Simulations of molecules and processes in the synapse
Subtitle: A dissertation submitted in partial satisfaction of the requirements for the degree Doctor of Philosophy in Chemistry
Publisher: University of California, San Diego
Published: 2002
Place of publication: San Diego, USA
Language: eng
Table of contents: title: Signatures of approval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iii; title: Dedication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iv; title: Epigraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v; title: Table of contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vi; title: List of figures and tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . viii; title: Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xi; title: Vita, publications, and field of study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xii; title: Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii; title: I Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1; title: A. The synapse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1; title: B. Molecular dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4; title: C. Finite element method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9; title: D. Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12; title: II Analysis of a 10 ns molecular dynamics simulation of mouse acetylcholinesterase; title: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14; title: A. Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14; title: B. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15; title: C. Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15; title: D. Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20; title: E. Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28; title: F. Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37; title: G. Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38; title: III Mechanism of acetylcholinesterase inhibition by fasciculin: 5 ns molecular; title: dynamics simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39; title: A. Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39; title: B. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40; title: C. Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41; title: D. Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48; title: E. Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62; title: F. Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68; title: G. Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69; title: IV Finite element simulations of acetylcholine diffusion in neuromuscular junctions; title: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70; title: A. Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70; title: B. Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71; title: C. The neuromuscular junction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71; title: D. Mathematical setting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73; title: E. Neuromuscular junction models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76; title: F. Discussion and conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88; title: G. Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88; title: Bibliography . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90; title: Colophon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96