FAM43A

**Član A porodice proteina sa sličnošću sekvence 43** (FAM43A), znan i kao GCO3P195887, GC03P194406 i GC03P191784  jest gen koji je kod ljudi nalazi naa hromosomu 3. Kodira protein od  423 bp koji je konzerviran kod  primata, a njegovi  ortolozi  nađeni su i kod ostalih vrsta  vertebrata  kao i beskičmenjaka.  Identificirane su tri varijante transkripta, dva proteina koja kodiraju izoforme (aAug10, bAug10) i nekodirajući transkript (cAug10).

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  423 aminokiseline, а molekulska težina  45.776 Da.

1020304050
MLPWKKHKFELLAEAPPRQASKPKGYAVSLHYSALSSLARACPEGALSRV
GSMFRSKRKKLHITSEDPTYTVLYLGNATTIQARGDGCTDLAVGKIWSKS
EAGRQGTKMKLTVSAQGIRMVHAEERALRRPGHLYLLHRVTYCVADARLP
KVFAWVYRHELKHKAVMLRCHAVLVSKPEKAQAMALLLYQTSANALAEFK
RLKRRDDARHQQQELVGAHTIPLVPLRKLLLHGPCCYKPPVERSRSAPKL
GSITEDLLGEQLEQELQEEEEEEQPEGCPEEEENRAAEGDPAEEEAEAQR
ALVVAMHFECGDLLDTLENGRGEALGGGGGSLGPGAGPPPLLLGSASDMK
AELSQLISDLGELSFGNDVRTLQADLRVTRLLSGDSTGSESSIEGGGPDA
TSATAGDSSRQADGASADEPHSG

## Gen
Ovaj gen nalazi se na dugom kraku hromosoma 3 na regiji 3q29; FAM43A sastoji se od 2.493 baze; a prevedeni protein sadrži domen interakcije fosfotirozina, pretpostavljeno mjesto vezanja  fosfoinozitida i pretpostavljeno vezno mjesto za peptide.

## Protein
FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena i dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).  Ortolozi identificirani su u Mammalia, Aves, Actinopterygii, Reptilia, Hemichordata, Cephalochardata, Mollusca, Brachiopoda, Nematoda i Arthropoda. Nisu identificirani ortolozi osim vrsta beskičmenjaka. 
 sa  ortolozima kod sisara, ptica, riba, gmizavaca i nekoliko vrsta beskičmenjaka.]]

### Paralozi
FAM43A i paralog FAM43B sadrže specifičnu porodicu gena koji dijele strukturnu homologiju sa adapterskim proteinom receptora za lipoprotein niske gustoće (LDLrP).

### Ortolozi
Daleki homolog identifikovan je korišćenjem NCBI programa proteina BLAST, proteina adaptera receptora za lipoprotein niske gustoće 1 nalik na *Cryptotermes secundus*. Međutim, kada je sekvenca LOC111863195 upoređena sa sekvencom *Homo sapiens*, otkriveno je da homolog mapiran na hromozom 1, što ga čini ortologom paraloga FAM43B. Činjenica da se protein FAM43A ne može pratiti dalje u evolucijskoj historiji od beskičmenjaka ukazuje da bi to mogla biti tačka u kojoj su se FAM43A i paralog FAM43B razišli. prije otprilike 797 miliona godina.

## Ekspresija
### Tkivno specifična ekspresija
FAM43A protein je visoko eksprimiran u ustima, vaskularnom sistemu, slezeni i ušima. Značajna ekspresija uočena je u masnom tkivu, pupčanoj vrpci i kostima, sa najvećom ekspresijom u fazi razvoja novorođenčeta.

### Ekspresija u bolesti
Ekspresija je pojačana kod tumora glave i vrata i karcinoma mokraćne bešike, što ukazuje na onkogenu funkciju.  Ekspresija FAM43A je pojačana u ćelijskim linijama ranog prekursora T-ćelija (ETP) akutne limfoblastne leukemije (ALL) (GDS4299) i trostruko negativnog karcinoma dojke (TNBC) Hs578T (GDS4092). FAM43A mapa ekspresije u mozgu  *Mus musculus* ukazuje na diferencijalnu ekspresiju u korteksu, *corpus callosum* i hipotalamusu.  Primarna funkcija žulevitog tijela (*corpus callosum*) je da inervira i poveže dvije moždane hemisfere.* Corpus callosum* integrira motorne, senzorne i kognitivne performanse između korteksne regije na jednoj hemisferi i cilja u drugoj.  Hipotalamus povezuje nervni sa endokrinim sistemom preko hipofize.

## Varijacija
Sindrom mikrodelecije 3q29 (monosomija 3q29) uzrokovan je intersticijskom delecijom 3q29, posredovanom nealelnom homolognom rekombinacijom između ponavljanja niske kopije koja rezultira uobičajenom delecijom.  Sindrom mikrodelecije 3q29 obilježen je gubitkom 1,6 miliona parova baza, uključujući pet poznatih gena i 17 nepoznatih transkripata. Potvrđeni su feni za fosfat i citidiltransferazu 1, holin alfa (PYT1A), P21 (RAC1) aktivirana kinaza 2 (PAK2), melanotransferin (MFI2), veliki diskovi MAGUK proteinske skele 1 (DLG1) i 3-hidroksibutirat dehidrogenaze 1 (BDH1) a  još sdam  gena je implicirano s nekompletnim cDNK, a preostali hipotetski geni tek treba da budu potvrđeni eksperimentalno.  Prezentacija sindroma mikrodelecije 3q29 pokazala je povećan rizik za shizofreniju. Susjedi gena PAK2 i DLG1 implicirani su zbog interakcije s neuroliginom i podjedinicom AMPA receptora GluR1.  U 2015, Guida et al. identificirali su novu mutaciju proksimalno od 3q29 mikrodelecijske regije koja je u korelaciji s prezentacijom očno-ušnog  pršljenskog spektra (OAVS).  Research of Robertson et al. revealed the presence of FAM43A mRNA in the fetal cochlea and association with development of normal hearing function.  Ovi nalazi ukazuju da bi varijacije u FAM43A mogle biti odgovorne za razvoj OAVS-a.

### Promotor
Vezivanje transkripcionog faktora se može videti ispod u okviru promotorske regije FAM43A, pretrage su završene na 500 bp koji prethodi start kodonu.

### 3' Netranslatirana regija
Identificirana su mjesta vezanja mikroRNK  a zatim upoređena sa konzervacijom tipova FAM43A da bi se odredile vjerovatne strukture petlje stabla 3' neprevedenog regiona (UTR) kao što je prikazano na desnoj strani. 
 3' UTR regije]]

### Posttranslacijska modifikacija
Predviđeno je da je FAM43 jedarni protein, a identifikacirane funkcije, strukture i funkcije za LDL receptorski adapter proteina (LDLrP) je završena.  Conserved residues Y52 and S93 are highlighted in the structure of LDLrP to the right.  Identificirana su tri mjesta fosforilacije sa konzerviranjem između ljudskih i mišjih genotipova  at T112-p, S114-p, and T-379-p.  The translated protein contains a primary and secondary nuclear localization signal and has a predicted GPI-linkage site at D407, i mjesto cijepanja kaspaza 3 i 7 između aminokiselina 404–408 što ukazuje na moguću translokaciju sa ćelijske membrane u jedro. 

## Interakcija proteina
Direktna interakcija sa SRPK2 (SRSF protein-kinaza 2), serin/argininom bogatom protein-specifičnom kinazom, koja fosforilira supstrate na ostacima serinom bogatih arginin/serinskih dipeptida (RS domeni), uključenih u fosforilaciju SR faktora prerade i regulaciju prerade. SRSF protein-kinaza 2 promovira neuronskapoptoza|u apoptozu regulacijom ekspresije ciklina-D1 putem supresije fosforilacije p53/TP53.  Protein-fosfataza 2A je jedna od četiri glavne Ser/Thr fosfataze, koje reguliraju negativnu kontrolu rasta i diobe ćelija.  FAM43A pokazuje predviđenu interakciju s abelson (ABL) kinazom, a članovi ABL povezuju različite vanćelijske podražaje sa signalnim putevima koji kontroliraju rast ćelija, preživljavanje, invaziju, adheziju i migraciju.

## Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 3
Kategorija:Ljudski geni
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika