piLaboratory/TWoLife — pull request #26 by awade2 (2014-09-24 20:08:08+00:00)
Title: Mudanças no código!

PRINCIPAIS MODIFICAÇÕES:

1) Inclusão de um código no arquivo TWoLife.cpp para gerar nomes no formato output-.txt. Para isso a função TWoLife passa a ter mais um argumento, outCode que será colocado no nome do arquivo no lugar do . Por exemplo, se outCode = 234, o nome do arquivo de output será output-00234.txt.

2) A função paisagem::populating(...) foi modificada para que diferentes posições iniciais dos indivíduos possam ser simuladas. Isso envolveu a inclusão de mais um argumento na função TWoLife (int inipos).
inipos = 0 --> todos iniciam no centro da paisagem; P (0,0).
inipos = 1 --> individuos iniciam em posições aleatórias na paisagem; P (runif, runif).
inipos=2 --> indivíduos iniciam em posições obtidas de uma distribuição normal com média = 0 e sd = passo*sqrt(move). Essas posições são equivalente ao esperado por um processo de caminhada aleatória pura (sem crescimento populacional) em t = 1.

3) inclusão do método paisagem::calcDensity(...) para realizar o calculo de denso-dependência local em que a área é dada por um circulo ao redor do indivíduo focal. Esse método corrige possiveis efeitos de borda no calculo da densidade local para situações em que a condição de contorno é absortiva.

PROBLEMAS QUE PERMANECEM
1) Se rodamos varias vezes uma simulação sem recompilar o código, os valores de MAXID não zeram entre as simulações. Por exemplo, se rodo uma simulação que termina com o ultimo indivíduo tendo id = 50 e se depois rodo novamente essa simulação (ou com outra combinação de parâmetros) sem recomplicar o código, o primeiro indivíduo da segunda simulação terá id = 51. Não sei resolver esse problema.

TBI's
1) Incluir a possibilidade de inserir um arquivo raster externo como landscape. Por exemplo, inserir um arquivo txt de 1's e 0' referente a uma paisagem real classificada. (modificar TWoLife.R para receber o arquivo raster).

2) Inclusão de um objeto contendo informações da paisagem .Por exemplo, um id para cada fragmento. Isso poderá ser importante se quisermos ter uma noção do que ocorre em um dado fragmento da paisagem.