HIKESHI

**HIKESHI** je protein koji je važan za razvoj pluća i višećelijskih organizama koji je kod ljudi kodiran genom **HIKESHI**. Kod ljudi, HIKESHI se nalazi na kromosomu 11 i hromosomu 7 kod miševa. Slične sekvence (ortolozi) nalaze se u većini životinjskih i gljivičnih vrsta. Homolog miša, **letalni gen na proteinu Rinchik 6 hromosoma 7** kodiran je genom **l7Rn6**.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 197  aminokiselina, a molekulska težina 21.628 Da.

1020304050
MFGCLVAGRLVQTAAQQVAEDKFVFDLPDYESINHVVVFMLGTIPFPEGM
GGSVYFSYPDSNGMPVWQLLGFVTNGKPSAIFKISGLKSGEGSQHPFGAM
NIVRTPSVAQIGISVELLDSMAQQTPVGNAAVSSVDSFTQFTQKMLDNFY
NFASSFAVSQAQMTPSPSEMFIPANVVLKWYENFQRRLAQNPLFWKT

## Gen
HIKESHI je gen koji kodira ljudske proteine. Alternativni nazivi za gen su FLJ43020, HSPC138, HSPC179 i L7RN6. Smješten na dugom kraku hromosoma 11, na području q14.2, a cijeli gen uključujući introne i egzone ima 42,698 parova baza na plus lancu. iRNK HIKESHI varijante 1 uključuje egzone 1, 3, 4, 5 i 7 u iznosu od 1.183 parova baza, pri čemu parovi baza 239 do 832 predstavljaju kodirajuće regije.

### Alternativna prerada 
Varijanta 1 je najduža i najčešća varijanta kodiranja proteina. Tri druge glavne varijante imaju zamjensku reguju egzona koja izbacuje otvoreni okvir čitanja, uzrokujući rano prekidanje sekvence iRNK i podvrgavajući se raspadu proteina. Donja tabela prikazuje različite varijante i upotrebu egzona.

Četiri varijante prikazane u gornjoj tabeli su najčešće izoforme koje se nalaze u ljudskim ćelijama. Postoji ukupno 13 alternativno prerađenih sekvenci i tri nepretađena oblika koji koriste dva alternativna promotora. Varijante iRNK razlikuju se po kombinaciji osam različitih egzona, zamjenskih, preklapajućih egzona i zadržavanju introna. Osim alternativnog prerađivanja, iRNK se razlikuju po skraćivanju na 3’ kraju. Varijanta 1 je jedna od deset iRNK za koje je pokazano da kodiraju protein, dok se ostale čini vezanim za nonsens raspadanje iRNK.
AceView reprezentacija  C11orf73 izoformi:

### Promotor
Regija promotora, GXP 47146, pronađena je pomoću ElDoradoa Genomatix-ovog alata. Sekvenca od 840 bp nalazi se ispred HIKESHI gena na DNK tačkama 86012753 do 86013592. Promotor je konzerviran u 12 od 12 ortologa i kodira šest relevantnih transkripata.

Konzervirana mjesta vezanja faktora transkripcije  Genomatix ElDorado alata:

thumb|center|1000px|Predviđena promotorska regija C11orf73

### Terminacija
Terminacija proizvoda iRNK kodirana je unutar cDNK gena. Terminacija iRNK proizvoda općenito ima tri glavne karakteristike: poli A signal, poli A rep i područje sekvence koje može formirati strukturu matične petlje. Poli A signal je visoko konzervirano mjesto sa šest nukleotidnih sekvenci. Kod eukariota sekvenca je AATAAA sa oko 10-30 nukleotida sa poli A mjesta. AATAAA sekvenca je visoko konzerviran, eukariotski polyA signal koji signalizira poliadenilaciju proizvoda iRNK od 10-30 parova baza nakon signalne sekvence. PolyA mjesto za C11orf73 je GTA.

## Ekspresija gena 
Utvrđeno je da je HIKESHI  sveprisutno eksprimiran na visokom nivou od 2,3 puta iznad prosjeka. C11orf73 se eksprimira u velikom broju ljudskih tkiva. Između profila ekspresije i EST profila na UniGene-u, pokazalo se da samo 11 tkiva ne eksprimira C11orf73, najvjerojatnije zbog male veličine uzorka u tkivu.

## Protein 
Ljudski gen HIKESHI kodira protein zvani neokarakterizirsni protein C11orf73.

### Jennonukleotidni polimorfizam
Jedini SNP, ili jednonukleotidni polimorfizam, sekvence C11orf73  rezultira promjenom aminokiselina unutar proteina. Nedostatak drugih SNP-a najvjerojatnije je posljedica visokog stupnja konzervacija HIKESHI-a i smrtonosnog učinka koji mutacija proteina daje organizmu. Fenotip SNP-a je nepoznat.

### Gensko susjedstvo
Okolni geni HIKESHI-a su CCDC81, ME3 i EED. Gleda se gensko susjedstvo kako bi se bolje razumjelo moguće djelovanje gena posmatrajući funkciju okolnih gena. 

CCDC81 gen kodira za neokarakterizirani proteinski proizvod i orijentiran je na plus lanac. CCDC81-sekvence za domen sa zavojnicom  sadrže 81 izoformu 1.

Gen ME3 označava prekursor mitohondrijskog jđmalatnog enzima 3. Malatni enzim katalizira oksidativnu dekarboksilaciju malata u piruvat, koristeći ili NAD+ ili NADP+ kao kofaktor. Tkiva sisara sadrže tri različite izoforme malatnog enzima: citosolnu NADP (+)-ovisnu izoformu, mitohondrijsku NADP (+) ovisnu izoformu i mitohondrijsku NAD (+)-ovisnu izoformu. Ovaj gen kodira izoformu ovisnu o mitohondrijskom NADP (+). Za ovaj gen je pronađeno više alternativno prerađenih varijanti transkripta, ali biološka valjanost nekih varijanti nije utvrđena.

Gen EED označava razvojnu izoformu embrijskog ektoderma b i član je porodice polikomb grupe (PcG). Članovi porodice PcG tvore multimerne proteinske komplekse koji su uključeni u održavanje transkripcijskog represivnog stanja gena tokom uzastopnih ćelijskih generacija. Ovaj protein stupa u interakciju s pojačivačem zeste 2, citoplazmatskim repom integrina beta7, virusom imunodeficijencije tipa 1 (HIV-1) MA proteinom i proteinima histon-deacetilaze. Ovaj protein posreduje u represiji aktivnosti gena, deacetilacijom histona i može djelovati kao specifičan regulator funkcije integrina. Za ovaj gen su identificirane dvije varijante transkripta koje kodiraju različite izoforme.

### Interakcije 
Programi STRING  i Sigma-Aldrich-ov favorit gen  sugeriraju moguće interakcije proteina sa C11orf73. ARGUL1, CRHBP i EED, izvedenih iz značenja teksta, a HNF4A iz Sigma-Aldricha.

ARGUL1 je nepoznati protein s nepoznatom funkcijom. CRHBP je protein koji vezuje hormon koji oslobađa kortikotrofin i koji bi mogao imati ulogu u signalnoj kaskadi koja uključuje ili aktivira HIKESHI. EED, a susjedni protein C11orf73, je embrionski razvojni protein ektoderma i član je porodice Polycomb-grupe (PcG). Članovi porodice PcG tvore multimerne proteinske komplekse koji su uključeni u održavanje transkripcijskog represivnog stanja gena tokom uzastopnih ćelijskih generacija. HNF4A je regulator transkripcije i nije poznato regulira li HNF4A ekspresiju C11orf73 ili jednostavno stupa u interakciju s njim.[12

## Evolucijska historija
 C11orf73-a.]]

Evolucijska povijest organizama može se odrediti pomoću sekvenci ortologa kao vremenskih referenci za stvaranje filogenetskog stabla. CLUSTALW  poredi više sekvenci, a program se takođe može koristiti za kreiranje takvog filogenetskog stabla zasnovanog na ortolozima C11orf73. S desne strane prikazano je generirano filogenetsko stablo s vremenskom linijom zasnovanom na vremenu divergencije. Napravljeno od HIKESHI ortologa, identično je filogenetskom stablu u literaturi, čak grupira slične organizme poput riba, ptica i gljiva.

### Ortolozi 
Homologne sekvence su ortologne ako su razdvojene događajem specijacije: kada se vrsta raziđe u dvije zasebne vrste, za divergentne kopije jednog gena u rezultirajućoj vrsti kaže se da su ortologne. Ortolozi ili ortologni geni su geni različitih vrsta koji su međusobno slični jer potiču od zajedničkog pretka. Ortologne sekvence pružaju korisne informacije u taksonomskoj klasifikaciji i filogenetskim studijama organizama. Obrazac genetičke divergencije može se koristiti za praćenje srodnosti organizama. Dva vrlo bliska organizma vjerojatno će pokazati vrlo slične sekvence DNK između dva ortologa. Nasuprot tome, organizam koji se evolucijski ukloni iz drugog organizma vjerojatno će pokazati veće odstupanje u sekvencj ortologa koji se proučavaju.

Tabela otvorenog okvira čitanja hromosoma 11 73: Ortolozi

Tabela prikazuje 13 sekvenci (12 ortologa, jedna originalna sekvenca) zajedno sa imenom proteina, pristupnim brojevima, identitetom nukleotida, identitetom proteina i E-vrijednostima. Pristupni brojevi su identifikacijski brojevi iz baze podataka NCBI Protein. Nukleotidnoj sekvenci se može pristupiti sa stranice sekvence proteina iz DBSOURCE-a, koja daje pristupni broj i predstavlja vezu do stranice sekvence nukleotida. Dužina nukleotidne i proteinske sekvence za svakog ortologa i njegov odgovarajući organizam također je navedena u tabeli. Pored dužine sekvence nalaze se identiteti ortologa originalnom HIKESHI genu. Identiteti i E-vrijednosti stečeni su pomoću globalnog programa usklađivanja, ALIGN, iz SDSC Biology Workbench-a i BLAST-a iz NCBI-a.

Grafikon prikazuje postotak identiteta ortologa u odnosu na vrijeme divergencije organizma za stvaranje uglavnom linearne krivulje. Dva glavna zgloba unutar krivulje ukazuju na vrijeme duplikacije gena, prije otprilike 450 i 1.150 miliona godina. Paralozi iz dupliciranja gena vjerojatno su toliko različiti od visoko konzerviranih ortologa HIKESHI-ja da nisu pronađeni pomoću alata Blink ili BLAST.

Vrijednost m (ukupan broj promjena aminokiselina koje su se dogodile u segmentu od 100 aminokiselina), koja je ispravljena vrijednost n (broj razlika aminokiselina iz šablona sekvence), također se koristi za izračunavanje λ (prosječna amino kiselina) kisele promjene godišnje, obično predstavljene u vrijednostima λE9).

```
m/100 = –ln(1-n/100)
λ = (m/100)/(2*T)
```

## References
## Vanjski linkovi
* 

Kategorija:Geni na hromosomu 11
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika