FAM188A

**Fam188a** jest ljudski protein sa sličnošću sekvence 188a, poznat i kao **Derp5** (**Der**mni papilski irzvedeni **p**rotein **5**) **c10orf97, ** ili **moždani my042 protein**.
## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  445 aminokiselina, а molekulska težina  49.725 Da.

1020304050
MSELTKELMELVWGTKSSPGLSDTIFCRWTQGFVFSESEGSALEQFEGGP
CAVIAPVQAFLLKKLLFSSEKSSWRDCSEEEQKELLCHTLCDILESACCD
HSGSYCLVSWLRGKTTEETASISGSPAESSCQVEHSSALAVEELGFERFH
ALIQKRSFRSLPELKDAVLDQYSMWGNKFGVLLFLYSVLLTKGIENIKNE
IEDASEPLIDPVYGHGSQSLINLLLTGHAVSNVWDGDRECSGMKLLGIHE
QAAVGFLTLMEALRYCKVGSYLKSPKFPIWIVGSETHLTVFFAKDMALVA
PEAPSEQARRVFQTYDPEDNGFIPDSLLEDVMKALDLVSDPEYINLMKNK
LDPEGLGIILLGPFLQEFFPDQGSSGPESFTVYHYNGLKQSNYNEKVMYV
EGTAVVMGFEDPMLQTDDTPIKRCLQTKWPYIELLWTTDRSPSLN

:**C**: Cistein
:**D**: Asparaginska kiselina
:**E**: Glutaminska kiselina
:**F**: Fenilalanin
:**G**: Glicin
:**H**: Histidin
:**I**: Izoleucin
:**K**: Lizin
:**L**: Leucin
:**M**: Metionin
:**N**: Asparagin
:**P**: Prolin
:**Q**: Glutamin
:**R**: Arginin
:**S**: Serin
:**T**: Treonin
:**V**: Valin
:**W**: Triptofan
:**Y**: Tirozin

## Gen
Fam188a  je kodiran genom **Derp5** sa kratkog kraka  hromosoma 10 p13. Fam188a and its paralogs in other species are all members of the DUF4205 superfamily of protein domains. Fam188a is a highly conserved gene found in all vertebrates. Fam188a is a gene expressed throughout the body.

## Homologija 
Sve upoređene vrste sisara imaju 95-99% homologne sličnost sa Fam188a *Homo sapiens*. Uzroci za to nisu poznati, ali se može zaključiti da Fam188a mora imati važnu ulogu u pravilnoj ćelijskoj funkciji sisara, jer čak i male promjene s vremenom u važnim genima mogu drastično promijeniti njihovu funkciju.

Ptice, ribe i insekti također imaju sličnost u rasponu 30-40% s Fam188a *Homo sapiens*. Iako postoji nekoliko stotina miliona godina odstupanja od ljudi i insekata, činjenica da još uvijek postoji 40% sličnosti kod insekata čini se da sugerira da se ovaj gen nije toliko promijenio tokom tako dugog vremenskog perioda, i odavno su bili važni i za druge vrste. Obrasci prerade kod ovih drugih vrsta nisu poznati, ali kod ljudi postoji najmanje 19 različitih izoformi, ali sa samo jednim glavnim paralogom: Fam188b. Ovaj paralog se strukturno razlikuje u tri egzona od Fam188a.

## Protein 
Fam188a je lanac od 445 aminokiselina. Strukturno, ne ispoljava mnogo zanimljivih regija koje bi ga lahko mogle odvojiti od drugih proteina. Fam188a nema transmembranske domene, nema ponavljajućih sekvenci

## Funkcija i ineraktivni proteini 
I-TASSER-ski rezultati savijanja proteina pokazuju da proteinski proizvod Fam188a ima sličnu strukturu kao 1CFF,peptidno vezujuči  kalmodulin. Kalmodulin je također uključen u ćelijsku apoptozu, pa to može rasvijetliti i teorijsku funkciju Fam188a.

Savijanje proteina je funkcionalno najsličnije 3LEW, “SusD-olikom ugljikohidratnom veznom proteinu *Bacteroides vulgatus*” (Joint Center for Structural Genomics). 3LEW dijeli 90% sličnosti s Fam188a, i iako to nije dovoljno za stvaranje konkretne veze, dovoljno je uspostaviti osnovnu ideju o povezanim strukturama. Još jedan funkcionalno sličan protein (81%) je 3SNX, "navodni protein sličan SusD-u, koji se vezuje za ugljikohidrate iz" "Bacteroides thetaiotaomicron" "VPI-5482". Može se pretpostaviti da funkcija  Fam188a ima ulogu u apoptozi ćelija, i to zato što dijeli strukturne sličnosti s drugim proteinima koji su uključeni u ovaj proces. Iako ne postoji CARD domen koji bi se normalno nalazio u apoptotskom peptidu, fam188a dijeli sličnu funkciju s 1cffA, "peptidom koji veže kalmodulinske Ca2+ pumpe". i 1cffA dijeli 26% sličnosti s Fam188a, mže se pretpostaviti da je apoptoza uistinu funkcija Fam188a. Druge molekule slične Fam188a su 1linA, i 1qx7M, koje imaju 23% i 18% strukturne sličnosti, a obje ove molekule djeluju ili sa Ca2+ pumpom ili ekspresijom kalmodulina.

## Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 10
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika