TiraLabra/TiraLabra — pull request #160 by norppa (2014-04-07 15:22:56+00:00)
Title: Viikko 4

Tällä viikolla syvensin tietoani bioinformatiikan algoritmien toiminnasta, joskin suurelta osin tieto oli mielenkiintoista ja hyödytöntä tälle projektille. Olen kuitenkin nyt aika hyvin kartalla siitä miten viimeinen algoritmini (Global alignment with affine gap penalty) toimii. Olen käyttänyt paljon aikaa siihen, että olen hankkinut testausdataa. Koska algoritmien tehtävänä on pisteyttää, niiden tulosten oikeellisuuden tarkistaminen on vaikeaa yhtään suuremmilla syötteillä. Olen käyttänyt muutamaa netissä olevaa valmista algoritmia yksinkertaisimpiin ja laskenut käsin joitakin. Lisäksi tällä viikolla meni aikaa tietysti vertaisarviointiin jokunen tunti. Oma koodini on edennyt mielestäni hyvin. Se toimii ja näyttää siistiltä. Kiinnostaa kuulla mitä palautetta katselmoinnista tulee.

Suurin kysymys tällä hetkellä on ehkä, että mitä seuraavaksi kannattaisi tehdä? Prioriteettijärjestystä siis. Lisää testejä, käyttöliittymää, vielä yksi algoritmi lisää (periaatteessa gap penaltyä voisi soveltaa myös local alignmentin etsimiseen), koodin yleistä parantelua ja monimutkaisempien esimerkkitapausten etsimistä sekä tietysti raporttidokumenttien aloittaminen on omalla listalla, mutta en tiedä mihin niistä (viimeisen lisäksi) energiani kannattaisi suunnata.