FAM200A

**C7orf38** je  gen na   homosomu 7 ljdskog genoma. Eksprimira u gotovo svim tipovima tkiva na vrlo niskim nivoima. Evolucijski se može naći u cijelom carstvu Animalia. Naučna zajednica ne razumije u potpunosti funkciju proteina, ali su bioinformatički alati pokazali da protein ima mnogo sličnosti sa proteinima cinkovih prstiju ili transpozaza. Pokazalo se da mnogi od njegovih ortologa, paraloga i susjednih gena imaju domene cinkovih prstiju.  Protein sadrži domen dimerizacije hAT blizu C-kraja.  Ovaj domen je visokokonzerviran u  transpozaznim enzimima.

## Aminokiselinska sekvenca kodiranog proteina
Dužina polipeptidnog lanca je 573 aminokiseline, а molekulska težina  66.276 Da.

1020304050
MTPESRDTTDLSPGGTQEMEGIVIVKVEEEDEEDHFQKERNKVESSPQVL
SRSTTMNERALLSSYLVAYRVAKEKMAHTAAEKIILPACMDMVRTIFDDK
SADKLRTIPLSDNTISRRICTIAKHLEAMLITRLQSGIDFAIQLDESTDI
ASCPTLLVYVRYVWQDDFVEDLLCCLNLNSHITGLDLFTELENCLLGQYK
LNWKHCKGISSDGTANMTGKHSRLTEKLLEATHNNAVWNHCFIHREALVS
KEISPSLMDVLKNAVKTVNFIKGSSLNSRLLEIFCSEIGVNHTHLLFHTE
VRWLSQGKVLSRVYELRNEIYIFLVEKQSHLANIFEDDIWVTKLAYLSDI
FGILNELSLKMQGKNNDIFQYLEHILGFQKTLLLWQARLKSNRPSYYMFP
TLLQHIEENIINEDCLKEIKLEILLHLTSLSQTFNYYFPEEKFESLKENI
WMKDPFAFQNPESIIELNLEPEEENELLQLSSSFTLKNYYKILSLSAFWI
KIKDDFPLLSRKSILLLLPFTTTYLCELGFSILTRLKTKKRNRLNSAPDM
RVALSSCVPDWKELMNRQAHPSH

## Struktura 
### Protein 
Za određivanje strukturno povezanog proteina s eksperimentalno određenom strukturom, korišten  je CBLAST. Pokazalo se da je proteinska hermes DNK-transpozaza iz hermes DBD natporodice strukturno slična (E-vrijednost: 1E-6).

Domen dimerizacije hAT nalazi se na C-terminalu transpozaznih elemenata koji pripadaju natporodici aktivatora (natporodici hAT elemenata). Izolirana domena dimerizacije *in vitro* tvori izuzetno stabilne dimere.
Primarna sekvenca sekundarnih struktura iRNK pokazala je visok nivo konzerviranosti u ortolozima, što ukazuje na strukturnu važnost.
[thumb|left|Predviđena [sekundarna struktura MFOLD-a]]

## Gen
C7orf38 nalazi se na hromosomu 7, regija q22.1. Njegova genomska sekvenca sadrži 5.612 bp. Prevladavajući transkript sadrži dva egzona i dužine je 2.507 bp. Translatirani  protein sadrži 573 aminokiselina.  
thumb|left|Lokusi gena C7orf38

## Sastav proteina 
Molekulska masa proteina od 573 aminokiseline je 66,280.05. Utvrđeno je da se izoelektrična tačka javlja pri pH od 5.775, otprilike 1,6 pH nižem od pH prosječne ljudske. Očigledna su dva odstupanja od prototipinih ljudkih proteina. Protein sadrži manji broj glicinskih ostataka od očekivanog i bogat je ostacima leucina. Ne postoje dijelovi jake hidrofobnosti ili hidrofilnosti. Stoga se ne predviđa da je transmembranski protein.
thumb|left|Analiza hidrofilnosti

## Gensko susjedstvo 
Četiri gena u neposrednoj blizini C7orf38 na hromosomu 7 pokazuju sličnu funkciju, od kojih su mnogi transkripcijski faktori.
thumb|center|Gensko susjedstvo

## Tkivna distribucija
Ovaj gen eksprimiran je u većini tipova tkiva. Procjenom profila, primijećeni su veoma niski nivoi ekspresije , a nije uočeno odstupanje između zdravstvenih ili razvojnih stanja.
thumb|left|Est profil na osnovu tipa tkiva
thumb|center|Est profil na osnovu zdravstvenog stanja
thumb|left|Est profil na osnovu rasvojnog stadija

## Paralozi 
u ljudskom proteomu pronađeno je osam paraloga. Slično susjednim genima, mnogi paralozi funkcioniraju kao cinkovi prsti ili transkripcijski faktori.

## Ortolozi 
Ortolozi za C7orf38 mogu se evolucijski pratiti unazad do biljaka. Slijedi opsežan popis ortologa. Namjera mu je pružiti evolucijski pregled konzerviranosti C7orf38.

## Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 7
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika