Moleküler grafik sistemleri listesi

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.

}LGPL açık-kaynak
| Bağımsız program
| 
| 
|-
| Cn3D
|
|  açık-kaynak
| Bağımsız program
|
|NCBI C++ araç setinde
|-
| Coot
| XRD
|  açık-kaynak
|
|
|
|-
| Gabedit
| XRD MM
|  açık-kaynak
| C
|
|
|-
| Jmol
|
|  açık-kaynak
| Java (applet veya bağımsız program)Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript
|
| Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler.
|-
| MDL Chime
|
| , ticari olmayan kullanım ücretsiz
| Sadece Windows için C++ tarayıcı eklentisi 
|
| Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir.
|-
| Mol*
| MM MD NA SMI XRD
|  açık-kaynak (MIT)
| TypeScript (WebGL, React)
| 
| Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir.
|-
| Molden
| MM XRD
| , akademik kullanım ücretsiz
|
|
|
|-
| Molecular Operating Environment (MOE)
| HM MD MM NA QM SMI XRD
| 
| Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili
|
| Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform.
|-
| Molekel
| MM XRD
|  açık-kaynak
| Java 3D applet veya bağımsız program
|
|
|-
| PyMOL
| MM XRD SMI EM
|  Açık-kaynak
| Python
|
| Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır.
|-
| RasMol
|
|  açık-kaynak
| C bağımsız program
|
|
|-
| SAMSON
| MM MD SMI MRI 
| , sınırlı ücretsiz sürüm
| Windows, Linux, Mac. C++ (Qt)
| 
| Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller.
|-
| Sirius
|
|  açık-kaynak
| Java 3D applet veya bağımsız program
|
| 2011'den itibaren artık desteklenmemektedir.
|-
| Scigress
| MM QM
| 
| Bağımsız program
|
| Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma.
|-
|-
| Spartan
| MM QM
| 
| Bağımsız program
|
| Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi.

|- 
| UCSF Chimera
| XRD SMI EM MD
|  açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)
| Python
|
| Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir.
|-
| VMD
| EM MD MM
|  açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)
| C++
|
|
|-
| WHAT IF
| HM XRD
| , Akademik kullanım için shareware
| Fortran, C, OpenGL, bağımsız
|
| Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor.
|-
| YASARA
| HM NMR XRC
| , sınırlı ücretsiz sürüm
| C-assembly, Windows, Linux, Mac
|
| Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü.
|-
|}

## Anahtar
Aşağıdaki tablo, her bir sistemde hangi veri türlerinin görselleştirilebileceğini göstermektedir:

## Ayrıca bakınız
* Biyolojik veri görselleştirme
* Nükleik asit simülasyon yazılımları karşılaştırması
* Moleküler mekanik modelleme yazılımları karşılaştırması
* Mikroskopi görselleştirme sistemleri listesi
* Açık kaynaklı biyoinformatik yazılımları listesi
* Moleküler grafikler
* Molekül düzenleyici

## Kaynakça

## Dış bağlantılar

*  A rather detailed, objective, and technical assessment of about 20 tools.
* 
* 
*