TMEM98

**Transmembrabski protein 98** je jednoprolazni membranaki protein koji je kod ljudi kodiran genom **TMEM98**. Funkcija ovog proteina još uvijek nije poznata. TMEM98 je poznat i kao UNQ536/PRO1079.

## Gen 
Ovaj gen se nalazi na plus lancu hromosoma 17 u lokusu 17q11.2.

### Varijante 
Dvije su poznate varijante transkripta, koje kodiraju  TMEM98. Varijanta jedan odgovara dužoj od ove dvije, a ima osam egzona i duga je 1.808 baza. Varijantna dva kodira isti protein, ali je nešto kraća kod egzona 2 i nedostaje joj egzon 3; duga je 1732 baze. Ova nedostajuća regija odgovara dužini od 85 baznih parova pri kraju 5'UTR.

## Kloniranje i ekspresija
Awadalla et al. (2014) identificirali su TMEM98 unutar regije hromosoma 17 povezanih s autosomno dominantnim nanoftalmom (NNO4). Izvijestili su da TMEM98 kodira dvije varijante koje se razlikuju samo po svojim UTR-ovima s pet glavnih mjesta. Oba transkripta kodiraju izvedeni protein od 226 aminokiselina, koji je bogat leucinom (13,3%) i visoko kiseo. RT-PCR analiza otkrila je varijabilnu ekspresiju obje varijante prerade TMEM98 u svim ispitivanim očnim tkivima (endotel [rožnjače, [šarenica|iris, cilijarno tijelo, bionjače, očni živac, glava vidnog živca i mrežnjača). Analiza baza podataka potvrdila je ekspresiju u nekoliko ovih očnih tkiva i također pokazala ekspresiju u svih 16 ispitivanih neočnih ljudskih tkiva, sa ekspresijom proteina TMEM98 i u jedru i u citoplazmi. Ortolozi TMEM98 otkriveni su u nekoliko kičmenjaka, sa najvećom konzerviranošću kod sisara.
Hartz (2014) mapirala je gen TMEM98 na hromosomskoj poziciji 17q11.2 na osnovu poravnanja sekvence TMEM98 (GenBank AL117619) sa genomskom sekvencom (GRCh38).

## Molekulska genetika
U velikoj kavkazoidnoj porodici sa pet generacija s mapirtanjem nanoftalmosa na hromosom 17p12-q12 (NNO4), Awadalla et al. (2014) izvršili su sekvenciranje cijelog egzona i identificirali heterozigotnu misens mutaciju u genu TMEM98 (A193P) koja se u potpunosti odvojila od bolesti i nije pronađena u kontrolama.

Sekvenciranjem cijelog egzma i sangera u dvije višegeneracijske porodice, jedna njemačkog porijekla koja živi u SAD-u, a druga mikronezijskog nasljeđa koja živi na Marijanskim otocima, s autosomno dominantnim nanoftalmusom na hromosomskoj sekvenci 17p12-q12, Khorram et al. (2015) identificirali su heterozigotne mutacije u genu TMEM98, koje su se razlikovale od očekivanog  fenotipa u svakoj porodici.

## Evolucija 
### Paralozi 
Nisu poznati paralozi za TMEM98.

### Ortolozi 
Transmembranski protein 98 izuzetno je konzerviran kod riba, vodozemaca, gmizavaca, ptica i drugih sisara koji nisu ljudi. Samo je malo konzerviran i kod beskičmenjaka, uključujući i insekte,  i ne nalazi se kods bakterija, archaea, protista, biljaka ili gljiva

### Filogenija 
Grafikon postotka promjene tokom vremena kreiran  je pomoću vremenskog stabla.

## Protein 
Obje varijante (jedan i dva) kodiraju isti protein od 226  aminokiselina. i molekulskom težinom od 24.611,.

1020304050
METVVIVAIGVLATIFLASFAALVLVCRQRYCRPRDLLQRYDSKPIVDLI
GAMETQSEPSELELDDVVITNPHIEAILENEDWIEDASGLMSHCIAILKI
CHTLTEKLVAMTMGSGAKMKTSASVSDIIVVAKRISPRVDDVVKSMYPPL
DPKLLDARTTALLLSVSHLVLVTRNACHLTGGLDWIDQSLSAAEEHLEVL
REAALASEPDKGLPGPEGFLQEQSAI

**Aminokiselinska sekvenca**
:Simboli

**C**:  Cistein 
**D**: Asparaginska kiselina 
**E**: Glutaminska kiselina 
**F**:  Fenilalanin 
**G**:  Glicin 
**H**:  Histidin 
**I**:  Izoleucin 
**K**: Lizin 
**L**: Leucin 
**M**:  Metionin 
**N**:  Asparagin 
**P**:  Prolin 
**Q**:  Glutamin 
**R**:  Arginin 
**S**:  Serin 
**T**:  Treonin 
**V**:  Valin 
**W**:  Triptofan 
**Y**:  Tirozin

### Domeni 
U ovom proteinu nema signalnih peptida. Transmembranski domen dug je 22 aminokiseline,  6-28. Aminokiseline na N-krajnjoj strani nalaze se izvan ćelije, a aminokiseline na C-krajevoj strani su izvan ćelije.

Parologni domen Grap2 i interakcija ciklin-D (pfam13324) obuhvataju 81-151 i vrlo su konzervirani u ortolozima. This region is involved in the regulation of proliferation and cell differentiation using Grap2 and cyclin-d-mediated signaling pathways.

### Sekundarna struktura 
TMEM98 se sastoji od 7 alfa-heliksa, kako je predvidio NCBI CBLAST, sa e-vrijednošću od 9x10−7.

## Regulacija 
### Nivo  iRNK 
**Promotorska regija**  duga je is 901 bazni par. Ispod su prikazani najkonzerviraniji predviđeni **faktori transkripcije**.

**Moguće matične petlje**

UTR 5'ima dvije moguće osovinske petlje. Nalaze se od 279-303 i 342-372. U 3 'UTR postoji moguća petlja sa pertzeljkom locirirana na 1487-1502.

**Vezna mjesta mikroRNK**
Kako je predviđeno programom  TargetScan, u 3' UTR,  postoji jedno mjesto vezanja miRNK. This miRNA, hsa-miR-4782-3p, may play a role in breast cancer.

### Proteinska razina
TMEM98 ima četiri predviđena mjesta glikacije, na aminokiselinama 44, 118, 120 i 133. Postoje i mjesta serinske fosforilacije na pozicijama 60, 122, 124, 136, 145 i 191, a treoninska mjesta fosforilacije na 55, 105 i 160. Sva su ova mjesta na N-terminalnoj  strani transmembranskog područja i nalaze se unutar ćelijskog citosola.

## Klinički značaj 
Mutacije u TMEM98 uzrokuju autosomno dominantni nanoftalmus.

## Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 17
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika