Bakoev, N.F., Don State Agrarian Univ., Rostov Region

The Salsk breed of sheep is created as a result of many years work of breeders in the Rostov region. Studies of its genetic diversity are necessary for their conservation, further improvement and use of the breed. The aim of the work was to study polymorphism of microsatellite loci OarCP549, CSRD247, FCB20, and MAF65 in sheep of Salsk breed. Tissue samples were collected in sheep kept at one of the breeding farms in the Rostov Region). Analysis of microsatellites was performed nu a 16-capillary ABI3130xl Genetic Analyzer. To estimate polymorphism of loci it was taken into account: the Number of Alleles per locus (NA); Observed (Ho) and the Expected (He) Heterozygosity, the Effective Number of Alleles per locus (Ae). The highest Number of Alleles (NA = 17) and the Effective Number of Alleles (Ae = 7) was determined from the locus OarCP49 in the sheep of the Salsk breed. At other loci, the Number of Alleles was 15, 12 and 9, and the Effective Number of Alleles was 5.56, 5.33 and 3.85 respectively for CSRD247, FCB20 and MAF65. The heterozygote deficiency in the population is noted at the loci CSRD247 and MAF65. Average index of fixation for four loci was 0.094. There was detected polymorphism of microsatellite loci OarCP49, CSRD247, FCB20 and MAF65 and grounded the expediency of their inclusion in the panel of DNA markers for assessing the genetic diversity and authenticity of the origin for the sheep of Salsk breed. | В результате многолетней работы селекционеров Ростовской обл. была создана сальская порода овец. Исследование ее генетического разнообразия необходимо для сохранения, дальнейшего совершенствования и использования породы. Цель работы - изучить полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65 у овец сальской породы. Образцы тканей были взяты у 95 овец, содержащихся на одном из племзаводов в Ростовской обл. Анализ микросателлитов выполняли на 16-капиллярном генетическом анализаторе АВI3130xl Genetic Analyzer. Для оценки полиморфизма локусов учитывали количество аллелей на локус (NА); наблюдаемую (Но) и ожидаемую (Не) гетерозиготность, эффективное число аллелей на локус (Ае). Связь между индивидуальными особями и популяцией в целом определяли на основе индекса фиксации (Fis). Наибольшее количество аллелей (NA=17) и эффективное число аллелей (Ae = 7) у изучаемого поголовья овец было определено по локусу OarCP49. По другим локусам количество аллелей составило 15, 12 и 9, эффективное число аллелей 5,56; 5,33 и 3,85 соответственно для CSRD247, FCB20 и MAF65. Дефицит гетерозигот в популяции отмечен по локусам CSRD247 и MAF65. В среднем по четырем локусам индекс фиксации составил 0,094. Выявлено наличие полиморфизма микросателлитных локусов OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65, обоснована целесообразность их включения в панель ДНК-маркеров для оценки генетического разнообразия и достоверности происхождения овец сальской породы.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Suprun, I.I., North-Caucasian Federalal Center for Horticulture, Viticulture, Wine-making, Krasnodar

By using the polymorphism analysis of microsatellite loci, DNA certification and estimation of the degree of genetic similarity for a set of 20 modern peach varieties bred in Nikita botanical garden (Crimea) were performed. The studied varieties are in demand in horticulture, agroсlimatic conditions of the region and are valuable in breeding as sources of useful adaptive traits. To analyze the polymorphism of studied varieties 13 SSR-markers were used: BPPCT025, CPPCT044, BPPCT007, CPPCT006, UDP96-018, BPPCT023, UDP98-410, CPPCT040, UDP98-409, BPPCT017, BPPCT028, UDP98-412 and BPPCT002. Markers were divided into multiplex sets, which included 3-4 markers. Optimal combinations of SSR-markers made it possible to obtain easily interpreted results during fragment analysis. Among the used SSR markers the highest number of alleles (5) was found in markers BPPCT025 and CPPCT044, the least polymorphic markers were CPPCT040, UDP98-409, BPPCT028 (two alleles) and BPPCT002 (one allele). The remaining SSR-markers revealed 3-4 alleles per locus. Analysis of the obtained DNA fingerprints showed that all studied varieties have a unique allelic set. The most polymorphic SSR-markers are promising for use in the DNA certification of peach genetic resources. The cluster analysis revealed three main clusters, the distribution in which, in some cases, corresponds to the origin of the varieties. Genetic similarity data together with data on the origin of varieties can be used for planning of cross combinations when it is necessary to maximize the diversity level in the hybrid offspring. | С использованием анализа полиморфизма микросателлитных локусов выполнена ДНК-паспортизация и оценка степени генетического сходства выборки из 20 современных сортов персика селекции Никитского ботанического сада (Крым). Исследованные сорта являются востребованными в садоводстве в агроклиматических условиях региона и представляют селекционный интерес как источники полезных адаптивных признаков. Для анализа полиморфизма исследуемых сортов использовали 13 SSR-маркеров: BPPCT025, CPPCT044, BPPCT007, CPPCT006, UDP96-018, BPPCT023, UDP98-410, CPPCT040, UDP98-409, BPPCT017, BPPCT028, UDP98-412 и BPPCT002. Маркеры были распределены в мультиплексные наборы, включающие 3-4 маркера. Оптимальные сочетания SSR-маркеров позволили получать легко интерпретируемые результаты в ходе фрагментного анализа. Среди использованных SSR-маркеров наибольшее количество аллелей (5) было выявлено для маркеров BPPCT025 и CPPCT044, наименее полиморфными оказались маркеры CPPCT040, UDP 98-409, BPPCT028 (2 аллеля) и BPPCT002 (1 аллель). По остальным SSR-маркерам было выявлено по 3-4 аллеля на локус. Анализ полученных ДНК-фингерпринтов показал, что все изученные сорта обладают уникальным аллельным набором. Наиболее полиморфные SSR-маркеры перспективны для использования при ДНК-паспортизации генетических ресурсов персика. Выполненный кластерный анализ выявил 3 главных кластера, распределение в которых в ряде случаев согласуется с происхождением сортов. Данные о степени генетического сходства в совокупности с данными о происхождении сортов могут быть использованы для планирования комбинаций скрещиваний при необходимости получения максимального уровня разнообразия в гибридном потомстве.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Fedulova, T.P. | Bogomolov, M.A. | Fedorin, D.N., The A.L. Mazlumov All-Russia Research and Development Inst. of Sugar Beet and Sugar, Voronezh Region

The purpose of this work consisted in revealing polymorphism of the SSR-markers characterizing genetic variability of beet breeding materials within Betа genus. Object of the investigation were plants of sugar, fodder red, and wild beet Beta corolliflora Zoss. parental forms and F1 hybrids obtained from crossing. In the course of the investigations, hybridization between genetically labeled male sterile plants of sugar beet and plants of fodder red and Beta corolliflora Zoss. wild beet was performed. To reveal polymorphism and genetic structure of parental forms and of their hybrids, five SSR-primers of Sb series, namely Sb04, Sb06, Sb07, Sb09, Sb10 were used. As a result of PCR-analysis of 20 breeding accessions, high heterogeneity of the amplification products with the primers used was revealed. Sb06 primer was the least polymorphous. With amplification of genome DNA of all investigated beet materials, only one PCR-product of about 150 bp in length was obtained. The Sb10 primer showed the greatest polymorphism, in different samples of DNA it produced a product of different length. The Sb06, Sb07, Sb09 primers have different level of polymorphism in different samples of beet DNA. Significant relationship between productivity of beet breeding samples and the studied microsatellite loci was not revealed. | Цель работы - установление полиморфизма SSR-маркеров, характеризующих генетическую изменчивость селекционных материалов свеклы рода Betа. Объектом исследования являлись растения родительских форм сахарной, кормовой красной, дикой свеклы Beta corolliflora Zoss. и гибриды F1, полученные от их скрещивания. В процессе исследований проводилась гибридизация генетически маркированных мужскостерильных растений сахарной свеклы с растениями кормовой красной и дикой свеклы Beta corolliflora Zoss. Для выявления полиморфизма и генетической структуры родительских форм сахарной, кормовой свеклы, дикой свеклы и их гибридов использовали пять SSR-праймеров серии Sb: Sb04, Sb06, Sb07, Sb09, Sb10. В результате ПЦР-анализа 20 селекционных номеров свеклы выявлена высокая гетерогенность продуктов амплификации с применяемыми праймерами. Наименьшей полиморфностью обладает праймер Sb06. При амплификации с ним геномной ДНК всех исследуемых материалов свеклы был получен только один ПЦР-продукт длиной около 150 п.н. Праймер Sb10 показал наибольшую полиморфность, поскольку в разных образцах ДНК он имел продукт разной длины. Праймеры Sb06, Sb07, Sb09 имеют разную степень полиморфности в разных образцах ДНК свеклы. Значимой связи продуктивности селекционных образцов свеклы и изученных микросателлитных локусов не выявлено.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Fisinin, V.I., All-Russia Research and Technological Inst. of Poultry Breeding, Sergiev Posad

The high competition in the market of the world's poultry genetic material defines the importance of monitoring its origin and genetic consolidation. The aim of this work was to study polymorphism and genetic differentiation on microsatellite loci of turkeys' breeds of the Russian selection. The work was carried out at the North Caucasian Zonal Experimental Station for Poultry Breeding of North Caucasian Zonal Experimental Station for Poultry Breeding (Stavropol region). MLVA (multiple locus variable, number tandem repeats analysis) genotyping was performed on 12 VNTR loci (MNT9-MNT20). Blood samples were taken from turkeys of seven breeds: broad-chested white (n=12), North Caucasian bronze (n=12), North Caucasian white (n=9), North Caucasian silvery (n=15), Moscow white (n=12), Tikhoretsk black (n=10), Uzbek buff (n=8). 3 loci (MNT11, MNT15, MNT17) of 12 investigated VNTR loci were monomorphic, and 6 loci (MNT9, MNT10, MNT12, MNT14, MNT19 and MNT20) had two alleles each. For MNT16, 3 alleles were revealed, and only MNT13 and MNT18 produced 4 alleles each. 21 of 26 identified alleles have not been previously described or deposited in specialized international databases that specifies in originality of the investigated Russian turkey breeds. Phylogenetic analysis of genetic distances allowed to allocate two unequal clusters. The cluster I is formed by a part of broad-chested white genotypes and from all genotypes of Uzbek buff breed. The cluster II is formed by two large groups - C (genotypes of North Caucasian bronze, North Caucasian white and broad-chested white breeds) and D (genotypes of Tikhoretsk black, North Caucasian silvery and Moscow white breeds). The specifics of genetic differentiation of turkey breeds of the Russian selection are caused by history of their origin and participation of a gene pool of one breed in creation of the others. | В мировом птицеводстве жесткая конкуренция на рынке генетического материала определяет важность контроля его происхождения и генетической консолидированности. Цель настоящей работы заключалась в изучении полиморфизма и генетической дифференциации по микросателлитным локусам у пород индеек российской селекции. Исследования выполняли на породах, разводимых в Селекционно-генетическом центре Северо-Кавказской зональной опытной станции по птицеводству (Ставропольский край). MLVA (multiple locus variable, number tandem repeats analysis) генотипирование проводили по 12 VNTR-локусам (MNT9-MNT20). Пробы крови отбирали у индеек 7 пород: белой широкогрудой (n = 12), бронзовой северокавказской (n = 12), белой северокавказской (n = 9), серебристой северокавказской (n = 15), московской белой (n = 12), черной тихорецкой (n = 10), узбекской палевой (n = 8). Из 12 исследованных VNTR-локусов 3 оказались мономорфными (MNT11, MNT15, MNT17), в 6 было выявлено по 2 аллеля (MNT9, MNT10, MNT12, MNT14, MNT19 и MNT20). В локусе MNT16 обнаружили 3 и лишь в двух VNTR-локусах (MNT13 и MNT18) - по 4 аллеля. Из 26 выявленных аллелей 21 ранее не был описан и не аннотирован в специализированных международных базах данных, что указывает на генетическое своеобразие исследованных российских пород индеек. Филогенетический анализ с построением дендрограммы генетических дистанций позволил выделить два неравнозначных кластера. Первый кластер был образован частью генотипов белой широкогрудой и всеми генотипами узбекской палевой породы, второй сформировали 2 крупные группы - C (генотипы пород бронзовая северокавказская, белая северокавказская и белая широкогрудая) и D (генотипы пород черная тихорецкая, серебристая северокавказская и московская белая). Особенности генетической дифференциации пород индеек российской селекции обусловлены историей их происхождения и участием генофонда одних пород в создании других.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2017

Volkova, V.V. | Deniskova, T.E. | Romanenkova, O.S. | Kostyunina, O.V. | Zinov'eva, N.A., The L.K. Ehrnst All-Russia Research and Development Inst. of Animal Husbandry, Moscow Region

An assessment of the genetic status of small or endangered local breeds is an important stage in preventing the loss of their valuable alleles. In our work, we performed a molecular genetic study of the Red Gorbatov (RGBT) n=110 and Suksun (SUKS) n=92 cattle breeds. The variability of 10 microsatellites (TGLA227, BM2113, ETH10, SPS115, TGLA122, INRA23, TGLA126, BM1818, ETH225, BM1824) was carried out on genetic analyzer ABI3130xl. Statistical processing was done in GenAlEx 6.501 and Structure 2.3.4 software. By the average number of alleles per locus, the RGBT group exceeded the SUKS. However, a greater effective allele number and the number of informative alleles were detected in the SUKS group (Ne = 4.03, Na at least 5% = 4.40 for SUKS and Ne = 3.57, Na at least 5% = 4.20 for RGBT). It was found that the studied populations are characterized by a deficit of heterozygotes, which was more significant in the SUKS group (4.4%) than in the RGBT group (0.8%). Positive values of the inbreeding coefficient confirmed this pattern; they were 0.063 for SUKS and 0.007 for RGBT. Cluster analysis, performed for the assumed number of clusters k=2, confirmed the genetic uniqueness of the Red Gorbatov and the Suksun cattle breeds. The shares of membership in its own cluster were Q1/2=0.953±0.063 for the RGBT and Q2/2=0.937±0.100 for the SUKS. Our findings indicate the uniqueness of the studied cattle breeds what emphasizes the necessity to develop the scientifically based conservation programs. | Оценка генетического состояния малочисленных или находящихся под угрозой исчезновения локальных пород - важный этап предотвращения потери их ценных аллелей. Было проведено молекулярно-генетическое исследование красной горбатовской (RGBT, n=110) и суксунской (SUKS, n=92) пород крупного рогатого скота. Вариабельность 10 микросателлитов (TGLA227, BM2113, ETH10, SPS115, TGLA122, INRA23, TGLA126, BM1818, ETH225, BM1824) изучали на генетическом анализаторе ABI3130xl. Статистическая обработка полученных данных была осуществлена в программах GenAlEx 6.501 и Structure 2.3.4. По среднему числу аллелей на локус группа RGBT превосходила SUKS. Однако, большее эффективное число аллелей и количество информативных аллелей были выявлены в группе SUKS (Ne = 4,03, Na не менее 5% = 4,40 и Ne = 3,57 для SUKS и Na не менее 5% = 4,20 для RGBT). Было установлено, что изучаемые популяции характеризуются дефицитом гетерозигот, более значительным в группе SUKS (4,4%), чем в группе RGBT (0,8%). Положительные значения коэффициента инбридинга подтверждали данную закономерность - 0,063 и 0,007 для SUKS и RGBT соответственно. Кластерный анализ, выполненный для наиболее вероятного числа кластеров k=2, подтвердил генетическую уникальность красной горбатовской и суксунской пород крупного рогатого скота. Доля членства в собственном кластере составила Q1/2=0,953±0,063 и Q2/2=0,937±0,100 для RGBT и SUKS соответственно. Полученные данные указывают на уникальность изучаемых пород, что обусловливает необходимость разработки научно обоснованных программ их сохранения.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation