C12orf60

**Neokarakterizirani  protein  otvorenog okvira čitanja 60 hromosoma 12** (C12orf60) je  protein tkoji je kod ljudi  (*Homo sapiens*) kodiran genom **C12orf60**, poznatim i kao *LOC144608* ili *MGC47869*. Proteinu nedostaju transmembranski domen i heliksi, ali je bogat alfa-heliksima. Predviđa se da se lokalizira u u jedru.

Transkript * C12orf60 * iRNK  je dug 1.139 nukleotida i kodira protein sa 245 aminokiselina. Predviđeno je da se nalazi u jedru, ali u naučnoj zjednici njegova funkcija još uvijek nije dobro shvaćena. Smatra se potencijalnim biomarkerom za otkrivanje  alergenske imunoterapije.

Gen je visoko eksprimiran u sjemenicima i debelom crijevu, ali  također i u bubrezima, karcinomima dojke, mozgu i raznim endokrinim žlijezdama.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 245  aminokiselina, a  molekulska težina   27.626 Da..

1020304050
MSSESEKDKERLIQAAKMFFFHVQDLASVINTLTELFSRSMNTQILLMAV
KNNSYIKDFFEQMLKIFKEMQSVVDARHDKIQKESLCSKVAMAMCSVVQK
STNVEELHQSAKEVFKSAHTPVIISVLNSSNILGSLESSLSHLMKFPIMN
LQLSDFYTEDTKEQSDVTTSERTRSPPGSSKTTMIDTLKKLQDVLKTEDS
KNPTKSAADLLEQIVKAMGPILEILQKAIKTMEMNISVFKKASDK

:Simboli

**C**:  Cistein 
**D**: Asparaginska kiselina 
**E**: Glutaminska kiselina 
**F**:  Fenilalanin 
**G**:  Glicin 
**H**:  Histidin 
**I**:  Izoleucin 
**K**: Lizin 
**L**: Leucin 
**M**:  Metionin 
**N**:  Asparagin 
**P**:  Prolin
**Q**:  Glutamin 
**R**:  Arginin 
**S**:  Serin 
**T**:  Treonin 
**V**:  Valin 
**W**:  Triptofan 
**Y**:  Tirozin

## Gen 
### Lokus i veličina
*C12rf60*  nalazi se na hromosomu 12, sa početkom u 14,803.572 bp i završetkom na 14,823.858 bp, obuhvatajući 20.287 baznih parova. Ostali geni koji su unutar 100 kilobaza ovog gena uključuju:
* Pozitivni/prednji lanac
** Član porodice H2A histona J (H2AFJ)
* Negativni/stražnji lanac
** Jednoprolazni membranski protein od tri domena sa upredenim zavojnicama (SMCO3)
** Protein vezivanja WW domena 11 (WBP11)
** ADP-riboziltransferaza 4 (ART4)
** Četveročlani skup histona, H4 (HIST4H4)
** LOC105369669
** Matriks Gla protein (MGP)

### Uobičajeni pseudonimi 
* C12orf60 * je takođe poznat kao LOC144608 i MGC47869.

## iRNK 
Unutar gena postoje ukupno 22 egzona. Od ovih egzona postoji 13 varijanti transkripta. Predviđeno je 12 ovih varijanti transkripta i da će samo sedam od njih kodirati protein. Nadalje, predviđa se da kodiraju isti protein.
[center | thumb |620x620px | Prostorna distribucija prerađenih izoformi C12orf60, između citogenetičkih traka 12p12.3 i 12p13.1. Predviđene su sve [izoforme koje počinju s “X”. Ljubičasti transkripti nisu kodirajući, a svi zeleni transkripti kodiraju istu proteinsku sekvencu. Krpelji na linijama pokazuju lokaciju egzona, dok introni leže između.]]

Značajna obilježja sekvence iRNK uključuju dva signala poliadenilacije u 3' neprevedenoj regiji (UTR), meta je nekoliko proteina koji vežu RNK (RBP) uključujući RBP-MBNL1 u 5' UTR. u primarnom transkriptu, nalazi se jedno intronsko mjesto prerade, kao i uzvodni uokvireni  stop kodon.

## Protein 
 proteina 12orf60, prema I-TASSER. Označeni u aminokiselinski krajevi. Regije koje se nalaze unutar DUF4533 obojene su crveno, ako je upredena zavojnica i ljubičasto/plavo ako je alfa-heliks. Inače, zavojnice su obojene sivom bojom, a alfa-heliksi sivo/plavom bojom.|282x282px]]

### Sastav 
C12orf60 ima predviđenu izoelektričnu tačku od 8,19 i molekulsku masu od 27,6 kiloD. Ostaci glicina i tirozina relativno su manje zastupljeni u usporedbi s drugim proteinima u ljudskom proteomu, dok je metionin zastupljeniji. 

### Topologija 
Predviđa se da će proteinski proizvod ima više α-heliksa, upredenih zavojnica i jedan β-list. Predlaže se da protein ne sadrži transmembranske regije ili spirale, što znači da nije usidren na ćelijsku membranu niti unutarćelijske membrane poput Golgijevog aparata.

### Konzervirani domeni 
U predviđenom proteinskom proizvodu, C12orf60 sadrži konzervirani proteinski domen od 225 aminokiselina. Ovaj domen (DUF4533) je unutar porodice proteina pfam15047. U ovoj porodici je naveden samo još jedan gen: * C12orf69 *, koji je takođe poznat i kao SMOC3 (jednoprolazni membranski protein sa domenima upredene zavojnice 3).

Analiza ljudskog * C12orf60 * i  njegovih devet ortologa otkriva visoko konzerviranu ERL motiv počevši od 10. ostatka ljudske proteinske sekvence. Nije poznato da li se ovaj motiv javlja u drugim proteinima.

Ostali konzervirani ostaci su Asp25, Ser28, Phe37, Met41, Glu69, Leu85, Lys88, Leu143, Pro147, Ile148, Leu151, Gln164, Lys189, Leu191, Ala207 i Glu212, Leu225 i Lys227. Nadalje, ti ostaci leže u okviru DUF4533, što ukazuje na to da su ove konzervirane aminokiseline važne za funkciju domena. Također, područje između 100. i 150. ostataka nije konzervirano. Dakle, ovo područje vjerovatno nije vitalno za funkciju proteina.

### Posttranslacijska modifikacija 
Budući da se predviđa da je proteinski proizvod unutarćelijski, ne predviđa se da će doći do vanćelijskih modifikacija na C12orf60. Predviđene su i druge modifikacije kao što su acetilacija, fosforilacija, cijepanje pikornavirusne proteaze, sumolizacija i O-beta-GlcNAcilacija da se jave na C12orf60, kao i na nekoliko njegovih ortolognih proteina. Postoje dvije aminokiseline koje služe kao mjesta i fosforilacije i O-beta-GlcNAcilacije, što može ukazivati na mjesto aktivacija ili inaktivacija proteina.

### Subćelijska lokalizacija 
Predviđeno je da se C12orf60 lokalizira u jedru, citoplazmi ili izvan ćelije. Međutim, sadašnja literatura podržava njegovu lokalizaciju u jedru.

## Ekspresija
### Tkivna ekspresija
Ekspresija  C12orf60 je reguliranoa. Gen je visoko eksprimirn u sjemenicima i debelom crijevu, ali je također eksprimiran i u bubrezima, karcinomima dojke, različitim endokrinim žlijezdama i nekim regijama mozga. Također je eksprimiran i u tijelu embriona i fetus tokom razvoja. Lokacije ekspresije su sljedeće (lokacije visokih ekspresija podebljane): 1) **Moždana kora**, 2) Moždano  jezgro, 3) Epitalamus, 4) Hipotalamus, 5) Subtalamus, 6) Talamus, 7) Srednji mozak, 8 ) Srednjemoždani tegmentum (omotač), 9) **Mali mozak**, 10) Pons, 11) Produžena moždina, 12) Telencefalonska bijela masa, 13) Moždane komore]]

### Regulacija transkripcije 
Promotor GXP_71811 regulira ekspresiju C12orf60. Dug je 1.373 parova baza i također se nalazi na pozitivnom lancu. Postoji više od 400 transkripcijskih faktora koji se mogu podudarati za vezivanje za ovaj promotor, uključujući one SOX/SRY-determinator spola/testisa, ljudske i mišje ETS i transkripcijske faktore za homeodomen.

## Interakcija proteina 
Rolland et al. otkrili su da C12orf60 stupa u interakciju sa BMP4 (koštani morfogenetski protein 4). BMP4 inducira stvaranje kostiju i hrskavica. Također djeluje u mezodermnoj indukciji i popravci prijeloma.

Nekoliko drugih proteina bi također moglo stupiti u interakciju s C12orf60, a neki su predviđeni za koekspresiju sa proteinima. Moguća interakcija proteina uključuje L3MBTL4, C3orf67, FAM78A i PXDC1. Pacovi sa nadekspresijom L3MBTL4 imaju veći krvni pritisak i učestaliji srčani ciklus.

Proteini za koje se smatra da su koeksprimirani zajedno sa C12orf60 uključuju ELMOD2, TTC30B i BCDIN3D. Smatra se da je ELMOD2 uključen u antivirusne reakcije i uzrokuje porodičnu idiopatsku plućnu fibrozu. TTC30B je uključen u biogenezu organela i put održavanja, kao i unutarflagelski transport. BCDIN3D je metiltransferaza i služi kao negativni regulator prerade miRNK. Budući da iz različitih izvora ne postoji saglasnost o bilo kojoj interakciji protein-protein, teško je utvrditi postoji li do neke od ovih interakcija.

## Homologija 
### Paralozi 
Nema poznatih paraloga ovog gena u ljudskom genomu, niti su pronađeni paralozi * C12orf60 * unutar odabranih vrsta koje imaju ortologe proteina C12orf60.

### Ortolozi 
Mnogi ortolozi nalaze se u sisara i nekoliko vrsta ptica.

## Klinički značaj 
### Reference u literaturi
Gen je unutar 1 Mb SNP-ova koji su povezani s pretilošću, visinom i težinom.

Gen je naveden zajedno s dva druga gena u patentu, kao potencijalni biomarker za otkrivanje učinkovitosti imunoterapije alergenima. Ova translokacija povezana je s apoptozom i tumorigenezom.

Druga studija je otkrila da je gen reguliran najmanje 1,5 puta u ćelijama koje eksprimiraju konstitutivni faktor poboljšanja miocita 2 (MEF2CA). MEF2CA se prirodno eksprimira u mozgu.

Jedno istraživanje je pokazalo da gen sadrži "savršeni potencijalni antioksidativni protein 1 (ATOX1)", mjesto interakcije DNK u regiji promotora."

## Reference 
## Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 12
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika