Peptidil-transferazni centar

**Peptidil-transferazni centar ** (, PTC) je aminoaciltransferazni ribozim (RNK - enzim) koji se nalazi u velikoj podjedinici ribosoma. Formira peptidne veze između susjednih aminokiselina tokom translacijskog procesa biosinteze proteina. 

Aktivnost peptidil-transferaze nije posredovana nijednim ribosomskim proteinima, već isključivo ribosomskom RNK (rRNK). Katalitska aktivnost PTC-a je značajan dokaz koji podržava hipotezu RNK-svijeta. PTC je visoko konzervirana regija, s vrlo sporom stopom mutacija. Smatra se jednim od najstarijih elemenata ribosoma, a prethodi posljednjem univerzalnom zajedničkom pretku.

Položaj PTC-a je analogan u svim ribosomima (domen V u numeraciji 23S), budući da je dio velike podjedinice ribosomske RNK, a naziv varira samo zbog različite veličine u Svedbergovim jedinicama. Djeluje kao ribozim na donjim vrhovima (akceptorskim krajevima) A- i P-mjesta tRNK. Različita imena uključuju: 

* Prokarioti: 50S ribosomska podjedinica, 23S rRNK
* Eukarioti: 60S ribosomska podjedinica, 28S rRNK
** Vidi također: Podjedinice i pridružena ribosomska RNK, mitohondrijski ribosom i Hloroplastni ribosomi.
Peptidil-transferaze nisu ograničene na translaciju, ali postoji relativno malo enzima s ovom funkcijom.

## Mehanizam 
Supstrati za reakciju peptidil-transferaze su dvije molekule tRNK: jedn a u peptidilnom mjestu, koji nosi rastući peptidni lanac, i drugi u aminoacilnom mjestu, koji nosi aminokiselinu koja će biti dodana lancu. Peptidilni lanac i dolazna aminokiselina vezani su za svoje odgovarajuće tRNK putem [[Esterska veza|esterskih veza]n] za atom kisika na 3' krajevima ovih tRNK. Poravnanje između CCA krajeva peptidyl-tRNK vezane za ribosom i aminoacil tRNA u peptidyl-transferaznom centru doprinosi formiranju peptidne veze, tako što obezbjeđuje pravilnu orijentaciju za odvijanje reakcije. Ova reakcija se odvija putem nukleofilnog razmještanja. Amino grupa aminoacil-tRNK napada terminalnu karbonilnu grupu peptidyl-tRNK. Reakcija se odvija kroz tetraedarski međuprodukt i gubitak P-mjesta tRNK, kao odlazeće grupe. Suprotno mišljenje Caetano-Anollésa i Suna (2014) je da su akceptorski krak tRNK i katalitski domen aaRS nastali ranije od genetičkog koda i PTC-a.

;Predak:
* Tamura je 2011. godine predložio da je originalni PTC nastao spajanjem tRNK. Farias i saradnici (2014.) izvršili su rekonstrukciju predačke sekvence na 22 tipa tRNK i pronašli iznenađujuće visoku (za milijarde godina divergencije) identičnost od 50,4% u odnosu na moderni PTC *Thermus thermophilus*, koji je identičan i kod nekoliko drugih termofila. Frekvencija dinukleotida bila je slična i kod šireg spektra bakterija. Prosdocimi et al. (2020) uporedili su vrlo veliku kolekciju PTC-ova kako bi formirali konsenzus predaka. Od 5' do 3', protobakterijski PTC vjerovatno nastaje spajanjem tRNKPro, tRNATyr, tRNKPhe, tRNAGln i tRNKGly. Također navode nekoliko ranijih radova na ovu temu koji ovdje nisu spomenuti.
* Alternativni pogled zasnovan je na pseudo dvostrukoj simetriji PTC-a. Prototip je mogao imati samo jednu polovinu ovog sistema. Studija iz 2022. godine sintetizirala je i testirala nekoliko "polu-PTC" sekvenci s dvije uzvojnice. Neke od njih dimeriziraju i formiraju peptidne veze kada se da  tRNK.

#### Minimizacija 
Dizajnirana minimizirana verzija PTC-a *E. coli* iz 2024. godine bila je u stanju da se savije u oblik sličan PTC-u bez pomoći ribosomskih proteina i veže analoge tRNA na P-mjestu i A-mjestu. Ne uspijeva formirati peptidne veze zbog vezivanja molekula u pogrešnoj orijentaciji. na ostatke A2451 i A2452 u 23S rRNK ribosoma i inhibira formiranje peptidne veze.
*Pleuromutilin se također veže za peptidil-transferazni centar.
*Smatra se da makrolidni antibiotici inhibiraju peptidil-transferazu, pored toga što inhibiraju ribosomsku translokaciju.

## Također pogledajte 
*Enzim
*Ribozim
*Transferaza
*Translacija

## Reference 
## Vanjski linkovi 
* 

	

Kategorija:EC 2.3.2
Kategorija:Ribozimi
Kategorija:Transferaze
Kategorija:Enzimi