AGRIS - 

2015

Kimeklis, A.K. | Safronova, V.I. | Kuznetsova, I.G. | Sazanova, A.L. | Belimov, A.A. | Pinaev, A.G. | Chizhevskaya, E.P., All-Russia Research and Development Inst. of Agricultural Microbiology, St. Petersburg

В горах Армении, Дагестана и Северной Осетии были найдены и собраны образцы эндемичного бобового растения Vavilovia formosa (Stev.) Fed. с клубеньками, из которых впоследствии получены изоляты клубеньковых бактерий (ризобий). Были выбрали 19 штаммов быстрорастущих ризобий, выделенных из клубеньков 10 растений, чтобы определить их видовую принадлежность, выявить географическую изоляцию, а также охарактеризовать генетическую обособленность выделенных штаммов по отношению к ризобиям, имеющим других растений-хозяев из трибы Fabeae. Были просеквенированы один из фрагментов ITS (internally transcribed spacer) длиной 1000-1300 п.н. и фрагмент гена nodA длиной 666 п.н., а также проведен скрининг штаммов на наличие гена nodX, контролирующего хозяйскую специфичность ризобий. Выявлено, что все изученные штаммы принадлежат к виду Rhizobium leguminosarum (биовар viciae). ITS-дендрограмма выявила относительно высокую гетерогенность внутри группы изолятов, однако на nodA-дендрограмме они, напротив, формировали очень компактную группу. Вероятно, ген nodA, сцепленный с генами хозяйской специфичности у ризобий, может активно переноситься в популяциях R. leguminosarum, обеспечивая свободное комбинирование специфичности к вавиловии с различными вариантами бактериальной хромосомы. Сравнение генетических расстояний по ITS для изолятов из 3 регионов указывает на дивергенцию микросимбионтов вавиловии, связанную с географической изоляцией. Данные по генетическим расстояниям для гена nodA, а также присутствие гена nodX у всех изученных штаммов R. leguminosarum указывают на наличие хозяйской обособленности изученных штаммов внутри биовара viciae. Полученные корреляции происхождения штаммов со структурой гена nodA отражают наличие высокоспецифичных взаимодействий каждой группы штаммов R. leguminosarum со своими растениями-хозяевами, тогда как корреляции со структурой локуса ITS свидетельствуют об адаптации ризобий к почвенной среде обитания. | Three expeditions to the mountain regions of Armenia, Dagestan and North Ossetia succeeded in finding and collecting plants of Vavilovia formosa (Stev.) Fed. with its nodules, from which rhizobia isolates were obtained later. It was chosen nineteen fast-growing isolates, derived from ten plants' nodules, to identify their species affiliation, to trace geographical isolation and also to try to track down its genetic differences from rhizobia, which nodulate other plants of tribe Fabeae. To make this we sequenced internally transcribed spacer (ITS) fragment and nodA gene, and made screening of the isolates for the presence of nodX gene, which controls rhizobia host specificity. Results of ITS sequencing showed that all strains involved in the analysis belong to R. leguminosarum (bv. viciae) species. ITS-dendrogram shows relatively high heterogeneity of isolates, but on nodA-dendrogram they form a very compact group. Probably, nodA gene, chained with the genes of host specificity, can be easily transferred within the populations of R. leguminosarum, providing unlimited combinations of specificity to vavilovia with different variants of bacterial chromosome. Comparison of genetic distances based on ITS-sequences for the isolates derived from three regions shows tendency to geographic isolation between them. Data on nodA-based genetic distances along with the presence of nodX gene in the genomes of all R. leguminosarum strains in this study point out the presence of its host specificity within biovar viciae. It seems that correlation between strain origin and the genetic structure of nodA reflects presence of highly specific interactions among each group of R. leguminosarum strains with their plant-hosts, whereas correlations with the structure of ITS-loci reflect rhizobia adaptation to soil environment.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation

2015

Gulyukin, A.M. | Shabejkin, A.A. | Zajkova, O.N. | Polyakova, I.V. | Zaberezhnyj, A.D., The Ya.R. Kovalenko All-Russia Research and Development Inst. of Experimental Veterinary, Moscow

The epizootic situation on rabies in the Republic of Tatarstan based on data of 2013-2014 is considered. Using the methods of molecular epizootology the species and number content of the animals with the laboratory-based confirmed infection was analyzed, and phylogenetic analyses of the rabies agents isolated in various regions of the republic was done. The sickness rate, coefficient of focality, and infection rate were calculated. These parameters were rather high, thus confirming the epidemic situation on rabies in Tatarstan. The G gene fragment of rabies field isolates from Tatarstan was sequenced and compared with similar fragment from reference strains. A comparative analysis showed no genomic differences in nucleotide and amino acid sequences between the field isolates. The difference in nucleotide sequence between field and reference strains was as high as 8%, while in their amino acid sequences no difference was found. This suggests high selective pressure on the amino acid structure of the analyzed fragments. Since live vaccines are widely used to control rabies in wild animals, it is necessary to check potential reversion of vaccine strains to the virulent one. In the enzootic area of Tatarstan rabies was determined to be eventual and natural focal infection. Nozoologic maps were developed in a computed geo-informational system and the vector of epidemic process in the Republic of Tatarstan within 2013-2014 was determined. | Рассмотрена эпизоотическая ситуация по бешенству в Республике Татарстан по данным за 2013-2014 гг. Методами молекулярной эпизоотологии проанализирован видовой и количественный состав животных с лабораторно подтвержденным заболеванием и проведен филогенетический анализ изолятов возбудителя из различных районов республики. Рассчитаны показатели: индекс заболеваемости, коэффициент очаговости и индекс неблагополучия. Они оказались достаточно высокими, что подтверждает факт неблагополучия Республики Татарстан по бешенству. Определена нуклеотидная последовательность фрагмента гена G полевых изолятов вируса бешенства из Республики Татарстан. При сравнении нуклеотидных и аминокислотных последовательностей исследуемых изолятов между собой практически не выявлено геномных отличий. При сравнении исследуемых проб с референтными штаммами было выявлено около 8% отличий в последовательности нуклеотидов, но при сравнении последовательностей аминокислот отличий не выявлено, что показывает селективное давление на структуру аминокислот, кодируемую в данном фрагменте. Так как главную роль в борьбе с бешенством играют регулирование численности и оральная иммунизация диких животных живой вакциной, возможна реверсия вакцинного штамма к вирулентному. Сделан вывод, что на территории Республики Татарстан бешенство является эвентуальным природно-очаговым заболеванием. В геоинформационной системе были созданы нозологические карты и определен вектор продвижения эпизоотии по территории республики в 2013-2014 гг.

Show more [+]

Less [-]

Central Scientific Agricultural Library - Russian Federation