npm package: @nahisaho/satori
Description: SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.
Latest version: 0.29.0

# SATORI（悟り）— Agent Skills for Science

**SATORI** は、科学データ解析のための **GitHub Copilot Agent Skills** コレクションです。

[![npm version](https://img.shields.io/npm/v/@nahisaho/satori)](https://www.npmjs.com/package/@nahisaho/satori)
[![CI](https://github.com/nahisaho/satori/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/nahisaho/satori/actions/workflows/ci.yml)
[![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg)](LICENCE)

## Overview

このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **190 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。全 190 スキルが [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールと連携可能です。

### パイプラインフロー

```
hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-review
  (仮説定義)         (解析実行)         (草稿作成)         (レビュー・修正)
                                                                       ↓
  paper-quality ← revision-tracker ← peer-review-response ← [査読結果受領]
  (品質評価)    (改訂追跡)       (査読対応)         (ジャーナル)
```

**ドメイン特化パイプライン（J-O）**

```
research-methodology → grant-writing → hypothesis-pipeline    ← [O→A 研究計画]
        │                    ↑                   ↓
regulatory-science ───┘    scientific-schematics
  (FDA/ISO/特許)         (研究計画図)
                                              ↓
drug-target-profiling → admet-pharmacokinetics ─→ drug-repurposing
  (標的同定)           (ADMET/PK 評価)        (リポジショニング)
        ↓                        │                    ↓
protein-structure-analysis → protein-design → lab-automation
  (構造解析)               (de novo 設計)   (実験自動化)
        │                                             │
protein-interaction-network    molecular-docking    lab-data-management
  (PPI: STRING/IntAct)        (Vina/DiffDock)    (Benchling/DNAnexus/OMERO)
protein-domain-family                                    ↓
  (InterPro/Pfam)                              ↓
variant-interpretation → variant-effect-prediction → clinical-decision-support → presentation-design
  (バリアント解釈)  (AlphaMissense/CADD/SpliceAI)  (臨床意思決定)            (学会発表)
        ↑                                             ↓
pharmacogenomics                             clinical-reporting
  (PGx 代謝型)                              (SOAP/FHIR レポート)
```

各ステップで生成されるファイルが次のステップに自動的に引き継がれます：

**先端計算・医用パイプライン（P-S）**

```
pharmacovigilance ← admet-pharmacokinetics       ← [P 安全性監視]
  (市販後安全性)     (前臨床 ADMET)                   ↓
        │                                   regulatory-science
        │                                   (FDA/ISO/特許)
        ↓                                          ↓
precision-oncology → clinical-decision-support → medical-imaging
  (腫瘍プロファイル)  (臨床意思決定)            (画像診断)
        ↓              ↑                          ↓
cancer-genomics → disease-research → variant-interpretation      → deep-learning
  (COSMIC/DepMap)  (疾患-遺伝子)    (バリアント解釈)            (DL フレームワーク)
                        ↑                          ↓
              pharmacogenomics              neuroscience-electrophysiology
              (PGx 代謝型)                (スパイクソート/EEG/HRV)
                                                     ↓
quantum-computing → bayesian-statistics → graph-neural-networks
  (量子計算)       (ベイズ推論)          (GNN 分子予測)
        │                                     ↓
computational-materials  explainable-ai ← deep-learning ← [R 先端計算]
  (pymatgen/VASP)        (XAI 説明可能性)  (DL パイプライン)
```

**次世代オミクス・疫学パイプライン（T-Z）**

```
single-cell-genomics → spatial-transcriptomics     ← [T シングルセル・空間]
  (scRNA-seq QC)       (Visium/MERFISH)
        ↓                     ↓
epigenomics-chromatin → gene-expression-transcriptomics
  (ChIP-seq/ATAC/WGBS)   (GEO/GTEx/DESeq2)
        │                     │
        └─────────────┬─────┘
                          ↓
proteomics-mass-spectrometry → multi-omics      ← [F オミクス統合]
  (LC-MS/MS/PTM/GNPS)         (統合解析)
        │                          ↓
        │              pathway-enrichment ← metabolomics-databases
        │              (KEGG/Reactome/GO)  (HMDB/MetaCyc/MWB)
                                    ↓
immuninformatics → infectious-disease             ← [U 免疫・感染症]
  (エピトープ予測)    (AMR・系統解析)
        ↓                     ↓
microbiome-metagenomics → environmental-ecology    ← [V マイクロバイオーム・環境]
  (16S/メタゲノム)         (SDM・生物多様性)
        ↓                     ↓
systems-biology           population-genetics       ← [W+Y モデル・集団]
  (SBML/FBA/GRN)           (Fst/ADMIXTURE)
        ↓                     ↓
epidemiolog-public-health → text-mining-nlp        ← [X+Z 疫学・NLP]
  (RR/OR/空間クラスタ)       (NER/KG/BERTopic)
        ↑                          ↓
clinical-trials-analytics    literature-search → systematic-review
  (ClinicalTrials.gov)       (PubMed/OpenAlex)   (PRISMA 2020)
```

**データアクセス・パイプライン統合 (v0.14.0 新規)**

```
preprint-archive ───→ literature-search ───→ systematic-review
  (bioRxiv/arXiv/CORE)  (PubMed/OpenAlex)    (PRISMA 2020)
        │                       ↓
        │              biomedical-pubtator ───→ text-mining-nlp
        │              (PubTator NER)           (KG 構築)
        │                       ↓
        └──────────────→ deep-research
                        (エビデンス統合)

ontology-enrichment ──→ disease-research ───→ variant-interpretation
  (EFO/OLS/UMLS/Enrichr) (GWAS/DisGeNET)      (ACMG/AMP)
        │                       ↓
        │              regulatory-genomics ──→ epigenomics-chromatin
        │              (RegulomeDB/ReMap/4DN)  (ChIP-seq/ATAC)
        ↓
public-health-data ──→ epidemiology-public-health → clinical-decision-support
  (NHANES/RxNorm/CDC)   (RR/OR/空間クラスタ)        (GRADE エビデンス)

ebi-databases ────→ genome-sequence-tools → bioinformatics
  (ENA/EBI Search)    (BLAST/NCBI)           (scRNA/PPI)
        │
        └──→ metabolomics-databases ──→ metabolic-modeling
             (MetaboLights/HMDB)        (BiGG/BioModels)

cell-line-resources ──→ cancer-genomics ──→ precision-oncology
  (Cellosaurus STR)     (COSMIC/DepMap)     (MTB レポート)

phylogenetics ────→ microbiome-metagenomics → environmental-ecology
  (ETE3/scikit-bio)   (UniFrac/16S)            (SDM/生物多様性)

reinforcement-learning → doe → lab-automation
  (SB3/PufferLib)       (実験計画) (ロボット制御)

symbolic-mathematics ──→ systems-biology ──→ admet-pharmacokinetics
  (SymPy 解析解)         (SBML/FBA)         (PK モデリング)
```

| フェーズ | 生成ファイル | 参照先 |
|---|---|---|
| 仮説立案 | `docs/hypothesis.{md,json}`, `docs/workflow_design.{md,json}` | → scaffold, writing |
| 解析実行 | `results/analysis_summary.json`, `figures/*.png` | → writing |
| 草稿作成 | `manuscript/manuscript.md` | → critical-review, citation-checker |
| レビュー | `manuscript/review_report.{md,json}`, `manuscript/manuscript_revised.md` | → latex-formatter |
| 引用検証 | `manuscript/citation_report.json` | → latex-formatter |
| SI 生成 | `manuscript/supplementary.md`, `manuscript/si_crossref_report.json` | → latex-formatter |
| 査読対応 | `manuscript/response_to_reviewers.md`, `manuscript/response_mapping.json` | → revision-tracker |
| 改訂追跡 | `manuscript/manuscript_tracked.md`, `manuscript/revision_summary.json` | → paper-quality |
| 品質評価 | `manuscript/quality_report.json` | → latex-formatter |
| LaTeX 変換 | `manuscript/manuscript.tex`, `manuscript/references.bib` | — |
| 標的プロファイリング | `results/target_profile_report.md`, `results/target_profile.json` | → admet-pk, protein-structure, drug-repurposing |
| ADMET/PK 評価 | `results/admet_profile.json`, `results/pk_model.json` | → drug-repurposing, clinical-decision |
| ドラッグリポジショニング | `results/repurposing_candidates.json`, `results/network_proximity.json` | → clinical-decision |
| 構造解析 | `results/structure_analysis.json`, `results/binding_sites.json` | → protein-design, cheminformatics |
| タンパク質設計 | `results/design_candidates.json`, `results/esm_scores.json` | → lab-automation, admet-pk |
| バリアント解釈 | `results/variant_classification.json`, `results/pgx_report.json` | → clinical-decision |
| 臨床意思決定 | `results/clinical_recommendation.json`, `results/trial_matches.json` | → presentation, writing |
| 実験室自動化 | `protocols/protocol.py`, `results/qc_report.json` | → data-preprocessing |
| プレゼンテーション | `presentation/slides.md`, `presentation/poster.tex` | — |
| 研究方法論 | `docs/methodology_design.md`, `docs/study_design.json` | → grant-writing, doe |
| グラント | `grants/specific_aims.md`, `grants/research_strategy.md` | → hypothesis-pipeline |
| ファーマコビジランス | `results/pv_signal_report.{md,json}`, `figures/pv_temporal_trend.png` | → clinical-decision |
| 精密腫瘍学 | `results/mtb_report.{md,json}`, `results/variant_actionability.json` | → clinical-decision, writing |
| 疾患研究 | `results/disease_research_report.{md,json}`, `results/gwas_significant_loci.json` | → variant-interpretation |
| 量子計算 | `results/quantum_result.json`, `figures/quantum_convergence.png` | → bayesian, cheminformatics |
| GNN | `results/gnn_predictions.json`, `figures/gnn_training_curve.png` | → drug-target, admet |
| ベイズ統計 | `results/bayesian_summary.json`, `figures/bayesian_trace.png` | → doe, meta-analysis |
| 説明可能 AI | `results/xai_report.json`, `figures/shap_summary.png` | → clinical-decision |
| 深層学習 | `results/dl_training_log.json`, `models/model.onnx` | → GNN, medical-imaging |
| 医用イメージング | `results/imaging_report.{md,json}`, `results/radiomics_features.json` | → precision-oncology |
| scRNA-seq 解析 | `results/sc_markers.json`, `figures/umap_clusters.png`, `results/rna_velocity.json` | → spatial, systems-biology |
| 空間トランスクリプトミクス | `results/spatial_domains.json`, `figures/spatial_svg_map.png` | → single-cell, systems-biology |
| 免疫情報学 | `results/epitope_candidates.json`, `results/tcr_diversity.json` | → infectious-disease, drug-target |
| 感染症ゲノミクス | `results/amr_report.json`, `results/mlst_profile.json`, `results/sir_simulation.json` | → epidemiology, microbiome |
| マイクロバイオーム | `results/asv_table.json`, `results/diversity_metrics.json`, `results/da_results.json` | → environmental-ecology |
| 環境生態学 | `results/sdm_predictions.json`, `results/biodiversity_indices.json` | → microbiome, text-mining |
| システム生物学 | `results/sbml_timecourse.json`, `results/fba_fluxes.json`, `results/grn_edges.json` | → multi-omics, network-analysis |
| 疫学・公衆衛生 | `results/epi_risk_measures.json`, `results/spatial_clusters.json`, `results/dag_analysis.json` | → survival-clinical, causal-inference |
| 集団遺伝学 | `results/pop_structure.json`, `results/fst_matrix.json`, `results/selection_scan.json` | → disease-research, variant-interpretation |
| テキストマイニング | `results/ner_entities.json`, `results/knowledge_graph.json`, `results/topic_model.json` | → deep-research, meta-analysis |
| 神経電気生理学 | `results/spike_sorting.json`, `results/eeg_erp.json`, `results/connectivity.json` | → biosignal, deep-learning |
| プロテオミクス | `results/protein_quant.csv`, `results/ptm_sites.json`, `results/molecular_network.json` | → multi-omics, network-analysis |
| トランスクリプトミクス | `results/deseq2_results.csv`, `results/gsea/`, `figures/volcano_rnaseq.png` | → bioinformatics, multi-omics |
| 計算材料科学 | `results/structure.cif`, `figures/phase_diagram.png`, `figures/band_structure.png` | → quantum-computing |
| 臨床試験解析 | `results/clinical_trials.csv`, `results/competitive_landscape.json` | → survival-clinical, meta-analysis |
| ラボデータ管理 | `results/benchling_sequences.json`, `results/dnanexus_workflow_output.json` | → bioinformatics, lab-automation |
| 科学図式 | `figures/consort_flow.svg`, `figures/nn_architecture.svg`, `figures/pathway.md` | → presentation, writing |
| 規制科学 | `results/fda_orange_book.json`, `results/510k_clearances.csv`, `results/patent_search.csv` | → pharmacovigilance, clinical-trials |
| 薬理ゲノミクス | `results/pgx_report.json`, `results/cpic_recommendations.json` | → variant-interpretation, clinical-decision |
| エピゲノミクス | `results/peak_calls.bed`, `results/dmr_results.csv`, `results/chromatin_states.bed` | → single-cell, multi-omics |
| パスウェイ濃縮 | `results/ora_results.csv`, `results/gsea_results.csv`, `figures/enrichment_heatmap.png` | → gene-expression, metabolomics, multi-omics |
| 文献検索 | `results/literature_search.csv`, `results/citation_network.json` | → deep-research, systematic-review |
| PPI ネットワーク | `results/ppi_network.json`, `figures/ppi_network.png` | → drug-target, network-analysis |
| バリアント効果予測 | `results/variant_predictions.csv`, `results/consensus_pathogenicity.json` | → variant-interpretation, cancer-genomics |
| がんゲノミクス | `results/cosmic_mutations.csv`, `results/mutation_signatures.json` | → precision-oncology, variant-interpretation |
| 代謝物 DB | `results/hmdb_search.csv`, `results/mz_identification.csv` | → metabolomics, pathway-enrichment |
| 分子ドッキング | `results/docking_results.csv`, `results/vina_poses.pdbqt` | → drug-target, protein-structure |
| 系統的レビュー | `results/screening_records.csv`, `figures/prisma_flow.mmd` | → literature-search, meta-analysis |
| 臨床レポート | `reports/clinical_report.html`, `reports/clinical_report.fhir.json` | → variant-interpretation, clinical-decision |
| ドメイン/ファミリー | `results/interproscan_results.csv`, `figures/domain_architecture.png` | → protein-structure, protein-interaction |

### ToolUniverse MCP ツール連携

131 のスキル（HIGH 13 + MEDIUM 9 + Phase 3: 20 + Phase 4: 8 + Phase 5: 9 + Phase 6: 7 + Phase 7: 4 + Phase 8: 4 + Phase 9: 5 + Phase 10: 6 + Phase 11: 8 new + 6 existing + Phase 12: 3 new + 12 existing key additions + Phase 13: 3 new + 7 existing key additions + Phase 14: 1 new + 6 existing key additions）は、[ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP サーバー経由で 1,200 以上の外部科学ツールを利用可能です。各 SKILL.md 内の `### 利用可能ツール` セクションに対応ツールが記載されています。

```
SATORI Skill (方法論・判断)        ToolUniverse SMCP (データ取得・計算)
┌──────────────────────┐        ┌─────────────────────────────┐
│ pharmacovigilance    │───MCP──│ FAERS, FDA Labels, DailyMed │
│ precision-oncology   │───MCP──│ OncoKB, CIViC, COSMIC, GDC  │
│ disease-research     │───MCP──│ OpenTargets, HPO, Monarch    │
│ drug-target-profiling│───MCP──│ UniProt, ChEMBL, DGIdb       │
│ variant-interpretation│──MCP──│ ClinVar, gnomAD, ClinGen     │
│ admet-pharmacokinetics│──MCP──│ ADMET-AI, PubChem, ChEMBL    │
│ pathway-enrichment   │───MCP──│ KEGG, Reactome, GO, WP       │
│ literature-search    │───MCP──│ PubMed, EuropePMC, OpenAlex  │
│ protein-interaction  │───MCP──│ STRING, IntAct, STITCH       │
│ variant-effect-pred  │───MCP──│ AlphaMissense, CADD, SpliceAI│
│ cancer-genomics      │───MCP──│ COSMIC, cBioPortal, DepMap   │
│ metabolomics-databases│──MCP──│ HMDB, MetaCyc, MWB           │
│ protein-domain-family│───MCP──│ InterPro, InterProScan       │
│ systematic-review    │───MCP──│ PubMed (shared)              │
│ rare-disease-genetics│───MCP──│ OMIM, Orphanet, DisGeNET     │
│ human-protein-atlas  │───MCP──│ HPA tissue/RNA/cancer        │
│ pharmacology-targets │───MCP──│ BindingDB, GPCRdb, GtoPdb    │
│ genome-sequence-tools│───MCP──│ dbSNP, BLAST, NCBI, GDC      │
│ biothings-idmapping  │───MCP──│ MyGene, MyVariant, MyChem    │
│ noncoding-rna        │───MCP──│ Rfam, RNAcentral             │
│ structural-proteomics│───MCP──│ EMDB, PDBe, Proteins API     │
│ compound-screening   │───MCP──│ ZINC                         │
│ metabolic-modeling   │───MCP──│ BiGG Models, BioModels       │
│ preprint-archive     │───MCP──│ bioRxiv, arXiv, CORE, Zenodo │
│ public-health-data   │───MCP──│ NHANES, MedlinePlus, RxNorm  │
│ ontology-enrichment  │───MCP──│ EFO, OLS, Enrichr, UMLS      │
│ ebi-databases        │───MCP──│ EBI Search, ENA, MetaboLights│
│ cell-line-resources  │───MCP──│ Cellosaurus                  │
│ regulatory-genomics  │───MCP──│ RegulomeDB, ReMap, 4DN       │
│ biomedical-pubtator  │───MCP──│ PubTator NER                 │
│ chembl-assay-mining  │───MCP──│ ChEMBL Assay/Activity/Target  │
│ ensembl-genomics     │───MCP──│ Ensembl REST, VEP             │
│ string-network-api   │───MCP──│ STRING, BioGRID, STITCH       │
│ expression-comparison│───MCP──│ Expression Atlas              │
│ rrna-taxonomy        │───MCP──│ MGnify metagenomics          │
│ marine-ecology       │───MCP──│ OBIS, WoRMS, GBIF            │
│ encode-screen        │───MCP──│ ENCODE, SCREEN, ChIP-Atlas    │
│ human-cell-atlas     │───MCP──│ HCA Data Portal, CELLxGENE    │
│ geo-expression       │───MCP──│ GEO (NCBI E-utilities)        │
│ paleobiology         │───MCP──│ Paleobiology Database (PBDB)  │
│ gwas-catalog           │───MCP──│ GWAS Catalog (EBI)           │
│ alphafold-structures   │───MCP──│ AlphaFold DB API             │
│ arrayexpress-expression│───MCP──│ ArrayExpress, BioStudies     │
│ semantic-scholar       │───MCP──│ Semantic Scholar Graph API   │
│ pharmgkb-pgx          │───MCP──│ PharmGKB, CPIC Guidelines    │
│ crossref-metadata     │───MCP──│ CrossRef DOI/Metadata        │
│ uniprot-proteome     │───MCP──│ UniProt REST API              │
│ rcsb-pdb-search      │───MCP──│ RCSB PDB Search/Data API      │
│ opentargets-genetics  │───MCP──│ Open Targets GraphQL           │
│ reactome-pathways    │───MCP──│ Reactome Content Service       │
│ depmap-dependencies  │───MCP──│ DepMap Portal, Cell Model      │
│ drugbank-resources   │───MCP──│ DrugBank API                   │
│ civic-evidence       │───MCP──│ CIViC REST API                 │
│ gnomad-variants      │───MCP──│ gnomAD GraphQL API             │
│ monarch-ontology   │───MCP──│ Monarch Initiative API        │
│ gdc-portal         │───MCP──│ NCI GDC REST API              │
│ stitch-chemical-net│───MCP──│ STITCH Chemical-Protein       │
│ drug-repurposing   │───MCP──│ Pharos IDG Targets            │
│ pharmacogenomics   │───MCP──│ FDA PGx Biomarkers            │
│ gtex-tissue-expr   │───MCP──│ GTEx v2 REST API              │
│ protein-structure  │───MCP──│ ProteinsPlus Binding Sites    │
│ cellxgene-census   │───MCP──│ CELLxGENE Census API          │
│ pharos-targets     │───MCP──│ Pharos GraphQL API            │
│ clingen-curation   │───MCP──│ ClinGen Validity/Dosage       │
│ ... (131 skills total)│      │ ... (1,200+ tools)           │
└──────────────────────┘        └─────────────────────────────┘
```

スキルは **26 の中区分**に分類されています。

| 中区分 | スキル数 | 概要 |
|---|:---:|---|
| A. 基盤・ワークフロー | 17 | パイプライン構築・前処理・データ生成・図表・執筆・仮説立案・批判的レビュー・SI 生成・LaTeX 変換・引用検証・査読対応・改訂追跡・論文品質・系統的レビュー・BioThings ID マッピング・データ投稿・CrossRef メタデータ |
| B. 統計・探索的解析 | 11 | EDA・仮説検定・次元削減・記号数学・欠損データ解析・高度可視化・データプロファイリング・地理空間解析・ネットワーク可視化・統計シミュレーション・ストリーミング解析 |
| C. 機械学習・モデリング | 11 | 回帰・分類・特徴量重要度・アクティブラーニング・AutoML・アンサンブル学習・異常検知・因果 ML・モデル監視・半教師あり学習・マルチタスク学習 |
| D. 実験計画・プロセス最適化 | 3 | DOE・応答曲面法・ベイズ最適化・適応的実験計画 |
| E. 信号・スペクトル・時系列 | 5 | スペクトル解析・生体信号・時系列分解・神経電気生理学・ML 時系列予測 |
| F. 生命科学・オミクス | 28 | バイオインフォ・メタボロ・ゲノム配列・マルチオミクス・ネットワーク・プロテオミクス・トランスクリプトミクス・パスウェイ濃縮・代謝物 DB・HPA・ゲノム配列ツール・非コード RNA・オントロジー・EBI DB 群・Ensembl ゲノミクス・STRING/BioGRID PPI・発現比較・モデル生物 DB・GEO 発現プロファイル・寄生虫ゲノミクス・ArrayExpress 発現アーカイブ・GTEx 組織発現・UniProt プロテオーム・Reactome パスウェイ・HGNC 命名法・代謝ネットワーク・糖鎖解析・リピドミクス |
| G. 化学・材料・イメージング | 9 | ケモインフォ・材料特性評価・画像形態解析・計算材料科学・ChEMBL アッセイマイニング・MD シミュレーション・高度イメージング・深層化学・STITCH 化学-タンパク質ネットワーク |
| H. 臨床・疫学・メタ科学 | 7 | 生存解析・因果推論・メタアナリシス・臨床試験解析・臨床レポート・バイオバンク大規模コホート・臨床標準用語 |
| I. Deep Research・文献検索 | 4 | 科学文献深層リサーチ・エビデンス階層評価・マルチ DB 文献検索・引用ネットワーク・プレプリント横断検索・Semantic Scholar 学術グラフ |
| J. 創薬・ファーマコロジー | 9 | 標的プロファイリング・ADMET/PK・ドラッグリポジショニング・分子ドッキング・薬理学的ターゲット・化合物スクリーニング・NCI-60 スクリーニング・DrugBank リソース・Pharos ターゲット |
| K. 構造生物学・タンパク質工学 | 7 | PDB/AlphaFold 構造解析・de novo タンパク質設計・PPI ネットワーク・ドメイン/ファミリー・構造プロテオミクス・AlphaFold DB 構造予測・RCSB PDB 構造検索 |
| L. 精密医療・臨床意思決定 | 6 | 変異解釈 (ACMG/AMP)・エビデンスベース臨床意思決定・バリアント効果予測・CIViC 臨床エビデンス・gnomAD バリアント・ClinGen キュレーション |
| M. 実験室自動化・データ管理 | 3 | 液体ハンドリング・プロトコル管理・ELN/LIMS 連携・ラボデータ管理・CRISPR gRNA 設計 |
| N. 科学プレゼンテーション・図式 | 4 | 科学スライド・ポスター・ワークフロー図・科学図式・インタラクティブダッシュボード・再現可能レポート |
| O. 研究計画・グラント・規制 | 3 | 助成金申請書・研究方法論・倫理審査・規制科学 |
| P. ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス | 4 | FAERS 不均衡分析・MedDRA 階層・安全性シグナル検出・PGx 代謝型・PharmGKB 臨床アノテーション・臨床薬理学 PopPK/PBPK |
| Q. 腫瘍学・疾患研究 | 10 | 精密腫瘍学 (CIViC/OncoKB)・疾患-遺伝子関連 (GWAS/Orphanet)・がんゲノミクス (COSMIC/DepMap)・希少疾患遺伝学・細胞株リソース・ICGC がんゲノムデータ・Open Targets 遺伝学・DepMap 依存性・Monarch オントロジー・GDC ポータル |
| R. 量子・先端計算 | 11 | 量子計算・GNN・ベイズ統計・説明可能 AI・深層学習・ヘルスケア AI・強化学習・転移学習・不確実性定量化・連合学習・NAS |
| S. 医用イメージング | 2 | DICOM/NIfTI・WSI 病理画像・Radiomics・MONAI・放射線診断支援 AI |
| T. シングルセル・空間・エピゲノミクス | 13 | scRNA-seq・Visium・MERFISH・CELLxGENE・RNA velocity・エピゲノミクス・レギュラトリーゲノミクス・摂動解析・scVI 統合・scATAC-seq/Signac・GPU シングルセル・ENCODE/SCREEN・Human Cell Atlas・高度 Squidpy 空間解析・空間マルチオミクス・CELLxGENE Census |
| U. 免疫・感染症 | 2 | 免疫情報学・MHC 結合予測・病原体ゲノミクス・AMR・IEDB |
| V. マイクロバイオーム・環境 | 9 | 16S/メタゲノム・α/β 多様性・SDM・OBIS・GBIF・系統解析・rRNA 分類学・植物バイオロジー・海洋生態学・環境地理空間データ・古生物学・MAG 再構築 |
| W. システム生物学 | 4 | SBML シミュレーション・FBA・GRN 推定・BioModels・代謝モデリング・Metabolic Atlas・代謝フラックス解析 |
| X. 疫学・公衆衛生 | 3 | リスク指標 (RR/OR)・年齢標準化・空間疫学・WHO・CDC・公衆衛生データ・環境毒性学 |
| Y. 集団遺伝学 | 2 | HWE・PCA/ADMIXTURE・Fst・選択スキャン・gnomAD・GWAS・GWAS Catalog |
| Z. 科学テキストマイニング | 3 | NER・関係抽出・知識グラフ・BERTopic・PubTator バイオアノテーション・臨床 NLP |

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## Skills 一覧

### A. 基盤・ワークフロー（17 種）

全 Exp に共通する横断的な基盤スキル。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 1 | [scientific-pipeline-scaffold](scientific-pipeline-scaffold/SKILL.md) | パイプライン雛形・ディレクトリ構造・StepLogger・JSON 要約 | 全 Exp |
| 2 | [scientific-data-preprocessing](scientific-data-preprocessing/SKILL.md) | 欠損値補完・エンコーディング・スケーリング・外れ値処理 | 全 Exp |
| 3 | [scientific-data-simulation](scientific-data-simulation/SKILL.md) | 物理/化学/生物ベースの合成データ生成 | 06-09, 12, 13 |
| 4 | [scientific-publication-figures](scientific-publication-figures/SKILL.md) | 論文品質図表・rcParams・カラーパレット・マルチパネル | 10, 11-13 |
| 5 | [scientific-academic-writing](scientific-academic-writing/SKILL.md) | 学術論文執筆・ジャーナル別テンプレート・Cover Letter・査読対応 | 汎用 |
| 6 | [scientific-hypothesis-pipeline](scientific-hypothesis-pipeline/SKILL.md) | プロンプトから仮説立案・PICO/PECO 構造化・解析パイプライン自動生成 | 汎用 |
| 7 | [scientific-critical-review](scientific-critical-review/SKILL.md) | 草稿の批判的レビュー・考察深化・論理検証・修正案生成 | 汎用 |
| 8 | [scientific-supplementary-generator](scientific-supplementary-generator/SKILL.md) | Supplementary Information 自動生成・SI 図表整理・本文-SI 相互参照検証 | 汎用 |
| 9 | [scientific-latex-formatter](scientific-latex-formatter/SKILL.md) | Markdown→LaTeX 変換・ジャーナルテンプレート適用・BibTeX 生成 | 汎用 |
| 10 | [scientific-citation-checker](scientific-citation-checker/SKILL.md) | 引用文献の自動検索・網羅性チェック・整合性検証・重複検出 | 汎用 |
| 11 | [scientific-peer-review-response](scientific-peer-review-response/SKILL.md) | 査読コメント構造化・ポイントバイポイント回答・リバッタルレター生成 | 汎用 |
| 12 | [scientific-revision-tracker](scientific-revision-tracker/SKILL.md) | 改訂履歴追跡・差分管理・変更マークアップ・トレーサビリティ検証 | 汎用 |
| 13 | [scientific-paper-quality](scientific-paper-quality/SKILL.md) | 可読性スコア・構造バランス・語彙品質・ジャーナル適合性・再現性チェック | 汎用 |
| 84 | [scientific-systematic-review](scientific-systematic-review/SKILL.md) | PRISMA 2020 系統的レビュー・マルチ DB 検索戦略・スクリーニング・バイアスリスク評価 | 汎用 |
| 91 | [scientific-biothings-idmapping](scientific-biothings-idmapping/SKILL.md) | BioThings API (MyGene/MyVariant/MyChem) 横断的 ID マッピング・アノテーション | 汎用 |
| 119 | [scientific-data-submission](scientific-data-submission/SKILL.md) | GenBank/SRA/GEO/BioProject/BioSample データ投稿・FAIR 原則準拠 | 汎用 |
| 139 | [scientific-crossref-metadata](scientific-crossref-metadata/SKILL.md) | CrossRef REST API DOI 解決・論文メタデータ・引用数・ジャーナル情報 | 汎用 |

### B. 統計・探索的解析（11 種）

データの理解・検定・次元削減・記号数学・欠損データ解析・高度可視化・データプロファイリング・地理空間解析・ネットワーク可視化・統計シミュレーション・ストリーミング解析を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 14 | [scientific-eda-correlation](scientific-eda-correlation/SKILL.md) | 探索的データ解析・相関ヒートマップ・分布可視化 | 02, 12, 13 |
| 15 | [scientific-statistical-testing](scientific-statistical-testing/SKILL.md) | 仮説検定・多重比較・エンリッチメント・ベイズ推論 | 03, 04, 06, 07 |
| 16 | [scientific-pca-tsne](scientific-pca-tsne/SKILL.md) | PCA / t-SNE / UMAP 次元削減・クラスタリング | 02, 03, 07, 11, 13 |
| 105 | [scientific-symbolic-mathematics](scientific-symbolic-mathematics/SKILL.md) | SymPy 解析的微積分・ODE 求解・線形代数・科学モデリング記号計算 | 汎用 |
| 172 | [scientific-missing-data-analysis](scientific-missing-data-analysis/SKILL.md) | 欠損パターン診断 (MCAR/MAR/MNAR)・Little's MCAR テスト・MICE 多重代入・KNN/MissForest 補完 | 汎用 |
| 173 | [scientific-advanced-visualization](scientific-advanced-visualization/SKILL.md) | Plotly 3D・Altair 宣言的可視化・Parallel Coordinates・出版品質図・アニメーション | 汎用 |
| 179 | [scientific-data-profiling](scientific-data-profiling/SKILL.md) | ydata-profiling 自動 EDA・データ品質スコア (5 次元)・Great Expectations バリデーション | 汎用 |
| 180 | [scientific-geospatial-analysis](scientific-geospatial-analysis/SKILL.md) | GeoPandas 地理空間処理・Moran's I/LISA 空間自己相関・Kriging 補間・Folium 地図 | 汎用 |
| 181 | [scientific-network-visualization](scientific-network-visualization/SKILL.md) | NetworkX グラフ構築・Louvain/Leiden コミュニティ検出・中心性分析・PyVis インタラクティブ | 汎用 |
| 187 | [scientific-statistical-simulation](scientific-statistical-simulation/SKILL.md) | Monte Carlo シミュレーション・Bootstrap 推論 (BCa)・Permutation Test・検出力分析 | 汎用 |
| 188 | [scientific-streaming-analytics](scientific-streaming-analytics/SKILL.md) | River オンライン学習・ストリーミング異常検知・概念ドリフト検出 (ADWIN/DDM) | 汎用 |

### C. 機械学習・モデリング（11 種）

教師あり学習・特徴量解釈・アクティブラーニング・AutoML・アンサンブル学習・異常検知・因果 ML・モデル監視・半教師あり学習・マルチタスク学習を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 17 | [scientific-ml-regression](scientific-ml-regression/SKILL.md) | マルチターゲット回帰・モデル比較・レーダーチャート | 05, 12, 13 |
| 18 | [scientific-ml-classification](scientific-ml-classification/SKILL.md) | 分類 ML・ROC・PR 曲線・混同行列・PDP・Volcano | 03, 05 |
| 19 | [scientific-feature-importance](scientific-feature-importance/SKILL.md) | Tree-based & Permutation 特徴量重要度・PDP | 05, 12, 13 |
| 167 | [scientific-active-learning](scientific-active-learning/SKILL.md) | 不確実性サンプリング・QBC・バッチ AL・能動学習ループ・停止基準 | 汎用 |
| 168 | [scientific-automl](scientific-automl/SKILL.md) | Optuna HPO・マルチモデル AutoML・自動特徴量エンジニアリング・AutoML レポート | 汎用 |
| 169 | [scientific-ensemble-methods](scientific-ensemble-methods/SKILL.md) | XGBoost/LightGBM/CatBoost 比較・Stacking OOF・Voting・アンサンブル多様性 | 汎用 |
| 175 | [scientific-anomaly-detection](scientific-anomaly-detection/SKILL.md) | Isolation Forest/LOF/OCSVM アンサンブル異常検知・Autoencoder 異常・SPC 管理図 | 汎用 |
| 176 | [scientific-causal-ml](scientific-causal-ml/SKILL.md) | DoWhy 因果推論・EconML Double ML/Causal Forest・S/T/X-Learner メタラーナー | 汎用 |
| 177 | [scientific-model-monitoring](scientific-model-monitoring/SKILL.md) | データドリフト検出 (KS/PSI/Wasserstein)・性能劣化検出・A/B テスト統計 | 汎用 |
| 185 | [scientific-semi-supervised-learning](scientific-semi-supervised-learning/SKILL.md) | Self-Training・Label Propagation・Pseudo-Labeling 品質評価・ラベル効率化 | 汎用 |
| 186 | [scientific-multi-task-learning](scientific-multi-task-learning/SKILL.md) | Hard/Soft Parameter Sharing MTL・GradNorm 動的タスクバランシング・PCGrad | 汎用 |

### D. 実験計画・プロセス最適化（3 種）

実験設計・応答曲面最適化・適応的実験計画を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 20 | [scientific-doe](scientific-doe/SKILL.md) | 田口直交表・CCD/Box-Behnken・ANOVA 因子効果・ベイズ最適化 | 汎用 |
| 21 | [scientific-process-optimization](scientific-process-optimization/SKILL.md) | 応答曲面法 (ML-RSM)・パレート最適化・プロセスウィンドウ | 12, 13 |
| 190 | [scientific-adaptive-experiments](scientific-adaptive-experiments/SKILL.md) | Thompson Sampling/UCB バンディット・SPRT 逐次検定・ベイズ適応用量探索 | 汎用 |

### E. 信号・スペクトル・時系列（5 種）

波形・周波数領域・神経電気生理学の解析を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 22 | [scientific-spectral-signal](scientific-spectral-signal/SKILL.md) | スペクトル前処理・フィルタリング・ピーク検出 | 11 |
| 23 | [scientific-biosignal-processing](scientific-biosignal-processing/SKILL.md) | ECG R波/HRV・EEG バンドパワー/ERP・EMG バースト・Poincaré | 08 |
| 24 | [scientific-time-series](scientific-time-series/SKILL.md) | STL 分解・SARIMA 予測・変化点検出・FFT 周期解析・Granger 因果 | 汎用 |
| 67 | [scientific-neuroscience-electrophysiology](scientific-neuroscience-electrophysiology/SKILL.md) | SpikeInterface/Kilosort4 スパイクソート・MNE EEG/ERP・NeuroKit2 HRV/EDA・脳機能結合 | 汎用 |
| 178 | [scientific-time-series-forecasting](scientific-time-series-forecasting/SKILL.md) | Prophet/NeuralProphet ML 予測・時系列特徴量エンジニアリング・バックテストフレームワーク | 汎用 |

### F. 生命科学・オミクス（28 種）

バイオ・オミクス・ネットワーク解析・オントロジー・EBI データベース・ゲノミクス・PPI・発現比較・モデル生物 DB・GEO 発現プロファイル・寄生虫ゲノミクス・ArrayExpress 発現アーカイブ・GTEx 組織発現・UniProt プロテオーム・Reactome パスウェイ・HGNC 命名法・代謝ネットワーク・糖鎖解析・リピドミクスを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 25 | [scientific-bioinformatics](scientific-bioinformatics/SKILL.md) | scRNA-seq・PPI ネットワーク・バルク RNA-seq | 01, 04 |
| 26 | [scientific-metabolomics](scientific-metabolomics/SKILL.md) | PLS-DA/VIP スコア・Pareto スケーリング・パスウェイ濃縮 | 07 |
| 27 | [scientific-sequence-analysis](scientific-sequence-analysis/SKILL.md) | RSCU/CAI コドン解析・アラインメント・系統樹・ORF/CpG 島 | 09 |
| 28 | [scientific-multi-omics](scientific-multi-omics/SKILL.md) | CCA 正準相関・SNF ネットワーク融合・パスウェイ統合・マルチオミクスクラスタ | 汎用 |
| 29 | [scientific-network-analysis](scientific-network-analysis/SKILL.md) | ネットワーク構築・中心性・コミュニティ・PSP パス図 | 04, 07, 13 |
| 68 | [scientific-proteomics-mass-spectrometry](scientific-proteomics-mass-spectrometry/SKILL.md) | pyOpenMS LC-MS/MS・ペプチド ID・タンパク質定量・PTM・GNPS 分子ネットワーク | 汎用 |
| 69 | [scientific-gene-expression-transcriptomics](scientific-gene-expression-transcriptomics/SKILL.md) | GEO データ取得・PyDESeq2 差次発現・GTEx 組織発現/eQTL・GSEA | 汎用 |
| 77 | [scientific-pathway-enrichment](scientific-pathway-enrichment/SKILL.md) | ORA/GSEA パスウェイ濃縮解析・KEGG/Reactome/GO/WikiPathways 統合 | 汎用 |
| 82 | [scientific-metabolomics-databases](scientific-metabolomics-databases/SKILL.md) | HMDB/MetaCyc/Metabolomics Workbench 代謝物 DB 検索・m/z 同定 | 汎用 |
| 88 | [scientific-human-protein-atlas](scientific-human-protein-atlas/SKILL.md) | HPA 組織/細胞タンパク質発現・RNA 発現・がん予後・細胞内局在 | 汎用 |
| 90 | [scientific-genome-sequence-tools](scientific-genome-sequence-tools/SKILL.md) | Ensembl/dbSNP/BLAST/NCBI Nucleotide/GDC ゲノム配列解析 | 汎用 |
| 92 | [scientific-noncoding-rna](scientific-noncoding-rna/SKILL.md) | Rfam RNA ファミリー・RNAcentral ncRNA ・共分散モデル・構造マッピング | 汎用 |
| 99 | [scientific-ontology-enrichment](scientific-ontology-enrichment/SKILL.md) | EFO/OLS/Enrichr/UMLS オントロジー検索・遺伝子セット濃縮・用語マッピング | 汎用 |
| 100 | [scientific-ebi-databases](scientific-ebi-databases/SKILL.md) | EBI Search/ENA/BioStudies/dbfetch/MetaboLights 統合データアクセス | 汎用 |
| 108 | [scientific-ensembl-genomics](scientific-ensembl-genomics/SKILL.md) | Ensembl REST API ゲノム解析・VEP バリアント効果予測・ホモロジー検索・制御領域 | 汎用 |
| 109 | [scientific-string-network-api](scientific-string-network-api/SKILL.md) | STRING v12/BioGRID/STITCH PPI ネットワーク・化学-タンパク質相互作用・トポロジー解析 | 汎用 |
| 110 | [scientific-expression-comparison](scientific-expression-comparison/SKILL.md) | EBI Expression Atlas 発現比較・ベースライン/差次的発現・組織横断ヒートマップ | 汎用 |
| 111 | [scientific-model-organism-db](scientific-model-organism-db/SKILL.md) | FlyBase/WormBase/ZFIN/RGD/MGI モデル生物データベース・種間オーソログ検索 | 汎用 |
| 127 | [scientific-geo-expression](scientific-geo-expression/SKILL.md) | GEO REST API 発現プロファイル・マトリクス取得・差次的発現解析 | 汎用 |
| 132 | [scientific-parasite-genomics](scientific-parasite-genomics/SKILL.md) | PlasmoDB/VectorBase/ToxoDB 寄生虫ゲノミクス・薬剤標的同定 | 汎用 |
| 135 | [scientific-arrayexpress-expression](scientific-arrayexpress-expression/SKILL.md) | ArrayExpress/BioStudies REST API 発現実験検索・SDRF メタデータ・データ再解析 | 汎用 |
| 137 | [scientific-gtex-tissue-expression](scientific-gtex-tissue-expression/SKILL.md) | GTEx Portal REST API v2 組織特異的発現・eQTL・多組織比較 | 汎用 |
| 141 | [scientific-uniprot-proteome](scientific-uniprot-proteome/SKILL.md) | UniProt REST API プロテオーム検索・ID マッピング・ドメイン/特徴抽出 | 汎用 |
| 144 | [scientific-reactome-pathways](scientific-reactome-pathways/SKILL.md) | Reactome Content Service パスウェイ検索・UniProt マッピング・参加者取得 | 汎用 |
| 159 | [scientific-hgnc-nomenclature](scientific-hgnc-nomenclature/SKILL.md) | HGNC REST API 遺伝子命名法・公式シンボル検索・エイリアス解決・遺伝子ファミリー | 汎用 |
| 160 | [scientific-metabolomics-network](scientific-metabolomics-network/SKILL.md) | 代謝物相関ネットワーク構築・KEGG パスウェイグラフ・ハブ代謝物・エンリッチメント | 汎用 |
| 161 | [scientific-glycomics](scientific-glycomics/SKILL.md) | GlyGen/GlyConnect 糖鎖データベース統合・糖タンパク質部位検索・MS 断片化予測 | 汎用 |
| 162 | [scientific-lipidomics](scientific-lipidomics/SKILL.md) | LipidMAPS/SwissLipids 脂質構造検索・サブクラス分類・脂質差次解析・脂質エンリッチメント | 汎用 |

### G. 化学・材料・イメージング（9 種）

化学構造・材料特性評価・画像形態解析・計算材料科学・ChEMBL アッセイマイニング・MD シミュレーション・高度イメージング・深層化学・STITCH 化学-タンパク質ネットワークを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 30 | [scientific-cheminformatics](scientific-cheminformatics/SKILL.md) | RDKit 分子記述子・Tanimoto・構造アラート・Lipinski | 02, 05 |
| 31 | [scientific-materials-characterization](scientific-materials-characterization/SKILL.md) | Thornton-Anders SZM・XRD Scherrer・Tauc プロット | 11, 12, 13 |
| 32 | [scientific-image-analysis](scientific-image-analysis/SKILL.md) | Otsu/Watershed セグメンテーション・粒径分布・GLCM テクスチャ・蛍光合成 | 汎用 |
| 70 | [scientific-computational-materials](scientific-computational-materials/SKILL.md) | pymatgen 結晶構造・Materials Project・相図・バンド構造/DOS・VASP/QE I/O | 汎用 |
| 107 | [scientific-chembl-assay-mining](scientific-chembl-assay-mining/SKILL.md) | ChEMBL REST API アッセイマイニング・生理活性・SAR 解析・選択性プロファイリング | 汎用 |
| 112 | [scientific-md-simulation](scientific-md-simulation/SKILL.md) | MDAnalysis/OpenFF 分子動力学シミュレーション・RMSD/RMSF/SASA/水素結合解析 | 汎用 |
| 114 | [scientific-advanced-imaging](scientific-advanced-imaging/SKILL.md) | Cellpose セグメンテーション・CellProfiler 形態プロファイリング・napari 3D 可視化 | 汎用 |
| 115 | [scientific-deep-chemistry](scientific-deep-chemistry/SKILL.md) | DeepChem GCN/MPNN/AttentiveFP 分子特性予測・MoleculeNet・ChemBERTa | 汎用 |
| 154 | [scientific-stitch-chemical-network](scientific-stitch-chemical-network/SKILL.md) | STITCH 化学物質-タンパク質相互作用ネットワーク・ネットワーク薬理学・ポリファーマコロジー | 汎用 |

### H. 臨床・疫学・メタ科学（7 種）

臨床試験・因果推論・メタアナリシス・臨床試験解析・バイオバンク大規模コホート・臨床標準用語を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 33 | [scientific-survival-clinical](scientific-survival-clinical/SKILL.md) | Kaplan-Meier・Cox PH・検出力分析・安全性解析 | 03, 06 |
| 34 | [scientific-causal-inference](scientific-causal-inference/SKILL.md) | PSM 傾向スコア・IPW・DID・RDD・DAG 共変量選択・Rosenbaum 感度分析 | 汎用 |
| 35 | [scientific-meta-analysis](scientific-meta-analysis/SKILL.md) | 固定/ランダム効果モデル・Forest/Funnel プロット・Egger 検定・サブグループ | 汎用 |
| 71 | [scientific-clinical-trials-analytics](scientific-clinical-trials-analytics/SKILL.md) | ClinicalTrials.gov API v2 検索・競合ランドスケープ・AE/アウトカム抽出 | 汎用 |
| 85 | [scientific-clinical-reporting](scientific-clinical-reporting/SKILL.md) | SOAP ノート・バイオマーカーレポート・ファーマコゲノミクス・FHIR JSON | 汎用 |
| 151 | [scientific-biobank-cohort](scientific-biobank-cohort/SKILL.md) | UK Biobank/BBJ/All of Us 大規模コホート・GWAS サマリー統計・PheWAS | 汎用 |
| 166 | [scientific-clinical-standards](scientific-clinical-standards/SKILL.md) | LOINC/ICD-10/ICD-11 臨床標準コード検索・FHIR R4 マッピング・用語相互運用 | 汎用 |

### I. Deep Research・文献検索（4 種）

科学文献の反復的深層リサーチとマルチ DB 文献検索・プレプリント横断検索・Semantic Scholar 学術グラフを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 36 | [scientific-deep-research](scientific-deep-research/SKILL.md) | SHIKIGAMI 準拠 Think→Search→Evaluate→Synthesize 反復サイクル・学術 DB 検索・エビデンス階層評価・ソース追跡・交差検証・ハルシネーション防止 | 汎用 |
| 78 | [scientific-literature-search](scientific-literature-search/SKILL.md) | PubMed/Semantic Scholar/OpenAlex/EuropePMC/CrossRef マルチ DB 検索・引用ネットワーク | 汎用 |
| 97 | [scientific-preprint-archive](scientific-preprint-archive/SKILL.md) | bioRxiv/medRxiv/arXiv/PMC/CORE/Zenodo/OpenAIRE/Unpaywall プレプリント・OA 横断検索 | 汎用 |
| 136 | [scientific-semantic-scholar](scientific-semantic-scholar/SKILL.md) | Semantic Scholar Academic Graph API 論文検索・引用グラフ・著者プロファイル・TLDR | 汎用 |

### J. 創薬・ファーマコロジー（9 種）

ドラッグディスカバリーの標的評価・薬物動態・リポジショニング・薬理学的ターゲット・化合物スクリーニング・NCI-60 スクリーニング・DrugBank リソース・Pharos ターゲットを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 37 | [scientific-drug-target-profiling](scientific-drug-target-profiling/SKILL.md) | 9-path 標的プロファイリング・TDL 分類・ドラッガビリティ評価・競合ランドスケープ | 汎用 |
| 38 | [scientific-admet-pharmacokinetics](scientific-admet-pharmacokinetics/SKILL.md) | 5 段階 ADMET パイプライン・Lipinski/Veber ルール・CYP 予測・PK モデリング | 汎用 |
| 39 | [scientific-drug-repurposing](scientific-drug-repurposing/SKILL.md) | 7 戦略ドラッグリポジショニング・ネットワーク近接解析・多基準候補スコアリング | 汎用 |
| 83 | [scientific-molecular-docking](scientific-molecular-docking/SKILL.md) | AutoDock Vina/DiffDock 分子ドッキング・バーチャルスクリーニング | 汎用 |
| 89 | [scientific-pharmacology-targets](scientific-pharmacology-targets/SKILL.md) | BindingDB/GPCRdb/GtoPdb/BRENDA/Pharos 薬理学的ターゲットプロファイリング | 汎用 |
| 94 | [scientific-compound-screening](scientific-compound-screening/SKILL.md) | ZINC 化合物ライブラリ検索・バーチャルスクリーニング前処理 | 汎用 |
| 120 | [scientific-nci60-screening](scientific-nci60-screening/SKILL.md) | NCI-60/CellMiner/DepMap がん細胞株薬剤応答スクリーニング | 汎用 |
| 146 | [scientific-drugbank-resources](scientific-drugbank-resources/SKILL.md) | DrugBank API 薬剤情報・薬理 MOA・標的タンパク質・薬物相互作用 | 汎用 |
| 156 | [scientific-pharos-targets](scientific-pharos-targets/SKILL.md) | Pharos/TCRD IDG ターゲット TDL 分類・疾患関連・リガンド検索 | 汎用 |

### K. 構造生物学・タンパク質工学（7 種）

タンパク質構造解析・設計・PPI ネットワーク・ドメイン解析・構造プロテオミクス・AlphaFold DB 構造予測・RCSB PDB 構造検索を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 40 | [scientific-protein-structure-analysis](scientific-protein-structure-analysis/SKILL.md) | PDB/AlphaFold 構造検索・品質評価 (pLDDT/R-factor)・結合サイト検出 | 汎用 |
| 41 | [scientific-protein-design](scientific-protein-design/SKILL.md) | ESM-2 変異スキャン・RFdiffusion/ProteinMPNN de novo 設計・バインダー/酵素設計 | 汎用 |
| 79 | [scientific-protein-interaction-network](scientific-protein-interaction-network/SKILL.md) | STRING/IntAct/STITCH PPI ネットワーク・トポロジー解析・コミュニティ検出 | 汎用 |
| 86 | [scientific-protein-domain-family](scientific-protein-domain-family/SKILL.md) | InterPro/InterProScan ドメイン予測・ファミリー分類・アーキテクチャ可視化 | 汎用 |
| 93 | [scientific-structural-proteomics](scientific-structural-proteomics/SKILL.md) | EMDB/PDBe/Proteins API/Complex Portal/DeepGO/EVE 構造プロテオミクス | 汎用 |
| 134 | [scientific-alphafold-structures](scientific-alphafold-structures/SKILL.md) | AlphaFold DB REST API 構造予測取得・pLDDT 信頼度・PAE 解析 | 汎用 |
| 142 | [scientific-rcsb-pdb-search](scientific-rcsb-pdb-search/SKILL.md) | RCSB PDB Search/Data API 構造検索・メタデータ・リガンド情報 | 汎用 |

### L. 精密医療・臨床意思決定（6 種）

バリアント解釈とエビデンスベース臨床判断・CIViC 臨床エビデンス・gnomAD バリアント・ClinGen キュレーションを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 42 | [scientific-variant-interpretation](scientific-variant-interpretation/SKILL.md) | ACMG/AMP 28 基準・薬理ゲノミクス (CPIC)・OncoKB 体細胞変異レベル | 汎用 |
| 43 | [scientific-clinical-decision-support](scientific-clinical-decision-support/SKILL.md) | GRADE エビデンス枠組・精密腫瘍学ワークフロー・臨床試験マッチング | 汎用 || 80 | [scientific-variant-effect-prediction](scientific-variant-effect-prediction/SKILL.md) | AlphaMissense/CADD/SpliceAI バリアント効果予測・コンセンサス病原性判定 | 汎用 |
| 147 | [scientific-civic-evidence](scientific-civic-evidence/SKILL.md) | CIViC REST API がんバリアント臨床解釈・エビデンス・アサーション | 汎用 |
| 148 | [scientific-gnomad-variants](scientific-gnomad-variants/SKILL.md) | gnomAD GraphQL 集団アレル頻度・遺伝子制約 (pLI/LOEUF)・リージョンクエリ | 汎用 |
| 157 | [scientific-clingen-curation](scientific-clingen-curation/SKILL.md) | ClinGen 遺伝子-疾患バリディティ・投与量感受性・臨床アクショナビリティ | 汎用 |

### M. 実験室自動化・データ管理（3 種）

ラボ実験の自動化とデータ管理・CRISPR gRNA 設計を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 44 | [scientific-lab-automation](scientific-lab-automation/SKILL.md) | PyLabRobot/Opentrons プロトコル・SOP テンプレート・ELN/LIMS 連携・QC 検証 | 汎用 |
| 72 | [scientific-lab-data-management](scientific-lab-data-management/SKILL.md) | Benchling ELN/DNA 設計・DNAnexus PaaS・OMERO バイオイメージング・Protocols.io | 汎用 |
| 164 | [scientific-crispr-design](scientific-crispr-design/SKILL.md) | CRISPR gRNA 設計・Cas9/Cas12a PAM 検索・オフターゲットスコアリング・sgRNA ライブラリ構築 | 汎用 |

### N. 科学プレゼンテーション・図式（4 種）

学会発表用スライド・ポスター・科学図式・インタラクティブダッシュボード・再現可能レポートのデザインを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 45 | [scientific-presentation-design](scientific-presentation-design/SKILL.md) | 15 スライド構成テンプレート・tikzposter・matplotlib ワークフロー図・アクセシビリティ | 汎用 |
| 73 | [scientific-scientific-schematics](scientific-scientific-schematics/SKILL.md) | CONSORT フロー図・NN アーキテクチャ図・パスウェイ図・TikZ/SVG | 汎用 |
| 174 | [scientific-interactive-dashboard](scientific-interactive-dashboard/SKILL.md) | Streamlit/Dash/Panel 科学データダッシュボード・パラメータ探索 UI・リアルタイム解析 | 汎用 |
| 182 | [scientific-reproducible-reporting](scientific-reproducible-reporting/SKILL.md) | Quarto 科学文書・Jupyter Book 多章構成・Papermill パラメトリック実行・nbconvert 自動変換 | 汎用 |

### O. 研究計画・グラント・規制（3 種）

助成金申請書と研究方法論・規制科学の設計を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 46 | [scientific-grant-writing](scientific-grant-writing/SKILL.md) | NIH Specific Aims テンプレート・JSPS 科研費・予算計画・Budget Justification | 汎用 |
| 47 | [scientific-research-methodology](scientific-research-methodology/SKILL.md) | SCAMPER/TRIZ ブレインストーミング・研究デザインマトリクス・FINER 基準・IRB 倫理チェック | 汎用 |
| 74 | [scientific-regulatory-science](scientific-regulatory-science/SKILL.md) | FDA Orange Book/医療機器 510(k)/ISO 13485 QMS/CAPA/USPTO 特許検索 | 汎用 |

### P. ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス（4 種）

市販後医薬品安全性監視と薬理ゲノミクス・PharmGKB 臨床アノテーション・臨床薬理学モデリングのためのシグナル検出・定量評価を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 48 | [scientific-pharmacovigilance](scientific-pharmacovigilance/SKILL.md) | FAERS 不均衡分析 (PRR/ROR/IC/EBGM)・MedDRA 階層・時系列トレンド・Naranjo 因果評価 | 汎用 |
| 75 | [scientific-pharmacogenomics](scientific-pharmacogenomics/SKILL.md) | PharmGKB/CPIC ガイドライン・Star アレル・代謝型・FDA PGx バイオマーカー | 汎用 |
| 138 | [scientific-pharmgkb-pgx](scientific-pharmgkb-pgx/SKILL.md) | PharmGKB REST API 臨床アノテーション・薬物遺伝子関連・投与量ガイドライン | 汎用 |
| 165 | [scientific-clinical-pharmacology](scientific-clinical-pharmacology/SKILL.md) | PopPK NLME・PBPK シミュレーション・TDM 投与量最適化・Emax PD モデリング | 汎用 |

### Q. 腫瘍学・疾患研究（10 種）

精密腫瘍学・疾患-遺伝子関連研究・がんゲノミクス・希少疾患遺伝学・細胞株リソース・ICGC がんゲノムデータ・Open Targets 遺伝学・DepMap 依存性・Monarch オントロジー・GDC ポータルを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 49 | [scientific-precision-oncology](scientific-precision-oncology/SKILL.md) | CIViC/OncoKB/cBioPortal 統合・TMB/MSI 判定・AMP Tiering・MTB レポート | 汎用 |
| 50 | [scientific-disease-research](scientific-disease-research/SKILL.md) | GWAS Catalog・DisGeNET GDA・Orphanet/OMIM/HPO 表現型マッチング・PRS 算出 | 汎用 |
| 81 | [scientific-cancer-genomics](scientific-cancer-genomics/SKILL.md) | COSMIC/cBioPortal/DepMap がんゲノミクス・変異シグネチャー解析 | 汎用 |
| 87 | [scientific-rare-disease-genetics](scientific-rare-disease-genetics/SKILL.md) | OMIM/Orphanet/DisGeNET/IMPC 希少疾患遺伝学・統合解析 | 汎用 |
| 101 | [scientific-cell-line-resources](scientific-cell-line-resources/SKILL.md) | Cellosaurus 細胞株検索・STR プロファイル検証・コンタミネーション検出 | 汎用 |
| 140 | [scientific-icgc-cancer-data](scientific-icgc-cancer-data/SKILL.md) | ICGC DCC API 国際がんゲノムデータ・体細胞変異・がん種統計 | 汎用 |
| 143 | [scientific-opentargets-genetics](scientific-opentargets-genetics/SKILL.md) | Open Targets Platform GraphQL 標的-疾患アソシエーション・薬剤エビデンス・L2G | 汎用 |
| 145 | [scientific-depmap-dependencies](scientific-depmap-dependencies/SKILL.md) | DepMap Portal CRISPR/RNAi 遺伝子依存性・薬剤感受性 | 汎用 |
| 149 | [scientific-monarch-ontology](scientific-monarch-ontology/SKILL.md) | Monarch Initiative 疾患-遺伝子-表現型オントロジー・HPO・エンティティ検索 | 汎用 |
| 150 | [scientific-gdc-portal](scientific-gdc-portal/SKILL.md) | NCI Genomic Data Commons REST API・プロジェクト/ケース/SSM 検索 | 汎用 |

### R. 量子・先端計算（11 種）

量子計算・GNN・ベイズ統計・XAI・深層学習・ヘルスケア AI・強化学習・転移学習・不確実性定量化・連合学習・NAS など次世代計算手法を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 51 | [scientific-quantum-computing](scientific-quantum-computing/SKILL.md) | Qiskit/Cirq/PennyLane VQE・QAOA・量子 ML・QuTiP 量子ダイナミクス | 汎用 |
| 52 | [scientific-graph-neural-networks](scientific-graph-neural-networks/SKILL.md) | PyG GCN/GAT/GIN・TorchDrug 分子特性予測・知識グラフ推論・Scaffold Split | 汎用 |
| 53 | [scientific-bayesian-statistics](scientific-bayesian-statistics/SKILL.md) | PyMC/Stan 階層ベイズ・MCMC 診断・PPC・WAIC/LOO-CV モデル比較・ベイズ最適化 | 汎用 |
| 54 | [scientific-explainable-ai](scientific-explainable-ai/SKILL.md) | SHAP/LIME/Captum 特徴量寄与・反実仮想説明・公平性監査・DeepSHAP | 汎用 |
| 55 | [scientific-deep-learning](scientific-deep-learning/SKILL.md) | Lightning/timm/Transformers・CNN/ViT/BERT Fine-tune・Optuna HPO・ONNX エクスポート | 汎用 |
| 96 | [scientific-healthcare-ai](scientific-healthcare-ai/SKILL.md) | PyHealth 臨床 ML パイプライン・フローサイトメトリー・EHR 処理 | 汎用 |
| 104 | [scientific-reinforcement-learning](scientific-reinforcement-learning/SKILL.md) | Stable-Baselines3/PufferLib RL エージェント訓練・分子設計/実験最適化 RL | 汎用 |
| 170 | [scientific-transfer-learning](scientific-transfer-learning/SKILL.md) | Vision/NLP ファインチューニング・Few-shot・知識蒸留・ドメイン適応 | 汎用 |
| 171 | [scientific-uncertainty-quantification](scientific-uncertainty-quantification/SKILL.md) | Conformal Prediction・MC Dropout・深層アンサンブル・Calibration・ECE | 汎用 |
| 183 | [scientific-federated-learning](scientific-federated-learning/SKILL.md) | Flower FL パイプライン・FedAvg/FedProx 集約・DP-SGD 差分プライバシー・非 IID 分割 | 汎用 |
| 184 | [scientific-neural-architecture-search](scientific-neural-architecture-search/SKILL.md) | Optuna NAS・Pareto 多目的探索 (精度 vs サイズ)・探索空間定義・枝刈り | 汎用 |

### S. 医用イメージング（2 種）

DICOM・WSI 等の医用画像解析・セグメンテーション・放射線診断支援 AI を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 56 | [scientific-medical-imaging](scientific-medical-imaging/SKILL.md) | DICOM/NIfTI 処理・MONAI U-Net/SwinUNETR・WSI パッチ抽出・Radiomics・3D 可視化 | 汎用 |
| 189 | [scientific-radiology-ai](scientific-radiology-ai/SKILL.md) | MONAI CADe/CADx パイプライン・CT/MRI 分類・Grad-CAM 説明可能性・構造化レポート | 汎用 |

### T. シングルセル・空間・エピゲノミクス（13 種）

scRNA-seq・空間トランスクリプトミクス・エピゲノミクス・制御ゲノミクス・摂動解析・scVI 統合・scATAC-seq・GPU シングルセル・ENCODE/SCREEN・Human Cell Atlas・高度 Squidpy 空間解析・空間マルチオミクス・CELLxGENE Census の解析パイプラインを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 57 | [scientific-single-cell-genomics](scientific-single-cell-genomics/SKILL.md) | scRNA-seq QC・Scanpy Leiden クラスタリング・DEG・RNA velocity・CellChat 細胞間通信 | 汎用 |
| 58 | [scientific-spatial-transcriptomics](scientific-spatial-transcriptomics/SKILL.md) | Visium/MERFISH 前処理・Squidpy SVG 検出・空間ドメイン・cell2location デコンボリューション | 汎用 |
| 76 | [scientific-epigenomics-chromatin](scientific-epigenomics-chromatin/SKILL.md) | ChIP-seq MACS2/3・ATAC-seq・WGBS DMR・ChromHMM・Hi-C TAD・モチーフ濃縮 | 汎用 |
| 102 | [scientific-regulatory-genomics](scientific-regulatory-genomics/SKILL.md) | RegulomeDB/ReMap/4DN 制御領域バリアント・三次元ゲノム構造解析 | 汎用 |
| 113 | [scientific-perturbation-analysis](scientific-perturbation-analysis/SKILL.md) | pertpy/Augur/scIB 摂動解析・CRISPR スクリーン・scGen 摂動予測・統合ベンチマーク | 汎用 |
| 116 | [scientific-scvi-integration](scientific-scvi-integration/SKILL.md) | scVI/scANVI/totalVI/SOLO シングルセル統合・半教師有りアノテーション・CITE-seq | 汎用 |
| 123 | [scientific-scatac-signac](scientific-scatac-signac/SKILL.md) | Signac/SnapATAC2 scATAC-seq・モチーフ解析・Gene Activity・RNA+ATAC マルチモーダル統合 | 汎用 |
| 124 | [scientific-gpu-singlecell](scientific-gpu-singlecell/SKILL.md) | rapids-singlecell/cuML/cuGraph GPU アクセラレーションシングルセル解析 | 汎用 |
| 125 | [scientific-encode-screen](scientific-encode-screen/SKILL.md) | ENCODE REST API 実験/ファイル検索・SCREEN cCRE・ChIP-Atlas エンリッチメント | 汎用 |
| 126 | [scientific-human-cell-atlas](scientific-human-cell-atlas/SKILL.md) | HCA Data Portal プロジェクト/ファイル・CELLxGENE Census 大規模アトラス | 汎用 |
| 131 | [scientific-squidpy-advanced](scientific-squidpy-advanced/SKILL.md) | Squidpy 空間自己相関・共起解析・近傍エンリッチメント・ニッチ同定 | 汎用 |
| 152 | [scientific-spatial-multiomics](scientific-spatial-multiomics/SKILL.md) | MERFISH/CODEX 空間マルチオミクス統合・共検出解析・空間コミュニティ検出 | 汎用 |
| 155 | [scientific-cellxgene-census](scientific-cellxgene-census/SKILL.md) | CELLxGENE Census API 大規模シングルセルアトラス・細胞型分布・遺伝子発現 | 汎用 |

### U. 免疫・感染症（2 種）

免疫情報学・病原体ゲノミクスの解析パイプラインを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 59 | [scientific-immunoinformatics](scientific-immunoinformatics/SKILL.md) | MHC-I/II 結合予測・B 細胞エピトープ・TCR/BCR レパトア多様性・抗体 CDR 解析・ワクチン候補ランキング | 汎用 |
| 60 | [scientific-infectious-disease](scientific-infectious-disease/SKILL.md) | 病原体 WGS QC・AMR 遺伝子検出・MLST 型別・系統解析 (IQ-TREE)・SIR/SEIR 数理モデル | 汎用 |

### V. マイクロバイオーム・環境（9 種）

マイクロバイオーム解析・環境/生態系モデリング・系統解析・rRNA 分類学・植物バイオロジー・海洋生態学・環境地理空間データ・古生物学・MAG 再構築を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 61 | [scientific-microbiome-metagenomics](scientific-microbiome-metagenomics/SKILL.md) | DADA2 ASV パイプライン・MetaPhlAn/Kraken2・α/β 多様性・ANCOM-BC 差次的存在量・HUMAnN 機能プロファイリング | 汎用 |
| 62 | [scientific-environmental-ecology](scientific-environmental-ecology/SKILL.md) | SDM (MaxEnt/RF/GBM)・生物多様性指数・群集序列化 (NMDS/CCA)・保全優先順位ランキング | 汎用 |
| 103 | [scientific-phylogenetics](scientific-phylogenetics/SKILL.md) | ETE3/scikit-bio 系統樹構築・Faith's PD・UniFrac・分岐年代推定・祖先配列復元 | 汎用 |
| 118 | [scientific-rrna-taxonomy](scientific-rrna-taxonomy/SKILL.md) | SILVA/Greengenes2/MGnify rRNA リファレンス・分類学・コンセンサス分類 | 汎用 |
| 121 | [scientific-plant-biology](scientific-plant-biology/SKILL.md) | Plant Reactome/TAIR/Ensembl Plants 植物代謝パスウェイ・種間比較 | 汎用 |
| 122 | [scientific-marine-ecology](scientific-marine-ecology/SKILL.md) | OBIS/WoRMS/GBIF/FishBase 海洋生物多様性・分布解析 | 汎用 |
| 128 | [scientific-environmental-geodata](scientific-environmental-geodata/SKILL.md) | SoilGrids/WorldClim 環境地理空間データ・種分布モデル環境変数 | 汎用 |
| 129 | [scientific-paleobiology](scientific-paleobiology/SKILL.md) | PBDB 化石産出記録・分類群検索・地質年代多様性曲線 | 汎用 |
| 163 | [scientific-metagenome-assembled-genomes](scientific-metagenome-assembled-genomes/SKILL.md) | MetaBAT2/CONCOCT ビニング・CheckM2 品質評価・GTDB-Tk 分類・MAG パイプライン | 汎用 |

### W. システム生物学（4 種）

SBML 動的シミュレーション・代謝フラックス解析・遺伝子制御ネットワーク推定・代謝モデリングを担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 63 | [scientific-systems-biology](scientific-systems-biology/SKILL.md) | SBML/RoadRunner シミュレーション・FBA/pFBA (cobrapy)・GRN 推定 (GENIE3)・Sobol 感度解析 | 汎用 |
| 95 | [scientific-metabolic-modeling](scientific-metabolic-modeling/SKILL.md) | BiGG Models/BioModels ゲノムスケール代謝モデル・反応・代謝物検索 | 汎用 |
| 130 | [scientific-metabolic-atlas](scientific-metabolic-atlas/SKILL.md) | Metabolic Atlas/Human-GEM 代謝反応・代謝産物検索・ネットワーク解析 | 汎用 |
| 153 | [scientific-metabolic-flux](scientific-metabolic-flux/SKILL.md) | 13C/15N 安定同位体代謝フラックス解析・EMU モデリング・MID フィッティング | 汎用 |

### X. 疫学・公衆衛生（3 種）

疫学的リスク指標算出・標準化・空間疫学・DAG 交絡分析・公衆衛生データアクセス・環境毒性学を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 64 | [scientific-epidemiology-public-health](scientific-epidemiology-public-health/SKILL.md) | RR/OR/RD/NNT/AF リスク指標・直接/間接年齢標準化・LISA/Getis-Ord 空間クラスタリング・DAG バックドア基準 | 汎用 |
| 98 | [scientific-public-health-data](scientific-public-health-data/SKILL.md) | NHANES/MedlinePlus/RxNorm/ODPHP 公衆衛生データアクセス・健康格差API | 汎用 |
| 117 | [scientific-toxicology-env](scientific-toxicology-env/SKILL.md) | CTD/Tox21/ToxCast/T3DB/EPA IRIS 環境毒性学・化学物質健康影響解析 | 汎用 |

### Y. 集団遺伝学（2 種）

集団構造推定・分化指標・自然選択検出・GWAS Catalog を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 65 | [scientific-population-genetics](scientific-population-genetics/SKILL.md) | PLINK2 QC・HWE 検定・PCA/ADMIXTURE・Weir-Cockerham Fst・iHS/Tajima's D 選択スキャン | 汎用 |
| 133 | [scientific-gwas-catalog](scientific-gwas-catalog/SKILL.md) | NHGRI-EBI GWAS Catalog REST API 関連解析・研究検索・PheWAS | 汎用 |

### Z. 科学テキストマイニング（3 種）

科学文献からの情報抽出・知識グラフ構築・トピックモデリング・バイオメディカル NER・臨床 NLP を担うスキル群。

| # | Skill | 説明 | 参照 Exp |
|---|---|---|---|
| 66 | [scientific-text-mining-nlp](scientific-text-mining-nlp/SKILL.md) | BioBERT/SciSpaCy NER・関係抽出・知識グラフ構築 (Louvain)・BERTopic トピックモデリング・引用ネットワーク分析 | 汎用 |
| 106 | [scientific-biomedical-pubtator](scientific-biomedical-pubtator/SKILL.md) | PubTator3 バイオメディカル NER・エンティティ関係抽出・知識グラフ構築 | 汎用 |
| 158 | [scientific-clinical-nlp](scientific-clinical-nlp/SKILL.md) | MedSpaCy/scispaCy 臨床テキスト NER・否定検出・セクション分類・UMLS リンキング | 汎用 |

---

## インストール

```bash
# npx でワンコマンドインストール
npx @nahisaho/satori init

# またはグローバルインストール
npm install -g @nahisaho/satori
satori init
```

`.github/skills/` がカレントディレクトリにコピーされ、Copilot Agent Mode で即座に利用できます。

### CLI コマンド一覧

| コマンド | 説明 |
|---|---|
| `satori init [--force] [--dry-run]` | `.github/skills/` をカレントディレクトリにインストール |
| `satori pipeline suggest` | キーワードでインタラクティブにパイプラインを推薦 |
| `satori pipeline list` | 全 26 ドメインパイプラインを一覧表示 |
| `satori validate [--verbose]` | 全 190 SKILL.md を自動検証 |
| `satori stats` | スキル数・TU カバレッジなどの統計表示 |
| `satori help` | ヘルプ表示 |
| `satori --version` | バージョン表示 |

---

## 使い方

### GitHub Copilot Agent Mode / Copilot CLI での利用

Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動的に検出します。
プロンプトの文脈に応じて、関連する Skill の `SKILL.md` がエージェントに注入されます。

```
# 例：相関解析を依頼すると scientific-eda-correlation が自動ロードされる
> ZnO 薄膜のプロセスパラメータと膜物性の相関ヒートマップを作成して

# 例：分類モデルを依頼すると scientific-ml-classification が自動ロードされる
> がん遺伝子発現データで Random Forest と SVM の ROC 比較をして

# 例：実験計画法を依頼すると scientific-doe が自動ロードされる
> 3因子の田口L9直交表を作成して主効果プロットを描画して

# 例：メタアナリシスを依頼すると scientific-meta-analysis が自動ロードされる
> 5本のRCT論文からランダム効果モデルでForestプロットを作成して
```

### ディレクトリ構造

```
.github/skills/
├── README.md
│
│── [A] 基盤・ワークフロー
│   ├── scientific-pipeline-scaffold/
│   ├── scientific-data-preprocessing/
│   ├── scientific-data-simulation/
│   ├── scientific-publication-figures/
│   ├── scientific-academic-writing/
│   │   └── assets/   ← ジャーナル別テンプレート 7 種
│   ├── scientific-hypothesis-pipeline/
│   ├── scientific-critical-review/
│   ├── scientific-supplementary-generator/
│   ├── scientific-latex-formatter/
│   ├── scientific-citation-checker/
│   ├── scientific-peer-review-response/
│   ├── scientific-revision-tracker/
│   ├── scientific-paper-quality/
│   ├── scientific-systematic-review/
│   ├── scientific-biothings-idmapping/
│   ├── scientific-data-submission/
│   └── scientific-crossref-metadata/
│
│── [B] 統計・探索的解析
│   ├── scientific-eda-correlation/
│   ├── scientific-statistical-testing/
│   ├── scientific-pca-tsne/
│   ├── scientific-symbolic-mathematics/
│   ├── scientific-missing-data-analysis/
│   ├── scientific-advanced-visualization/
│   ├── scientific-data-profiling/
│   ├── scientific-geospatial-analysis/
│   ├── scientific-network-visualization/
│   ├── scientific-statistical-simulation/
│   └── scientific-streaming-analytics/
│
│── [C] 機械学習・モデリング
│   ├── scientific-ml-regression/
│   ├── scientific-ml-classification/
│   ├── scientific-feature-importance/
│   ├── scientific-active-learning/
│   ├── scientific-automl/
│   ├── scientific-ensemble-methods/
│   ├── scientific-anomaly-detection/
│   ├── scientific-causal-ml/
│   ├── scientific-model-monitoring/
│   ├── scientific-semi-supervised-learning/
│   └── scientific-multi-task-learning/
│
│── [D] 実験計画・プロセス最適化
│   ├── scientific-doe/
│   ├── scientific-process-optimization/
│   └── scientific-adaptive-experiments/
│
│── [E] 信号・スペクトル・時系列
│   ├── scientific-spectral-signal/
│   ├── scientific-biosignal-processing/
│   ├── scientific-time-series/
│   ├── scientific-neuroscience-electrophysiology/
│   └── scientific-time-series-forecasting/
│
│── [F] 生命科学・オミクス
│   ├── scientific-bioinformatics/
│   ├── scientific-metabolomics/
│   ├── scientific-sequence-analysis/
│   ├── scientific-multi-omics/
│   ├── scientific-network-analysis/
│   ├── scientific-proteomics-mass-spectrometry/
│   ├── scientific-gene-expression-transcriptomics/
│   ├── scientific-pathway-enrichment/
│   ├── scientific-metabolomics-databases/
│   ├── scientific-human-protein-atlas/
│   ├── scientific-genome-sequence-tools/
│   ├── scientific-noncoding-rna/
│   ├── scientific-ontology-enrichment/
│   ├── scientific-ebi-databases/
│   ├── scientific-ensembl-genomics/
│   ├── scientific-string-network-api/
│   ├── scientific-expression-comparison/
│   ├── scientific-model-organism-db/
│   ├── scientific-geo-expression/
│   ├── scientific-parasite-genomics/
│   ├── scientific-arrayexpress-expression/
│   ├── scientific-gtex-tissue-expression/
│   ├── scientific-uniprot-proteome/
│   ├── scientific-reactome-pathways/
│   ├── scientific-hgnc-nomenclature/
│   ├── scientific-metabolomics-network/
│   ├── scientific-glycomics/
│   └── scientific-lipidomics/
│
│── [G] 化学・材料・イメージング
│   ├── scientific-cheminformatics/
│   ├── scientific-materials-characterization/
│   ├── scientific-image-analysis/
│   ├── scientific-computational-materials/
│   ├── scientific-chembl-assay-mining/
│   ├── scientific-md-simulation/
│   ├── scientific-advanced-imaging/
│   ├── scientific-deep-chemistry/
│   └── scientific-stitch-chemical-network/
│
├── [H] 臨床・疫学・メタ科学
│   ├── scientific-survival-clinical/
│   ├── scientific-causal-inference/
│   ├── scientific-meta-analysis/
│   ├── scientific-clinical-trials-analytics/
│   ├── scientific-clinical-reporting/
│   ├── scientific-biobank-cohort/
│   └── scientific-clinical-standards/
│
├── [I] Deep Research・文献検索
│   ├── scientific-deep-research/
│   ├── scientific-literature-search/
│   ├── scientific-preprint-archive/
│   └── scientific-semantic-scholar/
│
├── [J] 創薬・ファーマコロジー
│   ├── scientific-drug-target-profiling/
│   ├── scientific-admet-pharmacokinetics/
│   ├── scientific-drug-repurposing/
│   ├── scientific-molecular-docking/
│   ├── scientific-pharmacology-targets/
│   ├── scientific-compound-screening/
│   ├── scientific-nci60-screening/
│   ├── scientific-drugbank-resources/
│   └── scientific-pharos-targets/
│
├── [K] 構造生物学・タンパク質工学
│   ├── scientific-protein-structure-analysis/
│   ├── scientific-protein-design/
│   ├── scientific-protein-interaction-network/
│   ├── scientific-protein-domain-family/
│   ├── scientific-structural-proteomics/
│   ├── scientific-alphafold-structures/
│   └── scientific-rcsb-pdb-search/
│
├── [L] 精密医療・臨床意思決定
│   ├── scientific-variant-interpretation/
│   ├── scientific-clinical-decision-support/
│   ├── scientific-variant-effect-prediction/
│   ├── scientific-civic-evidence/
│   ├── scientific-gnomad-variants/
│   └── scientific-clingen-curation/
│
├── [M] 実験室自動化・データ管理
│   ├── scientific-lab-automation/
│   ├── scientific-lab-data-management/
│   └── scientific-crispr-design/
│
├── [N] 科学プレゼンテーション・図式
│   ├── scientific-presentation-design/
│   ├── scientific-scientific-schematics/
│   ├── scientific-interactive-dashboard/
│   └── scientific-reproducible-reporting/
│
└── [O] 研究計画・グラント・規制
    ├── scientific-grant-writing/
    ├── scientific-research-methodology/
    └── scientific-regulatory-science/
│
├── [P] ファーマコビジランス・薬理ゲノミクス
│   ├── scientific-pharmacovigilance/
│   ├── scientific-pharmacogenomics/
│   ├── scientific-pharmgkb-pgx/
│   └── scientific-clinical-pharmacology/
│
├── [Q] 腫瘍学・疾患研究
│   ├── scientific-precision-oncology/
│   ├── scientific-disease-research/
│   ├── scientific-cancer-genomics/
│   ├── scientific-rare-disease-genetics/
│   ├── scientific-cell-line-resources/
│   ├── scientific-icgc-cancer-data/
│   ├── scientific-opentargets-genetics/
│   ├── scientific-depmap-dependencies/
│   ├── scientific-monarch-ontology/
│   └── scientific-gdc-portal/
│
├── [R] 量子・先端計算
│   ├── scientific-quantum-computing/
│   ├── scientific-graph-neural-networks/
│   ├── scientific-bayesian-statistics/
│   ├── scientific-explainable-ai/
│   ├── scientific-deep-learning/
│   ├── scientific-healthcare-ai/
│   ├── scientific-reinforcement-learning/
│   ├── scientific-transfer-learning/
│   ├── scientific-uncertainty-quantification/
│   ├── scientific-federated-learning/
│   └── scientific-neural-architecture-search/
│
├── [S] 医用イメージング
│   ├── scientific-medical-imaging/
│   └── scientific-radiology-ai/
│
│── [T] シングルセル・空間・エピゲノミクス
│   ├── scientific-single-cell-genomics/
│   ├── scientific-spatial-transcriptomics/
│   ├── scientific-epigenomics-chromatin/
│   ├── scientific-regulatory-genomics/
│   ├── scientific-perturbation-analysis/
│   ├── scientific-scvi-integration/
│   ├── scientific-scatac-signac/
│   ├── scientific-gpu-singlecell/
│   ├── scientific-encode-screen/
│   ├── scientific-human-cell-atlas/
│   ├── scientific-squidpy-advanced/
│   ├── scientific-spatial-multiomics/
│   └── scientific-cellxgene-census/
│
│── [U] 免疫・感染症
│   ├── scientific-immunoinformatics/
│   └── scientific-infectious-disease/
│
│── [V] マイクロバイオーム・環境
│   ├── scientific-microbiome-metagenomics/
│   ├── scientific-environmental-ecology/
│   ├── scientific-phylogenetics/
│   ├── scientific-rrna-taxonomy/
│   ├── scientific-plant-biology/
│   ├── scientific-marine-ecology/
│   ├── scientific-environmental-geodata/
│   ├── scientific-paleobiology/
│   └── scientific-metagenome-assembled-genomes/
│
│── [W] システム生物学
│   ├── scientific-systems-biology/
│   ├── scientific-metabolic-modeling/
│   ├── scientific-metabolic-atlas/
│   └── scientific-metabolic-flux/
│
│── [X] 疫学・公衆衛生
│   ├── scientific-epidemiology-public-health/
│   ├── scientific-public-health-data/
│   └── scientific-toxicology-env/
│
│── [Y] 集団遺伝学
│   ├── scientific-population-genetics/
│   └── scientific-gwas-catalog/
│
└── [Z] 科学テキストマイニング
    ├── scientific-text-mining-nlp/
    ├── scientific-biomedical-pubtator/
    └── scientific-clinical-nlp/
```

> 注: 実際のファイルシステム上ではすべてのスキルディレクトリは `.github/skills/` 直下にフラットに配置されています。上記の中区分グルーピングは論理的な分類です。

---

## 開発

### 前提条件

- Node.js >= 18

### セットアップ

```bash
git clone https://github.com/nahisaho/satori.git
cd satori
npm install
```

### テスト

```bash
npm test                  # 全テスト実行 (1,359 テスト)
npm run test:unit         # CLI ユニットテストのみ (24 テスト)
npm run test:validation   # SKILL.md 検証テストのみ (1,335 テスト)
npm run test:coverage     # カバレッジ付き実行
npm run test:watch        # ウォッチモード
```

### リント・フォーマット

```bash
npm run lint              # Biome lint チェック
npm run lint:fix          # 自動修正
npm run format            # コードフォーマット
```

### CI

GitHub Actions で以下の 4 ジョブが `main` ブランチへの push / PR 時に実行されます:

- **test**: Node.js 18/20/22 マトリクスでの全テスト実行
- **validate-skills**: 全 SKILL.md フォーマット検証
- **cli-smoke**: CLI コマンドのスモークテスト
- **lint**: Biome によるコード品質チェック

---

## 参考

- [GitHub Copilot Agent Skills ドキュメント](https://docs.github.com/en/copilot/concepts/agents/about-agent-skills)
- [Agent Skills オープン標準](https://github.com/agentskills/agentskills)