Kimia komputasi

**Kimia komputasi** adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer melalui simulasi komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur (yaitu letak atom-atom penyusunnya), energi dan selisih energi, muatan, momen dipol, kerapatan elektronik, kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi protein), perubahan fase, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti panas jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul. Istilah *kimia komputasi* kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.

Metode ini digunakan bagik pada situasi statis dan dinamis. Dalam seluruh kasus ini, waktu komputerisasi dan sumber lainnya (seperti ruang memori dan cakram) meningkat secara cepat dengan ukuran sistem yang tengah dipelajari. Sistem tersebut dapat berupa sebuah molekul, sebuah gugus molekul, atau sebuah padatan. Metode kimia komputasi terdiri dari metode-metode yang sangat mendekati hingga sangat akurat terhadap penyelesaiannya; yang terakhir biasanya layak bagi sistem kecil saja. metode ''ab initio'' didasarkan sepenuhnya pada mekanika kuantum dan konstanta fisika dasar. Metode yang lain disebut sebagai empiris atau semi-empiris karena keduanya menggunakan parameter empiris tambahan.

Baik pendekatan *[[ab initio]]* maupun semi-empiris, kedua-duanya melibatkan pendekatan. Pendekatan tersebut dimulai dari bentuk persamaan dasar pertama yang sederhana yang mudah atau cepat diselesaikan, untuk perkiraan yang membatasi ukuran sistem (misalnya, kondisi batas periodik), hingga perkiraan mendasar terhadap persamaan mendasar yang diperlukan untuk mencapai penyelesaian apa pun. Sebagai contoh, kebanyakan perhitungan *ab initio* membuat pendekatan Born–Oppenheimer, yang sangat menyederhanakan persamaan Schrödinger yang mendasarinya dengan mengasumsikan bahwa inti tetap ada selama perhitungan. Pada prinsipnya, metode *ab initio* pada akhirnya menuju pada penyelesaian pasti dari persamaan yang mendasari karena jumlah perkiraan dikurangi. Namun dalam praktiknya, tidak mungkin untuk menghilangkan semua perkiraan tersebut, dan kesalahan residual tetap ada. Tujuan dari kimia komputasi adalah untuk meminimalkan kesalahan residual ini sambil tetap menjaga agar perhitungan dapat dilakukan.

Dalam beberapa kasus, perincian struktur elektronik kurang begitu penting dibandingkan perilaku ruang fase lama dari molekul. Ini adalah kasus dalam studi konformasi protein dan termodinamika pengikat protein-ligan. Perkiraan klasik ke permukaan energi potensial digunakan, karena mereka secara komputasi kurang intensif daripada perhitungan elektronik, untuk memungkinkan simulasi yang lebih lama dari dinamika molekul. Selain itu, informatika kimia menggunakan metode yang lebih empiris (dan lebih murah secara komputasi) seperti pemelajaran mesin yang berdasarkan pada sifat fisikokimia. Salah satu masalah khas dalam informatika kimia adalah untuk memprediksi afinitas pengikatan molekul obat dengan target yang diberikan.

## Brbhb3grgitnsiaiaizaziihfPendahuluan
Molekul terdiri atas inti dan elektron, sehingga diperlukan metode mekanika kuantum. Kimiawan komputasi sering berusaha memecahkan persamaan Schrödinger non-relativistik, dengan penambahan koreksi relativistik, walaupun beberapa perkembangan telah dilakukan untuk memecahkan persamaan Schrödinger yang sepenuhnya relativistik. Pada prinsipnya persamaan Schrödinger mungkin diselesaikan, baik dalam bentuk bergantung-waktu atau tak-bergantung-waktu, disesuaikan dengan masalah yang dikaji, tetapi pada praktiknya tidak mungkin kecuali untuk sistem yang amat kecil. Karena itu, sejumlah besar metode hampiran dikembangkan untuk mencapai kompromi terbaik antara ketepatan perhitungan dan biaya komputasi.

Dalam kimia teori, kimiawan dan fisikawan secara bersama mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul, dan/atau lintasan reaksi untuk reaksi kimia, serta simulasi sistem makroskopis. Kimiawan komputasi kebanyakan “sekadar” menggunakan program komputer dan metodologi yang ada dan menerapkannya untuk permasalahan kimia tertentu. Di antara sebagian besar waktu yang digunakan untuk hal tersebut, kimiawan komputasi juga dapat terlibat dalam pengembangan algoritma baru, maupun pemilihan teori kimia yang sesuai, agar diperoleh proses komputasi yang paling efisien dan akurat.

Terdapat beberapa pendekatan yang dapat dilakukan:

# Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium.
# Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium.
# Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.

Terdapat beberapa bidang utama dalam topik ini, antara lain:

* Penyajian komputasi atom dan molekul
* Pendekatan dalam penyimpanan dan pencarian spesi kimia (Basis data kimia)
* Pendekatan dalam penentuan pola dan hubungan antara struktur kimia dan sifat-sifatnya (QSPR, HKSA)
* Elusidasi struktur secara teoretis berdasarkan pada simulasi gaya-gaya
* Pendekatan komputasi untuk membantu sintesis senyawa yang efisien
* Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi lewat cara-cara yang khusus (khususnya dalam perancangan obat dan katalisis)
* Simulasi proses transisi fase
* Simulasi sifat-sifat bahan seperti polimer, logam, dan kristal (termasuk kristal cair).

Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada berbagai metode kimia-kuantum yang memecahkan persamaan Schrödinger untuk molekul, maupun pendekatan fisika klasik (mekanika molekul) untuk simulasi sistem yang besar. Metode kimia-kuantum yang tidak mencakup parameter empiris dan semi-empiris dalam persamaannya disebut metode *[[ab-initio]]*. Jenis-jenis metode *ab-initio* yang populer adalah: Hartree-Fock, teori gangguan Møller-Plesset, interaksi konfigurasi, kluster berganda (*coupled-cluster*), matriks kerapatan tereduksi, dan teori fungsi kerapatan.

## Metode

### Metode ''ab initio''

**Metode ''ab initio*** adalah suatu metode berbasis [[kimia kuantum]] yang erat hubungannya dengan perhitungan yang bersifat umum dari penyelesaian [[persamaan Schrödinger]] tanpa perlu memasukan data eksperimen, dimana perhitungannya selalu menggunakan acuan perhitungan perkiraan [[mekanika kuantum]]. Istilah *ab initio* pertama kali digunakan dalam kimia kuantum oleh [[Robert Parr]] dan rekan kerjanya, termasuk [[David P. Craig|David Craig]] dalam suatu studi [[semiempiris]] pada benzena dalam keadaan tereksitasi.

Metode ini mempunyai akurasi paling tinggi dibanding metode lainnya. Namun, sebagai konsekuensi dari tingginya ketelitian metode ini, diperlukan waktu operasi yang lama sehingga hanya mungkin diterapkan pada molekul-molekul berukuran kecil. Keunggulan dari metode *ab initio* ini adalah bahwa metode ini dikembangkan sebagai sebuah konsep yang bersifat umum yang dapat menjelaskan "pemodelan kimia". Jenis kalkulasi struktur elektronik *ab initio* yang paling sederhana adalah [[metode Hartree–Fock]] (HF).

=== Metode fungsi rapatan ===


Metode teori fungsi rapatan (*Density functional theory*, DFT) merupakan salah satu metode komputasi yang digunakan untuk perhitungan kimia melalui penyelesaian persamaan Schrödinger secara sederhana karena didasarkan pada [[kerapatan elektron]]. DFT pertama kali diletakkan pada pijakan teoretis oleh [[Walter Kohn]] dan [[Pierre Hohenberg]] melalui kerangka *'teorema Hohenberg–Kohn** (H–K). DFT dibangun dengan pemikiran bahwa energi elektronik sistem dapat didefinisikan sebagai persamaan dari kebolehjadian rapatan elektron, ρ. Untuk sistem dengan elektron sejumlah n, ρ(r) menggambarkan kerapatan elektron total dalam ruang lingkup tertentu, r. Berdasarkan pada formalisme DFT, energi elektronik E dianggap sebagai fungsi dari rapatan elektron E[ρ]. Keuntungan dari metode ini adalah tidak terpengaruh oleh ukuran sistem, di mana pada metode ''ab initio'', kompleksitas fungsi gelombang akan semakin meningkat dengan bertambahnya jumlah elektron, tetapi dalam DFT peubah kerapatan elektron dijaga tetap dan tidak terpengaruh oleh ukuran sistem.

DFT terkadang dianggap sebagai metode ''ab initio'' untuk menentukan struktur elektronik molekul, meskipun banyak fungsi yang paling umum menggunakan parameter yang berasal dari data empiris, atau dari perhitungan yang lebih kompleks. Dalam DFT, energi total dinyatakan dalam total energi-[[kerapatan elektron]] dan bukan dalam [[fungsi gelombang]]. Dalam jenis perhitungan ini, terdapat pendekatan [[Hamiltonian (fisika)|Hamiltonian]] dan suatu pendekatan ekspresi untuk mendapat rapatan elektron total. Beberapa metode menggabungkan fungsi pertukaran fungsional rapatan dengan istilah pertukaran Hartree-Fock dan disebut sebagai metode [[fungsional hibrid]].

=== Metode semi-empiris ===


Metode kimia kuantum semi-empiris didasarkan pada formalisme [[metode Hartree–Fock]], namun membuat banyak perkiraan dan mendapatkan beberapa parameter dari data empiris. Metode ini sangat penting dalam kimia komputasi dari tahun 60-an hingga 90-an, terutama untuk menangani molekul besar di mana metode Hartree-Fock tidak efektif digunakan karena menimbulkan biaya yang mahal. Penggunaan parameter empiris muncul untuk memungkinkan dimasukkannya beberapa efek korelasi ke dalam metode ini. Untuk sistem dengan elektron-π, dapat menggunakan [[metode Hückel]] yang diusulkan oleh [[Erich Hückel]], sementara untuk seluruh sistem dengan elektron valensi, digunakan [[metode perpanjangan Hückel]] yang diusulkan oleh [[Roald Hoffmann]].

== Komputasi molekul ==
Sifat-sifat molekul, seperti energi, struktur, momen dipol, keterpolaran, atau ''hyperpolarizability'' merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan komputasi. Dalam komputasi molekul, terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul, yaitu [[mekanika molekul]], [[teori fungsi kerapatan]] atau [[teori struktur elektron]].

== Paket perangkat lunak ==
Sejumlah paket [[perangkat lunak]] menyediakan berbagai metode kimia kuantum. Beberapa termasuk banyak metode yang mencakup berbagai, sementara yang lain berkonsentrasi pada rentang yang sangat spesifik atau bahkan pada satu metode. Beberapa perangkat lunak yang umum digunakan diantaranya:

* [[GAUSSIAN|Gaussian]]
* Gamess
* Q-Chem
* ACES
* Dalton
* Spartan
* Psi
* PLATO (''Package for Linear Combination of Atomic Orbitals'')
* [[MOLCAS]]
* [[MOLPRO]]
* [[MPQC]]
* [[NWChem]]
* [[PSI (kimia komputasi)|Psi3]]
* [[PC GAMESS]]
* [[Spartan (perangkat lunak)|Spartan]]
* [[TURBOMOLE]]

== Lihat pula ==



== Catatan dan referensi ==


== Daftar pustaka ==
* C. J. Cramer ''Essentials of Computational Chemistry'', John Wiley & Sons (2002).
* T. Clark ''A Handbook of Computational Chemistry'', Wiley, New York (1985).
* R. Dronskowski ''Computational Chemistry of Solid State Materials'', Wiley-VCH (2005).
* A.K. Hartmann, [http://www.worldscibooks.com/physics/6988.html Practical Guide to Computer Simulations] , [[World Scientific]] (2009)
* F. Jensen ''Introduction to Computational Chemistry'', John Wiley & Sons (1999).
* K.I. Ramachandran, G Deepa and Krishnan Namboori. P.K. ''Computational Chemistry and Molecular Modeling Principles and applications'' Springer-Verlag GmbH .
* D. Rogers ''Computational Chemistry Using the PC, 3rd Edition'', John Wiley & Sons (2003).
* P. v. R. Schleyer (Editor-in-Chief). ''[http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-047196588X.html Encyclopedia of Computational Chemistry]''. Wiley, **1998*'. .
* D. Sherrill. [http://vergil.chemistry.gatech.edu/notes/ Notes on Quantum Mechanics and Computational Chemistry].
* J. Simons *An introduction to Theoretical Chemistry*, Cambridge (2003) .
* A. Szabo, N.S. Ostlund, *Modern Quantum Chemistry*, McGraw-Hill (1982).
* D. Young *Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems*, John Wiley & Sons (2001).
* D. Young's [http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/compchem.html Introduction to Computational Chemistry].
* 

== Jurnal khusus dalam kimia komputasi ==
* *Reviews in Computational Chemistry*
* *Journal of Computational Chemistry*
* *Journal of Chemical Information and Modeling*
* *Journal of Computer-aided Molecular Design*
* *Journal of Chemical Information and Modeling*
* *Journal of Chemical Theory and Computation*
* *Computational and Theoretical Polymer Science*
* *Computational and Theoretical Chemistry*
* *Journal of Theoretical and Computational Chemistry*
* *Journal of Cheminformatics*
* *Journal of Computer Chemistry Japan*
* *Annual Reports in Computational Chemistry*
* *Computers & Chemical Engineering*
* *Journal of Chemical Software*
* *Molecular Informatics*
* *Journal of Computer Aided Chemistry*
* *Theoretical Chemistry Accounts''

## Pranala luar

* NIST Computational Chemistry Comparison and Benchmark DataBase – Berisi basis data ribuan hasil komputasi dan eksperimental untuk ratusan sistem
* American Chemical Society Division of Computers in Chemistry – American Chemical Society Computers in Chemistry Division, resources for grants, awards, contacts and meetings.
* CSTB report Mathematical Research in Materials Science: Opportunities and Perspectives – CSTB Report
* 3.320 Atomistic Computer Modeling of Materials (SMA 5107) Kuliah MIT Gratis
* Chem 4021/8021 Computational Chemistry Kuliah Universitas Minnesota Gratis
* Technology Roadmap for Computational Chemistry
* Applications of molecular and materials modelling.
* Impact of Advances in Computing and Communications Technologies on Chemical Science and Technology CSTB Report
* MD and Computational Chemistry applications on GPUs