arq5x/gemini — pull request #147 by roryk (2013-06-06 20:28:48+00:00)
Title: Added optional column of which samples have a variant to queries.

Example:
```
gemini query --show-variant-samples -q "select chrom, start, end, ref, alt, gt_types \
from variants limit 10" test.query.db
```

```
chr1	30547	30548	T	G	2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,3,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,3,2,3,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2	1478PC0016,1719PC0007,1719PC0009
chr1	30859	30860	G	C	0,0,0,0,2,2,0,2,0,0,0,2,2,0,0,2,2,2,2,2,0,2,2,0,2,0,0,0,0,3,0,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,2,0,2,0,2,2,0,0,0,0,2,2,2,2,2,2,2	1478PC0017B,1719PC0005
chr1	30866	30869	CCT	C	0,0,1,0,2,2,0,2,0,1,0,2,2,0,0,2,2,2,2,2,0,2,2,1,2,0,3,0,0,0,0,2,0,2,2,2,2,0,2,2,2,2,1,2,0,2,0,0,2,0,0,0,0,2,2,2,2,2,2,2	1094PC0012,1094PC0021,1478PC0011,1478PC0014B,1719PC0005
chr1	30894	30895	T	C	1,1,0,0,2,2,0,2,0,0,0,2,0,0,0,2,2,2,0,2,0,2,2,0,2,2,0,0,0,3,0,2,0,2,2,2,2,0,2,2,2,2,0,2,0,2,0,0,2,2,0,0,0,0,2,2,2,2,2,2	1094PC0005,1094PC0009,1478PC0017B
chr1	30922	30923	G	T	2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,3,2,3,2,2,2,2,3,3,3,3,2,3,2,3,2,2,2,2,3,3,2,2,2,2,2,3,2,3,3,2,2,2,2,3,3,2,2,2,2,2,2	1478PC0006B,1478PC0008B,1478PC0013B,1478PC0014B,1478PC0015B,1478PC0016,1478PC0018,1478PC0020,1478PC0025,1719PC0001,1719PC0007,1719PC0009,1719PC0010,1719PC0015,1719PC0016
chr1	69269	69270	A	G	2,2,3,3,3,3,3,3,3,2,3,2,2,3,3,3,3,2,2,3,3,3,2,2,2,3,3,2,3,2,2,2,2,2,2,2,3,3,3,3,2,3,2,2,2,2,2,1,2,2,3,2,3,2,2,0,2,2,2,3	1094PC0012,1094PC0013,1094PC0016,1094PC0017,1094PC0018,1094PC0019,1094PC0020,1094PC0022,1478PC0001B,1478PC0002,1478PC0003,1478PC0004,1478PC0007B,1478PC0008B,1478PC0009B,1478PC0013B,1478PC0014B,1478PC0016,1478PC0024B,1478PC0025,1719PC0001,1719PC0002,1719PC0004,1719PC0010,1719PC0013,1719PC0015,1719PC0022
chr1	69427	69428	T	G	0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,0	1719PC0008,1719PC0009
chr1	69510	69511	A	G	2,2,1,1,3,1,1,3,1,2,3,0,2,3,3,3,3,2,3,3,3,3,3,2,2,3,3,2,3,2,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,2,2,2,1,3,3,3,3,3,3,0,1,2,2,3,3	1094PC0012,1094PC0013,1094PC0016,1094PC0017,1094PC0018,1094PC0019,1094PC0020,1094PC0022,1478PC0001B,1478PC0002,1478PC0003,1478PC0004,1478PC0006B,1478PC0007B,1478PC0008B,1478PC0009B,1478PC0010,1478PC0013B,1478PC0014B,1478PC0016,1478PC0019,1478PC0020,1478PC0021,1478PC0022B,1478PC0023B,1478PC0024B,1478PC0025,1719PC0001,1719PC0002,1719PC0003,1719PC0004,1719PC0005,1719PC0006,1719PC0010,1719PC0011,1719PC0012,1719PC0013,1719PC0014,1719PC0015,1719PC0016,1719PC0018,1719PC0021,1719PC0022
chr1	69760	69761	A	T	0,1,0,0,0,0,0,3,0,2,0,2,2,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,2,2,0,0,2,0,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,3,0,0,0,0,2,2,2,0,3,2,0,0,0,0,2,0,2,2,2,0	1094PC0009,1094PC0019,1478PC0003,1719PC0002,1719PC0011
chr1	69870	69871	G	A	2,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,2,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,2,2,0,0,2,0,2,2,0,0,3,0,0,0,0,0,2,2,0,2,0,0,2,2,0,0,2,0,0,0,2,2,0,2,2,2,0	1478PC0021
```