C11orf49

**C11orf49** je gen koji  kod ljudi kodira protein **C11orf49**.  Jako je eksprimiran u moždanom tkivu i monojadarnim ćelijama periferne krvi, pri čemu su potonje važne komponente imunskog sustema. Predviđeno je da protein C11orf49 djeluje kao kinaza, te je pokazano da je u interakciji s HTT-om (određujuči proteina za Huntingtonovu bolest) i APOE2 (protein rizika za Alzheimerovu bolest).
__TOC__

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  331 aminokiselina, a  molekulska težina   37.353 Da.

1020304050
MLSPERLALPDYEYLAQRHVLTYMEDAVCQLLENREDISQYGIARFFTEY
FNSVCQGTHILFREFSFVQATPHNRVSFLRAFWRCFRTVGKNGDLLTMKE
YHCLLQLLCPDFPLELTQKAARIVLMDDAMDCLMSFSDFLFAFQIQFYYS
EFLDSVAAIYEDLLSGKNPNTVIVPTSSSGQHRQRPALGGAGTLEGVEAS
LFYQCLENLCDRHKYSCPPPALVKEALSNVQRLTFYGFLMALSKHRGINQ
ALGALPDKGDLMHDPAMDEELERLLAQVPGLVNSVTASPEASCLPSRTPP
RVGSPWRPLHHSRKVDGESDGSTEETDESET

## Gen 
C11orf49 se nalazi u lokusu p11.2 na ljudskom hromosomu 11, sa plus orijentacijom. Dugačak 224.830 bp, uključujući introne, a  i proteže se od položaja 46,936.806 do 47,161.635 .

Poznati alijasi ovog gena su UPF0705, FLJ22210 i MGC4707.

### Varijante transkripta 
Postoji sedam poznatih varijanti transkripta  za iRNK C11orf49, s varijantom 2 koja kodira najkompletniji protein. Varijanti 1 nedostaje 3 'UTR, što rezultira skraćenim 3' terminalom u odnosu na varijantu 2. Varijanta 3 na 3 'kraju sadrži mjesto alternativne prerade, kojem nedostaje unutrašnja regija blizu 3' terminala, u usporedbi sa varijantom 2. Varijanta 4 ima alternativni 3 'terminalni egzon, što rezultira skraćenim 3' terminalom u odnosu na varijantu 2. Varijanti 5 nedostaje egzon u 5' kodirajućoj regiji što rezultira uzlaznim start kodonom, i ima alternativno mjesto prerade u blizini područja 3 '. Ovo rezultira različitim N-terminalom i nedostajućom unutrašnjom regijom u blizini 3 'terminala u odnosu na varijantu 2. Varijante 6 i 7 su predstavljene kao kandidati za nonsens posredovanu razgradnju iRNK (NMD) i ne kodiraju održive proteine.

Tabela 1: **Poznate varijante transkripta iRNK ljudskog gena C11orf49**

## Protein 
### Izoforme 
Postoji 5 poznatih izoformi za protein C11orf49, a izoform 2 je najcjelovitiji protein, kodiran varijantom transkripta 2.

Tabela 2: **Poznate proteinske izoforme ljudskog proteina C11orf49**

### Kompozicija
C11orf49 protein ima molekulsku težinu od 38,1 kD, i izolektričnu tačku od oko pH = 5. Sastav proteina pada ispod normalnih razina za svaku aminokiselinu, i nema konzerviranih ponavljanja, uzoraka ili nabijenih nakupina koje bi se mogle vidjeti. Ne postoje  uočljivi hidrofobni ili transmembranski regioni.

### Proteinski domen 
Predviđeno je da protein C11orf49 sadrži domen protein-kinaze u blizini N' kraja (ostaci 12-51)

### Sekundarna struktura 
Za sekundarnu strukturu alati za predviđanje poput Ali2D, Phyre2 i i-Tasser predviđaju da se protein C11orf49 uglavnom sastoji od alfa-heliksa, bez predviđanja beta-listova. Informacije o tome gdje se nalaze ovi alfa-heliksi mogu se vidjeti na slici desno.

### Tercijarna struktura 
Predviđena i-Tasser tercijarna struktura proteina uključena je s desne strane mjesta.
### Posttranslacijske modifikacije 
#### Fosforilacija 
Predviđa se da će protein C11orf49 biti fosforiliran na četiri različita mjesta, uglavnom na ostacima serina, ali i na jednom treoninskom ostatku.

Tabela 3: **Predviđena mjesta fosforilacija ljudskog proteina  C11orf49**

#### Sumoilacija 
Predviđa se da će protein C11orf49 biti sumoiliran na pozicijama 119 i 320, oba lizinska ostatka.

## Genska razina tregulacije 
### Promotori 
Na Genomatixu je navedeno sedam promotora, ali samo jedan od njih (GXP_204543) počinje na početku ljudskog gena C11orf49 , a ima i najveći broj kodiranih transkripata.

Tabela 4: **Lista pridruženih promotora ljudskog gena C11orf49**

### Faktori transkripcije 
thumb|Vezna mjesta faktora transkripcije za ljudski promotor C11orf49
Predviđeno je da će se sljedeći transkripcijski faktori vezati za promotor GXP_204543. Što je veći rezultat matrice, veća je verovatnoća da se transkripcijski faktor veže za promotor. Podaci o tome gdje se ovi transkripcijski faktori vezuju za promotor GXP_204543 prikazani su na slici desno od stranice.

Tabela 5: **Lista veznih transkripcijskih  faktora za promotor GXP_204543**

### Ekspresija gena 
#### Tkivno specifična ekspresija 
Obrasci ekspresije mikrozraka i RNA-Seq podaci pokazuju vrlo visoke nivoe ekspresije u mozgu. Prema podacima RNK-Seq, visoka ekspresije nađena je i u fetusnom tkivu pluća. Klaudin-1 posebno sprječava paraćelijsku difuziju malih molekula kroz uske spojeve u epidermi.

Ekspresija C11orf49 značajno se smanjuje nakon liječenja kamptotecinom na epitelnoj ćelijskoj liniji bubrega. Kamptotecin je alkaloid koji inhibira jedarni enzim DNK-topoizomeraza i ima antitumorsko djelovanje. Takođe je pokazao sposobnost da izazove apoptozu promenom propustljivosti mitohondrijske membrane, oslobađajući citokrom C.

## Regulacija posttranskripcije 
 mjesta vezanja]]

### 5' UTR 
Predviđena je struktura matične petlje u 5 'UTR transkripta C11orf49 iz nukleotida 15-26, prikazanih desno.

### 3' UTR 
Predviđene su strukture matične petlje i miRNK mjesta vezivanja za 3' UTR transkripta C11orf49, prikazana desno.

## Interakcije protein-protein
Baza podataka koju pruža PSICQUIC ukazuje na to da ljudski protein C11orf49 stupa u interakciju sa sljedećim proteinima navedenim u Tabeli 6. Sve interakcije su određene pomoću eksperimenata dvohibridnog skrininga. Međutim, C11orf49 nije moguće pronaći u Insecta ili Plantae. Nema poznatih paraloga C11orf49.

Tabela 7: **Lista odabranih ortologa C11orf49**

### Evolucija 
#### Historija 
*Saprolegnia diclina* je najudaljeniji ortolog od poznatih C11orf49, sa divergencijom od ljudskih predaka od približno 1.552 miliona godina.

#### Evolucijska stopa 
Prema molekulskom satu, C11orf49 je evoluirao brže nego Citohrom c, ali sporije od fibrinogena alfa. Grafikon koji sadrži ovu analizu nalazi se s desne strane.

## Funkcija 
### Aktivnost protein-kinaze 
Predviđeno je da će C11orf49 djelovati kao cAMP-ovisna protein-kinaza.

### Klinički značaj 
Pokazalo se da C11orf49 stupa u interakciju s proteinima HTT i APOE2, koji su povezani s Huntingtonovom i Alzheimerovom bolešću. Zbog predviđene funkcije C11orf49, ova interakcija bi mogla biti orijentirana na kinazu.

Ekspresija C11orf49 značajno se povećava nakon prekomjerne ekspresije klaudina-1 u ćelijama adenokarcinoma pluća.

Ekspresija C11orf49 značajno se smanjuje nakon liječenja kamptotecinom na ćelijskoj epitelnoj  ćelijskoj liniji bubrega.

## Reference 
Kategorija:Geni na hromosomu 11
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika