Serpina

As **serpinas** son unha superfamilia de proteínas con estruturas similares que foron inicialmente identificadas pola súa actividade de inhibición de proteases e poden atoparse en todos os reinos de seres vivos. Serpina é un acrónimo que se acuñou orixinalmente así porque as primeiras serpinas descubertas actuaban sobre as serina proteses similares á quimotripsina (que en inglés serían * **ser**ine **p**rotease **in**hibitors = serpin*). Son notables polo seu mecanismo de acción infrecuente, no cal inhiben irreversiblemente as súas proteases diana ao sufriren un gran cambio conformacional para distorsionar o sitio activo da súa molécula diana. Isto contrasta co mecanismo máis común de inhibición competitiva para inhibidores da protease que se unen e bloquea o acceso ao sitio activo da protease. O seu cambio conformacional peculiar tamén espertou o interese no eido da bioloxía estrutural e pregamento de proteínas. pero ata a década de 1950 non se illaron as serpinas antitrombina e alfa1 antitripsina, co recoñecemento posterior da súa estreita homoloxía en 1979. Quedou claro que pertencían a unha nova familia proteica cando se comprobou o seu aliñamento coa proteína non inhibitoria da clara do ovo ovoalbumina, dando lugar á chamada *superfamilia proteica alfa1-antitripsina-antitrombina III-ovalbumina de inhibidores da serina protease,* pero foi despois renomeada de forma máis breve como superfamilia das Serpinas. A caracterización inicial da nova familia centrouse na alfa1-antitripsina, unha serpina presente nunha alta concentración no plasma sangíneo, cuxa mutación pode orixinar un trastorno xenético común que se considera a causa da predisposición á enfermidade pulmonar enfisema e á cirrose hepática. A identificación das mutacións S e Z responsables da deficiencia xenética e os posteriores aliñamentos de secuencias da alfa1-antitripsina e a antitrombina en 1982 levaron ao recoñecemento das estreitas homoloxías dos sitios activos das dúas proteínas, centrados nunha metionina na alfa1-antitripsina como inhibidor da elastase tisular, e na arxinina na antitrombina como inhibidor da trombina.

O papel fundamental do residuo do centro activo para determinar a especificidade da inhibición das serpinas foi confirmado inequivocamente polo descubrimento de que unha mutación natural que afectaba a metionina do centro activo na alfa1-antitripsina, que se cambiaba por arxinina (como na antitrombina), tiña como resultado un grave trastorno hemorráxico. Esta especificidade de centro activo da inhibición era tamén evidente nas moitas familias de inhibidores da protease Isto xunto coa posterior resolución da estrutura da ovoalbumina nativa (non clivada) indicou que o mecanismo inhibitorio das serpinas implicaba un notable cambio conformacional, no cal se producía o movemento do bucle peptídico exposto que contén o sitio reactivo e a súa incorporación como unha febra que quedaba en posición intermedia na folla beta-pregada principal que caracteriza a molécula de serpina. As primeiras evidencias do papel esencial do movemento deste bucle no mecanismo inhibitorio procederon do descubrimento de que incluso aberracións menores nos residuos de aminoácidos que forman a bisagra por onde se move na antitrombina tiñan como resultado unha enfermidade trombótica. A confirmación final do desprazamento ligado da protease diana por causa deste mvemento do bucle proporcionouna en 2000 ocoñecemento da estrutura do complexo post-inhibitorio da alfa1-antitripsina con tripsina, coas serpinas funcionalmene diversas do plasma humano.

Ata agora identificáronse unhas 1000&nbsp;serpinas, incluíndo 36&nbsp;proteínas humanas, así como moléculas en todos os reinos da vida (animais, plantas, fungos, bacterias e arqueas) e nalgúns virus (Poxviridae). A característica central de todos é unha armazón estreitamente conservada, que permite o aliñamento preciso dos seus compoñentes estruturais e funcionais baseados na estrutura molde da alfa1-antitripsina. Na década de 2000, presentouse unha nomenclatura sistemática para categorizar os membros da superfamilia da serpina baseada nas súas relacións evolutivas. As serpinas son, polo tanto, a superfamilia máis grande e diversa de inhibidores de proteases.

## Actividade 
[miniatura|Unha [protease (gris) unida a un bucle do centro activo de serpina (RCL, azul). Cando a tríade catalítica da protease (vermella) cliva o RCL, queda atrapado nunha conformación inactiva. ()|alt=Diagrama dunha serpina e unha protease]]
A maioría das serpinas son inhibidores da protease, que afectan a serina proteases similares á quimotripsina extracelulares. Estas proteases posúen un resido de serina nucleófilo nunha tríade catalítica no seu sitio activo. Exemplos son a trombina, tripsina e a elastase do neutrófilo humana. As serpinas actúan como inhibidores suicidas irreversibles ao atraparen un intermediario do mecanismo catalítico da protease. Non obstante, a química encimática é similar, e o mecanismo de inhibición polas serpinas é o mesmo en ambas as clases de proteases. Exemplos de serpinas inhibitorias de clase cruzada son a serpina B3 (antíxeno&nbsp;1 de carcinoma de célula escamosa ou SCCA1), e a serpina aviaria proteína específica do estado de terminación nuclear mieloide e eritroide (MENT), as cales inhiben ambas as cisteína proteases similares á papaína.

## Localización e función biolóxica 
### Inhibición da protease 
Aproximadamente dous terzos das serpinas humanas realizan funcións extracelulares, inhibindo as proteases na circulación sanguínea para modular as súas actividades. Por exemplo, as serpinas extracelulares regulan os cadoiros proteolíticos esenciais para a coagulación do sangue (antitrombina), as respostas inflamatorias e inmunes (antitripsina, antiquimotripsina e o inhibidor de C1) e remodelación de tecidos (PAI-1). A táboa das serpinas humanas (abaixo) proporciona exemplos do rango de funcións realizadas polas serpinas humanas, así como algunhas das enfermidades que resultan da deficiencia de serpinas.

As proteases que son diana das serpinas inhibitorias intracelulares foron difíciles de identificar, xa que moitas destas moléculas parecen realizar funcións solapadas. Ademais, moitas serpinas humanas carecen de equivalentes funcionais precisos en organismos modelos como o rato. Non obstante, unha función importante das serpinas intracelulares pode ser protexer contra a actividade inapropiada das proteases dentro da célula. Por exemplo, unha das serpinas humanas mellor caracterizadas é Serpina B9, que inhibe a protease grancima B dos gránulos citotóxicos. Facendo isto, a Serpina B9 pode protexer contra a liberación inadvertida de grancima B e a activación prematura ou non desexada das vías de morte celular.

Algúns virus usan as serpinas para interferir coas funcións das proteases do seu hóspede. A serpina viral da varíola das vacas CrmA (modificador da resposta de citocinas A) utilízase para evitar as respostas inflamatorias e apoptóticas de células hóspede infectadas. A CrmA incrementa a infectividade ao suprimir a resposta inflamatoria do hóspede por medio da inhibición do procesamento da IL-1 e IL-18 pola cisteína protease caspase-1. En eucariotas, unha serpina de plantas inhibe ambas as metacaspases e unha cisteína protease similar á papaína.

### Funcións non inhibitorias 
As serpinas extracelulares non inhibitorias  tamén realizan unha ampla variedade de funcións importantes. A globulina fixadora da tiroxina e a transcortina transportan as hormonas tiroxina e cortisol, respectivamente. A serpina de choque térmico 47 é unha chaperona, esencial para o correcto pregamento do coláxeno. Actúa estabilizando a tripla hélice do coláxeno mentres está sendo procesado no retículo endoplasmático.

Algunhas serpinas son á vez inhibidores da protease e realizan funcións adicionais. Por exemplo, o inhibidor da cisteína protease nuclear MENT, en aves tamén actúa como molécula remodeladora da cromatina nos eritrocitos de aves.

## Estrutura 
miniatura|450px|O estado nativo das serpinas está en equilibrio entre un estrado completamente estresado (esquerda) e un estado parcialmente relaxado (dereita). A folla A de cinco febras (azul claro) contén dúas importantes rexións funcionais para o mecanismo da serpina, a fisura (*breach* na imaxe) e a persiana (*shutter*). O bucle do centro reactivo (RCL, azul) está nun equilibrio dinámico entre a conformación totalmente exposta (aberta) e a conformación na que está parcialmente inserida na fisura da folla A (dereita).()|alt=Diagrama dos estados da serpina

Todas as serpinas comparten unha estrutura (ou pregamento) común, malia as variadas funcións que teñen. Todas teñen caracteristicamente tres follas β (denominadas A, B e C) e oito ou nove hélices α (denominadas hA–hI).

