Molekularni sat

**Molekularni sat** je tehnika koja za procjenu prahistorijske hronologije koristi stope mutacija biomolekula, kada su dva ili više oblika života međusobno razdvojili. Molekularni podaci koji se koriste za takve kalkulacije su obično nukleotidi, skvence DNK za ukupnu DNK ili aminokiselinske sekvence za proteina. Mjerila za određivanje stope mutacije često su fosilni ili arheološki podaci. Molekularni sat je prvi put testiran 1962. godine na varijantama hemoglobinskih proteina raznih životinja, a najčešće se koristi u molekularnoj evoluciji za procjenu vremena specijacije ili evolucijske radijacije. Tose ponekad označava i kao **genski sat**, **genetički sat** ili **evolucijski sat**.

## Rana otkrića i genetička ekvidistanca 
Ideja o postojanju i pojmu tzv. "molekularnog sata" se pripisuje Emilu Zuckerlandlu i Linusu Paulingu koji su, 1962. godine, primijetili je da se broj razlika u aminokiselinama hemoglobina između različitih biološkihg loza mijenja otprilike linearno. s vremenom, prema procjenama na osnovu fosilnih dokaza. Oni su generalizirali ovo zapažanje tvrdnjom da je stopa evolucijske promjene bilo kojeg određenog proteina otprilike konstantna kroz vrijeme i preko različitih loza (na osnovu **hipoteze molekularnog sata** **MCH**.

Fenomen *genetičke ekvidistance* je prvi put naveo Emanuel Margoliash, u 1963., koji je napisao:
: "Čini se da je broj ostataka razlika između citohrima c bilo koje dvije vrste uglavnom uvjetovan proteklim vremenom evolucijske linije što je dovelo do prvobitnog razilaženja ove dvije vrste. Ako je to tačno, citokrom c svih sisara bi trebao biti jednako različit od citohroma c svih ptica. Budući da su ribe odstupile od glavnog stabla evolucije kičmenjaka ranije nego ptice ili sisari, citohrom c i sisara i ptica treba biti podjednako različit od citokrom c riba. Isto tako, citohrom c svih kičmenjaka bi trebao biti podjednako različit od proteina kvasca." Naprimjer, razlika između citohroma c šarana i žaba, kornjača, kokoši, zeca i konja je vrlo konstantna, oko 13% do 14%. Isto tako, razlika između citohroma c bakterija i kvasaca, pšenice, moljaca, tuna, goluba i konja kreće se od 64% do 69%. Zajedno sa radom Emila Zuckerkandla i Linusa Pauling, rezultati genetičke ekvidistance direktno su doveli formalnog postuliranja hipoteze molekularnog sata, u ranim 1960-im. Genetička ekvidistanca je često upotrebljavana za zaključivanje o jednakom vremenskom razdvajanju različitih sestrinskih vrsta iz vanjskih grupa.
Kasnije su Allan Wilson i Vincent Sarich dogradili ovaj rad i model.

## Odnosi sa teorijom neutralizma
Posmatranje stopa promjena koje liče na molekularni sat, prvobitno je bilo čisto fenomenološko. Kasnije, radom Motooa Kimure razvijena je teorija neutralne moleculske evolucije, koja je predvidjela molekularni sat. Pretpostavimo neki N broj individua, a ako se ovaj proračun pojednostavi i neku jedinku koja je haploid (ima po jednu kopiju svakog gena). Stopa neutralnih mutacija (tj. mutacija bez efekta na fitnes) u novoj jedinki može biti \mu. Vjerovatnoća da će ova nova mutacija biti fiksirana u populaciji je onda 1/N, jer svaka kopija gena je dobra kao bilo koja druga. Svaka generacija, svaki jedinka može imati nove mutacije, tako da nove neutralne mutacije postoje \muN u populaciji kao cjelini. To znači da će u svakoj generaciji, \mu nova neutralna mutacije biti fiksirana. Ako je većina promjena tokom molekularne evolucije neutralna, a zatim fiksirana, u populaciji će akumulirati stopa sata koja je jednaka stopi neutralnih individualnih mutacija.

## Kalibracija
Sam molekularni sat tek ukazuje da je jedan vremenski period dvostruko duži od drugog, ali ne može odrediti konkretno datiranje. Da bi se to postiglo, molekularni sat prvo mora biti kalibriran prema nezavisnim dokazima datiranja, kao što je fosilni zapis. Za virusnu filogenetiku i studije drevne DNK – dva područj evolucijske biologije, moguće je testirati sekvence preko evolucijske vremenske skale – za preciznije kalibriranje molekularnog sata mogu se koristiti datiranja intermedijernog uzoraka.

## Nekonstantna stopa molekularnog sata 
Ponekad se iz određenog fosila može procijeniti samo jedna varijanta datiranja divergencije, a sva ostala datiranja se mogu izvesti iz toga. Ostali setovi vrsta imaju na raspolaganju bogatstvo uzoraka fosila, omogućavajući da se ispituju konstantne stope divergencije MCH. DNK ispoljava nizak nivo negativne selekcije. Stopa divergencije joj je 0,7-0,8% po milionu godina, u bakterija, sisara, beskičmenjaka i biljaka. U istom istraživanju, genomske regije su ispoljile vrlo visoku negativnu ili pročišćavajuću selekciju (kodirajuće rRNK) i bile su znatno sporije (1% za 50 miliona godina).

Unatoč takvoj varijaciji u stopi pomjena genoma, od ranih 1990-ih, varijacija među taksonima se pokazala kao plodno tlo za mnoga istraživanja, čak i više za relativno kratku evoluciju (na primjer ptice rugalice). Tubastonose morske ptice (*Procellariiformes*) imaju takvu molekularnu dinamiku da je prosječni put upola sporiji od mnogih drugih ptica . Eventualno zbog dugog generacijskog vremena, mnoge kornjače imaju molekularni sat koji radi na jednoj osmini brzine onog u sitnih sisara ili čak sporije. Efekti male veličine populacije su vjerovatno zbunili analitičare molekularnog sata. Istraživači, kao što je Francisco Ayala, su temeljito osporili hipotezu molekularnog sata.
Prema Ayalinim istraživanjima 1999. godine, kombinira pet faktora koji mogu ograničiti primjenu modela molekularnih satova.

***Promjena dužine generacijskog vremena** (ako je stopa novih mutacija djelimično ovisi o broju generacija u određenom vremenu, godišnje, npr).
* **Veličina populacije** (genetički drift je djelotvorniji u malim populacijama pa je više mutacija posljedično neutralna).
* **Specifične međuspecijske razlike** (uzrokovane metabolizmom ecologijom, evolucijskom historijom i sl.)
* **Promjene u funkciji proučavanih proteina** (mogu se izbjeći u blisko srodnih vrsta, koristeći sekvence nekodirajuće DNK ili naglašavajući tihe mutacije)
* **Promjene u intenzitetu prirodnog odabiranja**.

[thumb|350px|alt= Filogram koji pokazuje tri grupe, od kojih jedna ima izrazito duže grane od druge dvije |Šumski bambus (pleme *[Arundinaria*, *Bambuseae*) ima duže generacijsko vrijeme i nižu stopu mutacija, kao što je izraženo kratkim granama u filogenetskom stablu, nego što je brzina evolucije zeljastog bambusa (*Olyreae*).]]
Korisnici molekularnog sata razvili su rešenje rješenja koristeći brojne statističke pristupa, uključujući maksimalnu vjerovatnoću (*maximum likelihood*) i kasnije modeliranje sa predubjeđenjem (statistika pristrasnosti, *Byas ststistics*). Konkretno, predloženi su modeli koji uzimaju u obzir stopu varijacije evolucijske linije, kako bi se dobile bolje procjene datiranja divergencije. Ovi modeli se nazivaju **opušteni molekularni satovi** (relaksirani molekularni satovi) zato što predstavljaju intermedijarnu poziciju između hipoteze *striktnog* molekularnog sata i višestepenog modela Josepha Felsensteina. Moguće je da su urađeni prema tehnikama MCMC, koje istražuju ponderirani opseg topologije stabla i istovremeno procjenjuju parametre izabranog modela supstitucije. Ne smije se zaboraviti da je osnov procjene termina divergencija pomoću molekularnog sata **statističko zaključivanje** , a ne direktni **dokazi**.

Ideja o molekularnom satu pokreće posebne izazove u vrlo kratakim i vrlo dugim vremenskim okvirima. Na duge vremenske skale, problem je zasićenje. Kada je prošlo dovoljno vremena, mnogi lokusi su prošli više od jedne promjene, ali je nemoguće otkriti više od jedne. To znači da poštovani broj promjena više nije linearnan sa vremenom, već potpuno izvan.

U vrlo kratkom vremenu , mnoge razlike između uzoraka ne predstavljaju fiksaciju različitih sekvenci u različitim populacijama. Umjesto toga, oni predstavljaju alternativu alela koji su bili prisutni kao dio polimorfizma kod zajedničkog pretka. Uključivanje razlike koje još nisu postali fiksirane dovodi do potencijalno dramatične inflacije prividne stope molekularnog sata u vrlo kratkimm rokovima.

## Metodi
Metod pristrasnosti može omogućiti mnogo pouzdanije procjene vremena divergencije, posebno na dugim vremenskim distancama – takvim koje doprinose filogenomici.

## Primjena
Tehnika molekularnog sata je važan alat u molekularnoj sistematici, upotrebi molekularno-genetičkih informacija da se utvrdi tačna naučna klasifikacija organizama ili da se istražuju varijacije snaga prirodnog odabiranja.

Poznavanje približno konstantne brzine molekularne evolucije posebno seta evolucijskih linija olakšava utvrđivanje datiranja filogenetskih događaja, uključujući i one koji nisu dokumentirani prema fosilima, kao što je odstupanje od živućih takson a i formiranje filogenetskog stabla. U ovim slučajevima, naročito se moraju uzeti u obzir veliki vremenski raspona, kao u MCH sistemu (gore), tako da ove procjene mogu pogriješiti i 50% ili više.

## Reference
## Vanjski linkovi
*Allan Wilson and the molecular clock
* Molecular clock explanation of the molecular equidistance phenomenon
* Date-a-Clade service for the molecular tree of life
*http://www.springerlink.com/content/l1723tq0q2751215/fulltext.pdf

Kategorija:Evolucija
Kategorija:Evolucijska biologija
Kategorija:Molekularna evolucija
Kategorija:Filogenetika