Jednonukleotidni polimorfizam

[mini|Zamjena mjesta [nukleotida u lancu DNK. Dvije sekvence DNK se razlikuju po mutaciji na jednoj lokaciji DNK lanca. Ovakvi slučajevi se označavaju kao jednonukleotindni polimorfizam.]]
**Jednonukleotidni polimorfizam** ( – **SNP**), u genetici je odrednica za pojavu zamjene mjesta jednog od nukleotida nekim drugim nukleotidom. Primjerice, ako je posmatrana sekvenca na određenoj lokaciji gena posmatrane biološke vrste sastavljena od niza nukleotida **AAGCCTA**, pa zatim nastane promjena redoslijeda nukleotida, kao **AAGCTTA**, postaje uočljivo da se početna i novonastala sekvenca međusobno razlikuju u jenom nukleotidu. Svaka jednonukleotidna promjena u molekulama DNK mpoznata je pod zajedničkim nazivom jednonukleotidni polimorfizam. Posljedice ovakvih izmjena (usljed ovakve "tačkaste* mutacije mogu biti različitog obima i oblika u posmatranom genomu ili fenotipu.
## Tipovi SNP
Jednonukleotidni polimorfizam (*SNP*)  se može nći u kodirajućim genima ili nekodirajućim regijama (između gena) molekule  DNK.  *SNP*  unutar kodirajućih  sekvenci nužno mijenjaju redoslijed aminokiselina u  proteinu koji se proizvodi, zbog  degeneracije genetičkog koda.

Postoje dva tipa *SNP* u kodirajućoj regiji: 
*sinonimni i 
*nesinonimni. 
Sinonimni *SNP* ne utiču na strukturu proteinske  sekvence, dok nesinonimni  mijenjaju sekvencu aminokiselina u proteinskojmolekuli.

*SNP nekodirajuće regije koje također imaju svoja dva tipa:
* pogrešno smislene mutacije (*missens*) i * besmislene mutacije  (*nonsens*).
*SNP* koje nisu u protein-kodirajućim  regijama i dalje mogu uticati na preradu (splajsing) gena, vezivanje obavezujućeg transkripcijskog faktora, RNK degradaciju, odnosno redoslijed nukleotida u nekodirajućimRNK. Ekspresije ovakvih pogođrnih gena  *SNP* se nazivaju  *eSNP* (ekspresijski *SNP*) , a mogu biti uzvodno ili nizvodno od gena.

## Primjena i značaj 
Varijacije u DNK sekvencama  ljudi mogu uticati na razvijanje  bolesti  i odgovoriti na patogene hemikalije,  lijekove, vakcine i druge  agense. SNP su također od ključne važnosti za  personaliziranu medicinu. Međutim, njihov najveći značaj u biomedicinskim istraživanjima  je za poređenje regija genoma između kohorti (kao što su uparenja skupina sa i bez bolesti) i u obimnijim i širokim istraživanjima asocijacije svojstava u genomu.

Proučavanje *SNP* je također važno za programiranje uzgoja  u usjeva i stoke,  *SNP*  genotipizaciju, uz  usavršavanje  detalja različitih metodama koji se koriste za identifikaciju *SNP*.
Jedan *SNP* može uzrokovati  genetički poremećaj  ili bolest koji se nasljeđuju po modelu Mendelovskih osobina. Za genetičke poremećaje u  složenijim  bolestima, *SNP* obično ne funkcioniraju samostalno, nego u koordinaciji s drugim *SNP* manifestiraju bolesna  stanja,  kao što se vidi na primjeru osteoporoze..

*SNP* se koriste u širokim asocijacijskim studijama ffgenomgga, npr.  kao markeri visoke rezolucije u  mapiranju gena koji se odnose na bolesti ili normalne osobine.  Poznavanje *SNP*  će pomoći u razumijevanju farmakokinetike ili farmakodinamike, odnosno kako lijek djeluje kod osoba s različitim genetičkim varijantama. Širok spektar ljudskih bolesti, npr. anemija srpastih eritrocita, β talasemija i cistična fibroza, koje su  vezane za *SNP*. Bolesti sa različitim *SNP* mogu postati relevantne za farmakogenomičke mete u terapiji lijekovima  Neki  *SNP* su udruženi sa metabolizmom mnogih lijekova.

*SNP* bez vidljivih utjecaja na fenotip (tzv. tiha mutacija) i dalje su korisni kao genetičkih markeri u širokim asocijacijskim istraživanjima genoma, zbog njihove količine i stabilnog nasljeđivanja u nizu  generacija.  Pritom treba imati na umu da:
***Sve vrste SNP mogu imati vidljive fenotipske izraze  ili mogu dovesti do ozbiljnih bolesti**.
* *SNP* u nekodirajućim regijama mogu se manifestirati i u povećanom riziku od kancera. 
* *SNP* u kodirajućim regijama:
** sinonimi,  po definiciji, ne pokreću promjene aminokiselina u proteinima, ali i dalje mogu uticati na funkciju, npr.  naizgled tihih mutacija u rezistentnosti  *TBC*  gena 1 (*P*-glikoprotein *MDR1*), koji kodira membransku  pumpu za propustljivosti ćelije, što može usporiti prevođenje peptidnog lanca koji se  savija u neobičnu konformaciju, uzrokujući mutantnu  pumpu koja može  biti manje funkcionalna .
**Nesinonimske zamjene:
*** Pogrešno smislene mutacije (* missens*) jednostrukih  promjena rezultiraju promjenama aminokiselina u  proteinima  i njihovim poremećajima, što dovodi do bolesti (*1580G*> *T SNP* u *LMNA* genu - pozicija 1580 (nt) u DNK nizu  (CGT kodon) što  uzrokuje da se  guanin treba zamijeniti timinom i dovodi *CTT* kodon u DNK sekvencu, što na razini proteina  izaziva zamjenu arginina leucinom u položaju 527.
*** Nonsens  mutacija - u sekvenci DNK koja rezultira pojavom  prijezrelosnog stop kodona ili  *nonsens kodona*  u  transkribiranoj iRNK i u skraćivanju nepotpunog, a obično nefunkcionalnog proteinskog  proizvoda (npr.  cistične fibroze) uzrokovao *G542X* mutacijom u genu transmembranskog regulatora provodljivosti.

## Primjeri 
**rs6311* i *rs6313* su *SNP* u *HTR2A* genu na  ljudskom  hromosomu 13.
* SNP  u *F5* genu  uzrokuje hiperkoabilnost, poremećaj varijante *Faktora V Leiden*
**rs3091244* je primjer trialelnog *SNP* u  *C*-reactivnom proteinskom  (*CRP*) genu na ljudskom hromosomu 1.
**TAS2R38* kodira sposobnost osjećanja gorkog okusa feniltiokarbamida (*PTC*), a sadrži 6 zabilježenih *SNP.
**rs148649884* i *rs138055828* u *FCN1* genu kodira *M*-fikolin crippled ligand-vezujuće sposobnosti rekombinantnog *M*-fikolina.
## Baze podataka 
bioinformatičke baze podataka za gene, sadrže  i za *SN*.
*dbSNP* je  *SNP database* iz National Center for Biotechnology Information (*NCBI*).
*Kaviar* is a compendium of SNPs from multiple data sources including dbSNP.
**SNPedia* je wiki-stilizirana baza podataka podržana personalnim genomskim zabilješkama, interpretacijama i analizama.
**OMIM* baza podataka opisuje povezanost između polimorfizama i bolesti (npr., navodi bolesti u obliku teksta), za ljudska mutacija gena Database pruža podatke o genima koji  uzrokuju ili su povezane sa naslijednim  bolestima i funkcionalne *SNP*, 
**GWAS Central* omogućava korisnicima da vizualno ispituju podatke o asocijaciji na nivou jedne  ili više studija asociranosti širom genoma. Međunarodna Radna grupa za *SNP* mapiranje ima veliki fond  klonova u svojoj banci gena. Poravnavanja su pretvorena u hromosomskim koordinatama, koje slijede u tabeli ispod. Mapa varijacije sekvenci  ljudskog genoma sadrži 1.420.000 jednonukleinskih polimorfizama. Druga baze podataka je International Project HapMap, gdje su istraživači identifikaciju *Tag SNP'' da bi mogli odrediti prikupljanje haplotipova prisutnih u svakom subjektu.

## Reference 
## Također pogledajte
*Genetička informacija
*Gen
*Nukleotid
*Alel

## Vanjski linkovi
*NCBI resources — Introduction to SNPs from NCBI
*The SNP Consortium LTD — SNP search
*NCBI dbSNP database — "a central repository for both single base nucleotide substitutions and short deletion and insertion polymorphisms"
*HGMD — the Human Gene Mutation Database, includes rare mutations and functional SNPs
*SNPedia - a wiki devoted to the medical consequences of DNA variations, including software to analyze personal genomes
*International HapMap Project — "a public resource that will help researchers find genes associated with human disease and response to pharmaceuticals"
*GWAS Central  — a central database of summary-level genetic association findings
*1000 Genomes Project — A Deep Catalog of Human Genetic Variation
*WatCut  — an online tool for the design of SNP-RFLP assays
*SNPStats  — SNPStats, a web tool for analysis of genetic association studies
*Restriction HomePage — a set of tools for DNA restriction and SNP detection, including design of mutagenic primers
*American Association for Cancer Research Cancer Concepts Factsheet on SNPs
*PharmGKB — The Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base, a   resource for SNPs associated with drug response and disease outcomes.
*GEN-SNiP — Online tool that identifies polymorphisms in test DNA sequences.
*Rules for Nomenclature of Genes, Genetic Markers, Alleles, and Mutations in Mouse and Rat
*HGNC Guidelines for Human Gene Nomenclature
*SNP effect predictor with galaxy integration
*Human Gene Mutation Database
*GWAS Central 
*Open SNP — a portal for sharing own SNP test results
*The HapMap Project 

Kategorija:Klasična genetika
Kategorija:Geni