open-index/open-wikipedia-markdown huggingface dataset:
Dizajn nukleinskih kiselina

**Dizajn nukleinskih kiselina** je proces generisanja skupa nukleinskih kiselina koje formiraju željenu konformaciju. Dizajn nukleinskih kiselina je centralno polje DNK nanotehnologije i DNK računarstva. Dizajn je neophodan jer postoji mnoštvo sekvenci nukleinskih kiselina koje će formirati datu sekundarnu strukturu, ali će većina njih imati dodatne neželjene interakcije koje se moraju izbeći. Pored toga postoji mnoštvo tercijarnih strukturnih razmatranja koja utiču na izbor sekundarne strukture datog dizajna.

Dizajn nukleinskih kiselina ima slične ciljeve sa dizajnom proteina: u oba procesa, sekvenca monomera se racionalno dizajnira da bi se savila na željeni način i da bi se izbegle neželjene konformacije. Dizajn nukleinskih kiselina je znatno računski jednostavniji problem, usled jednostavnosti pravila uparivanja baza, te jednostavni heuristički metodi proizvode eksperimentalno robustne dizajne. Za rad većine računarskih modela za savijanje proteina je neophodan templet tercijarne strukture, dok se dizajn nukleinskih kiselina može izvoditi uglavnom na nivou sekundarne strukture. Strukture nukleinskih kiselina su znatno manje raznovrsne od proteina u pogledu njihove funkcionalnosti.

Dizajn nukleinskih kiselina se može smatrati inverznim procesom od predviđanja strukture nukleinskih kiselina. U predviđanju strukture ona se određuje polazeći od poznate sekvence, dok se u dizajnu nukleinske kiseline, sekvenca generiše tako da formira željenu strukturu.

## Reference

## Literatura

* 
* 
* 
* 
* Baker D and Sali A. Protein structure prediction and structural genomics. Science 2001; 294: 93-6.
* Chiu, D.K. and Kolodziejczak, T. (1991) Inferring consensus structure from nucleic acid sequences. Comput. Appl. Biosci, . 7, 347–352
* Do CB, Woods DA, Batzoglou S. (2006) CONTRAfold: RNA secondary structure prediction without physics-based models. Bioinformatics. 22(14):e90-8.
* Gutell, R.R., et al. (1992) Identifying constraints on the higher-order structure of RNA: continued development and application of comparative sequence analysis methods. Nucleic Acids Res, . 20, 5785–5795
* Leontis NB, Lescoute A, and Westhof E. The building blocks and motifs of RNA architecture. Curr Opin Struct Biol 2006; 16: 279-87.
* 
* Macke T, Case D: Modeling unusual nucleic acid structures. In Molecular Modeling of Nucleic Acids. Edited by Leontes N, SantaLucia JJ. Washington, DC: American Chemical Society; 1998:379-393.
* Major F: Building three-dimensional ribonucleic acid structures. Comput Sci Eng 2003, 5:44-53.
* Massire C, Westhof E: MANIP: an interactive tool for modelling RNA. J Mol Graph Model 1998, 16:197-205, 255–257.
* 
* Tuzet, H. & Perriquet, O., 2004. CARNAC: folding families of related RNAs. Nucleic Acids Research, 32(Web Server issue), W142-145.
* Touzet, H., 2007. Comparative analysis of RNA genes: the caRNAc software. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 395, 465-474.
* 
* 
* ModeRNA: A program for comparative RNA modeling

## Povezano
* RNK
* Nekodirajuća RNK
* Analogna nukleinska kiselina
G-kvadrupleks

U molekularnoj biologiji, **G-kvadrupleks** (takođe poznat kao *G-tetrade* ili *G<sub>4</sub>-DNA*) je sekvenca nukleinske kiseline koja je bogata u guaninu i ima sposobnost formiranja četvorolančane strukture. Ćetiri guaninske baze se mogu vezati putem Hugstinove vodonične veze da formiraju četvrtastu planarnu strukturu guaninske tetrade, i dve ili više guaninskih tetrada mogu da formiraju stekove, ili G-kvadrupleks. Kvadrupleksna struktura je dalje stabilizovana prisustvom katjona, posebno kalijuma, koji su smešteni u centralnom kanalu između svakog para tetrada. Oni mogu da budu formirani od DNK, RNK, LNA, i PNA, i mogu da budu intramolekularni, bimolekularni, ili tetramolekularni. U zavisnosti od pravca lanaca ili delova lanaca koje formiraju tetrade, strukture se mogu opisati kao paralelne ili antiparalelne.

## Reference

## Literatura

* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 

## Vanjske veze
* COST MP0802 kvadrupleksna mreža  
* Quadruplex.org
DNK nanotehnologija

**DNK nanotehnologija** je studija dizajna i proizvodnje veštačkih struktura nukleinskih kiselina za tehnološku upotrebu. U ovom polju, nukleinske kiseline se koriste kao nebiološki inženjerski materijali za nanotehnologiju umesto kao nosioci genetičke informacije u živim ćelijama. Ova upotreba je omogućena striktnim pravilima uparivanja baza nukleinskih kiselina, koja uzrokuju vezivanje jedino komplementarnih porcija nukleinskih lanaca i formiranje jakih, krutih struktura dvostrukih heliksa nukleinskih kiselina. To omogućava racionalni dizajn sekvenci baza koje se selektivno uparuju da bi formirale kompleksne ciljne strukture sa precizno kontrolisanim svojstvima. DNK je dominantni materijal, mada su strukture od drugih nukleinskih kiselina poput RNK i peptidnih nukleinskih kiselina (PNA) takođe konstruisane.

Konceptualnu ostnovu DNK nanotehnologije je postavio Nadrijan Siman tokom ranih 1980-tih, i polje je počelo da privlači širok interest sredinom 2000-tih. Istraživači u ovom polju su kreirali statičke strukture kao što su dvo- i tridimenzionalne kristalne rešetke, nanocevi, poliedri, i arbitrarne oblike formirane putem DNK origami metoda; kao i funkcionalne strukture kao što su molekulske mašine i DNK računare. Ovo polje počinje da se koristi kao oruđe u rešavanju problema baznih nauka u strukturnoj biologiji i biofiziki, uključujući primene kristalografije i spektroskopije za određivanje strukture proteina. Potencijalne primene u elektronici molekularne skale i nanomedicini se isto tako istražuju.

## Reference

## Literatura

* 
* 
* 
*  and 
* 
* 
* 
* 
* 

## Povezano
* Struktura nukleinskih kiselina
* Molekulski modeli DNK

## Vanjske veze
* International Society for Nanoscale Science, Computation and Engineering
Molekulski modeli DNK

**Molekulski modeli DNK strukture** su reprezentacije molekularne geometirje i topologije molekula dezoksiribonukleinske kiseline (DNK) koristeći razna pomoćna sredstva. Njihov cilj je pojednostavljivanje i prikazivanje esencijalnih, fizičkih i hemijskih osobina DNK molekula bilo *in vivo* ili *in vitro*. Te reprezentacije obuhvatiaju gusto pakovane sfere (CPK modele) napravljene od plastike, i metalnih žice za 'kostur modela', računarske grafičke proračune i animacije, ili pak umetničke prikaze.

Savršeniji računarski molekularni modeli DNK obuhvataju molekularno dinamičke simulacije kao i kvantno mehaničke proračune vibro-rotacija, delokalizovanih molekulskih orbitala, električnih dipolnih momenata, vodoničnog vezivanja, itd. *Modelovanje molekularne dinamike DNK* obuhvata simulacije promena molekularne geometrije i topologije DNK tokom vremena kao rezultat intra- i inter- molekularnih interakcija. Dok su fizički modeli (npr. konstrukcije od plastičnih sfera) korisne reprezentacije statičkih DNK struktura, računarsko molekulsko modelovanje omogućava dinamičke simulacije, koje su veoma važne za razumevanje DNK funkcija *[[in vivo]]*.

## Povezano
* G-kvadrupleks
* Kristalografija
* Kristalna rešetka
* CHARMM
* NAMD

## Reference

## Literatura

* *Applications of Novel Techniques to Health Foods, Medical and Agricultural Biotechnology*.(June 2004) I. C. Baianu, P. R. Lozano, V. I. Prisecaru and H. C. Lin., q-bio/0406047.
* F. Bessel, *Untersuchung des Theils der planetarischen Störungen*, Berlin Abhandlungen (1824), article 14.
* Sir Lawrence Bragg, FRS. *The Crystalline State, A General survey.* London: G. Bells and Sons, Ltd., vols. 1 and 2., 1966., 2024 pages.
* Cantor, C. R. and Schimmel, P.R. *Biophysical Chemistry, Parts I and II*., San Franscisco: W.H. Freeman and Co. 1980. 1,800 pages.
* Voet, D. and J.G. Voet. *Biochemistry*, 2nd Edn., New York, Toronto, Singapore: John Wiley & Sons, Inc., 1995, ., 1361 pages.
* Watson, G. N. *A Treatise on the Theory of Bessel Functions*., (1995) Cambridge University Press. .
* Watson, James D. *Molecular Biology of the Gene.* New York and Amsterdam: W.A. Benjamin, Inc. 1965., 494 pages.
* Wentworth, W.E. *Physical Chemistry. A short course.*, Malden ( Mass.): Blackwell Science, Inc. 2000.
* Herbert R. Wilson, FRS. *Diffraction of X-rays by proteins, Nucleic Acids and Viruses*., London: Edward Arnold (Publishers) Ltd. 1966.
* Kurt Wuthrich. *NMR of Proteins and Nucleic Acids.*, New York, Brisbane,Chicester, Toronto, Singapore: J. Wiley & Sons. 1986., 292 pages.
* 
* Zhang CT, Zhang R, Ou HY (2003). "The Z curve database: a graphic representation of genome sequences". Bioinformatics 19 (5): 593-599.  

## Vanjske veze

* Dvostruki heliks
* Strukturna bioinformatika
Paralelnost (geometrija)

**Paralelnost** u geometriji predstavlja odnos između dva geometrijska objekta. Primeri definisanja paralelnosti u euklidskoj geometriji su:

* Dve prave su paralelne ukoliko se nalaze u jednoj ravni i ne seku se.
* Prava je paralelna sa ravni, ukoliko sa njom nema presečnih tačaka. (euklidski prostor)
* Dve različite ravni su paralelne ukoliko se ne seku. (euklidski prostor)

U trodimenzionom prostoru treba razlikovati pojam paralelnosti i mimoilaženja. Ukoliko dve prave ne leže u istoj ravni i ne seku se, onda su iste **mimoilazne** a ne paralelne. Po sličnom konceptu postoji i pojam **mimoilaznih ravni** u euklidskim prostorima većih dimenzija.

U euklidskom prostoru **R***n*, za dva afina potprostora *a*1&nbsp;+&nbsp;*V*1 i *a*2&nbsp;+&nbsp;*V*2 kaže se da su paralelni ako je jedan od odgovarajućih vektorskih potprostora *V*1 i *V*2 potprostor drugog.

U geometrijskom prostoru tačaka u kojem je uveden pojam beskonačno dalekih tačaka, dva geometrijska objekta su paralelna ukoliko se seku u beskonačno dalekoj tački.

## Reference
DNK računarstvo

**DNK računarom** se naziva vrsta računara koja koristi dezoksiribonukleinsku kiselinu (DNK) i molekularnu biologiju, umesto tradicionalnog silicijumskog računara.

Ova teorija bila je prvi put obrađena 2004. godine, kada je Ehud Šapiro (*Ehud Shapiro*) sa grupom saradnika sa poznatog izraelskog instituta **Vajcman** (*Weizmann Institute*) otkrio programabilni molekularni sistem za molekularni računar koji je umesto silikonskih mikročipova, sastavljen od enzima i DNK molekula. U novome uređaju jednostavni DNK molekul snabdeva računar ulaznim podacima i osigurava svu energiju koja je računaru potrebna. Ovo otkriće je veliki korak u razvoju DNK računarstva, koji je tek u povojima, a njegove implikacije se tek naslućuju. Međutim ono bi moglo da donese revoluciju u budućnosti računara, naročito kada je reč o primenama na području farmacije i biomedicine.

## Prirodni računari
Biohemijski „nanoračunari“ već postoje u prirodi; oni se manifestuju u svim živim organizmima. Međutim ljudi nisu u stanju da ih kontrolišu, a kada budu bili u stanju, će verovatno biti pronađeni lekovi za mnoge, sada neizlečive bolesti. Ideja o korišćenju DNK za smeštanje i procesiranje informacija rodila se 1994. godine, kada je kalifornijski naučnik Leonard Ejdlman prvi iskoristio DNK u tesnoj cevi kako bi rešio jedan jerdnostavni matematički problem. Od tada je nekoliko istraživačkih grupa predlagalo različite vrste dizajniranja DNK računara, ali su se njihovi pokušaji zasnivali na energetskom molekulu **ATP** za potrebe napajanja. U ovom trenutku DNK računar može da izvrši samo osnovne funkcije i nema nikakvu praktičnu primenu. Međutim kada se bude uspelo da se i u stvarnosti konstruiše, bio bi to uređaj koji bi mogao da izvrši 330 triliona operacija u sekundi što je 100.000 brže od modernih PC računara, a pokreću ga enzimi i DNK molekuli.

## Brzina
U terminima brzine i veličine, DNK daleko nadmašuju današnje klasične personalne računare. To nije sve, pa tako DNK molekul koji se nalazi u jedru svih ćelija može da sadrži više informacija u jednom kubnom centimetru nego na jednoj milijardi CD-ova (što je približno 750 terabajta). Jedan kubni centimetar „računarske supe“ sadrži oko 15.000 milijardi računara, a njena energetska efikasnost je milion puta veća od PC-a.

## Literatura

*  – The first general text to cover the whole field.
*  – The book starts with an introduction to DNA-related matters, the basics of biochemistry and language and computation theory, and progresses to the advanced mathematical theory of DNA computing.
* 
*  – A new general text to cover the whole field.

## Vanjske veze
* How Stuff Works explanation
* Physics Web 
* Ars Technica 
* A Bibliography of Molecular Computation and Splicing Systems 
* NY Times DNA Computer for detecting Cancer
Antiparalelan (biohemija)

U biohemiji, dva molekula su *antiparalelna* ako su locirani jedan pored drugog i usmereni u suprotnim pravcima, ili ako su dva lanca međusobno komplementarna.

Na primer, u DNK molekulu 5' ugljenik je lociran na vrhu vodećeg lanca, a 3' ugljenik je lociran na nižem delu komplementarnog lanca. Nukleotidi su slični i paralelni, ali oni idu u suprotnim pravcima, te se stoga nazivaju antiparalelnim. Antiparalelne DNK strukture su važne za replikaciju DNK zato što se vodeći lanac replcira u jednom smeru, a zaostajući u suprotnom. Tokom DNK replikacije vodeći niz se replicira kontinuirano, dok se zaostajući niz replicira u segmentima poznatim kao Okazakijevi fragmenti.

## Reference
DNK origami

**DNK origami** je savijanje DNK da bi se kreirali arbitrarni dvo i trodimenzioni oblici nanoskalnih razmera. Specifičnost interakcija između komplementarnih baznih parova čini DNK korisnim gradivnim materijalom. Ovaj proces je razvio Pol Rotemund sa Kalifornijskog tehnološkog instituta. Proces se sastoji od savijanja dugačkog viralnog jednolančanog DNK pomoću višestrukih manjih pomoćnih lanaca. Kraći lanci se vezuju za duži lanac na raznim mestima, čime se proizvodi niz različitih oblika.

## Reference

## Povezano
* DNK nanotehnologija
Fundamentalna nauka

**Fundamentalna nauka** (čista nauka) je nauka koja opisuje najosnovnije objekte, sile, relacije između njih i vladajuće zakone, tako da se u principu svi drugi fenomeni mogu izvesti iz njih sledeći logiku naučnog redukcionizma. Biologija, hemija i fizika su fundamentalne nauke; inženjerstvo nije. Postoji razlika između fundamentalne nauke i primenjene nauke (praktične nauke). Fundamentalna nauka se definiše kao fundamentalno znanje. Progres fundamentalne nauke je baziran na kontrolisanim eksperimentima i dedukciji. Ona se ne bavi praktičnim aplikacijama. Fundamentalna nauka je tradicionalno bila asocirana sa prirodnim naukama, mada istraživanja u društvenim i bihejvioralnim naukama isto tako mogu da budu fundamentalna (e.g., kognitivna neuronauka).

## Reference

## Literatura
* Henry James Clarke, The fundamental science. 1885.
 
## Povezano
* Fundamentalno istraživanje
* Filozofija nauke
* Naučni metod
Primenjena nauka

**Primenjena nauka** podrazumeva mogućnost primene teorijskih dostignuća nauke u praksi. Socijalni rad je profesija karakteristična po nastojanju da svoja teorijska znanja, ali i saznanja srodnih nauka (psihologije, pedagogije, mentalne higijene i sl.) pretače u praktične aktivnosti bilo da se odnose na upotrebu novih metoda ili formiranje institucija koje su od najveće koristi za unapređivanje zdravlja pojedinca, grupa i zajednice.

## Literatura
* 

## Vanjske veze
Viktor Hajon

**Viktor Hajon** (Dubrovnik, 3. 5. 1916 - Zagreb, 27. 4. 1982), jugoslavenski vaterpolist, novinar, gospodarstvenik i učesnik Narodnooslobodilačke borbe.

## Biografija
Viktor Hajon je rođen 3. 5. 1916 u Dubrovniku, u židovskoj porodici Bernarda i Irme Hajon. Odrastao je uz mlađeg brata Majera i mlađu sestru Elviru. Viktor je bio član plivačkog i vaterpolo kluba (VK) Jug, te je do početka Drugog svjetskog rata sa VK Jug postizao zavidne međunarodne uspjehe. 27. 8. 1937, Hajon je u sastavu reprezentacije Kraljevine Jugoslavije, u dubrovačkoj luci, sudjelovao u pobjedi nad Čehoslovačkom sa 3:2. Samo dva dana kasnije sudjelovao je u pobjedi VK Jug nad VK Prag 3:1. U posljednjoj natjecateljskoj sezoni prije rata, 1940 godine, Viktor se sa VK Jugom okitio četrnaestim naslovom prvaka Kraljevine Jugoslavije. Do rata je aktivno učestvovao u revolucionarnom radničkom pokretu, te je pred sam rat bio primljen u članstvo Komunističke partije Jugoslavije (KPJ). Od prvih dana Nezavisne Države Hrvatske (NDH) Viktor je bio među onima koji su bili obespravljeni, ponižavani i proganjani. Kao Židov bio je prisiljen na prsima nositi slovo "Ž". 1941 bio je izabran za člana Mjesnog komiteta (MK) Komunističke partije Hrvatske (KPH) za Dubrovnik. U Narodnooslobodilačku borbu (NOB) se aktivno uključio 1941. U proljeće 1942 učestvovao u oslobađanju iz zatvorske bolnice u Dubrovniku instruktora Pokrajinskog komiteta (PK) KPH Pjera Grubišića. U novembru 1942 bio je sa bratom i sestrom interniran od talijanskih fašista u logor u Kuparima, a početkom juna 1943 svi su zajedno bili deportirani u Koncentracijski logor Rab. U logoru u Kuparima Viktor je bio izabran za sekretara novoformirane partijske organizacije logoraša, a u logoru na Rabu za člana logorskog Komiteta KPH i člana Izvršnog komiteta KPH koji je objedinjavao partijski rad u židovskom i slovenskom dijelu logora na Rabu. Sa Raba je nekoliko puta pokušao pobjeći, ali bez uspjeha. Po oslobođenju Koncentracijskog logora Rab tj. kapitulacijom Italije početkom septembra 1943, Viktor je učestvovao u delegaciji koja je upućena u Glavni štab (GŠ) Hrvatske u cilju dobijanja direktive za daljni rad Židovskog rapskog bataljona. Po evakuaciji bivših logoraša sa Raba postavljen je za sekretara Komiteta KPH pri Komandi grada Senja, a zatim je radio u Oblasnom komitetu KPH za Istru i Hrvatsko primorje. Ubrzo po završetka rata Viktor je bio demobiliziran. Viktorov brat Majer je nakon rata poginuo u saobraćajnoj nesreći, u trenutku pogibilje imao je čin kapetana Jugoslavenske narodne armije (JNA). Viktor se nakon demobilizacije preselio u Zagreb gdje je počeo raditi kao novinar u Vjesniku i Globusu. Potom je otišao na novo radno mjesto u Ministarstvo industrije i rudarstva NR Hrvatske, pa u vanjskotrgovinsku tvrtku Astru, čije je predstavništvo u Milanu, Italiji, vodio duže od dva desetljeća. Aktivno je sudjelovao u radu Plivačkom savezu Jugoslavije. Viktor Hajon je umro u Zagrebu 27. 4. 1982 godine. Pokopan je na Mirogoju.

Viktor je imao troje djece: akademsku slikaricu Maju iz prvog braka s Mirom Hofman, te Tinu i Ivu iz drugog braka s Biljanom.

## Reference

## Literatura

*
Bihejvioralne nauke

**Bihejvioralne nauke** je akademske discipline koje skupljaju i evaluiraju znanje o ljudskim i životinjskim ponašanjima, posebno kroz sistematsko eksperimentalno istraživanje, uključujući psihologiju, sociologiju, socijalni rad i antropologiju.

## Literatura
*
Tercijarna struktura nukleinskih kiselina

**Tercijarna struktura nukleinskih kiselina** je precizna trodimenziona struktura, koja je definisana atomskim koordinatama. RNK i DNK molekuli imaju sposobnost obavljanja različitih funkcija, u rasponu od molekulskog prepoznavanja do katalize. Za korektno obavljanje tih funkcija potrebno je da molekul poprimi adekvatnu tridimenzionu tercijarnu strukturu. Dok su te strukture raznovrsne i naizgled kompleksne, one se sastoje od ponavljajućih, jednostavno prepoznatljivih tercijarnih strukturnih motiva koji služe kao molekulski gradivni blokovi. Neki od najčešćih motiva RNK i DNK tercijarne strukture su dvostruki heliks, tripleksi, i kvadrupleksi. Te informacije su bazirane na ograničenom broju rešenih struktura.

## Reference

## Povezano
Nanomedicina

**Nanomedicina** je medicinska primena nanotehnolgije. Nanomedicina obuhvata medicinsku primena nanomaterijala, nanoelektronskih biosensora, i niza mogućih budućih primena molekulske nanotehnologije. Nanomedicina se isto tako bavi problemima nanotoksikologije i uticajem nanoskalnih materijala na životnu sredinu.

Nanomedicinsko istraživanje sponzira mnoštvo organizacija. Jedna od njih je američki Nacionalni institut za zdravlje, koji ima petogodišnje planove za nekoliko nanomedicinskih centara. Procenjuje se da je u razvoju nekoliko stotina lekova i sistema njihove isporuke koji su bazirani na nanotehnologiji.

## Reference

## Literatura

## Povezano

## Vanjske veze
* Uticaj nanotehnologije na biometričke nauke
* Primena nanočestica u biologiji i medicini
Okazakijev fragment

**Okazakijevi Fragmenti** su kratki, novo sintetisani DNK fragmenti koji su formirani na zaostajućem lancu templeta tokom replikacije DNK. Oni su komplementarni sa zaostajućim lancem templeta, sa kojim formiraju kratke dvolančane DNK sekcije. Okazakijevi fragmenti su između 1 000 do 2 000 nukleotida dugi kod bakterije *[[Escherichia coli]]*, i između 100 do 200 nukleotida dugi kod eukariota. Oni su razdvojeni sa ~10-nukleotida dugim RNK primerima i ostaju neligirani dok se RNK prajmeri ne uklone. Nakon toga enzim ligaza povezuje Okazakijeve fragmente u jedan kontinuirani novo sintetisani komplementarni lanac.

Na vodećem lancu DNK replikacija teče kontinuirano duž DNK molekula dok se početna dvolančana DNK odvija. Na zaostajućem lancu DNK se formira u segmentima, koji se kasnije spajaju DNK ligazom. DNK polimeraza može da sintetiše novu DNK idući samo u jednom smeru duž DNK templeta. Na vodećem lancu ovaj proces je neprekidan, dok je na zaostajućem isprekidan.

Njih su originalno otkrili 1966. Kivako Sakabe i Reiji Okazaki dok su izučavali replikaciju DNK bakterije *[[Ešerihija koli]]*. Dalja istraživanja su sprovedena u kontekstu izučavanja replikacije DNK bakteriofaga kod *[[Ešerihija koli|Ešerihije koli]]*.

## Reference

## Literatura

* 
* Inman RB, Schnos M, Structure of branch points in replicating DNA: Presence of single-stranded connections in lambda DNA branch points. *J. Mol Biol.* 56:319-625, 1971.
* Thommes P, Hubscher U. Eukaryotic DNA replication. Enzymes and proteins acting at the fork. *Eur. J. Biochem.* 194(3):699-712, 1990.

## Vanjske veze
* 
* Sinteza DNK
Dizajn proteina

**Dizajn proteina** je proces formiranja novih proteina, bilo *de novo* ili putem pravljenja proračunatih varijacija poznatih struktura. Upotreba tehnika racionalnog dizajna je glavni aspekt proteinskog inženjerstva.

Dizajn računarskih modela proteina, i sekundarne strukturne modifikacije realnih proteina su počeli sredinom 1990-tih. *De novo* dizajn realnih proteina je postao moguć uskoro nakon toga, i u 21. veku je to postalo produktivno naučno polje.

## Primeri dezajna proteina
U ranom 21. veku je počeo razvoj malih proteina sa realnim biološkim funkcijama, uključujući stereoselektivnu katalizu, detekciju jona, i antiviralno dejstvo. Koristeći računarske metode, protein sa novim strukturnim motivom je dizajniran, koji se naziva Top7, kao i senzori za veštačke molekule. Dizajn fuzionih proteina je proizveo rilonacept, lek koji je FDA odobrila za lečenje kriopirin vezanog periodičnog sindroma. Uz pomoć računarskog redizajna bilo je moguće promeniti specifičnot kofaktora *Candida boidinii* ksilozne reduktaze od NADPH u NADH.

## Reference

## Literatura

* 
* 
* 
* 
* 
* 

## Povezano
* Proteinsko inženjerstvo
* Predviđanje strukture proteina
Analogna nukleinska kiselina

**Analogne nukleinske kiseline** (ksenonukleinske kiseline, KNK) su jedinjenja koja su strukturno slična (analogna) prirodnim RNK i DNK molekulima. Ksenonukleinske kiseline se koriste u medicini i molekularno biološkim istraživanjima.

Nukleinske kiseline su lanci nukleotida, koji se sastoje od tri dela: fosfatne osnove, pentoznog šećera, bilo riboze ili dezoksiriboze, i četiri nuklobaze. Analog može da sadrži promene u bilo kojem od tih delova. Tipično analogne nukleobaze imeđu ostalog formiraju različite bazne parove i imaju različita svojstva stekovanja aromatičnih prstena. Primeri su univerzalne baze koje mogu da se upare sa sve četiri kanoničke baze, i analozi fosfatne šećerne osnove kao što su PNA, koji utiču na svojstva lanca (PNK može da formira i trostruki heliks).

Veštačke nukleinske kiseline su peptidna nukleinska kiselina (PNK), morfolino i zaključana nukleinska kiselina (LNK), kao i glikolna nukleinska kiselina (GNK) i treozna nukleinska kiselina (TNK). Svaka od njih se razlikuje od prirodne DNK i RNK po promenama osnove molekula.

## Reference

## Povezano
Steking (hemija)

U hemiji, **pi staking** (*π–π steking*) je atraktivna, nekovalentna interakcija između aromatičnih prstenova. Te interakcije su važne u vezivanju nukleobaza unutar DNK i RNK molekula, proteinskom savijanju, šablonom usmerenoj sintezi, nauci o materijalima, i molekulskom prepoznavanju. Uprkos intenzivnog eksperimentalnog i teoretskog izučavanja ove forme vezivanja, ne postoji jedinstveni opis faktora koji doprinose interakcijama pi stekinga.

## Evidencija za pi steking
Benzenski dimer je prototipni sistem za izučavanje pi stekinga. Eksperimentalno određena jačina veze je 8–12 kJ/mol (2–3 kcal/mol) u gasnoj fazi sa raztojanjem od 4.96 Å između centera mase. Ovo rastojanje je izvan van der Valsovog radijusa. Mala energija vezivanja otežava eksperimentalno izučavanje benzenskog dimera. Ovaj dimer je stabilan samo na nikim temperaturama i sklon je formiranju klastera.

Drugi dokazi za postojanje pi stekinga proizilaze iz kristalografkih struktura. Normalne i paralelne konfiguracije se mogu primetiti u kristalnim strukturama mnogih jednostavnih aromatičnih jedinjenja. Slične geometrijske strukture su primetne u kristalogravskim snimcima proteina pri visokoj rezoluciji. Analiza aromatičnih aminokiselina fenilalanina, tirozina, histidina, i triptofana indiciraju da dimeri tih bočnih lanaca imaju mnoštvo mogućih stabilizujućih interakcija na rastojanjima većim od prosečnih van der Valsovih radijusa.

## Reference

## Povezano
* Interkalacija (hemija)
* Katjonska-pi interakcija

## Vanjske veze
* The physical basis of nucleic acid base stacking in water.
BM-21 Grad

**BM-21 ''Grad*** ([[Ruski]]: БМ-21 "Град") je [[SSSR|sovjetski]] 122 mm višecijevni lanser raketa razvijeni ranih [[1960-ih]]. *'BM** (Ruski: **Б**оевая **М**ашина) znači ''borbeno vozilo'', dok **grad** (Ruski: Град) znači ''[[tuča]]''. U zapadnim zemljama znan je kao **M1964'''. Koristi se u preko 50 država i danas je vjerojatno najrasprostranjeniji sistem raketnog topništva. Zahvaljujući svom uspjehu mnoge su države kopirale ili razvile sličnu inačicu ovog sistema.
Čehoslovačka verzija ovog sistema je RM-70.

## Vanjske veze
Proteinsko inženjerstvo

**Proteinsko inženjerstvo** je proces razvoja upotrebljivih proteina. To je mlada disciplina, sa aktivnom istraživačkom aktivnošću čiji je cilj poboljšanje razumevanja savijanja proteina i principa proteinskog prepoznavanja. U proteinskom inženjerstvu postoje dve opšte strategije, *[[Dizajn proteina|racionalni dizajn]]* i *[[usmerena evolucija]]*. Te tehnike nisu međusobno isključive, već se često koriste zajedno.

## Primeri proteinskog inženjerstva
Koristeći računarske metode, protein sa novim strukturnim motivom je dizajniran, koji se naziva Top7, kao i senzori za veštačke molekule. Dizajn fuzionih proteina je proizveo rilonacept, lek koji je FDA odobrila za lečenje kriopirin vezanog periodičnog sindroma.

## Reference

## Povezano

## Vanjske veze
* Centar za proteinsko inženjerstvo 
* Proteinsko inženjerstvo
Draguni

**Draguni** ili **dragoni** su bili vojnici koji su koristili konje primarno kao transportno sredstvo a ne i za borbu kao što je to činila konjica. Ova vrsta vojnika bila je tipična za evropske vojske u razdoblju između kraja 17. i početkom 18. veka.

Sam naziv dolazi od francuske reči *dragon* = zmaj, koje je bilo svojedobno naziv za kratku pušku, koja je bila osnovno oružje vojnika onog vremena.

Naziv dragun je zadržan u sadašnjosti za brojne oklopne i ceremonijale konjičke pukove. Izraz dragun se takođe koristi u kontekstu tlačenja i progonjenja nametanjem izdržavanja vojske; i samim tim da se neko natera da se povinuje bilo kakvim nasilnim merama ili pretnjama. Izraz datira od 1689. kada su francuski kraljevi koristili dragune da progone protestante.

## Reference
Umjetna sinteza gena

*Veštačka sinteza gena*' je proces sinteze gena *[[in vitro]]* bez korišćenja DNK uzorka kao inicijalnog templeta. Jedan od glavnih metoda je oligonukleotidna sinteza (koja se koristi i za druge svrhe) iz digitalnih genetičkih sekvenci i naknadno spajanje proizvedenih fragmenata. U kontrastu s tim prirodna replikacija DNK zahteva postojanje DNK templeta za sintezu nove DNK.

Sinteza prvog kompletnog gena, kvaščeve tRNK, je ostvarena 1972. Sinteza prvih gena koji kodiraju peptide i proteine je sledila par godina kasnije.

Usluge komercijalne sinteze gena pruža znatan broj kompanija širom sveta. Današnji pristupi sintezi gena su većinom bazirani na kombinaciji tehnika organske hemije i molekularne biologije. Celokupni geni se mogu sintetisati "de novo", bez korišćenja prekursorskih DNK templeta. Sinteza gena je postala važno oruđe u mnogim poljima rekombinantne DNK tehnologije uključujući hetorolgnu ekspresiju gene, razvoj vakcina, gensku terapiju i molekularni inženjering. Sinteza sekvenci nukleinskih kiselina je ekonomičnija od procedura klasičnog kloniranja i mutageneze.
 
## Reference

## Literatura

* 
* 
* 

## Vanjske veze
* GeneSpace.net
Livonija

**Livonija** je istorijski region duž istočnih obala Baltičkog mora. To je nekada bila zemlja finskih Livonaca.

Tokom Livonskog krstaškog rata, staru Livoniju je kolonizovalo Livonsko bratstvo mača, kasnije nazvano Livonski red, i ime Livonija je počelo označava mnogo širu teritoriju: Terru Marrianu na istočnim obalama Baltičkog mora, u današnjoj Letoniji i Estoniji. Njegove granice su bili Riški zaljev i Finski zaljev na severozapadu, jezero Peipus i Rusija na istoku, i Litvanija na jugu.

Livoniju su naseljavali razni baltički i finski narodi, kojima je vladala viša klasa baltičkih Nemaca. Tokom vremena, neki plemići su polonizovani u poljsko-litvansko plemstvo (šljahta) ili rusifikovano u rusko plemstvo (dvorjanstvo).
Bitka na Čudskom jezeru

**Bitka na Čudskom jezeru** ili **Bitka na ledu** je bila bitka između Novgorodske republike i livonskog ogranka Tevtonskih vitezova (čiju su vojsku činili uglavnom Estonci) 5. aprila 1242. na Čudskom jezeru. Bila je čuvena pošto je uglavnom vođena na zamrznutom jezeru.

Bitka je bila težak poraz za rimokatoličke krstaše tokom Severnih krstaških ratova, koji su vođeni protiv pagana i pravoslavaca umesto protiv muslimana u Svetoj zemlji. Poraz krstaša je označio kraj njihovog pohoda protiv pravoslavne Novgorodske republike i drugih ruskih teritorija za ceo sledeći vek.
Sotto il sole di Roma

***Sotto il sole di Roma*** () je italijanski crno-bijeli igrani film snimljen 1948. u režiji Renata Castellanija. Radnja se događa u Rimu za vrijeme i neposredno nakon Drugog svjetskog rata. Protagonist, čiji lik tumači Oscar Blando, je Ciro, mladi sin siromašnog noćnog čuvara koji sve vrijeme provodi u noćnim provodima, ljubavnim pustolovnima i sitnim krađama prije nego što ga okolnosti navedu da preispita svoje životne prioritete. *Sotto il sole di Roma*, koji se smatra jednim od djela italijanskog neorealizma, premijerno je prikazan na venecijanskoj Mostri gdje je dobio nagradu za najbolji italijanski film. Predstavlja prvi dio Castellanove trilogije o siromasima, koje će kasnije činiti *[[È primavera...]]* i *[[Due soldi di speranza]]*.

## Uloge
* Oscar Blando - Ciro
* Liliana Mancini - Iris
* Francesco Golisano - Geppa
* Ennio Fabeni - Bruno
* Alfredo Locatelli - Nerone
* Gaetano Chiurazzi - Bellicapelli
* Anselmo Di Biagio - Dottorino
* Ferruccio Tozzi - Cirov otac
* Maria Tozzi - Cirova majka
* Giuseppina Fava - Janitor
* Raffaele Caporilli - 'Mbriaschini
* Ilario Malaschini - Pirata
* Omero Paoloni - Coccolone
* Gisella Monaldi - Tosca
* Alberto Sordi - Fernando
* Luigi Valentini - Romoletto
* Panaccioni - Panaccioni
* Angelo Giacometti - cameriere
* Lorenzo di Marco - contadino

## Vanjske veze
*
Oliver Twist (film, 1948)

***Oliver Twist*** je britanski crno-bijeli igrani film snimljen 1948. u režiji Davida Leana. Predstavlja adaptaciju istoimenog romana Charlesa Dickensa. Radnja se događa u prvoj polovici 19. vijeka u Engleskoj, a naslovni protagonist, čiji lik tumači John Howard Davis, je dječak bez roditelja koji sticajem okolnosti mora preživjeti na ulicama Londona. Lean je film snimio, između ostalog, potaknut velikim uspjehom svog ranijeg filma *[[Great Expectations (film, 1946)|Great Expectations]]* iz 1946. godine, koji je također bio temeljen na popularnom Dickensovom romanu. Kao i u tom slučaju, Lean je značajno skratio i izmijenio sadržaj u odnosu na književni predložak. Usprkos toga, djelomično je zadržan negativni prikaz jevrejskog vođe džepara Fagina, a što je Leanovom filmu donijelo optužbe za promoviranje antisemitizma. Zbog toga je *Oliver Twist* bio zabranjen za prikazivanje u Izraelu, a u SAD se prikazao tek nekoliko godina kasnije u skraćenom izdanju. Usprkos toga, u Britaniji je postigao veliki komercijalni uspjeh, a dobio je i nagradu za tehnička dostignuća na venecijanskoj Mostri. Kasniji kritičari su ga proglasili jednim od najboljih britanskih filmova. Potakao je postavljanje popularnog kazališnog mjuzikla *[[Oliver! (mjuzikl)|Oliver!]]*, a koji je 1968. adaptiran u istoimeni Oscarom nagrađeni film.

## Uloge
* Alec Guinness ... Fagin
* Robert Newton ... Bill Sikes
* Kay Walsh ... Nancy
* John Howard Davies ... Oliver Twist
* Henry Stephenson ... Mr. Brownlow
* Francis L. Sullivan ... Mr. Bumble
* Anthony Newley ... Artful Dodger
* Ralph Truman ... Monks
* Michael Dear ... Noah Claypole, dječak-pogrebnik koji naljuti Olivera
* Diana Dors ... Charlotte
* Frederick Lloyd ... Mr. Grimwig
* Mary Clare ... Mrs. Corney
* Hattie Jacques ... pjevačica u pubu

## Vanjske veze
* 
* 
* Criterion Collection essay by Michael Sragow
Sintagma Matije Vlastara

**Sintagma Matije Vlastara** ili *Syntagma Canonum* predstavlja zbornik vizantijskog prava sačinjen 1335. godine u Solunu. Dobio je ime po svome sastavljaču, svetogorskom kaluđeru Matiji Vlastaru, a starogrčka reč „sintagma“, označava zbornik propisa. Pripada kategoriji nomokanona, jer sadrži crkvena pravila i svetovne propise. Kao izvori svetovnih odredaba za Sintagmu upotrebljeni su Prohiron, Vasilike i Novele.

Sintagma Matije Vlastara je odmah po objavljivanju prevedena na srpski jezik i uvedena u politički život Dušanove države. Njena redakcija (poznata kao *Skraćena sintagma*) je dobrim delom inkorporirana u Dušanov zakonik.

## Dušanova verzija Sintagme

Vlastareva Sintagma ističe ideju svemoći vizantijskog vladara, njegovog političkog i duhovnog dominijuma. Njome se odbija srpska i bugarska crkvena autokefalija i odriče pravo bilo kog drugog naroda da svoju državu uzdigne na stepen carstva. Time se Sintagma direktno suprotstavila ciljevima srpske crkve i države, a posebno interesima Dušanovog carstva. 

Međutim, u srpski Dušanov sistem ušla je „skraćena Sintagma”, očišćena je od svih odredaba i tumačenja koje mu nisu odgovarale, i većine crkvenih propisa. Osim opštih crkvenih pravila, svedenih na četvrtinu ukupno preuzetog teksta Sintagme, revizijom su izostavljene i sve odredbe koje nemaju zakonsku sankciju, a ostavljeni su gotovo nepromenjeni svi zakoni koji su odavno važili u grčkim zemljama, u „Romaniji”, a u Srbiji do tada bili poznati preko Nomokanona svetog Save. Skraćena Sintagma je ušla u sve zbornike Dušanovog zakonodavstva, uz sam Zakonik i uz Justinijanov zakon.

## Izvori

## Vanjske veze
*  Sintagma Matije Vlastara
Prodan Rupar

**Prodan Rupar** (Trusina, 1815 — Plana 1875) bio je jedan od vođa Hercegovačkog ustanka 1875. Isticao se u u lokalnim ustancima koji su se javljali posle 1852. u Hercegovini.

## Biografija
Vođe naroda u Hercegovini Prodan Rupar, Petar Radović, Jovan Gutić, Simun Zečević, Ilija Stevanović i Trivko Grubačić tokom avgusta i septembra 1874. sastaju se i odlučuju da počnu pripreme za ustanak. Donose odluke o pripremi oružja i municije, mjesta za zbjegove naroda, pripremi podrške Crne Gore ustanku i pripremaju sve tako da se ustanak digne na proljeće 1875. Ova grupa je u oktobru stupila u pregovore sa crnogorskim knezom (knjazom ) Nikolom Prvim Petrovićem.

Turci su doznali za pregovore sa knezom i pokušavaju da pohapse kolovođe, ali ovi bježe u Crnu Goru u zimu 1874. na 1875. Velike sile su se umiješale, naročito Austrougarska koja je zarad svojih interesa u BiH tražila od Turske da pomiluje kolovođe i izvrši amnestiju . Turci pod pritiskom pristaju i ulaze u pregovore.

U velikom ustanku u Hercegovini (1875—1878) Prodan Rupar je bio jedan od najistaknutijih ustaničkih vođa.
Umire 1875. godine u mjestu Plana kod Bileće.

## Povezano
* Nevesinjska puška
* Bitka kod Vučjeg dola

## Literatura
* Enciklopedija Jugoslavije JLZ Zagreb 1971. tom 8 (Srbija—Ž). str. 625.
Nergisšah sultanija

**Nergisšah Sultan** () je bila najstarija kćerka princa Mustafe i njegove konkubine Ajše Hatun. Rođena je u Manisi 1536. godine. Dovela do 17 godina u haremu njegov otac, pod nadzorom svoje majke i bake Mahidevran Sultan. Nakon izvršenja ubistva njenog oca Nergisšah je živjela u Bursi s bakom Mahidevran i pomajkom Rumejsom koja ju je jako voljela iako Nergisšah nije bila njena kćerka. Godine 1555. bila je udata bejlerbeja Anatolije, Damata Čenabija Ahmet-pašu, koji je smatran dobrim historičarom i pjesnikom. Dalja sudbina Nergisšah je nepoznata. S očeve strane imala je jednog brata, Šehzade Mehmeda. Umrla je 1597. ili 1582. godine.

## Popularna kultura
U turskoj seriji „Sulejman Veličanstveni“ njenu ulogu tumači Alize Gordyum.

## Reference
* Nergisšah Sultan na Omnilexica.com
The Fallen Idol

***The Fallen Idol*** () je britanski crno-bijeli film snimljen 1948. u režiji Carola Reeda. Po žanru je kombinacija drame i trilera, a scenario je napisao Graham Greene prema vlastitoj priči *The Basement Room*. Naslovni lik, koga tumači Ralph Richardson, je batler u jednoj diplomatskoj misiji u Londonu, koji je diplomatovog 9-godišnjeg sina (čiji lik tumači Bobby Henrey) duboko impresionirao lažnim pričama o svojim pustolovinama. Radnja, prikazana iz dječakove perspektive, prikazuje kako batlerova žena smrtno strada nesretnim slučajem i kako dječak, nastojeći zaštititi svog idola, dovede do toga da batler postane optužen za njeno ubistvo. The Fallen Idol je premijerno prikazan na venecijanskoj Mostri gdje je Greene dobio nagradu za najbolji scenario. U samoj Britaniji je doživio veliki uspjeh, postavši jednim od najgledanijih filmova godine.

## Uloge
* Ralph Richardson ... Baines 
* Michèle Morgan ... Julie 
* Sonia Dresdel ... Mrs. Baines 
* Bobby Henrey ... Phillipe 
* Denis O'Dea ... Glavni inspektor Crowe 
* Jack Hawkins ... Detektiv Ames 
* Walter Fitzgerald ... Dr. Fenton
* Dandy Nichols ... Mrs. Patterson 
* Joan Young ... Mrs. Barrow 
* Karel Stepanek ... Prvi sekretar
* Gerard Heinz ... Ambasador
* Torin Thatcher ... Policajac
* James Hayter ... Perry 
* Geoffrey Keen ... Dekektiv Davis 
* Bernard Lee ... Inspektor Hart, Specijalni odjel
* John Ruddock ... Dr. Wilson
* Hay Petrie ... Clock Winder
* Dora Bryan ... Rose
* George Woodbridge ... Narednik, Policijska stanica Chelsea

## Reference

## Vanjske veze
* 
* 
*
Heuristika

Rečnik socijalnog rada definiše **heuristiku** kao nauku o metodama i principima pronalaženja novog.

Heuristika obuhvata metode i tehnike rešavanja problema, učenja i otkrivanja koji su bazirani na iskustvu. Heurističke metode se koriste da ubrzaju proces pronalaženja dovoljno dobrog rešenja u situacijama kada sprovođenje detaljnog istraživanja nije praktično. Primeri toga obuhvataju korištenje raznih uopštenih pravila, informisanog nagađanja, intuicije i zdravog razuma.

Preciznije se heuristika može definisati kao korištenje lako dostupnih informacija, čija primena nije strogo određena, za kontrolu rešavanja problema od strane ljudi i mašina.

## Reference
Predviđanje strukture nukleinskih kiselina

**Predviđanje strukture nukleinskih kiselina** je računarski metod određivanja sekundarne i tercijarne strukture iz sekvence nukleinske kiseline. Sekundarna struktura se može predvideti iz jedne ili nekoliko sekvenci, dok se tercijarna struktura se može predvideti iz sekvence ili putem komparativnog modelovanja (kad je struktura homologne sekvence poznata).

Problem predviđanja sekundarne strukture nukleinske kiseline je uglavnom zavistan od interakcija baznih parova i stekovanja baza. Mnogi molekuli imaju više mogućih tridimenzionih struktura, tako da je predviđanje tih struktura još uvek nije moguće, izuzev očevidnih sekvenci i onih koje su funkciono slične sa poznatom klasom nukleinskih kiselina, kao što su transfer RNK ili mikroRNK. Mnogi metodi za predviđanje sekundarne strukture se oslanjaju na varijacije dinamičkog programiranja i stoga imaju ograničen opseg primene.

Dok su metodi slični, postoje određene razlike u pristupima za predviđanje strukture RNK i DNK. *In vivo*, DNK strukture su sklonije formiranju dupleksa sa punom komplementarnošću između dva lanca, dok su RNK strukture sklonije formiranju kompleksnijih sekundarnih i tercijarnih struktura, poput struktura u ribozomima, splajsosomima, ili tRNK. Glavni razlog za to je prisustvo dodatnog kiseonika, koji omogućava RNK molekulu da formira dodatne vodonične veze sa osnovom nukleinske kiseline. Energetski parametri su isto tako različiti za dve nukleinske kiseline.

## Literatura

* Baker D and Sali A. Protein structure prediction and structural genomics. Science 2001; 294: 93-6.
* Chiu, D.K. and Kolodziejczak, T. (1991) Inferring consensus structure from nucleic acid sequences. Comput. Appl. Biosci, . 7, 347–352
* Do CB, Woods DA, Batzoglou S. (2006) CONTRAfold: RNA secondary structure prediction without physics-based models. Bioinformatics. 22(14):e90-8.
* Gutell, R.R., et al. (1992) Identifying constraints on the higher-order structure of RNA: continued development and application of comparative sequence analysis methods. Nucleic Acids Res, . 20, 5785–5795
* Leontis NB, Lescoute A, and Westhof E. The building blocks and motifs of RNA architecture. Curr Opin Struct Biol 2006; 16: 279-87.
* 
* Macke T, Case D: Modeling unusual nucleic acid structures. In Molecular Modeling of Nucleic Acids. Edited by Leontes N, SantaLucia JJ. Washington, DC: American Chemical Society; 1998:379-393.
* Major F: Building three-dimensional ribonucleic acid structures. Comput Sci Eng 2003, 5:44-53.
* Massire C, Westhof E: MANIP: an interactive tool for modelling RNA. J Mol Graph Model 1998, 16:197-205, 255–257.
* 
* Tuzet, H. & Perriquet, O., 2004. CARNAC: folding families of related RNAs. Nucleic Acids Research, 32(Web Server issue), W142-145.
* Touzet, H., 2007. Comparative analysis of RNA genes: the caRNAc software. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 395, 465-474.
* 
* 
* ModeRNA: A program for comparative RNA modeling
Hibridizacija DNK

**Hibridizacija DNK** predstavlja proces u kome se dva polinukleotidna lanca po principu komplementarnosti azotnih baza povezuju vodoničnim vezama. 

Hibridizacija je našla primenu u:
* genetičkom inženjeringu
* istraživanjima u molekularnoj biologiji
* ispitivanjima o filogenetskoj srodnosti organizama, odnosno, stepenu njihove genetičke sličnosti; kod filogenetski bližih organizama veći deo DNK hibridizuje, dok kod udaljenih hibridizacija je manje efikasna; tako DNK čoveka hibridizuje sa DNK:
** šimpanze u 95%, 
** miša 13%;
** bakterije samo 0,15%.

## Denaturacija i renaturacija

Sekundarna struktura DNK je podložna denaturaciji. Pod denaturacijom se podrazumeva narušavanje sekundarne strukture DNK tako da se dvolančani molekul razdvaja na dva polinukleotidna lanca pri čemu se vodonične veze između komplementranih baza naspramnih lanaca raskidaju. Pod odgovarajućim uslovima može doći do renaturacije, tj. do ponovnog spajanja komplementarnih lanaca DNK. Procesi denaturacije i renaturacije odigravaju se i u ćeliji pod kontrolisanim uslovima i u ograničenom obimu. Ti procesi predstavljaju neophodan preduslov za normalno funkcionisanje DNK.

Kada se u rastvoru nađu dva polinukleotidna lanca koji imaju komplementarne redoslede nukleotida, nagradiće se hibridni dvolančani molekul. 

Denaturisana DNK može da hibridizuje sa::
* denaturisanom DNK iste vrste
* denaturisanom DNK različite vrste 
* RNK.

## Literatura

* Dumanović, J, marinković, D, Denić, M: Genetički rečnik, Beograd, 1985.
* Kosanović, M, Diklić, V: Odabrana poglavlja iz humane genetike, Beograd, 1986.
* Lazarević, M: Ogledi iz medicinske genetike, Beograd, 1986.
* Marinković, D, Tucić, N, Kekić, V: Genetika, Naučna knjiga, Beograd
* Matić, Gordana: Osnovi molekularne biologije, Zavet, Beograd, 1997.
* Prentis S: Biotehnologija, Školska knjiga, Zagreb, 1991.
* Ridli, M: Genom - autobiografija vrste u 23 poglavlja, Plato, Beograd, 2001.
* Tatić, S, Kostić, G, Tatić, B: Humani genom, ZUNS, Beograd, 2002.
* Tucić, N, Matić, Gordana: O genima i ljudima, Centar za primenjenu psihologiju, Beograd, 2002.
* Švob, T. i sradnici: Osnovi opće i humane genetike, Školska knjiga, Zagreb, 1990.
* Šerban, Nada: ćelija - strukture i oblici, ZUNS, Beograd, 2001
Polinukleotidni lanac

**Polinukleotidni lanac** nastaje povezivanjem nukleotida fosfodiestarskim vezama. Postoje dve vrste nukelotida:
* dezoksiribonukelotidi čijim povezivanjem se nagradi lanac DNK i
* ribonukleotidi koji nagrade lanac RNK.

Zbog prirode fosfodiestarske veze na jedom kraju lanca ostaje slobodna hidroksilna grupa vezana za -{S}-3’ (taj kraj se naziva **3’ kraj**), a na drugom fosfatna grupa vezana za -{S}-5’ atom (to je **5’ kraj**). Početak polipeptidnog lanca je 5' kraj.

DNK je izgrađena od dva polinukleotidna lanca koja su postavljena antiparalelno i povezana vodoničnim vezama preko komplementarnih baza.

## Povezano
* DNK
* RNK
* Hibridizacija DNK
* Nukleinske kiseline

## Vanjske veze
* BioNet škola
Ro faktor

**ρ faktor** (*Ro faktor*) je prokariotski protein koji učestvuje u terminaciji transkripcije. Ro faktor se vezuje za transkripcioni terminator, izloženi region jednolančane RNK (segment sa 72 nukleotida) iza otvorenog okvira čitanja na GC bogatim sekvencama kojima nedostaje očigledana sekundarna struktura.

Ro faktor je esencijalni transkripcioni protein kod prokariota. U bakteriji *[[Escherichia coli]]*, on je heksamer sa ~275 kD i identičnim podjedinicama. Svaka podjedinica sadrži domen RNK vezivanja i domen ATP hidrolize. Ro je član familije ATP zavisnih heksamernih helikaza koje deluju putem obmotavanje nukleiskih kiselina oko rascepa koji se pruža oko celokupnog heksamera. Ro funkcioniše kao pomoćni faktor za RNK polimeraze.

## Reference

## Vanjske veze
*
Predviđanje gena

U računarskoj biologiji **predviđanje gena** ili *nalaženje gena* je proces identifikacije regiona genomskog DNK koji kodiraju gene. To obuhvata gene koji kodiraju proteine kao i RNK gene, a može da obuhvata i predviđanje drugih funkcionalnih elemenata kao što su regulatorni regioni. Nalaženje gena je jedan od prvih i najvažnijih koraka u razumevanju genoma jedne vrste nakon njegovog sekvenciranja.

U prošlosti se „nalaženje gena“ sastojalo od tegobnog eksperimentisanja sa živim ćelijama i organizmima. Statistička analiza stopa homologne rekombinacije nekoliko različitih gena može da odredi njihov redosled na datom hromozomu, i informacije iz mnoštva takvih eksperimentata se mogu kombinovati da bi se kreirala genetička mapa, koja grubo specificira međusobne lokacije poznatih gena. U današnje vreme zahvaljujući postojanju sveobuhvatnih genomskih sekvenci i moćnih računskih resursa nalaženje gene je u znatnoj meri postao računarski problem.

Određivanje da li je neka sekvenca funkcionalna se razlikuje of određivanja *funkcije* gena ili njegovog produkta. Ove drugi ciljevi su u znatnoj meri zavisni od *[[in vivo]]* eksperimenata putem genskih nokaouta i drugih testova, mada napredak u bioinformatičkim istraživanjima u sve većoj meri omogućava predviđanje mogućih funkcija gena na osnovu same sekvence.

## Reference

## Vanjske veze

* FGENESH 
* geneid, SGP2
* Glimmer , GlimmerHMM
Vezani geni

**Vezani geni** su svi geni na jednom hromozomu i da nije krosing-overa oni bi se svi zajedno, u bloku, prenosili na potomstvo. Krosing-over omogućuje da se oni rekombinuju kao da su slobodni geni.

## Literatura

* 
* 

## Povezano
* krosing-over