Ljudski mikrobiom

[upright=1.25|thumb| Grafikon koji prikazuje ljudsku [kožna mikrobiota|mikrobiotu kože, s relativnom zastupljenošću različitih klasa bakterija]]
**Ljudski mikrobiom** je skup svih mikrobiota koji se nalaze na ili unutar ljudskih tkiva i biofluida, zajedno s odgovarajućim anatomskim mjestima u kojima se nalaze, međutim, termin *ljudski metagenom* ima isto značenje.
 
Ljudi su kolonizirani mnogim mikroorganizmima, sa približno istim redom veličine neljudskih ćelija kao i ljudske ćelije. Neki mikroorganizmi koji koloniziraju ljude su komensali, što znači da koegzistiraju bez štete po ljude; drugi imaju mutualistički odnos sa svojim ljudskim domaćinima Suprotno tome, neki nepatogeni mikroorganizmi mogu oštetiti ljudske domaćine putem metabolita koje proizvode, poput trimetilamina, koji ljudsko tijelo pretvara u trimetilamin N-oksid, putem FMO3-posredovane oksidacije. Određeni mikroorganizmi obavljaju zadatke za koje se zna da su korisni ljudskom domaćinu, ali uloga većine njih nije dobro shvaćena. Oni za koje se očekuje da budu prisutni i koji u normalnim okolnostima ne uzrokuju bolest, ponekad se smatraju "normalnom florom" ili "normalnom mikrobiotom".
 
## Terminologija
Iako je naširoko poznat kao *flora* ili *mikroflora*, ovo je pogrešan naziv u tehničkom smislu, budući da se korijen riječi *flora* odnosi na biljke, a *biota* se odnosi na ukupnu kolekciju organizama u određenom ekosistemu. Nedavno se primjenjuje prikladniji izraz *mikrobiota*, iako njegova upotreba nije zasjenila uvriježenu upotrebu i prepoznavanje *flore* u odnosu na bakterije i druge mikroorganizme. Oba termina se koriste u različitoj literaturi. U 2014., Američka akademija za mikrobiologiju objavila je FAQ u kojem se naglašava da su i broj mikrobnih ćelija i broj ljudskih ćelija procene, i napominje da je nedavno istraživanje došlo do nove procjene broja ljudskih ćelijapribližno 37,2 triliona, što znači da je odnos mikrobnih i ljudskih ćelija, ako je tačna prvobitna procjena od 100 triliona bakterijskih ćelija, bliži 3:1. U 2016., druga grupa objavila je novu procjenu omjera koji je otprilike 1:1 (1,3:1, sa "neizvjesnošću od 25% i varijacijom od 53% u odnosu na populaciju od standardnih 70 kg kod muškaraca").
 
Novija procjena je omjer bakterijskih ćelija od 1,3:1 za svaku ljudsku ćeliju, dok broj faga i virusa premašuje bakterijske ćelije barem za red veličine više. Broj bakterijskih gena (pod pretpostavkom da je u crijevima 1.000 vrsta bakterija sa 2.000 gena po vrsti) procjenjuje se na 2,000.000 gena, 100 puta više od otprilike 20.000 ljudskih gena.
 
## Tipovi 
### Bakterije 
 dišnih puteva ima složenu strukturu: sastoji se od najmanje sedam različitih tipova ćelija koje međusobno komuniciraju putem čvrstih spojeva. Štaviše, epitelni pozivi mogu dostaviti signale u osnovna tkiva koja učestvuju u mehanizmima urođene i adaptivne imunske odbrane. Ključni prenosioci signala su dendritske ćelije. Jednom kada patogena bakterija (npr. *S. pneumoniae*, *P. aeruginosa*) aktivira određene receptore za prepoznavanje uzoraka na/u epitelnim ćelijama, aktiviraju se proupalni signalni putevi. To rezultira uglavnom proizvodnjom IL-1, IL-6 i IL-8. Ovi citokini induciraju hemotaksiju do mjesta infekcije u njenim ciljnim ćelijama (npr. neutrofili, dendritske ćelije i makrofagi). S druge strane, predstavnici standardne mikrobiote izazivaju samo slabu signalizaciju koja sprečava upalu. Mehanizam razlikovanja bezopasnih i štetnih bakterija na molekulskom, kao i na fiziološkom nivou nije u potpunosti shvaćen.]]
 
Populacije mikroba (kao što su bakterije i kvasci) naseljavaju kožu i mukozne površine u različitim dijelovima tijela. Njihova uloga je dio normalne, zdrave ljudske fiziologije, međutim ako broj mikroba raste izvan uobičajenog raspona (često zbog kompromitovanog imunskog sistema) ili ako se mikrobi nastanjuju (kao što je loša higijena ili ozljeda) područja tijela koja obično nisu kolonizirana ili sterilna (kao što je krv, ili donji respiratorni trakt, ili trbušna šupljina), može doći do bolesti (uzrokujući, respektivno, bakteriemiju/sepsu, upalu pluća i peritonitis).
 
Projekt ljudskog mikrobioma otkrio je da pojedinci ugošćuju hiljade tipova bakterija, a različita mjesta u tijelu imaju svoje posebne zajednice. Koža i vaginska mjesta pokazala su manju raznolikost od usta i crijeva, te su pokazala najveće bogatstvo. Bakterijski sastav za dato mjesto na tijelu varira od osobe do osobe, ne samo po vrsti, već i po obilju. Bakterije iste vrste koje se nalaze u ustima su višestrukih podtipova, preferirajući da naseljavaju izrazito različite lokacije u ustima. Čak i enterotipovi u ljudskom crijevu, za koje se ranije mislilo da su dobro shvaćeni, potiču iz širokog spektra zajednica sa zamagljenim granicama taksona.
 
Procjenjuje se da 500 do 1.000 vrsta bakterija živi u ljudskim crijevima, ali pripadaju samo nekoliko tipova: Bacillota i Bacteroidota dominiraju, ali postoje i Pseudomonadota, Verrucomicrobiota, Actinobacteriota, Fusobacteriota i "Cyanobacteria".
 
Brojne vrste bakterija, kao što su *Actinomyces viscosus* i *A. naeslundii*, žive u ustima, gde su dio ljepljive supstance zvane plak. Ako se ovo ne ukloni četkanjem, stvrdne se u zubni kamenac (koji se naziva i kamenac). Iste bakterije također luče kiseline koje rastvaraju zubnu caklinu, uzrokujući karijes.
 
Vaginska mikrobiota se uglavnom sastoji od raznih vrsta roda *Lactobacillus*. Dugo se smatralo da je najčešća od ovih vrsta *Lactobacillus acidophilus*, ali se kasnije pokazalo da je *L. iners* je zapravo najčešći, a slijedi *L. crispatus*. Ostali laktobacili koji se nalaze u vagini su *Lactobacilus jensenii, L. delbruekii* i *L. gasseri*. Poremećaj vaginske flore može dovesti do infekcija kao što su bakterijska vaginoza ili kandidijaza ("gljivična infekcija")
 
### Archaea 
Archaea prisutne su u ljudskom crijevu, ali, za razliku od ogromne raznolikosti bakterija u ovom organu, broj arhejskih vrsta je mnogo ograničeniji. Dominantna grupa su metanogen, posebno *Methanobrevibacter smithii* i *Methanosphaera stadtmanae*. Međutim, kolonizacija metanogenima je promjenjiva i samo oko 50% ljudi ima lahko uočljive populacije ovih organizama.
 
Od 2007. godine nisu poznati jasni primjeri arhejskih patogena, iako je predložena veza između prisustva nekih metanogena i ljudi kao parodontna bolest.
 
### Gljive 
Gljive, posebno kvasci, prisutne su u ljudskim crijevima. Najbolje proučene od njih su vrste *Candida* zbog svoje sposobnosti da postanu patogene kod imunokompromitovanih, pa čak i kod zdravih domaćina.
 
### Virusi 
Virusi, posebno bakterijski virusi (bakteriofagi), koloniziraju različita tijelesna područja. Ova kolonizirana mjesta uključuju kožu, crijeva, pluća, i usnu šupljinu. Zajednice virusa su povezane s nekim bolestima i ne odražavaju samo bakterijske zajednice.

## Također pogledajte
* Molekule koje oslobađaju ugljični monoksid
* Otpornost na lijekove
* Projekt ljudskog mikrobioma
* Mikrobiom ljudskog mlijeka
* Ljudski virom
* Početno sticanje mikrobiote
* Lista mikrobiote bakterijske vaginoze
* Mikrobiom
* Projekt imunosti mikrobioma
* Mikroorganizam
* Mikrobiom

 
 
## Reference 
## Dopunska literarura
* Ed Yong. *I Contain Multitudes: The Microbes Within Us and a Grander View of Life.* 368 pages, Published 9 August 2016 by Ecco, .
 
## Vanjski linkovi 
* The Secret World Inside You Exhibit 2015–2016, American Museum of Natural History
* FAQ: Human Microbiome, January 2014 American Society For Microbiology
 

Kategorija:Bakteriologija
Kategorija:Bakterije i ljudi
Kategorija:Mikrobiologija
Kategorija:Mikrobiomi
Kategorija:Mikrobiologija životne sredine

Kategorija:Projekti ljudskog genoma