Klase proteinskih nabora

**Klase proteinskih nabora** su široke kategorije topologije tercijarne strukture proteina. Opisuju grupe proteina koje dijele slične proporcije aminokiselina i sekundarne structure. Svaka klasa sadrži višestruke, nezavisne proteinske natporodice (tj. nisu nužno međusobno evolucijski povezane ).

## Općenito priznate klase 
Četiri velike klase proteina koje se općenito slažu u dvije glavne baze podataka klasifikacije strukture (SCOP i CATH).

### Svi-α proteini
Sve-α proteini su klasa strukturnih domena u kojima je sekundarna struktura sastavljena u potpunosti od α-heliksa, s mogućim izuzetkom nekoliko izolovanih β-listova na periferiji.

Uobičajeni primjeri uključuju bromodomen, globinski i homeodomeodiomenski nabor.

### Svi-β protein
Svi β proteini su klasa strukturnih domena u kojima se sekundarna struktura sastoji u potpunosti od β-listova, s mogućim izuzetkom nekoliko izolovanih α-heliksa na periferiji.

Uobičajeni primjeri uključuju domen SH3, beta-propelerski domen, imunoglobulinski nabor i B3 DNK-vezujući domen.

### α+β proteini
α+β proteini su klasa strukturnih domena u kojima se sekundarna struktura sastoji od α-heliksa i β-lanaca koji se javljaju odvojeno duž kičme. β-lanci su stoga uglavnom "antiparalelni".

Uobičajeni primjeri uključuju feredoksinski nabor, ribonukleazu A i domen SH2.

### α/β proteini
α/β proteini su klasa strukturnih domena u kojima se sekundarna struktura sastoji od naizmjeničnih α-heliksa i β-lanaca duž kičmi. β-lanci su stoga uglavnom *paralelni*. They are targets of over 50% of all modern medicinal drugs. Procjenjuje se da 20–30% svih gena u većini genoma kodira membranske proteine.

### Unutrašnje poremećeni proteini 
Unutrašnje poremećeni protein nedostaje fiksna ili uređena trodimenzijska struktura. IDP pokrivaju spektar stanja od potpuno nestrukturiranih do djelimično strukturiranih i uključuju nasumični namotaj, (pre-)rastvorene globule i velike multi-domenske protein, povezane fleksibilnim linkerima. Oni čine jedan od glavnih tipova proteina (pored globulastih, vlaknastih i membranskih proteina).

### Upredenozavojnički proteini 
Upredenozavojnički proteini formiraju duga, netopiva vlakna uključena u vanćelijski matriks. Postoji mnogo članova skleroproteinske natporodice uključujući keratin, kolagen, elastin i fibrin. Uloge takvih proteina uključuju zaštitu i podršku, formiranje vezivnog tkiva, tetive, koštani matriks i mišićna vlakna.

### Mali proteini 
Mali proteini tipski imaju tercijarnu strukturu koju održavaju disulfidni mostovi (cisteinom bogati proteini), metalni ligandi (proteini koji vezuju metal) i ili kofaktori kao što je hem.

### Dizajnirani proteini 
Brojne proteinske strukture su rezultat racionalnog dizajna i ne postoje u prirodi. Proteini se mogu dizajnirati od nule (*de novo* dizajn) ili izradom proračunatih varijacija poznate strukture proteina i njegove sekvence (poznato  kao *redizajn proteina*). Racionalni pristupi dizajnu proteina predviđaju sekvence proteina koje će se savijati u specifične strukture. Ove predviđene sekvence se zatim mogu eksperimentalno potvrditi metodima kao što su sinteza peptida, lokusno usmjerena mutageneza ili vještačka sinteza gena.

## Također pogledajte
* Porodica proteina
* SCOP baza podataka
* CATH baza podataka
* FSSP baza podataka

## Reference
## vanjski linkovi
Kategorija:Savijanje proteina
Kategorija:Proteinski domeni