Nacionalni centar za biotehnološke informacije

**Nacionalni centar za biotehnološke informacije** (**NCBI**) je dio Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država (NLM), ogranka Nacionalnog instituta za zdravstvo (NIH). Djelatnost mu odobrava i finansira vlada Sjedinjenih Država. Osnovan je 1988., na osnovu zakona koji je sponzorirao senatora Claude Pepper. NCBI se nalazi u gradu Bethseda, Maryland.

NCBI je domaćin niza baza podataka,  relevantnih za biotehnologiju i biomedicinu  i važan je resurs za alate i usluge iz oblasti bioinformatike. Glavne baze podataka uključuju GenBank za sekvence DNK i PubMed, bibliografsku bazu podataka o biomedicinskoj literaturi. Ostale baze podataka uključuju bazu podataka NCBI Epigenomics. Sve ove baze dostupne su na mreži putem pretraživača Entrez. NCBI je režirao David Lipman, i široko cijenjena ličnost u bioinformatici. Vodio je također intramuralni istraživački program, uključujući grupe koje su vodili Stephen Altschul (još jedan koautor BLAST-a), David Landsman, Eugene Koonin, John Wilbur, Teresa Przytycka i Zhiyong Lu. David Lipman odstupio je sa svoje funkcije u maju 2017.

## GenBank
NCBI bio je odgovoran za stavljanje na raspolaganje GenBank DNK baza podataka o sekvencama od 1992. GenBank se koordinira sa pojedinačnim laboratorijama i drugim bazama podataka o sekvencama, poput onih iz Evropske molekulske biološke laboratorije (EMBL) i DNK banke podataka Japana (DDBJ).

NCBI ima softverske alate koji su dostupni putem internet pretraživača ili putem FTP-a. Naprimjer, BLAST je program pretraživanja sličnosti niza. Može uporediti sekvence sa GenBank DNK bazom podataka za manje od 15 sekundi.

## NCBI "polica za knjige" (*Bookshelf*) 
NCBI Bookshelf je kolekcija slobodno dostupnih, online verzija odabranih biomedicinskih knjiga koje se mogu preuzeti. Polica s knjigama pokriva širok spektar tema, uključujući molekulsku biologiju, biohemija, ćelijsku biologiju, genetiku, mikrobiologiju, stanja bolesti s molekulske i ćelijske tačke viđenja, metode istraživanja i virusologiju. Neke knjige su mrežne verzije prethodno objavljenih knjiga, dok druge, poput "Pauza za kafu" (*Coffee Break*), potpisuje i uređuje osoblje NCBI. "Polica za knjige" je nadopuna spremišta Entrez PubMed,  sažetaka recenziranih publikacija, a  u tom sadržaju *Bookshelf* pruža utvrđene perspektive o evoluiranim područjima proučavanja.

## BLAST 
Osnovni alat za pretraživanje lokalnog poravnanja (**B**asic **L**ocal **A**lignment **S**earch **T**ool – **BLAST**)  je algoritam koji se koristi za izračunavanje sličnosti bioloških sekvenci , kao što su nukleotidne sekvence DNK i aminokiselinske sekvence proteina . BLAST je moćan alat za pronalaženje sekvenci sličnih istraživanoj sekvenci u istom ili u različitim organizmima. Pretražuje datu sekvencu upita u NCBI bazama podataka i serverima i objavljuje rezultate natrag u pregledniku osobe u izabranom formatu. Ulazne sekvence za BLAST uglavnom su u FASTA ili Genbank formatu, dok se izlaz može isporučivati u različitim formatima, kao što su HTML, XML formatiranje i običan tekst. HTML je zadani izlazni format za NCBI-ovu web stranicu. Rezultati za NCBI-BLAST su predstavljeni u grafičkom formatu sa svim pronađenim pogocima, tabelomm sa identifikatorima sekvenci za slaganje koje imaju povezane podatke o bodovanju, zajedno sa poravnanjima za sekvencu od interesa i podudarnostima primljenim sa njihovim  analognim BLAST rezultatima.

## Entrez
Entrez globalni sistem pretraživanja za više baza podataka koristi se u NCBI za sve glavne baze podataka, kao što su nukleotidne i proteinske sekvence, proteinske strukture, PubMed, *Taxonomy*, *Complete Genomes*, OMIM i nekoliko drugih. Entrez je sistem za indeksiranje i pronalaženje koji sadrži podatke iz različitih izvora za biomedicinska istraživanja. NCBI je distribuirao prvu verziju Entreza 1991., sastavljenu od nukleotidnih sekvenci iz PDB i GenBank, proteinskih sekvenci iz SWISS-PROT-a, prevedenih u GenBank, PIR, PRF, PDB i povezanih sažetaka i citata iz PubMed-a. Entrez je posebno dizajniran za integriranje podataka iz nekoliko različitih izvora, baza podataka i formata u jedinstveni informativni model i sistem pretraživanja koji mogu efikasno dohvatiti relevantne reference, sekvenci i struktura.

## Gene
**Gene** je implementiran u NCBI kako bi se okarakterizirale i organizirale informacije o genima. Služi kao glavni čvor za genomske karte, ekspresije, sekvence, funkcije proteina, strukture i podatke o homologiji. Svakom zapisu gena dodjeljuje se jedinstveni GeneID koji se može pratiti kroz cikluse revizije. Geni su ovdje uspostavljeni zapisi za poznate ili predviđene gene, koji su razgraničeni položajima na mapi ili nukleotidnim sekvencama. Gene ima nekoliko prednosti u odnosu na svog prethodnika, *LocusLink*, uključujući bolju integraciju s drugim bazama podataka u NCBI, širi taksonomski opseg i poboljšane opcije za upite i pronalaženje koje pruža Entrez sistem.

## Protein
**Protein**  je baza podataka o proteinima koja održava tekstni zapis za pojedinačne proteinske sekvence, izvedene iz mnogih različitih resursa, poput projekta NCBI referentne sekvence (*Reference Sequence* – RefSeq), GenBank, PDB i UniProtKB/SWISS-Prot. Evidencije proteina prisutne su u različitim formatima, uključujući FASTA i XML i povezane su s drugim resursima NCBI-a. Protein korisnicima pruža relevantne podatke kao što su geni, sekvence DNK/RNK, biološke puteve, podatke o ekspresiji i varijacijama i literaturom. Također pruža unaprijed određene skupove sličnih i identičnih proteina za svaku sekvencu, kako je izračunao u BLAS-u. Baza podataka strukture NCBI sadrži 3D skupove koordinata za eksperimentalno određene strukture u PDB-u koje unosi NCBI.

Baza podataka konzerviranih proteinskih domena (CDD) sadrži profile sekvenci koji karakteriziraju visoko konzervirane domene unutar proteinskih sekvenci. Takođe ima zapise iz vanjskih izvora, kao što su SMART i Pfam.
Postoji još jedna baza podataka u bazi proteina, poznata kao baza proteinskih klastera, koja sadrži skupove proteinskih sekvenci koje su grupirane prema maksimalnom poravnanju između pojedinačnih sekvenci, kako je izračunao BLAST.

## Baza podatala Pubchem 
Baza podataka PubChem u NCBI je javni resurs za molekule i njihove aktivnosti protiv bioloških ispitivanja. PubChem je pretraživ i za pronalaženje informacija dostupan mu je Entrez sistem.

## Također pogledajte
* Baza podataka 
*Proteinska banka podataka

## Reference
## Vanjski linkovi
* 
* National Library of Medicine
* National Institutes of Health

Kategorija:Naučne institucije
Kategorija:Nacionalni zdravstveni zavodi
Kategorija:Baze podataka
Kategorija:Bioinformatika