DHX38

**Pre-iRNK-faktor prerade ATP-ovisne RNK helikaze PRP16**  je  enzim koji je kod ljudi kodiran genom **DHX38**. Gross (2018) mapirao  je gen DHX38 u hromosom 16, sekvenca q22.2,  na osnovu poravnanja DHX38 sekvence (GenBank BC004235) sa genomskom sekvencom (GRCh38).

Prerada pre-iRNK zahtijeva stvaranje niza splajsosomnih kompleksa koji se okupljaju redom E, A, B i C. U C kompleksu postoje dva  koraka katalitske prerade. DHX38 je faktor prerade, bitan za katalitički korak II.

DEAD kutija proteina, koju karakterizira konzervirani motiv Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), obuhvata navodne RNK-helikaze. Uključeni su u brojne ćelijske procese promjene sekundarne strukture RNK, poput inicijacije translacije, jedare, mitohondrijske ribosomne prerade  i prerade splajsosoma. Na osnovu njihovih obrazaca raspodjele, vjeruje se da su neki članovi ove porodice uključeni u embriogenezu, spermatogenezu i ćelijski rast i diobu. Protein kodiran od ovog gena član je porodice faktora  prerade RNK DEAD/H. Ovaj protein sličniji je kvaščevom Prp16 više nego ostali članovi ove porodice. To je ATPaza , bitna je za katalitski korak II u procesu prerade  pre-iRNK..

1020304050
MGDTSEDASIHRLEGTDLDCQVGGLICKSKSAASEQHVFKAPAPRPSLLG
LDLLASLKRREREEKDDGEDKKKSKVSSYKDWEESKDDQKDAEEEGGDQA
GQNIRKDRHYRSARVETPSHPGGVSEEFWERSRQRERERREHGVYASSKE
EKDWKKEKSRDRDYDRKRDRDERDRSRHSSRSERDGGSERSSRRNEPESP
RHRPKDAATPSRSTWEEEDSGYGSSRRSQWESPSPTPSYRDSERSHRLST
RDRDRSVRGKYSDDTPLPTPSYKYNEWADDRRHLGSTPRLSRGRGRREEG
EEGISFDTEEERQQWEDDQRQADRDWYMMDEGYDEFHNPLAYSSEDYVRR
REQHLHKQKQKRISAQRRQINEDNERWETNRMLTSGVVHRLEVDEDFEED
NAAKVHLMVHNLVPPFLDGRIVFTKQPEPVIPVKDATSDLAIIARKGSQT
VRKHREQKERKKAQHKHWELAGTKLGDIMGVKKEEEPDKAVTEDGKVDYR
TEQKFADHMKRKSEASSEFAKKKSILEQRQYLPIFAVQQELLTIIRDNSI
VIVVGETGSGKTTQLTQYLHEDGYTDYGMIGCTQPRRVAAMSVAKRVSEE
MGGNLGEEVGYAIRFEDCTSENTLIKYMTDGILLRESLREADLDHYSAII
MDEAHERSLNTDVLFGLLREVVARRSDLKLIVTSATMDAEKFAAFFGNVP
IFHIPGRTFPVDILFSKTPQEDYVEAAVKQSLQVHLSGAPGDILIFMPGQ
EDIEVTSDQIVEHLEELENAPALAVLPIYSQLPSDLQAKIFQKAPDGVRK
CIVATNIAETSLTVDGIMFVIDSGYCKLKVFNPRIGMDALQIYPISQANA
NQRSGRAGRTGPGQCFRLYTQSAYKNELLTTTVPEIQRTNLANVVLLLKS
LGVQDLLQFHFMDPPPEDNMLNSMYQLWILGALDNTGGLTSTGRLMVEFP
LDPALSKMLIVSCDMGCSSEILLIVSMLSVPAIFYRPKGREEESDQIREK
FAVPESDHLTYLNVYLQWKNNNYSTIWCNDHFIHAKAMRKVREVRAQLKD
IMVQQRMSLASCGTDWDIVRKCICAAYFHQAAKLKGIGEYVNIRTGMPCH
LHPTSSLFGMGYTPDYIVYHELVMTTKEYMQCVTAVDGEWLAELGPMFYS
VKQAGKSRQENRRRAKEEASAMEEEMALAEEQLRARRQEQEKRSPLGSVR
STKIYTPGRKEQGEPMTPRRTPARFGL

:Simboli

**C**:  Cistein 
**D**: Asparaginska kiselina 
**E**: Glutaminska kiselina 
**F**:  Fenilalanin 
**G**:  Glicin 
**H**:  Histidin 
**I**:  Izoleucin 
**K**: Lizin 
**L**: Leucin 
**M**:  Metionin 
**N**:  Asparagin 
**P**:  Prolin 
**Q**:  Glutamin 
**R**:  Arginin 
**S**:  Serin 
**T**:  Treonin 
**V**:  Valin 
**W**:  Triptofan 
**Y**:  Tirozin

## Kloniranje i ekspresija
Pretragom baza podataka o sekvencama za homologe kvasca Prp16 i Prp17, koji su uključeni u katalitski korak II, praćenom PCR-om, Zhou i Reed (1998) izolirali su cDNK koja kodira ljudskee PRP16 i PRP17. Predviđeni protein PRP16 sa 1.227 aminokiselina, koji je 41% identičan kvašćevom Prp16, sadrži konzerviranini motiv koji veže NTP i šest motiva RNK-helikaza, koji su tipski za porodicu kutija DEAH navodnih RNK-helikaza. PRP16 se razlikuje od svog homologa kvasca na N-kraju, gdje ima REDS-bogatu regiju koje nema u kvaščevom Prp16. Analizom komplementacije, utvrđeno je da PRP16 nije mogao spasiti nokaut Prp16 kvasca, osim kao himera s 298 N-terminalnih ostataka kvasca Prp16, što sugerira da regija bogata REDS-om ne može funkcionirati u sistemu kvasca, dok su faktori DEAH okvira ključni. Western blot analiza otkrila je jedarni protein od 140 kD koji se pojavio kasnije od SF3B3 i povezan je sa splajsosomom prije katalitskog koraka II. Studije imunoosirošivanje/dodavanja u ljudskim jedarnim ekstraktima pokazale su da je PRP16 općeniti faktor prerade, bitan za katalitski korak II.
## Molekulska genetika
Sekvenciranjem egzona u pakistanskoj porodici srodnika s ranim početkom *retinitis pigmentosa* i makulskog koloboma, u kojem je bilo sugestivne veze sa hromosomom 16 (višestruka ocjena loda od 2,65 za marker rs11646282), Ajmal et al. (2014) identificirali su homozigotnost zbog misens mutacije u genu DHX38 (G332D) koja se odvojila od fenotipa u porodici. Varijanta nije pronađena u 180 etnički podudarnih kontrola ili u Exome Variant Serveru, projektu 1000 Genomes ili u bazama podataka dbSNP. Nisu izvedene funkcionalne studije varijante.
U dva pogođena člana srodničke pakistanske porodice (MA88 i MA157) s *retinitis pigmentosa* s ranim početkom, Latif et al. (2018) identificirali su homozigotnost za istu misense mutaciju u genu DHX38 (R324Q). Sekvenciranje gena kod tri člana svake porodice sa normalnim vidom nije identificiralo mutaciju. Varijanta nije bila prisutna ni u jednom od 30.766 južnoazijskih alela u bazi podataka gnomAD. Nisu izvedene funkcionalne studije varijante.

## Reference
## Dopunska literatura
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*

Kategorija:Geni na hromosomu 16
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika