分子圖形系統列表

這是生物大分子視覺化圖形系統列表。

 圖例 

下表指出每個系統可以視覺化哪些類型的數據：

 名稱 數據 授權條款 技術 引用 備註  EM MM MRI Optical SMI XRD  Windows, Linux, Mac 基於 OpenInventor/OpenGL；專注於生命科學與生物醫學科學。 Ascalaph Designer MM MD QM  C++ 圖形、模型構建、分子力學、量子化學。  EM MM MRI Optical SMI XRD  Windows, Linux, Mac Avizo 衍生自 Amira，專注於材料科學。 Avogadro MM XRD MD  open-source, GPL C++, Qt, 可透過 Python 模組擴充  Molecular dynamics MM  LGPL open-source 獨立程式     open-source 獨立程式 包含在 NCBI C++ 工具包中  XRD  open-source  XRD MM  open-source C Jmol  open-source Java ( 或 )可轉譯為用於瀏覽器的 HTML5/JavaScript 支援進階功能，如載入具備獨立運動的多個分子、表面與分子軌域、空腔視覺化、晶體對稱性。  ，非商業免費使用 C++，僅限 Windows 的瀏覽器外掛程式 構建與視覺化分子及週期性系統（晶體、結構、流體...）、軌跡動畫、視覺化分子軌域、密度、靜電位能... 視覺化圖表，例如 IR、NMR、介電和光學張量。  MM XRD ，學術免費使用  (MOE)  MD MM NA QM SMI XRD  Windows, Linux, OS X; SVL 程式語言 構建、編輯與視覺化小分子、大分子、蛋白質-配體複合物、晶格、分子表面與屬性表面。用於廣泛分子建模/藥物發現應用程式的平台。  MM XRD  open-source   或   open-source 基於 Web；使用 WebGL 和 TypeScript 整合至 RCSB 和 PDBe 網站 PyMOL MM XRD SMI EM  Open-source Python   open-source C   MM MD SMI MRI  ，有限制的免費版本 Windows, Linux, Mac. C++ (Qt)  計算納米科學：生命科學、材料等。模組化架構，模組稱為 SAMSON Elements。 Sirius  open-source   或  自 2011 年起不再支援。  MM QM  獨立程式 編輯、視覺化並在各種分子系統上執行模擬。  MM QM  獨立程式Spartan Tutorial & User's Guide   視覺化與編輯生物分子，從 PDB 檔案中提取結合配體以進行進一步計算分析，具有簡化圖形使用者介面的完整分子力學和量子化學計算套件。  XRD SMI EM MD  open-source 供非商業使用 Python 包含單一/多重序列檢視器、基於結構的序列比對、用於整合分析的自動序列-結構交互對照。  VMD EM MD MM  open-source 供非商業使用 C++   XRD ，供學術使用的shareware Fortran, C, OpenGL, 獨立程式     XRC ，有限制的免費版本 C-assembly, Windows, Linux, Mac 全功能分子建模與模擬程式，包括結構預測與分子對接。圖形或文字模式（叢集），Python 介面。

 參見 











 分子圖形學 (Molecular graphics)



 參考文獻 

 外部連結 

  關於約 20 種工具的相當詳細、客觀且技術性的評估。







Category:化學軟體
molecular graphics systems
Category:分子建模
Category:計算化學軟體