RAG2

**Rekombinacijsko activirajući protein 2**, znan i kao  **RAG-2**,  je  limfocitno-specifični protein koji je kod ljudi kodiran genom **RAG2** na hromosoma 11. Zajedno sa proteinom RAG1, RAG2 formira V(D)J rekombinazu, kompleks proteina potreban za proces V(D)J rekombinacija tokom kojih se javljaju varijabilne regije imunoglobulina i T-ćelijski receptorski  geni udruženi u razvoju B– i T-limfocita. Stoga je RAG2 bitan za stvaranje zrelih ovih limfocita.

## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 527 aminokiselina, a molekulska težina 59.241 Da.

1020304050
MSLQMVTVSNNIALIQPGFSLMNFDGQVFFFGQKGWPKRSCPTGVFHLDV
KHNHVKLKPTIFSKDSCYLPPLRYPATCTFKGSLESEKHQYIIHGGKTPN
NEVSDKIYVMSIVCKNNKKVTFRCTEKDLVGDVPEARYGHSINVVYSRGK
SMGVLFGGRSYMPSTHRTTEKWNSVADCLPCVFLVDFEFGCATSYILPEL
QDGLSFHVSIAKNDTIYILGGHSLANNIRPANLYRIRVDLPLGSPAVNCT
VLPGGISVSSAILTQTNNDEFVIVGGYQLENQKRMICNIISLEDNKIEIR
EMETPDWTPDIKHSKIWFGSNMGNGTVFLGIPGDNKQVVSEGFYFYMLKC
AEDDTNEEQTTFTNSQTSTEDPGDSTPFEDSEEFCFSAEANSFDGDDEFD
TYNEDDEEDESETGYWITCCPTCDVDINTWVPFYSTELNKPAMIYCSHGD
GHWVHAQCMDLAERTLIHLSAGSNKYYCNEHVEIARALHTPQRVLPLKKP
PMKSLRKKGSGKILTPAKKSFLRRLFD

:**C**: Cistein
:**D**: Asparaginska kiselina
:**E**: Glutaminska kiselina
:**F**: Fenilalanin
:**G**: Glicin
:**H**: Histidin
:**I**: Izoleucin
:**K**: Lizin
:**L**: Leucin
:**M**: Metionin
:**N**: Asparagin
:**P**: Prolin
:**Q**: Glutamin
:**R**: Arginin
:**S**: Serin
:**T**: Treonin
:**V**: Valin
:**W**: Triptofan
:**Y**: Tirozin

## Struktura 
RAG2 je protein dug 527 aminokiselina. Smatra se da njegov N-terminalni dio čini propeler sa šest lopatica u aktivnom jezgru. RAG2 je konzerviran među svim vrstama koje izvode V (D) J rekombinaciju i njen obrazac ekspresije korelira upravo sa aktivnošću rekombinaze V (D) J. RAG2 se eksprimira u nezrelim limfoidnim ćelijama. Dok je količina RAG1 tokom ćelijskog ciklusa konstantna, RAG2 se uglavnom akumulira u G0 i G1 fazi ćelijskog ciklusa i podvrgava se brzoj degradaciji kada ćelija uđe S-fazu. Ovo služi kao važan regulatorni mehanizam V(D)J rekombinacije i sprečavanja genomske nestabilnosti.

## Funkcija 
RAG2 je jedna od dvije osnovne komponente RAG kompleksa. RAG kompleks je multiproteinski kompleks koji posreduje u fazi cijepanja DNK tokom V(D)J rekombinacije. Ovaj kompleks može napraviti dvolančane prekide, cijepanjem DNK pri očuvanim rekombinacijskim signalnim sekvencama (RSS).

Druga ključna komponenta ovog kompleksa je RAG1. Smatra se da ovaj protein posjeduje većinu katalitske aktivnosti RAG kompleksa. RAG1 protein je komponenta koja se zapravo veže za DNK i cijepa je. Za razliku od RAG1, protein RAG2 nema nikakvu aktivnost endonukleaza niti se čak veže za lanac DNK. RAG2 ima ulogu pomoćnog faktora. Njegova primarna funkcija je interakcija s proteinom RAG1 i aktiviranje njegovih endonukleaznih funkcija. RAG2 također poboljšava prepoznavanje RSS -a i time smanjuje nespecifično vezanje DNK pomoću RAG kompleksa. Smatra se da N-terminalne komponente dva gena koji aktivira rekombinaciju tvore propeler sa šest lopatica u aktivnom jezgru koje služi kao vezna skela za usku povezanost kompleksa s DNK. C-terminal biljnog homeodomenskog motiv sličan prstima, u ovom proteinu neophodan je za interakcije sa hromatinskim komponentama, posebno sa histonom H3, koji je trimetiliran na lizinu 4.

Budući da se rekombinacija ne događa u odsutnosti RAG2, smatra se da su njegove interakcije s RAG1 ključne za katalitsku funkciju proteina RAG1. Omennov sindrom uzrokovan je hipomorfnom mutacijom gena RAG2, što dovodi do smanjene, ali još uvijek prisutne funkcije kompleksa RAG. Iako pacijenti nemaju cirkulirajućih B-ćelija, razvija se mali broj oligoklonskih T-ćelija. Kod ljudi konzervirano je preko pedeset posto RAG1. Stoga je funkcionalno potvrđivanje novih genetičkih nalaza ključno za karakteriziranje nedostatka RAG kod ljudi. Funkcionalno je ispitana 71 varijanta RAG1 i 39 RAG2. Predviđene su varijante koje se najvjerojatnije pojavljuju i predstavljaju kao uzročnike bolesti. U kombinaciji s predviđanjem patogenosti, ova aplikacija vodi istraživanja kako bi se testirao učinak varijanti najboljih kandidata u pripremi za nove slučajeve bolesti.

## RAG2 nokaut-miševa
Godine 1992. generiran je soj nokaut-miševa RAG2. Od tada je postao široko korišten model miša u imunološkim istraživanjima. Ovaj soj miševa ima inaktivirani gen RAG2, stoga homozigotni miševi nisu u stanju pokrenuti V(D)J preuređivanje) i posljedično ne uspijevaju generirati zrele T- i B-limfocite. Kao takvi RAG2 nokaut-miševi predstavljaju vrlo vrijedan istraživački alat koji se koristi u eksperimentima transplantacije, razvoja vakcina i hematopoetskih istraživanja. Također, mutacija RAG2 može se kombinirati s drugim mutacijama, kako bi se razvili daljnji modeli korisni za osnovna imunološka istraživanja. Nadalje, se može koristiti metilholantren za razvoj tumora kod nokaut-miševa RAG2.

## Reference 
Kategorija:Geni na hromosomu 11
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika