Pseudomonas aeruginosa

***Pseudomonas aeruginosa*** on gramnegatiivne aeroobne kepikujuline bakter. Ta on laialdase levikuga oportunistlik patogeen, kes on võimeline tekitama infektsioone nii loomadel (sh inimesel) kui ka taimedel. 1,5–3,0 µm pikkused kepikesekujulised rakud on püotsüaniini tõttu iseloomuliku roheka värvusega.

Vähenõudlikkus toitainete suhtes võimaldab *P. aeruginosa*'l asustada väga erinevaid keskkondi ja ta on üheks põhiliseks haiglainfektsioonide põhjustajaks. Esimesena kirjeldas teda 1900. aastal Walter Migula. Aastal 2000 sekveneeriti tüüptüve PAO1 6,3 Mbp suurune genoom.

## Süstemaatika
*Pseudomonas aeruginosa* on gramnegatiivne ja oksüdaaspositiivne *Pseudomonadaceae* sugukonda ja gammaproteobakterite klassi kuuluv bakter. 16S ribosomaalse RNA (rRNA) analüüsi põhjal kuulub sugukonda vaid perekond *Pseudomonas*, mis on omakorda jaotatud kaheksasse alagruppi. *P. aeruginosa* on pseudomonaadide perekonna tüüpliik. Perekonda kuulub kokku 12 liiki.

## Levik
*P. aeruginosa* on laialt levinud nii pinnases kui ka vees. Looduses esineb *P. aeruginosa* biokilena substraadil või planktoonilise ainurakse vormina. Vibur võimaldab tal vees kiiresti liikuda ja erinevatele pindadele kinnituda.

*P. aeruginosa o*ptimaalne kasvutemperatuur on 37 °C, kuid ta suudab kasvada ka 42 °C juures.

Ta on tavaline bakter pinnases, vees, naha mikroflooras ja enamikus tehiskeskkondades ning suudab ellu jääda ka anaeroobsetes tingimustes. Kasvades diisli- ja reaktiivkütustel, põhjustab ta bakteriaalset korrosiooni.

## Morfoloogia

Tegu on gramnegatiivse kepikesekujulise bakteriga, kelle läbimõõt on 0,5–0,8 µm ja pikkus 1,5–3,0 µm. Kepikese ühes otsas paiknev vibur võimaldab unipolaarset liikumist. Eritatavatest eksopolüsahhariididest moodustub raku ümber limakapsel, mis soodustab liikumist, kaitseb fagotsütoosi ja antikehade eest ning takistab väljutamist loomade hingamisteedest. *P. aeruginosa* sekreteerib mitmeid pigmente, mis sõltuvalt söötme koostisest annavad kolooniatele värvuse – püotsüaniin (sinakasroheline), püoverdiin (kollakasroheline ja fluorestseeruv) ja püorubiin (punakaspruun). E. O. King, M. K. Ward ja D. E. Raney töötasid välja *Pseudomonas*'e agari A (Kingi A-sööde) püotsüaniini ja püorubiini tuvastamiseks ning *Pseudomonas*e agari F (Kingi B-sööde) fluorestsiini määramiseks.

## Genoom
Tüüptüve PAO1 genoom sekveneeriti täielikult 2000. aastal. Genoomi suurus on 6,3 Mbp ja see sisaldab 5570 geeni. G+C-rikas *P. aeruginosa* kromosoom koosneb konserveerunud ja varieeruvatest osadest. Konserveerunud lõigud on kollineaarsed, sisaldavad vähe kordusjärjestusi ja üksikuid suure sagedusega lookusi. Olulisemateks on püoverdiini lookus, viburivalkude sünteesi regulonid, *pilA* ja O-antigeeni sünteesi lookus. Varieeruvad segmendid paiknevad hajusalt üle genoomi, neist umbes 1/3 asuvad vahetult tRNA või tmRNA geenide läheduses. Genoomi mitmekesistumist põhjustab pKLC102/PAGI-2 perekonna genoomsete saarekeste lülitumine tRNALys või tRNAGly geenidesse (vastavalt lüsiini ja glütsiini transportimiseks vajalike tRNA molekulide sünteesi kodeerivad järjestused). Saarekeste mõju bakteri metaboolselt olulistele geenidele on varieeruv, kuid tehisgeenide abil on näidatud nende horisontaalset ülekannet kloonidesse ja teistesse liikidesse. Harvaesinevate haigustega patsiente nakatades suureneb tõenäosus deletsioonide, genoomi ümberkorralduste (nt translokatsioon) ja funktsioonita mutatsioonide kuhjumiseks. *P. aeruginosa* populatsiooni moodustavad paar domineerivamat laialdase levikuga tüve.

16S rRNA järjestuse alusel on eristatud mitmeid tüvesid: ATCC 10145 CCUG 551 CFBP 2466 CIP 100720 DSM 50071 JCM 5962 LMG 1242 NBRC 12689 NCCB 76039 NCIMB 8295 NCTC 10332 NRRL B-771

## Ainevahetus
Metabolism on aeroobne ja mittefermenteeriv, kuid siiski on *Pseudomonas aeruginosa* võimeline kasvama ka anaeroobsetes tingimustes, kui keskkonnas leidub nitraatioone (NO3-), mida kasutada elektronide aktseptorina. Sobilikuks on osutunud ka substraat, mis sisaldab arginiini, mille *P. aeruginosa* fosforüülib ornitiiniks.

*P. aeruginosa* on toitainete osas vähenõudlik. Ta on võimeline kasvama ka peaaegu destilleeritud vees – väga väheste toitainetega tingimustes. Lihtsaim sööde *P. aeruginosa* laboratoorsetes tingimustes kasvatamiseks sisaldab süsinikuallikana atsetaati ja lämmastikuallikana ammooniumsulfaati. Sarnaselt teiste pseudomonaadidega on *P. aeruginosa* metaboolselt mitmekülgne. Orgaaniliste ühendite olemasolu keskkonnas ei ole talle vajalik, kuigi ta suudab substraadina kasutada rohkem kui 75 orgaanilist ühendit. Ta on vastupidav füüsikalistele teguritele, sh temperatuurile. Ta on vastupidav ka suurele soolakontsentratsioonile ja paljudele laialdasemalt kasutatavatele antibiootikumidele. Seedeensüümi *SdsA* abiga suudab ta lagundada ka naatriumlaurüülsulfaati (SDS). Seetõttu saab ta kasvada ka suure SDS-sisaldusega kasvukohtades (nt šampoonid), kus enamik teisi baktereid hukkub.

## Patogeensus

*Pseudomonas aeruginosa* on oportunistlik patogeen, nakatades nii loomi kui ka taimi. Levinumad on *P. aeruginosa* põhjustatud kopsu-, kuseteede-, põletushaavade ja vereinfektsioonid. Ta on sagedane põletushaavade ja sisekõrvainfektsioonide tekitaja. Väga vastupidava biokilena katab ta meditsiiniseadmeid ja -tarvikuid (nt kateetreid), olles oluliseks haiglainfektsioonide põhjustajaks. Püotsüaniin on üks bakteri virulentsusfaktor. Püotsüaniini tekitatud oksüdatiivne stress võib põhjustada organismi surma (nt ''C. elegans''<nowiki/>'i puhul). On leitud, et salitsüülhape inhibeerib püotsüaniini tootmist. Riskirühmaks on tsüstilise fibroosiga patsiendid, kelle immuunsüsteem on nõrgenenud ja kes on seetõttu vastuvõtlikumad *P.* *aeruginosa* nakkusele. Lisaks võimaldab tsüstilise fibroosi korral hingamisteedes esinev suurem limakogus bakterite kiiret kasvu. Halva kvaliteediga ja *Pseudomonas aeruginosa* rakke sisaldav vesi võib pikaajalise kasutamise korral põhjustada dermatiiti.

#### Toksiinid
*P. aeruginosa* virulentsusfaktor eksotoksiin A ADP-ribosüleerib peremeesrakus eukarüootset elongatsioonifaktorit 2 (nukleotiidi või valgu sünteesimise initsiatsiooni ja terminatsiooni vaheline etapp). Elongatsioonifaktori 2 puudumisel on takistatud raku valgusüntees ja rakk hukkub. Rakusisu vabanemine tekitab organismis immuunvastuse. Lisaks kasutab *P. aeruginosa* ka eksoensüümi ExoU, mis lagundab plasmamembraani ja põhjustab peremeesrakkude lüüsumist.

#### Diagnoosimine
Diagnoosimine sõltub infektsiooni tüübist. Kogutakse sobiv proov, mida analüüsitakse laboratoorselt. Esmalt viiakse läbi Grami järgi värvimine. *P. aeruginosa* esinemise korral on nähtavad gramnegatiivsed kepikesekujulised bakterid ja valged verelibled. *P. aeruginosa* kolooniad on iseloomuliku viinamarjalõhnaga. Segakultuuridest isoleeritakse MacConkey agaril puhtad kolooniad. Puhaste kolooniate eraldamiseks kasutatakse oksüdaasitesti. Kuna *P. aeruginosa* ei ole võimeline kääritama laktoosi, on ta oksüdaaspositiivne. Kontrolltestis määratakse veel võimet kasvada 42 °C juures ja iseloomuliku roheka värvuse (püotsüaniini) olemasolu.

#### Ravi

Üksikud kolooniad ei põhjusta tervete kudede nakatumist. Oportunisliku patogeenina nakatab *P. aeruginosa* vaid nõrgenenud immuunsusega organisme, kehapiirkondi ja elundeid. Ta kuulub normaalsesse naha mikrofloorasse ja ravi ei ole alati vajalik. Juba väljakujunenud infektsioon vajab peaaegu alati ravi. *P. aeruginosa* on looduslikult resistentne paljudele antibiootikumidele ja võib ebaõnnestunud ravi korral muutuda veel resistentsemaks. Resistents kujuneb välja peamiselt poriinide modifitseerimise teel. Seetõttu on enne antibiootikumide manustamist vaja laboratoorselt kindlaks määrata infektsiooni tekitanud tüve tundlikkus erinevate antibiootikumide suhtes. Seni on kõige tõhusamaks ravimeetodiks osutunud faagiteraapia, mida võib ka antibiootikumidega kombineerida. Faagiteraapiale ei ole vastunäidustusi ja kõrvalnähte on minimaalselt. Faage toodetakse vedelikuna, mis sobib suukaudseks manustamiseks. Esimesena kirjeldati faagiteraapia kasutamist *P. aeruginosa* põhjustatud kõrvapõletiku ravis 2009. aastal.

Antibiootikumid, mida kasutatakse raviks, võivad sisaldada: 
* aminoglükosiide (gentamütsiin, amikatsiin, tobramütsiin, kuid mitte kanamütsiin);
* kinoloone (tsiprofloksatsiin, levofloksatsiin, kuid mitte moksifloksatsiin);
* tsefalosporiine (tseftasidiim, tsefepiim, tsefoperasoon, tsefpiroom, tseftobiprool, kuid mitte tsefuroksiim, tseftriaksoon, tsefotaksiim);
* antipseudomonaalseid penitsilliine: karboksüpenitsilliinid (karbenitsilliin ja tikartsilliin) ja ureidopenitsilliinid (meslotsillin, aslotsillin ja piperatsilliin). *P. aeruginosa* on resistentne kõikidele teistele penitsilliinidele;
* karbapeneeme (meropeneem, imipeneem, doripeneem, kuid mitte ertapeneem);
* polümüksiine (polümüksiin B ja kolistiin);
* monopaktamiide.

Antibiootikumi manustatakse otse vereringesse. Harvadel juhtudel, kui infektsioon on pinnapealne ja piiratud levikuga (nt kõrva- või küünepõletiku korral), kasutatakse ka välispidist gentamütsiini või kolistiini.

#### Antibiootikumiresistentsus ja biokile

Ravi raskendab *Pseudomonas aeruginosa*'le iseloomulik vähene tundlikkus antibiootikumidele. Seda põhjustavad mitmed geenid (nt *mexAB*, *mexXY* jne) ja bakteri rakuümbrise väike läbilaskvus. Lisaks looduslikule resistentsusele on vastupanuvõime tingitud ka kromosomaalsete geenide mutatsioonidest ja horisontaalsest antibiootikumiresistentsust põhjustavate fragmentide ülekandest. Fenotüübiline resistentsus on tingitud biokile moodustumisest. Biokile on mikroorganismide agregeerumise vorm. Omavahel kokkukleepunud bakterid eritavad enda ümber eksopolüsahhariide ning on seetõttu kaitstud väliskeskkonna eest.

### Patogeensus taimedes
Kõrgematel taimedel, näiteks harilikul müürloogal ja spargelsalatil põhjustab *P. aeruginosa* pehmemädanikku.

## Viited