Sailkapen zientifiko

**Sailkapen zientifikoa** edo **biologiako sailkapen zientifikoa** biologian espezie eta organismoak sailkatzeko erabiltzen den sistema da. Lineok proposatu zuen metodoan oinarritzen da, baina, ondoren, Charles Darwinek egindako ekarpenekin hobetu zen, eta DNAri buruzko ikerketek eta analisi informatikoek berritu egin dute hori egiteko modua.

Biologian, taxonomia (antzinako grezieraz: τάξις (taxis) «xedapena» eta -νομία (-nomia) «metodoa») da ezaugarri partekatuetan oinarritutako organismo biologikoen taldeak izendatzeko, definitzeko (xedatzeko) eta sailkatzeko azterketa zientifikoa. Organismoak taxonetan taldekatzen dira, eta talde horiei maila taxonomikoa ematen zaie. Maila jakin bateko taldeak batu daitezke maila handiagoko talde inklusiboago bat osatzeko, hierarkia taxonomiko bat sortuz. Erabilera modernoko lerro nagusiak dira: domeinua, erreinua, filum (batzuetan, botanikan, dibisio erabiltzen da filumaren ordez), klasea, ordena, familia, generoa eta espeziea dira. Carl Linnaeus botanikari suediarra jotzen da egungo taxonomia sistemaren sortzailetzat, taxonomia «linnearra» izenez ezagutzen den sistema garatu baitzuen organismoak kategorizatzeko eta nomenklatura binomiala organismoak izendatzeko.

## Definizioa
thumb|Sailkapen zientifikoa zer den azaltzen duen bideoa.
Taxonomiaren definizio zehatza aldatu egiten da iturri batetik bestera, baina diziplinaren muina bera izaten jarraitzen du: organismo taldeen sorkuntza, izendapena eta sailkapena. Hona hemen, erreferentzia-puntu gisa, taxonomiaren definizio berriak:

# Banakoak espezieetan taldekatzeko teoria eta praktika, espezieak talde handiagoetan antolatuz eta talde horiei izenak emanez eta horrela sailkapen bat sortuz.
# Deskribapena, identifikazioa, nomenklatura eta sailkapena barne hartzen dituen zientziaren eremua (eta sistematikaren osagai nagusia).
# Sailkapenaren zientzia; biologian, organismoen antolamendua sailkapen batean.
# Organismo bizidunei aplikatutako sailkapenaren zientzia, espezieak sortzeko bitartekoen azterketa barne, etab.
# Organismo baten ezaugarrien azterketa, sailkatzeari begira.
# Sistematikak filogenia aztertzen du taxonomiaren arlo inklusiboenaren sailkapenean eta izenetan itzul daitekeen patroi bat emateko (definizio desiragarri baina ezohiko gisa zerrendatua).

Definizioek taxonomia sistematikaren suberemutzat hartzen dute (2. definizioa); erlazio hori alderantzikatzen dute (6. definizioa), edo bi terminoak sinonimotzat hartzen dituztela dirudi. Nolabaiteko desadostasuna dago nomenklatura biologikoa taxonomiaren zatitzat (1. eta 2. definizioak) hartzen den ala taxonomiatik kanpoko sistematikaren zatitzat. Adibidez, 6. definizioa konbinatzen da nomenklatura taxonomiatik kanpo kokatzen duen sistematikaren definizio honekin6= :

Termino multzo batek (taxonomia, biologia sistematikoa, sistematika, sailkapen zientifikoa, sailkapen biologikoa eta filogenetikoa barne), batzuetan, esanahi gainjarriak izan ditu, batzuetan berdinak, beste batzuetan apur bat ezberdinak, baina beti elkarrekin erlazionatuak eta gurutzatuak. Hemen, taxonomiaren esanahirik zabalena erabiltzen da. Terminoa 1813an sartu zuen Candollek bere *Théorie élémentaire de la botanique* liburuan. 1830ean, John Lindleyk sistematikaren definizio goiztiarra eman zuen, baina, botanika sistematikoa terminoa erabili beharrean, sistematiko terminoari buruz idatzi zuen. Europarrek sistematiko eta biosistemiko terminoak erabiltzen dituzte biodibertsitatea bere osotasunean aztertzeko, eta iparramerikarrek, berriz, taxonomia erabiltzen dute maizago. Hala ere, taxonomia, eta bereziki alfa taxonomia, organismoen identifikazioa, deskribapena eta izena (hau da, nomenklatura) da zehazkiago; sailkapena, berriz, organismoak beste organismo batzuekin dituzten harremanak erakusten dituzten talde hierarkikoetan jartzean datza.

### Monografia eta azterketa taxonomikoa
Berrikuspen taxonomikoa edo azterketa taxonomikoa taxon jakin baten aldakuntza-patroien azterketa berritzailea da. Azterketa hori egin daiteke eskura dauden ezaugarri moten edozein konbinazio oinarri hartuta, hala nola morfologikoa, anatomikoa, palinologikoa, biokimikoa eta genetikoa. Monografia edo berrikuspen oso bat taxon baten berrikuspen sakon bat da, une jakin batean emandako informazioarentzat, eta mundu osoarentzat. Beste berrikuspen batzuk (partzialak) mugatuak izan daitezke, erabilgarri dauden karaktere-multzoetako batzuk bakarrik erabili ahal izango baitituzte edo irismen espazial mugatua izan baitezakete. Azterketa batek aztertutako taxonaren subtaxonen arteko erlazioen egitura edo ezagutza berriak sortzen ditu, eta horrek ekar dezake subtaxon horien sailkapena aldatzea, subtaxon berriak identifikatzea edo aurreko subtaxonen fusioa.

### Ezaugarri taxonomikoak
Ezaugarri taxonomikoak taxonen arteko erlazioak (filogenia) ondorioztatzeko ebidentzia emateko erabil daitezkeen atributu taxonomikoak dira. Ezaugarri taxonomiko motak hauek dira:

* Ezaugarri morfologikoak
** Kanpoko morfologia orokorra
** Egitura bereziak (adib. genitalak)
** Barne-morfologia (anatomia)
** Enbriologia
** Kariologia eta beste faktore zitologiko batzuk
* Ezaugarri fisiologikoak
** Faktore metabolikoak
** Gorputzeko jariakinak
** Antzutasun genikoaren faktoreak
* Ezaugarri molekularrak
** Distantzia immunologikoa
** Desberdintasun elektroforetikoak
** Proteinen aminoazidoen sekuentziak
** DNAren hibridazioa
** DNA eta RNA sekuentziak
** Murrizketa-endonukleasaren analisia
** Beste diferentzia molekular batzuk
* Portaera-ezaugarriak
** Segizioa eta beste isolamendu-mekanismo etologiko batzuk
** Beste portaera-eredu batzuk
* Ezaugarri ekologikoak
** Ohiturak eta habitatak
** Elikagaiak
** Urtaroen araberako aldaketak
** Parasitoak eta ostalariak
* Ezaugarri geografikoak
** Banaketa biogeografikoaren eredu orokorrak
** Populazioen harreman sinpatriko-alopatrikoa

### Alfa eta beta taxonomia
«Alfa taxonomia» terminoa, izan ere, taxonak, bereziki espezieak, aurkitu, deskribatu eta izendatzeko diziplinari erreferentzia egiteko erabiltzen da, batez ere. Aurreko literaturan, terminoak beste esanahi bat zuen, taxonomia morfologikoari eta XIX. mendearen amaiera arteko ikerketaren produktuei baitzegokien.

Alfa taxonomia terminoa William Bertram Turrillek sartu zuen 1935 eta 1937an argitaratutako artikulu batzuetan, non filosofia eta taxonomiaren diziplinaren etorkizuneko norabide posibleak eztabaidatzen zituen.

Hala, Turrill-ek, esplizituki, alfa taxonomiatik kanpo uzten ditu taxonomiaren barruan osotasun gisa sartzen dituen hainbat azterketa arlo, hala nola ekologia, fisiologia, genetika eta zitologia. Gainera, alfa taxonomiaren berreraikuntza filogenetikoa baztertzen du.

Geroagoko autoreek, terminoa, beste adiera batean erabili dute espezieen mugak izendatzeko (ez beste maila batzuetako subespezie edo taxonak), eskura dauden ikerketa-teknika guztiak erabiliz, konputazio- edo laborategi-teknika sofistikatuak barne.

### Mikrotaxonomia eta makrotaxonomia
Espezieak organismo-talde jakin batean definitzeko moduak arazo praktiko eta teorikoak eragiten ditu, eta arazo horiek espezieen arazo gisa aipatzen dira. Espezieak nola definitu erabakitzeko lan zientifikoari, mikrotaxonomia izena jarri diote.

### Animalien eta landareen izen zientifikoen idazpena
Euskaraz izen zientifikoen idazpena dela eta, Euskaltzaindiak 198. arauaren 4.14ak honela dio:

## Historia
Historia taxonomikoaren deskribapen batzuk taxonomia antzinako zibilizazioetan datatzen saiatzen diren arren, organismoak sailkatzeko benetako saiakera zientifiko bat ez zen XVIII. mendera arte gertatu, Aristotelesen balizko salbuespenarekin, zeinaren lanek taxonomia bat iradokitzen duten. Aurreko lanak deskriptiboak izan ziren, nagusiki, eta nekazaritzan edo medikuntzan erabilgarriak diren landareetan zentratu ziren.

Etapa batzuk daude pentsamendu zientifiko horretan. Taxonomia goiztiarra irizpide arbitrarioetan oinarritzen zen, «sistema artifizialak» deiturikoak, Linnaeusen landareen sailkapen sexualeko sistema barne (1735ean Lineoren animalien sailkapenak *Systema Naturae* (Naturaren Sistema) du izena, eta horrek esan nahi du berak, gutxienez, uste zuela «sistema artifizial» bat baino gehiago zela).

Geroago, taxonen ezaugarrien gogoeta osoago batean oinarritutako sistemak sortu ziren, «sistema naturalak» deituak, hala nola de&nbsp;Jussieu (1789), Candolle (1813) eta Bentham eta Hooker (1862–1863). Sailkapen horiek eredu enpirikoak deskribatu zituzten, eta eboluzio aurrekoak ziren pentsamenduan.

Charles Darwinen *On the Origin of Species* (Espezieen jatorriaz) (1859) lanak sailkapenen beste azalpen bat ekarri zuen, erlazio ebolutiboetan oinarritua: sistema filogenetikoen kontzeptua, 1883tik aurrera ezarri zena. Ikuspegi hori Eichler (1883) eta Engler (1886–1892) autoreek tipifikatu zuten.

1970eko hamarkadan, metodologia kladistikoa sortu zen, eta monofilaritate-irizpide bakarrean oinarritutako sailkapenak egin ziren, sinapomorfiek lagunduta. Harrezkero, genetika molekularreko datuekin zabaldu da frogaren oinarria, eta, gehienetan, ohiko morfologia osatzen dute.

### Lineo aurrea
#### Lehengo taxonomoak
Giza ingurunea izendatzea eta sailkatzea, ziurrenik, hizkuntzaren hasierarekin hasi zen. Landare pozoitsuak eta landare jangarriak bereiztea nahitaezkoa da giza komunitateen biziraupenerako. Sendabelarren irudiak K.a. 1500. urteko horma-pintura egiptoarretan agertzen dira, eta adierazten dutena da espezie desberdinen erabilerak ulertzen zirela eta oinarrizko taxonomia bat bazegoela.

#### Antzinako garaiak
[thumb|upright=1.7|*Animalia arraroen deskribapena* (写生珍禽图), [Song dinastia|Song dinastia garaia, Huang Quan-ek margotua (903–965)]]
Aristotelesek (Grezia, K.a. 384-322) Lesbos uhartean egon zen bitartean sailkatu zituen lehen aldiz organismoak. Izakiak beren zatien arabera sailkatu zituen, edo, bestela esanda, ezaugarri modernoen arabera, hala nola bizirik jaiotzea, lau hanka izatea, arrautzak jartzea, odola edukitzea, edo gorputz berokoa izatea. Izaki bizidun guztiak bi taldetan banatu zituen: landareak eta animaliak.

Teofrasto haren ikasleak (Grezia, K.a. 370–285) tradizio horrekin jarraitu zuen, 500 landare inguru eta haien erabilerak aipatuz bere *Historia Plantarum*ean. Hainbat landare genero Teofrastoraino arakatu daitezke, hala nola Zuhandorra, Crocusa eta Lilipa deitua izan dena. Bere lan nagusia, *De Plantis*, 1583an atera zen, eta 1.500 landare espezie baino gehiago deskribatu zituen. Berak lehen aldiz ezagutu zituen bi landare familia handi oraindik ere erabiltzen dira: *Asteraceae*ak eta *Brassicaceae*ak.

XVII. mendean, John Rayk (Ingalaterra, 1627–1705) lan taxonomiko garrantzitsu asko idatzi zituen izan zela, non 18.000 landare espezie baino gehiagoren xehetasunak argitaratu zituen. Une horretan, bere sailkapenak, beharbada, edozein taxonomok aurkeztutako konplexuenak ziren, bere taxonak konbinatutako karaktere askotan oinarritzen baitzituen.

Hurrengo lan taxonomiko garrantzitsuak Joseph Pitton de Tournefortek (Frantzia, 1656–1708) ekoitzi zituen. 1700. urteko bere lanak, *Institutiones Rei Herbariae* izenekoak, 9.000 espezie baino gehiago sartu zituen, 698 generotan, eta horrek eragin zuzena izan zuen Lineorengan, ikasle gazte zela erabiltzen zuen testua baitzen.

## Lineo 
Lineok *Systema Naturae* liburua argitaratu zuen 1735an. Bere sisteman, natura osoa hiru zatitan zegoen banatua: mineralak, landareak eta animaliak. Lineok lau sailkapen maila zehaztu zituen: klasea, ordena, generoa eta espeziea.

Hala ere, bere ekarpenik famatuena gaur egun erabiltzen den sistema binomiala da, zeinetan espezie bakoitza «genero-espezie» moduan aipatzen den.

## Garapena denboran 
Lineoren sailkapenaren geroztik, Charles Darwinen arbaso komunaren ideia sartu zen sailkapenetan.

1960ko hamarkadan, eskola kladistikoa sortu zen, taxon bakoitza eboluzio-zuhaitz batean kokatuz. Taxon bakoitzak arbaso komun bateko izaki guztiak jaso behar ditu, eta, horiei, monofiletiko deritzo. Talde baten kontrakoa gertatzen bada, parafiletikoa izango da (adibidez, satitsu guztiak ez dira talde berekoak).

Domeinuak, erlatiboki, berriak dira, 1990an sortu baitzen hiru domeinuen sistema. Gaur egun, biologo gehienek sistema hori erabiltzen dute, nahiz eta batzuek «bost erreinuen sistema» erabiltzen duten. Metodo horretan, lehen zegoen Monera (Bakterioa) erreinua orain Bacterio eta Archaea domeinutan banatu da. Beste 4 erreinuak Eukarioto domeinuan bildu dira.

## Adibideak 
Taula honetan, biologiaren historian erabili diren 5 espezie nagusiak agertzen dira:

## Erreferentziak
## Bibliografia
* 
* 
* 
*
* 

## Kanpo estekak