Deinococcus–Thermus

thumb|right|200px|Deinococcus–Thermus.
**Deinococcus–Thermus** е колено во кое спаѓаат бројни видови на екстремофилни бактерии.
Овие бактерии имаат дебел клеточен ѕид кој им дава Грам-позитивно обојување, но тие имаат и втора мембрана па затоа се поблиски по структура со Грам-негативните бактерии. Томас Кавалир-Смит го нарекува ова колено **Hadobacteria** (според грчкото име на подземјето - Хад).

## Таксономија
Коленото *Deinococcus-Thermus* се состои од една класа (*[[Deinococci]]*) и два реда:
* *[[Deinococcales]]* вклучуваат две фамилии (*[[Deinococcaceae]]* и *[[Trueperaceae]]*), и три рода, *[[Deinococcus]]*, *[[Deinobacterium]]* и *[[Truepera]]*. *[[Truepera radiovictrix]]* е најрано дивергираниот член на редот. Родот *Deinococcus* формира посебен монофилектички кластер во однос на *Deinobacterium* и *Truepera*. Родот вклучува неколку видови кои се отпорни на зрачење; тие се познати по нивната способност да "јадат" јадрен отпад и други токсични материјали, и да преживуваат во вакуум простор и екстреми на топлина и студ.
* *[[Thermales]]* вклучуваат неколку родови отпорни на топлина (*[[Marinithermus]]*, *[[Meiothermus]]*, *[[Oceanithermus]]*, *[[Thermus]]*, *[[Vulcanithermus]]*, *[[Rhabdothermus]]*) групирани во една фамилија, *[[Thermaceae]]*. Филогенетските анализи покажуваат дека во рамките на*Thermales*, *Meiothermus* и *Thermus* видовите формираат монофилектички кластер, во однос на *Marinithermus*, *Oceanithermus*, *Vulcanithermus* и *Rhabdothermus*. Ова сугерира дека *Meiothermus* и *Thermus* видовите се повеќе сродни еден со друг во однос на другите родови во редот. Видот *[[Thermus aquaticus]]* бил значаен за развојот на полимераза верижната реакција (PCR).
Иако овие две групи потекнуваат од заеднички предок, механизмите на резистенција се претпоставува дека еволуирале независно.

## Молекуларни обележја
Најдени се молекуларни обележја во форма на CSIs (анг. conserved signature indels) и белковини (CSPs) кои уникатно се споделуваат само меѓу членовите на коленото *Deinococcus-Thermus*. Овие CSIs и CSPs се карактеристични обележја кои го оделуваат ова колено од сите други бактериски групи и се во согласност со разликите во физиологијата. Најдени се и CSIs и CSPs, кои ја поддржуваат таксономската поделба во склоп на самото колено. Некои од CSIs кои ја поддржуваат дистинкцијата на ниво на редовите се одговорни за екстремофилните одлики. CSIs најдени во бета подединицата на ДНК-зависната РНК полимераза и ДНК топоизомеразата во *Thermales* видовите може да е инволвирана во термофилноста на овие бактерии, додека оние најдени во ексцинуклеаза ABC, ДНК гираза, и RadA-белковината за поправка на ДНК во *Deinococcales* видовите може да се инволвирани во радиорезистенцијата. Два CSPs кои уникатно се присутни во родот Deinococcus се смета дека играат улога во формирањето на карактеристичниот радиорезистентен фенотип. Овие CSPs ја вклучуваат белковината за поправка на штети PprA.

## Филогенија
Филогенијата е заснована на 16S рРНК-заснованото LTP ослободување 123 од Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).

Моментално прифатената таксономија е заснована на *Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата* (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и  *Националниот центар за биотехнолошки информации* (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).
* Колено ***Deinococcus''-''Thermus*** [Deinococcaeota Oren et al. 2015]
** Класа **Deinococci** Garrity & Holt 2002 ["Hadobacteria" Cavalier-Smith 1992 emend. Cavalier-Smith 1998; Hadobacteria Cavalier-Smith 2002; "Xenobacteria"]
***  Ред **Deinococcales** Rainey et al. 1997
**** Фамилија Deinococcaceae Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997
***** Род *Deinococcus* Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997
***** Род *Deinobacterium* Ekman et al. 2011
****  Фамилија Trueperaceae Rainey et al. 2005
***** Род *Truepera* da Costa, Rainey and Albuquerque 2005
*** Ред **Thermales** Rainey and Da Costa 2002
****  Фамилија Thermaceae Da Costa and Rainey 2002
***** Род *Thermus* Brook and Freeze 1969 emend. Nobre et al. 1996 
***** Род *Meiothermus* Nobre et al. 1996 emend. Albuquerque et al. 2009
***** Род *Marinithermus* Sako et al. 2003
***** Род *Oceanithermus* Miroshnichenko et al. 2003 emend. Mori et al. 2004
***** Род *Rhabdothermus* Steinsbu et al. 2011
***** Род *Vulcanithermus* Miroshnichenko et al. 2003 

## Секвенционирани геноми
Во моментов има вкупно 10 секвенционирани геноми на видови во ова колено.
* *Deinococcus radiodurans* R1
* *Thermus thermophilus* HB27
* *Thermus thermophilus* HB8
* *Deinococcus geothermalis* DSM 11300
* *Deinococcus deserti* VCD115
* *Meiothermus ruber* DSM 1279
* *Meiothermus silvanus* DSM 9946
* *Truepera radiovictrix* DSM 17093
* *Oceanithermus profundus* DSM 14977
Двете *Meiothermus* видови беа секвенционирани под покровителство на проектот *Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA)*, кој има за цел секвенционирање на организми за добивање на филогенетски податоци, и не е ограничен на патогените видови. Моментално, геномот на *Thermus aquaticus* Y51MC23 е во завршна фаза на комплетирање од страна на DOE Joint Genome Institute.

## Наводи

Категорија:Бактерии
Категорија:Прокариоти
Категорија:Микробиологија
Категорија:Екстремофили
Категорија:Бактериологија