Molekularna ekologija

**Molekulska ekologija**  je dio  evolucijske biologije  u područjima primjene u molekulskoj populacijskoj genetici, molekulskoj filogenetici i (relativno) nedavno pokrenutoj genomici,  do tradicijskih ekoloških pitanja (npr. dijagnoza vrsta, očuvanje i procjena biološke raznolikosti,  odnosi vrsta u istom  arealu  i mnoga pitanja u ekologiji ponašanja). To je praktično sinonim za oblast  "ekološke genetike", čiji  pioniri su bili  Teodosius Dobzhansky, E. B. Ford, Godfrey M. Hewitt i drugi. Ova polja su ujedinjene u pokušaju da studiraju genetički zasnovana pitanja "na terenu",  za razliku od laboratorija. Molekulska ekologija se odnosi na oblast konzervacijske genetike..

Metodi molekulske ekologije  često uključuju korištenje mikrosatelitske DNK, kako bi se utvrdilo protok gena i  moguća hibridizacija između populacija. Razvoj molekulske ekologije je također usko povezan sa upotrebom DNK mikročipova, koji omogućavaju istovremenu analizu ekspresije hiljada različitih gena. Za analizu ekspresije gena, može se primijeniti odgovarajuća varijanta PCR metoda, kao i za promjene odgovora  u uvjetima okoliša ili različitih odgovora različito adaptiranih jedinki

## Raznolikost bakterija
Molekulske  ekološke tehnike su nedavno korištene za proučavanje *in situ* stasnja  bakterijske raznolikosti. To proizlazi iz činjenice da se mnogi mikroorganizmi ne mogu  lahko dobiti kao kultivirani laboratorijski sojevi, što bi omogućilo identifikaciju i karakterizaciju. Također proizlazi i iz razvoja tehnike  reakcije lančana polimeraze, koja omogućava brzo umnožavanja (amplifikaciju) genetičkog materijala. 

Amplifikacija  DNK iz uzoraka okoliša,  korištenjem općih  grupno-specifičnih začetnica  dovodeći  do miješanja genetičkog materijala koji mora biti sortiran prije sekvenciranja i identifikacije. Klasična tehnika da se to postigne je putem kloniranja, koje uključuje  umnožavanje fragmenata DNK u bakterijskim  plazmidima. Tehnike kao što su gel elektroforeza temperaturnog gradijenta, omogućavaju brže dobijanje rezultata. U novije vrijeme, s pojavom relativno jeftinih sekvencera nove generacije, za  tehnologije sekvenciranje DNK, omogućava istraživanje bakterijske ekologije u kontinentalnim odnosima gradijenta okoliša, kao što je pH  vrijednost,  što nije bilo moguće primjenom  tradicijske tehnologije.

## Raznolikost gljiva
Istraživanje raznolikosti gljiva  *in situ* također koristi nove generacije tehnologije DNK. Upotreba tehnike sekvenciranje visoke propusnosti je široko prihvaćena u zajednici mikoekologa, još  od prvog objavljivanja njihove upotrebe u 2009. Slično istraživanju bakterijske raznolikosti, ove tehnike omogućavaju studije visoke rezolucije temeljnih pitanja u  ekologiji gljiva, kao što su filogeografska raznolikost na različitim tlima, gljivične raznolikosti u šumskim zemljištima, raslojavanja gljivičnih zajednica u horizontima tla  i gljivičnih sukcesije u  raspadanju biljnih otpadaka.

Većina istraživanja u ekologiji gljiva usklađuje se sekvenciranjem putem nove generacije neophodnih tehnologija, uključujući  sekvenciranje PCR produkata očuvanih regija DNK (tj. genskih markera) identificirajući  i opisujući  distribucije taksonomskih grupa u  proučavanim zajednicama gljiva, iako su novija istraživanja prvenstveno usmjerena na sekvenciranje funkcionalnih genskih produkata. zbog korisnosti u identifikaciji taksonomske razine rodovas ili vrsta gljiva, i visoke zastupljenosti u javnim  bazama podataka  o sekvencama. 

Drugi široko korišteni lokus, D1-D3 regiona gena   ribosomne DNK,  ne može omogućiti određivanje taksonomskog statusa ITS, ali pokazuje vrhunske performanse u poravnavanju sekvenci i filogenetici. Pored toga, D1-D3 regija može biti bolji kandidat za sekvenciranje pomoću  tehnologije sekvenciranja  koju opskrbljuje Illumina. Porras-Alfaro et al. Kritični naredni korak je konstrukcija baza podataka o sekvencama koje imaju visoku reprezentativnostonst među gljivama, u koju  bi trebali biti uključeni dokazani taksonomskih stručnjaci.

Sekvenciranje tehnologijom nove generacije stvara velike količine podataka, pa je analiza podataka  o marker-genima gljiva veoma  je aktivno područje istraživanja.Postoje dva primarna područja poteškoća u primjeni  metoda za grupisanje sekvenci u operativne taksonomske jedinice po njihovoj sličnosti i  u kontroli kvaliteta sekvennih podataka.  Nedavna istraživanja posvećena su  razvoju fleksibilnih protokola grupiranja,  koji omogućuju određivanje praga sličnosti i variranja sekvenci DNK date taksonomske grupe, koje su podržane dobro opisanim sekvencama u javnim bazama podataka o sekvencama.

## Također pogledajte
*Ekologija
*Ekološka genetika

## Reference 
## Vanjski linkovi 
*Molecular Ecology UK 
*WILEY Molecular Ecology Journal

Kategorija:Potpolja ekologije
Kategorija:Molekularna biologija