As serina proteases e cisteína proteases catalizan a rotura do enlace peptídico nun proceso en dúas etapas. Inicialmente, o residuo catalítico da tríade do sitio activo realiza un ataque nucleófilo no enlace peptídico do substrato. Isto libera o novo N-terminal e forma un enlace éster covalente entre o encima e o substrato. Este rearranxo conformacional fai que as serpinas sexan uns inhibidores máis efectivos.

O exemplo arquetípico desta situación é a antitrombina, que circula no plasma nun estado relativamente inactivo inserido parcialmente. A especificidade primaria que determina o residuo (a arxinina P1) apunta cara ao corpo da serpina e non queda dispoñible para a protease. Despois de unirse a unha secuencia pentasacárida de alta afinidade da heparina de cadea longa, a antitrombina sofre un cambio conformacional, a expulsión do RCL e a exposición da arxinina P1. A forma unida ao pentasacárido da heparina da antitrombina é, así, un inhibidor máis efectivo da trombina e o factor Xa. Ademais, ambas as proteases da coagulación mencionadas conteñen tamén sitios de unión (chamados exositios) para a heparina. Polo tanto, a heparina tamén actúa como molde que se une tanto á protease coma á serpina, o que acelera drasticamente a interacción entre as dúas partes. Despois da interacción inicial, o complexo da serpina final está formado e o residuo de heparina é liberado. Esta interacción é fisioloxicamente importante. Por exemplo, despois dunha lesión nas paredes dos vasos sanguíneos, a heparina queda exposta e a antitrombina é activada para controlar a resposta coagulatoria. A comprensión das bases moleculares desta interacción permitiu o desenvolvemento do Fondaparinux, unha forma sintética do pentasacárido da heparina usada como fármaco anticoagulante.

### Conformación latente 
[miniatura|450x450px|Algunhas serpinas poden converterse espontaneamente a un estado latente inactivo. A serpina [PAI-1 permanece na conformación activa cando se une á vitronectina (verde). Porén, en ausencia da vitronectina, a PAI-1 pode cambiar ao estado latente inactivo. O RCL non clivado (azul; rexións desordenadas sinaladas con liñas descontinuas) insírese na folla A, empurrando a febra β fóra da folla C (amarelo). ()| alt=Diagrama do estado latente das serpinas]]

Certas serpinas sofren espontaneamente a transición de S a R sen que fosen previamente cortadas por unha protease, para formar unha conformación denominada estado latente. As serpinas latentes non poden interaccionar con proteases, polo que xa non son inhibidores da protease. O cambio conformacional á latencia non é exacteamente o mesmo que a transcición de S a R dunha serpina clivada. Como o RCL aínda está intacto, a primeira febra da folla C ten que "pelarse" ou separarse para permitir a inserción completa do RCL.

A regulación da transición á latencia poden actuar como un mecanismo de control nalgunhas serpinas, como a PAI-1. Aínda que a PAI-1 se produce na conformación S inhibitoria, "autoinactívase" polo cambio ao estado latente a menos que se una ao cofactor vitronectina. Finalmente, cómpre o N-terminal da tengpina, unha serpina de *Thermoanaerobacter tengcongensis*, para bloquear a molécula no estado inhibitorio nativo. A distorsión das interaccións feitas pola rexión N-terminal ten como resultado un cambio conformacional espontáneo desta serpina á conformación latente.

### Cambio conformacional en funcións non inhibitorias 
Certas serpinas non inhibitorias tamén usan o cambio conformacional como parte do seu funcionamento. Por exemplo, a forma nativa (S) da globulina fixadora da tiroxina ten unha alta afinidade pola tiroxina, mentres que a forma clivada (R) ten baixa afinidade. De xeito similar, a transcortina ten unha maior afinidade polo cortisol cando está no seu estao nativo (S) que cando está no estado clivado (R). Deste modo, nestas serpinas, a clivaxe do RCL e a transición de S a R foron utilizadas para permitir a liberación do ligando en lugar de para a inhibición da protease.

Nalgunhas serpinas, a transición de S a R pode activar eventos de sinalización celular. Nestes casos, unha serpina que formou un complexo coa súa protease diana, é despois recoñecida por un receptor. O evento de unión despois acaba orixinando a sinalización augas abaixo polo receptor. A transición de S a R é, polo tanto, usada para alertar as células da presenza da actividade de protase. De maneira semellante, a serpina necrótica de *Drosophila* degrádase no lisosoma despois de ser transportada á célula polo receptor de lipoforina-1 (homólogo da familia do receptor de LDL de mamíferos).

## Enfermidades e serpinopatías 
As serpinas están envolvidas nunha ampla variedade de funcións fisiolóxicas, e por iso as mutacións nos xenes que os codifican poden causar diversas doenzas. As mutacións que cambian a actividade, especificidade ou propiedades de agregación das serpinas afectan como estas funcionan. A maioría das doenzas relacionadas coas serpinas son o resultado da polimerización das serpinas en agregados, aínda que tamén ocorren outros tipos de mutacións ligadas a enfermidades. O trastorno deficiencia de alfa1 antitripsina é unha das enfermidades hereditarias máis comúns.

### Inactividade ou ausencia 
miniatura|A conformación δ inactiva do mutante da antiquimotripsina ligado a enfermidades (L55P). Catro residuos do RCL (azul; rexión desordenada representada con liñas descontinuas) están inseridos na parte superior da folla A. Parte da hélice α F (amarelo) desenrolouse e encheu a metade inferior da folla A. ()|alt=Diagrama da conformación delta das serpinas

Como o pregamento de serpina estresado é de alta enerxía, as mutacións poden causar que cambien incorrectamente ás súas conformacións de baixa enerxía (por exemplo, a relaxada ou latente) antes de que realizasen debidamente o seu papel inhibitorio. Igualmente, as mutacións que promoven unha transición inapropiada ao estado latente monómero causan enfermidades ao reduciren a cantidade de serpina inhibitoria activa. Por exemplo, as variantes das antitrombina ligadas a enfermidades *Wibble* e *Wobble*, promoven ambas a formación do estado latente.

A estrutura do mutante ligado a enfermidades da antiquimotripsina (L55P) revelou outra "conformación δ" inactiva. Na conformación δ, catro residuos do RCL están inseridos na parte superior da folla β A. A metade inferior da folla está chea como resultado de que unha das hélices α (a hélice F) pasou parcialmente a unha conformación de febra β, completando os enlaces de hidróxeno da folla β. Non está claro se outras serpinas poden adoptar este confórmero e se esta conformación ten un papel funcional, mais especúlase que a globulina fixadora da tiroxina pode adoptar a conformación δ durante a liberación da tiroxina. Utilízanse knockouts de xenes, especialmente os de ratos, para determinar experimentalmente as funcións normais das serpinas polos efectos observados na súa ausencia.

Cada monómero do agregado de serpina encóntrase na conformación relaxada inactiva (co RCL inserido na folla A). Os polímeros son, pois, hiperestables á temperatura e incapaces de inhibir proteases. Polo tanto, as serpinopatías causan patoloxías de xeito similar a outras proteopatías (por edxemplo, enfermidades de prións) por medio de dous mecanismos. Primeiro, a falta de serpina activa ten como resultado unha actividade de protease incontrolada e destrución dos tecidos. Segundo, os propios polímeros hiperestables entupen o retículo endoplasmático de células que sintetizan serpinas, resultando finalmente na morte celular e danos nos tecidos. No caso da deficiencia da antitripsina, os polímeros de antitripsina causan a morte de células hepáticas, ás veces dando lugar a danos hepáticos e cirrose. Dentro da célula, os polímeros de serpina son retirados lentamente por degradación no retículo endoplasmático. Porén, os detalles e como os polímeros de serpina causan a morte celular aínda non se comprenden completamente. Os intercambios de dominios ocorren cando as mutacións ou factores ambientais interfiren cos estados finais do pregamento das serpinas ao estado nativo, causando que os intermediarios de alta enerxía se preguen mal. Resolvéronse tanto as estruturas de intercambio de dominios dímeras coma trímeras. No dímero (da antitrombina), o RCL e parte da folla A incorpórase na folla A doutra molécula de serpina. Tamén se propuxo que as serpinas poden formar intercambios de dominios inserindo o RCL dunha proteína na folla A doutra (polimerización de folla A). Estas estruturas dímeras e trímeras de intercambio de dominios pénsase que son os bloques de construción dos agregados de polímeros que causan enfermidades, pero o mecanismo exacto aínda non está claro.

#### Estratexias terapéuticas 
Están utilizándose ou investigándose varias estratexias terapéuticas para tratar a serpinopatía máis común: a deficiencia de antitripsina. Nesta terapia, a antitripsina é purificada do plasma sanguíneo de doantes de sangue e administrada por vía intravenosa (comercializada inicialmente como Prolastin). O transplante de pulmón e fígado demostrou ser efectivo para tratar a enfermidade relacionada coa deficiencia de antitripsina grave. En modelos animais, o *gene targeting* en células nais pluripotentes inducidas foi utilizado con éxito para corrixir un defecto de polimerización de antitripsina e para restaurar a capacidade do fígado dos mamíferos de segregar antitripsina activa. Tamén se desenvolveron pequenas moléculas que bloquean a polimerización da antitripsina in vitro.

## Evolución 
As serpinas son a superfamilia de inhibidores de proteases máis grande e máis amplamente distribuída. Segue sen estar claro se os xenes procariotas son os descendentes dunha serpina procariota ancestral ou son o produto da transferencia horizontal de xenes desde os eucariotas. A maioría das serpinas intracelulares pertencen a un só clado filoxenético, tanto se proceden de plantas coma de animais, o que indica que as serpinas intra e extracelulares puideron diverxer antes de que o fixesen as plantas e os animais. Excepcións son a serpina de choque térmico intracelular HSP47, que é unha chaperona esencial para conseguir o correcto pregamento do coláxeno, e cicla entre o cis-Golgi e o retículo endoplasmático. Probablemente non son inhibidores das proteases funcionais e poderían funcionar durante o embarazo para inhibiren as respostas inmunes maternas contra o concepto ou participaren no transporte transplacentario.

### Insectos 
O xenoma de *Drosophila melanogaster* contén 29&nbsp;xenes que codifican serpinas. A análise das secuencias de aminoácidos serviu para situar 14 destas serpinas no clado Q das serpinas e 3 no clado K, mentres que as 12 restantes se clasifican como serpinas orfas que non pertencen a ningún clado. O sistema de clasificación de clados é difícil de usar para as serpinas de *Drosophila* e no seu lugar adoptouse un sistema de nomenclatura baseado na posición dos xenes das serpinas nos cromosomas de *Drosophila*. Trece das serpinas de *Drosophila* aparecen como xenes illados no xenoma (incluíndo a Serpina-27A, ver máis abaixo), e as 16 restantes están organizadas en cinco agrupacións de xenes que se encontran nas posicións cromosómicas 28D (2&nbsp;serpinas), 42D (5&nbsp;serpinas), 43A (4&nbsp;serpinas), 77B (3&nbsp;serpinas) e 88E (2&nbsp;serpinas).

Estudos das serpinas de *Drosophila* revelan que a Serpina-27A inhibe a proteasee Easter (a protease final no cadoiro proteolítico de Nudel, Gastrulation Defective, Snake e Easter) e así controla os padróns dorsoventrais. Easter funciona clivando Spätzle (un ligando de tipo quimoquina), o que ten como resultado a sinalización mediada por Toll. Ademais do seu papel central no establecemento dos padróns embrionarios, a sinalización de Toll é tamén importante para a resposta inmunitaria innata en insectos. Por conseguinte, a serpina-27A tamén funciona controlando a resposta inmune dos insectos. No coleóptero *Tenebrio molitor* unha proteína (SPN93) que comprende dous dominios de serpina dispostos en tándem funciona regulando o cadoiro proteolítico de Toll.

### Nematodos 
O xenoma do verme nematodo *Caenorhabditis elegans* contén 9&nbsp;serpinas, todas as cales carecen de secuencia sinal e, polo tanto, son probablemente intracelulares. Porén, só&nbsp;5 destas serpinas parecen funcionar como inhibidores das proteases.

### Plantas 
As serpinas de plantas estaban entre os primeiros membros da superfamilia que se identificaron. A serpina proteína Z da cebada é moi abundante no gran de cebada e é un dos compoñentes proteicos principais na cervexa. O xenoma da planta modelo *Arabidopsis thaliana* contén 18&nbsp;xenes similares aos das serpinas, aínda que só&nbsp;8 deles teñen secuencias de serpina de lonxitude completa.

As serpinas de plantas son potentes inhibidores das serina proteases similares á quimotripsina de mamíferos in vitro, o exemplo mellor estudado é a serpina ZX da cebada (BSZx), que pode inhibir a tripsina e quimotripsina, así como varios factores de coagulación do sangue. Porén, as plantas carecen de parentes próximos das serina proteases similares á quimotripsina. O RCL de varias serpinas do trigo e centeo conteñen secuencias repetidas poli-Q similares ás presentes nas proteínas de almacenamento prolaminas do endosperma. Polo tanto, suxeriuse que as serpinas de plantas poden funcionar inhibindo proteases de insectos ou microbios que doutro modo dixerirían as proteínas de almacenamento dos grans de cereais. Un apoio para esta hipótese é que se identificaron serpinas específicas de plantas no zume do floema da cabaza (CmPS-1) e do cogombro. Aínda que se observou unha corelación inversa entre a regulación á alza da expresión de CmPS-1 e a supervivencia de áfidos, os experimentos de alimentación in vitro revelaron que a CmPS-1 recombinante non parecía afectar a supervivencia dos insectos. A AtSerpin1 tamén inhibe as proteases similares á metacaspase in vitro.

### Fúnxicas 
Caracterizouse unha soa serpina fúnxica ata agora: a celpina do fungo *Piromyces* spp. cepa E2. *Piromyces* é un xénero de fungos anaerobios que se atopan no rume de ruminantes e é importante para dixerir material vexetal. Predise que a celpina é inhibitoria e contén dous dominios de dockerina N-terminais ademais do seu dominio de serpina. As dockerinas atópanse comunmente en proteínas que se localizan no celulosoma fúnxico, un gran complexo multiproteico extracelular que degrada a celulosa. O papel preciso da maioría das serpinas bacterianas segue sen estar claro, aínda que a serpina de *Clostridium thermocellum* localízase no celulosoma. Suxeriuse que o papel das serpinas asociadas ao celulosoma pode ser impedir a actividade de proteases non desexada contra o celulosoma.

### Virais 
Os virus tamén expresan serpinas como unha maneira de evadirse da defensa inmunitaria do hóspede. As serpinas expresadas por Poxviridae, como o o virus da varíola das vacas (vaccinia) e da varíola do coello (mixoma), son interesantes debido ao seu potencial uso como novas terapéuticas para os trastornos inmunes e inflamatorios e na terapia de transplantes. A Serp1 suprime a resposta inmune innata mediada por TLR e permite  unha supervivencia indefinida de aloenxertos en ratas. a Crma e a Serp2 son inhibidores de clase cruzada e a súa diana son serina proteases (grancima B; aínda que feblemente) e cisteína proteases (caspase&nbsp;1 e caspase&nbsp;8). En comparación cos seus equivalentes en mamíferos, as serpinas virais conteñen delecións significativas de elementos de estrutura secundaria. Especificamente, o crmA carece de hélice D así como de porcións significativas das hélices A e E.

## Notas 
## Véxase tamén 
### Ligazóns externas 
* Merops protease inhibitor claudication (Family I4) 
* 
*James Whisstock laboratory na Universidade de Monash
*Jim Huntington laboratory  na Universidade de Cambridge
*Frank Church laboratory na Universidade de Carolina do Norte en Chapel Hill
*Paul Declerck laboratory na Universidade Católica de Lovaina
*Tom Roberts laboratory na Universidade de Sidnei
*Robert Fluhr laboratory  no Weizmann Institute of Science
*Peter Gettins laboratory na Universidade de Illinois en Chicago
*