Sobp

**Homolog vezujućeg proteina za** *sine oculis*** (SOBP), znan i kao **Jacksonov cirkler protein 1** (JXC1) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom **SOBP'*. Prvi gen *SOBP* identificiran je u *Drosophila melanogaster* i  kvaščevom  dvo-hibridnom skriningu koji je koristio proteinski domen SIX *sine oculis* kao mamac.  U većini genoma, koji sadrže *SOBP*, gen se nalazi u po jednoj kopiji.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  873 aminokiseline, а molekulska težina  92.658 Da.

1020304050
MAEMEKEGRPPENKRSRKPAHPVKREINEEMKNFAENTMNELLGWYGYDK
VELKDGEDIEFRSYPTDGESRQHISVLKENSLPKPKLPEDSVISPYNIST
GYSGLATGNGLSDSPAGSKDHGSVPIIVPLIPPPFIKPPAEDDVSNVQIM
CAWCQKVGIKRYSLSMGSEVKSFCSEKCFAACRRAYFKRNKARDEDGHAE
NFPQQHYAKETPRLAFKNNCELLVCDWCKHIRHTKEYLDFGDGERRLQFC
SAKCLNQYKMDIFYKETQANLPAGLCSTLHPPMENKAEGTGVQLLTPDSW
NIPLTDARRKAPSPVATAGQSQGPGPSASTTVSPSDTANCSVTKIPTPVP
KSIPISETPNIPPVSVQPPASIGPPLGVPPRSPPMVMTNRGPVPLPIFME
QQIMQQIRPPFIRGPPHHASNPNSPLSNPMLPGIGPPPGGPRNLGPTSSP
MHRPMLSPHIHPPSTPTMPGNPPGLLPPPPPGAPLPSLPFPPVSMMPNGP
MPVPQMMNFGLPSLAPLVPPPTLLVPYPVIVPLPVPIPIPIPIPHVSDSK
PPNGFSSNGENFIPNAPGDSAAAGGKPSGHSLSPRDSKQGSSKSADSPPG
CSGQALSLAPTPAEHGRSEVVDLTRRAGSPPGPPGAGGQLGFPGVLQGPQ
DGVIDLTVGHRARLHNVIHRALHAHVKAEREPSAAERRTCGGCRDGHCSP
PAAGDPGPGAPAGPEAAAACNVIVNGTRGAAAEGAKSAEPPPEQPPPPPP
PAPPKKLLSPEEPAVSELESVKENNCASNCHLDGEAAKKLMGEEALAGGD
KSDPNLNNPADEDHAYALRMLPKTGCVIQPVPKPAEKAAMAPCIISSPML
SAGPEDLEPPLKRRCLRIRNQNK

## Gen
Kod ljudi, gen * SOBP * nalazi se na dugom kraku hromosoma 6, regija  6q21 i proteže se na fizičkom rasponu od nešto više od 171 kbp. iRNK je transkribirana sa sedam egzona, orijentiranih iz centromera u telomere, od kojih prvih šest egzona gradi otvoreni okvir čitanja. Kodirajuća iRNK broji 2.622 nukleotida koji kodiraju protein od 873 aminokiselina.

Kod miša, * Sopb * se nalazi na hromosomu 10 u citogenetičkom pojasu 10qB2, koji pokriva fizičko područje od 172 kbp. Kao i kod ljudi, mišja kodirajuća regija "Sobp" obuhvata šest egzona, ali je njen okvir čitanja nešto kraći, brojeći 2.595 nukleotida koji kodiraju protein od 864 aminokiseline. Protein ima dva jedarna lokalizacijska signala na svakom na svom amino– i karboksi-kraju, dvije sekvence bogate prolinom pored dva domena koji su povezani sa FCS-tipom domena cinkovog prsta. Nadalje, svi SOBP proteini imaju po dva visoko konzervirana motiva.

## Ekspresija 
Kod miševa, profiliranje ekspresije gena pomoću PCR-a u realnom vremenu pokazalo je širok profil ekspresije u embrionskim tkivima kao i kod odraslih, s najvećom ekspresijom u mozgu. Pomoću RNK flurescentne hibridizacije *in-situ*, ekspresija Sobp-a je dokazana u neonatusnom tkivu u spiralnim ganglijama, senzornim i potpornim ćelijama *macula sacula* i *macula utricle* i *cristae ampullaris*. Sobp je također eksprimiran u unutrašnjem jedarnom sloju u razvoju mrežnjače u E15, mirisnom epitelu, u neuronima trigeminusnih  ganglija i u ćelijama koje okružuju dermine papile od dlakinih folikula.

## Genetika 
Kod ljudi, autosomno recesivna mutacija uzrokuje tešku mentalnu invalidnost s prednjim maksilarnim izbočenjem i strabizmom (razrokosti), nazvanim MRAMS sindrom ([OMIM#613671(https://bs.wikipedia.org/wiki/OMIM)]).  Mapiranje homozigotnosti povezalo je MRAMS sindrom s područjem od 9,8 Mbp na poziciji 6q21. Evaluacijom gena kandidata u ovom intervalu utvrđena je homozigotna misens mutacija u SOBP-u  kod pacijenata sa MARMS sindromom. Mutacija skraćuje protein SOBP blizu karboksi-kraja (p.R661X).

Kod miša, dvije spontane recesivne autosomne mutacije dogodile su se nezavisno u *The Jackson Laboratory*,  koje su dobile naziv Jacksonov cirkler (*jc*). Prva mutacija dogodila se 1970. na pozadini C57BL/ 6J, zvana C57BL/6J– *jc*, a druga se dogodila u pozadini B6.129S6 i nazvana je *jc2J*. Analize genetičkih veza lokalizirale su mutacije u hromosom 10. Molekulskogenetičke studije usmjerene na identifikaciju defekta u lokusu *jc* pokazale su malu deleciju od 10 bp u egzonu 6  gena *Sobp*. Delecija sadrži nukleotide  ~1346-1355 i dovodi do pomicanja okvira otvorenog okvira čitanja, uvođenjem stop kodona na položaju aminokiseline 490 (S449fsX490). U alelu *jc 2J *,  postoji nonsens mutacija, nakoln  tranverzije guanina u timin (c.1894G > T) koja mijenja glicin u stop kodon (str. G632X).

## Fenotipovi 
Kod miša, skraćene mutacije *jc* i *jc2J'' dovode do dubokog gubitka sluha i nepravilnog ponašanja u kruženju. Konkretno, skraćuje se pužnični kanal, a Cortijev organ ima prekobrojne vanjske trepljaste ćelije, duplikate Cortijevog tunela i unutrašnje trepljaste ćelije, kao i ektopičnu ekspresija mrlja vestibulskih trepljastih ćelija  u Kollikerovom organu. Vestibulni završni organi imaju manju površinu i deblji su.

## Reference
## Dopunska literatura
*
*
*
*
*
*
*

Kategorija:Geni na hromosomu 6
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika