SARS-CoV-2

**Smagā akūtā respiratorā sindroma koronavīruss 2** jeb **SARS-CoV-2** (), sākotnēji **2019-nCoV** (*2019 Novel Coronavirus* — '2019. gada jaunais koronavīruss') vai **Uhaņas koronavīruss**, ir pozitīvas (+) vienpavediena ribonukleīnskābes (RNS) vīruss, kas 2019. gada nogalē sāka strauji izplatīties no kāda zivju tirgus Uhaņā, Ķīnā. Janvāra vidū tas izkļuva no Ķīnas un divu mēnešu laikā inficēja ļoti lielu skaitu cilvēku gandrīz visās pasaules valstīs, izraisot COVID-19 pandēmiju.

Tas pieder pie koronavīrusu grupas, kas var izraisīt gan vieglas elpceļu infekcijas, gan smagu saslimšanu ar nopietnām komplikācijām (smagu akūtu respiratoro sindromu jeb pneimoniju, nieru mazspēju) un pat nāvi. Nopietnas epidēmijas iepriekš ir izraisījuši arī tam radniecīgie SARS un MERS koronavīrusi, tomēr tās nepārauga pandēmijā.

## Vīrusa uzbūve
[thumb|upright=1.0|left|Ar [Elektronmikroskops|elektronmikroskopu iegūts SARS-CoV-2 (sārtā krāsā) attēls (*NIAID Rocky Mountain Laboratories*, ASV)]]
Koronavīrusi ir apaļas, ovālas un neregulāras formas apvalkotas daļiņas ar diametru 60—140 nm. Vīrusa daļiņu veido četru dažādu veidu strukturālie proteīni — pīķa proteīni (S), apvalka proteīni (E), matricas proteīni (M) un nukleoproteīni (N). Vīrusa apvalku veido M un E proteīni, un no apvalka virsmas kā pīķi uz ārpusi ir vērsti S proteīni. S proteīni ir atbildīgi par vīrusa spēju piesaistīties pie receptora uz mērķa šūnas. Vīrusa daļiņas iekšienē atrodas nukleokapsīds, kuru veido nukleoproteīnos iepakots vīrusa RNS genoms. SARS-CoV-2 genoma kopējais garums ir apmēram 30 kbp, kas ir vislielākais starp (+) vienpavediena RNS vīrusiem.

## Replikācija
thumb|upright=1.0|left|Koronavīrusa iekļūšana un replikācija dzīvnieku šūnā
SARS-CoV-2 mērķa šūnas cilvēka organismā ir plaušās atrodamie otrā tipa pneimocīti. Kā receptoru piesaistei pie mērķa šūnas vīruss izmanto angiotenzīnu konvertējošo enzīmu 2 (ACE2). Parādīts, ka pēc vīrusa S proteīna piesaistīšanās pie ACE2, transmembrānas proteāze TMPRSS2 šķeļ S proteīna/ACE2 kompleksu, nodrošinot vīrusa iekļūšanu šūnā. Ir pierādījumi, ka TMPRSS2 ir nozīmīgs faktors, kas nodrošina vīrusa iekļūšanu šūnā un TMPRSS2 aktivitātes nomākšana ar proteāzes inhibitoru varētu tikt izmantota kā terapeitiska stratēģija. Pēc iekļūšanas šūnā vīrusa RNS genoms kalpo matricas proteīnu sintēzei saimniekšūnas ribosomās. Koronavīrusiem ir raksturīga divu pakāpju replikācija. Vīrusa RNS genoms kodē vienu garu poliproteīnu, kurš pēc translācijas no ribosomām ir jāsašķeļ, lai iegūtu atsevišķus vīrusa proteīnus. Koronavīrusu gadījumā šūnas ribosomas no pieejamajiem nolasīšanas rāmjiem vīrusa RNS genomā vispirms translē divus poliproteīnus, kuri pēc tam tiek sašķelti vairākos atsevišķos nestrukturālos proteīnos. Daļa no nestrukturālajiem proteīniem pēc tam savācas kompleksā, kas nodrošinās gan īsāku informatīvās ribonukleīnskābes molekulu sintēzi, kuras tiks izmantotas vīrusa strukturālo proteīnu translācijai, gan arī vīrusa RNS genoma replikāciju. Vīrusa replikācija noslēdzas ar virionu savākšanos, kuri vezikulās tiek transportēti uz šūnas virsmu un atbrīvoti no šūnas eksocitozes ceļā.

## COVID-19 pandēmija

Inficēšanās ar SARS-CoV-2 izraisa slimību COVID-19. Pirmie saslimšanas simptomi novēroti kādai personai jau 2019. gada 1. decembrī. Pēc trim nedēļām, 2019. gada 31. decembrī, par saslimšanas gadījumiem Ķīna ziņoja Pasaules Veselības organizācijai. 2019-nCoV infekcijas avots (rezervuārs) pagaidām nav zināms, taču dati liecina, ka dabīgais rezervuārs varētu būt sikspārņi. Ir apstiprināta 2019-nCoV pārnešana no cilvēka uz cilvēku, infekcijai raksturīgs pilienu un kontakta izplatīšanās ceļš. Nozīmīgs inficēšanās ziņā ir tuvs kontakts bez aizsargmasku lietošanas.

### Slimības pazīmes

thumb|SARS-CoV-2 virioni (sārti) transmisijas elektronu mikroskopā.
2019. gada koronavīrusa slimības (COVID-19) inkubācijas periods ir no 2 līdz 14 dienām. Vidējais inkubācijas periods ir 5,1 diena. Galvenie simptomi ir drudzis (90% gadījumu), nogurums un sauss klepus (80%), kā arī apgrūtināta elpošana (20%). Daļai inficēto simptomi var būt ļoti viegli vai neparādās vispār. Smagos gadījumos vīruss izraisa plaušu karsoni. Slimība parasti nav nāvējoša, ja inficētajam nav kāda hroniska slimība un novājināta imūnsistēma.

Slimības ilgums parasti ir no 2 līdz 6 nedēļām. Par imunitātes ilgumu pēc saslimšanas precīzu ziņu pagaidām nav, bet tiek pieļauts, ka tā ir īslaicīga. Lielākā daļa smagāko gadījumu un mirušo ir vecumā virs 50 gadiem. Pieejamie dati par Covid-19 mirstību Uhaņas pilsētā Ķīnā, kur tika reģistrēts pirmais saslimšanas gadījums, liecina, ka no simptomātiskajiem saslimšanas gadījumiem 1,4% bija letāli.

### Pārnešana
Vīrusa izplatības spēju var raksturot ar reprodukcijas indeksu R0. Šis skaitlis norāda, cik veselus cilvēkus viens inficēts cilvēks aplipina. Pasaules Veselības Organizācijas aplēses liecina, ka SARS-CoV-2 R0 ir 1,4—2,5. SARS-Cov-2 pārnešana visbiežāk notiek gaisa pilienu veidā nelielā attālumā. Balstoties uz informāciju par citiem SARS-CoV-2 radniecīgajiem bētakoronavīrusiem, vīruss var izdzīvot uz metāla, plastmasas un citām virsmām no divām stundām līdz pat deviņām dienām. Temperatūrai paaugstinoties virs 30oC vīrusa izdzīvotība uz virsmām samazinās. Virsmu dezinfekcija ar etanolu un nātrija hipohlorītu ir pietiekama vīrusa inaktivācijai.

### Dabīgais rezervuārs
Pirmie zināmie cilvēku inficēšanās gadījumi ar SARS-CoV-2 bija saistīti jūras velšu tirgu Uhaņas pilsētā, Ķīnā, kurā tiek tirgoti svaigi dažādu savvaļas dzīvnieku produkti. Kaut arī tiek pieņemts, ka šis tirgus ir pirmā vieta, kur SARS-CoV-2 pirmo reizi šķērsoja sugu robežu un inficēja cilvēku, joprojām nav pilnīgi skaidrs, vai tiešām šī ir vīrusa izcelsmes vieta, un no kāda dzīvnieka ir notikusi pārnešana. Salīdzinot SARS-Cov-2 genoma sekvenci ar citām pieejamajās SARS-CoV vīrusu genomu sekvencēm, tika konstatēts, ka vislielākā līdzība SARS-CoV-2 ir ar diviem sikspārņu vīrusiem. Neskatoties uz šiem pierādījumiem par izcelsmi no sikspārņiem, ir iespējams, ka pirms cilvēka inficēšanas, jaunajam SARS-CoV-2 ir bijis vēl kāds starpsaimnieks. Kādā pētījumā ir uzskaitīti četri iemesli, kas dod pamatu šaubām par sikspārņiem, kā tiešo dabīgo SARS-CoV-2 rezervuāru
* lielākā daļa sikspārņu sugu Uhaņas apkārtnē decembra beigās atrodas ziemas guļā;
* Uhaņas tirgū netika tirgoti un netika atrasti produkti no sikspārņiem;
* SARS-CoV-2 genoma sekvences līdzība ar diviem visradniecīgākajiem sikspārņu vīrusiem ir zemāka par 90%;
* zināms, ka citiem cilvēkiem infekcioziem koronavīrusiem, kas iegūti no sikspārņiem, ir bijis starpsaimnieks pirms cilvēka inficēšanās, proti, Himalaju palmciveta ir starpsaimnieks SARS-CoV, bet vienkupra kamielis — Mers-CoV vīrusiem.

Vēlākā pētījumā SARS-CoV-2 ļoti radniecīgs vīruss tika atklāts zvīņnešos, identificējot tos kā potenciālos starpsaimniekus. Tomēr ir nepieciešami turpmāki pētījumi, lai apstiprinātu sikspārņus kā SARS-CoV-2 dabīgo rezervuāru un zvīņnešus kā starpsaimniekus.

## Vīrusa mutācijas
thumb|SARS-CoV-2 paveidu radiālās ģenētiskās distances koks (centrā oriģinālais Uhaņas SARS-CoV-2 paveids). 
Jau 2020. gada janvārī zinātnieki sāka ievietot iegūto informāciju par vīrusa genoma struktūru starptautiskajā genotipēšanas datubāzē *Gisaid*, aprīļa beigās bija zināmi gandrīz 12 tūkstoši SARS-CoV-2 vīrusa genoma variantu, kas deva globālu priekšstatu par mutācijām un COVID-19 izplatības gaitu.

Martā Islandes genotipēšanas kompānija *DeCode* ziņoja, ka SARS-CoV-2 ģenētiskā dažādība norāda, ka tas Islandē ieradies no vairākiem avotiem.
Arī Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra zinātnieki jau aprīlī ar gēnu izpētes uzņēmuma *Latvia MGI Tech* genotipēšanas iekārtām ieguva pilnu genomu struktūru 17 vīrusiem, kas tolaik bija atrasti Latvijas pacientiem. Sekvenēto vīrusu genotipi liecināja, ka tobrīd cirkulējošie vīrusi bija ievesti no Apvienotās Karalistes, Vācijas un Ķīnas.
Pandēmijas otrā viļņa laikā 2020. gada beigās bija atklātas apmēram 1000 dažādas SARS-CoV-2 mutācijas, ap 15% Latvijas COVID-19 slimnieku bija atklāta tikai Latvijā raksturīga vīrusa mutācija.
20. septembrī Apvienotās Karalistes zinātnieki pavēstīja par jaunu SARS-CoV-2 paveidu, kas bija aptuveni par 70% lipīgāks nekā citi vīrusa paveidi. Lai ierobežotu tā izplatību, tika pārtraukta gaisa satiksme, taču lipīgākie vīrusa paveidi tika atklāti arī Dienvidāfrikā, Brazīlijā un citās valstīs. Kļuva zināms, ka pirms Ziemassvētkiem Latvijā no Apvienotās Karalistes divās nedēļās bija ieceļojuši 5900 cilvēki.

### Alfa, beta un gamma paveidi
2021. gada 26. februārī SPKC ziņoja, ka Latvijā atklāti 20 inficēšanās gadījumi ar lipīgāko SARS-CoV-2 paveidu B.1.1.7 jeb sākotnēji dēvētu par "britu celmu" (vēlāk par "alfa paveidu"). Vīrusa reproduktivitātes koeficients Latvijā atkal pakāpās virs 1 (1,03), kas liecināja par straujāku infekcijas izplatīšanās tendenci. Veselības ministrs Daniels Pavļuts valdības sēdē pavēstīja, ka divu nedēļu laikā plānots trīs reizes palielināt vīrusa genomu sekvencēšanas jaudu, lai lipīgākā vīrusa paveida klātbūtni pārbaudītu 300 paraugos nedēļā.
No 2021. gada 16. līdz 23. februārim LBMC ap 20% savākto paraugu atrada SARS-CoV2 alfa paveidu, bet maija sākumā šī paveida īpatsvars testētajos paraugos sasniedza 91%.

2021. gada 9. martā kļuva zināms, ka no 16. līdz 23. februārim LBMC ap 20% savākto paraugu bija atrasts lipīgākais SARS-CoV2 alfa paveids, E. Gulbja laboratorijas paraugos šis vīrusa paveids bija atrasts vairāk nekā 15% saslimušo.
20. aprīlī LBMC ziņoja, ka Lielbritānijas paveids konstatēts jau 62% sekvenēto SARS-CoV2 vīrusa genomu paraugu, pie kam 3% sekvenēto jeb piecos saslimšanas gadījumos atklāta Dienvidāfrikas *bēta* paveida vīrusa (B.1.351) E484K mutācija, kam esošās vakcīnas nav pietiekami efektīvas.
7. maijā kļuva zināms, ka vīrusa alfa paveida īpatsvars testētajos paraugos sasniedza 91%, 13. maijā kļuva zināms arī par Brazīlijas (*gamma*) paveida parādīšanos Latvijā.

SARS-CoV-2 Alpha variant.svg|SARS-CoV-2 alfa paveida mutācijas pīķa proteīna (*Spike*) gēnā
SARS-CoV-2 Beta variant.svg|SARS-CoV-2 bēta paveida mutācijas pīķa proteīna gēnā
SARS-CoV-2 Gamma variant.svg|SARS-CoV-2 gamma paveida mutācijas pīķa proteīna gēnā


### Delta paveids
2021. gada 27. maijā SPKC informēja, ka Latvijā konstatēts arī īpaši lipīgais SARS-CoV2 paveids B.1.617, ko sākotnēji dēvēja par Indijas, bet vēlāk par "delta paveidu".

29. jūnijā Nacionālā references laboratorija pavēstīja, ka 80% no nedēļas laikā sekvencētajiem vīrusu paraugiem bija konstatēts alfa variants, 15% gadījumos delta paveids, kā arī četri vīrusa Ēģiptes paveida gadījumi, divi gamma paveida gadījumi. Tika prognozēts, ka līdz augusta beigām 90% no visiem testu paraugiem būs delta paveids.
6. jūlijā ziņoja, ka no nedēļā veiktajiem gandrīz 200 testu paraugiem vīrusa delta variants bija atklāts 29% gadījumu, 14. jūlijā kļuva zināms, ka ka delta variants bija atrodams 54% sekvenēto vīrusu paraugos,

21. jūlijā SPKC ziņoja, ka SARS-CoV-2 vīrusa delta varianta izplatības īpatsvars Latvijā bija 79%, savukārt iepriekš dominējošais alfa variants, kurš vēl pirms divām nedēļām bija pie 75% atzīmes, nokrita līdz 13%.

SARS-CoV-2 Delta variant.svg|SARS-CoV-2 delta paveida mutācijas pīķa proteīna gēnā


### Omikrona paveids

2021. gada 26. novembrī plašsaziņas līdzekļos parādījās ziņa, ka Dienvidāfrikā un vairākās tās kaimiņvalstīs atklāts jauns SARS-CoV-2 variants B.1.1.529 jeb "omikrona paveids" ar ļoti lielu mutāciju skaitu, kas varētu būt lipīgāks par šī vīrusa delta variantu, kā arī izturīgāks pret patlaban izstrādātajām vakcīnām. Latvijas ārlietu ministrs aicināja atcelt braucienus uz Dienvidāfriku, Botsvānu, Esvatini, Lesoto, Mozambiku, Namībiju un Zimbabvi.
Tajā pašā dienā Ministru kabinets noteica ieceļošanas aizliegumu Latvijā personām no šīm septiņām valstīm un no Malāvijas. Savukārt Latvijas valstspiederīgajiem vai ES pastāvīgajiem iedzīvotājiem ar uzturēšanās atļauju Latvijā, kuri pēdējo 10 dienu laikā bijuši kādā no uzskaitītajām valstīm, bija pienākums uzrādīt RNS testu, kas veikts 72 stundas pirms ieceļošanas Latvijā, pašizolēties uz 10 dienām, veikt vīrusa RNS testus pirmajās 24 stundās un astotajā dienā pēc ieceļošanas valstī.

5. decembrī E. Gulbja Laboratorija pavēstīja, ka diviem 4. decembrī lidostā "Rīga" testētajiem ielidojušajiem pasažieriem konstatēts SARS-CoV-2 omikrona variants.  

SARS-CoV-2 Variant B-1-1-529 Omicron lineage mutations.png|SARS-CoV-2 omikrona paveida mutācijas pīķa proteīna gēnā


## Skatīt arī

* COVID-19 diagnosticēšana
* Koronavīrusi

## Atsauces

## Ārējās saites