AGRIS - 

Data provenance by Country

2022

Kruchinin, A.G. | Bol'shakova, E.I.

The regularities of changes in the physicochemical properties of skimmed milk obtained from milk from Black-and-White cows with genotypes AA, AB, BB according to the CSN3 gene after concentration by nanofiltration using polyestersulfone membranes are investigated. The study revealed that when the concentration factor varies from 1 to 2.5 in all samples, the duration of the nanofiltration process changes slightly, the specific productivity of the membrane decreases when the concentration factor reaches 1.75, and the dynamics of the concentration of solids in the retentates of samples CSN3AA, CSN3AB and CSN3BB is similar. The retention of dry substances at the end of the filtration process in the CSN3AA prototype turned out to be slightly lower (92%) than in the CSN3AB (95%), CSN3BB (94%) samples. There were no significant differences in the concentration of individual components (proteins, lactose, minerals). In the process of nanofiltration, with an increase in the concentration factor, the active acidity changes slightly (by 0.10–0.14) in retentates of all samples in comparison with concentrated raw materials; titrated acidity increases by 7-8 deg. T. A comparative assessment of protein particle sizes in nanofiltration and ultrafiltration retentates was carried out, which allowed finding a possible conformational change in the protein microstructure by reducing the average diameter of protein particles during ultrafiltration by 1-2 nm (CSN3AA and CSN3AB) and by 3-4 nm (CSN3BB), which was not detected during nanofiltration. | Исследованы закономерности изменения физико-химических свойств обезжиренного молока, полученного из молока от коров черно-пестрой породы с генотипами АА, AB, ВВ по гену CSN3 после концентрирования путем нанофильтрации с применением полиэфирсульфоновых мембран. В ходе исследования выявлено, что при изменении фактора концентрирования с 1 до 2,5 во всех образцах продолжительность процесса нанофильтрации изменяется незначительно, удельная производительность мембраны снижается при достижении фактора концентрирования 1,75, а динамика концентрирования сухих веществ в ретентатах образцов CSN3АА, CSN3АВ и CSN3ВВ является схожей. Сохранение сухих веществ по окончании процесса фильтрации в опытном образце CSN3АА оказалось несколько ниже (92%), чем в образцах CSN3АВ (95%), CSN3ВВ (94%). Значимых различий в концентрировании отдельных компонентов (белков, лактозы, минеральных веществ) не наблюдалось. В процессе нанофильтрации с увеличением фактора концентрирования активная кислотность изменяется незначительно (на 0,10–0,14) в ретентатах всех образцов в сравнении с концентрируемым сырьем; титруемая кислотность повышается на 7–8 град. Т. Проведена сравнительная оценка размеров белковых частиц ретентатов нанофильтрации и ультрафильтрации, которая позволила установить возможное конформационное изменение белковой микроструктуры по уменьшению среднего диаметра белковых частиц при ультрафильтрации на 1–2 нм (CSN3АА и CSN3АВ) и на 3–4 нм (CSN3ВВ), чего при нанофильтрации обнаружено не было.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Il'nitskaya, E.T. | Makarkina, M.V. | Gorbunov, I.V. | Kotlyar, V.K. | Kozhevnikov, E.A.

On the territory of Krasnodar region, grapevines have been cultivated since the ancient times. However, the study of the gene pool of local wild grapes remains an open question. There were studied wild growing grapevines found in the area of Tonkiy cape of Gelendzhik city. The ecological-geographical and climatic conditions of this territory can be considered as a favorable place for the growth of wild grapevines. 7 samples of vines were found, having some similarities and differences in ecological, biological and morphological indicators. Most of the studied specimens are dioecious plants; there are samples having both male and female flower types. No inflorescences were found on the one specimen. The material for DNA analysis was selected from the found grape samples. DNA was isolated by CTAB method from herbarized apical leaves. Genotyping of wild-growing forms was performed by microsatellite loci: VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VrZag62, VrZag79 which are used as a standard set for grape varieties DNA certification, as well as by loci UDV737 and CenGen6, which are linked to resistance genes to downy mildew Rpv3 and powdery mildew Ren9, respectively. Target fragments, the size of which indicates the presence of resistance genes, were not detected by DNA markers UDV737 and CenGen6. The obtained DNA profiles on microsatellite loci showed genetic differences of the forms in the analyzed sample. On average, 5 types of alleles per locus were identified. A cluster analysis of DNA profiling data has shown that one of the found forms differs from the rest most significantly; the remaining specimens were distributed into two subclusters of 2 and 4 genotypes according to the results of the analysis. | На территории Краснодарского края виноград возделывается с древности. Однако изучение генофонда местного дикорастущего винограда остается открытым вопросом. Изучали дикорастущую лозу винограда, обнаруженную в районе Тонкого мыса города Геленджика. Эколого-географические и природно-климатические условия данной территории можно рассматривать как благоприятное место для произрастания дикого винограда. Было обнаружено 7 форм дикорастущего винограда, имеющих некоторые сходства и отличия о эколого-биологическим и морфологическим показателям. Большинство исследуемых форм двудомные растения – есть образцы как с мужским типом цветка, так и с женским. На одном экземпляре соцветия не были обнаружены. С найденных форм винограда был отобран материал для проведения ДНК-анализа. ДНК выделяли методом ЦТАБ из гербаризированных верхушек. Выполнено генотипирование дикорастущих форм по микросателлитным локусам VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VrZag62, VrZag79, которые используются как стандартный набор для ДНК-паспортизации сортов винограда, а также по локусам UDV737 и CenGen6, которые сцеплены с генами устойчивости к милдью Rpv3 и оидиуму Ren9, соответственно. Целевые фрагменты, размер которых указывает на наличие генов устойчивости, по ДНК-маркерам UDV737 и CenGen6 не обнаружены. Полученные ДНК-профили по микросателлитным локусам показали генетические различия форм в анализируемой выборке. В среднем идентифицировано 5 типов аллелей на локус. Кластерный анализ данных ДНК-профилирования показал, что одна из найденных форм отличается от остальных наиболее значимо, остальные образцы по результатам анализа были распределены в два подкластера из двух и четырех генотипов.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Sermyagin, A.A. | Dotsev, A.V. | Abdel'manova, A.S. | Turbina, I.S. | Sölkner, J. | Zinov'eva, N.A.

The improvement of dairy cattle breeds is a process lasting decades and even centuries. The accumulated experience of breeders has made it possible to conserve some of them to this day, for example, as the red breeds of cattle. There has been studied the modern gene pool of Bestuzhev(BST), Suksun (SKS) and Red Gorbatov (RedGR) cattle in Russia on the basis of the use of genome-wide data and the search for regions in the genome subject to increased breeding pressure. The research used 35 thousand SNP markers for calculating linkage disequilibrium (LD) values between them in 86 heads of different red cattle breeds including Holstein (RedHL) ones. Only for 0.01% of pairs of polymorphisms with an LD level of more than 0.9, the mutations localized between them were studied and annotated. Comparison of LD in the context of breeds and chromosomes was carried out using multiple variance analysis. The distribution of LD blocks depending on the distance at which the paired SNPs are located by breeds showed that at a distance of 0-30 kb, significant differences (P less than 0.001) in average LD values were observed for the group of breeds: RedHL and RedGR (0.303-0.317), BST (0.275), SKS (0.251). For the Red Gorbatov there was an improvement by Holstein cattle. In the analysis for LD between SNPs on chromosomes the Bestuzhev cattle along with the Suksun cattle formed separate genetic groups. The variability of LD score was low in the genome of the Suksun breed. The effective population size for the studied breeds was largest for the Bestuzhev (n=113) and Suksun (n=84) cattle and smallest for the Red Gorbatov (n=79). The results of the search for breeding prints in the genome of Russian red cattle have been obtained, which have shown conjugacy with features of milk quality, fertility, meat productivity and health. | Совершенствование пород молочного скота представляет собой процесс длительностью в десятилетия и даже столетия. Накопленный селекционерами России опыт позволил сохранить часть из них, например, красные породы скота, до наших дней. Изучен современный генофонд бестужевской, суксунской и красной горбатовской пород на основе применения полногеномных данных и поиска регионов в геноме, подверженных повышенному селекционному давлению. В исследованиях использованы около 35 тыс. SNP-маркеров для расчета величины неравновесия по сцеплению (LD) между ними для 86 голов разных пород скота красного корня. Только для 0,01% пар полиморфизмов при уровне LD более 0,9 были изучены и аннотированы локализованные между ними мутации. Сравнение LD в разрезе пород и хромосом проводили с помощью множественного дисперсионного анализа. Распределение LD-блоков в зависимости от дистанции, на которой расположены парные SNP, по породам показало, что при расстоянии 0-30 kb достоверные различия (P меньше 0,001) по средним значениям LD наблюдались для группы пород: RedHL и RedGR (0,303-0,317), BST (0,275), SKS (0,251). Для красной горбатовской породы имело место улучшение голштинским скотом. Бестужевский скот наравне с суксунским при анализе величины LD между SNP на хромосомах образовывал обособленные генетические группы. Вариабельность показателя LD была невысокой в геноме животных суксунской породы. Эффективный размер численности популяций для изученных пород был наибольшим для бестужевской (n=113) и суксунской (n=84) пород и наименьшим - для красной горбатовской (n=79). Получены результаты по поиску отпечатков селекции в геноме красных пород скота России, которые показали сопряженность с признаками качества молока, фертильности, мясной продуктивности и здоровья.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Kolesnik, E.S. | Glazko, V.I. | Glazko, T.T. | Kosovskij, G.Yu.

Modern breeding work with farm animal species is moving towards the more intensive production of new forms, in particular the creation of new breeds and synthetic crosses. This requires developing methods for identifying the "gene pool standard" of a breed based on the most polymorphic genomic sites. The aim of the study was to analyze the genomes of domestic rabbit breeds and the Rodnik cross using primers that can be associated with the formation of G4 quadruplexes. Thus, we examined the polymorphism of genomic sites homologous to fragments of long terminal repeats of 7 retrotransposons (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123A, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) and DNA transposon Helitron in retrotransposons (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123А, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) in 3 rabbit breeds (Sovetskaya Shinshilla, Californyiskaya and Belyi velikan) as well as the new synthetic three-breed cross Rodnik by polylocus genotyping (100 males and 100 females were examined in total). The Sabrina primer has a high polymorphism score and high polymorphic information content (PIC) (0.4125 on average). So in the synthetic cross, the highest proportion of polymorphic loci (PPL) rates were among Sabrina and LTR IR primers and were 87.5%, as well as in the Belyi velikan and the Sovetskaya Shinshilla, while in the Californyiskaya breed, Sabrina stood out at 87.5% and Sabrina 1336 at 71.42%, but the PIC polymorphism rate was higher in the Helitron primer at 0.495. The data obtained indicate that primers with a potential predisposition to form G4 quadruplexes reveal an increased polymorphism in all examined rabbit breeds, thus suggesting an increased information content of such markers in the genotyping of farm animal species. | Современная селекционная работа с животными с.-х. видов идет по направлению интенсификации получения новых форм, в частности создания новых пород и синтетических кроссов, что требует разработки методов выявления "генофондного стандарта" породы на основе наиболее полиморфных геномных участков. Цель исследования - анализ геномов отечественных пород кроликов и кросса Родник с использованием праймеров, которые могут быть связаны с образованием вторичных структур ДНК, G4 квадруплексов. Так, рассмотрен полиморфизм геномных участков, гомологичных фрагментам длинных концевых повторов 7 ретротранспозонов (Sabrina111, Sabrina 1336, Bare 123А, LTR IR, Sabrina, GlossyL, LTR OR2) и ДНК-транспозона Helitron, у трех пород кроликов (советская шиншилла, калифорнийская и белый великан), а также полученного на их основе нового синтетического трехпородного кросса Родник методом полилокусного генотипирования (всего исследованы 100 самцов и 100 самок). Праймер Sabrina имеет высокий показатель полиморфизма - полиморфное информационное содержание (PIC) (0,4125 в среднем). Так у синтетического кросса самые высокие показатели доли полиморфных локусов (ДПЛ) были среди праймеров Sabrina и LTR IR и равнялось 87,5%, так же как у белого великана и советской шиншиллы, при этом у калифорнийской породы выделялись Sabrina- 87,5% и Sabrina 1336- 71,42%, однако по показателю PIC полиморфизм выше у праймера Helitron - 0,495. Получены данные, свидетельствующие о том, что праймеры с потенциальной предрасположенностью к образованию G4 квадруплексов, выявляют повышенный полиморфизм у всех исследуемых пород кроликов, тем самым предполагая повышенную информативность подобных маркеров в генотипировании с.-х. видов животных.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Arkhipova, A.L. | Koval'chuk, S.N.

В связи с проведением селекции крупного рогатого скота по признаку жирномолочности, актуальным является поиск ДНК-маркеров, ассоциированных с содержанием жира в молоке коров. Одним из таких генов-кандидатов является ген agpat6, кодирующий глицерол-3-фосфат ацилтрансферазу 6 (AGPAT6). Известен однонуклеотидный полиморфизм rs211250281 (g27: 36520069 G/T), который расположен в промоторной области agpat6 и ассоциирован с содержанием жира в молоке коров. Цель работы - провести оценку частоты встречаемости полиморфизма rs211250281 у разных пород крупного рогатого скота отечественной селекции. Исследования проводились на образцах ДНК коров 8 пород: айрширской (n=56), абердин-ангусской (n=27), герефордской (n=33), якутской (n=41), ярославской (n=48), калмыцкой (n=49), костромской (n=38) и чёрно-пестрой голштинизированной (n=49). Генотипирование коров проводили методом ПЦР-ПДРФ. Обнаружены низкие значения частоты встречаемости генотипа TT гена AGPAT6 (rs211250281) у коров исследованных пород с высокими показателями жирномолочности, т.е. у коров якутской, айрширской и ярославской пород. Частоты встречаемости генотипа TT составили 0,024; 0,036 и 0,083 соответственно. У остальных изученных пород значение показателя находилось в интервале от 0,105 до 0,259. | Selection of cattle with high milk fat content is one of the important tasks of dairy cattle breeding. In this regard, the search for DNA markers associated with milk fat content is relevant. Gene encoding glycerol-3-phosphate acyltransferase 6 (AGPAT6) involved in triacylglycerol biosynthesis is one of such candidate genes. The SNP rs211250281 (g27: 36520069 G/T) in agpat6 gene was found to located in the promoter region and was associated with the milk fat content in cattle. The aim of this study was frequency assessment of SNP rs211250281 of the agpat6 gene in different breeds of Russian selection. The studies were carried out on DNA samples from eight cattle breeds: Ayrshire (n=56), Angus (n=27), Hereford (n=33), Yakut (n=41), Yaroslavl (n=48), Kalmyk (n=49), Kostroma (n=38) and holsteinized Black-and-White cows (n=49). Genotyping of cows was carried out by PCR-RFLP method. The lowest values of TT genotypes frequency were found in cattle breeds with high levels of milk fat content, namely in Yakut, Ayrshire, and Yaroslavl cows. The frequencies of TT genotype occurrence were 0.024; 0.036 and 0.083 respectively. In other studied breeds, the value of the indicator was in the range from 0.105 to 0.259.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Lashneva, I.A. | Kositsin, A.A. | Sermyagin, A.A. | Zinov'eva, N.A.

The aim of the work is to search genome-wide associations with the somatic cells (SC) count and their differentiation in the milk of Holsteinized Black-and-White cows. 2814 samples of raw milk obtained during control milking sessions were studied. To determine the number of SC and their differentiation by morphological types (leukocytes and polymorphonuclear neutrophils), automatic analyzer Fossomatic 7 DC was used. For genotyping of 144 cows, a GGP Neogen 150K high-density biochip was used. After quality control of genotypes, 110884 single nucleotide polymorphisms per an animal were selected for further work. The dynamics of changes in daily milk yield and assessment of the number of SC in the milk of cows during lactation was analyzed. It is shown that the polynomial trend for SC had an inverse relationship with a similar trend for daily milk yield. A GWAS analysis for the number of SC, their normalized (logarithmic) evaluation and differentiation, showed common polymorphisms on chromosomes 1, 5, 8, 9, 14, 20, 21, 23, 26, and 29, while the number of annotated genes was 56. Comparison of own results and those confirmed by other authors made it possible to establish that 12 genes (P=0.000003–0.003130) were directly related to SC in milk, milk flow rate and resistance to mastitis. In addition, these genes were associated with milk production traits, reproductive features, conformation, productive longevity and susceptibility to diseases which indicates a genetic relationship of these traits to cow udder health. The largest number of loci of quantitative trait associated with somatics was found on cattle chromosome 20 which included 6 most significant genes: NPR3, ANKRD55, PTGER4, ADAMTS12, CTNND2, PDZD2. The results obtained can be used in a livestock breeding program after testing on a larger number of dairy cows. | Цель работы - поиск полногеномных ассоциаций с количеством соматических клеток (СК) и их дифференциацией в молоке коров голштинизированной черно-пестрой породы. Изучено 2814 образцов сырого молока, полученных при проведении контрольных доек. Для определения количества СК и дифференциации их по морфологическим видам (лейкоциты и полиморфно-ядерные нейтрофилы) использовали автоматический анализатор Fossomatic 7 DC. Для генотипирования 144 коров применяли биочип высокой плотности GGP Neogen 150K. После проведения контроля качества генотипов отобрали для дальнейшей работы по 110884 однонуклеотидных полиморфизма на каждое животное. Проанализирована динамика изменения суточного удоя и оценки количества СК в молоке коров в течение лактации. Показано, что полиномиальный тренд для СК имел обратную зависимость с аналогичным трендом для суточного удоя молока. При GWAS-анализе для количества соматических клеток, их нормированной (логарифмической) оценке и дифференциации наблюдались общие полиморфизмы на хромосомах 1, 5, 8, 9, 14, 20, 21, 23, 26 и 29, при этом число аннотированных генов составило 56. Сопоставление собственных результатов и подтвержденных другими авторами позволило установить, что 12 генов (P=0,000003-0,003130) имели непосредственную сопряженность с СК в молоке, скоростью молокоотдачи и устойчивостью к маститу. Кроме того, эти гены были сопряжены с показателями молочной продуктивности, репродуктивными качествами, экстерьером, продуктивным долголетием и восприимчивостью к заболеваниям, что указывает на генетическую взаимосвязь данных признаков с показателями здоровья вымени коров. Наибольшее число локусов количественных признаков, ассоциированных с соматикой, обнаружено на хромосоме 20 крупного рогатого скота, в которых находились 6 наиболее значимых генов: NPR3, ANKRD55, PTGER4, ADAMTS12, CTNND2, PDZD2. Полученные результаты после апробации на большем поголовье молочных коров могут быть использованы в программе разведения скота.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Gerasimov, N.P. | Dzhulamanov, K.M. | Kolpakov, V.I.

Lipogenesis in the mature beef herds is an inefficient process from energy and economic point of view, since a lot of feed energy is spent on the synthesis of adipose tissue. The aim of the research was to study the influence of the genotype by the leptin gene and pregnancy on the adipose tissue formation in Aberdeen-Angus heifers and first-calf cows. Heifers at the age of 24 months (n=49) and first-calf cows (n=30) were grouped according to their single nucleotide polymorphisms (SNP) LEP C528T and LEP C73T. Heterozygous heifers with the LEP528CT genotype had superiority in weight and yield of visceral fat by 1.22-2.48 kg and 0.15-0.18%. The maximum weight and yield of crude fat was found in heifers with the homozygous LEP 73CC genotype. Heterozygous heifers as to the studied polymorphisms of leptin gene had the leadership in terms of subcutaneous adipose tissue formation. A chemical analysis of slaughter products showed the superiority of LEP 528CT and LEP 73CT individuals in fat synthesis. Carriers of these genotypes were superior both in the amount of intramuscular fat by 0.09-0.15% and 0.25-0.26%, and in its share in minced meat by 1.47-1.69% and 0.10-0.68% of peers with homozygous genotypes, respectively. Pregnancy of animals had a more significant effect on adipose tissue formation. The first-calved cows had a significantly lower fat content in the carcasses relative to heifers of the same age. | Жирообразование у маточной части стада мясных пород является неэффективным процессом, с энергетической и экономической точки зрения, так как на синтез жировой ткани затрачивается много энергии корма. Цель исследований - изучение влияния генотипа по гену лептина и стельности на формирование жировой ткани у тёлок и первотёлок абердин-ангусской породы. Тёлок в возрасте 24 мес. (n=49) и первотёлок (n=30) распределяли по группам в соответствии с однонуклеотидными полиморфизмами (SNP) LEP C528T и LEP C73T. У гетерозиготных тёлок с генотипом LEP528CT установлено превосходство по массе и выходу внутреннего жира на 1,22-2,48 кг и 0,15-0,18%. Максимальная масса и выход жира-сырца был установлен у тёлок с гомозиготным генотипом LEP 73CC. По формированию подкожной жировой клетчатки лидерство было на стороне тёлок гетерозиготных по изучаемым полиморфизмам гена лептина. Химический анализ продуктов убоя показал превосходство особей LEP 528CT и LEP 73CT по синтезу жира. Носители этих генотипов превосходили как по количеству внутримышечного жира на 0,09-0,15% и 0,25-0,26%, так и по его доле в мясе-фарше на 1,47-1,69% и 0,10-0,68% сверстниц с гомозиготными генотипами соответственно. Стельность животных оказала более значительное влияние на формирование жировой ткани. Первотёлки отличались существенно меньшим содержанием жира в тушах относительно тёлок-сверстниц.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2022

Blokhin, I.G. | Glazko, T.T. | Apashkin, P.S. | Glazko, V.I.

Одной из проблем использования ДНК-маркеров в популяционно-генетических исследованиях является необходимость подбирать наиболее полиморфные системы каждый раз для исследования новой группы организмов. Проведен сравнительный анализ полиморфизма спектров продуктов амплификации у различных таксонов, таких как домашняя собака Canis familiaris (п=53) и прыткая ящерица Lacerta agilis (п=55). В качестве праймеров для проведения полимеразной цепной реакции использовали микросателлиты ((ACC)6T, (TGC)6C, (GAG)6C) и длинные концевые повторы эндогенных ретровирусов (SIRE 1, Sabrina). Оценка ко-локализации праймеров вблизи нуклеотидных последовательностей, ассоциированных с повышенной изменчивостью, (транспозоны, G4-квадруплексы, микроРНК) проведена биоинформатическими методами в соответствующих референтных геномах. Наиболее высокой является частота встречаемости микросателлита (GAG)6C (у ящерицы - 37088, у собаки - 16204), наиболее низкими - частоты встречаемости участков гомологии к длинным концевым повторам двух ретровирусов - SIRE 1 (17 участков гомологии в геноме ящерицы, 6 - в геноме собаки) и Sabrina (21- у ящерицы, 5- у собаки). Наибольшее количество ампликонов у ящериц получено с использованием праймера Sabrina - 19, наименьшее - 8 с использованием праймера (TGC)6C. У собак наибольшее число ампликонов выявлено в спектрах праймера SIRE 1 (21), наименьшее - (TGC)6C (6). У прыткой ящерицы максимальное число G4-квадруплексов без перекрытий (17) обнаружено в участке ДНК, фланкированном микросателлитом (TGC)6C, с полиморфизмом 87,5%, больше всего G4-квадруплексов с перекрытиями (1756) обнаружено в участке ДНК, фланкированном праймером (GAG)6C, с наименьшим полиморфизмом (36,4%). В референтном геноме домашней собаки наибольшее количество квадруплексов обнаружено в участках спектра микросателлита (GAG)6C (13 с перекрытиями и 3789 - без перекрытий) с полиморфизмом 83%. Таким образом, имеется ассоциация между плотностью G4-квадруплексов и пониженным полиморфизмом ДНК-маркеров. | One of the problems of DNA marker using in population genetic studies is the need to select the most polymorphic systems each time a new group of organisms is studied. A comparative analysis of the polymorphism of amplification product spectra in different taxa, such as the domestic dog Canis familiaris (n=53) and the sand lizard Lacerta agilis (n=55) was performed. Microsatellites ((ACC)6T, (TGC)6C, (GAG)6C) and long terminal repeats of endogenous retroviruses (SIRE 1, Sabrina) were used as primers for polymerase chain reaction. The co-localization of primers near nucleotide sequences associated with increased variability (transposons, G4-quadruplexes, microRNAs) was assessed in the corresponding reference genomes using bioinformatics methods. The highest frequency of occurrence is in microsatellite (GAG)6C (37088 in lizard, 16204 in dog), the lowest frequency of occurrence is in homology sites to long terminal repeats of two retroviruses - SIRE 1 (17 homology sites in the lizard genome, 6 in the dog genome) and Sabrina (21 in lizard, 5 in dog). The highest number of amplicons in lizards was obtained using the Sabrina primer (19); the lowest number was obtained using the (TGC)6C primer (8). In dogs, the highest number of amplicons was detected in the spectra of primer SIRE 1 (21); the lowest number was obtained using (TGC)6C (6). In the sand lizard, the maximum number of G4-quadruplexes without overlaps (17) was detected in the DNA flanked by the microsatellite (TGC)6C with a polymorphism of 87.5%; the largest number of G4-quadruplexes with overlaps (1756) was found in the DNA flanked by the primer (GAG)6C with the lowest polymorphism (36.4%). In the reference genome of the domestic dog, the highest number of quadruplexes was found in the microsatellite (GAG)6C spectrum sites (13 with overlaps and 3789 without overlaps) with a polymorphism of 83.0%. Thus, there is an association between the density of G4-quadruplexes and the decreased polymorphism of DNA markers.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation