Proteinska banka podataka

**Proteinska banka podataka**, (eng. **P**rotein **D**ata **B**ank – **PDB**), je kolekcija 3D podataka  o strukturi velikih bioloških molekula, kao što su proteini i nukleinske kiseline. Podaci su tipski  dobijeni rendgenskom strukturnom analizom ili proteinskom nuklearnom  magnetnom rezonantnom  spektroskopijom  (NMR) .  Stvaranju ove zbirke  doprinose biolozi i biohemičari  širom  svijeta. PDB je slobodno dostupan na  Internetu,  pod nadzorom organizacije pod nazivom *Svjetska proteinska banka podataka* (eng. **W**orld**w**ide **P**rotein **D**ata **B**ank - **wwPDB**).

Proteinska baza podataka  je ključni resurs u  oblastima strukturne biologije, kao što je  strukturna genomika. Većina vodećih naučnih časopisa i pojedine agencije za finansiranje, kao što je NIH u SAD, zahtevaju od istraživača da unesu svoje  podatke o  strukturi proteina podatke u PDB.  Njen  sadržaj se smatra primarnim izvorom, a postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Naprimjer, SCOP i CATH kategorizuju strukture  proteina na temelju  strukturnog tipa i pretpostavljenih evolucijskih  odnosa, a  ontologija gena (GO)  klasificira  strukture na osnovu gena.

## Historija 
Proteinska banka podataka (PDB)  je formirana  1971. godine. Njen utemeljitelj  je Valter Hamilton sa Brukhaven nacionalne laboratorije. Nakon Hamiltonove smrti 1973., nadzor nad PDB-om je preuzeo Tom Koeztle. Januara 1994., za PDB rukovodioca bio je  imenovan Joel Susman. Oktobra 1998. PDB je transformiran u **RCSB** (eng. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics).  Tranzicija  je završena  u junu 1999. Novi direktor  bila je Helen M. Berman,  sa Univerziteta Rutgers  (jednog od članica  RCSB). Godine  2003. sa  formiranjem Svjetske baze podataka (**wwPDB**) , PDB je postao internacionalna organizacija. Svaki od četiri wwPDB člana djeluje kao centar za depoziciju, obradu i distribuciju  PDB podataka. Obrada se odnosi na činjenicu da wwPDB osoblje pregleda i anotira svaki podnijeti upis. Nakon toga, vjerodostojnost podataka se provjerava, a izvorni kod tog softvera za validaciju  javno je  dostupan.

## Sadržaj 
Proteinska  baza podataka se ažurira sedmično (utorkom). U septembru 2010.,  PDB je imao sljedeći sadržaj:

::Strukturni faktor fajl u PDB  ima 48.715 struktura. 
::NMR podatke  ima 5.901 struktura.

Ovi podaci ukazuju da je većina struktura određena difrakcijom X-zraka, dok je oko 15% struktura određeno putem protein NMR. Kad se koristi difrakcija X-zraka,  dobijaju se približne  koordinate atoma u  proteinu. NMR eksperimenti daju procjene rastojanja između parova atoma u proteinu,  čija se konformacija dobija rješavanjem problema geometrije rastojanja. Nekoliko proteinskih struktura je određeno krio-elektronskom mikroskopijom.

U prošlosti PDB je rastao približno rastu  eksponencijalnom brzinom. Međutim, od 2007., brzina akumulacije  novih proteina izgleda da je dostigla plato, sa 7.263 dodatnih proteina  u 2007., 7.073 u 2008, i 7.448 u 2009.

## Format fajla
Format fajla koji je inicijalno koristio se zove PDB fajl format. Taj originalni format je bio ograničen širinom  bušenih kompjuterskih  kartica na 80 slova po liniji. "Makromolekukski kristalografski informacijski fajl" format, mmCIF,  počeo se primjenjivati  1996. godine,. XML verzija ovog formata, zvana PDBML, pojavila se 2005. godine.
Proteinske strukture se mogu preuzeti u bilo kojem od tih formata. Grafički paketi  pristupaju direktno strukturama na PDB sajtu:
* Za PDB fajlove, npr.,http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.pdb.gz;
* Za PDBML (XML) fajlove, npr.http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz

## Također pogledajte 
* Kristalografska baza podataka
* Proteinska struktura
* Baze podataka proteinskih struktura
* Proteopedia &mdash; kolaborativna 3D enciklopedija proteina i drugih molekula

## Reference 
## Vanjski linkovi 
* http://www.wwpdb.org/ -{wwPDB}; The Worldwide Protein Data Bank
** https://web.archive.org/web/20150407064348/http://www.pdb.org/
** http://www.pdbe.org/ 
** http://www.pdbj.org/ 
** http://www.bmrb.wisc.edu/  -{BMRB}-] (SAD) – Biological Magnetic Resonance Data Bank }})
* http://www.wwpdb.org/docs.html wwPDB dokumentacija] 
* http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/Looking-at-Structures/intro.html  PDB uvod u kristalografiju]
* https://web.archive.org/web/20100912160110/http://www.pdbwiki.org/index.php/Main_Page -{PDBWiki}-]
* http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/ -{PDBsum}-] 
* http://ndbserver.rutgers.edu/index.html  Baza podataka nukleinskih kiselina, -{NDB}-] 
* https://web.archive.org/web/20100920191516/http://iris.physics.iisc.ernet.in/psap/ -{PSAP}-] veb oruđa za proteinsku analizu

Kategorija:Biološke baze podataka
Kategorija:Medicinske baze podataka