AGRIS - 

2023

Шхалахова, Русет Мадиновна | Маляровская, ‪Валентина Ивановна | Конинская, Наталья Григорьевна

Creating strategies of rare and endangered plants conservation requires studying the intraspecific genetic diversity of each particular species. Thus, efficient marker systems are necessary for implementing these objectives. In this study, the efficiency of 36 SCoT markers were evaluated for characterizing the intraspecific genetic diversity of Cyclamen сoum Mill., Helleborus caucasicus A. Brown, Galanthus woronowii Losinsk., Paeonia caucasica Schipcz. collected from different habitats of the Sochi National Park. Single markers, such as SCoT16 (58,2 %), SCoT6 (50,3 %), SCoT7 (49,6 %), SCoT8 (48,1 %), SCoT30 (42,8 %), SCoT29 (41,1 %), and SCoT20 (39,3 %) showed high levels of polymorphism, indicating good applicability of these markers to assess the intraspecific genetic diversity of the studied of the Western Caucasus flora species. In addition, the results of the study are important for the implementing conservation measures for these species and combating genetic erosion. | Для создания стратегий сохранения редких и исчезающих растений важно изучить внутривидовое генетическое разнообразие каждого конкретного вида. Для выполнения этих задач необходимы эффективные маркерные системы. В данном исследовании оценивалась эффективность 36 SCoT-маркеров для характеристики внутривидового генетического разнообразия Cyclamen сoum Mill., Helleborus caucasicusA. Brown, Galanthus woronowii Losinsk., Paeonia caucasica Schipcz., собранных из разных мест произрастания Сочинского национального парка. Отдельные маркеры, такие как SCoT16 (58,2 %), SCoT6 (50,3 %), SCoT7 (49,6 %), SCoT8 (48,1 %), SCoT30 (42,8 %), SCoT29 (41,1 %) и SCoT20 (39,3 %), показали высокий уровень полиморфизма, что свидетельствует о хорошей применимости этих маркеров для оценки внутривидового генетического разнообразия исследуемых видов природной флоры Западного Кавказа. Кроме того, результаты исследования важны для реализации мер по сохранению данных видов и борьбы с генетической эрозией.

Show more [+]

Less [-]

Altai State University - Russian Federation

2023

Sharshenalieva, G. | Yusupova, M. | Muratbekova, A.

For the first time, the originality of karyotypes of the following small rodents of the Issyk-Kul and Sokuluk Districts was studied: Diploid set of chromosomes of the Meriones tamariscinus of the Issyk-Kul population 2n=40. Number of arms of autosomes NFa=74. 38 autosomes consist of 4 groups: 14 (M) + 10 (Sm) + 12 (St) + 2 (A) + X (M) + Y (M). The stability of karyotypes of the tamarisk gerbil of the Issyk-Kul population was revealed. The diploid set of chromosomes of the Apodemus sylvaticus of the Issyk-Kul population 2n=48. Number of arms of autosomes NFa=68. 46 autosomes consist of the following groups: 8(M)+14(St)+24(A)+X(M)+Y(M). Spatial-biotypic chromosomal polymorphism of wood mouse karyotypes of the Issyk-Kul population was revealed. The diploid set of chromosomes of the Mus musculus of the Issyk-Kul and Sokuluk populations 2n=40. Number of arms of autosomes NFa=38. 38 autosomes are made up of acrocentric chromosomes. The sex chromosomes are made up of acrocentric chromosomes that differ in size. The stability of the karyotypes of the domestic mouse of the Issyk-Kul and Sokuluk populations was revealed. The diploid set of chromosomes of the Dryomys nitedula of the Issyk-Kul population is 2n=48. The number of arms of autosomes is NFa = 90. The chromosome set consists of four groups of chromosomes: 16 (M) + 18 (Sm) + 10 (St) + 2 (A) + X (Sm) + X (Sm). Spatial-biotypic chromosomal polymorphism of karyotypes of forest dormouse of the Issyk-Kul population was revealed. The karyotype of the gray hamster is described for the first time. The karyotype of the gray hamster Cricetulus migratorius of the Sokuluk population was described for the first time: 2n=22, NF=44, 10(M)+2(Sm)+10(St); no sex chromosomes were found. When comparing karyotypes, isolated micropopulations of this species, spatial-biotypic chromosomal polymorphism was determined according to the morphology of autosomes of the diploid set of chromosomes. | Впервые изучено своеобразие кариотипов следующих мелких грызунов Иссык-Кульского и Сокулукского районов: диплоидный набор хромосом тамарисковой песчанки (Meriones tamariscinus) иссык-кульской популяции 2n=40. Число плеч аутосом NFa=74. 38 аутосом состоят из 4 групп: 14 (М)+10 (Sm)+12(St)+2(A)+X(M)+Y(M). Выявлена устойчивость кариотипов тамарисковой песчанки иссык-кульской популяции. Диплоидный набор хромосом лесной мыши (Apodemus sylvaticus) иссык-кульской популяции 2n=48. Число плеч аутосом NFa=68. 46 аутосом состоят из следующих групп: 8(М)+14(St)+24(A)+X(M)+Y(M). Выявлен пространственно-биотопический хромосомный полиморфизм кариотипов лесной мыши иссык-кульской популяции. Диплоидный набор хромосом домовой мыши (Mus musculus) иссык-кульской и сокулукской популяции 2n=40. Число плеч аутосом NFa=38. 38 аутосом состоят из акроцентрических хромосом. Половые хромосомы состоят из различающихся по размеру акроцентрических хромосом. Выявлена устойчивость кариотипов домовой мыши иссык-кульской и сокулукской популяций. Диплоидный набор хромосом лесной сони (Dryomys nitedula) иссык-кульской популяции равно 2n=48. Число плеч аутосом NFa = 90. Хромосомный набор состоит из четырех групп хромосом: 16 (М)+18(Sm)+10(St)+2(A)+X(Sm)+X(Sm). Выявлен пространственно-биотопический хромосомный полиморфизм кариотипов лесной сони иссык-кульской популяции. Впервые описан кариотип серого хомячка Cricetulus migratorius сокулукской популяции: 2n=22, NF=44, 10(М)+2(Sm)+10(St); половые хромосомы не обнаружены. При сравнении кариотипов, обособленных микропопуляций данного вида, определен пространственно-биотопический хромосомный полиморфизм по морфологии аутосом диплоидного набора хромосом.

Show more [+]

Less [-]

Publishing center Science and Practice - Russian Federation

2023

Бакоев Н.Ф. | Кошкина О.А. | Харзинова В.Р. | Сермягин А.А. | Зиновьева Н.А.

В данной работе разработана тест-система праймеров и оптимизированы условия проведения ПЦР для амплификации полных последовательностей митохондриального генома свиней. Валидация разработанной тест-системы проведена на образцах четырех трансграничных пород свиней и диких кабанов двух регионов страны. В результате, получены нуклеотидные последовательности полных митохондриальных геномов образцов свиней (n=17) и дикого кабана (n=3) длиною 16611 п.н. В исследуемой выборке животных было выявлено 16 гаплотипов, из которых 13 были обнаружены у домашних свиней и 3 – у дикого кабана. Общих гаплотипов среди домашних свиней и диких кабанов выявлено не было. На основании полученных полных последовательностей МТ-ДНК, проведен расчет параметров генетического разнообразия, который выявил, что дикие кабаны превосходят породы свиней, как по среднему числу нуклеотидных различий, так и по значениям нуклеотидного разнообразия: k=106,00 и π=0,00638. Филогенетический анализ показал, что, несмотря на небольшую выборку исследованных животных, были определены все пять известных гаплогрупп рода Sus sсrofa A, B, C, D, и E., что свидетельствует об универсальности разработанной тест-системы.

Show more [+]

Less [-]

Marina Sokolova Publishings - Russian Federation

2022

Гайнутдинова, Э.Р.

Обнаружение плейотропных вариантов генов-кандидатов, влияющих на множество признаков, имеет первостепенное значение для повышения молочной продуктивности без ущерба воспроизводительной способности. У молочного скота ген OPN был идентифицирован, как позиционный ген-кандидат для многих QTL (локусов количественных признаков). Работа была направлена на изучение полиморфизма (c.8514C > T) гена OPN – Bsel I методом ПЦР-ПДРФ в популяции голштинского скота Республики Татарстан, оценено генетическое равновесие и структура популяции. В ходе ДНК-диагностики 258 голов коров идентифицированы аллели C (0,432) и T (0,568) и генотипы – CC (14,3%), CT (57,8%) и TT (27,9%), что свидетельствует о полиморфности с высоким уровнем генетического биоразнообразия. Вариабельность между наблюдаемым и ожидаемым распределением генотипов составила 8,06. Тестирование методом хи-квадрат установило, что генетическое равновесие в исследуемой популяции не нарушено. Установлено, что в зависимости от ареала обитания и породы частота встречаемости аллелей и генотипов гена OPN варьируется. Так как ген OPN ранее был ассоциирован с эмбриональным развитием, поддержанием беременности, многоплодием, а также молочной продуктивностью и качественным составом молока, включение ДНК-диагностики в селекционный процесс поможет стабилизировать молочную продуктивность без ущерба для воспроизводительной способности дойных коров.

Show more [+]

Less [-]

Cifra Ltd - Russian Federation

2022

О. Y. Vasilyuk | I. F. Gridyushko | N. A. Loban | I. P. Sheiko | О. Я. Василюк | И. Ф. Гридюшко | Н. А. Лобан | И. П. Шейко

Maternal breeds of pigs were evaluated according to marker genes of reproductive, fattening and meat performance. The research subject was populations of purebred animals of Belarusian large white, Belarusian black-and-white and Belarusian factory type Yorkshire breed of pigs which were managed at agricultural branch of SGC “Zadneprovsky” of OJSC “Orshansky bakery products factory”, OJSC “SGC Zarechye” and OJSC “SGC “Zapadniy”. Analysis of polymorphism of individual gene markers of performance traits showed that animals of maternal breeds had rather high content of the desired alleles in the genome that determine reproductive and meat traits with a relatively low level of fattening traits. Predisposition of Belarusian large white and Belarusian black-and-white breeds to colibacteriosis was determined as well. | Оценены материнские породы свиней по генам-маркерам воспроизводительной, откормочной и мясной продуктивности. Объектом исследований являлись популяции чистопородных животных пород белорусской крупной белой, белорусской чёрно-пёстрой и белорусского заводского типа свиней породы йоркшир, которые содержались в сельскохозяйственном филиале «СГЦ «Заднепровский» ОАО «Оршанский комбинат хлебопродуктов», ОАО «СГЦ «Заречье» и ОАО «СГЦ «Западный». Анализ полиморфизма отдельных генов-маркеров продуктивных качеств показал, что животные материнских пород имеют в геноме достаточно высокое содержание желательных аллелей, детерминирующих воспроизводительные и мясные качества при относительно низком уровне откормочных. Также установлена предрасположенность белорусской крупной белой и белорусской чёрно-пёстрой пород к заболеванию колибактериозом.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2022

О. Y. Vasilyuk | I. F. Gridyushko | I. P. Sheiko | О. Я. Василюк | И. Ф. Гридюшко | И. П. Шейко

The article presents the materials of studies, the purpose of which was to form genetic profiles of pigs of maternal breeds with regard to their lineage and polymorphism of marker genes for reproductive and meat-and-fattening traits. The object of the studies was the purebred populations of Belarusian Large White, Belarusian Black-and-White, and Belarusian Yorkshire breed type pigs. Studies have shown that the genes ESR (reproductive traits), IGF-2 (fattening and reproductive traits), H-FABP and RYR 1 (meat quality traits) have the greatest influence on the animal performance. | В статье представлены материалы исследований, целью которых было сформировать генетические профили свиней материнских пород с учётом их линейной принадлежности и полиморфизма генов-маркеров по воспроизводительным и мясо-откормочным качествам. Объектом исследований были популяции чи- стопородных животных пород белорусской крупной белой, белорусской чёрно-пёстрой и белорусского заводского типа свиней породы йоркшир. Исследования показали, что наибольшее влияние на продуктивные качества животных оказывают гены ESR (воспроизводительные качества), IGF-2 (откормочные и воспроизводительные качества), H-FABP и RYR 1 (мясные качества).

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2022

O. A. Epishko | L. A. Kalashnikova | T. I. Epishko | N. V. Zhurina | О. А. Епишко | Л. А. Калашникова | Т. И. Епишко | Н. В. Журина

Genetic structure of sows and boars populations is studied on ESR, PRLR, FSHβ and RYR1 genes. Analysis of genetic structure of sows and boars-producers of Duroc breed showed monomorphism on ESR, FSHβ and RYR1 genes and only on PRLR gene polymorphism was determined. Correlation between PRLR gene and reproductive traits of population is stated. | Изучена генетическая структура популяций свиноматок и хряков-производителей по генам эстрогенового (ESR), пролактинового (PRLR), фолликулостимулирующего (FSHβ) и рианодинового (RYR1) рецепторов. Анализ генетической структуры свиноматок и хряков-производителей породы дюрок выявил мономорфность по генам ESR, FSHβ и RYR1 и только по гену PRLR установлен полиморфизм. Установлена взаимосвязь гена PRLR с репродуктивными признаками популяций свиноматок и воспроизводительными свойствами хряков-производителей породы дюрок.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2022

