Daftar bandar udara tujuan Merpati Nusantara Airlines

Ini adalah daftar bandar udara tujuan maskapai penerbangan Merpati Nusantara Airlines.

;
*Alor - Bandar Udara Mali
*Ambon - Bandar Udara Pattimura
*Amahai - Bandar Udara Amahai
*Balikpapan - Bandar Udara Sultan Aji Muhammad Sulaiman
*Bajawa - Bandar Udara Bajawa Soa 
*Bandung - Bandar Udara Internasional Husein Sastranegara
*Banjarmasin - Bandar Udara Syamsudin Noor
*Banyuwangi - Bandar Udara Internasional Banyuwangi
*Batam - Bandar Udara Hang Nadim
*Biak - Bandar Udara Frans Kaisiepo
*Bima - Bandar Udara Bima
*Bintuni - Bandar Udara Bintuni
*Buol - Bandar Udara Tolo-Toli
*Denpasar - Bandar Udara Internasional Ngurah Rai **Penghubung**
*Ende - Bandar Udara H. Hasan Aroeboesman
*Gorontalo - Bandar Udara Jalaluddin
*Jakarta
** Bandar Udara Internasional Halim Perdanakusuma **Penghubung Sekunder**
** Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta **Penghubung Utama**
*Jayapura - Bandar Udara Sentani
*Kaimana - Bandar Udara Kaimana
*Kambuaya - Bandar Udara Kambuaya
*Karubaga - Bandar Udara Karubaga
*Kebar - Bandar Udara Kebar
*Kendari - Bandar Udara Haluoleo
*Kepi - Bandar Udara Kepi
*Kimam - Bandar Udara Kimam
*Kisar - Bandar Udara Kisar
*Kupang - Bandar Udara El Tari
*Labuan Bajo - Bandar Udara Komodo
*Labuha - Bandar Udara Usman Sadik
*Langgur - Bandar Udara Dumatubin
*Larantuka - Bandar Udara Gewayentana
*Luwuk - Bandar Udara Luwuk
*Makassar - Bandar Udara Internasional Sultan Hasanuddin **Penghubung**
*Mamuju - Bandar Udara Tampa Padang
*Manado - Bandar Udara Internasional Sam Ratulangi
*Mangole - Bandar Udara Mangole
*Manokwari - Bandar Udara Rendani
*Mataram - Bandar Udara Internasional Lombok
*Maumere - Bandar Udara Wai Oti
*Medan - Bandar Udara Internasional Kuala Namu
*Melangguane - Bandar Udara Melanggguane
*Merauke - Bandar Udara Mopah
*Merdei - Bandar Udara Merdei
*Meulaboh - Bandar Udara Meulaboh
*Mulia - Bandar Udara Mulia
*Nabire - Bandar Udara Nabire
*Namlea - Bandar Udara Namlea
*Namrole - Bandar Udara Namrole
*Nias - Bandar Udara Binaka
*Okaba - Bandar Udara Okaba
*Oksibil - Bandar Udara Oksibil
*Padang - Bandar Udara Internasional Minangkabau
*Palembang - Bandar Udara Sultan Mahmud Badaruddin II
*Palu - Bandar Udara Mutiara
*Pangkal Pinang - Bandar Udara Depati Amir
*Pekanbaru - Bandar Udara Internasional Sultan Syarif Kasim II
*Poso - Bandar Udara Kasiguncu
*Ruteng - Bandar Udara Ruteng
*Sampit - Bandar Udara Sampit
*Sanana - Bandar Udara Sanana
*Sarmi - Bandar Udara Sarmi
*Saumlaki - Bandar Udara Olilit
*Sawu - Bandar Udara Sawu
*Senggo - Bandar Udara Senggo
*Sibolga - Bandar Udara Sibolga
*Sinabang - Bandar Udara Sinabang
*Sinak - Bandar Udara Sinak
*Semarang - Bandar Udara Internasional Achmad Yani
*Sorong - Bandar Udara Sorong
*Surabaya - Bandar Udara Internasional Juanda **Penghubung**
*Tanah Merah - Bandar Udara Tanah Merah
*Tanjung Karang - Bandar Udara Radin Inten II
*Tarakan - Bandar Udara Internasional Juwata
*Teminabuan - Bandar Udara Teminabuan
*Ternate - Bandar Udara Babullah
*Timika - Bandar Udara Timika
*Tiom - Bandar Udara Tiom
*Tolitoli - Bandar Udara Tolitoli
*Waingapu - Bandar Udara Waingapu
*Wamena - Bandar Udara Mau Hau
*Yogyakarta - Bandar Udara Internasional Adisucipto

;
*Sydney - Bandar Udara Internasional Sydney
*Darwin - Bandar Udara Internasional Darwin
*Canberra - Bandar Udara Internasional Canberra
*Perth - Bandar Udara Internasional Perth
;
*Subang - Bandar Udara Internasional Subang (kemudian Bandar Udara Internasional Kuala Lumpur sebelumnya Bandar Udara Internasional Subang)
*Kuala Lumpur - Bandar Udara Internasional Kuala Lumpur
*Penang - Bandar Udara Internasional Bayan Lepas
;
*Cebu - Bandar Udara Internasional Mactan-Cebu
*Davao - Bandar Udara Internasional Francisco Bangoy
;
*Singapura - Bandar Udara Internasional Changi Singapura
;
*Phuket - Bandar Udara Internasional Phuket
;
*Timor Leste - Bandar Udara Internasional Presidente Nicolau Lobato