VPS39

**hVamp6/Vps39-liki protein** je protein koji je kod ljudi kodiran genom **VPS39**.
Gross (2017) je gen  VPS39 mapirao na hromosomu 15, sekvenca q15.1 na osnovu porevnanja sekvence  VPS39 (GenBank AF281052) sa genomskom sekvencom (GRCh38).
Ovaj gen kodira protein koji može pospješiti nakupljanje i spajanje kasnih endosoma i lizosoma. Protein takođe može djelovati kao protein-adapter koji modulira transformirajući faktor rasta–beta odgovor spajanjem receptora transformirajućeg kompleksa faktora rasta-beta sa putem Smad-a..

1020304050
MHDAFEPVPILEKLPLQIDCLAAWEEWLLVGTKQGHLLLYRIRKDVVPAD
VASPESGSCNRFEVTLEKSNKNFSKKIQQIHVVSQFKILVSLLENNIYVH
DLLTFQQITTVSKAKGASLFTCDLQHTETGEEVLRMCVAVKKKLQLYFWK
DREFHELQGDFSVPDVPKSMAWCENSICVGFKRDYYLIRVDGKGSIKELF
PTGKQLEPLVAPLADGKVAVGQDDLTVVLNEEGICTQKCALNWTDIPVAM
EHQPPYIIAVLPRYVEIRTFEPRLLVQSIELQRPRFITSGGSNIIYVASN
HFVWRLIPVPMATQIQQLLQDKQFELALQLAEMKDDSDSEKQQQIHHIKN
LYAFNLFCQKRFDESMQVFAKLGTDPTHVMGLYPDLLPTDYRKQLQYPNP
LPVLSGAELEKAHLALIDYLTQKRSQLVKKLNDSDHQSSTSPLMEGTPTI
KSKKKLLQIIDTTLLKCYLHTNVALVAPLLRLENNHCHIEESEHVLKKAH
KYSELIILYEKKGLHEKALQVLVDQSKKANSPLKGHERTVQYLQHLGTEN
LHLIFSYSVWVLRDFPEDGLKIFTEDLPEVESLPRDRVLGFLIENFKGLA
IPYLEHIIHVWEETGSRFHNCLIQLYCEKVQGLMKEYLLSFPAGKTPVPA
GEEEGELGEYRQKLLMFLEISSYYDPGRLICDFPFDGLLEERALLLGRMG
KHEQALFIYVHILKDTRMAEEYCHKHYDRNKDGNKDVYLSLLRMYLSPPS
IHCLGPIKLELLEPKANLQAALQVLELHHSKLDTTKALNLLPANTQINDI
RIFLEKVLEENAQKKRFNQVLKNLLHAEFLRVQEERILHQQVKCIITEEK
VCMVCKKKIGNSAFARYPNGVVVHYFCSKEVNPADT

:Simboli

**C**:  Cistein 
**D**: Asparaginska kiselina 
**E**: Glutaminska kiselina 
**F**:  Fenilalanin 
**G**:  Glicin 
**H**:  Histidin 
**I**:  Izoleucin 
**K**: Lizin 
**L**: Leucin 
**M**:  Metionin 
**N**:  Asparagin 
**P**:  Prolin 
**Q**:  Glutamin 
**R**:  Arginin 
**S**:  Serin 
**T**:  Treonin 
**V**:  Valin 
**W**:  Triptofan 
**Y**:  Tirozin

## Kloniranje i ekspresija
Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke,moždane cDNK Nagase et al. (1998) klonirali su VPS39, koji su nazvali KIAA0770. Izvedeni protein sadrži 731 aminokiselinu i dijeli značajnu homologiju sa Vps39 *S. cerevisiae*. RT-PCR ELISA pokazala je sveprisutnu ekspresiju VPS39, sa najvećom u jajnicima, pa u srcu, mozgu, plućima, sjemenicia i bubrezima. Ekspresija je bila umjerenija u jetri, skeletnim mišićima, gušterači i sezeni.

Pretragom baza podataka za homologe Vam6 / Vps39 *S. cerevisiae*, nakon čega slijede 5-bazna RACE i PCR biblioteka cDNK srca i mozga, Caplan et al. (2001) klonirali su ljudskog VPS39, kojeg su nazvali VAM6. Izvedeni protein od 886 aminokiselina] ima izračunatu molekulsku masu veću od 100 kD. Dijeli 26% identiteta sa C-terminalnom polovinom Vam6 *S. cerevisiae* i 21% identiteta sa TRAP1 (TGFBRAP1), drugim ljudskim homologom Vam6 *S. cerevisiae*. Ljudski VAM6 ima N-terminalni domen homologije citrona (CNH) i domen homologije ponovljenog centralnog klatrina (CLTC). CNH i CLH domeni konzervirani su u ljudskom TRAP1 i u *Drosophila*, *C. elegans* i Vam6 *S. pombe*, ali  u Vam6 *S. cerevisiae* nedostaje CNH domen. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju VAM6 u ljudskim tkivima.
Pretragom baza podataka za homologe TRAP1, nakon čega slijedi 5-glavna RACE biblioteke cDNK ćelijske linije hepatoma, Felici et al. (2003) klonirali su VPS39, koji su nazvali TLP.
 
Izvedeni TLP protein od 875 aminokiselina, identičan je proteinu VAM6 o kojem su izvijestili Caplan et al. (2001), osim za inserciju 11 aminokiselina nakon val46 u VAM6. [Northern blotgg analizom otkriven je transkript od 5,5 kb u svim ispitivanim tkivima, s najvećom ekspresijom u mozgu, srcu, skeletnim mišićima, bubrezima i slezini. Drugi transkript od 5,8 kb bio je prisutan u [leukocitima periferne krvi.

## Funkcija gena
Caplan et al. (2001) otkrili su da je prekomjerna ekspresija VAM6 u HeLa ćelijama rezultirala masivnim nakupinama i fuzijom lizosoma i kasnih endosoma u velike jukstanuklearne strukture, što podsjeća na učinak izazvan ekspresijom konstitutivno aktivnog RAB7. Međutim, VAM6 je svoj učinak iskazao u prisustvu dominantno negativnog RAB7, što sugerira da funkcionira ili nizvodno ili nezavisno od RAB7. Analize gradijentne frakcionacije, 2-hibrida i koimunoprecipitacije pokazale su da je VAM6 formirao homooligomere. CLH domen VAM6 bio je potreban za homooligomerizaciju, a i CNH i CLH domeni bili su potrebni za indukciju grupisanja i fuzije lizosoma. Zaključili su da je VAM6 faktor vezanja/priključenja koji je uključen u fuziju lizosoma.
Analizom imunoprecipitacije transficiranih COS-1 ćelija i endogenih proteina u ljudskim keratinocitima, Felici et al. (2003) otkrili su da je TLP povezan i sa aktivnim i sa nedostatkom kinaze TGF-beta receptorom-2 (TGFBR2) i aktivinskim receptorom-2B (ACVR2B). TLP je također komunicirao sa SMAD4, ali samo u prisustvu signalizacije TGFB/aktivin . TLP se kolokalizirao s kompleksom TGFB receptora na plazmsmembrani i podmembranskim vezikulskim domenima, neovisno o ligandu. U nekoliko ljudskih ćelijskih linija prekomjerna ekspresija TLP-a potisnula je TGFB-induciranu transkripciju iz SMAD3/SMAD4-specifičnog reportera, dok je potencirala TGFB-induciranu transkripciju iz SMAD2/ SMAD4-specifičnog reportera. TLP je inhibirao stvaranje kompleksa SMAD3/SMAD4, bez uticaja na fosforilaciju SMAD3 i nije imao efekta na fosforilaciju SMAD2 ili heterooligomerizaciju. Predložili su da TLP regulira ravnotežu signalizacije SMAD2 i SMAD3 unutarčelijskom lokalizacijom SMAD4, doprinoseći tako ćelijskoj specifičnosti transkripcijskih odgovora TGFB.

## Reference
## Dopunska literatura
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*

Kategorija:Geni na hromosomu 15
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Proteomika