Daftar mamalia di Indonesia

Ini adalah daftar mamalia di Indonesia. Daftar ini berasal dari Daftar Merah IUCN dan mencakup mamalia yang telah punah sejak tahun 1500. Tengara berikut digunakan untuk menyoroti status pelestarian setiap spesies:

## Subkelas: [[Yinotheria]]

### Ordo: [[Monotremata]] (monotrema)
Monotremata merupakan mamalia yang bertelur dan tidak melahirkan anak. Momotremata terdiri dari platipus dan nokdiak.

* Famili: Tachyglossidae (nokdiak)
** Genus: *[[Nokdiak moncong-pendek|Tachyglossus]]*
*** Nokdiak moncong-pendek, *T. aculeatus* 
** Genus: *[[Nokdiak moncong panjang|Zaglossus]]*
*** Payangko, *Z. attenboroughi* 
*** Nokdiak baliem, *Z. bartoni* 
*** Nokdiak irian, *Z. bruijnii* 

## Subkelas [[Metatheria]]

### Ordo: [[Dasyuromorphia]] (marsupial karnivora)
Ordo Dasyuromorphia mencakup sebagian besar marsupial karnivora, termasuk gumbem, tikus kantong, numbat, setan Tasmania, dan harimau Tasmania yang baru saja punah.

* Famili : Dasyuridae
** Genus: *[[Gumbem|Dasyurus]]*
*** Gumbem jen, *D. albopunctatus* 
*** Gumbem besar, *D. spartacus* 
** Genus: *[[Hefa habbema|Micromurexia]]*
*** Hefa habbema, *Mikromurexia habbema* 
** Genus: *[[Hefa ekor-hitam|Murexechinus]]*
*** Hefa ekor-hitam, *Murexechinus melanurus* 
** Genus: *[[Kwarau|Murexia]]*
*** Kwarau ekor-panjang, *Murexia longicaudata* 
** Genus: *[[Insisi|Myoictis]]*
*** Insisi pasin, *Myoictis melas* 
*** Insisi wallace, *Myoictis wallacii* 
*** Insisi tate, *Myoictis wavicus* 
** Genus: *[[Yonga cakar-panjang|Neophascogale]]*
*** Yonga cakar-panjang, *Neophascogale lorentzi* 
** Genus: *[[Matonga|Phascolosorex]]*
*** Matonga perut-merah, *Phascolosorex doriae* 
*** Matonga garis, *Phascolosorex dorsalis* 
** Genus: *[[Hefa hidung-panjang|Phascomurexia]]*
*** Hefa hidung-panjang, *Phascomurexia naso* 
** Genus: *[[Kilyo-peyang|Planigale]]*
*** Kilyo-peyang papua, *Planigale novaeguineae* 
** Genus: *[[Heinar|Sminthopsis]]*
*** Heinar coklat, *Sminthopsis archerii* 
*** Heinar tukang kayu, *Sminthopsis butleri* 
*** Heinar pipi merah, *Sminthopsis virginiae* 

### Ordo: [[Peramelemorphia]] (kusu tanah, kalubu dan kusu kelinci)
Peramelemorphia mencakup kusu tanah dan kusu kelinci : hewan ini kira-kira setara dengan omnivora marsupial pada umumnya. Semua anggota ordo tersebut merupakan hewan endemik di dua daratan utama Australia - Nugini dan sebagian besar memiliki bentuk khas kusu tanah: tubuh gemuk, punggung melengkung dengan moncong panjang dan meruncing, telinga tegak sangat besar, kaki relatif panjang dan kurus, serta ekor tipis.

* Famili: Peramelidae (Kusu tanah dan kalubu)
** Genus: *[[Kalubu|Echymipera]]*
*** Kalubu urem, *E. clara* 
*** Kalubu esut, *E. kalubu* 
*** Kalubu nambap-sop, *E. rufescens* 
** Genus: *Isodon*
*** Kusu-tanah coklat utara, *I. macrourus* 
** Genus: *Mikroperoryctes*
*** Kusu-tanah kerdil Arfak, *M.aplini* 
*** Kusu-tanah garis, *M. longicauda* 
*** Kusu-tanah tikus, *M. murina* 
** Genus: *Peroryctes*
*** Kusu-tanah Raffray, *P. raffrayana* 
** Genus: *[[Mabaya Seram|Rhynchomeles]]*
*** Mabaya seram, *R. prattorum* 

### Ordo: [[Diprotodontia]] (kanguru, walabi, wombat, dan sejenisnya)
Diprotodontia adalah ordo besar sekitar 120 mamalia berkantung termasuk kanguru, walabi, kilyo, koala, wombat, dan banyak lainnya. Mereka terbatas di Australasia .

* Family Burramyidae (Rididil)
** Genus: *Cercartetus*
*** Rididil ekor-panjang, *Cercartetus caudatus* 
* Family Phalangeridae
** Genus: *[[Bubutu|Ailurops]]*
*** Bubutu talaud, *Ailurops melanotis* 
*** Bubutu sulawesi, *Ailurops ursinus* 
** Genus: *[[Phalanger]]*
*** Kuskus gebe, *Phalanger alexandrae* 
*** Kuskus gunung, *Phalanger carmelitae* 
*** Kuskus tanah, *Phalanger gymnotis* 
*** Kuskus mata-biru, *Phalanger matabiru* 
*** Kuskus kelabu, *Phalanger mimicus* 
*** Kuskus coklat, *Phalanger orientalis* 
*** Kuskus maluku, *Phalanger ornatus* 
*** Kuskus Rothschild, *Phalanger rothschildi* 
*** Kuskus sutra, *Phalanger sericeus* 
*** Kuskus Stein, *Phalanger vestitus* 
** Genus: *[[Spilocuscus]]*
*** Kuskus tutul biasa, *Spilocuscus maculatus* 
*** Kuskus waigeo, *Spilocuscus papuensis* 
*** Kuskus tutul-hitam, *Spilocuscus rufoniger* 
*** Kuskus tutul biak, *Spilocuscus wilsoni* 
** Genus: *[[Nibilam|Strigocuscus]]*
*** Nibilam tembung, *Strigocuscus celebensis* 
*** Nibilam guanal, *Strigocuscus pelengensis* 
* Family: Petauridae
** Genus: *[[Kempelon|Dactylopsila]]*
*** Kempelon ekor-besar, *Dactylopsila megalura* 
*** Kempelon ubum, *Dactylopsila palpator* 
*** Kempelon ladi, *Dactylopsila trivirgata* 
** Genus: *[[Wupih|Petaurus]]*
*** Wupih manaf, *Petaurus biacensis* 
*** Wupih sirsik, *Petaurus breviceps*
*** Wupih halmahera, *Petaurus notatus*
* Family: Pseudocheiridae
** Genus: *[[Mandorman|Pseudochirops]]*
*** Mandorman yapen, *Pseudochirops albertisii* 
*** Mandorman biasa, *Pseudochirops corinnae* 
*** Mandorman irian, *Pseudochirops coronatus* 
*** Mandorman niduk, *Pseudochirops cupreus* 
** Genus: *[[Kilyo ekor-kait|Pseudochirulus]]*
*** Bokidin dataran rendah, *Pseudochirulus canescens* 
*** Bokidin sagane, *Pseudochirulus caroli* 
*** Bokidin topeng, *Pseudochirulus larvatus* 
*** Bokidin paluga, *Pseudochirulus mayeri* 
*** Bokidin doberai, *Pseudochirulus schlegeli* 
* Family: Acrobatidae
** Genus: *Distoechurus*
*** Kilyo ekor bulu, *Distoechurus pennatus* 
* Family: Macropodidae
** Genus: *[[Unijo|Dendrolagus]]*
*** Unijo Goodfellow, *Dendrolagus goodfellowi* 
*** Unijo kelabu, *Dendrolagus inustus* 
*** Dingiso, *Dendrolagus mbaiso* 
*** Unijo mantel-emas, *Dendrolagus pulcherrimus* 
*** Unijo seri, *Dendrolagus stellarum* 
*** Unijo nemena, *Dendrolagus ursinus* 
** Genus: *[[Lau-lau|Dorcopsis]]*
*** Soyabu, *Dorcopsis hageni* 
*** Lau-lau kelabu, *Dorcopsis luctuosa* 
*** Lau-lau coklat, *Dorcopsis muelleri* 
** Genus: *[[Walep-rimba|Dorcopsulus]]*
*** Walep kecil, *Dorcopsulus vanheurni* 
** Genus: *Macropus*
*** Walep saham, *Macropus agilis* 
** Genus: *[[Pelandu|Thylogale]]*
*** Pelandu nugini, *Thylogale browni* 
*** Pelandu aru, *Thylogale brunii* 
*** Pelandu kaki-merah, *Thylogale stigmatica* 

## Subkelas [[Eutheria]]

### Ordo: [[Proboscidea]] (gajah)
Gajah terdiri dari tiga spesies yang masih hidup dan merupakan hewan darat terbesar yang masih hidup.

* Famili: Elephantidae
** Genus: *[[Elephas|Gajah]]*
*** Gajah Asia, *E. maximus*  

### Ordo: [[Sirenia]] (lembu laut dan duyung)
Sirenia merupakan ordo mamalia herbivora akuatik penuh yang mendiami sungai, muara, perairan laut pesisir, rawa, dan lahan basah laut. Keempat spesies tersebut terancam punah.

* Famili Dugongidae
** Marga: *[[Duyung|Dugong]]*
*** Duyung, *D. dugon*  

### Ordo: [[Tupai|Scandentia]] (Tupai)
Tupai adalah mamalia kecil yang berasal dari hutan tropis Asia Tenggara . Binatang ini kerap dikelirukan dengan bajing.

* Famili Tupaiidae
** Genus: *[[Labo|Dendrogale]]*
*** Labo lohisan, *D. melanura*  
** Genus: *[[Tupaia]]*
*** Tupai mentawai, *T. chrysogaster*  
*** Tupai garis, *T. dorsalis*  
*** Tupai akar, *T. glis*  
*** Tupai ramping, *T. gracilis*  
*** Tupai kekes, *T. javanica*  
*** Tupai kaki-panjang, *T. longipes*  
*** Tikus kecil, *T. minor*  
*** Tupai tercat, *T. picta*  
*** Tupai merah, *T. splendidula*  
*** Tupai tanah, *T. tana*  
* Famili Ptilocercidae
** Genus: *[[Ptilocercus]]*
*** Tupai ekor-bulubulu, *P. lowii*  

### Ordo: [[Kubung|Dermoptera]] (kubung)
Kedua spesies kubung membentuk ordo Dermoptera. Mereka adalah mamalia peluncur arboreal yang ditemukan di Asia Tenggara .

* Famili Cynocephalidae
** Genus: *[[Kubung sunda|Galeopterus]]*
*** Kubung Sunda, *G. variegatus*  

### Ordo: [[Primata]]
Ordo Primata mencakup manusia dan kerabat terdekatnya: lemur, kukang, monyet, dan kera .

* Family Lorisidae
** Genus: *[[Kukang|Nycticebus]]*
*** Kukang bangka, *N. bancanus* 
*** Kukang kalimantan, *N. borneanus* 
*** Kukang sunda, *N. coucang* 
*** Kukang jawa, *N. javanicus* 
*** Kukang kayan, *N. kayan*
*** kukang filipina, *N. menagensis* 
* Family Tarsiidae
** Genus: *[[Krabuku ingkat|Cephalopachus]]*
*** Tarsius ingkat, *C. bancanus* 
** Genus: *[[Krabuku|Tarsius]]*
*** Tarsius dian, *T. dentatus* 
*** Tarsius lariang, *T. lariang* 
*** Tarsius peleng, *T. pelengensis* 
*** Tarsius kerdil, *T. pumilus* 
*** Tarsius sangir, *T. sangirensis* 
*** Tarsius selayar, *T. tarsier* 
* Family Cercopithecidae (Old World monkeys)
** Genus: *[[Makaka|Macaca]]*
*** Monyet kera, *M. fascicularis* 
*** Monyet hada, *M. hecki* 
*** Monyet darre, *M. maura* 
*** Beruk, *M. nemestrina* 
*** Yaki, *M. nigra* 
*** Monyet gorontalo, *M. nigrescens* 
*** Monyet digo, *M. ochreata* 
*** Bokoi, *M. pagensis* 
*** Monyet siberut, *M. siberu* 
*** Monyet boti, *M. tonkeana* 
** Genus: *[[Bekantan|Nasalis]]*
*** Bekantan, *N. larvatus* 
** Genus: *[[Surili|Presbytis]]*
*** Lutung hitam-putih, *P. bicolor* 
*** Lutung sarawak, *P. chrysomelas* 
*** Lutung jawa, *P. comata* 
*** Lutung kutai, *P. canicrus* 
*** Lutung jirangan, *P. frontata* 
*** Lutung kokah, *P. femoralis* 
*** Lutung banggat, *P. hosei* 
*** Simpai, *P. melalophos* 
*** Lutung kerinci, *P. mitrata* 
*** Kekah natuna *P. natunae* 
*** Kekah sumatra, *P. percura* 
*** Lutung mentawai, *P. potenziani* 
*** Lutung merah, *P. rubicunda* 
*** Lutung monosop, *P. sabana* 
*** Lutung paha-putih, *P. siamensis* 
*** Lutung siberut, *P. siberu* 
*** Lutung hitam, *P. sumatrana* 
*** Kedih, *P. thomasi* 
** Genus: *[[Simakobu|Simias]]*
*** Simakobu, *S. concolor* 
** Genus: *[[Lutung|Trachypithecus]]*
*** Lutung budeng, *T. auratus* 
*** Lutung kelabu, *T. cristatus* 
*** Lutung muara, *T. mauritius* 
* Family Hylobatidae (gibbons)
** Genus: *Hylobates*
*** Owa ungko, *H. agilis* 
*** Owa kalimantan, *H. albibarbis* 
*** Owa bilau, *H. klossii* 
*** Owa serudung, *H. lar* 
*** Owa jawa, *H. moloch* 
*** Owa kalawat, *H. muelleri* 
** Genus: *[[Siamang|Symphalangus]]*
*** Siamang, *S. syndactylus* 
* Family Hominidae
** Genus: *[[Orang utan|Pongo]]*
*** Orangutan sumatra, *P. abelii* 
*** Orangutan kalimantan, *P. pygmaeus* 
*** Orangutan tapanuli, *P. tapanuliensis* 

### Ordo: [[Hewan pengerat|Rodentia]] (hewan pengerat)
Hewan pengerat merupakan ordo mamalia terbesar, mencakup lebih dari 40% spesies mamalia. Mereka memiliki dua gigi seri di rahang atas dan bawah yang tumbuh terus menerus dan harus dijaga tetap pendek dengan cara menggerogoti. Kebanyakan hewan pengerat berukuran kecil, namun kapibara beratnya bisa mencapai 
*Family Hystricidae (Old World porcupines)
**Genus: *[[Atherurus]]*
***Landak ekor-sikat asia, *Atherurus macrourus* 
**Genus: *[[Hystrix (porcupine)|Hystrix]]*
***Landak raja, *H. brachyura* 
***Landak butun, *Hystrix crassispinis* 
***Landak jawa, *Hystrix javanica* 
***Landak sumatra, *Hystrix sumatrae* 
**Genus: *[[Angkis kelabi|Trichys]]*
***Angkis kelabi, *Trichys fasciculata* 
*Family Sciuridae (squirrels)
**Genus: *[[Aeromys]]*
***Kuvung hitam, *Aeromys tephromelas* 
***Kuvung kalay, *Aeromys thomasi* 
**Genus: *[[Callosciurus]]*
***Bajing telinga-totol, *Callosciurus adamsi* 
***Bajing kloss, *Callosciurus albescens* 
***Bajing mentawai, *Callosciurus melanogaster* 
***Bajing hitam, *Callosciurus nigrovittatus* 
***Bajing kelapa, *Callosciurus notatus* 
***Bajing kelabu, *Callosciurus orestes* 
***Bajing mandiwoi, *Callosciurus prevostii* 
**Genus: *[[Mantol|Dremomys]]*
***Mantok kalimantan, *Dremomys everetti* 
**Genus: *[[Sukau|Exilisciurus]]*
***Sukau pukang, *Exilisciurus exilis* 
***Sukau tuning, *Exilisciurus whiteheadi* 
**Genus: *[[Kerichek merah|Glyphotes]]*
***Kerichek merah, *Glyphotes simus* 
**Genus: *[[Cukbo|Hylopetes]]*
***Cukbo jawa, *Hylopetes bartelsi* 
***Cukbo kecubu, *Hylopetes lepidus* 
***Cukbo Jentink, *Hylopetes platyurus* 
***Cukbo sipora, *Hylopetes sipora* 
***Cukbo pipi-merah, *Hylopetes spadiceus* 
***Cukbo aceh, *Hylopetes winstoni* 
**Genus: *[[Jou|Hyosciurus]]*
***Jou gunung, *Hyosciurus heinrichi* 
***Jou dataran, *Hyosciurus ileile* 
**Genus: *[[Lugau|Iomys]]*
***Lugo jawa, *Iomys horsfieldii* 
***Lugo mentawai, *Iomys sipora* 
**Genus: *[[Bokol|Lariscus]]*
***Bokol buut, *Lariscus insignis* 
***Bokol gunung, *Lariscus niobe* 
***Bokol mentawai, *Lariscus obscurus* 
**Genus: *[[Tando|Petaurista]]*
***Tando totol, *Petaurista elegans* 
**Genus: *[[Kepul|Petinomys]]*
***Kepul jambang, *Petinomys genibarbis* 
***Kepul hagen, *Petinomys hageni* 
***Kepul siberut, *Petinomys lugens* 
***Kepul panah, *Petinomys sagitta* 
***Kepul kecil, *Petinomys setosus* 
***Kepul dada-putih, *Petinomys vordermanni* 
**Genus: *[[Tendelango|Prosciurillus]]*
***Tendelango salakko, *Prosciurillus abstrusus* 
***Tendelango putih, *Prosciurillus leucomus* 
***Tendelango simsim, *Prosciurillus murinus* 
***Tendelango sangihe, *Prosciurillus rosenbergii* 
***Tendelango beting, *Prosciurillus weberi* 
**Genus: *[[Pusing|Pteromyscus]]*
***Pusig berbedak, *Pteromyscus pulverulentus* 
**Genus: *[[Jelarang|Ratufa]]*
***Jelarang bilalang, *Ratufa affinis* 
***Jelarang hitam, *Ratufa bicolor* 
**Genus: *[[Papun babu|Rheithrosciurus]]*
***Papun babu, *Rheithrosciurus macrotis* 
**Genus: *[[Memai naning|Rhinosciurus]]*
***Memai naning, *Rhinosciurus laticaudatus* 
**Genus: *[[Dowu-dowu|Rubrisciurus]]*
***Dowu-dowu, *Rubrisciurus rubriventer* 
**Genus: *[[Tigae|Sundasciurus]]*
***Tigae Brook, *Sundasciurus brookei* 
***Tigae pagai, *Sundasciurus fraterculus* 
***Tigae tantag, *Sundasciurus hippurus* 
***Tigae tolikid, *Sundasciurus jentinki* 
***Tigae wakihak, *Sundasciurus lowii* 
***Tigae bancirot, *Sundasciurus tenuis* 
*Family Spalacidae
**Genus: *[[Rhizomys]]*
***Tikus bambu besar, *Rhizomys sumatrensis* 
*Family Muridae
**Genus: *[[Anisomys]]*
***Tikus gigi bating, *Anisomys imitator* 
**Genus: *[[Baiyankamys]]*
***Kilit gunung, *Baiyankamys habbema* 
**Genus: *[[Bandicota]]*
***Wirok kecil, *Bandicota bengalensis* 
***Wirok besar, *Bandicota indica* 
**Genus: *[[Berylmys]]*
***Tikus gigi-putih, *Berylmys bowersi* 
**Genus: *[[Pangusan|Bunomys]]*
***Pangusan lembah, *Bunomys andrewsi* 
***Pangusan kuning, *Bunomys chrysocomus* 
***Pangusan lompobattang, *Bunomys coelestis* 
***Pangusan minahasa, *Bunomys fratrorum* 
***Pangusan lindu, *Bunomys penitus* 
***Pangusan sulawesi, *Bunomys prolatus* 
**Genus: *[[Nyingnying|Chiropodomys]]*
***Nyingnying buluh, *Chiropodomys gliroides* 
***Nyingnying mentawai, *Chiropodomys karlkoopmani* 
***Nyingnying kelabu, *Chiropodomys muroides* 
***Nyingnying kalimantan, *Chiropodomys pusillus* 
**Genus: *[[Coccymys]]*
***Mencit-sikat gigi-putih, *Coccymys albidens* 
***Mencit-sikat ekor-rambut, *Coccymys ruemmleri* 
**Genus: *[[Coryphomys]]*
***Tikus puncak timor, *Coryphomys buehleri* 
**Genus: *[[Tarem|Echiothrix]]*
***Tarem lindu, *Echiothrix centrosa* 
***Tarem minahasa, *Echiothrix leucura* 
**Genus: *[[Lehio barambang|Eropeplus]]*
***Lehio barambang, *Eropeplus canus* 
**Genus: *[[Haeromys]]*
***Ranai akar, *Haeromys margarettae* 
***Ranai toreanpasi, *Haeromys minahassae* 
***Ranai piu-piu, *Haeromys pusillus* 
**Genus: *[[Gulit|Hydromys]]*
***Gulit air, *Hydromys chrysogaster* 
***Gulit kecil, *Hydromys hussoni* 
**Genus: *[[Ipuzi mikwol|Hyomys]]*
***Ipuzi mikwol, *Hyomys dammermani* 
**Genus: *[[Tikus gunung sody|Kadarsanomys]]*
***Tikus gunung sody, *Kadarsanomys sodyi* 
**Genus: *[[Tikus komodo|Komodomys]]*
***Tikus komodo, *Komodomys rintjanus* 
**Genus: *[[Tangkara|Lenomys]]*
***Tangkara biasa, *Lenomys meyeri* 
**Genus: *[[Lenothrix]]*
***Tangkara sulawesi, *Lenothrix canus* 
**Genus: *[[Berud|Leopoldamys]]*
***Berud sunda, *Leopoldamys ciliatus* 
***Berud diwangkara, *Leopoldamys diwangkarai* 
***Berud boud, *Leopoldamys sabanus* 
***Berud mentawai, *Leopoldamys siporanus* 
**Genus: *[[Piaki|Lorentzimys]]*
***Piaki, *Lorentzimys nouhuysi* 
**Genus: *[[Naikmanung|Mallomys]]*
***Naikmanung kuyawage, *Mallomys aroaensis* 
***Naikmanung andimbo, *Mallomys gunung* 
***Naikmanung amungme, *Mallomys istapantap* 
***Naikmanung tumbi, *Mallomys rothschildi* 
**Genus: *[[Mammelomys]]*
***Tuni sisik, *Mammelomys lanosus* 
***Tuni besar, *Mammelomys rattoides* 
**Genus: *[[Wangetan|Margaretamys]]*
***Wangetan biasa, *Margaretamys beccarii* 
***Wangetan soma, *Margaretamys elegans* 
***Wangetan kecil, *Margaretamys parvus* 
***Wangetan Christin, *Margaretamys christinae*
**Genus: *[[Lesoq-lati|Maxomys]]*
***Lesoq-lati Bartel, *Maxomys bartelsii* 
***Lesoq-lati Dolman, *Maxomys dollmani* 
***Lesoq-lati Hellwad, *Maxomys hellwaldii* 
***Lesoq-lati Sumatra, *Maxomys hylomyoides* 
***Lesoq-lati pait, *Maxomys musschenbroekii* 
***Lesoq-lati hidung-besar, *Maxomys inflatus* 
***Lesoq-lati perut-coklat, *Maxomys ochraceiventer* 
***Lesoq-lati pagai, *Maxomys pagensis* 
***Lesoq-lati rajah, *Maxomys rajah* 
***Lesoq-lati merah, *Maxomys surifer* 
***Lesoq-lati Watt, *Maxomys wattsi* 
***Lesoq-lati Whitehead, *Maxomys whiteheadi* 
**Genus: *[[Tikus malam|Melasmothrix]]*
***Tikus malam sulawesi, *Melasmothrix naso* 
**Genus: *[[Melomys]]*
***Tuni kusam, *Melomys aerosus* 
***Tuni kei, *Melomys bannisteri* 
***Tuni yamdena, *Melomys cooperae* 
***Tuni manusela, *Melomys fraterculus* 
***Tunik lek, *Melomys frigicola* 
***Tuni seram, *Melomys fulgens* 
***Tuni riama, *Melomys howi* 
***Tuni perut-putih, *Melomys leucogaster* 
***Tuni rumput, *Melomys lutillus* 
***Tuni obi, *Melomys obiensis* 
***Tuni Pavel, *Melomys paveli* 
***Tuni ekor-hitam, *Melomys rufescens* 
***Tuni talaud ekor-pendek, *Melomys caurinus* 
***Tuni talaud ekor-panjang, *Melomys talaudium* 
**Genus: *[[Microhydromys]]*
***Mencit air gigi-alur, *Microhydromys richardsoni* 
**Genus: *[[Mus (genus)|Mus]]*
***Mencit sawah, *Mus caroli* 
***Mencit kelabu, *Mus cervicolor* 
***Mencit sumatra, *Mus crociduroides* 
***Mencit rumah, *M. musculus* 
***Mencit deli, *Mus terricolor* 
***Mencit jawa, *Mus vulcani* 
**Genus: *[[Tikus gunung seram|Nesoromys]]*
***Tikus gunung seram, *Nesoromys ceramicus* 
**Genus: *[[Tikus-pohon|Niviventer]]*
***Tikus-pohon ekor-gelap, *Niviventer cremoriventer* 
***Tikus-pohon sumatra, *Niviventer fraternus* 
***Tikus-pohon dada-coklat, *Niviventer fulvescens* 
***Tikus-pohon jawa, *Niviventer lepturus* 
***Tikus-pohon ekor-panjang, *Niviventer rapit* 
**Genus: *[[Betu|Papagomys]]*
***Betu flores, *Papagomys armandvillei* 
***Betu kecil, *Papagomys theodorverhoeveni* 
**Genus: *[[Tikus-air rambut-kasar|Parahydromys]]*
***Tikus-air rambut-kasar, *Parahydromys asper* 
**Genus: *[[Paraleptomys]], *
***Tikus-air pinggang-merah, *Paraleptomys rufilatus* 
***Tikus-air rambut-pendek, *Paraleptomys wilhelmina* 
**Genus: *[[Paramelomys]]*
***Tuni yakuhimo, *Paramelomys lorentzii* 
***Tuni sene, *Paramelomys mollis* 
***Tuni hidung-panjang, *Paramelomys naso* 
***Tuni dataran-rendah, *Paramelomys platyops* 
***Tuni amuk, *Paramelomys rubex* 
***Tuni Stein, *Paramelomys steini* 
**Genus: *[[Paruromys]]*
***Soma pangaladen, *Paruromys dominator* 
**Genus: *[[Paulamys]]*
***Tikus flores, *Paulamys naso* 
**Genus: *[[Monmon jawa|Pithecheir]]*
***Monmon jawa, *Pithecheir melanurus* 
**Genus: *[[Monmon kalimantan|Pithecheirops]]*
***Monmon kalimantan, *Pithecheirops otion* 
**Genus: *[[Pogonomelomis|Pogonomelomys]]*
***Pogonomelomis kelabu, *Pogonomelomys brassi* 
***Pogonomelomis dataran-rendah, *Pogonomelomys bruijni* 
***Pogonomelomis irian, *Pogonomelomys mayeri* 
**Genus: *[[Choiwoibea|Pogonomys]]*
***Choiwoibea halus, *Pogonomys loriae* 
***Choiwoibea hitam, *Pogonomys macrourus* 
***Choiwoibea kelabu, *Pogonomys sylvestris* 
**Genus: *[[Pseudohydromys]]*
***Mencit-air gigi-satu, *Pseudohydromys ellermani* 
***Mencit-air barat, *Pseudohydromys occidentalis* 
**Genus: *[[Rattus]]*
***Tikus enggano, *Rattus adustus* 
***Tikus Annandele, *Rattus annandalei* 
***Tikus arfak, *Rattus arfakiensis* 
***Tikus sawah, *Rattus argentiventer* 
***Tikus papua barat, *Rattus arrogans* 
***Tikus aceh, *Rattus blangorum* 
***Tikus bonthain, *Rattus bontanus* 
***Tikus sula, *Rattus elaphinus* 
***Tikus enggano, *Rattus enganus* 
***Tikus polinesia, *Rattus exulans* 
***Tikus seram, *Rattus feliceus* 
***Tikus ruteng, *Rattus hainaldi* 
***Tikus kambola, *Rattus hoffmanni* 
***Tikus Hoogerwerf, *Rattus hoogerwerfi* 
***Tikus nambap-sop, *Rattus jobiensis* 
***Tikus Koopman, *Rattus koopmani* 
***Tikus kerinci, *Rattus korinchi* 
***Tikus mentawai, *Rattus lugens* 
***Tikus malakput, *Rattus marmosurus* 
***Tikus lompobattang, *Rattus mollicomulus* 
***Tikus morotai, *Rattus morotaiensis* 
***Tikus himalaya, *Rattus nitidus* 
***Tikus coklat, *R. norvegicus*  diperkenalkan
***Tikus Arianus, *Rattus omichlodes* 
***Tikus peleng, *Rattus pelurus* 
***Tikus senok, *Rattus praetor* 
***Tikus hitam, *Rattus rattus* 
***Tikus gletser, *Rattus richardsoni* 
***Tikus salokko, *Rattus salocco* 
***Tikus simalur, *Rattus simalurensis* 
***Tikus Stein, *Rattus steini* 
***Tikus Tanezumi, *Rattus tanezumi* 
***Tikus timor, *Rattus timorensis* 
***Tikus belukar, *Rattus tiomanicus* 
***Tikus ramping, *Rattus verecundus* 
***Tikus torean, *Rattus xanthurus* 
**Genus: *[[Parui minahasa|Sommeromys]]*
***Parui minahasa, *Sommeromys macrorhinos* 
**Genus: *[[Tikus gua flores|Spelaeomys]]*
***Tikus gua flores, *Spelaeomys florensis* 
**Genus: *[[Sundamys]]*
***Tikus besar gunung, *Sundamys infraluteus* 
***Tikus besar cibuni, *Sundamys maxi* 
***Tikus besar Mueller, *Sundamys muelleri* 
**Genus: *[[Mea|Taeromys]]*
***Mea salokko, *Taeromys arcuatus* 
***Mea tengka, *Taeromys callitrichus* 
***Mea turean, *Taeromys celebensis* 
***Mea kura, *Taeromys hamatus* 
***Mea telinga-kecil, *Taeromys microbullatus* 
***Mea hutan, *Taeromys punicans* 
***Mea tondano, *Taeromys taerae* 
**Genus: *[[Tata (hewan)|Tateomys]]*
***Tata minahasa, *Tateomys macrocercus* 
***Tata Tate, *Tateomys rhinogradoides* 
**Genus: *[[Uromys]]*
***Keneta dani, *Uromys anak* 
***Keneta biak, *Uromys boeadii* 
***Keneta ekor-totol, *Uromys caudimaculatus* 
***Keneta Emma, *Uromys emmae* 
***Keneta kei, *Uromys siebersi* 
**Genus: *[[Balaowai minahasa|Waiomys]]*
***Balaowai minahasa, *Waiomys mamasae* 
**Genus: *[[Tikus-raksasa misai-panjang|Xenuromys]]*
***Tikus-raksasa misai-panjang, *Xenuromys barbatus* 

### Ordo: [[Lagomorpha]] (lagomorfa)
Lagomorfa terdiri dari dua famili, Leporidae ( terwelu dan kelinci ), dan Ochotonidae ( pika ). Meskipun mereka menyerupai hewan pengerat, dan diklasifikasikan sebagai superfamili dalam ordo tersebut hingga awal abad ke-20, sejak itu mereka dianggap sebagai ordo terpisah. Mereka berbeda dari hewan pengerat dalam sejumlah ciri fisik, seperti memiliki empat gigi seri di rahang atas, bukan dua.

* Famili Leporidae
** Marga: *[[Terwelu|Lepus]]*
*** Terwelu jawa, *L. nigricollis*  mungkin diperkenalkan 
** Genus: *[[Nesolagus]]*
*** Kelinci lutuk, *Nesolagus netscheri* 

### Ordo [[Eulipotyphla]] (celurut, tikus tanah, dan landak)
"Bentuk celurut" merupakan mamalia pemakan serangga. Celurut dan solenodon sangat mirip tikus, sementara tikus tanah merupakan penggali yang berbadan kekar. Landak mudah dikenali dari duri-durinya sementara balabo lebih mirip tikus besar.

* Family: Erinaceidae
** Genus: *[[Landak berbulu|Echinosorex]]*
*** Rindil bulan, *Echinosorex gymnura* 
** Genus: *[[Balabo|Hylomys]]*
*** Balabo kerici, *Hylomys parvus* 
*** Balabo kalimantan, *Hylomys dorsalis*
*** Balabo utara, *Hylomys maxi*
*** Balabo jawa, *Hylomys suillus* 
*** Balabo leuser, *Hylomys vorax*
* Family: Soricidae (shrews)
** Genus: *Chimarrogale*
*** Celurut air kalimantan, *Chimarrogale phaeura* 
*** Celurut air sumatra, *Chimarrogale sumatrana* 
** Genus: *[[Crocidura]]*
*** Celurut kinabalu, *Crocidura baluensis* 
*** Celurut batak, *Crocidura batakorum*
*** Celurut barisan, *Crocidura beccarii* 
*** Celurut ekor-tebal, *Crocidura brunnea* 
*** Celurut lanjar, *Crocidura elongata* 
*** Celurut kalimantan, *Crocidura foetida* 
*** Celurut bukit, *Crocidura hilliana* 
*** Celurut hutan, *Crocidura hutanis* 
*** Celurut utara , *Crocidura jenkinsi* 
*** Celurut sulawesi, *Crocidura lea* 
*** Celurut gadang, *Crocidura lepidura* 
*** Celurut kecil sulawesi, *Crocidura levicula* 
*** Celurut melayu, *Crocidura malayana* 
*** Celurut jawa, *Crocidura maxi* 
*** Celurut sunda, *Crocidura monticola* 
*** Celurut lumut, *Crocidura musseri* 
*** Celurut semenanjung, *Crocidura negligens* 
*** Celurut kaki-hitam, *Crocidura nigripes* 
*** Celurut ekor-gundul, *Crocidura orientalis* 
*** Celurut ekor-panjang, *Crocidura paradoxura* 
*** Celurut kaki-putih, *Crocidura rhoditis* 
*** Celurut timor, *Crocidura tenuis* 
*** Celurut bangka, *Crocidura vosmaeri* 
** Genus: *Suncus*
*** Munggis flores, *Suncus mertensi* 
*** Munggis rumah, *S. murinus* 

### Ordo: [[Kelelawar|Chiroptera]] (kelelawar)
Ciri khas kelelawar yang paling menonjol adalah bahwa kaki depan mereka berkembang menjadi sayap, menjadikan mereka satu-satunya mamalia yang mampu terbang. Spesies kelelawar mencakup sekitar 20% dari semua mamalia.
*Family: Pteropodidae (kalong)
**Genus: *[[Acerodon]]*
***Kalong sulawesi, *Acerodon celebensis* 
***Kalong talaud, *Acerodon humilis* 
***Kalong sunda, *Acerodon mackloti* 
**Genus: *[[Aethalops]]*
***Codot punggung-gundul, *Aethalops aequalis* 
***Codot kerdil, *Aethalops alecto* 
**Genus: *[[Aproteles]]*
***Codot Bulmer, *Aproteles bulmerae* 
**Genus: *[[Balionycteris]]*
***Codot sayap-totol, *Balionycteris maculata* 
**Genus: *[[Chironax]]*
***Codot kepala-hitam, *Chironax melanocephalus* 
**Genus: *[[Cynopterus]]*
***Codot krawar, *C. brachyotis* 
***Codot Horsfield, *Cynopterus horsfieldi* 
***Condot Peter, *Cynopterus luzoniensis* 
***Codot mungil, *Cynopterus minutus* 
***Codot nusatenggara, *Cynopterus nusatenggara* 
***Codot barong, *Cynopterus sphinx* 
***Codot besar, *Cynopterus titthaecheileus* 
**Genus: *[[Kubu (hewan)|Dobsonia]]*
***Kubu Beaufort, *Dobsonia beauforti* 
***Kubu halmahera, *Dobsonia crenulata* 
***Kubu biak, *Dobsonia emersa* 
***Kubu sulawesi, *Dobsonia exoleta* 
***Kubu kecil, *Dobsonia minor* 
***Kubu maluku, *Dobsonia moluccensis* 
***Kubu nusatenggara, *Dobsonia peronii* 
***Kubu hijau, *Dobsonia viridis* 
**Genus: *[[Kusing|Dyacopterus]]*
***Kusing Brook, *Dyacopterus brooksi* 
***Kusing dayak, *Dyacopterus spadiceus* 
**Genus: *[[Lalai (hewan)|Eonycteris]]*
***Lalai besar, *Eonycteris major* 
***Lalai kembang, *Eonycteris spelaea* 
**Genus: *[[Codot alap-alap|Harpyionycteris]]*
***Codot alap-alap, *Harpyionycteris celebensis* 
**Genus: *[[Cecadu-pisang|Macroglossus]]*
***Cecadu-pisang kecil, *Macroglossus minimus* 
***Cecadu-pisang besar, *Macroglossus sobrinus* 
**Genus: *[[Tungkol|Megaerops]]*
***Tungkol biasa, *Megaerops ecaudatus* 
***Tungkol Kusnoto, *Megaerops kusnotoi* 
***Tungkol kalimantan, *Megaerops wetmorei* 
**Genus: *[[Codot gigi-kecil|Neopteryx]]*
***Codot gigi-kecil, *Neopteryx frosti* 
**Genus: *[[Nyctimene]]*
***Paniki besar, *Nyctimene aello* 
***Paniki biasa, *Nyctimene albiventer* 
***Paniki pallas, *Nyctimene cephalotes* 
***Paniki pegunungan, *Nyctimene certans* 
***Paniki telinga-bundar, *Nyctimene cyclotis* 
***Paniki kecil, *Nyctimene draconilla* 
***Paniki keast, *Nyctimene keasti* 
***Paniki sulawesi, *Nyctimene minutus* 
**Genus: *[[Paranyctimene]]*
***Paniki papua, *Paranyctimene raptor* 
***Paniki polos besar, *Paranyctimene tenax* 
**Genus: *[[Penta'en coboe|Penthetor]]*
***Pentae'n coboe, *Penthetor lucasi* 
**Genus: *[[Pteropus]]*
***Kalong hitam, *Pteropus alecto* 
***Kalong aru, *Pteropus aruensis* 
***Kalong kepala-kelabu, *Pteropus caniceps* 
***Kalong maluku, *Pteropus chrysoproctus* 
***Kalong kacamata, *Pteropus conspicillatus* 
***Kalong kelabu, *Pteropus griseus* 
***Kalong kecil, *Pteropus hypomelanus* 
***Kalong kei, *Pteropus keyensis* 
***Kalong lombok, *Pteropus lombocensis* 
***Kalong telinga-bundar, *Pteropus macrotis* 
***Kalong janggut-hitam, *Pteropus melanopogon* 
***Kalong telinga-hitam, *Pteropus melanotus* 
***Kalong besar, *Pteropus neohibernicus* 
***Kalong seram, *Pteropus ocularis* 
***Kalong manu, *Pteropus personatus* 
***Kalong manguai, *Pteropus pohlei* 
***Kalong laut, *Pteropus speciosus* 
***Kalong temminck, *Pteropus temmincki* 
***Kalong kapauk, *Pteropus vampyrus* 
**Genus: *[[Nyap|Rousettus]]*
***Nyap Geoffroy, *Rousettus amplexicaudatus* 
***Nyap manado, *Rousettus bidens* 
***Nyap sulawesi, *Rousettus celebensis* 
***Nyap besar, *Rousettus leschenaulti* 
***Nyap lindu, *Rousettus linduensis* 
***Nyap prapat, *Rousettus spinalatus* 
**Genus: *[[Styloctenium]]*
***Codot muka-garis*Styloctenium wallacei* 
**Genus: *[[Syconycteris]]*
***Codot bunga biasa, *Syconycteris australis* 
***Codot bunga halmahera, *Syconycteris carolinae* 
***Codot bunga gunung, *Syconycteris hobbit* 
**Genus: *[[Codot walet|Thoopterus]]*
***Codot walet, *Thoopterus nigrescens* 
*Family Rhinopomatidae
**Genus: *[[Kelelawar|Rhinopoma]]*
***Kelelawar ekor-tikus besar, *Rhinopoma microphyllum*
*Family Megadermatidae (kelelawar darah palsu)
**Genus: *[[Megaderma]]*
***Kelelawar-darah palsu kecil, *Megaderma spasma*
*Family Rhinolophidae (prok-bruk)
**Genus: *[[Rhinolophus]]*
***Prok-bruk lonkos, *Rhinolophus acuminatus*
***Prok-bruk hutan, *Rhinolophus affinis*
***Prok-bruk ladam, *Rhinolophus arcuatus*
***Produk kalimantan, *Rhinolophus borneensis*
***Prok-bruk jawa, *Rhinolophus canuti*
***Prok-bruk sulawesi, *Rhinolophus celebensis*
***Prok-bruk Creagh, *Rhinolophus creaghi*
***Prok-bruk maluku, *Rhinolophus euryotis*
***Prok-bruk kei, *Rhinolophus keyensis*
***Prok-bruk kilau, *Rhinolophus lepidus*
***Prok-bruk besar, *Rhinolophus luctus*
***Prok-bruk telinga-besar, *Rhinolophus macrotis*
***Prok-bruk madura, *Rhinolophus madurensis*
***Prok-bruk mungil, *Rhinolophus megaphyllus*
***Prok-bruk anamba, *Rhinolophus nereis* NT
***Prok-bruk filipina, *Rhinolophus philippinensis* NT
***Prok-bruk kecil, *Rhinolophus pusillus* LC
***Prok-bruk pusang-ntung, *Rhinolophus sedulus*
***Prok-bruk coklat kecil, *Rhinolophus stheno* LC
***Prok-bruk tiga-daun, *Rhinolophus trifoliatus* LC
*Family Hipposideridae
**Genus: *[[Aselliscus]]*
***Barong temminck, *Aselliscus tricuspidatus* LC
**Genus: *[[Coelops]]*
***Barong nirekor timur, *Coelops frithii* LC
***Barong nirekor melayu, *Coelops robinsoni* VU
**Genus: *[[Hipposideros]]*
***Barong melayu, *Hipposideros ater* LC
***Barong dwiwarna, *Hipposideros bicolor* LC
***Barong pagai, *Hipposideros breviceps* VU
***Barong taji, *Hipposideros calcaratus* LC
***Barong bera, *Hipposideros cervinus* LC
***Barong kelabu, *Hipposideros cineraceus* LC
***Barong irian, *Hipposideros corynophyllus* VU
***Barong timor, *Hipposideros crumeniferus* DD
***Barong besar, *Hipposideros diadema* LC
***Barong kalimantan, *Hipposideros doriae* NT
***Barong dayak, *Hipposideros dyacorum* LC
***Barong Cantor, *Hipposideros galeritus* LC
***Barong jambul, *Hipposideros inexpectatus*
***Barong tanggung, *Hipposideros larvatus* LC
***Barong telinga-besar, *Hipposideros macrobullatus*
***Barong madura, *Hipposideros madurae*
***Barong Maggie, *Hipposideros maggietaylorae*
***Barong sungai, *Hipposideros muscinus*
***Barong orbikulus, *Hipposideros orbiculus*
***Barong biak, *Hipposideros papua*
***Barong peleng, *Hipposideros pelingensis*
***Barong pangandaran, *Hipposideros sorenseni*
***Barong sunda, *Hipposideros sumbae*
***Barong wollaston, *Hipposideros wollastoni*
*Family Emballonuridae (kelelawar sayap-pundi)
**Genus: *[[Emballonura]]*
***Kelelawar ekor-trubus timur, *Emballonura alecto*
***Kelelawar ekor-trubus temminck, *Emballonura beccarii*
***Kelelawar ekor-trubus besar, *Emballonura furax*
***Kelelawar ekor-trubus kecil, *Emballonura monticola*
***Kelelawar ekor-trubus Raffray, *Emballonura raffrayana*
**Genus: *[[Kelelawar ekor-trubus hitam|Mosia]]*
***Kelelawar ekor-trubus hitam, *Mosia nigrescens*
**Genus: *[[Kubar trubus|Saccolaimus]]*
***Kubar trubus, *Saccolaimus saccolaimus*
**Genus: *[[Kubar|Taphozous]]*
***Kubar coklat, *Taphozous achates*
***Kubar sayap-panjang, *Taphozous longimanus*
***Kubar janggut-hitam, *Taphozous melanopogon*
***Kubar Theobald, *Taphozous theobaldi*
*Family: Nycteridae (Pedan)
**Genus: *[[Nycteris]]*
***Pedan sunda, *Nycteris javanica*
***Pedan melayu, *Nycteris tragata*
*Family: Molossidae (tayo)
**Genus: *[[Chaerephon (bat)|Chaerephon]]*
***Tayo jobi, *Chaerephon jobensis*
***Tayo johor, *Chaerephon johorensis*
**Genus: *[[Cheiromeles]]*
***Tayo kecil, *Cheiromeles parvidens*
***Tayo gundul, *Cheiromeles torquatus*
**Genus: *[[Mops (genus)|Mops]]*
***Tayo melayu, *Mops mops*
***Tayo sulawesi, *Mops sarasinorum*
**Genus: *[[Mormopterus]]*
***Tayo Beccari, *Mormopterus beccarii*
***Tayo sumatra, *Mormopterus doriae*
**Genus: *[[Otomops]]*
***Otomop jawa, *Otomops formosus*
***Otomop alor, *Otomops johnstonei*
*Family Vespertilionidae (vesper bats)
**Genus: *[[Arielulus]]*
***Sekiwen sepuhan, *Arielulus circumdatus*
***Sekiwen sabah, *Arielulus cuprosus*
**Genus: *[[Falsistrellus]]*
***Sekiwen jamur, *Falsistrellus mordax*
***Sekiwen peter, *Falsistrellus petersi*
**Genus: *[[Glischropus]]*
***Kesindap jawa, *Glischropus javanus*
***Kesindap biasa, *Glischropus tylopus*
**Genus: *[[Harpiocephalus]]*
***Kesindap kecil, *Harpiocephalus harpia*
**Genus: *[[Hesperoptenus]]*
***Kesindap Blanford, *Hesperoptenus blanfordi*
***Kesindap sulawesi, *Hesperoptenus doriae*
***Kesindap Gaskell, *Hesperoptenus gaskelli*
***Kesindap besar, *Hesperoptenus tomesi*
**Genus: *[[Hypsugo]]*
***Sekiwen coklat, *Hypsugo imbricatus*
***Sekiwen kalimantan, *Hypsugo kitcheneri*
***Sekiwen sumatra, *Hypsugo macrotis*
***Sekiwen Vonderman, *Hypsugo vordermanni*
**Genus: *[[Kerivoula]]*
***Lenawai hutan, *Kerivoula flora*
***Lenawai Hardwick, *Kerivoula hardwickii*
***Lenawai sabah, *Kerivoula intermedia*
***Lenawai gerenjal, *Kerivoula papillosa*
***Lenawai sayap-terawang, *Kerivoula pellucida*
***Lenawai kembang, *Kerivoula picta*
***Lenawai sutra, *Kerivoula whiteheadi*
**Genus: *[[Tomosu|Miniopterus]]*
***Tomosu kecil, *Miniopterus australis*
***Tomosu melanesia,*Miniopterus macrocneme*
***Tomosu besar, *Miniopterus magnater*
***Tomosu jawa, *Miniopterus medius*
***Tomosu filipina, *Miniopterus paululus*
***Tomosu dani, *Miniopterus pusillus*
***Tomosu biasa, *M. schreibersii* 
***Tomosu Shortridge, *Miniopterus shortridgei*
***Tomosu besar, *Miniopterus tristis*
**Genus: *[[Pungit|Murina]]*
***Pungit kalimantan, *Murina aenea*
***Pungit tumpul, *Murina cyclotis*
***Pungit flores, *Murina florium*
***Pungit Rozendal, *Murina rozendaali*
***Pungit coklat, *Murina suilla*
**Genus: *[[Lasiwen|Myotis]]*
***Lasiwen kaki-besar, *Myotis adversus*
***Lasiwen hitam, *Myotis ater*
***Lasiwen Hodgson, *M. formosus* 
***Lasiwen Hasselt, *Myotis hasseltii*
***Lasiwen Herman, *Myotis hermani*
***Lasiwen deignan, *Myotis horsfieldii*
***Lasiwen filipina, *Myotis macrotarsus*
***Lasiwen maluku, *Myotis moluccarum*
***Lasiwen jambang, *Myotis montivagus*
***Lasiwen biasa, *Myotis muricola*
***Lasiwen Ridley, *Myotis ridleyi*
***Lasiwen himalaya, *Myotis siligorensis*
***Lasiwen kei, *Myotis stalkeri*
**Genus: *[[Nyctophilus]]*
***Sekiwen lembata, *Nyctophilus heran*
***Sekiwen timor, *Nyctophilus timoriensis*
**Genus: *[[Philetor (genus)|Philetor]]*
***Kelelawar rohu, *Philetor brachypterus*
**Genus: *[[Phoniscus]]*
***Lenawai gigi alur, *Phoniscus atrox*
***Lenawai terompet, *Phoniscus jagorii*
***Lenawai emas, *Phoniscus papuensis*
**Genus: *[[Pipistrellus]]*
***Nighi papua, *Pipistrellus angulatus*
***Nighi gunung, *Pipistrellus ceylonicus*
***Nighi jawa, *Pipistrellus javanicus*
***Nighi minahasa, *Pipistrellus minahassae*
***Nighi irian, *Pipistrellus papuanus*
***Nighi noktul, *Pipistrellus stenopterus*
***Nighi kecil, *Pipistrellus tenuis*
**Genus: *[[Scotophilus]]*
***Pedan sulawesi, *Scotophilus celebensis*
***Pedan kuning, *Scotophilus collinus*
***Pedan kecil, *Scotophilus kuhlii*
**Genus: *[[Scotorepens]]*
***Kelelawar babi, *Scotorepens sanborni*
**Genus: *[[Kekeki|Tylonycteris]]*
***Kekeki kecil, *Tylonycteris pachypus*
***Kekeki besar, *Tylonycteris robustula*

### Ordo [[Tenggiling|Pholidota]] (tenggiling)
Ordo Pholidota mencakup delapan spesies tenggiling. Tenggiling adalah hewan pemakan semut dan memiliki cakar yang kuat, moncong yang memanjang, dan lidah panjang seperti yang terlihat pada spesies pemakan semut lain yang tidak berkerabat.

* Famili Manidae
** Genus: *[[Manis (genus)|Manis]]*
*** Tenggiling Sunda, *M. javanica*  

### Ordo: [[Cetacea]] (paus)
Ordo Cetacea meliputi paus, lumba-lumba, dan gondal . Mereka merupakan mamalia yang paling mampu beradaptasi dengan kehidupan akuatik, dengan tubuh berbentuk gelendong dan hampir tidak berbulu, dilindungi oleh lapisan lemak tebal, serta kaki depan dan ekor yang dimodifikasi untuk memberikan tenaga penggerak di bawah air.

* Family: Balaenopteridae (rorkual)
** Genus: *[[Balaenoptera]]*
*** Paus tombak, *Balaenoptera acutorostrata* 
*** Paus minke antarktik, *Balaenoptera bonaerensis* 
*** Paus sei, *Balaenoptera borealis* 
*** Paus byrde, *Balaenoptera brydei* 
*** Paus biru, *Balaenoptera musculus* 
*** Paus sirip, *Balaenoptera physalus* 
*** Paus omura, *Balaenoptera omurai* 
** Genus: *[[Paus bungkuk|Megaptera]]*
*** Paus bungkuk, *Megaptera novaeangliae* 
* Family Physeteridae (koteklema)
** Genus: *Physeter*
*** Koteklema, *Physeter macrocephalus* 
* Family: Kogiidae (lodan)
** Genus: *Kogia*
*** Lodan jauba, *K. breviceps* 
*** Lodan kerdil, *Kogia sima* 
* Family: Phocoenidae (gondal)
** Genus: *Neophocaena*
*** Gondal nirsirip Indo-Pasifik, *Neophocaena phocaenoides* 
* Family Ziphiidae (paus paruh)
** Genus: *Mesoplodon*
*** Paus paruh Blainville, *Mesoplodon densirostris* 
*** Paus paruh gigi gingko, *Mesoplodon ginkgodens* 
** Genus: *[[Paus berparuh cuvier|Ziphius]]*
*** Paus paruh Cuvier *Ziphius cavirostris* 
* Family: Delphinidae (lumba-lumba samudrawi)
** Genus: *[[Lumba-lumba umum|Delphinus]]*
*** Lumba-lumba biasa , *Delphinus delphis* 
** Genus: *[[Paus pembunuh kerdil|Feresa]]*
*** Paus pembunuh kerdil, *Feresa attenuata* 
** Genus: *[[Paus pilot|Globicephala]]*
*** Paus-pilot sirip-pendek, *Globicephala macrorhynchus* 
** Genus: *Grampus*
*** Paus risso, *Grampus griseus* 
** Genus: *[[Lumba-lumba fraser|Lagenodelphis]]*
*** Lumba-lumba fraser, *Lagenodelphis hosei* 
** Genus: *[[Pesut|Orcaella]]*
*** Pesut mahakam, *O. brevirostris* 
*** Pesut australia, *Orcaella heinsohni* 
** Genus: *[[Orcinus]]*
*** Seguni, *O. orca* 
** Genus: *[[Paus kepala melon|Peponocephala]]*
*** Paus kepala-melon, *Peponocephala electra* 
** Genus: *[[Pseudorca]]*
*** Paus pembunuh palsu, *Pseudorca crassidens* 
** Genus: *[[Lumba-lumba bungkuk|Sousa]]*
*** Lumba-lumba bungkuk indo-pasifik, *Sousa chinensis* 
** Genus: *Stenella*
*** Lumba-lumba totol pantropis, *Stenella attenuata* 
*** Lumba-lumba belang, *Stenella coeruleoalba* 
*** Lumba-lumba moncong-panjang, *Stenella longirostris* 
** Genus: *[[Lumba-lumba bergigi kasar|Steno]]*
*** Lumba-lumba gigi-kasar, *Steno bredanensis* 
** Genus: *[[Lumba-lumba hidung botol|Tursiops]]*
*** Sikudomba indo-pasifik, *Tursiops aduncus* 
*** Sikudomba biasa, *Tursiops truncatus* 

### Ordo: [[Carnivora|Karnivora]] (karnivora)
Ada lebih dari 260 spesies karnivora, yang sebagian besar memakan daging. Mereka memiliki bentuk tengkorak dan gigi yang khas.

* Family Felidae (kucing)
** Genus: *[[Catopuma]]*
*** Kucing merah, *C. badia* 
*** Kucing emas asia, *C. temminckii* 
** Genus: *[[Neofelis]]*
*** Macan dahan sunda, *N. diardi* 
** Genus: *[[Panthera]]*
*** Macan, *P. pardus* 
**** Macan jawa, *P. p. melas* 
*** Harimau, *P. tigris* 
**** Harimau bali, *P. t. sondaica* 
**** Harimau jawa, *P. t. sondaica* 
**** Harimau sumatra, *P. t. sondaica* 
** Genus: *[[Pardofelis]]*
*** Kucing batu, *P. marmorata* 
** Genus: *[[Prionailurus]]*
*** Kucing kuwuk sunda, *P. javanensis*
*** Kucing tandang, *P. planiceps* 
*** Kucing bakau, *P. viverrinus*  presence uncertain
* Family Viverridae (musang)
** Genus: *[[Binturung|Arctictis]]*
*** Binturung, *A. binturong* 
** Genus: *[[Musang akar|Arctogalidia]]*
*** Musang akar, *A. trivirgata* 
** Genus: *[[Musang air|Cynogale]]*
*** Musang air, *C. bennettii* 
** Genus: *[[Musang belang|Hemigalus]]*
*** Musang belang, *H. derbyanus* 
** Genus: *[[Musang sulawesi|Macrogalidia]]*
*** Musang sulawesi, *M. musschenbroekii* 
** Genus: *[[Musang bulan|Paguma]]*
*** Musang bulan, *P. larvata* 
** Genus: *[[Paradoxurus]]*
*** Musang luwak, *P. hermaphroditus* 
** Genus: *[[Viverra]]*
*** Musang tenggalung, *V. tangalunga* 
** Genus: *[[Musang rase|Viverricula]]*
*** Musang rase, *V. indica* 
* Family Prionodontidae (linsang)
** Genus: *[[Linsang|Prionodon]]*
*** Linsang congkok, *P. linsang* 
* Family Herpestidae (garangan)
** Genus: *[[Urva]]*
*** Garangan ekor-pendek, *U. brachyura* 
*** Garangan jawa, *U. javanica* 
*** Garangan kalung, *U. semitorquata* 
* Family Ursidae (beruang)
** Genus: *[[Beruang madu|Helarctos]]*
*** Beruang madu, *H. malayanus* 
* Family Canidae (Kanid)
** Genus: *[[Ajak|Cuon]]*
*** Ajak, *C. alpinus* 
* Family: Mustelidae (weasels)
** Genus: *[[Aonyx]]*
*** Sero ambrang, *A. cinereus* 
** Genus: *[[Babi batang|Arctonyx]]*
*** Babi batang sumatra, *A. hoevenii* 
** Genus: *[[Lutra (genus)|Lutra]]*
*** Berang-berang eurasia, *L. lutra* 
*** Berang-berang sumatra, *L. sumatrana* 
** Genus: *Lutrogale*
*** Berang-berang wregul, *L. perspicillata* 
** Genus: *[[Amunin|Martes]]*
*** Amunin panan, *M. flavigula* 
** Genus: *[[Biul|Melogale]]*
*** Biul kalimantan, *M. everetti* 
*** Biul slentek, *M. orientalis* 
** Genus: *[[Cerpelai|Mustela]]*
*** Cerpelai gunung jawa, *M. lutreolina* 
*** Cerpelai melayu, *M. nudipes* 
* Family Mephitidae (skunks)
** Genus: *[[Teledu sigung|Mydaus]]*
*** Teledu sigung sunda, *M. javanensis* 

### Ordo: [[Hewan berkuku ganjil|Perissodactyla]] (kuku berkuku ganjil)
Hewan berkuku ganjil tersebut merupakan mamalia pemakan biji-bijian dan rumput . Mereka biasanya berukuran besar hingga sangat besar, dan memiliki perut yang relatif sederhana dan jari kaki tengah yang besar.

* Famili Rhinocerotidae (badak)
** Genus: *Dicerorhinus*
*** Badak Sumatera, *D. sumatrensis*  
** Genus: *[[Rhinoceros (genus)|Badak]]*
*** Badak jawa, *R. sondaicus*  
* Famili Tapiridae (tapirus)
** Genus: *[[Tapir Asia|Acrocodia]]*
*** Tenuk melayu, *A. indicus*  

### Ordo: [[Hewan berkuku genap|Artiodactyla]] (hewan berkuku genap)
Ungulata berjari genap adalah ungulata yang berat badannya ditanggung secara seimbang oleh jari kaki ketiga dan keempat, dan bukan sebagian besar atau sepenuhnya ditanggung oleh jari kaki ketiga seperti pada perissodactyl . Ada sekitar 220 spesies artiodactyl, termasuk banyak yang memiliki kepentingan ekonomi besar bagi manusia.

* Famili Suidae (babi)
** Genus: *[[Babi rusa|Babyrousa]]*
*** Babirusa buru, *B.babyrussa* 
*** Babirusa bolabatu, *B. bolabatuensis* 
*** Babirusa Sulawesi Utara, *B. celebensis* 
*** Babirusa Togian, *B. togeanensis* 
** Genus: *[[Sus]]*
*** Babi jenggot, *S. barbatus* 
*** Babi sulawesi, *S. celebensis* 
*** Babi celeng, *S. scrofa*  
*** Babi kutil, *S. verrucosus*  
* Famili Tragulidae (kancil)
** Genus: *[[Pelanduk|Tragulus]]*
*** Kancil Jawa, *T. javanicus* 
*** Kancil kecil, *T. kanchil* 
*** Kancil besar, *T. napu* 
* Famili Bovidae (Bovids)
** Genus: *[[Bos (genus)|Bos]]*
*** Banteng, *B. javanicus*  
** Genus: *[[Bubalus]]*
*** Anoa dataran rendah, *B.depressicornis* 
*** Anoa gunung, *B. quarlesi* 
** Genus: *[[Kambing-hutan|Capricornus]]*
*** Kambing-hutan daratan, *C. sumatraensis*  
* Famili Cervidae (rusa)
** Genus: *[[Axis]]*
*** Rusa Bawean, *A. kuhlii* 
** Genus: *[[Kijang|Muntiacus]]*
*** Kijang kuning kalimantan, *M. atherodes* 
*** Kijang sumatera, *M. montanus* 
*** KIjang India, *M. muntjak*  
** Marga: *[[Rusa (genus)|Rusa]]*
*** Rusa timor, *R. timorensis* 
*** Rusa sambar, *R. unicolor* 

## Punah secara lokal
Taksa berikut ini telah punah secara lokal di indonesia:

* Kerbau liar, *Bubalus arnee* 
* Harimau Bali dan Harimau Jawa, keduanya merupakan populasi *Panthera tigris sondaica*
## Lihat pula
* Daftar reptilia di Indonesia

## Referensi