bakedintime/bioalignment — pull request #1 by bakedintime (2014-05-20 17:01:10+00:00)
Title: Staging

- Hace falta probar con distintos valores de gap_open y gap_extend en el archivo de Needleman-wunsch.py. ( El problema es que cuando los cambios son muchos y la penalización es negativa salen números negativos en la matriz y cómo el algoritmo de traversal se basa en el de mountain climber, no se pueden permitir estos números )

- A veces cuando un valor de alineación entre dos contigs da 0. La fórmula de fitness ( por la forma en la que está hecha) asume un valor de fitness de 1 y termina el algoritmo genético.

- Probar con más contigs (Se agrega otro archivo a la carpeta fasta_data con el nombre que corresponde al número de archivo que es, e.g., 7.fasta) si no tiene la terminación fasta no se toma en cuenta.