SECIS-element

U biologiji, **SECIS element** (SECIS: ***se**leno**c**ysteine **i**nsertion **s**sequence*) je RNK-element dužine oko 60 nukleotida koji usvaja strukturu matčne petlje. Ovaj strukturni motiv (obrazac nukleotida) usmjerava ćeliju ka translaciji UGA kodona kao selenociseina (UGA je normalno stop kodon). SECIS-elementi su stoga fundamentalni aspekt iRNK koje kodiraju selenoproteine, proteine koji uključuju jedan ili više ostataka selenociseteina.

## Lokacija i funkcija 
Kod bakterija, SECIS-element pojavljuje se ubrzo nakon UGA kodona na koji utiče. Kod arheja i eukariota, javlja se u 3' UTR iRNK i može uzrokovati da više kodona UGA unutar iRNK kodira selenocistein. Jedan arhejski SECIS-element, kod ''Methanococcus, nalazi se u 5' UTR. svakom slučaju, služi za regrutovanje EEFSEC ili SelB, specijalizovanog homologa EF-Tu/eEF1&alpha, sa sposobnošću čitanja tRNKSec.

## Karakteristike 
SECIS elementi izgledaju definirani karakteristikama sekvence (određeni nukleotidi imaju tendenciju da budu na određenim pozicijama u njoj) i karakterističnom savijenom strukturom u obliku ukosnica sekundarna struktura zbog sparivanja baza komplementarnih RNA nukleotida. Iako eukariotski, arhealni i bakterijski SECIS elementi dijele opću strukturu ukosnica, oni se ne mogu poravnati, npr. shema zasnovana na poravnanju za prepoznavanje eukariotskih SECIS elemenata neće moći prepoznati arhealne SECIS elemente.

### Bakterijski SECIS 
Bakterijski SECIS prepoznaje *SelB*. Svaki element cilja jedan UGA kodon. Rfam pruža tri odvojene grupe bakterijskih SECIS elemenata.

### Eukariotski SECIS 
Eukariotske SECIS-elemente prepoznaje SBP2, koji se zauzvrat veže za EEFSEC kako bi se obezbijedilo izduženje. U većini slučajeva, dio "kink-turn" vezan za SBP2 ima vrlo konzerviranu sekvencu "AUGA", ali je pronađena i "GGGA".

Eukariotski SECIS element sastoji se od male stabljike, jezgre tipa "kink-turn" sa AUGA/GGGA, još jedne stabljike i terminalne petlje od 5-30 nt. Kod SECIS elemenata "Grupe II", terminalna petlja je prekinuta stabljikom.

## Detekcija u bioinformatici 
### Iz poznatih SECIS-elemenata 
SECIS-elementi se mogu pronaći korištenjem sekvenci i karakteristika sekundarne strukture grupa poznatih SECIS-elemenata. Metode su otvorenog koda osim ako nije drugačije navedeno.
* ERPIN program za pretraživanje RNK motiva korišten je za pronalaženje novih SECIS elemenata kod životinja, što je rezultiralo identifikacijom novih porodica selenoproteina.
* Rfam pruža pet unaprijed izgrađenih profila za program za pretraživanje kovarijanse RNK-Inferna, kao i podudaranja u GenBank sekvencama.
* SECISearch3 je široko primjenjiv na eukariote. Počinje pronalaženjem kandidata korištenjem tri postojeće metode, Infernal, Covels i SECISearch. Zatim spaja kandidate, pročišćava njihove strukture i filtrira ih za čvrsto kodirana ograničenja. I SECISearch3 i SECISearch su zatvorenog koda i dostupni su samo putem web servisa. SECISearch3 je najbolja metoda za eukariote od 2020. godine. Identifikacija SECIS-elemenata ostaje teška kod eukariota, posebno onih koji nisu životinjskog porijekla.
* bSECISearch koristi metodu zasnovanu na RNK savijanju, sličnu originalnom SECISearch-u, za pronalaženje bakterijskog SECIS-a. Zatvorenog je koda i dostupan je samo putem web servisa.

Nove porodice selenoproteina pronađene su traženjem SECIS-elemenata i provjerom pridružene regije koja kodira proteine za UGA.

### Od poznatih selenoproteina 
Novi tipovi SECIS-elemenata pronađeni su traženjem regija koje kodiraju proteine homolognih poznatim selenoproteinima, a zatim provjerom 3' UTR-a za sekundarnu strukturu.
* Neobičan tip SECIS-elementa "GGGA" pronađen je kod *Toxoplasma* i *Neospora* za njihovu verziju selenoproteina T.

## Distribucija  po vrstama
SECIS-element se nalazi u širokom spektru organizama iz sva tri domena života (uključujući i njihove viruse).

## Reference 
## Vanjski linkovi 
* 
* 
* 
* 
* 

Kategorija:Ekspresija gena
Kategorija:Cis-regulatorni elementi R
NK