Organizmi

[djathtas|parapamje| *Escherichia coli* ( *E. coli* ), një [Prokariot|prokariote, është një organizëm mikroskopik njëqelizor. ]]
[parapamje| Amoebae janë [Eukarioti|eukariote me një qelizë ]]
djathtas|parapamje| Kërpudha Polypore dhe pemët Angiosperm janë shumë-qelizor eukariotet të mëdha.
Në biologji, një **organizëm** (nga greqishtja :ὀ αυτοκρατορία, *organizmos*) është çdo entitet individual që mishëron vetitë e jetës. Është një sinonim për "formën e jetës". 

Organizmat klasifikohen nga taksonomia në grupe të tilla si kafshë shumëqelizore, bimë dhe kërpudha ; ose mikroorganizma njëqelizorë si protet, bakteret dhe arkeat. Të gjitha llojet e organizmave janë të afta për riprodhim, rritje dhe zhvillim, mirëmbajtje dhe njëfarë mase përgjigjeje ndaj stimujve . Njerëzit, kallamarët, kërpudhat dhe bimët vaskulare janë shembuj të organizmave shumëqelizorë që dallojnë indet dhe organet e specializuara gjatë zhvillimit . 

Një organizëm mund të jetë ose një prokariot ose një eukariot . Prokariotët përfaqësohen nga dy fusha të veçanta - bakteret dhe arkeat . Organizmat eukariotikë karakterizohen nga prania e një bërthame qelizore të lidhur me membranë dhe përmbajnë ndarje shtesë të lidhura me membranë të quajtura organele (siç janë mitokondria te kafshët dhe bimët dhe plastidet në bimë dhe algat, të gjitha në përgjithësi konsiderohen se rrjedhin nga bakteret endozimbiotike ). Kërpudhat, kafshët dhe bimët janë shembuj të mbretërive të organizmave brenda eukarioteve. 

Vlerësimet për numrin e specieve aktuale të Tokës variojnë nga 2 milion në 1 trilion, prej të cilave mbi 1.7 milion janë dokumentuar. Më shumë se 99% e të gjitha specieve, që arrijnë në mbi pesë miliardë specie, që kanë jetuar ndonjëherë vlerësohet të jenë në zhdukje.  

Në vitin 2016, u identifikua një grup prej 355 gjenesh nga paraardhësi i fundit universal i përbashkët (LUCA) i të gjithë organizmave.  

## Etimologjia 
Shprehja "organizëm" (nga greqishtja ὀ قانونizmit, *organizmos*, nga ὄργανον, *organon*, d.m.th. "instrument, implementim, mjet, organ i sensit ose parafytyrimit")  pari u shfaq në gjuhën angleze në 1703 dhe mori përsipër përkufizimi aktual deri më 1834 ( Oxford English Dictionary ). Ajo lidhet drejtpërdrejt me termin "organizatë". Ekziston një traditë e gjatë për të përcaktuar organizmat si qenie vetë-organizuese, duke u kthyer të paktën te *Kritika e gjykimit e* Immanuel Kant 1790.

## Përkufizimet 
Një organizëm mund të përcaktohet si një asamble molekulash që funksionojnë si një tërësi pak a shumë e qëndrueshme që tregon vetitë e jetës.Përkufizimet e fjalorit mund të jenë të gjera, duke përdorur fraza të tilla si "çdo strukturë e gjallë, të tilla si një bimë, kafshë, kërpudhat ose bakteriet, të afta për rritje dhe riprodhim". Shumë përkufizime përjashtojnë viruset dhe format e mundshme të jetës jo-organike të bëra nga njeriu, pasi viruset varen nga makineria biokimike e një qelize pritëse për riprodhim. Një superorganizëm është një organizëm i përbërë nga shumë individë që punojnë së bashku si një njësi e vetme funksionale ose shoqërore.

Ka pasur polemika në lidhje me mënyrën më të mirë për të përcaktuar organizmin  dhe me të vërtetë nëse një përkufizim i tillë është i nevojshëm apo jo. Disa kontribute  janë përgjigje ndaj sugjerimit që kategoria e "organizmit" mund të mos jetë adekuat në biologji.

### Viruset
Viruset zakonisht nuk konsiderohen se janë organizma sepse janë të paaftë për riprodhim autonom, rritje ose metabolizëm.Megjithëse disa organizma janë gjithashtu të paaftë për mbijetesë të pavarur dhe jetojnë si parazitë të detyrueshëm ndërqelizor, ata janë të aftë për metabolizëm dhe proces të pavarur. Edhe pse viruset kanë disa enzima dhe molekula karakteristike për organizmat e gjallë, ato nuk kanë metabolizmin e tyre; ato nuk mund të sintetizojnë dhe organizojnë përbërjet organike nga të cilat formohen. Natyrisht, kjo përjashton riprodhimin autonom: ato mund të përsëriten pasivisht vetëm nga makineria e qelizës pritëse . Në këtë kuptim, ato janë të ngjashme me materien e pajetë.  

Ndërsa viruset nuk mbajnë asnjë metabolizëm të pavarur dhe kështu zakonisht nuk klasifikohen si organizma, ato kanë gjenet e tyre, dhe ato evoluojnë me mekanizma të ngjashëm me mekanizmat evolucionarë të organizmave. Kështu, një argument që viruset duhet të klasifikohen si organizma të gjallë është aftësia e tyre për t'i nënshtruar evolucionit dhe përsëritjes përmes vetë-montimit. Sidoqoftë, disa shkencëtarë argumentojnë se viruset as evoluojnë, as nuk riprodhohen. Përkundrazi, viruset evoluojnë nga qelizat e tyre pritëse, që do të thotë se ka pasur bashkë-evolucion të viruseve dhe qelizave pritëse. Nëse qelizat pritëse nuk do të ekzistonin, evolucioni viral do të ishte i pamundur. Kjo nuk është e vërtetë për qelizat. Nëse viruset nuk do të ekzistonin, drejtimi i evolucionit qelizor mund të ishte i ndryshëm, por qelizat megjithatë do të ishin në gjendje të evoluojnë. Sa i përket riprodhimit, viruset tërësisht mbështeten në makineri të ushtrive për t'u përsëritur. Zbulimi i viruseve me gjenet që kodojnë për metabolizmin e energjisë dhe sintezën e proteinave nxiti debatin nëse viruset janë organizma të gjallë. Prania e këtyre gjeneve sugjeroi që viruset dikur ishin në gjendje të metabolizoheshin. Sidoqoftë, u zbulua më vonë se gjenet që kodojnë energjinë dhe metabolizmin e proteinave kanë një origjinë qelizore. Ka shumë të ngjarë, këto gjene janë fituar përmes transferimit horizontale të gjeneve nga hostet virale.

* Riprodhimi sipas ndarjes së qelizave ( ndarje binare, mitozë ose meiozë ).
* Përdorimi i enzimave dhe proteinave të tjera të kodifikuar nga gjenet e ADN-së dhe të bëra me anë të ndërmjetësit RNA ndërmjetës dhe ribozome .
* Metabolizmi, përfshirë marrjen e lëndëve të para, ndërtimin e komponentëve të qelizave, konvertimin e energjisë, molekulat dhe lëshimin e nënprodukteve . Funksionimi i një qelize varet nga aftësia e tij për të nxjerrë dhe përdorur energji kimike të ruajtur në molekula organike. Kjo energji rrjedh nga rrugët metabolike .
* Reagimi ndaj stimujve të jashtëm dhe të brendshëm siç janë ndryshimet në temperaturë, pH ose nivele ushqyese.
* Përmbajtja e qelizave përmbahet brenda një cipë sipërfaqësore qelizore që përmban proteina dhe një bilayer lipidesh . 

## Evoluimi
### Paraardhësi i fundit universal i përbashkët 
 Precambrian në Formacionin Siyeh, Parku Kombëtar i Akullnajave . Në vitin 2002, një punim në revistën shkencore *Nature* sugjeroi që këto formacione gjeologjike 3.5 Gya (miliardë vjeç) të vjetra përmbajnë mikrobe të cianobakturave të fosilizuara. Kjo sugjeron se ato janë prova e një prej formave të hershme të njohura të jetës në Tokë.]]
Paraardhësi i fundit i përbashkët universal (LUCA) është organizmi më i fundit nga i cili zbresin të gjithë organizmat që jetojnë tani në Tokë.  Kështu që është paraardhësi më i fundit i zakonshëm i gjithë jetës aktuale në Tokë. LUCA vlerësohet të ketë jetuar rreth 3.5 deri në 3.8 miliard vjet më parë (diku në epokën e Paleoarchean ). Dëshmia më e hershme për jetën në Tokë është grafiti që zbulohet të jetë biogjenik në shkëmbinjtë metasedimentarë 3.7 miliardë vjeçarë të zbuluar në Grenlandën Perëndimore  dhe fosilet e pjekurisë mikrobiale të gjetura në gur ranor 3.48 miliardë vjeçar të zbuluar në Australinë Perëndimore.  Edhe pse më shumë se 99 përqind e të gjitha specieve që kanë jetuar ndonjëherë në planet vlerësohet të jenë zhdukur,  Sidoqoftë, përdorimi universal i të njëjtit kod gjenetik, të njëjtave nukleotideve dhe aminoacideve të njëjta bën që ekzistenca e një stërgjyshi të tillë të jetë shumë i mundshëm. 

## Filogjeneza 
{{Clade
| style= font-size:100%; line-height:100%
| label1=PUB
|1=}}

## Vendndodhja e rrënjës 
Lokacioni më së shpeshti i pranuar nga rrënjët e pemës së jetës është në mes të një monophyletic domain Bakteret dhe një clade formuar nga Archaea dhe Eukaryota të asaj që është referuar si "pema tradicionale e jetës", në bazë të disa studimeve molekulare. Një pakicë shumë e vogël studimesh kanë përfunduar ndryshe, domethënë që rrënja është në fushën e Baktereve, qoftë në Firmicutes të azilit  ose që Chloroflexi i azilit është bazik në një kladë me Archaea dhe Eukaryotes dhe pjesën tjetër të Baktereve siç propozohet nga Thomas Cavalier-Smith . 

Hulumtimi i publikuar në vitin 2016, nga William F. Martin, duke analizuar gjenetikisht 6.1 milion gjenet që kodojnë proteina nga gjenet prokariotike të sekuencave të pemëve të ndryshme filogjenetike, identifikuan 355 grupe proteinash nga mesi 286.514 grupimeve proteinike që ishin ndoshta të zakonshme për LUCA. Rezultatet "LUCA përshkruaj si anaerobe, CO2 -ndreqje, H2 -e pavarur me një rrugë të drurit LJUNGDAHL (në reduktiv acetil-coenzyme A shteg), N2 -ndreqje dhe thermophilic. Biokimi i LUCA ishte i mbushur me grupime FeS dhe mekanizma radikalë të reagimit. Kofaktorët e saj zbulojnë varësi nga metalet në tranzicion, flavins, S-adenosyl metionine, koenzima A, ferredoxin, molibbopterina, corrins dhe seleni . Kodin e tij gjenetik kërkohet nukleozidë modifikime dhe S-adenosylmethionine-varur methylations . " Rezultatet përshkruajnë clostria metanogjene si një kadës bazale në 355 linjat e ekzaminuara, dhe sugjerojnë që LUCA të banojë në një ambient të rrjedhjes hidrotermale anaerobe në një mjedis gjeokimikisht aktiv të pasur me H2, CO2 dhe hekur.  Sidoqoftë, identifikimi i këtyre gjeneve si të pranishëm në LUCA u kritikua, duke sugjeruar që shumë nga proteinat e supozuara të jenë të pranishme në LUCA përfaqësojnë transferime të mëvonshme të gjenit horizontale midis arkeës dhe baktereve. 

### Riprodhim 
Riprodhimi seksual është i përhapur në mesin eukaryotes aktuale, dhe ka të ngjarë të jetë i pranishëm në paraardhësin e fundit të zakonshëm.    Kjo sugjerohet nga gjetja e një grupi gjenesh thelbësore për meiozë në pasardhësit e linjave që largoheshin herët nga pema evolucionare eukariote.   dhe Malik et al.  Më tej është mbështetur nga prova që eukariotët që më parë vlerësoheshin si "aseksualë të lashtë", siç është *Amoeba*, me gjasë ishin seksuale në të kaluarën, dhe se linjat e sotme të amoboideve aseksuale të ditëve të sotme kanë të ngjarë të lindën kohët e fundit dhe të pavarura.

Në prokariotët, shndërrimi natyror bakterial përfshin transferimin e ADN-së nga një bakter në tjetrin dhe integrimin e ADN-së së dhuruesit në kromozomin marrës nga rekombinimi. Transformimi natyror bakterial konsiderohet të jetë një proces seksual primitiv dhe ndodh në të dy bakteret dhe arkeat, edhe pse është studiuar kryesisht në baktere. Transformimi është qartë një adaptim bakterial dhe jo një rastësi aksidentale, sepse varet nga produkte gjenesh të shumta që ndërveprojnë posaçërisht me njëri-tjetrin për të hyrë në një gjendje të kompetencës natyrore për të kryer këtë proces kompleks. Transformimi është një mënyrë e zakonshme e transferimit të ADN-së midis prokariotëve.  

### Transferimi i gjenit horizontal 
Prejardhja e organizmave të gjallë është rindërtuar tradicionalisht nga morfologjia, por gjithnjë e më shumë plotësohet me filogjenetikë &nbsp; - rindërtimi i filogjenive me krahasimin e sekuencës gjenetike (ADN). 
Krahasimet e sekuencave sugjerojnë transferimin e kohëve të fundit horizontale të shumë gjeneve midis specieve të ndryshme , përfshirë përtej kufijve të "fushave" filogjenetike . Kështu përcaktimi i historisë filogjenetike të një specie nuk mund të bëhet përfundimisht duke përcaktuar pemë evolucionare për gjenet e vetme.

Biologu Peter Gogarten sugjeron "metafora origjinale e një peme nuk i përshtatet më të dhënave nga hulumtimi i fundit i gjenomit", prandaj "biologët (duhet) të përdorin metaforën e një mozaiku për të përshkruar histori të ndryshme të kombinuara në gjenome individuale dhe përdorim (metaforën e një rrjet për të vizualizuar shkëmbimin e pasur dhe efektet bashkëpunuese të HGT midis mikrobeve ".

### Ardhmëria e jetës (klonimi dhe organizmat sintetikë) 
Bioteknologjia moderne po sfidon konceptet tradicionale të organizmit dhe specieve. Klonimi është procesi i krijimit të një organizmi të ri shumëqelizor, gjenetikisht identik me një tjetër, me potencialin e krijimit të llojeve tërësisht të reja të organizmave. Klonimi është subjekt i shumë debatit etik . 

Në vitin 2008, Instituti J. Craig Venter mblodhi një gjenomë sintetike bakteriale, *genitiumin Mycoplasma*, duke përdorur rekombinimin në maja prej 25 fragmentesh të ADN që mbivendosën në një hap të vetëm. Përdorimi i rekombinimit të majave thjeshton shumë montimin e molekulave të mëdha të ADN-së nga fragmente sintetike dhe natyrorë. Kompanitë e tjera, siç është Synthetic Genomics, tashmë janë formuar për të përfituar nga përdorimet e shumta tregtare të gjenomit të krijuar me porosi. 

## Referime 
## Linqe te jashtme 
* BBCNews: 27 Shtator 2000, Kur zhulja nuk është aq e trashë Citat: "Do të thotë se disa nga krijesat më të ulëta në mbretëritë e bimëve dhe kafshëve, siç janë zhulja dhe amoeba, mund të mos jenë aq primitive siç mendohej dikur" 
** SpaceRef.com, 29 korrik 1997: Shkencëtarët zbulojnë krimbat e akullit të metanit në katin e detit të Gjirit të Meksikës  
*** Kolegji i Shkencave Eberly: Krimbat e Akullit të Metanit të zbuluar në Gjirin e Detit të Gjirit të Meksikës, shkarkoni fotografi me cilësi të publikimit 
** Artikel, 2000: Krimbat e akullit të metanit: Hesiocaeca methanicola. Kolonizimi i Rezervave të Karburanteve Fosile 
** SpaceRef.com, 04 maj 2001: Ripërcaktimi i "Jetës ashtu siç e dimë ne"  *Hesiocaeca methanicola* Në 1997, Charles Fisher, profesor i biologjisë në Penn State, zbuloi këtë krijesë të mrekullueshme që jeton në bjeshkë të metanit nën gjysmë milje oqean në kati i Gjirit të Meksikës. 
* BBCNews, 18 Dhjetor 2002, 'Gabimet në hapësirë' u rritën në laborator Citat: " *Bacillus simplex* dhe *Staphylococcus pasteuri* . . . *Album Engyodontium* Shtamet e kulturuara nga Dr Wainwright dukeshin se ishin rezistent ndaj efekteve të UV - një cilësi e nevojshme për mbijetesë në hapësirë " 
* BBCNews, 19 qershor 2003, organizmi antik sfidon evolucionin e qelizave Citat: "Duket se kjo organelë është ruajtur në evolucion nga prokariotet deri tek eukariotët, pasi është i pranishëm në të dy" 
* Programi interaktiv për biologjinë e përgjithshme - BI 04, Kolegji Saint Anselm, Verë 2003 
* Jakob Feldman: Stramenopila  
* NCBI Hyrja në taksonomi: rrënjë 
* Kolegji Saint Anselm: Sondazhi i përfaqësuesve të Citat kryesore të Mbretërive : "Numri i mbretërive nuk është zgjidhur. . . Bakteret paraqesin një problem me larminë e tyre. . . Protista paraqet një problem me larminë e tyre. . . " , 
* Speciet 2000 Indeksimi i specieve të njohura në botë  . Speciet 2000 ka si synim të numërojë të gjitha speciet e njohura të bimëve, kafshëve, kërpudhave dhe mikrobeve në Tokë si bazën e të dhënave fillestare për studime të biodiversitetit global. Ai gjithashtu do të sigurojë një pikë të thjeshtë të hyrjes duke u mundësuar përdoruesve të lidhen nga këtu në sistemet e tjera të të dhënave për të gjitha grupet e organizmave, duke përdorur lidhje të drejtpërdrejta specie. 
* Organizmi më i madh në botë mund të jetë një kërpudhat qilima gati 10 kilometra katrorë e një pylli Oregon, dhe mund të jetë aq i vjetër sa 10500 vjet. 
* Pema e jetës 
* Pyetje të shpeshta nga fëmijët në lidhje me jetën dhe përgjigjet e tyre