CXorf66

**CXorf66**, znan i kao  **protein otvorenog čitanja 66 hromosoma X**, je 361aa protein koji je kod ljudi kodiran genom **CXorf66**. Predviđa se da je kodirani protein tip 1 transmembranski protein; međutim, njegova tačna funkcija još uvijek nije poznata. CXorf66 has one alias: RP11-35F15.2.

Protein CXorf66 potencijalni je novi biomarker raka.

## Gen
CXorf66 se nalazi na hromosomu X, pozicija Xq27.1, na komplementnom lancu. The CXorf66 gene is located between ATP11C ATPase, MIR505, and HNRNPA3P3.

## iRNK
### Varijante prerade
CXorf66 se sastoji samo od jedne poznate preradne varijante s tri egzona (1-117, 118-271 i 272-1288bp) i dva introna.
 proizvoda gena CXorf66]]

Utvrđeno je da CXorf66ima samo jedno poliadenilacijsko mjesto.

## Protein
### Sasatav
Sa 57 serina i 42 lizina, protein CXorf66 bogat je i prvim i drugim. CXorf66 ima molekulsku težinu od  39,9kdal, a izoelektrična tačka mu je 9,89. A signal peptide cleavage site is predicted to occur between the 17-18aa. Analizirajući sastav proteina (bogat serinom i lizinom) i posttranslacijske modifikacije (visoki nivoi fosforilacije), predviđa se da je prvi topološki domen [20-47aa] vanćelijski, dok je topološk domen [69- 361aa]  citoplazmatski. Vizuelni prikaz može se vidjeti na  slici II.

 
Tri ponovljena motiva DKPV [31-34 i 204-207aa], SEAK [97-100 i 287-290aa] i PKRS [161-164 i 245-248aa] pronađena su u ljudskom proteinu CXorf66. Ova ponavljanja su konzervirana kod drugih primata, kao što su *Gorilla gorilla gorilla * i *Macaca mulatta*, ali ih nema kod drugih sisara.

### Jednonukleotidni polimorfizmi
Postoji jedna prirodna varijanta populacije (frekvencija 0,436) kod 233aa, od prolina do leucina u proteinu CXorf66, s prolinom koji je predački kodirana aminokiselina. Efekti  ove misens mutacije nisu primijećeni.

### Interaktivni proteini
Na osnovu predviđene interakcije proteina u programu STRING, CXorf66 ima bodovanje srednjeg nivoa za povezanost s proteinima navedenim na  slici III. Važno je napomenuti da svi navedeni proteini nisu eksperimentalno određeni.

## Regulacija
### Transkripcija 
#### Promotor 
Poznat je samo je jedan promotor kojeg je Genomatix predvidio za protein CXorf66 na negativnom lancu iz 139047554-139048298, čija je dužina 745 bp. Kada se za generirani promotor CXorf66 koristi  BLAT-poravnavanje, pronađeni su brojni pogoci s visokim identitetom za različite gene na različitim hromodsomima. Slijedi nekoliko generiranih rezultata pretraživanja s najboljim bodovanjem koji dijele visok postotak poklapanja identiteta:

Jedinstveno, TESK2 je testis-specifična protein-kinaza, koja korelira s predviđenom ekspresijom tkivnog CXorf66.

#### Faktori transkripcije 
Korištenjem Genomatixa, stvorena je tabela sa 20 glavnih transkripcijskih faktora i njihovih mjesta vezanja u promotoru CXorf66 (vidi sliku IV) 

### Translacija
CXorf66 ima dvije miRNK, hsa-mir-1290  i  hsa-miR-4446-5p  predviđene za vezanje sa 3' UTR regijom iRNK.

#### Posttranslacijske modifikacije
Expasyjevim programom predviđeno je jedno N-glikozilacijsko mjesto NetNGlyc na NGSS [24aa] sa sekundarnim mestom također moguće na  NGTN [21aa]. Primjenom NetPhos, predviđeno je ukupno 48 fosforijacijskih mjesta (41 serin, 2 treonina i 5 tirozina), koja se sva događaju nakon predviđenog transmembranskog domena, sugerirajući citoplazmatsku topologiju. Upotrebom YinOYang, many [O-GlcNAc](https://en.wikibooks.org/wiki/Structural_Biochemistry/Proteins/Protein_O-GlcNAcylation_by_O-linked_%CE%B2-N-acetylglucosamine_(O-GlcNAc)) predviđena su mjesta. Sve što uključuje visoki potencijal javlja se nakon transmembranske regije 48-68aa. SUMO plot analiza provedena za protein CXorf66 vrste *Homo sapiens*, otkrila je veliku vjerovatnoću motiva sumolizacije na položaju K241, zajedno s motivima male vjerovatnoće na K316 i K186. Budući da sumoilacija ima ulogu u različitim ćelijskim procesima, kao što su jedarno-citosolni transport i regulacija transkripcije, očekuje se da je CXorf66 posttranslacijom modificirani SUMO protein.

#### Subćelijska lokalizacija
Koristeći PSORT II, nađeno je da postoji signal jedarne lokalizacije od PYKKKHL na 268aa. Može se vidjeti da se ovaj signal kozervira kod primata; međutim, nije prisutan kod drugih sisara. Pored toga, slijedeći SASC kNN-Prediction SDSC-ovog Biology Workbencha, ljudski protein CXorf66  i homolog miša imaju 47,8% vjerovatnoće da završe u jedarnom dijeli ćelije. Za udaljenije homologe, poput onoh kod  *Bos taurus*, koji nemaju jedarne lokalizacijske signale, međutim, CXorf66 ima vjerovatnoću 34,8% da završi u vanćelijskom prostoru, uključujući regiju ćelijskog zida ili plazmatske membrane. Za prikaz nekoliko homologa i njihovih signala nuklearne lokalizacije, pogledati  sliku V.

## Homologija 
CXorf66 nema poznate paraloge kod ljudi; međutim konzervirao je homologe širom carstva Mammalia. Izuzetno konzerviran je kod primata, po čemu je uočljiva brza evolucija za CXorf66, vidi sliku VI, objašnjavajući veći broj ortologa kod sisara, a ne kod beskičmenjaka, ptica i gmizavaca.

## Ekspresija
Iz Unigeneovog EST cDNK iz  obilja tkiva i Atlasa proteina, CXorf66 ima umjereno visoke nivoe ekspresije u testisima, uz viši nivo ekspresije u fetusnom tkivu, u odnosu na druge razvojne faze. Protein CXorf66 također ima primjetno slabo prisustvo ukupne RNK u kontrolnom endometriju i endometriozi. CXorf66 has been portrayed to have notable presence in the plasma and platelet. Pored toga, primjetno je prisustvo 60–100% proteina CXorf66 i u tkivu oštećenog septuma i u dilatacijskoj kardiomiopatiji. Nadalje, CXorf66 ima ~75% proteinskog prisustva u jednojedarnim ćelijama periferne krvi.

-ova predviđena tkivna ekspresija ljudskog proteina  CXorf66]]

## Reference 
Kategorija:Geni na hromosomu X