Virüs sınıflandırması

*Virüs sınıflandırması*, virüslerin taksonomik bir sistem içinde adlandırılma ve gruplandırılmalarını içerir. Hücresel canlıların görece oturmuş sınıflandırma sistemlerinde olduğu gibi, **virüs sınıflandırması** da süregiden tartışma ve önerilerin konusudur. Bu, büyük ölçüde, virüslerin henüz kesin bir şekilde "canlı" ya da "canlı olmayan" varlıklar olarak tanımlanamamış olmasından kaynaklanmaktadır. Dolayısıyla da virüsler, bitkiler ve hayvanlar gibi hücresel canlıları konu edinen biyolojik sınıflandırma sistemleri içine çeşitli nedenlerle sorunsuz bir şekilde yerleştirilememektedir.

Virüs sınıflandırması, virüslerin yapı (morfoloji), nükleik asit tipi, çoğalma tarzı, konak canlı ve neden oldukları hastalık gibi fenotipik özelliklerini temel alır. Bunun için günümüzde Baltimor sınıflandırması ve UVTK sınıflandırması olarak iki ana sistem birlikte kullanılmaktadır.

## Sınıflandırma yöntemleri
### Baltimore sınıflandırması

Baltimore sınıflandırması, virüsleri nükleik asit türü (DNA ya da RNA), nükleik asiti ipliği sayısı (tek iplikli ya da çift iplikli) ve çoğalma yöntemine göre Roma rakamları ile numaralanmış yedi gruptan birinin içine yerleştirir. Neden oldukları hastalıklar ve morfolojik özelliklerine göre de sınıflandırılmaları mümkünse de farklı virüslerin aynı hastalığa yol açabiliyor olması ve yapılarının çok benzer olabilmesi nedeniyle bu yöntemler tatminkar değildir. Ayrıca, çok küçük boyutları nedeniyle virüslerin yapılarının mikroskop altında belirlenmesi de oldukça zordur. Bu noktada, genomlarına göre sınıflandırmak, benzer davranış gösteren virüslerin belli kategorilerde toplanmasını sağlar. Böylece, ileri araştırmalar için belli bir yol da çizilebilmektedir. Nobel Ödülü biyolog David Baltimore tarafından geliştirilmiştir.

Baltimore sınıflandırmasının sunduğu ve Roma rakamlarıyla numaralandırılmış olan yedi grup aşağıda verilmiştir:

### UVTK sınıflandırması
Uluslararası Virüs Taksonom Komitesi (UVTK), 1990'ların başında, virüslerin adlandırılması ve sınıflanması için çeşitli kurallar geliştirerek uygulamaya koymuştur ve günümüzde de virüs türlerinin adlandırılması ve bu sistem içinde yerleştirilmesini gözetmektedir. UVTK sınıflandırması, takson yapısına sahip olması gibi özellikleriyle biyolojik sınıflandırma yöntemleri ile çeşitli benzerlikler taşısa da bazı farklarla onlardan ayrılır:
* UVTK sınıflandırması takım seviyesinden başlar ve tür seviyesine kadar iner. Geçerli seviyeler, ilgili takson son ekleri parantez içinde belirtilmiş halde, şöyledir:
:::• Takım (*-virales*)
::::• Familya (*-viridae*)
:::::• Alt familya (*-virinae*)
::::::• Cins (*-virus*)
:::::::• Tür (*-virus*)
* Uluslararası Bitkibilimsel Adlandırma Kuralları'ndakine benzer şekilde, cins ve tür adlarından başka takım ve familya adları da italik yazılır.
* Önemli bir fark, tür adlarının genellikle *[Hastalık]virus* biçiminde belirlenmesidir.
Yaklaşık 80 familya ve 4.000 türün bilindiği bu sistemde takımların tanımlanması henüz çok yenidir ve yavaş işlemektedir: bugüne dek yalnızca üç takım belirlenmiştir (*[[Caudovirales]]*, *[[Nidovirales]]*, *[[Mononegavirales]]*) ve çoğu familya herhangi bir takım altına yerleştirilmemiş durumdadır. Benzer şekilde, 24 kadar cinsin de familyaları henüz belli değildir.

