QSER1

**Glutaminom i serinom bogati  protein 1** ili **QSER1** je protein koji je kodiran genom **QSER1**.

Protein QSER1 je regulator metilacije DNK.
QSER1 ima jednog alijasa, FLJ21924.

### Homologija 
#### Ortolozi 
QSER1 je visoko konzerviran u većini vrsta kladusa Chordata. Ortolozi pronađeni su kod primata, ptica, gmizavaca, vodozemaca i riba još u celakantu, koji su se razišli prije 414,9 miliona godina. Događaj dupliranja vjerovatno se dogodio negdje u lozi hordata blizu divergencije celakanta. I PRR12 i QSER1 sadrže konzervirani domen DUF4211, blizu 3’ krajeva gena.

## iRNK 
### Promotor i transkripcijski faktori 
Promotorska regija za QSER1 je duga 683 bp i nalazi se na hromosomu 11 između 32,914.224 bp i 32,914.906 bp. Postoji određeno preklapanje između promotorske regije i 5’ UTR QSER1. Predviđeni transkripcijski faktori sa konzervacijom uključuju (ali nisu ograničeni na) EGR1, p53, E2F3, E2F4, PLAG1, NeuroD2, Myf5, IKZF1, SMAD 3, KRAB, MZF1 i c-Myb.

### Ekspresija 
#### Normalna ekspresija 
Ekspresija QSER1 je viđena na nivoima nižim od 50% u mnogim tkivima. Međutim, zapažena je u skeletnim mišićima, slijepom crijevu, trigeminusnoj gangliji, stablu malog mozga, ponsu, kičmenoj moždini, cilijarnoj gangliji, *globus pallidus*, subtalamusnom jezgru, leđnom ganglijskom korijenu, fetusnoj jetri, nadbubrežnim žlijezdama, jajnicima, korpusu maternice, srčanim miocitima  pretkomorskokomprskom čvoru, koži, hipofizi, jeziku, ranim eritroidnim progenitorima i krajnicima.
[thumb|500px|Podaci o ekspresiji QSER1, prema [NCBI GeoProfiles]]

#### Diferencijalna ekspresija 
Primijećeno je značajno smanjenje ekspresije QSER1 u bubrežnim mezangijnim ćelijama, kao odgovor na liječenje s 25 mM glukoze. Ovo stanje proučavano je jer je u tim ćelijama zabilježena različita ekspresija gena uključenih u regulaciju ćelijskog ciklusa, kao odgovor na visoke razine glukoze zabilježene kod *dijabetes melitus*.

Druga studija je primijetila prekomjernu ekspresiju QSER1 u patološkoj kardiomiopatiji. Ovo stanje povezano je s promijenjenom ekspresijom gena uključenih u imunoske odgovore, signalizaciju, rast i proliferaciju, kao i infiltraciju B-limfocita.

Diferencijalna ekspresija QSER1 se vidi u više stanja raka. Prekomjerna ekspresija QSER1 zabilježena je u Burkittovom limfomu. U studiji o odgovoru raka dojke na paklitaksel i fluorouracil-doksorubicin-ciklofosfamidnu hemoterapiju primijećeno je da su linije raka dojke s višim nivoom QSER1 imale veću vjerovatnoću da će odgovoriti na liječenje od onih sa nedovoljno izraženom QSER1.

Veća ekspresija QSER1 također je zabilježena u epitelnim ćelijama dojke imortaliziranih ćelijskih linija, nego u epitelnim ćelijama dojke iz ćelijskih linija s konačnim životnim vijekom.

### 3’ UTR 
Predviđeno je preko 20 petlji peteljke u 3 ’UTR QSER1. U prvih 800 bp od 3 ’UTR pronađeno je 16 petlji peteljke. 3 ’UTR je gotovo u potpunosti konzerviran kod sisara, s manjom konzervacijom u drugih organizama.

## Protein 
### Opća svojstva 
Protein QSER1 dug je  1735 aminokiselina. Sastav peptida je značajno bogat serinom i glutaminom: 14,7% ostataka serina i 8,9% glutamina.

### Domeni i motivi 
thumb|300px|PSORT-ovo predviđanje konzervirane jedarne lokalizacije i signala jedarne lokalizacije u proteinu QSER1
Protein QSER1 sadrži dva visoko konzervirana domena koja se nalaze ne samo u QSER1 već i u drugim proteinima. To uključuje domen PHA02939 sa aminokiselinama između 1380-1440 i domen DUF4211 od aminokiselina 1522-1642.
Jedarnu lokalizaciju predvidio je pSORT. Ovo svojstvo je konzervirano od ljudskog QSER1 do celakantnog QSER1. PSORT je također predvidio više konzerviranih signala jedarne lokalizacije unutar proteina QSER1.

### Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 1.735 aminokiselina, a molekulska težina 189.972 Da.

1020304050
MNFLSTAESRTAQAAASGTTLLPQFRAPSWQTGMHSSAATELFATGPLPS
TGTLPPSLSAYQHPTTFSNRNFATTSPLVLQDSTFNTTSNGILSHHDPLL
QIKTSQGTVPTALAFERLGSSVLSNSIPPQSSTYRSAQESAPHLLQPQFS
LLPSALGGSQQTPQAYSSTLFTSSTASIERALLRECSVIKHHQRPSGTQS
IQAQLTGSQHSLHSYLSNSSVVNFQETTRQSSLSCSPIGDSTQVSNGGLQ
QKTSQVSVELAQSYSSAIPSSGYPPSTTKIKSCSTEQPLTSTKTPKPQSI
IPPVQTLSYSKPLHNQSSVISGQAQIYSTAQLPSLLSVSQSQNYGLVQPH
NVPSIVHSQVYRSSKVEKLPPLYKTLTFSGSSQTVTPENQTLNYSSNQQE
VLSSVTNENYPAQTRDLSSVSQSQSYSSGHSQGLSPVSQTQVSYSSQSQV
LSVVSLSESYASGESLTLTAPSLSYSSASRAQNLPDSSPTQNYISMHSSQ
NVQTQESSSPQSQKFLPAVQSSSFASSTHCQTLQNNITSPDPKSYAERKL
DSDVYPSSKQEDGFPMQELQVLQPQASLESSTQRLSDGEINAQESTYKVS
KADDRYSQSVIRSNSRLEDQVIGVALQASKKEESVVGSVTQLNQQIGQVN
NAATLDLKNSTNLIQTPQIRLNTKDLKQQHPLILKVHESKVQEQHDQIIN
ASSQIQIPNHALGHGHQASLPNTQVLLDSACDLQILQQSILQAGLGQVKA
SLQAQRVQSPQQIVHPFLQMEGHVIQSNGDHSQQQLHPQNSEVMKMDLSE
SSKPLQQHLTTKGHFSETNQHDSKNQFVSLGSMCFPEAVLLSDERNILSN
VDDILAATAAACGVTPTDFSKSTSNETMQAVEDGDSKSHFQQSLDVRHVT
SDFNSMTATVGKPQNINDTSLNGNQVTVNLSPVPALQSKMTLDQQHIETP
GQNIPTKVTSAVVGPSHEVQEQSSGPFKKQSATNLESEEDSEAPVDSTLN
NNRNQEFVSSSRSISGENATSESEFTLGGDDSGVSMNPARSALALLAMAQ
SGDAVSVKIEEENQDLMHFNLQKKRAKGKGQVKEEDNSNQKQLKRPAQGK
RQNPRGTDIYLPYTPPSSESCHDGYQHQEKMRQKIKEVEEKQPEVKTGFI
ASFLDFLKSGPKQQFSTLAVRMPNRTRRPGTQMVRTFCPPPLPKPSSTTP
TPLVSETGGNSPSDKVDNELKNLEHLSSFSSDEDDPGYSQDAYKSVSTPL
TTLDATSDKKKKTEALQVATTSPTANTTGTATTSSTTVGAVKQEPLHSTS
YAVNILENISSSESSKPIELDGLPSDQFAKGQDTVAIEGFTDEEDTESGG
EGQYRERDEFVVKIEDIETFKEALKTGKEPPAIWKVQKALLQKFVPEIRD
GQREFAATNSYLGYFGDAKSKYKRIYVKFIENANKKEYVRVCSKKPRNKP
SQTIRTVQAKPSSSSKTSDPLASKTTTTKAPSVKPKVKQPKVKAEPPPKK
RKKWKEEFSSSQSDSSPEIHTSSSDDEEFEPPAPFVTRFLNTRAMKETFK
SYMELLVSIALDPDTMQALEKSNDELLLPHMKKIDGMLNDNRKRLLLNLH
LDQSFKNALESFPELTIITRDSKAKSGGTAISKIKMNGKAYNKKTLRTSK
TTTKSAQEFAVDPEKIQLYSLYHSLHHYKYHVYLICKDEISSVQKKNEDL
GQEEIVQLCMKNVKWVEDLFEKFGELLNHVQQKCS

***C**: Cistein
***D**: Asparaginska kiselina
***E**: Glutaminska kiselina
***F**: Fenilalanin
***G**: Glicin
***H**: Histidin
***I**: Izoleucin
***K**: Lizin
***L**: Leucin
***M**: Metionin
***N**: Asparagin
***P**: Prolin
***Q**: Glutamin
***R**: Arginin
***S**: Serin
***T**: Treonin
***V**: Valin
***W**: Triptofan
***Y**: Tirozin

### Struktura 
Predviđanja strukture proteina QSER1 ukazuju da protein sadrži mnogo alfa-heliksa. NCBI cBLAST predvidio je strukturnu sličnost između proteina QSER1 i *Schizosaccharomyces pombe* (fisijski kvasac) RNK-polimeraza II A. Dvije regije sličnosti javljaju se između aminokiselina 56-194 i 322-546. Za ovu regiju osigurana je 3D struktura. Strukturno slično područje nalazi se na vanjskoj strani molekule proteina i čini dio rascjepa za vezanje DNK.

Dalja strukturna sličnost sa proteinom virusne RNK koja veže polimerazu je predviđena prema Phyre2. Ova struktura se nalazi na samom kraju proteina, između aminokiselina 1671 i 1735. Struktura ima dugu regiju alfa-heliksa, što je također predvidio SDSC Biology Workbench PELE. Slika strukturno sličnog područja i poravnavanja sekvence prikazana je s desne strane. Regije prije identificiranog strukturno sličnog domena pokazuju dva druga alfa-heliksa, predviđena s velikom pouzdanošću. Ostala 123 moguća mjesta fosforilacije predviđena su pomoću alata ExPASy NetPhos.

#### SUMOilacija 
Interakcija QSER1 proteina sa SUMO zabilježena je u više proteinskih širokih studija.  Predviđena mjesta SUMOilacije pronađena su u proteinu QSER1. Visoko konzervirana mjesta SUMOilacije javljaju se sa sekvencom MKMD na aminokiselini 794, VKIE na 1057, VKTG na 1145, LKSG na 1157, VKQP na 1487 i VKAE na 1492.
thumb|280px|Predviđena mjesta SUMOilacije proteina  QSER1

### Interakcije 
#### ATM/ATR 
Fosforilacija QSER1 u tri serinska ostatka, S1228, S1231 i S1239, pomoću ATM-a i ATR-a kao odgovor na oštećenje DNA pronađena je u proteom-širokoj studiji.  Nadalje, u studiji o SUMOilaciji kao odgovor na akumulirane pogrešno savijene proteine i ER stres utvrđeno je da je QSER1 SUMO interaktant u ovoj situaciji. Svaka veza između ove dvije aktivnosti nije proučena i nepotvrđena.

#### RNK-polimeraza II 
Direktna interakcija QSER1 s RNK-polimerazom II pronađena je u studiji koju su proveli Moller et al. Pokazalo se da dolazi do interakcije sa podjedinicom DNK usmjerene RNK-polimeraze II, RPB1, RNK- polimeraze II, tokom mitoza i interfaza. Kolokalizacija/interakcija QSER1 pokazana je u regulatornoj regiji RPB1 sa 52 ponavljanja heptapeptida (YSPTSPSYS).

#### Ubikvitin 
Utvrđeno je da QSER1 stupa u interakciju s ubikvitinom, u dvije studije supstrata na cijelom proteomu. Posebni detalji o ovoj interakciji nisu proučavani.

## Patologija 
Promijenjena ekspresija QSER1 zabilježena je kod patološke kardiomiopatije, Burkittovog limfoma, raka prostate i nekih gore navedenih karcinoma dojke.  Nadalje, prema bazi podataka NCBI OMIM, više patoloških stanja povezano je s promjenama u regiji 11p13 i stoga može uticati na QSER1. To uključuje eksudativnu vitreoretinopatiju 3, porodičnu kandidijazu 3, centralopatsku epilepsiju, autosomno recesivnu gluhoću 51.
QSER1 je također zabilježen kao gen osjetljivosti na Parkinsonovu bolest.

## Reference 
Kategorija:Geni na hromosomu 11
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika