PubChem

**PubChem**  je  baza podataka  hemijskih molekula i njihovih aktivnosti protiv bioloških testova. Sistem održava Nacionalni centar za biotehnološke informacije (*National Center for Biotechnology Information*) (NCBI), komponenta  Nacionalne biblioteke za medicinu (*National Library of Medicine*), koja je dio Nacionalnog instituta za zdravlje (*National Institutes of Health*) (NIH),  SAD.  PubChem-u se može pristupiti besplatno putem web korisničkog interfejsa. Milioni složenih struktura i opisnih baza podataka mogu se slobodno preuzeti putem FTP. PubChem sadrži opise  supstanci i malih molekula koje sadrže manje od 1000 atoma i 1000 veza. Rastućoj bazi podataka PubChem-a doprinosi više  od 80  dobavljačkih baza podataka.

## Baze podataka 
PubChem  se sastoji od tri dinamične primarne baze. Od 28. januara 2016 ima:

* Spojevi: 82,6 miliona unosa (više od 54 miliona zapisa u septembru 2014), sadrži čiste i okarakterizirana kemijske spojeve,
* Subptance: 198 miliona unosa sa, u septembru 2014., preko 163 miliona unosa,), a sadrži i smjese ekstrakte, hemijske komplekse i nekarakterizirane supstance.
* Bioesaji, bioaktivnost rezultirali su u 1,1 milion (više od  6000 u septembru 2014.) programa visoko propusnog skrininga sa nekoliko miliona vrijednosti.

## Pretraživanje
Pretraživanje baze podataka moguće je za širok spektar svojstava, uključujući hemijski sastav, ime fragmenta, hemijsku formulu, molekulsku težinu, XLogP i  brojeve donore i akceptorw vodikovih veza

PubChem sadrži sopstveni online molekulski editor sa SMILES/SMARTS i InChI podrškom koja omogućava unos i ispis svih zajedničkih formata hemijskih datoteka za traženje strukture i fragmenata.

Svaki klik pruža informacije o sinonimima, hemijskim svojstvima i strukturi,  uključujući SMILES i InChI nizove, bioaktivnost i linkove za strukturno srodne spojeve  i druge NCBI baze podataka, kao što je PubMed.
U pretraživnju teksta,  formiraju se  polja baze podataka koja se mogu pretraživati dodavati prema  njihovom imenu u uglastim zagradama na traženi pojam. Numerički opseg predstavlja dva broja odvojena dvotačkom. Pojmovi za pretragu i imena polja su neosjetljivi na dati slučaj. Mogu se koristiti zagrade i logički operatori **I** (AND), **ILI** (OR) i **NE** (NO). **I** (AND)  je pretpostvka, ako se ne koristi operator.

Primjer: (Pravilo pet Lipinskog):

**0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]**

## Historija
PubChem  je realiziran u 2004.

## Zabrinutost ACS
Američko hemijsko društvo (*American Chemical Society*: ASC)  je izrazilo zabrinutost zbog javne podrške PubChem bazi podataka, jer mu se činilo da se direktno natječe sa njegovim postojećim Servisom hemijskih apstrakata (*Chemical Abstracts Service*). Oni imaju jak interes u  tom pitanju jer Chemical Abstracts Service stvara veliki postotak prihoda društva. U zastupaju svoje pozicije u odnosu na bazu podataka PubChem, ACS je aktivno lobiralo u američkom Kongresu.

Ubrzo nakon  kreiranja PubChem, *American Chemical Society* je  lobiralo u Kongresu Sjedinjenih Američkih Država da se  ograniči rad PubChem, za koji su tvrdili  da je u  sukobu interesa sa njegovim *Chemical Abstracts Service*.

## Polja baze podataka 
## Također pogledajte
* Hemijske baze podataka
** ChEMBL
** ChemSpider
** eMolecules
** DrugBank
** Moltable
** BindingDB
** SCRIPDB
* * Entrez
* PubMed
* GenBank

## Reference
## Vanjski linkovi 
* PubChem homepage
* PubChem searchpage
* PubChem FAQ
* PubChem Help
* PubChemSR Search Aid
* PubChem for Newbies
* PubChem3D article collection in the Journal of Cheminformatics

Kategorija:Hemijske baze podataka
Kategorija:Biološke baze podataka