Sejarah Indonesia

**Sejarah Indonesia** merangkumi sebuah tempoh yang amat panjang yang bermula sejak dari zaman prasejarah lagi oleh "Manusia Jawa" pada sekitar 500,000 tahun dahulu. Tempoh dalam sejarah Indonesia dapat dibahagikan kepada lima era: 
# Era sebelum penjajahan, dengan munculnya kerajaan-kerajaan Hindu-Buddha serta Islam di Jawa dan Sumatera yang terutamanya mengukuhkan perdagangan;
# Era penjajahan, dengan masuknya orang-orang Eropah (terutamanya Belanda) yang menginginkan rempah-rempah dan mengakibatkan Indonesia dijajah oleh Belanda selama sekitar 350 tahun antara awal abad ke-17 hingga pertengahan abad ke-20;
# Era kemerdekaan, selepas Pengisytiharan Kemerdekaan Republik Indonesia (1945) sehingga jatuhnya Sukarno (1966);
# Era Orde Baru di bawah pemerintahan Suharto selama 32 tahun (1966–1998); dan
# Era reformasi yang berlangsung sehingga sekarang.

## Prasejarah

Secara geologi, wilayah Indonesia moden muncul kira-kira sekitar Zaman Pleistocene ketika wilayah itu masih berhubung dengan Asia Daratan. Pemukim pertama wilayah tersebut yang diketahui adalah manusia Jawa pada masa sekitar 500,000 tahun yang lalu. Kepulauan Indonesia seperti yang ada saat ini terbentuk pada saat melelehnya ais setelah berakhirnya Zaman Ais.

## Era sebelum penjajahan
### Sejarah awal
Para cendekiawan India telah menulis tentang Dwipantara atau Kerajaan Jawa Dwipa Hindu di pulau Jawa dan Sumatera pada sekitar 200 SM. Kerajaan Taruma menguasai Jawa Barat pada sekitar tahun 400, dengan agama Buddha tiba di wilayah tersebut pada tahun 425.

Pada Zaman Pembaharuan Eropah, Jawa dan Sumatera telah mempunyai warisan peradaban yang berusia ribuan tahun dan sepanjang dua buah kerajaan besar.

:*Lihat juga: [[Sejarah Nusantara]].*

### Kerajaan Hindu-Buddha

Berawal dari abad ke-4 di Kerajaan Kutai tepatnya di Kalimantan Timur merupakan Kerajaan Hindu pertama di Nusantara. kemudian perkembangan berlanjut antara abad ke-7 hingga abad ke-14, kerajaan Buddhisme Sriwijaya berkembang pesat di Sumatera. I Ching, penjelajah China, mengunjungi ibu kotanya di Palembang pada sekitar tahun 670. Pada puncak kejayaannya, Sriwijaya menguasai daerah sejauh Jawa Barat dan Semenanjung Tanah Melayu. Abad ke-14 juga memperlihatkan kebangkitan sebuah kerajaan Hindu di Jawa Timur, Majapahit. Antara tahun 1331 hingga tahun 1364, Gadjah Mada, patih Majapahit, berhasil menguasai wilayah yang kini merupakan sebahagian besarnya Indonesia bersama-sama hampir seluruh Semenanjung Melayu. Warisan dari zaman Gadjah Mada termasuk pengekodan undang-undang dan kebudayaan Jawa, seperti yang terlihat dalam roman kesateriaan *[[Ramayana]]*.

### Kerajaan Islam

Islam tiba di Indonesia pada sekitar abad ke-12 dan melalui bercampur bebas, menggantikan agama Hindu sebagai agama yang terutama pada akhir abad ke-16 di Jawa dan Sumatera; hanya Bali yang tetap mempertahankan majoriti penganut Hindunya. Di kepulauan-kepulauan di timur, paderi-paderi Kristian dan ulamak-ulamak Islam diketahui sudah aktif pada abad ke-16 dan 17 dan pada saat ini, adanya sebahagian yang besar penganut kedua-dua agama ini di kepulauan-kepulauan tersebut. Penyebaran Islam didorong oleh hubungan perdagangan di luar Nusantara; umumnya para pedagang dan ahli kerajaanlah yang pertama menganuti agama baru tersebut. Kerajaan-kerajaan yang penting termasuk Mataram di Jawa Tengah, serta juga Kesultanan Ternate dan Kesultanan Tidore di Maluku di timur.

## Era penjajahan

### Penjajahan Portugis

### Penjajahan Syarikat Hindia Timur Belanda

Mulai tahun 1602, Belanda memanfaatkan diri dengan perpecahan antara kerajaan-kerajaan kecil yang telah menggantikan Majapahit, dan beransur-ansur menjadi penguasa wilayah yang kini merupakan Indonesia. Satu-satunya yang tidak terpengaruh adalah Timor Portugis yang tetap dikuasai oleh Portugal sehingga tahun 1975 ketika ia bergabung dengan Indonesia untuk dijadikan salah sebuah provinsi dengan nama Timor Timur. Belanda menguasai Indonesia selama hampir 350 tahun kecuali dua tempoh yang singkat, yakni ketika sebahagian kecil daripada Indonesia dikuasai oleh Britain selepas Perang Jawa Britain-Belanda, serta semasa penjajahan Jepun pada masa Perang Dunia II. Sewaktu menjajah Indonesia, Belanda mengembangkan Hindia-Belanda menjadi salah satu kuasa penjajah yang terkaya di dunia. Bagi sesetengah orang, penjajahan Belanda selama 350 tahun adalah mitos belaka kerana wilayah Aceh baru ditaklukkan kemudian selepas Belanda mendekati kemuflisan. 

Pada abad ke-17 dan abad ke-18, Hindia-Belanda tidak dikuasai secara langsung oleh pemerintah Belanda namun oleh syarikat  perdagangan yang bernama Syarikat Hindia Timur Belanda (bahasa Belanda: *Verenigde Oostindische Compagnie* atau *VOC* ). VOC telah diberikan hak monopoli terhadap perdagangan dan kegiatan penjajah di wilayah tersebut oleh Parlimen Belanda pada tahun 1602, dengan ibu pejabatnya di Batavia yang kini dinamai Jakarta. 

Tujuan utama Syarikat Hindia Timur Belanda adalah untuk mempertahankan monopolinya terhadap perdagangan rempahnya di Nusantara. Hal ini dilakukan melalui penggunaan ancaman kekerasan terhadap para penduduk di kepulauan-kepulauan penanaman rempah, dan terhadap orang-orang bukan Belanda yang mencuba berdagang dengan para penduduk tersebut. Contohnya, ketika penduduk Kepulauan Banda terus menjual buah pala kepada pedagang Inggeris, angkatan tentera Belanda membunuh atau mengusir hampir seluruh penduduknya, dengan pembantu-pembantu atau budak-budak yang bekerja di perkebunan pala kemudian dihantar untuk tinggal di pulau-pulau tersebut sebagai ganti. 

Syarikat Hindia Timur Belanda menjadi terlibat dalam politik dalaman Jawa pada masa ini, dan bertempur dalam beberapa peperangan yang melibatkan pemimpin Mataram dan Banten.

### Penjajahan Belanda

Selepas Syarikat Hindia Timur Belanda (SHTB) menjadi muflis pada akhir abad ke-18 dan selepas  penguasaan United Kingdom yang singkat di bawah Thomas Stamford Raffles, pemerintah Belanda mengambil alih pemilikan SHTB pada tahun 1816. Belanda berjaya menumpaskan sebuah pemberontakan di Jawa dalam Perang Diponegoro pada tahun 1825-1830. Selepas tahun 1830, sistem tanam paksa yang dikenali sebagai *cultuurstelsel* dalam bahasa Belanda mula diamalkan. Dalam sistem ini, para penduduk dipaksa menanam hasil-hasil perkebunan yang menjadi permintaan pasaran dunia pada saat itu, seperti teh, kopi dan sebagainya. Hasil-hasil tanaman itu kemudian dieksport ke luar negara. Sistem ini memberikan kekayaan yang besar kepada para pelaksananya - baik orang Belanda mahupun orang Indonesia. Sistem tanam paksa ini yang merupakan monopoli pemerintah dihapuskan pada masa yang lebih bebas selepas tahun 1870.

Pada tahun 1901, pihak Belanda mengamalkan apa yang dipanggil mereka sebagai Politik Beretika (bahasa Belanda: *Ethische Politiek*) yang termasuk perbelanjaan yang lebih besar untuk mendidik orang-orang pribumi serta sedikit perubahan politik. Di bawah Gabenor Jeneral J.B. van Heutsz, pemerintah Hindia-Belanda memperpanjang tempoh penjajahan mereka secara langsung di seluruh Hindia-Belanda, dan dengan itu mendirikan asas untuk negara Indonesia pada saat ini.

### Gerakan nasionalisme
Pada tahun 1908, Budi Utomo, gerakan nasionalis yang pertama, ditubuhkan, diikuti pada tahun 1912 oleh gerakan nasionalis besar-besaran yang pertama, Sarekat Islam. Belanda membalas dengan langkah-langkah yang menindas selepas Perang Dunia I. Para pemimpin nasionalis berasal daripada sekumpulan kecil yang terdiri daripada para profesional muda dan pelajar, dengan sebilangan mereka itu dididik di Belanda. Banyak daripada mereka yang dipenjarakan kerana kegiatan politik mereka, termasuk juga Sukarno, presiden Indonesia yang pertama.

### Perang Dunia II
Pada awal Perang Dunia II dalam bulan Mei 1940, Belanda diduduki oleh Nazi Jerman, dan Hindia-Belanda mengumumkan keadaan berjaga-jaga dan persediaan. Pada bulan Julai, Hindia-Belanda mengalihkan eksport untuk Jepun ke Amerika Syarikat dan Britain. Perundingan-perundingan dengan Jepun tentang pembekalan bahan api kapal terbang gagal pada bulan Jun 1941, dan Jepun memulakan penaklukan Asia Tenggara pada bulan Disember tahun tersebut. Pada bulan yang sama, sebuah puak daripada Sumatera menerima bantuan Jepun untuk memulakan pemberontakan terhadap pemerintahan Belanda. Angkatan tentera Belanda yang terakhir dikalahkan oleh Jepun pada bulan Mac 1942.

### Pendudukan Jepun

Pada bulan Julai 1942, Sukarno menerima tawaran Jepun untuk mengadakan kempen awam supaya membentuk pemerintahan yang juga dapat memberikan jawapan kepada keperluan-keperluan tentera Jepun. Sukarno, Mohammad Hatta, dan Ki Bagus Hadikusumo dikurniakan pingat oleh maharaja Jepun pada tahun 1943. Tetapi pengalaman Indonesia daripada penguasaan Jepun amat berbeza-beza, bergantung kepada tempat duduk seseorang serta status sosialnya. Bagi mereka yang tinggal di daerah yang dianggap penting dalam peperangan, mereka mengalami seksaan, penganiayaan seks kanak-kanak, penahanan sembarangan dan hukuman mati, serta kejahatan-kejahatan perang yang lain. Orang Belanda dan orang kacukan Indonesia-Belanda merupakan sasaran yang utama untuk kezaliman pada zaman penguasaan Jepun di Indonesia.

Pada bulan Mac 1945, Jepun membentuk Badan Penyelidik Usaha Persiapan Kemerdekaan (BPUPK). Dalam mesyuarat pertamanya pada bulan Mei, Soepomo mencadangkan persepaduan negara dan membantah individualisme; sementara itu, Muhammad Yamin mengusulkan bahawa negara baru tersebut juga sekaligus menuntut Sarawak, Sabah, Tanah Melayu, Portugis Timur, dan seluruh wilayah Hindia-Belanda sebelum perang.

Pada 9 Ogos 1945, Sukarno, Hatta dan Radjiman Widjodiningrat terbang ke Vietnam untuk bertemu dengan Marsyal Terauchi. Akan tetapi mereka diberitahu bahawa angkatan tentera Jepun sedang menuju ke arah kehancuran. Walaupun demikian, Jepun beringinkan kemerdekaan Indonesia pada 24 Ogos.

## Era kemerdekaan

### Pengisytiharan kemerdekaan

Mendengar khabar bahawa Jepun tidak lagi mempunyai kekuatan untuk membuat keputusan seperti di atas, Sukarno membaca "Perisytiharan Kemerdekaan Republik Indonesia" pada hari berikutnya, iaitu 17 Ogos 1945. Berita tentang perisytiharaan kemerdekaan disebarkan melalui radio dan risalah, sementara angkatan tentera Indonesia, Pasukan Pembela Tanah Air (PETA), serta para pemuda dan lain-lainnya berangkat untuk mempertahankan kediaman Sukarno.

Pada 29 Ogos 1945, kumpulan tersebut melantik Sukarno sebagai Presiden Indonesia, dengan Mohammad Hatta sebagai timbalannya,  melalui perlembagaan yang dirancang beberapa hari sebelumnya. Kemudian dibentuk Jawatankuasa Nasional Indonesia Pusat (KNIP) sebagai parlimen sementara sehingga pilihan raya umum dapat dijalankan. Kumpulan tersebut mengisytiharkan pemerintahan baru pada 31 Ogos, dengan Republik Indonesia terdiri daripada 8 buah provinsi, iaitu: 
* Sumatera
* Kalimantan (tidak termasuk wilayah Sabah, Sarawak, dan Brunei)
* Pulau Jawa, iaitu Jawa Barat Jawa Tengah, dan Jawa Timur
* Sulawesi
* Maluku (termasuk Irian Barat/Papua)
* Nusa Tenggara.

### Perang kemerdekaan

Antara tahun 1945 hingga tahun 1949, persatuan laut Australia yang bersimpati dengan usaha kemerdekaan Indonesia melarang segala pelayaran Belanda pada sepanjang konflik ini agar Belanda tidak mempunyai sebarang dukungan logistik mahupun bekalan yang diperlukan untuk memulihkan kekuasaan penjajahannya di Indonesia. 

Usaha-usaha Belanda untuk kembali berkuasa menghadapi pertentangan yang hebat. Selepas kembali ke Jawa, angkatan tentera Belanda segera merebut kembali ibu kota Batavia, dengan akibat bahawa para nasionalis menjadikan Yogyakarta sebagai ibu negara mereka. Pada 27 Disember  1949, setelah empat tahun peperangan dan perundingan, Ratu Juliana dari Belanda memindahkan kedaulatan kepada pemerintah Persekutuan Indonesia. Pada tahun 1950, Indonesia menjadi ahli ke-60 Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu.

: *Lihat juga [http://countrystudies.us/indonesia/16.htm Revolusi Nasional, 1945-50] untuk keterangan yang lebih lanjut (dalam [[bahasa Inggeris]]).*

### Demokrasi berparlimen
Tidak lama setelah itu, Indonesia meluluskan undang-undang baru yang mencipta sebuah sistem demokrasi berparlimen yang dewan eksekutifnya dipilih oleh parlimen atau MPR dan bertanggungjawab kepadanya. MPR pada mula-mulanya terdiri daripada parti-parti politik sebelum dan selepas pilihan raya umum yang pertama pada tahun 1955 sehingga kerajaan campuran yang stabil tercapai. 

Peranan Islam di Indonesia menjadi perkara yang rumit, dengan Sukarno cenderung memilih sebuah sistem pemerintahan sekular yang berdasarkan Pancasila sementara beberapa kelompok Muslim lebih mengingini negara Islam atau undang-undang yang terdiri sebahagiannya daripada syariat Islam.

### Demokrasi Terpimpin

Pemberontakan di Sumatera, Sulawesi, Jawa Barat dan pulau-pulau yang lain yang dimulakan sejak tahun 1958, ditambah kegagalan MPR untuk mengembangkan sebuah perlembagaan yang baru, melemahkan sistem parlimen Indonesia. Akibatnya pada tahun 1959, ketika Presiden Sukarno pada dirinya sendiri mengembalikan perlembagaan 1945 yang bersifat sementara dan yang memberikan kuasa presiden yang besar kepadanya, beliau tidak menghadapi sebarang pertentangan.

Antara tahun 1959 hingga tahun 1965, Presiden Sukarno memerintah melalui sebuah rejim yang autoritarian di bawah label "Demokrasi Terpimpin". Beliau juga mengejar dasar luar negeri yang berkecuali, suatu langkah yang disokong oleh para pemimpin yang utama di negara-negara bekas jajahan yang juga menolak perikatan yang rasmi dengan Blok Barat mahupun Blok Kesatuan Soviet. Para pemimpin tersebut mengadakan Persidangan Kemuncak Asia-Afrika di Bandung, Jawa Barat pada tahun 1955 untuk mendirikan asas yang kelak menjadi Pergerakan Negara-Negara Berkecuali (NAM).

Pada akhir dekad 1950-an dan awal dekad 1960-an, Sukarno bergerak lebih rapat kepada negara-negara komunis Asia dan kepada Parti Komunis Indonesia (PKI) di dalam negeri. Meskipun PKI merupakan parti komunis yang terbesar di dunia di luar Kesatuan Soviet dan China, orang ramai tidak menunjukkan sokongan kepada ideologi komunis seperti di negara-negara lainnya.

### Konfrontasi Indonesia-Malaysia

Sukarno menentang pembentukan Persekutuan Malaysia kerana mengikut beliau, ini merupakan sebuah "rancangan neo-kolonialisme" yang bertujuan untuk melanjutkan idaman perdagangan pihak Inggeris di wilayah tersebut. Perkara ini kemudian mengakibatkan pertempuran antara Indonesia dengan Malaysia dan United Kingdom.

### Irian Barat
Pada saat kemerdekaan, pemerintah Belanda mempertahankan kekuasaannya  terhadap bahagian barat pulau Nugini (Irian), dan mengizinkan langkah-langkah yang menuju ke arah pemerintahan sendiri serta pengisytiharan kemerdekaan pada 1 Disember 1961.

Perundingan-perundingan dengan Belanda terhadap penggabungan wilayah tersebut dengan Indonesia gagal, dengan pasukan-pasukan askar payung terjun Indonesia mendarat di Irian pada 18 Disember sebelum kemudian terjadi pertempuran antara angkatan-angkatan tentera Indonesia dan Belanda pada tahun 1961 sehingga tahun 1962. Pada tahun 1962, Amerika Syarikat menekan Belanda agar bersetuju dengan perbincangan-perbincangan rahsia dengan Indonesia yang menghasilkan Perjanjian New York pada Ogos 1962, dengan Indonesia mengambil alih kekuasaan terhadap Irian Jaya pada 1 Mei 1963.

### Gerakan 30 September

Sehingga tahun 1965, PKI telah menguasai banyak pertubuhan besar-besaran yang dibentuk oleh Sukarno untuk memperkuat dukungan terhadap rejimnya. Dengan persetujuan daripada Sukarno, pertubuhan-pertubuhan tersebut memulakan kempen untuk membentuk "Angkatan Kelima", dengan para pendukungnya dipersenjatai. Pihak tertinggi dalam angkatan tentera Indonesia menentang perkara ini.

Pada 30 September 1965, enam orang jeneral kanan dan beberapa orang yang lain dibunuh dalam sebuah percubaan rampasan kuasa yang disalahkan kepada para pengawal istana yang taat setia kepada PKI. Panglima Komando Strategi Angkatan Darat saat itu, Mejar Jeneral Suharto, menumpaskan kudeta tersebut dan berbalik melawan PKI. Suharto kemudian mempergunakan keadaan ini untuk mengambil alih kekuasaan. Lebih daripada puluhan ribu orang yang dituduh sebagai komunis kemudian dibunuh. Jumlah korban pada tahun 1966 mencapai setidaknya 500,000, dengan pengorbanan yang paling parah terjadi di Jawa dan Bali.

## Era Orde Baru

Pada tahun 1968, MPR secara rasmi melantik Suharto untuk tempoh lima tahun sebagai presiden Indonesia. Beliau kemudian dilantik kembali secara berturut-turut pada tahun 1973, 1978, 1983, 1988, 1993, dan 1998. 

Presiden Suharto memulakan "Orde Baru" dalam dunia politik Indonesia dan secara dramatik mengubah dasar-dasar luar negeri dan dalam negeri daripada jalan yang diikuti oleh Sukarno pada akhir kepresidenannya. Orde Baru memilih perbaikan dan perkembangan ekonomi sebagai tujuan utamanya dan membubarkan struktur pentadbiran yang dikuasai oleh tentera atas nasihat daripada ahli-ahli ekonomi didikan Barat. Selama tempoh pemerintahannya, dasar-dasar ini dan eksploitasi sumber alam secara besar-besaran menghasilkan pertumbuhan ekonomi yang pesat namun tidak merata di Indonesia. Contohnya, jumlah orang yang kelaparan amat dikurangkan pada dekad-dekad 1970-an dan 1980-an. Bagaimanapun, beliau juga memperkaya diri, keluarga, dan rakan-rakan rapatnya melalui amalan rasuah yang menular.

### Irian Jaya
Setelah menolak pengawasan daripada Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (PBB), pemerintah Indonesia menjalankan "Tindakan Pilihan Bebas " (*Act of Free Choice* ) di Irian Jaya pada tahun 1969 yang memilih 1,025 orang ketua daerah Irian untuk dilatih dalam bahasa Indonesia. Mereka akhirnya memilih untuk bergabung dengan Indonesia secara sepersetujuan. Sebuah ketetapan Perhimpunan Agung PBB kemudian mengesahkan perpindahan kekuasaan kepada Indonesia. Penolakan terhadap pemerintahan Indonesia menimbulkan aktiviti-aktiviti gerila berskala kecil pada tahun-tahun berikutnya selepas perpindahan kekuasaan tersebut. Dalam suasana yang lebih terbuka selepas tahun 1998, pernyataan-pernyataan yang lebih eksplisit yang beringinkan kemerdekaan daripada Indonesia telah muncul.

### Timor Timur

Sejak dari tahun 1596 sehingga tahun 1975, Timor Timur adalah sebuah jajahan Portugis di pulau Timor yang dikenali sebagai Timor Portugis dan dipisahkan dari pesisir utara Australia oleh Laut Timor. Akibat Revolusi Anyelir di Portugal, penjabat Portugal secara mendadak berundur dari Timor Timur pada 1975. Dalam pilihan raya tempatan pada tahun tersebut, Parti Fretilin, sebuah parti yang dipimpin sebahagiannya oleh orang-orang yang menyokong faham Marxisme, bersama-sama UDT, menjadi parti-parti yang terbesar, selepas sebelumnya membentuk perikatan untuk berkempen agar memperolehi kemerdekaan daripada Portugal.

Pada 7 Disember 1975, angkatan tentera Indonesia masuk ke Timor Timur. Indonesia yang mempunyai dukungan kebendaan dan diplomatik, dibantu peralatan persenjataan yang disediakan oleh Amerika Syarikat dan Australia, berharap bahawa dengan memiliki Timor Timur, mereka akan memperoleh tambahan sumber minyak dan gas asli serta lokasi yang strategik.

Pada peringkat awal, angkatan tentera Indonesia (ABRI) membunuh hampir 200,000 orang penduduk Timor Timur melalui pembunuhan langsung, pemaksaan kelaparan dan lain-lain. Banyak pelanggaran HAM yang terjadi semasa Timor Timur berada dalam wilayah Indonesia.

Pada 30 Ogos 1999, rakyat Timor Timur memilih untuk memisahkan diri dari Indonesia dalam sebuah pungutan suara yang dijalankan oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Sekitar 99% penduduk yang berhak memilih turut serta; 75% memilih untuk merdeka. Setelah keputusan pungutan suara diumumkan, angkatan tentera Indonesia dengan segeranya melanjutkan pemusnahan di Timor Timur, umpamanya pemusnahan  infrastruktur di daerah tersebut.

Pada Oktober 1999, MPR membatalkan dekri 1976 yang menggabungkan Timor Timur ke dalam wilayah Indonesia, dan Pentadbiran Peralihan PBB (UNTAET) mengambil alih tanggungjawab untuk memerintah Timor Timur sehingga kemerdekaan penuh dicapai pada Mei 2002.

### Krisis ekonomi

Pada pertengahan tahun 1997, Indonesia dilanda oleh krisis kewangan dan ekonomi Asia (sila lihat: Krisis Kewangan Asia), disertai kemarau yang terburuk dalam tempoh 50 tahun terakhir dan harga-harga minyak, gas asli dan komoditi-komoditi eksport yang lain yang semakin jatuh. Nilai rupiah jatuh, inflasi meningkat dengan ketara, dan perpindahan modal dipercepat. Tunjuk-tunjuk perasaan yang awal yang dipimpin oleh para mahasiswa mendesak peletakan jawatan Suharto. Di tengah-tengah pengacuman yang meluas, Suharto meletakkan jawatan sebagai presiden Indonesia pada 21 Mei 1998, tiga bulan setelah MPR melantiknya untuk penggal ketujuh. Suharto kemudian memilih timbalannya, B. J. Habibie, untuk menjadi presiden ketiga Indonesia.

## Era Reformasi

### Pemerintahan Habibie
Presiden Habibie dengan segeranya membentuk sebuah kabinet, dengan salah satu tugas yang utamanya merupakan pemerolehan dukungan daripada  Tabung Kewangan Antarbangsa dan komuniti negara-negara penderma untuk rancangan pemulihan ekonominya. Beliau juga membebaskan para tahanan politik dan melonggarkan kawalan terhadap kebebasan bercakap dan kegiatan pertubuhan.

### Pemerintahan Wahid
Pilihan raya umum untuk MPR, DPR, dan DPRD diadakan pada 7 Jun 1999, dengan Parti PDI Perjuangan yang dipimpin oleh Megawati Sukarnoputri, anak perempuan Sukarno, muncul sebagai pemenang dalam pilihan raya parlimen dengan mendapatkan 34% daripada seluruh undi; Golkar (parti Suharto yang sebelumnya selalu merupakan pemenang dalam pilihan-pilihan raya) memperoleh 22%; Parti Persatuan Pembangunan pimpinan Hamzah Haz 12%; Parti Kebangkitan Bangsa pimpinan Abdurrahman Wahid (Gus Dur) 10%. Pada Oktober 1999, MPR melantik Abdurrahman Wahid sebagai presiden dan Megawati sebagai Naib Presiden untuk tempoh lima tahun. Wahid membentuk kabinet pertamanya, Kabinet Persatuan Nasional pada awal November 1999 dan melakukan rombakan kabinetnya pada Ogos 2000. 

Pemerintahan Presiden Wahid meneruskan proses pendemokrasian dan perkembangan ekonomi di bawah keadaan-keadaan yang menentang. Di samping ketidakpastian ekonomi yang terus berlanjut, pemerintahannya juga menghadapi konflik antara kelompok-kelompok etnik dan antara agama-agama, khususnya di Aceh, Maluku, dan Papua. Di Timor Barat, masalah yang ditimbulkan oleh rakyat Timor Timur yang tidak mempunyai tempat tinggal dan kekacauan yang diakibatkan oleh para orang militan Timor Timur pro-Indonesia menimbulkan masalah-masalah kemanusiaan dan sosial yang besar. MPR yang semakin menentang dasar-dasar Presiden Wahid menyebabkan perdebatan politik yang meluap-luap.

### Pemerintahan Megawati
Dalam Perhimpunan Agung MPR pertama pada bulan Ogos 2000, Presiden Wahid memberikan laporan pertanggungjawabannya. Pada 29 Januari 2001, ribuan penunjuk perasaan menyerbu MPR dan mendesaknya agar meletakkan jawatan atas alasan keterlibatannya dalam skandal rasuah. Di bawah tekanan daripada MPR untuk memperbaiki pentadbiran dan penyelerasan dalam pemerintahannya, beliau mengumumkan  keputusan yang memberikan kekuasaan negara sehari-hari kepada Megawati, naib presidennya. Megawati mengambil alih jawatan presiden tidak lama kemudian.

### Pemerintahan Yudhoyono
Pada tahun 2004, pilihan raya sehari yang terbesar di dunia diadakan, dengan Susilo Bambang Yudhoyono tampil sebagai presiden baru Indonesia. Pemerintah baru ini pada awal penggalnya menghadapi pengalaman yang pahit seperti gempa bumi besar di Aceh dan Nias pada Disember 2004 yang membinasakan sebahagian Aceh serta gempa bumi di Sumatera pada bulan Mac 2005.

Pada 17 Julai 2005, sebuah kesepakatan bersejarah berhasil dicapai antara pemerintah Indonesia dengan Gerakan Aceh Merdeka yang bertujuan untuk mengakhiri konflik yang berpanjangan selama 30 tahun di wilayah Aceh.

## Lihat juga
* Sejarah nama Indonesia

## Rujukan dan bacaan tambahan
*  Ricklefs, M.C. 2001. *A history of modern Indonesia since c. 1200*. Stanford: Percetakan Universiti Stanford. ISBN 0-8047-4480-7
*  Taylor, Jean Gelman. 2003. *Indonesia: Peoples and histories*. New Haven: Percetakan Universiti Yale. ISBN 0-300-09709-3
*  Schwarz, Adam. 1994. *A Nation in Waiting: Indonesia's Search for Stability*. Edisi ke-2. St Leonards, NSW : Allen & Unwin.
*  Sebahagian isi kandungan rencana ini berasal daripada Perpustakaan Kongres.

## Pautan luar
*  Sejarah Indonesia  &mdash; garis masa dalam sejarah indonesia