PRP36

**PRP36** (prolinom bogati protein 36) je vanćelijski protein  *Homo sapiens*,  kodiran genom  **PRR36**, koji sadrži  domen nepoznate funkcije, DUF4596, prema C kraju proteina. Funkcija PRP36 je nepoznata, ali visoka ekspresija gena zabilježena je u različitim regijama mozga, kao što su prečeoni korteks, mali mozak i amigdala. PRP36 ima jednog  dvojnika: putativnog neokarakteriziranog proteina FLJ22184.

## Gen
Ljudski gen PRR36 sastoji se od sedam egzona i dugačak je 5.723 bazna para.

### Lokus
Kod čovjeka, PRR36 nalazi se na kratkom kraku hromosoma 19, pozicija 19p13.2 (regija 1, opseg 3 i podopseg 2).

### iRNK i prerađene  varijante
Alternativna prerada transkripta gena PRR36 rezultira s dvije varijante transkripta. PRR36 (FLJ22184) varijanta transkripta 1, viđena na donjoj slici, duga je 4.518 baznih parova i sastoji se od šest egzona, od kojih se posljednjih pet koristi u kodiranju proteina. Proizvedeni protein, PRP36, sastoji se od 1.346 aminokiselina. PRR36 Transkriptna varijanta 2 duga je 780 parova baza i sastoji se od pet egzona. Transkript PRR36 varijanta 2 teorijski kodira protein dužine 260 aminokiselina. Međutim, sumnja se  da ova varijanta transkripta ikada ostvari  translaciju.

## Protein
### Domen i motivi 
DUF4596 na ljudskom PRP36 dugačak je 47 aminokiselina, ima izoelektričnu tačku 3,77 i u sisara, gotovo je u potpunosti selekcijski konzerviran. Uprkos tome što mu nedostaje signalni peptid, predviđa se da će se PRP36 izlučiti iz ćelije nakon što prođe kroz preradu.

PRP36 ima nekoliko različitih tandemskih ponavljanja, odvojenih ponavljanja i ponovljenih sekvenci. Ova ponavljanja uočljiva su u primatskim PRP36 ortolozima, ali ih nema u ortolozima PRP36 daljnjih srodnih vrsta, poput oposuma, što sugerira da se neki oblik evolucije javlja u čitavoj sekvenci PRP36 u relativno novijoj historiji.  Međutim, nije sigurno zadržavaju li se ove osobine u PRP36. U PRP36 aminokiseline izoleucin, tirozin i asparagin prisutne su u smanjenom udjelu, u odnosu na tipski ljudski protein. Postoje dvije visoko pozitivne sekvence prema N-kraju PRP36, dok visoko negativna sekvenca postoji unutar DUF4596 domena prema C-kraju. U cjelini, međutim, čini se da je PRP36 blago bazni i ukupno pozitivno nabijeni protein, jer ima odgovarajuću izoelektričnu tačku od 10,98.

### Posttranslacijske modifikacije
Predviđa se da kod ljudi PRP36 sadrži 24 fosforilacijska mjesta , uključujući 14 serinskih, devet treoninskih i jedno tirozinsko. Pored toga, ima osam predviđenih mjesta vezanja N-acetilglukozamin i dva visoko konzervirana mjesta predviđanja sumoilacije.

### Sekundarna struktura 
Sekundarna struktura PRP36 nije eksplicitno utvrđena, ali predviđanja zasnovana na PRR36 iRNK daju neke mogućnosti. Alfa-heliksi, beta-listovi i druge karakteristike strukture ne uspijevaju se konzervitatii u ortolozima PRP36, s izuzetkom motiva alfa-heliksa alfa i  beta-lanca koji je kod sisara bio visoko konzerviran. Ova predviđanja, međutim, nisu eksperimentalno potvrđena, pa pouzdanost interakcije sa PRP36 nije baš velika. Međutim, prema Phobiusu, predviđa se da je PRP36 necitoplazmatski protein koji postoji u vanćelijskom prostoru. Promotivna regija PRP36 sadrži brojne predviđene faktore transkripcije različitih tipova, uključujući razne cinkove prste, te  faktore E2F i CDF. Naročito je važno prisustvo XGene promotivnog elementa na minus lancu koji je posrednik RNK-polimeraze II za promotore kojima nedostaje TATA boks, kao što je slučaj sa promotorom PRP36. Sljedeća tabela prikazuje  12 faktora transkripcije koji komuniciraju s PRP36, kako je predviđao alat ElDorado iz Genomatixa - svi prikazani faktori dobili su minimalnu ocjenu Matrix Sim-a od 0,877. Dodatni dokazi potkrepljuju neke od ovih nalaza, jer je analiza normalnih tkiva otkrila da je preko 50% ćelija eksprimiralo PRP36 u malom mozgu, mozgu fetusa, prečeonom korteksu i gornjoj cerviksnoj gangliji. Čini se da je PRP36 prekomjerno izražen u uzorcima ćelija uzetih od pacijenata sa duktusnim karcinomima mliječne žlijezde, što sugerira da bi stanje bolesti i ekspresija PRP36 mogli biti povezani.

## Homologija 
### Ortolozi
PRP36 nema poznate paraloge kod ljudi, ali utvrđeno je da postoji niz ortologa u vrstama širom koljena sisara.

### Evolucija 
Višestruko poravnanje sekvenci sugerira da je PRP36 evoluirao rano u lozi sisara. Otada su postavljene dodatne dijagnoze, a kod nekoliko pacijenata utvrđeno je da imaju mikrodelcije koje uključuju regiju u kojoj se nalazi gen PRR36, što znači da protein PRP36 neće biti pronađen kod ovih osoba. Međutim, ovo područje uključivalo je i druge gene čija je funkcija dobro poznata; naprimjer, gojaznost uočena kod pacijenata može se pratiti do delecije gena insulinskog receptora. Ostali simptomi, kao što su poteškoće u učenju i govorne smetnje mogu se povezati sa sličnim delecijama gena.

## Reference 
Kategorija:Geni
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Geni na hromosomu 19