Органик донъя системаһы

**Органик донъя системаһы** — хәҙерге ваҡытта һәм элек йәшәгән бөтә организмдарҙы һүрәтләү, төркәмләү нигеҙендә билдәле тәртиптә эшләнгән схемаһы. Тере организмдар бер нисә миллион төрҙө тәшкил итә.Ошо тиклем күп төрлөлөкте биологик систематика өйрәнә.

Төп бурысы — төркөмләү (классификация) нигеҙендә органик донъяныңсистемаһын төҙөү.
 

**Йәнле тәбиғәт таксоно́мияһы.** 

Фәнни дәирәләрҙә бер үк төркөмдең систематик статусы тураһында уртаҡ фекер булмағанлыҡтан, тәҡдим ителгән систематика дөйөм килешелгән (консенсус) структура булып тора.

## Күҙәнәкһеҙҙәр

Күҙәнәк төҙөлөштәре булмаған тереклек эйәләре төркөме. «Күҙәнәкһеҙҙәр» йыш ҡына «вирус» һүҙенә синоним булараҡ ҡулланыла. 

Термин 2003 йылда, быға тиклем билдәле булған вирустар араһында иң ҡатмарлыһы тип танылған *мимивирусты* тапҡандан һуң индерелә. Уның күҙәнәклеләр төҙөлөшлөнән үҫешкән (эволюцияның дегенерация формаһы) тигән фараз бар. 

Вирустарҙан тыш күҙәнәкһеҙҙәргә вироидтарҙы, вирусоидтарҙы, шулай уҡ, ДНК йәки РНК (миҫал, приондар) формаһында шифрлы геномы булмаған инфекцион агенттарҙы индерәләр.

### Вирустар

Күҙәнәкһеҙ инфекцион агент, тере күҙәнәктәрҙең эсендә генә тереклек үҙсәнлектәре күрһәтә һәм үрсей ала. 

Организмдарҙың бөтә тибын да зарарлай: үҫемлектәр һәм хауйандарҙан башлап бактериялар и архейҙарға тиклем (бактериялар вирусын бактериофагтар тип атайҙар). 

Шулай уҡ, икенсе вирустарҙы зарарлаусы вирустар (вирус-сателлиттар).

#### Балтимор буйынса классификация
  
Нобель премияһы лауреаты биолог Дейвид Балтимор буйынса вирустарҙы классификациялау
нигеҙҙәрен эшләй. Был 7 төп төркөмде эсенә ала.:
                
* (I) Ике сылбырлы ДНК-һы булған һәм РНК-стадииһы булмаған вирустар (Мәҫәлән, герпесвирустар, поксвирустар, паповавирустар, мимивирус).
* (II) Бер сылбырлы ДНК-лы вирустар (мәҫәлән, парвовирустар). Ыңғай поляр ДНК-лы.
* (III) Ике сылбырлы РНК -лы вирустар (мәҫәлән, ротавирусы).
* (IV) Бер сылбырлы ыңғай поляр РНК-лы вирустар (мәҫәлән, пикорнавирусы, флавивирусы).
* (V) Бер сылбырлы негатив йәки икеләтә полярлы РНК-лы негатив йәки икеләтә полярлы
* мәҫәлән, ортомиксовирустар, филовирустар) вирустар
* (VI) Бер сылбырлы ынғай молекулалы РНК -һы булған һәм йәшәү циклында РНК матрицаһы аша ДНК синтезлау стадияһы булған ретровирустар (мәҫәлән, ВИЧ).
* (VII) Ике сылбырлы ДНК-лы һәм йәшәү циклында РНК матрицаһы аша ДНК синтезлау стадияһы булған, ретроид вирустар (мәҫәлән, гепатит B вирусы)..

### Вироидтар

Үҫемлектәрҙең патогендары юғары комплементарлы, ҡулсалы, бер сылбырлы РНК молекулаларынан ғибәрәт. Бер нисә йөҙ нуклеотидтарҙан торған ҡыҫҡа ғына фрагметтар фиғылындағы йән эйәләре. Вирустарға хас булған тышсалары юҡ. 

Иң бәләкәй вироид scRNA (кес кенә цитоплазматик РНК)- дөгөне зарарлай торған вирустың(вируса жёлтой крапчатости) паразиты (англ. RYMV, rice yellow mottle sobemovirus), бары 220 нуклеотидтан ғына тора. 

Сағыштырыу өсөн: әлегә тиклем билдәле вирустарҙан иң иң бәләкәй вирустың геномы 2000 нуклеотидтан тора. Вироидтар Теодор О. Динер тарафынан асылған һәм ошо атамаһы бирелгән.

## Күҙәнәклеләр

### Прокариоттар

Бер күҙәнәкле тере организмдар, (эукариотарҙан айырмалы) күҙәнәк ядроһы һәм мембраналы органоидтары (тик, цианобактерияларҙа ғына цистерна фиғылында фотосинтезлаусы, мембраналар була) юҡ. 

Прокариот күҙәнәктәрҙә ДНК молекулаһының төргәгендә гистон -аҡһымдар юҡ, йәғни ДНК-гистон береге-хроматин булмай. Шулай уҡ,уны цитоплазманан сикләүсе тышса ла булмай. 

Туҡланыу тибы- осмос. Берҙән-бер дәү ҡулса фиғылындағы (ҡайҙыларында—буй) ике сылбырлы ДНК молекулаһында (нуклеоид) нәҫел мәғлүмәтен һаҡлаған төп өлөше бер туҡтауһыҙ эшләп тора. 

Прокариотарға бактериялар, цианобак-териялар (күкле-йәшелле ылымыҡтар) һәм архейҙар керә. Эукариот күҙәнәктәрҙең органоидтары- митохондриялар һәм пластидтарҙы прокариот күҙәнәктәрҙең вариҫтары тип һанайҙар. Прокариотарҙы домен рангаһында (надцарство) ике таксонға : Бактерилар (Bacteria) һәм Архейҙар(Archaea) төркөменә бүләләр.

## Архейҙар

**Архейҙар** — ядроһыҙ һәм шулай уҡ, бер генә лә мембраналы органоидтары булмаған бер күҙәнәкле микроорганизмдар.

Архейҙарҙы 5 типҡа бүлеп йөрөтәләр. Араһында күпмелер дәрәжәлә яҡшыраҡ өйрәнелгәне: кренархеоттар (лат. Crenarchaeota) һәм эвриархеоттар (лат. Euryarchaeota). 

Архейҙарҙы өйрәнеү бик тә ҡатмарлы, сөнки, күптәре бер ҡасан да шарттарҙа үрсетеп ҡаралмаған. Бары йәшәү урындарынан алынған нуклеин кислотаһы өлгөләренә(алынмаларына) анализ буйынса ғына беләләр. 

Күпселеге — хемоавтотрофтар. Улар эукариоттарға ҡарағанда күберәк төр энергия сығанаҡтары ҡулланалар: шәкәрҙәнҙән башлап, аммиак, металл иондары һәм водородҡа тиклем. Тоҙға сыҙамлы архейҙар — **галоархеҙар (лат. Haloarchaea)** — ҡояш энергияһын файҙалана, икенселәре — углеродты.

Енси булмаған юл менән үрсейҙәр: бинар (урталай) бүленеү, фрагменттарҙан һәм бөрөләнеү. Бактерияларҙан һәм эукариоттарҙан айырмалы, архейҙар спора барлыҡҡа килтермәй.
* Crenarchaeota
* Termoprotei
* Euryarchaeota
* Methanobacteria
* Methanococci
* Halobacteria
* Thermoplasmata
* Thermococci
* Archaeoglobi
* Methanopyri
* Nanoarchaeota
* Korarchaeota

## Бактериялар

Домен (юғары батшалыҡ). Прокариот (ядероһыҙ) микроорганизмдар, одноклеточных. Ун мең тирәһе төр бактериялар билдәле. Ләкин миллиондан ашы төр булырға тейеш тип фараз ителә.ларға ҡарата төр төшөнсәһен ҡулланыу ҡыйынлыҡтар тыҙыра.

Бактерияларҙы микробиологияныү бер тармағы — бактериология өйрәнә.

Төркөмләү күҙәнәк диуарынының (стенкаһының) төҙөлөшенә ҡарап, йәни фенотип нигеҙендә эшләнә. (IX нәшер , Определителя бактерий Берги (1984—1987)).

Эре таксономик төркөм булып 4 бүлек тора: Gracilicutes (грамм-тиҫкәре), Firmicutes (грамм-ыңғай), Tenericutes (микоплазмалар; берҙән-бер класы Mollicutes) һәм Mendosicutes (архейҙар).

* Aquificae
* Thermotogae
* Thermodesulfobacteria
* Deinococcus-Thermus
* Chrysiogenetes
* Chloroflexi
* Thermomicrobia
* Nitrospirae
* Deferribacteres
* Сине-зелёные водоросли (Cyanobacteria)
* Chlorobi
* Proteobacteria
* Alphaproteobacteria
* Betaproteobacteria
* Deltaproteobacteria
* Epsilionproteobacteria
* Firmicutes
* Clostridia
* Mollicutes
* Bacilli
* Actinobacteria
* Planctomycetes
* Chlamydiae
* Spirochaetes
* Fibrobacteres
* Acidobacteria
* Bacteroidetes
* Bacteroides
* Flavobacteria
* Sphingobacteria
* Fusobacteria
* Verrucomicrobia
* Dictyoglomi
* Gemmatimonadetes

## Эукариоттар

Домен (юғары батшалыҡ). Күҙәнәктәрендә ядроһы булған тере организмдарҙы үҙ эсенә ала.  Бактерия һәм архейҙарҙан башҡалары бөтәһе лә ядролы. (Иҫкәрмә:вирустар, вироидтар һәм вирусоидтарҙы тере организмдар тип һанамаусы биологтар бар). 

Хайуандар, үҫемлектәр, бәшмәктәр, протистар тип аталған йыйылма төркөм дә — эукариоттар. Улар бер күҙәнәкле һәм күп күҙәнәкле булырға мөмкин, әммә бөтәһенең дә күҙәнәктәре берүк төрлө төҙөлөш планына эйә. 

Был ядролы төҙөлөшле организмдар юғары рангалағы монофилетик таксон итеп ҡарала. 

Фараздарҙың күптәре эукариоттар 1,5-2 млрд йыл элек барлыҡҡа килгән тигән фекерҙә тҡтала. Эукариоттар эволюцияһында симбиогенез — эукариот күҙәнәк (ядролы һәм фагоцитозға һәләтле) менән уның тарафынан йотолған бактерия(митохондрия һәм пластидтарҙың башланғысы) күҙәнәге араһында симбиоз ҙур әһәмиәткә эйә булған тип һанала.

#### Амёба һымаҡтар

* Tubulinea Smirnov et al., 2005
* Flabellinea Smirnov et al., 2005
* Stereomyxida Grell, 1966
* Acanthamoebidae Sawyer and Griffin, 1975
* Entamoebida Cavalier-Smith, 1993
* Mastigamoebidae Goldschmidt, 1907
* Pelomyxa Goldschmidt, 1907
* Eumycetozoa Zopf, 1884, emend. Olive, 1975 [Mycetozoa de Bary, 1873]

#### Opisthokonta

Бәшмәктәрҙе, хайуандарҙы, шулай уҡ, башҡа эукариот микроорганизмдарҙы үҙ эсенә ала.  Уларҙы *Choanozoa* тибына керетеүселәр бар.  Ә ҡайһы бер тикшереүселәр Протистар (Protista)[9] йәки Иң ябайҙар (Protozoa) батшалығына бүлә (башҡа классификацияларҙа улар таксон сифатында ҡабул ителмәй). Бөтә генетик һәм ультраструктур тикшереүҙәр был ике төркөмдең монофилик икәнлеген дөрөҫләй.

##### Бәшмәктәр

Йәнле тәбиғәт батшалығы. Эукариоттар. Үҫемлектәргә лә, хайуандарға ла хас үҙсәнлектәргә эйәләр. 

Оҙаҡ ваҡыт бәшмәктәрҙе ботаника фәне эсендә бер бүлек итеп өйрәнә инеләр. Хәҙерге систематикала бәшмәктәр айырым батшалыҡ. 

Бәшмәктәрҙе өйрәнеүсе фән микология тип атала.
* Базидиомицеттар — Basidiomycota de Barry 1866, emend. Schaffer, 1975
* Urediniomycetes Swann and Taylor, 1995
* Ustilaginomycetes Bower, Oberw, and Vanky, 1997
* Аскомицеттар — Ascomycota Berkeley, 1857
* Микроспоридиялар — Microsporidia Balbiani, 1882
* Glomeromycota Schussler et al., 2001 [Glomales Morton and Benny, 1990; Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998]
* Зигомицеттар — Zygomycota Fischer, 1892, emend. Benny et al., 2001
* Хитридиомицеттар — Chytridiomycetes de Barry, 1863, emend. Cavalier-Smith, 1981

**Mesomycetozoa**

##### Choanomonada

* Monosigidae Zhukov and Karpov, 1985 [Codonosigidae Kent, 1880]
* Salpingoecidae Kent, 1880
* Acanthoecidae Norris, 1965

##### Хайуандар

Аристотель заманынан уҡ организмдарҙың, айырым төркөме итеп өйрәнелә, хәҙерге көндә биологик батшалыҡ. Хайуандарҙы зоология фәне өйрәнә.
* Пластинкалылар — Placozoa Grell, 1971
* Губкалар — Porifera Grant, 1836 [Parazoa Sollas, 1884]
* Эуметазойҙар Animalia Linnaeus, 1758, emend. Adl et al., 2005 [Eumetazoa Butschli, 1910]
*

#### Rhizaria

##### Cercozoa

* Cercomonadida Poche, 1913, emend. Mylnikov, 1986
* Silicofilosea Adl et al., 2005 [Imbricatea Cavalier-Smith and Chao, 2003]
* |Хлорарахниофит ылымыҡтар (*Chlorarachniophyta* Hibberd and Norris, 1984)
* Phytomyxea Engler and Prantl, 1897, emend. Cavalier-Smith, 1993
* Phaeodarea Haeckel, 1879 [Tripylea Hertwig, 1879]
* Nucleohelea Cavalier-Smith, 1993

##### Haplosporidia

##### Foraminifera

##### Gromia

##### Радиолярии

* Polycystinea Ehrenberg, 1838, emend. Haeckel, 1887
* Sticholonche Hertwig, 1877 [Taxopodida Fol, 1883]
* Acantharia Haeckel, 1881, emend. Mikrjukov, 2000

#### Archaeplastida

Рангаһыҙ таксон, үҫеше нығыраҡ алға киткән ылымыҡтар бүлеге — йәшел, хара, микроскопик глаукофит һәм үлеп бөткән нематофит ылымыҡтар. Архепластидтарға бишенсе бүлек — ҡыҙыл ылымыҡтарҙы ла индерәләр.Әгәр монофилияға нигеҙләнһәң, архепластидтарға юғары төҙөлөшле үҫемлектәрҙе лә индерергә мөмкин. 

Йәшел ылымыҡтар — архепластидтарҙың иң ҙур бүлеге (13000 — 20000 төр). Хара ылымыҡтар — 440 төр. Нематофит ылымыҡтар —10 төр. Главкофит ылымыҡтар — архепластидтарҙың иң бәләкәй бүлеге, бөтәһе 4 кенә төр.

* Glaucophyta Skuja, 1954 [Glaucocystophyta Kies and Kremer, 1986]
* Ҡыҙыл ылымыҡтар — Rhodophyceae Thuret, 1855, emend. Adl et al., 2005 [Rhodophyta Wettstein, 1901; Rhodoplantae Saunders and Hommersand, 2004]
* Chloroplastida Adl et al., 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith, 1981; Chlorobionta Jeffrey, 1982, emend. Lewis and McCourt, 2004; Chlorobiota Kendrick and Crane, 1997]
::: Йәшел ылымыҡтар — Chlorophyta Pascher, 1914, emend. Lewis and Mc Court, 2004
::: Chlorodendrales Fritsch, 1917
::: Prasinophytae Cavalier-Smith, 1998, emend. Lewis and McCourt, 2004
::: *Mesostigma* Lauterborn, 1894, emend. McCourt in Adl et al., 2005 [Mesostigmata Turmel, Otis, and Lemieux, 2002]
::: Charophyta Karol et al., 2001, emend. Lewis and McCourt, 2004 [Charophyceae Smith, 1938, emend. Mattox and Stewart, 1984]
:::: Streptophytina Lewis and McCourt, 2004
::::: Харо ылымыҡтары — Charales Lindley, 1836 [Charophytae Engler, 1887]
::::: **[[Үҫемлектәр]]** — Plantae Haeckel, 1866 [Cormophyta Endlicher, 1836; Embryophyta Endlicher, 1836, emend. Lewis and McCourt, 2004]

#### [[Chromalveolata]] Adl et al., 2005

Полифилетик төркөм, Томас Кавалир-Смиттың 1981 йылда тәҡдим иткән системаһында батшалыҡтарҙың береһе. Хромистар протистарҙың  ваҡ батшалығы һаналған. 

Организмдары береһе икенсеһенең эсендә урынлашҡан һәм хлорапласы булған ике эукариот күҙәнәктән тора. 

Шулай уҡ, ошондай организмдарҙың вариҫтары, тик эске эукарионт симбионттары булмағандары бар. 

Былар: ҡайһы бер ылымыҡтар(гетероконт), тәлмәрйендәрҙең клоакаһында тереклек иткән опалиналар (дәү, бер күҙәнәкле ҡамсылы йән эйәләре), элек бәшмәк тип һаналған ҡайһы бер организмдар.

* Криптофит ылымыҡтар — Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen, 1925 [Cryptophyta Cavalier-Smith, 1986]
* Cryptomonadales Pascher, 1913
* Goniomonadales Novarino and Lucas, 1993
* Гаптофит ылымыҡтар — Haptophyta Hibberd, 1976, emend. Edvardsen and Eikrem, 2000
::: Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986, emend. Green and Medlin, 2000
::: Prymnesiophyceae Hibberd, 1976
* Stramenopiles Patterson, 1989, emend. Adl et al., 2005
::: Opalinata Wenyon, 1926, emend. Adl et al., 2005 [Slopalinata Patterson, 1986]
::: Labyrinthulomycetes Dick, 2001
::: Hyphochytriales Sparrow 1960
::: Оомицеттар — Peronosporomycetes Dick, 2001 [Oomycetes Winter, 1897, emend. Dick, 1976]
::: Actinophryidae Claus, 1874, emend. Hartmann, 1926
::: *Bolidomonas* Guillou and Chretiennot-Dinet, 1999 [Bolidophyceae Guillou et al., 1999]
::: Алтынһыу ылымыҡтар— Chrysophyceae Pascher, 1914
::: Dictyochophyceae] Silva, 1980
::: Eustigmatales Hibberd, 1981
::: Pelagophyceae Andersen and Saunders, 1993
::: Phaeothamniophyceae Andersen and Bailey in Bailey et al., 1998
::: Pinguiochrysidales Kawachi, Inouye, Honda, O’Kelly, Bailey, Bidigare, and Andersen, 2003
::: Raphidophyceae Chadefaud, 1950, emend. Silva, 1980
::: *Schizocladia* Kawai, Maeba, Sasaki, Okuda, and Henry, 2003
::: Synurales Andersen, 1987
::: Һарғылт йәшел ылымыҡтар — Xanthophyceae Allorge, 1930, emend. Fritsch, 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale, 1983; Xanthophyta Hibberd, 1990]
::: Көрән ылымыҡтар— Phaeophyceae Hansgirg, 1886
::: Диатом ылымыҡтар — Bacillariophyta Haeckel, 1878 [Diatomea Dumortier, 1821]
* Альвеоляттар Alveolata Cavalier-Smith, 1991
::: Динофлагелляттар — Dinozoa Cavalier-Smith, 1981, emend. Adl et al., 2005
::: Споровиктар — Apicomplexa Levine, 1980, emend. Adl et al., 2005
::: Инфузориялар — Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Butschli, 1887]

#### [[Excavata]] Cavalier-Smith, 2002, emend. Simpson, 2003

Юғары тип Иң ябайҙар. Был төркөмгә күп төрлө ирекле йәшәүсе, симбиотик һәм паразит, шл иҫәптән кешелә паразит булып йәшәүсе төрҙәр керә.
* Fornicata Simpson, 2003
::: Eopharyngia Cavalier-Smith, 1993
:::: Дипломонады — Diplomonadida Wenyon, 1926, emend. Brugerolle et al., 1975
:::: Ретортомонады — Retortamonadida Grasse, 1952
::: *[[Carpediemonas]]* Ekebom, Patterson, and Vors, 1996
* *[[Malawimonas]]* O’Kelly and Nerad, 1999
* Parabasalia Honigberg, 1973
::: Trichomonadida Kirby, 1947, emend. Brugerolle and Patterson, 2001
::: Cristamonadida Brugerolle and Patterson, 2001
::: Spirotrichonymphida Light, 1927
::: Trichonymphida Poche, 1913
* Preaxostyla Simpson, 2003
::: Оксимонады — Oxymonadida Grasse, 1952
::: *[[Trimastix]]* Kent 1880
* Якобиды — Jakobida Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al., 2005
* Гетеролобозовые — Heterolobosea Page and Blanton, 1985
* Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981, emend. Simpson, 1997
::: Euglenida Butschli, 1884, emend. Simpson 1997
::: Diplonemea Cavalier-Smith, 1993, emend. Simpson, 1997
::: Кинетопластиды — Kinetoplastea Honigberg, 1963

## Шулай уҡ, ҡарағыҙ
* Биологик систематика

## Иҫкәрмәләр

## Әҙәбиәт
* *[[Пиневич А. В.]]* Микробиология. Биология прокариотов: Учебник. В 3 т. Том 1., 2-изд., СПб., 2007.
* *[[Козо-Полянский Б. М.]]* К модернизации системы растительного мира, «Труды Воронежского гос. университета», 1949, т. 15
* *Кусакин О. Г.*, *Старобогатов Я. И.* К вопросу о наивысших таксономических категориях органического мира, в сборнике: Проблемы эволюции, в. 3, Новосиб., 1973 
* *Мошковский Ш. Д.* О природе простейших (Protozoa) и границах протозоологии, «Тр. Ленинградского общества естествоиспытателей», 1957, т. 73, в. 4 
* Иванов А. В., Пооисхождение многоклеточных животных, Л., 1968 
* *[[Тахтаджян А. Л.]]* Четыре царства органического мира, «Природа», 1973, № 2 
* Строение ДНК и положение организмов в системе. [Сб. ст.], М., 1972 
* Whittaker R. H., New concerts of the kingdoms of organisms, «Science», 1969, v. 163, № 3853 
* Dodson E. G., The kingdoms of organisms, «Systematic Zoology», 1971, v. 20, № 3 
* Leedale G. F., How many are the kingdoms of organisms, «Taxon», 1974, v. 23, № 23 
* Margulis L., The classification and evolution of prokaryotes and eukaryotes, в кн.: Handbook of genetics, v. 1,…, 1974. 
* Cavalier-Smith T, Allsopp MT, Chao EE (November 1994). «Chimeric conundra: are nucleomorphs and chromists monophyletic or polyphyletic?». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91 (24): 11368-72. DOI:10.1073/pnas.91.24.11368. PMID 7972066. 
* T. Cavalier-Smith (1981). «Eukaryote kingdoms: seven or nine?». Biosystems 14 (3-4): 461—481. DOI:10.1016/0303-2647(81)90050-2. PMID 7337818. 

## Һылтанмалар
* Классификация живых организмов на *www.biolib.cz* 
* Классификация живых организмов «Каталог жизни» на *www.catalogueoflife.org* 
* Классификация по видам и подвидам с указанием латинских и английских названий
* Классификация по русским и латинским названиям (страничка является любительской и не претендует на какую-либо степень научности)
* Система живых организмов А. Шипунова