М. А. Kovalchuk | А. I. Gandzha | N. V. Zhurina | О. P. Kurak | V. P. Simonenko | L. L. Letkevich | I. V. Kirillova | М. А. Ковальчук | А. И. Ганджа | Н. В. Журина | О. П. Курак | В. П. Симоненко | Л. Л. Леткевич | И. В. Кириллова

DNA-testing was conducted by porcine MUC4 gene and ECR F18/FUT1 gene by PCR-RFLP method. The object of research was pigs of the following breeds: Belarusian Large Whites (BLW), Belarusian Meat (BM), Belarusian black-motley (BBM), Landrace (L), Duroc (D) and Yorkshire (Y), bred in the breeding enterprises of the republic. At the molecular genetic testing gene polymorphism of MUC4 and ECR F18/FUT1 genes was determined with animals of different breeds and sex and age groups (boars-producers, sows, young animals at fattening), represented by alleles MUC4С, MUC4G and ECR F18/FUT1А, ECR F18/FUT1G, and the following genotypes were identified: MUC4СС, MUC4CG, MUC4GG, ECR F18/FUT1АА, ECR F18/FUT1GG and ECR F18/FUT1AG. Analysis of genetic testing by MUC4 gene showed that Duroc breed is resistant to colibacillosis, all animals had preferred genotype MUC4CC - without mutations. For other breeds and breed combination the MUC4CC genotype concentration was: Belarusian black-motley - 53.1 %, Belarusian meat - 56.9 %, BM x L - 63.3 %. The study of genetic structure of breeds in average by ECR F18 / FUT1 gene showed that the lowest frequency of animals with resistant ECR F18/FUT1АА genotype was observed in populations of the following breeds: Yorkshire - 1.6 %, Belarusian black-motley - 2.0 %, Landrace - 4.5 %, and the highest frequency of genotype ECR F18/FUT1АА was observed in populations of Duroc breed - 10.3 %, and in animals of BM x L breed combination - 12.5 %. | Проведено ДНК-тестирование свиней по генам MUC4 и ECR F18/FUT1 методом ПЦР-ПДРФ. Объектом исследования являлись свиньи пород: белорусской крупной белой (БКБ), белорусской мясной (БМ), белорусской чёрно-пёстрой (БЧП), ландрас (Л), дюрок (Д) и йоркшир (Й), разводимые в племенных предприятиях республики. При молекулярно-генетическом тестировании был выявлен полиморфизм генов MUC4 и ECR F18/FUT1 у животных различных пород и половозрастных групп (хряки-производители, свиноматки, откормочный молодняк), представленный аллелями MUC4С, MUC4G и ECR F18/FUT1А, ECR F18/FUT1G, и идентифицированы генотипы: MUC4СС, MUC4CG, MUC4GG, ECR F18/FUT1АА, ECR F18/FUT1GG и ECR F18/FUT1AG. Анализ генетического тестирования по гену MUC4 показал, что устойчивой к эшерихиозу является порода дюрок, все животные имели предпочтительный генотип MUC4CC - без мутации. По остальным породам и породному сочетанию концентрация генотипа MUC4CC составила: белорусская чёрно-пёстрая - 53,1 %, белорусская мясная - 56,9 %, БМ х Л - 63,3 %. Изучение генетической структуры пород в среднем по гену ECR F18/FUT1 показало, что наименьшая встречаемость животных с устойчивым генотипом ECR F18/FUT1АА отмечалась у популяций породы: йоркшир - 1,6 %, белорусской чёрно-пёстрой - 2,0 %, ландрас - 4,5 %, а наибольшая частота встречаемости генотипа ECR F18/FUT1АА наблюдалась у популяций породы дюрок - 10,3 % и у животных породного сочетания БМхЛ - 12,5 %.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus

2022

E. V. Semenova | V. V. Vasipov | I. N. Anisimova

Background. Identification of duplicates in the collections of genetic resources is the most important problem of seed gene bank management. Duplicate accessions expand the collection size, thus raising the costs of germplasm maintenance without broadening the genetic diversity.Materials and methods. The studied material included 17 pairs of Pisum sativum L. accessions from the VIR collection which presumably had been erroneously registered twice in the VIR catalogue; however, they had identical introductory numbers. The accessions entered the collection in 1922–1996 and to date they have been reproduced 2 to 16 times. After a field assessment, 15 pairs of putative duplicate accessions of various uses were selected for molecular analysis. A RAPD analysis was performed using five primers from the Operon Series. Total seed proteins were analyzed by SDS-polyacrylamide gel electrophoresis.Results. The following criteria were used to ascertain identity of the accessions or their difference: 1) similarity of morphological characters (habitus, and anthocyanin pigmentation of flowers and vegetative organs) and flowering dates; 2) identity or polymorphism of RAPD profiles; and 3) identity or difference in electrophoretic banding patterns of seed storage proteins. Seven pairs of duplicates were identified according to the results of a comparative analysis. Among them, the accessions in the pairs k-81/k-1199, k-8331/k-8645, k-8719/k-8760, and k-8757/k-8825 turned out to be completely identical, while k8464/k-8472, k-8740/k-8873, and k-8689/k-8723 were heterogenic, but had similar RAPD profiles and seed proteins patterns.Conclusions. An integrated assessment involving in-field plant phenotyping and analyzing polymorphism of amplified DNA fragments and components in electrophoretic banding patterns of seed proteins is promising for detecting identical or heterogenic accessions in genebank collections.

Show more [+]

Less [-]

Directory of Open Access Journals - Sweden

2022

M. A. Kovalchuk | A. I. Gandzha | N. V. Zhurina | O. P. Kurak | V. P. Simonenko | L. L. Letkevich | I. V. Kirillova | М. А. Ковальчук | А. И. Ганджа | Н. В. Журина | О. П. Курак | В. П. Симоненко | Л. Л. Леткевич | И. В. Кириллова

Genotyping of pigs by PRKAG3 and RYR1 genes by PCR-RFLP method. The object of research were pigs of the following breeds: Belarusian Large White (BLW), Belarusian Meat (BM); Landrace (L), Duroc (D), Yorkshire (Y), bred in the breeding and hybrid centers of the republic. At molecular and genetic testing polymorphism of PRKAG3 and RYR1 genes was determined with animals of different breeds and sex and age groups (boars producers, sows and young animals at fattening), represented by alleles PRKAG3I, PRKAG3V и RYR1N, RYR1n, and genotypes PRKAG3VV, PRKAG3VI, PRKAG3II, RYR1NN, RYR1Nn were identified. It was found that averagely for all the breeds studied the highest concentration of the preferred PRK-AG3II genotype was observed in Landrace breed animals - 21,05 %, and the lowest - in animals of Belarusian Large White breed (5,51 %). In general, the concentration of preferred allele PRKAG3I in the breeds studied was low and averaged 0,24-0,50. By RYR1 gene averagelyby breeds the frequency of occurrence of animals with RYR1NN genotype, free of mutations, was 90,23-100 %, and carriers of the mutant gene RYR1Nn - 5,45-9,77 %. | Проведено генотипирование свиней по генам PRKAG3 и RYR1 методом ПЦР-ПДРФ. Объектом исследования являлись свиньи пород: белорусской крупной белой (БКБ), белорусской мясной (БМ); ландрас (Л), дюрок (Д), йоркшир (Й), разводимые в селекционно-гибридных центрах республики. При молекулярно-генетическом тестировании был выявлен полиморфизм генов PRKAG3 и RYR1 у животных различных пород и половозрастных групп (хряков-производителей, свиноматок, откормочного молодняка), представленный аллелями PRKAG3I, PRKAG3V и RYR1N, RYR1n, и идентифицированы генотипы PRKAG3VV, PRKAG3VI, PRKAG3II, RYR1NN, RYR1Nn. Было установлено, что в среднем по всем изучаемым породам наибольшая концентрация предпочтительного генотипа PRKAG3II наблюдалась у животных породы ландрас - 21,05 %, а наименьшая - у животных белорусской крупной белой породы (5,51 %). В целом концентрация желательного аллеля PRKAG3I у животных исследуемых пород находилась на низком уровне и в среднем составила 0,24-0,50. По гену RYR1 в среднем по породам частота встречаемости животных с генотипом RYR1NN, свободных от мутации, составила 90,23-100 %, носителей мутантного гена RYR1Nn - 5,45-9,77 %.

Show more [+]

Less [-]

National Academy of Sciences of Belarus - Belarus