IRX1

**Irokezna klasa homeodomenskog proteina IRX-1**, znana i kao **irokezni homeoboksni protein 1**, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom **IRX1**  sa hromosoma 5. Svi članovi irokezne proteinske porodice (IRO) imaju po dva visoko konzervirana obilježja, koja kodiraju homeodomen i karakteristični IRO motiv sekvence. Poznato je da  imaju brojne uloge u ranom uzorkovanju embriona.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  480 aminokiselina, а molekulska težina  49.621 Da.

1020304050
MSFPQLGYPQYLSAAGPGAYGGERPGVLAAAAAAAAAASSGRPGAAELGG
GAGAAAVTSVLGMYAAAGPYAGAPNYSAFLPYAADLSLFSQMGSQYELKD
NPGVHPATFAAHTAPAYYPYGQFQYGDPGRPKNATRESTSTLKAWLNEHR
KNPYPTKGEKIMLAIITKMTLTQVSTWFANARRRLKKENKVTWGARSKDQ
EDGALFGSDTEGDPEKAEDDEEIDLESIDIDKIDEHDGDQSNEDDEDKAE
APHAPAAPSALARDQGSPLAAADVLKPQDSPLGLAKEAPEPGSTRLLSPG
AAAGGLQGAPHGKPKIWSLAETATSPDGAPKASPPPPAGHPGAHGPSAGA
PLQHPAFLPSHGLYTCHIGKFSNWTNSAFLAQGSLLNMRSFLGVGAPHAA
PHGPHLPAPPPPQPPVAIAPGALNGDKASVRSSPTLPERDLVPRPDSPAQ
QLKSPFQPVRDNSLAPQEGTPRILAALPSA

## Gen 
*IRX1* se nalazi na prednjem lancu DNK hromosoma 5, između parova baza 3,596.054 i 3,601.403, na lokaciji 5p15.3. Analiza promotora je priređena je pomoću programa *El Dorado* putem stranice softvera Genomatix. Predviđena regija promotora obuhvata 1.040 parova bazaod položaja 3,595.468 do 3,595.468 bp na prednjoj niti hromosoma 5.

### Gensko susjedstvo 
IRX1 je relativno izoliran, bez drugih gena koji kodiraju proteine s položaja 3,177.835 – 50,70.004. Homeodomen pripada TALE klasi (tri aminokiselinske ekstenzije) klase homeodomena koju karakterizira dodavanje tri dodatne aminokiseline između prve i druge spirale u tri alfa-heliksa koji čine domen. Prisustvo ovog dobro karakteriziranog homeodomana snažno sugerira da IRX1 djeluje kao transkripcijski faktor. Ovo je dodatno potkrijepljeno predviđenom lokalizacijom IRX1 u jedru. IRO motiv je regija nizvodno od homeodomena koji se nalazi samo u pripadnicima proteina homeodomenske klase Irokez, iako je njegova funkcija slabo shvaćena. Međutim, njegova sličnost s unutrašnjom regijom receptora zareznog proteina sugerira da može biti uključen u interakcije protein-protein. spojen sa C-terminalnim krajen homeodomena. Ovaj domen dobija krilati heliks-obrt-heliksni preklop za koji se predviđa da veže DNK i smatra se da ima ulogu u regrutiranju efektorskih aktivnosti na DNK. Predviđa se nekoliko oblika posttranslacijskih modifikacija, uključujući SUMOilaciju, C-manozilaciju i fosforilaciju, koristeći bioinformatičkwe alate iz baze ExPASy Bioinformatička analiza IRX1 pomoću alata * NetPhos * predvidjela je 71 potencijalno mjesto fosforilacija u cijelom proteinu.

### Ekspresija 
Podaci iz mikročipova i RNK seq ukazuju na to da se IRX1 sveprisutno eksprimira na niskim razinama u tkivima odraslih, a najveći relativni nivo ekspresije javlja se u tkivima srca, masnog tkiva, bubrega i dojke . Umjerene do visoke razine također su izražene u plućima, prostati i želucu. Analiza promotora *El Dorado* programom iz Genomatixa predvidjela je da je ekspresija IRX1 regulirana faktorima koji uključuju E2F regulatore ćelijskog ciklusa, NRF1 i ZF5, i brahiuriju.

### Proteinske interakcije 
Potencijalni partneri u interakciji s proteinima za IRX1 pronađeni su pomoću računarskih alata. U bazi podataka STRING navedeno je devet navodno interaktivnih partnera podržanih dokazima rudarenjem teksta, iako pažljivija analiza rezultata pokazuje slabu podršku za većinu ovih predviđenih interakcija. Međutim, moguće je da je jedan od ovih proteina, CDKN1A, uključen u predviđenu regulaciju IRX1, pomoću regulatora ćelijskog ciklusa E2F.

## Konzervacija 
### Ortolozi 
IRX1 ima visok stupanj konzerviranosti kod vrsta kičmenjaka i beskičmenjaka. Cjelokupni protein je potpunije konzeviran kod  kičmenjaka, dok su samo homeodomena i IRO motiv konzervirani u udaljenijim homolozima.

Homologija sekvence pronađena je u vrstama koje su u srodnoj vezi sa ljudima, kao i svinjskom glistom *Ascaris suum*, iz porodice *Ascarididae*, koristeći BLAST i ALIGN alat preko San Diego Super Computer Computer Biology Workbench-a. U nastavku je tabela koja opisuje evolucijsko konzerviranje IRX1.

### Paralozi 
Kod ljudi, *IRX1* je jedan od šest članova proteina homeodomenske klase Irokez: * IRX2*, *IRX3*, *IRX4* , *IRX5* i *IRX6*. *IRX1*, *IRX2* i *IRX4* nalaze se na  hromosomu 5, a njihova orijentacija odgovara onoj kod  *IRX3*, *IRX5* i * IRX6* nađenih na ljudskom hromosomu 16.

## Reference 
## Dopunska literatura
*
*
*
*
*
*

## Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 5
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika