C11orf86

**Otvoreni okvir čitanja 86 hromosoma 11**,  znan i kao **C11orf86**,  kod ljudi je protein-kodirajući gen . Kodira protein poznat kao **neokarakterizirani protein C11orf86**, za koji se predviđa da je jedarni protein. Funkcija ovog proteina još nije poznata.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  115 aminokiselina, a  molekulska težina   13 172 Da..
 

1020304050
MGTGLRSQSLREPRPSYGKLQEPWGRPQEGQLRRALSLRQGQEKSRSQGL
ERGTEGPDATAQERVPGSLGDTEQLIQAQRRGSRWWLRRYQQVRRRWESF
VAIFPSVTLSQPASP

## Gen 
### Lokacija 
C11orf86 se nalazi na dugom kraku hromosoma 11 na poziciji  11q13.2. Sastoji se od 1732 parova baza i nalazi se na plus lancu. Susjedi gena C11orf86 uključuju neokarakterizirane LOC105369355, mikroRNK 6860, mikroRNK 3163, sinaptotagmin 12, člana ras homologa porodice D i piruvat-karboksilaza.
[center|thumb|482x482px|Gensko susjedstvo C11orf86, prema [NCBI]]

### Promotor 
Program ElDorado, putem Genomatixa, identificirao je  promotorsku regiju C11orf86 na pozitivnom lancu, od 66,974.707 do 66,975.464 bp, sa ukupno 758 baznih parova.

### Ekspresija 
C11orf86 se primarno eksprimira u ljudskom gastrointestinalnom traktu. Ekspresija se javlja u ascitesu, crijevima, želucu, gastrointestinalnim tumorima i novim neoplazijama.

## iRNK 
thumb|321x321px|Dijagram alternativnih varijanti prerade iRNK ljudskog  C11orf86, prema AceView

### Alternativna prerada
Prema AceView, transkripcija gena proizvodi tri različite iRNK, od kojih su dvije varijante alternativno prerađene varijante, dok je treći oblik bez prerade. Sve tri varijante bi mogle kodirati funkcionalne proteine. Transkript korišten za ovaj članak sastoji se od dva egzona, što iznosi 1.185 parova baza i ima referentni broj NM_001136485.1.

## Protein 
### Opća svojstva 
Protein C11orf86 je dug 115 aminokiselina.
```
1   MGTGLRSQSL REPRPSYGKL QEPWGRPQEG QLRRALSLRQ GQEKSRSQGL ERGTEGPDAT 
61  AQERVPGSLG DTEQLIQAQR RGSRWWLRRY QQVRRRWESF VAIFPSVTLS QPASP
```

### Kompozicija 
Većina proteina C11orf86 sastoji se od arginina (15,7%), glutamina (12,2%), serina (10,4%), glicina (10,4%) i leucina (9,6%). U ovom proteinu nisu pronađeni ostaci cisteina, histidina ili asparagina.
```
A  :  6( 5.2%); C  :  0( 0.0%); D  :  2( 1.7%); E  :  9( 7.8%); F  :  2( 1.7%)
G  : 12(10.4%); H  :  0( 0.0%); I  :  2( 1.7%); K  :  2( 1.7%); L  : 11( 9.6%)
M  :  1( 0.9%); N  :  0( 0.0%); P  :  9( 7.8%); Q  : 14(12.2%); R  : 18(15.7%)
S  : 12(10.4%); T  :  5( 4.3%); V  :  4( 3.5%); W  :  4( 3.5%); Y  :  2( 1.7%)
```
C11orf86 nema pozitivne, negativne ili mješovite grupe naboja. Međutim, postoji veće prisustvo arginina, koji je pozitivno nabijen.
```
1   00000+0000 +-0+0000+0 0-000+00-0 00++0000+0 00-+0+0000 -+00-00-00 
61  00-+000000 -0-000000+ +00+000++0 000+++0-00 0000000000 00000
```

### Domen 
Ovaj protein je dio superporodice DUF4633. Proteini koji pripadaju ovoj porodici često su dugački između 94 i 123 aminokiseline. Ovaj domen nalazi se kod bakterija, virusa, gljiva, biljaka, insekata, reptilia, ptica i sisara.
[thumb|900x900px|[Domen nepoznate funkcije, DUF4633 i gen  C11orf86|none]]

### Posttranslacijska modifikacija
Predviđeno je da C11orf86 ima devet mogućih mjesta fosforilacije, od kojih je osam serinskih, a jedno je treoninsko. Predviđa se i da će imati deset mjesta O-vezane glikozilacije.

### Sekundarna struktura 
C11orf86 se prvenstveno sastoji od nasumičnih zavojnica i alfa-heliksa.

### Subćelijska lokalizacija 
Predviđa se da će ovaj protein biti jedarni protein. Čini se da postoji bipartitna jedarna lokalizacijska sekvenca koja počinje na poziciji 80.

### Homologija 
Protein C11orf86 je konzerviran kod sisara, a ortolozi mogu se lahko pratiti do marsupialia, monotremata i gmizavaca. Čini se da nema ortologa C11orf86 kod biljaka, gljiva, riba, vodozemaca ili ptica. Ne postoje paralozi C11orf86. Donja tabela prikazuje neke ortologe koji su pronađeni pomoću BLAST-a. Datiranje divergencije pronađeno je iz TimeTree, koristeći medijansku procjenu molekulskog vremena.

## Klinički značaj 
Studija pridružnosti bipolarnog poremećaja identifikovala je C11orf86 kao jedan od mnogih gena pronađenih u regiji neravnoteža veza na hromosomu 11. Uprkos dokazima o određenoj povezanosti, nije utvrđeno da se C11orf86 nalazi u području od posebnog značaja. C11orf86 je podreguliran od nove neoplazijske sluznice do adenom  i karcinoma, podreguliran kod karcinoma bubrežnih ćelija, i ima hromosomski dobitak, koji su značajno povezani sa čistim mucinoznim podtipovima u mucinoznom karcinomu.

## Reference 
Kategorija:Nekarakterizirani proteini
Kategorija:Geni na hromosomu 11
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika