שימוש במיקרואורגניזמים בתעשיות המזון והמשקאות

[ממוזער|בצק שעבר תהליך של [התפחה לפני אפיה, משמש להכנת לחם]]**תעשיות מזון ומשקאות עושות שימוש נרחב במיקרואורגניזמים** במטרה ליצר מוצרים ייחודיים. המיקרואורגניזמים שבהם משתמשים לתעשיות השונות שייכים לשלוש קבוצות טקסונומיות: חיידקים, שמרים ועובשים. ברשימת המיקרואורגניזמים המשמשים לייצור מזון ומשקאות מפורטים סוגי המיקרואורגניזמים על פי סדר האלף בית הלטיני וכן נכתב לאלו תעשיות הם מיועדים.

## רקע
ייצור טבעי או תעשייתי של מזון ומשקאות עושה לעיתים שימוש בתערובות של מיקרואורנניזמים, הן מאותה קבוצה ומאותה משפחה, ולפעמים מקבוצות ומשפחות שונות. השימוש במיקרואורגניזמים נעשה בשלב ייצור אחד או בשלבי ייצור עוקבים, בהתאם לצרכים הטכנולוגיים של הייצור ובהתאם לתנאי הסביבה. הוא עשוי להתבצע עם מיקרואורגניזם אחד או בתערובות מבוקרות, בשלב יחידי של הייצור או במספר שלבים.

השימוש במיקרואורגניזמים בתהליכי הייצור השונים מתבסס על ניסיון שמקורותיו משחר ההיסטוריה. מקורות המיקרואורגניזמים השונים במיקרוביוטה של חומרי גלם צמחיים (פירות, ירקות, זרעים וגרעינים), או חומרי גלם מן החי (חלב, בשר ודגים). מיקרואורגניזמים אלה נפוצים בטבע, הן בסביבה האביוטית, בקרקע ובאוויר והן במיקרוביוטה של האדם, בריריות של דרכי העיכול, הנשימה, דרכי המין והשתן ועל פני העור ומתנהגים כמיקרוארגניזמים קומנסליים, אשר אינם מזיקים לאורגניזם. המיקרואורגניזמים הקומנסליים עלולים להפוך למחוללי מחלות מזדמנים, כאשר מתאפשרת חדירה לרקמות פגועות בעקבות פציעה חודרנית ואצל מדוכאי מערכת החיסון.

מבחינה היסטורית, השימוש במיקרואורגניזמים המצויים בטבע למטרת ייצור מזונות שונים התפתחה באופן מסורתי בתרבויות שונות על פני כדור הארץ. אמנם חסרות עדויות ארכאולוגיות מדויקות לשימוש מיקרוביאלי בתקופה הקדומה מכיוון שלעיתים חסרים שרידים של מזונות מהעת הקדומה, אך ההנחה הרווחת היא כי השימוש במיקרואורגניזמים המצויים בטבע התרחשה קרוב למהפכה החקלאית לפני 12,000 שנה, במטרה ליצור מוצרים מתוצרת חקלאית עודפת בעלי תכונות אורגנולפטיות ייחודיות ובעלי עמידות גדולה יותר לקלקולים. תהליכים אלה המכונים תהליכי תסיסה התרחשו באופן טבעי בסביבת המחיה של חברות אנושיות זמן רב לפני שהאדם גילה את עולם המיקרואורגניזמים. היין, הלחם, הגבינה, הטופו הם דוגמה לתהליכים אלה. המהפכה התעשייתית הובילה לתהליכי ייצור מוצרים שונים ביניהם מזונות ומשקאות בשיטות תעשייתיות המתבססות על ייצור מוצרים בכמויות גדולות תוך ניצול מרבי של חומרי גלם זמינים, תוך הקפדה על איכות מוצר אחידה לאורך זמן, על חיי מדף ארוכים ככל שניתן ועל בטיחות המזון. הדרישה התעשייתית לאחידות מוצר הובילה להתפתחותם של סטארטרים (Starter Culture) של מיקרואורגניזמים מתורבתים המוספים לחומרי הגלם בשלבים שונים של תהליך הייצור. השימוש בסטארטרים בייצור התעשייתי התפתח מתחילת המאה ה-20, בין השנים 1900–1930.

## התסיסה בתעשיות המזון והמשקאות המודרניות

[ממוזער|דגים שעברו תסיסה, [מניפור, הודו]]המהפכה התעשייתית הובילה לתהליכי ייצור מוצרים שונים ביניהם מזונות ומשקאות בשיטות תעשייתיות המתבססות על ייצור מוצרים בכמויות גדולות תוך ניצול מרבי של חומרי גלם זמינים, תוך הקפדה על איכות מוצר אחידה לאורך זמן, על חיי מדף ארוכים ככל שניתן ועל בטיחות המזון. הדרישה התעשייתית לאחידות מוצר כמו גם אבטחת היכולת ליצר מזונות לאורך כל השנה, מבלי להיות תלוי באספקת חומרי הגלם בעקבות שינויים אקלימיים, הובילה להתפתחותם של סטארטרים (Starter Culture) מתורבתים המוספים לחומרי הגלם בשלבים שונים של תהליכי הייצור. השימוש בסטארטרים לתסיסה  נפוץ בתהליכים תעשייתיים מבוקרים של תעשיות היין והבירה ומשקאות האלכוהוליים שונים, הגבינות ומוצרי חלב ניגרים, הבשר והדגים, החמוצים והרטבים, לצד שימוש מסורתי של מיקרואורגניזמים שמקורם מהמיקרופלורה, כגון עיבוד פולי הקפה והקקאו ועלי התה, השימוש בסטארטרים מאפשר שליטה מבוקרת של התהליכים האנזימטיים על ידי שליטה כמותית ואיכותית של המיקרואורגניזמים המוספים ושליטה מוחלטת על תהליכי הייצור ועל ידי כך שמירת אחידות איכות המוצר לאורך זמן.

מרבית תהליכי התסיסה הנפוצים בתעשיית המזון והמשקאות הכוהליים הם תהליכי תסיסה כוהלית תוך הפיכת הסוכר לפירובאט והפיכתו לאתנול ודו-תחמוצת - הפחמן, כמו ייצור יין, בירה, ומשקאות אלכוהוליים על בסיס צמחי ותעשיית הלחם על סוגיו השונים. תהליכי תסיסה שימושיים אחרים מתבססים על יצירת חומצות אורגניות: החומצה האצטית, החומצה הלקטית או החומצה המאלית, והם מלווים בהורדה משמעותית של ה-pH והעלאת חמיצות המוצרים. הורדת ה-pH מובילה לקרישה של החלבון במוצרי החלב למשל. בתהליכי התסיסה המיקרוביאלית, בעקבות פעילות אנזימטית מגוונת, נוצרים גם חומרי טעם וריח ייחודיים המעניקים למוצרים השונים תכונות אורגנולפטיות אופייניות. בדרך זו למשל, מיוצר מגוון רחב של משקאות חלב בשלוש קבוצות עיקריות: מוצרים סמיכים (viscous product), מוצרים המיועדים לשתייה (beverage products) ומוצרים מוגזים עטירי דו-תחמוצת - הפחמן (carbonated products), כמו גם מוצרים רבים ומגוונים של גבינות, ומוצרים על בסיס סויה או קטניות אחרות.

מוצרי מזון ומשקאות שנוצרו בתהליכי תסיסה מאופינים בתכונות אורגנולפטיים ייחודיות של מרקם, צבע, טעם, ריח ומראה. בתעשיית הגבינות, אנזימים מפרקי חלבונים, הפרוטאזות, המופרשים על ידי המיקרואורגניזמים, כגון עובשים, הופכים אותן לנוזליות יותר, כגון גבינת ברי. אחת התוצאות של תסיסה לקטית היא יצירת הגז דו-תחמוצת-הפחמן המייצר בועות בגבינה הקשה בגדלים שונים ובפיזורים שונים המאפיין סוגי גבינה שונים. גם בהכנת בצקים ללחם ודברי מאפה, התסיסה האלכוהולית גורמת ליצירת הגז דו-תחמוצת-הפחמן. תוך כדי תהליך האפייה, בועות הגז הכלואות בבצק מתאדות ומוחלפות באוויר. בועות האוויר מתקבעות ברשת הבצק תוך כדי האפייה, וכך נוצר מבנה רשתי המעניק לבצק האפוי את המבנה הספוגי האופייני המעניק למוצר את התכונות המכניות האופייניות, כגון אלסטיות. בתהליכי התסיסה המיקרוביאלית עשויים לחול שינויים משמעותיים בצבע המוצר כתוצאה מהפרשת פיגמנטים מקבוצת הקרוטנואידים, או על ידי צמיחת תפטיר המיוצר על ידי עובשים, בחלקו הפנימי והחיצוני של המוצר. שינויים אלה מאפיינים גבינות קשות המכונות . שינויים בצבע תוך כדי תהליך התסיסה יכולים להיגרם גם על ידי הורדת ה-pH, למשל שינויים בצבע הפיגמנט אנתוציאנין. שינויי צבע הירקות תוך כדי תהליך הכבישה היא תופעה נפוצה ביותר. התסיסה גורמת לחשיפת הירקות לאוויר, וגורמת לצבעי הירקות להחוויר או להפוך לכהים יותר. בתהליך כבישת ירקות עשויה להיות השפעה גם לתימלחת ולתבלינים המוספים בתהליך ההחמצה. תהליכי התסיסה גורמים לפירוק הסוכרים השונים לחומצות אורגניות. בחלק מתהליכי התסיסה משתחרר גם אתנול וגז דו-תחמוצת-הפחמן המקנים למוצרים השונים טעמים אופייניים. לעיתים, מיקרואורגניזמים המשתתפים בתהליכי התסיסה מפרקים גם שומנים וחלבונים ועל ידי כך משנים את טעמו של המוצר. בתסיסה הכוהלית של היין והבירה, האתנול מזרז מיצוי של טנינים, השייכים לפלבונואידים ומעניקים טעם דומיננטי למוצר.

קובץ:Stinky tofu in Hualien.jpg|טופו שעבר תסיסה
קובץ:Koji Mold Rice.jpg|אורז מותסס עם עובש
קובץ:Sour Beers Rare Barrel.jpg|בירה חמצמצת - Sour Beers
קובץ:Brie 01.jpg|גבינת ברי
קובץ:Chicha Morada 2017.jpg|משקה אלכוהולי, Chicha Morada, פרו, עשוי מתירס כהה


## רשימת המיקרואורגניזמים בייצור מזון
### חיידקים מסוג האצטובקטר - ''Acetobacter''
חיידקי האצטובקטר *Acetobacter* המשתייכים למשפחת ה-*Acetobacteriaceae הם* מתגים גרם שליליים, אווירניים אובליגטוריים, מזופיליים, המצויים בטבע במיקרוביוטה של פירות וירקות וברקמות הריריות של בעלי חיים שונים. חיידקים אלה בעלי יכולת לחמצן כוהל אתילי לחומצת חומץ בתסיסה אווירנית. הכוהל האתילי הוא תוצר סופי של תסיסה כוהלית של סוכרים המבוצעת על ידי שמרים. החיידקים עמידים לריכוזים גבוהים של אתנול וחומצת חומץ שנחשבים לחומרים אנטיבקטריאליים. העמידות לחומציות גבוהה מתרחשת הודות לחלבונים עמידים ל־pH בתחום שבין 5.0 - 5.5 ואף פחות. תהליך תסיסת חומצת החומץ הוא C<sub>2</sub>H<sub>5</sub>OH + O2 → CH<sub>3</sub>COOH + H2O. חיידקים בקבוצה זו שימושיים בתעשיות החומץ, הבירה, השוקולד, הקפה, מזונות מותססים על בסיס סויה וכבישת ירקות ופירות.

#### תעשיית החומץ
בתעשיית החומץ נעשה שימוש במינים שונים של חיידקי האצטובאקטר. בנוסף ליצירת חומצת החומץ, חיידקים אלה מפיקים גם חומצות אורגניות אחרות וחומרים ארומטיים התורמים לתכונות האורגנולפטיות של המוצר הסופי (טעם, ריח וצבע). בתעשיית החומץ משמשים החיידקים הבאים:
* *Acetobacter aceti*
* *Acetobacter malorum*
* *Acetobacter pasteurianus*
* *Acetobacter pomorum*
* *Acetobacter syzygii*
לחומצת החומץ שימושים רחבים. 10% מתפוקת החומץ העולמי מתקבל בתהליכים מיקרוביאליים והוא מיועד ברובו לתעשיית המזון והמשקאות. לעומת זאת, חומץ סינתטי משמש למטרות רבות ומגונות, כגון, ניקיון משטחים, המסת אבנית, חיטוי רפואי וסביבתי, חיטוי והשמדת חרקים ותולעים בפירות וירקות למטרות כשרות.

#### תעשיית הקקאו והקפה
חיידקי חומצת החומץ יחד עם שמרים וחיידקי החומצה הלאקטית המצויים באופן טבעי במיקרוביוטה של פרי הקפה והקקאו מפרקים את המעטה הפוליסכרידי של זרעי הקקאו והקפה לאחר הקטיף. זהו שלב התחלתי של הטיפול בזרעי הקקאו והקפה לפני תהליכי הייבוש והקלייה. התסיסה המיקרוביאלית של המעטה החיצוני של פולי הקפה והקקאו נמשכת כשבוע ימים במטרה לפרק את השכבה הפקטינואידית העוטפת את הזרעים. תגובת התסיסה היא אקסוטרמית, במהלכה הטמפרטורה עולה ל-50oC המזררזת חדירת תוצרי התסיסה, האתנול וחומצת החומץ לתוך הפרי אשר גורמת להתשת הזרעים. התהליך מלווה בהיווצרות של חומרי טעם וריח ושינויי צבע שיאפינו את המוצר הסופי. כך מעניק תהליך התסיסה לקקאו ולקפה את תכונות אורגנולפטיות משלהם. בתעשייה משמשים החיידקים הבאים:
* *Acetobacter aceti*
* *Acetobacter fabarum*
* *Acetobacter tropicalis*

#### תעשיית הירקות הכבושים
ממוזער|הכנת שימורי מלפפונים ועגבניות להחמצה
ייצור שימורי ירקות ופירות כבושים נעשה בתסיסה ממושכת בתימלחת מלח בישול או בהשריה בחומצת חומץ. התסיסה מתבצעת על ידי המיקרוביוטה שעל פני הפרי או הירק. החומצות האורגניות שנוצרות, בעיקר החומצה הלאקטית וחומצת החומץ מעניקות למוצר את תכונותיו האורגנולפטיות ומשמרות אותו מפני זיהומים של חיידקים מקלקלים.

אלו החיידקים המשמשים בתעשייה:
* *Acetobacter orientalis*
* *Acetobacter lovaniensis*

#### ייצור בירה חמצמצה
ייצור בירה מבוסס על תסיסה כוהלית של גרעינים עטירי עמילן על ידי שמרים מסוגי ה-. נוכחות חיידקי החומצה הלקטית וחומצת החומץ בבמהלך תהליך התסיסה ויצירת חומצות אורגניות אינה רצויה במפעלי בירה. החיידק *Acetobacter cerevisiae* נפוץ במפעלים לייצור בירה והוא נחשב למחולל קלקול. אולם, בין סוגי הבירה הרבים קיימים גם סוגי בירה חמוצה שמיוצרת עם סטארטרים טבעיים של שמרי בר ובתוספת של סטארטרים של חיידקי החומצה הלאקטית  ו- והעובש  לתהליך התסיסה. בתהליכים אלה נוצרת כמות מבוקרת של חומצות אורגניות המעניקות לבירה את טעמה החמצמץ.
### חיידקים מסוג ארטרובקטר - ''Arthrobacter''
טקסט= Arthrobacter chlorophenolicus|ממוזער| צילום מיקרוספוק אלקטרונים של החיידק ארטרובקטר כלורופנוליקוס ''Arthrobacter chlorophenolicus'' בעל יכולת לפרק ריכוזים גבוהים של  

4-chloropheno''l''
חיידקים השייכים לסוג ארטרובקטר השייכים למשפחת , חיידקים אווירניים אובליגטורים המצויים בקרקע. מתגים גרם-חיוביים בפאזת הגדילה וקוקים גרם-חיוביים בפאזת המנוחה.

#### ייצור גבינות מובחלות - Smear-ripened
בתהליך הייצור של גבינות קשות אלה, נוהגים למרוח על פני חריצי הגבינה בתדירויות מסוימות תרביות החיידקים מבוקרים. החיידקים יוצרים מעטה ההולך ומתקשה על פני החריץ, בעל גוון חום-כתום ולפעמים אדמדם מורכב מקרוטנואידים, כגון גבינת .
* *Arthrobacter arlaitensis*
* *Arthrobacter bergerei*
* *Arthrobacter globiformis*
* *Arthrobacter nicotianae*
* *Arthrobacter variabilis*

#### סינתזה תעשייתית של L-גלוטאמאט
חיידקי ארטרובקטר, כמו גם חיידקים מקבוצות אחרות: *Brevibacterium*, *Microbacterium*, ו-*Corynebacterium* משמשים לסינתזה תעשייתית של L-גלוטאמאט, כמונוסודיום גלוטמאט. הוא מהווה את תוסף התזונה הנפוץ ביותר בעולם.

### עובשים מסוג ''Aspergillus''
ממוזער|אספרגילוס ניגר,Aspergillus nigerממוזער|שוקו (Shochu) משקה אלכוהולי ממוצא יפני על ידי תסיסה של אורזעובשים השייכים לסוג *Aspergillus* הם פטריות אווירניות, נפוצות בקרקע ועל פירות וירקות. עובשים נחשבים למיקרואורגניזמים מחוללי קילקולי מזון ומשקאות, אולם מיני *Aspergillus* תורמים לתעשיית רטבי הסויה ומשקאות אלכוהוליים המופקים מאורז. תעשייה זו נפוצה במזרח הרחוק. כמה סוגים של עובשי *Aspergillus* נחשבים מסוכנים בהיותם יוצרי אפלטוקסינים הרעילים, על כן הייצור של מוצרים בנוכחות גזעי *Aspergillus* חייבת להיות תחת בקרה קפדנית ביותר.

#### תעשיית התה
אספרגילוס הוא עובש הלוקח חלק בתהליך המשמעותי של תסיסת עלי תה בתהליך הייצור של התה הכהה. תהליך התסיסה מתרחש תוך כדי שיטוח עלי התה וסיבובם על מנת לשבור את רקמת העלים, תהליך המאפשר שחרור של אנזימים פרוטאוליתיים ומאפשר גישה של העובש לחומרי התסיסה המצויים בעלים. התהליך מתרחש תוך כדי אוורור מתמשך של מסת העלים, על מנת להבטיח תהליך רציף משך שעתיים עד ארבע שעות.
* *Aspergillus acidus*

הטכנולוגיה בסוגי תה אחרים שונה כך שלפני תחילת תהליך התסיסה העלים עוברים תהליך של התשה אנזימטית על ידי טבילה במים רותחים כדי להרוס אנזימים שעלולים לקלקל את טעם העלים ולגרום לתהליכי חמצון בלתי רצויים. ההתשה האנזימטית משמידה גם מיקרואורגניזמים המצויים במיקרוביוטה של העלים, שעלולים להשפיע במידה בלתי רצויה על תהליך התסיסה. בסוגי תה אחרים התסיסה מתבצעת בנוכחות העובש וגם חיידקים השייכים לקבוצת החומצה הלאקטית. טעמו של התה שעבר תהליך של תסיסה ניקבע על ידי סוגי עלי התה, המיקרואורגניזמים שהשתתפו בתהליך התסיסה ותנאי התהליך.

#### תעשיית המשקאות האלכוהוליים מגרעינים
* *Aspergillus niger* - משקה awamon
* *Aspergillus oryzae* - משקה סאקה, משקה אלכוהולי המכיל 16-18% אלכוהול, המופק על ידי תסיסה של גרעיני אורז ללא קליפה

#### תעשיית הרטבים (המזרח הרחוק)
ייצור רטבים במזרח הרחוק מבוססים על שני שלבי תסיסה: תסיסה ראשונית על ידי עובש האספרגילוס על מצע של אורז. המוצר הסופי קרוי קוג'י  משמש להמשך התסיסה המתבצעת על ידי הוספת חיידקים ושמרים שונים לעיסה של גרגרי סויה טחונים בתוספת מלח בריכוז גבוה. החיידקים והשמרים עמידים לריכוזי המלח הגבוהים. תהליך תסיסת המיסו נמשך שנתיים.
* *Aspergillus oryzae* - רוטב מיסו  מיוצר מסויה
* *Aspergillus sojae* - רוטב מיסו מיוצר מסויה

#### רטבי דגים
* *Aspergillus oryzae*

#### תעשיית השוקולד
* *Aspergillus fumigatus*

### חיידקים מסוג ''Bifidobacterium'' ו-''Brachybecterium''
ממוזער|צילום מיקרוסקופ אלקטרונים של חיידקי ביפידובקטריום לונגום ''Bifidobacterium longum''חיידקים השייכים לסוגים  ו־ הם מתגים גרם חיוביים, בעלי רגישות שונה לנוכחות חמצן, בהיותם אל-אווירניים או מיקרואארופילים. המשתתפים בתסיסה של חלב ויצירת מוצרי חלב ניגרים כגון יוגורט, וגבינות שונות.
#### מוצרי חלב ניגרים ''Bifidobacterium''
[ממוזער|משקה חלב ניגר [דאדיה]]בתעשיית מוצרי החלב הניגרים נעשה שימוש בסטארטרים מבוקרים המכילים תערובות של חיידקים הגורמים לתסיסה לקטית ומעניקים למוצר תכונות אורגנולפטיות של טעם, ריח ומרקם אופייניים למוצר.

תסיסה לקטית היא תסיסה של הלקטוז המצוי בחלב ומבוססת על הורדת ה-pH. החומצה הלקטית גורמת לקואגולציה של הקזאין שמהווה 90% מחלבון החלב, בהגיעו לנקודה האיזואלקטרית. התסיסה הלקטית עשויה להתנהל בשני מסלולים: תסיסה הומופרמנטטיבית שבה הלקטוז מתפרק לחומצה לקטית, ותסיסה הטרופרמנטטיבית שבה הסוכר מתפרק לאתנול, חומצה לקטית ודו-תחמוצת-הפחמן, המעניקים למוצר תכונות אורגנולפטיות ייחודיות של טעם, ריח, מראה ומרקם. בסביבה החומצית הנוצרת על ידי החומצה הלקטית יש העדפת התקיימות לחיידקים עמידים ל-pH נמוכים. החומצה הלקטית מהווה גורם סלקטיבי של אוכלוסיית החיידקים בסביבה הפחות מתאימה לחיידקים פתוגניים.
* *Bifidobacterium adolescentis*
* *Bifidobacterium bifidum*
* *Bifidobacterium animalis*
* *Bifidobacterium breve*
* *Bifidobacterium infantis*
* *Bifidobacterium lactis*
* *Bifidobacterium longum*
* *Bifidobacterium pseudolongum*
* *Bifidobacterium thermophyllum*

#### גבינות קשות ורכות למריחה - ''Brachybecterium''
* *Brachybecterium alimentarium* - גבינת בופור וגבינת גרוייר
* *Brachybecterium tyrofermentas* - גבינת בופור וגבינת גרוייר
* *Brachybecterium aurantiacum* - גבינת קשות
* *Brachybecterium casei* - גבינות מובחלות למריחה (smear ripened)
* *Brachybecterium linens* - גבינות מובחלות למריחה (smear ripened)

### שמרים מסוג קנדידה ''Candida''
ישנה קבוצה גדולה של שמרים השייכים לסוג קנדידה, חלקם פתוגנים לבני אדם, אך הם בעלי חשיבות בתהליך התסיסה ההתחלתי של פרי הקקאו. יחד עם חיידקי חומצת החלב וחיידקי חומצת החומץ, הקנדידה היא סוג של שמר המתרבה על ידי הנצה. השמרים נפוצים מאוד בטבע, בקרקע, במיקרוביוטה של צמחים ובעלי חיים. השמרים מעורבים בתהליכי תסיסה בתעשיות מזון ומשקאות שונים. הם פועלים בתערובת עם חיידקי החומצה הלאקטית וחיידקי חומצת החומץ ויחד עם שמרים המבצעים תסיסה אלכוהולית.

#### תעשיית הגבינות

* *Candida collicuiosa* *Candida kefyr* הבחלה על פני חריץ הגבינה
* *Candida mycoderma* - גבינת לימבורגר
* *Candida utilis*
* *Candida vini* - גבינת רבלושון
* *Candida zeylanoiae*
#### תעשיות מוצרי חלב ניגרים
* *Candida colliculosa*

#### תעשיית הלחם
[ממוזער|[מחמצת שאור]]
* *Candida exigus* *-* מחמצת שאור
* *Candida milleri - * מחמצת שאור
* *Candida valida*
* *Candida vini*
* *Candida humicola*
* *Candida krusei*
* *Candida pelliculosa*
* *Candida rugosa*
* *Candida tropicalis*

#### תעשיית היין
היין הוא תוצר תסיסה כוהלית של תירוש ענבים על ידי שמרים. עשיית היין נחשבת לאחד התהליכים העתיקים ביותר.
* *Candida pulcherrima*
* *Candida vini*
* *Candida zelynaloides*
* *Candida krusei*

### חיידקים מסוג ''Carnobacterium''
חיידקי *Carnobacterium* הם חיידקים השייכים למשפחת Carnobacteriaceae, השייכת למשפחת חיידקי החומצה הלקטית. הם מתגים גרם חיוביים המצויים במיקרוביוטה הטבעית של חלב דגים ובשר, ומשמשים להחמצה לקטית של מוצרי חלב, דגים, פירות-ים ובשר חיידקים אלה בדרך כלל אינם פתוגניים לבני אדם, אך עלולים לגרום למחלות אצל דגים. למרות השתייכותם לקבוצת חיידקי חומצת החלב העמידים ל-pH נמוך הרי שחיידקי הקרנובקטריום מעדיפים pH 7-9. החיידקים עמידים מליחות גבוהה, עמידים להקפאות והפשרות ועמידות יחסית לטמפרטורות גבוהות ולכן מתאימים לתהלכים הטכנולוגיים של תעשיית המזון.

#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Carnobacterium maltaromaticum*

#### תעשיית הגבינות
* *Carnobacterium divergens*
תעשיית מוצרי חלב היא אחת התעשיות המפותחות ביותר בתרבות האנושית, שבה החלב משמש כחומר הגלם העיקרי לייצור מוצרים ניגרים, וגבינות בעלות מרקם מגוון (לבנות רכות, חצי-רכות שעברו תהליך של הבחלה ממושכת בליווי שטיפה של פני כיכרות הגבינה בפרקי זמן שונים, smear ripened cheese, לבנות קשות בתמלחת, וגבינות צהובות קשות. השלב התעשייתי הראשוני בייצור מוצרי חלב הוא תהליך שיקוע חלבון החלב על ידי החמצה. ההחמצה מתרחשת על ידי הוספה של חומצה אורגנית, כגון חומצת ציטרית, חומצה לקטית או חומצת חומץ, על ידי פעולה אנזימטית בהוספת של אנזים רנט , או על ידי תסיסה שהיא תהליך ביולוגי בעקבות הוספה של סטארטרים מיקרוביאליים המייצרים את חומצת החלב (החומצה הלאקטית). כל מוצרי החלב עוברים תהליך של קואגולציה (הקרשה) של הגבן  על ידי החמצה כימית או ביולוגית. החמצה כימית מתבצעת על ידי הוספת חומצות אורגניות ואילו החמצה ביולוגית מתבצעת על ידי תוספת של סטארטרים לחלב הגלמי. החיידקים השונים גורמים להורדת ה-pH באמצעות תסיסה לקטית של הלקטוזה, דו-סוכר ייחודי המצוי בטבע רק בחלב יונקים. הורדת ה-pH על ידי החומצה הלקטית גורמת לקואגולציה של הקזאין שמהווה 90% מחלבון החלב בהגיעו לנקודה האיזואלקטרית. התסיסה הלקטית יכולה להתנהל בשני מסלולים: התסיסה ההומופרמנטטיבית שבה הלקטוזה מתפרקת לחומצה לקטית או התסיסה ההטורופרמנטטיבית שבה הסוכר מתפרק לאתנול חומצה לקטית ודו תחמוצת הפחמן המעניקים למוצר תכונות טעם, ריח ומרקם אופייניים. בסביבה חומצית יש העדפת מחייה לחיידקים עמידים ל-pH נמוכים. החומצה הלאקטית מהווה גורם סלקטיבי של אוכלוסיית החיידקים, וסביבה פחות מתאימה לחיידקים פתוגניים.

קובץ:AOP Valençay fromage - coupé.jpg|מעטה של העובש על פני גבינת עיזים
קובץ:Tilsit cheese.jpg|גבינת טילסיט 
קובץ:Formaggio di fossa.jpg|*Formaggio di fossa* 
קובץ:Cottage Cheese homemade.jpg|גבינה רכה - קוטג'
קובץ:Feta Cheese.jpg|גבינת פטה קשה בתמלחת


#### תעשיית הבשר
* *Carnobacterium divergens*
* *Carnobacterium piscicola*

#### תעשיית הדגים
* *Carnobacterium divergens*
תעשיות ההחמצה של דגים מבוססות על תהליכי פירוק חלבונים לפפטידים קצרי שרשרת והמשך הפירוק שלהם בתהליכי תסיסה. פירוק אנזימטי של הפפטידים הקצרים בעלי 2–20 חומצות אמינו הנחשבים כנוגדי חמצון, בעלי תכונות אנטי סרטניות, ונוגדי יתר לחץ דם ומעניקות למוצר תכונות אורגנולפטיות של טעם וריח ייחודיים. תהליך ההחמצה על ידי תסיסה אף מעניק למוצרים אלה חיי מדף ארוכים וסביבה נוגדת תנאי מחיה לחיידקים פתוגניים המעדיפים סביבה הקרובה יותר לסביבה נייטרלית (pH 7).

### חיידקים מסוג ''Corynebacterium''
חיידקי הקורינבקטריום *Corynebacterium* שייכים למשפחת ה-*Corynebacteriaceae,* הם מתגים גרם חיוביים, אל אווירנים פקולטטיביים, נפוצים בטבע בקרקע ובמים, חיידקים פסיכרוטרופיים ועמידים לריכוזי מלח בישול גבוהים, חיידקי הקואינבקטריום עלולים להיות פתוגניים או להשתתף בתהליכים טכנולוגיים בתעשיות מזון שונות. הם אחראים ליצירת הקליפה החיצונית של גבינות שעוברות תהליך של הבחלה ואחראים להתפתחות הצבע הכתום-אדום של הקליפה ולמרקם החצי נוזלי של הגבינות המובחלות כתוצאה מהפרשת אנזימים פרוטאוליטיים. בהיותם מצויים באופן טבעי על פני העור ובריריות הגוף, הם מועברים בקלות על פני כיכרות הגבינה המיועדת להבחלה על ידי מגע אנושי של מריחתם על ידי התמלחת בעת הבחלתם. החיידקים מקבוצת הקורינבקטריום הלוקלים חלק בתעשיית הגבינות המובחלות אינם פתוגניים, ונחשבים לחיידקים קומנסליים החיים באופן טבעי ביחסי גומלין עם בני האדם, להבדיל מחיידקי קורינבקטריום פתוגניים הגורמים למחלות עור ודלקות גרון אצל בני האדם ולמחלות עטין אצל בעלי חיים, בקר וצאן.

#### תעשיית הגבינות
* *Corynebacterium caseii*
* *Corynebacterium ammoniagenes* גבינות מובחלות-רכות למריחה
* *Corynebacterium flavescens*
* *Corynebacterium mooreparkense גבינות מובחלות-רכות למריחה*
* *Corynebacterium variabile*

### שמרים מסוג ''Debaryomyces''
שמרים השייכים לסוג ה-*Debaromyces* ממשפחת *Saccharomycetaceae*, נחשבים לשמרים עמידים לתנאי קיצון. הם מצויים בקרקע ומשמשים להבחלת גבינות קשות וגבינות מובחלות-רכות.
* *Deberyomyces hansenii* - משמש להבחלת גבינות צהובות קשות ומובחלות-רכות
* *Debaryomyces kloeckeri* - משמש להבחלת גבינות צהובות קשות

### חיידקים מסוג ''Enterococcus''
ממוזער|צילום מיקרוסקופ אלקטרונים של החיידק ''Enterococcus faecalis''ממוזער|רוטב סויהחיידקים מסוג *Enterococcus* שייכים למשפחת *Enterococcace*, קוקים גרם חיוביים המצויים בטבע בפירות וירקות שעוברים תהליך של ריקבון ובדרכי העיכול של בני האדם. הם שייכים לקבוצת חיידקי החומצה הלאקטית המכונה LAB . חיידקים אלה הם עמידים ל-PH נמוך יחסית בין 3–4 ואחראים על תהליכי תסיסה רבים של מוצרי חלב, ירקות כבושים, ומוצרי בשר מותססים.

#### תעשיית הגבינות
* *Enterococcus fecalis*

#### תעשיית השמנת החמוצה
* *Enterococcus fecalis*

#### תעשיית הרטבים
* *Enterococcus fecalis* - רוטב סויה ומיסו
* *Enterococcus faecium* - רוטב סויה ומיסו

#### תעשיית הבשר המותסס
* *Enterococcus fecalis* - נקניקיות ופסטרמות
* *Enterococcus faecium-* נקניקיות

#### תעשיית הירקות הכבושים
* *Enterococcus faecium*

#### תעשיית הגבינות הקשות
* *Enterococcus faecium* - גבינת מנצ'גו

### עובשים מסוג ''Fusarium''
עובשים מסוג פוסריום *Fusarium* נפוצים בייחוד בקרקע. כמה מסוגי הפוסריום נחשבים נחשבים לפתוגנים לצמחים אך מין אחד של פוסריום משמש גם בתעשיית הגבינות הצהובות. בתעשייה זו נעשה שימוש מגוון רחב של עובשים התורמים למראה החיצוני של הגבינה, על ידי יצירת קליפה צבעונית ותרומה לטעם, למראה ולמרקם של הגבינה באמצעות הפרשת אנזימים פרוטאוליטיים.

#### תעשיית הגבינות
*Fusarium domesticum* מצטיין ביצירת תפטיר לבן, צפוף ודמוי רשת של גבישי קרח, על פני גבינות קשות שעברו הבחלה ממושכת. נפוץ על פני גבינות השייכות לסוגים של smear-ripened cheeses  כמו גרוייר, טלג'ו, רבלושון ואפואס דה בורגון. אלו הן גבינות קשות, קשות למחצה או רכות אשר עוברות תהליך ארוך של הבחלה תוך כדי שטיפות תקופתיות בתמלחות המכילות את העובש ומאפשרות התפתחות של תפטיר צפוף המגן על המבנה של הגבינה ומעניק לה מראה, טעם וריח אופייניים לסוגי הגבינה השונים. התמלחות מכילות גם חומרים שונים המאפשרים תסיסה כגון, בירה, יין ומשקאות אלכוהוליים המיוצרים מפירות שונים.

### עובשים מסוג ''Geotrichum''
[ממוזער|מעטה של תפטיר לבן על פני חריץ הגבינה [סן-נקטר (גבינה)|סן-נקטר]]
עובשים מסוג *Geotrichum* אינם פתוגניים נפוצים בייחוד בקרקע ובפירות וירקות בתהליכי ריקבון. העובש מסוגל להשתמש בחומצה לאקטית כמקור לפחמן אך אינו מסוגל להשתמש בלקטוז למטרה זו. לפיכך, הוא לוקח חלק בתהליך הייצור לאחר יצירת הגבן על ידי חיידקי חומצת החלב. העובש הוא מיקרואורגניזם קומנסלי אצל בני האדם, על פני העור ובמערכת העיכול ועשוי להפוך לפתוגן מזדמן בתנאים של מערכת חיסונית מדוכאת.

#### תעשיית הגבינות
* *Geotrichum candidum* - נמצא ב-*smear ripend cheeses* כגון גבינת קממבר, סן-נקטר, רבלושון. אחראי על פיתוח תפטיר קטיפתי לבן על פני חריץ הגבינה ופיתוח טעמים וריחות בזכות אנזימים מפרקי חלבונים ושומנים.
### חיידקים מסוג גלוקונובקטר - ''Gluconobacter''
חיידקים השייכים לסוג גלוקונובקטר Gluconobacter הם מתגים בעלי מבנה אליפטי, גרם שליליים, הצומחים לעיתים בזוגות, ולוקחים חלק פעיל בשלוש תעשיות מזון עיקריות: תסיסת המעטה הרב - סוכרי של פולי הקפה והקקאו כהכנתה לקלייה ותעשיית החומץ. שייכים לקבוצת חיידקי חומצת החומץ. חיידקים אלה, יחד עם חיידקי האצטובקטר נפוצים באופן טבעי בפירות עטירי סוכר, בעלי יכולת לשרוד בריכוזי סוכר וכוהל אתילי יחסית גבוהים ולכן אחראים גם לקלקולים של בירה ויין.

#### תעשיית הקפה
* *Gluconobacter azotocaplans*
* *Gluconobacter diazotrophicus*
* *Gluconobacter johannae*ית השוקולד
* *Gluconobacter johannae*
* *Gluconobacter diazotrophicus*

#### תעשיית החומץ
* *Gluconobacter enlanii*
* *Gluconobacter europaeus*
* *Gluconobacter hansenii*
* *Gluconobacter oboedians*
* *Gluconobacter xylinuss*
* *Gluconacetobacter liquefaciens*
* *Gluconobacter oxydans*

### חיידקים מסוג ''Hafnia''
ממוזער|בקבוק של משקה הפולקה, pulque|300x300 פיקסלים
חיידק מסוג הפנייה, *Hafnia*, שייך למשפחת *Hafniaceae* השייכת לחיידקי המעיים *Enterobacteriaceae,* חיידק קומנסלי המצוי בפלורה המיקרוביוטית של המעיים, מתג גרם שלישי, אל-אווירני פקולטטיבי, נפוץ כסטארטר בתעשיית הגבינות. החיידק איננו פתוגני לרוב האוכלוסייה, עלול להפוך לפתוגני בבני אדם עם מערכת חיסונית מדוכאת. משמש כחיידק פרוביוטי למערכת העיכול.

#### תעשיית הגבינות
* *Hafnia alvei* - גבינת קממבר

#### תעשיית הקפה
* *Hafnia alvei*

#### תעשיית משקאות אלכוהוליים מותססים
* *Hafnia alvei - * משקה הפולקה  הוא משקה אלכוהולי ממוצא מקסיקני, תוצר תסיסה של צמח האגבה

### חיידקים מסוג ''Halomonas''
חיידק מסוג הלומונס *Halomonas* שייך למשפחת *Halomonaceae*, מתג גרם שלילי, תרמופילי קיצוני (מתקיים עד 122 מעלות צלזיוס), עמיד לריכוזים יחסית גבוהים של מלח בישול, ולכן מתאים לתהליכים ביוטכנולוגיים. בטבע הוא מצוי בעיקר במי ים ואוקיינוסים וקומנסל בדגים.

#### תעשיית הבשר, דגים ופירות ים
* *Halomonas elongata*

### עובשים מסוג ''Issatchenkia'' ו-''Kazachstania''
#### תעשיית הקפיר - Kefir
[ממוזער|משקה ה[קפיר]]העובשים שייכים למשפחת ה-*Ascomycetes*
* העובש *Issatchenkia orientalis* 
* העובש *Kazachstania unispora*
* העובש *Kazachstania exsigua*

הקפיר הוא משקה המיוצר מחלב פרה, כבש או עז, שעבר תסיסה לקטית על ידי סטארטר מעורב של חיידקים ועובשים דמויי שמרים. מקורו של הקפיר בקווקז ומשם נדד אל רוסיה ואירופה לאזורי הבלקן.
### שמרים מסוג ''Kloeckera''
שמרים הם פטריות חד תאייות המתרבות על ידי הנצה, נפוצים בקרקע, פירות וירקות. אחראים לריקבון הטבעי של צמחים, מינים רבים המשתייכים לסוג זה אינם פתוגניים אך קיימים גם מינים פיטופתוגניים המועברים על ידי חרקים. שמרים מסוג *Kloeckera* שייכים למשפחת ה*-Saccharomycetaceae.*

#### תעשיית השוקולד
* *Kloeckera africana*
* *Kloeckera apis*
* *Kloeckera javanica*

#### תעשיית היין
מצויים באופן טבעי על זג הענבים ותורמים לטעם היין בתהליך התסיסה הכוהלית.
* *Kloeckera apis*

### שמרים מסוג ''Kluyveromyces''
שמרים מסוג *Kluyveromyces שייכים למשפחת Saccharomycetaceae,* לרוב גדלים כקומנסלים על בפירות ובקרקע, אך עלולים לההפך לפתוגנים בבני אדם מדוכאי מערכת החיסון.

#### תעשיית הגבינות
שמרים טרמוטולרנטים מסוגלים להתקיים בטמפרטורה של עד 45oC, הם מפרקי לקטוז לחומצה לאקטית בתסיסה אל-אווירנית. השמרים השייכים לסוג *Kluyveromyces* מסוגלים להתסיס גם סוכרים נוספים כגון, גלוקוזה ופרוקטוזה על ידי תהליך ביוכימי מיטוכונדריאלי של נשימה אווירנית במעגל החומצה הציטרית.
* *Kluyvieromyces lactis*
* *Kluyvieromyces marxianus*

#### תעשיית השוקולד
* *Kluyvimyces marxianus*

### חיידקים מסוג ''Kocuria''
חיידקים מסוג *Kocuria* שייכים למשפחת הם *Micrococcaceae* קוקים גרם חיוביים, אווירניים, הגדלים בזוגות או ברביעיות, המצויים באופן טבעי בקרקע. פתוגניים לדגים על ידי חדירה לדרכי העיכול. חיידקי ה-''Kocuria-rhizophila'' מתמקמים באופן טבעי בקרקע שמסביב למערכת השורשים של צמחים המכונה ריזוספרה , כמו התירס ויוצרים מיקרוביוטה אופינית לקרקע, לצמח ולמשאבים התזונתיים ומצויים בסביבתו.

#### תעשיית הבשר והנקניקים
[ממוזער| יישון [נקניק בתהליך החמצה, בולגריה, אזור הסקובו]]החיידק משמש לעיבוד של בשר בגלל תכונותיו הפרוטאוליטות ועמידותו לריכוזי מלח , הנפוצים בתעשייה זו. השימוש בריכוזי מלח גבוהים יחד עם תהליכי התסיסה הם אמצעים לשימור מוצרי הבשר לזמן ארוך.
* *Kocuria rhizophila*
* *Kocuria varians*

#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Kocuria varians*

#### תעשיית הגבינות
* ''Kocuria rhizophila''

### חיידקים מסוג ''Komagataeibacter''
[ממוזער|[תאית שנוצרה על ידי החיידק *Komagataeibacter xylinum*]]
חיידקים מסוג *Komagataeibacter* הם מתגים גרם שליליים השייכים לחיידקי התסיסה של חומצת החומץ.

#### תעשיית עיבוד פירות שונים
ממוזער|מאכל אינדונזי בשם Nata de coco, קוביות ג'לי של מיץ אגוזי הקוקוס שנוצר על ידי החיידק ''Komagataeibacter xylinus''
עיבוד שאריות של פירות מקומיים כמו אננס  ועיבוד נוזל אגוזי הקוקוס  מבוצע על ידי תהליך של הקרשה, ג'ליפיקציה, ויצירת קוביות ג'לי המתאימות לאכילה. התהליך מתאפשר הודות ליכולת החיידק לייצר תאית, רב-סוכר קשיח ורשתי. רשת התאית קושרת מולקולות של מים בקשרי מימן ומאפשרת אגירת כמויות מים גבוהות תוך כדי יצירת הג'ל.
* Komagataeibacter xylinus 
#### תעשיית החומץ
* *Komagataeibacter europaeus*
* *Komagataeibacter hansenii*
* *Komagataeibacter intermedius*
* *Komagataeibacter medellinensis*
* *Komagataeibacter oboediens*
* *Komagataeibacter xylinu*

### חיידקים מסוג לקטובצילוס ''Lactobacillus''
ממוזער|צילום מיקרוסקופ אלקטרונים של ''Lactobacillus acidophilus''
חיידקים השייכים לסוג לקטובצילוס *Lactobacillus* הם מתגים גרם חיוביים, הגדלים בסביבה אל אווירנית או מיקרואארופילית , יוצרים שרשראות ואינם מייצרים נבגים. הלקטובצילים מצויים במיקרוביוטה של האדם, בריריות של המעיים ושל הנרתיק ומגינים עליהם בפני חיידקים פתוגניים. הלקטובצילים נחשבים לחיידקים פרוביוטיים, המצויים במוצרי חלב שעברו תסיסה לקטית, עקב יכולתם לשקם את הפלורה המיקרוביאלית של המעי הדק ועל ידי כך למנוע תחלואה. השימוש בחיידקים פרוביוטיים שהחל משנת 1970 הופך לנפוץ ביותר, בגלל התכונות המיטיבות של הגישה הפרוביוטית.
#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
תעשיית מוצרי החלב הניגרים התחילה להתפתח באופן ספונטני על ידי החברה האנושית על פני כדור הארץ לפני 1500 שנה יחד עם תהליכי החמצת ירקות (למשל כרוב).
* *Lactobacillus delbrukii var. bulgaricus* (בתערובת עם החיידק *Streptococcus thermophilus)* הוא החיידק העיקרי בסטארטר בתהליך ייצור היוגורט. טעמי היוגורט השונים נקבע על ידי הזנים השונים של מיני היוגורט, נחשב לחיידק תרמופילי המפרק לקטוזה לחומצה לקטית בתסיסה הומופרמנטטיבית  ועמיד ל-pH 5.0.
**Lactobacillus delbrukii var acidophilus*
**Lactobacillus alimentarius*
**Lactobacillus brevis*
* *Lactobacillus casei*
* *Lactobacillue delbruekii var bulgaricus*-יוגורט
* *Lactobacillus gasseri*
* *Lactobacillus johnsonii*
* *Lactobacillus nodensis*
* *Lactobacillus paracasei*
* *Lactobacillus salivarius*
* *Lactobacillus tucelli*

#### תעשיית הקפיר
* *Lactobacillus brevis var linens*
* *Lactobacillus kefiranofaciens*
* *Lactobacillus kefiri*
* *Lactobacillus parabrevis*
* *Lactobacillus parakefiri*

#### תעשיית הגבינות
ממוזער|חלב שעבר תהליך של גיבון
[ממוזער|[אידיאזבל (גבינה)|גבינת אידיאזבל]]
תעשיית הגבינות מבוססת על גיבון חלבון החלב כתוצאה מהורדת ה-pH על ידי תסיסה לקטית של הלקטוז, דו-סוכר ייחודי המצוי בחלב יונקים. הורדת pH על ידי החומצה הלקטית גורמת לקואגולציה של קזאין שמהווה 90% מחלבון החלב. בהגיעו לנקודה האיזואלקטרית עובר תהליך של קואגולציה (קרישה). תעשיית הגבינות היא אחת התעשיות בעלות התפוצה מהגדולות ביותר ובעלת המגוון הגדול ביותר של מוצרים. גם תעשייה זו מבוססת על קואגולציה (קרישה) של חלבון החלב על ידי מיקרואורגניזמים. הקרישה נעזרת גם בתוספת תערובת אנזימים המופקים מחיקה של עגלים, הרנט  אשר ב-pH חומצי בנוכחות יוני סידן גורם לקרישה מואצת של הקזאין. החלבון המוקרש הקרוי הגבן, מופרד מהפאזה המימית של החלב ומשמש כחומר גלם להמשך תהליך ייצור הגבינות לסוגיהן. על ידי כך מייצרים את הגבינות הרכות המתאימות למריחה, הגבינות הקשות הטבולות בתמחלת ועל ידי כך מאריכים את חיי המדף שלהן והגבינות הקשות בעלות צבע פנימי וחיצוני, בעלות תוכן קשה וחצי נוזלי בהתאם לטיב התסיסה המתמשכת בקור, ההבחלה הממושכת מקנה לגבינות אלה את תכונותיהן האורגנולפטיות של טעם, ריח ומראה.

#### תעשיית היין
* *Lactobacillus bucheri*
* *Lactobacillus hilgardi*
* *Lactobacillus kunkeel*
* *Lactobacillus mali*
* *Lactobacillus oeni*
* *Lactobacillus pentosus*
* *Lactobacillus yamanashiensis*

#### תעשיית מוצרי בשר כבושים

#### תעשיית פירות כבושים
* *Lactobacillus acetotolerans*
* *Lactobacillus pentosus*
* *Lactobacillus pobuzihii*
* *Lactobacillus suebicus*
* *Lactobacillus vacinostercus*
#### תעשיית הלחם ומחמצות השאור
ממוזער|פרוסות של לחם שאורבמחמצות השאור נעשה שימוש במיקרואורגניזמים המצויים באופן טבעי בטבע בפלורה הטבעית של פירות וירקות.

#### תעשיית השוקולד
* *Lactobacillus cacaonum*
**Lactobacillus cellobiosus*
**Lactobacillus fabifermentans*
**Lactobacillus fermentum*
**Lactobacillus ghanensis*
**Lactobacillus hammesii*
**Lactobacillus hilgardi*
**Lactobacillus plantarum*

#### תעשיית דגים
* *Lactobacillus acidipiscis*
* *Lactobacillus alimentarius*
* *Lactobacillus faciminis*
* *Lactobacillus pentosus*

#### תעשיית החמצת ירקות

#### תעשיית הסיידר, משקאות אלכוהוליים על בסיס גרעינים ומולסה
[ממוזער|ייצור [סיידר מסורתי|267x267 פיקסלים]][ממוזער|כוס של [רום|233x233 פיקסלים]]
* *Lactobacillus collinoides סיידר*
* *Lactobacillus composti* משקה שוצ'ו  25% אלכוהול - יפן
* *us Lactobacillus diolivorana* משקה אלכוהולי צ'יקה - אמריקה הלטינית אזורי האנדים והאמזון
* *Lactobacillus homohiochii*
* *Lactobacillus mali - * סיידר ורום
* *Lactobacillus sakei - * סאקה מתסיסת אורז
* *Lactobacillus sanfranciscensis - * משקה שוצ'ו  25% אלכוהול - יפן
* *Lactobacillus satsumensis - * משקה שוצ'ו
* *Lactobacillus similis - * רום - משקה אלכוהולי על בסיס של התססת מולסה וזיקוק
**Lactobacillus yamanasiensis* - סיידר

#### משקאות אלכוהוליים על בסיס קסבה
* *Lactobacillus manihotivorans* משקה קסירי  - דרום אמריקה
#### תעשיית רטבים על בסיס סויה
* *Lactobacillus faciminis*

### חיידקים מסוג ''Lactococcus''
ממוזער|מיקרוגרף מיקרוסקופ אלקטרונים של החיידק ''Lactococcus lactis''
חיידקים מסוג לקטוקוקוס הם קוקים גרם חיוביים, אל-אווירניים או מיקרואארופילים, הומופרמנטטיביים, המייצרים חומצה לקטית מחומצה פירובית. הלקטוקוקים הם חיידקים בעלי חשיבות רבה בפרט בתעשיית מוצרי החלב, אך גם בתהליכי החמצת ירקות ומהווים פקטור פרוביוטי חשוב לאדם.

#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Lactococcus lactis*

#### תעשיית הגבינות
* *Lactococcus lactis var cremoris*
* *Lactococcus lactis var lactis*
* *Lactococcus raffinolactis*

#### תעשיית הירקות המוחמצים
* *Lactococcus lactis*

#### תעשיית השוקולד
* *Lactococcus lactis*

### עובש מסוג ''Lecanicillium''
עובשים אלה משתייכים לקבוצת המיקרואורגניזמים המפרישים ביופסטיצידים

#### תעשיית השוקולד
**Lecanicillium lecanii*

### חיידקים מסוג ''Leuconostoc''
[ממוזער|[מאכלי ים|פירות ים מותססים]]חיידקים מסוג *Leuconostoc* הם קוקים גרם חיוביים אווירניים, הטרופרמנטטיביים, בעלי יכולת לפרק סוכרים שונים. בתסיסה ההטרולקטית  החיידקים הופכים מולקולה אחת של גלוקוז למולקולות של חומצה לקטית, אתנול ודו תחמוצת הפחמן. בפירוק של ציטראט הם אחראים ליצירת דיאצטיל המעניק למוצרי החלב, לגבינות ולנקניק טעמים ייחודיים. הם מייצרים פולימרים חוץ תאיים המכונים EPS , המורכבים בעיקר מרבי סוכרים וחלבונים, המעניקים למוצר סמיכות.

#### תעשיית מוצרי בשר מותססים
* *Leuconostoc carnosum --* בעל יכולת ליצר דקסטרן  מגלוקוזה
* *Leuconostoc mesenteroides var cremoris* - נקניקים

#### תעשיית ירקות כבושים
**Leuconostoc mesenteroides*
**Leuconostoc mesenteroides var dextranicum*
**Leuconostoc falax*
**Leuconostoc imhae*
**Leuconostoc kimchi*

#### תעשיית דגים מותססים
**Leuconostoc citreum*
#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Leuconostoc mesenteroides*
* *Leuconostoc mesenteroides var cremoris*
* *Leuconostoc mesenteroides - שמנת חמוצה, יוגורט, חובצה*

#### תעשיית הגבינות
* *Leuconostoc mesenteroides var cremoris*
* *Leuconostoc citreum*
* Roncal,Idiazabal) *Leuconostoc mesenteroides var dextranicum*)
* *Leuconostoc lactis*

#### תעשיית השוקולד
* *Leuconostoc mesenteroides*
#### תעשיית היין
* *Leuconostoc palmae - * יין מיצוי עצי דקל, toddy, דרום אסיה

### חיידקים מסוג ''Macrococcus''
חיידקים השייכים לסוג מקרוקוקוס הם קוקים גרם חיוביים השייכים למשפחת ה-*Staphylococcaceae.* החיידקים לרוב אינם פתוגניים, מעניקים ארומה למוצרי גבינה.

#### תעשיית הגבינות
* *Macrococcus caseolyticus* - עלול להיות פתוגני אופורטוניסטי מתגלה כפתוגני לבקר ולכן בעייתי מבחינה ווטרינרית

#### תעשיית הבשר
* *Macrococcus caseolyticus - * נקניק

### חיידקים מסוג ''Microbacterium''
חיידקים מסוג מיקרובקטריום *Microbacterium* הם קוקים גראם חיוביים אל-אווירניים פקולטטיביים, השייכים למשפחת *Microbacteriaceae*, חיידקים אל-אווירניים פקולטטיביים.

#### תעשיית הגבינות
* *smear-ripened) MIcrobacterium foliolum)* - חיידק נפוץ בחלב ובברוקולי
* Limburger, smear-ripened,Tilsit), *MIcrobacterium gubbeenense*)

### חיידקים מסוג ''Micrococcus''
טקסט=צילום מיקרוסקופ אלקטרונים Micrococcus luteus 9761|ממוזער|צילום מיקרוסקופ אלקטרונים של החיידקת ''Micrococcus luteus''חיידקים השייכים לסוג מיקרוקוקוס הם קוקים גרם חיוביים השייכים למשפחת ה-*Micrococcaceae.*

#### תעשיית הגבינות
*Micrococcus luteus*

#### תעשיית הבשר
* *Micrococcus lylae*

### עובשים מסוג ''Mucor''

עובשים השייכים למחלקת *Mucorales*, אווירניים, נפוצים בעיקר באמריקה ואוסטרליה, מצויים בקרקע, על פירות וירקות ובגוף האדם בריריות דרכי הנשימה והעיכול. לרוב אינם פתוגניים, אך עלולים לסכן אנשים בעלי מערכת חיסונית מדוכאת.
#### תעשיית מוצרי סויה
* soybean curd-*Mucor hiemalis* - טופו

#### תעשיית הגבינות
* *Mucor plumbeus*
* *Mucor racemosus*

#### תעשיית השוקולד
* *Mucor racemosus*

### עובשים מסוג ''Neurospora''
#### תעשיית מוצרי סויה
ממוזער|אונקום - Oncom tekstur עשוי מתסיסת שאריות של טופו
* *Neurospora intermedia - * אונקום  מסויה - אינדונזיה. מבוסס על ניצול שאריות המתקבלות בתעשיית המזון הבסיסי של קסבה, טופו, אגוזי קוקוס על ידי תסיסה.

### חיידקים מסוג ''Oenococcus''
#### תעשיית יין
* *Oenococcus oeni*

### חיידקים מסוג ''Pediococcus''
חיידקים מסוג *Pediococcus* שייכים למשפחת ה-*Lactobacillaceae*, אנארובים פקולטטיביים, הומופרמנטטיביים, קוקים גרם חיוביים הצומחים בזוגות או רביעיות-טטרדות, נפוצים בסרארטרים של תעשיית מזון שונות: החמצת הבשר וכבישת הירקות. רבים הם בעלי תכונות פרוביוטיות בהפרישם בקטריוצינים המשמשים כחומרים אנטיביוטיים כנגד חיידקים פתוגניים וחיידקים מחוללי קלקול מזון.

#### תעשיית הבשר ומוצריו
* *Pediococcus* acidilactici - נקניקים
* *Pediococcus* pentosaceus - נקניקים

#### תעשיית הדגים
* Pediococcus acidilactici - תסיסה ממושכת של Ngari, מוצר תסיסה של דגים קטנים ומיובשים בהודו

#### תעשיית הירקות
* *Pediococcus acidilactici*

### עובשים מסוג ''Penicillium''
ממוזער|קונידיופור של פניציליום ''Penicillium sp. conidiophore''
#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Penicillium fermentans*

#### תעשיית הגבינות
* *Penicillium album*
* *Penicillium camemberti*
* *Penicillium caseifulvumnumrh*
* *Penicillium chrysogenum*
* *Penicillium communae*
* *Penicillium nalgiovense*
* *Penicillium roqueforti*

#### תעשיית הבשר ומוצריו
* *Penicillium chrysogenum* - נקניקים
* *Penicillium nalgiovense* - בשר מעושן, נקניקים
* *Penicillium solitum* - בשר

### שמרים מסוג ''Pichia''
שמרים מסוג Pichia לוקחים חלק בתסיסה של מוצרי חלב ניגר ויין. השמרים מצויים בטכע על פני פירות וירקות ומשמשים לפירוקם, על פני העור ובדרכי המין של בני אדם ללא פתוגניות. השמרים מסוגלים לפרק סוכרים בתסיסה אל אווירנית וליצר אתנול.

#### מוצרי חלב ניגרים
* *Pichia fermentans - * קפיר

#### ייצור יין
* *Pichia fermentans*

### חיידקים מסוג ''Propionibacterium''
חיידקים מסוג Propionibacterium הם מתגים גרם חיוביים חסרי תנועה הנפוצים מאוד בתהליכי תסיסה של גבינות קשות ומוצרי חלב ניגרים, בייחוד גבינות שווייצריות. החיידקים שייכים לקבוצת ה-*Actinomiceta* ונחשבים לחיידקים פרוביוטיים.

#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Propionibacterium fluorescens - * יוגורט
* *Propionibacterium freudenreichii*

#### תעשיית הגבינות
* *Propionibacterium acidipropionici*
* *Propionibacterium freudenreichii* נפוץ מאוד בתעשיית הגבינות השווייצריות הקשות - Emmental, Jarlsberg, Leerdammer Maasdam
* *Propionibacterium jensenii*
* *Ptopionibacterium thoenii*

### חיידקים מסוג ''Proteus''
חיידקים מסוג *Proteus* שייכים למשפחת ה-*Morganellaceae*. הם מתגים גרם שליליים המצויים בדרכי העיכול של בני אדם ובעלי חיים שונים, לרוב אינם פתוגניים אך עלולים להפוך לפתוגניים בתנאים מסוימים, נפוץ בטבע בקרקע, מים ובתוצרת חקלאית.

#### תעשיית הגבינות
* *Proteus vulgari - * גבינות מסוג Surface ripened cheese

### חיידקים מסוג ''Pseudomonas''
חיידקים מסוג *Pseudomonas* שייכים לסדרת ה-Pseudomonadaceae. מתגים גרם שליליים, אווירניים, בעלי תנועתיות, נפוצים מאוד בטבע, בקרקע, מים ועור של בעלי חיים. אינם פתוגניים אך עלולים להפוך לפתוגנים בתנאים מסוימים.

#### תעשיית מוצרי החלב הניגרים
* *Pseudomonas fluorescens - * יוגורט

### חיידקים מסוג ''Psychrobacter''
חיידקים מסוג *Psychrobacter* שייכים למשפחת ה-*Moraxellaceae*, קוקים או קוקובצילים גרם שליליים, אווירניים, גדלים בטמפרטורה אופטימלית של 20oC ומסוגלים להתחלק גם בטמפרטורות נמוכות של 4-10oC. אוסמוטולרנטים ועמידים ל-1% מלח בישול. מצויים באוקיינוסים וגם עלולים להפוך פתוגניים אצל בני אדם.

#### תעשיית הגבינות
* *Psychrobacter celar* - גבינות
### עובשים מסוג ''Rhizopus''
עובשים מסוג *Rhizopus* נפוצים בטבע בקרקע ועל פירות וירקות. משמשים להתססת מוצרים מחלבון הסויה,
#### תעשיית מוצרים מחלבון הסויה
ייצור מוצרים מפולים שלמים של סויה שחורה או לבנה. ייצור האונקום  והטמפה , מוצאם מיאבה. שני המוצרים מבוססים על תסיסה של כל תכולת הפולים, אך ניתן ליצר אותם גם מתסיסה של קטניות אחרות. המוצרים עשירים בחלבון וגם בסיסים תזונתיים
* *Rhizopus microsporus spp oligosporus*
* *Rhizopus oryzae*

קובץ:Oncom merah.JPG|Oncom merah
קובץ:Tempeh (8681605421).jpg|טמפה Tempeh
קובץ:Stinky Tofu Mala.jpg|Stinky Tofu Mala


#### תעשיית הקסבה

הורדת ריכוז האנטינוטריאנטים בקמח שמיוצר מפקעות של צמח הקסאבה על ידי תהליך של תסיסה
* *Rhizopus oryzae*

### שמרים מסוג ''Rhodosporidium''
שמרים מסוג *Rhodosporidium* בעלי פיגמנט ורוד או אדום, מצויים בתהליכי התסיסה של ייצור גבינות קשות.

#### ייצור גבינות
* *Rhodosporidium infirmominiatum*

### שמרים מסוג ''Rhodotorula''
שמרים מסוג *Rhodotorula*, בעלי פיגמנט אדום מקבוצת הקרוטנואידים, משתתפים בתהליכי התסיסה של ייצור גבינות קשות ובתסיסה של פרי הקקאו. נפוצים מאוד בטבע בפירות וירקות, באוויר ובקרקע וכן ובקרחונים של האזורים הארקטיים עלול להפוך לפתוגן מזדמן אם מתאפשרת להם חדירה לרקמות בבני אדם.

#### ייצור גבינות
* *Rhodotorula minuta*
* *Rhodotorula rubra*

#### ייצור השוקולד
* *Rhodotorula glutinis*

### שמרים מסוג ''Saccharomyces''
שמרים מסוג *Saccharomyces* הם שמרים הנפוצים מאוד בתעשיות מזון ומשקאות שונים: הבירה, היין, משקאות מותססים מפירות, הלחם, הגבינות, השוקולד, רטבי הסויה.

#### תעשיית הבירה
* *Saccharomyces carlsbergensis*
ממוזער| בירה לגר Lagerבירה לגר  שמיוצרת בתסיסה איטית טמפרטורות נמוכות, עשירה בגאז דו-תחמוצת-הפחמן ובירה אייל  שמיוצרת בתהליך תסיסה מהיר בטמפרטורות מתונות 15–24 מע"צ. בייצור הבירה משתמשים בחיידקים האלו:
* *Saccharomyces cerevisiae*
* *Saccharomyces pastorianus*
* *Saccharomyces uvarum*

#### תעשיית הלחם
* *Saccharomyces cerevisiae*

#### תעשיית הסיידר
* *Saccharomyces cerevisiae*

#### תעשיית היין
* *Saccharomyces cerevisiae*
* *Saccharomyces bayanus*

#### תעשיית השוקולד
* *Saccharomyces cerevisiae*

#### תעשיית הגבינות
* *Saccharomyces cerevisiae*

#### תעשיית רטבים מסויה
* *Saccharomyces rouizii - * רוטב מיסו

### חיידקים מקבוצת ה-''Staphylococcus''
חיידקים מקבוצת ה-*Staphylococcus שייכים למשפחת Staphylococcacea,* קוקים גרם חיוביים מסודרים באשכולות, מסוגלים להתקיים בריכוזים יחסית גבוהים של מלח בישול. בין המינים המשמשים לתעשיים המזון, יש כאלה המסוגלים לההפך מחיידקים קומנסליים לחיידקים פתוגניים כמו *Staphylococcus saprophyticus.*

#### תעשיית מוצרי חלב ניגרים
* *Staphylococcus succinus*

#### תעשיית הגבינות
* *Staphylococcus equorum var linens*
* *Staphylococcus fleuretti*
* *Staphylococcus saprophyticus (גבינת Harzer)*
* *Staphylococcus sciuri spp carnaticus*
* *Staphylococcus vitulinus*
* *Staphylococcus xylosus*

#### תעשיית הדגים
* *Staphylococcus piscifermentans*

#### תעשיית הבשר
* *Staphylococcus carnosus var carnosus* - נקניקים
* *Staphylococcus equorum* - בשר
* *Staphylococcus simulans* - נקניקים
* *Staphylococcus succinus* - בשר
* *Staphylococcus vitulinus* - בשר
* *Staphylococcus warneri* - בשר
* *Staphylococcus xylosus* - נקניקים

#### תעשיית הסויה
* *Staphylococcus condimenti*
### חיידקים מסוג סטרפטוקוקוס ''Streptococcus''
#### תעשיית מוצרי החלב הניגרים
* *Streptococcus galloliticus*
* *Streptococcus salivarius* - יוגורט
* *Streptococcus thermophilus*

#### תעשיית הגבינות
* *Streptococcus thermophilus*

### חיידקים מקבוצת ה-''Streptomyces''
ממוזער|צילום במיקרוסקופ אלקטרוני של החיידק ''Streptomyces griseum''
חיידקים מסוג *Streptomyces* שייכים למשפחת ה-*Streptomycetes*, מתגים גרם חיוביים החיים בקרקע, מייצרים נבגים ואינם פתוגניים. מסוגלים להתקיים בטווח רחב של 5–9 pH, ואופטימלי מתקיימים ב-pH 9, ערך חריג לגבי מיקרואורגניזמים.

#### תעשיית הבשר
* *Streptomycetes griseus*
* *Streptomycetes mobaraensis*

#### תעשיית הדגים
* *Streptomycetes mobaraensis*

### חיידקים מקבוצת ה-''Tetragenococcus''
חיידקים מסוג ה-*Tetragenococcus* הם קוקים גרם חיוביים, עמידים לריכוזי מלח בישול גבוהים (הלופיליים), משמשים בעיקר להתססה בייצור מוצרים מהמזרח הרחוק הידועים כעטירי מלח.

#### ייצור רוטבי סויה
* *Tetragenococcus halophilus - * רוטב מיסו, רוטב סויה

#### ייצור ירקות כבושים
* *Tetragenococcus koreensis - * קימצ'י (מאכל כרוב מותסס, קוריאה)

#### ייצור דגים מותססים
* *Tetragenococcus halophilus* - דגי אנשובי - קוריאה

### שמרים מקבוצת ה''-Torulaspora''
שמרים מקבוצת ה-Torulaspora לוקחים חלק בתהליכי התסיסה של ייצור היין והבירה.

#### ייצור יין
* *Torulaspora delbrukii - * מעניק ליין את טעמו וריחו המיוחדים בתערובת עם גזעים של שמרי *Saccharomyces*

### שמרים מקבוצת Torulopsis
#### ייצור מחית סויה
* *Torulaspora versatilis - * מחית מיסו

### שמרים מקבוצת ה-''Trichosporum''
#### ייצור הגבינות
* Trichosporum beigelii

### עובשים מקבוצת ה-''Verticilium''
עובשים מקבוצת ה-Verticelium הם עובשים המשמשים בתסיסה בתעשיית הגבינות. מצויים בקרקע ועלולים להפוך לפתוגניים, נחשבים גם כמיקרואורגניזמים בעלי תפעילות אנטימיקרוביאלית בלוחמה ביולוגית נגד מחוללי מחלות בצמחים.

#### תעשיית הגבינות
* *Verticilium lecanii* (גבינת Tomme) - מיוצרת באלפים השווייצריים והצרפתיים, יחסית דלת שומן

### חיידקים מקבוצת ה-''Weissella''
חיידקים מקבוצת *Weissella* הם מתגים גרם חיוביים השייכים לקבוצת הלקטובצילים, משמשים בעיקר לייצור מוצרים מותססים מדגים. נחשבים גם לחיידקים פרוביוטיים. נחשבים לחיידקים קומנסליים שעלולים להפוך לפתוגנים מזדמנים באורגניזמים מדוכאי מערכת החיסון.

#### ייצור משקאות אלכוהוליים מצמחים מותססים
* *Weissella beninensis - * משקה מאגבה

#### ייצור מוצרי סויה מותססים
* *Weissella cibaria* - קימצ'י
* *Weissella koreensis* - קימצ'י

#### ייצור מוצרי בשר
* *Weissella paramesenteroides - * נקניקיות

#### תהליך התססת פרי הקקאו
* *Weissella fabaria*
* *Weissella ghanesis*

#### ייצור מוצרים דגים כבושים
* *Weissella thailandesis*

### שמרים מקבוצת ה-''Yarrowia''
שמרים מקבוצת ה-Yarrowia הם שמרים אווירניים אובליגטוריים, משתתפים בהבחלה של גבינות ונקניקים. מצוי בטבע בקרקע ועל פירות וירקות. נחשבים לשמרים לא פתוגניים.

#### ייצור גבינות
* *Yarrowia lypolitica* - שמר בעל יכולת להפריש אנזימים ליפוליטיים ופרוטאוליטיים (גבינת Raclette ממוצא שווייצרי, גבינת smear-ripened)

#### ייצור מוצרי חלב ניגר
* *Yarrowia lypolitica*

#### ייצור מוצרי בשר כבושים
* *Yarrowia lypolitica-* נקניקיות

### שמרים מקבוצת ה-''Zygotorulaspora''
שמרים מקבוצת ה-*Zygotorulaspora* הם שמרים המשמשים בעיקר לייצור יין כחלק מסטארטר בתערובת עם השמר *Sacharomyces cerevisiae.*
* *Zygotorulaspora florentina - * יין עשיר בגליצרול ופוליסכרידים

### חיידקים מקבוצת ה-''Zymomonas''
ממוזער|יין דקלים
חיידקים מקבוצת ה-*Zymomonas* הם מתגים גרם שליליים, אארובים פקולטטיביים, בעלי יכולת לייצר אתנול מגלוקוזה על ידי הפיכתו לפירובט. החיידק מייצר את האתנול בריכוזים גבוהים יותר מן השמר *Saccharomyces cerevisaeae* בתהליכי תסיסה, עמידים לטווח רחב שלpH.

#### ייצור משקאות על ידי תסיסה של פירות
* *Zymomonas mobilis - * משקה הפולקה (Pulque) המקסיקני עשוי מתסיסה של אגבה, יין טודי (Toddi) ממוצא אפריקאי על בסיס תסיסה של תמצית עצי הדקלים.

#### תעשיית הדלקים
* *Zymomonas mobilis* - ניצול של ביומסה ליגנוצרית Lignocellulosic biomass לייצור אתנול. בשילוב עם החיידק *Endomycopsis fibuligera* המפריש עמילאזה.

## קישורים חיצוניים
* Environmental Archeology, ארכאולוגיה העוסקת ביחסי הגומלין בין הסביבה והאדם
* Journal of Fermentation and Bioengineering

## הערות שוליים

קטגוריה:מיקולוגיה
קטגוריה:מטבוליזם
קטגוריה:מדעי המזון