## Sınıflandırma
### Grup I: çift iplikli DNA virüsleri
* Takım *[[Caudovirales]]* 
** Familya *[[Myoviridae]]* 
** Familya *[[Podoviridae]]*
** Familya *[[Siphoviridae]]* 
* Hastalık yapanlar:
** Familya *[[Ascovirüs|Ascoviridae]]*
** Familya *[[Adenoviridae]]*
** Familya *[[Asfivirüs|Asfiviridae]]*
** Familya *[[Baculoviridae]]*
** Familya *[[Corticovirüs|Corticoviridae]]*
** Familya *[[Fusellovirüs|Fuselloviridae]]*
** Familya *[[Guttavirüs|Guttaviridae]]*
** Familya *[[Herpesviridae]]* 
** Familya *[[Iridoviridae]]*
** Familya *[[Lipothrixviridae]]*
** Familya *[[Whispovirüs|Nimaviridae]]*
** Familya *[[Papillomavirüs|Papillomaviridae]]*
** Familya *[[Phycodnaviridae]]*
** Familya *[[Plasmavirüs|Plasmaviridae]]*
** Familya *[[Polyomaviridae]]* - *[[SV40|Simian virüs 40]]*
** Familya *[[Poxviridae]]* - e.g. *[[Cowpox]] virus*, *[[Variola]] virus* (smallpox)
** Familya *[[Rudivirüs|Rudiviridae]]*
** Familya *[[Tectivirüs|Tectiviridae]]*
** Hastalık yapanlar:
*** *[[Mimivirüs]]*; Tipik türü: *[[Acanthamoeba polyphaga mimivirus]]*

### Grup II: tek iplikli DNA virüsleri
* Unassigned bakteriyofajlar
** Familya *[[Inoviridae]]*
** Familya *[[Microviridae]]*
* Hastalık yapan virüsler:
** Familya *[[Geminiviridae]]*
** Familya *[[Circoviridae]]*
** Familya *[[Nanoviridae]]*
** Familya *[[Parvoviridae]]* - *[[Parvovirüs B19]]* adenovirüs
** Hastalık yapanlar:
*** *[[Anellovirus]]*; Tipik türü: *[[Torque teno virus]]*

### Grup III: çift iplikli RNA virüsleri
* Familya *[[Birnaviridae]]*
* Familya *[[Chrysoviridae]]*
* Familya *[[Cystoviridae]]*
* Familya *[[Hypoviridae]]*
* Familya *[[Partitiviridae]]*
* Familya *[[Reoviridae]]* - *[[Rotavirüs]]*
* Familya *[[Totiviridae]]*
* Hastalık yapanlar:
** *[[Endornavirüs]]*; Tipik türü: *[[Vicia faba endornavirus]]*

### Grup IV: pozitif polariteli tek iplikli RNA virüsleri
* Takım*[[Nidovirales]]* 
** Familya *[[Arterivirüs|Arteriviridae]]*
** Familya *[[Coronaviridae]]*
** Familya *[[Okavirüs|Roniviridae]]*
* Hastalık yapanlar:
** Familya *[[Astroviridae]]*
** Familya *[[Barnavirüs|Barnaviridae]]*
** Familya *[[Bromoviridae]]*
** Familya *[[Caliciviridae]]* 
** Familya *[[Closteroviridae]]*
** Familya *[[Comoviridae]]*
** Familya *[[Dicistroviridae]]*
** Familya *[[Flaviviridae]]* - *[[Hepatit C]] virüsü*
** Familya *[[Flexiviridae]]*
** Familya *[[Hepeviridae]]* - *[[Hepatit E]] virüsü*
** Familya *[[Leviviridae]]*
** Familya *[[Luteoviridae]]*
** Familya *[[Marnavirus|Marnaviridae]]*
** Familya *[[Narnaviridae]]* 
** Familya *[[Nodaviridae]]*
** Familya *[[Picornaviridae]]* - Hepatit A virüsü
** Familya *[[Potyviridae]]*
** Familya *[[Sequiviridae]]*
** Familya *[[Tetraviridae]]*
** Familya *[[Togaviridae]]* - Kızamıkçık virüsü
** Familya *[[Tombusviridae]]*
** Familya *[[Tymoviridae]]*
** Hastalık yapanlar:
*** Cins *[[Benyvirus]]*; Tipik türü: Pancar nekrotik sarı damar virüsü
*** Cins *[[Cheravirus]]*; Tipik türü: Kiraz yaprak virüsü
*** Cins *[[Furovirus]]*; Tipik türü: Soil-borne buğday mozaik virüsü
*** Cins *[[Hordeivirus]]*; Tipik türü: Arpa çizgili mozaik virüsü
*** Cins *[[Idaeovirus]]*; Tipik türü: Ahududu cüce virüsü
*** Cins *[[Machlomovirus]]*; Tipik türü: Mısır klorotik benekli virüsü
*** Cins *[[Ourmiavirus]]*; Tipik türü: Kavun virüsü
*** Cins *[[Pecluvirus]]*; Tipik türü: Yerfıstığı clump virüsü
*** Cins *[[Pomovirus]]*; Tipik türü: Patates mop-top virüsü
*** Cins *[[Sadwavirus]]*; Tipik türü; Satsuma cüce virüsü
*** Cins *[[Sobemovirus]]*; Tipik türü: Fasulye mozaik virüsü
*** Cins *[[Tobamovirus]]*; Tipik türü: Tütün mozaik virüsü
*** Cins *[[Tobravirus]]*; Tipik türü: Tütün rattle virüsü
*** Cins *[[Umbravirus]]*; Tipik türü: Havuç benekli virüsü

### Grup V: negatif polariteli tek iplikli RNA virüsleri
* Takım *[[Mononegavirales]]* (Segmentli olmayan negatif virüsler)
** Familya *[[Bornaviridae]]* 
** Familya *[[Filoviridae]]* - Ebola virüsü, Marburg virüsü
** Familya*[[Paramyxoviridae]]* - Kızamık virüsü, Kabakulak virüsü
** Familya *[[Rhabdoviridae]]* - Kuduz virüsü
* Segmentli negatif virüsler:
** Familya *[[Arenaviridae]]*
** Familya *[[Bunyaviridae]]* - Hantavirüs
** Familya *[[Orthomyxoviridae]]* - Influenza virüsü
** Hastalık yapanlar:
*** Cins *[[Deltavirus]]*; Tipik türü: Hepatit delta virüsü
*** Cins *[[Ophiovirus]]*; Tipik türü: Citrus psorosis virüsü
*** Cins *[[Tenuivirus]]*; Tipik türü: Prinç çizgili virüsü
*** Cins *[[Varicosavirus]]*; Tipik türü: Lettuce big-vein associated virus

### Grup VI: ters transkripsiyon yapan RNA virüsleri
* Familya *[[Metaviridae]]* 
* Familya *[[Retroviridae]]*

### Grup VII: ters transkripsiyon yapan DNA virüsleri
* Familya *[[Hepadnaviridae]]* - Hepatit B virüsü
* Familya *[[Caulimoviridae]]* - Karnabahar mozaik virüsü

## Viral ajanlar
Sözü edilen ajanlar oldukça küçük virüslerdir. 
### [[Viroidler]]
* Familya *[[Pospiviroidae]]*
** Cins *[[Pospiviroid]]*; Tipik türü: Patates yumru viroidi
** Cins *[[Hostuviroid]]*; Tipik türü: Hop stunt viroid
** Cins *[[Cocadviroid]]*; Tipik türü: Coconut cadang-cadang viroid
** Cins *[[Apscaviroid]]*; Tipik türü: Elma scar skin viroid
** Cins *[[Coleviroid]]*; Tipik türü: Coleus blumei viroid 1
* Familya *[[Avsunviroidae]]*
** Cins *[[Avsunviroid]]*; Tipik türü: Avokado sunblotch viroidi
** Cins *[[Pelamoviroid]]*; Tipik türü: Şeftali mozaik viroidi