TMEM242

Transmembranski protein 242 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom
**TMEM242**
Gen TMEM242 nalazi se na dugom kraku (q)  hromosoma 6, u prugi 2, sekvenca 5.3. Ovaj protein se obično naziva i C6orf35, BM033 i UPF0463 transmembranski protein otvoreni okvir čitanja 35 C6orf35. Gen tmem242 dug je 35.238 parova baza, a protein ima 141 aminokiselinu. Sadrži četiri egzona. U naučnoj zajednici, funkcijsa ovog protein još nije dobro razjašnjena. Ovaj protein sadrži DUF1358 domen (domen nepoznate funkcije 1358).

## Pregled
Oksidacija energetski bogatih spojeva generira pokretačku silu protona, hemijsku razliku potencijala za protone, preko unutrašnjih mitohondrijskih membrana. Pokretačka sila protona pokreće okretanje rotora u membranskom domenu ATP-sintaze. Ova rotacija daje energiju za sintetiziranje ATP-a potrebnog za održavanje života. Sastav u unutrašnjoj  podjedinici organelnoj  membrani ljudske ATP-sintaze od 27 jedarno kodiranih proteina i dvije mitohondrijski kodirane podjedinice, uključuje stvaranje međumodula koji predstavljaju F1-katalitski domen, perifernu dršku i c8-prsten u membranskom dijelu rotora . Sklapanje c8-prstena zahtijeva sudjelovanje dva proteina povezana s membranom, TMEM70 i **TMEM242**

Ljudska mitohondrijska ATP-sintaza je molekulski mehanizam s rotacijskim djelovanjem vezanim za unutrašnje membrane organela. Okretanje rotora, izazvano pokretačkom silom protona, daje energiju za stvaranje ATP-a iz ADP-a i fosfata. Među 29 komponentnih proteina 18 tipova, ATP6 i ATP8 su proizvodi mitohondrijskih, a ostatak su jedarnih gena koji se unose u organele. ATP-sintaza se od njih sastavlja putem posrednih modula, koji predstavljaju glavne strukturne elemente enzima. Jedan takav modul je c8-prsten, koji osigurava membranski sektor enzimskog  rotora, a na njegovo sastavljanje utiče drugi transmembranski protein  (TMEM), TMEM70. Pokazano je da podjedinica c stupa u interakciju s TMEM70 i drugim dosad neidentificiranim mitohondrijskim transmembranskim proteinima, TMEM242. Delecija TMEM242, slično deleciji TMEM70 utiče na, ali ne i potpuno uklanja, sklop ATP-sintaze i u manjoj mjeri skup respiratornih enzimskih kompleksa I, III i IV. Delecija TMEM70 i TMEM242 zajedno sprečava sklapanje ATP-sintaze i povećava se uticaj na kompleks I. Uklanjanje TMEM242, ali ne i TMEM70, također utče na uvođenje podjedinica ATP6, ATP8, j i k u enzim. TMEM70 i TMEM242 stupaju u interakciju s kompleksom mitohondrijskog kompleksa I (MCIA) koji podržava sastavljanje membranskog kraka kompleksa I. Interakcije TMEM70 i TMEM242 s MCIA mogu biti dio ili sklopa ATP sintaze i kompleksa I ili regulacije njihovih nivoa sastavljanja za kompleks

ATP-sintaza u ljudskim mitohondrijama daje većinu ćelijskih ATP-a u aerobnim uvjetima. Energija dobijena oksidativnim metabolizmom stvara protonsku motornu silu preko unutrašnje mitohondrijske membrane (IMM), a ATP-sintaza iskorištava protonsku snagu za stvaranje ATP-a iz ADP-a i fosfata rotacijskim mehanizmom (1⇓ – 3). Humana ATP sintaza je skup od 29 podjedinica od 18 tipova (uključujući regulatorni protein, IF1) sa kombinovanom molekulskom masom od 591 kDa. U monomernom kompleksu vezanom za membranu, podjedinice su organizirane u komponente rotora i statora ove molekuskoge mehanizma, a monomere tvore dimere,  raspoređene u dugim redovima duž vrhova kristala u IMM-u (5⇓⇓ –8). U svakom monomernom kompleksu, dvije membranske podjedinice, ATP6 i ATP8, kodirane su u mitohondrijskoj DNK, dok su ostale podjedinice jedarno kodirani proteini, sintetizirani u citosolu i uvezeni u IMM i matriks organele, gdje se sastavlja enzimski kompleks. Ovaj međuprodukt sastoji se od F1-katalitskoge domena vezanog za membranski povezanu komponentu c8-prstena rotora enzima plus produženi kompleks perifernih drški (PS) vezan za F1-domen i proteže se u membranski domen enzima. Pokazano je da se do ovog međuprodukta može doći putem tri neovisne rute, gdje se PS-uključujući pridružene podjedinice membrane e, f i g-gradi pomoću dva alternativna puta na unaprijed sastavljenom među prstenu F1-c8, a treći gdje c8-prsten se dodaje u prethodno sastavljeni F1-PS kompleks.

1020304050
METAGAATGQPASGLEAPGSTNDRLFLVKGGIFLGTVAAAGMLAGFITTL
SLAKKKSPEWFNKGSMATAALPESGSSLALRALGWGSLYAWCGVGVISFA
VWKALGVHSMNDFRSKMQSIFPTIPKNSESAVEWEETLKSK

## Domen 
Protein TMEM242 ima konzervirani domen, nepoznate funkcije pfam 07096, DUF 1358., koji pokriva prvih 121 aminokiselina u proteinu. Kod eukariota, ovaj  domen je konzerviran.

## Pridruženi proteini 
Identificirano je nekoliko predviđenih proteina u interakciji i funkcionalnih mjesta na proteinu. Jedan od predviđenih proteina u interakciji je MAP2K1IP1, protein skele. Poznato je da je ovaj protein uključen u put MAP-kinaze. Put MAP-kinaze povezan je s Alzheimerovim putem preko proteina zvanog Tau ili MAPT. Pretjerana fosforilacija ovog proteina dovodi do agregacije neurona što može uzrokovati Alzheimerovu bolest. Drugi povezani proteini uključuju GGT7, RNF5, IZUMO4,

## Homolozi i ortolozi 
Postoje homolozi i ortolozi proteina tmem242 u različitim vrstama. Vrste su se divergirale prije oko 794 miliona godina.  The following species have been found as having orthologs to the tmem242 protein in their genome:
* TMEM242,  *H. sapiens*
* TMEM242,  *P. troglodytes*
* Tmem242,  *M. musculus*
* C1H6orf35,  *R. norvegicus*
* TMEM242,  *C. lupus*
* TMEM242,  *B. taurus*
* C3H6ORF35,  *G. gallus*
* tmem242,  *D. rerio*
* tmem242,  *X. Tropicalis*
* AgaP_AGAP009165,  *A. gambiae*
* CG11699,  *D. melanogaster*

om citohromom CSlika desno predstavlja stopu divergencije za TMEM242 (plavo) u odnosu na fibrinogen (crveno) i citohrom C (zeleno). Ovaj grafikon pokazuje da TMEM242 evolira brzinom koja je između brzine fibrinogena, koja brzo i citoroma C, koji sporo evoluira]]

## Genski nivo regulacije 
Promotor gena TMEM242 nalazi se uzvodno, ali uključuje transkripcijsko i translacijsko početno mjesto. Ovaj promotor je pronađen pomoću ElDorado-a preko Genomatix -a. Ovaj promotor ima mnogo lokacija za vezivanje transkripcijskog faktora. Neki od ovih transkripcijskih faktora uključuju TFIIB, faktor sličan mišjem krupelu i NKX faktore homeodomena. Jedan značajan transkripcijski faktor je protein koji se veže za retinoblastom i djeluje na demetilazu. Postoji sveprisutna ekspresija baznog nivoa TMEM242 u svim tkivima čovjeka Postoje i druga tkiva s povećanim nivoom ekspresije, kao što su u malom mozgu i hipokampusu. Postoji povećanje nivoa ekspresije u mnogim dijelovima mozga zajedno s bubrezima i prostatom.  TMEM242 eksprimira se slabije u nekim organima, kao što su srce, nadbubrežne žlijezde i štitnjačad. Ove strukture koriste vezivanje, uobičajeno i modificirano, za stvaranje struktura matične petlje u neprevedenim regijama iRNK.

## Regulacija na nivou proteina 
Postoje različiti oblici regulacije na nivoa proteina za TMEM242. Nalazi vjerojatno  u ćelijskoj membrani, or the mitochondrial membrane, ali moguće su i druge potćelijske lokacije. To uključuje endoplazmatski retikulum i jedarnu membranu. Na TMEM242 postoje različita mjesta fosforilacije. Ova mjesta uključuju cAMP i cGMP-ovisna mjesta fosforilacije protein-kinaze, mjesta fosforilacije kazei-kinaze II i mjesto fosforilacije protein-kinaze C. Sve ove lokacije favoriziraju fosforilaciju ostataka serina i treonina. Ostale posttranslacijske modifikacije uključuju mjesto N-miristoilacije, koje kovalentno dodaje molekulu miristata.

## Sastav proteina 
Postoje različiti jednonukleotidni polimorfizmi (SNP) koji se mogu pojaviti u TMEM242. Neki uzrokuju stop kodone, drugi čine tihe mutacije ili misens mutacije.

TMEM242 ima 141 aminokiselinu i sadrži najmanje jedan ostatak svake aminokiseline. Postoje dva transmembranska domena, jedan se proteže od približno 28. do 48. ostatka. Drugi domen proteže se od približno 82. do 102. ostatka. Ovi brojevi aminokiselinskih ostaka su približni jer različiti izvori imaju aproksimacije za transmembranske domene.

### Sekundarna struktura 
TMEM242 ima nekoliko sekundarnih struktura. Dva transmembranska domena imaju alfa-helikse Ove spirale nastaju od nenabijenih ostataka koji su u membrani i nisu izloženi vezivanju. Ostali dijelovi proteina TMEM242 mogu formirati sekundarne strukture.

### Tercijarna struktura 
Protein TMEM242 se dalje presavija do svoje konačne strukture i ugrađuje u membranu, u koju je  vjerovatno ugrađen , a postoji i potencijal da se ugradi u mitohondrijsku membranu ili membranu endoplazmatskog retikuluma.

### Posttranslacijske modifikacije 
TMEM242 prolazi kroz različite posttranslacijske modifikacije. Postoji 11 serinskih ostataka koji imaju potencijal za fosfolilaciju. Ta se mjesta nalaze u ostacima 13, 20, 51, 57, 65, 74, 76, 77, 119, 128 i 130.  Postoje i četiri ostatka treonina koji imaju potencijal fosforilacije. Ta mjesta su ostataci pod brojem 36, 49, 123 i 137. U TMEM242 postoji jedno mjesto fosforilacije protein-kinaze ovisne o cAMP i cGMP, a ovaj motiv preferira fosforilaciju ostataka treonina i serina. Postoje četiri mjesta fosforilacije kazein-kinaze II, a ovaj motiv je serin/treonin-kinaza. Tu je i postoji šest mjesta N-miristoilacije, a ovaj motiv signalizira kovalentno vezivanje miristata. Postoji i jedno mjesto fosforilacije protein-kinaze C koje signalizira fosforilaciju ostataka serina ili treonina.

## Reference 
## Vanjski linkovi 
* 

## Dopunska literatura
* 
* 

Kategorija:Geni na hromosomu 6
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika