DNA virüsleri

Genetik madde olarak DNA bulunduran ve replikasyon için DNA'ya bağımlı DNA polimeraz enzimine gereksinim duyan virüslerdir. Nükleik asitleri genellikle çift iplikçikli DNA yapısındadır (çiDNA) ancak tek iplikçikli DNA yapısında olanlar da mevcuttur (tiDNA). **DNA virüsleri** Baltimor sınıflandırma sisteminde* I. Grup ya da II. Grup* üyeleridir. Tek iplikçikli DNA'lar genellikle enfekte hücrede çift iplikçikli yapıya dönüştürülür. Hepatit B virüsünü de içeren* VII*. *Grup* virüsleri DNA genomuna sahip olmalarına rağmen Baltimor sınıflandırmasında DNA virüslerinden ayrı bir sınıfta yer almışlardır, bunun nedeni bu virüslerin ters transkripsiyon yapan virüs olması ve RNA aracılı replikasyon yapmasıdır. DNA virüsleri çiçek hastalığı, herpesvirüs hastalıkları ve su çiçeği gibi önemli hastalıklara neden olabilmektedirler.

## Grup I: çiDNA virüsleri
Bu grubun genom çeşitliliği önemli farklılılar gösterir. Bazıları çembersel (sirküler) genoma (*Baculoviridae*, *Papovaviridae* *ve Polydnaviridae*) sahip iken, bazıları da çizgisel (lineer) genoma sahiptirler (*Adenoviridae*, *Herpesviridae* ve bazı fajlar). Bazı aileler çembersel ve çizgisel arasında değişim gösterebilen genoma sahip iken (T4 fajı ve bazı *Iridoviridaeler*). Bazıları da kovalent olarak kapalı uçlu çizgisel genoma sahiptirler (*Poxviridae* *ve Phycodnaviridae*).

### Konak aralığı
*Kaudovirüs* takımı türleri,*Kortikovirüs* ve *Tetivirüs* aileleri bakterileri enfekte ederler.

*Ligamenvirüs* takımı türleri, *Ampullavirüs*, *Bicaudavirüs*, *Clavavirü,* *Fusellovirü*, *Globulovirüs*, *Guttavirüs* *ve Turrivirüs* aileleri; hipertermofilik arkelerin *Crenarchaeota* türlerini enfekte ederler.

*Herpesvirales* takımı türleri*, Adenovirüs*, *Asfarvirüs*, *Iridovirüs*, *Papillomavirüs*, *Polyomavirüs* ve *Poxvirüs* aileleri; omurgalıları enfekte ederler..

*Ascovirus*, *Baculovirus*, *Hytrosaviridae*, *Iridoviridae, Polydnaviruses* aileleri ve *Nudivirus* cinsi; böcekleri enfekte ederler.

*Mimivirüs* ailesi türleri, *Marseillevirüs*, *Megavirüs*, *Mavirüs [[virofaj]]<nowiki/>ı* ve *Uydu virofajı* türleri protozoaları enfekte ederler

*Nimaviridae* ailesi türleri kabukluları enfeke ederler.

*Phycodnavirüs* ailesi türleri ve *Organik Göl virofajı* türleri algleri enfekte ederler. Bunlar bitkileri enfekte eden bilinen tek çiDNA virüsleridir.

*Plasmavirüs* ailesi türleri; *Mollicutes* sınıfı türlerini enfekte eder.

*Pandoravirüs* ailesi türleri amipleri enfekte eder.

*Dinodnavirus* cinsi türleri ateşrengi algleri enfekte ederler.

*Rhizidiovirus* cinsi türleri stramenopilleri enfekte edeler.

*Salterprovirus* *ve Sphaerolipoviridae* cinsi türleri euryarchaeota cinsine enfekte ederler.

### Taksonomi
* *Takım Caudovirales*
** *Aile Myoviridae*—Enterobacteria phage T4 dahil
** Aile *Podoviridae*—Enterobacteria phage T7 dahil
** Aile *Siphoviridae*—Enterobacteria phage λ dahil
* Takım *Herpesvirales*
** Aile *Alloherpesviridae*
** Aile *Herpesviridae*— insan herpesvirüsleri ve Varicella Zoster virus dahil
** Aile *Malacoherpesviridae*
* Takım *Ligamenvirales*
** Aile *Lipothrixviridae*
** Aile *Rudiviridae*
* Belirlenmemiş aileler
** Aile *Adenoviridae*—insanlarda adenovirüs enfeksiyonu yapanlar dahil.
** Aile *Ampullaviridae*
** Aile *Ascoviridae*
** Aile *Asfarviridae*—Afrika domuz ateşi virüsü dahil
** Aile *[[Bakulovirüs|Baculoviridae]]*
** Aile *Bicaudaviridae*
** Aile *Clavaviridae*
** Aile *Corticoviridae*
** Aile *Fuselloviridae*
** Aile *Globuloviridae*
** Aile *Guttaviridae*
** Aile *Hytrosaviridae*
** Aile *Iridoviridae*
** Aile *Marseilleviridae*
** Aile *Mimiviridae*
** Aile *Nudiviridae*
** Aile *Nimaviridae*
** Aile *Pandoraviridae*
** Aile *Papillomaviridae*
** Aile *Phycodnaviridae*
** Aile *Plasmaviridae*
** Aile *Polydnaviruses*
** Aile *Polyomaviridae*—Simian virüs 40, JC virüs, BK virüs dahil
** Aile *Poxviridae*— Sığır çiçeği virüsü, çiçek hastalığı virüsü dahil.
** Aile *Sphaerolipoviridae*
** Aile *Tectiviridae*
** Aile *Turriviridae*
* Belirlenmemiş cinsler
** *Dinodnavirus*
** *Salterprovirus*
** *Rhizidiovirus*
* Belirlenmemiş türler
** *Abalone shriveling syndrome-associated virus*
** *Bandicoot papillomatosis carcinomatosis virus*
** *KIs-V*
** *Lentille virus*
** *Megavirus*
** *Mollivirus sibericum virus*
** *Phaeocystis globosa virus*
** *Pithovirus*
* Virofajlar
** *Ace Lake Mavirus virophage*
** *Dishui Lake virophage 1*
** *Mavirus virophage*
** *Organic Lake virophage*
** *Phaeocystis globosa virus virophage*
** *Rio Negro virophage*
** *Sputnik virophage*
** *Sputnik virophage 2*
** *Yellowstone Lake virophage 1*
** *Yellowstone Lake virophage 2*
** *Yellowstone Lake virophage 3*
** *Yellowstone Lake virophage 4*
** *Yellowstone Lake virophage 5*
** *Yellowstone Lake virophage 6*
** *Yellowstone Lake virophage 7*
** *Zamilon virophage*
** *Zamilon virophage 2*

### Pleolipovirüsler
Pleolipovirüsler olarak bilinen bir gruptur, benzer genom organizasyonuna sahip olmalarına rağmen, tek ya da çift iplikçikli DNA genomu yapısında olmalarıyla farklılıklar gösterirler. Bu grup mevcut sınıflandırma sistemine uymamaktadır ve bu grup için yeni bir takson gerekmektedir.

Bu virüsler litik değillerdir ve virionları lipit veziküllerin kapladığı genomlar ile karaktrizedir. Nükleoproteinlere sahip değillerdir. Viral zardaki lipitler, konak hücre zarından seçici olmayan bir şekilde elde edilmiştir. Virionlar iki ya da üç adet büyük yapısal protein barındırırlar.

Bu grupta aşağıdaki virüsler bulunmaktadır:
* Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1
* Halogeometricum pleomorphic virus 1
* Halorubrum pleomorphic virus 1
* Halorubrum pleomorphic virus 2
* Halorubrum pleomorphic virus 3
* Halorubrum pleomorphic virus 6
* SNJ2

## Grup II: tiDNA virüsleri

Bakteriyofajların ilk olarak 1927'de keşfedilmelerine rağmen, sadece 1959'da Sinshemer çalışmasında Phi X 174 fajının tek iplikçikli DNA yapısında olabileceğini öne sürmiştür. Bu keşfe kadar DNA virüslerinin birçoğunun göreceli olarak çift iplikçikli yapıda olduğu düşünülmekteydi.

### Taksonomi
Aileler genom doğası ve konak aralığı temel alınarak gruplandırılmışlardır. Aşağıda bu aileler yer almaktadırlar.
* *Aile Anelloviridae*
* Aile *Bacillariodnaviridae*
* Aile *Bidnaviridae*
* Aile *Circoviridae*
* Aile *Geminiviridae*
* Aile *Inoviridae*
* Aile *Microviridae*
* Aile *Nanoviridae*
* Aile *Parvoviridae*
* Aile *Spiraviridae*

### Sınıflandırma
Çembersel tek iplikçikli virüslerin bir bölümünün dört tipe ayrıldığı öne sürülmüştür. Bu bölümlendirmenin, onların filogenetik ilişkilerini yansıttığı görülmektedir.

Tip I, küçük çembersel DNA (yaklaşık 2-kb) ile karakterizedir, Rep proteini ve büyük açık okuma alanı (ORF) zıt yönlerdedir. Bu tip: *sirkovirüsler*in, *geminivirüsler*in ve *nanovirüsler*in karakteridtikleridir.

Tip II, genomları benzersiz ve ayrı iki Rep ve ORFlardan oluşur.

Tip III, genomları aynı yönelimde iki büyük ORF içerir. Bu tipik bit *anellovirüs* düzenidir.

Tip IV, genomları 8'e kadar olabilen ORF ile beraber 4-kb'ı bulan büyük genomlardandır. Bu genom tipi *İnovirüsler *ve *Mikrovirüsler*de bulunur.

### Konak aralığı
*Bidnavirüs* *ve Parvovirüs* aileleri çizgisel genoma sahip iken diğer aileler çembersel genoma sahiptirler *Bidnavirüsler* iki parçalı genoma sahiptirler ve omurgalıları enfekte ederler. *İnovirüsler* *ve Mikrovirüsler* bakterileri enfekte ederler. *Anellovirüsler* ve *Sircovirüsler* hayvanları (memelileri ve kuşları ayrı ayrı olarak) enfekte ederler; ve *Geminivirüsler* ve *Nanovirüsler* bitkileri enfekte ederler. *Bacillariodnavirüsler* diatomları enfekte ederler ve eşsiz genoma sahiptirler: ana kromozom daireseldir (~6 kilobaz uzunluğunda): küçük kromozom doğrusaldır (~1 kilobaz uzunluğunda) ve ana kromozomun tamamlayıcısıdır. *Spiravirüsler* üyeleri arkeleri enfekte ederler. *Mycodnavirüsler* üyeleri mantarları enfekte ederler.

### Moleküler biyoloji
Bu gruptaki virüsler, genom replikasyonu için çift iplikçikli DNA aracısı replikatif bir forma ihtiyaçları vardır. Bu form, normal olarak konak hücre DNA polimerazı yardımıyla virüs DNA'sından oluşturulur.

## Kaynakça

## Konuyla ilgili yayınlar
* *Academic Press*. Birleşik Devletler Ulusal Biyoteknoloji Merkezi, Ulusal Sağlık Enstitüsü, Ulusal Tıp Kütüpanesi.&nbsp;