Aquificae

**Aquificae** е колено на бактерии кои живеат во средини со екстремни услови. Името на коленото потекнува од името на најрано идентификуваниот род од оваа група кој бил наречен *[[Aquifex]]* ("создавач на вода"), бидејќи овие бактерии се способни да создаваат вода со оксидација на водородот. Досега тие се пронајдени во океани, езера и извори. Овие бактерии се автотрофи, и служат како примарни врзувачи на јаглеродот во екосистемите во кои живеат. Тие се Грам-негативни, стапчести бактерии, и не се способни да формираат ендоспори.

## Таксономија
Коленото во моментов содржи една класа, два реда, 15 родови и 42 потврдени видови. Редот Aquificales се состои од фамилиите Aquificaceae и Hydrogenothermaceae, додека редот Desulfobacteriales ја содржи само фамилијата Desulfurobacteriaceae. Видот *[[Thermosulfidibacter takaii]]* не се класифицира во ниту една од фамилиите, иако во моментов се смета за член на редот Aquificales. Сепак, овој вид покажува многу физиолошки сличности со Desulfobacteriaceae.

## Молекуларни обележја и филогенетска позиција
Компаративните геномски студии идентификуваа неколку CSIs (анг. conserved signature indels) кои се специфични за сите видови на коленото Aquificae и се сметаат за потенцијални молекуларни маркери. Редот Aquificales се разликува од редот Desulfobacteriales со неколку CSIs кај различни белковини кои се специфични за секој од редовите. Дополнителни CSIs биле пронајдени на ниво на фамилии, и може да се користат за разграничување на Aquificae и Hydrogenothermaceae. Покрај ова, членовите на двата реда меѓусебе покажуваат и физиолошки разлики. Членовите на Desulfurobacteriales се стриктни анаероби кои оксидираат водород за енергија, додека членовите на Aquificales се микроаерофили, кои се способни да оксидираат и други супстанци (како што се сулфур или тиосулфат) во дополнение на водородот.

Неколку CSIs се исто така идентификувани дека се специфични за видовите на Aquificae и можат да служат како потенцијални молекуларни маркери за ова колено. Освен тоа, беше идентификувана 51-аминокиселинска вметнување во SecA пребелковинската транслоказа која ја споделуваат неколку членови на Aquificae, како и два вида од *Thermotoga*. Во генетските дрва градени врз основа на 16S рРНК, видовите на Aquificae се гранаат во близината на коленото Thermotogae (колено кое исто така вклучува хипертермофилни бактерии) во близина на точката на разгранување меѓу бактериите и археите. Сепак, блиското сродство на Aquificae со Thermotogae и длабокото разгранување на Aquificae не е поддржано од други филогенетски студии засновани на други генски и белковински секвенци и од CSIs во неколку универзални белковини. Присуството на вметнувањета во видовите на *Thermotoga* може да се должи на хоризонтален пренос на гени. Длабокото разгранување на видовите на Aquificae во филогенетското дрво, засновано на рРНК гени, се објаснува како артефакт кој произлегува од високата содржина на G+C на нивните 16S-23S-5S оперони. Високата содржина на G+C во рибозомната РНК (повеќе од 62%), може да се објасни со потребата за стабилност на вторичната структура на рРНК при екстремно високите температури на кои живеат овие бактерии, а дополнителен доказ дека ова колено не претставува длабоко разгранувачка лоза се CSIs во голем број на есенцијални белковини (Hsp70, Hsp60, RpoB, RpoB и AlaRS), кои го поддржуваат сместувањето на ова колено во близина на коленото Proteobacteria. Специфична врска меѓу Aquificae и Proteobacteria е поддржана со CSI од две аминокиселини во ензимот неорганска пирофосфатаза, кој исклучиво се наоѓа само во видовите на овие две колена. Томас Кавалир-Смит, исто така, има сугерирано дека Aquificae се најсродни со Proteobacteria. Спротивно на погоре наведените анализи, кои се засновани на неколку CSIs или на поединечни гени, анализите на информациските гени, кои поретко се пренесувале на лозата на *Aquifex* отколку не-информациските гени, најчесто ги групираат Aquificales блиску до Thermotogales. Овие автори групирањето на Aquificae со Epsilonproteobacteria го објаснуваат како резултат на чести хоризонтални преноси на гени кои се должат на делењето на исти еколошки ниши.

## Филогенија
Моментално прифатената таксономија е заснована на *Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата* (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и *Националниот центар за биотехнолошки информации* (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI), а филогенијата е заснована на 16S рРНК-заснованото LTP ослободување 123 од страна на *Проектот "Животно дрво на сите видови"* (анг. The All-Species Living Tree Project).Забелешка:
♠ Видови кои се наоѓаат во *Националниот центар за биотехнолошки информации* (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI), но не се наведени во *Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата* (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN).

## Таксономија
* Род *Thermosulfidibacter* Nunoura et al. 2008
** Вид *Thermosulfidibacter takaii* Nunoura et al. 2008
* Ред Desulfurobacteriales Gupta & Lali 2014
** Фамилија Desulfurobacteriaceae L'Haridon et al. 2006
*** Род *Balnearium* Takai et al. 2003
**** Вид *Balnearium lithotrophicum* Takai et al. 2003
*** Род *Desulfurobacterium* L'Haridon et al. 1998 emend. L'Haridon et al. 2006
**** Вид "*D. crinifex*" ♠ Alain et al. 2003
**** Вид *D. atlanticum* L'Haridon et al. 2006
**** Вид *D. pacificum* L'Haridon et al. 2006
**** Вид *D. thermolithotrophum* L'Haridon et al. 1998 (type sp.)
*** Род *Phorcysia* Pérez-Rodríguez et al. 2012
**** Вид *Phorcysia thermohydrogeniphila* Pérez-Rodríguez et al. 2012
*** Род *Thermovibrio* Huber et al. 2002
**** Вид *T. ammonificans* Vetriani et al. 2004
**** Вид *T. guaymasensis* L'Haridon et al. 2006
**** Вид *T. ruber* Huber et al. 2002 (type sp.)
* Ред Aquificales Reysenbach 2002 emend. Gupta & Lali 2014
** Фамилија Aquificaceae Reysenbach 2002
*** Род *Aquifex* Huber and Stetter 1992
**** Вид *A. pyrophilus* Huber and Stetter 1992 (type sp.)
**** Вид "*A. aeolicus*" ♠ Huber and Stetter 2001
*** Род *Hydrogenivirga* Nakagawa et al. 2004
**** Вид *H. calditorris* Nakagawa et al. 2004 (type sp.)
**** Вид *H. okinawensis* Nunoura et al. 2008
*** Род *Hydrogenobacter* Kawasumi et al. 1984
**** Вид *H. hydrogenophilus* (Kryukov et al. 1984) Stöhr et al. 2001
**** Вид *H. subterraneus* Takai et al. 2001
**** Вид *H. thermophilus* Kawasumi et al. 1984 (type sp.)
*** Род *Hydrogenobaculum* Stöhr et al. 2001
**** Вид *Hydrogenobaculum acidophilum* (Shima and Suzuki 1993) Stöhr et al. 2001
*** Род *Thermocrinis* Huber et al. 1999
**** Вид *T. albus* Eder and Huber 2002
**** Вид *T. jamiesonii* Dodsworth et al. 2015
**** Вид *T. minervae* Huber et al. 1999
**** Вид *T. ruber* Huber et al. 1999 (type sp.)
** Фамилија Hydrogenothermaceae Eder and Huber 2003
*** Род *Hydrogenothermus* Stöhr et al. 2001
**** Вид *Hydrogenothermus marinus* Stöhr et al. 2001
*** Род *Persephonella* Götz et al. 2002
**** Вид *P. hydrogeniphila* Nakagawa et al. 2003
**** Вид *P. marina* Götz et al. 2002 (type sp.)
**** Вид *P. guaymasensis* Götz et al. 2002
*** Род *Sulfurihydrogenibium* Takai et al. 2003 emend. O'Neill et al. 2008
**** Вид *S. azorense* Aguiar et al. 2004 emend. Nakagawa et al. 2005
**** Вид *S. kristjanssonii* Flores et al. 2008
**** Вид *S. rodmanii* O'Neill et al. 2008
**** Вид *S. subterraneum* Takai et al. 2003 emend. Nakagawa et al. 2005 (type sp.)
**** Вид *S. yellowstonense* Nakagawa et al. 2005
*** Род *Venenivibrio* Hetzer et al. 2008
**** Вид *Venenivibrio stagnispumantis* Hetzer et al. 2008

## Наводи

Категорија:Бактерии
Категорија:Грамнегативни бактерии
Категорија:Микробиологија
Категорија:Прокариоти
Категорија:Бактериологија