CCDC94

**Protein 94 domena upredene zavojnice** (CCDC94) je protein koji je kod ljudi kodiran genom **CCDC94**.  Protein CCDC94 sadrži upredenu zavojnicu, domena nepoznate funkcije (DUF572), neokarakterizirani konzervirani protein (COG5134) i nedostaje mu transmembranski domen.

## Gen 
### Pregled
*CCDC94* je dug 21.975 baznih parova, orijentiran na plus lancu hromoosma 19 od 4.247.111. – 4.269.085. baznog para. Ovaj prerađeni oblik sadrži pet egzona, a četiri od njih su kodirajući. Predviđanje i analiza promotora izvedena je pomoću programa *ElDorado*. Predviđena promotorska regija obuhvata 714 baznih parova, od 4.246.532. do 4.247.245.,  na plus lancu hromosoma 19.
===
 5,618 i molekulsom masom 37,086 daltona . Ne postoje predviđeni transmembranski domeni. Jedan oblik alternativne prerade *CCDC94* kodira protein sa 161 aminokiselinom. Domeni  DUF572 i COG5134 nalaze se na ostacima 1-319 , odnodno 7-108. Područje domena upredene zavojnice nalazi se na ostacima 105–206. Unutarćelijska lokalizacija CCDC94 još nije eksperimentalno utvrđena, ali bioinformatička analiza pomoću PSORT-a visoko sugerira da  je CCDC94 u jedru,  zbog prisustva jedarnih lokalizacijskih signala.

### Aminokiselinmska sekvenca
**C**:  Cistein 
**D**: Asparaginska kiselina 
**E**: Glutaminska kiselina 
**F**:  Fenilalanin 
**G**:  Glicin 
**H**:  Histidin 
**I**:  Izoleucin 
**K**: Lizin 
**L**: Leucin 
**M**:  Metionin 
**N**:  Asparagin 
**P**:  Prolin 
**Q**:  Glutamin 
**R**:  Arginin 
**S**:  Serin 
**T**:  Treonin 
**V**:  Valin 
**W**:  Triptofan 
**Y**:  Tirozin

1020304050
MSERKVLNKYYPPDFDPSKIPKLKLPKDRQYVVRLMAPFNMRCKTCGEYI
YKGKKFNARKETVQNEVYLGLPIFRFYIKCTRCLAEITFKTDPENTDYTM
EHGATRNFQAEKLLEEEEKRVQKEREDEELNNPMKVLENRTKDSKLEMEV
LENLQELKDLNQRQAHVDFEAMLRQHRLSEEERRRQQQEEDEQETAALLE
EARKRRLLEDSDSEDEAAPSPLQPALRPNPTAILDEAPKPKRKVEVWEQS
VGSLGSRPPLSRLVVVKKAKADPDCSNGQPQAAPTPGAPQNRKEANPTPL
TPGASSLSQLGAYLDSDDSNGSN

### Proreinske interakcije
Analiza interakcije proteina sa CCDC94 provedena je pomoću računarskih alata. Preko baze podataka MINT nisu identificirane bilo kakve interakcije. Pokazano je da CCDC94 komunicira sa CDC5L, PLRG1 i PRPF19, sa najvećim rezultatom na osnovu testa koimmunoprecipitacije protiv tagova.  Pronađeno je šest dodatnih interaktivnih proteina. Bliža analiza pokazuje vrlo mali potencijal da ove interakcije budu stvarne, zbog čega nijednu ne treba smatrati stvarnom interakcijom protein-protein. Prikazana je interakcija proteina prema STRING-ovoj analizi.

#### Faktori transkripcije 
CCDC94 ima promotorsku regiju koja sadrži mjesta za faktor transkripcije vezanja. Značajni faktori transkripcije, generirani su  programom ElDorado na Genomatixu: 
* Mijeloidni protein cinkovog prsta (MZF1)
* Boks vilica H1 (Foxh1)
* Poboljšavač poliomavirusa A koji veže protein 3 (ETV4)
* E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa (E2F)
* SPI-1 proto-onkogen; hematopoetski transkripcijski faktor (PU1)

### Posttranslacijske modifikacije 
Bioinformatička analiza CCDC94 pomoću *NetPhos* predvidila je sedam mjesta fosforilacije na ostacima serina, tri na ostacima treonina i tri na ostacima tirozina. Dva fosforilirana ostatka treonina i svi tirozini su visoko konzervirani, što potkrepljuje njihova pojava na istom mjestu u nekoliko analiziranih ortologa. Predviđeni fosforilirani tirozini s visokim rezultatima dogodili su se na polovini N-kraja CCDC94, dok su ostaci serina fosforilirani na polovini [C-kraja. * Sulfinator * je predvidio samo jedno mjesto sulfonizacije tirozina na aminokiselini 98. Vrlo vjerovatno mjesta sumoilacije na ostacima 90, 24 i 270 predvidio je *SUMOplot*.

### Tercijarna struktura 
Pokazalo se da tercijarna struktura CCDC94 ima nekoliko regiona [beta-listova i samo jedan visoko predviđeni alfa heliks . Analiza PHYRE2 s  65 ostataka CCDC94, 20% cijele sekvence aminokiselina, modelirana je s 87,9% pouzdanosti.

## Homologija 
### Ortholozi 
CCDC94 je vrlo dobro konzerviran kod mnogih vrsta, a cjelokupni protein je konzerviran u svim svojim ortolozima.  Međutim, konzervacija se ne proteže toliko unatrag kao do bakterija. Filogenetsko stablo, generirano prema *Biology WorkBench* pokazuje evolucijske odnose između CCDC94 vrste  *Homo sapiens* i njegovih ortologa.
Tabela u nastavku prikazuje konzerviranje CCDC94 među ortolozima:

### Paralozi 
CCDC94 ima samo jednpog paraloga, *CCDC130* ili *MGC10471*. CCDC130 je vrlo sličan CCDC94-u, jer sadrži i domene DUF572 i COG5134.

## Reference 
## Vanjski linkovi
*
*

Kategorija:Geni
Kategorija:Ljudski proteini
Kategorija:Geni na hromosomu 19