TiraLabra/TiraLabra — pull request #137 by norppa (2014-03-24 08:35:58+00:00)
Title: Viikko 2

Opin miten kiinnostukseni kohteena olevat algoritmit toimivat ja miksi ne toimivat. Ymmärsin verkkoteoriatasolla miksi useiden samanlaisten poikkeavuuksien pisteyttäminen toimii siten kun se toimii.

Tällä viikolla sain toimimaan tiedostonluvun, raakaversion käyttöliittymästä sekä versiot ilman lisäoptioita kaikista kolmesta algoritmista. Sain määrittelydokumentin GitHubiin saakka ja päivitin sitä hieman.

Testaus osoittautui hankalammaksi asiaksi kuin mitä olin ajatellut. Pitää tulla torstaina ihmettelemään sitä. Myös ohjelman rakenne on haastava, tuntuu että siihen jää paljon copypaste-koodia. Oikean geenidatan löytäminen on osoittautunut vaikeaksi. Sitä kyllä löytyy, mutta sellaisten sekvenssien löytäminen, joihin olisi oikeasti jotain järkeä soveltaa tällaista algoritmia, en ole vielä löytänyt.

Ohjelma on edistynyt hyvin. Se on tällä hetkellä ajettavassa kunnossa ja ei kaadu jos käyttäjä antaa hyviä syötteitä. Se toimii sillä nopeudella kuin mitä pitäisikin ja ei käytä kovin montaa valmista tietorakennetta.

Ensi viikolla laajennan ohjelman pisteyttämään kohdistuksia haluttaessa myös siten, että toistuvat samanlaiset poikkeamat pisteytetään eri tavalla kuin yksittäiset. Testaus on myös saatava käyntiin.
LOPULLINEN PALAUTUS Ma 28.4. klo 23:59 mennessä kuten muillakin viikoilla – pull request repoon josta forkkasit – kirjoita otsikkoon LOPULLINEN PALAUTUS