Preinicijacijski kompleks

[right|alt= Skupina ovala koja predstavlja transkripcijski preinicijacijski kompleks, smještena je unutar zakrivljenog lanca [DNK, između promotorske regije na jednom kraju i pojačivačke regije na drugom.Transkripcijski preinicijacijski kompleks, predstavljen centralnim klasterom proteina, uzrokuje vezivanje RNK-polimeraza za ciljno mjesto DNK. PIC je u stanju vezati i promotorsku sekvencu blizu gena koji se transkribira i pojačivačku sekvencu u drugom dijelu genoma, omogućavajući pojačivačkim sekvencama da regulišu gen udaljen od njega.]]
**Preinicijacijski kompleks** (skraćeno **PIC**) je kompleks od približno 100 protein a, koji je neophodan za transkripciju gena koji kodiraju proteine kod eukariota i arheja. Preinicijacijski kompleks pozicionira RNK- polimerazu (Pol II) na genima mjesto početka transkripcije, denaturira DNK i pozicionira DNK u aktivno mjesto RNK polimeraze II za transkripciju.
 
Minimalni PIC uključuje RNK polimerazu II i šest općih transkripcijskih faktora: TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF i TFIIH. Dodatni regulatorni kompleksi (kao što je medijator koaktivator i kompleksi remodeliranja hromatina) također mogu biti komponente PIC-a.
 
Preinicijacijski kompleksi se također formiraju tokom transkripcije RNK polimeraze I i RNK polimeraze III.
 
## Sastavljanje (RNK polimeraza II)
Klasičan pogled na formiranje PIC-a na promotoru uključuje sljedeće korake:
* protein koji veže TATA (TBP, podjedinica TFIID-a) veže se za promotor, stvarajući oštar zavoj u DNK promotora.
** Životinje imaju neke faktore povezane s TBP-om (TRF; TBPL1/TBPL2). Oni mogu zamijeniti TBP u nekim posebnim kontekstima
* TBP regrutuje TFIIA, zatim TFIIB, na promotor.
* TFIIB regrutuje RNK polimerazu II i TFIIF na promotor.
* TFIIE se pridružuje rastućem kompleksu i regrutuje TFIIH koji ima aktivnost protein kinaze (fosforilira RNK polimerazu II unutar CTD-a) i aktivnost DNK helikaze (odmotava DNK na promotoru). Također regrutuje proteine za popravak ekscizijom nukleotida.
* Podjedinice unutar TFIIH koje imaju ATPaznu i helikaznu aktivnost stvaraju negativnu superspiralnu napetost u DNK.
* Negativna superspiralna napetost uzrokuje da se približno jedan okret DNK odmota i formira transkripcijski mjehurić.
* Matrica transkripcijskog mjehurića stupa u kontakt s aktivnim mjestom RNK-polimeraze II.
* Počinje sinteza RNK.
* Nakon sinteze ~10 nukleotida RNK i obavezne faze od nekoliko neuspjelih transkripcijskih ciklusa, RNK-polimeraza II napušta promotorsku regiju kako bi transkribirala ostatak gena.
Alternativna hipoteza o sastavljanju PIC-a pretpostavlja regrutovanje prethodno sastavljenog "holoenzima" direktno na promotor (sastavljen od svih, ili gotovo svih GTF-ova i RNK-polimeraze II i regulatornih kompleksa), na način sličan bakterijskoj RNK-polimerazi (RNAP).

## Drugi preinicijacijski kompleksi 
### Kod  Archaea 
Arheje imaju preinicijacijski kompleks koji podsjeća na minimizirani Pol II PIC, s TBP-om i Arhejskim transkripcijskim faktorom B (TFB, homologom TFIIB-a). Sklapanje slijedi sličan slijed, počevši s vezivanjem TBP-a za promotor. Zanimljiv aspekt je da je cijeli kompleks vezan u inverznoj orijentaciji u usporedbi s onima koji se nalaze u eukariotskom PIC-u. Oni također koriste TFE, homolog TFIIE-a, koji pomaže u inicijaciji transkripcije, ali nije obavezan.
 
### RNK polimeraza I (Pol I) 
Formiranje preinicijacijskog kompleksa Pol I zahtijeva vezivanje selektivnog faktora 1 (SL1 ili TIF-IB) za središnji element promotora rDNK. SL1 je kompleks sastavljen od TBP i najmanje tri TBP-povezana faktora (TAF). Za bazne nivoe transkripcije potrebni su samo SL1 i inicijacijski kompetentan oblik Pol I (Pol Iβ), karakteriziran vezivanjem RRN3.
 
Za aktivirane nivoe transkripcije, potreban je i UBTF (UBF). UBTF se veže kao dimer i za uzvodni kontrolni element (UCE) i za središnji element rDNK promotora, savijajući DNK i formirajući enhanceosom.
 
Podjedinice Pol I PIC-a razlikuju se između organizama.

### RNK-polimeraza III (Pol III) 
Pol III ima tri klase inicijacije, koje počinju s različitim faktorima koji prepoznaju različite kontrolne elemente, ali svi konvergiraju oko TFIIIB (slično TFIIB-TBP; sastoji se od TBP/TRF, TFIIB-vezanog faktora i B″ jedinice) koji regrutuju preinicijacijski kompleks Pol III. Ukupna arhitektura podsjeća na onu kod Pol II. Samo TFIIIB treba ostati vezan tokom elongacije.

## Reference 
## Vanjski linkovi 
*Descriptive image – biochem.ucl.ac.uk
 

Kategorija:Ekspresija gena