open-index/open-wikipedia-markdown huggingface dataset:
Receptor tiroidnog hormona

**Receptor tiroidnog hormona** je tip nuklearnog receptora koji se aktivira vezivanjem tiroidnog hormona.

## Funkcija
Među važnim funkcijama receptora tiroidnog hormona su regulacija metabolizma i brzine srca. Sem toga, oni su kritični u razvoju organizama.

## Izoforme
Postoje tri forme receptora tiroidnog hormona. One su označane sa: alfa-1, beta-1 i beta-2.

Poznate su dve splajsne varijante *[[receptor tiroidnog hormona alfa|TR-alfa]]* receptora kodirane  genom, i dve splajsne varijante *[[receptor tiroidnog hormona beta|TR-beta]]* izoforme kodirane  genom:

* TR-α1 (široko izražen, sa posebno visokom izražavanjem u mušićima srca i skeletona)
* TR-α2 (homologan sa viralnim onkogenom c-erb-A, takođe je široko izražen, ali nema sposobnost vezivanja hormona)
* TR-β1 (predominantno izražen u mozgu, jetri i burezima)
* TR-β2 (izražen prvenstveno u hipotalamusu i hipofizi)

## Veza sa oboljenjima
Pojedine mutacije receptora tiroidnog hormona su vezane za rezistentnost na tiroidni hormon.

## Reference

## Vanjske veze
* Overview at vivo.colostate.edu 
*
ITIM

__NOTC__

Termin **ITIM** ima više značenja.

* ITIM je oznaka za **[[imunoreceptorski tirozin-bazirani inhibitorni motiv]]**. 
* **[[ITIM (novinska agencija)]]**.
Imunoreceptorski tirozin-bazirani inhibitorni motiv

**Imunoreceptorski tirozin-bazirani inhibitorni motiv** (ITIM), je konzervirana sekvenca aminokiselina (S/I/V/LxYxxI/V/L) koja je nađena u citoplazmičnim segmentima mnogobrojnih inhibitornih receptora imunskog sistema. Nakon što inhibitorni receptori koji sadrže ITIM interaguju sa ligandima, njihov ITIM motiv biva fosforilizovan enzimima iz Src familije kinaza. To im omogućava da regrutuju druge enzime, kao što su fosfotirozinske fosfataze SHP-1 i SHP-2, ili inozitol-fosfatazu zvanu SHIP. Ove fosfataze umanjuju stepen aktivacije molekula koji učestvuju u ćelijskoj signalizaciji.

## Reference

## Literatura

* 
*
PTP

__NOTC__

Termin **PTP** ima više značenja.

* Oznaka za **[[Proteinska tirozinska fosfataza|proteinsku tirozinsku fosfatazu]]** (). 
* Progres teorijske fizike (), Japanski mesečni žurnal.
Subcelularna lokalizacija

Ćelije eukariotskih organizama su izdeljene u složene funkcionalno različite membranski vezane komore. U važne konstituente se ubrajaju: citoplazma, jedro, mitohondrija, Goldžijev aparat, endoplazmatični retikulum (ER), peroksizom, vakuole citoskelet, nukleoplazma, nucleolus, jedreni matriks i ribozomi.

Bakterije takođe imaju subcelularne lokalizacije koje se mogu odvojiti nakon ćelijske frakcionacije. Najšire zastupljena lokalizacija je citoplazmatična membrana (ona se naziva unutrašnjom membranom kod Gram-negativnih bakterija), ćelijskim zidom (koji je obično deblji kod Gram-pozitivnih bakterija) i ekstracelularna sredina. Većina Gram-negativnih bakterija takođe sadrži spoljašnju membranu i periplazmatični prostor. Za razliku od eukariota, većina bakterija ne sadrži membranom-vezane organele, međutim postoje neki izuzeci (npr. magnetosomi).

## Povezano
* Citoplazma
* Citologija

## Reference
PUD

__NOTC__
Termin **PUD** ima više značenja.

* **[[Čir na dvanaestopalačnom crevu]]**, ().
* **[[PUD (operativni sistem)]]**
EI

Termin **EI** ima više značenja.

* **[[Emocionalna inteligencija]]**.
* Oznaka za **[[elektronska jonizacija|elektronsku jonizaciju]]** ().
Ro-vezana proteinska kinaza

**ROCK**, ili *Ro-vezana proteinska kinaza*, je kinaza iz AGC (PKA/PKG/PKC) familije serin-treonin kinaza. ROCK kinaze (ROCK1 i ROCK2) su izražene kod sisara (čovek, pacov, miš), zebrica, žaba, bezkičmenjaka (C. elegans, komarci, Drosophila) i živine. Ljudska ROCK1 ima molekulsku masu od 158&nbsp;kDa i ona je glavni nizvodni efektor male GTPaze RhoA. ROCK sisara se sastoji od kinaznog domena, regiona upredene zavojnice i plekstrin homolognog (PH) domena, koji umanjuje kinaznu aktivnost ROCK enzima putem auto-inhibitornog intramolekularnog nabora ako RhoA-GTP nije prisutna..

Za ROCK kinaze pacova je nađeno da su prvi Ro efektori. One indukuju formiranje stresnih vlakana i fokalnu adheziju putem fosforilacije MLC (miozinskog lakog lanca). Usled ove fosforilacije, aktin vezuje miozin II i time se povećava kontraktilnost. Dve mišje ROCK izoforme ROCK1 i ROCK2 su poznate. ROCK1 je prvenstveno izražen u plućima, jetri, slezini, bugrezima i testisima. Za razliku od njega, ROCK2 se uglavnom nalazi u mozgu i srcu.

## Bolesti
Nedavna istraživanja su pokazala da ROCK signalizacija ima važnu ulogu u mnogim bolestima uključujući dijabetes, neurodegenerativne bolesti i rak. Za ROCK inhibitore je predloženo da mogu da služe kao potencijalni terapeutski tretman za sprečavanje neželjene ćelijske migracije. Na primer, jedan od ciljeva je da se spreči migracija metastastičkih ćelija raka u dodatna tkiva.

## Povezano
* ROCK1

## Reference
GRK (razvrstavanje)

__NOTC__
Termin **GRK** ima više značenja.

* **[[Grci|Grk]]** je stanovnik Grčke.
* **[[G protein spregnuti receptor kinaza|GRK]]** je G protein spregnuti receptor kinaza.
Dag

Termin **Dag** ima više značenja.

* **[[Dag (grupa)|Dag]]** je muzička grupa.
* **[[Diglicerid|DAG]]** je diacilglicerol.
Keson

Termin **keson** ima više značenja.

* **[[Keson (inženjerstvo)|Keson]]** je zatvorena podvodna struktura.
* **[[Duboki temelj|Keson]]** je tip dubokog temelja.
* **[[Dekompresiona bolest|Kesonska bolest]]** je dekompresiona bolest.
Ev

Termin **Ev** ima više značenja.

* **[[Ev (naselje)|Ev]]** je naselje i opština u severoistočnoj Francuskoj u regionu Pikardija, u departmanu Oaza koja pripada prefekturi Sanlis.
* **[[Elektronvolt|eV]]** (elektronvolt) je jedinica energije jednaka kinetičkoj energiji koju zadobije slobodni elektron u vakuumu prolaskom kroz potencijalnu razliku od jednog volta.
HML

Termin **HML** ima više značenja.

* **[[Hronična mijeloidna leukemija|HML]]** je hronična mijeloidna leukemija.
* **[[ISO 639|HML]]** () je ISO 639 jezički kod
HLL

Termin **HLL** ima više značenja.

* **[[Hronična limfatična leukemija|HLL]]** je hronična limfatična leukemija.
* **[[Programski jezik visokog nivoa|HLL]]** () je oznaka za programski jezik visokog nivoa.
Enzimski aktivator

**Enzimski aktivatori** su molekuli koji se vezuju za enzime i time povećavaju njihovu aktivnost.

Ovi molekuli često učestvuju u alosternoj regulaciji enzima u kontroli metabolizma. Primer enzimskog aktivatora koji deluje na ovaj način je fruktoza 2,6-bisfosfat, koji aktivira fosfofruktokinazu 1 i povećava stopu glikolize u responsu na ljudski hormon glukagon.

## Povezano
* Efektori 
* Inhibitori

## Reference
RoGEF domen

**RoGEF domen ** je strukturni domen faktora razmene guanin nukleotida za Ro/Rac/Cdc42-slične GTPaze. On se takođe naziva "Dbl-homologni" (*DH*) domen.

## Potfamilije
* Stimulator guanin-nukleotid disocijacije, CDC24 ().

## Zastupljenost
Sledeći ljudski proteini koji sadrže ovaj domen: 
ABR; AKAP13; ARHGEF1; ARHGEF10; ARHGEF10L; ARHGEF11; ARHGEF12; ARHGEF15;
ARHGEF16; ARHGEF17; ARHGEF18; ARHGEF19; ARHGEF2; ARHGEF3; ARHGEF4; ARHGEF5;
ARHGEF6; ARHGEF7; ARHGEF9; ASEF2; BCR; C9orf100; DEPDC2; DNMBP;
ECT2; FARP1; FARP2; FGD1; FGD2; FGD3; FGD4; FGD5;
FGD6; GEFT; ITSN1; ITSN2; KALRN; LFDH; MCF2; MCF2L;
MCF2L2; NET1; NGEF; OBSCN; PLEKHG1; PLEKHG2; PLEKHG3; PLEKHG4;
PLEKHG5; PLEKHG6; PREX1; RASGRF1; SGEF; SOS1; SOS2; SPATA13;
TIAM1; TIAM2; TRIO; VAV1; VAV2; VAV3; 

## Reference

## Literatura

* 
*
CAMK

Termin **CAMK** ima više značenja.

* Ca2+/kalmodulin-zavisne proteinske kinaze, enzim
* 6-Oksokamforna hidrolaza, enzim
PAR

__NOTC__
Termin **PAR** ima više značenja.

* **[[Proteazom-aktivirani receptor|PAR]]** je proteazom aktivirani receptor.
* **[[Pseudoautozomni region|PAR]]** () je homologna DNK sekvenca na X i Y hromozomima.
Vaskularna permeabilnost

**Vaskularna permeabilnost**, često u obliku *kapilarne permeabilnosti*, karakteriše sposobnost zidova krvnih sudova da omoguće prolaz malih molekula (jona, vode, nutrijenata), ili čak celih ćelija (limfocita na njihovom put ka mestu inflamacije), u ili iz kapilara. Zidovi krvnih sudoova su pokriveni slojem endotelnih ćelija. Otvori između endotelnih ćelija (ćelijski spojevi) su strogo regulisani, i zavise od fiziološkog stanja tkiva.

Primer povišene vaskularne permeabilnosti je inicijalna povreda kod parodontopatije, gde gingive pleksusa postanu prepune i proširene, što omogućava velikom broju neutrofila da ekstravazaciraju, i da se pojave unutar spojnog epitela i osnovnih vezivnih tkiva.

## Reference

## Vanjske veze
*
Permeabilnost

Termin **permeabilnost** ima više značenja.

* **[[Permeabilnost (elektromagnetizam)|Magnetna permeabilnost]]** je veličina koja određuje propusnost nekog materijala za magnetno polje.
* **[[Vaskularna permeabilnost]]** karakteriše sposobnost krvnih sudova da selektivno propuštaju molekule ili ćelije.
Fotometrija

Termin fotometrija ima više značenja.

* **[[Fotometrija (optika)]]** je nauka o merenju svetlosti, u smislu njenog doživljenog sjaja u ljudskom oku.
* **[[Fotometrija (astronomija)]]** je merenje fluksa ili intenziteata elektromagnetnog zračenja astronomskih objekata.
SPH

__NOTC__

Termin **SPH** ima više značenja.

* **[[Sfingomijelin|SPH]]** označava sfingomijelin.
* **[[Svetski program za hranu|SPH]]** je UN organizacija Svetski program za hranu.
Heler

Termin **Heler** ima više značenja.

* **[[Heler (grupa)|Heler]]** je bio srpski i jugoslovenski treš metal/spid metal bend iz Beograda.
* **[[Heler (reka)|Heler]]** je reka u Nemačkoj.
IGP

__NOTC__
Termin **IGP** ima više značenja.

* **[[Grafički procesor|IGP]]** je grafički procesor ().
* **[[Protokol za unutrašnju razmenu podataka|IGP]]** je protokol za unutrašnju razmenu podataka ().
VPU

__NOTC__
Termin **VPU** ima više značenja.

* **[[Grafički procesor|VPU]]** je grafički procesor ().
* **[[Viralni protein u|VPU]]** je viralni protein U, regulatorni protein nađen u HIV-u.
GPU

__NOTC__
Termin **GPU** ima više značenja.

* Grafički procesor, specijalizirani procesor računara
* Kopnena naponska jedinica (), izvor napona koji se koristi za napajanje brodova u luci
* Državna politička uprava pri NKVD RSFSR - tajna policija u sovjetskoj Rusiji odn. Sovjetskom Savezu
Grafički procesor

**Grafički procesor**, *GPU*, *grafička procesorska jedinica* ili **grafički čip** (, ponekad i  ili VPU) je procesor specijaliziran za prikazivanje obične i napredne računarske grafike. Grafički čip se obično nalazi na grafičkim karticama ili procesorima.

Od njega u najvišoj mjeri zavise mogućnosti grafičke kartice, a u puno manjoj meri od količine memorije na istoj. Grafički procesor obavlja glavni zadatak obrađivanja scene, dok memorija služi kao spremnik za teksture i ostale neophodne podatke. Što je brža memorija na grafičkoj kartici, to brže ona može da pohranjuje i dostavlja podatke koje GPU obrađuje.

Grafički čip je isprogramiran tako da veoma brzo obrađuje razne vrste grafike. Prvi grafički čipovi su imali primitivne operacije kojima se iscrtavanje trouglova, krugova i uglova izvršavalo mnogo brže, što ujedno znači da je glavni procesor oslobođen i ne mora izvršavati te operacije što rezultuje u ukupno većoj brzini sistema. Svi noviji čipovi imaju podršku za obrađivanje jednostavnih i naprednih 3D i video operacija.

## Proizvođači grafičkih čipova
* nVIDIA
* ATi Technologies (sada deo AMD-a)
* Intel
* Matrox
* S3 Graphics
* SiS
* VIA
* Fujitsu
* 3Dlabs
* XGI Technology
* 3dfx (sada dio NVIDIE)
* Falanx Microsystems - Mali - sada ARM Norveška
    
## Povezano
* Računarska grafika
* Računarski hardver
* Grafička kartica
* Konzola

## Vanjske veze

* techPowerUp! GPU Baza podataka 
* NVIDIA - Šta je to GPU? 
* Toms Hardware GPU vodič za početnike 
* GPUReview.com GPU baza podataka 
* Adrian Rojak Pot, Uporedba grafičkih kartica
Iks-oks

Termin **Iks-oks** ima više značenja.
* **[[Iks-oks (igra)|Iks-oks]]** je igra za dva igrača koja se igra na papiru na polju 3x3 kvadrata.
* **[[OXO]]** je prva računarska igra.
SVN

__NOTC__
Termin **SVN** ima više značenja.

* **[[Subversion|SVN]]** je sistem za kontrolu verzija računarskog programa.
* **[[Slovenija|SVN]]** je ISO 3166-1 alfa-3 kod za Sloveniju.
Bakteriorodopsin

**Bacteriorodopsin** je protein koji koriste arheje, od kojih je najpoznatija halobacterija. On dejstvuje kao protonska pumpa, i.e. apsorbuje svetlosnu energiju i koristi je za prenos protona kroz membranu izvan ćelije. Nastali protonski gradijent se naknadno pretvara u hemijsku energiju.

Bacteriorodopsin je integralni membranski protein koji se obično nalazi u dvo-dimenzionim kristalnim mrljama poznatim i kao "ljubičasta membrana", koja može zauzeti i do skoro 50% površine ćelije arheje. Ponavljajući element heksagonalne rešetke se sastoji od tri identična proteinska lanca, svaki rotiran za 120 stepeni relativno na druge. Svaki lanac ima sedam transmembranskih alfa heliksa i sadrži jedan molekul retinala u sebi. To je tipična struktura za retinilidenske proteine.

Molekul retinala menja svoju konformaciju nakon apsorpcije fotona, što dovodi do konformacione promene okružujućeg proteina i aktivnosti protonske pumpe. Retinal je kovalentno vezan za Lys216 u hromoforu dejstvom Šifove baze. Nakon fotoizomerizacije molekula retinala, Asp85 postaje primalac protona doniranog sa molekula retinala. Ovo oslobađa proton iz "mesta držanja" na ekstracelularnu stranu (EC) membrane. Reprotonacija molekula retinala sa Asp96 vraća ga u njegov prvobitni izomerni oblik. Posledica toga je oslobađanje drugog protona na EC stranu. Asp85 daje svoj proton u "mesto držanja" i novi ciklus može da počne.

Molekul bakteriorodopsina je ljubičast i najefikasnije apsorbuje zelenu svetlost (talasna dužina 500-650 nm, sa apsorpcionim maksimumom na 568&nbsp;nm).

## Povezano
* Protein-obloženi disk - teoretski kapacitet skladištenja podataka od 50 terabajta

## Reference

## Vanjske veze
* 
*  - Proračunate prostorne pozicije bakteriorodopsinu sličnih proteina u membrani
Homologno modelovanje

**Homologno modelovanje**, takođe poznato kao *komparativno modelovanje proteina*, je računarska izgradnja modela proteina sa atomskom rezolucijom počevši od aminokiselinskih sekvenci, i od eksperimentalne trodimenzionalne strukture srodnog homogenog protein ("šablona").

Homologno modelovanje se oslanja na identifikaciji jedne ili više poznatih proteinskih struktura za koje se smatra da nalikuju modelovanoj strukturi, i na pravljenju poravnanja koje mapira ostatake upitne sekvence na ostatake sekvencu šablona. Pokazano je da su proteinske strukture u većoj meri očuvane nego što be se očekivalo iz sekvenci homolognih proteina. Sekvence sa manje od 20% sličnosti sekvenci mogu da imaju veoma različite strukture.

Proteinske strukture su u većoj meri konzervirane od DNA sekvenci, i stoga merljive nivoi sličnosti sekvenci obično podrazumevaju znatnu strukturnu sličnost.

Kvalitet homolognih modela zavisi od kvaliteta poravnanja sekvenci i proteinskog šablona. Pristup može biti komplikovan prisustvom praznine u poravnavanju koji ukazuju na strukturni region prisutan u ciljnom proteinu, ali ne u šablonu, kao i strukturnim prazninama u šablonu koji proizlaze iz loše rezolucije kristalne strukture. Kvalitet modela opada sa smanjenjem identiteta sekvenci. Tipičan model ima ~1-2 Å odstupanje između poravnatih Cα atoma na 70% identiteta sekvenci, ali odstupanje 2-4 Å na 25% identiteta sekvenci. Međutim, greške su značajno više u regionima petlji, gde aminokiselinske sekvence proteina cilja i šablona mogu biti potpuno drugačije.

## Povezano

* Predviđanje strukture proteina
* Protein
* Molekulska dinamika

## Reference
Hoanoflagelate

**Hoanoflagelate** su grupa slobodno-živućih jednoćelijskih i kolonijskih bičarskih eukariota koje se smatraju najbližim srodnicima životinja. Kao što proizilazi iz imena, hoanoflagelate (obojeni bičari) imaju prepoznatljivu ćelijsku morfologiju kaja je karakterisana ovalnim ili sfernim ćelijskim telom 3-10&nbsp;µm u prečniku sa jednim apikalninim bičem okruženim okovratnikom sa 30-40 mikrovila. Kretanje biča stvara vodenu struju koja može da pokrene slobodno-plivajuče hoanoflagelate kroz vodu i uhvati bakterije i detritus kolirom microvila gde se ta hrana konzumira. Ovaj hranjenje daje kritični link unutar globalnog ciklusa ugljenika, povezujući trofične nivoe. Osim njihove kritične ekološke uloge, hoanoflagelate su od posebnog interesa za evolucijske biologe koji proučavaju poreklo multicelularnosti životinja. Kao najbliži rođaci životinja, hoanoflagelate služe kao koristan model za rekonstrukcije posljednjeg jednoćelijskog prethodnika životinja.

## Izgled i rast

Svaka hoanoflagelata ima jedan bič, okružen prstenom aktin-ispunjenih izbočina zvanih mikrovili (mikroresice), koje formiraju cilindrični ili konični okovratnik (). Vodena struja koju generiše bič takođe potiskuje slobodno plivajuće ćelije, kao kod životinjskih Spermatozoida. Nasuprot tome, većina drugih bičara su *povlačeni* njihovim bičevima.

## Reference
Hideko Takamine

bila je japanska filmska glumica poznata po izuzetno dugoj i plodnoj karijeri. Započela ju je kao dijete glumac 1930-ih, kada je stekla reputaciju "japanske Shirley Temple. 

## Filmografija
(nepotpuna)
* *[[Tokyo Chorus]]* (1931)
* *[[Hideko the Bus-Conductor]]* (1941)
* *[[Ahen senso]]* (1943)
* *[[Those Who Make Tomorrow]]* (1946)
* *[[Ginza Kankan Musume]]* (1949)
* *[[The Munekata Sisters]]* (*Munekata kyōdai*) (1950)
* *[[Carmen Comes Home]]* (1951)
* *[[Lightning (film)|Lightning]]* (1952)
* *[[Entotsu no mieru basho]]* (1953)
* *[[Twenty-four Eyes]]* (1954)
* *[[Floating Clouds]]* (1955)
* *[[Nagareru]]* (1956)
* *[[A Wife's Heart]]* (1956)
* *[[Untamed (1957 film)|Untamed]]* (1957)
* *[[Yorokobi mo kanashimi mo ikutoshitsuki]]* aka *The Lighthouse* or *Times of Joy and Sorrow* or *Years of Joy and Sorrow* (1957)
* *[[Rickshaw Man]]* (1958)
* *[[When a Woman Ascends the Stairs]]* (1960)
* *[[Daughters, Wives and a Mother]]* (*Musume Tsuma Haha*) (1960)
* *[[Immortal Love]]* (1961)
* *[[Burari Bura-bura Monogatari]]* (1962)
* *[[A Wanderer's Notebook]]* (1962)
* *[[A Woman's Life]]* (*Onna no rekishi*) (1963)
* *[[Yearning (1964 film)|Yearning]]* (1964)

## Izvori

## Vanjske veze

* Eiga Stars IV :: Hideko Takamine  Eiga Stars: Portraits of Japanese Divas in Fan Magazines of the 1950s photo gallery
* University of Waterloo, Spring 1994 *KINEMA* profile 
* *[[San Francisco Chronicle]]*, "Director Mikio Naruse retrospective takes insightful plunge into a postwar Japan in flux ", December 28, 2005.
* 
* 
* Obituary, Hideko Takamine, Lauded Japanese Actress, Dies at 86 at The New York Times
Folke Sundquist

**Folke Sundquist** (4. novembar 1925 &ndash; 13. januar 2009) je bio švedski glumac, najpoznatiji po nastupima u nekima od najpoznatijih švedskih filmova 1950-ih.

## Izabrana filmografija
* *[[One Summer of Happiness]]* (1951)
* *[[For the Sake of My Intemperate Youth]]* (1952)
* *[[Bread of Love]]* (1953)
* *[[Wild Strawberries (film)|Wild Strawberries]]* (1957)
* *[[The Venetian (film)|The Venetian]]* (1958)
* *[[Rabies (1958 film)|Rabies]]* (1958)
* *[[Hour of the Wolf]]* (1968)

## Vanjske veze
*
Inga Tidblad

**Inga Sofia Tidblad** (29. maj 1901 &ndash; 12. septembar 1975) bila je švedska glumica, najpoznatija po nastupima u teatru.

## Izabrana filmografija
* Andersson, Pettersson och Lundström (1923)
* Mälarpirater (1923)
* Norrtullsligan (1923)
* Grevarna på Svansta (1924)
* Ödets man (1924)
* Farbror Frans (1926)
* Svarte Rudolf (1928)
* För hennes skull (1930)
* Längtan till havet (1930)
* Hälsingar (1933)
* Hon eller ingen (1934)
* Sången om den eldröda blomman (1934)
* Intermezzo (1936)
* Janssons frestelse (1938)
* Lågor i dunklet (1942)
* Det brinner en eld (1943)
* Den osynliga muren (1944)
* Kungajakt (1944)
* Galgmannen (1945)
* Frånskild (aka Divorced) (1951)
* Kvinnohuset (1953)
* Gabrielle (1954)
* Enhörningen (aka The Unicorn) (1955)
* Foreign Intrigue, TV serija (1956)
* Pärlemor (1961)
* Ateljé Mia (1965)
* Glasmenageriet (The Glass Menagerie), TV drama (1967)
* Drottningens juvelsmycke, miniserija (1967)
* Pistolen (1973)
* Gangsterfilmen (1974)

## Reference

## Vanjske veze
*
Mirisni epitel

**Mirisni epitel** je specijalizovano epitelno tkivo unutar nosne šupljine koje je deo čula mrisa. Kod ljudi, je ovo tkivo ima površinu od oko 1 centimetar kvadratnog (na svakoj strani) i nalazi se na gornjem delu nosne šupljine oko 7&nbsp;cm iznad i iza nozdrva. Mirisni epitel je deo mirisnog sistema koji je direktno odgovoran za detekciju mirisa.

## Slojevi mirisnog epitela

Mirisni epitel se sastoji od tri različite vrste ćelija:
# Mirisne ćelije
# Podržavajuće ćelije
# Bazalne ćelije

### Mirisne ćelije

Mirisne ćelije epitela su bipolarni neuroni koji se grupišu da be formirale mirisni nerv (kranijalni nerv I). Apikalni polovi tih neurona su prekriveni cilijama i obloženi sa seroznom sekrecijom iz Boumanovih žlijezda lociranih u lamini propria mirisne sluzokože.

### Podržavajuće ćelije

Analogno neuronskim glijalnim ćelijama, podržavajuće ćelije (a.k.a. sustentakularne ćelije) mirisnog epitela funkcionišu kao metabolička i fizička podrška mirisnih ćelija. Histološki, podržavajuće ćelije su dugačke cilindrične ćelije koje sadrže mikrovile i upadljivu terminalnu mrežu. Jezgra podržavajućih ćelija su u većoj meri apikalno locirana nego kod drugih ćelija mirisnog epitela.

### Bazalne ćelije

Bazalne ćelije se nalaze na bazalnoj lamini mirisnog epitela. One su stem ćelije koje imaju sposobnost deobe i diferencijacije u bilo podržavajuće ili mirisne ćelije. Stalna deoba bazalnih ćelija dovodi zamene mirisnog epitela svake 2-4 nedelje.

## Dodatne slike

 Image:Riechschleimhaut.svg|Neuroni mirisnih receptora


## Reference

## Vanjske veze

* Dijagram mirisnog epitela
Kanalni rodopsini

**Kanalni rodopsini** su potfamilija opsinskih proteina koji funkcionišu kao svetlošću-kontrolisani jonski kanali. Oni služe kao senzorni fotoreceptori kod unicelularnih zelenih algi, koji kontrolišu fototaksu, i.e. kretanje u responsu na svetlost. Kad su izraženi u ćelijama drugih organizama, oni omogućavaju korišćenje svetlosti za kontrolu intracelularne kiselosti, priliva kalcijuma, električne pobudljivosti, i drugih ćelijskih procesa. Tri kanalna rodopsina su poznata: kanalni rodopsin-1 (ChR1), kanalni rodopsin-2 (ChR2), i Volvox kanalni rodopsin (VChR1). Svi poznati kanalni rodopsini su nespecifični katjonski kanali, koji provode H<sup>+</sup>, Na<sup>+</sup>, K<sup>+</sup>, i Ca<sup>2+</sup> jone.

## Historija

Džordž Nagel i njegovi saradnici su otkrili 2002. godine da je kanalni rodopsin-1 iz zelene alge *[[Chlamydomonas reinhardtii]]* svetlošću aktivirani jonski kanal. Kanalni rodopsin-2, koji je takođe bio izolovan iz *[[Chlamydomonas reinhardtii]]*, je otkrila Deiserotova grupa 2005. On je ušao u široku upotrebu u neuronauci od tad. U poređenju sa ChR1, dužina provodljivog stanja je dvostruko duža kod ChR2. Posledica toga su duže stacionarne struje, i sporija kinetika.

VChR1, koji ima crveno-pomerenu apsorpcije, je otriven kod multićelijskih algi Volvox.

## Struktura

Strukturno, kanalni rodopsini su retinilidenski proteini. Oni su sedam-transmembranski proteini poput rodopsina, i sadrže svetlošću-izomerizući hromofor sve-*[[Cis-trans izomerizam|trans]]*-retinal (aldehidni derivat vitamina A). Retinalni hromofor je kovalentno za protein putem protonasane Šifove baze. Dok su 7-transmembranski proteini većinom G protein spregnuti receptori koji otvaraju druge jonske kanale indirektno putem sekundarnih glasnika (npr. oni su metabotropni), kanalni rodopsini direktno formiraju jonske kanale (i.e. oni su jonotropni). To omogućava izuzetno brzu i robustanu ćelijsku depolarizaciju, i korisno je za bioinžinjerske i neuronaučne primene, kao što je fotostimulacija.

## Reference

## Literatura

*  
*  

## Vanjske veze
* Deisseroth lab
* Boyden lab
* Optički alati u istraživanju mozga
Analiza sekvenci

**Analiza sekvence** u biologiji podrazumeva izlaganje DNK ili peptidnih sekvenci poravnavanju sekvenci, pretragu baza podataka sekvenci, pretragu za ponovljenim sekvencama, ili primenu drugih bioinformatičkih metoda na računaru.

Od vremena razvoja metoda visokog-protoka proizvodnje gena i proteinskih sekvenci tokom 90-ih godina, stopa dodavanja novih sekvenci u bazama podataka se kontinuirano povećava. Zbirka sekvenci sama po sebi ne uvećava razumevanje biologije organizama. Međutim, poređenje sekvenci koje imaju poznate funkcije sa novim sekvencama je jedan od načina razumevanja biologije organizma iz kojeg dolazi nova sekvenca. Analiza sekvenci se može koristiti za dodelu funkcija gena i proteina putem studija sličnosti između sekvenci. Danas postoje mnogi alati i tehnike koje omogućuju poređenje (poravnanje) sekvenci, kao i za analizu proizvoda poravnavanja u biološkom kontekstu.

## Metodologija

Metodi za poravnavanje sekvenci se dele na metode za poravnavanje parova (poravnavanje dve sekvence), i za višestruko poravnavanje (sa više od dve sekvence). Postoje brojni alati za poravnavanje. Neki od njih su: ClustalW, PROBCONS, MUSCLE, MAFFT, DIALIGN, T-Coffee, POA, i MANGO.
  
Postoji više algoritama za studiranje poravnavanja sekvenci, np.: dinamičko programiranje, Skriveni Markovljev model, Viterbi and Greedy.

## Povezano
* Lista softvera za poravnavanje sekvenci

## Reference

## Literatura
* 
*
Translokacija

Termin **Translokacija** ima više značenja.

* **[[Hromozomske aberacije|Robertsonova translokacija]]** je hromozomska aberacija
* **[[Hromozomska translokacija]]** preraspodela delova između nehomolognih hromozoma.
* **[[Proteinska translokacija]]** je metod kojim ćelija transportuje proteine.
GNAT2

**GNAT2**, *Guanin nukleotid-vezujući protein G(t), alfa-2 podjedinica*, je protein koji je kod ljudi kodiran *GNAT2* genom.

## Reference

## Literatura
Kir Janja (razvrstavanje)

Termin **Kir Janja** ima više značenja.

* **[[Tvrdica (Kir Janja)|Kir Janja]]** je komedija Jovana Sterije Popovića
* njene adaptacije:
** *[[Kir Janja (TV drama, 1963)|Kir Janja]]* je TV-drama iz 1963.
** *[[Kir Janja (TV drama, 1981)|Kir Janja]]* je TV-drama režisera Dejana Mijača iz 1981.
* *[[Kir Janja (pozorišna predstava)|Kir Janja]]* je pozorišna predstava reditelja Egona Savina.
Šesto čulo

Termin **Šesto čulo** ima više značenja:

* **[[Ekstrasenzorska percepcija]]** se može nazvati šestim čulom.
* **[[Šesto čulo (TV serija)]]** je TV serija režisera Tihomira Arsića.
* **[[Šesto čulo (film)]]** je film režisera Em Najta Šamalana iz 1999.
PDB

__NOTC__
Termin **PDB** ima više značenja.

* **[[Proteinska banka podataka|PDB]]** je Proteinska banka podataka.
* **[[Proteinska banka podataka (fajl format)|.pdb]]** je format fajla.
CGMP

__NOTC__
Termin **CGMP** ima više značenja.

* **[[Ciklični guanozin monofosfat|cGMP]]** je ciklični guanozin monofosfat.
* **[[Kazeino-glikomakropeptid|CGMP]]** () je kazeino-glikomakropeptid.
TMP

__NOTC__
Termin **TMP** ima više značenja.

* **[[Timidin-monofosfat|TMP]]** je nukletid timidin monofosfat.
* **[[Trimetil fosfat|TMP]]** je rastvarač trimetil fosfat.
* **[[Trimetilolpropan|TMP]]** je prekusor polimera trimetilolpropan,
* **[[Trimetoprim|TMP]]** je antibiotik trimetoprim.
* **[[2,2,6,6-Tetrametilpiperidin|TMP]]** je reagens 2,2,6,6-tetrametilpiperidin.
PDC

__NOTC__
Termin **PDC** ima više značenja.

* **[[Fosducin|PDC]]** je ljudski protein fosducin.
* **[[Piruvat dekarboksilaza|PDC]]** je piruvat dekarboksilaza, homotetramerni enzim koji katalizuje dekarboksilaciju piruvinske kiseline u acetaldehid i ugljen dioksid.
GEP

__NOTC__
Termin **GEP** ima više značenja.

* **[[GNA12|GEP]]** je guanin nukleotid-vezujući protein alfa 12.
* **[[Programiranje ekspresije gena|GEP]]**, ili programiranje ekspresije gena (), je evolucijski algoritam.
Fosducin

**Fosducin**, takođe poznat kao **PDC**, je ljudski protein i gen. On pripada fosducin familiji of proteina.

## Reference

## Literatura

## Povezano
* Fosdukinska familija
CDP

__NOTC__
Termin **CDP** ima više značenja.

* CDP (Internet protokol) () je protokol u mrežnim komunikacijama.
* Citidin-difosfat je nukletid citidin difosfat.
* Popisno designirano mesto
HUGO

__NOTC__
Termin **HUGO** ima više značenja.

* **[[Organizacija za ljudski genom|HUGO]]** () je naziv za Organizacije za ljudski genom.
* **[[Hugo (programski jezik)]]** 

## Mesta
* '''Hugo''', Alabama
* '''Hugo''', Kolorado
* '''Hugo''', Minesota
* '''Hugo''', Oklahoma
* '''Hugo''', Oregon
CTP

__NOTC__
**CTP** može biti:

* Citidin-trifosfat (*CTP*), citidin trifosfat.
* Centar za teoretsku fiziku (engl. *CTP - Center for Theoretical Physics*), centar za teoretsku fiziku i nuklearna istraživanja na Masačusetskom tehnološkom institutu, privatnom istraživačkom institutu u Kembridžu (Masačusets, SAD).
* Cikloheksiltioftalimid, organosumporno jedinjenje koje se koristi u proizvodnji gume
CAF

__NOTC__
**CAF** može biti:

* Centralnoafrička Republika (*CAF*), skraćenica Centralnoafričke Republike.
* Kalcijum-fluorid (*CaF*), hemijska formula kalcijum-fluorida. 
* Ciklofosfamid (*CAF*, engl. *cyclophosphamide*), azotni iperit tj. alkilirajući lek iz grupe citostatika. 
* Konfederacija afričkog fudbala (*CAF*), skraćenica afričke fudbalske konfederacije
Globin

**Globini** su familija proteina za koju se smatra da imaju zajedničkog prethodnika. Proteini iz ove familije sadrže globinsko presavijanje, seriju od osam alfa heliksnih segmentata. Dva prominentna člana ove familije su Mioglobin i Hemoglobin. Ova dva proteina sadrže Hem prostetičku groupu, putem koje oni reverzibilno vezuju kiseonik.

## Povezano
* Globularni protein
* Globinski sklop
* Hemoglobin
* Mioglobin
* Hem

## Reference
CAC

__NOTC__
Termin **CAC** ima više značenja.

* **[[Ciklus limunske kiseline|CAC]]**, ili Ciklus limunske kiseline (), je serija biohemijskih reakcija velike važnosti u živim ćelijama.
* **[[Kalcijum-karbid‎‎|CaC<sub>2</sub>]]** je hemijsko jedinjenje.
* **[[Genetički kod]]** za histidin
OMP

__NOTC__
Termin **OMP** ima više značenja.

* **[[Orotidin 5'-monofosfat|OMP]]** je orotidin 5'-monofosfat.
* **[[Osteoblastni mlečni protein|OMP]]** osteoblastni mlečni protein, mlečni aditiv.
CMP

__NOTC__
Termin **CMP** ima više značenja.

* **[[Citidin-monofosfat|CMP]]** je citidin monofosfat.
* **[[cmp (Juniks)|cmp]]** je Juniks komanda za bajt-upoređivanje dva fajla.
ADD

__NOTC__
Termin **ADD** ima više značenja.

* **[[Hiperkinetički poremećaj|ADD]]**, ili Hiperkinetički poremećaj (), je nemogućnost koncentracije, hiperaktivnost i nepredvidljivo ponašanje koje se pojavljuje kod mladića i devojaka tokom puberteta
* **[[Velika dodatna dimenzija|ADD model]]** je hipoteza u fizici koja objašnjava slabost gravitacije u odnosu na druge sile.
Or

__NOTC__
Termin **Or** ima više značenja.

* **[[Oregon|Or]]** je oznaka za Oregon, SAD.
* **[[Or (Ardeni)|Or]]** () je naseljeno mesto u Francuskoj u regionu Šampanja-Ardeni, u departmanu Ardeni.
* **[[ILI vrata|Or vrata]]** (*ILI* kolo) su ditalna logička vrata.
AND

__NOTC__
Termin **AND** ima više značenja.

*  **[[Andora|AND]]** je kod za Andoru.
* **[[Andromeda (sazvežđe)|AND]]**, Andromeda, je sazvežđe severnog neba koje se nalazi nedaleko od Pegaza.
* **[[I vrata|AND vrata]]** (I kolo) su ditalna logička vrata.
CFS

Akronim **CFS** ima više značenja:

* **[[Hronični sindrom zamora]]**,  - CFS, je psihički poremećaj koji karakterišu prolongirana letargija, niska energija, nesanica i apatija
* **[[Kubna stopa po sekundi]]**,  - CFS, je jedinica brzine protoka.
Integracija

**Integracija** se može odnositi na:

### U sociologiji i ekonomiji
* Rasna integracija je akt ukidanja segregacije,
* Ekonomska integracija je vid privrednog sjedinjavanja,

### U matematici
* Integracija u matematici je postupak nalaženja integrala,
* Neodređena integracija u matematici se odnosi na antidiferencijaciju,
* Vremenska serija može biti integrisana, kao npr. autoregresivni integrisani pokretni prosek.

### U računarstvu
* Integrisano kolo je složeno električno kolo sastavljeno iz mnoštva elemenata (uglavnom tranzistora),
* Sistemska integracija je proces kojim se male softverske komponente zduržuju u veći program,
* Digitalna integracija u računarstvu omogućava podacima sa jednog uređaja ili program da budu pročitani i manipulisani drugim uređajima/programima. 

### U biologiji
* Pre-integracioni kompleks, ili *retroviralna integracija*.
Sise (razvrstavanje)

Termin Sise ima više značenja.
* Sise () je naselje i opština u zapadnoj Francuskoj u regionu Poatu-Šarant, u departmanu Vijena koja pripada prefekturi Poatje.
* SISe, ili hemokin (C-C motiv) ligand 1 (CCL1), je mali glikoprotein koji izlučuju aktivirane T ćelije.
Ligacija

**Ligacija** se može odnositi na:

* Ligacija (biologija), u molekularnoj biologiji, kovalentno dva kraja DNK molekula koristeći DNK ligaze
* Ligacija (medicina), u medicini, pravljenje ligatura
* Hemijska ligacija, proizvodnja peptida iz aminokiselina
* Tubalna ligacija, metod sterilizacije žena
Salata (razvrstavanje)

**Salata** se može odnositi na:
* Salata, jelo
* Zelena salata, jednogodišnja zelena biljka koja se uzgaja za ishranu.
* Taramo salata, grčko i tursko predjelo koje se priprema posoljene ikre bakalara, šarana ili drugih morskih ili rečnih riba, pomešane sa prezlama ili pire krompirom, sa dodatkom limuna, sirćeta i maslinovog ulja.
* Šopska salata, tradicionalno jelo balkanske (ponajviše srpske, bugarske, makedonske i češke) kuhinje.
Jonesova oksidacija

**Jonesova oksidacija**, je hemijska reakcija opisana kao oksidacija hromnom kiselinom primarnih i sekundarnih alkohola u karboksilne kiseline i ketone, respektivno. Jonesov reagens - rastvor hrom trioksida u koncentrovanoj sumpornoj kiselini – se koristi kao oksidaciono sredstvo.

Jonesov reagens takođe kompletno oksiduje aldehide u karboksilne kiseline. 

Rastvarač aceton ima primetnog uticaja na osobine hromne kiseline. Oksidacija je veoma brza, egzotermna, i prinosi su tipično visoki. Ovaj reagens retko oksiduje nezasićene veze.

Hromijum ostatak je veoma toksičan, i mora se obratiti pažnja da je uklonjen na korektan način.

## Reference

## Literatura

* 
*
Internacionalna federacija za multiplu sklerozu

**Internacionalna federacija za multiplu sklerozu (MSIF)** je osnovana 1967 godine kao međunarodno telo za povezivanje aktivnosti nacionalnih MS udruženja širom sveta.

Federacija globalno funkcioniše u partnerstvu sa učlanjenim udruženjima i internacionalnom naučnom zajednicom sa ciljom eliminacije multiple skleroze i njenih posledica. Ona je globalni zastupnik ljudi koji su ugroženi multiplom sklerozom.

## Ciljevi
MSIF dejstvuje na ostvarenju svojih ciljeva putem davanja fokusa sledećim prioritetima:
* Internacionalno istraživanje
* Razvoj novih i postojećih udruženja
* Razmena informacija
* Javno zastupanje

## Historija
Od osnivanja 1967 godine, MSIF je narasla da poveže rad 43 člana MS društava širom sveta. MSIF je u kontaktu sa mnogim drugim društvima u pomolu sa namerom podrške svih MS društava i njihovog razvoja.

## Aktivnoti
**27. maja [[2009]]** MSIF je organizovala prvi **Svetski dan multiple skleroze**, koji je podržan od strane MS organizacija u najmanje 47 zemalja. Svrha tog dana je uvećanje obaveštenosti o MS kao globalnom problemu, i sakupljanje sredstava za podršku rada globalnog MS pokreta, uključujući MS istraživanje.

## Vidu isto
* Spisak organizacija za multiplu sklerozu‎

## Reference

## Vanjske veze
* MSIF vebsajt
TRANCE (razvrstavanje)

__NOTC__
Termin TRANCE ima više značenja.

* **[[RANKL|TRANCE]]** (TNF-srodni aktivacijom-indukovani citokin), ili **RANKL** (receptorski aktivator za nuklearni faktor κ B ligand), je važan molekul za metabolizam kostiju.
* **[[Trens|Trance]]** ili **Trens muzika** () je vrsta elektronske muzike.
CD (razvrstavanje)

Termin **CD** ima više značenja:
* **[[Kompakt-disk]]**, optički medijum za skladištenje digitalnih podataka
* **[[Klaster diferencijacije]]**, protokol korišćen za identifikaciju i ispitivanje molekula na ćelijskoj površini prisutnih na belim krvnim zrncima
Lista organizacija za multiplu sklerozu

Lista organizacija Multiple Skleroze u različitim zemljama širim sveta

## Međunarodne
* Internacionalna federacija za multiplu sklerozu - Multipla Skleroza Internacionalna Federacija vebsajt

## Afrika
### Egipat
* Egyptian MS Society 
### Južna Afrika
* Multiple Sclerosis South Africa (MSSA)
### Zimbabve
* Multiple Sclerosis Society of Zimbabwe (MSSZ)

## Australija
* Multiple Sclerosis Australia (MSA)
### Novi Zeland
* Multiple Sclerosis Society of New Zealand (MSSNZ)

## Azija
### Indija
* Multiple Sclerosis Society of India (MSSI)
### Iran
* Iranian MS Society (IMSS)
### Izrael
* Israel Multiple Sclerosis Society
### Japan
* Japan Multiple Sclerosis Society (JMSS)
### Kuvajt
* International Consultant Bureau
### Lebanon
* Amis Libanais des Sclérosés En Plaques
### Pakistan
* Multiple Sclerosis Research & Patient Welfare Trust 
### Katar
* Multiple Sclerosis Society Qatar (MSSQ) 
### Saudi Arabija
* Saudi Multiple Sclerosis 
### Južna Koreja
* Korean Multiple Sclerosis Society (KMSS)
### Turska
* Türkiye MS Derneği

## Evropa
* European Multiple Sclerosis Platform
### Francuska
* Nouvelle Association Française des Sclérosés en Plaques 
### Nemačka
* Deutsche Multiple Sklerose Gesellschaft
### Grčka
* Multiple Sclerosis Research Center - BSRC Alexander Fleming
### Irska
* Multiple Sclerosis Society of Ireland
### Italija
* Italian MS society
* Hilarescere Foundation. Research over MS-CCSVI relationship
### Norveška
* Multippel Sclerose Foreningen i Norge
### Španija
* Federación española de esclerosis múltiple
* Asociación española de esclerosis múltiple (Spanish Multiple Sclerosis Association)
### Srbija
* Društvo multiple skleroze Srbije
### Švajcarska
* Schweizerische Multiple Sklerose Gesellschaft
* Venous multiple sclerosis - CCSVI research page 

### Velika Britanija
* Multiple Sclerosis Resource Centre
* Multiple Sclerosis Society - Multiple Sclerosis Society
* Multiple Sclerosis Trust - Multiple Sclerosis Trust
* All About Multiple Sclerosis - Multiple Sclerosis Information Trust
* MS Research Training and Education - MS Research Training and Education
* The National MS Therapy Centres 

## Severna Amerika
### Kanada
* Multiple Sclerosis Society of Canada - Multiple Sclerosis Society of Canada website
* DIRECT-MS - Direct-MS website
### SAD
* Accelerated Cure Project for MS
* Multiple Sclerosis Association of America
* Multiple Sclerosis Foundation
* Multiple Sclerosis Research Center of New York
* Myelin Repair Foundation
* National Multiple Sclerosis Society - National Multiple Sclerosis Society of the United States
* Nancy Davis Foundation for Multiple Sclerosis
* MSSoftServe 
* Tyler Hamilton Foundation  - Dedicated to supporting MS victims

## Južna Amerika
### Argentina
* Asociación de lucha contra la esclerosis múltiple (Multiple Sclerosis Fight association)
### Brazil
* ABEM - Associação Brasileira de Esclerose Múltipla
Taif (razvrstavanje)

**Taif** se može odnositi na više oblasti.
* TAIF je alternativna oznaka za interleukin 32. IL-32 je citokin koji stimuliše ćelije imunskog sistema (kao što su monociti i makrofage) da izlučuju Faktor nekroze tumora-alfa (TNF-α).
* Ta’if (Arapski: الطائف‎) je grad u provinciji Meka u Saudijskoj Arabiji.
Goodman & Gilman

***Goodman & Gilman Farmakološka Baza Terapeutika*** je američki udžbenik farmakologije. Prvi put je objavljen 1941 godine. Jedanaesto izdanje knjige je objavljeno 2006 godine. Ova knjiga ima reputaciju "biblije farmakologije". Nju koriste lekari svih terapeutskih i operacionih specijalnosti, klinički farmakolozi, stručnjaci u kliničkim istraživanjima i farmaceuti.

Ovaj knjiga nosi imena Louis S. Goodman i Alfred Gilman is škole medicine na Jelskom univerzitetu. U desetom izdanju je jedan od autora Alfred G. Gilman, sin Alfreda Gilmana starijeg.

## Reference

## Vanjske veze
Receptor retinoinske kiseline gama

**Receptor retinoinske kiseline gama** (**RAR-gama**), isto poznat kao **NR1B3** (nuklearni receptor potfamilije 1, grupa B, član 3) je nuklearni receptor kodiran genom .

## Interakcije
Pokazano je za receptor retinoinske kiseline gama da može da formnira interakciju sa nuklearnim receptorom korepresorom 1.

## Reference

## Literatura

## Povezano
* Receptor retinoinske kiseline
Receptor retinoinske kiseline beta

**Receptor retinoinske kiseline beta** (**RAR-beta**), also known as **NR1B2** (nuclear receptor subfamily 1, group B, member 2) is a nuclear receptor encoded by the  gene.

## Interakcije
Pokazano je da receptor retinoinske kiseline beta ima interakciju sa nuklearni receptor srodnim 1 proteinom.

## Reference

## Literatura

## Povezano
* Receptor retinoinske kiseline
GROMACS

__NOTC__

**GROMACS** (skraćeno od **GROningen MAchine for Chemical Simulations** — *Groningen mašina za hemijske simulacije*) je molekulsko dinamički simulacioni paket originalno razvijen na Groningenskom univerzitetu. On se u današnj vreme održava i proširuje i na drugim mestima, uključujući Upsalski univerzitet, Stokholmski univerzitet i Maks Plank institut za istraživanje polimera. GROMACS je softver otvorenog koda pod GNU generalnom javnom licencom

## Historija

GROMACS projekat je originalno započet da bi se konstruisao namenski paralelni računarski sistem za molekularne simulacije, koji jbe baziran na prsten strukturi. Izvorni kod specifičan za molekularnu dinamiku je prerađen u C programskom jeziku iz Fortran77-baziranog programa GROMOS, koji je razvila ista grupa.

## Osobine

Program je napisan za Juniks operativne sisteme, ali se on može koristiti na Majkrosoft vindouz mašinama koristeći Cigvin () Juniks sloj. Program može izvršavati na paralelnim mrežama računara koristeći MPI interfejs predavanja poruka.

GROMACS sadrži skript za konvertovanje molekulskih koordinata iz PDB fajla u formate koje program interno koristi. Nakon što je konfiguracioni fajl za simulaciju nekoliko molekula (po mogućnosti uključujući rastvarač) kreiran, izvršavane simulacija (što je vremenski konzumirajući proces) proizvodi fajl trajektorije koji opisuje kretanje atoma u toku vremena. Taj trajektorijski fajl se može analizirati ili prikazati brojnim alatima.

Mnogi specifični elementi su dodati u toku tranzicije GROMOS-a u GROMACS. Najznačajniji među njima su:
* Računanje viriala u jednoj, umesto dve sume preko čestica;
* Generička reprezentacija svih mogućih tipova periodičnih kutija;
* Optimizovano rukovanje listom suseda putem smeštanja translacionih vektora ka najbližim susedima u periodičnom sistemu;
* Specijalizovane rutine za računanje inverznog kvadratnog korena;
* Korišćenje kubne splajn interpolacije iz tabeliranih vrednosti za evoluiranje sile/energije;
* Brza na-rešetki-zasnovana pretraga suseda
* Upotreba multimedijskih (3DNow! i SE) instrukcija na Pentium (III i viši), Athlon, Duron procesorima.

Visoko optimizovani kod čini GROMACS jednim of najbržih programa za molekulske simulacije. Dodatno, podrška za različita polja sila daje GROMACS-u veliku fleksibilnost.

## Upotreba

* GROMACS je u znatnoj upotrebi u distribuiranom računarskom projektu Folding@Home, gde je on korišćen ekstenzivno u simulacijama proteinskog uvijanja. (Toj verziji programa je dodeljena non-GPL licenca).
* EvoGrid je distribuirani računarski projekat sa fokusom na evoluciju veštačkog života, isto tako koristi GROMACS.

## Povezano

## Reference

## Vanjske veze

* GROMACS vebsajt
* GROMACS viki 
* GROMACS na GPU
Charm++

__NOTC__
**Charm++** je paralelni objektno-orijentisani programski jezik baziran na C++ jeziku i razvijen u Paralelnoj Programskog Laboratoriji na Univerzitetu Ilinoja. Charm++ je dizajniran sa ciljem povećanja programerske produktivnosti, putem omogućavanja visokog nivoa apstrakcije paralelnog programiranja, dok u isto vreme isporučuje efikasno izvršavanje na širokom krugu hardverskih platformi. Programi napisani u Charm++ se razlažu u više objekata, poslužitelja (), koji kooperiraju putem poruka. Kad je metod jednog objekta pozvan, Charm++ prometni sistem pošalje poruku pozvanom objektu, koji se može nalaziti na lokalnom ili na udaljenom procesoru. Poruka uzrokuje izvršavanje koda objekta na poslužitelju u asinhronom modu.

Poslužitelji se mogu organizovati u uređene kolekcije zvane *nizovi poslužitelja*. Poruke se mogu poslati pojedinim poslužiteljima u nizu, ili celom nizu simultano. Poslužitelji programa su alocirani na fizičke procesore jednim adaptivnim izvršnim sistemom. Mapiranje poslužitelja na procesore je transparentno za programera, i to je ta transparentnost da dozvoljava izvršnom sistemu da dinamički menja asocijacije poslužitelja i procesora u toku egzekucije programa. Na taj način se ostvaruje balansiranje opterećenja, tolerancija greški, i automatska provera. To isto tako daje paralelnom programu mogućnost smanjenja i uvećanja broja korišćenih procesora.

Molekularno dinamički simulacioni paket NAMD je implementiran koristeći Charm++.

**Adaptivni MPI (AMPI)** je implementacija Interfejs predavanja poruka standarda preko Charm++ izvršnog sistema. To daje Charm++ sistemu tradicionalni MPI programski model. AMPI stavlja svaki MPI proces unutar pokretne niti sa korisnički-nivoom koja je implementirana kao Charm++ objekt. Usađivanjem svake niti sa poslužiteljom, AMPI programi mogu automatski da iskoriste osobine Charm++ izvršnog sistema sa malo ili bez promena na potpornom MPI programu.

## Povezano
* NAMD
* ChaNGa
* OpenAtom

## Reference

## Literatura

* Charm Paralelni Programski Jezik i Sistem: Deo I – Opis osobina jezika , pdf fajl
* Charm Paralelni Programski Jezik i Sistem: Deo II – Izvršni sistem , pdf fajl

## Vanjske veze
* Paralelni Programska Laboratorija (PPL) na UIUC 
* AMPI
Vizuelna molekulska dinamika

**Vizuelna molekulska dinamika** (VMD) je računarski program za molekulsko modelovanje i vizuelizaciju. VMD je prvenstveno razvijen kao alat za prikazivanje i analiziranje rezultata molekulsko dinamičkih simulacija. On isto sadrži oruđa za rad sa volumetrijskim podacima, sekvencama, i proizvoljnim geometrijskim objektima. Molekulske scene se mogu eksportovati za upotrebu u drugim softverskim paketima kao što su POV-Ray, Renderman, Tachyon, VRML, i mnogim drugima. Korisnici mogu da izvršavaju njihove sopstvene Tcl- i Pajton skriptove u VMDu, pošto on sadrži Tcl i Pajton interpretatore. VMD, zajedno sa izvornim kodom, je slobodno dostupan, ali je pod licencom besplatnog softvera.

## Historija

VMD su razvile grupa za Teoretsku i računsku biofiziku (TCB) na Univerzitetu Ilinoja i Bekman institut. Originalnu verziju, koja se zvala *VRChem*, su razvili M. Krogh, W. Humphrey i R. Kufrin 1992. Inicijalnu verziju VMDa su napisali Andrew Dalke, Jeff Ulrich, i Vilijam Hamfri, i ona se pojavila 1995. Rane VMD verzije su razvijene za Silikon Grafiks radne stanice, i mogle su isto tako koristiti na  -CAVE mašinama. Nakon što su originalni programeri otišli da rade na drugim projektima, Sergej Izrailev je preuzeo održavanje programa sve do 1998. Te godine je John Stone postao glavni VMD programer. On je portirao VMD na mnoge druge vrste Juniksa, i uveo punu podršku za OpenGL grafiku. Prva VMD verzija za Majkrosoft vindouz platformu se pojavila u 1999. U 2001., Justin Gullingsrud, Paul Grayson, i John Stone su dodali podršku za povratno spregnute () uređaje, i razvili su interfejs između VMD i NAMD za podršku interaktivnih molekularno dinamičkih simulacija. U toku daljeg razvoja oni su potpuno zamenili grafički korisnički interfejs, dodali podršku za displej i obradu volumetrijskih podataka, i počeli da upotrebljavaju OpenGL šejding jezik ().

## Inter-procesna komunikacija
VMD može da komunicira sa drugim programima kroz TCL/TK.
* proteinska platforma STRAP

## Napomena
Da bi VMD mogao da funkcioniše csh ljuska mora biti instalirana.

## Reference

## Povezano

## Vanjske veze
* VMD
* VMD na GPUevima
NAMD

__NOTC__
**NAMD** (**NA**noskalna **M**olekulska **D**inamika) je besplatan molekularno dinamički simulacioni paket koji je napisan koristeći Charm++ paralelni programski model. On je poznat po svojoj efikasnosti paralelizacije i često je korišćen u simulacijama velikih sistema koji sadrže milione atoma. Ovaj program je razvijen kroz kolaboraciju grupe za Teoretsku i Računsku Biofiziku i laboratorije za paralelno programiranje na Univerzitetu Ilinoja u Urbana-Champaignu.

Nelson *et al.* su predstavili ovaj program 1995. godine kao paralelni molekularno dinamčki kod, koji omogućava interaktivne simulacije kroz povezivanje sa kodom za vizuelizaciju (VMD). NAMD se od tada razvio uvođenjem mnogih dodatnih svojstava i proširenjem CPU skale da obuhvati hiljade procesora.

## Povezano
* CHARMM
* GROMACS
* Grace (alat za prikazivanje diagrama)
* VMD
* Charm++
* MDynaMix
* Yasara
* BOSS

## Reference
* Fleksibilnost i Interoperativnost u Paralelnom Molekulsko Dinamičkom kodu, postskript fail
* [NAMD Paralelni [Objektno-Orjentisani] Molekulsko Dinamički Program], pdf fail

## Vanjske veze
* NAMD strana na TCB web saitu
* NAMD strana na PPL web saitu 
* [NAMD on [GPU]-ima]