SARS-CoV-2 Omikron-varianten

** SARS-CoV-2 Omikron-varianten** (også kjent som **[[PANGO Lineage|lineage]] B.1.1.529**, GISAID-identifikator **GR/484A**, og Nextstrain-identifikator **21K**) er en av variantene av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19. Den ble rapportert av Verdens Helseorganisasjon (WHO) fra Sør-Afrika den 24. november 2021.
## Navngivning
Den 26. november 2021 designerte WHOs *Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution* B.1.1.529 som en Variant of Concern og WHO gav det navnet Omikron.

::::*Man hoppet over den greske bokstaven *Ny*, likeledes ble *Ksi* (Xi) hoppet over, uten at noen ny variant ble assignert til disse bokstavene. Den greske bokstaven *'O**/**o** transkriberes, uttales og ser ut som det latinske alfabetets ''O''; gresk **Ν**/**ν** transkriberes enten ''ny'' eller ''nu'', gresk **Ξ**/**ξ** transkriberes enten ''ksi'' eller ''xi'' - det siste slik den kinesiske president'' [[Xi Jinping|习近平 - ''Xi Jinping'']]s ''slektsnavn romaniseres i ''[[pinyin]]''-systemet.''

== Historie og spredning ==
Det første kjente speciment ble hentet inn den 9. november 2021 fra [[Botswana]]. Den ble også oppdaget i [[Sør-Afrika]]; ett tilfelle hadde reist til [[Hongkong]], ett bekreftet tilfelle var identifisert i [[Israel]] hos en reisende som var returnert fra [[Malawi]], sammen med to som hadde returnert fra Sør-Afrika og én fra [[Madagaskar]]. Et bekreftet tilfelle i [[Belgia]] syntes på ha blitt smittet i [[Egypt]] før den 11. november. Innen 3 uker var viruset oppdaget i 87 land. 

Flere land innførte innreiseforbud for ankommende fra det sørlige Afrika: Dette er blitt gjort av [[Japan]], [[Den europeiske union]], [[Israel]], [[Storbritannia]], og [[USA]].

Omikron spredte seg også blant vaksinerte, og i [[Storbritannia]] var det effektive [[Reproduksjonstall|reproduksjonstallet]] for omikron-varianten 3,47 tidlig i desember, mens delta-varianten hadde mindre enn 1.  I [[Sør-Afrika]] var det effektive reproduksjonstallet nasjonalt 2,55 mens det i Guateng-regionen var over 3. Omikron variantens evne til å smitte vaksinerte eller tidligere smittede med andre varianter har ført til rask spredning også grupper med høy immunitet mot de tidligere variantene. 

Et spørsmål som er vel så viktig som geografien, er hvordan omikron kan ha oppstått. En artikkel publisert i desember 2021 i ''Science'' observerte at omikron ikke utviklet seg fra noen av de andre notable covid-varianter per 2021, men fra et egen «løype» som skilte seg ut fra hovedfeltet en gang i midten av år 2020. Dette er senere blitt generelt akseptert; men hvordan det kunne være mulig at en slik egen utviklingslinje kunne ha gått ubemerket til inn i november 2021, var uklart. Det ble i ''Science'' drøftet tre muligheter:

# Viruset kan ha sirkulert og utviklet seg i en befolkning som var lite påaktet - kanskje også isolert boende - og med lite sekvensering av smittefunn.
# Viruset kan ha utviklet seg over lang tid i en enkeltperson, som en pasient med kronisk covid-19, og eventuelt med andre sykdommer.
# Viruset kan ha utviklet seg i ikke-menneskelige arter, og så til slutt atter funnet veien tilbake til mennesker. Denne siste hypotesen fant noe støtte ved en forskningsrapport (pre-print-publisert) av 24. desember 2021 som ut fra analyser pekte på mus.

Alle disse tre hypoteser har til felles at de ikke dermed bygger opp om det dreier seg om den forventede gradvise svekking av et virus' farlighetsgrad over tid - som gjest fra fortiden er den ikke en utvikling fra virusene fra den mer umiddelbare fortid.

== Mutasjoner og epidemiologi ==
Varianten har et høyt antall mutasjoner, hvorav noen vekker særlig bekymring. Antallet funn i lineage B.1.1.529 er stigende i deler av Sør-Afrika, for det meste i provinsen [[Gauteng]]. Noen observasjoner viser at denne varianten innebærer en høyere risiko for reinfeksjon. Studier er under utarbeidelse for å evaluere mer presist hvordan viruset befinner seg med hensyn til smittsomhet, mortalitet og annet. Gransking pågår, også om vaksinenes effektivitet overfor varianten.

Tidlige undersøkelser tyder på at virusvarianten har forhøyet risiko for reinfeksjon, som vil si at tidligere koronasmittede kan bli smittet på nytt.

Varianten karakteriseres av 30 [[aminosyre]]<nowiki/>endringer, tre små [[delesjon]]er og én liten [[innsetting]] i [[piggprotein]]et sammenlignet med det opprinnelige viruset, hvorav 15 er å finne i det reseptorbindende domene (''residues'' 319-541). Det er også en rekke endringer og delesoner i andre [[genom]]<nowiki/>iske regioner. Varianten har tre mutasjoner i [[furin]]<nowiki/>spaltestedet (''furin cleavage site''). Furinspaltestedet forøker SARS-CoV-2-virusets infektivitet (smitteevne). Organisert etter genomisk region er mutasjonene de følgende:
* [[Piggprotein]]: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, [[Mutasjon N501Y|N501Y]], Y505H, T547K, [[Mutasjon D614G|D614G]], H655Y, N679K, [[Mutasjon P681H|P681H]], N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
* [[ORF1ab]]
** nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
** nsp4: T492I
** nsp5: P132H
** nsp6: Δ105-107, A189V
** nsp12: P323L
** nsp14: I42V
* ''[[Coronavirus envelope protein|Envelope protein]]'': T9I
* ''[[Membranproteiner|Membrane protein]]'': D3G, Q19E, A63T
* ''[[Coronavirus nucleocapsid protein|Nucleocapsid protein]]'': P13L, Δ31-33, R203K, G204R
===Subvarianter 2021–2024===
På tampen av i 2021 fremstod det flere subvarianter av omikron som - trass omtrent uendet sykdomsforløpsprognose for de smittede - var bekymringsverdige fordi de spredte seg lettere (var mer smittsomme) og kunne i større grad omgå menneskers immunforsvar, også fullvaksinertes eller tidligere smittedes. Dersom tiden siden siste vaksinering var lang, steg risikoen.

**BA.4 og BA.5** - Tidlig i mai 2022 tilkom varsko om omikronvariantene BA.4 og BA.5, som ble identifisert i Sør-Afrika, et av de få land som fortsatt sekvenserte store antall positive covid-19-tester. Siste på listen er Omicron-undervariantene BA.4 og BA.5, som nylig ble identifisert i Sør-Afrika, et av få land som fortsatt sekvenserer et stort antall covid-19-tester. Sør-Afrika hadde sett en rask økning i positive tester for covid-19, og myndighetene mente at BA.4 og BA.5 var ansvarlige. ''National Institute of Clinical Diseases'' i Sør-Afrika rapporterte at BA.4 og BA.5 var ''«Omikron-virus med en ny kombinasjon av mutasjoner.»'' Forskere i landet oppdaget BA.4 første gang 10. januar 2022, og den har siden spredt seg over hele Sør-Afrika, og utgjorde i mai nå 35&nbsp;% av de positive testene. omikron subvariant BA.5 ble identifisert 25. februar, og utgjorde i mai 20&nbsp;% av tilfellene i flere sørafrikanske regioner.

Begge undervariantene ligner på omikron BA.2, som siden senhøstes 2021 var blitt dominerende i Storbritannia, det kontinentale Europa og i USA. BA.3 har hatt sin styrke i Østasia.

Omikron-subvariantene BA.4 og BA.5 har identiske mutasjoner på piggproteinet – den delen av viruset som fester seg til reseptorer på menneskeceller – som skiller dem fra BA.2. Hver subvariant har sine egne forskjellige mutasjoner i andre områder av viruset. BA.4 ble erklært som en [[Variant of Concern]] i Storbritannia, og i midten av mai ble det funnet tilfeller i Vietnam og ved innreisetesting på Filippinene. 

BA.5 var dominant i [[Portugal]] per 25. mai, der to tredeler av alle nye tilfeller var av den subvarianten. Den 24. juni var BA.4 og BA.5 sammen blitt dominante subvarianter i Storbritannia og Tyskland. De samme to ble funnet å være dominante i USA per 28. juni. I slutten av juni stod BA.5 i [[Frankrike]] med 59% av nye tilfeller.

BA.5-varianten av omikron ble av [[FHI]] den 29. juni erklært å være klart dominerende i Norge, og at den da drev økningen i epidemien. Antallet innleggelser økte, skrev FHI, men det var foreløpig ingen tydelig økning i innleggelser på intensivavdeling.

I september 2022 var 95% av alle korona-smittede i Norge smittet av Omikron BA.5 viruset.

**BA.2.75.2** ble oppdaget i oktober 2022 i Stockholm. Antistoffer er bare en sjettedel så effektive mot denne undervarianten, sammenlignet med BA.5. Denne varianten er også mer motstandsdyktig mot flere antivirale legemidler som brukes for å behandle personer med høy risiko for alvorlig covid-19. 

**EG.5**, også kalt "Eris", ble sommeren 2023 den mest dominerende undervarianten av Omikron. **XBB.1.5** varianten, kalt Kraken, var en variant man var overvåket i begynnelsen av 2023, og EG.5 er en underart av XBB.1.9.2. om ligner XBB.1.5 og har en ekstra F456L aminosyre som gjør den enda mer smittsom men ikke mer farlig ut over at flere blir syke. 

**BA 2.86** ble oppdaget i Danmark i juli 2023. Den har over 35 endringer i forhold til XBB1.5 og kan smitte de som tidligere har hatt andre varianter. Fordi en så stor del av befolkningen i 2023 hadde antistoffer ventet man ikke mange sykehusinnleggelser som følge av varianten. 

**JN.1''' ble funnet i USA i september 2023, og skilte seg fra BA.2.86 ved å omgå immunsystemet enda bedre. I januar 2024 stod JN.1 for 85% av smitten i USA.  KP.2, en variant innen JN.1-familien overtok som dominant variant i mai 2024. KP.2 og JN.1.7 antas å uavhengig ha fått samme type mutasjon, og posisjonen på mutasjonene i pigg-proteinet har gitt variantene kallenavnet FLiRT. WHO baserer sin oppdaterte Covid-19 vaksine på JN.1 familien av Omikron. JN.1 gjør ikke folk mer syke enn andre versjoner av Omikron. I desember 2023, mens JN.1 var dominant, døde 5,7% av de som ble innlagt på sykehus med Covid-19. Viruset var da 60% mer dødelig enn sesong-influensa, vesentlig lavere enn det første året med Covid-19.

## Risikofaktorer
FHI publiserte i mai 2022 "Covid-19: Omikron-variant og risikofaktorer for alvorlig sykdom – hurtigoversikt". Den sier at:

Etter omikron-smitte har uvaksinerte førstegangssmittede høyere risiko for alvorlig sykdom enn vaksinerte. Risiko for alvorlig sykdom ser ut til å avhenge av kjønn, alder og antall tilleggssykdommer (komorbiditet). Uvaksinerte menn i aldersgruppen 40-64 år med to eller flere tilleggssykdommer har ca. 12 prosent risiko for alvorlig sykdom.

Etter omikron-smitte er risiko for alvorlig covid-19 blant vaksinerte som er yngre enn 65 år lav for begge kjønn, selv for personer med tilleggssykdommer.

Etter omikron-smitte er risiko for alvorlig covid-19 forhøyet blant vaksinerte som er 65 år og eldre som også har èn eller flere tilleggssykdommer.

## Prevensjon
WHO anbefalte at folk burde fortsette med å lufte godt i trange rom, unngå sammenstimlinger og tett kontakt, bære masker som passer godt, vaske hendene hyppig, og la seg vaksinere.

## Referanser