Deinococcota

***Deinococcota*** (sinonimi, ***Deinococcus*** ***-Thermus***) — bu ekstremofillar sifatida ham tanilgan, atrof-muhitning xavf-xatarlariga yuqori darajada chidamli boʻlgan Deinokokklar sinfiga ega bakteriyalar turkumi hisoblanadi. Bu bakteriyalar qalin hujayra qobigʻilariga ega boʻlib, ularga gramm-musbat dogʻlar beradi, lekin ularning hujayra qobigʻida ikkinchi qavat membranani mavjud boʻlgani uchun tuzilishi jihatidan gramm-manfiy bakteriyalarga yaqinroq turadi.

## Taksonomiyasi
*Deinococcota filumi* taksonomik jihatdan bitta sinfdan (*Deinokokklar*) va ikkita tartibdan iborat:

* *Deinokokklar ikkita oilani (Deinococcaceae* *va* *Trueperaceae*) oʻz ichiga oladi. Ushbu vakilarining uchta avlodi, *Deinococcus*, *Deinobacterium* va *Truepera* kabilar kiradi. *Truepera radiovictrix taksonomik tartibning* eng erta ajralib chiqadigan aʼzosi hisoblanadi. Tartib doirasida *Deinococcus* *Deinobacterium* va *Truepera turlariga* nisbatan alohida monofiletik klaster hosil qiladi. Mazkur tartibga oid turlar radiatsiyaga chidamli bir nechta turlarni oʻz ichiga olib, ular yadro chiqindilari va boshqa zaharli moddalarni isteʼmol qilish, anaerob sharoitlarda omon qolish va issiq yoki sovuqning haddan tashqari salbiy taʼsirlari sharoitlarida omon qolish qobiliyati bilan ajralib turadi.
* *Thermaleslar* issiqqa chidamli bir necha avlodlarni (*Marinithermus*, *Meiothermus*, *Oceanithermus*, *Thermus*, *Vulcanithermus*, *Rhabdothermus*) oʻz ichiga olgan holda, bir oilaga, *Thermaceae ichiga* birlashtirilgan. Filogenetik tahlillar shuni koʻrsatadiki, *Thermaleslar*, *Meiothermus* va *Termus* turlari ichida monofiletik klaster hosil qiladi, *Marinithermus*, *Okeanithermus*, *Vulcanithermus* va *Rabdothermusga* nisbatan tartib ichida tashqi guruhlar sifatida tarmoqlarga boʻlinadi. Bu *Meiothermus* va *Thermus* turlarining tartibdagi boshqa avlodlarga nisbatan bir-biri bilan chambarchas bogʻliqligini koʻrsatadi. *Termus aquaticus* polimeraza zanjiri reaksiyasining rivojlanishida muhim ahamiyatga ega boʻlib, termobarqaror DNK polimeraza fermentini qoʻllash orqali bu yerda DNKni qismlarga boʻlish va parchalashining takroriy sikllarini amalga oshiradi.

Garchi bu ikki guruh umumiy ajdoddan kelib chiqqan boʻlsa ham, qarama-qarshilikning ikkita mexanizmi asosan mustaqil boʻlib koʻrinadix.

## Molekulyar belgilari
Konservatsiyalangan imzo indekslari (CSI) va oqsillar (CSPs) koʻrinishidagi molekulyar imzolar (DNKning kichik qismidagi axborot) topildi, ular *Deinococcota filumiga* mansub barcha aʼzolari tomonidan yagona nushada teng taqsimlangan. Ushbu CSI va CSPs oʻziga xos xususiyati tartibni boshqa barcha bakterial organizmlardan ajratib turuvchi xususiyatlari boʻlib, ularning eksklyuziv tarqalishi fiziologiyada kuzatilgan CSI va CSPs, shuningdek, tartib ichidagi ketma-ketlik va oila darajasidagi taksonomik reytinglarni qoʻllab-quvvatlaydigan farqlarga parallel boʻlishi isbotlandi. Tekshiuvlar darajasidagi farqlarni qoʻllab-quvvatlaydigan baʼzi CSI-lar tegishli ekstremofil xususiyatlarda rol oʻynaydi deb baholangan Thermales turlarida DNKga yoʻnaltirilgan RNK polimeraza boʻlinmasi beta va DNK topoizomerazasida *topilgan CSI’lar* termofillikda ishtirok etishi mumkin,. Deinokokkalar turlarida aniqlangan eksinukleaza ABC, DNK giraza va DNKni tiklash RadA proteinida radiorezistentlik bilan *bogʻliq* boʻlishi mumkin degan tahminlar mavjud. *Deinococcus* turiga mansub barcha aʼzolar uchun noyob topilgan ikkita CSP yaxshi xarakterli boʻlib, ularning xarakterli radiorezistent fenotipida muhim ahamiyatga ega deb hisoblanadix. Ushbu CSPlar DNKning zararlanishini tiklaydigan protein PprA, bir zanjirli DNKni bogʻlaydigan DdrB oqsilini oʻz ichiga oladi.

Bundan tashqari, ushbu guruhdagi baʼzi avlodlar, jumladan *Deinococclar*, *Thermus* va *Meiothermus*, shuningdek, ularni guruhning qolgan qismlaridan va boshqa barcha bakteriyalardan ajratish uchun oʻz tarkibi, tuzilishi bilan kerakli vositani taʼminlab, ularning tegishli turlarini oʻz ichiga olgan individual avlodlar sifatida ajratib turadigan molekulyar belgilarga ega hisoblanadi. *Truepera radiovictrix uchun maxsus CSI’lar* ham topilgan.

## Xalqaro tasnifi

## Taksonomiyasi
Hozirgi vaqtda qabul qilingan taksonomiya Nomenklaturada (LPSN) va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI) bilan prokariotik nomlar roʻyxatiga asoslangan holda yaratilgan.

* Phylum **Deinococcota** Oren va Garrity 2021-yil
** Class **Deinococci** Garrity & Holt 2002 ["Deinococcia" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ; „Thermi“ Rinke va boshqalar. 2013 yil ; „Thermia“ Cavalier-Smit 2020-yil ]
*** Buyurtma **Deinococcales** Rainey va boshqalar. 1997-yil [Trueperales Garcia-López va boshqalar. 2020-yil ]
**** Deinococcaceae oilasi Bruks va Murray 1981-yil tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997 -il
***** Genus *Deinococcus* Brooks va Murray 1981-yilda tuzatilgan. Rainey va boshqalar. 1997-yil
***** Genus *Deinobacterium* Ekman va boshqalar. 2011-yil
**** Trueperaceae oilasi Rainey va boshqalar. 2005-yil
***** *Truepera* da Kosta jinsi, Reyni va Albukerke 2005-yil
*** **Thermales** Rainey va Da Kosta 2002-yil
**** Oila Thermaceae Da Kosta va Rainey 2002-yil
***** " *Allomeiothermus* " turlar Jiao va boshqalar. 2022-yil
***** Genus *Calidithermus* Raposo va boshqalar. 2019-yil
***** Genus *Marinithermus* Sako va boshqalar. 2003-yil
***** Genus *Meiothermus* Nobre va boshqalar. 1996-yil tuzatildi. Albuquerque va boshqalar. 2009 yil
***** *Okeanithermus jinsi* Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil tuzatish. Mori va boshqalar. 2004 yil
***** Genus *Rhabdothermus* Steinsbu va boshqalar. 2011-yil
***** Genus *Thermus* Brock and Freeze 1969-yilda tuzatilgan. Nobre va boshqalar. 1996-yil
***** Jins *Vulcanithermus* Miroshnichenko va boshqalar. 2003-yil

## Ketma-ket genomlari
Hozirgi vaqtda ushbu boʻlimda 10-ta ketma-ket genomlar mavjud hisoblanadi.

* *Deinococcus radiodurans* R1
* *Thermus thermophilus* HB27
* *Thermus thermophilus* HB8
* *Deinococcus geothermalis* DSM 11300
* *Deinococcus deserti* VCD115
* *Meiothermus ruber* DSM 1279
* *Meiothermus silvanus* DSM 9946
* *Truepera radiovictrix* DSM 17093
* *Okeanithermus profundus* DSM 14977

*Meiothermus turkumiga oid* ikkita turi bakteriya va arxeya genomik entsiklopediyasi (GEBA) loyihasi homiyligida sekvensiyalangan boʻlib, u organizmlarni patogenlik yoki saprofitlikka emas, balki filogenetik yangilikka asoslangan holda tartiblashga qaratilgan hisoblanadi.

## Yana qarang

* Bakteriyalar avlodlari roʻyxati
* Bakteriya turkumlari roʻyxati

## Manbalar