Pseudomonas putida

***Pseudomonas putida*** là một vi khuẩn dinh dưỡng hoại sinh sống dưới đất hình roi gram âm. Vi khuẩn này có khả năng trao đổi chất đa dạng và dễ dàng thao tác gen, do đó trở thành một sinh vật phổ biến được sử dụng trong nghiên cứu, xử lý sinh học và tổng hợp hóa chất cũng như các hợp chất khác.

Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) đã xếp chủng *P. putida* KT2440 vào nhóm vi khuẩn đạt chứng nhận an toàn cấp độ 1 (HV-1), cho thấy nó an toàn khi sử dụng mà không cần bất kỳ biện pháp phòng ngừa bổ sung nào. Do đó, việc sử dụng *P. putida* trong nhiều phòng thí nghiệm nghiên cứu được ưa chuộng hơn một số loài *[[Pseudomonas]]* khác, chẳng hạn như ''Pseudomonas aeruginosa'', một tác nhân gây nhiễm trùng cơ hội.

## Lịch sử và phát sinh chủng loài
Dựa trên phân tích 16S rRNA, *P. putida* đã được xác nhận về mặt phân loại là một loài *[[Pseudomonas]]* (*sensu stricto*) và xếp cùng với một số loài khác vào nhóm *P. putida,* nhóm mà nó được đặt tên theo. Tuy nhiên, theo phân tích hệ gen học thì bộ gen hoàn chỉnh từ toàn bộ chi *Pseudomonas *đã chỉ ra rõ ràng rằng các bộ gen được đặt tên là *P. putida* không tạo thành một nhánh đơn nguồn, mà phân tán và hình thành một nhóm tiến hóa rộng hơn (nhóm putida) bao gồm cả các loài khác, chẳng hạn như *P. alkylphenolia, [[Pseudomonas alloputida|P. alloputida]], [[Pseudomonas monteilii|P. monteilii]], [[Pseudomonas cremoricolorata|P. cremoricolorata]], [[Pseudomonas fulva|P. fulva]], [[Pseudomonas parafulva|P. parafulva]], [[Pseudomonas entomophila|P. entomophila]], [[Pseudomonas mosselii|P. mosselii]], [[Pseudomonas plecoglossicida|P. plecoglossicida]]* và một số loài gen (loài mới chưa được định nghĩa hợp lệ).

Một giống của *P. putida*, gọi là *Pseudomonas *phân hủy hydrocarbon đa plasmid, là sinh vật được cấp bằng sáng chế đầu tiên trên thế giới. Vì là sinh vật sống, bằng sáng chế này đã bị tranh chấp và đưa ra trước Tòa án Tối cao Hoa Kỳ trong vụ kiện lịch sử *[[Diamond v. Chakrabarty]]*, mà người phát minh, Ananda Mohan Chakrabarty, đã thắng kiện. Nó thể hiện một quá trình trao đổi chất rất đa dạng, bao gồm khả năng phân hủy các dung môi hữu cơ như toluene. Khả năng này đã được ứng dụng trong xử lý sinh học, hay việc sử dụng vi sinh vật để phân hủy các chất gây ô nhiễm môi trường.

## Ứng dụng
### Xử lý sinh học
Sự đa dạng trong quá trình trao đổi chất của các chủng hoang dã của "P. putida" có thể được khai thác để xử lý sinh học; ví dụ, trong phòng thí nghiệm, người ta đã chứng minh rằng nó hoạt động như một chất cấy đất để xử lý đất bị ô nhiễm naphthalene.

*Pseudomonas putida* có khả năng chuyển đổi dầu styren thành nhựa phân hủy sinh học PHA. Điều này có thể hữu ích trong việc tái chế hiệu quả bọt polystyrene, vốn được cho là không thể phân hủy sinh học.
### Kiểm soát sinh học
Vi khuẩn *Pseudomonas putida* đã chứng minh tiềm năng về khả năng kiểm soát sinh học, như một tác nhân đối kháng hiệu quả với các tác nhân gây bệnh thực vật như *[[Pythium aphanidermatum]]* và ''Fusarium oxysporum'' f.sp. ''radicis-lycopersici''.

### Dấu hiệu sử dụng oligonucleotide của bộ gen ''P. alloputida'' KT2440
Việc sử dụng Di- đến pentanucleotide và danh sách các octa- đến tetradecanucleotide phong phú nhất là những thước đo hữu ích về dấu hiệu hệ gen học của vi khuẩn. Nhiễm sắc thể *P. putida* KT2440 được đặc trưng bởi tính đối xứng chuỗi và tính chẵn lẻ nội chuỗi của các oligonucleotide bổ sung. Mỗi tetranucleotide xuất hiện với tần suất tương tự trên hai chuỗi. Việc sử dụng tetranucleotide bị ảnh hưởng bởi hàm lượng G+C và các ràng buộc vật lý hóa học như năng lượng xếp chồng bazơ, góc xoắn cánh quạt dinucleotide hoặc khả năng uốn cong trinucleotide. 105 vùng có thành phần oligonucleotide không điển hình có thể được phân biệt bằng các mẫu sử dụng oligonucleotide của chúng thành các loại đảo gen được thu nhận theo chiều ngang, gen đa miền hoặc các vùng cổ xưa như gen mã hóa protein ribosome và RNA. Một trình tự đối xứng ngoại gen đặc trưng của loài là trình tự lặp lại phổ biến nhất trong bộ gen có thể được khai thác để phân loại Các chủng *P. putida*. Trong trình tự mã hóa của *P. putida*, LLL là tripeptide dồi dào nhất. Phylogenomic analysis reclassified the strain KT2440 in a new species *Pseudomonas alloputida*.

### Tổng hợp hữu cơ
Khả năng dễ dàng thao tác gen của vi khuẩn *Pseudomonas putida* đã cho phép nó được sử dụng trong tổng hợp nhiều hợp chất hữu cơ dược phẩm và nông nghiệp từ nhiều nguyên liệu khác nhau.

### CBB5 và việc tiêu thụ caffeine
*Pseudomonas putida* CBB5, một giống hoang dã không biến đổi gen được tìm thấy trong đất, có thể sống nhờ caffeine và đã được quan sát thấy có khả năng phân giải caffeine thành carbon dioxide và amoniac.

## Tham khảo

## Liên kết ngoài

* Risk Assessment Summary, CEPA 1999. ''Pseudomonas putida'' CR30RNSLL(pADPTel).
* Pseudomonas putida là một ví dụ về vi khuẩn vùng rễ thúc đẩy tăng trưởng thực vật, loại vi khuẩn này sản sinh ra các chất tạo phức sắt.
* Type strain of ''Pseudomonas putida'' at Bac''Dive'' – the Bacterial Diversity Metadatabase