Nuklearno-magnetnorezonantna spektroskopija proteina

**Nuklearna magnetna rezonantna spektroskopija proteina** (obično skraćeno **proteinski NMR**) je oblast strukturne biologije u kojoj se NMR spektroskopija koristi za dobijanje informacija o strukturi i dinamici proteina, kao i nukleinskih kiselina i njihovih kompleksa. Pionir ovog područja su Richard R. Ernst i Kurt Wüthrich na ETH-u. i prema Adu Baxu, Mariusu Cloreu, Angeli Gronenborn u NIH, i Gerhardu Wagneru na Univerzitetu Harvard, između ostalog. Određivanje strukture NMR spektroskopijom obično se sastoji od nekoliko faza, od kojih svaka koristi zaseban skup visoko specijaliziranih tehnika. Uzorak se priprema, vrše se mjerenja, primjenjuju se interpretativni pristupi, a struktura se izračunava i validira.

NMR uključuje kvantno-mehanička svojstva centralnog jezgra ("nukleus") atoma. Ova svojstva zavise od lokalnog molekularnog okruženja, a njihovo mjerenje pruža mapu o tome kako su atomi hemijski povezani, koliko su blizu u prostoru i koliko se brzo kreću jedni u odnosu na druge. Ova svojstva su u osnovi ista kao ona koja se koriste u poznatijoj magnetnoj rezonanciji (MRI), ali molekularne primjene koriste donekle drugačiji pristup, prikladan promjeni skale od milimetara (od interesa za radiologe) do nanometara (vezani atomi su obično udaljeni djelić nanometra), faktor milion. Ova promjena skale zahtijeva mnogo veću osjetljivost detekcije i stabilnost za dugoročno mjerenje. Za razliku od magnetne rezonance (MRI), studije strukturne biologije ne generiraju direktno sliku, već se oslanjaju na složene računarske proračune za generiranje trodimenzionalnih molekularnih modela.

Trenutno se većina uzoraka ispituje u rastvoru u vodi, ali metode se razvijaju i za rad sa čvrstim uzorcima. Prikupljanje podataka oslanja se na postavljanje uzorka unutar snažnog magneta, slanje radiofrekventnih signala kroz uzorak i mjerenje apsorpcije tih signala. Ovisno o okruženju atoma unutar proteina, jezgre pojedinačnih atoma apsorbirat će različite frekvencije radio signala. Nadalje, apsorpcijski signali različitih jezgara mogu biti poremećeni susjednim jezgrama. Ove informacije se mogu koristiti za određivanje udaljenosti između jezgara. Ove udaljenosti se pak mogu koristiti za određivanje ukupne strukture proteina.

Tipična studija može uključivati kako dva proteina međusobno djeluju, moguće s ciljem razvoja malih molekula koje se mogu koristiti za ispitivanje normalne biologije interakcije ("hemijska biologija") ili za pružanje mogućih tragova za farmaceutsku upotrebu (razvoj lijekova). Često je moguće da je interagirajući par proteina identificiran studijama ljudske genetike, što ukazuje na to da interakciju mogu poremetiti nepovoljne mutacije, ili da mogu igrati ključnu ulogu u normalnoj biologiji "modelnog" organizma poput voćne mušice, kvasca, crva *C. elegans* ili miševa. Za pripremu uzorka obično se koriste metode molekularne biologije za dobijanje količina bakterijskom fermentacijom. Ovo također omogućava promjenu izotopskog sastava molekule, što je poželjno jer se izotopi ponašaju drugačije i pružaju metode za identifikaciju preklapajućih NMR signala.

## Priprema uzorka
[thumb|right|NMR uzorak se priprema u tankozidnoj staklenoj NMR [epruveta|epruveti.]]
Nuklearna magnetna rezonanca proteina se izvodi na vodenim uzorcima visoko pročišćenih proteina. Obično se uzorak sastoji od 300 do 600 mikrolitara s koncentracijom proteina u rasponu od 0,1 – 3 milimolar. Izvor proteina može biti prirodan ili proizveden u sistemu proizvodnje proteina korištenjem tehnika rekombinantne DNK putem genetičkog inženjerstva. Rekombinantno eksprimirani proteini se obično lakše proizvode u dovoljnoj količini, a ova metoda omogućava izotopski označavanje.

Prečišćeni protein se obično rastvara u puferskom rastvoru i prilagođava željenim uslovima rastvarača. NMR uzorak se priprema u tankozidnoj staklenoj cijevi.

## Prikupljanje podataka
NMR proteina koristi višedimenzionalne eksperimente nuklearne magnetne rezonancije kako bi se dobile informacije o proteinu. Idealno bi bilo da svako različito jezgro u molekulu doživljava različito elektronsko okruženje i stoga ima različit hemijski pomak po kojem se može prepoznati. Međutim, kod velikih molekula kao što su proteini, broj rezonancija obično može biti nekoliko hiljada, a jednodimenzionalni spektar neizbježno ima slučajna preklapanja. Stoga se izvode višedimenzionalni eksperimenti koji koreliraju frekvencije različitih jezgara. Dodatne dimenzije smanjuju mogućnost preklapanja i imaju veći sadržaj informacija, jer koreliraju signale iz jezgara unutar određenog dijela molekula. Magnetizacija se prenosi u uzorak pomoću impulsa elektromagnetne (radiofrekventne) energije i između jezgara pomoću kašnjenja; proces je opisan takozvanim pulsnim sekvencama. Pulsne sekvence omogućavaju eksperimentatoru da istraži i odabere specifične tipove veza između jezgara. Niz eksperimenata nuklearne magnetne rezonancije koji se koriste na proteinima spada u dvije glavne kategorije - jednu gdje se magnetizacija prenosi kroz hemijske veze i jednu gdje se prijenos odvija kroz prostor, bez obzira na strukturu veze. Prva kategorija se koristi za dodjeljivanje različitih hemijskih pomaka određenom jezgru, a druga se prvenstveno koristi za generiranje ograničenja udaljenosti koja se koriste u proračunu strukture i u dodjeljivanju s neobilježenim proteinom.

Ovisno o koncentraciji uzorka, magnetnom polju spektrometra i vrsti eksperimenta, jedan višedimenzionalni eksperiment nuklearne magnetne rezonancije na uzorku proteina može potrajati satima ili čak nekoliko dana da bi se dobio odgovarajući odnos signala i šuma putem usrednjavanja signala i da bi se omogućila dovoljna evolucija prijenosa magnetizacije kroz različite dimenzije eksperimenta. Pod jednakim uslovima, eksperimenti s višim dimenzijama trajat će duže od eksperimenata s nižim dimenzijama.

Tipično, prvi eksperiment koji se mjeri s proteinom obilježenim izotopom je 2D heteronuklearna jednostruka kvantna korelacija (HSQC) spektar, gdje se "heteronuklear" odnosi na jezgra osim 1H. U teoriji, heteronuklearna jednostruka kvantna korelacija ima jedan vrh za svaki H vezan za heteronukleus. Dakle, u 15N-HSQC, s proteinom obilježenim sa 15N, očekuje se jedan signal za svaki atom dušika u glavnom lancu, s izuzetkom prolina, koji nema amid-vodik zbog ciklične prirode svog glavnog lanca. Dodatne 15N-HSQC signale doprinosi svaki ostatak s dušik-vodik vezom u svom bočnom lancu (W, N, Q, R, H, K). 15N-HSQC se često naziva otiskom proteina jer svaki protein ima jedinstveni obrazac signalnih pozicija. Analiza 15N-HSQC omogućava istraživačima da procijene da li je prisutan očekivani broj vrhova i na taj način da identifikuju moguće probleme zbog višestrukih konformacija ili heterogenosti uzorka. Relativno brz eksperiment heteronuklearne jednostruke kvantnih korelacija pomaže u određivanju izvodljivosti izvođenja narednih dužih, skupljih i složenijih eksperimenata. Nije moguće dodijeliti vrhove specifičnim atomima samo na osnovu heteronuklearne jednostruke kvantne korelacije.

## Dodjeljivanje rezonance
Da bi se analizirali podaci nuklearne magnetne rezonancije, važno je dobiti rezonantnu asocijaciju za protein, odnosno saznati koji hemijski pomak odgovara kojem atomu. To se obično postiže sekvencijalnim hodanjem koristeći informacije dobijene iz nekoliko različitih vrsta NMR eksperimenata. Tačan postupak zavisi od toga da li je protein izotopski označen ili ne, budući da mnogi eksperimenti asocijacije zavise od ugljika-13 i dušika-15.
[thumb|right|220px| Poređenje COSY i TOCSY 2D spektra za aminokiselinu poput [glutamata ili metionina. TOCSY pokazuje dijagonalne unakrsne vrhove između svih protona u spektru, ali COSY ima unakrsne vrhove samo između susjeda.]]

### Homonuklearna nuklearna magnetska rezonanca
Sa neobilježenim proteinom, uobičajeni postupak je snimanje skupa dvodimenzionalnih eksperimenata homonuklearne nuklearne magnetske rezonancije putem korelacijske spektroskopije (COSY), od kojih nekoliko vrsta uključuje konvencionalnu korelacijsku spektroskopiju, spektroskopiju *totalne korelacije* (TOCSY) i spektroskopiju nuklearnog Overhauserovog efekta (NOESY). Dvodimenzionalni eksperiment nuklearne magnetske rezonancije proizvodi dvodimenzionalni spektar. Jedinice obje ose su hemijski pomaci. COSY i TOCSY prenose magnetizaciju putem hemijskih veza između susjednih protona. Konvencionalni eksperiment korelacijske spektroskopije može prenijeti magnetizaciju samo između protona na susjednim atomima, dok u eksperimentu totalne korelacijske spektroskopije protoni mogu prenijeti magnetizaciju, tako da se ona prenosi između svih protona koji su povezani susjednim atomima. Dakle, u konvencionalnoj korelacijskoj spektroskopiji, alfa proton prenosi magnetizaciju na beta protone, beta protoni se prenose na alfa i gama protone, ako su prisutni, zatim se gama proton prenosi na beta i delta protone, i proces se nastavlja. U totalnoj korelacijskoj spektroskopiji, alfa i svi ostali protoni mogu prenijeti magnetizaciju na beta, gama, delta i epsilon ako su povezani kontinuiranim lancem protona. Kontinuirani lanac protona je bočni lanac pojedinačnih aminokiselina. Stoga se ova dva eksperimenta koriste za izgradnju takozvanih spinskih sistema, odnosno za izgradnju liste rezonancija hemijskog pomaka peptidnog protona, alfa protona i svih protona iz svakog bočnog lanca ostatak. Koji hemijski pomaci odgovaraju kojim jezgrama u spinskom sistemu određeni su konvencionalnom povezanosti korelacijske spektroskopije i činjenicom da različite vrste protona imaju karakteristične hemijske pomake. Da bi se različiti spinski sistemi povezali sekvencijskim redoslijedom, mora se koristiti eksperiment nuklearne Overhauserove efektne spektroskopije. Budući da ovaj eksperiment prenosi magnetizaciju kroz prostor, pokazat će unakrsne vrhove za sve protone koji su blizu u prostoru, bez obzira na to da li su u istom spinskom sistemu ili ne. Susjedni ostaci su inherentno blizu u prostoru, tako da se dodjeljivanje može izvršiti na osnovu vrhova u NOESY s drugim spinskim sistemima.
Jedan važan problem korištenja homonuklearne nuklearne magnetne rezonance je preklapanje između vrhova. To se događa kada različiti protoni imaju iste ili vrlo slične hemijske pomake. Ovaj problem postaje veći kako protein postaje veći, tako da je homonuklearna nuklearna magnetna rezonanca obično ograničena na male proteine ili peptide.

### Nuklearna magnetna rezonanca dušika-15
Najčešće izvođeni 15N eksperiment je 1H-15N HSQC. Eksperiment je vrlo osjetljiv i stoga se može izvesti relativno brzo. Često se koristi za provjeru pogodnosti proteina za određivanje strukture pomoću NMR-a, kao i za optimizaciju uvjeta uzorka. To je jedan od standardnih skupova eksperimenata koji se koriste za određivanje strukture proteina u rastvoru. HSQC se može dalje proširiti na trodimenzijske i četverodimenzijske NMR eksperimente, kao što su 15N-TOCSY-HSQC i 15N-NOESY-HSQC.

thumb|left|220px|Shematski prikaz HNCA i HNCOCA za četiri sekvencijalna ostatka. Dimenzija dušika-15 je okomita na ekran. Svaki prozor je fokusiran na hemijski pomak dušika te aminokiseline. Sekvencijalno dodjeljivanje se vrši usklađivanjem hemijskih pomaka alfa ugljika. U HNCA svaki ostatak vidi alfa ugljik sebe i prethodnog ostatka. HNCOCA vidi samo alfa ugljik prethodnog ostatka.

### Nuklearna magnetska rezonanca ugljika-13 i dušika-15
Kada je protein označen ugljikom-13 i dušikom-15, moguće je snimiti eksperimenti trostruke rezonance koji prenose magnetizaciju preko peptidne veze i tako povezuju različite spinske sisteme putem veza. To se obično radi pomoću nekih od sljedećih eksperimenata, {{chem2|HNCO]] Ovo se obično radi korištenjem nekih od sljedećih eksperimenata, , }, , ,  i . Svih šest eksperimenata se sastoje od 1H-15N ravni (slično HSQC spektru) proširene s dimenzijom ugljika. U , svaka HN ravan sadrži vrhove karbonilnog ugljika iz svog ostatka, kao i prethodnog u nizu.  sadrži hemijski pomak karbonilnog ugljika samo iz prethodnog ostatka, ali je mnogo osjetljiviji od . Ovi eksperimenti omogućavaju da se svaki vrh 1H-15N poveže s prethodnim karbonilnim ugljikom, a sekvencijalno dodjeljivanje se zatim može provesti usklađivanjem pomaka vlastitog i prethodnog ugljika svakog spinskog sistema.  i  rade slično, samo s alfa ugljicima (Cα) umjesto s karbonilima, a  i  sadrže i alfa ugljik i beta ugljik (Cβ). Obično je potrebno nekoliko ovih eksperimenata da bi se riješilo preklapanje u dimenziji ugljika. Ovaj postupak je obično manje dvosmislen od metode zasnovane na NOESY-u jer se zasniva na prijenosu veze putem. U metodama zasnovanim na NOESY-u, pojavit će se dodatni vrhovi koji odgovaraju atomima koji su blizu u prostoru, ali ne pripadaju sekvencijalnim ostacima, što zbunjuje proces dodjeljivanja. Nakon početnog sekvencijalnog rezonantnog dodjeljivanja, obično je moguće proširiti dodjelu od Cα i Cβ do ostatka bočnog lanca koristeći eksperimente kao što je HCCH-TOCSY, koji je u osnovi TOCSY eksperiment riješen u dodatnoj dimenziji ugljika.

## Generiranje ograničenja
Da bi se izvršili strukturni proračuni, potrebno je generirati niz eksperimentalno određenih ograničenja. Ona spadaju u različite kategorije; najčešće korištena su ograničenja udaljenosti i ograničenja kuta.

### Ograničenja udaljenosti
Poprečni vrh u NOESY eksperimentu označava prostornu blizinu između dva dotična jezgra. Stoga se svaki vrh može pretvoriti u maksimalnu udaljenost između jezgara, obično između 1,8 i 6 angstroma. Intenzitet NOESY vrha proporcionalan je udaljenosti na minus 6. potenciju, tako da se udaljenost određuje prema intenzitetu vrha. Odnos intenziteta i udaljenosti nije egzaktan, pa se obično koristi raspon udaljenosti.

Od velike je važnosti dodijeliti NOESY vrhove ispravnim jezgrima na osnovu hemijskih pomaka. Ako se ovaj zadatak obavlja ručno, obično je vrlo radno intenzivan, budući da proteini obično imaju hiljade NOESY vrhova. Neki računarski programi, kao što je PASD./XPLOR-NIH, UNIO, CYANA, ARIA/CNS, and AUDANA/PONDEROSA-C/S na integrativnoj NMR platformi automatski izvršiti ovaj zadatak na ručno prethodno obrađenim listama položaja vrhova i volumena vrhova, zajedno s proračunom strukture. Direktan pristup sirovim NOESY podacima bez potrebe za glomaznim iterativnim pročišćavanjem lista vrhova do sada je omogućen samo putem PASD-a.

## Izmjena vodika i deuterija
NMR spektroskopija je specifična za jezgro. Stoga može razlikovati vodik i deuterij. Amidni protoni u proteinu se lako izmjenjuju s rastvaračem i, ako rastvarač sadrži drugačiji izotop, obično deuterij, reakcija se može pratiti NMR spektroskopijom. Koliko brzo se određeni amid izmjenjuje odražava njegovu dostupnost rastvaraču. Stoga, brzine izmjene amida mogu dati informacije o tome koji su dijelovi proteina zakopani, vezani vodikovim vezama itd. Uobičajena primjena je poređenje izmjene slobodnog oblika u odnosu na kompleks. Pretpostavlja se da se amidi koji postaju zaštićeni u kompleksu nalaze u interakcijskom interfejsu.

## Izračun strukture
[thumb|left|300px| Određivanje strukture nuklearnom magnetnom rezonanciom generira skup struktura. Strukture će konvergirati samo ako su podaci dovoljni da diktiraju određeni pregib. U ovim strukturama, to je slučaj samo za dio strukture. Iz unosa [PDB 1SSU.]]

The experimentally determined restraints can be used as input for the structure calculation process. Researchers, using computer programs such as XPLOR-NIH, pokušavaju zadovoljiti što više ograničenja, pored općih svojstava proteina kao što su dužine veza i uglovi. Algoritmi pretvaraju ograničenja i opća svojstva proteina u energetske termine, a zatim pokušavaju minimizirati tu energiju. Proces rezultira skupom struktura koje će, ako su podaci dovoljni da diktiraju određeni pregib, konvergirati.

## Validacija strukture
Skup dobijenih struktura je "eksperimentalni model", tj. reprezentacija određene vrste eksperimentalnih podataka. Priznavanje ove činjenice je važno jer znači da model može biti dobra ili loša reprezentacija tih eksperimentalnih podataka. Općenito, kvalitet modela zavisit će i od količine i od kvaliteta eksperimentalnih podataka korištenih za njegovo generiranje, kao i od ispravne interpretacije takvih podataka.

Svaki eksperiment ima povezane greške. Slučajne greške će utjecati na ponovljivost i preciznost rezultirajućih struktura. Ako su greške sistematske, to će utjecati na tačnost modela. Preciznost označava stepen ponovljivosti mjerenja i često se izražava kao varijansa skupa izmjerenih podataka pod istim uslovima. Međutim, tačnost označava stepen u kojem se mjerenje približava svojoj "pravoj" vrijednosti.

U idealnom slučaju, model proteina bit će tačniji što se više prilagođava stvarnom molekulu koji ga predstavlja i bit će precizniji jer postoji manja nesigurnost oko položaja njihovih atoma. U praksi ne postoji "standardna molekula" s kojim bi se mogli porediti modeli proteina, tako da je tačnost modela data stepenom slaganja između modela i skupa eksperimentalnih podataka. Historijski gledano, strukture određene NMR-om su, općenito, bile nižeg kvaliteta od onih određenih rendgenskom difrakcijom. To je dijelom posljedica manje količine informacija sadržanih u podacima dobijenim NMR-om. Zbog ove činjenice, postala je uobičajena praksa da se kvalitet NMR ansambala utvrdi upoređivanjem s jedinstvenom konformacijom određenom rendgenskom difrakcijom za isti protein. Međutim, struktura dobijena rendgenskom difrakcijom možda ne postoji, a budući da su proteini u rastvoru fleksibilne molekule, protein predstavljen jednom strukturom može dovesti do podcjenjivanja intrinzične varijacije atomskih položaja proteina. Skup konformacija, određen NMR-om ili rendgenskom kristalografijom, može biti bolji prikaz eksperimentalnih podataka proteina nego jedinstvena konformacija.

Korisnost modela bit će data, barem djelimično, stepenom tačnosti i preciznosti modela. Precizan model sa relativno niskom preciznošću mogao bi biti koristan za proučavanje evolucijskih odnosa između struktura skupa proteina, dok racionalni dizajn lijeka zahtijeva i precizne i tačne modele. Model koji nije tačan, bez obzira na stepen preciznosti s kojim je dobijen, neće biti veoma koristan.

Budući da su proteinske strukture eksperimentalni modeli koji mogu sadržavati greške, vrlo je važno biti u stanju otkriti te greške. Proces usmjeren na otkrivanje grešaka poznat je kao validacija.
Postoji nekoliko metoda za validaciju struktura, neke su statističke poput PROCHECK i WHAT IF, dok su druge zasnovane na fizičkim principima kao što je CheShift ili mješavina statističkih i fizičkih principa PSVS.

## Dinamika
Pored struktura, nuklearna magnetna rezonanca može dati informacije o dinamici različitih dijelova proteina. To obično uključuje mjerenje vremena relaksacije kao što su T1 i T2 kako bi se odredili parametri reda, vremena korelacije i brzine hemijske izmjene. NMR relaksacija je posljedica lokalnih fluktuirajućih magnetskih polja unutar molekule. Lokalna fluktuirajuća magnetska polja generiraju se molekularnim kretanjem. Na ovaj način, mjerenja vremena relaksacije mogu pružiti informacije o kretanjima unutar molekule na atomskom nivou. U NMR studijama dinamike proteina, izotop dušik-15 je preferirano jezgro za proučavanje jer se njegova vremena relaksacije relativno lako povezuju s molekularnim kretanjima. Međutim, ovo zahtijeva izotopsko označavanje proteina. Vremena relaksacije T1 i T2 mogu se mjeriti korištenjem različitih vrsta eksperimenata zasnovanih na HSQC. Vrste kretanja koje se mogu detektovati su kretanja koja se javljaju na vremenskoj skali u rasponu od oko 10 pikosekundi do oko 10 nanosekundi. Pored toga, mogu se proučavati i sporija kretanja, koja se odvijaju na vremenskoj skali u rasponu od oko 10 mikrosekundi do 100 milisekundi. Međutim, budući da se atomi dušika nalaze uglavnom u skeletu proteina, rezultati uglavnom odražavaju kretanja skeleta, koji je najčvršći dio molekule proteina. Stoga, rezultati dobijeni mjerenjima relaksacije dušika-15 možda nisu reprezentativni za cijeli protein. Stoga su nedavno razvijene tehnike koje koriste mjerenja relaksacije ugljika-13 i deuterija, što omogućava sistematska istraživanja kretanja bočnih lanaca aminokiselina u proteinima.

Izazovan i poseban slučaj proučavanja dinamike i fleksibilnosti peptida i proteina pune dužine predstavljaju neuređene strukture. Danas je prihvaćen koncept da proteini mogu pokazivati fleksibilnije ponašanje poznato kao poremećaj ili nedostatak strukture; međutim, moguće je opisati skup struktura umjesto statičke slike koja predstavlja potpuno funkcionalno stanje proteina. U ovom području su predstavljeni mnogi napredci, posebno u smislu novih pulsnih sekvenci, tehnološkog poboljšanja i rigorozne obuke istraživača u ovoj oblasti.

## NMR spektroskopija na velikim proteinima
Tradicionalno, spektroskopija nuklearne magnetne rezonancije bila je ograničena na relativno male proteine ili proteinske domene. To je dijelom uzrokovano problemima u rješavanju preklapajućih vrhova u većim proteinima, ali je to ublaženo uvođenjem izotopskog označavanja i višedimenzijskih eksperimenata. Još jedan ozbiljniji problem je činjenica da se kod velikih proteina magnetizacija brže relaksira, što znači da ima manje vremena za detekciju signala. To zauzvrat uzrokuje da vrhovi postaju širi i slabiji, te na kraju nestaju. Uvedene su dvije tehnike za ublažavanje relaksacije: spektroskopija optimizirana za transverzalnu relaksaciju (TROSY) i deuterizaciju proteina. Korištenjem ovih tehnika bilo je moguće proučavati proteine u kompleksu sa 900 kDa šaperonom GroES-GroEL.

## Automatizacija procesa
Određivanje strukture NMR-om tradicionalno je bio dugotrajan proces, koji je zahtijevao interaktivnu analizu podataka od strane visoko obučenog naučnika. Postoji značajan interes za automatizaciju procesa kako bi se povećao protok određivanja strukture i kako bi se NMR proteina učinio dostupnim i nestručnjacima (vidi strukturna genomika). Dva procesa koja oduzimaju najviše vremena su dodjeljivanje rezonancija specifičnih za sekvencu (dodjeljivanje glavnog i bočnog lanca) i zadaci dodjeljivanja NOE. Objavljeno je nekoliko različitih računarskih programa koji ciljaju pojedinačne dijelove ukupnog procesa određivanja NMR strukture na automatizovan način. Najveći napredak postignut je u zadatku automatiziranog dodjeljivanja NOE. Do sada su predloženi samo FLYA i UNIO pristup za izvođenje cijelog procesa određivanja NMR strukture proteina na automatiziran način bez ikakve ljudske intervencije. Također su uloženi napori u standardizaciju protokola za proračun strukture kako bi bio brži i podložniji automatizaciji. Nedavno je objavljen paket POKY, nasljednik gore spomenutih programa, koji pruža moderne GUI alate i AI/ML funkcije.

## Također pogledajte 
* NMR spektroskopija
* Nuklearna magnetna rezonancija
* Nuklearna magnetna rezonancija spektroskopija ugljikohidrata
* Nuklearna magnetna rezonancija spektroskopija nukleinskih kiselina
* Kristalizacija proteina
* Dinamika proteina
* Relaksacija (NMR)
* Rendgenska kristalografija

## Reference 
## Dopunska literatura
* 
* 
* 
* 

## Vanjski linkovi
* NOESY-Based Strategy for Assignments of Backbone and Side Chain Resonances of Large Proteins without Deuteration (a protocol)
* relax Software for the analysis of NMR dynamics
* ProSA-web  Web service for the recognition of errors in experimentally or theoretically determined protein structures
* Protein structure determination from sparse experimental data - an introductory presentation
* Protein NMR Protein NMR experiments

Kategorija:Biološka terminologija
Kategorija:Biofizika
Kategorija:Struktura proteina
Kategorija:Spektroskopija