FiloKod

**Međunarodni kodeks filogenetičke nomenklature**, poznat po skraćenici ***FiloKod*** (), je nacrt za formalni skup pravila koji reguliraju filogenetičku nomenklaturu. Njegova sadašnja verzija posebno je dizajnirana da regulira imenovanje kladusa, ostavljajući upravljanje imenima vrsta do ranga Nomenklaturnih kodeksa (Međunarodni kodeks nomenklature algi, gljiva i biljaka (CN), Međunarodni kodeks zoološke nomenklature (ICZN), Međunarodni kodeks nomenklature bakterija (ICNB), Međunarodni komitet za taksonomiju virusa (ICTV).

*FiloKod* povezan je s Međunarodnim društvom za filogenetičku nomenklaturu (ISPN). Njegov prateći volumen, **Filonimi**, uspostavit će prva taksonska imena pod FiloKod-om, posluživši kao primjer onima koji nisu s upoznati s kodom. **RegNum** je povezana internetska baza podataka za filogenska imena.

*FiloKod* predlaže da se regulira filogenetička nomenklatura osiguravanjem pravila za odlučivanje koje će se asocijacije imena i definicija smatrati uspostavljenim, koji će se od njih smatrati homonimima or synonyms, i koji će se iz skupa sinonima ili homonima smatrati prihvaćenim (uglavnom onaj koji je prvi registrovan; vidi dolje). FiloKod će dopustiti samo imenovanje kladusa, ali ne iz parafilskih ili polifiletnih grupa, i dozvolit će upotrebu primjeraka, vrsta i apomorfija kao specifera (sidra).

## Filogenetička nomenklatura 
Za razliku od rangirane nomenklature kodova (ICN, ICZN, ICNB), FiloKod ne zahtijeva upotrebu rangova, iako po želji dopušta njihovu upotrebu. Kodovi temeljeni na rangu definiraju taksone koristeći rang (kao što su rod, porodica, itd), a u mnogim slučajevima i tip ili tipski podtakson. Tačan sadržaj taksona, osim vrste, nije naveden kodovima koji se temelje na rangu.

Suprotno tome, pod filogenetskom nomenklaturom sadržaj taksona razgraničava se definicijom koja je zasnovana na filogeniji (tj. precima i potomcima) i koristi specifikatore (npr. vrste, primjerke, apomorfije) za označavanje stvarnih organiama. Formula definicije ukazuje na pretka. Definirani takson je, dakle, taj predak i svi njegovi potomci. Stoga se sadržaj filogenetički definiranog taksona oslanja na filogenetičku hipotezu.

Slijede primjeri tipova filogenetičke definicije (velika slova označavaju specifikatore):
***Temeljen na koljenu**: kladus koji potiče od najbližeg drevnog zajedničkog pretka za A i B ili "najmanje uključiv kladus koja sadrži A i B
* **Temeljen na grani**: kladus koji se sastoji od A i svih organizama ili vrsta koji imaju najbližeg zajedničkog pretka s A a ne sa Z ili najobuhvatniji kladus koji sadrži A, ali ne i Z. Još jedan pojam za definicije ove vrste je **temeljen na izvorima**.
***Na bazi apomorfije**: kladus koji potiče od prvog organizma ili vrste koja posjeduje apomorfiju M nasljeđenu od A.
Moguće su i druge vrste definicije uzimajući u obzir ne samo filogenetičke odnose organizma i apomorfije, već i jesu li povezani organizmi ili nisu postojeći.
 
Sljedeća tabela sadrži primjere filogenetičkih definicija razreda koji također imaju rang u tradicijskoj nomenklaturi. Kad su svi specifikatori u definiciji utemeljenoj na koljenima postojeći primjerci ili vrste, kao što je u sljedećoj definiciji Mammalia, definirana je krunska grupa. (Uobičajena definicija sisara je manje restriktivna, uključujući neke fosilne grupe izvan krunske grupe.) 

## Verzije
Nacrt /draft) *FiloKoda* prošao je kroz nekoliko revizija. Sve starije verzije se mogu na sajtu [http://www.ohio.edu/phylocode/documents.html ] . Od januara 2020., sadašnja verzija je 5., finalizirana januara 2014., a važi 21. Januara 2019.

## Organizacija
Kao i kod drugih nomenklaturnih kodeksa, pravila *FiloKoda* su organizirana kao članci, koji su zauzvrat organizirani kao poglavlja. Svaki članak može sadržavati i bilješke, primjere i preporuke.

### Tabela sadržaja
* Preface  (including Literature Cited )
* Preamble 
* Division I. Principles 
* Division II. Rules 
** Chapter I. Taxa  (Arts. 1-3)
** Chapter II. Publication  (Arts. 4-5)
** Chapter III. Names  (Arts. 6-8)
** Chapter IV. Clade Names  (Arts. 9-11)
** Chapter V. Selection of Established Names  (Arts. 12-15)
** Chapter VI. Provisions for Hybrids  (Art. 16)
** Chapter VII. Orthography  (Arts. 17-18)
** Chapter VIII. Authorship of Names  (Art. 19)
** Chapter IX. Citation of Authors and Registration Numbers  (Art. 20)
** Chapter X. Species Names  (Art. 21)
** Chapter XI. Governance  (Art. 22)
* Glossary 
* Tables 
* Appendices 
** Appendix A. Registration Procedures and Data Requirements 
** Appendix B. Code of Ethics 

## Registracijska baza podataka 
Jednom implementiran, *FiloKod* će biti povezan s registracijom baze podataka zvanom RegNum, koja će pohraniti sva imena kladusa i definicije koje će se smatrati prihvatljivim. Očekuje se da će ovo pružiti javno upotrebljiv alat za pridruživanje imena kladusa definicijama, koji se zatim mogu povezati sa grupsms subtakson ili primjercima putem filogenijske baze podataka stabala (poput TreeBASE).

Kao što je planirano, međutim. najvažnija upotreba RegNum-a bit će odluka koja će se smatrati prihvaćenom jednog od niza sinonima ili homonima: onaj s najmanjim registracijskim brojem, osim u slučajevima konzervacije.

## Reference
## Dopunska literatura
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
* 
*  including proposal, but without the 150 supporting signatories
* 
* 
* 

## Vanjski linkoivi
* The PhyloCode (current draft) 
* International Society for Phylogenetic Nomenclature
* International Society for Phylogenetic Nomenclature Discussion Forum
* Literature on Phylogenetic Nomenclature
* Christine Soares, What's in a Name?, *Scientific American*, (November 2004).
* PhyloCode debate
*What if we decide to rename every living thing on Earth?, *Discovery Magazine*, (04.28.2005)

Kategorija:Nomenklaturni kodeksi
Kategorija:Biološka nomenklatura