TTC39B

**Tetratrikopeptid-ponavljajući protein 39B** je protein koji je kod ljudi kodiran genom **TTC39B**, poznatim i kao **C9orf52** ili **FLJ33868**. Glavno obilježje  unutar tetratrikopeptidnog ponavljanja 39B je domen nepoznate funkcije 3808 (DUF3808), koji obuhvata većinu proteina.
## Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je  682 aminokiseline, а molekulska težina  76.956  Da.

1020304050
MDAVLACRLRGRGNRVAALRPRPRPGGSAGPSPFALLCAGLSPEPRAGVG
SEFPAWFLGGSSQRRNMALLGSRAELEADEDVFEDALETISISSHSDMAT
SSLHFASCDTQQAPRQRGASTVSSSSSTKVDLKSGLEECAVALNLFLSNK
FTDALELLRPWAKESMYHALGYSTIVVLQAVLTFEQQDIQNGISAMKDAL
QTCQKYRKKYTVVESFSSLLSRGSLEQLSEEEMHAEICYAECLLQKAALT
FVQDENMINFIKGGLKIRTSYQIYKECLSILHEIQKNKLQQEFFYEFEGG
VKLGSGAFNLMLSLLPARIIRLLEFIGFSGNRELGLLQLREGASGRSMRS
ALCCLTILAFHTYISLILGTGEVNVAEAERLLAPFLQQFPNGSLVLFYHA
RIELLKGNLEEAQEVFQKCISVQEEWKQFHHLCYWELMWINVFQQNWMQA
YYYSDLLCKESKWSKATYVFLKAAILSMLPEEDVVATNENVVTLFRQVDS
LKQRIAGKSIPTEKFAVRKARRYSASLPAPVKLILPALEMMYVWNGFSIV
SKRKDLSENLLVTVEKAEAALQSQNFNSFSVDDECLVKLLKGCCLKNLQR
PLQAELCYNHVVESEKLLKYDHYLVPFTLFELASLYKSQGEIDKAIKFLE
TARNNYKDYSLESRLHFRIQAALHLWRKPSSD

## Gen 
Gen TTC39B nalazi se na kratkom kraku hrompsoma 9, sekvenca 9p22.3. Genomska DNK je duga 136.517 baza, sastoji se od 39 introna i 20 egzona i nalazi se na minus lancu. iRNK ima dužinu od 3,276 baza. TTC39B je okružen LOC100419056, hloridnim kanalom, osjetljivim na napon u tri pseudogena.

### Funkcija 
Očekuje se da TTC39B ima funkciju molekulnog vezivanja, kao i ulogu u regulaciji lipida; fenotip kao i funkcija *in vivo* su nepoznati.

## Homologija i evolucija 
### Paralozi 
Postoje dva poznata paraloga TTC39B: TTC39A i TTC39C. TTC39A ima dvije prerađene izoforme, a TTC39C ima tri prerađene izoforme.

TTC39A je testiran na povezanost sa bolestima kao što su neoplazme dojke i očekuje se da će imati funkciju vezivanja molekula i lokaliziran je u različitim odjeljcima (vanćelijski prostor, ćelijska membrana, jedro) ).

Očekuje se da se TTC39C lokalizira u citoplazmi. Nije otkriven nijedan fenotip, a funkcija gena *in vivo* je nepoznata.

### Ortolozi 
### Udaljeni  homolozi
### Filogenija 
TTC39B je konzerviranan u organizmima od ljudi do Platyhelminthes i nije konzerviran u kvascima i gljivama.
 bliskih ortologa TTC39B]]

[thumbnail|Neukorijenjeno [filogenetsko stablo udaljenih homologa  TTC39B]]

## Protein 
Gen TTC39B ima pet različitih varijanti transkripta, od kojih svaka kodira različite proteine. Ovaj članak fokusira se na ponavljajući protein tetratrikopeptidne izoforme 139B, najduži od svih proteina. Kada se prevede, protein TTC39B sastoji se od 682 aminokiseline i ima molekulsku masu 76.955,64 kDa. Izoelektrična tačka proteina je 7,16 pH.

### Konzervacija 
**Bliski ortolozi**:

**Udaljeni ortolozi**:

### Domeni i motivi 
Domen nepoznate funkcije 3808 (DUF3808) je konzerviran od gljiva do ljudi i  ima još nepoznatu funkciju. Nalazi se od aminokiselina 142 do 568 (dužine 427 aminokiselina). Proteini ove porodice na svom C-terminalu također sadrže domen TPR_2, koji također ima nepoznatu funkciju.

Još jedno konzervirano područje u proteinu TTC39B je ponavljanje tetratrikopeptida TPR_12. Nalazi se od aminokiseline 600 do 658 (dužina 59 aminokiselina). TPR domeni nalaze se u mnogim proteinima koji olakšavaju specifične interakcije s partnerskim proteinom. Trodimenzijski strukturni podaci pokazali su da TPR regija formira dvijs antiparalelna alfa-heliksa. TPR motivi koji su raspoređeni jedan ispred drugog stvaraju spiralnu strukturu desne ruke s amfipatskim kanalom koji bi mogao prihvatiti komplementarnu regiju ciljnog proteina. Većina proteina koji sadrže TPR povezani su s multiproteinskim kompleksima, a postoje opsežni dokazi koji ukazuju da su TPR motivi važni za funkcioniranje kompleksa šaperona, ćelijskog ciklusa, transkripcije i transportnih proteinskih kompleksa. u proteinu TTC39B protein nađena su više dva  TPR domena: TPR1 se proteže od aminokiseline 393 do 426 (dug 34 aminokiseline) i TPR2, između aminokiselina  626 i 659 (također dug 34 aminokiseline).

TTC39B sadrži tri transmembranske regije, sve unutar regije DUF3808. Budući da postoje tri transmembranske regije, N– i C-terminal proteina su na suprotnim stranama plazmamembrane.

### Posttranslacijske modifikacije 
Mjesta fosforilacija:

Vjerovatnoća mjesta  sumoilacija   (bolded):

Postoji jedno moguće mjesto N-glikozilacija na aminokiselini 391; međutim, budući da protein TTC39B ne sadrži signalni peptid, malo je vjerovatno da se ta glikozilacija zaista događa.

### Sekundarna struktura 
Prema analizi sekundarne strukture proteina, TTC39B će se najvjerovatnije eksprimirati u endoplazmatskom retikulumu, mitohondrijama i Golgijevom aparatu.

## Ekspresija
### Promotor i početno mjesto transkripcije 
Promotor za TTC39B počinje od baznog para 15,307.109 i završava pri baznom paru 15,307,858. Ima dužinu od 750 parova baza. Početno mjesto transkripcije za izoformu 1 proteina TTC39B nalazi se od parova baza 15,307.340 do 15,307.389 i ima dužinu od 50 bp.

### Profil ekspresije 
TTC39B je dobro eksprimiran u mišićima, unutrašnjim organima, sekretornim organima, reproduktivnim organima, imunskom i nervnom sistemu.

## Interaktivni proteini 
### Vezni  transkripcijski faktori  
Mjesta vezanja  za faktor transkripcije:

### Ćelijski proteini 
TTC39B stupa u interakciju sa ubikvitinom C (UBC), prekursorom poliubikvitina. Konjugacija ubikvitinskih monomera ili polimera dovodi do različitih učinaka unutar ćelije. Ubikvitinacija je povezana sa razgradnjom proteina, popravkom DNK, ćelijskim ciklusom regulacijom, modifikacijom kinaza, endocitozom i regulacijom drugih puteva ćelijske signalizacije.

## Klinički značaj 
### Pridružene bolesti 
Na lokusu na hromosomu 9p22 za koji je utvrđeno da je povezan s lipoproteinom velike gustoće (HDL-C), TTC39B je jedini od nekoliko gena u lokusu koji ima eQTL u jetri, s alelom povezanim sa smanjenom ekspresijom u korelaciji s povećanjem HDL-C. Nokautiranje ortologa miša TTC39B, putem virusnog vektora (oboreno 50%) rezultiralo je značajno većim nivoima HDL-C u plazmi nakon četiri i sedam dana. Podaci ukazuju da je TTC39B uzročni gen za regulaciju lipida.

## Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 9
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika