Mikrosatelit

**Mikrosateliti** ili ponavljanje jednostavne sekvence, poznati i kao **SSR** (*Simple Sequence Repeats*) ili također  **SSLP** – *Simple sequence length polymorphism*) su kratke, nekodirajuće sekvence DNK koje se  često ponavljaju u genomu  nekog organizma. Često je više ponavljanja  fokusirano na istom genskom lokusu.

Ponavljanje  sekvence u mikrosatelitu  je vrlo jednostavno. Sastoji se od 2-4  nukleotida i mogu  se ponovo  pojaviti i 10 do 100 put. Sekvenciranjem  lokusa mikrosatelita, dobiju se sekvence, kao što su **...—A-T-T-A-G-T-A-G-T-A-G-T-A-G-T-A-G-T-A-G—...**

Mikrosateliti su najčešći oblik ponavljanja  DNK sekvenci.

Najčešći ponavljajući dinukleotidi su  tipa (**C-A**) i čine oko 0,5% genoma.
## Klasifikacija 
Mikrosateliti se klasificiraju prema broju pripadajućih nukleotida za ponavljanje, kao što su: *mono*,  *di*, *tri*, *tetra*, *penta* ili *heksanucleotidi*.
Klasifikacija uključuje standarde: **čisti**
ili **savršen**.
* **Čisti ili savršeni **:  Jedan motiv se ponavlja *n* puta, kao (AC)9
* **Čisti isprekidani**: Jedan motiv s ponavlja *n* puta, gdje se nukleotidi ubacuju između različitih ponavljanja,  npr(CA)2AA(CA)12
* ** Miješani**: Dva ili više ponavljanja motiva u seriji, , kao  (GT)2(TG)10
* **Miješani  isprekidani**: Najmanje jedan od razloga predstavlja prošarano-isprekidanog pojavljivanja nukleotida,  npr: (CT)4(GT)2CTAT(GT)15
* **Kompleksni**: Kombinacije bilo kojeih od navedenih klasa, bez ikakvog definiranog obrasca u poretku, npr. (ACC)8+TG+(GA)12+(TTA)5+GC+(TTA)4

## Analiza mikrosatelita 
U SAD-a  postoji DNK baza podataka za potrebe kriminalistike, pod nazivom *CODIS* (eng. *COmbined DNA Indexing System*) koji za analizu pruža 13 STR  prisutnik  na hromosomima 11 i  23.

STR lokusi koje  CODIS koristi  u DNK testovima, 13 od 11 hromozoma, su:

Još jedan marker – amelogenin (AMEL) identificira spol  osobe, jer je odgovarajući gen  okružen sekvencama koje su  međusobo malo drugačije na heterohromosomima  X i Y. Njihovo  određivanje i odvajanje  ukazuje na spol testirane osobe. 
Razni STR se prethodno analiziraju ukupno, a zatim specifične sekvence za svaki STR i identičnost kod  različitih osoba, osim rijetkih mutacija. Takve sekvence hybridiziraju sa prajmerima, specijalno dizajniranim  da ne ometaju jedni druge i da bi se razlike u dužini različitih  STR podvrgle  PCR.

Ako se dobije adekvatna količina STR, kapilarna elektroforeza će dati niz bendova koji odgovaraju različitim dužinama istog STR. Usporedba ovih bendova DNK osumnjičenog sa onima u DNK preuzete na mjestu zločina, može, u vođenom sporu ili testu,  dovesti do pripisivanja ili odricanje (odgovornosti).
Trebe uzeti u obzir činjenicu  da  hromozomi  majki i očevi mogu biti homozigotni ili heterozigotni za slijed STR. U prvom slučaju imamo samo jedan bend za  marker, u drugom,  umjesto toga, ispolje se  dva (možda nešto manje izražena) i različit broj ponavljanja u odgovarajućim homolozima očeva i majki.

## Primjena
[mini|400px|Jedan broj uzoraka [DNK *Littorina plena* amplificiranih  polimeraznom lančanom reakcijom (PCR), uz prajmer koji je usmjeren na varijablu jednostavne sekvence ponavljanja (SSR), poznatiji  kao mikrosatelitski lokus. Uzorci su dobijeni na 5% poliakrilamidnom gelu i vidljio obojeni srebrom.]]

Mikrosateliti manje ili više distribuirani širom genoma eukariota, a  u nihovom prisustvo u telomerim regijama opisane su mnoge pridruženih bolesti . Međutim, čak i funkcionalni značaj ovih sekvenci  nije poznat, iako je najprihvaćenija hipoteza sugerira da se mogu odnositi na pakovanje i kondenzaciju  DNK u hromosomu , iako s niskim frekvencijama  u kodirajučim  regijama, a možda i u telomerama .  Njegove posebne prednosti  u proučavaju polimorfizma su  niska cijena i kodominantnost pa je  upotreba mikrosateliti je imala veliki uticaj na proučavanje genetike životinja, biljaka  i ljudi,  samog  otkrića 1989. godine.

U studijama povezanosti, u kojima su proučavane porodice sa  koncentriranim bolestima, opisana je vezanost ovih markera sa monogenskim ili oligogenskim bolestima. Tako su geni *BRCA1* i *BRCA2* nađen uz rak dojke  ili MSH2 (stimulirajući hormon melanocita).

Mikrosateliti su upotrebljivi za genetičke analize, jer je broj ponavljanja  individualno drugačiji  i zato se segmentiranjem  DNK  restrikcijskim enzimima, kod različitih jedinki,  dobiju fragmenti različitih dužina. Na ovaj način se jednostavno identificiraju  polimorfizmi DNK molekula.
Analiza dužine mikrosatelita  u određenom mjestu (genskom lokusu)  u određenom genomu se odvija putem  polimerazne lančane reakcije  (PCR). U ovom slučaju, upotrebljavaju se kratki  sintetički oligonukleotidi (tzv prajmeri,  koji su komplementarni onima u DNK sekvenci na proučavanom mikrosatelitu. Dva (obično različita) PCR proizvoda mogu biti odvojeni  u gelu, pri čemu se se određuje i  njihova dužina.

## Programi za mikrosatelite
## Reference
## Također pogledajte
*Genetički marker
*Minisatelit
*Gen
*Genotip
*Fenotip

Kategorija:Molekularna genetika
Kategorija:Nukleinske kiseline
Kategorija:DNK
Kategorija:Genetika