Proteinen tolespena

**Proteinen tolespena** prozesu fisiko bat da, zeinaren bitartez erribosoman sintetizatutako aminoazidoen kate lineala zorizko helize desegituratu bat izatetik hiru dimentsioko egitura ordenatuagoa izatera aldatzen den. Tolestura horri esker, proteinak biologikoki funtzionala den egitura lortzen du, eta horrek bere funtzio espezifikoak betetzeko aukera ematen dio. 
thumb|Proteinen **toleste prozesuaren ilustrazioa**, egoera destolestu batetik tolestura. Tolestutako egitura proteinen datu-bankutik hartu da (PDB ID: 1BRS) PyMol erabiliz sortutakoa.Proteina askoren tolespen-prozesua kate peptidikoen itzulpena gertatzen ari den bitartean hasten da. Aminoazidoek elkarri eragiten diote ondo mugatutako hiru dimentsioko egitura lortzeko, hau da, jatorrizko konformazioa sortzeko. Egitura hau aminoazidoen sekuentziak, edo lehen mailako egiturak, zehazten du.
Proteina batek dagokion funtzioa bete dezan, ezinbestekoa da hiru dimentsioko egitura egokia izatea. Hala ere, funtzionalak diren proteinen zati batzuk destolestuta gelditzen dira, eta proteinen dinamikaren garrantzia erakusten dute horrela. Jatorrizko egitura eskuratzen ez duten proteinak inaktiboak izan ohi dira, baina, kasu batzuetan, eraldatutako funtzioak dituzte edota toxikoak izan daitezke. Uste da gaixotasun neurodegeneratibo asko txarto tolestutako proteinez osatutako  amiloide-zuntzexkaren metaketaren ondorioz sortzen direla. Proteina horietatik infekzio-eragile direnei prioi deitzen zaie. Horren ildotik, alergia asko ere proteinen tolespen ezegokiaren ondorioz gertatzen dira.   

Proteinen desnaturalizazioa tolestuta egotetik destolestuta egotera igarotzeko prozesua da. Desnaturalizazioa eragin dezaketen hainbat faktore daude; esate baterako, pHa, tenperatura, urea eta detergenteak. Desnaturalizatu ostean hondar-egitura bat egonez gero, kasu batzuetan abian jar daiteke tolespen-prozesua, hori hasiera-gune gisa erabili daitekeelako. 

Tolespena gertatzeko beharrezko denbora Intereseko proteinaren arabera aldakorra izango da. Tolespen mantsoena duten proteinen kasuan, prozesua zelulatik at aztertzen denean, minutuak zein orduak behar ditu. Horren arrazoi nagusia da prolinen isomerizazioa eta tolespena bukatu aurretik proteinak igaro beharreko bitarteko egoerak; esaterako, kontrol-puntuak. Bestalde, ehun aminoazidorainoko luzera duten domeinu bakarreko proteina oso txikiak pausu bakarrean tolestu ohi dira. Oro har, denbora-eskala milisegunduetakoa izaten da, eta ezaguna den tolespen-prozesurik azkarrena mikrosegunduetakoa da. Proteina batek tolesteko behar duen denbora desberdina izango da, duen tamainaren, elkarregiten duen azaleraren eta zirkuitu topologikoaren arabera.

Biologia konputazionaleko erronka garrantzitsua izan da 1960ko bukaeratik proteinen toleste-prozesuaren ulermena eta simulazioa.

## Proteinen egitura mailak 
### Lehen mailako egitura 
thumb|340x340px|**Proteinen egitura primarioa:** kate polipeptidiko lineala.Proteina baten lehen mailako egiturak, hau da, haren aminoazido-sekuentzia linealak, bere jatorrizko egitura zehazten du. Aminoazido-hondar espezifikoak eta kate polipeptidikoan duten kokapena funtsezko faktoreak dira proteina-zatiak batera tolestu eta hiru dimentsioko konformazioa hartzeko. Proteina bakoitzaren aminoazido-sekuentziak jatorrizko egitura zehazteko informazioa du, baita egitura horretara heltzeko jarraitu beharreko bidezidorra zehazten duena ere. Hala ere, horrek ez du esan nahi ia berdinak diren aminoazido-sekuentziak beti antzera tolesten direnik. Izan ere, konformazioak ingurumen-faktoreen menpekoak ere badira; antzeko proteinak era ezberdinean tolesten dira haien kokapenaren arabera.
### Bigarren mailako egitura 
Bigarren mailako egitura da proteina batek tolespen prozesuan bere jatorrizko egitura izateko hartzen duen lehen pausoa. Egitura sekundarioaren ezaugarri dira alfa-helize eta beta-xafla izenez ezagutzen diren egiturak, azkar tolesten direnak hidrogeno lotura intramolekularrez egonkortuta daudelako, Linus Pauling-ek lehen aldiz deskribatu zuen bezala. Molekula barneko hidrogeno-loturen eraketak ekarpen garrantzitsua egiten dio proteinen egonkortasunari.thumb|335x335px|**Proteinen bigarren mailako egitura:** Beta-orrien eta alfa-helizeen alderaketa.
Alfa-helizeak eskeletoaren hidrogeno-loturez sortzen dira, kiribil forma bat eratzeko. Beta-orria eskeletoak bere buruaren gainean tolesterakoan sortzen dituen hidrogeno-loturen ondorioz eratzen den egitura da. Hidrogeno-loturak eratzen dira lotura peptidikoen amida-hidrogeno eta karbonil-oxigeno molekulen artean. Beta-orri paralelo eta anti-paraleloak existitzen dira, baina hidrogeno-loturen egonkortasuna indartsuagoa da orri anti-paraleloetan paraleloetan baino, haien hidrogenoak 180 gradurekin lotzen direlako; orri-paraleloetan, aldiz, hidrogeno-lotura inklinatuak eratzen dira. Egitura sekundarioak egitura tertziarioarioaren eraketa zuzenduko du. Behin proteinaren egitura tertziarioa eratu eta egonkortu delarik elkarrekintza hidrofobikoen bitartez, lotura kobalenteak eratu daitezke; esaterako, bi zisteina hondarren arteko disulfuro-zubiak. Lotura-kobalente eta ez-kobalente hauek kokapen topologiko zehatzak dituzte  proteinaren egitura natiboan. Proteina baten egitura tertziarioan kate polipeptidiko bakar batek esku hartzen du; hala ere, tolestutako kate polipeptidiko desberdinen artean elkarrekintzak sortzen dira, egitura kuaternarioaren eraketa ekarriko dutenak.thumb|Proteinen-egitura mailen laburpena (primarioa, sekundarioa, tertziarioa eta kuaternarioa), PCNAa adibidetzat hartuz.

### Laugarren mailako egitura 
Proteina batzuetan laugarren mailako egitura eratzen da jada tolestutako azpiunitateen mihiztaduraren bidez. Beste hitzez, hainbat kate polipeptidikok elkarreragin dezakete guztiz funtzionala den laugarren mailako egitura bat eratzeko. Askotan tolespen prozesuaren hasiera proteinaren sintesia bukatu baino lehenago gertatzen da, hau da, C-terminaleko zatia sintetizatzen doan heinean N-terminalekoa tolesten hasten da; dena den, proteina tolesten hasi daiteke biosintesia bukatuta zein abian dagoenean. Proteinak “beren burua tolesten dutela” esaten bada ere, prozesu hau disolbatzailearen (ura edo lipido bigeruza), gatz kontzentrazioaren, pH-aren, tenperaturaren, egon daitezkeen kofaktoreen eta txaperoi molekularren mendekoa da.

Mugatutako bihurdura-angeluek eta posibleak diren konformazioek proteinen tolespena mugatzen dute. Tolespenerako onartutako angeluak Ramachandran izeneko bi dimentsioko irudikapenaren bidez adierazten dira, zeinetan onartutako errotazioak psi eta phi angeluen bidez irudikatzen diren.

## Efektu hidrofobikoa 
Proteinen tolestura berezko prozesua izan dadin, termodinamikaren aldekoa izan behar da. Jakina denez, proteinen tolestura erreakzio espontaneoa da. Horretarako, Gibbs-en energia askearen balioa negatiboa izan behar da. Gibbs-en energia askea zuzenki lotuta dago entalpia eta entropiarekin. Efektu hidrofobikoa da proteina baten kate hidrofobikoak proteinaren barnerantz (ingurune hidrofilikotik urrun) kolapsatzen dituen fenomenoa.

## Txaperoiak 
thumb|Txaperoi baten GroES/GroEL konplexu proteikoaren ikuspegi bertikala.
Txaperoiak beste proteina batzuk *in vivo* behar bezala tolesten laguntzen duten proteinak dira. Txaperoiak zelula-konpartimentu guztietan daude, eta kate polipeptidikoarekin elkarreragiten dute proteinaren jatorrizko hiru dimentsioko egitura eratu ahal izateko; hala ere, txaperoia bera ez da proteinaren azken egituraren parte izango.

Txaperonek tolesturan lagundu dezakete erribosoma polipeptido jaioberria sintetizatzen ari denetik. Txaperoiak tolespen bidean dauden proteinetara lotzen dira haien egitura egonkortuz, baina ez dute proteina horren jatorrizko egituraren inguruko informaziorik; aitzitik, txaperoiek egitura tolesgarri okerrak saihesten dituzte.

## Proteinen tolespen ezegokia eta gaixotasun neurodegeneratiboak 
Proteina bat gaizki tolestuta dagoela esaten da bere egitura natiboa lortu ezin duenean. Hori toleste-prozesua moztearen ondorio izan daiteke, aminoazidoen sekuentzian gertatutako mutazioen edo kanpo-faktoreen eraginez. 

Gaizki tolestutako proteinak eskuarki β-orriak izaten ditu, eta haiek egitura supramolekular berezi batean antolatzen dira; cross-β gisa ezagutzen da egitura hori. β-orri ugariz osatutako multzo horiek oso egonkorrak dira, disolbaezinak, eta, oro har, erresistenteak dira proteolisiarekiko. Zuntz-egitura hauen egonkortasuna proteinen monomeroen artean eratzen diren elkarrekintzei esker lortzen da; harizpien arteko hidrogeno-loturen artean eratzen dira elkarrekintza horiek.

Proteinen toleste ezegokiak proteina gehiagoren tolespen ezegokia eta metaketa bultzarazi dezake eta, ondorioz, agregatuak eta oligomeroak sortu daitezke. Zelulan agregatutako proteinen maila igotzeak amiloide antzeko egiturak sortzea eragiten du, eta horrek endekapenezko gaixotasunak eta zelulen heriotza eragin ditzake. Amiloideak hidrogeno-lotura intramolekularrak dituzten egitura fibrilarrak dira, disolbaezinak eta proteinen agregatuetatik sortuak.  Beraz, proteasomaren bidea agian ez da behar bezain eraginkorra agregatu aurretik gaizki tolestutako proteinak degradatzeko. Gaizki tolestutako proteinen artean elkarrekintzak eratu daitezke, eta horrek agregatuen eraketa eta toxizitatearen emendaketa ekar dezake. eta zelula barneko agragazio gaixotasunekin, hala nola, Parkinson eta Hungtington gaixotasunak. Endekapenezko gaixotasun hauek zelula kanpoko gaizki tolestutako proteinen agregazioarekin eta/edo zelula barneko inklusio disolbaezinekin erlazionatzen dira, cross-β zuntz amiloideak barne.

Ez dago guztiz argi agregatuak homeostasi proteikoaren galeraren kausa diren edo, besterik gabe, horren isla; hau da, sintesi oreka, tolespen, agregazio eta ordezkapen proteikoaren arteko oreka.

## Proteinen tolespena aztertzeko teknikak 
Proteinen tolesturari buruzko ikerketak mutazio-azterketen bidez egin daitezkeen arren, proteinen tolestura aztertzeko teknika esperimentalak proteinen destoleste mailakatuan edo tolespen prozesuan oinarritzen dira. Horretarako, teknika ez-kristalografiko estandarrak erabiltzen dira konformazio-aldaketak jarraitzeko. Erabiltzen diren teknikak honako hauek dira: fluoreszentziazko espektroskopia, dikroismo zirkularra,  proteinen dikroismo zirkular bibrakorra eta erresonantzia magnetiko nuklearra. 

## Erreferentziak 
## Kanpo estekak