Protein FAM46B

**Protein FAM46B**, znan i kao **član B porodice sa sličnošću sekvence  46**  jest protein koji je kod ljudi   kodiran genom **FAM46B**  sa  hromosoma 1. FAM46B sadrži jedan proteinski domen nepoznate funkcije, DUF1693.

## Amiokiselininska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 425 aminokiselina, a molekulska težina  46.688 Da.

1020304050
MMPSESGAERRDRAAAQVGTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLS
GLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPTLSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLH
VHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEASFQLTKAVVLAC
LLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGKNV
ELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESL
YGDFTEALEHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRA
LQRYMCSRFFIDFPDLVEQRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVV
NESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQALAEQGPAATAALAWRPPGTDGVVP
ATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN

## Gen 
### Pregled 
*FAM46B* je najčešće ime koje se koristi za gen koji kodira FAM46B. Za opisivanje istog gena također korišteni su i  alijasi MGC16491 i RP11-344H11.
*FAM46B* je gen od 7.283  baznih parova koji se nalazi na antisens lancu DNK na kratkom kraku hromosoma 1 na specifičnom lokusu 1p36.11. Budući da se nalazi na antisens lancu, pravac u kojem se transkribuje *FAM46B* je suprotan standardnom numerisanju nukleotida duž hromosoma. *FAM46B* počinje na bazi 27,339.333 i završava na 27,331.522.

Program El Dorado preko Genomatixa predviđa da je region promotora dugačak 1.028 baza, obuhvatajući baze od 27,339.962 do 27,338. 935.

### Egzonska struktura i varijante prerade 
 FAM46B: sastoji se od dva egzona bez alternativne prerade.]]

Gen FAM46B sadrži dva egzona, od kojih se oba nalaze u proteinu FAM46B. Postoji jedna glavna izoforma proteina koja ukazuje da nema alternativne prerade FAM46B iRNK.

## Protein 
Funkcija FAM46B još nije određena. Informacije u nastavku su zasnovane na bioinformatičkim analizama i predviđanjima.

### Svojstva 
Ljudski oblik FAM46B sadrži 425 aminokiselinskih ostataka, ima izoelektričnu tačku od 8,093, i molekulsku masu od 46.888 D.

### Domeni i motivi 
FAM46B sadrži samo jedan identificirani domen: domen nepoznate funkcije 1693 (DUF1693). DUF1693 je identificiran kao dio natporodice nukleotidiltransferaza i sadrži četiri proteina slična nematodnom prionu, ali tačna funkcija ostaje nepoznata. SAPS analiza proteina ne predviđa nikakve neobične karakteristike proteina na osnovu sastava aminokiselina, unutrašnjih ponavljanja, klastera naboja ili periodičnosti.

### Posttranslacijske modifikacije 
Nije predviđeno da FAM46B sadrži signalnopeptidno mjesto cijepanja, glikofosfatidilinozitolskog (GPI) sidra ili transmembranske regije. Odsustvo signalnog peptida podržava predviđanje da se FAM46B nalazi u citosolu.

Alati u ExPASy korišćeni su za predviđanje mjesta fosforilacija, O-vezane glikozilacije i N-vezane glikozilacije. Iako su dva mjesta u FAM46B predviđena kao potencijalna mjesta N-vezane glikozilacije, FAM46B nema signalni peptid i stoga ne ulazi u lumen endoplazmatskog retikuluma, gdje dolazi do  N-vezan glikozilacije. Pet mjesta je identificirano kao moguća O-vezana glikozilacijska mjesta. Označene su u odeljku Konceptna translacija ispod.

Najčešća posttranslacijska modifikacija predviđena u FAM46B je fosforilacija. Program, NetPhos 2.0, predviđa 23 fosforilacijske lokacije. Većina predviđenih fosforilacija je predviđena na serinskim ostacima (14), ali postoji i šest predviđenih na treoninu i tri na tirozinima. Imaju tendenciju da se grupišu zajedno unutar proteinske sekvence. Poređenje predviđenih mjesta fosforilacije kod ljudi, miša i zebrica pokazuje da sve tri vrste imaju približno isti broj i distribuciju mjesta fosforilacije (na serinima naspram treonina naspram trirozina).

