Tercijarna struktura proteina

[thumb|250px|Tercijarna struktura [mioglobin (u sredini je hem)]]
**Tercijarna struktura proteina** – u   biohemiji – je njegova trodimenzijska struktura, definirana koordinatama atoma.

[thumb|380px|Tercijarna struktura proteina je način na koji je oblikovan polipeptid složenog molekulskog oblika. To je uzrokovano interakcijama R-grupa kao što su ionske i [vodikova veza|vodikove veze, disulfidni mostovi i hidrofobne i hidrofilne interakcije.]]

## Historija 
Nauka o tercijarnoj strukturi proteina prešla je iz jedne hipoteze u detaljnu definiciju. Iako je Emil Fischer sugerirao da su proteini napravljeni od polipeptidnog  i bočnih lanaca aminokiselina, Dorothy Maud Wrinch je uključila geometriju u predviđanje struktura proteina. Wrinch je to pokazao modelom * Ciklol *, prvim predviđanjem strukture globularnog proteina. Suvremeni metodi mogu odrediti, bez predviđanja, tercijarne strukture do unutar 5 Å (0,5&nbsp;nm) za male proteine (<120 ostataka) i, pod povoljnim uvjetima, pouzdana predviđanja  sekundarne strukture.

## Odnos sa primarnom strukturom 
Tercijarna struktura proteina je u velikoj meri određena njihovom primarnom strukturom. Metodi koji se primjenjuju za  za predviđanje tercijarne, preko  primarne strukture općepoznate su kao predviđanja proteinskih struktura. Sredina u kojoj je protein sintetiziran i u kojoj treba da se savija predstavlja značajnu odrednicu njegovog finalnog oblika i najčešće se ne uzima direktno u obzir u aktuelnim metodima predviđanja (najveći broj takvih metoda se oslanja na poređenje primarne strukture čija se posredno predviđa tercijarna, preuzetom iz proteinske banke podataka,, čime se uzima u obzir i sredina jer se pretpostavlja da analizirana i referenta struktura imaju slično ćelijsko okruženje.

## Određivanje tercijarne strukture 
Kod globularnih proteina, tercijarne interakcije često su stabilizirane povlačenjem hidrofobnih bočnih grupa ka bewzvodnoj unutrašnjosti proteina i obogaćivanjem kontaktne površine protein-voda naelektrisanim i hidrofilnim bočnim grupama. 
Kod vanćelijskih  proteina, koji nisu u citoplazmi, disulfidni mostovi između bočnih grupa cisteina  pomažu održavanju tercijarne strukture.  Mnoge slične, stabilne tercijarnih strukture postoje kod proteina koji nemaju sličnu funkciju, niti evoluciju, kao što su mnogi proteini koji su oblikovani kao TIM bure, nazvano po enzimu triozofosfoizomeraza.  Još jedna česta tercijarna struktura je vrlo stabilno dimerno uvijeno klupko, sastavljeno od četiri alfa heliksa. 
Proteini se klasificiraju po  prisutnim strukturama , u bazama podataka kao što su SCOP ili CATH. 
Svaku polipeptidni lanac nema jasno definiranu tercijarna strukturu. Neki od njih, naročito kraći, u prirodnom obliku su neuređeni i, u standardnim fiziološkim uslovima, postoje kao nasumična klupka. Unutar obično vrlo uređenog proteina mogu se naći i neuređene regije, posebno na krajevima lanaca ili njihovim dijelovima koji povezuju domene, čija se relativna orijentacija može mijenjati, u zavisnosti od sredine u kojoj se nalaze.

## Stabilnost prirodnih stanja 
Najčešća konformacija proteina u njegovom ćelijskom okruženju se naziva nativno stanje ili nativna konformacija. Tvrdnja da je njegovo najkarakterističnije stanje ujedno i termodinamički najstabilnije za datu primarnu strukturu, prihvatljiva je u prvoj aproksimaciji, ali ujedno pretpostavlja da reakcija oblikovanja ovog stanja nije kinetički kontrolirana, tj. da je vrijeme od translacije do prelaska u nativno stanje kratko.

U ćeliji, veliki broj proteina-pratitelja, pomažu novosintetisarom polipeptidu da zauzme svoju nativnu komformaciju. Neki od tih proteina deluju vrlo selektivno, kao je protein disulfid-izomeraza, drugi su općiji i mogu pomagati većini loptastih proteina, kao što je prokariotski GroEL/GroES sistem i njemu homologni eukariotski Hsp60/Hsp10 sistem,koji  pripadaju ovoj kategoriji.

Određeni proteini djelotvorno koriste činjenicu da mogu postati kinetički zarobljeni u nekoj visokoenergetskoj konformaciji, usljed kinetike uvijanja proteinskih molekula. Između ostalog, protein hemaglutinin,  virus influence, biva sintetiran kao jedan polipeptidni lanac koji deluje kao „kinetička klopka“. Aktivni oblik proteina se proteolitski razlaže tako da formira dva polipeptidna lanca u visokoenergetskoj konformaciji. Usljed smanjenja pH vrednosti, protein prolazi kroz energetski povoljan konformacijski preobražaj koji mu omogućava prodor  kroz membranu ćelije domaćina.

## Eksperimentalno određivanje 
Najveći broj do sada poznatih proteinskih struktura su određene metodom rendgenske kristalografije, koja daje podatke visoke rezolucije, ali ne i vremenski zavisne informacije o konformacjskoj fleksibilnosti proteina. Drugi, čest način za određivanje strukture proteina je pomoću nuklearne magnetne rezonanse, koja daje podatke nešto niže rezolucije, a i ograničena je na analizu relativno kratkih proteinskih polimera, ali daje vremenski zavisne informacije o kretanju proteina u rastvoru. Više se zna o karakteristikama tercijarne strukture rastvorljivih globularnih, nego membranskih proteina jer je ove izuzetno teško analizirati primjenom  pomenutih  metoda.

## Također pogledajte 
* Primarna struktura proteina
* Sekundarna struktura proteina
* Kvaternarna struktura proteina

## Reference 
## Vanjski linkovi 
* Display, analyse and superimpose protein 3D structures
* Protein Data Bank
* Critical Assessment of Structure Prediction (CASP)  
* Structural Classification of Proteins (SCOP) 
* CATH Protein Structure Classification 

Kategorija:Proteini
Kategorija:Struktura proteina
Kategorija:Fizikalna hemija
Kategorija:Biofizika