CCDC142

**Protein upredene zavojnice 142** (CCDC142) je gen koji kod ljudi kodira protein CCDC142. Gen CCDC142 se nalazi na hromosomu 2 (na 2p13), obuhvata 4.339 parova baza i sadrži devet egzona. Gen kodira domen upredene zavojnice 142 (CCDC142), čija funkcija još nije dobro shvaćena. Postoje dvije poznate izoforme CCDC142.

## Lokus 
 CCDC142 Ove modifikacije ukazuju da je CCDC142 lokalizovan u nukleusu i citosolu.

### Predviđanje strukture
Sekundarna struktura CCDC142 sadrži samo α-heliks kako je predviđeno programima Quick2D i Phyre2 . Predviđeno je da CCDC142 sadrži osam konzerviranih α-heliksa, od kojih se šest nalazi u području zavojnice proteina.

 CCDC142. Mnogi transkripcijski faktori koji se vezuju za promotorsku regiju CCDC142 imaju funkcije u supresiji tumora, neurogenezi, oštećenju DNK i fotorecepciji.

### Ekspresija

AllenBrain1.png|Bočni izgled Crveno=Niska ekspresija11
AllenBrain2.png|Frontalni izgled Zeleno=Visoka ekspresija11

Iznad su podaci o ekspresiji Alenovog atlasa ljudskog mozga,  ekspresiji na CCDC142, pri čemu crvena označava nižu ekspresiju, a zelena označava veću. U ljudskom mozgu otkriveno je da je CCDC142 slabo eksprimiran u cerebelumskoj kori, talamusu i hipotalamusu. CCDC142 je takođe visoko izražen u *substantia nigra*, ponsu, klaustrumu i mezencefalonu. 
MEKK expression.png|MEKK 2/3 eksperiment nokauta 13
Myocard expressison.png|Eksperiment oštećenja miokarda13
SNAI expression.png|Eksperiment nadekspresije SNAI13
 Gore navedeni eksperimentalni podaci pokazuju mnoge moguće nalaze za CCDC142. Prekomjerna ekspresija SNAI1, proteina cinkovog prsta, povezana je sa smanjenjem ekspresije u ljudskom CCDC142. *Mišji nokaut-gen* MEKK 2/3, koji pomaže u regulaciji diferencijacije T-pomoćnih ćelija, također je pokazao smanjenu ekspresiju CCDC142. Još jedan eksperiment na *Mus musculus* fokusiran na kardiomiopatiju kod miševa pokazao je niže nivoe CCDC142 kod miševa sa oštećenim ćelijama miokarda. Gen CCDC142 datira još od *Drosophila melanogaster*, koji se odvojio od ljudske loze prije 847 miliona godina. CCDC142 je mutirao većom brzinom i od citohroma C (visoko konzervirani protein) i fibrinogena A (protein koji brzo mutira). Ovo ukazuje da je CCDC142 gen koji brzo mutira sa sve većom stopom mutacije (odnosno, evolucije) tokom vremena.
 broja miliona godina od datuma divergencije ljudske loze i loze vrste u kojoj postoji ortolog . Tačke na grafikonu su izračunate prema *m*/100 = –ln(1–*n*/100), gdje je *m* ukupan broj promjena aminokiselina koje su se dogodile u 100-aminokiselinskom segmentu proteina i *n* je opaženi broj promjena aminokiselina na 100 ostataka, u poređenju sa sekvencom ljudskog proteina.]]

## Klinički značaj 
### Patologija i bolesti 
Povećanje broja kopija u lokusima CCDC142, uključujući 25 drugih gena, eksprimiralo je fenotip kašnjenja u razvoju i značajne razvojne ili morfološke promjene. Jedan rezultat sa gubitkom broja kopija u lokusima CCDC142, uključujući 29 drugih gena, pokazao je fenotipove nizak rast, abnormalni oblik lica, odgođeni razvoj govora i jezika, preklapanje prstiju, unutarmaternično ograničenje rasta, otvoreni ductus arteriosus i odložen razvoj grube motorike. Međutim, efekt CCDC142 je možda bio zbunjujući za ove fenotipove jer su postojale i abnormalnosti u mnogim drugim dijelovima genoma.

### Mutacije 
Postoji veliki broj jednonukleotidnih polimorfizama koji se nalaze u genu CCDC142. Neki od njih u regiji promotora i 5' UTR-a su unutar sidrenih sekvenci za transkripcijski faktor i utiču na vezivanje transkripcionog faktora ako se promijene.

Postoji mnogo SNP-ova u kodirajućoj sekvenci proteina koji mijenjaju aminokiselinski sastav CCDC142. Jedan od SNP-ova sa visokom stopom prevalencije u populaciji (1,8%) je značajan po hemijskim promjenama, sa tirozinskim pomakom u asparagin na 548. aminokiselini.

Postoje i brojni SNP-ovi koji se nalaze u velikoj neprevedenoj 3' UTR gena, pri čemu se mnogi od njih vezuju za područja koja sadrže strukture drška petlja u iRNK. SNP sa stopom prevalencije od 7,7% (guanin do adenozina na bp 4285.) je u 3' UTR-u, ali nije lociran u konzerviranoj regiji petlja-drška.

Ovi SNP-ovi su označeni u konceptnom prevodu koji se nalazi u odeljku protein iznad.

## Poravnavanje višestrukih sekvenci 

File:CCDCMSA1.png
File:CCDCMSA2.png
File:CCDCMSA3.png|Ljubičasto=Hemijski slične aminokiseline Plavo= Iste aminokiseline
File:CCDCMSA4.png
File:CCDCMSA5.png

U višestrukom poravnavanju sekvenci iznad (kreiranom pomoću programa CLUSTALW i TEXSHADE na SDSC Biology Workbench), organizmi su označeni prvim slovom njihovog roda i prva dva slova njihove vrste. Cijeli protein CCDC142 je visoko konzerviran kod sisara. Regije koje sadrže ljudski domen upredene zavojnice i region motiva RINT1_TIP1 su visoko konzervirane u udaljenim homolozima. Čak 12 od 15 aminokiselina koje se poklapaju sa svim organizmima u ovoj regiji su nepolarne. Konzervirano područje 1 sadrži uglavnom nepolarne aminokiseline, područje 2 sadrži uglavnom nepolarne i bazne aminokiseline. Konzervirana regija 3 sadrži i polarne i nepolarne aminokiseline. Konzervirana regija 5 sadrži uglavnom nepolarne i bazne aminokiseline.

## Dodatne informacije o transkripcijskom faktoru 
## Reference 
## Dopunska literatura 
* 

Kategorija:Proteinski strukturni motivi
Kategorija:Geni na hromosomu 2
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika