VIPAS39

**Homolog spermatogenezno-defektnog  proteina 39** je protein kojo je kod ljudi kodiran  genom **VIPAS39**. Ovaj protein je uključen je u sortiranje lizosomskih proteina. Mutacije u ovom genu  povezane su sa ARCS2 artrogripozom, bubrežnom disfunkcijpm i holestazom-2). Alternativna prerada rezultirala višestrukim varijantama transkripta.

VIPAR uključen je u unutarćelijsko sortiranje i promet lizosomnim proteinima (Zhu et al., 2009). 
Analizom genomske sekvence, Heilig et al. (2003) locirali su gen  VIPAR na hromosomu 14, sekvenca 14q24.3.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 493   aminokiseline, a molekulska težina   57.005  Da.

1020304050
MNRTKGDEEEYWNSSKFKAFTFDDEDDELSQLKESKRAVNSLRDFVDDDD
DDDLERVSWSGEPVGSISWSIRETAGNSGSTHEGREQLKSRNSFSSYAQL
PKPTSTYSLSSFFRGRTRPGSFQSLSDALSDTPAKSYAPELGRPKGEYRD
YSNDWSPSDTVRRLRKGKVCSLERFRSLQDKLQLLEEAVSMHDGNVITAV
LIFLKRTLSKEILFRELEVRQVALRHLIHFLKEIGDQKLLLDLFRFLDRT
EELALSHYREHLNIQDPDKRKEFLKTCVGLPFSAEDSAHIQDHYTLLERQ
IIIEANDRHLESAGQTEIFRKHPRKASILNMPLVTTLFYSCFYHYTEAEG
TFSSPVNLKKTFKIPDKQYVLTALAARAKLRAWNDVDALFTTKNWLGYTK
KRAPIGFHRVVEILHKNNAPVQILQEYVNLVEDVDTKLNLATKFKCHDVV
IDTYRDLKDRQQLLAYRSKVDKGSAEEEKIDALLSSSQIRWKN

:Simboli

**C**:  Cistein 
**D**: Asparaginska kiselina 
**E**: Glutaminska kiselina 
**F**:  Fenilalanin 
**G**:  Glicin 
**H**:  Histidin 
**I**:  Izoleucin 
**K**: Lizin 
**L**: Leucin 
**M**:  Metionin 
**N**:  Asparagin 
**P**:  Prolin 
**Q**:  Glutamin 
**R**:  Arginin 
**S**:  Serin 
**T**:  Treonin 
**V**:  Valin 
**W**:  Triptofan 
**Y**:  Tirozin

## Funkcija gena
Kompleksi homotipske fuzije i vakuolnog sortiranja proteina (HOPS) reguliraju pristajanje unutarćelijskih vezikula, interakcijom sa SNARE-ovima . Analizom imunoprecipitacije i Western blot analizom gradijentnih frakcija saharoze u ćelijama HeLa i HEK293, Zhu et al. (2009) pokazali su da je SPE39 bio u interakciji s brojnim endogenim ili kotransfektiranim HOPS komponentama, uključujući VPS33A i VPS33B. Nokautiranje SPE39 u ćelijama HEK293 putem RNK smetnji uticalo je na morfologiju i sortiranje RAB11 i sintaksin – 13 (STX13, ili STX12) – pozitivnih endosoma za recikliranje i RAB7, sintaksina -7 (STX7) i sintaksin-8 (STX8)-pozitivni kasni endosomi. To nije promijenilo Golgijev promet endosoma za sortiranje. Razaranje SPE39 u ćelijama HeLa poremetilo je promet M6PR i isporuku lizosomskog enzima katepsina D, posredovanog M6PR (CTSD), te je odgodilo razgradnju internaliziranog EGFR-a . Zaključili su da VIPAR regulira sortiranje i promet rezidualnih lizosomskih proteina duž puteva sortiranja i recikliranja.

U 2-hibridnom skriningu kvasca za identifikaciju proteina u interakciji sa VPS33B, Cullinane et al. (2010) otkrili su da protein kodiran C14ORF133-pm, koji su odredili kao VIPAR, ima najveći prioritet zasnovan na bioinformatičkim analizama homologije i pretpostavljene funkcije. Studije koimunoprecipitacije u transficiranim ćelijama HEK293 potvrdile su interakciju između prekomjerno eksprimiranog VPS33B i VIPAR-a, uz stvaranje funkcionalnih kompleksa VPS33B-VIPAR na citoplazmatskim organelima koji su stupili u interakciju s RAB11A. Rszaranje vipara kod zebrica rezultiralo je izlučivanjem žuči i oštećenjem E-kadherina (CDH1) sličnim onima kod osoba sa ARC sindromom, uzrokovanim mutacijom u VPS33B ili VIPAR. Mišje  ćelije sa unutrašnjim medularnim sabirnim kanalom (MIMCD-3) sa nedostatkom Vipara i Vps33b eksprimirale su membranske proteine abnormalno i imale su strukturne i funkcionalne defekte uskog spoja. Abnormalna ekspresija Ceacam5 nastala je zbog pogrešnog razgradnje ka lizosomskoj degradaciji, ali smanjeni nivoi E-kadherina bili su povezani sa transkripcijskom regulacijom. Zaključili su da kompleks VPS33B-VIPAR ima različite funkcije u putevima koji reguliraju apikalno-bazolateralnu polarnost u jetri i bubrezima.

## Molekulska genetika
U tri probanda s artrogripozom, bubrežnom disfunkcijom i kolestazom-2 (ARCS2) mapiran je  VIPAR lokus na hromosomu 14, sekvenca q24.3 i u četiri dodatna probanda koji nisu imali mutacije u poznatom genu ARCS1, VPS33B), Cullinane et al. (2010) identificirali su homozigotnost ili složenu heterozigotnost za mutacije u genu VIPAR . Predviđeno je da će sve mutacije eliminirati normalnu proizvodnju proteina, zbog ranog prekidanja poruke i nonsens] posredovanog raspada iRNK ili zbog neuspjeha prevođenja; osim toga, sve mutacije su segregirane s bolestima u porodicama i nisu pronađene u najmanje 200 etnički podudarnih kontrolnih hromosoma.

## Reference
## Vanjski linkovi
* 

## Dopunska literatura
*
*
*
*
*
*
*
*
*

Kategorija:Geni na hromosomu 14
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika