Domaćinski gen

U molekulskoj biologiji **domaćinski geni** su tipski konstitutivni gen koji su potrebni za održavanje osnovne ćelijske funkcije i ekspresije u svim ćelijama organizama u normalnim i pato-fiziološkim uvjetima. Iako se neki geni za „održavanje domaćinstva“ eksprimiraju relativno konstantno u većini nepatoloških situacija, ekspresija drugih domaćinskih gena može varirati ovisno o eksperimentalnim uvjetima.

Porijeklo izraza "gen za održavanje domaćinstva" (domaćinski gen) ostaje nejasno. Literatura iz 1976. koristila je ovaj termin za opisivanje tRNK i rRNK. U eksperimentalne svrhe, ekspresija jednog ili više domaćinskih gena  koristi se kao referentna tačka za analizu nivoa ekspresije drugih gena. Ključni kriterij za upotrebu takvih gena na ovaj način je da je odabrani domaćinski gen jednoliko eksprimiran, s malom varijancom i u kontrolnim i u eksperimentalnim uvjetima. Valjaciju domaćinskih gena treba poznavati prije njihove upotrebe u eksperimentima ekspresije gena, poput RT-PCR. Nedavno su web-baze podataka i human  i mouse  domaćinski i referentni geni/transkripti, zvani Housekeeping and Reference Transcript Atlas  (HRT Atlas), was developed to offer updated list of  housekeeping genes and reliable candidate reference genes/transcripts for RT-qPCR data normalization. U rodu *Drosophila*, gdje promotor nema specifičnih CpG-otoka, promotori  domaćinskih gena sadrže elemente DNK kao što su DRE, E-kutija ili DPE. Mjesta početka transkripcije domaćinskih gena mogu se prostirati na području od oko 100 bp, dok su mjesta početka transkripcije razvojno reguliranih gena obično fokusirana na usko područje. Malo se zna o tome kako je uspostavljena inicijacija disperzirane transkripcije domaćinskih  gena. Postoje transkripcijski faktori koji su posebno obogaćeni i reguliraju promotore domaćinskih gena. Nadalje, njihove promotore reguliraju poslovi pojačivače, ali ne i razvojno regulirani pojačivači.

## Opći domaćinski geni čovjeka
Slijedi djelimična lista "domaćinskih gena". Za potpuniji i ažurirani popis, pogledajte HRT Atlas database  koji su kompilirali Bidossessi W. Hounkpe et al. Baza podataka izgrađena je rudarenjem više od 12.000 skupova podataka RNK-seq podataka za ljude i miševe.

### Ekspresija gena 
#### Faktori transkripcije 
*ATF1: NM_005171
*ATF2: NM_001880
*ATF4: Aktivirajući transkripcijski faktor 4 NM_001675
*ATF6: NM_007348
*ATF7: NM_001206682
*ATF7IP:  NM_018179
*BTF3:
*POLR3C 
*POLR3E 
*POLR3GL 
*POLR3K

#### Prerada proteina
*PPID: Peptidil-prolil cis-trans izomeraza D
*PPIE: Peptidil-prolil cis-trans izomeraza E
*PPIF: Peptidil-prolil cis-trans izomeraza F
*PPIG: Peptidil-prolil cis-trans izomeraza G
*PPIH: Cyclophilin H
*CANX:

*ANXA6:
*ANXA7
*ARPC1A: Aktinu srodni peptid
*ARPC2 
*ARPC5L 
*CAPZA2
*CAPZB 
*RHOA: također uključuje regulaciju ćelijskog ciklusda
*RHOB 
*RHOT1: Mitohondrijski promet
*RHOT2 
*TUBB: Tubulin, beta-polipeptid
*WDR1: Rasklapanje aktina ?

#### Sinteza organela
;Specijalizacija za ćelijsku signalizaciju

*BLOC1S1
*BLOC1S2: NM_173809
*BLOC1S3: NM_212550
*BLOC1S4: NM_018366
*BLOC1S6: NM_012388
*AP1G1: NM_001128
*AP1M1: NM_032493
*AP2A1: NM_014203
*AP2A2: NM_012305
*AP2M1:
*AP2S1: NM_004069
*AP3B1: NM_003664
*AP3D1: NM_003938
*AP3M1: NM_012095
*AP3S1: NM_001284
*AP3S2: NM_005829
*AP4B1: NM_006594
*AP5M1: NM_018229
*ANXA6: Aneksin 6
*ANXA7: Aneksin 7
*AP1B1: Oblaže vezikule
*CLTA: Klatrin A (vezikulski)
*CLTB: C
Klatrin B (vezikulski)
*CLTC

#### Mitohondrije
*MTX2

### Površina
*AP2S1:
*CD81:
*GPAA1
*LGALS9
*MGAT2
*MGAT4B
*VAMP3

#### Ćelijska adhezija
*CTNNA1: NM_001903
*CTNNB1
*CTNNBIP1: NM_020248
*CTNNBL1: NM_030877
*CTNND1: NM_001085458 delta katenin

#### Kanali i transporteri
*ABCB10: NM_012089
*ABCB7: NM_004299
*ABCD3: NM_002857
*ABCE1: NM_002939
*ABCF1: NM_001090
*ABCF2: NM_005692
*ABCF3: NM_018358
*CALM1: Kalmodulin zahvata ione kalcija
*MFSD11:  NM_024311 sličan MSFD10 zvani TETRAN ili protein sličan transporteru tetraciklina
*MFSD12: NM_174983
*MFSD3: NM_138431
*MFSD5: NM_032889
*SLC15A4: NM_145648
*SLC20A1: NM_005415
*SLC25A11: Nosač mitohondrijskog oksoglutarata/malata
*SLC25A26: NM_173471
*SLC25A28: NM_031212
*SLC25A3: NM_002635
*SLC25A32: NM_030780
*SLC25A38: NM_017875
*SLC25A39: NM_016016
*SLC25A44: NM_014655
*SLC25A46: NM_138773
*SLC25A5: NM_001152
*SLC27A4: NM_005094
*SLC30A1: NM_021194
*SLC30A5: NM_022902
*SLC30A9: NM_006345
*SLC35A2: NM_005660
*SLC35A4: NM_080670
*SLC35B1: NM_005827
*SLC35B2: NM_178148
*SLC35C2: NM_015945
*SLC35E1: NM_024881
*SLC35E3: NM_018656
*SLC35F5: NM_025181
*SLC38A2: NM_018976
*SLC39A1: NM_014437
*SLC39A3: NM_144564
*SLC39A7: NM_006979
*SLC41A3: NM_017836
*SLC46A3: NM_181785
*SLC48A1: NM_017842

#### Receptori 
*ACVR1: NM_001105 sličan ACVRL1 TGF porodici beta receptora Rendu-Osler-Weberov sindrom
*ACVR1B:  NM_004302
*CD23: FCER2 IgE receptor niskog afiniteta (lektin)

#### HLA/imunoglobulinsko/prepoznavanje ćelija 
*BAT1: DDX39B koji je uključen u preradu RNK
*BSG: Natporodica basiginskih imunoglobulina, vanćelijske metaloproteinaze
*MIF inhibitorni faktor migracije makrofaga
*TAPBP 

### Kinaze/signalizacija 
*ADRBK1: može smanjiti regulaciju odgovora na adrenalin
*AGPAT1: acil 3 fosfoglicerol acil-transferaza
*ARF1
*ARF3
*ARF4
*ARF5
*ARL2 Natporodica RAS 
*CSF1: Faktor stimulacije kolonije  nije konstitutivno visoko eksprimiran na 5-12 
*CSK C-src tirozin-kinaza
*DCT  dopahrom-tautomeraza
*EFNA3
*FKBP1A
*GDI1: Inhibitor disocijacije BDP-a (porodica Rab)
*GNAS1: Sveprisutno izražen, ali različito probojan
*GNAI2
*HAX1: Povezan s tirozin-kinazama
*ILK: Integrin-vezana kinaza
*MAPKAPK2
*MAP2K2
*MAP3K11
*PITPNM: Fosfatidilinozitolni prijenosni protein
*RAC1: Ro GTPaza uključena u mnoge signalne puteve
*RAP1B: GTPaza uključena u adheziju ćelije
*RAGA: GTP-pridruživsnjr vezano za Ras
*STK19
*STK24: Serin/treonin-kinaza
*STK25
*YWHAB: Tirozin 3-monooksigenaza/triptofan 5-monooksigenaza aktivacioni protein, beta polipeptid
*YWHAH: Tirozin 3-monooksigenaza/triptofan 5-monooksigenaza aktivacioni protein, h polipeptid
*YWHAQ: Tirozin 3-monooksigenaza/triptofan 5-monooksigenaza aktivacioni protein, teta polipeptid
*YWHAZ: Tirozin 3-monooksigenaza/triptofan 5-monooksigenaza aktivacioni protein, zeta polipeptid

#### Faktori rasta 
*AIF1
*HDGF: Hepatom-izvedeni faktor rasta (premješten u jedro)
*HGS
*LTBP4
*VEGFB
*ZFP36L1

#### Faktor tkivne nekroze
*CD40: bivši TNFRSF5

#### Kazein kinaza
*CSNK1E
*CSNK2B

### Ostali
*ALAS1:  Sintaza aminolevulinske kiseline tip 1 (tip 2 je eritroidna i povezana je s porfirijom)
*ARHGEF2: Faktor izmjene Rho guaninskih nukleotida
*ARMET: Neurotrofni faktor izveden iz mezencefalnskih astrocita
*AES: aminoterminalni pojačivač podjela
*BECN1: Uključeni u autofagiju i partneri s PI3K
*BUD31: Ranije majčinski G10 transkript
*Kreatin-kinaza: CKB (ATP rezervoar)
*Citidin-deaminaza: Upitno: uopće nije prisutna na vrlo visokim nivoima 
*CPNE1
*ENSA
*FTH1: Teški lanac feritina
*GDI2: Rab/Ras vezikulski promet 
*GUK1: Gvanilat-kinaza prenosi fosfat iz ATP u GMP
*HPRT: Hipoksantin-gvanin fosforibosiltransferaza
*IFITM1: Inicira interferonski transmembranski protein
*JTB (gen): Preskočna tačka prekida translokacije
*MMPL2:
*NME2: (ranije NM23B) Nukleozid difosfat-kinaza
*NONO
*P4HB
*PRDX1: Peroksireoksin (smanjuje perokside)
*PTMA: Protimozin
*RPA2: Veže DNK tokom replikacije kako bi se ispravila
*SULT1A3: Sulfatna konjugacija  (napomena: SULT1C se u ranijoj literaturi navodi kao sveprisutan ali ovo može biti primjer različitih oznaka; koristi se za upućivanje na zajedničko područjedva blisko povezana gena. Ako je oznaka prekratka, onda možda nije dovoljno specifična da se uistinu odredi jedan član porodice gena iz druge) 
*SYNGR2: Sinaptogirin (može učestvovati u translokaciji vezikula)
*Tetratrikopeptid, TTC1 mali glutaminom bogati tetratrikopeptid 

#### Otvoreni okviri čitanja 
*C11Orf13
*C14orf2
*C21orf33

#### Sperma/sjemenici
Iako je ovaj članak posvećen genima koji se  sveprisutno eksprimiraju, ovaj odjeljak je za gene čiji sadašnji naziv odražava njihovu relativnu regulaciju u testisima. 

*SPAG7
*SRM: Spermidin-sintaza
*TEGT: inhibitor Bax-1 
*DAZAP2: Deletiran u azoospermiji
*MEA1: Muški pojačani antigen

## Također pogledajte 
*Inducibilni gen
*Ekspresija gena
* Gen
* Genom
* Genomika

## Reference 
## Vanjski linkovi 
* 
*
* 

Kategorija:Geni
Kategorija:Ekspresija gena