Faktor oslobađanja

**Faktor oslobađanja** je protein koji omogućava završetak translacije prepoznavanjem terminacionog kodona ili stop kodona u sekvenci iRNK. Nazvani su tako jer oslobađaju nove peptide iz ribosoma.

## Pozadina 
Tokom translacije iRNK, većinu kodona prepoznaju "nabijene" molekule tRNK, nazvane aminoacil-tRNK jer su vezane za specifične aminokiseline koje odgovaraju antikodonu svake tRNK. U standardnom genetičkom kodu postoje tri stop kodona iRNK: UAG ("ćilibar"), UAA ("oker") i UGA ("opal" ili "amber"). Iako su ovi stop kodoni tripleti baš kao i obični kodoni, tRNK ih ne dekodiraju. Mario Capecchi je 1967. godine otkrio da, umjesto toga, tRNK uopće ne prepoznaju stop kodone i da ono što je nazvao "faktor oslobađanja" nije molekula tRNK već protein. Kasnije je dokazano da različiti faktori oslobađanja prepoznaju različite stop kodone.

## Klasifikacija 
Postoje dvije klase faktora oslobađanja. Faktori oslobađanja klase 1 prepoznaju stop kodone; oni se vežu za A-mjesto ribosoma na način koji oponaša tRNK, oslobađajući novi polipeptid, dok on rastavlja ribosom. Faktori oslobađanja klase 2 su GTPaze koje pojačavaju aktivnost faktora oslobađanja klase 1. Pomažu RF klase 1 da se odvoji od ribosoma. 

Bakterijski faktori oslobađanja uključuju RF1, RF2 i RF3 (ili PrfA, PrfB, PrfC u nomenklaturi gena "faktora oslobađanja peptida"). RF1 i RF2 su RF klase 1: RF1 prepoznaje UAA i UAG, dok RF2 prepoznaje UAA i UGA. RF3 je faktor oslobađanja klase 2. Eukariotski i arhejski faktori oslobađanja nazivaju se analogno, s tim da se naziv mijenja u "eRF" za "eukariotski faktor oslobađanja" i obrnuto. a/eRF1 može prepoznati sva tri stop kodona, dok eRF3 (arheje umjesto toga koriste aEF-1α) funkcionira baš kao RF3.

Vjeruje se da su bakterijski i arheo-eukariotski faktori oslobađanja evoluirali odvojeno. Dvije grupe faktora klase 1 ne pokazuju sekvencnu ili strukturnu homologiju jedna s drugom. Homologija u klasi 2 ograničena je na činjenicu da su oba GTPaze. Vjeruje se da je (b)RF3 evoluirao iz EF-G, dok je eRF3 evoluirao iz eEF1α.

U skladu sa svojim simbiotskim porijeklom, eukariotske mitohondrije i plastidi koriste faktore oslobađanja klase I bakterijskog tipa. , nemogu se pronaći konačni izvještaji o organelarnom faktoru oslobađanja klase II.

### Ljudski geni 
* RF1 (mitohondrija): MTRF1, MTRF1L, MRPL58 (ICT1), MTRFR (C12orf65)
* eRF1: ETF1
* eRF3: GSPT1, GSPT2

## Struktura i funkcija 
Kristalne strukture bakterijskog 70S ribosoma vezanog za svaki od tri faktora oslobađanja su riješene, otkrivajući detalje u prepoznavanju kodona pomoću RF1/2 i rotaciji RF3 sličnoj EF-G. Dobijene su Krio-EM strukture za eukariotski sisav 80S ribosom vezan za eRF1 i/ili eRF3, pružajući uvid u strukturna preuređenja uzrokovana faktorima. Prilagođavanje EM slika prethodno poznatim kristalnim strukturama pojedinačnih dijelova omogućava identifikaciju i detaljniji pogled na proces.

U oba sistema, (e)RF3 klase II se veže za univerzalno GTPazno mjesto na ribosomu, dok RF klase I zauzimaju A mjesto. slanjem GGQ motiva u peptidil-transferazni centar (PTC) pored 3′ kraja P-mjesta tRNK. Hidrolizom esterske veze peptidil-tRNK, koja je pokazala pH-zavisnost *in vitro*, peptid se odvaja i oslobađa. RF3 je i dalje potreban za oslobađanje RF1/2 iz ovog kompleksa za terminaciju translacije.

### Eukariotski i arhejski 
eRF1 se može podijeliti na četiri domena: N-terminalni (N), srednji (M), C-terminalni (C), plus minidomen:
* N domen je odgovoran za prepoznavanje stop kodona. Motivi uključuju  i .
* GGQ motiv u M domenu je ključan za aktivnost peptidil-tRNA hidrolaze (PTH).

Za razliku od bakterijske verzije, eRF1–eRF3–GTP se vežu u podkompleks, putem  motiva na RF3. Prepoznavanje stop kodona uzrokuje da eRF3 hidrolizuje GTP, a rezultirajuće kretanje stavlja GGQ u PTC kako bi se omogućila hidroliza. Pomjeranje također uzrokuje pomjeranje otiska prstiju od +2 nt. Mehanizam okidanja sličan je mehanizmu aa-tRNK–EF-Tu–GTP.

## Reference
## Vanjski linkovi 
* 

Kategorija:Proteini
Kategorija:Biosinteza proteina