Escherichia coli

***Escherichia coli*** (dar dažnai vadinama santrumpa ***E. coli***) – gramneigiamos,  lazdelės formos bakterijos, fakultatyviniai anaerobai. Randamos šiltakraujų organizmų žarnyne. *E. coli* bei kiti fakultatyviniai anaerobai sudaro apie 0,1 % viso žarnyno floros. Dauguma *E. coli* padermių yra nepavojingos, bet kai kurie serotipai sukelia sunkų apsinuodijimą maistu.. Nepavojingos padermės yra dalis natūralios žarnyno mikrofloros ir gali teikti šeimininkams naudą gamindamos vitaminą K2, taip pat užkirsdamos kelią patogeniškų bakterijų įsitvirtinimui žarnyne. *E. coli* patenka į aplinką su išmatomis. Šios bakterijos sparčiai dauginasi šviežiose išmatose aerobinėse sąlygose 3 dienas, vėliau jų skaičius mažėja.

*E. coli* ir kiti fakultatyviniai anaerobai sudaro maždaug 0.1 % žarnyno mikrobiotos  ir fekalinis-oralinis perdavimas yra pagrindinis kelias, kuriuo plinta patogeniškos padermės, kurios sukelia ligas. Patekusios į aplinką šios bakterijos gali išgyventi ribotą laiką, todėl yra geras išmatomis užterštos aplinkos indikatorius. Tyrimais aptikta *E. coli* padermių, kurios palikusios šeimininką aplinkoje geba išlikti ilgus laiko tarpus.
Šios bakterijos yra nesudėtingai auginamos bei kultivuojamos laboratorijoje ir yra tiriamos daugiau nei 60 metų. *E. coli* yra chemoheterotrofai, kurių augimo terpėje turi būti anglies ir energijos šaltinis. *E. coli* yra plačiausiai tiriamas prokariotinis modelinis organizmas ir yra svarbi rūšis biotechnologijos ir mikrobiologijos moksluose, kur ji naudojama kaip organizmas-šeimininkas daugumai darbų su rekombinantine DNR. Tinkamose sąlygose bakterija dauginasi (pasidalija) kas 20 minučių.

## Istorija
1885 m vokiečių-austrų pediatras Theodor Escherich atrado šį organizmą sveikų individų išmatose. Jis pavadino šį žarnoje randamą organizmą *Bacterium coli commune*. Ankstyvoji prokariotų klasifikaciją šiuos organizmus skirstė pagal formą ir judrumą ir tuometinėje Ernst Haeckel'io klasifikacijoje jos buvo priskiriamos Monera karalystei. *Bacterium coli* buvo rūšis dabar jau negaliojačioje gentyje *Bacterium*. 1895 m. jos buvo perklasifikuotos į *Bacillus coli*  ir vėliau į naujai sukurtą gentį *Escherichia*, pavadintą pagal jų atradėją.

## Morfologija

E. coli yra gram-neigiama, fakultatyvinė anaerobinė (kuri gamina ATP aerobiniu kvėpavimu jeigu yra deguonies, bet gali fermentuoti ar anaerobiškai kvėpuoti jei deguonies nėra), nesporuliuojanti bakterija. Paprastai ląstelės yra lazdelės formos, maždaug 2.0 μm ilgio ir 0.25–1.0 μm skersmens; ląstelės tūris maždaug 0.6–0.7 μm³.  *E. coli* dažosi kaip Gam-neigiama, nes jos ląstelės sienelė yra sudaryta iš plono peptidoglikano sluokslio ir išorinės membranos. Gram dažymo metu, E. coli nusidažo safraninu rožine spalva. Padermės kurios turi žiuželius yra judrios.  Jos taip pat prisijungia ir pažeidžia žarnyno mikrogaurelius naudodamos prisitvirtinimo molekulę intiminą.

## Metabolizmas
E. coli gali gyventi ant didelės įvairovės substratų ir naudoja mišrų-rūgštinį fermentavimą anaerobinėmis sąlygomis, gamindamos laktatą, sukcinatą, etanoli, acetatą ir anglies dvideginį. Daugumą mišraus rūgštinio fermentavimo kelių gamina vandenilio dujas, todėl šiems metaboliniams būtinas žemas vandenilio lygis, kaip yra E. coli kartu gyvenant su vandenilį vartojančiais organizmai, kaip metanogenai ar sulfatą-redukuojančios bakterijos. E. coli optimali augimo temperatūra yra 37&nbsp;°C (98.6&nbsp;°F), tačiau kai kurios laboratorinės padermės gali daugintis iki 49&nbsp;°C (120&nbsp;°F). E. coli auga įvairiose laboratorinėse terpėse kaip lizogeninė terpė (LB), ar bet kurioje terpėje, kurioje yra gliukozės, amonio monofosfato, natrio chlorido, magnio sulfato, kalio difosfato ir vandens. 

## Genetika
E. coli ir į ją panašios bakterijos gali perduoti DNR bakterinės konjugacijos ar transdukcijos būdu, tokiu būdu bakterijų populiacijoje genetinis turinys papildomai platinamas horizontaliai. Transdukcijos procesas, kuriame naudojamas bakterijų virusas, vadinamas bakteriofagu  , yra atsakingas už geno, koduojančio šiga toksiną paplitimą ir perdavimą iš Shigella bakterijų į *E. coli*. Šis procesas padėjo susiformuoti *E. coli* O157:H7 padermei, kuri gamina šiga toksiną.
Pirma pilnai nuskaityta *E. coli* genomo (laboratorinės padermės K-12 atmaina MG1655) DNR seka buvo išspausdinta 1997 metais. Tai buvo vienas pirmųjų nusekvenuotų (nuskaityta DNR seka) organizmų. Genomas sudarytas iš žiedinės DNR molekulės talpinančios 4.6 mln bazių porų. DNR seka talpina 4288 anotuotų baltymus-koduojančių genų (organizuotų į 2584 operinus), septynių ribosominių RNR operonų, 86 transportinių RNR (tRNR). Nepaisant to, kad išsami *E. coli* genetinė analizė trunka maždaug 40 metų, didelis skaičius genų nėra aprašyti. Genai koduojami tankiai, vidutini tarpas tarp genų yra tik 118 bazių porų. Genome taip pat asta transpozonų, pasikartojančių elementų, integruotų bakteriofagų liekanų - kriptinių profagų. Šiai dienai nuskaityta daugiau nei 300 pilnų Escherichia ir Shigella rūšių genomų. Lyginant šias sekas rasta didelė įvairovė – tik maždaug 20% kiekvieno šių genomų priklauso visiems izoliatams, o maždaug 80% šių genomų gali varijuoti. Kiekvienas genomas turi tarp 4,000 ir 5,500 genų, tačiau vėl įvairovės šios rūšies genų įvairovė sumoje (pangenomas) viršija 16,000. Manoma, kad du trečdaliai *E. coli* pangenomo kilę iš kitų rūšių ir buvo perduota horizantalia genų pernaša.

## Įvairovė
Evoliuciniu požiūriu Shigella genties rūšys (*S. dysenteriae*, *S. flexneri*, *S. boydii* ir *S. sonnei*) turėtų būti klasifikuojamos kaip *E. coli* padermės, tačiau klasifikacija kol kas paremta šių rūšių medicinine svarba. Tuo tarpu kai kurios *E. coli* padermės (kaip K-12, naudojama rekombinantinės DNR darbams) yra pakankamai skirtinga ją perklasifikuoti. Padermė yra rūšies sub-grupė, kuri turi unikalius bruožuus skirtingus nuo kitų padermių. Šie skirtumai dažnai aptinkami molekuliniame lygmenyje, tačiau jie gali pasireikšti bakterijos fiziologijoje ar gyvenimo cikle. Pavyzdžiui, padermė gali įgyti patogeniškų bruožų, įgyti galimybę augti naudojant naują anglies šaltinį, ar užimti specifinę ekologinę nišą, ar įgyti atsparumą antibiotikams. Įvairios *E. coli* padermės dažnai specifinės šeimininkui, todėl leidžia nustatyti fekalinės taršos kilmę mėginiuose paimtuose iš aplinkos – ar ji kilusi iš žmogaus, kito žinduolio ar paukščio.

## ''E. coli'' padermių filogenezė

*E. coli* bakterijos filogenezė mokslininkų yra gerai išstudijuota. Pagrindinis *E. coli* atmainų šaltinis yra atrajotojai, būtent galvijai. Mėsa gali būti užkrėsta fekalijomis dėl prastų apdorojimo metodų skerdimo metu. Užkrėstų gyvulių išmatos gali užteršti kitus maisto produktus ir vandenį.
Dažna E. coli skirstymo sistema, nors neparemta evoliuciniu artumu, yra pagal serotipus. Ji paremta skirstymu pagal pagrindinius paviršiaus antigenus (O antigenas: dalis lipopolisacharidų sluoksnio; H: flagelinas; K antigenas: kapsulė), pvz., O157:H7). Tačiau dažnai cituojama tik serogrupė, t. y. O-antigenas. Žinoma virš 190 serogroupių. Įprasta laboratorinė padermė turi geno mutaciją, del kurios nesusiformuoja O-antigenas ir todėl yra netipuojama.  

Papildomai, *E. coli* gali būti klasifikuojamos pagal jų filogenezę, t. y. pagal jų numanomą evoliucinę istoriją. Tokiu būdu, remiantis viso genomo sekomis, yra išskiriamos penkios sub-rūšys arba šešios grupės. Tačiau, ryšys tarp filogenetinio atstumo ir patologijos yra nedidelis,  pvz., O157:H7 serottipo padermės, kurios sudaro kladą (“išskirtinę grupę”) – E grupę  – visos yra enterohemoraginės padermės (EHEC), bet ne visos EHEC padermės yra artimai susiję. Visos Shigella rūšys yra įsiterpę tarp *E. coli* rūšių, tuo tarpu kai kurios Escherichia rūšys - *E. albertii*, *E. fergusonii* yra už šios grupės. Visos dažniausiai molekuliniuose tyrimuose naudojamos E. coli padermės priklauso A groupei yr yra kilę iš Clifton’o K-12 padermės (λ⁺ F⁺; O16) ir rečiau d'Herelle Bacillus coli padermės (B padermės)(O7). 

## Simbiozė

E. coli priklauso bakterijų grupei neformaliai vadinamai koliformais, kurie randami ranami šiltakraujų gyvūnų žarnyne. Paprastai E. coli patenka į naujagymių žarnyną per 40 valandų po gimimo, su maistu ar vandeniu ar per žmones, kurie rūpinasi kūdikiu. Žarnyne E. coli prisitvirtina prie gleivių storojoje žarnoje. Kol bakterija neįgyja genetinių virulentiškumo veiknius koduojančių elementų ji yra nekenksmingas simbiontas. Nepatogeninė E. coli padermė Nissle 1917, dar žinoma kaip Mutaflor, ir E. coli O83:K24:H31 (žinoma kaip Colinfant) naudojamos kaip probiotikai medicinoje, dažniausiai įvairių gastroenterologinių susirgimų gydymui. 

## Patogenezė
Dauguma *E. coli* padermių nesukelia ligų, tačiau virulentiškos (patogeniškos) padermės gali sukelti gastroenteritą, šlapimo takų infekcijas, naujagimių meningitą, hemoraginį kolitą ir Krono ligą. Dažni simptomai - pilvo srities spazmai, diarėja, hemoraginis kolitas, pykinimas ir kartais karščiavimas. Retais atvejais virulentiškos padermės taip pat sukelia žarnų nekrozę (audinių mirtį) su įvairiomis komplikacijomis. Vaikai yra labiau jautrūs, tačiau sudėtinga liga dėl *E. coli* infekcijos gali išsivystyti visokeriopo amžiaus sveiki individams.

Patogeniškos *E. coli* padermės gamina įvairius virulentiškumo veiksnius – adhezinus (prisitvirtinimo molekules), toksinus, geležies-surinkimo sistemas, polisacharidinius apdangalus ir invazinus (molekules skirtas išvengti imuninio atsako). Kai kurios *E. coli* padermės, pvz., O157:H7, gali gaminti šiga toksiną. Dėl toksino veiklos atsiranda įtrūkimų audiniuose, todel infekcija sukelia kraujingą diarėją. Tokios padermės vadinamos enterohemoraginėmis *E. coli* (EHEC). Retais atvejais (dažniausiai vaikams ir senoliams) šiga toksiną gaminančių *E. coli* infekcija gali sukelti hemolitinį-ureminį sindromą (HUS). Šiga toksinas sukelia ankstyvą raudonųjų kraujo kūnelių žūtį, dėl kurios užsikiša kūno filtravimo sistemos, inkstai, gali visiškai sutrikti jų veikla ir infekcija gali būti mirtina.

2011 m gegužę vienas enterohemoraginės *E. coli* serotipas, O104:H4, buvo bakterinės epidemijos prasidėjusios Vokietijoje priežastis. Ši epidemija prasidėjo kuomet keletas žmonių Vokietijoje užsikrėtė enterohemoragine *E. coli* (EHEC) ir infekcija sukelė hemolitinį-ureminį sindroma (HUS), kuris reikalauja skubaus gydymo. Epidemija išplito į mažiausia 15 šalių įskaitant Šiaurės Amerikos regioną. 

Uropatogeniškos *E. coli* (UPEC) yra vienos pagrindinių šlapimo takų infekcijų sukėlėjų. Jos yra įprasta žarnyno mikrobiotos dalis ir per išmatas gali lengvai patekti į šlapimo takus.   UPEC *E. coli* patekę į šlapimo takus sugeba įveikti epitelinį barjerą ir sudaryti viduląstelines bakterines bendruomenes. UPEC infekcija ypač dažna moterims. Beveik pusė moterų per savo gyvneimą bent kartą suserga šlapimo takų infekcija, o 20-30 % moterų kenčia nuo pasikartojančių cistito epizodų kas 3-4 mėnesius. UPEC Infekcijos gali turėti komplikacijų, ypač nėščioms moterims, o perdavus bakterijas naujagymiams gali sukelti sepsį. 

*E. coli* taip pat yra dažniausia gram-neigiama bakterija sukelianti nuajagimių meningitą. *E. coli* padermės turinčios K1 kapsulės polisacharidą dominuoja tokiose infekcijose. *E. coli* K1 sugeba įveikti kraujo-smegenų barjerą ir prasiveržti į centrinę nervų sistemą. Daugindamosis jos išskiria toksinius junginius, kurie sukelia uždegimą, kuris padidina kraujo-smgenų barjero pralaidumą ir baltieji kraujo kūneliai patekę į smegenis sukelia meningitą.

*E. coli* dažniau atsparios nuo seno žmonių gydymui ir veterinarijoje naudojamiems antibiotikams, tokiems kaip ampicilinas. Tačiau, pastaruosius du dešimtmečius pradėjo plisti daugiavaisčio atsparumo padermės, atsparios naujesniems antibiotikams įskaitant fluorochinolonus ir išplėsto spektro cefalosporinus.

## Modelinis organizmas gyvybės mokslų tyrimams
*E. coli* nuo seno kultyvuojama laboratorijose ir lengvai manipuliuojama, todėl turi svarbų vaidmenį moderniuose gyvybės moksluose, bioinžinerijoje ir industrinėje mikrobiologijoje. Stanley Norman Cohen ir Herbert Boyer darbai su *E. coli*, kuriuose jie panaudojo plazmides ir restrikcijos fermentus sukurti rekombinantinę DNR, tarpo biotechnologijos pagrindu.

*E. coli* yra įprastas šeimininkas ivairioms baltymų raiškos sistemoms, kuriomis gaminami rekombinantiniai baltymai. Naudojant plazmidinius vektorius mokslininkai gali įterpti genus, kurie leidžia tirti šių genų savybes, išskirti ir tirti baltymus, bei gaminti didelius kiekius norimų baltymų industriniams tikslams. Vienas pirmų rekombinantinės DNR technologijos panaudojimų buvo *E. coli* modifikacija skirta gaminti žmogaus insuliną.

## Šaltiniai