Taksonomia (biologji)

Në biologji, **taksonomia** (nga greqishtja e lashtë τάξις (*taxis*) 'rregullim', dhe -νομία (-*nomia*) 'metodë') është studimi shkencor i emërtimit, përcaktimit (rrethimit) dhe klasifikimit të grupeve të organizmave biologjikë bazuar në karakteristikat e përbashkëta. Organizmat grupohen në taksa (njëjës: takson) dhe këtyre grupeve u jepet një renditje taksonomike; grupet e një rangu të caktuar mund të grumbullohen për të formuar një grup më gjithëpërfshirës të rangut më të lartë, duke krijuar kështu një hierarki taksonomike. Radhët kryesore në përdorimin modern janë domeni, mbretëria, filumi (*ndarja* përdoret ndonjëherë në botanikë në vend të *filumit*), klasa, rendi, familja, gjinia dhe llojet. Botanisti suedez Karl Lineu konsiderohet si themeluesi i sistemit aktual të taksonomisë, pasi ai zhvilloi një sistem të renditur të njohur si taksonomia Linean për kategorizimin e organizmave dhe nomenklaturë binomiale për emërtimin e organizmave.

Me përparimet në teorinë, të dhënat dhe teknologjinë analitike të sistematikës biologjike, sistemi Linnaean është shndërruar në një sistem të klasifikimit biologjik modern që synon të pasqyrojë marrëdhëniet evolucionare midis organizmave, të gjallë dhe të zhdukur.

## Përkufizimi
Përkufizimi i saktë i taksonomisë ndryshon nga burimi në burim, por thelbi i disiplinës mbetet: konceptimi, emërtimi dhe klasifikimi i grupeve të organizmave. Si pika referimi, përkufizimet e fundit të taksonomisë janë paraqitur më poshtë:

#Teoria dhe praktika e grupimit të individëve në lloje, renditja e llojeve në grupe më të mëdha dhe dhënia e emrave të këtyre grupeve, duke prodhuar kështu një klasifikim.
#Një fushë e shkencës (dhe komponenti kryesor i sistematikës) që përfshin përshkrimin, identifikimin, nomenklaturën dhe klasifikimin
#Shkenca e klasifikimit, në biologji renditja e organizmave në një klasifikim
#Shkenca e klasifikimit të aplikuar për organizmat e gjallë, duke përfshirë studimin e mjeteve të formimit të llojeve, etj."
#Analiza e karakteristikave të një organizmi për qëllime klasifikimi"
#Sistematika studion filogjeninë për të ofruar një model që mund të përkthehet në klasifikimin dhe emrat e fushës më gjithëpërfshirëse të taksonomisë" (të renditur si një përkufizim i dëshirueshëm, por i pazakontë)

## Historia
Ndërsa disa përshkrime të historisë taksonomike përpiqen të datojnë taksonominë në qytetërimet e lashta, një përpjekje vërtet shkencore për të klasifikuar organizmat nuk ndodhi deri në shekullin e 18-të. Punimet e mëparshme ishin kryesisht përshkruese dhe të fokusuara në bimët që ishin të dobishme në bujqësi ose mjekësi. Ka një sërë fazash në këtë të menduarit shkencor. Taksonomia e hershme bazohej në kritere arbitrare, të ashtuquajturat "sisteme artificiale", duke përfshirë sistemin e klasifikimit seksual të Lineut për bimët (klasifikimi i kafshëve nga Linnaeus i vitit 1735 u titullua "Systema Naturae" ("Sistemi i Natyrës"), duke nënkuptuar se ai, të paktën, besohej se ishte më shumë se një "sistem artificial"). Më vonë erdhën sistemet e bazuara në një konsideratë më të plotë të karakteristikave të taksave, të referuara si "sistemet natyrore", si ato të de Jussieu (1789), de Candolle (1813) dhe Bentham dhe Hooker (1862-1863). Këto klasifikime përshkruanin modele empirike dhe ishin para-evolucionare në të menduar. Botimi i librit të Çarls Darvinit "*On the Origin of Species*" (1859) çoi në një shpjegim të ri për klasifikimet, bazuar në marrëdhëniet evolucionare. Ky ishte koncepti i sistemeve filetike, që nga viti 1883 e në vazhdim. Kjo qasje u tipizua nga ato të Eichler (1883) dhe Engler (1886-1892). Ardhja e metodologjisë kladistike në vitet 1970 çoi në klasifikime të bazuara në kriterin e vetëm të monofilisë, të mbështetur nga prania e sinapomorfeve. Që atëherë, baza e provave është zgjeruar me të dhëna nga gjenetika molekulare që në pjesën më të madhe plotëson morfologjinë tradicionale.

## Referime