### Sekundarna struktura 
Tačna struktura FAM46B nije okarakterizirana. Prediktivni programi dostupni preko Biology Workbench-a  kao što su  GOR4, PELE, CHOFAS korišteni su za predviđanje sekundarne strukture. Rezultati dobijeni kroz programe na Biology Workbench upoređeni su sa rezultatima dobijenim pomoću Phyre2.  Pošto su ovi programi prediktivni i oslanjaju se na različite algoritme, svaki daje malo drugačiji izlaz. Konsenzus između programa sugerira da FAM46B sadrži uglavnom alfa-helikse i nasumične zavojnice. Iako je prisutan, čini se da FAM46B sadrži samo nekoliko malih sekcija za koje se predviđa da će formirati beta-listove. Anotirani rezultati predviđanja sekundarne strukture prema PELE i PHYRE2 prikazani su na donjoj slici.

### Konceptna translacija 
## Ekspresija 
Ekspresija se može procijeniti na različite načine. I eksprimirane oznake sekvence i GEO profili pokazuju broj transkripata gena prisutnih u određenom tipu tkiva i u odnosu na ukupne transkripte gena. Mikronizoviovi su također korisni u kvantificiranju ekspresije gena. Proteinska in-situ hibridizacija je preciznija mjera ekspresije od metoda zasnovanih na iRNK ili cDNK, jer se sonde mogu spojiti direktno na protein. 
 UniGene stranice]]

Prema nekim dostupnim podacima mikromreža, FAM46B je visoko eksprimiran na jeziku (nivoi 10x iznad prosječne ekspresije gena za tkivo). Izvan jezika, čini se da je FAM46B ujednačeno eksprimiran u većini tkiva. Osim ekspresije gena u zdravim tkivima, EST podaci također naglašavaju ekspresiju gena prema zdravstvenom stanju. Čini se da je ekspresija FAM46B povišena u slučajevima raka kože i glioma.

## Homologija 
### Paralozi 
*FAM46B* ima tri paraloga u *Homo sapiens*: *FAM46A*, *FAM46C* i *FAM46D*.

### Udaljeni homolozi 
Udaljeni homolozi *FAM46B* prisutni su u *Drosophila* i nematodama, kao što je *Caenorhabditis elegans*. Nema ortologa FAM46B u biljkama, protistima ili gljivama.

### Filogenija
] sa međuodnosima  između ljudskog FAM46B i odabranih ortologa i  homoloa.]]

Filogenetsko stablo *FAM46B* odražava standardno filogenetsko stablo. Kao što se i očekivalo, sisari su grupirani zajedno s primatima koji su najčvršće grupirani. Udaljeniji homolozi kao što su *Drosophila* i *Caenorhabditis elegans* su na lijevoj strani, što predstavlja veću divergenciju između sekvenci gena.

## Interakcioni proteini 
### Transkripcijski faktori koji se vezuju za regulatorne sekvence 
Program El Dorado preko Genomatixa korišten je za predviđanje ove liste transkripcijskih faktora koji će se vjerovatno vezati za promotorsku regiju FAM46B. Predviđena su brojna E2F mjesta, pored brojnih mjesta faktora transkripcije cinkovog prsta, nekoliko E-kutijskih faktora vezivanja i TWIST homologa. Mjesta vezanja nisu ravnomerno raspoređena unutar regiona promotora. Najveće grupisanje mjesta vezanja nalazi se oko baze 177 promotora, što je oko 600 baznih parova uzvodno od početka transkripcije za *FAM46B*.

Drugi protein koji pokazuje fizičku interakciju sa FAM46B je DAZAP2, protein eksprimiran u mozgu je bogat prolinom. U kombinaciji sa informacijama o ATXN1 iznad, čini se da FAM46B stupa u interakciju sa proteinima specifičnim za mozak. Treći protein identificiran dvohibridnim skriningom kvasca kao fizički interaktant FAM46B je PEPP2, upareni homeoboksni protein. Ako je ova interakcija značajna, interakcija između FAM46B i PEPP2 može imati ulogu u razvoju i morfogenezi.

Međutim, proteinski interaktom još nije dobro shvaćen. Nije svaki program identifikovao proteine u interakciji na isti način. Naprimjer, STRING je identificirao ATXN-1 kao snažnog partnera u interakciji sa FAM46B, ali nije identificirao PEPP2 niti DAZAP2. Mreža predviđanja iz STRING prikazana je na susjednoj slici.

## Reference 
Kategorija:Geni na hromosomu 1
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika