സിമ്പ്ലിഫൈഡ് മോളിക്യൂലാർ-ഇൻപുട് ലൈൻ‌-എൻട്രി സിസ്റ്റം

ലഘുചിത്രം|431x431ബിന്ദു|Generation of SMILES: Break cycles, then write as branches off a main backbone. (Ciprofloxacin)
ലളിതമായ ആസ്കി അക്ഷരശൃംഖല ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ട് ഒരു രാസവസ്തുവിന്റെ തന്മാത്രാരൂപത്തെ വിവരിക്കുന്ന രീതിയാണ് **സിമ്പ്ലിഫൈഡ് മോളിക്യൂലാർ-ഇൻപുട് ലൈൻ‌-എൻട്രി സിസ്റ്റം** (The **simplified molecular-input line-entry system** (**SMILES**)) അഥവാ **സ്മൈൽസ്**. ഇങ്ങനെ ലഭ്യമാകുന്ന സൂത്രവാക്യം ഉപയോഗിച്ച് മിക്ക തന്മാത്രാഎഡിറ്ററുകൾക്കും ഈ സൂത്രവാക്യങ്ങളെ തിരികെ ദ്വിമാനചിത്രീകരണമായിട്ടോ അല്ലെങ്കിൽ ത്രിമാനരൂപങ്ങളായോ മാറ്റുവാൻ കഴിയുന്നതാണ്.

1980 -കളിലാണ് ഇതിന്റെ തുടക്കം. പിന്നീട് പലതരത്തിൽ മാറ്റങ്ങൾ വരുത്തുകയും കൂട്ടിച്ചേർക്കലുകൾ ഉണ്ടാവുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. 2007 -ൽ OpenSMILES എന്നറിയപ്പെട്ട ഒരു തുറന്ന അംഗീകൃതമാതൃക ഓപൺസോഴ്സ് രസതന്ത്ര കമ്മ്യൂണിറ്റി വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു. ഇത്തരം മറ്റുരീതികൾ Wiswesser line notation (WLN), ROSDAL, SYBYL Line Notation (SLN) ഒക്കെയാണ്.

## ചരിത്രം

## ഉപയോഗിക്കുന്ന അംഗീകൃതവാക്കുകൾ

## ഗ്രാഫുപയോഗിച്ചുള്ള രീതികളുടെ നിർവചനങ്ങൾ

## വിവരണം

### ആറ്റങ്ങൾ
ആറ്റങ്ങളെ അവയുടെ ആവർത്തനപട്ടികയിലുള്ള അതേരീതിയിൽ മൂലകങ്ങളെ, രേഖപ്പെടുത്തുന്നരീതിയിൽത്തന്നെയാണ് ഇവിടെയും ഉൾക്കൊള്ളിച്ചിരിക്കുന്നത്. അവയെ ചതുരബ്രാക്കറ്റിലാവും കാണിക്കുക, ഉദാഹരണാത്തിന് സ്വർണ്ണത്തെ [Au] എന്ന്. താഴെപ്പറയുന്നിടങ്ങളിൽ ബ്രാക്കറ്റുകൾ വേണ്ടെന്നുവയ്ക്കാറുണ്ട്:

# are in the "organic subset" of B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, or I, and
# have no formal charge, and
# have the number of hydrogens attached implied by the SMILES valence model (typically their normal valence, but for N and P it is 3 or 5, and for S it is 2, 4 or 6), and
# are the normal isotopes, and
# are not chiral centers.

ബാക്കി എല്ലാ മൂലകങ്ങളെയും ചതുരബ്രാക്കറ്റുകളിൽത്തന്നെ വേണം ചിത്രീകരിക്കാൻ. ചാർജുള്ളവയെ കൃത്യമായിത്തന്നെ വേണം രേഖപ്പെടുത്താൻ. ഉദാഹരണത്തിന് വെള്ളത്തിന്റെ സ്മൈൽസ് ഒന്നുകിൽ O അല്ലെങ്കിൽ [OH2].  ഹൈഡ്രജൻ വേറൊരു ആറ്റമായി വേണമെങ്കിൽ കാണിക്കാം; വെള്ളത്തെ [H]O[H] എന്നും എഴുതാം.

When brackets are used, the symbol H is added if the atom in brackets is bonded to one or more hydrogen, followed by the number of hydrogen atoms if greater than 1, then by the sign '+' for a positive charge or by '-' for a negative charge.   For example, [NH4+] for ammonium.  If there is more than one charge, it is normally written as digit; however, it is also possible to repeat the sign as many times as the ion has charges: one may write either [Ti+4] or [Ti++++] for Titanium IV (Ti4+). Thus, the hydroxide anion is represented by [OH-], the hydronium cation is [OH3+] and the cobalt III cation (Co3+) is either [Co+3] or [Co+++].

### ബന്ധനങ്ങൾ
ഒരു ബന്ധനത്തെ ചിത്രീകരിക്കുന്നത് ഇതിലേതെങ്കിലും ഒരു ചിഹ്നം ഉപയോഗിച്ചാണ്. '.' '-' '=' '#' '$' ':' '/' or '\'.

### ചാക്രികരൂപങ്ങൾ

### ഗന്ധം
വലത്ത്‌|ലഘുചിത്രം|350x350ബിന്ദു|Visualization of 3-cyanoanisole as COc(c1)cccc1C#N.

### ശാഖകൾ

### ത്രിമാനവ്യത്യസ്തഘടനാരൂപങ്ങൾ
വലത്ത്‌|ലഘുചിത്രം|''trans''-1,2-difluoroethylene
വലത്ത്‌|ലഘുചിത്രം|Beta-carotene, with the eleven double bonds highlighted.
ഉദാഹരണമായി ബീറ്റാകരോട്ടിന് ഒന്നിടവിട്ട ഏകബന്ധങ്ങളും ഇരട്ടബന്ധങ്ങളും ഉണ്ട്, അവയെ ഇങ്ങനെ എഴുതാം. CC1CCC/C(C)=C1/C=C/C(C)=C/C=C/C(C)=C/C=C/C=C(C)/C=C/C=C(C)/C=C/C2=C(C)/CCCC2(C)C.
വലത്ത്‌|ലഘുചിത്രം|L-alanine

### ഐസോടോപ്പുകൾ

### ഉദാഹരണങ്ങൾ

To illustrate a molecule with more than 9 rings, consider Cephalostatin-1, a steroidic trisdecacyclic pyrazine with the empirical formula C54H74N2O10 isolated from the Indian Ocean hemichordate *Cephalodiscus gilchristi*:

360x360ബിന്ദു|''Molecular structure of cephalostatin-1''

Starting with the left-most methyl group in the figure:




Note that '%' appears in front of the index of ring closure labels above 9; see  above.

### സ്മൈൽസിന്റെ മറ്റു ഉദാഹരണങ്ങൾ

## വിപുലീകരണം

## അങ്ങോട്ടുമിങ്ങോട്ടും മാറ്റുന്നത്

## ഇവയും കാണുക

* SMILES arbitrary target specification SMARTS language for specification of substructural queries.
* SYBYL Line Notation (another line notation)
* Molecular Query Language – query language allowing also numerical properties, e.g. physicochemical values or distances
* Chemistry Development Kit (2D layout and conversion)
* International Chemical Identifier (InChI), the IUPAC's alternative to SMILES.
* OpenBabel, JOELib, OELib (conversion)

## അവലംബം

## അധികവായനയ്ക്ക്

* 
* 
* 
* 
* 

## പുറത്തേക്കുള്ള കണ്ണികൾ

* "SMILES – A Simplified Chemical Language"
* The OpenSMILES home page
* "SMARTS – SMILES Extension"
* Daylight SMILES tutorial
* Parsing SMILES

### സ്മൈൽസുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിട്ടുള്ള സൊഫ്റ്റ്‌വേറുകളും സഹായഉപകരണങ്ങളും

* NCI/CADD Chemical Identifier Resolver – resolves or generates SMILES from chemical names, CAS Registry Numbers, InChI/InChIKey and many other chemical structure file formats
* NCI/CADD Online SMILES Translator and Structure File Generator  – Java online molecule editor
* PubChem server side structure editor – online molecule editor
* smi23d – 3D Coordinate Generation
* Daylight Depict  – Translate a SMILES formula into graphics
* GIF/PNG-Creator for 2D Plots of Chemical Structures 
* JME molecule editor  - Chemical editor/viewer and SMILES/SMARTS generator in Java
* JSME molecule editor  - Free chemical editor/viewer and SMILES/SMARTS generator in JavaScript
* ACD/ChemSketch 
* Marvin  by ChemAxon – online chemical editor/viewer and SMILES generator/converter
* Instant JChem  by ChemAxon – desktop application for storing/generating/converting/visualizing/searching SMILES structures, particularly batch processing; personal edition free
* JChem for Excel  by ChemAxon – MS Excel add-in for storing/generating/converting/visualizing/searching SMILES structures
* Smormo-Ed – a molecule editor for Linux which can read and write SMILES
* InChI.info – an unofficial InChI website featuring on-line converter from InChI and SMILES to molecular drawings
* Balloon  – A free program for 3D coordinate generation and conformational analysis.
* Indigo  – an open-source cross-platform cheminformatics library with a plugin for IUPAC-compliant molecule and reaction 2D structural formula rendering.
* Open Babel – an open-source chemical toolbox allowing anyone to search, convert, analyze, or store biochemical data.
* Bioclipse  – a free and open source workbench for the life sciences
* MolEngine  – A .NET cheminformatics toolkit to read/write SMILES, generate 2D coordinate from SMILES, and convert SMILES from/into other Chemical file formats.
* JSDraw  – A cross-platform javascript chemical structure editor to generate SMILES and SMARTS.
വർഗ്ഗം:രസതന്ത്രനാമകരണം