C2orf16

**C2orf16** jest protein koji je kod ljudi   kodiran genom  **C2orf16** sa  hromosoma 2. Izoforma 2 ovog proteina (NCBI ID: CAH18189.1 od sada se naziva C2orf16)  duga je 1.984 aminokiseline. Gen sadrži jedan egzon i nalazi se na poziciji 2p23.3.
Po ovom genu poznato je 68 ortologs, uključujući mišjje i ovčije, ali paralozi nisu pronađen.

## Amiokiselininska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 1.984 aminokiseline, a molekulska težina  224.321 Da.

1020304050
MELTPGAQQQGINYQELTSGWQDVKSMMLVPEPTRKFPSGPLLTSVRFSN
LSPESQQQDVKSLEFTVEPKLQSVKHVKLSSVSLQQTIKSVELAPGSLPQ
RVKYGEQTPRTNYQIMESSELIPRPGHQFAKYAEMIPQPKYQIPKSANLI
SIPIYHATESSEMAQGLAYKGIDTVEKSVGLTPKLTGRAKESLGMLLQPD
LQVPKFVDLTPMVRDQGSKFLGLTPEKSYQILETMELLSQSRPRVKDVGE
LYMKPLQQTVEYEGITPELKHYFTEAMGLTAEARIQANEFFGMTPKPTSQ
ATGFAERSPRLCPQNLECVEVISEKRLQGEESVVLIPKSLHHVPDSASGM
TPGLGHRVPESVELTSKSGVQVEKTLQLTPKPQHHVGSPGIISGLGHQVP
ESVNLTCKQWLQMEESLEVPLKQTSQVIGHEESVELTSEARQHREVSMGL
TKSKNQSMKSPGTTPGPLGRIVEFMRISPEPLDQVTESARTQLQVAQSEE
VILIDVPKVVQSVKVTPGPPFQIVKSVTIPRPTPQMVEYIELTPKLQYVR
PSEHHTGPCLQDVKSTKLITKPKHQILETVELTGFQIVKTMLIPGPSLQI
VKSEELAPGPIPQVVEPIGVALESGIEAINCVDLLPRPHLQELIVPAELT
PSPCTQVKSAELTSPQTSPFEEHTILTHKQGLQAVKSTVIKTEPPKVMET
EDLNLGHVCQNRDCQKLTSEELQVGTDFSRFLQSSSTTLISSSVRTASEL
GGLWDSGIQEVSRALDIKNPGTDILQPEETYIDPTMIQSLTFPLALHNQS
SDKTANIVENPCPEILGVDVISKETTKRKQMEELENSLQRHLPQSWRSRS
RTFQAESGVQKGLIKSFPGRQHNVWESHAWRQRLPRKYLSTMLMLGNILG
TTMERKLCSQTSLAERATADTCQSIQNLFGIPAELMEPSQSLPEKGPVTI
SQPSVVKNYIQRHTFYHGHKKRMALRIWTRGSTSSIIQQYSGTRVRIKKT
NSTFNGISQEVIQHMPVSCAGGQLPVLVKSESSLSIFYDREDLVPMEESE
DSQSDSQTRISESQHSLKPNYLSQAKTDFSEQFQLLEDLQLKIAAKLLRS
QIPPDVPPPLASGLVLKYPICLQCGRCSGLNCHHKLQTTSGPYLLIYPQL
HLVRTPEGHGEVRLHLGFRLRIGKRSQISKYRERDRPVIRRSPISPSQRK
AKIYTQASKSPTSTIDLQSGPSQSPAPVQVYIRRGQRSRPDLVEKTKTRA
PGHYEFTQVHNLPESDSESTQNEKRAKVRTKKTSDSKYPMKRITKRLRKH
RKFYTNSRTTIESPSRELAAHLRRKRIGATQTSTASLKRQPKKPSQPKFM
QLLFQSLKRAFQTAHRVIASVGRKPVDGTRPDNLWASKNYYPKQNARDYC
LPSSIKRDKRSADKLTPAGSTIKQEDILWGGTVQCRSAQQPRRAYSFQPR
PLRLPKPTDSQSGIAFQTASVGQPLRTVQKDSSSRSKKNFYRNETSSQES
KNLSTPGTRVQARGRILPGSPVKRTWHRHLKDKLTHKEHNHPSFYRERTP
RGPSERTRHNPSWRNHRSPSERSQRSSLERRHHSPSQRSHCSPSRKNHSS
PSERSWRSPSQRNHCSPPERSCHSLSERGLHSPSQRSHRGPSQRRHHSPS
ERSHRSPSERSHRSSSERRHRSPSQRSHRGPSERSHCSPSERRHRSPSQR
SHRGPSERRHHSPSKRSHRSPARRSHRSPSERSHHSPSERSHHSPSERRH
HSPSERSHCSPSERSHCSPSERRHRSPSERRHHSPSEKSHHSPSERSHHS
PSERRRHSPLERSRHSLLERSHRSPSERRSHRSFERSHRRISERSHSPSE
KSHLSPLERSRCSPSERRGHSSSGKTCHSPSERSHRSPSGMRQGRTSERS
HRSSCERTRHSPSEMRPGRPSGRNHCSPSERSRRSPLKEGLKYSFPGERP
SHSLSRDFKNQTTLLGTTHKNPKAGQVWRPEATR

## Gen 
C2orf16 izoforma 2 gena  ima  6,2 kb, jedan egzon na lokusu 2p23.3, i sadrži P-S-E-R-S-H-H-S ponavljanja na C-terminalnoj strani gena od 1.559. do 1.903. aminokiseline. Čini se da su ova ponavljanja nastala kao transpozibilni elementi. Primati pokazuju više ponavljanja P-S-E-R-S-H-H-S nego drugi sisarskii ortolozi. i retinojsloj kiselini i mitogen-tretiranoj liniji ljudskih embriondkih matičnijh ćelija, ali nije poznato da se drugačije fenotipski izražava po dobima ili bolestima. Također se vidi da C2orf16 ima visoku ekspresiju u preImplantaciji  ljudskih  embriona od 4-ćelijskog supnja  embriona do stadija blastocista.

Ne vidi se da C2orf16 ima ekspresiju osjetljivu na rapamicin. Takođe se vidi da C2orf16 značajno povećava ekspresiju u c-MYC nokdauniranim ćelijama raka dojke.

## iRNK 
### Izoforme 
Postoje dvije izoforme C2orf16. Izoforma 1 je dugačka 5.388 aminokiselina kodiranih u pet egzona sa preko 16.401 parova baza. Izoforma 2 koristi alternativno početno mjesto transkripcije i znatno je kraća sa  1.984 aminokiseline kodirane u  egzonu 1sa  preko 6.200 baznih parova.

## Protein 
C2orf16 ima predviđenu molekulsku težinu od 224 kD i predviđenu izoelektričnu tačku od 10,08, koje vrijednosti su relativno konstantne između ortologa. Protein uključuje veći od prosječnog sastava serina, histidina i arginina i niži od prosječnog sastava alanina.

### Kompozicijske karakteristike 
Klaster pozitivnog naboja pronađen je od aminokiselinskih ostataka 1.274 do 1.302. otkriva jako ponovljeno područje od približno od 1.500 do 1.984 ostatka, što je ponavljanje P-S-E-R-S-H-H-S. mala traka tačaka na približno 1.200 aminokiselina označava polovinu ponavljanja PSERSHHS sekvence.

C2orf16 izoforma 2 nema transmembranski domen, i predviđa se da se  nakon translacije nalazi na jedru zbog dvije sekvence jedarne lokalizacije predviđene na ostacima 1,233 i 1,281. Među ortolozima nije nađena ni jedna  konzervirana eksportna jedarna  sekcvenca, što sugerira da C2orf16 nije namijenjen da nakon importa napusti jedro. Nisu predviđene modifikacije N- ili C-terminala.

### Subćelijska lokalizacija 
Predviđeno je nakon transkripcije  C2orf16  lokaliziran u jedru. Predviđeno je da će domen 1 i 2 biti povezani preko niza od 12 aminokiselina koje inače nisu organizirane u sekundarnu strukturu, što omogućava fleksibilnost između domena 1 i 2. Predviđeno je da domen 2 ima domene u interakciji s proteinima za transkripcijske faktore.

### Proteinske interakcije 
Pokazalo se da C2orf16 ima fizičku interakciju sa protoonkogenom Myc pomoću tandemskog afinitetnog prečišćavanja.

### Filogenija ortologa
Poznato je 68 ortologa za C2orf16.

Bilo koji ortolozi iz vrsta koje su udaljenije od ljudi od drugih sisara vjerovatno nisu povezani u funkciji, međutim, PSERSHHS ponavljanje je prisutno u koščljoriba, rakova, stramenopilima uključujući *Phytophthora infestans* (krompirska plamenjača), biljke i prokariote. i biljke, uključujući hloroplaste *Acacia ashbyae*. Dio ponavljanja  S-P-S-E-R je najkonzerviraniji što se može uočiti i na poravnavanju sekvenci uklučenih u njihov prikazani logo.

Konzervacijska analiza ponavljanja pokazuje da je početni SPS visoko konzerviran, vjerovatno za fosforilaciju(S) i strukturu (P), a R je gotovo potpuno konzerviran, mutirajući u lizin u nekim ortolozima, ili stukturno antiparalelni beta-list .

## Funkcija 
Predviđa se da izoforma 2 C2orf16 ima moguću funkciju u regulaciji mitoza zbog svoje jedarne lokalizacije, predidpoziciju zaAlzheimerovu bolest, diverzitet virusne vakcine i varijacije broja kopija odnos prema uobičjenoj varijabli imunodeficijencije. Također se pokazalo da C2orf16 ima povećanu ekspresiju u nekim linijama raka dojke, kao i da je uključen u Myc uobičajeni onkogen, što čini C2orf16 mogućim onkogenom za ciljanje u liječenju raka.

## Reference 
Kategorija:Geni na hromosomu 2
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika