open-index/open-wikipedia-markdown huggingface dataset:
Bcl-2

**Bcl-2** (*B-ćelijski limfom 2*) je član Bcl-2 familije proteinskih regulatora apoptoze. On je kodiran  genom. Bcl-2 je drugi član niza proteina koji su inicijalno bili opisani u kontekstu hromozomske translokacije hromozoma 14 i 18 kod folikularnih limfoma. Bcl-2 ortolozi postoje kod mnogobrojnih sisara. Dve izoforme Bcl-2, Izoforma 1, takođe poznata kao 1G5M, i Izoforma 2, poznata kao 1G5O/1GJH, imaju sličnu prostornu strukturu. Međutim, one se razlikuju u njihovoj sposobnosti vezivanja BAD u BAK proteina, kao i po strukturnoj topologiji i elektrostatičkom potencijalu vezujućeg žljeba. Iz toga sledi da Bcl-2 izoforme imaju različite antiapoptotičke aktivnosti.

## Interakcije
Bcl-2 formira interakcije sa RAD9A, BAK1, Retikulon 4, Bcl-2 asocirani X protein, Kaspaza 8, BECN1, SOD1, Bcl-2 interagujući ubica, BH3 interagujući domen agonista umiranja, RRAS, C-Raf, BCL2L11, BNIPL, HRK, PSEN1, BMF, BNIP2, BNIP3, Faktor rasta nerva IB, BCL2-sličan 1, Myc, BCAP31, SMN1, CAPN2, PPP2CA, Noxa, Cdk1, TP53BP2, Bcl-2 vezan promoter smrti i IRS1.

## Ljudski BCL-2 geni
BAK, BAK1, BAX, BCL2, BCL2A1, BCL2L1, BCL2L10, BCL2L13, BCL2L14, BCL2L2,BCL2L7P1, BOK, MCL1, LGALS7 (Galektin-7)

## Reference

## Povezano
* Apoptoza
* Apoptozom
* Kaspaza
* Citohrom c
* Noxa
* Mitohondrija

## Vanjske veze
* Baza podataka Bcl-2 familije 
* 
*
Homologija (biologija)

**Homologija** je odnos zajedničkog porekla između karakterâ prisutnih kod različitih organizama (vrsta, taksona i sl). Ovaj karakter nasleđen je od zajedničkog pretka, a sve danas prisutne razlike desile su se tokom evolucione divergencije organizama. Termin je u biološku nauku uveo paleontolog Ričard Oven 1840. godine, a sama reč potiče od starogrčkih: ὅμοιος (sličan, isti, nalik) i λογος (slovo, nauka, zakon).

Homologija se može uočiti na različitim novoima biološke organizacije, od molekularnog (homologne sekvence nukleotida u genu), preko citogenetičkog (homologi hromozomi) do morfoanatomskog (homologni delovi organa, organi ili sistemi organa).

## Literatura

* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 

## Vanjske veze

* Brigandt, Ingo (2011) "Essay: Homology."  In: *The Embryo Project Encyclopedia*. ISSN: 1940-5030. http://embryo.asu.edu/handle/10776/1754
Homologija (razvrstavanje)

**Homologija** se može odnositi na:

* homologija (antropologija), odnos između ljudskih ubeđenja, praksi ili artefakata.
* homologija (biologija), odnos između struktura organizama.
* homologija (matematika), odnos u matematici.
Homologi hromozomi

**Homologi hromozomi** su spareni hromozomi identični po veličini, obliku i funkciji. U svakom paru homologih hromozoma (bivalent ili tetrada) jedan potiče iz majčine, a drugi iz očeve garniture hromozoma. Sparivanje homologih hromozoma dešava se u zigotenu profaze mejoze I i naziva sinapsa, a razdvajanje se vrši u anafazi mejoze I. Između sparenih hromozoma dolazi do krosing-overa u pahitenu profaze mejoze I.

## Literatura
* Tucić, N, Matić, Gordana: O genima i ljudima, Centar za primenjenu psihologiju, Beograd, 2002.
* Marinković, D, Tucić, N, Kekić, V: Genetika, Naučna knjiga, Beograd
* Tatić, S, Kostić, G, Tatić, B: Humani genom, ZUNS, Beograd, 2002.
* Matić, Gordana: osnovi molekularne biologije, Zavet, Beograd, 1997.
* Ridli, M: Genom - autobiografija vrste u 23 poglavlja, Plato, Beograd, 2001.
* Prentis S: Biotehnologija, Školska knjiga, Zagreb, 1991.
* Dumanović, J, marinković, D, Denić, M: Genetički rečnik, Beograd, 1985.
* Kosanović, M, Diklić, V: Odabrana poglavlja iz humane genetike, Beograd, 1986.
* Lazarević, M: ogledi iz medicinske genetike, beograd, 1986.
* Švob, T. i sradnici: Osnovi opće i humane genetike, Školska knjiga, Zagreb, 1990.

## Vanjske veze
* Bionet škola 
* Comparative Maps 
* NCBI Home Page
Morfologija (razvrstavanje)

**Morfologija** može da znači:

* Morfologija (lingvistika), dio lingvistike
* Morfologija (biologija), biološka nauka
* Geomorfologija, geološka nauka
Kolberg (film)

***Kolberg*** je njemački historijski film snimljen 1945. godine u režiji Veita Harlana, poznat kao najskuplji, ali i jedan od posljednjih filmova snimljenih u Trećem rajhu.

Film se temelji na autobiografskim zapisima Joachima Nettelbecka, jednog od čelnika pomeranskog grada Kolberg (današnji Kolobrzeg u Poljskoj) u doba Napoleonskih ratova, odnosno kazališnom komadu *Kolberg* Paula Hysea. Radnja se događa u vrijeme Rata Četvrte koalicije 1807. godine, te prikazuje kako su se pruski garnizon i gradska milicija u dugotrajnoj opsadi uspješno oduprli nadmoćnim francuskim snagama i njihovim poljskim saveznicima sve do sklapanja Tilzitskog mira.

*Kolberg* je sniman u završnoj fazi drugog svjetskog rata u propagandne svrhe, pri čemu je produkciju nadzirao ministar Joseph Goebbels. U njega su uložena ogromna sredstva, odnosno budžet koji se danas procjenjuje na 8 miliona reichsmaraka, Agfacolor film u boji, ali i desetine hiljada vojnika Wehrmachta - za koje mnogi drže da ih je Reich mogao daleko korisnije upotrijebiti na fronti. Goebbels je svejedno smatrao taj napor opravdanim, s obzirom da se ratna sreća okrenula protiv Njemačke te postalo izgledno da će njena teritorija postati metom savezničke invazije; *Kolberg* je tako trebao podsjetiti njemačku javnost na slične događaje u prošlosti, ali i na to da je iz njih Pruska (kao preteča njemačke države) na kraju izašla kao pobjednik. U tu je svrhu prikaz opsade uokviren zapletom u kome se vodeći pruski političari godine 1813. podsjećaju opsade prije nego što će se odlučiti na novi, ovaj put pobjednički rat protiv Francuza.

Snimanje i post-produkciju filma je stalno ometalo savezničko bombardiranje, a nakon premijere održane u Berlinu 30. januara 1945. godine nije imao opću distribuciju. U samom Berlinu se, pak, prikazivao stalno sve do kapitulacije u maju 1945. godine. Nakon rata su ga savezničke vlasti zabranile. U današnjoj Njemačkoj se može prikazati jedino u obrazovne i slične svrhe pod posebnom dozvolom Fondacije Friedrich Wilhelm Murnau.

## Uoge
* Kristina Söderbaum ... Maria
* Heinrich George ... Joachim Nettelbeck
* Paul Wegener ... General Loucadou
* Horst Caspar ... August Neidhardt von Gneisenau
* Gustav Diessl ... Ferdinand von Schill
* Otto Wernicke ... Farmer Werner
* Kurt Meisel ... Claus
* Claus Clausen ... Friedrich Wilhelm III od Pruske
* Irene von Meyendorff ... Louise od Mecklenburg-Strelitza
* Jaspar von Oertzen ... Princ Louis Ferdinand od Pruske
* Jakob Tiedtke ... Reeder
* Paul Bildt ... Rektor

## Izvori

## Vanjske veze
* 
*
Pole Poppenspäler

***Pole Poppenspäler*** (grubo prevedeno kao "Pavle lutkar") je novela za djecu njemačkog književnika Theodora Storma, objavljena 1874. godine. Naslovni lik je frizijski mehaničar Paul Paulsen koji naratoru nastoji objasniti zašto je dobio nadimak "lutkar" pričajući o tome kako je dijete upoznao putujućeg lutkara iz Južne Njemačke i njegovu kćer. Novela, koju su kasniji kritičari i teoretičari često tumačili kao prikaz tenzija između njemačke "ozbiljne" srednje klase i "neurednih" umjetnika, je postala jedno od najpopularnijih Stormovih djela. U 20. vijeku je nekoliko puta ekranizirana na filmu i televiziji.
Der Puppenspieler

***Der Puppenspieler*** () je njemački igrani film koji se snimao 1944. i 1945. godine u režiji Alfreda Brauna, poznat kao jedan od posljednjih filmova snimanih u Trećem rajhu. Temeljio se na noveli za djecu *[[Pole Poppenspäler]]* Theodora Storma, a naslovni protagonist, koga je tumačio Max Eckhard je bio urar koji kao dijete upoznaje lutkara i njegovu kćer. Film je producirao Veit Harlan, koji ga je namjeravao započeti nekoliko godina ranije; u tome ga je spriječila zauzetost na projektima kao što su *[[Immensee (film)|Immensee]]* i *[[Kolberg (film)|Kolberg]]*, koji su također iscrpli financijska sredstva UFA-e i dragocjeni Agfacolor film u boji. Harlan je projekt započeo tek u novembru 1944. godine, pri čemu se zbog savezničkog bombardiranja morao seljakati po Njemačkoj. Snimanje je prekinuto u aprilu, nedugo prije završetka drugog svjetskog rata; dotada je snimljena oko polovica predviđenog materijala. Kasnije je taj materijal uništen, te se *Der Puppenspieler* smatra izgubljenim.

Stormova novela je ranije bila ekranizirana 1935. pod naslovom *Pole Poppenspäler*, koga dijeli sa poznatijom istočnonjemačkom verzijom iz 1954. godine.

## Vanjske veze
* 
*
Fakultet za dizajn Univerziteta Union

**Fakultet za dizajn** u Beogradu osnovan je u okviru privatnog Univerziteta Union 2005. godine. Fakultet organizuje nastavu na osnovnim, master i doktorskim studijama. Nastava obuhvata sve važnije oblasti dizajna.

## Vanjske veze
* Informator Univerziteta Union
Shiva und die Galgenblume

***Shiva und die Galgenblume*** () je njemački kriminalistički film sniman 1945. u režiji Hansa Steinhoffa, poznat kao jedan od posljednjih filmova pravljenih u Trećem rajhu. Temeljio se na istoimenom romanu Hansa Rudolfa Bergdorfa, a naslovni protagonist, koga je tumačio Hans Albers, bio je policijski inspektor koji se nastoji suprotstaviti bandi falsifikatora novca na čelu sa ruskim aristokratom. Snimanje je otpočelo u januaru 1945. godine u Pragu, koji je, za razliku od Berlina, zajedno sa svojim studijima u Barrandovu, bio netaknut savezničkim bombardiranjem. Steinhoff, koji je uživao status režimskog sineasta, je sebi pri tome priuštiti i tada skup Agfacolor film u boji. U proljeće je, pak, nakon što su se Pragu počele približavati trupe Crvene armije, pobjegao natrag u Berlin te nedugo potom stradao pri pokušaju da Lufthansinim avionom pronađe utočište u Španiji. *Shiva und die Galgenblume* je tako ostao nedovršen.

Godine 1993. su Michaela Krützen i Hans George Anders od sačuvanog materijala snimili dokumentarni film koji je sadržavao intervjue i druge arhivske materijale. On je iste godine prikazan na njemačkoj i francuskoj televiziji.

## Vanjske veze
* 
* Filmportal.de über den Film von Hans Georg Andres und Michaela Krützen

## Vanjske veze
1945. na televiziji

## Globalni televizijski događaji
* 29. mart - Eksperimentalna emisija *La Danse de la robe de plume* prikazana na programu pariške TV-stanice RDF Télévision française, dostupnog gledateljima jedino preko zatvorenog kruga (kabla).
* 1. oktobar - Nepunih mjesec dana nakon službenog završetka drugog svjetskog rata američka Uprava za ratnu proizvodnju ukida dotadašnju zabranu proizvodnje televizijskih aparata (obrazloženu potrebom da se elektronski dijelovi i drugi resursi koriste u vojne potrebe); time je omogućen nastavak širenja televizijskog tržišta.
* 10. oktobar - Nakon što je američka vojska francuskim vlastima predala odašiljač na Eeiffelovom tornju, RDF Télévision française počinje s redovnim emitiranjem programa koristeći standard slike od 441 linija.
* 1. decembar - Novopoloženi 145 km dugi koaksijalni kabl između Philadelphije i New York omogućava prvo emitiranje utakmice američkog fudbala između timova američke vojske i ratne mornarice.
* 15. decembar - Šabolovski telecentar, TV-stanica u Moskvi, ponovno započinje redovno emitiranje koje je bilo prekinuto uslijed drugog svjetskog rata.
* 17. decembar - Na programu pariške stanice RDF Télévision française prvi put emitirana vremenska prognoza.

## Premijere TV-serija i redovnih emisija

## TV-serije i redovne emisije prestale s emitiranjem
* *[[At Home (TV serija)|At Home]]*, televizijski varijete (1944-1945)
* *[[Opinions on Trial]]*, talk-show (1944-1945?)
* *[[Will You Remember? (TV serija)|Will You Remember?]]*, muzička TV-emisija (1944-1945)

## Izvori
C9H11NO2

__NOTC__
Molekulska formula **C<sub>9</sub>H<sub>11</sub>NO<sub>2</sub>** se može odnositi na:
* Benzokain
* Etenzamid
* Metilenedioksifenetilamin
* Fenilalanin
Protocetus

***Protocetus*** ("prvi kit") je izumrli rod primitivnih kitova koji je nastanjivao područje današnjeg Egipta. Živio je sredinom perioda eocena, prije oko 45 miliona godina.

Prvog otkrivenog protocetida, *Protocetusa atavusa*, opisao je . godine na osnovu lubanje i nekoliko pršljena i rebara, pronađenih u srednjelutecijskom vapnencu koji se taložio na dnu okeana Tetis, a danas tvoji formaciju Gebel Mokattam u blizini Kaira (Egipat).

## Opis
 
*Protocetus* je imao hidrodinamično tijelo kao kod kitova, dužine oko 2,5 m, ali je u mnogim pogledima bio relativno primitivan; još uvijek je imao malena zadnja peraja, a na prednjim perajama je imao prste povezane kožicom. Čeljusti su mu bile duge. Oblik kostiju repa ukazuje na to da je možda imao repna peraja kao današnji kitovi i, mada nije imao pravi otvor za zrak kao kod modernih kitova, nosnice su mu se već bile počele pomijerati nazad.

Za razliku od svog primitivnijeg prethodnika, *[[Pakicetus]]a*, struktura uha ukazuje na to da je *Protocetus* mogao dobro čuti pod vodom, mada je malo vjerovatno da je bio sposoban koristiti eholokaciju. Slično tome, zadržao je dovoljan dio mirisnog aparata da ima dobro čulo njuha, mada se vjerovatno više oslanjao na vid kako bi pronašao plijen.

## Reference
### Napomene

### Izvori

* 
*
Inhibitor proteinske sinteze

**Inhibitor proteinske sinteze** je supstanca koja zaustavlja ili usporava rast ili proliferaciju ćelija putem ometanja procesa koji direktno dovode do generisanja novih proteina.

Dok se široka interpretacija ove definicije može koristiti za opisivanje skoro svih antibiotika, u praksi, ona se obično odnosi na supstance koje deluju na nivo ribozoma (bilo samih ribozoma ili translacionog faktora), koristeći razlike od glavnih razlika između prokariotskih i eukariotskih struktura ribozoma.

Toksini kao što je ricin takođe funkcionišu putem inhibicije sinteze proteina. Ricin deluje na eukariotski 60S.

Primeri:
* Neomicin
* Geneticin

## Reference

## Povezano
* Sinteza proteina
* Prokariotska translacija
Prokariotska translacija

**Prokariotska translacija** je proces kojim se informaciona RNK translira u proteine kod prokariota.

## Inicijacija
Inicijacija translacije kod prokariota obuhvata formiranje translacionog sistema koji se sastoji od: dve ribozomalne podjedinice (50S & 30S), iRNK koja se translira, prve aminoacil tRNK (tRNK sa vezanom aminokiselinom), GTP (kao izvora energije), i tri inicijaciona faktora (IF1, IF2, i IF3), koji pomažu u formiranju inicijacionog kompleksa.

Ribozom ima tri aktivna mesta: A, P, i E mesto. *A mesto* je ulazna tačka za aminoacil tRNK (izuzev za prvu aminoacil tRNK, fMet-tRNAfMet, koja ulazi u P mesto). Na *P mestu* se formira peptidil tRNK u ribozomu. tRNK bez aminokiseline izlazi na *E mestu* nakon što je predala aminokiselinu.

Selekcija mesta inicijacije (obično AUG kodona) zavisi od interakcije između 30S podjedinice i iRNK šablona. 30S podjedinica se vezuje za iRNK šablon na regionu koji je bogat purinom (Šajn Dalgarno sekvenca) ispred AUG inicijacionog kodona. Šajn Dalgarno sekvenca je komplementarna sa regionom koji je bogat pirimidinom na 16S rRNK komponenti 30S podjecinice. Tokom formiranja inicijacionog kompleksa, te komplementarne nukleotidne sekvence se uparuju da formiraju dvolančanu RNK strukturu koja vezuje mRNK za ribozom na takav način da se inicijacioni kodon smešta na P mesto.

## Elongacija
Elongacija polipeptidnog lanca se sastoji od dodavanja aminokiselina na karboksilni kraj rastućeg lanca. Novoformirani protein napušta ribozom kroz polipeptidni izlazni tunel velike podjednice.

Elongacija počinje kad fMet-tRNA uđe u P mesto, što uzrokuje konformacionu promenu koja otvara A mesto za vezivanje nove aminoacil-tRNK. To vezivanje posreduje elongacioni faktor-Tu (EF-Tu), mala GTPaza. Sad P mesto sadrži početak peptidnog lanca proteina koji će biti kodiran, a A mesto sledeću aminokiselinu za dodavanje na peptidni lanac. Rastući polipeptid vezan za tRNK u P mestu se odvaja od tRNK u P mestu i formira se peptidna veza između zadnje aminokiseline polipeptida i aminokiseline koja je još uvek vezana za tRNK u A mestu. Ovaj proces, poznat kao *formiranje peptidne veze*, katalizuje ribozim (23S ribozomalna RNK u 50S ribozomalnoj podjedinici). Nakon ovog koraka, A mesto sadrži novoformirani peptid, dok P mesto ima slobodnu tRNK (tRNK bez aminokiseline). Novoformirani peptid u A mestu tRNK je poznat kao *dipeptid*, dok se cela konstrukcija naziva *dipeptidil-tRNK*. Za tRNK u P mestu bez aminokiseline se kaže da je *deacilovana*. U finalnom stupnju elongacije, *translokaciji*, *deacilovana* tRNK (u P mestu) i *dipeptidil-tRNK* (u A mestu) zajedno sa njihovim korespondirajućim kodonima se pomeraju u E i P mesta, respektivno, i novi kodon ulazi u A mesto. Ovaj proces katalizuje elongacioni faktor G (EF-G). Deacilovana tRNK u E mestu se odvaja od ribozoma tokom sledećeg zauzimanja A-mesta sa aminoacil-tRNK.

## Reference

## Povezano
* Prokariotski inicijacioni faktori
* Prokariotski elongacioni faktori
Prokariotski elongacioni faktor

Kod prokariota, su neophodna tri **[[elongacioni faktor|elengaciona faktora]]** za translaciju: EF-Tu, EF-Ts, and EF-G.

* **[[EF-Tu]]** (termo nestabilni elongacioni faktor) posreduje ulaz aminoacil tRNK u slobodno mesto ribozoma.
* **[[EF-Ts]]** služi kao guaninski faktor razmene nukleotida za EF-Tu, tako što katalizuje GDP otpuštanje sa EF-Tu.
* **[[EF-G]]** katalizuje translokaciju tRNK i iRNK niz ribozom na kraju svakog kruga polipeptidne elongacije.

## Reference

## Vanjske veze
* 
*
Konformaciona promena proteina

**Konformaciona promena proteina** je promena oblika molekula. Proteini su fleksibilni makromolekuli. Prostorni oblici molekula se nazivaju konformacije, a prelaz između njih je **konformaciona promena**. Makromolekulska konformaciona promena može biti uzrokovana mnogim faktorima kao što su promena temperature, pH, napona, jonske koncentracije, ili vezivanjem liganda.

## Eksperimentalne tehnike

Mnoge biofizičke tehnike kao što su kristalografija, NMR, i FRET se mogu koristiti da se studiraju makromolekularne konformacione promene. Dualna polarizaciona interferometrija je ekperimentalna tehnika koja omogućava merenje konformacionih promena molekula u stvarnom vremenu u veoma visokoj rezoluciji.

Specifična nelinearna optička tehnika koja se naziva sekundarno-harmoničko generisanje (SHG) je nedavno bila primenjena na studiranje konformacionih promena proteina. U ovom metodu, sekundarni-harmonik-aktivna sonda je stavljena na mesto u kome dolazi do kretanja u proteinu mutagenezom, ili vezivanjem koje nije specifično za lokaciju. Protein je apsorbovan ili specifično imobilisan na površini. Promena u proteinskoj konformaciji proizvodi promenu u neto orijentaciji relativno na površinsku ravan, i stoga promenu intenziteta drugog harmonika. U proteinskom uzorku sa dobro definisanom orijentacijom, ugao nagiba sonde se može kvantitativno odrediti, u realnom prostoru i vremenu. Drugi-harmonik-aktivne neprirodne aminokiseline se takođe mogu koristiti kao sonde.

## Povezano
* Baza podataka makromolekulskog kretanja (molmovdb)
* Proteinska dinamika

## Reference

## Literatura
* 

## Vanjske veze
* Biodesy
Biopsija

**Biopsija** (grčki: *bios* = život, *opsein* = gledati/izgled) predstavlja medicinsku tehniku koje uključuje uzimanje ćelija ili tkiva radi ispitivanja. Tkivo se ili ispituje pod mikroskopom, ili može biti hemijski ispitivano (na primer, korišćenjem PCR metode). Kada se uzima samo deo tkiva, takva procedura se naziva inciziona biopsija ili biopsija srži. Kada se cela izraslina ili sumnjiva površina uklanja, ta procedura se naziva eksciziona biopsija. Uzimanje dela tkiva ili neke telesne tečnosti iglom predstavlja proceduru koja se naziva aspiraciona biopsija ili punkcija.

Uzorak za biopsiju se često uzima sa mesta promene na tkivu kada je uzrok bolesti nepoznat ili kada je postoji neka sumnja na histološku promenu. Vaskulitis, na primer, se najčešće dijagnostikuje biopsijom. Pored toga, patološko ispitivanje koristi biopsiju kako bi utvrdio da li je tkivna promena benigna ili maligna, i takođe se može pomoću nje odrediti razlika između različitih tipova tumora. Za razliku od biopsije, kojom se najčešće uzima samo deo promene, patologija vrši ispitivanja na velikim uzorcima (koji se uzimaju resekcijom), slično kao što hirurzi uklanjaju promenjeno tkivo.

Kada se uzme uzorak tkiva, mora se staviti u fiksir (na primer, alkohol) koji će održati tkivo da ne bi došlo do raspadanja istog pod uticajem bakterija i fizičkog ili hemijskog oštećenja tkiva. Ukoliko dođe do oštećenja uzorka može se rezultat mikroskopiranja takvog tkiva pogrešno protumačiti ili se mora uzimati ponovni uzorak. Kada takav uzorak stigne na histološku obradu primenjuju se histološke metode pripremanja uzorka za posmatranje pod mikroskopom.

Dobrom analizom uzetog uzorka se može ustanoviti da li se patološki proces proširio ili da li postoji mogućnost da se dalje širi. Termini *čist uzorak* ili *negativan uzorak* znači da patološke promene nisu nađene van ivica uzetog uzorka. *Pozitivan uzorak*, s druge strane, znači da je bolest nađena i da je potrebno lečenje.

## Povezano
* Patologija
* Autopsija

## Reference

## Vanjske veze

* Mybiopsyinfo.com  - What is a biopsy? How is a biopsy examination performed? This website gives you answers to these and many other questions.
* MyBiopsy.org  - Information about biopsy results for patients. This site is created by pathologists, the physicians who diagnose cancer and other diseases by looking at biopsies under a microscope.
* RadiologyInfo - The radiology information resource for patients: Biopsy
Umor

**Umor** je prolazno, psihofizičko stanje slabijeg funkcionisanja organizma koje je posledica dužeg i napornog rada. Na spoljašnjem, objektivnom planu, umor se manifestuje kao opadanje kvaliteta i kvantiteta radne delatnosti, pojavljivanje necelishodnih i nekoordinisanih pokreta pri radu i sl. Na unutrašnjem, subjektivnom planu izražava se osećanje neraspoloženja, zamora, bola, iscrpljenosti, razdražljivosti, a manifestuje se kao bezvoljnost i nedostatak interesovanja za rad.

## Izvori
Sindrom

**Sindrom**, etimološki od Grčke reči (), (), je u kliničkoj medicini, psihijatriji i kliničkoj psihologiji, skup međusobno povezanih simptoma koji čine jednu koherentnu nozološku celinu (npr. anksiozno-depresivni sindrom, paranoidni sindrom, Korsakovljev sindrom). U psihologiji ličnosti i socijalnoj psihologiji, sindrom označava sklop empirijski i smisaono povezanih crta ličnosti koje se javljaju zajedno u nekoj ličnosti i obrazuju određenu relativno čvrstu strukturu.

Sindrom u medicini obično čini najmanje tri simptoma, međusobno povezanih koji se uvek javljaju zajedno (tzv. klinički trijas simptoma), ali ih može biti i više. 
## Primeri označavanja sindroma
Česta je pojava, u medicinskoj praksi, da se pojedini sindromi označavaju prema autorima koji su ih otkrili (opisali), ali i prema faktorima koji su ih izazvali, najčešćoj lokalizaciji itd. Evo najčešćih primera dodeljivanja naziva sindromu;
* prema prezimenu ili imenu autora: Korsakovljev sindrom, Parkinsonov sindrom, Skuminljev sindrom
* prema uzroku: Kraš sindrom, Sindrom apstinencije
* prema patogenetskom faktoru: kompresivni sindrom, dumping sindrom
* prema dominatnom simptomu: sindrom straha, Hemolitički uremijski sindrom
* prema tipičnoj anatomskoj lokalizaciji: cervikalni (vratni) sindrom,
* prema patoanatomskom nalazu: sindrom skleroze mozga

## Galerija sindroma

Image:A boy with Down syndrome using cordless drill to assemble a book case.jpg|Dete sa Daunovim sindromom
Image:Autorecessive.svg|Shema autorecesivnog nasleđivanja u Blumovom sindromu
Image:Eosinophil.png|Loflerov sindrom


## Reference

## Literatura
* 

## Vanjske veze

* „-{Who Named It}-“, rečnik medicinskih fenomena 
* Apstinencijalni sindrom opijatskih zavisnika 
* Lista sindroma na -{de:wikipedia}-
Sindrom neodgovarajućeg izlučivanja antidiuretskog hormona

**Sindrom neodgovarajućeg izlučivanja antidiuretskog hormona** (skraćeno *SIADH*) ili *Švarc-Barterov sindrom* je bolest koja se karakteriše neprimerenim lučenjem hormona zadnjeg režnja hipofize ADH (antidiuretski hormon).

SIADH često nastaje kao posledica bolesti centralnog nervnog sistema (npr. meningitisa, encefalitisa). Javlja se kod malignih bolesti (npr. karcinom pluća, karcinom gušterače, karcinom debelog creva) i bolesti pluća. Može biti i uzrokovana lekovima, a može ostati i nepoznatog uzorka, idiopatski SIADH.

SIADH se naziva i Švarc-Barterov sindrom po američkim naučnicima Frederiku Barteru koji je prvi opisao sindrom na dva pacijenta obolela od karcinonoma pluća, i Vilijamu Švarcu.

## Patofiziologija
ADH lučenje iz zadnjeg režnja hipofize je regulisano osmolarnošću krvne plazme, tako da povećanje osmolarnosti plazme uzrokuje povećano lučenje ADH, koji u bubregu uzrokuje povećanje reapsorpcije vode. Kod smanjene osmolarnosti, smanji se lučenje ADH, te se manje vode reapsorbuje u bubregu. Kod SIADH-a ne dolazi do odgovarajućeg smanjenja lučenja ADH, i dolazi do prevelike reaposrpcije vode u bubregu.

## Literatura
Karcinogen

**Karcinogen** je svaka supstanca, radioizotop, ili radijacija koja direktno učestvuje u izazivanju kancera. To može biti usled njene sposobnosti da ošteti genom ili da onemogući ćelijske metaboličke procese. Brojne radioaktivne supstance se smatraju karcinogen usled radijacije koju emituju, na primer gama zrake i alfa čestice. Uobičajeni primeri karcinogena su azbest, pojedini dioksini, i duvanski dim. Mada se u javnosti kancinogenost generalno asocira sa sintetičkim hemikalijama, nju može da izazove i niz prirodnih supstanci.

Kancer je bolest u kojoj oštećene ćelije ne podležu programiranoj ćelijskoj smrti. Karcinogeni mogu da povise rizik pojave kancera putem promena ćelijskog metabolizma ili direktnih oštećenja DNK u ćelijama. Time se ometaju biološki procesi, i indukuje nekontrolisana, maligna deoba, koja ultimatno dovodi do formiranja tumora. DNK oštećenja koja se ne mogu popraviti najšešće uzrokuju apoptozu, međutim ako je put programirane ćelijske smrti oštećen, ćelije ne mogu da spreče formiranje kancera.

Postoji mnoštvo prirodnih karcinogena. Aflatoksin B1, koji proizvodi gljiva *[[Aspergillus flavus]]* rastući na uskladištenim žitaricama, orašastim plodovima i puteru od kikirikija, je primer potentnog, prirodnog mikrobnog karcinogena. Pojedini virusi kao što je Hepatitis B i ljudski papiloma virus mogu da uzrokuju kancer.

## Reference

## Povezano
* Karcinogeneza
* Mutagen
* Teratogen

## Vanjske veze

* Karcinogeni
* Lista karcinogena
Azot dioksid

**Azot dioksid** je hemijsko jedinjenje sa formulom . On je jedan od nekoliko oksida azota.  je intermedijar u industrijskoj sintezi azotne kiseline. Milioni tona ove kiseline se proizvedu svake godine. Ovaj crveno smeđi toksični gas ima karakteristični oštar miris. On je zagađivač vazduha. Azot dioksid je paramagnetičan povijeni molekul sa C2v simetrijom.

## Osobine
Azot dioksid ima molarnu masu od 46.0055, te je teži od vazduha, čija prosečna molarna masa je 28.8. Na osnovu zakona o idealnim gasovima, NO2 je gušći od vazduha.

Dužina veze između atoma azota i kiseonika je 119.7 pm. Ova dužina veze je konzistentna sa redom veze od jedan i jedna četvrtina, kao u ozonu (O3). Osnovno elektronsko stanje azot dioksida je stanje dubleta, pošto postoji jedan nespareni elektron koji je delokalizovan preko obe veze.

## Pojava
 postoji u ravnoteži sa azot tetroksidom ():

:2   

Ravnoteža je karakterisana sa , te je reakcija egzotermna. Na višim temperaturama ravnoteža se pomera na levo. Bezbojni dijamagnetik  se može dobiti kao čvrsta materija sa tačkom topljenja na −11.2&nbsp;°C.

## Priprema i reakcije
Azot dioksid tipično nastaje putem oksidacije azot monoksida kiseonikom u vazduhu:
:2 NO +  → 2 

U laboratorijskim uslovima,  se može pripremiti putem dvostepene procedure toplotnom dekompozicijom azot pentoksida, koji se dobija dehidracijom azotne kiseline:
:2  →  + 
:2  → 4  + 

Termalna dekompozicija nekih metalnih nitrata takođe proizvodi :
:2  → 2 PbO + 4  + 

Alternativno, redukcija koncentrovane azotne kiseline metalom (kao što je bakar) se može koristiti.
:4  + Cu → Cu(NO3)2 + 2  +2 H2O

Finalno dodavanjem koncentrovane azotne količine kalaju nastaje  i kalajna kiselina kao sporedni proizvod.
:4HNO3 + Sn → H2O + H2SnO3 + 4 NO2

## Reference

## Vanjske veze

* Međunarodna karta hemijske bezbednosti 0930
* Oksidi azota
NO2

Molekulska formula **NO<sub>2</sub>** se može odnositi na:

* NO2, Azot dioksid
* &ndash;NO2 nitro funkcionalna grupa
* Joni:
** NO2−, nitritni jon
** NO2+, nitronijum jon
Gmelin baza podataka

**Gmelin baza podataka** je velika baza podataka organometalnih i neorganskih jedinjenja. Ona je bazirana na nemačkoj publikaciji *Gmelinov priručnik neorganske hemije* čije prvo izdanje je napisao Leopold Gmelin 1887, i trenutno sadrži oko 1.5 miliona jedinjenja i 1.3 miliona reakcija. Ona sadrži svako jedinjenje i reakciju objavljenu od 1772. godine do danas. Održava je Elsevier MDL.

Ona je neorganski pandan Bajlštajnove baze podataka, koja sadrži organska jedinjenja i reakcije. Obe baze podataka su deo Reaxys sistema.

## Literatura

## Vanjske veze

* Gmelin baza podataka
* Uputstva za pretragu
Bajlštajnova baza podataka

**Bajlštajnova baza podataka** je najveća hemijska baza podataka u oblasti organske hemije, u kojoj su jedinjenja jedinstveno identifikovana njihovim Bajlštajnovim registarskim brojem. Ova baza podataka pokriva naučnu literaturu od 1771 do danas i sadrži eksperimentalno proverene podatke o milionima hemijskih reakcija i supstanci iz originalnih naučnih publikacija. Elektronska baza paza podataka je originalno bila kreirana koristeći *Bajlštajnov priručnik organske hemije*, koji je ustanovio Friedrih Konrad Bajlštajn 1881 godine. Od 2009, sadržaj održava i distribuira *[[Elsevier]] Informacioni Sistemi* iz Frankfurta pod imenom "Reaxys".

## Literatura
Ppm

**ppm** ( – (jedan) deo na milion) označava milioniti deo jedne celine, i koristi se za vrlo velika razblaženja (npr. u hemiji).

Upotreba procenta, promila, ppm-a i drugih sličnih bezdimenzionih veličina nije prihvaćena od strane Međunarodnog sistema jedinica jer može dovesti do zabune. Bezdimenzione veličine zahtevaju da i brojilac i imenilac budu iste dimenzije, ali se često pogrešno koriste (npr. 50&nbsp;µg/m³ se zapisuje **netačno** kao 50 ppm).

## Reference

## Povezano
* Procenat
* Promil

## Vanjske veye
* National Institute of Standards and Technology (NIST): Home page
* International Bureau of Weights and Measures (BIPM): Home page
Nasledna bolest

**Nasledne bolesti** su oboljenja izazvana promenom nasledne osnove. Najgrublje se mogu podeliti u tri osnovne grupe:

* **[[genopatije]]** ili monogenske bolesti čiji uzrok su različite genske mutacije

* **[[hromozomopatija|hromozomopatije]]** kao posledica:
** strukturnih aberacija hromozoma
** numeričkih aberacija hromozoma

* **[[multifaktorski poremećaji]]** koji su poligeno determinisani, a i faktori spoljašnje sredine imaju na njih uticaj.

## Reference

## Vanjske veze
* CDC’s National Center on Birth Defects and Developmental Disabilities
* Genetic Disease Information from the Human Genome Project  
* Genes and Disease  from the Wellcome Trust
* OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man, a catalog of human genes and genetic disorders
Iperit

**Iperiti** (*sumporni iperiti*) su klasa srodnih citotoksičnih hemijskih oružja sa sposobnošću da formiraju velike plikove na izloženoj koži i u plućima. Čisti sumporni iperiti su bezbojne, viskozne tečnosti na sobnoj temperaturi. Kad se koriste u nečistoj formi, kao bojna sredstva, oni su obično žuto-smeđi i imaju miris koji podseća na gorušicu, beli luk ili ren. Iperit je originalno bio nazvan *LOST*, po naučnicima koji su razvili metod za produkciju u velikim razmerama za Nemačku imperijalnu armiju 1916.

Iperiti su regulisani konvencijom o hemijskom oružju iz 1993 (CWC). Ta konvencija obuhvata tri klase hemikalija, pri čemu su sumporni i azotni iperit u grupi I, kao supstance koje nemaju drugu primenu osim kao hemijsko oružje.

## Povezano
* Hlor
* Luisajt
* Fozgen oksim

## Reference

## Vanjske veze

* Textbook of Military Medicine – Intensive overview of mustard gas Includes many references to scientific literature
* Detailed information on physical effects and suggested treatments
*  Shows photographs taken in 1996 showing people with mustard gas burns.
Tioetar

**Tioetar** je funkcionalna grupa u organosumpornoj hemiji sa opštom formulom R-S-R'. Poput mnogih drugih jedinjenja koja sadrže sumpor, isparljivi tioeteri imaju loš miris. Tioetar je sličan etru osim što sadrži atom sumpora umesto kiseonika. Pošto su kiseonik i sumpor u istoj grupi u periodnoj tabeli, hemijske osobine etara i tioetara su u nekoj meri slične.

## Nomenklatura
Tioetri se takođe nazivaju sulfidima, posebno u starijoj literaturi, i taj termin je ostao u upotrebi u imenima specifičnih tioetara. Dva organska supstituenta se označavaju prefiksima. (CH3)2S se zove dimetilsulfid. Neki tioeteri su dobili ime modifikovanjem uobičajenog imena odgovarajućeg etra. Na primer, C6H5SCH3 je metil fenil sulfid, ali se češće naziva tioanizolom, jer je njegova struktura srodna sa anizolom, C6H5OCH3.

## Struktura i osobine
Tioetri je funkcionalna grupa, čiji C-S-C ugao je aproksimativno 90°. Dužina C-S veza je oko 180 pm.

Tioetri su prepoznatljivi po njihovom jakom mirisu, koji je sličan mirisu tiola. Taj miris ograničava primenu isparljivih tioetara. U pogledu njihovih fizičkih osobina oni podsećaju na etre, ali su manje isparljivi, imaju višu tačku topljenja, i manje su hidrofilni. Te osobine proističu iz polarizabilnosti dvovalentnog sumpornog centra, koja je veća nego kod kiseonika u etrima.

### Tiofeni
Tiofeni su zasebna klasa heterocikličnih jedinjenja koja sadrže tioetar. Zbog njihovog aromatičnog karaktera, oni nisu nukleofilni. Nevezujući elektroni sumpora su delokalizovani u π-sistem. Konsekventno, tiofen se znatno razlikuje od tipičnog tioetra. Hidrogenacijom tiofena nastaje tetrahidrotiofen, C4H8S, koji se ponaša kao tipičan tioetar.

## Rasprostranjenost i primena

Tioetri su značajni u biologiji, npr. aminokiselina metionin i kofaktor biotin. Nafta sadrži mnoga organosumporna jedinjenja, među kojima su tioetri. Polifenilen sulfid je plastika koja je otporna na visoke temperature.

## Reference
Konvencija o hemijskom oružju

**Konvencija o hemijskom oružju** (*CWC*) () je globalni sporazum o kontroli oružja čije je puno ime *Konvencija o zabrani razvoja, proizvodnje, skladištenja i upotrebe hemijskog oružja, te o njegovom uništenju*.

Konvencija je stupila na snagu 1997. kada je formalno započeo rad Organizacije za zabranu hemijskog oružja (OPCW), koja je izvršno telo samo ove konvencije i nije vezana za UN. U skladu s odredbama konvencije, sve zemlje koje su deklarisale posedovanje hemijskog oružja obavezale su se da ga unište. Konvencija takođe ima odredbe za sistematsko vrednovanje hemijskih i vojnih postrojenja, kao i za istrage navoda upotrebe i proizvodnje hemijskog oružja na osnovu obaveštajnih podataka drugih država članica. U avgustu 2010, 188 država je imalo CWC članstvo, i dodatne dve zemlje su potpisale ali nisu još ratifikovale konvenciju.

Konvencija o hemijskom oružju u članu 2, stav 1 definiše hemijsko oružje kao bojne otrove i njihove prekursore, izuzev kad su namenjeni za svrhe koje nisu zabranjene ovom konvencijom. Hemijskim oružjem se isto tako obuhvataju vojna oprema i uređaji koji su posebno projektovani da izazovu smrtne ili druge ozlede otrovnim svojstvima bojnih otrova.

## Reference

## Vanjske veze
* Konvencija o hemijskom oružju
* Hemijsko razoružanje
Ras potfamilija

**Ras** je ime familije srodnih proteina koja je prisutna u ćelijama mnogih vrsta, među kojima je čovek. Svi članovi Ras proteinske familije pripadaju klasi malih GTPaza, i učestvuju u prenosu signala u ćelijama. Ras je prototipni član Ras superfamilije proteina, koji imaju srodne 3D strukture i učestvuju u relaciji mnoštva ćelijskih procesa.

Ime *Ras* je skraćenica od  - sarkom pacova. Ono odražava način na koji su prvi članovi familije otkriveni. Ime *Ras* se takođe koristi za familiju gena koji kodiraju ove proteine.

Kad je Ras „uključen“ ulaznim signalima, on propagira signal na druge proteine. Time se ultimatno uključuju geni ćelijskog rasta, deobe i opstanka. Iz tog razloga, mutacije *Ras* gena mogu da proizvedu permanentno aktivirane Ras proteine. To može da uzrokuje nepoželjnu i preterano aktivnu signalizaciju u ćeliji, čak i u odsustvu spoljašnjih signala.

Pošto Ras signali mogu da rezultuju u ćelijskom rastu i deobi, prekomerno aktivna Ras signalizacije može ultimativno da proizvede kancer. Ras je najčešći onkogen ljudskog kancera. Mutacije koje permanentno aktiviraju Ras su nađene u 20-25% svih ljudskih tumora, i do 90% kod pojedinih tipova kancera (npr. raka gušterače).

## Reference

## Vanjske veze
* 
* 
* Istraživanje moždanog tumora 
* Novi tretman za rak
Proteinska familija

**Proteinska familija** je grupa evoluciono-povezanih proteina. Ovaj termin je ćesto sinoniman sa terminom genska familija. Termin *proteinska familija* ne treba poistovećivati sa *[[Familija (biologija)|familijom]]* koja se koristi u taksonomiji.

Proteini jedne familije potiču od zajedničkog prethodnika (i.e. oni su homologni) i tipično imaju slične tri-dimenziona strukture, funkcije, i znatnu sličnost sekvenci. Iako je teško proceniti značaj funkcionalnih ili strukturnih sličnosti, postoji prilično dobro razvijen okvir za procenu značaja sličnosti između grupa sekvenci koristeći metode poravnavanja sekvenci. Za proteine koji ne dele zajedničkog pretka postoji vrlo mala verovatnoća da će pokazati statistički značajanu sličnost sekvenci. Iz tog razloga je poravnavanje sekvenci moćno oruđe za identifikaciju članova proteinskih familija.

Trenutno je preko 60,000 proteinskih familija definisano, mada dvosmislenost u definiciji *proteinske familije* dovodi različite istraživače do znatno različitih brojeva.

## Povezano
* Homologija
* Proteinska struktura
* Proteinski domeni
* Proteinska potfamilija
* Poravnavanje sekvenci
* Grupisanje sekvenci
* Anotacija genoma

## Reference

## Literatura
* 

## Vanjske veze

* Pfam  
* PROSITE 
* PIRSF 
* PASS2  
* SUPERFAMILY
Ras superfamilija

**Ras superfamilija** je proteinska superfamilija malih GTPaza, koje su međusobno srodne u izvesnoj meri sa Ras potfamilijom. Ključni ljudski članovi su KRAS, NRAS, i HRAS.

Postoji više od sto proteina u Ras superfamiliji. Ras superfamilija se deli u osam glavnih familija na osnovu strukture, sekvence i funkcije: Ras, Rad, Rab, Rap, Ran, Ro, Rheb, Rit, i Arf. *Miro* je nedavni dodatak superfamiliji.

Svaka potfamilija ima zajednički osnovni G domen, koji omogućava esencijalne funkcije GTPaze i nukleotidne razmene.

Okružujuća sekvenca pomaže u određivanju funkcionalne specifičnosti malih GTPaza, na primer umetnuta petlja koja je uobičajena kod Ro potfamilije, specifično doprinosi vezivanju za efektorske proteine poput IQGAP-a i WASP-a.

Ras familija je generalno odgovorna za ćelijsku proliferaciju, Ro za ćelijsku morfologiju, Ran za nuklearni transport, a Rab i Arf za vezikularni transport.

## Potfamilije i članovi
Sledeća lista sadrži ljudske proteine koji pripadaju Ras superfamiliji:

Neklasifikovani:
* ARHGAP5
* DNAJC27
* GRLF1
* RASEF

## Reference

## Povezano
* Ras potfamilija
Pfam

__NOTC__
**Pfam** je baza podataka proteinskih familija koja sadrži njihove anotacije i poravnavanja višestrukih sekvenci generisane koristeći skrivene Markovljeve modele.

## Osobine

Za svaku familiju u Pfam bazi podata je moguće:

* Pregledati višestruka poravnavanja
* Prikazati arhitekture proteinskih domena
* Pregledati vrste distribucija 
* Slediti linkove prema drugim bazama podataka
* Prikaziti poznate proteinske strukture

74% proteinskih sekvenci imaju bar jednu Pfam vezu. Taj broj se naziva pokrivenost sekvenci.

## Povezano
* TrEMBL
* InterPro

## Literatura
InterPro

__NOTC__
**InterPro** je baza podataka proteinskih familija, domena i funkcionalnih mesta na kojima su nađene prepoznatljive osobine poznatih proteina koje se mogu primeniti na nove proteinske sekvence da bi se funkcionalno karakterisale.

InterPro sadržaj je baziran na diagnostičkim potpisima i proteinima koji im u značajnoj meri odgovaraju. Potpisi se sastoje of modela (jednostavnih vrsta, poput regularnih izraza, ili kompleksnijih, kao što su Skriveni Markovljevi modeli) koji opisuju proteinske familije, domene ili mesta. Modeli su izvedeni iz aminokiselinskih sekvenci poznatih familija ili domena. Oni su naknadno korišćeni za pretragu nepoznatih sekvenci (kao što su one dobijene sekvenciranjem genoma) sa ciljem njihove klasifikacije. Svaki član kolekcije InterPro baza podataka doprinosi različitoj niši, od veoma visokog nivoa, strukturno-bazirane klasifikacije (SUPERFAMILY i CATH-Gene3D) do veoma specifičnih klasifikacija potfamilija (PRINTS i PANTHER).

## Povezano

* Proteinska familija
* Domen nepoznate funkcije
* Motiv sekvence

## Literatura

## Vanjske veze

* InterPro 
* [ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro FTP pristup]
PROSITE

**PROSITE** je baza podataka o proteinskim familijama i domenima. PROSITE sadrži podatke koji opisuju domene, familije i funkcionalna mesta kao i aminokiselinske obrasce, potpise, i profile u njima. Oni su ručno pripremio tim sa Švajcarskog instituta za bioinformatiku. Ti podaci su blisko integisani u Swiss-Prot proteinsku anotaciju. PROSITE je formirao 1988 Amos Bairoch. On je rukovodio grupom više od 20 godina. Od jula 2009 direktor PROSITE, Swiss-Prot i Vital-IT grupa je Ioannis Xenarios.

## Povezano

* UniProt
* InterPro
* Predviđanja proteinske subcelularne lokalizacije

## Literatura

## Vanjske veze

* PROSITE 
* ProRule
Strukturna klasifikacija proteina

**Strukturna klasifikacija proteina**,  (SCOP), je baza podataka koja prvenstveno sadrži manualnu klasifikacija proteinskih strukturnih domena. Ona je bazirana na sličnosti njihovih aminokiselinskih sekvenci i tri-dimenzionih struktura. Originalno je objavljena 1995. i obično se ažurira jednom godišnje. Održavaju je Alexej Murzin i njegove kolege,.

## Hijerarhijska struktura

SCOP sadrži četiri nivoa hijerarhijske strukturne klasifikacije: 
 
* **klasa** - generalna "strukturna arhitektura" domena 
* **nabor** - slična organizacija regularne sekundarne strukture ali bez evidencije o evolucionoj povezanosti
* **superfamilija** - dovoljna strukturna i funkciona sličnost da se izvede zaključak o divergentnoj evolucijskoj vezi, mada homologija sekvenci ne postoji
* **familija** - sličnost sekvenci se može detektovati

## Povezano

* CATH
* FSSP
* SUPERFAMILY

## Referenc

## Vanjske veze
* Strukturna klasifikacija proteina 
* pre-SCOP 
* qSCOP — SCOP kvantifikovan strukturnim odnosima 
* SUPERFAMILY
Superfamilija (proteini)

**Superfamilija** (*SUPERFAMILY*) je baza podataka koja sadrži strukturnu i funkcionalnu anotaciju svih proteina i genoma.

Ova anotacija bazirana na kolekciji skrivenih Markovljevih modela, koji predstavljaju strukturne proteinske domene na nivou SCOP *superfamilije*.
Grupe superfamilije formiraju domene koji imaju evolucione odnose. Anotacija je formirana skeniranjem proteinskih sekvenci kompletno sekvenciranih genoma koristeći skrivene Markovljeve modele.

Za svaki protein se može: 
* Poslati sekvenca za SCOP klasifikaciju
* Razmatrati organizacija domena, poravnavanja sekvenci i detalji proteinskih sekvenci

## Reference

## Povezano
* SCOP
* Pfam
* InterPro
* Proteinska familija
* Strukturni domen proteina

## Vanjske veze
* SUPERFAMILY 
* Spiricoil
Baza podataka orijentacija proteina u membranama

**Baza podataka orijentacija proteina u membranama (, OPM)** sadrži prostorne orijentacije proteinskih tri-dimenzionalnih struktura u odnosu na lipidni dvosloj. Ova baza podatak je bila korišćena u eksperimentalnim i teoretskim studijama za membranu-vezanih proteina.

## Opis

Proteinske strukture su uzet iz baze podataka proteina. Pozicije proteina u hidrofobnoj ploči su izračunate koristeći model implicitne solvatacije.

OPM sadrži strukturnu klasifikaciju za membranu-vezanih proteina u familije i superfamilije (baziranu na SCOP klasifikacije), membransku topologiju, i tip odredišta membrane za svaki protein. Svi fajlovi sa proteinskim koordinatama sa izračunatim membranskim granicama su slobodno dostupni.

Ovaj sajt omogućava vizuelizaciju proteinskih struktura sa ravnima membranskih granica koristeći Jmol, MDL Chime i WebMol.

## Prednosti

Ova baza podataka sadrži prostorne pozicije transmembranskih i perifernih membranskih proteina u lipidnom dvosloju, zajedno sa bazom podataka transmembranskih proteina koja uvrštava samo transmembranske proteine. Izračunate pozicije proteina su bile kompajlirane sa relevantnim eksperimentalnim podacima za 24 transmembranska i 53 periferno membranska proteina uključujući mesto-usmereno spinsko obeležavanje, hemijsko obeležavanje, merenja membranskih vezivnih afiniteta proteinskih mutanata, fluorescentnu spektroskopiju, NMR spektroskopiju rastvora ili čvrstog-stanja , ATR FTIR spektroskopiju, i difrakcione studije proteina u lipidnim slojevima X-zracima ili neutronima.

## Nedostaci

OPM kolekcija perifernih membranskih proteina nije kompletna. Ova baza podataka verovatno sadrži manje od 50% PDB perifernih proteina, zato što za-membranu-učvršćujući elementi perifernih proteina (amfifilni alfa heliksi, izloženi nonpolarni ostaci, ili lipid-vezani proteini) nedostaju ili su neuređeni u eksperimentalnim proteinskim strukturama, i stoga mod protein-membranske veze ne može biti računski predviđen.

## Povezano
* Transmembranski protein
* Integralni membranski protein
* Periferni membranski protein

## Literatura

## Vanjske veze

### OPM baza podataka
* Zvanični sajt

### Pregledi
* ST NetWatch: Proteinska baza podataka 

### Drugi srodni resursi
* TCDB 
* TransportDB 
* Membranski PDB  
* Integralni membranski proteini sa poznatim 3D strukturama 
* Baza podataka transmembranskih proteina 
* Membranski domeni (MeTaDoR) 
* Antimikrobna baza podataka peptida
OPM

Termin **OPM** ima više značenja.

* Baza podataka orijentacija proteina u membranama, ().
* Objektno procesna metodologija, ().
Baza podataka konzerviranih domena

**Baza podataka konzerviranih domena** (*CDD*) je baza podataka dokumentovanih modela poravnavanja višestrukih sekvenci i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne domene i proteine pune dužine.

## Sadržaj baze podataka
CDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.

## Reference

## Vanjske veze

*
CDD

Termin **CDD** ima više značenja.
* Baza podataka konzerviranih domena, ()
* Hlor dioksidna dezinfekcija, (), brz proces dezinfekcije vode
* Atriopeptin, hormon
PDBsum

**PDBsum** je baza podataka koja daje pregled sadržaja svih 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.

Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.

## Reference

## Povezano
* Kristalografske baze podataka
* Proteinska struktura
* Baze podataka proteinskih struktura

## Vanjske veze
*
PMID

**PMID** (PubMed Identifikator) je jedinstveni broj dodeljen svakoj PubMed citaciji u oblasti prirodnih nauka, i svakom biomedicinskom artiklu objavljenom u naučnim žurnalima. Srodna PubMed Centralna arhiva može dodatno dodeliti drugi broj, **PMCID** (PubMed Centralni Identifikator), koji se normalno piše sa **PMC** prefiksom.

2005. godine je bilo između 15 i 16 miliona **PMID** brojeva u upotrebi, počevši od broja 1, i oko 1 milion novih brojeva se dodaje svake godine. Jedinstveni identifikator (UID) je oznaka polja za pretragu u PubMed upitima za pretragu. Koristeći **PMID** kao pretražni argument (sa ili bez [UID] oznake), PubMed će prikazati relevantni abstrakt. Na primer, da bi se locirala informacija of ovom artiklu: 
:
potrebno je otići na http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed i uneti broj 12748199.

PMID identifikatori se mogu koristiti i u nekim drugim bazama podataka, kao što je Entrez koji je dostupan sa sajta http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez.

## Reference

## Vanjske veze
* Stvaranje direktnog Veb linka ka Entrez bazi podataka
* PubMed
* pmid.us