Cytoscape

**Cytoscape** on avatud lähtekoodiga bioinformaatika tarkvara platvorm, mis on mõeldud molekulaarsete interaktsioonide visualiseerimiseks ja geeniekspressioonide ühendamiseks muude andmetega.

Cytoscape'i lisafunktsioonid on saadaval pluginatena. Pluginad on saadaval molekulaarprofiilide analüüsimiseks, andmete esitamisviisi muutmiseks, toetatud faililaiendite lisamiseks ja andmebaasiga ühenduse loomiseks. Pluginaid on võimalik arendada kõigil huvilistel kasutades Cytoscape'i Java tarkvara arhitektuuri.

## Ajalugu
Cytoscape loodi aastal 2002 Seattle'i Süsteemibioloogia instituudis. Esimene versioon (v0.8) avaldati 2002. aasta juulis, teine versioon (v0.9) sai avalikuks 2002. aasta novembris ja kolmas versioon (v1.0) ilmus märtsis 2003. Versioon 1.1.1 oli 1.0 seeria viimane stabiilne versioon. Versioon 2.0 ilmus 2004. aasta juulis. Versioon 3.0 avaldati 2013. aasta aprillis ja kõige hilisem versioon (v.3.7.0) ilmus 22. oktoobril 2018.

2016. aasta seisuga laaditakse Cytoscape'i alla rohkem kui 17 000 korda kuus.

## Kasutamine
Cytoscape'i kasutatakse kõige sagedamini bioloogiliste uurimuste rakenduste loomisel. Cytoscape'i saab kasutada ka teiste erialade andmestike, näiteks suhtlusvõrgustike, graafide visualiseerimiseks ja analüüsimiseks. Kõige olulisem aspekt Cytoscape'i tarkvara arhitektuuris on pluginate kasutamine spetsialiseeritud funktsioonide kasutamiseks. Pluginaid loovad nii arendajad kui ka tarkvara kasutajad.

## Funktsioonid

### Sisendid
* Molekulaarsete interaktsioonide võrgustike loomine SIF-vormingus failidest, mis sisaldavad proteiin-proteiin ja/või proteiin-DNA interaktsioonide paare. Paljude organismide modelleerimiseks on interaktsioonid saadaval BIND ja TRANSFAC andmebaasides. Aktsepteeritakse ka kasutaja defineeritud iteratsioone.
* Eelnevalt loodud interaktsioonide võrgustike laadimine ja salvestamine GML-vormingus.
* Võrgustike ja graafi atribuutide laadimine ja salvestamine XML-vormingus XGMML.
* Graafi servadele ja tippudele arbitraarsete atribuutide laadimine ja salvestamine.
*mRNA profiilide sisestamine tabulatsioonide või tühikutega eraldatud tekstifailidest.
* Geenide funktsionaalsuse annotatsioonide importimine Gene Ontology (GO) ja KEGG andmebaasidest.
* GO terminite ja annotatsioonide importimine OBO ja Gene Association failidest.
* Seansi salvestamine Cytoscape'i seansifaili (.cys). Cytoscape'i seansifail sisaldab võrgustikke, graafi või võrgustike tunnuseid ja omadusi, töölaua seisundeid ja visuaalset esitamisviisi.

### Visualiseerimine
* Võrgustiku andmete kuvamisviisi muutmine erinevate stiilide abil.
* Graafi tippude värvi, sildi, paksuse muutmine vastavalt kasutaja poolt valitud skeemile.
* Võrgustiku teisendamine kahemõõtmelisse ruumi. Saadaval on mitmed joonise kuvamise algoritmid.
*Suumimine suurte võrgustike sirvimisel.
* Võrgustiku halduri kasutamine, et kergesti korrastada mitmeid võrgustikke. Struktuurid saab salvestada .cys faili.
*Linnuperspektiivi vaate kasutamine, et kergesti navigeerida ulatuslikes võrgustikes.
* Suurtes võrgustikes (üle 100 000 graafi tippu ja serva) kiire navigeerimine tänu efektiivsele renderdamisele.

### Analüüs
* Pluginad võrgustike ja molekulaarprofiilide analüüsimiseks:
** Võrgustiku filtreerimine muutes graafi tippude alamhulki või interaktsioone. Saab valida näiteks kindlaid ühiseid servi omavaid või sama märgendiga tippe.
** Aktiivsete alamvõrgustike moodulite leidmine.
**Klastrite leidmine igas Cytoscape'i laaditud võrgustikus.

## Viited